Wiki FKKT - User contributions [en]

Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov

2022-05-02T13:25:33Z

Marko Pavleković:

Izhodni članek: [https://academic.oup.com/nar/article/50/3/1783/6513569 A. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.]

==Uvod==

Cilj sintezne biologije je narediti inženiring bioloških sistemov bolj predvidljiv, učinkovit in zanesljiv. Doseganje tega cilja je pogojeno z uporabo standardov in genetskih komponent, ki jih je mogoče na predvidljiv način združiti v funkcionalne biološke sisteme na višjem nivoju [1]. Za pripravo vedno bolj kompleksnih in hkrati zanesljivih bioloških sistemov je pomembno, da imamo na voljo genetske komponente, ki so dobro okarakterizirane in delujejo predvidljivo v vsakem sistemu, v katerem jih uporabljamo.
Za razširitev zbirke orodij modularnih biomolekularnih elementov, so Ari Dwijayanti, Marko Storch, Guy-Bart Stan in Geoff S. Baldwin v raziskavi pripravili in okarakterizirali kontrolne elemente, ki učinkujejo na post-transkripcijskem nivoju, in sicer male nekodirajoče RNA (sRNA) [2]. sRNA so kratke nekodirajoče RNA pri prokariontih, ki preko prehodnih RNA-RNA interakcij nadzorujejo ekspresijo genov. Njihovo zaporedje je obratno komplementarno tarčnemu. Glede na lokacijo zapisa za sRNA in njihovega tarčnega zaporedja poznamo cis- in trans-zapisane sRNA. Cis-zapisane sRNA se nahajajo na istem lokusu kot je zapisano zaporedje za njihovo tarčo, trans-zapisane pa na distalnem mestu glede na zapis za njihovo tarčno zaporedje, kljub temu pa lahko trans-zapisane sRNA učinkovito regulirajo njihove mRNA tarče. V bakterijskih sistemih so ravno trans-zapisane sRNA bile prepoznane kot bolj efektivne pri utišanju ekspresije genov, kar pripisujejo njihovi daljši razpolovni dobi v citoplazmi. Ta je najverjetneje posledica vezave trans-zapisanih sRNA na Hfq šaperone [3]. sRNA so sestavljene iz dveh delov in sicer ogrodja (ang. scaffold), ki prepozna in veže Hfq in semenskega dela, ki prepozna tarčno mRNA zaporedje (ang. seed sequence). Zaradi svoje sestavljene strukture, se lahko sRNA reprogramira, tako da cilja katerokoli zaporedje RNA s spremembo semenskega zaporedja, pri čemer zaporedje ogrodja ostane nativno. Za uporabo sRNA v genetskih vezjih pripravljenih z modularnimi metodami sestavljanja DNA, so A. Dwijayanti in sodelavci pripravili konstrukte sRNA imenovane mARi (modular artificial RNA interference), ki ciljajo standardizirana povezovalna zaporedja navzgor od tarčnega gena, ki se uporabljajo pri BASIC načinu priprave DNA vezij oziroma bioloških sistemov.
BASIC je metoda sestavljanja DNA, ki temelji na rezanju z restrikcijskimi endonukleazami tipa IIs (RE BsaI) in ligaciji oligonukleotidov z enoverižnimi previsi, ki določajo red povezovanja biodelov. Uporablja povezovalna zaporedja (ang. linker) za sestavljanje biodelov shranjenih v BASIC formatu [1]. Standardna povezovalna zaporedja lahko že vsebujejo tudi določene 5' neprevajajoče se regije (5'-UTR) in mesta za vezavo ribosoma (RBS) [4].
Sledila je karakterizacija post-transkripcijske regulacije na osnovi mARi v kontekstu raznih genetskih parametrov kot so razmerje transkripta, število kopij molekul, prostorska organizacija in drugi.

==Rezultati==

===Načrtovanje regulacijskega sistema na osnovi mARi===
Načrtovana mARi zaporedja so ciljala regijo iniciacije translacije na mRNA iz treh razlogov:
1) 5' UTR zaporedja so relativno bogata z AU in Hfq preferenčno veže ravno taka zaporedja,
2) tarče, ki se nahajajo v tej regiji, so kazale visoko specifičnost in majhen netarčni efekt v primeru sRNA regulacije,
3) ta regija je neodvisna od gena, ki mu sledi in tako predstavlja potencialno tarčo za modularnost preko UTR-RBS povezovalnih zaporedij v BASIC sistemu
Preko izražanja proteina GFP in merjenja fluorescence so preverili 4 različna zaporedja, ki so ciljala različna tarčna zaporedja na mRNA, katerim so bila popolno komplementarna. Vsa preverjana zaporedja so bila povezana z MicC RNA ogrodjem, ki se naravno nahaja v E. coli.
Vsa zaporedja so v primerjavi s kontrolami pokazala učinkovito regulacijo oziroma represijo ekspresije GFP. Za nadaljnje poskuse so izbrali zaporedje, ki je ciljalo UTR regijo navzgor od mesta RBS in so ga dodatno optimizirali s skrajšanjem dolžine iz 33 bp na 25 bp. Z uporabo različnih zaporedij RBS so tudi preverili neodvisnost delovanja izbranega mARi zaporedja od jakosti mesta RBS in jo tudi dokazali, saj je bila relativna represija izražanja GFP približno enaka pri vseh različnih uporabljenih mestih RBS.

===Odvisnost od razmerja transkriptov in števila kopij plazmida===

Vpliv relativnega obilja mARi v primerjavi s tarčno mRNA (transkript gena za sfGFP) so preverjali s konstitutivnim izražanjem obeh transkriptov. Relativno obilje so ocenili preko relativne moči promotorja uporabljenega za transkripcijo regulatorja in tarče. Uporabili so različno močne konstitutive promotorje PJ23xxx BASIC. Relativno razmerje ekspresije transkriptov so določili z deljenjem jakosti promotorja uporabljenega za mARi z jakostjo promotorja mRNA tarče. Rezultati so pokazali konsistenten trend padanja fluorescence sfGFP z naraščanjem razmerja mARi:mRNA. Maksimalna represija je bila dosežena, ko je bila prisotna prekomerna količina mARi v primerjavi s tarčno mRNA, nizko razmerje pa je vodilo do slabe represije, kar je najverjetneje posledica premajhnega števila kopij mARi za vezavo in inaktivacijo tarčne mRNA.
Znanstvenike je zanimalo tudi, kako različno število kopij plazmida vpliva na učinkovitost represije z mARi in sicer tako v primeru, ko sta regulator in tarča zapisana na enem plazmidu in ko sta zapisana na dveh različnih plazmidih. V primeru enega plazmida, so oba zapisa vnesli v tri plazmide, ki se običajno v celicah nahajajo v različnih številih: pSC101 (∼5 kopij na celico), p15A (∼10 kopij na celico) in pMB1 (∼15–20 kopij na celico). V vseh primerih je prišlo do represije ekspresije sfGFP tako v visokem kot v nizkem razmerju mARi:mRNA, kar dokazuje, da je regulatorni sistem na osnovi mARi učinkovit pri različnih številih kopij plazmida. V primeru dveh plazmidov, so mARi vnesli v vektor z višjim številom kopij na celico v primerjavi z vektorjem, ki je vseboval tarčno mRNA saj so predvidevali, da bo tako represija uspešnejša. Za transkripcijo mARi so uporabili vektorja pMB1 in pUC (∼500–700 kopij na celico), za tarčno mRNA pa vektor p15A. Kljub temu, da je bil mARi zapisan na plazmidu z višjim številom kopij, je v obeh primerih dvoplazmidni sistem kazal slabšo represijo kot enoplazmidni sistem z obema zapisoma na plazmidu p15A. To kaže na morebitno vlogo prostorske organizacije transkriptov in posledične post-transkripcijske represije.

===Učinkovitost sistema na osnovi mARi v različnih sevih ''E. coli''===

Za primerjavo učinkovitosti represije v različnih genetskih kontekstih so preverjali utiševalno sposobnost v štirih pogosto uporabljanih sevih ''E. coli'': DH5, DH10b, BL21(DE3) in BL21star(DE3). Pri tem so uporabljali enovektorski sistem na plazmidu p15A. Pri genetski regulaciji sodelujejo šaperon Hfq in degradosomski kompleks, ki sta v teh sevih naravno prisotna, količina teh komponent sistema pa je odvisna od različnih dejavnikov kot sta genotip in faza rasti celic. V zgodnji stacionarni fazi rasti je v vseh sevih prišlo do 60 – 80% represije, pri čemer je do večje represije prišlo v sevih B pri primerljivih številih plazmidov na celico. Prav tako je bil sistem aktiven v različnih fazah rasti s tem, da je pri sevih B v zgodnji stacionarni fazi bila represija nekoliko bolj učinkovita kot v eksponentni fazi rasti.

===Povečevanje števila mARi regulatorjev za represijo več genov hkrati===

Za represijo več genov hkrati so v tej študiji pripravili pet različnih mARi zaporedij, ki so ciljala različna standardna UTR-RBS povezovalna zaporedja v sklopu BASIC. S kombiniranjem vseh mARi regulatorjev z vsemi tarčnimi UTR, so preverili specifičnost delovanja mARi. Ugotovili so, da je vsak določen mARi deloval samo na željeno tarčno zaporedje UTR.
Do te točke so vse parametre preučevali le preko ekspresije enega gena hkrati. Po dokazu specifičnosti delovanja posameznih mARi pa so želeli oceniti še učinkovitost in specifičnost delovanja tega sistema na več genov hkrati. Pripravili so konstrukte z dvema oziroma tremi reporterskimi geni, ki so bili zapisani kot posamezne transkripcijske enote. Vsak posamezen gen je imel navzgor v povezovalnem zaporedju zapisano specifično UTR-RBS regijo. Po zaznavanju fluorescence so ugotovili, da je bil vsak gen uspešno reguliran s samo enim mARi.
Ker pa jih je zanimalo tudi, kako se ta sistem obnese v kontekstu dvo-genskih operonov, so pripravili konstrukt z dvema reporterskima genoma (vsak s svojo specifično UTR-RBS regijo) na eni transkripcijski enoti. Ta poskus je omogočil tudi vpogled v delovanje sistema z uporabo mARi. V primeru, da bi vezava mARi na tarčno mRNA vodila v razgradnjo kompleksa, bi vsak posamezen mARi vodil v utišanje obeh genov v operonu. Ker pa je uporaba posameznega mARi vodila le v povečano utišanje gena s sorodnim UTR-RBS zaporedjem in v manj močno utišanje drugega gena, lahko sklepamo, da je princip delovanja sistema sterično oviranje vezave ribosoma na RBS.

==Zaključek==

V tem delu opisani sistem inhibicije z uporabo malih RNA zaporedij mARi predstavlja zanimivo metodo za regulacijo izražanja genov v sinteznih vezjih pripravljenih po postopku BASIC. Ta sistem je specifičen tako za uporabo pri regulaciji enega gena kot tudi pri regulaciji več genov na enkrat. Potencialna ovira tega sistema je deljena uporaba endogenega šaperona Hfq, ki je reguliran tudi z vezavo lastne mRNA. Odstopanja od optimalne koncentracije Hfq v celici pa lahko vodijo do zmanjšane aktivnosti sRNA.

==Literatura==

[1] M. Storch, A. Casini, B. Mackrow, T. Fleming, H. Trewhitt, T. Ellis, G. S. Baldwin: BASIC: A New Biopart Assembly Standard for Idempotent Cloning Provides Accurate, Single-Tier DNA Assembly for Synthetic Biology. ACS Synth. Biol. 2015, 4(7), str. 781–787.

[2] A. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.

[3] M. J. Ellis, R. S. Trussler, D. B. Haniford: A cis-encoded sRNA, Hfq and mRNA secondary structure act independently to suppress IS200 transposition. Nucleic Acids Res. 2015, 43(13), str. 6511.

[4] Home | BASIC https://www.basic-assembly.org/ (pridobljeno 2. 5. 2022).

Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov

2022-05-01T23:35:31Z

Marko Pavleković:

Izhodni članek: [https://academic.oup.com/nar/article/50/3/1783/6513569 A. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.]

==Uvod==

Cilj sintezne biologije je narediti inženiring bioloških sistemov bolj predvidljiv, učinkovit in zanesljiv. Doseganje tega cilja je pogojeno z uporabo standardov in genetskih komponent, ki jih je mogoče na predvidljiv način združiti v funkcionalne biološke sisteme na višjem nivoju [1]. Za pripravo vedno bolj kompleksnih in hkrati zanesljivih bioloških sistemov je pomembno, da imamo na voljo genetske komponente, ki so dobro okarakterizirane in delujejo predvidljivo v vsakem sistemu, v katerem jih uporabljamo.
Za razširitev zbirke orodij modularnih biomolekularnih elementov, so Ari Dwijayanti, Marko Storch, Guy-Bart Stan in Geoff S. Baldwin v raziskavi pripravili in okarakterizirali kontrolne elemente, ki učinkujejo na post-transkripcijskem nivoju, in sicer male nekodirajoče RNA (sRNA) [2]. sRNA so kratke nekodirajoče RNA pri prokariontih, ki preko prehodnih RNA-RNA interakcij nadzorujejo ekspresijo genov. Njihovo zaporedje je obratno komplementarno tarčnemu. Glede na lokacijo zapisa za sRNA in njihovega tarčnega zaporedja poznamo cis- in trans-zapisane sRNA. Cis-zapisane sRNA se nahajajo na istem lokusu kot je zapisano zaporedje za njihovo tarčo, trans-zapisane pa na distalnem mestu glede na zapis za njihovo tarčno zaporedje, kljub temu pa lahko trans-zapisane sRNA učinkovito regulirajo njihove mRNA tarče. V bakterijskih sistemih so ravno trans-zapisane sRNA bile prepoznane kot bolj efektivne pri utišanju ekspresije genov, kar pripisujejo njihovi daljši razpolovni dobi v citoplazmi. Ta je najverjetneje posledica vezave trans-zapisanih sRNA na Hfq šaperone [3]. sRNA so sestavljene iz dveh delov in sicer ogrodja (ang. scaffold), ki prepozna in veže Hfq in semenskega dela, ki prepozna tarčno mRNA zaporedje (ang. seed sequence). Zaradi svoje sestavljene strukture, se lahko sRNA reprogramira, tako da cilja katerokoli zaporedje RNA s spremembo semenskega zaporedja, pri čemer zaporedje ogrodja ostane nativno. Za uporabo sRNA v genetskih vezjih pripravljenih z modularnimi metodami sestavljanja DNA, so A. Dwijayanti in sodelavci pripravili konstrukte sRNA imenovane mARi (modular artificial RNA interference), ki ciljajo standardizirana povezovalna zaporedja navzgor od tarčnega gena, ki se uporabljajo pri BASIC načinu priprave DNA vezij oziroma bioloških sistemov.
BASIC je metoda sestavljanja DNA, ki temelji na rezanju z restrikcijskimi endonukleazami tipa IIs (RE BsaI) in ligaciji oligonukleotidov z enoverižnimi previsi, ki določajo red povezovanja biodelov. Uporablja povezovalna zaporedja (ang. linker) za sestavljanje biodelov shranjenih v BASIC formatu [1]. Standardna povezovalna zaporedja lahko že vsebujejo tudi določene 5' neprevajajoče se regije (5'-UTR) in mesta za vezavo ribosoma (RBS) [4].
Sledila je karakterizacija post-transkripcijske regulacije na osnovi mARi v kontekstu raznih genetskih parametrov kot so razmerje transkripta, število kopij molekul, prostorska organizacija in drugi.

==Rezultati==

===Načrtovanje regulacijskega sistema na osnovi mARi===
Načrtovana mARi zaporedja so ciljala regijo iniciacije translacije na mRNA iz treh razlogov:
1) 5' UTR zaporedja so relativno bogata z AU in Hfq preferenčno veže ravno taka zaporedja,
2) tarče, ki se nahajajo v tej regiji, so kazale visoko specifičnost in majhen netarčni efekt v primeru sRNA regulacije,
3) ta regija je neodvisna od gena, ki mu sledi in tako predstavlja potencialno tarčo za modularnost preko UTR-RBS povezovalnih zaporedij v BASIC sistemu
Preko izražanja proteina GFP in merjenja fluorescence so preverili 4 različna zaporedja, ki so ciljala različna tarčna zaporedja na mRNA, katerim so bila popolno komplementarna. Vsa preverjana zaporedja so bila povezana z MicC RNA ogrodjem, ki se naravno nahaja v E. coli.
Vsa zaporedja so v primerjavi s kontrolami pokazala učinkovito regulacijo oziroma represijo ekspresije GFP. Za nadaljnje poskuse so izbrali zaporedje, ki je ciljalo UTR regijo navzgor od mesta RBS in so ga dodatno optimizirali s skrajšanjem dolžine iz 33 bp na 25 bp. Z uporabo različnih zaporedij RBS so tudi preverili neodvisnost delovanja izbranega mARi zaporedja od jakosti mesta RBS in jo tudi dokazali, saj je bila relativna represija izražanja GFP približno enaka pri vseh različnih uporabljenih mestih RBS.

===Odvisnost od razmerja transkriptov in števila kopij plazmida===

Vpliv relativnega obilja mARi v primerjavi s tarčno mRNA (transkript gena za sfGFP) so preverjali s konstitutivnim izražanjem obeh transkriptov. Relativno obilje so ocenili preko relativne moči promotorja uporabljenega za transkripcijo regulatorja in tarče. Uporabili so različno močne konstitutive promotorje PJ23xxx BASIC. Relativno razmerje ekspresije transkriptov so določili z deljenjem jakosti promotorja uporabljenega za mARi z jakostjo promotorja mRNA tarče. Rezultati so pokazali konsistenten trend padanja fluorescence sfGFP z naraščanjem razmerja mARi:mRNA. Maksimalna represija je bila dosežena, ko je bila prisotna prekomerna količina mARi v primerjavi s tarčno mRNA, nizko razmerje pa je vodilo do slabe represije, kar je najverjetneje posledica premajhnega števila kopij mARi za vezavo in inaktivacijo tarčne mRNA.
Znanstvenike je zanimalo tudi, kako različno število kopij plazmida vpliva na učinkovitost represije z mARi in sicer tako v primeru, ko sta regulator in tarča zapisana na enem plazmidu in ko sta zapisana na dveh različnih plazmidih. V primeru enega plazmida, so oba zapisa vnesli v tri plazmide, ki se običajno v celicah nahajajo v različnih številih: pSC101 (∼5 kopij na celico), p15A (∼10 kopij na celico) in pMB1 (∼15–20 kopij na celico). V vseh primerih je prišlo do represije ekspresije sfGFP tako v visokem kot v nizkem razmerju mARi:mRNA, kar dokazuje, da je regulatorni sistem na osnovi mARi učinkovit pri različnih številih kopij plazmida. V primeru dveh plazmidov, so mARi vnesli v vektor z višjim številom kopij na celico v primerjavi z vektorjem, ki je vseboval tarčno mRNA saj so predvidevali, da bo tako represija uspešnejša. Za transkripcijo mARi so uporabili vektorja pMB1 in pUC (∼500–700 kopij na celico), za tarčno mRNA pa vektor p15A. Kljub temu, da je bil mARi zapisan na plazmidu z višjim številom kopij, je v obeh primerih dvoplazmidni sistem kazal slabšo represijo kot enoplazmidni sistem z obema zapisoma na plazmidu p15A. To kaže na morebitno vlogo prostorske organizacije transkriptov in posledične post-transkripcijske represije.

===Učinkovitost sistema na osnovi mARi v različnih sevih ''E. coli''===

Za primerjavo učinkovitosti represije v različnih genetskih kontekstih so preverjali utiševalno sposobnost v štirih pogosto uporabljanih sevih ''E. coli'': DH5, DH10b, BL21(DE3) in BL21star(DE3). Pri tem so uporabljali enovektorski sistem na plazmidu p15A. Pri genetski regulaciji sodelujejo šaperon Hfq in degradosomski kompleks, ki sta v teh sevih naravno prisotna, količina teh komponent sistema pa je odvisna od različnih dejavnikov kot sta genotip in faza rasti celice. V zgodnji stacionarni fazi rasti je v vseh sevih prišlo do 60 – 80% represije, pri čemer je do večje represije prišlo v sevih B pri primerljivih številih plazmidov na celico. Prav tako je bil sistem aktiven v različnih fazah rasti s tem, da je pri sevih B v zgodnji stacionarni fazi bila represija nekoliko bolj učinkovita kot v eksponentni fazi rasti.

===Povečevanje števila mARi regulatorjev za represijo več genov hkrati===

Za represijo več genov hkrati so v tej študiji pripravili pet različnih mARi zaporedij, ki so ciljala različna standardna UTR-RBS povezovalna zaporedja v sklopu BASIC. S kombiniranjem vseh mARi regulatorjev z vsemi tarčnimi UTR, so preverili specifičnost delovanja mARi. Ugotovili so, da je vsak določen mARi deloval samo na željeno tarčno zaporedje UTR.
Do te točke so vse parametre preučevali le preko ekspresije enega gena hkrati. Po dokazu specifičnosti delovanja posameznih mARi pa so želeli oceniti še učinkovitost in specifičnost delovanja tega sistema na več genov hkrati. Pripravili so konstrukte z dvema oziroma tremi reporterskimi geni, ki so bili zapisani kot posamezne transkripcijske enote. Vsak posamezen gen je imel navzgor v povezovalnem zaporedju zapisano specifično UTR-RBS regijo. Po zaznavanju fluorescence so ugotovili, da je bil vsak gen uspešno reguliran s samo enim mARi.
Ker pa jih je zanimalo tudi, kako se ta sistem obnese v kontekstu dvo-genskih operonov, so pripravili konstrukt z dvema reporterskima genoma (vsak s svojo specifično UTR-RBS regijo) na eni transkripcijski enoti. Ta poskus je omogočil tudi vpogled v delovanje sistema z uporabo mARi. V primeru, da bi vezava mARi na tarčno mRNA vodila v razgradnjo kompleksa, bi vsak posamezen mARi vodil v utišanje obeh genov v operonu. Ker pa je uporaba posameznega mARi vodila le v povečano utišanje gena s sorodnim UTR-RBS zaporedjem in v manj močno utišanje drugega gena, lahko sklepamo, da je princip delovanja sistema sterično oviranje vezave ribosoma na RBS.

==Zaključek==

V tem delu opisani sistem inhibicije z uporabo malih RNA zaporedij mARi predstavlja zanimivo metodo za regulacijo izražanja genov v sinteznih vezjih pripravljenih po postopku BASIC. Ta sistem je specifičen tako za uporabo pri regulaciji enega gena kot tudi pri regulaciji več genov na enkrat. Potencialna ovira tega sistema je deljena uporaba endogenega šaperona Hfq, ki je reguliran tudi z vezavo lastne mRNA. Odstopanja od optimalne koncentracije Hfq v celici pa lahko vodijo do zmanjšane aktivnosti sRNA.

==Literatura==

[1] M. Storch, A. Casini, B. Mackrow, T. Fleming, H. Trewhitt, T. Ellis, G. S. Baldwin: BASIC: A New Biopart Assembly Standard for Idempotent Cloning Provides Accurate, Single-Tier DNA Assembly for Synthetic Biology. ACS Synth. Biol. 2015, 4(7), str. 781–787.

[2] A. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.

[3] M. J. Ellis, R. S. Trussler, D. B. Haniford: A cis-encoded sRNA, Hfq and mRNA secondary structure act independently to suppress IS200 transposition. Nucleic Acids Res. 2015, 43(13), str. 6511.

[4] Home | BASIC https://www.basic-assembly.org/ (pridobljeno 2. 5. 2022).

Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov

2022-05-01T23:34:08Z

Marko Pavleković:

Izhodni članek: [https://https://academic.oup.com/nar/article/50/3/1783/6513569 A. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.]

==Uvod==

Cilj sintezne biologije je narediti inženiring bioloških sistemov bolj predvidljiv, učinkovit in zanesljiv. Doseganje tega cilja je pogojeno z uporabo standardov in genetskih komponent, ki jih je mogoče na predvidljiv način združiti v funkcionalne biološke sisteme na višjem nivoju [1]. Za pripravo vedno bolj kompleksnih in hkrati zanesljivih bioloških sistemov je pomembno, da imamo na voljo genetske komponente, ki so dobro okarakterizirane in delujejo predvidljivo v vsakem sistemu, v katerem jih uporabljamo.
Za razširitev zbirke orodij modularnih biomolekularnih elementov, so Ari Dwijayanti, Marko Storch, Guy-Bart Stan in Geoff S. Baldwin v raziskavi pripravili in okarakterizirali kontrolne elemente, ki učinkujejo na post-transkripcijskem nivoju, in sicer male nekodirajoče RNA (sRNA) [2]. sRNA so kratke nekodirajoče RNA pri prokariontih, ki preko prehodnih RNA-RNA interakcij nadzorujejo ekspresijo genov. Njihovo zaporedje je obratno komplementarno tarčnemu. Glede na lokacijo zapisa za sRNA in njihovega tarčnega zaporedja poznamo cis- in trans-zapisane sRNA. Cis-zapisane sRNA se nahajajo na istem lokusu kot je zapisano zaporedje za njihovo tarčo, trans-zapisane pa na distalnem mestu glede na zapis za njihovo tarčno zaporedje, kljub temu pa lahko trans-zapisane sRNA učinkovito regulirajo njihove mRNA tarče. V bakterijskih sistemih so ravno trans-zapisane sRNA bile prepoznane kot bolj efektivne pri utišanju ekspresije genov, kar pripisujejo njihovi daljši razpolovni dobi v citoplazmi. Ta je najverjetneje posledica vezave trans-zapisanih sRNA na Hfq šaperone [3]. sRNA so sestavljene iz dveh delov in sicer ogrodja (ang. scaffold), ki prepozna in veže Hfq in semenskega dela, ki prepozna tarčno mRNA zaporedje (ang. seed sequence). Zaradi svoje sestavljene strukture, se lahko sRNA reprogramira, tako da cilja katerokoli zaporedje RNA s spremembo semenskega zaporedja, pri čemer zaporedje ogrodja ostane nativno. Za uporabo sRNA v genetskih vezjih pripravljenih z modularnimi metodami sestavljanja DNA, so A. Dwijayanti in sodelavci pripravili konstrukte sRNA imenovane mARi (modular artificial RNA interference), ki ciljajo standardizirana povezovalna zaporedja navzgor od tarčnega gena, ki se uporabljajo pri BASIC načinu priprave DNA vezij oziroma bioloških sistemov.
BASIC je metoda sestavljanja DNA, ki temelji na rezanju z restrikcijskimi endonukleazami tipa IIs (RE BsaI) in ligaciji oligonukleotidov z enoverižnimi previsi, ki določajo red povezovanja biodelov. Uporablja povezovalna zaporedja (ang. linker) za sestavljanje biodelov shranjenih v BASIC formatu [1]. Standardna povezovalna zaporedja lahko že vsebujejo tudi določene 5' neprevajajoče se regije (5'-UTR) in mesta za vezavo ribosoma (RBS) [4].
Sledila je karakterizacija post-transkripcijske regulacije na osnovi mARi v kontekstu raznih genetskih parametrov kot so razmerje transkripta, število kopij molekul, prostorska organizacija in drugi.

==Rezultati==

===Načrtovanje regulacijskega sistema na osnovi mARi===
Načrtovana mARi zaporedja so ciljala regijo iniciacije translacije na mRNA iz treh razlogov:
1) 5' UTR zaporedja so relativno bogata z AU in Hfq preferenčno veže ravno taka zaporedja,
2) tarče, ki se nahajajo v tej regiji, so kazale visoko specifičnost in majhen netarčni efekt v primeru sRNA regulacije,
3) ta regija je neodvisna od gena, ki mu sledi in tako predstavlja potencialno tarčo za modularnost preko UTR-RBS povezovalnih zaporedij v BASIC sistemu
Preko izražanja proteina GFP in merjenja fluorescence so preverili 4 različna zaporedja, ki so ciljala različna tarčna zaporedja na mRNA, katerim so bila popolno komplementarna. Vsa preverjana zaporedja so bila povezana z MicC RNA ogrodjem, ki se naravno nahaja v E. coli.
Vsa zaporedja so v primerjavi s kontrolami pokazala učinkovito regulacijo oziroma represijo ekspresije GFP. Za nadaljnje poskuse so izbrali zaporedje, ki je ciljalo UTR regijo navzgor od mesta RBS in so ga dodatno optimizirali s skrajšanjem dolžine iz 33 bp na 25 bp. Z uporabo različnih zaporedij RBS so tudi preverili neodvisnost delovanja izbranega mARi zaporedja od jakosti mesta RBS in jo tudi dokazali, saj je bila relativna represija izražanja GFP približno enaka pri vseh različnih uporabljenih mestih RBS.

===Odvisnost od razmerja transkriptov in števila kopij plazmida===

Vpliv relativnega obilja mARi v primerjavi s tarčno mRNA (transkript gena za sfGFP) so preverjali s konstitutivnim izražanjem obeh transkriptov. Relativno obilje so ocenili preko relativne moči promotorja uporabljenega za transkripcijo regulatorja in tarče. Uporabili so različno močne konstitutive promotorje PJ23xxx BASIC. Relativno razmerje ekspresije transkriptov so določili z deljenjem jakosti promotorja uporabljenega za mARi z jakostjo promotorja mRNA tarče. Rezultati so pokazali konsistenten trend padanja fluorescence sfGFP z naraščanjem razmerja mARi:mRNA. Maksimalna represija je bila dosežena, ko je bila prisotna prekomerna količina mARi v primerjavi s tarčno mRNA, nizko razmerje pa je vodilo do slabe represije, kar je najverjetneje posledica premajhnega števila kopij mARi za vezavo in inaktivacijo tarčne mRNA.
Znanstvenike je zanimalo tudi, kako različno število kopij plazmida vpliva na učinkovitost represije z mARi in sicer tako v primeru, ko sta regulator in tarča zapisana na enem plazmidu in ko sta zapisana na dveh različnih plazmidih. V primeru enega plazmida, so oba zapisa vnesli v tri plazmide, ki se običajno v celicah nahajajo v različnih številih: pSC101 (∼5 kopij na celico), p15A (∼10 kopij na celico) in pMB1 (∼15–20 kopij na celico). V vseh primerih je prišlo do represije ekspresije sfGFP tako v visokem kot v nizkem razmerju mARi:mRNA, kar dokazuje, da je regulatorni sistem na osnovi mARi učinkovit pri različnih številih kopij plazmida. V primeru dveh plazmidov, so mARi vnesli v vektor z višjim številom kopij na celico v primerjavi z vektorjem, ki je vseboval tarčno mRNA saj so predvidevali, da bo tako represija uspešnejša. Za transkripcijo mARi so uporabili vektorja pMB1 in pUC (∼500–700 kopij na celico), za tarčno mRNA pa vektor p15A. Kljub temu, da je bil mARi zapisan na plazmidu z višjim številom kopij, je v obeh primerih dvoplazmidni sistem kazal slabšo represijo kot enoplazmidni sistem z obema zapisoma na plazmidu p15A. To kaže na morebitno vlogo prostorske organizacije transkriptov in posledične post-transkripcijske represije.

===Učinkovitost sistema na osnovi mARi v različnih sevih ''E. coli''===

Za primerjavo učinkovitosti represije v različnih genetskih kontekstih so preverjali utiševalno sposobnost v štirih pogosto uporabljanih sevih ''E. coli'': DH5, DH10b, BL21(DE3) in BL21star(DE3). Pri tem so uporabljali enovektorski sistem na plazmidu p15A. Pri genetski regulaciji sodelujejo šaperon Hfq in degradosomski kompleks, ki sta v teh sevih naravno prisotna, količina teh komponent sistema pa je odvisna od različnih dejavnikov kot sta genotip in faza rasti celice. V zgodnji stacionarni fazi rasti je v vseh sevih prišlo do 60 – 80% represije, pri čemer je do večje represije prišlo v sevih B pri primerljivih številih plazmidov na celico. Prav tako je bil sistem aktiven v različnih fazah rasti s tem, da je pri sevih B v zgodnji stacionarni fazi bila represija nekoliko bolj učinkovita kot v eksponentni fazi rasti.

===Povečevanje števila mARi regulatorjev za represijo več genov hkrati===

Za represijo več genov hkrati so v tej študiji pripravili pet različnih mARi zaporedij, ki so ciljala različna standardna UTR-RBS povezovalna zaporedja v sklopu BASIC. S kombiniranjem vseh mARi regulatorjev z vsemi tarčnimi UTR, so preverili specifičnost delovanja mARi. Ugotovili so, da je vsak določen mARi deloval samo na željeno tarčno zaporedje UTR.
Do te točke so vse parametre preučevali le preko ekspresije enega gena hkrati. Po dokazu specifičnosti delovanja posameznih mARi pa so želeli oceniti še učinkovitost in specifičnost delovanja tega sistema na več genov hkrati. Pripravili so konstrukte z dvema oziroma tremi reporterskimi geni, ki so bili zapisani kot posamezne transkripcijske enote. Vsak posamezen gen je imel navzgor v povezovalnem zaporedju zapisano specifično UTR-RBS regijo. Po zaznavanju fluorescence so ugotovili, da je bil vsak gen uspešno reguliran s samo enim mARi.
Ker pa jih je zanimalo tudi, kako se ta sistem obnese v kontekstu dvo-genskih operonov, so pripravili konstrukt z dvema reporterskima genoma (vsak s svojo specifično UTR-RBS regijo) na eni transkripcijski enoti. Ta poskus je omogočil tudi vpogled v delovanje sistema z uporabo mARi. V primeru, da bi vezava mARi na tarčno mRNA vodila v razgradnjo kompleksa, bi vsak posamezen mARi vodil v utišanje obeh genov v operonu. Ker pa je uporaba posameznega mARi vodila le v povečano utišanje gena s sorodnim UTR-RBS zaporedjem in v manj močno utišanje drugega gena, lahko sklepamo, da je princip delovanja sistema sterično oviranje vezave ribosoma na RBS.

==Zaključek==

V tem delu opisani sistem inhibicije z uporabo malih RNA zaporedij mARi predstavlja zanimivo metodo za regulacijo izražanja genov v sinteznih vezjih pripravljenih po postopku BASIC. Ta sistem je specifičen tako za uporabo pri regulaciji enega gena kot tudi pri regulaciji več genov na enkrat. Potencialna ovira tega sistema je deljena uporaba endogenega šaperona Hfq, ki je reguliran tudi z vezavo lastne mRNA. Odstopanja od optimalne koncentracije Hfq v celici pa lahko vodijo do zmanjšane aktivnosti sRNA.

==Literatura==

[1] M. Storch, A. Casini, B. Mackrow, T. Fleming, H. Trewhitt, T. Ellis, G. S. Baldwin: BASIC: A New Biopart Assembly Standard for Idempotent Cloning Provides Accurate, Single-Tier DNA Assembly for Synthetic Biology. ACS Synth. Biol. 2015, 4(7), str. 781–787.

[2] A. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.

[3] M. J. Ellis, R. S. Trussler, D. B. Haniford: A cis-encoded sRNA, Hfq and mRNA secondary structure act independently to suppress IS200 transposition. Nucleic Acids Res. 2015, 43(13), str. 6511.

[4] Home | BASIC https://www.basic-assembly.org/ (pridobljeno 2. 5. 2022).

Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov

2022-05-01T23:32:52Z

Marko Pavleković:

Izhodni članek: [https://A. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.]

==Uvod==

Cilj sintezne biologije je narediti inženiring bioloških sistemov bolj predvidljiv, učinkovit in zanesljiv. Doseganje tega cilja je pogojeno z uporabo standardov in genetskih komponent, ki jih je mogoče na predvidljiv način združiti v funkcionalne biološke sisteme na višjem nivoju [1]. Za pripravo vedno bolj kompleksnih in hkrati zanesljivih bioloških sistemov je pomembno, da imamo na voljo genetske komponente, ki so dobro okarakterizirane in delujejo predvidljivo v vsakem sistemu, v katerem jih uporabljamo.
Za razširitev zbirke orodij modularnih biomolekularnih elementov, so Ari Dwijayanti, Marko Storch, Guy-Bart Stan in Geoff S. Baldwin v raziskavi pripravili in okarakterizirali kontrolne elemente, ki učinkujejo na post-transkripcijskem nivoju, in sicer male nekodirajoče RNA (sRNA) [2]. sRNA so kratke nekodirajoče RNA pri prokariontih, ki preko prehodnih RNA-RNA interakcij nadzorujejo ekspresijo genov. Njihovo zaporedje je obratno komplementarno tarčnemu. Glede na lokacijo zapisa za sRNA in njihovega tarčnega zaporedja poznamo cis- in trans-zapisane sRNA. Cis-zapisane sRNA se nahajajo na istem lokusu kot je zapisano zaporedje za njihovo tarčo, trans-zapisane pa na distalnem mestu glede na zapis za njihovo tarčno zaporedje, kljub temu pa lahko trans-zapisane sRNA učinkovito regulirajo njihove mRNA tarče. V bakterijskih sistemih so ravno trans-zapisane sRNA bile prepoznane kot bolj efektivne pri utišanju ekspresije genov, kar pripisujejo njihovi daljši razpolovni dobi v citoplazmi. Ta je najverjetneje posledica vezave trans-zapisanih sRNA na Hfq šaperone [3]. sRNA so sestavljene iz dveh delov in sicer ogrodja (ang. scaffold), ki prepozna in veže Hfq in semenskega dela, ki prepozna tarčno mRNA zaporedje (ang. seed sequence). Zaradi svoje sestavljene strukture, se lahko sRNA reprogramira, tako da cilja katerokoli zaporedje RNA s spremembo semenskega zaporedja, pri čemer zaporedje ogrodja ostane nativno. Za uporabo sRNA v genetskih vezjih pripravljenih z modularnimi metodami sestavljanja DNA, so A. Dwijayanti in sodelavci pripravili konstrukte sRNA imenovane mARi (modular artificial RNA interference), ki ciljajo standardizirana povezovalna zaporedja navzgor od tarčnega gena, ki se uporabljajo pri BASIC načinu priprave DNA vezij oziroma bioloških sistemov.
BASIC je metoda sestavljanja DNA, ki temelji na rezanju z restrikcijskimi endonukleazami tipa IIs (RE BsaI) in ligaciji oligonukleotidov z enoverižnimi previsi, ki določajo red povezovanja biodelov. Uporablja povezovalna zaporedja (ang. linker) za sestavljanje biodelov shranjenih v BASIC formatu [1]. Standardna povezovalna zaporedja lahko že vsebujejo tudi določene 5' neprevajajoče se regije (5'-UTR) in mesta za vezavo ribosoma (RBS) [4].
Sledila je karakterizacija post-transkripcijske regulacije na osnovi mARi v kontekstu raznih genetskih parametrov kot so razmerje transkripta, število kopij molekul, prostorska organizacija in drugi.

==Rezultati==

===Načrtovanje regulacijskega sistema na osnovi mARi===
Načrtovana mARi zaporedja so ciljala regijo iniciacije translacije na mRNA iz treh razlogov:
1) 5' UTR zaporedja so relativno bogata z AU in Hfq preferenčno veže ravno taka zaporedja,
2) tarče, ki se nahajajo v tej regiji, so kazale visoko specifičnost in majhen netarčni efekt v primeru sRNA regulacije,
3) ta regija je neodvisna od gena, ki mu sledi in tako predstavlja potencialno tarčo za modularnost preko UTR-RBS povezovalnih zaporedij v BASIC sistemu
Preko izražanja proteina GFP in merjenja fluorescence so preverili 4 različna zaporedja, ki so ciljala različna tarčna zaporedja na mRNA, katerim so bila popolno komplementarna. Vsa preverjana zaporedja so bila povezana z MicC RNA ogrodjem, ki se naravno nahaja v E. coli.
Vsa zaporedja so v primerjavi s kontrolami pokazala učinkovito regulacijo oziroma represijo ekspresije GFP. Za nadaljnje poskuse so izbrali zaporedje, ki je ciljalo UTR regijo navzgor od mesta RBS in so ga dodatno optimizirali s skrajšanjem dolžine iz 33 bp na 25 bp. Z uporabo različnih zaporedij RBS so tudi preverili neodvisnost delovanja izbranega mARi zaporedja od jakosti mesta RBS in jo tudi dokazali, saj je bila relativna represija izražanja GFP približno enaka pri vseh različnih uporabljenih mestih RBS.

===Odvisnost od razmerja transkriptov in števila kopij plazmida===

Vpliv relativnega obilja mARi v primerjavi s tarčno mRNA (transkript gena za sfGFP) so preverjali s konstitutivnim izražanjem obeh transkriptov. Relativno obilje so ocenili preko relativne moči promotorja uporabljenega za transkripcijo regulatorja in tarče. Uporabili so različno močne konstitutive promotorje PJ23xxx BASIC. Relativno razmerje ekspresije transkriptov so določili z deljenjem jakosti promotorja uporabljenega za mARi z jakostjo promotorja mRNA tarče. Rezultati so pokazali konsistenten trend padanja fluorescence sfGFP z naraščanjem razmerja mARi:mRNA. Maksimalna represija je bila dosežena, ko je bila prisotna prekomerna količina mARi v primerjavi s tarčno mRNA, nizko razmerje pa je vodilo do slabe represije, kar je najverjetneje posledica premajhnega števila kopij mARi za vezavo in inaktivacijo tarčne mRNA.
Znanstvenike je zanimalo tudi, kako različno število kopij plazmida vpliva na učinkovitost represije z mARi in sicer tako v primeru, ko sta regulator in tarča zapisana na enem plazmidu in ko sta zapisana na dveh različnih plazmidih. V primeru enega plazmida, so oba zapisa vnesli v tri plazmide, ki se običajno v celicah nahajajo v različnih številih: pSC101 (∼5 kopij na celico), p15A (∼10 kopij na celico) in pMB1 (∼15–20 kopij na celico). V vseh primerih je prišlo do represije ekspresije sfGFP tako v visokem kot v nizkem razmerju mARi:mRNA, kar dokazuje, da je regulatorni sistem na osnovi mARi učinkovit pri različnih številih kopij plazmida. V primeru dveh plazmidov, so mARi vnesli v vektor z višjim številom kopij na celico v primerjavi z vektorjem, ki je vseboval tarčno mRNA saj so predvidevali, da bo tako represija uspešnejša. Za transkripcijo mARi so uporabili vektorja pMB1 in pUC (∼500–700 kopij na celico), za tarčno mRNA pa vektor p15A. Kljub temu, da je bil mARi zapisan na plazmidu z višjim številom kopij, je v obeh primerih dvoplazmidni sistem kazal slabšo represijo kot enoplazmidni sistem z obema zapisoma na plazmidu p15A. To kaže na morebitno vlogo prostorske organizacije transkriptov in posledične post-transkripcijske represije.

===Učinkovitost sistema na osnovi mARi v različnih sevih ''E. coli''===

Za primerjavo učinkovitosti represije v različnih genetskih kontekstih so preverjali utiševalno sposobnost v štirih pogosto uporabljanih sevih ''E. coli'': DH5, DH10b, BL21(DE3) in BL21star(DE3). Pri tem so uporabljali enovektorski sistem na plazmidu p15A. Pri genetski regulaciji sodelujejo šaperon Hfq in degradosomski kompleks, ki sta v teh sevih naravno prisotna, količina teh komponent sistema pa je odvisna od različnih dejavnikov kot sta genotip in faza rasti celice. V zgodnji stacionarni fazi rasti je v vseh sevih prišlo do 60 – 80% represije, pri čemer je do večje represije prišlo v sevih B pri primerljivih številih plazmidov na celico. Prav tako je bil sistem aktiven v različnih fazah rasti s tem, da je pri sevih B v zgodnji stacionarni fazi bila represija nekoliko bolj učinkovita kot v eksponentni fazi rasti.

===Povečevanje števila mARi regulatorjev za represijo več genov hkrati===

Za represijo več genov hkrati so v tej študiji pripravili pet različnih mARi zaporedij, ki so ciljala različna standardna UTR-RBS povezovalna zaporedja v sklopu BASIC. S kombiniranjem vseh mARi regulatorjev z vsemi tarčnimi UTR, so preverili specifičnost delovanja mARi. Ugotovili so, da je vsak določen mARi deloval samo na željeno tarčno zaporedje UTR.
Do te točke so vse parametre preučevali le preko ekspresije enega gena hkrati. Po dokazu specifičnosti delovanja posameznih mARi pa so želeli oceniti še učinkovitost in specifičnost delovanja tega sistema na več genov hkrati. Pripravili so konstrukte z dvema oziroma tremi reporterskimi geni, ki so bili zapisani kot posamezne transkripcijske enote. Vsak posamezen gen je imel navzgor v povezovalnem zaporedju zapisano specifično UTR-RBS regijo. Po zaznavanju fluorescence so ugotovili, da je bil vsak gen uspešno reguliran s samo enim mARi.
Ker pa jih je zanimalo tudi, kako se ta sistem obnese v kontekstu dvo-genskih operonov, so pripravili konstrukt z dvema reporterskima genoma (vsak s svojo specifično UTR-RBS regijo) na eni transkripcijski enoti. Ta poskus je omogočil tudi vpogled v delovanje sistema z uporabo mARi. V primeru, da bi vezava mARi na tarčno mRNA vodila v razgradnjo kompleksa, bi vsak posamezen mARi vodil v utišanje obeh genov v operonu. Ker pa je uporaba posameznega mARi vodila le v povečano utišanje gena s sorodnim UTR-RBS zaporedjem in v manj močno utišanje drugega gena, lahko sklepamo, da je princip delovanja sistema sterično oviranje vezave ribosoma na RBS.

==Zaključek==

V tem delu opisani sistem inhibicije z uporabo malih RNA zaporedij mARi predstavlja zanimivo metodo za regulacijo izražanja genov v sinteznih vezjih pripravljenih po postopku BASIC. Ta sistem je specifičen tako za uporabo pri regulaciji enega gena kot tudi pri regulaciji več genov na enkrat. Potencialna ovira tega sistema je deljena uporaba endogenega šaperona Hfq, ki je reguliran tudi z vezavo lastne mRNA. Odstopanja od optimalne koncentracije Hfq v celici pa lahko vodijo do zmanjšane aktivnosti sRNA.

==Literatura==

[1] M. Storch, A. Casini, B. Mackrow, T. Fleming, H. Trewhitt, T. Ellis, G. S. Baldwin: BASIC: A New Biopart Assembly Standard for Idempotent Cloning Provides Accurate, Single-Tier DNA Assembly for Synthetic Biology. ACS Synth. Biol. 2015, 4(7), str. 781–787.

[2] A. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.

[3] M. J. Ellis, R. S. Trussler, D. B. Haniford: A cis-encoded sRNA, Hfq and mRNA secondary structure act independently to suppress IS200 transposition. Nucleic Acids Res. 2015, 43(13), str. 6511.

[4] Home | BASIC https://www.basic-assembly.org/ (pridobljeno 2. 5. 2022).

Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov

2022-05-01T23:32:31Z

Marko Pavleković:

Izhodni članek: [httpA. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.]

==Uvod==

Cilj sintezne biologije je narediti inženiring bioloških sistemov bolj predvidljiv, učinkovit in zanesljiv. Doseganje tega cilja je pogojeno z uporabo standardov in genetskih komponent, ki jih je mogoče na predvidljiv način združiti v funkcionalne biološke sisteme na višjem nivoju [1]. Za pripravo vedno bolj kompleksnih in hkrati zanesljivih bioloških sistemov je pomembno, da imamo na voljo genetske komponente, ki so dobro okarakterizirane in delujejo predvidljivo v vsakem sistemu, v katerem jih uporabljamo.
Za razširitev zbirke orodij modularnih biomolekularnih elementov, so Ari Dwijayanti, Marko Storch, Guy-Bart Stan in Geoff S. Baldwin v raziskavi pripravili in okarakterizirali kontrolne elemente, ki učinkujejo na post-transkripcijskem nivoju, in sicer male nekodirajoče RNA (sRNA) [2]. sRNA so kratke nekodirajoče RNA pri prokariontih, ki preko prehodnih RNA-RNA interakcij nadzorujejo ekspresijo genov. Njihovo zaporedje je obratno komplementarno tarčnemu. Glede na lokacijo zapisa za sRNA in njihovega tarčnega zaporedja poznamo cis- in trans-zapisane sRNA. Cis-zapisane sRNA se nahajajo na istem lokusu kot je zapisano zaporedje za njihovo tarčo, trans-zapisane pa na distalnem mestu glede na zapis za njihovo tarčno zaporedje, kljub temu pa lahko trans-zapisane sRNA učinkovito regulirajo njihove mRNA tarče. V bakterijskih sistemih so ravno trans-zapisane sRNA bile prepoznane kot bolj efektivne pri utišanju ekspresije genov, kar pripisujejo njihovi daljši razpolovni dobi v citoplazmi. Ta je najverjetneje posledica vezave trans-zapisanih sRNA na Hfq šaperone [3]. sRNA so sestavljene iz dveh delov in sicer ogrodja (ang. scaffold), ki prepozna in veže Hfq in semenskega dela, ki prepozna tarčno mRNA zaporedje (ang. seed sequence). Zaradi svoje sestavljene strukture, se lahko sRNA reprogramira, tako da cilja katerokoli zaporedje RNA s spremembo semenskega zaporedja, pri čemer zaporedje ogrodja ostane nativno. Za uporabo sRNA v genetskih vezjih pripravljenih z modularnimi metodami sestavljanja DNA, so A. Dwijayanti in sodelavci pripravili konstrukte sRNA imenovane mARi (modular artificial RNA interference), ki ciljajo standardizirana povezovalna zaporedja navzgor od tarčnega gena, ki se uporabljajo pri BASIC načinu priprave DNA vezij oziroma bioloških sistemov.
BASIC je metoda sestavljanja DNA, ki temelji na rezanju z restrikcijskimi endonukleazami tipa IIs (RE BsaI) in ligaciji oligonukleotidov z enoverižnimi previsi, ki določajo red povezovanja biodelov. Uporablja povezovalna zaporedja (ang. linker) za sestavljanje biodelov shranjenih v BASIC formatu [1]. Standardna povezovalna zaporedja lahko že vsebujejo tudi določene 5' neprevajajoče se regije (5'-UTR) in mesta za vezavo ribosoma (RBS) [4].
Sledila je karakterizacija post-transkripcijske regulacije na osnovi mARi v kontekstu raznih genetskih parametrov kot so razmerje transkripta, število kopij molekul, prostorska organizacija in drugi.

==Rezultati==

===Načrtovanje regulacijskega sistema na osnovi mARi===
Načrtovana mARi zaporedja so ciljala regijo iniciacije translacije na mRNA iz treh razlogov:
1) 5' UTR zaporedja so relativno bogata z AU in Hfq preferenčno veže ravno taka zaporedja,
2) tarče, ki se nahajajo v tej regiji, so kazale visoko specifičnost in majhen netarčni efekt v primeru sRNA regulacije,
3) ta regija je neodvisna od gena, ki mu sledi in tako predstavlja potencialno tarčo za modularnost preko UTR-RBS povezovalnih zaporedij v BASIC sistemu
Preko izražanja proteina GFP in merjenja fluorescence so preverili 4 različna zaporedja, ki so ciljala različna tarčna zaporedja na mRNA, katerim so bila popolno komplementarna. Vsa preverjana zaporedja so bila povezana z MicC RNA ogrodjem, ki se naravno nahaja v E. coli.
Vsa zaporedja so v primerjavi s kontrolami pokazala učinkovito regulacijo oziroma represijo ekspresije GFP. Za nadaljnje poskuse so izbrali zaporedje, ki je ciljalo UTR regijo navzgor od mesta RBS in so ga dodatno optimizirali s skrajšanjem dolžine iz 33 bp na 25 bp. Z uporabo različnih zaporedij RBS so tudi preverili neodvisnost delovanja izbranega mARi zaporedja od jakosti mesta RBS in jo tudi dokazali, saj je bila relativna represija izražanja GFP približno enaka pri vseh različnih uporabljenih mestih RBS.

===Odvisnost od razmerja transkriptov in števila kopij plazmida===

Vpliv relativnega obilja mARi v primerjavi s tarčno mRNA (transkript gena za sfGFP) so preverjali s konstitutivnim izražanjem obeh transkriptov. Relativno obilje so ocenili preko relativne moči promotorja uporabljenega za transkripcijo regulatorja in tarče. Uporabili so različno močne konstitutive promotorje PJ23xxx BASIC. Relativno razmerje ekspresije transkriptov so določili z deljenjem jakosti promotorja uporabljenega za mARi z jakostjo promotorja mRNA tarče. Rezultati so pokazali konsistenten trend padanja fluorescence sfGFP z naraščanjem razmerja mARi:mRNA. Maksimalna represija je bila dosežena, ko je bila prisotna prekomerna količina mARi v primerjavi s tarčno mRNA, nizko razmerje pa je vodilo do slabe represije, kar je najverjetneje posledica premajhnega števila kopij mARi za vezavo in inaktivacijo tarčne mRNA.
Znanstvenike je zanimalo tudi, kako različno število kopij plazmida vpliva na učinkovitost represije z mARi in sicer tako v primeru, ko sta regulator in tarča zapisana na enem plazmidu in ko sta zapisana na dveh različnih plazmidih. V primeru enega plazmida, so oba zapisa vnesli v tri plazmide, ki se običajno v celicah nahajajo v različnih številih: pSC101 (∼5 kopij na celico), p15A (∼10 kopij na celico) in pMB1 (∼15–20 kopij na celico). V vseh primerih je prišlo do represije ekspresije sfGFP tako v visokem kot v nizkem razmerju mARi:mRNA, kar dokazuje, da je regulatorni sistem na osnovi mARi učinkovit pri različnih številih kopij plazmida. V primeru dveh plazmidov, so mARi vnesli v vektor z višjim številom kopij na celico v primerjavi z vektorjem, ki je vseboval tarčno mRNA saj so predvidevali, da bo tako represija uspešnejša. Za transkripcijo mARi so uporabili vektorja pMB1 in pUC (∼500–700 kopij na celico), za tarčno mRNA pa vektor p15A. Kljub temu, da je bil mARi zapisan na plazmidu z višjim številom kopij, je v obeh primerih dvoplazmidni sistem kazal slabšo represijo kot enoplazmidni sistem z obema zapisoma na plazmidu p15A. To kaže na morebitno vlogo prostorske organizacije transkriptov in posledične post-transkripcijske represije.

===Učinkovitost sistema na osnovi mARi v različnih sevih ''E. coli''===

Za primerjavo učinkovitosti represije v različnih genetskih kontekstih so preverjali utiševalno sposobnost v štirih pogosto uporabljanih sevih ''E. coli'': DH5, DH10b, BL21(DE3) in BL21star(DE3). Pri tem so uporabljali enovektorski sistem na plazmidu p15A. Pri genetski regulaciji sodelujejo šaperon Hfq in degradosomski kompleks, ki sta v teh sevih naravno prisotna, količina teh komponent sistema pa je odvisna od različnih dejavnikov kot sta genotip in faza rasti celice. V zgodnji stacionarni fazi rasti je v vseh sevih prišlo do 60 – 80% represije, pri čemer je do večje represije prišlo v sevih B pri primerljivih številih plazmidov na celico. Prav tako je bil sistem aktiven v različnih fazah rasti s tem, da je pri sevih B v zgodnji stacionarni fazi bila represija nekoliko bolj učinkovita kot v eksponentni fazi rasti.

===Povečevanje števila mARi regulatorjev za represijo več genov hkrati===

Za represijo več genov hkrati so v tej študiji pripravili pet različnih mARi zaporedij, ki so ciljala različna standardna UTR-RBS povezovalna zaporedja v sklopu BASIC. S kombiniranjem vseh mARi regulatorjev z vsemi tarčnimi UTR, so preverili specifičnost delovanja mARi. Ugotovili so, da je vsak določen mARi deloval samo na željeno tarčno zaporedje UTR.
Do te točke so vse parametre preučevali le preko ekspresije enega gena hkrati. Po dokazu specifičnosti delovanja posameznih mARi pa so želeli oceniti še učinkovitost in specifičnost delovanja tega sistema na več genov hkrati. Pripravili so konstrukte z dvema oziroma tremi reporterskimi geni, ki so bili zapisani kot posamezne transkripcijske enote. Vsak posamezen gen je imel navzgor v povezovalnem zaporedju zapisano specifično UTR-RBS regijo. Po zaznavanju fluorescence so ugotovili, da je bil vsak gen uspešno reguliran s samo enim mARi.
Ker pa jih je zanimalo tudi, kako se ta sistem obnese v kontekstu dvo-genskih operonov, so pripravili konstrukt z dvema reporterskima genoma (vsak s svojo specifično UTR-RBS regijo) na eni transkripcijski enoti. Ta poskus je omogočil tudi vpogled v delovanje sistema z uporabo mARi. V primeru, da bi vezava mARi na tarčno mRNA vodila v razgradnjo kompleksa, bi vsak posamezen mARi vodil v utišanje obeh genov v operonu. Ker pa je uporaba posameznega mARi vodila le v povečano utišanje gena s sorodnim UTR-RBS zaporedjem in v manj močno utišanje drugega gena, lahko sklepamo, da je princip delovanja sistema sterično oviranje vezave ribosoma na RBS.

==Zaključek==

V tem delu opisani sistem inhibicije z uporabo malih RNA zaporedij mARi predstavlja zanimivo metodo za regulacijo izražanja genov v sinteznih vezjih pripravljenih po postopku BASIC. Ta sistem je specifičen tako za uporabo pri regulaciji enega gena kot tudi pri regulaciji več genov na enkrat. Potencialna ovira tega sistema je deljena uporaba endogenega šaperona Hfq, ki je reguliran tudi z vezavo lastne mRNA. Odstopanja od optimalne koncentracije Hfq v celici pa lahko vodijo do zmanjšane aktivnosti sRNA.

==Literatura==

[1] M. Storch, A. Casini, B. Mackrow, T. Fleming, H. Trewhitt, T. Ellis, G. S. Baldwin: BASIC: A New Biopart Assembly Standard for Idempotent Cloning Provides Accurate, Single-Tier DNA Assembly for Synthetic Biology. ACS Synth. Biol. 2015, 4(7), str. 781–787.

[2] A. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.

[3] M. J. Ellis, R. S. Trussler, D. B. Haniford: A cis-encoded sRNA, Hfq and mRNA secondary structure act independently to suppress IS200 transposition. Nucleic Acids Res. 2015, 43(13), str. 6511.

[4] Home | BASIC https://www.basic-assembly.org/ (pridobljeno 2. 5. 2022).

Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov

2022-05-01T23:28:20Z

Marko Pavleković:

Izhodni članek:

==Uvod==

Cilj sintezne biologije je narediti inženiring bioloških sistemov bolj predvidljiv, učinkovit in zanesljiv. Doseganje tega cilja je pogojeno z uporabo standardov in genetskih komponent, ki jih je mogoče na predvidljiv način združiti v funkcionalne biološke sisteme na višjem nivoju [1]. Za pripravo vedno bolj kompleksnih in hkrati zanesljivih bioloških sistemov je pomembno, da imamo na voljo genetske komponente, ki so dobro okarakterizirane in delujejo predvidljivo v vsakem sistemu, v katerem jih uporabljamo.
Za razširitev zbirke orodij modularnih biomolekularnih elementov, so Ari Dwijayanti, Marko Storch, Guy-Bart Stan in Geoff S. Baldwin v raziskavi pripravili in okarakterizirali kontrolne elemente, ki učinkujejo na post-transkripcijskem nivoju, in sicer male nekodirajoče RNA (sRNA) [2]. sRNA so kratke nekodirajoče RNA pri prokariontih, ki preko prehodnih RNA-RNA interakcij nadzorujejo ekspresijo genov. Njihovo zaporedje je obratno komplementarno tarčnemu. Glede na lokacijo zapisa za sRNA in njihovega tarčnega zaporedja poznamo cis- in trans-zapisane sRNA. Cis-zapisane sRNA se nahajajo na istem lokusu kot je zapisano zaporedje za njihovo tarčo, trans-zapisane pa na distalnem mestu glede na zapis za njihovo tarčno zaporedje, kljub temu pa lahko trans-zapisane sRNA učinkovito regulirajo njihove mRNA tarče. V bakterijskih sistemih so ravno trans-zapisane sRNA bile prepoznane kot bolj efektivne pri utišanju ekspresije genov, kar pripisujejo njihovi daljši razpolovni dobi v citoplazmi. Ta je najverjetneje posledica vezave trans-zapisanih sRNA na Hfq šaperone [3]. sRNA so sestavljene iz dveh delov in sicer ogrodja (ang. scaffold), ki prepozna in veže Hfq in semenskega dela, ki prepozna tarčno mRNA zaporedje (ang. seed sequence). Zaradi svoje sestavljene strukture, se lahko sRNA reprogramira, tako da cilja katerokoli zaporedje RNA s spremembo semenskega zaporedja, pri čemer zaporedje ogrodja ostane nativno. Za uporabo sRNA v genetskih vezjih pripravljenih z modularnimi metodami sestavljanja DNA, so A. Dwijayanti in sodelavci pripravili konstrukte sRNA imenovane mARi (modular artificial RNA interference), ki ciljajo standardizirana povezovalna zaporedja navzgor od tarčnega gena, ki se uporabljajo pri BASIC načinu priprave DNA vezij oziroma bioloških sistemov.
BASIC je metoda sestavljanja DNA, ki temelji na rezanju z restrikcijskimi endonukleazami tipa IIs (RE BsaI) in ligaciji oligonukleotidov z enoverižnimi previsi, ki določajo red povezovanja biodelov. Uporablja povezovalna zaporedja (ang. linker) za sestavljanje biodelov shranjenih v BASIC formatu [1]. Standardna povezovalna zaporedja lahko že vsebujejo tudi določene 5' neprevajajoče se regije (5'-UTR) in mesta za vezavo ribosoma (RBS) [4].
Sledila je karakterizacija post-transkripcijske regulacije na osnovi mARi v kontekstu raznih genetskih parametrov kot so razmerje transkripta, število kopij molekul, prostorska organizacija in drugi.

==Rezultati==

===Načrtovanje regulacijskega sistema na osnovi mARi===
Načrtovana mARi zaporedja so ciljala regijo iniciacije translacije na mRNA iz treh razlogov:
1) 5' UTR zaporedja so relativno bogata z AU in Hfq preferenčno veže ravno taka zaporedja,
2) tarče, ki se nahajajo v tej regiji, so kazale visoko specifičnost in majhen netarčni efekt v primeru sRNA regulacije,
3) ta regija je neodvisna od gena, ki mu sledi in tako predstavlja potencialno tarčo za modularnost preko UTR-RBS povezovalnih zaporedij v BASIC sistemu
Preko izražanja proteina GFP in merjenja fluorescence so preverili 4 različna zaporedja, ki so ciljala različna tarčna zaporedja na mRNA, katerim so bila popolno komplementarna. Vsa preverjana zaporedja so bila povezana z MicC RNA ogrodjem, ki se naravno nahaja v E. coli.
Vsa zaporedja so v primerjavi s kontrolami pokazala učinkovito regulacijo oziroma represijo ekspresije GFP. Za nadaljnje poskuse so izbrali zaporedje, ki je ciljalo UTR regijo navzgor od mesta RBS in so ga dodatno optimizirali s skrajšanjem dolžine iz 33 bp na 25 bp. Z uporabo različnih zaporedij RBS so tudi preverili neodvisnost delovanja izbranega mARi zaporedja od jakosti mesta RBS in jo tudi dokazali, saj je bila relativna represija izražanja GFP približno enaka pri vseh različnih uporabljenih mestih RBS.

===Odvisnost od razmerja transkriptov in števila kopij plazmida===

Vpliv relativnega obilja mARi v primerjavi s tarčno mRNA (transkript gena za sfGFP) so preverjali s konstitutivnim izražanjem obeh transkriptov. Relativno obilje so ocenili preko relativne moči promotorja uporabljenega za transkripcijo regulatorja in tarče. Uporabili so različno močne konstitutive promotorje PJ23xxx BASIC. Relativno razmerje ekspresije transkriptov so določili z deljenjem jakosti promotorja uporabljenega za mARi z jakostjo promotorja mRNA tarče. Rezultati so pokazali konsistenten trend padanja fluorescence sfGFP z naraščanjem razmerja mARi:mRNA. Maksimalna represija je bila dosežena, ko je bila prisotna prekomerna količina mARi v primerjavi s tarčno mRNA, nizko razmerje pa je vodilo do slabe represije, kar je najverjetneje posledica premajhnega števila kopij mARi za vezavo in inaktivacijo tarčne mRNA.
Znanstvenike je zanimalo tudi, kako različno število kopij plazmida vpliva na učinkovitost represije z mARi in sicer tako v primeru, ko sta regulator in tarča zapisana na enem plazmidu in ko sta zapisana na dveh različnih plazmidih. V primeru enega plazmida, so oba zapisa vnesli v tri plazmide, ki se običajno v celicah nahajajo v različnih številih: pSC101 (∼5 kopij na celico), p15A (∼10 kopij na celico) in pMB1 (∼15–20 kopij na celico). V vseh primerih je prišlo do represije ekspresije sfGFP tako v visokem kot v nizkem razmerju mARi:mRNA, kar dokazuje, da je regulatorni sistem na osnovi mARi učinkovit pri različnih številih kopij plazmida. V primeru dveh plazmidov, so mARi vnesli v vektor z višjim številom kopij na celico v primerjavi z vektorjem, ki je vseboval tarčno mRNA saj so predvidevali, da bo tako represija uspešnejša. Za transkripcijo mARi so uporabili vektorja pMB1 in pUC (∼500–700 kopij na celico), za tarčno mRNA pa vektor p15A. Kljub temu, da je bil mARi zapisan na plazmidu z višjim številom kopij, je v obeh primerih dvoplazmidni sistem kazal slabšo represijo kot enoplazmidni sistem z obema zapisoma na plazmidu p15A. To kaže na morebitno vlogo prostorske organizacije transkriptov in posledične post-transkripcijske represije.

===Učinkovitost sistema na osnovi mARi v različnih sevih ''E. coli''===

Za primerjavo učinkovitosti represije v različnih genetskih kontekstih so preverjali utiševalno sposobnost v štirih pogosto uporabljanih sevih ''E. coli'': DH5, DH10b, BL21(DE3) in BL21star(DE3). Pri tem so uporabljali enovektorski sistem na plazmidu p15A. Pri genetski regulaciji sodelujejo šaperon Hfq in degradosomski kompleks, ki sta v teh sevih naravno prisotna, količina teh komponent sistema pa je odvisna od različnih dejavnikov kot sta genotip in faza rasti celice. V zgodnji stacionarni fazi rasti je v vseh sevih prišlo do 60 – 80% represije, pri čemer je do večje represije prišlo v sevih B pri primerljivih številih plazmidov na celico. Prav tako je bil sistem aktiven v različnih fazah rasti s tem, da je pri sevih B v zgodnji stacionarni fazi bila represija nekoliko bolj učinkovita kot v eksponentni fazi rasti.

===Povečevanje števila mARi regulatorjev za represijo več genov hkrati===

Za represijo več genov hkrati so v tej študiji pripravili pet različnih mARi zaporedij, ki so ciljala različna standardna UTR-RBS povezovalna zaporedja v sklopu BASIC. S kombiniranjem vseh mARi regulatorjev z vsemi tarčnimi UTR, so preverili specifičnost delovanja mARi. Ugotovili so, da je vsak določen mARi deloval samo na željeno tarčno zaporedje UTR.
Do te točke so vse parametre preučevali le preko ekspresije enega gena hkrati. Po dokazu specifičnosti delovanja posameznih mARi pa so želeli oceniti še učinkovitost in specifičnost delovanja tega sistema na več genov hkrati. Pripravili so konstrukte z dvema oziroma tremi reporterskimi geni, ki so bili zapisani kot posamezne transkripcijske enote. Vsak posamezen gen je imel navzgor v povezovalnem zaporedju zapisano specifično UTR-RBS regijo. Po zaznavanju fluorescence so ugotovili, da je bil vsak gen uspešno reguliran s samo enim mARi.
Ker pa jih je zanimalo tudi, kako se ta sistem obnese v kontekstu dvo-genskih operonov, so pripravili konstrukt z dvema reporterskima genoma (vsak s svojo specifično UTR-RBS regijo) na eni transkripcijski enoti. Ta poskus je omogočil tudi vpogled v delovanje sistema z uporabo mARi. V primeru, da bi vezava mARi na tarčno mRNA vodila v razgradnjo kompleksa, bi vsak posamezen mARi vodil v utišanje obeh genov v operonu. Ker pa je uporaba posameznega mARi vodila le v povečano utišanje gena s sorodnim UTR-RBS zaporedjem in v manj močno utišanje drugega gena, lahko sklepamo, da je princip delovanja sistema sterično oviranje vezave ribosoma na RBS.

==Zaključek==

V tem delu opisani sistem inhibicije z uporabo malih RNA zaporedij mARi predstavlja zanimivo metodo za regulacijo izražanja genov v sinteznih vezjih pripravljenih po postopku BASIC. Ta sistem je specifičen tako za uporabo pri regulaciji enega gena kot tudi pri regulaciji več genov na enkrat. Potencialna ovira tega sistema je deljena uporaba endogenega šaperona Hfq, ki je reguliran tudi z vezavo lastne mRNA. Odstopanja od optimalne koncentracije Hfq v celici pa lahko vodijo do zmanjšane aktivnosti sRNA.

==Literatura==

[1] M. Storch, A. Casini, B. Mackrow, T. Fleming, H. Trewhitt, T. Ellis, G. S. Baldwin: BASIC: A New Biopart Assembly Standard for Idempotent Cloning Provides Accurate, Single-Tier DNA Assembly for Synthetic Biology. ACS Synth. Biol. 2015, 4(7), str. 781–787.

[2] A. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.

[3] M. J. Ellis, R. S. Trussler, D. B. Haniford: A cis-encoded sRNA, Hfq and mRNA secondary structure act independently to suppress IS200 transposition. Nucleic Acids Res. 2015, 43(13), str. 6511.

[4] Home | BASIC https://www.basic-assembly.org/ (pridobljeno 2. 5. 2022).

Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov

2022-05-01T23:24:13Z

Marko Pavleković:

Izhodni članek:

==Uvod==

Cilj sintezne biologije je narediti inženiring bioloških sistemov bolj predvidljiv, učinkovit in zanesljiv. Doseganje tega cilja je pogojeno z uporabo standardov in genetskih komponent, ki jih je mogoče na predvidljiv način združiti v funkcionalne biološke sisteme na višjem nivoju (BASIC vir). Za pripravo vedno bolj kompleksnih in hkrati zanesljivih bioloških sistemov je pomembno, da imamo na voljo genetske komponente, ki so dobro okarakterizirane in delujejo predvidljivo v vsakem sistemu, v katerem jih uporabljamo.
Za razširitev zbirke orodij modularnih biomolekularnih elementov, so Ari Dwijayanti, Marko Storch, Guy-Bart Stan in Geoff S. Baldwin v raziskavi pripravili in okarakterizirali kontrolne elemente, ki učinkujejo na post-transkripcijskem nivoju, in sicer male nekodirajoče RNA (sRNA) (origigi vir). sRNA so kratke nekodirajoče RNA pri prokariontih, ki preko prehodnih RNA-RNA interakcij nadzorujejo ekspresijo genov. Njihovo zaporedje je obratno komplementarno tarčnemu. Glede na lokacijo zapisa za sRNA in njihovega tarčnega zaporedja poznamo cis- in trans-zapisane sRNA. Cis-zapisane sRNA se nahajajo na istem lokusu kot je zapisano zaporedje za njihovo tarčo, trans-zapisane pa na distalnem mestu glede na zapis za njihovo tarčno zaporedje, kljub temu pa lahko trans-zapisane sRNA učinkovito regulirajo njihove mRNA tarče. V bakterijskih sistemih so ravno trans-zapisane sRNA bile prepoznane kot bolj efektivne pri utišanju ekspresije genov, kar pripisujejo njihovi daljši razpolovni dobi v citoplazmi. Ta je najverjetneje posledica vezave trans-zapisanih sRNA na Hfq šaperone (daj nek vir). sRNA so sestavljene iz dveh delov in sicer ogrodja (ang. scaffold), ki prepozna in veže Hfq in semenskega dela, ki prepozna tarčno mRNA zaporedje (ang. seed sequence). Zaradi svoje sestavljene strukture, se lahko sRNA reprogramira, tako da cilja katerokoli zaporedje RNA s spremembo semenskega zaporedja, pri čemer zaporedje ogrodja ostane nativno. Za uporabo sRNA v genetskih vezjih pripravljenih z modularnimi metodami sestavljanja DNA, so A. Dwijayanti in sodelavci pripravili konstrukte sRNA imenovane mARi (modular artificial RNA interference), ki ciljajo standardizirana povezovalna zaporedja navzgor od tarčnega gena, ki se uporabljajo pri BASIC načinu priprave DNA vezij oziroma bioloških sistemov.
BASIC je metoda sestavljanja DNA, ki temelji na rezanju z restrikcijskimi endonukleazami tipa IIs (RE BsaI) in ligaciji oligonukleotidov z enoverižnimi previsi, ki določajo red povezovanja biodelov. Uporablja povezovalna zaporedja (ang. linker) za sestavljanje biodelov shranjenih v BASIC formatu (BASIC vir). Standardna povezovalna zaporedja lahko že vsebujejo tudi določene 5' neprevajajoče se regije (5'-UTR) in mesta za vezavo ribosoma (RBS) (spletna stran BASIC).
Sledila je karakterizacija post-transkripcijske regulacije na osnovi mARi v kontekstu raznih genetskih parametrov kot so razmerje transkripta, število kopij molekul, prostorska organizacija in drugi.

==Rezultati==

===Načrtovanje regulacijskega sistema na osnovi mARi===
Načrtovana mARi zaporedja so ciljala regijo iniciacije translacije na mRNA iz treh razlogov:
1) 5' UTR zaporedja so relativno bogata z AU in Hfq preferenčno veže ravno taka zaporedja
2) Tarče, ki se nahajajo v tej regiji, so kazale visoko specifičnost in majhen netarčni efekt v primeru sRNA regulacije
3) Ta regija je neodvisna od gena, ki mu sledi in tako predstavlja potencialno tarčo za modularnost preko UTR-RBS povezovalnih zaporedij v BASIC sistemu
Preko izražanja proteina GFP in merjenja fluorescence so preverili 4 različna zaporedja, ki so ciljala različna tarčna zaporedja na mRNA, katerim so bila popolno komplementarna. Vsa preverjana zaporedja so bila povezana z MicC RNA ogrodjem, ki se naravno nahaja v E. coli.
Vsa zaporedja so v primerjavi s kontrolami pokazala učinkovito regulacijo oziroma represijo ekspresije GFP. Za nadaljnje poskuse so izbrali zaporedje, ki je ciljalo UTR regijo navzgor od mesta RBS in so ga dodatno optimizirali s skrajšanjem dolžine iz 33 bp na 25 bp. Z uporabo različnih zaporedij RBS so tudi preverili neodvisnost delovanja izbranega mARi zaporedja od jakosti mesta RBS in jo tudi dokazali, saj je bila relativna represija izražanja GFP približno enaka pri vseh različnih uporabljenih mestih RBS.

===Odvisnost od razmerja transkriptov in števila kopij plazmida===

Vpliv relativnega obilja mARi v primerjavi s tarčno mRNA (transkript gena za sfGFP) so preverjali s konstitutivnim izražanjem obeh transkriptov. Relativno obilje so ocenili preko relativne moči promotorja uporabljenega za transkripcijo regulatorja in tarče. Uporabili so različno močne konstitutive promotorje PJ23xxx BASIC. Relativno razmerje ekspresije transkriptov so določili z deljenjem jakosti promotorja uporabljenega za mARi z jakostjo promotorja mRNA tarče. Rezultati so pokazali konsistenten trend padanja fluorescence sfGFP z naraščanjem razmerja mARi:mRNA. Maksimalna represija je bila dosežena, ko je bila prisotna prekomerna količina mARi v primerjavi s tarčno mRNA, nizko razmerje pa je vodilo do slabe represije, kar je najverjetneje posledica premajhnega števila kopij mARi za vezavo in inaktivacijo tarčne mRNA.
Znanstvenike je zanimalo tudi, kako različno število kopij plazmida vpliva na učinkovitost represije z mARi in sicer tako v primeru, ko sta regulator in tarča zapisana na enem plazmidu in ko sta zapisana na dveh različnih plazmidih. V primeru enega plazmida, so oba zapisa vnesli v tri plazmide, ki se običajno v celicah nahajajo v različnih številih: pSC101 (∼5 kopij na celico), p15A (∼10 kopij na celico) in pMB1 (∼15–20 kopij na celico). V vseh primerih je prišlo do represije ekspresije sfGFP tako v visokem kot v nizkem razmerju mARi:mRNA, kar dokazuje, da je regulatorni sistem na osnovi mARi učinkovit pri različnih številih kopij plazmida. V primeru dveh plazmidov, so mARi vnesli v vektor z višjim številom kopij na celico v primerjavi z vektorjem, ki je vseboval tarčno mRNA saj so predvidevali, da bo tako represija uspešnejša. Za transkripcijo mARi so uporabili vektorja pMB1 in pUC (∼500–700 kopij na celico), za tarčno mRNA pa vektor p15A. Kljub temu, da je bil mARi zapisan na plazmidu z višjim številom kopij, je v obeh primerih dvoplazmidni sistem kazal slabšo represijo kot enoplazmidni sistem z obema zapisoma na plazmidu p15A. To kaže na morebitno vlogo prostorske organizacije transkriptov in posledične post-transkripcijske represije.

===Učinkovitost sistema na osnovi mARi v različnih sevih ''E. coli''===

Za primerjavo učinkovitosti represije v različnih genetskih kontekstih so preverjali utiševalno sposobnost v štirih pogosto uporabljanih sevih ''E. coli'': DH5, DH10b, BL21(DE3) in BL21star(DE3). Pri tem so uporabljali enovektorski sistem na plazmidu p15A. Pri genetski regulaciji sodelujejo šaperon Hfq in degradosomski kompleks, ki sta v teh sevih naravno prisotna, količina teh komponent sistema pa je odvisna od različnih dejavnikov kot sta genotip in faza rasti celice. V zgodnji stacionarni fazi rasti je v vseh sevih prišlo do 60 – 80% represije, pri čemer je do večje represije prišlo v sevih B pri primerljivih številih plazmidov na celico. Prav tako je bil sistem aktiven v različnih fazah rasti s tem, da je pri sevih B v zgodnji stacionarni fazi bila represija nekoliko bolj učinkovita kot v eksponentni fazi rasti.

===Povečevanje števila mARi regulatorjev za represijo več genov hkrati===

Za represijo več genov hkrati so v tej študiji pripravili pet različnih mARi zaporedij, ki so ciljala različna standardna UTR-RBS povezovalna zaporedja v sklopu BASIC. S kombiniranjem vseh mARi regulatorjev z vsemi tarčnimi UTR, so preverili specifičnost delovanja mARi. Ugotovili so, da je vsak določen mARi deloval samo na željeno tarčno zaporedje UTR.
Do te točke so vse parametre preučevali le preko ekspresije enega gena hkrati. Po dokazu specifičnosti delovanja posameznih mARi pa so želeli oceniti še učinkovitost in specifičnost delovanja tega sistema na več genov hkrati. Pripravili so konstrukte z dvema oziroma tremi reporterskimi geni, ki so bili zapisani kot posamezne transkripcijske enote. Vsak posamezen gen je imel navzgor v povezovalnem zaporedju zapisano specifično UTR-RBS regijo. Po zaznavanju fluorescence so ugotovili, da je bil vsak gen uspešno reguliran s samo enim mARi.
Ker pa jih je zanimalo tudi, kako se ta sistem obnese v kontekstu dvo-genskih operonov, so pripravili konstrukt z dvema reporterskima genoma (vsak s svojo specifično UTR-RBS regijo) na eni transkripcijski enoti. Ta poskus je omogočil tudi vpogled v delovanje sistema z uporabo mARi. V primeru, da bi vezava mARi na tarčno mRNA vodila v razgradnjo kompleksa, bi vsak posamezen mARi vodil v utišanje obeh genov v operonu. Ker pa je uporaba posameznega mARi vodila le v povečano utišanje gena s sorodnim UTR-RBS zaporedjem in v manj močno utišanje drugega gena, lahko sklepamo, da je princip delovanja sistema sterično oviranje vezave ribosoma na RBS.

==Zaključek==

V tem delu opisani sistem inhibicije z uporabo malih RNA zaporedij mARi predstavlja zanimivo metodo za regulacijo izražanja genov v sinteznih vezjih pripravljenih po postopku BASIC. Ta sistem je specifičen tako za uporabo pri regulaciji enega gena kot tudi pri regulaciji več genov na enkrat. Potencialna ovira tega sistema je deljena uporaba endogenega šaperona Hfq, ki je reguliran tudi z vezavo lastne mRNA. Odstopanja od optimalne koncentracije Hfq v celici pa lahko vodijo do zmanjšane aktivnosti sRNA.

==Literatura==

1. M. Storch, A. Casini, B. Mackrow, T. Fleming, H. Trewhitt, T. Ellis, G. S. Baldwin: BASIC: A New Biopart Assembly Standard for Idempotent Cloning Provides Accurate, Single-Tier DNA Assembly for Synthetic Biology. ACS Synth. Biol. 2015, 4(7), str. 781–787.
2. A. Dwijayanti, M. Storch, G. B. Stan, G. S. Baldwin: A modular RNA interference system for multiplexed gene regulation. Nucleic Acids Res. 2022, 50(3), str. 1783–1793.
3. M. J. Ellis, R. S. Trussler, D. B. Haniford: A cis-encoded sRNA, Hfq and mRNA secondary structure act independently to suppress IS200 transposition. Nucleic Acids Res. 2015, 43(13), str. 6511.
4. Home | BASIC https://www.basic-assembly.org/ (pridobljeno 2. 5. 2022).

Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov

2022-05-01T23:12:12Z

Marko Pavleković:

Izhodni članek:

==Uvod==

Cilj sintezne biologije je narediti inženiring bioloških sistemov bolj predvidljiv, učinkovit in zanesljiv. Doseganje tega cilja je pogojeno z uporabo standardov in genetskih komponent, ki jih je mogoče na predvidljiv način združiti v funkcionalne biološke sisteme na višjem nivoju (BASIC vir). Za pripravo vedno bolj kompleksnih in hkrati zanesljivih bioloških sistemov je pomembno, da imamo na voljo genetske komponente, ki so dobro okarakterizirane in delujejo predvidljivo v vsakem sistemu, v katerem jih uporabljamo.
Za razširitev zbirke orodij modularnih biomolekularnih elementov, so Ari Dwijayanti, Marko Storch, Guy-Bart Stan in Geoff S. Baldwin v raziskavi pripravili in okarakterizirali kontrolne elemente, ki učinkujejo na post-transkripcijskem nivoju, in sicer male nekodirajoče RNA (sRNA) (origigi vir). sRNA so kratke nekodirajoče RNA pri prokariontih, ki preko prehodnih RNA-RNA interakcij nadzorujejo ekspresijo genov. Njihovo zaporedje je obratno komplementarno tarčnemu. Glede na lokacijo zapisa za sRNA in njihovega tarčnega zaporedja poznamo cis- in trans-zapisane sRNA. Cis-zapisane sRNA se nahajajo na istem lokusu kot je zapisano zaporedje za njihovo tarčo, trans-zapisane pa na distalnem mestu glede na zapis za njihovo tarčno zaporedje, kljub temu pa lahko trans-zapisane sRNA učinkovito regulirajo njihove mRNA tarče. V bakterijskih sistemih so ravno trans-zapisane sRNA bile prepoznane kot bolj efektivne pri utišanju ekspresije genov, kar pripisujejo njihovi daljši razpolovni dobi v citoplazmi. Ta je najverjetneje posledica vezave trans-zapisanih sRNA na Hfq šaperone (daj nek vir). sRNA so sestavljene iz dveh delov in sicer ogrodja (ang. scaffold), ki prepozna in veže Hfq in semenskega dela, ki prepozna tarčno mRNA zaporedje (ang. seed sequence). Zaradi svoje sestavljene strukture, se lahko sRNA reprogramira, tako da cilja katerokoli zaporedje RNA s spremembo semenskega zaporedja, pri čemer zaporedje ogrodja ostane nativno. Za uporabo sRNA v genetskih vezjih pripravljenih z modularnimi metodami sestavljanja DNA, so A. Dwijayanti in sodelavci pripravili konstrukte sRNA imenovane mARi (modular artificial RNA interference), ki ciljajo standardizirana povezovalna zaporedja navzgor od tarčnega gena, ki se uporabljajo pri BASIC načinu priprave DNA vezij oziroma bioloških sistemov.
BASIC je metoda sestavljanja DNA, ki temelji na rezanju z restrikcijskimi endonukleazami tipa IIs (RE BsaI) in ligaciji oligonukleotidov z enoverižnimi previsi, ki določajo red povezovanja biodelov. Uporablja povezovalna zaporedja (ang. linker) za sestavljanje biodelov shranjenih v BASIC formatu (BASIC vir). Standardna povezovalna zaporedja lahko že vsebujejo tudi določene 5' neprevajajoče se regije (5'-UTR) in mesta za vezavo ribosoma (RBS) (spletna stran BASIC).
Sledila je karakterizacija post-transkripcijske regulacije na osnovi mARi v kontekstu raznih genetskih parametrov kot so razmerje transkripta, število kopij molekul, prostorska organizacija in drugi.

==Rezultati==

===Načrtovanje regulacijskega sistema na osnovi mARi===
Načrtovana mARi zaporedja so ciljala regijo iniciacije translacije na mRNA iz treh razlogov:
1) 5' UTR zaporedja so relativno bogata z AU in Hfq preferenčno veže ravno taka zaporedja
2) Tarče, ki se nahajajo v tej regiji, so kazale visoko specifičnost in majhen netarčni efekt v primeru sRNA regulacije
3) Ta regija je neodvisna od gena, ki mu sledi in tako predstavlja potencialno tarčo za modularnost preko UTR-RBS povezovalnih zaporedij v BASIC sistemu
Preko izražanja proteina GFP in merjenja fluorescence so preverili 4 različna zaporedja, ki so ciljala različna tarčna zaporedja na mRNA, katerim so bila popolno komplementarna. Vsa preverjana zaporedja so bila povezana z MicC RNA ogrodjem, ki se naravno nahaja v E. coli.
Vsa zaporedja so v primerjavi s kontrolami pokazala učinkovito regulacijo oziroma represijo ekspresije GFP. Za nadaljnje poskuse so izbrali zaporedje, ki je ciljalo UTR regijo navzgor od mesta RBS in so ga dodatno optimizirali s skrajšanjem dolžine iz 33 bp na 25 bp. Z uporabo različnih zaporedij RBS so tudi preverili neodvisnost delovanja izbranega mARi zaporedja od jakosti mesta RBS in jo tudi dokazali, saj je bila relativna represija izražanja GFP približno enaka pri vseh različnih uporabljenih mestih RBS.

===Odvisnost od razmerja transkriptov in števila kopij plazmida===

Vpliv relativnega obilja mARi v primerjavi s tarčno mRNA (transkript gena za sfGFP) so preverjali s konstitutivnim izražanjem obeh transkriptov. Relativno obilje so ocenili preko relativne moči promotorja uporabljenega za transkripcijo regulatorja in tarče. Uporabili so različno močne konstitutive promotorje PJ23xxx BASIC. Relativno razmerje ekspresije transkriptov so določili z deljenjem jakosti promotorja uporabljenega za mARi z jakostjo promotorja mRNA tarče. Rezultati so pokazali konsistenten trend padanja fluorescence sfGFP z naraščanjem razmerja mARi:mRNA. Maksimalna represija je bila dosežena, ko je bila prisotna prekomerna količina mARi v primerjavi s tarčno mRNA, nizko razmerje pa je vodilo do slabe represije, kar je najverjetneje posledica premajhnega števila kopij mARi za vezavo in inaktivacijo tarčne mRNA.
Znanstvenike je zanimalo tudi, kako različno število kopij plazmida vpliva na učinkovitost represije z mARi in sicer tako v primeru, ko sta regulator in tarča zapisana na enem plazmidu in ko sta zapisana na dveh različnih plazmidih. V primeru enega plazmida, so oba zapisa vnesli v tri plazmide, ki se običajno v celicah nahajajo v različnih številih: pSC101 (∼5 kopij na celico), p15A (∼10 kopij na celico) in pMB1 (∼15–20 kopij na celico). V vseh primerih je prišlo do represije ekspresije sfGFP tako v visokem kot v nizkem razmerju mARi:mRNA, kar dokazuje, da je regulatorni sistem na osnovi mARi učinkovit pri različnih številih kopij plazmida. V primeru dveh plazmidov, so mARi vnesli v vektor z višjim številom kopij na celico v primerjavi z vektorjem, ki je vseboval tarčno mRNA saj so predvidevali, da bo tako represija uspešnejša. Za transkripcijo mARi so uporabili vektorja pMB1 in pUC (∼500–700 kopij na celico), za tarčno mRNA pa vektor p15A. Kljub temu, da je bil mARi zapisan na plazmidu z višjim številom kopij, je v obeh primerih dvoplazmidni sistem kazal slabšo represijo kot enoplazmidni sistem z obema zapisoma na plazmidu p15A. To kaže na morebitno vlogo prostorske organizacije transkriptov in posledične post-transkripcijske represije.

===Učinkovitost sistema na osnovi mARi v različnih sevih ''E. coli''===

Za primerjavo učinkovitosti represije v različnih genetskih kontekstih so preverjali utiševalno sposobnost v štirih pogosto uporabljanih sevih ''E. coli'': DH5, DH10b, BL21(DE3) in BL21star(DE3). Pri tem so uporabljali enovektorski sistem na plazmidu p15A. Pri genetski regulaciji sodelujejo šaperon Hfq in degradosomski kompleks, ki sta v teh sevih naravno prisotna, količina teh komponent sistema pa je odvisna od različnih dejavnikov kot sta genotip in faza rasti celice. V zgodnji stacionarni fazi rasti je v vseh sevih prišlo do 60 – 80% represije, pri čemer je do večje represije prišlo v sevih B pri primerljivih številih plazmidov na celico. Prav tako je bil sistem aktiven v različnih fazah rasti s tem, da je pri sevih B v zgodnji stacionarni fazi bila represija nekoliko bolj učinkovita kot v eksponentni fazi rasti.

===Povečevanje števila mARi regulatorjev za represijo več genov hkrati===

Za represijo več genov hkrati so v tej študiji pripravili pet različnih mARi zaporedij, ki so ciljala različna standardna UTR-RBS povezovalna zaporedja v sklopu BASIC. S kombiniranjem vseh mARi regulatorjev z vsemi tarčnimi UTR, so preverili specifičnost delovanja mARi. Ugotovili so, da je vsak določen mARi deloval samo na željeno tarčno zaporedje UTR.
Do te točke so vse parametre preučevali le preko ekspresije enega gena hkrati. Po dokazu specifičnosti delovanja posameznih mARi pa so želeli oceniti še učinkovitost in specifičnost delovanja tega sistema na več genov hkrati. Pripravili so konstrukte z dvema oziroma tremi reporterskimi geni, ki so bili zapisani kot posamezne transkripcijske enote. Vsak posamezen gen je imel navzgor v povezovalnem zaporedju zapisano specifično UTR-RBS regijo. Po zaznavanju fluorescence so ugotovili, da je bil vsak gen uspešno reguliran s samo enim mARi.
Ker pa jih je zanimalo tudi, kako se ta sistem obnese v kontekstu dvo-genskih operonov, so pripravili konstrukt z dvema reporterskima genoma (vsak s svojo specifično UTR-RBS regijo) na eni transkripcijski enoti. Ta poskus je omogočil tudi vpogled v delovanje sistema z uporabo mARi. V primeru, da bi vezava mARi na tarčno mRNA vodila v razgradnjo kompleksa, bi vsak posamezen mARi vodil v utišanje obeh genov v operonu. Ker pa je uporaba posameznega mARi vodila le v povečano utišanje gena s sorodnim UTR-RBS zaporedjem in v manj močno utišanje drugega gena, lahko sklepamo, da je princip delovanja sistema sterično oviranje vezave ribosoma na RBS.

==Zaključek==

V tem delu opisani sistem inhibicije z uporabo malih RNA zaporedij mARi predstavlja zanimivo metodo za regulacijo izražanja genov v sinteznih vezjih pripravljenih po postopku BASIC. Ta sistem je specifičen tako za uporabo pri regulaciji enega gena kot tudi pri regulaciji več genov na enkrat. Potencialna ovira tega sistema je deljena uporaba endogenega šaperona Hfq, ki je reguliran tudi z vezavo lastne mRNA. Odstopanja od optimalne koncentracije Hfq v celici pa lahko vodijo do zmanjšane aktivnosti sRNA.

Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov

2022-05-01T22:01:07Z

Marko Pavleković: New page: Izhodni članek: ==Uvod== Cilj sintezne biologije je narediti inženiring bioloških sistemov bolj predvidljiv, učinkovit in zanesljiv. Doseganje tega cilja je pogojeno z uporabo stand...

Izhodni članek:

==Uvod==

Cilj sintezne biologije je narediti inženiring bioloških sistemov bolj predvidljiv, učinkovit in zanesljiv. Doseganje tega cilja je pogojeno z uporabo standardov in genetskih komponent, ki jih je mogoče na predvidljiv način združiti v funkcionalne biološke sisteme na višjem nivoju (BASIC vir). Za pripravo vedno bolj kompleksnih in hkrati zanesljivih bioloških sistemov je pomembno, da imamo na voljo genetske komponente, ki so dobro okarakterizirane in delujejo predvidljivo v vsakem sistemu, v katerem jih uporabljamo.
Za razširitev zbirke orodij modularnih biomolekularnih elementov, so Ari Dwijayanti, Marko Storch, Guy-Bart Stan in Geoff S. Baldwin v raziskavi pripravili in okarakterizirali kontrolne elemente, ki učinkujejo na post-transkripcijskem nivoju, in sicer male nekodirajoče RNA (sRNA) (origigi vir). sRNA so kratke nekodirajoče RNA pri prokariontih, ki preko prehodnih RNA-RNA interakcij nadzorujejo ekspresijo genov. Njihovo zaporedje je obratno komplementarno tarčnemu. Glede na lokacijo zapisa za sRNA in njihovega tarčnega zaporedja poznamo cis- in trans-zapisane sRNA. Cis-zapisane sRNA se nahajajo na istem lokusu kot je zapisano zaporedje za njihovo tarčo, trans-zapisane pa na distalnem mestu glede na zapis za njihovo tarčno zaporedje, kljub temu pa lahko trans-zapisane sRNA učinkovito regulirajo njihove mRNA tarče. V bakterijskih sistemih so ravno trans-zapisane sRNA bile prepoznane kot bolj efektivne pri utišanju ekspresije genov, kar pripisujejo njihovi daljši razpolovni dobi v citoplazmi. Ta je najverjetneje posledica vezave trans-zapisanih sRNA na Hfq šaperone (daj nek vir). sRNA so sestavljene iz dveh delov in sicer ogrodja (ang. scaffold), ki prepozna in veže Hfq in semenskega dela, ki prepozna tarčno mRNA zaporedje (ang. seed sequence). Zaradi svoje sestavljene strukture, se lahko sRNA reprogramira, tako da cilja katerokoli zaporedje RNA s spremembo semenskega zaporedja, pri čemer zaporedje ogrodja ostane nativno. Za uporabo sRNA v genetskih vezjih pripravljenih z modularnimi metodami sestavljanja DNA, so A. Dwijayanti in sodelavci pripravili konstrukte sRNA imenovane mARi (modular artificial RNA interference), ki ciljajo standardizirana povezovalna zaporedja navzgor od tarčnega gena, ki se uporabljajo pri BASIC načinu priprave DNA vezij oziroma bioloških sistemov.
BASIC je metoda sestavljanja DNA, ki temelji na rezanju z restrikcijskimi endonukleazami tipa IIs (RE BsaI) in ligaciji oligonukleotidov z enoverižnimi previsi, ki določajo red povezovanja biodelov. Uporablja povezovalna zaporedja (ang. linker) za sestavljanje biodelov shranjenih v BASIC formatu (BASIC vir). Standardna povezovalna zaporedja lahko že vsebujejo tudi določene 5' neprevajajoče se regije (5'-UTR) in mesta za vezavo ribosoma (RBS) (spletna stran BASIC).
Sledila je karakterizacija post-transkripcijske regulacije na osnovi mARi v kontekstu raznih genetskih parametrov kot so razmerje transkripta, število kopij molekul, prostorska organizacija in drugi.

==Rezultati==

===Načrtovanje regulacijskega sistema na osnovi mARi===
Načrtovana mARi zaporedja so ciljala regijo iniciacije translacije na mRNA iz treh razlogov:
1) 5' UTR zaporedja so relativno bogata z AU in Hfq preferenčno veže ravno taka zaporedja
2) Tarče, ki se nahajajo v tej regiji, so kazale visoko specifičnost in majhen netarčni efekt v primeru sRNA regulacije
3) Ta regija je neodvisna od gena, ki mu sledi in tako predstavlja potencialno tarčo za modularnost preko UTR-RBS povezovalnih zaporedij v BASIC sistemu
Preko izražanja proteina GFP in merjenja fluorescence so preverili 4 različna zaporedja, ki so ciljala različna tarčna zaporedja na mRNA, katerim so bila popolno komplementarna. Vsa preverjana zaporedja so bila povezana z MicC RNA ogrodjem, ki se naravno nahaja v E. coli.
Vsa zaporedja so v primerjavi s kontrolami pokazala učinkovito regulacijo oziroma represijo ekspresije GFP. Za nadaljnje poskuse so izbrali zaporedje, ki je ciljalo UTR regijo navzgor od mesta RBS in so ga dodatno optimizirali s skrajšanjem dolžine iz 33 bp na 25 bp. Z uporabo različnih zaporedij RBS so tudi preverili neodvisnost delovanja izbranega mARi zaporedja od jakosti mesta RBS in jo tudi dokazali, saj je bila relativna represija izražanja GFP približno enaka pri vseh različnih uporabljenih mestih RBS.

===Odvisnost od razmerja transkriptov in števila kopij plazmida===

Vpliv relativnega obilja mARi v primerjavi s tarčno mRNA (transkript gena za sfGFP) so preverjali s konstitutivnim izražanjem obeh transkriptov. Relativno obilje so ocenili preko relativne moči promotorja uporabljenega za transkripcijo regulatorja in tarče. Uporabili so različno močne konstitutive promotorje PJ23xxx BASIC. Relativno razmerje ekspresije transkriptov so določili z deljenjem jakosti promotorja uporabljenega za mARi z jakostjo promotorja mRNA tarče. Rezultati so pokazali konsistenten trend padanja fluorescence sfGFP z naraščanjem razmerja mARi:mRNA. Maksimalna represija je bila dosežena, ko je bila prisotna prekomerna količina mARi v primerjavi s tarčno mRNA, nizko razmerje pa je vodilo do slabe represije, kar je najverjetneje posledica premajhnega števila kopij mARi za vezavo in inaktivacijo tarčne mRNA.
Znanstvenike je zanimalo tudi, kako različno število kopij plazmida vpliva na učinkovitost represije z mARi in sicer tako v primeru, ko sta regulator in tarča zapisana na enem plazmidu in ko sta zapisana na dveh različnih plazmidih. V primeru enega plazmida, so oba zapisa vnesli v tri plazmide, ki se običajno v celicah nahajajo v različnih številih: pSC101 (∼5 kopij na celico), p15A (∼10 kopij na celico) in pMB1 (∼15–20 kopij na celico). V vseh primerih je prišlo do represije ekspresije sfGFP tako v visokem kot v nizkem razmerju mARi:mRNA, kar dokazuje, da je regulatorni sistem na osnovi mARi učinkovit pri različnih številih kopij plazmida. V primeru dveh plazmidov, so mARi vnesli v vektor z višjim številom kopij na celico v primerjavi z vektorjem, ki je vseboval tarčno mRNA saj so predvidevali, da bo tako represija uspešnejša. Za transkripcijo mARi so uporabili vektorja pMB1 in pUC (∼500–700 kopij na celico), za tarčno mRNA pa vektor p15A. Kljub temu, da je bil mARi zapisan na plazmidu z višjim številom kopij, je v obeh primerih dvoplazmidni sistem kazal slabšo represijo kot enoplazmidni sistem z obema zapisoma na plazmidu p15A. To kaže na morebitno vlogo prostorske organizacije transkriptov in posledične post-transkripcijske represije.

===Učinkovitost sistema na osnovi mARi v različnih sevih ''E. coli''===

Za primerjavo učinkovitosti represije v različnih genetskih kontekstih so preverjali utiševalno sposobnost v štirih pogosto uporabljanih sevih ''E. coli'': DH5, DH10b, BL21(DE3) in BL21star(DE3). Pri tem so uporabljali enovektorski sistem na plazmidu p15A. Pri genetski regulaciji sodelujejo šaperon Hfq in degradosomski kompleks, ki sta v teh sevih naravno prisotna, količina teh komponent sistema pa je odvisna od različnih dejavnikov kot sta genotip in faza rasti celice. V zgodnji stacionarni fazi rasti je v vseh sevih prišlo do 60 – 80% represije, pri čemer je do večje represije prišlo v sevih B pri primerljivih številih plazmidov na celico. Prav tako je bil sistem aktiven v različnih fazah rasti s tem, da je pri sevih B v zgodnji stacionarni fazi bila represija nekoliko bolj učinkovita kot v eksponentni fazi rasti.

Seminarji SB 2021/22

2022-05-01T21:50:56Z

Marko Pavleković:

V študijskem letu 2021/22 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatori%C4%8Dni_pristopi_pri_na%C4%8Drtovanju_medproteinskih_interakcij%2C_uravnavanih_s_svetlobnimi_stikali Kombinatorični pristopi pri načrtovanju medproteinskih interakcij, uravnavanih s svetlobnimi stikali] (Neža Žerjav)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/De_novo_na%C4%8Drtovanje_transkripcijskega_faktorja_za_uporabo_v_progesteronskem_biosenzorju ''De novo'' načrtovanje transkripcijskega faktorja za uporabo v progesteronskem biosenzorju] (Polona Skrt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prozdravila_na_osnovi_siRNA%2C_ki_aktivirajo_RNA-interferenco_kot_odziv_na_prisotnost_specifi%C4%8Dnega_RNA-biomarkerja Prozdravila na osnovi siRNA, ki aktivirajo RNA-interferenco kot odziv na prisotnost specifičnega RNA-biomarkerja] (Tina Zavodnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bifunkcionalno_optogenetsko_stikalo_za_izboljšanje_proizvodnje_šikimske_kisline_v_E._coli Bifunkcionalno optogenetsko stikalo za izboljšanje proizvodnje šikimske kisline v ''E. coli''] (Meta Kodrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inžiniring_in_izkoriščanje_sintetične_alosterije_luciferaze_NanoLuc Inžiniring in izkoriščanje sintetične alosterije luciferaze NanoLuc ] (Rebeka Dajčman)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularen_RNA_interferenčni_sistem_za_regulacijo_multipleksnih_genov Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov] (Marko Pavleković)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MIBOM_-_biokompatibilni_material_iz_školjk MIBOM - biokompatibilni material iz školjk] (Manca Osolin) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BOOM_V_-_bakterijski_membranski_vezikli_za_zaščito_rastlin_pred_patogeni BOOM V - bakterijski membranski vezikli za zaščito rastlin pred patogeni] (Eva Gartner) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LET.IT.BEE_-_paradižnik,_katerega_cvetovi_razgradijo_insekticid LET.IT.BEE - paradižnik, katerega cvetovi razgradijo insekticid] (Barbara Jaklič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kissed_by_light_-_sistem_proti_oku%C5%BEbi_opeklin Kissed by light - sistem proti okužbi opeklin] (Nina Varda)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gutail_Floractory_-_probiotične_bakterije_za_zaščito_črevesja_pred_vnetji Gutail Floractory - probiotične bakterije za zaščito črevesja pred vnetji] (Karmen Mlinar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/AptaVita_-_diagnostika_pomanjkanja_vitaminov_z_aptacimi AptaVita - diagnostika pomanjkanja vitaminov z aptacimi] (Valeriya Musina)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/P.L.A.N.T._-_rastlinski_detekcijski_sistem_za_bojne_strupe P.L.A.N.T. - rastlinski detekcijski sistem za bojne strupe] (Tina Logonder)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kolorimetrični_sistem_za_zaznavanje_virusov_na_podlagi_G_-_kvadrupleksov Kolorimetrični sistem za zaznavanje virusov na podlagi G-kvadrupleksov] (Nastja Feguš)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aprifreeze Aprifreeze - zaščita marelic pred spomladanskimi pozebami] (Laura Gašperšič) 
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

Sistem Rex pri bakteriji Escherichia coli

2019-04-23T13:05:55Z

Marko Pavleković: /* REXB */

==UVOD==
Bakterije se pred okužbo z bakteriofagi lahko branijo na več načinov, med drugimi tudi s sistemi abortivne infekcije (Abi). Ti sistemi vodijo okuženo celico v smrt in tako preprečijo razmnoževanje fagov ter njihovo širitev v ostale celice. Tarče sistemov Abi so običajno ključni koraki razmnoževanja fagov: replikacija, transkripcija in translacija. Sisteme Abi se raziskuje že več kot 50 let, vendar jih še vedno ne razumemo dobro. Razlog se delno skriva v njihovi kompleksnosti, delno pa v samem pomanjkanju znanja o biologiji fagov.
==SISTEM REX==
Najbolj značilen sistem Abi je sistem Rex v bakteriji Escherichia coli. Odkrili so ga na bakteriofagu λ, ki se v celici nahaja v lizogenem ciklu. rexA in rexB sta ena izmed redkih genov, ki se izrazita iz profaga λ. V lizogenem ciklu niso odkrili nobene njune vloge. Ko pa pride do superinfekcije celice z nekim drugim bakteriofagom, pa igrata ključno vlogo pri obrambi. Ta obrambna vloga je bila najbolje raziskana na primeru faga T4. Ko je fag T4 normalen (wild type), je sposoben litično okužiti E. coli z lizogenim profagom λ, saj kodira dva proteina (RIIA in RIIB), ki se mu pomagata izogniti sistemu Rex. V primeru da ima T4 mutacijo na lokusu rII, kar pomeni, da ima mutirana rIIA in/ali rIIB, do lize ne pride, saj pride do aktivacije sistema Rex, kar sproži samomor celice in posledično izključitev faga T4rII. Ta se tako ne more razmnožiti in okužiti še sosednjih celic.
===REXA===
Okužba lizogenov λ s T4rII poteka normalno vse do začetka replikacije T4 DNA. Kot replikacijski oz. rekombinacijski intermediat nastane kompleks protein-DNA, kar povzroči aktivacijo proteina RexA, ki je produkt gena rexA. RexA je 31 kDA velik polipeptid, sestavljen iz 279 aminokislinskih ostankov. Vsebuje veliko hidrofilnih aminokislin, kar kaže na to, da gre za citoplazemski protein. Deluje kot znotrajcelični senzor, ki aktivira membranski protein RexB. Ta povzroči padec membranskega potenciala. Raziskave so pokazale, da sta za njegovo aktivacijo potrebna vsaj dva RexA proteina, kar kaže na to, da je za aktivnost sistema Rex pomembno razmerje koncentracij omenjenih proteinov. Raziskave so pokazale, da mutanti T4, ki imajo pomanjkljivo replikacijo ali rekombinacijo, ne kažejo izgube membranskega potenciala.

===REXB===
Gen rexB kodira 16 kDa velik protein RexB, ki je sestavljen predvsem iz hidrofobnih aminokislinskih ostankov. Hidropatski profil proteina RexB vsebuje štiri hidrofobne vrhove, ki so značilni za membranske segmente transmembranskih proteinov. Nabite aminokisline so skoraj izključno omejene na hidrofilne regije. Na podlagi teh opažanj, skupaj s von Heije-vim pravilom “pozitivno znotraj” za porazdelitev nabitih aminokislin med hidrofilne regije transmembranskih proteinov, so predlagali topološki model proteina. RexB je notranji membranski protein s štirimi transmembranskimi domenami; amino in karboksilni konci, kot tudi osrednji hidrofilni segment, so citoplazemski, druga in četrta hidrofilna zaporedja pa sta periplazemska. RexB je po funkciji ionski kanalček, kar dokazujejo poročila, da je izključitev Rex odvisna od ionske sestave zunanjega medija. Izključitev Rex je občutljiva na zunajcelični pH in na koncentracijo monovalentnih kationov. Če je koncentracija monovalentnih kationov nizka (<1 mM), pride do izključitve pri pH 6, vendar ne pri nevtralnem pH. Topologija proteina RexB lahko razloži to odvisnost od zunajceličnega pH. Prva periplazemska domena vsebuje dva histidinska ostanka (ostanka 27 in 38), katerih ionizacija naj bi bila močno prizadeta v tem območju pH, kar pomembno vpliva na konformacijo RexB.

Izključitev T4rII zahteva prisotnost monovalentnih kationov, kot so H+, Na+, K+, NH4+ ali Cs+ v kulturi in je oslabljena ob prisotnosti dvovalentnih kationov, kot so Mg2+ ali Ca2+, poliaminov, saharoze, arginina, lizina, spermidina in več diaminov. Te ugotovitve so skladne z vlogo RexB kot ionskega kanalčka, hkrati pa kažejo, da je ionska izmenjava preko RexB nespecifična in ne razlikuje ionov niti po naboju niti po velikosti. Ker se zdi, da je ionska izmenjava regulirana samo s koncentracijo, je možno, da RexB deluje tako, da tvori lezijo v membrani gostitelja, kar moti ionski diferencial preko citoplazemske membrane.

Okužba lizogena, ki vsebuje genski zapis za proteine Rex, s T4rII povzroči zmanjšanje membranskega potenciala, protonske gibalne sile in hiter padec nivoja ATP. S tem se zmanjša sinteza makromolekul in prekine celično razmnoževanje. Med tem se prekine tudi okužba s fagom, saj ta potrebuje ATP ali od ATP odvisne celične komponente. Ko so lizogeni λ okuženi s T4rII mutanti, se okužba nadaljuje normalno, dokler se ne začne replikacija T4 DNA. Nato pride do padca membranskega potenciala, ki ga spremlja znižanje ravni celičnega ATP. Ta padec celične energije je največji, če so v mediju prisotni monovalentni kationi in če je pH nižji od 7. Padec ravni ATP je lahko posledica spremembe membranske ATPaze, ki jo povzroči zmanjšanje membranskega potenciala in ne blokiranje sinteze ATP, saj padca ravni ATP niso opazili v celicah, ki nimajo membranske ATPaze zaradi mutacije unc.
Dodatek Mg2+ ali poliaminov v zunanji medij pred deseto minuto okužbe lahko prepreči izključitev T4rll. Izključitev se po šesti minuti obrne z omejenim uspehom. To je verjetno posledica zmanjšanega vnosa magnezija ali poliaminov v tem času, ki ga lahko pripišemo zmanjšani celični energiji.

Zmanjšanje membranskega potenciala je odvisno od razmerja med RexA in RexB. Izguba membranskega potenciala se lahko sproži pri povečanju razmerja med RexA in RexB, tudi v neokuženih celicah. Prekomerno izražanje RexB glede na RexA pa povzroči zmanjšanje izključitve Rex.

Zaradi teh ugotovitev so prišli do modela izključitve Rex, ki deluje kot altruistični modul celične smrti, ki se aktivira ob okužbi z Rex občutljivim fagom. Po tem modelu RexB deluje kot "regulatorna" enota za tvorbo por v notranji membrani gostiteljske celice, vendar je neaktivna, kadar je izražena v enakih koncentracijah s senzorsko enoto RexA. Okužba gostitelja s T4rll povzroči povečanje razmerja med RexA in RexB in vodi do aktivacije por RexB preko neposredne interakcije z vsaj dvema proteinoma RexA. Če je RexB čezmerno izražen, potem se zmanjša verjetnost interakcije z več podenotami RexA, kar povzroči zmanjšanje izključitve.

===PREPREČEVANJE SAMOIZKLJUČITVE===
Izključitev Rex je odvisna od stopnje izražanja rex genov. Medtem ko v normalnih pogojih lizogeni λ izločajo le T4rII mutante, navadnih T4 pa ne, so z induciranim prekomernim izražanjem genov rex dosegli, da so lizogeni λ izločali tudi normalne T4. Poleg normalnih T4 so izločali tudi vse ostale testirane fage razen faga λ. To je raziskovalce privedlo do sklepa, da ima fag λ nek način s katerim prepreči izključitev samega sebe v primeru, da le-ta vstopi v litični cikel. Znano je bilo, da je za aktivacijo enega proteina RexB potrebnih več proteinov RexA, kar so so ugotovili z uvedbo prekomernega izražanja rexA ob prisotnosti RexB v nelizogenih celicah. Postavili so hipotezo, da bi lahko za preprečitev samoizključitve fag λ izkoristil prekomerno izražanje rexB. To bi povzročilo njihovo neaktivnost zaradi manjšega razmerja RexA/RexB v celici. Da so preverili posledice prekomernega izražanja rexB, so spremenili lizogen λ CR63(λ) z rexB izražajočim vektorjem pBS rexB phoA' in opazovali izločanje r638, ki je fag T4 z izbrisom na lokusu rII. Za kontrolo so uporabili še vektorje pBS in pBS phoA', ki ne povzročijo prekomernega izražanja rexB in normalen fag λ. Ugotovili so, da prekomerno izražanje rexB v lizogenu prepreči izločanje rII mutantov. Kot pričakovano vektorji brez gena za RexB (pBS in pBS phoA') niso preprečili izločanja rII mutantov. S tem so dokazali, da fag λ najverjetneje za preprečitev samoizključitve pri vstopu v litično fazo izkorišča namnoževanje proteina RexB in s tem povzroči njegovo deaktivacijo. Kasneje so ugotovili, da je za povečanje količine RexB zaslužen promotor pLIT, ki se aktivira samo med razvojem faga λ.

==VIRI==
*Labrie, S. J. et. al. Bacteriophage resistance mechanisms. Nature Reviews Microbiology, 2010, let. 8, str. 317-327.
*Slavcev, R.A. The Bacteriophage λ Rex-Centric Mutualism Phenotype, Conditional Rex, and Other Novel Rex Phenotypes. 2002
*Parma, D.H., Snyder, M., Sobolevski, S., Nawroz, M., Brody, E., Gold, L. The Rex system of bacteriophage k: tolerance and altruistic cell death. GENES & DEVELOPMENT, 1992, 6, 497-510.
*Snyder, L. Phage-exclusion enzymes: a bonanza of biochemical and cell biology reagents? Molecular Microbiology, 1995, 15(3), 415-420.
*Snyder, L., McWilliams, K. The rex genes of bacteriophage lambda can inhibit cell function without phage superinfection. Gene, 1989, str. 17-24.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Sistem Rex pri bakteriji Escherichia coli

2019-04-23T13:05:25Z

Marko Pavleković: /* REXA */

==UVOD==
Bakterije se pred okužbo z bakteriofagi lahko branijo na več načinov, med drugimi tudi s sistemi abortivne infekcije (Abi). Ti sistemi vodijo okuženo celico v smrt in tako preprečijo razmnoževanje fagov ter njihovo širitev v ostale celice. Tarče sistemov Abi so običajno ključni koraki razmnoževanja fagov: replikacija, transkripcija in translacija. Sisteme Abi se raziskuje že več kot 50 let, vendar jih še vedno ne razumemo dobro. Razlog se delno skriva v njihovi kompleksnosti, delno pa v samem pomanjkanju znanja o biologiji fagov.
==SISTEM REX==
Najbolj značilen sistem Abi je sistem Rex v bakteriji Escherichia coli. Odkrili so ga na bakteriofagu λ, ki se v celici nahaja v lizogenem ciklu. rexA in rexB sta ena izmed redkih genov, ki se izrazita iz profaga λ. V lizogenem ciklu niso odkrili nobene njune vloge. Ko pa pride do superinfekcije celice z nekim drugim bakteriofagom, pa igrata ključno vlogo pri obrambi. Ta obrambna vloga je bila najbolje raziskana na primeru faga T4. Ko je fag T4 normalen (wild type), je sposoben litično okužiti E. coli z lizogenim profagom λ, saj kodira dva proteina (RIIA in RIIB), ki se mu pomagata izogniti sistemu Rex. V primeru da ima T4 mutacijo na lokusu rII, kar pomeni, da ima mutirana rIIA in/ali rIIB, do lize ne pride, saj pride do aktivacije sistema Rex, kar sproži samomor celice in posledično izključitev faga T4rII. Ta se tako ne more razmnožiti in okužiti še sosednjih celic.
===REXA===
Okužba lizogenov λ s T4rII poteka normalno vse do začetka replikacije T4 DNA. Kot replikacijski oz. rekombinacijski intermediat nastane kompleks protein-DNA, kar povzroči aktivacijo proteina RexA, ki je produkt gena rexA. RexA je 31 kDA velik polipeptid, sestavljen iz 279 aminokislinskih ostankov. Vsebuje veliko hidrofilnih aminokislin, kar kaže na to, da gre za citoplazemski protein. Deluje kot znotrajcelični senzor, ki aktivira membranski protein RexB. Ta povzroči padec membranskega potenciala. Raziskave so pokazale, da sta za njegovo aktivacijo potrebna vsaj dva RexA proteina, kar kaže na to, da je za aktivnost sistema Rex pomembno razmerje koncentracij omenjenih proteinov. Raziskave so pokazale, da mutanti T4, ki imajo pomanjkljivo replikacijo ali rekombinacijo, ne kažejo izgube membranskega potenciala.

===REXB===
Gen rexB kodira 16 kDa velik protein RexB, ki je sestavljen predvsem iz hidrofobnih aminokislinskih ostankov. Hidropatski profil proteina RexB vsebuje štiri hidrofobne vrhove, ki so značilni za membranske segmente transmembranskih proteinov. Nabite aminokisline so skoraj izključno omejene na hidrofilne regije. Na podlagi teh opažanj, skupaj s von Heije-vim pravilom “pozitivno znotraj” za porazdelitev nabitih aminokislin med hidrofilne regije transmembranskih proteinov, so predlagali topološki model proteina. RexB je notranji membranski protein s štirimi transmembranskimi domenami; amino in karboksilni konci, kot tudi osrednji hidrofilni segment, so citoplazemski, druga in četrta hidrofilna zaporedja pa sta periplazemska. RexB je po funkciji ionski kanalček, kar dokazujejo poročila, da je izključitev Rex odvisna od ionske sestave zunanjega medija. Izključitev Rex je občutljiva na zunajcelični pH in na koncentracijo monovalentnih kationov. Če je koncentracija monovalentnih kationov nizka (<1 mM), pride do izključitve pri pH 6, vendar ne pri nevtralnem pH. Topologija proteina RexB lahko razloži to odvisnost od zunajceličnega pH. Prva periplazemska domena vsebuje dva histidinska ostanka (ostanka 27 in 38), katerih ionizacija naj bi bila močno prizadeta v tem območju pH, kar pomembno vpliva na konformacijo RexB.
Izključitev T4rII zahteva prisotnost monovalentnih kationov, kot so H+, Na+, K+, NH4+ ali Cs+ v kulturi in je oslabljena ob prisotnosti dvovalentnih kationov, kot so Mg2+ ali Ca2+, poliaminov, saharoze, arginina, lizina, spermidina in več diaminov. Te ugotovitve so skladne z vlogo RexB kot ionskega kanalčka, hkrati pa kažejo, da je ionska izmenjava preko RexB nespecifična in ne razlikuje ionov niti po naboju niti po velikosti. Ker se zdi, da je ionska izmenjava regulirana samo s koncentracijo, je možno, da RexB deluje tako, da tvori lezijo v membrani gostitelja, kar moti ionski diferencial preko citoplazemske membrane.
Okužba lizogena, ki vsebuje genski zapis za proteine Rex, s T4rII povzroči zmanjšanje membranskega potenciala, protonske gibalne sile in hiter padec nivoja ATP. S tem se zmanjša sinteza makromolekul in prekine celično razmnoževanje. Med tem se prekine tudi okužba s fagom, saj ta potrebuje ATP ali od ATP odvisne celične komponente. Ko so lizogeni λ okuženi s T4rII mutanti, se okužba nadaljuje normalno, dokler se ne začne replikacija T4 DNA. Nato pride do padca membranskega potenciala, ki ga spremlja znižanje ravni celičnega ATP. Ta padec celične energije je največji, če so v mediju prisotni monovalentni kationi in če je pH nižji od 7. Padec ravni ATP je lahko posledica spremembe membranske ATPaze, ki jo povzroči zmanjšanje membranskega potenciala in ne blokiranje sinteze ATP, saj padca ravni ATP niso opazili v celicah, ki nimajo membranske ATPaze zaradi mutacije unc.
Dodatek Mg2+ ali poliaminov v zunanji medij pred deseto minuto okužbe lahko prepreči izključitev T4rll. Izključitev se po šesti minuti obrne z omejenim uspehom. To je verjetno posledica zmanjšanega vnosa magnezija ali poliaminov v tem času, ki ga lahko pripišemo zmanjšani celični energiji.
Zmanjšanje membranskega potenciala je odvisno od razmerja med RexA in RexB. Izguba membranskega potenciala se lahko sproži pri povečanju razmerja med RexA in RexB, tudi v neokuženih celicah. Prekomerno izražanje RexB glede na RexA pa povzroči zmanjšanje izključitve Rex.
Zaradi teh ugotovitev so prišli do modela izključitve Rex, ki deluje kot altruistični modul celične smrti, ki se aktivira ob okužbi z Rex občutljivim fagom. Po tem modelu RexB deluje kot "regulatorna" enota za tvorbo por v notranji membrani gostiteljske celice, vendar je neaktivna, kadar je izražena v enakih koncentracijah s senzorsko enoto RexA. Okužba gostitelja s T4rll povzroči povečanje razmerja med RexA in RexB in vodi do aktivacije por RexB preko neposredne interakcije z vsaj dvema proteinoma RexA. Če je RexB čezmerno izražen, potem se zmanjša verjetnost interakcije z več podenotami RexA, kar povzroči zmanjšanje izključitve.
===PREPREČEVANJE SAMOIZKLJUČITVE===
Izključitev Rex je odvisna od stopnje izražanja rex genov. Medtem ko v normalnih pogojih lizogeni λ izločajo le T4rII mutante, navadnih T4 pa ne, so z induciranim prekomernim izražanjem genov rex dosegli, da so lizogeni λ izločali tudi normalne T4. Poleg normalnih T4 so izločali tudi vse ostale testirane fage razen faga λ. To je raziskovalce privedlo do sklepa, da ima fag λ nek način s katerim prepreči izključitev samega sebe v primeru, da le-ta vstopi v litični cikel. Znano je bilo, da je za aktivacijo enega proteina RexB potrebnih več proteinov RexA, kar so so ugotovili z uvedbo prekomernega izražanja rexA ob prisotnosti RexB v nelizogenih celicah. Postavili so hipotezo, da bi lahko za preprečitev samoizključitve fag λ izkoristil prekomerno izražanje rexB. To bi povzročilo njihovo neaktivnost zaradi manjšega razmerja RexA/RexB v celici. Da so preverili posledice prekomernega izražanja rexB, so spremenili lizogen λ CR63(λ) z rexB izražajočim vektorjem pBS rexB phoA' in opazovali izločanje r638, ki je fag T4 z izbrisom na lokusu rII. Za kontrolo so uporabili še vektorje pBS in pBS phoA', ki ne povzročijo prekomernega izražanja rexB in normalen fag λ. Ugotovili so, da prekomerno izražanje rexB v lizogenu prepreči izločanje rII mutantov. Kot pričakovano vektorji brez gena za RexB (pBS in pBS phoA') niso preprečili izločanja rII mutantov. S tem so dokazali, da fag λ najverjetneje za preprečitev samoizključitve pri vstopu v litično fazo izkorišča namnoževanje proteina RexB in s tem povzroči njegovo deaktivacijo. Kasneje so ugotovili, da je za povečanje količine RexB zaslužen promotor pLIT, ki se aktivira samo med razvojem faga λ.

==VIRI==
*Labrie, S. J. et. al. Bacteriophage resistance mechanisms. Nature Reviews Microbiology, 2010, let. 8, str. 317-327.
*Slavcev, R.A. The Bacteriophage λ Rex-Centric Mutualism Phenotype, Conditional Rex, and Other Novel Rex Phenotypes. 2002
*Parma, D.H., Snyder, M., Sobolevski, S., Nawroz, M., Brody, E., Gold, L. The Rex system of bacteriophage k: tolerance and altruistic cell death. GENES & DEVELOPMENT, 1992, 6, 497-510.
*Snyder, L. Phage-exclusion enzymes: a bonanza of biochemical and cell biology reagents? Molecular Microbiology, 1995, 15(3), 415-420.
*Snyder, L., McWilliams, K. The rex genes of bacteriophage lambda can inhibit cell function without phage superinfection. Gene, 1989, str. 17-24.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

BIO2 Seminar 2018

2019-04-11T11:15:23Z

Marko Pavleković: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''ime in priimek'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Eva Gartner || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Eva_Gartner:_Wnt_signalizacija_in_njena_vloga_pri_sr.C4.8Dni_fibrozi Wnt signalizacija in njena vloga pri srčni fibrozi] || Anamarija Agnič || Anastasija Nechevska || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Aljaž Bratina || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Alja.C5.BE_Bratina:_Pomen_razli.C4.8Dnih_signalnih_poti_pri_staranju Pomen različnih signalnih poti pri staranju]|| Lara Drinovec || Liza Ulčakar || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Karmen Mlinar || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Karmen_Mlinar:_Signalizacija_in_odzivi_na_abiotski_stres_pri_rastlinah Signalizacija in odzivi na abiotski stres v rastlinah] || Luka Gnidovec || Maja Škof || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Tina Zavodnik || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tina_Zavodnik:_Mehani.C4.8Dna_transdukcija_in_proteini_Piezo Mehanična transdukcija in proteini Piezo] || Jernej Imperl || Ajda Godec || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Meta Kodrič || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Meta_Kodri.C4.8D:_Svetlobne_signalne_poti_za_uravnavanje_fotomorfogeneze Svetlobne signalne poti za uravnavanje fotomorfogeneze] || Laura Gašperšič || Neža Blaznik || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Neža Žerjav || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Ne.C5.BEa_.C5.BDerjav:_Vloga_kaspaz_pri_celi.C4.8Dni_smrti Vloga kaspaz pri celični smrti] || Nika Boštic || Urša Štrancar || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Doroteja Armič || 14-15 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Doroteja_Armi.C4.8D:_Bifunkcionalen_encim_PFK-2.2FFBPaza-2_in_njegova_vloga_v_metabolizmu_glukoze Bifunkcionalen encim PFK-2/FBPaza-2 in njegova vloga v metabolizmu glukoze] || Eva Gartner || Anamarija Agnič || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Lara Drinovec || 14-15 || AMPK in avtofagija pri glukoznem/glikogenem metabolizmu || Aljaž Bratina || Barbara Jaklič || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Martina Lokar || 14-15 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Martina_Lokar:_Biotinilacija_proteinov Biotinilacija proteinov]|| Karmen Mlinar || Luka Gnidovec || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Marko Pavleković || 16 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Marko_Pavlekovi.C4.87:_Vloga_sukcinata_kot_ligand_z_G_proteini_vezanega_receptorja_GPR91 Vloga sukcinata kot ligand z G proteini vezanega receptorja GPR91] || Tina Zavodnik || Jernej Imperl || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Valeriya Musina || 16 || Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na celične procese || Meta Kodrič || Laura Gašperšič || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Tina Kolenc Milavec || 16 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tina_Kolenc_Milavec:_Intermediati_Krebsovega_cikla_kot_signalne_molekule_pri_vnetnem_in_protivnetnem_odgovoru Intermediati Krebsovega cikla kot signalne molekule pri vnetnem in protivnetnem odgovoru]|| Neža Žerjav || Nika Boštic || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Andrej Špenko || 17 || Regulacija oksidacije maščobnih kislin v skeletnih mišicah || Doroteja Armič || Eva Gartner || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Tadej Medved || 17 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tadej_Medved:_Vpliv_oksidacije_ma.C5.A1.C4.8Dobnih_kislin_na_usodo_celic Vpliv oksidacije maščobnih kislin na usodo celic] || Sanja Stanković || Aljaž Bratina || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Klementina Polanec || 17 || Sirtuini kot regulatorji oksidacije maščobnih kislin || Martina Lokar || Karmen Mlinar || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Rebeka Dajčman || 17 || Ketonska telesa kot signalni metaboliti || Marko Pavleković || Tina Zavodnik || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Sumeja Kudelić || 18 || Transsulfuracijska pot kot obrambni mehanizem celic pri oksidativnem stresu || Valeriya Musina || Meta Kodrič || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Matija Ruparčič || 18 || Ureaze in njihova vloga v živih bitjih || Tina Kolenc Milavec || Neža Žerjav || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Maks Kumek || 18 || Vloga metabolizma arginina v celični regulaciji in erekcija || Andrej Špenko || Doroteja Armič || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Anže Šumah || 19 || Delovanje proteina termogenina in njegov pomen pri termogenezi || Tadej Medved || Sanja Stanković || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Barbara Jaklič || 19 || Vloga proton-črpajočega rodopsina pri fotofosforilaciji in drugih procesih odvisnih od protonske gonilne sile || Klementina Polanec || Martina Lokar || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Gašper Anton Komatar || 19 || Telesna aktivnost poveča učinkovitost mitohondrijskega sistema in zviša raven telesne energije || Rebeka Dajčman || Marko Pavleković || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Praznik Liza || 19 || Dinamična struktura mitohondrija za opravljanje raznolikih funkcij || Sumeja Kudelić || Valeriya Musina || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Lara Hrvatin || 20 || Mehanizmi koncentriranja ogljika || Matija Ruparčič || Tina Kolenc Milavec || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Sonja Gabrijelčič || 20 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Sonja_Gabrijel.C4.8Di.C4.8D_-_Biosinteza_bakterijske_celuloze Biosinteza bakterijske celuloze] || Maks Kumek || Andrej Špenko || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Anastasija Nechevska || 20 || Biosynthesis of bacterial peptidoglycan and inhibition by β-lactam antibiotics || Anže Šumah || Tadej Medved || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Liza Ulčakar || 21 || Vloga interakcij med lipidnimi kapljicami in organeli v celici|| Barbara Jaklič || Klementina Polanec || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Maja Škof || 21 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Maja_.C5.A0kof:_Sinteza_sfingolipidov Sinteza sfingolipidov] || Gašper Anton Komatar || Rebeka Dajčman || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Ajda Godec || 21 || Biosinteza levkotriena B4 || Praznik Liza || Sumeja Kudelić || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Neža Blaznik || 22 || Biointeza in vloga kreatina v mišicah in živčnem sistemu || Lara Hrvatin || Matija Ruparčič || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Urša Štrancar || 22 || Metabolizem serina in glicina pri raku || Sonja Gabrijelčič || Maks Kumek || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Anamarija Agnič || 22 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Anamarija_Agni.C4.8D:_Metabolne_spremembe_bakterij_iz_rodu_Rhizobium_v_koreninskih_me.C5.A1i.C4.8Dkih_stro.C4.8Dnic Metabolne spremembe bakterij iz rodu Rhizobium v koreninskih mešičkih stročnic]
|| Anastasija Nechevska || Anže Šumah || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Sanja Stanković || 23 || Asprozin – novoodkriti hormon maščobnega tkiva, ki uravnava hepatično glukozo in apetit ter deluje zaščitno || Liza Ulčakar || Lara Drinovec|| 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Luka Gnidovec || 23 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Luka_Gnidovec:_Negenomski_učinki_steroidnih_hormonov Negenomski učinki steroidnih hormonov] || Maja Škof || Gašper Anton Komatar || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Jernej Imperl || 23 || Prostaglandini in vnetje || Ajda Godec || Praznik Liza || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Laura Gašperšič || 23 || Delovanje leptina in grelina ter njuna vloga pri debelosti || Neža Blaznik || Lara Hrvatin || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Nika Boštic || 23 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Nika_Bo.C5.A1tic:_Delovanje_glukokortikoidov_pri_GIOP Delovanje glukokortikoidov pri GIOP] || Urša Štrancar || Sonja Gabrijelčič || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Sporočite mi morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2018|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2018

2019-04-11T11:10:56Z

Marko Pavleković: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''ime in priimek'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Eva Gartner || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Eva_Gartner:_Wnt_signalizacija_in_njena_vloga_pri_sr.C4.8Dni_fibrozi Wnt signalizacija in njena vloga pri srčni fibrozi] || Anamarija Agnič || Anastasija Nechevska || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Aljaž Bratina || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Alja.C5.BE_Bratina:_Pomen_razli.C4.8Dnih_signalnih_poti_pri_staranju Pomen različnih signalnih poti pri staranju]|| Lara Drinovec || Liza Ulčakar || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Karmen Mlinar || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Karmen_Mlinar:_Signalizacija_in_odzivi_na_abiotski_stres_pri_rastlinah Signalizacija in odzivi na abiotski stres v rastlinah] || Luka Gnidovec || Maja Škof || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Tina Zavodnik || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tina_Zavodnik:_Mehani.C4.8Dna_transdukcija_in_proteini_Piezo Mehanična transdukcija in proteini Piezo] || Jernej Imperl || Ajda Godec || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Meta Kodrič || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Meta_Kodri.C4.8D:_Svetlobne_signalne_poti_za_uravnavanje_fotomorfogeneze Svetlobne signalne poti za uravnavanje fotomorfogeneze] || Laura Gašperšič || Neža Blaznik || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Neža Žerjav || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Ne.C5.BEa_.C5.BDerjav:_Vloga_kaspaz_pri_celi.C4.8Dni_smrti Vloga kaspaz pri celični smrti] || Nika Boštic || Urša Štrancar || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Doroteja Armič || 14-15 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Doroteja_Armi.C4.8D:_Bifunkcionalen_encim_PFK-2.2FFBPaza-2_in_njegova_vloga_v_metabolizmu_glukoze Bifunkcionalen encim PFK-2/FBPaza-2 in njegova vloga v metabolizmu glukoze] || Eva Gartner || Anamarija Agnič || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Lara Drinovec || 14-15 || AMPK in avtofagija pri glukoznem/glikogenem metabolizmu || Aljaž Bratina || Barbara Jaklič || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Martina Lokar || 14-15 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Martina_Lokar:_Biotinilacija_proteinov Biotinilacija proteinov]|| Karmen Mlinar || Luka Gnidovec || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Marko Pavleković || 16 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Marko_Pavlekovi.C4.87:_Vloga_sukcinata_kot_ligand_z_G_proteini_vezanega_receptorja_GPR91]|| Tina Zavodnik || Jernej Imperl || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Valeriya Musina || 16 || Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na celične procese || Meta Kodrič || Laura Gašperšič || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Tina Kolenc Milavec || 16 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tina_Kolenc_Milavec:_Intermediati_Krebsovega_cikla_kot_signalne_molekule_pri_vnetnem_in_protivnetnem_odgovoru Intermediati Krebsovega cikla kot signalne molekule pri vnetnem in protivnetnem odgovoru]|| Neža Žerjav || Nika Boštic || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Andrej Špenko || 17 || Regulacija oksidacije maščobnih kislin v skeletnih mišicah || Doroteja Armič || Eva Gartner || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Tadej Medved || 17 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tadej_Medved:_Vpliv_oksidacije_ma.C5.A1.C4.8Dobnih_kislin_na_usodo_celic Vpliv oksidacije maščobnih kislin na usodo celic] || Sanja Stanković || Aljaž Bratina || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Klementina Polanec || 17 || Sirtuini kot regulatorji oksidacije maščobnih kislin || Martina Lokar || Karmen Mlinar || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Rebeka Dajčman || 17 || Ketonska telesa kot signalni metaboliti || Marko Pavleković || Tina Zavodnik || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Sumeja Kudelić || 18 || Transsulfuracijska pot kot obrambni mehanizem celic pri oksidativnem stresu || Valeriya Musina || Meta Kodrič || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Matija Ruparčič || 18 || Ureaze in njihova vloga v živih bitjih || Tina Kolenc Milavec || Neža Žerjav || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Maks Kumek || 18 || Vloga metabolizma arginina v celični regulaciji in erekcija || Andrej Špenko || Doroteja Armič || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Anže Šumah || 19 || Delovanje proteina termogenina in njegov pomen pri termogenezi || Tadej Medved || Sanja Stanković || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Barbara Jaklič || 19 || Vloga proton-črpajočega rodopsina pri fotofosforilaciji in drugih procesih odvisnih od protonske gonilne sile || Klementina Polanec || Martina Lokar || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Gašper Anton Komatar || 19 || Telesna aktivnost poveča učinkovitost mitohondrijskega sistema in zviša raven telesne energije || Rebeka Dajčman || Marko Pavleković || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Praznik Liza || 19 || Dinamična struktura mitohondrija za opravljanje raznolikih funkcij || Sumeja Kudelić || Valeriya Musina || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Lara Hrvatin || 20 || Mehanizmi koncentriranja ogljika || Matija Ruparčič || Tina Kolenc Milavec || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Sonja Gabrijelčič || 20 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Sonja_Gabrijel.C4.8Di.C4.8D_-_Biosinteza_bakterijske_celuloze Biosinteza bakterijske celuloze] || Maks Kumek || Andrej Špenko || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Anastasija Nechevska || 20 || Biosynthesis of bacterial peptidoglycan and inhibition by β-lactam antibiotics || Anže Šumah || Tadej Medved || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Liza Ulčakar || 21 || Vloga interakcij med lipidnimi kapljicami in organeli v celici|| Barbara Jaklič || Klementina Polanec || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Maja Škof || 21 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Maja_.C5.A0kof:_Sinteza_sfingolipidov Sinteza sfingolipidov] || Gašper Anton Komatar || Rebeka Dajčman || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Ajda Godec || 21 || Biosinteza levkotriena B4 || Praznik Liza || Sumeja Kudelić || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Neža Blaznik || 22 || Biointeza in vloga kreatina v mišicah in živčnem sistemu || Lara Hrvatin || Matija Ruparčič || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Urša Štrancar || 22 || Metabolizem serina in glicina pri raku || Sonja Gabrijelčič || Maks Kumek || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Anamarija Agnič || 22 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Anamarija_Agni.C4.8D:_Metabolne_spremembe_bakterij_iz_rodu_Rhizobium_v_koreninskih_me.C5.A1i.C4.8Dkih_stro.C4.8Dnic Metabolne spremembe bakterij iz rodu Rhizobium v koreninskih mešičkih stročnic]
|| Anastasija Nechevska || Anže Šumah || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Sanja Stanković || 23 || Asprozin – novoodkriti hormon maščobnega tkiva, ki uravnava hepatično glukozo in apetit ter deluje zaščitno || Liza Ulčakar || Lara Drinovec|| 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Luka Gnidovec || 23 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Luka_Gnidovec:_Negenomski_učinki_steroidnih_hormonov Negenomski učinki steroidnih hormonov] || Maja Škof || Gašper Anton Komatar || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Jernej Imperl || 23 || Prostaglandini in vnetje || Ajda Godec || Praznik Liza || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Laura Gašperšič || 23 || Delovanje leptina in grelina ter njuna vloga pri debelosti || Neža Blaznik || Lara Hrvatin || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Nika Boštic || 23 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Nika_Bo.C5.A1tic:_Delovanje_glukokortikoidov_pri_GIOP Delovanje glukokortikoidov pri GIOP] || Urša Štrancar || Sonja Gabrijelčič || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Sporočite mi morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2018|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2018

2019-04-11T11:09:30Z

Marko Pavleković: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''ime in priimek'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Eva Gartner || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Eva_Gartner:_Wnt_signalizacija_in_njena_vloga_pri_sr.C4.8Dni_fibrozi Wnt signalizacija in njena vloga pri srčni fibrozi] || Anamarija Agnič || Anastasija Nechevska || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Aljaž Bratina || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Alja.C5.BE_Bratina:_Pomen_razli.C4.8Dnih_signalnih_poti_pri_staranju Pomen različnih signalnih poti pri staranju]|| Lara Drinovec || Liza Ulčakar || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Karmen Mlinar || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Karmen_Mlinar:_Signalizacija_in_odzivi_na_abiotski_stres_pri_rastlinah Signalizacija in odzivi na abiotski stres v rastlinah] || Luka Gnidovec || Maja Škof || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Tina Zavodnik || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tina_Zavodnik:_Mehani.C4.8Dna_transdukcija_in_proteini_Piezo Mehanična transdukcija in proteini Piezo] || Jernej Imperl || Ajda Godec || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Meta Kodrič || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Meta_Kodri.C4.8D:_Svetlobne_signalne_poti_za_uravnavanje_fotomorfogeneze Svetlobne signalne poti za uravnavanje fotomorfogeneze] || Laura Gašperšič || Neža Blaznik || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Neža Žerjav || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Ne.C5.BEa_.C5.BDerjav:_Vloga_kaspaz_pri_celi.C4.8Dni_smrti Vloga kaspaz pri celični smrti] || Nika Boštic || Urša Štrancar || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Doroteja Armič || 14-15 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Doroteja_Armi.C4.8D:_Bifunkcionalen_encim_PFK-2.2FFBPaza-2_in_njegova_vloga_v_metabolizmu_glukoze Bifunkcionalen encim PFK-2/FBPaza-2 in njegova vloga v metabolizmu glukoze] || Eva Gartner || Anamarija Agnič || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Lara Drinovec || 14-15 || AMPK in avtofagija pri glukoznem/glikogenem metabolizmu || Aljaž Bratina || Barbara Jaklič || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Martina Lokar || 14-15 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Martina_Lokar:_Biotinilacija_proteinov Biotinilacija proteinov]|| Karmen Mlinar || Luka Gnidovec || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Marko Pavleković || 16 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Marko_Pavlekovi.C4.87:_Vloga_sukcinata_kot_ligand_z_G_proteini_vezanega_receptorja_GPR91] || Tina Zavodnik || Jernej Imperl || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Valeriya Musina || 16 || Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na celične procese || Meta Kodrič || Laura Gašperšič || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Tina Kolenc Milavec || 16 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tina_Kolenc_Milavec:_Intermediati_Krebsovega_cikla_kot_signalne_molekule_pri_vnetnem_in_protivnetnem_odgovoru Intermediati Krebsovega cikla kot signalne molekule pri vnetnem in protivnetnem odgovoru]|| Neža Žerjav || Nika Boštic || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Andrej Špenko || 17 || Regulacija oksidacije maščobnih kislin v skeletnih mišicah || Doroteja Armič || Eva Gartner || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Tadej Medved || 17 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tadej_Medved:_Vpliv_oksidacije_ma.C5.A1.C4.8Dobnih_kislin_na_usodo_celic Vpliv oksidacije maščobnih kislin na usodo celic] || Sanja Stanković || Aljaž Bratina || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Klementina Polanec || 17 || Sirtuini kot regulatorji oksidacije maščobnih kislin || Martina Lokar || Karmen Mlinar || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Rebeka Dajčman || 17 || Ketonska telesa kot signalni metaboliti || Marko Pavleković || Tina Zavodnik || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Sumeja Kudelić || 18 || Transsulfuracijska pot kot obrambni mehanizem celic pri oksidativnem stresu || Valeriya Musina || Meta Kodrič || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Matija Ruparčič || 18 || Ureaze in njihova vloga v živih bitjih || Tina Kolenc Milavec || Neža Žerjav || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Maks Kumek || 18 || Vloga metabolizma arginina v celični regulaciji in erekcija || Andrej Špenko || Doroteja Armič || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Anže Šumah || 19 || Delovanje proteina termogenina in njegov pomen pri termogenezi || Tadej Medved || Sanja Stanković || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Barbara Jaklič || 19 || Vloga proton-črpajočega rodopsina pri fotofosforilaciji in drugih procesih odvisnih od protonske gonilne sile || Klementina Polanec || Martina Lokar || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Gašper Anton Komatar || 19 || Telesna aktivnost poveča učinkovitost mitohondrijskega sistema in zviša raven telesne energije || Rebeka Dajčman || Marko Pavleković || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Praznik Liza || 19 || Dinamična struktura mitohondrija za opravljanje raznolikih funkcij || Sumeja Kudelić || Valeriya Musina || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Lara Hrvatin || 20 || Mehanizmi koncentriranja ogljika || Matija Ruparčič || Tina Kolenc Milavec || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Sonja Gabrijelčič || 20 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Sonja_Gabrijel.C4.8Di.C4.8D_-_Biosinteza_bakterijske_celuloze Biosinteza bakterijske celuloze] || Maks Kumek || Andrej Špenko || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Anastasija Nechevska || 20 || Biosynthesis of bacterial peptidoglycan and inhibition by β-lactam antibiotics || Anže Šumah || Tadej Medved || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Liza Ulčakar || 21 || Vloga interakcij med lipidnimi kapljicami in organeli v celici|| Barbara Jaklič || Klementina Polanec || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Maja Škof || 21 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Maja_.C5.A0kof:_Sinteza_sfingolipidov Sinteza sfingolipidov] || Gašper Anton Komatar || Rebeka Dajčman || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Ajda Godec || 21 || Biosinteza levkotriena B4 || Praznik Liza || Sumeja Kudelić || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Neža Blaznik || 22 || Biointeza in vloga kreatina v mišicah in živčnem sistemu || Lara Hrvatin || Matija Ruparčič || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Urša Štrancar || 22 || Metabolizem serina in glicina pri raku || Sonja Gabrijelčič || Maks Kumek || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Anamarija Agnič || 22 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Anamarija_Agni.C4.8D:_Metabolne_spremembe_bakterij_iz_rodu_Rhizobium_v_koreninskih_me.C5.A1i.C4.8Dkih_stro.C4.8Dnic Metabolne spremembe bakterij iz rodu Rhizobium v koreninskih mešičkih stročnic]
|| Anastasija Nechevska || Anže Šumah || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Sanja Stanković || 23 || Asprozin – novoodkriti hormon maščobnega tkiva, ki uravnava hepatično glukozo in apetit ter deluje zaščitno || Liza Ulčakar || Lara Drinovec|| 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Luka Gnidovec || 23 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Luka_Gnidovec:_Negenomski_učinki_steroidnih_hormonov Negenomski učinki steroidnih hormonov] || Maja Škof || Gašper Anton Komatar || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Jernej Imperl || 23 || Prostaglandini in vnetje || Ajda Godec || Praznik Liza || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Laura Gašperšič || 23 || Delovanje leptina in grelina ter njuna vloga pri debelosti || Neža Blaznik || Lara Hrvatin || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Nika Boštic || 23 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Nika_Bo.C5.A1tic:_Delovanje_glukokortikoidov_pri_GIOP Delovanje glukokortikoidov pri GIOP] || Urša Štrancar || Sonja Gabrijelčič || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Sporočite mi morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2018|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Odgovor bakterij na tujo DNA

2019-03-21T22:23:32Z

Marko Pavleković:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2018/19 obravnavajo odziv bakterijskih celic na tujo DNA, ki vstopi vanje, oziroma na okužbo z bakteriofagi. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu. Za orientacijo in splošno poznavanje tematike si preberite [https://www.nature.com/articles/nrmicro2315 pregledni članek] v Nature Rev. Microbiol. iz leta 2010. V okviru posameznih poglavij znotraj osnovne teme lahko predlagate še kakšen seminar po lastni presoji (pošljite predlog po e-pošti!).

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Predstavitev naj bo dolga pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda.

Razpored seminarjev po datumih bo razviden iz spletne učilnice. Začetek seminarjev bo 8. aprila, na dve uri (ponedeljek, četrtek) pa so predvideni po trije seminarji.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev so 2-3 vprašanja od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so (seznam v pripravi):

'''Preprečevanje adsorpcije fagov na celično površino''' 
1. Blokiranje receptorjev za fage 
2. Proizvodnja zunajceličnega matriksa 
3. Proizvodnja kompetitivnih inhibitorjev 

'''Preprečevanje ponovne okužbe z istim fagom s preprečitvijo vstopa fagne DNA''' 
4. Sistem Sie pri gramnegativnih bakterijah 
5. Sistem Sie pri grampozitivnih bakterijah 

'''Bakterijski restrikcijsko-modifikacijski sistem''' 
6. Odkritje prvih restrikcijskih endonukleaz ''(npr. Nobelovo predavanje Hamiltona Smitha 1978 in njegov članek iz 1970)'' 
7. Metilacijski sistem pri bakterijah 
8. Struktura in mehanizem restriktaz tipa II 
9. Prilagoditve fagov na bakterijske restrikcijsko-modifikacijske sisteme 

'''Sistem CRISP/Cas proti fagom in plazmidom''' 
10. Odkritje in opis regij CRISPR in Cas (do leta ~2002) 
11. Odkritje izvora ponavljajočih se zaporedij (Mojica et al., 2005) 
12. Odkritje vloge CRISPR/Cas pri omejevanju vnosa plazmidov (Marraffini&Sontheimer, 2008) 
13. Mehanizem delovanja kompleksa Cascade in sistem CRISPR/Cas pri ''E. coli'' (Brouns et al., 2008) 
14. Struktura in delovanje sistema CRISPR/Cas pri bakteriji ''Streptococcus pyogenes'' 

'''Sistemi abortivne infekcije (Abi)''' 
15. Sistem Rex pri bakteriji ''Escherichia coli'' 
16. Bakterijski sistemi toksin-antitoksin, usmerjeni proti fagom 

''Kjer so ob temi navedeni članki, naj ti služijo kot osnova za iskanje dodatnih virov.''

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja:

1. Blokiranje receptorjev za fage (Martina Lokar, Tina Kolenc Milavec, Urša Štrancar) 
2. Proizvodnja zunajceličnega matriksa (Patricija Miklavc, Benjamin Malovrh, Vid Modic) 
3. Proizvodnja kompetitivnih inhibitorjev (Ajda Godec,Liza Ulčakar,Luka Gnidovec) 
4. Sistem Sie pri gramnegativnih bakterijah (Anamarija Agnič, Aljaž Bratina, Anže Šumah) 
5. Sistem Sie pri grampozitivnih bakterijah (Mateja Špegel, Špela Friškovec Vončina, Anja Truden) 
6. Odkritje prvih restrikcijskih endonukleaz (Alen Šadl, Bor Klančnik, Andrej Špenko) 
7. Metilacijski sistem pri bakterijah (Sumeja Kudelić, Maja Škof, Maks Kumek) 
8. Struktura in mehanizem restriktaz tipa II (Meta Kodrič, Barbara Jaklič, Laura Gašperšič) 
9. Prilagoditve fagov na bakterijske restrikcijsko-modifikacijske sisteme (Nika Boštic, Tadej Medved, Sonja Gabrijelčič) 
10. Odkritje in opis regij CRISPR in Cas (do leta ~2002) (Eva Gartner, Neža Blaznik, Tina Zavodnik ) 
11. Odkritje izvora ponavljajočih se zaporedij 
12. Odkritje vloge CRISPR/Cas pri omejevanju vnosa plazmidov (Urška Zagorc, Nika Mikulič Vernik, Anja Tavčar) 
13. Mehanizem delovanja kompleksa Cascade in sistem CRISPR/Cas pri ''E. coli'' (Jernej Imperl, Klementina Polanec, Gašper Anton Komatar) 
14. Struktura in delovanje sistema CRISPR/Cas pri bakteriji ''Streptococcus pyogenes'' (Lara Hrvatin, Doroteja Armič, Matija Ruparčič) 
15. Sistem Rex pri bakteriji ''Escherichia coli'' (Karmen Mlinar, Marko Pavleković, Valeriya Musina) 
16. Bakterijski sistemi toksin-antitoksin, usmerjeni proti fagom (Sanja Stanković, Karin Dobravc Škof, Neža Žerjav ) 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na spodnjem seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki> 

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)

BIO2 Povzetki seminarjev 2018

2018-11-10T02:05:49Z

Marko Pavleković: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2018/2019 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2018/2019 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2018 stran]

===Karmen Mlinar: Signalizacija in odzivi na abiotski stres pri rastlinah===
Rastline živijo v stalno spreminjajočem se okolju, ki je pogosto neugodno in stresno za njihovo rast in razvoj. Primer abiotskega stresa so suša, ekstremne temperature, slanost tal, pomanjkanje hranil v prsti ipd. Rastline lahko stres preživijo tako, da se mu prilagodijo ali pa izognejo. V nasprotnem primeru so obsojene na smrt. Identificiranih je le malo senzorjev, ki zaznavajo stres. Pri signalizaciji odzivov na stresna okolja pogosto sodeluje družina kinaz SnRK, ki zaznajo spremembe v energijskem statusu rastline, ki jih povzroči stres. Znane so tri poddružine SnRKs: SnRK1s, SnRK2s, ki sodelujejo pri osmotskem stresu in ABA signalizaciji, in SnRK3s, ki so ključni regulatorji ionske homeostaze pri spopadanju s solnim stresom. Pri ionskem stresu pogosto problem predstavlja Na+. Pri njegovi signalizaciji je ključna SOS signalna pot. Signalizacija temperaturnega stresa se začne s spremembami v fluidnosti membrane, kar zaznajo integralni membranski proteini. Pri signalizaciji pogosto sodelujejo tudi MAPKs, CPKs in stresni hormon ABA, pomembno vlogo pa nosijo sekundarni sporočevalci kot sta kalcij in ROS. Vse to stremi k vzpostavitvi ionske in vodne homeostaze ter celične stabilnosti v stresnem okolju. Z razumevanjem signalizacije stresa in odzivov, ki sledijo, bomo lahko izboljšali odpornost pridelkov na stres in s tem zagotovili kmetijsko stabilnost in preskrbo s hrano za rastoče svetovno prebivalstvo.

===Aljaž Bratina: Pomen različnih signalnih poti pri staranju===
Staranje je postopna izguba fiziološke integritete in vodi v prizadeto funkcionalnost ter povečano možnost za smrt. Hitremu staranju nasprotna je dolgoživost, to je stanje, v katerem organizem ne izgublja funkcionalnosti ali jo izgublja počasneje. Staranje lahko opredelimo z devetimi splošnimi lastnostmi, ki jih opazimo v večini organizmov. Pri preučevanju staranja opazujemo organizem C. elegans, ki lahko med razvojem v primeru neugodnih razmer razvije stanje dauer, v katerem je razvoj ustavljen in je tako organizem sposoben preživeti dalj časa. Pri regulaciji staranja in dolgoživosti so pomembne mnoge celične signalne poti, kot del njih pa predvsem jedrni receptorji, ki uravnavajo prepisovanje genov, ki imajo vpliv na hitrost staranja oz. vzdrževanje dolgoživosti. V seminarski nalogi so opisane štiri pomembne signalne poti in njihov vpliv na staranje. Pri prvi je pomemben jedrni receptor DAF-12, ki za svoje delovanje potrebuje steroid DA. Neugodne razmere ga deaktivirajo, kar vodi v razvoj stanja dauer. Na dolgoživost pozitivno vpliva tudi aktiviran kompleks NSBP-1 in jedrnega receptorja DAF-16, ki sta del signalne poti IIS. To pot regulira tudi količina holesterola v celici. Dolgoživost povzročajo tudi prekinitveni post, pri katerem se aktivira jedrni receptor AP-1, pa tudi odstranitev zarodnih celic, ki poleg prej omenjene DAF-12 in DAF-16 aktivira tudi nekatere druge receptorje, npr. NHR-80 in NH3-49.

===Eva Gartner: Wnt signalizacija in njena vloga pri srčni fibrozi===
Wnt signalizacija zajema skupino signalnih poti, ki jih regulirajo wnt proteini. Ti se vežejo na posebne receptorje v membrani celice, preko katerih se signal prenese v notranjost. Wnt signalizacijo sestavljajo tri glavne signalizacijske poti: kanonična wnt pot, ki vključuje protein β-katenin, nekanonična (PCP) pot in nekanonična pot, ki sodeluje pri regulaciji kalcija. Vse poti se začnejo z vezavo wnt-liganda na transmembranske Fz receptorje in prenosom signala do znotrajceličnega proteina Dsh. Od tu naprej se poti razcepijo vsaka v svojo smer. Wnt signalizacija sodeluje v mnogih procesih, potrebnih za normalen razvoj organizma, kot so npr. razmnoževanje, specializacija in migracije celic. Prisotnost regulacije z wnt signalizacijo so odkrili tudi pri srčni fibrozi in z njo povezanih boleznih in poškodbah srca. V zdravih celicah wnt signalizacija navadno ni prisotna. Izraz fibroza se nanaša na povečanje količine zunajceličnega matriksa, zaradi česar postane srčna mišica otrdela in krčenje manj intenzivno. Pride do prekomerne namnožitve fibroblastov in diferenciacije v miofibroblaste, ki so fenotipsko med fibroblasti in mišičnimi celicami. Kljub številnim raziskavam, ki dokazujejo vpletenost wnt signalizacije v razvoju fibroze, natančni mehanizmi vseh signalnih poti še vedno niso znani. Potrebne so še nadaljnje raziskave za razumevanje zapletene celične komunikacije in odkritje novih terapevtskih možnosti.

===Neža Žerjav: Vloga kaspaz pri celični smrti===
Kaspaze so cisteinske peptidaze, ki sodelujejo v signalnih poteh celične smrti. Poznamo več vrst celične smrti, med njii tudi apoptozo, nekrozo, nekroptozo in piroptozo. Vloga kaspaz pri apoptozi je dobro znana, so adapterski proteini ali pa aktivno sodelujejo pri postopni razgradnji celice, saj sprožijo nastajanje apoptotskih veziklov in fagocitozo celice. Nekrozo označujemo kot neprogramirano celično smrt, vendar to za nekroptozo, ki ji pravimo tudi programirana nekroza, ne drži. Slednja je namreč v celici konkurenčna apoptozi, preko kaspaz sta recipročno regulirani. Nekroptozo kaspaze zavirajo, saj inhibirajo kompleks RIPK1/RIPK3, ki z aktivacijo proteina MLKL povzroči razlitje celične vsebine, značilno za nekrozo. Kaspaze sodelujejo tudi pri piroptozi, ki je posledica stresnih dejavnikov iz okolice – poškodb, patogenih organizmov ali njihovih toksinov. Kaspaze pri piroptozi povzročijo aktivacijo gasdermina D, ki sproži celično lizo, in vnetni odziv. Poznavanje delovanja kaspaz nam omogoča tako vpogled v razvoj in mehanizem vzdrževanja homeostaze organizmov, kakor tudi razumevanje patoloških procesov, na primer multiple in amiotrofične lateralne skleroze, ishemične bolezni srca ter vnetnih odzivov zaradi okužb.

===Meta Kodrič: Svetlobne signalne poti za uravnavanje fotomorfogeneze===
Svetloba je za rastline eden od najpomembnejših okoljskih signalov, ki vplivajo na rast in razvoj. V odvisnosti od intenzitete in valovne dolžine svetlobe se pri rastlinah pojavljata dva kontrastna razvojna procesa. Fotomorfogeneza je osnovna oblika rasti, saj rastlinam omogoča razvoj v avtotrofne organizme, sposobne opravljati fotosintezo, skotomorfogeneza pa je le zavrta oblika fotomorfogeneze, ki se odvija v temi. Potek teh dveh procesov rastline uravnavajo pod vplivom svetlobnega signala v svetlobni signalni poti. V njej sodelujejo fotoreceptorji ter pozitivni in negativni regulatorji fotomorfogeneze. V temi se fotoreceptor fitokrom nahaja v biološko neaktivni obliki v citosolu rastlinske celice. Negativni regulatorji se tako lahko v jedru prosto vežejo na druge molekule. Transkripcijski faktorji PIF se v obliki dimerov vežejo na promotorske regije na molekuli DNA in s tem preprečijo prepisovanje genov za fotomorfogenezo. Proteini COP/DET/FUS delujejo kot E3 ligaze pozitivnih regulatorjev HY5, HFR1, LAF1 in tako sodelujejo pri njihovi razgradnji. Z vzajemnim delovanjem tako negativni regulatorji zatirajo potek fotomorfogeneze. Na svetlobi se fitokrom konformacijsko spremeni in preide v jedro. Tam v sodelovanju z drugimi molekulami inhibira negativne regulatorje, bodisi s preprečitvijo njihovega encimskega delovanja, bodisi s sodelovanjem pri njihovi razgradnji. Posledično lahko postanejo aktivni pozitivni regulatorji, ki se vežejo poleg promotorskih regij na DNA in tako aktivirajo prepisovanje genov za fotomorfogenezo.

===Tina Zavodnik: Mehanična transdukcija in proteini Piezo===
Praktično vsi organizmi so občutljivi na mehanske dražljaje. Fizične sile regulirajo številne fiziološke procese, nezadostni oz. napačni odzivi nanje pa lahko vodijo do številnih okvar ali bolezni. Naše zaznavanje teh dražljajev in njihova pretvorba v biokemijske informacije, imenovana tudi mehanotransdukcija, sta torej ključna za dojemanje sveta okoli nas in odzivanje nanj. To nam omogočajo čutila, navadno sestavljena iz čutilne celice ali receptorja in senzoričnega nevrona. Zaradi obstoja mnogo različnih vrst in intenzitet dražljajev so se tudi čutnice in senzorični nevroni specializirali v zaznavanje vsakega od stimulusov. Merklovi živčni končiči so mehanski receptorji, sposobni zaznavati nežen pritisk na koži. To pa jim omogočajo posebni ionski kanalčki, imenovani proteini Piezo. Nežen dotik na površini kože sproži prenos mehaničnega dražljaja do Merklovih živčnih končičev, kjer se aktivira kanalček Piezo2 v Merklovi celici. Aktivacija kanalčka omogoči prehod kalcijevih in natrijevih ionov v notranjost celice. Merklova celica se depolarizira in sproži akcijski potencial v pripadajočem aferentnem nevronu. Mehanični dražljaj pa aktivira tudi kanalčke Piezo2 v membrani SA1 aferentnega nevrona in s tem sproži dodatno vzpostavitev akcijskega potenciala. Pred kratkim je bila odkrita struktura proteina Piezo, kar pa še vedno ne razkriva natančnega mehanizma aktivacije ionskega kanalčka zaradi mehanskega dražljaja. Najverjetneje se zaradi mehanskega dražljaja spremeni konformacija proteina Piezo. Kanalček se odpre in ioni lahko pod vplivom koncentracijskega gradienta prehajajo skozi membrano.

===Doroteja Armič: Bifunkcionalen encim PFK-2/FBPaza-2 in njegova vloga v metabolizmu glukoze===
PFK-2/FBPaza-2 (fosfofruktokinaza-2/fruktoza-2,6-bisfosfataza) je eden izmed encimov, ki sodelujejo pri regulaciji metabolizma glukoze v evkariontih. Je bifunkcionalen encim, ki uravnava, ali bo v celici potekala glikoliza ali glukoneogeneza. Za to je odgovoren posredno, saj regulira količino alosteričnega efektorja encimov PFK-1 in FBPaza-1 – fruktoze-2,6-bisfosfata. En encim ima dve katalitični domeni. Kinazna domena katalizira sintezo, bisfosfatazna domena pa razgradnjo fruktoze-2,6-bisfosfata. Delovanje encima je regulirano na nivoju posttranslacijske modifikacije, in sicer s fosforilacijo/defosforilacijo. Pri sesalcih obstajajo štirje različni izocimi, vsakega kodira drug gen. Ti izocimi so jetrni, srčni, možganski in izocim testisov. Vsak izocim pa ima več izooblik, ki nastanejo z alternativnim spajanjem eksonov. Izooblike se razlikujejo v regulatornih regijah. Fosforilirajo in defosforilirajo jih drugačne kinaze, nekatere izooblike pa fosforilacijskih mest sploh nimajo. Encim PFK-2/FBPaza-2 je nastal s fuzijo dveh genov. Encim se je razvil tako, da je funkcionalen samo, če sta prisotni obe domeni. Tudi pri tripanosomatidih in kvasovkah, kjer je encim monofunkcionalen, je zato še vedno zapis za obe domeni. V razvoju je prišlo do različnih izooblik v različnih tkivih oziroma organizmih zaradi drugačnih potreb za metabolizem glukoze. Ker PFK-2/FBPaza uravnava glikolizo in glukoneogenezo, bi lahko tarčno reguliranje encima postalo nov način zdravljenja diabetesa.

===Martina Lokar: Biotinilacija proteinov ===
Biotin je pomemben encimski kofaktor, saj olajša prenos karboksilne skupine med metaboliti pri karboksilaciji, dekarboksilaciji in transkarboksilaciji. Biotin protein ligaza (BPL) ga v procesu biotinilacije veže na tarčni biotin-odvisen encim. Biotinilacija je dvostopenjski proces, pri katerem pride v prvem koraku do ligacije biotina in ATP ter nastanka intermediata biotinil-AMP. V drugem koraku se biotin iz biotinil-AMP veže na tarčni encim in pride do sprostitve molekule AMP. Ker je biotin v naravi redek, organizmi natančno uravnavajo njegovo porabo. Evkarionti so nezmožni sami sintetizirati biotin, zato ga pridobivajo iz okolja. Zadostno količino ohranjajo v biotinskem ciklu z reciklacijo biotina iz biotin-odvisnih encimov. Pri metaboličnih procesih sesalcev sodeluje pet biotin-odvisnih karboksilaz, ki so v splošnem zgrajene iz treh domen: domene BC, domene CT in domene BCCD. Biotin je kovalentno vezan na lizinski ostanek v domeni BCCD in se preko modela zibajoče roke ali modela zibajoče domene med katalizo translocira iz domene BC v domeno CT. Karboksilaze katalizirajo reakcijo prenosa karboksilne skupine na substrat v dveh korakih. Najprej se v domeni BC karboksilna skupina veže na biotin. Slednji se nato premakne v domeno CT, kjer se karboksilna skupina iz biotina prenese na substrat. Če telo ni sposobno uravnavati in izkoriščati zaloge biotina, človek oboli za boleznijo MCD.

===Lara Drinovec: AMPK in avtofagija pri glukoznem/glikogenem metabolizmu===
Glukozni/glikogeni metabolizem je primarna metabolična pot, ki je uravnavana na najrazličnejših nivojih, glede na potrebe celice. Znano je, da raven glukoze v krvi uravnavata dva hormona: inzulin, ki omogoča prevzem glukoze v celico in glukagon z nasprotno učinkovitostjo. Metabolni regulator, ki deluje od inzulina neodvisno in se odziva na krčenje mišic, je AMPK (AMP-aktivirana protein kinaza). Aktivira jo lahko AMP, tako da se veže na vezavno mesto na eni izmed treh podenot AMPK. Spremembo koncentracije AMP lahko AMPK zazna hitreje kot spremembo koncentracije ATP. Aktivirana AMPK inhibira anabolne poti in aktivira katabolne procese, ter tako vzdržuje energijsko homoestazo v aktivnih celicah. Pomembno vlogo pri vzdrževanju nivoja glukoze v celici igra tudi avtofagija, ki povzroči razgradnjo hranilnih snovi, kot so glikogen in lipidne kapljice, s tem zagotovi celici zadostno količino glukoze, in tako deluje kot nadomesten proces za glukoneogenezo. Tudi ta proces je v celicah uravnavan, in sicer z različnimi signalnimi molekulami. Mnogo bolezni, kot sta na primer diabetes in rak, sta tesno povezani z nefunkcionalnostjo nekaterih metaboličnih senzorjev ali avtofagije, zato je razumevanje njihovih funkcionalnih interakcij osnova za nove terapevtske možnosti.

=== Tina Kolenc Milavec: Intermediati Krebsovega cikla kot signalne molekule pri vnetnem in protivnetnem odgovoru===
Intermediati Krebsovega cikla imajo v celici pomembno vlogo, saj ne služijo le kot vmesni produkti v procesu nastanka molekul ATP, temveč tudi kot prekurzorji za sintezo drugih biološko pomembnih molekul ter kot signalne molekule v številnih metaboličnih poteh. Ko se na tolične receptorje (TLR4) na površini makrofaga vežejo s patogeni povezani molekulski vzorci, pride v celici do preklopa metabolizma z oksidativne fosforilacije na glikolizo za namene pridobivanja energije v obliki ATP, kar neposredno vpliva na vnetno stanje v celici. Krebsov cikel, ki sedaj nima več vloge zagotavljanja energije celici, se prekine na dveh mestih: za sukcinatom ter pri izocitrat dehidrogenazi, kar omogoči, da intermediati citratnega cikla delujejo kot signalne molekule. Pri vnetnem odzivu organizma na patogene sta zelo pomembna sukcinat in citrat. Prvi povzroči povišanje koncentracije Hif1α v celici ter nastanek reaktivnih kisikovih spojin (ROS) zaradi vzvratnega elektronskega transporta, citrat pa deluje kot substrat za verigo reakcij, ki prav tako vodijo do nastanka ROS. Pri ponovni vzpostavitvi normalnih razmer v celici po uspešni odstranitvi patogenov pa ima pomembno vlogo itakonat - molekula, ki nastane iz cis-akonitata. Ta vpliva na tri pomembne molekule (sukcinat dehidrogenazo, Nrf2 ter ATF3), ki sprožijo vsaka svojo kaskado reakcij protivnetnega odgovora.

===Valeriya Musina: Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na celične procese===
Krebsov cikel je bil oblikovan osedemdeset let nazaj, vloge njegovih inermediatov, zlasti sukcinata in fumarata, pa so bile odkrite nedavno. V zadnjem času so bile narejene številne raziskave človeških bolezni, zlasti niza specifičnih vrst raka, ki so razkrile pomembne vloge intermediatov Krebsovega cikla pri metilaciji genov in s tem pri preoblikovanju celic. Intermediati Krebsovega cikla lahko delujejo kot primarni substrati, signalne molekule ali sodelujejo pri posttranslacijskih modifikacijah. Vedno več dokazov kaže, da ima epigenetika pomembno vlogo pri regulaciji dobe zdravja, in je vključena v proces staranja. 2-oksoglutarat (α-ketoglutarat) je ključni metabolit v Krebsovem ciklu, vendar je tudi obvezen substrat za 2-oksoglutarat odvisne dioksigenaze (2-OGDO). Družina encimov 2-OGDO vključuje glavne encime za demetilacijo DNA in histonov, encime Ten-Eleven translocation (TETs) in encime z domeno Jumonji C (JmjC). Poleg tega lahko člani družine 2-OGDO regulirajo sintezo kolagena in odzive na hipoksično okolje tudi na neepigenetski način. 2-oksoglutarat je substrat 2-oksoglutarat dehidrogenaz (2-OGDH), zato lahko motnje v funkciji 2-OGDH v Krebsovem ciklu povzročijo globalne degenerativne spremembe v strukturi kromatina. Sukcinat in fumarat močna inhibitorja 2-OGDO encimov, zato ravnotežje reakcij v Krebsovem ciklu lahko vpliva na raven metilacije DNA in histonov ter tako nadzira izražanje genov.

===Marko Pavleković: Vloga sukcinata kot ligand z G proteini vezanega receptorja GPR91===
Znano je, da je cikel citronske kisline osrednjega pomena za presnovo celic in energetsko homeostazo. Vendar marsikateri intermediat cikla igra vlogo tudi v drugih procesih v telesu. Na primer sukcinat deluje kot ekstracelularni ligand z vezavo na z G proteinom vezan receptor, znan kot GPR91, izražen v ledvicah, jetrih, srcu, retinalnih celicah in morda v številnih drugih tkivih, kar vodi do širokega nabora fizioloških in patoloških učinkov. V normalnih pogojih se sukcinata ne sintetizira dovolj, da bi lahko aktiviral GPR91, šele v pogojih kot so ishemija, diabetes in hipoksija, sukcinata nastane dovolj. Ker pa sukcinat nastaja v matriksu mitohondrija mora na poti do receptorja, ki se nahaja na zunanji strani celic, prečkati še tri membrane. Skozi GPR91 je sukcinat vključen v funkcije, kot so uravnavanje krvnega tlaka, zaviranje lipolize v belem maščobnem tkivu, razvoj vaskularizacije mrežnice, srčna hipertrofija in aktivacija zvezdastih jetrnih celic z ishemičnimi hepatociti. Zaradi tega je sukcinatni receptor obetajoč cilj za zdravila za preprečevanje teh neželenih patoloških učinkov. Nedavni razvoj antagonistov, specifičnih za SUCNR1, odpira nove možnosti za raziskave v modelih za te motnje in lahko sčasoma zagotovi nove možnosti za zdravljenje bolnikov.

BIO2 Seminar 2018

2018-11-10T01:43:00Z

Marko Pavleković: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''ime in priimek'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="left" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Eva Gartner || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Eva_Gartner:_Wnt_signalizacija_in_njena_vloga_pri_sr.C4.8Dni_fibrozi Wnt signalizacija in njena vloga pri srčni fibrozi] || Anamarija Agnič || Anastasija Nechevska || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Aljaž Bratina || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Alja.C5.BE_Bratina:_Pomen_razli.C4.8Dnih_signalnih_poti_pri_staranju Pomen različnih signalnih poti pri staranju]|| Lara Drinovec || Liza Ulčakar || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Karmen Mlinar || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Karmen_Mlinar:_Signalizacija_in_odzivi_na_abiotski_stres_pri_rastlinah Signalizacija in odzivi na abiotski stres v rastlinah] || Luka Gnidovec || Maja Škof || 15/10/2018 || 16/10/2018 || 17/10/2018
|-
| Tina Zavodnik || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tina_Zavodnik:_Mehani.C4.8Dna_transdukcija_in_proteini_Piezo Mehanična transdukcija in proteini Piezo] || Jernej Imperl || Ajda Godec || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Meta Kodrič || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Meta_Kodri.C4.8D:_Svetlobne_signalne_poti_za_uravnavanje_fotomorfogeneze Svetlobne signalne poti za uravnavanje fotomorfogeneze] || Laura Gašperšič || Neža Blaznik || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Neža Žerjav || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Ne.C5.BEa_.C5.BDerjav:_Vloga_kaspaz_pri_celi.C4.8Dni_smrti Vloga kaspaz pri celični smrti] || Nika Boštic || Urša Štrancar || 19/10/2018 || 22/10/2018 || 24/10/2018
|-
| Doroteja Armič || 14-15 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Doroteja_Armi.C4.8D:_Bifunkcionalen_encim_PFK-2.2FFBPaza-2_in_njegova_vloga_v_metabolizmu_glukoze Bifunkcionalen encim PFK-2/FBPaza-2 in njegova vloga v metabolizmu glukoze] || Eva Gartner || Anamarija Agnič || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Lara Drinovec || 14-15 || AMPK in avtofagija pri glukoznem/glikogenem metabolizmu || Aljaž Bratina || Barbara Jaklič || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Martina Lokar || 14-15 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Martina_Lokar:_Biotinilacija_proteinov Biotinilacija proteinov]|| Karmen Mlinar || Luka Gnidovec || 02/11/2018 || 05/11/2018 || 07/11/2018
|-
| Marko Pavleković || 16 || Vloga sukcinata kot ligand z G proteini vezanega receptorja GPR91 || Tina Zavodnik || Jernej Imperl || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Valeriya Musina || 16 || Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na celične procese || Meta Kodrič || Laura Gašperšič || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Tina Kolenc Milavec || 16 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2018#Tina_Kolenc_Milavec:_Intermediati_Krebsovega_cikla_kot_signalne_molekule_pri_vnetnem_in_protivnetnem_odgovoru Intermediati Krebsovega cikla kot signalne molekule pri vnetnem in protivnetnem odgovoru]|| Neža Žerjav || Nika Boštic || 09/11/2018 || 12/11/2018 || 14/11/2018
|-
| Andrej Špenko || 17 || Regulacija oksidacije maščobnih kislin v skeletnih mišicah || Doroteja Armič || Eva Gartner || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Tadej Medved || 17 || Vpliv oksidacije maščobnih kislin na usodo celic || Sanja Stanković || Aljaž Bratina || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Klementina Polanec || 17 || moj naslov || Martina Lokar || Karmen Mlinar || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Rebeka Dajčman || 17 || Ketonska telesa kot signalni metaboliti || Marko Pavleković || Tina Zavodnik || 16/11/2018 || 19/11/2018 || 21/11/2018
|-
| Sumeja Kudelić || 18 || Vpliv cistationin γ-liaze in ATF4 pri Huntingtonovi bolezni|| Valeriya Musina || Meta Kodrič || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Matija Ruparčič || 18 || moj naslov || Tina Kolenc Milavec || Neža Žerjav || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Maks Kumek || 18 || moj naslov || Andrej Špenko || Doroteja Armič || 23/11/2018 || 26/11/2018 || 28/11/2018
|-
| Anže Šumah || 19 || moj naslov || Tadej Medved || Sanja Stanković || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Barbara Jaklič || 19 || moj naslov || Klementina Polanec || Martina Lokar || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Gašper Anton Komatar || 19 || moj naslov || Rebeka Dajčman || Marko Pavleković || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Praznik Liza || 19 || moj naslov || Sumeja Kudelić || Valeriya Musina || 30/11/2018 || 03/12/2018 || 05/12/2018
|-
| Lara Hrvatin || 20 || Fotorespiracija in načini izboljšanja fotosinteze || Matija Ruparčič || Tina Kolenc Milavec || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Sonja Gabrijelčič || 20 || moj naslov || Maks Kumek || Andrej Špenko || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Anastasija Nechevska || 20 || moj naslov || Anže Šumah || Tadej Medved || 07/12/2018 || 10/12/2018 || 12/12/2018
|-
| Liza Ulčakar || 21 || Vloga interakcij med lipidnimi kapljicami in organeli pri homeostazi lipidov|| Barbara Jaklič || Klementina Polanec || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Maja Škof || 21 || moj naslov || Gašper Anton Komatar || Rebeka Dajčman || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Ajda Godec || 21 || moj naslov || Praznik Liza || Sumeja Kudelić || 14/12/2018 || 17/12/2018 || 19/12/2018
|-
| Neža Blaznik || 22 || moj naslov || Lara Hrvatin || Matija Ruparčič || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Urša Štrancar || 22 || moj naslov || Sonja Gabrijelčič || Maks Kumek || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Anamarija Agnič || 22 || moj naslov || Anastasija Nechevska || Anže Šumah || 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Sanja Stanković || 23 || moj naslov || Liza Ulčakar || Lara Drinovec|| 04/01/2019 || 07/01/2019 || 09/01/2019
|-
| Luka Gnidovec || 23 || moj naslov || Maja Škof || Gašper Anton Komatar || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Jernej Imperl || 23 || moj naslov || Ajda Godec || Praznik Liza || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Laura Gašperšič || 23 || moj naslov || Neža Blaznik || Lara Hrvatin || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|-
| Nika Boštic || 23 || moj naslov || Urša Štrancar || Sonja Gabrijelčič || 11/01/2019 || 14/01/2019 || 16/01/2019
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Sporočite mi morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2018|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2018-seminar

2018-03-08T17:39:06Z

Marko Pavleković: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Doroteja Armič || Pretvorba mišjih fibroblastov v pluripotentne matične celice s pomočjo tehnologije CRISPR || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180118162449.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Martina Lokar || Liza Ulčakar || Zoja Siter
|-
| Valeriya Musina || Metalopeptid bakrov(II) fenantrolin tarčno onemogoči delovanje mitohondrijev v matičnih celicah raka dojke || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171213124751.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Nika Boštic || Tiana Karmen Kokalj || Aljaž Bratina
|-
| Dea Simonič || Sprožilci avtoimunskih bolezni in vzroki za nekontrolirano širjenje le-teh po telesu ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170824141207.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Sumeja Kudelić || Jernej Imperl || Anamarija Agnič
|-
| Neža Štremfelj ||Delovanje inzulinskih receptorjev||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103256.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Luka Gnidovec || Matija Ruparčič || Simona Gorgievska
|-
| Gašper Komatar || Tvorba kompleksa receptorjev ApoER2, ephirinB2 in AMPAR, ki jih povezuje GRIP1, sodeluje pri tvorbi spomina || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171009093207.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Lara Hrvatin || Tiana Karmen Kokalj || Matej Jereb
|-
| Marko Pavleković || Prehajanje imunskih celic, povzročiteljic multiple skleroze, skozi krvno-možgansko pregrado || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171121155811.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Klementina Polanec || Meta Kodrič || Lara Drinovec
|-
| Laura Gašperšič || Alzheimerjeva bolezen: povrnitev zmožnosti pomnjenja z inhibicijo interakcije med Sp3 in HDAC2 || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170808150001.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Karmen Mlinar || Ana Menegalija || Maks Kumek
|-
| Rebeka Dajčman || Več mehanizmov poganja dinamiko kalcijevega signala okoli lasersko povzročene rane epitelija || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171003124646.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Ula Nikolaja Ratajec || Andreja Marija Belič || Neža Blaznik
|-
| Maja Škof || Pomen S-proteinov pri prilagajanju koronavirusov na okolje. || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171127105937.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Doroteja Armič || Barbara Jaklič || Liza Ulčakar
|-
| Tina Kolenc Milavec || Vezava kalcija na karboksilni konec α-sinukleina uravnava interakcije med sinaptičnimi vezikli || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219071758.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Valeriya Musina || Eva Gartner || Jana Rajchevska
|-
| Tina Zavodnik || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180201125953.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Dea Simonič || Martina Lokar || Jernej Imperl
|-
| Tadej Medved || || || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Neža Štremfelj || Nika Boštic || Matija Ruparčič
|-
| Bogdan Jovićević || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Laura Gašperšič || Lara Hrvatin || Ana Menegalija
|-
| Polona Kalan || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171213143622.htm || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Rebeka Dajčman || Klementina Polanec || Andreja Marija Belič
|-
| Liza Praznik || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Maja Škof || Karmen Mlinar || Barbara Jaklič
|-
| Anže Šumah || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Tina Kolenc Milavec || Ula Nikolaja Ratajec || Eva Gartner
|-
| Neža Žerjav|| ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180227142114.htm || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tina Zavodnik || Doroteja Armič || Martina Lokar
|-
| Urša Štrancar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103254.htm || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tadej Medved || Valeriya Musina || Nika Boštic
|-
| Zoja Siter || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Neža Žerjav || Dea Simonič || Sumeja Kudelić
|-
| Aljaž Bratina || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Anastasija Nechevska || Neža Štremfelj || Luka Gnidovec
|-
| Anamarija Agnič || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Bogdan Jovićević || Sumeja Kudelić || Lara Hrvatin
|-
| Simona Gorgievska || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180220183954.htm || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Polona Kalan || Marko Pavleković || Klementina Polanec
|-
| Matej Jereb || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Liza Praznik || Laura Gašperšič || Karmen Mlinar
|-
| Lara Drinovec || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Anže Šumah || Rebeka Dajčman || Ula Nikolaja Ratajec
|-
| Maks Kumek || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Marko Pavleković || Maja Škof || Doroteja Armič
|-
| Neža Blaznik || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Urša Štrancar || Tina Kolenc Milavec || Valeriya Musina
|-
| Liza Ulčakar || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171129163851.htm || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Zoja Siter || Tina Zavodnik || Dea Simonič
|-
| Anastasija Nechevska || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Aljaž Bratina || Tadej Medved || Neža Štremfelj
|-
| Jernej Imperl || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Anamarija Agnič || Neža Žerjav || Luka Gnidovec
|-
| Matija Ruparčič || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Simona Gorgievska || Anastasija Nechevska || Marko Pavleković
|-
| Tiana Karmen Kokalj || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Matej Jereb || Bogdan Jovićević || Laura Gašperšič
|-
| Meta Kodrič || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180125101321.htm || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Lara Drinovec || Polona Kalan || Rebeka Dajčman
|-
| Ana Menegalija || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Maks Kumek || Liza Praznik || Maja Škof
|-
| Andreja Marija Belič || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Neža Blaznik || Anže Šumah || Tina Kolenc Milavec
|-
| Barbara Jaklič || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Liza Ulčakar || Meta Kodrič || Tina Zavodnik
|-
| Eva Gartner || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Gašper Komatar || Urša Štrancar || Tadej Medved
|-
| Martina Lokar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180215141724.htm || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Jernej Imperl || Zoja Siter || Neža Žerjav
|-
| Nika Boštic || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Matija Ruparčič || Aljaž Bratina || Anastasija Nechevska
|-
| Sumeja Kudelić ||Toksin botulin "preskočil" v novo vrsto bakterije ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180126122856.htm || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Tiana Karmen Kokalj || Anamarija Agnič || Bogdan Jovićević
|-
| Luka Gnidovec || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Meta Kodrič || Simona Gorgievska || Polona Kalan
|-
| Lara Hrvatin || Mg2+ ioni omogočajo kondenzacijo kromosomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180201104559.htm || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Ana Menegalija || Matej Jereb || Liza Praznik
|-
| Klementina Polanec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Andreja Marija Belič || Lara Drinovec || Anže Šumah
|-
| Karmen Mlinar || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Barbara Jaklič || Maks Kumek || Gašper Komatar
|-
| Ula Nikolaja Ratajec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Eva Gartner || Neža Blaznik || Urša Štrancar
|-
| rezerva || || || 29.05. || 01.06. || 04.06. || || ||
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2018_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2018_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2018_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2018_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2018_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2017 Povzetki seminarjev

2018-03-06T20:36:33Z

Marko Pavleković: /* Ana Scott: Naslov seminarja */

[[TBK2017-seminar|Nazaj na osnovno stran]]
===Ana Scott: Naslov seminarja===
Tekst ....

'''Uroš Prešern: Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt'''

Partanatos je ena izmed vrst celične smrti, ki nastopi zaradi prevelike aktivnosti poli(ADP-riboza) polimeraze 1 (PARP-1) v jedru. Pogost je v primeru možganske kapi, infarkta in nevrodegenerativnih boleznih, zaradi česar bi boljše poznavanje samega procesa omogočilo razvoj novih načinov zdravljenja teh obolenj. V predhodnih raziskavah so ugotovili, da partanatos nastopi, ko molekule poli-ADP-riboze, ki jih PARP-1 sintetizira, preidejo iz jedra v citosol, kjer aktivirajo premestitev indukcijskega faktorja apoptoze (AIF) iz mitohondrijev v jedro. Temu sledi razrez DNA. Nukleaza, ki povzroči razrez DNA, je bila do nedavnega manjkajoči člen v partanatosu. Skupini raziskovalcev je uspelo odkriti, da je iskana nukleaza inhibitorni dejavnik migracije makrofagov (MIF). Pokazali so, da se med partanatosom MIF veže na AIF in se skupaj z njim premesti v jedro, kjer povzroči fragmentacijo DNA. Inhibicija nukleazne aktivnosti MIF se je v modelu možganske kapi pri miših odrazila v 75-odstotnem zmanjšanju volumna prizadetega tkiva, pospešeno pa je bilo tudi okrevanje. Rezultati raziskave odpirajo potencialne možnosti za zdravljenje akutnih in kroničnih nevroloških bolezni, v katerih nastopi partanatos.

'''Doroteja Armič: Pretvorba mišjih fibroblastov v pluripotentne matične celice s pomočjo tehnologije CRISPR'''

Pluripotentne matične celice so še nediferencirane celice, ki imajo sposobnost, da se diferencirajo v skoraj vse tipe celic. Poznamo več vrst pluripotentnih matičnih celic. Ene izmed njih so inducirane pluripotentne matične celice (celice iPS). To so pluripotentne celice, ki jih umetno dediferencirajo iz odraslih somatskih celic. Leta 2006 so odkrili postopek pridobivanja celic iPS iz mišjih fibroblastov. Ugotovili so, da so za reprogramiranje somatskih celic najpomembnejši štirje transkripcijski dejavniki, in sicer Oct4, Sox2, Klf4 in c-Myc. Letos pa je skupini znanstvenikov uspelo odkriti nov, bolj enostaven postopek pridobivanja celic iPS. Ugotovili so namreč, da lahko sprožijo njihov nastanek že z aktivacijo enega samega gena – Oct4 ali Sox2. Aktivacija Sox2-promotorja oziroma Oct4-promotorja in Oct4-ojačevalca hkrati pa nato povzroči aktivacijo ostalih genov, ki sodelujejo pri vzpostavitvi pluripotentnosti v celicah. Za aktivacijo genov so uporabili tehnologijo CRISPR. Primerjali so uporabo dveh sistemov – dCas9-SunTag-VP64 in dCas9-SunTag-p300core. V obeh primerih so dobili primerljive rezultate. Uporaba celic iPS je pomembna v regenerativni medicini, saj lahko zamenja uporabo človeških embrionalnih matičnih celic. Z uporabo celic iPS, generiranih iz pacientovih lastnih celic, ne bi prišlo do zavrnitvenih reakcij, prav tako pa bi se izognili etičnih pomislekov. Znanstveniki predvidevajo, da lahko tehnologija reprogramiranja celic, ki so jo uporabili na mišjih celicah, z manjšimi spremembami deluje tudi na človeških celicah.

'''Dea Simonič: Sprožilci avtoimunskih bolezni in vzroki za nekontrolirano širjenje le-teh po telesu'''

Avtoimunska bolezen je bolezen, ki nastane zaradi pretiranega odziva imunskega sistema na celice, ki so last organizma. Veliko vlogo pri nastanku avtoimunske bolezni imajo limfociti B, ki omogočajo humoralni imunski odziv. Transkripcijski faktor T-bet v limfocitih B povzroči razvoj ABC, te celice so pa »pogon« avtoimunske bolezni. Avtoimunska bolezen se v veliki večini primerov razširi po telesu . Vzrok tega so ravno limfociti B, ki razširijo svoj napad po telesu in pride do širjenja epitopa. Ta proces se začne, ko imunski sistem napade antigene na drugih delih telesa, ki jih na začetku ni hotel uničiti. Telo začne pospeševano uničevati lastna tkiva. Da bi razumeli, zakaj pride do tega mehanizma so raziskovalci uporabili fluorescenčne markerje beljakovin, ki razlikujejo različne celične skupke limfocitov B (oziroma germinalne centre), na miših obolelih z lupusom. V germinalnih centrih limfociti B »tekmujejo« med sabo, kateri bo naredil najboljše protitelo, ki bo nevtraliziralo zaznano grožnjo. Te germinalne skupke so s pomočjo markerjev zaznali kot 10 različnih barv. Po tednu ali dveh začne prevladovati ena sama barva. Ta germinalni skupek je ustvaril najboljše protitelo in skupaj z ostalimi limfociti aktiviral avtoimunski protinapad. S to študijo so raziskovalci naredili velik korak v smer zaustavitve oziroma zdravljenja avtoimunske bolezni.

'''Valeriya Musina: Metalopeptid bakrov(II) fenantrolin tarčno onemogoči delovanje mitohondrijev v matičnih celicah raka dojke'''

Uničenje mitohondrijev je eden najbolj obetavnih pristopov pri razvoju novih zdravil proti raku. Znanstveniki so sintetizirali peptid, ki vsebuje baker, ki ga zlahka sprejmejo mitohondriji v matičnih celicah raka dojk, kjer le ta učinkovito povzroča apoptozo. Rakaste celice, ki imajo povečani metabolizem, ne samo, da vsebujejo več mitohondrijev kot zdrave celice, temveč so te tudi drugačni, strukturno in funkcionalno. Zaradi posebnih značilnosti in njihove odločilne vloge v presnovi celic so maligne mitohondrije pomembne tarčej za nove terapevtske spojine. Mitohondrije je možno uničiti z uvajanjem sredstev za proizvajanje reaktivnih vrst kisika (ROS). Te reaktivne spojine ovirajo metabolizem mitohondrijev. Kot močan ROS generator je bila predlagana organokovinska spojina bakrov(II) fenantrolin. Za dostavo in prenos skozi zunanjo membrano mitohondrija pa so bakrov(II) fenantrolin vezali na specifičen peptid, ki prodira v mitohondrije. Preizkusi so bili izvedeni z dvema celicnima linijama raka dojke, ena celična linija je vsebovala matične celice raka dojk. Rezultati so bili : odvisna od količine odmerka izguba sposobnosti za preživetje, razpad membran mitohondrijev, nastanek ROS in slabši metabolizma mitohondrijev. Zdravilo je bolj vplivalo na matične celice raka, kar je bilo razloženo z večjo vsebnostjo mitohondrijev. Ta študija izpostavlja potencial metalopeptida tako za dostavo kot tudi za uničenje mitohondrijev, zlasti v matičnih celicah raka.

'''Neža Štremfelj: Delovanje inzulinskih receptorjev'''

Človeški inzulinski receptorji igrajo pomembno vlogo v človeškem telesu. Signalizacija z inzulinskimi receptorji igra ključno vlogo pri regulaciji metabolizma in pri rasti v večceličnih organizmih. Nepravilno delovanje inzulinskih receptorjev je povezano z mnogimi hujšimi obolenji, na primer z rakavim obolenjem, diabetesom in Alzheimerjevo boleznijo.
Glavna ideja raziskave, ki jo opisuje članek, ki sem si ga izbrala za osnovo moje seminarske naloge je, da vezava inzulina na inzulinski receptor preoblikuje zunajcelični del transmembranskih proteinov (ektodomeno) receptorja iz U-konformacije v T-konformacijo. Prerazporeditev v ektodomeni se razširi tudi na transmembranske domene, ki so, ko je receptor neaktiviran pomaknjene narazen, ob vezavi inzulina pa se pomaknejo skupaj, kar omogoči fosforilizacijo tirozin kinaze v citoplazmi. Pri transmembranski signalizaciji z inzulinskim receptorjem poleg dimerizacije z vezavo liganda pride tudi do strukturnih sprememb znotraj receptorskega dimera.

'''Marko Pavleković: Prehajanje imunskih celic, povzročiteljic multiple skleroze, skozi krvno-možgansko pregrado'''

Multipla skleroza je avtoimunska bolezen, pri kateri limfociti napadejo živčne celice in jih demielinizirajo ter tako škodujejo prenosu signalov med nevroni. Iz predhodnih raziskav so odkrili, da sta za multiplo sklerozo najbolj krivi celiti pomagalki T 1 in T 17. Da bi prišli do centralnega živčnega sistema morata celici najprej prečkati vaskularno pregrado. Kako to dosežeta so raziskovali znanstveniki z univerze v Kolumbiji in z univerze v Kaliforniji. Z dvo-fotonsko mikroskopijo so opazovali tesne stike pri miših obolelih za eksperimentalnim avtoimunskim encefalomielitisom, ki je živalski primer multiple skleroze. Ugotovili so, da krvno-možgansko pregrado preideta na dva različna načina: s transcitozo in skozi prekinjene tesne stike med endotelnimi celicami. S pomočjo miši, ki jim je primanjkovalo kaveol (kaveolina1) pa so dokazali, da za prehod do centralnega živčnega sistema celica T 1 izkorišča transcitozo, medtem ko celica T 17 prehaja skozi prekinjene tesne stike. Te ugotovitve bi lahko močno pomagale pri nadaljnjem zdravljenju bolezni, kjer bi se osredotočili na preprečevanje dostopa imunskih celic do centralnega živčnega sistema.

TBK2018-seminar

2018-03-06T19:55:39Z

Marko Pavleković: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Doroteja Armič || Pretvorba mišjih fibroblastov v pluripotentne matične celice s pomočjo tehnologije CRISPR || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180118162449.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Martina Lokar || Liza Ulčakar || Zoja Siter
|-
| Valeriya Musina || Metalopeptid bakrov(II) fenantrolin tarčno onemogoči delovanje mitohondrijev v matičnih celicah raka dojke || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171213124751.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Nika Boštic || Tiana Karmen Kokalj || Aljaž Bratina
|-
| Dea Simonič || Sprožilci avtoimunskih bolezni in vzroki za nekontrolirano širjenje le-teh po telesu ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170824141207.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Sumeja Kudelić || Jernej Imperl || Anamarija Agnič
|-
| Neža Štremfelj ||Delovanje inzulinskih receptorjev||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103256.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Luka Gnidovec || Matija Ruparčič || Simona Gorgievska
|-
| Gašper Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171009093207.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Lara Hrvatin || Tiana Karmen Kokalj || Matej Jereb
|-
| Marko Pavleković || Prehajanje imunskih celic, povzročiteljic multiple skleroze, skozi kvno-možgansko pregrado || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171121155811.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Klementina Polanec || Meta Kodrič || Lara Drinovec
|-
| Laura Gašperšič || Alzheimerjeva bolezen: povrnitev zmožnosti pomnjenja z inhibicijo interakcije med Sp3 in HDAC2 || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170808150001.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Karmen Mlinar || Ana Menegalija || Maks Kumek
|-
| Rebeka Dajčman || Več mehanizmov poganja dinamiko kalcijevega signala okoli lasersko povzročene rane epitelija || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171003124646.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Ula Nikolaja Ratajec || Andreja Marija Belič || Neža Blaznik
|-
| Maja Škof || Pomen S-proteinov pri prilagajanju koronavirusov na okolje. || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171127105937.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Doroteja Armič || Barbara Jaklič || Liza Ulčakar
|-
| Tina Kolenc Milavec || Vezava kalcija na karboksilni konec α-sinukleina uravnava interakcije med sinaptičnimi vezikli || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219071758.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Valeriya Musina || Eva Gartner || Jana Rajchevska
|-
| Tina Zavodnik || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180201125953.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Dea Simonič || Martina Lokar || Jernej Imperl
|-
| Tadej Medved || || || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Neža Štremfelj || Nika Boštic || Matija Ruparčič
|-
| Bogdan Jovićević || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Laura Gašperšič || Lara Hrvatin || Ana Menegalija
|-
| Polona Kalan || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171213143622.htm || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Rebeka Dajčman || Klementina Polanec || Andreja Marija Belič
|-
| Liza Praznik || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Maja Škof || Karmen Mlinar || Barbara Jaklič
|-
| Anže Šumah || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Tina Kolenc Milavec || Ula Nikolaja Ratajec || Eva Gartner
|-
| Neža Žerjav|| ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180227142114.htm || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tina Zavodnik || Doroteja Armič || Martina Lokar
|-
| Urša Štrancar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103254.htm || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tadej Medved || Valeriya Musina || Nika Boštic
|-
| Zoja Siter || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Neža Žerjav || Dea Simonič || Sumeja Kudelić
|-
| Aljaž Bratina || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Anastasija Nechevska || Neža Štremfelj || Luka Gnidovec
|-
| Anamarija Agnič || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Bogdan Jovićević || Sumeja Kudelić || Lara Hrvatin
|-
| Simona Gorgievska || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180220183954.htm || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Polona Kalan || Marko Pavleković || Klementina Polanec
|-
| Matej Jereb || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Liza Praznik || Laura Gašperšič || Karmen Mlinar
|-
| Lara Drinovec || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Anže Šumah || Rebeka Dajčman || Ula Nikolaja Ratajec
|-
| Maks Kumek || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Marko Pavleković || Maja Škof || Doroteja Armič
|-
| Neža Blaznik || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Urša Štrancar || Tina Kolenc Milavec || Valeriya Musina
|-
| Liza Ulčakar || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171129163851.htm || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Zoja Siter || Tina Zavodnik || Dea Simonič
|-
| Anastasija Nechevska || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Aljaž Bratina || Tadej Medved || Neža Štremfelj
|-
| Jernej Imperl || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Anamarija Agnič || Neža Žerjav || Luka Gnidovec
|-
| Matija Ruparčič || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Simona Gorgievska || Anastasija Nechevska || Marko Pavleković
|-
| Tiana Karmen Kokalj || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Matej Jereb || Bogdan Jovićević || Laura Gašperšič
|-
| Meta Kodrič || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180125101321.htm || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Lara Drinovec || Polona Kalan || Rebeka Dajčman
|-
| Ana Menegalija || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Maks Kumek || Liza Praznik || Maja Škof
|-
| Andreja Marija Belič || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Neža Blaznik || Anže Šumah || Tina Kolenc Milavec
|-
| Barbara Jaklič || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Liza Ulčakar || Meta Kodrič || Tina Zavodnik
|-
| Eva Gartner || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Gašper Komatar || Urša Štrancar || Tadej Medved
|-
| Martina Lokar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180215141724.htm || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Jernej Imperl || Zoja Siter || Neža Žerjav
|-
| Nika Boštic || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Matija Ruparčič || Aljaž Bratina || Anastasija Nechevska
|-
| Sumeja Kudelić ||Toksin botulin "preskočil" v novo vrsto bakterije ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180126122856.htm || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Tiana Karmen Kokalj || Anamarija Agnič || Bogdan Jovićević
|-
| Luka Gnidovec || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Meta Kodrič || Simona Gorgievska || Polona Kalan
|-
| Lara Hrvatin || Mg2+ ioni omogočajo kondenzacijo kromosomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180201104559.htm || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Ana Menegalija || Matej Jereb || Liza Praznik
|-
| Klementina Polanec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Andreja Marija Belič || Lara Drinovec || Anže Šumah
|-
| Karmen Mlinar || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Barbara Jaklič || Maks Kumek || Gašper Komatar
|-
| Ula Nikolaja Ratajec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Eva Gartner || Neža Blaznik || Urša Štrancar
|-
| rezerva || || || 29.05. || 01.06. || 04.06. || || ||
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2018_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2018_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2018_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2018_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2018_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2018-seminar

2018-02-27T17:28:02Z

Marko Pavleković: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Doroteja Armič || Pretvorba mišjih fibroblastov v pluripotentne matične celice s pomočjo tehnologije CRISPR || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180118162449.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Martina Lokar || Liza Ulčakar || Zoja Siter
|-
| Valeriya Musina || Metalopeptid bakrov(II) fenantrolin tarčno onemogoči delovanje mitohondrijev v matičnih celicah raka dojke || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171213124751.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Nika Boštic || Tiana Karmen Kokalj || Aljaž Bratina
|-
| Dea Simonič || Sprožilci avtoimunskih bolezni in vzroki za nekontrolirano širjenje le-teh po telesu ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170824141207.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Sumeja Kudelić || Jernej Imperl || Anamarija Agnič
|-
| Neža Štremfelj ||Delovanje inzulinskih receptorjev||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103256.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Luka Gnidovec || Matija Ruparčič || Simona Gorgievska
|-
| Gašper Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171009093207.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Lara Hrvatin || Tiana Karmen Kokalj || Matej Jereb
|-
| Marko Pavleković || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171121155811.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Klementina Polanec || Meta Kodrič || Lara Drinovec
|-
| Laura Gašperšič || Alzheimerjeva bolezen: povrnitev zmožnosti pomnjenja z inhibicijo interakcije med Sp3 in HDAC2 || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170808150001.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Karmen Mlinar || Ana Menegalija || Maks Kumek
|-
| Rebeka Dajčman || || || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Ula Nikolaja Ratajec || Andreja Marija Belič || Neža Blaznik
|-
| Maja Škof || || || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Doroteja Armič || Barbara Jaklič || Liza Ulčakar
|-
| Tina Kolenc Milavec || Vezava kalcija na karboksilni konec α-sinukleina uravnava interakcije med sinaptičnimi vezikli || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219071758.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Valeriya Musina || Eva Gartner || Jana Rajchevska
|-
| Tina Zavodnik || || || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Dea Simonič || Martina Lokar || Jernej Imperl
|-
| Tadej Medved || || || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Neža Štremfelj || Nika Boštic || Matija Ruparčič
|-
| Bogdan Jovićević || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Laura Gašperšič || Lara Hrvatin || Ana Menegalija
|-
| Polona Kalan || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Rebeka Dajčman || Klementina Polanec || Andreja Marija Belič
|-
| Liza Praznik || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Maja Škof || Karmen Mlinar || Barbara Jaklič
|-
| Anže Šumah || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Tina Kolenc Milavec || Ula Nikolaja Ratajec || Eva Gartner
|-
| Neža Žerjav|| || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tina Zavodnik || Doroteja Armič || Martina Lokar
|-
| Urša Štrancar || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tadej Medved || Valeriya Musina || Nika Boštic
|-
| Zoja Siter || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Neža Žerjav || Dea Simonič || Sumeja Kudelić
|-
| Aljaž Bratina || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Anastasija Nechevska || Neža Štremfelj || Luka Gnidovec
|-
| Anamarija Agnič || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Bogdan Jovićević || Sumeja Kudelić || Lara Hrvatin
|-
| Simona Gorgievska || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180220183954.htm || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Polona Kalan || Marko Pavleković || Klementina Polanec
|-
| Matej Jereb || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Liza Praznik || Laura Gašperšič || Karmen Mlinar
|-
| Lara Drinovec || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Anže Šumah || Rebeka Dajčman || Ula Nikolaja Ratajec
|-
| Maks Kumek || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Marko Pavleković || Maja Škof || Doroteja Armič
|-
| Neža Blaznik || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Urša Štrancar || Tina Kolenc Milavec || Valeriya Musina
|-
| Liza Ulčakar || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Zoja Siter || Tina Zavodnik || Dea Simonič
|-
| Anastasija Nechevska || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Aljaž Bratina || Tadej Medved || Neža Štremfelj
|-
| Jernej Imperl || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Anamarija Agnič || Neža Žerjav || Luka Gnidovec
|-
| Matija Ruparčič || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Simona Gorgievska || Anastasija Nechevska || Marko Pavleković
|-
| Tiana Karmen Kokalj || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Matej Jereb || Bogdan Jovićević || Laura Gašperšič
|-
| Meta Kodrič || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Lara Drinovec || Polona Kalan || Rebeka Dajčman
|-
| Ana Menegalija || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Maks Kumek || Liza Praznik || Maja Škof
|-
| Andreja Marija Belič || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Neža Blaznik || Anže Šumah || Tina Kolenc Milavec
|-
| Barbara Jaklič || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Liza Ulčakar || Meta Kodrič || Tina Zavodnik
|-
| Eva Gartner || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Gašper Komatar || Urša Štrancar || Tadej Medved
|-
| Martina Lokar || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Jernej Imperl || Zoja Siter || Neža Žerjav
|-
| Nika Boštic || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Matija Ruparčič || Aljaž Bratina || Anastasija Nechevska
|-
| Sumeja Kudelić ||Toksin botulin "preskočil" v novo vrsto bakterije ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180126122856.htm || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Tiana Karmen Kokalj || Anamarija Agnič || Bogdan Jovićević
|-
| Luka Gnidovec || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Meta Kodrič || Simona Gorgievska || Polona Kalan
|-
| Lara Hrvatin || Mg2+ ioni omogočajo kondenzacijo kromosomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180201104559.htm || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Ana Menegalija || Matej Jereb || Liza Praznik
|-
| Klementina Polanec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Andreja Marija Belič || Lara Drinovec || Anže Šumah
|-
| Karmen Mlinar || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Barbara Jaklič || Maks Kumek || Gašper Komatar
|-
| Ula Nikolaja Ratajec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Eva Gartner || Neža Blaznik || Urša Štrancar
|-
| rezerva || || || 29.05. || 01.06. || 04.06. || || ||
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2018_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2018_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2018_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2018_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2018_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2018-seminar

2018-02-27T16:32:01Z

Marko Pavleković: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Doroteja Armič || Pretvorba mišjih fibroblastov v pluripotentne matične celice s pomočjo tehnologije CRISPR || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180118162449.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Martina Lokar || Liza Ulčakar || Zoja Siter
|-
| Valeriya Musina || Metalopeptid bakrov(II) fenantrolin tarčno onemogoči delovanje mitohondrijev v matičnih celicah raka dojke || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171213124751.htm || 27.02. || 02.03. || 05.03. || Nika Boštic || Tiana Karmen Kokalj || Aljaž Bratina
|-
| Dea Simonič || Sprožilci avtoimunskih bolezni in vzroki za nekontrolirano širjenje le-teh po telesu ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170824141207.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Sumeja Kudelić || Jernej Imperl || Anamarija Agnič
|-
| Neža Štremfelj ||Delovanje inzulinskih receptorjev||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103256.htm|| 27.02. || 02.03. || 05.03. || Luka Gnidovec || Matija Ruparčič || Simona Gorgievska
|-
| Gašper Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171009093207.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Lara Hrvatin || Tiana Karmen Kokalj || Matej Jereb
|-
| Marko Pavleković || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180220083847.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Klementina Polanec || Meta Kodrič || Lara Drinovec
|-
| Laura Gašperšič || Alzheimerjeva bolezen: povrnitev zmožnosti pomnjenja z inhibicijo interakcije med Sp3 in HDAC2 || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170808150001.htm || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Karmen Mlinar || Ana Menegalija || Maks Kumek
|-
| Rebeka Dajčman || || || 06.03. || 09.03. || 12.03. || Ula Nikolaja Ratajec || Andreja Marija Belič || Neža Blaznik
|-
| Maja Škof || || || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Doroteja Armič || Barbara Jaklič || Liza Ulčakar
|-
| Tina Kolenc Milavec || Vezava kalcija na karboksilni konec α-sinukleina uravnava interakcije med sinaptičnimi vezikli || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219071758.htm || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Valeriya Musina || Eva Gartner || Jana Rajchevska
|-
| Tina Zavodnik || || || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Dea Simonič || Martina Lokar || Jernej Imperl
|-
| Tadej Medved || || || 13.03. || 16.03. || 19.03. || Neža Štremfelj || Nika Boštic || Matija Ruparčič
|-
| Bogdan Jovićević || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Laura Gašperšič || Lara Hrvatin || Ana Menegalija
|-
| Polona Kalan || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Rebeka Dajčman || Klementina Polanec || Andreja Marija Belič
|-
| Liza Praznik || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Maja Škof || Karmen Mlinar || Barbara Jaklič
|-
| Anže Šumah || || || 20.03. || 23.03. || 26.03. || Tina Kolenc Milavec || Ula Nikolaja Ratajec || Eva Gartner
|-
| Neža Žerjav|| || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tina Zavodnik || Doroteja Armič || Martina Lokar
|-
| Urša Štrancar || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Tadej Medved || Valeriya Musina || Nika Boštic
|-
| Zoja Siter || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Neža Žerjav || Dea Simonič || Sumeja Kudelić
|-
| Aljaž Bratina || || || 03.04. || 06.04. || 09.04. || Anastasija Nechevska || Neža Štremfelj || Luka Gnidovec
|-
| Anamarija Agnič || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Bogdan Jovićević || Sumeja Kudelić || Lara Hrvatin
|-
| Simona Gorgievska || || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180220183954.htm || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Polona Kalan || Marko Pavleković || Klementina Polanec
|-
| Matej Jereb || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Liza Praznik || Laura Gašperšič || Karmen Mlinar
|-
| Lara Drinovec || || || 10.04. || 13.04. || 16.04. || Anže Šumah || Rebeka Dajčman || Ula Nikolaja Ratajec
|-
| Maks Kumek || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Marko Pavleković || Maja Škof || Doroteja Armič
|-
| Neža Blaznik || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Urša Štrancar || Tina Kolenc Milavec || Valeriya Musina
|-
| Liza Ulčakar || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Zoja Siter || Tina Zavodnik || Dea Simonič
|-
| Anastasija Nechevska || || || 17.04. || 20.04. || 23.04. || Aljaž Bratina || Tadej Medved || Neža Štremfelj
|-
| Jernej Imperl || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Anamarija Agnič || Neža Žerjav || Luka Gnidovec
|-
| Matija Ruparčič || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Simona Gorgievska || Anastasija Nechevska || Marko Pavleković
|-
| Tiana Karmen Kokalj || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Matej Jereb || Bogdan Jovićević || Laura Gašperšič
|-
| Meta Kodrič || || || 23.04. || 26.04. || 07.05. || Lara Drinovec || Polona Kalan || Rebeka Dajčman
|-
| Ana Menegalija || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Maks Kumek || Liza Praznik || Maja Škof
|-
| Andreja Marija Belič || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Neža Blaznik || Anže Šumah || Tina Kolenc Milavec
|-
| Barbara Jaklič || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Liza Ulčakar || Meta Kodrič || Tina Zavodnik
|-
| Eva Gartner || || || 08.05. || 11.05. || 14.05. || Gašper Komatar || Urša Štrancar || Tadej Medved
|-
| Martina Lokar || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Jernej Imperl || Zoja Siter || Neža Žerjav
|-
| Nika Boštic || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Matija Ruparčič || Aljaž Bratina || Anastasija Nechevska
|-
| Sumeja Kudelić ||Toksin botulin "preskočil" v novo vrsto bakterije ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180126122856.htm || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Tiana Karmen Kokalj || Anamarija Agnič || Bogdan Jovićević
|-
| Luka Gnidovec || || || 15.05. || 18.05. || 21.05. || Meta Kodrič || Simona Gorgievska || Polona Kalan
|-
| Lara Hrvatin || Mg2+ ioni omogočajo kondenzacijo kromosomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180201104559.htm || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Ana Menegalija || Matej Jereb || Liza Praznik
|-
| Klementina Polanec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Andreja Marija Belič || Lara Drinovec || Anže Šumah
|-
| Karmen Mlinar || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Barbara Jaklič || Maks Kumek || Gašper Komatar
|-
| Ula Nikolaja Ratajec || || || 22.05. || 25.05. || 28.05. || Eva Gartner || Neža Blaznik || Urša Štrancar
|-
| rezerva || || || 29.05. || 01.06. || 04.06. || || ||
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2018_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2018_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2018_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2018_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2018_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.