Wiki FKKT - User contributions [en]

Fotosintetično recikliranje oglikovega dioksida v izobutilaldehid

2009-12-30T22:42:47Z

MC:

Fotosintetično recikliranje oglikovega dioksida v izobutilaldehid

Enden izmed možnih pristopov za zmanjšanje atmosferskega CO2 je recikliranje direktno v goriva ali kemikalije s pomočjo [http://sl.wikipedia.org/wiki/Fotosinteza fotosinteze]. Znanstveniki so gensko spremenili Synechococcus elongatus da lahko sintetizira izobutilaldehid in izobutanol direktno iz CO2. Izobutanol se lahko uporablja kot alternativno gorivo, izobutilaldehid pa je prekurzor za sintezo ostalih kemikalij. Visok parni tlak izobutilaldehida omogoči, da se produkte z lahkoto odstrani iz mikrobne kulture ter s tem zmanjša toksičnost.
Povečano produktovnost cianobakterije so dosegli z prekomernim izražanjem gena Rubisco, ki je odgovoren za fiksacijo CO2 v [http://en.wikipedia.org/wiki/Calvin_cycle Calvinovem ciklu]. To so dosegli z integracijo gena rbcLS, ki pa je povečal produktivnost izobutilaldehida za ~1.4 krat. Ker aktivnost alkoholne dehidrogenaze [http://en.wikipedia.org/wiki/Alcohol_dehydrogenase (ADH)] niso zaznali, to namiguje da sev ni sintetiziral IBA. Da pa bi omogočili sintetezo IBA, so zraven integrirali še ADH YqhD.
Prav tako so merili toleranco S. elongatus do izobutilaldehida in IBA ter pokazali, da je za divji tip bolj toksičen IBA.
Spremenjen sev je za 8 dni ostal aktiven in uspel sintetizirati izobutilaldehid v večji meri kot alge ali cianobakterije, ki so producirale etanol, vodik ali lipide. Ti rezultati izpolnjujejo obljubo direktne pretvorbe CO2 v alternativna goriva in kemikalije, ki obidejo potrebo po dekonstrukciji biomase.

Fotosintetično recikliranje oglikovega dioksida v izobutilaldehid

2009-12-30T22:42:27Z

MC: New page: Fotosintetično recikliranje oglikovega dioksida v izobutilaldehid Enden izmed možnih pristopov za zmanjšanje atmosferskega CO2 je recikliranje direktno v goriva ali kemikalije s pomočj...

Fotosintetično recikliranje oglikovega dioksida v izobutilaldehid
Enden izmed možnih pristopov za zmanjšanje atmosferskega CO2 je recikliranje direktno v goriva ali kemikalije s pomočjo [http://sl.wikipedia.org/wiki/Fotosinteza fotosinteze]. Znanstveniki so gensko spremenili Synechococcus elongatus da lahko sintetizira izobutilaldehid in izobutanol direktno iz CO2. Izobutanol se lahko uporablja kot alternativno gorivo, izobutilaldehid pa je prekurzor za sintezo ostalih kemikalij. Visok parni tlak izobutilaldehida omogoči, da se produkte z lahkoto odstrani iz mikrobne kulture ter s tem zmanjša toksičnost.
Povečano produktovnost cianobakterije so dosegli z prekomernim izražanjem gena Rubisco, ki je odgovoren za fiksacijo CO2 v [http://en.wikipedia.org/wiki/Calvin_cycle Calvinovem ciklu]. To so dosegli z integracijo gena rbcLS, ki pa je povečal produktivnost izobutilaldehida za ~1.4 krat. Ker aktivnost alkoholne dehidrogenaze [http://en.wikipedia.org/wiki/Alcohol_dehydrogenase (ADH)] niso zaznali, to namiguje da sev ni sintetiziral IBA. Da pa bi omogočili sintetezo IBA, so zraven integrirali še ADH YqhD.
Prav tako so merili toleranco S. elongatus do izobutilaldehida in IBA ter pokazali, da je za divji tip bolj toksičen IBA.
Spremenjen sev je za 8 dni ostal aktiven in uspel sintetizirati izobutilaldehid v večji meri kot alge ali cianobakterije, ki so producirale etanol, vodik ali lipide. Ti rezultati izpolnjujejo obljubo direktne pretvorbe CO2 v alternativna goriva in kemikalije, ki obidejo potrebo po dekonstrukciji biomase.

BiokemSeminar-SkupineNovica-B09

2009-12-30T22:33:25Z

MC: /* Seminarski roki: */

Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta. 
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo]. 
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. 
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve. 
<hr> 

== Seminarski roki: ==

'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.} 
1 Špela Alič - [[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2009-10/uoia-sdp102109.php] 
''Recenzenta: Alexandra B., Primož B. ''

'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.} 

'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.} 
1 Tjaša Lukan: [[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=986] 
''Recenzenta: Tine T., Alenka B. ''

'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.} 
1 Aljaž Gaber: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] 
''Recenzenta: Vid P., Špela P. ''
2 Špela Baus: [[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa ]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/168877.php] 
''Recenzenta: Andraž Š., Alenka M. ''
3 Špela Medic: [[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091007103032.htm] 
''Recenzenta: Gregor K., Daša J. ''

