https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Natasa+Simonic 2026-04-15T08:00:48Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Leksikon_BMB&diff=5078 2010-12-20T23:32:25Z

<p>Natasa Simonic: /* Prenos signalov */</p> <hr /> <div>==Biološke molekule==<br /> * [[Aminokisline in proteini]]<br /> ** Lastnosti aminokislin<br /> ** Peptidna vez in peptidi<br /> ** Šaperoni<br /> ** [[Ravni proteinske strukture]]<br /> *** [[Kolageni]]<br /> **[[Glikozilacija]]<br /> * Lipidi<br /> ** [[Maščobne kisline]]<br /> ** [[Membranski lipidi]]<br /> ** Lipidi kot zaloga energije<br /> ** [[Holesterol]]<br /> * Ogljikovi hidrati<br /> ** [[Monosaharidi]]<br /> ** [[Disaharidi in oligosaharidi]]<br /> ** Polisaharidi<br /> *** [[Škrob]]<br /> *** [[Glikogen]]<br /> * [[Nukleinske kisline]]<br /> ** [[Nukleozidi in nukleotidi]]<br /> ** Polimeri nukleinskih kislin<br /> ** Parjenje baz<br /> * [[Vitamini]]<br /> <br /> ==Metabolizem==<br /> * [[Pregled metabolizma]]<br /> **Metabolizem aminokislin<br /> **Metabolizem lipidov<br /> **Metabolizem ogljikovih hidratov<br /> **Metabolizem nukleotidov<br /> **Kofaktorji<br /> **[[Termogeneza]]<br /> <br /> ==Prenos signalov==<br /> * Receptorji<br /> * G-proteini<br /> * Načini prenosa signalov<br /> **[[Z encimom povezani receptorji]]<br /> **[[Z G-proteini povezani receptorji]]<br /> * Sekundarni prenašalci<br /> *[[Transport majhnih molekul skozi membrano]]<br /> * [[Nevrotransmiterji]]<br /> <br /> ==Prenos genske informacije==<br /> * [[Podvojevanje DNA]]<br /> ** [[Semikonzervativno podvajanje]]<br /> ** DNA-polimeraze pri prokariontih in evkariontih<br /> ** Vodilna in zastajajoča veriga<br /> ** [[Telomeri]]<br /> * [[Prepisovanje DNA v RNA]]<br /> * [[Sinteza proteinov]]<br /> * Uravnavanje izražanja genov<br /> * Organizacija kromatina pri evkariontih<br /> * Značilnosti genomov<br /> * &quot;Sebični gen&quot;<br /> * Prenos genske informacije pri retrovirusih<br /> * [[Mutacije]]<br /> <br /> ==Molekularna biotehnologija==<br /> * Kloniranje genov<br /> * Hibridizacija<br /> * Izražanje genov<br /> * Določanje nukleotidnih zaporedij<br /> * Verižna reakcija s polimerazo (PCR)<br /> * [[Biočipi]]<br /> * [[Genetsko spremenjeni organizmi]]<br /> <br /> ==Celična in fiziološka biokemija==<br /> * [[Celični skelet]]<br /> **[[Bički in migetalke]]<br /> * Celične membrane<br /> ** Plazmalema<br /> ** Bakterijska celična membrana<br /> *** Zgradba celične ovojnice gramnegativnih bakterij<br /> *** Zgradba celične ovojnice grampozitivnih bakterij<br /> *** Zgradba peptidoglikanskega sloja<br /> ** Celična membrana arhej<br /> ** Celična stena rastlin<br /> ** Jedrna membrana in jedrna pora<br /> ** Mitohondrijska membrana<br /> ** Membrana kloroplastov <br /> * [[Motorni proteini]]<br /> * [[Celična smrt]]<br /> * Poškodbe s prostimi radikali<br /> * [[Medcelični stiki]]<br /> <br /> ==Biokemija bolezni==<br /> * [[Rak]]<br /> * [[Sladkorna bolezen tipa I in II]]<br /> * [[Parkinsonova bolezen]]<br /> * [[Zvijanje proteinov in prionske bolezni]]<br /> * [[Alzheimerjeva bolezen]]<br /> * [[Huntingtonova bolezen]]<br /> * Mišična distrofija<br /> * Sepsa<br /> * [[Levkemija]]<br /> * Želodčna razjeda<br /> * Debelost<br /> ** [[Leptin]]<br /> * Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)<br /> * Metabolični sindrom<br /> * [[Epilepsija]]<br /> <br /> ==Posebna poglavja==<br /> * [[Uvod v imunologijo]]<br /> ** Prirojeni odgovor<br /> *** [[Receptorji TLR]]<br /> ** Pridobljeni odgovor<br /> *** Predstavitev antigenov<br /> *** Aktivacija limfocitov B<br /> *** [[Aktivacija limfocitov T]]<br /> ** Splošna zgradba imunoglobulinov<br /> *** Imunoglobulinski tip zvitja<br /> *** Predstavitev imunoglobulinskih razredov<br /> * Biokemija čutil<br /> ** Zaznavanje vonjev<br /> ** Zaznavanje okusov<br /> ** Tip in bolečina<br /> ** Sluh<br /> * Proteinsko inženirstvo<br /> <br /> <br /> ----<br /> [[Biokemijski_seminar]] -- nazaj na Seminarje</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5077 2010-12-20T23:26:21Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor. [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.daviddarling.info/images/neurotransmitter.jpg&amp;imgrefurl=http://www.daviddarling.info/encyclopedia/N/neurotransmitter.html&amp;usg=__TWVZlQIWr90-cXwC4YikYgAwHDo=&amp;h=362&amp;w=450&amp;sz=35&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AkomfBMctIKCqM:&amp;tbnh=138&amp;tbnw=172&amp;prev=/images%3Fq%3Dneurotransmitter%2Brelease%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=684&amp;vpy=83&amp;dur=2081&amp;hovh=201&amp;hovw=250&amp;tx=95&amp;ty=100&amp;ei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;oei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=19&amp;ved=1t:429,r:3,s:0]<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> <br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Zatem nevrotransmiterji difundirajo po sinaptični reži, dokler ne dosežejo postsinaptičnega nevrona, kjer se vežejo na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> <br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega na kateri receptor se le-ta veže. Nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo inhibitorni in ekscitatorni učinek. Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> <br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminomaslena kislina (GABA), glicin)<br /> <br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> <br /> - drugi (acetilholin [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.rathbuc.com/images/acetylcholine.gif&amp;imgrefurl=http://www.rathbuc.com/poster.html&amp;usg=__tpw3RmyogkXSBWV-k3vdYypCArc=&amp;h=245&amp;w=210&amp;sz=3&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=ULGr7Dg23DEeWM:&amp;tbnh=147&amp;tbnw=122&amp;prev=/images%3Fq%3Dacetyl%2Bcholine%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DX%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=446&amp;vpy=83&amp;dur=1&amp;hovh=196&amp;hovw=168&amp;tx=112&amp;ty=75&amp;ei=-uUPTfqBOIe-4gb977SGAg&amp;oei=2eUPTfuQDIOj8QOXuviEBw&amp;esq=4&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:2,s:0], adenozin, anandamin, NO)<br /> <br /> Nevrotransmiterji so lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejša inhibitorna nevrotransmiterja sta GABA v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujeta tako, da kontrolirata nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarčna celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov.<br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> <br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> <br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptor v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> <br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptor v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček. [http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related]</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5076 2010-12-20T23:19:37Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor. [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.daviddarling.info/images/neurotransmitter.jpg&amp;imgrefurl=http://www.daviddarling.info/encyclopedia/N/neurotransmitter.html&amp;usg=__TWVZlQIWr90-cXwC4YikYgAwHDo=&amp;h=362&amp;w=450&amp;sz=35&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AkomfBMctIKCqM:&amp;tbnh=138&amp;tbnw=172&amp;prev=/images%3Fq%3Dneurotransmitter%2Brelease%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=684&amp;vpy=83&amp;dur=2081&amp;hovh=201&amp;hovw=250&amp;tx=95&amp;ty=100&amp;ei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;oei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=19&amp;ved=1t:429,r:3,s:0]<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> <br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Zatem nevrotransmiterji difundirajo po sinaptični reži, dokler ne dosežejo postsinaptičnega nevrona, kjer se vežejo na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> <br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega na kateri receptor se le-ta veže. Nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo inhibitorni in ekscitatorni učinek. Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> <br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminomaslena kislina (GABA), glicin)<br /> <br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> <br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> <br /> Nevrotransmiterji so lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejša inhibitorna nevrotransmiterja sta GABA v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujeta tako, da kontrolirata nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarčna celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov.<br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> <br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> <br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptor v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> <br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptor v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček. [http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related]</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5075 2010-12-20T23:16:26Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor. [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.daviddarling.info/images/neurotransmitter.jpg&amp;imgrefurl=http://www.daviddarling.info/encyclopedia/N/neurotransmitter.html&amp;usg=__TWVZlQIWr90-cXwC4YikYgAwHDo=&amp;h=362&amp;w=450&amp;sz=35&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AkomfBMctIKCqM:&amp;tbnh=138&amp;tbnw=172&amp;prev=/images%3Fq%3Dneurotransmitter%2Brelease%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=684&amp;vpy=83&amp;dur=2081&amp;hovh=201&amp;hovw=250&amp;tx=95&amp;ty=100&amp;ei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;oei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=19&amp;ved=1t:429,r:3,s:0]<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> <br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Zatem nevrotransmiterji difundirajo po sinaptični reži, dokler ne dosežejo postsinaptičnega nevrona, kjer se vežejo na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> <br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega na kateri receptor se le-ta veže. Nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo inhibitorni in ekscitatorni učinek. Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> <br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminomaslena kislina (GABA), glicin)<br /> <br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> <br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> <br /> Nevrotransmiterji so lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejša inhibitorna nevrotransmiterja sta GABA v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujeta tako, da kontrolirata nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarčna celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov.<br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> <br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> <br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptor v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> <br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptor v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček na spodnji povezavi:<br /> http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5074 2010-12-20T23:13:09Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor. [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.daviddarling.info/images/neurotransmitter.jpg&amp;imgrefurl=http://www.daviddarling.info/encyclopedia/N/neurotransmitter.html&amp;usg=__TWVZlQIWr90-cXwC4YikYgAwHDo=&amp;h=362&amp;w=450&amp;sz=35&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AkomfBMctIKCqM:&amp;tbnh=138&amp;tbnw=172&amp;prev=/images%3Fq%3Dneurotransmitter%2Brelease%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=684&amp;vpy=83&amp;dur=2081&amp;hovh=201&amp;hovw=250&amp;tx=95&amp;ty=100&amp;ei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;oei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=19&amp;ved=1t:429,r:3,s:0]<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> <br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Zatem nevrotransmiterji difundirajo po sinaptični reži, dokler ne dosežejo postsinaptičnega nevrona, kjer se vežejo na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> <br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega na kateri receptor se le-ta veže. Nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo inhibitorni in ekscitatorni učinek. Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> <br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminomaslena kislina (GABA), glicin)<br /> <br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> <br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> <br /> Nevrotransmiterji lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejša inhibitorna nevrotransmiterja sta GABA v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujeta tako, da kontrolirata nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarča celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov.<br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> <br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> <br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptor v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> <br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptor v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček na spodnji povezavi:<br /> http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5073 2010-12-20T23:06:39Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor. [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.daviddarling.info/images/neurotransmitter.jpg&amp;imgrefurl=http://www.daviddarling.info/encyclopedia/N/neurotransmitter.html&amp;usg=__TWVZlQIWr90-cXwC4YikYgAwHDo=&amp;h=362&amp;w=450&amp;sz=35&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AkomfBMctIKCqM:&amp;tbnh=138&amp;tbnw=172&amp;prev=/images%3Fq%3Dneurotransmitter%2Brelease%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=684&amp;vpy=83&amp;dur=2081&amp;hovh=201&amp;hovw=250&amp;tx=95&amp;ty=100&amp;ei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;oei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=19&amp;ved=1t:429,r:3,s:0]<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> <br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Zatem nevrotransmiterji difundirajo po sinaptični reži, dokler ne dosežejo postsinaptičnega nevrona, kjer se vežejo na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> <br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega na kateri receptor se le-ta veže. Nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo inhibitorni in ekscitatorni učinek. Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> <br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminobutirična kislina (GABA), glicin)<br /> <br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> <br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> <br /> Nevrotransmiterji lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejši inhibitorni nevrotransmiterji so GABA (γ-aminomaslena kislina ) v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujejo tako, da kontrolirajo nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarča celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov. Droge, ki povzročajo odvisnost (kokain, amfetamini), delujejo tako, da spremenijo delovanje dopaminskega sistema. <br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček na spodnji povezavi:<br /> http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5072 2010-12-20T23:05:15Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor. [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.daviddarling.info/images/neurotransmitter.jpg&amp;imgrefurl=http://www.daviddarling.info/encyclopedia/N/neurotransmitter.html&amp;usg=__TWVZlQIWr90-cXwC4YikYgAwHDo=&amp;h=362&amp;w=450&amp;sz=35&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AkomfBMctIKCqM:&amp;tbnh=138&amp;tbnw=172&amp;prev=/images%3Fq%3Dneurotransmitter%2Brelease%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=684&amp;vpy=83&amp;dur=2081&amp;hovh=201&amp;hovw=250&amp;tx=95&amp;ty=100&amp;ei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;oei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=19&amp;ved=1t:429,r:3,s:0]<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> <br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Zatem nevrotransmiterji difundirajo po sinaptični reži, dokler ne dosežejo postsinaptičnega nevrona, kjer se vežejo na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> <br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega, na kateri receptor se le-ta veže. Nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo inhibitorni in ekscitatorni učinek. Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini, ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> <br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminobutirična kislina (GABA), glicin)<br /> <br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> <br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> <br /> Nevrotransmiterji lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejši inhibitorni nevrotransmiterji so GABA (γ-aminomaslena kislina ) v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujejo tako, da kontrolirajo nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarča celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov. Droge, ki povzročajo odvisnost (kokain, amfetamini), delujejo tako, da spremenijo delovanje dopaminskega sistema. <br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček na spodnji povezavi:<br /> http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5071 2010-12-20T23:03:24Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor. [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.daviddarling.info/images/neurotransmitter.jpg&amp;imgrefurl=http://www.daviddarling.info/encyclopedia/N/neurotransmitter.html&amp;usg=__TWVZlQIWr90-cXwC4YikYgAwHDo=&amp;h=362&amp;w=450&amp;sz=35&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AkomfBMctIKCqM:&amp;tbnh=138&amp;tbnw=172&amp;prev=/images%3Fq%3Dneurotransmitter%2Brelease%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=684&amp;vpy=83&amp;dur=2081&amp;hovh=201&amp;hovw=250&amp;tx=95&amp;ty=100&amp;ei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;oei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=19&amp;ved=1t:429,r:3,s:0]<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Zatem nevrotransmiterji difundirajo po sinaptični reži, dokler ne dosežejo postsinaptičnega nevrona, kjer se vežejo na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega, na kateri receptor se le-ta veže. Nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo inhibitorni in ekscitatorni učinek. Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini, ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> <br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminobutirična kislina (GABA), glicin)<br /> <br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> <br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> <br /> Nevrotransmiterji lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejši inhibitorni nevrotransmiterji so GABA (γ-aminomaslena kislina ) v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujejo tako, da kontrolirajo nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarča celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov. Droge, ki povzročajo odvisnost (kokain, amfetamini), delujejo tako, da spremenijo delovanje dopaminskega sistema. <br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček na spodnji povezavi:<br /> http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5070 2010-12-20T23:02:26Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor. [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.daviddarling.info/images/neurotransmitter.jpg&amp;imgrefurl=http://www.daviddarling.info/encyclopedia/N/neurotransmitter.html&amp;usg=__TWVZlQIWr90-cXwC4YikYgAwHDo=&amp;h=362&amp;w=450&amp;sz=35&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AkomfBMctIKCqM:&amp;tbnh=138&amp;tbnw=172&amp;prev=/images%3Fq%3Dneurotransmitter%2Brelease%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=684&amp;vpy=83&amp;dur=2081&amp;hovh=201&amp;hovw=250&amp;tx=95&amp;ty=100&amp;ei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;oei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=19&amp;ved=1t:429,r:3,s:0]<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Nevrotransmiter nato difundira po sinaptični reži, dokler ne doseže postsinaptičnega nevrona, kjer se veže na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega, na kateri receptor se le-ta veže. Nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo inhibitorni in ekscitatorni učinek. Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini, ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> <br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminobutirična kislina (GABA), glicin)<br /> <br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> <br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> <br /> Nevrotransmiterji lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejši inhibitorni nevrotransmiterji so GABA (γ-aminomaslena kislina ) v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujejo tako, da kontrolirajo nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarča celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov. Droge, ki povzročajo odvisnost (kokain, amfetamini), delujejo tako, da spremenijo delovanje dopaminskega sistema. <br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček na spodnji povezavi:<br /> http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5069 2010-12-20T23:01:35Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor. [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.daviddarling.info/images/neurotransmitter.jpg&amp;imgrefurl=http://www.daviddarling.info/encyclopedia/N/neurotransmitter.html&amp;usg=__TWVZlQIWr90-cXwC4YikYgAwHDo=&amp;h=362&amp;w=450&amp;sz=35&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AkomfBMctIKCqM:&amp;tbnh=138&amp;tbnw=172&amp;prev=/images%3Fq%3Dneurotransmitter%2Brelease%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=684&amp;vpy=83&amp;dur=2081&amp;hovh=201&amp;hovw=250&amp;tx=95&amp;ty=100&amp;ei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;oei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=19&amp;ved=1t:429,r:3,s:0]<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Nevrotransmiter nato difundira po sinaptični reži, dokler ne doseže postsinaptičnega nevrona, kjer se veže na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega, na kateri receptor se le-ta veže. Nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo inhibitorni in ekscitatorni učinek. Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini, ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminobutirična kislina (GABA), glicin)<br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> Nevrotransmiterji lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejši inhibitorni nevrotransmiterji so GABA (γ-aminomaslena kislina ) v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujejo tako, da kontrolirajo nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarča celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov. Droge, ki povzročajo odvisnost (kokain, amfetamini), delujejo tako, da spremenijo delovanje dopaminskega sistema. <br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček na spodnji povezavi:<br /> http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5068 2010-12-20T23:00:23Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor. [[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.daviddarling.info/images/neurotransmitter.jpg&amp;imgrefurl=http://www.daviddarling.info/encyclopedia/N/neurotransmitter.html&amp;usg=__TWVZlQIWr90-cXwC4YikYgAwHDo=&amp;h=362&amp;w=450&amp;sz=35&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AkomfBMctIKCqM:&amp;tbnh=138&amp;tbnw=172&amp;prev=/images%3Fq%3Dneurotransmitter%2Brelease%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=684&amp;vpy=83&amp;dur=2081&amp;hovh=201&amp;hovw=250&amp;tx=95&amp;ty=100&amp;ei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;oei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=19&amp;ved=1t:429,r:3,s:0]]<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Nevrotransmiter nato difundira po sinaptični reži, dokler ne doseže postsinaptičnega nevrona, kjer se veže na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega, na kateri receptor se le-ta veže. Nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo inhibitorni in ekscitatorni učinek. Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini, ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminobutirična kislina (GABA), glicin)<br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> Nevrotransmiterji lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejši inhibitorni nevrotransmiterji so GABA (γ-aminomaslena kislina ) v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujejo tako, da kontrolirajo nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarča celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov. Droge, ki povzročajo odvisnost (kokain, amfetamini), delujejo tako, da spremenijo delovanje dopaminskega sistema. <br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček na spodnji povezavi:<br /> http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5067 2010-12-20T22:58:37Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor. [[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.daviddarling.info/images/neurotransmitter.jpg&amp;imgrefurl=http://www.daviddarling.info/encyclopedia/N/neurotransmitter.html&amp;usg=__TWVZlQIWr90-cXwC4YikYgAwHDo=&amp;h=362&amp;w=450&amp;sz=35&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AkomfBMctIKCqM:&amp;tbnh=138&amp;tbnw=172&amp;prev=/images%3Fq%3Dneurotransmitter%2Brelease%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1408%26bih%3D608%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=684&amp;vpy=83&amp;dur=2081&amp;hovh=201&amp;hovw=250&amp;tx=95&amp;ty=100&amp;ei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;oei=ad8PTcD2Hoy28QPhjLGBBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=19&amp;ved=1t:429,r:3,s:0]]<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Nevrotransmiter nato difundira po sinaptični reži, dokler ne doseže postsinaptičnega nevrona, kjer se veže na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega, na kateri receptor se le-ta veže (nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo ali inhibitorni ali ekscitatorni učinek). Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini, ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminobutirična kislina (GABA), glicin)<br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> Nevrotransmiterji lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejši inhibitorni nevrotransmiterji so GABA (γ-aminomaslena kislina ) v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujejo tako, da kontrolirajo nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarča celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov. Droge, ki povzročajo odvisnost (kokain, amfetamini), delujejo tako, da spremenijo delovanje dopaminskega sistema. <br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček na spodnji povezavi:<br /> http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5066 2010-12-20T22:56:38Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor.<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Nevrotransmiter nato difundira po sinaptični reži, dokler ne doseže postsinaptičnega nevrona, kjer se veže na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega, na kateri receptor se le-ta veže (nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo ali inhibitorni ali ekscitatorni učinek). Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini, ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> <br /> Prav tako tudi nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminobutirična kislina (GABA), glicin)<br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> Nevrotransmiterji lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejši inhibitorni nevrotransmiterji so GABA (γ-aminomaslena kislina ) v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujejo tako, da kontrolirajo nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarča celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov. Droge, ki povzročajo odvisnost (kokain, amfetamini), delujejo tako, da spremenijo delovanje dopaminskega sistema. <br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček na spodnji povezavi:<br /> http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Nevrotransmiterji&diff=5065 2010-12-20T10:59:21Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>Nevrotransmiterji ali živčni prenašalci so endogene kemikalije, ki prenašajo signale po nevronih preko sinapse. Shranjeni so v sinaptičnih veziklih, ki se nahajajo na presinaptičnem nevronu in se sproščajo v sinaptične reže, kjer se vežejo na membranske receptorje na postsinaptičnem nevronu, tam pa izzovejo ustrezen biološki odgovor.<br /> <br /> DELOVANJE:<br /> Ko akcijski potencial doseže sinapso, depolarizacija povzroči odprtje kalcijevih kanalov. Kalcij povzroči potovanje veziklov proti membrani, nato se nevrotransmiterji sprostijo v sinaptično režo s pomočjo eksocitoze.<br /> Nevrotransmiter nato difundira po sinaptični reži, dokler ne doseže postsinaptičnega nevrona, kjer se veže na receptor.<br /> <br /> RECEPTORJI:<br /> Le-te delimo na ionotropne in metabotropne. Ionotropni receptorji so ionski kanalčki, ki se odprejo, ko se nanj veže sprecifični nevrotransmiter. Metabotropni pa so povezani z G-proteinom (po vezavi molekule nevrotransmiterja G-protein difundira od receptorja in povzroči odpiranje ionskih kanalčkov ali sintezo sekundarnega prenašalca).<br /> Biološki odgovor nevrotransmiterja je odvisen od tega, na kateri receptor se le-ta veže (nekateri delujejo inhibitorno, drugi ekscitatorno, lahko pa imajo ali inhibitorni ali ekscitatorni učinek). Če nevrotransmiter deluje ekscitatorno, pospeši stimulacijo živčnega impulza v postsinaptičnem nevronu, če deluje inhibitorno, pa zavre nastanek impulza z znižanjem napetosti na membrani.<br /> Iz sinaptične reže se lahko nevrotransmiterji odstranijo tako, da se ponovno prenesejo v presinaptični nevron s prenašalnimi proteini, ali s pomočo encimske razgradnje.<br /> Nevrotransmiterje delimo na ekscitatorne in inhibitorne. Ekscitatorni spodbujajo širjenje akcijskega potenciala po nevronih in povzročajo depolarizacijo celične membrane, inhibitorni pa zavirajo potovanje potenciala po nevronih in membrano hiperpolarizirajo.<br /> <br /> VRSTE NEVROTRANSMITERJEV:<br /> - aminokisline (glutamat, aspartat, D-serin,γ-aminobutirična kislina (GABA), glicin)<br /> - monoamini in drugi biogeni amini (dopamin, noradrenalin, adrenalin, histamin, serotonin, melatonin)<br /> - drugi (acetilholin, adenozin, anandamin, NO)<br /> Nevrotransmiterji lahko tudi ioni (npr. cink) ali plinske molekule (NO, CO), vendar to niso klasični živčni prenašalci. Eksperimentalno je bilo dokazano, da se sproščajo iz presinaptičnega dela sinapse, vendar se ne pakirajo v vezikle. <br /> <br /> Najpogostejši inhibitorni nevrotransmiterji so GABA (γ-aminomaslena kislina ) v centralnem živčevju in glicin v perifernem živčevju. Delujejo tako, da kontrolirajo nevronsko aktivnost vzdolž mnogih nevronskih poti. Ko se GABA veže na svoj inhibitorni receptor, je verjetnost, da bo celica stimulirana, precej manjša.<br /> Medtem v drugem predelu možganov delujejo ekscitatorni nevrotransmiterji, najpogostejši med njimi je glutamat. Glutamat se veže na ekscitatorne receptorje, kar poveča verjetnost, da bo tarča celica sprožila akcijski potencial.<br /> Obstajajo še drugi nevrotransmiterji, kot je npr. acetilholin, za katerega obstajajo ekscitatorni in inhibitorni receptorji. Obstajajo še nekatere vrste receptorjev, ki aktivirajo komplekse presnovnih poti v postsinaptični celici, tako da njihov učinek, ne moremo poimenovati oz. določiti, lahko je ekscitatorni ali inhibitorni.<br /> Ostali so manj pogosti, vendar lahko imajo zelo pomembne funkcije – velika večina psihoaktivnih drog deluje tako, da spremeni delovanje nekaterih nevrotransmiterskih sistemov. Droge, ki povzročajo odvisnost (kokain, amfetamini), delujejo tako, da spremenijo delovanje dopaminskega sistema. <br /> <br /> VRSTE POSTSINAPTIČNIH POTENCIALOV:<br /> Glede na to, kako nevrotransmiter deluje na postsinaptično celico, ločimo dve vrsti akcijskih potencialov na postsinaptični celici:<br /> - ekscitatorni (pospeševalni) postsinaptični potencial: posledica vezave ekscitatornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato odpre ionske kanale in začne depolarizacijo<br /> - inhibitorni (zaviralni) postsinaptični potencial: posledica vezave inhibitornega nevrotransmiterja na receptorje v postsinaptični membrani, ki zato ohrani ionskem kanale zaprte; posledica je hiperpolarizacija, ki zmanjša verjetnost depolarizacije celice<br /> <br /> Za lažjo predstavo si lahko ogledate filmček na spodnji povezavi:<br /> http://www.youtube.com/watch?v=HXx9qlJetSU&amp;feature=related</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar-geslo&diff=4423 2010-12-08T18:46:06Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>*G proteini : Brigita Razboršek, Špela Podjed<br /> *[[Verižna reakcija s polimerazo (PCR)]] : Maja Kogoj, Margareta Žlajpah<br /> *Šaperoni : Tjaša Bigec, Janja Juvančič<br /> *[[Lastnosti aminokislin]] : Tjaša Berčič, Sabina Kolar<br /> *[[Mišična distrofija]] : Elmina Handanović, Dino Šćuk<br /> *Ionski kanalčki : Nives Naraglav, Zala Rot<br /> *[[Celična stena rastlin]] : Kaja Rupar, Maruša Bratuš<br /> *&quot;Sebični gen&quot; : Eva Tolar, Sara Primec<br /> *[[Epilepsija]] : Luka Bevc, Filip Kolenc<br /> * [[Receptorji TLR]] : Špela Umek, Đorđe Dimitrijević<br /> *[[Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)]] : Urška Žbogar, Nejc Perme<br /> *[[Nevrotransmiterji]] : Tanja Korpar, Nataša Simonič</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Leksikon_BMB&diff=4422 2010-12-08T18:10:21Z

<p>Natasa Simonic: /* Prenos signalov */</p> <hr /> <div>==Biološke molekule==<br /> * [[Aminokisline in proteini]]<br /> ** Lastnosti aminokislin<br /> ** Peptidna vez in peptidi<br /> ** Šaperoni<br /> ** [[Ravni proteinske strukture]]<br /> *** [[Kolageni]]<br /> **[[Glikozilacija]]<br /> * Lipidi<br /> ** [[Maščobne kisline]]<br /> ** [[Membranski lipidi]]<br /> ** Lipidi kot zaloga energije<br /> ** [[Holesterol]]<br /> * Ogljikovi hidrati<br /> ** [[Monosaharidi]]<br /> ** [[Disaharidi in oligosaharidi]]<br /> ** Polisaharidi<br /> *** [[Škrob]]<br /> *** [[Glikogen]]<br /> * [[Nukleinske kisline]]<br /> ** [[Nukleozidi in nukleotidi]]<br /> ** Polimeri nukleinskih kislin<br /> ** Parjenje baz<br /> * [[Vitamini]]<br /> <br /> ==Metabolizem==<br /> * [[Pregled metabolizma]]<br /> **Metabolizem aminokislin<br /> **Metabolizem lipidov<br /> **Metabolizem ogljikovih hidratov<br /> **Metabolizem nukleotidov<br /> **Kofaktorji<br /> **[[Termogeneza]]<br /> <br /> ==Prenos signalov==<br /> * Receptorji<br /> * G-proteini<br /> * Načini prenosa signalov<br /> **[[Z encimom povezani receptorji]]<br /> **[[Z G-proteini povezani receptorji]]<br /> * Sekundarni prenašalci<br /> *[[Transport majhnih molekul skozi membrano]]<br /> * Nevrotransmiterji<br /> <br /> ==Prenos genske informacije==<br /> * [[Podvojevanje DNA]]<br /> ** [[Semikonzervativno podvajanje]]<br /> ** DNA-polimeraze pri prokariontih in evkariontih<br /> ** Vodilna in zastajajoča veriga<br /> ** [[Telomeri]]<br /> * [[Prepisovanje DNA v RNA]]<br /> * [[Sinteza proteinov]]<br /> * Uravnavanje izražanja genov<br /> * Organizacija kromatina pri evkariontih<br /> * Značilnosti genomov<br /> * &quot;Sebični gen&quot;<br /> * Prenos genske informacije pri retrovirusih<br /> * [[Mutacije]]<br /> <br /> ==Molekularna biotehnologija==<br /> * Kloniranje genov<br /> * Hibridizacija<br /> * Izražanje genov<br /> * Določanje nukleotidnih zaporedij<br /> * Verižna reakcija s polimerazo (PCR)<br /> * [[Biočipi]]<br /> * [[Genetsko spremenjeni organizmi]]<br /> <br /> ==Celična in fiziološka biokemija==<br /> * [[Celični skelet]]<br /> **[[Bički in migetalke]]<br /> * Celične membrane<br /> ** Plazmalema<br /> ** Bakterijska celična membrana<br /> *** Zgradba celične ovojnice gramnegativnih bakterij<br /> *** Zgradba celične ovojnice grampozitivnih bakterij<br /> *** Zgradba peptidoglikanskega sloja<br /> ** Celična membrana arhej<br /> ** Celična stena rastlin<br /> ** Jedrna membrana in jedrna pora<br /> ** Mitohondrijska membrana<br /> ** Membrana kloroplastov <br /> * [[Motorni proteini]]<br /> * [[Celična smrt]]<br /> * Poškodbe s prostimi radikali<br /> * [[Medcelični stiki]]<br /> <br /> ==Biokemija bolezni==<br /> * [[Rak]]<br /> * [[Sladkorna bolezen tipa I in II]]<br /> * [[Parkinsonova bolezen]]<br /> * [[Zvijanje proteinov in prionske bolezni]]<br /> * [[Alzheimerjeva bolezen]]<br /> * [[Huntingtonova bolezen]]<br /> * Mišična distrofija<br /> * Sepsa<br /> * [[Levkemija]]<br /> * Želodčna razjeda<br /> * Debelost<br /> ** [[Leptin]]<br /> * Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)<br /> * Metabolični sindrom<br /> * [[Epilepsija]]<br /> <br /> ==Posebna poglavja==<br /> * [[Uvod v imunologijo]]<br /> ** Prirojeni odgovor<br /> *** [[Receptorji TLR]]<br /> ** Pridobljeni odgovor<br /> *** Predstavitev antigenov<br /> *** Aktivacija limfocitov B<br /> *** [[Aktivacija limfocitov T]]<br /> ** Splošna zgradba imunoglobulinov<br /> *** Imunoglobulinski tip zvitja<br /> *** Predstavitev imunoglobulinskih razredov<br /> * Biokemija čutil<br /> ** Zaznavanje vonjev<br /> ** Zaznavanje okusov<br /> ** Tip in bolečina<br /> ** Sluh<br /> * Proteinsko inženirstvo<br /> <br /> <br /> ----<br /> [[Biokemijski_seminar]] -- nazaj na Seminarje</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4268 2010-10-30T12:12:52Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4263 2010-10-29T14:56:28Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj prihajata iz istega rodu. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben le, da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4262 2010-10-29T14:08:52Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj prihajata iz istega rodu. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben le, da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4261 2010-10-29T13:35:30Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj prihajata iz istega rodu. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben le, da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4260 2010-10-29T13:35:10Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj prihajata iz istega rodu. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben le, da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4256 2010-10-29T00:08:31Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj prihajata iz iste družine. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben le, da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4255 2010-10-29T00:05:57Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj prihajata iz iste družine. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben le, da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4254 2010-10-29T00:03:41Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj prihajata iz iste družine. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben le, da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4253 2010-10-29T00:03:04Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj prihajata iz iste družine. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben le, da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4252 2010-10-28T23:56:20Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj prihajata iz iste družine. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben le, da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4251 2010-10-28T23:51:58Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben le, da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4250 2010-10-28T23:51:06Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da, BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4249 2010-10-28T23:50:28Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da, BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4248 2010-10-28T23:49:40Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji,tudi TeNT inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da, BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4247 2010-10-28T23:47:04Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji,tudi TeNT inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da, BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4246 2010-10-28T23:45:54Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, ki zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih. To privede do botulizma oz. mišične ohromelosti. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji,tudi TeNT inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da, BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4245 2010-10-28T23:44:51Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig (lahka in težka), ki sta povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, ki zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih. To privede do botulizma oz. mišične ohromelosti. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji,tudi TeNT inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da, BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4244 2010-10-28T23:43:23Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. Protein BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig (lahka in težka), ki sta povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, ki zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih. To privede do botulizma oz. mišične ohromelosti. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji,tudi TeNT inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da, BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4243 2010-10-28T23:15:08Z

<p>Natasa Simonic: /* Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. Protein BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je nevrotoksin, ki zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih. To privede do botulizma oz. mišične ohromelosti. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kjer je njegov namen ohromiti obrazne mišice, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg] in povzroča bolezen tetanus, za katero so značilni močni mišični krči.<br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4242 2010-10-28T22:45:02Z

<p>Natasa Simonic: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar||[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]|||||||||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Aleksander_Krajnc:_Oligomerske_oblike_z_G_proteinom_sklopljenih_receptorjev_.28GPCR.29|Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR)]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.BDan_Caf-Feldin:_Glikoliza:_Zgolj_bioenergetksa_vloga_ali_pot_pre.C5.BEivetja Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?]||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK PETER||The biochemical and structural basis for trans-to-cis isomerization of retinoids in the chemistry of vision||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Tisa_Primc:_Apoptoza_inducirana_prek_smrtnih_receptorjev| Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Brigita_Razbor.C5.A1ek:_Adhezijski_GPCR-ji_-_Odkrivanje_pomena_novih_receptorjev Adhezijski GPCR-ji: odkrivanje pomena novih receptorjev]||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Nata.C5.A1a_Simoni.C4.8D:_Botulin_in_tetanus_nevrotoksin:_struktura.2C_delovanje_in_terapevtska_uporaba Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba]||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||Cooperative and uncooperative cyclic-nucleotide-gated ion channels||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||Regulatory crosstalk of the metabolic network||3.11.||10.11.||17.11.<br /> |-<br /> | PERME NEJC||Glucose-sensing mechanisms in eukaryotic cells||5.11.||12.11.||19.11.<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||Structural features of metabolite-sensing riboswitches||5.11.||12.11.||19.11.<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||||10.11.||17.11.||24.11.<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||||12.11.||19.11.||26.11.<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||||12.11.||19.11.||26.11.<br /> |-<br /> | ŽLAJPAH MARGARETA||||12.11.||19.11.||26.11.<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | ROT ZALA||||||||15.12.<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||||||||17.12.<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||||||||17.12.<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||||||||22.12.<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||||||5.1.<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||||||12.1.<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||||||14.1.<br /> |-<br /> | none||||||||14.1.<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||||||<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||||||<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||||||<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsi, ki so bili na seminarju prisotni, imajo pravico in možnost oceniti seminar, tako da oddajo svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4241 2010-10-28T22:44:22Z

<p>Natasa Simonic: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar||[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]|||||||||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Aleksander_Krajnc:_Oligomerske_oblike_z_G_proteinom_sklopljenih_receptorjev_.28GPCR.29|Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR)]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.BDan_Caf-Feldin:_Glikoliza:_Zgolj_bioenergetksa_vloga_ali_pot_pre.C5.BEivetja Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?]||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK PETER||The biochemical and structural basis for trans-to-cis isomerization of retinoids in the chemistry of vision||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Tisa_Primc:_Apoptoza_inducirana_prek_smrtnih_receptorjev| Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Brigita_Razbor.C5.A1ek:_Adhezijski_GPCR-ji_-_Odkrivanje_pomena_novih_receptorjev Adhezijski GPCR-ji: odkrivanje pomena novih receptorjev]||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Nata.C5.A1a_Simoni.C4.8D:_Botulin_in_tetanus_nevrotoksin:_struktura.2C_delovanje_in_terapevtska_uporabaBotulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba]||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||Cooperative and uncooperative cyclic-nucleotide-gated ion channels||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||Regulatory crosstalk of the metabolic network||3.11.||10.11.||17.11.<br /> |-<br /> | PERME NEJC||Glucose-sensing mechanisms in eukaryotic cells||5.11.||12.11.||19.11.<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||Structural features of metabolite-sensing riboswitches||5.11.||12.11.||19.11.<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||||10.11.||17.11.||24.11.<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||||12.11.||19.11.||26.11.<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||||12.11.||19.11.||26.11.<br /> |-<br /> | ŽLAJPAH MARGARETA||||12.11.||19.11.||26.11.<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | ROT ZALA||||||||15.12.<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||||||||17.12.<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||||||||17.12.<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||||||||22.12.<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||||||5.1.<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||||||12.1.<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||||||14.1.<br /> |-<br /> | none||||||||14.1.<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||||||<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||||||<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||||||<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsi, ki so bili na seminarju prisotni, imajo pravico in možnost oceniti seminar, tako da oddajo svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4240 2010-10-28T22:42:37Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar||[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]|||||||||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Aleksander_Krajnc:_Oligomerske_oblike_z_G_proteinom_sklopljenih_receptorjev_.28GPCR.29|Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR)]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.BDan_Caf-Feldin:_Glikoliza:_Zgolj_bioenergetksa_vloga_ali_pot_pre.C5.BEivetja Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?]||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK PETER||The biochemical and structural basis for trans-to-cis isomerization of retinoids in the chemistry of vision||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Tisa_Primc:_Apoptoza_inducirana_prek_smrtnih_receptorjev| Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Brigita_Razbor.C5.A1ek:_Adhezijski_GPCR-ji_-_Odkrivanje_pomena_novih_receptorjev Adhezijski GPCR-ji: odkrivanje pomena novih receptorjev]||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Nata.C5.A1a_Simoni.C4.8D:_Botulin_in_tetanus_nevrotoksin:_struktura.2C_delovanje_in_terapevtska_uporaba]Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||Cooperative and uncooperative cyclic-nucleotide-gated ion channels||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||Regulatory crosstalk of the metabolic network||3.11.||10.11.||17.11.<br /> |-<br /> | PERME NEJC||Glucose-sensing mechanisms in eukaryotic cells||5.11.||12.11.||19.11.<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||Structural features of metabolite-sensing riboswitches||5.11.||12.11.||19.11.<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||||10.11.||17.11.||24.11.<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||||12.11.||19.11.||26.11.<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||||12.11.||19.11.||26.11.<br /> |-<br /> | ŽLAJPAH MARGARETA||||12.11.||19.11.||26.11.<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | ROT ZALA||||||||15.12.<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||||||||17.12.<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||||||||17.12.<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||||||||22.12.<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||||||5.1.<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||||||12.1.<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||||||14.1.<br /> |-<br /> | none||||||||14.1.<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||||||<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||||||<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||||||<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsi, ki so bili na seminarju prisotni, imajo pravico in možnost oceniti seminar, tako da oddajo svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4239 2010-10-28T22:33:31Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT) je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov in najbolj toksičen protein, 90 ng botulina je smrtna doza za 90-kilogramskega človeka. <br /> Protein botulin (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium botulinum, je nevrotoksin, ki zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih. To privede do botulizma oz. mišične ohromelosti. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, saj ohromi obrazne mišice kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (potenje).<br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT) proizvajajo anaerobne bakterije Clostridium tetani in povzroča bolezen tetanus, za katero so značilni močni mišični krči.<br /> Avtorji članka so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila odlike teh dveh proteinov. Uporabili jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (BoNT v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorje).</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4238 2010-10-28T22:07:44Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4237 2010-10-28T22:06:44Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: Struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4236 2010-10-28T22:06:15Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6TCV-514P93D-3&amp;_user=10&amp;_coverDate=10/01/2010&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=high&amp;_orig=search&amp;_origin=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1512679054&amp;_rerunOrigin=scholar.google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=ee6c5e8b4f022cb2472ffd17faae4225&amp;searchtype=a Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: Struktura, delovanje in terapevtska uporaba</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4235 2010-10-28T21:32:47Z

<p>Natasa Simonic: Removing all content from page</p> <hr /> <div></div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4234 2010-10-28T21:32:05Z

<p>Natasa Simonic: New page: Botulin</p> <hr /> <div>Botulin</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Zavirano_IGF-1_sporo%C4%8Danje_zmanj%C5%A1uje_s_staranjem_povezano_proteotoksi%C4%8Dnost_v_mi%C5%A1ih&diff=3453 2010-03-23T21:12:08Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>'''Insulinski rastni faktor-1 ali IGF-1''' (insulin-like growth factor-1) [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/Protein_IGF1_PDB_1bqt.png] je polipeptidni hormon, ki ima zelo podobno strukturo kot insulin. Sestavljen je iz 70 aminokislin, njegova molekulska masa znaša 7649 Da. Primarno nastaja v jetrih, njegovo sintezo pa stimulira rastni hormon. Z vezavo na specifični receptor sodeluje pri intraceličnem sporočanju, stimulira celično rast in je potencialni inhibitor za programirano celično smrt. IGF-1 ima pomembno vlogo tudi pri uravnavanju rasti celic (tudi živčnih). Poleg tega je ključni regulator staranja pri ljudeh pa tudi pri črvih, muhah in miših.<br /> <br /> Zmanjšanje IGF-1 sporočanja ali IIS-ja (insulin/insulin growth factor signaling) upočasni staranje ter ščiti pred toksičnostjo peptida Aβ (amiloid beta) [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c6/APP_processing.png]. Oligomeri peptida Aβ, imenujemo jih tudi senilne plake [http://theneurotic.files.wordpress.com/2008/05/alzheimer_dementia_3_presenile_onset.jpg](senile plaques), namreč povzročajo nastanek Alzheimerjeve bolezni ali AD (Alzheimer's disease).<br /> AD je neozdravljiva degenerativna bolezen, ki najpogosteje prizadane starejše od 65. leta. Prva simptoma sta izguba spomina in zmedenost, ko pa bolezen napreduje se pojavi še jezavost, nihanje razpoloženja, izguba jezikovnih sposobnosti pa tudi umikanje v osamo.<br /> <br /> Avtorji članka[http://download.cell.com/pdf/PIIS0092867409014263.pdf?intermediate=true] so odkrili, da se ob zmanjšanju IIS-ja ti dimeri povezujejo v večja, gostejša, a manj toksična vlakna, kar pa upočasni razvoj Alzheimerjeve bolezni, oz. zmanjša večino simptomov AD.<br /> To znanje nam odpira nove možnosti za boj proti AD oz. za njeno upočasnitev.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Zavirano_IGF-1_sporo%C4%8Danje_zmanj%C5%A1uje_s_staranjem_povezano_proteotoksi%C4%8Dnost_v_mi%C5%A1ih&diff=3452 2010-03-23T20:47:31Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>'''Insulinski rastni faktor-1 ali IGF-1''' (insulin-like growth factor-1) [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/Protein_IGF1_PDB_1bqt.png] je polipeptidni hormon, ki ima zelo podobno strukturo kot insulin. Sestavljen je iz 70 aminokislin, njegova molekulska masa znaša 7649 Da. Primarno nastaja v jetrih, njegovo sintezo pa stimulira rastni hormon. Z vezavo na specifični receptor sodeluje pri intraceličnem sporočanju, stimulira celično rast in je potencialni inhibitor za programirano celično smrt. IGF-1 ima pomembno vlogo tudi pri uravnavanju rasti celic (tudi živčnih). Poleg tega je ključni regulator staranja pri ljudeh pa tudi pri črvih, muhah in miših.<br /> <br /> Zmanjšanje IGF-1 sporočanja ali IIS-ja (insulin/insulin growth factor signaling) upočasni staranje ter ščiti pred toksičnostjo peptida Aβ (amiloid beta) [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c6/APP_processing.png]. Oligomeri peptida Aβ, imenujemo jih tudi senilne plake [http://theneurotic.files.wordpress.com/2008/05/alzheimer_dementia_3_presenile_onset.jpg](ang. senile plaques), namreč povzročajo nastanek Alzheimerjeve bolezni ali AD (Alzheimer's disease).<br /> AD je neozdravljiva degenerativna bolezen, ki najpogosteje prizadane starejše od 65. leta. Prva simptoma sta izguba spomina in zmedenost, ko pa bolezen napreduje se pojavi še jezavost, nihanje razpoloženja, izguba jezikovnih sposobnosti pa tudi umikanje v osamo.<br /> <br /> Avtorji članka[http://download.cell.com/pdf/PIIS0092867409014263.pdf?intermediate=true] so odkrili, da se ob zmanjšanju IIS-ja ti dimeri povezujejo v večja, gostejša, a manj toksična vlakna, kar pa upočasni razvoj Alzheimerjeve bolezni, oz. zmanjša večino simptomov AD.<br /> To znanje nam odpira nove možnosti za boj proti AD oz. za njeno upočasnitev.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Zavirano_IGF-1_sporo%C4%8Danje_zmanj%C5%A1uje_s_staranjem_povezano_proteotoksi%C4%8Dnost_v_mi%C5%A1ih&diff=3451 2010-03-23T20:44:38Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>'''Inzulinski rastni faktor-1 ali IGF-1''' (insulin-like growth factor-1) [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/Protein_IGF1_PDB_1bqt.png] je polipeptidni hormon, ki ima zelo podobno strukturo kot inzulin. Sestavljen je iz 70 aminokislin, njegova molekulska masa znaša 7649 Da. Primarno nastaja v jetrih, njegovo sintezo pa stimulira rastni hormon. Z vezavo na specifični receptor sodeluje pri intraceličnem sporočanju, stimulira celično rast in je potencialni inhibitor za programirano celično smrt. IGF-1 ima pomembno vlogo tudi pri uravnavanju rasti celic (tudi živčnih). Poleg tega je ključni regulator staranja pri ljudeh pa tudi pri črvih, muhah in miših.<br /> <br /> Zmanjšanje IGF-1 sporočanja ali IIS-ja (insulin/insulin growth factor signaling) upočasni staranje ter ščiti pred toksičnostjo peptida Aβ (amiloid beta) [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c6/APP_processing.png]. Oligomeri peptida Aβ, imenujemo jih tudi senilne plake [http://theneurotic.files.wordpress.com/2008/05/alzheimer_dementia_3_presenile_onset.jpg](ang. senile plaques), namreč povzročajo nastanek Alzheimerjeve bolezni ali AD (Alzheimer's disease).<br /> AD je neozdravljiva degenerativna bolezen, ki najpogosteje prizadane starejše od 65. leta. Prva simptoma sta izguba spomina in zmedenost, ko pa bolezen napreduje se pojavi še jezavost, nihanje razpoloženja, izguba jezikovnih sposobnosti pa tudi umikanje v osamo.<br /> <br /> Avtorji članka[http://download.cell.com/pdf/PIIS0092867409014263.pdf?intermediate=true] so odkrili, da se ob zmanjšanju IIS-ja ti dimeri povezujejo v večja, gostejša, a manj toksična vlakna, kar pa upočasni razvoj Alzheimerjeve bolezni, oz. zmanjša večino simptomov AD.<br /> To znanje nam odpira nove možnosti za boj proti AD oz. za njeno upočasnitev.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biokemijski_seminar_1_-_2009/10_-_Kazalo&diff=3396 2010-03-18T20:38:05Z

<p>Natasa Simonic: /* Biokemija bolezni */</p> <hr /> <div>=Seznam novic po področjih=<br /> Novico, ki jo boste predstavili, uvrstite v kategorijo, kamor mislite, da najbolj sodi. Vpišite naslov seminarja v slovenščini, hkrati pa naj bo naslov povezava na novo stran, kjer boste pripravili opis. Dopišite svoje ime in datum predstavitve. (Če si ne predstavljate, kako naj bi to naredili, si oglejte [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09 | seznam letošnjih 2. letnikov]]). <br /> <br /> <br /> ===Encimatika===<br /> <br /> ===Biokemija bolezni===<br /> [[Okvarjene vezave PINK1 in parkina so lahko vzrok Parkinsonove bolezni]] Brigita Razboršek, 18.3.2010<br /> <br /> [[Cerebralne in periferne spremembe, ki so nastale med dušikovo oksidno (NO) sintezo v modelu spalne bolezni podgane; Identifikacija možganskih iNOS ekspresivnih celic]] Đorđe Dimitrijević, 15.3.2010<br /> [[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cerebralne_in_periferne_spremembe,_ki_so_nastale_med_du%C5%A1ikovo_oksidno_(NO)_sintezo_v_modelu_spalne_bolezni_podgane;_Identifikacija_mo%C5%BEganskih_iNOS_ekspresivnih_celic.]]<br /> <br /> [[Tvorba priona z rekombinantnim prionskim proteinom]] Urban Bezeljak, 25. 3. 2010<br /> <br /> [[ Zaviranje angiogeneze in rasti tumorja z oralno aktivno učinkovino, ki stabilizira neaktivno stanje PDGFRβ/B-RAF]] Špela Umek, 25. 3. 2010<br /> <br /> [[Pandemska gripa kaže znake odpornosti na tamiflu]] Monika Bosilj, 25. 3. 2010<br /> <br /> [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091231153631.htm Zmožnost aminokislin za opravljanje več vlog hkrati je morda šibka točka virusa hepatitisa C] Urška Žbogar, 15.04.2010<br /> <br /> [[Zavirano IGF-1 sporočanje zmanjšuje s staranjem povezano proteotoksičnost v miših]] Nataša Simonič, 01.04.2010<br /> <br /> ===Genomika===<br /> <br /> ===Celična biokemija===<br /> <br /> ===Hormonska regulacija===<br /> <br /> ===Metabolizem===<br /> [[ATP hidroliza v Eg5 kinazi vključuje katalitični dvovodni mehanizem]], Sabina Kolar, 11.03.2010<br /> <br /> ===Signalne poti v celicah===<br /> <br /> [[Električni tokovi prostorsko ločijo biogeokemijske procese v morskih sedimentih]], Teja Banič, 01.04.2010<br /> <br /> ===Imunologija===<br /> <br /> ===Molekularna genetika===<br /> <br /> ===Proteomika===<br /> <br /> ===Nevrobiokemija===<br /> [[Dosežena aksonska regeneracija in vitro]] Tisa Primc, 25.3.2010</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Zavirano_IGF-1_sporo%C4%8Danje_zmanj%C5%A1uje_s_staranjem_povezano_proteotoksi%C4%8Dnost_v_mi%C5%A1ih&diff=3395 2010-03-18T20:33:10Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>'''Inzulinski rastni faktor-1 ali IGF-1''' (insulin-like growth factor-1) [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/Protein_IGF1_PDB_1bqt.png] je polipeptidni hormon, ki ima zelo podobno strukturo kot insulin. Sestavljen je iz 70 aminokislin, njegova molekulska masa znaša 7649 Da. Primarno nastaja v jetrih, njegovo sintezo pa stimulira rastni hormon. Z vezavo na specifični receptor sodeluje pri intraceličnem sporočanju, stimulira celično rast in je potencialni inhibitor za programirano celično smrt. IGF-1 ima pomembno vlogo tudi pri uravnavanju rasti celic (tudi živčnih). Poleg tega je ključni regulator staranja pri ljudeh pa tudi pri črvih, muhah in miših.<br /> <br /> Zmanjšanje IGF-1 sporočanja ali IIS-ja (insulin/insulin growth factor signaling) upočasni staranje ter ščiti pred toksičnostjo peptida Aβ (amiloid beta) [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c6/APP_processing.png]. Oligomeri peptida Aβ, imenujemo jih tudi senilne plake [http://theneurotic.files.wordpress.com/2008/05/alzheimer_dementia_3_presenile_onset.jpg](ang. senile plaques), namreč povzročajo nastanek Alzheimerjeve bolezni ali AD (Alzheimer's disease).<br /> AD je neozdravljiva degenerativna bolezen, ki najpogosteje prizadane starejše od 65. leta. Prva simptoma sta izguba spomina in zmedenost, ko pa bolezen napreduje se pojavi še jezavost, nihanje razpoloženja, izguba jezikovnih sposobnosti pa tudi umikanje v osamo.<br /> <br /> Avtorji članka[http://download.cell.com/pdf/PIIS0092867409014263.pdf?intermediate=true] so odkrili, da se ob zmanjšanju IIS-ja ti dimeri povezujejo v večja, gostejša, a manj toksična vlakna, kar pa upočasni razvoj Alzheimerjeve bolezni, oz. zmanjša večino simptomov AD.<br /> To znanje nam odpira nove možnosti za boj proti AD oz. za njeno upočasnitev.</div>

Natasa Simonic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Zavirano_IGF-1_sporo%C4%8Danje_zmanj%C5%A1uje_s_staranjem_povezano_proteotoksi%C4%8Dnost_v_mi%C5%A1ih&diff=3394 2010-03-18T20:32:41Z

<p>Natasa Simonic: </p> <hr /> <div>'''Inzulinski rastni faktor-1 ali IGF-1''' (insulin-like growth factor-1) [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/Protein_IGF1_PDB_1bqt.png] je polipeptidni hormon, ki ima zelo podobno strukturo kot insulin. Sestavljen je iz 70 aminokislin, njegova molekulska masa znaša 7649 Da. Primarno nastaja v jetrih, njegovo sintezo pa stimulira rastni hormon. Z vezavo na specifični receptor sodeluje pri intraceličnem sporočanju, stimulira celično rast in je potencialni inhibitor za programirano celično smrt. IGF-1 ima pomembno vlogo tudi pri uravnavanju rasti celic (tudi živčnih). Poleg tega je ključni regulator staranja pri ljudeh pa tudi pri črvih, muhah in miših.<br /> <br /> Zmanjšanje IGF-1 sporočanja ali IIS-ja (insulin/insulin growth factor signaling) upočasni staranje ter ščiti pred toksičnostjo peptida Aβ (amiloid beta) [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c6/APP_processing.png]. Oligomeri peptida Aβ, imenujemo jih tudi senilne plake [http://theneurotic.files.wordpress.com/2008/05/alzheimer_dementia_3_presenile_onset.jpg](ang. senile plaques), namreč povzročajo nastanek Alzheimerjeve bolezni ali AD (Alzheimer's disease).<br /> AD je neozdravljiva degenerativna bolezen, ki najpogosteje prizadane starejše od 65. leta. Prva simptoma sta izguba spomina in zmedenost, ko pa bolezen napreduje se pojavi še jezavost, nihanje razpoloženja, izguba jezikovnih sposobnosti pa tudi umikanje v osamo.<br /> <br /> Avtorji članka[http://download.cell.com/pdf/PIIS0092867409014263.pdf?intermediate=true] so odkrili, da se ob zmanjšanju IIS-ja ti dimeri povezujejo v večja, gostejša, a manj toksična vlakna, kar pa upočasni razvoj Alzheimerjeve bolezni, oz. zmanjša večino simptomov AD.<br /> <br /> To znanje nam odpira nove možnosti za boj proti AD oz. za njeno upočasnitev.</div>

Natasa Simonic