Wiki FKKT - User contributions [en]

2017-bionano-seminar

2017-03-15T20:23:55Z

MirjamKmetic: /* Seznam seminarjev */

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
! Ime in priimek !! Datum predstavitve !! Tema seminarja
|-
! Peter Prezelj
| 22.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Boštjan Petrič
| 22.03.17 || Reverzibilno tiskanje s peptidnimi /proteinskimi pigmenti, kovalentno vezanimi na celulozo prek amidne vezi
|-
! Ema Guštin
| 22.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tjaša Lapanja
| 29.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Maruša Prolič Kalinšek
| 29.03.17 || opis teme ali naslov
|-
! Domen Klofutar
| 29.03.17 || Novi načini prenosa informacij z izrabo kapacitet DNA: Prenos šifrirne in/ali steganografske DNA v ustni votlini preko naravno prisotnih gostiteljev Lactobacillus Casei in Veillonella Parvula
|-
! Simon Bolta
| 05.04.17 || Sinteza inzulina pri sladkornih bolnikih neposredno po povišanju krvnega sladkorja
|-
! Tomaž Rozmarič
| 05.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Urša Kapš
| 05.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Julija Mazej
| 12.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Nataša Žigante
| 12.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Anja Herceg
| 12.04.17 || opis teme ali naslov
|-
! Mirjam Kmetič
| 19.04.17 || Nanoprotistrup na osnovi nanodelcev, ki vsebujejo inhibitor varespladib
|-
! Mojca Kostanjevec
| 19.04.17 || Tarčno zdravljenje epitelijskih tumorjev (cepiva in si-RNA - EpCAM) z uporabo nanodiskov
|-
! Jan Rozman
| 19.04.17 || Sinteza nealergenega rekombinantnega kazeina za jedilno / biorazgradljivo embalažo
|-
! Barbara Dušak
| 03.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Mateja Cigoj
| 03.05.17 || Probiotik z dodatkom nanodelcev za zdravljenje celiakije. Uporaba probiotičnih bakterij, ki izločajo peptidaze za razgradnjo glutena do neimunogenih fragmentov, in nanodelcev, ki vsebujejo modificirane naravne glutenske peptide specifične za HLA-DQ2 receptorje na limfocitih T, ki zavrejo Th1 posredovan avtoimunski odziv na gluten.
|-
! Toni Nagode
| 03.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tim Božič
| 10.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Darja Božič
| 10.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Petra Tavčar
| 10.05.17 || Odstranjevalec škodljivih E-jev in BPA iz kupljenih pijač na osnovi kovalentno pritrjenih protiteles in aptamerov
|-
! Marjeta Horvat
| 17.05.17 || FeO nanodelci za učinkovitejše odpravljanje zobnega kariesa
|-
! Danijela Jošić
| 17.05.17 || Gensko spremenjen Lactobacillus, ki izloča nanodelce z spermicidnim in protimikrobnim delovanjem za dolgotrajno zaščito pred zanositvijo in spolno prenosljivimi boleznimi.
|-
! Tina Kuhar
| 17.05.17 || Flaška za vodo z bionanosenzorjem za takojšnjo zaznavo kvalitete oziroma pitnosti nalite vode.
|-
! Nika Strašek
| 24.05.17 || Uporabniku dostopen diagnostični test za zaznavo okužbe s boreliozo in klopnim meningitisom
|-
! Eva Vidak
| 24.05.17 || Biosenzor za CO na osnovi transkripcijskega faktorja CooA iz bakterije ''Rhodospirillum rubrum''
|-
! Alja Zgonc
| 24.05.17 || Senzor za zaznavanje miRNA v urinu za diagnozo nevrodegenerativnih bolezni
|-
! Zala Gluhić
| 31.05.17 || Varnejše uživanje alkohola z uporabo odorant-binding proteina LUSH.
|-
! Judita Avbelj
| 31.05.17 || Nanonaprava iz bioloških delov, ki z absorbcijo in razgradnjo delcev iz zraka preprečuje različne alergijske reakcije.
|-
! Vid Jazbec
| 31.05.17 || opis teme ali naslov
|-
! Vita Vidmar
| 07.06.17 || 'Hot start' transglutaminaza za popravljanje razcepljenih lasnih konic
|-
! Luka Kavčič
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Mojca Juteršek
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Bojana Lazović
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Eva Korošec
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|-
! Tajda Buh
| 07.06.17 || opis teme ali naslov
|}

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja najdete v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

==Naloga==
'''Vaša naloga je:<br>'''
Študent pripravi projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje:<br>
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo od <font color=red>2000 do 2500 besed </font> (vključno z literaturo). Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. <font color=red> Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. </font>
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo pripombe k projektu in postavijo po dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik en dan pred predstavitvijo do polnoči.

==<font color=green>Imena datotek</font>==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1WdCXoXo1zkRrVlLKIcEV1z_MyhavU-3ERBm9n2oiawI/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do predstavitve seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1ToLPn78T9W3G6Hm5hV0mLseFYghiLQMlRPGb0J5zft8/viewform mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.
Na [http://bit.ly/bntmnenja tej strani] lahko preverite, če ste svoje mnenje za določen seminar že oddali in če je bil oddan pravočasno.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana <font color=green>zeleno</font>.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>
'''Citiranje knjig:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:'''<br>
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>
<font color=green>Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.</font>

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

PANTIDE - nov kmetijski sistem, ki ciljano uničuje določene škodljivce

2016-12-19T19:18:57Z

MirjamKmetic:

NCTU_Formosa: PANTIDE – A new agricultural system that eliminates targeted pests
http://2016.igem.org/Team:NCTU_Formosa

== UVOD ==
Učinkovit nadzor škodljivcev je že od nekdaj glavna težava modernega kmetijstva. Z naraščanjem svetovne populacije se povečujejo tudi potrebe po višji kmetijski proizvodnji, ki bo uspela zagotoviti ustrezne količine hrane. V današnjem času večina kmetov po svetu za zatiranje škodljivcev uporablja kemične pesticide, ker ti predstavljajo najpriročnejši in najučinkovitejši način nadzora škodljivcev. Vendar pa imajo zaradi povečane uporabe konvencionalni pesticidi negativno vplivajo na oporečenost hrane, zdravje kmetov, onesnaževanje zemlje in vode ter neposredno povzročajo pojavljanje na pesticide odpornih škodljivcev.

== PROJEKT ==
Zaradi omenjene problematike je skupina NCTU_Formosa razvila popolnoma nov kmetovalni sistem, ki s kombinacijo sintezne biologije, informatike in inžinirstva kmetom omogoča varno, okolju prijazno in nenaporno avtomatizirano kmetovanje. Kmetovalni sistem sestoji iz daljinsko vodene fizične naprave, ki s številnimi detektorji in avtomatskim škropilnikom omogoča nadziranje stanja kmetijske površine v realnem času, in bioinsekticida PANTIDE, ki je naraven, okolju prijazen, varen, biorazgradljiv in dolgotrajno specifičen za določene rede insektov predvsem pa nenevaren za čebele.

=== BIOINSEKTICID PANTIDE ===
Pajki predstavljajo eno izmed najuspešnejših kopenskih strupenih bitij, ki so v obdobju 300 milijonov let evolucije razvili niz kompleksinih molekul toksinov [1]. Njihov strup je mešanica več stotih komponent, zato se je skupina odločila, da bo tudi njihov pesticid mešanica pajčjih toksinov. Zaradi širokega nabora toksinskih molekul je skupina najprej za izbiro kandidatnih toksinov izvedla organiziran pregled po podatkovnih bazah AnachoServer in UniProt. Kandidatne toksine so izbrali glede na ustrezanje kriterijem, da so:
*netoksični za sesalce, kar je potrjeno z eksperimenti na miših
*imajo številne reference, kar dodatno potrdi podatke o izvoru, strukturi in mehanizmu
*nimajo več kot štirih disulfidnih vezi zaradi izražanja v E. coli
*nimajo antibiotične aktivnosti
*da so bile že izvedene študije oralnega vnosa pri določenih vrstah
Na ta način so izbrali tri toksine, ki delujejo na napetostne ionske kanalčke insektov in zato pri žuželkah povzročijo paralizo:
*'''ω-heksatoksin-Hva1a (Hv1a)''', ki izvira iz vrste ''Hadronyche versuta'' in deluje rede ''Lepidoptera'' (metulji), ''Diptera'' (dvokrilci), ''Coleoptera'' (hrošči) in ''Dictyoptera'' [2].
*'''µ-segestritoksin-Sf1a (Sf1a)''', ki izvira iz vrste ''Segestria florentina'' in deluje na redova ''Lepidoptera'' in ''Diptera'' [3].
*'''oralno aktiven insekticidni peptid (OAIP)''', ki izvira iz vrste ''Selenotypus plumipes'' in deluje na redova ''Lepidoptera'' in ''Coleoptera''.
Izbrani toksini spadajo v široko skupino kratkih peptidov z disufidnimi vezmi. Večina teh toksinskih peptidov ima strukturni motiv ICK (Inhibitor Cysteine Knot), ki jim zagotovi dobro stabilnost proteinske strukture in toksičnost. Navedeni toksin Hv1a je stabilen v temperaturnem območju od -20 °C do 75 °C ter pH območju med 1 in 8, hkrati pa je odporen na razgradnjo s proteazo K [4].
Ker pa toksini pajkov normalno vstopijo v hemolimfo žuželk in nato delujejo v centralnem ali perifernem živčnem sistemu, jih je večina ponavadi neučinkovitih ali vsaj izrazito manj učinkovitih, če jih žuželka zaužije. Zato je skupina za povečanje oralne toksičnosti izbranih toksinov, te pripravila v obliki fuzijskih proteinov [5]. Pri tem so zaporedje izbranega toksina povezali preko trialaninskega linkerja z lektinom iz zvončka (''Galanthus nivalis''), ki je odporen na proteolizo, prepozna glikoproteine epitelijskih celic črevesja in omogoči prehod fuzijskih proteinov v hemolimfo preko transcitoze [6].

Tako je skupina pripravila naravni bioinsekticid, ki je okolju prijazen, varen, biorazgradljiv in specifičen za določene vrste žuželk. Poleg tega pa bodo škodljivci zelo težko razvili odpornost nanj, ker ne le da so tarče od natrija in kalcija odvisni napetostni kanalčki, ki evolucijsko malo mutirajo, ampak gre tudi za mešanico treh različnih toksinov.

== NAPRAVA ==
Naprava je avtomatiziran sistem, ki omogoča detekcijo in eliminacijo škodljivcev. Izdelali so insektno škatlo, ki je sestavljena iz štirih delov: zunanjega ogrodja, ki zaščiti strojno opremo in ima štiri kanale za vstop škodljivcev. Vsak kanal ima po dva izvora in sprejemnika infrardeče LED svetlobe za natančno štetje žuželk in vodi do posode s feromonsko vabo. Ta ima obliko narobe obrnjene piramide, da omogoči nanos dveh slojev PBAN (pheromone biosynthesis activation neuropeptide), hkrati pa prepreči, da bi škodljivci ušli iz nje. Glede na delovanje pa je naprava sestavljena iz treh delov: detektorja, kontrolerja in uporabnika.

=== DETEKTOR ===
Znotraj detektorja se nahaja PBAN feromonska vaba, ki skozi štiri kanale v katerih svetijo snopi infrardeče svetlobe v napravo privabi določene vrste žuželk in zato omogoči njihovo štetje. Poleg tega pa je detektor opremljen tudi s higrometrom, termometrom, barometrom, merilnikom dežja in senzorji za UV, CO2, vlažnost prsti ter osvetljenost. Detektor je preko WiFi-ja povezan s strežnikom, ki zbrane podatke obdeluje in shranjuje, ter z mobilno aplikacijo, ki omogoči spremljanje števila škodljivcev in stanja na kmetijski površini.

=== KONTROLER ===
Kontroler je sestavljen iz vezja različnih čipov in omogoča izmenjavo podatkov preko sistema IoT (internet of things). Sprejema podatke detektorja in senzorjev, jih obdela, prevede v ustrezno obliko informacije in jih preko WiFi povezave pošlje strežniku. Strežnik je najpomembnejši del IoT sistema in glavni del naprave, kjer poteka večina računalniške obdelave. Komunicira s kontrolerjem in mu pošilja ukaze, kot je na primer vklop škropilnika s PANTIDE, ima pa tudi SQLite podatkovno bazo, ki shranjuje informacije in rezultate obdelave.

=== UPORABNIK ===
Stranka na mobilni aplikaciji MediaTek Cloud Sandbox dobi podatke o stanju na kmetijski površini v realnem času. Če ima dostop do interneta, lahko kadarkoli in kjerkoli vklopi škropilnike, ne da bi za to morala iti do kmetijske površine. Dodatno pa IoT sistem sčasoma sestavi podatkovno bazo iz zbranih podatkov, in ko je ta dovolj obsežna, se z uporabo metod modeliranja lahko predvidi pogoje v prihodnosti, kot je na primer število škodljivcev, in na ta način vzpostavi samodejni nadzor razpršilnega sistema PANTIDE ali vode, ki je natančnejši in učinkovitejši.

== LABORATORIJSKI EKSPERIMENTI ==
Zaporedja izbranih treh toksinov je enostavno izražati v ''E. coli'' seva BL21 Rosetta Gami, zato so pripravili biokocke za delo s tem sevom. Pri vseh so uporabili močan T7 promotor, ki je kompatibilen z izbrano bakterijo, poleg tega pa je dober za izražanje proteinov, ki vsebujejo številne disulfidne vezi. Sledilo je zaporedje RBS, zaporedje izbranega toksina in trialaninski linker. Pri vseh biokockah so za linker za zaporedjem toksina dodali tudi histidinsko oznako za čiščenje proteinov in terminator. Tako so pripravili biokocke Bba_K1974011, Bba_K1974012 in Bba_K1974013. Pripravili pa so še biokocke Bba_K1974021, Bba_K1974022 in Bba_K1974023, pri katerih so med linkerja toksina in histidinske oznake vstavili še zaporedje za lektin. Pripravili so tudi biokocko Bba_K1974033 pri kateri so linker med zaporedjem toksina in lektinom zamenjali z GS linkerjem, ki naj bi zagotovil pravilnejše zvijanje proteina.

Konstrukte so pomnožili s PCR in preverili njihovo dolžino z gelsko elekroforezo. Nato so jih izrazili v ''E. coli'' BL21 Rosetta Gami in po sonifikaciji celic izvedli SDS-PAGE, da so potrdili ustrezno izražanje. Sledilo je čiščenje proteinov, ki so jih nato uporabili za nadaljnje eksperimente z insekti.

Eksperimente z žuželkami so razdelili v tri sklope: tridelni začetni test hranjenja žuželk, testiranja za izboljšave fuzijskih proteinov in test preference. Za testno žuželko so izbrali gosenice vešče ''Spodoptera litura'', ker so te glavni škodljivec ter izbrani toksini delujejo na red metuljev.

V začetnih poskusih hranjenja so primerjali PANTIDE toksine in toksine povezane z lektinom tako, da so pripravili tri razredčitve bioinsekticida (1/125x, 1/25x in 1/5x) in redčitev nanesli na liste rastlin. Za pozitivno kontrolo so uporabili Bt toksin, za negativno pa dd vodo. V petrijevko so nato k rozetam listov dodali po pet gosenic, da so ponazorili hude razmere škodljivcev, in opazovali površino objedenih rozet listov ter odziv gosenic po 12 urah glede na koncentracijo nanešenega bioinsekticida. Ta test so ponovili trikrat. Hipoteza je bila, da bo zaradi nevrotoksičnosti PANTIDE gosenice paraliziral in bodo te posledično poginile. V skladu s pričakovanji je bila površina preostale rozete lista najmanjša pri največji redčitvi PANTIDE, pri tem pa so bili toksini z lektinom učinkovitejši kot sami toksini. V nasprotju z zastavljeno hipotezo, pa PANTIDE ni deloval kot insekticid, temveč je izkazal repelentno delovanje.

V testu izboljšave fuzijskega proteina so primerjali delovanje konstruktov Hv1a, Hv1a-lektin in Hv1a-lektin-GS linker pri 10, 2 in 0,4 µM koncentracijah. Ponovno so dokazali, da z višjo koncentracijo preostane večja površina rozete, hkrati pa ugotovili, da med uporabljenimi konstrukti najbolje deluje toksin z GS linkerjem.

Pri testu preference pa so v petrijevko k rozeti negativne kontrole in rozeti obdelano s PANTIDE dodali pet gosenic in sistem opazovali dve uri. Gosenice so večinsko objedle negativno kontrolo, s čimer so dokazali repelentno delovanje PANTIDE.

== ZAKLJUČEK ==
Kljub temu, da PANTIDE sicer ni deloval kot insekticid, temveč je deloval kot repelent, je rezultat vseeno v skladu z njihovim zastavljenim ciljem, da bi z uporabo njihovega bioinsekticida zmanjšali škodljive vplive na okolje, hkrati pa učikovito zatirali škodljivce. Mehanizem delovanja repelacije zaenkrat še ni poznan. Z elongacijo linkerja ima fuzijski protein navečjo repelentnost, po učinkovitosti pa je primerljiv z Bt toksinom.
To poletje so uspeli izvesti predhodne laboratorijske ocene delovanja in razvili začetno stopnjo zbiranja sredstev za masovno proizvodnjo. Za obsežno komercializacijo produkta, pa bodo produkt morali testirati še na realnih kmetijskih površinah, da bodo ugotovili:
*maksimalno letalno koncentracijo PANTIDE
*najboljše pogoje za zatiranje škodljivcev
*kako učinkovito in v velikih količinah proizvajati PANTIDE, katerega serije bodo standardizirane
*ali bi z natančnejšim pregledom podatkovnih baz lahko v napravi uporabili tudi druge toksine
*ali bi se z isto idejo delovanja detektor lahko uporabljal tudi za nadzor populacije komarjev in na ta način uporabil kot indikator za začetek izvajanja previdnostnih ukrepov zoper dengo
Za prihodnjo komercializacijo so se že posvetovali s patentnim inženirjem, da so prijavili patent za PANTIDE, ki vključuje DNA zaporedje, načrtovanje DNA in protokole za pripravo učinkovitih PANTIDE produktov.

== VIRI ==
*iGEM 2016: NCTU_Formosa, dostopno na povezavi: http://2016.igem.org/Team:NCTU_Formosa
*[1] - Monique J. Windley, Volker Herzig, Slawomir A. Dziemborowicz, Margaret C. Hardy, Glenn F. King and Graham M. Nicholson, “Spider-Venom Peptide as Bioinsecticide,” Toxins Review, 2012, 4, pp. 191-227.
*[2] - Wang, X.H.; Connor, M.; Wilson, D.C.; Wilson, H.I.; Nicholson, G.M.; Smith, R.; Shaw, D.; Mackay, J.P.; Alewood, P.F.; Christie, M.J.; King, G.F. “Discovery and structure of a potent and highly specific blocker of insect calcium channels,” J. Biol. Chem. 2001, 276, 40306–40312
*[3] - Elaine Fitches, Martin G. Edwards, Christopher Mee, Eugene Grishin, Angharad M. R. Gatehouse, John P. Edwards, John A. Gatehouse “Fusion proteins containing insect-specific toxins as pest control agents: snowdrop lectin delivers fused insecticidal spider venom toxin to insect haemolymph following oral ingestion,” Journal of Insect Physiology, 2004,50, pp.61-71
*[4] - Elaine Fitches, Martin G. Edwards, Christopher Mee, Eugene Grishin, Angharad M. R. Gatehouse, John P. Edwards, John A. Gatehouse “Fusion proteins containing insect-specific toxins as pest control agents: snowdrop lectin delivers fused insecticidal spider venom toxin to insect haemolymph following oral ingestion,” Journal of Insect Physiology, 2004, 50, pp.61-71
*[5] - Volker Herzig and Glenn F. King “The Cysteine Knot Is Responsible for the Exceptional Stability of the Insecticidal Spider Toxin Omega-Hexatoxin Hv1a,” Toxin Review, 20157. pp. 4366-4380
*[6] - Elaine C. Fitches, Prashant Pyati, Glenn F. King, John A. Gatehouse, “ Fusion to Snowdrop Lectin Magnifies the Oral Activity of Insecticidal Omega-Hexatoxin-Hv1a Peptide by Enabling Its Delivery to the Central Nervous System,”

[[Seminarji SB 2016/17]]

PANTIDE - nov kmetijski sistem, ki ciljano uničuje določene škodljivce

2016-12-19T19:11:11Z

MirjamKmetic:

NCTU_Formosa: PANTIDE – A new agricultural system that eliminates targeted pests
http://2016.igem.org/Team:NCTU_Formosa

== UVOD ==
Učinkovit nadzor škodljivcev je že od nekdaj glavna težava modernega kmetijstva. Z naraščanjem svetovne populacije se povečujejo tudi potrebe po višji kmetijski proizvodnji, ki bo uspela zagotoviti ustrezne količine hrane. V današnjem času večina kmetov po svetu za zatiranje škodljivcev uporablja kemične pesticide, ker ti predstavljajo najpriročnejši in najučinkovitejši način nadzora škodljivcev. Vendar pa imajo zaradi povečane uporabe konvencionalni pesticidi negativno vplivajo na oporečenost hrane, zdravje kmetov, onesnaževanje zemlje in vode ter neposredno povzročajo pojavljanje na pesticide odpornih škodljivcev.

== PROJEKT ==
Zaradi omenjene problematike je skupina NCTU_Formosa razvila popolnoma nov kmetovalni sistem, ki s kombinacijo sintezne biologije, informatike in inžinirstva kmetom omogoča varno, okolju prijazno in nenaporno avtomatizirano kmetovanje. Kmetovalni sistem sestoji iz daljinsko vodene fizične naprave, ki s številnimi detektorji in avtomatskim škropilnikom omogoča nadziranje stanja kmetijske površine v realnem času, in bioinsekticida PANTIDE, ki je naraven, okolju prijazen, varen, biorazgradljiv in dolgotrajno specifičen za določene rede insektov predvsem pa nenevaren za čebele.

=== BIOINSEKTICID PANTIDE ===
Pajki predstavljajo eno izmed najuspešnejših kopenskih strupenih bitij, ki so v obdobju 300 milijonov let evolucije razvili niz kompleksinih molekul toksinov [1]. Njihov strup je mešanica več stotih komponent, zato se je skupina odločila, da bo tudi njihov pesticid mešanica pajčjih toksinov. Zaradi širokega nabora toksinskih molekul je skupina najprej za izbiro kandidatnih toksinov izvedla organiziran pregled po podatkovnih bazah AnachoServer in UniProt. Kandidatne toksine so izbrali glede na ustrezanje kriterijem, da so:
*netoksični za sesalce, kar je potrjeno z eksperimenti na miših
*imajo številne reference, kar dodatno potrdi podatke o izvoru, strukturi in mehanizmu
*nimajo več kot štirih disulfidnih vezi zaradi izražanja v E. coli
*nimajo antibiotične aktivnosti
*da so bile že izvedene študije oralnega vnosa pri določenih vrstah
Na ta način so izbrali tri toksine, ki delujejo na napetostne ionske kanalčke insektov in zato pri žuželkah povzročijo paralizo:
*ω-heksatoksin-Hva1a (Hv1a), ki izvira iz vrste ''Hadronyche versuta'' in deluje rede ''Lepidoptera'' (metulji), ''Diptera'' (dvokrilci), ''Coleoptera'' (hrošči) in ''Dictyoptera'' [2].
*µ-segestritoksin-Sf1a, ki izvira iz vrste ''Segestria florentina'' in deluje na redova ''Lepidoptera'' in ''Diptera'' [3].
*oralno aktiven insekticidni peptid (OAIP), ki izvira iz vrste ''Selenotypus plumipes'' in deluje na redova ''Lepidoptera'' in ''Coleoptera''.
Izbrani toksini spadajo v široko skupino kratkih peptidov z disufidnimi vezmi. Večina teh toksinskih peptidov ima strukturni motiv ICK (Inhibitor Cysteine Knot), ki jim zagotovi dobro stabilnost proteinske strukture in toksičnost. Navedeni toksin Hv1a je stabilen v temperaturnem območju od -20 °C do 75 °C ter pH območju med 1 in 8, hkrati pa je odporen na razgradnjo s proteazo K [4].
Ker pa toksini pajkov normalno vstopijo v hemolimfo žuželk in nato delujejo v centralnem ali perifernem živčnem sistemu, jih je večina ponavadi neučinkovitih ali vsaj izrazito manj učinkovitih, če jih žuželka zaužije. Zato je skupina za povečanje oralne toksičnosti izbranih toksinov, te pripravila v obliki fuzijskih proteinov [5]. Pri tem so zaporedje izbranega toksina povezali preko trialaninskega linkerja z lektinom iz zvončka (''Galanthus nivalis''), ki je odporen na proteolizo, prepozna glikoproteine epitelijskih celic črevesja in omogoči prehod fuzijskih proteinov v hemolimfo preko transcitoze [6].

Tako je skupina pripravila naravni bioinsekticid, ki je okolju prijazen, varen, biorazgradljiv in specifičen za določene vrste žuželk. Poleg tega pa bodo škodljivci zelo težko razvili odpornost nanj, ker ne le da so tarče od natrija in kalcija odvisni napetostni kanalčki, ki evolucijsko malo mutirajo, ampak gre tudi za mešanico treh različnih toksinov.

== NAPRAVA ==
Naprava je avtomatiziran sistem, ki omogoča detekcijo in eliminacijo škodljivcev. Izdelali so insektno škatlo, ki je sestavljena iz štirih delov: zunanjega ogrodja, ki zaščiti strojno opremo in ima štiri kanale za vstop škodljivcev. Vsak kanal ima po dva izvora in sprejemnika infrardeče LED svetlobe za natančno štetje žuželk in vodi do posode s feromonsko vabo. Ta ima obliko narobe obrnjene piramide, da omogoči nanos dveh slojev PBAN (pheromone biosynthesis activation neuropeptide), hkrati pa prepreči, da bi škodljivci ušli iz nje. Glede na delovanje pa je naprava sestavljena iz treh delov: detektorja, kontrolerja in uporabnika.

=== DETEKTOR ===
Znotraj detektorja se nahaja PBAN feromonska vaba, ki skozi štiri kanale v katerih svetijo snopi infrardeče svetlobe v napravo privabi določene vrste žuželk in zato omogoči njihovo štetje. Poleg tega pa je detektor opremljen tudi s higrometrom, termometrom, barometrom, merilnikom dežja in senzorji za UV, CO2, vlažnost prsti ter osvetljenost. Detektor je preko WiFi-ja povezan s strežnikom, ki zbrane podatke obdeluje in shranjuje, ter z mobilno aplikacijo, ki omogoči spremljanje števila škodljivcev in stanja na kmetijski površini.

=== KONTROLER ===
Kontroler je sestavljen iz vezja različnih čipov in omogoča izmenjavo podatkov preko sistema IoT (internet of things). Sprejema podatke detektorja in senzorjev, jih obdela, prevede v ustrezno obliko informacije in jih preko WiFi povezave pošlje strežniku. Strežnik je najpomembnejši del IoT sistema in glavni del naprave, kjer poteka večina računalniške obdelave. Komunicira s kontrolerjem in mu pošilja ukaze, kot je na primer vklop škropilnika s PANTIDE, ima pa tudi SQLite podatkovno bazo, ki shranjuje informacije in rezultate obdelave.

=== UPORABNIK ===
Stranka na mobilni aplikaciji MediaTek Cloud Sandbox dobi podatke o stanju na kmetijski površini v realnem času. Če ima dostop do interneta, lahko kadarkoli in kjerkoli vklopi škropilnike, ne da bi za to morala iti do kmetijske površine. Dodatno pa IoT sistem sčasoma sestavi podatkovno bazo iz zbranih podatkov, in ko je ta dovolj obsežna, se z uporabo metod modeliranja lahko predvidi pogoje v prihodnosti, kot je na primer število škodljivcev, in na ta način vzpostavi samodejni nadzor razpršilnega sistema PANTIDE ali vode, ki je natančnejši in učinkovitejši.

== LABORATORIJSKI EKSPERIMENTI ==
Zaporedja izbranih treh toksinov je enostavno izražati v ''E. coli'' seva BL21 Rosetta Gami, zato so pripravili biokocke za delo s tem sevom. Pri vseh so uporabili močan T7 promotor, ki je kompatibilen z izbrano bakterijo, poleg tega pa je dober za izražanje proteinov, ki vsebujejo številne disulfidne vezi. Sledilo je zaporedje RBS, zaporedje izbranega toksina in trialaninski linker. Pri vseh biokockah so za linker za zaporedjem toksina dodali tudi histidinsko oznako za čiščenje proteinov in terminator. Tako so pripravili biokocke Bba_K1974011, Bba_K1974012 in Bba_K1974013. Pripravili pa so še biokocke Bba_K1974021, Bba_K1974022 in Bba_K1974023, pri katerih so med linkerja toksina in histidinske oznake vstavili še zaporedje za lektin. Pripravili so tudi biokocko Bba_K1974033 pri kateri so linker med zaporedjem toksina in lektinom zamenjali z GS linkerjem, ki naj bi zagotovil pravilnejše zvijanje proteina.

Konstrukte so pomnožili s PCR in preverili njihovo dolžino z gelsko elekroforezo. Nato so jih izrazili v ''E. coli'' BL21 Rosetta Gami in po sonifikaciji celic izvedli SDS-PAGE, da so potrdili ustrezno izražanje. Sledilo je čiščenje proteinov, ki so jih nato uporabili za nadaljnje eksperimente z insekti.

Eksperimente z žuželkami so razdelili v tri sklope: tridelni začetni test hranjenja žuželk, testiranja za izboljšave fuzijskih proteinov in test preference. Za testno žuželko so izbrali gosenice vešče ''Spodoptera litura'', ker so te glavni škodljivec ter izbrani toksini delujejo na red metuljev.

V začetnih poskusih hranjenja so primerjali PANTIDE toksine in toksine povezane z lektinom tako, da so pripravili tri razredčitve bioinsekticida (1/125x, 1/25x in 1/5x) in redčitev nanesli na liste rastlin. Za pozitivno kontrolo so uporabili Bt toksin, za negativno pa dd vodo. V petrijevko so nato k rozetam listov dodali po pet gosenic, da so ponazorili hude razmere škodljivcev, in opazovali površino objedenih rozet listov ter odziv gosenic po 12 urah glede na koncentracijo nanešenega bioinsekticida. Ta test so ponovili trikrat. Hipoteza je bila, da bo zaradi nevrotoksičnosti PANTIDE gosenice paraliziral in bodo te posledično poginile. V skladu s pričakovanji je bila površina preostale rozete lista najmanjša pri največji redčitvi PANTIDE, pri tem pa so bili toksini z lektinom učinkovitejši kot sami toksini. V nasprotju z zastavljeno hipotezo, pa PANTIDE ni deloval kot insekticid, temveč je izkazal repelentno delovanje.

V testu izboljšave fuzijskega proteina so primerjali delovanje konstruktov Hv1a, Hv1a-lektin in Hv1a-lektin-GS linker pri 10, 2 in 0,4 µM koncentracijah. Ponovno so dokazali, da z višjo koncentracijo preostane večja površina rozete, hkrati pa ugotovili, da med uporabljenimi konstrukti najbolje deluje toksin z GS linkerjem.

Pri testu preference pa so v petrijevko k rozeti negativne kontrole in rozeti obdelano s PANTIDE dodali pet gosenic in sistem opazovali dve uri. Gosenice so večinsko objedle negativno kontrolo, s čimer so dokazali repelentno delovanje PANTIDE.

== ZAKLJUČEK ==
Kljub temu, da PANTIDE sicer ni deloval kot insekticid, temveč je deloval kot repelent, je rezultat vseeno v skladu z njihovim zastavljenim ciljem, da bi z uporabo njihovega bioinsekticida zmanjšali škodljive vplive na okolje, hkrati pa učikovito zatirali škodljivce. Mehanizem delovanja repelacije zaenkrat še ni poznan. Z elongacijo linkerja ima fuzijski protein navečjo repelentnost, po učinkovitosti pa je primerljiv z Bt toksinom.
To poletje so uspeli izvesti predhodne laboratorijske ocene delovanja in razvili začetno stopnjo zbiranja sredstev za masovno proizvodnjo. Za obsežno komercializacijo produkta, pa bodo produkt morali testirati še na realnih kmetijskih površinah, da bodo ugotovili:
*maksimalno letalno koncentracijo PANTIDE
*najboljše pogoje za zatiranje škodljivcev
*kako učinkovito in v velikih količinah proizvajati PANTIDE, katerega serije bodo standardizirane
*ali bi z natančnejšim pregledom podatkovnih baz lahko v napravi uporabili tudi druge toksine
*ali bi se z isto idejo delovanja detektor lahko uporabljal tudi za nadzor populacije komarjev in na ta način uporabil kot indikator za začetek izvajanja previdnostnih ukrepov zoper dengo
Za prihodnjo komercializacijo so se že posvetovali s patentnim inženirjem, da so prijavili patent za PANTIDE, ki vključuje DNA zaporedje, načrtovanje DNA in protokole za pripravo učinkovitih PANTIDE produktov.

== VIRI ==
*iGEM 2016: NCTU_Formosa, dostopno na povezavi: http://2016.igem.org/Team:NCTU_Formosa
*[1] - Monique J. Windley, Volker Herzig, Slawomir A. Dziemborowicz, Margaret C. Hardy, Glenn F. King and Graham M. Nicholson, “Spider-Venom Peptide as Bioinsecticide,” Toxins Review, 2012, 4, pp. 191-227.
*[2] - Wang, X.H.; Connor, M.; Wilson, D.C.; Wilson, H.I.; Nicholson, G.M.; Smith, R.; Shaw, D.; Mackay, J.P.; Alewood, P.F.; Christie, M.J.; King, G.F. “Discovery and structure of a potent and highly specific blocker of insect calcium channels,” J. Biol. Chem. 2001, 276, 40306–40312
*[3] - Elaine Fitches, Martin G. Edwards, Christopher Mee, Eugene Grishin, Angharad M. R. Gatehouse, John P. Edwards, John A. Gatehouse “Fusion proteins containing insect-specific toxins as pest control agents: snowdrop lectin delivers fused insecticidal spider venom toxin to insect haemolymph following oral ingestion,” Journal of Insect Physiology, 2004,50, pp.61-71
*[4] - Elaine Fitches, Martin G. Edwards, Christopher Mee, Eugene Grishin, Angharad M. R. Gatehouse, John P. Edwards, John A. Gatehouse “Fusion proteins containing insect-specific toxins as pest control agents: snowdrop lectin delivers fused insecticidal spider venom toxin to insect haemolymph following oral ingestion,” Journal of Insect Physiology, 2004, 50, pp.61-71
*[5] - Volker Herzig and Glenn F. King “The Cysteine Knot Is Responsible for the Exceptional Stability of the Insecticidal Spider Toxin Omega-Hexatoxin Hv1a,” Toxin Review, 20157. pp. 4366-4380
*[6] - Elaine C. Fitches, Prashant Pyati, Glenn F. King, John A. Gatehouse, “ Fusion to Snowdrop Lectin Magnifies the Oral Activity of Insecticidal Omega-Hexatoxin-Hv1a Peptide by Enabling Its Delivery to the Central Nervous System,”

[[Seminarji SB 2016/17]]

Seminarji SB 2016/17

2016-12-19T19:07:22Z

MirjamKmetic:

V študijskem letu 2016/17 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [[Učinkovito ciljanje izraženih in utišanih genov v človeških zarodnih in induciranih pluripotentnih celicah z nukleazami z motivi cinkovih prstov]]. Angelika Vižintin (22. 11. 2016)
# [[Izdelava sintetičnega genoma s pristopom sestavljanja celotnega genoma: Bakteriofag φX174 iz sintetičnih oligonukleotidov]]. Darja Božič (22.11.2016)
# [[Modeliranje sintetične večcelične ure: Represilatorji, sklopljeni z zaznavanjem celične gostote]]. Vita Vidmar (22. 11. 2016)
# [[Začetki uporabe CRISPR-Cas9 sistema]]. Tomaž Rozmarič (6.12.2016)
# [[Robusten oscilator sinteznih genov z različnimi nastavitvami periode]]. Domen Klofutar (13.12.2016)
# [[Sestavljanje TALEN-ov z metodo FLASH za visoko zmogljivostno urejanje genomov]]. Petra Tavčar (13.12.2016)
# [[Procesiranje celičnih informacij s sintetičnimi RNA napravami]]. Tim Božič (20.12.2016)
# [[Usklajeno delovanje sinteznobioloških ur z zaznavanjem celične gostote]]. Luka Kavčič (20.12.2016)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
#[[Mezenhimske matične celice nove generacije]]. Danijela Jošić (22.11.2016)
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bakterije%2C_ki_kelirajo_bakrove_ione%2C_v_boju_proti_Wilsonovi_bolezni Bakterije, ki kelirajo bakrove ione, v boju proti Wilsonovi bolezni. Simon Bolta (22. 11. 2016)]
#[["Training protein" - PETaze]]. Urša Kapš (29.11.2016)
#[[Plasticure: rešitev za učinkovitejšo razgradnjo plastike]]. Marjeta Horvat (29. 11. 2016)
#[[Quantifly]]. Ema Guštin (29. 11. 2016)
#[[Ecolibrium – razvoj ogrodja za inženiring mešanih kultur]]. Mojca Juteršek (29. 11. 2016)
#[[BeeT Beehave]]. Maja Svetličič (29.11.2016)
#[[BiotINK - nov pristop k biotiskanju tkiva]]. Mateja Cigoj (6. 12. 2016)
#[[InstaCHLAM – orodje za inženiring kloroplastov]]. Alja Zgonc (6. 12. 2016)
#[[Mos(kit)o]]. Judita Avbelj (6. 12. 2016)
#[[BioSynthAge - Kvalitetno staranje]]. Tina Kuhar (6.12.2016)
#[[PC SQUAD-Inženiring novih sistemov tarčne dostave zdravil]]. Tajda Buh (13.12.2016)
#[[Biomaterial za privzemanje urana iz okolja - "žetveni stroj" urana]]. Anja Herceg (13.12.2016)
#[[Biosenzor etilena]]. Toni Nagode (13.12.2016)
#[[aSTARice – biosinteza astaksantina v rižu]]. Eva Vidak (20. 12. 2016)
#[[PANTIDE - nov kmetijski sistem, ki ciljano uničuje določene škodljivce]]. Mirjam Kmetič (20.12.2016)
Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 12 minut (10-14). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

PANTIDE - nov kmetijski sistem, ki ciljano uničuje določene škodljivce

2016-12-19T19:04:46Z

MirjamKmetic: New page: NCTU_Formosa: PANTIDE – A new agricultural system that eliminates targeted pests == UVOD == Učinkovit nadzor škodljivcev je že od nekdaj glavna težava modernega kmetijstva. Z naraš...

NCTU_Formosa: PANTIDE – A new agricultural system that eliminates targeted pests

== UVOD ==
Učinkovit nadzor škodljivcev je že od nekdaj glavna težava modernega kmetijstva. Z naraščanjem svetovne populacije se povečujejo tudi potrebe po višji kmetijski proizvodnji, ki bo uspela zagotoviti ustrezne količine hrane. V današnjem času večina kmetov po svetu za zatiranje škodljivcev uporablja kemične pesticide, ker ti predstavljajo najpriročnejši in najučinkovitejši način nadzora škodljivcev. Vendar pa imajo zaradi povečane uporabe konvencionalni pesticidi negativno vplivajo na oporečenost hrane, zdravje kmetov, onesnaževanje zemlje in vode ter neposredno povzročajo pojavljanje na pesticide odpornih škodljivcev.

== PROJEKT ==
Zaradi omenjene problematike je skupina NCTU_Formosa razvila popolnoma nov kmetovalni sistem, ki s kombinacijo sintezne biologije, informatike in inžinirstva kmetom omogoča varno, okolju prijazno in nenaporno avtomatizirano kmetovanje. Kmetovalni sistem sestoji iz daljinsko vodene fizične naprave, ki s številnimi detektorji in avtomatskim škropilnikom omogoča nadziranje stanja kmetijske površine v realnem času, in bioinsekticida PANTIDE, ki je naraven, okolju prijazen, varen, biorazgradljiv in dolgotrajno specifičen za določene rede insektov predvsem pa nenevaren za čebele.

=== BIOINSEKTICID PANTIDE ===
Pajki predstavljajo eno izmed najuspešnejših kopenskih strupenih bitij, ki so v obdobju 300 milijonov let evolucije razvili niz kompleksinih molekul toksinov [1]. Njihov strup je mešanica več stotih komponent, zato se je skupina odločila, da bo tudi njihov pesticid mešanica pajčjih toksinov. Zaradi širokega nabora toksinskih molekul je skupina najprej za izbiro kandidatnih toksinov izvedla organiziran pregled po podatkovnih bazah AnachoServer in UniProt. Kandidatne toksine so izbrali glede na ustrezanje kriterijem, da so:
*netoksični za sesalce, kar je potrjeno z eksperimenti na miših
*imajo številne reference, kar dodatno potrdi podatke o izvoru, strukturi in mehanizmu
*nimajo več kot štirih disulfidnih vezi zaradi izražanja v E. coli
*nimajo antibiotične aktivnosti
*da so bile že izvedene študije oralnega vnosa pri določenih vrstah
Na ta način so izbrali tri toksine, ki delujejo na napetostne ionske kanalčke insektov in zato pri žuželkah povzročijo paralizo:
*ω-heksatoksin-Hva1a (Hv1a), ki izvira iz vrste ''Hadronyche versuta'' in deluje rede ''Lepidoptera'' (metulji), ''Diptera'' (dvokrilci), ''Coleoptera'' (hrošči) in ''Dictyoptera'' [2].
*µ-segestritoksin-Sf1a, ki izvira iz vrste ''Segestria florentina'' in deluje na redova ''Lepidoptera'' in ''Diptera'' [3].
*oralno aktiven insekticidni peptid (OAIP), ki izvira iz vrste ''Selenotypus plumipes'' in deluje na redova ''Lepidoptera'' in ''Coleoptera''.
Izbrani toksini spadajo v široko skupino kratkih peptidov z disufidnimi vezmi. Večina teh toksinskih peptidov ima strukturni motiv ICK (Inhibitor Cysteine Knot), ki jim zagotovi dobro stabilnost proteinske strukture in toksičnost. Navedeni toksin Hv1a je stabilen v temperaturnem območju od -20 °C do 75 °C ter pH območju med 1 in 8, hkrati pa je odporen na razgradnjo s proteazo K [4].
Ker pa toksini pajkov normalno vstopijo v hemolimfo žuželk in nato delujejo v centralnem ali perifernem živčnem sistemu, jih je večina ponavadi neučinkovitih ali vsaj izrazito manj učinkovitih, če jih žuželka zaužije. Zato je skupina za povečanje oralne toksičnosti izbranih toksinov, te pripravila v obliki fuzijskih proteinov [5]. Pri tem so zaporedje izbranega toksina povezali preko trialaninskega linkerja z lektinom iz zvončka (''Galanthus nivalis''), ki je odporen na proteolizo, prepozna glikoproteine epitelijskih celic črevesja in omogoči prehod fuzijskih proteinov v hemolimfo preko transcitoze [6].

Tako je skupina pripravila naravni bioinsekticid, ki je okolju prijazen, varen, biorazgradljiv in specifičen za določene vrste žuželk. Poleg tega pa bodo škodljivci zelo težko razvili odpornost nanj, ker ne le da so tarče od natrija in kalcija odvisni napetostni kanalčki, ki evolucijsko malo mutirajo, ampak gre tudi za mešanico treh različnih toksinov.

== NAPRAVA ==
Naprava je avtomatiziran sistem, ki omogoča detekcijo in eliminacijo škodljivcev. Izdelali so insektno škatlo, ki je sestavljena iz štirih delov: zunanjega ogrodja, ki zaščiti strojno opremo in ima štiri kanale za vstop škodljivcev. Vsak kanal ima po dva izvora in sprejemnika infrardeče LED svetlobe za natančno štetje žuželk in vodi do posode s feromonsko vabo. Ta ima obliko narobe obrnjene piramide, da omogoči nanos dveh slojev PBAN (pheromone biosynthesis activation neuropeptide), hkrati pa prepreči, da bi škodljivci ušli iz nje. Glede na delovanje pa je naprava sestavljena iz treh delov: detektorja, kontrolerja in uporabnika.

=== DETEKTOR ===
Znotraj detektorja se nahaja PBAN feromonska vaba, ki skozi štiri kanale v katerih svetijo snopi infrardeče svetlobe v napravo privabi določene vrste žuželk in zato omogoči njihovo štetje. Poleg tega pa je detektor opremljen tudi s higrometrom, termometrom, barometrom, merilnikom dežja in senzorji za UV, CO2, vlažnost prsti ter osvetljenost. Detektor je preko WiFi-ja povezan s strežnikom, ki zbrane podatke obdeluje in shranjuje, ter z mobilno aplikacijo, ki omogoči spremljanje števila škodljivcev in stanja na kmetijski površini.

=== KONTROLER ===
Kontroler je sestavljen iz vezja različnih čipov in omogoča izmenjavo podatkov preko sistema IoT (internet of things). Sprejema podatke detektorja in senzorjev, jih obdela, prevede v ustrezno obliko informacije in jih preko WiFi povezave pošlje strežniku. Strežnik je najpomembnejši del IoT sistema in glavni del naprave, kjer poteka večina računalniške obdelave. Komunicira s kontrolerjem in mu pošilja ukaze, kot je na primer vklop škropilnika s PANTIDE, ima pa tudi SQLite podatkovno bazo, ki shranjuje informacije in rezultate obdelave.

=== UPORABNIK ===
Stranka na mobilni aplikaciji MediaTek Cloud Sandbox dobi podatke o stanju na kmetijski površini v realnem času. Če ima dostop do interneta, lahko kadarkoli in kjerkoli vklopi škropilnike, ne da bi za to morala iti do kmetijske površine. Dodatno pa IoT sistem sčasoma sestavi podatkovno bazo iz zbranih podatkov, in ko je ta dovolj obsežna, se z uporabo metod modeliranja lahko predvidi pogoje v prihodnosti, kot je na primer število škodljivcev, in na ta način vzpostavi samodejni nadzor razpršilnega sistema PANTIDE ali vode, ki je natančnejši in učinkovitejši.

== LABORATORIJSKI EKSPERIMENTI ==
Zaporedja izbranih treh toksinov je enostavno izražati v ''E. coli'' seva BL21 Rosetta Gami, zato so pripravili biokocke za delo s tem sevom. Pri vseh so uporabili močan T7 promotor, ki je kompatibilen z izbrano bakterijo, poleg tega pa je dober za izražanje proteinov, ki vsebujejo številne disulfidne vezi. Sledilo je zaporedje RBS, zaporedje izbranega toksina in trialaninski linker. Pri vseh biokockah so za linker za zaporedjem toksina dodali tudi histidinsko oznako za čiščenje proteinov in terminator. Tako so pripravili biokocke Bba_K1974011, Bba_K1974012 in Bba_K1974013. Pripravili pa so še biokocke Bba_K1974021, Bba_K1974022 in Bba_K1974023, pri katerih so med linkerja toksina in histidinske oznake vstavili še zaporedje za lektin. Pripravili so tudi biokocko Bba_K1974033 pri kateri so linker med zaporedjem toksina in lektinom zamenjali z GS linkerjem, ki naj bi zagotovil pravilnejše zvijanje proteina.

Konstrukte so pomnožili s PCR in preverili njihovo dolžino z gelsko elekroforezo. Nato so jih izrazili v ''E. coli'' BL21 Rosetta Gami in po sonifikaciji celic izvedli SDS-PAGE, da so potrdili ustrezno izražanje. Sledilo je čiščenje proteinov, ki so jih nato uporabili za nadaljnje eksperimente z insekti.

Eksperimente z žuželkami so razdelili v tri sklope: tridelni začetni test hranjenja žuželk, testiranja za izboljšave fuzijskih proteinov in test preference. Za testno žuželko so izbrali gosenice vešče ''Spodoptera litura'', ker so te glavni škodljivec ter izbrani toksini delujejo na red metuljev.

V začetnih poskusih hranjenja so primerjali PANTIDE toksine in toksine povezane z lektinom tako, da so pripravili tri razredčitve bioinsekticida (1/125x, 1/25x in 1/5x) in redčitev nanesli na liste rastlin. Za pozitivno kontrolo so uporabili Bt toksin, za negativno pa dd vodo. V petrijevko so nato k rozetam listov dodali po pet gosenic, da so ponazorili hude razmere škodljivcev, in opazovali površino objedenih rozet listov ter odziv gosenic po 12 urah glede na koncentracijo nanešenega bioinsekticida. Ta test so ponovili trikrat. Hipoteza je bila, da bo zaradi nevrotoksičnosti PANTIDE gosenice paraliziral in bodo te posledično poginile. V skladu s pričakovanji je bila površina preostale rozete lista najmanjša pri največji redčitvi PANTIDE, pri tem pa so bili toksini z lektinom učinkovitejši kot sami toksini. V nasprotju z zastavljeno hipotezo, pa PANTIDE ni deloval kot insekticid, temveč je izkazal repelentno delovanje.

V testu izboljšave fuzijskega proteina so primerjali delovanje konstruktov Hv1a, Hv1a-lektin in Hv1a-lektin-GS linker pri 10, 2 in 0,4 µM koncentracijah. Ponovno so dokazali, da z višjo koncentracijo preostane večja površina rozete, hkrati pa ugotovili, da med uporabljenimi konstrukti najbolje deluje toksin z GS linkerjem.

Pri testu preference pa so v petrijevko k rozeti negativne kontrole in rozeti obdelano s PANTIDE dodali pet gosenic in sistem opazovali dve uri. Gosenice so večinsko objedle negativno kontrolo, s čimer so dokazali repelentno delovanje PANTIDE.

== ZAKLJUČEK ==
Kljub temu, da PANTIDE sicer ni deloval kot insekticid, temveč je deloval kot repelent, je rezultat vseeno v skladu z njihovim zastavljenim ciljem, da bi z uporabo njihovega bioinsekticida zmanjšali škodljive vplive na okolje, hkrati pa učikovito zatirali škodljivce. Mehanizem delovanja repelacije zaenkrat še ni poznan. Z elongacijo linkerja ima fuzijski protein navečjo repelentnost, po učinkovitosti pa je primerljiv z Bt toksinom.
To poletje so uspeli izvesti predhodne laboratorijske ocene delovanja in razvili začetno stopnjo zbiranja sredstev za masovno proizvodnjo. Za obsežno komercializacijo produkta, pa bodo produkt morali testirati še na realnih kmetijskih površinah, da bodo ugotovili:
*maksimalno letalno koncentracijo PANTIDE
*najboljše pogoje za zatiranje škodljivcev
*kako učinkovito in v velikih količinah proizvajati PANTIDE, katerega serije bodo standardizirane
*ali bi z natančnejšim pregledom podatkovnih baz lahko v napravi uporabili tudi druge toksine
*ali bi se z isto idejo delovanja detektor lahko uporabljal tudi za nadzor populacije komarjev in na ta način uporabil kot indikator za začetek izvajanja previdnostnih ukrepov zoper dengo
Za prihodnjo komercializacijo so se že posvetovali s patentnim inženirjem, da so prijavili patent za PANTIDE, ki vključuje DNA zaporedje, načrtovanje DNA in protokole za pripravo učinkovitih PANTIDE produktov.

== VIRI ==
*iGEM 2016: NCTU_Formosa, dostopno na povezavi: http://2016.igem.org/Team:NCTU_Formosa
*[1] - Monique J. Windley, Volker Herzig, Slawomir A. Dziemborowicz, Margaret C. Hardy, Glenn F. King and Graham M. Nicholson, “Spider-Venom Peptide as Bioinsecticide,” Toxins Review, 2012, 4, pp. 191-227.
*[2] - Wang, X.H.; Connor, M.; Wilson, D.C.; Wilson, H.I.; Nicholson, G.M.; Smith, R.; Shaw, D.; Mackay, J.P.; Alewood, P.F.; Christie, M.J.; King, G.F. “Discovery and structure of a potent and highly specific blocker of insect calcium channels,” J. Biol. Chem. 2001, 276, 40306–40312
*[3] - Elaine Fitches, Martin G. Edwards, Christopher Mee, Eugene Grishin, Angharad M. R. Gatehouse, John P. Edwards, John A. Gatehouse “Fusion proteins containing insect-specific toxins as pest control agents: snowdrop lectin delivers fused insecticidal spider venom toxin to insect haemolymph following oral ingestion,” Journal of Insect Physiology, 2004,50, pp.61-71
*[4] - Elaine Fitches, Martin G. Edwards, Christopher Mee, Eugene Grishin, Angharad M. R. Gatehouse, John P. Edwards, John A. Gatehouse “Fusion proteins containing insect-specific toxins as pest control agents: snowdrop lectin delivers fused insecticidal spider venom toxin to insect haemolymph following oral ingestion,” Journal of Insect Physiology, 2004, 50, pp.61-71
*[5] - Volker Herzig and Glenn F. King “The Cysteine Knot Is Responsible for the Exceptional Stability of the Insecticidal Spider Toxin Omega-Hexatoxin Hv1a,” Toxin Review, 20157. pp. 4366-4380
*[6] - Elaine C. Fitches, Prashant Pyati, Glenn F. King, John A. Gatehouse, “ Fusion to Snowdrop Lectin Magnifies the Oral Activity of Insecticidal Omega-Hexatoxin-Hv1a Peptide by Enabling Its Delivery to the Central Nervous System,”

Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo

2015-03-31T15:57:45Z

MirjamKmetic: New page: <h3>UVOD</h3> Atrazin je v Združenih državah Amerike eden izmed najbolj uporabljanih herbicidov za zatiranje širokolistnih plevelov pri pridelavi koruze, sirka in sladkornega trsa. Spad...

<h3>UVOD</h3>
Atrazin je v Združenih državah Amerike eden izmed najbolj uporabljanih herbicidov za zatiranje širokolistnih plevelov pri pridelavi koruze, sirka in sladkornega trsa. Spada med ''s''-triazinske herbicide in inhibira prenos elektronov med fotosintezo. Zaradi obsežne uporabe ter prehajanja v zemljo in vodo prihaja do onesnaženja površinske in podtalne vode na širših območjih. Detekcija atrazina v zemlji in pitni vodi je vzbudila zanimanje za razvoj metod, ki bi preprečile onesnaženje okolja ali omogočile remediacijo. V tej študiji so zato poskušali pripraviti transgenske rastline, ki bi izražale modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo in tako omogočile bioremediacijo.

<h3>PRIPRAVA KONSTRUKTOV IN TESTIRANJA</h3>
Za transformacijo so pripravili vektorje pSAM1b, pUAM1b, pSAM1a, pUAM1a ter pPW1 Plus, da so vsebovali modificiran bakterijski gen ''atzA'', ki v ''Pseudomonas'' sp. sevu ADP kodira za atrazin klorohidrolazo. Celice kalusa trstikaste bilnice (''Festuca arundinacea'') so transformirali z pSAM1b ali pUAM1b z biolistično metodo. Kaluse trstikaste bilnice, trpežne ljuljke (''Lolium perenne'') in okrasnega prosa (''Panicum virgatum'') so transformirali z uporabo ''Agrobacterium tumefaciens'' seva AGL1, ki je vsebovala pSAM1a ali pUAM1a. Lucerno (''Medicago sativa L.'') so transformirali z agrobakterijo seva LBA4404, ki je vsebovala pPW1Plus. Po začetni selekciji na gojiščih za tkivne kulture in regeneraciji rastlin, so jih ocenili za prisotnost p-''atzA'' gena in izražanje ''in planta'' z uporabo PCR in (RT)-PCR. Ker jih je zanimalo, kako odporne so na atrazin, so regenerirane rastline prenesli in 3-4 tedne inkubirali na agarskih gojiščih, ki so jim dodali 2 ali 10 µg/ml atrazina. Po inkubaciji so z vizualnim pregledom ocenili odpornost na atrazin, izgled ter rast rastlin, za nadaljnje analize na hidroponskih gojiščih z dodanim atrazinom pa so uporabili divje tipe (WT) ter samo tiste transgenske linije trstikaste bilnice, okrasnega prosa in lucerne, ki so uspevale na največji koncentraciji atrazina. Primerjali so spremembe povprečne sveže teže in povprečno porabo vode treh vzorčnih rastlin, da so določili razlike med WT in transgenskimi rastlinami pod enakimi pogoji. Aktivnost hidrolitične deklorinacije ''in vitro'' so preverili z inkubacijo surovih ekstraktov listov, kron ali korenin z 14C-označenim atrazinom in tenkoplastno kromatografijo, ''in vivo'' pa so aktivnost pri trstikasti bilnici in lucerni ocenili s tekočinskim scintilacijskim števcem za določitev masne bilance na osnovi radioaktivnosti rastlinskega rastnega medija in ekstraktov rastlinskih tkiv treh vzorčnih rastlin. Neznane metabolite so določili ob pomoči tekočinske kromatografije visoke ločljivosti sklopljene z masno spektrometrijo.

<h3>REZULTATI</h3>
Analiza s PCR je pokazala, da je večina transgenskih rastlin vsebovala p-''atzA'', z (RT)-PCR pa so dokazali, da so transformirane rastline izražale p-''atzA'' mRNA ''in planta''. Hidroponski poskusi so pokazali, da številne od teh transgenskih trav rastejo bolje kot WT rastline v prisotnosti atrazina in so ga sposobne razgraditi v hidroksiatrazin. Trstikasta bilnica, trpežna ljuljka in lucerna pa so hidroksiatrazin razgradile še naprej do drugih metabolitov ''in planta''. Z ''in vitro'' in ''in vivo'' analizami s tenkoplastno kromatografijo so ugotovili, da so transgenske linije sintetizirale aktivno modificirano atrazin klorohidrolazo, ki je katalizirala deklorinacijo atrazina do hidroksiatrazina v listih, steblih in koreninah transgenske lucerne ter listih, kronah in koreninah trstikaste bilnice. Pokazale so tudi, da je bila večina privzetega atrazina v rastlini razgrajenega. Hidroksiatrazin so našli tudi v hranilni raztopini transgenske lucerne in trstikaste bilnice, poleg tega pa so rastline hidroksiatrazin presnovile še v enega ali dva neznana produkta, česar niso opazili pri WT. To pomeni, da WT rastline ne morejo presnavljati atrazina v hidroksiatrazin in ga zato ne morejo izločati v hranilno raztopino. Neznani produkt so pri trstikasti bilnici identificirali kot 2-hidroksi-4-(etilamino)-6-amino-''s''-triazin (OEAT).

<h3>ZAKLJUČEK</h3>
Hidroksiatrazin ni niti herbiciden niti fitotoksičen in kaže večjo nagnjenost k prehajanju v zemljo kot atrazin, poleg tega pa manj substituirane ''s''-triazine mikroorganizmi v zemlji lažje razgradijo. Glede na to, da rastline lahko stimulirajo metabolizem organskih polutantov pri mikroorganizmih, ti rezultati kažejo, da transgenske rastline ne le privzemajo in deklorinirajo atrazina, ampak bi lahko tudi pomagale povečati razgradnjo atrazina z mikroorganizmi. Sposobnost posamezne konstruirane transgenske linije za biorazgradnjo atrazina v zemlji in nadaljno razgradnjo atrazina nameravajo še preučiti v bližnji prihodnosti. Z izbiro transgenskih rastlin z najvišjo učinkovitostjo biorazgradnje pa jih bodo lahko v prihodnosti uporabili v rastlinskih varovalnih pasovih za filtriranje, razgradnjo in odstranjevanje atrazina iz okolja.

<h3>VIRI</h3>
A. W. Vail ''et al''. Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene. Transgenic Research, 29. 11. 2014

MBT seminarji 2015

2015-03-31T15:56:07Z

MirjamKmetic:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''

Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline'''<br>
# Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015
#A simpliﬁed and accurate detection of the genetically modiﬁed wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015

'''Gensko spremenjene živali'''<br>
# [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)
# Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015

'''Okolje'''<br>
# Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015
# Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015

'''Terapevtiki'''<br>
# Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 10. aprila 2015
# Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 Sebastian Pleško, 10. aprila
# Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. Ana Kapraljević, 10. aprila

'''Encimi'''<br>
# Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. Mojca Banič, 16. aprila 2015
# Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). Priprava ''Pichie pastoris'', ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov. Špela Tomaž, 17. aprila 2015
# Postharvest application of a novel chitinase cloned from Metschnikowia fructicola and overexpressed in Pichia pastoris to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. Špela Pohleven, 17. aprila 2015

'''Protitelesa'''<br>
# Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015
# Functional mutations in and characterization of VHH against Helicobacter pylori urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi ''Helicobacter pylori''. Marko Radojković, 24. aprila 2015
# Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom. Urška Rauter, 24. aprila 2015

'''Cepiva'''<br>
# Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. Tanja Korpar, 7. maja 2015
# A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. Nova "priming-boosting" strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu. Anita Kustec, 8. maja 2015
# Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena. Daša Pavc, 8. maja 2015

'''Male molekule in polimeri'''<br>
# Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015
# Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015
# Iza Ogris, 15. maja 2015
# Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije ''Lactococcus lactis'' izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline. Maja Grdadolnik, 15. maja 2015

'''Pretvorba biomase'''<br>
# Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015
# Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y. Nives Naraglav, 22. maja 2015
# Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436. Griša Prinčič, 22. maja 2015

'''Metabolično inženirstvo'''<br>
# Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166. Andreja Bratovš, 28. maja 2015
# Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). Metabolično inženirstvo ''Saccharomyces cerevisiae'' za proizvodnjo derivatov maščobnih kislin, ki so primerni za biogorivo in kemikalije. Dominik Kert, 29. maja 2015
# Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline. Jure Zabret, 29. maja 2015

'''Biološki viri energije'''<br>
# Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015
# Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. Jernej Pušnik, 4. junija 2015
# Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015
# Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. Jana Verbančič, 5. junija 2015

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji'''<br>
# Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija
# How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija

Molekuli

2015-03-31T15:33:16Z

MirjamKmetic: New page: Molekula je neodvisen nevtralni delec, ki je sestavljen iz dveh ali več atomov istega ali različnih elementov in lahko obstaja neodvisno od drugih delcev.

Molekula je neodvisen nevtralni delec, ki je sestavljen iz dveh ali več atomov istega ali različnih elementov in lahko obstaja neodvisno od drugih delcev.

Peskovnik

2015-03-31T15:30:04Z

MirjamKmetic: /* Amiloid beta */

''Ta stran je zato, da lahko na njej poskusite, kar bi radi preverili - glede oblikovanja (kaj se zgodi, če dam neko besedo v trojni narekovaj?, bo tabela res prav široka?, so črke dovolj velike?), shranjevanja in spreminjanja vsebine.''

<math>\frac{x^2}{\sqrt{3+2}}</math>

<math>\frac{2}{\sqrt{2x3}}</math>
==Škrob==
Škrob '''je''' rezervni [[polisaharid]] pri rastlinah. Je [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Taksol homopolimer] Taksol, sestavljen iz amilopektina (75 - 85 %) in amiloze (15 - 25 %). Osnovni gradnik škroba je [http://sl.wikipedia.org/wiki/Glukoza D-glukopiranoza], ki se med seboj povezuje z 1α -4 in 1α -6 vezmi.<br>
Tališče škroba je pri 250 ˚C; v vodi je netopen. Pri kuhanju molekule škroba nabreknejo in tvorijo homogeno viskozno raztopino - nastane '''škrobni klej'''.

Pri segrevanju z razredčenimi kislinami ali pa pod vplivov encimov se [[Image:http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/ff/Creatine2.png škrob]] najprej razgradi v dekstrin, nato v [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Disaharidi_in_oligosaharidi#Maltoza maltozo] in končno v glukozo. <br>Prisotnost škroba dokazujemo z [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/ff/Creatine2.png jodovico], raztopino joda v vodi, ki je rjavkaste barve, s škrobom pa daje modro-vijolično obarvanje.<br>

== RNP ==

Za nadaljne iformacije o [[Ribonukleoprotein]]u si oglejte v označeni povezavi.

==Amil==

[http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Orodja Amiloza] je homopolimer glukoze, v katerem se posamezne glukozne enote povezujejo z 1α -4. Nastane nerazvejana veriga, ki vsebuje 250-1000 glukoznih podenot.<br>
Zaradi kota v 1α -4 vezi se molekula zvije v desnosučno vijačnico, v kateri enemu obratu ustreza 7 molekul glukoze ([http://www.lsbu.ac.uk/water/images/hyamy.gif slika vijačnice amiloze]). V spiralo se lahko vključijo majhne molekule, ki povzročijo obarvanje. Jod amilozo obarva modro.<br>
Pri razgradnji amiloze so ključnega pomena encimi [http://sl.wikipedia.org/wiki/Amilaza α-amilaze]. Ti amilozo najprej razgradijo v maltozo, nato pa v D-glukozo.

==Tavrin==

'''Tavrin''' (2-aminoetansulfonska kislina) je organska kislina. V laboratorijskih pogojih je jedka brazbarvna kristalna snov s tališčem pri 305,11° C. človeškem telesu nastane iz aminokisline cisteina, ob prisotnosti vitamina B6. Tavrin umetno pridobivajo iz [http://sl.wikipedia.org/wiki/Projekt:Etilenimin natrijevega etilenimina], ter žveplove(IV) kisline.

V človeškem procesu je tavrin prisoten v žolčniku, kjer s pomočjo glicina, ter drugih aminokislin tvori žolčne kisline, ki emulgirajo lipide, ter tako pomaga pri njihovi absorbciji v naše telo. Tavrin je zelo pomemben tudi pri delovanju gibalnega mišičevja, delovanju srca, ter delovanju možganov, kjer zagotavlja pravilno raven kalijevih, magnezijevih ter natrijevih ionov, ter pri razvoju možganov dojenčkov. Zaradi tega najdemo tavrin tudi v človeškem mleku, dodajajo pa ga tudi v otroško prehrano. Obstajajo tudi posredni dokazi da lahko deluje tavrin kot nevrotransmiter, saj pospešuje delovanje možganov. Tavrin skrbi tudi za hidratizacijo kože, v manjših količinah pa ga najdemo tudi v pljučih. Deluje kot antioksidant, ter preprečuje bolezni jeter, srca in ožilja, medicinsko pa je bil tudi testiran za zdravljenje epilepsije, srčnih zastojev, ter sladkorne bolezni, vendar brez vidnih uspehov.
Dokazano je, da imajo ljudje, ki jedo le brezmesno hrano, v sebi manjšo vsebnost tavrina, kot tisti ki redno uživajo meso.

==Tollu-podobni receptorji==

'''Tollu podobni receptorji''' (TLRs-Toll like receptors) so vrste proteinov, ki igrajo ključno vlogo v prirojenem imunskem sistemu. So membranski signalizacijski receptorji, ki prepoznavajo različne setavine mikroorganizmov. Ko mikroorganizmi pridejo skozi fizične ovire kot so koža in črevesna stena, jih TLRs prepoznajo ter sprožijo reakcijo imunskega odziva.
Ime so dobili po njihovi podobnosti proteinu, kodiranim z Toll-genom, ki ga je odkrila Christine Nusslein-Volhard v ''Drosophili''-ji leta 1985.
[[Image:300px-TLR3_structure.jpg]]

== Amiloid beta ==
'''Beta amiloida''' (Aβ ali Abeta) je peptid sestavljen iz 39-43 [http://sl.wikipedia.org/wiki/Aminokislina aminokislin], ki naj bi bili glavna sestavina Amiloidih plakov v možganih bolnikov z [http://sl.wikipedia.org/wiki/Alzheimerjeva_bolezen Alzheimerjevo boleznijo]. Podobni planki se pojavljajo v nekaterih različicah mišičnih bolezni kot sta [http://en.wikipedia.org/wiki/Lewy_body_dementia demence z Lewy telesci] in [http://en.wikipedia.org/wiki/Cerebral_amyloid_angiopathy Miozitis]. Aβ tovorijo tudi agregati premaz možganska krvnih žil v možganskem Amiloidnem ožilju. Ti plaki pa so sestavljene iz prepletenih Fibrilarni proteinov imenovani Amiloidne vlaknine. Ta protein je skupen tudi ostalim peptidom kot so prionov peptid, ki ga povezujemo z boleznimi ki vklučujejo napačno zlaganje oziroma razporejanje proteinov. Raziskave nam kažejo da imata [[molekuli]] Aβ40 in Aβ42 velik vpliv pri razvitju Alzheimerjeve bolezni in obeh miščnih bolezni.

=== Nastanek Amiloidov beta ===
Aβ se oblikuje pri zaporednih cepitvah izvornih Amiloidnih beljakovin, transmembranski glikoproteinov nedoločene funkcije. Amiloid beta je lahko sestavljen iz 39-43 amino kislin. Krajša oblika se običajno proizvaja pri razkrajanju, ki poteka v [http://sl.wikipedia.org/wiki/Endoplazemski_retikulum endoplazmatskem retikulumu], daljše oblike Amiloida beta pa nastane pri cepitvi v trans-[http://sl.wikipedia.org/wiki/Golgijev_aparat Golgijevem] omrežju. Aβ40 oblika je pogostejša kot Aβ42, vendar ima Aβ42 večji pomen pri nastanku bolezni ki so povezne z Amiloidi beta. Mutacije v APP in posledično zvišana proizvodnja Aβ42 so začetni simptomi Alzheimerjeve bolezni, predlagano zdravljenje je prilagajanje β in [http://en.wikipedia.org/wiki/Gamma_secretase γ secretases] da proizvajajo večinoma Aβ40 obliko Amiloida beta.

=== Načini merjenja Amiloidov beta ===
Obstaja veliko različnih načinov za merjenje Amiloidov beta:

- Z metoda [http://en.wikipedia.org/wiki/ELISA ELISA]

- Z mikroskopijo na atomsko silo, angleško [http://en.wikipedia.org/wiki/Atomic_force_microscope Atomic force microscope (AFM)]

- Z dvojno polarizacijo interferometrija angleško [http://en.wikipedia.org/wiki/Dual_polarisation_interferometry Atomic force microscope]

-....

=== Formule ===
<chemform>H2SO4</chemform>

=== Prikaz citiranja ===
... kakor je opisano <ref>I. Priimek, Knjiga, 2000</ref>.

Nadaljnje raziskave <ref>I. Priimek, Knjiga, 2001</ref> so pokazale...

=== Literatura ===
http://en.wikipedia.org/wiki/Amyloid_beta

=== Viri ===
<references/>

http://en.wikipedia.org/
http://sl.wikipedia.org/
[]

Mulekoli

2015-03-31T15:27:21Z

MirjamKmetic: New page: Molekula je neodvisen nevtralni delec, ki je sestavljen iz dveh ali več atomov istega ali različnih elementov in lahko obstaja neodvisno od drugih delcev.

Molekula je neodvisen nevtralni delec, ki je sestavljen iz dveh ali več atomov istega ali različnih elementov in lahko obstaja neodvisno od drugih delcev.

Peskovnik

2015-03-31T15:25:16Z

MirjamKmetic: /* Amiloid beta */

''Ta stran je zato, da lahko na njej poskusite, kar bi radi preverili - glede oblikovanja (kaj se zgodi, če dam neko besedo v trojni narekovaj?, bo tabela res prav široka?, so črke dovolj velike?), shranjevanja in spreminjanja vsebine.''

<math>\frac{x^2}{\sqrt{3+2}}</math>

<math>\frac{2}{\sqrt{2x3}}</math>
==Škrob==
Škrob '''je''' rezervni [[polisaharid]] pri rastlinah. Je [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Taksol homopolimer] Taksol, sestavljen iz amilopektina (75 - 85 %) in amiloze (15 - 25 %). Osnovni gradnik škroba je [http://sl.wikipedia.org/wiki/Glukoza D-glukopiranoza], ki se med seboj povezuje z 1α -4 in 1α -6 vezmi.<br>
Tališče škroba je pri 250 ˚C; v vodi je netopen. Pri kuhanju molekule škroba nabreknejo in tvorijo homogeno viskozno raztopino - nastane '''škrobni klej'''.

Pri segrevanju z razredčenimi kislinami ali pa pod vplivov encimov se [[Image:http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/ff/Creatine2.png škrob]] najprej razgradi v dekstrin, nato v [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Disaharidi_in_oligosaharidi#Maltoza maltozo] in končno v glukozo. <br>Prisotnost škroba dokazujemo z [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/ff/Creatine2.png jodovico], raztopino joda v vodi, ki je rjavkaste barve, s škrobom pa daje modro-vijolično obarvanje.<br>

== RNP ==

Za nadaljne iformacije o [[Ribonukleoprotein]]u si oglejte v označeni povezavi.

==Amil==

[http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Orodja Amiloza] je homopolimer glukoze, v katerem se posamezne glukozne enote povezujejo z 1α -4. Nastane nerazvejana veriga, ki vsebuje 250-1000 glukoznih podenot.<br>
Zaradi kota v 1α -4 vezi se molekula zvije v desnosučno vijačnico, v kateri enemu obratu ustreza 7 molekul glukoze ([http://www.lsbu.ac.uk/water/images/hyamy.gif slika vijačnice amiloze]). V spiralo se lahko vključijo majhne molekule, ki povzročijo obarvanje. Jod amilozo obarva modro.<br>
Pri razgradnji amiloze so ključnega pomena encimi [http://sl.wikipedia.org/wiki/Amilaza α-amilaze]. Ti amilozo najprej razgradijo v maltozo, nato pa v D-glukozo.

==Tavrin==

'''Tavrin''' (2-aminoetansulfonska kislina) je organska kislina. V laboratorijskih pogojih je jedka brazbarvna kristalna snov s tališčem pri 305,11° C. človeškem telesu nastane iz aminokisline cisteina, ob prisotnosti vitamina B6. Tavrin umetno pridobivajo iz [http://sl.wikipedia.org/wiki/Projekt:Etilenimin natrijevega etilenimina], ter žveplove(IV) kisline.

V človeškem procesu je tavrin prisoten v žolčniku, kjer s pomočjo glicina, ter drugih aminokislin tvori žolčne kisline, ki emulgirajo lipide, ter tako pomaga pri njihovi absorbciji v naše telo. Tavrin je zelo pomemben tudi pri delovanju gibalnega mišičevja, delovanju srca, ter delovanju možganov, kjer zagotavlja pravilno raven kalijevih, magnezijevih ter natrijevih ionov, ter pri razvoju možganov dojenčkov. Zaradi tega najdemo tavrin tudi v človeškem mleku, dodajajo pa ga tudi v otroško prehrano. Obstajajo tudi posredni dokazi da lahko deluje tavrin kot nevrotransmiter, saj pospešuje delovanje možganov. Tavrin skrbi tudi za hidratizacijo kože, v manjših količinah pa ga najdemo tudi v pljučih. Deluje kot antioksidant, ter preprečuje bolezni jeter, srca in ožilja, medicinsko pa je bil tudi testiran za zdravljenje epilepsije, srčnih zastojev, ter sladkorne bolezni, vendar brez vidnih uspehov.
Dokazano je, da imajo ljudje, ki jedo le brezmesno hrano, v sebi manjšo vsebnost tavrina, kot tisti ki redno uživajo meso.

==Tollu-podobni receptorji==

'''Tollu podobni receptorji''' (TLRs-Toll like receptors) so vrste proteinov, ki igrajo ključno vlogo v prirojenem imunskem sistemu. So membranski signalizacijski receptorji, ki prepoznavajo različne setavine mikroorganizmov. Ko mikroorganizmi pridejo skozi fizične ovire kot so koža in črevesna stena, jih TLRs prepoznajo ter sprožijo reakcijo imunskega odziva.
Ime so dobili po njihovi podobnosti proteinu, kodiranim z Toll-genom, ki ga je odkrila Christine Nusslein-Volhard v ''Drosophili''-ji leta 1985.
[[Image:300px-TLR3_structure.jpg]]

== Amiloid beta ==
'''Beta amiloida''' (Aβ ali Abeta) je peptid sestavljen iz 39-43 [http://sl.wikipedia.org/wiki/Aminokislina aminokislin], ki naj bi bili glavna sestavina Amiloidih plakov v možganih bolnikov z [http://sl.wikipedia.org/wiki/Alzheimerjeva_bolezen Alzheimerjevo boleznijo]. Podobni planki se pojavljajo v nekaterih različicah mišičnih bolezni kot sta [http://en.wikipedia.org/wiki/Lewy_body_dementia demence z Lewy telesci] in [http://en.wikipedia.org/wiki/Cerebral_amyloid_angiopathy Miozitis]. Aβ tovorijo tudi agregati premaz možganska krvnih žil v možganskem Amiloidnem ožilju. Ti plaki pa so sestavljene iz prepletenih Fibrilarni proteinov imenovani Amiloidne vlaknine. Ta protein je skupen tudi ostalim peptidom kot so prionov peptid, ki ga povezujemo z boleznimi ki vklučujejo napačno zlaganje oziroma razporejanje proteinov. Raziskave nam kažejo da imata [[mulekoli]] Aβ40 in Aβ42 velik vpliv pri razvitju Alzheimerjeve bolezni in obeh miščnih bolezni.

=== Nastanek Amiloidov beta ===
Aβ se oblikuje pri zaporednih cepitvah izvornih Amiloidnih beljakovin, transmembranski glikoproteinov nedoločene funkcije. Amiloid beta je lahko sestavljen iz 39-43 amino kislin. Krajša oblika se običajno proizvaja pri razkrajanju, ki poteka v [http://sl.wikipedia.org/wiki/Endoplazemski_retikulum endoplazmatskem retikulumu], daljše oblike Amiloida beta pa nastane pri cepitvi v trans-[http://sl.wikipedia.org/wiki/Golgijev_aparat Golgijevem] omrežju. Aβ40 oblika je pogostejša kot Aβ42, vendar ima Aβ42 večji pomen pri nastanku bolezni ki so povezne z Amiloidi beta. Mutacije v APP in posledično zvišana proizvodnja Aβ42 so začetni simptomi Alzheimerjeve bolezni, predlagano zdravljenje je prilagajanje β in [http://en.wikipedia.org/wiki/Gamma_secretase γ secretases] da proizvajajo večinoma Aβ40 obliko Amiloida beta.

=== Načini merjenja Amiloidov beta ===
Obstaja veliko različnih načinov za merjenje Amiloidov beta:

- Z metoda [http://en.wikipedia.org/wiki/ELISA ELISA]

- Z mikroskopijo na atomsko silo, angleško [http://en.wikipedia.org/wiki/Atomic_force_microscope Atomic force microscope (AFM)]

- Z dvojno polarizacijo interferometrija angleško [http://en.wikipedia.org/wiki/Dual_polarisation_interferometry Atomic force microscope]

-....

=== Formule ===
<chemform>H2SO4</chemform>

=== Prikaz citiranja ===
... kakor je opisano <ref>I. Priimek, Knjiga, 2000</ref>.

Nadaljnje raziskave <ref>I. Priimek, Knjiga, 2001</ref> so pokazale...

=== Literatura ===
http://en.wikipedia.org/wiki/Amyloid_beta

=== Viri ===
<references/>

http://en.wikipedia.org/
http://sl.wikipedia.org/
[]

Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in alfalfo, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo

2015-03-31T15:02:44Z

MirjamKmetic:

<h3>UVOD</h3>
Atrazin je v Združenih državah Amerike eden izmed najbolj uporabljanih herbicidov za zatiranje širokolistnih plevelov pri pridelavi koruze, sirka in sladkornega trsa. Spada med ''s''-triazinske herbicide in inhibira prenos elektronov med fotosintezo. Zaradi obsežne uporabe ter prehajanja v zemljo in vodo prihaja do onesnaženja površinske in podtalne vode na širših območjih. Detekcija atrazina v zemlji in pitni vodi je vzbudila zanimanje za razvoj metod, ki bi preprečile onesnaženje okolja ali omogočile remediacijo. V tej študiji so zato poskušali pripraviti transgenske rastline, ki bi izražale modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo in tako omogočile bioremediacijo.

<h3>PRIPRAVA KONSTRUKTOV IN TESTIRANJA</h3>
Za transformacijo so pripravili vektorje pSAM1b, pUAM1b, pSAM1a, pUAM1a ter pPW1 Plus, da so vsebovali modificiran bakterijski gen ''atzA'', ki v ''Pseudomonas'' sp. sevu ADP kodira za atrazin klorohidrolazo. Celice kalusa trstikaste bilnice (''Festuca arundinacea'') so transformirali z pSAM1b ali pUAM1b z biolistično metodo. Kaluse trstikaste bilnice, trpežne ljuljke (''Lolium perenne'') in okrasnega prosa (''Panicum virgatum'') so transformirali z uporabo ''Agrobacterium tumefaciens'' seva AGL1, ki je vsebovala pSAM1a ali pUAM1a. Lucerno (''Medicago sativa L.'') so transformirali z agrobakterijo seva LBA4404, ki je vsebovala pPW1Plus. Po začetni selekciji na gojiščih za tkivne kulture in regeneraciji rastlin, so jih ocenili za prisotnost p-''atzA'' gena in izražanje ''in planta'' z uporabo PCR in (RT)-PCR. Ker jih je zanimalo, kako odporne so na atrazin, so regenerirane rastline prenesli in 3-4 tedne inkubirali na agarskih gojiščih, ki so jim dodali 2 ali 10 µg/ml atrazina. Po inkubaciji so z vizualnim pregledom ocenili odpornost na atrazin, izgled ter rast rastlin, za nadaljnje analize na hidroponskih gojiščih z dodanim atrazinom pa so uporabili divje tipe (WT) ter samo tiste transgenske linije trstikaste bilnice, okrasnega prosa in lucerne, ki so uspevale na največji koncentraciji atrazina. Primerjali so spremembe povprečne sveže teže in povprečno porabo vode treh vzorčnih rastlin, da so določili razlike med WT in transgenskimi rastlinami pod enakimi pogoji. Aktivnost hidrolitične deklorinacije ''in vitro'' so preverili z inkubacijo surovih ekstraktov listov, kron ali korenin z 14C-označenim atrazinom in tenkoplastno kromatografijo, ''in vivo'' pa so aktivnost pri trstikasti bilnici in lucerni ocenili s tekočinskim scintilacijskim števcem za določitev masne bilance na osnovi radioaktivnosti rastlinskega rastnega medija in ekstraktov rastlinskih tkiv treh vzorčnih rastlin. Neznane metabolite so določili ob pomoči tekočinske kromatografije visoke ločljivosti sklopljene z masno spektrometrijo.

<h3>REZULTATI</h3>
Analiza s PCR je pokazala, da je večina transgenskih rastlin vsebovala p-''atzA'', z (RT)-PCR pa so dokazali, da so transformirane rastline izražale p-''atzA'' mRNA ''in planta''. Hidroponski poskusi so pokazali, da številne od teh transgenskih trav rastejo bolje kot WT rastline v prisotnosti atrazina in so ga sposobne razgraditi v hidroksiatrazin. Trstikasta bilnica, trpežna ljuljka in lucerna pa so hidroksiatrazin razgradile še naprej do drugih metabolitov ''in planta''. Z ''in vitro'' in ''in vivo'' analizami s tenkoplastno kromatografijo so ugotovili, da so transgenske linije sintetizirale aktivno modificirano atrazin klorohidrolazo, ki je katalizirala deklorinacijo atrazina do hidroksiatrazina v listih, steblih in koreninah transgenske lucerne ter listih, kronah in koreninah trstikaste bilnice. Pokazale so tudi, da je bila večina privzetega atrazina v rastlini razgrajenega. Hidroksiatrazin so našli tudi v hranilni raztopini transgenske lucerne in trstikaste bilnice, poleg tega pa so rastline hidroksiatrazin presnovile še v enega ali dva neznana produkta, česar niso opazili pri WT. To kaže na to, da WT rastline ne morejo presnavljati atrazina v hidroksiatrazin in ga zato ne morejo izločati v hranilno raztopino. Neznani produkt so pri trstikasti bilnici identificirali kot 2-hidroksi-4-(etilamino)-6-amino-''s''-triazin (OEAT).

<h3>ZAKLJUČEK</h3>
Hidroksiatrazin ni niti herbiciden niti fitotoksičen in kaže večjo nagnjenost k prehajanju v zemljo kot atrazin, poleg tega pa manj substituirane ''s''-triazine mikroorganizmi v zemlji lažje razgradijo. Glede na to, da rastline lahko stimulirajo metabolizem organskih polutantov pri mikroorganizmih, ti rezultati kažejo, da transgenske rastline ne le privzemajo in deklorinirajo atrazina, ampak bi lahko tudi pomagale povečati razgradnjo atrazina z mikroorganizmi. Sposobnost posamezne konstruirane transgenske linije za biorazgradnjo atrazina v zemlji in nadaljno razgradnjo atrazina nameravajo še preučiti v bližnji prihodnosti. Z izbiro transgenskih rastlin z najvišjo učinkovitostjo biorazgradnje pa jih bodo lahko v prihodnosti uporabili v rastlinskih varovalnih pasovih za filtriranje, razgradnjo in odstranjevanje atrazina iz okolja.

<h3>VIRI</h3>
A. W. Vail ''et al''. Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene. Transgenic Research, 29. 11. 2014

MBT seminarji 2015

2015-03-30T16:25:40Z

MirjamKmetic:

Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in alfalfo, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo

2015-03-30T16:18:45Z

<h3>UVOD</h3>
Atrazin je v Združenih državah Amerike eden izmed najbolj uporabljanih herbicidov za zatiranje širokolistnih plevelov pri pridelavi koruze, sirka in sladkornega trsa. Spada med ''s''-triazinske herbicide in inhibira prenos elektronov med fotosintezo. Zaradi obsežne uporabe ter prehajanja v zemljo in vodo prihaja do onesnaženja površinske in podtalne vode na širših območjih. Detekcija atrazina v zemlji in pitni vodi je vzbudila zanimanje za razvoj metod, ki bi preprečile onesnaženje okolja ali omogočile remediacijo. V tej študiji so zato poskušali pripraviti transgenske rastline, ki bi izražale modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo in tako omogočile bioremediacijo.

<h3>PRIPRAVA KONSTRUKTOV IN TESTIRANJA</h3>
Za transformacijo so pripravili vektorje pSAM1b, pUAM1b, pSAM1a, pUAM1a ter pPW1 Plus, da so vsebovali modificiran bakterijski gen ''atzA'', ki v ''Pseudomonas'' sp. sevu ADP kodira za atrazin klorohidrolazo. Celice kalusa trstikaste bilnice (''Festuca arundinacea'') so transformirali z pSAM1b ali pUAM1b z biolistično metodo. Kaluse trstikaste bilnice, trpežne ljuljke (''Lolium perenne'') in okrasnega prosa (''Panicum virgatum'') so transformirali z uporabo ''Agrobacterium tumefaciens'' seva AGL1, ki je vsebovala pSAM1a ali pUAM1a. Alfalfo (''Medicago sativa L.'') so transformirali z agrobakterijo seva LBA4404, ki je vsebovala pPW1Plus. Po začetni selekciji na gojiščih za tkivne kulture in regeneraciji rastlin, so jih ocenili za prisotnost p-''atzA'' gena in izražanje ''in planta'' z uporabo PCR in (RT)-PCR. Ker jih je zanimalo, kako odporne so na atrazin, so regenerirane rastline prenesli in 3-4 tedne inkubirali na agarskih gojiščih, ki so jim dodali 2 ali 10 µg/ml atrazina. Po inkubaciji so z vizualnim pregledom ocenili odpornost na atrazin, izgled ter rast rastlin, za nadaljnje analize na hidroponskih gojiščih z dodanim atrazinom pa so uporabili divje tipe (WT) ter samo tiste transgenske linije trstikaste bilnice, okrasnega prosa in alfalfe, ki so uspevale na največji koncentraciji atrazina. Primerjali so spremembe povprečne sveže teže in povprečno porabo vode treh vzorčnih rastlin, da so določili razlike med WT in transgenskimi rastlinami pod enakimi pogoji. Aktivnost hidrolitične deklorinacije ''in vitro'' so preverili z inkubacijo surovih ekstraktov listov, kron ali korenin z 14C-označenim atrazinom in tenkoplastno kromatografijo, ''in vivo'' pa so aktivnost pri trstikasti bilnici in alfalfi ocenili s tekočinskim scintilacijskim števcem za določitev masne bilance na osnovi radioaktivnosti rastlinskega rastnega medija in ekstraktov rastlinskih tkiv treh vzorčnih rastlin. Neznane metabolite so določili ob pomoči tekočinske kromatografije visoke ločljivosti sklopljene z masno spektrometrijo.

<h3>REZULTATI</h3>
Analiza s PCR je pokazala, da je večina transgenskih rastlin vsebovala p-''atzA'', z (RT)-PCR pa so dokazali, da so transformirane rastline izražale p-''atzA'' mRNA ''in planta''. Hidroponski poskusi so pokazali, da številne od teh transgenskih trav rastejo bolje kot WT starši v prisotnosti atrazina in so ga sposobne razgraditi v hidroksiatrazin. Trstikasta bilnica, trpežna ljuljka in alfalfa pa so hidroksiatrazin razgradile še naprej do drugih metabolitov in planta. Z in vitro in in vivo analizami s tenkoplastno kromatografijo so ugotovili, da so transgenske linije sintetizirale aktivno modificirano atrazin klorohidrolazo, ki je katalizirala deklorinacijo atrazina do hidroksiatrazina v listih, steblih in koreninah transgenske alfalfe ter listih, kronah in koreninah trstikaste bilnice. Pokazale so tudi, da je bila večina privzetega atrazina v rastlini razgrajenega. Hidroksiatrazin so našli tudi v hranilni raztopini transgenske alfalfe in trstikaste bilnice, poleg tega pa so rastline hidroksiatrazin presnovile še v enega ali dva neznana produkta, česar niso opazili pri WT. To kaže na to, da WT rastline ne morejo presnavljati atrazina v hidroksiatrazin in ga zato ne morejo izločati v hranilno raztopino. Neznani produkt so pri trstikasti bilnici identificirali kot 2-hidroksi-4-(etilamino)-6-amino-''s''-triazin (OEAT).

<h3>ZAKLJUČEK</h3>
Hidroksiatrazin ni niti herbiciden niti fitotoksičen in kaže večjo nagnjenost k prehajanju v zemljo kot atrazin, poleg tega pa manj substituirane ''s''-triazine mikroorganizmi v zemlji lažje razgradijo. Glede na to, da rastline lahko stimulirajo metabolizem organskih polutantov pri mikroorganizmih, ti rezultati kažejo, da transgenske rastline ne le privzemajo in deklorinirajo atrazina, ampak bi lahko tudi pomagale povečati razgradnjo atrazina z mikroorganizmi. Sposobnost posamezne konstruirane transgenske linije za biorazgradnjo atrazina v zemlji in nadaljno razgradnjo atrazina nameravajo še preučiti v bližnji prihodnosti. Z izbiro transgenskih rastlin z najvišjo učinkovitostjo biorazgradnje pa jih bodo lahko v prihodnosti uporabili v rastlinskih varovalnih pasovih za filtriranje, razgradnjo in odstranjevanje atrazina iz okolja.

<h3>VIRI</h3>
A. W. Vail ''et al''. Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene. Transgenic Research, 29. 11. 2014

Kislina

2015-03-30T15:54:42Z

MirjamKmetic: New page: BrØnstedova kislina je donor protonov, BrØnstedova baza pa je akceptor protonov. Reakcija med BrØnstedovo kislino in BrØnstedovo bazo je nevtralizacija.

BrØnstedova kislina je donor protonov, BrØnstedova baza pa je akceptor protonov. Reakcija med BrØnstedovo kislino in BrØnstedovo bazo je nevtralizacija.

MBT seminarji 2015

2015-03-14T18:03:28Z

MirjamKmetic:

BIO2 Povzetki seminarjev 2011

2011-10-26T20:24:59Z

MirjamKmetic:

== Sara Draščič: On the spur of a whim ==

Serotonin ali 5-hidroksitriptamin (5-HT) spada v skupino heterogenih biokemičnih snovi, ki prenašajo informacije po živčnem sistemu in ki jim rečemo nevrotransmiterji. Ima pomembno vlogo pri veliko najrazličnejših reakcijah v telesu. Njegovo nepravilno delovanje vpliva na počutje, apetit, slabost, spanje, telesno temperaturo, staranje, bolečino, anksioznost, agresijo, spomin, migrene in na številne druge procese v organizmu. Večina serotonina se sintetizira v prebavnem traktu, preostali del pa v centralnem živčnem sistemu in trombocitih. Kljub temu, da se sintetizira le v določenih delih telesa, je prisoten povsod. Dokaz za njegovo prisotnost pa so serotoninski receptorji. Serotonin ima veliko receptorjev, ki so jih organizirali v sedem skupin glede na njihove fiziološke in strukturne razlike. Ravno zaradi tako velikega števila raznoraznih receptorjev, je serotonin pomemben pri tolikih različnih procesih, saj je njegovo delovanje, v veliki meri, odvisno od tega, na kateri receptor se bo vezal. Veliki pomen pri delovanju serotonina ima tudi njegov transporter. To je protein, katerega struktura še ni znana, vendar vemo kje in na katerem kromosomu se nahaja. Transporter je tudi glavna tarča raznih antidepresivov in drog kot so ecstasy, kokain in LSD.

== Ula Štok: Neuregulin 1 ==

Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.

== Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje ==

Disleksija je motnja, ki se kaže v nesposobnosti branja oziroma razumevanja prebranega, ter napakah in težavah pri izgovarjanju besed. Disleksiki,kot imenujemo posameznike, ki trpijo za disleksijo, imajo kljub normalnim intelektualnim sposobnostim, znanjem in izobrazbo, moteni veščini pisanja in branja s tendenco, da pomešajo med seboj črke ali besede med branjem ali pisanjem. V zadnjih letih, so uspeli ugotoviti mesta na kromosomih, povezana z dovzetnostjo za disleksijo. DYX1C1,KIAA0319,DCDC2 in ROBO1, so bili označeni kot kandidati, z dovzetnostjo za disleksijo. Najbolj obetaven je protein KIAA0319. Je transmembranski protein iz desetih transmembranskih vijačnic, najden v plazemski membrani nevronov. Njegov C-terminalni konec gleda v ekstracelularni matriks, manjši N-terminalni konec pa prehaja v citoplazmo nevrona. C-terminalni konec je visoko glikoziliran in nosi 5 PKD(polycystyc kidney desease) domene in eno MANEC(motif at the N terminus with eight cysteines) domeno. KIAA0319 igra vlogo pri rasti možganov in njihovi migraciji med razvojem možganov-iz tega je razvidno, da je disleksija problem v razvoju nevronov že v zgodnjih letih. Posamezniki z disleksijo nosijo izoobliko tega proteina, ki povzroči nižjo izraženost le tega. Spremembe so v 5'-regiji, ki kodira izoobliko proteina. Najopaznejše povezave z disleksijo se kažejo v 2,3 kb regiji, ki zavzema promotor, prvi nepreveden ekson in del prvega introna – odprti kromatin. Te ugotovitve vodijo, da je 5'-regija KIAA0319 gena tista lokacija alelov, ki največ prispeva k motnji branja.

== Katra Koman: INZULIN ==

Inzulin je peptidni hormon, ki sodeluje v uravnavanju ravni glukoze v krvi. Sintetizira in skladišči se v β-celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke. Sinteza poteka od prekurzorske molekule preproinzulina preko proinzulina do dokončne zrele molekule inzulina, ki se shrani v skladiščnih veziklih. Ob povišanju ravni glukoze v krvi, na primer po obroku, glukoza, ki je tudi glavni stimulator sekrecije inzulina, iz krvi preide v β-celice skozi GLUT2 transporter. Tam se fosforilira v glukozo-6-fosfat, saj tako fosforilirana ne more več iz celice, lahko pa vstopi v proces glikolize, ki mu sledita še Krebsov cikel in oksidativna fosforilacija, ki povzroči pretvorbo ADP v ATP molekule. ATP molekula stimulira zaprtje kalijevih kanalčkov, kar privede do depolarizacije celične membrane, to pa sproži na odprtje kalcijevih kanalčkov in vdor Ca2+ ionov. Povišana koncentracija kalcijevih Ca2+ ionov v celici stimulira prenos in zlitje skladiščnih veziklov z inzulinom z membrano. Inzulin se tako sprosti v krvni obtok in potuje do tarčnih celic, ki imajo na površini izražene inzulinske receptorje. Ko se veže nanj, prenese signal o povišanju ravni glukoze v krvi v celico. To povzroči kaskado reakcij znotraj celice, ki pa na koncu privedejo do translokacije veziklov z GLUT4 transporterjev na površino celice. Število teh transporterjev za glukozo se na površini celične membrane poveča in glukoza lahko prehaja v celico, posledično pa pade raven glukoze v krvi. Razgradnja inzulina poteka v jetrih in ledvicah. Okvare na katerikoli stopnji poti inzulina se odražajo v diabetesu ali drugih boleznih.

== Rok Štemberger: Protein GABAA (gama aminomaslena kislina A) - zgradba, vloga in zanimivosti ==

V svoji seminarski nalogi sem raziskoval vlogo, pomen in zanimivosti proteina GABAA (gama-aminomaslena kislina A). To je receptor, ki se nahaja predvsem v centralnem živčnem sistemu in je zadolžen zato, da opravlja funkcijo inhibitorja. Lociran je na površini nevrotičnih sinaps in prekinja elektrokemični signal, tako da omogoči prehod kloridnih ionov znotraj celice. To se zgodi takrat ko se ustrezen ligand Gama veže na aktivno mesto tega receptorja. Konformacija podenot se spremeni in to omogoči aktivacijo receptorja. Znanstveniki so ugotovili, da obstaja več vrst GABAA receptorjev, kar pa je odvisno od sestave podenot. Najbolj pogoste podenote so alfa beta in gama v razmerju 2:2:1. V primeru da do prekinitve ne pride se lahko pojavijo epileptični napadi, psihiatrične motnje itd. Stres lahko v dobi odraščanja močno vpliva na GABAA receptorje in jih tudi permanentno strukturno spremeni, kar pa lahko kasneje v našem življenju vpliva predvsem na naš spanec in njegovo kvaliteto. Absint je bila v preteklosti prepovedana pijača, saj je povzročala razna obolenja zaradi substance imenovane tujon. Le ta se je vezala na GABAA receptorje in tako onemogočila njegovo delovanje, zato ker je preprečevala prehod kloridnih ionov v membrano. Sedaj potekajo raziskave teh receptorjev, saj je ključnega pomena čim boljša ozdravitev bolezni, ki nastanejo zaradi nepravilnega delovanja GABAA receptorja.

== Veronika Jarc: Perforin ==

Perforin je protein, ki nastane iz citotoksičnih limfocitov T. S pomočjo grancimov napade tarčno celico in jo uniči. Rečemo lahko, da je pomemben člen pri imunskem odzivu in sodeluje s NK celicami. Sestavljen je iz 555 aminokislin, njegova molekulska masa pa je 62-67 kD. Sestavljen je iz dveh pomembnih domen, domene MACPF in domene C2. Za domeno C2 je značilno, da ima afiniteto do Ca2+ ionov. Saj se na lipidni dvosloj veže le ob prisotnosti kalcija. Drugače obstajata dva različna tipa C2 domene, ki sta bila izolirana iz različnih organizmov. Lahko rečemo, da sta oba tipa zelo podobna v tem, da sta pri tipu 1 N-konec in C-konec obrnjena na vrh domene, kar je nasprotno kot pri tipu 2. Poznamo tri MACPF domene: Plu-MACPF, C8a MACPF in lipokalin C8g. Vse te domene primerjamo z skupino proteinov citolizinov in ugotovimo nekaj podobnosti in nekaj razlik. Na splošno, pa lahko rečemo, da je evolucija poskrbela tako, da so sta si domena MACPF in citolizini raszlični le v nekaj aminokislinah. Poznamo tri mehanizme kako perforin preide v tarčno celico in pri tem pomaga gramcimom B uničit to celico. Prvi mehanizem je prehajanje preko perforinske pore in sicer s pomočjo veziklov preide v celico. Naslednji mehanizem je endosomolitični model, pri katerem je pomemben kompleks s pomočjo katerega prehaja v celico. Kot zadnji mehanizem pa je model prehodne perforinske pore, ki pove, da perforin tvori kanalčke s pomočjo katerih grancimi B preidejo direktno v celico. Grancimi B so serinske proteaze, ki se sintetizirajo v citotoksičnih limfocitih T in NK celicah.

== Taja Karner: Glavoboli in migrene ==

Zaradi stresnega in hitrega tempa življenja, vse več ljudi trpi za občasnimi glavoboli, ki so najpogosteje posledica utrujenosti. Prav tako je vedno več ljudi, ki trpijo za močnejšimi oblikami glavobolov imenovanih migrene. V hujših oblikah migrene lahko glavobol traja do dva dni, močno migreno lahko spremljajo še drugi simptomi kot so slabost, bruhanje, občutljivost na svetlobo in močan zvok, depresija ter nespečnost. Mutacija, ki je največji krivec za nastanek bolezni se pojavlja na kromosomu 10 na genu KCNK18. Ta zapisuje protein TRESK, ki se nahaja v hrbtenjači in deluje kot kalijev kanalček. Mutacija povzroči, da ne pride do izmenjavanja ionov, kar povzroči hude glavobole. V raziskavah so odkrili zanimivo povezavo z anestetikom. Ta namreč ne glede na mutacijo ponovno aktivira kanal. To bi lahko učinkovito pozdravilo migrene, če bi ga le uspeli spraviti v primerno obliko. Ugotovili so tudi, da zdravila, ki vsebujejo citosporin in takrolimus v večini primerov povzročajo migrene v zdravstvu pa jih še vseeno pogosto uporabljajo. Odkritje te mutacije predstavlja revolucijo v zdravstvu in verjamem, da bo kmalu vodilo do odkritja učinkovitega zdravila proti migrenam.

== Ana Dolinar: Univerzalna kri – prihodnost transfuzijske medicine? ==

α-galaktozidaza (AGAL_HUMAN) je glikozil-hidrolazni encim. Spada v GH27-D (klan D, 27. družina) in ima aktivno mesto v obliki (β/α)8 sodčka. Encim zapisuje gen GLA, ki se nahaja na kromosomu X.

Ideja o univerzalni krvi, ki bi bila primerna za transfuzijo, ne glede na krvno skupino pacienta, je med znanstveniki prisotna že približno trideset let.
Razvili so tri metode za pretvorbo različnih antigenov v antigen 0 (po sistemu AB0), ki je primeren za transfuzijo v vse krvne skupine.
:#Encimska razgradnja antigenov A in B do antigena 0. Za antigene A so uporabili α-N-acetilgalaktozaminidazo, vendar so antigeni preveč kompleksni in metoda ni bila uspešna. Pri antigenih B so dosegli popolno pretvorbo v antigen 0 z uporabo α-galaktozidaze iz bakterije ''Streptomyces griseoplanus''.
:#Prekrivanje površine eritrocitov z maleimidofenil-polietilen-glikolom (Mal-Phe-PEG). Prekrije vse antigene, ne samo A ali B, vendar metoda ni uspešna, ker polietilen-glikol povzroča imunski odziv.
:#Pridobivanje univerzalnih rdečih krvnih celic iz pluripotentnih matičnih celic. Uspeli so pridobiti zrele eritrocite, ki so popolnoma funkcionalni.
Uporaba univerzalne krvi bi zmanjšala ali celo izničila imunski odziv ob transfuziji, prav tako ne bi bilo možnosti za transfuzijo napačne krvne skupne zaradi človeške napake. Metode trenutno niso dovolj izpopolnjene, da bi bilo možno pričakovati njeno uporabo v bližnji prihodnosti.

== Maša Mohar: Moški ali ženska to je sedaj vprašanje?(SRY - faktor za določitev spola) ==

SRY gen kodira Sry protein ki je član družine Sox (Sry related HMG box) transkripcijskih faktorjev. Poznamo jih okoli 20 pri človeku in miškah ter še mnogo drugih. Sox proteini imajo zelo različne vloge v embriogenezi in pri razvoju mnogih drugih organov. Tipično delujejo tako kot nekakšna stikala v diferenciaciji celic- sprožijo razvoj določenih celic. Sry je prav tako kot ostali člani te družine karakteriziran po HMG( high mobility group). HMG je drugače skupina specifičnih transkripcijskih faktorjev, ki imajo ~ 80 AK dolge strukturalno podobne domene za vezavo na DNA. Te domene oz. domena če je samo ena se veže na zaporedje (A/T)ACAA(T/A) v majhni žleb DNA. S tem ustvari zvitje DNA za približno 60- 85 stopinj. S tem ko se DNA zvije se razkrijejo mesta za izražanje drugih genov, recimo Sox9, ki kodira Sox9 protein ki pomaga pri diferenciaciji Sertoli celic in tako pri oblikovanju testisov, s tem pa determinira moški spol. Ugotovili smo tudi da obstaja veliko genskih bolezni povezanih s Sry genom in da lahko obstaja tudi ženska z XY spolnima kromosomoma, ker se pri njej zaradi mutacij Sry protein ne izrazi, prav tako pa obstajajo tudi moški z XX spolnima koromosomoma, kjer se enem od X kromosomov lahko izrazi SRY gen ob nepravilnostih pri očetovem delu zapisa. V bistvu sem prišla do zaključka da je zelo tanka meja med moškim in ženskim oblikovanjem spola, ena majhna mutacija oz. ena majhna razlika lahko privede do nastanka ženske ali moškega.

== Urška Rauter: A Green Glow: zgradba in funkcija encima luciferaze ==
Luciferaza je encim odvisen od ATP in magnezijevih ionov. Proces bioluminiscence se začne z vezavo na substrat luciferin, tvori se adenilatni intermediat in ob prisotnosti molekularnega kisika izhaja svetloba. Luciferaza je zgrajena iz dveh ločenih domen, večja se nahaja na N-koncu in manjša na C-koncu molekule, večja domena pa ima tudi svoje poddomene. Domeni sta med seboj ločeni z razpoko, kjer naj bi se po domnevanjih nahajalo tudi aktivno mesto encima. Luciferaza predstavlja tudi nov način mehanizma tvorbe adenilatnega intermediata med encimi in ponuja razlago za marsikatero metabolično pot.
Velika dilema, ki me med znanstveniki ostaja pa je razlika v barvi svetlobe, ki jo proces oksidacije luciferina emitira. Najverjetneje je za to odločilna keto tavtomerna oblika oksiluciferina in tudi resnonančna stabilizacija njegovega fenolatnega aniona, čeprav so znanstveniki odkrili tudi veliko drugih možnih vzrokov za različne barve (različne aminokisline, polarnost okolja, pH, ...).
Luciferaza se veliko uporablja v medicini, kjer služi kot marker molekul v telesu in tako pripomore k boljšem razumevanju različnih bolezni in infekcij, kot tudi sami strukturi celic in njenih organelov.

== Mirjam Kmetič: Mint condition (limonen-3-hidroksilaza in limonen-6-hidroksilaza) ==

Klasasta meta vsebuje encim limonen-6-hidroksilazo, ki sodeluje pri pridobivanju karvona. Poprova meta pa vsebuje limonen-3-hidroksilazo, ki je udeležena pri proizvodnji mentola. Obe hidroksilazi pripadata družini citokromov P450, njeni predstavniki pomembno sodelujejo pri proizvajanju različnih oksidiranih monoterpenov, ki so vir arom eteričnih olj. Karvon in mentol sta končna produkta hidroksilacije limonena. Ta encima sta si zelo podobna in njuni vezavni mesti za substrat sta zelo omejeni. Velja pravilo, da za spremembo aktivnosti v družini citokromov P450 potrebujemo določeno število mutacij, vendar je za modifikacijo vezavne aktivnosti limonenovih hidroksilaz potrebna samo ena. Ta fenilalanin v izolevcin mutacija povzroči, da se limonen-6-hidroksilaza spremeni v limonen-3-hidroksilazo! Mutiran encim je tako sposoben sinteze mentola tako kot encim v poprovi meti! Taka mutacija kaže, da sta prav ti dve aminokislini ne le nujni, temveč tudi prav zagotovo vpleteni pri orientaciji limonena v aktivnem mestu tako, da se ta hidroksilizira na ali C3 ali C6 poziciji. Posamične mutacije, ki lahko drastično spremenijo funkcijo proteina, so znanstveno zanimive. Nakazujejo ne le na zelo specifične manjše regije v sekvenici proteina, temveč so tudi ključne za razumevanje področij, kot so vezava in orientacija substrata, funkcija encima, metabolična pot in struktura vezavnega mesta.

BIO2 Seminar 2011

2011-10-10T20:23:59Z

MirjamKmetic: /* Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek */

= Biokemijski seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek==
Vpišite svoj izbrani naslov!!!
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''
|-
| Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||
|-
| Maša Mirković||Naslov seminarja||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||
|-
| Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||
|-
| Katra Koman||Naslov seminarja||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||
|-
| Iza Ogris||Love,love, love...||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||
|-
| Ana Dolinar||The juice of life||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||
|-
| Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||
|-
| Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||
|-
| Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||
|-
| Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||
|-
| Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||
|-
| Mirjam Kmetič||Mint condition||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||
|-
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness
||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||
|-
| Tjaša Flis||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||
|-
| Sandi Botonjić||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||
|-
| Kaja Javoršek||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||
|-
| Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||
|-
| Ines Šterbal||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||
|-
| Andreja Bratovš||The power behind pain||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||
|-
| Matevž Ambrožič||Naslov seminarja||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||
|-
| Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||
|-
| Mitja Crček||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||
|-
| Dominik Kert||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||
|-
| Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||
|-
| Eva Knapič||Life's first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||
|-
| Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||
|-
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||
|-
| Tina Gregorič||The twisted way of things||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||
|-
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||
|-
| Ana Remžgar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||
|-
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||
|-
| Matja Zalar||Do it yourself||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||
|-
| Urška Navodnik||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||
|-
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||
|-
| Ines Kerin||A queen's dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||
|-
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||
|-
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||
|-
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||
|-
| Jana Verbančič||Hidden power||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||
|-
| Petra Gorečan||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||
|-
| Karmen Hrovat||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||
|-
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||
|-
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||
|-
| Špela Pohleven||Naslov seminarja||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||
|-
| Sabina Mavretič ||A short story||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||
|-
| Karmen Belšak ||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||
|-
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||
|-
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||
|-
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||
|-
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||
|-
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||
|}

== Gradivo za seminarje ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!
V seminarsko nalogo mora biti vključeno:
* sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.

Za pripravo seminarja velja naslednje:<br>
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>
'''Citiranje knjig:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:'''<br>
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1 Povzetki seminarjev 2011

2011-03-14T19:21:08Z

MirjamKmetic:

== Alja Zottel: Vloga imunskega sistema pri nastanku ateroskleroze ==
Glavni vzrok nastanka ateroskleroze je imunski odgovor na lipoproteine majhne gostote oz LDL, ki se kopiči pod endotelom arterijskih žil. Apolipoprotein B100, ki je komponenta LDL, se veže na proteoglikane zunajceličnega matriksa in se pod vplivom različnih radikalov oksidira. OxLDL nato aktivira endotelijske celice, da začnejo proizvajati adhezijske beljakovine, kot sta E-selektin in VCAM-1. Te beljakovine skupaj s kemokini povlečejo monocite, T limfocite in in dendritske celice v endotelijsko plast žile. Monociti se nato pod vplivom M-CSF citokina diferencirajo v makrofage. Makrofagi nato začnejo proizvajati odstranjevalne receptorje. Ti tako lahko prepoznajo oxLDL in ga z endocitozo vsrkajo. Makrofagi se zato napihnejo in spremenijo v »foam cell«. Te celice so najštevilčnejše celice v aterosklerotskih plakih. Dejavniki, ki pospešujejo nastanej ateroskleroze so signalni proteini PRR, T levkociti in proteini CRP. T celice pomagalke izločajo interferon gama, ki privlači monocite. Protein CRP se veže na navadni LDL in tako ga lahko makrofagi, ki imajo receptorje za CRP vsrkajo. Dejavniki, ki preprečujejo nastanek ateroskleroze so B limfociti in protein PPAR. PPAR je receptorski protein oz. transkripcijski faktor, ki preprečuje nastanek »foam cell« celic in vsrkavanje LDL v makrofage. Preprečuje tudi razvoj T celic in povečuje količino HDL v krvi.

== Veronika Jarc: Hepatitis C ==
Hepatitis C(HCV) je nalezljiva bolezen, ki napade ljudi, šimpanze ter nekatere majhne modelne živali. HCV spada med RNA viruse z ovojnico.Razvrščen pa je v rod hepacivirus ter družino flaviviridae. Sestavljen je iz 6 genotipov (1-6), ki se razlikujejo v nukleotidni sekvenci od 30-35%, sedmega pa so odkrili leta 2008 (Gottwein et al., 2008). HCV vsebuje pozitiven trak gena (9,6 kb), ki je sestavljen iz 5´-NCR( non-coding region), 3´- NCR in IRES( internal ribosome entry side). IRES vsebuje odprto bralno ogrodje, ki šifrira strukturne in ne strukturne proteine. Med strukturne proteine spadajo proteinsko jedro, virusna RNA ter dva glikoproteina E1 in E2. Sestavni deli ne strukturnih proteinov pa so hidrofoben protein p7, NS2-3 proteaza, NS3 serin proteaza, NS4A polipeptid, NS4B protein, NS5A protein in NS5B RNA odvisna RNA polimeraza (RdRp).
S pomočjo različnih odkritij, kot so HCVpp(sestavljen iz lipidne ovojnice z E1-E2 proteini, na retrovirusni nukleokapsidi), izoliranje kloniranega gena 2a ter s pomočjo tega gena HCVcc( cell-culture produced HCV), so znanstveniki začeli preučevati življenski cikel in celično strukturo hepatitisa C. To so dosegli z preučevanjem različnih eksperimentalnih modelov kot so imunski odzivi, NK celice in dendritske celice.
Poznamo tudi proteine, ki jih HCv sreča v hepatocitski celici in ti so in tegrin RGE/RGD, LDL receptor, HDL receptor, klaudin okludin in tetraspanin CD81.

== Matja Zalar: Protein p53 ==
Protein p53, včasih imenovan tudi varuh genoma, kodira gen TP53 na sedemnajstem kromosomu. Je eden izmed tako imenovanih tumor-supresorskih proteinov, ki, kot to sporoča že samo ime, zavirajo nastanek in rast tumorjev. Na področju razumevanja delovanja, vloge in strukture proteina p53 in njegovih mutantov se izvaja veliko raziskav. Trenutno je p53 najbolj raziskan tumor-supresorski protein, še zdaleč pa ni edini. Gre za protein, ki se kopiči v jedru in z vezavo na DNA v obliki teramera nadzoruje in regulira procese kot so apoptoza, zaustavitev celičnega cikla in popravljanje poškodovane DNA. Za raziskovalce je še posebno zanimiv zaradi dejstva, da v nemutirani obliki zavira nastanek in rast tumojev, njegove GOF mutirane oblike pa pripomorejo k nenadzorovani delitvi celic in nastanku rakastih tkiv. Veliko raziskav se ukvarjaja z iskanjem snovi, ki bi obnovile osnovno obliko p53, oziroma uničile mutantske oblike p53 v rakastih celicah ter s tem uničile tumor. To pa bi lahko bistveno izboljšalo tehnike zdravljenja rakavih obolenj in odziv človeškega organizma na ta zdravljenja. Odkrili so že kar nekaj takšnih snovi (RITA, PRIMA, nutlin3), ki pa jih še vedno testirajo in še niso v redni uporabi pri zdravljenju rakavih obolenj.

== Andrej Vrankar: Androgena alopecija ==
Na podlagi raziskav, ki so jih znanstveniki izvedli na celičnih vzorcih posameznikov z androgeno alopecijo, so ugotovili, da je bila domneva, da je za nastanek AGA kriv propad matičnih celic v lasnem mešičku oziroma, propad samega lasnega mešička napačna. Raziskave so pokazale ravno nasprotno in sicer, da se matične celice tudi v plešastem lasišču posameznika z AGA ohranjajo in da lasni mešički ne propadejo, vendar se le zelo skrčijo. So pa ugotovili, da se število celic imenovanih predniške celice v plešastem lasišču močno zmanjša, kar je eden od glavnih vzrokov za nastanek AGA, saj so prav predniške celice tiste, ki so zaslužene za rast las. Čeprav se dednost smatra kot glavni vzrok za nastanek AGA, pa tudi hormoni igrajo pomembno vlogo. Pri moških je to moški hormon testosteron, ki se s pomočjo encima 5-α-reduktaze v lasno mešičnih celicah pretvarja v svojo bolj aktivno obliko dihidrotestosteron (DHT). Ta se se nato s posebno vezjo veže na androgene receptorje v lasnih mešičkih, kar sproži posebne procese, ki skrajšajo anageno fazo celičnega cikla. Zaradi skrajšanja te faze las prej prestopi v telogeno fazo in izpade. Kako občutljivi so lasni mešički na androgene pa je seveda gensko pogojeno.

== Sandi Botonjić: Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom ==
Kisikovi radikali, ki povzročajo oksidativni stres lahko v skrajnem primeru poškodujejo DNA in tako povzročijo nenadzorovano delitev celic, kar pomeni nastanek raka v organizmu. Hkrati pa je raven kisikovih radikalov v rakastih celicah višja, kot v zdravih, in sicer zaradi onkogenih stimulacij, povečane presnovne aktivnosti ter okvare mitohondrijev. Toda rakave celice imajo, kot protiutež tudi močan antioksidantni mehanizem s katerim zavirajo programirano celično smrt.

Raziskovalci so tekom analiziranja večih tkiv, ki so obolela z različnimi vrstami raka ugotovili, da je pri vseh povečana raven [http://www.thesgc.org/structures/structure_images/2WZ9_400x400.png tioredoksinu podobnega proteina - TXNL2]. Zatem so izvajali poskuse na miših tako, da so jim vbrizgali kancerogene eritrocite in ko so se pojavili simptomi tumorja – so jim vbrizgali še protein TXNL2. Ugotovili so, da protein TXNL2 zavira rast rakavih celic. Proučevali so tudi vpliv proteina TXNL2 v mišjih zarodkih. Prišli so do zaključka, da protein TXNL2 regulira raven kisikovih radikalov tako pri živečih organizmih, kot med embriogenezo.

Znanstveniki so prepričani, da je protein TXNL2 potencialna tarča bioloških zdravil v prihodnosti. Namreč monoklonska protitelesa (med katere spade tudi TXNL2) za zdravljenje raka z vezavo na receptorje za rastne dejavnike blokirajo celično rast in diferenciacijo ter tako zaustavijo rast tumorja. Zaustavijo lahko tudi rast tumorskega ožilja in s tem posredno onemogočajo rast tumorjev in metastaziranje. Med mehanizme delovanja monoklonskih protiteles, spada tudi ciljanje drugih efektorskih molekul na mesta delovanja - kot so npr. kisikovi radikali. Raziskave so potrdile, da to velja tudi za protein TXNL2.

== Ana Dolinar: Prilagojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk ==
Naravne celice ubijalke (NK celice) so vrsta levkocitov. V človeškem telesu so zadolžene za uničevanje patogenih organizmov s pomočjo za celice strupenih snovi. Na površini imajo pet skupin receptorjev: aktivacijske, inhibitorne, kemotaksične in citokine ter adhezijske receptorje.

Njihova aktivacija je odvisna od vezave ligandov na površinske receptorje NK celice. Če je vezanih več inhibitornih ligandov kot aktivacijskih, potem se NK celica ne aktivira, ker inhibitorni ligandi zavrejo delovanje NK celice. V primeru, da se veže več aktivacijskih kot inhibitornih ligandov ali pa se slednji sploh ne vežejo, se NK celica aktivira ([http://www.georg-speyer-haus.de/agkoch/research/subframe_en.htm aktivirana NK celica-rumeno, tarčna celica-rdeče]). Vezava kemotaksičnih ligandov vpliva na gibanje molekule zaradi kemičnih signalov, vezava citokinov spodbuja rast celic ali sintezo snovi, ki jih potrebuje imunski sistem, vezava adhezijskih ligandov pa omogoča pritrjanje NK celice na tarčno celico.

Raziskovalci se trudijo, da bi našli optimalno imunoterapijo, pri kateri bi sodelovale NK celice. Te terapije bi bile uporabne predvsem pri rakavih obolenjih, vendar so možnosti tudi pri obolenjih z virusom HIV ali z virusom hepatitisa C. Ta način imunoterapije je mogoč, ker večina tumorskih celic in virusov ne izraža MHC tipa 1, pomembnega inhibitorskega liganda za NK celice. [http://media.wiley.com/CurrentProtocols/IM/ima01n/ima01n-fig-0004-1-full.gif Zgradba MHC-1 molekule, prikazana z Ribbonovim diagramom in vezanim peptidom (A) ter površinska struktura molekule z vezanim peptidom (C). Slika B prikazuje molekulo MHC-2 z vezanim peptidom.]

== Urška Rauter: Razvojne vloge Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike pri orientaciji epidermalnega vretena ==
Mehanizem nastajanja polariziranega epidermalnega sloja, ki s procesoma stratifikacije in diferenciacije tvori kožo, regulira več različnih med seboj v komplekse povezanih bioloških molekul. Trije najbolj osnovni procesi so delovanje proteinov aktina, orientacija vretena in sistem celične signalizacije. Znanstveniki pa so v obširni raziskavi potrdili tudi pomembno vlogo t. i. Srf proteina (serum response factor protein), transkripcijskega dejavnika, katerega pomembna vloga je regulacija celične diferenciacije.

Srf je transkripcijski dejavnik, ki se veže na določen, njemu ustrezen receptorski element; Sre (serum response element), to so predvsem geni v zgodnjem razvoju, geni za razvoj nevronov in mišična gena (proteina) aktin in miozin. Ker je njegova primarna funkcija regulacija ekspresije naštetih genov, odločilno vpliva na celično rast in diferenciacijo, prenos med nevroni in razvoj mišic.

Namen raziskave je obširen. Rezultati obetajoči. Dokazali so pomembno vlogo Srf proteina pri marsikaterem mehanizmu/procesu v embrionalnem razvoju. Tako recimo Srf odločilno vpliva na diferenciacijo celic, saj izguba le-tega povzroči kaotično deljenje in diferenciacijo celic med več plastmi epidermisa. Nadalje vpliva tudi na pravilno vzpostavitev polarnosti bazalne lamine in še najbolj ključno na tvorbo aktinsko-miozinskega skeleta, ki je nujen za pravilno mitozo, posledično za obliko in trdnost celice. Orientacija vretena in asimetrično dedovanje sta po zadnjih raziskavah osrednja mehanizma, ki omogočata matičnim celicam samostojno obnovi in diferenciacijo v pravilni smeri. Rezultati kažejo, da lahko takšne signale pošiljamo preko Srf proteina in aktinsko-miozinskega skeleta, za pravilno tvorbo in nadzirano regulacijo orientacije vretena, asimetrične celične delitve in nasploh usodo posamezne celice. Rezultati razkrivajo nove pojasnitve bioloških procesov, ki sodelujejo pri tvorbi morfologije epidermisa.

== Špela Pohleven: Prioni ==

Prioni so patogeni proteini, ki se od svojih nepatogenih, normalnih, v zaporedju aminokislin enakih dvojnikov, razlikujejo v 3D strukturi – imajo večji del β ploskev. Poznamo več vrst prionov, toda običajno govorimo le o proteinu PrP, ki je prisoten pri ljudeh in živalih. Ostali so namreč značilni za glive, ki so tako primerne za razne raziskave.
Za prione je značilno povezovanje v nitaste polimere, ki jih imenjujemo amiloidi. Znanstveniki domnevajo, da je prav njihova urejena struktura tista, zaradi katere so slabo topni v detergentih in odporni na proteaze.
Najbolj nenavadna lastnost prionov pa je njihova zmožnost širjenja brez potrebe po DNA in RNA. V zvezi s tem potekajo številne raziskave, saj prioni povzročajo številne smrtne bolezni, kot so Creutzfeldt-Jakobova bolezen, smrtonosna družinska nespečnost in druge. Z informacijami, ki jih tako pridobivajo, je možnost za odkritje zdravila večja.
Pri eni od nedavnih raziskav so tako ugotovili, da obstajata dve prionski obliki proteina PrP – infektivna in toksična. Za raziskave so uporabili miši z različnim izražanjem gena PRNP za PrP protein. Vse so okužili s prioni praskavca (ena od prionskih bolezni). Vse so dosegle enak prag infektivnosti, toda smrt ni nastopila istočasno. Iz meritev so znanstveniki prišli do zaključka, da morata obstajati dve različni obliki. To pa je le izhodišče za nove raziskave.

== Maša Mohar: Sladkorna bolezen, kot bolezen imunskega sistema ==

Diabetes mellitus je kronična motnja metabolizma beljakovin, lipidov in ogljikovih hidratov. Nastane zaradi zmanjšane funkcije proizvajanja insulina v telesu. Njen vzrok pa je lahko studi zmanjšana sposobnost telesnih celic za pravilno izkoriščanje insulina. Tip 2 je od insulina neodvisen diabetes (NIDDM). Ta tip ima 80-90% vseh pacientov in se pojavi v odraslem obdobju življenja, spodbudijo ga lahko različni mehanizmi, in za nekatere se še ne ve točno kako pride do tega, je pa res da k temu veliko pripomore nezdrav način življenja in seveda dednost. Prav tako se diabetes tipa 2 deli v dve skupini in sicer na debeli tip, ki ga ima približno 80% vse populacije in na ne debeli tip.
Da je T2D bolezen imunskega sistema pa ugotovimo s tem ko vidimo kako se telo odzovena določene mehanizme, ki sprožijo to bolezen. To so oksidativni stres, stres ER( endoplazemski retikel), lipotoksičnost in glukotoksičnost. Prav tako je potrebno poudariti, da ima diabetes tipa 2 svoje metabolne karakteristike in skupaj s temi patogenimi mehanizmi tvori formulo za nastanek bolezni. Seveda lahko pri T2D pride tudi do dolgoročnih komplikacij, kot so makro in mikro- vaskularne bolezni, problemi z ledvicami, očmi in živci. Te pa so glavni dejavniki za povzročitev hujšega bolezenskega stanja in ne nazadnje tudi smrti zaradi diabetesa.

== Mirjam Kmetič: Regulacija celičnega metabolizma železa ==

Železo je pomemben mikroelement, ki ga vezanega na proteine, vsebujejo skoraj vsa živa bitja. Celice sesalcev potrebujejo zadostno količino železa, da zadovoljijo metabolne potrebe ali dosežejo specializirane funkcije. Vsekakor pa je železo potencialno strupeno, še posebej v obliki Fe2+ ionov, ki katalizirajo pretvorbo vodikovega peroksida v proste radikale, ti pa poškodujejo veliko celičnih struktur (DNA, proteine, lipide...) in posledično celica lahko celo odmre. Vse oblike življenja se temu izognejo tako, da vežejo železove ione na proteine in tako hkrati izkoristijo njegove ugodnosti. Železo se prenaša v tkivo ob pomoči kroženja transferina, prenašalca, ki veže železo v plazmi, katerega predvsem sproščajo črevesne resice in retikuloendotelni makrofagi. Z železom bogat transferin se veže na membranski transferin receptor 1, kar se odraža z endocitozo in sprejemom te kovine. Sprejeto železo se prenese do mitohondrija za sintezo hema ali železo-žveplovih proteinov, ki so bistveni deli mnogih metaloproteinov. Presežno železo se skladišči in detoksificira v feritinu, ki je v citosolu. Metabolizem železa je nadzorovan na različnih nivojih in z raznovrstnimi mehanizmi. Pri uravnavanju je zelo pomemben sistem IRE (iron-responsive element)/IRP (iron-regulatory protein), dobro poznano post-transkripcijsko regulatorno vezje, ki ne le vzdržuje homeostazo v različnih tipih celic, ampak tudi prispeva k sistemskemu ravnovesju železa.

BIO1-seminar 2011

2011-03-02T19:14:34Z

MirjamKmetic: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Slovenski naslov članka'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Faktor vpliva revije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| BOTONJIĆ SANDI||Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom.||||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA
|-
| VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA
|-
| ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA
|-
| ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN
|-
| DOLINAR ANA||Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA
|-
| RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA
|-
| MOHAR MAŠA||Sladkorna bolezen tipa 2 kot vnetna bolezen||30,006||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA
|-
| POHLEVEN ŠPELA||jhfjsdf sdh fjhds v||12||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA
|-
| KEPIC LEA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ
|-
| KMETIČ MIRJAM||Celična regulacija metabolizma železa||5,371||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA
|-
| JARC VERONIKA||Hepatitis C||||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA
|-
| KOMAN KATRA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM
|-
| OGRIS IZA||Mišice in miokineze||||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ
|-
| KERIN INES||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK
|-
| VERBANČIČ JANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||KARNER TAJA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA
|-
| KNAPIČ EVA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA
|-
| REMŽGAR ANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA
|-
| POVŠE KATJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK
|-
| JAVORŠEK KAJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO
|-
| BRATOVŠ ANDREJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA
|-
| CRČEK MITJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA
|-
| MARIĆ TAMARA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA
|-
| ŠTEMBERGER ROK||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI
|-
| LORBEK SARA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK
|-
| REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA
|-
| ČUPOVIĆ VANA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA
|-
| RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA
|-
| RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA
|-
| VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA
|-
| FRANKO NIK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO
|-
| HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA
|-
| AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA
|-
| NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK
|-
| BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA
|-
| KARNER TAJA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA
|-
| KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA
|-
| GRDADOLNIK MAJA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA
|-
| GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ
|-
| GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA
|-
| BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA
|-
| ŠTOK ULA||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES
|-
| MUSTAR JERNEJ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR
* osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>
'''Citiranje knjig:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:'''<br>
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar 2011

2011-02-22T15:32:35Z

MirjamKmetic: /* Seznam seminarjev */