'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.} 
1 Janez Meden: [[Virus HIV se ne integrira blizu TSS aktivnega gena gostiteljske celice]] 

''Recenzenta: Branislav L., Alenka B. ''
2 Tea Lenarčič: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] 
''Recenzenta: Karmen K., Matej C. ''
3 Ana Bajc: [[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] 
''Recenzenta: Jasna B., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.} 
1 Maruša Rajh - [[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143706.htm] 
''Recenzenta: Pia P.D., Sara P. ''
2 Tanja Guček - [[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029155956.htm] 
''Recenzenta: Katja P., Blaž S. ''
3 Primož Bembič [[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA ]] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSR-4XNW6M0-5&_user=10&_coverDate=11%2F13%2F2009&_rdoc=5&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%237053%232009%23999639996%231559117%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=7053&_sort=d&_docanchor=&view=c&_ct=18&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=d1b60b299f8dcdbb2b452d4db5aacc3e] 
''Recenzenta: Urška S., Maja K. ''

'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.} 
1 Alexandra Bogožalec: [[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091104101625.htm] 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''
2 Andraž Šmon: [[Zakaj šimpanzi ne govorijo? Razlog je v genu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091111130942.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 Tine Tesovnik: [[Odkritje, ki bo morda pripomoglo pojasniti, zakaj hepatitis B bolj prizadene moške kot ženske]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091118112425.htm] 
''Recenzenta: Tjaša L., Davor Š.M. ''

'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.} 
1 Alenka Bombač - [[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine, utira pot odkritjem v medicini]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091019122840.htm] 
''Recenzenta: Špela B., Branislav L. ''
2 Gregor Kurinčič - [[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v črevesju in trebušni slinavki]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091009120846.htm] 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela M. ''
3 Alenka Mikuž - [[Histon-demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost]][http://www.andrologyjournal.org/cgi/rapidpdf/jandrol.109.008052v1] 
''Recenzenta: Urška S., Blaž S. ''

'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 29.12.} 
1 Vid Puž - [[Nova razlaga, kako telo preprečuje nastanek novih žil]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091111092043.htm] 
''Recenzenta: Janez M., Ana B. ''
2 Daša Janeš - [[Izražanje genov pri adenokarcinomu sitastih sinusov]] [http://www.biomedcentral.com/1755-8794/2/65] 
''Recenzenta: Tea L., Maja K. ''
3 Špela Petelin - [[Vpliv melatonina na proliferacijo enojedrnih celic iz novorojenčkove posteljice (placente)]] [http://www.springerlink.com/content/a74w67w6m0837034/?p=5ad812d45e74446ab6760f3224470ef4&pi=1] 
''Recenzenta: Saška P., Zorica L. ''

'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 30.12.} 
1 Alenka Buh [[Splošna aktivacija imunskega sistema kot posledica zmanjšanega števila CD4+T celic]][http://jbiol.com/content/8/10/93] 
''Recenzenta: Maruša R., Tanja G. ''
2 karmen kmet- [[komplementarno delovanje nanocevk in imunoglobinov IgY pri odkrivanju in uničevanju rakastih celic na dojkah]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091202091030.htm] 
''Recenzenta: Sabina M., Špela A. ''
3 jasna brčić 
''Recenzenta: Tjaša L., Špela M. ''

'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 29.12., recenzenti popravijo do 5.1.} 
1 Pia Pužar Dominkuš - [[Aktivacija genskega izražanja holesterola v živčnih celicah kot posledica okužbe s prionom]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091118101401.htm] 
''Recenzenta: Aljaž G., Špela B. ''
2 Sara Pintar - [[Reducirajoči periplazemski sistem, ki preprečuje oksidacijo cisteina brez disulfidnih vezi]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091122095419.htm] 
''Recenzenta: Alexandra B., Alenka B. ''
3 Katja Pernek - [[Proteinsko inženirstvo pospešuje raziskovanje Alzheimerjeve bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029151318.htm] 
''Recenzenta: Janez M., Matej C. ''

'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 30.12., recenzenti popravijo do 6.1.} 
1 Blaž Svetic - [[Antifibrotični učinki zelenega čaja]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091118101359.htm] 
''Recenzenta: Tea L., Ana B. ''
2 Matej Cibic - [[Fotosintetično recikliranje oglikovega dioksida v izobutilaldehid]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091210162222.htm] 
''Recenzenta: Alenka M., Primož B. ''
3 Branislav Lukić - [[odkrit nov način za stabilizacijo proteinov]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091210125544.htm] 
''Recenzenta: Andraž Š., Daša J. ''

'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.} 
1 Davor Škofič Maurer - [[Celice ščitijo proteine pred virusi in bakterijami z vgraditvijo napačne aminokisline v njihovo zaporedje.]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091125134701.htm] 
''Recenzenta: Tine T., Špela P. ''
2 Urška Slapšak 
''Recenzenta: Maruša R., Vid P. ''
3 Saška Polanc - [[Razumevanje smiselnosti popravkov v DNA pri rakavih obolenjih]] [[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091203171716.htm]]
''Recenzenta: Sara P., Katja P. ''

'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.} 
1 Maja Kozlevčar 
''Recenzenta: Alenka B., Karmen K. ''
2 Sabina Mavretič 
''Recenzenta: Jasna B., Pia P.D. ''
3 Zorica Latinović 
''Recenzenta: Gregor K., Tanja G. ''

Verižna reakcija s polimerazo

2009-11-28T10:42:07Z

MC: /* Postopek */

Verižna reakcija s polimerazo (angl. PCR, polymerase chain reaction) je metoda molekularne biologije, s katero pomnožimo točno določen fragment DNA. Je enostavna in hitra metoda za številno replikacijo fragmentov DNA. Metodo je leta 1983 razvil ameriški biokemik Kary Mullis.

== Postopek ==
Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake [http://www.bio.miami.edu/~cmallery/150/gene/c7.20.7.pcr.jpg slika1]:
1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.
3. Sinteza s [http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase polimerazo] – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.
Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.
S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
PCR izvajamo v natančnih termostatih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg slika2], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://en.wikipedia.org/wiki/Agarose_gel_electrophoresis elektroforezo v agaroznem gelu].

== Uporaba verižne polimerizacije ==
PCR je zelo hitro postal bistvenega pomena za zdravje ljudi. Uporaba verižne polimerizacije v medicinskih raziskavah in v klinični medicini se najbolj kaže pri odkrivanju organizmov, ki povzročajo infekcije in pri odkrivanju variacij in genskih mutacij(predvsem pri ljudeh). Zdravniki in raziskovalci lahko preiskujejo eno spolno celico, saj PCR lahko prepiše nepredstavljivo majhne količine DNA. Ta metoda je uporabna za ugotavljanje organizmov, kot so različne vrste bakterij, gliv in virusov, saj lahko razmnoži majhne količine genetskega materiala nekega organizma, ki daje zmožnost identifikacije. Z njeno pomočjo, kot primer, odkrijejo virus HIV že v prvih tednih od infekcije.
PCR je natančnejša kot standardni testi. S pomočjo te tehnike je bila odkrita bakterijska DNA v srednje ušesni tekočini, ki je kazala na aktivno infekcijo, katere pa druge metode niso odkrile.
Metoda verižne polimerizacije je pripeljala do novih vrst genetskega testiranja, saj lahko loči že zelo majhne variacije v DNA.

=== Forenzika ===
Iskanje prstnih odtisov DNA prihaja v široko uporabo. Biokemijsko analizirajo DNA iz bioloških vzorcev, ki jih najdejo na kraju zločina. S tem razkrijejo genetske značilnosti posameznika.

*'''Polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov'''
Je ena prvih metod, ki so jo v forenziki uporabili. Najprej razgradijo vzorec DNA z restrikcijskimi encimi. Fragmente DNA nato ločijo z gelsko elektroforezo, prenesejo na membrano, hibridizirajo z DNA sondo in analizirajo z avtoradiografijo.
*'''Analize na osnovi PCR'''
Pri tej metodi uporabijo DNA, pomnoženo s PCR. Kot sonde za hibridizacijo na komplementarna zaporedja uporabljajo alelno-specifične oligonukleotide. Za razliko od prve metode je hitrejša, enostavnejša, delo pa poreka brez radioaktivnih sond. DNA lahko analiziramo iz enega samega lasu ali izredno majhne vzorce krvi, sline ali semena.

== Viri ==
*Rodney Boyer, TEMELJI BIKEMIJE, Študentska založba, 2005
*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999
*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

Verižna reakcija s polimerazo

2009-11-28T10:41:06Z

MC: /* Postopek */

Verižna reakcija s polimerazo (angl. PCR, polymerase chain reaction) je metoda molekularne biologije, s katero pomnožimo točno določen fragment DNA. Je enostavna in hitra metoda za številno replikacijo fragmentov DNA. Metodo je leta 1983 razvil ameriški biokemik Kary Mullis.

== Postopek ==
Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake [http://www.bio.miami.edu/~cmallery/150/gene/c7.20.7.pcr.jpg slika1]:
1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.
3. Sinteza s polimerazo – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.
Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.
S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
PCR izvajamo v natančnih termostatih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg slika2], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://en.wikipedia.org/wiki/Agarose_gel_electrophoresis elektroforezo v agaroznem gelu].

== Uporaba verižne polimerizacije ==
PCR je zelo hitro postal bistvenega pomena za zdravje ljudi. Uporaba verižne polimerizacije v medicinskih raziskavah in v klinični medicini se najbolj kaže pri odkrivanju organizmov, ki povzročajo infekcije in pri odkrivanju variacij in genskih mutacij(predvsem pri ljudeh). Zdravniki in raziskovalci lahko preiskujejo eno spolno celico, saj PCR lahko prepiše nepredstavljivo majhne količine DNA. Ta metoda je uporabna za ugotavljanje organizmov, kot so različne vrste bakterij, gliv in virusov, saj lahko razmnoži majhne količine genetskega materiala nekega organizma, ki daje zmožnost identifikacije. Z njeno pomočjo, kot primer, odkrijejo virus HIV že v prvih tednih od infekcije.
PCR je natančnejša kot standardni testi. S pomočjo te tehnike je bila odkrita bakterijska DNA v srednje ušesni tekočini, ki je kazala na aktivno infekcijo, katere pa druge metode niso odkrile.
Metoda verižne polimerizacije je pripeljala do novih vrst genetskega testiranja, saj lahko loči že zelo majhne variacije v DNA.

=== Forenzika ===
Iskanje prstnih odtisov DNA prihaja v široko uporabo. Biokemijsko analizirajo DNA iz bioloških vzorcev, ki jih najdejo na kraju zločina. S tem razkrijejo genetske značilnosti posameznika.

*'''Polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov'''
Je ena prvih metod, ki so jo v forenziki uporabili. Najprej razgradijo vzorec DNA z restrikcijskimi encimi. Fragmente DNA nato ločijo z gelsko elektroforezo, prenesejo na membrano, hibridizirajo z DNA sondo in analizirajo z avtoradiografijo.
*'''Analize na osnovi PCR'''
Pri tej metodi uporabijo DNA, pomnoženo s PCR. Kot sonde za hibridizacijo na komplementarna zaporedja uporabljajo alelno-specifične oligonukleotide. Za razliko od prve metode je hitrejša, enostavnejša, delo pa poreka brez radioaktivnih sond. DNA lahko analiziramo iz enega samega lasu ali izredno majhne vzorce krvi, sline ali semena.

== Viri ==
*Rodney Boyer, TEMELJI BIKEMIJE, Študentska založba, 2005
*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999
*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

Verižna reakcija s polimerazo

2009-11-28T10:40:31Z

MC: /* Postopek */

Verižna reakcija s polimerazo (angl. PCR, polymerase chain reaction) je metoda molekularne biologije, s katero pomnožimo točno določen fragment DNA. Je enostavna in hitra metoda za številno replikacijo fragmentov DNA. Metodo je leta 1983 razvil ameriški biokemik Kary Mullis.

== Postopek ==
Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake [http://www.bio.miami.edu/~cmallery/150/gene/c7.20.7.pcr.jpg slika1]:
1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.
3. Sinteza s polimerazo – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.
Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.
S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
PCR izvajamo v natančnih termostatih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg slika2], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://en.wikipedia.org/wiki/Agarose_gel_electrophoresis elektroforezo v agaroznem gelu][http://talron.co.il/talron/new/images/pagemaster/pcr_td_figure1.jpg slika3].

== Uporaba verižne polimerizacije ==
PCR je zelo hitro postal bistvenega pomena za zdravje ljudi. Uporaba verižne polimerizacije v medicinskih raziskavah in v klinični medicini se najbolj kaže pri odkrivanju organizmov, ki povzročajo infekcije in pri odkrivanju variacij in genskih mutacij(predvsem pri ljudeh). Zdravniki in raziskovalci lahko preiskujejo eno spolno celico, saj PCR lahko prepiše nepredstavljivo majhne količine DNA. Ta metoda je uporabna za ugotavljanje organizmov, kot so različne vrste bakterij, gliv in virusov, saj lahko razmnoži majhne količine genetskega materiala nekega organizma, ki daje zmožnost identifikacije. Z njeno pomočjo, kot primer, odkrijejo virus HIV že v prvih tednih od infekcije.
PCR je natančnejša kot standardni testi. S pomočjo te tehnike je bila odkrita bakterijska DNA v srednje ušesni tekočini, ki je kazala na aktivno infekcijo, katere pa druge metode niso odkrile.
Metoda verižne polimerizacije je pripeljala do novih vrst genetskega testiranja, saj lahko loči že zelo majhne variacije v DNA.

=== Forenzika ===
Iskanje prstnih odtisov DNA prihaja v široko uporabo. Biokemijsko analizirajo DNA iz bioloških vzorcev, ki jih najdejo na kraju zločina. S tem razkrijejo genetske značilnosti posameznika.

*'''Polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov'''
Je ena prvih metod, ki so jo v forenziki uporabili. Najprej razgradijo vzorec DNA z restrikcijskimi encimi. Fragmente DNA nato ločijo z gelsko elektroforezo, prenesejo na membrano, hibridizirajo z DNA sondo in analizirajo z avtoradiografijo.
*'''Analize na osnovi PCR'''
Pri tej metodi uporabijo DNA, pomnoženo s PCR. Kot sonde za hibridizacijo na komplementarna zaporedja uporabljajo alelno-specifične oligonukleotide. Za razliko od prve metode je hitrejša, enostavnejša, delo pa poreka brez radioaktivnih sond. DNA lahko analiziramo iz enega samega lasu ali izredno majhne vzorce krvi, sline ali semena.

== Viri ==
*Rodney Boyer, TEMELJI BIKEMIJE, Študentska založba, 2005
*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999
*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

Verižna reakcija s polimerazo

2009-11-28T10:39:40Z

MC: /* Postopek */

Verižna reakcija s polimerazo (angl. PCR, polymerase chain reaction) je metoda molekularne biologije, s katero pomnožimo točno določen fragment DNA. Je enostavna in hitra metoda za številno replikacijo fragmentov DNA. Metodo je leta 1983 razvil ameriški biokemik Kary Mullis.

== Postopek ==
Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake [http://www.bio.miami.edu/~cmallery/150/gene/c7.20.7.pcr.jpg slika1]:
1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.
3. Sinteza s polimerazo – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.
Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.
S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
PCR izvajamo v natančnih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg termostatih], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://en.wikipedia.org/wiki/Agarose_gel_electrophoresis elektroforezo v agaroznem gelu][http://talron.co.il/talron/new/images/pagemaster/pcr_td_figure1.jpg slika2].

== Uporaba verižne polimerizacije ==
PCR je zelo hitro postal bistvenega pomena za zdravje ljudi. Uporaba verižne polimerizacije v medicinskih raziskavah in v klinični medicini se najbolj kaže pri odkrivanju organizmov, ki povzročajo infekcije in pri odkrivanju variacij in genskih mutacij(predvsem pri ljudeh). Zdravniki in raziskovalci lahko preiskujejo eno spolno celico, saj PCR lahko prepiše nepredstavljivo majhne količine DNA. Ta metoda je uporabna za ugotavljanje organizmov, kot so različne vrste bakterij, gliv in virusov, saj lahko razmnoži majhne količine genetskega materiala nekega organizma, ki daje zmožnost identifikacije. Z njeno pomočjo, kot primer, odkrijejo virus HIV že v prvih tednih od infekcije.
PCR je natančnejša kot standardni testi. S pomočjo te tehnike je bila odkrita bakterijska DNA v srednje ušesni tekočini, ki je kazala na aktivno infekcijo, katere pa druge metode niso odkrile.
Metoda verižne polimerizacije je pripeljala do novih vrst genetskega testiranja, saj lahko loči že zelo majhne variacije v DNA.

=== Forenzika ===
Iskanje prstnih odtisov DNA prihaja v široko uporabo. Biokemijsko analizirajo DNA iz bioloških vzorcev, ki jih najdejo na kraju zločina. S tem razkrijejo genetske značilnosti posameznika.

*'''Polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov'''
Je ena prvih metod, ki so jo v forenziki uporabili. Najprej razgradijo vzorec DNA z restrikcijskimi encimi. Fragmente DNA nato ločijo z gelsko elektroforezo, prenesejo na membrano, hibridizirajo z DNA sondo in analizirajo z avtoradiografijo.
*'''Analize na osnovi PCR'''
Pri tej metodi uporabijo DNA, pomnoženo s PCR. Kot sonde za hibridizacijo na komplementarna zaporedja uporabljajo alelno-specifične oligonukleotide. Za razliko od prve metode je hitrejša, enostavnejša, delo pa poreka brez radioaktivnih sond. DNA lahko analiziramo iz enega samega lasu ali izredno majhne vzorce krvi, sline ali semena.

== Viri ==
*Rodney Boyer, TEMELJI BIKEMIJE, Študentska založba, 2005
*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999
*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

Verižna reakcija s polimerazo

2009-11-28T10:24:14Z

MC: /* Postopek */

Verižna reakcija s polimerazo (angl. PCR, polymerase chain reaction) je metoda molekularne biologije, s katero pomnožimo točno določen fragment DNA. Je enostavna in hitra metoda za številno replikacijo fragmentov DNA. Metodo je leta 1983 razvil ameriški biokemik Kary Mullis.

== Postopek ==
Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake [http://www.bio.miami.edu/~cmallery/150/gene/c7.20.7.pcr.jpg slika1]:
1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.
3. Sinteza s polimerazo – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.
Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.
S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
PCR izvajamo v natančnih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg termostatih], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg elektroforezo v agaroznem gelu][http://talron.co.il/talron/new/images/pagemaster/pcr_td_figure1.jpg slika2].

== Uporaba verižne polimerizacije ==
PCR je zelo hitro postal bistvenega pomena za zdravje ljudi. Uporaba verižne polimerizacije v medicinskih raziskavah in v klinični medicini se najbolj kaže pri odkrivanju organizmov, ki povzročajo infekcije in pri odkrivanju variacij in genskih mutacij(predvsem pri ljudeh). Zdravniki in raziskovalci lahko preiskujejo eno spolno celico, saj PCR lahko prepiše nepredstavljivo majhne količine DNA. Ta metoda je uporabna za ugotavljanje organizmov, kot so različne vrste bakterij, gliv in virusov, saj lahko razmnoži majhne količine genetskega materiala nekega organizma, ki daje zmožnost identifikacije. Z njeno pomočjo, kot primer, odkrijejo virus HIV že v prvih tednih od infekcije.
PCR je natančnejša kot standardni testi. S pomočjo te tehnike je bila odkrita bakterijska DNA v srednje ušesni tekočini, ki je kazala na aktivno infekcijo, katere pa druge metode niso odkrile.
Metoda verižne polimerizacije je pripeljala do novih vrst genetskega testiranja, saj lahko loči že zelo majhne variacije v DNA.

=== Forenzika ===
Iskanje prstnih odtisov DNA prihaja v široko uporabo. Biokemijsko analizirajo DNA iz bioloških vzorcev, ki jih najdejo na kraju zločina. S tem razkrijejo genetske značilnosti posameznika.

