Wiki FKKT - User contributions [en]

MBT seminarji 2019

2019-04-16T20:40:24Z

Nk6927:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2018/19'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (14. marec) 
# Production of functional human interleukin 37 using plants (N. Alqazlan, H. Diao, A. M. Jevnikar, and S. Ma; Plant Cell Rep. 38 (3), Mar. 2019; https://doi.org/10.1007/s00299-019-02377-2). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_funkcionalnega_%C4%8Dlove%C5%A1kega_IL37_v_rastlinah Proizvodnja funkcionalnega človeškega interlevkina 37 v rastlinah. Špela Malenšek]

'''Gensko spremenjene živali''' (21. marec) 
# Myopia disease mouse models: a missense point mutation (S673G) and a protein-truncating mutation of the ''Zfp644'' mimic human disease phenotype. (K. I. Szczerkowska ''et al.''; Cell Biosci. 9, 2019; https://doi.org/10.1186/s13578-019-0280-4). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mi%C5%A1ji_modeli_kratkovidnosti:_druga%C4%8Dnopomenska_to%C4%8Dkovna_mutacija_%28S673G%29_in_skraj%C5%A1evalna_mutacija_v_Zfp644_posnemata_fenotip_%C4%8Dlove%C5%A1ke_bolezni Mišji modeli kratkovidnosti: drugačnopomenska točkovna mutacija (S673G) in skrajševalna mutacija v ''Zfp644'' posnemata fenotip človeške bolezni] Rok Miklavčič
# A chicken bioreactor for efficient production of functional cytokines (Herron L.R. ''et al.''; BMC Biotechnol. 18 (1), Dec. 2018; https://doi.org/10.1186/s12896-018-0495-1).[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_kokošjega_bioreaktorja_za_učinkovito_proizvodnjo_funkcionalnih_citokinov Uporaba kokošjega bioreaktorja za učinkovito proizvodnjo funkcionalnih citokinov] Blaž Lebar
# Influence of a growth hormone transgene on the genetic architecture of growth-related traits: A comparative analysis between transgenic and wild-type coho salmon (M. Kodama, K. A. Naish in R. H. Devlin; Evol Appl. 11(10), 2018; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6231474/). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vpliv_transgena_rastnega_hormona_na_genetsko_arhitekturo_lastnosti_povezanimi_z_rastjo Vpliv transgena rastnega hormona na genetsko arhitekturo lastnosti povezanimi z rastjo: primerjalna analiza transgenega srebrnega lososa in srebrnega lososa divjega tipa] Nuša Kelhar

'''Okolje''' (4. april) 
# Bioremediation of soil long-term contaminated with PAHs by algal-bacterial synergy of Chlorella sp. MM3 and Rhodococcus wratislaviensis strain 9 in slurry phase (S.R.Subashchandrabose, K. Venkateswarlu in K. Venkidusamy; Sci. Total Environ., 2019; https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971835349X). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bioremediacija_zemlje%2C_dolgotrajno_kontaminirane_s_PAH Bioremediacija zemlje, dolgotrajno kontaminirane s policikličnimi aromatskimi ogljikovodiki z sinergijo alge Chlorella sp. MM3 in seva 9 bakterije Rhodococcus wratislaviensis v suspenziji.] Eva Rajh
# Anaerobic degradation of xenobiotic isophthalate by the fermenting bacterium ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'' (M. Junghare, D. Spiteller in B. Schink; ISME J, 2019; https://doi.org/10.1038/s41396-019-0348-5). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Anaerobna_razgradnja_izoftalata_pri_fermentacijski_bakteriji_Syntrophorhabdus_aromaticivorans Anaerobna razgradnja ksenobiotika izoftalata pri fermentirajoči bakteriji ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'']. Elvira Boršič
# Biodegradation and toxicity of emerging contaminants: Isolation of an exopolysaccharide-producing ''Sphingomonas sp.'' for ionic liquids bioremediation. (M. Koutinas ''et al.''; J. Haz. Mat. 365, Mar. 2019; https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2018.10.059). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biorazgradnja_in_toksičnost_nastalih_produktov Biorazgradnja in toksičnost nastalih produktov: izolacija mikroorganizma Sphingomonas MKIV, ki proizvaja eksopolisaharide, za bioremediacijo ionskih tekočin] Katja Dolenc

'''Terapevtski proteini in protitelesa''' (11. april) 
# Constructive approach for synthesis of a functional IgG using a reconstituted cell-free protein synthesis system (S. Murakami ''et al''; Scientific Reports 9, 2019; https://doi.org/10.1038/s41598-018-36691-8). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovit_pristop_za_sintezo_funkcionalnega_IgG_z_uporabo_rekonstruiranega_brezceli%C4%8Dnega_sistema_za_sintezo_proteinov Učinkovit pristop za sintezo funkcionalnega IgG z uporabo rekonstruiranega brezceličnega sistema za sintezo proteinov.] Vida Štrancar
# New therapeutic approach for targeting Hippo signalling pathway (L. Dominguez-Berrocal ''et al''; Scientific Reports 9(4771), 2019; https://www.nature.com/articles/s41598-019-41404-w). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nov_terapevtski_pristop_za_ciljanje_signalne_poti_Hippo Nov terapevtski pristop za ciljanje signalne poti Hippo.] Ana Halužan Vasle
# Use of a design of experiments approach to optimise production of a recombinant antibody fragment in the periplasm of Escherichia coli: selection of signal peptide and optimal growth conditions (Kasli ''et al''. AMB Expr (2019) 9:5; https://doi.org/10.1186/s13568-018-0727-8). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_pristopa_načrtovanja_eksperimentov_za_optimizacijo_proizvodnje_rekombinantnega_fragmenta_protitelesa_v_periplazmi_Escherichie_coli:_izbira_signalnega_peptida_in_optimalnih_pogojev_rasti Uporaba pristopa načrtovanja eksperimentov za optimizacijo proizvodnje rekombinantnega fragmenta protitelesa v periplazmi ''Escherichie coli'': izbira signalnega peptida in optimalnih pogojev rasti.] Nina Mavec

'''Diagnostiki in cepiva''' (18. april) 
# A viral-vectored RSV vaccine induces long-lived humoral immunity in cotton rats (J. Grieves, Z. Yin, A. Garcia-Sastre et al.; Vaccine 36(26), 2018; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2018.04.089) [[Cepivo proti RSV, pripravljeno z virusnim vektorjem, inducira dolgotrajno humoralno imunost pri bombažnih podganah]]. Nina Kobe
# Optimization of a multivalent peptide vaccine for nicotine addiction (D. F. Zeigler, R. Roque, C. H. Clegg; Vaccine 37(12), 2019; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2019.02.003) [[Optimizacija večvalentnega peptidnega cepiva za nikotinsko odvisnost]]. Iza Oblak
# Design of a Type-1 Diabetes Vaccine Candidate Using Edible Plants Expressing a Major Autoantigen (E. Bertini ''et al''., Front. Plant Sci. 9, 2018 https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00572) [[Načrtovanje kandidatnega cepiva za diabetes tipa I s pomočjo užitnih rastlin, ki izražajo pomemben avtoantigen]]. Katarina Petra van Midden

'''LMW učinkovine''' (25. april) 
# Metabolic engineering of ''Escherichia coli'' for de novo biosynthesis of vitamin B12 (H. Fang ''et al.'', Nat Commun. 9(1), 2018 https://doi.org/10.1038/s41467-018-07412-6). Metabolno inženirstvo bakterije ''Escherichia coli'' za de novo sintezo vitamina B12. Valentina Novak
# David Titovšek
# Bor Klančnik

'''Male molekule in polimeri''' (9. maj) 
# Primož Bembič
# Karin Dobravc Škof
# Jaka Kos

'''Pretvorba biomase in bioenergenti''' (16. maj) 
# Maksimiljan Adamek
# Aljoša Marinko
# Jošt Hočevar

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (23. maj) 
# Katja Kunčič
# Peter Pečan

'''Rezervni termin''' (30. maj) 
# Mia Žganjar
# Engineering Protein-Secreting Plasma Cells by Homology-Directed Repair in Primary Human B Cells (Hung ''et al.'', Mol Ther. 7;26(2):456-467. <noinclude>https://doi.org/10.1016/j.ymthe.2017.11.012</noinclude>). Inženirstvo spreminjanja plazmatk s popravljanjem primarnih človeških celic B na osnovi homologije. Nives Ražnjević
# Ana Müller

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

Cepivo proti RSV, pripravljeno z virusnim vektorjem, inducira dolgotrajno humoralno imunost pri bombažnih podganah

2019-04-16T20:38:06Z

Nk6927: New page: Respiratorni sincicijski virus (RSV) je negativno polarni RNA virus in spada v družino paramiksovirusov. Je najpogostejši vzrok za bronhiolitis, pljučnico in respiratorno odpoved pri do...

Respiratorni sincicijski virus (RSV) je negativno polarni RNA virus in spada v družino paramiksovirusov. Je najpogostejši vzrok za bronhiolitis, pljučnico in respiratorno odpoved pri dojenčkih. Virus je zlahka prenosljiv s kašljem in dihanjem. Okužba se lahko ponavlja, vendar učinkovitega ter varnega cepiva še ni v uporabi [1].

== Okužba z RSV ==
Primarna okužba z RSV sicer inducira T-celični odziv, ampak zaščita ni zadostna. RSV namreč prepreči nastajanje IFN-α in IFN-β, ki med drugim vzpodbujata odpornost na virusno replikacijo v neokuženih celicah, s tem aktivirata gene, ki povzročajo uničenje mRNA in tako zavreta translacijo virusnih proteinov. Aktivirata tudi naravne celice ubijalke (NK). Odsotnost IFN prispeva k relativno neučinkovitemu B celičnemu odzivu na virus [1].

== Konstrukcija cepiva ==
Izdelali so cepivo, katerega vektor temelji na Hitchner B1 sevu (cepni sev) virusa atipične kokošje kuge oz. NDV (Newcastle disease virus). NDV je ptičji paramiksovirus, ki ni patogen za ljudi in podgane in pri njiju povzroči visoke ravni IFN. Protein RSV F so vstavili v NDV. RSV F so izbrali iz 2 razlogov: (1) samo protitelesa, usmerjena na površinske glikoproteine F in G RSV so povezana z zaščito; (2) od proteinov F in G le F vsebuje CD4 in CD8 epitop T-celic. F gen iz RSV so vstavili med gena P in M (NDV cDNA) in njegovo prisotnost potrdili s PCR [1, 2].

Bombažne podgane so cepili intranazalno v dveh odmerkih – drugi, »poživitveni«, odmerek so živali prejele 28 dni po prvem. Poleg z 1 x 106 pfu NDV-F, so bombažne podgane cepili še z dvema kontrolama, in sicer z 1 x 106 pfu NDV samega vektorja ter z alantoično tekočino. Za testne živali so izbrali bombažne podgane iz razloga, ker imajo, tako kot ljudje, razširjeno okužbo sluznice nosu in omejeno okužbo epitelija dihalnih poti. Nato so živali okužili z RSV. Humani RSV sev A2, prvotno pridobljen iz ATCC (VR-1540), so prenesli na mišje monosloje STAT1 -/- fibroblastov. Odmerek 1 x 106 pfu RSV so vstavili v nosno votlino. Dostavili so ga počasi, da bi omejili začetno okužbo z virusom na zgornje dihalne poti [1].

== Učinkovitost cepiva ==
NDV-F cepljenje inducira IFN in blag, omejen vnetni odziv, kar odraža sposobnost cepiva, da aktivira prirojeno imunost. NDV-F ne povzroči akutne poškodbe zgornjih ali spodnjih dihalnih poti, povzroči pa limfocitni odziv sluznice. Medtem ko pri kontrolah večjih histoloških sprememb ni bilo, so bili pri NDV-F prisotni limfoplazmocitni infiltrati v pljučih in nosni votlini, obenem pa še povečano število limfocitov ter plazmatk okoli bronhiolov v pljučih.

S histološkimi, imunohistokemijskimi (IHC) testi in testi s plaki so pokazali, da NDV-F cepljenje zaščiti proti okužbi in ponovni okužbi z RSV. 6 mesecev po prvi okužbi so živali ponovno okužili z RSV in vse tri vrste testov so pokazale odsotnost virusa pri živalih, cepljenih z NDV-F.

Naravna zaščita, ki sledi okužbam, je kratkotrajna, cepljenje pa podaljša in ojača odziv protiteles proti RSV. Z analizo seruma, z BAL (bronhoalveolarno izpiranje) in z NW (izpiranje nosu) so ob večih časovnih točkah določili RSV-F specifične IgG z ELISO. Pri živalih, cepljenih z NDV-F, je bil ob okužbi z RSV induciran močan, F-specifičen IgG odziv, ki je ostal na visokem nivoju še 6 mesecev po okužbi z RSV.

Da NDV-F cepljenje inducira dolgotrajni odziv protiteles, so po odvzemu vratnih bezgavk dokazali tudi s štetjem RSV specifičnih IgG protitelesa-izločujočih celicih (ASCs) z ELISpot-om. Pri obeh kontrolah je bil odziv minimalen ali pa ga ni bilo, medtem ko je bil pri živalih, cepljenih z NDV-F, močan F-specifični ASC odziv.

Cepljenje prepreči eozinofilno vnetje pljuč kot odziv na okužbo in ponovno okužbo z RSV, medtem ko se je raven eoziofilcev ob ponovni okužbi pri kontrolah znova povišala. Po cepljenju in okužbi z RSV, so v večih časovnih točkah določili število celic z BAL in pregledali pripravke z Wright-Giemsa barvanjem.

Cepivo je učinkovito tudi pri predhodno okuženih živalih z RSV. Pri živalih, ki so bile cepljene z NDV-F, so dokazali trikrat višje ravni RSV F-specifičnih IgG. Podgane so najprej okužili z RSV (primarna okužba), jih nato cepili z NDV-F (v dveh odmerkih - čez 2 in 3 meseca), določili nivo protiteles v serumu (čez 4 in 9 mesecev) ter nato še drugič okužili z RSV (čez 9 mesecev). V pljučih in nosni votlini živali so dokazali odsotnost virusa [1].

== Zaključek ==
Ugotovili so, da sta dva intranazalna odmerka NDV-F inducirala robustno, dolgoživo, antigen-specifično humoralno imunost, preprečila RSV okužbo spodnjih dihalnih poti in v veliki meri tudi zgornjih. Dokazali so tudi učinkovitost cepiva pri živalih, predhodno okuženih z RSV [1].
== Viri ==
[1] J. Grieves, Z. Yin, A. Garcia-Sastre et al.: A viral-vectored RSV vaccine induces long-lived humoral immunity in cotton rats. ''Vaccine''. '''2018''', 36(26), 3842–52.

[2] L. Martinez-Sobrido, N. Gitiban, A. Fernandez-Sesma et al.: Protection against respiratory syncytial virus by a recombinant Newcastle disease virus vector. ''J Virol''. '''2006''', 80(3), 1130–9.

MBT seminarji 2019

2019-03-25T18:56:27Z

Nk6927:

MBT seminarji 2019

2019-03-25T18:56:08Z

Nk6927: