Wiki FKKT - User contributions [en]

Pogosta genetska variacija vodi v molekularno heterogenost človeških induciranih pluripotentnih matičnih celic

2017-06-06T11:20:10Z

Matjaž Ivanuša: New page: Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSC == Uvod == Tehnologija inducirane pluripotentne matične celice (iPMC) ima velik potencial za zagotovitev izboljšani...

Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSC
== Uvod ==

Tehnologija inducirane pluripotentne matične celice (iPMC) ima velik potencial za zagotovitev izboljšanih celičnih modelov za človeške bolezni. Vendar pa različna genetska in fenotipska karakterizacija obstoječih iPMC linij omejuje njihovo potencialno rabo za raziskave in terapije. V tej študiji so opisali sistematično generacijo, genotipiziranja in fenotipiziranja 711 odprto dostopnih človeških iPMC linij pridobljenih iz 301 zdravih posameznikov kot del Hipsci (Human Induced Pluripotent Stem Cells Initiative).
Dsd fs s

== Zbiranje vzorcev in pridobivanje iPMC ==

Vzorce so zbrali s kožnimi biopsijami zdravih nepovezanih prostovoljcev. Fibroblaste so reprogramirali z uporabo Sendai vektorjev, ki so izražali hOCT3/4, hSOX2, hKLF4 in hc-MYC50, na hranilni plasti mišjih embrijonskih fibroblastih. Za 307 linij so kvantificirali izražanje pluripotentnih markerjev (NANOG, OCT4 in SOX2). 372 linij pa so diferencirali v nevroektoderm, mezoderm in endoderm in izmerili izražanje treh potomsko specifičnih diferenciacijskih markerjev. Izbrali so 1-2 visoko kvalitetni liniji na donorja za nadaljno fenotipizacijo.

== Pluripotentnost in genetska stabilnost ==

Celične linije so profilirali z uporabo Tier 1 seta, ki vključuje mrežno genotipizacijo in profiliranje izražanja genov iPMC in njihovih fibroblastnih progenitorjev, kot tudi oceno pluripotentnih in diferenciacijskih lastnosti iPMC. Z uporabo celomike so kvantificirali frakcijo celic, ki izražajo vsak marker pluripotentnosti individialno in ocenili, da povprečno med 18 in 62% celic v iPMC linijah ko-izražajo vse tri pluripotentne markerje: NANOG, OCT4 in SOX2. Skoraj vse linije (>99%) so uspešno producirale celice iz vseh treh zarodnih plasti med usmerjeno diferenciacijo.
V kulturah matičnih celic so pogosto opažene anveplodije in subkromosomske aberacije. Z uporabo genotipizacijskih mrež so zaznavali alteracije v številu kopij (CNA) med originalnimi fibroblasti in iPMC linij pridobljenih iz njih. Večina CNA-jev bila unikatna v posamezni iPMC liniji, 22% CNA-jev bilo opaženih v najmanj eni podvojeni liniji istega donorja, 15% pa so jih opazili v vseh podvojitvah.Z primerjanjem linij istega donorja, tistih z in brez CNA-jev so ugotovili, da je bila ponovna duplikacija na kromosomu 17 povezana z največjim številom sprememb v izražanju genov, vključno z 1,098 trans lociranih genov na drugih kromosomih. Zaznali so tudi povečano in zmanjšano stopnjo v celični rasti povezano z CNA-ji na kromosomu 17 in 20.

== Izvori heterogenosti iPMC ==

Z primerjavo večih neodvisnih celičnih linij istega posameznika so lahko kvantificirali razlike med posamezniki (učinek donorja) in sistematično primerjati to varianco s tisto, ki jo prispevajo drugi faktorji. Kot po pričakovanjih so tehnične spremenljivke pojasnile največji del variacije, vendar pa so ugotovili tudi dosledne, statistično signifikantne učinke donorja na večini testiranih fenotipov iPMC, od številčnosti mRNA in proteinov do celičnih fenotipov kot so pluripotentnost, diferenciacijska kapaciteta in morfologija. Učinek donorja je pojasnil 5,2-26,3% variance.

