https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Nata%C5%A1a+Traven 2026-04-06T06:10:15Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Aflatoxout&diff=13724 2018-01-15T10:00:17Z

<p>Nataša Traven: </p> <hr /> <div>Povzeto po projektu iGEM ekipe iz Tajvana, 2017 [http://2017.igem.org/Team:CSMU_NCHU_Taiwan]<br /> <br /> (Nataša Traven)<br /> <br /> Aflatoksini so naravni mikotoksini, ki jih izločajo nekatere glive plesnivke, predvsem ''Aspergillus flavus'' in ''Aspergillus parasiticus''. Najbolj pogosto okužene kulturne rastline so koruza, arašidi, pšenica, oreščki; prisotni so lahko tudi v mleku ali jajcih živali, ki se je hranila s kontaminirano krmo. Velik problem predstavljajo predvsem v hrani s pretečenim rokom uporabe in v nepravilno skladiščeni hrani (na toplem in vlažnem), ki omogoča rast plesnim. Za sesalce je najbolj toksičen in karcinogen aflatoksin B1. Živali, ki zaužijejo z aflatoksinom B1 okuženo hrano, lahko razvijejo akutno aflatoksikozo in/ali kronične probleme z zdravjem (z aflatoksinom induciran hepatocelularni karcinom). <br /> O zastrupitvah z aflatoksinom v hrani so poročali že neštetokrat (vse od leta 1960), toda kljub temu trenutno še nimamo protistrupa (zdravila) za to bolezen. Ekipa iz Tajvana (CSMU_NCHU_Taiwan) je zato za iGEM tekmovanje pripravili projekt z naslovom Aflatoxout, v katerem so predstavili priročen, učinkovit in dostopen način za obvarovanje ljudi pred škodljivimi učinki aflatoksina. Projekt je sestavljen iz treh delov. Prvi del je namenjen iskanju protistrupa, ki bi ublažil škodljive učinke aflatoksina, drugi del predstavlja zasnovo testnega traku za detekcijo aflatoksina, zadnji, tretji del pa je oblikovanje aplikacije, ki bi združevala informacije o varnosti hrane. <br /> <br /> ==Protistrup za aflatoksin B1==<br /> Cilj ekipe iz Tajvana je oblikovati kapsulo, ki bo vsebovala encime za razgradnjo aflatoksina. Od F420-odvisne reduktaze so encimi, za katere je znano, da razgrajujejo aflatoksine [2]. Iz NCBI baze podatkov so pridobili zaporedje za varianto encima, ki je po raziskavah pokazala najboljšo razgradnjo aflatoksina B1 in G1. Uporabili so gen, ki kodira za encim MSMEG5998 (FDR) iz ''Mycobacterium smegmatis''. Za delovanje tega encima je potrebna aktivna oblika kofaktorja F420 (F420H2), ki je v celici nestabilen in se zlahka oksidira do F420. Zato so morali pripraviti dodaten konstrukt, ki bo ohranjal visok nivo kofaktorja v aktivni, reducirani obliki. Uporabili so od F420 odvisno glukoza-6-fosfat dehidrogenazo (FGD)( iz ''Mycobacterium smegmatis''), saj katalizira reakcijo, pri kateri nastaja reduciran F420.<br /> V številnih študijah so za povečanje topnosti tarčnih proteinov in preprečevanje nastanka inkluzijskih telesc pripravili fuzijo s tioredoksinom [3] in po tem se je zgledovala tudi ekipa iz Tajvana. V projektu so zato preko povezovalnega peptida povezali tioredoksin z izbranima encimoma za razgradnjo aflatoksina (MSMEG5998 in FGD). Sekvenco za tioredoksin so vstavili pred gen za posamezen encim in na ta način po transkripciji pridobili 2 različna fuzijska proteina (Tioredoksin-MSMEG5998 in Tioredoksin-FGD). Na konec so dodali heksahistidinsko oznako (6xHis-tag), ki je olajšala čiščenje. Uporabili so T7 promotor z lac operatorsko regijo, zato so ekspresijo fuzijskega proteina lahko izvedli z dodatkom IPTG. <br /> <br /> Način delovanje aflatoksina: prisotnost aflatoksina v telesu povzroči poškodbo na DNA, kar sproži kaskado popravljalnih mehanizmov. Končen rezultat je fosforilacija in s tem aktivacija p53. Indirektno, preko povečanega izražanja proteinov v signalni poti p53, lahko sklepamo, ali je prišlo do poškodbe DNA zaradi aflatoksina. Predpostavljali so, da lahko encim MSMEG5998 neposredno zmanjša genotoksičnot aflatoksina in tako posredno inhibira aktivacijo p53 signalne poti, saj pride do razgradnje aflatoksina.<br /> <br /> ===Rezultati===<br /> Pripravili so štiri različne konstrukte (za encima MSMEG5998 in FGD in za fuzijska proteina Tioredoksin-MSMEG5998 in Tioredoksin-FGD), ki so jih klonirali plazmide s standardnim ogrodjem (pSB1C3). Nato so izvedli transformacijo v ''E. coli'' in za ekspresijo (fuzijskih) proteinov dodali IPTG. Z nikelj-afinitetno kromatografijo so izolirali želene proteine, ki so jih detektirali z NaDS-PAGE. Uspešno so izolirali tako encim MSMEG5998, ki je velik 18,9 kDa, kot tudi encim FGD (37kDa), toda koncentracija izoliranega MSMEG5998 je bila znatno nižja (približno 0,16 mg/ml) v primerjavi z FGD (približno 2 mg/ml). Uspešno so izolirali tudi oba fuzijska proteina.<br /> Ugotavljali so tudi, ali se topnost encima poveča, če je nanj kot fuzijski protein vezan tioredoksin. Pripravili so prenos western (WB) iz peleta in supernatanta, da bi na ta način detektirali količino encimov v vsaki od frakcij. Ekspresija MSMEG5998 v supernatantu je bila približno enakovredna pri obeh tipih encimov (s fuzijo ali brez), medtem ko pri encimu FGD prisotnost v supernatantu ni bila tako močna, torej so ti encimi slabše topni. <br /> <br /> ====Rezultati razpada aflatoksina====<br /> Za preučevanje viabilnosti celic v prisotnosti aflatoksina so uporabili celično linijo Hep G2 (humani hepatični karcinom), ki je pogosto uporabljena celična linija za preučevanje poškodb, povzročenih z aflatoksinom. Celice so tretirali z različnimi koc. aflatoksina B1 in nato spremljali preživetje. Statistično signifikantni razliki v preživetju se pojavita po 48 urah pri koncentracijah aflatoksina 5 in 10 μM, saj se smrtnost poveča na 32 % pri 5 μM in 46% pri 10 μM . Ugotovili so, da aflatoksin ne prizadene celične viabilnosti tako močno kot so pričakovali. <br /> Zelo jasno so ugotovili, da aflatoksin B1 vodi v poškodbe DNA v uporabljeni celični liniji (HepG2) po 48 urah. Izvedli so imunocitokemijski test, pri katerem so s protitelesi (proti γH2AX) detektirali γH2AX, ki je eden glavnih posrednikov pri odzivu na poškodbo DNA in injicira popravljanje dvojnih prelomov DNA. Pri treniranju celic z najvišjo konc. aflatoksina (10 μM) so dobili očiten fluorescenčni signal, ki kaže na prisotnost γH2AX. Pri nižjih konc. aflatoksina je bil signal nesignifikanten. <br /> Poleg tega so preverjali ekspresijo nekaterih proteinov v signalni poti p53 po tretiranju z aflatoksinom. Dokazali so, da je aflatoksin induciral izražanje p53, p21 in p-Chk1.<br /> <br /> ====Rezultati encimske aktivnosti====<br /> Ugotovili so, da imata tako originalni encim MEMEG5998, kot tudi fuzija tega encima s tioredoksinom, visoko aktivnost in razgrajujeta aflatoksin v 60%. Učinek fuzijskega proteina (Tioredoksina+MSMEG5998) je še malenkost boljši od originalnega. <br /> Spremljali so tudi odvisnost razgradnje aflatoksina do časa in rezultate detektirali na dva načina, z merjenem absorbance pri 365 nm in z ELIS-o. Ugotovili so, da je količina razgrajenega aflatoksina odvisna od časa inkubacije skupaj z encimom in da ima fuzijski protein tioredoksina+MSMEG5998 boljšo aktivnost kot originalni MEMEG5998, saj razgradi kar 83 % toksina v 8 urah. <br /> Potrdili so, da MEMEG5998 zmanjša aktivacijo signalne poti p53, ki jo aktivira aflatoksin. Po 24 urah so celice so po tretiranju z aflatoksinom lizirali in pripravili WB, s katerim so detektirali proteine signalne poti p53. Ugotovili so, da se ekspresija p-Chk1, p-Chk2, p-p53, p53 in p21 zniža pri vzorcu z dodanim encimom.<br /> <br /> ==Testni trak za detekcijo aflatoksina B1 (imunokromatografija)==<br /> Tradicionalni način za detekcijo aflatoksina B1 je z uporabo HPLC ali ELISA-e. Kljub temu da so rezultati sicer zelo natančni, sta obe metodi dolgotrajni in dragi. Zato se je ekipa odločila za pripravo preprostejšega senzorja na podlagi imunokromatografskega traku. Imunokromatografski trakovi temeljijo na specifični interakciji med antigenom (aflatoksin) in protitelesom, ki je vezano na zlate nanodelce. Kompleks nato preko fiksiranih antigenov potuje do sekundarnih protiteles, kamor se specifično veže in na koncu pokaže rezultat v obliki obarvane linije. Imunokromotografski trakovi tradicionalno vsebujejo monoklonska protitelesa, specifična za vezavo aflatoksina. Priprava takih protiteles zahteva ogromno časa, primerne opreme in je zelo draga. Zato se je ekipa odločila pa pripravo naprednega imunokromatografskega traku na osnovi fuzijskega proteina, pri katerem bi namesto klasičnega protitelesa uporabili enoverižni variabilni fragment (scFv) in fluorescenčni protein za detekcijo. <br /> Fuzijski sistem scFv-rdeči fluorescenčni protein (RFP) so sestavili iz treh domen, scFv proti aflatoksinu, rigidni povezovalni petid in RFP, dodana pa je še oznaka His-tag. Za proces imunokromotografije je potrebno najprej izolirati aflatoksin iz vzorca, za kar so načrtovali posebno naprav<br /> <br /> ===Rezultati===<br /> Rdeči fluorescenčni protein so dodali z namenom, da bi se izognil uporabi zlatih nanodelcev in olajšali detekcijo aflatoksina. Toda kolonije, ki so jih dobili po transformaciji, niso izražale vidno rdeče barve, kot so pričakovali. Ko so fuzijski protein očistili, do dobili fragment velikosti 57 kDa, kar ustreza velikosti celotnega fuzijskega proteina (scFv-RFP). S tem so potrdili, da pride do ekspresije celotnega fuzijskega proteina. <br /> Analizirali so tudi vezavno kapaciteto izoliranega fuzijskega proteina s testom ELISA. Uporabili so različne koncentracije aflatoksina, kot izhodni signal so merili absorbanco pri 450 nm. Če bi bilo protitelo sposobno vezati aflatoksin, bi teoretično vrednosti OD morale naraščati z naraščajočo koncentracijo aflatoksina B1. Toda rezultati niso bili v skladu s pričakovanji, z naraščajočo koncentracijo aflatoksina se OD ni sorazmerno povečeval, ampak je pri najvišji konc. aflatoksina celo strmo padel. Iz takšnih rezultatov so zaključili, da fuzijski protein nima vezavne sposobnosti. <br /> S tehnologijo 3D tiskanja so oblikovali napravo iz polilaktata za pripravo vzorca in izolacijo aflatoksina. Sestavni deli naprave vključujejo 4 dele: pokrov,˝ mlinček˝(mesto, kamor bi vstavili vzorec hrane), mešalni tank in posoda s topilom. Ko bi se vzorec hrane in topilo dobro premešala, bi vstavili testni trak v odprtino na napravi in imunokromatografija bi se pričela. <br /> <br /> ==Aplikacija==<br /> Z namenom, da bi zmanjšali uporabo testnih trakov, so oblikovali aplikacijo, ki detektira rezultat testa (slikanje testnega traku), omogoča prenos informacije o varnosti hrane v bazo podatkov (v oblaku), kjer se le ti skladiščijo in urejajo. Poleg tega omogoča tudi prenos informacij na spletno stran, ki bo dostopna proizvajalcem hrane. Na ta način bodo proizvajalci lahko kontinuirano spremljali, ali so njihovi produkti varni za uporabo oz. ali je prišlo do prijave okužbe z aflatoksinom. S pomočjo take aplikacije se bodo lahko hitreje odzvali na okužbo in jo pravočasno sanirali.<br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> [1] http://2017.igem.org/Team:CSMU_NCHU_Taiwan <br /> <br /> [2] M. C. Taylor et al.: Identification and characterization of two families of F420H2-dependent reductases from Mycobacteria that catalyse aflatoxin degradation. Molecular Microbiology. 2010, 78, 561–575 <br /> <br /> [3] S. Costa, A. Almeida, A. Castro, L. Domingues: Fusion tags for protein solubility, purification, and immunogenicity in Escherichia coli: The novel Fh8 system. Frontiers in Microbiology. 2014, 5, doi:10.3389/fmicb.2014.00063.<br /> <br /> [4] https://en.wikipedia.org/wiki/Coenzyme_F420, 14.1.2018</div>

Nataša Traven https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2017/18&diff=13723 2018-01-15T09:58:13Z

<p>Nataša Traven: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:<br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> #[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah]&lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] &lt;br&gt;<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.<br /> <br /> ---------------------------<br /> Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):<br /> <br /> 27.11. &lt;br&gt;<br /> 1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]&lt;br&gt;<br /> 2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku]&lt;br&gt;<br /> <br /> 28.11.&lt;br&gt;<br /> 1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> 2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] &lt;br&gt;<br /> 3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 4.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] &lt;br&gt;<br /> 2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 5.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] &lt;br&gt;<br /> 2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> 3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] &lt;br&gt; <br /> 4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 12.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] &lt;br&gt;<br /> 2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] &lt;br&gt;<br /> 3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] &lt;br&gt;<br /> 4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 19.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] &lt;br&gt; <br /> 2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] &lt;br&gt;<br /> 3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> 4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 9.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] &lt;br&gt;<br /> 2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> 3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 15.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 16.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Inge Sotlar - Super tobak &lt;br&gt;<br /> 2 Marija Kisilak - [[Enkabcillus - to je past!]]&lt;br&gt;<br /> 3 Nataša Traven - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] &lt;br&gt;<br /> 4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 22.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Mojca Hunski &lt;br&gt;<br /> 2 Tomaž Žagar &lt;br&gt;<br /> 3 Tadej Ulčnik &lt;br&gt;<br /> 4 Jakob Rupert&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 23.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Cirnski &lt;br&gt;<br /> 2 Rok Ferenc &lt;br&gt;<br /> 3 Barbara Lipovšek &lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;</div>

Nataša Traven https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2017/18&diff=13722 2018-01-15T09:55:16Z

<p>Nataša Traven: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:<br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> #[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah]&lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout] &lt;br&gt;<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.<br /> <br /> ---------------------------<br /> Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):<br /> <br /> 27.11. &lt;br&gt;<br /> 1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]&lt;br&gt;<br /> 2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku]&lt;br&gt;<br /> <br /> 28.11.&lt;br&gt;<br /> 1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola]&lt;br&gt;<br /> 2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] &lt;br&gt;<br /> 3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 4.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] &lt;br&gt;<br /> 2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 5.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] &lt;br&gt;<br /> 2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] &lt;br&gt;<br /> 3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] &lt;br&gt; <br /> 4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 12.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] &lt;br&gt;<br /> 2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] &lt;br&gt;<br /> 3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] &lt;br&gt;<br /> 4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 19.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] &lt;br&gt; <br /> 2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] &lt;br&gt;<br /> 3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] &lt;br&gt;<br /> 4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 9.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] &lt;br&gt;<br /> 2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] &lt;br&gt;<br /> 3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] &lt;br&gt;<br /> 4 &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 15.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 16.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Inge Sotlar - Super tobak &lt;br&gt;<br /> 2 Marija Kisilak - [[Enkabcillus - to je past!]]&lt;br&gt;<br /> 3 Nataša Traven - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout] &lt;br&gt;<br /> 4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 22.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Mojca Hunski &lt;br&gt;<br /> 2 Tomaž Žagar &lt;br&gt;<br /> 3 Tadej Ulčnik &lt;br&gt;<br /> 4 Jakob Rupert&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 23.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Cirnski &lt;br&gt;<br /> 2 Rok Ferenc &lt;br&gt;<br /> 3 Barbara Lipovšek &lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;</div>

Nataša Traven https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Aflatoxout&diff=13721 2018-01-15T09:50:52Z

<p>Nataša Traven: </p> <hr /> <div>Povzeto po projektu iGEM ekipe iz Tajvana [http://2017.igem.org/Team:CSMU_NCHU_Taiwan]<br /> <br /> (Nataša Traven)<br /> <br /> Aflatoksini so naravni mikotoksini, ki jih izločajo nekatere glive plesnivke, predvsem ''Aspergillus flavus'' in ''Aspergillus parasiticus''. Najbolj pogosto okužene kulturne rastline so koruza, arašidi, pšenica, oreščki; prisotni so lahko tudi v mleku ali jajcih živali, ki se je hranila s kontaminirano krmo. Velik problem predstavljajo predvsem v hrani s pretečenim rokom uporabe in v nepravilno skladiščeni hrani (na toplem in vlažnem), ki omogoča rast plesnim. Za sesalce je najbolj toksičen in karcinogen aflatoksin B1. Živali, ki zaužijejo z aflatoksinom B1 okuženo hrano, lahko razvijejo akutno aflatoksikozo in/ali kronične probleme z zdravjem (z aflatoksinom induciran hepatocelularni karcinom). <br /> O zastrupitvah z aflatoksinom v hrani so poročali že neštetokrat (vse od leta 1960), toda kljub temu trenutno še nimamo protistrupa (zdravila) za to bolezen. Ekipa iz Tajvana (CSMU_NCHU_Taiwan) je zato za iGEM tekmovanje pripravili projekt z naslovom Aflatoxout, v katerem so predstavili priročen, učinkovit in dostopen način za obvarovanje ljudi pred škodljivimi učinki aflatoksina. Projekt je sestavljen iz treh delov. Prvi del je namenjen iskanju protistrupa, ki bi ublažil škodljive učinke aflatoksina, drugi del predstavlja zasnovo testnega traku za detekcijo aflatoksina, zadnji, tretji del pa je oblikovanje aplikacije, ki bi združevala informacije o varnosti hrane. <br /> <br /> ==Protistrup za aflatoksin B1==<br /> Cilj ekipe iz Tajvana je oblikovati kapsulo, ki bo vsebovala encime za razgradnjo aflatoksina. Od F420-odvisne reduktaze so encimi, za katere je znano, da razgrajujejo aflatoksine [2]. Iz NCBI baze podatkov so pridobili zaporedje za varianto encima, ki je po raziskavah pokazala najboljšo razgradnjo aflatoksina B1 in G1. Uporabili so gen, ki kodira za encim MSMEG5998 (FDR) iz ''Mycobacterium smegmatis''. Za delovanje tega encima je potrebna aktivna oblika kofaktorja F420 (F420H2), ki je v celici nestabilen in se zlahka oksidira do F420. Zato so morali pripraviti dodaten konstrukt, ki bo ohranjal visok nivo kofaktorja v aktivni, reducirani obliki. Uporabili so od F420 odvisno glukoza-6-fosfat dehidrogenazo (FGD)( iz ''Mycobacterium smegmatis''), saj katalizira reakcijo, pri kateri nastaja reduciran F420.<br /> V številnih študijah so za povečanje topnosti tarčnih proteinov in preprečevanje nastanka inkluzijskih telesc pripravili fuzijo s tioredoksinom [3] in po tem se je zgledovala tudi ekipa iz Tajvana. V projektu so zato preko povezovalnega peptida povezali tioredoksin z izbranima encimoma za razgradnjo aflatoksina (MSMEG5998 in FGD). Sekvenco za tioredoksin so vstavili pred gen za posamezen encim in na ta način po transkripciji pridobili 2 različna fuzijska proteina (Tioredoksin-MSMEG5998 in Tioredoksin-FGD). Na konec so dodali heksahistidinsko oznako (6xHis-tag), ki je olajšala čiščenje. Uporabili so T7 promotor z lac operatorsko regijo, zato so ekspresijo fuzijskega proteina lahko izvedli z dodatkom IPTG. <br /> <br /> Način delovanje aflatoksina: prisotnost aflatoksina v telesu povzroči poškodbo na DNA, kar sproži kaskado popravljalnih mehanizmov. Končen rezultat je fosforilacija in s tem aktivacija p53. Indirektno, preko povečanega izražanja proteinov v signalni poti p53, lahko sklepamo, ali je prišlo do poškodbe DNA zaradi aflatoksina. Predpostavljali so, da lahko encim MSMEG5998 neposredno zmanjša genotoksičnot aflatoksina in tako posredno inhibira aktivacijo p53 signalne poti, saj pride do razgradnje aflatoksina.<br /> <br /> ===Rezultati===<br /> Pripravili so štiri različne konstrukte (za encima MSMEG5998 in FGD in za fuzijska proteina Tioredoksin-MSMEG5998 in Tioredoksin-FGD), ki so jih klonirali plazmide s standardnim ogrodjem (pSB1C3). Nato so izvedli transformacijo v ''E. coli'' in za ekspresijo (fuzijskih) proteinov dodali IPTG. Z nikelj-afinitetno kromatografijo so izolirali želene proteine, ki so jih detektirali z NaDS-PAGE. Uspešno so izolirali tako encim MSMEG5998, ki je velik 18,9 kDa, kot tudi encim FGD (37kDa), toda koncentracija izoliranega MSMEG5998 je bila znatno nižja (približno 0,16 mg/ml) v primerjavi z FGD (približno 2 mg/ml). Uspešno so izolirali tudi oba fuzijska proteina.<br /> Ugotavljali so tudi, ali se topnost encima poveča, če je nanj kot fuzijski protein vezan tioredoksin. Pripravili so prenos western (WB) iz peleta in supernatanta, da bi na ta način detektirali količino encimov v vsaki od frakcij. Ekspresija MSMEG5998 v supernatantu je bila približno enakovredna pri obeh tipih encimov (s fuzijo ali brez), medtem ko pri encimu FGD prisotnost v supernatantu ni bila tako močna, torej so ti encimi slabše topni. <br /> <br /> ====Rezultati razpada aflatoksina====<br /> Za preučevanje viabilnosti celic v prisotnosti aflatoksina so uporabili celično linijo Hep G2 (humani hepatični karcinom), ki je pogosto uporabljena celična linija za preučevanje poškodb, povzročenih z aflatoksinom. Celice so tretirali z različnimi koc. aflatoksina B1 in nato spremljali preživetje. Statistično signifikantni razliki v preživetju se pojavita po 48 urah pri koncentracijah aflatoksina 5 in 10 μM, saj se smrtnost poveča na 32 % pri 5 μM in 46% pri 10 μM . Ugotovili so, da aflatoksin ne prizadene celične viabilnosti tako močno kot so pričakovali. <br /> Zelo jasno so ugotovili, da aflatoksin B1 vodi v poškodbe DNA v uporabljeni celični liniji (HepG2) po 48 urah. Izvedli so imunocitokemijski test, pri katerem so s protitelesi (proti γH2AX) detektirali γH2AX, ki je eden glavnih posrednikov pri odzivu na poškodbo DNA in injicira popravljanje dvojnih prelomov DNA. Pri treniranju celic z najvišjo konc. aflatoksina (10 μM) so dobili očiten fluorescenčni signal, ki kaže na prisotnost γH2AX. Pri nižjih konc. aflatoksina je bil signal nesignifikanten. <br /> Poleg tega so preverjali ekspresijo nekaterih proteinov v signalni poti p53 po tretiranju z aflatoksinom. Dokazali so, da je aflatoksin induciral izražanje p53, p21 in p-Chk1.<br /> <br /> ====Rezultati encimske aktivnosti====<br /> Ugotovili so, da imata tako originalni encim MEMEG5998, kot tudi fuzija tega encima s tioredoksinom, visoko aktivnost in razgrajujeta aflatoksin v 60%. Učinek fuzijskega proteina (Tioredoksina+MSMEG5998) je še malenkost boljši od originalnega. <br /> Spremljali so tudi odvisnost razgradnje aflatoksina do časa in rezultate detektirali na dva načina, z merjenem absorbance pri 365 nm in z ELIS-o. Ugotovili so, da je količina razgrajenega aflatoksina odvisna od časa inkubacije skupaj z encimom in da ima fuzijski protein tioredoksina+MSMEG5998 boljšo aktivnost kot originalni MEMEG5998, saj razgradi kar 83 % toksina v 8 urah. <br /> Potrdili so, da MEMEG5998 zmanjša aktivacijo signalne poti p53, ki jo aktivira aflatoksin. Po 24 urah so celice so po tretiranju z aflatoksinom lizirali in pripravili WB, s katerim so detektirali proteine signalne poti p53. Ugotovili so, da se ekspresija p-Chk1, p-Chk2, p-p53, p53 in p21 zniža pri vzorcu z dodanim encimom.<br /> <br /> ==Testni trak za detekcijo aflatoksina B1 (imunokromatografija)==<br /> Tradicionalni način za detekcijo aflatoksina B1 je z uporabo HPLC ali ELISA-e. Kljub temu da so rezultati sicer zelo natančni, sta obe metodi dolgotrajni in dragi. Zato se je ekipa odločila za pripravo preprostejšega senzorja na podlagi imunokromatografskega traku. Imunokromatografski trakovi temeljijo na specifični interakciji med antigenom (aflatoksin) in protitelesom, ki je vezano na zlate nanodelce. Kompleks nato preko fiksiranih antigenov potuje do sekundarnih protiteles, kamor se specifično veže in na koncu pokaže rezultat v obliki obarvane linije. Imunokromotografski trakovi tradicionalno vsebujejo monoklonska protitelesa, specifična za vezavo aflatoksina. Priprava takih protiteles zahteva ogromno časa, primerne opreme in je zelo draga. Zato se je ekipa odločila pa pripravo naprednega imunokromatografskega traku na osnovi fuzijskega proteina, pri katerem bi namesto klasičnega protitelesa uporabili enoverižni variabilni fragment (scFv) in fluorescenčni protein za detekcijo. <br /> Fuzijski sistem scFv-rdeči fluorescenčni protein (RFP) so sestavili iz treh domen, scFv proti aflatoksinu, rigidni povezovalni petid in RFP, dodana pa je še oznaka His-tag. Za proces imunokromotografije je potrebno najprej izolirati aflatoksin iz vzorca, za kar so načrtovali posebno naprav<br /> <br /> ===Rezultati===<br /> Rdeči fluorescenčni protein so dodali z namenom, da bi se izognil uporabi zlatih nanodelcev in olajšali detekcijo aflatoksina. Toda kolonije, ki so jih dobili po transformaciji, niso izražale vidno rdeče barve, kot so pričakovali. Ko so fuzijski protein očistili, do dobili fragment velikosti 57 kDa, kar ustreza velikosti celotnega fuzijskega proteina (scFv-RFP). S tem so potrdili, da pride do ekspresije celotnega fuzijskega proteina. <br /> Analizirali so tudi vezavno kapaciteto izoliranega fuzijskega proteina s testom ELISA. Uporabili so različne koncentracije aflatoksina, kot izhodni signal so merili absorbanco pri 450 nm. Če bi bilo protitelo sposobno vezati aflatoksin, bi teoretično vrednosti OD morale naraščati z naraščajočo koncentracijo aflatoksina B1. Toda rezultati niso bili v skladu s pričakovanji, z naraščajočo koncentracijo aflatoksina se OD ni sorazmerno povečeval, ampak je pri najvišji konc. aflatoksina celo strmo padel. Iz takšnih rezultatov so zaključili, da fuzijski protein nima vezavne sposobnosti. <br /> S tehnologijo 3D tiskanja so oblikovali napravo iz polilaktata za pripravo vzorca in izolacijo aflatoksina. Sestavni deli naprave vključujejo 4 dele: pokrov,˝ mlinček˝(mesto, kamor bi vstavili vzorec hrane), mešalni tank in posoda s topilom. Ko bi se vzorec hrane in topilo dobro premešala, bi vstavili testni trak v odprtino na napravi in imunokromatografija bi se pričela. <br /> <br /> ==Aplikacija==<br /> Z namenom, da bi zmanjšali uporabo testnih trakov, so oblikovali aplikacijo, ki detektira rezultat testa (slikanje testnega traku), omogoča prenos informacije o varnosti hrane v bazo podatkov (v oblaku), kjer se le ti skladiščijo in urejajo. Poleg tega omogoča tudi prenos informacij na spletno stran, ki bo dostopna proizvajalcem hrane. Na ta način bodo proizvajalci lahko kontinuirano spremljali, ali so njihovi produkti varni za uporabo oz. ali je prišlo do prijave okužbe z aflatoksinom. S pomočjo take aplikacije se bodo lahko hitreje odzvali na okužbo in jo pravočasno sanirali.<br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> [1] http://2017.igem.org/Team:CSMU_NCHU_Taiwan <br /> <br /> [2] M. C. Taylor et al.: Identification and characterization of two families of F420H2-dependent reductases from Mycobacteria that catalyse aflatoxin degradation. Molecular Microbiology. 2010, 78, 561–575 <br /> <br /> [3] S. Costa, A. Almeida, A. Castro, L. Domingues: Fusion tags for protein solubility, purification, and immunogenicity in Escherichia coli: The novel Fh8 system. Frontiers in Microbiology. 2014, 5, doi:10.3389/fmicb.2014.00063.<br /> <br /> [4] https://en.wikipedia.org/wiki/Coenzyme_F420, 14.1.2018</div>

Nataša Traven https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Aflatoxout&diff=13719 2018-01-15T09:47:16Z

<p>Nataša Traven: New page: Povzeto po projektu iGEM ekipe iz Tajvana [http://2017.igem.org/Team:CSMU_NCHU_Taiwan] (Nataša Traven) Aflatoksini so naravni mikotoksini, ki jih izločajo nekatere glive plesnivke, pr...</p> <hr /> <div>Povzeto po projektu iGEM ekipe iz Tajvana [http://2017.igem.org/Team:CSMU_NCHU_Taiwan]<br /> <br /> (Nataša Traven)<br /> <br /> Aflatoksini so naravni mikotoksini, ki jih izločajo nekatere glive plesnivke, predvsem ''Aspergillus flavus'' in ''Aspergillus parasiticus''. Najbolj pogosto okužene kulturne rastline so koruza, arašidi, pšenica, oreščki; prisotni so lahko tudi v mleku ali jajcih živali, ki se je hranila s kontaminirano krmo. Velik problem predstavljajo predvsem v hrani s pretečenim rokom uporabe in v nepravilno skladiščeni hrani (na toplem in vlažnem), ki omogoča rast plesnim. Za sesalce je najbolj toksičen in karcinogen aflatoksin B1. Živali, ki zaužijejo z aflatoksinom B1 okuženo hrano, lahko razvijejo akutno aflatoksikozo in/ali kronične probleme z zdravjem (z aflatoksinom induciran hepatocelularni karcinom). <br /> O zastrupitvah z aflatoksinom v hrani so poročali že neštetokrat (vse od leta 1960), toda kljub temu trenutno še nimamo protistrupa (zdravila) za to bolezen. Ekipa iz Tajvana (CSMU_NCHU_Taiwan) je zato za iGEM tekmovanje pripravili projekt z naslovom Aflatoxout, v katerem so predstavili priročen, učinkovit in dostopen način za obvarovanje ljudi pred škodljivimi učinki aflatoksina. Projekt je sestavljen iz treh delov. Prvi del je namenjen iskanju protistrupa, ki bi ublažil škodljive učinke aflatoksina, drugi del predstavlja zasnovo testnega traku za detekcijo aflatoksina, zadnji, tretji del pa je oblikovanje aplikacije, ki bi združevala informacije o varnosti hrane. <br /> <br /> ==Protistrup za aflatoksin B1==<br /> Cilj ekipe iz Tajvana je oblikovati kapsulo, ki bo vsebovala encime za razgradnjo aflatoksina. Od F420-odvisne reduktaze so encimi, za katere je znano, da razgrajujejo aflatoksine [2]. Iz NCBI baze podatkov so pridobili zaporedje za varianto encima, ki je po raziskavah pokazala najboljšo razgradnjo aflatoksina B1 in G1. Uporabili so gen, ki kodira za encim MSMEG5998 (FDR) iz ''Mycobacterium smegmatis''. Za delovanje tega encima je potrebna aktivna oblika kofaktorja F420 (F420H2), ki je v celici nestabilen in se zlahka oksidira do F420. Zato so morali pripraviti dodaten konstrukt, ki bo ohranjal visok nivo kofaktorja v aktivni, reducirani obliki. Uporabili so od F420 odvisno glukoza-6-fosfat dehidrogenazo (FGD)( iz ''Mycobacterium smegmatis''), saj katalizira reakcijo, pri kateri nastaja reduciran F420.<br /> V številnih študijah so za povečanje topnosti tarčnih proteinov in preprečevanje nastanka inkluzijskih telesc pripravili fuzijo s tioredoksinom [3] in po tem se je zgledovala tudi ekipa iz Tajvana. V projektu so zato preko povezovalnega peptida povezali tioredoksin z izbranima encimoma za razgradnjo aflatoksina (MSMEG5998 in FGD). Sekvenco za tioredoksin so vstavili pred gen za posamezen encim in na ta način po transkripciji pridobili 2 različna fuzijska proteina (Tioredoksin-MSMEG5998 in Tioredoksin-FGD). Na konec so dodali heksahistidinsko oznako (6xHis-tag), ki je olajšala čiščenje. Uporabili so T7 promotor z lac operatorsko regijo, zato so ekspresijo fuzijskega proteina lahko izvedli z dodatkom IPTG. <br /> <br /> Način delovanje aflatoksina<br /> Prisotnost aflatoksina v telesu povzroči poškodbo na DNA, kar sproži kaskado popravljalnih mehanizmov. Končen rezultat je fosforilacija in s tem aktivacija p53. Indirektno, preko povečanega izražanja proteinov v signalni poti p53, lahko sklepamo, ali je prišlo do poškodbe DNA zaradi aflatoksina. Predpostavljali so, da lahko encim MSMEG5998 neposredno zmanjša genotoksičnot aflatoksina in tako posredno inhibira aktivacijo p53 signalne poti, saj pride do razgradnje aflatoksina.<br /> <br /> ===Rezultati===<br /> Pripravili so štiri različne konstrukte (za encima MSMEG5998 in FGD in za fuzijska proteina Tioredoksin-MSMEG5998 in Tioredoksin-FGD), ki so jih klonirali plazmide s standardnim ogrodjem (pSB1C3). Nato so izvedli transformacijo v ''E. coli'' in za ekspresijo (fuzijskih) proteinov dodali IPTG. Z nikelj-afinitetno kromatografijo so izolirali želene proteine, ki so jih detektirali z NaDS-PAGE. Uspešno so izolirali tako encim MSMEG5998, ki je velik 18,9 kDa, kot tudi encim FGD (37kDa), toda koncentracija izoliranega MSMEG5998 je bila znatno nižja (približno 0,16 mg/ml) v primerjavi z FGD (približno 2 mg/ml). Uspešno so izolirali tudi oba fuzijska proteina.<br /> Ugotavljali so tudi, ali se topnost encima poveča, če je nanj kot fuzijski protein vezan tioredoksin. Pripravili so prenos western (WB) iz peleta in supernatanta, da bi na ta način detektirali količino encimov v vsaki od frakcij. Ekspresija MSMEG5998 v supernatantu je bila približno enakovredna pri obeh tipih encimov (s fuzijo ali brez), medtem ko pri encimu FGD prisotnost v supernatantu ni bila tako močna, torej so ti encimi slabše topni. <br /> <br /> ====Rezultati razpada aflatoksina====<br /> Za preučevanje viabilnosti celic v prisotnosti aflatoksina so uporabili celično linijo Hep G2 (humani hepatični karcinom), ki je pogosto uporabljena celična linija za preučevanje poškodb, povzročenih z aflatoksinom. Celice so tretirali z različnimi koc. aflatoksina B1 in nato spremljali preživetje. Statistično signifikantni razliki v preživetju se pojavita po 48 urah pri koncentracijah aflatoksina 5 in 10 μM, saj se smrtnost poveča na 32 % pri 5 μM in 46% pri 10 μM . Ugotovili so, da aflatoksin ne prizadene celične viabilnosti tako močno kot so pričakovali. <br /> Zelo jasno so ugotovili, da aflatoksin B1 vodi v poškodbe DNA v uporabljeni celični liniji (HepG2) po 48 urah. Izvedli so imunocitokemijski test, pri katerem so s protitelesi (proti γH2AX) detektirali γH2AX, ki je eden glavnih posrednikov pri odzivu na poškodbo DNA in injicira popravljanje dvojnih prelomov DNA. Pri treniranju celic z najvišjo konc. aflatoksina (10 μM) so dobili očiten fluorescenčni signal, ki kaže na prisotnost γH2AX. Pri nižjih konc. aflatoksina je bil signal nesignifikanten. <br /> Poleg tega so preverjali ekspresijo nekaterih proteinov v signalni poti p53 po tretiranju z aflatoksinom. Dokazali so, da je aflatoksin induciral izražanje p53, p21 in p-Chk1.<br /> <br /> ====Rezultati encimske aktivnosti====<br /> Ugotovili so, da imata tako originalni encim MEMEG5998, kot tudi fuzija tega encima s tioredoksinom, visoko aktivnost in razgrajujeta aflatoksin v 60%. Učinek fuzijskega proteina (Tioredoksina+MSMEG5998) je še malenkost boljši od originalnega. <br /> Spremljali so tudi odvisnost razgradnje aflatoksina do časa in rezultate detektirali na dva načina, z merjenem absorbance pri 365 nm in z ELIS-o. Ugotovili so, da je količina razgrajenega aflatoksina odvisna od časa inkubacije skupaj z encimom in da ima fuzijski protein tioredoksina+MSMEG5998 boljšo aktivnost kot originalni MEMEG5998, saj razgradi kar 83 % toksina v 8 urah. <br /> Potrdili so, da MEMEG5998 zmanjša aktivacijo signalne poti p53, ki jo aktivira aflatoksin. Po 24 urah so celice so po tretiranju z aflatoksinom lizirali in pripravili WB, s katerim so detektirali proteine signalne poti p53. Ugotovili so, da se ekspresija p-Chk1, p-Chk2, p-p53, p53 in p21 zniža pri vzorcu z dodanim encimom.<br /> <br /> ==Testni trak za detekcijo aflatoksina B1 (imunokromatografija)==<br /> Tradicionalni način za detekcijo aflatoksina B1 je z uporabo HPLC ali ELISA-e. Kljub temu da so rezultati sicer zelo natančni, sta obe metodi dolgotrajni in dragi. Zato se je ekipa odločila za pripravo preprostejšega senzorja na podlagi imunokromatografskega traku. Imunokromatografski trakovi temeljijo na specifični interakciji med antigenom (aflatoksin) in protitelesom, ki je vezano na zlate nanodelce. Kompleks nato preko fiksiranih antigenov potuje do sekundarnih protiteles, kamor se specifično veže in na koncu pokaže rezultat v obliki obarvane linije. Imunokromotografski trakovi tradicionalno vsebujejo monoklonska protitelesa, specifična za vezavo aflatoksina. Priprava takih protiteles zahteva ogromno časa, primerne opreme in je zelo draga. Zato se je ekipa odločila pa pripravo naprednega imunokromatografskega traku na osnovi fuzijskega proteina, pri katerem bi namesto klasičnega protitelesa uporabili enoverižni variabilni fragment (scFv) in fluorescenčni protein za detekcijo. <br /> Fuzijski sistem scFv-rdeči fluorescenčni protein (RFP) so sestavili iz treh domen, scFv proti aflatoksinu, rigidni povezovalni petid in RFP, dodana pa je še oznaka His-tag. Za proces imunokromotografije je potrebno najprej izolirati aflatoksin iz vzorca, za kar so načrtovali posebno naprav<br /> <br /> ===Rezultati===<br /> Rdeči fluorescenčni protein so dodali z namenom, da bi se izognil uporabi zlatih nanodelcev in olajšali detekcijo aflatoksina. Toda kolonije, ki so jih dobili po transformaciji, niso izražale vidno rdeče barve, kot so pričakovali. Ko so fuzijski protein očistili, do dobili fragment velikosti 57 kDa, kar ustreza velikosti celotnega fuzijskega proteina (scFv-RFP). S tem so potrdili, da pride do ekspresije celotnega fuzijskega proteina. <br /> Analizirali so tudi vezavno kapaciteto izoliranega fuzijskega proteina s testom ELISA. Uporabili so različne koncentracije aflatoksina, kot izhodni signal so merili absorbanco pri 450 nm. Če bi bilo protitelo sposobno vezati aflatoksin, bi teoretično vrednosti OD morale naraščati z naraščajočo koncentracijo aflatoksina B1. Toda rezultati niso bili v skladu s pričakovanji, z naraščajočo koncentracijo aflatoksina se OD ni sorazmerno povečeval, ampak je pri najvišji konc. aflatoksina celo strmo padel. Iz takšnih rezultatov so zaključili, da fuzijski protein nima vezavne sposobnosti. <br /> S tehnologijo 3D tiskanja so oblikovali napravo iz polilaktata za pripravo vzorca in izolacijo aflatoksina. Sestavni deli naprave vključujejo 4 dele: pokrov,˝ mlinček˝(mesto, kamor bi vstavili vzorec hrane), mešalni tank in posoda s topilom. Ko bi se vzorec hrane in topilo dobro premešala, bi vstavili testni trak v odprtino na napravi in imunokromatografija bi se pričela. <br /> <br /> ==Aplikacija==<br /> Z namenom, da bi zmanjšali uporabo testnih trakov, so oblikovali aplikacijo, ki detektira rezultat testa (slikanje testnega traku), omogoča prenos informacije o varnosti hrane v bazo podatkov (v oblaku), kjer se le ti skladiščijo in urejajo. Poleg tega omogoča tudi prenos informacij na spletno stran, ki bo dostopna proizvajalcem hrane. Na ta način bodo proizvajalci lahko kontinuirano spremljali, ali so njihovi produkti varni za uporabo oz. ali je prišlo do prijave okužbe z aflatoksinom. S pomočjo take aplikacije se bodo lahko hitreje odzvali na okužbo in jo pravočasno sanirali.<br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> [1] http://2017.igem.org/Team:CSMU_NCHU_Taiwan <br /> [2] M. C. Taylor et al.: Identification and characterization of two families of F420H2-dependent reductases from Mycobacteria that catalyse aflatoxin degradation. Molecular Microbiology. 2010, 78, 561–575 <br /> <br /> [3] S. Costa, A. Almeida, A. Castro, L. Domingues: Fusion tags for protein solubility, purification, and immunogenicity in Escherichia coli: The novel Fh8 system. Frontiers in Microbiology. 2014, 5, doi:10.3389/fmicb.2014.00063.<br /> [4] https://en.wikipedia.org/wiki/Coenzyme_F420, 14.1.2018</div>

Nataša Traven https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2017/18&diff=13403 2017-11-17T08:12:18Z

<p>Nataša Traven: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:<br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) <br /> #<br /> #<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) <br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.<br /> <br /> ---------------------------<br /> Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):<br /> <br /> 27.11. &lt;br&gt;<br /> 1 Marija Srnko &lt;br&gt;<br /> 2&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 28.11.&lt;br&gt;<br /> 1 Tjaša Grum &lt;br&gt;<br /> 2 Ana Cirnski &lt;br&gt;<br /> 3 Petra Vivod &lt;br&gt;<br /> 4 Urška Černe &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 4.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Sara Kimm Fuhrmann &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 5.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Urška Furar&lt;br&gt;<br /> 2 Tina Lekan &lt;br&gt;<br /> 3 Katja Malovrh &lt;br&gt; <br /> 4 Jernej Vidmar &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 12.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Helena Jakše &lt;br&gt;<br /> 2 Tjaša Bensa &lt;br&gt;<br /> 3 Sabina Štukelj &lt;br&gt;<br /> 4 Amadeja Lapornik&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 19.12.&lt;br&gt;<br /> 1 Ana Krišelj &lt;br&gt;<br /> 2 Vanna Imširović &lt;br&gt;<br /> 3 Dominik Dekleva &lt;br&gt;<br /> 4 Neža Gaube &lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 9.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Nastja Marondini &lt;br&gt;<br /> 2 Elizabeta Jevnikar &lt;br&gt;<br /> 3 Nina Roštan &lt;br&gt;<br /> 4 Barbara Lipovšek&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 15.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 16.1.&lt;br&gt;<br /> 1 Inge Sotlar &lt;br&gt;<br /> 2 Marija Kisilak&lt;br&gt;<br /> 3 Nataša Traven&lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 22.1.&lt;br&gt;<br /> 1&lt;br&gt;<br /> 2&lt;br&gt;<br /> 3&lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> 23.1.&lt;br&gt;<br /> 1&lt;br&gt;<br /> 2&lt;br&gt;<br /> 3&lt;br&gt;<br /> 4&lt;br&gt;</div>

Nataša Traven https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2017&diff=12826 2017-05-08T08:40:44Z

<p>Nataša Traven: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''<br /> <br /> Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec)&lt;br&gt;<br /> # Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017<br /> # Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017<br /> # The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali''' (15. marec)&lt;br&gt;<br /> # Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017<br /> # High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017<br /> # Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Okolje''' (22. marec)&lt;br&gt;<br /> # Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017<br /> # Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017<br /> # Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017<br /> <br /> <br /> '''Terapevtski proteini''' (29. marec)&lt;br&gt;<br /> # Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017<br /> # Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017<br /> # Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april)&lt;br&gt;<br /> # Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo &quot;et al&quot;; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017<br /> # Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017<br /> # A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Diagnostiki''' (12. april)&lt;br&gt; <br /> # Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.<br /> # Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017<br /> # Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Cepiva''' (19. april)&lt;br&gt;<br /> #Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april<br /> # A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017 <br /> #Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017<br /> <br /> <br /> '''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april)&lt;br&gt;<br /> # Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec<br /> # Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić<br /> # Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Male molekule in polimeri''' (3. maj)&lt;br&gt;<br /> # Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017<br /> # Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017<br /> # CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017<br /> <br /> <br /> '''Encimi''' (10. maj)&lt;br&gt;<br /> # Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900)[[ Proizvodnja ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalizator s potencialno uporabo v živilski industriji ]]. Nataša Traven, 10. maj 2017<br /> # Bine Tršavec<br /> # Simon Bolta<br /> <br /> <br /> '''Pretvorba biomase''' (17. maj)&lt;br&gt;<br /> # Inge Sotlar<br /> # <br /> # The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017<br /> <br /> <br /> '''Metabolno inženirstvo''' (24. maj)&lt;br&gt;<br /> # In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 Barbara Dušak<br /> # Tjaša Grum<br /> # Sara Kimm Fuhrmann<br /> <br /> <br /> '''Biološki viri energije''' (31. maj)&lt;br&gt;<br /> # Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017<br /> # A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017<br /> # Anja Herceg<br /> <br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij)&lt;br&gt;<br /> # Matjaž Ivanuša<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].</div>

Nataša Traven https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Proizvodnja_ekstremofilne_lipaze:_dragocen_biokatalizator_s_potencialno_uporabo_v_%C5%BEivilski_industriji&diff=12825 2017-05-08T08:36:27Z

<p>Nataša Traven: New page: [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900 Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry] V živilsk...</p> <hr /> <div>[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900 Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry]<br /> <br /> V živilski industriji biokatalizatorji predstavljajo okolju prijazen način poteka biokemijskih reakcij z visoko specifičnostjo. Eni najbolj uporabnih encimov v biotehnologiji in živilski industriji so mikrobne lipaze, predvsem lipaze ekstremofilnih mikroorganizmov. Lipaze so pokazale velik potencial za sintezo kratkoverižnih estrov, ki so uporabni v živilski industriji kot ojačevalci okusa in aromatske spojine. Termo-halofilne lipaze so zaradi svojih posebnih značilnosti dobra izbira za aplikacijo v industriji, kjer so pogosto prisotni ekstremni pogoji. V članku je predstavljena termo-halofilna lipaza iz bakterije ''Rhodothermus marinus'', katere gen so klonirali v ''E. coli''. ''R. marinus'' je ekstremofilna (termo-halofilna) bakterija, ki raste med 54 in 77 °C in pri koncentracijah NaCl od 0,5- 6 %.<br /> <br /> == Izražanje RD lipaze v ''E. coli'' ==<br /> <br /> Z metodo PCR so pomnožili gen za RD lipazo iz ''R. marinus'', ga klonirali v izbrani plazmid in nato plazmid transformirali v ''E. coli''. Izražanje lipaze so sprožili z dodatkom reagenta IPTG v gojišče. Za izolacijo encima so uporabili afinitetno kromatografijo. <br /> Pri izolirani lipazi so določali biokemijske in strukturne karakteristike. Poleg tega so encim uspešno imobilizirali na magnetne nanodelce Fe3O4 prekrite s hitozanom in okarakterizirali še lastnosti vezane lipaze. <br /> <br /> == Prosta (nevezana) lipaza ==<br /> <br /> Rekombinantna lipaza kaže hidrolitično aktivnost z vsemi testiranimi substrati (p-nitro fenilni estri z različnimi dolžinami verig), toda preferira estre kratkoverižnih maščobnih kislin in kaže najvišjo aktivnost s p-nitrofenil butiratom. Opaženi potencial selektivne hidrolize lahko predstavlja pomembno prednost v številnih industrijah, nastale kratkoverižne maščobne kisline pa lahko služijo kot prekurzorji vonjev in arom. Optimalna temperatura za delovanje lipaze je 70 °C, pri kateri po 60 minutni inkubaciji ohrani kar 78 % svoje prvotne aktivnosti. Encim je pokazal dobro hidrolitično aktivnost v pH območju 7,5 -10, z optimalno aktivnostjo pri pH 8,5. Optimalna koncentracija NaCl za aktivnost lipaze je pri 0,2 M NaCl, kar poveča njeno aktivnost na 130 %. Preučevali so tudi vpliv različnih kovinskih ionov na lipazno aktivnost. Aktivnost je bila povečana ob dodatku Na+, K+ in Mg2+ ionov in zmanjšana ob dodatku Fe2+ ionov. Kompatibilnost s kovinskimi ioni je pomembna za aplikacijo lipaz v industriji detergentov. Preučevana lipaza kaže tudi dobro stabilnost v prisotnosti najbolj uporabljenih organskih topil, saj ohrani več kot 90 % maksimalne aktivnosti v prisotnosti acetona, acetonitrila, izoamil-alkohola, n-heksana in kloroforma. Njena aktivnost se ob prisotnosti etanola in metanola še poveča, kar kaže na stimulativen učinke omenjenih topil. Stabilnost v organskih topilih je bistvenega pomena pri sinteznih reakcijah, zato ima RD lipaza potencial biokatalizatorja za organsko sintezo.<br /> <br /> == Lipaza, imobilizirana na magnetne nanodelce Fe3O4, prekrite s hitozanom ==<br /> <br /> Po 60 minutni inkubaciji pri temperaturah nad 60 °C je bila zaznana občutna razlika v aktivnosti med prostim in imobiliziranim encimom. Aktivnost imobiliziranega encima po 60 minutni inkubaciji na 80 °C se je zmanjšala le za 8 %, medtem ko je aktivnost prostega encima padla za kar 65 %. Imobilizacija očitno lahko poveča temperaturno in pH stabilnost lipaze in zato predstavlja dobro uveljavljen način za zaščito strukture in aktivnosti encima. Ena najpomembnejših posledic imobilizacije je podaljšanje stabilnosti encima pri skladiščenju. Imobiliziran encim po 14 dnevnem skladiščenju izgubi le 20 % aktivnosti in celo po 20 ciklih ohrani približno 80% začetne aktivnosti. Iimobilizirana lipaza ima visoko tendenco za proizvodnjo kratkoverižnih estrov in zato predstavlja dobrega kandidata za sintezo kratkoverižnih aromatskih estrov kot je metil acetat. Donos esterifikacije pri nastanku metil acetata z imobilizirano lipazo je kar 67 %.<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> <br /> Ekstremofilni encimi, predvsem lipolitične hidrolaze, kažejo visoko aktivnost pod zaostrenimi pogoji in zato predstavljajo okolju prijazne katalizatorje za organsko sintezo. Lipaza iz ''R. marinus'' kaže visok potencial za hidrolizo in sintezo kratkoverižnih estrov, kar bi se lahko izkoristilo za izboljšanje mlečnih produktov in sintezo arom. Visoka termostabilnost, dobra odpornost na organska topila in alkalofilen značaj pa dajejo lipazi možnosti za uporabo v živilski in farmacevtski industriji ter industriji detergentov.<br /> <br /> [[MBT seminarji 2017]]</div>

Nataša Traven https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2017&diff=12824 2017-05-08T08:03:28Z

<p>Nataša Traven: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''<br /> <br /> Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec)&lt;br&gt;<br /> # Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017<br /> # Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017<br /> # The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali''' (15. marec)&lt;br&gt;<br /> # Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017<br /> # High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017<br /> # Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Okolje''' (22. marec)&lt;br&gt;<br /> # Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017<br /> # Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017<br /> # Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017<br /> <br /> <br /> '''Terapevtski proteini''' (29. marec)&lt;br&gt;<br /> # Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017<br /> # Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017<br /> # Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april)&lt;br&gt;<br /> # Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo &quot;et al&quot;; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017<br /> # Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017<br /> # A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Diagnostiki''' (12. april)&lt;br&gt; <br /> # Diagnostic value of recombinant Tp0821 protein in serodiagnosis for syphilis (Yafeng, ''et al''; Letters in applied microbiology, 2016, 62.4: 336-343; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26853900)[[Diagnostična vrednost rekombinantnega proteina Tp0821 v serodiagnostiki sifilisa]]. Tjaša Košir, 19. april 2017.<br /> # Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017<br /> # Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Cepiva''' (19. april)&lt;br&gt;<br /> #Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april<br /> # A novel staphylococcal enterotoxin B subunit vaccine candidate elicits protective immune response in a mouse model (J. Y. Choi ''et al''; Toxicon 131, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010117301071) [[Novo cepivo proti stafilokoknem enterotoksinu B izzove zaščitni imunski odziv pri miši]]. Amadeja Lapornik, 19. april 2017 <br /> #Protective efficacy of six immunogenic recombinant proteins of ''Vibrio anguillarum'' and evaluation them as vaccine candidate for flounder (''Paralichthys olivaceus'') (J. Xing ''et al''; Microbial Pathogenesis 107, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0882401017301857) [[Ovrednotenje šestih imunogenih rekombinantnih proteinov bakterije Vibrio Anguillarum kot kandidatna cepiva za ribo Paralichthys olivaceus]]. Mojca Hunski, 19. aprila 2017<br /> <br /> <br /> '''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april)&lt;br&gt;<br /> # Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001, [[Strukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v Mycobacterium tuberculosis ]], Vid Jazbec<br /> # Transcriptome analysis of the two unrelated fungal β-lactam producers Acremonium chrysogenum and Penicillium chrysogenum: Velvet-regulated genes are major targets during conventional strain improvement programs https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3663-0,[[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]] , Zala Gluhić<br /> # Biosynthesis of indigo in Escherichia coli expressing self-sufficient CYP102A from ''Streptomyces cattleya'' (H. J. Kim »et al«; Dyes and Pigments, maj 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0143720817300700) [[Biosinteza indiga v E. coli s CYP102A iz Streptomyces cattleya]]. Katja Malovrh, 26. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Male molekule in polimeri''' (3. maj)&lt;br&gt;<br /> # Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEeniring_mikrobne_kokulture_dveh_sevov_Escherichia_coli_za_biosintezo_resveratrola Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola]. Petra Tavčar, 3. maj 2017<br /> # Engineering ''S. equi'' subsp. ''zooepidemicus'' towards concurrent production of hyaluronic acid and chondroitin biopolymers of biomedical interest (Donatella Cimini ''et al''; AMB Express 7(61), 2017; https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-017-0364-7) [[Inženiring Streptococcus zooepidemicus za sočasno proizvodnjo biomedicinsko zanimive hialuronske kisline in hondroitinskih biopolimerov]]. Tim Božič, 3. maj 2017<br /> # CRISPRi-mediated metabolic engineering of ''E. coli'' for O-methylated anthocyanin production (Brady F. Cress ''et al''; Microbal Cell factories 16(10), 2017; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0623-3) [[Metabolni inženiring E. coli za produkcijo O-metiliranih antocianinov z uporabo CRISPRi]]. Tajda Buh, 3. maj 2017<br /> <br /> <br /> '''Encimi''' (10. maj)&lt;br&gt;<br /> # Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900) Proizvodnja ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalizator s potencialno uporabo v živilski industriji. Nataša Traven, 10. maj 2017<br /> # Bine Tršavec<br /> # Simon Bolta<br /> <br /> <br /> '''Pretvorba biomase''' (17. maj)&lt;br&gt;<br /> # Inge Sotlar<br /> # <br /> # The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017<br /> <br /> <br /> '''Metabolno inženirstvo''' (24. maj)&lt;br&gt;<br /> # In vitro metabolic engineering of bioelectricity generation by the complete oxidation of glucose http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717616301161 Barbara Dušak<br /> # Tjaša Grum<br /> # Sara Kimm Fuhrmann<br /> <br /> <br /> '''Biološki viri energije''' (31. maj)&lt;br&gt;<br /> # Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017<br /> # A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017<br /> # Anja Herceg<br /> <br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij)&lt;br&gt;<br /> # Matjaž Ivanuša<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].</div>

Nataša Traven https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2017&diff=12580 2017-03-28T11:51:25Z

<p>Nataša Traven: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''<br /> <br /> Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec)&lt;br&gt;<br /> # Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017<br /> # Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017<br /> # The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali''' (15. marec)&lt;br&gt;<br /> # Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017<br /> # High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017<br /> # Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Okolje''' (22. marec)&lt;br&gt;<br /> # Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017<br /> # Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017<br /> # Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017<br /> <br /> <br /> '''Terapevtski proteini''' (29. marec)&lt;br&gt;<br /> # Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017<br /> # Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017<br /> # Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april)&lt;br&gt;<br /> # Ema Guštin &lt;3<br /> # Jan Rozman<br /> # A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice. Alja Zgonc, 5. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Diagnostiki''' (12. april)&lt;br&gt; <br /> # Tjaša Košir<br /> # Petra Vivod<br /> # Marija Kisilak<br /> <br /> <br /> '''Cepiva''' (19. april)&lt;br&gt;<br /> #Tomaž Rozmarič<br /> #Amadeja Lapornik<br /> #Mojca Hunski<br /> <br /> <br /> '''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april)&lt;br&gt;<br /> #Vid Jazbec &lt;3 &lt;3<br /> #Zala Gluhić<br /> #Katja Malovrh<br /> <br /> <br /> '''Male molekule in polimeri''' (3. maj)&lt;br&gt;<br /> # Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017<br /> # Tim Božič<br /> # Tajda Buh<br /> <br /> <br /> '''Encimi''' (10. maj)&lt;br&gt;<br /> # Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900) Proizvodnja obnovljive ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalist s potencialno uporabo v industriji hrane. Nataša Traven, 10. maj 2017<br /> # Bine Tršavec<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Pretvorba biomase''' (17. maj)&lt;br&gt;<br /> # Inge Sotlar<br /> # Anja Herceg<br /> # The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017<br /> <br /> <br /> '''Metabolno inženirstvo''' (24. maj)&lt;br&gt;<br /> # Barbara Dušak<br /> # Tjaša Grum<br /> # Sara Kimm Fuhrmann<br /> <br /> <br /> '''Biološki viri energije''' (31. maj)&lt;br&gt;<br /> # Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017<br /> # A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij)&lt;br&gt;<br /> # Matjaž Ivanuša<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].</div>

Nataša Traven https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2017&diff=12579 2017-03-28T11:49:44Z

<p>Nataša Traven: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''<br /> <br /> Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec)&lt;br&gt;<br /> # Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017<br /> # Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017<br /> # The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali''' (15. marec)&lt;br&gt;<br /> # Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017<br /> # High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017<br /> # Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Okolje''' (22. marec)&lt;br&gt;<br /> # Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017<br /> # Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017<br /> # Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017<br /> <br /> <br /> '''Terapevtski proteini''' (29. marec)&lt;br&gt;<br /> # Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017<br /> # Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017<br /> # Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april)&lt;br&gt;<br /> # Ema Guštin &lt;3<br /> # Jan Rozman<br /> # A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice. Alja Zgonc, 5. april 2017<br /> <br /> <br /> '''Diagnostiki''' (12. april)&lt;br&gt; <br /> # Tjaša Košir<br /> # Petra Vivod<br /> # Marija Kisilak<br /> <br /> <br /> '''Cepiva''' (19. april)&lt;br&gt;<br /> #Tomaž Rozmarič<br /> #Amadeja Lapornik<br /> #Mojca Hunski<br /> <br /> <br /> '''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april)&lt;br&gt;<br /> #Vid Jazbec &lt;3 &lt;3<br /> #Zala Gluhić<br /> #Katja Malovrh<br /> <br /> <br /> '''Male molekule in polimeri''' (3. maj)&lt;br&gt;<br /> # Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017<br /> # Tim Božič<br /> # Tajda Buh<br /> <br /> <br /> '''Encimi''' (10. maj)&lt;br&gt;<br /> # Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900) Proizvodnja obnovljive ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalist s potencialno uporabo v industriji hrane. Nataša Traven, 10. Maj 2017<br /> # Bine Tršavec<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Pretvorba biomase''' (17. maj)&lt;br&gt;<br /> # Inge Sotlar<br /> # Anja Herceg<br /> # The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017<br /> <br /> <br /> '''Metabolno inženirstvo''' (24. maj)&lt;br&gt;<br /> # Barbara Dušak<br /> # Tjaša Grum<br /> # Sara Kimm Fuhrmann<br /> <br /> <br /> '''Biološki viri energije''' (31. maj)&lt;br&gt;<br /> # Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017<br /> # A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij)&lt;br&gt;<br /> # Matjaž Ivanuša<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].</div>

Nataša Traven https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2017&diff=12376 2017-03-06T19:49:10Z

<p>Nataša Traven: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''<br /> <br /> Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> <br /> [[Link title]]<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec)&lt;br&gt;<br /> # Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017<br /> # Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017<br /> # The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017<br /> <br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali''' (15. marec)&lt;br&gt;<br /> # Jerneja Kocutar <br /> # Tjaša Lapanja<br /> # Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) Urška Černe<br /> <br /> <br /> '''Okolje''' (22. marec)&lt;br&gt;<br /> # Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) Okrasitev veziklov zunanje membrane z organofosforno hidrolazo in celuloza vezavno domeno za razgradnjo organofosfatnih pesticidov. Nina Roštan, 22. marec 2017<br /> # Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije. Eva Korošec, 22. marec 2017<br /> # Ana Cirnski<br /> <br /> <br /> '''Terapevtski proteini''' (29. marec)&lt;br&gt;<br /> # Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja iz sline transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev. Neža Levičnik, 29. marca 2017<br /> # Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) Mechano rastni faktor-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za inženirstvo tkiva ligamentov. Peter Prezelj, 29. marca 2017<br /> #Domen Klofutar<br /> <br /> <br /> '''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april)&lt;br&gt;<br /> # Ema Guštin &lt;3<br /> # Jan Rozman<br /> # Alja Zgonc<br /> <br /> <br /> '''Diagnostiki''' (12. april)&lt;br&gt; <br /> # Tjaša Košir<br /> # Petra Vivod<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Cepiva''' (19. april)&lt;br&gt;<br /> #Tomaž Rozmarič<br /> #Amadeja Lapornik<br /> #Mojca Hunski<br /> <br /> <br /> '''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april)&lt;br&gt;<br /> #Vid Jazbec &lt;3 &lt;3<br /> #Zala Gluhić<br /> #Katja Malovrh<br /> <br /> <br /> '''Male molekule in polimeri''' (3. maj)&lt;br&gt;<br /> # Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017<br /> # Tim Božič<br /> # Tajda Buh<br /> <br /> <br /> '''Encimi''' (10. maj)&lt;br&gt;<br /> # Nataša Traven<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Pretvorba biomase''' (17. maj)&lt;br&gt;<br /> # Inge Sotlar<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Metabolno inženirstvo''' (24. maj)&lt;br&gt;<br /> # Barbara Dušak<br /> # Tjaša Grum<br /> # Sara Kimm Fuhrmann<br /> <br /> <br /> '''Biološki viri energije''' (31. maj)&lt;br&gt;<br /> # Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017<br /> # A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017<br /> #<br /> <br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij)&lt;br&gt;<br /> #<br /> #<br /> #<br /> <br /> <br /> Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].</div>

Nataša Traven