Wiki FKKT - User contributions [en]

Rebolutionaries

2025-05-19T11:47:06Z

Mia Kobal:

[https://2024.igem.wiki/sydney-australia/index.html/ Rebolutionaries] je iGEM projekt ekipe iz Univerze v Sydneyju, ki je leta 2024 zasedel 3. mesto.

==Uvod==

Znotrajcelična dostava zdravil je popularen, a precej omejen in oviran koncept zdravljenja. Eden glavnih virov neučinkovitosti je internalizacija molekul zdravila preko fagocitoze in neuspešna translokacije le-teh preko celičnih membran. Molekule se ujamejo v endosomalne vezikle, v katerih nimajo učinka in se nato velikokrat ali razgradijo v lizosomu ali pa izločijo iz celice. Izziv endosomalnega pobega je tako izziv v izboljšavi pobega zdravila in v premagovanju celične odpornosti. S projektom Rebolutionaries je ekipa želela razviti modularni sistem »dizajnerskih« R-telesc, ki bi lahko prenašala specifična zdravula v specifične celične tipe.

==R-telesca==

Refraktilna telesca ali R-telesca so ogromni, stabilni polimerni proteini, ki se v kislem endosomalnem okolju raztegnejo kot igle. To raztezanje je hitro, reverzibilno, robustno in ga je mogoče prilagajati z usmerjeno evolucijo. R-telesca so naravni sistem za dovajanje toksinov, ki je bil odkrit pri »ubijalskih« sevih paramecija (''Paramecia aurelia''). Ti so prek izločanja toksičnih kapa delcev povzročili smrt drugih »občutljivih« sevov paramecija. Toksični delic so bakterijski endosimbionti ''Caedibacter spp.'', v katerih najedmo R-telesca, ki omogočajo izločanje toksinov iz njih. Po elektronskim mikroskopom izgledajo R-telesca kot proteinski trakovi, ki so znotraj bakterije v zviti konformaciji. Zvito telo je strukturirano kot votel valj s plastmi, ki se lahko odvije na teleskopski način kot odziv na različne signale. Z odvijanjem se dolžina telesca poveča za več kot 20x, tudi do 20 μm, in pretrga bakterijsko steno in fagolizosom paramecija. Sama R-telesca niso toksična.
Prednost uporabe R-telesc kot proteinskih nosilcev se nahaja v prečkanju bioloških pregrad, v dobri biokompatibilnosti, biorazgradljivosti, okoljski trajnosti in razpoložljivosti. Proteinske polimere lahko tudi enostavno modificiramo in jim s tem spremenimo fizikalno-kemijske lastnosti.
R-telesca sestavljata dva monomera, RebA in RebB, ki sta razporejena vzporedno v tankem, ploščatem traku. Na eno stran traka so obrnjeni C-konci obeh monomerov, na drugo stran pa N-konci. Ko je trak zvit, C-konci gledajo proti notranjosti, medtem ko so N-konci obrnjeni proti zunanjemu okolju. Za konjugacijo tovorov na ogrodje R-telesc so tako na voljo štiri možna mesta: C-konec RebA, C-konec RebB, N-konec RebA in N-konec RebB.

==Izražanje in čiščenje R-telesc==

Ekipa je imela na razpolago dve zalogi ''E. coli'' sevov DH5α, ki sta vsebovali plazmide z Reb konstrukti, in sicer Reb1 ter njegovo fluorescenčno različico Reb206. Reb1 vsebuje operon divjega tipa R-teles, ki vključuje gene RebA, RebB, RebC in RebD. Gena RebA in RebB kodirata monomera, RebC se vgrajuje v telesa z nizko pogostostjo, funkcija gena RebD pa ni znana. Konstrukt Reb206 vsebuje fuzijski protein mNeonGreen-RebB pod nadzorom šibkega RBS-ja ter mCherry pod nadzorom močnega RBS-ja, kar omogoča potrditev izražanja proteina.
S pomočjo standardnih protokolov so konstrukte amplificirali v DH5α in jih nato prenesli v sev BL21 (DE3), ki je primeren za izražanje rekombinantnih proteinov. Soočali so se s problemom, da trenutno ni zanesljivih kvantitativnih metod za merjenje koncentracije R-teles. S pomočjo fluorescenčnih tehnik so ocenili izražanje Reb206, kjer je Reb1 služil kot kontrola in na podlagi rezultatov optimizirali pogoje izražanja za divji tip. Izražanje so opravljali pri temperaturi 37 °C in v LB mediju. Sestavljanje R-telesc je energijsko zahteven proces, uporaba obogatenega medija je več kot podvojila izplen.
Po optimizaciji pogojev izražanja so želeli protein očististi in potrditi aktivnost razteganja. Čiščenje se je izkazalo za precej zahtevno, saj R-telesca niso primerna za kromatografske tehnike zaradi slabe topnosti v vodnih medijih in velikosti. Poskusili so opraviti čiščenje z že znanim protokolom, ki je precej agresiven, preko liziranja celic, encimske obdelave, centrifugiranja in večkratnega pranja z detergenti. Protokola niso uspešno ponovili, namesto fine, bele usedline so pridobili nitasto, viskozno maso, kar je nakazovalno na kontaminacijo z DNA. Mikroskopski posnetki pri pH 7,5 so pokazali amorfne heterogene grudice, ko so vzorec suspendirali pri pH 5, so opazili le kratkotrajno napihovanje grud. Ključne korake čiščenja R-teles so tako morali optimizirati, več mesecev so kombinirali daljše inkubacije, večkratne encimske obedlave, različne detergente, hitrosti centrifugiranja itd. Na koncu so dosegli visoko čistost, pri kislem pH raztegovanja Reb206 niso opazili, ko pa so postopek ponovili z divjim tipom Reb1, pa so pridobili pozitivne rezultate.

==Genetska sestava in konjugacija==

Cilj je bil oblikovanje R-teles s funkcijo prenašanja tovora. Za njegov doseg so morali oblikovati več novih konstruktov, ki so omogočali konjugacijo tovora. Oblikovali so jih s pomočjo PCR s podaljšanim prekrivanjem (angl. overlap extension PCR) in metodo Gibsonove sestave. Izbrali so si 4 ortogonalne konjugacijske strategije: encimsko ligacijo s sortazo A, vključevanje nekanoničnih aminokislin t utišanjem amber kodona, tiol-maleimid konjugacijo in selektivno modifikacijo N-konca z 2-piridinkarboksialdehidom.
Encimska ligacija s sortazo A izrablja specifičen encim, ki katalizira transpeptidazno rekacijo med C-končnim motivom LPXTG in N-končnim (Gly)n. Pri delu so konjugacijo terapevtikov omejili na C-konec proteina, želeli pa so vezati tudi fluorescenčni tovor mNeonGreen za validacijo. Ustvarili in izrazili so tri konstrukte – mNeonGreen z N-končnim oligoglicinom (GGG-mNeonGreen), ter Reb1, kjer imata RebA ali RebB na C-koncu motiv LPETG (RebA-LPETG, RebB-LPETG). Uporabili so komercialno dostopno encimsko različico sortaze (eSrtA), ki prepozna motiv LPETG. Izražanje konstruktov in encima je potekalo v sevu BL21. Pridobili so pozitivne rezultate, modifikacija R-teles ni vplivala na njihovo aktivnost raztegovanja.
Amber kodonsko utišanje je tehnika razširitve genetskega koda, ki omogoča vnost nekanonične aminokisline (ncAA) s specifičnimi reaktivnimi skupinami v proteine. ncAA je dodana gojišču, prepozna jo ortogonalna aminoacil-tRNA sintentaza in je vezana na ortogonalno tRNA, ki prepozna amber kodon. Tega so vgradili na N-konec obeh monomerov, tako so ustvarili dva konstrukta (TAG-RebA in TAG-RebB). Izbrali so si aminokislino 4-azido-L-fenilalanin (AzF), ki je združljiva z reakcijo azidno-alikilinsko cikloadicije (CuAAC). Celice BL21 so tako sočasno transformirali z enim izmed konstruktov in s platmidom pEVOL AzF ter jih gojili v mediju z dodatkom AzF. Prečiščena R-telesa so nato konjugirali z barvilom sulfo-Cy5, vendar prvotna CuAAC konjugacija barvila ni bila uspešna. Reakcijo so optimizirali z dodatko liganda THPTA, ki koordinira Cu(I), preprečuje njegovo oksidacijo v Cu(II) in s tem pospeši reakcijo. Pridobili so opazne pelete, kar je nakazovalo na uspešno amber kodonsko utišanje.
Opravili so tudi modifikacijo z 5-etinilpikolinaldehidom, kjer kondenzacijska reakcija poteka specifično na N-koncu peptidov. Izbran derivat 2-piridinkarboksialdehida je omogočal CuAAC označevanje in uporabo barvila sulfo-Cy5. Reakcijo so opravljali pri višji temperaturi in pridobili pozitivne rezultate.
Konjugacija tiol-maleimid vključuje adicijo tiolata na dvojno vez maleimida in nastanek tiosukcinimida oz. sukcinimidil tioesterske vezi. Ker sama monomera RebA in RebB ne vključujeta cisteinskih ostankov, so pripravili konstrukte, kjer so jih dodali ali na N- ali na C-konec preko GGGS linkerja. Zaradi težav pri transformaciji celic so delo nadaljevali le z Cys-N-RebB in Cys-C-RebB. Rekacija s sulfo-Cy5 maleimidom je bila uspešna le na Cys-N-RebB, vzorka za neuspeh pri Cys-C-RebB niso odkrili. Pri preverjanju aktivnosti raztezanja so opazili, da se Cys-C-Reb zlahka raztegne v kislem, Cys-N-RebB pa se ne. Zaradi pojava nenavadni peletov so sklepali, da je to posledica nepravilnega čiščenja.

==''In vitro'' uporaba==

Želeli so ovrednotiti nagnjenost celic k endocitozi R-teles in učinkovitost razpada ter sproščanja zdravil prek R-telescc. Za oceno učinkovitosti endocitoze so razvili konstrukte RebA-LPETGGG-mNeonGreen in RebB-LPETGGG-mNeonGreen. mNeonGreen ohranja svojo fluorescenco tudi v kislem okolju endosomov in je na R-telo pritrjen preko nerazcepnega povezovalca. Za sproščanje zdravila iz sistema R-teles pa so potrebni razcepni povezovalci, tovor mora biti sproščen pred raztezanjem teles. Razmišljali so o dveh pristopih, in sicer skupinah, ki so občutljive na kisline in zaporedjih, ki so občutljiva na proteaze. Za dokaz koncepta so sistem karakterizirali z aldoksorubicinom, ki ima kislinam občutljivo hidrazonsko skupino in maleimidno funkcionaliziran povezovalec. Ker so prepozno ugotovili, da se Cys-N-RebB pri nizkem pH ne raztegne, so dobljeni rezultati dokazali le vstop aldoksorubicina v endosom, ne pa tudi njegovega sproščanja. Za celično kulturo so uporabili suspenzijsko linijo EXPI293, ki izhaja iz neoplastične človeške embrionalne ledvične celične linije. Pri ocenjevanju učinkovitosti endocitoze so izračunali povprečno število teles RebA-LPETGGG-mNeonGreen na celico pri različnih razredčitvah in časih inkubacije. Povprečno število R-teles je naraščalo sorazmerno z razredčitvenim faktorjem in je v povprečju znašalo 4 telesa na celico. Število R-teles na celico je sledilo bimodalni porazdelitvi, pri visoki koncentraciji je večina celic internalizirala 5-10 teles, preostali delež pa 0-1. Vzrok in terapevtski pomen te heterogenosti zahtevata nadaljnje raziskave. Pomembno je, da konstukti niso izkazovali citotoksičnih učinkov, celice so se še naprej delile, izgledale so morfrološko zdrave.

==Zaključek==

Ekipa je tako skoraj pripeljala nov inovativen sistem za dostavo v celico do eksperimentalne zaključne faze. Razvili so novo metodo čiščenja, ki izkorišča naravno stabilnost R-teles in je tako primerna za katerikoli R-telesni konstrukt. Ustvarili so več novih delov (osnovnih ali sestavljenih), ki so modularni, ortogonalni in jih je mogoče enostavno prilagajati dostavnemu sistemu. Pokazali, da je produkt necitotoksičen in se učinkovito internalizira v celice. Ostal jim je le korak dokazanja, da sistem omogoča prehod membransko neprepustnih molekul v citoplazmo. Njihova ideja predstavlja obetavno rešitev za problem endosomske ujetosti, ki že od samega začetka ovira področje terapevtikov.

==Viri==

Revolutionising Therapeutic Delivery Systems | Sydney-Australia - iGEM 2024. Dostopno na: https://2024.igem.wiki/sydney-australia/index.html (18. 5. 2025)

Rebolutionaries

2025-05-19T11:15:33Z

Mia Kobal:

[https://2024.igem.wiki/sydney-australia/index.html/ Rebolutionaries] je iGEM projekt ekipe iz Univerze v Sydneyju, ki je leta 2024 zasedel 3. mesto.

==Uvod==

Znotrajcelična dostava zdravil je popularen, a precej omejen in oviran koncept zdravljenja. Eden glavnih virov neučinkovitosti je internalizacija molekul zdravila preko fagocitoze in neuspešna translokacije le-teh preko celičnih membran. Molekule se ujamejo v endosomalne vezikle, v katerih nimajo učinka in se nato velikokrat ali razgradijo v lizosomu ali pa izločijo iz celice. Izziv endosomalnega pobega je tako izziv v izboljšavi pobega zdravila in v premagovanju celične odpornosti. S projektom Rebolutionaries je ekipa želela razviti modularni sistem »dizajnerskih« R-telesc, ki bi lahko prenašala specifična zdravula v specifične celične tipe.

==R-telesca==

Refraktilna telesca ali R-telesca so ogromni, stabilni polimerni proteini, ki se v kislem endosomalnem okolju raztegnejo kot igle. To raztezanje je hitro, reverzibilno, robustno in ga je mogoče prilagajati z usmerjeno evolucijo. R-telesca so naravni sistem za dovajanje toksinov, ki je bil odkrit pri »ubijalskih« sevih paramecija (''Paramecia aurelia''). Ti so prek izločanja toksičnih kapa delcev povzročili smrt drugih »občutljivih« sevov paramecija. Toksični delic so bakterijski endosimbionti ''Caedibacter spp.'', v katerih najedmo R-telesca, ki omogočajo izločanje toksinov iz njih. Po elektronskim mikroskopom izgledajo R-telesca kot proteinski trakovi, ki so znotraj bakterije v zviti konformaciji. Zvito telo je strukturirano kot votel valj s plastmi, ki se lahko odvije na teleskopski način kot odziv na različne signale. Z odvijanjem se dolžina telesca poveča za več kot 20x, tudi do 20 μm, in pretrga bakterijsko steno in fagolizosom paramecija. Sama R-telesca niso toksična.
Prednost uporabe R-telesc kot proteinskih nosilcev se nahaja v prečkanju bioloških pregrad, v dobri biokompatibilnosti, biorazgradljivosti, okoljski trajnosti in razpoložljivosti. Proteinske polimere lahko tudi enostavno modificiramo in jim s tem spremenimo fizikalno-kemijske lastnosti.
R-telesca sestavljata dva monomera, RebA in RebB, ki sta razporejena vzporedno v tankem, ploščatem traku. Na eno stran traka so obrnjeni C-konci obeh monomerov, na drugo stran pa N-konci. Ko je trak zvit, C-konci gledajo proti notranjosti, medtem ko so N-konci obrnjeni proti zunanjemu okolju. Za konjugacijo tovorov na ogrodje R-telesc so tako na voljo štiri možna mesta: C-konec RebA, C-konec RebB, N-konec RebA in N-konec RebB.

==Izražanje in čiščenje R-telesc==

Ekipa je imela na razpolago dve zalogi ''E. coli'' sevov DH5α, ki sta vsebovali plazmide z Reb konstrukti, in sicer Reb1 ter njegovo fluorescenčno različico Reb206. Reb1 vsebuje operon divjega tipa R-teles, ki vključuje gene RebA, RebB, RebC in RebD. Gena RebA in RebB kodirata monomera, RebC se vgrajuje v telesa z nizko pogostostjo, funkcija gena RebD pa ni znana. Konstrukt Reb206 vsebuje fuzijski protein mNeonGreen-RebB pod nadzorom šibkega RBS-ja ter mCherry pod nadzorom močnega RBS-ja, kar omogoča potrditev izražanja proteina.
S pomočjo standardnih protokolov so konstrukte amplificirali v DH5α in jih nato prenesli v sev BL21 (DE3), ki je primeren za izražanje rekombinantnih proteinov. Soočali so se s problemom, da trenutno ni zanesljivih kvantitativnih metod za merjenje koncentracije R-teles. S pomočjo fluorescenčnih tehnik so ocenili izražanje Reb206, kjer je Reb1 služil kot kontrola in na podlagi rezultatov optimizirali pogoje izražanja za divji tip. Izražanje so opravljali pri temperaturi 37 °C in v LB mediju. Sestavljanje R-telesc je energijsko zahteven proces, uporaba obogatenega medija je več kot podvojila izplen.
Po optimizaciji pogojev izražanja so želeli protein očististi in potrditi aktivnost razteganja. Čiščenje se je izkazalo za precej zahtevno, saj R-telesca niso primerna za kromatografske tehnike zaradi slabe topnosti v vodnih medijih in velikosti. Poskusili so opraviti čiščenje z že znanim protokolom, ki je precej agresiven, preko liziranja celic, encimske obdelave, centrifugiranja in večkratnega pranja z detergenti. Protokola niso uspešno ponovili, namesto fine, bele usedline so pridobili nitasto, viskozno maso, kar je nakazovalno na kontaminacijo z DNA. Mikroskopski posnetki pri pH 7,5 so pokazali amorfne heterogene grudice, ko so vzorec suspendirali pri pH 5, so opazili le kratkotrajno napihovanje grud. Ključne korake čiščenja R-teles so tako morali optimizirati, več mesecev so kombinirali daljše inkubacije, večkratne encimske obedlave, različne detergente, hitrosti centrifugiranja itd. Na koncu so dosegli visoko čistost, pri kislem pH raztegovanja Reb206 niso opazili, ko pa so postopek ponovili z divjim tipom Reb1, pa so pridobili pozitivne rezultate.

==Genetska sestava in konjugacija==

Cilj je bil oblikovanje R-teles s funkcijo prenašanja tovora. Za njegov doseg so morali oblikovati več novih konstruktov, ki so omogočali konjugacijo tovora. Oblikovali so jih s pomočjo PCR s podaljšanim prekrivanjem (angl. overlap extension PCR) in metodo Gibsonove sestave. Izbrali so si 4 ortogonalne konjugacijske strategije: encimsko ligacijo s sortazo A, vključevanje nekanoničnih aminokislin t utišanjem amber kodona, tiol-maleimid konjugacijo in selektivno modifikacijo N-konca z 2-piridinkarboksialdehidom.
Encimska ligacija s sortazo A izrablja specifičen encim, ki katalizira transpeptidazno rekacijo med C-končnim motivom LPXTG in N-končnim (Gly)n. Pri delu so konjugacijo terapevtikov omejili na C-konec proteina, želeli pa so vezati tudi fluorescenčni tovor mNeonGreen za validacijo. Ustvarili in izrazili so tri konstrukte – mNeonGreen z N-končnim oligoglicinom (GGG-mNeonGreen), ter Reb1, kjer imata RebA ali RebB na C-koncu motiv LPETG (RebA-LPETG, RebB-LPETG). Uporabili so komercialno dostopno encimsko različico sortaze (eSrtA), ki prepozna motiv LPETG. Izražanje konstruktov in encima je potekalo v sevu BL21. Pridobili so pozitivne rezultate, modifikacija R-teles ni vplivala na njihovo aktivnost raztegovanja.
Amber kodonsko utišanje je tehnika razširitve genetskega koda, ki omogoča vnost nekanonične aminokisline (ncAA) s specifičnimi reaktivnimi skupinami v proteine. ncAA je dodana gojišču, prepozna jo ortogonalna aminoacil-tRNA sintentaza in je vezana na ortogonalno tRNA, ki prepozna amber kodon. Tega so vgradili na N-konec obeh monomerov, tako so ustvarili dva konstrukta (TAG-RebA in TAG-RebB). Izbrali so si aminokislino 4-azido-L-fenilalanin (AzF), ki je združljiva z reakcijo azidno-alikilinsko cikloadicije (CuAAC). Celice BL21 so tako sočasno transformirali z enim izmed konstruktov in s platmidom pEVOL AzF ter jih gojili v mediju z dodatkom AzF. Prečiščena R-telesa so nato konjugirali z barvilom sulfo-Cy5, vendar prvotna CuAAC konjugacija barvila ni bila uspešna. Reakcijo so optimizirali z dodatko liganda THPTA, ki koordinira Cu(I), preprečuje njegovo oksidacijo v Cu(II) in s tem pospeši reakcijo. Pridobili so opazne pelete, kar je nakazovalo na uspešno amber kodonsko utišanje.
Opravili so tudi modifikacijo z 5-etinilpikolinaldehidom, kjer kondenzacijska reakcija poteka specifično na N-koncu peptidov. Izbran derivat 2-piridinkarboksialdehida je omogočal CuAAC označevanje in uporabo barvila sulfo-Cy5. Reakcijo so opravljali pri višji temperaturi in pridobili pozitivne rezultate.
Konjugacija tiol-maleimid vključuje adicijo tiolata na dvojno vez maleimida in nastanek tiosukcinimida oz. sukcinimidil tioesterske vezi. Ker sama monomera RebA in RebB ne vključujeta cisteinskih ostankov, so pripravili konstrukte, kjer so jih dodali ali na N- ali na C-konec preko GGGS linkerja. Zaradi težav pri transformaciji celic so delo nadaljevali le z Cys-N-RebB in Cys-C-RebB. Rekacija s sulfo-Cy5 maleimidom je bila uspešna le na Cys-N-RebB, vzorka za neuspeh pri Cys-C-RebB niso odkrili. Pri preverjanju aktivnosti raztezanja so opazili, da se Cys-C-Reb zlahka raztegne v kislem, Cys-N-RebB pa se ne. Zaradi pojava nenavadni peletov so sklepali, da je to posledica nepravilnega čiščenja.

==''In vitro'' uporaba==

Želeli so ovrednotiti nagnjenost celic k endocitozi R-teles in učinkovitost razpada ter sproščanja zdravil prek R-telescc. Za oceno učinkovitosti endocitoze so razvili konstrukte RebA-LPETGGG-mNeonGreen in RebB-LPETGGG-mNeonGreen. mNeonGreen ohranja svojo fluorescenco tudi v kislem okolju endosomov in je na R-telo pritrjen preko nerazcepnega povezovalca. Za sproščanje zdravila iz sistema R-teles pa so potrebni razcepni povezovalci, tovor mora biti sproščen pred raztezanjem teles. Razmišljali so o dveh pristopih, in sicer skupinah, ki so občutljive na kisline in zaporedjih, ki so občutljiva na proteaze. Za dokaz koncepta so sistem karakterizirali z aldoksorubicinom, ki ima kislinam občutljivo hidrazonsko skupino in maleimidno funkcionaliziran povezovalec. Ker so prepozno ugotovili, da se Cys-N-RebB pri nizkem pH ne raztegne, so dobljeni rezultati dokazali le vstop aldoksorubicina v endosom, ne pa tudi njegovega sproščanja. Za celično kulturo so uporabili suspenzijsko linijo EXPI293, ki izhaja iz neoplastične človeške embrionalne ledvične celične linije. Pri ocenjevanju učinkovitosti endocitoze so izračunali povprečno število teles RebA-LPETGGG-mNeonGreen na celico pri različnih razredčitvah in časih inkubacije. Povprečno število R-teles je naraščalo sorazmerno z razredčitvenim faktorjem in je v povprečju znašalo 4 telesa na celico. Število R-teles na celico je sledilo bimodalni porazdelitvi, pri visoki koncentraciji je večina celic internalizirala 5-10 teles, preostali delež pa 0-1. Vzrok in terapevtski pomen te heterogenosti zahtevata nadaljnje raziskave. Pomembno je, da konstukti niso izkazovali citotoksičnih učinkov, celice so se še naprej delile, izgledale so morfrološko zdrave.

==Zaključek==

Ekipa je tako skoraj pripeljala nov inovativen sistem za dostavo v celico do eksperimentalne zaključne faze. Razvili so novo metodo čiščenja, ki izkorišča naravno stabilnost R-teles in je tako primerna za katerikoli R-telesni konstrukt. Ustvarili so več novih delov (osnovnih ali sestavljenih), ki so modularni, ortogonalni in jih je mogoče enostavno prilagajati dostavnemu sistemu. Pokazali, da je produkt necitotoksičen in se učinkovito internalizira v celice. Ostal jim je le korak dokazanja, da sistem omogoča prehod membransko neprepustnih molekul v citoplazmo. Njihova ideja predstavlja obetavno rešitev za problem ensosomske ujetosti, ki že od samega začetka ovira področje terapevtikov.

==Viri==

Revolutionising Therapeutic Delivery Systems | Sydney-Australia - iGEM 2024. Dostopno na: https://2024.igem.wiki/sydney-australia/index.html (18. 5. 2025)

Rebolutionaries

2025-05-18T09:40:33Z

Mia Kobal: /* Zaključek */

[https://2024.igem.wiki/sydney-australia/index.html/ Rebolutionaries] je iGEM projekt ekipe iz Univerze v Sydneyu, ki je leta 2024 zasedel 3. mesto.

==Uvod==

Znotrajcelična dostava zdravil je popularen, a precej omejen in oviran koncept zdravljenja. Eden glavnih virov neučinkovitosti je internalizacija molekul zdravila preko fagocitoze in neuspešna translokacije le-teh preko celičnih membran. Molekule se ujamejo v endosomalne vezikle, v katerih nimajo učinka in se nato velikokrat ali razgradijo v lizosomu ali pa izločijo iz celice. Izziv endosomalnega pobega je tako izziv v izboljšavi pobega zdravila in v premagovanju celične odpornosti. S projektom Rebolutionaries je ekipa želela razviti modularni sistem »dizajnerskih« R-telesc, ki bi lahko prenašala specifična zdravula v specifične celične tipe.

==R-telesca==

Refraktilna telesca ali R-telesca so ogromni, stabilni polimerni proteini, ki se v kislem endosomalnem okolju raztegnejo kot igle. To raztezanje je hitro, reverzibilno, robustno in ga je mogoče prilagajati z usmerjeno evolucijo. R-telesca so naravni sistem za dovajanje toksinov, ki je bil odkrit pri »ubijalskih« sevih paramecija (''Paramecia aurelia''). Ti so prek izločanja toksičnih kapa delcev povzročili smrt drugih »občutljivih« sevov paramecija. Toksični delic so bakterijski endosimbionti ''Caedibacter spp.'', v katerih najedmo R-telesca, ki omogočajo izločanje toksinov iz njih. Po elektronskim mikroskopom izgledajo R-telesca kot proteinski trakovi, ki so znotraj bakterije v zviti konformaciji. Zvito telo je strukturirano kot votel valj s plastmi, ki se lahko odvije na teleskopski način kot odziv na različne signale. Z odvijanjem se dolžina telesca poveča za več kot 20x, tudi do 20 μm, in pretrga bakterijsko steno in fagolizosom paramecija. Sama R-telesca niso toksična.
Prednost uporabe R-telesc kot proteinskih nosilcev se nahaja v prečkanju bioloških pregrad, v dobri biokompatibilnosti, biorazgradljivosti, okoljski trajnosti in razpoložljivosti. Proteinske polimere lahko tudi enostavno modificiramo in jim s tem spremenimo fizikalno-kemijske lastnosti.
R-telesca sestavljata dva monomera, RebA in RebB, ki sta razporejena vzporedno v tankem, ploščatem traku. Na eno stran traka so obrnjeni C-konci obeh monomerov, na drugo stran pa N-konci. Ko je trak zvit, C-konci gledajo proti notranjosti, medtem ko so N-konci obrnjeni proti zunanjemu okolju. Za konjugacijo tovorov na ogrodje R-telesc so tako na voljo štiri možna mesta: C-konec RebA, C-konec RebB, N-konec RebA in N-konec RebB.

==Izražanje in čiščenje R-telesc==

Ekipa je imela na razpolago dve zalogi ''E. coli'' sevov DH5α, ki sta vsebovali plazmide z Reb konstrukti, in sicer Reb1 ter njegovo fluorescenčno različico Reb206. Reb1 vsebuje operon divjega tipa R-teles, ki vključuje gene RebA, RebB, RebC in RebD. Gena RebA in RebB kodirata monomera, RebC se vgrajuje v telesa z nizko pogostostjo, funkcija gena RebD pa ni znana. Konstrukt Reb206 vsebuje fuzijski protein mNeonGreen-RebB pod nadzorom šibkega RBS-ja ter mCherry pod nadzorom močnega RBS-ja, kar omogoča potrditev izražanja proteina.
S pomočjo standardnih protokolov so konstrukte amplificirali v DH5α in jih nato prenesli v sev BL21 (DE3), ki je primeren za izražanje rekombinantnih proteinov. Soočali so se s problemom, da trenutno ni zanesljivih kvantitativnih metod za merjenje koncentracije R-teles. S pomočjo fluorescenčnih tehnik so ocenili izražanje Reb206, kjer je Reb1 služil kot kontrola in na podlagi rezultatov optimizirali pogoje izražanja za divji tip. Izražanje so opravljali pri temperaturi 37 °C in v LB mediju. Sestavljanje R-telesc je energijsko zahteven proces, uporaba obogatenega medija je več kot podvojila izplen.
Po optimizaciji pogojev izražanja so želeli protein očististi in potrditi aktivnost razteganja. Čiščenje se je izkazalo za precej zahtevno, saj R-telesca niso primerna za kromatografske tehnike zaradi slabe topnosti v vodnih medijih in velikosti. Poskusili so opraviti čiščenje z že znanim protokolom, ki je precej agresiven, preko liziranja celic, encimske obdelave, centrifugiranja in večkratnega pranja z detergenti. Protokola niso uspešno ponovili, namesto fine, bele usedline so pridobili nitasto, viskozno maso, kar je nakazovalno na kontaminacijo z DNA. Mikroskopski posnetki pri pH 7,5 so pokazali amorfne heterogene grudice, ko so vzorec suspendirali pri pH 5, so opazili le kratkotrajno napihovanje grud. Ključne korake čiščenja R-teles so tako morali optimizirati, več mesecev so kombinirali daljše inkubacije, večkratne encimske obedlave, različne detergente, hitrosti centrifugiranja itd. Na koncu so dosegli visoko čistost, pri kislem pH raztegovanja Reb206 niso opazili, ko pa so postopek ponovili z divjim tipom Reb1, pa so pridobili pozitivne rezultate.

==Genetska sestava in konjugacija==

Cilj je bil oblikovanje R-teles s funkcijo prenašanja tovora. Za njegov doseg so morali oblikovati več novih konstruktov, ki so omogočali konjugacijo tovora. Oblikovali so jih s pomočjo PCR s podaljšanim prekrivanjem (angl. overlap extension PCR) in metodo Gibsonove sestave. Izbrali so si 4 ortogonalne konjugacijske strategije: encimsko ligacijo s sortazo A, vključevanje nekanoničnih aminokislin t utišanjem amber kodona, tiol-maleimid konjugacijo in selektivno modifikacijo N-konca z 2-piridinkarboksialdehidom.
Encimska ligacija s sortazo A izrablja specifičen encim, ki katalizira transpeptidazno rekacijo med C-končnim motivom LPXTG in N-končnim (Gly)n. Pri delu so konjugacijo terapevtikov omejili na C-konec proteina, želeli pa so vezati tudi fluorescenčni tovor mNeonGreen za validacijo. Ustvarili in izrazili so tri konstrukte – mNeonGreen z N-končnim oligoglicinom (GGG-mNeonGreen), ter Reb1, kjer imata RebA ali RebB na C-koncu motiv LPETG (RebA-LPETG, RebB-LPETG). Uporabili so komercialno dostopno encimsko različico sortaze (eSrtA), ki prepozna motiv LPETG. Izražanje konstruktov in encima je potekalo v sevu BL21. Pridobili so pozitivne rezultate, modifikacija R-teles ni vplivala na njihovo aktivnost raztegovanja.
Amber kodonsko utišanje je tehnika razširitve genetskega koda, ki omogoča vnost nekanonične aminokisline (ncAA) s specifičnimi reaktivnimi skupinami v proteine. ncAA je dodana gojišču, prepozna jo ortogonalna aminoacil-tRNA sintentaza in je vezana na ortogonalno tRNA, ki prepozna amber kodon. Tega so vgradili na N-konec obeh monomerov, tako so ustvarili dva konstrukta (TAG-RebA in TAG-RebB). Izbrali so si aminokislino 4-azido-L-fenilalanin (AzF), ki je združljiva z reakcijo azidno-alikilinsko cikloadicije (CuAAC). Celice BL21 so tako sočasno transformirali z enim izmed konstruktov in s platmidom pEVOL AzF ter jih gojili v mediju z dodatkom AzF. Prečiščena R-telesa so nato konjugirali z barvilom sulfo-Cy5, vendar prvotna CuAAC konjugacija barvila ni bila uspešna. Reakcijo so optimizirali z dodatko liganda THPTA, ki koordinira Cu(I), preprečuje njegovo oksidacijo v Cu(II) in s tem pospeši reakcijo. Pridobili so opazne pelete, kar je nakazovalo na uspešno amber kodonsko utišanje.
Opravili so tudi modifikacijo z 5-etinilpikolinaldehidom, kjer kondenzacijska reakcija poteka specifično na N-koncu peptidov. Izbran derivat 2-piridinkarboksialdehida je omogočal CuAAC označevanje in uporabo barvila sulfo-Cy5. Reakcijo so opravljali pri višji temperaturi in pridobili pozitivne rezultate.
Konjugacija tiol-maleimid vključuje adicijo tiolata na dvojno vez maleimida in nastanek tiosukcinimida oz. sukcinimidil tioesterske vezi. Ker sama monomera RebA in RebB ne vključujeta cisteinskih ostankov, so pripravili konstrukte, kjer so jih dodali ali na N- ali na C-konec preko GGGS linkerja. Zaradi težav pri transformaciji celic so delo nadaljevali le z Cys-N-RebB in Cys-C-RebB. Rekacija s sulfo-Cy5 maleimidom je bila uspešna le na Cys-N-RebB, vzorka za neuspeh pri Cys-C-RebB niso odkrili. Pri preverjanju aktivnosti raztezanja so opazili, da se Cys-C-Reb zlahka raztegne v kislem, Cys-N-RebB pa se ne. Zaradi pojava nenavadni peletov so sklepali, da je to posledica nepravilnega čiščenja.

==''In vitro'' uporaba==

Želeli so ovrednotiti nagnjenost celic k endocitozi R-teles in učinkovitost razpada ter sproščanja zdravil prek R-telescc. Za oceno učinkovitosti endocitoze so razvili konstrukte RebA-LPETGGG-mNeonGreen in RebB-LPETGGG-mNeonGreen. mNeonGreen ohranja svojo fluorescenco tudi v kislem okolju endosomov in je na R-telo pritrjen preko nerazcepnega povezovalca. Za sproščanje zdravila iz sistema R-teles pa so potrebni razcepni povezovalci, tovor mora biti sproščen pred raztezanjem teles. Razmišljali so o dveh pristopih, in sicer skupinah, ki so občutljive na kisline in zaporedjih, ki so občutljiva na proteaze. Za dokaz koncepta so sistem karakterizirali z aldoksorubicinom, ki ima kislinam občutljivo hidrazonsko skupino in maleimidno funkcionaliziran povezovalec. Ker so prepozno ugotovili, da se Cys-N-RebB pri nizkem pH ne raztegne, so dobljeni rezultati dokazali le vstop aldoksorubicina v endosom, ne pa tudi njegovega sproščanja. Za celično kulturo so uporabili suspenzijsko linijo EXPI293, ki izhaja iz neoplastične človeške embrionalne ledvične celične linije. Pri ocenjevanju učinkovitosti endocitoze so izračunali povprečno število teles RebA-LPETGGG-mNeonGreen na celico pri različnih razredčitvah in časih inkubacije. Povprečno število R-teles je naraščalo sorazmerno z razredčitvenim faktorjem in je v povprečju znašalo 4 telesa na celico. Število R-teles na celico je sledilo bimodalni porazdelitvi, pri visoki koncentraciji je večina celic internalizirala 5-10 teles, preostali delež pa 0-1. Vzrok in terapevtski pomen te heterogenosti zahtevata nadaljnje raziskave. Pomembno je, da konstukti niso izkazovali citotoksičnih učinkov, celice so se še naprej delile, izgledale so morfrološko zdrave.

==Zaključek==

Ekipa je tako skoraj pripeljala nov inovativen sistem za dostavo v celico do eksperimentalne zaključne faze. Razvili so novo metodo čiščenja, ki izkorišča naravno stabilnost R-teles in je tako primerna za katerikoli R-telesni konstrukt. Ustvarili so več novih delov (osnovnih ali sestavljenih), ki so modularni, ortogonalni in jih je mogoče enostavno prilagajati dostavnemu sistemu. Pokazali, da je produkt necitotoksičen in se učinkovito internalizira v celice. Ostal jim je le korak dokazanja, da sistem omogoča prehod membransko neprepustnih molekul v citoplazmo. Njihova ideja predstavlja obetavno rešitev za problem ensosomske ujetosti, ki že od samega začetka ovira področje terapevtikov.

==Viri==

Revolutionising Therapeutic Delivery Systems | Sydney-Australia - iGEM 2024. Dostopno na: https://2024.igem.wiki/sydney-australia/index.html (18. 5. 2025)

Seminarji SB 2024/25

2025-05-18T09:39:40Z

Mia Kobal:

V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_umetnih_medvrstnih_promotorjev_z_različnimi_transkripcijskimi_močmi Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi] (Miljan Trajković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preprečevanje_nastanka_multimerov_pogosto_uporabljenih_plazmidov_v_sintezni_biologiji Preprečevanje nastanka multimerov pogosto uporabljenih plazmidov v sintezni biologiji] (Lev Jošt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_Nicotiane_benthamiane_za_proizvodnjo_krisoeriola_z_uporabo_tehnik_sintezne_biologije Priprava ''Nicotiane benthamiane'' za proizvodnjo krisoeriola z uporabo tehnik sintezne biologije] (Nika Frelih)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gensko_spremenjeni_receptorji_za_komunikacijo_med_celicami_preko_topnih_signalov_in_zaznavanje_bolezni Gensko spremenjeni receptorji za komunikacijo med celicami preko topnih signalov in zaznavanje bolezni] (Zara Bunc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nadzor_nad_izražanjem_heterolognih_genov_pri_Bdellovibrio_bacteriovorus_z_uporabo_sintezne_biologije Nadzor nad izražanjem heterolognih genov pri Bdellovibrio bacteriovorus z uporabo sintezne biologije] (Živa Flego)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov Uporaba konzorcija kvasovk za de novo biosintezo rastlinskih lignanov] (Urša Lah)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sonogenetsko_nadzorovane_gensko_spremenjene_celice_za_zdravljenje_raka_v_mišjih_tumorskih_modelih Sonogenetsko nadzorovane gensko spremenjene celice za zdravljenje raka v mišjih tumorskih modelih] (Pia Mencin)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Združitev_difuzijskega_modela_in_transformerja_za_sintezo_izboljšanih_promotorjev_ter_napoved_moči_sintetičnih_promotorjev_z_uporabo_globokega_učenja Združitev difuzijskega modela in transformerja za sintezo izboljšanih promotorjev ter napoved moči sintetičnih promotorjev z uporabo globokega učenja] (Tinkara Korošec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_dvojno_svetlobo_nadzirani_kokulturni_sistem_omogoča_uravnavanje_sestave_populacije Z dvojno svetlobo nadzirani sistem omogoča uravnavanje sestave populacije] (Ula Mikoš)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Načrtovanje_močnih_inducibilnih_sinteznih_promotorjev_v_kvasovkah Načrtovanje močnih inducibilnih sinteznih promotorjev v kvasovkah] (Bor Kunstelj)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolni_inženiring_E._coli_za_izboljšano_produkcijo_diolov_iz_acetata Metabolni inženiring ''E. coli'' za izboljšano produkcijo diolov iz acetata] (Teo Trost)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inkorporacija_fotosintetsko_aktivnih_kloroplastov_iz_alg_v_kultivirane_celice_sesalcev_kot_pot_k_fotosintezi_pri_Živalih Inkorporacija fotosintetsko aktivnih kloroplastov iz alg v kultivirane celice sesalcev kot pot k fotosintezi pri živalih] (Peter Gričar Vintar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Izgradnja_metabolične_poti_za_biosintezo_treonina_iz_etilen_glikola Izgradnja metabolične poti za biosintezo treonina iz etilen glikola] (Tinkara Butara)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Povezava_sintezne_in_sistemske_biologije_za_in_vivo_encimatiko Povezava sintezne in sistemske biologije za ''in vivo'' encimatiko] (Gaja Starc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nanotelo_proti_Pdc1p_kot_gensko_kodiran_inhibitor_proizvodnje_etanola_omogoča_dvojni_transkripcijski_in_posttranslacijski_nadzor_fermentacije_v_kvasovkah Nanotelo proti Pdc1p kot gensko kodiran inhibitor proizvodnje etanola omogoča dvojni transkripcijski in posttranslacijski nadzor fermentacije v kvasovkah] (Lara Zupanc)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/S_fazno_separacijo_posredovano_sestavljanje_ve%C4%8Dencimskih_kompleksov_in_vivo S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov ''in vivo''] (Lana Kores)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_inženiring_funkcionalnih_siRNA Molekularni inženiring funkcionalnih siRNA] (Nataša Vujović)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETal:_izdelovanje_eteričnega_olja_sandalovine_iz_PET_plastike PETal: izdelovanje eteričnega olja sandalovine iz PET plastike] (Lara Krampač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET_TWINS:_Praktična_uporaba_PETaze_za_učinkovitejše_recikliranje_plastike PET TWINS: Praktična uporaba PETaze za učinkovitejše recikliranje plastike] (Tina Urh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAU-China:_Nodulska_tovarna_DHA_in_EPA CAU-China: Nodulska tovarna DHA in EPA] (Luka Fink)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/nuCloud:_Nov_oblak_za_shranjevanje_podatkov_na_osnovi_nukleotidov nuCloud: Nov oblak za shranjevanje podatkov na osnovi nukleotidov] (Aleš Poljanšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_metoda_diagnosticiranja_multiple_skleroze_-_miRADAR Nova metoda diagnosticiranja multiple skleroze - miRADAR] (Petja Premrl)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biostimulant_za_rast_rastlin_na_Luni_–_BioMoon Biostimulant za rast rastlin na Luni – BioMoon] (Žan Žnidar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CAPTURE:_Boj_proti_oku%C5%BEbam_s_Pseudomonas_aeruginosa_z_nosilci_protimikrobnih_peptidov&action=edit&redlink=1 Boj proti okužbam s Pseudomonas aeruginosa z nosilci protimikrobnih peptidov - CAPTURE] (Metka Rus)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/REPARO REPARO] (Lina Kopač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Tarakate Tarakate] (Pia Špehar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Heartecho:_presejalni_test_za_raka_pri_pacientih_po_miokardnem_infarktu Heartecho: presejalni test za raka pri pacientih po miokardnem infarktu] (Zarja Doberšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Synhesion Synhesion] (Janja Bohte)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rebolutionaries Rebolutionaries] (Mia Kobal)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].

Seminarji SB 2024/25

2025-05-18T09:39:15Z

Mia Kobal:

V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_umetnih_medvrstnih_promotorjev_z_različnimi_transkripcijskimi_močmi Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi] (Miljan Trajković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preprečevanje_nastanka_multimerov_pogosto_uporabljenih_plazmidov_v_sintezni_biologiji Preprečevanje nastanka multimerov pogosto uporabljenih plazmidov v sintezni biologiji] (Lev Jošt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_Nicotiane_benthamiane_za_proizvodnjo_krisoeriola_z_uporabo_tehnik_sintezne_biologije Priprava ''Nicotiane benthamiane'' za proizvodnjo krisoeriola z uporabo tehnik sintezne biologije] (Nika Frelih)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gensko_spremenjeni_receptorji_za_komunikacijo_med_celicami_preko_topnih_signalov_in_zaznavanje_bolezni Gensko spremenjeni receptorji za komunikacijo med celicami preko topnih signalov in zaznavanje bolezni] (Zara Bunc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nadzor_nad_izražanjem_heterolognih_genov_pri_Bdellovibrio_bacteriovorus_z_uporabo_sintezne_biologije Nadzor nad izražanjem heterolognih genov pri Bdellovibrio bacteriovorus z uporabo sintezne biologije] (Živa Flego)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov Uporaba konzorcija kvasovk za de novo biosintezo rastlinskih lignanov] (Urša Lah)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sonogenetsko_nadzorovane_gensko_spremenjene_celice_za_zdravljenje_raka_v_mišjih_tumorskih_modelih Sonogenetsko nadzorovane gensko spremenjene celice za zdravljenje raka v mišjih tumorskih modelih] (Pia Mencin)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Združitev_difuzijskega_modela_in_transformerja_za_sintezo_izboljšanih_promotorjev_ter_napoved_moči_sintetičnih_promotorjev_z_uporabo_globokega_učenja Združitev difuzijskega modela in transformerja za sintezo izboljšanih promotorjev ter napoved moči sintetičnih promotorjev z uporabo globokega učenja] (Tinkara Korošec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_dvojno_svetlobo_nadzirani_kokulturni_sistem_omogoča_uravnavanje_sestave_populacije Z dvojno svetlobo nadzirani sistem omogoča uravnavanje sestave populacije] (Ula Mikoš)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Načrtovanje_močnih_inducibilnih_sinteznih_promotorjev_v_kvasovkah Načrtovanje močnih inducibilnih sinteznih promotorjev v kvasovkah] (Bor Kunstelj)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolni_inženiring_E._coli_za_izboljšano_produkcijo_diolov_iz_acetata Metabolni inženiring ''E. coli'' za izboljšano produkcijo diolov iz acetata] (Teo Trost)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inkorporacija_fotosintetsko_aktivnih_kloroplastov_iz_alg_v_kultivirane_celice_sesalcev_kot_pot_k_fotosintezi_pri_Živalih Inkorporacija fotosintetsko aktivnih kloroplastov iz alg v kultivirane celice sesalcev kot pot k fotosintezi pri živalih] (Peter Gričar Vintar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Izgradnja_metabolične_poti_za_biosintezo_treonina_iz_etilen_glikola Izgradnja metabolične poti za biosintezo treonina iz etilen glikola] (Tinkara Butara)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Povezava_sintezne_in_sistemske_biologije_za_in_vivo_encimatiko Povezava sintezne in sistemske biologije za ''in vivo'' encimatiko] (Gaja Starc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nanotelo_proti_Pdc1p_kot_gensko_kodiran_inhibitor_proizvodnje_etanola_omogoča_dvojni_transkripcijski_in_posttranslacijski_nadzor_fermentacije_v_kvasovkah Nanotelo proti Pdc1p kot gensko kodiran inhibitor proizvodnje etanola omogoča dvojni transkripcijski in posttranslacijski nadzor fermentacije v kvasovkah] (Lara Zupanc)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/S_fazno_separacijo_posredovano_sestavljanje_ve%C4%8Dencimskih_kompleksov_in_vivo S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov ''in vivo''] (Lana Kores)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_inženiring_funkcionalnih_siRNA Molekularni inženiring funkcionalnih siRNA] (Nataša Vujović)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETal:_izdelovanje_eteričnega_olja_sandalovine_iz_PET_plastike PETal: izdelovanje eteričnega olja sandalovine iz PET plastike] (Lara Krampač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET_TWINS:_Praktična_uporaba_PETaze_za_učinkovitejše_recikliranje_plastike PET TWINS: Praktična uporaba PETaze za učinkovitejše recikliranje plastike] (Tina Urh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAU-China:_Nodulska_tovarna_DHA_in_EPA CAU-China: Nodulska tovarna DHA in EPA] (Luka Fink)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/nuCloud:_Nov_oblak_za_shranjevanje_podatkov_na_osnovi_nukleotidov nuCloud: Nov oblak za shranjevanje podatkov na osnovi nukleotidov] (Aleš Poljanšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_metoda_diagnosticiranja_multiple_skleroze_-_miRADAR Nova metoda diagnosticiranja multiple skleroze - miRADAR] (Petja Premrl)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biostimulant_za_rast_rastlin_na_Luni_–_BioMoon Biostimulant za rast rastlin na Luni – BioMoon] (Žan Žnidar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CAPTURE:_Boj_proti_oku%C5%BEbam_s_Pseudomonas_aeruginosa_z_nosilci_protimikrobnih_peptidov&action=edit&redlink=1 Boj proti okužbam s Pseudomonas aeruginosa z nosilci protimikrobnih peptidov - CAPTURE] (Metka Rus)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/REPARO REPARO] (Lina Kopač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Tarakate Tarakate] (Pia Špehar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Heartecho:_presejalni_test_za_raka_pri_pacientih_po_miokardnem_infarktu Heartecho: presejalni test za raka pri pacientih po miokardnem infarktu] (Zarja Doberšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Synhesion Synhesion] (Janja Bohte)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rebolutionaries] (Mia Kobal)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].

Rebolutionaries

2025-05-18T09:38:14Z

Mia Kobal: Created page with "[https://2024.igem.wiki/sydney-australia/index.html/ Rebolutionaries] je iGEM projekt ekipe iz Univerze v Sydneyu, ki je leta 2024 zasedel 3. mesto. ==Uvod== Znotrajcelična dostava zdravil je popularen, a precej omejen in oviran koncept zdravljenja. Eden glavnih virov neučinkovitosti je internalizacija molekul zdravila preko fagocitoze in neuspešna translokacije le-teh preko celičnih membran. Molekule se ujamejo v endosomalne vezikle, v katerih nimajo učinka in s..."

[https://2024.igem.wiki/sydney-australia/index.html/ Rebolutionaries] je iGEM projekt ekipe iz Univerze v Sydneyu, ki je leta 2024 zasedel 3. mesto.

==Uvod==

Znotrajcelična dostava zdravil je popularen, a precej omejen in oviran koncept zdravljenja. Eden glavnih virov neučinkovitosti je internalizacija molekul zdravila preko fagocitoze in neuspešna translokacije le-teh preko celičnih membran. Molekule se ujamejo v endosomalne vezikle, v katerih nimajo učinka in se nato velikokrat ali razgradijo v lizosomu ali pa izločijo iz celice. Izziv endosomalnega pobega je tako izziv v izboljšavi pobega zdravila in v premagovanju celične odpornosti. S projektom Rebolutionaries je ekipa želela razviti modularni sistem »dizajnerskih« R-telesc, ki bi lahko prenašala specifična zdravula v specifične celične tipe.

==R-telesca==

Refraktilna telesca ali R-telesca so ogromni, stabilni polimerni proteini, ki se v kislem endosomalnem okolju raztegnejo kot igle. To raztezanje je hitro, reverzibilno, robustno in ga je mogoče prilagajati z usmerjeno evolucijo. R-telesca so naravni sistem za dovajanje toksinov, ki je bil odkrit pri »ubijalskih« sevih paramecija (''Paramecia aurelia''). Ti so prek izločanja toksičnih kapa delcev povzročili smrt drugih »občutljivih« sevov paramecija. Toksični delic so bakterijski endosimbionti ''Caedibacter spp.'', v katerih najedmo R-telesca, ki omogočajo izločanje toksinov iz njih. Po elektronskim mikroskopom izgledajo R-telesca kot proteinski trakovi, ki so znotraj bakterije v zviti konformaciji. Zvito telo je strukturirano kot votel valj s plastmi, ki se lahko odvije na teleskopski način kot odziv na različne signale. Z odvijanjem se dolžina telesca poveča za več kot 20x, tudi do 20 μm, in pretrga bakterijsko steno in fagolizosom paramecija. Sama R-telesca niso toksična.
Prednost uporabe R-telesc kot proteinskih nosilcev se nahaja v prečkanju bioloških pregrad, v dobri biokompatibilnosti, biorazgradljivosti, okoljski trajnosti in razpoložljivosti. Proteinske polimere lahko tudi enostavno modificiramo in jim s tem spremenimo fizikalno-kemijske lastnosti.
R-telesca sestavljata dva monomera, RebA in RebB, ki sta razporejena vzporedno v tankem, ploščatem traku. Na eno stran traka so obrnjeni C-konci obeh monomerov, na drugo stran pa N-konci. Ko je trak zvit, C-konci gledajo proti notranjosti, medtem ko so N-konci obrnjeni proti zunanjemu okolju. Za konjugacijo tovorov na ogrodje R-telesc so tako na voljo štiri možna mesta: C-konec RebA, C-konec RebB, N-konec RebA in N-konec RebB.

==Izražanje in čiščenje R-telesc==

Ekipa je imela na razpolago dve zalogi ''E. coli'' sevov DH5α, ki sta vsebovali plazmide z Reb konstrukti, in sicer Reb1 ter njegovo fluorescenčno različico Reb206. Reb1 vsebuje operon divjega tipa R-teles, ki vključuje gene RebA, RebB, RebC in RebD. Gena RebA in RebB kodirata monomera, RebC se vgrajuje v telesa z nizko pogostostjo, funkcija gena RebD pa ni znana. Konstrukt Reb206 vsebuje fuzijski protein mNeonGreen-RebB pod nadzorom šibkega RBS-ja ter mCherry pod nadzorom močnega RBS-ja, kar omogoča potrditev izražanja proteina.
S pomočjo standardnih protokolov so konstrukte amplificirali v DH5α in jih nato prenesli v sev BL21 (DE3), ki je primeren za izražanje rekombinantnih proteinov. Soočali so se s problemom, da trenutno ni zanesljivih kvantitativnih metod za merjenje koncentracije R-teles. S pomočjo fluorescenčnih tehnik so ocenili izražanje Reb206, kjer je Reb1 služil kot kontrola in na podlagi rezultatov optimizirali pogoje izražanja za divji tip. Izražanje so opravljali pri temperaturi 37 °C in v LB mediju. Sestavljanje R-telesc je energijsko zahteven proces, uporaba obogatenega medija je več kot podvojila izplen.
Po optimizaciji pogojev izražanja so želeli protein očististi in potrditi aktivnost razteganja. Čiščenje se je izkazalo za precej zahtevno, saj R-telesca niso primerna za kromatografske tehnike zaradi slabe topnosti v vodnih medijih in velikosti. Poskusili so opraviti čiščenje z že znanim protokolom, ki je precej agresiven, preko liziranja celic, encimske obdelave, centrifugiranja in večkratnega pranja z detergenti. Protokola niso uspešno ponovili, namesto fine, bele usedline so pridobili nitasto, viskozno maso, kar je nakazovalno na kontaminacijo z DNA. Mikroskopski posnetki pri pH 7,5 so pokazali amorfne heterogene grudice, ko so vzorec suspendirali pri pH 5, so opazili le kratkotrajno napihovanje grud. Ključne korake čiščenja R-teles so tako morali optimizirati, več mesecev so kombinirali daljše inkubacije, večkratne encimske obedlave, različne detergente, hitrosti centrifugiranja itd. Na koncu so dosegli visoko čistost, pri kislem pH raztegovanja Reb206 niso opazili, ko pa so postopek ponovili z divjim tipom Reb1, pa so pridobili pozitivne rezultate.

==Genetska sestava in konjugacija==

Cilj je bil oblikovanje R-teles s funkcijo prenašanja tovora. Za njegov doseg so morali oblikovati več novih konstruktov, ki so omogočali konjugacijo tovora. Oblikovali so jih s pomočjo PCR s podaljšanim prekrivanjem (angl. overlap extension PCR) in metodo Gibsonove sestave. Izbrali so si 4 ortogonalne konjugacijske strategije: encimsko ligacijo s sortazo A, vključevanje nekanoničnih aminokislin t utišanjem amber kodona, tiol-maleimid konjugacijo in selektivno modifikacijo N-konca z 2-piridinkarboksialdehidom.
Encimska ligacija s sortazo A izrablja specifičen encim, ki katalizira transpeptidazno rekacijo med C-končnim motivom LPXTG in N-končnim (Gly)n. Pri delu so konjugacijo terapevtikov omejili na C-konec proteina, želeli pa so vezati tudi fluorescenčni tovor mNeonGreen za validacijo. Ustvarili in izrazili so tri konstrukte – mNeonGreen z N-končnim oligoglicinom (GGG-mNeonGreen), ter Reb1, kjer imata RebA ali RebB na C-koncu motiv LPETG (RebA-LPETG, RebB-LPETG). Uporabili so komercialno dostopno encimsko različico sortaze (eSrtA), ki prepozna motiv LPETG. Izražanje konstruktov in encima je potekalo v sevu BL21. Pridobili so pozitivne rezultate, modifikacija R-teles ni vplivala na njihovo aktivnost raztegovanja.
Amber kodonsko utišanje je tehnika razširitve genetskega koda, ki omogoča vnost nekanonične aminokisline (ncAA) s specifičnimi reaktivnimi skupinami v proteine. ncAA je dodana gojišču, prepozna jo ortogonalna aminoacil-tRNA sintentaza in je vezana na ortogonalno tRNA, ki prepozna amber kodon. Tega so vgradili na N-konec obeh monomerov, tako so ustvarili dva konstrukta (TAG-RebA in TAG-RebB). Izbrali so si aminokislino 4-azido-L-fenilalanin (AzF), ki je združljiva z reakcijo azidno-alikilinsko cikloadicije (CuAAC). Celice BL21 so tako sočasno transformirali z enim izmed konstruktov in s platmidom pEVOL AzF ter jih gojili v mediju z dodatkom AzF. Prečiščena R-telesa so nato konjugirali z barvilom sulfo-Cy5, vendar prvotna CuAAC konjugacija barvila ni bila uspešna. Reakcijo so optimizirali z dodatko liganda THPTA, ki koordinira Cu(I), preprečuje njegovo oksidacijo v Cu(II) in s tem pospeši reakcijo. Pridobili so opazne pelete, kar je nakazovalo na uspešno amber kodonsko utišanje.
Opravili so tudi modifikacijo z 5-etinilpikolinaldehidom, kjer kondenzacijska reakcija poteka specifično na N-koncu peptidov. Izbran derivat 2-piridinkarboksialdehida je omogočal CuAAC označevanje in uporabo barvila sulfo-Cy5. Reakcijo so opravljali pri višji temperaturi in pridobili pozitivne rezultate.
Konjugacija tiol-maleimid vključuje adicijo tiolata na dvojno vez maleimida in nastanek tiosukcinimida oz. sukcinimidil tioesterske vezi. Ker sama monomera RebA in RebB ne vključujeta cisteinskih ostankov, so pripravili konstrukte, kjer so jih dodali ali na N- ali na C-konec preko GGGS linkerja. Zaradi težav pri transformaciji celic so delo nadaljevali le z Cys-N-RebB in Cys-C-RebB. Rekacija s sulfo-Cy5 maleimidom je bila uspešna le na Cys-N-RebB, vzorka za neuspeh pri Cys-C-RebB niso odkrili. Pri preverjanju aktivnosti raztezanja so opazili, da se Cys-C-Reb zlahka raztegne v kislem, Cys-N-RebB pa se ne. Zaradi pojava nenavadni peletov so sklepali, da je to posledica nepravilnega čiščenja.

==''In vitro'' uporaba==

Želeli so ovrednotiti nagnjenost celic k endocitozi R-teles in učinkovitost razpada ter sproščanja zdravil prek R-telescc. Za oceno učinkovitosti endocitoze so razvili konstrukte RebA-LPETGGG-mNeonGreen in RebB-LPETGGG-mNeonGreen. mNeonGreen ohranja svojo fluorescenco tudi v kislem okolju endosomov in je na R-telo pritrjen preko nerazcepnega povezovalca. Za sproščanje zdravila iz sistema R-teles pa so potrebni razcepni povezovalci, tovor mora biti sproščen pred raztezanjem teles. Razmišljali so o dveh pristopih, in sicer skupinah, ki so občutljive na kisline in zaporedjih, ki so občutljiva na proteaze. Za dokaz koncepta so sistem karakterizirali z aldoksorubicinom, ki ima kislinam občutljivo hidrazonsko skupino in maleimidno funkcionaliziran povezovalec. Ker so prepozno ugotovili, da se Cys-N-RebB pri nizkem pH ne raztegne, so dobljeni rezultati dokazali le vstop aldoksorubicina v endosom, ne pa tudi njegovega sproščanja. Za celično kulturo so uporabili suspenzijsko linijo EXPI293, ki izhaja iz neoplastične človeške embrionalne ledvične celične linije. Pri ocenjevanju učinkovitosti endocitoze so izračunali povprečno število teles RebA-LPETGGG-mNeonGreen na celico pri različnih razredčitvah in časih inkubacije. Povprečno število R-teles je naraščalo sorazmerno z razredčitvenim faktorjem in je v povprečju znašalo 4 telesa na celico. Število R-teles na celico je sledilo bimodalni porazdelitvi, pri visoki koncentraciji je večina celic internalizirala 5-10 teles, preostali delež pa 0-1. Vzrok in terapevtski pomen te heterogenosti zahtevata nadaljnje raziskave. Pomembno je, da konstukti niso izkazovali citotoksičnih učinkov, celice so se še naprej delile, izgledale so morfrološko zdrave.

==Zaključek==

Ekipa je tako skoraj pripeljala nov inovativen sistem za dostavo v celico do eksperimenalne zaključne faze. Razvili so novo metodo čiščenja, ki izkorišča naravno stabilnost R-teles in je tako primerna za katerikoli R-telesni konstrukt. Ustvarili so več novih delov (osnovnih ali sestavljenih), ki so modularni, ortogonalni in jih je mogoče enostavno prilagajati dostavnemu sistemu. Pokazali, da je produkt necitotoksičen in se učinkovito internalizira v celice. Ostal jim je le korak dokazanja, da sistem omogoča prehod membransko neprepustnih molekul v citoplazmo. Njihova ideja predstavlja obetavno rešitev za problem ensosomske ujetosti, ki že od samega začetka ovira področje terapevtikov.

==Viri==

Revolutionising Therapeutic Delivery Systems | Sydney-Australia - iGEM 2024. Dostopno na: https://2024.igem.wiki/sydney-australia/index.html (18. 5. 2025)

Stabilizacija RNA pri hipertermofilnih arhejah

2023-05-16T07:39:58Z

Mia Kobal: /* RNA vezavni proteini */

== Uvod ==

V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.
Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. Druga domneva je, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature. Po tej logiki so te arheje razvile učinkovite stresne proteine in prevladale nad predhodnimi mezofili. Možno je tudi, da je bil svet pred arhejami hladnejši. Prednost takega ekosistema bi bila zaščita RNA pred hidrolitično razgradnjo, do katere pride pri visoki temperaturi. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'-OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.

== Struktura RNA ==

Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v zankah RNA. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli RNA verig, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC baznih parov in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije RNA zank lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih RNA verig je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm RNA molekul ''in vitro''.

== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==

Delci, ki prepoznajo signal (SRP-ji) so ribonukleoproteinski kompleksi, ki usmerjajo promet v celici. Tvorijo jih SRP proteini in SRP RNA. Arhejske SRP RNA imajo na 5' in 3' koncu dodana zaporedja, ki lahko tvorijo vijačnico H1. Njena vloga je preprečevanje razvijanja SRP RNA pri ekstremnih pogojih, kot je visoka temperatura. V parazitskem evkariontu ''Trichomonas tenax'' so raziskali kakšen vpliv ima permutacija gena, ki nosi zapis za SRP RNA. Ugotovili so, da sta nastala dva nova konca, ki lahko tvorita krožno SRP RNA molekulo, ta pa ima termostabilizacijski učinek. Krožna SRP RNA se lahko veže na SRP proteina SRP19 in SRP54. Del zaporedja, ki se je iz linearne oblike pretvori v krožno, obdela tRNA endonukleaza. Ta je običajno odgovorna za nastanek zrele tRNA tako, da tvori ustrezne 5' in 3' konce za aminoacetilacijo. V raziskavi so tako odkrili 'moonlighting' aktivnost tRNA endonukleaze (fenomen, ko ima en protein, za katerega so mislili, da ima le eno vlogo v celici, več različnih funkcij, ki niso povezane s prvotno). Posledica te aktivnosti omogoča nastanek stabilne in funkcionalne krožne RNA molekule.

== Modifikacije RNA ==

Stabilne molekule RNA so pogosto podvržene post-transkripcijskim spremembam. Pri hipertermofilnih arhejah so s pomočjo masne spektrometrije identificirali veliko število modifikacij nukleozidov pri tRNA. Te modifikacije vplivajo na terciarno strukturo, interakcije kodon-antikodon in samo stabilnost. Najbolj razširjena modifikacija, ki jo najdemo v strukturah RNA je metilacija 2'OH skupine riboznega dela nukleozida oziroma 2'-O-metilacija, katera nudi zaščito pred razpadom fosfodiestrske vezi. Pri bakterijah so te spremembe razmeroma redke in jih uvedejo posebne metiltransferaze, ki so specifične za mesto ali regijo. Evkarionti in arheje pa imajo ribonukleoproteinske (RNP) komplekse, ki vsebujejo majhne RNA (sRNA), ki identificirajo tarče za 2'-O-metilacijo. Te molekule imenujemo C/D škatla (C/D box). Zanje so značilni štirje ohranjeni elementi zaporedja, okvir C in C' (5'-RUGAUGA-3') ter okvir D in D' (5'-CUGA-3'). Ti elementi se zvijejo v znan RNA strukturni motiv, kink-obrat oz. k-obrat. Nanj se vežeta dva proteina L7Ae, ki sta del RNP kompleksa. Tega sestavljata tudi proteina Nop5 (oziroma Nop56/58) in metiltransferaze fibrilarina. sRNA vodijo kompleks do tarčnih RNA in uvedejo 2'-O-metilacijo 5 nukleotidov pred prvo komplementarno bazo D ali D' zaporedja. Sama mesta modifikacij so bila identificirana v osrednjih regijah ribosoma, med veliko in malo podenoto, ter na mestih RNA-RNA interakcije. Te rRNA regije nimajo proteinske zaščite, zato zaščito nudijo modifikacije. Vsaka C/D škatla ima dve voditeljski zaporedji (ena pred D, druga pa pred D'), kar opozarja na koordinirano vodenje do tarč. Predlagana je dodatna funkcija C/D škatle, in sicer šaperonska, saj je med tarčnimi rRNA manj kot 100 nt. Tvorile naj bi se dvojne interakcije, ene za pomoč pri zvijanju in stabilizaciji rRNA in kasnejša 2'-O-metilacija, ki termostabilizira.

== RNA vezavni proteini ==

Povečano število GC parov je osnovni mehanizem stabilizacije RNA pri ekstremnih pogojih, vendar ni opažen pri mnogih nekodirajočih RNA, vključno s C/D škatlo sRNA. Mehanizem, ki ga posvojijo je vezava proteinov na funkcionalno pomembne RNA komponente RNP kompleksov. Tak proces se na primer pojavi pri stabilizaciji CRISPR RNA, kateri tvorijo interakcije s Cas proteini za nastanek funkcionalnega efektorja. Pomembni proteini vključeni v stabilizacijo so člani proteinske družine L7Ae/L30e, ki vključuje arhejske L7Ae proteine in evkariontske homologe L30e. Njihova naloga je prepoznati motiv k-obrata in so direktno vključeni v stabilizacijo RNA. K-obrat ima tako vlogo vezavnega mesta za raznolike RNA vezavne proteine (RBP). Z imunoprecipitacijo je bil opažen mehanizem avtoregulacije proteina L7Ae, saj so identificiral več mRNA, ki kodirajo protein. Sama translacija L7Ae je regulirana z negativno povratno zanko. Predstavljena na primeru ''Archeoglobus fulgidus'', se struktura kink-obrat nahaja na 5' neprevedeni regiji (UTR) mRNA. Ob odsotnosti vezavnega proteina je struktura motiva nestabilna oziroma razgrajena. To omogoča vezavo ribosoma in začetek translacije L7Ae. Ko pa je protein ponovno prisoten, se ta veže na 5'UTR regijo in stabilizira strukturo k-obrata. S tem blokira vezavno mesto za ribosom, translacije več ne poteče. L7Ae vpliva tudi na izražanje proteinov Nop5 in fibrilarina, s katerima se povezuje v RNP kompleks. Na stabilnost hipertermofilnih arhej tako ne vpliva le vezava L7Ae proteina, temveč tudi njegova regulacija.

== Arhejski Lsm proteini ==

Pomembna družina RNA vezavnih proteinov so tudi arhejski Lsm (Sm-like) proteini. So podvrsta Sm proteinov, ki jih sicer najdemo pri bakterijah (Hfq) in evkariontih, kjer med drugim sodelujejo pri nastanku spliceosoma in izrezovanju intronov. Zaradi odsotnosti intronov v protein kodirajočih genih in drugačnega mehanizma procesiranja RNA pri arhejah, tu ni bilo pričakovati njihovega nahajanja. Le ti so bili odkriti z iskanjem zaporedja v podatkovni zbirki, obstoj pa je bil potrjen z določitvijo njihove strukture. Zaenkrat sta opisana dva taka proteina, Lsm1 in Lsm2, ki tvorita heptamerne ali heksamerne komplekse. Vežeta se predvsem na RNA bogato z uracilom. Delujeta lahko na podoben način kot evkariontski ali kot bakterijski Sm proteini. Slednji se obnašajo kot RNA šaperoni, ki omogočajo parjenje baz kompleksa sRNA-mRNA in stabilizacijo molekule sRNA . Medtem ko nekateri arhejski Lsm proteini, najdeni v drugih vrstah arhej, delujejo na bolj specifični in funkcionalni ravni procesiranja RNA, podobno kot evkariontski proteini, vendar natančen mehanizem delovanja še ni znan.
Sm proteini interagirajo tudi s DnaG, kar poveča eksosomsko aktivnost bodisi direktno ali z povečanjem vezavne afinitete do poliA repkov.

== Poliadenilacija in eksonukleazna aktivnost ==

Na razgradnjo RNA molekul pri hipertermofilnih arhejah vpliva poliadenilacija. Hipertermofil ''Sulfolobus solfataricus'' vsebuje proteinski kompleks podoben eksosomu, ki izkazuje fosforolitično aktivnost odvisno od kovinskih ionov in poleg svoje eksoribonukleolitične aktivnosti katalizira tudi adicijo poliA repkov na 3'-konec RNA.
Eksonukleazno aktivnost arhealnega eksosoma so potrdili s proučevanjem podobnosti s PNPazo v bakterijah. Ugotovljeno je bilo, da katalizira nastanek heteropolimernih repkov.
Za razgradnjo RNA od 5'-konca proti 3'-koncu je odgovoren protein Sso-aCPSF2. Njegova tripartitna struktura omogoča eksoribonukleolitično aktivnost s substrati RNA. Deluje torej kot eksonukleaza in sicer z večjo afiniteto do RNA molekul z le enim fosfatom na 5'-koncu. Translacijski iniciacijski faktor a/eIF2 lahko veže mRNA s trifosfatom na 5'-koncu in jo tako zaščiti pred delovanjem eksonukleaz – npr. Sso-aCPSF proteina. Eksperimentalno je dokazano, da večja produkcija a/eIF2 poveča stabilnost mRNA molekul. Dodatno zaščito pred eksonukleazno aktivnostjo lahko zagotovimo z ligacijo prostih 5' in 3'-koncev, kar se odraža v nastanku krožne RNA. To ponazarja primer krožne T. tenax SRP RNA. V tej molekuli je vijačnica 1 nadomeščena z neprekinjenim zaporedjem, novi konci pa so prepoznani s pomočjo mehanizma za spajanje arhealne tRNA. Zrele krožne molekule RNA obstajajo brez prostih koncev in niso izpostavljene kot tarče za arhealne eksonukleaze, kar posledično poveča njihovo stabilnost.

== Zaključek ==

Procesiranje obeh koncev RNA in status fosforilacije na 5'-koncu RNA predstavljajo pomembne determinante za stabilnost te molekule. Veliko ostalih mehanizmov prilagoditve RNA, da je le ta v okolju z višjimi temperaturami stabilna, je še neznanih in predstavlja možnost za nadaljnje raziskovanje na tem področju. Osredotočiti se je vredno predvsem na vlogo in mehanizem RNA-vezavnih proteinov, morebitno identifikacijo 5' NAD kap ter mehanizem metilacije mRNA molekule. Za nadaljnje eksperimentalno raziskovanje bo ključna kombinacija visoko zmogljivih tehnik sekvenciranja in klasičnih biokemijskih karakterizacij izolirane RNA iz hipertermofilnih arhej.

== Viri ==
[1] Gomes-Filho JV, Randau L. RNA stabilization in hyperthermophilic archaea. Ann N Y Acad Sci. 2019 Jul;1447(1):88-96. doi: 10.1111/nyas.14060. Epub 2019 Apr 17. PMID: 30994930. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30994930/

[2] Becskei A, Rahaman S. The life and death of RNA across temperatures. Comput Struct Biotechnol J. 2022 Aug 8;20:4325-4336. doi: 10.1016/j.csbj.2022.08.008. PMID: 36051884; PMCID: PMC9411577. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36051884/

[3] Plagens A, Daume M, Wiegel J, Randau L. Circularization restores signal recognition particle RNA functionality in Thermoproteus. Elife. 2015 Oct 24;4:e11623. doi: 10.7554/eLife.11623. PMID: 26499493; PMCID: PMC4731332. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4731332/

[4] Fischer S, Benz J, Späth B, Maier LK, Straub J, Granzow M, Raabe M, Urlaub H, Hoffmann J, Brutschy B, Allers T, Soppa J, Marchfelder A. The archaeal Lsm protein binds to small RNAs. J Biol Chem. 2010 Nov 5;285(45):34429-38. doi: 10.1074/jbc.M110.118950. Epub 2010 Sep 7. PMID: 20826804; PMCID: PMC2966057. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2966057/

[5] Dennis PP, Tripp V, Lui L, Lowe T, Randau L. C/D box sRNA-guided 2'-O-methylation patterns of archaeal rRNA molecules. BMC Genomics. 2015 Aug 22;16:632. doi: 10.1186/s12864-015-1839-z. PMID: 26296872; PMCID: PMC4644070. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26296872/

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Stabilizacija RNA pri hipertermofilnih arhejah

2023-05-15T19:42:31Z

Mia Kobal: /* Modifikacije RNA */

== Uvod ==

V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.
Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. Druga domneva je, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature. Po tej logiki so te arheje razvile učinkovite stresne proteine in prevladale nad predhodnimi mezofili. Možno je tudi, da je bil svet pred arhejami hladnejši. Prednost takega ekosistema bi bila zaščita RNA pred hidrolitično razgradnjo, do katere pride pri visoki temperaturi. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.

== Struktura RNA ==

Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v zankah RNA. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli RNA verig, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC baz in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije RNA zank lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU in AT pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih RNA verig je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm RNA molekul ''in vitro''.

== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==

Delci, ki prepoznajo signal (SRP-ji) so ribonukleoproteinski kompleksi, ki usmerjajo promet v celici. Tvorijo jih SRP proteini in SRP RNA. Arhejske SRP RNA imajo na 5' in 3' koncu dodana zaporedja, ki lahko tvorijo vijačnico H1. Njena vloga je preprečevanje razvijanja SRP RNA pri ekstremnih pogojih, kot je visoka temperatura. V parazitskem evkariontu ''Trichomonas tenax'' so raziskali kakšen vpliv ima permutacija gena, ki nosi zapis za SRP RNA. Ugotovili so, da sta nastala dva nova konca, ki lahko tvorita krožno SRP RNA molekulo, ta pa ima termostabilizacijski učinek. Krožna SRP RNA se lahko veže na SRP proteina SRP19 in SRP54. Del zaporedja, ki se je iz linearne oblike pretvori v krožno, obdela tRNA endonukleaza. Ta je običajno odgovorna za nastanek zrele tRNA tako, da tvori ustrezne 5' in 3' konce za aminoacetilacijo. V raziskavi so tako odkrili 'moonlighting' aktivnost tRNA endonukleaze (fenomen, ko ima en protein, za katerega so mislili, da ima le eno vlogo v celici, več različnih funkcij, ki niso povezane s prvotno). Posledica te aktivnosti omogoča nastanek stabilne in funkcionalne krožne RNA molekule.

== Modifikacije RNA ==

Stabilne molekule RNA so pogosto podvržene post-transkripcijskim spremembam. Pri hipertermofilnih arhejah so s pomočjo masne spektrometrije identificirali veliko število modifikacij nukleozidov pri tRNA. Te modifikacije vplivajo na terciarno strukturo, interakcije kodon-antikodon in samo stabilnost. Najbolj razširjena modifikacija, ki jo najdemo v strukturah RNA je metilacija 2'OH skupine riboznega dela nukleozida oziroma 2'-O-metilacija, katera nudi zaščito pred razpadom fosfodiestrske vezi. Pri bakterijah so te spremembe razmeroma redke in jih uvedejo posebne metiltransferaze, ki so specifične za mesto ali regijo. Evkarionti in arheje pa imajo ribonukleoproteinske (RNP) komplekse, ki vsebujejo majhne RNA (sRNA), ki identificirajo tarče za 2'-O-metilacijo. Te molekule imenujemo C/D škatla (C/D box). Zanje so značilni štirje ohranjeni elementi zaporedja, okvir C in C' (5'-RUGAUGA-3') ter okvir D in D' (5'-CUGA-3'). Ti elementi se zvijejo v znan RNA strukturni motiv, kink-obrat oz. k-obrat. Nanj se vežeta dva proteina L7Ae, ki sta del RNP kompleksa. Tega sestavljata tudi proteina Nop5 (oziroma Nop56/58) in metiltransferaze fibrilarina. sRNA vodijo kompleks do tarčnih RNA in uvedejo 2'-O-metilacijo 5 nukleotidov pred prvo komplementarno bazo D ali D' zaporedja. Sama mesta modifikacij so bila identificirana v osrednjih regijah ribosoma, med veliko in malo podenoto, ter na mestih RNA-RNA interakcije. Te rRNA regije nimajo proteinske zaščite, zato zaščito nudijo modifikacije. Vsaka C/D škatla ima dve voditeljski zaporedji (ena pred D, druga pa pred D'), kar opozarja na koordinirano vodenje do tarč. Predlagana je dodatna funkcija C/D škatle, in sicer šaperonska, saj je med tarčnimi rRNA manj kot 100 nt. Tvorile naj bi se dvojne interakcije, ene za pomoč pri zvijanju in stabilizaciji rRNA in kasnejša 2'-O-metilacija, ki termostabilizira.

== RNA vezavni proteini ==

Povečano število GC parov je osnovni mehanizem stabilizacije RNA pri ekstremnih pogojih, vendar ni opažen pri mnogih nekodirajočih RNA, vključno s C/D škatlo sRNA. Mehanizem, ki ga posvojijo je vezava proteinov na funkcionalno pomembne RNA komponente RNP kompleksov. Tak proces se na primer pojavi pri stabilizaciji CRISRP RNA, kateri tvorijo interakcije s Cas proteini za nastanek funkcionalnega efektorja. Pomembni proteini vključeni v stabilizacijo so člani proteinske družine L7Ae/L30e, ki vključuje arhejske L7Ae proteine in evkariontske homologe L30e. Njihova naloga je prepoznati motiv k-obrata in so direktno vključeni v stabilizacijo RNA. K-obrat ima tako vlogo vezavnega mesta za raznolike RNA vezavne proteine (RBP). Z imunoprecipitacijo je bil opažen mehanizem avtoregulacije proteina L7Ae, saj so identificiral več mRNA, ki kodirajo protein. Sama translacija L7Ae je regulirana z negativno povratno zanko. Predstavljena na primeru ''Archeoglobus fulgidus'', se struktura kink-obrat nahaja na 5' neprevedeni regiji (UTR) mRNA. Ob odsotnosti vezavnega proteina je struktura motiva nestabilna oziroma razgrajena. To omogoča vezavo ribosoma in začetek translacije L7Ae. Ko pa je protein ponovno prisoten, se ta veže na 5'UTR regijo in stabilizira strukturo k-obrata. S tem blokira vezavno mesto za ribosom, translacije več ne poteče. L7Ae vpliva tudi na izražanje proteinov Nop5 in fibrilarina, s katerima se povezuje v RNP kompleks. Na stabilnost hipertermofilnih arhej tako ne vpliva le vezava L7Ae proteina, temveč tudi njegova regulacija.

== Arhejski Lsm proteini ==

Pomembna družina RNA vezavnih proteinov so tudi arhejski Lsm (Sm-like) proteini. So podvrsta Sm proteinov, ki jih sicer najdemo pri bakterijah (Hfq) in evkariontih, kjer med drugim sodelujejo pri nastanku spliceosoma in izrezovanju intronov. Zaradi odsotnosti intronov v protein kodirajočih genih in drugačnega mehanizma procesiranja RNA pri arhejah, tu ni bilo pričakovati njihovega nahajanja. Le ti so bili odkriti z iskanjem zaporedja v podatkovni zbirki, obstoj pa je bil potrjen z določitvijo njihove strukture. Zaenkrat sta opisana dva taka proteina, Lsm1 in Lsm2, ki tvorita heptamerne ali heksamerne komplekse. Vežeta se predvsem na RNA bogato z uracilom. Delujeta lahko na podoben način kot evkariontski ali kot bakterijski Sm proteini. Slednji se obnašajo kot RNA šaperoni, ki omogočajo parjenje baz kompleksa sRNA-mRNA in stabilizacijo molekule sRNA . Medtem ko nekateri arhejski Lsm proteini, najdeni v drugih vrstah arhej, delujejo na bolj specifični in funkcionalni ravni procesiranja RNA, podobno kot evkariontski proteini, vendar natančen mehanizem delovanja še ni znan.
Sm proteini interagirajo tudi s DnaG, kar poveča eksosomsko aktivnost bodisi direktno ali z povečanjem vezavne afinitete do poliA repkov.

== Poliadenilacija in eksonukleazna aktivnost ==

Na razgradnjo RNA molekul pri hipertermofilnih arhejah vpliva poliadenilacija. Hipertermofil ''Sulfolobus solfataricus'' vsebuje proteinski kompleks podoben eksosomu, ki izkazuje fosforolitično aktivnost odvisno od kovinskih ionov in poleg svoje eksoribonukleolitične aktivnosti katalizira tudi adicijo poliA repkov na 3'-konec RNA.
Eksonukleazno aktivnost arhealnega eksosoma so potrdili s proučevanjem podobnosti s PNPazo v bakterijah. Ugotovljeno je bilo, da katalizira nastanek heteropolimernih repkov.
Za razgradnjo RNA od 5'-konca proti 3'-koncu je odgovoren protein Sso-aCPSF2. Njegova tripartitna struktura omogoča eksoribonukleolitično aktivnost s substrati RNA. Deluje torej kot eksonukleaza in sicer z večjo afiniteto do RNA molekul z le enim fosfatom na 5'-koncu. Translacijski iniciacijski faktor a/eIF2 lahko veže mRNA s trifosfatom na 5'-koncu in jo tako zaščiti pred delovanjem eksonukleaz – npr. Sso-aCPSF proteina. Eksperimentalno je dokazano, da večja produkcija a/eIF2 poveča stabilnost mRNA molekul. Dodatno zaščito pred eksonukleazno aktivnostjo lahko zagotovimo z ligacijo prostih 5' in 3'-koncev, kar se odraža v nastanku krožne RNA. To ponazarja primer krožne T. tenax SRP RNA. V tej molekuli je vijačnica 1 nadomeščena z neprekinjenim zaporedjem, novi konci pa so prepoznani s pomočjo mehanizma za spajanje arhealne tRNA. Zrele krožne molekule RNA obstajajo brez prostih koncev in niso izpostavljene kot tarče za arhealne eksonukleaze, kar posledično poveča njihovo stabilnost.

== Zaključek ==

Procesiranje obeh koncev RNA in status fosforilacije na 5'-koncu RNA predstavljajo pomembne determinante za stabilnost te molekule. Veliko ostalih mehanizmov prilagoditve RNA, da je le ta v okolju z višjimi temperaturami stabilna, je še neznanih in predstavlja možnost za nadaljnje raziskovanje na tem področju. Osredotočiti se je vredno predvsem na vlogo in mehanizem RNA-vezavnih proteinov, morebitno identifikacijo 5' NAD kap ter mehanizem metilacije mRNA molekule. Za nadaljnje eksperimentalno raziskovanje bo ključna kombinacija visoko zmogljivih tehnik sekvenciranja in klasičnih biokemijskih karakterizacij izolirane RNA iz hipertermofilnih arhej.

== Viri ==
[1] Gomes-Filho JV, Randau L. RNA stabilization in hyperthermophilic archaea. Ann N Y Acad Sci. 2019 Jul;1447(1):88-96. doi: 10.1111/nyas.14060. Epub 2019 Apr 17. PMID: 30994930. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30994930/

[2] Becskei A, Rahaman S. The life and death of RNA across temperatures. Comput Struct Biotechnol J. 2022 Aug 8;20:4325-4336. doi: 10.1016/j.csbj.2022.08.008. PMID: 36051884; PMCID: PMC9411577. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36051884/

[3] Plagens A, Daume M, Wiegel J, Randau L. Circularization restores signal recognition particle RNA functionality in Thermoproteus. Elife. 2015 Oct 24;4:e11623. doi: 10.7554/eLife.11623. PMID: 26499493; PMCID: PMC4731332. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4731332/

[4] Fischer S, Benz J, Späth B, Maier LK, Straub J, Granzow M, Raabe M, Urlaub H, Hoffmann J, Brutschy B, Allers T, Soppa J, Marchfelder A. The archaeal Lsm protein binds to small RNAs. J Biol Chem. 2010 Nov 5;285(45):34429-38. doi: 10.1074/jbc.M110.118950. Epub 2010 Sep 7. PMID: 20826804; PMCID: PMC2966057. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2966057/

[5] Dennis PP, Tripp V, Lui L, Lowe T, Randau L. C/D box sRNA-guided 2'-O-methylation patterns of archaeal rRNA molecules. BMC Genomics. 2015 Aug 22;16:632. doi: 10.1186/s12864-015-1839-z. PMID: 26296872; PMCID: PMC4644070. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26296872/

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Stabilizacija RNA pri hipertermofilnih arhejah

2023-05-15T19:41:22Z

Mia Kobal: /* Uvod */

== Uvod ==

V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.
Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. Druga domneva je, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature. Po tej logiki so te arheje razvile učinkovite stresne proteine in prevladale nad predhodnimi mezofili. Možno je tudi, da je bil svet pred arhejami hladnejši. Prednost takega ekosistema bi bila zaščita RNA pred hidrolitično razgradnjo, do katere pride pri visoki temperaturi. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.

== Struktura RNA ==

Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v zankah RNA. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli RNA verig, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC baz in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije RNA zank lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU in AT pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih RNA verig je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm RNA molekul ''in vitro''.

== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==

Delci, ki prepoznajo signal (SRP-ji) so ribonukleoproteinski kompleksi, ki usmerjajo promet v celici. Tvorijo jih SRP proteini in SRP RNA. Arhejske SRP RNA imajo na 5' in 3' koncu dodana zaporedja, ki lahko tvorijo vijačnico H1. Njena vloga je preprečevanje razvijanja SRP RNA pri ekstremnih pogojih, kot je visoka temperatura. V parazitskem evkariontu ''Trichomonas tenax'' so raziskali kakšen vpliv ima permutacija gena, ki nosi zapis za SRP RNA. Ugotovili so, da sta nastala dva nova konca, ki lahko tvorita krožno SRP RNA molekulo, ta pa ima termostabilizacijski učinek. Krožna SRP RNA se lahko veže na SRP proteina SRP19 in SRP54. Del zaporedja, ki se je iz linearne oblike pretvori v krožno, obdela tRNA endonukleaza. Ta je običajno odgovorna za nastanek zrele tRNA tako, da tvori ustrezne 5' in 3' konce za aminoacetilacijo. V raziskavi so tako odkrili 'moonlighting' aktivnost tRNA endonukleaze (fenomen, ko ima en protein, za katerega so mislili, da ima le eno vlogo v celici, več različnih funkcij, ki niso povezane s prvotno). Posledica te aktivnosti omogoča nastanek stabilne in funkcionalne krožne RNA molekule.

== Modifikacije RNA ==

Stabilne molekule RNA so pogosto podvržene post-transkripcijskim spremembam. Pri hipertermofilnih arhejah so s pomočjo masne spektrometrije identificirali veliko število modifikacij nukleozidov pri tRNA. Te modifikacije vplivajo na terciarno strukturo, interakcije kodon-antikodon in samo stabilnost. Najbolj razširjena modifikacija, ki jo najdemo v strukturah RNA je metilacija 2'-OH skupine riboznega dela nukleozida oziroma 2'-O-metilacija, katera nudi zaščito pred razpadom fosfodiestrske vezi. Pri bakterijah so te spremembe razmeroma redke in jih uvedejo posebne metiltransferaze, ki so specifične za mesto ali regijo. Evkarionti in arheje pa imajo ribonukleoproteinske (RNP) komplekse, ki vsebujejo majhne RNA (sRNA), ki identificirajo tarče za 2'-O-metilacijo. Te molekule imenujemo C/D škatla (C/D box). Zanje so značilni štirje ohranjeni elementi zaporedja, okvir C in C' (5'-RUGAUGA-3') ter okvir D in D' (5'-CUGA-3'). Ti elementi se zvijejo v znan RNA strukturni motiv, kink-obrat oz. k-obrat. Nanj se vežeta dva proteina L7Ae, ki sta del RNP kompleksa. Tega sestavljata tudi proteina Nop5 (oziroma Nop56/58) in metiltransferaze fibrilarina. sRNA vodijo kompleks do tarčnih RNA in uvedejo 2'-O-metilacijo 5 nukleotidov pred prvo komplementarno bazo D ali D' zaporedja. Sama mesta modifikacij so bila identificirana v osrednjih regijah ribosoma, med veliko in malo podenoto, ter na mestih RNA-RNA interakcije. Te rRNA regije nimajo proteinske zaščite, zato zaščito nudijo modifikacije. Vsaka C/D škatla ima dve voditeljski zaporedji (ena pred D, druga pa pred D'), kar opozarja na koordinirano vodenje do tarč. Predlagana je dodatna funkcija C/D škatle, in sicer šaperonska, saj je med tarčnimi rRNA manj kot 100 nt. Tvorile naj bi se dvojne interakcije, ene za pomoč pri zvijanju in stabilizaciji rRNA in kasnejša 2'-O-metilacija, ki termostabilizira.

== RNA vezavni proteini ==

Povečano število GC parov je osnovni mehanizem stabilizacije RNA pri ekstremnih pogojih, vendar ni opažen pri mnogih nekodirajočih RNA, vključno s C/D škatlo sRNA. Mehanizem, ki ga posvojijo je vezava proteinov na funkcionalno pomembne RNA komponente RNP kompleksov. Tak proces se na primer pojavi pri stabilizaciji CRISRP RNA, kateri tvorijo interakcije s Cas proteini za nastanek funkcionalnega efektorja. Pomembni proteini vključeni v stabilizacijo so člani proteinske družine L7Ae/L30e, ki vključuje arhejske L7Ae proteine in evkariontske homologe L30e. Njihova naloga je prepoznati motiv k-obrata in so direktno vključeni v stabilizacijo RNA. K-obrat ima tako vlogo vezavnega mesta za raznolike RNA vezavne proteine (RBP). Z imunoprecipitacijo je bil opažen mehanizem avtoregulacije proteina L7Ae, saj so identificiral več mRNA, ki kodirajo protein. Sama translacija L7Ae je regulirana z negativno povratno zanko. Predstavljena na primeru ''Archeoglobus fulgidus'', se struktura kink-obrat nahaja na 5' neprevedeni regiji (UTR) mRNA. Ob odsotnosti vezavnega proteina je struktura motiva nestabilna oziroma razgrajena. To omogoča vezavo ribosoma in začetek translacije L7Ae. Ko pa je protein ponovno prisoten, se ta veže na 5'UTR regijo in stabilizira strukturo k-obrata. S tem blokira vezavno mesto za ribosom, translacije več ne poteče. L7Ae vpliva tudi na izražanje proteinov Nop5 in fibrilarina, s katerima se povezuje v RNP kompleks. Na stabilnost hipertermofilnih arhej tako ne vpliva le vezava L7Ae proteina, temveč tudi njegova regulacija.

== Arhejski Lsm proteini ==

Pomembna družina RNA vezavnih proteinov so tudi arhejski Lsm (Sm-like) proteini. So podvrsta Sm proteinov, ki jih sicer najdemo pri bakterijah (Hfq) in evkariontih, kjer med drugim sodelujejo pri nastanku spliceosoma in izrezovanju intronov. Zaradi odsotnosti intronov v protein kodirajočih genih in drugačnega mehanizma procesiranja RNA pri arhejah, tu ni bilo pričakovati njihovega nahajanja. Le ti so bili odkriti z iskanjem zaporedja v podatkovni zbirki, obstoj pa je bil potrjen z določitvijo njihove strukture. Zaenkrat sta opisana dva taka proteina, Lsm1 in Lsm2, ki tvorita heptamerne ali heksamerne komplekse. Vežeta se predvsem na RNA bogato z uracilom. Delujeta lahko na podoben način kot evkariontski ali kot bakterijski Sm proteini. Slednji se obnašajo kot RNA šaperoni, ki omogočajo parjenje baz kompleksa sRNA-mRNA in stabilizacijo molekule sRNA . Medtem ko nekateri arhejski Lsm proteini, najdeni v drugih vrstah arhej, delujejo na bolj specifični in funkcionalni ravni procesiranja RNA, podobno kot evkariontski proteini, vendar natančen mehanizem delovanja še ni znan.
Sm proteini interagirajo tudi s DnaG, kar poveča eksosomsko aktivnost bodisi direktno ali z povečanjem vezavne afinitete do poliA repkov.

== Poliadenilacija in eksonukleazna aktivnost ==

Na razgradnjo RNA molekul pri hipertermofilnih arhejah vpliva poliadenilacija. Hipertermofil ''Sulfolobus solfataricus'' vsebuje proteinski kompleks podoben eksosomu, ki izkazuje fosforolitično aktivnost odvisno od kovinskih ionov in poleg svoje eksoribonukleolitične aktivnosti katalizira tudi adicijo poliA repkov na 3'-konec RNA.
Eksonukleazno aktivnost arhealnega eksosoma so potrdili s proučevanjem podobnosti s PNPazo v bakterijah. Ugotovljeno je bilo, da katalizira nastanek heteropolimernih repkov.
Za razgradnjo RNA od 5'-konca proti 3'-koncu je odgovoren protein Sso-aCPSF2. Njegova tripartitna struktura omogoča eksoribonukleolitično aktivnost s substrati RNA. Deluje torej kot eksonukleaza in sicer z večjo afiniteto do RNA molekul z le enim fosfatom na 5'-koncu. Translacijski iniciacijski faktor a/eIF2 lahko veže mRNA s trifosfatom na 5'-koncu in jo tako zaščiti pred delovanjem eksonukleaz – npr. Sso-aCPSF proteina. Eksperimentalno je dokazano, da večja produkcija a/eIF2 poveča stabilnost mRNA molekul. Dodatno zaščito pred eksonukleazno aktivnostjo lahko zagotovimo z ligacijo prostih 5' in 3'-koncev, kar se odraža v nastanku krožne RNA. To ponazarja primer krožne T. tenax SRP RNA. V tej molekuli je vijačnica 1 nadomeščena z neprekinjenim zaporedjem, novi konci pa so prepoznani s pomočjo mehanizma za spajanje arhealne tRNA. Zrele krožne molekule RNA obstajajo brez prostih koncev in niso izpostavljene kot tarče za arhealne eksonukleaze, kar posledično poveča njihovo stabilnost.

== Zaključek ==

Procesiranje obeh koncev RNA in status fosforilacije na 5'-koncu RNA predstavljajo pomembne determinante za stabilnost te molekule. Veliko ostalih mehanizmov prilagoditve RNA, da je le ta v okolju z višjimi temperaturami stabilna, je še neznanih in predstavlja možnost za nadaljnje raziskovanje na tem področju. Osredotočiti se je vredno predvsem na vlogo in mehanizem RNA-vezavnih proteinov, morebitno identifikacijo 5' NAD kap ter mehanizem metilacije mRNA molekule. Za nadaljnje eksperimentalno raziskovanje bo ključna kombinacija visoko zmogljivih tehnik sekvenciranja in klasičnih biokemijskih karakterizacij izolirane RNA iz hipertermofilnih arhej.

== Viri ==
[1] Gomes-Filho JV, Randau L. RNA stabilization in hyperthermophilic archaea. Ann N Y Acad Sci. 2019 Jul;1447(1):88-96. doi: 10.1111/nyas.14060. Epub 2019 Apr 17. PMID: 30994930. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30994930/

[2] Becskei A, Rahaman S. The life and death of RNA across temperatures. Comput Struct Biotechnol J. 2022 Aug 8;20:4325-4336. doi: 10.1016/j.csbj.2022.08.008. PMID: 36051884; PMCID: PMC9411577. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36051884/

[3] Plagens A, Daume M, Wiegel J, Randau L. Circularization restores signal recognition particle RNA functionality in Thermoproteus. Elife. 2015 Oct 24;4:e11623. doi: 10.7554/eLife.11623. PMID: 26499493; PMCID: PMC4731332. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4731332/

[4] Fischer S, Benz J, Späth B, Maier LK, Straub J, Granzow M, Raabe M, Urlaub H, Hoffmann J, Brutschy B, Allers T, Soppa J, Marchfelder A. The archaeal Lsm protein binds to small RNAs. J Biol Chem. 2010 Nov 5;285(45):34429-38. doi: 10.1074/jbc.M110.118950. Epub 2010 Sep 7. PMID: 20826804; PMCID: PMC2966057. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2966057/

[5] Dennis PP, Tripp V, Lui L, Lowe T, Randau L. C/D box sRNA-guided 2'-O-methylation patterns of archaeal rRNA molecules. BMC Genomics. 2015 Aug 22;16:632. doi: 10.1186/s12864-015-1839-z. PMID: 26296872; PMCID: PMC4644070. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26296872/

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Talk:Stabilizacija RNA pri hipertermofilnih arhejah

2023-05-15T19:39:58Z

Mia Kobal: New page: Karin Rak (Uvod, Struktura RNA, Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo) Mia Kobal (Modifikacije RNA, RNA vezavni proteini) Janja Bohte (Arhejski Lsm proteini, Poliadenilacija in eksonuk...

Karin Rak (Uvod, Struktura RNA, Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo)

Mia Kobal (Modifikacije RNA, RNA vezavni proteini)

Janja Bohte (Arhejski Lsm proteini, Poliadenilacija in eksonukleazna aktivnost, Zaključek)

Stabilizacija RNA pri hipertermofilnih arhejah

2023-05-15T19:38:16Z

Mia Kobal:

== Uvod ==

V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.
Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. Druga domneva je, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature. Po tej logiki so te arheje razvile učinkovite stresne proteine in prevladale nad predhodnimi mezofili. Možno je tudi, da je bil svet pred arhejami hladnejši. Prednost takega ekosistema bi bila zaščita RNA pred hidrolitično razgradnjo, do katere pride pri visoki temperaturi. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin [1]. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.

== Struktura RNA ==

Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v zankah RNA. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli RNA verig, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC baz in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije RNA zank lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU in AT pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih RNA verig je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm RNA molekul ''in vitro''.

== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==

Delci, ki prepoznajo signal (SRP-ji) so ribonukleoproteinski kompleksi, ki usmerjajo promet v celici. Tvorijo jih SRP proteini in SRP RNA. Arhejske SRP RNA imajo na 5' in 3' koncu dodana zaporedja, ki lahko tvorijo vijačnico H1. Njena vloga je preprečevanje razvijanja SRP RNA pri ekstremnih pogojih, kot je visoka temperatura. V parazitskem evkariontu ''Trichomonas tenax'' so raziskali kakšen vpliv ima permutacija gena, ki nosi zapis za SRP RNA. Ugotovili so, da sta nastala dva nova konca, ki lahko tvorita krožno SRP RNA molekulo, ta pa ima termostabilizacijski učinek. Krožna SRP RNA se lahko veže na SRP proteina SRP19 in SRP54. Del zaporedja, ki se je iz linearne oblike pretvori v krožno, obdela tRNA endonukleaza. Ta je običajno odgovorna za nastanek zrele tRNA tako, da tvori ustrezne 5' in 3' konce za aminoacetilacijo. V raziskavi so tako odkrili 'moonlighting' aktivnost tRNA endonukleaze (fenomen, ko ima en protein, za katerega so mislili, da ima le eno vlogo v celici, več različnih funkcij, ki niso povezane s prvotno). Posledica te aktivnosti omogoča nastanek stabilne in funkcionalne krožne RNA molekule.

== Modifikacije RNA ==

Stabilne molekule RNA so pogosto podvržene post-transkripcijskim spremembam. Pri hipertermofilnih arhejah so s pomočjo masne spektrometrije identificirali veliko število modifikacij nukleozidov pri tRNA. Te modifikacije vplivajo na terciarno strukturo, interakcije kodon-antikodon in samo stabilnost. Najbolj razširjena modifikacija, ki jo najdemo v strukturah RNA je metilacija 2'-OH skupine riboznega dela nukleozida oziroma 2'-O-metilacija, katera nudi zaščito pred razpadom fosfodiestrske vezi. Pri bakterijah so te spremembe razmeroma redke in jih uvedejo posebne metiltransferaze, ki so specifične za mesto ali regijo. Evkarionti in arheje pa imajo ribonukleoproteinske (RNP) komplekse, ki vsebujejo majhne RNA (sRNA), ki identificirajo tarče za 2'-O-metilacijo. Te molekule imenujemo C/D škatla (C/D box). Zanje so značilni štirje ohranjeni elementi zaporedja, okvir C in C' (5'-RUGAUGA-3') ter okvir D in D' (5'-CUGA-3'). Ti elementi se zvijejo v znan RNA strukturni motiv, kink-obrat oz. k-obrat. Nanj se vežeta dva proteina L7Ae, ki sta del RNP kompleksa. Tega sestavljata tudi proteina Nop5 (oziroma Nop56/58) in metiltransferaze fibrilarina. sRNA vodijo kompleks do tarčnih RNA in uvedejo 2'-O-metilacijo 5 nukleotidov pred prvo komplementarno bazo D ali D' zaporedja. Sama mesta modifikacij so bila identificirana v osrednjih regijah ribosoma, med veliko in malo podenoto, ter na mestih RNA-RNA interakcije. Te rRNA regije nimajo proteinske zaščite, zato zaščito nudijo modifikacije. Vsaka C/D škatla ima dve voditeljski zaporedji (ena pred D, druga pa pred D'), kar opozarja na koordinirano vodenje do tarč. Predlagana je dodatna funkcija C/D škatle, in sicer šaperonska, saj je med tarčnimi rRNA manj kot 100 nt. Tvorile naj bi se dvojne interakcije, ene za pomoč pri zvijanju in stabilizaciji rRNA in kasnejša 2'-O-metilacija, ki termostabilizira.

== RNA vezavni proteini ==

Povečano število GC parov je osnovni mehanizem stabilizacije RNA pri ekstremnih pogojih, vendar ni opažen pri mnogih nekodirajočih RNA, vključno s C/D škatlo sRNA. Mehanizem, ki ga posvojijo je vezava proteinov na funkcionalno pomembne RNA komponente RNP kompleksov. Tak proces se na primer pojavi pri stabilizaciji CRISRP RNA, kateri tvorijo interakcije s Cas proteini za nastanek funkcionalnega efektorja. Pomembni proteini vključeni v stabilizacijo so člani proteinske družine L7Ae/L30e, ki vključuje arhejske L7Ae proteine in evkariontske homologe L30e. Njihova naloga je prepoznati motiv k-obrata in so direktno vključeni v stabilizacijo RNA. K-obrat ima tako vlogo vezavnega mesta za raznolike RNA vezavne proteine (RBP). Z imunoprecipitacijo je bil opažen mehanizem avtoregulacije proteina L7Ae, saj so identificiral več mRNA, ki kodirajo protein. Sama translacija L7Ae je regulirana z negativno povratno zanko. Predstavljena na primeru ''Archeoglobus fulgidus'', se struktura kink-obrat nahaja na 5' neprevedeni regiji (UTR) mRNA. Ob odsotnosti vezavnega proteina je struktura motiva nestabilna oziroma razgrajena. To omogoča vezavo ribosoma in začetek translacije L7Ae. Ko pa je protein ponovno prisoten, se ta veže na 5'UTR regijo in stabilizira strukturo k-obrata. S tem blokira vezavno mesto za ribosom, translacije več ne poteče. L7Ae vpliva tudi na izražanje proteinov Nop5 in fibrilarina, s katerima se povezuje v RNP kompleks. Na stabilnost hipertermofilnih arhej tako ne vpliva le vezava L7Ae proteina, temveč tudi njegova regulacija.

== Arhejski Lsm proteini ==

Pomembna družina RNA vezavnih proteinov so tudi arhejski Lsm (Sm-like) proteini. So podvrsta Sm proteinov, ki jih sicer najdemo pri bakterijah (Hfq) in evkariontih, kjer med drugim sodelujejo pri nastanku spliceosoma in izrezovanju intronov. Zaradi odsotnosti intronov v protein kodirajočih genih in drugačnega mehanizma procesiranja RNA pri arhejah, tu ni bilo pričakovati njihovega nahajanja. Le ti so bili odkriti z iskanjem zaporedja v podatkovni zbirki, obstoj pa je bil potrjen z določitvijo njihove strukture. Zaenkrat sta opisana dva taka proteina, Lsm1 in Lsm2, ki tvorita heptamerne ali heksamerne komplekse. Vežeta se predvsem na RNA bogato z uracilom. Delujeta lahko na podoben način kot evkariontski ali kot bakterijski Sm proteini. Slednji se obnašajo kot RNA šaperoni, ki omogočajo parjenje baz kompleksa sRNA-mRNA in stabilizacijo molekule sRNA . Medtem ko nekateri arhejski Lsm proteini, najdeni v drugih vrstah arhej, delujejo na bolj specifični in funkcionalni ravni procesiranja RNA, podobno kot evkariontski proteini, vendar natančen mehanizem delovanja še ni znan.
Sm proteini interagirajo tudi s DnaG, kar poveča eksosomsko aktivnost bodisi direktno ali z povečanjem vezavne afinitete do poliA repkov.

== Poliadenilacija in eksonukleazna aktivnost ==

Na razgradnjo RNA molekul pri hipertermofilnih arhejah vpliva poliadenilacija. Hipertermofil ''Sulfolobus solfataricus'' vsebuje proteinski kompleks podoben eksosomu, ki izkazuje fosforolitično aktivnost odvisno od kovinskih ionov in poleg svoje eksoribonukleolitične aktivnosti katalizira tudi adicijo poliA repkov na 3'-konec RNA.
Eksonukleazno aktivnost arhealnega eksosoma so potrdili s proučevanjem podobnosti s PNPazo v bakterijah. Ugotovljeno je bilo, da katalizira nastanek heteropolimernih repkov.
Za razgradnjo RNA od 5'-konca proti 3'-koncu je odgovoren protein Sso-aCPSF2. Njegova tripartitna struktura omogoča eksoribonukleolitično aktivnost s substrati RNA. Deluje torej kot eksonukleaza in sicer z večjo afiniteto do RNA molekul z le enim fosfatom na 5'-koncu. Translacijski iniciacijski faktor a/eIF2 lahko veže mRNA s trifosfatom na 5'-koncu in jo tako zaščiti pred delovanjem eksonukleaz – npr. Sso-aCPSF proteina. Eksperimentalno je dokazano, da večja produkcija a/eIF2 poveča stabilnost mRNA molekul. Dodatno zaščito pred eksonukleazno aktivnostjo lahko zagotovimo z ligacijo prostih 5' in 3'-koncev, kar se odraža v nastanku krožne RNA. To ponazarja primer krožne T. tenax SRP RNA. V tej molekuli je vijačnica 1 nadomeščena z neprekinjenim zaporedjem, novi konci pa so prepoznani s pomočjo mehanizma za spajanje arhealne tRNA. Zrele krožne molekule RNA obstajajo brez prostih koncev in niso izpostavljene kot tarče za arhealne eksonukleaze, kar posledično poveča njihovo stabilnost.

== Zaključek ==

Procesiranje obeh koncev RNA in status fosforilacije na 5'-koncu RNA predstavljajo pomembne determinante za stabilnost te molekule. Veliko ostalih mehanizmov prilagoditve RNA, da je le ta v okolju z višjimi temperaturami stabilna, je še neznanih in predstavlja možnost za nadaljnje raziskovanje na tem področju. Osredotočiti se je vredno predvsem na vlogo in mehanizem RNA-vezavnih proteinov, morebitno identifikacijo 5' NAD kap ter mehanizem metilacije mRNA molekule. Za nadaljnje eksperimentalno raziskovanje bo ključna kombinacija visoko zmogljivih tehnik sekvenciranja in klasičnih biokemijskih karakterizacij izolirane RNA iz hipertermofilnih arhej.

== Viri ==
[1] Gomes-Filho JV, Randau L. RNA stabilization in hyperthermophilic archaea. Ann N Y Acad Sci. 2019 Jul;1447(1):88-96. doi: 10.1111/nyas.14060. Epub 2019 Apr 17. PMID: 30994930. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30994930/

[2] Becskei A, Rahaman S. The life and death of RNA across temperatures. Comput Struct Biotechnol J. 2022 Aug 8;20:4325-4336. doi: 10.1016/j.csbj.2022.08.008. PMID: 36051884; PMCID: PMC9411577. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36051884/

[3] Plagens A, Daume M, Wiegel J, Randau L. Circularization restores signal recognition particle RNA functionality in Thermoproteus. Elife. 2015 Oct 24;4:e11623. doi: 10.7554/eLife.11623. PMID: 26499493; PMCID: PMC4731332. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4731332/

[4] Fischer S, Benz J, Späth B, Maier LK, Straub J, Granzow M, Raabe M, Urlaub H, Hoffmann J, Brutschy B, Allers T, Soppa J, Marchfelder A. The archaeal Lsm protein binds to small RNAs. J Biol Chem. 2010 Nov 5;285(45):34429-38. doi: 10.1074/jbc.M110.118950. Epub 2010 Sep 7. PMID: 20826804; PMCID: PMC2966057. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2966057/

[5] Dennis PP, Tripp V, Lui L, Lowe T, Randau L. C/D box sRNA-guided 2'-O-methylation patterns of archaeal rRNA molecules. BMC Genomics. 2015 Aug 22;16:632. doi: 10.1186/s12864-015-1839-z. PMID: 26296872; PMCID: PMC4644070. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26296872/

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Stabilizacija RNA pri hipertermofilnih arhejah

2023-05-15T19:36:44Z

Mia Kobal:

== Uvod ==

V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.
Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. Druga domneva je, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature. Po tej logiki so te arheje razvile učinkovite stresne proteine in prevladale nad predhodnimi mezofili. Možno je tudi, da je bil svet pred arhejami hladnejši. Prednost takega ekosistema bi bila zaščita RNA pred hidrolitično razgradnjo, do katere pride pri visoki temperaturi. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin [1]. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.

== Struktura RNA ==

Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v zankah RNA. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli RNA verig, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC baz in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije RNA zank lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU in AT pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih RNA verig je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm RNA molekul ''in vitro''.

== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==

Delci, ki prepoznajo signal (SRP-ji) so ribonukleoproteinski kompleksi, ki usmerjajo promet v celici. Tvorijo jih SRP proteini in SRP RNA. Arhejske SRP RNA imajo na 5' in 3' koncu dodana zaporedja, ki lahko tvorijo vijačnico H1. Njena vloga je preprečevanje razvijanja SRP RNA pri ekstremnih pogojih, kot je visoka temperatura. V parazitskem evkariontu ''Trichomonas tenax'' so raziskali kakšen vpliv ima permutacija gena, ki nosi zapis za SRP RNA. Ugotovili so, da sta nastala dva nova konca, ki lahko tvorita krožno SRP RNA molekulo, ta pa ima termostabilizacijski učinek. Krožna SRP RNA se lahko veže na SRP proteina SRP19 in SRP54. Del zaporedja, ki se je iz linearne oblike pretvori v krožno, obdela tRNA endonukleaza. Ta je običajno odgovorna za nastanek zrele tRNA tako, da tvori ustrezne 5' in 3' konce za aminoacetilacijo. V raziskavi so tako odkrili 'moonlighting' aktivnost tRNA endonukleaze (fenomen, ko ima en protein, za katerega so mislili, da ima le eno vlogo v celici, več različnih funkcij, ki niso povezane s prvotno). Posledica te aktivnosti omogoča nastanek stabilne in funkcionalne krožne RNA molekule.

== Modifikacije RNA ==

Stabilne molekule RNA so pogosto podvržene post-transkripcijskim spremembam. Pri hipertermofilnih arhejah so s pomočjo masne spektrometrije identificirali veliko število modifikacij nukleozidov pri tRNA. Te modifikacije vplivajo na terciarno strukturo, interakcije kodon-antikodon in samo stabilnost. Najbolj razširjena modifikacija, ki jo najdemo v strukturah RNA je metilacija 2'-OH skupine riboznega dela nukleozida oziroma 2'-O-metilacija, katera nudi zaščito pred razpadom fosfodiestrske vezi. Pri bakterijah so te spremembe razmeroma redke in jih uvedejo posebne metiltransferaze, ki so specifične za mesto ali regijo. Evkarionti in arheje pa imajo ribonukleoproteinske (RNP) komplekse, ki vsebujejo majhne RNA (sRNA), ki identificirajo tarče za 2'-O-metilacijo. Te molekule imenujemo C/D škatla (C/D box). Zanje so značilni štirje ohranjeni elementi zaporedja, okvir C in C' (5'-RUGAUGA-3') ter okvir D in D' (5'-CUGA-3'). Ti elementi se zvijejo v znan RNA strukturni motiv, kink-obrat oz. k-obrat. Nanj se vežeta dva proteina L7Ae, ki sta del RNP kompleksa. Tega sestavljata tudi proteina Nop5 (oziroma Nop56/58) in metiltransferaze fibrilarina. sRNA vodijo kompleks do tarčnih RNA in uvedejo 2'-O-metilacijo 5 nukleotidov pred prvo komplementarno bazo D ali D' zaporedja. Sama mesta modifikacij so bila identificirana v osrednjih regijah ribosoma, med veliko in malo podenoto, ter na mestih RNA-RNA interakcije. Te rRNA regije nimajo proteinske zaščite, zato zaščito nudijo modifikacije. Vsaka C/D škatla ima dve voditeljski zaporedji (ena pred D, druga pa pred D'), kar opozarja na koordinirano vodenje do tarč. Predlagana je dodatna funkcija C/D škatle, in sicer šaperonska, saj je med tarčnimi rRNA manj kot 100 nt. Tvorile naj bi se dvojne interakcije, ene za pomoč pri zvijanju in stabilizaciji rRNA in kasnejša 2'-O-metilacija, ki termostabilizira.

== RNA vezavni proteini ==

Povečano število GC parov je osnovni mehanizem stabilizacije RNA pri ekstremnih pogojih, vendar ni opažen pri mnogih nekodirajočih RNA, vključno s C/D škatlo sRNA. Mehanizem, ki ga posvojijo je vezava proteinov na funkcionalno pomembne RNA komponente RNP kompleksov. Tak proces se na primer pojavi pri stabilizaciji CRISRP RNA, kateri tvorijo interakcije s Cas proteini za nastanek funkcionalnega efektorja. Pomembni proteini vključeni v stabilizacijo so člani proteinske družine L7Ae/L30e, ki vključuje arhejske L7Ae proteine in evkariontske homologe L30e. Njihova naloga je prepoznati motiv k-obrata in so direktno vključeni v stabilizacijo RNA. K-obrat ima tako vlogo vezavnega mesta za raznolike RNA vezavne proteine (RBP). Z imunoprecipitacijo je bil opažen mehanizem avtoregulacije proteina L7Ae, saj so identificiral več mRNA, ki kodirajo protein. Sama translacija L7Ae je regulirana z negativno povratno zanko. Predstavljena na primeru ''Archeoglobus fulgidus'', se struktura kink-obrat nahaja na 5' neprevedeni regiji (UTR) mRNA. Ob odsotnosti vezavnega proteina je struktura motiva nestabilna oziroma razgrajena. To omogoča vezavo ribosoma in začetek translacije L7Ae. Ko pa je protein ponovno prisoten, se ta veže na 5'UTR regijo in stabilizira strukturo k-obrata. S tem blokira vezavno mesto za ribosom, translacije več ne poteče. L7Ae vpliva tudi na izražanje proteinov Nop5 in fibrilarina, s katerima se povezuje v RNP kompleks. Na stabilnost hipertermofilnih arhej tako ne vpliva le vezava L7Ae proteina, temveč tudi njegova regulacija.

== Arhejski Lsm proteini ==

Pomembna družina RNA vezavnih proteinov so tudi arhejski Lsm (Sm-like) proteini. So podvrsta Sm proteinov, ki jih sicer najdemo pri bakterijah (Hfq) in evkariontih, kjer med drugim sodelujejo pri nastanku spliceosoma in izrezovanju intronov. Zaradi odsotnosti intronov v protein kodirajočih genih in drugačnega mehanizma procesiranja RNA pri arhejah, tu ni bilo pričakovati njihovega nahajanja. Le ti so bili odkriti z iskanjem zaporedja v podatkovni zbirki, obstoj pa je bil potrjen z določitvijo njihove strukture. Zaenkrat sta opisana dva taka proteina, Lsm1 in Lsm2, ki tvorita heptamerne ali heksamerne komplekse. Vežeta se predvsem na RNA bogato z uracilom. Delujeta lahko na podoben način kot evkariontski ali kot bakterijski Sm proteini. Slednji se obnašajo kot RNA šaperoni, ki omogočajo parjenje baz kompleksa sRNA-mRNA in stabilizacijo molekule sRNA . Medtem ko nekateri arhejski Lsm proteini, najdeni v drugih vrstah arhej, delujejo na bolj specifični in funkcionalni ravni procesiranja RNA, podobno kot evkariontski proteini, vendar natančen mehanizem delovanja še ni znan.
Sm proteini interagirajo tudi s DnaG, kar poveča eksosomsko aktivnost bodisi direktno ali z povečanjem vezavne afinitete do poliA repkov.

== Poliadenilacija in eksonukleazna aktivnost ==

Na razgradnjo RNA molekul pri hipertermofilnih arhejah vpliva poliadenilacija. Hipertermofil ''Sulfolobus solfataricus'' vsebuje proteinski kompleks podoben eksosomu, ki izkazuje fosforolitično aktivnost odvisno od kovinskih ionov in poleg svoje eksoribonukleolitične aktivnosti katalizira tudi adicijo poliA repkov na 3'-konec RNA.
Eksonukleazno aktivnost arhealnega eksosoma so potrdili s proučevanjem podobnosti s PNPazo v bakterijah. Ugotovljeno je bilo, da katalizira nastanek heteropolimernih repkov.
Za razgradnjo RNA od 5'-konca proti 3'-koncu je odgovoren protein Sso-aCPSF2. Njegova tripartitna struktura omogoča eksoribonukleolitično aktivnost s substrati RNA. Deluje torej kot eksonukleaza in sicer z večjo afiniteto do RNA molekul z le enim fosfatom na 5'-koncu. Translacijski iniciacijski faktor a/eIF2 lahko veže mRNA s trifosfatom na 5'-koncu in jo tako zaščiti pred delovanjem eksonukleaz – npr. Sso-aCPSF proteina. Eksperimentalno je dokazano, da večja produkcija a/eIF2 poveča stabilnost mRNA molekul. Dodatno zaščito pred eksonukleazno aktivnostjo lahko zagotovimo z ligacijo prostih 5' in 3'-koncev, kar se odraža v nastanku krožne RNA. To ponazarja primer krožne T. tenax SRP RNA. V tej molekuli je vijačnica 1 nadomeščena z neprekinjenim zaporedjem, novi konci pa so prepoznani s pomočjo mehanizma za spajanje arhealne tRNA. Zrele krožne molekule RNA obstajajo brez prostih koncev in niso izpostavljene kot tarče za arhealne eksonukleaze, kar posledično poveča njihovo stabilnost.

== Zaključek ==

Procesiranje obeh koncev RNA in status fosforilacije na 5'-koncu RNA predstavljajo pomembne determinante za stabilnost te molekule. Veliko ostalih mehanizmov prilagoditve RNA, da je le ta v okolju z višjimi temperaturami stabilna, je še neznanih in predstavlja možnost za nadaljnje raziskovanje na tem področju. Osredotočiti se je vredno predvsem na vlogo in mehanizem RNA-vezavnih proteinov, morebitno identifikacijo 5' NAD kap ter mehanizem metilacije mRNA molekule. Za nadaljnje eksperimentalno raziskovanje bo ključna kombinacija visoko zmogljivih tehnik sekvenciranja in klasičnih biokemijskih karakterizacij izolirane RNA iz hipertermofilnih arhej.

== Viri ==
[1] Gomes-Filho JV, Randau L. RNA stabilization in hyperthermophilic archaea. Ann N Y Acad Sci. 2019 Jul;1447(1):88-96. doi: 10.1111/nyas.14060. Epub 2019 Apr 17. PMID: 30994930. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30994930/

[2] Becskei A, Rahaman S. The life and death of RNA across temperatures. Comput Struct Biotechnol J. 2022 Aug 8;20:4325-4336. doi: 10.1016/j.csbj.2022.08.008. PMID: 36051884; PMCID: PMC9411577. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36051884/

[3] Plagens A, Daume M, Wiegel J, Randau L. Circularization restores signal recognition particle RNA functionality in Thermoproteus. Elife. 2015 Oct 24;4:e11623. doi: 10.7554/eLife.11623. PMID: 26499493; PMCID: PMC4731332. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4731332/

[4] Fischer S, Benz J, Späth B, Maier LK, Straub J, Granzow M, Raabe M, Urlaub H, Hoffmann J, Brutschy B, Allers T, Soppa J, Marchfelder A. The archaeal Lsm protein binds to small RNAs. J Biol Chem. 2010 Nov 5;285(45):34429-38. doi: 10.1074/jbc.M110.118950. Epub 2010 Sep 7. PMID: 20826804; PMCID: PMC2966057. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2966057/

[5] Dennis PP, Tripp V, Lui L, Lowe T, Randau L. C/D box sRNA-guided 2'-O-methylation patterns of archaeal rRNA molecules. BMC Genomics. 2015 Aug 22;16:632. doi: 10.1186/s12864-015-1839-z. PMID: 26296872; PMCID: PMC4644070. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26296872/

[[Categories:<SEM | BMB>]]

Stabilizacija RNA pri hipertermofilnih arhejah

2023-05-15T19:35:44Z

Mia Kobal: New page: == Uvod == V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj...

== Uvod ==

V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.
Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. Druga domneva je, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature. Po tej logiki so te arheje razvile učinkovite stresne proteine in prevladale nad predhodnimi mezofili. Možno je tudi, da je bil svet pred arhejami hladnejši. Prednost takega ekosistema bi bila zaščita RNA pred hidrolitično razgradnjo, do katere pride pri visoki temperaturi. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin [1]. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.

== Struktura RNA ==

Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v zankah RNA. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli RNA verig, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC baz in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije RNA zank lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU in AT pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih RNA verig je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm RNA molekul ''in vitro''.

== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==

Delci, ki prepoznajo signal (SRP-ji) so ribonukleoproteinski kompleksi, ki usmerjajo promet v celici. Tvorijo jih SRP proteini in SRP RNA. Arhejske SRP RNA imajo na 5' in 3' koncu dodana zaporedja, ki lahko tvorijo vijačnico H1. Njena vloga je preprečevanje razvijanja SRP RNA pri ekstremnih pogojih, kot je visoka temperatura. V parazitskem evkariontu ''Trichomonas tenax'' so raziskali kakšen vpliv ima permutacija gena, ki nosi zapis za SRP RNA. Ugotovili so, da sta nastala dva nova konca, ki lahko tvorita krožno SRP RNA molekulo, ta pa ima termostabilizacijski učinek. Krožna SRP RNA se lahko veže na SRP proteina SRP19 in SRP54. Del zaporedja, ki se je iz linearne oblike pretvori v krožno, obdela tRNA endonukleaza. Ta je običajno odgovorna za nastanek zrele tRNA tako, da tvori ustrezne 5' in 3' konce za aminoacetilacijo. V raziskavi so tako odkrili 'moonlighting' aktivnost tRNA endonukleaze (fenomen, ko ima en protein, za katerega so mislili, da ima le eno vlogo v celici, več različnih funkcij, ki niso povezane s prvotno). Posledica te aktivnosti omogoča nastanek stabilne in funkcionalne krožne RNA molekule.

== Modifikacije RNA ==

Stabilne molekule RNA so pogosto podvržene post-transkripcijskim spremembam. Pri hipertermofilnih arhejah so s pomočjo masne spektrometrije identificirali veliko število modifikacij nukleozidov pri tRNA. Te modifikacije vplivajo na terciarno strukturo, interakcije kodon-antikodon in samo stabilnost. Najbolj razširjena modifikacija, ki jo najdemo v strukturah RNA je metilacija 2'-OH skupine riboznega dela nukleozida oziroma 2'-O-metilacija, katera nudi zaščito pred razpadom fosfodiestrske vezi. Pri bakterijah so te spremembe razmeroma redke in jih uvedejo posebne metiltransferaze, ki so specifične za mesto ali regijo. Evkarionti in arheje pa imajo ribonukleoproteinske (RNP) komplekse, ki vsebujejo majhne RNA (sRNA), ki identificirajo tarče za 2'-O-metilacijo. Te molekule imenujemo C/D škatla (C/D box). Zanje so značilni štirje ohranjeni elementi zaporedja, okvir C in C' (5'-RUGAUGA-3') ter okvir D in D' (5'-CUGA-3'). Ti elementi se zvijejo v znan RNA strukturni motiv, kink-obrat oz. k-obrat. Nanj se vežeta dva proteina L7Ae, ki sta del RNP kompleksa. Tega sestavljata tudi proteina Nop5 (oziroma Nop56/58) in metiltransferaze fibrilarina. sRNA vodijo kompleks do tarčnih RNA in uvedejo 2'-O-metilacijo 5 nukleotidov pred prvo komplementarno bazo D ali D' zaporedja. Sama mesta modifikacij so bila identificirana v osrednjih regijah ribosoma, med veliko in malo podenoto, ter na mestih RNA-RNA interakcije. Te rRNA regije nimajo proteinske zaščite, zato zaščito nudijo modifikacije. Vsaka C/D škatla ima dve voditeljski zaporedji (ena pred D, druga pa pred D'), kar opozarja na koordinirano vodenje do tarč. Predlagana je dodatna funkcija C/D škatle, in sicer šaperonska, saj je med tarčnimi rRNA manj kot 100 nt. Tvorile naj bi se dvojne interakcije, ene za pomoč pri zvijanju in stabilizaciji rRNA in kasnejša 2'-O-metilacija, ki termostabilizira.

== RNA vezavni proteini ==

Povečano število GC parov je osnovni mehanizem stabilizacije RNA pri ekstremnih pogojih, vendar ni opažen pri mnogih nekodirajočih RNA, vključno s C/D škatlo sRNA. Mehanizem, ki ga posvojijo je vezava proteinov na funkcionalno pomembne RNA komponente RNP kompleksov. Tak proces se na primer pojavi pri stabilizaciji CRISRP RNA, kateri tvorijo interakcije s Cas proteini za nastanek funkcionalnega efektorja. Pomembni proteini vključeni v stabilizacijo so člani proteinske družine L7Ae/L30e, ki vključuje arhejske L7Ae proteine in evkariontske homologe L30e. Njihova naloga je prepoznati motiv k-obrata in so direktno vključeni v stabilizacijo RNA. K-obrat ima tako vlogo vezavnega mesta za raznolike RNA vezavne proteine (RBP). Z imunoprecipitacijo je bil opažen mehanizem avtoregulacije proteina L7Ae, saj so identificiral več mRNA, ki kodirajo protein. Sama translacija L7Ae je regulirana z negativno povratno zanko. Predstavljena na primeru ''Archeoglobus fulgidus'', se struktura kink-obrat nahaja na 5' neprevedeni regiji (UTR) mRNA. Ob odsotnosti vezavnega proteina je struktura motiva nestabilna oziroma razgrajena. To omogoča vezavo ribosoma in začetek translacije L7Ae. Ko pa je protein ponovno prisoten, se ta veže na 5'UTR regijo in stabilizira strukturo k-obrata. S tem blokira vezavno mesto za ribosom, translacije več ne poteče. L7Ae vpliva tudi na izražanje proteinov Nop5 in fibrilarina, s katerima se povezuje v RNP kompleks. Na stabilnost hipertermofilnih arhej tako ne vpliva le vezava L7Ae proteina, temveč tudi njegova regulacija.

== Arhejski Lsm proteini ==

Pomembna družina RNA vezavnih proteinov so tudi arhejski Lsm (Sm-like) proteini. So podvrsta Sm proteinov, ki jih sicer najdemo pri bakterijah (Hfq) in evkariontih, kjer med drugim sodelujejo pri nastanku spliceosoma in izrezovanju intronov. Zaradi odsotnosti intronov v protein kodirajočih genih in drugačnega mehanizma procesiranja RNA pri arhejah, tu ni bilo pričakovati njihovega nahajanja. Le ti so bili odkriti z iskanjem zaporedja v podatkovni zbirki, obstoj pa je bil potrjen z določitvijo njihove strukture. Zaenkrat sta opisana dva taka proteina, Lsm1 in Lsm2, ki tvorita heptamerne ali heksamerne komplekse. Vežeta se predvsem na RNA bogato z uracilom. Delujeta lahko na podoben način kot evkariontski ali kot bakterijski Sm proteini. Slednji se obnašajo kot RNA šaperoni, ki omogočajo parjenje baz kompleksa sRNA-mRNA in stabilizacijo molekule sRNA . Medtem ko nekateri arhejski Lsm proteini, najdeni v drugih vrstah arhej, delujejo na bolj specifični in funkcionalni ravni procesiranja RNA, podobno kot evkariontski proteini, vendar natančen mehanizem delovanja še ni znan.
Sm proteini interagirajo tudi s DnaG, kar poveča eksosomsko aktivnost bodisi direktno ali z povečanjem vezavne afinitete do poliA repkov.

== Poliadenilacija in eksonukleazna aktivnost ==

Na razgradnjo RNA molekul pri hipertermofilnih arhejah vpliva poliadenilacija. Hipertermofil ''Sulfolobus solfataricus'' vsebuje proteinski kompleks podoben eksosomu, ki izkazuje fosforolitično aktivnost odvisno od kovinskih ionov in poleg svoje eksoribonukleolitične aktivnosti katalizira tudi adicijo poliA repkov na 3'-konec RNA.
Eksonukleazno aktivnost arhealnega eksosoma so potrdili s proučevanjem podobnosti s PNPazo v bakterijah. Ugotovljeno je bilo, da katalizira nastanek heteropolimernih repkov.
Za razgradnjo RNA od 5'-konca proti 3'-koncu je odgovoren protein Sso-aCPSF2. Njegova tripartitna struktura omogoča eksoribonukleolitično aktivnost s substrati RNA. Deluje torej kot eksonukleaza in sicer z večjo afiniteto do RNA molekul z le enim fosfatom na 5'-koncu. Translacijski iniciacijski faktor a/eIF2 lahko veže mRNA s trifosfatom na 5'-koncu in jo tako zaščiti pred delovanjem eksonukleaz – npr. Sso-aCPSF proteina. Eksperimentalno je dokazano, da večja produkcija a/eIF2 poveča stabilnost mRNA molekul. Dodatno zaščito pred eksonukleazno aktivnostjo lahko zagotovimo z ligacijo prostih 5' in 3'-koncev, kar se odraža v nastanku krožne RNA. To ponazarja primer krožne T. tenax SRP RNA. V tej molekuli je vijačnica 1 nadomeščena z neprekinjenim zaporedjem, novi konci pa so prepoznani s pomočjo mehanizma za spajanje arhealne tRNA. Zrele krožne molekule RNA obstajajo brez prostih koncev in niso izpostavljene kot tarče za arhealne eksonukleaze, kar posledično poveča njihovo stabilnost.

== Zaključek ==

Procesiranje obeh koncev RNA in status fosforilacije na 5'-koncu RNA predstavljajo pomembne determinante za stabilnost te molekule. Veliko ostalih mehanizmov prilagoditve RNA, da je le ta v okolju z višjimi temperaturami stabilna, je še neznanih in predstavlja možnost za nadaljnje raziskovanje na tem področju. Osredotočiti se je vredno predvsem na vlogo in mehanizem RNA-vezavnih proteinov, morebitno identifikacijo 5' NAD kap ter mehanizem metilacije mRNA molekule. Za nadaljnje eksperimentalno raziskovanje bo ključna kombinacija visoko zmogljivih tehnik sekvenciranja in klasičnih biokemijskih karakterizacij izolirane RNA iz hipertermofilnih arhej.

== Viri ==
[1] Gomes-Filho JV, Randau L. RNA stabilization in hyperthermophilic archaea. Ann N Y Acad Sci. 2019 Jul;1447(1):88-96. doi: 10.1111/nyas.14060. Epub 2019 Apr 17. PMID: 30994930. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30994930/

[2] Becskei A, Rahaman S. The life and death of RNA across temperatures. Comput Struct Biotechnol J. 2022 Aug 8;20:4325-4336. doi: 10.1016/j.csbj.2022.08.008. PMID: 36051884; PMCID: PMC9411577. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36051884/

[3] Plagens A, Daume M, Wiegel J, Randau L. Circularization restores signal recognition particle RNA functionality in Thermoproteus. Elife. 2015 Oct 24;4:e11623. doi: 10.7554/eLife.11623. PMID: 26499493; PMCID: PMC4731332. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4731332/

[4] Fischer S, Benz J, Späth B, Maier LK, Straub J, Granzow M, Raabe M, Urlaub H, Hoffmann J, Brutschy B, Allers T, Soppa J, Marchfelder A. The archaeal Lsm protein binds to small RNAs. J Biol Chem. 2010 Nov 5;285(45):34429-38. doi: 10.1074/jbc.M110.118950. Epub 2010 Sep 7. PMID: 20826804; PMCID: PMC2966057. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2966057/

[5] Dennis PP, Tripp V, Lui L, Lowe T, Randau L. C/D box sRNA-guided 2'-O-methylation patterns of archaeal rRNA molecules. BMC Genomics. 2015 Aug 22;16:632. doi: 10.1186/s12864-015-1839-z. PMID: 26296872; PMCID: PMC4644070. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26296872/

[[Categories: SEM | BMB]]

Molekularna biologija arhej

2023-05-15T18:57:31Z

Mia Kobal:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2022/23 obravnavajo pogosto spregledane prokarionte - arheje - in predstavljajo nekatere ključne mehanizme prenosa genetske informacije pri teh mikroorganizmih, kakor tudi nekatere vidike njihove uporabe. Okvirni naslovi tem so navedeni na spodnjem seznamu.

Vse teme temeljijo na preglednih člankih, kar pomeni, da obravnavajo zaključene teme, na katerih je bilo opravljenega že veliko dela. Zato je smiselno, da vsako temo obdelajo po trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200–1800 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. Predstavitev naj bo dolga 15–20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali, in vključite le malo splošnega uvoda, kjer je mogoče pa izpostavite ključne razlike v procesih med bakterijami, evkarionti in arhejami.

Seminarske predstavitve bodo potekale od 15. do 24. maja 2023. V tem času ne bo klasičnih predavanj, torej bodo tako ponedeljkovi kot sredini termini namenjeni seminarjem.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).

Razdelitev seminarjev je potekala v okolju Google Drive, kjer so (bile) navedene povezave do izhodiščnih člankov, s katerimi lahko začnete iskanje literature. Večinoma navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili kvaliteten 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim, tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na spodnjem seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>. Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularna_biologija_koronavirusov Molekularna biologija koronavirusov (2020/21)].

Seznam tem in referenti:

15. maj: 
# [[Organizacija kromatina pri arhejah]] (Lara Rajterič, Ivana Stojić, Martin Kresal) 
# [[Proteini SSB pri arhejah]] (Marcel Tušek, Teo Trost, Laura Simonič) 
# [[Replikacija DNA pri arhejah]] (Primož Šenica Pavletič, Luka Fink, Maša Karčovnik) 
# [[Transkripcija pri arhejah]] (Lena Kogoj, Zara Bunc, Nika Frelih) 

17. maj: 

# [[Zgodnja evolucija transkripcijskih sistemov in ločitev arhej in bakterij]] (Tonja Jeromelj, Deni Krašna, Karidia Kolbl) 
# [[Regulacija transkripcije pri arhejah]] (Tinkara Korošec, Žiga Koren, Pia Kristanc) 
# [[Stabilizacija RNA pri hipertermofilnih arhejah]] (Janja Bohte, Mia Kobal, Karin Rak) 

22. maj: 

# Nekodirajoča regulatorna RNA pri arhejah (Tin Vranješ, Tim Agrez) 10-15 min
# Genetski kod pri arhejah (Lara Zupanc, Lucija Kovaček, Špela Auer)
# Biogeneza ribosomov pri arhejah (Taja Pojbič, Naja Pečovnik Wutt, Matija Novel)
# Prenosi DNA med arhejami (Ula Mikoš, Taja Mužič, Urša Lah)

24. maj: 
# Mehanizmi popravljanja DNA pri arhejah (Filip Petrovič, Samo Pucihar, Aleš Poljanšek)
# Virusi pri arhejah (Patricija Kolander, Leila Bohorc, Gal Kastelic)
# Arheje v biotehnologiji (Miljan Trajković, Tea Amidović, Sofija Stevanović)

BIO2 Povzetki seminarjev 2022

2022-12-09T17:31:07Z

Mia Kobal: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2022/23 */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2022/23 =
==Tinkara Korošec - Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalnih molekul na človeka==

S koevolucijo patogenov in njegovih gostiteljev so oboji razvili svoje obrambne mehanizme. Pri nekaterih patogenih je ta proces vodil v evolucijo efektorskih proteinov, ki imitirajo evkariontske proteine in manipulirajo z gostiteljevimi signalnimi potimi. Pojav imenujemo imitacija molekul (angl. molecular mimicry). Gre za proteine, zelo podobne evkariontskim proteinom ali njihovim domenam. Patogene bakterije lahko imitirajo GTPazne regulatorje. Ti so dovzetni za biokemijske abnormalnosti, ki so direktno povezane z boleznimi. Največji skupek imitiranih proteinov so odkrili v bakterijskem rodu Legionella. Med okužbo patogen spremeni namembnost gostiteljske celice za optimizacijo pogojev, ki bakteriji omogočijo preživetje. Če se gostiteljske celice zdravijo, je tako okolje manj ugodno za bakterije in obolenje bo težje napredovalo. Z razumevanjem motivne imitacije preko kratkih linearnih motivov ali SLiM-ov, ki jo uporabljajo bakterije med okužbo, lahko razširimo spekter alternativ zdravljenja infekcij. S porastom rezistence na antibiotike, se je povečala tudi potreba po novih antibiotičnih terapijah. Obetavna alternativo antibiotikom predstavlja ciljanje gostitelja, da ta ustvari neugodno okolje za patogen, kar doseže s povzročanjem motenj v SLiM posredovanih interakcijah.

==Pia Kristanc - Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov==

Toksini so sestavine živalskih strupov, ki na žrtev delujejo na različne načine. Njihov cilj so pogosto ionski kanali, saj tako lahko že majhna količina strupa močno vpliva na veliko različnih procesov. Toksini pogosto delujejo kot inhibitorji. Kanal lahko inhibirajo tako, da zmotijo mehanizem odpiranja in zapiranja ali pa se vežejo direktno v poro in tako zamašijo kanal. Ionski kanali so tudi zanimivi kot tarče za zdravila, vendar je zelo težko ustvariti takšna, ki bi ciljala točno določen ionski kanal. Znanstveniki so zato začeli raziskovati toksine kot potencialna biološka zdravila. Primer takšnega že potrjenega zdravila je zikonotid, ki se uporablja kot analgetik. Pridobljen je iz strupa stožčastega polža in deluje kot inhibitor od napetosti odvisnega kalcijevega kanala, ki se nahaja v živčevju. Toksin blokira kanalsko poro in tako onemogoči njegovo delovanje. Drug primer sta dva toksina, ki blokirata ionske kanale za zaznavanje kisline (ASIC). Pri teh proton igra vlogo liganda, odgovornega za odprtje in zaprtje, zato je kanal direktno odvisen od pH okolja. Toksina, ki ga lahko inhibirata, sta mambalagin, pridobljen iz kače črne mambe, in π-heksatoksin-Hi1a, pridobljen iz avstralskega pajka. Prvi deluje kot analgetik, drugi pa izboljšuje posledice po ishemični kapi. Raziskovanje delovanja toksinov je pripomoglo k poznavanju delovanja ionskih kanalov, hkrati pa odpira možnosti za razvoj raznih zdravil, predvsem analgetikov, ki ne bi vsebovali opioidov.

==Marcel Tušek - Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem==

Mitofagija je specifičen proces, ki pomeni, da poteka avtofagija mitohondrija. Ta proces v celici je nastal evolucijsko. To lahko sklepamo po tem, da se aktivira v času pomanjkanja, kar je bilo preteklosti velikokrat prisotno, saj nismo vedno imeli dostopa do hrane. Poznamo tri vrste avtofagije. Celica ima dva procesa s katerima lahko uničuje visoko reaktivne kisikove radikale, ki nastanejo v času oksidativne fosforilacije. To sta mitofagija ter derivat NAC-a, saj obadva razgrajujeta te radikale. Razlika je, da NAC razgradi samo te radikale, medtem ko mitofagija pa kar celoten mitohondrij. Pri mitofagiji je trenutno znanih 32 proteinov, ki so specializirani samo za avtofagijo. Eden najpomembnejših izmed teh proteinov je Atg32, saj če on ni fosforiliran, mitofagija sploh ne more biti inducirana. Atg pomni, da je ta protein avtofagosomsko-povezan. Atg32 je transmembranski receptor, ki celici avtofagosomu sporoča, kam se naj veže. Najdemo ga na zunanji strani membrane mitohondrija. Pokazano je tudi bilo, da če Atg32 vežemo na peroksisome, jih je proces avtofagije sposoben razgraditi.

==Lucija Kovaček - Nekroptoza in njena vloga pri raku==
Nekroptoza je oblika celične smrti, kjer celica nabrekne, membrana poči in sprosti se znotrajcelična vsebina. Ta vsebuje tudi molekulske vzorce povezane s poškodbo celic oziroma DAMP (angl. damage-associated molecular patterns), ki povzročijo provnetni odziv. Nekroptoza je pomembna zlasti pri regulaciji rasti tumorjev in imunskem odzivu. Regulirana je s proteinskimi kinazami povezanimi z receptorji (angl. receptor-interacting protein kinases) ali z RIP kinazami, bolj natančno z RIPK1 in RIPK3. Procesi signalizacije celične smrti imajo ključno vlogo pri regulaciji tumorjev, saj so se rakave celice prilagodile, tako da bi nekroptozi ubežale. RIP kinaze lahko vplivajo na rast tumorjev z uravnavanjem aktivnosti imunskih efektorjev v tumorskem mikrookolju. Smrt rakavih celic z nekroptozo, lahko tako trajno okrepi protitumorsko imunost. Kljub temu pa obstajajo primeri, pri katerih RIP kinaze povzročijo vnetje in pomagajo pri napredovanju tumorja. Znanstveniki zato želijo raziskati, kako je aktivnost RIP kinaz regulirana v tumorjih in v imunskih celicah ter kako se ti procesi med seboj usklajujejo. To nam bi pomagalo bolje razumeti tumorogenezo in možnosti njenega nadzora v prihodnosti. Šele ko bomo popolnoma razumeli mehanizem regulacije nekroptoze pri raku, bomo lahko zasnovali nove terapije za njegovo premagovanje, kjer ne bi več ogrožali imunskih celic.

==Luka Fink - Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo==
Celična adhezija je bistvena za tvorbo organov, celično migracijo in interakcijo s ciljnimi celicami in zunajceličnim matriksom. Integrini so veliki proteinski heterodimeri α in β verige in tvorijo pomembno družino molekul celične adhezije. V zadnjih nekaj letih je prišlo do dramatičnega razvoja razumevanja regulacije integrina in izkazalo se je, da je fosforilacija le-tega temeljnega pomena. V tem seminarju želim razložiti, kako je aktivnost integrina regulirana z njegovo fosforilacijo. Proteinske kinaze in fosfataze inducirajo specifične fosforilacije in defosforilacije integrinov, kar jim omogoča uravnavanje dinamičnih interakcij s citoplazemskimi proteini. Eni izmed zunajceličnih ligandov, ki interagirajo z integrini so kolagen, fibrinogen, fibronektin in veliko drugih proteinov, ki imajo sekvenco, ki jo integrini lahko prepoznajo: –Arg–Gly–Asp– (RGD). Kratek citoplazemski podaljšek α in β podenote vzpostavlja povezave s citoskeletnimi proteini, ki ležijo pod plazmalemo: talin, α-aktinin, vinkulin, paxillin in drugi. Nekateri od teh delujejo kot pozitivni ali pa negativni regulatorji integrinov. S tem se dosežejo spremembe v celični adheziji in signalizaciji. LFA-1 (Lymphocyte function-associated antigen 1) integrin je bil uporabljen kot model za študijo adhezije. Je integrin, ki ga najdemo na limfocitih in levkocitih. Igra ključno vlogo pri migraciji levkocitov iz krvnega obtoka do tkiv. Fosforilacija α verige je nujno potrebna za indukcijo fosforilacije na β verigi v LFA-1. Signalni poti enega in drugega integrina, ki lahko aktivirata ali inaktivirata njuno funkcijo, sta nadzorovani s fosforilacijo β verige.

==Tin Vranjes - Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice==
V zunanjem segmentu paličice poteka fototransdukcija. To je prevzem svetlobnega signala in njegova pretvorba po signalni poti v spremembo membranskega potenciala paličice. Struktura zunanjega segmenta je specializirana za potek signalne poti, s kupom membranskih diskov med katerimi se nahajajo ključne komponente za fototransdukcijo. S krio-elektronsko tomografijo(krio-ET) lahko dobimo 3- dimenzionalne slike znotraj celičnih okolij z nanometrske ločljivosti in malo motečih artefaktov.V kombinaciji z drugimi metodami nam je omogočila narediti velikostno konsistenten model zunanjega segmenta paličice. Pri sprožitvi kaskade reakcij fototransdukcije in njeni regulaciji je ključen rodopsin in kompleksi, ki jih tvori v svoji aktivirani obliki, s trnsducinom, GRK1 in arestinom. Iz tomografskih slik in strukturnih podatkov o PDE6, ki pretvarja cGMP v neciklično obliko, in GCs, ki pretvarja GMP v ciklično obliko, lahko sklepamo, da proteina delujeta tudi kot steberna proteina pri ohranjanju razdalje med membranskimi cikli. Pri fotostimulacji lahko merimo intrinzične optične signale, ki so posledica podaljšanja fotoreceptorskih celic ob fotostimulaciji. To bi lahko omogočala zgradba PDE6, katerega konformacija se pri aktivaciji spremeni in s tem poveča dolžino med membranskimi cikli. Razumevanje strukture proteinov in okolja v katerem poteka fototransdukcije je ključno za razumevanje bolezni mrežnice.

==Teja Mohar - Encimi za popravilo metabolitov==
V celici med seboj usklajeno deluje stotine metaboličnih encimov, ki so zelo specifični. A encimi niso popolni katalizatorji in zato, kljub njihovi visoki specifičnosti pod fiziološkimi razmerami, številni katalizirajo manj pogoste stranske reakcije, katerih rezultat so stranski produkti - nekanonični metaboliti. Lahko so neuporabna obremenitev metabolizma saj se lahko kopičijo v celicah in so lahko zaviralni in/ali reaktivni, kar včasih povzroči toksičnost. Zato so za trajno delovanje presnovnih poti potrebni mehanizmi za preprečevanje poškodb metabolitov ali za pretvorbo poškodovanih metabolitov nazaj v fiziološke oblike. Večje pomanjkanje encimov za popravilo metabolitov lahko pri ljudeh povzroči različne bolezni, pri višjih vretenčarjih pa ima lahko smrtonosne posledice. To kaže na njihovo pomembno vlogo pri celičnem metabolizmu. En popravljalni encim ima zmožnost katalizirati številne različne popravljalne reakcije. Velike metabolične poti pa lahko potrebujejo tudi več popravljalnih encimov. Glikoliza tako za popravilo napak potrebuje 10 popravljalnih encimov (G6PC3, PGP, ACYP1, NAXD, NAXE, L2HGDH, GLO1, GLO2, FN3K, MDP-1) in prenašalec (G6PT). Odkritje novih metabolitov, encimov in celotnih poti je omogočilo zdravljenje tudi prej slabo razumljenih bolezni. Glede na število popravljalnih encimov, ki so prisotni pri glikolizi je verjetno, da jih je treba odkriti še na stotine, ki ščitijo širok spekter presnovnih poti.

==Tea Amidović - Karakterizacija glikoproteoma==
Glikozilacija, ena od najpogostejših posttranslacijskih modifikacij, spremeni proteine in lipide na različne načine, kar ima za posledico prodorno foliacijo celične površine. Kljub veliki kompleksnosti v živalskih sistemih imajo glikanske strukture ključne biološke in fiziološke vloge, pomagajo pri zvijanju proteinov in pri biološkem prepoznavanju. Proteinski glikokonjugati, ki nastanejo kot rezultat glikozilacije, lahko prispevajo k pomembnim biološkim funkcijami. Razumevanje biologije glikokonjugata na ravni konjugata lahko zagotovi pomembne vpoglede v razvoj bioloških označevalcev in zdravil. Ugotavljamo, da so glikokonjugati več kot vsota njihovih posameznih komponent glikana in proteina. Nove raziskave, ki so osredotočene na glikom, kažejo na združevanje glikoma in proteoma na vseh ravneh, od glikanskih nizov do glikoproteomike in krioelektronske mikroskopije. Popolna analiza glikoproteinskih konjugatov kot tudi njihovih komponent je zdaj mogoča zahvaljujoč novim metodam. Vse večja zbirka orodij za karakterizacijo strukture, interakcij in bioloških funkcij proteinskih glikokonjugatov za razumevanje in nadzorovanje teh skrivnostnih biomolekul postaja ključnega pomena za preučevanje glikoproteoma.

==Urša Lah - Acetil-CoA in njegova vloga pri regulaciji kromatina==
Nastanek acetil-CoA je potreben za učinkovito regulacijo acetilacije histona v jedru. Acetilacija je do danes najbolj raziskana modifikacija histonov. Je proces, pri katerem gre za pripenjanje acetilne skupine iz acetil-CoA na N-terminalni repek enega od histonov. Acetil-CoA obstaja v dveh ločenih območjih v celici. Ločimo mitihondrijski in jedrski/citosolni acetil-CoA. Mitohondrijski izhaja predvsem iz delovanja encim piruvat dehidrogenaze in oksidacije maščobnih kislin. Citosolni acetil CoA pa je odgovoren za acetilacijo beljakovin in sintezo maščobnih kislin. Globalne ravni acetilacije histona so občutljive na razpoložljivost acetil-CoA v celici, ki niha kot odziv na razpoložljivost hranil ali presnovno reprogramiranje, ki je eden od znakov raka. ATP-citrat liaza (ACLY) je encim, ki proizvaja acetil-CoA iz citrata. Prisoten je tako v jedru, kot v citosolu. ACLY v jedru igra ključno vlogo pri ohranjanju acetilacije histona z vzdrževanjem acetil-CoA v jedru celic sesalcev, hkrati pa igra pomembno vlogo pri popravljanju DNK. Pomembno vlogo pa ima pri acetilaciji histona še encim ACSS2, ki pa neposredno uravnava tudi prostorski spomin pri sesalcih. Prav tako igra vlogo pri presnovi in tumorjih in je primerna tarča za raziskovanje v terapevtske namene. Acetilacija presnovnih encimov je zelo ohranjena tako pri prokariontih kot tudi pri evkariontih.

==Zara Bunc - Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka==
Vsak aerobni organizem se za pridobitev energije primarno zanaša na Krebsov cikel, ki predstavlja osrednjo pot metabolizma in sinteze makromolekul. Znano je, da se v primeru razvoja celic v rakave, celični metabolizem in posledično tudi Krebsov cikel znatno spremenita. Slednje je predvsem posledica nakopičenja genetskih mutacij. Sprva je bila kot glavna presnovna pot v metabolizmu rakavih celic izpostavljena glikoliza, vendar študije v zadnjih letih nakazujejo tudi na velik vpliv Krebsovega cikla. Slednji predstavlja pomemben vir energije za rakave celice, s čemer omogoči pospešen razvoj raka. Pri raziskovanju specifik poteka Krebsovega cikla v rakavih celicah, se je pojavilo vprašanje, ali bi lahko raka zdravili s pomočjo vanj tarčno usmerjenih terapij. Posebnosti so se pojavile predvsem pri spremenjenih gorivih cikla (glukoza, glutamin, maščobne kisline), izražanju onkogenov in tumor supresorjev (MYC, P53, HIF, RAS) ter pri mutacijah encimov, ki sodelujejo v ciklu (SDH, FH, IDH). Obetavne so predvsem terapije, ki vključujejo inhibicijo določenih procesov z majhnimi molekulami. Ugotovili so, da ima zaenkrat najboljši terapevtski učinek inhibicija razgradnje glutamina (glutaminolize), saj je v rakavih celicah kot glavno gorivo cikla prisoten glutamin. Podobno efektivni so tudi inhibitorji mutiranih encimov cikla. Čeprav številne terapije že kažejo pozitivne učinke pri zaviranju razvoja raka, je trenutno večina še vedno v kliničnem testiranju.

==Žiga Koren - Vloga intermediatov Krebsovega cikla pri zaščiti pred ishemijo==
Ishemična bolezen srca, eden od vodilnih vzrokov smrti po celem svetu, letno terja kar sedem milijonov žrtev. Med pojavom napada bolezni lahko pride do srčnomišičnega infarkta, kjer se pomembne venčne arterije močno zožajo ali popolnoma zaprejo. Znanstveniki so za boj proti njej predlagali že veliko število terapij, vključno z analizo vloge intermediatov Krebsovega cikla ob pojavu le-te. Med epizodami hipoksije pride do močno povečane proizvodnje sukcinata in fumarata, ki imata tako energijsko vlogo ob pomanjkanju kisika, kot signalno vlogo ob njegovi vrnitvi. Za pojasnitev povišanih koncentracij omenjenih intermediatov sta predlagani dve poti, pri prvi gre za preplet Cahillijevega cikla s Krebsovim, pri drugi pa prride do metabolizma aminokisline aspartat. Sukcinat je pomemben pri preprečevanju ubikvitinacije ob hipoksiji induciranega faktorja 1 (HIF1) in vezavi na na receptor Gpr91, fumarat pa igra ključno vlogo pri aktivaciji oksidativne poti z NF-E2 povezanega faktorja (NRF2). Načeloma so povečane koncentracije intermediatov koristne, a obstajajo tudi z dokazi podprte teorije, da tovrstno kopičenje predstavlja velik napor za celice, ki lahko posledično vodi do poškodb o ponovni vzpostavitvi krvnega toka. Do poškodb pride zaradi močno povečane proizvodnje reaktivnih kisikovih delcev, ki lahko vodi do odprtja mitohondrijskih tranzicijskih por in posledično tudi do aktivacije apoptoze.

==Deni Krašna - Krebsov cikel - zvezdišče viroimunometabolizma==
Samorazmnoževalni proteinsko-nukleinsko kislinski kompleks, ali bolje rečeno virus, je samo intuitivno povezan z gostiteljevim metabolizmom. Brez ATP, ki ga ta zagotavlja se ni sposoben pritrditi niti na plazmalemo. Sinteza biomolekul in njihovih prekurzorjev, pomenbnih za virusno replikacijo ter brstenje, ravno tako pade na ramena gostiteljevega anabolizma. Zato ni nikakor čudno, da se virus razmnožuje z obzirom na Krebsov cikel. Le-tega med drugim zaradi njegove amfibolične lastnosti smatramo kot središče metabolizma. Nedavno pridobljeno znanje pa ga postavi tudi v središče virusne patogeneze in njenega razvoja. Zasidran proces, sicer skrit v mitohondriju in uravnan z vseh strani neba, pa je virusu težko oblegati, zato napade tudi anaplerotične reakcije. Med njimi na tudi poglavitne, piruvat – oksidirajoče reakcije, ter tako napoti gostiteljsko celico na kriva, vendar zanj ugodna pota. Celica pa ne ostane dolžna, svoje lovke véje iz globin, sicer že signalno signifikantnega cikla trikarboksilnih kislin, ter s svojimi signalno zmožnimi intermediarnimi metaboliti pokaže zobe in zažene vnetni, proti-virusni sistem. Imunoregulatorno funkcijo pa lahko pripišemo tudi nekaterim derivatom metabolitov TCA, ki predstaljajo odlično odskočno desko za pripravo terapevtskih učinkovin. Še posebej, ker se virus težko izogne znižanja plastičnosti metabolizma, in kompleksnosti prepeleta dinamike tako virusno kot gostiteljsko inducirane alarmacije.

==Tim David Agrež - Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji==
V zadnjem času se izvajajo mnoge raziskave na dolgih nekodirajočih RNA in njihovi funkciji v organizmu, saj je samo področje še sorazmerno neraziskano. Če nam uspe pojasniti njihovo vlogo in mehanizem v regulaciji lipidnega metabolizma in signalizacije bi to lahko pomenilo velik preskok v zdravljenju mnogih bolezni povezanih z metabolizmom. Glede na to, kar nam je že poznano lahko z gotovostjo trdimo, da imajo lncRNA v metabolizmu in signalizaciji lipidov pomembno vlogo na praktično vsaki točki. V seminarju sem opisal nekatere izmed pomembnejših lncRNA in kako le te vplivajo na regulacijo metabolizma lipidov in njihovo vlogo pri sprejemanju signalov medcelične komunikacije preko lipidnih signalnih molekul.

==Aleš Poljanšek - Ketonska telesca in njihov vpliv na nevrodegenerativne bolezni==
Nevrodegenerativne bolezni se pojavijo kot posledica propadanja nevronov in izgubljanja njihovih funkcij. Eden izmed glavnih vzrokov propadanja nevronov so motnje v metabolizmu, med katerimi je najbolj kritična motnja v metabolizmu glukoze, saj nevroni ne morejo proizvajati ATP-ja iz lipidov. Da bi ublažili hipometabolizem glukoze, so se znanstveniki posvetili izvajanju terapij, s katerimi bi povečali koncentracijo ketonski telesc v krvi. Ta lahko namreč delujejo kot nadomesten substrat v primeru nizke koncentracije glukoze v krvi ali zmanjšanja samega metabolizma glukoze. Sama ketonska telesca nastanejo v procesu, imenovanem ketogeneza, v katerem iz prostih maščobnih kislin v jetrnih celicah nastanejo ketonska telesca, med katerimi je najpomembnejši beta-hidroksibutirat, saj ga nevroni najlažje absorbirajo. Ta se nato sprostijo v kri in preko krvno-možganske pregrade nato vstopijo v možgane. Tam se ketonska telesca v procesu, imenovanem ketoliza, pretvorijo v acetil-CoA, ki se nato nadalje sintetizira v ATP. Ketonska telesca poleg tega, da služijo kot nadomesten substrat v nevronih, zmanjšujejo oksidativni stres, blažijo pa tudi nevroinflamacijo. V terapijah, pri katerih so zdravili različne nevrodegenerativne bolezni, se je pokazalo, da lahko s povečanjem koncentracije ketonskih telesc v krvi, za kar lahko poskrbimo s ketogeno dieto, z vnosom srednje-verižnih maščobnih kislin ali z vnosom ketonskih estrov, izboljšamo kognitivne sposobnosti, spomin in jezikovne sposobnosti pri Alzheimerjevi bolezni. Tovrstne terapije so bile učinkovite tudi pri Parkinsonovi bolezni in pri amiotrofični lateralni sklerozi.

==Tonja Jeromelj - Alteracije lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah==
Lipidi v celicah predstavljajo glavno zalogo energije, kot gradniki se vgrajujejo tudi v celične membrane. Lipidni metabolizem je pomemben za vzdrževanje življenja, ki v ravnovesju izkorišča sintezo in razgradnjo energijsko bogatih molekul. Ogromna količina podatkov, zbranih v preteklih letih nakazuje na pomemben vpliv lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah (cancer stem cells – CSC). CSC predstavljajo majhno populacijo rakavih celic, ki imajo značilnosti zdravih matičnih celic, zlasti sposobnost, da generirajo vse vrste celic, ki jih najdemo v določenem vzorcu raka. CSC ali tumor-initiating cells (TIC) so zaradi svoje raznolikosti odporne na tradicionalno zdravljenje. Odgovorne so za metastaze in ponovitev bolezni pri rakavih pacientih. V njih se prepletajo metabolične in signalne poti, ki so značilne za rakave in matične celice. Lipidni metabolizem ima v teh celicah signifikantno vlogo saj predstavlja kompleksno mrežo fleksibilnih metaboličnih poti. V biosintezi maščobnih kislin CSC kot druge celice pridobivajo strukturne komponente, ki so ključne za celično proliferacijo. Encimi, ki sodelujejo v regulaciji in lipogenezi pa regulirajo signalne poti kot je Hippo-YAP/TAZ, ki jih povezujemo z ohranjanjem matičnosti. Oksidacija maščobnih kislin služi kot glavna metabolična pot za zadostitev visokim energijskim potrebam teh celic, brez nevarnosti, ki jih predstavljajo reaktivne kisikove spojine. Zaradi odvisnosti CSC od lipidnega metabolizma, postaja to tematika številnih kliničnih študij, ki se ukvarjajo z eliminacijo celotne populacije rakavih celic.

==Teo Trost - Oslabljen metabolizem razvejanih aminokislin==
Razvejane aminokisline (BCAA), levcin, izolevcin in valin, igrajo ključno vlogo pri zdravju. So esencialne, njihov metabolizem pa je precej kompleksen in medorgansko odvisen. Poteka v mitohondrijih, prva stopnja lahko poteka tudi v mišičnem tkivu, druga pa v jetrih. Napake v metabolizmu lahko vodijo do kopičenja intermediatov (metabolitov) ali pa kar celih BCAA. Povišana koncentracija BCAA v krvi lahko aktivira tarčni protein rapamicina (mTOR), ki se aktivira tudi z inzulinom. Ko je mTOR aktiviran, se aktivira tudi ribosomska proteinska kinaza S6, ki pa fosforilira in s tem inaktivira inzulinski receptorski substrat, kar pa vodi do blokirane inzulinske signalizacije. Posledica tega je tudi razvoj diabetes mellitus tipa 2. Oslabljen metabolizem BCAA pa lahko rezultira tudi kot bolezen javorjevega sirupa ali številne kardiometabolične bolezni zaradi zamenjave metabolnega goriva v srčni mišici (iz glukoze na BCAA). Ugotavljali so tudi povezavo med telesno aktivnostjo in BCAA in ali je povišana koncentracija BCAA pri idealnih pogojih škodljiva zdravju ali ne. Prav tako so se začele izvajati študije, ki bi ugotovile potencialno povezavo med BCAA in PDAC oziroma vrsto raka trebušne slinavke, ki je pogosto povezan z ljudmi, diagnosticiranimi z debelostjo in/ali diabetesom.

==Leila Bohorč - Katabolizem lizina pri rastlinah: vloga saharopinske poti pri odzivu na abiotski in biotski stres==
Suše, poplave, ekstremne temperature, patogeni… pri rastlinah povzročajo abiotski oziroma biotski stres. Na to se morajo ustrezno odzvat in prilagodit metabolizem, da ga zaščitijo pred posledicami dehidracije, osmotskega in oksidativnega stresa, pomanjkanja hranilnih snovi in ATP, okužb… Sprožijo se različne metabolne poti, med njimi tudi katabolizem aminokisline lizin. Ta se ob stresu začne nabirat v celici, kar sproži saharopinsko pot, po kateri se lizin preko saharopina in α-aminoadipat semialdehida z encimom LKR/SDH pretvori v pipekolat. Lizin predstavlja tudi alternativni substrat za celično dihanje, saj se α-aminoadipat semialdehid lahko preko α-aminoadipata pretvori tudi v acetil-CoA. Pri nekaterih reakcijah se elektroni direktno prenesejo v dihalno verigo, na koncu pa acetil-CoA seveda vstopi v Krebsov cikel. Ob biotskem stresu iz lizina preko intermediata dehidropipekolične kisline nastane pipekolat in se nato pretvori v N-hidroksipipekolat, ki je ena izmed ključnih molekul, ki pri rastlini regulirajo sprožitev obrambnega mehanizma sistemsko pridobljene odpornosti, ki zdrave dele rastline ščiti pred morebitno okužbo. Znanstveniki predvidevajo, da tudi pipekolat, ki nastane v saharopinski poti sodeluje v imunskem odzivu rastline. Čeprav biotski stres aktivira tudi encime saharopinske poti, sama NHP pot nanjo nima vpliva.

==Lara Rajterič - Vloga metabolizma razvejanih aminokislin pri zdravljenju raka==
Razvejane aminokisline, levcin, izolevcin in valin, so esencialne aminokisline, ki so v celicah vključene v številne metabolne procese. Razvejane aminokisline in njihovi katabolni produkti sodelujejo v različnih celičnih mehanizmih, kot so preskrba celic z energijo, anabolizem in katabolizem proteinov ter signalna transdukcija. V zadnjem času se vse več študij ukvarja z raziskovanjem sprememb v metabolizmu aminokislin. Izkazalo se je, da so le te močan faktor v karcinogenezi, ki vključuje celično rast, delitev, migracijo itd. Tumorske celice imajo namreč neomejeno sposobnost delitve, kar močno poveča njihove energetske potrebe. Posledično se morajo prilagoditi oz. reprogramirati svoj metabolizem tako, da lahko sploh preživijo v okolju z relativno malo razpoložjivimi hranili. Za razumevanje reprogramiranja metabolizma aminokislin je pomembno predvsem poznavanje delovanja proteinov, ki v njem sodelujejo. Najpomembnejši v tem procesu so katabolni encimi transaminaze razvejanih aminokislin (BCAT1 in 2), kompleks dehidrogenaza razvejanih aminokislin v povezavi s svojo kinazo in fosfatazo (BCKDH-BCKDK-PPM1K kompleks), transporterji aminokislin in njihovi metaboliti. Globje razumevanje njihovega delovanja in spremenjene ekspresije predstavlja veliko možnost za napredek pri razvoju diagnostičnih pristopov za odkrivanje in terapij za zdravljenje nekaterih rakavih obolenj.

==Ivana Stojić - Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka==
Cikel sečnine je glavna pot, po kateri sesalci odstranjujejo odpadni dušik. Specifične spremembe v izražanju večine encimov se pojavljajo v številnih tumorjih, kar vodi do splošnega presnovnega znaka, imenovanega disregulacija. Pri več vrstah raka je izražanje proteinov cikla sečnine ne regulirano, kar zagotavlja presnovne koristi za preživetje in rast tumorja. Glavne spremembe, opisane v izražanju encimov cikla pri različnih oblikah raka na različnih stopnjah, so dinamične in jih je zato treba obravnavati na poseben način. Disregulacija izzove preusmeritev dušika ter poveča sintezo pirimidina, ki povzroči spremembe na genomskem podpisu, katerega sestavljajo mutacija na ravni DNA, RNA in proteinov. Mutacijsko prevladovanje je povezano s povečanim številom hidrofobnih tumorskih antigenov in boljšim odzivom na zaviralce imunskih kontrolnih točk, neodvisno od mutacijske obremenitve. Cikel sečnine je bil ovrednoten na podlagi motenj v jetrih, izoliranih iz kahektičnih podgan s tumorjem, kjer se je sinteza sečnine avtoinhibirala v prisotnosti mnogih substratov. Sečnina v krvi je bila višja pri podganah s tumorjem, kar kaže na povečano sintezo sečnine. Razumevanje aktivnosti poti cikla sečnine je ključno za interakcije med rakom in imunskimi celicami ter diagnozo za zdravljenje raka.

==Špela Auer - Kompleks II (sukcinat dehidrogenaza)==
Celično dihanje je proces v katerem živa bitja pridobivajo ATP. Eden izmed procesov v tej metabolni poti je oksidativna fosforilacija, katere del je tudi encim sukcinat dehidrogenaza (SDH) oziroma kompleks II. SDH je povezovalni člen med Krebsovim ciklom in oksidativno fosforilacijo, saj oksidira sukcinat v fumarat, potem pa elektrone prenese preko FAD in treh [Fe-S] centrov na ubikinon. Encim je sestavljen iz 4 podenot (podenote A, B, C in D), ki imajo vsaka svojo funkcijo. Zorenje encima omogočajo sestavljalni faktorji. Najpomembnejši so SDHAF1, SDHAF2, SDHAF3 in SDHAF4. SDHAF1 omogoča vezavo treh [Fe-S] centrov na podenoto B s pomočjo proteinov ISCU, HSPA9 in HSC20, pri tem naj bi pomagal še SDHAF3. SDHAF2 pritrja FAD na podenoto A, SDHAF4 pa zmanjšuje avtooksidacijo. Delovanje SDH-ja je regulirano s pomočjo sukcinatnih kompetitorjev (npr. malat), ubikinonskih inhibitorjev (karboksin) in posttranslacijskih modifikacij, kamor prištevamo fosforilacije, acetilacije in sukcinilacije. Fosforilacija (poteče kot odgovor na nastanek reaktivnih kisikovih spojin), deacetilacija (odstrani acetilni del na SDHA, da se substrat lažje veže) in sukcinilacija povečajo SDH aktivnost; obratni procesi pa jo zmanjšajo. Mutacije sukcinat dehidrogenaze so povezane s številnimi boleznimi, ki jih v osnovi delimo na rakave in nevrodegenerativne bolezni, med katere med drugim spadajo tudi hipertenzija in palpitacija, je pa to področje še precej neraziskano.

==Gal Kastelic - Sestavljalne poti kompleksov oksidativne fosforilacije==
Oksidativna fosforilacija ali OXPHOS je primarni vir ATP molekul v evkariontskih celicah. Pri tem procesu sodeluje 5 večjih heteromernih encimov: kompleksi I, II, III, IV in V, ki se nahajajo na tubularnih kristah in se sestavijo po zapletenih in včasih med seboj odvisnih poteh. Transportni mehanizmi so dobro regulirani s sestavljalnimi faktorji, a natančne funkcije regulatorjev so še povsem neraziskane. Vsak encim, razen kompleksa II, je mešanica podenot, ki so kodirane bodisi v jedrni DNA, te se sintetizirajo v citosolu in so v mitohondrij transportirane s posebnimi mehanizmi TOM in TIM22, TIM23 na membranah mitohondrija, bodisi v mitohondrijski DNA, te pa sintetizirajo mitohondrijski ribosomi v matriksu in jih s pomočjo OXA1 translokaz vstavijo na membrano mitohondrija. Ravno ta dvojni izvor podenot celici predstavlja največji izziv za tvorjenje kompleksov. Sestavljalne poti se pri kompleksih razlikujejo, najbolj pa izstopa kompleks V, pri katerem vsi koraki sestavljanja potekajo na membrani krist. Da se proteini in kofaktorji, npr. Fe-S klastri in FMN pravilno povežejo, so potrebni številni sestavljalni faktorji in združevanje posameznih kompleksov v superkomplekse, katerih funkcija še vedno ni popolnoma znana, dokazano pa je, da ustvarijo primernejše pogoje za sestavljanje novih kompleksov.

==Primoz Senica Pavletic - Mehanizmi mitohondrijske respiratorne prilagoditve==
Živalske celice uporabljajo najrazličnejše regulatorne mehanizme za prilagoditev na stres v okolju. Povišan stres je povezan s povišanjem porabe ATP. Mitohondrij je kot glavni organel za proizvodnjo ATP reguliran glede na potrebo le-tega. Eden od regulatornih mehanizmov je nadzor nad izražanjem mitohondrijskih genov. Glavni regulator je PGC1α, ki, tako sam kot tudi z vezavo na transkripcijske faktorje, vpliva na izražanje genov. Drugi način regulacije mitohondrijske biogeneze je s kontrolo translacije jedrne mRNA, ki ima zakodirane mitohondrijske proteine in proteine, ki na druge načine sodelujejo pri mitohondrijski biogenezi. Glavni regulator translacije mitohondrijskih proteinov je kompleks mTORC1–4E-BP1/2 in RNA-vezani protein CLUH. Z zaviranjem zgornjega bralnega okvirja (uORF = upstream open reading frames) na PPARGC1A mRNA (kodira PGC1α) se regulira tudi translacije le-tega. Ko so polipeptidi proteinov dihalne verige sintetizirani, se transportirajo preko membranskega proteina TOM v medmembranski matriks, kjer se še dodatno modificirajo in preko membranskega proteina TIM vsidrajo v notranjo mitohondrijsko membrano. V membrani z drugimi podenotami tvorijo kvartarne strukture. Ob povečani porabi ATP se proteini dihalne verige dodatno posttransladijsko spremenjio in povečajo kapaciteto proizvodnje ATP. Kapaciteta proizvodnje ATP v mitohondriju se lahko tudi poveča s tvorbo super struktur v dihalni verigi.

==Mia Kobal - Zgradba in delovanje rubisca, najpogostejšega encima==
Ribuloza-1,5-bifosfat karboksilaza/oksigenaza oziroma rubisco je glavni encim procesa fotosinteze. Fotosinteza je glavni dejavnik proizvodnje hrane in uravnavanja koncentracije kisika v atmosferi. Rubisco je tako eden najpomembnejših encimov na svetu. A rubisco ni učinkovit, ravno obratno. Nagnjen je k napakam, katalitično delovanje je počasno in nezadostno, namesto ogljikovega dioksida - kar je osrednja točka fotosinteze - pa lahko veže kisik. Karboksilazno aktivnost spremlja oksigenazna, namesto dveh molekul 3-fosfoglicerata, nastane le ena, poleg nje pa še toksičen in neuporaben 2-fosfoglikolat. Tega morajo organizmi presnoviti v ATP reguliranem procesu fotorespiracije. Fotosintetskim organizmom je zato v prid večanje učinkovitosti rubisca. Nadzor nad encimom se izvaja že pri samem nastanku s pomočjo raznih šaperonov oziroma spremljevalcev. Samo delovanje rubisca spremlja zanj posebna aktivaza – rubisco aktivaza (Rca), učinkovitost pa večajo tudi posebni kompleksi – rubiskozomi, ki so jih razvile cianobatkerije, rastline… Pravilno delovanje vseh mehanizmov pripomore k fiksaciji in pretvorbi CO2 v kisik. Letno rubisco veže do 1014kg ogljikovega dioksida, encima pa je na svetu okoli 7 x 1011kg (96% se ga nahaja v kopenskih organizmih, ostalo pa v morskih).

BIO2 Seminar 2022

2022-12-08T19:09:10Z

Mia Kobal: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| class="wikitable"
! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve
|-
! Tinkara Korošec
| 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Marcel Tušek
| 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Pia Kristanc
| 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Samo Pucihar
| 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Luka Fink
| 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Tin Vranješ
| 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Lucija Kovaček
| 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Mark Varlamov
| 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Klemen Justin
| 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Teja Mohar
| 14-15 || Encimi za popravilo metabolitov || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Tea Amidović
| 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Taja Pojbič
| 14-15 || Pentoza-fosfatna pot in rak || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Deni Krašna
| 16 || Krebsov cikel - zvezdišče viroimunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Zara Bunc
| 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Urša Lah
| 16 || Acetil CoA in kromatin || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Žiga Koren
| 16 || Vloga intermediatov krebsovega cikla pri zaščiti pred ishemijo || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Tim-David Agrež
| 17 || Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Aleš Poljanšek
| 17 || Ketonska telesca in njihov vpliv na nevrodegenerativne bolezni || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Tonja Jeromelj
| 17 || Alteracije lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Miha Tomšič
| 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Leila Bohorč
| 18 || Katabolizem lizina pri rastlinah: vloga saharopinske poti pri odzivu na abiotski in biotski stres || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Teo Trost
| 18 || Oslabljen metabolizem razvejanih aminokislin || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Ivana Stojić
| 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Lara Rajterič
| 18 || Vloga metabolizma razvejanih aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Primož Šenica Pavletič
| 19 || Mehanizmi mitohondrijske respiratorne prilagoditve || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Špela Auer
| 19 || Kompleks II sukcinat dehidrogenaza || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Gal Kastelic
| 19 || Sestavljalne poti kompleksov oksidativne fosforilacije || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Tim-David Agrež
| 17 || Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji || Deni Krašna || Klemen Justin || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Taja Mužič
| 20 || ROS in regulacija fotosinteze || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Mia Kobal
| 20 || Zgradba in delovanje rubisca, najpogostejšega encima || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Laura Simonič
| 20 || Dinamično preoblikovanje kloroplastov ob spremembi svetlobe || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Karin Rak
| 20 || Manipulacija rastlin proti višjim izkoristkom fotosinteze preko fotorespiracije || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Ula Mikoš
| 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lara Zupanc
| 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lena Kogoj
| 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Naja Pečovnik Wutt
| 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Matija Novel
| 22 || Dopaminski transporter: regulacija in mehanizem interakcije z dopaminom || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Sofija Stevanović
| 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Martin Kresal
| 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Miljan Trajković
| 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Filip Petrovič
| 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|-
! Patricija Kolander
| 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2022

2022-12-08T19:08:31Z

Mia Kobal: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| class="wikitable"
! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve
|-
! Tinkara Korošec
| 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Marcel Tušek
| 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Pia Kristanc
| 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Samo Pucihar
| 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Luka Fink
| 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Tin Vranješ
| 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Lucija Kovaček
| 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Mark Varlamov
| 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Klemen Justin
| 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Teja Mohar
| 14-15 || Encimi za popravilo metabolitov || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Tea Amidović
| 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Taja Pojbič
| 14-15 || Pentoza-fosfatna pot in rak || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Deni Krašna
| 16 || Krebsov cikel - zvezdišče viroimunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Zara Bunc
| 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Urša Lah
| 16 || Acetil CoA in kromatin || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Žiga Koren
| 16 || Vloga intermediatov krebsovega cikla pri zaščiti pred ishemijo || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Tim-David Agrež
| 17 || Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Aleš Poljanšek
| 17 || Ketonska telesca in njihov vpliv na nevrodegenerativne bolezni || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Tonja Jeromelj
| 17 || Alteracije lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Miha Tomšič
| 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Leila Bohorč
| 18 || Katabolizem lizina pri rastlinah: vloga saharopinske poti pri odzivu na abiotski in biotski stres || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Teo Trost
| 18 || Oslabljen metabolizem razvejanih aminokislin || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Ivana Stojić
| 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Lara Rajterič
| 18 || Vloga metabolizma razvejanih aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Primož Šenica Pavletič
| 19 || Mehanizmi mitohondrijske respiratorne prilagoditve || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Špela Auer
| 19 || Kompleks II sukcinat dehidrogenaza || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Gal Kastelic
| 19 || Sestavljalne poti kompleksov oksidativne fosforilacije || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Tim-David Agrež
| 17 || Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji || Deni Krašna || Klemen Justin || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Taja Mužič
| 20 || ROS in regulacija fotosinteze || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Mia Kobal
| 20 || Zgradba in delovanje Rubisca - najpogostejšega encima || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Laura Simonič
| 20 || Dinamično preoblikovanje kloroplastov ob spremembi svetlobe || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Karin Rak
| 20 || Manipulacija rastlin proti višjim izkoristkom fotosinteze preko fotorespiracije || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Ula Mikoš
| 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lara Zupanc
| 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lena Kogoj
| 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Naja Pečovnik Wutt
| 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Matija Novel
| 22 || Dopaminski transporter: regulacija in mehanizem interakcije z dopaminom || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Sofija Stevanović
| 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Martin Kresal
| 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Miljan Trajković
| 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Filip Petrovič
| 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|-
! Patricija Kolander
| 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2022

2022-12-07T07:05:00Z

Mia Kobal: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| class="wikitable"
! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve
|-
! Tinkara Korošec
| 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Marcel Tušek
| 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Pia Kristanc
| 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Samo Pucihar
| 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Luka Fink
| 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Tin Vranješ
| 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Lucija Kovaček
| 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Mark Varlamov
| 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Klemen Justin
| 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Teja Mohar
| 14-15 || Encimi za popravilo metabolitov || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Tea Amidović
| 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Taja Pojbič
| 14-15 || Pentoza-fosfatna pot in rak || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Deni Krašna
| 16 || Krebsov cikel - zvezdišče viroimunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Zara Bunc
| 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Urša Lah
| 16 || Acetil CoA in kromatin || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Žiga Koren
| 16 || Vloga intermediatov krebsovega cikla pri zaščiti pred ishemijo || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Tim-David Agrež
| 17 || Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Aleš Poljanšek
| 17 || Ketonska telesca in njihov vpliv na nevrodegenerativne bolezni || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Tonja Jeromelj
| 17 || Alteracije lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Miha Tomšič
| 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Leila Bohorč
| 18 || Katabolizem lizina pri rastlinah: vloga saharopinske poti pri odzivu na abiotski in biotski stres || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Teo Trost
| 18 || Oslabljen metabolizem razvejanih aminokislin || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Ivana Stojić
| 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Lara Rajterič
| 18 || Vloga metabolizma razvejanih aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Primož Šenica Pavletič
| 19 || Mehanizmi mitohondrijske respiratorne prilagoditve || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Špela Auer
| 19 || Kompleks II sukcinat dehidrogenaza || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Gal Kastelic
| 19 || Sestavljalne poti kompleksov oksidativne fosforilacije || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Tim-David Agrež
| 17 || Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji || Deni Krašna || Klemen Justin || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Taja Mužič
| 20 || ROS in regulacija fotosinteze || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Mia Kobal
| 20 || RuBisCO - najpogostejši encim || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Laura Simonič
| 20 || Dinamično preoblikovanje kloroplastov ob spremembi svetlobe || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Karin Rak
| 20 || Manipulacija rastlin proti višjim izkoristkom fotosinteze preko fotorespiracije || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Ula Mikoš
| 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lara Zupanc
| 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lena Kogoj
| 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Naja Pečovnik Wutt
| 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Matija Novel
| 22 || Dopaminski transporter: regulacija in mehanizem interakcije z dopaminom || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Sofija Stevanović
| 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Martin Kresal
| 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Miljan Trajković
| 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Filip Petrovič
| 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|-
! Patricija Kolander
| 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK 2022 Povzetki seminarjev

2021-05-22T12:28:43Z

Mia Kobal:

=== Magdalena Ilievska:
Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema

Seminarska naloga govori o tem, kako enocelični sluzni kalup Physarum polycephalum pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. Physarum polycephalum, brezcelični sluzni kalup je protist z različnimi celičnimi oblikami in široko geografsko razširjenostjo. Njegovo telo je ogromna enojna celica, sestavljena iz medsebojno povezanih cevi, ki tvorijo zapletene mreže. V zadnjih letih so raziskave Physarum polycephalum spet postale vrhunske. Leta 2000 je japonski raziskovalec Toshiyuki Nakagaki izvedel osnovni poskus, ki je pokazal, da je sluzni kalup sposoben najti najkrajšo pot skozi labirint. Od takrat se je pametno reševanje problemov Physarum polycephalum vrnilo iz sence in je danes spet v središču, ko se razpravlja o vprašanjih o izvoru inteligence in spoznanja. Raziskovalci na Inštitutu za dinamiko in samoorganizacijo Max-Planck in Tehniški univerzi v Münchnu so ugotovili, kako sluzni kalup Physarum polycephalum ohranja spomine - čeprav nima živčnega sistema. Sposobnost shranjevanja in pridobivanja informacij daje telesu očitno prednost pri iskanju hrane ali pri izogibanju škodljivih okoljih. Tradicionalno se to pripisuje organizmom, ki imajo živčni sistem. Novi študiji avtorjev Mirne Kramar in prof. Karen Alim izzivajo tega stališča z odkrivanjem neverjetnih sposobnosti zelo dinamičnega enoceličnega organizma za shranjevanje in pridobivanje informacij o svojem okolju.

=== Živa Urh: Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ===

V stresnih razmerah celice preklopijo iz običajnega v bolj omejen način delovanja, da se zaščitijo pred poškodbami. Pri tem si pomagajo na različne načine. Eden od načinov je varnostni program imenovan toplotni šok, ki je povezan s hitro regulacijo genske aktivnosti (zmanjšanjem transkripcije) v stresnih situacijah. Stres povzroči nastanek jedrnih kondenzatov NELF, ki nastanejo, ko NELF tvori kapljice. NELF ali negativni podaljševalni dejavnik, je proteinski kompleks iz več podenot, ki se ob jedrnem signalu oblikuje v kondenzate oz. kapljice. Vezava kompleksa NELF na promotorje vzdrževalnih genov je tista, ki povzroči slabšo mobilnost RNA polimeraze II in posledično slabše prepisovanje genov ter tako zmanjša proizvodnjo proteinov, ki niso nujni v stresnih razmerah. Mehanizem nastanka jedrnih kondenzatov je povezan z defosforilacijo NELF in nadaljnjo SUMOilacijo. Ta dva procesa spadata pod posebne post-translacijske modifikacije (PTM), ki so bistvene za kondenzacijo NELF. Pomembno vlogo pri formaciji kondenzatov NELF imajo tudi neurejene regije (IDR), ki jih najdemo pri posameznih podenotah tega proteinskega kompleksa. IDR so deli proteinov brez fiksne strukture in delujejo kot lovke. Povezave med lovkami podenot A in E med so bistvenega pomena za tvorbo kapljic oz. kondenzatov. Celice, ki zaradi pomanjkanja lovk pri podenotah ne tvorijo kondenzatov NELF tudi ne zmanjšajo transkripcije. Posledično take celice normalno prepisujejo gene in so tako bolj dovzetne za celično smrt.

=== Tinkara Butara: Kako rastline zaznajo napad herbivorov ===

Rastline niso nemočni opazovalci dogajanja okoli njih, ampak se na okoliške dražljaje tudi odzivajo. Skozi evolucijo so razvile posebne obrambne mehanizme, ki se sprožijo kot odgovor na elicitorje. Elicitorji so kemijske zvrsti, ki jih lahko izločajo herbivori ali pa rastline same. Te kemijske zvrsti se vežejo na proteinske receptorje na celični membrani in tako sprožijo odziv, na primer na objedanje. Sporočilo o nevarnosti se nato širi do lokalno poškodovanih delov rastline in sistemsko opozarja celotno rastlino na poškodbo. Rastlini lastni elicitorji so najpreprostejši tip, med katerimi je najbolj univerzalen zunajcelični ATP. Primerni elicitorji herbivorov so prebavni encimi v njihovi slini ter konjugati maščobnih kislin in aminokislin. Odziv rastline na napad herbivora pa je lahko povezan tudi s simbiotskimi organizmi herbivora. Ti lahko izločajo snovi s katerimi omogočijo lažji razvoj insekta ali pa s tem pomagajo rastlini. Pomemben sprožilec rastlinskega odziva na herbivore so tudi fizični dražljaji, ki jih ti povzročajo. Pri tem se sproščajo hlapne snovi, ki lahko služijo privabljanju naravnih sovražnikov herbivora ali pa širijo sporočilo o nevarnosti do drugih rastlin. Kot odziv na elicitorje se v večini primerov tvorita rastlinska hormona jasmonska in salicilna kislina, ki sta del obrambnih mehanizmov rastlin. Karakterizacija rastlinskih elicitorjev nam ponuja orodje za razvoj agrokemikalij, ki bodo odganjale herbivore in hkrati ščitile rastline.

=== Pia Špehar: Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku ===

Leta 1986 je celični biokemik Kazumitsu Ueda odkril, da ima protein ABCB1 zmožnost, da iz rakavih celic transportira mnoge kemoterapevtike in tako telesu omogoči odpornost na kemoterapijo. ABCB1 spada med ABC-prenašalce, in sicer je eden izmed tistih prenašalcev, ki iz celic izločajo toksične hidrofobne komponente. Najdemo ga v membranah celic v jetrih, možganih, testisih in placenti. Skoraj 30 let po odkritju funkcije proteina, je Ueda s svojo ekipo lahko določil še mehanizem njegovega delovanja, in sicer z izvedbo več raziskav. Sprva so protein kristalizirali v stanju pred in po transportu substrata ter primerjali stanji med seboj, izvedli pa so tudi analizo s FRET tehniko. Ugotovili so, da substrat vstopi v osrednjo votlino skozi del proteina v notranjosti celice. Nato se veže na vrh osrednje votline proteina, kjer se nahaja hidrofobno aromatsko omrežje, ki ima pomembno vlogo pri prepoznavanju substratov. Vezava substrata na to omrežje sproži konformacijsko spremembo proteina. Za spremembo je potrebna tudi energija, ki jo priskrbi molekula ATP. Vezava ATP-ja sproži tudi nastanek omrežja, ki povzroči, da se protein začne zvijati in obračati, skrči se tudi osrednja votlina proteina. Ko se osrednja votlina skrči, se substrat izloči v zunajcelični prostor. Pri celotnem procesu je pomembna tudi hidroliza ATP, ki služi temu, da se protein vrne nazaj v prvotno stanje.

=== Pia Trošt: Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature ===

Zaradi naraščajočega vpliva antropogenih dejavnikov koralni grebeni hitro propadajo in korale se morajo prilagoditi vse bolj stresnemu okolju. Acropora tenuis je ena glavnih vrst koral ob obali Okinave na Japonskem in se pojavlja v treh barvnih različicah (N, G in P), med katerimi je bila opažena različna stopnja beljenja pri povišani temperaturi. Korale živijo v sožitju z algami iz družine Symbiodiniaceae. Pri različicah N in P je bila zaznana zmanjšana fotosintetska aktivnost simbiontov, medtem ko je različica G ohranila aktivnost tudi pri povišani temperaturi. Raziskava je pokazala, da vse barvne različice gostijo isti klad simbiontov, torej različne temperaturne odpornosti ni mogoče pripisati razliki v Symbiodiniaceae. Ker je bil genom A. tenuis dekodiran, je bilo mogoče identificirati gene za fluorescenčne proteine (GFP, CFP, RFP in ChrP). Poletna raziskava profilov izražanja posameznih proteinov je pokazala, da je bilo izražanje CFP in RFP pri vseh različicah nizko, različica P je pokazala višje izražanje ChrP, različica G pa višje izražanje GFP, ki se je ohranilo tudi pri višji temperaturi. Rezultati kažejo, da imajo vse različice enak nabor genov za fluorescenco, torej so barvne različice vzrok različnega izražanja genov FP, ki povečajo odpornost koral proti beljenju.

=== Gašper Struna: Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ===

Sistemi toksin-antitoksin (TA) imajo pomembno vlogo v bakterijah. Vplivajo na stabilnost plazmida in imajo pomembno vlogo pri postsegregacijskem propadu. Če plazmida ni, antitoksin ne prepreči delovanja toksina in toksin povzroči propad celice. Poznamo sedem tipov TA sistemov, med katerimi je najpogostejši tip II. Pri tem tipu antitoksin prepreči delovanje toksina tako, da se močno veže nanj in s tem inhibira njegovo delovanje. TA sistem tipa II najdemo tudi v bakteriji Pseudoaltermonas rubra, in sicer je ta TA sistem predstavnik para ParE/PF03693. V raziskavi so ugotovili, da antitoksin (PrpA) iz tega para zmanjša delovanje toksina na več načinov, in sicer tako da se neposredno veže na toksin ali pa se veže na promotor TA operona in deluje kot represor. PrpA ima pomembno vlogo tudi pri replikaciji, saj se lahko veže na podobno mesto kot iniciatorski protein RepB in s tem onemogoči začetek replikacije. PrpA ima na N-koncu vezavno mesto za DNA, s C-koncem pa interagira s toksinom, je tudi labilen, vezava na toksin pa ga stabilizira. Pari ParE/PF03693 so tudi v nekaterih virulentnih bakterijah in njihova nadaljnja študija bi lahko pripomogla k boljšemu razumevanju odpornosti bakterij na antibiotike in njihovem virulentnem delovanju.

=== Nuša Kos Thaler: Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih ===

Levivirusi so bakteriofagi z majhnim enoverižnim RNA genomom, ki ga sestavljajo 3–4 geni. Eden od njih je gen ''sgl'' (ang. single gene lysis), ki kodira protein za sprožitev avtolize gostiteljske celice in sprostitev virionov. Za razliko od dvoverižnih DNA bakteriofagov, ki encimsko razgradijo peptidoglikan (glavno enoto celične stene bakterijskih celic), protein Sgl pri lizi po navadi deluje kot nekompetitivni inhibitor in preprečuje njegov nastanek. Geni ''sgl'' so zelo majhni, raznoliki in pogosto vstavljeni v druge gene, zaradi česar jih težko odkrijemo. V nedavnih raziskavah so našli več deset tisoč genomov levivirusov, ki jih pred kratkim še nismo poznali. V določenih so odkrili gene ''sgl'' in preizkušali njihovo aktivnost na ''E. coli'' ter ugotovili, da lahko hitro ustvarijo gen ''sgl''. Bazna zaporedja najdenih genov ''sgl'' imajo zelo malo ali celo nobene podobnosti z baznimi zaporedji že preučevanih genov ''sgl''. V genomu posameznega bakteriofaga se lahko pojavlja več genov ''sgl'', kar pomeni, da bi lahko levivirusi hkrati okužili in lizirali celice evolucijsko oddaljenih bakterijskih vrst. Zaradi svoje raznolikosti, hitre evolucije in zmožnosti spreminjanja so potencialni vir za razvoj proteinskih antibiotikov in fagne terapije.

=== Nataša Vujović: How HER2 positive breast cancer cells evade treatments that utilize T cells ===

Immunotherapy continues to show exciting promise in more effectively treating cancer especially hematologic malignancies but they have not proven effective in treating solid tumors. The T lymphocyte is of key importance to the immune system and is at the core of adaptive immunity. Their roles include directly killing infected host cells, activating other immune cells, producing cytokines and regulating the immune response. Global research efforts centering on T cell-engaging therapies like T-cell bispecific antibodies (TCBs) and chimeric antigen receptors (CARs), are conducted in hope of finding a more effective treatment for cancer. TCBs are typically designed to bind to a selected tumor-associated antigen and to a T cell receptor (TCR). CAR T cells are T cells that have been genetically engineered to produce an artificial T cell receptor for use in immunotherapy. Researchers have now found a novel mechanism of resistance to T cell therapies used by HER2 positive breast cancer cells. The resistance is obtained by disruption of interferon-gamma signaling. IFN-γ has a critical role in recognizing and eliminating pathogens. The disruption of its pathways happens by JAK2 down-modulation. The kinase JAK2 transduces the signal initiated by interferon-gamma. JAK2 was shown to be repeatedly disrupted in several resistant models.

=== Urša Zevnik: FOXO3, gen, povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom ===

Forkhead box O3 (FOXO3) je protein, ki sodeluje pri številnih procesih, ki podaljšujejo življenjsko dobo in zavirajo s starostjo povezane bolezni. Ugotovili so, da imajo posamezniki z določeno različico tega gena kar trikrat večjo možnost, da dočakajo sto let.
Ena izmed njegovih funkcij je tudi obramba nevralnih matičnih celic pred oksidativnim stresom. V oksidirajočih pogojih v celici pride do oksidacije cisteina na FOXO3, kar prepreči njegovo fosforilacijo. Tak protein se transportira v jedro, kjer deluje kot transkripcijski faktor. Med drugim poveča prepisovanje encima glicin-N-metiltransferaze (GNMT), ki katalizira reakcijo, pri kateri se porablja S-adenozil metionin (SAM). SAM kot metilni donor omogoča dozoritev jedrnih laminov, ker pa je zaradi več GNMT njegova razpoložljivost manjša, lamini ne dozorijo pravilno in se združujejo v skupke. To privede do prepustnosti jedrne membrane, iz jedra uhajajo fragmenti DNA, celica jih zamenja za virusne nukleotide in sproži interferonski odziv tipa I. Ta povzroči, da nevralne matične celice preidejo v dormantno stanje in se prenehajo deliti. To je ugodno, saj nevroni, nastali v stresnih razmerah, nebi preživeli, celice pa bi se pri delitvah izčrpavale. Tkivo bi torej prej izgubilo sposobnost obnavljanja in se prej postaralo.

=== Sara Borišek: Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2 ===

Debelost je prisotna pri ljudeh že od nekdaj, v zadnjih letih pa je odstotek debelosti pri ljudeh kar precej narasel, predvsem pri mladih, s tem pa so narasle tudi zdravstvene težave ljudi s prekomerno težo. Predvsem je z debelostjo asociirana prehrana, ki vsebuje velik delež maščob ta pa s srčnimi obolenji. V ospredju je hipertrofija levega srčnega prekata, ki je eno izmed glavnih srčnih obolenj in povečuje tveganje za smrt. Hipertrofija levega prekata je zgostitev in povečanje sten levega prekata. Vse več pozornosti zato dobiva NADPH oksidaza 2 ali NOX-2, ki ima zaradi svojega vpliva na oksidativno škodo, povzročeno s prehrano, glavno vlogo pri ustvarjanju bioaktivnega superoksida. Znanstveniki so v raziskavi, ki je potekala na Šoli za biološko znanost Univerze v Readingu preverili ali obstaja povezava med proteinom NOX-2 in prehrano, ki vsebuje visok odstotek maščob pri hipertrofiji levega prekata. Trenutne ugotovitve so, da prehrana z visoko vsebnostjo maščob povzroči oksidativni stres, ki ga nadzira protein NOX-2, kar podpira hipertrofijo levega srčnega prekata. Zanimanje za selektivno ciljanje na protein NOX-2 kot terapevtsko strategijo je naraslo, zato so v raziskavi predlagali specifično ciljanje aktivacije srčnega proteina NOX-2, ki bi lahko bil izvedljiv pristop k ohranjanju funkcije miokarda v presnovnih pogojih.

=== Nika Ferk: Formulacije na osnovi biomaterijalov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim ===

V seminarski nalogi si bomo podrobneje pogledali kako se človeštvo in današnja znanost spopadata z izzivi patogenih delcev in boleznimi, ki jih le te povzročajo. Z nalezljivo kužnimi boleznimi se človeštvo soča že od nekdaj. Skozi razvijanje tehnologij smo ustvarili cepiva. Običajno se klasična cepiva, pridobljena iz živih oslabljenih patogenov in inaktiviranih virusov, rekombinantnih proteinov in sintetičnih peptidov. S cepivi v telesu povzročimo imunski odziv in nastanek protiteles. Skozi napredovanje tehnologije, natančneje biotehnologije in nanotehnologije so na trg prišli biomateriali. Biomateriali imajo dober potencial za boj proti kužnim boleznim, predvsem zaradi njihovih lasnosti kot so: oblike in značilnosti površine, ki skupaj močno vplivajo na učinkovit način prenosa delcev. Še pomembneje pa je, da biomateriali omogočajo dostavo antigenov in imunsko stimulirajočih snovi, ki predstavljajo močan pristop cepljenja pri aktivaciji imunskih odzivov. Same pa lahko tudi vplivajo na zaščito materiala, ki ga nosijo in s tem lahko podaljšajo sproščanje. Raziskani in najbolj potencialni biomaterijali so sintetični in naravni polimerni delci, lipidi, samosestavljeni proteini, virusom podobni delci (VPD) in anorganski delci. Eden izmed najbolj uspešnejših biološko razgradljivih biomaterijalov je PLGA ali poli(mlečno-ko-glikolna kislina). Poleg kisline so bili tudi zelo uspešni anorganski nano delci, formulirani so bili kot sistem za dajenje cepiv zaradi njihovih ustreznih fiziokemijskih lastnosti.

=== Špela Rapuš: Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle ===

Mikobakterije sicer uvrščamo med Grampozitivne bakterije, vendar imajo precej bolj zapleteno celično ovojnico. Ta sestoji iz notranje membrane, sloja peptidoglikana in dodatne mikomembrane, v kateri so značilne mikolične kisline. Odkrili so, da te bakterije tvorijo membranske vezikle na dva različna načina, odvisno od zunanjih pogojev, katerim so podvržene. Če mikobakterijo izpostavimo poškodovanju DNA se bo sprožil proces, angl. bubbling cell death, pri katerem se bodo tvorili membranski vezikli iz notranje membrane. Če pa bakterijo izpostavimo stresu na celično ovojnico, se ta odzove s procesom imenovanim angl. mycomembrane blebbing, pri katerem se iz mikomembrane odcepljajo vezikli. Kot modelni organizem so pri raziskavi uporabili Corynebacterium glutamicum in jo izpostavili mitomicinu C, ki je induciral stres na DNA in penicilinu G oz. deficitu biotina, ki sta zavirala biosintezo celične stene. Pri tem so se tvorili membranski vezikli na različne načine. Preučili so tudi lipidno sestavo membranskih veziklov in z rezultati skušali dokazati njihov izvor. Do podobnih ugotovitev pa so prišli tudi pri nekaterih drugih mikobakterijah. Membranski vezikli so izrednega pomena v proizvodnji cepiv in antibiotikov, zato so njihova dognanja velikega pomena.

=== Leila Bohorč: Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico ===

Virusa ebola in Marburg spadata v družino filovirusov, ki veljajo za ene najnevarnejših patogenov na svetu. Za vstop v celice uporabljajo mehanizem, ki je posredovan z enim samim glikoproteinom na površini virusa. Odkritih je bilo že mnogo potencialnih inhibitorjev, a je ravno visoka smrtnost eden izmed razlogov za slabo poznavanje mehanizmov. Majhne molekule, ki lahko inhibirajo vstop filovirusov v celico, so lahko že odobrena zdravila, ki se sicer uporabljajo pri zdravljenju drugih bolezni. Na glikoproteinu virusa ebola je primarno vezavno mesto hidrofoben žep na območju notranje fuzijske zanke. Dve izmed številnih molekul, ki se lahko vežejo tja, sta ospemifen in toremifen, ki se razlikujeta le v stranski verigi. Toremifen se lahko zaradi bazične aminske funkcionalne skupine akumulira tudi v lizosomih, kar poveča njegovo učinkovitost. Dimetilaminska stranska veriga na tej molekuli pa nima posebne vloge pri direktni vezavi molekule na hidrofoben žep. Na glikoproteinu ebole obstaja še sekundarno vezavno mesto na območju domene HR2. Na bazični žep v tej regiji se vežejo le specifične molekule kot sta fluoksetin in toremifen. Ti molekuli proti eboli delujeta sinergično, proti Marburgu pa antagonistično. Na glikoproteinu virusa Marburg je domena HR2 primarno vezavno mesto.

=== Ivana Vukšinić: Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma ===

Ko je v okolju na voljo dovolj hranil, gliva sluzavka vrste Dictyostelium discoideum obstaja v obliki enoceličnega organizma, ob morebitnem nastopu stradanja pa se posamezne celice začnejo združevati in tvorijo agregat, ki se obnaša kot mnogoceličen organizem. Med kulminacijo se iz njega razvije sorokarp s sporangijem, v katerem se tvorijo spore, ki populaciji omogočijo preživetje neugodnih razmer. To sposobnost uravnava novo odkrit mehanizem, s katerim od žvepla odvisno metabolično stikalo narekuje celično diferenciacijo. V času pomanjkanja hranil pride do porasta reaktivnih kisikovih spojin (ROS), ki so v velikih količinah celici škodljive, kar privede do velike potrebe po sintezi antioksidanta glutationa (GSH). To povzroči sekvestracijo cisteina, enega izmed prekurzorjev GSH, kar omeji razpoložljivost te aminokisline za potrebe drugih procesov v celici. Cistein je namreč ena od le dveh aminokislin, ki vsebujeta žveplo, to pa ima med drugim pomembno vlogo pri sintezi večine proteinov in železo-žveplovih klastrov, ki so ključne funkcionalne skupine v metaboličnih encimih. Izkazalo se je, da sekvestracija žvepla upočasni sintezo proteinov, inhibira proliferacijo celic in tako utira pot mnogoceličnemu razvoju. Izsledke raziskave bi lahko uporabili pri preučevanju drugih proliferacijskih celic, kot so rakave celice, pri katerih bi ciljanje procesov žveplovega metabolizma lahko izboljšalo protitumorno imunost.

=== Primož Šenica Pavletič: Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji ===

Malarija je bolezen, ki vsako leto prizadene na milijone ljudi v najrevnejših državah sveta. Bolezen povzroči parazit plazmodij, glavni prenašalci pa so komarji. Za zdravljenje in preprečevanje bolezni obstaja kar nekaj zdravil, vendar so ta za večino ljudi, ki živijo v državah v razvoju nedostopna. Ena najboljših rešitev za zajezitev bolezni je genska modifikacija malaričnih komarjev. Številne študije nakazujejo na veliko učinkovitost nadzorovanja populacije z genskim inženiringom. V raziskavah so komarjem vstavili gen za rezistenco na parazit ali pa so z vstavljenimi geni povzročili zmanjšanje celotne populacije. To pomeni širjenje genov, ki povzročajo pristransko razmerje med spoloma (več moških osebkov), oziroma širjenje genov, ki bi naredili samice neplodne. Glavni cilj je preprečiti ženskim osebkom prenašati parazit plazmodij na gostitelja in s tem širiti bolezen. Za spremembo DNA se uporablja tehnika CRISPR-Cas9S. S CRISPR-Cas9S lahko spremenimo genom na kateremkoli mestu. Znanstveniki so povečali možnost, da se želena lastnost prenese na naslednje generacije tako, da so uporabili gene drive. Gene drive spodbudi celico, da prepiše želeni del gena na homologni kromosom. Gene drive je zelo učinkovit, saj se je v 5 – 7 generacijah (odvisno od števila osebkov, ki so imeli gene drive že od začetka) razširil na več kot 95% populacije.

=== Lana Bajec: Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ===

Med staranjem so skeletne mišice podvržene strukturnim in funkcijskim spremembam. Po 50. letu starosti ljudje povprečno začnejo izgubljati 15 – 30 % mišične mase na desetletje, kar se kaže kot drastična izguba mišične moči. Ta mišična distrofija in izguba moči je znana kot sarkopenija. Sarkopenija je posledica krčenja mišičnih vlaken in upadanja števila in zmogljivosti mitohondrijev v celicah mišičnih vlaken, ki mišici zagotavljajo energijo. Raziskovalci na Stanford University Shool of Medicine so s pomočjo inhibicije proteina 15-PGDH v starejših miših dosegli obnovo mišične mase in moči v mišicah živali ter njihovo vzdržljivost, kar bi lahko igralo veliko vlogo pri potencialni strategiji zdravljenja sarkopenije pri ljudeh. V mišicah starejših miših inhibicija encima 15-PGDH s tako imenovanim genetskim knockdownom ali pa z inhibitorjem SW preprečuje atrofijo mišic in znatno poveča mišično maso, moč in vzdržljivost. Dokazali so, da ima molekukla 15-PGDH velik vpliv na mišično funkcijo. Miši z inhibiranim encimom 15-PGDH so bile zmožne dalj časa teči na tekalni stezi in bile nasplošno bolj vzdržljive. Velik vpliv na to naj bi imelo znatno povečanje števila mitohondrijev in njihovih funkcij ter izboljšanje celične avtofagije pri inhibiciji encima 15-PGDH.

=== Pia Sotlar: Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice ===

CRISPR-Cas9 je metoda, ki lahko z uporabo encima Cas9 in sgRNA permanentno uniči točno določene gene, kar predstavlja potencialen način za zdravljenje raka. V rakavi celici bi tako izbris oziroma motnja v genu PLK1, ki nosi zapis za kinazo PLK1, ki je ključna pri procesu mitoze, povzročila celično smrt v delečih se celicah. V raziskavi so se lotili problema dostave velikega encima Cas9 in sgRNA. Nov način dostave, ki ga ne omejujeta toksičnost in majhna nosilnost so klinično odobreni nanodelci, ki zaradi svoje kationske narave omogočajo učinkovito zajemanje nukleinske kisline. Dokazali so da z uporabo le-teh lahko dosežejo učinkovito urejanje genoma tako in vitro kot in vivo. Pri tem so se osredotočili na urejanje genoma pri celicah GBM 005, izoliranih iz gliomov, in celični liniji adenokarcinoma jajčnikov (OV8). In vitro inkubacija je pri teh celičnih linijah povzročila 84 oziroma 91% genomskega urejanja. Pri sistemu in vivo, so bili te procenti malce nižji (68%), zato so za potrebe sistemskega doziranja razvili tudi sistemsko injicirane lipidne nanodelce, ki so bili premazani s protitelesi in so zagotavljali še bolj učinkovit privzem kinaze Cas9 in sgRNA. Taki tarčni lipidni nanodelci so omogočali 82% urejanje genoma in povečali preživetje miši za 80%. S tem so dokazali učinkovitost lipidnih nanodelcev za prenos in predstavili novo metoda zdravljenja raka.

=== Zarja Weingerl: Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco ===

Mali proteini so proteini sestavljeni iz manj kot 100 amonokislin. So skupina še zelo neraziskanih struktur z zelo raznolikimi vlogami v fiziologiji bakterij. Znanstveniki so se odločili podrobneje raziskati njihovo funkcijo znotraj Sallmonele Typhimurium. Želeli so odkriti ORFje (odprte bralne okvirje) sedaj še nepoznanih in nedoločenih malih proteinov. Pri tem so uporabili mnogo različnih orodji in znanstvenih metod, kot so: sPepFinder, Ribo-seq, TraDIS, Grad-seq, prenos western itd. Pridobili so 139 različnih sORF kandidatov, ki so jih poimenovali kot STsORF, čemur sledi še zaporedno število. Vseh 139 novo odkritih STsORFjev so dodali v zapis Salmonelle in tako število malih proteinov znotraj tega dvignili na 609 vnosov. Dodatno so raziskali 16 na novo odkritih STsORFjev, ki sta jih predvidela tako sPepFinder kot tudi Ribo-seq. Raziskali so tudi vpliv malih proteinov na virulentnost Salmonelle. Opazovali so izražanje sORFjev med infekcijo in ga primerjali z njihovo izraženostjo v vcepku. Ker se je v teh raziskavah mnogokrat pojavil protein MgrB so želeli dodatno proučiti njegov vpliv na virulentnost in prišli do njegove povezave z bičkom in geni povezani z gibljivostjo. Njegovo pomankanje namreč povzroči defekt v gibljivosti, ki je posledica motnje uravnavanja bička.

=== Teja Spruk: Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev ===
Zaradi vedno večje uporabe antibiotikov v medicinske in znanstvene namene, je odpornost nanje vedno večji problem. V naravnem okolju je vedno večja prisotnost antibiotikov in mikrobov, ki so nanje odporni, kar je posledica njihove uporabe pri selekciji v laboratorijih. Ta poteka tako, da celicam, za katere hočejo, da preživijo, vstavijo gen za odpornost na določen antibiotik. Nato jih dajo na gojišče s tem antibiotikom in tako preživijo le zaželene celice, ostale odmrejo. A vendar je veliko organizmov razvilo sistem, kako obiti naše antibiotike in tako je problem vedno večji. V raziskavi so razvili preprosto in učinkovito metodo za odpravo prekomerne uporabe le teh ter za omejevanje gensko spremenjenih organizmov. Ta zahteva zamenjavo antibiotikov v laboratoriju s fluoridom, ki je strupen za mikroorganizme. Ti so razvili gen FEX (angl. fluoride exporter) za zaščito celic z odstranjevanjem fluorida, ki ga najdemo v naravnem okolju. Raziskovalci so zato odstranili gen FEX in tako povzročili neodpornost na fluorid. GSO bi seveda v laboratoriju še vedno uspeval, saj tam uporabljajo destilirano vodo. Če pa bi ušel v naravo, bi umrl takoj, ko bi naletel na fluorid in s tem bi se preprečilo nadaljnje razmnoževanje.

=== Metka Rus: Zdravljenje motenj metabolizma lipidov in previsokega holesterola z genskim spreminjanjem na osnovi lipidnih nanodelcev ===
Cilj članka je optimizacija in testiranje lipidnega nanodelca, uporabljenega kot vektor za prenos sistema CRISPR-Cas9 v hematocite v jetrih. Sistem CRISPR-Cas9 je orodje za gensko spreminjanje v živih organizmih. V tem primeru je tarča genskega inženiringa gen Angptl3, ki kodira encim Angptl3. Ta encim vpliva na količino trigliceridov in holesterola v celicah, saj inhibira encim protein lipazo, ki le te razgrajuje. Z genskim inženiringom torej želimo doseči mutacijo na genu, ki bi zmanjšala koncentracijo encima Angptl3 in posledično zmanjšala koncentracijo holesterola in trigliceridov. Seveda pa ima sistem CRISPR-Cas9 svoja tveganja, na katera pa lahko delno vplivamo z vektorjem ki sistem prenaša do ciljne točke. Pojavlja se tveganje za mutacije v napačnih celicah in na napačnih lokusih, velik izziv pa je tudi doseči dovoljšno učinkovitost sistema oziroma doseči, da sistem res pride do cilja (v tem primeru do DNKja v hepatocitah). Vektorji za to nalogo že obstajajo a imajo veliko pomanjkljivosti. Primer je vektor MC-3, ki je že odobren s strani FDA. Dana raziskava skuša optimizirati in testirati lipidni nanodelec z osnovnim lipidoidom v ovojnici 306-O12B. Delovanje tega delca primerjajo z delovanjem delca MC-3 in izkaže se, da je tako specifičnost kot učinkovitost nanodelca z lipidoidom 306-O12B večja.

=== Pia Mencin: Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje===
Pingvini so razvili številne prilagoditve na vodno okolje, saj je to okolje v katerem si lovijo hrano. Daljši čas potopa pingvinom, poleg številnih drugih prilagoditev, omogočata povišana afiniteta hemoglobina (Hb) do kisika (O2) in okrepljen Bohrov učinek (tj. zmanjšana afiniteta Hb do O2 pri nizkem pH). Natančneje funkcionalno spremenjen Hb pingvinov omogoča da povečajo ekstrakcijo O2 iz pljuč in razkladanje O2 iz krvi, to jim zagotavlja da učinkoviteje izkoristijo svoje zaloge O2 vdihnjenega zraka in povečajo čas podvodnega iskanja hrane. Do tega odkritja so znanstveniki prišli s primerjavo Hb pingvinov in Hb najbližjih sorodnih organizmov pingvinov, ki se ne potapljajo. Rekonstruirali so Hb pingvinom najbližjega skupnega prednika (AncSphen) ter Hb starejšega prednika (AncPro), ki so si ga delili pingvini z njihovimi najbližjimi sorodniki, ki se ne potabljajo. S primerjavo prej omenjenih Hb so dokazali, da je prišlo do povečanja afinitete Hb do O2 in okrepljenega Bohrovega učinka pri pingvinih in ne do zmanjšanja afinitete ter poslabšanja Bohrovega učinka pri pingvinom sorodnim organizmom, ki se ne potapljajo. To dokazuje da se je spremenjena funkcija Hb pingvinov razvila kot posledica prilagoditve na vodno okolje. Raziskave so tudi pokazale da so funkcionalne spremembe v Hb pingvinov posledica večkratnih substitucij aminokislin, ki ustvarjajo interakcije med podenotami in stabilizirajo R-stanje Hb.

=== Ana Maučec: Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju ===
Endogeni retrovirusni elementi so prisotni v genomu večine sesalcev in predstavljajo ostanke okužb zarodnih celic z eksogenimi virusi pred več milijoni let. Številne raziskave so retroviruse povezale z razvojem različnih rakavih obolenj pri sesalcih. Z evolucijskih razvojem gostitelja so se spreminjali tudi endogeni virusi, zato je neposredne škodljive učinke na gostiteljev genom, kot so moteno in prekomerno izražanje genov, težko zaznati. Retrovirus koal (KoRV) je trenutno edini znani virus, ki prehaja med eksogeno in endogeno obliko. Gre za zapleten proces, ki vključuje kopičenje mutacij v virusnem nukleotidnem zaporedju in rekombinacijo. Skozi veliko generacij postanejo endogeni retrovirusi fiksirani in neaktivni. Zaradi nadpovprečne pojavnosti raka v populaciji koal iz severne Avstralije, so znanstveniki predpostavili povezavo med malignimi obolenji in KoRV. V vzorcih desetih koal so v zdravem in tumorskem tkivu določili lokacijo in število integracijskih mest (IM) endogenih retrovirusov. V izbranih genih blizu IM so zaznali moteno izražanje genov in njihovo večjo ekspresijo. Največjo gostoto IM so zaznali v bližini onkogenov in predvidevajo, da večja transkripcijska aktivnost teh genov olajša integracije virusov na teh mestih. Retrovirusne »invazije« genomov sesalcev imajo na začetku številne škodljive posledice za gostitelje, a so skozi zgodovino pomembno prispevale k oblikovanju njihovih genomov, tudi človekovega.

=== Neža Peternel: Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih ===
Znano je, kako se različne bolezni in deformacije lahko dedujejo preko genskega zapisa, v zadnjih desetletjih pa se veliko raziskav ukvarja s tematiko prenosa epigenetskih informacij na potomce. Epigenetske spremembe so za razliko od genskih reverzibilne in ne posegajo v zapis DNA, temveč z različnimi označevalci vplivajo na specifično izražanje genov. Trimetilacija lizina 4 na histonski podenoti 3 (H3K4me3) je bila v semenčicah identificirana kot pomemben člen pri prenosu informacij na potomce, saj naj bi se izognila epigenetskemu reprogramiranju pred vgnezditvijo zarodka. V nedavnih raziskavah so ugotovili, da lahko pomanjkanje folata v prehrani privede do motenj v folatnem ciklu, kar posredno vpliva na procese metilacije in demetilacije. Abnormalnosti v vzorcih metilacije so bile prisotne predvsem blizu področij, kjer se nahajajo geni za pravilno izgradnjo kosti, tako pri očetu kot tudi pri potomcih, posledice pa so se kazale pri izražanju fenotipa potomcev. Pomanjkanje folata v kombinaciji s povečano ekspresijo gena za KDM1A je privedlo do še hujših deformacij. Kot možno razlago izognitve reprogramiranja H3K4me3 so navedli pogosto sovpadanje trimetiliziranih območij H3K4 z regijami za vezavo proteinov Smc1 in CTCF. S študijo so odgovorili na mnoga vprašanja v zvezi z mehanizmi epigenetskega dedovanja, hkrati pa odprli možnosti za nadaljnjo raziskovanje, predvsem glede popravljalnih mehanizmov, ki bi lahko preprečili prenos določenih epigenetskih vzorcev na potomce.

=== Zoran Džon Ivanić: Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida ===
Epigenom med drugim tvorijo tudi vzorci metilacije DNA, ki opredeljujejo identiteto celice in njeno funkcijo. Informacijska teorija staranja razlaga staranje kot izgubo epigenetske informacije kamor spada sprememba vzorcev metilacije. Raziskovalce zanima, ali je s povrnitvijo mladostnega vzorca metilacije v organizmu mogoče doseči regeneracijo. Z uporabo transkripcijskih faktorjev Yamanake OCT4, SOX2 in KLF4 (OSK) so uspešno pomladili genetsko aktivnost v fibroblastu stare miši. Na modelu poškodbe vidnega živca v miši pa je izraženje OSK omogočilo regeneracijo in proliferacijo aksonov. Poškodba živca spremeni metilacijo DNA na podoben način kot staranje. To spremembo OSK prepreči s povečanjem količine TET1 in TET2, encimov, ki katalizirata demetilacijo DNA. Preizkus OSK pri zdravljenju modela glavkoma pri miših je pokazal spodbudne rezultate. Glavkom je obolenje oči, za katero je značilno povečanje tlaka v očesu, izguba ganglijskih celic mrežnice (RGC) in aksonov v vidnem živcu. Izražanje OSK je povrnilo gostoto aksonov nazaj na zdrav nivo, kar je bilo zaznati v izboljšanju ostrine vida osebkov. Med vzroki za slabši vid je tudi staranje. Zdravljenje starih miši z OSK je slab vid popravilo. Pri tem je bilo odkrito, da se nivoji mRNA 464 genov s staranjem spremenijo, 90% teh pa se s pomočjo izražanja OSK povrne v mladostno stanje. Tako je z OSK mogoče pomladiti kompleksno tkivo in povrniti njegovo funkcijo.

=== Nik Vidmar: Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje ===
Z hitrim staranjem prebivalstva po svetu se pojavlja vedno večje število degenerativnih obolenj, ki pa predstavljajo tako ekonomsko kot druženo obremenitev. Zato je veliko poudarka v znanstvenem svetu na alternativnih metodah regenerativne medicine, ki bodo lahko v prihodnosti pomagale pri zdravljenju in preprečevanju degenerativnih obolenj. Veliko pozornosti je bilo v zadnjih letih posvečene raziskovanju proteinskih molekularnih superstruktur predvsem takih, kjer prevladujejo gostitelj-gost interakcije. V raziskavi so raziskovali potencialne aplikacije gostitelj-gost kompleksa med β-ciklodekstrinom in adamantanom na peptidnih amfifilih in ugotavljali kako je ta hidrogel vplival na aktivnost možganskih nevronov. Izkazalo se je, da je raziskovan biomaterial ugodno vplival na aktivacijo nevronov in da so se ti dobro razraščali skozi porozni gel. Raziskovali so tudi možnosti 3D tiskanja gela in uspeli najti ugodno metodo, ki ni imela negativnega vpliva na sam gel ali njegove interakcije z nevroni. Rezultati so pokazali, da bo verjetno mogoče v prihodnosti z različnimi biomaterijali zdraviti poškodbe živčnega sistema in degenerativne bolezni, saj bodo ti pomagali pri obnavljanju nevronov in spodbudili njihovo aktivnost.

=== Marko Kovačić: Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ===
Raziskovalci s Tokijskega tehnološkega inštituta (Tokyo Tech) na Japonskem in univerze Monash v Avstraliji so se ukvarjali z vprašanjem, kako se uporabljajo metaboliti, pridobljeni v procesu avtofagije. Preučevali so rast kvasovk Saccharomyces Cerevisiae v glukoznem in etanolskem mediju. Po prenosu iz glukoznega v etanolski medij so kvasovke za pridobivanje energije namesto vrenja začele opravljati aerobno mitohondrijsko dihanje. Znanstveniki so ugotovili, da se mutirane kvasovke, ki niso sposobne opravljati neselektivne avtofagije, dlje prilagajajo na aerobno dihanje kot kvasovke, ki so zmožne opravljati avtofagijo. Z dodajanjem različnih hranil so ugotovili, da je aminokislina serin pomembna pri začetnem prilagajanju kvasovk na aerobno rast. Ob pomanjkanju aminokisline serin je bila poraba kisika v mitohondrijih nizka, ob dodatku serina pa se je le-ta povečala. Serin je pomemben za enoogljični metabolizem v mitohondrijih, ker zagotavlja enoogljično enoto, ki jo sprejme tetrahidrofolat (THF). Po sprejemu enoogljične enote se THF vključi v enoogljični metabolizem. Vezavo formilne skupine, pridobljene iz reakcij v enoogljičnem metabolizmu, na Met-tRNAfMet(iniciacijska tRNA) katalizira encim Fmt1. Formilacija iniciacijske tRNA poveča njeno afiniteto do mitohondrijskega iniciacijskega faktorja 2 (mIF2), ki je ključen pri povezovanju mitohondrijskih ribosomov, mRNA in fMet-tRNAfMet, torej pri procesu sinteze proteinov v mitohondrijih. Le-ti so ključni za pridobivanje energije z aerobnim dihanjem in za rast kvasovk.

=== Katja Resnik: Molekularna povezava med tveganjem za razvoj kolorektalnega raka in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi ===
Splošno znano je, da naj bi prehrana, še posebej pa uživanje rdečega in procesiranega mesa, vplivalo na povečano tveganje za nastanek raka danke in debelega črevesja pri človeku. Prav tako je s povečanim tveganjem povezana tudi povišana raven anti-Neu5Gc protiteles, ki imajo nalogo vezave Neu5Gc sialične kisline, ki vstopa v naše telo le s prehrano. Pred kratkim sta bila tako v raziskavi Univerze v Tel Avivu združena oba pogleda, in sicer so raziskovali vpliv prehrane na povišano raven anti-Neu5Gc protiteles in s tem na povečano tveganje za razvoj kolorektalnega raka. S pomočjo prostovoljcev, ki so oddali najmanj šest 24-urnih evidenc zaužite hrane in pijače, so naredili podrobno analizo vzorcev njihovih serumov in s tem izračunali ravni prisotnih anti-Neu5Gc protiteles, prav tako pa tudi podrobno analizo vzorcev zaužite hrane, s čimer so ugotovili prisotnost Neu5Gc v le-teh. Bila je ugotovljena povezava, da uživanje predvsem govejega in svinjskega mesa ter mlečnih izdelkov povzroča povišanje ravni anti-Neu5Gc protiteles, kar je omogočilo izračun indeksa za izračun vsebnosti Neu5Gc v določeni hrani, a na žalost raziskava še ni privedla do nobenih točnejših povezav s povečanim tveganjem za kolorektalni rak.

=== Klara Razboršek: Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo ===
Nastanek proteinskih agregatov in njihovo odlaganje v Lewyjeva telesca je značilno za različne nevrodegenerativne bolezni, kot je Parkinsonova bolezen. V tem primeru, se v celicah tvorijo amiloidna vlakna alfa-sinukleina, ki sama po sebi niso toksična, vendar so lahko vir toksičnih produktov. Mehanizem, ki je odgovoren za njihovo razčlembo je sestavljen iz šaperona Hsp70 in košaperonov DNAJB1 in Hsp110. Hsp70 (70-kDa heat shock protein) deluje v vseh življenjskih fazah proteinov od sinteze do razgradnje in je zaradi tega ključen za vzdrževanje homeostaze proteinov. Odgovoren je za razčlembno nepravilno zvitih proteinov, translokacijo polipeptidov v mitohondrije, kloroplaste in endoplazemski retikulum, razgradnjo proteinskih kompleksov in regulacijo proteinske aktivnosti. Košaperon DNAJB1 deluje kot usmerjevalni faktor, saj prepozna substrat preko lastnih šaperonskih reakcij in spodbudi hidrolizo ATP na Hsp70, kar omogoči vezavo Hsp70 na substrat. Poleg ključne vloge pri selekciji substrata, pa ima DNAJB1 še pomembno vlogo pri zaustavitvi mehanizma, saj zazna oligomerno stanje substrata. Da se ustvarijo dovolj močne entropične sile, ki omogočijo odcepljanje monomerov, se morajo šaperoni Hsp70 na substratu organizirati v skupke. To omogoča košaperon Hsp110, ki se veže na molekule Hsp70, ki niso povezane v skupke, in jih prenese v bližino drugih. Premeščanje ustvari močne vlečne sile, ki destabilizirajo amiloidna vlakna, kar privede do fragmentacije.

=== Karidia Kolbl: Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti ''sauteur d'alfort'' povzroča okvaro v gibanju ===
Študija se osredotoča na francosko vrsto zajca ''sauteur d'alfort'', ki zaradi pojava mutacije ne more izvajati normalnih poskokov, ki so zanj značilni. Dinamično izmenjevanje ritmičnega premikanja sprednjih udov in bilateralnega sinhroničnega odskoka iz zadnjih udov zamenja dvig na sprednje in hoja po teh. Zanj je značilna tudi slepost, ki jo razvijejo v prvem letu starosti. Odkriti so želeli, kje se vzročna mutacija nahaja in kakšne so posledice v prisotnosti oz. številčnosti nekaterih pomembnih motoričnih nevronov. S tem namenom so križali homozigotna osebka z recesivnima in dominantnima aleloma. Za lociranje prisotnosti polimorfizmov so uporabili tehniko genskega kartiranja in ''sliding-window approach''. Odkrili so, da se 95% mutacij nahaja na 1% deležu sekvenciranega genoma. Temu je sledila še podrobnejša analiza kromosoma 1, kjer je prišlo do zamenjave baz na intronu 9 in nastanka izoformov. Opazili so tudi zmanjšano koncentracijo nekaterih nevronov receptorske cone LTMR; RORB-pozitivnega nevrona ter nevronov SATB1/2, za katera so ob dodatnih raziskavah opazili upad in posledično okvaro gibanja pri miših. Nekaj besed so namenili tudi nevronu DMRT3, ki ima pomembno motorično vlogo in koordinira sinhronost zadnjih udov pri različnih živalskih vrstah.

=== Simona Kočeva: Kako bakterije se upirajo antibiotikem ===
Prilagoditev je temeljni biološki proces ki vodi organizme, da spremenijo svoje lastnosti in vedenje, da se bolje prilagodijo svojemu okolju pa naj gre za znamenito raznolikost ščinkavcev ali številne sorte bakterij s katerimi ljudje sobivajo. Medtem ko antibiotiki ljudem že dolgo pomagajo pri preprečevanju in zdravljenju bakterijskih okužb, pa se številne vrste bakterij vse bolj prilagajajo, da se uprejo antibiotičnemu zdravljenju. Ko so bili v več generacijah izpostavljeni manj smrtnim odmerkom antibiotika so raziskovalci ugotovili da so bakterije močno spremenile svojo obliko, tako da so postale širše in bolj ukrivljene. Druga stran te enačbe je da se bakterije lahko znajdejo tudi brez celične stene, ko pa jih imunski sistem težko zazna, ker človeške celice nimajo nobene svoje. Te spremembe oblike omogočajo bakterijam da premagajo stres zaradi antibiotikov in nadaljujejo s hitro rastjo. Te fizične spremembe omogočajo bakterijam, da dosežejo večjo ukrivljenost in nižje razmerje med površino in prostornino, kar bi omogočilo, da manj delcev antibiotikov prehaja skozi njihove celične površine ko rastejo. Ta vpogled ima velike posledice za zdravje ljudi in bo verjetno spodbudil številne nadaljnje molekularne študije o vlogi celične oblike na rast bakterij in odpornost na antibiotike.

=== Janja Bohte: Visokoločjivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ===
Prenašalne RNA (tRNA) so kratke molekule potrebne za prevajanje genskih informacij v proteinska zaporedja. Sestava združb teh molekul je ključnega pomena za učinkovito dekodiranje mRNA in integriteto proteoma. Številčnost tRNA lahko močno vpliva na celično fiziologijo, toda merjenje količine tRNA v celicah je omejeno s številnimi tehničnimi izzivi. Uspešne meritve številčnosti ovira velika podobnost med molekulami tRNA ter blokade pri sintezi cDNA, predvsem prezgodnja zaustavitev encima reverzna transkriptaza. Raziskovalci so premagali te omejitve s pomočjo mim-tRNAseq, ki temelji na metodi, ki se jo lahko uporabi za kvantificiranje tRNA v katerem koli organizmu z znanim genomom in bo pomagala izboljšati razumevanje prenašalne RNA. Skupaj so združili metodo za izdelavo knjižnice cDNA iz endogeno spremenjenih tRNA z novim računskim okvirom za poravnavo odčitkov, analizo podatkov in vizualizacijo. Razvili so tudi celovit in uporabniku prijazen računalniški nabor orodij, ki zagotavljajo meritve številčnosti tRNA, frakcij polnjenja in profilov sprememb z izjemno natančnostjo in ločljivostjo. Ker je njihov potek potek dela kritičen, preudaren in uporaben za katerikoli organizem z znanim genomom, predvidevajo, da bo pomagal pojasniti prej nerešljive vidike biologije tRNA.

=== Miha Razdevšek: Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo ===
Nevrodegenerativne bolezni predstavlajo v današnji družbi velik socialni in ekonomski problem zaradi primanjkovanja zdravil, ki je posledica slabega poznavanja bolezni. Za Alzheimerjevo bolezen (Alzheimer's disease, AD) je značilna agregacija proteinov Aβ in proteina tau. Moj seminar govori o epigenetskih spremembah povezanih z AD. Z natančno transkriptomsko, proteomsko in epigenomsko anazlizo možgan so raziskovalci analizirali specifične epigenetske modifikacije ljudi z AD v primerjavi z zdravimi starimi in mladimi. Analiza transkriptoma je pri ljudeh z AD prikazala večjo ekspresivnost genov povezanih s transkripcijo in strukturo kromatina, vključujoč gene za histon acetil transferaze, ki acetilirajo histon 3 na liznu 9 in 27 (H3K9ac in H3K27ac). Po analizi proteoma so prav tako ugotovili močno povečanje H3K9ac in H3K27ac. Podroben pregled dinamičnosti epigenetskih sprememb je prikazal povečanje H3K9ac in H3K27ac, kar nakazuje na njuno značilno vlogo pri AD. Prav tako je bilo ugotovljeno, da deacetilacijam sledijo demetilacije, acetilacije pa ne vplivajo na metilacijsko dinamiko, kar nakazuje potencial specifičnih acetilacij pri epigenetskem zdravljenju. Svoje in vitro ugotovitve so na koncu raziskovalci potrdili na vinski mušici, kjer so z vzpostavitvijo H3K9ac in H3K27ac inducirali agregacijo proteina Aβ42, kar je vodilo v degeneracijo notranjega in zunanjega očesa. S svojo študijo so predvsem prikazali pomembno negativno vlogo epigenetskih sprememb H3K9ac in H3K27ac pri mehanizmu in razvoju AD.

=== Tea Amidović: Mosaicism and extensive mutation of human placentas ===
The natural form of the placenta is distinct from any other human organ and resembles that of a tumor, with much of the same genetic variations present in childhood cancers. Placentas can have chromosomal abnormalities that the fetus1 may not have. Confined placental mosaicism (CPM) is the cause of this genetic segregation. CPM is characterized as the occurrence of chromosomal anomalies in extra-embryonic tissue that are not present in fetal tissue. Using whole-genome sequencing of 86 bulk placental samples and 106 microdissections of placental tissue, this research studied the phylogeny of human placental cells as reconstructed from somatic mutations. In this research, the total number of substitutions used in bulk placental samples was 145. Clinical karyotyping may have observed a trisomy of chromosome 10 in all bulk samples with copy number shift. In a case of mosaic trisomic rescue, direct support for this has been found. Results of this research discover large-scale mutagenesis in placental tissues and propose that mosaicism is a common characteristic of placental growth in embryogenesis.

=== Patricija Kolander: Jedrni kompleks DICER - circRNA povzroči deregulacijo mikro-RNA v celicah glioblastoma ===
Glioblastom je eden izmed najagresivnejših možganskih tumorjev pri človeku. Tumorske celice imajo v primerjavi z zdravimi bistveno manj izraženih mikro-RNA. Mikro-RNA so izredno pomembni regulatorji izražanja genov in lahko povzročijo njihovo utišanje, tako da se vežejo na komplementarno obveščevalno RNA in inhibirajo translacijo. Mikro-RNA lahko delujejo kot onkogeni – promovirajo nastanek raka ali pa delujejo kot zaviralci tumorjev. Z reguliranjem izražanja mikro-RNA rakave celice ohranijo sposobnost samoobnavljanja in proliferacije. V celicah glioblastoma je bilo odkritih bistveno več onkogeničnih mikro-RNA in precej manj tistih, ki zavirajo rast tumorjev. V raziskavi so dokazali, da v tumorskih celicah pride do spremembe v post-transkripcijskem zorenju mikro-RNA. Pri njem igra pomembno encim DICER, ki citoplazmi odreže zanko iz prekurzorske mikro-RNA, da nastane dvovijačni dupleks, ki se nato dokončno pretvori v zrelo mikro-RNA. V celicah glioblastoma pride do povečanega izražanja onkogena MALAT1 in njenega transkripta krožne RNA – circ2082. Ta v jedru tvori kompleks z RBM3 (RNA binding protein 3) in encimom DICER, ta pa posledično ne more potovati v citoplazmo, kjer v zdravi celici opravlja svojo nalogo. Znižanje izražanja circ2082 je vodilo do ponovne vzpostavitve ravnovesja mikro-RNA, kakršno je bilo v predrakavi celici, kar nakazuje na potencialne protirakave učinke targetiranja circ2082.

=== Lev Jošt: Znanstveniki si predstavljajo strukturo ključnega encima, ki tvori trigliceride ===
Drugi do zadnji korak biosinteze trigliceridov katalizirajo na magneziju bazirane lipin/fosfatidne kisline fosfataze oz. lipin/PAP, ki hidrolizirajo fosfatidno kislino v diacilglicerol. K definiciji lipinov so pripomogle tudi raziskave na mutiranih miših, ki nosijo mutacije gena, ki kodira nov jedrski protein, poimenovan lipin. Lipin/PAP so v splošnem presnovni encimi, ki uravnavajo tudi shranjevanje in mobilizacijo energije, avtofagijo in sintezo maščobnih kislin. Arhitektura lipin/PAP se razlikuje, vendar pa vsi encimi ohranjajo dve bistveni regiji, in sicer N-Lip in C-Lip. Znano je, da območji N-Lip in C-Lip, povezani z linkerjem, tvorita razcepljeno imunoglobinu podobno domeno, ki skupaj s katalitično domeno (in njenim aktivnim mestom), tvori kristalno strukturo lipina. Pri tvorjenju strukture, N-Lip ne ustvari lastne domene, temveč se rajši skupaj s prvimi 45 ostanki C-Lip zloži v Ig-podobno domeno, preostali del C-Lip pa tvori katalitično domeneno, pri kateri je vredno omeniti še še položaja C1 in C2, v katera so vstavljeni kratki peptidi. Ig-podobna domena pa se pakira in hkrati stabilizira katalitično domeno. Z oznakami od A–G označimo β-verige, ki jo gradijo in v človeških lipinih je to "razcepljena" domena, ki se mora rekombinirati, da tvori funkcionalni encim. V enem od poskusov dokazovanja te domenske arhitekture so ustavrili konstrukte mišjega lipina 1 in mišjega lipina 2, ki sta neposredno stopili N-lip in C-lip območje. Analiza pokaže tudi, da regija C-konca vsebuje prej neprepoznano domeno ki je ohranjena pri kvasu, miših in ljudeh

=== Boštjan Kramberger: Načrtovanje poti zvitja modularnih proteinov na osnovi ovitih vijačnic ===
Zvijanje proteinov se začne z nastankom lokalnih sekundarnih struktur, ki predstavljajo jedro zvitja. Zvitje proteina je torej proces pri katerem iz razvite oblike nastane zvita oblika, ki je funkcionalna. Raziskovalci so ugotovili, da modularen način zvitja proteinov preko ovitih vijačnic omogoča vpogled v ta proces in posledično uporabo razumevanja tega procesa. S pomočjo avtorsko razvitega matematičnega modela so ugotovili, da lahko ta proces izkoristijo, in to na način, da par modulov v isti verigi uporabijo večkrat, ker lahko s primerno razporeditvijo modulov kontrolirajo sestavljanje pravilnih parov. Z analizo sestavljanja modulov proteinskega tetraedra so namreč ugotovili, da se najprej sestavijo pari modulov, ki so si bliže v prostoru. Tako so pripravili proteinski tetraeder iz dvanajstih povezanih modulov v katerem so lahko namesto šestih uporabili le tri različne pare, ki so se pojavili dvakrat in dosegli, da se je protein zvil v pravilno strukturo s primernimi lastnostmi. Poleg uporabe za pripravo modularnih proteinov bo ta princip pomemben tudi za načrtovanje proteinskih vozlov ter za razumevanje procesa zvitja naravnih proteinov iz ponavljajočih segmentov. Gre predvsem za kinetiko, torej vrstni red povezovanja, zaradi česar lahko uporabimo iste segmente večkrat. Pričakujemo lahko, da bo nadaljnje raziskovanje usmerjeno predvsem v večkratno uporabnost istih segmentov pri tvorbi molekulskih vozlov.

=== Tina Urh: Depolimerizacija kompostabilne plastike z nano-disperziranimi encimi ===
Večino biorazgradljive plastike je danes izdelane iz poli-mlečne kisline ( ang. PLA) ali poliestra poli-kaprolaktona ( ang. PCL) in potrebuje več mesecev, da se razgradi, po razgradnji pa tvori mikroplastiko. Znanstveniki iz laboratorija Lawrence Berkeley so se odločili za nov pristop proizvodnje biorazgradljive plastike z nanokonfiniranjem encimov. Ko so encimski nanoklastri razpršeni v sledeh (< 0,02 masna odstotka PCL), se polkristalni poliestri razgradijo s procesivno depolimerizacijo, ki je posredovana s konca verige. V seriji poskusov so v PLA in PCL vgradili sledove komercialnih encimov, rezultate omenjam na podlagi BC-lipaze. Dosegli so skoraj popolno razgradnjo v nekaj dneh, z majhnimi repolimerizabilnimi stranskimi produkti, hkrati pa zagotovili neprekinjeno depolimerizacijo tudi po nastanku mikroplastike. Rezultati so tudi pokazali, da se debelejše kristalne lamele zanemarljivo razgradijo v primerjavi s tanjšimi ter da se poliester bolje razgradi v raztopini. Encim ima večjo aktivnost nad temperaturo začetka taljenja plastike; s tem so ugotovili, da je konformacija polimera tista, ki vpliva na termodinamično ravnovesje vezave konca verige na encim. Entropijsko je tudi ugodnejše, da se na encim veže kristaliziran konec verige; to ima večji učinek, kot povečana mobilnost verig. Opaženi rezultati nasprotujejo trditvam, da kristaliničnost upočasnjuje encimsko razgradnjo polimerov. Za doseganje nanoskopske disperzije ter povečanje stabilizacije encima, so okoli površine encima morali dodati RHP ( ang. random hetero polymers); na hitrost depolimerizacije je vplivala tudi njegova sestava.

=== Nuša Brdnik: Prostorsko omrežje ogrodnih proteinov v kamniti korali ===
Koralni grebeni nastanejo iz polipov, ki imajo trdno zunanje ogrodje, ki jih varuje. Ogrodja so sestavljena iz anorganskih aragonitskih vlaken in organskih molekul, kot so sladkorji, lipidi in proteini, ki se izločajo v procesu biomineralizacije. Identificirali so že več kot 100 proteinov v skeletnem ogrodju, v tej raziskavi pa so prvič določili, kako so ti proteini prostorsko organizirani in kakšne interakcije so med njimi v ogrodju kamnite korale Stylophora pistillata. Z metodo kovalentnega povezovanja proteinov so določili protein-protein interakcije in z masno spektrometrijo identificirali proteine. Omrežje teh interakcij so vizualizirali v obliki topološkega modela. Natančneje so analizirali proteine, ključne v procesu biomineralizacije, to so kislinsko bogati (CARP) proteini, karboanhidraze, vWFA in vWFD proteini, α-kolagen itd. Z modeliranjem interakcij intramolekulskih kovalentnih povezav na strukture karboanhidraz in z molekulsko umestitvijo so potrdili kovalentne povezave z nekaterimi proteini. Izdelali so model ponazoritve prostorske organizacije proteinov na podlagi izsledkov starejših raziskav in tekoče, ki ga najverjetneje lahko posplošimo na vse korale. Še zmeraj je relativno malo raziskano o procesu kalcifikacije v koralah, raziskovanje na tedfghgfdfgewm področju pa je pomembno, saj koralnim grebenom vedno bolj grozijo podnebne spremembe, zakisanje oceanov. Ta raziskava pa kaže, da bi kamnite korale lahko vzdržale podnebne spremembe.

=== Žan Žnidar: Prisotnost sekvenc genoma mišjih virusov v ksenotransplantatih, pridobljenih iz pacienta ===
Iz pacienta pridobljeni ksenotransplantati (''PDX'', Patient-Derived Xenografts) imajo pomembno vlogo pri razvoju zdravil za zdravljenje raka. Pred vnosom učinkovine v človeško telo je namreč treba preveriti, kako učinkuje na rakaste celice. PDX je presadek človeškega rakastega tkiva v telo miši z imunsko pomanjkljivostjo (tipa ''NSG''). Gre torej za sistem ''in vivo'', ki naj bi bil boljši model dejanskega stanja kot npr. celične linije, saj ustvari obsežnejše mikrookolje. Kljub temu pa se zelo pogosto dogaja, da zdravilo, ki je uspešno uničilo tumor v PDX, pacienta ne pozdravi. Raziskava se je osredotočila na enega od možnih razlogov za to, in sicer na prisotnost mišjih virusov v PDX, ki spremenijo delovanje rakastih celic.
Izkazalo se je, da so mišji virusi prisotni znotraj rakastih celic PDX in se uspešno podvajajo, ob tem pa spremenijo raven izražanja nekaterih genov, ki vplivajo tudi na aktivnost limfocitov T. Posledično neka zdravilna učinkovina lahko deluje v PDX, ko pa je vnesena v telo pacienta, pa ga ne pozdravi. Raziskava izpostavi problematiko nepozornosti na te viruse v preteklem razvoju zdravil in možne rešitve za povečanje učinkovitosti pri razvoju učinkovin za zdravljenje raka.

=== Tina Zajec: Epigenetski regulator HP1a usmerja ''de novo'' prostorsko reorganizacijo genoma v zgodnjem embriju ''Drosophile'' ===
Raziskovalci so v obravnavani študiji preučevali vlogo heterokromatinskega proteina 1a ''Drosophile'' pri de novo organizaciji kromatina tekom zgodnjega embrionalnega razvoja v značilno konfiguracijo Rabl. Raziskovalne tehnike kot so kromatinska imunopercipitacija (ChIP), visoko zmogljiva metoda zajema kromosomskih konformacij (Hi-C), 3-D DNA fluorescenčna in situ hibridizacija (3-D DNA FISH), razne polimerne simulacije in sekvenciranje so znanstvenike v raziskavi napeljale do sledečih dognanj: heterokromatinski protein 1a vpliva na moč interakcij v konstitutivnem kromatinu, s tem vpliva na vzpostavitev B regij (transkripcijska neaktivnost) in kondenzacijo kromatina v le-teh. Heterokromatinski protein 1a prav tako vpliva na kopičenje pericentromernih regij tekom konfiguracije Rabl, s čemer pa tudi posredno vpliva na samo organizacijo kromosomalnih ročic. Na tovrstno organizacijo genoma v že diferenciranih celicah nima vpliva, morda pa bi imel lahko podobno vlogo kakšen od njegovih paralogov. Heterokromatinski proteini 1 predstavljajo družino proteinov, ki je evolucijsko prisotna pri veliki večini evkariontov. Razumevanje zgradbe kromatina, različnih mehanizmov, ki vplivajo na njegovo strukturiranost, predstavlja gradbeni temelj na katerem nato genetske in epigenetske raziskave lahko morda nekoliko enostavneje in bolj načrtno razširjajo svoja obzorja.

=== Klara Ažbe: Kako bakterije Streptococcus pyogenes s pomočjo razgradnje arginina preživijo na koži ===
Streptococcus pyogenes je vrsta grampozitivnih bakterij, ki spada med pomembnejše patogene na človeški koži. Njihov glavni vir energije je glukoza, ki pa je na koži ni dovolj za preživetje in razmnoževanje. S. pyogenes pa lahko kljub temu na koži preživijo tako, da razgrajujejo arginin, saj pri tem nastaja energija. Poleg energije nastaja tudi amonijak, ki zvišuje kisel pH kože in s tem bakterijam omogoča še bolj uspešno preživetje in povečuje virulenco. Arginin se razgradi na presnovni poti ADI, ki jo katalizira več encimov. Eden izmed njih je tudi argininska deiminaza (arcA). Znanstveniki so z izbrisom gena za arcA ustvarili mutanta divjega tipa S. pyogenes, za katerega so ugotovili, da arginina ne more razgrajevati in ima posledično v okolju brez glukoze zelo slabe možnosti za preživetje v primerjavi z divjim tipom. V okolju z dovolj glukoze pa je stopnja preživetja obeh bakterij enaka, torej se presnovna pot ADI ne aktivira. Gen za razgradnjo arginina ne more pomagati S. pyogenes pri preživetju, če na površini kože ni dovolj filagrina, ki je glavni vir arginina, kar so dokazali s poskusom na miši Flg -/-, mutantom divjega tipa miši brez filagrina.

=== Ema Kavčič: Sinteza hondroitin sulfata v E. coli ===
Hondroitin sulfat je glikozaminoglikan, ki se uporablja pri zdravljenju osteoartritisa. Izolirajo ga iz živalskih tkiv, vendar tak produkt ni čist. Za sintezo hondroitin sulfata v E. coli potrebujmo prekurzor hondroitin, donor sulfatne skupine PAPS in hondroitin 4-sulfotransferazo. Sev E. coli K4 sintetizira kapsulo iz hondroitina, ki je fruktoziliran. PAPS nastane pri biosintezi cisteina ali metionina, hondroitin sulfotransferaza pa je živalski encim, ki so ga prilagodili E. coli (skrajšali so aminokislinsko zaporedje). Z genskim inženiringom so odstranili gen za fruktozilacijo in gen za PAPS reduktazo, dodali pa so gen za sulfotransferazo. Začetna stopnja sulfatacije je bila 19 %. Višjo stopnjo sulfatacije (58 %) so dosegli s sevom, ki kopiči PAPS. Z računalniškim programom so predvideli 3 mutirane verzije encima hondroitin sulfotransferaza, največjo aktivnost je imel SM2. Na stopnjo sulfatacije vpliva tudi vektor, s katerim izrazimo encim. Optimalni indukcijski pogoji so pri OD600 0,6 pri 16 °C pri koncentraciji 1,0 mM IPTG in pri OD600 1,0 pri 20 °C pri koncentraciji IPTG 1,0 mM ali 0,5 mM. Bakterija naravno izloča hondroitin, zato so represirali gene za transportne proteine; sulfatacija se je dvignila na 55 %, s čimer so se približali stopnje sulfatacije živalsko pridobljenega hondroitina (70 %).

=== Maj Priveršek: Delovanje antidepresivov omogoča njihova neposredna vezava na nevrotropični receptor TRKB ===
Kljub temu, da je depresija ena izmed najbolj razširjenih duševnih motenj, za njen pojav in mehanizem še vedno ni enotne teorije. Ena izmed predlagani hipotez je t. i. hipoteza nevronske plastičnosti, ki pravi, da se depresija pojavi zaradi zmanjšane sposobnosti nevrogeneze. V nedavni raziskavi so dokazali, da se tako antidepresivi kot hitro delujoči antidepresivi vežejo na receptor tropomiozin kinaza B (TRKB) in s tem alosterično povečajo njegovo afiniteto do možganskega nevrotropičnefga faktorja (BDNF), vezava BDNF na TRKB pa sproži proces nevrogeneze. Prav tako so pokazali, da je TRKB edini protein iz družine tropomiozin kinaz, ki je občutljiv na koncentracijo holesterola v celični membrani. S pomočjo različnih metod so dokazali, da višje koncentracije holesterola spremenijo konformacijo TRKB in s tem onemogočijo vezavo BDNF na protein in pa da antidepresivi s svojo neposredno vezavo na TRKB le-tega stabilizirajo in s tem ohranijo njegovo občutljivost na BDNF tudi ob povišanih koncentracijah holesterola. Kljub temu, da je vezava antidepresivov na TRKB manjša kot na njihove tarčne proteine, so koncentracije potrebne za vezavo na TRKB primerljive s koncentracijami doseženimi pri zdravljenju posameznikov z antidepresivi. Z ugotovitvami so odgovorili na mnoga vprašanja, ki so do nedavnega pestila področje psihiatrije.

=== Gaja Starc: Uporaba genetsko-epigenetskega tkivnega kartiranja plazemske dna pri prenatalnih testiranjih, presaditvah in v onkologiji ===
Plazemska DNA je agregat DNA molekul, ki jih krvni obtok sprejema od celic, tkiv in organov v telesu. Analiza tkivne sestave plazemske DNA je uporabna pri diagnostiki raka, prenatalnih testiranjih in spremljanju zavrnitve organa po presaditvi. Plazemsko DNA, ki nosi tkivno ali organsko specifične različice, lahko v primeru razlik med genetsko sestavo tarčnega tkiva in genotipom gostitelja uporabimo za prepoznavanje molekul DNA, sproščenih iz posameznega organa ali tkiva. Raziskovalna skupina s Kitajske univerze v Hong Kongu je razvila metodo GETMap (genetsko-epigenetsko tkivno kartiranje), ki temelji na odkrivanju genetskih razlik in epigenetskih sprememb (specifično metilacije) DNA. GETMap analiza omogoča določitev tkivne sestave in izvora plazemske DNA, ki vsebuje različne genetske različice. Tovrstna usmerjena analiza posameznih komponent plazemske DNA poveča razmerje signala in šuma ter odpravi odstopanja zaradi razlike v koncentraciji tarčne DNA, ki so bila prisotna pri dosedanjih metodah analize plazemske DNA. Za utemeljitev GETMap analize so simulirali tri scenarije klinične uporabe – nosečnost, presaditev pljuč in detekcijo raka. Najprej so dokazali ustreznost metode GETMap z analizo plazemske DNA pri nosečnicah, nato pa so analizirali plazemsko DNA prejemnikov presajenih pljuč in spremljali spreminjanje tkivne sestave v odvisnosti od časa. Nazadnje so pri pacientih s hepatocelularnim karcinomom in nosečnici z limfomom skušali ugotoviti, če GETMap analiza omogoča lokalizacijo tumorjev pri diagnostiki raka. Kljub zelo spodbudnim dosedanjim rezultatom so za dokončno potrditev uporabnosti GETMap analize potrebne nadaljnje študije na večjem vzorcu.

=== Urša Štefan: Utišanje retrotranspozonov LINE-1 kot karakteristika akutne mieloične levkemije ===
Somatske retrotranspozicije retrotranspozonov L1 so v polovici primerov spremljevalec rakavih obolenj. Izjemoma najdemo bistveno nižjo stopnjo retrotranspozicij pri akutni mieloični levkemiji. S presejalnim testom CRISPR-KO so raziskovalci določili za AML visoko specifičen gen, ki kodira podenoto MPP8 kompleksa HUSH. Ugotovili so, da je kompleks HUSH z delujočo podenoto MPP8 nujen za razvoj AML, hkrati pa hematopoeza z izbitim genom za MPP8 poteka normalno. Kompleks HUSH z vezavo metiltransferaze SETDB1 posredno vpliva na utišanje retrotranspozonov L1 s tvorbo heterokromatina. V primeru izbitega gena za MPP8 je količina izraženih L1 bistveno višja v primerjavi z divjim tipom celice. Povezavo med MPP8 in retrotranspozoni so potrdili s kromatinsko imunoprecipitacijo s sekvenciranjem. Dokazali so, da aktivno izražanje onkogenov AML zniža stopnjo izražanja retrotranspozonov in da reaktivacija retrotranspozicij zavira razvoj AML. Pri retrotranspozicijah nastajajo prekinitve obeh verig, ki jih celica označi s fosforilacijo histona (γH2A.X). V naslednjem koraku se aktivira od ciklina odvisni kinazni inhibitor p21, ki zaustavi celični cikel v kontrolni točki in posledično onemogoči nadaljnje razmnoževanje celice. S HUSH-povzročeno utišanje retrotranspozonov L1 je torej ključno pri ohranjanju zadostne genomske stabilnosti, da se lahko levkemične celice uspešno razmnožujejo.

=== Mark Loborec: Dolgotrajna analgezija z usmerjeno ''in situ'' represijo NaV1.7 v miših ===
Kronične bolečine so precej pogost in težko obvljadljiv problem v današnjem svetu. Pomembno vlogo pri občutku bolečine igrajo tudi NaV1.7 natrijevi kanalčki. Če je gen zanje nedelujoč, to vede v bolezen nezmožnosti čutenja bolečine, njegovo preveliko izražanje pa v preobčutljivost nanjo. NaV1.7 natrijevi kanalčki so namreč udeleženi pri prenosu signala od bolečinskega receptorja do možganov. Raziskovalci so z uporabo KRAB-dCas9 in ZFP-KRAB, dostavljenega prek AAV (adeno-associated virus), v miših zmanjšali izražanje gena, ki kodira te kanalčke. Nato so so mišim umetno inducirali stanja preobčutljivosti na bolečino, ter merili občutljivost miši z represiranim genom za NaV1.7 in miši brez represiranega gena. Izkazalo se je, da normalna občutljivost na bolečino ostane enaka, miši, ki so imele represiran gen za NaV1.7 pa so imele zelo zmanjšano preobčutljivost na bolečino. Ta učinek je trajal tudi do 105 dni po vnosu KRAB-dCas9 ali ZFP-KRAB v miš. Miši so nato testirali še za stranske učinke, a jih razen milejšega vnetja pri nekaterih miših niso našli. To odkritje bi lahko pomenilo, da bi kronične bolečine lahko zdravili z metodo, ki je dolgotrajna, nima neprijetnih stranskih učinkov in ni zasvajujoča, za razliko od mnogih protibolečinskih zdravil, ki so v uporabi danes.

=== Vanja Ivošević: Genetic deletion of Nox4 enhances cancerogen-induced formation of solid tumors ===
NADPH oxidase 4 (Nox4) is a member of the Nox family of NADPH oxidases, membrane-bound complexes that face extracellular space and are functional in endothelial cells, smooth muscle cells and fibroblasts. Nox4 is an oddity among members of the Nox family of NADPH oxidases because it is constitutively active. Nox4 is also unusual due to its constant release of hydrogen peroxide (H2O2) in contrast to other Nox family members, which release superoxides. As mentioned, Nox4 (along other Nox enzymes) releases H2O2, a type of reactive oxygen species (ROS) which are double-edged swords regarding cancer and tumor development. ROS are highly reactive chemical molecules, they modulate various cell signaling pathways. In cells, they are present at very low concentration. Higher concentrations of ROS cause excessive oxidative stress which has been implicated in the pathophysiology of cancer, in fact, high levels of ROS increase receptor and oncogene activity and genetic instability. This study explains the consequences of genetic deletion of Nox4 enzyme and consequently lower concentration of ROS. Main effects of genetic deletion were increased genomic instability, less effective recognition of DNA damage, and enhanced nuclear PP2A activity, which has a large influence on efficacy of DNA damage recognition and control. All of those effects increase tumor development.

=== Petja Premrl: Vpliv kakava na izboljšanje NAFLD in povečanje antioksidativnega odziva pri miših hranjenih z dieto z visoko vsebnostjo maščob ===
Kakav je v današnjem svetu popularna sestavina hrane, ki pa je pogosto obravnavan negativno, zaradi visoke vsebnosti sladkorjev in maščob. Različne študije pa so pokazale, da je kakav, ki je bogat z vlakninami, železom in raznimi polifenoli, velikokrat povezan tudi z zmanjšanjem tveganja za raznimi boleznimi. To je vodilo do zanimanja, če ima kakav vpliv tudi na nealkoholno maščobno jetrno bolezen (NAFLD), kjer je vzrok za bolezen nalaganje maščob v jetrih. Zaradi nalaganja maščob v jetrih (temu rečemo jetrna steatoza) lahko pride do oksidativnega stresa, kar povzroči vnetje in hujše napredovanje bolezni NAFLD do jetrnega steatohepatitisa, ta pa lahko v hujših primerih vodi celo do ciroze jeter. Različne študije so raziskovale vpliv kakava in uživanje čokolade na NAFLD, saj kakav vsebuje različne antioksidante, ki pripomorejo k izboljšanju oksidativnega stresa in posledično NAFLD. Odkrili so, da kakav pri miših z dieto z visoko vsebnostjo maščob in 80 mg/g kakava zniža nivo jetrnih trigliceridov in nivo lipidnih peroksidov, hkrati pa je bilo opazno povečanje antioksidativne aktivnosti encimov SOD in GPX. V raziskavi so tako ugotovili, da je zaradi znižanja lipidov v jetrih ter delovanja encimov SOD in GPX prišlo do zmanjšanja oksidativnega stresa, kar je izboljšalo jetrno steatozo in posledično NAFLD.

=== Sofija Stevanović: Delovanje in usoda konvencionalnih dendritičnih celic tipa 1 je pod nadzorom DC-SCRIPT proteina ===
Dendritične celice (DC) so skupine imunskih celic ki skupaj z T celicam v limfnem tkivu imajo pomembno vlogo pri sprožanju imunskega odziva. DC zajemajo antigene na periferiji in v obliki peptidnega kompleksa jih predstavijo T celicam, takrat se začne imunski odziv. Razvoj in delovanje DC nadzoruje skupina transkripcijskih faktorjev ki so skupaj v genskem regulativnem omrežju. Faktor IRF8 je eden od najbolj pomembnih faktorjev za razvoj prve celične linije DC v krvotvornih progenitorjih, vendar raziskava je pokazala da je ključen transkripcijski faktor za razvoj in funkcijo dendritičnih celic- DC-SCRIPT protein. Čeprav delovanje DC-SCRIPT-a je bolj omejeno na eno podskupino DC, oziroma DC tipa 1 (cDC1), kar je pokazala analiza narejena pri mišjih splenocitih kjer so odstranili kodno regijo za DC-SCRIPT. Število cdc1 se bistveno zmanjšalo, število cdc2 pa nekoliko povečalo kljub temu da popolna odsotnost DC-SCRIPT-a poslabša delovanje DC v celoti. Pomanjkljivost DC-SCRIPT-a tudi vpliva na izražanje citokina IL-10, ko se število IL-10, ki je negativen regulator imunosti, močno poveča. Ko je izražanje DC-SCRITA nekoliko zmanjšano pride samo do zmanjšanega privzemanja antigenov iz poškodovanih celih, ne pa predstave teh antigenom imunskim celicam. To pomeni da DC-SCRIPT nima vpliv na stimulacijo imunskih T celic. DC-SCRIPT torej nadzoruje ključne funkcije cDC1 in proizvodnjo citokinov, ureja nastanek, funkcijo in usodo cDC1.

=== David Valte: Neravnovesje v količini celičnega pirimidina sproži od mDNK odvisno prirojeno imunost ===
Mitohondriji so pomembni celični organeli, katere poznamo predvsem po njihovi vlogi v večih metabolnih procesih. Vse večje število raziskav v zadnjih letih pa povezuje mitohondrije tudi z imunskimi odzivi. Mitohondriji delujejo kot signalni centri in tako sodelujejo v efektorskih odzivih. Poškodbe ali prisotnost tujkov povzročijo, da se iz mitohondrija sprosti mDNK v citosol, kjer jo zaznajo efektorji PRR (pattern recognition receptor) signaliziranja. Zaznava s PRR-ji sproži kaskado signalov, ki vodijo v vnetne odzive s prisotnostjo interferonov. Interferonski odziv povzroči izražanje interferonsko stimuliranih genov, ki pomagajo pri prirojenem imunskem odzivu, kjer posredno zavirajo replikacijo patogenov s tem, da spodbujajo okužene in bližnje celice v proizvodnjo proteinov, ki preprečijo nadaljnje širjenje patogena. i-AAA proteaza YME1L je encim, ki je zmožen regulirati in preprečiti sproščanje mDNK v citosol in je tako posledično zmožen regulirati sproščanje interferonov. YME1L najdemo predvsem v notranji membrani mitohondrija, kjer uravnava fuzijo in cepitev mitohondrijev. Pomanjkanje YME1L pa povzroči fragmentacijo mitohondrijev in vodi v različne bolezni srca, okvar oči in vpliva na razvoj centralnega živčevja. Za raziskovanje vpliva YME1L so znanstveniki uporabili NYKO miši z izbitim genom za YME1L in v njih opazovali njihov odziv na povečane količine mDNK v citosolu.

=== Ela Kovač: Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil ===
V današnjem času veganska prehrana postaja vedno bolj priljubljena med mladimi, starejšimi, pa tudi med družinami z majhnimi otroki. Do danes je bilo izvedenih že mnogo raziskav pri odraslih veganih, vendar skoraj nič raziskav pri majhnih otrocih, zato je raziskovalna skupina na Finskem želela ugotoviti, kakšen je vpliv veganske prehrane na metabolizem in nivo esencialnih hranil pri otrocih, starih približno 3,5 let. Za analizo vzorcev krvi so uporabili metodo plinsko-tekoče kromatografije (GLC), tekočinske kromatografije visoke ločljivosti sklopljeno z masno spektrometrijo (HPLC/MS) in metodo neciljne metabolomike. Za nekatere vzorce so uporabili tudi standardne laboratorijske teste in tarčne analize. Ugotovili so, da so vegani s prehrano zaužili več mono- in polinenasičenih maščobnih kislin, folatov ter vlaknin, vendar so imeli manjši energijski vnos beljakovin in nasičenih maščobnih kislin kot otroci, ki so uživali vse vrste hranil. Z analizo vzorcev krvi pa so ugotovili, da so imeli vegani višje koncentracije folata v eritrocitih ter višje koncentracije alfa linolenske kisline (ALA), vendar izredno nizke koncentracije holesterola in dokozaheksaenojske kisline (DHA), nizke koncentracije vitaminov A in D, retinol-vezavnega proteina (RBP) in transtiretina (TTR) ter spremenjen metabolizem žolčne kisline.

=== Mia Kobal: S sekvenciranjem RNA odkrita nepričakovana raznolikost holinergičnih nevronov ===
Holinergični nevroni hrbtenjače so živčne celice, ki za pošiljanje svojih sporočil uporabljajo živčni prenašalec acetilholin in so pomembne za vse vidike krčenja mišic. Delimo jih na tri glavne vrste: skeletni motorični nevroni (MN), visceralni MN in holinergični internevroni. Vsako vrsto lahko razdelimo še na več podvrst, a njihova prava raznolikost je še vedno neznana. Identificiramo jih s pomočjo markerjev, katere so v raziskavi tudi iskali. S pomočjo snRNAseq so identificirali 21 gruč holinergičnih nevronov, katere so razdelili v 8 gruč internevronov, 10 gruč visceralnih MN in tri gruče skeletnih MN. Internevrone so identificirali z markerjem Pax2, visceralne MN z markerjem Zeb2, za skeletne MN pa so na novo identificirali marker Tsn1. Skeletni MN imajo pomembno vlogo pri boleznih motoričnih nevronov (npr. ALS), zato so iskali še markerje za tri podvrste skeletnih MN – alfa, gama, beta. Z raziskavo so identificirali veliko raznolikost visceralnih MN, določili populacijo holinergičnih internevronov in pridobili več informaciji o skeletnih MN, katere bodo pripomogle pri poznavanju bolezni motoričnih nevronov.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-05-22T07:43:03Z

Mia Kobal:

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323103854.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti "''sauteur d'alfort''" povzroča okvaro v gibanju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210325150205.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||Molekularna povezava med tveganjem za kolorektalni rak in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||Forecasting the dissemination of antibiotic
resistance genes across bacterial genomes||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210107094601.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||Visokoločljivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||Mozaicizem in obsežne mutacije človeške placente
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310122521.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||Jedrni kompleks DICER - circRNA povzroči deregulacijo mikro-RNA v celicah glioblastoma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210108131103.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||Znanstveniki si predstavljajo strukturo ključnega encima, ki tvori trigliceride||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311082935.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||Epigenetski regulator HP1a usmerja ''de novo'' prostorsko reorganizacijo genoma v zgodnjem embriu ''Drosophile''||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210415114120.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||Depolimerizacija kompostabilne plastike z nano-disperziranimi encimi||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210421124624.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||Prisotnost sekvenc genoma mišjih virusov v ksenotransplantatih, pridobljenih iz pacienta||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210401123902.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||Načrtovanje poti zvitja modularnih proteinov na osnovi ovitih vijačnic||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||Prostorsko omrežje ogrodnih proteinov v kamniti korali ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408131455.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||Sinteza hondroitin sulfata v E. coli||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075412.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||Utišanje retrotranspozonov LINE-1 kot karakteristika akutne mieloične levkemije||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408153644.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||Delovanje antidepresivov omogoča njihova neposredna vezava na nevrotropični receptor TRKB||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210218141716.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||Uporaba genetsko-epigenetskega tkivnega kartiranja plazemske DNA pri prenatalnih testiranjih, presaditvah in v onkologiji||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323150723.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||Dolgotrajna analgezija z usmerjeno ''in situ'' represijo NaV1.7 v miših||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310150405.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||Genetski izbris encima Nox4 krepi tvorbo trdnih tumorjev, ki jih povzročajo kancerogeni
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210427094814.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||Vpliv kakava na izboljšanje NAFLD in povečanje antioksidativnega odziva pri miših hranjenih z dieto z visoko vsebnostjo maščob ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210414154933.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||Neravnovnovesje v količini celičnega pirimidina sproži od mDNK odvisno prirojeno imunost||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430120346.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||Delovanje in usoda konvencionalnih dendritičnih celic tipa 1 je pod nadzorom DC-SCRIPT proteina ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210402141745.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||Kako bakterije Streptococcus pyogenes s pomočjo razgradnje arginina preživijo na koži||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210331143115.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||S sekvenciranjem RNA odkrita nepričakovana raznolikost holinergičnih nevronov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430093215.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||Karakterizacija in ustvarjanje dvoencimskega sistema za depolimerizacijo plastike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152913.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-05-22T07:41:36Z

Mia Kobal:

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323103854.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti "''sauteur d'alfort''" povzroča okvaro v gibanju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210325150205.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||Molekularna povezava med tveganjem za kolorektalni rak in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||Forecasting the dissemination of antibiotic
resistance genes across bacterial genomes||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210107094601.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||Visokoločljivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||Mozaicizem in obsežne mutacije človeške placente
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310122521.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||Jedrni kompleks DICER - circRNA povzroči deregulacijo mikro-RNA v celicah glioblastoma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210108131103.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||Znanstveniki si predstavljajo strukturo ključnega encima, ki tvori trigliceride||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311082935.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||Epigenetski regulator HP1a usmerja ''de novo'' prostorsko reorganizacijo genoma v zgodnjem embriu ''Drosophile''||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210415114120.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||Depolimerizacija kompostabilne plastike z nano-disperziranimi encimi||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210421124624.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||Prisotnost sekvenc genoma mišjih virusov v ksenotransplantatih, pridobljenih iz pacienta||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210401123902.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||Načrtovanje poti zvitja modularnih proteinov na osnovi ovitih vijačnic||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||Prostorsko omrežje ogrodnih proteinov v kamniti korali ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408131455.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||Sinteza hondroitin sulfata v E. coli||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075412.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||Utišanje retrotranspozonov LINE-1 kot karakteristika akutne mieloične levkemije||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408153644.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||Delovanje antidepresivov omogoča njihova neposredna vezava na nevrotropični receptor TRKB||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210218141716.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||Uporaba genetsko-epigenetskega tkivnega kartiranja plazemske DNA pri prenatalnih testiranjih, presaditvah in v onkologiji||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323150723.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||Dolgotrajna analgezija z usmerjeno ''in situ'' represijo NaV1.7 v miših||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310150405.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||Genetski izbris encima Nox4 krepi tvorbo trdnih tumorjev, ki jih povzročajo kancerogeni
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210427094814.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||Vpliv kakava na izboljšanje NAFLD in povečanje antioksidativnega odziva pri miših hranjenih z dieto z visoko vsebnostjo maščob ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210414154933.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||Neravnovnovesje v količini celičnega pirimidina sproži od mDNK odvisno prirojeno imunost||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430120346.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||Delovanje in usoda konvencionalnih dendritičnih celic tipa 1 je pod nadzorom DC-SCRIPT proteina ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210402141745.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||Kako bakterije Streptococcus pyogenes s pomočjo razgradnje arginina preživijo na koži||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210331143115.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||S sekvenciranjem RNA odkrita nepričakovano raznolikost holinergičnih nevronov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430093215.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||Karakterizacija in ustvarjanje dvoencimskega sistema za depolimerizacijo plastike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152913.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-05-22T07:21:22Z

Mia Kobal:

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323103854.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti "''sauteur d'alfort''" povzroča okvaro v gibanju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210325150205.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||Molekularna povezava med tveganjem za kolorektalni rak in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||Forecasting the dissemination of antibiotic
resistance genes across bacterial genomes||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210107094601.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||Visokoločljivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||Mozaicizem in obsežne mutacije človeške placente
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310122521.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||Jedrni kompleks DICER - circRNA povzroči deregulacijo mikro-RNA v celicah glioblastoma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210108131103.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||Znanstveniki si predstavljajo strukturo ključnega encima, ki tvori trigliceride||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311082935.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||Epigenetski regulator HP1a usmerja ''de novo'' prostorsko reorganizacijo genoma v zgodnjem embriu ''Drosophile''||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210415114120.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||Depolimerizacija kompostabilne plastike z nano-disperziranimi encimi||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210421124624.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||Prisotnost sekvenc genoma mišjih virusov v ksenotransplantatih, pridobljenih iz pacienta||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210401123902.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||Načrtovanje poti zvitja modularnih proteinov na osnovi ovitih vijačnic||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||Prostorsko omrežje ogrodnih proteinov v kamniti korali ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408131455.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||Sinteza hondroitin sulfata v E. coli||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075412.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||Utišanje retrotranspozonov LINE-1 kot karakteristika akutne mieloične levkemije||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408153644.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||Delovanje antidepresivov omogoča njihova neposredna vezava na nevrotropični receptor TRKB||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210218141716.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||Uporaba genetsko-epigenetskega tkivnega kartiranja plazemske DNA pri prenatalnih testiranjih, presaditvah in v onkologiji||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323150723.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||Dolgotrajna analgezija z usmerjeno ''in situ'' represijo NaV1.7 v miših||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310150405.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||Genetski izbris encima Nox4 krepi tvorbo trdnih tumorjev, ki jih povzročajo kancerogeni
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210427094814.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||Vpliv kakava na izboljšanje NAFLD in povečanje antioksidativnega odziva pri miših hranjenih z dieto z visoko vsebnostjo maščob ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210414154933.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||Neravnovnovesje v količini celičnega pirimidina sproži od mDNK odvisno prirojeno imunost||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430120346.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||Delovanje in usoda konvencionalnih dendritičnih celic tipa 1 je pod nadzorom DC-SCRIPT proteina ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210402141745.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||Kako bakterije Streptococcus pyogenes s pomočjo razgradnje arginina preživijo na koži||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210331143115.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||S sekvenciranjem RNA so definiralo nepričakovano raznolikost holinergičnih nevronov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430093215.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||Karakterizacija in ustvarjanje dvoencimskega sistema za depolimerizacijo plastike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152913.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK 2022 Povzetki seminarjev

2021-05-20T12:15:39Z

Mia Kobal:

=== Magdalena Ilievska:
Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema

Seminarska naloga govori o tem, kako enocelični sluzni kalup Physarum polycephalum pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. Physarum polycephalum, brezcelični sluzni kalup je protist z različnimi celičnimi oblikami in široko geografsko razširjenostjo. Njegovo telo je ogromna enojna celica, sestavljena iz medsebojno povezanih cevi, ki tvorijo zapletene mreže. V zadnjih letih so raziskave Physarum polycephalum spet postale vrhunske. Leta 2000 je japonski raziskovalec Toshiyuki Nakagaki izvedel osnovni poskus, ki je pokazal, da je sluzni kalup sposoben najti najkrajšo pot skozi labirint. Od takrat se je pametno reševanje problemov Physarum polycephalum vrnilo iz sence in je danes spet v središču, ko se razpravlja o vprašanjih o izvoru inteligence in spoznanja. Raziskovalci na Inštitutu za dinamiko in samoorganizacijo Max-Planck in Tehniški univerzi v Münchnu so ugotovili, kako sluzni kalup Physarum polycephalum ohranja spomine - čeprav nima živčnega sistema. Sposobnost shranjevanja in pridobivanja informacij daje telesu očitno prednost pri iskanju hrane ali pri izogibanju škodljivih okoljih. Tradicionalno se to pripisuje organizmom, ki imajo živčni sistem. Novi študiji avtorjev Mirne Kramar in prof. Karen Alim izzivajo tega stališča z odkrivanjem neverjetnih sposobnosti zelo dinamičnega enoceličnega organizma za shranjevanje in pridobivanje informacij o svojem okolju.

=== Živa Urh: Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ===

V stresnih razmerah celice preklopijo iz običajnega v bolj omejen način delovanja, da se zaščitijo pred poškodbami. Pri tem si pomagajo na različne načine. Eden od načinov je varnostni program imenovan toplotni šok, ki je povezan s hitro regulacijo genske aktivnosti (zmanjšanjem transkripcije) v stresnih situacijah. Stres povzroči nastanek jedrnih kondenzatov NELF, ki nastanejo, ko NELF tvori kapljice. NELF ali negativni podaljševalni dejavnik, je proteinski kompleks iz več podenot, ki se ob jedrnem signalu oblikuje v kondenzate oz. kapljice. Vezava kompleksa NELF na promotorje vzdrževalnih genov je tista, ki povzroči slabšo mobilnost RNA polimeraze II in posledično slabše prepisovanje genov ter tako zmanjša proizvodnjo proteinov, ki niso nujni v stresnih razmerah. Mehanizem nastanka jedrnih kondenzatov je povezan z defosforilacijo NELF in nadaljnjo SUMOilacijo. Ta dva procesa spadata pod posebne post-translacijske modifikacije (PTM), ki so bistvene za kondenzacijo NELF. Pomembno vlogo pri formaciji kondenzatov NELF imajo tudi neurejene regije (IDR), ki jih najdemo pri posameznih podenotah tega proteinskega kompleksa. IDR so deli proteinov brez fiksne strukture in delujejo kot lovke. Povezave med lovkami podenot A in E med so bistvenega pomena za tvorbo kapljic oz. kondenzatov. Celice, ki zaradi pomanjkanja lovk pri podenotah ne tvorijo kondenzatov NELF tudi ne zmanjšajo transkripcije. Posledično take celice normalno prepisujejo gene in so tako bolj dovzetne za celično smrt.

=== Tinkara Butara: Kako rastline zaznajo napad herbivorov ===

Rastline niso nemočni opazovalci dogajanja okoli njih, ampak se na okoliške dražljaje tudi odzivajo. Skozi evolucijo so razvile posebne obrambne mehanizme, ki se sprožijo kot odgovor na elicitorje. Elicitorji so kemijske zvrsti, ki jih lahko izločajo herbivori ali pa rastline same. Te kemijske zvrsti se vežejo na proteinske receptorje na celični membrani in tako sprožijo odziv, na primer na objedanje. Sporočilo o nevarnosti se nato širi do lokalno poškodovanih delov rastline in sistemsko opozarja celotno rastlino na poškodbo. Rastlini lastni elicitorji so najpreprostejši tip, med katerimi je najbolj univerzalen zunajcelični ATP. Primerni elicitorji herbivorov so prebavni encimi v njihovi slini ter konjugati maščobnih kislin in aminokislin. Odziv rastline na napad herbivora pa je lahko povezan tudi s simbiotskimi organizmi herbivora. Ti lahko izločajo snovi s katerimi omogočijo lažji razvoj insekta ali pa s tem pomagajo rastlini. Pomemben sprožilec rastlinskega odziva na herbivore so tudi fizični dražljaji, ki jih ti povzročajo. Pri tem se sproščajo hlapne snovi, ki lahko služijo privabljanju naravnih sovražnikov herbivora ali pa širijo sporočilo o nevarnosti do drugih rastlin. Kot odziv na elicitorje se v večini primerov tvorita rastlinska hormona jasmonska in salicilna kislina, ki sta del obrambnih mehanizmov rastlin. Karakterizacija rastlinskih elicitorjev nam ponuja orodje za razvoj agrokemikalij, ki bodo odganjale herbivore in hkrati ščitile rastline.

=== Pia Špehar: Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku ===

Leta 1986 je celični biokemik Kazumitsu Ueda odkril, da ima protein ABCB1 zmožnost, da iz rakavih celic transportira mnoge kemoterapevtike in tako telesu omogoči odpornost na kemoterapijo. ABCB1 spada med ABC-prenašalce, in sicer je eden izmed tistih prenašalcev, ki iz celic izločajo toksične hidrofobne komponente. Najdemo ga v membranah celic v jetrih, možganih, testisih in placenti. Skoraj 30 let po odkritju funkcije proteina, je Ueda s svojo ekipo lahko določil še mehanizem njegovega delovanja, in sicer z izvedbo več raziskav. Sprva so protein kristalizirali v stanju pred in po transportu substrata ter primerjali stanji med seboj, izvedli pa so tudi analizo s FRET tehniko. Ugotovili so, da substrat vstopi v osrednjo votlino skozi del proteina v notranjosti celice. Nato se veže na vrh osrednje votline proteina, kjer se nahaja hidrofobno aromatsko omrežje, ki ima pomembno vlogo pri prepoznavanju substratov. Vezava substrata na to omrežje sproži konformacijsko spremembo proteina. Za spremembo je potrebna tudi energija, ki jo priskrbi molekula ATP. Vezava ATP-ja sproži tudi nastanek omrežja, ki povzroči, da se protein začne zvijati in obračati, skrči se tudi osrednja votlina proteina. Ko se osrednja votlina skrči, se substrat izloči v zunajcelični prostor. Pri celotnem procesu je pomembna tudi hidroliza ATP, ki služi temu, da se protein vrne nazaj v prvotno stanje.

=== Pia Trošt: Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature ===

Zaradi naraščajočega vpliva antropogenih dejavnikov koralni grebeni hitro propadajo in korale se morajo prilagoditi vse bolj stresnemu okolju. Acropora tenuis je ena glavnih vrst koral ob obali Okinave na Japonskem in se pojavlja v treh barvnih različicah (N, G in P), med katerimi je bila opažena različna stopnja beljenja pri povišani temperaturi. Korale živijo v sožitju z algami iz družine Symbiodiniaceae. Pri različicah N in P je bila zaznana zmanjšana fotosintetska aktivnost simbiontov, medtem ko je različica G ohranila aktivnost tudi pri povišani temperaturi. Raziskava je pokazala, da vse barvne različice gostijo isti klad simbiontov, torej različne temperaturne odpornosti ni mogoče pripisati razliki v Symbiodiniaceae. Ker je bil genom A. tenuis dekodiran, je bilo mogoče identificirati gene za fluorescenčne proteine (GFP, CFP, RFP in ChrP). Poletna raziskava profilov izražanja posameznih proteinov je pokazala, da je bilo izražanje CFP in RFP pri vseh različicah nizko, različica P je pokazala višje izražanje ChrP, različica G pa višje izražanje GFP, ki se je ohranilo tudi pri višji temperaturi. Rezultati kažejo, da imajo vse različice enak nabor genov za fluorescenco, torej so barvne različice vzrok različnega izražanja genov FP, ki povečajo odpornost koral proti beljenju.

=== Gašper Struna: Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ===

Sistemi toksin-antitoksin (TA) imajo pomembno vlogo v bakterijah. Vplivajo na stabilnost plazmida in imajo pomembno vlogo pri postsegregacijskem propadu. Če plazmida ni, antitoksin ne prepreči delovanja toksina in toksin povzroči propad celice. Poznamo sedem tipov TA sistemov, med katerimi je najpogostejši tip II. Pri tem tipu antitoksin prepreči delovanje toksina tako, da se močno veže nanj in s tem inhibira njegovo delovanje. TA sistem tipa II najdemo tudi v bakteriji Pseudoaltermonas rubra, in sicer je ta TA sistem predstavnik para ParE/PF03693. V raziskavi so ugotovili, da antitoksin (PrpA) iz tega para zmanjša delovanje toksina na več načinov, in sicer tako da se neposredno veže na toksin ali pa se veže na promotor TA operona in deluje kot represor. PrpA ima pomembno vlogo tudi pri replikaciji, saj se lahko veže na podobno mesto kot iniciatorski protein RepB in s tem onemogoči začetek replikacije. PrpA ima na N-koncu vezavno mesto za DNA, s C-koncem pa interagira s toksinom, je tudi labilen, vezava na toksin pa ga stabilizira. Pari ParE/PF03693 so tudi v nekaterih virulentnih bakterijah in njihova nadaljnja študija bi lahko pripomogla k boljšemu razumevanju odpornosti bakterij na antibiotike in njihovem virulentnem delovanju.

=== Nuša Kos Thaler: Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih ===

Levivirusi so bakteriofagi z majhnim enoverižnim RNA genomom, ki ga sestavljajo 3–4 geni. Eden od njih je gen ''sgl'' (ang. single gene lysis), ki kodira protein za sprožitev avtolize gostiteljske celice in sprostitev virionov. Za razliko od dvoverižnih DNA bakteriofagov, ki encimsko razgradijo peptidoglikan (glavno enoto celične stene bakterijskih celic), protein Sgl pri lizi po navadi deluje kot nekompetitivni inhibitor in preprečuje njegov nastanek. Geni ''sgl'' so zelo majhni, raznoliki in pogosto vstavljeni v druge gene, zaradi česar jih težko odkrijemo. V nedavnih raziskavah so našli več deset tisoč genomov levivirusov, ki jih pred kratkim še nismo poznali. V določenih so odkrili gene ''sgl'' in preizkušali njihovo aktivnost na ''E. coli'' ter ugotovili, da lahko hitro ustvarijo gen ''sgl''. Bazna zaporedja najdenih genov ''sgl'' imajo zelo malo ali celo nobene podobnosti z baznimi zaporedji že preučevanih genov ''sgl''. V genomu posameznega bakteriofaga se lahko pojavlja več genov ''sgl'', kar pomeni, da bi lahko levivirusi hkrati okužili in lizirali celice evolucijsko oddaljenih bakterijskih vrst. Zaradi svoje raznolikosti, hitre evolucije in zmožnosti spreminjanja so potencialni vir za razvoj proteinskih antibiotikov in fagne terapije.

=== Nataša Vujović: How HER2 positive breast cancer cells evade treatments that utilize T cells ===

Immunotherapy continues to show exciting promise in more effectively treating cancer especially hematologic malignancies but they have not proven effective in treating solid tumors. The T lymphocyte is of key importance to the immune system and is at the core of adaptive immunity. Their roles include directly killing infected host cells, activating other immune cells, producing cytokines and regulating the immune response. Global research efforts centering on T cell-engaging therapies like T-cell bispecific antibodies (TCBs) and chimeric antigen receptors (CARs), are conducted in hope of finding a more effective treatment for cancer. TCBs are typically designed to bind to a selected tumor-associated antigen and to a T cell receptor (TCR). CAR T cells are T cells that have been genetically engineered to produce an artificial T cell receptor for use in immunotherapy. Researchers have now found a novel mechanism of resistance to T cell therapies used by HER2 positive breast cancer cells. The resistance is obtained by disruption of interferon-gamma signaling. IFN-γ has a critical role in recognizing and eliminating pathogens. The disruption of its pathways happens by JAK2 down-modulation. The kinase JAK2 transduces the signal initiated by interferon-gamma. JAK2 was shown to be repeatedly disrupted in several resistant models.

=== Urša Zevnik: FOXO3, gen, povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom ===

Forkhead box O3 (FOXO3) je protein, ki sodeluje pri številnih procesih, ki podaljšujejo življenjsko dobo in zavirajo s starostjo povezane bolezni. Ugotovili so, da imajo posamezniki z določeno različico tega gena kar trikrat večjo možnost, da dočakajo sto let.
Ena izmed njegovih funkcij je tudi obramba nevralnih matičnih celic pred oksidativnim stresom. V oksidirajočih pogojih v celici pride do oksidacije cisteina na FOXO3, kar prepreči njegovo fosforilacijo. Tak protein se transportira v jedro, kjer deluje kot transkripcijski faktor. Med drugim poveča prepisovanje encima glicin-N-metiltransferaze (GNMT), ki katalizira reakcijo, pri kateri se porablja S-adenozil metionin (SAM). SAM kot metilni donor omogoča dozoritev jedrnih laminov, ker pa je zaradi več GNMT njegova razpoložljivost manjša, lamini ne dozorijo pravilno in se združujejo v skupke. To privede do prepustnosti jedrne membrane, iz jedra uhajajo fragmenti DNA, celica jih zamenja za virusne nukleotide in sproži interferonski odziv tipa I. Ta povzroči, da nevralne matične celice preidejo v dormantno stanje in se prenehajo deliti. To je ugodno, saj nevroni, nastali v stresnih razmerah, nebi preživeli, celice pa bi se pri delitvah izčrpavale. Tkivo bi torej prej izgubilo sposobnost obnavljanja in se prej postaralo.

=== Sara Borišek: Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2 ===

Debelost je prisotna pri ljudeh že od nekdaj, v zadnjih letih pa je odstotek debelosti pri ljudeh kar precej narasel, predvsem pri mladih, s tem pa so narasle tudi zdravstvene težave ljudi s prekomerno težo. Predvsem je z debelostjo asociirana prehrana, ki vsebuje velik delež maščob ta pa s srčnimi obolenji. V ospredju je hipertrofija levega srčnega prekata, ki je eno izmed glavnih srčnih obolenj in povečuje tveganje za smrt. Hipertrofija levega prekata je zgostitev in povečanje sten levega prekata. Vse več pozornosti zato dobiva NADPH oksidaza 2 ali NOX-2, ki ima zaradi svojega vpliva na oksidativno škodo, povzročeno s prehrano, glavno vlogo pri ustvarjanju bioaktivnega superoksida. Znanstveniki so v raziskavi, ki je potekala na Šoli za biološko znanost Univerze v Readingu preverili ali obstaja povezava med proteinom NOX-2 in prehrano, ki vsebuje visok odstotek maščob pri hipertrofiji levega prekata. Trenutne ugotovitve so, da prehrana z visoko vsebnostjo maščob povzroči oksidativni stres, ki ga nadzira protein NOX-2, kar podpira hipertrofijo levega srčnega prekata. Zanimanje za selektivno ciljanje na protein NOX-2 kot terapevtsko strategijo je naraslo, zato so v raziskavi predlagali specifično ciljanje aktivacije srčnega proteina NOX-2, ki bi lahko bil izvedljiv pristop k ohranjanju funkcije miokarda v presnovnih pogojih.

=== Nika Ferk: Formulacije na osnovi biomaterijalov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim ===

V seminarski nalogi si bomo podrobneje pogledali kako se človeštvo in današnja znanost spopadata z izzivi patogenih delcev in boleznimi, ki jih le te povzročajo. Z nalezljivo kužnimi boleznimi se človeštvo soča že od nekdaj. Skozi razvijanje tehnologij smo ustvarili cepiva. Običajno se klasična cepiva, pridobljena iz živih oslabljenih patogenov in inaktiviranih virusov, rekombinantnih proteinov in sintetičnih peptidov. S cepivi v telesu povzročimo imunski odziv in nastanek protiteles. Skozi napredovanje tehnologije, natančneje biotehnologije in nanotehnologije so na trg prišli biomateriali. Biomateriali imajo dober potencial za boj proti kužnim boleznim, predvsem zaradi njihovih lasnosti kot so: oblike in značilnosti površine, ki skupaj močno vplivajo na učinkovit način prenosa delcev. Še pomembneje pa je, da biomateriali omogočajo dostavo antigenov in imunsko stimulirajočih snovi, ki predstavljajo močan pristop cepljenja pri aktivaciji imunskih odzivov. Same pa lahko tudi vplivajo na zaščito materiala, ki ga nosijo in s tem lahko podaljšajo sproščanje. Raziskani in najbolj potencialni biomaterijali so sintetični in naravni polimerni delci, lipidi, samosestavljeni proteini, virusom podobni delci (VPD) in anorganski delci. Eden izmed najbolj uspešnejših biološko razgradljivih biomaterijalov je PLGA ali poli(mlečno-ko-glikolna kislina). Poleg kisline so bili tudi zelo uspešni anorganski nano delci, formulirani so bili kot sistem za dajenje cepiv zaradi njihovih ustreznih fiziokemijskih lastnosti.

=== Špela Rapuš: Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle ===

Mikobakterije sicer uvrščamo med Grampozitivne bakterije, vendar imajo precej bolj zapleteno celično ovojnico. Ta sestoji iz notranje membrane, sloja peptidoglikana in dodatne mikomembrane, v kateri so značilne mikolične kisline. Odkrili so, da te bakterije tvorijo membranske vezikle na dva različna načina, odvisno od zunanjih pogojev, katerim so podvržene. Če mikobakterijo izpostavimo poškodovanju DNA se bo sprožil proces, angl. bubbling cell death, pri katerem se bodo tvorili membranski vezikli iz notranje membrane. Če pa bakterijo izpostavimo stresu na celično ovojnico, se ta odzove s procesom imenovanim angl. mycomembrane blebbing, pri katerem se iz mikomembrane odcepljajo vezikli. Kot modelni organizem so pri raziskavi uporabili Corynebacterium glutamicum in jo izpostavili mitomicinu C, ki je induciral stres na DNA in penicilinu G oz. deficitu biotina, ki sta zavirala biosintezo celične stene. Pri tem so se tvorili membranski vezikli na različne načine. Preučili so tudi lipidno sestavo membranskih veziklov in z rezultati skušali dokazati njihov izvor. Do podobnih ugotovitev pa so prišli tudi pri nekaterih drugih mikobakterijah. Membranski vezikli so izrednega pomena v proizvodnji cepiv in antibiotikov, zato so njihova dognanja velikega pomena.

=== Leila Bohorč: Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico ===

Virusa ebola in Marburg spadata v družino filovirusov, ki veljajo za ene najnevarnejših patogenov na svetu. Za vstop v celice uporabljajo mehanizem, ki je posredovan z enim samim glikoproteinom na površini virusa. Odkritih je bilo že mnogo potencialnih inhibitorjev, a je ravno visoka smrtnost eden izmed razlogov za slabo poznavanje mehanizmov. Majhne molekule, ki lahko inhibirajo vstop filovirusov v celico, so lahko že odobrena zdravila, ki se sicer uporabljajo pri zdravljenju drugih bolezni. Na glikoproteinu virusa ebola je primarno vezavno mesto hidrofoben žep na območju notranje fuzijske zanke. Dve izmed številnih molekul, ki se lahko vežejo tja, sta ospemifen in toremifen, ki se razlikujeta le v stranski verigi. Toremifen se lahko zaradi bazične aminske funkcionalne skupine akumulira tudi v lizosomih, kar poveča njegovo učinkovitost. Dimetilaminska stranska veriga na tej molekuli pa nima posebne vloge pri direktni vezavi molekule na hidrofoben žep. Na glikoproteinu ebole obstaja še sekundarno vezavno mesto na območju domene HR2. Na bazični žep v tej regiji se vežejo le specifične molekule kot sta fluoksetin in toremifen. Ti molekuli proti eboli delujeta sinergično, proti Marburgu pa antagonistično. Na glikoproteinu virusa Marburg je domena HR2 primarno vezavno mesto.

=== Ivana Vukšinić: Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma ===

Ko je v okolju na voljo dovolj hranil, gliva sluzavka vrste Dictyostelium discoideum obstaja v obliki enoceličnega organizma, ob morebitnem nastopu stradanja pa se posamezne celice začnejo združevati in tvorijo agregat, ki se obnaša kot mnogoceličen organizem. Med kulminacijo se iz njega razvije sorokarp s sporangijem, v katerem se tvorijo spore, ki populaciji omogočijo preživetje neugodnih razmer. To sposobnost uravnava novo odkrit mehanizem, s katerim od žvepla odvisno metabolično stikalo narekuje celično diferenciacijo. V času pomanjkanja hranil pride do porasta reaktivnih kisikovih spojin (ROS), ki so v velikih količinah celici škodljive, kar privede do velike potrebe po sintezi antioksidanta glutationa (GSH). To povzroči sekvestracijo cisteina, enega izmed prekurzorjev GSH, kar omeji razpoložljivost te aminokisline za potrebe drugih procesov v celici. Cistein je namreč ena od le dveh aminokislin, ki vsebujeta žveplo, to pa ima med drugim pomembno vlogo pri sintezi večine proteinov in železo-žveplovih klastrov, ki so ključne funkcionalne skupine v metaboličnih encimih. Izkazalo se je, da sekvestracija žvepla upočasni sintezo proteinov, inhibira proliferacijo celic in tako utira pot mnogoceličnemu razvoju. Izsledke raziskave bi lahko uporabili pri preučevanju drugih proliferacijskih celic, kot so rakave celice, pri katerih bi ciljanje procesov žveplovega metabolizma lahko izboljšalo protitumorno imunost.

=== Primož Šenica Pavletič: Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji ===

Malarija je bolezen, ki vsako leto prizadene na milijone ljudi v najrevnejših državah sveta. Bolezen povzroči parazit plazmodij, glavni prenašalci pa so komarji. Za zdravljenje in preprečevanje bolezni obstaja kar nekaj zdravil, vendar so ta za večino ljudi, ki živijo v državah v razvoju nedostopna. Ena najboljših rešitev za zajezitev bolezni je genska modifikacija malaričnih komarjev. Številne študije nakazujejo na veliko učinkovitost nadzorovanja populacije z genskim inženiringom. V raziskavah so komarjem vstavili gen za rezistenco na parazit ali pa so z vstavljenimi geni povzročili zmanjšanje celotne populacije. To pomeni širjenje genov, ki povzročajo pristransko razmerje med spoloma (več moških osebkov), oziroma širjenje genov, ki bi naredili samice neplodne. Glavni cilj je preprečiti ženskim osebkom prenašati parazit plazmodij na gostitelja in s tem širiti bolezen. Za spremembo DNA se uporablja tehnika CRISPR-Cas9S. S CRISPR-Cas9S lahko spremenimo genom na kateremkoli mestu. Znanstveniki so povečali možnost, da se želena lastnost prenese na naslednje generacije tako, da so uporabili gene drive. Gene drive spodbudi celico, da prepiše želeni del gena na homologni kromosom. Gene drive je zelo učinkovit, saj se je v 5 – 7 generacijah (odvisno od števila osebkov, ki so imeli gene drive že od začetka) razširil na več kot 95% populacije.

=== Lana Bajec: Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ===

Med staranjem so skeletne mišice podvržene strukturnim in funkcijskim spremembam. Po 50. letu starosti ljudje povprečno začnejo izgubljati 15 – 30 % mišične mase na desetletje, kar se kaže kot drastična izguba mišične moči. Ta mišična distrofija in izguba moči je znana kot sarkopenija. Sarkopenija je posledica krčenja mišičnih vlaken in upadanja števila in zmogljivosti mitohondrijev v celicah mišičnih vlaken, ki mišici zagotavljajo energijo. Raziskovalci na Stanford University Shool of Medicine so s pomočjo inhibicije proteina 15-PGDH v starejših miših dosegli obnovo mišične mase in moči v mišicah živali ter njihovo vzdržljivost, kar bi lahko igralo veliko vlogo pri potencialni strategiji zdravljenja sarkopenije pri ljudeh. V mišicah starejših miših inhibicija encima 15-PGDH s tako imenovanim genetskim knockdownom ali pa z inhibitorjem SW preprečuje atrofijo mišic in znatno poveča mišično maso, moč in vzdržljivost. Dokazali so, da ima molekukla 15-PGDH velik vpliv na mišično funkcijo. Miši z inhibiranim encimom 15-PGDH so bile zmožne dalj časa teči na tekalni stezi in bile nasplošno bolj vzdržljive. Velik vpliv na to naj bi imelo znatno povečanje števila mitohondrijev in njihovih funkcij ter izboljšanje celične avtofagije pri inhibiciji encima 15-PGDH.

=== Pia Sotlar: Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice ===

CRISPR-Cas9 je metoda, ki lahko z uporabo encima Cas9 in sgRNA permanentno uniči točno določene gene, kar predstavlja potencialen način za zdravljenje raka. V rakavi celici bi tako izbris oziroma motnja v genu PLK1, ki nosi zapis za kinazo PLK1, ki je ključna pri procesu mitoze, povzročila celično smrt v delečih se celicah. V raziskavi so se lotili problema dostave velikega encima Cas9 in sgRNA. Nov način dostave, ki ga ne omejujeta toksičnost in majhna nosilnost so klinično odobreni nanodelci, ki zaradi svoje kationske narave omogočajo učinkovito zajemanje nukleinske kisline. Dokazali so da z uporabo le-teh lahko dosežejo učinkovito urejanje genoma tako in vitro kot in vivo. Pri tem so se osredotočili na urejanje genoma pri celicah GBM 005, izoliranih iz gliomov, in celični liniji adenokarcinoma jajčnikov (OV8). In vitro inkubacija je pri teh celičnih linijah povzročila 84 oziroma 91% genomskega urejanja. Pri sistemu in vivo, so bili te procenti malce nižji (68%), zato so za potrebe sistemskega doziranja razvili tudi sistemsko injicirane lipidne nanodelce, ki so bili premazani s protitelesi in so zagotavljali še bolj učinkovit privzem kinaze Cas9 in sgRNA. Taki tarčni lipidni nanodelci so omogočali 82% urejanje genoma in povečali preživetje miši za 80%. S tem so dokazali učinkovitost lipidnih nanodelcev za prenos in predstavili novo metoda zdravljenja raka.

=== Zarja Weingerl: Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco ===

Mali proteini so proteini sestavljeni iz manj kot 100 amonokislin. So skupina še zelo neraziskanih struktur z zelo raznolikimi vlogami v fiziologiji bakterij. Znanstveniki so se odločili podrobneje raziskati njihovo funkcijo znotraj Sallmonele Typhimurium. Želeli so odkriti ORFje (odprte bralne okvirje) sedaj še nepoznanih in nedoločenih malih proteinov. Pri tem so uporabili mnogo različnih orodji in znanstvenih metod, kot so: sPepFinder, Ribo-seq, TraDIS, Grad-seq, prenos western itd. Pridobili so 139 različnih sORF kandidatov, ki so jih poimenovali kot STsORF, čemur sledi še zaporedno število. Vseh 139 novo odkritih STsORFjev so dodali v zapis Salmonelle in tako število malih proteinov znotraj tega dvignili na 609 vnosov. Dodatno so raziskali 16 na novo odkritih STsORFjev, ki sta jih predvidela tako sPepFinder kot tudi Ribo-seq. Raziskali so tudi vpliv malih proteinov na virulentnost Salmonelle. Opazovali so izražanje sORFjev med infekcijo in ga primerjali z njihovo izraženostjo v vcepku. Ker se je v teh raziskavah mnogokrat pojavil protein MgrB so želeli dodatno proučiti njegov vpliv na virulentnost in prišli do njegove povezave z bičkom in geni povezani z gibljivostjo. Njegovo pomankanje namreč povzroči defekt v gibljivosti, ki je posledica motnje uravnavanja bička.

=== Teja Spruk: Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev ===
Zaradi vedno večje uporabe antibiotikov v medicinske in znanstvene namene, je odpornost nanje vedno večji problem. V naravnem okolju je vedno večja prisotnost antibiotikov in mikrobov, ki so nanje odporni, kar je posledica njihove uporabe pri selekciji v laboratorijih. Ta poteka tako, da celicam, za katere hočejo, da preživijo, vstavijo gen za odpornost na določen antibiotik. Nato jih dajo na gojišče s tem antibiotikom in tako preživijo le zaželene celice, ostale odmrejo. A vendar je veliko organizmov razvilo sistem, kako obiti naše antibiotike in tako je problem vedno večji. V raziskavi so razvili preprosto in učinkovito metodo za odpravo prekomerne uporabe le teh ter za omejevanje gensko spremenjenih organizmov. Ta zahteva zamenjavo antibiotikov v laboratoriju s fluoridom, ki je strupen za mikroorganizme. Ti so razvili gen FEX (angl. fluoride exporter) za zaščito celic z odstranjevanjem fluorida, ki ga najdemo v naravnem okolju. Raziskovalci so zato odstranili gen FEX in tako povzročili neodpornost na fluorid. GSO bi seveda v laboratoriju še vedno uspeval, saj tam uporabljajo destilirano vodo. Če pa bi ušel v naravo, bi umrl takoj, ko bi naletel na fluorid in s tem bi se preprečilo nadaljnje razmnoževanje.

=== Metka Rus: Zdravljenje motenj metabolizma lipidov in previsokega holesterola z genskim spreminjanjem na osnovi lipidnih nanodelcev ===
Cilj članka je optimizacija in testiranje lipidnega nanodelca, uporabljenega kot vektor za prenos sistema CRISPR-Cas9 v hematocite v jetrih. Sistem CRISPR-Cas9 je orodje za gensko spreminjanje v živih organizmih. V tem primeru je tarča genskega inženiringa gen Angptl3, ki kodira encim Angptl3. Ta encim vpliva na količino trigliceridov in holesterola v celicah, saj inhibira encim protein lipazo, ki le te razgrajuje. Z genskim inženiringom torej želimo doseči mutacijo na genu, ki bi zmanjšala koncentracijo encima Angptl3 in posledično zmanjšala koncentracijo holesterola in trigliceridov. Seveda pa ima sistem CRISPR-Cas9 svoja tveganja, na katera pa lahko delno vplivamo z vektorjem ki sistem prenaša do ciljne točke. Pojavlja se tveganje za mutacije v napačnih celicah in na napačnih lokusih, velik izziv pa je tudi doseči dovoljšno učinkovitost sistema oziroma doseči, da sistem res pride do cilja (v tem primeru do DNKja v hepatocitah). Vektorji za to nalogo že obstajajo a imajo veliko pomanjkljivosti. Primer je vektor MC-3, ki je že odobren s strani FDA. Dana raziskava skuša optimizirati in testirati lipidni nanodelec z osnovnim lipidoidom v ovojnici 306-O12B. Delovanje tega delca primerjajo z delovanjem delca MC-3 in izkaže se, da je tako specifičnost kot učinkovitost nanodelca z lipidoidom 306-O12B večja.

=== Pia Mencin: Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje===
Pingvini so razvili številne prilagoditve na vodno okolje, saj je to okolje v katerem si lovijo hrano. Daljši čas potopa pingvinom, poleg številnih drugih prilagoditev, omogočata povišana afiniteta hemoglobina (Hb) do kisika (O2) in okrepljen Bohrov učinek (tj. zmanjšana afiniteta Hb do O2 pri nizkem pH). Natančneje funkcionalno spremenjen Hb pingvinov omogoča da povečajo ekstrakcijo O2 iz pljuč in razkladanje O2 iz krvi, to jim zagotavlja da učinkoviteje izkoristijo svoje zaloge O2 vdihnjenega zraka in povečajo čas podvodnega iskanja hrane. Do tega odkritja so znanstveniki prišli s primerjavo Hb pingvinov in Hb najbližjih sorodnih organizmov pingvinov, ki se ne potapljajo. Rekonstruirali so Hb pingvinom najbližjega skupnega prednika (AncSphen) ter Hb starejšega prednika (AncPro), ki so si ga delili pingvini z njihovimi najbližjimi sorodniki, ki se ne potabljajo. S primerjavo prej omenjenih Hb so dokazali, da je prišlo do povečanja afinitete Hb do O2 in okrepljenega Bohrovega učinka pri pingvinih in ne do zmanjšanja afinitete ter poslabšanja Bohrovega učinka pri pingvinom sorodnim organizmom, ki se ne potapljajo. To dokazuje da se je spremenjena funkcija Hb pingvinov razvila kot posledica prilagoditve na vodno okolje. Raziskave so tudi pokazale da so funkcionalne spremembe v Hb pingvinov posledica večkratnih substitucij aminokislin, ki ustvarjajo interakcije med podenotami in stabilizirajo R-stanje Hb.

=== Ana Maučec: Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju ===
Endogeni retrovirusni elementi so prisotni v genomu večine sesalcev in predstavljajo ostanke okužb zarodnih celic z eksogenimi virusi pred več milijoni let. Številne raziskave so retroviruse povezale z razvojem različnih rakavih obolenj pri sesalcih. Z evolucijskih razvojem gostitelja so se spreminjali tudi endogeni virusi, zato je neposredne škodljive učinke na gostiteljev genom, kot so moteno in prekomerno izražanje genov, težko zaznati. Retrovirus koal (KoRV) je trenutno edini znani virus, ki prehaja med eksogeno in endogeno obliko. Gre za zapleten proces, ki vključuje kopičenje mutacij v virusnem nukleotidnem zaporedju in rekombinacijo. Skozi veliko generacij postanejo endogeni retrovirusi fiksirani in neaktivni. Zaradi nadpovprečne pojavnosti raka v populaciji koal iz severne Avstralije, so znanstveniki predpostavili povezavo med malignimi obolenji in KoRV. V vzorcih desetih koal so v zdravem in tumorskem tkivu določili lokacijo in število integracijskih mest (IM) endogenih retrovirusov. V izbranih genih blizu IM so zaznali moteno izražanje genov in njihovo večjo ekspresijo. Največjo gostoto IM so zaznali v bližini onkogenov in predvidevajo, da večja transkripcijska aktivnost teh genov olajša integracije virusov na teh mestih. Retrovirusne »invazije« genomov sesalcev imajo na začetku številne škodljive posledice za gostitelje, a so skozi zgodovino pomembno prispevale k oblikovanju njihovih genomov, tudi človekovega.

=== Neža Peternel: Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih ===
Znano je, kako se različne bolezni in deformacije lahko dedujejo preko genskega zapisa, v zadnjih desetletjih pa se veliko raziskav ukvarja s tematiko prenosa epigenetskih informacij na potomce. Epigenetske spremembe so za razliko od genskih reverzibilne in ne posegajo v zapis DNA, temveč z različnimi označevalci vplivajo na specifično izražanje genov. Trimetilacija lizina 4 na histonski podenoti 3 (H3K4me3) je bila v semenčicah identificirana kot pomemben člen pri prenosu informacij na potomce, saj naj bi se izognila epigenetskemu reprogramiranju pred vgnezditvijo zarodka. V nedavnih raziskavah so ugotovili, da lahko pomanjkanje folata v prehrani privede do motenj v folatnem ciklu, kar posredno vpliva na procese metilacije in demetilacije. Abnormalnosti v vzorcih metilacije so bile prisotne predvsem blizu področij, kjer se nahajajo geni za pravilno izgradnjo kosti, tako pri očetu kot tudi pri potomcih, posledice pa so se kazale pri izražanju fenotipa potomcev. Pomanjkanje folata v kombinaciji s povečano ekspresijo gena za KDM1A je privedlo do še hujših deformacij. Kot možno razlago izognitve reprogramiranja H3K4me3 so navedli pogosto sovpadanje trimetiliziranih območij H3K4 z regijami za vezavo proteinov Smc1 in CTCF. S študijo so odgovorili na mnoga vprašanja v zvezi z mehanizmi epigenetskega dedovanja, hkrati pa odprli možnosti za nadaljnjo raziskovanje, predvsem glede popravljalnih mehanizmov, ki bi lahko preprečili prenos določenih epigenetskih vzorcev na potomce.

=== Zoran Džon Ivanić: Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida ===
Epigenom med drugim tvorijo tudi vzorci metilacije DNA, ki opredeljujejo identiteto celice in njeno funkcijo. Informacijska teorija staranja razlaga staranje kot izgubo epigenetske informacije kamor spada sprememba vzorcev metilacije. Raziskovalce zanima, ali je s povrnitvijo mladostnega vzorca metilacije v organizmu mogoče doseči regeneracijo. Z uporabo transkripcijskih faktorjev Yamanake OCT4, SOX2 in KLF4 (OSK) so uspešno pomladili genetsko aktivnost v fibroblastu stare miši. Na modelu poškodbe vidnega živca v miši pa je izraženje OSK omogočilo regeneracijo in proliferacijo aksonov. Poškodba živca spremeni metilacijo DNA na podoben način kot staranje. To spremembo OSK prepreči s povečanjem količine TET1 in TET2, encimov, ki katalizirata demetilacijo DNA. Preizkus OSK pri zdravljenju modela glavkoma pri miših je pokazal spodbudne rezultate. Glavkom je obolenje oči, za katero je značilno povečanje tlaka v očesu, izguba ganglijskih celic mrežnice (RGC) in aksonov v vidnem živcu. Izražanje OSK je povrnilo gostoto aksonov nazaj na zdrav nivo, kar je bilo zaznati v izboljšanju ostrine vida osebkov. Med vzroki za slabši vid je tudi staranje. Zdravljenje starih miši z OSK je slab vid popravilo. Pri tem je bilo odkrito, da se nivoji mRNA 464 genov s staranjem spremenijo, 90% teh pa se s pomočjo izražanja OSK povrne v mladostno stanje. Tako je z OSK mogoče pomladiti kompleksno tkivo in povrniti njegovo funkcijo.

=== Nik Vidmar: Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje ===
Z hitrim staranjem prebivalstva po svetu se pojavlja vedno večje število degenerativnih obolenj, ki pa predstavljajo tako ekonomsko kot druženo obremenitev. Zato je veliko poudarka v znanstvenem svetu na alternativnih metodah regenerativne medicine, ki bodo lahko v prihodnosti pomagale pri zdravljenju in preprečevanju degenerativnih obolenj. Veliko pozornosti je bilo v zadnjih letih posvečene raziskovanju proteinskih molekularnih superstruktur predvsem takih, kjer prevladujejo gostitelj-gost interakcije. V raziskavi so raziskovali potencialne aplikacije gostitelj-gost kompleksa med β-ciklodekstrinom in adamantanom na peptidnih amfifilih in ugotavljali kako je ta hidrogel vplival na aktivnost možganskih nevronov. Izkazalo se je, da je raziskovan biomaterial ugodno vplival na aktivacijo nevronov in da so se ti dobro razraščali skozi porozni gel. Raziskovali so tudi možnosti 3D tiskanja gela in uspeli najti ugodno metodo, ki ni imela negativnega vpliva na sam gel ali njegove interakcije z nevroni. Rezultati so pokazali, da bo verjetno mogoče v prihodnosti z različnimi biomaterijali zdraviti poškodbe živčnega sistema in degenerativne bolezni, saj bodo ti pomagali pri obnavljanju nevronov in spodbudili njihovo aktivnost.

=== Marko Kovačić: Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ===
Raziskovalci s Tokijskega tehnološkega inštituta (Tokyo Tech) na Japonskem in univerze Monash v Avstraliji so se ukvarjali z vprašanjem, kako se uporabljajo metaboliti, pridobljeni v procesu avtofagije. Preučevali so rast kvasovk Saccharomyces Cerevisiae v glukoznem in etanolskem mediju. Po prenosu iz glukoznega v etanolski medij so kvasovke za pridobivanje energije namesto vrenja začele opravljati aerobno mitohondrijsko dihanje. Znanstveniki so ugotovili, da se mutirane kvasovke, ki niso sposobne opravljati neselektivne avtofagije, dlje prilagajajo na aerobno dihanje kot kvasovke, ki so zmožne opravljati avtofagijo. Z dodajanjem različnih hranil so ugotovili, da je aminokislina serin pomembna pri začetnem prilagajanju kvasovk na aerobno rast. Ob pomanjkanju aminokisline serin je bila poraba kisika v mitohondrijih nizka, ob dodatku serina pa se je le-ta povečala. Serin je pomemben za enoogljični metabolizem v mitohondrijih, ker zagotavlja enoogljično enoto, ki jo sprejme tetrahidrofolat (THF). Po sprejemu enoogljične enote se THF vključi v enoogljični metabolizem. Vezavo formilne skupine, pridobljene iz reakcij v enoogljičnem metabolizmu, na Met-tRNAfMet(iniciacijska tRNA) katalizira encim Fmt1. Formilacija iniciacijske tRNA poveča njeno afiniteto do mitohondrijskega iniciacijskega faktorja 2 (mIF2), ki je ključen pri povezovanju mitohondrijskih ribosomov, mRNA in fMet-tRNAfMet, torej pri procesu sinteze proteinov v mitohondrijih. Le-ti so ključni za pridobivanje energije z aerobnim dihanjem in za rast kvasovk.

=== Katja Resnik: Molekularna povezava med tveganjem za razvoj kolorektalnega raka in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi ===
Splošno znano je, da naj bi prehrana, še posebej pa uživanje rdečega in procesiranega mesa, vplivalo na povečano tveganje za nastanek raka danke in debelega črevesja pri človeku. Prav tako je s povečanim tveganjem povezana tudi povišana raven anti-Neu5Gc protiteles, ki imajo nalogo vezave Neu5Gc sialične kisline, ki vstopa v naše telo le s prehrano. Pred kratkim sta bila tako v raziskavi Univerze v Tel Avivu združena oba pogleda, in sicer so raziskovali vpliv prehrane na povišano raven anti-Neu5Gc protiteles in s tem na povečano tveganje za razvoj kolorektalnega raka. S pomočjo prostovoljcev, ki so oddali najmanj šest 24-urnih evidenc zaužite hrane in pijače, so naredili podrobno analizo vzorcev njihovih serumov in s tem izračunali ravni prisotnih anti-Neu5Gc protiteles, prav tako pa tudi podrobno analizo vzorcev zaužite hrane, s čimer so ugotovili prisotnost Neu5Gc v le-teh. Bila je ugotovljena povezava, da uživanje predvsem govejega in svinjskega mesa ter mlečnih izdelkov povzroča povišanje ravni anti-Neu5Gc protiteles, kar je omogočilo izračun indeksa za izračun vsebnosti Neu5Gc v določeni hrani, a na žalost raziskava še ni privedla do nobenih točnejših povezav s povečanim tveganjem za kolorektalni rak.

=== Klara Razboršek: Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo ===
Nastanek proteinskih agregatov in njihovo odlaganje v Lewyjeva telesca je značilno za različne nevrodegenerativne bolezni, kot je Parkinsonova bolezen. V tem primeru, se v celicah tvorijo amiloidna vlakna alfa-sinukleina, ki sama po sebi niso toksična, vendar so lahko vir toksičnih produktov. Mehanizem, ki je odgovoren za njihovo razčlembo je sestavljen iz šaperona Hsp70 in košaperonov DNAJB1 in Hsp110. Hsp70 (70-kDa heat shock protein) deluje v vseh življenjskih fazah proteinov od sinteze do razgradnje in je zaradi tega ključen za vzdrževanje homeostaze proteinov. Odgovoren je za razčlembno nepravilno zvitih proteinov, translokacijo polipeptidov v mitohondrije, kloroplaste in endoplazemski retikulum, razgradnjo proteinskih kompleksov in regulacijo proteinske aktivnosti. Košaperon DNAJB1 deluje kot usmerjevalni faktor, saj prepozna substrat preko lastnih šaperonskih reakcij in spodbudi hidrolizo ATP na Hsp70, kar omogoči vezavo Hsp70 na substrat. Poleg ključne vloge pri selekciji substrata, pa ima DNAJB1 še pomembno vlogo pri zaustavitvi mehanizma, saj zazna oligomerno stanje substrata. Da se ustvarijo dovolj močne entropične sile, ki omogočijo odcepljanje monomerov, se morajo šaperoni Hsp70 na substratu organizirati v skupke. To omogoča košaperon Hsp110, ki se veže na molekule Hsp70, ki niso povezane v skupke, in jih prenese v bližino drugih. Premeščanje ustvari močne vlečne sile, ki destabilizirajo amiloidna vlakna, kar privede do fragmentacije.

=== Karidia Kolbl: Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti ''sauteur d'alfort'' povzroča okvaro v gibanju ===
Študija se osredotoča na francosko vrsto zajca ''sauteur d'alfort'', ki zaradi pojava mutacije ne more izvajati normalnih poskokov, ki so zanj značilni. Dinamično izmenjevanje ritmičnega premikanja sprednjih udov in bilateralnega sinhroničnega odskoka iz zadnjih udov zamenja dvig na sprednje in hoja po teh. Zanj je značilna tudi slepost, ki jo razvijejo v prvem letu starosti. Odkriti so želeli, kje se vzročna mutacija nahaja in kakšne so posledice v prisotnosti oz. številčnosti nekaterih pomembnih motoričnih nevronov. S tem namenom so križali homozigotna osebka z recesivnima in dominantnima aleloma. Za lociranje prisotnosti polimorfizmov so uporabili tehniko genskega kartiranja in ''sliding-window approach''. Odkrili so, da se 95% mutacij nahaja na 1% deležu sekvenciranega genoma. Temu je sledila še podrobnejša analiza kromosoma 1, kjer je prišlo do zamenjave baz na intronu 9 in nastanka izoformov. Opazili so tudi zmanjšano koncentracijo nekaterih nevronov receptorske cone LTMR; RORB-pozitivnega nevrona ter nevronov SATB1/2, za katera so ob dodatnih raziskavah opazili upad in posledično okvaro gibanja pri miših. Nekaj besed so namenili tudi nevronu DMRT3, ki ima pomembno motorično vlogo in koordinira sinhronost zadnjih udov pri različnih živalskih vrstah.

=== Simona Kočeva: Kako bakterije se upirajo antibiotikem ===
Prilagoditev je temeljni biološki proces ki vodi organizme, da spremenijo svoje lastnosti in vedenje, da se bolje prilagodijo svojemu okolju pa naj gre za znamenito raznolikost ščinkavcev ali številne sorte bakterij s katerimi ljudje sobivajo. Medtem ko antibiotiki ljudem že dolgo pomagajo pri preprečevanju in zdravljenju bakterijskih okužb, pa se številne vrste bakterij vse bolj prilagajajo, da se uprejo antibiotičnemu zdravljenju. Ko so bili v več generacijah izpostavljeni manj smrtnim odmerkom antibiotika so raziskovalci ugotovili da so bakterije močno spremenile svojo obliko, tako da so postale širše in bolj ukrivljene. Druga stran te enačbe je da se bakterije lahko znajdejo tudi brez celične stene, ko pa jih imunski sistem težko zazna, ker človeške celice nimajo nobene svoje. Te spremembe oblike omogočajo bakterijam da premagajo stres zaradi antibiotikov in nadaljujejo s hitro rastjo. Te fizične spremembe omogočajo bakterijam, da dosežejo večjo ukrivljenost in nižje razmerje med površino in prostornino, kar bi omogočilo, da manj delcev antibiotikov prehaja skozi njihove celične površine ko rastejo. Ta vpogled ima velike posledice za zdravje ljudi in bo verjetno spodbudil številne nadaljnje molekularne študije o vlogi celične oblike na rast bakterij in odpornost na antibiotike.

=== Janja Bohte: Visokoločjivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ===
Prenašalne RNA (tRNA) so kratke molekule potrebne za prevajanje genskih informacij v proteinska zaporedja. Sestava združb teh molekul je ključnega pomena za učinkovito dekodiranje mRNA in integriteto proteoma. Številčnost tRNA lahko močno vpliva na celično fiziologijo, toda merjenje količine tRNA v celicah je omejeno s številnimi tehničnimi izzivi. Uspešne meritve številčnosti ovira velika podobnost med molekulami tRNA ter blokade pri sintezi cDNA, predvsem prezgodnja zaustavitev encima reverzna transkriptaza. Raziskovalci so premagali te omejitve s pomočjo mim-tRNAseq, ki temelji na metodi, ki se jo lahko uporabi za kvantificiranje tRNA v katerem koli organizmu z znanim genomom in bo pomagala izboljšati razumevanje prenašalne RNA. Skupaj so združili metodo za izdelavo knjižnice cDNA iz endogeno spremenjenih tRNA z novim računskim okvirom za poravnavo odčitkov, analizo podatkov in vizualizacijo. Razvili so tudi celovit in uporabniku prijazen računalniški nabor orodij, ki zagotavljajo meritve številčnosti tRNA, frakcij polnjenja in profilov sprememb z izjemno natančnostjo in ločljivostjo. Ker je njihov potek potek dela kritičen, preudaren in uporaben za katerikoli organizem z znanim genomom, predvidevajo, da bo pomagal pojasniti prej nerešljive vidike biologije tRNA.

=== Miha Razdevšek: Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo ===
Nevrodegenerativne bolezni predstavlajo v današnji družbi velik socialni in ekonomski problem zaradi primanjkovanja zdravil, ki je posledica slabega poznavanja bolezni. Za Alzheimerjevo bolezen (Alzheimer's disease, AD) je značilna agregacija proteinov Aβ in proteina tau. Moj seminar govori o epigenetskih spremembah povezanih z AD. Z natančno transkriptomsko, proteomsko in epigenomsko anazlizo možgan so raziskovalci analizirali specifične epigenetske modifikacije ljudi z AD v primerjavi z zdravimi starimi in mladimi. Analiza transkriptoma je pri ljudeh z AD prikazala večjo ekspresivnost genov povezanih s transkripcijo in strukturo kromatina, vključujoč gene za histon acetil transferaze, ki acetilirajo histon 3 na liznu 9 in 27 (H3K9ac in H3K27ac). Po analizi proteoma so prav tako ugotovili močno povečanje H3K9ac in H3K27ac. Podroben pregled dinamičnosti epigenetskih sprememb je prikazal povečanje H3K9ac in H3K27ac, kar nakazuje na njuno značilno vlogo pri AD. Prav tako je bilo ugotovljeno, da deacetilacijam sledijo demetilacije, acetilacije pa ne vplivajo na metilacijsko dinamiko, kar nakazuje potencial specifičnih acetilacij pri epigenetskem zdravljenju. Svoje in vitro ugotovitve so na koncu raziskovalci potrdili na vinski mušici, kjer so z vzpostavitvijo H3K9ac in H3K27ac inducirali agregacijo proteina Aβ42, kar je vodilo v degeneracijo notranjega in zunanjega očesa. S svojo študijo so predvsem prikazali pomembno negativno vlogo epigenetskih sprememb H3K9ac in H3K27ac pri mehanizmu in razvoju AD.

=== Tea Amidović: Mosaicism and extensive mutation of human placentas ===
The natural form of the placenta is distinct from any other human organ and resembles that of a tumor, with much of the same genetic variations present in childhood cancers. Placentas can have chromosomal abnormalities that the fetus1 may not have. Confined placental mosaicism (CPM) is the cause of this genetic segregation. CPM is characterized as the occurrence of chromosomal anomalies in extra-embryonic tissue that are not present in fetal tissue. Using whole-genome sequencing of 86 bulk placental samples and 106 microdissections of placental tissue, this research studied the phylogeny of human placental cells as reconstructed from somatic mutations. In this research, the total number of substitutions used in bulk placental samples was 145. Clinical karyotyping may have observed a trisomy of chromosome 10 in all bulk samples with copy number shift. In a case of mosaic trisomic rescue, direct support for this has been found. Results of this research discover large-scale mutagenesis in placental tissues and propose that mosaicism is a common characteristic of placental growth in embryogenesis.

=== Patricija Kolander: Jedrni kompleks DICER - circRNA povzroči deregulacijo mikro-RNA v celicah glioblastoma ===
Glioblastom je eden izmed najagresivnejših možganskih tumorjev pri človeku. Tumorske celice imajo v primerjavi z zdravimi bistveno manj izraženih mikro-RNA. Mikro-RNA so izredno pomembni regulatorji izražanja genov in lahko povzročijo njihovo utišanje, tako da se vežejo na komplementarno obveščevalno RNA in inhibirajo translacijo. Mikro-RNA lahko delujejo kot onkogeni – promovirajo nastanek raka ali pa delujejo kot zaviralci tumorjev. Z reguliranjem izražanja mikro-RNA rakave celice ohranijo sposobnost samoobnavljanja in proliferacije. V celicah glioblastoma je bilo odkritih bistveno več onkogeničnih mikro-RNA in precej manj tistih, ki zavirajo rast tumorjev. V raziskavi so dokazali, da v tumorskih celicah pride do spremembe v post-transkripcijskem zorenju mikro-RNA. Pri njem igra pomembno encim DICER, ki citoplazmi odreže zanko iz prekurzorske mikro-RNA, da nastane dvovijačni dupleks, ki se nato dokončno pretvori v zrelo mikro-RNA. V celicah glioblastoma pride do povečanega izražanja onkogena MALAT1 in njenega transkripta krožne RNA – circ2082. Ta v jedru tvori kompleks z RBM3 (RNA binding protein 3) in encimom DICER, ta pa posledično ne more potovati v citoplazmo, kjer v zdravi celici opravlja svojo nalogo. Znižanje izražanja circ2082 je vodilo do ponovne vzpostavitve ravnovesja mikro-RNA, kakršno je bilo v predrakavi celici, kar nakazuje na potencialne protirakave učinke targetiranja circ2082.

=== Lev Jošt: Znanstveniki si predstavljajo strukturo ključnega encima, ki tvori trigliceride ===
Drugi do zadnji korak biosinteze trigliceridov katalizirajo na magneziju bazirane lipin/fosfatidne kisline fosfataze oz. lipin/PAP, ki hidrolizirajo fosfatidno kislino v diacilglicerol. K definiciji lipinov so pripomogle tudi raziskave na mutiranih miših, ki nosijo mutacije gena, ki kodira nov jedrski protein, poimenovan lipin. Lipin/PAP so v splošnem presnovni encimi, ki uravnavajo tudi shranjevanje in mobilizacijo energije, avtofagijo in sintezo maščobnih kislin. Arhitektura lipin/PAP se razlikuje, vendar pa vsi encimi ohranjajo dve bistveni regiji, in sicer N-Lip in C-Lip. Znano je, da območji N-Lip in C-Lip, povezani z linkerjem, tvorita razcepljeno imunoglobinu podobno domeno, ki skupaj s katalitično domeno (in njenim aktivnim mestom), tvori kristalno strukturo lipina. Pri tvorjenju strukture, N-Lip ne ustvari lastne domene, temveč se rajši skupaj s prvimi 45 ostanki C-Lip zloži v Ig-podobno domeno, preostali del C-Lip pa tvori katalitično domeneno, pri kateri je vredno omeniti še še položaja C1 in C2, v katera so vstavljeni kratki peptidi. Ig-podobna domena pa se pakira in hkrati stabilizira katalitično domeno. Z oznakami od A–G označimo β-verige, ki jo gradijo in v človeških lipinih je to "razcepljena" domena, ki se mora rekombinirati, da tvori funkcionalni encim. V enem od poskusov dokazovanja te domenske arhitekture so ustavrili konstrukte mišjega lipina 1 in mišjega lipina 2, ki sta neposredno stopili N-lip in C-lip območje. Analiza pokaže tudi, da regija C-konca vsebuje prej neprepoznano domeno ki je ohranjena pri kvasu, miših in ljudeh

=== Boštjan Kramberger: Načrtovanje poti zvitja modularnih proteinov na osnovi ovitih vijačnic ===
Zvijanje proteinov se začne z nastankom lokalnih sekundarnih struktur, ki predstavljajo jedro zvitja. Zvitje proteina je torej proces pri katerem iz razvite oblike nastane zvita oblika, ki je funkcionalna. Raziskovalci so ugotovili, da modularen način zvitja proteinov preko ovitih vijačnic omogoča vpogled v ta proces in posledično uporabo razumevanja tega procesa. S pomočjo avtorsko razvitega matematičnega modela so ugotovili, da lahko ta proces izkoristijo, in to na način, da par modulov v isti verigi uporabijo večkrat, ker lahko s primerno razporeditvijo modulov kontrolirajo sestavljanje pravilnih parov. Z analizo sestavljanja modulov proteinskega tetraedra so namreč ugotovili, da se najprej sestavijo pari modulov, ki so si bliže v prostoru. Tako so pripravili proteinski tetraeder iz dvanajstih povezanih modulov v katerem so lahko namesto šestih uporabili le tri različne pare, ki so se pojavili dvakrat in dosegli, da se je protein zvil v pravilno strukturo s primernimi lastnostmi. Poleg uporabe za pripravo modularnih proteinov bo ta princip pomemben tudi za načrtovanje proteinskih vozlov ter za razumevanje procesa zvitja naravnih proteinov iz ponavljajočih segmentov. Gre predvsem za kinetiko, torej vrstni red povezovanja, zaradi česar lahko uporabimo iste segmente večkrat. Pričakujemo lahko, da bo nadaljnje raziskovanje usmerjeno predvsem v večkratno uporabnost istih segmentov pri tvorbi molekulskih vozlov.

=== Tina Urh: Depolimerizacija kompostabilne plastike z nano-disperziranimi encimi ===
Večino biorazgradljive plastike je danes izdelane iz poli-mlečne kisline ( ang. PLA) ali poliestra poli-kaprolaktona ( ang. PCL) in potrebuje več mesecev, da se razgradi, po razgradnji pa tvori mikroplastiko. Znanstveniki iz laboratorija Lawrence Berkeley so se odločili za nov pristop proizvodnje biorazgradljive plastike z nanokonfiniranjem encimov. Ko so encimski nanoklastri razpršeni v sledeh (< 0,02 masna odstotka PCL), se polkristalni poliestri razgradijo s procesivno depolimerizacijo, ki je posredovana s konca verige. V seriji poskusov so v PLA in PCL vgradili sledove komercialnih encimov, rezultate omenjam na podlagi BC-lipaze. Dosegli so skoraj popolno razgradnjo v nekaj dneh, z majhnimi repolimerizabilnimi stranskimi produkti, hkrati pa zagotovili neprekinjeno depolimerizacijo tudi po nastanku mikroplastike. Rezultati so tudi pokazali, da se debelejše kristalne lamele zanemarljivo razgradijo v primerjavi s tanjšimi ter da se poliester bolje razgradi v raztopini. Encim ima večjo aktivnost nad temperaturo začetka taljenja plastike; s tem so ugotovili, da je konformacija polimera tista, ki vpliva na termodinamično ravnovesje vezave konca verige na encim. Entropijsko je tudi ugodnejše, da se na encim veže kristaliziran konec verige; to ima večji učinek, kot povečana mobilnost verig. Opaženi rezultati nasprotujejo trditvam, da kristaliničnost upočasnjuje encimsko razgradnjo polimerov. Za doseganje nanoskopske disperzije ter povečanje stabilizacije encima, so okoli površine encima morali dodati RHP ( ang. random hetero polymers); na hitrost depolimerizacije je vplivala tudi njegova sestava.

=== Nuša Brdnik: Prostorsko omrežje ogrodnih proteinov v kamniti korali ===
Koralni grebeni nastanejo iz polipov, ki imajo trdno zunanje ogrodje, ki jih varuje. Ogrodja so sestavljena iz anorganskih aragonitskih vlaken in organskih molekul, kot so sladkorji, lipidi in proteini, ki se izločajo v procesu biomineralizacije. Identificirali so že več kot 100 proteinov v skeletnem ogrodju, v tej raziskavi pa so prvič določili, kako so ti proteini prostorsko organizirani in kakšne interakcije so med njimi v ogrodju kamnite korale Stylophora pistillata. Z metodo kovalentnega povezovanja proteinov so določili protein-protein interakcije in z masno spektrometrijo identificirali proteine. Omrežje teh interakcij so vizualizirali v obliki topološkega modela. Natančneje so analizirali proteine, ključne v procesu biomineralizacije, to so kislinsko bogati (CARP) proteini, karboanhidraze, vWFA in vWFD proteini, α-kolagen itd. Z modeliranjem interakcij intramolekulskih kovalentnih povezav na strukture karboanhidraz in z molekulsko umestitvijo so potrdili kovalentne povezave z nekaterimi proteini. Izdelali so model ponazoritve prostorske organizacije proteinov na podlagi izsledkov starejših raziskav in tekoče, ki ga najverjetneje lahko posplošimo na vse korale. Še zmeraj je relativno malo raziskano o procesu kalcifikacije v koralah, raziskovanje na tedfghgfdfgewm področju pa je pomembno, saj koralnim grebenom vedno bolj grozijo podnebne spremembe, zakisanje oceanov. Ta raziskava pa kaže, da bi kamnite korale lahko vzdržale podnebne spremembe.

=== Žan Žnidar: Prisotnost sekvenc genoma mišjih virusov v ksenotransplantatih, pridobljenih iz pacienta ===
Iz pacienta pridobljeni ksenotransplantati (''PDX'', Patient-Derived Xenografts) imajo pomembno vlogo pri razvoju zdravil za zdravljenje raka. Pred vnosom učinkovine v človeško telo je namreč treba preveriti, kako učinkuje na rakaste celice. PDX je presadek človeškega rakastega tkiva v telo miši z imunsko pomanjkljivostjo (tipa ''NSG''). Gre torej za sistem ''in vivo'', ki naj bi bil boljši model dejanskega stanja kot npr. celične linije, saj ustvari obsežnejše mikrookolje. Kljub temu pa se zelo pogosto dogaja, da zdravilo, ki je uspešno uničilo tumor v PDX, pacienta ne pozdravi. Raziskava se je osredotočila na enega od možnih razlogov za to, in sicer na prisotnost mišjih virusov v PDX, ki spremenijo delovanje rakastih celic.
Izkazalo se je, da so mišji virusi prisotni znotraj rakastih celic PDX in se uspešno podvajajo, ob tem pa spremenijo raven izražanja nekaterih genov, ki vplivajo tudi na aktivnost limfocitov T. Posledično neka zdravilna učinkovina lahko deluje v PDX, ko pa je vnesena v telo pacienta, pa ga ne pozdravi. Raziskava izpostavi problematiko nepozornosti na te viruse v preteklem razvoju zdravil in možne rešitve za povečanje učinkovitosti pri razvoju učinkovin za zdravljenje raka.

=== Tina Zajec: Epigenetski regulator HP1a usmerja ''de novo'' prostorsko reorganizacijo genoma v zgodnjem embriju ''Drosophile'' ===
Raziskovalci so v obravnavani študiji preučevali vlogo heterokromatinskega proteina 1a ''Drosophile'' pri de novo organizaciji kromatina tekom zgodnjega embrionalnega razvoja v značilno konfiguracijo Rabl. Raziskovalne tehnike kot so kromatinska imunopercipitacija (ChIP), visoko zmogljiva metoda zajema kromosomskih konformacij (Hi-C), 3-D DNA fluorescenčna in situ hibridizacija (3-D DNA FISH), razne polimerne simulacije in sekvenciranje so znanstvenike v raziskavi napeljale do sledečih dognanj: heterokromatinski protein 1a vpliva na moč interakcij v konstitutivnem kromatinu, s tem vpliva na vzpostavitev B regij (transkripcijska neaktivnost) in kondenzacijo kromatina v le-teh. Heterokromatinski protein 1a prav tako vpliva na kopičenje pericentromernih regij tekom konfiguracije Rabl, s čemer pa tudi posredno vpliva na samo organizacijo kromosomalnih ročic. Na tovrstno organizacijo genoma v že diferenciranih celicah nima vpliva, morda pa bi imel lahko podobno vlogo kakšen od njegovih paralogov. Heterokromatinski proteini 1 predstavljajo družino proteinov, ki je evolucijsko prisotna pri veliki večini evkariontov. Razumevanje zgradbe kromatina, različnih mehanizmov, ki vplivajo na njegovo strukturiranost, predstavlja gradbeni temelj na katerem nato genetske in epigenetske raziskave lahko morda nekoliko enostavneje in bolj načrtno razširjajo svoja obzorja.

=== Klara Ažbe: Kako bakterije Streptococcus pyogenes s pomočjo razgradnje arginina preživijo na koži ===
Streptococcus pyogenes je vrsta grampozitivnih bakterij, ki spada med pomembnejše patogene na človeški koži. Njihov glavni vir energije je glukoza, ki pa je na koži ni dovolj za preživetje in razmnoževanje. S. pyogenes pa lahko kljub temu na koži preživijo tako, da razgrajujejo arginin, saj pri tem nastaja energija. Poleg energije nastaja tudi amonijak, ki zvišuje kisel pH kože in s tem bakterijam omogoča še bolj uspešno preživetje in povečuje virulenco. Arginin se razgradi na presnovni poti ADI, ki jo katalizira več encimov. Eden izmed njih je tudi argininska deiminaza (arcA). Znanstveniki so z izbrisom gena za arcA ustvarili mutanta divjega tipa S. pyogenes, za katerega so ugotovili, da arginina ne more razgrajevati in ima posledično v okolju brez glukoze zelo slabe možnosti za preživetje v primerjavi z divjim tipom. V okolju z dovolj glukoze pa je stopnja preživetja obeh bakterij enaka, torej se presnovna pot ADI ne aktivira. Gen za razgradnjo arginina ne more pomagati S. pyogenes pri preživetju, če na površini kože ni dovolj filagrina, ki je glavni vir arginina, kar so dokazali s poskusom na miši Flg -/-, mutantom divjega tipa miši brez filagrina.

=== Ema Kavčič: Sinteza hondroitin sulfata v E. coli ===
Hondroitin sulfat je glikozaminoglikan, ki se uporablja pri zdravljenju osteoartritisa. Izolirajo ga iz živalskih tkiv, vendar tak produkt ni čist. Za sintezo hondroitin sulfata v E. coli potrebujmo prekurzor hondroitin, donor sulfatne skupine PAPS in hondroitin 4-sulfotransferazo. Sev E. coli K4 sintetizira kapsulo iz hondroitina, ki je fruktoziliran. PAPS nastane pri biosintezi cisteina ali metionina, hondroitin sulfotransferaza pa je živalski encim, ki so ga prilagodili E. coli (skrajšali so aminokislinsko zaporedje). Z genskim inženiringom so odstranili gen za fruktozilacijo in gen za PAPS reduktazo, dodali pa so gen za sulfotransferazo. Začetna stopnja sulfatacije je bila 19 %. Višjo stopnjo sulfatacije (58 %) so dosegli s sevom, ki kopiči PAPS. Z računalniškim programom so predvideli 3 mutirane verzije encima hondroitin sulfotransferaza, največjo aktivnost je imel SM2. Na stopnjo sulfatacije vpliva tudi vektor, s katerim izrazimo encim. Optimalni indukcijski pogoji so pri OD600 0,6 pri 16 °C pri koncentraciji 1,0 mM IPTG in pri OD600 1,0 pri 20 °C pri koncentraciji IPTG 1,0 mM ali 0,5 mM. Bakterija naravno izloča hondroitin, zato so represirali gene za transportne proteine; sulfatacija se je dvignila na 55 %, s čimer so se približali stopnje sulfatacije živalsko pridobljenega hondroitina (70 %).

=== Maj Priveršek: Delovanje antidepresivov omogoča njihova neposredna vezava na nevrotropični receptor TRKB ===
Kljub temu, da je depresija ena izmed najbolj razširjenih duševnih motenj, za njen pojav in mehanizem še vedno ni enotne teorije. Ena izmed predlagani hipotez je t. i. hipoteza nevronske plastičnosti, ki pravi, da se depresija pojavi zaradi zmanjšane sposobnosti nevrogeneze. V nedavni raziskavi so dokazali, da se tako antidepresivi kot hitro delujoči antidepresivi vežejo na receptor tropomiozin kinaza B (TRKB) in s tem alosterično povečajo njegovo afiniteto do možganskega nevrotropičnefga faktorja (BDNF), vezava BDNF na TRKB pa sproži proces nevrogeneze. Prav tako so pokazali, da je TRKB edini protein iz družine tropomiozin kinaz, ki je občutljiv na koncentracijo holesterola v celični membrani. S pomočjo različnih metod so dokazali, da višje koncentracije holesterola spremenijo konformacijo TRKB in s tem onemogočijo vezavo BDNF na protein in pa da antidepresivi s svojo neposredno vezavo na TRKB le-tega stabilizirajo in s tem ohranijo njegovo občutljivost na BDNF tudi ob povišanih koncentracijah holesterola. Kljub temu, da je vezava antidepresivov na TRKB manjša kot na njihove tarčne proteine, so koncentracije potrebne za vezavo na TRKB primerljive s koncentracijami doseženimi pri zdravljenju posameznikov z antidepresivi. Z ugotovitvami so odgovorili na mnoga vprašanja, ki so do nedavnega pestila področje psihiatrije.

=== Gaja Starc: Uporaba genetsko-epigenetskega tkivnega kartiranja plazemske dna pri prenatalnih testiranjih, presaditvah in v onkologiji ===
Plazemska DNA je agregat DNA molekul, ki jih krvni obtok sprejema od celic, tkiv in organov v telesu. Analiza tkivne sestave plazemske DNA je uporabna pri diagnostiki raka, prenatalnih testiranjih in spremljanju zavrnitve organa po presaditvi. Plazemsko DNA, ki nosi tkivno ali organsko specifične različice, lahko v primeru razlik med genetsko sestavo tarčnega tkiva in genotipom gostitelja uporabimo za prepoznavanje molekul DNA, sproščenih iz posameznega organa ali tkiva. Raziskovalna skupina s Kitajske univerze v Hong Kongu je razvila metodo GETMap (genetsko-epigenetsko tkivno kartiranje), ki temelji na odkrivanju genetskih razlik in epigenetskih sprememb (specifično metilacije) DNA. GETMap analiza omogoča določitev tkivne sestave in izvora plazemske DNA, ki vsebuje različne genetske različice. Tovrstna usmerjena analiza posameznih komponent plazemske DNA poveča razmerje signala in šuma ter odpravi odstopanja zaradi razlike v koncentraciji tarčne DNA, ki so bila prisotna pri dosedanjih metodah analize plazemske DNA. Za utemeljitev GETMap analize so simulirali tri scenarije klinične uporabe – nosečnost, presaditev pljuč in detekcijo raka. Najprej so dokazali ustreznost metode GETMap z analizo plazemske DNA pri nosečnicah, nato pa so analizirali plazemsko DNA prejemnikov presajenih pljuč in spremljali spreminjanje tkivne sestave v odvisnosti od časa. Nazadnje so pri pacientih s hepatocelularnim karcinomom in nosečnici z limfomom skušali ugotoviti, če GETMap analiza omogoča lokalizacijo tumorjev pri diagnostiki raka. Kljub zelo spodbudnim dosedanjim rezultatom so za dokončno potrditev uporabnosti GETMap analize potrebne nadaljnje študije na večjem vzorcu.

=== Urša Štefan: Utišanje retrotranspozonov LINE-1 kot karakteristika akutne mieloične levkemije ===
Somatske retrotranspozicije retrotranspozonov L1 so v polovici primerov spremljevalec rakavih obolenj. Izjemoma najdemo bistveno nižjo stopnjo retrotranspozicij pri akutni mieloični levkemiji. S presejalnim testom CRISPR-KO so raziskovalci določili za AML visoko specifičen gen, ki kodira podenoto MPP8 kompleksa HUSH. Ugotovili so, da je kompleks HUSH z delujočo podenoto MPP8 nujen za razvoj AML, hkrati pa hematopoeza z izbitim genom za MPP8 poteka normalno. Kompleks HUSH z vezavo metiltransferaze SETDB1 posredno vpliva na utišanje retrotranspozonov L1 s tvorbo heterokromatina. V primeru izbitega gena za MPP8 je količina izraženih L1 bistveno višja v primerjavi z divjim tipom celice. Povezavo med MPP8 in retrotranspozoni so potrdili s kromatinsko imunoprecipitacijo s sekvenciranjem. Dokazali so, da aktivno izražanje onkogenov AML zniža stopnjo izražanja retrotranspozonov in da reaktivacija retrotranspozicij zavira razvoj AML. Pri retrotranspozicijah nastajajo prekinitve obeh verig, ki jih celica označi s fosforilacijo histona (γH2A.X). V naslednjem koraku se aktivira od ciklina odvisni kinazni inhibitor p21, ki zaustavi celični cikel v kontrolni točki in posledično onemogoči nadaljnje razmnoževanje celice. S HUSH-povzročeno utišanje retrotranspozonov L1 je torej ključno pri ohranjanju zadostne genomske stabilnosti, da se lahko levkemične celice uspešno razmnožujejo.

=== Mark Loborec: Dolgotrajna analgezija z usmerjeno ''in situ'' represijo NaV1.7 v miših ===
Kronične bolečine so precej pogost in težko obvljadljiv problem v današnjem svetu. Pomembno vlogo pri občutku bolečine igrajo tudi NaV1.7 natrijevi kanalčki. Če je gen zanje nedelujoč, to vede v bolezen nezmožnosti čutenja bolečine, njegovo preveliko izražanje pa v preobčutljivost nanjo. NaV1.7 natrijevi kanalčki so namreč udeleženi pri prenosu signala od bolečinskega receptorja do možganov. Raziskovalci so z uporabo KRAB-dCas9 in ZFP-KRAB, dostavljenega prek AAV (adeno-associated virus), v miših zmanjšali izražanje gena, ki kodira te kanalčke. Nato so so mišim umetno inducirali stanja preobčutljivosti na bolečino, ter merili občutljivost miši z represiranim genom za NaV1.7 in miši brez represiranega gena. Izkazalo se je, da normalna občutljivost na bolečino ostane enaka, miši, ki so imele represiran gen za NaV1.7 pa so imele zelo zmanjšano preobčutljivost na bolečino. Ta učinek je trajal tudi do 105 dni po vnosu KRAB-dCas9 ali ZFP-KRAB v miš. Miši so nato testirali še za stranske učinke, a jih razen milejšega vnetja pri nekaterih miših niso našli. To odkritje bi lahko pomenilo, da bi kronične bolečine lahko zdravili z metodo, ki je dolgotrajna, nima neprijetnih stranskih učinkov in ni zasvajujoča, za razliko od mnogih protibolečinskih zdravil, ki so v uporabi danes.

=== Vanja Ivošević: Genetic deletion of Nox4 enhances cancerogen-induced formation of solid tumors ===
NADPH oxidase 4 (Nox4) is a member of the Nox family of NADPH oxidases, membrane-bound complexes that face extracellular space and are functional in endothelial cells, smooth muscle cells and fibroblasts. Nox4 is an oddity among members of the Nox family of NADPH oxidases because it is constitutively active. Nox4 is also unusual due to its constant release of hydrogen peroxide (H2O2) in contrast to other Nox family members, which release superoxides. As mentioned, Nox4 (along other Nox enzymes) releases H2O2, a type of reactive oxygen species (ROS) which are double-edged swords regarding cancer and tumor development. ROS are highly reactive chemical molecules, they modulate various cell signaling pathways. In cells, they are present at very low concentration. Higher concentrations of ROS cause excessive oxidative stress which has been implicated in the pathophysiology of cancer, in fact, high levels of ROS increase receptor and oncogene activity and genetic instability. This study explains the consequences of genetic deletion of Nox4 enzyme and consequently lower concentration of ROS. Main effects of genetic deletion were increased genomic instability, less effective recognition of DNA damage, and enhanced nuclear PP2A activity, which has a large influence on efficacy of DNA damage recognition and control. All of those effects increase tumor development.

=== Petja Premrl: Vpliv kakava na izboljšanje NAFLD in povečanje antioksidativnega odziva pri miših hranjenih z dieto z visoko vsebnostjo maščob ===
Kakav je v današnjem svetu popularna sestavina hrane, ki pa je pogosto obravnavan negativno, zaradi visoke vsebnosti sladkorjev in maščob. Različne študije pa so pokazale, da je kakav, ki je bogat z vlakninami, železom in raznimi polifenoli, velikokrat povezan tudi z zmanjšanjem tveganja za raznimi boleznimi. To je vodilo do zanimanja, če ima kakav vpliv tudi na nealkoholno maščobno jetrno bolezen (NAFLD), kjer je vzrok za bolezen nalaganje maščob v jetrih. Zaradi nalaganja maščob v jetrih (temu rečemo jetrna steatoza) lahko pride do oksidativnega stresa, kar povzroči vnetje in hujše napredovanje bolezni NAFLD do jetrnega steatohepatitisa, ta pa lahko v hujših primerih vodi celo do ciroze jeter. Različne študije so raziskovale vpliv kakava in uživanje čokolade na NAFLD, saj kakav vsebuje različne antioksidante, ki pripomorejo k izboljšanju oksidativnega stresa in posledično NAFLD. Odkrili so, da kakav pri miših z dieto z visoko vsebnostjo maščob in 80 mg/g kakava zniža nivo jetrnih trigliceridov in nivo lipidnih peroksidov, hkrati pa je bilo opazno povečanje antioksidativne aktivnosti encimov SOD in GPX. V raziskavi so tako ugotovili, da je zaradi znižanja lipidov v jetrih ter delovanja encimov SOD in GPX prišlo do zmanjšanja oksidativnega stresa, kar je izboljšalo jetrno steatozo in posledično NAFLD.

=== Sofija Stevanović: Delovanje in usoda konvencionalnih dendritičnih celic tipa 1 je pod nadzorom DC-SCRIPT proteina ===
Dendritične celice (DC) so skupine imunskih celic ki skupaj z T celicam v limfnem tkivu imajo pomembno vlogo pri sprožanju imunskega odziva. DC zajemajo antigene na periferiji in v obliki peptidnega kompleksa jih predstavijo T celicam, takrat se začne imunski odziv. Razvoj in delovanje DC nadzoruje skupina transkripcijskih faktorjev ki so skupaj v genskem regulativnem omrežju. Faktor IRF8 je eden od najbolj pomembnih faktorjev za razvoj prve celične linije DC v krvotvornih progenitorjih, vendar raziskava je pokazala da je ključen transkripcijski faktor za razvoj in funkcijo dendritičnih celic- DC-SCRIPT protein. Čeprav delovanje DC-SCRIPT-a je bolj omejeno na eno podskupino DC, oziroma DC tipa 1 (cDC1), kar je pokazala analiza narejena pri mišjih splenocitih kjer so odstranili kodno regijo za DC-SCRIPT. Število cdc1 se bistveno zmanjšalo, število cdc2 pa nekoliko povečalo kljub temu da popolna odsotnost DC-SCRIPT-a poslabša delovanje DC v celoti. Pomanjkljivost DC-SCRIPT-a tudi vpliva na izražanje citokina IL-10, ko se število IL-10, ki je negativen regulator imunosti, močno poveča. Ko je izražanje DC-SCRITA nekoliko zmanjšano pride samo do zmanjšanega privzemanja antigenov iz poškodovanih celih, ne pa predstave teh antigenom imunskim celicam. To pomeni da DC-SCRIPT nima vpliv na stimulacijo imunskih T celic. DC-SCRIPT torej nadzoruje ključne funkcije cDC1 in proizvodnjo citokinov, ureja nastanek, funkcijo in usodo cDC1.

=== David Valte: Neravnovesje v količini celičnega pirimidina sproži od mDNK odvisno prirojeno imunost ===
Mitohondriji so pomembni celični organeli, katere poznamo predvsem po njihovi vlogi v večih metabolnih procesih. Vse večje število raziskav v zadnjih letih pa povezuje mitohondrije tudi z imunskimi odzivi. Mitohondriji delujejo kot signalni centri in tako sodelujejo v efektorskih odzivih. Poškodbe ali prisotnost tujkov povzročijo, da se iz mitohondrija sprosti mDNK v citosol, kjer jo zaznajo efektorji PRR (pattern recognition receptor) signaliziranja. Zaznava s PRR-ji sproži kaskado signalov, ki vodijo v vnetne odzive s prisotnostjo interferonov. Interferonski odziv povzroči izražanje interferonsko stimuliranih genov, ki pomagajo pri prirojenem imunskem odzivu, kjer posredno zavirajo replikacijo patogenov s tem, da spodbujajo okužene in bližnje celice v proizvodnjo proteinov, ki preprečijo nadaljnje širjenje patogena. i-AAA proteaza YME1L je encim, ki je zmožen regulirati in preprečiti sproščanje mDNK v citosol in je tako posledično zmožen regulirati sproščanje interferonov. YME1L najdemo predvsem v notranji membrani mitohondrija, kjer uravnava fuzijo in cepitev mitohondrijev. Pomanjkanje YME1L pa povzroči fragmentacijo mitohondrijev in vodi v različne bolezni srca, okvar oči in vpliva na razvoj centralnega živčevja. Za raziskovanje vpliva YME1L so znanstveniki uporabili NYKO miši z izbitim genom za YME1L in v njih opazovali njihov odziv na povečane količine mDNK v citosolu.

=== Ela Kovač: Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil ===
V današnjem času veganska prehrana postaja vedno bolj priljubljena med mladimi, starejšimi, pa tudi med družinami z majhnimi otroki. Do danes je bilo izvedenih že mnogo raziskav pri odraslih veganih, vendar skoraj nič raziskav pri majhnih otrocih, zato je raziskovalna skupina na Finskem želela ugotoviti, kakšen je vpliv veganske prehrane na metabolizem in nivo esencialnih hranil pri otrocih, starih približno 3,5 let. Za analizo vzorcev krvi so uporabili metodo plinsko-tekoče kromatografije (GLC), tekočinske kromatografije visoke ločljivosti sklopljeno z masno spektrometrijo (HPLC/MS) in metodo neciljne metabolomike. Za nekatere vzorce so uporabili tudi standardne laboratorijske teste in tarčne analize. Ugotovili so, da so vegani s prehrano zaužili več mono- in polinenasičenih maščobnih kislin, folatov ter vlaknin, vendar so imeli manjši energijski vnos beljakovin in nasičenih maščobnih kislin kot otroci, ki so uživali vse vrste hranil. Z analizo vzorcev krvi pa so ugotovili, da so imeli vegani višje koncentracije folata v eritrocitih ter višje koncentracije alfa linolenske kisline (ALA), vendar izredno nizke koncentracije holesterola in dokozaheksaenojske kisline (DHA), nizke koncentracije vitaminov A in D, retinol-vezavnega proteina (RBP) in transtiretina (TTR) ter spremenjen metabolizem žolčne kisline.

=== Mia Kobal: Sekvenciranje RNA definiralo nepričakovano raznolikost holinergičnih nevronov ===
Holinergični nevroni hrbtenjače so živčne celice, ki za pošiljanje svojih sporočil uporabljajo živčni prenašalec acetilholin in so pomembne za vse vidike krčenja mišic. Delimo jih na tri glavne vrste: skeletni motorični nevroni (MN), visceralni MN in holinergični internevroni. Vsako vrsto lahko razdelimo še na več podvrst, a njihova prava raznolikost je še vedno neznana. Identificiramo jih s pomočjo markerjev, katere so v raziskavi tudi iskali. S pomočjo snRNAseq so identificirali 21 gruč holinergičnih nevronov, katere so razdelili v 8 gruč internevronov, 10 gruč visceralnih MN in tri gruče skeletnih MN. Internevrone so identificirali z markerjem Pax2, visceralne MN z markerjem Zeb2, za skeletne MN pa so na novo identificirali marker Tsn1. Skeletni MN imajo pomembno vlogo pri boleznih motoričnih nevronov (npr. ALS), zato so iskali še markerje za tri podvrste skeletnih MN – alfa, gama, beta. Z raziskavo so identificirali veliko raznolikost visceralnih MN, določili populacijo holinergičnih internevronov in pridobili več informaciji o skeletnih MN, katere bodo pripomogle pri poznavanju bolezni motoričnih nevronov.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-05-15T12:22:43Z

Mia Kobal:

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323103854.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti "''sauteur d'alfort''" povzroča okvaro v gibanju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210325150205.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||Molekularna povezava med tveganjem za kolorektalni rak in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||Forecasting the dissemination of antibiotic
resistance genes across bacterial genomes||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210107094601.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||Visokoločljivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||Mozaicizem in obsežne mutacije človeške placente
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310122521.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||Jedrni kompleks DICER - circRNA povzroči deregulacijo mikro-RNA v celicah glioblastoma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210108131103.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||Znanstveniki si predstavljajo strukturo ključnega encima, ki tvori trigliceride||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311082935.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||Epigenetski regulator HP1a usmerja ''de novo'' prostorsko reorganizacijo genoma v zgodnjem embriu ''Drosophile''||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210415114120.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||Depolimerizacija kompostabilne plastike z nano-disperziranimi encimi||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210421124624.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||Prisotnost sekvenc genoma mišjih virusov v ksenotransplantatih, pridobljenih iz pacienta||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210401123902.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||Načrtovanje poti zvitja modularnih proteinov na osnovi ovitih vijačnic||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||Prostorsko omrežje ogrodnih proteinov v kamniti korali ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408131455.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||Sinteza hondroitin sulfata v E. coli||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075412.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||Utišanje retrotranspozonov LINE-1 kot karakteristika akutne mieloične levkemije||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408153644.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||Delovanje antidepresivov omogoča njihova neposredna vezava na nevrotropični receptor TRKB||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210218141716.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||Uporaba genetsko-epigenetskega tkivnega kartiranja plazemske DNA pri prenatalnih testiranjih, presaditvah in v onkologiji||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323150723.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||Dolgotrajna analgezija z usmerjeno ''in situ'' represijo NaV1.7 v miših||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310150405.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||Genetski izbris encima Nox4 krepi tvorbo trdnih tumorjev, ki jih povzročajo kancerogeni
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210427094814.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||Vpliv kakava na izboljšanje NAFLD in povečanje antioksidativnega odziva pri miših hranjenih z dieto z visoko vsebnostjo maščob ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210414154933.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||Neravnovnovesje v količini celičnega pirimidina sproži od mDNK odvisno prirojeno imunost||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430120346.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||Delovanje in usoda konvencionalnih dendritičnih celic tipa 1 je pod nadzorom DC-SCRIPT proteina ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210402141745.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||Kako bakterije Streptococcus pyogenes s pomočjo razgradnje arginina preživijo na koži||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210331143115.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||Sekvenciranje RNA definiralo nepričakovano raznolikost holinergičnih nevronov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430093215.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||Ustvarjanje in karakterizacija dvoencimskega sistema za depolimerizacijo plastike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152913.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-05-15T12:20:20Z

Mia Kobal:

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323103854.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti "''sauteur d'alfort''" povzroča okvaro v gibanju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210325150205.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||Molekularna povezava med tveganjem za kolorektalni rak in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||Forecasting the dissemination of antibiotic
resistance genes across bacterial genomes||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210107094601.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||Visokoločljivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||Mozaicizem in obsežne mutacije človeške placente
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310122521.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||Jedrni kompleks DICER - circRNA povzroči deregulacijo mikro-RNA v celicah glioblastoma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210108131103.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||Znanstveniki si predstavljajo strukturo ključnega encima, ki tvori trigliceride||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311082935.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||Epigenetski regulator HP1a usmerja ''de novo'' prostorsko reorganizacijo genoma v zgodnjem embriu ''Drosophile''||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210415114120.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||Depolimerizacija kompostabilne plastike z nano-disperziranimi encimi||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210421124624.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||Prisotnost sekvenc genoma mišjih virusov v ksenotransplantatih, pridobljenih iz pacienta||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210401123902.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||Načrtovanje poti zvitja modularnih proteinov na osnovi ovitih vijačnic||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||Prostorsko omrežje ogrodnih proteinov v kamniti korali ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408131455.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||Sinteza hondroitin sulfata v E. coli||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075412.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||Utišanje retrotranspozonov LINE-1 kot karakteristika akutne mieloične levkemije||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408153644.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||Delovanje antidepresivov omogoča njihova neposredna vezava na nevrotropični receptor TRKB||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210218141716.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||Uporaba genetsko-epigenetskega tkivnega kartiranja plazemske DNA pri prenatalnih testiranjih, presaditvah in v onkologiji||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323150723.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||Dolgotrajna analgezija z usmerjeno ''in situ'' represijo NaV1.7 v miših||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310150405.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||Genetski izbris encima Nox4 krepi tvorbo trdnih tumorjev, ki jih povzročajo kancerogeni
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210427094814.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||Vpliv kakava na izboljšanje NAFLD in povečanje antioksidativnega odziva pri miših hranjenih z dieto z visoko vsebnostjo maščob ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210414154933.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||Neravnovnovesje v količini celičnega pirimidina sproži od mDNK odvisno prirojeno imunost||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430120346.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||Delovanje in usoda konvencionalnih dendritičnih celic tipa 1 je pod nadzorom DC-SCRIPT proteina ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210402141745.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||Kako bakterije Streptococcus pyogenes s pomočjo razgradnje arginina preživijo na koži||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210331143115.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||Sekvenciranje RNA definira nepričakovano raznolikost holinergičnih nevronov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430093215.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||Ustvarjanje in karakterizacija dvoencimskega sistema za depolimerizacijo plastike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152913.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-05-01T15:28:38Z

Mia Kobal:

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323103854.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti "''sauteur d'alfort''" povzroča okvaro v gibanju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210325150205.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||Molekularna povezava med tveganjem za kolorektalni rak in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||Kako bakterije se upirajo antibiotikem||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210130092739.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||Visokoločljivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||Mozaicizem in obsežne mutacije človeške placente
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310122521.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||Jedrni kompleks DICER - circRNA povzroči deregulacijo mikro-RNA v celicah glioblastoma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210108131103.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||Znanstveniki si predstavljajo strukturo ključnega encima, ki tvori trigliceride||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311082935.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||Epigenetski regulator HP1a usmerja ''de novo'' prostorsko reorganizacijo genoma v zgodnjem embriu ''Drosophile''||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210415114120.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||Depolimerizacija kompostabilne plastike z nano-disperziranimi encimi||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210421124624.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||Prisotnost sekvenc genoma mišjih virusov v ksenotransplantatih, pridobljenih iz pacienta||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210401123902.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||Načrtovanje poti zvitja modularnih proteinov na osnovi ovitih vijačnic||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||Prostorsko omrežje ogrodnih proteinov v kamniti korali ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408131455.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||Sinteza hondroitin sulfata v E. coli||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075412.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||Utišanje retrotranspozonov LINE-1 kot karakteristika akutne mieloične levkemije||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408153644.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210218141716.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||Uporaba genetsko-epigenetskega tkivnega kartiranja plazemske DNA pri prenatalnih testiranjih, presaditvah in v onkologiji||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323150723.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210414131945.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210402141745.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210331143115.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430093215.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||Ustvarjanje in karakterizacija dvoencimskega sistema za depolimerizacijo plastike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152913.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.