Wiki FKKT - User contributions [en]

Seminarji SB 2023/24

2024-05-05T16:55:03Z

Mdeutsch:

V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženirane_mRNA-ribosomske_fuzije_za_lažjo_biosintezo_selenoproteinov Inženirane mRNA-ribosomske fuzije za lažjo biosintezo selenoproteinov] (Kostadin Mitkov)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proteus Proteus - Sistem za ciljanje onkogenov in induciranje piroptoze] (Gašper Struna)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Silinker Silinker] (Nuša Brdnik)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].

48C Cadmium catcher LBP

2024-04-22T20:58:32Z

Mdeutsch:

Švicarska ekipa EPFL je leta 2023 na iGEM tekmovanju s projektom 48C Cadmium catcher LBP osvojila zlato medaljo ter glavno nagrado za najboljše izobraževanje. Njihov projekt je dostopen na povezavi: https://2023.igem.wiki/epfl/home

Avtor povzetka: Maja Deutsch

==Uvod==
Kadmij, 48. element periodnega sistema, je ena izmed težkih kovin, ki najbolj škodujejo zdravju ljudi. Nevarnost kadmija je v zadnjem desetletju privedla do uvedbe ukrepov, ki omejujejo njegovo uporabo v Evropi. Kljub temu je kadmij še vedno prisoten v okolju in različnih izdelkih, kot so cigaretni dim, akumulatorji, pigmenti, premazi, plastika in elektronski deli. Nepravilno odlaganje teh izdelkov, skupaj z rudarjenjem kovin, kjer je kadmij stranski proizvod, in uporabo gnojil, ki vsebujejo kadmij, je povzročilo onesnaženje tal in vode. To pa je vplivalo na naše zaloge hrane in povzročilo zaskrbljujoče razmere, saj je kadmij toksičen za ljudi in vpliva na številne organske sisteme kot so urinarni trakt, respiratorni sistem, centralno in periferno živčevje ter številne druge [1][2].

==Cilj projekta==
Predlagana rešitev je bila razviti živ bioterapevtski izdelek (ang. Live Biotherapeutic Product, LBP), katerega cilj je zmanjšati rakotvorno in toksično kopičenje kadmija v človeškem telesu. Glavni cilj je bil ustvariti modificirane bakterije, ki se lahko začasno pritrdijo na sluznico človeškega tankega črevesa in zadržijo kadmij. Medtem ko so te modificirane bakterije vezane na mukozo preko enega proteina pa preko drugega vežejo kadmij, ki gre skozi prebavni sistem, in tako učinkovito preprečijo njegovo absorpcijo v telo. Nato se bakterije skupaj s kadmijem naravno izločijo iz telesa. Za preprečevanje širjenja v okolju in genske izmenjave z drugimi organizmi bi bile te bakterije avksotrofne (nimajo sposobnosti sintetizirat določenih aminokislin, ki so potrebne za njihovo rast) in bi imele genske mutacije, ki preprečujejo horizontalni prenos genov [1].

==Sestavljanje konstruktov==
===EC20===
Za vezavo in lovljenje kadmija je bil izbran protein EC20, ki je imel najvišjo afiniteto do kadmija, prav tako pa je imel nižjo afiniteto do drugih dvovalentih ionov napram kadmiju. Predvidena struktura EC20 je protein v obliki lasnične zanke, ki ga utrjuje 9 disulfidnih vezi. Sestavljen je iz 41 aminokislin (iz 20 ponovitev glutaminske kisline in cisteina ter končnega glicina). Da bi EC20 dosegel svojo vlogo lovilca kadmija, mora biti izpostavljen lumnu črevesja, kjer bi lahko zajel in nase vezal kadmijeve ione. Ta zahteva je bila izpolnjena tako, da so EC20 povezali s proteinom Lpp-OmpA, ki se prikazuje na površini. Živi bioterapevtski izdelek bi moral prav tako biti sposoben loviti kadmij dokler le-ta ostaja v črevesju, zato bi se moral izražati konstitutivno. To je bilo izpolnjeno tako, da je bil fuzijski protein Lpp-OmpA-EC20 postavljen pod nadzor konstitutivnega promotorja E.coli BBa_J23100. Da bi lahko opravili primerne teste, glede izražanja EC20, je bila na njegov N-konec dodana oznako 6xHis tag, kar je omogočilo način testiranja izražanja proteina s prenosom western, saj ta oznaka omogoča specifično iskanje našega fuzijskega proteina z ustreznim protitelesom. Inženirski konstrukt je bil kloniran v vektor pET-3a, ki je vseboval gen za odpornost proti ampicilinu. Ta plazmid je bil nato transformiran v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21 DE3 [1].

===SpaC===
SpaC je podenota pilusa SpaCBA. Njegova naravna funkcija je vezava človeške mukoze in kolagena. SpaC je sestavljen iz petih domen, ki so organizirane v območje stebla in vezavno območje. Območje stebla je sestavljeno iz treh domen: D3, D4 in D5. Vezavno območje pa je sestavljeno iz dveh domen: D1 in D2, pri čemer je bolj zunanja vezavna domena D2 tista, ki je v interakciji z mukozo [3].
SpaC mora biti na površini bakterije, da bi lahko opravljal svojo vlogo vezanja na mukozo, zato je bil tako kot EC20 SpaC povezan z Lpp-OmpA. Vezava SpaC v črevesju mora biti le začasna, da se lahko živi bioterapevtski izdelki izločijo in tako odstranijo vezani kadmij. Zahvaljujoč sistemu za nadzor izražanja, ki ga sestavlja operator Lac, inducibilen z IPTG, in je povezan s teofilinskim RNA-stikalon, se je SpaC sintetiziral le, ko so se živi bioterapevtski izdelki gojili v laboratoriju. S sistemom operaterja Lac inducibilnega z IPTG namreč lahko nadzorujemo transkripcijo (v odsotnosti IPTG inhibitor blokira vezavo RNA polimeraze na genski promotor in zavira transkripcijo gena), medtem ko s teofilinskim RNA-stikalom translacijo (ob odsotnosti teofilina stikalo zasede vezavno mesto za ribosom). Da se je lahko preverilo, ali se SpaC res izraža, je bila na N-konec proteina dodana oznaka Flag. Da pa se je lahko preverilo, ali se protein nahaja na površini, je bilo na njegov C-konec dodano nanotelo, ki veže GFP za vizualno potrditev izražanja na površini. Namesto GFP-ja, ki ima veliko molekulsko maso (27 kDa), je bilo raje uporabljeno nanotelo, ki veže GFP in ima majhno molekulsko maso, le 12,5 kDa [1].

Izkazalo se je, da je velikost SpaC ovirala izvoz na površino. Zaradi tega sta bili oblikovani dve krajši različici fuzijskega proteina SpaC: eno z domenama D1 in D2 ter eno samo z domeno D2. Rezultat teh novih modelov je bilo zmanjšanje proteina za 41,03 kDa in 63,35 kDa. Za skrajšanje prvotnega plazmida sta bili uporabljeni dve različni tehniki kloniranja. Metoda KLD je bila primerna za ohranitev konstrukta z D1 in D2. Ker pa je zaporedje domene D2 vstavljeno med dva dela zaporedja D1, je bil potreben drug pristop z več fazami, ki se je končal s kloniranjem Hifi. Ti metodi sta omogočili odstranitev segmentov zaporedja SpaC, ki niso bili potrebni za vezavo mukoze. Skrajšani plazmidi so bili nato transformirani v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21 DE3 [1][4][5].

==Varnost (horizontalni prenos genov)==
Horizontalni prenos genov, včasih imenovan tudi lateralni prenos genov, je proces, pri katerem se genski material prenaša med različnimi genomi ali organizmi. Ta prenos DNA lahko poteka med različnimi vrstami, vključno z izmenjavo med prokarionti in evkarionti. Prav tako lahko poteka med tremi organeli, ki vsebujejo DNA, v evkariontskih celicah: jedrom, mitohondrijem in kloroplastom. Horizontalni prenos genov je mehanizem, s katerim lahko organizmi pridobijo nove genetske informacije iz drugih virov, ne le od svojih neposrednih prednikov. Ta proces bi lahko predstavljal težavo za LBP, saj bi lahko interagiral s preostalo črevesno floro. Plazmidi Spac ali EC20 bi se namreč lahko prenesli na druge bakterije v črevesnem okolju, s čimer bi tem celicam podelili nove funkcionalnosti.

Vendar pa so bakterije sposobne izločiti DNA, bogato z uracilom, ne glede na to, ali je njihova lastna ali iz donorske bakterije. Identificirana sta bila dva ključna gena: DUT, ki je odgovoren za zamenjavo uracila s timinom in UNG, gen za uracil N-glikozilazo, ki odstranjuje uracile iz deoksiriboze. To pomeni, da bi moral dvojni izpad teh genov povzročiti nasprotne učinke: znatno vključevanje uracila in izgubo obrambe pred uracilirano DNA bodisi iz celice bodisi iz zunanjih virov. Za to delo je bil uporabljen edinstven sev E. coli, CJ236, ki je bil v osemdesetih letih prejšnjega stoletja prvotno uporabljen za mutagenezo po Kunklu, tehniko za vstavljanje enotočkovnih mutacij v plazmid in je omogočal ustvarjanje uracilnega plazmida iz CJ236.

S celicami CJ236 so izvedli transformacijo s plazmidom enostavnim za manipulacijo, ki kodira GFP, ko je le-ta induciran z arabinozo (pGLO). Bistvena zaporedja uraciliranega plazmida pGLO so:
*GFP - zaporedje, ki kodira zeleni fluorescenčni protein (GFP)
*bla - gen, ki kodira β-laktamazo, encim, ki razgrajuje antibiotik ampicilin
*promotor pBAD - veže AraC-arabinozo in spodbuja vezavo polimeraze RNA ter prepisovanje gena GFP
*araC - gen, ki kodira regulatorni protein, ki se veže na promotor pBAD; sinteza GFP se vključi šele, ko se arabinoza veže na protein AraC
*multiplo klonirano mesto (MCS)

Transformacija pGLO v CJ236 je zaradi dveh mutacij seva povzročila postopno vključevanje uracila v plazmid. Sledila je liza celice za pridobitev uracilnega pGLO. Na koncu postopka pa je bila izvedena transformacijo na sevu CJ236 in kontrolnem sevu. Pri sevu CJ236 se plazmid ni razgradil, ker je bil gen UNG mutiran, pri drugem sevu pa se je plazmid razgradil [1].

==Zaključki in cilji za prihodnost==
Uspešno je bilo dokazano, da lahko LBP zajame kadmij, se pritrdi na mukozo in da se razgradi z naravnimi procesi. Vendar pa na poti do končnega izdelka še vedno obstajajo nerešena vprašanja, ki jih je treba dodatno preučiti in ovrednotiti, saj so vsi do zdaj opravljeni testi ocenjevali funkcionalnost posameznih delov. Po izvedbi določenih poskusov bi se lahko začelo sestavljanje sestavnih delov. Sestavljanje vseh delov v enem sistemu bi pomenilo vključitev konstrukta EC20, konstrukta D1D2 ter mutacij genov DUT in UNG v genom šasije, kar bi preprečilo izgubo plazmida in zmanjšalo tveganje prenosa DNA na druge bakterije. Da bi preprečili širjenje gensko spremenjenih organizmov v okolje ali bolnikovo črevesje, bi bil sev zasnovan kot avksotrofen. Končni inženirsko oblikovani živi bioterapevtski izdelek bi se nato dajal v obliki liofiliziranega izdelka.

==Viri in literatura==
[1] EPFL iGEM 2023 - 48C https://2023.igem.wiki/epfl/home (pridobljeno 20. apr. 2024).

[2] M. Rafati Rahimzadeh, M. Rafati Rahimzadeh, S. Kazemi, A. Moghadamnia: Cadmium toxicity and treatment: An update. Caspian J Intern Med 2017, 8, 135–145.

[3] A. K. Megta, S. Pratap, A. Kant, A. Palva, I. von Ossowski, V. Krishnan: Crystal structure of the atypically adhesive SpaB basal pilus subunit: Mechanistic insights about its incorporation in lactobacillar SpaCBA pili. Current Research in Structural Biology 2020, 2, 229–238.

[4] KLD Enzyme Mix | NEB https://www.neb.com/en/products/m0554-kld-enzyme-mix (pridobljeno 20. apr. 2024).

[5] NEBuilder® HiFi DNA Assembly Cloning Kit | NEB https://www.neb.com/en/products/e5520-nebuilder-hifi-dna-assembly-cloning-kit (pridobljeno 20. apr. 2024).

48C Cadmium catcher LBP

2024-04-22T18:00:38Z

Mdeutsch:

Švicarska ekipa EPFL je leta 2023 na iGEM tekmovanju s projektom 48C Cadmium catcher LBP osvojila zlato medaljo ter glavno nagrado za najboljše izobraževanje. Njihov projekt je dostopen na povezavi: https://2023.igem.wiki/epfl/home

Avtor povzetka: Maja Deutsch

==Uvod==
Kadmij, 48. element periodnega sistema, je ena izmed težkih kovin, ki najbolj škodujejo zdravju ljudi. Nevarnost kadmija je v zadnjem desetletju privedla do uvedbe ukrepov, ki omejujejo njegovo uporabo v Evropi. Kljub temu je kadmij še vedno prisoten v okolju in različnih izdelkih, kot so cigaretni dim, akumulatorji, pigmenti, premazi, plastika in elektronski deli. Nepravilno odlaganje teh izdelkov, skupaj z rudarjenjem kovin, kjer je kadmij stranski proizvod, in uporabo gnojil, ki vsebujejo kadmij, je povzročilo onesnaženje tal in vode. To pa je vplivalo na naše zaloge hrane in povzročilo zaskrbljujoče razmere, saj je kadmij toksičen za ljudi in vpliva na številne organske sisteme kot so urinarni trakt, respiratorni sistem, centralno in periferno živčevje ter številne druge [1][2].

==Cilj projekta==
Predlagana rešitev je bila razviti živ bioterapevtski izdelek (ang. Live Biotherapeutic Product, LBP), katerega cilj je zmanjšati rakotvorno in toksično kopičenje kadmija v človeškem telesu. Glavni cilj je bil ustvariti modificirane bakterije, ki se lahko začasno pritrdijo na sluznico človeškega tankega črevesa in zadržijo kadmij. Medtem ko so te modificirane bakterije vezane na mukozo preko enega proteina pa preko drugega vežejo kadmij, ki gre skozi prebavni sistem, in tako učinkovito preprečijo njegovo absorpcijo v telo. Nato se bakterije skupaj s kadmijem naravno izločijo iz telesa. Za preprečevanje širjenja v okolju in genske izmenjave z drugimi organizmi bi bile te bakterije avksotrofne (nimajo sposobnosti sintetizirat določenih aminokislin, ki so potrebne za njihovo rast) in bi imele genske mutacije, ki preprečujejo horizontalni prenos genov [1].

==Sestavljanje konstruktov==
===EC20===
Za vezavo in lovljenje kadmija je bil izbran protein EC20, ki je imel najvišjo afiniteto do kadmija, prav tako pa je imel nižjo afiniteto do drugih dvovalentih ionov napram kadmiju. Predvidena struktura EC20 je protein v obliki lasnične zanke, ki ga utrjuje 9 disulfidnih vezi. Sestavljen je iz 41 aminokislin (iz 20 ponovitev glutaminske kisline in cisteina ter končnega glicina). Da bi EC20 dosegel svojo vlogo lovilca kadmija, mora biti izpostavljen lumnu črevesja, kjer bi lahko zajel in nase vezal kadmijeve ione. Ta zahteva je bila izpolnjena tako, da so EC20 povezali s proteinom Lpp-OmpA, ki se prikazuje na površini. Živi bioterapevtski izdelek bi moral prav tako biti sposoben loviti kadmij dokler le-ta ostaja v črevesju, zato bi se moral izražati konstitutivno. To je bilo izpolnjeno tako, da je bil fuzijski protein Lpp-OmpA-EC20 postavljen pod nadzor konstitutivnega promotorja E.coli BBa_J23100. Da bi lahko opravili primerne teste, glede izražanja EC20, je bila na njegov N-konec dodana oznako 6xHis tag, kar je omogočilo način testiranja izražanja proteina s prenosom western, saj ta oznaka omogoča specifično iskanje našega fuzijskega proteina z ustreznim protitelesom. Inženirski konstrukt je bil kloniran v vektor pET-3a, ki je vseboval gen za odpornost proti ampicilinu. Ta plazmid je bil nato transformiran v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21 DE3 [1].

===SpaC===
SpaC je podenota pilusa SpaCBA. Njegova naravna funkcija je vezava človeške mukoze in kolagena. SpaC je sestavljen iz petih domen, ki so organizirane v območje stebla in vezavno območje. Območje stebla je sestavljeno iz treh domen: D3, D4 in D5. Vezavno območje pa je sestavljeno iz dveh domen: D1 in D2, pri čemer je bolj zunanja vezavna domena D2 tista, ki je v interakciji z mukozo [3].
SpaC mora biti na površini bakterije, da bi lahko opravljal svojo vlogo vezanja na mukozo, zato je bil tako kot EC20 SpaC povezan z Lpp-OmpA. Vezava SpaC v črevesju mora biti le začasna, da se lahko živi bioterapevtski izdelki izločijo in tako odstranijo vezani kadmij. Zahvaljujoč sistemu za nadzor izražanja, ki ga sestavlja operator Lac, inducibilen z IPTG, in je povezan s teofilinskim RNA-stikalon, se je SpaC sintetiziral le, ko so se živi bioterapevtski izdelki gojili v laboratoriju. S sistemom operaterja Lac inducibilnega z IPTG namreč lahko nadzorujemo transkripcijo (v odsotnosti IPTG inhibitor blokira vezavo RNA polimeraze na genski promotor in zavira transkripcijo gena), medtem ko s teofilinskim RNA-stikalom translacijo (ob odsotnosti teofilina stikalo zasede vezavno mesto za ribosom). Da se je lahko preverilo, ali se SpaC res izraža, je bila na N-konec proteina dodana oznaka Flag. Da pa se je lahko preverilo, ali se protein nahaja na površini, je bilo na njegov C-konec dodano nanotelo, ki veže GFP za vizualno potrditev izražanja na površini. Namesto GFP-ja, ki ima veliko molekulsko maso (27 kDa), je bilo raje uporabljeno nanotelo, ki veže GFP in ima majhno molekulsko maso, le 12,5 kDa [1].

Izkazalo se je, da je velikost SpaC ovirala izvoz na površino. Zaradi tega sta bili oblikovani dve krajši različici fuzijskega proteina SpaC: eno z domenama D1 in D2 ter eno samo z domeno D2. Rezultat teh novih modelov je bilo zmanjšanje proteina za 41,03 kDa in 63,35 kDa. Za skrajšanje prvotnega plazmida sta bili uporabljeni dve različni tehniki kloniranja. Metoda KLD je bila primerna za ohranitev konstrukta z D1 in D2. Ker pa je zaporedje domene D2 vstavljeno med dva dela zaporedja D1, je bil potreben drug pristop z več fazami, ki se je končal s kloniranjem Hifi. Ti metodi sta omogočili odstranitev segmentov zaporedja SpaC, ki niso bili potrebni za vezavo mukoze. Skrajšani plazmidi so bili nato transformirani v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21 DE3 [1][4][5].

==Varnost (horizontalni prenos genov)==
Horizontalni prenos genov, včasih imenovan tudi lateralni prenos genov, je proces, pri katerem se genski material prenaša med različnimi genomi ali organizmi. Ta prenos DNA lahko poteka med različnimi vrstami, vključno z izmenjavo med prokarionti in evkarionti. Prav tako lahko poteka med tremi organeli, ki vsebujejo DNA, v evkariontskih celicah: jedrom, mitohondrijem in kloroplastom. Horizontalni prenos genov je mehanizem, s katerim lahko organizmi pridobijo nove genetske informacije iz drugih virov, ne le od svojih neposrednih prednikov. Ta proces bi lahko predstavljal težavo za LBP, saj bi lahko interagiral s preostalo črevesno floro. Plazmidi Spac ali EC20 bi se namreč lahko prenesli na druge bakterije v črevesnem okolju, s čimer bi tem celicam podelili nove funkcionalnosti.

Vendar pa so bakterije sposobne izločiti DNA, bogato z uracilom, ne glede na to, ali je njihova lastna ali iz donorske bakterije. Identificirana sta bila dva ključna gena: DUT, ki je odgovoren za zamenjavo uracila s timinom in UNG, gen za uracil N-glikozilazo, ki odstranjuje uracile iz deoksiriboze. To pomeni, da bi moral dvojni izpad teh genov povzročiti nasprotne učinke: znatno vključevanje uracila in izgubo obrambe pred uracilirano DNA bodisi iz celice bodisi iz zunanjih virov. Za to delo je bil uporabljen edinstven sev E. coli, CJ236, ki je bil v osemdesetih letih prejšnjega stoletja prvotno uporabljen za mutagenezo po Kunklu, tehniko za vstavljanje enotočkovnih mutacij v plazmid in je omogočal ustvarjanje uracilnega plazmida iz CJ236.

S celicami CJ236 so izvedli transformacijo s plazmidom enostavnim za manipulacijo, ki kodira GFP, ko je le-ta induciran z arabinozo (pGLO). Bistvena zaporedja uraciliranega plazmida pGLO so:
*GFP - zaporedje, ki kodira zeleni fluorescenčni protein (GFP)
*bla - gen, ki kodira β-laktamazo, encim, ki razgrajuje antibiotik ampicilin
*promotor pBAD - veže AraC-arabinozo in spodbuja vezavo polimeraze RNA ter prepisovanje gena GFP
*araC - gen, ki kodira regulatorni protein, ki se veže na promotor pBAD; sinteza GFP se vključi šele, ko se arabinoza veže na protein AraC
*multiplo klonirano mesto (MCS)

Transformacija pGLO v CJ236 je zaradi dveh mutacij seva povzročila postopno vključevanje uracila v plazmid. Sledila je liza celice za pridobitev uracilnega pGLO. Na koncu postopka pa je bila izvedena transformacijo na sevu CJ236 in kontrolnem sevu. Pri sevu CJ236 se plazmid ni razgradil, ker je bil gen UNG mutiran, pri drugem sevu pa se je plazmid razgradil [1].

==Viri in literatura==
[1] EPFL iGEM 2023 - 48C https://2023.igem.wiki/epfl/home (pridobljeno 20. apr. 2024).

[2] M. Rafati Rahimzadeh, M. Rafati Rahimzadeh, S. Kazemi, A. Moghadamnia: Cadmium toxicity and treatment: An update. Caspian J Intern Med 2017, 8, 135–145.

[3] A. K. Megta, S. Pratap, A. Kant, A. Palva, I. von Ossowski, V. Krishnan: Crystal structure of the atypically adhesive SpaB basal pilus subunit: Mechanistic insights about its incorporation in lactobacillar SpaCBA pili. Current Research in Structural Biology 2020, 2, 229–238.

[4] KLD Enzyme Mix | NEB https://www.neb.com/en/products/m0554-kld-enzyme-mix (pridobljeno 20. apr. 2024).

[5] NEBuilder® HiFi DNA Assembly Cloning Kit | NEB https://www.neb.com/en/products/e5520-nebuilder-hifi-dna-assembly-cloning-kit (pridobljeno 20. apr. 2024).

48C Cadmium catcher LBP

2024-04-22T17:58:30Z

Mdeutsch:

Švicarska ekipa EPFL je leta 2023 na iGEM tekmovanju s projektom 48C Cadmium catcher LBP osvojila zlato medaljo ter glavno nagrado za najboljše izobraževanje. Njihov projekt je dostopen na povezavi: https://2023.igem.wiki/epfl/home

Avtor povzetka: Maja Deutsch

==Uvod==
Kadmij, 48. element periodnega sistema, je ena izmed težkih kovin, ki najbolj škodujejo zdravju ljudi. Nevarnost kadmija je v zadnjem desetletju privedla do uvedbe ukrepov, ki omejujejo njegovo uporabo v Evropi. Kljub temu je kadmij še vedno prisoten v okolju in različnih izdelkih, kot so cigaretni dim, akumulatorji, pigmenti, premazi, plastika in elektronski deli. Nepravilno odlaganje teh izdelkov, skupaj z rudarjenjem kovin, kjer je kadmij stranski proizvod, in uporabo gnojil, ki vsebujejo kadmij, je povzročilo onesnaženje tal in vode. To pa je vplivalo na naše zaloge hrane in povzročilo zaskrbljujoče razmere, saj je kadmij toksičen za ljudi in vpliva na številne organske sisteme kot so urinarni trakt, respiratorni sistem, centralno in periferno živčevje ter številne druge.

==Cilj projekta==
Predlagana rešitev je bila razviti živ bioterapevtski izdelek (ang. Live Biotherapeutic Product, LBP), katerega cilj je zmanjšati rakotvorno in toksično kopičenje kadmija v človeškem telesu. Glavni cilj je bil ustvariti modificirane bakterije, ki se lahko začasno pritrdijo na sluznico človeškega tankega črevesa in zadržijo kadmij. Medtem ko so te modificirane bakterije vezane na mukozo preko enega proteina pa preko drugega vežejo kadmij, ki gre skozi prebavni sistem, in tako učinkovito preprečijo njegovo absorpcijo v telo. Nato se bakterije skupaj s kadmijem naravno izločijo iz telesa. Za preprečevanje širjenja v okolju in genske izmenjave z drugimi organizmi bi bile te bakterije avksotrofne (nimajo sposobnosti sintetizirat določenih aminokislin, ki so potrebne za njihovo rast) in bi imele genske mutacije, ki preprečujejo horizontalni prenos genov.

==Sestavljanje konstruktov==
===EC20===
Za vezavo in lovljenje kadmija je bil izbran protein EC20, ki je imel najvišjo afiniteto do kadmija, prav tako pa je imel nižjo afiniteto do drugih dvovalentih ionov napram kadmiju. Predvidena struktura EC20 je protein v obliki lasnične zanke, ki ga utrjuje 9 disulfidnih vezi. Sestavljen je iz 41 aminokislin (iz 20 ponovitev glutaminske kisline in cisteina ter končnega glicina). Da bi EC20 dosegel svojo vlogo lovilca kadmija, mora biti izpostavljen lumnu črevesja, kjer bi lahko zajel in nase vezal kadmijeve ione. Ta zahteva je bila izpolnjena tako, da so EC20 povezali s proteinom Lpp-OmpA, ki se prikazuje na površini. Živi bioterapevtski izdelek bi moral prav tako biti sposoben loviti kadmij dokler le-ta ostaja v črevesju, zato bi se moral izražati konstitutivno. To je bilo izpolnjeno tako, da je bil fuzijski protein Lpp-OmpA-EC20 postavljen pod nadzor konstitutivnega promotorja E.coli BBa_J23100. Da bi lahko opravili primerne teste, glede izražanja EC20, je bila na njegov N-konec dodana oznako 6xHis tag, kar je omogočilo način testiranja izražanja proteina s prenosom western, saj ta oznaka omogoča specifično iskanje našega fuzijskega proteina z ustreznim protitelesom. Inženirski konstrukt je bil kloniran v vektor pET-3a, ki je vseboval gen za odpornost proti ampicilinu. Ta plazmid je bil nato transformiran v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21 DE3.

===SpaC===
SpaC je podenota pilusa SpaCBA. Njegova naravna funkcija je vezava človeške mukoze in kolagena. SpaC je sestavljen iz petih domen, ki so organizirane v območje stebla in vezavno območje. Območje stebla je sestavljeno iz treh domen: D3, D4 in D5. Vezavno območje pa je sestavljeno iz dveh domen: D1 in D2, pri čemer je bolj zunanja vezavna domena D2 tista, ki je v interakciji z mukozo.
SpaC mora biti na površini bakterije, da bi lahko opravljal svojo vlogo vezanja na mukozo, zato je bil tako kot EC20 SpaC povezan z Lpp-OmpA. Vezava SpaC v črevesju mora biti le začasna, da se lahko živi bioterapevtski izdelki izločijo in tako odstranijo vezani kadmij. Zahvaljujoč sistemu za nadzor izražanja, ki ga sestavlja operator Lac, inducibilen z IPTG, in je povezan s teofilinskim RNA-stikalon, se je SpaC sintetiziral le, ko so se živi bioterapevtski izdelki gojili v laboratoriju. S sistemom operaterja Lac inducibilnega z IPTG namreč lahko nadzorujemo transkripcijo (v odsotnosti IPTG inhibitor blokira vezavo RNA polimeraze na genski promotor in zavira transkripcijo gena), medtem ko s teofilinskim RNA-stikalom translacijo (ob odsotnosti teofilina stikalo zasede vezavno mesto za ribosom). Da se je lahko preverilo, ali se SpaC res izraža, je bila na N-konec proteina dodana oznaka Flag. Da pa se je lahko preverilo, ali se protein nahaja na površini, je bilo na njegov C-konec dodano nanotelo, ki veže GFP za vizualno potrditev izražanja na površini. Namesto GFP-ja, ki ima veliko molekulsko maso (27 kDa), je bilo raje uporabljeno nanotelo, ki veže GFP in ima majhno molekulsko maso, le 12,5 kDa.

Izkazalo se je, da je velikost SpaC ovirala izvoz na površino. Zaradi tega sta bili oblikovani dve krajši različici fuzijskega proteina SpaC: eno z domenama D1 in D2 ter eno samo z domeno D2. Rezultat teh novih modelov je bilo zmanjšanje proteina za 41,03 kDa in 63,35 kDa. Za skrajšanje prvotnega plazmida sta bili uporabljeni dve različni tehniki kloniranja. Metoda KLD je bila primerna za ohranitev konstrukta z D1 in D2. Ker pa je zaporedje domene D2 vstavljeno med dva dela zaporedja D1, je bil potreben drug pristop z več fazami, ki se je končal s kloniranjem Hifi. Ti metodi sta omogočili odstranitev segmentov zaporedja SpaC, ki niso bili potrebni za vezavo mukoze. Skrajšani plazmidi so bili nato transformirani v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21. DE3.

==Varnost (horizontalni prenos genov)==
Horizontalni prenos genov, včasih imenovan tudi lateralni prenos genov, je proces, pri katerem se genski material prenaša med različnimi genomi ali organizmi. Ta prenos DNA lahko poteka med različnimi vrstami, vključno z izmenjavo med prokarionti in evkarionti. Prav tako lahko poteka med tremi organeli, ki vsebujejo DNA, v evkariontskih celicah: jedrom, mitohondrijem in kloroplastom. Horizontalni prenos genov je mehanizem, s katerim lahko organizmi pridobijo nove genetske informacije iz drugih virov, ne le od svojih neposrednih prednikov. Ta proces bi lahko predstavljal težavo za LBP, saj bi lahko interagiral s preostalo črevesno floro. Plazmidi Spac ali EC20 bi se namreč lahko prenesli na druge bakterije v črevesnem okolju, s čimer bi tem celicam podelili nove funkcionalnosti.

Vendar pa so bakterije sposobne izločiti DNA, bogato z uracilom, ne glede na to, ali je njihova lastna ali iz donorske bakterije. Identificirana sta bila dva ključna gena: DUT, ki je odgovoren za zamenjavo uracila s timinom in UNG, gen za uracil N-glikozilazo, ki odstranjuje uracile iz deoksiriboze. To pomeni, da bi moral dvojni izpad teh genov povzročiti nasprotne učinke: znatno vključevanje uracila in izgubo obrambe pred uracilirano DNA bodisi iz celice bodisi iz zunanjih virov. Za to delo je bil uporabljen edinstven sev E. coli, CJ236, ki je bil v osemdesetih letih prejšnjega stoletja prvotno uporabljen za mutagenezo po Kunklu, tehniko za vstavljanje enotočkovnih mutacij v plazmid in je omogočal ustvarjanje uracilnega plazmida iz CJ236.

S celicami CJ236 so izvedli transformacijo s plazmidom enostavnim za manipulacijo, ki kodira GFP, ko je le-ta induciran z arabinozo (pGLO). Bistvena zaporedja uraciliranega plazmida pGLO so:
*GFP - zaporedje, ki kodira zeleni fluorescenčni protein (GFP)
*bla - gen, ki kodira β-laktamazo, encim, ki razgrajuje antibiotik ampicilin
*promotor pBAD - veže AraC-arabinozo in spodbuja vezavo polimeraze RNA ter prepisovanje gena GFP
*araC - gen, ki kodira regulatorni protein, ki se veže na promotor pBAD; sinteza GFP se vključi šele, ko se arabinoza veže na protein AraC
*multiplo klonirano mesto (MCS)

Transformacija pGLO v CJ236 je zaradi dveh mutacij seva povzročila postopno vključevanje uracila v plazmid. Sledila je liza celice za pridobitev uracilnega pGLO. Na koncu postopka pa je bila izvedena transformacijo na sevu CJ236 in kontrolnem sevu. Pri sevu CJ236 se plazmid ni razgradil, ker je bil gen UNG mutiran, pri drugem sevu pa se je plazmid razgradil.

==Viri in literatura==
[1] EPFL iGEM 2023 - 48C https://2023.igem.wiki/epfl/home (pridobljeno 20. apr. 2024).

[2] M. Rafati Rahimzadeh, M. Rafati Rahimzadeh, S. Kazemi, A. Moghadamnia: Cadmium toxicity and treatment: An update. Caspian J Intern Med 2017, 8, 135–145.

[3] A. K. Megta, S. Pratap, A. Kant, A. Palva, I. von Ossowski, V. Krishnan: Crystal structure of the atypically adhesive SpaB basal pilus subunit: Mechanistic insights about its incorporation in lactobacillar SpaCBA pili. Current Research in Structural Biology 2020, 2, 229–238.

[4] KLD Enzyme Mix | NEB https://www.neb.com/en/products/m0554-kld-enzyme-mix (pridobljeno 20. apr. 2024).

[5] NEBuilder® HiFi DNA Assembly Cloning Kit | NEB https://www.neb.com/en/products/e5520-nebuilder-hifi-dna-assembly-cloning-kit (pridobljeno 20. apr. 2024).

48C Cadmium catcher LBP

2024-04-22T16:36:53Z

Mdeutsch:

Švicarska ekipa EPFL je leta 2023 na iGEM tekmovanju s projektom 48C Cadmium catcher LBP osvojila zlato medaljo ter glavno nagrado za najboljše izobraževanje. Njihov projekt je dostopen na povezavi: https://2023.igem.wiki/epfl/home

Avtor povzetka: Maja Deutsch

==Uvod==
Kadmij, 48. element periodnega sistema, je ena izmed težkih kovin, ki najbolj škodujejo zdravju ljudi. Nevarnost kadmija je v zadnjem desetletju privedla do uvedbe ukrepov, ki omejujejo njegovo uporabo v Evropi. Kljub temu je kadmij še vedno prisoten v okolju in različnih izdelkih, kot so cigaretni dim, akumulatorji, pigmenti, premazi, plastika in elektronski deli. Nepravilno odlaganje teh izdelkov, skupaj z rudarjenjem kovin, kjer je kadmij stranski proizvod, in uporabo gnojil, ki vsebujejo kadmij, je povzročilo onesnaženje tal in vode. To pa je vplivalo na naše zaloge hrane in povzročilo zaskrbljujoče razmere, saj je kadmij toksičen za ljudi in vpliva na številne organske sisteme kot so urinarni trakt, respiratorni sistem, centralno in periferno živčevje ter številne druge.

==Cilj projekta==
Predlagana rešitev je bila razviti živ bioterapevtski izdelek (ang. Live Biotherapeutic Product, LBP), katerega cilj je zmanjšati rakotvorno in toksično kopičenje kadmija v človeškem telesu. Glavni cilj je bil ustvariti modificirane bakterije, ki se lahko začasno pritrdijo na sluznico človeškega tankega črevesa in zadržijo kadmij. Medtem ko so te modificirane bakterije vezane na mukozo preko enega proteina pa preko drugega vežejo kadmij, ki gre skozi prebavni sistem, in tako učinkovito preprečijo njegovo absorpcijo v telo. Nato se bakterije skupaj s kadmijem naravno izločijo iz telesa. Za preprečevanje širjenja v okolju in genske izmenjave z drugimi organizmi bi bile te bakterije avksotrofne (nimajo sposobnosti sintetizirat določenih aminokislin, ki so potrebne za njihovo rast) in bi imele genske mutacije, ki preprečujejo horizontalni prenos genov.

==Sestavljanje konstruktov==
===EC20===
Za vezavo in lovljenje kadmija je bil izbran protein EC20, ki je imel najvišjo afiniteto do kadmija, prav tako pa je imel nižjo afiniteto do drugih dvovalentih ionov napram kadmiju. Predvidena struktura EC20 je protein v obliki lasnične zanke, ki ga utrjuje 9 disulfidnih vezi. Sestavljen je iz 41 aminokislin (iz 20 ponovitev glutaminske kisline in cisteina ter končnega glicina). Da bi EC20 dosegel svojo vlogo lovilca kadmija, mora biti izpostavljen lumnu črevesja, kjer bi lahko zajel in nase vezal kadmijeve ione. Ta zahteva je bila izpolnjena tako, da so EC20 povezali s proteinom Lpp-OmpA, ki se prikazuje na površini. Živi bioterapevtski izdelek bi moral prav tako biti sposoben loviti kadmij dokler le-ta ostaja v črevesju, zato bi se moral izražati konstitutivno. To je bilo izpolnjeno tako, da je bil fuzijski protein Lpp-OmpA-EC20 postavljen pod nadzor konstitutivnega promotorja E.coli BBa_J23100. Da bi lahko opravili primerne teste, glede izražanja EC20, je bila na njegov N-konec dodana oznako 6xHis tag, kar je omogočilo način testiranja izražanja proteina s prenosom western, saj ta oznaka omogoča specifično iskanje našega fuzijskega proteina z ustreznim protitelesom. Inženirski konstrukt je bil kloniran v vektor pET-3a, ki je vseboval gen za odpornost proti ampicilinu. Ta plazmid je bil nato transformiran v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21 DE3.

===SpaC===
SpaC je podenota pilusa SpaCBA. Njegova naravna funkcija je vezava človeške mukoze in kolagena. SpaC je sestavljen iz petih domen, ki so organizirane v območje stebla in vezavno območje. Območje stebla je sestavljeno iz treh domen: D3, D4 in D5. Vezavno območje pa je sestavljeno iz dveh domen: D1 in D2, pri čemer je bolj zunanja vezavna domena D2 tista, ki je v interakciji z mukozo.
SpaC mora biti na površini bakterije, da bi lahko opravljal svojo vlogo vezanja na mukozo, zato je bil tako kot EC20 SpaC povezan z Lpp-OmpA. Vezava SpaC v črevesju mora biti le začasna, da se lahko živi bioterapevtski izdelki izločijo in tako odstranijo vezani kadmij. Zahvaljujoč sistemu za nadzor izražanja, ki ga sestavlja operator Lac, inducibilen z IPTG, in je povezan s teofilinskim RNA-stikalon, se je SpaC sintetiziral le, ko so se živi bioterapevtski izdelki gojili v laboratoriju. S sistemom operaterja Lac inducibilnega z IPTG namreč lahko nadzorujemo transkripcijo (v odsotnosti IPTG inhibitor blokira vezavo RNA polimeraze na genski promotor in zavira transkripcijo gena), medtem ko s teofilinskim RNA-stikalom translacijo (ob odsotnosti teofilina stikalo zasede vezavno mesto za ribosom). Da se je lahko preverilo, ali se SpaC res izraža, je bila na N-konec proteina dodana oznaka Flag. Da pa se je lahko preverilo, ali se protein nahaja na površini, je bilo na njegov C-konec dodano nanotelo, ki veže GFP za vizualno potrditev izražanja na površini. Namesto GFP-ja, ki ima veliko molekulsko maso (27 kDa), je bilo raje uporabljeno nanotelo, ki veže GFP in ima majhno molekulsko maso, le 12,5 kDa.

Izkazalo se je, da je velikost SpaC ovirala izvoz na površino. Zaradi tega sta bili oblikovani dve krajši različici fuzijskega proteina SpaC: eno z domenama D1 in D2 ter eno samo z domeno D2. Rezultat teh novih modelov je bilo zmanjšanje proteina za 41,03 kDa in 63,35 kDa. Za skrajšanje prvotnega plazmida sta bili uporabljeni dve različni tehniki kloniranja. Metoda KLD je bila primerna za ohranitev konstrukta z D1 in D2. Ker pa je zaporedje domene D2 vstavljeno med dva dela zaporedja D1, je bil potreben drug pristop z več fazami, ki se je končal s kloniranjem Hifi. Ti metodi sta omogočili odstranitev segmentov zaporedja SpaC, ki niso bili potrebni za vezavo mukoze. Skrajšani plazmidi so bili nato transformirani v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21. DE3.

==Varnost (horizontalni prenos genov)==
Horizontalni prenos genov, včasih imenovan tudi lateralni prenos genov, je proces, pri katerem se genski material prenaša med različnimi genomi ali organizmi. Ta prenos DNA lahko poteka med različnimi vrstami, vključno z izmenjavo med prokarionti in evkarionti. Prav tako lahko poteka med tremi organeli, ki vsebujejo DNA, v evkariontskih celicah: jedrom, mitohondrijem in kloroplastom. Horizontalni prenos genov je mehanizem, s katerim lahko organizmi pridobijo nove genetske informacije iz drugih virov, ne le od svojih neposrednih prednikov. Ta proces bi lahko predstavljal težavo za LBP, saj bi lahko interagiral s preostalo črevesno floro. Plazmidi Spac ali EC20 bi se namreč lahko prenesli na druge bakterije v črevesnem okolju, s čimer bi tem celicam podelili nove funkcionalnosti.

Vendar pa so bakterije sposobne izločiti DNA, bogato z uracilom, ne glede na to, ali je njihova lastna ali iz donorske bakterije. Identificirana sta bila dva ključna gena: DUT, ki je odgovoren za zamenjavo uracila s timinom in UNG, gen za uracil N-glikozilazo, ki odstranjuje uracile iz deoksiriboze. To pomeni, da bi moral dvojni izpad teh genov povzročiti nasprotne učinke: znatno vključevanje uracila in izgubo obrambe pred uracilirano DNA bodisi iz celice bodisi iz zunanjih virov. Za to delo je bil uporabljen edinstven sev E. coli, CJ236, ki je bil v osemdesetih letih prejšnjega stoletja prvotno uporabljen za mutagenezo po Kunklu, tehniko za vstavljanje enotočkovnih mutacij v plazmid in je omogočal ustvarjanje uracilnega plazmida iz CJ236.

S celicami CJ236 so izvedli transformacijo s plazmidom enostavnim za manipulacijo, ki kodira GFP, ko je le-ta induciran z arabinozo (pGLO). Bistvena zaporedja uraciliranega plazmida pGLO so:
*GFP - zaporedje, ki kodira zeleni fluorescenčni protein (GFP)
*bla - gen, ki kodira β-laktamazo, encim, ki razgrajuje antibiotik ampicilin
*promotor pBAD - veže AraC-arabinozo in spodbuja vezavo polimeraze RNA ter prepisovanje gena GFP
*araC - gen, ki kodira regulatorni protein, ki se veže na promotor pBAD; sinteza GFP se vključi šele, ko se arabinoza veže na protein AraC
*multiplo klonirano mesto (MCS)

Transformacija pGLO v CJ236 je zaradi dveh mutacij seva povzročila postopno vključevanje uracila v plazmid. Sledila je liza celice za pridobitev uracilnega pGLO. Na koncu postopka pa je bila izvedena transformacijo na sevu CJ236 in kontrolnem sevu. Pri sevu CJ236 se plazmid ni razgradil, ker je bil gen UNG mutiran, pri drugem sevu pa se je plazmid razgradil.

48C Cadmium catcher LBP

2024-04-22T16:18:50Z

Mdeutsch:

Švicarska ekipa EPFL je leta 2023 na iGEM tekmovanju s projektom 48C Cadmium catcher LBP osvojila zlato medaljo ter glavno nagrado za najboljše izobraževanje. Njihov projekt je dostopen na povezavi: https://2023.igem.wiki/epfl/home

Avtor povzetka: Maja Deutsch

==Uvod==
Kadmij, 48. element periodnega sistema, je ena od težkih kovin, ki najbolj škodujejo zdravju ljudi. Nevarnost kadmija je v zadnjem desetletju privedla do uvedbe ukrepov, ki omejujejo njegovo uporabo v Evropi. Kljub temu je kadmij še vedno prisoten v okolju in različnih izdelkih, kot so cigaretni dim, akumulatorji, pigmenti, premazi, plastika in elektronski deli. Nepravilno odlaganje teh izdelkov, skupaj z rudarjenjem kovin, kjer je kadmij stranski proizvod, in uporabo gnojil, ki vsebujejo kadmij, je povzročilo onesnaženje tal in vode. To pa je vplivalo na naše zaloge hrane in povzročilo zaskrbljujoče razmere, saj je kadmij toksičen za ljudi.

==Cilj projekta==
Predlagana rešitev je bila razviti živ bioterapevtski izdelek (ang. Live Biotherapeutic Product, LBP), katerega cilj je zmanjšati rakotvorno in toksično kopičenje kadmija v človeškem telesu.
Glavni cilj je bil ustvariti modificirane bakterije, ki se lahko začasno pritrdijo na sluznico človeškega tankega črevesa in zadržijo kadmij. Medtem ko so te modificirane bakterije vezane na sluz preko enega proteina, preko drugega vežejo kadmij, ki gre skozi prebavni sistem, in tako učinkovito preprečijo njegovo absorpcijo v telo. Nato se bakterije, skupaj s kadmijem, naravno izločijo iz telesa. Za preprečevanje širjenja v okolju in genske izmenjave z drugimi organizmi so bakterije avksotrofne (nimajo sposobnosti sintetizirat določenih aminokislin, ki so potrebne za njihovo rast) in imajo genske mutacije, ki preprečujejo horizontalni prenos genov.

==Sestavljanje konstruktov==
===EC20===
Za vezavo in lovljenje kadmija je bil izbran protein EC20, ki je imel najvišjo afiniteto do kadmija, prav tako pa je imel nižjo afiniteto do drugih dvovalentih ionov napram kadmiju. Predvidena struktura EC20 je protein v obliki lasnične zanke, ki ga utrjuje 9 disulfidnih vezi. Sestavljen je iz 41 aminokislin (iz 20 ponovitev glutaminske kisline in cisteina ter končnega glicina). Da bi EC20 dosegel svojo vlogo lovilca kadmija, mora biti izpostavljen lumnu črevesja, kjer bi lahko zajel in nase vezal kadmijeve ione. Ta zahteva je bila izpolnjena tako, da so EC20 povezali s proteinom Lpp-OmpA, ki se prikazuje na površini. Živi bioterapevtski izdelek bi moral biti sposoben loviti kadmij dokler le-ta ostaja v črevesju, zato se mora izražati konstitutivno. To je bilo izpolnjeno tako, da je bil fuzijski protein Lpp-OmpA-EC20 postavili pod nadzor konstitutivnega promotorja E.coli BBa_J23100. Da bi preverili, ali se EC20 res izraža, je bila na njegov N-konec dodana oznako 6xHis tag, kar je omogočilo način testiranja izražanja proteina, saj ta oznaka omogoča specifično iskanje našega fuzijskega proteina z ustreznim protitelesom. Inženirski konstrukt je bil kloniran v vektor pET-3a, ki je vseboval gen za odpornost proti ampicilinu. Ta plazmid je bil nato transformiran v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21 DE3.

===SpaC===
SpaC je podenota pila SpaCBA. Njegova naravna funkcija je vezava človeške mukoze in kolagena. SpaC je sestavljen iz petih domen, ki so organizirane kot območje stebla in vezavno območje. Območje stebla je sestavljeno iz treh domen: D3, D4 in D5. Vezavno območje je sestavljeno iz dveh domen: D1 in D2, pri čemer je bolj zunanja vezna domena D2 tista, ki je v interakciji s sluzjo.
SpaC mora biti na površini bakterije, da bi lahko opravljal svojo vlogo vezanja na mukozo, zato je bil tako kot EC20 SpaC povezan z Lpp-OmpA. Vezava SpaC v črevesju mora biti le začasna, da se lahko živi bioterapevtski izdelki izločijo in tako odstranijo vezani kadmij. Zahvaljujoč sistemu za nadzor izražanja, ki ga sestavlja operator Lac, inducibilen z IPTG, in je povezan s teofilinskim RNA-stikalon, se SpaC proizvaja le, ko se živi bioterapevtski izdelki gojijo v laboratoriju. S sistemom operaterja Lac inducibilnega z IPTG lahko nadzorujemo transkripcijo (v odsotnosti IPTG inhibitor blokira vezavo RNA polimeraze na genski promotor in zavira transkripcijo gena), s teofilinskim RNA-stikalom pa translacijo (ob odsotnosti teofilina stikalo zasede vezavno mesto za ribosom). Da se lahko preveri, ali se SpaC res izraža, je bila na N-konec proteina dodana oznaka Flag. Da pa se preveri, ali se nahaja na površini, je bilo na njegov C-konec dodano nanotelo, ki veže GFP za vizualno potrditev izražanja na površini. Namesto GFP-ja, ki ima veliko molekulsko maso (27 kDa), je bilo raje uporabljeno nanotelo, ki veže GFP in ima majhno molekulsko maso, le 12,5 kDa.

Izkazalo se je, da je velikost SpaC ovirala izvoz na površino. Zaradi tega sta bili oblikovani dve krajši različici našega fuzijskega proteina SpaC: eno z domenama D1 in D2 ter eno samo z domeno D2. Rezultat teh novih modelov je bilo zmanjšanje proteina za 41,03 kDa in 63,35 kDa.
Za skrajšanje prvotnega plazmida sta bili uporabljeni dve različni tehniki kloniranja. Metoda KLD je bila primerna za ohranitev konstrukta z D1 in D2. Ker pa je zaporedje domene D2 vstavljeno med dva dela zaporedja D1, je bil potreben drug pristop z več fazami, ki se je končal s kloniranjem Hifi. Ti metodi sta omogočili odstranitev segmentov zaporedja SpaC, ki niso bili potrebni za vezavo sluz. Skrajšani plazmidi so bili nato transformirani v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21 DE3.

==Varnost (horizontalni prenos genov)==
Horizontalni prenos genov, včasih imenovan tudi lateralni prenos genov, je proces, pri katerem se genski material prenaša med različnimi genomi ali organizmi. Ta prenos DNA lahko poteka med različnimi vrstami, vključno z izmenjavo med prokarionti in evkarionti. Prav tako lahko poteka med tremi organeli, ki vsebujejo DNA, v evkariontskih celicah: jedrom, mitohondrijem in kloroplastom. Horizontalni prenos genov je mehanizem, s katerim lahko organizmi pridobijo nove genetske informacije iz drugih virov, ne le od svojih neposrednih prednikov. Ta proces bi lahko predstavljal težavo za LBP, saj bi lahko interagiral s preostalo črevesno floro. Plazmidi Spac ali EC20 bi se namreč lahko prenesli na druge bakterije v črevesnem okolju, s čimer bi tem celicam podelili nove funkcionalnosti.

Vendar pa so bakterije sposobne izločiti DNA, bogato z uracilom, ne glede na to, ali je njihova lastna ali iz bakterije dajalke. Identificirana sta bila dva ključna gena: DUT, ki je odgovoren za zamenjavo uracila s timinom in UNG, gen za uracil N-glikozilazo, ki odstranjuje U-je iz deoksiriboze. To pomeni, da bi moral dvojni izpad teh genov povzročiti nasprotne učinke: znatno vključevanje uracila in izgubo obrambe pred uracilirano DNA bodisi iz celice bodisi iz zunanjih virov. Za to delo je bil uporabljen edinstven sev E. coli, CJ236, ki je bil v osemdesetih letih prejšnjega stoletja prvotno uporabljen za mutagenezo po Kunklu, tehniko za vstavljanje enotočkovnih mutacij v plazmid in je omogočal ustvarjanje uracilnega plazmida iz CJ236.
Z celicami CJ236 so izvedli transformacijo z enostavnim za manipulacijo plazmidom, ki kodira GFP, ko je induciran z arabinozo (pGLO). Bistvena zaporedja uraciliranega plazmida pGLO so:
*GFP - zaporedje, ki kodira zeleni fluorescenčni protein (GFP)
*bla - gen, ki kodira β-laktamazo, encim, ki razgrajuje antibiotik ampicilin
*promotor pBAD - veže AraC-arabinozo in spodbuja vezavo polimeraze RNA ter prepisovanje gena GFP
*araC - gen, ki kodira regulatorni protein, ki se veže na promotor pBAD; sinteza GFP se vključi šele, ko se arabinoza veže na protein AraC
*multiplo klonirano mesto (MCS)

Transformacija pGLO v CJ236 je zaradi dveh mutacij seva povzročila postopno vključevanje uracila v plazmid. Sledila je liza celice za pridobitev uracilnega pGLO. Na koncu postopka pa je bila izvedena transformacijo na sevu CJ236 in kontrolnem sevu. Pri sevu CJ236 se plazmid ni razgradil, ker je bil gen UNG mutiran, pri drugem sevu pa se je plazmid razgradil.

48C Cadmium catcher LBP

2024-04-22T15:29:57Z

Mdeutsch:

Švicarska ekipa EPFL je leta 2023 na iGEM tekmovanju s projektom 48C Cadmium catcher LBP osvojila zlato medaljo glavno nagrado za najboljše izobraževanje. Njihov projekt je dostopen na povezavi: https://2023.igem.wiki/epfl/home

Avtor povzetka: Maja Deutsch

==Uvod==
Kadmij, 48. element periodnega sistema, je ena od težkih kovin, ki najbolj škodujejo zdravju ljudi. Nevarnost kadmija je v zadnjem desetletju privedla do uvedbe ukrepov, ki omejujejo njegovo uporabo v Evropi. Kljub temu je kadmij še vedno prisoten v okolju in različnih izdelkih, kot so cigaretni dim, akumulatorji, pigmenti, premazi, plastika in elektronski deli. Nepravilno odlaganje teh izdelkov, skupaj z rudarjenjem kovin, kjer je kadmij stranski proizvod, in uporabo gnojil, ki vsebujejo kadmij, je povzročilo onesnaženje tal in vode. To pa je vplivalo na naše zaloge hrane in povzročilo zaskrbljujoče razmere, saj je kadmij toksičen za ljudi.

==Cilj projekta==
Predlagana rešitev je bila razviti živ bioterapevtski izdelek (ang. Live Biotherapeutic Product, LBP), katerega cilj je zmanjšati rakotvorno in toksično kopičenje kadmija v človeškem telesu.
Glavni cilj je bil ustvariti modificirane bakterije, ki se lahko začasno pritrdijo na sluznico človeškega tankega črevesa in zadržijo kadmij. Medtem ko so te modificirane bakterije vezane na sluz preko enega proteina, preko drugega vežejo kadmij, ki gre skozi prebavni sistem, in tako učinkovito preprečijo njegovo absorpcijo v telo. Nato se bakterije, skupaj s kadmijem, naravno izločijo iz telesa. Za preprečevanje širjenja v okolju in genske izmenjave z drugimi organizmi so bakterije avksotrofne (nimajo sposobnosti sintetizirat določenih aminokislin, ki so potrebne za njihovo rast) in imajo genske mutacije, ki preprečujejo horizontalni prenos genov.

==Sestavljanje konstruktov==
===EC20===
Za vezavo in lovljenje kadmija je bil izbran protein EC20, ki je imel najvišjo afiniteto do kadmija, prav tako pa je imel nižjo afiniteto do drugih dvovalentih ionov napram kadmiju. Predvidena struktura EC20 je protein v obliki lasnične zanke, ki ga utrjuje 9 disulfidnih vezi. Sestavljen je iz 41 aminokislin (iz 20 ponovitev glutaminske kisline in cisteina ter končnega glicina). Da bi EC20 dosegel svojo vlogo lovilca kadmija, mora biti izpostavljen lumnu črevesja, kjer bi lahko zajel in nase vezal kadmijeve ione. Ta zahteva je bila izpolnjena tako, da so EC20 povezali s proteinom Lpp-OmpA, ki se prikazuje na površini. Živi bioterapevtski izdelek bi moral biti sposoben loviti kadmij dokler le-ta ostaja v črevesju, zato se mora izražati konstitutivno. To je bilo izpolnjeno tako, da je bil fuzijski protein Lpp-OmpA-EC20 postavili pod nadzor konstitutivnega promotorja E.coli BBa_J23100. Da bi preverili, ali se EC20 res izraža, je bila na njegov N-konec dodana oznako 6xHis tag, kar je omogočilo način testiranja izražanja proteina, saj ta oznaka omogoča specifično iskanje našega fuzijskega proteina z ustreznim protitelesom. Inženirski konstrukt je bil kloniran v vektor pET-3a, ki je vseboval gen za odpornost proti ampicilinu. Ta plazmid je bil nato transformiran v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21 DE3.

===SpaC===
SpaC je podenota pila SpaCBA. Njegova naravna funkcija je vezava človeške mukoze in kolagena. SpaC je sestavljen iz petih domen, ki so organizirane kot območje stebla in vezavno območje. Območje stebla je sestavljeno iz treh domen: D3, D4 in D5. Vezavno območje je sestavljeno iz dveh domen: D1 in D2, pri čemer je bolj zunanja vezna domena D2 tista, ki je v interakciji s sluzjo.
SpaC mora biti na površini bakterije, da bi lahko opravljal svojo vlogo vezanja na mukozo, zato je bil tako kot EC20 SpaC povezan z Lpp-OmpA. Vezava SpaC v črevesju mora biti le začasna, da se lahko živi bioterapevtski izdelki izločijo in tako odstranijo vezani kadmij. Zahvaljujoč sistemu za nadzor izražanja, ki ga sestavlja operator Lac, inducibilen z IPTG, in je povezan s teofilinskim RNA-stikalon, se SpaC proizvaja le, ko se živi bioterapevtski izdelki gojijo v laboratoriju. S sistemom operaterja Lac inducibilnega z IPTG lahko nadzorujemo transkripcijo (v odsotnosti IPTG inhibitor blokira vezavo RNA polimeraze na genski promotor in zavira transkripcijo gena), s teofilinskim RNA-stikalom pa translacijo (ob odsotnosti teofilina stikalo zasede vezavno mesto za ribosom). Da se lahko preveri, ali se SpaC res izraža, je bila na N-konec proteina dodana oznaka Flag. Da pa se preveri, ali se nahaja na površini, je bilo na njegov C-konec dodano nanotelo, ki veže GFP za vizualno potrditev izražanja na površini. Namesto GFP-ja, ki ima veliko molekulsko maso (27 kDa), je bilo raje uporabljeno nanotelo, ki veže GFP in ima majhno molekulsko maso, le 12,5 kDa.

Izkazalo se je, da je velikost SpaC ovirala izvoz na površino. Zaradi tega sta bili oblikovani dve krajši različici našega fuzijskega proteina SpaC: eno z domenama D1 in D2 ter eno samo z domeno D2. Rezultat teh novih modelov je bilo zmanjšanje proteina za 41,03 kDa in 63,35 kDa.
Za skrajšanje prvotnega plazmida sta bili uporabljeni dve različni tehniki kloniranja. Metoda KLD je bila primerna za ohranitev konstrukta z D1 in D2. Ker pa je zaporedje domene D2 vstavljeno med dva dela zaporedja D1, je bil potreben drug pristop z več fazami, ki se je končal s kloniranjem Hifi. Ti metodi sta omogočili odstranitev segmentov zaporedja SpaC, ki niso bili potrebni za vezavo sluz. Skrajšani plazmidi so bili nato transformirani v kompetentni laboratorijski sev E. Coli BL21 DE3.

==Varnost (horizontalni prenos genov)==
Horizontalni prenos genov, včasih imenovan tudi lateralni prenos genov, je proces, pri katerem se genski material prenaša med različnimi genomi ali organizmi. Ta prenos DNA lahko poteka med različnimi vrstami, vključno z izmenjavo med prokarionti in evkarionti. Prav tako lahko poteka med tremi organeli, ki vsebujejo DNA, v evkariontskih celicah: jedrom, mitohondrijem in kloroplastom. Horizontalni prenos genov je mehanizem, s katerim lahko organizmi pridobijo nove genetske informacije iz drugih virov, ne le od svojih neposrednih prednikov. Ta proces bi lahko predstavljal težavo za LBP, saj bi lahko interagiral s preostalo črevesno floro. Plazmidi Spac ali EC20 bi se namreč lahko prenesli na druge bakterije v črevesnem okolju, s čimer bi tem celicam podelili nove funkcionalnosti.

Vendar pa so bakterije sposobne izločiti DNA, bogato z uracilom, ne glede na to, ali je njihova lastna ali iz bakterije dajalke. Identificirana sta bila dva ključna gena: DUT, ki je odgovoren za zamenjavo uracila s timinom in UNG, gen za uracil N-glikozilazo, ki odstranjuje U-je iz deoksiriboze. To pomeni, da bi moral dvojni izpad teh genov povzročiti nasprotne učinke: znatno vključevanje uracila in izgubo obrambe pred uracilirano DNA bodisi iz celice bodisi iz zunanjih virov. Za to delo je bil uporabljen edinstven sev E. coli, CJ236, ki je bil v osemdesetih letih prejšnjega stoletja prvotno uporabljen za mutagenezo po Kunklu, tehniko za vstavljanje enotočkovnih mutacij v plazmid in je omogočal ustvarjanje uracilnega plazmida iz CJ236.
Z celicami CJ236 so izvedli transformacijo z enostavnim za manipulacijo plazmidom, ki kodira GFP, ko je induciran z arabinozo (pGLO). Bistvena zaporedja uraciliranega plazmida pGLO so:
*GFP - zaporedje, ki kodira zeleni fluorescenčni protein (GFP)
*bla - gen, ki kodira β-laktamazo, encim, ki razgrajuje antibiotik ampicilin
*promotor pBAD - veže AraC-arabinozo in spodbuja vezavo polimeraze RNA ter prepisovanje gena GFP
*araC - gen, ki kodira regulatorni protein, ki se veže na promotor pBAD; sinteza GFP se vključi šele, ko se arabinoza veže na protein AraC
*multiplo klonirano mesto (MCS)

Transformacija pGLO v CJ236 je zaradi dveh mutacij seva povzročila postopno vključevanje uracila v plazmid. Sledila je liza celice za pridobitev uracilnega pGLO. Na koncu postopka pa je bila izvedena transformacijo na sevu CJ236 in kontrolnem sevu. Pri sevu CJ236 se plazmid ni razgradil, ker je bil gen UNG mutiran, pri drugem sevu pa se je plazmid razgradil.

Seminarji SB 2023/24

2024-04-22T15:13:51Z

Mdeutsch:

V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP 48C Cadmium catcher LBP- Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].

Seminarji SB 2023/24

2024-04-22T15:12:21Z

Mdeutsch:

V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/_48C_Cadmium_catcher_LBP - Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].

Seminarji SB 2023/24

2024-04-22T15:11:52Z

Mdeutsch:

V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ 48C_Cadmium_catcher_LBP - Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].

Seminarji SB 2023/24

2024-04-22T15:11:24Z

Mdeutsch:

V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C_Cadmium_catcher_LBP - Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].

48C Cadmium catcher LBP

2024-04-22T15:10:19Z

Mdeutsch: Created page with " ==Uvod== Kadmij, 48. element periodnega sistema, je ena od težkih kovin, ki najbolj škodujejo zdravju ljudi. Nevarnost kadmija je v zadnjem desetletju privedla do uvedbe ukrepov, ki omejujejo njegovo uporabo v Evropi. Kljub temu je kadmij še vedno prisoten v okolju in različnih izdelkih, kot so cigaretni dim, akumulatorji, pigmenti, premazi, plastika in elektronski deli. Nepravilno odlaganje teh izdelkov, skupaj z rudarjenjem kovin, kjer je kadmij stranski proizvod,..."

==Uvod==
Kadmij, 48. element periodnega sistema, je ena od težkih kovin, ki najbolj škodujejo zdravju ljudi. Nevarnost kadmija je v zadnjem desetletju privedla do uvedbe ukrepov, ki omejujejo njegovo uporabo v Evropi. Kljub temu je kadmij še vedno prisoten v okolju in različnih izdelkih, kot so cigaretni dim, akumulatorji, pigmenti, premazi, plastika in elektronski deli. Nepravilno odlaganje teh izdelkov, skupaj z rudarjenjem kovin, kjer je kadmij stranski proizvod, in uporabo gnojil, ki vsebujejo kadmij, je povzročilo onesnaženje tal in vode. To pa je vplivalo na naše zaloge hrane in povzročilo zaskrbljujoče razmere, saj je kadmij toksičen za ljudi.

Seminarji SB 2023/24

2024-04-22T14:57:40Z

Mdeutsch:

V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ 48C Cadmium catcher LBP - Proizvodnja bioterapevtika za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].

Seminarji SB 2023/24

2024-04-22T14:54:16Z

Mdeutsch:

V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C-Proizvodnja bioterapevtskega izdelka za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].

Seminarji SB 2023/24

2024-04-22T14:53:51Z

Mdeutsch:

V študijskem letu 2023/24 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteznobiološki_pristop_k_sestavljanju_in_ponovnemu_zagonu_klinično_pomembnih_fagov_Pseudomonas_aeruginosa Sinteznobiološki pristop k sestavljanju in ponovnemu zagonu klinično pomembnih fagov ''Pseudomonas aeruginosa''] (Bor Krajnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Optogenetsko_prostorsko_vzorčenje_kooperacije_pri_glivah_kvasovkah Optogenetsko prostorsko vzorčenje kooperacije pri glivah kvasovkah] (Martin Stanonik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_celična_linija_za_inducibilno_pakiranje_virusa_influence_A Sintetična celična linija za inducibilno pakiranje virusa influence A] (Klara Razboršek)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sesalskega_RNA-vezavnega_proteina_Musashi-1_kot_alosterično_reguliranega_translacijskega_represorja_v_E._coli Uporaba sesalskega RNA-vezavnega proteina Musashi-1 kot alosterično reguliranega translacijskega represorja v ''E. coli''] (Marko Kovačić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kaskadno_ojačano_genetsko_vezje_za_detekcijo_glivnih_patogenov Kaskadno ojačano genetsko vezje za detekcijo glivnih patogenov] (Jakob Tomšič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintetična_mRNA-stikala_s_povratno_zanko,_ki_omogočajo_zaznavanje_miRNA Sintetična mRNA-stikala s povratno zanko, ki omogočajo zaznavanje miRNA] (Ana Pervanja)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_nabor_navzkrižno_hranjenih_sevov_za_pripravo_sintetičnih_skupnosti_kvasovk Molekularni nabor navzkrižno hranjenih sevov za pripravo sintetičnih skupnosti kvasovk] (Teja Spruk)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_dinamike_rasti_sesalskih_celic_za_bioproizvodnjo Inženiring dinamike rasti sesalskih celic za bioproizvodnjo] (Zarja Rožanc)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhaseOut Biološka proizvodnja bioplastike] (Sašo Jakob)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BeeYeast Inženiring kvasovk za boj proti virusnim okužbam čebel] (Mateja Milošević)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cellect Cellect - Fenotipsko stabilne celične linije] (Lucija Voga)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/oPHAelia oPHAelia - Inovativna rešitev za zmanjšanje onesnaževanja s plastiko] (Irina Kostadinoska)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ReMixHD ReMixHD - Recikliranje mešanih plastičnih odpadkov] (Ema Kavčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DARWINS DARWINS - Usmerjena posodobitev proteinov Ago z idealno proteinsko termično stabilnostjo] (Rahela Petrovčič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET-2-Protein PET-2-Protein - Proizvodnja mikrobnih proteinov iz polietilen tereftalata] (Zala Perko)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/48C - Proizvodnja bioterapevtskega izdelka za vezavo kadmija] (Maja Deutsch)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2022/23]].

Interakcije transpozon – gostitelj

2022-04-25T13:50:27Z

Mdeutsch: /* Ciljne preference */

== TEKMOVANJE MED OBRAMBNIMI MEHANIZMI IN TRANSPOZONI ==

Za zaščito pred škodljivimi posledicami transpozicije so evkarionti razvili mehanizme, ki zavirajo transpozonske elemente (TE) pri procesu transkripcije in posttranskripcijsko, kar ustavi rekombinacijo v genomu. TE pa so razvili zaščitni model, ki naj bi omogočil izognitev njihovi represiji. Zaviralni mehanizmi so tudi zadolženi za regulacijo ekspresije genov in zaščito genoma pred eksogenimi patogeni. Ob prisotnosti vseh teh podatkov se moramo vprašati, ali so glavna tarča TE ali je njihovo utišanje samo posledica delovanja teh mehanizmov. To lahko ugotovimo s preučevanjem delovanja mehanizmov.

=== piRNA-posredovano TE utišanje ===

piRNA (piwi-interacting RNA) so majhne RNA molekule najdene v večini mnogoceličarjev. Nastanejo iz večjih prekurzorjev, ki nastanejo na piRNA kodirajočem delu kromatina. Po zorenju, kjer se skrajšajo, se združijo z Argonaute proteini PIWI družine v RNP kompleks. Ti so odgovorni za regulacijo genetskih procesov v celicah zarodnih linij in posttranskripcijsko ter transkripcijsko utišanje TE. Med utišanimi TE so tudi elementi (P element) ki, če neutišani, znižajo plodnost osebka.

Primer tega so odkrili v vinskih mušicah kjer se ob utišani RNA frekvenca transpozicije poveča, kar poškoduje DNA, povzroči avtrofijo spolnih žlez ter sterilnost.

Celoten mehanizem utišanja še ni poznan. Ena izmed bolj priznanih teorij predlaga da (v primeru vinske mušice) PIWI proteina Aub (Aubergine) in Ago3 (Argonaute 3) v citoplazmi povečata efekt piRNA da lahko utiša več TE. piRNA se veže z Aub proteinom. Nastali kompleks cepi transpozonsko kodirajoči transkript. Deli transkripta se vežejo z Ago3 proteinom in nastali kompleks se veže na nove dele piRNA ter jih cepi. Novonastali fragmenti se vežejo na Aub proteine in novonastali kompleks lahko ponovno cepi transpozonski transkript. To se imenuje Ping-pong cikel, ki spada v posttranskripcijsko utišanje TE.

piRNA lahko utiša TE tudi med transkripcijo tako, da zrela molekula vstopi nazaj v jedro, kjer se postopoma vnese v PIWI protein. Nastali kompleks se veže na nastajajočo se RNA verigo TE-ja. Tudi to omogočata Aub in Ago3.

=== Hitro razvijanje piRNA mehanizma ===

Mehanizem se hitro evolucionarno razvija. S ponavljajočimi se geni in pozitivno selekcijo genov je pokazatelj na spopad med obrambnimi mehanizmi in TE.

Pozitivna genska selekcija je posledica hitre diverzitifikacije proteinov gostitelja in patogena (bakterija, virus...) zaradi interakciji med proteini dveh organizmov. S tem dobimo izboljšane proteine (z mutacijami). To se velikokrat pojavlja v nevretenčarskih in ribjih proteinih.

Število utišanih genov je še en faktor, ki bi lahko pojasnil hitro razvijanje mehanizma . Različne študije so odkrile gene, ki kodirajo PIWI proteine, ki so se neodvisno podvojili v raznoraznih organizmih, kar vodi v večje utišanje TE.

Hitro razvijanje lahko vodi tudi v nefunkcionalnost mehanizma. Dokaz za to je odkrila raziskava na Rhino in Deadlock komponentah mehanizma v muhah in mušicah. V njih ti dva proteina delujeta kot del kompleksa ki spodbuja transkripcijo piRNA na kromatinu. Njuna odsotnost privede do pomanjkanja piRNA in posledičnega povečanja izražanja TE.

Kljub temu ne vemo kaj je glavni razlog za obstoj tega procesa. Če predlagamo da je to aktivnost TE, bi to pomenilo da pozitivna selekcija spremlja TE raznolikost. Posledično se ekspresija piRNA spreminja z aktivnostjo variacij TE. Tako bi tudi potrdili spopad med TE in piRNA mehanizmom utišanja.

=== KRAB-ZFP ===

Povečanje številčnosti KRAB-ZFP proteinov v genomih sesalcev je postal prepoznavni znak, da le-ti proteini podajajo prilagojen odgovor na TE. Vsi KRAB-ZFP proteini vsebujejo N-kočno KRAB domeno, ki ji sledijo številni različni tipi C2H2 cinkovih prstov. Večina KRAB proteinov je bila do sedaj karakterizirana kot transkripcijski represorji, saj ponavadi KRAB-ZFP s pomočjo cinkovih prstov nase veže DNA ter korepresor KAP1 s pomočjo KRAB domene. KAP1 nato nase veže številne epigenetske modifikatorje kot so histon- in DNA metiltransferaze, ki tvorijo formacijo represivnega kromatina, ki ima za tarčo lokus (mesto na kromosomu). Številni KRAB-ZFP so bili povezani z utišanjem specifičnih TE družin prepoznanih s pomočjo sekvenčno specifičnih DNA-vezavnih interakcij. Predlagano je bilo, da je razlog za hitro evolucijo KRAB-ZFP genov tekmovanje s transpozicijsimi elementi.

=== Protiobrambni mehanizem ===

Tekmovanje med transpozoni in gostiteljskim sistemom kontrole nakazuje na to, da se transpozoni ponavadi izognejo utišanju. Pa vendar obstaja zelo malo primerov, kjer so transpozoni dejansko razvili aktivni mehanizem za pobeg. Trenutno so znani samo trije taki primeri, vsi prihajajo iz rastlin:

•Družina CACTA DNA transpozonov nosi mikro-RNA gen mir820, ki z vezavo zniža ekspresijo de novo metiltransferaznega gena OsDRM2, kar ima za posledico zmanjšanje DNA metilacije številnih transpozicijskih elementov in omogoči izogib utišanju.

•Nekateri transpozicijski elementi izdelajo siRNA, ki lahko vpliva na ekspresijo gostiteljskega gena v trans obliki.

•VANDAL DNA elementi (VANDAL21 in VANDAL6) kodirajo dodatna proteina VANC21 in VANC6, ki inducirata demetilacijo sorodnih elementov VANDAL družine brez, da bi vplivali na metilacijo drugih TE družin. S tem dosežejo specifično sekvenčno protiutišanje, ki promovira njihovo mobilizacijo in omejuje delecijski vpliv njihovega sistema proti utišanju na gostitelja.

== STRATEGIJE POBEGA IN SAMOKONTROLE ==

Zakaj je s strani transpozonov kodiranih tako malo mehanizmov proti utišanju? Glavni razlog je, da se morajo transpozicijski elementi podvojiti v zarodni liniji, kar zelo omeji sposobnost nastanka efektivnega mehanizma proti utišanju. Npr. mehanizem, ki bi blokiral celotno piRNA pot, bi sicer vodil v masovno mobilizacijo različnih transpozonov, vendar hkrati ogrozil gostiteljevo plodnost in tako tudi razmnoževanje transpozonov.

=== Izogib gostiteljskemu nadzoru ===

Kot alternativa, se transpozoni lahko izognejo gostiteljskemu nadzoru, ampak tako, da njihova aktivnost ne vpliva na sposobnost delovanja gostitelja. Kot primer takšnega delovanja poznamo retrotranspozone, ki v navadni vinski mušici “ugrabijo” celice granuloze v jajčniku, da namesto njih sestavljajo RNP komplekse, ki služijo kot transpozicijski intermediati [2]. Te produkti se nato s pomočjo mikrotubulov prenesejo do oocitov, kjer se začne transpozicija. Čeprav so ti retrotranspozoni dovzetni za piRNA utišanje, ko pridejo v oocite, njihovo sestavljanje v permisivnih celicah zmanjša število transpozicijskih korakov, ki so za to dovzetni [3].

=== Ciljne preference ===

Nekateri transpozicijski elementi so razvili tudi mehanizme, ki usmerjajo svoje insercije v “varna zatočišča” oz. regije genoma, ki povzročijo minimalno škodo. Transpozoni, še posebno tisti, ki kolonizirajo kompaktne genome, so večkrat ustvarili mehanizme, ki ciljajo gensko revnejše regije oz. regije ponavljajočih se zaporedij genoma (npr. transpozoni v ribah se integrirajo v bližino tRNA genov in nimajo vpliva na izražanje tRNA, transpozoni v sviloprejkah pa imajo za tarčo telomerne regije). Čeprav mora včasih insercija teh elementov v kompartmentu vznemirit gostiteljsko izražanje gena, je manj verjetno, da bo le-ta škodljiv, kakor bi bil v kodirajočih regijah.

=== Samoregulatorni mehanizmi ===

Transpozoni lahko tudi minimizirajo delecijski vpliv z razvojem samoregulatornega mehanizma. Transpozoni so prisotni v genomu vseh celic in bi se v teoriji lahko mobilizirali tako v zarodni liniji kot somatskih tkivih. Vendar lahko mobilizacija v somatskih tkivih povzroči več škode za organizem, medtem ko ima mobilizacija v zarodni liniji manjši takojšnji vpliv na delovanje gostitelja (dokler ne vpliva na plodnost). Ravno iz tega razloga so transpozoni razvili mehanizme, ki omejujejo ekspresijo samo na zarodno linijo.

Še ena podobna strategija je evolucija suboptimalne transpozicije in samo-obvladovalnega kontrolnega mehanizma števila kopij. transpozoni morajo biti dovolj aktivni, da generirajo nove insercije, vendar ne toliko aktivni, da bi vplivali na delovanje gostitelja. Zato so določeni transpozoni razvili mehanizem, ki zmanjša njihovo aktivnost. Ta regulacija poteka na vsaj tri načine:

•Evolucija suboptimalnih transpozaz

•Inhibicija transpozazne funkcije z agregacijo, ko ekspresija transpozaze doseče določen prag

•Izbira nepopolnih končnih obrnjenih ponovitev, ki zmanjšajo transpozonsko afiniteto in učinkovitost [4].

== VZAJEMNOST TRANSPOZONA IN GOSTITELJA ==
Samoregulacija in doseganje cilja TE lahko zmanjšata njegov škodljiv vpliv na gostitelja, neposredno pa ne zagotavljata selektivne prednosti gostitelja. Vzajemnost se doseže le, če vzdrževanje aktivnosti TE takoj koristi gostitelju. Takih primerov je pri evkariontih opisanih zelo malo, poznamo pa tri možne primere: Telomerni retroelementi pri vinski mušici, z nosilnim elementom telomer preko TBE posredovana preureditev genoma v migetalkarju Oxytricha trifallax in pojavljajoča vloga retrotranspozonov pri sesalcih v zgodnjem embrionalnem razvoju.

=== Retrotranspozoni ohranjajo telomere vinske mušice===
Več vrst vinske mušice je izgubilo gen, ki kodira telomeraze. Pri vseh do sedaj raziskanih vrstah vinske mušice z izjemo ene so njihove telomerne ponovitve nadomestili nizi ne-LTR retrotranspozonov, ki jih skupno imenujemo telomerni retroelementi. Pri vinski mušici telomerni elementi pripadajo trem družinam, ki so sorodni družini Jocker (ang. jockey) ne-LTR transpozonom (Het-A, TAHRE in TART). Slednje so neprekinjeno vstavljene skozi celoten kromosom preko ciljno določene reverzne transkripcije, ki jih podpirajo elementi proizvedeni iz avtonomnih TAHRE in TART kopij. Prepisana mRNA iz vseh treh družin retroelementov je uvožena v jedro, kjer je povezana s proteini, ki so podobni Gag. Gag in reverzne transkriptaze (RT) iz kompleksa Het-A, TAHRE in TART s sorodnimi mRNA tvorijo RNP kompleks, ki je sposoben podaljšati telomere. Pri drugih organizmih pa telomerazna reverzna transkriptaza (TERT) in telomerazna RNA (TR) tvorita telomerazni kompleks, ki vzdržuje telomere.

=== Oxytricha potrebuje aktivne transpozone za svoj razvoj ===
Migetalkarji, kot je O. trifallax, so enocelični evkarionti, ki imajo dve vrsti jeder: trankskripcijski tihi diploidni mikronukleus zarodne linije (MIC) in somatski makronukleus (MAC). Slednji ohranja ekspresijo genov v vegetativnih celicah in je izpeljan iz MIC-a preko obsežnih genomskih prerazporeditev, ki se zgodijo kmalu po spolni konjugaciji. Geni v MIC genomu prekinejo nekodirajoča zaporedja, poznana kot notranja izločena zaporedja (IES), ki morajo biti odstranjena za pravilno delovanje MAC-a. TE obsegajo velik delež IES in veliko prispevajo k velikosti MIC genoma. Postopek izrezovanja in razpletanje IES odstrani pravzaprav vse TE iz MAC genoma. To zahtevno preoblikovanje genoma zahteva sodelovanje družine DNK transpozonov (TBE), ki se aktivno mobilizirajo med mejozo. Eksperimentalno utišanje vseh treh transpozaz družine TBE preko RNAi poškoduje celično rast in povzroči celično smrt, ki se zgodi zaradi okvar zarodne linije ter odpravi TBE in IES. Vendar pa utišanje ene TBE družine ni zadostno za povzročitev takega fenotipa, kar nakazuje, da vse tri TBE družine sodelujejo pri razvoju MAC-a.

=== Vloga TE pri embriogenezi sesalcev ===
Pojavlja se vedno več dokazov, da so retrotranspozoni in proteinska družina ERV-ji tesno prepleteni z embrionalnim razvojem sesalcev. Predvideva se, da k aktivaciji zigotskega genoma prispevata pri miših (MERVL) in ljudeh (HERVL). Visoka stopnja transkripcije več posameznih HERVH lokusov spodbuja nastanek kromatinskih zank in topoloških domen, ki so edinstvene tako za izražanje himernih dolgih nekodirajočih RNA kot tudi za ESC-je.

=== Prikriti konflikti med TE in gostiteljem ===
Prej opisani primeri kažejo, da so lahko vzajemne interakcije med TE in njihovimi gostitelji bolj razširjene kot si dandanes predstavljamo. Še vedno pa ostajajo alternativne interpretacije. Namesto resnične vzajemnosti, se te povezave lahko obravnava kot komenzalizme, kjer imajo korist le TE. Takšna povezava (odvisnost) lahko povzroči konflikt, v primeru ko pride do prenosa v presežek TE, kar oslabi telesno pripravljenost gostitelja, temu pa sledi tekmovanje med gostiteljem in TE za razvoj mehanizmov, ki nadzorujejo ta prenos.

=== Pot do prisvojitve (cooption) ===
Prednost sprejetja modela, ki je osredotočen na sodelovalne interakcije med gostiteljem in traspozonom je, da zagotavlja lažjo pot za prisvojitev TE. Prisvojitev je proces, s katerim naravna selekcija posega v zaporedja TE-jev, da se razvijejo nove funkcije gostitelja. Danes te procesi veljajo za molekularno pot in evolucijske sile, ki vodijo do sodelovanja, vendar pa ostajajo

== VIRI IN LITERATURA ==
1. Z. Zhang, J. Xu, B. S. Koppetsch, J. Wang, C. Tipping, S. Ma, Z. Weng, W. E. Theurkauf, P. D. Zamore: Heterotypic piRNA Ping-Pong Requires Qin, a Protein with Both E3 ligase and Tudor Domains, National Library of Medicine, 2012, Molecular cell, 44(4), str.572-584

2. Kaminker JS, Bergman CM, Kronmiller B, Carlson J, Svirskas R, Patel S, et al. The transposable elements of the Drosophila melanogaster euchromatin: a genomics perspective. Genome Biol. 2002;3: RESEARCH0084. doi:10.1186/gb-2002-3-12-research0084

3. Moschetti R, Dimitri P, Caizzi R, Junakovic N. Genomic Instability of I Elements of Drosophila melanogaster in Absence of Dysgenic Crosses. Imhof A, editor. PLoS ONE. 2010;5: e13142. doi:10.1371/journal.pone.0013142

4. Liu D, Chalmers R. Hyperactive mariner transposons are created by mutations that disrupt allosterism and increase the rate of transposon end synapsis. Nucleic Acids Research. 2014;42: 2637–2645. doi:10.1093/nar/gkt1218

5. Li C, Vagin VV, Lee S, Xu J, Ma S, Xi H, Seitz H, Horwich MD, Syrzycka M, Honda BM, Kittler EL, Zapp ML, Klattenhoff C, Schulz N, Theurkauf WE, Weng Z, Zamore PD, Collapse of germline piRNAs in the absence of Argonaute3 reveals somatic piRNAs in flies, 2009, Cell, 137 (3): 509–521

Interakcije transpozon – gostitelj

2022-04-25T07:00:30Z

Mdeutsch: /* Ciljne preference */

== ARMS RACES ==

Za zaščito pred škodljivimi posledicami transpozicije so evkarionti razvili mehanizme, ki zavirajo transpozonske elemente (TE) pri procesu transkripcije in posttranskripcijsko, kar ustavi rekombinacijo v genomu. TE pa so razvili zaščitni model, ki naj bi omogočil izognitev njihovi represiji. Zaviralni mehanizmi so tudi zadolženi za regulacijo ekspresije genov in zaščito genoma pred eksogenimi patogeni. Ob prisotnosti vseh teh podatkov se moramo vprašati, ali so glavna tarča TE ali je njihovo utišanje samo posledica delovanja teh mehanizmov. To lahko ugotovimo s preučevanjem delovanja mehanizmov.

=== piRNA-posredovano TE utišanje ===

piRNA (piwi-interacting RNA) so majhne RNA molekule najdene v večini mnogoceličarjev. Nastanejo iz večjih prekurzorjev, ki nastanejo na piRNA kodirajočem delu kromatina. Po zorenju (skrajšanju) se združijo z Argonaute proteini PIWI družine v RNP kompleks. Ti so odgovorni za regulacijo genetskih procesov v celicah zarodnih linij in posttranskripcijsko ter transkripcijsko utišanje TE. Med utišanimi TE so tudi elementi (P element) ki, če neutišani, znižajo plodnost osebka.

Ob utišanju piRNA se frekvenca transpozicije poveča, kar poškoduje DNA. Posledično to vodi v zmanšanje spolnih žlez ter motnje v spermatogenezi.

Celoten mehanizem utišanja še ni poznan. Ena izmed bolj priznanih teorij predlaga da PIWI proteina Aub (Aubergine) in Ago3 (Argonaute 3) v citoplazmi povečata efekt piRNA da lahko utiša več TE. piRNA se veže z Aub proteinom. Nastali kompleks cepi transpozonsko kodirajoči transkript. Deli transkripta se vežejo z Ago3 proteinom in nastali kompleks se veže na nove dele piRNA ter jih cepi. Novonastali fragmenti se vežejo na Aub proteine. To se imenuje Ping-pong cikel, ki spada v posttranskripcijsko utišanje TE.

piRNA lahko utiša TE tudi med transkripcijo tako, da zrela molekula vstopi nazaj v jedro, kjer se postopoma vnese v PIWI protein. Nastali kompleks se veže na nastajajočo se RNA verigo TE-ja. Tudi to omogočata Aub in Ago3.

=== Hitro razvijanje piRNA mehanizma ===

Mehanizem se hitro evolucionarno razvija. S ponavljajočimi se geni in pozitivno selekcijo genov je pokazatelj na spopad med obrambnimi mehanizmi in TE.

Pozitivna genska selekcija je posledica hitre diverzitifikacije proteinov gostitelja in patogena (bakterija, virus...) zaradi interakciji med proteini dveh organizmov. S tem dobimo izboljšane proteine (z mutacijami). To se velikokrat pojavlja v nevretenčarskih in ribjih proteinih.

Število utišanih genov je še en faktor, ki bi lahko pojasnil hitro razvijanje mehanizma . Različne študije so odkrile gene, ki kodirajo PIWI proteine, ki so se neodvisno podvojili v raznoraznih organizmih, kar vodi v večje utišanje TE.

Hitro razvijanje lahko vodi tudi v nefunkcionalnost mehanizma. Dokaz za to je odkrila raziskava na Rhino in Deadlock komponentah mehanizma v muhah in mušicah. V njih ti dva proteina delujeta kot del kompleksa ki spodbuja transkripcijo piRNA na kromatinu. Njuna odsotnost privede do pomanjkanja piRNA in posledičnega povečanja izražanja TE.

Kljub temu ne vemo kaj je glavni razlog za obstoj tega procesa. Če predlagamo da je to aktivnost TE, bi to pomenilo da pozitivna selekcija spremlja TE raznolikost. Posledično se ekspresija piRNA spreminja z aktivnostjo variacij TE. Tako bi tudi potrdili spopad med TE in piRNA mehanizmom utišanja.

=== KRAB-ZFP ===

Povečanje številčnosti KRAB-ZFP proteinov v genomih sesalcev je postal prepoznavni znak, da le-ti proteini podajajo prilagojen odgovor na TE. Vsi KRAB-ZFP proteini vsebujejo N-kočno KRAB domeno, ki ji sledijo številni različni tipi C2H2 cinkovih prstov. Večina KRAB proteinov je bila do sedaj karakterizirana kot transkripcijski represorji, saj ponavadi KRAB-ZFP s pomočjo cinkovih prstov nase veže DNA ter korepresor KAP1 s pomočjo KRAB domene. KAP1 nato nase veže številne epigenetske modifikatorje kot so histon- in DNA metiltransferaze, ki tvorijo formacijo represivnega kromatina, ki ima za tarčo lokus (mesto na kromosomu). Številni KRAB-ZFP so bili povezani z utišanjem specifičnih TE družin prepoznanih s pomočjo sekvenčno specifičnih DNA-vezavnih interakcij. Predlagano je bilo, da je razlog za hitro evolucijo KRAB-ZFP genov tekmovanje s transpozicijsimi elementi.

=== Protiobrambni mehanizem ===

Tekmovanje med transpozoni in gostiteljskim sistemom kontrole nakazuje na to, da se transpozoni ponavadi izognejo utišanju. Pa vendar obstaja zelo malo primerov, kjer so transpozoni dejansko razvili aktivni mehanizem za pobeg. Trenutno so znani samo trije taki primeri, vsi prihajajo iz rastlin:

•Družina CACTA DNA transpozonov nosi mikro-RNA gen mir820, ki z vezavo zniža ekspresijo de novo metiltransferaznega gena OsDRM2, kar ima za posledico zmanjšanje DNA metilacije številnih transpozicijskih elementov in omogoči izogib utišanju.

•Nekateri transpozicijski elementi izdelajo siRNA, ki lahko vpliva na ekspresijo gostiteljskega gena v trans obliki.

•VANDAL DNA elementi (VANDAL21 in VANDAL6) kodirajo dodatna proteina VANC21 in VANC6, ki inducirata demetilacijo sorodnih elementov VANDAL družine brez, da bi vplivali na metilacijo drugih TE družin. S tem dosežejo specifično sekvenčno protiutišanje, ki promovira njihovo mobilizacijo in omejuje delecijski vpliv njihovega sistema proti utišanju na gostitelja.

== STRATEGIJE POBEGA IN SAMOKONTROLE ==

Zakaj je s strani transpozonov kodiranih tako malo mehanizmov proti utišanju? Glavni razlog je, da se morajo transpozicijski elementi podvojiti v zarodni liniji, kar zelo omeji sposobnost nastanka efektivnega mehanizma proti utišanju. Npr. mehanizem, ki bi blokiral celotno piRNA pot, bi sicer vodil v masovno mobilizacijo različnih transpozonov, vendar hkrati ogrozil gostiteljevo plodnost in tako tudi razmnoževanje transpozonov.

=== Izogib gostiteljskemu nadzoru ===

Kot alternativa, se transpozoni lahko izognejo gostiteljskemu nadzoru, ampak tako, da njihova aktivnost ne vpliva na sposobnost delovanja gostitelja. Kot primer takšnega delovanja poznamo retrotranspozone, ki v navadni vinski mušici “ugrabijo” celice granuloze v jajčniku, da namesto njih sestavljajo RNP komplekse, ki služijo kot transpozicijski intermediati [2]. Te produkti se nato s pomočjo mikrotubulov prenesejo do oocitov, kjer se začne transpozicija. Čeprav so ti retrotranspozoni dovzetni za piRNA utišanje, ko pridejo v oocite, njihovo sestavljanje v permisivnih celicah zmanjša število transpozicijskih korakov, ki so za to dovzetni [3].

=== Ciljne preference ===

Nekateri transpozicijski elementi so razvili tudi mehanizme, ki usmerjajo svoje insercije v “varna zatočišča” oz. regije genoma, ki povzročijo minimalno škodo. Transpozoni, še posebno tisti, ki kolonizirajo kompaktne genome, so večkrat ustvarili mehanizme, ki ciljajo benigne regije oz. regije ponavljajočih se zaporedij genoma (npr. transpozoni v ribah se integrirajo v bližino tRNA genov in nimajo vpliva na izražanje tRNA, transpozoni v sviloprejkah pa imajo za tarčo telomerne regije). Čeprav mora včasih insercija teh elementov v kompartmentu vznemirit gostiteljsko izražanje gena, je manj verjetno, da bo le-ta škodljiv, kakor bi bil v kodirajočih regijah.

=== Samoregulatorni mehanizmi ===

Transpozoni lahko tudi minimizirajo delecijski vpliv z razvojem samoregulatornega mehanizma. Transpozoni so prisotni v genomu vseh celic in bi se v teoriji lahko mobilizirali tako v zarodni liniji kot somatskih tkivih. Vendar lahko mobilizacija v somatskih tkivih povzroči več škode za organizem, medtem ko ima mobilizacija v zarodni liniji manjši takojšnji vpliv na delovanje gostitelja (dokler ne vpliva na plodnost). Ravno iz tega razloga so transpozoni razvili mehanizme, ki omejujejo ekspresijo samo na zarodno linijo.

Še ena podobna strategija je evolucija suboptimalne transpozicije in samo-obvladovalnega kontrolnega mehanizma števila kopij. transpozoni morajo biti dovolj aktivni, da generirajo nove insercije, vendar ne toliko aktivni, da bi vplivali na delovanje gostitelja. Zato so določeni transpozoni razvili mehanizem, ki zmanjša njihovo aktivnost. Ta regulacija poteka na vsaj tri načine:

•Evolucija suboptimalnih transpozaz

•Inhibicija transpozazne funkcije z agregacijo, ko ekspresija transpozaze doseče določen prag

•Izbira nepopolnih končnih obrnjenih ponovitev, ki zmanjšajo transpozonsko afiniteto in učinkovitost [4].

== VIRI IN LITERATURA ==
1. Z. Zhang, J. Xu, B. S. Koppetsch, J. Wang, C. Tipping, S. Ma, Z. Weng, W. E. Theurkauf, P. D. Zamore: Heterotypic piRNA Ping-Pong Requires Qin, a Protein with Both E3 ligase and Tudor Domains, National Library of Medicine, 2012, Molecular cell, 44(4), str.572-584

2. Kaminker JS, Bergman CM, Kronmiller B, Carlson J, Svirskas R, Patel S, et al. The transposable elements of the Drosophila melanogaster euchromatin: a genomics perspective. Genome Biol. 2002;3: RESEARCH0084. doi:10.1186/gb-2002-3-12-research0084

3. Moschetti R, Dimitri P, Caizzi R, Junakovic N. Genomic Instability of I Elements of Drosophila melanogaster in Absence of Dysgenic Crosses. Imhof A, editor. PLoS ONE. 2010;5: e13142. doi:10.1371/journal.pone.0013142

4. Liu D, Chalmers R. Hyperactive mariner transposons are created by mutations that disrupt allosterism and increase the rate of transposon end synapsis. Nucleic Acids Research. 2014;42: 2637–2645. doi:10.1093/nar/gkt1218

5. Li C, Vagin VV, Lee S, Xu J, Ma S, Xi H, Seitz H, Horwich MD, Syrzycka M, Honda BM, Kittler EL, Zapp ML, Klattenhoff C, Schulz N, Theurkauf WE, Weng Z, Zamore PD, Collapse of germline piRNAs in the absence of Argonaute3 reveals somatic piRNAs in flies, 2009, Cell, 137 (3): 509–521

Interakcije transpozon – gostitelj

2022-04-25T06:58:25Z

Mdeutsch: /* KRAB-ZFP */

== ARMS RACES ==

Za zaščito pred škodljivimi posledicami transpozicije so evkarionti razvili mehanizme, ki zavirajo transpozonske elemente (TE) pri procesu transkripcije in posttranskripcijsko, kar ustavi rekombinacijo v genomu. TE pa so razvili zaščitni model, ki naj bi omogočil izognitev njihovi represiji. Zaviralni mehanizmi so tudi zadolženi za regulacijo ekspresije genov in zaščito genoma pred eksogenimi patogeni. Ob prisotnosti vseh teh podatkov se moramo vprašati, ali so glavna tarča TE ali je njihovo utišanje samo posledica delovanja teh mehanizmov. To lahko ugotovimo s preučevanjem delovanja mehanizmov.

=== piRNA-posredovano TE utišanje ===

piRNA (piwi-interacting RNA) so majhne RNA molekule najdene v večini mnogoceličarjev. Nastanejo iz večjih prekurzorjev, ki nastanejo na piRNA kodirajočem delu kromatina. Po zorenju (skrajšanju) se združijo z Argonaute proteini PIWI družine v RNP kompleks. Ti so odgovorni za regulacijo genetskih procesov v celicah zarodnih linij in posttranskripcijsko ter transkripcijsko utišanje TE. Med utišanimi TE so tudi elementi (P element) ki, če neutišani, znižajo plodnost osebka.

Ob utišanju piRNA se frekvenca transpozicije poveča, kar poškoduje DNA. Posledično to vodi v zmanšanje spolnih žlez ter motnje v spermatogenezi.

Celoten mehanizem utišanja še ni poznan. Ena izmed bolj priznanih teorij predlaga da PIWI proteina Aub (Aubergine) in Ago3 (Argonaute 3) v citoplazmi povečata efekt piRNA da lahko utiša več TE. piRNA se veže z Aub proteinom. Nastali kompleks cepi transpozonsko kodirajoči transkript. Deli transkripta se vežejo z Ago3 proteinom in nastali kompleks se veže na nove dele piRNA ter jih cepi. Novonastali fragmenti se vežejo na Aub proteine. To se imenuje Ping-pong cikel, ki spada v posttranskripcijsko utišanje TE.

piRNA lahko utiša TE tudi med transkripcijo tako, da zrela molekula vstopi nazaj v jedro, kjer se postopoma vnese v PIWI protein. Nastali kompleks se veže na nastajajočo se RNA verigo TE-ja. Tudi to omogočata Aub in Ago3.

=== Hitro razvijanje piRNA mehanizma ===

Mehanizem se hitro evolucionarno razvija. S ponavljajočimi se geni in pozitivno selekcijo genov je pokazatelj na spopad med obrambnimi mehanizmi in TE.

Pozitivna genska selekcija je posledica hitre diverzitifikacije proteinov gostitelja in patogena (bakterija, virus...) zaradi interakciji med proteini dveh organizmov. S tem dobimo izboljšane proteine (z mutacijami). To se velikokrat pojavlja v nevretenčarskih in ribjih proteinih.

Število utišanih genov je še en faktor, ki bi lahko pojasnil hitro razvijanje mehanizma . Različne študije so odkrile gene, ki kodirajo PIWI proteine, ki so se neodvisno podvojili v raznoraznih organizmih, kar vodi v večje utišanje TE.

Hitro razvijanje lahko vodi tudi v nefunkcionalnost mehanizma. Dokaz za to je odkrila raziskava na Rhino in Deadlock komponentah mehanizma v muhah in mušicah. V njih ti dva proteina delujeta kot del kompleksa ki spodbuja transkripcijo piRNA na kromatinu. Njuna odsotnost privede do pomanjkanja piRNA in posledičnega povečanja izražanja TE.

Kljub temu ne vemo kaj je glavni razlog za obstoj tega procesa. Če predlagamo da je to aktivnost TE, bi to pomenilo da pozitivna selekcija spremlja TE raznolikost. Posledično se ekspresija piRNA spreminja z aktivnostjo variacij TE. Tako bi tudi potrdili spopad med TE in piRNA mehanizmom utišanja.

=== KRAB-ZFP ===

Povečanje številčnosti KRAB-ZFP proteinov v genomih sesalcev je postal prepoznavni znak, da le-ti proteini podajajo prilagojen odgovor na TE. Vsi KRAB-ZFP proteini vsebujejo N-kočno KRAB domeno, ki ji sledijo številni različni tipi C2H2 cinkovih prstov. Večina KRAB proteinov je bila do sedaj karakterizirana kot transkripcijski represorji, saj ponavadi KRAB-ZFP s pomočjo cinkovih prstov nase veže DNA ter korepresor KAP1 s pomočjo KRAB domene. KAP1 nato nase veže številne epigenetske modifikatorje kot so histon- in DNA metiltransferaze, ki tvorijo formacijo represivnega kromatina, ki ima za tarčo lokus (mesto na kromosomu). Številni KRAB-ZFP so bili povezani z utišanjem specifičnih TE družin prepoznanih s pomočjo sekvenčno specifičnih DNA-vezavnih interakcij. Predlagano je bilo, da je razlog za hitro evolucijo KRAB-ZFP genov tekmovanje s transpozicijsimi elementi.

=== Protiobrambni mehanizem ===

Tekmovanje med transpozoni in gostiteljskim sistemom kontrole nakazuje na to, da se transpozoni ponavadi izognejo utišanju. Pa vendar obstaja zelo malo primerov, kjer so transpozoni dejansko razvili aktivni mehanizem za pobeg. Trenutno so znani samo trije taki primeri, vsi prihajajo iz rastlin:

•Družina CACTA DNA transpozonov nosi mikro-RNA gen mir820, ki z vezavo zniža ekspresijo de novo metiltransferaznega gena OsDRM2, kar ima za posledico zmanjšanje DNA metilacije številnih transpozicijskih elementov in omogoči izogib utišanju.

•Nekateri transpozicijski elementi izdelajo siRNA, ki lahko vpliva na ekspresijo gostiteljskega gena v trans obliki.

•VANDAL DNA elementi (VANDAL21 in VANDAL6) kodirajo dodatna proteina VANC21 in VANC6, ki inducirata demetilacijo sorodnih elementov VANDAL družine brez, da bi vplivali na metilacijo drugih TE družin. S tem dosežejo specifično sekvenčno protiutišanje, ki promovira njihovo mobilizacijo in omejuje delecijski vpliv njihovega sistema proti utišanju na gostitelja.

== STRATEGIJE POBEGA IN SAMOKONTROLE ==

Zakaj je s strani transpozonov kodiranih tako malo mehanizmov proti utišanju? Glavni razlog je, da se morajo transpozicijski elementi podvojiti v zarodni liniji, kar zelo omeji sposobnost nastanka efektivnega mehanizma proti utišanju. Npr. mehanizem, ki bi blokiral celotno piRNA pot, bi sicer vodil v masovno mobilizacijo različnih transpozonov, vendar hkrati ogrozil gostiteljevo plodnost in tako tudi razmnoževanje transpozonov.

=== Izogib gostiteljskemu nadzoru ===

Kot alternativa, se transpozoni lahko izognejo gostiteljskemu nadzoru, ampak tako, da njihova aktivnost ne vpliva na sposobnost delovanja gostitelja. Kot primer takšnega delovanja poznamo retrotranspozone, ki v navadni vinski mušici “ugrabijo” celice granuloze v jajčniku, da namesto njih sestavljajo RNP komplekse, ki služijo kot transpozicijski intermediati [2]. Te produkti se nato s pomočjo mikrotubulov prenesejo do oocitov, kjer se začne transpozicija. Čeprav so ti retrotranspozoni dovzetni za piRNA utišanje, ko pridejo v oocite, njihovo sestavljanje v permisivnih celicah zmanjša število transpozicijskih korakov, ki so za to dovzetni [3].

=== Ciljne preference ===

Nekateri transpozicijski elementi so razvili tudi mehanizme, ki usmerjajo svoje insercije v “varna zatočišča” oz. regije genoma, ki povzročijo minimalno škodo. transpozoni, še posebno tisti, ki kolonizirajo kompaktne genome, so večkrat ustvarili mehanizme, ki ciljajo benigne regije oz. regije ponavljajočih se zaporedij genoma (npr. transpozoni v ribah se integrirajo v bližino tRNA genov in nimajo vpliva na izražanje tRNA, transpozoni v sviloprejkah pa imajo za tarčo telomerne regije). Čeprav mora včasih insercija teh elementov v kompartmentu vznemirit gostiteljsko izražanje gena, je manj verjetno, da bo le-ta škodljiv, kakor bi bil v kodirajočih regijah.

=== Samoregulatorni mehanizmi ===

Transpozoni lahko tudi minimizirajo delecijski vpliv z razvojem samoregulatornega mehanizma. Transpozoni so prisotni v genomu vseh celic in bi se v teoriji lahko mobilizirali tako v zarodni liniji kot somatskih tkivih. Vendar lahko mobilizacija v somatskih tkivih povzroči več škode za organizem, medtem ko ima mobilizacija v zarodni liniji manjši takojšnji vpliv na delovanje gostitelja (dokler ne vpliva na plodnost). Ravno iz tega razloga so transpozoni razvili mehanizme, ki omejujejo ekspresijo samo na zarodno linijo.

Še ena podobna strategija je evolucija suboptimalne transpozicije in samo-obvladovalnega kontrolnega mehanizma števila kopij. transpozoni morajo biti dovolj aktivni, da generirajo nove insercije, vendar ne toliko aktivni, da bi vplivali na delovanje gostitelja. Zato so določeni transpozoni razvili mehanizem, ki zmanjša njihovo aktivnost. Ta regulacija poteka na vsaj tri načine:

•Evolucija suboptimalnih transpozaz

•Inhibicija transpozazne funkcije z agregacijo, ko ekspresija transpozaze doseče določen prag

•Izbira nepopolnih končnih obrnjenih ponovitev, ki zmanjšajo transpozonsko afiniteto in učinkovitost [4].

== VIRI IN LITERATURA ==
1. Z. Zhang, J. Xu, B. S. Koppetsch, J. Wang, C. Tipping, S. Ma, Z. Weng, W. E. Theurkauf, P. D. Zamore: Heterotypic piRNA Ping-Pong Requires Qin, a Protein with Both E3 ligase and Tudor Domains, National Library of Medicine, 2012, Molecular cell, 44(4), str.572-584

2. Kaminker JS, Bergman CM, Kronmiller B, Carlson J, Svirskas R, Patel S, et al. The transposable elements of the Drosophila melanogaster euchromatin: a genomics perspective. Genome Biol. 2002;3: RESEARCH0084. doi:10.1186/gb-2002-3-12-research0084

3. Moschetti R, Dimitri P, Caizzi R, Junakovic N. Genomic Instability of I Elements of Drosophila melanogaster in Absence of Dysgenic Crosses. Imhof A, editor. PLoS ONE. 2010;5: e13142. doi:10.1371/journal.pone.0013142

4. Liu D, Chalmers R. Hyperactive mariner transposons are created by mutations that disrupt allosterism and increase the rate of transposon end synapsis. Nucleic Acids Research. 2014;42: 2637–2645. doi:10.1093/nar/gkt1218

5. Li C, Vagin VV, Lee S, Xu J, Ma S, Xi H, Seitz H, Horwich MD, Syrzycka M, Honda BM, Kittler EL, Zapp ML, Klattenhoff C, Schulz N, Theurkauf WE, Weng Z, Zamore PD, Collapse of germline piRNAs in the absence of Argonaute3 reveals somatic piRNAs in flies, 2009, Cell, 137 (3): 509–521

Interakcije transpozon – gostitelj

2022-04-24T12:58:41Z

Mdeutsch:

== ARMS RACES ==

Za zaščito pred škodljivimi posledicami transpozicije so evkarionti razvili mehanizme, ki zavirajo transpozonske elemente (TE) pri procesu transkripcije in posttranskripcijsko, kar ustavi rekombinacijo v genomu. TE pa so razvili zaščitni model, ki naj bi omogočil izognitev njihovi represiji. Zaviralni mehanizmi so tudi zadolženi za regulacijo ekspresije genov in zaščito genoma pred eksogenimi patogeni. Ob prisotnosti vseh teh podatkov se moramo vprašati, ali so glavna tarča TE ali je njihovo utišanje samo posledica delovanja teh mehanizmov. To lahko ugotovimo s preučevanjem delovanja mehanizmov.

=== piRNA-posredovano TE utišanje ===

piRNA (piwi-interacting RNA) so majhne RNA molekule najdene v večini mnogoceličarjev. Nastanejo iz večjih prekurzorjev, ki nastanejo na piRNA kodirajočem delu kromatina. Po zorenju (skrajšanju) se združijo z Argonaute proteini PIWI družine v RNP kompleks. Ti so odgovorni za regulacijo genetskih procesov v celicah zarodnih linij in posttranskripcijsko ter transkripcijsko utišanje TE. Med utišanimi TE so tudi elementi (P element) ki, če neutišani, znižajo plodnost osebka.

Ob utišanju piRNA se frekvenca transpozicije poveča, kar poškoduje DNA. Posledično to vodi v zmanšanje spolnih žlez ter motnje v spermatogenezi.

Celoten mehanizem utišanja še ni poznan. Ena izmed bolj priznanih teorij predlaga da PIWI proteina Aub (Aubergine) in Ago3 (Argonaute 3) v citoplazmi povečata efekt piRNA da lahko utiša več TE. piRNA se veže z Aub proteinom. Nastali kompleks cepi transpozonsko kodirajoči transkript. Deli transkripta se vežejo z Ago3 proteinom in nastali kompleks se veže na nove dele piRNA ter jih cepi. Novonastali fragmenti se vežejo na Aub proteine. To se imenuje Ping-pong cikel, ki spada v posttranskripcijsko utišanje TE.

piRNA lahko utiša TE tudi med transkripcijo tako, da zrela molekula vstopi nazaj v jedro, kjer se postopoma vnese v PIWI protein. Nastali kompleks se veže na nastajajočo se RNA verigo TE-ja. Tudi to omogočata Aub in Ago3.

=== Hitro razvijanje piRNA mehanizma ===

Mehanizem se hitro evolucionarno razvija. S ponavljajočimi se geni in pozitivno selekcijo genov je pokazatelj na spopad med obrambnimi mehanizmi in TE.

Pozitivna genska selekcija je posledica hitre diverzitifikacije proteinov gostitelja in patogena (bakterija, virus...) zaradi interakciji med proteini dveh organizmov. S tem dobimo izboljšane proteine (z mutacijami). To se velikokrat pojavlja v nevretenčarskih in ribjih proteinih.

Število utišanih genov je še en faktor, ki bi lahko pojasnil hitro razvijanje mehanizma . Različne študije so odkrile gene, ki kodirajo PIWI proteine, ki so se neodvisno podvojili v raznoraznih organizmih, kar vodi v večje utišanje TE.

Hitro razvijanje lahko vodi tudi v nefunkcionalnost mehanizma. Dokaz za to je odkrila raziskava na Rhino in Deadlock komponentah mehanizma v muhah in mušicah. V njih ti dva proteina delujeta kot del kompleksa ki spodbuja transkripcijo piRNA na kromatinu. Njuna odsotnost privede do pomanjkanja piRNA in posledičnega povečanja izražanja TE.

Kljub temu ne vemo kaj je glavni razlog za obstoj tega procesa. Če predlagamo da je to aktivnost TE, bi to pomenilo da pozitivna selekcija spremlja TE raznolikost. Posledično se ekspresija piRNA spreminja z aktivnostjo variacij TE. Tako bi tudi potrdili spopad med TE in piRNA mehanizmom utišanja.

=== KRAB-ZFP ===

Povečanje številčnosti KRAB-ZFP proteinov v genomih sesalcev je postal prepoznavni znak, da le-ti proteini podajajo prilagojen odgovor na TE. Vsi KRAB-ZFP proteini vsebujejo N-kočno KRAB domeno, ki ji sledijo številni različni tipi C2H2 cinkovih prstov (motiv - pokaži slikco na pp). Večina KRAB proteinov je bila do sedaj karakterizirana kot transkripcijski represorji, saj ponavadi KRAB-ZFP s pomočjo cinkovih prstov nase veže DNA ter korepresor KAP1 s pomočjo KRAB domene. KAP1 nato nase veže številne epigenetske modifikatorje kot so histon- in DNA metiltransferaze, ki tvorijo formacijo represivnega kromatina, ki ima za tarčo lokus (mesto na kromosomu). Številni KRAB-ZFP so bili povezani z utišanjem specifičnih TE družin prepoznanih s pomočjo sekvenčno specifičnih DNA-vezavnih interakcij. Predlagano je bilo, da je razlog za hitro evolucijo KRAB-ZFP genov tekmovanje s transpozicijsimi elementi.

=== Protiobrambni mehanizem ===

Tekmovanje med transpozoni in gostiteljskim sistemom kontrole nakazuje na to, da se transpozoni ponavadi izognejo utišanju. Pa vendar obstaja zelo malo primerov, kjer so transpozoni dejansko razvili aktivni mehanizem za pobeg. Trenutno so znani samo trije taki primeri, vsi prihajajo iz rastlin:

•Družina CACTA DNA transpozonov nosi mikro-RNA gen mir820, ki z vezavo zniža ekspresijo de novo metiltransferaznega gena OsDRM2, kar ima za posledico zmanjšanje DNA metilacije številnih transpozicijskih elementov in omogoči izogib utišanju.

•Nekateri transpozicijski elementi izdelajo siRNA, ki lahko vpliva na ekspresijo gostiteljskega gena v trans obliki.

•VANDAL DNA elementi (VANDAL21 in VANDAL6) kodirajo dodatna proteina VANC21 in VANC6, ki inducirata demetilacijo sorodnih elementov VANDAL družine brez, da bi vplivali na metilacijo drugih TE družin. S tem dosežejo specifično sekvenčno protiutišanje, ki promovira njihovo mobilizacijo in omejuje delecijski vpliv njihovega sistema proti utišanju na gostitelja.

== STRATEGIJE POBEGA IN SAMOKONTROLE ==

Zakaj je s strani transpozonov kodiranih tako malo mehanizmov proti utišanju? Glavni razlog je, da se morajo transpozicijski elementi podvojiti v zarodni liniji, kar zelo omeji sposobnost nastanka efektivnega mehanizma proti utišanju. Npr. mehanizem, ki bi blokiral celotno piRNA pot, bi sicer vodil v masovno mobilizacijo različnih transpozonov, vendar hkrati ogrozil gostiteljevo plodnost in tako tudi razmnoževanje transpozonov.

=== Izogib gostiteljskemu nadzoru ===

Kot alternativa, se transpozoni lahko izognejo gostiteljskemu nadzoru, ampak tako, da njihova aktivnost ne vpliva na sposobnost delovanja gostitelja. Kot primer takšnega delovanja poznamo retrotranspozone, ki v navadni vinski mušici “ugrabijo” celice granuloze v jajčniku, da namesto njih sestavljajo RNP komplekse, ki služijo kot transpozicijski intermediati [2]. Te produkti se nato s pomočjo mikrotubulov prenesejo do oocitov, kjer se začne transpozicija. Čeprav so ti retrotranspozoni dovzetni za piRNA utišanje, ko pridejo v oocite, njihovo sestavljanje v permisivnih celicah zmanjša število transpozicijskih korakov, ki so za to dovzetni [3].

=== Ciljne preference ===

Nekateri transpozicijski elementi so razvili tudi mehanizme, ki usmerjajo svoje insercije v “varna zatočišča” oz. regije genoma, ki povzročijo minimalno škodo. transpozoni, še posebno tisti, ki kolonizirajo kompaktne genome, so večkrat ustvarili mehanizme, ki ciljajo benigne regije oz. regije ponavljajočih se zaporedij genoma (npr. transpozoni v ribah se integrirajo v bližino tRNA genov in nimajo vpliva na izražanje tRNA, transpozoni v sviloprejkah pa imajo za tarčo telomerne regije). Čeprav mora včasih insercija teh elementov v kompartmentu vznemirit gostiteljsko izražanje gena, je manj verjetno, da bo le-ta škodljiv, kakor bi bil v kodirajočih regijah.

=== Samoregulatorni mehanizmi ===

Transpozoni lahko tudi minimizirajo delecijski vpliv z razvojem samoregulatornega mehanizma. Transpozoni so prisotni v genomu vseh celic in bi se v teoriji lahko mobilizirali tako v zarodni liniji kot somatskih tkivih. Vendar lahko mobilizacija v somatskih tkivih povzroči več škode za organizem, medtem ko ima mobilizacija v zarodni liniji manjši takojšnji vpliv na delovanje gostitelja (dokler ne vpliva na plodnost). Ravno iz tega razloga so transpozoni razvili mehanizme, ki omejujejo ekspresijo samo na zarodno linijo.

Še ena podobna strategija je evolucija suboptimalne transpozicije in samo-obvladovalnega kontrolnega mehanizma števila kopij. transpozoni morajo biti dovolj aktivni, da generirajo nove insercije, vendar ne toliko aktivni, da bi vplivali na delovanje gostitelja. Zato so določeni transpozoni razvili mehanizem, ki zmanjša njihovo aktivnost. Ta regulacija poteka na vsaj tri načine:

•Evolucija suboptimalnih transpozaz

•Inhibicija transpozazne funkcije z agregacijo, ko ekspresija transpozaze doseče določen prag

•Izbira nepopolnih končnih obrnjenih ponovitev, ki zmanjšajo transpozonsko afiniteto in učinkovitost [4].

== VIRI IN LITERATURA ==
1. Z. Zhang, J. Xu, B. S. Koppetsch, J. Wang, C. Tipping, S. Ma, Z. Weng, W. E. Theurkauf, P. D. Zamore: Heterotypic piRNA Ping-Pong Requires Qin, a Protein with Both E3 ligase and Tudor Domains, National Library of Medicine, 2012, Molecular cell, 44(4), str.572-584

2. Kaminker JS, Bergman CM, Kronmiller B, Carlson J, Svirskas R, Patel S, et al. The transposable elements of the Drosophila melanogaster euchromatin: a genomics perspective. Genome Biol. 2002;3: RESEARCH0084. doi:10.1186/gb-2002-3-12-research0084

3. Moschetti R, Dimitri P, Caizzi R, Junakovic N. Genomic Instability of I Elements of Drosophila melanogaster in Absence of Dysgenic Crosses. Imhof A, editor. PLoS ONE. 2010;5: e13142. doi:10.1371/journal.pone.0013142

4. Liu D, Chalmers R. Hyperactive mariner transposons are created by mutations that disrupt allosterism and increase the rate of transposon end synapsis. Nucleic Acids Research. 2014;42: 2637–2645. doi:10.1093/nar/gkt1218

5. Li C, Vagin VV, Lee S, Xu J, Ma S, Xi H, Seitz H, Horwich MD, Syrzycka M, Honda BM, Kittler EL, Zapp ML, Klattenhoff C, Schulz N, Theurkauf WE, Weng Z, Zamore PD, Collapse of germline piRNAs in the absence of Argonaute3 reveals somatic piRNAs in flies, 2009, Cell, 137 (3): 509–521

Interakcije transpozon – gostitelj

2022-04-24T11:28:40Z

Mdeutsch:

== ARMS RACES ==

Za zaščito pred škodljivimi posledicami transpozicije so evkarionti razvili mehanizme, ki zavirajo transpozonske elemente (TE) pri procesu transkripcije in posttranskripcijsko, kar ustavi rekombinacijo v genomu. TE pa so razvili zaščitni model, ki naj bi omogočil izognitev njihovi represiji. Zaviralni mehanizmi so tudi zadolženi za regulacijo ekspresije genov in zaščito genoma pred eksogenimi patogeni. Ob prisotnosti vseh teh podatkov se moramo vprašati, ali so glavna tarča TE ali je njihovo utišanje samo posledica delovanja teh mehanizmov. To lahko ugotovimo s preučevanjem delovanja mehanizmov.

=== piRNA-posredovano TE utišanje ===

piRNA (piwi-interacting RNA) so majhne RNA molekule najdene v večini mnogoceličarjev. Nastanejo iz večjih prekurzorjev, ki nastanejo na piRNA kodirajočem delu kromatina. Po zorenju (skrajšanju) se združijo z Argonaute proteini PIWI družine v RNP kompleks. Ti so odgovorni za regulacijo genetskih procesov v celicah zarodnih linij in posttranskripcijsko ter transkripcijsko utišanje TE. Med utišanimi TE so tudi elementi (P element) ki, če neutišani, znižajo plodnost osebka.

Ob utišanju piRNA se frekvenca transpozicije poveča, kar poškoduje DNA. Posledično to vodi v zmanšanje spolnih žlez ter motnje v spermatogenezi.

Celoten mehanizem utišanja še ni poznan. Ena izmed bolj priznanih teorij predlaga da PIWI proteina Aub (Aubergine) in Ago3 (Argonaute 3) v citoplazmi povečata efekt piRNA da lahko utiša več TE. piRNA se veže z Aub proteinom. Nastali kompleks cepi transpozonsko kodirajoči transkript. Deli transkripta se vežejo z Ago3 proteinom in nastali kompleks se veže na nove dele piRNA ter jih cepi. Novonastali fragmenti se vežejo na Aub proteine. To se imenuje Ping-pong cikel, ki spada v posttranskripcijsko utišanje TE.

piRNA lahko utiša TE tudi med transkripcijo tako, da zrela molekula vstopi nazaj v jedro, kjer se postopoma vnese v PIWI protein. Nastali kompleks se veže na nastajajočo se RNA verigo TE-ja. Tudi to omogočata Aub in Ago3.

=== Hitro razvijanje piRNA mehanizma ===

Mehanizem se hitro evolucionarno razvija. S ponavljajočimi se geni in pozitivno selekcijo genov je pokazatelj na spopad med obrambnimi mehanizmi in TE.

Pozitivna genska selekcija je posledica hitre diverzitifikacije proteinov gostitelja in patogena (bakterija, virus...) zaradi interakciji med proteini dveh organizmov. S tem dobimo izboljšane proteine (z mutacijami). To se velikokrat pojavlja v nevretenčarskih in ribjih proteinih.

Število utišanih genov je še en faktor, ki bi lahko pojasnil hitro razvijanje mehanizma . Različne študije so odkrile gene, ki kodirajo PIWI proteine, ki so se neodvisno podvojili v raznoraznih organizmih, kar vodi v večje utišanje TE.

Hitro razvijanje lahko vodi tudi v nefunkcionalnost mehanizma. Dokaz za to je odkrila raziskava na Rhino in Deadlock komponentah mehanizma v muhah in mušicah. V njih ti dva proteina delujeta kot del kompleksa ki spodbuja transkripcijo piRNA na kromatinu. Njuna odsotnost privede do pomanjkanja piRNA in posledičnega povečanja izražanja TE.

Kljub temu ne vemo kaj je glavni razlog za obstoj tega procesa. Če predlagamo da je to aktivnost TE, bi to pomenilo da pozitivna selekcija spremlja TE raznolikost. Posledično se ekspresija piRNA spreminja z aktivnostjo variacij TE. Tako bi tudi potrdili spopad med TE in piRNA mehanizmom utišanja.

=== KRAB-ZFP ===

Povečanje številčnosti KRAB-ZFP proteinov v genomih sesalcev je postal prepoznavni znak, da le-ti proteini podajajo prilagojen odgovor na TE. Vsi KRAB-ZFP proteini vsebujejo N-kočno KRAB domeno, ki ji sledijo številni različni tipi C2H2 cinkovih prstov (motiv - pokaži slikco na pp). Večina KRAB proteinov je bila do sedaj karakterizirana kot transkripcijski represorji, saj ponavadi KRAB-ZFP s pomočjo cinkovih prstov nase veže DNA ter korepresor KAP1 s pomočjo KRAB domene. KAP1 nato nase veže številne epigenetske modifikatorje kot so histon- in DNA metiltransferaze, ki tvorijo formacijo represivnega kromatina, ki ima za tarčo lokus (mesto na kromosomu). Številni KRAB-ZFP so bili povezani z utišanjem specifičnih TE družin prepoznanih s pomočjo sekvenčno specifičnih DNA-vezavnih interakcij. Predlagano je bilo, da je razlog za hitro evolucijo KRAB-ZFP genov tekmovanje s transpozicijsimi elementi.

=== Protiobrambni mehanizem ===

Tekmovanje med transpozoni in gostiteljskim sistemom kontrole nakazuje na to, da se transpozoni ponavadi izognejo utišanju. Pa vendar obstaja zelo malo primerov, kjer so transpozoni dejansko razvili aktivni mehanizem za pobeg. Trenutno so znani samo trije taki primeri, vsi prihajajo iz rastlin:

•Družina CACTA DNA transpozonov nosi mikro-RNA gen mir820, ki z vezavo zniža ekspresijo de novo metiltransferaznega gena OsDRM2, kar ima za posledico zmanjšanje DNA metilacije številnih transpozicijskih elementov in omogoči izogib utišanju.

•Nekateri transpozicijski elementi izdelajo siRNA, ki lahko vpliva na ekspresijo gostiteljskega gena v trans obliki.

•VANDAL DNA elementi (VANDAL21 in VANDAL6) kodirajo dodatna proteina VANC21 in VANC6, ki inducirata demetilacijo sorodnih elementov VANDAL družine brez, da bi vplivali na metilacijo drugih TE družin. S tem dosežejo specifično sekvenčno protiutišanje, ki promovira njihovo mobilizacijo in omejuje delecijski vpliv njihovega sistema proti utišanju na gostitelja.

== STRATEGIJE POBEGA IN SAMOKONTROLE ==

Zakaj je s strani transpozonov kodiranih tako malo mehanizmov proti utišanju? Glavni razlog je, da se morajo transpozicijski elementi podvojiti v zarodni liniji, kar zelo omeji sposobnost nastanka efektivnega mehanizma proti utišanju. Npr. mehanizem, ki bi blokiral celotno piRNA pot, bi sicer vodil v masovno mobilizacijo različnih transpozonov, vendar hkrati ogrozil gostiteljevo plodnost in tako tudi razmnoževanje transpozonov.

=== Izogib gostiteljskemu nadzoru ===

Kot alternativa, se transpozoni lahko izognejo gostiteljskemu nadzoru, ampak tako, da njihova aktivnost ne vpliva na sposobnost delovanja gostitelja. Kot primer takšnega delovanja poznamo retrotranspozone, ki v navadni vinski mušici “ugrabijo” celice površinskega epitelija jajčnika, da namesto njih sestavljajo RNP komplekse, ki služijo kot transpozicijski intermediati [2]. Te produkti se nato s pomočjo mikrotubulov prenesejo do oocitov, kjer se začne transpozicija. Čeprav so ti retrotranspozoni dovzetni za piRNA utišanje, ko pridejo v oocite, njihovo sestavljanje v permisivnih celicah zmanjša število transpozicijskih korakov, ki so za to dovzetni [3].

=== Ciljne preference ===

Nekateri transpozicijski elementi so razvili tudi mehanizme, ki usmerjajo svoje insercije v “varna zatočišča” oz. regije genoma, ki povzročijo minimalno škodo. transpozoni, še posebno tisti, ki kolonizirajo kompaktne genome, so večkrat ustvarili mehanizme, ki ciljajo benigne regije oz. regije ponavljajočih se zaporedij genoma (npr. transpozoni v ribah se integrirajo v bližino tRNA genov in nimajo vpliva na izražanje tRNA, transpozoni v sviloprejkah pa imajo za tarčo telomerne regije). Čeprav mora včasih insercija teh elementov v kompartmentu vznemirit gostiteljsko izražanje gena, je manj verjetno, da bo le-ta škodljiv, kakor bi bil v kodirajočih regijah.

=== Samoregulatorni mehanizmi ===

Transpozoni lahko tudi minimizirajo delecijski vpliv z razvojem samoregulatornega mehanizma. Transpozoni so prisotni v genomu vseh celic in bi se v teoriji lahko mobilizirali tako v zarodni liniji kot somatskih tkivih. Vendar lahko mobilizacija v somatskih tkivih povzroči več škode za organizem, medtem ko ima mobilizacija v zarodni liniji manjši takojšnji vpliv na delovanje gostitelja (dokler ne vpliva na plodnost). Ravno iz tega razloga so transpozoni razvili mehanizme, ki omejujejo ekspresijo samo na zarodno linijo.

Še ena podobna strategija je evolucija suboptimalne transpozicije in samo-obvladovalnega kontrolnega mehanizma števila kopij. transpozoni morajo biti dovolj aktivni, da generirajo nove insercije, vendar ne toliko aktivni, da bi vplivali na delovanje gostitelja. Zato so določeni transpozoni razvili mehanizem, ki zmanjša njihovo aktivnost. Ta regulacija poteka na vsaj tri načine:

•Evolucija suboptimalnih transpozaz

•Inhibicija transpozazne funkcije z agregacijo, ko ekspresija transpozaze doseče določen prag

•Izbira nepopolnih končnih obrnjenih ponovitev, ki zmanjšajo transpozonsko afiniteto in učinkovitost [4].

== VIRI IN LITERATURA ==
1. Z. Zhang, J. Xu, B. S. Koppetsch, J. Wang, C. Tipping, S. Ma, Z. Weng, W. E. Theurkauf, P. D. Zamore: Heterotypic piRNA Ping-Pong Requires Qin, a Protein with Both E3 ligase and Tudor Domains, National Library of Medicine, 2012, Molecular cell, 44(4), str.572-584

2. Kaminker JS, Bergman CM, Kronmiller B, Carlson J, Svirskas R, Patel S, et al. The transposable elements of the Drosophila melanogaster euchromatin: a genomics perspective. Genome Biol. 2002;3: RESEARCH0084. doi:10.1186/gb-2002-3-12-research0084

3. Moschetti R, Dimitri P, Caizzi R, Junakovic N. Genomic Instability of I Elements of Drosophila melanogaster in Absence of Dysgenic Crosses. Imhof A, editor. PLoS ONE. 2010;5: e13142. doi:10.1371/journal.pone.0013142

4. Liu D, Chalmers R. Hyperactive mariner transposons are created by mutations that disrupt allosterism and increase the rate of transposon end synapsis. Nucleic Acids Research. 2014;42: 2637–2645. doi:10.1093/nar/gkt1218

5. Li C, Vagin VV, Lee S, Xu J, Ma S, Xi H, Seitz H, Horwich MD, Syrzycka M, Honda BM, Kittler EL, Zapp ML, Klattenhoff C, Schulz N, Theurkauf WE, Weng Z, Zamore PD, Collapse of germline piRNAs in the absence of Argonaute3 reveals somatic piRNAs in flies, 2009, Cell, 137 (3): 509–521

Interakcije transpozon – gostitelj

2022-04-24T11:25:56Z

Mdeutsch: New page: == ARMS RACES == Za zaščito pred škodljivimi posledicami transpozicije so evkarionti razvili mehanizme, ki zavirajo transpozonske elemente (TE) pri procesu transkripcije in posttransk...

== ARMS RACES ==

Za zaščito pred škodljivimi posledicami transpozicije so evkarionti razvili mehanizme, ki zavirajo transpozonske elemente (TE) pri procesu transkripcije in posttranskripcijsko, kar ustavi rekombinacijo v genomu. TE pa so razvili zaščitni model, ki naj bi omogočil izognitev njihovi represiji. Zaviralni mehanizmi so tudi zadolženi za regulacijo ekspresije genov in zaščito genoma pred eksogenimi patogeni. Ob prisotnosti vseh teh podatkov se moramo vprašati, ali so glavna tarča TE ali je njihovo utišanje samo posledica delovanja teh mehanizmov. To lahko ugotovimo s preučevanjem delovanja mehanizmov.

=== piRNA-posredovano TE utišanje ===

piRNA (piwi-interacting RNA) so majhne RNA molekule najdene v večini mnogoceličarjev. Nastanejo iz večjih prekurzorjev, ki nastanejo na piRNA kodirajočem delu kromatina. Po zorenju (skrajšanju) se združijo z Argonaute proteini PIWI družine v RNP kompleks. Ti so odgovorni za regulacijo genetskih procesov v celicah zarodnih linij in posttranskripcijsko ter transkripcijsko utišanje TE. Med utišanimi TE so tudi elementi (P element) ki, če neutišani, znižajo plodnost osebka.

Ob utišanju piRNA se frekvenca transpozicije poveča, kar poškoduje DNA. Posledično to vodi v zmanšanje spolnih žlez ter motnje v spermatogenezi.

Celoten mehanizem utišanja še ni poznan. Ena izmed bolj priznanih teorij predlaga da PIWI proteina Aub (Aubergine) in Ago3 (Argonaute 3) v citoplazmi povečata efekt piRNA da lahko utiša več TE. piRNA se veže z Aub proteinom. Nastali kompleks cepi transpozonsko kodirajoči transkript. Deli transkripta se vežejo z Ago3 proteinom in nastali kompleks se veže na nove dele piRNA ter jih cepi. Novonastali fragmenti se vežejo na Aub proteine. To se imenuje Ping-pong cikel, ki spada v posttranskripcijsko utišanje TE.

piRNA lahko utiša TE tudi med transkripcijo tako, da zrela molekula vstopi nazaj v jedro, kjer se postopoma vnese v PIWI protein. Nastali kompleks se veže na nastajajočo se RNA verigo TE-ja. Tudi to omogočata Aub in Ago3.

=== Hitro razvijanje piRNA mehanizma ===

Mehanizem se hitro evolucionarno razvija. S ponavljajočimi se geni in pozitivno selekcijo genov je pokazatelj na spopad med obrambnimi mehanizmi in TE.

Pozitivna genska selekcija je posledica hitre diverzitifikacije proteinov gostitelja in patogena (bakterija, virus...) zaradi interakciji med proteini dveh organizmov. S tem dobimo izboljšane proteine (z mutacijami). To se velikokrat pojavlja v nevretenčarskih in ribjih proteinih.

Število utišanih genov je še en faktor, ki bi lahko pojasnil hitro razvijanje mehanizma . Različne študije so odkrile gene, ki kodirajo PIWI proteine, ki so se neodvisno podvojili v raznoraznih organizmih, kar vodi v večje utišanje TE.

Hitro razvijanje lahko vodi tudi v nefunkcionalnost mehanizma. Dokaz za to je odkrila raziskava na Rhino in Deadlock komponentah mehanizma v muhah in mušicah. V njih ti dva proteina delujeta kot del kompleksa ki spodbuja transkripcijo piRNA na kromatinu. Njuna odsotnost privede do pomanjkanja piRNA in posledičnega povečanja izražanja TE.

Kljub temu ne vemo kaj je glavni razlog za obstoj tega procesa. Če predlagamo da je to aktivnost TE, bi to pomenilo da pozitivna selekcija spremlja TE raznolikost. Posledično se ekspresija piRNA spreminja z aktivnostjo variacij TE. Tako bi tudi potrdili spopad med TE in piRNA mehanizmom utišanja.

=== KRAB-ZFP ===

Povečanje številčnosti KRAB-ZFP proteinov v genomih sesalcev je postal prepoznavni znak, da le-ti proteini podajajo prilagojen odgovor na TE. Vsi KRAB-ZFP proteini vsebujejo N-kočno KRAB domeno, ki ji sledijo številni različni tipi C2H2 cinkovih prstov (motiv - pokaži slikco na pp). Večina KRAB proteinov je bila do sedaj karakterizirana kot transkripcijski represorji, saj ponavadi KRAB-ZFP s pomočjo cinkovih prstov nase veže DNA ter korepresor KAP1 s pomočjo KRAB domene. KAP1 nato nase veže številne epigenetske modifikatorje kot so histon- in DNA metiltransferaze, ki tvorijo formacijo represivnega kromatina, ki ima za tarčo lokus (mesto na kromosomu). Številni KRAB-ZFP so bili povezani z utišanjem specifičnih TE družin prepoznanih s pomočjo sekvenčno specifičnih DNA-vezavnih interakcij. Predlagano je bilo, da je razlog za hitro evolucijo KRAB-ZFP genov tekmovanje s transpozicijsimi elementi.

=== Protiobrambni mehanizem ===

Tekmovanje med transpozoni in gostiteljskim sistemom kontrole nakazuje na to, da se transpozoni ponavadi izognejo utišanju. Pa vendar obstaja zelo malo primerov, kjer so transpozoni dejansko razvili aktivni mehanizem za pobeg. Trenutno so znani samo trije taki primeri, vsi prihajajo iz rastlin:

•Družina CACTA DNA transpozonov nosi mikro-RNA gen mir820, ki z vezavo zniža ekspresijo de novo metiltransferaznega gena OsDRM2, kar ima za posledico zmanjšanje DNA metilacije številnih transpozicijskih elementov in omogoči izogib utišanju.

•Nekateri transpozicijski elementi izdelajo siRNA, ki lahko vpliva na ekspresijo gostiteljskega gena v trans obliki.

•VANDAL DNA elementi (VANDAL21 in VANDAL6) kodirajo dodatna proteina VANC21 in VANC6, ki inducirata demetilacijo sorodnih elementov VANDAL družine brez, da bi vplivali na metilacijo drugih TE družin. S tem dosežejo specifično sekvenčno protiutišanje, ki promovira njihovo mobilizacijo in omejuje delecijski vpliv njihovega sistema proti utišanju na gostitelja.

== STRATEGIJE POBEGA IN SAMOKONTROLE ==

Zakaj je s strani transpozonov kodiranih tako malo mehanizmov proti utišanju? Glavni razlog je, da se morajo transpozicijski elementi podvojiti v zarodni liniji, kar zelo omeji sposobnost nastanka efektivnega mehanizma proti utišanju. Npr. mehanizem, ki bi blokiral celotno piRNA pot, bi sicer vodil v masovno mobilizacijo različnih transpozonov, vendar hkrati ogrozil gostiteljevo plodnost in tako tudi razmnoževanje transpozonov.

=== Izogib gostiteljskemu nadzoru ===

Kot alternativa, se transpozoni lahko izognejo gostiteljskemu nadzoru, ampak tako, da njihova aktivnost ne vpliva na sposobnost delovanja gostitelja. Kot primer takšnega delovanja poznamo retrotranspozone, ki v navadni vinski mušici “ugrabijo” celice površinskega epitelija jajčnika, da namesto njih sestavljajo RNP komplekse, ki služijo kot transpozicijski intermediati [2]. Te produkti se nato s pomočjo mikrotubulov prenesejo do oocitov, kjer se začne transpozicija. Čeprav so ti retrotranspozoni dovzetni za piRNA utišanje, ko pridejo v oocite, njihovo sestavljanje v permisivnih celicah zmanjša število transpozicijskih korakov, ki so za to dovzetni [3].

=== Ciljne preference ===

Nekateri transpozicijski elementi so razvili tudi mehanizme, ki usmerjajo svoje insercije v “varna zatočišča” oz. regije genoma, ki povzročijo minimalno škodo. transpozoni, še posebno tisti, ki kolonizirajo kompaktne genome, so večkrat ustvarili mehanizme, ki ciljajo benigne regije oz. regije ponavljajočih se zaporedij genoma (npr. transpozoni v ribah se integrirajo v bližino tRNA genov in nimajo vpliva na izražanje tRNA, transpozoni v sviloprejkah pa imajo za tarčo telomerne regije). Čeprav mora včasih insercija teh elementov v kompartmentu vznemirit gostiteljsko izražanje gena, je manj verjetno, da bo le-ta škodljiv, kakor bi bil v kodirajočih regijah.

=== Samoregulatorni mehanizmi ===

Transpozoni lahko tudi minimizirajo delecijski vpliv z razvojem samoregulatornega mehanizma. Transpozoni so prisotni v genomu vseh celic in bi se v teoriji lahko mobilizirali tako v zarodni liniji kot somatskih tkivih. Vendar lahko mobilizacija v somatskih tkivih povzroči več škode za organizem, medtem ko ima mobilizacija v zarodni liniji manjši takojšnji vpliv na delovanje gostitelja (dokler ne vpliva na plodnost). Ravno iz tega razloga so transpozoni razvili mehanizme, ki omejujejo ekspresijo samo na zarodno linijo.

Še ena podobna strategija je evolucija suboptimalne transpozicije in samo-obvladovalnega kontrolnega mehanizma števila kopij. transpozoni morajo biti dovolj aktivni, da generirajo nove insercije, vendar ne toliko aktivni, da bi vplivali na delovanje gostitelja. Zato so določeni transpozoni razvili mehanizem, ki zmanjša njihovo aktivnost. Ta regulacija poteka na vsaj tri načine:

•Evolucija suboptimalnih transpozaz

•Inhibicija transpozazne funkcije z agregacijo, ko ekspresija transpozaze doseče določen prag

•Izbira nepopolnih končnih obrnjenih ponovitev, ki zmanjšajo transpozonsko afiniteto in učinkovitost [4].

Transpozicijski elementi

2022-04-24T11:18:05Z

Mdeutsch:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2021/22 obravnavajo odkritje, mehanizem in vlogo transpozicijskih elementov pri prokariontih in evkariontih. Okvirni naslovi teme so navedeni na spodnjem seznamu.

Vse teme temeljijo na preglednih člankih, kar pomeni, da obravnavajo zaključene teme, na katerih je bilo opravljenega že veliko dela. Zato je smiselno, da vsako temo obdelajo po trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200–1800 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. Predstavitev naj bo dolga 15–20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali, in vključite le malo splošnega uvoda, ki naj zgolj umesti vašo temo v kontekst transpozicijskih elementov.

Seminarske predstavitve bodo potekale predvidoma od 19.4. do 9.5. V tem času ne bo klasičnih predavanj, torej bodo tako ponedeljkovi kot torkovi termini namenjeni seminarjem.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).

Razdelitev seminarjev je potekala v okolju Google Drive, kjer so (bile) navedene povezave do izhodiščnih člankov, s katerimi lahko začnete iskanje literature. Večinoma navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili kvaliteten 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim), tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na spodnjem seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>. Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularna_biologija_koronavirusov Molekularna biologija koronavirusov (2020/21)].

Poglavja za seminarje so:

# [[Odkritje transpozicijskih elementov pri bakterijah]] (Teja Spruk, Urša Štefan, Urša Zevnik) 
# [[Klasifikacija transpozicijskih elementov in pregled načina delovanja]] (Klara Ažbe, Pia Trošt, Ana Maučec) 
# [[Katalitični mehanizem transpozaz]] (Nuša Brdnik, Mark Loborec, Maj Priveršek) 
# [[Transpozoni kot prenašalci odpornosti bakterij proti antibiotikom]] (Ana Kastelic, Lev Jošt, Gašper Struna) 

----

# [[Pomen retroelementov v mikrobnih genomih]] (Ema Kavčič, Špela Rapuš, Ivana Vukšinić) 
# [[Integracija transpozonov pri kvasovkah]] (Katja Resnik, Pia Špehar, Zarja Weingerl) 
# [[Retrotranspozoni LINE-1 in dejavniki, ki uravnavajo njihovo delovanje]] (Ana Kodra, Neža Lanišek, Gašper Možina) 
# [[TE kot regulatorji transkripcije]] (Marko Kovačić, Nik Vidmar, David Valte) 

----

# [[Interakcije transpozon – gostitelj]] (Maja Deutsch, Sara Jerič, Martin Stanonik) 
# Sodobni pogled na TE pri koruzi 
# Vloga TE pri razvoju zarodka 
# [[Transpozoni in rak]] (Maša Mencigar, Alliana Kolar, Klara Kočman) 

----

# Uporabna vrednost transpozonov za gensko zdravljenje 
# Biotehnološka uporaba transpozicijskega mehanizma: primer Sleeping Beauty 
# Funkcije nekodirajoče RNA, ki je po izvoru transpozonska 
# TE kot gonilo sprememb v genomu pšenice 

----

# [[TE pri mentalnih boleznih]] (Tina Javeršek, Hana Glavnik, Jan Trebušak) 
# TE pri vnetnih boleznih 

----

# Preferenčna integracijska mesta retrotranspozona Tf1 v genomu kvasovke ''Schizosaccharomyces pombe''

BIO2 Povzetki seminarjev 2021

2022-01-07T21:09:06Z

Mdeutsch:

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 =

==Klara Ažbe - Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni==

Mitohondrij je celični organel, ki pomembno prispeva k delovanju celice. Njegova glavna naloga je proizvodnja energije, poleg tega pa ne smemo zanemariti vloge stranskih produktov, ki ob proizvodnji energije nastanejo. Pri pridobivanje energije ima pomembno vlogo Krebsov cikel, v katerem nastane kar nekaj metabolitov. Njihova pomembnost je bila prvotno prepoznana pri sintezi makromolekul (nukleotidov, proteinov, lipidov), kasneje pa se je izkazalo, da so tudi zelo pomembne signalne molekule, ki nadzorujejo modifikacije kromatina, hipoksični odziv, metilacije DNA in imunski odziv. Količina posameznega intermediata je v celici natančno regulirana, vendar pa se lahko zgodi, da pride do določene mutacije, na primer mutacije encima za razgradnjo metabolita, posledično pa se ta metabolit začne kopičiti v celici. To lahko privede do sprememb v fiziologiji celice in do različnih bolezni, kakšne bodo te spremembe in bolezni pa je odvisno od vrste metabolita. Med bolj vplivne metabolite spadajo acetil-CoA, α-ketoglutarat, sukcinat in fumarat, pomemben je tudi 2-hidroksiglutarat, ki sicer ni intermediat cikla TCA, vendar pa je povezan s ciklom tako, da se sintetizira iz α-ketoglutarata. Ugotovitve, kako povečane količine metabolitov vplivajo na celico in posledično na organizem ter bolezni, so pomembne predvsem za zdravljenje bolezni, zato se za prihodnost pričakuje, da bo še večja količina znanja na tem področju prenesena v klinično uporabo.

==Pia Mencin - Akonitaza in njena vloga v celici==

Načeloma pripisujemo določenemu proteinu eno funkcijo, poznamo pa tudi proteine, ki imajo dve popolnoma različni nalogi v celici. To so tako imenovani »moonlighting proteins« oziroma večnamenski proteini. Tak večnamenski protein je tudi citosolna akonitaza (cAcn). Ko je nanj vezana prostetična skupina: Fe-S kletka, deluje kot katalizator pretvorbe citrata v izocitrat. Ob razdružitvi Fe-S kletke deluje kot IRP1 (odzivni protein za železo). Ta ima zmožnost vezave na mRNA proteinov, ki sodelujejo pri metabolizmu železa, ter tako zagotavlja homeostazo železa v celici. Ob razdružitvi kletke cAcn in nastanku apoencima znanega kot IRP1 pride do konformacijskih sprememb v proteinu pri katerih nastane mesto za vezavo na IRE (odzivni element za železo), to je reža, ki na novo nastane med domenama 3 in 4 cAcn.
Poleg citosolne poznamo tudi mitohondrijsko akonitazo (mAcn), ki je njena izooblika. Sodeluje v TCA ciklu, in sicer katalizira pretvorbo citrata v izocitrat, ter ščiti mtDNA pred oksidativnimi poškodbami.
Proteina sta tarča ROS, ti ju poškodujejo (oksidirajo) in inaktivirajo. mAcn ob inaktivaciji z ROS posredno inhibira nastanek ROS v mitohondriju in tako deluje kot regulator oksidativnega stresa. Za preprečevanje kopičenja oksidirane mAcn v mitohondriju poskrbi Lon proteaza.
Izocima mAcn ter cAcn sta še en izmed mnogih dokazov kako natančno nadzorovano in prepleteno je delovanje procesov v celici.

==Marko Kovačić - Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo==

Citokini so proteini z majhno molekulsko maso (približno 5-25 kDa), ki so pomembni v celičnem signaliziranju. Delujejo tako, da se vežejo na specifične membranske receptorje in s tem regulirajo transkripcijo genov ali njihovih transkripcijskih faktorjev. Tako sprožijo imunski odziv na vnetje, infekcijo ali na druga stanja. S svojimi signalnimi mehanizmi kontrolirajo rast in aktivnost drugih celic imunskega sistema ter krvnih celic. Interlevkini so skupina citokinov, ki imajo različne funkcije, predvsem so pomembni pri komunikaciji med celicami imunskega sistema, pri vnetnih in imunomodulatornih procesih. Citokini IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 so zelo pomembni člani družine interlevkinov interlevkin-1 (IL-1). Številne raziskave so pokazale, da je ta poddružina interlevkinov pomembna pri regulaciji glikolize, tj. poti, ki je pomembna za pridobivanje energije v obliki ATP. Glikolizo lahko regulirajo na nivoju vnosa glukoze v celice ali pa na nivoju reguliranja glikolitičnih encimov, ker se njihove signalne poti prepletajo s signalnimi potmi, ki so ključne pri regulaciji glikolize. Disregulacija glikolize lahko vodi do številnih bolezni (rak, diabetes tipa 2, reumatoidni artritis, osteoartritis, astma), poddružina IL-1 pa z regulacijo glikolize lahko vpliva na potek le-teh. Vpliv na delovanje citokinov IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 tako daje številne možnosti pri zdravljenju z glikolizo povezanih bolezni in prav to je predmet številnih raziskav.

==Janja Bohte - Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu==

Rak jeter je šesta najpogostejša oblika raka na svetu. Kar 90% primarnih rakov jeter predstavlja hepatocelularni karcinom (HCC). Za zdravljenje te bolezni se med drugim uporabljalo zdravila za zaviranje specifičnih signalnih poti, ki so odgovorne za rast tumorja. Tako zdravilo je sorafenib, zaviralec tirozin kinaze, na katerega organizem zaradi povečane aerobne glikolize v nekem časovnem obdobju razvije odpornost. Aerobna glikoliza oziroma Warburgov učinek je pojav, ko tumorske celice pretvarjajo glukozo v laktat kljub zadostni količini kisika. Prehod z metabolične poti oksidativne fosforilacije na pot glikolize pri HCC spodbuja celično proliferacijo ter ponuja ugodno mikrookolje za napredovanje tumorja. Odgovorna je za regulacijo invazije, metastaze, angiogeneze in odpornosti na zdravila pri HCC. Mehanizem Warburgovega učinka je kompleksen, pomembno vlogo pa imajo trije encimi, ki sodelujejo v sami presnovi glukoze: heksokinaza 2 (HK2), fosfofruktokinaza 1 (PFK1) in piruvat kinaza tipa M2 (PKM2). Ti so regulirani na več načinov in s številnimi transkripcijskimi faktorji ter metaboličnimi potmi, kot so AMPK, PI3K/Akt metabolična pot, HIF-1α, c-Myc ter nekodirajoče RNA. Zaradi pomembne vloge glikolize pri napredovanju tumorja, je usmerjanje na glavne dejavnike na tej poti, kot je inhibicija HK2, PFK ali PKM2, ključnega pomena za razvoj novih terapevtskih pristopov za zdravljenje HCC.

==Urša Štefan - Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji==

Pojav dvovijačne DNA v citosolu je v celici največkrat pokazatelj celične abnormalnosti – virusne okužbe, poškodbe dednega materiala, oksidativnega stresa ali rakave transformacije. Celice so zato razvile načine zaznavanja prisotnosti DNA v citosolu. Eden izmed takšnih je signalna pot STING. Protein ciklična GMP-AMP sintetaza po vezavi z DNA sintetizira cGAMP, ki aktivira protein STING, vezan v membrani endoplazmatskega retikuluma. Ta se transportira do Golgijevega aparata, kjer mu vezava kinaze TBK1 omogoča aktivacijo transkripcijskih faktorjev IRF3 in NF-κB za citokine. Poleg odziva na citosolno DNA protein STING sodeluje tudi v regulaciji celičnega metabolizma, celičnega cikla, pri indukciji avtofagije, regulaciji ravni kalcija in kot senzor poškodb DNA. Zaradi svojega velikega obsega delovanja je signalna pot STING tarča razvoja številnih zdravil, ki pa je do zdaj bil le delno uspešen. Članek opiše signalno pot STING, njene funkcije v celici in na kratko povzame vlogo signalne poti pri zdravljenju rakavih obolenj.

==Hana Glavnik - S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida==

S-glutationilacija proteinov ima v celici pomembno vlogo. Ob zvišanju koncentracije reaktivnih kisikovih spojin (ROS), se v celici vzpostavi stanje oksidativnega stresa. Ker so za celico te spojine toksične, je razvila mehanizme, ki ji pomagajo uravnavati njihovo koncentracijo in zaščitijo ostale spojine v celici pred ireverzibilno oksidacijo. Najbolj pomembna spojina med ROS je vodikov peroksid, ki ima poleg toksičnih vplivov tudi lastnosti sekundarnega sporočevalca. Ob nastopu oksidativnega stresa v celici in povišane koncentracije vodikovega peroksida, zaznata signale encima GRX1 in GRX2, ki glutationilirata proteine z vezavo glutationa (GSH) na tiolne skupine cisteinov (-SH) in jih tako zaščitita pred poškodbami. Hkrati se s potekom S-glutationilacije aktivirajo tiste metabolične poti, pri katerih nastajajo antioksidanti, največkrat NADPH, ki pomagajo razgraditi vodikov peroksid in ostale ROS spojine. Tiste poti, pri katerih nastajajo ROS spojine so inhibirane s strani S-glutationilacije, dokler ne pride do signala, ki ga sprejmeta GRX1/2. To sproži njune deglutationilacijske aktivnosti in z deglutationilacijo encimov se stanje v celici se normalizira in metabolične poti lahko potekajo nemoteno.

==Tinkara Butara - Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih==
Kemotaksija je oblika gibanja, kjer se organizem giba k ugodnemu kemijskemu gradientu ali stran od toksičnega oziroma neugodnega. Oblika gibanja je značilna za premikajoče se bakterije in arheje. Kemotaksija igra pomembno vlogo pri iskanju hrane, oblikovanju biofilma in tudi pri patogenezi. Takšno gibanje, s prepoznavanjem različnih kemijskih zvrsti, nadzorujejo kemoreceptorji. To so transmembranski proteini, ki vežejo snovi iz okolice in tako sprožijo nadaljnjo signalizacijo znotraj celice, ta pa vodi do spremembe v rotaciji bička. Vezava ugodne signalne molekule vodi do konformacijskih sprememb v kemoreceptorju, ki preprečijo avtofosforilacijo kinaze CheA, ki omogoča fosforilacijo proteina CheY. Fosforiliran CheY se namreč veže na motor bička in tako spremeni njegovo rotacijo iz nasprotne smeri urinega kazalca v smer urinega kazalca. Ko biček rotira v smeri urinega kazalca, to spodbudi naključno gibanje v prostoru, ki na novo orientira bakterijsko celico. Če biček rotira v nasprotni smeri urinega kazalca, pa se celica giba naravnost proti ugodnemu kemijskemu gradientu. Prilagoditev na signal nadzorujejo regulatorni proteini (CheR, CheB, za zaključek signala pa je pomemben protein CheZ, ki hidrolizira CheY-P. Kemoreceptorji se nahajajo na polih bakterijske celice in se združujejo v skupke, kar predstavlja dodatno možnost prilagoditve na kemijski signal.

==David Valte - Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov==

Jedrni hormonski receptorji (NHR) so poleg g-proteinov, receptorjev z encimsko aktivnostjo in ionskih kanalčkov le še eden od načinov biosignalizacije, ki pa se po načinu delovanja od drugih precej razlikuje. Jedrni hormonski receptorji neposredno vplivajo na transkripcijo in tako posledično tudi na izražanje genov. Z vezavo ligandov, kot so na primer vitamin d, retinoidni hormoni, tiroidni hormoni in steroidi, na receptor, pride na hormonskih receptorjih do konformacijskih sprememb. Spremembe v konformaciji receptorja pa omogočajo interakcije receptorja s specifičnimi sekvencami DNA. Te sekvence imenujemo hormonski odzivni elementi HRE/HREs, HRE se ponavadi nahajajo znotraj promotorja tarčnega gena, na teh mestih NHR delujejo kot aktivatorji transkripcije DNA. Transkripcija DNA povzroči nastanek mRNA z zapisom za nastanek proteinov, katere celica potrebuje, preko teh pa se lahko odzove na zunanje motnje. Prepoznavo zaporedij HRE in vezavo na DNA omogoča specifična sestava jedrnih receptorjev. Te so sestavljeni iz večih domen, vsaka od teh ima specifično funkcijo brez katere delovanje NR ni mogoče. Posebne domene omogočajo prepoznavo HRE, vezavo na DNA in dimerizacijo z drugimi NR. Na hormonske odzivne elemente se lahko NHR vežejo v obliki monomerov, lahko pa se NHR-ji vežejo drug z drugim, tako nastajajo dimeri. Dimeri omogočajo drugačne afinitete za vezavo z DNA.

==Alliana Kolar - Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji==
Abscizinska kislina (ABA) je naravno prisoten rastlinski hormon, katerega koncentracija se poviša, ko je rastlina pod vplivom stresa in se na stres tudi odzove. Igra vlogo pri zapiranju listnih rež, ko rastlini primanjkuje vode, inhibira kalitev, spodbuja dormanco, vpliva na cvetenje, staranje listov, zorenju plodov ipd. Ker je sintetična ABA nestabilna in ob zunanjem nanosu ne pokaže vpliva na rastlino, je potrebno z modeliranjem antagonistov oziroma agonistov sintetizirati analoge, ki bi bodisi promovirali/oponašali ali zavirali njeno delovanje. Z njimi bi agronomi lahko manipulirali na delovanje rastline in imeli nadzor nad njim, kar bi posledično prineslo večji donos zaradi večje količine in kakovosti proizvodov. Za to pa je potrebno dobro poznati molekulo in njeno biokemijsko delovanje ob signalizaciji in tudi druge spojine, s katerimi regulira procese v rastlini. Ker pa je to področje še dokaj neraziskano in nepojasnjeno, je zelo težko najti prave analoge in dodatno sintetizirati še boljše. Vendar pa po odkritju sintetične molekule pirabaktin, ki je delovala kot primeren agonist, so odkrili še 14 receptorjev ABA, imenovanih PYR (Pyrabactin Resistance)/PYR-like/(RCARs)Regulatory Components of ABA Receptors in s tem še boljše razumeli delovanje ABA in njene signalizacije.

== Gaja Starc - Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres==

Vse daljša sušna obdobja, visoke temperature in nizka vlažnost, od pritrjenih organizmov zahtevajo prilagoditve, s katerimi lahko izboljšajo uporabo energije in kemijskih virov v raznovrstnih razmerah. Kot mehanizem, ki omogoča nadzor nad ravnotežjem med izgubo vode in izmenjavo plinov, so rastline v krovnih tkivih razvile aktivno regulirane odprtine – reže. Reže so ključne za fiksacijo atmosferskega ogljika pri fotosintezi, hkrati pa rastline zaradi rež izgubijo 95 % vode v ozračje. Regulacija premikanja listnih rež je ključna za uspešno rast in razvoj rastline. Premikanje rež je tesno povezano z zaporedjem kompleksnih procesov zaznavanja, prenosa in uravnavanja signalov v celicah zapiralkah. Vodikov sulfid (H2S) uravnava premikanje celic zapiralk in sodeluje pri uravnavanju in prenosu signalov v organizmih ter tako sodeluje pri prilagajanju rastline na spremembe v okolju in odzivih na abiotski oziroma biotski stres. Novejše študije pri navadnem repnjakovcu (''Arabidopsis thaliana'') so pokazale, da zunanji H2S spodbuja zapiranje listnih rež, pri čemer sodeluje s fitohormoni in signalnimi molekulami. Glavna signalna pot, pri kateri sodeluje, je persulfidacija proteinov – post-translacijska modifikacija pri kateri so tiolne skupine cisteinskih ostankov modificirane v persulfidne. Sodeluje tudi pri uravnavanju aktivnosti ionskih kanalčkov v celicah zapiralkah, ki so ključni pri nadzoru premikanja listnih rež in pomaga omiliti oksidativni stres z vplivom na koncentracijo reaktivnih kisikovih zvrsti v celicah zapiralkah.

== Andraž Rotar - Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih==
Signalna pot kinaze janus (angl. janus kinase-JAK) in signalnega prenašalca in aktivatorja transkripcije (angl. signal transducer and activator of transcription-STAT), krajše JAK/STAT, je prisotna v večini večceličnih organizmih. Mehanizem poti je eleganten in presenetljivo preprost način, s katerim zunajcelični faktorji povzročijo gensko izražanje. Prepisani geni so nujni pri bioloških procesih kot so celična rast, diferenciacija, apoptoza in imunskem odzivu. Signalizacija JAK/STAT je v celici močno regulirana. Primarni regulatorji spadajo v tri skupine, in sicer med zaviralce citokinske signalizacije (angl. suppressor of cytokine signaling-SOCS), proteinske inhibitorje aktiviranih STAT (angl. protein inhibitors of activated STAT-PIAS) in protein tirozinske fosfataze (angl. protein tyrosine phosphatase-PTP). Če se v organizmu pojavi okvara signalne poti ali njene regulacije to privede do raznih avtoimunih bolezni kot so revmatoidni artritis, Parkinsonova bolezen ter multipla skleroza. Ker pa pot nadzira tudi celični cikel, lahko mutacije genov, odgovornih za sintezo sestavnih delov poti, privedejo do rakavih obolenj. Da bi se z temi patološkimi stanji lahko spopadali, raziskovalci z veliko vnemo iščejo nove vedno boljše inhibitorje signale poti. Do ne daljnega smo poznali le inhibitorje za JAK, sedaj pa jih razvijajo tudi za STAT. V seminarski nalogi so predstavljeni vsi zgoraj našteti proteini, patološka stanja povezana z JAK/STAT, ter inhibitorji za njihovo zdravljenje.

== Pia Špehar - Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu==
Integrini so adhezijski receptorski proteini, zgrajeni iz dveh podenot. Imajo mnogo različnih funkcij, in sicer povezujejo citoskelet in zunajcelični matriks, s tem posledično povežejo notranjost celice z njeno okolico. Delujejo kot prenašalci signalov in spodbujevalci celične proliferacije in preživetja. Sodelujejo pri imunskem odzivu, apoptozi, celični diferenciaciji, mnoge raziskave pa so pokazale, da so ključni tudi pri signalizaciji in regulaciji vezikularnega transporta. Ključno vlogo imajo pri eksocitozi biosintetskih in sekretornih veziklov, saj nase vežejo mikrotubule in preko njih usmerjajo vezikle do celične površine. Sodelujejo tudi pri procesu degranulacije v trombocitih in levkocitih, pri agregaciji trombocitov in posledično pri hemostazi, ki je prva stopnja celjenja ran. V citotoksičnih limfocitih prepoznava antigena na tarčni celici povzroči sidranje mikrotubulov na integrine. Ti se nato povežejo z medcelično adhezijsko molekulo in tako sprožijo prenos signala za celično smrt tarčne celice. V trombocitih pa integrin-posredovana degranulacija α-granul omogoči agregacijo trombocitov in s tem nastanek krvnega strdka, ki zaustavi krvavitev. Integrini sodelujejo tudi pri endocitozi, in sicer pri vnosu virusov in zunajceličnih veziklov v celico. V celico se lahko prenese virus, vsebina veziklov ali pa samo signal, ki sproži nadaljnje procese znotraj celice. Pomembni so tudi za prenos signalov pri endocitotskem recikliranju receptorjev tirozin kinaz (RTK).

==Tina Urh - Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti receptorjev kot tarča zdravljenja==
Nevrotransmiterji acetilholin, norepinefrin, dopamin, serotonin, subtanca P, GABA in glutamat posredujejo stimulatorne ali inhibitorne živčne funkcije preko vezave na specifične receptorje. Izločajo se iz avtonomnih živcev, ganglijev, nadledvične žleze, rakavih celic in celic imunskega sistema. Spremenjena komunikacija med živčnim in imunskim sistemom in uporaba receptorskih agonistov/antagonistov je vedno pogosteje tarča zdravljenja nevrodegenerativnih, imunopatoloških in avtoimunskih bolezni. E in NE sta stresna hormona in interagirata z α in β adrenergičnimi receptorji; aktivacija β2-AR (agonist izoprotenerol) spoodbuja rast tumorja. Blokira jo antagonist propranolol. GABA je pomirjevalo in antidiabetično sredstvo, stimulira rakavo proliferacijo preko GABAA; A receptorski agonist je muscimol. Vendar pa je vpliv GABA odvisen od tipa raka in receptorja. Serotonin (5-HT) ima vlogo vazokonstriktorja; proizvajajo ga imunske celice. Antagonisti 5-HT2AR imajo antipsihotične in antidepresivne lastnosti. Povečanje števila receptorjev 5-HT1A kaže na zaviranje izločanja serotonina in posledično povečano depresivnost. Dopamin oz. agonisti DA receptorjev izkazujejo inhibitorni efekt na rast tumorja. Neselektivni agonisti so učinkoviti za zdravljenje bolezni CŽS. Tudi vloge dopamin receptorjev so specifične glede na tip tumorja. Substanca P spada v družino nevropeptidov in spodbuja razvoj raka. Inhibicija receptorja NK-1 s specifičnimi antagonisti povzroči antitumorske učinke. Glutagonski agonisti lahko sprožijo smrt T celic, odvečni Glu vpliva na razvoj epilepsije in raka. Za zdravljenje bi se lahko uporabljalo inhibitorje mGluR1.

== Katja Resnik - Signalna omrežja, ki povzročajo raka ==
Normalno delovanje vsake posamezne celice in posledično organizma kot celote nam omogočajo številni procesi, kjer je ključnega pomena njihova regulacija. Tako lahko spremenjene signalne poti, ki v naših celicah uravnavajo predvsem procese celične proliferacije, diferenciacije, apoptoze in na splošno celičnega cikla privedejo do številnih bolezni, med drugim tudi do razvoja raka. Dve ključni poti, ki sta pri večini človeških oblik raka napačno regulirani sta signalni poti RAS in APC. RAS proteini so vrsta G proteinov, ki regulirajo normalen potek celičnega cikla preko povezovanja z efektorskimi proteini. Onkogene oblike RAS proteinov, ki so posledica mutacij, povzročijo njihovo nenehno aktivnost, kar vodi v transformacijo signalne poti. Ta se odraža v izražanju genov, ki se sicer naj ne bi izražali, kar lahko vodi v nenehno spodbujanje celične proliferacije. Po drugi strani pa do podobnega učinka pride tudi zaradi napak v signalni poti APC, ko okvarjen protein APC ne more več opravljati funkcije zmanjševanja koncentracije ključnega proteina za regulacijo in prehod iz faze celične proliferacije v fazo diferenciacije in staranja celic. Proučevanje takšnih signalnih poti nam omogoča spoznavanje vplivov določenih mutacij na posamezne procese in njihovo prispevanje k razvoju raka. Pomembno je le, da na signalne poti gledamo kot na prepletena omrežja, kar lahko ključno prispeva k razvoju uspešnih zdravil in metod zdravljenja omenjene bolezni.

== Nuša Kos Thaler - Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice ==
Glikogen je makromolekula, sestavljena iz enot glukoze, ki jo najdemo predvsem v jetrih in mišicah. Njegov metabolizem je ključnega pomena za pridobivanje in shranjevanje energije v človeškem telesu. Če ne deluje pravilno, lahko povzroča različne bolezni, ki jim s skupnim imenom rečemo bolezni kopičenja glikogena (glycogen storage diseases – GSD). Te so praviloma genetske in povezane z mutacijami genov, ki kodirajo encime za sintezo, razgradnjo ali regulacijo dolžine glikogenskih verig. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa I je mutiran encim α-glukoza-6-fosfataza, ki katalizira pretvorbo iz glukoze-6-fosfata v glukozo, kar lahko povzroči hipoglikemijo pacientov. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa II je mutiran encim za razgradnjo glikogena v lizosomu (kisla α-glukozidaza). Zaradi neaktivnosti encima se glikogen ne more razgraditi in se nalaga v lizosomih. Če ti počijo, lahko poškodujejo celico, kar privede do mnogih okvar v telesu, predvsem do progresivne mišične oslabelosti. Zelo poseben tip bolezni je Laforina bolezen, kjer se pokaže pomembnost glikogena še v drugih organih, možganih. Pri njej se zgodijo mutacije na genih za laforin in malin, ki skupaj regulirata dolžine stranskih verig glikogena. Pogosta posledica so epileptični napadi. Kljub mnogim raziskavam na tem področju najučinkovitejših rešitev za zdravljenje omenjenih bolezni še nismo odkrili.

== Karidia Kolbl - Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom ==
Povezava med funkcijo spanja in nevropsihiatričnimi boleznimi, kot je depresija, ter nevrološkimi motnjami v obliki migren, je danes raziskovano a precej neopredeljeno področje. Nedavne študije so pokazale, da med spancem obnavljamo zaloge glikogena, ki jih med budnostjo porabimo. Kasneje pa so ugotovili, da pomanjkanje spanca povzroča povišano količino možganskega glikogena, kar opisuje “glikogenetska” hipoteza. Ta pravi, da sinteza in poraba glikogena potekata med budnostjo so časno, medtem ko upad prenosa vzdražnostnih signalov med nevroni v stanju spanja ustvarja neravnovesje. Zmanjšana aktivnost se odraža v kopičenju glikogena med spanjem. Njegova vloga je namreč energijsko zalagati celice, še posebej med aktivno nevrološko signalizacijo (sinaptične povezave) in s tem vzpostavljati koncentracijo kalija in glutamata. Pri osebkih, ki pa jim spanca primanjkuje, prihaja do transkripcijskih sprememb, kar lahko povzroča migrene. Njihova raven možganskega glikogena je namreč znatno manjša in so posledično nezmožni ohranjati ustrezne količine kalija in glutamata znotraj in zunaj celic. To se odraža v kortikalni depolarizaciji, ki se širi po možganski skorji med živčnimi vlakni in se elektrofiziološko gledano povezuje z avro (drugo fazo) migrene. Namen seminarske naloge je torej pregled nekaterih ugotovitev in domnev v zvezi z glikogenezo in glikogenolizo, ter posledicami njune aktivnosti.

==Zarja Weingerl - Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu==
Sukcinat ima v Krebsovem ciklu vlogo enega od intermediatov. Gre za dianion dikarboksilne kisline, torej se od sukcinske kisline razlikuje le v številu dveh H atomov na karboksilnih skupinah. Njegova vloga v metabolizmu pa ni omejena le na Krebsov cikel. Je namreč pomemben medcelični komunikator ter vpliva na vnetni odziv organizma. Veže se na receptor GPR91, ki je eden od regulatornih modulatorjev pri različnih podskupinah celic, in sodeluje pri regulaciji krvnega tlaka. Sukcinat je lahko eden od vzrokov za nastanek psevdohipoksičnega stanja, ki nastane zaradi aktivacije hipoksijske signalne poti kljub zadostni meri kisika. Deluje lahko kot kemoatraktant (snov, ki inducira premike). Zaradi njegove povezave z GABA šantom (poteka tudi v anaerobnih pogojih) pa sinteza sukcinata ni odvisna le od anaerobnih pogojev, ki so potrebni za delovanje Krebsovega cikla. Sukcinat deluje kot promotor metilacije DNA, ter vpliva na potek sukcinilacije. Sukcinilacija je posttranslacijska modifikacija pri kateri pride do vezave sukcinilnih skupin na lizinske ostanke. Da je zmožen opravljati vse te in še mnoge druge naloge igra pomembno vlogo njegov transport. Transportira se lahko preko obeh membran mitohondrija, ter tako prispe v citosol, možen pa je tudi njegov transport v medcelični prostor.

==Ena Kartal - Metabolizem lipojske kisline in mitohondrijska redoks regulacija==
Lipojska kislina je kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov, ki vsebuje žveplo, in je kovalentno vezan z encimom preko lizina. Prav zaradi tega, ker se nahaja v vsaki celici v našemu organizmu in kot kofaktor sodeluje pri nastanku energije organizma, je predmet različnih raziskav. Ključna njegova funkcionalna lastnost je, da se lahko podvrže redoks reakcijam. Po vsaki reakciji kjer sodeluje lipoilni kofaktor z svojo disulfidno obliko, ki deluje kot akceptor elektronov, mora potekati reoksidacija dihidrolipoamida, ki jo katalizira flavoencim lipoamid dehidrogenaza. Do danes je lipojska kislina spregledan kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov. Ko so jo prvič izolirali iz živalskih jeter, so jo primerjali z vitaminom, ker je povezana z biosintezo maščobnih kislin, SAM (ki sodelujejo pri biosintezi biotina) in biosintezo železo-žveplovega žepka z oksidativno sposobnostjo cikla trikarboksilnih kislin. Danes se uporablja tudi kot prehransko dopolnilo. Pomanjkanje LA kofaktora vodi do disfunkcije bistvenih encimskih kompleksov, ki sodelujejo v mitohondrijskem metabolizmu, kar provzroča različne bolezni. Za zdravljenje bolzni, ki nastajajo zaradi pomanjkanja regulacije lipoilacije encimov, so še vedno potrebne dodatne raziskave, ker še obstajajo neodgovorjena vprašanja glede ''reciklažne poti'' pri biosintezi LA pri ljudeh.

==Sara Jerič - Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na metiliranje histonov in DNA ter posledično na proces staranja==
Intermediati cikla citronske kisline imajo pomembno vlogo pri regulaciji epigenetskih in neepigenetskih sprememb. Pri tem so najbolj pomembni 2-oksoglutarat, sukcinat in fumarat, ki z aktivacijo oz. inhibicijo vplivajo na veliko družino encimov dioksidaz, ki so odvisne od 2-oksoglutarata (2-OGDO). Ti encimi pri regulaciji neepigenetskih sprememb vplivajo na sintezo kolagena in nadzorujejo količino kisika v celici (npr. Sprožijo primeren odziv, če pride do hipoksije). Pri regulaciji epigenetskih sprememb pa 2-OGDO encimi vplivajo na metilacijo DNA in histonov ter posledično transkripcijo in izražanjem genov. Metilacija DNA poteka z encimoma DNA metiltranferaza in DNA demetilaza, metilacija histonov pa z encimoma histon metiltransferaza in histon demetilaza. Spremembe pri metilaciji DNA in histonov povzročijo tudi spremembe pri kromatinu, kar pa povezujemo s procesom staranja. S staranjem se torej zmanjša količina obnovitvenih procesov (npr. ob staranju matične celice zmanjšajo količino popravil poškodb tkiv). Proces staranja ni točno programiran v celici, temveč je naključen degradirajoč proces, ki so ga sprožile epigenetske spremembe. Intermediati Krebsovega cikla pa lahko povzročijo tudi epigenetske spremembe, ki se kažejo pri boleznih povezanih s staranjem, npr. Alzheimerjeva bolezen. Čeprav vloga intermediatov Krebsovega cikla in njihov mehanizem pri procesu staranja še ni točno določen, lahko zagotovimo, da predstavljajo enega kjučnih regulatorjev epigenetskih sprememb, ki pa vplivajo na proces staranja.

==Nik Vidmar - Presnova, učinki ter bolezenska stanja kot posledica povišanih koncentracij ketonskih telesc==
Ketonska telesca nastajajo v jetrih v okoliščinah, ko je prisotnost glukoze prenizka za normalno delovanje organov, kot so na primer možgani. Predstavljajo jih molekule acetoacetata, ki nastaja pri presnovi maščobnih kislin ob pomankanju glukoze, 3-β-hidroksibutirata, ki nastaja v mitohondrijih jetrnih celic in acetona. Najpomembnejša med ketonskimi telesci sta acetoacetat in 3-β-hidroksibutirat, saj se transportirata kot vir energije iz jeter v druga tkiva. Tretje ketonsko telo aceton ni zelo pomembno, saj se ne porablja kot vir energije in se preko pljuč izloča iz telesa. Ketonska telesca so pomembna zato, ker pripomorejo k varčevanju glukoze in zmanjšujejo proteolizo v času, ko je glukoze v telesu premalo, kar pomaga pri ohranjanju zdravja in funkcionalnosti telesa. Nekateri organi, kot so možgani, niso zmožni uporabiti maščobnih kislin kot vir energije, zato uporabijo ketonska telesca, ki so alternativni vir energije v primeru daljše lakote ali posta. Uravnavajo tudi nivo sproščanja inzulina in povzročijo peroksidacijo lipidov. V nižjih koncentracijah se v krvi neprestano nahajajo pri zdravih ljudeh. Njihove koncentracije se delno povečajo pri dolgi telovadbi in postu. Povišana koncentracija ketonskih telesc je lahko posledica zastrupitve, na primer z alkoholom, kar vodi do alkoholne ketoacidoze. V primeru diabetesa pa lahko povišana koncentracija vodi do diabetične ketoacidoze. Tako stanje je zelo nevarno in lahko, če ga ne zdravimo, privede do smrti.

==Gašper Struna - Oksidacija maščobnih kislin v peroksisomih==
Oksidacija maščobnih kislin je pomemben proces, ki je vključen tako v anabolne kot katabolne metabolične poti. Ta proces poteka v mitohondrijih, kjer ima predvsem katabolno vlogo, ter v peroksisomih, kjer pa ima bolj anabolno vlogo. β-oksidaciji maščobnih kislin sta v obeh organelih zelo podobni. Obstajajo pa tudi mnoge razlike. Geni za encime, ki sodelujejo pri oksidaciji v posameznem organelu, so različni. V prenosu maščobnih kislin skozi membrano sodelujeta različna transporterja. V prvem koraku β-oksidacije se peroksisomski FADH2 takoj oksidira nazaj, pri tem pa elektrone sprejme kisik, medtem ko pri mitohondriju vstopi v elektronsko prenašalno verigo. Multifunkcijski protein (MP) pri peroksisomu za razliko od mitohondrijskega ne vsebuje tiolazne aktivnosti; ima pa peroksisom dva MP, pri čemer eden lahko reagira tudi z D-izomeri β-hidroksiacil-CoA.
V peroksisomu se maščobne kisline le delno oksidirajo, dokončna oksidacija poteče v mitohondriju, lahko pa oksidacija maščobnih kislin v peroksisomu služi le skrajševanju verige v anabolnih poteh, na primer pri biosintezi nekaterih lipidov. Peroksisomska oksidacija je predvsem pomembna pri oksidaciji dolgoverižnih in razvejanih maščobnih kislin. Veliko podrobnosti o oksidaciji v tem organelu pa je še vedno nepojasnjenih ali pa za njih obstajajo le modeli kot na primer pri načinu reoksidacije NADH in transportu acil-CoA skozi membrano. Pomembnost tega procesa pa nakazujejo tudi številne bolezni povezane s peroksisomsko β-oksidacijo, zaradi česar je razumevanje tega procesa zelo pomembno.

==Neža Peternel - Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin v skeletnih mišicah s prehrano in telesno vadbo==
Maščobe poleg ogljikovih hidratov predstavljajo pomemben vir energije za delovanje naših organizmov. Maščobne kisline (MK) se v mišicah oksidirajo in vodijo do nastanka ATP molekul. Poznavanje mehanizma oksidacije MK omogoča lažje razumevanje regulacije procesa pod vplivom različnih zunanjih dejavnikov. Med pomembnejše regulatorne proteine štejemo maščobno-kislinsko translokazo CD36, ki se nahaja v sarkolemi in regulira vnos MK v mišične celice, in karnitin-aciltransferaze (CPT1, CPT2 in CACT), ki nadzirajo vnos MK v mitohondrij. Pri procesu β-oksidacije maščobnih kislin je pomemben encim β-hidroksi-acil-CoA dehidrogenaza, ki omejuje hitrost reakcije. Dokazali so, da vzdržljivostna zmerna vadba in povečan vnos maščob pozitivno vplivata na regulacijo proteinov, ki so vključeni v proces oksidacije. Maščobne kisline in krčenje skeletnih mišic v tem primeru delujejo kot signali, ki navidezno inducirajo izražanje beljakovin v metabolnih poteh lipidov in s tem povečajo presnovno sposobnost maščobnih kislin. Pomembni signalni receptorji so jedrni transkripcijski faktorji PPAR, ki vplivajo na izražanje genov za regulatorne proteine.
V zadnjem času se zelo razvija farmacevtsko področje vadbene mimetike (ang. exercise mimetics). Z različnimi zdravili in prehranskimi dodatki želijo posnemati pozitivne učinke vadbe na organizem in tako olajšati poteke določenih bolezni ter zmanjšati delež ljudi s prekomerno telesno težo. Hkrati pa z razvojem takšnih zdravil prihaja tudi do dopinških zlorab v vrhunskem športu.

== Urša Zevnik - Genetske napake mitohondrijske oksidacije maščobnih kislin in karnitinskega transporta==
Mitohondrijska oksidacija maščobnih kislin je ključen metabolni proces za zagotavljanje energije, ko se izpraznijo zaloge glikogena, za nekatere procese pa predstavlja preferenčni vir energije tudi, ko je glukoze dovolj. Za skoraj vse proteine, ki sodelujejo v procesu β-oksidacije maščobnih kislin ali karnitinskemu transportu le teh v mitohondrij, so znane genetske napake, ki povzročijo pomanjkanje ali zmanjšano aktivnost teh proteinov. Popolna odsotnost večinoma vodi v smrt v prvih dneh življenja, za delno pomanjkanje pa so značilna srčna, mišična in ledvična obolenja ter pogoste hipoglikemije. Simptomi so odvisni od posameznika, stopnje pomanjkanja in vrste okvarjenega proteina. So posledica porušene energijske homeostaze in nabiranja toksičnih metabolitov. Trajno zdravilo ne obstaja, zdravljenje pa temelji na preprečevanju katabolizma z izogibanjem postenja ali naporne fizične aktivnosti in na dieti z manjšim deležem maščob. Na voljo so tudi zdravila, ki na različne načine, na primer z obnavljanjem metabolitov cikla citronske kisline ali spodbujanjem transkripcije encimov β-oksidacije lahko omilijo simptome, vendar je njihova učinkovitost omejena. Kljub zanesljivim metodam diagnostike in presejalnim testiranjem novorojenčkov smrtnost zaradi teh bolezni ostaja visoka.

== Tina Javeršek - Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije==
Hiperamoniemija (HA) je stanje povišane koncentracije amonijaka v krvi, ko pride do neravnovesja med količino nastalega in odstranjenega amonijaka. Ta se v naravi nahaja predvsem v reducirani obliki kot amonijev ion NH₄⁺. Vzroka za nastanek HA sta največkrat prekomerno nastajanje odvečnega amonijaka v debelem črevesu in nezadostno razstrupljanje pri motnjah v ciklu uree. Razlikujemo med primarno in sekundarno (pridobljeno) HA. Za zdravljenje se uporablja predvsem laktuloza, sintetični disaharid, ki se v našem telesu ne presnavlja. Pogosto je tudi zdravljenje z antibiotikom rifaksiminom, ki inhibira sintezo bakterijske RNA in tako preprečuje rast bakterij, ki proizvajajo encim urezo. Ta katalizira hidrolizo sečnine, pri tem pa nastajajo amonijevi ioni. Pri visokih koncentracijah imajo toksične učinke in lahko povzročijo ireverzibilne okvare centralnega živčnega sistema. Natrijev benzoat in fenilacetat nase vežeta glicin in glutamin, nastala hipurat in fenilacetilglutamin pa se izločata z urinom. Kot sredstva za zdravljenje hiperamoniemije se uporabljajo še aminokisline z razvejano verigo, L- arginin, L-citrulin in kargluminska kislina. Ob akutnem povišanju koncentracij amonijaka v krvi se ta odstranjuje s hemodializo, s čimer v najkrajšem možnem času dosežemo znižanje njegovih koncentracij. Genska in celična terapija obljubljata učinkovit pristop pri zdravljenju, vendar so potrebne še številne raziskave na tem področju.

== Klara Kočman - Bowman-Birkov inhibitor ==
Bowman-Birkov inhibitor, inhibira tako tripsin kot tudi α-kimotripsin. Z njima tvori kompleks 1:1 oz. 1:1:1 ko sta na inhibitor vezana oba encima. Reakcijsko mesto za inhibicijo tripsina se nahaja na mestu Lys 16–Ser 17, za inhibicijo kimotripsina pa na mestu Leu 42–Ser 44. Naloga tripsina in kimotripsina je cepitev večjih peptidov na manjše peptide v trebušni slinavki. Bowman-Birkov inhibitor najdemo v nekaterih travniških rastlinah in vseh stročnicah, predvsem v soji. Uživanje surove soje lahko vodi do hipertrofije trebušne slinavke pri živalih. Je tudi zelo učinkovit pri preprečevanju karcinogeneze, zato iščejo način kaki bi lahko z Bowman-Birkovim inhibitorjem preventivno preprečevali raka brez toksičnosti za maligne celice in vitro. V soji pa najdemo tudi Bowman-Birkovem inhibitorju podoben Kunitzov inhibitor. Znanstveniki so ugotovili, da sta Bowman-Birkovemu inhibitorju v določenih sekvencah podobna tudi inhibitor limskega ter vrtnega fižola. Bowman-Birkov inhibitor se lahko zaradi svojih sedmih disulfidnih vezi cepi na več različnih peptidov, ki ohranijo svojo inhibitorno aktivnost. Inhibitor se v raztopinah z visoko koncentracijo inhibitorja med seboj reverzibilno poveže v dimere in trimere, kar lahko vidimo tudi pri inhibitorju, izoliranem iz soje, ki je v obliki trimera.

== Miha Razdevšek - Motnje razgradnje glicina in njihove posledice ==

Glicin je najmanjša aminokislina, ki se razgrajuje po treh poteh. Pri ljudeh je najpogostejša razgradnja z glicin cepitvenim encimom (glycine cleavage enzyme, GCE). Ta encim je sestavljen iz štirih proteinov, ki glicin pretvarjajo v CO2 in NH4+. Ko pride do mutacij GCE, se glicin po tej poti ne more več razgrajevati in se posledično kopiči v celici. To stanje imenujemo neketotska hiperglicinemija (nonkertotic hyperglicemia, NKH). V eni izmed metabolnih poti, ki se pri takšnih pogojih aktivirajo nastane zelo reaktivna molekula metilglioksal (MGO). MGO se kovalentno poveže s proteini in DNA, kar imenujemo glikacija. Produkte, ki pri tem nastanejo pa končni produkti napredovane glikacije (advanced glycation end products, AGE). Primarno se MGO poveže z argininom na proteinih in deoksigvanozinom na DNA. Glikacija proteinov vpliva na izgubo njihove funkcije in povezavo ekstracelularnih ter intracelularnih proteinov. Reakcija z DNA pa predstavlja nevarnosti povezane z genomsko nestabilnostjo. Povišane vrednosti MGO se povezuje z boleznimi staranja, diabetesom, debelostjo, rakom in nevrodegenerativnimi boleznimi. Izziv predstavlja predvsem razumevanje pomena MGO pri normalnem fiziološkem stanju, koncentracija, pri kateri postane MGO toksičen in možnost uporabe MGO za specifično diagnostiko bolezni.

== Jan Trebušak - Vloga Karbamoil Fosfat Sintetaze 1 ==

Karbamoil fosfat sintetaza 1 (CPS1) je kompleksen, večdomenski ter evolucijsko konservativen encim, ki katalizira prvo reakcijo v ciklu uree. Encim je sestavljen iz okoli 1500 aminokislin in ima dve katalitični mesti na katerih poteka fosforilacija substratov, njegov alosterični efektor pa je N-acetil-L-glutamat (NAG). Ker reakcije na CSP1 predstavljajo ‘vstopni’ korak v cikel uree ima vsakršna okvara lahko hude posledice. Najočitnejši simptom je akutna hiperamonemija oz. povišanje koncentracije amoniaka v krvi, ki lahko ob kronični izpostavitvi vodi v nevrodegenerativna obolenja. Čeprav je hiperamonemija glavni in najbolj akutni zaplet pri okvari CSP1, pa ni edini. Raziskave so pokazale, da ima CSP1 vpliv tudi na nastanek in rast raka, razvoj kardiovaskularnih obolenj in tudi zmožnost posameznikov za vzdrževanje konstantne telesne mase. Trenutne oblike zdravljenja vključujejo strogo izogibanje aminokislinam v prehrani in uživanje dodatkov, ki nase vežejo dušik iz organizma. Naprednejše oblike zdravljenja, kot so genska terapija in jemanje analogov NAG, ki bi spodbudili delovanje tudi nepravilno delujoče CSP1 so v začetnih fazah kliničnih testiranj. Pri genskem zdravljenju predstavlja težavo tudi to, da je večina inaktivirajočih mutacij na CSP1 specifičnih za posamezne družine ali majhne populacije, kar pomeni, da vsaka od the potrebuje posebaj prilagojeno zdravljenje. Na tem področju je potrebno opraviti še veliko raziskav, da bi odkrili zdravilo za nedelujočo CSP1.

== Lana Kores - VLOGA METABOLIZMA RAZVEJANIH AMINOKISLIN PRI BOLEZNI JAVORJEVEGA SIRUPA (MSUD)==

Prirejene napake metabolizma (IEM) so pogosto posledica redkih monogenskih napak, ki sledijo mendelskim vzorcem dedovanja za avtosomne-recesivne lastnosti. Prizadeti posamezniki imajo mutacijo na obeh alelih na monogenskem mestu, medtem ko njihovi starši po definiciji nosijo le en mutiran alel in se pri njih fenotip bolezni ne izraža. Bolezen javorjevega sirupa (MSUD) je primer take monogenske bolezni. Povzroči jo okvara razvejane α-ketokislinske dehidrogenaze (BCKD). BCKD je multiencimski kompleks, zgrajen iz treh katalitičnih komponent: E1 – dekarboksilaze, sestavljene iz 2α in 2β podenot; E2 – transciklaze; in E3 – dehidrogenaze. Gen za E1α najdemo na kromosomu 19, gen za E1β na kromosomu 6, gen za E2 na kromosomu 1 in gen za E3 na kromosomu 7. Pri normalnem delovanju (v zdravem človeku) bi v prvem koraku metabolizma BCAA izocimi razvejane aminokislinske transaminaze (BCATs) transaminirale BCAAs do razvejanih α-ketokislin (BCKAs), torej iz levcina do α-ketoizokaproata (KIC), iz izolevcina do α-keto-β-metilvalerata (KMV) in iz valina do α-ketoizovalerata (KIV). V naslednjem koraku metabolne poti bi razvejan ketokislinski dehidrogenazni kompleks (BCKDC) kataliziral ireverzibilno oksidativno dekarboksilacijo α-ketokislin (vendar se pri MSUD zaradi okvare BCKD to ne zgodi). Zaradi tega pride do kopičenja razvejanih aminokislin in posledično do hudih nevroloških motenj.

== Maša Mencigar - Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih ==

Reaktivne kisikove zvrsti (ROS, ang. reactive oxygen species) so skupina reduciranih nestabilnih derivatov kisika, ki imajo dobre oksidativne lastnosti. V celici nastajajo pri normalnem delovanju celičnega metabolizma v nizkih koncentracijah in so potrebne za homeostazo celice in celično signaliziranje, delujejo kot sekundarni sporočevalci. Ob povišani koncentraciji pa so za celico lahko nevarni, saj privedejo do oksitadivnega stresa. Oksidativni stres lahko povzroči poškodbe in mutacije DNA ter pripomore k drugim obolenjem kot so nevrodegenerativne bolezni in rakava obolenja. Antioksidanti, kot so superoksid dismutaze (SOD), Glutation (GSH) in Jedrni faktor eritroid 2 (NFR2), preprečujejo povišanje koncentracije ROS v celici, saj pretvarjajo ROS do manj reaktivnih spojin oziroma vode. Različne koncentracije reaktivnih kisikovih zvrsti različno vplivajo na celico, ob povišani koncentraciji ROS se poveča nastanek malignih mutacij, ROS torej deluje kot tumor promotor. Ob previsokih koncentracijah ROS pa privede do celične smrti, torej deluje ROS kot tumor supresor.Delovanje ROS kot tumor promotor ali supresor pa ni odvisno le od njegove koncentracije v celici, ampak tudi od stopnje razvoja in lokacije tumorja. Za zdravljenje rakavih obolenj uporabljajo nekatere kemoterapetvike (cisplatin, bleomicin in arsenični trioksid), ki povišajo koncentracije ROS in s tem povzroči nepopravljive poškodbe celic, ter privede do celične smrti.

== Klara Razboršek - Regulacija apoptoze v zdravju in bolezni: uravnoteženo delovanje BCL-2 družine proteinov ==

Apoptotska celična smrt je ključen proces za ohranjanje tkivne homeostaze. Poznamo ekstrinzično pot apoptoze, ki je rezultat zunajceličnih signalov, in intrinzično ali mitohondrijsko pot. Le-ta je rezultat signalov, ki delujejo direktno na tarče znotraj celic. Pomembni regulatorji te poti so proteini iz družine BCL-2. Gre za globularne proteine, ki se nahajajo v citosolu v bližini mitohondrija ali pa se sidrajo v zunanjo mitohondrijsko membrano. Razdelimo jih v tri skupine, glede na njihovo vlogo pri regulaciji procesa apoptoze. Pro-apoptotski proteini se aktivirajo kot odziv na celični stres in sprožijo začetek procesa apoptoze. Anti-apoptotski proteini kljubujejo pro-apoptotskim tako, da jih vežejo nase in jih s tem deaktivirajo, kar lahko zaustavi proces apoptoze. Če anti-apoptotskih proteinov ni dovolj ali pa so deaktivirani, se pro-apoptotski proteini vežejo na pro-apoptotske efektorske proteine – BAK in BAX. Ta dva proteina se sidrata v zunanjo mitohondrijsko membrano in preko oligomerizacije tvorita makropore. To povzroči permeabilizacijo zunanje mitohondrijske membrane. Iz medmembranskega prostora mitohondrija se sprosti citokrom c, kar povzroči aktivacijo kaspaz, ki povzročijo programirano celično smrt. Če pride do napak pri regulaciji BCL-2 proteinov lahko to privede do različnih obolenj, kot so nevrodegenerativne in avtoimune bolezni ter raka. Nepravilna regulacija v času prenatalnega razvoja pa lahko privede v smrt embria.

== Špela Rapuš - Zlivanje in cepitev mitohondrijev ==

Mitohondriji imajo veliko pomembnih funkcij v celici, zato je pomembno njihovo pravilno delovanje. Pri tem sta pomembna zlivanje in delitve mitohondrijev, ki vplivata, da so procesi, med katerimi je tudi oksidativna fosforilacija, pravilno regulirani. Ključni faktorji za ta procesa spadajo v superdružino dinaminov in izkoriščajo hidrolizo GTP za svoje delovanje. Za zlivanje membran so ključni mitofuzina Mfn1 in Mfn2 ter protein Opa1. Pri delitvi pa sodelujejo Drp1 in njegovi adaptorji na površini membrane, ki oblikujejo delitveni kompleks. Pri delitvi so pomembni tudi ostali dejavniki, ki pripomorejo k delitvi na primer endoplazemski retikulum in polimerizacija aktina okoli mitohondrija, ki začetno zoži mesto delitve. Morfologija mitohondrija, ki jo regulirata zlivanja in cepitve, je povezana tudi z metaboličnim stanjem celice. Od oblike krist je namreč odvisno tudi delovanje kompleksov oksidativne fosforilacije. Mutacije v zapisih za proteine, ki sodelujejo pri zlivanju oziroma cepitvi, vodijo v nepravilno delovanje pomembnih procesov v mitohondriju in kot posledica nastopijo mnoge bolezni, predvsem nevrodegenerativne kot tudi rak.

== Vanja Ivošević - Kompleksonst biosinteze ubikinona ==

Ubikinon (koencim Q_10) je koencim, ki je prisoten pri vseh živalih in pri večini bakterij, sestavni je del transportne verige elektronov ter tako sodeluje pri aerobnem celičnem metabolizmu, ki proizvaja energijo v obliki ATP. Najdemo ga predvsem v mitohondrijih, največ ga ima v mitohondrijih organov, ki imajo visoko potrebo po energiji kot so srce, jetra in ledvice. Obstajajo tri redoks stanja ubikinona, popolnoma oksidirano (ubikinon), ubisemikinon in popolnoma reducirano stanje (ubikinol). Ubikinon ima bistveno vlogo kot elektronski prenašalec med kompleksom NADH: ubikinon oksidoreduktazo (kompleks I), sukcinat dehidrogenazo (kompleks II) in citokrom bc_1 kompleksom (kompleks III) dihalne verige, lahko prenaša dva ali en elektorn. Biosinteza je glavni vir ubikinona. Za biosintezo je potrebno vsaj 12 genov, če se zgodi mutacija na enem ali več teh genov, prihaja do pomanjkanja ubikinona v organizmu. Mutacije v človeških genih za sintezo ubikinona povzročajo stanje, ki se imenuje primarno pomanjkanje ubikinona, mitohondrijsko motnjo, ki se manifestira na različne načine kot so multisistemske motnje, encefalopatija ali nefropatija. Direktna posledica pomanjkanja ubikinona je zmanjašana proizvodnja ATP in prekomerna tvorba ROS- reaktivnih kisikovih zvrst. Za razliko od večine ostalih mitohondrijskih motenj, za zdravljenje te motnje je na voljo učinkovito zdravljenje.

==Lev Jošt - Tvorba ROS in njen prispevek k signalizaciji in k razumevanju bolezni ==

Mitohondriji so dobro znani po svoji osrednji vlogi pri proizvodnji ATP, homeostazi kalcija ter biosintezi hema in steroidov. Označili so jih za t.i. "elektrarno" celice.
Mitohondrijska elektronska transportna veriga (ETC) uporablja vrsto reakcij prenosa elektronov za ustvarjanje celičnega ATP z oksidativno fosforilacijo. Posledica prenosa elektronov je nastajanje reaktivnih kisikovih vrst (ROS). Za omenjene ROS, pri katerih je ključen superoksid in tudi vodikov peroksid, se je sprva menilo, da so strupeni stranski produkti mitohondrijske fiziološke aktivnosti, a so na podlagi raziskav dokazali, da so to pomembne molekule, katerih proizvodnja, pretvorba in uničenje so zelo regulirani. Torej funkcije ETC so tesno povezane s tvorbo ROS ter proizvodnjo ATP in glede nato da ETC uravnava celično homeostazo s tema dvema procesoma in da so bile odkrite spremembe v obeh teh procesih povezane s patologijo neštetih bolezni, ki zajemajo skoraj vse organske sisteme, je logično sklepati, da nam lahko zmožnost natančnega in učinkovitega merjenja delovanja ETC pri ljudeh, zagotovi koristne diagnostične in mehanistične informacije.

== Žan Žnidar – Signalizacija bioaktivnih sfingolipidov ==
Lipidi s svojo barierno funkcijo igrajo ključno vlogo za obstoj življenja. Poleg tega, da so gradniki celičnih membran, pa se v zadnjih desetletjih razgrinja tudi njihov signalizacijski pomen. Bioaktivni sfingolipidi kot sporočevalci vplivajo na pestro množico celičnih dogodkov. Z vezavo na encim ali v njegovo bližino alosterično regulirajo njegovo delovanje, s tvorjenjem proteinskih kanalčkov pa omogočajo prehod proapoptotskih proteinov skozi mitohondrijsko membrano.
Zaradi hidrofobne narave so omejeni na mesto svoje sinteze – na membrano celice ali kakega membranskega celičnega organela. Tako so zmožni vplivati le na membranske proteine. Za prenos med posameznimi membranami se mora tvoriti vezikel ali pa je potreben prenašalni protein. Hidrofobno značaj omogoča gibanje flip-flop med slojema posamezne membrane, medtem ko ga hidrofilni predeli otežujejo ali celo preprečujejo.
Kopičenje posameznega sfingolipida je lahko znak porušene homeostaze v organizmu. Poškodovani encimi, ki so ključni za linearni del mreže pretvarjanj, imajo za posledico pomanjkanje sfingolipidov naprej po verigi in presežek tistih, ki so na poti do njih. V takih primerih pride do različnih obolenj.

==Nuša Brdnik - Vloga šaperonov v biogenezi encima Rubisco ==
Rubisco je eden najbolj ključnih encimov, saj katalizira reakcijo vezave CO2 na petogljični sladkor ribulozo 1,5-bisfosfat in s tem razkroj nestabilnega 6-ogljičnega intermediata na dve molekuli s tremi ogljiki. Hkrati pa je katalitično zelo neučinkovit, zato je že dolgo tarča genetskega inženirstva, saj želimo izboljšati njegovo učinkovitost in s tem optimizirati proces fotosinteze v rastlinah. Napredek na tem področju je zelo oviran, ker je rubisco močno odvisen od šaperonov in pomožnih faktorjev. Zadnje raziskave pa so razkrile mehanizme šaperonov in pomožnih faktorjev, ki so vključeni v biogenezo rubisca. Šaperonini Cpn60 zvijajo velike podenote rubisca, nato so v biogenezo vključeni faktorji RbcX, Raf1, BSD2 in Raf2. Rekombinantno izražanje rastlinskega rubisca v E. coli je bilo uspešno le z vsemi štirimi pomožnimi faktorji. Izkaže se, da vsi faktorji promovirajo oblikovanje jedrnega kompleksa velikih podenot rubisca, ampak vsak po različnih vezavnih mehanizmih. Po dokončani biogenezi rubisco aktivaza vzdržuje in popravlja funkcijo rubisca. Možnost za izboljšanje katalitične učinkovitosti predstavlja predvsem inženirstvo cianobakterijskih mehanizmov koncentriranja CO2. Natančno razumevanje vloge pomožnih faktorjev je omogočilo uspešno rekombinantno izražanje rubisca v E. coli in predstavlja podlago za nadaljnje raziskave v smeri ekstenzivne mutageneze rubisca, s čimer bi optimizirali njegovo funkcijo.

==Petja Premrl - Encimi Calvinovega cikla in GAPDH/CP12/PRK kompleks ==
Kisikovi fototrofi uporabljajo Calvinov cikel za fiksacijo CO2 in s tem sintetizirajo ogljikove hidrate. Pri reakcijah, ki si sledijo v tem ciklu, nastopata encima PRK ter GAPDH, katerih aktivnost je regulirana s proteinom CP12. V temi, ko fotosinteza ne poteka, ta dva encima Calvinovega cikla, skupaj s proteinom CP12 tvorita ternarni kompleks GAPDH/CP12/PRK. GAPDH se najprej poveže z oksidiranim CP12, da nastane binarni kompleks GAPDH/CP12. Ta kompleks pa se nato poveže še z encimom PRK, ni pa pomembno ali je slednji v reducirani ali oksidirani obliki. V tako nastalem ternarnem kompleksu sta encima inhibirana, in se aktivirata šele na svetlobi, ko se ta kompleks razdre. Nastanek tega kompleksa je reguliran s tioredoksini ter piridinskima nukleotidoma NAD/NADH ter NADP/NAPDH. Kompleks je stabiliziran z nizkimi koncentracijami NAD(H) oz. NADP(H), katere naj bi se nahajale v zatemnjenih kloroplastih ter cianobakterijah, iz česar lahko sklepamo, da je kompleks stabilnejši v temi.

==Ema Kavčič - Sinteza celične stene: vir ogljika in regulacija ==
Ogljik, ki se v procesu fotosinteze fiksira v sladkorje, se v veliki meri porabi za sintezo celične stene. Do celic, kjer fotosinteza ne poteka, ogljik potuje v obliki saharoze in lahko kot tak tudi vstopi v celico, ali pa prej razpade na heksoze. Sladkorji se v celici z encimskimi reakcijami pretvorijo v UDP sladkorje, osnovne gradnike celične stene. Celično steno sestavljajo polisaharidi. Sinteza celuloze poteka na rozetah, ki so zasidrane v membrano. Nastajajoče verige polisaharidov se med seboj povežejo v fibrilo. Sinteza hemiceluloze in pektinov poteka v Golgijevem aparatu. Njihovo sintezo katalizirajo različne glikoziltransferaze. Hemiceluloze se povezujejo s celulozo in tvorijo omrežje. Pektini vežejo vodo in tako hidrirajo steno. Sinteza celične stene je regulirana na več načinov. Kadar je na voljo malo ogljika (npr. ponoči) se ta v večjem deležu porabi za sintezo komponent celične stene. Sinteza celične stene mora biti usklajena tudi s širitvijo celice. Širitev celične stene poteka predvsem na račun privzema vode, kar se zgodi zvečer. Sinteza celične stene pa je intenzivnejša podnevi zaradi večje količine fiksiranega ogljika. Na sintezo stene vplivajo tudi drugi transkripcijski faktorji, signalne poti (npr. signal CWI), osmotski in solni stres in fosforilacjia proteinov.

== Jan Kogovšek - Karbonska anhidraza in molekularna evolucija C4 fotosinteze ==
Fotosinteza rastlinam omogoča rast, razvoj in nadaljevanje vrste, istočasno pa njeni stranski produkti omogočajo življenje ostalim organizmom. Zaradi temperaturnih in okoljskih dejavnikov, ki se razlikujejo glede na lokacijo, nekatere rastline niso sposobne preživeti v vseh okoljih, kar močno vpliva na njihovo zmožnost obstoja. Da zmanjšajo vpliv okolja na njihovo življenje, so razvile dodatne mehanizme, s katerimi preprečijo povečano izhlapevanje vode in izgubo vgrajenih ogljikovih atomov, kar se pojavi zaradi nespecifičnosti glavnega encima fotosinteze – encima Rubisco. Ta vrsta fotosinteze se imenuje C4 fotosinteza. Glavni adut teh rastlin je karbonska anhidraza, ki pretvarja CO2 v hidrogenkarbonat, ki se nato prenese v celice žilnega ovoja s kloroplasti, kjer se pretvori nazaj v CO2. To zmanjša dostop kisika do Rubisca, tako ga ta ne more porabiti, kar zmanjša fotorespiracijo, kjer rastlina izgubi ogljik, hkrati pa produkti te reakcije porabijo ogromno energije, da se pretvorijo nazaj v uporabno obliko. Znanstevnike je zanimalo, kako se je C4 razvila in če je kakorkoli povezana s C3 rastlinami. S primerjavami različnih vrst C3 in C4 rastlin so ugotovili, da nekatere izkazujejo podobne lastnosti, kar nakazuje, da izhajajo iz istega prednika. Poleg tega so raziskali tudi sestavo encimov, ki so odgovorni, da C4 fotosinteza sploh lahko poteka.

== Tina Zajec - Avtotrofna fiksacija oglijka pri mikroorganizmih ==
Poglavitni in hkrati tudi najbolj razširjen način avtotrofne vgradnje anorganskega ogljika v organske skelete predstavlja Calvin-Benson-Basshamov cikel, ki je sklopljen s svetlobnimi reakcijami fotosinteze. Poleg Calvinovega cikla, pa je pri bakterijah in arhejah, predvsem tistih, ki uspevajo v okoljih brez prisotnosti kisika in pogosto tudi brez energije sončne svetlobe prisotnih še kar nekaj dodatnih načinov asimilacije anorganskega ogljika preko sledečih metabolnih poti: reduktivni cikel citronske kisline (rTCA), 3-hidroksipropionatni bicikel (3-HP), reduktivna acetil-CoA metabolna pot (Wood-Ljungdahl metabolna pot), 3-hidroksipropionat/4-hidroksibutiratni cikel (3-HP/4-HB) in pa dikarboksilat/4-hidroksibutiratni cikel (DC/4-HB). Potek redukcijskih poti v anaerobnih pogojih je glede na porabo ATP veliko ugodnejši, končni produkt pa je v večini primerov acetat, ponekod pa tudi piruvat. V seminarju se bom posvetila predvsem podrobnejšemu opisu cikla rTCA in pa Wood-Ljungdahl poti. Reduktivni cikel TCA preko dveh karboksilacijskih reakcij s pomočjo poti, ki je pravzaprav obratna poteku Krebsovega cikla sintetizira acetat, W.L.- pot pa po linearni poti direktno asimilira dve CO2 molekuli v prisotnosti H2 prav tako v acetat. Relativna enostavnost katalitskih komponent, analognost encimov z drugimi metabolnimi potmi, predvsem pa sposobnost delovanja v anoksičnih pogojih nakazujeta na izvornost poti in možne evolucijske implikacije o razvoju avtotrofnega življenja na Zemlji.

==Pia Sotlar - Metabolizem purinov in purinergična signalizacija==
Purini in njihovi derivati sodelujejo pri številnih procesih v celicah, zato je ključno, da njihov metabolizem deluje brez napak. Poznamo dve poti ohranjanja purinskega 'bazena', de novo sintezno pot in reciklažno pot (ang. salvage pathway). De novo sinteza se običajno začne z porabo fosforibozil pirofosfata in konča, ko se producira IMP. Sinteza je sestavljena iz 10 reakcij, ki pa jih regulira samo 6 encimov, ki se zaradi bolj učinkovite sinteze povežejo v kompleks imenovan purinosom. De novo sinteza je energijsko bolj potratna kot recikažna, ki sintetizira nukleotide z recikliranjem degradiranih baz. Tudi katabolizem purinov je uravnan proces, ki vodi do končnega produkta, sečne kisline. Motnje lahko povzročijo prekomerno odlaganje urata (sol sečne kisline) v sklepih in tkivih, kar imenujemo hiperurikemija ter vodi do bolezni imenovane protin, pri kateri se sklepi vnamejo. Purini pa imajo lahko poleg na primer sinteze DNA, še dodatno vlogo. Predstavljajo namreč ligand, ki se veže na tako imenovane purinoreceptorje, ki jih delimo na P1 in P2 receptorje. V splošnem so P1 receptorji vključeni v protivnetni odziv, P2 pa v provnetni odziv in ker jih najdemo v skoraj vseh tkivih, predstavljajo potencialno možnost za zdravljenje številnih bolezni z njihovimi agonisti in antagonisti. To sta na primer alzheimerjeva bolezen in protin.

==Mark Loborec - Cirkadiana regulacija metabolizma lipidov==
Organizmi imajo v sebi tako imenovano notranjo uro. Ta ura vzdržuje cirkadiani ritem, to je ritem, ki se ponavlja na približno 24 ur. Ta je odgovoren za regulacijo mnogih celičnih procesov, med njegovimi pomembnejšimi vlogami pa je regulacija metabolizma lipidov. Cirkadiani ritem se po celem telesu vzdržuje s pomočjo glavne ure, ki se nahaja v SCN. Ta nato z regulacijo telesne temperature, kortizola in melatonina lahko neposredno vpliva na notranje ure v drugih tkivih, lahko pa nanje vpliva tudi posredno, s spreminjanjem vzorca spanja in prehranjevanja. Ob svetlobnem dražljaju se sproži signalna kaskada, ki pripelje do tvorbe kompleksa BMAL1/CLOCK. Ta nato z promoviranjem in represijo različnih genov povzroči ciklično izražanje proteinov cirkadianega ritma. Te proteini nato vplivajo na izražanje proteinov, ki so odgovorni za metabolizem lipidov. Veliko proteinov, ki so cirkadiano regulirani, je ključnega pomena pri sintezi, razgradnji, skladiščenju ali transportu lipidov. Zanimivo pa je izražanje cirkadianosti proteinov različno od tkiva do tkiva. Spremembe v cirkadianem ritmu ali njegove okvare lahko vodijo do različnih bolezenskih stanj, najpogosteje debelosti. Mehanizmi cirkadiane regulacije še niso povsem raziskani, a vemo, da so ključnega pomena za normalno delovanje organizma.

==Ana Kastelic - Prolaktin in diferenciacija mlečnih žlez med nosečnostjo in dojenjem==
Žensko telo se že veliko pred rodnim obdobjem pripravlja na sprejem in preživetje potomcev. Sesalci so veja toplokrvnih vretenčarjev, ki jim je skupno to, da je preživetje zaroda odvisno od materinega mleka. Struktura mlečnih žlez pa tudi sestava mleka je med sesalci precej dobro ohranjena, kljub temu pa sta vodilni hormon prolaktin in njegov receptor PRLR vrstno specifična, ker pomeni, da se npr. prolaktin iz primatov ne more vezati na človeški receptor za prolaktin. Specializacija celic, ki sodelujejo pri dojenju, se začne že v embironalnem razvoju, nadaljuje med adolescenco in doseže višek med nosečnostjo in aktivnim dojenjem. Ob prenehanju dojenja se tkivo povrne v prednosečniško stanje, lahko pa se ob ponovni nosečnosti zopet preoblikuje. V večini procesov diferenciacije je vodilni hormon prolaktin, sodeluje pa tudi veliko drugih hormonov. Specializacija tkiva za laktacijo pa ni njegova edina vloga, odgovoren je tudi za sintezo in vzdrževanje mleka, sintezo lipidov, postopen propad tkiva ob prenehanju dojenja in drugo. Prolaktin je pleotropični hormon in sodeluje v veliko signalnih poteh, deluje lahko tako ekso-, kot para- in endokrino. Izloča se iz hipofize in deluje na mlečne žleze (pa tudi druga tkiva). V mlečnih žlezah sproži kaskado reakcij, ki vodijo bodisi v diferenciacijo in specializacijo celic mlečnih žlez, ali pa v tvorbo mleka.

==Metka Rus - Regulacija lipidnega metabolizma v jetrih s hormoni ščitnice ==
Hormonska regulacija med drugim koordinira metabolne procese v različnih tkivih. Ena od hormonalinih žlez je ščitnica ki primarno izloča hormona T3 in T4, ki sta derivata tirozina. T3 je veliko bolj aktivna oblika, zato se T4 navadno ob vstopu v ciljno celico pretvori v T3 s pomočjo encima dejodaze. S hormonom T3 pa se v jetrih regulira tako de novo lipogeneza kot β-oksidacije. Hormon v osnovi vpliva na transkripcijo proteinov potrebnih v omenjenih procesih, vplivajo pa tudi na prenos maščobnih kislin v jetra, razgradnjo prehranskih maščob, izdelavo VLDL in LDL, regulirajo pa tudi sintezo holesterola in bolj kompleksnih lipidov. V zadnjem času pa se pojavlja vse več dokazov da regulacija ni le transkriptivna ampak vpliva tudi direktno na delovanje določenih proteinov. Reguliranje hormonov ščitnice je potencialen način zdravljena različnih bolezni lipidnega metabolizma kot sta na primer hiperholesterolemija in nealkoholna maščobna jetrna bolezen. Za obe se v zadnjem času razvijajo oblike zdravljenja ki temeljijo na regulaciji izražanja ali delovanja ščitničnih hormonov, sploh pa na razvoju analogov T3 s specifičnimi funkcijami.

==Gašper Možina - Učinki alkohola na jetrni metabolizem lipidov ==
Jetrna presnova lipidov je zaporedje kompleksnih procesov, ki nadzorujejo dotok in iztok hepatičnih in eksogenih lipidov. Homeostaza toka lipidov je strogo nadzorovana z izražanjem metaboličnih proteinov, oskrbo s substratom, oksidacijo in izločanjem. Ti procesi ohranjajo jetrne lipidne zaloge relativno konstantne, vendar pa lahko motnje katerega koli od njih povzročijo kopičenje lipidov v jetrih. Etanol je edinstven med toksini, saj moti skoraj vse vidike presnove lipidov v jetrih. Ta kompleksen odziv je deloma posledica velikih presnovnih potreb, ki jih od organa zahteva etanol, vključuje pa tudi bolj raznolike spremembe v izražanju in oskrbi s substrati. Etanol zviša vnos maščobnih kislin v hepatocitih, slabša njihovo oksidacijo, promovira de novo lipogenezo in skladiščenje lipidov, zavira izvoz oz. izločanje lipidov ter inhibira katabolizem maščobnih kapljic. Boljše in natančnejše razumevanje mehanizmov, s katerimi alkohol povzroča steatozo in naprej tudi težje oblike alkoholne jetrne bolezni, je ključno za zdravljenje in preprečevanje napredovanja bolezni.

==Kostadin Mitkov - Heme biosynthesis and congenital erythropoietic porphyria ==
The heme biosynthetic pathway is consisted of eight enzyme catalyzed steps in the conversion of glycine and succinyl-coenzyme A to heme, each step catalyzed by a different enzyme. A mutation or a deficiency of each of those enzymes results in a specific metabolic disorder also known as porphyria. Porphyrias are classified as either hepatic or erythropoietic, according to whether the excess production of porphyrin precursors and porphyrins occurs primarily in the liver or in the erythron. Congenital erythropoietic porphyria (CEP) is an erythropoietic porphyria and has a distinct phenotype and typically presents with significantly more severe cutaneous involvement and debilitating complications than the other erythropoietic porphyrias. The clinical spectrum of CEP depends on the level of residual uroporphyrinogen III synthase (UROS) activity, which is determined by the underlying pathogenic loss-of-function UROS mutations. The clinical characteristics of CEP include exquisite photosensitivity to visible light, resulting in bullous vesicular lesions which, when infected lead to progressive photomutilation of sun-exposed areas such as the face and hands. Because of the photosensitivity this disease is often referred to as ‘vampire disease’. Hemolysis is also always present and that’s why patients are transfusion-dependent throughout their life. The only curative approach is bone marrow or hematopoietic stem cell transplantation, otherwise management of CEP consists of strict avoidance of exposure to visible light which leads to a very restricted social and family life.

==Ela Kovač - Aminokislinska regulacija skeletnih mišic ==
Aminokisline so osnovni gradniki proteinov in v telesu imajo funkcijo prehranskih, senzoričnih in bioloških regulatorjev. Skeletne mišice spadajo med največje organe v človeškem telesu in predstavljajo približno 40 % celotne telesne mase. V njih poteka metabolizem aminokislin z razvejano verigo (BCAA), med katere sodijo levcin, izolevcin in valin. Med vzdržljivostno telesno vadbo se poveča izražanje peroksisom proliferator-aktiviranega receptorja-gama koaktivatorja 1α (PGC1α), ki aktivira metabolizem BCAA in ima ključno vlogo pri uravnavanju termogeneze, mitohondrijske biogeneze, oksidacije maščobnih kislin in razvoju srca. Za sintezo proteinov so ključni levcin, arginin in β-hidroksi-β-metilbutirat (HMB), saj aktivirajo mTORC1 (ang. the mammalian target of rapamycin complex 1), ki spodbudi sintezo proteinov. Pomemben metabolit levcina je β-aminoizobutironska kislina (BAIBA), ki nastaja v skeletnih mišicah med telesno vadbo. Njene glavne funkcije so povečana poraba energije z aktivacijo β-oksidacije hepatičnih maščobnih kislin, spodbujanje porjavitve belega maščevja in preprečevanje ateroskleroze. Pomemben metabolit pa je tudi 5-aminolevulinska kislina (5ALA), saj igra pomembno vlogo pri biosintezi hema in regulaciji metabolizma glukoze v skeletnih mišicah. Ugotovljeno je bilo, da lahko vnos 5ALA v telo v obliki prehranskega dodatka zmanjša hiperglikemijo, pomaga preprečevati nastanek diabetesa tipa 2 in izboljša delovanje skeletnih mišic. Ob staranju se v skeletnih mišicah znižuje nivo različnih metabolitov, med njimi tudi β-alanina, zato je pri ljudeh srednjih let priporočljiv njegov vnos v obliki prehranskega dodatka.

==Ivana Vukšinić - Vloga bilirubina kot signalne molekule ==
Bilirubin, znan tudi kot rumeni žolčni pigment, je končni produkt katabolne poti razgradnje hema, pri kateri sodelujeta encima hem oksigenaza (HMOX) in biliverdin reduktaza (BLVR). Velja za enega najučinkovitejših antioksidantov v naravi, saj je zmožen nevtralizacije 10.000-krat višje znotrajcelične koncentracije H2O2. V zadnjem času so nove raziskave pokazale, da imajo bilirubin, njegov prekurzor biliverdin ter omenjena encima (skupaj imenovani “rumeni igralci” oz. “yellow players” - YPs) pomembno preventivno vlogo pri zaščiti pred boleznimi, za katere je značilno kronično prooksidativno stanje, npr. pri nevrodegenerativnih in kardiovaskularnih boleznih ter diabetesu. Posamezniki z rahlo povišano sistemsko koncentracijo bilirubina imajo manjše tveganje za razvoj teh bolezni, kar pomeni, da bi induciranje aktivnosti t.i. “rumenih igralcev” lahko predstavljalo nov terapevtski pristop za zdravljenje teh bolezni. Da bilirubin sploh lahko izkazuje tako obsežne in močne učinke, kot mu jih pripisujejo, mora imeti možnost vplivanja na celične signalne poti in na sisteme za transkripcijo genov. V seminarski nalogi so predstavljena najnovejša odkritja, ki prikazujejo bilirubin v tej povsem novi luči – kot pomembo signalno molekulo, ki je zmožna aktivirati različne jedrne in citoplazemske receptorje, s čimer posnema endokrino delovanje hormonov.

==Nataša Vujović - Glutamine metabolism and its role in cardiomyocytes ==
Glutamine is a unique amino acid involved in many biochemical reactions regarding energy generation and nucleotide biosynthesis. It is the most abundant amino acid in the human bloodstream and it is involved in processes that use it for its γ-nitrogen, α-nitrogen or the carbon skeleton. It can be converted to α-ketoglutarate which is a key component of the tricarboxylic acid cycle. Glutamine is engaged in glutathione production that functions as an antioxidant in redox balance. It also has a role in epigenetic regulation and as a mTor signal. Cardiovascular disease (CVD) is a major cause of mortality. Glutamine makes up much to 40% of the free amino acid pool in heart muscle and it has a fundamental role in cardiac metabolism. Cardiomyocytes are the genuine cardiac muscle cells that make up the muscular walls (myocardium) of blood vessels. Glutamine has a protective role in a variety of pathological circumstances in the heart such as ischemia damage sepsis-induced heart attacks and heart failure. It increases the protection against heat shocks in proliferating cells and cardiomyocytes. Pharmacological treatment shows promise in improving heart function via glutamine metabolism regulation and findings in this area could help develop potential therapies for cardiovascular diseases.

==Ana Maučec - Vloga deiodinaz pri homeostazi tiroidnih hormonov ==
Tiroidni hormoni imajo zelo številne in raznolike učinke na večino celic v človeškem telesu, med drugim so pomembni za uravnavanje energijskega metabolizma, rasti in diferenciacije. Za optimalne koncentracije tiroidnih hormonov v krvi skrbita dva glavna sistema : HPT-os, ki je regulirana z negativno povratno zanko in encimi deiodinaze. Joditironin deionidaze so encimi, ki uravnavajo tako serumske kot tudi znotrajcelične količine aktivnega hormona trijodotironina z regioselektivno dejodizacijo T4. Znane so tri različne jodotironin deiodinaze; to so DIO1, DIO2 in DIO3. Vsem je skupno, da imajo v katalitičnem mestu pomembno in v proteinih redko zastopano aminokislino selenocistein, a so njihovo delovanje, katalične sposobnosti in zastopanost v tkivih različni. Izražanje teh encimov v tkivu je odvisno od vrste tkiva in trenutnih potreb organizma. Intracelularno lahko z deiodinazami pride do t. i. aktivacijske oz. deaktivacijske poti. Pri aktivacijski poti pride do odstranitve joda iz zunanjega, fenolnega obroča in tako iz T4 nastane biološko aktiven T3 ali iz T3 nastane 3, 5- T2 . Pri deaktivacijski poti pa encimi odstranijo atom joda iz notranjega obroča; iz T4 nastane rT3 (3,3′, 5′-trijodotironin, neaktivna oblika hormona) in iz T3 nastaneta 3, 3′- T2 in 3′,5′- T2. To celici omogoča, da natančno regulira izražanje specifičnih genov, ki pripeljejo do želenega fiziološkega učinka.

==Maj Priveršek - Sinteza in transport dopamina v presinaptičnem nevronu ==
Dopamin je eden izmed pomembnejših nevrotransmitorjev. Nepravilnemu delovanju sistemov za uravnavanje dopamina se pripisujejo mnoga bolezenska stanja, kot so Parkinsonova bolezen, shizofrenija, motnja aktivnosti in pozornosti (ADHD) in tudi depresija. Dopamin se sintetizira iz esencialne aminokisline fenilalanina v treh oz. iz tirozina v dveh korakih. Koncentracijo dopamina v sinaptični špranji uravnavata transmembranski transporter dopamina (DAT) in vezikularni monoaminski transporter 2 (VMAT2). DAT predstavlja primarni mehanizem za odstranjevanje zunajceličnega dopamina, njegova kinetika pa je odgovorna za časovno in prostorsko dinamiko dopamina na postsinaptičnem nevronu. VMAT je protein iz družine SLC18 transporterjev in je zadolžen s pakiranjem dopamina (in v splošnem monoaminov) v sekretorne vezikle. Za pravilno kompartmentalizacijo in časovno regulacijo nivojev dopamina skrbita tako DAT kot VMAT2, ki pravzaprav delujeta drug drugemu nasprotujoče. Na izražanje in delovanje DAT in VMAT2 vplivajo tudi nekatere droge kot so kokain in nekateri fenetilamini (D-amfetamin, MDMA in metamfetamin). Uravnavanje dopamina je še posebej pomembno, saj dopamin izkazuje mnoge nevrotoksične lastnosti. Citosolni dopamin lahko toksičnost povzroča na dva načina: z deaminacijo s pomočjo mitohondrijske monoamin oksidaze ali preko avtooksidacije, pri čemer se tvorijo mnoge reaktivne kisikove zvrsti.

==Špela Sotlar - Funkcija in regulacija leptina ==
Leptin je hormon, sintetiziran iz 146 aminokislin. Njegova sinteza poteka v adipocitih, po sistemu pa se prenaša po krvi. Primarno vpliva na oreksigene in anoreksigene nevrone v centralnem živčnem sistemu. Oreksigeni nevroni nam spodbudijo potrebo po hrani in zmanjšajo porabo energije, anoreksigeni pa obratno. Leptinski receptorji (LepR) spadajo v družino heličnih citokinskih receptorjev. Ločimo šest izoform (LepRa, LepRb, LepRc, LepRd, LepRe, LepRf). Vse izoforme imajo enako zunajcelično in transmembransko domeno (razen LepRe), toda le LepRb ima dolgo citosolno domeno, ki lahko sproži transkripcijo genov. LepRe ima le zunajmembransko domeno in deluje kot topni receptor. Signalizacija LepRb poteka po JAK2/STAT3 poti. Mutacije na leptinskem receptorju so redke, njihova posledica pa je prenajedanje, prekomerna telesna teža in hipogonadizem. Mutacije na leptinu vodijo do podobnih zdravstvenih obolenj, vendar se mišim ob zdravljenju z injekcijo leptina zdravstveno stanje izboljša. Poleg vpliva, ki ga ima leptin na apetit in energetsko homeostazo, velja povedati, da leptin lahko vpliva tudi na druge sisteme v telesu. Tako so miši, ki imajo okvarjen gen za leptin neplodne, kar kaže na vpliv leptina v reprodukcijskem sistemu. Zaradi prisotnosti leptinskih receptorjev na celicah imunskega sistema lahko leptin vpliva tudi na naše zdravje. Kljub temu je o leptinu in njegovi vlogi v organizmu še veliko nepojasnjenega.

==Pia Trošt - Metabolizem vitamina D in njegova funkcija pri rakavih obolenjih ==
Vitamin D je skupina v maščobi topnih sekosteroidnih prohormonov in obstaja v dveh glavnih izooblikah: vitamin D2 (ergokalciferol) in vitamin D3 (holekalciferol). Vitamin D lahko pridobimo iz prehrane živalskega ali rastlinskega izvora ter iz sinteze v koži. Ne glede na vir, pa se vitamin D najprej prenese v jetra, kjer se prične pretvorba ergokalciferola in holekalciferola (neaktivni obliki) v kalcitriol, ki je aktivna oblika vitamina D. Kalcitriol lahko v tarčnih celicah inducira genomsko ali negenomsko regulacijo, ki vodita do celične proliferacije in diferenciacije, transporta kalcija in nekaterih imunskih odzivov. Mehanizem aktivacije vitamina D lahko poteka po dveh poteh: klasični in alternativni. Klasična pot se začne v jetrih s pretvorbo vitamina D v kalcidiol, nato pa sledi pretvorba v kalcitriol v ledvicah. Pri alternativni poti pa dobimo iz vitamina D veliko število metabolitov, ki opravljajo podobno vlogo kot kalcitriol. Raziskave kažejo, da ima vitamin D protitumorne učinke, ki se kažejo kot antiproliferacija, indukcija apoptoze, stimulacija diferenciacije, protivnetni učinki in inhibicija metastaze. Mnogi metaboliti, ki nastanejo po alternativni poti presnove vitamina D imajo protirakavo delovanje, primerljivo z delovanjem kalcitriola, z manjšim kalcemičnim učinkom. Torej, bi lahko z nadaljnimi raziskavami aktivacija signalizacije vitamina D postala obetavna strategija za preprečevanje in zdravljenje številnih vrst raka.

==Teja Spruk - Maščobno tkivo in adipociti v patogenezi metaboličnega sindroma ==
Debelost oziroma prekomerna telesna teža je v današnjem času vse večji problem. Posledica debelosti je tudi metabolični sindrom, katerega glavna lastnost je inzulinska rezistenca. Pri njej gre pravzaprav za kopičenje maščobnega tkiva, ki ga delimo na belo in rjavo maščevje. Glavna funkcija belega maščevja je skladiščenje in sproščanje lipidov. Deli se na podkožno in visceralno maščobo. Rjavo maščevje pa proizvaja termogenin, ki omogoča termogenezo oziroma preoblikovanje protonske energije v toploto. Maščobno tkivo na metabolizem vpliva s številnimi adipokini oziroma peptidnimi hormoni. Glavna predstavnika teh sta leptin in adiponektin. Učinek leptina je zaviranje apetita in povečanje porabe energije, adiponektin pa poveča občutljivost na inzulin in izboljša metabolizem glukoze in lipidov. Poleg hormonov pa maščevje izloča tudi razne rastne faktorje in signalne lipide ter mikroRNA, ki imajo tudi svoj vpliv na metabolizem. Maščobno tkivo je torej zelo pomembno pri ohranjanju energijske homeostaze, zato v njem obstaja velik potencial za zdravljenje z metabolizmom povezanih bolezni, kot so diabetes tipa 2 in metabolični sindrom.

==Maja Deutsch - Mehanizmi delovanja tiroidnih hormonov ==
Tiroidni hormoni T3 in T4 so esencialni za ustrezen razvoj in delovanje celic, saj vplivajo na sintezo proteinov, stimulirajo metabolizem vitaminov ter regulirajo metabolizem maščob in ogljikovih hidratov. Njihova sinteza poteka na žlezi ščitnici in je odvisna od količine absorbiranega joda, samo koncentracijo pa uravnava ščitnico spodbujajoči hormon tirotropin. Tiroidni hormoni svoje funkcije uravnavajo s pomočjo receptorja tioridnih hormonov, katerega zapis se nahaja na dveh genih α in β, ki zaradi posttranslacijskega zlepljenja ustvarita številne izoforme, le-ti pa specifično vplivajo na razvoj živčevja in metabolno regulacijo. Njihov prenos skozi membrano poteka s pomočjo organskih anionskih transporterjev in družine monokarboskilatov, kjer se s pomočjo encimov dejodinaz zgodi transformacija prohormona T4 v T3. Poleg tiroidnih hormonov samih so pomembne tudi interakcije hormonov s kofaktorji kot sta npr. korepresor NCoR in koaktivator SRC1. Kakršne koli mutacije genov α in β lahko povzročijo številne bolezni kot je odpornost proti tiroidnim hormonom, povezane pa so tudi s povzročitvijo tiroidnega raka, ščitničnim tumorjem in rakom črevesja.

BIO2 Seminar 2021

2021-11-24T05:50:40Z

Mdeutsch: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''priimek, ime'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Valte, David||12||Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Kolar, Alliana||12||Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Glavnik, Hana||12||S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Štefan, Urša||12||Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Špehar, Pia||12||Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Urh, Tina||12|| Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti kot tarča zdravljenja ||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Rotar, Andraž||12||Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Starc, Gaja||12||Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Resnik, Katja||12||Signalna omrežja, ki povzročajo raka||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Bohte, Janja||14-15||Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Miklošič, Maja||14-15||ni opravila||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kovačić, Marko||14-15||Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kolbl, Karidia||14-15||Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kos Thaler, Nuša||14-15||Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Ažbe, Klara||16||Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Jerič, Sara||16||Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na metiliranje histonov in DNA ter posledično na proces staranja||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Mencin, Pia||16||Akonitaza in njena vloga v celici||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Weingerl, Zarja||16||Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Kartal, Ena||16||Metabolizem lipojske kisline in mitohondrijska redoks regulacija||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Struna, Gašper||17||||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Zevnik, Urša||17||Genetske napake mitohondrijske oksidacije maščobnih kislin in karnitinskega transporta||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Peternel, Neža||17||Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin s prehrano in telesno vadbo||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Vidmar, Nik||17||Delovanje in pomen ketonskih telesc pri sladkorni bolezni||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Trebušak, Jan||18||Vloga karbamoil fosfat sintetaze||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kores, Lana||18||Urinska bolezen javorjevega sirupa (MSUD)||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Razdevšek, Miha||18||Motnje katabolizma glicina||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Javeršek, Tina||18||Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kočman, Klara||18||||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Jošt, Lev||19||||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Razboršek, Klara||19||Regulacija apoptoze v zdravju in bolezni: uravnoteženo delovanje BCL-2 proteinov ||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Rapuš, Špela||19||||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Mencigar, Maša||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Ivošević, Vanja*gg||19||||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Kogovšek, Jan||20||Karbonska anhidraza in molekularna evolucija C4 fotosinteze||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||||||
|-
| Brdnik, Nuša||20||Mehanizmi šaperonov encima Rubisco||Kores, Lana||Jerič, Sara||||||
|-
| Premrl, Petja||20||||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||||||
|-
| Kavčič, Ema||20||Zaloga ogljika in regulacija sinteze celične stene||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||||||
|-
| Zajec, Tina||20||Morski organizmi - načini avtotrofne fiksacije ogljika razen Calvinovega cikla||Kočman, Klara||Kartal, Ena||||||
|-
| Žnidar, Žan||21||||Jošt, Lev||Struna, Gašper||||||
|-
| Rus, Metka||21||||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||||||
|-
| Loborec, Mark||21||||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||||||
|-
| Kastelic, Ana||21||||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||||||
|-
| Možina, Gašper||21||||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||||||
|-
| Sotlar, Pia||22||||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||||||
|-
| Mitkov, Kostadin||22||||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||||||
|-
| Vukšinić, Ivana||22||Vloga bilirubina kot signalne molekule||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||||||
|-
| Kovač, Ela||22||Aminokislinska regulacija skeletnih mišic||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||||||
|-
| Vujović, Nataša||22||||Zajec, Tina||Kočman, Klara||||||
|-
| Sotlar, Špela||23||||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||||||
|-
| Trošt, Pia||23||||Rus, Metka||Razboršek, Klara||||||
|-
| Maučec, Ana||23||Vloga tiroidnih hormonov v kraniofacialnem razvoju||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||||||
|-
| Priveršek, Maj||23||||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||||||
|-
| Spruk, Teja||23||||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||||||
|-
| Deutsch, Maja||23||Mehanizem delovanja tiroidnih hormonov||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||||||
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020 Povzetki seminarjev

2020-03-17T07:53:24Z

Mdeutsch:

=== Anna Scott: Notting Hill ===
William Thacker (Hugh Grant) is a London bookstore owner whose humdrum existence is thrown into romantic turmoil when famous American actress Anna Scott (Julia Roberts) appears in his shop. A chance encounter over spilled orange juice leads to a kiss that blossoms into a full-blown affair. As the average bloke and glamorous movie star draw closer and closer together, they struggle to reconcile their radically different lifestyles in the name of love.

=== Sara Golob: Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni ===

Pri Alzheimerjevi bolezni pride do padca kognitivnih funkcij, kot so spomin, govor, pozornost, učenje, itd. Razvije se zaradi različnih dejavnikov, ki so lahko dedni ali okoljski. Eden od okoljskih dejavnikov je okužba z virusom Herpes simpleks tip 1. Ta povzroči večje izražanje ε4 alela apolipoproteina E, ki povzroča nalaganje Tau proteina in amiloida beta, ki sestavljata senilne plake pri Alzheimerjevi bolezni. To povezavo so odkrili s protitelesi proti virusu Herpes simpleks tipa 1 ter preko lizosomske okvare, zaradi katere pride do nalaganja amiloida beta v možganih. Dokazana je bila tudi povezava med Alzheimerjevo boleznijo in drugimi boleznimi (epilepsija, demenca, shizofrenija, fibromialgija, demenca), pri katerih je opazna kognitivna disfunkcija. Pri bolnikih z epilepsijo so odkrili amiloidne plake, ki so značilni za Alzheimerjevo bolezen, zaradi česar je večja verjetnost, da oboleli za epilepsijo zbolijo še za Alzheimerjevo boleznijo in obratno. Herpes simpleks virus redko povzroča tudi akutni encefalitis, katerega posledica so epileptični napadi, izguba spomina in spremembe v vedenju. Zato znanstveniki menijo, da je povezava med epilepsijo in Alzheimerjevo boleznijo tudi v apolipoproteinu E.

=== Ena Kartal: Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije ===
Čeprav je bila vzpostavljena povezava med kroničnim vnetjem in nevrodegenerativnimi boleznimi, je bilo veliko odprtih vprašanj v zvezi s tem, kako celično staranje, proces, pri katerem celice, ki se nehajo deliti pod stresom, izločijo mešanico vnetnih beljakovin, vplivajo na te patologije. Raziskovalci poročajo, da staranje v astrocitih, ki je najbolj razširjena vrsta celic v možganih, vodi do škodljive '' ekscitotoksičnosti '' na kortikalnih nevronih, ki so vključeni v spomin.In pri tem pride do Alzheimerjeve bolezni,ki je najpogostejši vzrok demence pri starejših, je nepopravljiva, napredujoča možganska motnja, ki ubija možganske celice in postopoma uničuje spomin.

=== Lenka Stanković: Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 ===

Karakteristika raka je njegova sposobnost spodbujanja angiogeneze, oziroma tvorba novih krvnih žil. Angiogeneza prispeva k rasti in napredovanju tumorja z induciranjem in vzdrževanjem kislega / hipoksičnega in imunosupresivnega okolja. Krvne žile v rakih so pogosto nefunkcionalne in omejujejo promet s T-celicami. Odkritje angiogenih zaviralcev naj bi pripomoglo k zmanjšanju umrljivosti zaradi karcinomov. Tukaj prikazujemo, da imunoterapija proti CD40 poveča tumorsko infiltracijo CD8+T, vendar regresijo tumorja dosežemo močneje, če anti-CD40 kombinirano z dvojno blokado Ang2 in VEGFA. Kombinacija anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonističkih protiteles proti anti-CD40 omogoča zavrnitev tumorjev pri sintetičnih modelih tumorjev. Proučevali so odzive tumorjev na anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonistična protitelesa proti CD40 v različnih modelih mišjega raka. V raziskavi so pokazali, da kombinacija agonističnih protiteles CD40 z dvojno blokado VEGFA/Ang2 povečuje protitumorski odziv v modelnih raka miši s pomočjo sinergistične regulacije genov in indukcije imunskega permisivnega mikrookruženja tumorja, za katero je značilno provnetno (M1 podobno) aktivacijo makrofagov, vaskularno normalizacija ter izboljšanja infiltracije in prostorska lokalizacija efektorskih T-celic. T-celice pošljejo signale drugim vrstam imunskih celic, vključno s citotoksičnimi T celicami CD8+. Citotoksične T-celice, znane tudi kot CD8 + T-celice, izražajo svoje TCR, ki jih spremlja glikoprotein CD8. CD8 + T-celice so povezane z učinkovitim ubijanjem rakavih celic: med antigensko specifično aktivacijo afiniteta med CD8 glikoproteinom, izraženim s celico CD8 + T, in molekulo MHC razreda I, izraženo z rakavo celico, ohranja obe vrsti celic skupaj. Tesna vezava T celic in rakavih celic skozi kompleks CD8 / TCR in kompleks antigen / MHC-I povzroči, da celice CD8 + T izločajo perforin in grancime, kar vodi v lizo rakavih celic.

=== Nika Tomsič: Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije ===
Po oceni World Health Organisation- World malaria report 2019 je v letu 2018 bilo 228 milijonov primerov malarije. Sladkor je glavni vir energije parazita, zato je razumevanje presnove sladkorjev pomembna tema, ki bi lahko predstavljala pomoč pri sestavljanju zdravil in izrivanju tega parazita. Glavna razlika v presnovi sladkorjev med parazitom in drugimi organizmi je prenašalec, ki sladkorje prenaša v celico. Za to je odgovoren šeskotni prenašalec PfHT1, ki je sposoben transportirati bodisi glukozo kot fruktozo. Strukturno pa je zelo podoben prenašalcem človeške celice GLUT. Prenašalec obsega 12 transmembranskih vijačnic, ki tvorijo osrednjo pot za vstop glukoze. Ključni del proteina pa predstavljajo izrastki ki delujejo kot receptorji za sladkorje. Sladkorne prenašalce še nadaljnjo stabilizirajo solne medcelične povezave. Druga velika razlika med PfHT1 in drugimi prenašalci je brez dvoma način odpiranja in zapiranja prenašalca, saj ni sestavljenen samo iz treh običajnih stanj (odprto navznoter, zaprto, odprto navznoter), temveč ga zaznamujejo še dve vmesni stanji (zaprto navznoter in zaprto navzven, angl. inward–occluded in outward-occluded). Nadaljnjo raziskovanje bi torej lahko omogočilo razvoja novih antimalaričnih zdravil, ki blokirajo uvoz sladkorja in zastrašujejo parazita do smrti oz. razvoja novih zaviralcev, ki so bolj specifični za blokiranje funkcije PfHT1, ne da bi pri tem vplivali na transport sladkorja v človeških celicah.

=== Maša Mencigar: Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem ===
Apoptotske celice v telesu lahko nadzorujejo imunski sistem in preprečijo nezaželene imunske odzive na telesu lastna tkiva oziroma celice. Avtoimune bolezni so kronične, neozdravljive in predstavlajo velik zdravstven problem, saj bolniki trpijo, hkrati pa povzročajo velike stroške. Znanstveniki iz nemškega centra za raziskave rakavih bolezni (DKFZ - Deutsches Krebsforschungszentrum; angl: German Cancer Research Center) so našli receptor na imunskih celicah miši, ki aktivira ta zaščitni mehanizem in prepreči nevarne avtoimunske reakcije. Ta receptor se imenuje dektin-1, ki ima dvojno vlogo, saj veže beta-glukane in aksin proteine. Pomankanje dektina-1 vodi do simptomov avtoimunih bolezni šele proti koncu življenske dobe. Ključna pa je povezava med encimom NAHPH oksidazo-2 in dektinom-1, zato imajo ljudje, ki nimajo tega encima avtoimune bolezni.

=== Ema Kovačič: Izpostavljenost ploda materini mikrobioti ===
Študija o prehodu materine mikrobiote skozi placento pri otrocih, ki so se rodili s carskim rezom prezgodaj in normalno. Mamam so vzeli brise iz različnih delov telesa, otrokom pa takoj po rojstvu vzorce iz ustne votline in mekonija. Imunski sistem pri otrocih se razvije že v prenatalnem obdobju. Našli so DNK nekaterih bakterij v posteljici, plodovnici in mekoniju, kar kaže, da se zarodek spopade z bakterijami že v prenatalnem obdobju. Odkritje bakterijskih zapisov v materničnem okolju nakazuje na koesistenco mehanizmov za kontorolo izpostavljenosti pri plodu in materini mikrobioti.

=== Zala Puklavec: Globoko učenje void do odkritja novih antibiotikov===
Zaradi naglega pojava bakterij, ki so odporne na antibiotike, raste potreba po odkritju novih antibiotikov. Zato so naučili globoko nevronsko mrežo napovedati molekule, ki imajo antibakterijske lastnosti. S tem računalniškim modelom so odkrili, da ima halicin (c-Jun N-terminal kinase inhibitor SU3327) zelo močne antibakterijske lastnosti. Nadaljni eksperimenti so pokazali, da deluje na drugačen način kot večina antibiotikov. Za razliko od ostalih je halicin proti E.coli bakteriociden, ne le bakteriostatski. Testirali so ga tudi na bakterijah, za katere po mnenju Svetovne zdravstvene organizacije najnujneje potrebujemo neko obliko zdravljenja, in proti veliki večini je deloval zelo uspešno. Z daljšo izpostavljenostjo E.coli halicinu so poskušali izolirati mutantske celice, ki so razvile odpornost nanj, vendar jim ni uspelo, kar kaže na to, da te odpornosti ni možno ali pa se vsaj veliko težje razvije. Z še nekaj eksperimenti pa so prišli do zaključka, da halicin disipatira transmembranski pH potencial in najverjetneje veže Fe3+ pred pH disipacijo in povezavo z membrano.

=== Martin Stanonik: De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc===
Odkrivamo vedno več proteinov, ki so nastali iz de novo genov. To pomeni, da so se kodirali iz nekodirajočih delov DNA, kar velja za redek proces. V laboratorijskih poskusih je preveliko izražanje teh nastajajočih genov omogočalo boljše delovanje celice v primerjavi z prevelikim izražanjem že vzpostavljenih genov in motenje tega procesa ni vplivalo na delovanje celice. za osebek so uporabili kvas, saj glive kvasovke vsebujejo najboljše lastnosti za izražanje genov.To prikazuje velik potencial, še posebej za timinsko bogate sekvence za izdelavo transmembranskih proteinov. Iz kombinacij različnih analiz je bil predlagan nov model genskega nastanka. Ta odkritja, bi lahko omogočala nov način izdelave polipeptidov, ki nastanejo iz teh, de novo, delov DNA.

=== Klara Kočman: Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 ===
Koronavirusi so veliki, pozitivni RNA virusi. Okuženost z virusom lahko opazimo z značilni simptomi kot so vročina, kašelj in pomanjkanje zraka. Najnovejši tip koronavirusa, SARS-CoV-2, tudi 2019-nCoV, se je prvič pojavil 31. decembra 2019 v mestu Wuhan na Kitajskem. Transport virusa s človeka na človeka je pogost pri telesnih stikih z bolnikom. SARS-CoV-2 primerjajo z virusama MERS-CoV in SARS-CoV. Na podlagi celotne analize genoma in proteinov je virus bližje SARS-CoV kot MERS-CoV, saj obstaja več kot 90% genetska podobnost s SARS-CoV, medtem kot je s MERS-CoV-jem neznatna. Genom virusa SARS-CoV-2 je sestavljen iz približno 30 kilobaz, ki jih kodira več strukturnih in nestrukturnih proteinov. S SARS-CoV si je podoben po dolžini genoma ter podobnem mehanizmu vstopa v celico ter uporabi celičnih receptorjev (ACE2). Glikoprotein ACE2 se nahaja na površini membrane in je pomemben za vezavo receptorjev gostiteljskih celic in gostitelja. Transmembranski proteini virusa se vežejo na človeško celico preko receptorjev ACE2 (encim za pretvorbo angiotenzina 2). Med 120 sekvencami virusa SARS-CoV-2 ni bila zanana niti ena mutacija, zato lahko s ciljenjem slednjih nudimo zaščito. Znanstveniki z opazovanjem odziva na protitelesa pri miših raziskujejo cepivo.

===Timotej Sotošek: Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje Vzhodni respiratorni sindrom koronavirusa===
Zdravilo remdesivir (bolj natančno Remdesivir trifosfat) je preiskovalna spojina, ki je bilo sprva ustvarjeno za zdravit Ebolo. Ima širok spektrum protivirusnih aktivnosti proti RNA virusih kot na primer koronavirusi , Filovirusi,… Njegova tarča je multi-podenotni RNA sintezni kompleks znan pod imenom RNA-odvisna RNA polimeraza na katerem s pomočjo drugih proteinov poteka sinteza virusne RNA verige. Remdesivir je nukleotidni analog ATP-ja s katerim tekmuje za vezavo v nastajajočo se virusno RNA verigo po tem, ko je virus že okuži celico. V primeru, da se Remdesivir uspe vezat v virusno RNA verigo bo ta prenehala rast in tako postala ne uporabna. To pomeni, da je Remdesivir le inhibitor, ki upočasnjuje oz. preprečuje nadaljno širjenje virusa. Raziskave so preiskovale mehanizem inhibicije na virusu Srednje Vzhodni respiratorni sindrom(MERS-CoV) in ga primerjali kako je učinkovit v primerjavi inhibicije virusa Ebola, ter na splošno kako zelo je njegov mehanizem učinkovit. Ker sta si MERS-CoV in SARS-CoV-2 sorodna virusa bi lahko zdravilo Remdesivir pomagal ozdravit obolele z SARS-CoV-2 koronavirusom.

===Nika Perko: Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk===
Komarji vrste Aedes aegypti so eni glavnih povzročiteljev bolezni kot so denga, rumena mrzlica, zika in čikungunja. Najdemo jih v tropskem in subtropskem pasu ter celo v Evropi. Znanstveniki Univerze Nove Mehike so poiskali način, kako preprečiti širitev omenjenih bolezni. Ustvarili so naraven insekticid, ki prepreči razvoj komarjev, ko so ti še v stopnji ličinke. Larvicid je sestavljen iz enostavnih komponent: eteričnega olja pomarančevca Citrus sinensis in gliv kvasovk vrste Saccharomyces cervevisiae. Sintetiziran je bil s postopkom enkapsulacije eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk. Med korake tega procesa so vpeljali še enega novega. Z njim so odstranili odvečno eterično olje, ki je ostalo na zunanji strani celic. To je bilo izredno pomembno, saj je odvečno olje delovalo kot repelent. Z različnimi analizami in primerjavami so ugotovili, da struktura celične stene, membrane in oljnih kapljic ostane po enkapsulaciji nespremenjena. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se kvasovke po enkapsulaciji niso mogle več razmnoževat. Testi efektivnosti so bili vzpodbudni, saj je bil larvicid učinkovit pri vseh ličinkah. Najbolj pa je bil učinkovit pri začetni razvojni stopnji ličink. Novi larvicid ima kar nekaj dobrih lastnosti: je naraven, ne more se nenadzorovano širit in tako škodit vodnemu okolju, izdelava je relativno poceni, je neškodljiv za ljudi, dolgo učinkuje…

=== Anja Moškrič: Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR-Cas tipa I ===
Sistem CRISPR-Cas je imunski mehanizem, ki je značilen za veliko prokariontov in arhej. Gre za gruče enakomerno prekinjenih palindromskih ponovitev, ki nosijo zapis za obrambo proti vdoru tujega dednega materiala (virusov in plazmidov). Kratica Cas pa predstavlja s CRISPR povezane gene, ki kodirajo zapis za nekatere encime, ki cepijo DNA. CRISPR lokus je sestavljen iz ponavljajočih CRISPR genov, med katerimi so vmesniki. Na teh pa je shranjena kopija dela zapisa virusa oz. plazmida. S študijo so želeli izvedeti vpliv infekcije bakterije Pseudomonas aeruginosa, s temperiranim oziroma lizogenim bakteriofagom (DMS3), ki se v obliki profaga vključi v dedni material gostiteljske celice. Izbrana bakterijska vrsta vrši sistem CRISPR-Cas tipa I-F. Za primerjavo so za eksperimente uporabljali tudi nekatere mutirane vrste bakterij,ki so imele napako v CRISPR lokusu. Eksperimenti so pokazali, da ob infekciji z nemutiranimi bakteriofagi bakterije niso sposobne uspešno odstranit le-teh. Iz zbranih rezultatov so ugotovili, da je v tem primeru imunski mehanizem slabo prilagojen celicam, saj povzroča imunopatološki efekt (avtoimunost). Do tega pride zaradi nepopolnega ujemanja zapisa na CRISPR vmesnikih s profagi. Če bakteriofagi ne kodirajo zapisa za acr gene (anti-CRISPR geni, ki zatirajo omenjen mehanizem), lahko to privede do izgube sistema CRISPR-Cas skozi evolucijo.

===Maja Deutsch: Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline===
Med vsemi mnogoceličarji in njihovimi mikrobiomi se pojavijo številne medsebojne kemične interakcije. Številne molekule, za katere je znano, da jih proizvaja mikrobiom, izrazito vplivajo na ravnovesje med zdravjem in boleznijo. Z uporabo masne spektrometrije in vizualizacije podatkov so bili ocenjeni učinki mikrobioma na celotno kemijo sesalca s primerjavo podatkov metabolomike pri aseptičnih miši in specifičnih-mikroorganizmov-prostih miši. Ugotovljeno je bilo, da mikrobiota vpliva na kemijo vseh organov. To je vključevalo aminokislinske konjugacije žolčnih kislin, ki so bile uporabljene za proizvodnjo fenilalanoholne kisline, tirozoholne kisline in levcoholne kisline, ki prej še niso bile identificirane, kljub obsežnim raziskavam kemije žolčnih kislin. Ti konjugati žolčne kisline so bili najdeni tudi pri ljudeh, vendar so bile bolj pogoste pri bolnikih z vnetnimi črevesnimi boleznmi, cistično fibrozo in pri dojenčkih. Te spojine so agonizirale farnezodini receptor X (FXR) in miši, ki so imele na novo odkrite kisline, so pokazale zmanjšano izražanje genov za sintezo žolčne kisline. Potrebne pa so nadaljnje raziskave, da se ugotovi, ali imajo te spojine fiziološko vlogo v sesalcih in ali prispevajo k črevesnim boleznim, ki so povezane z mikrobiomsko disbiozo.

=== Hana Glavnik: Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo ===
Pri raziskovanju malarije so znanstveniki odkrili pojav, ki so ga poimenovali rozeta. Rozeta je skupek neokuženih rdečih krvnih celic, ki s pomočjo proteinov, ki jih sintetizira parazit obkolijo okuženo rdečo krvno celico. Parazit se tako zaščiti pred gostiteljevim imunskim sistemom, saj ga monocite tako obkoljenega težje zaznajo. Raziskovali so tvorjenje rozet pri različnih pogojih. Izoliranim parazitom so dodali različne vrste monocitov in opazovali njihovo reakcijo. S tem so odkrili tudi protein IGFBT7, ki inducira tvorjenje rozet, vendar le ob prisotnosti dodatnih serumskih faktorjev. Odkritje proteina IGFBT7 je vodilo v odkritje novega načina tvorjenja rozet, tako imenovanega tipa II, saj za razliko od prvotnega tipa I, ta ne poteče spontano. Nato so pod drobnogled vzeli tvorjenje rozet s proteinom IGFBT7. Z namenom, da bi lahko razložili ta pojav, so eritrocite zdravili z encimom Heparinaza in jih nato izpostavili pogojem, ugodnim za nastanek rozet ter opazovali dobljene rezultate. IGFBP7 opozori parazite na prihod monocitov, nato parazit ta protein uporabi kot most, ki se poveže še z dvema človeškima proteinoma na zdravem eritrocitu in tako pomaga pri tvorjenju.

Konec klepeta
Napiši sporočilo ...

TBK2020-seminar

2020-03-17T07:52:49Z

Mdeutsch: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih, ki izražajo sintetično protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020 Povzetki seminarjev

2020-03-16T19:25:55Z

Mdeutsch:

=== Anna Scott: Notting Hill ===
William Thacker (Hugh Grant) is a London bookstore owner whose humdrum existence is thrown into romantic turmoil when famous American actress Anna Scott (Julia Roberts) appears in his shop. A chance encounter over spilled orange juice leads to a kiss that blossoms into a full-blown affair. As the average bloke and glamorous movie star draw closer and closer together, they struggle to reconcile their radically different lifestyles in the name of love.

=== Sara Golob: Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni ===

Pri Alzheimerjevi bolezni pride do padca kognitivnih funkcij, kot so spomin, govor, pozornost, učenje, itd. Razvije se zaradi različnih dejavnikov, ki so lahko dedni ali okoljski. Eden od okoljskih dejavnikov je okužba z virusom Herpes simpleks tip 1. Ta povzroči večje izražanje ε4 alela apolipoproteina E, ki povzroča nalaganje Tau proteina in amiloida beta, ki sestavljata senilne plake pri Alzheimerjevi bolezni. To povezavo so odkrili s protitelesi proti virusu Herpes simpleks tipa 1 ter preko lizosomske okvare, zaradi katere pride do nalaganja amiloida beta v možganih. Dokazana je bila tudi povezava med Alzheimerjevo boleznijo in drugimi boleznimi (epilepsija, demenca, shizofrenija, fibromialgija, demenca), pri katerih je opazna kognitivna disfunkcija. Pri bolnikih z epilepsijo so odkrili amiloidne plake, ki so značilni za Alzheimerjevo bolezen, zaradi česar je večja verjetnost, da oboleli za epilepsijo zbolijo še za Alzheimerjevo boleznijo in obratno. Herpes simpleks virus redko povzroča tudi akutni encefalitis, katerega posledica so epileptični napadi, izguba spomina in spremembe v vedenju. Zato znanstveniki menijo, da je povezava med epilepsijo in Alzheimerjevo boleznijo tudi v apolipoproteinu E.

=== Ena Kartal: Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije ===
Čeprav je bila vzpostavljena povezava med kroničnim vnetjem in nevrodegenerativnimi boleznimi, je bilo veliko odprtih vprašanj v zvezi s tem, kako celično staranje, proces, pri katerem celice, ki se nehajo deliti pod stresom, izločijo mešanico vnetnih beljakovin, vplivajo na te patologije. Raziskovalci poročajo, da staranje v astrocitih, ki je najbolj razširjena vrsta celic v možganih, vodi do škodljive '' ekscitotoksičnosti '' na kortikalnih nevronih, ki so vključeni v spomin.In pri tem pride do Alzheimerjeve bolezni,ki je najpogostejši vzrok demence pri starejših, je nepopravljiva, napredujoča možganska motnja, ki ubija možganske celice in postopoma uničuje spomin.

=== Lenka Stanković: Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 ===

Karakteristika raka je njegova sposobnost spodbujanja angiogeneze, oziroma tvorba novih krvnih žil. Angiogeneza prispeva k rasti in napredovanju tumorja z induciranjem in vzdrževanjem kislega / hipoksičnega in imunosupresivnega okolja. Krvne žile v rakih so pogosto nefunkcionalne in omejujejo promet s T-celicami. Odkritje angiogenih zaviralcev naj bi pripomoglo k zmanjšanju umrljivosti zaradi karcinomov. Tukaj prikazujemo, da imunoterapija proti CD40 poveča tumorsko infiltracijo CD8+T, vendar regresijo tumorja dosežemo močneje, če anti-CD40 kombinirano z dvojno blokado Ang2 in VEGFA. Kombinacija anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonističkih protiteles proti anti-CD40 omogoča zavrnitev tumorjev pri sintetičnih modelih tumorjev. Proučevali so odzive tumorjev na anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonistična protitelesa proti CD40 v različnih modelih mišjega raka. V raziskavi so pokazali, da kombinacija agonističnih protiteles CD40 z dvojno blokado VEGFA/Ang2 povečuje protitumorski odziv v modelnih raka miši s pomočjo sinergistične regulacije genov in indukcije imunskega permisivnega mikrookruženja tumorja, za katero je značilno provnetno (M1 podobno) aktivacijo makrofagov, vaskularno normalizacija ter izboljšanja infiltracije in prostorska lokalizacija efektorskih T-celic. T-celice pošljejo signale drugim vrstam imunskih celic, vključno s citotoksičnimi T celicami CD8+. Citotoksične T-celice, znane tudi kot CD8 + T-celice, izražajo svoje TCR, ki jih spremlja glikoprotein CD8. CD8 + T-celice so povezane z učinkovitim ubijanjem rakavih celic: med antigensko specifično aktivacijo afiniteta med CD8 glikoproteinom, izraženim s celico CD8 + T, in molekulo MHC razreda I, izraženo z rakavo celico, ohranja obe vrsti celic skupaj. Tesna vezava T celic in rakavih celic skozi kompleks CD8 / TCR in kompleks antigen / MHC-I povzroči, da celice CD8 + T izločajo perforin in grancime, kar vodi v lizo rakavih celic.

=== Nika Tomsič: Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije ===
Po oceni World Health Organisation- World malaria report 2019 je v letu 2018 bilo 228 milijonov primerov malarije. Sladkor je glavni vir energije parazita, zato je razumevanje presnove sladkorjev pomembna tema, ki bi lahko predstavljala pomoč pri sestavljanju zdravil in izrivanju tega parazita. Glavna razlika v presnovi sladkorjev med parazitom in drugimi organizmi je prenašalec, ki sladkorje prenaša v celico. Za to je odgovoren šeskotni prenašalec PfHT1, ki je sposoben transportirati bodisi glukozo kot fruktozo. Strukturno pa je zelo podoben prenašalcem človeške celice GLUT. Prenašalec obsega 12 transmembranskih vijačnic, ki tvorijo osrednjo pot za vstop glukoze. Ključni del proteina pa predstavljajo izrastki ki delujejo kot receptorji za sladkorje. Sladkorne prenašalce še nadaljnjo stabilizirajo solne medcelične povezave. Druga velika razlika med PfHT1 in drugimi prenašalci je brez dvoma način odpiranja in zapiranja prenašalca, saj ni sestavljenen samo iz treh običajnih stanj (odprto navznoter, zaprto, odprto navznoter), temveč ga zaznamujejo še dve vmesni stanji (zaprto navznoter in zaprto navzven, angl. inward–occluded in outward-occluded). Nadaljnjo raziskovanje bi torej lahko omogočilo razvoja novih antimalaričnih zdravil, ki blokirajo uvoz sladkorja in zastrašujejo parazita do smrti oz. razvoja novih zaviralcev, ki so bolj specifični za blokiranje funkcije PfHT1, ne da bi pri tem vplivali na transport sladkorja v človeških celicah.

=== Maša Mencigar: Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem ===
Apoptotske celice v telesu lahko nadzorujejo imunski sistem in preprečijo nezaželene imunske odzive na telesu lastna tkiva oziroma celice. Avtoimune bolezni so kronične, neozdravljive in predstavlajo velik zdravstven problem, saj bolniki trpijo, hkrati pa povzročajo velike stroške. Znanstveniki iz nemškega centra za raziskave rakavih bolezni (DKFZ - Deutsches Krebsforschungszentrum; angl: German Cancer Research Center) so našli receptor na imunskih celicah miši, ki aktivira ta zaščitni mehanizem in prepreči nevarne avtoimunske reakcije. Ta receptor se imenuje dektin-1, ki ima dvojno vlogo, saj veže beta-glukane in aksin proteine. Pomankanje dektina-1 vodi do simptomov avtoimunih bolezni šele proti koncu življenske dobe. Ključna pa je povezava med encimom NAHPH oksidazo-2 in dektinom-1, zato imajo ljudje, ki nimajo tega encima avtoimune bolezni.

=== Ema Kovačič: Izpostavljenost ploda materini mikrobioti ===
Študija o prehodu materine mikrobiote skozi placento pri otrocih, ki so se rodili s carskim rezom prezgodaj in normalno. Mamam so vzeli brise iz različnih delov telesa, otrokom pa takoj po rojstvu vzorce iz ustne votline in mekonija. Imunski sistem pri otrocih se razvije že v prenatalnem obdobju. Našli so DNK nekaterih bakterij v posteljici, plodovnici in mekoniju, kar kaže, da se zarodek spopade z bakterijami že v prenatalnem obdobju. Odkritje bakterijskih zapisov v materničnem okolju nakazuje na koesistenco mehanizmov za kontorolo izpostavljenosti pri plodu in materini mikrobioti.

=== Zala Puklavec: Globoko učenje void do odkritja novih antibiotikov===
Zaradi naglega pojava bakterij, ki so odporne na antibiotike, raste potreba po odkritju novih antibiotikov. Zato so naučili globoko nevronsko mrežo napovedati molekule, ki imajo antibakterijske lastnosti. S tem računalniškim modelom so odkrili, da ima halicin (c-Jun N-terminal kinase inhibitor SU3327) zelo močne antibakterijske lastnosti. Nadaljni eksperimenti so pokazali, da deluje na drugačen način kot večina antibiotikov. Za razliko od ostalih je halicin proti E.coli bakteriociden, ne le bakteriostatski. Testirali so ga tudi na bakterijah, za katere po mnenju Svetovne zdravstvene organizacije najnujneje potrebujemo neko obliko zdravljenja, in proti veliki večini je deloval zelo uspešno. Z daljšo izpostavljenostjo E.coli halicinu so poskušali izolirati mutantske celice, ki so razvile odpornost nanj, vendar jim ni uspelo, kar kaže na to, da te odpornosti ni možno ali pa se vsaj veliko težje razvije. Z še nekaj eksperimenti pa so prišli do zaključka, da halicin disipatira transmembranski pH potencial in najverjetneje veže Fe3+ pred pH disipacijo in povezavo z membrano.

=== Martin Stanonik: De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc===
Odkrivamo vedno več proteinov, ki so nastali iz de novo genov. To pomeni, da so se kodirali iz nekodirajočih delov DNA, kar velja za redek proces. V laboratorijskih poskusih je preveliko izražanje teh nastajajočih genov omogočalo boljše delovanje celice v primerjavi z prevelikim izražanjem že vzpostavljenih genov in motenje tega procesa ni vplivalo na delovanje celice. za osebek so uporabili kvas, saj glive kvasovke vsebujejo najboljše lastnosti za izražanje genov.To prikazuje velik potencial, še posebej za timinsko bogate sekvence za izdelavo transmembranskih proteinov. Iz kombinacij različnih analiz je bil predlagan nov model genskega nastanka. Ta odkritja, bi lahko omogočala nov način izdelave polipeptidov, ki nastanejo iz teh, de novo, delov DNA.

=== Klara Kočman: Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 ===
Koronavirusi so veliki, pozitivni RNA virusi. Okuženost z virusom lahko opazimo z značilni simptomi kot so vročina, kašelj in pomanjkanje zraka. Najnovejši tip koronavirusa, SARS-CoV-2, tudi 2019-nCoV, se je prvič pojavil 31. decembra 2019 v mestu Wuhan na Kitajskem. Transport virusa s človeka na človeka je pogost pri telesnih stikih z bolnikom. SARS-CoV-2 primerjajo z virusama MERS-CoV in SARS-CoV. Na podlagi celotne analize genoma in proteinov je virus bližje SARS-CoV kot MERS-CoV, saj obstaja več kot 90% genetska podobnost s SARS-CoV, medtem kot je s MERS-CoV-jem neznatna. Genom virusa SARS-CoV-2 je sestavljen iz približno 30 kilobaz, ki jih kodira več strukturnih in nestrukturnih proteinov. S SARS-CoV si je podoben po dolžini genoma ter podobnem mehanizmu vstopa v celico ter uporabi celičnih receptorjev (ACE2). Glikoprotein ACE2 se nahaja na površini membrane in je pomemben za vezavo receptorjev gostiteljskih celic in gostitelja. Transmembranski proteini virusa se vežejo na človeško celico preko receptorjev ACE2 (encim za pretvorbo angiotenzina 2). Med 120 sekvencami virusa SARS-CoV-2 ni bila zanana niti ena mutacija, zato lahko s ciljenjem slednjih nudimo zaščito. Znanstveniki z opazovanjem odziva na protitelesa pri miših raziskujejo cepivo.

===Timotej Sotošek: Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje Vzhodni respiratorni sindrom koronavirusa===
Zdravilo remdesivir (bolj natančno Remdesivir trifosfat) je preiskovalna spojina, ki je bilo sprva ustvarjeno za zdravit Ebolo. Ima širok spektrum protivirusnih aktivnosti proti RNA virusih kot na primer koronavirusi , Filovirusi,… Njegova tarča je multi-podenotni RNA sintezni kompleks znan pod imenom RNA-odvisna RNA polimeraza na katerem s pomočjo drugih proteinov poteka sinteza virusne RNA verige. Remdesivir je nukleotidni analog ATP-ja s katerim tekmuje za vezavo v nastajajočo se virusno RNA verigo po tem, ko je virus že okuži celico. V primeru, da se Remdesivir uspe vezat v virusno RNA verigo bo ta prenehala rast in tako postala ne uporabna. To pomeni, da je Remdesivir le inhibitor, ki upočasnjuje oz. preprečuje nadaljno širjenje virusa. Raziskave so preiskovale mehanizem inhibicije na virusu Srednje Vzhodni respiratorni sindrom(MERS-CoV) in ga primerjali kako je učinkovit v primerjavi inhibicije virusa Ebola, ter na splošno kako zelo je njegov mehanizem učinkovit. Ker sta si MERS-CoV in SARS-CoV-2 sorodna virusa bi lahko zdravilo Remdesivir pomagal ozdravit obolele z SARS-CoV-2 koronavirusom.

===Nika Perko: Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk===
Komarji vrste Aedes aegypti so eni glavnih povzročiteljev bolezni kot so denga, rumena mrzlica, zika in čikungunja. Najdemo jih v tropskem in subtropskem pasu ter celo v Evropi. Znanstveniki Univerze Nove Mehike so poiskali način, kako preprečiti širitev omenjenih bolezni. Ustvarili so naraven insekticid, ki prepreči razvoj komarjev, ko so ti še v stopnji ličinke. Larvicid je sestavljen iz enostavnih komponent: eteričnega olja pomarančevca Citrus sinensis in gliv kvasovk vrste Saccharomyces cervevisiae. Sintetiziran je bil s postopkom enkapsulacije eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk. Med korake tega procesa so vpeljali še enega novega. Z njim so odstranili odvečno eterično olje, ki je ostalo na zunanji strani celic. To je bilo izredno pomembno, saj je odvečno olje delovalo kot repelent. Z različnimi analizami in primerjavami so ugotovili, da struktura celične stene, membrane in oljnih kapljic ostane po enkapsulaciji nespremenjena. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se kvasovke po enkapsulaciji niso mogle več razmnoževat. Testi efektivnosti so bili vzpodbudni, saj je bil larvicid učinkovit pri vseh ličinkah. Najbolj pa je bil učinkovit pri začetni razvojni stopnji ličink. Novi larvicid ima kar nekaj dobrih lastnosti: je naraven, ne more se nenadzorovano širit in tako škodit vodnemu okolju, izdelava je relativno poceni, je neškodljiv za ljudi, dolgo učinkuje…

=== Anja Moškrič: Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR-Cas tipa I ===
Sistem CRISPR-Cas je imunski mehanizem, ki je značilen za veliko prokariontov in arhej. Gre za gruče enakomerno prekinjenih palindromskih ponovitev, ki nosijo zapis za obrambo proti vdoru tujega dednega materiala (virusov in plazmidov). Kratica Cas pa predstavlja s CRISPR povezane gene, ki kodirajo zapis za nekatere encime, ki cepijo DNA. CRISPR lokus je sestavljen iz ponavljajočih CRISPR genov, med katerimi so vmesniki. Na teh pa je shranjena kopija dela zapisa virusa oz. plazmida. S študijo so želeli izvedeti vpliv infekcije bakterije Pseudomonas aeruginosa, s temperiranim oziroma lizogenim bakteriofagom (DMS3), ki se v obliki profaga vključi v dedni material gostiteljske celice. Izbrana bakterijska vrsta vrši sistem CRISPR-Cas tipa I-F. Za primerjavo so za eksperimente uporabljali tudi nekatere mutirane vrste bakterij,ki so imele napako v CRISPR lokusu. Eksperimenti so pokazali, da ob infekciji z nemutiranimi bakteriofagi bakterije niso sposobne uspešno odstranit le-teh. Iz zbranih rezultatov so ugotovili, da je v tem primeru imunski mehanizem slabo prilagojen celicam, saj povzroča imunopatološki efekt (avtoimunost). Do tega pride zaradi nepopolnega ujemanja zapisa na CRISPR vmesnikih s profagi. Če bakteriofagi ne kodirajo zapisa za acr gene (anti-CRISPR geni, ki zatirajo omenjen mehanizem), lahko to privede do izgube sistema CRISPR-Cas skozi evolucijo.

===Maja Deutsch: Globalni kemični učinki mikrobioma prinašajo nove konjugacije žolčne kisline===
Med vsemi mnogoceličarji in njihovimi mikrobiomi se pojavijo številne medsebojne kemične interakcije. Številne molekule, za katere je znano, da jih proizvaja mikrobiom, izrazito vplivajo na ravnovesje med zdravjem in boleznijo. Z uporabo masne spektrometrije in vizualizacije podatkov so bili ocenjeni učinki mikrobioma na celotno kemijo sesalca s primerjavo podatkov metabolomike pri aseptičnih miši in specifičnih-mikroorganizmov-prostih miši. Ugotovljeno je bilo, da mikrobiota vpliva na kemijo vseh organov. To je vključevalo aminokislinske konjugacije žolčnih kislin, ki so bile uporabljene za proizvodnjo fenilalanoholne kisline, tirozoholne kisline in levcoholne kisline, ki prej še niso bile identificirane, kljub obsežnim raziskavam kemije žolčnih kislin. Ti konjugati žolčne kisline so bili najdeni tudi pri ljudeh, vendar so bile bolj pogoste pri bolnikih z vnetnimi črevesnimi boleznmi, cistično fibrozo in pri dojenčkih. Te spojine so agonizirale farnezodini receptor X (FXR) in miši, ki so imele na novo odkrite kisline, so pokazale zmanjšano izražanje genov za sintezo žolčne kisline. Potrebne pa so nadaljnje raziskave, da se ugotovi, ali imajo te spojine fiziološko vlogo v sesalcih in ali prispevajo k črevesnim boleznim, ki so povezane z mikrobiomsko disbiozo.

Konec klepeta
Napiši sporočilo ...

TBK2020-seminar

2020-03-16T19:24:38Z

Mdeutsch: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma prinašajo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih, ki izražajo sintetično protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020 Povzetki seminarjev

2020-03-16T12:19:52Z

Mdeutsch:

=== Anna Scott: Notting Hill ===
William Thacker (Hugh Grant) is a London bookstore owner whose humdrum existence is thrown into romantic turmoil when famous American actress Anna Scott (Julia Roberts) appears in his shop. A chance encounter over spilled orange juice leads to a kiss that blossoms into a full-blown affair. As the average bloke and glamorous movie star draw closer and closer together, they struggle to reconcile their radically different lifestyles in the name of love.

=== Sara Golob: Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni ===

Pri Alzheimerjevi bolezni pride do padca kognitivnih funkcij, kot so spomin, govor, pozornost, učenje, itd. Razvije se zaradi različnih dejavnikov, ki so lahko dedni ali okoljski. Eden od okoljskih dejavnikov je okužba z virusom Herpes simpleks tip 1. Ta povzroči večje izražanje ε4 alela apolipoproteina E, ki povzroča nalaganje Tau proteina in amiloida beta, ki sestavljata senilne plake pri Alzheimerjevi bolezni. To povezavo so odkrili s protitelesi proti virusu Herpes simpleks tipa 1 ter preko lizosomske okvare, zaradi katere pride do nalaganja amiloida beta v možganih. Dokazana je bila tudi povezava med Alzheimerjevo boleznijo in drugimi boleznimi (epilepsija, demenca, shizofrenija, fibromialgija, demenca), pri katerih je opazna kognitivna disfunkcija. Pri bolnikih z epilepsijo so odkrili amiloidne plake, ki so značilni za Alzheimerjevo bolezen, zaradi česar je večja verjetnost, da oboleli za epilepsijo zbolijo še za Alzheimerjevo boleznijo in obratno. Herpes simpleks virus redko povzroča tudi akutni encefalitis, katerega posledica so epileptični napadi, izguba spomina in spremembe v vedenju. Zato znanstveniki menijo, da je povezava med epilepsijo in Alzheimerjevo boleznijo tudi v apolipoproteinu E.

=== Ena Kartal: Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije ===
Čeprav je bila vzpostavljena povezava med kroničnim vnetjem in nevrodegenerativnimi boleznimi, je bilo veliko odprtih vprašanj v zvezi s tem, kako celično staranje, proces, pri katerem celice, ki se nehajo deliti pod stresom, izločijo mešanico vnetnih beljakovin, vplivajo na te patologije. Raziskovalci poročajo, da staranje v astrocitih, ki je najbolj razširjena vrsta celic v možganih, vodi do škodljive '' ekscitotoksičnosti '' na kortikalnih nevronih, ki so vključeni v spomin.In pri tem pride do Alzheimerjeve bolezni,ki je najpogostejši vzrok demence pri starejših, je nepopravljiva, napredujoča možganska motnja, ki ubija možganske celice in postopoma uničuje spomin.

=== Lenka Stanković: Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 ===

Karakteristika raka je njegova sposobnost spodbujanja angiogeneze, oziroma tvorba novih krvnih žil. Angiogeneza prispeva k rasti in napredovanju tumorja z induciranjem in vzdrževanjem kislega / hipoksičnega in imunosupresivnega okolja. Krvne žile v rakih so pogosto nefunkcionalne in omejujejo promet s T-celicami. Odkritje angiogenih zaviralcev naj bi pripomoglo k zmanjšanju umrljivosti zaradi karcinomov. Tukaj prikazujemo, da imunoterapija proti CD40 poveča tumorsko infiltracijo CD8+T, vendar regresijo tumorja dosežemo močneje, če anti-CD40 kombinirano z dvojno blokado Ang2 in VEGFA. Kombinacija anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonističkih protiteles proti anti-CD40 omogoča zavrnitev tumorjev pri sintetičnih modelih tumorjev. Proučevali so odzive tumorjev na anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonistična protitelesa proti CD40 v različnih modelih mišjega raka. V raziskavi so pokazali, da kombinacija agonističnih protiteles CD40 z dvojno blokado VEGFA/Ang2 povečuje protitumorski odziv v modelnih raka miši s pomočjo sinergistične regulacije genov in indukcije imunskega permisivnega mikrookruženja tumorja, za katero je značilno provnetno (M1 podobno) aktivacijo makrofagov, vaskularno normalizacija ter izboljšanja infiltracije in prostorska lokalizacija efektorskih T-celic. T-celice pošljejo signale drugim vrstam imunskih celic, vključno s citotoksičnimi T celicami CD8+. Citotoksične T-celice, znane tudi kot CD8 + T-celice, izražajo svoje TCR, ki jih spremlja glikoprotein CD8. CD8 + T-celice so povezane z učinkovitim ubijanjem rakavih celic: med antigensko specifično aktivacijo afiniteta med CD8 glikoproteinom, izraženim s celico CD8 + T, in molekulo MHC razreda I, izraženo z rakavo celico, ohranja obe vrsti celic skupaj. Tesna vezava T celic in rakavih celic skozi kompleks CD8 / TCR in kompleks antigen / MHC-I povzroči, da celice CD8 + T izločajo perforin in grancime, kar vodi v lizo rakavih celic.

=== Nika Tomsič: Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije ===
Po oceni World Health Organisation- World malaria report 2019 je v letu 2018 bilo 228 milijonov primerov malarije. Sladkor je glavni vir energije parazita, zato je razumevanje presnove sladkorjev pomembna tema, ki bi lahko predstavljala pomoč pri sestavljanju zdravil in izrivanju tega parazita. Glavna razlika v presnovi sladkorjev med parazitom in drugimi organizmi je prenašalec, ki sladkorje prenaša v celico. Za to je odgovoren šeskotni prenašalec PfHT1, ki je sposoben transportirati bodisi glukozo kot fruktozo. Strukturno pa je zelo podoben prenašalcem človeške celice GLUT. Prenašalec obsega 12 transmembranskih vijačnic, ki tvorijo osrednjo pot za vstop glukoze. Ključni del proteina pa predstavljajo izrastki ki delujejo kot receptorji za sladkorje. Sladkorne prenašalce še nadaljnjo stabilizirajo solne medcelične povezave. Druga velika razlika med PfHT1 in drugimi prenašalci je brez dvoma način odpiranja in zapiranja prenašalca, saj ni sestavljenen samo iz treh običajnih stanj (odprto navznoter, zaprto, odprto navznoter), temveč ga zaznamujejo še dve vmesni stanji (zaprto navznoter in zaprto navzven, angl. inward–occluded in outward-occluded). Nadaljnjo raziskovanje bi torej lahko omogočilo razvoja novih antimalaričnih zdravil, ki blokirajo uvoz sladkorja in zastrašujejo parazita do smrti oz. razvoja novih zaviralcev, ki so bolj specifični za blokiranje funkcije PfHT1, ne da bi pri tem vplivali na transport sladkorja v človeških celicah.

=== Maša Mencigar: Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem ===
Apoptotske celice v telesu lahko nadzorujejo imunski sistem in preprečijo nezaželene imunske odzive na telesu lastna tkiva oziroma celice. Avtoimune bolezni so kronične, neozdravljive in predstavlajo velik zdravstven problem, saj bolniki trpijo, hkrati pa povzročajo velike stroške. Znanstveniki iz nemškega centra za raziskave rakavih bolezni (DKFZ - Deutsches Krebsforschungszentrum; angl: German Cancer Research Center) so našli receptor na imunskih celicah miši, ki aktivira ta zaščitni mehanizem in prepreči nevarne avtoimunske reakcije. Ta receptor se imenuje dektin-1, ki ima dvojno vlogo, saj veže beta-glukane in aksin proteine. Pomankanje dektina-1 vodi do simptomov avtoimunih bolezni šele proti koncu življenske dobe. Ključna pa je povezava med encimom NAHPH oksidazo-2 in dektinom-1, zato imajo ljudje, ki nimajo tega encima avtoimune bolezni.

=== Ema Kovačič: Izpostavljenost ploda materini mikrobioti ===
Študija o prehodu materine mikrobiote skozi placento pri otrocih, ki so se rodili s carskim rezom prezgodaj in normalno. Mamam so vzeli brise iz različnih delov telesa, otrokom pa takoj po rojstvu vzorce iz ustne votline in mekonija. Imunski sistem pri otrocih se razvije že v prenatalnem obdobju. Našli so DNK nekaterih bakterij v posteljici, plodovnici in mekoniju, kar kaže, da se zarodek spopade z bakterijami že v prenatalnem obdobju. Odkritje bakterijskih zapisov v materničnem okolju nakazuje na koesistenco mehanizmov za kontorolo izpostavljenosti pri plodu in materini mikrobioti.

=== Zala Puklavec: Globoko učenje void do odkritja novih antibiotikov===
Zaradi naglega pojava bakterij, ki so odporne na antibiotike, raste potreba po odkritju novih antibiotikov. Zato so naučili globoko nevronsko mrežo napovedati molekule, ki imajo antibakterijske lastnosti. S tem računalniškim modelom so odkrili, da ima halicin (c-Jun N-terminal kinase inhibitor SU3327) zelo močne antibakterijske lastnosti. Nadaljni eksperimenti so pokazali, da deluje na drugačen način kot večina antibiotikov. Za razliko od ostalih je halicin proti E.coli bakteriociden, ne le bakteriostatski. Testirali so ga tudi na bakterijah, za katere po mnenju Svetovne zdravstvene organizacije najnujneje potrebujemo neko obliko zdravljenja, in proti veliki večini je deloval zelo uspešno. Z daljšo izpostavljenostjo E.coli halicinu so poskušali izolirati mutantske celice, ki so razvile odpornost nanj, vendar jim ni uspelo, kar kaže na to, da te odpornosti ni možno ali pa se vsaj veliko težje razvije. Z še nekaj eksperimenti pa so prišli do zaključka, da halicin disipatira transmembranski pH potencial in najverjetneje veže Fe3+ pred pH disipacijo in povezavo z membrano.

=== Martin Stanonik: De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc===
Odkrivamo vedno več proteinov, ki so nastali iz de novo genov. To pomeni, da so se kodirali iz nekodirajočih delov DNA, kar velja za redek proces. V laboratorijskih poskusih je preveliko izražanje teh nastajajočih genov omogočalo boljše delovanje celice v primerjavi z prevelikim izražanjem že vzpostavljenih genov in motenje tega procesa ni vplivalo na delovanje celice. za osebek so uporabili kvas, saj glive kvasovke vsebujejo najboljše lastnosti za izražanje genov.To prikazuje velik potencial, še posebej za timinsko bogate sekvence za izdelavo transmembranskih proteinov. Iz kombinacij različnih analiz je bil predlagan nov model genskega nastanka. Ta odkritja, bi lahko omogočala nov način izdelave polipeptidov, ki nastanejo iz teh, de novo, delov DNA.

=== Klara Kočman: Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 ===
Koronavirusi so veliki, pozitivni RNA virusi. Okuženost z virusom lahko opazimo z značilni simptomi kot so vročina, kašelj in pomanjkanje zraka. Najnovejši tip koronavirusa, SARS-CoV-2, tudi 2019-nCoV, se je prvič pojavil 31. decembra 2019 v mestu Wuhan na Kitajskem. Transport virusa s človeka na človeka je pogost pri telesnih stikih z bolnikom. SARS-CoV-2 primerjajo z virusama MERS-CoV in SARS-CoV. Na podlagi celotne analize genoma in proteinov je virus bližje SARS-CoV kot MERS-CoV, saj obstaja več kot 90% genetska podobnost s SARS-CoV, medtem kot je s MERS-CoV-jem neznatna. Genom virusa SARS-CoV-2 je sestavljen iz približno 30 kilobaz, ki jih kodira več strukturnih in nestrukturnih proteinov. S SARS-CoV si je podoben po dolžini genoma ter podobnem mehanizmu vstopa v celico ter uporabi celičnih receptorjev (ACE2). Glikoprotein ACE2 se nahaja na površini membrane in je pomemben za vezavo receptorjev gostiteljskih celic in gostitelja. Transmembranski proteini virusa se vežejo na človeško celico preko receptorjev ACE2 (encim za pretvorbo angiotenzina 2). Med 120 sekvencami virusa SARS-CoV-2 ni bila zanana niti ena mutacija, zato lahko s ciljenjem slednjih nudimo zaščito. Znanstveniki z opazovanjem odziva na protitelesa pri miših raziskujejo cepivo.

===Timotej Sotošek: Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje Vzhodni respiratorni sindrom koronavirusa===
Zdravilo remdesivir (bolj natančno Remdesivir trifosfat) je preiskovalna spojina, ki je bilo sprva ustvarjeno za zdravit Ebolo. Ima širok spektrum protivirusnih aktivnosti proti RNA virusih kot na primer koronavirusi , Filovirusi,… Njegova tarča je multi-podenotni RNA sintezni kompleks znan pod imenom RNA-odvisna RNA polimeraza na katerem s pomočjo drugih proteinov poteka sinteza virusne RNA verige. Remdesivir je nukleotidni analog ATP-ja s katerim tekmuje za vezavo v nastajajočo se virusno RNA verigo po tem, ko je virus že okuži celico. V primeru, da se Remdesivir uspe vezat v virusno RNA verigo bo ta prenehala rast in tako postala ne uporabna. To pomeni, da je Remdesivir le inhibitor, ki upočasnjuje oz. preprečuje nadaljno širjenje virusa. Raziskave so preiskovale mehanizem inhibicije na virusu Srednje Vzhodni respiratorni sindrom(MERS-CoV) in ga primerjali kako je učinkovit v primerjavi inhibicije virusa Ebola, ter na splošno kako zelo je njegov mehanizem učinkovit. Ker sta si MERS-CoV in SARS-CoV-2 sorodna virusa bi lahko zdravilo Remdesivir pomagal ozdravit obolele z SARS-CoV-2 koronavirusom.

===Nika Perko: Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk===
Komarji vrste Aedes aegypti so eni glavnih povzročiteljev bolezni kot so denga, rumena mrzlica, zika in čikungunja. Najdemo jih v tropskem in subtropskem pasu ter celo v Evropi. Znanstveniki Univerze Nove Mehike so poiskali način, kako preprečiti širitev omenjenih bolezni. Ustvarili so naraven insekticid, ki prepreči razvoj komarjev, ko so ti še v stopnji ličinke. Larvicid je sestavljen iz enostavnih komponent: eteričnega olja pomarančevca Citrus sinensis in gliv kvasovk vrste Saccharomyces cervevisiae. Sintetiziran je bil s postopkom enkapsulacije eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk. Med korake tega procesa so vpeljali še enega novega. Z njim so odstranili odvečno eterično olje, ki je ostalo na zunanji strani celic. To je bilo izredno pomembno, saj je odvečno olje delovalo kot repelent. Z različnimi analizami in primerjavami so ugotovili, da struktura celične stene, membrane in oljnih kapljic ostane po enkapsulaciji nespremenjena. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se kvasovke po enkapsulaciji niso mogle več razmnoževat. Testi efektivnosti so bili vzpodbudni, saj je bil larvicid učinkovit pri vseh ličinkah. Najbolj pa je bil učinkovit pri začetni razvojni stopnji ličink. Novi larvicid ima kar nekaj dobrih lastnosti: je naraven, ne more se nenadzorovano širit in tako škodit vodnemu okolju, izdelava je relativno poceni, je neškodljiv za ljudi, dolgo učinkuje…

=== Anja Moškrič: Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR-Cas tipa I ===
Sistem CRISPR-Cas je imunski mehanizem, ki je značilen za veliko prokariontov in arhej. Gre za gruče enakomerno prekinjenih palindromskih ponovitev, ki nosijo zapis za obrambo proti vdoru tujega dednega materiala (virusov in plazmidov). Kratica Cas pa predstavlja s CRISPR povezane gene, ki kodirajo zapis za nekatere encime, ki cepijo DNA. CRISPR lokus je sestavljen iz ponavljajočih CRISPR genov, med katerimi so vmesniki. Na teh pa je shranjena kopija dela zapisa virusa oz. plazmida. S študijo so želeli izvedeti vpliv infekcije bakterije Pseudomonas aeruginosa, s temperiranim oziroma lizogenim bakteriofagom (DMS3), ki se v obliki profaga vključi v dedni material gostiteljske celice. Izbrana bakterijska vrsta vrši sistem CRISPR-Cas tipa I-F. Za primerjavo so za eksperimente uporabljali tudi nekatere mutirane vrste bakterij,ki so imele napako v CRISPR lokusu. Eksperimenti so pokazali, da ob infekciji z nemutiranimi bakteriofagi bakterije niso sposobne uspešno odstranit le-teh. Iz zbranih rezultatov so ugotovili, da je v tem primeru imunski mehanizem slabo prilagojen celicam, saj povzroča imunopatološki efekt (avtoimunost). Do tega pride zaradi nepopolnega ujemanja zapisa na CRISPR vmesnikih s profagi. Če bakteriofagi ne kodirajo zapisa za acr gene (anti-CRISPR geni, ki zatirajo omenjen mehanizem), lahko to privede do izgube sistema CRISPR-Cas skozi evolucijo.

===Maja Deutsch: Globalni kemični učinki mikrobioma vsebujejo nove konjugacije žolčne kisline===
Med vsemi mnogoceličarji in njihovimi mikrobiomi se pojavijo številne medsebojne kemične interakcije. Številne molekularne družine, za katere je znano, da jih proizvaja mikrobiom, izrazito vplivajo na ravnovesje med zdravjem in boleznijo. Z uporabo masne spektrometrije in vizualizacije podatkov so bili ocenjeni učinki mikrobioma na celotno kemijo sesalca s primerjavo podatkov metabolomike pri aseptičnih miši in specifično-mikroorganizmov-prostih miši. Ugotovljeno je bilo, da mikrobiota vpliva na kemijo vseh organov. To je vključevalo aminokislinske konjugacije žolčnih kislin, ki so bile uporabljene za proizvodnjo fenilalanoholne kisline, tirozoholne kisline in levcoholne kisline, ki prej še niso bile identificirane, kljub obsežnim raziskavam kemije žolčnih kislin. Ti konjugati žolčne kisline so bili najdeni tudi pri ljudeh, vendar so bile bolj pogoste pri bolnikih z vnetnimi črevesnimi boleznmi, cistično fibrozo in pri dojenčkih. Te spojine so agonizirale farnezodini receptor X (FXR) in miši, ki so imele na novo odkrite kisline, so pokazale zmanjšano izražanje genov za sintezo žolčne kisline. Potrebne pa so nadaljnje raziskave, da se ugotovi, ali imajo te spojine fiziološko vlogo v sesalcih in ali prispevajo k črevesnim boleznim, ki so povezane z mikrobiomsko disbiozo.

Konec klepeta
Napiši sporočilo ...

TBK2020-seminar

2020-03-14T10:11:03Z

Mdeutsch: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vsebujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Zakaj so virusi, ki jih prenašajo netopirji, tako smrtonosni? || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200210144854.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih s sintetičnim protitelesom || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020-seminar

2020-03-14T10:08:29Z

Mdeutsch: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vsebujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9.pdf || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Zakaj so virusi, ki jih prenašajo netopirji, tako smrtonosni? || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200210144854.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih s sintetičnim protitelesom || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.