Wiki FKKT - User contributions [en]

Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka

2017-12-04T22:44:34Z

NejcV55:

Povzeto po projektu iGEM skupine [http://2017.igem.org/Team:Cologne-Duesseldorf Cologne-Duesseldorf]

(Jernej Vidmar)

==Uvod==
Skupina študentov iz Kölna in Düsseldorfa se je na sinteznobiološkem tekmovanju iGEM 2017 predstavila z umetno narejenim celičnim predelkom, katerega namen je ustvariti okolje v katerem poteka sinteza željenega produkta – v tem projektu so sintetizirali nootkaton.

Nootkaton je organska molekula, ki jo v naravi najdemo v lupini grenivke. Nootkaton ima insekticidne lastnosti [Zhu, 2001] – veže se na oktopaminske receptorje. To povzroči hiperaktivacijo, insekti pa se začnejo tresti do smrti, ki nastopi v nekaj sekundah. Nootkatone je prehramben dodatek odobren s strani FDA, tako da je za človeka neškodljiv, za razliko od nekaterih drugih insekticidov pa komarji nanj še niso razvili odpornosti.
Pri pridobivanju nootkatona se pojavljata dve težavi. Prva je zelo majhna koncentracija nootkatona v lupini grenivke – za izolacijo enega grama produkta je potrebno več sto kilogramov grenivk. Druga težava pa se pojavi pri sintezi nootkatona v kvasovkah ''Saccharomyces cerevisiae'' – zaradi toksičnosti sintezne poti nootkatona je končni izkoristek nizek.

Namen projekta, predstavljenega na iGEM 2017 je bil priprava modificiranega peroksisoma, v katerem poteka celotna sintezna pot nootkatona.

==Peroksisom==
Peroksisom ima dve poti uvoza proteinov in sicer preko proteinov Pex5 in Pex7. Pot preko proteina Pex5 je prevladujoča. Pex5 prepozna zaporedje C-konca proteinov (PTS1 - ''angl. peroxisome target signal''), ki je evolucijsko zelo dobro ohranjeno. Z mutacijo nekaterih aminokislin na TRP regiji proteina so želeli spremeniti prepoznavni žep, ki bi tako prepoznal PTS1 zaporedje, ki se v naravi ne pojavlja (PTS1*).

Preko Pex7 se v peroksisom translocirajo proteini, ki imajo na N-koncu PTS2 signalno zaporedje, pri kvasovkah je to le 3-oksoacil-CoA tiolaza. Pex7 deluje kot citosolni šaperon, ki prepozna PTS2 in protein s tem zaporedjem prenese na peroksisomalno poro na membrani peroksisoma. Z modificiranjem te poti transporta proteinov, lahko skupaj z modifikacijo Pex5 poti nadziramo koncentracijo različnih proteinov, ki jih želimo v peroksisomu.

==Membrana peroksisoma==
Učinkovitost reakcije je lahko odvisna od različnih pogojev kot sta npr. pH in prisotnost ustreznih kofaktorjev. Za integracijo proteinov na membrano peroksisoma sta znani dve poti, in sicer, od Pex19/Pex3 odvisna in od endoplazemskega retikuluma odvisna pot, za obe pa je potreben mPTS signal. Pri tem projektu so želeli preizkusiti integracijo bakteriorodopsina na peroksisomsko membrano, saj bi s tem lahko uravnavali pH v peroksisomu.

==Velikost in število peroksisomov==
Proizvodnja in velikost peroksisomov je posledica različnih poti. Lahko nastanejo de novo preko brstenja iz endoplazemskega retikuluma, lahko pa nastanejo z delitvijo že obstoječih peroksisomov, pri čemer uporabijo za nastanek proteine in lipide pakirane v vezikle. Velikost in število peroksisomov sta regulirana s peroksini, proteini, ki se integrirajo v membrano peroksisomov. Pri kvasovkah se pojavljajo peroksini Pex11, Pex30, Pex31, Pex32 in Pex34.

Peroksini Pex30, Pex31 in Pex32 negativno regulirajo nastanek in velikost peroksisomov. Delecija genov za te proteine je pokazala povečano tako število kot velikost peroksisomov, vendar pa se pri tem poveča tudi permeabilnost membrane, zato se pri tem projektu niso ukvarjali z njimi.

Peroksin Pex11 povzroča povečano deljenje peroksisomov. Pri deleciji gena za Pex11 se v celici nahaja majhno število velikih peroksisomov, pri povečanem izražanju tega gena pa pride do velikega števila majhnih peroksisomov.

Peroksin Pex34 pozitivno regulira rast in deljenje peroksisomov. Tako kot peroksini Pex30, Pex31 in Pex32 poveča permeabilnost membrane, vendar pa je ta efekt veliko manjši.

==Izločanje==
Izolacija željenih produktov je najdražja stopnja njihovega pridobivanja. Najlažji način izolacije biotehnološko pridobljenih snovi je centrifugiranje, zato je zelo priročno, če celice željen produkt izločijo v medij. Tu ga lahko enostavno pridobimo, saj se pri centrifugiranju nahaja v supernatantu. Pri peroksisomih ni poznane nobene poti sekrecije, zato so pri tem projektu želeli integrirati v-SNARE v membrano peroksisoma, ta pa bi nato interagiral s t-SNARE na celični membrani, kar bi povzročilo fuzijo peroksisoma s celično membrano in izločanje produkta v okolico.

==Senzorji==
Encimska aktivnost je odvisna od pogojev, predvsem pH. Kot pH senzor so uporabili pHlourin – različico GFP, ki ima pri eksitacijskem spektru dva vrhova – pri 395 nm in pri 475 nm. Pri kislejših pogojih je bolj izrazit vrh pri 475 nm.
Za spremljanje redoks potenciala so uporabili roGFP2, s katerim so spremljali v kakšni obliki se nahaja glutation v peroksisomu. Reducirani roGFP2 ima ekscitacijski vrh pri 485 nm, oksidiran pa pri 405 nm.

==Sinteza nootkatona==
Sinteza nootkatona poteka iz prekurzorja farnesil pirofosfata. V prvem koraku encim valencen sintaza pretvori farnesil pirofosfat do valencena. V naslednji stopnji encim P450 BM3 pretvori valencen do nootkatola, nootkatona in drugih stranskih produktov. Sočasno izražanje alkoholne dehidrogenaze z valencen sintazo poveča proizvodnjo nootkatona, saj favorizira pretvorbo nootkatona iz nootkatola. Za industrijske potrebe je željena koncentracija končnega produkta okoli 1 g/L, vendar pa je pri kvasovkah to nemogoče doseči, saj je toksična koncentracija nootkatola in nootkatona že pri nekaj 100 mg/L.

Pri sestavljanju biokock so si pomagali z Dueberjevo kaseto. Uporabljene biokocke: [http://2017.igem.org/Team:Cologne-Duesseldorf/Parts Povezava1], [http://2017.igem.org/Team:Cologne-Duesseldorf/Basic_Part Povezava2].

==Rezultati==
V celicah z izbitim genom za Pex5 so testirali, kje v celici se pojavi fluorescenca. Pri različici R19 Pex5 se je fluorescenca pojavila v peroksisomih, kjer je bil na C-koncu fluorescirajočega proteina mTurquois PTS1* signal, pri obeh negativnih kontrolah pa se fluorescenca tega proteina pojavlja v celotni celici. To so potrdili tudi s kolokalizacijo fluorescence z Pex13-mRuby2.

Z naključno mutagenezo petnajstih nukleotidov na PTS2 zaporedju so želeli določiti, katero zaporedje se najbolje veže na Pex7. Luciferazo so cepili na N- in C-konec. N-konec so v peroksisom prenesli preko Pex5, C-konec luciferaze pa preko Pex7. V periksosomalno membrano so morali vstaviti tudi luciferinski transporter. Boljše kot je bilo prepoznavno zaporedje PST2, večja je bila luminiscenca. Poleg tega so preizkusili tudi reakcijo nastanka violaceina, ki potrebuje tri encime – VioA, VioB in VioE. VioE je encim, ki pretvori zelen produkt prvih dveh reakcij, prodeoksiviolacein. Kolonije, ki so vsebovale wtVioE so bile temno zelene barve, kolonije z VioE, ki vsebuje divji tip PTS2 signalnega zaporedje, so bile svetlo zelene. Kolonije z mutiranim PTS2 pa so bile bele, če se je PTS2* bolje vezal na Pex7 kot PTS2.

Uspešno so pripravili fuzijski protein Pex3-bakteriorodopsin in ga integrirali v membrano peroksisoma - to so dokazali z Pex3-bakteriorodopsin-mRuby, ki je fluoresciral na istem mestu kot GFP-PTS1.

Sprva so za kontrolo števila in velikosti peroksisomov preizkusili Pex11, vendar so rezultati pokazali, da delecija gena za Pex11, divji tip in povečano izražanje gena za Pex11, ne vplivajo na fenotip peroksisomov v kvasovkah.

Izražanje proteina Pex34 pod vplivom močnega konstitutivnega promotorja je privedlo do sprememb v fenotipu peroksisomov. Več poskusov pod različnimi promotorji in pogoji je pokazalo, da pride do povečanja števila in velikosti peroksisomov v primerjavi z divjim tipom.
V projektu so pripravili fuzijske proteine v-SNARE in membranskih proteinov na peroksisomu. Kot reporterski protein so uporabili beta-glukuronidazo s PTS1. Največji signal v supernatantu se pojavi pri fuzijskem proteinu v-SNARE-Pex15L, kjer se v-SNARE nahaja v neposredni bližini membrane peroksisoma.

Delovanje pHlourina so sprva testirali z izražanjem v citosol – njegovo obnašanje je bilo pričakovano. Nato so pHlourinu dodali PTS1. PTS1 me vpliva bistveno na delovanje tega senzorja. V peroksisomu so izmerili rahlo kisel pH.

roGFP2 so najprej testirali ''in vitro''. Kasneje so ugotovili, da fuzijski partner PTS1 ne vpliva na delovanje roGFP2. Dobili so skoraj enak redoks potencial roGFP2 v citosolu in peroksisomu.

Za sintezo nootkatona so uporabili valencen sintazo iz ''Callitropsis nootkatensis'', ki je zelo odporna na spremembe pH in temperature, vendar pa je relativno zelo počasna, zato so za njeno izražanje uporabili najmočnejši promotor iz Dueberjeve kasete. Z western blotom so potrdili koekspresijo valencen sintaze, BM3-P450 in ADH v citosolu in njihove fuzijske proteine s PTS1 v peroksisomu. Kot metodo za določanje končnega produkta so uporabili masno spektrometrijo, predlagali so tudi HPLC. Vrh, ki bi moral pripasti nootkatonu je pod mejo zaznave, kar je lahko posledica nizke koncentracije produkta in neučinkovite izolacije vzorca.

==Viri==
Zhu, B. C., Henderson, G., Chen, F., Maistrello, L. in Laine, R. A. "Nootkatone is a repellent for Formosan subterranean termite (Coptotermes formosanus)." Journal of Chemical Ecology, 2001, 27(3), str. 523-531.

Seminarji SB 2017/18

2017-12-04T22:34:39Z

NejcV55:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] 
2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] 

5.12. 
1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] 
4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] 

12.12. 
1 Helena Jakše 
2 Tjaša Bensa 
3 Sabina Štukelj 
4 Amadeja Lapornik 

19.12. 
1 Ana Krišelj 
2 Vanna Imširović 
3 Dominik Dekleva 
4 Neža Gaube 

9.1. 
1 Nastja Marondini 
2 Elizabeta Jevnikar 
3 Nina Roštan 
4 Barbara Lipovšek 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar 
2 Marija Kisilak 
3 Nataša Traven 
4 Tina Šimunović 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert 

23.1. 
1 Ana Cirnski 
2 
3 
4

Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka

2017-12-04T22:33:09Z

NejcV55:

Povzeto po projektu iGEM skupine [http://2017.igem.org/Team:Cologne-Duesseldorf Cologne-Duesseldorf]

(Jernej Vidmar)

==Uvod==
Skupina študentov iz Kölna in Düsseldorfa se je na sinteznobiološkem tekmovanju iGEM 2017 predstavila z umetno narejenim celičnim predelkom, katerega namen je ustvariti okolje v katerem poteka sinteza željenega produkta – v tem projektu so sintetizirali nootkaton.

Nootkaton je organska molekula, ki jo v naravi najdemo v lupini grenivke. Nootkaton ima insekticidne lastnosti [Zhu, 2001] – veže se na oktopaminske receptorje. To povzroči hiperaktivacijo, insekti pa se začnejo tresti do smrti, ki nastopi v nekaj sekundah. Nootkatone je prehramben dodatek odobren s strani FDA, tako da je za človeka neškodljiv, za razliko od nekaterih drugih insekticidov pa komarji nanj še niso razvili odpornosti.
Pri pridobivanju nootkatona se pojavljata dve težavi. Prva je zelo majhna koncentracija nootkatona v lupini grenivke – za izolacijo enega grama produkta je potrebno več sto kilogramov grenivk. Druga težava pa se pojavi pri sintezi nootkatona v kvasovkah Saccharomyces cerevisiae – zaradi toksičnosti sintezne poti nootkatona je končni izkoristek nizek.

Namen projekta, predstavljenega na iGEM 2017 je bil priprava modificiranega peroksisoma, v katerem poteka celotna sintezna pot nootkatona.

==Peroksisom==
Peroksisom ima dve poti uvoza proteinov in sicer preko proteinov Pex5 in Pex7. Pot preko proteina Pex5 je prevladujoča. Pex5 prepozna zaporedje C-konca proteinov (PTS1 - ''angl. peroxisome target signal''), ki je evolucijsko zelo dobro ohranjeno. Z mutacijo nekaterih aminokislin na TRP regiji proteina so želeli spremeniti prepoznavni žep, ki bi tako prepoznal PTS1 zaporedje, ki se v naravi ne pojavlja (PTS1*).

Preko Pex7 se v peroksisom translocirajo proteini, ki imajo na N-koncu PTS2 signalno zaporedje, pri kvasovkah je to le 3-oksoacil-CoA tiolaza. Pex7 deluje kot citosolni šaperon, ki prepozna PTS2 in protein s tem zaporedjem prenese na peroksisomalno poro na membrani peroksisoma. Z modificiranjem te poti transporta proteinov, lahko skupaj z modifikacijo Pex5 poti nadziramo koncentracijo različnih proteinov, ki jih želimo v peroksisomu.

==Membrana peroksisoma==
Učinkovitost reakcije je lahko odvisna od različnih pogojev kot sta npr. pH in prisotnost ustreznih kofaktorjev. Za integracijo proteinov na membrano peroksisoma sta znani dve poti, in sicer, od Pex19/Pex3 odvisna in od endoplazemskega retikuluma odvisna pot, za obe pa je potreben mPTS signal. Pri tem projektu so želeli preizkusiti integracijo bakteriorodopsina na peroksisomsko membrano, saj bi s tem lahko uravnavali pH v peroksisomu.

==Velikost in število peroksisomov==
Proizvodnja in velikost peroksisomov je posledica različnih poti. Lahko nastanejo de novo preko brstenja iz endoplazemskega retikuluma, lahko pa nastanejo z delitvijo že obstoječih peroksisomov, pri čemer uporabijo za nastanek proteine in lipide pakirane v vezikle. Velikost in število peroksisomov sta regulirana s peroksini, proteini, ki se integrirajo v membrano peroksisomov. Pri kvasovkah se pojavljajo peroksini Pex11, Pex30, Pex31, Pex32 in Pex34.

Peroksini Pex30, Pex31 in Pex32 negativno regulirajo nastanek in velikost peroksisomov. Delecija genov za te proteine je pokazala povečano tako število kot velikost peroksisomov, vendar pa se pri tem poveča tudi permeabilnost membrane, zato se pri tem projektu niso ukvarjali z njimi.

Peroksin Pex11 povzroča povečano deljenje peroksisomov. Pri deleciji gena za Pex11 se v celici nahaja majhno število velikih peroksisomov, pri povečanem izražanju tega gena pa pride do velikega števila majhnih peroksisomov.

Peroksin Pex34 pozitivno regulira rast in deljenje peroksisomov. Tako kot peroksini Pex30, Pex31 in Pex32 poveča permeabilnost membrane, vendar pa je ta efekt veliko manjši.

==Izločanje==
Izolacija željenih produktov je najdražja stopnja njihovega pridobivanja. Najlažji način izolacije biotehnološko pridobljenih snovi je centrifugiranje, zato je zelo priročno, če celice željen produkt izločijo v medij. Tu ga lahko enostavno pridobimo, saj se pri centrifugiranju nahaja v supernatantu. Pri peroksisomih ni poznane nobene poti sekrecije, zato so pri tem projektu želeli integrirati v-SNARE v membrano peroksisoma, ta pa bi nato interagiral s t-SNARE na celični membrani, kar bi povzročilo fuzijo peroksisoma s celično membrano in izločanje produkta v okolico.

==Senzorji==
Encimska aktivnost je odvisna od pogojev, predvsem pH. Kot pH senzor so uporabili pHlourin – različico GFP, ki ima pri eksitacijskem spektru dva vrhova – pri 395 nm in pri 475 nm. Pri kislejših pogojih je bolj izrazit vrh pri 475 nm.
Za spremljanje redoks potenciala so uporabili roGFP2, s katerim so spremljali v kakšni obliki se nahaja glutation v peroksisomu. Reducirani roGFP2 ima ekscitacijski vrh pri 485 nm, oksidiran pa pri 405 nm.

==Sinteza nootkatona==
Sinteza nootkatona poteka iz prekurzorja farnesil pirofosfata. V prvem koraku encim valencen sintaza pretvori farnesil pirofosfat do valencena. V naslednji stopnji encim P450 BM3 pretvori valencen do nootkatola, nootkatona in drugih stranskih produktov. Sočasno izražanje alkoholne dehidrogenaze z valencen sintazo poveča proizvodnjo nootkatona, saj favorizira pretvorbo nootkatona iz nootkatola. Za industrijske potrebe je željena koncentracija končnega produkta okoli 1 g/L, vendar pa je pri kvasovkah to nemogoče doseči, saj je toksična koncentracija nootkatola in nootkatona že pri nekaj 100 mg/L.

Pri sestavljanju biokock so si pomagali z Dueberjevo kaseto. Uporabljene biokocke: [http://2017.igem.org/Team:Cologne-Duesseldorf/Parts Povezava1], [http://2017.igem.org/Team:Cologne-Duesseldorf/Basic_Part Povezava2].

==Rezultati==
V celicah z izbitim genom za Pex5 so testirali, kje v celici se pojavi fluorescenca. Pri različici R19 Pex5 se je fluorescenca pojavila v peroksisomih, kjer je bil na C-koncu fluorescirajočega proteina mTurquois PTS1* signal, pri obeh negativnih kontrolah pa se fluorescenca tega proteina pojavlja v celotni celici. To so potrdili tudi s kolokalizacijo fluorescence z Pex13-mRuby2.

Z naključno mutagenezo petnajstih nukleotidov na PTS2 zaporedju so želeli določiti, katero zaporedje se najbolje veže na Pex7. Luciferazo so cepili na N- in C-konec. N-konec so v peroksisom prenesli preko Pex5, C-konec luciferaze pa preko Pex7. V periksosomalno membrano so morali vstaviti tudi luciferinski transporter. Boljše kot je bilo prepoznavno zaporedje PST2, večja je bila luminiscenca. Poleg tega so preizkusili tudi reakcijo nastanka violaceina, ki potrebuje tri encime – VioA, VioB in VioE. VioE je encim, ki pretvori zelen produkt prvih dveh reakcij, prodeoksiviolacein. Kolonije, ki so vsebovale wtVioE so bile temno zelene barve, kolonije z VioE, ki vsebuje divji tip PTS2 signalnega zaporedje, so bile svetlo zelene. Kolonije z mutiranim PTS2 pa so bile bele, če se je PTS2* bolje vezal na Pex7 kot PTS2.

Uspešno so pripravili fuzijski protein Pex3-bakteriorodopsin in ga integrirali v membrano peroksisoma - to so dokazali z Pex3-bakteriorodopsin-mRuby, ki je fluoresciral na istem mestu kot GFP-PTS1.

Sprva so za kontrolo števila in velikosti peroksisomov preizkusili Pex11, vendar so rezultati pokazali, da delecija gena za Pex11, divji tip in povečano izražanje gena za Pex11, ne vplivajo na fenotip peroksisomov v kvasovkah.

Izražanje proteina Pex34 pod vplivom močnega konstitutivnega promotorja je privedlo do sprememb v fenotipu peroksisomov. Več poskusov pod različnimi promotorji in pogoji je pokazalo, da pride do povečanja števila in velikosti peroksisomov v primerjavi z divjim tipom.
V projektu so pripravili fuzijske proteine v-SNARE in membranskih proteinov na peroksisomu. Kot reporterski protein so uporabili beta-glukuronidazo s PTS1. Največji signal v supernatantu se pojavi pri fuzijskem proteinu v-SNARE-Pex15L, kjer se v-SNARE nahaja v neposredni bližini membrane peroksisoma.

Delovanje pHlourina so sprva testirali z izražanjem v citosol – njegovo obnašanje je bilo pričakovano. Nato so pHlourinu dodali PTS1. PTS1 me vpliva bistveno na delovanje tega senzorja. V peroksisomu so izmerili rahlo kisel pH.

roGFP2 so najprej testirali ''in vitro''. Kasneje so ugotovili, da fuzijski partner PTS1 ne vpliva na delovanje roGFP2. Dobili so skoraj enak redoks potencial roGFP2 v citosolu in peroksisomu.

Za sintezo nootkatona so uporabili valencen sintazo iz ''Callitropsis nootkatensis'', ki je zelo odporna na spremembe pH in temperature, vendar pa je relativno zelo počasna, zato so za njeno izražanje uporabili najmočnejši promotor iz Dueberjeve kasete. Z western blotom so potrdili koekspresijo valencen sintaze, BM3-P450 in ADH v citosolu in njihove fuzijske proteine s PTS1 v peroksisomu. Kot metodo za določanje končnega produkta so uporabili masno spektrometrijo, predlagali so tudi HPLC. Vrh, ki bi moral pripasti nootkatonu je pod mejo zaznave, kar je lahko posledica nizke koncentracije produkta in neučinkovite izolacije vzorca.

==Viri==
Zhu, B. C., Henderson, G., Chen, F., Maistrello, L. in Laine, R. A. "Nootkatone is a repellent for Formosan subterranean termite (Coptotermes formosanus)." Journal of Chemical Ecology, 2001, 27(3), str. 523-531.

Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka

2017-12-04T22:32:45Z

NejcV55: New page: Povzeto po projektu iGEM skupine [http://2017.igem.org/Team:Cologne-Duesseldorf Cologne-Duesseldorf] (Jernej Vidmar) ==Uvod== Skupina študentov iz Kölna in Düsseldorfa se je na sintezn...

Povzeto po projektu iGEM skupine [http://2017.igem.org/Team:Cologne-Duesseldorf Cologne-Duesseldorf]
(Jernej Vidmar)

==Uvod==
Skupina študentov iz Kölna in Düsseldorfa se je na sinteznobiološkem tekmovanju iGEM 2017 predstavila z umetno narejenim celičnim predelkom, katerega namen je ustvariti okolje v katerem poteka sinteza željenega produkta – v tem projektu so sintetizirali nootkaton.

Nootkaton je organska molekula, ki jo v naravi najdemo v lupini grenivke. Nootkaton ima insekticidne lastnosti [Zhu, 2001] – veže se na oktopaminske receptorje. To povzroči hiperaktivacijo, insekti pa se začnejo tresti do smrti, ki nastopi v nekaj sekundah. Nootkatone je prehramben dodatek odobren s strani FDA, tako da je za človeka neškodljiv, za razliko od nekaterih drugih insekticidov pa komarji nanj še niso razvili odpornosti.
Pri pridobivanju nootkatona se pojavljata dve težavi. Prva je zelo majhna koncentracija nootkatona v lupini grenivke – za izolacijo enega grama produkta je potrebno več sto kilogramov grenivk. Druga težava pa se pojavi pri sintezi nootkatona v kvasovkah Saccharomyces cerevisiae – zaradi toksičnosti sintezne poti nootkatona je končni izkoristek nizek.

Namen projekta, predstavljenega na iGEM 2017 je bil priprava modificiranega peroksisoma, v katerem poteka celotna sintezna pot nootkatona.

==Peroksisom==
Peroksisom ima dve poti uvoza proteinov in sicer preko proteinov Pex5 in Pex7. Pot preko proteina Pex5 je prevladujoča. Pex5 prepozna zaporedje C-konca proteinov (PTS1 - ''angl. peroxisome target signal''), ki je evolucijsko zelo dobro ohranjeno. Z mutacijo nekaterih aminokislin na TRP regiji proteina so želeli spremeniti prepoznavni žep, ki bi tako prepoznal PTS1 zaporedje, ki se v naravi ne pojavlja (PTS1*).

Preko Pex7 se v peroksisom translocirajo proteini, ki imajo na N-koncu PTS2 signalno zaporedje, pri kvasovkah je to le 3-oksoacil-CoA tiolaza. Pex7 deluje kot citosolni šaperon, ki prepozna PTS2 in protein s tem zaporedjem prenese na peroksisomalno poro na membrani peroksisoma. Z modificiranjem te poti transporta proteinov, lahko skupaj z modifikacijo Pex5 poti nadziramo koncentracijo različnih proteinov, ki jih želimo v peroksisomu.

==Membrana peroksisoma==
Učinkovitost reakcije je lahko odvisna od različnih pogojev kot sta npr. pH in prisotnost ustreznih kofaktorjev. Za integracijo proteinov na membrano peroksisoma sta znani dve poti, in sicer, od Pex19/Pex3 odvisna in od endoplazemskega retikuluma odvisna pot, za obe pa je potreben mPTS signal. Pri tem projektu so želeli preizkusiti integracijo bakteriorodopsina na peroksisomsko membrano, saj bi s tem lahko uravnavali pH v peroksisomu.

==Velikost in število peroksisomov==
Proizvodnja in velikost peroksisomov je posledica različnih poti. Lahko nastanejo de novo preko brstenja iz endoplazemskega retikuluma, lahko pa nastanejo z delitvijo že obstoječih peroksisomov, pri čemer uporabijo za nastanek proteine in lipide pakirane v vezikle. Velikost in število peroksisomov sta regulirana s peroksini, proteini, ki se integrirajo v membrano peroksisomov. Pri kvasovkah se pojavljajo peroksini Pex11, Pex30, Pex31, Pex32 in Pex34.

Peroksini Pex30, Pex31 in Pex32 negativno regulirajo nastanek in velikost peroksisomov. Delecija genov za te proteine je pokazala povečano tako število kot velikost peroksisomov, vendar pa se pri tem poveča tudi permeabilnost membrane, zato se pri tem projektu niso ukvarjali z njimi.

Peroksin Pex11 povzroča povečano deljenje peroksisomov. Pri deleciji gena za Pex11 se v celici nahaja majhno število velikih peroksisomov, pri povečanem izražanju tega gena pa pride do velikega števila majhnih peroksisomov.

Peroksin Pex34 pozitivno regulira rast in deljenje peroksisomov. Tako kot peroksini Pex30, Pex31 in Pex32 poveča permeabilnost membrane, vendar pa je ta efekt veliko manjši.

==Izločanje==
Izolacija željenih produktov je najdražja stopnja njihovega pridobivanja. Najlažji način izolacije biotehnološko pridobljenih snovi je centrifugiranje, zato je zelo priročno, če celice željen produkt izločijo v medij. Tu ga lahko enostavno pridobimo, saj se pri centrifugiranju nahaja v supernatantu. Pri peroksisomih ni poznane nobene poti sekrecije, zato so pri tem projektu želeli integrirati v-SNARE v membrano peroksisoma, ta pa bi nato interagiral s t-SNARE na celični membrani, kar bi povzročilo fuzijo peroksisoma s celično membrano in izločanje produkta v okolico.

==Senzorji==
Encimska aktivnost je odvisna od pogojev, predvsem pH. Kot pH senzor so uporabili pHlourin – različico GFP, ki ima pri eksitacijskem spektru dva vrhova – pri 395 nm in pri 475 nm. Pri kislejših pogojih je bolj izrazit vrh pri 475 nm.
Za spremljanje redoks potenciala so uporabili roGFP2, s katerim so spremljali v kakšni obliki se nahaja glutation v peroksisomu. Reducirani roGFP2 ima ekscitacijski vrh pri 485 nm, oksidiran pa pri 405 nm.

==Sinteza nootkatona==
Sinteza nootkatona poteka iz prekurzorja farnesil pirofosfata. V prvem koraku encim valencen sintaza pretvori farnesil pirofosfat do valencena. V naslednji stopnji encim P450 BM3 pretvori valencen do nootkatola, nootkatona in drugih stranskih produktov. Sočasno izražanje alkoholne dehidrogenaze z valencen sintazo poveča proizvodnjo nootkatona, saj favorizira pretvorbo nootkatona iz nootkatola. Za industrijske potrebe je željena koncentracija končnega produkta okoli 1 g/L, vendar pa je pri kvasovkah to nemogoče doseči, saj je toksična koncentracija nootkatola in nootkatona že pri nekaj 100 mg/L.

Pri sestavljanju biokock so si pomagali z Dueberjevo kaseto. Uporabljene biokocke: [http://2017.igem.org/Team:Cologne-Duesseldorf/Parts Povezava1], [http://2017.igem.org/Team:Cologne-Duesseldorf/Basic_Part Povezava2].

==Rezultati==
V celicah z izbitim genom za Pex5 so testirali, kje v celici se pojavi fluorescenca. Pri različici R19 Pex5 se je fluorescenca pojavila v peroksisomih, kjer je bil na C-koncu fluorescirajočega proteina mTurquois PTS1* signal, pri obeh negativnih kontrolah pa se fluorescenca tega proteina pojavlja v celotni celici. To so potrdili tudi s kolokalizacijo fluorescence z Pex13-mRuby2.

Z naključno mutagenezo petnajstih nukleotidov na PTS2 zaporedju so želeli določiti, katero zaporedje se najbolje veže na Pex7. Luciferazo so cepili na N- in C-konec. N-konec so v peroksisom prenesli preko Pex5, C-konec luciferaze pa preko Pex7. V periksosomalno membrano so morali vstaviti tudi luciferinski transporter. Boljše kot je bilo prepoznavno zaporedje PST2, večja je bila luminiscenca. Poleg tega so preizkusili tudi reakcijo nastanka violaceina, ki potrebuje tri encime – VioA, VioB in VioE. VioE je encim, ki pretvori zelen produkt prvih dveh reakcij, prodeoksiviolacein. Kolonije, ki so vsebovale wtVioE so bile temno zelene barve, kolonije z VioE, ki vsebuje divji tip PTS2 signalnega zaporedje, so bile svetlo zelene. Kolonije z mutiranim PTS2 pa so bile bele, če se je PTS2* bolje vezal na Pex7 kot PTS2.

Uspešno so pripravili fuzijski protein Pex3-bakteriorodopsin in ga integrirali v membrano peroksisoma - to so dokazali z Pex3-bakteriorodopsin-mRuby, ki je fluoresciral na istem mestu kot GFP-PTS1.

Sprva so za kontrolo števila in velikosti peroksisomov preizkusili Pex11, vendar so rezultati pokazali, da delecija gena za Pex11, divji tip in povečano izražanje gena za Pex11, ne vplivajo na fenotip peroksisomov v kvasovkah.

Izražanje proteina Pex34 pod vplivom močnega konstitutivnega promotorja je privedlo do sprememb v fenotipu peroksisomov. Več poskusov pod različnimi promotorji in pogoji je pokazalo, da pride do povečanja števila in velikosti peroksisomov v primerjavi z divjim tipom.
V projektu so pripravili fuzijske proteine v-SNARE in membranskih proteinov na peroksisomu. Kot reporterski protein so uporabili beta-glukuronidazo s PTS1. Največji signal v supernatantu se pojavi pri fuzijskem proteinu v-SNARE-Pex15L, kjer se v-SNARE nahaja v neposredni bližini membrane peroksisoma.

Delovanje pHlourina so sprva testirali z izražanjem v citosol – njegovo obnašanje je bilo pričakovano. Nato so pHlourinu dodali PTS1. PTS1 me vpliva bistveno na delovanje tega senzorja. V peroksisomu so izmerili rahlo kisel pH.

roGFP2 so najprej testirali ''in vitro''. Kasneje so ugotovili, da fuzijski partner PTS1 ne vpliva na delovanje roGFP2. Dobili so skoraj enak redoks potencial roGFP2 v citosolu in peroksisomu.

Za sintezo nootkatona so uporabili valencen sintazo iz ''Callitropsis nootkatensis'', ki je zelo odporna na spremembe pH in temperature, vendar pa je relativno zelo počasna, zato so za njeno izražanje uporabili najmočnejši promotor iz Dueberjeve kasete. Z western blotom so potrdili koekspresijo valencen sintaze, BM3-P450 in ADH v citosolu in njihove fuzijske proteine s PTS1 v peroksisomu. Kot metodo za določanje končnega produkta so uporabili masno spektrometrijo, predlagali so tudi HPLC. Vrh, ki bi moral pripasti nootkatonu je pod mejo zaznave, kar je lahko posledica nizke koncentracije produkta in neučinkovite izolacije vzorca.

==Viri==
Zhu, B. C., Henderson, G., Chen, F., Maistrello, L. in Laine, R. A. "Nootkatone is a repellent for Formosan subterranean termite (Coptotermes formosanus)." Journal of Chemical Ecology, 2001, 27(3), str. 523-531.

Seminarji SB 2017/18

2017-11-21T22:06:21Z

NejcV55:

Seminarji SB 2017/18

2017-11-16T13:42:43Z

NejcV55:

Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih

2015-05-18T21:52:43Z

NejcV55:

Naključna inaktivacija enega izmed X kromosomov (XCI) pri ženskah omogoči uravnavanje količine genov v primerjavi z moškimi, ki imajo le en X kromosom. To je seveda reguliran proces, vseeno pa se lahko v zvezi z njim zgodijo določene nepravilnosti, ki vplivajo na razvoj bolezni. Zaradi razlik med moškimi in ženskami je tudi razvoj bolezni, povezanih z X kromosomom močno odvisen od spola.
Ker imajo moški le en X kromosom, so podvrženi tako recesivnim kot dominantnim mutacijam zaradi prisotnosti le enega alela. Pri moških je tudi zelo problematično, če se pojavi podvojitev X genov, saj za razliko od žensk nimajo mehanizma za utišanje. Pri ženskah pa se zgodi, da se alel z mutacijo v približno polovici celic inaktivira, kar je velikokrat dovolj, da ne pride do kliničnih znakov bolezni. Lahko pa se zgodi tudi neenakomerna XCI, torej, da se v več celicah inaktivira isti X kromosom; to je lahko posledica inaktivacije, ki ni bila naključna, oziroma se zaradi naključnosti statistično zgodi. Posledica tega je lahko torej, da se mutacija izraža v večini celic in pride do bolezni ali pa se v večini celic ne izraža in se bolezen ne razvije (odvisno od tega, ali je mutacija, ki povzroča bolezen na tistem X kromosomu, ki se izraža v večini celic). Fenotipski znaki se razlikujejo tudi glede na to, kateri geni uidejo XCI. Lahko se namreč zgodi, da ravno mutiran gen uide XCI in se izraža, kar pa privede do bolezni. Pride pa lahko tudi no nenormalnega procesa reaktivacije X kromosoma v somatskih celicah, kar je prav tako lahko vzrok za bolezen.
==Prednostna inaktivacija enega izmed kromosomov X==
Prednostna inaktivacija kromosoma X pomeni, da v celici obstaja pot, ki vodi k temu, da se eden izmed para kromosomov X z večjo verjetnostjo inaktivira. Če gen pobegne inaktivaciji kromosoma X, bo prednostna inaktivacija le delno povrnila normalen fenotip. Za gene, ki so udeleženi pri inaktivaciji kromosoma X je zaščita pred delecijskimi učinki odvisna od stopnje prednostne inaktivacije enega od kormosomov X, ki je povezana z razširjenostjo celičnega izbora v posameznih tkivih. Na prednostno inaktivacijo vplivajo mutacija gena, ki nosi zapis za avtonomen ali za sekrecijski protein ter če je ta proteinski produkt drugače del multimernega kompleksa. Prednostna inaktivacija se lahko selektivno pojavi pojavi v celicah, kjer je izražanje normalnega alela ključno. Nivo prednostne inaktivacije je povezan tudi s starostjo in fazo razvoja celic. Napredna prednostna inaktivacija je občasno lahko tudi razlog za delecije pri odkritih mutacijah, kar se lahko pokaže pri avtoimunih boleznih pri ženskah. Prednostna inaktivacija ima pomembno vlogo tudi pri raku. Tak primer je ekspresija tumor supresorskega gena FoxP3, ki je spreminjajoča ravno zaradi prednostne inaktivacije kromosoma X.
==Mutacije na pobeglih genih==
Pobegli geni so tisti geni, ki se v ženski somatski celici izražajo bialelično – torej gre za podksupino genov na paru kromosomov X, kjer se prepisujeta obe kopiji tega gena. Mutacije, delecije in duplikacije pobeglih genov povzročajo veliko število različnih nepravilnosti in bolezni. Preoblikovalci kromatina lahko vplivajo na ekspresijo celotnega gena preko epigenetskih sprememb. Mutacije pobeglega gena KDM6A so vpletene v malignem možganskem tumorju, raku prostate in ledvic. KDM6A je gen, ki nosi zapis za histonsko demetilazo, ki interagira z encimom MLL2. Čeprav se KDM6A izogne inaktivaciji, obstaja vzorec prednostne inaktivacije kromosoma X, kjer se inaktivira tisti kromosom, ki smo mu izbrisali gen za KDM6A. Neločljivo povezan z mutacijo tega gena pa je tudi Kabukijev sindrom. Gre za sindrom povezan z prirojenimi nepravilnostmi in intelektualnimi nezmožnostmi. Različna mera vpliva na ženske, ki imajo dva različna alela za ta gen, je najverjetneje posledica nizke ekspresije gena iz običajnega alela, ki je na inaktiviranem kromosomu X. Osebe z Kabukijevim sindromom ne morejo imeti hkrati tudi Turnerjevega sindroma, kar kaže na to, da je monoalelno izražanje KDM6A dovolj učinkovito, da prepreči fenotip Turnerjevega sindroma. Izmed pobeglih genov je znan tudi t.i. KDM5C gen, ki je pomemben pri razvoju živčnih celic. Z mutacijo okvarjen gen vpliva sicer le na moške, kar kaže na to, da haploinsuficienca (ko ima diploidni organizem le eno funkcionalno kopijo gena) na ženskah pusti le blage posledice.
==Spolna kromosomska anevploidija==
Pri anevploidiji gre za variacije v številu kromosomov, pri kateri gre za neaktivnost enega ali več kromosomov, ali pa povečanje števila kromosomov.
Eden od poznanih sindromov je Klinefelterjev sindrom, pri katerem imajo osebe moškega spola kromosom odveč, sicer gre za dokaj pogost pojav, ki se pojavi na enega izmed 700 rojenih, vendar pa se ne deduje. Do tega sindroma pride, ker se spolni kromosomi pri mejozi I pri moškem oz. pri mejozi II pri ženski ne razdvajajo. Z višanjem starosti matere se povečuje možnost otroka, da bi dobil ta sindrom. Za take o, ki dobijo sindrom je fenotipsko značilno, da so zelo visoki, imajo široke boke in so skoraj ne poraščeni, so tudi mišično šibkejši pogosto neplodni in imajo psihološke motnje. Ta bolezen se drugače imenuje tudi 47XXY, ker imajo osebe s tem sindromom 47 kromosomov, obstajajo pa tudi osebki z 48, XXYY in 48, XXXY kromosomi, ali celo 49, XXXXY kromosomi, pri slednjem primeru gre za hudo oblike retardacije. Pri osebah z Klinefelterjevim sindromom poteka zdravljenje oz. uravnavanje bolezni v obliki testosteronske terapije pri kateri fantu v puberteti dodajajo hormon testosteron, ki mu omogoča spremembo telesa v puberteti, mutacijo glasu in pa poraščenost, ter povečanje spolovila. Poleg testosterona je pomembna tudi psihična podpora v puberteti in pa pomoč kirurga pri odstranjevanju tkiva dojk.
Drugi poznani sindrom pa je Turnerjev sindrom oz. tako imenovan X sindrom, pri katerem gre za celotno oz. delno odsotnost X kromosoma pri dekletih, zato pravimo, da gre za kromosomsko anomalijo. To je sicer bolj redek primer, vendar pa se pojavlja na povprečno vsako 2000 deklico. Za osebe s Turnerjevim sindromom je značilno, da so nizke rasti, imajo širok prstni koš, temne madeže po telesu in pa otečene noge, gležnje ter prste na rokah in nogah. Anomalija se kaže tudi pri razvijanju spolovil, spolnih organov, imajo tudi probleme z dihanjem oz. rebri ter žilami. Dosti otrok s tem sindromom v 99%, se rodi mrtvih ali pa še pred rojstvom pride do spontanega splava.
V večini primerov, se pravi več kot polovici, se zgubi oz. je ne aktiven celoten kromosom X, zaradi česar posledično pride do pojava kariotipa 45,X. Zdravljenje oz. uravnavanje posledic inaktiviranega kromosoma X, poteka z dodajanjem rastnega hormona v letih, ko se dekleta najbolj razvijajo, kar pomeni v zgodnji puberteti, če pa je napredek majhen se dodaja tudi androgen imenovan Oxandrin. Pri večini deklet poteka tudi estrogenska terapija, se pravi hormonska terapija, ki pa običajno poteka vse od pubertete pa do menopavze.
==Bolezni, povezane z reaktivacijo kromosoma X v somatskih tkivih==
Sprva je veljalo, da je lncRNA Xist ni nujen za vzdrževanje utišanja X kromosoma, vendar se je pri poskusih, kjer so odstranili Xist pokazalo, da ima to precejšnje posledice. V miših z odstranjenim Xist v krvi se je razvila oblika raka, ki naj bi bil posledica motenj v homeostatskih poteh zaradi povečanega izražanja genov z X kromosoma (kar se je očitno zgodilo zaradi odsotnosti Xist). Pokazalo pa se je tudi obratno; reaktivacija Xist v mišjih imunskih celicah je povzročila ponovno utišanje X kromosoma.
Tudi pri ljudeh so nepravilnosti pri XCI povezane z razvojem raka (na primer gen za encim OGT). Tudi pri avtoimunih boleznih se začenjajo odkrivati povezave z XCI. Primer take bolezni je lupus, h kateremu naj bi prispevale povišanje koncentracije proteinov, ki jih povzroči reaktivacija gena CD40LG, kar se zgodi zaradi hipometilacije CG območij. Ta bolezen je pogostejša pri ženskah, kar utrjuje vedno bolj raziskan sklep , da obstaja pomembna povezava med pogostostjo pojava avtoimunskih motenj pri ženskah in reaktivacijo genov na X kromosomu. Sicer pa je veliko raziskav usmerjenih tudi v pojav od starosti odvisne reaktivacije kromosoma X, saj je je vedno več raziskav, ki dokazujejo, da se reaktivacija kromosoma poveča v starejših osebkih.
==Viri==
*Deng, X., Berletch, J. B., Nguyen, D. K., Disteche, C. M. X chromosome regulation: diverse patterns in development, tissues and disease. Nature, 2014, letnik 15, str. 367-378.
*Medema, R. H. in Burgering, B. M. The X Factor: Skewing X Inactivation towards Cancer. Cell, 2007, letnik 129, str. 1253-1254.
*Lederer, D., Grisart, B., Digilio, M. C., Benoit, V., Crespin, M., Ghariani, S. C., Maystadt, I., Dallapiccola, B., Verellen-Dumoulin, C. Deletion of KDM6A, a Histone Demethylase Interacting with MLL2, in Three Patients with Kabuki Syndrome. The American Journal of Human Genetics, 2012, letnik 90, str. 119-124.
*Puck, Jennifer M., Willard, Huntington F. X Inactivation in Females with X-Linked Disease. The New England Journal of Medicine, 1998, letnik 338, str. 325-328.

Talk:Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih

2015-05-18T21:49:47Z

NejcV55: New page: *Luka Lavrič: Spolna kromosomska anevploidija *Nina Mavec: Uvod, Bolezni, povezane z reaktivacijo kromosoma X v somatskih tkivih *Jernej Vidmar: Prednostna inaktivacija enega izmed kromos...

*Luka Lavrič: Spolna kromosomska anevploidija
*Nina Mavec: Uvod, Bolezni, povezane z reaktivacijo kromosoma X v somatskih tkivih
*Jernej Vidmar: Prednostna inaktivacija enega izmed kromosomov X, Mutacije na pobeglih genih

Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih

2015-05-18T21:43:14Z

NejcV55: New page: Naključna inaktivacija enega izmed X kromosomov (XCI) pri ženskah omogoči uravnavanje količine genov v primerjavi z moškimi, ki imajo le en X kromosom. To je seveda reguliran proces, ...

Inaktivacija kromosoma X

2015-05-18T21:21:08Z

NejcV55:

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija so v študijskem letu 2014/15 namenjeni posebnemu fenomenu v genetiki, inaktivaciji kromosoma X. Pri samicah živali namreč praviloma obstajata dve kopiji kromosoma X, pri samcih pa samo ena kopija. Glede na prisotnost dvojnega števila genov pri samicah, bi teoretično pričakovali tudi dvakratno koncentracijo mRNA in proteinov, kar pa se v resnici ne zgodi. En kromosom se utiša po posebnem mehanizmu, ki ga na kratko imenujemo tudi X-inaktivacija. V zadnjih letih je postalo znanega marsikaj, o čemer smo prej le domnevali, še vedno pa mehanizma X-inaktivacije še ne poznamo v celoti.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli v maju in začetku junija. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanj med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Letošnja tema je na stičišču več ved: genetike, embriologije, celične biologije, biokemije in molekularne biologije. Izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski in molekularnobiološki, nikakor pa ne opisujte na široko poteka raznih bolezni, ki so posledica napak pri inaktivaciji kromosoma X. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje dva dni pred predstavitvijo (do polnoči). Predstavitve seminarjev 1 in 2 bodo 6. maja, 3 in 4 11. maja, 5 in 6 13. maja, 7 in 8 18. maja, 9 in 10 pa 20. maja 2015. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').

Seznam naslovov tem in izhodiščnih virov:

# Evolucija spolnih kromosomov: http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.0060080
# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov: poglavje Functional diversity of X-linked genes v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA: http://www.sciencemag.org/content/319/5871/1787.long in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3858397/
# Mehanizem X-inaktivacije – to je ključni referat celotne letošnje serije in lahko pričakujete kakšno vprašanje na izpitu iz tega seminarja: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3771680/
# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X14011425
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih: poglavje Variable XCI initiation and mosaic X expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Pobeg iz X-inaktivacije: poglavje Sex bias in gene expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/ ter http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3136209/
# Ponovna aktivacija kromosoma X: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3293375/
# Povečano izražanje genov na kromosomu X: poglavje Diverse mechanisms of X upregulation v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih: poglavje X chromosome regulation and disease v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/

== Skupine ==

Skupine za projektno nalogo oblikujte do 10.aprila (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 0. Evolucija mitohondrijskih genomov (Janez Gorenc, Petra Novak, Anja Dolenc)

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucija_spolnih_kromosomov# Evolucija spolnih kromosomov] (Amadeja Lapornik, Jerneja Kocutar, Katja Malovrh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Značilnosti_s_kromosomom_X_povezanih_geni# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov] (Neža Brezovar, Tina Šimunović)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Dolge_in_kratke_nekodirajoče_RNA# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA] (Ernest Šprager, Gašper Marinšek, Bine Tršavec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_X-inaktivacije# Mehanizem X-inaktivacije] (Dominik Dekleva, Luka Dejanović, Matej Vrhovnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Primer_X-inaktiviranega_gena:_O-GlcNAc_transferaza# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza] Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza (Primož Tič, Tadej Ulčnik, Tomaž Žagar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Iniciacija_X-aktivacije_pri_mi%C5%A1ih_in_drugih_sesalcih# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih] (Jerneja Ovčar, Tjaša Sorčan, Urška Kašnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pobeg_iz_X-inaktivacije# Pobeg iz X-inaktivacije] (Živa Moravec, Monika Pepelnjak, Enja Kokalj)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Ponovna_aktivacija_kromosoma_X# Ponovna_aktivacija_kromosoma_X] (Vesna Podgrajšek, Marija Srnko, Urška Černe)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Povečano_izražanje_genov_na_kromosomu_X# Povečano izražanje genov na kromosomu X] (Inge Sotlar, Anja Tanšek, Nuša Kelhar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uravnavanje_X-inaktivacije_pri_boleznih# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih] (Luka Lavrič, Nina Mavec, Jernej Vidmar)

Inaktivacija kromosoma X

2015-04-02T18:40:47Z

NejcV55: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija so v študijskem letu 2014/15 namenjeni posebnemu fenomenu v genetiki, inaktivaciji kromosoma X. Pri samicah živali namreč praviloma obstajata dve kopiji kromosoma X, pri samcih pa samo ena kopija. Glede na prisotnost dvojnega števila genov pri samicah, bi teoretično pričakovali tudi dvakratno koncentracijo mRNA in proteinov, kar pa se v resnici ne zgodi. En kromosom se utiša po posebnem mehanizmu, ki ga na kratko imenujemo tudi X-inaktivacija. V zadnjih letih je postalo znanega marsikaj, o čemer smo prej le domnevali, še vedno pa mehanizma X-inaktivacije še ne poznamo v celoti.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli v maju in začetku junija. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanj med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Letošnja tema je na stičišču več ved: genetike, embriologije, celične biologije, biokemije in molekularne biologije. Izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski in molekularnobiološki, nikakor pa ne opisujte na široko poteka raznih bolezni, ki so posledica napak pri inaktivaciji kromosoma X. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje dva dni pred predstavitvijo (do polnoči). Predstavitve seminarjev 1 in 2 bodo 6. maja, 3 in 4 11. maja, 5 in 6 13. maja, 7 in 8 18. maja, 9 in 10 pa 20. maja 2015. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').

Seznam naslovov tem in izhodiščnih virov:

# Evolucija spolnih kromosomov: http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.0060080
# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov: poglavje Functional diversity of X-linked genes v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA: http://www.sciencemag.org/content/319/5871/1787.long in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3858397/
# Mehanizem X-inaktivacije – to je ključni referat celotne letošnje serije in lahko pričakujete kakšno vprašanje na izpitu iz tega seminarja: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3771680/
# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X14011425
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih: poglavje Variable XCI initiation and mosaic X expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Pobeg iz X-inaktivacije: poglavje Sex bias in gene expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/ ter http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3136209/
# Ponovna aktivacija kromosoma X: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3293375/
# Povečano izražanje genov na kromosomu X: poglavje Diverse mechanisms of X upregulation v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih: poglavje X chromosome regulation and disease v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/

== Skupine ==

Skupine za projektno nalogo oblikujte do 10.aprila (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 0. Evolucija mitohondrijskih genomov (Janez Gorenc, Petra Novak, Anja Dolenc)

# Evolucija spolnih kromosomov (Katja Malovrh, Jerneja Kocutar, Amadeja Lapornik)
# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov (Neža Brezovar, Tina Šimunović)
# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA (Ernest Šprager, Gašper Marinšek, Bine Tršavec)
# Mehanizem X-inaktivacije (Dominik Dekleva, Luka Dejanović, Matej Vrhovnik)
# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih (Jerneja Ovčar, Tjaša Sorčan, )
# Pobeg iz X-inaktivacije (Živa Moravec, Monika Pepelnjak, Enja Kokalj)
# Ponovna aktivacija kromosoma X (Vesna Podgrajšek, Marija Srnko, Urška Černe)
# Povečano izražanje genov na kromosomu X (Inge Sotlar, Anja Tanšek)
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih (Luka Lavrič, Nina Mavec, Jernej Vidmar)

Inaktivacija kromosoma X

2015-04-01T20:27:54Z

NejcV55: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija so v študijskem letu 2014/15 namenjeni posebnemu fenomenu v genetiki, inaktivaciji kromosoma X. Pri samicah živali namreč praviloma obstajata dve kopiji kromosoma X, pri samcih pa samo ena kopija. Glede na prisotnost dvojnega števila genov pri samicah, bi teoretično pričakovali tudi dvakratno koncentracijo mRNA in proteinov, kar pa se v resnici ne zgodi. En kromosom se utiša po posebnem mehanizmu, ki ga na kratko imenujemo tudi X-inaktivacija. V zadnjih letih je postalo znanega marsikaj, o čemer smo prej le domnevali, še vedno pa mehanizma X-inaktivacije še ne poznamo v celoti.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli v maju in začetku junija. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanj med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Letošnja tema je na stičišču več ved: genetike, embriologije, celične biologije, biokemije in molekularne biologije. Izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski in molekularnobiološki, nikakor pa ne opisujte na široko poteka raznih bolezni, ki so posledica napak pri inaktivaciji kromosoma X. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje dva dni pred predstavitvijo (do polnoči). Predstavitve seminarjev 1 in 2 bodo 6. maja, 3 in 4 11. maja, 5 in 6 13. maja, 7 in 8 18. maja, 9 in 10 pa 20. maja 2015. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').

Seznam naslovov tem in izhodiščnih virov:

# Evolucija spolnih kromosomov: http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.0060080
# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov: poglavje Functional diversity of X-linked genes v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA: http://www.sciencemag.org/content/319/5871/1787.long in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3858397/
# Mehanizem X-inaktivacije – to je ključni referat celotne letošnje serije in lahko pričakujete kakšno vprašanje na izpitu iz tega seminarja: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3771680/
# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X14011425
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih: poglavje Variable XCI initiation and mosaic X expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Pobeg iz X-inaktivacije: poglavje Sex bias in gene expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/ ter http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3136209/
# Ponovna aktivacija kromosoma X: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3293375/
# Povečano izražanje genov na kromosomu X: poglavje Diverse mechanisms of X upregulation v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih: poglavje X chromosome regulation and disease v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/

== Skupine ==

Skupine za projektno nalogo oblikujte do 10.aprila (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 0. Evolucija mitohondrijskih genomov (Janez Gorenc, Petra Novak, Anja Dolenc)

# Evolucija spolnih kromosomov (Katja Malovrh, Jerneja Kocutar, Amadeja Lapornik)
# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov
# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA (Ernest Šprager, Gašper Marinšek, Bine Tršavec)
# Mehanizem X-inaktivacije
# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih (Jerneja Ovčar, Tjaša Sorčan, )
# Pobeg iz X-inaktivacije (Živa Moravec, Monika Pepelnjak, Enja Kokalj)
# Ponovna aktivacija kromosoma X (Vesna Podgrajšek, Marija Srnko, Urška Černe)
# Povečano izražanje genov na kromosomu X
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih (Luka Lavrič, Jernej Vidmar)

BIO2 Seminar 2014

2014-11-11T23:02:19Z

NejcV55: /* Biokemijski seminar */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Transport maščobnih kislin skozi človeško placento]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24615175 Ketonska dopolnila zmanjšajo preživetje tumorskih celic]||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090118 Katabolizem triptofana in rak]||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18819805 Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze]||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||[http://dmm.biologists.org/content/7/11/1287.long Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije]||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||[http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(12)00019-9 Moj izbrani naslov]||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810007024 Oksidativna fosforilacija v rakavih celicah]||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||[http://www.plantphysiol.org/content/155/1/171.long Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene] ||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jerneja Ovčar||20||Moj izbrani naslov||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Valentina Levak||20||Moj izbrani naslov||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2962793/ Moj izbrani naslov]||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||[http://www.pubfacts.com/fulltext_frame.php?PMID=25220377&title=The%20UPS%20and%20downs%20of%20cholesterol%20homeostasis./ Moj izbrani naslov]||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3390254/#!po=36.6667 Moj izbrani naslov]||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||Moj izbrani naslov||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806315/ Metabolizem serina in glicina v rakavih celicah]||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||Moj izbrani naslov||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||Moj izbrani naslov||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||Moj izbrani naslov||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev 2014

2014-11-11T23:01:11Z

NejcV55: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2014 stran]

=== Tadej Ulčnik: Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju ===

Transkripcijski faktorji so proteini, ki se specifično vežejo na DNA ter s tem omogočijo vezavo RNA polimeraze. Delujejo kot regulatorji izražanja genov. Primer transkripcijskih faktorjev so jedrni steroidni receptorji. Steroidni receptorji se nahajajo v citosolu in se aktivirajo ob vezavi steroidnih hormonov. Določeni vsebujejo med sabo podobno domeno, s katero se lahko več različnih receptorjev veže na isto zaporedje na promotorju. Še vedno ni znano kaj vse vpliva na potek translacije, tudi sami mehanizmi delovanja ostajajo še skrivnost. Primerjava aktivnosti in dinamike dveh podobnih steroidnih receptorjev, androgenega in glukokortikoidnega, ki imata v celici vlogo transkripcijskih faktorjev, je pokazala, da čeprav sta si receptorja podobna, to ne velja za njuno delovanje. Na promotorju nista bila ves čas prisotna v enaki količini, tudi količina prepisanega gena je bila različna. Ob dodatku inhibitorjev sta ta različno uspešno preprečevala transkripcijo, kar se je poznalo pri številu vezanih polimeraz in pri količini prepisanih mRNA. Za ta konkretni primer je bilo dokazano, da čeprav sta oba receptorja vplivala na izražanje gena, nista delovala na enak način in v enaki meri. Kaj vse je vplivalo na to je težko določiti, tako da to ostaja predmet nadaljnjih raziskav.

=== Dominik Dekleva: Aktivacija GPCR-jev v povezavi z vodo ===

Pomanjkljivosti do sedaj znanih metod za preučevanje proteinov, kot sta NMR- spektroskopija in rentgenska difrakcija, se kažejo, med drugim, pri preučevanju različnih proteinov in receptorjev, udeleženih v biosignalnih poti na atomarnem nivoju. Statične strukture nam ne povedo veliko o reorganizaciji vezi in dinamiki spreminjajočih se interakcij v proteinih, ki so ključne pri signalizacijskih poteh v celicah. Z uporabo nove metode, molekularnih dinamičnih (MD) simulacij, za katero stoji precej statistične matematike, lahko modele makromolekul opazujemo na atomarnem nivoju ter v mikrosekundnem časovnem oknu. Uporabnost omenjene metode se je dobro obnesla tudi v primeru švicarskih znanstvenikov iz Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, ki so preiskovali vlogo vode pri aktivaciji treh prototipskih GPCR-jev: adenozin A2A R, β2-adrenergični receptor in rodopsin, kar bom povzel v nadaljevanju. Dokazali so, da se z vezavo liganda znotraj sedmih α-vijačnic GPCR vzpostavi urejen vodni tunel, ki močno vpliva na spremembo konformacije proteina GPCR-ja, ki se zgodi zaradi reorganizacije številnih vodikovih vezi v notranjosti proteina GPCR. Ob vezavi liganda na molekulo GPCR se torej ustvari vodni tunel v molekuli, kar omogoča nadaljnjo signalizacijo in ustrezen odziv celice na primarni sporočevalec.

=== Nuša Kelhar: Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja ===
Celična membrana ali plazmalema je nekakšen ovoj celice, ki služi predvsem kot selektivna pregrada med celično zunanjostjo in notranjostjo. Sestavljena je iz lipidnega dvosloja in številnih proteinov, ki so povezani z membrano ali so vezani nanjo. Celične membrane se stalno spreminjajo zaradi odcepljanja in zlivanja veziklov ter zaradi interakcij z dinamičnim citoskeletom. Površina in oblika membrane močno vplivata na učinkovitost njene signalne aktivnosti. Ker reakcije pri prenosu signalov vključujejo tudi membranske komponente in vplivajo na citoskeletsko dinamiko, se s tem spreminja oblika membrane in oblika celice. Če poznamo odvisnost signalizacije od teh mehanizmov lahko že iz oblike celice napovemo, kakšne signale je prenesla ali prejela pred kratkim in prepoznamo nekatere znake nepravilnega delovanja signalnih poti, kar je pomembno pri identifikaciji rakavih celic in zdravljenju. Pomembni mehanizmi, s katerimi membrana sodeluje pri sporočanju so redukcija dimenzij, kjer se spremeni prostor gibanja delcev, ukrivljanje zaradi prostorskih gradientov receptorjev, kjer se receptorji združujejo na membranskih izboklinah in nato lateralno prehajajo, in sodelovanje s citoskeletom, ki izbokline stabilizira in omogoča, da delujejo kot nekakšna tipala. Pogledali si bomo tudi primere delovanja nekaterih načinov sporočanja med celicami in reakcije na določene signale, nekaj pa bomo povedali še o tem, kako njihovo nepravilno delovanje vpliva na razvoj rakavih celic.

=== Luka Lavrič: Glikoliza - Metabolizem v možganih ===
V svoji seminarski nalogi, sem se osredotočil na metabolizem v možganih. Za osnovni članek, sem si izbral temo, ki preučuje kakšni so vplivi na nevrone in astrocite, živčne celice, ki se nahajajo v možganih. Opisal sem raziskave in odzive astrocitov in nevronov na dušikov oksid, ki so jih izvedli na miših. Zaradi dušikovega oksida pride do zaviranja mitohondričnega dihanja, zaradi katerega nevroni hitro umrejo, medtem, ko astrociti izkoriščajo glikolizo-tipično-generirano ATP za povečanje svoje potencialne mitohondrijske membrane, s čimer postajajo vse bolj odporni na pro-apoptotične dražljaje. Nevroni ne morejo povečati glikolize zaradi pomanjkanja aktivnosti-glikolizne spodbude encima 6-fosfofrukto-2-kinaza / fruktoza 2,6-bisfosfatna izooblika 3 (PFKFB3), ki je pomemben za aktivacijo 6-fosfofrukto-1-kinaze (PFK1), ki je glavni regluator glikolize. V nevronih, se PFKFB3 neprestano razgrajuje preko E3 ubikvitin ligaze, ki spodbuja kompleksne/cyclosome (APC / C) - CDH1. Metabolizem glukoze v nevronih je usmerjen predvsem po poti pentoze-fosfata, ki vodi do regeneracije glutationa, ki je za nas zelo pomemben. Regulacija aktivnosti PFKFB3 s APC/C-CDH1 sistemom proteasoma je pomembna za razumevanje presnove glukoze, bioenergetsko oskrbo in po možnosti odziva na stres v delujočih možganih. Pri nevronih je visoka aktivnost regulatornega sistema APC/C-CDH1 vključena v preusmeritev presnove glukoze v smeri regeneracije reduciranega glutationa.

=== Primož Tič: Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze ===
Citratni cikel je pomemben člen metabolizma, saj njegovi intermediati vstopajo v mnoge anabolne poti. Zato so vsakršne napake v njegovem delovanju lahko usodne za organizem. Zelo pomemben encim citratnega cikla je piruvat karboksilaza, ki spremeni piruvat v oksaloacetat. Oksaloacetat je pomemben intermediat, saj lahko vstopi npr. v cikel glukoneogeneze in tako prepreči laktatno acidozo, ki je skupni simptom te metabolne okvare. Ker je cilj metabolizma proizvodnja energije v obliki molekul ATP, se celica na moteno delovanje metabolizma odzove s senzornimi proteini AMPK (''AMP-activated protein kinase''). Proteini spodbudijo katabolne procese, kjer nastajajo molekule ATP in zavirajo neesencialne anabolne procese, kjer se ATP porablja. Obratno deluje protein mTOR (''mammalian target of rapamycin''), ki spodbuja sintezo maščobnih kislin, proteinov in ogljikovih hidratov. Poznamo tri tipe bolezni: tip A, tip B in tip C. Najhujša oblika je tip B, kjer oseba umre v roku treh mesecev po rojstvu. Zaenkrat se bolezen še ne da zdraviti, jo pa lahko blažimo npr. z anaplerotično dieto. Anaplerotične reackije nadomeščajo intermediate npr. v citratnem ciklu, ko jih je malo. Anaplerotična dieta izkorišča alternativne intermediate, ki lahko zaobidejo nedelujoče encime in poteka metabolizem normalno. Tako se vsaj približno vzpostavi homeostaza celice. Primer takšnega intermediata je triglicerid triheptanoin, ki se lahko vključi v citratni cikel. V prihodnosti bi lahko takšne in podobne okvare zdravili z gensko terapijo.

=== Naida Hajdarević: Skrivnost metformina končno odkrita? ===
Metformin je eno najučinkovitejših zdravil za zdravljenje diabetesa tipa 2, saj zmanjša hepatično glukoneogenezo brez povečanja izločanja inzulina, povečanja telesne teže ali tveganja za razvoj hipoglikemije. Kljub temu, da se pacientom z diabetesom tipa 2 predpisuje že več kot pol stoletja, je njegov mehanizem delovanja prava uganka.
Raziskav na to temo je malo morje, z vsako so bili znanstveniki korak bližje odkritju skrivnosti metformina. Tako so leta 2000 v eni izmed raziskav prišli do prvega pravega zaključka: terapija z metforminom pri diabetikih zniža stopnjo proizvodnje glukoze preko inhibicije glukoneogeneze. Odgovoru, kako metformin inhibira glukoneogenezo, je bila bližje naslednja skupina raziskovalcev, ki je ugotovila, da je primarno mesto njegovega delovanja preko direktne inhibicije kompleksa I dihalne verige. Tako smo korak za korakom prišli do zadnjih raziskav, ki so mehanizem delovanja metformina razložile še natančneje – pokazale so, da metformin nekompetativno inhibira encim glicerol-3-fosfat dehidrogenazo, kar zmanjša pretvorbo laktata in glicerola ter zmanjša hepatično glukoneogenezo.

=== Marija Srnko: Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja ===

Rak-bolezen sodobne družbe. V večini primerov se njegova rast prične iz neznanih vzrokov. Neznan dražljaj v telesu sproži spremembe v genih in kot posledica se pojavi nenadzorovana in hitra rast spremenjenih celic. Določen delež obolenj pa je tudi dedno pogojen. Torej se mutacija genov prenaša iz generacije v generacijo. Že samo zdrav življenjski slog pa lahko pripomore k manjšemu tveganju za njegov razvoj. S hitrejšo rastjo oziroma poliferacijo celic pa pride do sprememba v metabolizmu. Bistvena razlika v primerjavi z metabolizmom normalnih celic je povečana potreba po glukozi. Kar bi lahko povezali s povečano potrebo makromolekul, potrebnih za pospešeno rast celic. Dosedanje najučinkovitejše zdravljenje temelji na kemoterapiji. Vendar si znanstveniki prizadevajo odkritje za organizem manj škodljivih snovi in procesov zdravljenja. V dani nalogi sem se posvetila zbiranju podatkov iz raziskav, ki temeljijo na inhibiranju glikoliznih reakcij. Izpostaviti sem žele encime oz reakcija na katerih je bilo do sedaj izvedenih največ poskusov in dejansko pomujajo možnosti za razvoj pacientu prijaznejšega zdravljenja. Zanimalo me je kakšen vpliv bi imela redukcija določenih reakcij na druga tkiva. Nekaj pozornosti pa sem namenila tudi razvoju nanotehnologije, ki bo kljub odkritju mehanizma inhibicije igrala pomembno vlogo pri transportu substratov do prizadetega tkiva.

=== Vesna Podgrajšek: Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ===
Toxoplasma gondii je znotrajcelična pražival in povzroča bolezen toksoplazmozo. Toxoplasma gondii pospešeno raste znotraj gostiteljevih vakuol, kjer se za svojo rast in replikacijo zanaša na gostiteljev ogljik in hranila. Ena izmed oblik parazita je tahizoit, kateri so se sposobni razmnoževati in napadati v vsakršni gostiteljski celici z jedrom. Proučevali in primerjali so metabolno pot ogljika v znotrajcelični in sproščeni oz. zunajcelični stopnji parazita. Ugotovili so, da toxoplasma gondii v znotrajcelični stopnji, aktivno katabolizira gostiteljevo glukozo preko cikla citronske kisline (TCA). Te stopnje tudi katabolizirajo glutamin preko TCA cikla in poti γ-aminobuturične kisline (GABA), ki generira molekule, ki vstopijo v TCA cikel. Mehanizem preoblikovanja piruvata v acetil-CoA še obstaja nepojasnjen, saj jim manjka PDH kompleks, ki povezuje glikolizo s TCA ciklom. Kemiča inhibicija (NaFAc) TCA cikla popolnoma prepreči znotrajcelično replikacijo parazita, kar pomeni da je potrebna popolna aktivnost TCA cikla. Paraziti, ki jim manjka GABA pot, imajo zavrto rast in niso sposobni ohraniti drsno motiliteto pod razmerami, kjer so hranila omejena (npr. zunaj celice), kar nakazuje, da ima GABA funkcijo kratkotrajne rezerve energije. Zatorej ima toxoplasma gondii tahizoiti metabolno fleksebilnost, ki najverjetneje dovoljuje zajedalcem inficiranje različnih tipov celic.

=== Ernest Šprager: Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov ===
Z razgradnjo maščob, ki predstavljajo estre glicerola in treh maščobnih kislin, pridobimo do 40 % vse energije. Maščobne kisline se, preden vstopijo v celice tankega črevesa, protonirajo in s tem postanejo nepolarne. Kljub temu, da se jih večina absorbira kar s pasivno difuzijo, membrane celic tankega črevesa vsebuje ogromno proteinov, ki imajo zelo različne funkcije. Nekateri med njimi olajšajo pasivno difuzijo preko ohranjanja kontracijskega gradienta maščobnih kislin, spet drugi uravnavajo število in velikost hilomikronov, s katerimi se maščobe prenesejo iz tankega črevesa v kri. Za nastanek hilomikrona se morajo v lumnu endoplazemskega retikuluma s pomočjo mikrosomalnega triglicerid transfer proteina okoli apolipoproteinskega jedra povezati triacilgliceridi skupaj z fosfolipidi. Celotna pot maščob od njihove absorbcije v tankem črevesu do sprostitve iz hilomikronov je natančno regulirana. Pomembno vlogo ima protein CD36, ki med drugim deluje kot nekakšen senzor, ki sporoča celicam količino maščob v tankem črevesu. Signalizacija deluje tako, da lahko CD36, kadar je povezan k maščobno kislino, fosforilira ostale encime, ti pa nato lahko vplivajo število hilomikronov, njihovo velikost in s tem tudi količino triacilgliceridov. Prav povišana količina triacilgliceridov v krvi je povezana z kardiovaskularnimi boleznimi, odpornostjo na inzulin in debelost, zato je boljše razumevanje sprejema maščob in njihovo pakiranje v hilomikrone pomembno.

=== Katja Malovrh: Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem ===
Citratni cikel je niz kemijskih reakcij, ki v aerobnih organizmih potekajo v mitohondrijih. Cikel je na prvem mestu reguliran s količino piruvata, pretvorjenega v Acetil-CoA, ki vanj lahko vstopi. V nadaljevanju procesa pa pri regulaciji sodelujejo tudi številni encimi, ki pretvarjajo intermediate iz ene oblike v drugo. Tako striktna regulacija procesa je izrednega pomena, saj bi brez nje lahko prišlo do prekomerne sinteze ATP, kar bi povzročilo velike izgube energije in mnoge zdravju škodljive spremembe. Kako pa se encimi citratnega cikla spreminjajo s staranjem? Raziskovalci so ugotovili, da se škoda, povzročena s strani prostih radikalov, ki nastajajo kot stranski produkti številnih reakcij, s staranjem močno povečuje. Škodljivi radikali povzročajo poškodbe vsepovsod v celici, najobičajnejša tarča pa so mitohondriji. Mitohondrijska DNA, ki prosto plava po matriksu je zaradi nezaščitenosti dovzetna za številne napade radikalov, ki povzročajo mutacije. Pri translaciji tako dobimo napačno zaporedje na mRNA, posledično nastajajo neaktivni oziroma predrugačeni proteini, ki ne opravljajo svojih nalog. V raziskavi, so znanstveniki ugotavljali če se kateri od encimov, vključenih v citratni cikel s staranjem spremeni, kako se spremeni in kakšne škodljive posledice imajo take spremembe za živi organizem. Ugotovili so, da se encimi spremenijo, da to povzroči nepopolno delovanje citratnega cikla in posledično slabšo proizvodnjo intermediatov, ki so za celice vitalnega pomena.

=== Urška Kašnik: Transport maščobnih kislin skozi človeško placento ===
Esencialne maščobne kisline in njihovi derivati dolgih verig večkrat nenasičenih maščobnih kislin (20c) kot sta dokosaheksaenoična kislina (DHA) in arahidonska kislina so bistvenega pomena za pravilno rast in razvoj zarodka. Vnos s hrano kot tudi presnova teh maščobnih kislin, ter njihov nadaljnji prenos iz matere na plod so zato pomembni rekviziti za razvoj plodu. Posteljica je ključni organ, prek katerega hranilne snovi, kot so te maščobne kisline, odtekajo iz matere na plod. Celični privzem (cellular uptake) in translokacija dolgih verig maščobnih kislin (LCFAs) v različnih tkivih se doseže s povezavo soobstoječih mehanizmov. Čeprav lahko LCFA vstopi v celico s pasivno difuzijo, nastajajoča poročila kažejo, da je vnos LCFA nadzorovan z membranskimi transportnimi/vezavnimi proteini kot so maščobnokislinska translokaza (FAT/CD36), plazmatski maščobnokislinski povezovalni protein (FABPpm), maščobnokislinski transportni protein (FATP) in znotrajcelični FABPs v številnih tkivih vključno z človeško posteljico. Za z maščobnimi kislinami aktivirane transkripcijske faktorje (PPARs, LXR, RXR in SREBP-1) je bilo pokazano, da regulirajo te maščobnokislinske transportne/povezovalne proteine in funkcije posteljice. Materinske maščobne kisline lahko tako morda same uravnavajo svoj transport skozi posteljico, kakor tudi funkcije posteljice preko z maščobnimi kislinami aktiviranih transkripcijskih faktorjev. V svoji seminarski nalogi sem povzela nedavni razvoj na področju transporta in metabolizma maščobnih kislin posteljice in vlogo regulacije omenjenih proteinov v teh procesih.

=== Tjaša Sorčan: Ketonska dopolnila zmanjšujejo preživetje tumorskih celic ===
Tumorske celice imajo zaradi genetskih mutacij in mitohondrijske disfunkcije povečano porabo glukoze. Rakave celice se zanašajo na presežek glukoze za uspešno proliferacijo in rast, a je to hkrati njihova največja pomanjkljivost, kar nam pokaže tudI Warburgov učinek. Otto Warburg, po katerem se ta učinek tudi imenuje, predvideva, da naj bi bil glavni vzrok za nastanek rakastih obolenj preklop pri nastajanja energije v obliki ATP iz aerobne kemiosmotske sklopitve v anaerobno glikolizo. Tumorske celice so nezmožne uporabiti ketonska telesa za proizvodnjo energije, zato obstaja hipoteza, da naj bi ketonska telesa zavirala rast tumorskih celic. To so skušali ugotoviti s poskusi na miših, ki so jim vbrizgali VM-M3 kulture, ki so močno metastatske ob dodatku oziroma odsotnosti beta-hidroksibutirata (ketonsko telo). Podoben poskus izvedejo tudi s štirimi mišmi, katerim so bile v hrano dodna različna ketonska dopolnila – 1,3-butadiol (BD) ali keton ester (KE). Rast tumorja so spremljali z bioluminiscenco in vivo. Merili so čas preživetja, rast tumorja, glukozo v krvi, beta-hidroksibutirat v krvi in telesno težo. Ketonska dopolnila so znižala proliferacijo in življenjsko dobo rakavih celic tudi v prisotnosti visoke koncentracije glukoze. BD in KE sta povišala življenjsko dobo miši za 51% oziroma celo 69% v miših z metastatskim rakom. Ketonska dopolnila torej zavirajo rast rakavih celic, neodvisno od koncentracije glukoze ali omejitve kalorij.

=== Bine Tršavec: Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze ===
Glutamat dehidrogenaza (GDH) je eden izmed encimov potrebnih pri metabolizmu aminokislin. Kot nam pove ime, je njegova naloga, da dehidrogenira glutamat, kar vodi do oksidativne deaminacije glutamata v α-ketoglutarat. Brez encima ta reakcija ne bi potekala, ker je sprememba gibbsonove proste energije za reakcijo pozitivna. α-ketoglutarat se potem prenese v Krebsov cikel, kjer se na koncu pretvori v energijo v obliki ATP. Encim je prisoten pri vseh živih bitjih, saj omogoča povezavo med razgradnjo aminokislin in energijskimi potrebami celice. Zaradi različnih potreb po regulaciji obstaja več vrst tega encima. Zaradi njene naloge se glutamat dehidrogenaza pri evkariontih nahaja v mitohondrijih (kjer poteka tudi Krebsov cikel), v manjši količini pa tudi v endoplazmatskem retiklu (kjer se sintetizira). Lokacija v celici je bila dokazana z vezavo GFP-ja. V nekaterih primerih lahko predstavlja kar 10% vseh mitohondrijskih proteinov. Regulacija encima je zelo kompleksna. Nanj delujejo številni alostreični regulatorji, ki z vezavo naredijo mehanske ovire in zmanjšajo njegovo aktivnost. Najnovejše raziskave dokazujejo, da pri tem pomagajo tudi sirtuini. Dolga leta so znanstveniki preučevali natančno zgradbo in delovanje GDH, ter pri tem naleteli na kar nekaj težav. Po 50 letih raziskav tako boljše razumemo pomen in evolucijski razvoj tega pomembnega encima. V mojem seminarju sem se osredotočil na zgradbo in reguliranje encima.

=== Nina Mavec: Katabolizem triptofana in rak ===
Ker je rak v sodobnem svetu ena izmed bolezni, ki povzročijo največ smrti, se v zadnjem času izvaja vse več raziskav o samih vzrokih in mehanizmih za nastanek te nevarne bolezni v upanju, da bi s pomočjo ugotovitev lahko razvili, nove, boljše metode zdravljenja. Že nekaj časa je znano, da metabolizem triptofana vpliva na rast in maligni razvoj tumorjev, tako da oslabi imunski odziv celice. Pri katabolizmu te esencialne aminokisline je pomembna kinureninska pot, preko katere se katalizira večina triptofana, nastajajo pa razni metaboliti, med katerimi je tudi kinurenin. Obstajajo trije encimi, ki katalizirajo prvo stopnjo te reakcije, to so indolamin 2,3-dioksigenaza (IDO), triptofan 2,3-dioksigenaza (TDO) in indolamin 2,3-dioksigenaza 2 (IDO2). Ob povečanem katabolizmu triptofana v tumorskem tkivu se vzpostavi imunosupresivno okolje, ki tumorjem omogoča, da se izognejo imunskemu odzivu organizma. To se zgodi preko dveh mehanizmov, ki pa oba prispevata k vzpostavitvi take imunosupresije. Zmanjšana količina triptofana preko protein-kinaze GCN2 povzroči apoptozo limfocitov T. Več kinurenina, ki pri katabolizmu triptofana nastaja, pa preko transkripcijskega faktorja AhR povzroči diferenciacijo regulatornih limfocitov T, ki tumorju omogočajo imunsko toleranco. Inhibitorji teh treh encimov, ki omogočajo katabolizem triptofana, so torej privlačno potencialno zdravilo in raziskave v tej smeri že potekajo.

=== Enja Kokalj: Toksičnost amonijaka za možgane ===
Amonijak nastane v metabolizmu aminokislin. V serumu je v fizioloških pogojih večinoma prisoten v obliki amonijevega iona NH4+. Cikel sečnine, ki se odvija v jetrih, služi pretvorbi NH4+ v sečnino, ki se nato izloči iz organizma, saj je koncentracija NH4+ v krvi regulirana. Kljub temu, da možgani ne morejo sintetizirati uree iz NH4+, je njegova koncentracija v centralnem živčnem sistemu prav tako regulirana. Presežek NH4+ je za centralni živčni sistem toksičen. Pri odraslih ponavadi pride do hiperamonemije zaradi odpovedi jeter, pri otrocih pa zaradi motenj v ciklusu sečnine, ta pa vodi do hepatične encefalopatije, ki povzroči motje zavesti, v skrajnih primerih pa tudi komo. Stopnja ireverzibilne škode, ki jo možgani utrpijo, je odvisna od stopnje razvitosti možganov ter tudi intenzivnosti in dolžine izpostavitve visokim koncentracijam NH4+. Ker se vsa bolezenska stanja, ki nastopijo, odražajo na možganih, ti tudi predstavljajo osrednji predmet vseh spekulacij o mehanizmih toksičnosti amonijaka. Večja količina NH4+ v krvi vpliva na koncentracije številnih aminokislin, še posebej glutamina, glutamata in arginina, ovira normalno delovanje nevronov in s tem tudi prenos živčnih signalov ter onemogoča optimalno sintezo dušikovega oksida. Vse te motnje vzdrževanja celične homeostaze imajo lahko ireverzibilen vpliv na naše možganske celice, v primeru, da stanja ne zdravimo, pa lahko pride celo do smrti.

=== Inge Sotlar: Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene ===
Rastlinsko tkivo gradijo rastlinske celice, ki se od živalskih razlikujejo po tem, da poleg tipičnih organelov vsebujejo še plastide, vakuolo in celično steno. Debelejša in dokaj trdna celična stena je zelo dinamičen del celice. Njene osnovne naloge so, da vzdržuje osmotski tlak in obliko celice ter jo ščiti pred vplivi okolja. Glavni gradnik celične stene rastlin je celuloza, polisaharid iz več sto ali tisoč enot glukoze, ki se nahaja v obliki kristaliničnih mikrofibril. Vsako posamezno celulozno mikrofibrilo sintetizira transmembranski proteinski kompleks na plazmalemi, sintaza celuloze. Pod mikroskopom so sintaze vidne kot strukture, podobne rozeti, ki se vzdolž plazmaleme premikajo s pomočjo obodnih mikrotubulov in tudi aktinskih filamentov. Rozeta je heksamer, sestavljen iz 36 proteinov, ki sintetizirajo celulozo (CesA proteinov). Dva sosednja CesA proteina se povežeta preko cinkovega prsta in tvorita kompleks, kateri izgradi posamezno verigo celuloze. Na katalitsko domeno encima se veže substrat UDP-glukoza, ki se sintetizira s pomočjo sintaze sukroze ali pirofosforilaze UDP-glukoze. V naslednjem koraku se UDP-glukoza, donor glikozilne skupine, prenese na rastočo verigo. Zaradi steričnih ovir se na glavno verigo ne dodajajo monomeri glukoze, temveč celobioza – disaharid glukoze. Drugi polisaharid, ki tvori steno, je hemiceluloza. Verige hemiceluloze so krajše in za razliko od celuloze ne kristalizirajo. S celulozo se prepletajo v t.i. matriksu pektina, ki je tretja glavna sestavina celične stene. Če se razvije sekundarna celična stena, se v matriks vgradi še lignin in poveča trdnost.

=== Peter Pečan: Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije ===
Nealkoholna maščobna bolezen jeter (NAFLD) je izraz, ki predstavlja širok spekter bolezni jeter. Spada med najpogostejše kronične bolezni jeter v razvitem svetu, pojavlja pa se predvsem pri ljudeh s prekomerno telesno težo, ki ne uživajo prevelikih količin alkohola (ta lahko namreč povzroči enake oz. zelo podobne okvare). Najverjetnejši model razvoja bolezni predpostavlja delovanje v dveh stopnjah. V prvi stopnji pride do zvišane odpornosti na insulin, hiperglikemije, hiperlipidemije in nabiranja trigliceridov v jetrih, v drugi pa do oksidativnega stresa. V obeh stopnjah lahko pride do okvare mitohondrijev. Do napak naj bi prišlo, ker so mitohondriji ključni pri procesu β-oksidacije prostih maščobnih kislin (FFA). Te reakcije so namreč največji vir reaktivnih kisikovih spojin (ang. reactive oxygen species, ROS), ki sicer niso vedno škodljive, vendar lahko v povečanih količinah pripeljejo do močnega oksidativnega stresa. V predhodnjih raziskavah so dokazali, da ROS negativno vplivajo na procese oksidativne fosforilacije. Tako je pri osebah, ki imajo povečan vnos maščob, njihova oksidacija povečana, koncentracija ATP molekul pa posledično manjša kot običajno. Antioksidanti in antiperoksinitriti preprečijo takšne spremembe v oksidativni fosforilaciji, iz česar lahko z veliko gotovostjo sklepamo, da oksidativni stres res igra ključno vlogo pri patogenezi teh sprememb. Uporaba teh antioksidantov bi zato morda lahko bila uporabljena tudi za zdravljenje NAFLD pri ljudeh.

=== Jernej Vidmar: Oksidatvina fosforilacija v rakavih celicah ===
Mitohondriji so ključni celični organeli, ki sodelujejo v metabolizmu, igrajo ključno vlogo pri celični smrti in signalnih poteh. Za sintezo ATP preko oksidativne fosforilacije mitohondriji porabijo večino kisika, ki ga celica prejme, pri tem pa kot stranski produkt proizvede večino reaktivnih kisikovih spojin. Reaktivne kisikove spojine igrajo pomembno vlogo pri karcinogenezi, saj zaradi svoje oksidativnosti povzročajo poškodbe na celičnih makromolekulah. Povezanost mitohondrijskih funkcij z rakom še ni razvozlana, vendar je potrjena velika vpletenost, saj mitohondriji, poleg tega da igrajo ključno vlogo pri proizvodnji energije in regulirajo reaktivne kisikove spojine, nadzirajo celično življenje in smrt. To je zelo pomembno, saj lahko tumorske celice razvijejo odpornost na apoptozo na številne načine, med drugim preko mitohondrijskih nepravilnosti, izražanju protiapoptotskih proteinov ali negativni regulaciji ali mutaciji proapoptotskih proteinov. Rakave celice morajo svoj metabolizem prilagoditi, tako da proizvedejo molekule in energijo potrebno za rast tumorja in za morebitno spremembo okolja kjer preživijo. V rakavih celicah je veliko posebnosti, ki se tičejo oksidativne fosforilacije-nepravilnosti v kompleksih dihalne verige, posebna regulacija memebranskega potenciala, mutacije mitohondrijske DNA in mutacije genov v jedru, ki vplivajo na oksidativno fosforilacijo. Odkrivanje mehanizmov delovanja nekaterih molekul, katerih nepravilnosti v izražanju povzročajo rakave celice, bo v prihodnje pripomoglo k diagnostriciranju in zdravljenju raka.

BIO2 Seminar 2014

2014-11-08T16:06:40Z

NejcV55: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Transport maščobnih kislin skozi človeško placento]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24615175 Ketonska dopolnila zmanjšajo preživetje tumorskih celic]||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090118 Katabolizem triptofana in rak]||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18819805 Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze]||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||[http://dmm.biologists.org/content/7/11/1287.long Moj izbrani naslov]||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||Moj izbrani naslov||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810007024 Moj izbrani naslov]||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||[http://www.plantphysiol.org/content/155/1/171.long Moj izbrani naslov] ||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jerneja Ovčar||20||Moj izbrani naslov||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Valentina Levak||20||Moj izbrani naslov||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2962793/ Moj izbrani naslov]||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||[http://www.pubfacts.com/fulltext_frame.php?PMID=25220377&title=The%20UPS%20and%20downs%20of%20cholesterol%20homeostasis./ Moj izbrani naslov]||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||Moj izbrani naslov||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||Moj izbrani naslov||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806315/ Metabolizem serina in glicina v rakavih celicah]||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||Moj izbrani naslov||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||Moj izbrani naslov||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||Moj izbrani naslov||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-03-06T17:40:04Z

NejcV55: /* Jernej Vidmar: Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem */

[[TBK2014-seminar|Nazaj na osnovno stran]]

== 10.3. ==

=== Črt Kovač: Naslov v slovenščini ===
To je povzetek. Nam ut gravida tellus, in ultricies ipsum. Integer blandit feugiat nunc, vel vehicula tortor viverra sit amet. Suspendisse non bibendum dui, in iaculis nibh. Sed sed tempus nunc, at adipiscing metus. Pellentesque vel imperdiet odio. Mauris aliquet urna erat, a tempor purus pellentesque ut. Pellentesque id velit varius, porta leo eu, sollicitudin magna. Vestibulum facilisis eleifend quam ut bibendum. Maecenas aliquet vulputate nisl, vel pulvinar purus iaculis eget. Praesent porttitor turpis velit, ut dignissim sapien commodo in. Aenean et consequat nisi. Aenean dictum, quam nec elementum accumsan, purus massa rutrum sem, ac hendrerit enim orci non felis.

=== Jernej Vidmar: Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem ===
Rentgenska fluorescenčna metoda je zelo priročna za določevanje elementov v našem biološkem vzorcu. Za odkrivanje elementov je zelo pomembna fluorescenca, ki jo povzročijo rentgenski žarki na elementih. Z uporabo posebnih zbiralnih leč lahko mikroskopi dosežejo ločljivost do 20 nanometrov. Z elektronskim mikroskopom je nemogoče opazovati živ vzorec, zato je potrebno za mikroskopiranje uporabiti rentgenski mikroskop, ki pa nima tako dobre ločljivosti kot elektronski. Opazovani preparat ni priporočljivo dodatno hidratirati, saj pri obstreljevanju z rentgenskimi žarki povzročimo hirolizo vode in razgradnjo pomembnih organskih molekul, prav tako pa ni priporočljiva dehiracija, saj se skupaj z vodo iz celice izločijo difuzivni ioni, kar pomeni smrt za celico, pri obeh primerih pa po koncu mikroskopiranja dobimo nenatančne slike vzorca. Ameriškim znanstvenikom je uspelo narediti bionanosondo, ki z obstreljevanjem zamrznjenega preparata z rentgenskimi žarki prikaže tridimenzionalno sliko fluoresciranih elementov v vzorcu. Vzorec postavimo v vakuumsko komoro, kjer ga obstreljujejo z rentgenskimi žarki. Fluorescenčni signali se zibrajo na detektorju, ki se glede na izvirni žarek nahaja pod pravim kotom. S preprosto analizo lahko ugotovimo za katere elemente gre, saj vsak oddaja barvo različnih valovnih dolžin. Metoda je in bo zelo uporabna pri načrtovanju in odkrivanju novih zdravil.

=== Bine Tršavec: Stikalo, ki pove, da je čas za spanje ===
Znanstveniki so v drugi polovici prejšnjega stoletja začeli raziskovati spanec. Odkrili so, da je zanj odgovorna skupina nevronov v možganih, in da poznamo dva mehanizma, ki ga uravnavata. Raziskave, ki so potekale na vinskih mušicah, so pokazale, da lahko motnje spanca nastanejo zaradi mutacij, nastalih na crossveinless-c (cv-c) alelu. Mutacije namreč povzročijo napako v sintezi Rho-GAP proteina, ki je, kot kaže, zelo pomemben za pravilno regulacijo spanca. S številnimi eksperimenti so dokazali vpliv alela na predel možganov mušic, imenovan Fan shaped body (FB) in njegov pomen pri spancu. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se ob povečani utrujenosti poveča električna vzdražnost membran nevronov v dorzalnem delu FB, kar je pokazalo njihov pomen in potrdilo hipotezo. S tem so znansteniki stopili korak bližje odkritju, ki bi lahko rešilo težave povezane s spancem.

== 17.3. ==

=== Andrej Žulič: Prva umetna celica z delujočimi organeli ===

Raziskovalci na nizozemski univerzi so prvič v zgodovini uspeli narediti umetno celico z delujočimi organeli. S pomočjo fluorescence so dokazali, da se v celici resnično izvajajo načrtovane kemične reakcije katerih produkti in reagenti lahko prosto prehajajo skozi umetno narejeno celično membrano. Novo odkritje je zelo pomembno za področje biokemije, saj nam odpira še ena vrata v bolj podrobno preučavanje celice in življenja nasploh.

=== Urška Černe: Boj imunskega sistema proti malariji ===

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-03-06T17:36:28Z

NejcV55: /* Jernej Vidmar: Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem */

[[TBK2014-seminar|Nazaj na osnovno stran]]

== 10.3. ==

=== Črt Kovač: Naslov v slovenščini ===
To je povzetek. Nam ut gravida tellus, in ultricies ipsum. Integer blandit feugiat nunc, vel vehicula tortor viverra sit amet. Suspendisse non bibendum dui, in iaculis nibh. Sed sed tempus nunc, at adipiscing metus. Pellentesque vel imperdiet odio. Mauris aliquet urna erat, a tempor purus pellentesque ut. Pellentesque id velit varius, porta leo eu, sollicitudin magna. Vestibulum facilisis eleifend quam ut bibendum. Maecenas aliquet vulputate nisl, vel pulvinar purus iaculis eget. Praesent porttitor turpis velit, ut dignissim sapien commodo in. Aenean et consequat nisi. Aenean dictum, quam nec elementum accumsan, purus massa rutrum sem, ac hendrerit enim orci non felis.

=== Jernej Vidmar: Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem ===
Rentgenska fluorescenčna metoda je zelo priročna za določevanje elementov v našem biološkem vzorcu. Za odkrivanje elementov je zelo pomembna fluorescenca, ki jo povzročijo rentgenski žarki na elementih. Z uporabo posebnih zbiralnih leč lahko mikroskopi dosežejo ločljivost do 20 nanometrov. Z elektronskim mikroskopom je nemogoče opazovati živ vzorec, zato je potrebno za mikroskopiranje uporabiti rentgenski mikroskop, ki pa nima tako dobre ločljivosti kot elektronski. Opazovani preparat ni priporočljivo dodatno hidratirati, saj pri obstreljevanju z rengtenskimi žarki povzročimo hirolizo vode in razgradnjo pomembnih organskih molekul, prav tako pa ni priporočljiva dehiracija, saj se skupaj z vodo iz celice izločijo difuzivni ioni, kar pomeni smrt za celico, pri obeh primerih pa po koncu mikroskopiranja dobimo nenatančne slike vzorca. Ameriškim znanstvenikom je uspelo narediti bionanosondo, ki z obstreljevanjem zamrznjenega preparata z rentgenskimi žarki prikaže tridimenzionalno sliko fluoresciranih elementov v vzorcu. Vzorec postavimo v vakuumsko komoro, kjer ga obstreljujejo z rentgenskimi žarki. Fluorescenčni signali se zibrajo na detektorju, ki se glede na izvirni žarek nahaja pod pravim kotom. S preprosto analizo lahko ugotovimo za katere elemente gre, saj vsak oddaja barvo različnih valovnih dolžin. Metoda je in bo zelo uporabna pri načrtovanju in odkrivanju novih zdravil.

=== Bine Tršavec: Stikalo, ki pove, da je čas za spanje ===
Znanstveniki so v drugi polovici prejšnjega stoletja začeli raziskovati spanec. Odkrili so, da je zanj odgovorna skupina nevronov v možganih, in da poznamo dva mehanizma, ki ga uravnavata. Raziskave, ki so potekale na vinskih mušicah, so pokazale, da lahko motnje spanca nastanejo zaradi mutacij, nastalih na crossveinless-c (cv-c) alelu. Mutacije namreč povzročijo napako v sintezi Rho-GAP proteina, ki je, kot kaže, zelo pomemben za pravilno regulacijo spanca. S številnimi eksperimenti so dokazali vpliv alela na predel možganov mušic, imenovan Fan shaped body (FB) in njegov pomen pri spancu. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se ob povečani utrujenosti poveča električna vzdražnost membran nevronov v dorzalnem delu FB, kar je pokazalo njihov pomen in potrdilo hipotezo. S tem so znansteniki stopili korak bližje odkritju, ki bi lahko rešilo težave povezane s spancem.

== 17.3. ==

=== Andrej Žulič: Prva umetna celica z delujočimi organeli ===

Raziskovalci na nizozemski univerzi so prvič v zgodovini uspeli narediti umetno celico z delujočimi organeli. S pomočjo fluorescence so dokazali, da se v celici resnično izvajajo načrtovane kemične reakcije katerih produkti in reagenti lahko prosto prehajajo skozi umetno narejeno celično membrano. Novo odkritje je zelo pomembno za področje biokemije, saj nam odpira še ena vrata v bolj podrobno preučavanje celice in življenja nasploh.

=== Urška Černe: Boj imunskega sistema proti malariji ===

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-03-03T22:06:00Z

NejcV55: /* 10.3. */

TBK2014-seminar

2014-03-01T14:44:44Z

NejcV55: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_Better_RNA_interference Better RNA interference]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211084055.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||||||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||||||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||||||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||||||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||||||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| Anja Šantl||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Ana Kompan||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.