*'''Polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov'''
Je ena prvih metod, ki so jo v forenziki uporabili. Najprej razgradijo vzorec DNA z restrikcijskimi encimi. Fragmente DNA nato ločijo z gelsko elektroforezo, prenesejo na membrano, hibridizirajo z DNA sondo in analizirajo z avtoradiografijo.
*'''Analize na osnovi PCR'''
Pri tej metodi uporabijo DNA, pomnoženo s PCR. Kot sonde za hibridizacijo na komplementarna zaporedja uporabljajo alelno-specifične oligonukleotide. Za razliko od prve metode je hitrejša, enostavnejša, delo pa poreka brez radioaktivnih sond. DNA lahko analiziramo iz enega samega lasu ali izredno majhne vzorce krvi, sline ali semena.

== Viri ==
*Rodney Boyer, TEMELJI BIKEMIJE, Študentska založba, 2005
*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999
*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

Verižna reakcija s polimerazo

2009-11-28T10:18:13Z

MC: /* Postopek */

Verižna reakcija s polimerazo (angl. PCR, polymerase chain reaction) je metoda molekularne biologije, s katero pomnožimo točno določen fragment DNA. Je enostavna in hitra metoda za številno replikacijo fragmentov DNA. Metodo je leta 1983 razvil ameriški biokemik Kary Mullis.

== Postopek ==
Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake [http://www.bio.miami.edu/~cmallery/150/gene/c7.20.7.pcr.jpg slika1]:
1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.
3. Sinteza s polimerazo – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.
Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.
S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
PCR izvajamo v natančnih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg termostatih], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg elektroforezo v agaroznem gelu].

== Uporaba verižne polimerizacije ==
PCR je zelo hitro postal bistvenega pomena za zdravje ljudi. Uporaba verižne polimerizacije v medicinskih raziskavah in v klinični medicini se najbolj kaže pri odkrivanju organizmov, ki povzročajo infekcije in pri odkrivanju variacij in genskih mutacij(predvsem pri ljudeh). Zdravniki in raziskovalci lahko preiskujejo eno spolno celico, saj PCR lahko prepiše nepredstavljivo majhne količine DNA. Ta metoda je uporabna za ugotavljanje organizmov, kot so različne vrste bakterij, gliv in virusov, saj lahko razmnoži majhne količine genetskega materiala nekega organizma, ki daje zmožnost identifikacije. Z njeno pomočjo, kot primer, odkrijejo virus HIV že v prvih tednih od infekcije.
PCR je natančnejša kot standardni testi. S pomočjo te tehnike je bila odkrita bakterijska DNA v srednje ušesni tekočini, ki je kazala na aktivno infekcijo, katere pa druge metode niso odkrile.
Metoda verižne polimerizacije je pripeljala do novih vrst genetskega testiranja, saj lahko loči že zelo majhne variacije v DNA.

=== Forenzika ===
Iskanje prstnih odtisov DNA prihaja v široko uporabo. Biokemijsko analizirajo DNA iz bioloških vzorcev, ki jih najdejo na kraju zločina. S tem razkrijejo genetske značilnosti posameznika.

*'''Polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov'''
Je ena prvih metod, ki so jo v forenziki uporabili. Najprej razgradijo vzorec DNA z restrikcijskimi encimi. Fragmente DNA nato ločijo z gelsko elektroforezo, prenesejo na membrano, hibridizirajo z DNA sondo in analizirajo z avtoradiografijo.
*'''Analize na osnovi PCR'''
Pri tej metodi uporabijo DNA, pomnoženo s PCR. Kot sonde za hibridizacijo na komplementarna zaporedja uporabljajo alelno-specifične oligonukleotide. Za razliko od prve metode je hitrejša, enostavnejša, delo pa poreka brez radioaktivnih sond. DNA lahko analiziramo iz enega samega lasu ali izredno majhne vzorce krvi, sline ali semena.

== Viri ==
*Rodney Boyer, TEMELJI BIKEMIJE, Študentska založba, 2005
*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999
*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

Verižna reakcija s polimerazo

2009-11-28T10:15:23Z

MC: /* Postopek */

Verižna reakcija s polimerazo (angl. PCR, polymerase chain reaction) je metoda molekularne biologije, s katero pomnožimo točno določen fragment DNA. Je enostavna in hitra metoda za številno replikacijo fragmentov DNA. Metodo je leta 1983 razvil ameriški biokemik Kary Mullis.

== Postopek ==
Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake:
1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.
3. Sinteza s polimerazo – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.
Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.
S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
PCR izvajamo v natančnih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg termostatih], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg elektroforezo v agaroznem gelu].

== Uporaba verižne polimerizacije ==
PCR je zelo hitro postal bistvenega pomena za zdravje ljudi. Uporaba verižne polimerizacije v medicinskih raziskavah in v klinični medicini se najbolj kaže pri odkrivanju organizmov, ki povzročajo infekcije in pri odkrivanju variacij in genskih mutacij(predvsem pri ljudeh). Zdravniki in raziskovalci lahko preiskujejo eno spolno celico, saj PCR lahko prepiše nepredstavljivo majhne količine DNA. Ta metoda je uporabna za ugotavljanje organizmov, kot so različne vrste bakterij, gliv in virusov, saj lahko razmnoži majhne količine genetskega materiala nekega organizma, ki daje zmožnost identifikacije. Z njeno pomočjo, kot primer, odkrijejo virus HIV že v prvih tednih od infekcije.
PCR je natančnejša kot standardni testi. S pomočjo te tehnike je bila odkrita bakterijska DNA v srednje ušesni tekočini, ki je kazala na aktivno infekcijo, katere pa druge metode niso odkrile.
Metoda verižne polimerizacije je pripeljala do novih vrst genetskega testiranja, saj lahko loči že zelo majhne variacije v DNA.

=== Forenzika ===
Iskanje prstnih odtisov DNA prihaja v široko uporabo. Biokemijsko analizirajo DNA iz bioloških vzorcev, ki jih najdejo na kraju zločina. S tem razkrijejo genetske značilnosti posameznika.

*'''Polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov'''
Je ena prvih metod, ki so jo v forenziki uporabili. Najprej razgradijo vzorec DNA z restrikcijskimi encimi. Fragmente DNA nato ločijo z gelsko elektroforezo, prenesejo na membrano, hibridizirajo z DNA sondo in analizirajo z avtoradiografijo.
*'''Analize na osnovi PCR'''
Pri tej metodi uporabijo DNA, pomnoženo s PCR. Kot sonde za hibridizacijo na komplementarna zaporedja uporabljajo alelno-specifične oligonukleotide. Za razliko od prve metode je hitrejša, enostavnejša, delo pa poreka brez radioaktivnih sond. DNA lahko analiziramo iz enega samega lasu ali izredno majhne vzorce krvi, sline ali semena.

== Viri ==
*Rodney Boyer, TEMELJI BIKEMIJE, Študentska založba, 2005
*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999
*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

Verižna reakcija s polimerazo

2009-11-28T10:11:53Z

MC: /* Postopek */

Verižna reakcija s polimerazo (angl. PCR, polymerase chain reaction) je metoda molekularne biologije, s katero pomnožimo točno določen fragment DNA. Je enostavna in hitra metoda za številno replikacijo fragmentov DNA. Metodo je leta 1983 razvil ameriški biokemik Kary Mullis.

== Postopek ==
Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake:
1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.
3. Sinteza s polimerazo – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.
Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.
S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
PCR izvajamo v natančnih termostatih, ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg elektroforezo v agaroznem gelu].

== Uporaba verižne polimerizacije ==
PCR je zelo hitro postal bistvenega pomena za zdravje ljudi. Uporaba verižne polimerizacije v medicinskih raziskavah in v klinični medicini se najbolj kaže pri odkrivanju organizmov, ki povzročajo infekcije in pri odkrivanju variacij in genskih mutacij(predvsem pri ljudeh). Zdravniki in raziskovalci lahko preiskujejo eno spolno celico, saj PCR lahko prepiše nepredstavljivo majhne količine DNA. Ta metoda je uporabna za ugotavljanje organizmov, kot so različne vrste bakterij, gliv in virusov, saj lahko razmnoži majhne količine genetskega materiala nekega organizma, ki daje zmožnost identifikacije. Z njeno pomočjo, kot primer, odkrijejo virus HIV že v prvih tednih od infekcije.
PCR je natančnejša kot standardni testi. S pomočjo te tehnike je bila odkrita bakterijska DNA v srednje ušesni tekočini, ki je kazala na aktivno infekcijo, katere pa druge metode niso odkrile.
Metoda verižne polimerizacije je pripeljala do novih vrst genetskega testiranja, saj lahko loči že zelo majhne variacije v DNA.

=== Forenzika ===
Iskanje prstnih odtisov DNA prihaja v široko uporabo. Biokemijsko analizirajo DNA iz bioloških vzorcev, ki jih najdejo na kraju zločina. S tem razkrijejo genetske značilnosti posameznika.

*'''Polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov'''
Je ena prvih metod, ki so jo v forenziki uporabili. Najprej razgradijo vzorec DNA z restrikcijskimi encimi. Fragmente DNA nato ločijo z gelsko elektroforezo, prenesejo na membrano, hibridizirajo z DNA sondo in analizirajo z avtoradiografijo.
*'''Analize na osnovi PCR'''
Pri tej metodi uporabijo DNA, pomnoženo s PCR. Kot sonde za hibridizacijo na komplementarna zaporedja uporabljajo alelno-specifične oligonukleotide. Za razliko od prve metode je hitrejša, enostavnejša, delo pa poreka brez radioaktivnih sond. DNA lahko analiziramo iz enega samega lasu ali izredno majhne vzorce krvi, sline ali semena.

== Viri ==
*Rodney Boyer, TEMELJI BIKEMIJE, Študentska založba, 2005
*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999
*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

Verižna reakcija s polimerazo

2009-11-28T10:07:27Z

MC: /* Postopek */

Verižna reakcija s polimerazo (angl. PCR, polymerase chain reaction) je metoda molekularne biologije, s katero pomnožimo točno določen fragment DNA. Je enostavna in hitra metoda za številno replikacijo fragmentov DNA. Metodo je leta 1983 razvil ameriški biokemik Kary Mullis.

== Postopek ==
Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake:
1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.
3. Sinteza s polimerazo – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.
Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.
S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
PCR izvajamo v natančnih termostatih, ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z elektroforezo v agaroznem gelu [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg].

== Uporaba verižne polimerizacije ==
PCR je zelo hitro postal bistvenega pomena za zdravje ljudi. Uporaba verižne polimerizacije v medicinskih raziskavah in v klinični medicini se najbolj kaže pri odkrivanju organizmov, ki povzročajo infekcije in pri odkrivanju variacij in genskih mutacij(predvsem pri ljudeh). Zdravniki in raziskovalci lahko preiskujejo eno spolno celico, saj PCR lahko prepiše nepredstavljivo majhne količine DNA. Ta metoda je uporabna za ugotavljanje organizmov, kot so različne vrste bakterij, gliv in virusov, saj lahko razmnoži majhne količine genetskega materiala nekega organizma, ki daje zmožnost identifikacije. Z njeno pomočjo, kot primer, odkrijejo virus HIV že v prvih tednih od infekcije.
PCR je natančnejša kot standardni testi. S pomočjo te tehnike je bila odkrita bakterijska DNA v srednje ušesni tekočini, ki je kazala na aktivno infekcijo, katere pa druge metode niso odkrile.
Metoda verižne polimerizacije je pripeljala do novih vrst genetskega testiranja, saj lahko loči že zelo majhne variacije v DNA.

=== Forenzika ===
Iskanje prstnih odtisov DNA prihaja v široko uporabo. Biokemijsko analizirajo DNA iz bioloških vzorcev, ki jih najdejo na kraju zločina. S tem razkrijejo genetske značilnosti posameznika.

*'''Polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov'''
Je ena prvih metod, ki so jo v forenziki uporabili. Najprej razgradijo vzorec DNA z restrikcijskimi encimi. Fragmente DNA nato ločijo z gelsko elektroforezo, prenesejo na membrano, hibridizirajo z DNA sondo in analizirajo z avtoradiografijo.
*'''Analize na osnovi PCR'''
Pri tej metodi uporabijo DNA, pomnoženo s PCR. Kot sonde za hibridizacijo na komplementarna zaporedja uporabljajo alelno-specifične oligonukleotide. Za razliko od prve metode je hitrejša, enostavnejša, delo pa poreka brez radioaktivnih sond. DNA lahko analiziramo iz enega samega lasu ali izredno majhne vzorce krvi, sline ali semena.

== Viri ==
*Rodney Boyer, TEMELJI BIKEMIJE, Študentska založba, 2005
*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999
*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

Verižna reakcija s polimerazo

2009-11-27T18:50:03Z

MC: /* Uporaba verižne polimerizacije */

Verižna reakcija s polimerazo (angl. PCR, polymerase chain reaction) je metoda molekularne biologije, s katero pomnožimo točno določen fragment DNA. Je enostavna in hitra metoda za številno replikacijo fragmentov DNA. Metodo je leta 1983 razvil ameriški biokemik Kary Mullis.

== Postopek ==
Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake:
1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.
3. Sinteza s polimerazo – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.
Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.
S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
PCR izvajamo v natančnih termostatih, ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z elektroforezo v agaroznem gelu.

== Uporaba verižne polimerizacije ==
PCR je zelo hitro postal bistvenega pomena za zdravje ljudi. Uporaba verižne polimerizacije v medicinskih raziskavah in v klinični medicini se najbolj kaže pri odkrivanju organizmov, ki povzročajo infekcije in pri odkrivanju variacij in genskih mutacij(predvsem pri ljudeh). Zdravniki in raziskovalci lahko preiskujejo eno spolno celico, saj PCR lahko prepiše nepredstavljivo majhne količine DNA. Ta metoda je uporabna za ugotavljanje organizmov, kot so različne vrste bakterij, gliv in virusov, saj lahko razmnoži majhne količine genetskega materiala nekega organizma, ki daje zmožnost identifikacije. Z njeno pomočjo, kot primer, odkrijejo virus HIV že v prvih tednih od infekcije.
PCR je natančnejša kot standardni testi. S pomočjo te tehnike je bila odkrita bakterijska DNA v srednje ušesni tekočini, ki je kazala na aktivno infekcijo, katere pa druge metode niso odkrile.
Metoda verižne polimerizacije je pripeljala do novih vrst genetskega testiranja, saj lahko loči že zelo majhne variacije v DNA.

=== Forenzika ===
Iskanje prstnih odtisov DNA prihaja v široko uporabo. Biokemijsko analizirajo DNA iz bioloških vzorcev, ki jih najdejo na kraju zločina. S tem razkrijejo genetske značilnosti posameznika.

*'''Polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov'''
Je ena prvih metod, ki so jo v forenziki uporabili. Najprej razgradijo vzorec DNA z restrikcijskimi encimi. Fragmente DNA nato ločijo z gelsko elektroforezo, prenesejo na membrano, hibridizirajo z DNA sondo in analizirajo z avtoradiografijo.
*'''Analize na osnovi PCR'''
Pri tej metodi uporabijo DNA, pomnoženo s PCR. Kot sonde za hibridizacijo na komplementarna zaporedja uporabljajo alelno-specifične oligonukleotide. Za razliko od prve metode je hitrejša, enostavnejša, delo pa poreka brez radioaktivnih sond. DNA lahko analiziramo iz enega samega lasu ali izredno majhne vzorce krvi, sline ali semena.

== Viri ==
*Rodney Boyer, TEMELJI BIKEMIJE, Študentska založba, 2005
*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999
*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

BiokemSeminar-SkupineNovica-B09

2009-10-15T16:03:36Z

MC: /* Seminarski roki: */