== Identifikacija regulatornih variant specifičnih za iPMC ==

Da bi karakterizirali kako je transkriptom pluripotentnih celic oblikovan s strani pogostih genetskih razlik med posamezniki so z uporabo RNA-seq podatkov od 166 nepovezanih donorjev kartirali ekspresijski kvantitativni lokus (eQTL)v 1Mb cis-območju od začetka gena. Identificirali so 6,631 genov z eQTL. Lastnosti teh genov so bile podobne tistim v drugih celičnih linijah in somatskih tkivih. Z testiranjem replikacije njihovih eQTL signalov v 44 somatskih tkivih od GTEx so definirali 2131 genov (eGgeni) , ki so bili specifični za iPMC.

== iPMC eQTL-ji označujejo pogoste oblike bolezni ==

Vrednost iPMC za eksperimente genetskega inženirstva je znana, veliko manj pa je poznan njihov pomen kot tip celičnega modela za funkcionalno interpretacijo pogostih bolezensko povezanih variant. Da bi to raziskali so prekrivali vse iPMC eQTL-je (glavne variante) z NHGRI-EBI katalogom za asociacijske študije na ravni genoma (GWAS). En primer variante, ki so jo našli v katalogu je rs10069690 glavna eQTL varianta za TERT (telomerazna reverzna transkriptaza) gen. Ta varianta je povezana z zarodno predispozicijo sedmih oblik raka.

== Zaključek ==

Ta raziskava opisuje glavne vire genetske in genotipske variacije v iPMC in določa njihovo ustreznost kot modeli kompleksnih človeških lastnosti. S profiliranjem genoma so ugotovili, da 5-46% variacij v različnih iPMC fenotipih, vključno z diferenciacijsko kapaciteto in celično morfoloijo izhaja iz razlik med posamezniki. Velika prednost genetske študije iPMC v primerjavi z drugimi nesmrtnimi celičnimi linijami je, da lahko učinke analiziramo in jih primerjamo v različno pridobljenih celičnih tipih z enakim genetskim materialom.

== Vir ==

http://www.nature.com/nature/journal/vaap/ncurrent/full/nature22403.html

MBT seminarji 2017

2017-06-06T11:17:31Z

Matjaž Ivanuša:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
# A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017
#Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec
# Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić
# Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017
# Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017
# CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900)[[ Proizvodnja ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalizator s potencialno uporabo v živilski industriji ]]. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Optimized production and characterization of a detergent-stable protease from ''Lysinibacillus fusiformis'' C250R (S. Mechri ''et al''; International journal of biological macromolecules 101, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813017302805) [[Izboljšana produkcija in karakterizacija na detergent odporne proteaze iz bakterije Lysinobasillus fusiformis C250R]]. Bine Tršavec, 10. maj 2017
# Investigating the impact of α-amylase, α-glucosidase and glucoamylase action on yeast-mediated bread dough fermentation and bread sugar levels (Struyf Nore ''et al''; Journal of cereal science 75, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0733521016304775) [[Vpliv dodajanja amilaze, glikozidaze in glukoamilaze na kvasno fermentacijo krušnega testa in raven sladkorja v kruhu]]. Simon Bolta, 10. maj 2017

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Enhancing digestibility and ethanol yield of ''Populus'' wood via expression of an engineered monolignol 4-O-methyltransferase (Y. Cai ''et al''; Nature Communications 7, 2016; http://www.nature.com/articles/ncomms11989) [[Povečana razgradnja biomase in večji izkoristek etanola z izražanjem mutirane monolignol 4-O-metiltransferaze v lesu rastlin rodu Populus]]. Inge Sotlar, 17. maj 2017
#
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5) [[Litična polisaharid monooksigenaza PaLPMO9H, iz glive Podospora anserina, katalizira oksidativno cepitev raznolikih matričnih glikanov celične stene rastlin]]. Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 [[Metabolno inženirstvo in vitro za proizvodnjo bioelektrike preko popolne oksidacije glukoze]] Barbara Dušak
# Metabolic engineering of ''Saccharomyces cerevisiae'' for ''de novo'' production of dihydrochalcones with known antioxidant, antidiabetic, and sweet tasting properties (M. Eichenberger in sodelavci; Metabolic Engineering 39, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301859) [[Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za namen de novo proizvodnje dihidrohalkonov z znanimi antioksidantnimi in antidiabetičnimi učinki ter s sladkim okusom.]]Tjaša Grum, 24. maj 2017
# Establishing a novel biosynthetic pathway for the production of 3,4-dihydroxybutyric acid from xylose in ''Escherichia coli'' (J. Wang et al; Metabolic Engineering 41, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616302737) [[Vzpostavitev nove biosintezne poti za pridobivanje 3,4-dihidroksibutirične kisline iz ksiloze v bakteriji Escherichia coli]]. Sara Kimm Fuhrmann, 24. maj 2017

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) [[Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v bakteriji Escherichia coli, ki temelji na endogeni kontroli fermentacije]]. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). [[Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo]]. Matic Kovačič, 31. maj 2017
# Anja Herceg

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (7. junij) 
# Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSCs http://www.nature.com/nature/journal/vaap/ncurrent/full/nature22403.html [[Pogosta genetska variacija vodi v molekularno heterogenost človeških induciranih pluripotentnih matičnih celic]]Matjaž Ivanuša
# Novel cell-penetrating peptide-adaptors effect intracellular delivery and endosomal escape of protein cargos (J C Salemo et al; J. Cell Sci. 129 (5), 2016; http://jcs.biologists.org/content/129/5/893). [[Novi peptidni prenašalci za vnos proteinskega tovora v celice in njegovo sproščanje iz endosomov]]. Danijela Jošić, 7. junij 2017
# Alkane biosynthesis by ''Aspergillus carbonarius'' ITEM 5010 through heterologous expression of ''Synechococcus elongatus'' acyl-ACP/CoA reductase and aldehyde deformylating oxygenase genes (M. Sinha et al, AMB Express. 2017; http://doi.org/10.1186/s13568-016-0321-x) [[Biosinteza alkanov v nitasti glivi Aspergillus carbonarius s heterologno ekspresijo acyl-ACP/CoA reduktaze in oksigenaze za deformilacijo aldehida iz cianobakterije Synechococcus elongatus]]. Anja Herceg, 7.junij 2017
Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

Pogosta genetska variacija vodi v molekularno heterogenost induciranih pluripotentnih matičnih celic

2017-06-06T01:14:02Z

Matjaž Ivanuša:

Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSCs

== Uvod ==

Tehnologija inducirane pluripotentne matične celice (iPMC) ima velik potencial za zagotovitev izboljšanih celičnih modelov za človeške bolezni. Vendar pa različna genetska in fenotipska karakterizacija obstoječih iPMC linij omejuje njihovo potencialno rabo za raziskave in terapije. V tej študiji so opisali sistematično generacijo, genotipiziranja in fenotipiziranja 711 odprto dostopnih človeških iPMC linij pridobljenih iz 301 zdravih posameznikov kot del Hipsci (Human Induced Pluripotent Stem Cells Initiative).

== Zbiranje vzorcev in pridobivanje iPMC ==

Vzorce so zbrali s kožnimi biopsijami zdravih nepovezanih prostovoljcev. Fibroblaste so reprogramirali z uporabo Sendai vektorjev, ki so izražali hOCT3/4, hSOX2, hKLF4 in hc-MYC50, na hranilni plasti mišjih embrijonskih fibroblastih. Za 307 linij so kvantificirali izražanje pluripotentnih markerjev (NANOG, OCT4 in SOX2). 372 linij pa so diferencirali v nevroektoderm, mezoderm in endoderm in izmerili izražanje treh potomsko specifičnih diferenciacijskih markerjev. Izbrali so 1-2 visoko kvalitetni liniji na donorja za nadaljno fenotipizacijo.

== Pluripotentnost in genetska stabilnost ==

Celične linije so profilirali z uporabo Tier 1 seta, ki vključuje mrežno genotipizacijo in profiliranje izražanja genov iPMC in njihovih fibroblastnih progenitorjev, kot tudi oceno pluripotentnih in diferenciacijskih lastnosti iPMC. Z uporabo celomike so kvantificirali frakcijo celic, ki izražajo vsak marker pluripotentnosti individialno in ocenili, da povprečno med 18 in 62% celic v iPMC linijah ko-izražajo vse tri pluripotentne markerje: NANOG, OCT4 in SOX2. Skoraj vse linije (>99%) so uspešno producirale celice iz vseh treh zarodnih plasti med usmerjeno diferenciacijo.
V kulturah matičnih celic so pogosto opažene anveplodije in subkromosomske aberacije. Z uporabo genotipizacijskih mrež so zaznavali alteracije v številu kopij (CNA) med originalnimi fibroblasti in iPMC linij pridobljenih iz njih. Večina CNA-jev bila unikatna v posamezni iPMC liniji, 22% CNA-jev bilo opaženih v najmanj eni podvojeni liniji istega donorja, 15% pa so jih opazili v vseh podvojitvah.Z primerjanjem linij istega donorja, tistih z in brez CNA-jev so ugotovili, da je bila ponovna duplikacija na kromosomu 17 povezana z največjim številom sprememb v izražanju genov, vključno z 1,098 trans lociranih genov na drugih kromosomih. Zaznali so tudi povečano in zmanjšano stopnjo v celični rasti povezano z CNA-ji na kromosomu 17 in 20.

== Izvori heterogenosti iPMC ==

Z primerjavo večih neodvisnih celičnih linij istega posameznika so lahko kvantificirali razlike med posamezniki (učinek donorja) in sistematično primerjati to varianco s tisto, ki jo prispevajo drugi faktorji. Kot po pričakovanjih so tehnične spremenljivke pojasnile največji del variacije, vendar pa so ugotovili tudi dosledne, statistično signifikantne učinke donorja na večini testiranih fenotipov iPMC, od številčnosti mRNA in proteinov do celičnih fenotipov kot so pluripotentnost, diferenciacijska kapaciteta in morfologija. Učinek donorja je pojasnil 5,2-26,3% variance.

== Identifikacija regulatornih variant specifičnih za iPMC ==

Da bi karakterizirali kako je transkriptom pluripotentnih celic oblikovan s strani pogostih genetskih razlik med posamezniki so z uporabo RNA-seq podatkov od 166 nepovezanih donorjev kartirali ekspresijski kvantitativni lokus (eQTL)v 1Mb cis-območju od začetka gena. Identificirali so 6,631 genov z eQTL. Lastnosti teh genov so bile podobne tistim v drugih celičnih linijah in somatskih tkivih. Z testiranjem replikacije njihovih eQTL signalov v 44 somatskih tkivih od GTEx so definirali 2131 genov (eGgeni) , ki so bili specifični za iPMC.

== iPMC eQTL-ji označujejo pogoste oblike bolezni ==

Vrednost iPMC za eksperimente genetskega inženirstva je znana, veliko manj pa je poznan njihov pomen kot tip celičnega modela za funkcionalno interpretacijo pogostih bolezensko povezanih variant. Da bi to raziskali so prekrivali vse iPMC eQTL-je (glavne variante) z NHGRI-EBI katalogom za asociacijske študije na ravni genoma (GWAS). En primer variante, ki so jo našli v katalogu je rs10069690 glavna eQTL varianta za TERT (telomerazna reverzna transkriptaza) gen. Ta varianta je povezana z zarodno predispozicijo sedmih oblik raka.

== Zaključek ==

Ta raziskava opisuje glavne vire genetske in genotipske variacije v iPMC in določa njihovo ustreznost kot modeli kompleksnih človeških lastnosti. S profiliranjem genoma so ugotovili, da 5-46% variacij v različnih iPMC fenotipih, vključno z diferenciacijsko kapaciteto in celično morfoloijo izhaja iz razlik med posamezniki. Velika prednost genetske študije iPMC v primerjavi z drugimi nesmrtnimi celičnimi linijami je, da lahko učinke analiziramo in jih primerjamo v različno pridobljenih celičnih tipih z enakim genetskim materialom.

== Vir ==

http://www.nature.com/nature/journal/vaap/ncurrent/full/nature22403.html

Pogosta genetska variacija vodi v molekularno heterogenost induciranih pluripotentnih matičnih celic

2017-06-06T01:13:17Z

Matjaž Ivanuša:

Pogosta genetska variacija vodi v molekularno heterogenost induciranih pluripotentnih matičnih celic

2017-06-06T01:11:23Z

Matjaž Ivanuša:

Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSCs

== Uvod ==

Tehnologija inducirane pluripotentne matične celice (iPMC) ima velik potencial za zagotovitev izboljšanih celičnih modelov za človeške bolezni. Vendar pa različna genetska in fenotipska karakterizacija obstoječih iPMC linij omejuje njihovo potencialno rabo za raziskave in terapije. V tej študiji so opisali sistematično generacijo, genotipiziranja in fenotipiziranja 711 odprto dostopnih človeških iPMC linij pridobljenih iz 301 zdravih posameznikov kot del Hipsci (Human Induced Pluripotent Stem Cells Initiative).

== Zbiranje vzorcev in pridobivanje iPMC ==

Vzorce so zbrali s kožnimi biopsijami zdravih nepovezanih prostovoljcev. Fibroblaste so reprogramirali z uporabo Sendai vektorjev, ki so izražali hOCT3/4, hSOX2, hKLF4 in hc-MYC50, na hranilni plasti mišjih embrijonskih fibroblastih. Za 307 linij so kvantificirali izražanje pluripotentnih markerjev (NANOG, OCT4 in SOX2). 372 linij pa so diferencirali v nevroektoderm, mezoderm in endoderm in izmerili izražanje treh potomsko specifičnih diferenciacijskih markerjev. Izbrali so 1-2 visoko kvalitetni liniji na donorja za nadaljno fenotipizacijo.

== Pluripotentnost in genetska stabilnost ==

Celične linije so profilirali z uporabo Tier 1 seta, ki vključuje mrežno genotipizacijo in profiliranje izražanja genov iPMC in njihovih fibroblastnih progenitorjev, kot tudi oceno pluripotentnih in diferenciacijskih lastnosti iPMC. Z uporabo celomike so kvantificirali frakcijo celic, ki izražajo vsak marker pluripotentnosti individialno in ocenili, da povprečno med 18 in 62% celic v iPMC linijah ko-izražajo vse tri pluripotentne markerje: NANOG, OCT4 in SOX2. Skoraj vse linije (>99%) so uspešno producirale celice iz vseh treh zarodnih plasti med usmerjeno diferenciacijo.
V kulturah matičnih celic so pogosto opažene anveplodije in subkromosomske aberacije. Z uporabo genotipizacijskih mrež so zaznavali alteracije v številu kopij (CNA) med originalnimi fibroblasti in iPMC linij pridobljenih iz njih. Večina CNA-jev bila unikatna v posamezni iPMC liniji, 22% CNA-jev bilo opaženih v najmanj eni podvojeni liniji istega donorja, 15% pa so jih opazili v vseh podvojitvah.Z primerjanjem linij istega donorja, tistih z in brez CNA-jev so ugotovili, da je bila ponovna duplikacija na kromosomu 17 povezana z največjim številom sprememb v izražanju genov, vključno z 1,098 trans lociranih genov na drugih kromosomih. Zaznali so tudi povečano in zmanjšano stopnjo v celični rasti povezano z CNA-ji na kromosomu 17 in 20.

== Izvori heterogenosti iPMC ==

Z primerjavo večih neodvisnih celičnih linij istega posameznika so lahko kvantificirali razlike med posamezniki (učinek donorja) in sistematično primerjati to varianco s tisto, ki jo prispevajo drugi faktorji. Kot po pričakovanjih so tehnične spremenljivke pojasnile največji del variacije, vendar pa so ugotovili tudi dosledne, statistično signifikantne učinke donorja na večini testiranih fenotipov iPMC, od številčnosti mRNA in proteinov do celičnih fenotipov kot so pluripotentnost, diferenciacijska kapaciteta in morfologija. Učinek donorja je pojasnil 5,2-26,3% variance.

== Identifikacija regulatornih variant specifičnih za iPMC ==

Da bi karakterizirali kako je transkriptom pluripotentnih celic oblikovan s strani pogostih genetskih razlik med posamezniki so z uporabo RNA-seq podatkov od 166 nepovezanih donorjev kartirali ekspresijski kvantitativni lokus (eQTL)v 1Mb cis-območju od začetka gena. Identificirali so 6,631 genov z eQTL. Lastnosti teh genov so bile podobne tistim v drugih celičnih linijah in somatskih tkivih. Z testiranjem replikacije njihovih eQTL signalov v 44 somatskih tkivih od GTEx so definirali 2131 genov (eGgeni) , ki so bili specifični za iPMC.

== iPMC eQTL-ji označujejo pogoste bolike bolezni ==

Vrednost iPMC za eksperimente genetskega inženirstva je znana, veliko manj pa je poznan njihov pomen kot tip celičnega modela za funkcionalno interpretacijo pogostih bolezensko povezanih variant. Da bi to raziskali so prekrivali vse iPMC eQTL-je (glavne variante) z NHGRI-EBI katalogom za asociacijske študije na ravni genoma (GWAS). En primer variante, ki so jo našli v katalogu je rs10069690 glavna eQTL varianta za TERT (telomerazna reverzna transkriptaza) gen. Ta varianta je povezana z zarodno predispozicijo sedmih oblik raka.

== Zaključek ==

Ta raziskava opisuje glavne vire genetske in genotipske variacije v iPMC in določa njihovo ustreznost kot modeli kompleksnih človeških lastnosti. S profiliranjem genoma so ugotovili, da 5-46% variacij v različnih iPMC fenotipih, vključno z diferenciacijsko kapaciteto in celično morfoloijo izhaja iz razlik med posamezniki. Velika prednost genetske študije iPMC v primerjavi z drugimi nesmrtnimi celičnimi linijami je, da lahko učinke analiziramo in jih primerjamo v različno pridobljenih celičnih tipih z enakim genetskim materialom.

Pogosta genetska variacija vodi v molekularno heterogenost induciranih pluripotentnih matičnih celic

2017-06-06T01:07:20Z

Matjaž Ivanuša: New page: Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSCs Uvod Tehnologija inducirane pluripotentne matične celice (iPMC) ima velik potencial za zagotovitev izboljšanih...

Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSCs

[[Uvod]]
Tehnologija inducirane pluripotentne matične celice (iPMC) ima velik potencial za zagotovitev izboljšanih celičnih modelov za človeške bolezni. Vendar pa različna genetska in fenotipska karakterizacija obstoječih iPMC linij omejuje njihovo potencialno rabo za raziskave in terapije. V tej študiji so opisali sistematično generacijo, genotipiziranja in fenotipiziranja 711 odprto dostopnih človeških iPMC linij pridobljenih iz 301 zdravih posameznikov kot del Hipsci (Human Induced Pluripotent Stem Cells Initiative).

[[Zbiranje vzorcev in pridobivanje iPMC]]
Vzorce so zbrali s kožnimi biopsijami zdravih nepovezanih prostovoljcev. Fibroblaste so reprogramirali z uporabo Sendai vektorjev, ki so izražali hOCT3/4, hSOX2, hKLF4 in hc-MYC50, na hranilni plasti mišjih embrijonskih fibroblastih. Za 307 linij so kvantificirali izražanje pluripotentnih markerjev (NANOG, OCT4 in SOX2). 372 linij pa so diferencirali v nevroektoderm, mezoderm in endoderm in izmerili izražanje treh potomsko specifičnih diferenciacijskih markerjev. Izbrali so 1-2 visoko kvalitetni liniji na donorja za nadaljno fenotipizacijo.

[[Pluripotentnost in genetska stabilnost]]
Celične linije so profilirali z uporabo Tier 1 seta, ki vključuje mrežno genotipizacijo in profiliranje izražanja genov iPMC in njihovih fibroblastnih progenitorjev, kot tudi oceno pluripotentnih in diferenciacijskih lastnosti iPMC. Z uporabo celomike so kvantificirali frakcijo celic, ki izražajo vsak marker pluripotentnosti individialno in ocenili, da povprečno med 18 in 62% celic v iPMC linijah ko-izražajo vse tri pluripotentne markerje: NANOG, OCT4 in SOX2. Skoraj vse linije (>99%) so uspešno producirale celice iz vseh treh zarodnih plasti med usmerjeno diferenciacijo.
V kulturah matičnih celic so pogosto opažene anveplodije in subkromosomske aberacije. Z uporabo genotipizacijskih mrež so zaznavali alteracije v številu kopij (CNA) med originalnimi fibroblasti in iPMC linij pridobljenih iz njih. Večina CNA-jev bila unikatna v posamezni iPMC liniji, 22% CNA-jev bilo opaženih v najmanj eni podvojeni liniji istega donorja, 15% pa so jih opazili v vseh podvojitvah.Z primerjanjem linij istega donorja, tistih z in brez CNA-jev so ugotovili, da je bila ponovna duplikacija na kromosomu 17 povezana z največjim številom sprememb v izražanju genov, vključno z 1,098 trans lociranih genov na drugih kromosomih. Zaznali so tudi povečano in zmanjšano stopnjo v celični rasti povezano z CNA-ji na kromosomu 17 in 20.

[[Izvori heterogenosti iPMC]]

Z primerjavo večih neodvisnih celičnih linij istega posameznika so lahko kvantificirali razlike med posamezniki (učinek donorja) in sistematično primerjati to varianco s tisto, ki jo prispevajo drugi faktorji. Kot po pričakovanjih so tehnične spremenljivke pojasnile največji del variacije, vendar pa so ugotovili tudi dosledne, statistično signifikantne učinke donorja na večini testiranih fenotipov iPMC, od številčnosti mRNA in proteinov do celičnih fenotipov kot so pluripotentnost, diferenciacijska kapaciteta in morfologija. Učinek donorja je pojasnil 5,2-26,3% variance.

[[Identifikacija regulatornih variant specifičnih za iPMC]]

Da bi karakterizirali kako je transkriptom pluripotentnih celic oblikovan s strani pogostih genetskih razlik med posamezniki so z uporabo RNA-seq podatkov od 166 nepovezanih donorjev kartirali ekspresijski kvantitativni lokus (eQTL)v 1Mb cis-območju od začetka gena. Identificirali so 6,631 genov z eQTL. Lastnosti teh genov so bile podobne tistim v drugih celičnih linijah in somatskih tkivih. Z testiranjem replikacije njihovih eQTL signalov v 44 somatskih tkivih od GTEx so definirali 2131 genov (eGgeni) , ki so bili specifični za iPMC.

[[iPMC eQTL-ji označujejo pogoste bolike bolezni]]
Vrednost iPMC za eksperimente genetskega inženirstva je znana, veliko manj pa je poznan njihov pomen kot tip celičnega modela za funkcionalno interpretacijo pogostih bolezensko povezanih variant. Da bi to raziskali so prekrivali vse iPMC eQTL-je (glavne variante) z NHGRI-EBI katalogom za asociacijske študije na ravni genoma (GWAS). En primer variante, ki so jo našli v katalogu je rs10069690 glavna eQTL varianta za TERT (telomerazna reverzna transkriptaza) gen. Ta varianta je povezana z zarodno predispozicijo sedmih oblik raka.

[[Zaključek]]
Ta raziskava opisuje glavne vire genetske in genotipske variacije v iPMC in določa njihovo ustreznost kot modeli kompleksnih človeških lastnosti. S profiliranjem genoma so ugotovili, da 5-46% variacij v različnih iPMC fenotipih, vključno z diferenciacijsko kapaciteto in celično morfoloijo izhaja iz razlik med posamezniki. Velika prednost genetske študije iPMC v primerjavi z drugimi nesmrtnimi celičnimi linijami je, da lahko učinke analiziramo in jih primerjamo v različno pridobljenih celičnih tipih z enakim genetskim materialom.

MBT seminarji 2017

2017-06-05T21:16:39Z

Matjaž Ivanuša:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
# A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017
#Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec
# Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić
# Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017
# Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017
# CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900)[[ Proizvodnja ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalizator s potencialno uporabo v živilski industriji ]]. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Optimized production and characterization of a detergent-stable protease from ''Lysinibacillus fusiformis'' C250R (S. Mechri ''et al''; International journal of biological macromolecules 101, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813017302805) [[Izboljšana produkcija in karakterizacija na detergent odporne proteaze iz bakterije Lysinobasillus fusiformis C250R]]. Bine Tršavec, 10. maj 2017
# Investigating the impact of α-amylase, α-glucosidase and glucoamylase action on yeast-mediated bread dough fermentation and bread sugar levels (Struyf Nore ''et al''; Journal of cereal science 75, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0733521016304775) [[Vpliv dodajanja amilaze, glikozidaze in glukoamilaze na kvasno fermentacijo krušnega testa in raven sladkorja v kruhu]]. Simon Bolta, 10. maj 2017

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Enhancing digestibility and ethanol yield of ''Populus'' wood via expression of an engineered monolignol 4-O-methyltransferase (Y. Cai ''et al''; Nature Communications 7, 2016; http://www.nature.com/articles/ncomms11989) [[Povečana razgradnja biomase in večji izkoristek etanola z izražanjem mutirane monolignol 4-O-metiltransferaze v lesu rastlin rodu Populus]]. Inge Sotlar, 17. maj 2017
#
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5) [[Litična polisaharid monooksigenaza PaLPMO9H, iz glive Podospora anserina, katalizira oksidativno cepitev raznolikih matričnih glikanov celične stene rastlin]]. Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 [[Metabolno inženirstvo in vitro za proizvodnjo bioelektrike preko popolne oksidacije glukoze]] Barbara Dušak
# Metabolic engineering of ''Saccharomyces cerevisiae'' for ''de novo'' production of dihydrochalcones with known antioxidant, antidiabetic, and sweet tasting properties (M. Eichenberger in sodelavci; Metabolic Engineering 39, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301859) [[Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za namen de novo proizvodnje dihidrohalkonov z znanimi antioksidantnimi in antidiabetičnimi učinki ter s sladkim okusom.]]Tjaša Grum, 24. maj 2017
# Establishing a novel biosynthetic pathway for the production of 3,4-dihydroxybutyric acid from xylose in ''Escherichia coli'' (J. Wang et al; Metabolic Engineering 41, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616302737) [[Vzpostavitev nove biosintezne poti za pridobivanje 3,4-dihidroksibutirične kisline iz ksiloze v bakteriji Escherichia coli]]. Sara Kimm Fuhrmann, 24. maj 2017

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) [[Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v bakteriji Escherichia coli, ki temelji na endogeni kontroli fermentacije]]. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). [[Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo]]. Matic Kovačič, 31. maj 2017
# Anja Herceg

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (7. junij) 
# Common genetic variation drives molecular heterogeneity in human iPSCs http://www.nature.com/nature/journal/vaap/ncurrent/full/nature22403.html [[Pogosta genetska variacija vodi v molekularno heterogenost induciranih pluripotentnih matičnih celic]]Matjaž Ivanuša
# Novel cell-penetrating peptide-adaptors effect intracellular delivery and endosomal escape of protein cargos (J C Salemo et al; J. Cell Sci. 129 (5), 2016; http://jcs.biologists.org/content/129/5/893). [[Novi peptidni prenašalci za vnos proteinskega tovora v celice in njegovo sproščanje iz endosomov]]. Danijela Jošić, 7. junij 2017
# Alkane biosynthesis by ''Aspergillus carbonarius'' ITEM 5010 through heterologous expression of ''Synechococcus elongatus'' acyl-ACP/CoA reductase and aldehyde deformylating oxygenase genes (M. Sinha et al, AMB Express. 2017; http://doi.org/10.1186/s13568-016-0321-x) [[Biosinteza alkanov v nitasti glivi Aspergillus carbonarius s heterologno ekspresijo acyl-ACP/CoA reduktaze in oksigenaze za deformilacijo aldehida iz cianobakterije Synechococcus elongatus]]. Anja Herceg, 7.junij 2017
Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2017

2017-03-09T10:51:58Z

Matjaž Ivanuša: