Wiki FKKT - User contributions [en]

Povezovanje celične komunikacije z optogenetiko: implementacija svetlobno inducibilnega medceličnega sistema v kvasovkah

2023-05-17T05:21:01Z

Nika Perko:

''Povzeto po članku: [https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.2c00338?ref=pdf V. Rojas, L. F. Larrondo: Coupling Cell Communication and Optogenetics: Implementation of a Light-Inducible Intercellular System in Yeast. ACS Synth. Biol. 2023, 12, 71–82 ]''

==Uvod==
Komunikacija omogoča učinkovit prenos informacije med celicami. Delimo jo na dva tipa: prvi temelji na neposrednem medceličnem stiku, drugi pa na izločanju signalnih molekul. Medcelična komunikacija, ki temelji na signalnih molekulah je zelo pogosta pri ustvarjanju umetnih sistemov v mikroorganizmih. Cilj takih sistemov je preučevati vpliv zunanjih dejavnikov na uravnavanje bioloških procesov. Njihova ključna komponenta je genski konstrukt, ki omogoči inducibilno nastajanje signalnih molekul. Večina današnjih umetnih medceličnih sistemov se odziva na kemične induktorje. Slaba stran kemičnih induktorjev pa je njihova toksičnost, ireverzibilnost in nizka prostorsko-časovna ločljivost. Kot alternativa se je v zadnjih letih izkazala optogenetika. Ta tehnologija temelji na uporabi naravnih ali umetnih fotoreceptorjev, ki so občutljivi na svetlobo točno določene valovne dolžine [1].

===Zakaj so kvasovke ''Saccharomyces cerevisiae'' primerne za implementacijo optogenetskega sistema?===
''Saccharomyces cerevisiae'' je enocelična kvasovka z dobro raziskanim genomom, kar olajša oblikovanje umetnih genskih konstruktov. Ker v genomu nimajo zapisa za delujoč fotoreceptor, so primerne za poskuse z implementacijo optogenetskega sistema. Druga prednost uporabe kvasovk pa je njihova medcelična komunikacija s feromoni. Feromoni so majhne difuzne signalne molekule, ki se vežejo na svoje z GPCR sklopljene receptorje. Sprožijo proces spolnega razmnoževanja, ki vključuje aktivacijo kaskadne poti MAPK. Ta vodi v kemotropično rast celic, kar zelo vpliva na nivo izražanja genov, celično delitev in morfologijo celic. Zaradi feromonov se lahko nepremične celice kvasovk zbližajo in se združijo v diploidno zigoto [1].

Izražanje gena za omenjen feromon v kvasovkah je že bilo uspešno izvedeno z različnimi eksogenimi kemičnimi induktorji, kot so galaktoza, estradiol, NaCl, progesteron, estradiol in deksametazon ter rastlinskimi signalnimi molekulami avksini. Novi, bolj kompleksni tipi sistemov, pa delujejo tako, da imajo komponente za izvajanje specifičnih bioloških procesov porazdeljene v dveh ali več neizogenih celičnih populacijah. Na tak način se med seboj povezujejo različni sevi, zmanjšata se presnovna obremenitev celice in stohastičen šum ter poveča genomska stabilnost [1].

==Opis sevov kvasovk in optogenetskega stikala==
===Opis sevov kvasovk za medcelično komunikacijo z uporabo optogenetike===
Optogenetski sistem tvorita dva različna tipa celic oz. seva kvasovk: oddajniški in prejemniški sev.

Oddajniški sev (OS) je bil narejen na osnovi genoma seva MATa, ki je imel pod promotorjem PGAL1 vgrajen kodirajoče zaporedje za feromon α-faktor (MFα1). Sev OS je bil transformiran še z vektorjema, ki sta nosila rekombinantne zapise za transkripcijski faktor GAL4. En plazmidni vektor je nosil zapis za DNA-vezavno domeno transkripcijskega faktorja GAL4 in je bil povezan z zapisom fotoreceptorja WC-1. Drugi plazmid pa je nosil zapis za transaktivirajočo domeno transkripcijskega faktorja GAL4 in je bil povezan z zapisom domene LOV od fotoreceptorja VVD (VIVID) [1],[2].

Prejemniški sev (R) je bil narejen na osnovi genoma seva BY4741, ki je pod promotorjem PFUS1 nosil zapis za luciferazo, ki je služila kot reporterski gen. Delovanje omenjenega promotorja je bilo odvisno od α-faktorja [1].

===Opis optogenetskega stikala in komunikacije med celicami===

Optogenetsko stikalo FUN-LOV omogoča od modre svetlobe odvisno interakcijo med fotoreceptorjema WC-1 in VVD. Oba fotoreceptorja sta občutljiva na modro svetlobo, izhajata iz nitaste glive ''Neurospora crassa'' in interagirata preko domene LOV. Stikalo deluje tako, da osvetljevanje oddajniškega seva (OS) povzroči interakcijo med domenama LOV, ki tako povežeta dve polovici transkripcijskega faktorja GAL4. Ko je tako povezan transkripcijski faktor GAL4 vezan na promotorsko regijo PGAL, sproži prepis gena za α-faktor. Feromon se iz celice izloči in prepozna vezavno mesto membranskega receptorja Ste2 na prejemniški celici, ki se nahaja v okolici. To v prejemniškem sevu povzroči aktivacijo reporterskega gena, luciferaze, ki je pod feromon-odvisnim promotorjem PFUS1 [1],[2].

===Dodatne spremembe genoma celic===
Oddajniški sevi (OS) in prejemniški sevi (R) so bili še dodatno spremenjeni. Sev označen s številom 2 je imel izbrisan gen za proteazo Bar1, ker se je pri izhodiščnem sevu (označen s številom 1) izkazala za problematično. Namreč vloga proteaze je, da oblikuje gradient različnih feromonov in je α-faktor cepila na dva neaktivna dela. Sev označen s številom 3 pa je imel izbrisan gen za omenjeno proteazo in tudi za protein Far1, ki je bil pomemben pri regulaciji celične delitve kvasovk [1].

==Rezultati==

===Prejemniški sev R3 se najbolje odziva na dodajanje eksogenega α-faktorja===
Eksogeno raztopino α-faktorja so v različnih koncentracijah dodali prejemniškim sevom (R). Ugotovili so, da je sev R1 dal signifikanten signal še le pri 5 μM, medtem ko sta seva R2 in R3 dala močan signal že pri 1 μM. Vzrok najverjetneje tiči v deleciji gena za proteazo Bar1. Optična gostota celic sevov R1 in R2 je bila z dodajanjem feromona vedno manjša od kontrolnega poskusa, medtem ko je bila optična gostota celic seva R3 enaka kontrolnemu poskusu. Vzrok najverejtne tiči v dleciji gena za protein Far1, ki uravnava celični cikel kvasovk. V vseh treh sevih pa je bilo opaženo, da se pri višjih koncentracijah feromona odziv ni bistveno povečeval [1].

===Izločanje proteaze Bar1 zmanjša učinek feromona===
Izločanje α-faktorja so merili tako, da so supernatant oddajniških sevov (OS), ki so jih 24-ur izpostavljali beli svetlobi, dodali gojišču s sevi prejemniških celic in opazovali luminiscenco. Ugotovili so, da v supernatantu seva OS1 ni bilo dovolj feromona, ki bi izzval signal pri vseh treh različnih sevih R. Močan signal pa je bil zaznan v hipersenzitivnih prejemniških sevih (R2 in R3), ko so jim dodali supernatant sevov OS2 in OS3. Supernatnata sevov OS2 in OS3 nista izzvala signifikantnega signala v sevu R1, kar nakazuje na pomen proteaze Bar1. V kontrolnem poskusu, pri katerem so seve OS 24 ur hranili v temi, nikoli ni prišlo do luminiscence [1].

===Svetloba omogoča komunikacijo med neizogenimi sevi kvasov===
Poskusi s kokulturami oddajniških (OS) in prejemniških sevov (R) v različnih razmerjih so potekali 24 ur. Le določene kokulture v razmerju 1:1 so v prvih 10 urah izpostavljenosti konstantni modri svetlobi dale merljiv signal. Komaj zaznavno luminiscenco so opazili v kokulturah z OS1 in tudi, kadar so vsebovale sev R1. Kokulture s sevom R2 so prej dosegle maksimalno vrednost luminiscence kot kokulture s sevom R3. Vzrok zamika je verjetno v odsotnosti proteina Far1 [1].

===Kratka izpostavitev kokultur temi in večji delež sevov R povečata izražanje reporterskega gena===

Izvajali so tudi 24-urne poskuse s kokulturami, ki so jih najprej imeli nekaj ur v temi, nato pa jih osvetljevali z modro svetlobo. Pri razmerju sevov 1:1 (OS:R) so dobili v primeru 1-,2- in 6-urne izpostavljenosti temi večji signal kot pri 8-, 10- in 12-urni izpostavljenosti temi. Domnevajo, da je za to kriva narava promotorja FUS1. Izvajali so tudi poskuse različnih deležev sevov OS in R. Odziv se je povečal, kadar je bil delež volumna seva R trikraten deležu seva OS in pomanjšal v obratnem razmerju [1].

===Avtonomna različica seva kvasovke===
Ustvarili so tudi avtonomno različico (A) seva kvasovke, ki je vsebovala zapis za stikalo, feromon in reporterski gen. Ti sevi so pokazali nekoliko večji odziv v poskusu 24-urne osvetlitve z modro svetlobo in tudi v poskusu vklopa svetila po 4 urah. Za razliko od prejšnjih poskusov s kokulturami je bila tokrat v poskusih, ki so se izvajali v popolni temi, prisotna šibka luminiscenca [1].

==Zaključek==

Celična komunikacija omogoča prenos informacije o stanju celice v njeno okolico. Da bi razumeli povezanost celične komunikacije s celično delitvijo, diferenciacijo in preživetjem celice, je bilo ustvarjenih več različnih umetnih sistemov, na katere vplivajo kemični induktorji.
V tej študiji pa so se namesto kemičnega induktorja posluževali optogenetike, ki so jo izvajali na brstečih kvasovkah ''Saharomices cerevisiae''. Njihov pristop je bil osnovan na dveh sevih kvasovk, ki sta se med seboj sporazumevali preko svetlobno odvisne sinteze feromona α-faktorja, tako da je le ta v drugem sevu sprožil izražanje reporterskega gena. Rezultati so pokazali, da lahko zunanja informacija, kot je svetloba, vpliva na gensko izražaje v umetnih sistemih.

==Literatura==

[1] V. Rojas, L. F. Larrondo: Coupling Cell Communication and Optogenetics: Implementation of a Light-Inducible Intercellular System in Yeast. ACS Synth. Biol. 2023, 12, 71–82.

[2] F. Salinas, V. Rojas, V. Delgado, J. López, E. Agosin, L. F. Larrondo: Fungal light-oxygen-voltage domains for optogenetic control of gene expression and flocculation in yeast. MBio 2018, 9, 1–14.

Povezovanje celične komunikacije z optogenetiko: implementacija svetlobno inducibilnega medceličnega sistema v kvasovkah

2023-05-17T04:52:29Z

Nika Perko:

''Povzeto po članku: [https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.2c00338?ref=pdf V. Rojas, L. F. Larrondo: Coupling Cell Communication and Optogenetics: Implementation of a Light-Inducible Intercellular System in Yeast. ACS Synth. Biol. 2023, 12, 71–82 ]''

==Uvod==
Komunikacija omogoča učinkovit prenos informacije med živimi organizmi. Delimo jo na dva tipa: prvi temelji na neposrednem medceličnem stiku, drugi pa na izločanju signalnih molekul. Medcelična komunikacija, ki temelji na signalnih molekulah je zelo pogosta pri ustvarjanju umetnih sistemov v mikroorganizmih. Cilj takih sistemov je preučevati vpliv zunanjih dejavnikov na uravnavanje bioloških procesov. Njihova ključna komponenta je genski konstrukt, ki omogoči inducibilno nastajanje signalnih molekul. Večina današnjih umetnih medceličnih sistemov se odziva na kemične induktorje. Slaba stran kemičnih induktorjev pa je njihova toksičnost, ireverzibilnost in nizka prostorsko-časovna ločljivost. Kot alternativa se je v zadnjih letih izkazala optogenetika. Ta tehnologija temelji na uporabi naravnih ali umetnih fotoreceptorjev, ki so občutljivi na svetlobo točno določene valovne dolžine [1].

===Zakaj so kvasovke ''Saccharomyces cerevisiae'' primerne za implementacijo optogenetskega sistema?===
''Saccharomyces cerevisiae'' je enocelična kvasovka z dobro raziskanim genomom, kar olajša oblikovanje umetnih genskih konstruktov. Ker v genomu nimajo zapisa za delujoč fotoreceptor, so primerne za poskuse z implementacijo optogenetskega sistema. Druga prednost uporabe kvasovk pa je njihova medcelična komunikacija s feromoni. Feromoni so majhne difuzne signalne molekule, ki se vežejo na svoje z GPCR sklopljene receptorje. Sprožijo proces spolnega razmnoževanja, ki vključuje aktivacijo kaskadne poti MAPK. Ta vodi v kemotropično rast celic, kar zelo vpliva na nivo izražanja genov, celično delitev in morfologijo celic. Zaradi feromonov se lahko nepremične celice kvasovk zbližajo in se združijo v diploidno zigoto [1].

Izražanje gena za omenjen feromon v kvasovkah je že bilo uspešno izvedeno z različnimi eksogenimi kemičnimi induktorji, kot so galaktoza, estradiol, NaCl, progesteron, estradiol in deksametazon ter rastlinskimi signalnimi molekulami avksini. Novi, bolj kompleksni tipi sistemov, pa delujejo tako, da imajo komponente za izvajanje specifičnih bioloških procesov porazdeljene v dveh ali več neizogenih celičnih populacijah. Na tak način se med seboj povezujejo različni sevi, zmanjšata se presnovna obremenitev celice in stohastičen šum ter poveča genomska stabilnost [1].

==Opis sevov kvasovk in optogenetskega stikala==
===Opis sevov kvasovk za medcelično komunikacijo z uporabo optogenetike===
Optogenetski sistem tvorita dva različna tipa celic oz. seva kvasovk: oddajniški in prejemniški sev.

Oddajniški sev (OS) je bil narejen na osnovi genoma seva MATa, ki je imel pod promotorjem PGAL1 vgrajen kodirajoče zaporedje za feromon α-faktor (MFα1). Sev OS je bil transformiran še z vektorjema, ki sta nosila rekombinantne zapise za transkripcijski faktor GAL4. En plazmidni vektor je nosil zapis za DNA-vezavno domeno transkripcijskega faktorja GAL4 in je bil povezan z zapisom fotoreceptorja WC-1. Drugi plazmid pa je nosil zapis za transaktivirajočo domeno transkripcijskega faktorja GAL4 in je bil povezan z zapisom domene LOV od fotoreceptorja VVD (VIVID) [1],[2].

Prejemniški sev (R) je bil narejen na osnovi genoma seva BY4741, ki je pod promotorjem PFUS1 nosil zapis za luciferazo, ki je služila kot reporterski gen. Delovanje omenjenega promotorja je bilo odvisno od α-faktorja [1].

===Opis optogenetskega stikala in komunikacije med celicami===

Optogenetsko stikalo FUN-LOV omogoča od modre svetlobe odvisno interakcijo med fotoreceptorjema WC-1 in VVD. Oba fotoreceptorja sta občutljiva na modro svetlobo, izhajata iz nitaste glive ''Neurospora crassa'' in interagirata preko domene LOV. Stikalo deluje tako, da osvetljevanje oddajniškega seva (OS) povzroči interakcijo med domenama LOV, ki tako povežeta dve polovici transkripcijskega faktorja GAL4. Ko je tako povezan transkripcijski faktor GAL4 vezan na promotorsko regijo PGAL, sproži prepis gena za α-faktor. Feromon se iz celice izloči in prepozna vezavno mesto membranskega receptorja Ste2 na prejemniški celici, ki se nahaja v okolici. To v prejemniškem sevu povzroči aktivacijo reporterskega gena, luciferaze, ki je pod feromon-odvisnim promotorjem PFUS1 [1],[2].

===Dodatne spremembe genoma celic===
Oddajniški sevi (OS) in prejemniški sevi (R) so bili še dodatno spremenjeni. Sev označen s številom 2 je imel izbrisan gen za proteazo Bar1, ker se je pri izhodiščnem sevu (označen s številom 1) izkazala za problematično. Namreč vloga proteaze je, da oblikuje gradient različnih feromonov in je α-faktor cepila na dva neaktivna dela. Sev označen s številom 3 pa je imel izbrisan gen za omenjeno proteazo in tudi za protein Far1, ki je bil pomemben pri regulaciji celične delitve kvasovk [1].

==Rezultati==

===Prejemniški sev R3 se najbolje odziva na dodajanje eksogenega α-faktorja===
Eksogeno raztopino α-faktorja so v različnih koncentracijah dodali prejemniškim sevom (R). Ugotovili so, da je sev R1 dal signifikanten signal še le pri 5 μM, medtem ko sta seva R2 in R3 dala močan signal že pri 1 μM. Vzrok najverjetneje tiči v deleciji gena za proteazo Bar1. Optična gostota celic sevov R1 in R2 je bila z dodajanjem feromona vedno manjša od kontrolnega poskusa, medtem ko je bila optična gostota celic seva R3 enaka kontrolnemu poskusu. Vzrok najverejtne tiči v dleciji gena za protein Far1, ki uravnava celični cikel kvasovk. V vseh treh sevih pa je bilo opaženo, da se pri višjih koncentracijah feromona odziv ni bistveno povečeval [1].

===Izločanje proteaze Bar1 zmanjša učinek feromona===
Izločanje α-faktorja so merili tako, da so supernatant oddajniških sevov (OS), ki so jih 24-ur izpostavljali beli svetlobi, dodali gojišču s sevi prejemniških celic in opazovali luminiscenco. Ugotovili so, da v supernatantu seva OS1 ni bilo dovolj feromona, ki bi izzval signal pri vseh treh različnih sevih R. Močan signal pa je bil zaznan v hipersenzitivnih prejemniških sevih (R2 in R3), ko so jim dodali supernatant sevov OS2 in OS3. Supernatnata sevov OS2 in OS3 nista izzvala signifikantnega signala v sevu R1, kar nakazuje na pomen proteaze Bar1. V kontrolnem poskusu, pri katerem so seve OS 24 ur hranili v temi, nikoli ni prišlo do luminiscence [1].

===Svetloba omogoča komunikacijo med neizogenimi sevi kvasov===
Poskusi s kokulturami oddajniških (OS) in prejemniških sevov (R) v različnih razmerjih so potekali 24 ur. Le določene kokulture v razmerju 1:1 so v prvih 10 urah izpostavljenosti konstantni modri svetlobi dale merljiv signal. Komaj zaznavno luminiscenco so opazili v kokulturah z OS1 in tudi, kadar so vsebovale sev R1. Kokulture s sevom R2 so prej dosegle maksimalno vrednost luminiscence kot kokulture s sevom R3. Vzrok zamika je verjetno v odsotnosti proteina Far1 [1].

===Kratka izpostavitev kokultur temi in večji delež sevov R povečata izražanje reporterskega gena===

Izvajali so tudi 24-urne poskuse s kokulturami, ki so jih najprej imeli nekaj ur v temi, nato pa jih osvetljevali z modro svetlobo. Pri razmerju sevov 1:1 (OS:R) so dobili v primeru 1-,2- in 6-urne izpostavljenosti temi večji signal kot pri 8-, 10- in 12-urni izpostavljenosti temi. Domnevajo, da je za to kriva narava promotorja FUS1. Izvajali so tudi poskuse različnih deležev sevov OS in R. Odziv se je povečal, kadar je bil delež volumna seva R trikraten deležu seva OS in pomanjšal v obratnem razmerju [1].

===Avtonomna različica seva kvasovke===
Ustvarili so tudi avtonomno različico (A) seva kvasovke, ki je vsebovala zapis za stikalo, feromon in reporterski gen. Ti sevi so pokazali nekoliko večji odziv v poskusu 24-urne osvetlitve z modro svetlobo in tudi v poskusu vklopa svetila po 4 urah. Za razliko od prejšnjih poskusov s kokulturami je bila tokrat v poskusih, ki so se izvajali v popolni temi, prisotna šibka luminiscenca [1].

==Zaključek==

Celična komunikacija omogoča prenos informacije o stanju celice v njeno okolico. Da bi razumeli povezanost celične komunikacije s celično delitvijo, diferenciacijo in preživetjem celice, je bilo ustvarjenih več različnih umetnih sistemov, na katere vplivajo kemični induktorji.
V tej študiji pa so se namesto kemičnega induktorja posluževali optogenetike, ki so jo izvajali na brstečih kvasovkah ''Saharomices cerevisiae''. Njihov pristop je bil osnovan na dveh sevih kvasovk, ki sta se med seboj sporazumevali preko svetlobno odvisne sinteze feromona α-faktorja, tako da je le ta v drugem sevu sprožil izražanje reporterskega gena. Rezultati so pokazali, da lahko zunanja informacija, kot je svetloba, vpliva na gensko izražaje v umetnih mikroorganizmih.

==Literatura==

[1] V. Rojas, L. F. Larrondo: Coupling Cell Communication and Optogenetics: Implementation of a Light-Inducible Intercellular System in Yeast. ACS Synth. Biol. 2023, 12, 71–82.

[2] F. Salinas, V. Rojas, V. Delgado, J. López, E. Agosin, L. F. Larrondo: Fungal light-oxygen-voltage domains for optogenetic control of gene expression and flocculation in yeast. MBio 2018, 9, 1–14.

Povezovanje celične komunikacije z optogenetiko: implementacija svetlobno inducibilnega medceličnega sistema v kvasovkah

2023-05-16T18:44:47Z

Nika Perko:

''Povzeto po članku: [https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.2c00338?ref=pdf V. Rojas, L. F. Larrondo: Coupling Cell Communication and Optogenetics: Implementation of a Light-Inducible Intercellular System in Yeast. ACS Synth. Biol. 2023, 12, 71–82 ]''

==Uvod==
Komunikacija omogoča učinkovit prenos informacije med živimi organizmi. Delimo jo na dva tipa: prvi temelji na neposrednem medceličnem stiku, drugi pa na izločanju signalnih molekul. Medcelična komunikacija, ki temelji na signalnih molekulah je zelo pogosta pri ustvarjanju umetnih sistemov v mikroorganizmih. Cilj takih sistemov je preučevati vpliv zunanjih dejavnikov na uravnavanje bioloških procesov. Njihova ključna komponenta je genski konstrukt, ki omogoči inducibilno nastajanje signalnih molekul. Večina današnjih umetnih medceličnih sistemov se odziva na kemične induktorje. Slaba stran kemičnih induktorjev pa je njihova toksičnost, ireverzibilnost in nizka prostorsko-časovna ločljivost. Kot alternativa se je v zadnjih letih izkazala optogenetika. Ta tehnologija temelji na uporabi naravnih ali umetnih fotoreceptorjev, ki so občutljivi na svetlobo točno določene valovne dolžine [1].

===Zakaj so kvasovke ''Saccharomyces cerevisiae'' primerne za implementacijo optogenetskega sistema?===
''Saccharomyces cerevisiae'' je enocelična kvasovka z dobro raziskanim genomom, kar olajša oblikovanje umetnih genskih konstruktov. Ker v genomu nimajo zapisa za delujoč fotoreceptor, so primerne za poskuse z implementacijo optogenetskega sistema. Druga prednost uporabe kvasovk pa je njihova medcelična komunikacija s feromoni. Feromoni so majhne difuzne signalne molekule, ki se vežejo na svoje z GPCR sklopljene receptorje. Sprožijo proces spolnega razmnoževanja, ki vključuje aktivacijo kaskadne poti MAPK. Ta vodi v kemotropično rast celic, kar zelo vpliva na nivo izražanja genov, celično delitev in morfologijo celic. Zaradi feromonov se lahko nepremične celice kvasovk zbližajo in se združijo v diploidno zigoto [1].

Izražanje gena za omenjen feromon v kvasovkah je že bilo uspešno izvedeno z različnimi eksogenimi kemičnimi induktorji, kot so galaktoza, estradiol, NaCl, progesteron, estradiol in deksametazon ter rastlinskimi signalnimi molekulami avksini. Novi, bolj kompleksni tipi sistemov, pa delujejo tako, da imajo komponente za izvajanje specifičnih bioloških procesov porazdeljene v dveh ali več neizogenih celičnih populacijah. Na tak način se med seboj povezujejo različni sevi, zmanjšata se presnovna obremenitev celice in stohastičen šum ter poveča genomska stabilnost [1].

==Opis sevov kvasovk in optogenetskega stikala==
===Opis sevov kvasovk za medcelično komunikacijo z uporabo optogenetike===
Optogenetski sistem tvorita dva različna tipa celic oz. seva kvasovk: oddajniški in prejemniški sev.

Oddajniški sev (OS) je bil narejen na osnovi genoma seva MATa, ki je imel pod promotorjem PGAL1 vgrajen kodirajoče zaporedje za feromon α-faktor (MFα1). Sev OS je bil transformiran še z vektorjema, ki sta nosila rekombinantne zapise za transkripcijski faktor GAL4. En plazmidni vektor je nosil zapis za DNA-vezavno domeno transkripcijskega faktorja GAL4 in je bil povezan z zapisom fotoreceptorja WC-1. Drugi plazmid pa je nosil zapis za transaktivirajočo domeno transkripcijskega faktorja GAL4 in je bil povezan z zapisom domene LOV od fotoreceptorja VVD (VIVID) [1],[2].

Prejemniški sev (R) je bil narejen na osnovi genoma seva BY4741, ki je pod promotorjem PFUS1 nosil zapis za luciferazo, ki je služila kot reporterski gen. Delovanje omenjenega promotorja je bilo odvisno od α-faktorja [1].

===Opis optogenetskega stikala in komunikacije med celicami===

Optogenetsko stikalo FUN-LOV omogoča od modre svetlobe odvisno interakcijo med fotoreceptorjema WC-1 in VVD. Oba fotoreceptorja sta občutljiva na modro svetlobo, izhajata iz nitaste glive ''Neurospora crassa'' in interagirata preko domene LOV. Stikalo deluje tako, da osvetljevanje oddajniškega seva (OS) povzroči interakcijo med domenama LOV, ki tako povežeta dve polovici transkripcijskega faktorja GAL4. Ko je tako povezan transkripcijski faktor GAL4 vezan na promotorsko regijo PGAL, sproži prepis gena za α-faktor. Feromon se iz celice izloči in prepozna vezavno mesto membranskega receptorja Ste2 na prejemniški celici, ki se nahaja v okolici. To v prejemniškem sevu povzroči aktivacijo reporterskega gena, luciferaze, ki je pod feromon-odvisnim promotorjem PFUS1 [1],[2].

===Dodatne spremembe genoma celic===
Oddajniški sevi (OS) in prejemniški sevi (R) so bili še dodatno spremenjeni. Sev označen s številom 2 je imel izbrisan gen za proteazo Bar1, ker se je pri izhodiščnem sevu (označen s številom 1) izkazala za problematično. Namreč vloga proteaze je, da oblikuje gradient različnih feromonov in je α-faktor cepila na dva neaktivna dela. Sev označen s številom 3 pa je imel izbrisan gen za omenjeno proteazo in tudi za protein Far1, ki je bil pomemben pri regulaciji celične delitve kvasovk [1].

==Rezultati==

===Prejemniški sev R3 se najbolje odziva na dodajanje eksogenega α-faktorja===
Eksogeno raztopino α-faktorja so v različnih koncentracijah dodali prejemniškim sevom (R). Ugotovili so, da je sev R1 dal signifikanten signal še le pri 5 μM, medtem ko sta seva R2 in R3 dala močan signal že pri 1 μM. Vzrok najverjetneje tiči v deleciji gena za proteazo Bar1. Optična gostota celic sevov R1 in R2 je bila z dodajanjem feromona vedno manjša od kontrolnega poskusa, medtem ko je bila optična gostota celic seva R3 enaka kontrolnemu poskusu. Vzrok najverejtne tiči v dleciji gena za protein Far1, ki uravnava celični cikel kvasovk. V vseh treh sevih pa je bilo opaženo, da se pri višjih koncentracijah feromona odziv ni bistveno povečeval [1].

===Izločanje proteaze Bar1 ovira sintezo feromona===
Izločanje α-faktorja so merili tako, da so supernatant oddajniških sevov (OS), ki so jih 24-ur izpostavljali beli svetlobi, dodali gojišču s sevi prejemniških celic in opazovali luminiscenco. Ugotovili so, da v supernatantu seva OS1 ni bilo dovolj feromona, ki bi izzval signal pri vseh treh različnih sevih R. Močan signal pa je bil zaznan v hipersenzitivnih prejemniških sevih (R2 in R3), ko so jim dodali supernatant sevov OS2 in OS3. Supernatnata sevov OS2 in OS3 nista izzvala signifikantnega signala v sevu R1, kar nakazuje na pomen proteaze Bar1. V kontrolnem poskusu, pri katerem so seve OS 24 ur hranili v temi, nikoli ni prišlo do luminiscence [1].

===Svetloba omogoča komunikacijo med neizogenimi sevi kvasov===
Poskusi s kokulturami oddajniških (OS) in prejemniških sevov (R) v različnih razmerjih so potekali 24 ur. Le določene kokulture v razmerju 1:1 so v prvih 10 urah izpostavljenosti konstantni modri svetlobi dale merljiv signal. Komaj zaznavno luminiscenco so opazili v kokulturah z OS1 in tudi, kadar so vsebovale sev R1. Kokulture s sevom R2 so prej dosegle maksimalno vrednost luminiscence kot kokulture s sevom R3. Vzrok zamika je verjetno v odsotnosti proteina Far1 [1].

===Kratka izpostavitev kokultur temi in večji delež sevov R povečata izražanje reporterskega gena===

Izvajali so tudi 24-urne poskuse s kokulturami, ki so jih najprej imeli nekaj ur v temi, nato pa jih osvetljevali z modro svetlobo. Pri razmerju sevov 1:1 (OS:R) so dobili v primeru 1-,2- in 6-urne izpostavljenosti temi večji signal kot pri 8-, 10- in 12-urni izpostavljenosti temi. Domnevajo, da je za to kriva narava promotorja FUS1. Izvajali so tudi poskuse različnih deležev sevov OS in R. Odziv se je povečal, kadar je bil delež volumna seva R trikraten deležu seva OS in pomanjšal v obratnem razmerju [1].

===Avtonomna različica seva kvasovke===
Ustvarili so tudi avtonomno različico (A) seva kvasovke, ki je vsebovala zapis za stikalo, feromon in reporterski gen. Ti sevi so pokazali nekoliko večji odziv v poskusu 24-urne osvetlitve z modro svetlobo in tudi v poskusu vklopa svetila po 4 urah. Za razliko od prejšnjih poskusov s kokulturami je bila tokrat v poskusih, ki so se izvajali v popolni temi, prisotna šibka luminiscenca [1].

==Zaključek==

Celična komunikacija omogoča prenos informacije o stanju celice v njeno okolico. Da bi razumeli povezanost celične komunikacije s celično delitvijo, diferenciacijo in preživetjem celice, je bilo ustvarjenih več različnih umetnih sistemov, na katere vplivajo kemični induktorji.
V tej študiji pa so se namesto kemičnega induktorja posluževali optogenetike, ki so jo izvajali na brstečih kvasovkah ''Saharomices Cerevisiae''. Njihov pristop je bil osnovan na dveh sevih kvasovk, ki sta se med seboj sporazumevali preko svetlobno odvisne sinteze feromona α-faktorja, tako da je le ta v drugem sevu sprožil izražanje reporterskega gena. Rezultati so pokazali, da lahko zunanja informacija, kot je svetloba, vpliva na gensko izražaje v umetnih mikroorganizmih.

==Literatura==

[1] V. Rojas, L. F. Larrondo: Coupling Cell Communication and Optogenetics: Implementation of a Light-Inducible Intercellular System in Yeast. ACS Synth. Biol. 2023, 12, 71–82.

[2] F. Salinas, V. Rojas, V. Delgado, J. López, E. Agosin, L. F. Larrondo: Fungal light-oxygen-voltage domains for optogenetic control of gene expression and flocculation in yeast. MBio 2018, 9, 1–14.

Seminarji SB 2022/23

2023-05-16T01:52:23Z

Nika Perko:

V študijskem letu 2022/23 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rudarjenje_in_uporaba_konstitutivnih_promotorjev_iz_Rhodosporidium_toruloides Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz ''Rhodosporidium toruloides''] (Ana Babnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biomolekularni_aktuatorji_za_gensko_selektivno_akusti%C4%8Dno_manipulacijo_celic Biomolekularni aktuatorji za gensko selektivno akustično manipulacijo celic] (Greta Junger)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/IN_VIVO_SAMOSESTAVLJENA_siRNA_KOT_NA%C4%8CIN_KOMBINIRANEGA_ZDRAVLJENJA_ULCEROZNEGA_KOLITISA#ZAKLJU.C4.8CEK In vivo samosestavljena siRNA kot način kombiniranega zdravljenja ulceroznega kolitisa] (Tjaša Kos)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_kompleta_orodij_za_zaznavanje_kvoruma_pri_cianobakterijah:_Razvoj_medceli%C4%8Dne_koordinacije_v_me%C5%A1anih_avtotrofno-heterotrofnih_skupnostih Priprava kompleta orodij za zaznavanje kvoruma pri cianobakterijah: Razvoj medcelične koordinacije v mešanih avtotrofno-heterotrofnih skupnostih] (Nuša Tkalec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_temperaturno_inducibilnega_transkripcijskega_reostata_pri_Neurospori_crassi Razvoj temperaturno inducibilnega transkripcijskega reostata pri ''Neurospori crassi''] (Luka Šegota)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_tumor_ciljajočih_bakterij_s_stikalnim_sistemom,_ki_se_odziva_na_dušikov(II)_oksid Priprava tumor ciljajočih bakterij s stikalnim sistemom, ki se odziva na dušikov(II) oksid] (Ana Kodra)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razcepljeni_ribocim%2C_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali Razcepljeni ribocim, ki signale nativnih RNA poveže z ortogonalnimi proteinskimi izhodnimi signali] (Ajda Beltram)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_nadzor_%C5%A1tevila_plazmidov_v_celici_%28Tulip%29 Sistem za nadzor števila plazmidov v celici (Tulip)] (Gregor Strniša)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Skupnostna_znanost_je_na%C4%8Drtovala_ribosome_s_koristnimi_fenotipi Skupnostna znanost je načrtovala ribosome s koristnimi fenotipi] (Tanja Gošnjak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pristop_sintezne_biologije_za_načrtovanje_kandidata_za_cepivo_proti_delta_različici_SARSCoV2_je_razkril_prekinitev_favoriziranega_para_kodonov_kot_boljšo_strategijo_pred_uporabo_redkih_kodonov Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARS-CoV-2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov] (Stefanija Ivanova)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Dvosmerni_hibridni_eritritol_–_inducibilni_promotor_za_sintezno_biologijo_v_Yarrowia_lipolytica Dvosmerni hibridni eritritol – inducibilni promotor za sintezno biologijo v ''Yarrowia lipolytica''] (Maša Andoljšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Utišanje_izražanja_genov_s_strukturo_definirano_zankasto_strukturo_male_nekodirajoče_RNA_s_programiranimi_regulatornimi_aktivnostmi Utišanje izražanja genov s strukturno definirano zankasto strukturo male nekodirajoče RNA s programiranimi regulatornimi aktivnostmi] (Nika Bedrač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Izbolj%C5%A1anje_evolucijske_stabilnosti_obremenjujo%C4%8Dih_in_toksi%C4%8Dnih_funkcij_v_E.coli_z_diferenciacijskim_genetskim_vezjem_posredovanim_z_integrazo Izboljšanje evolucijske stabilnosti obremenjujočih in toksičnih funkcij v E.coli z diferenciacijskim genetskim vezjem posredovanim z integrazo] (Nika Banovšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_sintetična_mala_RNA%2C_ki_promovira_prekomerno_izražanje_proteinov_v_brezceličnem_sistemu Nova sintetična mala RNA, ki promovira prekomerno izražanje proteinov v brez-celičnem sistemu] (Ana Godeša)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_kontrolo_hitrosti_rasti_celic%2C_ki_zmanj%C5%A1uje_breme_aktivacije_genov Sistem za kontrolo hitrosti rasti celic, ki zmanjšuje breme aktivacije genov] (Neža Ribnikar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biohibridne_membrane_za_odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_iz_vode Biohibridne membrane za odstranjevanje težkih kovin iz vode] (Tadej Uršič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_CIVT-SELEX_za_izbiro_aptamerov_kot_genskih_delov_za_regulacijo_genetskih_vezij_v_brezceličnem_sistemu Uporaba CIVT-SELEX za izbiro aptamerov kot genskih delov za regulacijo genetskih vezij v brezceličnem sistemu] (Klemen Kunej)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_Cyborg_bakterij_preko_intracelularne_hidrogelacije Inženiring Cyborg bakterij preko intracelularne hidrogelacije] (Eva Oven)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Povezovanje_celi%C4%8Dne_komunikacije_z_optogenetiko:_implementacija_svetlobno_inducibilnega_medceli%C4%8Dnega_sistema_v_kvasovkah Povezovanje celične komunikacije z optogenetiko: implementacija svetlobno inducibilnega medceličnega sistema v kvasovkah] (Nika Perko)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MonChassis MonChassis] (Nika Tomsič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FIAT_LUX FIAT LUX] (Neža Lanišek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NETLANTIS NETLANTIS] (Maša Gabrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BINANOX BINANOX] (Vivian Nemanič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CoBiota CoBiota] (Petra Sintič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sporadicate Sporadicate] (Gašper Možina)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FISHERLY FISHERLY] (Lucija Pišek)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2021/22]].

Povezovanje celične komunikacije z optogenetiko: implementacija svetlobno inducibilnega medceličnega sistema v kvasovkah

2023-05-16T01:49:40Z

Nika Perko: New page: ''Povzeto po članku: [https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.2c00338?ref=pdf V. Rojas, L. F. Larrondo: Coupling Cell Communication and Optogenetics: Implementation of a Light-Inducibl...

''Povzeto po članku: [https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.2c00338?ref=pdf V. Rojas, L. F. Larrondo: Coupling Cell Communication and Optogenetics: Implementation of a Light-Inducible Intercellular System in Yeast. ACS Synth. Biol. 2023, 12, 71–82 ]''

==Uvod==
Komunikacija omogoča učinkovit prenos informacije med živimi organizmi. Delimo jo na dva tipa: prvi temelji na neposrednem medceličnem stiku, drugi pa na izločanju signalnih molekul. Medcelična komunikacija, ki temelji na signalnih molekulah je zelo pogosta pri ustvarjanju umetnih sistemov v mikroorganizmih. Cilj takih sistemov je preučevati vpliv zunanjih dejavnikov na uravnavanje bioloških procesov. Njihova ključna komponenta je gensko vezje, ki omogoči inducibilno nastajanje signalnih molekul. Večina današnjih umetnih medceličnih sistemov se odziva na kemične induktorje. Slaba stran kemičnih induktorjev pa je njihova toksičnost, ireverzibilnost in nizka prostorsko-časovna ločljivost. Kot alternativa se je v zadnjih letih izkazala optogenetika. Ta tehnologija temelji na uporabi naravnih ali umetnih fotoreceptorjev, ki so občutljivi na svetlobo točno določene valovne dolžine [1].

===Zakaj so kvasovke ''Saccharomyces cerevisiae'' primerne za implemetacijo optogenetskega sistema?===
''Saccharomyces cerevisiae'' je enocelična kvasovka z dobro raziskanim genomom, kar olajša oblikovanje umetnih genskih konstruktov. Ker v genomu nimajo zapisa za delujoč fotoreceptor, so primerne za poskuse z implementacijo optogenetskega sistema. Druga prednost uporabe kvasovk pa je njihova medcelična komunikacija s feromoni. Feromoni so majhne difuzne signalne molekule, ki se vežejo na svoje z GPCR sklopljene receptorje. Sprožijo proces spolnega razmnoževanja, ki vključuje aktivacijo kaskadne poti MAPK. Ta vodi v kemotropično rast celic, kar zelo vpliva na nivo izražanja genov, celično delitev in morfologijo celic. Zaradi feromonov se lahko nepremične celice kvasovk zbližajo in se združijo v diploidno zigoto [1].

Izražanje gena za omenjen feromon v kvasovkah je že bilo uspešno izvedeno z različnimi eksogenimi kemičnimi induktorji, kot so galaktoza, estradiol, NaCl, progesteron, estradiol in deksametazon ter rastlinskimi signalnimi molekulami avksini. Novi, bolj kompleksni tipi sistemov, pa delujejo tako, da imajo komponente za izvajanje specifičnih bioloških procesov porazdeljene v dveh ali več neizogenih celičnih populacijah. Na tak način se med seboj povezujejo različni sevi, zmanjšata se presnovna obremenitev celice in stohastičen šum ter poveča genomska stabilnost [1].

==Opis sevov kvasovk in optogenetskega stikala==
===Opis sevov kvasovk za medcelično komunikacijo z uporabo optogenetike===
Optogenetski sistem tvorita dva različna tipa celic oz. seva kvasovk: oddajniški in prejemniški sev.

Oddajniški sev (OS) je bil narejen na osnovi genoma seva MATa, ki je imel pod promotorjem PGAL1 vgrajen kodirajoče zaporedje za feromon α-faktor (MFα1). Sev OS je bil transformiran še z vektorjema, ki sta nosila rekombinantne zapise za transkripcijski faktor GAL4. En plazmidni vektor je nosil zapis za DNA-vezavno domeno transkripcijskega faktorja GAL4 in je bil povezan z zapisom fotoreceptorja WC-1. Drugi plazmid pa je nosil zapis za transaktivirajočo domeno transkripcijskega faktorja GAL4 in je bil povezan z zapisom domene LOV od fotoreceptorja VVD (VIVID) [1],[2].

Prejemniški sev (R) je bil narejen na osnovi genoma seva BY4741, ki je pod promotorjem PFUS1 nosil zapis za luciferazo, ki je služila kot reporterski gen. Delovanje omenjenega promotorja je bilo odvisno od α-faktorja [1].

===Opis optogenetskega stikala in komunikacije med celicami===

Optogenetsko stikalo FUN-LOV omogoča od modre svetlobe odvisno interakcijo med fotoreceptorjema WC-1 in VVD. Oba fotoreceptorja sta občutljiva na modro svetlobo, izhajata iz nitaste glive ''Neurospora crassa'' in interagirata preko domene LOV. Stikalo deluje tako, da osvetljevanje oddajniškega seva (OS) povzroči interakcijo med domenama LOV, ki tako povežeta dve polovici transkripcijskega faktorja GAL4. Ko je tako povezan transkripcijski faktor GAL4 vezan na promotorsko regijo PGAL, sproži prepis gena za α-faktor. Feromon se iz celice izloči in prepozna vezavno mesto membranskega receptorja Ste2 na prejemniški celici, ki se nahaja v okolici. To v prejemniškem sevu povzroči aktivacijo reporterskega gena, luciferaze, ki je pod feromon-odvisnim promotorjem PFUS1 [1],[2].

===Dodatne spremembe genoma celic===
Oddajniški sevi (OS) in prejemniški sevi (R) so bili še dodatno spremenjeni. Sev označen s številom 2 je imel izbrisan gen za proteazo Bar1, ker se je pri izhodiščnem sevu (označen s številom 1) izkazala za problematično. Namreč vloga proteaze je, da oblikuje gradient različnih feromonov in je α-faktor cepila na dva neaktivna dela. Sev označen s številom 3 pa je imel izbrisan gen za omenjeno proteazo in tudi za protein Far1, ki je bil pomemben pri regulaciji celične delitve kvasovk [1].

==Rezultati==

===Prejemniški sev R3 se najbolje odziva na dodajanje eksogenega α-faktorja===
Eksogeno raztopino α-faktorja so v različnih koncentracijah dodali prejemniškim sevom (R). Ugotovili so, da je sev R1 dal signifikanten signal še le pri 5 μM, medtem ko sta seva R2 in R3 dala močan signal že pri 1 μM. Vzrok najverjetneje tiči v deleciji gena za proteazo Bar1. Optična gostota celic sevov R1 in R2 je bila z dodajanjem feromona vedno manjša od kontrolnega poskusa, medtem ko je bila optična gostota celic seva R3 enaka kontrolnemu poskusu. Vzrok najverejtne tiči v dleciji gena za protein Far1, ki uravnava celični cikel kvasovk. V vseh treh sevih pa je bilo opaženo, da se pri višjih koncentracijah feromona odziv ni bistveno povečeval [1].

===Izločanje proteaze Bar1 ovira sintezo feromona===
Izločanje α-faktorja so merili tako, da so supernatant oddajniških sevov (OS), ki so jih 24-ur izpostavljali beli svetlobi, dodali gojišču s sevom prejemniških celic in opazovali luminiscenco. Ugotovili so, da v supernatantu seva OS1 ni bilo dovolj feromona, ki bi izzval signal pri vseh treh različnih sevih R. Močan signal pa je bil zaznan v hipersenzitivnih prejemniških sevih (R2 in R3), ko so jim dodali supernatant sevov OS2 in OS3. Supernatnata sevov OS2 in OS3 nista izzvala signifikantnega signala v sevu R1, kar nakazuje na pomen proteaze Bar1. V kontrolnem poskusu, pri katerem so seve OS 24 ur hranili v temi, nikoli ni prišlo do luminiscence [1].

===Svetloba omogoča komunikacijo med neizogenimi sevi kvasov===
Poskusi s kokulturami oddajniških (OS) in prejemniških sevov (R) v različnih razmerjih so potekali 24 ur. Le določene kokulture v razmerju 1:1 so v prvih 10 urah izpostavljenosti konstantni modri svetlobi dale merljiv signal. Komaj zaznavno luminiscenco so opazili v kokulturah z OS1 in tudi, kadar so vsebovale sev R1. Kokulture s sevom R2 so prej dosegle maksimalno vrednost luminiscence kot kokulture s sevom R3. Vzrok zamika je verjetno v odsotnosti proteina Far1 [1].

===Kratka izpostavitev kokultur temi in večji delež sevov R povečata izražanje reporterskega gena===

Izvajali so tudi 24-urne poskuse s kokulturami, ki so jih najprej imeli nekaj ur v temi, nato pa jih osvetljevali z modro svetlobo. Pri razmerju sevov 1:1 (OS:R) so dobili v primeru 1-,2- in 6-urne izpostavljenosti temi večji signal kot pri 8-, 10- in 12-urni izpostavljenosti temi. Domnevajo, da je za to kriva narava promotorja FUS1. Izvajali so tudi poskuse različnih deležev sevov OS in R. Odziv se je povečal, kadar je bil delež volumna seva R trikraten deležu seva OS in pomanjšal v obratnem razmerju [1].

===Avtonomna različica seva kvasovke===
Ustvarili so tudi avtonomno različico (A) seva kvasovke, ki je vsebovala zapis za stikalo, feromon in reporterski gen. Ti sevi so pokazali nekoliko večji odziv v poskusu 24-urne osvetlitve z modro svetlobo in tudi v poskusu vklopa svetila po 4 urah. Za razliko od prejšnjih poskusov s kokulturami je bila tokrat v poskusih, ki so se izvajali v popolni temi, prisotna šibka luminiscenca [1].

==Zaključek==

Celična komunikacija omogoča prenos informacije o stanju celice v njeno okolico. Da bi razumeli povezanost celične komunikacije s celično delitvijo, diferenciacijo in preživetjem celice, je bilo ustvarjenih več različnih umetnih sistemov, na katere vplivajo kemični induktorji.
V tej študiji pa so se namesto kemičnega induktorja posluževali optogenetike, ki so jo izvajali na brstečih kvasovkah ''Saharomices Cerevisiae''. Njihov pristop je bil osnovan na dveh sevih kvasovk, ki sta se med seboj sporazumevali preko svetlobno odvisne sinteze feromona α-faktorja, tako da je le ta v drugem sevu sprožil izražanje reporterskega gena. Rezultati so pokazali, da lahko zunanja informacija, kot je svetloba, vpliva na gensko izražaje v umetnih mikroorganizmih.

==Literatura==

[1] V. Rojas, L. F. Larrondo: Coupling Cell Communication and Optogenetics: Implementation of a Light-Inducible Intercellular System in Yeast. ACS Synth. Biol. 2023, 12, 71–82.

[2] F. Salinas, V. Rojas, V. Delgado, J. López, E. Agosin, L. F. Larrondo: Fungal light-oxygen-voltage domains for optogenetic control of gene expression and flocculation in yeast. MBio 2018, 9, 1–14.

Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA

2021-05-13T10:55:43Z

Nika Perko: /* Uvod */

==Uvod==
Zorenje mRNA zajema več različnih kemijskih modifikacij in med drugim tudi dodajanje kape na 5’-koncu verige. Ta proces ima pomembno vlogo pri:
*povečevanju stabilnosti verige mRNA, saj jo kapa ščiti pred napadi eksonukleaz
*izvozu verige iz jedra, saj se nanjo lažje vežejo proteini, ki omogočajo transport
*izrezovanju 5’-introna
*pospeševanju translacije, saj spodbuja vezavo iniciacijskega faktorja (eIF4E).
Če molekuli mRNA omenjena struktura manjka, se bo razgradila v citosolu.

==Proces dodajanja kape==

Struktura kape na 5’-koncu mRNA nastane kotranskripcijsko in preide več encimskih reakcij. Najprej encim RNA-5’-trifosfataza (TPaza) z iniciacijskega nukleotida odstrani γ-fosfat. Nato se naslednji encim RNA gvanililtransferaza (GTaza) kovalentno poveže z α-fosfatom molekule GTP. Z GTP se sprosti molekula pirofosfata (PPi) in nastane intermediatni kompleks Encim-GMP. Ta kompleks omogoči prenos molekule GMP na prej omenjeni iniciacijski nukleotid. Produkt spojitve je struktura kape na 5’-koncu mRNA. Zatem sledi metilacija gvaninskega dela kape na mestu N7, kar omogoči encim (gvanin-N7)-metiltransferaza (N7-MTaza).

Opisani proces velja za tvorbo kape-0, ki pa se lahko še nadgradi z metilacijo na mestu 2'-''O'' na riboznem delu nukleotida. Če se metilira mesto 2’-''O'' na riboznem delu prvega nukleotida (tj. naslednji nukleotid od iniciacijskega), potem taki strukturi pravimo kapa-1. Če pa se metilirata mesti 2'-''O'' na riboznem delu prvega in drugega nukleotida, taki strukturi pravimo kapa-2. Proces metilacije omogoči encim 2'-''O''-metiltransferaza (2'-''O''-MTaza). Tako encim 2'-''O''-MTaza kot N7-MTaza katalizirata prenos metilne skupine z metilnega donorja ''S''-adenozil-''L''-metionina (SAM). Stranski produkt teh dveh kataliziranih reakcij je ''S''-adenozil-''L''-homocistein (SAH).

Za koronavirusno mRNA se predvidevata dva možna mehanizma dodajanja kap. Prvi je konvencionalni mehanizem dodajanja kape-1, drugi pa je tak kot pri alfavirusih. Razlika med mehanizmom pri alfavirusih in konvencionalnim je le ta, da se GTP metilira na mestu N7 še preden se prenese na iniciacijski nukleotid, ki mu je bil γ-fosfat že odstranjen.

==Kape pri RNA virusih==

Virusi, ki okužijo evkariontske celice, so razvili različne strategije tvorbe kap lastnih molekul RNA. DNA virusi in retrovirusi se podvajajo v jedru in pri tvorjenju kape izkoristijo molekule gostiteljske celice. Številni virusi, ki pa se podvajajo v citoplazmi in nimajo dostopa do molekul, potrebnih za dodajanje kape, so v svoj genom vgradili zapise za lastne aparate dodajanja kap. Čeprav sta molekulska organizacija in biokemijski mehanizem tvorjenja kape v virusih različna, so si končne strukture kap podobne.

Negativno usmerjeni RNA virusi iz družin ''Bunyaviridae'' in ''Orthomyxoviridae'' so razvili edinstven ''cap-snatching'' mehanizem. Ta omogoča prevzem kap gostiteljskih molekul mRNA. Mehanizem deluje tako, da virusna od RNA odvisna RNA polimeraza (RdRp) preko podenote PB2 veže 5’-konec gostiteljske mRNA, ki že ima kapo. Virusna polimeraza RdRp pa ima tudi endonukleazno aktivnost, ki ji omogoči, da odcepi kratek del verige mRNA, na katerem je kapa. Odcepljen košček verige deluje kot primer (ang. ''primer'') za virusno polimerazo RdRp. Tako lahko poteče transkripcija virusnega zapisa, kjer je matrična veriga negativna virusna RNA. RdRp sintetizira komplementarno negativno verigo mRNA.

Za virus vezikularnega stomatitisa (VSV) predvidevajo, da se monofosforiliran 5’-konec mRNA verige veže na GDP. Proces naj bi deloval tako, da GTPazna aktivnost v RdRp povzroči nastanek GDP iz GTP. Ta GDP ostane vezan v RdRp in bo deloval kot akceptor mRNA. Med transkripcijo nascentni transkript interagira z aktivnim mestom poliribonukleotidiltransferazne domene, ki se nahaja v RdRp. Posledica interakcije je odcep PPi in nastanek 5’-monofosforiliranega konca verige mRNA, ki se še vedno drži RdRp. Aktivnost poliribonukleotidiltransferazne domene omogoči prenos verige mRNA na GDP. Tako nastane kapa na verigi mRNA. Nato se veriga enako metilira kot pri konvencionalnem mehanizmu.

==RNA trifosfataza ==

RNA trifosfataza (TPaza) je encim, ki je odgovoren za začetek postavljanja kape na 5’-konec koronavirusnega RNA. Njegova funkcija je cepiti fosfatno vez med fosfatoma β in γ prvega (iniciacijskega) nukleotida na 5’-koncu. Tako iz 5’-pppN konca nastane difosfatni 5’-ppN konec. Aktivnost encima so preverili s poskusom na kvasovkah seva YBS20 (''cet1''), ki v svojem genomu nimajo kromosomskega lokusa CET1 in so namesto njega vključili virusni gen za rast, ki vsebuje zapis za RNA TPazo. Delitev kvasovk je bila tako odvisna le od delovanja virusne TPaze. Izkazalo se je, da kvasovke ne morejo uporabljati virusnega gena zaradi različne organizacije in mehanizmov postavljanja kape.

Podobno aktivnost so opazili pri nestrukturnem proteinu nsp13. Nsp13 je povezan s helikazno aktivnostjo pri koronavirusih, in sicer deluje kot NTPaza. Ta tako kot TPaza cepi fosfatno skupino. Splošno mnenje je, da naj bi nsp13 imel tudi aktivno funkcijo v postavljanju kape, vendar njegova vloga še čaka na eksperimentalne dokaze.

==RNA gvanilil transferaza==

Odcep fosfata v prejšnji fazi predstavlja nastanek potencialnega mesta za vezavo nove molekule. Gvanilil transferaza (GTaza) je odgovorna za nastanek kovalentne vezi med 5’-koncem mRNA in GMP (pri konvencionalnem nastanku kape) oz. metiliranim GMP (pri vrsti alfavirusov). Tako nastane jedro kape (GpppN oz. m7GpppN). Podobno kot pri merjenju aktivnosti TPaze, so pregledali aktivnost GTaze na sevu kvasovk YBS2 (''ceg1''), ki nimajo kromosomskega lokusa CEG1, ki kodira GTaze kvasovk. Noben encim ni kazal GTazne aktivnosti. Dokazov za obstoj koronavirusne GTaze torej še ni.

==Gvanin-N7 metiltransferaza==

Gvanin-N7 metiltransferaza (N7-MTaza) je tretji encim, ki sodeluje pri sestavljanju kape na virusnih mRNA. Njegova funkcija je metilacija gvanilata, ki ga je GTaza dodala. Nastane tako imenovana struktura kape-0 (m7GpppN). Metilacija stabilizira strukturo kape in prepreči odcep gvanilata. Pri poskusu na kvasovkah YBS40 oz. sevom, ki nima kodiranih encimov MTaze, se je izkazalo, da nsp14 (N7-metiltransferaza in eksoribonukleaza) spodbuja rast celice in lahko prevzame funkcijo N7-MTaze. MTaza in nsp14 torej predstavljata potencialno tarčo za razvitje različnih protivirusnih zdravil.

Nsp14 je edina eksonukleaza, ki jo kodirajo RNA virusi, in lahko sodeluje pri kontrolnem branju pri prepisovanju. Poskusi kažejo, da se nsp14 nespecifično veže na mRNA in deluje kot MTaza. Nadaljnje študije kažejo, da je sposoben metiliranja različnih substratov, med katerimi so tudi GTP, dGTP in drugi analogi začetnih kap. Njegovo delovanje se poveča s prisotnostjo kofaktorja nsp10, s katerim tvori kompleks v stehiometriji 1:1, medtem ko prisotnost nsp16 ne vpliva na njegovo delovanje. Eksonukleazno domeno nsp14 predstavlja prvih 287 aminokislin, ki tvorijo katalitični motiv DEEDh. N7-MTazna domena je sestavljena iz β struktur in motivom cinkovega prsta, ki pa ni potreben za aktivnost encima. Na to domeno se veže molekula SAM, ki omogoči metilacijo.

==Riboza 2’-''O''- metiltransferaza==

Zadnji korak v nastanku kape je metiliranje strukture kape-0 na 2’-O prvega in drugega nukleotida mRNA molekule. Metilacija prvega nukleotida da strukturo kape-1, metilacija obeh pa strukturo kape-2. Metilacija je ključnega pomena pri izogibanju imunskega odziva na tujo virusno RNA. Reakcijo metiliranja opravlja encim riboza 2’-''O''- metiltransferaza. Pri koronavirusih jo sestavljata dva nestrukturna proteina, nsp16 (2’-''O''-metiltransferaza) in nsp10 (kofaktor 2’-''O''-metiltransferaze). Nsp16 vsebuje vezavno mesto za S-adenozil-L-metionin (SAM), ki je donor metilne skupine, nsp10 pa sodeluje pri nastanku aktivnega mesta in stabilizaciji verige mRNA. Za potek reakcije je nujno potrebna tvorba kompleksa teh dveh nestrukturnih proteinov. Substrat kompleksa je s cap-0 zaključena struktura mRNA molekule. Kompleks kaže največjo aktivnost, če je substrat z adeninom zaključena RNA molekula (m7-GpppA-RNA) in nižjo aktivnost ob prisotnosti RNA z gvaninom kot iniciacijskim nukleotidom. Veriga RNA mora biti dovolj dolga, da se lahko ugodno veže na kompleks encima; na kapo-0 vezan le en nukleotid ne sproži reakcije.

==Detekcija tuje RNA v celicah==

Vsak virus v svojem življenjskem ciklu sprosti svoj genetski material v notranjost celice gostitelja, zato so organizmi razvili različne načine za detekcijo tujega dednega materiala v svojih celicah. Tuje RNA molekule zaznavajo receptorji družine RLR (ang. ''RIG-I like receptors''), ki obsega citosolne proteine RIG-I, MDA5 in LGP2. RLR receptorji so zgrajeni iz več domen, helikazne, C-končne in več CARD (ang. ''caspase activation and recruitment''). Vezava ustrezne mRNA na receptor sproži signalno kaskado več kinaz, kar privede v sintezo transkripcijskih faktorjev za transkripcijo genov interferonov tipa ena. Interferoni-I so signalni peptidi, ki se sprostijo iz celice in delujejo avtokrino in parakrino z vezavo na receptorje interferonov-I (IFNAR). Vezava povzroči signalno pot JAK kinaz, ki vodi v izražanje transkripcijskih faktorjev za sintezo genov, ki upočasnijo transkripcijske procese virusov v celici. Molekula RNA, ki jo prepozna RLR receptor, se konča z dvema ali tremi fosfatnimi skupinami na 5'-koncu in ne sme biti metilirana. Pravilna vezava molekule RNA na receptor povzroči premik CARD domen, ki se lahko vežejo na proteine, ki sprožijo signalno pot. Celična mRNA je metilirana in se ne more vezati na RLR. Veliko RNA virusov (z izjemo koronavirusov) nima metilirane kape, zato njihov genetski material prepoznajo RLR receptorji in sprožijo imunski odziv.

==Literatura==

1. Chen, Y., & Guo, D. (2016). Molecular mechanisms of coronavirus RNA capping and methylation. Virologica Sinica, 31(1), 3–11. https://doi.org/10.1007/s12250-016-3726-4

2. Decroly, E., Ferron, F., Lescar, J., & Canard, B. (2012). Pre-mRNA splicing Conventional and unconventional mechanisms for capping viral mRNA. Nature Reviews Microbiology, 10, 51–65. https://doi.org/10.1038/nrmicro2675

3. Ogino, T., & Banerjee, A. K. (2007). Unconventional Mechanism of mRNA Capping by the RNA-Dependent RNA Polymerase of Vesicular Stomatitis Virus. Molecular Cell, 25(1), 85–97. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2006.11.013

4. Chen, Y., Su, C., & Ke, M. (2011). Biochemical and Structural Insights into the Mechanisms of SARS Coronavirus RNA Ribose 29-O-Methylation by nsp16/nsp10 Protein Complex. PloS Pathog, 7(10). https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002294

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA

2021-05-11T18:41:35Z

Nika Perko: /* Proces dodajanja kape */

==Uvod==
Zorenje mRNA zajema več različnih kemijskih modifikacij in med drugim tudi dodajanje kape na 5’-koncu verige. Ta proces ima pomembno vlogo pri:
*povečevanju stabilnosti verige mRNA, saj jo kapa ščiti pred napadi eksonukleaz
*izvozu verige iz jedra, saj se nanjo lažje vežejo proteini, ki omogočajo transport
*izrezovanju 5’-introna
*pospeševanju translacije, saj spodbuja vezavo iniciacijskega faktorja (eIF4E).
Če molekuli mRNA omenjena struktura manjka, se bo razgradila v citoplazmi.

==Proces dodajanja kape==

Struktura kape na 5’-koncu mRNA nastane kotranskripcijsko in preide več encimskih reakcij. Najprej encim RNA-5’-trifosfataza (TPaza) z iniciacijskega nukleotida odstrani γ-fosfat. Nato se naslednji encim RNA gvanililtransferaza (GTaza) kovalentno poveže z α-fosfatom molekule GTP. Z GTP se sprosti molekula pirofosfata (PPi) in nastane intermediatni kompleks Encim-GMP. Ta kompleks omogoči prenos molekule GMP na prej omenjeni iniciacijski nukleotid. Produkt spojitve je struktura kape na 5’-koncu mRNA. Zatem sledi metilacija gvaninskega dela kape na mestu N7, kar omogoči encim (gvanin-N7)-metiltransferaza (N7-MTaza).

Opisani proces velja za tvorbo kape-0, ki pa se lahko še nadgradi z metilacijo na mestu 2'-''O'' na riboznem delu nukleotida. Če se metilira mesto 2’-''O'' na riboznem delu prvega nukleotida (tj. naslednji nukleotid od iniciacijskega), potem taki strukturi pravimo kapa-1. Če pa se metilirata mesti 2'-''O'' na riboznem delu prvega in drugega nukleotida, taki strukturi pravimo kapa-2. Proces metilacije omogoči encim 2'-''O''-metiltransferaza (2'-''O''-MTaza). Tako encim 2'-''O''-MTaza kot N7-MTaza katalizirata prenos metilne skupine z metilnega donorja ''S''-adenozil-''L''-metionina (SAM). Stranski produkt teh dveh kataliziranih reakcij je ''S''-adenozil-''L''-homocistein (SAH).

Za koronavirusno mRNA se predvidevata dva možna mehanizma dodajanja kap. Prvi je konvencionalni mehanizem dodajanja kape-1, drugi pa je tak kot pri alfavirusih. Razlika med mehanizmom pri alfavirusih in konvencionalnim je le ta, da se GTP metilira na mestu N7 še preden se prenese na iniciacijski nukleotid, ki mu je bil γ-fosfat že odstranjen.

==Kape pri RNA virusih==

Virusi, ki okužijo evkariontske celice, so razvili različne strategije tvorbe kap lastnih molekul RNA. DNA virusi in retrovirusi se podvajajo v jedru in pri tvorjenju kape izkoristijo molekule gostiteljske celice. Številni virusi, ki pa se podvajajo v citoplazmi in nimajo dostopa do molekul, potrebnih za dodajanje kape, so v svoj genom vgradili zapise za lastne aparate dodajanja kap. Čeprav sta molekulska organizacija in biokemijski mehanizem tvorjenja kape v virusih različna, so si končne strukture kap podobne.

Negativno usmerjeni RNA virusi iz družin ''Bunyaviridae'' in ''Orthomyxoviridae'' so razvili edinstven ''cap-snatching'' mehanizem. Ta omogoča prevzem kap gostiteljskih molekul mRNA. Mehanizem deluje tako, da virusna od RNA odvisna RNA polimeraza (RdRp) preko podenote PB2 veže 5’-konec gostiteljske mRNA, ki že ima kapo. Virusna polimeraza RdRp pa ima tudi endonukleazno aktivnost, ki ji omogoči, da odcepi kratek del verige mRNA, na katerem je kapa. Odcepljen košček verige deluje kot primer (ang. ''primer'') za virusno polimerazo RdRp. Tako lahko poteče transkripcija virusnega zapisa, kjer je matrična veriga negativna virusna RNA. RdRp sintetizira komplementarno negativno verigo mRNA.

Za virus vezikularnega stomatitisa (VSV) predvidevajo, da se monofosforiliran 5’-konec mRNA verige veže na GDP. Proces naj bi deloval tako, da GTPazna aktivnost v RdRp povzroči nastanek GDP iz GTP. Ta GDP ostane vezan v RdRp in bo deloval kot akceptor mRNA. Med transkripcijo nascentni transkript interagira z aktivnim mestom poliribonukleotidiltransferazne domene, ki se nahaja v RdRp. Posledica interakcije je odcep PPi in nastanek 5’-monofosforiliranega konca verige mRNA, ki se še vedno drži RdRp. Aktivnost poliribonukleotidiltransferazne domene omogoči prenos verige mRNA na GDP. Tako nastane kapa na verigi mRNA. Nato se veriga enako metilira kot pri konvencionalnem mehanizmu.

==RNA trifosfataza ==

RNA trifosfataza (TPaza) je encim, ki je odgovoren za začetek postavljanja kape na 5’-konec koronavirusnega RNA. Njegova funkcija je cepiti fosfatno vez med fosfatoma β in γ prvega (iniciacijskega) nukleotida na 5’-koncu. Tako iz 5’-pppN konca nastane difosfatni 5’-ppN konec. Aktivnost encima so preverili s poskusom na kvasovkah seva YBS20 (''cet1''), ki v svojem genomu nimajo kromosomskega lokusa CET1 in so namesto njega vključili virusni gen za rast, ki vsebuje zapis za RNA TPazo. Delitev kvasovk je bila tako odvisna le od delovanja virusne TPaze. Izkazalo se je, da kvasovke ne morejo uporabljati virusnega gena zaradi različne organizacije in mehanizmov postavljanja kape.

Podobno aktivnost so opazili pri nestrukturnem proteinu nsp13. Nsp13 je povezan s helikazno aktivnostjo pri koronavirusih, in sicer deluje kot NTPaza. Ta tako kot TPaza cepi fosfatno skupino. Splošno mnenje je, da naj bi nsp13 imel tudi aktivno funkcijo v postavljanju kape, vendar njegova vloga še čaka na eksperimentalne dokaze.

==RNA gvanilil transferaza==

Odcep fosfata v prejšnji fazi predstavlja nastanek potencialnega mesta za vezavo nove molekule. Gvanilil transferaza (GTaza) je odgovorna za nastanek kovalentne vezi med 5’-koncem mRNA in GMP (pri konvencionalnem nastanku kape) oz. metiliranim GMP (pri vrsti alfavirusov). Tako nastane jedro kape (GpppN oz. m7GpppN). Podobno kot pri merjenju aktivnosti TPaze, so pregledali aktivnost GTaze na sevu kvasovk YBS2 (''ceg1''), ki nimajo kromosomskega lokusa CEG1, ki kodira GTaze kvasovk. Noben encim ni kazal GTazne aktivnosti. Dokazov za obstoj koronavirusne GTaze torej še ni.

==Gvanin-N7 metiltransferaza==

Gvanin-N7 metiltransferaza (N7-MTaza) je tretji encim, ki sodeluje pri sestavljanju kape na virusnih mRNA. Njegova funkcija je metilacija gvanilata, ki ga je GTaza dodala. Nastane tako imenovana struktura kape-0 (m7GpppN). Metilacija stabilizira strukturo kape in prepreči odcep gvanilata. Pri poskusu na kvasovkah YBS40 oz. sevom, ki nima kodiranih encimov MTaze, se je izkazalo, da nsp14 (N7-metiltransferaza in eksoribonukleaza) spodbuja rast celice in lahko prevzame funkcijo N7-MTaze. MTaza in nsp14 torej predstavljata potencialno tarčo za razvitje različnih protivirusnih zdravil.

Nsp14 je edina eksonukleaza, ki jo kodirajo RNA virusi, in lahko sodeluje pri kontrolnem branju pri prepisovanju. Poskusi kažejo, da se nsp14 nespecifično veže na mRNA in deluje kot MTaza. Nadaljnje študije kažejo, da je sposoben metiliranja različnih substratov, med katerimi so tudi GTP, dGTP in drugi analogi začetnih kap. Njegovo delovanje se poveča s prisotnostjo kofaktorja nsp10, s katerim tvori kompleks v stehiometriji 1:1, medtem ko prisotnost nsp16 ne vpliva na njegovo delovanje. Eksonukleazno domeno nsp14 predstavlja prvih 287 aminokislin, ki tvorijo katalitični motiv DEEDh. N7-MTazna domena je sestavljena iz β struktur in motivom cinkovega prsta, ki pa ni potreben za aktivnost encima. Na to domeno se veže molekula SAM, ki omogoči metilacijo.

==Riboza 2’-''O''- metiltransferaza==

Zadnji korak v nastanku kape je metiliranje strukture kape-0 na 2’-O prvega in drugega nukleotida mRNA molekule. Metilacija prvega nukleotida da strukturo kape-1, metilacija obeh pa strukturo kape-2. Metilacija je ključnega pomena pri izogibanju imunskega odziva na tujo virusno RNA. Reakcijo metiliranja opravlja encim riboza 2’-''O''- metiltransferaza. Pri koronavirusih jo sestavljata dva nestrukturna proteina, nsp16 (2’-''O''-metiltransferaza) in nsp10 (kofaktor 2’-''O''-metiltransferaze). Nsp16 vsebuje vezavno mesto za S-adenozil-L-metionin (SAM), ki je donor metilne skupine, nsp10 pa sodeluje pri nastanku aktivnega mesta in stabilizaciji verige mRNA. Za potek reakcije je nujno potrebna tvorba kompleksa teh dveh nestrukturnih proteinov. Substrat kompleksa je s cap-0 zaključena struktura mRNA molekule. Kompleks kaže največjo aktivnost, če je substrat z adeninom zaključena RNA molekula (m7-GpppA-RNA) in nižjo aktivnost ob prisotnosti RNA z gvaninom kot iniciacijskim nukleotidom. Veriga RNA mora biti dovolj dolga, da se lahko ugodno veže na kompleks encima; na kapo-0 vezan le en nukleotid ne sproži reakcije.

==Detekcija tuje RNA v celicah==

Vsak virus v svojem življenjskem ciklu sprosti svoj genetski material v notranjost celice gostitelja, zato so organizmi razvili različne načine za detekcijo tujega dednega materiala v svojih celicah. Tuje RNA molekule zaznavajo receptorji družine RLR (ang. ''RIG-I like receptors''), ki obsega citosolne proteine RIG-I, MDA5 in LGP2. RLR receptorji so zgrajeni iz več domen, helikazne, C-končne in več CARD (ang. ''caspase activation and recruitment''). Vezava ustrezne mRNA na receptor sproži signalno kaskado več kinaz, kar privede v sintezo transkripcijskih faktorjev za transkripcijo genov interferonov tipa ena. Interferoni-I so signalni peptidi, ki se sprostijo iz celice in delujejo avtokrino in parakrino z vezavo na receptorje interferonov-I (IFNAR). Vezava povzroči signalno pot JAK kinaz, ki vodi v izražanje transkripcijskih faktorjev za sintezo genov, ki upočasnijo transkripcijske procese virusov v celici. Molekula RNA, ki jo prepozna RLR receptor, se konča z dvema ali tremi fosfatnimi skupinami na 5'-koncu in ne sme biti metilirana. Pravilna vezava molekule RNA na receptor povzroči premik CARD domen, ki se lahko vežejo na proteine, ki sprožijo signalno pot. Celična mRNA je metilirana in se ne more vezati na RLR. Veliko RNA virusov (z izjemo koronavirusov) nima metilirane kape, zato njihov genetski material prepoznajo RLR receptorji in sprožijo imunski odziv.

==Literatura==

1. Chen, Y., & Guo, D. (2016). Molecular mechanisms of coronavirus RNA capping and methylation. Virologica Sinica, 31(1), 3–11. https://doi.org/10.1007/s12250-016-3726-4

2. Decroly, E., Ferron, F., Lescar, J., & Canard, B. (2012). Pre-mRNA splicing Conventional and unconventional mechanisms for capping viral mRNA. Nature Reviews Microbiology, 10, 51–65. https://doi.org/10.1038/nrmicro2675

3. Ogino, T., & Banerjee, A. K. (2007). Unconventional Mechanism of mRNA Capping by the RNA-Dependent RNA Polymerase of Vesicular Stomatitis Virus. Molecular Cell, 25(1), 85–97. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2006.11.013

4. Chen, Y., Su, C., & Ke, M. (2011). Biochemical and Structural Insights into the Mechanisms of SARS Coronavirus RNA Ribose 29-O-Methylation by nsp16/nsp10 Protein Complex. PloS Pathog, 7(10). https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002294

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA

2021-05-11T18:27:55Z

Nika Perko: /* Kape pri RNA virusih */

==Uvod==
Zorenje mRNA zajema več različnih kemijskih modifikacij in med drugim tudi dodajanje kape na 5’-koncu verige. Ta proces ima pomembno vlogo pri:
*povečevanju stabilnosti verige mRNA, saj jo kapa ščiti pred napadi eksonukleaz
*izvozu verige iz jedra, saj se nanjo lažje vežejo proteini, ki omogočajo transport
*izrezovanju 5’-introna
*pospeševanju translacije, saj spodbuja vezavo iniciacijskega faktorja (eIF4E).
Če molekuli mRNA omenjena struktura manjka, se bo razgradila v citoplazmi.

==Proces dodajanja kape==

Struktura kape na 5’-koncu mRNA nastane kotranskripcijsko in preide več encimskih reakcij. Najprej encim RNA-5’-trifosfataza (TPaza) z iniciacijskega nukleotida odstrani γ-fosfat. Nato se naslednji encim RNA gvanililtransferaza (GTaza) kovalentno poveže z α-fosfatom molekule GTP. Z GTP se sprosti molekula pirofosfata (PPi) in nastane intermediatni kompleks Encim-GMP. Ta kompleks omogoči prenos molekule GMP na prej omenjeni iniciacijski nukleotid. Produkt spojitve je struktura kape na 5’-koncu mRNA. Zatem sledi metilacija gvaninskega dela kape na mestu N7, kar omogoči encim (gvanin-N7)-metiltransferaza (N7-MTaza).

Opisani proces velja za tvorbo kape-0, ki pa se lahko še nadgradi z metilacijo na mestu 2'-''O'' na riboznem delu nukleotida. Če se metilira mesto 2’-''O'' na riboznem delu prvega nukleotida (tj. naslednji nukleotid od iniciacijskega), potem taki strukturi pravimo kapa-1. Če pa se metilirata mesti 2'-''O'' na riboznem delu prvega in drugega nukleotida, taki strukturi pravimo kapa-2. Proces metilacije omogoči encim 2'-''O''-metiltransferaza (2'-''O''-MTaza). Tako encim 2'-''O''-MTaza kot N7-MTaza katalizirata prenos metilne skupine z metilnega donorja S-adenozil-L-metionina (SAM). Stranski produkt teh dveh kataliziranih reakcij je S-adenozil-L-homocistein (SAH).

Za koronavirusno mRNA se predvidevata dva možna mehanizma dodajanja kap. Prvi je konvencionalni mehanizem dodajanja kape-1, drugi pa je tak kot pri alfavirusih. Razlika med mehanizmom pri alfavirusih in konvencionalnim je le ta, da se GTP metilira na mestu N7 še preden se prenese na iniciacijski nukleotid, ki mu je bil γ-fosfat že odstranjen.

==Kape pri RNA virusih==

Virusi, ki okužijo evkariontske celice, so razvili različne strategije tvorbe kap lastnih molekul RNA. DNA virusi in retrovirusi se podvajajo v jedru in pri tvorjenju kape izkoristijo molekule gostiteljske celice. Številni virusi, ki pa se podvajajo v citoplazmi in nimajo dostopa do molekul, potrebnih za dodajanje kape, so v svoj genom vgradili zapise za lastne aparate dodajanja kap. Čeprav sta molekulska organizacija in biokemijski mehanizem tvorjenja kape v virusih različna, so si končne strukture kap podobne.

Negativno usmerjeni RNA virusi iz družin ''Bunyaviridae'' in ''Orthomyxoviridae'' so razvili edinstven ''cap-snatching'' mehanizem. Ta omogoča prevzem kap gostiteljskih molekul mRNA. Mehanizem deluje tako, da virusna od RNA odvisna RNA polimeraza (RdRp) preko podenote PB2 veže 5’-konec gostiteljske mRNA, ki že ima kapo. Virusna polimeraza RdRp pa ima tudi endonukleazno aktivnost, ki ji omogoči, da odcepi kratek del verige mRNA, na katerem je kapa. Odcepljen košček verige deluje kot primer (ang. ''primer'') za virusno polimerazo RdRp. Tako lahko poteče transkripcija virusnega zapisa, kjer je matrična veriga negativna virusna RNA. RdRp sintetizira komplementarno negativno verigo mRNA.

Za virus vezikularnega stomatitisa (VSV) predvidevajo, da se monofosforiliran 5’-konec mRNA verige veže na GDP. Proces naj bi deloval tako, da GTPazna aktivnost v RdRp povzroči nastanek GDP iz GTP. Ta GDP ostane vezan v RdRp in bo deloval kot akceptor mRNA. Med transkripcijo nascentni transkript interagira z aktivnim mestom poliribonukleotidiltransferazne domene, ki se nahaja v RdRp. Posledica interakcije je odcep PPi in nastanek 5’-monofosforiliranega konca verige mRNA, ki se še vedno drži RdRp. Aktivnost poliribonukleotidiltransferazne domene omogoči prenos verige mRNA na GDP. Tako nastane kapa na verigi mRNA. Nato se veriga enako metilira kot pri konvencionalnem mehanizmu.

==RNA trifosfataza ==

RNA trifosfataza (TPaza) je encim, ki je odgovoren za začetek postavljanja kape na 5’-konec koronavirusnega RNA. Njegova funkcija je cepiti fosfatno vez med fosfatoma β in γ prvega (iniciacijskega) nukleotida na 5’-koncu. Tako iz 5’-pppN konca nastane difosfatni 5’-ppN konec. Aktivnost encima so preverili s poskusom na kvasovkah seva YBS20 (''cet1''), ki v svojem genomu nimajo kromosomskega lokusa CET1 in so namesto njega vključili virusni gen za rast, ki vsebuje zapis za RNA TPazo. Delitev kvasovk je bila tako odvisna le od delovanja virusne TPaze. Izkazalo se je, da kvasovke ne morejo uporabljati virusnega gena zaradi različne organizacije in mehanizmov postavljanja kape.

Podobno aktivnost so opazili pri nestrukturnem proteinu nsp13. Nsp13 je povezan s helikazno aktivnostjo pri koronavirusih, in sicer deluje kot NTPaza. Ta tako kot TPaza cepi fosfatno skupino. Splošno mnenje je, da naj bi nsp13 imel tudi aktivno funkcijo v postavljanju kape, vendar njegova vloga še čaka na eksperimentalne dokaze.

==RNA gvanilil transferaza==

Odcep fosfata v prejšnji fazi predstavlja nastanek potencialnega mesta za vezavo nove molekule. Gvanilil transferaza (GTaza) je odgovorna za nastanek kovalentne vezi med 5’-koncem mRNA in GMP (pri konvencionalnem nastanku kape) oz. metiliranim GMP (pri vrsti alfavirusov). Tako nastane jedro kape (GpppN oz. m7GpppN). Podobno kot pri merjenju aktivnosti TPaze, so pregledali aktivnost GTaze na sevu kvasovk YBS2 (''ceg1''), ki nimajo kromosomskega lokusa CEG1, ki kodira GTaze kvasovk. Noben encim ni kazal GTazne aktivnosti. Dokazov za obstoj koronavirusne GTaze torej še ni.

==Gvanin-N7 metiltransferaza==

Gvanin-N7 metiltransferaza (N7-MTaza) je tretji encim, ki sodeluje pri sestavljanju kape na virusnih mRNA. Njegova funkcija je metilacija gvanilata, ki ga je GTaza dodala. Nastane tako imenovana struktura kape-0 (m7GpppN). Metilacija stabilizira strukturo kape in prepreči odcep gvanilata. Pri poskusu na kvasovkah YBS40 oz. sevom, ki nima kodiranih encimov MTaze, se je izkazalo, da nsp14 (N7-metiltransferaza in eksoribonukleaza) spodbuja rast celice in lahko prevzame funkcijo N7-MTaze. MTaza in nsp14 torej predstavljata potencialno tarčo za razvitje različnih protivirusnih zdravil.

Nsp14 je edina eksonukleaza, ki jo kodirajo RNA virusi, in lahko sodeluje pri kontrolnem branju pri prepisovanju. Poskusi kažejo, da se nsp14 nespecifično veže na mRNA in deluje kot MTaza. Nadaljnje študije kažejo, da je sposoben metiliranja različnih substratov, med katerimi so tudi GTP, dGTP in drugi analogi začetnih kap. Njegovo delovanje se poveča s prisotnostjo kofaktorja nsp10, s katerim tvori kompleks v stehiometriji 1:1, medtem ko prisotnost nsp16 ne vpliva na njegovo delovanje. Eksonukleazno domeno nsp14 predstavlja prvih 287 aminokislin, ki tvorijo katalitični motiv DEEDh. N7-MTazna domena je sestavljena iz β struktur in motivom cinkovega prsta, ki pa ni potreben za aktivnost encima. Na to domeno se veže molekula SAM, ki omogoči metilacijo.

==Riboza 2’-''O''- metiltransferaza==

Zadnji korak v nastanku kape je metiliranje strukture kape-0 na 2’-O prvega in drugega nukleotida mRNA molekule. Metilacija prvega nukleotida da strukturo kape-1, metilacija obeh pa strukturo kape-2. Metilacija je ključnega pomena pri izogibanju imunskega odziva na tujo virusno RNA. Reakcijo metiliranja opravlja encim riboza 2’-''O''- metiltransferaza. Pri koronavirusih jo sestavljata dva nestrukturna proteina, nsp16 (2’-''O''-metiltransferaza) in nsp10 (kofaktor 2’-''O''-metiltransferaze). Nsp16 vsebuje vezavno mesto za S-adenozil-L-metionin (SAM), ki je donor metilne skupine, nsp10 pa sodeluje pri nastanku aktivnega mesta in stabilizaciji verige mRNA. Za potek reakcije je nujno potrebna tvorba kompleksa teh dveh nestrukturnih proteinov. Substrat kompleksa je s cap-0 zaključena struktura mRNA molekule. Kompleks kaže največjo aktivnost, če je substrat z adeninom zaključena RNA molekula (m7-GpppA-RNA) in nižjo aktivnost ob prisotnosti RNA z gvaninom kot iniciacijskim nukleotidom. Veriga RNA mora biti dovolj dolga, da se lahko ugodno veže na kompleks encima; na kapo-0 vezan le en nukleotid ne sproži reakcije.

==Detekcija tuje RNA v celicah==

Vsak virus v svojem življenjskem ciklu sprosti svoj genetski material v notranjost celice gostitelja, zato so organizmi razvili različne načine za detekcijo tujega dednega materiala v svojih celicah. Tuje RNA molekule zaznavajo receptorji družine RLR (ang. ''RIG-I like receptors''), ki obsega citosolne proteine RIG-I, MDA5 in LGP2. RLR receptorji so zgrajeni iz več domen, helikazne, C-končne in več CARD (ang. ''caspase activation and recruitment''). Vezava ustrezne mRNA na receptor sproži signalno kaskado več kinaz, kar privede v sintezo transkripcijskih faktorjev za transkripcijo genov interferonov tipa ena. Interferoni-I so signalni peptidi, ki se sprostijo iz celice in delujejo avtokrino in parakrino z vezavo na receptorje interferonov-I (IFNAR). Vezava povzroči signalno pot JAK kinaz, ki vodi v izražanje transkripcijskih faktorjev za sintezo genov, ki upočasnijo transkripcijske procese virusov v celici. Molekula RNA, ki jo prepozna RLR receptor, se konča z dvema ali tremi fosfatnimi skupinami na 5'-koncu in ne sme biti metilirana. Pravilna vezava molekule RNA na receptor povzroči premik CARD domen, ki se lahko vežejo na proteine, ki sprožijo signalno pot. Celična mRNA je metilirana in se ne more vezati na RLR. Veliko RNA virusov (z izjemo koronavirusov) nima metilirane kape, zato njihov genetski material prepoznajo RLR receptorji in sprožijo imunski odziv.

==Literatura==

1. Chen, Y., & Guo, D. (2016). Molecular mechanisms of coronavirus RNA capping and methylation. Virologica Sinica, 31(1), 3–11. https://doi.org/10.1007/s12250-016-3726-4

2. Decroly, E., Ferron, F., Lescar, J., & Canard, B. (2012). Pre-mRNA splicing Conventional and unconventional mechanisms for capping viral mRNA. Nature Reviews Microbiology, 10, 51–65. https://doi.org/10.1038/nrmicro2675

3. Ogino, T., & Banerjee, A. K. (2007). Unconventional Mechanism of mRNA Capping by the RNA-Dependent RNA Polymerase of Vesicular Stomatitis Virus. Molecular Cell, 25(1), 85–97. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2006.11.013

4. Chen, Y., Su, C., & Ke, M. (2011). Biochemical and Structural Insights into the Mechanisms of SARS Coronavirus RNA Ribose 29-O-Methylation by nsp16/nsp10 Protein Complex. PloS Pathog, 7(10). https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002294

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA

2021-05-11T18:27:40Z

Nika Perko: /* Kape pri RNA virusih */

==Uvod==
Zorenje mRNA zajema več različnih kemijskih modifikacij in med drugim tudi dodajanje kape na 5’-koncu verige. Ta proces ima pomembno vlogo pri:
*povečevanju stabilnosti verige mRNA, saj jo kapa ščiti pred napadi eksonukleaz
*izvozu verige iz jedra, saj se nanjo lažje vežejo proteini, ki omogočajo transport
*izrezovanju 5’-introna
*pospeševanju translacije, saj spodbuja vezavo iniciacijskega faktorja (eIF4E).
Če molekuli mRNA omenjena struktura manjka, se bo razgradila v citoplazmi.

==Proces dodajanja kape==

Struktura kape na 5’-koncu mRNA nastane kotranskripcijsko in preide več encimskih reakcij. Najprej encim RNA-5’-trifosfataza (TPaza) z iniciacijskega nukleotida odstrani γ-fosfat. Nato se naslednji encim RNA gvanililtransferaza (GTaza) kovalentno poveže z α-fosfatom molekule GTP. Z GTP se sprosti molekula pirofosfata (PPi) in nastane intermediatni kompleks Encim-GMP. Ta kompleks omogoči prenos molekule GMP na prej omenjeni iniciacijski nukleotid. Produkt spojitve je struktura kape na 5’-koncu mRNA. Zatem sledi metilacija gvaninskega dela kape na mestu N7, kar omogoči encim (gvanin-N7)-metiltransferaza (N7-MTaza).

Opisani proces velja za tvorbo kape-0, ki pa se lahko še nadgradi z metilacijo na mestu 2'-''O'' na riboznem delu nukleotida. Če se metilira mesto 2’-''O'' na riboznem delu prvega nukleotida (tj. naslednji nukleotid od iniciacijskega), potem taki strukturi pravimo kapa-1. Če pa se metilirata mesti 2'-''O'' na riboznem delu prvega in drugega nukleotida, taki strukturi pravimo kapa-2. Proces metilacije omogoči encim 2'-''O''-metiltransferaza (2'-''O''-MTaza). Tako encim 2'-''O''-MTaza kot N7-MTaza katalizirata prenos metilne skupine z metilnega donorja S-adenozil-L-metionina (SAM). Stranski produkt teh dveh kataliziranih reakcij je S-adenozil-L-homocistein (SAH).

Za koronavirusno mRNA se predvidevata dva možna mehanizma dodajanja kap. Prvi je konvencionalni mehanizem dodajanja kape-1, drugi pa je tak kot pri alfavirusih. Razlika med mehanizmom pri alfavirusih in konvencionalnim je le ta, da se GTP metilira na mestu N7 še preden se prenese na iniciacijski nukleotid, ki mu je bil γ-fosfat že odstranjen.

==Kape pri RNA virusih==

Virusi, ki okužijo evkariontske celice, so razvili različne strategije tvorbe kap lastnih molekul RNA. DNA virusi in retrovirusi se podvajajo v jedru in pri tvorjenju kape izkoristijo molekule gostiteljske celice. Številni virusi, ki pa se podvajajo v citoplazmi in nimajo dostopa do molekul, potrebnih za dodajanje kape, so v svoj genom vgradili zapise za lastne aparate dodajanja kap. Čeprav sta molekulska organizacija in biokemijski mehanizem tvorjenja kape v virusih različna, so si končne strukture kap podobne.

Negativno usmerjeni RNA virusi iz družin ''Bunyaviridae'' in ''Orthomyxoviridae'' so razvili edinstven ''cap-snatching'' mehanizem. Ta omogoča prevzem kap gostiteljskih molekul mRNA. Mehanizem deluje tako, da virusna od RNA odvisna RNA polimeraza (RdRp) preko podenote PB2 veže 5’-konec gostiteljske mRNA, ki že ima kapo. Virusna polimeraza RdRp pa ima tudi endonukleazno aktivnost, ki ji omogoči, da odcepi kratek del verige mRNA, na katerem je kapa. Odcepljen košček verige deluje kot primer (ang. ''primer'') za virusno polimerazo RdRp. Tako lahko poteče transkripcija virusnega zapisa, kjer je matrična veriga negativna virusna RNA. RdRp sintetizira komplementarno negativno verigo mRNA.

Za virus vezikularnega stomatitisa (VSV) predvidevajo, da se monofosforiliran 5’-konec mRNA verige veže na GDP. Proces naj bi deloval tako, da GTPazna aktivnost v RdRp povzroči nastanek GDP iz GTP. Ta GDP ostane vezan v RdRp in bo deloval kot akceptor mRNA. Med transkripcijo nascentni transkript interagira z aktivnim mestom poliribonukleotidiltransferazne domene, ki se nahaja v RdRp. Posledica interakcije je odcep PPi in nastanek 5’-monofosforiliranega konca verige mRNA, ki se še vedno drži RdRp. Aktivnost poliribonukleotidiltransferazne domene omogoči prenos verige mRNA na GDP. Tako nastane kapa na verigi mRNA. Nato se veriga enako metilira kot pri konvencionalnem mehanizmu.

==RNA trifosfataza ==

RNA trifosfataza (TPaza) je encim, ki je odgovoren za začetek postavljanja kape na 5’-konec koronavirusnega RNA. Njegova funkcija je cepiti fosfatno vez med fosfatoma β in γ prvega (iniciacijskega) nukleotida na 5’-koncu. Tako iz 5’-pppN konca nastane difosfatni 5’-ppN konec. Aktivnost encima so preverili s poskusom na kvasovkah seva YBS20 (''cet1''), ki v svojem genomu nimajo kromosomskega lokusa CET1 in so namesto njega vključili virusni gen za rast, ki vsebuje zapis za RNA TPazo. Delitev kvasovk je bila tako odvisna le od delovanja virusne TPaze. Izkazalo se je, da kvasovke ne morejo uporabljati virusnega gena zaradi različne organizacije in mehanizmov postavljanja kape.

Podobno aktivnost so opazili pri nestrukturnem proteinu nsp13. Nsp13 je povezan s helikazno aktivnostjo pri koronavirusih, in sicer deluje kot NTPaza. Ta tako kot TPaza cepi fosfatno skupino. Splošno mnenje je, da naj bi nsp13 imel tudi aktivno funkcijo v postavljanju kape, vendar njegova vloga še čaka na eksperimentalne dokaze.

==RNA gvanilil transferaza==

Odcep fosfata v prejšnji fazi predstavlja nastanek potencialnega mesta za vezavo nove molekule. Gvanilil transferaza (GTaza) je odgovorna za nastanek kovalentne vezi med 5’-koncem mRNA in GMP (pri konvencionalnem nastanku kape) oz. metiliranim GMP (pri vrsti alfavirusov). Tako nastane jedro kape (GpppN oz. m7GpppN). Podobno kot pri merjenju aktivnosti TPaze, so pregledali aktivnost GTaze na sevu kvasovk YBS2 (''ceg1''), ki nimajo kromosomskega lokusa CEG1, ki kodira GTaze kvasovk. Noben encim ni kazal GTazne aktivnosti. Dokazov za obstoj koronavirusne GTaze torej še ni.

==Gvanin-N7 metiltransferaza==

Gvanin-N7 metiltransferaza (N7-MTaza) je tretji encim, ki sodeluje pri sestavljanju kape na virusnih mRNA. Njegova funkcija je metilacija gvanilata, ki ga je GTaza dodala. Nastane tako imenovana struktura kape-0 (m7GpppN). Metilacija stabilizira strukturo kape in prepreči odcep gvanilata. Pri poskusu na kvasovkah YBS40 oz. sevom, ki nima kodiranih encimov MTaze, se je izkazalo, da nsp14 (N7-metiltransferaza in eksoribonukleaza) spodbuja rast celice in lahko prevzame funkcijo N7-MTaze. MTaza in nsp14 torej predstavljata potencialno tarčo za razvitje različnih protivirusnih zdravil.

Nsp14 je edina eksonukleaza, ki jo kodirajo RNA virusi, in lahko sodeluje pri kontrolnem branju pri prepisovanju. Poskusi kažejo, da se nsp14 nespecifično veže na mRNA in deluje kot MTaza. Nadaljnje študije kažejo, da je sposoben metiliranja različnih substratov, med katerimi so tudi GTP, dGTP in drugi analogi začetnih kap. Njegovo delovanje se poveča s prisotnostjo kofaktorja nsp10, s katerim tvori kompleks v stehiometriji 1:1, medtem ko prisotnost nsp16 ne vpliva na njegovo delovanje. Eksonukleazno domeno nsp14 predstavlja prvih 287 aminokislin, ki tvorijo katalitični motiv DEEDh. N7-MTazna domena je sestavljena iz β struktur in motivom cinkovega prsta, ki pa ni potreben za aktivnost encima. Na to domeno se veže molekula SAM, ki omogoči metilacijo.

==Riboza 2’-''O''- metiltransferaza==

Zadnji korak v nastanku kape je metiliranje strukture kape-0 na 2’-O prvega in drugega nukleotida mRNA molekule. Metilacija prvega nukleotida da strukturo kape-1, metilacija obeh pa strukturo kape-2. Metilacija je ključnega pomena pri izogibanju imunskega odziva na tujo virusno RNA. Reakcijo metiliranja opravlja encim riboza 2’-''O''- metiltransferaza. Pri koronavirusih jo sestavljata dva nestrukturna proteina, nsp16 (2’-''O''-metiltransferaza) in nsp10 (kofaktor 2’-''O''-metiltransferaze). Nsp16 vsebuje vezavno mesto za S-adenozil-L-metionin (SAM), ki je donor metilne skupine, nsp10 pa sodeluje pri nastanku aktivnega mesta in stabilizaciji verige mRNA. Za potek reakcije je nujno potrebna tvorba kompleksa teh dveh nestrukturnih proteinov. Substrat kompleksa je s cap-0 zaključena struktura mRNA molekule. Kompleks kaže največjo aktivnost, če je substrat z adeninom zaključena RNA molekula (m7-GpppA-RNA) in nižjo aktivnost ob prisotnosti RNA z gvaninom kot iniciacijskim nukleotidom. Veriga RNA mora biti dovolj dolga, da se lahko ugodno veže na kompleks encima; na kapo-0 vezan le en nukleotid ne sproži reakcije.

==Detekcija tuje RNA v celicah==

Vsak virus v svojem življenjskem ciklu sprosti svoj genetski material v notranjost celice gostitelja, zato so organizmi razvili različne načine za detekcijo tujega dednega materiala v svojih celicah. Tuje RNA molekule zaznavajo receptorji družine RLR (ang. ''RIG-I like receptors''), ki obsega citosolne proteine RIG-I, MDA5 in LGP2. RLR receptorji so zgrajeni iz več domen, helikazne, C-končne in več CARD (ang. ''caspase activation and recruitment''). Vezava ustrezne mRNA na receptor sproži signalno kaskado več kinaz, kar privede v sintezo transkripcijskih faktorjev za transkripcijo genov interferonov tipa ena. Interferoni-I so signalni peptidi, ki se sprostijo iz celice in delujejo avtokrino in parakrino z vezavo na receptorje interferonov-I (IFNAR). Vezava povzroči signalno pot JAK kinaz, ki vodi v izražanje transkripcijskih faktorjev za sintezo genov, ki upočasnijo transkripcijske procese virusov v celici. Molekula RNA, ki jo prepozna RLR receptor, se konča z dvema ali tremi fosfatnimi skupinami na 5'-koncu in ne sme biti metilirana. Pravilna vezava molekule RNA na receptor povzroči premik CARD domen, ki se lahko vežejo na proteine, ki sprožijo signalno pot. Celična mRNA je metilirana in se ne more vezati na RLR. Veliko RNA virusov (z izjemo koronavirusov) nima metilirane kape, zato njihov genetski material prepoznajo RLR receptorji in sprožijo imunski odziv.

==Literatura==

1. Chen, Y., & Guo, D. (2016). Molecular mechanisms of coronavirus RNA capping and methylation. Virologica Sinica, 31(1), 3–11. https://doi.org/10.1007/s12250-016-3726-4

2. Decroly, E., Ferron, F., Lescar, J., & Canard, B. (2012). Pre-mRNA splicing Conventional and unconventional mechanisms for capping viral mRNA. Nature Reviews Microbiology, 10, 51–65. https://doi.org/10.1038/nrmicro2675

3. Ogino, T., & Banerjee, A. K. (2007). Unconventional Mechanism of mRNA Capping by the RNA-Dependent RNA Polymerase of Vesicular Stomatitis Virus. Molecular Cell, 25(1), 85–97. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2006.11.013

4. Chen, Y., Su, C., & Ke, M. (2011). Biochemical and Structural Insights into the Mechanisms of SARS Coronavirus RNA Ribose 29-O-Methylation by nsp16/nsp10 Protein Complex. PloS Pathog, 7(10). https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002294

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA

2021-05-11T18:27:17Z

Nika Perko: /* Kape pri RNA virusih */

==Uvod==
Zorenje mRNA zajema več različnih kemijskih modifikacij in med drugim tudi dodajanje kape na 5’-koncu verige. Ta proces ima pomembno vlogo pri:
*povečevanju stabilnosti verige mRNA, saj jo kapa ščiti pred napadi eksonukleaz
*izvozu verige iz jedra, saj se nanjo lažje vežejo proteini, ki omogočajo transport
*izrezovanju 5’-introna
*pospeševanju translacije, saj spodbuja vezavo iniciacijskega faktorja (eIF4E).
Če molekuli mRNA omenjena struktura manjka, se bo razgradila v citoplazmi.

==Proces dodajanja kape==

Struktura kape na 5’-koncu mRNA nastane kotranskripcijsko in preide več encimskih reakcij. Najprej encim RNA-5’-trifosfataza (TPaza) z iniciacijskega nukleotida odstrani γ-fosfat. Nato se naslednji encim RNA gvanililtransferaza (GTaza) kovalentno poveže z α-fosfatom molekule GTP. Z GTP se sprosti molekula pirofosfata (PPi) in nastane intermediatni kompleks Encim-GMP. Ta kompleks omogoči prenos molekule GMP na prej omenjeni iniciacijski nukleotid. Produkt spojitve je struktura kape na 5’-koncu mRNA. Zatem sledi metilacija gvaninskega dela kape na mestu N7, kar omogoči encim (gvanin-N7)-metiltransferaza (N7-MTaza).

Opisani proces velja za tvorbo kape-0, ki pa se lahko še nadgradi z metilacijo na mestu 2'-''O'' na riboznem delu nukleotida. Če se metilira mesto 2’-''O'' na riboznem delu prvega nukleotida (tj. naslednji nukleotid od iniciacijskega), potem taki strukturi pravimo kapa-1. Če pa se metilirata mesti 2'-''O'' na riboznem delu prvega in drugega nukleotida, taki strukturi pravimo kapa-2. Proces metilacije omogoči encim 2'-''O''-metiltransferaza (2'-''O''-MTaza). Tako encim 2'-''O''-MTaza kot N7-MTaza katalizirata prenos metilne skupine z metilnega donorja S-adenozil-L-metionina (SAM). Stranski produkt teh dveh kataliziranih reakcij je S-adenozil-L-homocistein (SAH).

Za koronavirusno mRNA se predvidevata dva možna mehanizma dodajanja kap. Prvi je konvencionalni mehanizem dodajanja kape-1, drugi pa je tak kot pri alfavirusih. Razlika med mehanizmom pri alfavirusih in konvencionalnim je le ta, da se GTP metilira na mestu N7 še preden se prenese na iniciacijski nukleotid, ki mu je bil γ-fosfat že odstranjen.

==Kape pri RNA virusih==

Virusi, ki okužijo evkariontske celice, so razvili različne strategije tvorbe kap lastnih molekul RNA. DNA virusi in retrovirusi se podvajajo v jedru in pri tvorjenju kape izkoristijo molekule gostiteljske celice. Številni virusi, ki pa se podvajajo v citoplazmi in nimajo dostopa do molekul, potrebnih za dodajanje kape, so v svoj genom vgradili zapise za lastne aparate dodajanja kap. Čeprav sta molekulska organizacija in biokemijski mehanizem tvorjenja kape v virusih različna, so si končne strukture kap podobne.

Negativno usmerjeni RNA virusi iz družin ''Bunyaviridae'' in ''Orthomyxoviridae'' so razvili edinstven ''cap-snatching'' mehanizem. Ta omogoča prevzem kap gostiteljskih molekul mRNA. Mehanizem deluje tako, da virusna od RNA odvisna RNA polimeraza (RdRp) preko podenote PB2 veže 5’-konec gostiteljske mRNA, ki že ima kapo. Virusna polimeraza RdRp pa ima tudi endonukleazno aktivnost, ki ji omogoči, da odcepi kratek del verige mRNA, na katerem je kapa. Odcepljen košček verige deluje kot primer (ang. ''primer'') za virusno polimerazo RdRp. Tako lahko poteče transkripcija virusnega zapisa, kjer je matrična veriga negativna virusna RNA. RdRp sintetizira komplementarno negativno verigo mRNA.

Razlika med mehanizmom pri alfavirusih in konvencionalnim mehanizmom je ta, da se GTP metilira na mestu N7 še preden se prenese na iniciacijski nukleotid, ki mu je bil γ-fosfat že odstranjen.

Za virus vezikularnega stomatitisa (VSV) predvidevajo, da se monofosforiliran 5’-konec mRNA verige veže na GDP. Proces naj bi deloval tako, da GTPazna aktivnost v RdRp povzroči nastanek GDP iz GTP. Ta GDP ostane vezan v RdRp in bo deloval kot akceptor mRNA. Med transkripcijo nascentni transkript interagira z aktivnim mestom poliribonukleotidiltransferazne domene, ki se nahaja v RdRp. Posledica interakcije je odcep PPi in nastanek 5’-monofosforiliranega konca verige mRNA, ki se še vedno drži RdRp. Aktivnost poliribonukleotidiltransferazne domene omogoči prenos verige mRNA na GDP. Tako nastane kapa na verigi mRNA. Nato se veriga enako metilira kot pri konvencionalnem mehanizmu.

==RNA trifosfataza ==

RNA trifosfataza (TPaza) je encim, ki je odgovoren za začetek postavljanja kape na 5’-konec koronavirusnega RNA. Njegova funkcija je cepiti fosfatno vez med fosfatoma β in γ prvega (iniciacijskega) nukleotida na 5’-koncu. Tako iz 5’-pppN konca nastane difosfatni 5’-ppN konec. Aktivnost encima so preverili s poskusom na kvasovkah seva YBS20 (''cet1''), ki v svojem genomu nimajo kromosomskega lokusa CET1 in so namesto njega vključili virusni gen za rast, ki vsebuje zapis za RNA TPazo. Delitev kvasovk je bila tako odvisna le od delovanja virusne TPaze. Izkazalo se je, da kvasovke ne morejo uporabljati virusnega gena zaradi različne organizacije in mehanizmov postavljanja kape.

Podobno aktivnost so opazili pri nestrukturnem proteinu nsp13. Nsp13 je povezan s helikazno aktivnostjo pri koronavirusih, in sicer deluje kot NTPaza. Ta tako kot TPaza cepi fosfatno skupino. Splošno mnenje je, da naj bi nsp13 imel tudi aktivno funkcijo v postavljanju kape, vendar njegova vloga še čaka na eksperimentalne dokaze.

==RNA gvanilil transferaza==

Odcep fosfata v prejšnji fazi predstavlja nastanek potencialnega mesta za vezavo nove molekule. Gvanilil transferaza (GTaza) je odgovorna za nastanek kovalentne vezi med 5’-koncem mRNA in GMP (pri konvencionalnem nastanku kape) oz. metiliranim GMP (pri vrsti alfavirusov). Tako nastane jedro kape (GpppN oz. m7GpppN). Podobno kot pri merjenju aktivnosti TPaze, so pregledali aktivnost GTaze na sevu kvasovk YBS2 (''ceg1''), ki nimajo kromosomskega lokusa CEG1, ki kodira GTaze kvasovk. Noben encim ni kazal GTazne aktivnosti. Dokazov za obstoj koronavirusne GTaze torej še ni.

==Gvanin-N7 metiltransferaza==

Gvanin-N7 metiltransferaza (N7-MTaza) je tretji encim, ki sodeluje pri sestavljanju kape na virusnih mRNA. Njegova funkcija je metilacija gvanilata, ki ga je GTaza dodala. Nastane tako imenovana struktura kape-0 (m7GpppN). Metilacija stabilizira strukturo kape in prepreči odcep gvanilata. Pri poskusu na kvasovkah YBS40 oz. sevom, ki nima kodiranih encimov MTaze, se je izkazalo, da nsp14 (N7-metiltransferaza in eksoribonukleaza) spodbuja rast celice in lahko prevzame funkcijo N7-MTaze. MTaza in nsp14 torej predstavljata potencialno tarčo za razvitje različnih protivirusnih zdravil.

Nsp14 je edina eksonukleaza, ki jo kodirajo RNA virusi, in lahko sodeluje pri kontrolnem branju pri prepisovanju. Poskusi kažejo, da se nsp14 nespecifično veže na mRNA in deluje kot MTaza. Nadaljnje študije kažejo, da je sposoben metiliranja različnih substratov, med katerimi so tudi GTP, dGTP in drugi analogi začetnih kap. Njegovo delovanje se poveča s prisotnostjo kofaktorja nsp10, s katerim tvori kompleks v stehiometriji 1:1, medtem ko prisotnost nsp16 ne vpliva na njegovo delovanje. Eksonukleazno domeno nsp14 predstavlja prvih 287 aminokislin, ki tvorijo katalitični motiv DEEDh. N7-MTazna domena je sestavljena iz β struktur in motivom cinkovega prsta, ki pa ni potreben za aktivnost encima. Na to domeno se veže molekula SAM, ki omogoči metilacijo.

==Riboza 2’-''O''- metiltransferaza==

Zadnji korak v nastanku kape je metiliranje strukture kape-0 na 2’-O prvega in drugega nukleotida mRNA molekule. Metilacija prvega nukleotida da strukturo kape-1, metilacija obeh pa strukturo kape-2. Metilacija je ključnega pomena pri izogibanju imunskega odziva na tujo virusno RNA. Reakcijo metiliranja opravlja encim riboza 2’-''O''- metiltransferaza. Pri koronavirusih jo sestavljata dva nestrukturna proteina, nsp16 (2’-''O''-metiltransferaza) in nsp10 (kofaktor 2’-''O''-metiltransferaze). Nsp16 vsebuje vezavno mesto za S-adenozil-L-metionin (SAM), ki je donor metilne skupine, nsp10 pa sodeluje pri nastanku aktivnega mesta in stabilizaciji verige mRNA. Za potek reakcije je nujno potrebna tvorba kompleksa teh dveh nestrukturnih proteinov. Substrat kompleksa je s cap-0 zaključena struktura mRNA molekule. Kompleks kaže največjo aktivnost, če je substrat z adeninom zaključena RNA molekula (m7-GpppA-RNA) in nižjo aktivnost ob prisotnosti RNA z gvaninom kot iniciacijskim nukleotidom. Veriga RNA mora biti dovolj dolga, da se lahko ugodno veže na kompleks encima; na kapo-0 vezan le en nukleotid ne sproži reakcije.

==Detekcija tuje RNA v celicah==

Vsak virus v svojem življenjskem ciklu sprosti svoj genetski material v notranjost celice gostitelja, zato so organizmi razvili različne načine za detekcijo tujega dednega materiala v svojih celicah. Tuje RNA molekule zaznavajo receptorji družine RLR (ang. ''RIG-I like receptors''), ki obsega citosolne proteine RIG-I, MDA5 in LGP2. RLR receptorji so zgrajeni iz več domen, helikazne, C-končne in več CARD (ang. ''caspase activation and recruitment''). Vezava ustrezne mRNA na receptor sproži signalno kaskado več kinaz, kar privede v sintezo transkripcijskih faktorjev za transkripcijo genov interferonov tipa ena. Interferoni-I so signalni peptidi, ki se sprostijo iz celice in delujejo avtokrino in parakrino z vezavo na receptorje interferonov-I (IFNAR). Vezava povzroči signalno pot JAK kinaz, ki vodi v izražanje transkripcijskih faktorjev za sintezo genov, ki upočasnijo transkripcijske procese virusov v celici. Molekula RNA, ki jo prepozna RLR receptor, se konča z dvema ali tremi fosfatnimi skupinami na 5'-koncu in ne sme biti metilirana. Pravilna vezava molekule RNA na receptor povzroči premik CARD domen, ki se lahko vežejo na proteine, ki sprožijo signalno pot. Celična mRNA je metilirana in se ne more vezati na RLR. Veliko RNA virusov (z izjemo koronavirusov) nima metilirane kape, zato njihov genetski material prepoznajo RLR receptorji in sprožijo imunski odziv.

==Literatura==

1. Chen, Y., & Guo, D. (2016). Molecular mechanisms of coronavirus RNA capping and methylation. Virologica Sinica, 31(1), 3–11. https://doi.org/10.1007/s12250-016-3726-4

2. Decroly, E., Ferron, F., Lescar, J., & Canard, B. (2012). Pre-mRNA splicing Conventional and unconventional mechanisms for capping viral mRNA. Nature Reviews Microbiology, 10, 51–65. https://doi.org/10.1038/nrmicro2675

3. Ogino, T., & Banerjee, A. K. (2007). Unconventional Mechanism of mRNA Capping by the RNA-Dependent RNA Polymerase of Vesicular Stomatitis Virus. Molecular Cell, 25(1), 85–97. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2006.11.013

4. Chen, Y., Su, C., & Ke, M. (2011). Biochemical and Structural Insights into the Mechanisms of SARS Coronavirus RNA Ribose 29-O-Methylation by nsp16/nsp10 Protein Complex. PloS Pathog, 7(10). https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002294

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA

2021-05-11T17:58:02Z

Nika Perko: /* Proces dodajanja kape */

==Uvod==
Zorenje mRNA zajema več različnih kemijskih modifikacij in med drugim tudi dodajanje kape na 5’-koncu verige. Ta proces ima pomembno vlogo pri:
*povečevanju stabilnosti verige mRNA, saj jo kapa ščiti pred napadi eksonukleaz
*izvozu verige iz jedra, saj se nanjo lažje vežejo proteini, ki omogočajo transport
*izrezovanju 5’-introna
*pospeševanju translacije, saj spodbuja vezavo iniciacijskega faktorja (eIF4E).
Če molekuli mRNA omenjena struktura manjka, se bo razgradila v citoplazmi.

==Proces dodajanja kape==

Struktura kape na 5’-koncu mRNA nastane kotranskripcijsko in preide več encimskih reakcij. Najprej encim RNA-5’-trifosfataza (TPaza) z iniciacijskega nukleotida odstrani γ-fosfat. Nato se naslednji encim RNA gvanililtransferaza (GTaza) kovalentno poveže z α-fosfatom molekule GTP. Z GTP se sprosti molekula pirofosfata (PPi) in nastane intermediatni kompleks Encim-GMP. Ta kompleks omogoči prenos molekule GMP na prej omenjeni iniciacijski nukleotid. Produkt spojitve je struktura kape na 5’-koncu mRNA. Zatem sledi metilacija gvaninskega dela kape na mestu N7, kar omogoči encim (gvanin-N7)-metiltransferaza (N7-MTaza).

Opisani proces velja za tvorbo kape-0, ki pa se lahko še nadgradi z metilacijo na mestu 2'-''O'' na riboznem delu nukleotida. Če se metilira mesto 2’-''O'' na riboznem delu prvega nukleotida (tj. naslednji nukleotid od iniciacijskega), potem taki strukturi pravimo kapa-1. Če pa se metilirata mesti 2'-''O'' na riboznem delu prvega in drugega nukleotida, taki strukturi pravimo kapa-2. Proces metilacije omogoči encim 2'-''O''-metiltransferaza (2'-''O''-MTaza). Tako encim 2'-''O''-MTaza kot N7-MTaza katalizirata prenos metilne skupine z metilnega donorja S-adenozil-L-metionina (SAM). Stranski produkt teh dveh kataliziranih reakcij je S-adenozil-L-homocistein (SAH).

Za koronavirusno mRNA se predvidevata dva možna mehanizma dodajanja kap. Prvi je konvencionalni mehanizem dodajanja kape-1, drugi pa je tak kot pri alfavirusih. Razlika med mehanizmom pri alfavirusih in konvencionalnim je le ta, da se GTP metilira na mestu N7 še preden se prenese na iniciacijski nukleotid, ki mu je bil γ-fosfat že odstranjen.

==Kape pri RNA virusih==

Virusi, ki okužijo evkariontske celice, so razvili različne strategije tvorbe kap lastnih molekul mRNA. DNA virusi in retrovirusi se podvajajo v jedru in pri tvorjenju kape-0 izkoristijo molekule gostiteljske celice. Številni virusi, ki se podvajajo v citoplazmi in nimajo dostopa do molekul, potrebnih za dodajanje kape, so v svoj genom vgradili zapise za lastne aparate dodajanja kap. Čeprav sta molekulska organizacija in biokemijski mehanizem tvorjenja kape v virusih različna, so si končne strukture kap podobne.

Negativno usmerjeni RNA virusi iz družin ''Bunyaviridae'' in ''Orthomyxoviridae'' so razvili edinstven ''cap-snatching'' mehanizem. Ta omogoča prevzem kap gostiteljskih molekul mRNA. Mehanizem deluje tako, da virusna od RNA odvisna RNA polimeraza (RdRp) preko podenote PB2 veže 5’-konec gostiteljske mRNA, ki že ima kapo. Polimeraza RdRp pa ima tudi endonukleazno aktivnost, ki ji omogoči, da odcepi kratek del verige mRNA, na katerem je kapa. Odcepljen košček verige, ki na 5'-koncu vsebuje kapo, deluje kot primer (ang. ''primer'') za virusno polimerazo RdRp. Tako lahko poteče transkripcija virusnega zapisa, kjer je matrična veriga negativna virusna RNA. RdRp sintetizira komplementarno negativno verigo.

Razlika med mehanizmom pri alfavirusih in konvencionalnim mehanizmom je ta, da se GTP metilira na mestu N7 še preden se prenese na iniciacijski nukleotid, ki mu je bil γ-fosfat že odstranjen.

Za virus vezikularnega stomatitisa (VSV) predvidevajo, da se monofosforiliran 5’-konec mRNA verige veže na GDP. Proces naj bi deloval tako, da GTPazna aktivnost v RdRp povzroči nastanek GDP iz GTP. Ta GDP ostane vezan v RdRp in bo deloval kot akceptor mRNA. Med transkripcijo nascentni transkript interagira z aktivnim mestom poliribonukleotidiltransferazne domene, ki se nahaja v RdRp. Posledica interakcije je odcep PPi in nastanek 5’-monofosforiliranega konca verige mRNA, ki se še vedno drži RdRp. Aktivnost poliribonukleotidiltransferazne domene omogoči prenos verige mRNA na GDP. Tako nastane kapa na verigi mRNA. Nato se veriga enako metilira kot pri konvencionalnem mehanizmu.

==RNA trifosfataza ==

RNA trifosfataza (TPaza) je encim, ki je odgovoren za začetek postavljanja kape na 5’-konec koronavirusnega RNA. Njegova funkcija je cepiti fosfatno vez med fosfatoma β in γ prvega (iniciacijskega) nukleotida na 5’-koncu. Tako iz 5’-pppN konca nastane difosfatni 5’-ppN konec. Aktivnost encima so preverili s poskusom na kvasovkah seva YBS20 (''cet1''), ki v svojem genomu nimajo kromosomskega lokusa CET1 in so namesto njega vključili virusni gen za rast, ki vsebuje zapis za RNA TPazo. Delitev kvasovk je bila tako odvisna le od delovanja virusne TPaze. Izkazalo se je, da kvasovke ne morejo uporabljati virusnega gena zaradi različne organizacije in mehanizmov postavljanja kape.

Podobno aktivnost so opazili pri nestrukturnem proteinu nsp13. Nsp13 je povezan s helikazno aktivnostjo pri koronavirusih, in sicer deluje kot NTPaza. Ta tako kot TPaza cepi fosfatno skupino. Splošno mnenje je, da naj bi nsp13 imel tudi aktivno funkcijo v postavljanju kape, vendar njegova vloga še čaka na eksperimentalne dokaze.

==RNA gvanilil transferaza==

Odcep fosfata v prejšnji fazi predstavlja nastanek potencialnega mesta za vezavo nove molekule. Gvanilil transferaza (GTaza) je odgovorna za nastanek kovalentne vezi med 5’-koncem mRNA in GMP (pri konvencionalnem nastanku kape) oz. metiliranim GMP (pri vrsti alfavirusov). Tako nastane jedro kape (GpppN oz. m7GpppN). Podobno kot pri merjenju aktivnosti TPaze, so pregledali aktivnost GTaze na sevu kvasovk YBS2 (''ceg1''), ki nimajo kromosomskega lokusa CEG1, ki kodira GTaze kvasovk. Noben encim ni kazal GTazne aktivnosti. Dokazov za obstoj koronavirusne GTaze torej še ni.

==Gvanin-N7 metiltransferaza==

Gvanin-N7 metiltransferaza (N7-MTaza) je tretji encim, ki sodeluje pri sestavljanju kape na virusnih mRNA. Njegova funkcija je metilacija gvanilata, ki ga je GTaza dodala. Nastane tako imenovana struktura kape-0 (m7GpppN). Metilacija stabilizira strukturo kape in prepreči odcep gvanilata. Pri poskusu na kvasovkah YBS40 oz. sevom, ki nima kodiranih encimov MTaze, se je izkazalo, da nsp14 (N7-metiltransferaza in eksoribonukleaza) spodbuja rast celice in lahko prevzame funkcijo N7-MTaze. MTaza in nsp14 torej predstavljata potencialno tarčo za razvitje različnih protivirusnih zdravil.

Nsp14 je edina eksonukleaza, ki jo kodirajo RNA virusi, in lahko sodeluje pri kontrolnem branju pri prepisovanju. Poskusi kažejo, da se nsp14 nespecifično veže na mRNA in deluje kot MTaza. Nadaljnje študije kažejo, da je sposoben metiliranja različnih substratov, med katerimi so tudi GTP, dGTP in drugi analogi začetnih kap. Njegovo delovanje se poveča s prisotnostjo kofaktorja nsp10, s katerim tvori kompleks v stehiometriji 1:1, medtem ko prisotnost nsp16 ne vpliva na njegovo delovanje. Eksonukleazno domeno nsp14 predstavlja prvih 287 aminokislin, ki tvorijo katalitični motiv DEEDh. N7-MTazna domena je sestavljena iz β struktur in motivom cinkovega prsta, ki pa ni potreben za aktivnost encima. Na to domeno se veže molekula SAM, ki omogoči metilacijo.

==Riboza 2’-''O''- metiltransferaza==

Zadnji korak v nastanku kape je metiliranje strukture kape-0 na 2’-O prvega in drugega nukleotida mRNA molekule. Metilacija prvega nukleotida da strukturo kape-1, metilacija obeh pa strukturo kape-2. Metilacija je ključnega pomena pri izogibanju imunskega odziva na tujo virusno RNA. Reakcijo metiliranja opravlja encim riboza 2’-''O''- metiltransferaza. Pri koronavirusih jo sestavljata dva nestrukturna proteina, nsp16 (2’-''O''-metiltransferaza) in nsp10 (kofaktor 2’-''O''-metiltransferaze). Nsp16 vsebuje vezavno mesto za S-adenozil-L-metionin (SAM), ki je donor metilne skupine, nsp10 pa sodeluje pri nastanku aktivnega mesta in stabilizaciji verige mRNA. Za potek reakcije je nujno potrebna tvorba kompleksa teh dveh nestrukturnih proteinov. Substrat kompleksa je s cap-0 zaključena struktura mRNA molekule. Kompleks kaže največjo aktivnost, če je substrat z adeninom zaključena RNA molekula (m7-GpppA-RNA) in nižjo aktivnost ob prisotnosti RNA z gvaninom kot iniciacijskim nukleotidom. Veriga RNA mora biti dovolj dolga, da se lahko ugodno veže na kompleks encima; na kapo-0 vezan le en nukleotid ne sproži reakcije.

==Detekcija tuje RNA v celicah==

Vsak virus v svojem življenjskem ciklu sprosti svoj genetski material v notranjost celice gostitelja, zato so organizmi razvili različne načine za detekcijo tujega dednega materiala v svojih celicah. Tuje RNA molekule zaznavajo receptorji družine RLR (ang. ''RIG-I like receptors''), ki obsega citosolne proteine RIG-I, MDA5 in LGP2. RLR receptorji so zgrajeni iz več domen, helikazne, C-končne in več CARD (ang. ''caspase activation and recruitment''). Vezava ustrezne mRNA na receptor sproži signalno kaskado več kinaz, kar privede v sintezo transkripcijskih faktorjev za transkripcijo genov interferonov tipa ena. Interferoni-I so signalni peptidi, ki se sprostijo iz celice in delujejo avtokrino in parakrino z vezavo na receptorje interferonov-I (IFNAR). Vezava povzroči signalno pot JAK kinaz, ki vodi v izražanje transkripcijskih faktorjev za sintezo genov, ki upočasnijo transkripcijske procese virusov v celici. Molekula RNA, ki jo prepozna RLR receptor, se konča z dvema ali tremi fosfatnimi skupinami na 5'-koncu in ne sme biti metilirana. Pravilna vezava molekule RNA na receptor povzroči premik CARD domen, ki se lahko vežejo na proteine, ki sprožijo signalno pot. Celična mRNA je metilirana in se ne more vezati na RLR. Veliko RNA virusov (z izjemo koronavirusov) nima metilirane kape, zato njihov genetski material prepoznajo RLR receptorji in sprožijo imunski odziv.

==Literatura==

1. Chen, Y., & Guo, D. (2016). Molecular mechanisms of coronavirus RNA capping and methylation. Virologica Sinica, 31(1), 3–11. https://doi.org/10.1007/s12250-016-3726-4

2. Decroly, E., Ferron, F., Lescar, J., & Canard, B. (2012). Pre-mRNA splicing Conventional and unconventional mechanisms for capping viral mRNA. Nature Reviews Microbiology, 10, 51–65. https://doi.org/10.1038/nrmicro2675

3. Ogino, T., & Banerjee, A. K. (2007). Unconventional Mechanism of mRNA Capping by the RNA-Dependent RNA Polymerase of Vesicular Stomatitis Virus. Molecular Cell, 25(1), 85–97. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2006.11.013

4. Chen, Y., Su, C., & Ke, M. (2011). Biochemical and Structural Insights into the Mechanisms of SARS Coronavirus RNA Ribose 29-O-Methylation by nsp16/nsp10 Protein Complex. PloS Pathog, 7(10). https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002294

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Molekularna biologija koronavirusov

2021-03-26T09:32:08Z

Nika Perko:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2020/21 obravnavajo sorazmerno ozko področje koronavirusov, kar je glede na pandemijo virusa SARS-CoV-2 zelo aktualna tema. Za seminarje sem določil 15 ožjih področij, ki temeljijo na vsaj enem preglednem članku, objavljenem od leta 2015 naprej. Ti članki naj vam bodo izhodišče za pripravo, dopolnite pa jih z novejšimi podatki, predvsem glede povzročitelja bolezni kovid-19.

Vsako poglavje obdelajo praviloma trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja v obsegu 1200-1500 besed in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.

Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-22 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! Glede vsebine predstavitve se posvetujte s kolegi, ki bodo predstavljali sorodna poglavja, tako da bo čim manj prekrivanj.

Seminarji se bodo začeli 4.5.2021 po razporedu, ki bo objavljen v spletni učilnici.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Odgovori na vprašanja iz snovi seminarjev predstavljajo ~10 % končnih točk izpita (2-3 vprašanja od ~30).

Poglavja za seminarje so:
# Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/)
# Molekularni vidiki koronavirusov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32661197/)
# Način pakiranja RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31505321/)
# Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25736566/)
# Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31967327/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32833200/)
# Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26958916/)
# Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28643204/)
# Natančnost replikacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21593585/)
# Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26847650/) (Nika Perko, Gregor Strniša, Nika Tomsič)
# Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22535777/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712623/)
# Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27384577/)
# RNA-elementi s cis-regulacijsko aktivnostjo pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712622/)
# Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25432065/)
# Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29307596/)
# Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32272173/)

Molekularna biologija koronavirusov

2021-03-26T09:31:29Z

Nika Perko:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2020/21 obravnavajo sorazmerno ozko področje koronavirusov, kar je glede na pandemijo virusa SARS-CoV-2 zelo aktualna tema. Za seminarje sem določil 15 ožjih področij, ki temeljijo na vsaj enem preglednem članku, objavljenem od leta 2015 naprej. Ti članki naj vam bodo izhodišče za pripravo, dopolnite pa jih z novejšimi podatki, predvsem glede povzročitelja bolezni kovid-19.

Vsako poglavje obdelajo praviloma trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja v obsegu 1200-1500 besed in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.

Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-22 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! Glede vsebine predstavitve se posvetujte s kolegi, ki bodo predstavljali sorodna poglavja, tako da bo čim manj prekrivanj.

Seminarji se bodo začeli 4.5.2021 po razporedu, ki bo objavljen v spletni učilnici.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Odgovori na vprašanja iz snovi seminarjev predstavljajo ~10 % končnih točk izpita (2-3 vprašanja od ~30).

Poglavja za seminarje so:
# Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/)
# Molekularni vidiki koronavirusov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32661197/)
# Način pakiranja RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31505321/)
# Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25736566/)
# Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31967327/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32833200/)
# Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26958916/)
# Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28643204/)
# Natančnost replikacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21593585/)
# Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26847650/) (Nika Perko)
# Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22535777/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712623/)
# Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27384577/)
# RNA-elementi s cis-regulacijsko aktivnostjo pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712622/)
# Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25432065/)
# Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29307596/)
# Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32272173/)

Molekularna biologija koronavirusov

2021-03-26T09:31:13Z

Nika Perko:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2020/21 obravnavajo sorazmerno ozko področje koronavirusov, kar je glede na pandemijo virusa SARS-CoV-2 zelo aktualna tema. Za seminarje sem določil 15 ožjih področij, ki temeljijo na vsaj enem preglednem članku, objavljenem od leta 2015 naprej. Ti članki naj vam bodo izhodišče za pripravo, dopolnite pa jih z novejšimi podatki, predvsem glede povzročitelja bolezni kovid-19.

Vsako poglavje obdelajo praviloma trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja v obsegu 1200-1500 besed in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.

Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-22 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! Glede vsebine predstavitve se posvetujte s kolegi, ki bodo predstavljali sorodna poglavja, tako da bo čim manj prekrivanj.

Seminarji se bodo začeli 4.5.2021 po razporedu, ki bo objavljen v spletni učilnici.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Odgovori na vprašanja iz snovi seminarjev predstavljajo ~10 % končnih točk izpita (2-3 vprašanja od ~30).

Poglavja za seminarje so:
# Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/)
# Molekularni vidiki koronavirusov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32661197/)
# Način pakiranja RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31505321/)
# Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25736566/)
# Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31967327/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32833200/)
# Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26958916/)
# Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28643204/)
# Natančnost replikacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21593585/)
# Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26847650/)(Nika Perko)
# Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22535777/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712623/)
# Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27384577/)
# RNA-elementi s cis-regulacijsko aktivnostjo pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712622/)
# Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25432065/)
# Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29307596/)
# Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32272173/)

BIO2 Povzetki seminarjev 2020

2020-11-30T11:15:59Z

Nika Perko: /* Nika Perko - Encim karbamoil fosfat sintetaza 1 */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 =

==Jan Bregar - Protein retinoblastoma==

Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.

==Ajda Beltram - Struktura in dinamika signalnih komplekov GPCR==

Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov ali pa preko fosforilacije receptorja s kinazo GRK in arestinov. Vendar ti proteini ne obstajajo le v aktivirani ali neaktivirani obliki, pač pa imajo veliko konformacijskih stanj, ki vsaka sproži svojo signalno pot. Mene je zanimala podrobna razlaga konformacijskih sprememb, ki se zgodijo med prenosom signala. Za aktivacijo G-proteinov je potrebna zamenjava GDP z GTP, kjer igra ključno vlogo razcep domen podenote α G-proteina in destabilizacija vezavnega mesta za nukleotid na Ras-domeni podenote α, kar so posledice konformacijskih sprememb, ki jih povzroči vezava na receptor. Različni ligandi, ki se vežejo na receptorje, pa lahko vplivajo tudi na afiniteto G-proteina do GDP. Kompleksi receptor-G-protein, ki nastanejo z vezavo popolnih agonistov, imajo manjšo afiniteto do GDP, kot tisti, ki so nastali z vezavo delnih agonistov. Pri arestinih pa so prav tako prišli do novega spoznanja. Aktivacija arestinov je večinoma prikazana kot proces iz dveh delov in sicer vezave na fosforiliran C-rep receptorja in nato vezave na jedro receptorja, vendar pa so odkrili, da lahko obe vezavi posebej aktivirata arestin. To nakazuje na to, da verjetno obstaja veliko različnih kompleksov arestina in receptorja, ki regulirajo vsak svojo signalno pot.

==Anja Moškrič - Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmitorjev==

Signalizacija živčnih celic med drugim poteka s prenosom nevrotransmitorjev preko sinaps. Pri kemični sinapsi gre za pretvarjanje električnih impulzov v eksocitotsko sprostitev nevrotransmitorja (npr. glutamat, GABA, epinefrin, norepinefrin). Pri pretvarjanju signala imajo ključno vlogo napetostno uravnavani kalcijevi ionski kanalčki (Cav), v presinaptičnem predelu. Ti, kot odgovor na depolarizacijo nevrona, usmerjajo kalcijeve ione v notranjost celice in posledično sprožijo fuzijo mešička (z nevrotransmitorjem) s presinaptično membrano. Zgrajeni so iz več podenot, od teh je glavna α1, ki tvori poro za pretok ionov. Podenoti α2δ in β pa regulirata lastnosti. Kanalčke glede na obliko glavne podenote klasificiramo v 3 večje skupine: Cav1, Cav2 in Cav3. V večini sinaps so prisotni kanalčki iz družine Cav2. Da eksocitoza lahko poteče hitro in učinkovito, morajo biti Cav locirani znotraj aktivne regije presinaptične membrane, v bližini mesta eksocitoze. Slednjo kalcijevi kanalčki regulirajo preko različnih proteinov. Pomembnejši predstavnik je družina proteinov RIM (z rab3 vezavne molekule). Ti se na kanalček vežejo z RIM vezavnimi proteini (RBP). Z njimi asociira tudi protein munc13, ki je v membrani vezikla in nevrona vezani s proteini SNARE. Ti so mediatorji pri fuziji membran. Delovanje kanalčka inaktivirajo procesi, kot sta od napetosti odvisni mehanizem in od kalcija odvisen mehanizem, ki je povezan s kalmodulinom.

==Gregor Strniša - Načini aktivacije GPCR==

GPCR, oziroma z G proteinom sklopljeni receptorji, so transmembranski proteini, ki s svojim delovanjem vplivajo na dogajanje v celici. Zaradi vezave liganda na njihovo zunajcelično stran se jim spremeni konformacija in omogoči prenos signala preko različnih signalnih molekul. Signal se preko različnih G proteinov in β-arrestinov prenaša do drugih proteinov v celici. Kmalu po odkritju GPCR se je izkazalo, da vsi ne delujejo po istem principu. Nove raziskovalne metode so omogočile napredek na področju vizualizacije molekul in njihovega sledenja v celici. Tako so znanstveniki prišli do odkritja petih novih metod aktivacije GPCR, ki lažje razložijo delovanje receptorjev. Med seboj so si različne, a se lahko pogosto prekrivajo in dopolnjujejo. GPCR omogočijo več možnosti odgovora na določen ligand in njegovo koncentracijo. Načini aktivacije, predstavljeni v moji seminarski nalogi, so pristranska aktivacija, znotrajcelična aktivacija, dimerizacijska aktivacija, transaktivacija in dvofazna aktivacija. Posamezen receptor navadno deluje na več načinov. Ob posameznem načinu so podani primeri receptorjev in njihovega delovanja. Z razumevanjem načinov njihove aktivacije se odprejo nove možnosti razvoja zdravil, ki bi delovale preko GPCR, ali vplivale na njihove signalne poti.

==Nikola Janakievski - Selective Androgen Receptor Modulators==

Selective Androgen Receptors Modulators or better known as SARMs, were discovered 30 years ago, as a potential replacement to steroid therapy. SARMs are a type of Selective Receptor Modulators (SRM), compounds which can act both as agonists and antagonists in androgen receptors (ARs) (as a non-steroid replacement), according to the tissue they are in. The main idea behind SARMs, is improving the hormone therapies we have currently, which use synthetic steroids. An ideal SARM could have all the benefits of steroid hormones, without the side effects. The potential benefits and safety of SARMs is yet to be determined, there are numerous ongoing studies for various applications. It is important to have a summary of all these potential application and past examples of studies. In this seminar, we aim to do just that, by comparing all past studies and future potential applications related to SARMs. We conclude that, SARMs are a viable alternative, possibly an improvement to synthetic steroids, although much more research and clinical trials are required for SARMs to become truly applicable.

==Vid Dobrovoljc - Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti==

Preučevanje součinkovanja med signalnimi potmi v celici je zelo zanimivo področje, vendar dokaj težko za raziskovanje. S seminarjem sem poizkusil predstaviti sovplivanje inzulinske(RTK) in β-adrenergične (GCPR) poti v srcu. . Inzulin na β-adrenergične (βAR) poti vpliva s fosforilacijo receptorja z različnimi kinazami, na primer protein kinazo A (PKA) G-protein kinazo (GRK2) in celo sam inzulinskim receptorjem (INSR), kar vodi do desenzitacije in včasih tudi internalizacije receptorja z vezavo β-arestina. Drug način vplivanja je z delovanjem na nižje člene v signalni poti, na primer na koncentracijo cAMP s fosfodiesterazami (PDE). Inzulin lahko tudi s pomočjo fosforilacije uporabi β-adrenergično pot za krepitev svojega signala. Zelo pomembna točka obeh signalnih poti je GRK2, ki po naravi deluje inhibirajoče na obe signalni poti, po zadnjih rezultatih pa jo poleg tega inzulin uporablja za še dodatno inhibicijo GPCR poti. Vplivanje βAR poti na inzulinsko pot je manj jasno, vendar kaže, da lahko βAR na sprejem glukoze v odvisnosti od situacije vpliva tako pozitivno kot negativno, dokaj pomembno vlogo pri tem pa ima PKB. Domnevam, da bo v prihodnosti vedno več raziskav na temo povezav med signalnimi potmi, saj bodo razvite nove opazovalne tehnike, poleg tega pa je razumevanje povezav koristno tako pri razvoju novih tehnik zdravljenja, kot pri samem študiju razvoja celične signalizacije

==Rebeka Jerina - Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev==

Veliko ljudi po svetu pije kavo, čaj ali kokakolo. Vsem naštetim pijačam je skupen kofein, najpogosteje zaužit psihostimulant na svetu. Kofein povzroča veliko učinkov, med katerimi je najbolj znan vpliv na budnost. Zanima me ali vemo kako in zakaj jo povzroči. Kofein je antagonist adenozinskih receptorjev (ARs). Ima podobno strukturo kot adenozin, zato lahko zaseda njegova vezavna mesta. Adenozinski receptorji so izraženi v mnogih tkivih, veliko pa jih najdemo v centralnem živčnem sistemu (CNS). Raziskala sem, da kofein večinoma vpliva na adenozinska receptorja podtipa A1 in A2A. Te dva podtipa adenozinskih receptorjev (ARs) vplivata na regulacijo mnogih fizioloških funkcij kot so spanje, kognicija, motivacija in čustva. Kofein tako z antagonizmom adenozinskih receptorjev (ARs) prepreči signalno kaskado, ki bi spodbudila zaspanost in posledično ohranja budnost. Adenozinski receptorji (ARs) spadajo pod receptorje povezane z G-proteini. Zgradba A1AR in A2AAR se nekoliko razlikuje, zato je tudi mehanizem delovanja teh dveh podtipov nekoliko drugačen. Signalizacija adenozinskih receptorjev (ARs) lahko poteka po več različnih signalnih poteh. Kofein bi zaradi pozitivnih okrepitvenih učinkov, pojava različnih duševnih motenj in pojava negativnih simptomov po prenehanju uživanja lahko prištevali med droge. Raziskave so pokazale, da se z antagonizmom adenozinskih receptorjev da uspešno zdraviti tudi številne bolezni. Glede na učinke in uporabo kofeina bi lahko rekli, da velja za hranilo, zdravilo ali drogo.

==Zala Perko - Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice==

Fotoreceptorji v membrani celic očesne mrežnice so značilni predstavniki z G-proteinom sklopljenih receptorjev. Njihova naloga je absorpcija svetlobe določene valovne dolžine in prenos signala preko G-proteina na citoplazemsko stran, kjer poteče veriga encimsko kataliziranih reakcij. Aktiviran fotoreceptor mora v procesu regeneracije ponovno zavzeti neaktivno konformacijo in vezati naravni ligand 11-cis-retinal. Barvni fotoreceptorji jodopsini zahtevajo učinkovit regeneracijski mehanizem, ker morajo stalno procesirati veliko količino svetlobnih signalov. Aktivna konformacija jodopsina razpade veliko hitreje v primerjavi z rodopsinom in tudi sam potek regeneracije je pri jodopsinih hitrejši. Vzrok za to bi lahko bila različna usoda desenzibiliziranih receptorjev. Nedavno so odkrili možnost, da pri regeneraciji jodopsinov pride do preusmeritve signalne poti. Namesto, da se receptor deaktivira preko internalizacije z arestinom, ostane v membrani in veže ligand glede na prehodno konformacijsko stanje v katerem se nahaja. Na različen potek regeneracije jodopsinov bi lahko vplivala tudi vezava druge molekule retinala v alosterično mesto, ki je posledica konformacijskih sprememb. Povezava med interakcijo retinala in njegovih analogov z določenim konformacijskim intermediatom ima pomembno vlogo tudi s terapevtskega vidika, saj GPCR-ji v splošnem predstavljajo terapevtske tarče za zdravljenje mnogih obolenj. Uporaba analogov 11-cis-retinala, kot sta 9CR in 6mr, ki se vežeta v aktivno ali eno od alosteričnih mest, bi lahko predstavljala učinkovit pristop pri zdravljenju prirojenih mutacij v fotoreceptorjih.

==Eva Vene - Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1==

Družina TRP kanalčkov pri živalih združuje devet manjših skupin kationskih prenašalcev, ki odločilno vplivajo na pravilno delovanje organizma. Eden od tovrstnih kanalčkov je tudi TRPV1 z angleškim imenom »transient receptor potential vanilloid 1«. Tega najdemo v mnogih organih in organskih sistemih, natančneje pa se v tem seminarju osredotočamo na njegovo vlogo v perifernem živčevju. TRPV1 vsebuje okoli polovica vseh somatskih in visceralnih senzoričnih nevronov, zato je pomemben mediator pri nocicepciji oziroma zaznavanju možno nevarnih stimulov ter njihovim prevodom v akcijskih potencial. Njegovo delovanje, poleg nekaterih drugih dražljajev, lahko vzbudi organska molekula, imenovana kapsaicin. Slednjega najdemo v sadežih rastlin rodu Capsicum in ga pojmujemo kot eno odločilnih molekul za pekoč okus teh plodov. Ob vezavi kapsaicina na TRPV1 v celico vdrejo kationi, ki spodbudijo različne celične procese, ključne za oblikovanje in prenos živčnega signala do možganov ter pojav vnetja. Posebej zanimive so dvolične posledice vezave kapsaicina, ki sicer vodijo do bolečine, draženja in vnetja, a omogočijo tudi refrakcijsko dobo kanalčka, ki predstavlja čas, ko slednjega ne moremo aktivirati ter desenzitacijo in degradacijo živčnih vlaken, kar povezujemo z analgetičnim učinkom te molekule. Ob redni daljši izpostavitvi kapsaicinu, ki ga lahko administriramo transdermalno ali injiciramo, se tako uspešno uporablja pri lajšanju kroničnih bolečin.

==Erik Putar - AMPK: senzor glukoze ter celičnega energijskega stanja ==

Celica uporablja z AMP aktivirano protein kinazo (AMPK) kot senzor celičnega energijskega stanja in glukoze. Njen glavni aktivator je AMP, ki promovira fosforilacijo Thr172 na AMPK, inhibira defosforilacijo fosforiliranega Thr172 ter alosterično aktivira AMPK. Aktivacija AMPK poteče že ob majhem energijskem deficitu in sproži regulatorni odgovor, ki preusmeri celični metabolizem iz anabolizma v katabolizem. Fosforilacija Thr172 poteče preko kinaze LKB1, medtem ko sta glikogen sintaza in acetil koencim A karboksilaza (ACC) dve tarči izmed mnogih kinazne aktivnosti AMPK. AMPK je heterotrimer sestavljen iz podenot α, β in γ. V α podenoti je prisotno kinazno aktivno mesto ter Thr172, medtem ko so na γ podenoti prisotna vezavna mesta za adenin nukleotide. β podenota je miristilirana na svojem N koncu, kar je ključnega pomena za delovanje glukoznega senzorja. Ta mehanizem poteka na lizosomih in sicer s tvorbo velikega kompleksa, ki vsebuje aldolazo, v-ATPazo, Ragulator, AXIN, LKB1 ter AMPK. Aldolaza je sicer tista, ki čuti prisotnost glukoze in to preko fruktoze 1,6-bisfosfata (FBP): odsotnost FBP v njenem aktivnem mestu aktivira AMPK neodvisno od razmerja koncentracijah adenin nukleotidov in tako preusmeri celico iz glikolitične v alternativne oksidativne poti.

==Timotej Sotošek - Regulacija mišičnega glikogena: granule in njeni proteini ==

Glikogen je primarna oblika shranjevanja glukoze, ki je hitra in dostopna oblika energije. Kljub njegovi pomembnosti pa procesi regulacije glikogena še vedno niso popolnoma jasni. Metabolizem glikogena je zelo reguliran, hkrati pa dinamičen. Kako se bo metabolizem glikogena usmeril, je odvisno od mnogih dejavnikov. Zaloge glikogena v skeletnih mišicah so razdeljena na tri območja: podsarkomerno, intermiofibrilarno in intramiofibrilarno. Vsako od teh območij ima drugačno funkcijo v celici in temu primerno vsaka zase regulira sintezo in razgradnjo glikogenskih granul. Vsaka granula glikogena pa je sposobna tudi samostojnega izvajanja regulacije, pri kateri sodelujejo različni proteini. Eden pomembnejših je protein fosfataza 1 (PP1), ki nadzoruje aktivnost ključnih encimov, kot so glikogen sintaza (GS) in glikogen fosforilaza (GP), pri tem pa mu pomaga glikogen tarčni protein (PTG), ki deluje kot ogrodni protein med PP1 in drugimi proteini. Ta proces je reguliran preko kompleksa laforin-malin, ki prekine povezavo med PP1 in PTG. V seminarju so predstavljene naloge in lastnosti glikogena v treh oddelkih znotraj skeletnih mišic. Predstavljen bo vpliv, ki ga imajo našteti proteini na sintezo glikogena, podrobnejši opis naloge, zgradbe proteinov laforina in malina, kako kompleks laforin-malin inhibira glikogen sintezo ter kakšne so posledice nedelovanja tega proteinskega kompleksa.

==Nika Tomsič - Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec ==

Acetil-CoA je eden glavnih metabolitov. Deluje kot mejna točka med glikolizo in Krebsovim ciklom. Poleg tega so pomembne tudi njegove naloge kot sekundarni obveščevalec. Nadzoruje ključne celične procese, vključno z energetsko presnovo, mitozo in avtofagijo, tako neposredno kot preko regulacije ekspresije genov. Acetil-CoA običajno nastane v mitohondrijskem matriksu iz piruvata ali kot posledica β-oksidacije dolge verige maščobnih kislin. Lahko pa nastane tudi v citosolu z oksidacijo aminokislin, etanola ali z delovanjem acetil-CoA sintetaze, ki združuje dve glavni komponenti: acetil in koencim A. Razmerje med koncentracijama v mitohondrijskem matriksu in v citosolu je vedno enako. Govorimo torej o nekem dinamičnem ravnotežju, ki ga omogočajo številni prenašalci. Mitohondrijska memebrana je sicer neprepustna za acetil-CoA, zato mora najprej zreagirati v drugo obliko, da lahko vstopa ali iztopa iz mitohondrija. V mitohondrij vstopa piruvat s pomočjo citrat – piruvatnih prenašalcev. Tu piruvat dehidrogenazni kompleks katalizira reakcijo v acetil-CoA. Ko pa je v mitohondriju preveč acetil-CoA, se lahko ta prenese v citosol ali jedro v obliki acetilkarnitina preko karnitinskega prenašalca. V citosolu se spet povrne v acetil-CoA in je lahko vir anabolizma maščobnih kislin ali aminokislin, v jedru pa je njegova funkcija acetiliranje histonov. To omogoči prepisovanje genskega materiala. Lahko pa tudi nadaljuje svojo pot v mitohondriju in vstopi v citratni cikel, kjer je prvi korak pretvorba v citrat preko citratnega sinteznega kompleksa.

==Aleksandra Rauter - Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih==

Makrofagi so nepogrešljive komponente imunskega sistema, ki izhajajo iz matičnih celic kostnega mozga in nastajajo v procesu hematopoeze. Glavne funkcije, ki jih opravljajo so fagocitoza, izločanje citokinov in sodelovanje pri humoralnem imunskem odzivu skupaj z limfociti. Njihovo aktivacijo povzroči prisotnost različnih citokinov, ki se vežejo na specifične TLR receptorje. Najpogostejši ligand klasične aktivacije je lipopolisaharid (LPS), strukturna komponenta celičnih sten bakterij. Zaznava vezanega liganda preko adapterskih proteinov, signalne kaskade, transkripcijskih faktorjev vodi do razvoja enega od dveh fenotipov makrofagov. M1 fenotip ima baktericidno in fagocitno delovanje, M2 pa sodeluje predvsem pri reparaciji tkiv. Točni mehanizmi, ki to povzročijo, še niso poznani. M1 makrofag ima reprogramiran Krebsov cikel, kar povzroči akumulacijo različnih intermediatov v mitohondriju. Ti se lahko prenesejo v citosol preko specifičnih transporterjev in sodelujejo pri različnih regulatornih mehanizmih. Sukcinat povzroči povečano izločanje vnetnih citokinov preko stabilizacije transkripcijskega faktorja HIF-1α, povečanja količine mROS, posttranslacijskih modifikacij proteinov in signalizacije preko z GPCR. Spremenjen Krebsov cikel povzroči akumulacijo citrata, ki je perkurzor itakonata. Ta preko transkripcijske regulacije in inhibicije določenih encimov regulira protivnetni in protimikrobni odziv. Fumarat in α-ketoglutarat sodelujeta pri epigenetski regulaciji celičnih procesov.

==Jakob Tomšič - Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju ==

Acetoacetat, β-hidroksibutirat in aceton, drugače imenovani tudi ketonska telesca, so produkti našega metabolizma, ki ob pomankanju hranil možgansko tkivo, srce in skeletne mišice oskrbujejo z energijo. Ketogeneze pa danes ne povezujemo le s stanjem pomankanja hranil, ampak jo lahko spodbudimo tudi s tako imenovano ketogeno dieto, ki ji pripisujejo mnoge pozitivne učinke. Vloga ketogene diete pri epilepsiji in drugih nevroloških boleznih je poznana že skoraj stoletje, vendar so bili mehanizmi za antiepileptično delovanje vedno uganka. Trenutno poznamo več funkcij ketonskih telesc, ki presegajo njihovo osnovno metabolno vlogo. Ketonska telesca imajo epigenetski vpliv in lahko spodbujajo izražanje antioksidativnih genov. Prav tako je viden vpliv na vezikularni transport glutamatata z VGLUT v nevronih in zaviranje prenosa signala z GABA nevrotransmiterji. Ketonska telesca izražajo nevrozaščitno in protivnetno vlogo z vplivom na imunski sistem, z vezavo na HCA2 receptor, ki spodbuja nastanek prostagladina D2, in inhibicijo NLRP3 inflamasoma. Nevrološke motnje, kot je epilepsija, imajo več vzrokov, med katerimi sta neizpodbitno prevelika vzburjenost nevronov ter vnetno stanje tkiva. Vedno več dokazov kaže na vlogo ketonskih telesc pri nadziranju in manjšanju števila epileptičnih napadov pri bolnikih. Kljub vsem dokazom in povezavam pa še vedno obstajajo dvomi, da so ravno ketonska telesca tista, ki imajo antiepileptične funkcijo.

==Laura Unuk - Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta ==

Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin (lcFAOD) so dedne avtosomske recesivne bolezni, ki onemogočajo metabolizem maščobnih kislin. Gre za mutacije genov, ki kodirajo encime oksidacije in karnitinskega transporta. Pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin (12-18 C-atomov) sodeluje več kot 15 encimov, vendar le motnja enega lahko pripelje do kliničnih simptomov, kot so šibkost mišic, odpoved jeter, odpoved srca, itd. Glavni encimi, ki katalizirajo karnitinski transport so OCTN2 (organski-kationski-transporter-novel-2), CPT1 (karnitin-palmitoil-transferaza-tipa-1A), CPT2 (karnitin-palmitoil-transferaza-tipa-2) in CACT (karnitin-acilkarnitin-translokaza); encimi, ki pa katalizirajo oksidacijo so VLCAD (zelo-dolgoverižna-acil-CoA-dehidrogenaza), MTP (mitohondrijski-trifunkcijski-protein), LCHAD (dolgoverižna-3-hidroksiacil-CoA-dehidrogenaza) in LCKAT (dolgoverižna-3-ketoacil-CoA-tiolaza). Karnitin je pomembna molekula za prenos dolgoverižnih maščobnih kislin skozi membrano mitohondrija, saj dolgoverižna maščobna kislina lahko vstopi v mitohondrij le v obliki acil-karnitin estra. Najpogostejša motnja pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin pa je motnja VLCAD encima, ki katalizira reakcije odcepa dveh ogljikovih atomov iz maščobne kisline na CoA. Nastali acil-CoA lahko nato vstopi v cikel citronske kisline, kjer nastane ATP. Ob nedelovanju VLCAD pride do pomanjkanja ATP v celici in posledično kliničnih simptomov. Zaznavanje napake enega od encimov je izvedena preko profila acilkarnitina v krvi, plazmi ali DBS. Z metodo NBS ('newborn screening') lahko kmalu po rojstvu že zaznajo motnjo in tako s hitrim zdravljenjem preprečijo neprijetno napredovanje bolezni. Poleg trenutnega zdravljenja so v razvoju različne terapije za zdravljenje motenj, ki pa imajo velik potencial.

==Stefanija Ivanova - Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc ==

Ketonska telesca predstavljajo alternativno energijo za možgane, srce in skeletne mišice pod določenimi pogoji, kot so stradanje, intenzivna vadba, nenadzorovan diabetes ali po zaužitju ketonskih dodatkov. Zanimanje za delovanje ketonskih telesc se je povečalo predvsem pri športnikih. Ker ima uživanje eksogenih ketonov dramatične učinke na metabolizem skeletnih mišic med vadbo, imajo lahko športniki od tega koristi. Pomembna premisleka sta, kako športniki tolerirajo vnos ketonskih estrov med vadbo in ali dodatek ogroža ali vpliva na vnos ogljikovih hidratov. Zaužitje ketonskih dodatkov lahko hitro poveča koncentracijo ketonskih telesc, v primerjavi s ketogeno prehrano ali stradanjem, ki potrebujeta vsaj nekaj dni. Dodatek eksogenih ketonov predstavlja vir energije in ima lahko učinke pri varčevanju zalog ogljikovih hidratov med treningom v času nizke razpoložljivosti ogljikovih hidratov. Varčevanje zalog endogenih ogljikovih hidratov bi teoretično povzročilo večjo zmogljivost med ključnimi deli, med katerim so ogljikovi hidrati prevladujoči substrat. Dokler niso metabolne interakcije dodatkov ketonskih estrov s skeletnimi mišicami med vadbo popolnoma razjasnjene, vse predlagane ergogene lastnosti ostanejo teoretične. Glavni razlog za utemeljevanje eksogenih dodatkov ketonov morajo biti ugotovitve, da se ketoliza med vadbo poveča in pomembno prispeva k oskrbi z energijo. Čeprav obstajajo predlogi, da so dodatki ketonskih telesc koristni za športnike, je trenutno premalo informacij o učinkih dodatkov na metabolizem ketonskih telesc med vadbo. Na številna vprašanja je še treba odgovoriti.

==Nika Perko - Encim karbamoil fosfat sintetaza 1 ==

Karbamoil fosfat sintetaza 1 (CPS1) je limitni encim cikla uree, ker katalizira njeno prvo tristopenjsko reakcijo. Nahaja se v matriksu mitohondrija v celicah jeter, ledvic in tankega črevesa. Sestavljen je iz šestih domen: interakcijske, glutaminazne, integracijske, alosterične in dveh katalitskih. Encim je lahko v neaktivni ali aktivni obliki. Alosterično ga aktivira N-acetil-L-glutamat. Encim se lahko pozitivno regulira s proteinom Sirtuin 5 in glukagonom, negativno pa z mikro RNA miR-19b in od ATP odvisno kinazo (AMPK). Napačno delovanje kateregakoli od petih encimov ali transporterjev cikla uree vodi v zelo redko bolezen – motnje cikla sečnine. Prav motnja v delovanju encima CPS1 povzročajo najhujšo obliko te bolezni. Izrazi se lahko tako v neonatalni dobi kot tudi kasneje, določi pa se jo preko encimske ali genske analize. Simptomi so lahko letargija, bruhanje, encefalopatija in koma. Mutacije tega in tudi preostalih encimov ciklusa povzročijo hiperamoniemijo, ki se jo zdravi s hemodializo in raznimi zdravili, kot so L-arginin hidroklorid, natrijev benzoat in natrijev fenilbutirat. Bolniki se morajo držati stroge diete, bogate z ogljikovimi hidrati in maščobami. Poleg omenjenih zdravil lahko uživajo tudi N-karbamil-L-glutamat, ki deluje kot šaperon, stabilizator in aktivator. Trenutno je edina trajna in učinkovita rešitev transplantacija jeter, v prihodnosti pa bo morda učinkovita tudi genska terapija.

