https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Marija+Kisilak 2026-04-07T15:34:00Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Enkabcillus_-_to_je_past!&diff=13767 2018-01-15T16:45:37Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>Enkabcillus je študentski projekt [http://2017.igem.org/Team:TU_Dresden iGEM ekipe TU Dresden] , ki predstavlja nov pristop k inkapsulaciji in uporabi bakterij. Temelji na tvorbi kroglastih zamreženih struktur, imenovanih peptidosomi, v katere je mogoče zajeti bakterije. Zaradi stabilnosti in selektivno prepustnega ovoja peptidosomov, lahko zajete bakterije preživijo, rastejo, komunicirajo z okolico in tako lahko izkoriščamo njihove lastnosti, hkrati pa preprečimo njihov izpust v okolje.<br /> Projekt je prejel zlato medaljo. V register so prispevali 112 novih biokock.<br /> <br /> (Marija Kisilak)<br /> <br /> <br /> ==Peptidosomi==<br /> <br /> <br /> Peptidosomi nastanejo s samozdruževanjem Fmoc-FF molekul (9-fluorenilmetoksikarbonil difenilalanin). Ob ustrezni izvedbi nastanejo kroglaste strukture, izpolnjene s tekočino, ki zajetim bakterijam omogočajo preživetje in opravljanje danih nalog. Zamrežena ovojnica omogoča selektivno izmenjavo spojin z difuzijo, bakterije pa ostanejo ujete v notranjosti. Tako lahko izkoriščamo lastnosti ujetih bakterij in hkrati preprečimo njihov izpust v okolico.<br /> <br /> ===Tvorba peptidosomov===<br /> <br /> Kapljica alkalne raztopine Fmoc-FF (pH 10,5) na ultra-hidrofobni PTFE membrani tvori skoraj popolno kroglico. V bazičnih pogojih so Fmoc-FF molekule negativno nabite in se zato medsebojno odbijajo. Če pa površino take kroglice za 10 minut izpostavimo plinastemu CO&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;, bo pH na površini padel, karbonilna skupina Fmoc-FF se bo protonirala in molekule se bodo začele samozdruževati, tako bo okrog kapljice nastal zamrežen ovoj. Če so v kapljici suspendirane bakterije, bodo ostale zajete v notranjosti peptidosoma. Tako pripravljeni peptidosomi so stabilni več dni, tudi ob inkubaciji pri 37°C v stresalniku.<br /> <br /> ===Inkapsulacija bakterij===<br /> <br /> Ključna pogoja inkapsulacije bakterij sta zadrževanje bakterij v notranjosti peptidosoma in izmenjava snovi med notranjostjo in okolico. Z enostavnimi difuzijskimi eksperimenti so pokazali, da peptidosomi omogočajo izmenjavo snovi z okolico: ob prenosu peptidosoma (ki vsebuje pH indikator krezil vijolično) v vodo ali tekoče LB gojišče, po določenem času zaradi difuzije indikatorja pride do razbarvanja peptidosoma.<br /> <br /> Za prve teste inkapsulacije so uporabili reporterska seva ''Bacillus subtilis'' TMB4131 W168 ''lacA''::''erm'' P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;-''sfGFP'' in TMB3090 W168 ''sacA''::''cat'' P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;-''luxABCDE'', ki konstitutivno izražata sfGFP oziroma luciferazo, tako da so lahko spremljali lokalizacijo bakterij z merjenjem fluorescence ali luminiscence. Z bralcem plošč so potrdili, da se bakterije nahajajo samo v peptidosomih in ne prehajajo v okoliški supernatant.<br /> Uspešnost zajetja ''Bacillus subtilis'' so dodatno preučili s pomočjo krioelektronske mikroskopije z vrstičnim elektronskim mikroskopom. Ugotovili so, da pri tvorbi ovoja veliko bakterij ostane le delno zajetih v peptidosomu, zato je le-tega pred inkubacijo potrebno dvakrat sprati s svežim medijem, da se prepreči prenos bakterij v okolico.<br /> <br /> Ker so peptidosomi izpolnjeni s tekočino in omogočajo izmenjavo snovi z okolico, populacija bakterij v njih lahko raste. Kot dokaz so vse peptidosome pripravili z enakim številom bakterij, nato pa so posamične peptidosome inkubirali različno dolgo pri 37°C. Po danem času so z njihovo vsebino inokulirali agarne plošče in po prekonočni inkubaciji dokumentirali število kolonij. Daljši inkubacijski časi peptidosomov so vodili do večjega števila kolonij na ploščah.<br /> <br /> <br /> ==Β-laktamski biosenzor==<br /> <br /> <br /> V zadnjih letih velik problem predstavlja vse večja odpornost bakterij na antibiotike, zato se povečuje potreba po odkrivanju novih spojin. Iskanje le-teh bi lahko olajšali celični biosenzorji, ki bi se poleg tega lahko uporabljali tudi za zaznavanje prisotnosti antibiotikov v pitni ali odpadni vodi. Pri projektu so pripravili β-laktamski biosenzor v ''B. subtilis'' z uporabo ''bla'' operona iz ''Staphylococcus aureus''.<br /> <br /> ===Priprava biosenzorskih sevov===<br /> <br /> ''Bla'' operon pri ''S. aureus'' omogoča zaznavanje in odpornost na β-laktamske antibiotike. Biosenzorske seve ''B. subtilis'' so pripravili s prenosom regulatornih elementov iz ''bla'' operona, gen ''BlaZ'' pa so zamenjali z ''luxABCDE'' operonom. Pripravili so štiri genetske konstrukte:<br /> receptorski gen ''blaR1'' pod kontrolo močnega konstitutivnega promotorja P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;,<br /> receptorski gen ''blaR1'' pod kontrolo inducibilnega promotorja P&lt;sub&gt;xylA&lt;/sub&gt;,<br /> represorski gen ''blaI'' pod kontrolo srednje močnega konstitutivnega promotorja P&lt;sub&gt;lepA&lt;/sub&gt; in<br /> tarčno promotorsko regijo ''bla'' operona (P&lt;sub&gt;blaZ&lt;/sub&gt; in P&lt;sub&gt;blaR1&lt;/sub&gt;) v kombinaciji z ''luxABCDE'' operonom.<br /> <br /> ===Testiranje biosenozorjev===<br /> <br /> Pripravili so tri biosenzorske seve, pri katerih so nato določili občutljivost za 6 β-laktamskih antibiotikov: ampicilin, cefaleksin, cefoksitin, cefoperazon, karbenicilin in penicilin G. Za pozitivno kontrolo so uporabili bacitracin, za negativno pa vodo.<br /> Najprej so merili luminiscenco v tekočem mediju, kjer se je kot najbolj učinkovit izkazal biosenzor W168 ''thrC''::pBS4S-P&lt;sub&gt;lepA&lt;/sub&gt;_''blaI'' ''lacA''::pBS2E-P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;_''blaR1'' ''sacA''::pBS3C-P&lt;sub&gt;blaZ&lt;/sub&gt;_''lux'' ''penP''::''kan&lt;sup&gt;R&lt;/sup&gt;''. Tudi pri disk difuzijski metodi se je kot najbolj učinkovit izkazal omenjeni biosenzor, zato so ga izbrali za nadaljnjo uporabo. Določili so še njegovo dinamično območje za vseh 6 antibiotikov in ugotovili, da biosenzor lahko zanesljivo zazna vse testirane antibiotike pri koncentracijah, ki so višje od 10&lt;sup&gt;-3&lt;/sup&gt; μg/μl.<br /> <br /> ===Inkapsulacija biosenzorja v peptidosome===<br /> <br /> Za preizkus učinkovitosti biosenzorja, zajetega v peptidosomih, so pripravili 4 tipe peptidosomov: brez bakterij, z divijm tipom ''B. subtilis'' W168, z biosenzorskim sevom in kontrolnim sevom, ki konstitutivno izraža luciferazo. Ob indukciji z 0,2 μg/μl cefoperazona so opazili luminiscenco le pri petidosomih s kontrolnim sevom in biosenzorskim sevom ter tako potrdili, da antibiotik lahko vstopa v peptidosom in s tem demonstrirali uporabnost inkapsuliranega biosenzorja.<br /> <br /> <br /> ==Zbirka signalnih peptidov==<br /> <br /> Inkapsulacija biosenzorjev ni edina možna uporaba peptidosomov, saj bi le-ti lahko olajšali tudi proizvodnjo rekombinantnih proteinov in drugih snovi, ki jih bakterije izločajo v gojišče, ker omogočajo fizično ločitev bakterij in supernatanta.<br /> <br /> ''Bacillus subtilis'' se pogosto uporablja za ekspresijo proteinov, saj ima dobro zmožnost izločanja proteinov v gojišče. Tako kot pri večini drugih bakterij, je tudi pri ''B. subtilis'' izločanje proteinov večinoma regulirano preko Sec poti: na ribosomu se sintetizira protein, ki ima na N-koncu pripet signalni peptid; le-tega prepozna in veže delec, ki prepozna signal in protein transportira do membrane. Tam se protein veže v translokacijski kompleks, peptidaza pa odcepi signalni peptid. Nato se protein sprosti v supernatant, kjer zavzame nativno konformacijo.<br /> Vendar pa učinkovitost izločanja preko Sec poti ni odvisna samo od signalnega peptida, ampak tudi od kombinacije signalnega peptida in ciljnega proteina. Pri projektu so zato pripravili zbirko signalnih peptidov in razvili metodo za visokozmogljivostno iskanje najučinkovitejše kombinacije danega proteina in signalnega peptida.<br /> <br /> ===Priprava zbirke signalnih peptidov in vektorja za vrednotenje===<br /> <br /> ''Bacillus subtilis'' vsebuje približno 170 signalnih peptidov, povezanih s Sec potjo. Pri projektu jim jih je uspelo klonirati 74. Vse so optimizirali tako, da so uporabni za grampozitivne in gramnegativne organizme, tako da je zbirka univerzalna za vse bakterije.<br /> <br /> Za lažje presejanje vseh možnih kombinacij signalnih peptidov in ciljnih proteinov so pripravili še vektor za vrednotenje in standardiziran postopek za kloniranje. Kot osnovo so si izbrali integracijski vektor ''B. subtilis'' pBS1C1 ter modificirali klonirno mesto tako, da omogoča enostavno zamenjavo promotorja in fuzijskih parov, poleg tega pa izpolnjuje standarda RFC10 in RFC25. Splošno uporabnost metode so nato demonstrirali z optimizacijo izločanja treh proteinov - α-amilaze ''B. subtilis'', sfGFP in mCherry. Pri vseh treh proteinih jim je uspelo identificirati seve z najvišjo koncentracijo proteina v supernatantu, s sekvenciranjem pa so potem lahko določili, kateri signalni peptid je najbolj primeren v kombinaciji z danim proteinom.<br /> <br /> <br /> ==Izločanje==<br /> <br /> <br /> Namesto izločanja enega samega proteina bi lahko v kombinaciji s peptidosomi pripravili več proizvodnih sevov in jih fizično ločeno gojili v kokulturi. Na ta način bi lahko proizvajali tudi proteinske komplekse in sicer z uporabo SpyTag/SpyCatcher sistema. Enote sistema se lahko spoji s poljubnimi ciljnimi proteini, ob izločanju teh proteinov iz celice pa se med SpyTag/SpyCatcher partnerjema tvori izopeptidna vez.<br /> <br /> Pri projektu so pripravili N- in C-končne fuzije vseh mogočih kombinacij SpyTag in SpyCatcher s proteinoma mCherry in sfGFP. S plazmidi so transformirali ''B. subtilis'' sev WB800N (ki ne izloča proteaz). Izmerili so fluorescenco supernatantov vseh transformant, ločeno pa so izmerili tudi fluorescenco celic samih. Fluorescenca celic je bila znatno manjša kot pri supernatantu, torej je intenziteta res odvisna od izločenih proteinov.<br /> Z NaDS-PAGE, za katero so uporabili očiščene supernatante mCherry produkcijskih sevov, so nato dokazali funkcioniranje SpyTag/SpyCatcher sistema. Na gelu so uspešno identificirali lise, ki so pripadale posameznima fuzijama mCherry-SpyCatcher in mCherry-SpyTag. Supernatanta so nato zmešali in po 4-urni inkubaciji na gelu opazili novo liso, ki je po molekulski masi ustrezala kovalentno povezanima mCherry konstruktoma.<br /> <br /> <br /> ==Komunikacija==<br /> <br /> <br /> Za reševanje kompleksnih nalog bi bilo smiselno pripraviti različne seve bakterij, ki bi usklajeno opravljali ločene naloge. Subpopulacije bi lahko zajeli v peptidosome in jih fizično ločili, vendar bi se morala ohraniti komunikacija med populacijami.<br /> <br /> Za prikaz komunikacije med sevi ''B. subtilis'' so pri projektu izkoristili regulatorni sistem za razvoj kompetence, ki temelji na zaznavanju celične gostote. ''B. subtilis'' ves čas izloča feromon ComX, njegova koncentracija v mediju je odvisna od gostote celic. Ko doseže pražno koncentracijo, aktivira ComP, membransko proteinsko kinazo, ki fosforilira regulator ComA, ta pa se kot transkripcijski faktor veže na več promotorjev in spodbudi transkripcijo. Končni rezultat je privzem DNA v ''B. subtilis''.<br /> <br /> Komunikacijo so prikazali med dvema različnima sevoma - pošiljateljskim (SeSt), ki izloča ComX in prejemniškim (ReSt), ki v prisotnosti ComX da merljiv signal. SeSt sev je bil pripravljen na osnovi seva W168 (divji tip), ki mu je bila dodana inducibilna kopija gena ''comX''. Pripravili so tudi več ReSt sevov, tako da so ''lux'' operon kombinirali z različnimi promotorji kompetenčnega sistema (P&lt;sub&gt;srfA&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;rapA&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;rapF&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;comG&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;comK&lt;/sub&gt;mut). S preverjanjem aktivnosti posameznih promotorjev so ugotovili, da je uporaben le P&lt;sub&gt;srfA&lt;/sub&gt;, saj je bila le pri njem opažena indukcija luminiscence s ComX.<br /> <br /> ===Komunikacija med SeSt in ReSt sevoma===<br /> <br /> Komunikacijo so najprej demonstrirali na mikrotitrskih ploščah z vstavki. ReSt in SeSt seve so ločeno vnesli na mikrotitrsko ploščo ali v vstavke za ploščo. Vstavki so zaradi porozne membrane omogočali izmenjavo snovi (ComX) med sevoma, zato so lahko zaznali luminiscenco.<br /> Nato so SeSt sev prosto suspendirali v mediju, ReSt sev pa zajeli v peptidosom, da bi dokazali komunikacijo med prostimi in inkapsuliranimi bakterijami. Povečano intenziteto luminiscence znotraj peptidosoma so zaznali samo v primeru kokulture obeh sevov.<br /> <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> <br /> Pri projektu so uspešno pripravili peptidosome in jih karakterizirali kot nov sistem za inkapsulacijo bakterij. Pokazali so, da bakterije preživijo in rastejo v peptidosomih in da lahko izločajo proteine ter komunicirajo z okolico. Ker peptidosomi preprečujejo izpust bakterij, bi bili zelo uporabni, kadar bi želeli izkoriščati lastnosti bakterij, a bi se želeli izogniti uhajanju bakterij v okolje.</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Enkabcillus_-_to_je_past!&diff=13766 2018-01-15T16:43:26Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>Enkabcillus je študentski projekt [http://2017.igem.org/Team:TU_Dresden iGEM] ekipe TU Dresden, ki predstavlja nov pristop k inkapsulaciji in uporabi bakterij. Temelji na tvorbi kroglastih zamreženih struktur, imenovanih peptidosomi, v katere je mogoče zajeti bakterije. Zaradi stabilnosti in selektivno prepustnega ovoja peptidosomov, lahko zajete bakterije preživijo, rastejo, komunicirajo z okolico in tako lahko izkoriščamo njihove lastnosti, hkrati pa preprečimo njihov izpust v okolje.<br /> Projekt je prejel zlato medaljo. V register so prispevali 112 novih biokock.<br /> <br /> (Marija Kisilak)<br /> <br /> <br /> ==Peptidosomi==<br /> <br /> <br /> Peptidosomi nastanejo s samozdruževanjem Fmoc-FF molekul (9-fluorenilmetoksikarbonil difenilalanin). Ob ustrezni izvedbi nastanejo kroglaste strukture, izpolnjene s tekočino, ki zajetim bakterijam omogočajo preživetje in opravljanje danih nalog. Zamrežena ovojnica omogoča selektivno izmenjavo spojin z difuzijo, bakterije pa ostanejo ujete v notranjosti. Tako lahko izkoriščamo lastnosti ujetih bakterij in hkrati preprečimo njihov izpust v okolico.<br /> <br /> ===Tvorba peptidosomov===<br /> <br /> Kapljica alkalne raztopine Fmoc-FF (pH 10,5) na ultra-hidrofobni PTFE membrani tvori skoraj popolno kroglico. V bazičnih pogojih so Fmoc-FF molekule negativno nabite in se zato medsebojno odbijajo. Če pa površino take kroglice za 10 minut izpostavimo plinastemu CO&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;, bo pH na površini padel, karbonilna skupina Fmoc-FF se bo protonirala in molekule se bodo začele samozdruževati, tako bo okrog kapljice nastal zamrežen ovoj. Če so v kapljici suspendirane bakterije, bodo ostale zajete v notranjosti peptidosoma. Tako pripravljeni peptidosomi so stabilni več dni, tudi ob inkubaciji pri 37°C v stresalniku.<br /> <br /> ===Inkapsulacija bakterij===<br /> <br /> Ključna pogoja inkapsulacije bakterij sta zadrževanje bakterij v notranjosti peptidosoma in izmenjava snovi med notranjostjo in okolico. Z enostavnimi difuzijskimi eksperimenti so pokazali, da peptidosomi omogočajo izmenjavo snovi z okolico: ob prenosu peptidosoma (ki vsebuje pH indikator krezil vijolično) v vodo ali tekoče LB gojišče, po določenem času zaradi difuzije indikatorja pride do razbarvanja peptidosoma.<br /> <br /> Za prve teste inkapsulacije so uporabili reporterska seva ''Bacillus subtilis'' TMB4131 W168 ''lacA''::''erm'' P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;-''sfGFP'' in TMB3090 W168 ''sacA''::''cat'' P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;-''luxABCDE'', ki konstitutivno izražata sfGFP oziroma luciferazo, tako da so lahko spremljali lokalizacijo bakterij z merjenjem fluorescence ali luminiscence. Z bralcem plošč so potrdili, da se bakterije nahajajo samo v peptidosomih in ne prehajajo v okoliški supernatant.<br /> Uspešnost zajetja ''Bacillus subtilis'' so dodatno preučili s pomočjo krioelektronske mikroskopije z vrstičnim elektronskim mikroskopom. Ugotovili so, da pri tvorbi ovoja veliko bakterij ostane le delno zajetih v peptidosomu, zato je le-tega pred inkubacijo potrebno dvakrat sprati s svežim medijem, da se prepreči prenos bakterij v okolico.<br /> <br /> Ker so peptidosomi izpolnjeni s tekočino in omogočajo izmenjavo snovi z okolico, populacija bakterij v njih lahko raste. Kot dokaz so vse peptidosome pripravili z enakim številom bakterij, nato pa so posamične peptidosome inkubirali različno dolgo pri 37°C. Po danem času so z njihovo vsebino inokulirali agarne plošče in po prekonočni inkubaciji dokumentirali število kolonij. Daljši inkubacijski časi peptidosomov so vodili do večjega števila kolonij na ploščah.<br /> <br /> <br /> ==Β-laktamski biosenzor==<br /> <br /> <br /> V zadnjih letih velik problem predstavlja vse večja odpornost bakterij na antibiotike, zato se povečuje potreba po odkrivanju novih spojin. Iskanje le-teh bi lahko olajšali celični biosenzorji, ki bi se poleg tega lahko uporabljali tudi za zaznavanje prisotnosti antibiotikov v pitni ali odpadni vodi. Pri projektu so pripravili β-laktamski biosenzor v ''B. subtilis'' z uporabo ''bla'' operona iz ''Staphylococcus aureus''.<br /> <br /> ===Priprava biosenzorskih sevov===<br /> <br /> ''Bla'' operon pri ''S. aureus'' omogoča zaznavanje in odpornost na β-laktamske antibiotike. Biosenzorske seve ''B. subtilis'' so pripravili s prenosom regulatornih elementov iz ''bla'' operona, gen ''BlaZ'' pa so zamenjali z ''luxABCDE'' operonom. Pripravili so štiri genetske konstrukte:<br /> receptorski gen ''blaR1'' pod kontrolo močnega konstitutivnega promotorja P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;,<br /> receptorski gen ''blaR1'' pod kontrolo inducibilnega promotorja P&lt;sub&gt;xylA&lt;/sub&gt;,<br /> represorski gen ''blaI'' pod kontrolo srednje močnega konstitutivnega promotorja P&lt;sub&gt;lepA&lt;/sub&gt; in<br /> tarčno promotorsko regijo ''bla'' operona (P&lt;sub&gt;blaZ&lt;/sub&gt; in P&lt;sub&gt;blaR1&lt;/sub&gt;) v kombinaciji z ''luxABCDE'' operonom.<br /> <br /> ===Testiranje biosenozorjev===<br /> <br /> Pripravili so tri biosenzorske seve, pri katerih so nato določili občutljivost za 6 β-laktamskih antibiotikov: ampicilin, cefaleksin, cefoksitin, cefoperazon, karbenicilin in penicilin G. Za pozitivno kontrolo so uporabili bacitracin, za negativno pa vodo.<br /> Najprej so merili luminiscenco v tekočem mediju, kjer se je kot najbolj učinkovit izkazal biosenzor W168 ''thrC''::pBS4S-P&lt;sub&gt;lepA&lt;/sub&gt;_''blaI'' ''lacA''::pBS2E-P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;_''blaR1'' ''sacA''::pBS3C-P&lt;sub&gt;blaZ&lt;/sub&gt;_''lux'' ''penP''::''kan&lt;sup&gt;R&lt;/sup&gt;''. Tudi pri disk difuzijski metodi se je kot najbolj učinkovit izkazal omenjeni biosenzor, zato so ga izbrali za nadaljnjo uporabo. Določili so še njegovo dinamično območje za vseh 6 antibiotikov in ugotovili, da biosenzor lahko zanesljivo zazna vse testirane antibiotike pri koncentracijah, ki so višje od 10&lt;sup&gt;-3&lt;/sup&gt; μg/μl.<br /> <br /> ===Inkapsulacija biosenzorja v peptidosome===<br /> <br /> Za preizkus učinkovitosti biosenzorja, zajetega v peptidosomih, so pripravili 4 tipe peptidosomov: brez bakterij, z divijm tipom ''B. subtilis'' W168, z biosenzorskim sevom in kontrolnim sevom, ki konstitutivno izraža luciferazo. Ob indukciji z 0,2 μg/μl cefoperazona so opazili luminiscenco le pri petidosomih s kontrolnim sevom in biosenzorskim sevom ter tako potrdili, da antibiotik lahko vstopa v peptidosom in s tem demonstrirali uporabnost inkapsuliranega biosenzorja.<br /> <br /> <br /> ==Zbirka signalnih peptidov==<br /> <br /> Inkapsulacija biosenzorjev ni edina možna uporaba peptidosomov, saj bi le-ti lahko olajšali tudi proizvodnjo rekombinantnih proteinov in drugih snovi, ki jih bakterije izločajo v gojišče, ker omogočajo fizično ločitev bakterij in supernatanta.<br /> <br /> ''Bacillus subtilis'' se pogosto uporablja za ekspresijo proteinov, saj ima dobro zmožnost izločanja proteinov v gojišče. Tako kot pri večini drugih bakterij, je tudi pri ''B. subtilis'' izločanje proteinov večinoma regulirano preko Sec poti: na ribosomu se sintetizira protein, ki ima na N-koncu pripet signalni peptid; le-tega prepozna in veže delec, ki prepozna signal in protein transportira do membrane. Tam se protein veže v translokacijski kompleks, peptidaza pa odcepi signalni peptid. Nato se protein sprosti v supernatant, kjer zavzame nativno konformacijo.<br /> Vendar pa učinkovitost izločanja preko Sec poti ni odvisna samo od signalnega peptida, ampak tudi od kombinacije signalnega peptida in ciljnega proteina. Pri projektu so zato pripravili zbirko signalnih peptidov in razvili metodo za visokozmogljivostno iskanje najučinkovitejše kombinacije danega proteina in signalnega peptida.<br /> <br /> ===Priprava zbirke signalnih peptidov in vektorja za vrednotenje===<br /> <br /> ''Bacillus subtilis'' vsebuje približno 170 signalnih peptidov, povezanih s Sec potjo. Pri projektu jim jih je uspelo klonirati 74. Vse so optimizirali tako, da so uporabni za grampozitivne in gramnegativne organizme, tako da je zbirka univerzalna za vse bakterije.<br /> <br /> Za lažje presejanje vseh možnih kombinacij signalnih peptidov in ciljnih proteinov so pripravili še vektor za vrednotenje in standardiziran postopek za kloniranje. Kot osnovo so si izbrali integracijski vektor ''B. subtilis'' pBS1C1 ter modificirali klonirno mesto tako, da omogoča enostavno zamenjavo promotorja in fuzijskih parov, poleg tega pa izpolnjuje standarda RFC10 in RFC25. Splošno uporabnost metode so nato demonstrirali z optimizacijo izločanja treh proteinov - α-amilaze ''B. subtilis'', sfGFP in mCherry. Pri vseh treh proteinih jim je uspelo identificirati seve z najvišjo koncentracijo proteina v supernatantu, s sekvenciranjem pa so potem lahko določili, kateri signalni peptid je najbolj primeren v kombinaciji z danim proteinom.<br /> <br /> <br /> ==Izločanje==<br /> <br /> <br /> Namesto izločanja enega samega proteina bi lahko v kombinaciji s peptidosomi pripravili več proizvodnih sevov in jih fizično ločeno gojili v kokulturi. Na ta način bi lahko proizvajali tudi proteinske komplekse in sicer z uporabo SpyTag/SpyCatcher sistema. Enote sistema se lahko spoji s poljubnimi ciljnimi proteini, ob izločanju teh proteinov iz celice pa se med SpyTag/SpyCatcher partnerjema tvori izopeptidna vez.<br /> <br /> Pri projektu so pripravili N- in C-končne fuzije vseh mogočih kombinacij SpyTag in SpyCatcher s proteinoma mCherry in sfGFP. S plazmidi so transformirali ''B. subtilis'' sev WB800N (ki ne izloča proteaz). Izmerili so fluorescenco supernatantov vseh transformant, ločeno pa so izmerili tudi fluorescenco celic samih. Fluorescenca celic je bila znatno manjša kot pri supernatantu, torej je intenziteta res odvisna od izločenih proteinov.<br /> Z NaDS-PAGE, za katero so uporabili očiščene supernatante mCherry produkcijskih sevov, so nato dokazali funkcioniranje SpyTag/SpyCatcher sistema. Na gelu so uspešno identificirali lise, ki so pripadale posameznima fuzijama mCherry-SpyCatcher in mCherry-SpyTag. Supernatanta so nato zmešali in po 4-urni inkubaciji na gelu opazili novo liso, ki je po molekulski masi ustrezala kovalentno povezanima mCherry konstruktoma.<br /> <br /> <br /> ==Komunikacija==<br /> <br /> <br /> Za reševanje kompleksnih nalog bi bilo smiselno pripraviti različne seve bakterij, ki bi usklajeno opravljali ločene naloge. Subpopulacije bi lahko zajeli v peptidosome in jih fizično ločili, vendar bi se morala ohraniti komunikacija med populacijami.<br /> <br /> Za prikaz komunikacije med sevi ''B. subtilis'' so pri projektu izkoristili regulatorni sistem za razvoj kompetence, ki temelji na zaznavanju celične gostote. ''B. subtilis'' ves čas izloča feromon ComX, njegova koncentracija v mediju je odvisna od gostote celic. Ko doseže pražno koncentracijo, aktivira ComP, membransko proteinsko kinazo, ki fosforilira regulator ComA, ta pa se kot transkripcijski faktor veže na več promotorjev in spodbudi transkripcijo. Končni rezultat je privzem DNA v ''B. subtilis''.<br /> <br /> Komunikacijo so prikazali med dvema različnima sevoma - pošiljateljskim (SeSt), ki izloča ComX in prejemniškim (ReSt), ki v prisotnosti ComX da merljiv signal. SeSt sev je bil pripravljen na osnovi seva W168 (divji tip), ki mu je bila dodana inducibilna kopija gena ''comX''. Pripravili so tudi več ReSt sevov, tako da so ''lux'' operon kombinirali z različnimi promotorji kompetenčnega sistema (P&lt;sub&gt;srfA&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;rapA&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;rapF&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;comG&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;comK&lt;/sub&gt;mut). S preverjanjem aktivnosti posameznih promotorjev so ugotovili, da je uporaben le P&lt;sub&gt;srfA&lt;/sub&gt;, saj je bila le pri njem opažena indukcija luminiscence s ComX.<br /> <br /> ===Komunikacija med SeSt in ReSt sevoma===<br /> <br /> Komunikacijo so najprej demonstrirali na mikrotitrskih ploščah z vstavki. ReSt in SeSt seve so ločeno vnesli na mikrotitrsko ploščo ali v vstavke za ploščo. Vstavki so zaradi porozne membrane omogočali izmenjavo snovi (ComX) med sevoma, zato so lahko zaznali luminiscenco.<br /> Nato so SeSt sev prosto suspendirali v mediju, ReSt sev pa zajeli v peptidosom, da bi dokazali komunikacijo med prostimi in inkapsuliranimi bakterijami. Povečano intenziteto luminiscence znotraj peptidosoma so zaznali samo v primeru kokulture obeh sevov.<br /> <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> <br /> Pri projektu so uspešno pripravili peptidosome in jih karakterizirali kot nov sistem za inkapsulacijo bakterij. Pokazali so, da bakterije preživijo in rastejo v peptidosomih in da lahko izločajo proteine ter komunicirajo z okolico. Ker peptidosomi preprečujejo izpust bakterij, bi bili zelo uporabni, kadar bi želeli izkoriščati lastnosti bakterij, a bi se želeli izogniti uhajanju bakterij v okolje.</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Enkabcillus_-_to_je_past!&diff=13765 2018-01-15T16:31:57Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>Enkabcillus je študentski projekt [http://2017.igem.org/Team:TU_Dresden iGEM] ekipe TU Dresden, ki predstavlja nov pristop k inkapsulaciji in uporabi bakterij. Temelji na tvorbi kroglastih zamreženih struktur, imenovanih peptidosomi, v katere je mogoče zajeti bakterije. Zaradi stabilnosti in selektivno prepustnega ovoja peptidosomov, lahko zajete bakterije preživijo, rastejo, komunicirajo z okolico in tako lahko izkoriščamo njihove lastnosti, hkrati pa preprečimo njihov izpust v okolje.<br /> Projekt je prejel zlato medaljo. V register so prispevali 112 novih biokock.<br /> <br /> (Marija Kisilak)<br /> <br /> <br /> ==Peptidosomi==<br /> <br /> <br /> Peptidosomi nastanejo s samozdruževanjem Fmoc-FF molekul (9-fluorenilmetoksikarbonil difenilalanin). Ob ustrezni izvedbi nastanejo kroglaste strukture, izpolnjene s tekočino, ki zajetim bakterijam omogočajo preživetje in opravljanje danih nalog. Zamrežena ovojnica omogoča selektivno izmenjavo spojin z difuzijo, bakterije pa ostanejo ujete v notranjosti. Tako lahko izkoriščamo lastnosti ujetih bakterij in hkrati preprečimo njihov izpust v okolico.<br /> <br /> ===Tvorba peptidosomov===<br /> <br /> Kapljica alkalne raztopine Fmoc-FF (pH 10,5) na ultra-hidrofobni PTFE membrani tvori skoraj popolno kroglico. V bazičnih pogojih so Fmoc-FF molekule negativno nabite in se zato medsebojno odbijajo. Če pa površino take kroglice za 10 minut izpostavimo plinastemu CO&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;, bo pH na površini padel, karbonilna skupina Fmoc-FF se bo protonirala in molekule se bodo začele samozdruževati, tako bo okrog kapljice nastal zamrežen ovoj. Če so v kapljici suspendirane bakterije, bodo ostale zajete v notranjosti peptidosoma. Tako pripravljeni peptidosomi so stabilni več dni, tudi ob inkubaciji pri 37°C v stresalniku.<br /> <br /> ===Inkapsulacija bakterij===<br /> <br /> Ključna pogoja inkapsulacije bakterij sta zadrževanje bakterij v notranjosti peptidosoma in izmenjava snovi med notranjostjo in okolico. Z enostavnimi difuzijskimi eksperimenti so pokazali, da peptidosomi omogočajo izmenjavo snovi z okolico: ob prenosu peptidosoma (ki vsebuje pH indikator krezil vijolično) v vodo ali tekoče LB gojišče, po določenem času zaradi difuzije indikatorja pride do razbarvanja peptidosoma.<br /> <br /> Za prve teste inkapsulacije so uporabili reporterska seva ''Bacillus subtilis'' TMB4131 W168 ''lacA''::''erm'' P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;-''sfGFP'' in TMB3090 W168 ''sacA''::''cat'' P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;-''luxABCDE'', ki konstitutivno izražata sfGFP oziroma luciferazo, tako da so lahko spremljali lokalizacijo bakterij z merjenjem fluorescence ali luminiscence. Z bralcem plošč so potrdili, da se bakterije nahajajo samo v peptidosomih in ne prehajajo v okoliški supernatant.<br /> Uspešnost zajetja ''Bacillus subtilis'' so dodatno preučili s pomočjo krioelektronske mikroskopije z vrstičnim elektronskim mikroskopom. Ugotovili so, da pri tvorbi ovoja veliko bakterij ostane le delno zajetih v peptidosomu, zato je le-tega pred inkubacijo potrebno dvakrat sprati s svežim medijem, da se prepreči prenos bakterij v okolico.<br /> <br /> Ker so peptidosomi izpolnjeni s tekočino in omogočajo izmenjavo snovi z okolico, populacija bakterij v njih lahko raste. Kot dokaz so vse peptidosome pripravili z enakim številom bakterij, nato pa so posamične peptidosome inkubirali različno dolgo pri 37°C. Po danem času so z njihovo vsebino inokulirali agarne plošče in po prekonočni inkubaciji dokumentirali število kolonij. Daljši inkubacijski časi peptidosomov so vodili do večjega števila kolonij na ploščah.<br /> <br /> <br /> ==Β-laktamski biosenzor==<br /> <br /> <br /> V zadnjih letih velik problem predstavlja vse večja odpornost bakterij na antibiotike, zato se povečuje potreba po odkrivanju novih spojin. Iskanje le-teh bi lahko olajšali celični biosenzorji, ki bi se poleg tega lahko uporabljali tudi za zaznavanje prisotnosti antibiotikov v pitni ali odpadni vodi. Pri projektu so pripravili β-laktamski biosenzor v ''B. subtilis'' z uporabo ''bla'' operona iz ''Staphylococcus aureus''.<br /> <br /> ===Priprava biosenzorskih sevov===<br /> <br /> ''Bla'' operon pri ''S. aureus'' omogoča zaznavanje in odpornost na β-laktamske antibiotike. Biosenzorske seve ''B. subtilis'' so pripravili s prenosom regulatornih elementov iz ''bla'' operona, gen ''BlaZ'' pa so zamenjali z ''luxABCDE'' operonom. Pripravili so štiri genetske konstrukte:<br /> receptorski gen ''blaR1'' pod kontrolo močnega konstitutivnega promotorja P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;,<br /> receptorski gen ''blaR1'' pod kontrolo inducibilnega promotorja P&lt;sub&gt;xylA&lt;/sub&gt;,<br /> represorski gen ''blaI'' pod kontrolo srednje močnega konstitutivnega promotorja P&lt;sub&gt;lepA&lt;/sub&gt; in<br /> tarčno promotorsko regijo ''bla'' operona (P&lt;sub&gt;blaZ&lt;/sub&gt; in P&lt;sub&gt;blaR1&lt;/sub&gt;) v kombinaciji z ''luxABCDE'' operonom.<br /> <br /> ===Testiranje biosenozorjev===<br /> <br /> Pripravili so tri biosenzorske seve, pri katerih so nato določili občutljivost za 6 β-laktamskih antibiotikov: ampicilin, cefaleksin, cefoksitin, cefoperazon, karbenicilin in penicilin G. Za pozitivno kontrolo so uporabili bacitracin, za negativno pa vodo.<br /> Najprej so merili luminiscenco v tekočem mediju, kjer se je kot najbolj učinkovit izkazal biosenzor W168 ''thrC''::pBS4S-P&lt;sub&gt;lepA&lt;/sub&gt;_''blaI'' ''lacA''::pBS2E-P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;_''blaR1'' ''sacA''::pBS3C-P&lt;sub&gt;blaZ&lt;/sub&gt;_''lux'' ''penP''::''kan&lt;sup&gt;R&lt;/sup&gt;''. Tudi pri disk difuzijski metodi se je kot najbolj učinkovit izkazal omenjeni biosenzor, zato so ga izbrali za nadaljnjo uporabo. Določili so še njegovo dinamično območje za vseh 6 antibiotikov in ugotovili, da biosenzor lahko zanesljivo zazna vse testirane antibiotike pri koncentracijah, ki so višje od 10&lt;sup&gt;-3&lt;/sup&gt; μg/μl.<br /> <br /> ===Inkapsulacija biosenzorja v peptidosome===<br /> <br /> Za preizkus učinkovitosti biosenzorja, zajetega v peptidosomih, so pripravili 4 tipe peptidosomov: brez bakterij, z divijm tipom ''B. subtilis'' W168, z biosenzorskim sevom in kontrolnim sevom, ki konstitutivno izraža luciferazo. Ob indukciji z 0,2 μg/μl cefoperazona so opazili luminiscenco le pri petidosomih s kontrolnim sevom in biosenzorskim sevom ter tako potrdili, da antibiotik lahko vstopa v peptidosom in s tem demonstrirali uporabnost inkapsuliranega biosenzorja.<br /> <br /> <br /> ==Zbirka signalnih peptidov==<br /> <br /> Inkapsulacija biosenzorjev ni edina možna uporaba peptidosomov, saj bi le-ti lahko olajšali tudi proizvodnjo rekombinantnih proteinov in drugih snovi, ki jih bakterije izločajo v gojišče, ker omogočajo fizično ločitev bakterij in supernatanta.<br /> <br /> ''Bacillus subtilis'' se pogosto uporablja za ekspresijo proteinov, saj ima dobro zmožnost izločanja proteinov v gojišče. Tako kot pri večini drugih bakterij, je tudi pri ''B. subtilis'' izločanje proteinov večinoma regulirano preko Sec poti: na ribosomu se sintetizira protein, ki ima na N-koncu pripet signalni peptid; le-tega prepozna in veže delec, ki prepozna signal in protein transportira do membrane. Tam se protein veže v translokacijski kompleks, peptidaza pa odcepi signalni peptid. Nato se protein sprosti v supernatant, kjer zavzame nativno konformacijo.<br /> Vendar pa učinkovitost izločanja preko Sec poti ni odvisna samo od signalnega peptida, ampak tudi od kombinacije signalnega peptida in ciljnega proteina. Pri projektu so zato pripravili zbirko signalnih peptidov in razvili metodo za visokozmogljivostno iskanje najučinkovitejše kombinacije danega proteina in signalnega peptida.<br /> <br /> ===Priprava zbirke signalnih peptidov in vektorja za vrednotenje===<br /> <br /> ''Bacillus subtilis'' vsebuje približno 170 signalnih peptidov, povezanih s Sec potjo. Pri projektu jim jih je uspelo klonirati 74. Vse so optimizirali tako, da so uporabni za grampozitivne in gramnegativne organizme, tako da je zbirka univerzalna za vse bakterije.<br /> <br /> Za lažje presejanje vseh možnih kombinacij signalnih peptidov in ciljnih proteinov so pripravili še vektor za vrednotenje in standardiziran postopek za kloniranje. Kot osnovo so si izbrali integracijski vektor ''B. subtilis'' pBS1C1 ter modificirali klonirno mesto tako, da omogoča enostavno zamenjavo promotorja in fuzijskih parov, poleg tega pa izpolnjuje standarda RFC10 in RFC25. Splošno uporabnost metode so nato demonstrirali z optimizacijo izločanja treh proteinov - α-amilaze ''B. subtilis'', sfGFP in mCherry. Pri vseh treh proteinih jim je uspelo identificirati seve z najvišjo koncentracijo proteina v supernatantu, s sekvenciranjem pa so potem lahko določili, kateri signalni peptid je najbolj primeren v kombinaciji z danim proteinom.<br /> <br /> <br /> ==Izločanje==<br /> <br /> <br /> Namesto izločanja enega samega proteina bi lahko v kombinaciji s peptidosomi pripravili več proizvodnih sevov in jih fizično ločeno gojili v kokulturi. Na ta način bi lahko proizvajali tudi proteinske komplekse in sicer z uporabo SpyTag/SpyCatcher sistema. Enote sistema se lahko spoji s poljubnimi ciljnimi proteini, ob izločanju teh proteinov iz celice pa se med SpyTag/SpyCatcher partnerjema tvori izopeptidna vez.<br /> <br /> Pri projektu so pripravili N- in C-končne fuzije vseh mogočih kombinacij SpyTag in SpyCatcher s proteinoma mCherry in sfGFP. S plazmidi so transformirali ''B. subtilis'' sev WB800N (ki ne izloča proteaz). Izmerili so fluorescenco supernatantov vseh transformant, ločeno pa so izmerili tudi fluorescenco celic samih. Fluorescenca celic je bila znatno manjša kot pri supernatantu, torej je intenziteta res odvisna od izločenih proteinov.<br /> Z NaDS-PAGE, za katero so uporabili očiščene supernatante mCherry produkcijskih sevov, so nato dokazali funkcioniranje SpyTag/SpyCatcher sistema. Na gelu so uspešno identificirali lise, ki so pripadale posameznima fuzijama mCherry-SpyCatcher in mCherry-SpyTag. Supernatanta so nato zmešali in po 4-urni inkubaciji na gelu opazili novo liso, ki je po molekulski masi ustrezala kovalentno povezanima mCherry konstruktoma.<br /> <br /> <br /> ==Komunikacija==<br /> <br /> <br /> Za reševanje kompleksnih nalog bi bilo smiselno pripraviti različne seve bakterij, ki bi usklajeno opravljali ločene naloge. Subpopulacije bi lahko zajeli v peptidosome in jih fizično ločili, vendar bi se morala ohraniti komunikacija med populacijami.<br /> <br /> Za prikaz komunikacije med sevi ''B. subtilis'' so izkoristili regulatorni sistem za razvoj kompetence, ki temelji na zaznavanju celične gostote. ''B. subtilis'' ves čas izloča feromon ComX, njegova koncentracija v mediju je odvisna od gostote celic. Ko doseže pražno koncentracijo, aktivira ComP, membransko proteinsko kinazo, ki fosforilira regulator ComA, ta pa se kot transkripcijski faktor veže na več promotorjev in spodbudi transkripcijo. Končni rezultat je privzem DNA v ''B. subtilis''.<br /> <br /> Komunikacijo so prikazali med dvema različnima sevoma - pošiljateljskim (SeSt), ki izloča ComX in prejemniškim (ReSt), ki v prisotnosti ComX da merljiv signal. SeSt sev je bil pripravljen na osnovi seva W168 (divji tip), ki mu je bila dodana inducibilna kopija gena ''comX''. Pripravili so tudi več ReSt sevov, tako da so ''lux'' operon kombinirali z različnimi promotorji kompetenčnega sistema (P&lt;sub&gt;srfA&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;rapA&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;rapF&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;comG&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;comK&lt;/sub&gt;mut). S preverjanjemaktivnosti posameznih promotorjev so ugotovili, da je uporaben le P&lt;sub&gt;srfA&lt;/sub&gt;, saj je bila le pri njem merljiva indukcija luminiscence s ComX.<br /> <br /> ===Komunikacija med SeSt in ReSt sevoma===<br /> <br /> Komunikacijo so najprej demonstrirali na mikrotitrskih ploščah z vstavki. ReSt in SeSt seve so ločeno vnesli na mikrotitrsko ploščo ali v vstavke za ploščo. Vstavki so zaradi porozne membrane omogočali izmenjavo snovi (ComX) med sevoma, zato so lahko zaznali luminiscenco.<br /> Nato so SeSt sev prosto suspendirali v mediju, ReSt sev pa zajeli v peptidosom, da bi dokazali komunikacijo med prostimi in inkapsuliranimi bakterijami. Povečano intenziteto luminiscence so zaznali samo v primeru kokulture obeh sevov.<br /> <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> <br /> Pri projektu so uspešno pripravili peptidosome in jih karakterizirali kot nov sistem za inkapsulacijo bakterij. Pokazali so, da bakterije preživijo in rastejo v peptidosomih in da lahko izločajo proteine ter komunicirajo z okolico. Ker peptidosomi preprečujejo izpust bakterij, bi bili zelo uporabni, kadar bi želeli izkoriščati uporabne lastnosti bakterij, a bi se želeli izogniti uhajanju bakterij v okolje.</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Enkabcillus_-_to_je_past!&diff=13764 2018-01-15T16:24:44Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>Enkabcillus je študentski projekt [http://2017.igem.org/Team:TU_Dresden iGEM] ekipe TU Dresden, ki predstavlja nov pristop k inkapsulaciji in uporabi bakterij. Temelji na tvorbi kroglastih zamreženih struktur, imenovanih peptidosomi, v katere je mogoče zajeti bakterije. Zaradi stabilnosti in selektivno prepustnega ovoja peptidosomov, lahko zajete bakterije preživijo, rastejo, komunicirajo z okolico in tako lahko izkoriščamo njihove lastnosti, hkrati pa preprečimo njihov izpust v okolje.<br /> Projekt je prejel zlato medaljo. V register so prispevali 112 novih biokock.<br /> <br /> (Marija Kisilak)<br /> <br /> <br /> ==Peptidosomi==<br /> <br /> <br /> Peptidosomi nastanejo s samozdruževanjem Fmoc-FF molekul (9-fluorenilmetoksikarbonil difenilalanin). Ob ustrezni izvedbi nastanejo kroglaste strukture, izpolnjene s tekočino, ki zajetim bakterijam omogočajo preživetje in opravljanje danih nalog. Zamrežena ovojnica omogoča selektivno izmenjavo spojin z difuzijo, bakterije pa ostanejo ujete v notranjosti. Tako lahko izkoriščamo lastnosti ujetih bakterij in hkrati preprečimo njihov izpust v okolico.<br /> <br /> ===Tvorba peptidosomov===<br /> <br /> Kapljica alkalne raztopine Fmoc-FF (pH 10,5) na ultra-hidrofobni PTFE membrani tvori skoraj popolno kroglico. V bazičnih pogojih so Fmoc-FF molekule negativno nabite in se zato medsebojno odbijajo. Če pa površino take kroglice za 10 minut izpostavimo plinastemu CO&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;, bo pH na površini padel, karbonilna skupina Fmoc-FF se bo protonirala in molekule se bodo začele samozdruževati, tako bo okrog kapljice nastal zamrežen ovoj. Če so v kapljici suspendirane bakterije, bodo ostale zajete v notranjosti peptidosoma. Tako pripravljeni peptidosomi so stabilni več dni, tudi ob inkubaciji pri 37°C v stresalniku.<br /> <br /> ===Inkapsulacija bakterij===<br /> <br /> Ključna pogoja inkapsulacije bakterij sta zadrževanje bakterij v notranjosti peptidosoma in izmenjava snovi med notranjostjo in okolico. Z enostavnimi difuzijskimi eksperimenti so pokazali, da peptidosomi omogočajo izmenjavo snovi z okolico: ob prenosu peptidosoma (ki vsebuje pH indikator krezil vijolično) v vodo ali tekoče LB gojišče, po določenem času zaradi difuzije indikatorja pride do razbarvanja peptidosoma.<br /> <br /> Za prve teste inkapsulacije so uporabili reporterska seva ''Bacillus subtilis'' TMB4131 W168 ''lacA''::''erm'' P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;-''sfGFP'' in TMB3090 W168 ''sacA''::''cat'' P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;-''luxABCDE'', ki konstitutivno izražata sfGFP oziroma luciferazo, tako da so lahko spremljali lokalizacijo bakterij z merjenjem fluorescence ali luminiscence. Z bralcem plošč so potrdili, da se bakterije nahajajo samo v peptidosomih in ne prehajajo v okoliški supernatant.<br /> Uspešnost zajetja ''Bacillus subtilis'' so dodatno preučili s pomočjo krioelektronske mikroskopije z vrstičnim elektronskim mikroskopom. Ugotovili so, da pri tvorbi ovoja veliko bakterij ostane le delno zajetih v peptidosomu, zato je le-tega pred inkubacijo potrebno dvakrat sprati s svežim medijem, da se prepreči prenos bakterij v okolico.<br /> <br /> Ker so peptidosomi izpolnjeni s tekočino in omogočajo izmenjavo snovi z okolico, populacija bakterij v njih lahko raste. Kot dokaz so vse peptidosome pripravili z enakim številom bakterij, nato pa so posamične peptidosome inkubirali različno dolgo pri 37°C. Po danem času so z njihovo vsebino inokulirali agarne plošče in po prekonočni inkubaciji dokumentirali število kolonij. Daljši inkubacijski časi peptidosomov so vodili do večjega števila kolonij na ploščah.<br /> <br /> <br /> ==Β-laktamski biosenzor==<br /> <br /> <br /> V zadnjih letih velik problem predstavlja vse večja odpornost bakterij na antibiotike, zato se povečuje potreba po odkrivanju novih spojin. Iskanje le-teh bi lahko olajšali celični biosenzorji, ki bi se poleg tega lahko uporabljali tudi za zaznavanje prisotnosti antibiotikov v pitni ali odpadni vodi. Pri projektu so pripravili β-laktamski biosenzor v ''B. subtilis'' z uporabo ''bla'' operona iz ''Streptococcus aureus''.<br /> <br /> ===Priprava biosenzorskih sevov===<br /> <br /> ''Bla'' operon pri ''S. aureus'' omogoča zaznavanje in odpornost na β-laktamske antibiotike. Biosenzorske seve ''B. subtilis'' so pripravili s prenosom regulatornih elementov iz ''bla'' operona, gen ''BlaZ'' pa so zamenjali z ''luxABCDE'' operonom. Pripravili so štiri genetske konstrukte:<br /> receptorski gen ''blaR1'' pod kontrolo močnega konstitutivnega promotorja P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;,<br /> receptorski gen ''blaR1'' pod kontrolo inducibilnega promotorja P&lt;sub&gt;xylA&lt;/sub&gt;,<br /> represorski gen ''blaI'' pod kontrolo srednje močnega konstitutivnega promotorja P&lt;sub&gt;lepA&lt;/sub&gt; in<br /> tarčno promotorsko regijo ''bla'' operona (P&lt;sub&gt;blaZ&lt;/sub&gt; in P&lt;sub&gt;blaR1&lt;/sub&gt;) v kombinaciji z ''luxABCDE'' operonom.<br /> <br /> ===Testiranje biosenozorjev===<br /> <br /> Pripravili so tri biosenzorske seve, pri katerih so nato določili občutljivost za 6 β-laktamskih antibiotikov: ampicilin, cefaleksin, cefoksitin, cefoperazon, karbenicilin in penicilin G. Za pozitivno kontrolo so uporabili bacitracin, za negativno pa vodo.<br /> Najprej so merili luminiscenco v tekočem mediju, kjer se je kot najbolj učinkovit izkazal biosenzor W168 ''thrC''::pBS4S-P&lt;sub&gt;lepA&lt;/sub&gt;_''blaI'' ''lacA''::pBS2E-P&lt;sub&gt;veg&lt;/sub&gt;_''blaR1'' ''sacA''::pBS3C-P&lt;sub&gt;blaZ&lt;/sub&gt;_''lux'' ''penP''::''kan&lt;sup&gt;R&lt;/sup&gt;''. Tudi pri disk difuzijski metodi se je kot najbolj učinkovit izkazal omenjeni biosenzor, zato so ga izbrali za nadaljnjo uporabo. Določili so še njegovo dinamično območje za vseh 6 antibiotikov in ugotovili, da biosenzor lahko zanesljivo zazna vse testirane antibiotike pri koncentracijah, ki so višje od 10&lt;sup&gt;-3&lt;/sup&gt; μg/μl.<br /> <br /> ===Inkapsulacija biosenzorja v peptidosome===<br /> <br /> Za preizkus učinkovitosti biosenzorja, zajetega v peptidosomih, so pripravili 4 tipe peptidosomov: brez bakterij, z divijm tipom ''B. subtilis'' W168, z biosenzorskim sevom in kontrolnim sevom, ki konstitutivno izraža luciferazo. Ob indukciji z 0,2 μg/μl cefoperazona so opazili luminiscenco le pri petidosomih s kontrolnim sevom in biosenzorskim sevom ter tako potrdili, da antibiotik lahko vstopa v peptidosom in s tem demonstrirali uporabnost inkapsuliranega biosenzorja.<br /> <br /> <br /> ==Zbirka signalnih peptidov==<br /> <br /> Inkapsulacija biosenzorjev ni edina možna uporaba peptidosomov, saj bi le-ti lahko olajšali tudi proizvodnjo rekombinantnih proteinov in drugih snovi, ki jih bakterije izločajo v gojišče, ker omogočajo fizično ločitev bakterij in supernatanta.<br /> <br /> ''Bacillus subtilis'' se pogosto uporablja za ekspresijo proteinov, saj ima dobro zmožnost izločanja proteinov v gojišče. Tako kot pri večini drugih bakterij, je tudi pri ''B. subtilis'' izločanje proteinov večinoma regulirano preko Sec poti: na ribosomu se sintetizira protein, ki ima na N-koncu pripet signalni peptid; le-tega prepozna in veže delec, ki prepozna signal in protein transportira do membrane. Tam se protein veže v translokacijski kompleks, peptidaza pa odcepi signalni peptid. Nato se protein sprosti v supernatant, kjer zavzame nativno konformacijo.<br /> Vendar pa učinkovitost izločanja preko Sec poti ni odvisna samo od signalnega peptida, ampak tudi od kombinacije signalnega peptida in ciljnega proteina. Pri projektu so zato pripravili zbirko signalnih peptidov in razvili metodo za visokozmogljivostno iskanje najučinkovitejše kombinacije danega proteina in signalnega peptida.<br /> <br /> ===Priprava zbirke signalnih peptidov in vektorja za vrednotenje===<br /> <br /> ''Bacillus subtilis'' vsebuje približno 170 signalnih peptidov, povezanih s Sec potjo. Pri projektu jim jih je uspelo klonirati 74. Vse so optimizirali tako, da so uporabni za grampozitivne in gramnegativne organizme, tako da je zbirka univerzalna za vse bakterije.<br /> <br /> Za lažje presejanje vseh možnih kombinacij signalnih peptidov in ciljnih proteinov so pripravili še vektor za vrednotenje in standardiziran postopek za kloniranje. Kot osnovo so si izbrali integracijski vektor ''B. subtilis'' pBS1C1 ter modificirali klonirno mesto tako, da omogoča enostavno zamenjavo promotorja in fuzijskih parov, poleg tega pa izpolnjuje standarda RFC10 in RFC25. Splošno uporabnost metode so nato demonstrirali z optimizacijo izločanja treh proteinov - α-amilaze ''B. subtilis'', sfGFP in mCherry. Pri vseh treh proteinih jim je uspelo identificirati seve z najvišjo koncentracijo proteina v supernatantu, s sekvenciranjem pa so potem lahko določili, kateri signalni peptid je najbolj primeren v kombinaciji z danim proteinom.<br /> <br /> <br /> ==Izločanje==<br /> <br /> <br /> Namesto izločanja enega samega proteina bi lahko v kombinaciji s peptidosomi pripravili več proizvodnih sevov in jih fizično ločeno gojili v kokulturi. Na ta način bi lahko proizvajali tudi proteinske komplekse in sicer z uporabo SpyTag/SpyCatcher sistema. Enote sistema se lahko spoji s poljubnimi ciljnimi proteini, ob izločanju teh proteinov iz celice pa se med SpyTag/SpyCatcher partnerjema tvori izopeptidna vez.<br /> <br /> Pri projektu so pripravili N- in C-končne fuzije vseh mogočih kombinacij SpyTag in SpyCatcher s proteinoma mCherry in sfGFP. S plazmidi so transformirali ''B. subtilis'' sev WB800N (ki ne izloča proteaz). Izmerili so fluorescenco supernatantov vseh transformant, ločeno pa so izmerili tudi fluorescenco celic samih. Fluorescenca celic je bila znatno manjša kot pri supernatantu, torej je intenziteta res odvisna od izločenih proteinov.<br /> Z NaDS-PAGE, za katero so uporabili očiščene supernatante mCherry produkcijskih sevov, so nato dokazali funkcioniranje SpyTag/SpyCatcher sistema. Na gelu so uspešno identificirali lise, ki so pripadale posameznima fuzijama mCherry-SpyCatcher in mCherry-SpyTag. Supernatanta so nato zmešali in po 4-urni inkubaciji na gelu opazili novo liso, ki je po molekulski masi ustrezala kovalentno povezanima mCherry konstruktoma.<br /> <br /> <br /> ==Komunikacija==<br /> <br /> <br /> Za reševanje kompleksnih nalog bi bilo smiselno pripraviti različne seve bakterij, ki bi usklajeno opravljali ločene naloge. Subpopulacije bi lahko zajeli v peptidosome in jih fizično ločili, vendar bi se morala ohraniti komunikacija med populacijami.<br /> <br /> Za prikaz komunikacije med sevi ''B. subtilis'' so izkoristili regulatorni sistem za razvoj kompetence, ki temelji na zaznavanju celične gostote. ''B. subtilis'' ves čas izloča feromon ComX, njegova koncentracija v mediju je odvisna od gostote celic. Ko doseže pražno koncentracijo, aktivira ComP, membransko proteinsko kinazo, ki fosforilira regulator ComA, ta pa se kot transkripcijski faktor veže na več promotorjev in spodbudi transkripcijo. Končni rezultat je privzem DNA v ''B. subtilis''.<br /> <br /> Komunikacijo so prikazali med dvema različnima sevoma - pošiljateljskim (SeSt), ki izloča ComX in prejemniškim (ReSt), ki v prisotnosti ComX da merljiv signal. SeSt sev je bil pripravljen na osnovi seva W168 (divji tip), ki mu je bila dodana inducibilna kopija gena ''comX''. Pripravili so tudi več ReSt sevov, tako da so ''lux'' operon kombinirali z različnimi promotorji kompetenčnega sistema (P&lt;sub&gt;srfA&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;rapA&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;rapF&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;comG&lt;/sub&gt;, P&lt;sub&gt;comK&lt;/sub&gt;mut). S preverjanjemaktivnosti posameznih promotorjev so ugotovili, da je uporaben le P&lt;sub&gt;srfA&lt;/sub&gt;, saj je bila le pri njem merljiva indukcija luminiscence s ComX.<br /> <br /> ===Komunikacija med SeSt in ReSt sevoma===<br /> <br /> Komunikacijo so najprej demonstrirali na mikrotitrskih ploščah z vstavki. ReSt in SeSt seve so ločeno vnesli na mikrotitrsko ploščo ali v vstavke za ploščo. Vstavki so zaradi porozne membrane omogočali izmenjavo snovi (ComX) med sevoma, zato so lahko zaznali luminiscenco.<br /> Nato so SeSt sev prosto suspendirali v mediju, ReSt sev pa zajeli v peptidosom, da bi dokazali komunikacijo med prostimi in inkapsuliranimi bakterijami. Povečano intenziteto luminiscence so zaznali samo v primeru kokulture obeh sevov.<br /> <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> <br /> Pri projektu so uspešno pripravili peptidosome in jih karakterizirali kot nov sistem za inkapsulacijo bakterij. Pokazali so, da bakterije preživijo in rastejo v peptidosomih in da lahko izločajo proteine ter komunicirajo z okolico. Ker peptidosomi preprečujejo izpust bakterij, bi bili zelo uporabni, kadar bi želeli izkoriščati uporabne lastnosti bakterij, a bi se želeli izogniti uhajanju bakterij v okolje.</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2017/18&diff=13726 2018-01-15T10:16:00Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:<br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> #[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah]&lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Enkabcillus_-_to_je_past%21 Enkabcillus - to je past!] &lt;br&gt;<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.<br /> <br /> ---------------------------<br /> Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):<br /> <br /> 27.11. &lt;br&gt;<br /> 1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]&lt;br&gt;<br /> 2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku]&lt;br&gt;<br /> <br /> 28.11.&lt;br&gt;<br /> 1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> 2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] &lt;br&gt;<br /> 3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 4.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] &lt;br&gt;<br /> 2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 5.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] &lt;br&gt;<br /> 2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> 3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] &lt;br&gt; <br /> 4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 12.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] &lt;br&gt;<br /> 2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] &lt;br&gt;<br /> 3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] &lt;br&gt;<br /> 4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 19.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] &lt;br&gt; <br /> 2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] &lt;br&gt;<br /> 3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> 4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 9.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] &lt;br&gt;<br /> 2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> 3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 15.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 16.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Inge Sotlar - Super tobak &lt;br&gt;<br /> 2 Marija Kisilak - [[Enkabcillus - to je past!]]&lt;br&gt;<br /> 3 Nataša Traven - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] &lt;br&gt;<br /> 4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 22.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Mojca Hunski &lt;br&gt;<br /> 2 Tomaž Žagar &lt;br&gt;<br /> 3 Tadej Ulčnik &lt;br&gt;<br /> 4 Jakob Rupert&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 23.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Cirnski &lt;br&gt;<br /> 2 Rok Ferenc &lt;br&gt;<br /> 3 Barbara Lipovšek &lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Enkabcillus_-_to_je_past!&diff=13725 2018-01-15T10:11:37Z

<p>Marija Kisilak: New page: Enkabcillus je študentski projekt [http://2017.igem.org/Team:TU_Dresden iGEM] ekipe TU Dresden, ki predstavlja nov pristop k inkapsulaciji in uporabi bakterij. Temelji na tvorbi kroglasti...</p> <hr /> <div>Enkabcillus je študentski projekt [http://2017.igem.org/Team:TU_Dresden iGEM] ekipe TU Dresden, ki predstavlja nov pristop k inkapsulaciji in uporabi bakterij. Temelji na tvorbi kroglastih zamreženih struktur, imenovanih peptidosomi, v katere je mogoče zajeti bakterije. Zaradi stabilnosti in selektivno prepustnega ovoja peptidosomov, lahko zajete bakterije preživijo, rastejo, komunicirajo z okolico in tako lahko izkoriščamo njihove lastnosti, hkrati pa preprečimo njihov izpust v okolje.<br /> Projekt je prejel zlato medaljo. V register so prispevali 112 novih biokock.<br /> <br /> (Marija Kisilak)<br /> <br /> <br /> ==Peptidosomi==<br /> <br /> <br /> Peptidosomi nastanejo s samozdruževanjem Fmoc-FF molekul (9-fluorenilmetoksikarbonil difenilalanin). Ob ustrezni izvedbi nastanejo kroglaste strukture, izpolnjene s tekočino, ki zajetim bakterijam omogočajo preživetje in opravljanje danih nalog. Zamrežena ovojnica omogoča selektivno izmenjavo spojin z difuzijo, bakterije pa ostanejo ujete v notranjosti. Tako lahko izkoriščamo lastnosti ujetih bakterij in hkrati preprečimo njihov izpust v okolico.<br /> <br /> ===Tvorba peptidosomov===<br /> <br /> Kapljica alkalne raztopine Fmoc-FF (pH 10,5) na ultra-hidrofobni PTFE membrani tvori skoraj popolno kroglico. V bazičnih pogojih so Fmoc-FF molekule negativno nabite in se zato medsebojno odbijajo. Če pa površino take kroglice za 10 minut izpostavimo plinastemu CO2, bo pH na površini padel, karbonilna skupina Fmoc-FF se bo protonirala in molekule se bodo začele samozdruževati, tako bo okrog kapljice nastal zamrežen ovoj. Če so v kapljici suspendirane bakterije, bodo ostale zajete v notranjosti peptidosoma. Tako pripravljeni peptidosomi so stabilni več dni, tudi ob inkubaciji pri 37°C v stresalniku.<br /> <br /> ===Inkapsulacija bakterij===<br /> <br /> Ključna pogoja inkapsulacije bakterij sta zadrževanje bakterij v notranjosti peptidosoma in izmenjava snovi med notranjostjo in okolico. Z enostavnimi difuzijskimi eksperimenti so pokazali, da peptidosomi omogočajo izmenjavo snovi z okolico: ob prenosu peptidosoma (ki vsebuje pH indikator krezil vijolično) v vodo ali tekoče LB gojišče, po določenem času zaradi difuzije indikatorja pride do razbarvanja peptidosoma.<br /> <br /> Za prve teste inkapsulacije so uporabili reporterska seva Bacillus subtilis TMB4131 W168 lacA::erm Pveg-sfGFP in TMB3090 W168 sacA::cat Pveg-luxABCDE, ki konstitutivno izražata sfGFP oziroma luciferazo, tako da so lahko spremljali lokalizacijo bakterij z merjenjem fluorescence ali luminiscence. Z bralcem plošč so potrdili, da se bakterije nahajajo samo v peptidosomih in ne prehajajo v okoliški supernatant.<br /> Uspešnost zajetja Bacillus subtilis so dodatno preučili s pomočjo krioelektronske mikroskopije z vrstičnim elektronskim mikroskopom. Ugotovili so, da pri tvorbi ovoja veliko bakterij ostane le delno zajetih v peptidosomu, zato je le-tega pred inkubacijo potrebno dvakrat sprati s svežim medijem, da se prepreči prenos bakterij v okolico.<br /> <br /> Za prve teste inkapsulacije so uporabili reporterska seva Bacillus subtilis TMB4131 W168 lacA::erm Pveg-sfGFP in TMB3090 W168 sacA::cat Pveg-luxABCDE, ki konstitutivno izražata sfGFP oziroma luciferazo, tako da so lahko spremljali lokalizacijo bakterij z merjenjem fluorescence ali luminiscence. Z bralcem plošč so potrdili, da se bakterije nahajajo samo v peptidosomih in ne prehajajo v okoliški supernatant.<br /> Uspešnost zajetja Bacillus subtilis so dodatno preučili s pomočjo krioelektronske mikroskopije z vrstičnim elektronskim mikroskopom. Ugotovili so, da pri tvorbi ovoja veliko bakterij ostane le delno zajetih v peptidosomu, zato je le-tega pred inkubacijo potrebno dvakrat sprati s svežim medijem, da se prepreči prenos bakterij v okolico.<br /> <br /> Ker so peptidosomi izpolnjeni s tekočino in omogočajo izmenjavo snovi z okolico, populacija bakterij v njih lahko raste. Kot dokaz so vse peptidosome pripravili z enakim številom bakterij, nato pa so posamične peptidosome inkubirali različno dolgo pri 37°C. Po danem času so z njihovo vsebino inokulirali agarne plošče in po prekonočni inkubaciji dokumentirali število kolonij. Daljši inkubacijski časi peptidosomov so vodili do večjega števila kolonij na ploščah.<br /> <br /> <br /> ==Β-laktamski biosenzor==<br /> <br /> <br /> V zadnjih letih velik problem predstavlja vse večja odpornost bakterij na antibiotike, zato se povečuje potreba po odkrivanju novih spojin. Iskanje le-teh bi lahko olajšali celični biosenzorji, ki bi se poleg tega lahko uporabljali tudi za zaznavanje prisotnosti antibiotikov v pitni ali odpadni vodi. Pri projektu so pripravili β-laktamski biosenzor v B. subtilis z uporabo bla operona iz Streptococcus aureus.<br /> <br /> ===Priprava biosenzorskih sevov===<br /> <br /> Bla operon pri S. aureus omogoča zaznavanje in odpornost na β-laktamske antibiotike. Biosenzorske seve B. subtilis so pripravili s prenosom regulatornih elementov iz bla operona, gen BlaZ pa so zamenjali z luxABCDE operonom. Pripravili so štiri genetske konstrukte:<br /> receptorski gen blaR1 pod kontrolo močnega konstitutivnega promotorja Pveg,<br /> receptorski gen blaR1 pod kontrolo inducibilnega promotorja PxylA,<br /> represorski gen blaI pod kontrolo srednje močnega konstitutivnega promotorja PlepA,<br /> tarčna promotorska regija bla operona (PblaZ in PblaR1) v kombinaciji z luxABCDE operonom.<br /> <br /> ===Testiranje biosenozorjev===<br /> <br /> Pripravili so tri biosenzorske seve, pri katerih so nato določili občutljivost za 6 β-laktamskih antibiotikov: ampicilin, cefaleksin, cefoksitin, cefoperazon, karbenicilin in penicilin G. Za pozitivno kontrolo so uporabili bacitracin, za negativno pa vodo.<br /> Najprej so merili luminiscenco v tekočem mediju, kjer se je kot najbolj učinkovit izkazal biosenzor W168 thrC::pBS4S-PlepA_blaI lacA::pBS2E-Pveg_blaR1 sacA::pBS3C-PblaZ_lux penP::kanR. Tudi pri disk difuzijski metodi se je kot najbolj učinkovit izkazal omenjeni biosenzor, zato so ga izbrali za nadaljnjo uporabo. Določili so še njegovo dinamično območje za vseh 6 antibiotikov in ugotovili, da biosenzor lahko zanesljivo zazna vse testirane antibiotike pri koncentracijah, ki so višje od 10-3 μg/μl.<br /> <br /> ===Inkapsulacija biosenzorja v peptidosome===<br /> <br /> Za preizkus učinkovitosti biosenzorja, zajetega v peptidosomih, so pripravili 4 tipe peptidosomov: brez bakterij, z divijm tipom B. subtilis W168, z biosenzorskim sevom in kontrolnim sevom, ki konstitutivno izraža luciferazo. Ob indukciji z 0,2 μg/μl cefoperazona so opazili luminiscenco le pri petidosomih s kontrolnim sevom in biosenzorskim sevom ter tako potrdili, da antibiotik lahko vstopa v peptidosom in s tem demonstrirali uporabnost inkapsuliranega biosenzorja.<br /> <br /> <br /> ==Zbirka signalnih peptidov==<br /> <br /> Inkapsulacija biosenzorjev ni edina možna uporaba peptidosomov, saj bi le-ti lahko olajšali tudi proizvodnjo rekombinantnih proteinov in drugih snovi, ki jih bakterije izločajo v gojišče, ker omogočajo fizično ločitev bakterij in supernatanta.<br /> <br /> Bacillus subtilis se pogosto uporablja za ekspresijo proteinov, saj ima dobro zmožnost izločanja proteinov v gojišče. Tako kot pri večini drugih bakterij, je tudi pri B. subtilis izločanje proteinov večinoma regulirano preko Sec poti: na ribosomu se sintetizira protein, ki ima na N-koncu pripet signalni peptid; le-tega prepozna in veže delec, ki prepozna signal in protein transportira do membrane. Tam se protein veže v translokacijski kompleks, peptidaza pa odcepi signalni peptid. Nato se protein sprosti v supernatant, kjer zavzame nativno konformacijo.<br /> Vendar pa učinkovitost izločanja preko Sec poti ni odvisna samo od signalnega peptida, ampak tudi od kombinacije signalnega peptida in ciljnega proteina. Pri projektu so zato pripravili zbirko signalnih peptidov in razvili metodo za visokozmogljivostno iskanje najučinkovitejše kombinacije danega proteina in signalnega peptida.<br /> <br /> ===Priprava zbirke signalnih peptidov in vektorja za vrednotenje===<br /> <br /> Bacillus subtilis vsebuje približno 170 signalnih peptidov, povezanih s Sec potjo. Pri projektu jim jih je uspelo klonirati 74. Vse so optimizirali tako, da so uporabni za grampozitivne in gramnegativne organizme, tako da je zbirka univerzalna za vse bakterije.<br /> <br /> Za lažje presejanje vseh možnih kombinacij signalnih peptidov in ciljnih proteinov so pripravili še vektor za vrednotenje in standardiziran postopek za kloniranje. Kot osnovo so si izbrali integracijski vektor B. subtilis pBS1C1 ter modificirali klonirno mesto tako, da omogoča enostavno zamenjavo promotorja in fuzijskih parov, poleg tega pa izpolnjuje standarda RFC10 in RFC25. Splošno uporabnost metode so nato demonstrirali z optimizacijo izločanja treh proteinov - α-amilaze B. subtilis, sfGFP in mCherry. Pri vseh treh proteinih jim je uspelo identificirati seve z najvišjo koncentracijo proteina v supernatantu, s sekvenciranjem pa so potem lahko določili, kateri signalni peptid je najbolj primeren v kombinaciji z danim proteinom.<br /> <br /> <br /> ==Izločanje==<br /> <br /> <br /> Namesto izločanja enega samega proteina bi lahko v kombinaciji s peptidosomi pripravili več proizvodnih sevov in jih fizično ločeno gojili v kokulturi. Na ta način bi lahko proizvajali tudi proteinske komplekse in sicer z uporabo SpyTag/SpyCatcher sistema. Enote sistema se lahko spoji s poljubnimi ciljnimi proteini, ob izločanju teh proteinov iz celice pa se med SpyTag/SpyCatcher partnerjema tvori izopeptidna vez.<br /> <br /> Pri projektu so pripravili N- in C-končne fuzije vseh mogočih kombinacij SpyTag in SpyCatcher s proteinoma mCherry in sfGFP. S plazmidi so transformirali B. subtilis sev WB800N (ki ne izloča proteaz). Izmerili so fluorescenco supernatantov vseh transformant, ločeno pa so izmerili tudi fluorescenco celic samih. Fluorescenca celic je bila znatno manjša kot pri supernatantu, torej je intenziteta res odvisna od izločenih proteinov.<br /> Z NaDS-PAGE, za katero so uporabili očiščene supernatante mCherry produkcijskih sevov, so nato dokazali funkcioniranje SpyTag/SpyCatcher sistema. Na gelu so uspešno identificirali lise, ki so pripadale posameznima fuzijama mCherry-SpyCatcher in mCherry-SpyTag. Supernatanta so nato zmešali in po 4-urni inkubaciji na gelu opazili novo liso, ki je po molekulski masi ustrezala kovalentno povezanima mCherry konstruktoma.<br /> <br /> <br /> ==Komunikacija==<br /> <br /> <br /> Za reševanje kompleksnih nalog bi bilo smiselno pripraviti različne seve bakterij, ki bi usklajeno opravljali ločene naloge. Subpopulacije bi lahko zajeli v peptidosome in jih fizično ločili, vendar bi se morala ohraniti komunikacija med populacijami.<br /> <br /> Za prikaz komunikacije med sevi B. subtilis so izkoristili regulatorni sistem za razvoj kompetence, ki temelji na zaznavanju celične gostote. B. subtilis ves čas izloča feromon ComX, njegova koncentracija v mediju je odvisna od gostote celic. Ko doseže pražno koncentracijo, aktivira ComP, membransko proteinsko kinazo, ki fosforilira regulator ComA, ta pa se kot transkripcijski faktor veže na več promotorjev in spodbudi transkripcijo. Končni rezultat je privzem DNA v B. subtilis.<br /> <br /> Komunikacijo so prikazali med dvema različnima sevoma - pošiljateljskim (SeSt), ki izloča ComX in prejemniškim (ReSt), ki v prisotnosti ComX da merljiv signal. SeSt sev je bil pripravljen na osnovi seva W168 (divji tip), ki mu je bila dodana inducibilna kopija gena comX. Pripravili so tudi več ReSt sevov, tako da so lux operon kombinirali z različnimi promotorji kompetenčnega sistema (PsrfA, PrapA, PrapF, PcomG, PcomKmut). S preverjanjemaktivnosti posameznih promotorjev so ugotovili, da je uporaben le PsrfA, saj je bila le pri njem merljiva indukcija luminiscence s ComX.<br /> <br /> ===Komunikacija med SeSt in ReSt===<br /> <br /> Komunikacijo so najprej demonstrirali na mikrotitrskih ploščah z vstavki. ReSt in SeSt seve so ločeno vnesli na mikrotitrsko ploščo ali v vstavke za ploščo. Vstavki so zaradi porozne membrane omogočali izmenjavo snovi (ComX) med sevoma, zato so lahko zaznali luminiscenco.<br /> Nato so SeSt sev prosto suspendirali v mediju, ReSt sev pa zajeli v peptidosom, da bi dokazali komunikacijo med prostimi in inkapsuliranimi bakterijami. Povečano intenziteto luminiscence so zaznali samo v primeru kokulture obeh sevov.<br /> <br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> <br /> Pri projektu so uspešno pripravili peptidosome in jih karakterizirali kot nov sistem za inkapsulacijo bakterij. Pokazali so, da bakterije preživijo in rastejo v peptidosomih in da lahko izločajo proteine ter komunicirajo z okolico. Ker peptidosomi preprečujejo izpust bakterij, bi bili zelo uporabni, kadar bi želeli izkoriščati uporabne lastnosti bakterij, a bi se želeli izogniti uhajanju bakterij v okolje.</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2017/18&diff=13720 2018-01-15T09:50:20Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:<br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> #[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah]&lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.<br /> <br /> ---------------------------<br /> Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):<br /> <br /> 27.11. &lt;br&gt;<br /> 1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]&lt;br&gt;<br /> 2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku]&lt;br&gt;<br /> <br /> 28.11.&lt;br&gt;<br /> 1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> 2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] &lt;br&gt;<br /> 3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 4.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] &lt;br&gt;<br /> 2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 5.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] &lt;br&gt;<br /> 2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> 3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] &lt;br&gt; <br /> 4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 12.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] &lt;br&gt;<br /> 2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] &lt;br&gt;<br /> 3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] &lt;br&gt;<br /> 4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 19.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] &lt;br&gt; <br /> 2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] &lt;br&gt;<br /> 3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> 4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 9.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] &lt;br&gt;<br /> 2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> 3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 15.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 16.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Inge Sotlar - Super tobak &lt;br&gt;<br /> 2 Marija Kisilak - [[Enkabcillus - to je past!]]&lt;br&gt;<br /> 3 Nataša Traven&lt;br&gt;<br /> 4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 22.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Mojca Hunski &lt;br&gt;<br /> 2 Tomaž Žagar &lt;br&gt;<br /> 3 Tadej Ulčnik &lt;br&gt;<br /> 4 Jakob Rupert&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 23.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Cirnski &lt;br&gt;<br /> 2 Rok Ferenc &lt;br&gt;<br /> 3 Barbara Lipovšek &lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2017/18&diff=13718 2018-01-15T09:45:59Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:<br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> #[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah]&lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.<br /> <br /> ---------------------------<br /> Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):<br /> <br /> 27.11. &lt;br&gt;<br /> 1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]&lt;br&gt;<br /> 2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku]&lt;br&gt;<br /> <br /> 28.11.&lt;br&gt;<br /> 1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> 2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] &lt;br&gt;<br /> 3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 4.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] &lt;br&gt;<br /> 2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 5.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] &lt;br&gt;<br /> 2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> 3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] &lt;br&gt; <br /> 4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 12.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] &lt;br&gt;<br /> 2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] &lt;br&gt;<br /> 3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] &lt;br&gt;<br /> 4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 19.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] &lt;br&gt; <br /> 2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] &lt;br&gt;<br /> 3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> 4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 9.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] &lt;br&gt;<br /> 2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> 3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 15.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 16.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Inge Sotlar - Super tobak &lt;br&gt;<br /> 2 Marija Kisilak - Enkabcillus - to je past!&lt;br&gt;<br /> 3 Nataša Traven&lt;br&gt;<br /> 4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 22.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Mojca Hunski &lt;br&gt;<br /> 2 Tomaž Žagar &lt;br&gt;<br /> 3 Tadej Ulčnik &lt;br&gt;<br /> 4 Jakob Rupert&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 23.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Cirnski &lt;br&gt;<br /> 2 Rok Ferenc &lt;br&gt;<br /> 3 Barbara Lipovšek &lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2017/18&diff=13717 2018-01-15T09:45:15Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:<br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> #[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah]&lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.<br /> <br /> ---------------------------<br /> Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):<br /> <br /> 27.11. &lt;br&gt;<br /> 1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]&lt;br&gt;<br /> 2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku]&lt;br&gt;<br /> <br /> 28.11.&lt;br&gt;<br /> 1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> 2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] &lt;br&gt;<br /> 3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 4.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] &lt;br&gt;<br /> 2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 5.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] &lt;br&gt;<br /> 2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> 3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] &lt;br&gt; <br /> 4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 12.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] &lt;br&gt;<br /> 2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] &lt;br&gt;<br /> 3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] &lt;br&gt;<br /> 4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 19.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] &lt;br&gt; <br /> 2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] &lt;br&gt;<br /> 3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> 4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 9.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] &lt;br&gt;<br /> 2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> 3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 15.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 16.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Inge Sotlar - Super tobak &lt;br&gt;<br /> 2 Marija Kisilak&lt;br&gt; - Enkabcillus - to je past!<br /> 3 Nataša Traven&lt;br&gt;<br /> 4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 22.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Mojca Hunski &lt;br&gt;<br /> 2 Tomaž Žagar &lt;br&gt;<br /> 3 Tadej Ulčnik &lt;br&gt;<br /> 4 Jakob Rupert&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 23.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Cirnski &lt;br&gt;<br /> 2 Rok Ferenc &lt;br&gt;<br /> 3 Barbara Lipovšek &lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2017/18&diff=13396 2017-11-16T17:34:36Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:<br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) <br /> #<br /> #<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) <br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.<br /> <br /> ---------------------------<br /> Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):<br /> <br /> 27.11. &lt;br&gt;<br /> 1&lt;br&gt;<br /> 2&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 28.11.&lt;br&gt;<br /> 1 Tjaša Grum &lt;br&gt;<br /> 2 Ana Cirnski &lt;br&gt;<br /> 3 Petra Vivod &lt;br&gt;<br /> 4 Urška Černe &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 4.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Sara Kimm Fuhrmann &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 5.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Urška Furar&lt;br&gt;<br /> 2 Tina Lekan &lt;br&gt;<br /> 3 Katja Malovrh &lt;br&gt; <br /> 4 Jernej Vidmar &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 12.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Helena Jakše &lt;br&gt;<br /> 2 Tjaša Bensa &lt;br&gt;<br /> 3 Sabina Štukelj &lt;br&gt;<br /> 4 Amadeja Lapornik&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 19.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Krišelj &lt;br&gt;<br /> 2 Vanna Imširović &lt;br&gt;<br /> 3 Dominik Dekleva &lt;br&gt;<br /> 4 Neža Gaube &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 9.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Nastja Marondini &lt;br&gt;<br /> 2 Elizabeta Jevnikar &lt;br&gt;<br /> 3 Nina Roštan &lt;br&gt;<br /> 4 Barbara Lipovšek&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 15.1.&lt;br&gt;<br /> 1&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 16.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Inge Sotlar &lt;br&gt;<br /> 2 Marija Kisilak&lt;br&gt;<br /> 3&lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 22.1.&lt;br&gt;<br /> 1&lt;br&gt;<br /> 2&lt;br&gt;<br /> 3&lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 23.1.&lt;br&gt;<br /> 1&lt;br&gt;<br /> 2&lt;br&gt;<br /> 3&lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Multipleksna_detekcija_na_zdravila_odporne_tuberkuloze_z_binarnimi_deoksiribocimnimi_senzorji&diff=12645 2017-04-10T22:04:54Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>[http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051 Multiplex detection of extensively drug resistant tuberculosis using binary deoxyribozyme sensors] &lt;ref&gt;Bengston, H. N., Homolka, S., Niemann, S., Reis, A. J., da Sliva, P. E., Gerasimova, Y. V., Kolpashchikov, D. M., Rohde, K. H. Multiplex detection of extensively drug resistant tuberculosis using binary deoxyribozyme sensors. Biosensors and Bioelectronics, 2017, 94, str. 176-183.&lt;/ref&gt;<br /> <br /> <br /> Tuberkulozo povzroča ''Mycobacterium tuberculosis'' (Mtb). Po podatkih WHO iz leta 2015 sodi tuberkuloza med 10 najpogostejših vzrokov smrti. Leta 2015 je bilo diagnosticiranih 480.000 novih primerov multirezistentne oblike tuberkuloze.&lt;ref&gt;[http://www.who.int/gho/tb/en/ WHO Tuberculosis]&lt;/ref&gt;<br /> <br /> Rezistentni sevi tuberkuloze so odporni na antibiotike prve linije (rifampin, isoniazid), zato je potrebno paciente zdraviti z antibiotiki druge linije, ki so dražji in manj učinkoviti. Sevi, ki so dodatno odporni na fluorokinolone in eno od intravenoznih zdravil (amikacin, kapreomicin, kanamicin), se smatrajo za obsežno odporne. Odpornost se pojavi zaradi polimorfizmov enega nukleotida (SNP) – zamenjava nukleotida v nekem genu vodi do zmanjšane učinkovitosti antibiotikov. Pri Mtb se take mutacije najpogosteje pojavljajo v genih rpoB, katG, inhA in gyrA.<br /> <br /> Rutinsko uporabljene diagnostične metode, kot sta mikroskopija razmaza sputuma in kultivacija, imajo slabo občutljivost ali pa so dolgotrajne in potrebujejo dobro opremljene laboratorije. Razvoj testov pomnoževanja nukleinskih kislin je omogočil hitrejše zaznavanje Mtb in preverjanje občutljivosti na zdravila.<br /> <br /> <br /> <br /> ==Nova metoda za hkratno detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'' in rezistence==<br /> DNA bakterij v kliničnem izolatu se najprej pomnoži z multipleksnim PCR (mPCR) - pomnožijo se samo posamezni segmenti petih genov: 23S rRNA za identifikacijo Mtb in segmenti genov rpoB, katG, inhA, gyrA, kjer se nahaja večina SNP-jev, povezanih z rezistenco na antibiotike. Prisotnost posameznih amplikonov (ki imajo lahko mutirano zaporedje – mt, ali zaporedje divjega tipa – wt), se potrdi z uporabo selektivnih in specifičnih binarnih deoksiribocimnih senzorjev (BiDz). Senzorji so sestavljeni iz 2 različnih ssDNA verig (Dza in Dzb), vsaka vsebuje vezavno zaporedje za substrat in polovico deoksiribocimnega katalitskega jedra. Če pride do hibridizacije obeh verig s tarčnim zaporedjem, se med obema senzorjema tvori katalitsko jedro, ki cepi substrat s fluoroforjem in dušilcem fluorescence, zaradi česar se poveča fluorescenca vzorca.<br /> <br /> Metoda ima mnoge prednosti: uporablja univerzalen substrat; meja zaznave je zaradi katalitske cepitve substrata nizka; razločevati je mogoče med analiti, ki se razlikujejo v enem samem nukleotidu. Zato predstavlja točno in poceni osnovo za detekcijo in analizo multirezistentnih oblik Mtb.<br /> <br /> <br /> ==Rezultati in razprava==<br /> BiDz senzorji za začetno optimizacijo so bili zasnovani z različnimi dolžinami Dza in Dzb verig, prav tako so imeli različne lokacije SNP-jev (torej so se vezali na različna mesta na DNA). Izbrani so bili senzorji, ki so selektivno zaznali samo en možen SNP, hkrati pa so imeli visoko občutljivost (podana kot razmerje signal/ozadje).<br /> <br /> Izbranih je bilo 11 BiDz senzorjev, komplementarnih wt in mt zaporedjem Mtb. Le-te so uporabili za analizo z mPCR pomnoženih vzorcev divjega tipa Mtb in kliničnih izolatov, ki so imeli različne vzorce mutacij, povezanih z rezistenco. Vsak senzorji je specifično zaznali le prisotnost specifičnega tarčnega amplikona, občutljivost (razmerje signal/ozadje) pa je bila velika le v primeru specifične detekcije.<br /> <br /> Z optimizacijo samega eksperimenta so ugotovili, da je najbolj ugoden čas inkubacije vzorca s senzorji 45 minut. V tem času se fluorescenca zaradi katalitske reakcije dovolj ojača, da jo je mogoče zanesljivo izmeriti, hkrati pa je eksperiment dovolj kratek, da omogoča ambulantno diagnostiko.<br /> Z metodo bi bilo mogoče zaznati tudi mešane okužbe. To so okužbe, pri katerih je v veliki populaciji na antibiotike občutljivih bakterij, majhen delež rezistentnih. Z modelnim eksperimentom, kjer so v vzorcu imeli le 10-odstotkov amplikonov rezistentnega seva, so uspeli pokazati uspešno specifično in občutljivo detekcijo SNP, povezanih z odpornostjo. <br /> <br /> Modelni eksperiment je potrdil tudi možnost uporabe kombinatornega pristopa. V tem primeru bi se uporabila univerzalna Dza veriga v kombinaciji z več Dzb senzorji, ki bi bili zasnovani tako, da bi ločevali med različnimi nukleotidi, ki se lahko pojavijo pri posamezni mutaciji (SNP).<br /> <br /> <br /> ==Pomen metode==<br /> Opisana metoda je zaradi uporabe univerzalnega substrata in enostavnih oligonukleotidnih BiDz senzorjev poceni in zelo prilagodljiva. Zato predstavlja hitro alternativo za diagnosticiranje tuberkuloze in ugotavljanje odpornosti na zdravila in bi se kot taka lahko uporabljala za ambulantno diagnostiko. Nadomestitev PCR iz izotermnim pomnoževanjem in uporaba kromogenih substratov bi še dodatno olajšala ambulantno uporabo testa.<br /> Zaradi prilagodljivosti in enostavne zasnove senzorjev, bi se spremenjena metoda lahko uporabljala tudi za diagnosticiranje drugih okužb ali raka.<br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> &lt;references/&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> Pojdi nazaj na [[MBT seminarji 2017]].</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Multipleksna_detekcija_na_zdravila_odporne_tuberkuloze_z_binarnimi_deoksiribocimnimi_senzorji&diff=12644 2017-04-10T22:01:48Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>[http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051 Multiplex detection of extensively drug resistant tuberculosis using binary deoxyribozyme sensors] &lt;ref&gt;Bengston, H. N., Homolka, S., Niemann, S., Reis, A. J., da Sliva, P. E., Gerasimova, Y. V., Kolpashchikov, D. M., Rohde, K. H. Multiplex detection of extensively drug resistant tuberculosis using binary deoxyribozyme sensors. Biosensors and Bioelectronics, 2017, 94, str. 176-183.&lt;/ref&gt;<br /> <br /> <br /> Tuberkulozo povzroča ''Mycobacterium tuberculosis'' (Mtb). Po podatkih WHO iz leta 2015 sodi tuberkuloza med 10 najpogostejših vzrokov smrti. Leta 2015 je bilo diagnosticiranih 480.000 novih primerov multirezistentne oblike tuberkuloze.&lt;ref&gt;[http://www.who.int/gho/tb/en/ WHO Tuberculosis]&lt;/ref&gt;<br /> <br /> Rezistentni sevi tuberkuloze so odporni na antibiotike prve linije (rifampin, isoniazid), zato je potrebno paciente zdraviti z antibiotiki druge linije, ki so dražji in manj učinkoviti. Sevi, ki so dodatno odporni na fluorokinolone in eno od intravenoznih zdravil (amikacin, kapreomicin, kanamicin), se smatrajo za obsežno odporne. Odpornost se pojavi zaradi polimorfizmov enega nukleotida (SNP) – zamenjava nukleotida v nekem genu vodi do zmanjšane učinkovitosti antibiotikov. Pri Mtb se take mutacije najpogosteje pojavljajo v genih rpoB, katG, inhA in gyrA.<br /> <br /> Rutinsko uporabljene diagnostične metode, kot sta mikroskopija razmaza sputuma in kultivacija, imajo slabo občutljivost ali pa so dolgotrajne in potrebujejo dobro opremljene laboratorije. Razvoj testov pomnoževanja nukleinskih kislin je omogočil hitrejše zaznavanje Mtb in preverjanje občutljivosti na zdravila.<br /> <br /> <br /> <br /> ==Nova metoda za hkratno detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'' in rezistence==<br /> DNA bakterij v kliničnem izolatu se najprej pomnoži z multipleksnim PCR (mPCR) - pomnožijo se samo posamezni segmenti petih genov: 23S rRNA za identifikacijo Mtb in segmenti genov rpoB, katG, inhA, gyrA, kjer se nahaja večina SNP-jev, povezanih z rezistenco na antibiotike. Prisotnost posameznih amplikonov (ki imajo lahko mutirano zaporedje – mt, ali zaporedje divjega tipa – wt), se potrdi z uporabo selektivnih in specifičnih binarnih deoksiribocimnih senzorjev (BiDz). Senzorji so sestavljeni iz 2 različnih ssDNA verig (Dza in Dzb), vsaka vsebuje vezavno zaporedje za substrat in polovico deoksiribocimnega katalitskega jedra. Če pride do hibridizacije obeh verig s tarčnim zaporedjem, se med obema senzorjema tvori katalitsko jedro, ki cepi substrat s fluoroforom in dušilcem fluorescence, zaradi česar se poveča fluorescenca vzorca.<br /> <br /> Metoda ima mnoge prednosti: uporablja univerzalen substrat; meja zaznave je zaradi katalitske cepitve substrata nizka; razločevati je mogoče med analiti, ki se razlikujejo v enem samem nukleotidu. Zato predstavlja točno in poceni osnovo za detekcijo in analizo multirezistentnih oblik Mtb.<br /> <br /> <br /> ==Rezultati in razprava==<br /> BiDz senzorji za začetno optimizacijo so bili zasnovani z različnimi dolžinami Dza in Dzb verig, prav tako so imeli različne lokacije SNP-jev (torej so se vezali na različna mesta na DNA). Izbrani so bili senzorji, ki so selektivno zaznali samo en možen SNP, hkrati pa so imeli visoko občutljivost (podana kot razmerje signal/ozadje).<br /> <br /> Izbranih je bilo 11 BiDz senzorjev, komplementarnih wt in mt zaporedjem Mtb. Le-te so uporabili za analizo z mPCR pomnoženih vzorcev divjega tipa Mtb in kliničnih izolatov, ki so imeli različne vzorce mutacij, povezanih z rezistenco. Vsak senzorji je specifično zaznali le prisotnost specifičnega tarčnega amplikona, občutljivost (razmerje signal/ozadje) pa je bila velika le v primeru specifične detekcije.<br /> <br /> Z optimizacijo samega eksperimenta so ugotovili, da je najbolj ugoden čas inkubacije vzorca s senzorji 45 minut. V tem času se fluorescenca zaradi katalitske reakcije dovolj ojača, da jo je mogoče zanesljivo izmeriti, hkrati pa je eksperiment dovolj kratek, da omogoča ambulantno diagnostiko.<br /> Z metodo bi bilo mogoče zaznati tudi mešane okužbe. To so okužbe, pri katerih je v veliki populaciji na antibiotike občutljivih bakterij, majhen delež rezistentnih. Z modelnim eksperimentom, kjer so v vzorcu imeli le 10-odstotkov amplikonov rezistentnega seva, so uspeli pokazati uspešno specifično in občutljivo detekcijo SNP, povezanih z odpornostjo. <br /> <br /> Modelni eksperiment je potrdil tudi možnost uporabe kombinatornega pristopa. V tem primeru bi se uporabila univerzalna Dza veriga v kombinaciji z več Dzb senzorji, ki bi bili zasnovani tako, da bi ločevali med različnimi nukleotidi, ki se lahko pojavijo pri posamezni mutaciji (SNP).<br /> <br /> <br /> ==Pomen metode==<br /> Opisana metoda je zaradi uporabe univerzalnega substrata in enostavnih oligonukleotidnih BiDz senzorjev poceni in zelo prilagodljiva. Zato predstavlja hitro alternativo za diagnosticiranje tuberkuloze in ugotavljanje odpornosti na zdravila in bi se kot taka lahko uporabljala za ambulantno diagnostiko. Nadomestitev PCR iz izotermnim pomnoževanjem in uporaba kromogenih substratov bi še dodatno olajšala ambulantno uporabo testa.<br /> Zaradi prilagodljivosti in enostavne zasnove senzorjev, bi se spremenjena metoda lahko uporabljala tudi za diagnosticiranje drugih okužb ali raka.<br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> &lt;references/&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> Pojdi nazaj na [[MBT seminarji 2017]].</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Multipleksna_detekcija_na_zdravila_odporne_tuberkuloze_z_binarnimi_deoksiribocimnimi_senzorji&diff=12643 2017-04-10T22:00:11Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>[http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051 Multiplex detection of extensively drug resistant tuberculosis using binary deoxyribozyme sensors] &lt;ref&gt;Bengston, H. N., Homolka, S., Niemann, S., Reis, A. J., da Sliva, P. E., Gerasimova, Y. V., Kolpashchikov, D. M., Rohde, K. H. Multiplex detection of extensively drug resistant tuberculosis using binary deoxyribozyme sensors. Biosensors and Bioelectronics, 2017, 94, str. 176-183.&lt;/ref&gt;<br /> <br /> <br /> Tuberkulozo povzroča ''Mycobacterium tuberculosis'' (Mtb). Po podatkih WHO iz leta 2015 sodi tuberkuloza med 10 najpogostejših vzrokov smrti. Leta 2015 je bilo diagnosticiranih 480.000 novih primerov multirezistentne oblike tuberkuloze.&lt;ref&gt;[http://www.who.int/gho/tb/en/ WHO Tuberculosis]&lt;/ref&gt;<br /> <br /> Rezistentni sevi tuberkuloze so odporni na antibiotike prve linije (rifampin, isoniazid), zato je potrebno paciente zdraviti z antibiotiki druge linije, ki so dražji in manj učinkoviti. Sevi, ki so dodatno odporni na fluorokinolone in eno od intravenoznih zdravil (amikacin, kapreomicin, kanamicin), se smatrajo za obsežno odporne. Odpornost se pojavi zaradi polimorfizmov enega nukleotida (SNP) – zamenjava nukleotida v nekem genu vodi do zmanjšane učinkovitosti antibiotikov. Pri Mtb se take mutacije najpogosteje pojavljajo v genih rpoB, katG, inhA in gyrA.<br /> <br /> Rutinsko uporabljene diagnostične metode, kot sta mikroskopija razmaza sputuma in kultivacija, imajo slabo občutljivost ali pa so dolgotrajne in potrebujejo dobro opremeljene laboratorije. Razvoj testov pomnoževanja nukleinskih kislin je omogočil hitrejše zaznavanje Mtb in preverjanje občutljivosti na zdravila.<br /> <br /> <br /> <br /> ==Nova metoda za hkratno detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'' in rezistence==<br /> DNA bakterij v kliničnem izolatu se najprej pomnoži z multipleksnim PCR (mPCR) - pomnožijo se samo posamezni segmenti petih genov: 23S rRNA za identifikacijo Mtb in segmenti genov rpoB, katG, inhA, gyrA, kjer se nahaja večina SNP-jev, povezanih z rezistenco na antibiotike. Prisotnost posameznih amplikonov (ki imajo lahko mutirano zaporedje – mt, ali zaporedje divjega tipa – wt), se potrdi z uporabo selektivnih in specifičnih binarnih deoksiribocimnih senzorjev (BiDz). Senzorji so sestavljeni iz 2 različnih ssDNA verig (Dza in Dzb), vsaka vsebuje vezavno zaporedje za substrat in polovico deoksiribocimnega katalitskega jedra. Če pride do hibridizacije obeh verig s tarčnim zaporedjem, se med obema senzorjema tvori katalitsko jedro, ki cepi substrat s fluoroforom in dušilcem fluorescence, zaradi česar se poveča fluorescenca vzorca.<br /> <br /> Metoda ima mnoge prednosti: uporablja univerzalen substrat; meja zaznave je zaradi katalitske cepitve substrata nizka; razločevati je mogoče med analiti, ki se razlikujejo v enem samem nukleotidu. Zato predstavlja točno in poceni osnovo za detekcijo in analizo multirezistentnih oblik Mtb.<br /> <br /> <br /> ==Rezultati in razprava==<br /> BiDz senzorji za začetno optimizacijo so bili zasnovani z različnimi dolžinami Dza in Dzb verig, prav tako so imeli različne lokacije SNP-jev (torej so se vezali na različna mesta na DNA). Izbrani so bili senzorji, ki so selektivno zaznali samo en možen SNP, hkrati pa so imeli visoko občutljivost (podana kot razmerje signal/ozadje).<br /> <br /> Izbranih je bilo 11 BiDz senzorjev, komplementarnih wt in mt zaporedjem Mtb. Le-te so uporabili za analizo z mPCR pomnoženih vzorcev divjega tipa Mtb in kliničnih izolatov, ki so imeli različne vzorce mutacij, povezanih z rezistenco. Vsak senzorji je specifično zaznali le prisotnost specifičnega tarčnega amplikona, občutljivost (razmerje signal/ozadje) pa je bila velika le v primeru specifične detekcije.<br /> <br /> Z optimizacijo samega eksperimenta so ugotovili, da je najbolj ugoden čas inkubacije vzorca s senzorji 45 minut. V tem času se fluorescenca zaradi katalitske reakcije dovolj ojača, da jo je mogoče zanesljivo izmeriti, hkrati pa je eksperiment dovolj kratek, da omogoča ambulantno diagnostiko.<br /> Z metodo bi bilo mogoče zaznati tudi mešane okužbe. To so okužbe, pri katerih je v veliki populaciji na antibiotike občutljivih bakterij, majhen delež rezistentnih. Z modelnim eksperimentom, kjer so v vzorcu imeli le 10-odstotkov amplikonov rezistentnega seva, so uspeli pokazati uspešno specifično in občutljivo detekcijo SNP, povezanih z odpornostjo. <br /> <br /> Modelni eksperiment je potrdil tudi možnost uporabe kombinatornega pristopa. V tem primeru bi se uporabila univerzalna Dza veriga v kombinaciji z več Dzb senzorji, ki bi bili zasnovani tako, da bi ločevali med različnimi nukleotidi, ki se lahko pojavijo pri posamezni mutaciji (SNP).<br /> <br /> <br /> ==Pomen metode==<br /> Opisana metoda je zaradi uporabe univerzalnega substrata in enostavnih oligonukleotidnih BiDz senzorjev poceni in zelo prilagodljiva. Zato predstavlja hitro alternativo za diagnosticiranje tuberkuloze in ugotavljanje odpornosti na zdravila in bi se kot taka lahko uporabljala za ambulantno diagnostiko. Nadomestitev PCR iz izotermnim pomnoževanjem in uporaba kromogenih substratov bi še dodatno olajšala ambulantno uporabo testa.<br /> Zaradi prilagodljivosti in enostavne zasnove senzorjev, bi se spremenjena metoda lahko uporabljala tudi za diagnosticiranje drugih okužb ali raka.<br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> &lt;references/&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> Pojdi nazaj na [[MBT seminarji 2017]].</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Multipleksna_detekcija_na_zdravila_odporne_tuberkuloze_z_binarnimi_deoksiribocimnimi_senzorji&diff=12642 2017-04-10T21:58:30Z

<p>Marija Kisilak: New page: [http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051 Multiplex detection of extensively drug resistant tuberculosis using binary deoxyribozyme sensors] &lt;ref&gt;Bengston, H. N., Homolka, S., Niemann,...</p> <hr /> <div>[http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051 Multiplex detection of extensively drug resistant tuberculosis using binary deoxyribozyme sensors] &lt;ref&gt;Bengston, H. N., Homolka, S., Niemann, S., Reis, A. J., da Sliva, P. E., Gerasimova, Y. V., Kolpashchikov, D. M., Rohde, K. H. Multiplex detection of extensively drug resistant tuberculosis using binary deoxyribozyme sensors. Biosensors and Bioelectronics, 2017, 94, str. 176-183.&lt;/ref&gt;<br /> <br /> <br /> Tuberkulozo povzroča ''Mycobacterium tuberculosis'' (Mtb). Po podatkih WHO iz leta 2015 sodi tuberkuloza med 10 najpogostejših vzrokov smrti. Leta 2015 je bilo diagnosticiranih 480.000 novih primerov multirezistentne oblike tuberkuloze.&lt;ref&gt;[http://www.who.int/gho/tb/en/ WHO Tuberculosis]&lt;/ref&gt;<br /> <br /> Rezistentni sevi tuberkuloze so odporni na antibiotike prve linije (rifampin, isoniazid), zato je potrebno paciente zdraviti z antibiotiki druge linije, ki so dražji in manj učinkoviti. Sevi, ki so dodatno odporni na fluorokinolone (FQ) in eno od intravenoznih zdravil (amikacin, kapreomicin, kanamicin), se smatrajo za obsežno odporne. Odpornost se pojavi zaradi polimorfizmov enega nukleotida (SNP) – zamenjava nukleotida v nekem genu vodi do zmanjšane učinkovitosti antibiotikov. Pri Mtb se take mutacije najpogosteje pojavljajo v genih rpoB, katG, inhA in gyrA.<br /> <br /> Rutinsko uporabljene diagnostične metode, kot sta mikroskopija razmaza sputuma in kultivacija, imajo slabo občutljivost ali pa so dolgotrajne in potrebujejo dobro opremeljene laboratorije. Razvoj testov pomnoževanja nukleinskih kislin je omogočil hitrejše zaznavanje Mtb in preverjanje občutljivosti na zdravila.<br /> <br /> <br /> <br /> ==Nova metoda za hkratno detekcijo ''Mycobacterium tuberculosis'' in rezistence==<br /> DNA bakterij v kliničnem izolatu se najprej pomnoži z multipleksnim PCR (mPCR) - pomnožijo se samo posamezni segmenti petih genov: 23S rRNA za identifikacijo Mtb in segmenti genov rpoB, katG, inhA, gyrA, kjer se nahaja večina SNP-jev, povezanih z rezistenco na antibiotike. Prisotnost posameznih amplikonov (ki imajo lahko mutirano zaporedje – mt, ali zaporedje divjega tipa – wt), se potrdi z uporabo selektivnih in specifičnih binarnih deoksiribocimnih senzorjev (BiDz). Senzorji so sestavljeni iz 2 različnih ssDNA verig (Dza in Dzb), vsaka vsebuje vezavno zaporedje za substrat in polovico deoksiribocimnega katalitskega jedra. Če pride do hibridizacije obeh verig s tarčnim zaporedjem, se med obema senzorjema tvori katalitsko jedro, ki cepi substrat s fluoroforom in dušilcem fluorescence, zaradi česar se poveča fluorescenca vzorca.<br /> <br /> Metoda ima mnoge prednosti: uporablja univerzalen substrat; meja zaznave je zaradi katalitske cepitve substrata nizka; razločevati je mogoče med analiti, ki se razlikujejo v enem samem nukleotidu. Zato predstavlja točno in poceni osnovo za detekcijo in analizo multirezistentnih oblik Mtb.<br /> <br /> <br /> ==Rezultati in razprava==<br /> BiDz senzorji za začetno optimizacijo so bili zasnovani z različnimi dolžinami Dza in Dzb verig, prav tako so imeli različne lokacije SNP-jev (torej so se vezali na različna mesta na DNA). Izbrani so bili senzorji, ki so selektivno zaznali samo en možen SNP, hkrati pa so imeli visoko občutljivost (podana kot razmerje signal/ozadje).<br /> <br /> Izbranih je bilo 11 BiDz senzorjev, komplementarnih wt in mt zaporedjem Mtb. Le-te so uporabili za analizo z mPCR pomnoženih vzorcev divjega tipa Mtb in kliničnih izolatov, ki so imeli različne vzorce mutacij, povezanih z rezistenco. Vsak senzorji je specifično zaznali le prisotnost specifičnega tarčnega amplikona, občutljivost (razmerje signal/ozadje) pa je bila velika le v primeru specifične detekcije.<br /> <br /> Z optimizacijo samega eksperimenta so ugotovili, da je najbolj ugoden čas inkubacije vzorca s senzorji 45 minut. V tem času se fluorescenca zaradi katalitske reakcije dovolj ojača, da jo je mogoče zanesljivo izmeriti, hkrati pa je eksperiment dovolj kratek, da omogoča ambulantno diagnostiko.<br /> Z metodo bi bilo mogoče zaznati tudi mešane okužbe. To so okužbe, pri katerih je v veliki populaciji na antibiotike občutljivih bakterij, majhen delež rezistentnih. Z modelnim eksperimentom, kjer so v vzorcu imeli le 10-odstotkov amplikonov rezistentnega seva, so uspeli pokazati uspešno specifično in občutljivo detekcijo SNP, povezanih z odpornostjo. <br /> <br /> Modelni eksperiment je potrdil tudi možnost uporabe kombinatornega pristopa. V tem primeru bi se uporabila univerzalna Dza veriga v kombinaciji z več Dzb senzorji, ki bi bili zasnovani tako, da bi ločevali med različnimi nukleotidi, ki se lahko pojavijo pri posamezni mutaciji (SNP).<br /> <br /> <br /> ==Pomen metode==<br /> Opisana metoda je zaradi uporabe univerzalnega substrata in enostavnih oligonukleotidnih BiDz senzorjev poceni in zelo prilagodljiva. Zato predstavlja hitro alternativo za diagnosticiranje tuberkuloze in ugotavljanje odpornosti na zdravila in bi se kot taka lahko uporabljala za ambulantno diagnostiko. Nadomestitev PCR iz izotermnim pomnoževanjem in uporaba kromogenih substratov bi še dodatno olajšala ambulantno uporabo testa.<br /> Zaradi prilagodljivosti in enostavne zasnove senzorjev, bi se spremenjena metoda lahko uporabljala tudi za diagnosticiranje drugih okužb ali raka.<br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> &lt;references/&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> Pojdi nazaj na [[MBT seminarji 2017]].</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2017&diff=12641 2017-04-10T21:14:07Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''<br /> <br /> Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec)&lt;br&gt;<br /> # Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017<br /> # Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017<br /> # The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali''' (15. marec)&lt;br&gt;<br /> # Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017<br /> # High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017<br /> # Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Okolje''' (22. marec)&lt;br&gt;<br /> # Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017<br /> # Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017<br /> # Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017<br /> <br /> <br /> '''Terapevtski proteini''' (29. marec)&lt;br&gt;<br /> # Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017<br /> # Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017<br /> # Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april)&lt;br&gt;<br /> # Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo &quot;et al&quot;; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017<br /> # Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017<br /> # A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Diagnostiki''' (12. april)&lt;br&gt; <br /> # Tjaša Košir<br /> # Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) Zaznavanje zunajcelične miR-210 kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic. Petra Vivod, 12. april 2017<br /> # Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Cepiva''' (19. april)&lt;br&gt;<br /> #Tomaž Rozmarič<br /> #Amadeja Lapornik<br /> #Mojca Hunski<br /> <br /> <br /> '''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april)&lt;br&gt;<br /> #Vid Jazbec &lt;3 &lt;3<br /> #Zala Gluhić<br /> #Katja Malovrh<br /> <br /> <br /> '''Male molekule in polimeri''' (3. maj)&lt;br&gt;<br /> # Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017<br /> # Tim Božič<br /> # Tajda Buh<br /> <br /> <br /> '''Encimi''' (10. maj)&lt;br&gt;<br /> # Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900) Proizvodnja obnovljive ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalist s potencialno uporabo v industriji hrane. Nataša Traven, 10. maj 2017<br /> # Bine Tršavec<br /> # Simon Bolta<br /> <br /> <br /> '''Pretvorba biomase''' (17. maj)&lt;br&gt;<br /> # Inge Sotlar<br /> # Anja Herceg<br /> # The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017<br /> <br /> <br /> '''Metabolno inženirstvo''' (24. maj)&lt;br&gt;<br /> # Barbara Dušak<br /> # Tjaša Grum<br /> # Sara Kimm Fuhrmann<br /> <br /> <br /> '''Biološki viri energije''' (31. maj)&lt;br&gt;<br /> # Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017<br /> # A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij)&lt;br&gt;<br /> # Matjaž Ivanuša<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2017&diff=12640 2017-04-10T21:11:57Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''<br /> <br /> Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec)&lt;br&gt;<br /> # Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017<br /> # Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017<br /> # The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali''' (15. marec)&lt;br&gt;<br /> # Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017<br /> # High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017<br /> # Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Okolje''' (22. marec)&lt;br&gt;<br /> # Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017<br /> # Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017<br /> # Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017<br /> <br /> <br /> '''Terapevtski proteini''' (29. marec)&lt;br&gt;<br /> # Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017<br /> # Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017<br /> # Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april)&lt;br&gt;<br /> # Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo &quot;et al&quot;; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017<br /> # Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017<br /> # A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Diagnostiki''' (12. april)&lt;br&gt; <br /> # Tjaša Košir<br /> # Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) Zaznavanje zunajcelične miR-210 kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic. Petra Vivod, 12. april 2017<br /> # Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z uporabo binarnih deoksiribocimnih senzorjev]]. Marija Kisilak, 12. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Cepiva''' (19. april)&lt;br&gt;<br /> #Tomaž Rozmarič<br /> #Amadeja Lapornik<br /> #Mojca Hunski<br /> <br /> <br /> '''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april)&lt;br&gt;<br /> #Vid Jazbec &lt;3 &lt;3<br /> #Zala Gluhić<br /> #Katja Malovrh<br /> <br /> <br /> '''Male molekule in polimeri''' (3. maj)&lt;br&gt;<br /> # Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017<br /> # Tim Božič<br /> # Tajda Buh<br /> <br /> <br /> '''Encimi''' (10. maj)&lt;br&gt;<br /> # Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900) Proizvodnja obnovljive ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalist s potencialno uporabo v industriji hrane. Nataša Traven, 10. maj 2017<br /> # Bine Tršavec<br /> # Simon Bolta<br /> <br /> <br /> '''Pretvorba biomase''' (17. maj)&lt;br&gt;<br /> # Inge Sotlar<br /> # Anja Herceg<br /> # The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017<br /> <br /> <br /> '''Metabolno inženirstvo''' (24. maj)&lt;br&gt;<br /> # Barbara Dušak<br /> # Tjaša Grum<br /> # Sara Kimm Fuhrmann<br /> <br /> <br /> '''Biološki viri energije''' (31. maj)&lt;br&gt;<br /> # Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017<br /> # A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij)&lt;br&gt;<br /> # Matjaž Ivanuša<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2017&diff=12634 2017-04-06T16:53:54Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''<br /> <br /> Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec)&lt;br&gt;<br /> # Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017<br /> # Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017<br /> # The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali''' (15. marec)&lt;br&gt;<br /> # Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017<br /> # High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017<br /> # Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Okolje''' (22. marec)&lt;br&gt;<br /> # Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017<br /> # Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017<br /> # Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017<br /> <br /> <br /> '''Terapevtski proteini''' (29. marec)&lt;br&gt;<br /> # Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017<br /> # Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017<br /> # Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april)&lt;br&gt;<br /> # Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo &quot;et al&quot;; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017<br /> # Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017<br /> # A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Diagnostiki''' (12. april)&lt;br&gt; <br /> # Tjaša Košir<br /> # Petra Vivod<br /> # Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) Večkanalna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z uporabo binarnih deoksiribocimnih senzorjev. Marija Kisilak, 12. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Cepiva''' (19. april)&lt;br&gt;<br /> #Tomaž Rozmarič<br /> #Amadeja Lapornik<br /> #Mojca Hunski<br /> <br /> <br /> '''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april)&lt;br&gt;<br /> #Vid Jazbec &lt;3 &lt;3<br /> #Zala Gluhić<br /> #Katja Malovrh<br /> <br /> <br /> '''Male molekule in polimeri''' (3. maj)&lt;br&gt;<br /> # Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017<br /> # Tim Božič<br /> # Tajda Buh<br /> <br /> <br /> '''Encimi''' (10. maj)&lt;br&gt;<br /> # Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900) Proizvodnja obnovljive ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalist s potencialno uporabo v industriji hrane. Nataša Traven, 10. maj 2017<br /> # Bine Tršavec<br /> # Simon Bolta<br /> <br /> <br /> '''Pretvorba biomase''' (17. maj)&lt;br&gt;<br /> # Inge Sotlar<br /> # Anja Herceg<br /> # The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017<br /> <br /> <br /> '''Metabolno inženirstvo''' (24. maj)&lt;br&gt;<br /> # Barbara Dušak<br /> # Tjaša Grum<br /> # Sara Kimm Fuhrmann<br /> <br /> <br /> '''Biološki viri energije''' (31. maj)&lt;br&gt;<br /> # Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017<br /> # A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij)&lt;br&gt;<br /> # Matjaž Ivanuša<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2017&diff=12379 2017-03-07T18:37:20Z

<p>Marija Kisilak: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''<br /> <br /> Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> <br /> [[Link title]]<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec)&lt;br&gt;<br /> # Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017<br /> # Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017<br /> # The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali''' (15. marec)&lt;br&gt;<br /> # Jerneja Kocutar <br /> # Tjaša Lapanja<br /> # Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) Urška Černe<br /> <br /> <br /> '''Okolje''' (22. marec)&lt;br&gt;<br /> # Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) Okrasitev veziklov zunanje membrane z organofosforno hidrolazo in celuloza vezavno domeno za razgradnjo organofosfatnih pesticidov. Nina Roštan, 22. marec 2017<br /> # Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije. Eva Korošec, 22. marec 2017<br /> # Ana Cirnski<br /> <br /> <br /> '''Terapevtski proteini''' (29. marec)&lt;br&gt;<br /> # Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja iz sline transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev. Neža Levičnik, 29. marca 2017<br /> # Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) Mechano rastni faktor-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za inženirstvo tkiva ligamentov. Peter Prezelj, 29. marca 2017<br /> #Domen Klofutar<br /> <br /> <br /> '''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april)&lt;br&gt;<br /> # Ema Guštin &lt;3<br /> # Jan Rozman<br /> # Alja Zgonc<br /> <br /> <br /> '''Diagnostiki''' (12. april)&lt;br&gt; <br /> # Tjaša Košir<br /> # Petra Vivod<br /> # Marija Kisilak<br /> <br /> <br /> '''Cepiva''' (19. april)&lt;br&gt;<br /> #Tomaž Rozmarič<br /> #Amadeja Lapornik<br /> #Mojca Hunski<br /> <br /> <br /> '''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april)&lt;br&gt;<br /> #Vid Jazbec &lt;3 &lt;3<br /> #Zala Gluhić<br /> #Katja Malovrh<br /> <br /> <br /> '''Male molekule in polimeri''' (3. maj)&lt;br&gt;<br /> # Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017<br /> # Tim Božič<br /> # Tajda Buh<br /> <br /> <br /> '''Encimi''' (10. maj)&lt;br&gt;<br /> # Nataša Traven<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Pretvorba biomase''' (17. maj)&lt;br&gt;<br /> # Inge Sotlar<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Metabolno inženirstvo''' (24. maj)&lt;br&gt;<br /> # Barbara Dušak<br /> # Tjaša Grum<br /> # Sara Kimm Fuhrmann<br /> <br /> <br /> '''Biološki viri energije''' (31. maj)&lt;br&gt;<br /> # Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017<br /> # A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij)&lt;br&gt;<br /> #<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].</div>

Marija Kisilak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tetanusni_toksin&diff=8835 2014-01-22T20:46:38Z

<p>Marija Kisilak: New page: Za botulin toksinom je tetanusni toksin druga najbolj stupena snov na svetu. Oba sta podobna toksinom A-B, a ju uvrščamo v posebno skupino nevrotoksinov, saj učinkujeta specifično na ...</p> <hr /> <div>Za botulin toksinom je tetanusni toksin druga najbolj stupena snov na svetu. Oba sta podobna toksinom A-B, a ju uvrščamo v posebno skupino nevrotoksinov, saj učinkujeta specifično na živčne celice. Oba toksina preprečujeta izločanje nevrotransmiterjev. (Gubina, M., Ihan, A., 2002: 83) <br /> <br /> Tetanusni toksin proizvajajo bacili Clostridium tetani, ki se s tujki in umazanijo vnesejo v rano. Globlje v rani, kjer so anaerobni pogoji, bakterija začne proizvajati toksin, ki se po živčnih ovojnicah aksonov prenese v osrednje živčevje. Toksin se veže na receptor na živčnem končiču na motorični plošči in se z endocitozo prenese v aksoplazmo. V veziklu potem potuje do centralnega živčnega sistema, kjer najprej lokalno, nato pa po vsej hrbtenjači preprečuje sproščanje nevrotransmiterjev glicina in gamaaminobutanojske kisline iz inhibicijskih internevronov. Ker ni več zavirajočih dražljajev, to privede to prevelikega vzburjenja motoričnih nevronov in povzroči spastično krčenje mišic. (Gubina, M., Ihan, A., 2002: 83)<br /> <br /> Tetanusni toksin je protein z molekulsko maso 150 kDa. Kodiran je na genu TetX. Sintetizira se en protein, ki ga potem proteaze cepijo na dva dela – težko ali B-verigo (100 kDa) in lahko ali A-verigo (50 kDa), ki sta povezani z disulfidno vezjo. ([http://en.wikipedia.org/wiki/Tetanospasmin tetanospasmin]) Težka veriga je pomembna za vezavo na površino celic in vstop v nevron, lahka veriga pa predstavlja aktivni del z encimsko aktivnostjo (cinkova endopeptidaza). (Gubina, M., Ihan, A., 2002: 83) Toksin učinkuje v sinapsah centralnega živčevja. Pri prenosu živčnega vzburjenja so ključni nevrotransmiterji, ki se sproščajo v sinaptično režo z eksocitozo. Sinaptični mešički, ki vsebujejo nevrotransmiterje, se zlijejo s presinaptično membrano živčnih končičev. To zlitje omogočajo fuzijski proteini (sinaptobrevin, sintaksin, SNAP-25). Lahka veriga tetanusnega toksina je po svoji funkciji proteaza, ki razgrajuje te fuzijske proteine in s tem preprečuje zlitje in sproščanje nevrotransmiterjev. (Gubina, M., Ihan, A., 2002: 84)<br /> <br /> [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/fd/Mechanism_of_action_of_tetanospasmin.gif/340px-Mechanism_of_action_of_tetanospasmin.gif Prikaz delovanja tetanusnega toksina]<br /> <br /> Inkubacija pri okužbi traja 7-8 dni (lahko tudi 54 dni). Pojavijo se značilen bolezenski nasmeh (kot posledica otrdelosti obraznih mišic), otrdelost mišic hrbta in okončin, krči dihalnih mišic (kar lahko povzroči zadušitev) in opistotonus. Bolezen poteka akutno in bolnik brez zdravljenja po nekaj dneh umre. (Gubina, M., Ihan, A., 2002: 236) Pred okužbo se lahko zaščitimo pasivno s humanim antitoksinom ali aktivno s tetanusnim toksoidom (cepivo).(Gubina, M., Ihan, A., 2002: 237)<br /> <br /> == Viri in literatura ==<br /> * http://en.wikipedia.org/wiki/Tetanospasmin<br /> * Gubina, Marija, Ihan, Alojz. Medicinska bakteriologija z imunologijo in mikologijo. Ljubljana, Medicinski razgledi, 2002.<br /> <br /> [[Category:LEX]]</div>

Marija Kisilak