Wiki FKKT - User contributions [en]

Širjenje genetskega koda

2018-01-15T08:05:14Z

MaticKovacic:

'''Projekt ekipe Bielefeld-CeBiTec 2017'''

iGEM wiki: http://2017.igem.org/Team:Bielefeld-CeBiTec

Povzel Matic Kovačič

Namen iGEM ekipe Bielefeld-CeBiTec 2017 je bil vnos plazmida z dvema nenaravnima komplementarnima nukleotidoma v bakterijo E. coli in ohraniti njuno prisotnost v genomu skozi rast in razmnoževanje bakterije. Z uporabo novih ortogonalnih parov tRNA/aminoacil-tRNA sintetaza pa so preko jantarnega stop kodona (UAG) in redko uporabljenega levcinskega kodona (CUA) tudi uspeli izražati proteine z vgrajenimi nekanoničnimi aminokislinami. Njihove raziskave so zelo pomembne za prihodnost sintezne biologije, čeprav pri svojem delu dodatnih nukleotidov v genomu niso neposredno povezali s povečanjem števila kodonov preko katerih bi se proteini z novimi nekanoničnimi aminokislinami funkcionalno izražali.

Genomi vseh živih bitij so zgrajeni iz štirih različnih nukleotidov, ki lahko tvorijo 64 različnih tromestnih kodonov. Kodoni določajo katera tRNA z vezano aminokislino se bo s svojim komplementarnim antikodonom vezala na mRNA v procesu translacije in oddala eno od dvajsetih kanoničnih aminokislin na nastajajoč peptid. Poleg kanoničnih aminokislin obstaja še več sto nekanoničnih aminokislin, od katerih ima vsaka edinstvene lastnosti. Za uspešno vgrajevanje teh aminokislin bi morali spremeniti namembnost nekaterih kodonov, da bi se na njih vezale tRNA z nekanoničnimi aminokislinami. Lahko pa bi tudi povečali število vseh možnih kodonov z vključitvijo nenaravnih nukleotidov v genom. En dodaten nukleotid, bi število možnih kodonov dvignil s 64 na 125, dva dodatna nukleotida, ki bi tvorila tudi nenaraven bazni par, pa bi število možnih kodonov dvignila na kar 216.

== Nenaravni bazni pari ==

Obstaja veliko različnih nenaravnih nukleotidov, ki se lahko med seboj povezujejo v bazne pare. Povezave so lahko posledica vodikovih vezi, hidrofobnih interakcij, od kovinskih ionov odvisnih interakcij in energijsko ugodnega nalaganja aromatskih obročev. Ekipa Bielefeld-CeBiTec se je odločila uporabiti komplementarna nukleotida izogvanin (isoG), ki je strukturni izomer gvanina, ter 5-metil-izocitozin (isoCm), ki je metiliran strukturni izomer citozina. Za ta izomera je značilno, da imata aminske, imino in keto skupine na drugih položajih benzenskega obroča. Podobnost z naravnim gvaninom in citozinom je povečala možnost uspešne replikacije plazmidov v E. coli s Taq DNA polimerazo. Nenaravni bazni isoG-isoCm par so raziskovalci vnesli samo v en plazmid in z njim transformirali BL21 E. coli bakterije.

== Sprejem nenaravnih nukleotidov v celice in preučitev njihove biosinteze ==

Ključnega pomena pri razvoju sintetskih organizmov je njihova zmožnost absorpcije ali sinteze različnih prekurzorskih molekul. Raziskovalci iGEM ekipe so morali bakterijam E. coli omogočiti absorpcijo deoksinukleozid trifosfatov nenaravnih DNA baz iso-CmTP in iso-GTP. E. coli nima zapisa za celične transporterje trifosfatov. Razzlog naj bi bila odsotnost ATP v ekstracelularnem prostoru in možnost uhajanja ATP iz notranjosti celic. Celice E. coli BL21(DE3) so transformirali s plazmidom pCB1C3, ki je vseboval zapis za trifosfatni receptor PtNTT2 iz alge Phaeodactylum tricornutum. Pred zapis za transportni protein so vstavili še lacUV5 promotor in močan zapis za RBS. Za cds regijo proteina so vstavili še zapis za GFP. PtNTT2 so izbrali, ker ni specifičen za obliko nukleozid trifostatov in lahko trifosfate transportira tudi čez plastidno membrano brez porabe energije. Uspešen transport nukleozid trifosfatov so dokazali s prisotnostjo ATP v gojišču, saj se za vsak vnešen nenaraven nukleozid trifosfat preko PtNTT2 iz celice prenese nek drug oz. enak nukleozid fosfat (counter exchange mehanizem).
Preučili so tudi biosintezo izogvanozina v rastlini Croton TIglium, v kateri je večina sekundarnih metabolitov toksična (zaščita pred herbivori in patogeni). Po preučitvi klasične purinske sintezne poti so prišli do zaključka, da v Croton Tiglium izogvanozin obstaja kot intermediat v tej sintezni poti.

== Zadrževalni/ohranitveni sistem nenaravnih baznih parov ==

Za ohranitev vgrajenih nenaravnih nukleotidov v bakterijskemu genomu je potreben mehanizem, ki bo uničil bakterijske celice, če pride do mutacij, ki bi nenaravni bazni par isoG-isoCm odstranile. Do odstranitve lahko pride preko petih različnih točkovnih mutacij, in sicer preko mutacije v 4 druge naravne bazne pare ali pa preko delecije nenaravnega baznega para. To ohranitev so dosegli s prilagojenim sistemom CRISPR/Cas9, ki je bil sposoben zaznave teh mutacij na zaporedju z isoG-isoCm in nato cepitve plazmidov, ki so nenaravni bazni par izgubile. Bakterije so transformirali z dvema plazmidoma. Prvi plazmid pSB1K3 , ki se nahaja v bakteriji v veliko kopijah vsebuje zapis za nukleozid trifosfatni transporter PtNTT2 in protein cas9, ki razgrajuje drugi plazmid z izgubljenim isoG-isoCm baznim parom. Drugi plazmid pSB3C5 (v celicah se nahaja v majhnem številu kopij) vsebuje nenaravni bazni par in pet različnih sgRNA (single guide RNA), ki se komplementarno vežejo na zaporedje, ki je izgubilo isoG-isoCm bazni par in omogočijo cepitev takega zaporedja s Cas9. Vsak plazmid je vseboval drugačen selekcijski marker (rezistenco proti antibiotikom).

== Ovire pri delu z nenaravnimi baznimi pari ==

Večina laboratorijskih protokolov se nanaša na štiri-črkovno DNA. Zato je treba pri delu z nenaravnimi baznimi pari prilagoditi večino postopkov kot so PCR, kloniranje in sekvenciranje DNA. Prav tako večina bioinformatskih orodij (npr. BLAST) ne deluje z dodatnimi baznimi pari ali razširjenim repertoarjem aminokislin. Tudi večina celičnih komponent je prilagojena A, T, G, C DNA. Nenaravne bazne pare celica zazna kot tuje in poskuša popraviti DNA s temi modifikacijami. Upoštevati je treba tudi termično stabilnost novih baznih parov. Tudi vsi proteini, ki sodelujejo pri transkripciji in translaciji morajo biti prilagojeni.
Za sekvenciranje modificirane DNA je iGEM ekipa uporabila Oxford Nanopore Sequencing, saj ne vsebuje dodatnih spojin specifičnih za bazne pare. Ta tehnologija bo v prihodnosti ključna pri sekvenciranju sintetske DNA z različnimi modifikacijami. Razvili so tudi metodo M. A. X. (Mutational Analysis Xplorer, ki temelji na komplementarnih zaporedjih specifičnih za različne točkovne mutacije nenaravnega baznega para (oligi vsebujejo restrikcijska mesta), in razgradnji teh oligonukleotidov z restriktazami.

== Translacijski sistem ==

Za delujoč translacijski sistem, ki bo na rastoč peptid lahko na podlagi nenaravnih baz v kodonih dodajal tudi nekanonične aminokisline, je potrebno uspešno prepoznavanje med novimi kodoni in tRNA ter vezava nekanoničnih AK na tRNA preko prilagojenih encimov aminoacil-tRNA sintetaz (aaRS). Pari tRNA/aaRS morajo biti zelo specifični (kar velja še posebno, če bomo v prihodnosti želeli delujoč translacijski sistem z veliko hkratnimi nekanoničnimi AK). iGEM ekipa je ustvarila veliko knjižnico različnih parov tirozil- in pirolizil-tRNA sintetaz in skozi proces ciklov pozitivne in negativne selekcije prišla do sintetaz, ki so želene nekanonične AK uspešno vezale na tRNA, ki je specifična za jantarni stop kodon UAG. Ob dodatni represiji stop funkcije zaporedja UAG, lahko dosežemo vgradnjo nekanonične AK na peptid. Efektivno UAG kodon postane kodirajoč.
Vgradnja nekanoničnih aminokislin preko jantarnega stop kodona ali manj uporabljenega levcinskega kodona (CTA) ima omejitev vgradnje le dveh AK. Pokazali so tudi, da vgradnja preko teh kodonov zavre rast bakterijskih celic. Zaradi teh omejitev in stranskih učinkov, bo treba v prihodnosti razviti delujoč sistem v katerem se bodo nekanonične aminokisline vgrajevale preko kodonov, ki bodo vsebovali tudi nenaravne dušikove baze.

== Vgradnja nekanoničnih aminokislin za različno uporabo ==

Raziskovalci so ustvarili osem različnih parov tRNA/aminoacil-tRNA sintetaz od katerih je bila vsaka zmožna vezave določene nekanonične aminokisline na tRNA jantarnega UAG stop kodona. Te aminoacil-tRNA sintetaze so tudi vnesli v register biokock. Teh osem aminokislin ima različne lastnosti, ki bodo zagotovo zelo uporabne pri nadaljnih raziskavah. Glede na uporabo so te aminokisline razdelili v pet različnih skupin, in sicer v skupino strukturnega analiziranja, fotostikal, označevanja, fotolize in povezovanja. Za strukturno analizo lokacije nekanoničnih AK so uporabili aminokislini, ki sta bili označeni s fluoroforjem in sta sposobni Foersterjevega resonančnega energijskega prenosa. To poenostavljeno pomeni, da lahko ena aminokislina absorbira foton določene valovne dolžine, to energijo prenese na drugo AK, ta pa emitira svetlobo drugačne valovne dolžine. Za to morata biti AK dovolj skupaj, torej bi se metoda lahko uporabila za strukturno analizo pozicij nekanoničnih aminokislin v proteinu. Za name fotostikal se lahko uporabi aminokislino, ki ob obsevanju s svetlobo določene valovne dolžine, spremeni svojo konformacijo, kar lahko inhibira delovanje proteina. Za namen označevanja, bi lahko v protein vgrajevali nekanonične AK, ki imajo vezano fluorescenčno skupino. Nekanonične aminokisline sposobne fotolize so alternativa mestno specifični cepitvi peptidne vezi s strani celotni encimov. Fotolitične aminokisline inducirajo cepitev peptidne vezi, če absorbirajo svetlobo določene valovne dolžine. Za alternativno kovalentno povezovanje dveh aminokislin (podobno povezavi cisteinov) ali aminokisline na neko površino se lahko uporabi aminokisline z različnimi stranskimi skupinami. iGEM ekipa je povezala aminokislini, ki sta vsebovali 1,2-aminotiolno skupino in cianobenzotiazolno skupino ter na tak način tudi povečala stabilnost SELP (Silk Elastin like Proteins) polimera.

Širjenje genetskega koda

2018-01-15T07:49:13Z

MaticKovacic:

'''Projekt ekipe Bielefeld-CeBiTec 2017'''

iGEM wiki: http://2017.igem.org/Team:Bielefeld-CeBiTec

Povzel Matic Kovačič

Namen iGEM ekipe Bielefeld-CeBiTec 2017 je bil vnos plazmida z dvema nenaravnima komplementarnima nukleotidoma v bakterijo E. coli in ohraniti njuno prisotnost v genomu skozi rast in razmnoževanje bakterije. Z uporabo novih ortogonalnih parov tRNA/aminoacil-tRNA sintetaza pa so preko jantarnega stop kodona (UAG) in redko uporabljenega levcinskega kodona (CUA) tudi uspeli izražati proteine z vgrajenimi nekanoničnimi aminokislinami. Njihove raziskave so zelo pomembne za prihodnost sintezne biologije, čeprav pri svojem delu dodatnih nukleotidov v genomu niso neposredno povezali s povečanjem števila kodonov preko katerih bi se proteini z novimi nekanoničnimi aminokislinami funkcionalno izražali.

Genomi vseh živih bitij so zgrajeni iz štirih različnih nukleotidov, ki lahko tvorijo 64 različnih tromestnih kodonov. Kodoni določajo katera tRNA z vezano aminokislino se bo s svojim komplementarnim antikodonom vezala na mRNA v procesu translacije in oddala eno od dvajsetih kanoničnih aminokislin na nastajajoč peptid. Poleg kanoničnih aminokislin obstaja še več sto nekanoničnih aminokislin, od katerih ima vsaka edinstvene lastnosti. Za uspešno vgrajevanje teh aminokislin bi morali spremeniti namembnost nekaterih kodonov, da bi se na njih vezale tRNA z nekanoničnimi aminokislinami. Lahko pa bi tudi povečali število vseh možnih kodonov z vključitvijo nenaravnih nukleotidov v genom. En dodaten nukleotid, bi število možnih kodonov dvignil s 64 na 125, dva dodatna nukleotida, ki bi tvorila tudi nenaraven bazni par, pa bi število možnih kodonov dvignila na kar 216.

== Nenaravni bazni pari ==

Obstaja veliko različnih nenaravnih nukleotidov, ki se lahko med seboj povezujejo v bazne pare. Povezave so lahko posledica vodikovih vezi, hidrofobnih interakcij, od kovinskih ionov odvisnih interakcij in energijsko ugodnega nalaganja aromatskih obročev. Ekipa Bielefeld-CeBiTec se je odločila uporabiti komplementarna nukleotida izogvanin (isoG), ki je strukturni izomer gvanina, ter 5-metil-izotimin (isoTm), ki je metiliran strukturni izomer timina. Za ta izomera je značilno, da imata aminske, imino in keto skupine na drugih položajih benzenskega obroča. Podobnost z naravnim gvaninom in citozinom je povečala možnost uspešne replikacije plazmidov v E. coli s Taq DNA polimerazo. Nenaravni bazni isoG-isoTm par so raziskovalci vnesli samo v en plazmid in z njim transformirali BL21 E. coli bakterije.

== Sprejem nenaravnih nukleotidov v celice in preučitev njihove biosinteze ==

Ključnega pomena pri razvoju sintetskih organizmov je njihova zmožnost absorpcije ali sinteze različnih prekurzorskih molekul. Raziskovalci iGEM ekipe so morali bakterijam E. coli omogočiti absorpcijo deoksinukleozid trifosfatov nenaravnih DNA baz iso-CmTP in iso-GTP. E. coli nima zapisa za celične transporterje trifosfatov. Razzlog naj bi bila odsotnost ATP v ekstracelularnem prostoru in možnost uhajanja ATP iz notranjosti celic. Celice E. coli BL21(DE3) so transformirali s plazmidom pCB1C3, ki je vseboval zapis za trifosfatni receptor PtNTT2 iz alge Phaeodactylum tricornutum. Pred zapis za transportni protein so vstavili še lacUV5 promotor in močan zapis za RBS. Za cds regijo proteina so vstavili še zapis za GFP. PtNTT2 so izbrali, ker ni specifičen za obliko nukleozid trifostatov in lahko trifosfate transportira tudi čez plastidno membrano brez porabe energije. Uspešen transport nukleozid trifosfatov so dokazali s prisotnostjo ATP v gojišču, saj se za vsak vnešen nenaraven nukleozid trifosfat preko PtNTT2 iz celice prenese nek drug oz. enak nukleozid fosfat (counter exchange mehanizem).
Preučili so tudi biosintezo izogvanozina v rastlini Croton TIglium, v kateri je večina sekundarnih metabolitov toksična (zaščita pred herbivori in patogeni). Po preučitvi klasične purinske sintezne poti so prišli do zaključka, da v Croton Tiglium izogvanozin obstaja kot intermediat v tej sintezni poti.

== Zadrževalni/ohranitveni sistem nenaravnih baznih parov ==

Za ohranitev vgrajenih nenaravnih nukleotidov v bakterijskemu genomu je potreben mehanizem, ki bo uničil bakterijske celice, če pride do mutacij, ki bi nenaravni bazni par isoG-isoTm odstranile. Do odstranitve lahko pride preko petih različnih točkovnih mutacij, in sicer preko mutacije v 4 druge naravne bazne pare ali pa preko delecije nenaravnega baznega para. To ohranitev so dosegli s prilagojenim sistemom CRISPR/Cas9, ki je bil sposoben zaznave teh mutacij na zaporedju z isoG-isoTm in nato cepitve plazmidov, ki so nenaravni bazni par izgubile. Bakterije so transformirali z dvema plazmidoma. Prvi plazmid pSB1K3 , ki se nahaja v bakteriji v veliko kopijah vsebuje zapis za nukleozid trifosfatni transporter PtNTT2 in protein cas9, ki razgrajuje drugi plazmid z izgubljenim isoG-isoTm baznim parom. Drugi plazmid pSB3C5 (v celicah se nahaja v majhnem številu kopij) vsebuje nenaravni bazni par in pet različnih sgRNA (single guide RNA), ki se komplementarno vežejo na zaporedje, ki je izgubilo isoG-isoTm bazni par in omogočijo cepitev takega zaporedja s Cas9. Vsak plazmid je vseboval drugačen selekcijski marker (rezistenco proti antibiotikom).

== Ovire pri delu z nenaravnimi baznimi pari ==

Večina laboratorijskih protokolov se nanaša na štiri-črkovno DNA. Zato je treba pri delu z nenaravnimi baznimi pari prilagoditi večino postopkov kot so PCR, kloniranje in sekvenciranje DNA. Prav tako večina bioinformatskih orodij (npr. BLAST) ne deluje z dodatnimi baznimi pari ali razširjenim repertoarjem aminokislin. Tudi večina celičnih komponent je prilagojena A, T, G, C DNA. Nenaravne bazne pare celica zazna kot tuje in poskuša popraviti DNA s temi modifikacijami. Upoštevati je treba tudi termično stabilnost novih baznih parov. Tudi vsi proteini, ki sodelujejo pri transkripciji in translaciji morajo biti prilagojeni.
Za sekvenciranje modificirane DNA je iGEM ekipa uporabila Oxford Nanopore Sequencing, saj ne vsebuje dodatnih spojin specifičnih za bazne pare. Ta tehnologija bo v prihodnosti ključna pri sekvenciranju sintetske DNA z različnimi modifikacijami. Razvili so tudi metodo M. A. X. (Mutational Analysis Xplorer, ki temelji na komplementarnih zaporedjih specifičnih za različne točkovne mutacije nenaravnega baznega para (oligi vsebujejo restrikcijska mesta), in razgradnji teh oligonukleotidov z restriktazami.

== Translacijski sistem ==

Za delujoč translacijski sistem, ki bo na rastoč peptid lahko na podlagi nenaravnih baz v kodonih dodajal tudi nekanonične aminokisline, je potrebno uspešno prepoznavanje med novimi kodoni in tRNA ter vezava nekanoničnih AK na tRNA preko prilagojenih encimov aminoacil-tRNA sintetaz (aaRS). Pari tRNA/aaRS morajo biti zelo specifični (kar velja še posebno, če bomo v prihodnosti želeli delujoč translacijski sistem z veliko hkratnimi nekanoničnimi AK). iGEM ekipa je ustvarila veliko knjižnico različnih parov tirozil- in pirolizil-tRNA sintetaz in skozi proces ciklov pozitivne in negativne selekcije prišla do sintetaz, ki so želene nekanonične AK uspešno vezale na tRNA, ki je specifična za jantarni stop kodon UAG. Ob dodatni represiji stop funkcije zaporedja UAG, lahko dosežemo vgradnjo nekanonične AK na peptid. Efektivno UAG kodon postane kodirajoč.
Vgradnja nekanoničnih aminokislin preko jantarnega stop kodona ali manj uporabljenega levcinskega kodona (CTA) ima omejitev vgradnje le dveh AK. Pokazali so tudi, da vgradnja preko teh kodonov zavre rast bakterijskih celic. Zaradi teh omejitev in stranskih učinkov, bo treba v prihodnosti razviti delujoč sistem v katerem se bodo nekanonične aminokisline vgrajevale preko kodonov, ki bodo vsebovali tudi nenaravne dušikove baze.

== Vgradnja nekanoničnih aminokislin za različno uporabo ==

Raziskovalci so ustvarili osem različnih parov tRNA/aminoacil-tRNA sintetaz od katerih je bila vsaka zmožna vezave določene nekanonične aminokisline na tRNA jantarnega UAG stop kodona. Te aminoacil-tRNA sintetaze so tudi vnesli v register biokock. Teh osem aminokislin ima različne lastnosti, ki bodo zagotovo zelo uporabne pri nadaljnih raziskavah. Glede na uporabo so te aminokisline razdelili v pet različnih skupin, in sicer v skupino strukturnega analiziranja, fotostikal, označevanja, fotolize in povezovanja. Za strukturno analizo lokacije nekanoničnih AK so uporabili aminokislini, ki sta bili označeni s fluoroforjem in sta sposobni Foersterjevega resonančnega energijskega prenosa. To poenostavljeno pomeni, da lahko ena aminokislina absorbira foton določene valovne dolžine, to energijo prenese na drugo AK, ta pa emitira svetlobo drugačne valovne dolžine. Za to morata biti AK dovolj skupaj, torej bi se metoda lahko uporabila za strukturno analizo pozicij nekanoničnih aminokislin v proteinu. Za name fotostikal se lahko uporabi aminokislino, ki ob obsevanju s svetlobo določene valovne dolžine, spremeni svojo konformacijo, kar lahko inhibira delovanje proteina. Za namen označevanja, bi lahko v protein vgrajevali nekanonične AK, ki imajo vezano fluorescenčno skupino. Nekanonične aminokisline sposobne fotolize so alternativa mestno specifični cepitvi peptidne vezi s strani celotni encimov. Fotolitične aminokisline inducirajo cepitev peptidne vezi, če absorbirajo svetlobo določene valovne dolžine. Za alternativno kovalentno povezovanje dveh aminokislin (podobno povezavi cisteinov) ali aminokisline na neko površino se lahko uporabi aminokisline z različnimi stranskimi skupinami. iGEM ekipa je povezala aminokislini, ki sta vsebovali 1,2-aminotiolno skupino in cianobenzotiazolno skupino ter na tak način tudi povečala stabilnost SELP (Silk Elastin like Proteins) polimera.

Seminarji SB 2017/18

2018-01-15T07:19:45Z

MaticKovacic:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] 
2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] 

5.12. 
1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] 
4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] 

12.12. 
1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] 
2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] 
3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] 
4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] 

19.12. 
1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] 
2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] 
3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] 

9.1. 
1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] 
2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 
3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] 
4 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar - Super tobak 
2 Marija Kisilak 
3 Nataša Traven 
4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert 

23.1. 
1 Ana Cirnski 
2 Rok Ferenc 
3 Barbara Lipovšek 
4

Seminarji SB 2017/18

2018-01-15T07:19:23Z

MaticKovacic:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda]

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] 
2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] 

5.12. 
1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] 
4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] 

12.12. 
1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] 
2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] 
3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] 
4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] 

19.12. 
1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] 
2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] 
3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] 

9.1. 
1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] 
2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 
3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] 
4 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar - Super tobak 
2 Marija Kisilak 
3 Nataša Traven 
4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert 

23.1. 
1 Ana Cirnski 
2 Rok Ferenc 
3 Barbara Lipovšek 
4

Širjenje genetskega koda

2018-01-15T07:18:27Z

MaticKovacic:

'''Projekt ekipe Bielefeld-CeBiTec 2017'''

iGEM wiki: http://2017.igem.org/Team:Bielefeld-CeBiTec

Povzel Matic Kovačič

Namen iGEM ekipe Bielefeld-CeBiTec 2017 je bil vnos plazmida z dvema nenaravnima komplementarnima nukleotidoma v bakterijo E. coli in ohraniti njuno prisotnost v genomu skozi rast in razmnoževanje bakterije. Z uporabo novih ortogonalnih parov tRNA/aminoacil-tRNA sintetaza pa so preko jantarnega stop kodona (UAG) in redko uporabljenega levcinskega kodona (CUA) tudi uspeli izražati proteine z vgrajenimi nekanoničnimi aminokislinami. Njihove raziskave so zelo pomembne za prihodnost sintezne biologije, čeprav pri svojem delu dodatnih nukleotidov v genomu niso neposredno povezali s povečanjem števila kodonov preko katerih bi se proteini z novimi nekanoničnimi aminokislinami funkcionalno izražali.

Genomi vseh živih bitij so zgrajeni iz štirih različnih nukleotidov, ki lahko tvorijo 64 različnih tromestnih kodonov. Kodoni določajo katera tRNA z vezano aminokislino se bo s svojim komplementarnim antikodonom vezala na mRNA v procesu translacije in oddala eno od dvajsetih kanoničnih aminokislin na nastajajoč peptid. Poleg kanoničnih aminokislin obstaja še več sto nekanoničnih aminokislin, od katerih ima vsaka edinstvene lastnosti. Za uspešno vgrajevanje teh aminokislin bi morali spremeniti namembnost nekaterih kodonov, da bi se na njih vezale tRNA z nekanoničnimi aminokislinami. Lahko pa bi tudi povečali število vseh možnih kodonov z vključitvijo nenaravnih nukleotidov v genom. En dodaten nukleotid, bi število možnih kodonov dvignil s 64 na 125, dva dodatna nukleotida, ki bi tvorila tudi nenaraven bazni par, pa bi število možnih kodonov dvignila na kar 216.

== Nenaravni bazni pari ==

Obstaja veliko različnih nenaravnih nukleotidov, ki se lahko med seboj povezujejo v bazne pare. Povezave so lahko posledica vodikovih vezi, hidrofobnih interakcij, od kovinskih ionov odvisnih interakcij in energijsko ugodnega nalaganja aromatskih obročev. Ekipa Bielefeld-CeBiTec se je odločila uporabiti komplementarna nukleotida izogvanin (isoG), ki je strukturni izomer gvanina, ter 5-metil-izotimin (isoTm), ki je metiliran strukturni izomer timina. Za ta izomera je značilno, da imata aminske, imino in keto skupine na drugih položajih benzenskega obroča. Podobnost z naravnim gvaninom in citozinom je povečala možnost uspešne replikacije plazmidov v E. coli s Taq DNA polimerazo. Nenaravni bazni isoG-isoTm par so raziskovalci vnesli samo v en plazmid in z njim transformirali BL21 E. coli bakterije.

== Sprejem nenaravnih nukleotidov v celice in preučitev njihove biosinteze ==

Ključnega pomena pri razvoju sintetskih organizmov je njihova zmožnost absorpcije ali sinteze različnih prekurzorskih molekul. Raziskovalci iGEM ekipe so morali bakterijam E. coli omogočiti absorpcijo deoksinukleozid trifosfatov nenaravnih DNA baz iso-CmTP in iso-GTP. E. coli nima zapisa za celične transporterje trifosfatov. Razzlog naj bi bila odsotnost ATP v ekstracelularnem prostoru in možnost uhajanja ATP iz notranjosti celic. Celice E. coli BL21(DE3) so transformirali s plazmidom pCB1C3, ki je vseboval zapis za trifosfatni receptor PtNTT2 iz alge Phaeodactylum tricornutum. Pred zapis za transportni protein so vstavili še lacUV5 promotor in močan zapis za RBS. Za cds regijo proteina so vstavili še zapis za GFP. PtNTT2 so izbrali, ker ni specifičen za obliko nukleozid trifostatov in lahko trifosfate transportira tudi čez plastidno membrano brez porabe energije. Uspešen transport nukleozid trifosfatov so dokazali s prisotnostjo ATP v gojišču, saj se za vsak vnešen nenaraven nukleozid trifosfat preko PtNTT2 iz celice prenese nek drug oz. enak nukleozid fosfat (counter exchange mehanizem).
Preučili so tudi biosintezo izogvanozina v rastlini Croton TIglium, v kateri je večina sekundarnih metabolitov toksična (zaščita pred herbivori in patogeni). Po preučitvi klasične purinske sintezne poti so prišli do zaključka, da v Croton Tiglium izogvanozin obstaja kot intermediat v tej sintezni poti.

== Zadrževalni/ohranitveni sistem nenaravnih baznih parov ==

Za ohranitev vgrajenih nenaravnih nukleotidov v bakterijskemu genomu je potreben mehanizem, ki bo uničil bakterijske celice, če pride do mutacij, ki bi nenaravni bazni par isoG-isoTm odstranile. Do odstranitve lahko pride preko petih različnih točkovnih mutacij, in sicer preko mutacije v 4 druge naravne bazne pare ali pa preko delecije nenaravnega baznega para. To ohranitev so dosegli s prilagojenim sistemom CRISPR/Cas9, ki je bil sposoben zaznave teh mutacij na zaporedju z isoG-isoTm in nato cepitve plazmidov, ki so nenaravni bazni par izgubile. Bakterije so transformirali z dvema plazmidoma. Prvi plazmid pSB1K3 , ki se nahaja v bakteriji v veliko kopijah vsebuje zapis za nukleozid trifosfatni transporter PtNTT2 in protein cas9, ki razgrajuje drugi plazmid z izgubljenim isoG-isoTm baznim parom. Drugi plazmid pSB3C5 (v celicah se nahaja v majhnem številu kopij) vsebuje nenaravni bazni par in pet različnih sgRNA (single guide RNA), ki se komplementarno vežejo na zaporedje, ki je izgubilo isoG-isoTm bazni par in omogočijo cepitev takega zaporedja s Cas9. Vsak plazmid je vseboval drugačen selekcijski marker (rezistenco proti antibiotikom).

== Ovire pri delu z nenaravnimi baznimi pari ==

Večina laboratorijskih protokolov se nanaša na štiri-črkovno DNA. Zato je treba pri delu z nenaravnimi baznimi pari prilagoditi večino postopkov kot so PCR, kloniranje in sekvenciranje DNA. Prav tako večina bioinformatskih orodij (npr. BLAST) ne deluje z dodatnimi baznimi pari ali razširjenim repertoarjem aminokislin. Tudi večina celičnih komponent je prilagojena A, T, G, C DNA. Nenaravne bazne pare celica zazna kot tuje in poskuša popraviti DNA s temi modifikacijami. Upoštevati je treba tudi termično stabilnost novih baznih parov. Tudi vsi proteini, ki sodelujejo pri transkripciji in translaciji morajo biti prilagojeni.
Za sekvenciranje modificirane DNA je iGEM ekipa uporabila Oxford Nanopore Sequencing, saj ne vsebuje dodatnih spojin specifičnih za bazne pare. Ta tehnologija bo v prihodnosti ključna pri sekvenciranju sintetske DNA z različnimi modifikacijami. Razvili so tudi metodo M. A. X. (Mutational Analysis Xplorer, ki temelji na komplementarnih zaporedjih specifičnih za različne točkovne mutacije nenaravnega baznega para (oligi vsebujejo restrikcijska mesta), in razgradnji teh oligonukleotidov z restriktazami.

== Translacijski sistem ==

Za delujoč translacijski sistem, ki bo na rastoč peptid lahko na podlagi nenaravnih baz v kodonih dodajal tudi nekanonične aminokisline, je potrebno uspešno prepoznavanje med novimi kodoni in tRNA ter vezava nekanoničnih AK na tRNA preko prilagojenih encimov aminoacil-tRNA sintetaz (aaRS). Pari tRNA/aaRS morajo biti zelo specifični (kar velja še posebno, če bomo v prihodnosti želeli delujoč translacijski sistem z veliko hkratnimi nekanoničnimi AK). iGEM ekipa je ustvarila veliko knjižnico različnih parov tRNA/aaRS tirozil- in pirolizil-tRNA sintetaz (102.478 različnih variant) in skozi proces ciklov pozitivne in negativen selekcije prišla do sintetaz, ki so neželene nekanonične AK uspešno vezale na tRNA, ki je specifična za jantarni stop kodon UAG. Ob dodatni represiji stop funkcije zaporedja UAG, lahko dosežemo vgradnjo nekanonične AK na peptid. Efektivno UAG kodon postane kodirajoč.
Vgradnja nekanoničnih aminokislin preko jantarnega stop kodona ali manj uporabljenega levcinskega kodona (CTA) ima omejitev vgradnje le dveh AK. Pokazali so tudi, da vgradnja preko teh kodonov zavre rast bakterijskih celic. Zaradi teh omejitev in stranskih učinkov, bo treba v prihodnosti razviti delujoč sistem v katerem se bodo nekanonične aminokisline vgrajevale preko kodonov, ki bodo vsebovali tudi nenaravne dušikove baze.

== Vgradnja nekanoničnih aminokislin za različno uporabo ==

Raziskovalci so ustvarili osem različnih parov tRNA/aminoacil-tRNA sintetaz od katerih je bila vsaka zmožna vezave določene nekanonične aminokisline na tRNA jantarnega UAG stop kodona. Te aminoacil-tRNA sintetaze so tudi vnesli v register biokock. Teh osem aminokislin ima različne lastnosti, ki bodo zagotovo zelo uporabne pri nadaljnih raziskavah. Glede na uporabo so te aminokisline razdelili v pet različnih skupin, in sicer v skupino strukturnega analiziranja, fotostikal, označevanja, fotolize in povezovanja. Za strukturno analizo lokacije nekanoničnih AK so uporabili aminokislini, ki sta bili označeni s fluoroforjem in sta sposobni Foersterjevega resonančnega energijskega prenosa. To poenostavljeno pomeni, da lahko ena aminokislina absorbira foton določene valovne dolžine, to energijo prenese na drugo AK, ta pa emitira svetlobo drugačne valovne dolžine. Za to morata biti AK dovolj skupaj, torej bi se metoda lahko uporabila za strukturno analizo pozicij nekanoničnih aminokislin v proteinu. Za name fotostikal se lahko uporabi aminokislino, ki ob obsevanju s svetlobo določene valovne dolžine, spremeni svojo konformacijo, kar lahko inhibira delovanje proteina. Za namen označevanja, bi lahko v protein vgrajevali nekanonične AK, ki imajo vezano fluorescenčno skupino. Nekanonične aminokisline sposobne fotolize so alternativa mestno specifični cepitvi peptidne vezi s strani celotni encimov. Fotolitične aminokisline inducirajo cepitev peptidne vezi, če absorbirajo svetlobo določene valovne dolžine. Za alternativno kovalentno povezovanje dveh aminokislin (podobno povezavi cisteinov) ali aminokisline na neko površino se lahko uporabi aminokisline z različnimi stranskimi skupinami. iGEM ekipa je povezala aminokislini, ki sta vsebovali 1,2-aminotiolno skupino in cianobenzotiazolno skupino ter na tak način tudi povečala stabilnost SELP (Silk Elastin like Proteins) polimera.

Širjenje genetskega koda

2018-01-15T07:17:59Z

MaticKovacic:

'''Projekt ekipe Bielefeld-CeBiTec'''

iGEM wiki: http://2017.igem.org/Team:Bielefeld-CeBiTec

Povzel Matic Kovačič

Namen iGEM ekipe Bielefeld-CeBiTec 2017 je bil vnos plazmida z dvema nenaravnima komplementarnima nukleotidoma v bakterijo E. coli in ohraniti njuno prisotnost v genomu skozi rast in razmnoževanje bakterije. Z uporabo novih ortogonalnih parov tRNA/aminoacil-tRNA sintetaza pa so preko jantarnega stop kodona (UAG) in redko uporabljenega levcinskega kodona (CUA) tudi uspeli izražati proteine z vgrajenimi nekanoničnimi aminokislinami. Njihove raziskave so zelo pomembne za prihodnost sintezne biologije, čeprav pri svojem delu dodatnih nukleotidov v genomu niso neposredno povezali s povečanjem števila kodonov preko katerih bi se proteini z novimi nekanoničnimi aminokislinami funkcionalno izražali.

Genomi vseh živih bitij so zgrajeni iz štirih različnih nukleotidov, ki lahko tvorijo 64 različnih tromestnih kodonov. Kodoni določajo katera tRNA z vezano aminokislino se bo s svojim komplementarnim antikodonom vezala na mRNA v procesu translacije in oddala eno od dvajsetih kanoničnih aminokislin na nastajajoč peptid. Poleg kanoničnih aminokislin obstaja še več sto nekanoničnih aminokislin, od katerih ima vsaka edinstvene lastnosti. Za uspešno vgrajevanje teh aminokislin bi morali spremeniti namembnost nekaterih kodonov, da bi se na njih vezale tRNA z nekanoničnimi aminokislinami. Lahko pa bi tudi povečali število vseh možnih kodonov z vključitvijo nenaravnih nukleotidov v genom. En dodaten nukleotid, bi število možnih kodonov dvignil s 64 na 125, dva dodatna nukleotida, ki bi tvorila tudi nenaraven bazni par, pa bi število možnih kodonov dvignila na kar 216.

== Nenaravni bazni pari ==

Obstaja veliko različnih nenaravnih nukleotidov, ki se lahko med seboj povezujejo v bazne pare. Povezave so lahko posledica vodikovih vezi, hidrofobnih interakcij, od kovinskih ionov odvisnih interakcij in energijsko ugodnega nalaganja aromatskih obročev. Ekipa Bielefeld-CeBiTec se je odločila uporabiti komplementarna nukleotida izogvanin (isoG), ki je strukturni izomer gvanina, ter 5-metil-izotimin (isoTm), ki je metiliran strukturni izomer timina. Za ta izomera je značilno, da imata aminske, imino in keto skupine na drugih položajih benzenskega obroča. Podobnost z naravnim gvaninom in citozinom je povečala možnost uspešne replikacije plazmidov v E. coli s Taq DNA polimerazo. Nenaravni bazni isoG-isoTm par so raziskovalci vnesli samo v en plazmid in z njim transformirali BL21 E. coli bakterije.

== Sprejem nenaravnih nukleotidov v celice in preučitev njihove biosinteze ==

Ključnega pomena pri razvoju sintetskih organizmov je njihova zmožnost absorpcije ali sinteze različnih prekurzorskih molekul. Raziskovalci iGEM ekipe so morali bakterijam E. coli omogočiti absorpcijo deoksinukleozid trifosfatov nenaravnih DNA baz iso-CmTP in iso-GTP. E. coli nima zapisa za celične transporterje trifosfatov. Razzlog naj bi bila odsotnost ATP v ekstracelularnem prostoru in možnost uhajanja ATP iz notranjosti celic. Celice E. coli BL21(DE3) so transformirali s plazmidom pCB1C3, ki je vseboval zapis za trifosfatni receptor PtNTT2 iz alge Phaeodactylum tricornutum. Pred zapis za transportni protein so vstavili še lacUV5 promotor in močan zapis za RBS. Za cds regijo proteina so vstavili še zapis za GFP. PtNTT2 so izbrali, ker ni specifičen za obliko nukleozid trifostatov in lahko trifosfate transportira tudi čez plastidno membrano brez porabe energije. Uspešen transport nukleozid trifosfatov so dokazali s prisotnostjo ATP v gojišču, saj se za vsak vnešen nenaraven nukleozid trifosfat preko PtNTT2 iz celice prenese nek drug oz. enak nukleozid fosfat (counter exchange mehanizem).
Preučili so tudi biosintezo izogvanozina v rastlini Croton TIglium, v kateri je večina sekundarnih metabolitov toksična (zaščita pred herbivori in patogeni). Po preučitvi klasične purinske sintezne poti so prišli do zaključka, da v Croton Tiglium izogvanozin obstaja kot intermediat v tej sintezni poti.

== Zadrževalni/ohranitveni sistem nenaravnih baznih parov ==

Za ohranitev vgrajenih nenaravnih nukleotidov v bakterijskemu genomu je potreben mehanizem, ki bo uničil bakterijske celice, če pride do mutacij, ki bi nenaravni bazni par isoG-isoTm odstranile. Do odstranitve lahko pride preko petih različnih točkovnih mutacij, in sicer preko mutacije v 4 druge naravne bazne pare ali pa preko delecije nenaravnega baznega para. To ohranitev so dosegli s prilagojenim sistemom CRISPR/Cas9, ki je bil sposoben zaznave teh mutacij na zaporedju z isoG-isoTm in nato cepitve plazmidov, ki so nenaravni bazni par izgubile. Bakterije so transformirali z dvema plazmidoma. Prvi plazmid pSB1K3 , ki se nahaja v bakteriji v veliko kopijah vsebuje zapis za nukleozid trifosfatni transporter PtNTT2 in protein cas9, ki razgrajuje drugi plazmid z izgubljenim isoG-isoTm baznim parom. Drugi plazmid pSB3C5 (v celicah se nahaja v majhnem številu kopij) vsebuje nenaravni bazni par in pet različnih sgRNA (single guide RNA), ki se komplementarno vežejo na zaporedje, ki je izgubilo isoG-isoTm bazni par in omogočijo cepitev takega zaporedja s Cas9. Vsak plazmid je vseboval drugačen selekcijski marker (rezistenco proti antibiotikom).

== Ovire pri delu z nenaravnimi baznimi pari ==

Večina laboratorijskih protokolov se nanaša na štiri-črkovno DNA. Zato je treba pri delu z nenaravnimi baznimi pari prilagoditi večino postopkov kot so PCR, kloniranje in sekvenciranje DNA. Prav tako večina bioinformatskih orodij (npr. BLAST) ne deluje z dodatnimi baznimi pari ali razširjenim repertoarjem aminokislin. Tudi večina celičnih komponent je prilagojena A, T, G, C DNA. Nenaravne bazne pare celica zazna kot tuje in poskuša popraviti DNA s temi modifikacijami. Upoštevati je treba tudi termično stabilnost novih baznih parov. Tudi vsi proteini, ki sodelujejo pri transkripciji in translaciji morajo biti prilagojeni.
Za sekvenciranje modificirane DNA je iGEM ekipa uporabila Oxford Nanopore Sequencing, saj ne vsebuje dodatnih spojin specifičnih za bazne pare. Ta tehnologija bo v prihodnosti ključna pri sekvenciranju sintetske DNA z različnimi modifikacijami. Razvili so tudi metodo M. A. X. (Mutational Analysis Xplorer, ki temelji na komplementarnih zaporedjih specifičnih za različne točkovne mutacije nenaravnega baznega para (oligi vsebujejo restrikcijska mesta), in razgradnji teh oligonukleotidov z restriktazami.

== Translacijski sistem ==

Za delujoč translacijski sistem, ki bo na rastoč peptid lahko na podlagi nenaravnih baz v kodonih dodajal tudi nekanonične aminokisline, je potrebno uspešno prepoznavanje med novimi kodoni in tRNA ter vezava nekanoničnih AK na tRNA preko prilagojenih encimov aminoacil-tRNA sintetaz (aaRS). Pari tRNA/aaRS morajo biti zelo specifični (kar velja še posebno, če bomo v prihodnosti želeli delujoč translacijski sistem z veliko hkratnimi nekanoničnimi AK). iGEM ekipa je ustvarila veliko knjižnico različnih parov tRNA/aaRS tirozil- in pirolizil-tRNA sintetaz (102.478 različnih variant) in skozi proces ciklov pozitivne in negativen selekcije prišla do sintetaz, ki so neželene nekanonične AK uspešno vezale na tRNA, ki je specifična za jantarni stop kodon UAG. Ob dodatni represiji stop funkcije zaporedja UAG, lahko dosežemo vgradnjo nekanonične AK na peptid. Efektivno UAG kodon postane kodirajoč.
Vgradnja nekanoničnih aminokislin preko jantarnega stop kodona ali manj uporabljenega levcinskega kodona (CTA) ima omejitev vgradnje le dveh AK. Pokazali so tudi, da vgradnja preko teh kodonov zavre rast bakterijskih celic. Zaradi teh omejitev in stranskih učinkov, bo treba v prihodnosti razviti delujoč sistem v katerem se bodo nekanonične aminokisline vgrajevale preko kodonov, ki bodo vsebovali tudi nenaravne dušikove baze.

== Vgradnja nekanoničnih aminokislin za različno uporabo ==

Raziskovalci so ustvarili osem različnih parov tRNA/aminoacil-tRNA sintetaz od katerih je bila vsaka zmožna vezave določene nekanonične aminokisline na tRNA jantarnega UAG stop kodona. Te aminoacil-tRNA sintetaze so tudi vnesli v register biokock. Teh osem aminokislin ima različne lastnosti, ki bodo zagotovo zelo uporabne pri nadaljnih raziskavah. Glede na uporabo so te aminokisline razdelili v pet različnih skupin, in sicer v skupino strukturnega analiziranja, fotostikal, označevanja, fotolize in povezovanja. Za strukturno analizo lokacije nekanoničnih AK so uporabili aminokislini, ki sta bili označeni s fluoroforjem in sta sposobni Foersterjevega resonančnega energijskega prenosa. To poenostavljeno pomeni, da lahko ena aminokislina absorbira foton določene valovne dolžine, to energijo prenese na drugo AK, ta pa emitira svetlobo drugačne valovne dolžine. Za to morata biti AK dovolj skupaj, torej bi se metoda lahko uporabila za strukturno analizo pozicij nekanoničnih aminokislin v proteinu. Za name fotostikal se lahko uporabi aminokislino, ki ob obsevanju s svetlobo določene valovne dolžine, spremeni svojo konformacijo, kar lahko inhibira delovanje proteina. Za namen označevanja, bi lahko v protein vgrajevali nekanonične AK, ki imajo vezano fluorescenčno skupino. Nekanonične aminokisline sposobne fotolize so alternativa mestno specifični cepitvi peptidne vezi s strani celotni encimov. Fotolitične aminokisline inducirajo cepitev peptidne vezi, če absorbirajo svetlobo določene valovne dolžine. Za alternativno kovalentno povezovanje dveh aminokislin (podobno povezavi cisteinov) ali aminokisline na neko površino se lahko uporabi aminokisline z različnimi stranskimi skupinami. iGEM ekipa je povezala aminokislini, ki sta vsebovali 1,2-aminotiolno skupino in cianobenzotiazolno skupino ter na tak način tudi povečala stabilnost SELP (Silk Elastin like Proteins) polimera.

Seminarji SB 2017/18

2017-11-16T19:29:55Z

MaticKovacic:

Širjenje genetskega koda

2017-11-16T19:25:54Z

MaticKovacic:

'''Projekt ekipe Bielefeld-CeBiTec'''

iGEM wiki: http://2017.igem.org/Team:Bielefeld-CeBiTec

The rest will be written SoonTM.

Širjenje genetskega koda

2017-11-16T19:24:31Z

MaticKovacic:

'''Projekt ekipe Bielefeld-CeBiTec'''

iGEM wiki: http://2017.igem.org/Team:Bielefeld-CeBiTec

Širjenje genetskega koda

2017-11-16T19:23:52Z

MaticKovacic: New page: '''Širjenje genetskega koda''' Bielefeld-CeBiTec 2017 wiki: http://2017.igem.org/Team:Bielefeld-CeBiTec

'''Širjenje genetskega koda'''

Bielefeld-CeBiTec 2017 wiki: http://2017.igem.org/Team:Bielefeld-CeBiTec

Seminarji SB 2017/18

2017-11-16T18:46:22Z

MaticKovacic:

Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo

2017-05-30T23:49:37Z

MaticKovacic:

[http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3 A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration]

Znanstveniki so sintetizirali umeten oligoelektrolit DSFO+, ki se interkalira v celične membrane in pospešuje prenos prostih citosolnih elektronov preko membrane na prevodno anodo.

== Elektrogena bakterija ''Shewanella oneidensis'' MR-1 ==
''Shewanella oneidensis'' MR-1 je fakultativna Gram-negativna bakterija iz debla proteobakterij, ki je v anaerobnih pogojih sposobna redukcije kovinskih ionov (manganovih, železovih, svinčevih, uranovih, srebrovih), ki nastopajo v metabolnih poteh. Pri anaerobni celični respiraciji uporablja tudi sulfatne, nitratne in kromatne ione. MR okrajšava pomeni Manganese-Reducing. ''S. oneidensis'' je zaradi posebnih elektron transportirajočih membranskih proteinov sposobna izmenjave elektronov z zunajceličnimi prevodnimi materiali, kar omogoča njeno izkoriščanje za proizvodnjo bioelektrike. Elektrogeni mikroorganizmi so uporabni za napajanje morskih merilnih naprav. ''S. oneidensis'' bi lahko uporabljali v vodnih čistilnih napravah, kjer bi reducirala ione težkih kovin, hkrati pa bi proizvajala elektriko za napajanje ostalih čistilnih mehanizmov. Povečanje proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje preko membrane na površino anode je ključnega pomena za uporabnost takih mikroorganizmov. Pri elektrodni respiraciji ''S. oneidensis'' se ena molekula laktata in dve molekuli vode pretvorijo v eno molekulo acetata, hidrogenkarbonatni ion, pet protonov in štiri elektrone, pri čemer elektroni zapustijo celico (ustvari se bioelektrični tok).

== Struktura DSFO+ konjugiranega elektrolita ==
Znanstveniki so sintetizirali E,E-1,10-bis(2-(3,5-bis((6-N,N,N-trimetilamonijevheksan-1-il)oksi)fenil)etenil)ferocenov tetrajodid ali DSFO+ za namen povečane proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje iz bakterije na anodo. DSFO+ je amfifilen (ima polaren in nepolaren del) in ima dolžino, ki se ujema z debelino lipidnega dvosloja (4 nm). Zaradi teh strukturnih značilnosti je bilo predvideti, da se bo DSFO+ interkaliral v lipidni dvosloj celične membrane. DSFO+ ima tudi biokompatibilen železov redoks center (ferocen), ki omogoča prenos elektronov preko membrane. Specifičnih lokacije DSFO+ molekul v celični membrani niso določili.

== Analiza vpliva DSFO+ na proizvodnjo bioelektrike ==
Pripravili so tri različne celične kulture "S. oneidensis". Eno za divji tip bakterije, eno za delecijske mutante mtrA proteina in eno za delecijske mutante mtrB proteina. MtrA in mtrB se skupaj z mtrC in omcA proteinoma povežeta v MtrCAB-OmcA kompleks, ki ob prisotnosti kofaktorjev flavina in riboflavina, prenaša elektrone na elektrodo (anodo). Ob delecijski mutaciji mtrA ali mtrC je sposobnost elektrodne respiracije skoraj popolnoma zavrta. Vse tri kulture so na anodi pred začetkom eksperimentov tvorile biofilm (8 biofilmov za vsako kulturo za več vzporednih rezultatov). Vsem trem kulturam so dodali DSFO+ do končne koncentracije 1 µM in izmerili, da se je prenos električnega toka na anodo povečal pri vseh kulturah. Pri koncentracijah DSFO+ 0-50 nM se je ta v celoti vgradil v bakterijske membrane.
Ob prisotnosti DSFO+ se je tudi povečala sama učinkovitost elektrodne respiracije. Količina elektronov, ki so se prenesli na anodo se je povečala, hkrati pa so z merjenjem porabe in nastajanja laktata ugotovili, da se tega porabi manj. To se zgodi, ker se zaradi prisotnosti DSFO+ tudi elektroni, ki bi se drugače uporabili za biosintezo različnih celičnih komponent, prenesejo čez membrano na anodo. To povišanje so prav tako opazili pri vseh treh sevih.

== Analiza toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice ==
Po potrditvi, da DSFO+ izboljša proizvodnjo bioelektrike, so morali ugotoviti še stopnjo toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice. S konfokalno fluorescenčno mikroskopijo so opazovali kulturo z 1 µM koncentracijo DSFO+ in ugotovili zanemarljivo emisijo propidijevega jodida (z njim so zaznavali mrtve celice) v primerjavi z emisijo DAPI barvila, s katerim so obarvali žive celice. Torej DSFO+ pri koncentraciji 1 µM ni toksičen. Ugotovili pa so da 5 µM koncentracija DSFO+ popolnoma ustavi rast bakterij, za kar je najverjetneje krivo pomanjkanje elektronov za biosintezo bakterijskih komponent. Z vrstičnim elektronskim mikroskopom so tudi opazovali število bakterijskih celic, ki so pritrjene na anodo, in ugotovili, da se število pritrjenih celic pri nobenem sevu ne razlikuje ob prisotnosti ali odsotnosti DSFO+, kar je še en dokaz, da DSFO+ poveča prenos elektronov na anodo.

== Vir ==
N. D. Kirchhofer, Z. D. Rengert, F.W. Dahlquist, T. Nguyen, G. C. Bazan. A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration. Chem 2, 240-257, 2017.

Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo

2017-05-30T22:56:36Z

MaticKovacic:

[http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3 A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration]

Znanstveniki so sintetizirali umeten oligoelektrolit DSFO+, ki se interkalira v celične membrane in pospešuje prenos prostih citosolnih elektronov preko membrane na prevodno anodo.

== Elektrogena bakterija ''Shewanella oneidensis'' MR-1 ==
''Shewanella oneidensis'' MR-1 je fakultativna Gram-negativna bakterija iz debla proteobakterij, ki je v anaerobnih pogojih sposobna redukcije kovinskih ionov (manganovih, železovih, svinčevih, uranovih, srebrovih), ki nastopajo v metabolnih poteh. Pri anaerobni celični respiraciji uporablja tudi sulfatne, nitratne in kromatne ione. MR okrajšava pomeni Manganese-Reducing. ''S. oneidensis'' je zaradi posebnih elektron transportirajočih membranskih proteinov sposobna izmenjave elektronov z zunajceličnimi prevodnimi materiali, kar omogoča njeno izkoriščanje za proizvodnjo bioelektrike. Elektrogeni mikroorganizmi so uporabni za napajanje morskih merilnih naprav. ''S. oneidensis'' bi lahko uporabljali v vodnih čistilnih napravah, kjer bi reducirala ione težkih kovin, hkrati pa bi proizvajala elektriko za napajanje ostalih čistilnih mehanizmov. Povečanje proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje preko membrane na površino anode je ključnega pomena za uporabnost takih mikroorganizmov. Pri elektrodni respiraciji ''S. oneidensis'' se ena molekula laktata in dve molekuli vode pretvorijo v eno molekulo acetata, hidrogenkarbonatni ion, pet protonov in štiri elektrone, pri čemer elektroni zapustijo celico (ustvari se bioelektrični tok).

== Struktura DSFO+ konjugiranega elektrolita ==
Znanstveniki so sintetizirali E,E-1,10-bis(2-(3,5-bis((6-N,N,N-trimetilamonijevheksan-1-il)oksi)fenil)etenil)ferocenov tetrajodid ali DSFO+ za namen povečane proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje iz bakterije na anodo. DSFO+ je amfifilen (ima polaren in nepolaren del) in ima dolžino, ki se ujema z debelino lipidnega dvosloja (4 nm). Zaradi teh strukturnih značilnosti je bilo predvideti, da se bo DSFO+ interkaliral v lipidni dvosloj celične membrane. DSFO+ ima tudi biokompatibilen železov redoks center (ferocen), ki omogoča prenos elektronov preko membrane. Specifičnih lokacije DSFO+ molekul v celični membrani niso določili.

== Analiza vpliva DSFO+ na proizvodnjo bioelektrike ==
Pripravili so tri različne celične kulture "S. oneidensis". Eno za divji tip bakterije, eno za delecijske mutante mtrA proteina in eno za delecijske mutante mtrB proteina. MtrA in mtrB se skupaj z mtrC in omcA proteinoma povežeta v MtrCAB-OmcA kompleks, ki ob prisotnosti kofaktorjev flavina in riboflavina, prenaša elektrone na elektrodo (anodo). Ob delecijski mutaciji mtrA ali mtrC je sposobnost elektrodne respiracije skoraj popolnoma zavrta. Vse tri kulture so na anodi pred začetkom eksperimentov tvorile biofilm (8 biofilmov za vsako kulturo za več vzporednih rezultatov). Vsem trem kulturam so dodali DSFO+ do končne koncentracije 1 nM in izmerili, da se je prenos električnega toka na anodo povečal pri vseh kulturah. Pri koncentracijah DSFO+ 0-50 nM se je ta v celoti vgradil v bakterijske membrane.
Ob prisotnosti DSFO+ se je tudi povečala sama učinkovitost elektrodne respiracije. Količina elektronov, ki so se prenesli na anodo se je povečala, hkrati pa so z merjenjem porabe in nastajanja laktata ugotovili, da se tega porabi manj. To se zgodi, ker se zaradi prisotnosti DSFO+ tudi elektroni, ki bi se drugače uporabili za biosintezo različnih celičnih komponent, prenesejo čez membrano na anodo. To povišanje so prav tako opazili pri vseh treh sevih.

== Analiza toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice ==
Po potrditvi, da DSFO+ izboljša proizvodnjo bioelektrike, so morali ugotoviti še stopnjo toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice. S konfokalno fluorescenčno mikroskopijo so opazovali kulturo z 1 nM koncentracijo DSFO+ in ugotovili zanemarljivo emisijo propidijevega jodida (z njim so zaznavali mrtve celice) v primerjavi z emisijo DAPI barvila, s katerim so obarvali žive celice. Torej DSFO+ pri koncentraciji 1 nM ni toksičen. Ugotovili pa so da 5 nM koncentracija DSFO+ popolnoma ustavi rast bakterij, za kar je najverjetneje krivo pomanjkanje elektronov za biosintezo bakterijskih komponent. Z vrstičnim elektronskim mikroskopom so tudi opazovali število bakterijskih celic, ki so pritrjene na anodo, in ugotovili, da se število pritrjenih celic pri nobenem sevu ne razlikuje ob prisotnosti ali odsotnosti DSFO+, kar je še en dokaz, da DSFO+ poveča prenos elektronov na anodo.

== Vir ==
N. D. Kirchhofer, Z. D. Rengert, F.W. Dahlquist, T. Nguyen, G. C. Bazan. A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration. Chem 2, 240-257, 2017.

Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo

2017-05-29T21:54:07Z

MaticKovacic:

[http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3 A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration]

Znanstveniki so sintetizirali umeten oligoelektrolit DSFO+, ki se interkalira v celične membrane in pospešuje prenos prostih citosolnih elektronov preko membrane na prevodno anodo.

== Elektrogena bakterija ''Shewanella oneidensis'' MR-1 ==
''Shewanella oneidensis'' MR-1 je fakultativna Gram-negativna bakterija iz debla proteobakterij, ki je v anaerobnih pogojih sposobna redukcije kovinskih ionov (manganovih, železovih, svinčevih, uranovih, srebrovih), ki nastopajo v metabolnih poteh. Za pridobivanje energije uporablja tudi sulfatne, nitratne in kromatne ione. MR okrajšava pomeni Manganese-Reducing. ''S. oneidensis'' je zaradi posebnih elektron transportirajočih membranskih proteinov sposobna izmenjave elektronov z zunajceličnimi prevodnimi materiali, kar omogoča njeno izkoriščanje za proizvodnjo bioelektrike. Elektrogeni mikroorganizmi so uporabni za napajanje morskih merilnih naprav. ''S. oneidensis'' bi lahko uporabljali v vodnih čistilnih napravah, kjer bi reducirala ione težkih kovin, hkrati pa bi proizvajala elektriko za napajanje ostalih čistilnih mehanizmov. Povečanje proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje preko membrane na površino anode je ključnega pomena za uporabnost takih mikroorganizmov. Pri elektrodni respiraciji ''S. oneidensis'' se ena molekula laktata in dve molekuli vode pretvorijo v eno molekulo acetata, hidrogenkarbonatni ion, pet protonov in štiri elektrone, pri čemer elektroni zapustijo celico (ustvari se bioelektrični tok).

== Struktura DSFO+ konjugiranega elektrolita ==
Znanstveniki so sintetizirali E,E-1,10-bis(2-(3,5-bis((6-N,N,N-trimetilamonijevheksan-1-il)oksi)fenil)etenil)ferocenov tetrajodid ali DSFO+ za namen povečane proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje iz bakterije na anodo. DSFO+ je amfifilen (ima polaren in nepolaren del) in ima dolžino, ki se ujema z debelino lipidnega dvosloja (4 nm). Zaradi teh strukturnih značilnosti je bilo predvideti, da se bo DSFO+ interkaliral v lipidni dvosloj celične membrane. DSFO+ ima tudi biokompatibilen železov redoks center (ferocen), ki omogoča prenos elektronov preko membrane. Specifičnih lokacije DSFO+ molekul v celični membrani niso določili.

== Analiza vpliva DSFO+ na proizvodnjo bioelektrike ==
Pripravili so tri različne celične kulture "S. oneidensis". Eno za divji tip bakterije, eno za delecijske mutante mtrA proteina in eno za delecijske mutante mtrB proteina. MtrA in mtrB se skupaj z mtrC in omcA proteinoma povežeta v MtrCAB-OmcA kompleks, ki ob prisotnosti kofaktorjev flavina in riboflavina, prenaša elektrone na elektrodo (anodo). Ob delecijski mutaciji mtrA ali mtrC je sposobnost elektrodne respiracije skoraj popolnoma zavrta. Vse tri kulture so na anodi pred začetkom eksperimentov tvorile biofilm (8 biofilmov za vsako kulturo za več vzporednih rezultatov). Vsem trem kulturam so dodali DSFO+ do končne koncentracije 1 nM in izmerili, da se je prenos električnega toka na anodo povečal pri vseh kulturah. Pri koncentracijah DSFO+ 0-50 nM se je ta v celoti vgradil v bakterijske membrane.
Ob prisotnosti DSFO+ se je tudi povečala sama učinkovitost elektrodne respiracije. Količina elektronov, ki so se prenesli na anodo se je povečala, hkrati pa so z merjenjem porabe in nastajanja laktata ugotovili, da se tega porabi manj. To se zgodi, ker se zaradi prisotnosti DSFO+ tudi elektroni, ki bi se drugače uporabili za biosintezo različnih celičnih komponent, prenesejo čez membrano na anodo. To povišanje so prav tako opazili pri vseh treh sevih.

== Analiza toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice ==
Po potrditvi, da DSFO+ izboljša proizvodnjo bioelektrike, so morali ugotoviti še stopnjo toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice. S konfokalno fluorescenčno mikroskopijo so opazovali kulturo z 1 nM koncentracijo DSFO+ in ugotovili zanemarljivo emisijo propidijevega jodida (z njim so zaznavali mrtve celice) v primerjavi z emisijo DAPI barvila, s katerim so obarvali žive celice. Torej DSFO+ pri koncentraciji 1 nM ni toksičen. Ugotovili pa so da 5 nM koncentracija DSFO+ popolnoma ustavi rast bakterij, za kar je najverjetneje krivo pomanjkanje elektronov za biosintezo bakterijskih komponent. Z vrstičnim elektronskim mikroskopom so tudi opazovali število bakterijskih celic, ki so pritrjene na anodo, in ugotovili, da se število pritrjenih celic pri nobenem sevu ne razlikuje ob prisotnosti ali odsotnosti DSFO+, kar je še en dokaz, da DSFO+ poveča prenos elektronov na anodo.

== Vir ==
N. D. Kirchhofer, Z. D. Rengert, F.W. Dahlquist, T. Nguyen, G. C. Bazan. A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration. Chem 2, 240-257, 2017.

Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo

2017-05-29T21:50:32Z

MaticKovacic:

[http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3 A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration]

== Elektrogena bakterija ''Shewanella oneidensis'' MR-1 ==
''Shewanella oneidensis'' MR-1 je fakultativna Gram-negativna bakterija iz debla proteobakterij, ki je v anaerobnih pogojih sposobna redukcije kovinskih ionov (manganovih, železovih, svinčevih, uranovih, srebrovih), ki nastopajo v metabolnih poteh. Za pridobivanje energije uporablja tudi sulfatne, nitratne in kromatne ione. MR okrajšava pomeni Manganese-Reducing. ''S. oneidensis'' je zaradi posebnih elektron transportirajočih membranskih proteinov sposobna izmenjave elektronov z zunajceličnimi prevodnimi materiali, kar omogoča njeno izkoriščanje za proizvodnjo bioelektrike. Elektrogeni mikroorganizmi so uporabni za napajanje morskih merilnih naprav. ''S. oneidensis'' bi lahko uporabljali v vodnih čistilnih napravah, kjer bi reducirala ione težkih kovin, hkrati pa bi proizvajala elektriko za napajanje ostalih čistilnih mehanizmov. Povečanje proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje preko membrane na površino anode je ključnega pomena za uporabnost takih mikroorganizmov. Pri elektrodni respiraciji ''S. oneidensis'' se ena molekula laktata in dve molekuli vode pretvorijo v eno molekulo acetata, hidrogenkarbonatni ion, pet protonov in štiri elektrone, pri čemer elektroni zapustijo celico (ustvari se bioelektrični tok).

== Struktura DSFO+ konjugiranega elektrolita ==
Znanstveniki so sintetizirali E,E-1,10-bis(2-(3,5-bis((6-N,N,N-trimetilamonijevheksan-1-il)oksi)fenil)etenil)ferocenov tetrajodid ali DSFO+ za namen povečane proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje iz bakterije na anodo. DSFO+ je amfifilen (ima polaren in nepolaren del) in ima dolžino, ki se ujema z debelino lipidnega dvosloja (4 nm). Zaradi teh strukturnih značilnosti je bilo predvideti, da se bo DSFO+ interkaliral v lipidni dvosloj celične membrane. DSFO+ ima tudi biokompatibilen železov redoks center (ferocen), ki omogoča prenos elektronov preko membrane. Specifičnih lokacije DSFO+ molekul v celični membrani niso določili.

== Analiza vpliva DSFO+ na proizvodnjo bioelektrike ==
Pripravili so tri različne celične kulture "S. oneidensis". Eno za divji tip bakterije, eno za delecijske mutante mtrA proteina in eno za delecijske mutante mtrB proteina. MtrA in mtrB se skupaj z mtrC in omcA proteinoma povežeta v MtrCAB-OmcA kompleks, ki ob prisotnosti kofaktorjev flavina in riboflavina, prenaša elektrone na elektrodo (anodo). Ob delecijski mutaciji mtrA ali mtrC je sposobnost elektrodne respiracije skoraj popolnoma zavrta. Vse tri kulture so na anodi pred začetkom eksperimentov tvorile biofilm (8 biofilmov za vsako kulturo za več vzporednih rezultatov). Vsem trem kulturam so dodali DSFO+ do končne koncentracije 1 nM in izmerili, da se je prenos električnega toka na anodo povečal pri vseh kulturah. Pri koncentracijah DSFO+ 0-50 nM se je ta v celoti vgradil v bakterijske membrane.
Ob prisotnosti DSFO+ se je tudi povečala sama učinkovitost elektrodne respiracije. Količina elektronov, ki so se prenesli na anodo se je povečala, hkrati pa so z merjenjem porabe in nastajanja laktata ugotovili, da se tega porabi manj. To se zgodi, ker se zaradi prisotnosti DSFO+ tudi elektroni, ki bi se drugače uporabili za biosintezo različnih celičnih komponent, prenesejo čez membrano na anodo. To povišanje so prav tako opazili pri vseh treh sevih.

== Analiza toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice ==
Po potrditvi, da DSFO+ izboljša proizvodnjo bioelektrike, so morali ugotoviti še stopnjo toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice. S konfokalno fluorescenčno mikroskopijo so opazovali kulturo z 1 nM koncentracijo DSFO+ in ugotovili zanemarljivo emisijo propidijevega jodida (z njim so zaznavali mrtve celice) v primerjavi z emisijo DAPI barvila, s katerim so obarvali žive celice. Torej DSFO+ pri koncentraciji 1 nM ni toksičen. Ugotovili pa so da 5 nM koncentracija DSFO+ popolnoma ustavi rast bakterij, za kar je najverjetneje krivo pomanjkanje elektronov za biosintezo bakterijskih komponent. Z vrstičnim elektronskim mikroskopom so tudi opazovali število bakterijskih celic, ki so pritrjene na anodo, in ugotovili, da se število pritrjenih celic pri nobenem sevu ne razlikuje ob prisotnosti ali odsotnosti DSFO+, kar je še en dokaz, da DSFO+ poveča prenos elektronov na anodo.

== Vir ==
N. D. Kirchhofer, Z. D. Rengert, F.W. Dahlquist, T. Nguyen, G. C. Bazan. A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration. Chem 2, 240-257, 2017.

Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo

2017-05-29T21:46:38Z

MaticKovacic:

[http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3 A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration]

== Elektrogena bakterija Shewanella oneidensis MR-1 ==
Shewanella oneidensis MR-1 je fakultativna Gram-negativna bakterija iz debla proteobakterij, ki je v anaerobnih pogojih sposobna redukcije kovinskih ionov (manganovih, železovih, svinčevih, uranovih, srebrovih), ki nastopajo v metabolnih poteh. Za pridobivanje energije uporablja tudi sulfatne, nitratne in kromatne ione. MR okrajšava pomeni Manganese-Reducing. S. oneidensis je zaradi posebnih elektron transportirajočih membranskih proteinov sposobna izmenjave elektronov z zunajceličnimi prevodnimi materiali, kar omogoča njeno izkoriščanje za proizvodnjo bioelektrike. Elektrogeni mikroorganizmi so uporabni za napajanje morskih merilnih naprav. S. oneidensis bi lahko uporabljali v vodnih čistilnih napravah, kjer bi reducirala ione težkih kovin, hkrati pa bi proizvajala elektriko za napajanje ostalih čistilnih mehanizmov. Povečanje proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje preko membrane na površino anode je ključnega pomena za uporabnost takih mikroorganizmov. Pri elektrodni respiraciji S. oneidensis se ena molekula laktata in dve molekuli vode pretvorijo v eno molekulo acetata, hidrogenkarbonatni ion, pet protonov in 4 elektrone, pri čemer elektroni zapustijo celico (ustvari se bioelektrični tok).

== Struktura DSFO+ konjugiranega elektrolita ==
Znanstveniki so sintetizirali E,E-1,10-bis(2-(3,5-bis((6-N,N,N-trimetilamonijevheksan-1-il)oksi)fenil)etenil)ferocenov tetrajodid ali DSFO+ za namen povečane proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje iz bakterije na anodo. DSFO+ je amfifilen (ima polaren in nepolaren del) in ima dolžino, ki se ujema z debelino lipidnega dvosloja (4 nm). Zaradi teh strukturnih značilnosti je bilo predvideti, da se bo DSFO+ interkaliral v lipidni dvosloj celične membrane. DSFO+ ima tudi biokompatibilen železov redoks center (ferocen), ki omogoča prenos elektronov preko membrane. Specifičnih lokacije DSFO+ molekul v celični membrani niso določili.

== Analiza vpliva DSFO+ na proizvodnjo bioelektrike ==
Pripravili so tri različne celične kulture S. oneidensis. Eno za divji tip bakterije, eno za delecijske mutante mtrA proteina in eno za delecijske mutante mtrB proteina. MtrA in mtrB se še skupaj z mtrC in omcA proteinom povežeta v MtrCAB-OmcA kompleks, ki ob prisotnosti kofaktorjev flavina in riboflavina, prenaša elektrone na elektrodo (anodo). Ob delecijski mutaciji mtrA ali mtrC je sposobnost elektrodne respiracije skoraj popolnoma zavrta. Vse tri kulture so na anodi pred začetkom eksperimentov tvorile biofilm (8 biofilmov za vsako kulturo za več vzporednih rezultatov). Vsem trem kulturam so dodali DSFO+ do končne koncentracije 1 nM in izmerili, da se je prenos električnega toka na anodo povečal pri vseh kulturah. Pri koncentracijah DSFO+ 0-50 nM se je ta v celoti vgradil v bakterijske membrane.
Ob prisotnosti DSFO+ se je tudi povečala sama učinkovitost elektrodne respiracije. Količina elektronov, ki so se prenesli na anodo se je povečala, hkrati pa so z merjenjem porabe in nastajanja laktata ugotovili, da se tega porabi manj. To se zgodi, ker se zaradi prisotnosti DSFO+ tudi elektroni, ki bi se drugače uporabili za biosintezo različnih celičnih komponent, prenesejo čez membrano na anodo. To povišanje so prav tako opazili pri vseh treh sevih.

== Analiza toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice ==
Po potrditvi, da DSFO+ izboljša proizvodnjo bioelektrike, so morali ugotoviti še stopnjo toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice. S konfokalno fluorescenčno mikroskopijo so opazovali kulturo z 1 nM koncentracijo DSFO+ in ugotovili zanemarljivo emisijo propidijevega jodida (z njim so zaznavali mrtve celice) v primerjavi z emisijo DAPI barvila, s katerim so obarvali žive celice. Torej DSFO+ pri koncentraciji 1 nM ni toksičen. Ugotovili pa so da 5 nM koncentracija DSFO+ popolnoma ustavi rast bakterij, za kar je najverjetneje krivo pomanjkanje elektronov za biosintezo bakterijskih komponent. Z vrstičnim elektronskim mikroskopom so tudi opazovali število bakterijskih celic, ki so pritrjene na anodo, in ugotovili, da se število pritrjenih celic pri nobenem sevu ne razlikuje ob prisotnosti ali odsotnosti DSFO+, kar je še en dokaz, da DSFO+ poveča prenos elektronov na anodo.

== Vir ==
N. D. Kirchhofer, Z. D. Rengert, F.W. Dahlquist, T. Nguyen, G. C. Bazan. A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration. Chem 2, 240-257, 2017.

Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo

2017-05-29T21:43:30Z

MaticKovacic:

== Elektrogena bakterija Shewanella oneidensis MR-1 ==
Shewanella oneidensis MR-1 je fakultativna Gram-negativna bakterija iz debla proteobakterij, ki je v anaerobnih pogojih sposobna redukcije kovinskih ionov (manganovih, železovih, svinčevih, uranovih, srebrovih), ki nastopajo v metabolnih poteh. Za pridobivanje energije uporablja tudi sulfatne, nitratne in kromatne ione. MR okrajšava pomeni Manganese-Reducing. S. oneidensis je zaradi posebnih elektron transportirajočih membranskih proteinov sposobna izmenjave elektronov z zunajceličnimi prevodnimi materiali, kar omogoča njeno izkoriščanje za proizvodnjo bioelektrike. Elektrogeni mikroorganizmi so uporabni za napajanje morskih merilnih naprav. S. oneidensis bi lahko uporabljali v vodnih čistilnih napravah, kjer bi reducirala ione težkih kovin, hkrati pa bi proizvajala elektriko za napajanje ostalih čistilnih mehanizmov. Povečanje proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje preko membrane na površino anode je ključnega pomena za uporabnost takih mikroorganizmov. Pri elektrodni respiraciji S. oneidensis se ena molekula laktata in dve molekuli vode pretvorijo v eno molekulo acetata, hidrogenkarbonatni ion, pet protonov in 4 elektrone, pri čemer elektroni zapustijo celico (ustvari se bioelektrični tok).

== Struktura DSFO+ konjugiranega elektrolita ==
Znanstveniki so sintetizirali E,E-1,10-bis(2-(3,5-bis((6-N,N,N-trimetilamonijevheksan-1-il)oksi)fenil)etenil)ferocenov tetrajodid ali DSFO+ za namen povečane proizvodnje elektronov in njihovo pospešeno prehajanje iz bakterije na anodo. DSFO+ je amfifilen (ima polaren in nepolaren del) in ima dolžino, ki se ujema z debelino lipidnega dvosloja (4 nm). Zaradi teh strukturnih značilnosti je bilo predvideti, da se bo DSFO+ interkaliral v lipidni dvosloj celične membrane. DSFO+ ima tudi biokompatibilen železov redoks center (ferocen), ki omogoča prenos elektronov preko membrane. Specifičnih lokacije DSFO+ molekul v celični membrani niso določili.

== Analiza vpliva DSFO+ na proizvodnjo bioelektrike ==
Pripravili so tri različne celične kulture S. oneidensis. Eno za divji tip bakterije, eno za delecijske mutante mtrA proteina in eno za delecijske mutante mtrB proteina. MtrA in mtrB se še skupaj z mtrC in omcA proteinom povežeta v MtrCAB-OmcA kompleks, ki ob prisotnosti kofaktorjev flavina in riboflavina, prenaša elektrone na elektrodo (anodo). Ob delecijski mutaciji mtrA ali mtrC je sposobnost elektrodne respiracije skoraj popolnoma zavrta. Vse tri kulture so na anodi pred začetkom eksperimentov tvorile biofilm (8 biofilmov za vsako kulturo za več vzporednih rezultatov). Vsem trem kulturam so dodali DSFO+ do končne koncentracije 1 nM in izmerili, da se je prenos električnega toka na anodo povečal pri vseh kulturah. Pri koncentracijah DSFO+ 0-50 nM se je ta v celoti vgradil v bakterijske membrane.
Ob prisotnosti DSFO+ se je tudi povečala sama učinkovitost elektrodne respiracije. Količina elektronov, ki so se prenesli na anodo se je povečala, hkrati pa so z merjenjem porabe in nastajanja laktata ugotovili, da se tega porabi manj. To se zgodi, ker se zaradi prisotnosti DSFO+ tudi elektroni, ki bi se drugače uporabili za biosintezo različnih celičnih komponent, prenesejo čez membrano na anodo. To povišanje so prav tako opazili pri vseh treh sevih.

== Analiza toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice ==
Po potrditvi, da DSFO+ izboljša proizvodnjo bioelektrike, so morali ugotoviti še stopnjo toksičnosti DSFO+ na bakterijske celice. S konfokalno fluorescenčno mikroskopijo so opazovali kulturo z 1 nM koncentracijo DSFO+ in ugotovili zanemarljivo emisijo propidijevega jodida (z njim so zaznavali mrtve celice) v primerjavi z emisijo DAPI barvila, s katerim so obarvali žive celice. Torej DSFO+ pri koncentraciji 1 nM ni toksičen. Ugotovili pa so da 5 nM koncentracija DSFO+ popolnoma ustavi rast bakterij, za kar je najverjetneje krivo pomanjkanje elektronov za biosintezo bakterijskih komponent. Z vrstičnim elektronskim mikroskopom so tudi opazovali število bakterijskih celic, ki so pritrjene na anodo, in ugotovili, da se število pritrjenih celic pri nobenem sevu ne razlikuje ob prisotnosti ali odsotnosti DSFO+, kar je še en dokaz, da DSFO+ poveča prenos elektronov na anodo.

== Vir ==
N. D. Kirchhofer, Z. D. Rengert, F.W. Dahlquist, T. Nguyen, G. C. Bazan. A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration. Chem 2, 240-257, 2017.

MBT seminarji 2017

2017-05-29T20:02:13Z

MaticKovacic:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
# A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017
#Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec
# Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić
# Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017
# Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017
# CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900)[[ Proizvodnja ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalizator s potencialno uporabo v živilski industriji ]]. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Optimized production and characterization of a detergent-stable protease from ''Lysinibacillus fusiformis'' C250R (S. Mechri ''et al''; International journal of biological macromolecules 101, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813017302805) [[Izboljšana produkcija in karakterizacija na detergent odporne proteaze iz bakterije Lysinobasillus fusiformis C250R]]. Bine Tršavec, 10. maj 2017
# Investigating the impact of α-amylase, α-glucosidase and glucoamylase action on yeast-mediated bread dough fermentation and bread sugar levels (Struyf Nore ''et al''; Journal of cereal science 75, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0733521016304775) [[Vpliv dodajanja amilaze, glikozidaze in glukoamilaze na kvasno fermentacijo krušnega testa in raven sladkorja v kruhu]]. Simon Bolta, 10. maj 2017

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Enhancing digestibility and ethanol yield of ''Populus'' wood via expression of an engineered monolignol 4-O-methyltransferase (Y. Cai ''et al''; Nature Communications 7, 2016; http://www.nature.com/articles/ncomms11989) [[Povečana razgradnja biomase in večji izkoristek etanola z izražanjem mutirane monolignol 4-O-metiltransferaze v lesu rastlin rodu Populus]]. Inge Sotlar, 17. maj 2017
#
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5) [[Litična polisaharid monooksigenaza PaLPMO9H, iz glive Podospora anserina, katalizira oksidativno cepitev raznolikih matričnih glikanov celične stene rastlin]]. Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 [[Metabolno inženirstvo in vitro za proizvodnjo bioelektrike preko popolne oksidacije glukoze]] Barbara Dušak
# Metabolic engineering of ''Saccharomyces cerevisiae'' for ''de novo'' production of dihydrochalcones with known antioxidant, antidiabetic, and sweet tasting properties (M. Eichenberger in sodelavci; Metabolic Engineering 39, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301859) [[Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za namen de novo proizvodnje dihidrohalkonov z znanimi antioksidantnimi in antidiabetičnimi učinki ter s sladkim okusom.]]Tjaša Grum, 24. maj 2017
# Establishing a novel biosynthetic pathway for the production of 3,4-dihydroxybutyric acid from xylose in ''Escherichia coli'' (J. Wang et al; Metabolic Engineering 41, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616302737) [[Vzpostavitev nove biosintezne poti za pridobivanje 3,4-dihidroksibutirične kisline iz ksiloze v bakteriji Escherichia coli]]. Sara Kimm Fuhrmann, 24. maj 2017

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) [[Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v bakteriji Escherichia coli, ki temelji na endogeni kontroli fermentacije]]. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). [[Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo]]. Matic Kovačič, 31. maj 2017
# Anja Herceg

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (7. junij) 
# Matjaž Ivanuša
# Danijela Jošić
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo

2017-05-29T20:00:49Z

MaticKovacic: New page: teset test, kmalu na voljo

teset test, kmalu na voljo

MBT seminarji 2017

2017-03-02T21:07:53Z

MaticKovacic:

MBT seminarji 2017

2017-03-01T17:41:30Z

MaticKovacic:

Značilnosti bakterijskih kromosomov

2014-04-20T20:21:19Z

MaticKovacic:

V bakterijski celici se praviloma nahaja en krožni kromosom, ki pa se ne razteza čez celotno celico, ampak zavzema le majhen del njenega volumna. Bakterije nimajo celičnega jedra; njihova DNA se organizira v strukture, imenovane nukleoidi. To je ločena struktura, ki zavzema določeno regijo znotraj bakterijske celice, vendar ostaja dinamična. Glede na funkcijo je sorodna jedru pri evkariontih. Seveda pa imajo bakterije poleg krožnega kromosoma tudi enega ali več palzmidov, ki nosijo dodatne informacije in so biotehnološko pomembni.

==Organizacija in zgradba bakterijskega kromosoma==

===Kondenzacija DNA===
Povprečen bakterijski genom obsega 4 Mbp, pri čemer nastopi problem, kako zbasati približno 1,3 milimetra dolgo DNA-molekulo v celico tipične velikosti 1–2 µm. Pri evkariontih je ta problem spretno odpravljen z navijanjem DNA na histone, pri bakterijah pa česa podobnega niso odkrili. Pomemben dejavnik pri kompaktnosti kromosoma predstavlja negativno dodatno zvita molekula DNA, ki nastane, ko se v sproščeni obliki dve verigi zavijeta okoli vijačne osi (to se zgodi na vsakih 10.6 baznih parov). Pri tem imata pomembno vlogo tudi dve skupini proteinov: small nucleoid-associated proteini (»histone-like«) in structural maintenance of chromosomes (SMC) kompleksi. Tem proteinom je skupno, da se vežejo na DNA, s čimer sodelujejo v kondenzaciji. Pri kondenzaciji sodelujejo tudi nekateri drugi faktorji, kot je na primer sladkorni transporter SetB (pri E. coli), vendar pa njihova točna vloga še ni docela razjasnjena.

===Topološka struktura===
Že zgodnje biokemijske študije dokazujejo obstoj preprek, ki delijo kromosom na številne topološko samostojne domene (zanke). Kromosom po obliki spominja na rozeto s središčem, iz katerega radialno izraščajo te zanke. Pri nastajanju teh domen dodatno zvite DNA imajo ključno vlogo že pri kondenzaciji omenjeni proteini. DNA je manj kompaktno zvita kot pri evkariontih, ker mora biti zaradi manjšega števila različnih spojin, ki so kodirane, in aktivnejšega metabolizma vedno na voljo.

==Podvajanje bakterijske DNA==

===Iniciacija===

Začetno mesto replikacije se imenuje oriC in je sestavljeno iz 245 baznih parov. To je zbirno mesto za encime, ki bodo tvorili replikacijske vilice. Sestoji iz sekvence DNA, ki jo prepozna protein DnaA (DnaA škatle). DnaA, vezan na ATP, ob pomoči HU (histone-like proteins) sprosti AT-bogato regijo v bližini mesta oriC in razpre dvovijačno DNA, da lahko zraven pridejo še ostali replikacijski proteini. Ta regija prav tako vsebuje štiri sekvence GATC, ki jih prepozna DNA adenin metilaza – encim, ki metilira adenin, kadar je ta sekvenca nemetilirana. Ta modifikacija pripomore k ločitvi vijačnic. Nato DnaB - helikaza razpne dvojno vijačnico. Da se lahko podvojevanje nadaljuje, so potrebni proteini, ki z vezavo na verigi preprečijo nastanek sekundarnih struktur in ponovno združevanje.

===Podaljševanje===

Ko se replikacijske vilice premikajo, nastane struktura v obliki grške črke theta. Theta-replikacija krožnih kromosomov poteka v dveh smereh. Sinteza vodilne verige se začne s sintezo kratkega RNA-primer-ja, kar katalizira encim primaza (DnaG). Za podaljševanje verig skrbi DNA polimeraza III holoencim, encim, sestavljen iz dveh podenot. Ena podenota skrbi za neprekinjeno podaljševanje vodilne verige, druga pa kroži od enega Okazakijevega fragmenta na zaostajajoči verigi do drugega. Ko je sinteza Okazakijevega fragmenta zaključena, se podvojevanje ustavi in DNA polimeraza III disociira z beta drsne vponke. DNA polimeraza I zamenja RNA-primer z DNA, DNA ligaza pa združi te fragmente.

===Terminacija===

Regija, kjer se podvojevanje konča, se nahaja približno nasproti oriC na kromosomu. Ta regija vsebuje več terminatorskih mest (krajše: Ter). Na ta mesta se vežejo posebni proteini, ki zaustavijo replikacijo. Ter-mesta najpogosteje interagirajo s terminacijskim proteinom Tus pri E. coli. Po končani replikaciji sta kromosoma interno povezana. Pri tem igra ključno vlogo topoizomeraza, ki ju loči (topoizomeraza IV pri E. coli).

==Segregacija (ločitev) bakterijskih kromosomov po replikaciji DNA==

Po replikaciji krožne DNA se morata hčerinska kromosoma ločiti in odpotovati vsak na svojo stran celice, da lahko na novo nastala celična stena pri bakterijski fiziji razdeli celico na dve hčerinski, ki imata vsaka svoj krožni kromosom. Pri evkariontih se sestrski kromatidi ločita s pomočjo aktivnega sistema delitvenega vretena, ki je zelo dobro raziskan v primerjavi s segregacijo kromosomov pri bakterijah. Za pojasnitev premikanja bakterijskih kromosomov sta predlagana dva mehanizma, čeprav je prvi vedno manj verjeten.

===Prvi mehanizem ločitve kromosomov===
Premikanje kromosomov po prvem mehanizmu naj bi bila posledica povezav med aktivnimi regijami na novo nastajajočega krožnega kromosoma in celično membrano. Celica naj bi se med delitvijo podaljševala iz sredinske regije navzven, kar bi tudi ločilo na membrano privezane kromosome. V bakteriji Bacillus subtilis je dokazano, da bi tak mehanizem lahko privedel do porazdelitve nukleoidov, saj je DNA povezana s peptidoglikanskim slojem celične membrane in tudi celica se podaljšuje iz sredinske regije navzven. Taka rast pa ni značilna za Escherichio coli, zato se pri njej kromosoma na tak način ne bi mogla ločiti. Ugotovljeno je bilo tudi, da je hitrost potovanja kromosomov od mesta replikacije do v naprej določenih mest v hčerinskih celicah veliko višja od hitrosti celične elongacije. Približna hitrost potujočih oriC regij v B. subtilis je 0,17 mm/min, hitrost celične elongacije pa je samo 0,011-0,025 mm/min. Zato prvi mehanizem ni preveč verjeten tudi pri tej bakteriji.

===Drugi mehanizem ločitve kromosomov===
Predlagan je bil drug aktiven mehanizem (mehanizem sistema parABS), ki je podoben mehanizmu delitvenega vretena pri mitozi. Sistem parABS sodeluje pri razporejanju celih kromosomov kot tudi plazmidov po citoplazmi pred celično delitvijo. Sistem je zgrajen iz proteina ParA z ATP-aznim delovanjem, iz DNA vezavnega proteinskega dimera ParB in parS zaporedja. Kromosom ima več takih zaporedij (lahko tudi 22). ParA in parB gena se nahajata na istem operonu, za katerim takoj leži zaporedje parS. ParB protein se veže na parS zaporedje in DNA v okolici parS. ParB-DNA kompleks se veže na ATP-vezan ParA protein, pri čemer vzpodbudi ATP-azno aktivnost ParA proteina. Od ATP-ja se odcepi fosfatni ion, ADP-ParA pa se tudi odcepi od ParB-DNA kompleksa, ki se veže na naslednji ATP-vezan ParA protein. Ta interakcija pripomore k usmerjanju oriC regij kromosoma in njegovemu premikanju proti celičnima poloma. Pri podrobnejši razlagi mehanizma in nahajanju ATP-ParA proteina v celici so si maloštevilni članki na to temo še zelo neenotni. V enem članku je na primer za bakterijo Bacillus subtilisa predlagano, da so med celičnima poloma na notranji strani membrane napeljane nekakšne verige zaporednih ATP-ParA proteinov, po katerih potem potujejo ParB-DNA kompleksi in z njimi celotena kromosoma, vsak proti svojemu polu celice.

===Vpliv replikacije in kondenzacije na premikanje kromosomov===
Pri premikanju kromosoma pa pomaga tudi sama replikacija DNA, pri čemer je zelo pomembna statičnost replisoma. Da se replisom med podvajanjem DNA ne premika, je bilo dokazano z vezavo GFP na 3 različne dele DNA polimeraze holoencima, ki je primarni encimski kompleks pri prokariontski replikaciji DNA in s tem del replisoma. Bakterijo so potem med delitvijo opazovali s fluorescentnim mikroskopom. Opazili so, da se replisom večino celičnega cikla nahaja v sredini bakterijske celice. Pri replikaciji je tako prisotna motivna sila, ki sili DNA skozi statičen replisom. Ta sila pa tudi pomaga pri premikanju hčerinskih kromosomov proti celičnima poloma.

Hčerinska kromosoma se takoj po replikaciji začneta tudi kondenzirati s pomočjo SMC proteinov. Sila, ki nastane pri zvitju DNA, povleče še ne zvito DNA proti zanki, kar tudi rahlo pripomore k mobilnosti kromosomov.

==Viri==

*Geoffrey C. Draper, James W. Gober; Bacterial Chromosome Segregation; Annual Review of Microbiology 2002 vol. 56
*Bignell C., Thomas CM.; The bacterial ParA-ParB partitioning proteins; Journal of Biotechnology 2001 vol. 91
*Uelinton M. Pinto, Katherine M. Pappas, Stephen C. Winans; The ABCs of plasmid replication and segregation; Nature Reviews Microbiology 2012 vol. 10
*Martin Thanbichler, Lucy Shapiro; Chromosome organization and segregation in bacteria; Journal of Structural Biology 2006 vol. 156
*Esteban Toro, Lucy Shapiro; Bacterial Chromosome Organization and Segregation; Cold Spring Harbor Perspectives in Biology 2010 vol. 2
*Nelson L., D. in Cox M. M. Lehninger Principles of Biochemistry. 5. Izdaja. W.H.Freeman and Company, 2008. ISBN 978-0-7167-7108-1
*Donald Voet, Judith G. Voet. Biochemistry. 4. Izdaja. John Wiley & Sons, Inc., 2011. ISBN 978-0470-57095-1
*Krožni bakterijski kromosom [20.4.2014] http://en.wikipedia.org/wiki/Circular_bacterial_chromosome

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Značilnosti bakterijskih kromosomov

2014-04-20T20:20:40Z

MaticKovacic: /* Viri */

Talk:Značilnosti bakterijskih kromosomov

2014-04-20T20:20:16Z

MaticKovacic:

1. Organizacija in zgradba bakterijskega kromosoma; Podvajanje bakterijske DNA == Marjeta Horvat

2. Segregacija (ločitev) bakterijskih kromosomov po replikaciji DNA; ureditev wiki strani == Matic Kovačič

Uvod sva napisala skupaj.

Talk:Značilnosti bakterijskih kromosomov

2014-04-20T20:20:01Z

MaticKovacic: New page: 1. Organizacija in zgradba bakterijskega kromosoma; Podvajanje bakterijske DNA == Marjeta Horvat 2. Segregacija (ločitev) bakterijskih kromosomov po replikaciji DNA; ureditev wiki strani ...

1. Organizacija in zgradba bakterijskega kromosoma; Podvajanje bakterijske DNA == Marjeta Horvat
2. Segregacija (ločitev) bakterijskih kromosomov po replikaciji DNA; ureditev wiki strani == Matic Kovačič

Uvod sva napisala skupaj.

Značilnosti bakterijskih kromosomov

2014-04-20T20:15:14Z

MaticKovacic: New page: V bakterijski celici se praviloma nahaja en krožni kromosom, ki pa se ne razteza čez celotno celico, ampak zavzema le majhen del njenega volumna. Bakterije nimajo celičnega jedra; njiho...

V bakterijski celici se praviloma nahaja en krožni kromosom, ki pa se ne razteza čez celotno celico, ampak zavzema le majhen del njenega volumna. Bakterije nimajo celičnega jedra; njihova DNA se organizira v strukture, imenovane nukleoidi. To je ločena struktura, ki zavzema določeno regijo znotraj bakterijske celice, vendar ostaja dinamična. Glede na funkcijo je sorodna jedru pri evkariontih. Seveda pa imajo bakterije poleg krožnega kromosoma tudi enega ali več palzmidov, ki nosijo dodatne informacije in so biotehnološko pomembni.

==Organizacija in zgradba bakterijskega kromosoma==

===Kondenzacija DNA===
Povprečen bakterijski genom obsega 4 Mbp, pri čemer nastopi problem, kako zbasati približno 1,3 milimetra dolgo DNA-molekulo v celico tipične velikosti 1–2 µm. Pri evkariontih je ta problem spretno odpravljen z navijanjem DNA na histone, pri bakterijah pa česa podobnega niso odkrili. Pomemben dejavnik pri kompaktnosti kromosoma predstavlja negativno dodatno zvita molekula DNA, ki nastane, ko se v sproščeni obliki dve verigi zavijeta okoli vijačne osi (to se zgodi na vsakih 10.6 baznih parov). Pri tem imata pomembno vlogo tudi dve skupini proteinov: small nucleoid-associated proteini (»histone-like«) in structural maintenance of chromosomes (SMC) kompleksi. Tem proteinom je skupno, da se vežejo na DNA, s čimer sodelujejo v kondenzaciji. Pri kondenzaciji sodelujejo tudi nekateri drugi faktorji, kot je na primer sladkorni transporter SetB (pri E. coli), vendar pa njihova točna vloga še ni docela razjasnjena.

===Topološka struktura===
Že zgodnje biokemijske študije dokazujejo obstoj preprek, ki delijo kromosom na številne topološko samostojne domene (zanke). Kromosom po obliki spominja na rozeto s središčem, iz katerega radialno izraščajo te zanke. Pri nastajanju teh domen dodatno zvite DNA imajo ključno vlogo že pri kondenzaciji omenjeni proteini. DNA je manj kompaktno zvita kot pri evkariontih, ker mora biti zaradi manjšega števila različnih spojin, ki so kodirane, in aktivnejšega metabolizma vedno na voljo.

==Podvajanje bakterijske DNA==

===Iniciacija===

Začetno mesto replikacije se imenuje oriC in je sestavljeno iz 245 baznih parov. To je zbirno mesto za encime, ki bodo tvorili replikacijske vilice. Sestoji iz sekvence DNA, ki jo prepozna protein DnaA (DnaA škatle). DnaA, vezan na ATP, ob pomoči HU (histone-like proteins) sprosti AT-bogato regijo v bližini mesta oriC in razpre dvovijačno DNA, da lahko zraven pridejo še ostali replikacijski proteini. Ta regija prav tako vsebuje štiri sekvence GATC, ki jih prepozna DNA adenin metilaza – encim, ki metilira adenin, kadar je ta sekvenca nemetilirana. Ta modifikacija pripomore k ločitvi vijačnic. Nato DnaB - helikaza razpne dvojno vijačnico. Da se lahko podvojevanje nadaljuje, so potrebni proteini, ki z vezavo na verigi preprečijo nastanek sekundarnih struktur in ponovno združevanje.

===Podaljševanje===

Ko se replikacijske vilice premikajo, nastane struktura v obliki grške črke theta. Theta-replikacija krožnih kromosomov poteka v dveh smereh. Sinteza vodilne verige se začne s sintezo kratkega RNA-primer-ja, kar katalizira encim primaza (DnaG). Za podaljševanje verig skrbi DNA polimeraza III holoencim, encim, sestavljen iz dveh podenot. Ena podenota skrbi za neprekinjeno podaljševanje vodilne verige, druga pa kroži od enega Okazakijevega fragmenta na zaostajajoči verigi do drugega. Ko je sinteza Okazakijevega fragmenta zaključena, se podvojevanje ustavi in DNA polimeraza III disociira z beta drsne vponke. DNA polimeraza I zamenja RNA-primer z DNA, DNA ligaza pa združi te fragmente.

===Terminacija===

Regija, kjer se podvojevanje konča, se nahaja približno nasproti oriC na kromosomu. Ta regija vsebuje več terminatorskih mest (krajše: Ter). Na ta mesta se vežejo posebni proteini, ki zaustavijo replikacijo. Ter-mesta najpogosteje interagirajo s terminacijskim proteinom Tus pri E. coli. Po končani replikaciji sta kromosoma interno povezana. Pri tem igra ključno vlogo topoizomeraza, ki ju loči (topoizomeraza IV pri E. coli).

==Segregacija (ločitev) bakterijskih kromosomov po replikaciji DNA==

Po replikaciji krožne DNA se morata hčerinska kromosoma ločiti in odpotovati vsak na svojo stran celice, da lahko na novo nastala celična stena pri bakterijski fiziji razdeli celico na dve hčerinski, ki imata vsaka svoj krožni kromosom. Pri evkariontih se sestrski kromatidi ločita s pomočjo aktivnega sistema delitvenega vretena, ki je zelo dobro raziskan v primerjavi s segregacijo kromosomov pri bakterijah. Za pojasnitev premikanja bakterijskih kromosomov sta predlagana dva mehanizma, čeprav je prvi vedno manj verjeten.

===Prvi mehanizem ločitve kromosomov===
Premikanje kromosomov po prvem mehanizmu naj bi bila posledica povezav med aktivnimi regijami na novo nastajajočega krožnega kromosoma in celično membrano. Celica naj bi se med delitvijo podaljševala iz sredinske regije navzven, kar bi tudi ločilo na membrano privezane kromosome. V bakteriji Bacillus subtilis je dokazano, da bi tak mehanizem lahko privedel do porazdelitve nukleoidov, saj je DNA povezana s peptidoglikanskim slojem celične membrane in tudi celica se podaljšuje iz sredinske regije navzven. Taka rast pa ni značilna za Escherichio coli, zato se pri njej kromosoma na tak način ne bi mogla ločiti. Ugotovljeno je bilo tudi, da je hitrost potovanja kromosomov od mesta replikacije do v naprej določenih mest v hčerinskih celicah veliko višja od hitrosti celične elongacije. Približna hitrost potujočih oriC regij v B. subtilis je 0,17 mm/min, hitrost celične elongacije pa je samo 0,011-0,025 mm/min. Zato prvi mehanizem ni preveč verjeten tudi pri tej bakteriji.

===Drugi mehanizem ločitve kromosomov===
Predlagan je bil drug aktiven mehanizem (mehanizem sistema parABS), ki je podoben mehanizmu delitvenega vretena pri mitozi. Sistem parABS sodeluje pri razporejanju celih kromosomov kot tudi plazmidov po citoplazmi pred celično delitvijo. Sistem je zgrajen iz proteina ParA z ATP-aznim delovanjem, iz DNA vezavnega proteinskega dimera ParB in parS zaporedja. Kromosom ima več takih zaporedij (lahko tudi 22). ParA in parB gena se nahajata na istem operonu, za katerim takoj leži zaporedje parS. ParB protein se veže na parS zaporedje in DNA v okolici parS. ParB-DNA kompleks se veže na ATP-vezan ParA protein, pri čemer vzpodbudi ATP-azno aktivnost ParA proteina. Od ATP-ja se odcepi fosfatni ion, ADP-ParA pa se tudi odcepi od ParB-DNA kompleksa, ki se veže na naslednji ATP-vezan ParA protein. Ta interakcija pripomore k usmerjanju oriC regij kromosoma in njegovemu premikanju proti celičnima poloma. Pri podrobnejši razlagi mehanizma in nahajanju ATP-ParA proteina v celici so si maloštevilni članki na to temo še zelo neenotni. V enem članku je na primer za bakterijo Bacillus subtilisa predlagano, da so med celičnima poloma na notranji strani membrane napeljane nekakšne verige zaporednih ATP-ParA proteinov, po katerih potem potujejo ParB-DNA kompleksi in z njimi celotena kromosoma, vsak proti svojemu polu celice.

===Vpliv replikacije in kondenzacije na premikanje kromosomov===
Pri premikanju kromosoma pa pomaga tudi sama replikacija DNA, pri čemer je zelo pomembna statičnost replisoma. Da se replisom med podvajanjem DNA ne premika, je bilo dokazano z vezavo GFP na 3 različne dele DNA polimeraze holoencima, ki je primarni encimski kompleks pri prokariontski replikaciji DNA in s tem del replisoma. Bakterijo so potem med delitvijo opazovali s fluorescentnim mikroskopom. Opazili so, da se replisom večino celičnega cikla nahaja v sredini bakterijske celice. Pri replikaciji je tako prisotna motivna sila, ki sili DNA skozi statičen replisom. Ta sila pa tudi pomaga pri premikanju hčerinskih kromosomov proti celičnima poloma.

Hčerinska kromosoma se takoj po replikaciji začneta tudi kondenzirati s pomočjo SMC proteinov. Sila, ki nastane pri zvitju DNA, povleče še ne zvito DNA proti zanki, kar tudi rahlo pripomore k mobilnosti kromosomov.

==Viri==

*Geoffrey C. Draper, James W. Gober; Bacterial Chromosome Segregation; Annual Review of Microbiology 2002 vol. 56
*Bignell C., Thomas CM.; The bacterial ParA-ParB partitioning proteins; Journal of Biotechnology 2001 vol. 91
*Uelinton M. Pinto, Katherine M. Pappas, Stephen C. Winans; The ABCs of plasmid replication and segregation; Nature Reviews Microbiology 2012 vol. 10
*Martin Thanbichler, Lucy Shapiro; Chromosome organization and segregation in bacteria; Journal of Structural Biology 2006 vol. 156
*Esteban Toro, Lucy Shapiro; Bacterial Chromosome Organization and Segregation; Cold Spring Harbor Perspectives in Biology 2010 vol. 2
*Nelson L., D. in Cox M. M. Lehninger Principles of Biochemistry. 5. Izdaja. W.H.Freeman and Company, 2008. ISBN 978-0-7167-7108-1
*Donald Voet, Judith G. Voet. Biochemistry. 4. Izdaja. John Wiley & Sons, Inc., 2011. ISBN 13 978-0470-57095-1
*Krožni bakterijski kromosom [20.4.2014] http://en.wikipedia.org/wiki/Circular_bacterial_chromosome

Struktura kromatina

2014-04-20T20:06:08Z

MaticKovacic: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2013/14 namenjeni obravnavi strukture kromosomov oziroma kromatina, od strukturnih do regulatornih tem. Čeprav osnovno strukturo kromosomov že poznate, je sodobna molekularna biologija ves čas na sledi novim spoznanjem, ki nam omogočajo bolj podroben vpogled v delovanje in fleksibilnost kromatina.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli predvidoma konec aprila in v začetku maja. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Čeprav tema do neke mere sega na področje celične biologije, je predvsem molekularnobiološka. Zato izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere biološke molekule sodelujejo pri vzpostavljanju strukture kromatina, njegovi plastičnosti (kondenzacija, dekondenzacija) in dinamičnosti (aktivni/neaktivni kromatin) ter uravnavanju transkripcije. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili. Izhodišče, ki ga ni treba ponovno razlagati, je nukleosomska struktura evkariontskega kromatina ter osnovne stopnje kompaktiranja kromatina in razumevanje osnov dodatnega zvitja pri bakterijskem kromosomu.

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje '''20.4.''' opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 23.4., 5 - 8 25.4., 9 - 12 7.5. in 13 - 16 9.5.2014. Vsaka skupina ima za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

# Značilnosti bakterijskih kromosomov
# Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov
# Značilnosti kromosomskih ogrodij
# Kompaktiranje kromosomov
# Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome
# Biokemijska struktura centromerov in njihove interakcije
# Biokemijska struktura telomerov
# Telomeraze
# Kromatin in replikacija genoma / nukleosomi med replikacijo
# Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR)
# Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen
# Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen
# Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov
# Ponavljajoča se zaporedja v genomu
# Organizacija genov v kromatinu
# Posebnosti kromosomov X in Y / bolezni, povezane s tema dvema kromosomoma

===Skupine===

Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (skupine oblikujte do 31.3. opolnoči - imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 1. Biokemijske značilnosti bakterijskih kromosomov (Janez Gorenc, Petra Novak)

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Značilnosti_bakterijskih_kromosomov Značilnosti bakterijskih kromosomov] (Matic Kovačič, Marjeta Horvat)
# [[Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov]] (Boštjan Petrič, Vita Vidmar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zna%C4%8Dilnosti_kromosomskih_ogrodij Značilnosti kromosomskih ogrodij] (Aneja Tahirovič, Aljaž Omahna, Luka Krmpotić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kompaktiranje_kromosomov Kompaktiranje kromosomov] (Tajda Buh, Maruša Prolič-Kalinšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteini%2C_ki_stabilizirajo_kondenzirane_kromosome Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome] (Toni Nagode, Simon Bolta, Tjaša Bensa)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biokemijska_struktura_centromer_in_njihove_interakcije Biokemijska struktura centromer in njihove interakcije] (Maja Zupančič, Alja Zgonc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biokemijska_struktura_telomerov Biokemijska struktura telomerov] (Tim Božič, Ema Guštin, Luka Kavčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Telomeraze Telomeraze] (Urša Kapš, Mojca Kostanjevec, Katjuša Triplat)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nukleosomi_med_replikacijo Nukleosomi med replikacijo] (Jure Fabjan, Vid Jazbec, Mojca Juteršek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kromosomske_domene_in_kontrolne_regije_lokusov_(LCR) Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR)] (Jakob Rupert, Jan Rozman, Domen Klofutar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Posttranslacijske_modifikacije_histonov_in_njihov_pomen Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen] (Peter Prezelj, Filip Mihalič, Eva Oblak Zvonar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metilacijski_vzorci_na_DNA:_nastanek%2C_dedovanje_in_pomen Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen] (Rok Ferenc, Ana Cirnski, Vesna Radić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sestava_in_zna%C4%8Dilnosti_preurejevalnih_stroj%C4%8Dkov Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov] (Petra Tavčar, Helena Jakše, Nika Strašek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Ponavljajo%C4%8Da_se_zaporedja_v_genomu Ponavljajoča se zaporedja v genomu] (Eva Vidak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Organizacija_genov_v_kromatinu Organizacija genov v kromatinu] (Jan Taškar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Posebnosti_X_in_Y_kromosomov_ter_z_njima_povezane_bolezni Posebnosti X in Y kromosomov ter z njima povezane bolezni] (Sara Košenina, Ana Krišelj, Sabina Štukelj)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki:
<nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Reprogramiranje celic]].

BIO2 Povzetki seminarjev 2012

2012-11-23T23:13:55Z

MaticKovacic: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2012/2013 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2012/2013 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2012 stran]

===Griša Prinčič: Vpliv T3SS sekretov na odziv gostiteljske celice ===

S pomočjo EM je bilo mogoče podrobneje prepoznati in opisati tip III sekrecijski sistem in njegove komponente. Identificirali so vsaj pet različnih strukturnih komponent, njihovo proteinsko sestavo in delovanje.Več kot 20 različnih proteinov (YopD, YopB, YscF, YscP, YscR, YscS, YscT, YscU, YscV...) je potrebnih za učinkovito funkcioniranje T3SS-a, od katerih jih veliko kaže sekvenčno podobnost pri različnih vrstah. T3SS je sestavljen iz: igelnega dela , ki sestoji iz sekvenčno različnega proteina in tvori zvonasto ali filamentozno strukturo, zunajmembranskega kompleksa, znotrajmembranskega kompleksa in regulatornih komponent.

Efektorji, ki jih bakterija »dostavi« v celico modulirajo različne signalne poti. Blokirajo lahko MAPK in MAPKK (ospF, YopJ), kar zavre imunski odziv celice in prepreči vnetne procese. Pospešijo ali upočasnijo ubiquitinacijo (Cif in CHBP), za kar koristnost in učinkovitost še ni znana. Blokirajo majhne GTP-aze (IbpA), kar povzroči spremembe v aktinskem citoskeletu in moten membranski transport. Nekatere bakterije se v gostiteljski celisi razmnožujejo s pomočjo vakuol. SifA in SseJ sta bakterijska proteina, ki omogočata učinkovito tvorjenje tovrstnih struktur. Nekateri efektorji motijo tudi sintezo maščobnih kislin, nekateri poškodujejo pomembne celične strukture kot je na primer golgijev aparat. Vsi bakterijski efektorji delujejo na principu kovalentne modifikacije, torej trajno spremenijo strukturo in s tem inaktivirajo proteine – preprečijo kaskadno verigo.

===Erik Janežič: Hippo signalna pot in matične celice ===

Hippo signalna pot je ena glavnih regulatornih sistemov, ki preprečujejo tumorogenezo, nadzorujejo rast organov in sodelujejo pri diferneciaciji in vzdrževanju stalne gostote zarodnih celic. Hippo, drugače imenovana tudi Salvador/warts/hippo (SWH), je dobila takšno ime, ker mutacije v mehanizmu peljejo do preraščanja tkiva, kar lahko s tujko imenujemo »Hippopotamus «like phenotype. Prvič je bila opazovana v vinski mušici Drosophilia in večina ključnih raziskav je potekala prav na tem modelnem organizmu. Znanje pridobljeno z opazovanjem mehanizma mušic pa lahko direktno prenesemo tudi na lastnosti Hippo signalizacije sesalcev. Študije so namreč pokazale, da imajo vse ključne komponente pri mušici direktne ortologe v sesalcih in drugih organizmih. Smiselen se zdi sklep, da je bila Hippo signalna pot v veliki meri takšna kakor jo poznamo danes, prisotna že v prvih večceličnih organizmih,kar je tudi logično saj je pravilna diferenciacija in usmerjanje celic ključnega pomena za nastanke funkcionalnih celičnih enot (organov).
V preteklem desetletju s številne raziskave s Hippo področja zagotovile dobro poznavanje osrednje kinazne kaskade, katere funkcija je inaktivacija oziroma aktivacija YAP/TAZ transkripcijskih kofaktorjev proteinov družine TEA. Pri Hippo signalizaciji poleg osrednje kaskade sodelujejo tudi številni membranski in citoskeletni proteini, ki imajo veliko funkcij tudi pri kontaktni inhibiciji. Ogromno eksperimentalnih dokazov kaže neposredno povezanost nepravilnega delovanja Hippo signalizacije in nastankom raka, kar je verjetno razlog za intenzivne raziskave na tem področju v današnjem času.

===Dejan Marjanovič: Vpliv in delovanje vimentina v celični signalizaciji in pomen poznavanja teh mehanizmov===

Vimentina, glavni predstavnik intermediarnih filamentov (IF) , je izražen v normalnih mezenhimskih celicah, in je znano, da ohrani celovitost celic in zagotavlja odpornost proti stresu. Povečano koncentracijo vimentina, so poročali v različnih rakavih epitelih, vključno raka prostate, tumorjev prebavil, tumorjev centralnega živčnega sistema, raka dojke, pljučnega raka in druge vrste raka. Prekomerno izražanje vimentina v raku je povezano tudi z večjo rastjo tumorja, vendar je vloga vimentina v napredovanju raka še vedno nejasna.
Na podlagi njegovega prekomernega izražanja v rakavih obolenjih in njegovo vlogo pri posredovanju v različnih tumorgenih dogodkih, vimentin služi kot privlačen cilj za zdravljenje raka. Poleg tega naj bi raziskave, usmerjene k pojasnjevanju vloge vimentina v različnih signalnih poteh, odpirale številne nove pristope za razvoj obetavnih zdravil za zdravljenje.

Ker pa je moje širše področje signalizacija,se bom bolj podrobno usmeril za signalizacijske poti, razjasnitev številnih mehanizmov in vmesnih sodelujočih proteinov, encimov itd. Vimentin je znan po tem, da interagira z velikim številom proteinov in sodeluje v različnih celičnih funkcijah. Poleg tega vimentin sodeluje tudi v številnih drugih procesih, ki vključujejo oblikovanje kompleksov z več signalnimi molekulami in drugimi proteini.

Iz te študije je razvidno, da vimentin ne deluje le kot ogrodni protein, temveč tudi posreduje pri večih poteh sporočanja in v celičnih procesih. Prav tako bi bilo zanimivo izvedeti, druge funkcije vimentina v jedru in morebitne vloge pri posredovanju v procesih celičnega cikla. Poleg tega bi lahko zunajcelični vimentin sodeloval pri posredovanje pri več signalnih procesih z vezavo na specifične receptorje, ki jih je treba še raziskati.

===Estera Merljak: Vpliv PKM2 na rakave celice===

Piruvat kinaza M2 (PKM2) ima zelo pomembno vlogo pri rakavih celicah. je ena izmed oblik piruvat kinaze, ki katalizira pretvorbo fosfoenolpiruvata (PEP) v piruvat, pri čemer se fosfatna skupina iz PEP prenese na ADP ter s tem dobimo ATP. PKM2 je v izražena v celicah, ki se hitro delijo, kot so zarodne in rakave celice. Izražanje omogoča veliko transkripcijskih faktrojev, posebno pomembni pa so transkripcijski faktorji iz družine heterogenih jedernih ribonukleoproteinov (hnRNPs), ki dajejo prednost sintezi PKM2 z neposrednim vplivanjem na mRNA.
Vpliv PKM2 na celičen metabolizem je zelo pomembna, saj lahko v celici prehaja med neaktivno dimerno obliko in aktivno tetramerno obliko, kar privede do različnih produktov. Aktivnost PKM2 je regulirana s strani mnogih snovi, med drugim intermediatov glikolize, ki lahko povečajo ali zmanjšajo aktivnost piruvat kinaze M2. Prav tako na aktivnost vplivajo razne post-translacijske spremembe aminokislin v samem proteinu, ki so rezultat kompleksnih reakcij v celici. S takimi procesi celica regulira sintezo energije in sintezo drugih prekurzorjev za množitev celic.
Poznavanje teh procesov ima velik medicinski pomen, saj lahko pripelje do oznajdbe specifičnih zdravil za zdravljenje raka, ki bi napadale in uničile le rakave celice, zdravih pa ne.

===Maja Kostanjevec: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah===

Glukoza je pomemben vir energije, ki ureja marsikatero metabolno pot. Njena vloga se razlikuje od celice do celice glede na to, kakšne naloge opravlja. Posledično so se v evoluciji razvili različni mehanizmi njenega zaznavanja in prenosa signalov.

Preučevanje zaznavnih mehanizmov glukoze je zapleteno, saj ima poleg hranilne vloge tudi signalno, ki pa jo včasih težko ločimo od ostalih procesov, v katerih sodeluje. Trenutno so najbolj raziskani mehanizmi v kvasovkah, saj gre za najenostavnejše evkarionte. V njih so odkrili štiri različne signalne poti: glavno represivno pot, cAMP pot ter inducirani poti, ki sta odvisni od senzorjev Snf3 in Rgt2 oz. od fosforilacije.

Veliko bolj zahtevna je regulacija glukoze v rastlinah. V njih skrbi za izražanje različnih genov, ki urejajo procese fotosinteze, metabolizma, rasti… V modelni rastlini Arabidopisis thaliana so bili raziskani trije različni mehanizmi zaznavanja. Prvi je odvisen od heksokinaze in represira fotosintetske gene, drugi je od heksokinaze neodvisen in vsebuje še neznan receptor ter tretji, ki temelji na procesu glikolize in njenih vmesnih produktov.

Zaznavanje glukoze pri sesalcih ima posebne lastnosti, ki se razlikujejo tako od tistih v kvasovkah kot v rastlinah. Ti mehanizmi so najbolje preučeni v beta celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke, ki skrbijo za izločanje inzulina. Znano je, da je pri tem potreben obsežen metabolizem glukoze, kot glavni mediator pa nastopa ATP.

===Julija Mazej: Metabolizem glukoze v živčnih celicah===

Glukoza je preferenčno gorivo za možganske celice. Čeprav možgani predstavljajo le 2% celotne telesne mase, za svoje delovanje porabijo kar 25% zaužite glukoze. Možganske celice lahko kot energijski substrat uporabijo tudi: laktat, piruvat, glutamin in glutamat. Kakršnakoli ovira pri energijski oskrbi, je zelo rizična in se lahko konča z nezavestjo ali celo komo v manj kot 10 sekundah. V izogib takšnemu izidu so nekatere celice sposobne nadomestiti primanjkljaj energije oz. ATP z intenzivnejšo glikolizo. To velja za nevroglijalne celice, ki z glikolizo proizvajajo laktat. Vendar pa povišana glikoliza nima enakega vpliva na vse živčne celice. Nevroni zaradi povišane glikolize manj glukoze oksidirajo po pentoza-fosfatni poti, ki tam sicer poteka v normalnih razmerah. Ta metabolična pot je za nevrone zelo pomembna, ker se pri pretvorbi glukoza-6-fosfata v ribozo-5-fosfat regenerira NADPH. To je pomemben antioksidant, ki regenerira reduciran glutation in tako varuje nevrone pred poškodbami, zaradi reaktivnih kisikovih spojin. Glikolizo v nevro celicah stimulirajo hipoksični pogoji, nevrotoksične snovi, mutacije v respiratorni verigi.. Anomalije v metabolizmu glukoze so prisotne v mnogih nevrodegenerativnih boleznih, npr. Alzheimerjevi, Parkinsonovi, Huntingtonovi bolezni. Tu se kaže aplikativen pomen raziskav povezanih z metabolizmom glukoze v možganih. Velik problem pri razumevanju metabolizma v živčnih celicah predstavljajo nepojasnjene interakcije med glija celicami in nevroni .

===Jernej Pušnik: Uravnavanje metabolizma z acetilacijo proteinov===

V svoji seminarski nalogi bom predstavil pomen posttranslacijske modifikacije-acetilacije pri uravnavanju celotnega celičnega metabolizma. Kot že verjetno vsi veste, je večina reakcij, ki so del neke metabolne poti, kataliziranih z encimi. Ti pa so v osnovi proteinske makromolekule, sestavljene iz dvajsetih različnih aminokislin. Ena izmed teh aminokislin je lizin in vsebuje dve amino skupini. S prvo se povezuje v peptidno vez, druga, ki se nahaja na koncu ogljikovodikove verige pa je tarča acetilacije. Ko se acetilna skupina enkrat veže na lizinski ostanek, to povzroči določene spremembe v strukturi proteinske molekule, s tem pa se tudi spremeni encimska aktivnost. Na ta način so regulirani skoraj vsi encimi metabolizma. V seminarju sem opisal kako pride do same acetilacije in deacetilacije, da je pri tem potrebna prisotnost določenih encimov, kako se spremeni delovanje encimov delujočih v glikolizi, glukoneogenezi, citratnem ciklu, oksidaciji maščobnih kislin, oksidaciji aminokislin in ciklu sečnine. Ker je acetilacija tako razširjena modifikacija pri nadzorovanju metabolizma, imajo raziskave na tem področju velik potencial za odkritje novih terapevtskih pristopov k zdravljenju bolezni srca in ožilja, diabetesa, debelosti, itd.

===Rok Razpotnik: Metabolizem rakastih celic in njegova regulacija===

V dani seminarski nalogi bom predstavil osnovne lastnosti rakavih celic, tipe celic, ki se nahajajo v tumorskem mikrookolju, ter podrobneje predstavil nekatere osnovne lastnosti metabolizma rakastih celic ter njene regulacije. Mutacije onkogenov in tumor supresorskih genov povzročijo spremembe v signalizacijskih poteh, katere povzročijo spremembe metabolizma rakastega tkiva. Metabolizem deluje v prid celični rasti, intenzivni celični delitvi, zaviranju apoptoze itd. Sam metabolizem rakastih celicah temelji na treh osnovnih temeljih: povečani produkciji energije, zadostni biosintezi potrebnih makromolekul in vzdrževanju redoks stanja. Da izpolnjujejo vse tri pogoje se rakaste celice poslužujejo mnogih regulacij metabolizma, z različnimi strateškimi potmi, npr. proteoliza skeletnih mišic, lipoliza maščobnega tkiva, intratumorna simbioza med laktat-proizvajajočimi in laktat-porabnimi celicami, upočasnevanje glikolize in usmerjanje intermediatov v pentoza fosfatno pot itd. Ker pa je mikrookolje, ki obkroža rakasto tkivo zelo dinamično, je za rakaste celice značilna metabolična fleksibilnost. Raziskave in razumevanje metabolične fleksibilnosti bi doprinesle k novim možnim strategijam zdravljenja. Učinek na reguliran metabolizem rakastega tkiva, bi imel ogromen vpliv na viabilnost rakastega tkiva, saj je metabolizem sklopljen s številnimi lastnostmi rakastih celic.

===Ajda Rojc: Metabolizem skeletnih mišic===

Mišice so največji porabnik energije v telesu, saj nam omogočajo vrsto različnih dejavnosti pri katerih se porablja energija. V našem telesu potekata dva različna sistema metabolizma – anaerobni in aerobni. Pri anaerobnem metabolizmu imata pomembno vlogo kreatin fosfat in glikogen. Zaloge ATP je v mišicah zelo malo, zato takoj nastopi cepitev visokoenergetskih vezi v kreatin fosfatu. Po porabi te energije se v glikolizi razgradi glikogen, ki se pri pomanjkanju kisika v mišicah namesto v piruvat, pretvori v laktat in to povzroča bolečine v mišicah. Druga vrsta metabolizma pa deluje kadar je kisika dovolj in to je aerobni metabolizem. Poleg glukoze se pri tej vrsti presnove razgrajujejo tudi maščobne kisline, ki se v β-oksidaciji reducirajo do vodika in acetil-CoA, ta pa vstopi v Krebsov cikel, kjer se proizvede energija ATP. Večja razpoložljivost maščobnih kislin vpliva na nalaganje znotrajmišičnega prostega Pi in AMP med vadbo. Pi in AMP sta odgovorna za regulacijo encima glikogen fosforilaze, ki cepi glikogen. Torej, če se njune koncentracije znižajo pride do manjšega števila cepitev glikogena na glukozo. Pri znatnem povišanju dostopnosti maščobnih kislin je glikogen fosforilaza inhibirana. To je le eden od načinov regulacije substratov v mišičnem metabolizmu. Domnevajo, da je oksidacija maščob regulirana s podobnimi faktorji (npr. adrenalin, Ca2+, ADP, AMP, Pi; AMPK, pH, acetil-CoA) kot razgradnja ogljikovih hidratov, vendar je glede tega, kako te faktorji vplivajo na regulacijo maščobnih kislin in oksidacijo maščob ter kaj je njihova vloga še veliko nejasnosti.

===Janez Meden: NADH-fumarat reduktaza - primerna tarča za zdravljenje s kemoterapijo===

Celično dihanje je sestavljeno iz glikolize, citratnega ciklusa in verige za prenos elektronov. Večina energije nastane, v obliki ATP pri zadnji stopnji celičnega dihanja, torej pri prenosu elektronov skozi komplekse I, II, III, IV in nastanku ATP-ja v kompleksu V – ATP-sintazi. Zadnja stopnja pa je mogoča le v prisotnosti O2.
Pa vendar življenje obstaja tudi v hipoksičnem okolju. Posebna oblika energijskega metabolizma, ki je značilno za nekatere bakterije, notranje zajedavce in školjke ter celo rakave celice je fumaratsko dihanje. Ta način metabolizma omogoča nekoliko boljši izkoristek energije. Pri njem sodelujeta le dva kompleksa I in II. Kompleks II je povezan s citratnim ciklusom – TCA in verigo za prenos elektronov. Prenašalec med kompleksoma je kvinon z nizkim redoks potencialom, kot je npr. rodokvinon pri A. suum, ali pa menakvinon, znan kot vitamin K.
Z razumevanjem mehanizma fumaratskega dihanja bi lahko razvili zdravila, ki bi inhibirala ali celo onemogočila delovanje tega mehanizma. Primerna tarča novih zdravil bi lahko bila Fp podenota kompleksa II ali pa bi zdravilo lahko delovalo tudi kot kompetitivni inhibitor kvinona.

===Ana Kunšek: Večfunkcionalnost akonitaze===

Akonitaza je protein, ki katalizira drugo stopnjo Krebsovega cikla, torej pretvorbo citrata v izocitrat. Vendar je tudi eden izmed "moonlighting" proteinov, torej proteinov, ki imajo poleg glavne tudi druge funkcije. Prav zato, ker ima toliko funkcij je njena vloga v celici še toliko bolj pomembna, nepravilno delovanje pa lahko pripelje tudi do pojava diabetesa in miopatije.

Akonitaza poleg kataliziranja omenjene pretvorbe citrata v izocitrat pomaga tudi pri uravnavanju koncentracije železa v celici, stabilizaciji oz. destabilizaciji mitohondrijske DNA ter pri odgovoru na oksidativni stres. Pri uravnavanju koncentracije železa se veže na mRNA in s tem zaustavi sintezo feritina (proteina, ki veže železo) ter s tem pomaga pri uravnavanju homeostaze. Mitohondrijsko DNA destabilizira, kar ji pomaga za lažje podvojevanje, pri oksidativnem stresu pa je ključni faktor pri uravnavanju pravilnega pH-ja v celici, brez katerega encimi ne morejo pravilni delovati.

Že samo s temi funkcijami smo ugotovili, da je akonitaza zelo pomembna v našem življenju, vendar verjetno še vedno ne poznamo vseh njenih funkcij, saj je odkrivanje "moonlighting" proteinov in njihovih ostalih funkcij zelo težko in zahteva veliko eksperimentalnega dela. Vendar bi lahko z vedenjem vseh funkcij proteinov iznašli tudi takšna zdravila, ki stranskih učinkov ne bi imela, saj bi zablokirala ali pospešila sintezo le tistega proteina, za katerega je to potrebno in ne bi s tem vplivala tudi na ostale funkcije proteina v organizmu.

===Tomaž Rozmarič: Warburg in Crabtree efekt===

Znanstveniki so ugotovili, da rakave celice, kljub prisotnosti kisika, ne izvajajo aerobnih procesov. Namesto tega so se usmerile v glikolizo. Temu se reče Warburg efekt. Kaj so rakave celice s tem pridobile, še ni čisto raziskano. Obstajajo pa hipoteze, da so zaradi tega veliko bolj invazivne, se sposobne deliti pri nizkih koncentracijah kisika in se izogniti apoptozi. Warburgov efekt je reguliran na večih stopnjah metabolne poti, s prekomerno izraženimi in prekomerno aktivnimi encimi, ki vzpodbujajo glikolizo ter inhibicijo proteinov, ki spodbujajo aerobni metabolizem.
Zraven Warburgovega efekta poznamo še Crabtree efekt. Ta mehanizem rakavi celici omogoča preklop na aerobni metabolizem pri pomanjkanju glukoze in obratno pri velikih koncentracijah. Brez poznavanja obeh mehanizmov in prekinitvi obeh hkrati je uspešnost zdravljenja raka zelo majhna.
Znanstveniki so našli vrsto kvasovke, ki ima skoraj identični metabolizem, kot ga ima rakava in je Crabtree pozitivna. Pri nizkih koncentracijah glukoze izvaja anaerobni metabolizem, v prisotnosti visoke koncentracije pa aerobni. Zaradi navedenih lastnosti je idealna za študijo rakavih celic.
Ko bodo znanstveniki natančno proučili Warburg in Crabtree efekt, se bodo lahko razvila tarčna zdravila, katera bi bistveno izboljšala kakovost našega življenja.

===Erik Mršnik: Adrenolevkodistrofija===

X-vezana adrenolevkodistrofija je precej redka bolezen, ki pa ima zelo hude posledice. Te v večini primerov vodijo v zgodnjo smrt. Z razumevanjem biokemijskega in genetskega ozadja te bolezni so v zadnjih letih naredili velik korak naprej v odkrivanju in preprečevanju te bolezni.
V osnovi gre za napako (mutacije so v večini primerov dedne - 90 %) na genu ABCD1, kar se odraža na ALDP (adrenolevkodistrofični protein), ki je peroksisomalni transportni protein. Če ne deluje, je otežena oziroma onemogočena β-oksidacija VLCFAs (dolgih maščobnih kislin), ki se nabirajo v tkivih in povzročajo velike težave v delovanju možganov in živčevja ter nadledvične žleze. Bolezen se odraža v različnih fenotipih, ki prizadenejo predvsem moške (otroke in moške srednjih let), ženske so navadno le prenašalke, lahko pa se tudi pri njih izrazijo blažji simptomi. Če se bolezen odkrije že v zgodnji fazi, je možnost pomoči večja. Predvsem uspešna je presaditev krvotvronih matičnih celic. Velikokrat pregledajo že dojenčke (t.i. newborn screening), za katere vejo (zaradi dednosti), da so podvrženi tej bolezni, kar bistveno pripomore k pravilnemu pristopu pri izbiri terapije.

===Katja Leben: Tia-maščobne kisline===

Tia-maščobne kisline so umetno sintetizirane nasičene maščobne kisline, ki se od ostalih razlikujejo po vsebnosti heterogenega žveplovega atoma. Zaradi posebnega metabolizma – žveplov atom preprečuje za maščobe običajno β-oksidacijo – in zadostnih podobnosti z naravnimi maščobnimi kislinami so nekatere tia-maščobne kisline široko farmakološko uporabne, saj imajo veliko različnih aplikativnih vplivov na bio sisteme.

Katabolizem tia-maščobnih kislin do β-oksidacije poteka običajno, ko pa se žveplov atom približa aktivnemu mestu se proces ustavi. Pri 4-tiamaščobnih kislinah pride do inhibicije drugega encima v obratu β-oksidacije, kar negativno vpliva na metabolizem maščobnih kislin, med tem, ko 3-tia-maščobne kisline sploh ne morejo vstopiti v β-oksidacijo in se razgradijo po ω-oksidativni poti. Vse sode nasičene tia-maščobne kisline se po nekaj obratih β pretvorijo v 4-tia-maščobne kisline, zato tudi reagirajo enako, vse lihe nasičene tia-maščobne kisline pa se z β-oksidacijo lahko pretvorijo v 3-tia-maščobne kisline in nato reagirajo enako.
Zaradi posebnega metabolizma so tia-maščobne kisline uporabili tudi za proučevanje delovanja in regulacijie različnih celičnih procesov povezanih z metabolizmom lipidov. Njihov vpliv je močno odvisen od lege žveplovega atoma v ogljikovem skeletu. Tako 4-tia-maščobne kisline zavirajo oksidacijo maščobnih kislin, 3-tia-maščobne kisline pa jo pospešujejo, kar je zaželjeno pri regulaciji bolezenskih stanj, ko je v celici povečana količina maščobnih kislin.

Biološki odzivi na tia-maščobne kisline obsegajo vpliv na transkripcijski faktor PPARα (peroksisom proliferator aktiviran receptor), mitohondrijsko proliferacijo, antiadipoznost, antioksidativne lastnosti, zmanjšanje proliferacije hitro delečih se celic in celično diferenciacijo. Zadnje raziskave kažejo, da tia-maščobne kisline niso škodljive za naš organizem tudi ob dolgotrajnem uživanju in bi se torej lahko uporabljale kot zdravila.

===Ana Cirnski: Peroksisomalna razgradnja maščobnih kislin===

Maščobne kisline se razgrajujejo do enostavnejših snovi v procesu, imenovanem β-oksidacija. Ta poteka v mitohondriju, pa tudi v peroksisomu. Peroksisomalna in mitohondrijska β-oksidacija se poleg kraja, kjer poteka razgradnja, razlikujeta še v encimih, ki reakcije katalizirajo in v substratih, ki se oksidirajo.

Rastline razgrajujejo tudi take maščobne kisline, ki jih živali in ljudje ne moremo. Za razliko od nas, lahko maščobne kisline popolnoma razgradijo (saj so peroksisomi edino mesto razgradnje), mi pa v peroksisomih razgrajujemo le zelo dolge maščobne kisline do ustreznih intermediatov, ki se dokončno razgradijo v mitohondriju.

Oksidacija nenasičenih maščobnih kislin v višje razvitih rastlinah je pomembna za proizvodnjo mnogih spojin, med njimi so bioaktivne molekule, imenovane oksilipini. Mednje spadajo tudi jasmonska kislina in njeni derivati, ki so pomembne signalne molekule in sodelujejo pri obrambi, komunikaciji, signalizaciji in odgovoru na različne biotske in abiotske stresorje. Povzročajo tudi staranje rastline in odpadanje listov.

Jasmonska kislina se sintetizira v oktadekanojski poti iz α-linolenske kisline (18:3). Pretvorba se začne v kloroplastu, kjer se pretvori v 12-okso-fitodienojsko kislino (OPDA). Ta potuje v peroksisom, kjer nastane oksofitoenojska kislina (OPC:8), ki vstopi v β-oksidacijo in se oksidira v jasmonsko kislino.

Danes se jasmonska kislina in njeni derivati že uporabljajo v aplikativni znanosti.

===Zala Gluhić : Hiperamoniemija===

Hiperamoniemija je povišana koncentracija v krvi raztopljenega amoniaka. Lahko je posledica motene presnove v ciklu sečnine (na primer zaradi nepravilnega delovanja katerega izmed encimov) – ali pa gre za pridobljeno motnjo zaradi jetrnih bolezni (npr. jetrna odpoved).
Amoniak je še posebno škodljiv za možgane. V krvi raztopljen amoniak prestopa možgansko-žilno pregrado in kadar je njegova koncentracija previsoka, lahko pride do nepopravljive škode pri razvoju centralnega živčnega sistema ali do možganskega edema. Ker v možganih ni vseh za cikel sečnine potrebnih encimov, imajo glavo nalogo pri odstranjevanju odvečnega amoniaka astrociti, vrsta nevroglijskih celic. Koncentracije uravnavajo s pomočjo sinteze glutamina. V primeru hiperamoniemije pride v njih do številnih morfoloških sprememb in sprememb v izražanju različnih proteinov (npr. spremembe v aktivnosti prenašalcev EAAT1 in 2, izražanju GFAP proteinov itd.). Prekomerno sintezo glutamina je mogoče uravnavati z MSO (metionin sulfoksimidom).

===Bojana Lazović : Novi farmakološki šaperoni za zdravljenje fenilketonurije===

Fenilketonurija (PKU) je redka avtosomno recesivna genska bolezen do katere pride, če je okvarjen jetrni encim fenilalanin-4-hidroksilaza (PAH), ki je odgovoren za pretvorbo fenilalanina v tirozin. Ker tako ne more prihajati do razgradnje fenilalanina, se le ta akumulira v telesu in spremeni v fenilpiruvat. To ima toksičen učinek na telo, posebej možgane, saj se pri teh bolnikih lahko razvije težka umska zaostalost. Bolniki se lahko temu izognejo tako, da se že od rojstva držijo stroge diete, po kateri se lahko prehranjujejo le z nebeljakovinsko hrano (sadje in zelenjava). Ostale esencialne aminokisline dobijo v obliki praška, ki vsebuje vse AK razen fenilalanina. Toda raziskave kažejo, da taka dieta pogosto vodi v podhranjenost in psihološke težave bolnikov. Pred nekaj leti je na tržišče prišlo zdravilo Kuvan oz. sintetični naravni kofaktor encima PAH, katerega pomanjkanje je lahko razlog bolezni. Njegova draga sinteza in pri določenih genotipih PKU, slaba učinkovitost, pa je znanstvenike spodbudila k iskanju novih sintetičnih kofaktorjev encima PAH, ki hkrati delujejo kot farmakološki šaperoni. V raziskavi, ki jo opisujem so odkrili dva nova farmakološka šaperona primerna za zdravljenje PKU.

===Matic Kovačič : Sirtuin 3 ob dieti spodbuja cikel sečnine in oksidacijo maščobnih kislin ===
Pri dieti ali stradanju pridobimo s hrano veliko manj ali nič energije, zato mora telo dobiti iz svojih zalo, kar naredi z metabolizmom aminokislin in maščobnih kislin. Pri oksidaciji aminokislin dobimo amoniak, ki se mora zaradi svoje toksičnosti v ciklu sečnine pretvoriti v sečnino. V seminarski nalogi bom predstavil vpliv proteina Sirtuin 3 (Sirt3) na povečano delovanje cikla sečnine in metabolizma maščobnih kislin. Sirt3 je encim deacetilaza, ki se nahaja v mitohondriju in s svojim delovanjem vpliva na veliko mitohondrijskih encimov. Mutacije ali odsotnost tega proteina ima za organizem smrtne posledice, zaradi nepravilnega delovanja cikla sečnine in tudi drugih procesov. Povedal bom še nekaj o napaki cikla sečnine, ki jo povzroči pomanjkanje encima ornitin transkarbamoilaze in kakšne posledice ima lahko to na organizem.

BIO2 Seminar 2012

2012-11-22T15:54:36Z

MaticKovacic: /* Seznam seminarjev */

== Novice za študente ==
[https://www.google.com/calendar/embed?src=94r835uhlqu6sornlvmnldb5d0%40group.calendar.google.com&ctz=Europe/Belgrade Razpored izpitnih rokov in kolokvijev ter nekaterih kolokvijev iz vaj]

= Biokemijski seminar =
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak petek od 9:00 do 12:00.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Erik Kristian Janežič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0962892412000694 Hippo signalna pot in matične celice ]||Filip Mihalič||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Dejan Marjanovič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0014482707001450 Vpliv in delovanje vimentina v celični signalizaciji in pomen poznavanja teh mehanizmov]||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Griša Prinčič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000411001149 Vpliv T3SS sekretov na odziv gostiteljske celice]||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||Ajda Rojc||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Maja Kostanjevec||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000401018059# Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]||Sara Lorbek||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Julija Mazej||14||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002072 Metabolizem glukoze v živčnih celicah]||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||Ana Kunšek||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Estera Merljak||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S096800041200059X Vloga PKM2 v rakavih celicah]||Suzana Semič||Monika Biasizzo||Janez Meden||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Jernej Pušnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410001702 Uravnavanje metabolnih poti z acetilacijo proteinov]||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Rok Razpotnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304419X12000534 Metabolizem rakastih celic in njegova regulacija]||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||Erik Mršnik||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Ajda Rojc||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001448271000282X Metabolizem skeletnih mišic]||Ana Grom||Matej Vrhovnik||Katja Leben||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Tomaž Rozmarič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810006869 Crabtree in Warburg efekt: izvor energije rakavih celic]||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||Matic Kovačič||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Kunšek||16||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000406000843 Večfunkcionalnost akonitaze]||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Janez Meden||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304416511003059 NADH-fumarat reduktaza - primerna tarča za zdravljenje s kemoterapijo]||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Cirnski||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0163782701000224 Peroksisomalna razgradnja maščobnih kislin]||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||Nastja Pirman||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Erik Mršnik||17||[http://www.nature.com/nrneurol/journal/v3/n3/full/ncpneuro0421.html Adrenolevkodistrofija]||Julija Mazej||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Katja Leben||17||[http://journals.lww.com/co-lipidology/Abstract/2002/06000/Metabolic_effects_of_thia_fatty_acids.10.aspx Tio maščobne kisline]||Estera Merljak||Suzana Semič||Monika Biasizzo||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Matic Kovačič||18||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1097276511000037# Sirtuin 3 ob dieti spodbuja cikel sečnine in oksidacijo maščobnih kislin]||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Zala Gluhić||18||Moj izbrani naslov||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Bojana Lazović||18||Moj izbrani naslov||Ajda Rojc||Ana Grom||Matej Vrhovnik||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Nastja Pirman||19||Moj izbrani naslov||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Špela Tomaž||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001085450700183X Inhibicija fotosinteze]||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Monika Biasizzo||19||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002138 Mitohondrijski razklopni proteini]||Janez Meden||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||20||Moj izbrani naslov||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Barbara Dušak||20||[http://mmbr.asm.org/content/69/4/585.full Sinteza bakterijske celične stene]||Erik Mršnik||Julija Mazej||Ellen Malovrh||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Matej Vrhovnik||20||Moj izbrani naslov||Katja Leben||Estera Merljak||Suzana Semič||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Filip Mihalič||21||Moj izbrani naslov||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Samo Zakotnik||21||Moj izbrani naslov||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Mirjana Malnar||21||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409001418 Adipokini - vpliv na metabolizem lipidov in PPAR]||Bojana Lazović||Ajda Rojc||Ana Grom||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Sara Lorbek||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410000915 Glutaminska odvisnost rakavih celic]||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Ellen Malovrh||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000407002150 Biosinteza hema v plazmodiju]||Špela Tomaž||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Suzana Semič||22||Moj izbrani naslov||Monika Biasizzo||Janez Meden||Griša Prinčič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Katarina Tolar||23||Moj izbrani naslov||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Aleksander Benčič||23||Moj izbrani naslov||Barbara Dušak||Erik Mršnik||Julija Mazej||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Ana Grom||23||Moj izbrani naslov||Matej Vrhovnik||Katja Leben||Estera Merljak||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju (peta izdaja), v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti članek iz revije [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS], če tam ne najdete primerne teme, lahko izberete tudi pregledni članek iz kakšne druge revije, ki ima faktor vpliva nad 5. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2012|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte avtorju in Gunčarju.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dHc2d2pCbDBWNzl5VHZaQUk1SG1HeVE6MA recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDZZOVVFNkwxb0JMeUFaMGltOVQ4aHc6MA mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2012

2012-11-22T12:08:29Z

MaticKovacic: /* Seznam seminarjev */

== Novice za študente ==
[https://www.google.com/calendar/embed?src=94r835uhlqu6sornlvmnldb5d0%40group.calendar.google.com&ctz=Europe/Belgrade Razpored izpitnih rokov in kolokvijev ter nekaterih kolokvijev iz vaj]

= Biokemijski seminar =
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak petek od 9:00 do 12:00.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Erik Kristian Janežič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0962892412000694 Hippo signalna pot in matične celice ]||Filip Mihalič||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Dejan Marjanovič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0014482707001450 Vpliv in delovanje vimentina v celični signalizaciji in pomen poznavanja teh mehanizmov]||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Griša Prinčič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000411001149 Vpliv T3SS sekretov na odziv gostiteljske celice]||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||Ajda Rojc||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Maja Kostanjevec||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000401018059# Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]||Sara Lorbek||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Julija Mazej||14||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002072 Metabolizem glukoze v živčnih celicah]||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||Ana Kunšek||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Estera Merljak||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S096800041200059X Vloga PKM2 v rakavih celicah]||Suzana Semič||Monika Biasizzo||Janez Meden||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Jernej Pušnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410001702 Uravnavanje metabolnih poti z acetilacijo proteinov]||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Rok Razpotnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304419X12000534 Metabolizem rakastih celic in njegova regulacija]||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||Erik Mršnik||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Ajda Rojc||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001448271000282X Metabolizem skeletnih mišic]||Ana Grom||Matej Vrhovnik||Katja Leben||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Tomaž Rozmarič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810006869 Crabtree in Warburg efekt: izvor energije rakavih celic]||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||Matic Kovačič||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Kunšek||16||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000406000843 Večfunkcionalnost akonitaze]||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Janez Meden||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304416511003059 NADH-fumarat reduktaza - primerna tarča za zdravljenje s kemoterapijo]||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Cirnski||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0163782701000224 Peroksisomalna razgradnja maščobnih kislin]||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||Nastja Pirman||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Erik Mršnik||17||[http://www.nature.com/nrneurol/journal/v3/n3/full/ncpneuro0421.html Adrenolevkodistrofija]||Julija Mazej||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Katja Leben||17||[http://journals.lww.com/co-lipidology/Abstract/2002/06000/Metabolic_effects_of_thia_fatty_acids.10.aspx Tio maščobne kisline]||Estera Merljak||Suzana Semič||Monika Biasizzo||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Matic Kovačič||18||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1097276511000037# Sirt3 ob dieti spodbuja cikel sečnine in oksidacijo maščobnih kislin]||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Zala Gluhić||18||Moj izbrani naslov||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Bojana Lazović||18||Moj izbrani naslov||Ajda Rojc||Ana Grom||Matej Vrhovnik||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Nastja Pirman||19||Moj izbrani naslov||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Špela Tomaž||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001085450700183X Inhibicija fotosinteze]||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Monika Biasizzo||19||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002138 Mitohondrijski razklopni proteini]||Janez Meden||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||20||Moj izbrani naslov||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Barbara Dušak||20||[http://mmbr.asm.org/content/69/4/585.full Sinteza bakterijske celične stene]||Erik Mršnik||Julija Mazej||Ellen Malovrh||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Matej Vrhovnik||20||Moj izbrani naslov||Katja Leben||Estera Merljak||Suzana Semič||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Filip Mihalič||21||Moj izbrani naslov||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Samo Zakotnik||21||Moj izbrani naslov||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Mirjana Malnar||21||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409001418 Adipokini - vpliv na metabolizem lipidov in PPAR]||Bojana Lazović||Ajda Rojc||Ana Grom||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Sara Lorbek||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410000915 Glutaminska odvisnost rakavih celic]||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Ellen Malovrh||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000407002150 Biosinteza hema v plazmodiju]||Špela Tomaž||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Suzana Semič||22||Moj izbrani naslov||Monika Biasizzo||Janez Meden||Griša Prinčič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Katarina Tolar||23||Moj izbrani naslov||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Aleksander Benčič||23||Moj izbrani naslov||Barbara Dušak||Erik Mršnik||Julija Mazej||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Ana Grom||23||Moj izbrani naslov||Matej Vrhovnik||Katja Leben||Estera Merljak||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju (peta izdaja), v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti članek iz revije [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS], če tam ne najdete primerne teme, lahko izberete tudi pregledni članek iz kakšne druge revije, ki ima faktor vpliva nad 5. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2012|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte avtorju in Gunčarju.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dHc2d2pCbDBWNzl5VHZaQUk1SG1HeVE6MA recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDZZOVVFNkwxb0JMeUFaMGltOVQ4aHc6MA mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2012

2012-11-22T12:07:42Z

MaticKovacic: /* Seznam seminarjev */

== Novice za študente ==
[https://www.google.com/calendar/embed?src=94r835uhlqu6sornlvmnldb5d0%40group.calendar.google.com&ctz=Europe/Belgrade Razpored izpitnih rokov in kolokvijev ter nekaterih kolokvijev iz vaj]

= Biokemijski seminar =
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak petek od 9:00 do 12:00.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Erik Kristian Janežič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0962892412000694 Hippo signalna pot in matične celice ]||Filip Mihalič||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Dejan Marjanovič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0014482707001450 Vpliv in delovanje vimentina v celični signalizaciji in pomen poznavanja teh mehanizmov]||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Griša Prinčič||12||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000411001149 Vpliv T3SS sekretov na odziv gostiteljske celice]||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||Ajda Rojc||19.10.2012||23.10.2012||26.10.2012
|-
| Maja Kostanjevec||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000401018059# Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]||Sara Lorbek||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Julija Mazej||14||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002072 Metabolizem glukoze v živčnih celicah]||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||Ana Kunšek||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Estera Merljak||14||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S096800041200059X Vloga PKM2 v rakavih celicah]||Suzana Semič||Monika Biasizzo||Janez Meden||26.10.2012||05.11.2012||09.11.2012
|-
| Jernej Pušnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410001702 Uravnavanje metabolnih poti z acetilacijo proteinov]||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Rok Razpotnik||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304419X12000534 Metabolizem rakastih celic in njegova regulacija]||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||Erik Mršnik||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Ajda Rojc||15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001448271000282X Metabolizem skeletnih mišic]||Ana Grom||Matej Vrhovnik||Katja Leben||05.11.2012||09.11.2012||16.11.2012
|-
| Tomaž Rozmarič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810006869 Crabtree in Warburg efekt: izvor energije rakavih celic]||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||Matic Kovačič||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Kunšek||16||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000406000843 Večfunkcionalnost akonitaze]||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||Zala Gluhić||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Janez Meden||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304416511003059 NADH-fumarat reduktaza - primerna tarča za zdravljenje s kemoterapijo]||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||Bojana Lazović||09.11.2012||16.11.2012||23.11.2012
|-
| Ana Cirnski||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0163782701000224 Peroksisomalna razgradnja maščobnih kislin]||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||Nastja Pirman||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Erik Mršnik||17||[http://www.nature.com/nrneurol/journal/v3/n3/full/ncpneuro0421.html Adrenolevkodistrofija]||Julija Mazej||Ellen Malovrh||Špela Tomaž||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Katja Leben||17||[http://journals.lww.com/co-lipidology/Abstract/2002/06000/Metabolic_effects_of_thia_fatty_acids.10.aspx Tio maščobne kisline]||Estera Merljak||Suzana Semič||Monika Biasizzo||16.11.2012||23.11.2012||30.11.2012
|-
| Matic Kovačič||18||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867410011384 Sirt3 ob dieti spodbuja cikel sečnine in oksidacijo maščobnih kislin]||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||Jakob Gašper Lavrenčič||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Zala Gluhić||18||Moj izbrani naslov||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||Barbara Dušak||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Bojana Lazović||18||Moj izbrani naslov||Ajda Rojc||Ana Grom||Matej Vrhovnik||23.11.2012||30.11.2012||07.12.2012
|-
| Nastja Pirman||19||Moj izbrani naslov||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||Filip Mihalič||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Špela Tomaž||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001085450700183X Inhibicija fotosinteze]||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||Samo Zakotnik||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Monika Biasizzo||19||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S0968000409002138 Mitohondrijski razklopni proteini]||Janez Meden||Griša Prinčič||Mirjana Malnar||30.11.2012||07.12.2012||14.12.2012
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||20||Moj izbrani naslov||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||Sara Lorbek||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Barbara Dušak||20||[http://mmbr.asm.org/content/69/4/585.full Sinteza bakterijske celične stene]||Erik Mršnik||Julija Mazej||Ellen Malovrh||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Matej Vrhovnik||20||Moj izbrani naslov||Katja Leben||Estera Merljak||Suzana Semič||07.12.2012||14.12.2012||21.12.2012
|-
| Filip Mihalič||21||Moj izbrani naslov||Matic Kovačič||Jernej Pušnik||Katarina Tolar||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Samo Zakotnik||21||Moj izbrani naslov||Zala Gluhić||Rok Razpotnik||Aleksander Benčič||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Mirjana Malnar||21||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409001418 Adipokini - vpliv na metabolizem lipidov in PPAR]||Bojana Lazović||Ajda Rojc||Ana Grom||17.12.2012||21.12.2012||04.01.2013
|-
| Sara Lorbek||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000410000915 Glutaminska odvisnost rakavih celic]||Nastja Pirman||Tomaž Rozmarič||Erik Kristian Janežič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Ellen Malovrh||22||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000407002150 Biosinteza hema v plazmodiju]||Špela Tomaž||Ana Kunšek||Dejan Marjanovič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Suzana Semič||22||Moj izbrani naslov||Monika Biasizzo||Janez Meden||Griša Prinčič||21.12.2012||04.01.2013||11.01.2013
|-
| Katarina Tolar||23||Moj izbrani naslov||Jakob Gašper Lavrenčič||Ana Cirnski||Maja Kostanjevec||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Aleksander Benčič||23||Moj izbrani naslov||Barbara Dušak||Erik Mršnik||Julija Mazej||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|-
| Ana Grom||23||Moj izbrani naslov||Matej Vrhovnik||Katja Leben||Estera Merljak||04.01.2013||11.01.2013||18.01.2013
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju (peta izdaja), v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti članek iz revije [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS], če tam ne najdete primerne teme, lahko izberete tudi pregledni članek iz kakšne druge revije, ki ima faktor vpliva nad 5. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2012|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte avtorju in Gunčarju.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dHc2d2pCbDBWNzl5VHZaQUk1SG1HeVE6MA recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDZZOVVFNkwxb0JMeUFaMGltOVQ4aHc6MA mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar-2012

2012-04-04T21:45:40Z

MaticKovacic: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||TAL efektorji - proteini za urejanje genov||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105141141.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm povezava]||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Študije golih krtovskih podgan ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223182512.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matic Urlep
|-
| Ana Grom||Visokotehnološko zaznavanje rakavih celic dojk||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/10/111028082715.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Svetlobno stikalo za bolečino|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120222093506.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Kako lizocimi v solzah uničijo nevarne bakterije||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120119143332.htm povezava]||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Telomeri in nesmrtnost celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152612.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Specifično gibanje motornega proteina Dineina||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120113210652.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Razvoj plastidov in Paulinella||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120227152819.htm povezava]||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Rubisco aktivaza|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111108104620.htm povezava] ||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Aktinidni kelatorji||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120306181212.htm povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Funkcionalne posledice spremenjenih podenot v RNA polimerazah|| [http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120301143743.htm povezava] ||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120223142628.htm]||23.03.||28.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Sintetični protein Oct4 amplificira gene matičnih celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216133922.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Kronični stres vodi do poškodb DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Nove spojine, ki preprečujejo širjenje in izboljšajo zdravljenje raka||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120328142753.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Epigenetska blokada kognitivnih funkcij pri Alzheimerjevi demenci||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120229155534.htm||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Možganski parazit Toxoplasma gondii in njegov vpliv na "možgansko kemijo"||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/11/111104102125.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Matic Urlep||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Pridobivanje elektrike s stratosferskimi bakterijami||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221212614.htm povezava]||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Vloga signalne poti TOR pri regeneraciji tkiv||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120320161318.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Ajda Rojc||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Staranje celic||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120123101831.htm povezava]||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matej Vrhovnik
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120203180905.htm povezava]||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216143957.htm povezava]||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216094728.htm||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Proteini za zaznavanje bolečine||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120219143049.htm povezava]||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Nanotablete||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120316145755.htm povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Odkriti novi krvni skupini||[http://www.nature.com/ng/journal/v44/n2/abs/ng.1069.html povezava]||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Poprava DNA pri oskidativni škodi||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/12/111227153752.htm]||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1 Povzetki seminarjev

2012-04-04T21:37:40Z

MaticKovacic:

== Gregor Gunčar: Sintetični DNA vezavni proteini ==
Povzetek- 200 besed
ejksfjksadnfjkdsaf adhsk fhdsajklf kjldsah fsadh fhjklsadh jfkhads jklfhads jkfaljkfh jklsdahf jkdsah fljkdsah fjklsadh fjkhdsa jkflhasd ljfhk

== Ana Cirnski: TAL efektorji - proteini, ki urejajo gene ==
TAL (transcription activator – like) efektorji so regulatorni proteini, ki vplivajo na delovanje RNA polimeraze pri prepisovanju DNA. Z vezavnimi domenami se vežejo na specifična zaporedja baz na dvojni vijačnici in tako uravnavajo hitrost sinteze proteinov. Najbolj znani regulatorni proteini so motiv cinkovega prsta, motiv levcinske zadrge in motiv vijačnica – obrat – vijačnica.

TAL efektorje so odkrili v bakteriji vrste Xanthomonas, ki jih je uporabljala za reprogramiranje gostiteljskih celic, tako da so te sintetizirale proteine, ki so ustrezali bakteriji.

Domena TAL efektorja, ki se veže na DNA vsebuje 1-35 TAL ponovitev. Vsaka ponovitev je specifična za en bazni par na DNA in vsebuje 33-35 aminokislin (zadnja je okrnjena na 20 aminokislin), ki so vedno na istem mestu. Izjema sta mesti 12 in 13, znani tudi kot RVD mesti (repeat variable diresidues), ki določata specifičnost med efektorjem in DNA verigo.

TAL efektorji se med seboj ločijo po aminokislinskem zaporedju in številu njihovih ponovitev. Od teh lastnosti je odvisna specifičnost efektorja.
Za prepoznavo specifičnih mest na DNA sta odgovorni RVD mesti, ki določata, kam se bo efektor vezal. Obstaja tudi posebna koda po kateri se en par aminokislin veže na določen nukleotid. TAL ponovitve nimajo medsebojnega vpliva zato jih je lažje sestavljati in tako spremeniti efektor.
Uporabljajo se lahko kot umetni restrikcijski encimi (TALEN) za dvoverižne prekinitve DNA (DSB – [double–strand breaks]), kar povzroči v celici popravljalne mehanizme in vodi do sprememb v genskem zapisu. Lahko pa tudi kot transkripcijski faktor (dTALE) za vklapljanje in izklapljanje genov.

Čeprav je o TAL efektorjih še veliko neznanega, kažejo možnosti za široko uporabo na področju biotehnologije in genetike za izboljševanje lastnosti živil in zdravljenje nekaterih bolezni (HIV).

== Griša Prinčič: DNK nanotehnologija ==
Nanotehnologija je ustvarjanje in inženiring funkcionalnih sistemov na atomskem in molekularnem nivoju. DNK nanotehnologija je veja nanotehnologije, ki izkorišča strukturne in kemijske lastnosti DNK molekule ter iz nje sestavlja strukture, ki ne nosijo informacijskega zapisa in so v velikosti do nekaj 100 nanometrov. Najpomembnejši del pri sintezi DNK makromolekul je optimizirano zaporedje nukleinskih kislin. Sekundarno strukturo lahko tvori več različnih zaporedij baz, vendar bo velika večina teh zaporedij imela tudi negativne medsebojne interakcije, kar bi lahko privedlo do spremembe v obliki sekundarne strukture. DNK molekula ima sposobnost samosestavljanja (self-assembly). Pod določenimi pogoji lahko enotno daljšo verigo DNK pripravimo do zvijanja (folding) oz. tvorbe določene (želene) strukture.

V seminarski nalogi se bom osredotočil predvsem na razvoj tako imenovanih nanorobotov, ki služijo kot specializiran dostavni sistem signalnih molekul do celic v človeškem telesu. Ob aktivaciji receptorja se kapsula odpre in na mesto dostavi signalne ali druge molekule.

Pripravljeni so bili nanoroboti v obliki heksagonalnega »soda«, ki so sposobni prepoznati okvarjene ali rakaste celice s pomočjo aptamernega receptorja, ki služi tudi kot »ključavnični mehanizem«. Učinkovitost prepoznavanja celic in »ključavničnega mehanizma« je bila preizkušena na šestih vrstah rakastih celic. Celic Burkitt-ovega limfoma nanoroboti niso prepoznali (se niso aktivirali), pri ostalih petih vzorcih je bila aktivacija potrjena.

== Bojana Lazović: Vloga prionov pri preživetju divjih kvasovk ==
Kvasovke imajo pomembno vlogo pri odkrivanju in spoznavanju lastnosti prionov. Raziskave na njih lahko močno pomagajo tudi pri razumevanju prionskih bolezni, ki se pojavljajo pri ljudeh.
Znano je, da je velika posebnost prionov ta, da se lahko razmnožujejo brez DNK zapisa. Znanstveniki so pri raziskavah na laboratorijskih kulturah kvasovk prišli do pomembnih ugotovitev, glede vloge prionov pri dedovanju v kvasovkah. Razne konformacije proteinov v teh celicah imajo pomembno vlogo pri epigenetskem dedovanju, to je dedovanju, ki ni odvisno od zapisa na DNK verigi. S svojim delovanjem ustvarjajo dedne fenotipske lastnosti, njihova raznolikost pa spodbuja preživetje v spreminjajočih se okoljih in vpliva na razvoj novih lastnosti. Toda te lastnosti so potrdili le v laboratorijskih kulturah. Zato se je porajalo vprašanje, če enako velja tudi v naravi oz. za »divje« vrste kvasovk ali so ugotovljene značilnosti le umetno vzpodbujene v laboratoriju. Iz tega razloga so biokemično testirali okoli 700 različnih sevov vrste kvasovk Saccharomyce, da bi ugotovili če imajo prisotne prione. Rezultati so potrdili prejšnje raziskave. Tako so potrdili tezo, da prioni v splošnem urejajo nekatere dedne lastnosti v naravi, na način ki korenito poveča sposobnost prilagajanja.

== Vesna Radić: Odziv imunskega sistema z IFN-λ ==
Imunost je sposobnost obrambe telesa pred tujimi oz. škodljivimi snovmi, ki jih imenujemo tudi antigeni. Ko se ti pojavijo v telesu, jih imunski sistem prepozna in se odzove tako, da jih skuša uničiti na različne načine.
IFN lambda že dolgo veljajo kot pomembno orožje v imunskem sistemu v obrambi proti virusom, bakterija, parazitom in tudi tumorom. So namreč interferoni, saj so zmožni posegati v razmnoževanje in delovanje patogenov. Interferoni so celične beljakovine sposobne komuniciranja med celicami in tako na razne načine sprožitve delovanja imunskega sistema. IFN-λ so del razreda II citokinov. Lambda je podoben α, saj oba delujeta proti virusom. Razlika med njima je ta, da IFN-α lahko proizvedejo vse celice, ki imajo jedro, IFN-λ pa le nekaj določenih celic. Makrofagi proizvajajo IFN-λ za odziv na virusne in/ali bakterijske okužbe. Citokin IFN lambda se ustvari predvsem iz limfocita CD8+ T – spominske celice. T celice se aktivirajo ob prisotnosti že znanega antigena če ne pa živijo v neaktivnem stanju, ko se pa znova srečajo z že znanim antigenom, sprostijo IFN-λ.
Regulacija sproščanja IFN-λ še ni povsem znana; na podlagi novih študij izvemo, da se lahko sprostijo tudi brez aktivacije pri kontaktu z antigeni. Prav tako so odkrili tudi, da imajo ti interferoni pomembno vlogo pri zdravljenju hepatitisa B in C, astme in raka.
== Julija Mazej: Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule ==
Lipoproteini so raznovrstni delci, sestavljeni iz proteinskega in holesterolnega dela. Na podlagi deleža proteinov in holesterola v posameznem delcu ločimo 5 vrst lipoproteinov: hilomikrone, LDL,HDL,VLDL in IDS. V seminarju se bom omejila na dva, ki imata še posebej veliko vlogo pri transportu holesterola po krvni plazmi. HDL je lipoprotein visoke gostote in ima prevladujoč proteinski del. Znan je tudi kot dober holesterol, saj prenaša presežni holesterol iz celic do jeter, kjer poteče razgradnja. LDL pa je lipoprotein, ki prenaša holesterol v obratni smeri. V kolikor ima celica dovolj holesterola, se prične ta kopičiti na stenah žil, kar vodi do kardiovaskularnih bolezni. Pred kratkim so znanstveniki odkrili mehanizem pretvorbe dobrega holesterola v slab holesterol, preko majhne molekule CETP. Molekula deluje kot most med obema lipoproteinoma in prečrpa holesterol iz HDL v LDL. To odkritje daje nove perspektive na področju zdravljenja kardiovaskularnih bolezni, ki so glavni vzrok bolezni in prezgodnje smrti v Evropski Uniji in razvitem svetu. Učinkovito zdravilo, bi torej moralo inhibirati delovanje CETP molekule. Po rezultatih raziskave medicinske univerze na Dunaju, pa takšno zdravilo nebi pomagalo pacientom z ledvično odpovedjo. Pri nekaterih pacientih na dializi so namreč izsledili nefunkcionalen HDL. Spregovorila bom tudi o nastanku "ultra slabega" LDL, pri starejših in obolelih za diabetesom tipa 2.

== Ana Grom: Visokotehnološko odkrivanje rakavih celic dojk ==
Rak na dojkah je v današnjem svetu kar velik problem pri ženskah. Metode, ki se uporabljajo za zaznavo le tega, pa niso dovršene. Vsaka od njih (mamografija, ultrazvok, magnetna resonanca in druge) ima kakšno slabo lastnost. Metode, ki bi bila zdravju popolnoma neškodljiva, nezmotljiva, kratkotrajna in cenovno lahko dostopna še ni odkrita. Zato so znanstveniki prišli na idejo, da bi poizkusili z nanodelci detektirati rakave celice. Najprej so si izbrali Her2 protein (Human epidermal growth factor receptor 2), ki bo tarča teh nanodelcev. Za protein so predhodno vedeli, da se v 30% rakavih celic dojk čezmerno izraža. Da bi se magnetni nanodelci usmerili proti rakavim celicam in nanje tudi vezali, so ustvarili nanodelce povezane s protitelesi za Her2 protein. Nato, ko bi se nanodelci vezali na celice, pa bi s posebnimi občutljivimi napravami zaznavali te nanodelce in s tem tudi rakave celice v telesu. Poskusi, ki so jih izvedli, da bi potrdili svoja predvidevanja so bili zelo spodbudni. Uspelo jim je dokazati, da se nanodelci resnično v večji meri vežejo na celice, ki imajo več Her2 receptorjev (rakave celice). Nekaj izmed metod, s katerimi so prišli do teh rezultatov, bom tudi sama predstavila.

== Robert Berger: Svetlobno stikalo za bolečino ==
S podaljševanjem življenjske dobe in vse bolj tveganimi življenjskimi slogi v današnjem času ne moremo mimo bolečin, pa naj bodo akutne ali kronične, zato si medicina prizadeva, da bi jih, če jih že ne more odpraviti, vsaj lajšala. Vendar pri analgetikih in anastetikih pogosto naletimo na sistemske stranske učinke in odvisnosti, zato je odkrivanje novih vrst anastetikov in analgetikov eden pomembnejših ciljev farmacevtske industrije. Quaternary ammonium – azobenzene – quaternary ammonium oziroma QAQ je ena izmed možnih rešitev pri nadzoru bolečine. Sicer obstajajo optogenetske metode za uravnavanje aktivnosti nociceptorjev (bolečinskih receptorjev), vendar so pogosto preveč invazivne, saj zahtevajo spremembo DNK in lahko vodijo v trajne genetske spremembe, kar pa ni vedno zaželeno. QAQ s svojo strukturo omogoča blokado ionskih kanalov v nociceptorjih in tako prepreči bolečinski signal. Njegova posebnost pa je v njegovi strukturi, saj ga lahko z določenimi valovnimi dolžinami svetlobe (380 in 500 nm) spreminjamo med cis in trans izomerom, pri čemer cis izomer dovoljuje nemoten pretok Na+ in Ca2+ ionov, trans izomer pa zapre ionski kanal. Tako lahko prostorsko in tudi časovno nadzorujemo njegovo aktivnost. Pri podobnih anastetikih, kot so npr lidokain, ki deluje na podoben način kot QAQ izomerizacija in s tem tudi časovni nadzor nista možna.

== Erik Janežič:Raziskave golih krtovskih podgan (GKP) ==
Tekom zgodovine je velika večina tehnoloških iznajdb našla navdih v živalskem svetu. Danes pa morda prav živali kot so gole krtovske podgane, skrivajo odgovera na nekatera največja vprašanja človeštva kot sta zdravljenje raka in staranje. Gole krtovske podgane niso pritegnile posebne pozornosti med zannstveniki, dokler ni bil v 2. trtjini 20. stoletja pri njih odkrit eusocialen način življenja. Do danes so bile odkrite izjemna lasttnosti golih krtovskih podgan kot naprimer; odpornost na raka, na hipooksično okolje, neobčutljivost na iritacijo s kislinami ter izredno dolga življenska doba v primerjavi z drugimi glodalci. V seminarski nalogi vam bom predstavil nekaj splošnih značilnosti golih krtovskih podgan in njihove odpornosti na rakava obolenja, podrobneje pa bom predstavil raziskavo, ki se je ukvarjala z opazovanjem intracelularnega kalcija pri izpostavitvi možganskih celic GKP hipooksičnem okolju. Povečane koncentracije intracelularnega kalcija v možganskih celicah je namreč glavni razlog, da celice odmrejo oziroma imajo trajne poškodbe strukture in funkcije.

== Špela Tomaž: Specifično gibanje motornega proteina dineina ==
Za normalno delovanje celic in potek celičnih procesov, so med drugim izredno pomembne funkcije transporta, organizacije ter gibanja celičnih delov in organelov. Nalogo opravljajo tako imenovani motorni proteini, ki aktivno prenašajo tovor z enega dela celice na drugega, s svojim gibanjem omogočijo delovanje bičkov ter migetalk in so odgovorni tudi za gibanje mišic. Posebej zanimiva je mehanika njihovega premikanja, saj zaradi sprememb v konformaciji njihovih sestavnih proteinov dobesedno korakajo po svoji bazi (mikrotubuli ali aktinski filamenti). Medtem ko je kinetika gibalnih proteinov miozinov in kinezinov že raziskana, pa je premikanje tretje vrste, dineinov, še vedno slabo poznano. Dineini se v mnogih strukturnih lastnostih od ostalih vrst razlikujejo, kar posledično vpliva tudi na njihovo korakanje, ki ni urejeno in periodično, tako kot pri miozinih in kinezinih. Sposobni so različno dolgih korakov, ne le naprej in nazaj, temveč tudi vstran pod različnimi koti. Izmenično preklapljajo med koordiniranim in nekoordiniranim gibanjem in so nepredvidljivi ter dinamični, kar bi jim predvidoma lahko prinašalo mnoge ugodnosti in boljše sposobnosti prilagoditve. V seminarski nalogi bom opisala nekatere ugotovitve nedavnih raziskav ter predstavila nekatere odkrite značilnosti gibanja dineina.

== Samo Zakotnik: Telomeri in nesmrtnost celic ==

Človeštvo že odkar obstaja sanja o nesmrtnosti, o večnem življenju. Medicina je skozi človeško zgodovino uspešno podaljševala življenja z odkrivanjem vedno novih zdravil in zdi se, da je v prihodnosti možno doseči nesmrtnost, toda le, če bomo premagali staranje. Starost samih celic pa je močno povezana z dolžino telomerov. Telomer je ponavljajoče se zaporedje nukleotidov, ki ščitijo kromosome pred poškodbami. Premajhna dolžina telomerov naj bi vodila v razvoj škodljivih mutacij in razvoju onkogenov, ki vodijo v nastanek raka. Da bi lahko preprečili škodljivo krajšanje telomerov moramo podrobno preučiti mehanizme, ki zagotavljajo ohranjanje dolžin telomerov v okvirjih, ki niso potencialno škodljivi, ali celo omogočajo obnavljanje telomerov in njihovo podaljševanje, kar bi vodilo do celične nesmrtnosti. Vse to je povezano s samo zgradbo telomerov in delovanjem telomeraze, encima, ki skrbi za podaljševanje telomerov.
V drugem delu seminarja pa bom predstavil mehanizme somatskega obnavljanja telomerov in posledice inhibicije telomeraze na primeru ploskih črvov vrste Schmidtea mediterranea. Vrsta je predmet preučevanja že več kot 200 let zaradi izjemnih sposobnosti regeneracije, v sedanjem času pa postaja vse pomembnejši modelni organizem za preučevanje telomer in delovanja telomeraz. Leta 2010 so podelili Nobelovo nagrado za medicino in fizlologijo prav za odkritje, kako so konci kromosomov zaščiteni s telomeri in za odkritje encima telomeraze.

== Zala Gluhić: Rubisco aktivaza ==

Rubisco je encim, ki v temotnih reakcijah fotosinteze katalizira pretvorbo sladkorja ribuloza-1,5-bifosfat v molekuli 3-fosfoglicerata, iz katerih se nato lahko tvori glukoza. Vezava ribuloze-1,5-bifosfata na nekarboksiliran encim Rubisco inhibira. Za nemoten potek fotosinteze je potrebno sladkor odstraniti, kar v rastlinah poteka s pomočjo ATP odvisnega procesa z encimom Rubisco aktivaza. Rubisco aktivaze delimo na zeleni in rdeči tip. Struktura pri zelenem tipu je bila pojasnjena s pomočjo Rubisco aktivaze, poimenovane Rca, pri vrsti tobakovca N. tabacum. Pri rdečem tipu so bili izolirani kristali kompleksa iz rdeče alge R. sphaeroides (Rubisco aktivazo so poimenovali Cbbx). Pri obeh proteinih so odkrili podobno zgradbo. Sestavljena sta iz dveh domen - α/β poddomene ter α-vijačnica poddomene. Za svoje delovanje potrebujeta ATP, tvorita heksamerne obročaste strukture, na sredini katerih se nahaja pora. Zaenkrat mehanizem njunega delovanja še ni pojasnjen. Sklepajo, da gre pri Rca za premestitev Rubisca do centralne pore, kjer zanke destabilizirajo Rubiscovo aktivno mesto. Pri Cbbx pa verjetno sodeluje podaljšan C-konec Rubisca, ki ga aktivaza potegne v poro in s tem sprosti zanko, ki na Rubiscu veže sladkor, zato se sladkor lahko odcepi in Rubisco spet normalno deluje naprej.

== Katarina Tolar: Razvoj plastidov (kloroplastov) in Paulinella ==

Endosimbioza in posledično razvoj organelov je še vedno dokaj nepojasnjena. Čeprav je čedalje več rezultatov raziskav, ki endosimbiotsko teorijo potrjujejo in razlagajo. Najprimernejši in najuporabnejši organizem za raziskovanje in preučevanje tega dela evolucije je organizem Paulinella chromatophora. Ta organizem je najprimernejši, ker znanstveniki verjamejo, da je to najbolj izvoren še živeč fotosintetski protist. P. chromatophora naj bi bil en prvih organizmov, ki je vključil cianobakterije. Plastidi, ki so vključeni v različnih vrstah protistov se med seboj razlikujejo. Ugotovili so, da je genom plastida močno reduciran, v nekaterih vrstah plastidov bolj, v drugih manj. Vendar so med njimi velike podobnosti. Prav tako so dokazali, da so se plastidi res razvili iz cianobakterij, saj obstaja ogromna podobnost med genomi cianobakterij in genomi plastidov. Ker je genom plastidov močno zreduciran, so posledično plastidi močno odvisni od jedra. Zato so plastidi in gostiteljska celica razvili Tic in Toc premestitven sistem, ki omogoča prenos proteinov, ki so pomembni za gradnjo in razvoj plastidov iz citoplazme v sam plastid. Ta premestitveni sistem se je razvijal skupaj z rastlinami. Vendar je ohranjal tudi cianobakterijske lastnosti. To je še en dokaz, ki potrjuje endosimbiotsko teorijo.

== Barbara Dušak: Funkcionalne posledice spremenjenih podenot v RNA polimerazah ==

RNA polimeraze so encimi, ki usmerjajo transkripcijo DNA in sodelujejo pri genski regulaciji. V vseh evkariontskih organizmih so prisotne tri različne RNA polimeraze (I, II, III), rastline pa imajo še dve dodatni polimerazi RNA (IV in V). Polimeraze RNA II, IV in V so sestavljene iz 12 različnih podenot, ki imajo različne vloge. Izbrana raziskava se je osredotočila na delovanje devete podenote, ki ima dve različici, 9a in 9b, v Pol II, IV in V pri rastlini Arabidopsis thaliana. Izkazalo se je, da imata nefunkcionalni podenoti različne posledice na delovanje polimeraz. Raziskave so izvajali s križanjem rastlin divjega tipa z mutantkami 9a-1 in 9b-1, nato pa opazovali spremembe v organizmu. Heterozigoti 9a-1 niso kazali nobenih sprememb, 9b-1 pa so se fenotipsko razlikovali od divjega tipa. Homozigoti za mutirani različici obeh genov se sploh niso razvili.
Predstavila bom spremembe, ki so se pojavile na molekularnem nivoju, v povezavi s tem, kar je že znano o delovanju polimeraz RNA.

== Rok Razpotnik: Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA (nehemaglutinirajočimi proteini) ==

Botulinum toksin je najmočnejši do sedaj odkriti nevrotoksin. Botulinum nevrotoksin je možen agent za bioterorizem, po drugi strani pa se uporablja v terapijah in kozmetični industriji, znan pod imenom botox. V obeh primerih deluje kot inhibitor acetilholina, pri čemer napade živčne celice. Preden pa uspe priti do živčnih celic, ki nadzirajo delovanje mišic, mora toksin, pri zaužitju, iti skozi dolgo pot – preko celotne prebavne poti, kjer so prisotni številni prebavni encimi in izredno močno kislinsko okolje, do črevesja, kjer je nato vsrkan v krvni obtok, kjer se prevaža vse do živčnih celic. V seminarski nalogi vam bom predstavil organizem, ki proizvaja omenjeni nevrotoksin; bolezensko stanje, ki ga povzroča kontaminacija z botulinum toksinom; strukturo ter mehanizem delovanja, ter na koncu izsledke raziskave, kjer so ugotovili mehanizem delovanja kompleksa, v katerem je nevrotoksin vezan pri poti skozi prebavni trakt. V raziskavi so ugotovili, da se botulinum toksin veže v zaprt in stabilen kompleks z netoksičnim nehemaglutinirajočim proteinom (NTNHA), ta pa ga varuje pred ekstremnimi pogoji v želodcu (nizek pH, delovanje prebavnih proteaz). Kompleks se razpusti ko ta preide v črevesje, kjer vlada nevtralna pH vrednost. Tako prosti botulinum toksin v črevesju vstopi v krvožilje, ki potuje naprej do kolinergičnih nevronov, ker povzroči inhibicijo acetilholina. To se kaže v paralizmu mišic. Ugotovili so torej, da je mehanizem vezave botulinum toksina ter NTNHA ter preživetja nevrotoksina pogojen z mehanizmom spremembe pH vrednosti.

== Erik Mršnik: Vloga Oct4 pri izražanju genov matičnih celic ==

Med sesalčevim razvojem je potrebno, da iz ene totipotentne celice nastane več kot dvesto različnih tipov celic. Inducirane pluripotentne zarodne celice (ali krajše iPSCs) je možno pridobivati tudi iz somatskih celic z ekspresijo transkripcijskih faktorjev, ki so navadno izraženi v ESCs. Pluripotentno stanje se da vzdrževati z določenimi citokini. Na primer z LIF-om ali BMP4.
Transkripcijski faktor Oct 4 (iz družine PouV) je osnoven za nastajanje in vzdrževanje iPSCs in ESCs. Če ga odstranimo, povzročimo diferenciacijo teh celic. Oct4 se izraža tudi v fazi gastrulacije matičnih celic, kjer blokira prezgodnjo diferenciacijo. Kljub mnogim raziskavam pa še vedno ni povsem znano, kako Oct4 deluje kot transkripcijski faktor pri reguliranju diferenciacije. Nekateri eksperimenti so pokazali, da lahko deluje kot aktivator ali represor genske transkripcije.
Odkrili so, da se Oct4 pri svojem delovanju združuje z nekaterimi drugimi transkripcijskimi faktorji. Predvsem z Sox2 (iz družine HMG) in Nanog. Ti naj bi istočasno kontrolirali izražanje genov in regulirali razvoj ESCs.
V tej študiji so se posvetili derivatom Oct4, ki so jih izdelali izključno kot aktivatorje ali represorje transkripcije. Vsak protein ima PouV DNA-prepoznavno sekvenco združeno z močno aktivacjsko (VP16) ali represijsko (Engrailed ali HP1) regijo transkripcije. Tekom študije so ugotovili, da pravzaprav samo aktivatorska oblika povzroči nastanek iPSCs. Aktivatorska fuzija vzdržuje rast in pluripotentnost mišjih ESCs, ki jim manjka »divjega tipa« Oct4. Oct4-aktivatorska fuzija lahko prepreči pluripotentost ne glede na pisotnost LIF-a. Predvidevajo, da delovanje Oct4 kot aktivatorja zadošča za povzročitev nastanka iPSC in vzdrževanje ESCs.

== Matej Vrhovnik: Nove spojine, ki preprečujejo širjenje in izboljšajo zdravljenje raka ==

Glioblastom je oblika agresivnega malignega raka, ki se razvije iz vezivnega tkiva v možganih. Po operaciji imajo pacienti naveč 2 leti življenja, brez zdravljena nekje do 3 mesece. Problem se pojavi po operaciji, kjer se odstrani do 99% rakastega tkiva in obsevanju, ker noben kemoterapevtik ne deluje dovolj učinkovito. Glioblastom tvori veliko metastaz, ki so zelo razširjene po zdravem tkivu in zato ne moremo z kemoterapevtiki napasti vse rakave celice, ker bi uničili tudi preveč zdravega tkiva, oziroma zdravilo ima preveč blag učinek.
Znanstveniki so zato ustvarili spojino imipramine blue. Deluje tako, da inhibira tvorjenje reaktivnih kisikovih spojin, inhibira NADPH-oksidazo in reorganizira aktin v citoskeletu. Ravno reaktivne kisiko spojine so krive za invazivno širjenje rakastih celic po zdravem tkivu, kar pa imipramine blue prepreči, posledično je rak v strjeni skupini, kjer kemoterapevtik lažje opravi svoje delo. Dokazali so, da v kombinaciji z doxorubicinom zelo podaljša življenjsko dobo podgan, ki imajo tumor RT2, ki je zelo podoben človeškemu glioblastomu. Prav tako preprečuje poškodbo krvno-možganske pregrade, kar je ponavadi eden izmed stranskih učinkov kemoterapevtikov.

== Matic Kovačič: Kronični stres vodi do poškodb DNA ==

Stres je pri ljudeh prisoten že odkar imata nadledvični žlezi sposobnost izločanja stresnih hormonov, kot sta na primer adrenalin in noradrenalin. Včasih sta se hormona izločala kratek čas med bojem in telo pripravila na lažje preživetje. Danes pa smo v moderni družbi zaradi hitrega načina življenja in obveznosti, ki jih moramo izpolniti, podvrženi stresu skoraj ves čas. Dolgoročni stres, ki se imenuje tudi kronični stres, ima na naše zdravje in počutje negativne posledice. Znanstveniki so s poskusi na miših, na katerih so simulirali kroničen stres, ugotovili, da kronični stres vodi do povečanih napak v DNA z zmanjšanjem koncentracije proteina p53. Stresni hormoni, kot je recimo adrenalin, se vežejo na β2-adrenoreceptorje, kar povzroči večji izvoz proteinov p53 iz jedra v citosol, kjer jih proteasom razgradi. Protein p53 imenujejo tudi varuh genoma, saj v primeru poškodbe DNA zaustavi celični cikel in aktivira popravljanje poškodovanih delov DNA, če pa so poškodbe DNA prevelike, p53 povzroči celično smrt. Neka druga skupina znanstvenikov pa je ugotovila, da kroničen stres tudi zelo močno pospeši rast tumorjev. Povedal bom nekaj splošnih stvari o stresu in proteinu p53, nato pa predstavil raziskave in ugotovitve znanstvenikov.

BIO1-seminar-2012

2012-02-26T15:23:32Z

MaticKovacic: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Ana Cirnski||Struktura proteina za urejanje genov||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/01/120105175830.htm||29.02.||02.03.||05.03.||Matej Prevc||Ana Grom||Erik Mršnik
|-
| Griša Prinčič||DNK nanoroboti||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216144238.htm povezava]||29.02.||02.03.||05.03.||Katja Leben||Jernej Pušnik||Maja Kostanjevec
|-
| Bojana Lazović||Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120215142817.htm||29.02.||02.03.||05.03.||Matic Urlep||Špela Tomaž||Sandra Zupančič
|-
| Vesna Radić||Odziv imunskega sistema z IFN-λ || http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120209135106.htm||07.03.||09.03.||12.03.||Ana Grom||Katarina Tolar||Ana Cirnski
|-
| Julija Mazej||Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120221165941.htm||07.03.||09.03.||12.03.||Aleksander Benčič||Mirana Krim Godler||Bojana Lazović
|-
| Matej Prevc||Moj naslov||povezava||07.03.||09.03.||12.03.||Jan Taškar||Zala Gluhić||Špela Tomaž
|-
| Erik Kristian Janežič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Griša Prinčič||Rok Razpotnik||Matej Vrhovnik
|-
| Ana Grom||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matic Kovačič||Jan Taškar||Katja Leben
|-
| Robert Berger||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Sara Bitenc||Rok Babič||Ajda Rojc
|-
| Filip Mihalič||Moj naslov||povezava||14.03.||16.03.||19.03.||Matej Vrhovnik||Dejan Marjanovič||Vesna Radić
|-
| Samo Zakotnik||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Ana Kunšek||Tomaž Rozmarič||Ana Grom
|-
| Špela Tomaž||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Erik Kristian Janežič||Matej Prevc||Rok Babič
|-
| Katarina Tolar||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Alenka Mikuž||Sara Bitenc||Monika Biasizzo
|-
| Zala Gluhić||Moj naslov||povezava||19.03.||22.03.||26.03.||Luka Krmpotić||Aleksander Benčič||Nastja Pirman
|-
| Veronika Furlan||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Špela Tomaž||Katja Leben||Sara Bitenc
|-
| Nastja Pirman||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Jernej Pušnik||Sandra Zupančič||Estera Merljak
|-
| Barbara Dušak||Moj naslov||povezava||21.03.||26.03.||02.04.||Rok Babič||Bojana Lazović||Rok Razpotnik
|-
| Rok Razpotnik||Mikrobna produkcija biogoriv||http://www.sciencedaily.com/releases/2011/09/110927134254.htm||21.03.||26.03.||02.04.||Ajda Rojc||Veronika Furlan||Luka Krmpotić
|-
| Erik Mršnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Ana Cirnski||Julija Mazej||Filip Mihalič
|-
| Matic Kovačič||Zakaj stres povzroča poškodbe DNA||[http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110821141135.htm povezava]||04.04.||11.04.||16.04.||Bojana Lazović||Samo Zakotnik||Aleksander Benčič
|-
| Matej Vrhovnik||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Mirana Krim Godler||Luka Krmpotić||Erik Kristian Janežič
|-
| Andreja Kukovec||Moj naslov||povezava||04.04.||11.04.||16.04.||Monika Biasizzo||Ellen Malovrh||Bojan Juloski
|-
| Rok Babič||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Tomaž Rozmarič||Matej Vrhovnik||Ellen Malovrh
|-
| Sara Bitenc||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Sandra Zupančič||Ajda Rojc||Matic Kovačič
|-
| Jan Taškar||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Jakob Gašper Lavrenčič||Alenka Mikuž||Tomaž Rozmarič
|-
| Bojan Juloski||Moj naslov||povezava||11.04.||16.04.||23.04.||Erik Mršnik||Robert Berger||Katarina Tolar
|-
| Monika Biasizzo||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Ellen Malovrh||Matic Urlep||Alenka Mikuž
|-
| Katja Leben||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Maja Kostanjevec||Matic Kovačič||Janez Meden
|-
| Maja Kostanjevec||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič||Matic Urlep
|-
| Matic Urlep||Moj naslov||povezava||19.04.||26.04.||07.05.||Katarina Tolar||Vesna Radić||Mirjana Malnar
|-
| Tomaž Rozmarič||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Veronika Furlan||Ana Kunšek||Andreja Kukovec
|-
| Mirjana Malnar||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Janez Meden||Erik Kristian Janežič||Veronika Furlan
|-
| Luka Krmpotić||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Vesna Radić||Monika Biasizzo||Ana Kunšek
|-
| Ellen Malovrh||Moj naslov||povezava||26.04.||07.05.||14.05.||Julija Mazej||Janez Meden||Mirana Krim Godler
|-
| Aleksander Benčič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Zala Gluhić||Griša Prinčič||Julija Mazej
|-
| Jakob Gašper Lavrenčič||Bio-sončne celice||[http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120202092246.htm]||07.05.||14.05.||21.05.||Dejan Marjanovič||Estera Merljak||Jernej Pušnik
|-
| Dejan Marjanovič||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Rok Razpotnik||Erik Mršnik||Samo Zakotnik
|-
| Mirana Krim Godler||Moj naslov||povezava||07.05.||14.05.||21.05.||Samo Zakotnik||Nastja Pirman||Matej Prevc
|-
| Ana Kunšek||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Estera Merljak||Mirjana Malnar||Jan Taškar
|-
| Sandra Zupančič||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Filip Mihalič||Maja Kostanjevec||Zala Gluhić
|-
| Ajda Rojc||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Mirjana Malnar||Barbara Dušak||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Jernej Pušnik||Moj naslov||povezava||14.05.||21.05.||28.05.||Nastja Pirman||Andreja Kukovec||Griša Prinčič
|-
| Estera Merljak||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Andreja Kukovec||Bojan Juloski||Barbara Dušak
|-
| Alenka Mikuž||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Bojan Juloski||Ana Cirnski||Robert Berger
|-
| Janez Meden||Moj naslov||povezava||21.05.||28.05.||04.06.||Robert Berger||Filip Mihalič||Dejan Marjanovič
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 7 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TB-seminar in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TB-2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.