==Neža Leskovar - Urea transporterji in regulacija skoncentriranosti urina ==

Urea je vodotopna polarna molekula, ki lahko počasi prehaja čez celične membrane z difuzijo, hiter in učinkovit transport pa ji omogočajo urea transporterji UT-A in UT-B. Ti sodelujejo pri izločanju odvečnega dušika iz telesa, koncentriranju urina in s tem pri regulaciji tekočinskega ravnovesja ter ponovni uporabi dušika vezanega v urei s pomočjo črevesnih bakterij. Transporterji so v osnovi sestavljeni iz dveh hidrofobnih transmembranskih domen in velike ekstracelularne povezovalne zanke, razen UT-A1, ki je rezultat podvojene osnovne strukture. So N-glikozilirani in imajo znotrajcelični aminski in karboksilni konec. UT-A transporterji se večinoma nahajajo v ledvicah. UT-A1 najdemo v spodnjem predelu ledvičnega zbiralca, v apikalnih delih celic, kjer omogoča prehod uree iz zbiralca v epitelne celice. UT-A3 se prav tako nahaja v spodnjem predelu ledvičnega zbiralca, le da v bazalnih delih celic in omogoča prehod uree nazaj v telesni obtok. UT-A2 se nahaja v Henlejevi zanki in skrbi za prehod uree iz ledvične sredice nazaj v Henlejevo zanko. UT-A4 je bil najden v ledvicah podgan, UT-A5 so našli v testisih miši in UT-A6 v človeškem črevesju. UT-B transporterji se nahajajo v ledvičnih kapilarah, najdemo jih tudi v različnih tkivih. Transport uree je dobro reguliran z vazopresinom, hiperosmolarnostjo, ubikvinacijo in drugimi načini.

BIO2 Seminar 2020

2020-11-26T11:08:54Z

Nika Perko: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Ajda Beltram||12||Zgradba in dinamika signalnih kompleksov GPCR||Luka Hafner||Tinkara Božič||16/10/20||19/10/20||21/10/20
|-
| Jan Bregar||12||Protein retinoblastoma||Nika Bedrač||Martin Stanonik||16/10/20||19/10/20||21/10/20
|-
| Anja Moškrič||12|| Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmiterjev||Srna Anastasovska||Luka Stanković||16/10/20||19/10/20||21/10/20
|-
| Gregor Strniša||12||Načini aktivacije GPCR||Manca Pirc||Ana Pervanja||23/10/20||26/10/20||28/10/20
|-
| Vid Dobrovoljc||12||Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti||Maruša Sernc||Nika Banovšek||23/10/20||26/10/20||28/10/20
|-
| Nikola Janakievski||12||Selective androgen receptor modulators||Ajda Beltram||Aljaž Simonič||23/10/20||26/10/20||28/10/20
|-
| Rebeka Jerina||12||Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev||Jan Bregar||Luka Hafner||30/10/20||02/11/20||04/11/20
|-
| Eva Vene||12||Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1||Anja Moškrič||Nika Bedrač||30/10/20||02/11/20||04/11/20
|-
| Zala Perko||12||Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice||Gregor Strniša||Srna Anastasovska||30/10/20||02/11/20||04/11/20
|-
| Erik Putar||14-15||AMPK: senzor glukoze in celičnega energijskega stanja||Nikola Janakievski||Manca Pirc||06/11/20||09/11/20||11/11/20
|-
| Iva Matić||14-15||||Rebeka Jerina||Maruša Sernc||06/11/20||09/11/20||13/01/21
|-
| Timotej Sotošek||14-15||Regulacija mišičnega glikogena: granula in njeni proteini||Eva Vene||Ajda Beltram||06/11/20||09/11/20||11/11/20
|-
| Nika Tomsič||16||Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec||Zala Perko||Jan Bregar||13/11/20||16/11/20||18/11/20
|-
| Andrej Špenko||16||||Erik Putar||Anja Moškrič||13/11/20||16/11/20||18/11/20
|-
| Aleksandra Rauter||16||Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih||Iva Matić||Gregor Strniša||13/11/20||16/11/20||18/11/20
|-
| Laura Unuk||17||Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta||Timotej Sotošek||Nikola Janakievski||20/11/20||23/11/20||25/11/20
|-
| Stefanija Ivanova||17||Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc||Nika Tomsič||Rebeka Jerina||20/11/20||23/11/20||25/11/20
|-
| Jakob Tomšič||17||Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju||Andrej Špenko||Eva Vene||20/11/20||23/11/20||25/11/20
|-
| Neža Leskovar||18||||Aleksandra Rauter||Zala Perko||27/11/20||30/11/20||02/12/20
|-
| Luka Šegota||18||||Laura Unuk||Erik Putar||27/11/20||30/11/20||02/12/20
|-
| Nika Perko||18||Encim karbamoil fosfat sintetaza 1||Stefanija Ivanova||Iva Matić||27/11/20||30/11/20||02/12/20
|-
| Ela Bizjak||19||Mutacije mitohondrijske DNA, heterogenost in mitohondrijske bolezni||Jakob Tomšič||Timotej Sotošek||04/12/20||07/12/20||09/12/20
|-
| Bor Krajnik||19||||Neža Leskovar||Nika Tomsič||04/12/20||07/12/20||09/12/20
|-
| Maja Kobal||19||||Luka Šegota||Vid Dobrovoljc||04/12/20||07/12/20||09/12/20
|-
| Mateja Milošević||20||||Nika Perko||Andrej Špenko||11/12/20||14/12/20||16/12/20
|-
| Tinkara Božič||20||Pomen saharoze in njenega metabolizma za rastline||Ela Bizjak||Aleksandra Rauter||11/12/20||14/12/20||16/12/20
|-
| Martin Stanonik||20||||Bor Krajnik||Laura Unuk||11/12/20||14/12/20||16/12/20
|-
| Luka Stanković||21||||Maja Kobal||Stefanija Ivanova||18/12/20||21/12/20||23/12/20
|-
| Ana Pervanja||21||Vpliv cirkadianega ritma na metabolizem lipidov||Mateja Milošević||Jakob Tomšič||18/12/20||21/12/20||23/12/20
|-
| Nika Banovšek||21||||Tinkara Božič||Neža Leskovar||18/12/20||21/12/20||23/12/20
|-
| Aljaž Simonič||22||||Martin Stanonik||Luka Šegota||23/12/20||28/12/20||30/12/20
|-
| Luka Hafner||22||||Luka Stanković||Ana Žagar||23/12/20||28/12/20||30/12/20
|-
| Ana Žagar||22||||Vid Dobrovoljc||Nika Perko||23/12/20||28/12/20||30/12/20
|-
| Nika Bedrač||23||||Ana Pervanja||Ela Bizjak||30/12/20||04/01/21||06/01/21
|-
| Srna Anastasovska||23||||Nika Banovšek||Bor Krajnik||30/12/20||04/01/21||06/01/21
|-
| Manca Pirc||23||||Aljaž Simonič||Maja Kobal||30/12/20||04/01/21||06/01/21
|-
| Maruša Sernc||23||||Ana Žagar||Mateja Milošević||08/01/21||11/01/21||13/01/21
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim,da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2020|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev 2020

2020-11-26T11:06:26Z

Nika Perko: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 =

==Jan Bregar - Protein retinoblastoma==

Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.

==Ajda Beltram - Struktura in dinamika signalnih komplekov GPCR==

Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov ali pa preko fosforilacije receptorja s kinazo GRK in arestinov. Vendar ti proteini ne obstajajo le v aktivirani ali neaktivirani obliki, pač pa imajo veliko konformacijskih stanj, ki vsaka sproži svojo signalno pot. Mene je zanimala podrobna razlaga konformacijskih sprememb, ki se zgodijo med prenosom signala. Za aktivacijo G-proteinov je potrebna zamenjava GDP z GTP, kjer igra ključno vlogo razcep domen podenote α G-proteina in destabilizacija vezavnega mesta za nukleotid na Ras-domeni podenote α, kar so posledice konformacijskih sprememb, ki jih povzroči vezava na receptor. Različni ligandi, ki se vežejo na receptorje, pa lahko vplivajo tudi na afiniteto G-proteina do GDP. Kompleksi receptor-G-protein, ki nastanejo z vezavo popolnih agonistov, imajo manjšo afiniteto do GDP, kot tisti, ki so nastali z vezavo delnih agonistov. Pri arestinih pa so prav tako prišli do novega spoznanja. Aktivacija arestinov je večinoma prikazana kot proces iz dveh delov in sicer vezave na fosforiliran C-rep receptorja in nato vezave na jedro receptorja, vendar pa so odkrili, da lahko obe vezavi posebej aktivirata arestin. To nakazuje na to, da verjetno obstaja veliko različnih kompleksov arestina in receptorja, ki regulirajo vsak svojo signalno pot.

==Anja Moškrič - Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmitorjev==

Signalizacija živčnih celic med drugim poteka s prenosom nevrotransmitorjev preko sinaps. Pri kemični sinapsi gre za pretvarjanje električnih impulzov v eksocitotsko sprostitev nevrotransmitorja (npr. glutamat, GABA, epinefrin, norepinefrin). Pri pretvarjanju signala imajo ključno vlogo napetostno uravnavani kalcijevi ionski kanalčki (Cav), v presinaptičnem predelu. Ti, kot odgovor na depolarizacijo nevrona, usmerjajo kalcijeve ione v notranjost celice in posledično sprožijo fuzijo mešička (z nevrotransmitorjem) s presinaptično membrano. Zgrajeni so iz več podenot, od teh je glavna α1, ki tvori poro za pretok ionov. Podenoti α2δ in β pa regulirata lastnosti. Kanalčke glede na obliko glavne podenote klasificiramo v 3 večje skupine: Cav1, Cav2 in Cav3. V večini sinaps so prisotni kanalčki iz družine Cav2. Da eksocitoza lahko poteče hitro in učinkovito, morajo biti Cav locirani znotraj aktivne regije presinaptične membrane, v bližini mesta eksocitoze. Slednjo kalcijevi kanalčki regulirajo preko različnih proteinov. Pomembnejši predstavnik je družina proteinov RIM (z rab3 vezavne molekule). Ti se na kanalček vežejo z RIM vezavnimi proteini (RBP). Z njimi asociira tudi protein munc13, ki je v membrani vezikla in nevrona vezani s proteini SNARE. Ti so mediatorji pri fuziji membran. Delovanje kanalčka inaktivirajo procesi, kot sta od napetosti odvisni mehanizem in od kalcija odvisen mehanizem, ki je povezan s kalmodulinom.

==Gregor Strniša - Načini aktivacije GPCR==

GPCR, oziroma z G proteinom sklopljeni receptorji, so transmembranski proteini, ki s svojim delovanjem vplivajo na dogajanje v celici. Zaradi vezave liganda na njihovo zunajcelično stran se jim spremeni konformacija in omogoči prenos signala preko različnih signalnih molekul. Signal se preko različnih G proteinov in β-arrestinov prenaša do drugih proteinov v celici. Kmalu po odkritju GPCR se je izkazalo, da vsi ne delujejo po istem principu. Nove raziskovalne metode so omogočile napredek na področju vizualizacije molekul in njihovega sledenja v celici. Tako so znanstveniki prišli do odkritja petih novih metod aktivacije GPCR, ki lažje razložijo delovanje receptorjev. Med seboj so si različne, a se lahko pogosto prekrivajo in dopolnjujejo. GPCR omogočijo več možnosti odgovora na določen ligand in njegovo koncentracijo. Načini aktivacije, predstavljeni v moji seminarski nalogi, so pristranska aktivacija, znotrajcelična aktivacija, dimerizacijska aktivacija, transaktivacija in dvofazna aktivacija. Posamezen receptor navadno deluje na več načinov. Ob posameznem načinu so podani primeri receptorjev in njihovega delovanja. Z razumevanjem načinov njihove aktivacije se odprejo nove možnosti razvoja zdravil, ki bi delovale preko GPCR, ali vplivale na njihove signalne poti.

==Nikola Janakievski - Selective Androgen Receptor Modulators==

Selective Androgen Receptors Modulators or better known as SARMs, were discovered 30 years ago, as a potential replacement to steroid therapy. SARMs are a type of Selective Receptor Modulators (SRM), compounds which can act both as agonists and antagonists in androgen receptors (ARs) (as a non-steroid replacement), according to the tissue they are in. The main idea behind SARMs, is improving the hormone therapies we have currently, which use synthetic steroids. An ideal SARM could have all the benefits of steroid hormones, without the side effects. The potential benefits and safety of SARMs is yet to be determined, there are numerous ongoing studies for various applications. It is important to have a summary of all these potential application and past examples of studies. In this seminar, we aim to do just that, by comparing all past studies and future potential applications related to SARMs. We conclude that, SARMs are a viable alternative, possibly an improvement to synthetic steroids, although much more research and clinical trials are required for SARMs to become truly applicable.

==Vid Dobrovoljc - Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti==

Preučevanje součinkovanja med signalnimi potmi v celici je zelo zanimivo področje, vendar dokaj težko za raziskovanje. S seminarjem sem poizkusil predstaviti sovplivanje inzulinske(RTK) in β-adrenergične (GCPR) poti v srcu. . Inzulin na β-adrenergične (βAR) poti vpliva s fosforilacijo receptorja z različnimi kinazami, na primer protein kinazo A (PKA) G-protein kinazo (GRK2) in celo sam inzulinskim receptorjem (INSR), kar vodi do desenzitacije in včasih tudi internalizacije receptorja z vezavo β-arestina. Drug način vplivanja je z delovanjem na nižje člene v signalni poti, na primer na koncentracijo cAMP s fosfodiesterazami (PDE). Inzulin lahko tudi s pomočjo fosforilacije uporabi β-adrenergično pot za krepitev svojega signala. Zelo pomembna točka obeh signalnih poti je GRK2, ki po naravi deluje inhibirajoče na obe signalni poti, po zadnjih rezultatih pa jo poleg tega inzulin uporablja za še dodatno inhibicijo GPCR poti. Vplivanje βAR poti na inzulinsko pot je manj jasno, vendar kaže, da lahko βAR na sprejem glukoze v odvisnosti od situacije vpliva tako pozitivno kot negativno, dokaj pomembno vlogo pri tem pa ima PKB. Domnevam, da bo v prihodnosti vedno več raziskav na temo povezav med signalnimi potmi, saj bodo razvite nove opazovalne tehnike, poleg tega pa je razumevanje povezav koristno tako pri razvoju novih tehnik zdravljenja, kot pri samem študiju razvoja celične signalizacije

==Rebeka Jerina - Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev==

Veliko ljudi po svetu pije kavo, čaj ali kokakolo. Vsem naštetim pijačam je skupen kofein, najpogosteje zaužit psihostimulant na svetu. Kofein povzroča veliko učinkov, med katerimi je najbolj znan vpliv na budnost. Zanima me ali vemo kako in zakaj jo povzroči. Kofein je antagonist adenozinskih receptorjev (ARs). Ima podobno strukturo kot adenozin, zato lahko zaseda njegova vezavna mesta. Adenozinski receptorji so izraženi v mnogih tkivih, veliko pa jih najdemo v centralnem živčnem sistemu (CNS). Raziskala sem, da kofein večinoma vpliva na adenozinska receptorja podtipa A1 in A2A. Te dva podtipa adenozinskih receptorjev (ARs) vplivata na regulacijo mnogih fizioloških funkcij kot so spanje, kognicija, motivacija in čustva. Kofein tako z antagonizmom adenozinskih receptorjev (ARs) prepreči signalno kaskado, ki bi spodbudila zaspanost in posledično ohranja budnost. Adenozinski receptorji (ARs) spadajo pod receptorje povezane z G-proteini. Zgradba A1AR in A2AAR se nekoliko razlikuje, zato je tudi mehanizem delovanja teh dveh podtipov nekoliko drugačen. Signalizacija adenozinskih receptorjev (ARs) lahko poteka po več različnih signalnih poteh. Kofein bi zaradi pozitivnih okrepitvenih učinkov, pojava različnih duševnih motenj in pojava negativnih simptomov po prenehanju uživanja lahko prištevali med droge. Raziskave so pokazale, da se z antagonizmom adenozinskih receptorjev da uspešno zdraviti tudi številne bolezni. Glede na učinke in uporabo kofeina bi lahko rekli, da velja za hranilo, zdravilo ali drogo.

==Zala Perko - Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice==

Fotoreceptorji v membrani celic očesne mrežnice so značilni predstavniki z G-proteinom sklopljenih receptorjev. Njihova naloga je absorpcija svetlobe določene valovne dolžine in prenos signala preko G-proteina na citoplazemsko stran, kjer poteče veriga encimsko kataliziranih reakcij. Aktiviran fotoreceptor mora v procesu regeneracije ponovno zavzeti neaktivno konformacijo in vezati naravni ligand 11-cis-retinal. Barvni fotoreceptorji jodopsini zahtevajo učinkovit regeneracijski mehanizem, ker morajo stalno procesirati veliko količino svetlobnih signalov. Aktivna konformacija jodopsina razpade veliko hitreje v primerjavi z rodopsinom in tudi sam potek regeneracije je pri jodopsinih hitrejši. Vzrok za to bi lahko bila različna usoda desenzibiliziranih receptorjev. Nedavno so odkrili možnost, da pri regeneraciji jodopsinov pride do preusmeritve signalne poti. Namesto, da se receptor deaktivira preko internalizacije z arestinom, ostane v membrani in veže ligand glede na prehodno konformacijsko stanje v katerem se nahaja. Na različen potek regeneracije jodopsinov bi lahko vplivala tudi vezava druge molekule retinala v alosterično mesto, ki je posledica konformacijskih sprememb. Povezava med interakcijo retinala in njegovih analogov z določenim konformacijskim intermediatom ima pomembno vlogo tudi s terapevtskega vidika, saj GPCR-ji v splošnem predstavljajo terapevtske tarče za zdravljenje mnogih obolenj. Uporaba analogov 11-cis-retinala, kot sta 9CR in 6mr, ki se vežeta v aktivno ali eno od alosteričnih mest, bi lahko predstavljala učinkovit pristop pri zdravljenju prirojenih mutacij v fotoreceptorjih.

==Eva Vene - Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1==

Družina TRP kanalčkov pri živalih združuje devet manjših skupin kationskih prenašalcev, ki odločilno vplivajo na pravilno delovanje organizma. Eden od tovrstnih kanalčkov je tudi TRPV1 z angleškim imenom »transient receptor potential vanilloid 1«. Tega najdemo v mnogih organih in organskih sistemih, natančneje pa se v tem seminarju osredotočamo na njegovo vlogo v perifernem živčevju. TRPV1 vsebuje okoli polovica vseh somatskih in visceralnih senzoričnih nevronov, zato je pomemben mediator pri nocicepciji oziroma zaznavanju možno nevarnih stimulov ter njihovim prevodom v akcijskih potencial. Njegovo delovanje, poleg nekaterih drugih dražljajev, lahko vzbudi organska molekula, imenovana kapsaicin. Slednjega najdemo v sadežih rastlin rodu Capsicum in ga pojmujemo kot eno odločilnih molekul za pekoč okus teh plodov. Ob vezavi kapsaicina na TRPV1 v celico vdrejo kationi, ki spodbudijo različne celične procese, ključne za oblikovanje in prenos živčnega signala do možganov ter pojav vnetja. Posebej zanimive so dvolične posledice vezave kapsaicina, ki sicer vodijo do bolečine, draženja in vnetja, a omogočijo tudi refrakcijsko dobo kanalčka, ki predstavlja čas, ko slednjega ne moremo aktivirati ter desenzitacijo in degradacijo živčnih vlaken, kar povezujemo z analgetičnim učinkom te molekule. Ob redni daljši izpostavitvi kapsaicinu, ki ga lahko administriramo transdermalno ali injiciramo, se tako uspešno uporablja pri lajšanju kroničnih bolečin.

==Erik Putar - AMPK: senzor glukoze ter celičnega energijskega stanja ==

Celica uporablja z AMP aktivirano protein kinazo (AMPK) kot senzor celičnega energijskega stanja in glukoze. Njen glavni aktivator je AMP, ki promovira fosforilacijo Thr172 na AMPK, inhibira defosforilacijo fosforiliranega Thr172 ter alosterično aktivira AMPK. Aktivacija AMPK poteče že ob majhem energijskem deficitu in sproži regulatorni odgovor, ki preusmeri celični metabolizem iz anabolizma v katabolizem. Fosforilacija Thr172 poteče preko kinaze LKB1, medtem ko sta glikogen sintaza in acetil koencim A karboksilaza (ACC) dve tarči izmed mnogih kinazne aktivnosti AMPK. AMPK je heterotrimer sestavljen iz podenot α, β in γ. V α podenoti je prisotno kinazno aktivno mesto ter Thr172, medtem ko so na γ podenoti prisotna vezavna mesta za adenin nukleotide. β podenota je miristilirana na svojem N koncu, kar je ključnega pomena za delovanje glukoznega senzorja. Ta mehanizem poteka na lizosomih in sicer s tvorbo velikega kompleksa, ki vsebuje aldolazo, v-ATPazo, Ragulator, AXIN, LKB1 ter AMPK. Aldolaza je sicer tista, ki čuti prisotnost glukoze in to preko fruktoze 1,6-bisfosfata (FBP): odsotnost FBP v njenem aktivnem mestu aktivira AMPK neodvisno od razmerja koncentracijah adenin nukleotidov in tako preusmeri celico iz glikolitične v alternativne oksidativne poti.

==Timotej Sotošek - Regulacija mišičnega glikogena: granule in njeni proteini ==

Glikogen je primarna oblika shranjevanja glukoze, ki je hitra in dostopna oblika energije. Kljub njegovi pomembnosti pa procesi regulacije glikogena še vedno niso popolnoma jasni. Metabolizem glikogena je zelo reguliran, hkrati pa dinamičen. Kako se bo metabolizem glikogena usmeril, je odvisno od mnogih dejavnikov. Zaloge glikogena v skeletnih mišicah so razdeljena na tri območja: podsarkomerno, intermiofibrilarno in intramiofibrilarno. Vsako od teh območij ima drugačno funkcijo v celici in temu primerno vsaka zase regulira sintezo in razgradnjo glikogenskih granul. Vsaka granula glikogena pa je sposobna tudi samostojnega izvajanja regulacije, pri kateri sodelujejo različni proteini. Eden pomembnejših je protein fosfataza 1 (PP1), ki nadzoruje aktivnost ključnih encimov, kot so glikogen sintaza (GS) in glikogen fosforilaza (GP), pri tem pa mu pomaga glikogen tarčni protein (PTG), ki deluje kot ogrodni protein med PP1 in drugimi proteini. Ta proces je reguliran preko kompleksa laforin-malin, ki prekine povezavo med PP1 in PTG. V seminarju so predstavljene naloge in lastnosti glikogena v treh oddelkih znotraj skeletnih mišic. Predstavljen bo vpliv, ki ga imajo našteti proteini na sintezo glikogena, podrobnejši opis naloge, zgradbe proteinov laforina in malina, kako kompleks laforin-malin inhibira glikogen sintezo ter kakšne so posledice nedelovanja tega proteinskega kompleksa.

==Nika Tomsič - Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec ==

Acetil-CoA je eden glavnih metabolitov. Deluje kot mejna točka med glikolizo in Krebsovim ciklom. Poleg tega so pomembne tudi njegove naloge kot sekundarni obveščevalec. Nadzoruje ključne celične procese, vključno z energetsko presnovo, mitozo in avtofagijo, tako neposredno kot preko regulacije ekspresije genov. Acetil-CoA običajno nastane v mitohondrijskem matriksu iz piruvata ali kot posledica β-oksidacije dolge verige maščobnih kislin. Lahko pa nastane tudi v citosolu z oksidacijo aminokislin, etanola ali z delovanjem acetil-CoA sintetaze, ki združuje dve glavni komponenti: acetil in koencim A. Razmerje med koncentracijama v mitohondrijskem matriksu in v citosolu je vedno enako. Govorimo torej o nekem dinamičnem ravnotežju, ki ga omogočajo številni prenašalci. Mitohondrijska memebrana je sicer neprepustna za acetil-CoA, zato mora najprej zreagirati v drugo obliko, da lahko vstopa ali iztopa iz mitohondrija. V mitohondrij vstopa piruvat s pomočjo citrat – piruvatnih prenašalcev. Tu piruvat dehidrogenazni kompleks katalizira reakcijo v acetil-CoA. Ko pa je v mitohondriju preveč acetil-CoA, se lahko ta prenese v citosol ali jedro v obliki acetilkarnitina preko karnitinskega prenašalca. V citosolu se spet povrne v acetil-CoA in je lahko vir anabolizma maščobnih kislin ali aminokislin, v jedru pa je njegova funkcija acetiliranje histonov. To omogoči prepisovanje genskega materiala. Lahko pa tudi nadaljuje svojo pot v mitohondriju in vstopi v citratni cikel, kjer je prvi korak pretvorba v citrat preko citratnega sinteznega kompleksa.

==Aleksandra Rauter - Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih==

Makrofagi so nepogrešljive komponente imunskega sistema, ki izhajajo iz matičnih celic kostnega mozga in nastajajo v procesu hematopoeze. Glavne funkcije, ki jih opravljajo so fagocitoza, izločanje citokinov in sodelovanje pri humoralnem imunskem odzivu skupaj z limfociti. Njihovo aktivacijo povzroči prisotnost različnih citokinov, ki se vežejo na specifične TLR receptorje. Najpogostejši ligand klasične aktivacije je lipopolisaharid (LPS), strukturna komponenta celičnih sten bakterij. Zaznava vezanega liganda preko adapterskih proteinov, signalne kaskade, transkripcijskih faktorjev vodi do razvoja enega od dveh fenotipov makrofagov. M1 fenotip ima baktericidno in fagocitno delovanje, M2 pa sodeluje predvsem pri reparaciji tkiv. Točni mehanizmi, ki to povzročijo, še niso poznani. M1 makrofag ima reprogramiran Krebsov cikel, kar povzroči akumulacijo različnih intermediatov v mitohondriju. Ti se lahko prenesejo v citosol preko specifičnih transporterjev in sodelujejo pri različnih regulatornih mehanizmih. Sukcinat povzroči povečano izločanje vnetnih citokinov preko stabilizacije transkripcijskega faktorja HIF-1α, povečanja količine mROS, posttranslacijskih modifikacij proteinov in signalizacije preko z GPCR. Spremenjen Krebsov cikel povzroči akumulacijo citrata, ki je perkurzor itakonata. Ta preko transkripcijske regulacije in inhibicije določenih encimov regulira protivnetni in protimikrobni odziv. Fumarat in α-ketoglutarat sodelujeta pri epigenetski regulaciji celičnih procesov.

==Jakob Tomšič - Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju ==

Acetoacetat, β-hidroksibutirat in aceton, drugače imenovani tudi ketonska telesca, so produkti našega metabolizma, ki ob pomankanju hranil možgansko tkivo, srce in skeletne mišice oskrbujejo z energijo. Ketogeneze pa danes ne povezujemo le s stanjem pomankanja hranil, ampak jo lahko spodbudimo tudi s tako imenovano ketogeno dieto, ki ji pripisujejo mnoge pozitivne učinke. Vloga ketogene diete pri epilepsiji in drugih nevroloških boleznih je poznana že skoraj stoletje, vendar so bili mehanizmi za antiepileptično delovanje vedno uganka. Trenutno poznamo več funkcij ketonskih telesc, ki presegajo njihovo osnovno metabolno vlogo. Ketonska telesca imajo epigenetski vpliv in lahko spodbujajo izražanje antioksidativnih genov. Prav tako je viden vpliv na vezikularni transport glutamatata z VGLUT v nevronih in zaviranje prenosa signala z GABA nevrotransmiterji. Ketonska telesca izražajo nevrozaščitno in protivnetno vlogo z vplivom na imunski sistem, z vezavo na HCA2 receptor, ki spodbuja nastanek prostagladina D2, in inhibicijo NLRP3 inflamasoma. Nevrološke motnje, kot je epilepsija, imajo več vzrokov, med katerimi sta neizpodbitno prevelika vzburjenost nevronov ter vnetno stanje tkiva. Vedno več dokazov kaže na vlogo ketonskih telesc pri nadziranju in manjšanju števila epileptičnih napadov pri bolnikih. Kljub vsem dokazom in povezavam pa še vedno obstajajo dvomi, da so ravno ketonska telesca tista, ki imajo antiepileptične funkcijo.

==Laura Unuk - Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta ==

Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin (lcFAOD) so dedne avtosomske recesivne bolezni, ki onemogočajo metabolizem maščobnih kislin. Gre za mutacije genov, ki kodirajo encime oksidacije in karnitinskega transporta. Pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin (12-18 C-atomov) sodeluje več kot 15 encimov, vendar le motnja enega lahko pripelje do kliničnih simptomov, kot so šibkost mišic, odpoved jeter, odpoved srca, itd. Glavni encimi, ki katalizirajo karnitinski transport so OCTN2 (organski-kationski-transporter-novel-2), CPT1 (karnitin-palmitoil-transferaza-tipa-1A), CPT2 (karnitin-palmitoil-transferaza-tipa-2) in CACT (karnitin-acilkarnitin-translokaza); encimi, ki pa katalizirajo oksidacijo so VLCAD (zelo-dolgoverižna-acil-CoA-dehidrogenaza), MTP (mitohondrijski-trifunkcijski-protein), LCHAD (dolgoverižna-3-hidroksiacil-CoA-dehidrogenaza) in LCKAT (dolgoverižna-3-ketoacil-CoA-tiolaza). Karnitin je pomembna molekula za prenos dolgoverižnih maščobnih kislin skozi membrano mitohondrija, saj dolgoverižna maščobna kislina lahko vstopi v mitohondrij le v obliki acil-karnitin estra. Najpogostejša motnja pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin pa je motnja VLCAD encima, ki katalizira reakcije odcepa dveh ogljikovih atomov iz maščobne kisline na CoA. Nastali acil-CoA lahko nato vstopi v cikel citronske kisline, kjer nastane ATP. Ob nedelovanju VLCAD pride do pomanjkanja ATP v celici in posledično kliničnih simptomov. Zaznavanje napake enega od encimov je izvedena preko profila acilkarnitina v krvi, plazmi ali DBS. Z metodo NBS ('newborn screening') lahko kmalu po rojstvu že zaznajo motnjo in tako s hitrim zdravljenjem preprečijo neprijetno napredovanje bolezni. Poleg trenutnega zdravljenja so v razvoju različne terapije za zdravljenje motenj, ki pa imajo velik potencial.

==Stefanija Ivanova - Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc ==

Ketonska telesca predstavljajo alternativno energijo za možgane, srce in skeletne mišice pod določenimi pogoji, kot so stradanje, intenzivna vadba, nenadzorovan diabetes ali po zaužitju ketonskih dodatkov. Zanimanje za delovanje ketonskih telesc se je povečalo predvsem pri športnikih. Ker ima uživanje eksogenih ketonov dramatične učinke na metabolizem skeletnih mišic med vadbo, imajo lahko športniki od tega koristi. Pomembna premisleka sta, kako športniki tolerirajo vnos ketonskih estrov med vadbo in ali dodatek ogroža ali vpliva na vnos ogljikovih hidratov. Zaužitje ketonskih dodatkov lahko hitro poveča koncentracijo ketonskih telesc, v primerjavi s ketogeno prehrano ali stradanjem, ki potrebujeta vsaj nekaj dni. Dodatek eksogenih ketonov predstavlja vir energije in ima lahko učinke pri varčevanju zalog ogljikovih hidratov med treningom v času nizke razpoložljivosti ogljikovih hidratov. Varčevanje zalog endogenih ogljikovih hidratov bi teoretično povzročilo večjo zmogljivost med ključnimi deli, med katerim so ogljikovi hidrati prevladujoči substrat. Dokler niso metabolne interakcije dodatkov ketonskih estrov s skeletnimi mišicami med vadbo popolnoma razjasnjene, vse predlagane ergogene lastnosti ostanejo teoretične. Glavni razlog za utemeljevanje eksogenih dodatkov ketonov morajo biti ugotovitve, da se ketoliza med vadbo poveča in pomembno prispeva k oskrbi z energijo. Čeprav obstajajo predlogi, da so dodatki ketonskih telesc koristni za športnike, je trenutno premalo informacij o učinkih dodatkov na metabolizem ketonskih telesc med vadbo. Na številna vprašanja je še treba odgovoriti.

==Nika Perko - Encim karbamoil fosfat sintetaza 1 ==

Karbamoil fosfat sintetaza 1 je limitni encim cikla uree, ker katalizira njeno prvo tristopenjsko reakcijo. Nahaja se v matriksu mitohondrija v celicah jeter, ledvic in tankega črevesa. Sestavljen je iz šestih domen: interakcijske, glutaminazne, integracijske, alosterične in dveh katalitskih. Encim je lahko v neaktivni ali aktivni obliki. Alosterično ga aktivira N-acetil-L-glutamat. Encim se lahko pozitivno regulira s proteinom Sirtuin 5 in glukagonom, negativno pa z mikro RNA miR-19b in od ATP odvisno kinazo (AMPK). Napačno delovanje kateregakoli od petih encimov ali transporterjev cikla uree vodi v zelo redko bolezen – motnje cikla sečnine. Prav napake v delovanju encima karbamoil fosfat sintetaze 1 (CPS1) povzročajo najhujšo obliko te bolezni. Gre za avtosomno recesivno bolezen, ki lahko nastopi tako v neonatalni dobi kot tudi kasneje. Simptomi so lahko letargija, bruhanje, encefalopatija in koma. Motnjo v delovanju cikla zaradi CPS1 se določi preko encimske ali genske analize. Mutacije tega in tudi preostalih encimov ciklusa povzročijo hiperamoniemijo. Zastrupitev z amonijakom je potrebno čim prej preprečiti s hemodializo in raznimi zdravili, kot so L-arginin hidroklorid, natrijev benzoat in natrijev fenilbutirat. Bolniki se morajo držati stroge diete, bogate z ogljikovimi hidrati in maščobami. Poleg omenjenih zdravil lahko uživajo tudi N-karbamil-L-glutamat, ki deluje kot šaperon, stabilizator in aktivator. Trenutno je edina trajna in učinkovita rešitev transplantacija jeter, v prihodnosti pa bo morda učinkovita tudi genska terapija.

TBK2020-seminar

2020-03-18T07:39:19Z

Nika Perko: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || Preučevanje kronične bolečine s pomočjo toksina avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S193131282030113X?token=D5C1CD010E9020244FE3ED5F5B36BD9C50958D0419B1E3CD7F8BDDAF847C55706EBACBF92B00F7B1D038D29371ADEA8F || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih, ki izražajo sintetično protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || Razvoj cepiva za COVID-19 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020 Povzetki seminarjev

2020-03-10T21:45:26Z

Nika Perko:

=== Anna Scott: Notting Hill ===
William Thacker (Hugh Grant) is a London bookstore owner whose humdrum existence is thrown into romantic turmoil when famous American actress Anna Scott (Julia Roberts) appears in his shop. A chance encounter over spilled orange juice leads to a kiss that blossoms into a full-blown affair. As the average bloke and glamorous movie star draw closer and closer together, they struggle to reconcile their radically different lifestyles in the name of love.

=== Sara Golob: Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni ===

Pri Alzheimerjevi bolezni pride do padca kognitivnih funkcij, kot so spomin, govor, pozornost, učenje, itd. Razvije se zaradi različnih dejavnikov, ki so lahko dedni ali okoljski. Eden od okoljskih dejavnikov je okužba z virusom Herpes simpleks tip 1. Ta povzroči večje izražanje ε4 alela apolipoproteina E, ki povzroča nalaganje Tau proteina in amiloida beta, ki sestavljata senilne plake pri Alzheimerjevi bolezni. To povezavo so odkrili s protitelesi proti virusu Herpes simpleks tipa 1 ter preko lizosomske okvare, zaradi katere pride do nalaganja amiloida beta v možganih. Dokazana je bila tudi povezava med Alzheimerjevo boleznijo in drugimi boleznimi (epilepsija, demenca, shizofrenija, fibromialgija, demenca), pri katerih je opazna kognitivna disfunkcija. Pri bolnikih z epilepsijo so odkrili amiloidne plake, ki so značilni za Alzheimerjevo bolezen, zaradi česar je večja verjetnost, da oboleli za epilepsijo zbolijo še za Alzheimerjevo boleznijo in obratno. Herpes simpleks virus redko povzroča tudi akutni encefalitis, katerega posledica so epileptični napadi, izguba spomina in spremembe v vedenju. Zato znanstveniki menijo, da je povezava med epilepsijo in Alzheimerjevo boleznijo tudi v apolipoproteinu E.

=== Ena Kartal: Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije ===
Čeprav je bila vzpostavljena povezava med kroničnim vnetjem in nevrodegenerativnimi boleznimi, je bilo veliko odprtih vprašanj v zvezi s tem, kako celično staranje, proces, pri katerem celice, ki se nehajo deliti pod stresom, izločijo mešanico vnetnih beljakovin, vplivajo na te patologije. Raziskovalci poročajo, da staranje v astrocitih, ki je najbolj razširjena vrsta celic v možganih, vodi do škodljive '' ekscitotoksičnosti '' na kortikalnih nevronih, ki so vključeni v spomin.In pri tem pride do Alzheimerjeve bolezni,ki je najpogostejši vzrok demence pri starejših, je nepopravljiva, napredujoča možganska motnja, ki ubija možganske celice in postopoma uničuje spomin.

=== Lenka Stanković: Imunoterapija – kako kombinacija anti-VEGFA/Ang2/CD40 protiteles izboljša uspešnost zdravljenja ===

Karakteristika raka je njegova sposobnost spodbujanja angiogeneze, oziroma tvorba novih krvnih žil. Angiogeneza prispeva k rasti in napredovanju tumorja z induciranjem in vzdrževanjem kislega / hipoksičnega in imunosupresivnega okolja. Krvne žile v rakih so pogosto nefunkcionalne in omejujejo promet s T-celicami. Odkritje angiogenih zaviralcev naj bi pripomoglo k zmanjšanju umrljivosti zaradi karcinomov. Imunoterapija proti raku kaže klinično učinkovitost pri izabranih vrstah raka. Ker pa se večina bolnikov ne odziva na najbolj učinkovite imunoterapije, so nove kombinacije imunoterapije obsežno raziskovane. Klinično je zanimanje za kombiniranje imunoterapije raka z antiangiogenim provzročitelji. Tukaj prikazujemo, da imunoterapija proti CD40 poveča tumorsko infiltracijo CD8+T, vendar regresijo tumorja dosežemo močneje, če anti-CD40 kombinirano z dvojno blokado Ang2 in VEGFA. Kombinacija anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonističkih protiteles proti anti-CD40 omogoča zavrnitev tumorjev pri sintetičnih modelih tumorjev. Proučevali so odzive tumorjev na anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonistična protitelesa proti CD40 v različnih modelih mišjega raka. V raziskavi so pokazali, da kombinacija agonističnih protiteles CD40 z dvojno blokado VEGFA/Ang2 povečuje protitumorski odziv v modelnih raka miši s pomočjo sinergistične regulacije genov in indukcije imunskega permisivnega mikrookruženja tumorja, za katero je značilno provnetno (M1 podobno) aktivacijo makrofagov, vaskularno normalizacija ter izboljšanja infiltracije in prostorska lokalizacija efektorskih T-celic. T-celice pošljejo signale drugim vrstam imunskih celic, vključno s citotoksičnimi T celicami CD8+. Citotoksične T-celice, znane tudi kot CD8 + T-celice, izražajo svoje TCR, ki jih spremlja glikoprotein CD8. CD8 + T-celice so vrsta belih krvnih celic, ki so povezane z učinkovitim ubijanjem rakavih celic: med antigensko specifično aktivacijo afiniteta med CD8 glikoproteinom, izraženim s celico CD8 + T, in molekulo MHC razreda I, izraženo z rakavo celico, ohranja obe vrsti celic skupaj. Tesna vezava T celic in rakavih celic skozi kompleks CD8 / TCR in kompleks antigen / MHC-I povzroči, da celice CD8 + T izločajo perforin in grancime, kar vodi v lizo rakavih celic.

=== Nika Tomsič: Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije ===
Po oceni World Health Organisation- World malaria report 2019 je v letu 2018 bilo 228 milijonov primerov malarije. Sladkor je glavni vir energije parazita, zato je razumevanje presnove sladkorjev pomembna tema, ki bi lahko predstavljala pomoč pri sestavljanju zdravil in izrivanju tega parazita. Glavna razlika v presnovi sladkorjev med parazitom in drugimi organizmi je prenašalec, ki sladkorje prenaša v celico. Za to je odgovoren šeskotni prenašalec PfHT1, ki je sposoben transportirati bodisi glukozo kot fruktozo. Strukturno pa je zelo podoben prenašalcem človeške celice GLUT. Prenašalec obsega 12 transmembranskih vijačnic, ki tvorijo osrednjo pot za vstop glukoze. Ključni del proteina pa predstavljajo izrastki ki delujejo kot receptorji za sladkorje. Sladkorne prenašalce še nadaljnjo stabilizirajo solne medcelične povezave. Druga velika razlika med PfHT1 in drugimi prenašalci je brez dvoma način odpiranja in zapiranja prenašalca, saj ni sestavljenen samo iz treh običajnih stanj (odprto navznoter, zaprto, odprto navznoter), temveč ga zaznamujejo še dve vmesni stanji (zaprto navznoter in zaprto navzven, angl. inward–occluded in outward-occluded). Nadaljnjo raziskovanje bi torej lahko omogočilo razvoja novih antimalaričnih zdravil, ki blokirajo uvoz sladkorja in zastrašujejo parazita do smrti oz. razvoja novih zaviralcev, ki so bolj specifični za blokiranje funkcije PfHT1, ne da bi pri tem vplivali na transport sladkorja v človeških celicah.

=== Maša Mencigar: Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem ===
Apoptotske celice v telesu lahko nadzorujejo imunski sistem in preprečijo nezaželene imunske odzive na telesu lastna tkiva oziroma celice. Avtoimune bolezni so kronične, neozdravljive in predstavlajo velik zdravstven problem, saj bolniki trpijo, hkrati pa povzročajo velike stroške. Znanstveniki iz nemškega centra za raziskave rakavih bolezni (DKFZ - Deutsches Krebsforschungszentrum; angl: German Cancer Research Center) so našli receptor na imunskih celicah miši, ki aktivira ta zaščitni mehanizem in prepreči nevarne avtoimunske reakcije. Ta receptor se imenuje dektin-1, ki ima dvojno vlogo, saj veže beta-glukane in aksin proteine. Pomankanje dektina-1 vodi do simptomov avtoimunih bolezni šele proti koncu življenske dobe. Ključna pa je povezava med encimom NAHPH oksidazo-2 in dektinom-1, zato imajo ljudje, ki nimajo tega encima avtoimune bolezni.

=== Ema Kovačič: Izpostavljenost ploda materini mikrobioti ===
Študija o prehodu materine mikrobiote skozi placento pri otrocih, ki so se rodili s carskim rezom prezgodaj in normalno. Mamam so vzeli brise iz različnih delov telesa, otrokom pa takoj po rojstvu vzorce iz ustne votline in mekonija. Imunski sistem pri otrocih se razvije že v prenatalnem obdobju. Našli so DNK nekaterih bakterij v posteljici, plodovnici in mekoniju, kar kaže, da se zarodek spopade z bakterijami že v prenatalnem obdobju. Odkritje bakterijskih zapisov v materničnem okolju nakazuje na koesistenco mehanizmov za kontorolo izpostavljenosti pri plodu in materini mikrobioti.

=== Zala Puklavec: Globoko učenje void do odkritja novih antibiotikov===
Zaradi naglega pojava bakterij, ki so odporne na antibiotike, raste potreba po odkritju novih antibiotikov. Zato so naučili globoko nevronsko mrežo napovedati molekule, ki imajo antibakterijske lastnosti. S tem računalniškim modelom so odkrili, da ima halicin (c-Jun N-terminal kinase inhibitor SU3327) zelo močne antibakterijske lastnosti. Nadaljni eksperimenti so pokazali, da deluje na drugačen način kot večina antibiotikov. Za razliko od ostalih je halicin proti E.coli bakteriociden, ne le bakteriostatski. Testirali so ga tudi na bakterijah, za katere po mnenju Svetovne zdravstvene organizacije najnujneje potrebujemo neko obliko zdravljenja, in proti veliki večini je deloval zelo uspešno. Z daljšo izpostavljenostjo E.coli halicinu so poskušali izolirati mutantske celice, ki so razvile odpornost nanj, vendar jim ni uspelo, kar kaže na to, da te odpornosti ni možno ali pa se vsaj veliko težje razvije. Z še nekaj eksperimenti pa so prišli do zaključka, da halicin disipatira transmembranski pH potencial in najverjetneje veže Fe3+ pred pH disipacijo in povezavo z membrano.

=== Martin Stanonik: De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc===
Odkrivamo vedno več proteinov, ki so nastali iz de novo genov. To pomeni, da so se kodirali iz nekodirajočih delov DNA, kar velja za redek proces. V laboratorijskih poskusih je preveliko izražanje teh nastajajočih genov omogočalo boljše delovanje celice v primerjavi z prevelikim izražanjem že vzpostavljenih genov in motenje tega procesa ni vplivalo na delovanje celice. za osebek so uporabili kvas, saj glive kvasovke vsebujejo najboljše lastnosti za izražanje genov.To prikazuje velik potencial, še posebej za timinsko bogate sekvence za izdelavo transmembranskih proteinov. Iz kombinacij različnih analiz je bil predlagan nov model genskega nastanka. Ta odkritja, bi lahko omogočala nov način izdelave polipeptidov, ki nastanejo iz teh, de novo, delov DNA.

=== Klara Kočman: Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 ===
Koronavirusi so veliki RNA virusi. Okuženost z virusom lahko opazimo z značilni simptomi kot so vročina, kašelj in pomanjkanje zraka. Najnovejši virus koronavirusa, SARS-CoV-2, tudi 2019-nCoV, se je prvič pojavil 31. decembra 2019 v mestu Wuhan na Kitajskem. Transport virusa s človeka na človeka je pogost pri telesnih stikih z bolnikom. SARS-CoV-2 primerjajo z virusama MERS-CoV in SARS-CoV. Na podlagi celotne analize genoma in proteinov je virus bližje SARS-CoV kot MERS-CoV. Pri njem obstaja več kot 90% genetska podobnost s SARS-CoV. Genom virusa SARS-CoV-2 je sestavljen iz približno približno 30 kilobaz, ki jih kodirajo več strukturnih in nestrukturnih proteinov. S SARS-CoV si je podoben po dolžini genoma ter podobnem mehanizmu vstopa v celico ter uporabi celičnih receptorjev (ACE2). Glikoprotein ACE2 se nahaja na površini membrane in je pomemben za vezavo receptorjev gostiteljskih celic in gostitelja. Med 120 sekvencami virusa SARS-CoV-2 ni bila zanana niti ena mutacija, zato lahko s ciljenjem le teh nudimo zaščito. Znanstveniki z opazovanjem odziva na protitelesa pri miših raziskujejo cepivo.

===Timotej Sotošek: Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje Vzhodni respiratorni sindrom koronavirusa===
Zdravilo remdesivir (bolj natančno Remdesivir trifosfat) je preiskovalna spojina, ki je bilo sprva ustvarjeno za zdravit Ebolo. Ima širok spektrum protivirusnih aktivnosti proti RNA virusih kot na primer koronavirusi , Filovirusi,… Njegova tarča je nestrukturirani protein 12 znan pod imenom RNA-odvisna RNA polimeraza na katerem s pomočjo drugih proteinov poteka sinteza virusne RNA verige. Remdesivir je nukleotidni analog ATP-ja s katerim tekmuje za vezavo v nastajajočo se virusno RNA verigo po tem, ko je virus že okuži celico. V primeru, da se Remdesivir uspe vezat v virusno RNA verigo bo ta prenehala rast in tako postala ne uporabna. To pomeni, da je Remdesivir le inhibitor, ki upočasnjuje oz. preprečuje nadaljno širjenje virusa. Raziskave so preiskovale mehanizem inhibicije na virusu Srednje Vzhodni respiratorni sindrom(MERS-CoV) in ga primerjali kako je učinkovit v primerjavi inhibicije virusa Ebola, ter na splošno kako zelo je njegov mehanizem učinkovit. Ker sta si MERS-CoV in SARS-CoV-2 sorodna virusa bi lahko zdravilo Remdesivir pomagal ozdravit obolele z SARS-CoV-2 koronavirusom.

===Nika Perko: Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk===
Komarji vrste Aedes aegypti so eni glavnih povzročiteljev bolezni kot so denga, rumena mrzlica, zika in čikungunja. Najdemo jih v tropskem in subtropskem pasu ter celo v Evropi. Znanstveniki Univerze Nove Mehike so poiskali način, kako preprečiti širitev omenjenih bolezni. Ustvarili so naraven insekticid, ki prepreči razvoj komarjev, ko so ti še v stopnji ličinke. Larvicid je sestavljen iz enostavnih komponent: eteričnega olja pomarančevca Citrus sinensis in gliv kvasovk vrste Saccharomyces cervevisiae. Sintetiziran je bil s postopkom enkapsulacije eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk. Med korake tega procesa so vpeljali še enega novega. Z njim so odstranili odvečno eterično olje, ki je ostalo na zunanji strani celic. To je bilo izredno pomembno, saj je odvečno olje delovalo kot repelent. Z različnimi analizami in primerjavami so ugotovili, da struktura celične stene, membrane in oljnih kapljic ostane po enkapsulaciji nespremenjena. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se kvasovke po enkapsulaciji niso mogle več razmnoževat. Testi efektivnosti so bili vzpodbudni, saj je bil larvicid učinkovit pri vseh ličinkah. Najbolj pa je bil učinkovit pri začetni razvojni stopnji ličink. Novi larvicid ima kar nekaj dobrih lastnosti: je naraven, ne more se nenadzorovano širit in tako škodit vodnemu okolju, izdelava je relativno poceni, je neškodljiv za ljudi, dolgo učinkuje…

Konec klepeta
Napiši sporočilo ...

TBK2020-seminar

2020-03-10T20:53:49Z

Nika Perko: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Imunoterapija – kako kombinacija anti-VEGFA/Ang2/CD40 protiteles izboljša uspešnost zdravljenja || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Middle East respiratory syndrome koronavirusa || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Maja Deutsch || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Zakaj so virusi, ki jih prenašajo netopirji, tako smrtonosni? || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200210144854.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Preoblikovanje glia celic izboljša kratkoročni spomin in učenje || https://jneuroinflammation.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12974-020-1729-4 || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge pri komarjih s sintetičnim protitelesom || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos beljakovin niža tveganje za razvoj kardiovaskularnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020-seminar

2020-03-04T14:20:03Z

Nika Perko: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Imunoterapija – kako kombinacija anti-VEGFA/Ang2/CD40 protiteles izboljša uspešnost zdravljenja || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm https://sci-hub.tw/10.1038/s41586-020-1963-z|| 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Lažne komunikacije med celicami vode v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Kvasovke z inkapsuliranimi esencialnimi olji ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Zaviranje koronavirusne polimeraze z Remdesivirjem(RDV) || https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056.full.pdf https://www.jbc.org/content/early/2020/02/24/jbc.AC120.013056|| 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Anja Moškrič || Povezava med usmerjanjem temperiranih bakteriofagov in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Maja Deutsch || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Zakaj so virusi, ki jih prenašajo netopirji, tako smrtonosni? || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200210144854.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Preoblikovanje glia celic izboljša kratkoročni spomin in učenje || https://jneuroinflammation.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12974-020-1729-4 || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos beljakovin niža tveganje za razvoj kardiovaskularnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020-seminar

2020-02-24T21:25:54Z

Nika Perko: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129131533.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Anja Moškrič || || || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Izumrle celice preprečijo nezaželene imunske odzive || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Lažne komunikacije med celicami vode v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Kvasovke z inkapsuliranimi esencialnimi olji - naravi prijazen larvicid ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Klara Kočman || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Nika Tomsič || Erik Putar || Maja Deutsch
|-
| Gaja Osojnik || || || 10.03. || 13.03. || 17.03. || Sara Golob || Ela Bizjak || Manca Pirc
|-
| Aleksandra Pajović || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Zala Puklavec || Lenka Stanković || Nika Bedrač
|-
| Aljaž Simonič || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Sara Borišek || || || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Nevena Ješić || Sara Golob || Ela Bizjak
|-
| Jan Kogovšek || Preoblikovanje glia celic izboljša kratkoročni spomin in učenje || https://jneuroinflammation.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12974-020-1729-4 || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene || || || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Marigona Beqiraj || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
| Špela Došler || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Maja Deutsch || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos beljakovin niža tveganje za razvoj kardiovaskularnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.