Wiki FKKT - User contributions [en]

CelloSelect – sintetična celobiozna presnovna pot za izbor stabilnih transgenih celičnih linij CHO

2022-05-09T21:14:25Z

Nvegelj:

Izhodiščni članek: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717622000015
== Uvod ==
Protokoli, ki se danes uporabljajo za ustvarjanje transgenih celičnih linij, temeljijo na uporabi antibiotikov in specializiranih celičnih linij, ki jim manjka del njihove metabolne poti. Vse to pa vodi v uporabo potencialno nevarnih snovi in celičnih linij z izbitimi geni, kar lahko zmanjša produktivnost. Večina sesalskih celic za svoje preživetje ne more izrabiti ogljikovega hidrata celobioze, disaharida, ki nastane preko povezave dveh molekul glukoze, povezanih z β(1-4) glikozidno vezjo. V raziskovalnem delu so raziskovalci predstavili novo metodo imenovano CelloSelect, ki se uporablja pri ustvarjanju stabilnih celičnih linij z uporabo celobioze. CelloSelect je neodvisen od antibiotikov in ne zahteva izločanja endogenih encimov. V nasprotju z mikroorganizmi in glivami, večina celic sesalcev ne more presnoviti celobioze. Z CelloSelectom so raziskovalci iznašli način, da sesalske celice preživijo z metaboliziranjem celobioze tako, da so uvedli heterologno metabolno pot izrabe celobioze, pridobljene iz glive Neurospora crassa, s čimer so celice sesalcev obdarili s sposobnostjo preživetja in rasti na celobiozi kot edinem viru ogljika. Rezultati kažejo, da ta pristop zagotavlja novo in učinkovito strategijo za ustvarjanje stabilnih celičnih linij brez uporabe antibiotika ali škodljivih kemikalij [1].

== Rezultati ==
=== Oblikovanje poti izrabe celobioze ===
Ustvarili so tri genetske konstrukte, ki kodirajo za izražanje bodisi transporterja celulodekstrina (CDT1) iz glive N. Cassa, bodisi β-glukozidaze (GH1) ali pa obeh, ki pa sta ločena s peptidom T2A, ki je podvržen cepljenju. Peptid obdajajo končne ponovitve ITR, ki temeljijo na tranaspeptidazi imenovani PiggyBac. Da so preverili funkcionalnost konstruktov, so celice CHO-K1 transfecirali ločeno z vsakim izmed plazmidov, prav tako pa so izvedli transfekcijo obeh skupaj. Kot pozitivna kontrola so služile celice, ki so jih po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju gojili še dodatnih 48-ur v mediju z glukozo. Ostale celice so po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju, nato še dodatno gojili v mediju bogatem z celobiozo, vendar brez glukoze. Kot negativna kontrola pa so jim služile celice, ki so jih gojili v mediju brez glukoze in tudi brez celobioze. Da so potrdili samo funkcionalnost izrabe celobioze za preživetje celic, so predhodno transfecirane celice gojili v mediju, ki je vseboval resorufin-β-D-celobiozid ter opazovali sproščanje flourescenčnega produkta resurofina. Sproščanje resurofina so opazili v celicah, ki so izražale samo β-glukozidazo oz., ki so izražale tako β-glukozidazo kot celodekstrinski transporter (bodisi v ločenih konstruktih ali v kombinaciji) [1,2].

=== Vzpostavitev optimiziranega protokola CelloSelect v adherentnih celičnih kulturah CHO-K1 ===
Nato so raziskovali vpliv števila pritrjenih celic, koncentracijo FBS reagenta ter koncentracijo celobioze na preživetje celic. Celice CHO-K1 so kotransfecirali s plazmidom, ki kodira za hiperaktivno PiggyBac transpozazo in celotnim sistemom CelloSelect, ki vsebuje še zapis za flourescenčni protein citrin. Ugotovili so, da nižje koncentracije celobioze in FBS povečajo odstotek flourescenčnih celic in večje število pritrjenih celic poveča samo preživetje le-teh. Optimalni pogoji za selekcijo so bili pri 0.3x106 celic/ml, 5%FBS, 0.125g/L celobioze, ki naj bi privedli do 73% izplena flourescenčnih celic. Nato so ponovili transfekcijo CelloSelecta pri optimalnih pogojih ter analizirali koncentracijo flourescenčnega proteina ter število celic štiri dni zapored. Po štirih dneh so potrdili, da je v transfecirani kulturi več kot 85% flourescirajočih celic, medtem ko so netransfecirane celice in pa celice z medijem brez sladkorja bile po treh dneh skoraj popolnoma izčrpane. Potrdili so preživetje celic, ki so bile predhodno transfecirane z celotnim CelloSelect sistemom ali pa samo z zapisom za GH-1. Hkrati so dokazali, da je Celodekstrinski transporter CD1 nujen za preživetje celic pod selekcijskimi pogoji [1].

=== Uporaba za stabilno proizvodnjo biofarmacevtskih beljakovin v celicah CHO-K1 ===
Za ponazoritev uporabe sistema CelloSelect so izbrali biofarmacevtski protein eritropoetin. Želeli so ustvariti protein celotne dolžine, zato so na C-končnem delu uporabili fuzijo s furinom T2A in tako so povezali gen za eritropoetin s selekcijsko kaseto [3]. Zaradi prisotnega peptida T2A se fuzijski protein prevaja ločeno v samostojni protein. Eritropoetin je sekretorni protein, ki se nato transportira v golgi, kjer najprej poteče cepitev furina, nato pa odstranitev C-terminalnih lizinov in argininov s pomočjo karboksipeptidaze. V želji po potrditvi, da imajo celice CHO-K1 endopeptidazno aktivnost, so jih transfecirali ločeno z dvema različnima konstruktoma, ki kodirata za konstituitivno izražanje izločenega proteina, ki je označen z oznako FLAG. Konstrukt ima na C-koncu majhno 18 aminokislin dolgo oznako, ki je ločena z cepitvenim mestom za furin (pMM83), drugi pa ima fleksibilni GS povezovalnik (pMM84). Analizo supernatanta celic so izvedli s prenosom Western in potrdili, da so bili pristoni krajši peptidi v vzorcu celic, ki je bil transfeciran s konstruktom, ki je vseboval furin. V naslednjem koraku so vzporedno transfecirali CHO-K1 celice z CelloSelect kaseto, ki je nosila zapis za citrin in eritripoetin.

=== Učinkovitost CelloSelect sistema v suspenziji celičnih kultur CHO-S ===
Želeli so preveriti ali CelloSelect sistem deluje tudi pri celicah seva CHO-S, ki rastejo v mediju brez protinov in seruma. Hkrati pa so primerjali učinkovitost CelloSelecta s selekcijskimi sistemi, ki temeljijo na dveh metabolnih markerjih GS in DHFR, ki se pogosto uporabljata v industrijskih procesih. Izdelali so tri konstrukte, ki kodirajo za zapis za protein citrin ali pa eritropoetin. Vsi konstrukti vsebujejo na obeh straneh ITR zaporedji, ki kodirata za transpozazo PiggyBac. Vse konstrukte so transfecirali v celice CHO-S, ki so bile v selekcijskem mediju z FMX8 sestavo [4]. Dokazali so, da je populacija celic na kateri je bila izvedena selekcija s celobiozo dosegla 95% hitrejšo ekspresijo citrina, kot pa populacija celic pod MSX (GS) in MTX (DHFR)selekcijo. Pokazali so, da so celice selekcionirane pod celobioznim sistemom stabilne do 60 dni v kulturi, pri čemer ohranijo do 99% flourescirajočih celic kot tudi podoben nivo ekspresije citrina. Po 15 dneh so analizirali populacijo celic, ki je izražala eritropoetin. Nenazadnje so ocenili ali bi selekcijska gena cdt1 in gh1 vplivala na presnovno obremenitev celic. Preverili so tudi ali bi dodatek celobioze k stabilnim celičnim linijam, ki rastejo na glukozi imela vpliv na celično rast in pa produktivnost. Primerjali so rastne vzorce celic CHO-S, ki izražajo citrin in pa netransformirane celice CHO-S v mediju, ki je vseboval glukozo (30Mm), v prisotnosti in pa odsotnosti celobioze (2g/L). Ugotovili so, da so vzorci rasti celic v obeh primer zelo podobni, zato so sklepali, da selekcijski geni nimajo vpliva na metabolično obremenitev celic. Prav tako so potrdili, da celobioza nima negativnega vpliva na celično rast in produkcijo rekombinantnega proteina.

=== Uporaba Celloselect sistema za proizvodnjo monoklonskih protiteles pri kultivaciji s hranjenjem ===
S pomočjo sistema CelloSelect so ovrednotili stabilno izražanje modelnega monoklonskega protitelesa Rituksimaba, ki je eden izmed najuspešnejših proteinskih terapevtikov, ki so proizvedeni v celicah linije CHO. Celice CHO-S so bile transfecirane z ekspresijskim sistemom CelloSelect, ki kodira za težke in lahke verige rituksimaba. Zapisa sta med seboj ločena z zapisom za cepitveni protein T2A (pAna264) in zbrane v mediju, ki vsebuje celobiozo 12 dni. S kvantitativnim PCR so analizirali število uspešno integriranih kaset z zapisom za PiggyBac transpozazo v genomu celic. Celice, ki izražajo citrin in rituksimab, so imele v genomu povprečno 10 in 13 kaset CelloSelect sistema, kar je podobno vrednostim, ki so dosežene ob uporabi antibiotikov za selekcijo. Serijsko gojenje s hranjenjem je prednostno pred šaržnim gojenjem, saj se pri serijskem hranilo konstantno dodaja. Dokazali so, da so kulture gojene v serijskem gojenju s hranjenjem dosegle višje gostote celic, kot pa pri šaržnem gojenju, prav tako, pa se je povečala tudi sposobnost preživetja celic [1].

=== Zaključek ===
Metabolni inženiring v celicah sesalcev se osredotoča predvsem na izboljšan izplen rekombinantnega proteina za zmanjšanje stranskih produktov in za povečanje preživetja celic med gojenje. V delu so raziskovalci predstavili nov pristop selekcije, kjer so izvedli prenos heterologne presnovne poti iz glive N.Crassa v sesalske celice. Dokazali so, da uporaba celobioze omogoči preživetje in razmnoževanje konstruiranih celic na mediju brez glukoze, ki vsebuje celobiozo. Sesalske celice navadno ne morejo presnavljati celobioze, ta sistem pa omogoči specifično in učinkovito selekcijo CHO-K1 celic, ki stabilno izražajo metabolne encime za uspešno presnovo celobioze. Z eksperimentom, kjer so ustvarili stabilne linije, ki so proizvajale protein eritropoetin so pokazali, da je na tak način mogoče celice gojiti dalj časa. V primerjavi z izbirnimi metodami, ki temeljijo na antibiotikih, ima CelloSelect prednost uporabe netoksičnega selekcijskega sredstva, ki omogoča stalno vzdrževanje selekcijskega tlaka in potencialno zmanjša potrebno količino nadaljnje obdelave.

== Viri in literatura ==
[1] Matasci, M., Baldi, L., Hacker, D. L. & Wurm, F. M. The PiggyBac transposon enhances the frequency of CHO stable cell line generation and yields recombinant lines with superior productivity and stability. Biotechnology and Bioengineering 108, 2141–2150 (2011).

[2] Lin, J. et al. Impact of Signal Peptides on Furin-2A Mediated Monoclonal Antibody Secretion in CHO Cells. Biotechnology Journal 12, 1700268 (2017).

[3] Zhang, J. Mammalian Cell Culture for Biopharmaceutical Production. Manual of Industrial Microbiology and Biotechnology 157–178 (2014) doi:10.1128/9781555816827.CH12.

[4] Teixeira, A. P. et al. CelloSelect – A synthetic cellobiose metabolic pathway for selection of stable transgenic CHO cell lines. Metabolic Engineering 70, 23–30 (2022).

CelloSelect – sintetična celobiozna presnovna pot za izbor stabilnih transgenih celičnih linij CHO

2022-05-09T21:13:45Z

Nvegelj:

Izhodiščni članek: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717622000015
== Uvod ==
Protokoli, ki se danes uporabljajo za ustvarjanje transgenih celičnih linij, temeljijo na uporabi antibiotikov in specializiranih celičnih linij, ki jim manjka del njihove metabolne poti. Vse to pa vodi v uporabo potencialno nevarnih snovi in celičnih linij z izbitimi geni, kar lahko zmanjša produktivnost. Večina sesalskih celic za svoje preživetje ne more izrabiti ogljikovega hidrata celobioze, disaharida, ki nastane preko povezave dveh molekul glukoze, povezanih z β(1-4) glikozidno vezjo. V raziskovalnem delu so raziskovalci predstavili novo metodo imenovano CelloSelect, ki se uporablja pri ustvarjanju stabilnih celičnih linij z uporabo celobioze. CelloSelect je neodvisen od antibiotikov in ne zahteva izločanja endogenih encimov. V nasprotju z mikroorganizmi in glivami, večina celic sesalcev ne more presnoviti celobioze. Z CelloSelectom so raziskovalci iznašli način, da sesalske celice preživijo z metaboliziranjem celobioze tako, da so uvedli heterologno metabolno pot izrabe celobioze, pridobljene iz glive Neurospora crassa, s čimer so celice sesalcev obdarili s sposobnostjo preživetja in rasti na celobiozi kot edinem viru ogljika. Rezultati kažejo, da ta pristop zagotavlja novo in učinkovito strategijo za ustvarjanje stabilnih celičnih linij brez uporabe antibiotika ali škodljivih kemikalij [1].

== Rezultati ==
=== Oblikovanje poti izrabe celobioze ===
Ustvarili so tri genetske konstrukte, ki kodirajo za izražanje bodisi transporterja celulodekstrina (CDT1) iz glive N. Cassa, bodisi β-glukozidaze (GH1) ali pa obeh, ki pa sta ločena s peptidom T2A, ki je podvržen cepljenju. Peptid obdajajo končne ponovitve ITR, ki temeljijo na tranaspeptidazi imenovani PiggyBac. Da so preverili funkcionalnost konstruktov, so celice CHO-K1 transfecirali ločeno z vsakim izmed plazmidov, prav tako pa so izvedli transfekcijo obeh skupaj. Kot pozitivna kontrola so služile celice, ki so jih po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju gojili še dodatnih 48-ur v mediju z glukozo. Ostale celice so po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju, nato še dodatno gojili v mediju bogatem z celobiozo, vendar brez glukoze. Kot negativna kontrola pa so jim služile celice, ki so jih gojili v mediju brez glukoze in tudi brez celobioze. Da so potrdili samo funkcionalnost izrabe celobioze za preživetje celic, so predhodno transfecirane celice gojili v mediju, ki je vseboval resorufin-β-D-celobiozid ter opazovali sproščanje flourescenčnega produkta resurofina. Sproščanje resurofina so opazili v celicah, ki so izražale samo β-glukozidazo oz., ki so izražale tako β-glukozidazo kot celodekstrinski transporter (bodisi v ločenih konstruktih ali v kombinaciji)[1,2].

=== Vzpostavitev optimiziranega protokola CelloSelect v adherentnih celičnih kulturah CHO-K1 ===
Nato so raziskovali vpliv števila pritrjenih celic, koncentracijo FBS reagenta ter koncentracijo celobioze na preživetje celic. Celice CHO-K1 so kotransfecirali s plazmidom, ki kodira za hiperaktivno PiggyBac transpozazo in celotnim sistemom CelloSelect, ki vsebuje še zapis za flourescenčni protein citrin. Ugotovili so, da nižje koncentracije celobioze in FBS povečajo odstotek flourescenčnih celic in večje število pritrjenih celic poveča samo preživetje le-teh. Optimalni pogoji za selekcijo so bili pri 0.3x106 celic/ml, 5%FBS, 0.125g/L celobioze, ki naj bi privedli do 73% izplena flourescenčnih celic. Nato so ponovili transfekcijo CelloSelecta pri optimalnih pogojih ter analizirali koncentracijo flourescenčnega proteina ter število celic štiri dni zapored. Po štirih dneh so potrdili, da je v transfecirani kulturi več kot 85% flourescirajočih celic, medtem ko so netransfecirane celice in pa celice z medijem brez sladkorja bile po treh dneh skoraj popolnoma izčrpane. Potrdili so preživetje celic, ki so bile predhodno transfecirane z celotnim CelloSelect sistemom ali pa samo z zapisom za GH-1. Hkrati so dokazali, da je Celodekstrinski transporter CD1 nujen za preživetje celic pod selekcijskimi pogoji [1].

=== Uporaba za stabilno proizvodnjo biofarmacevtskih beljakovin v celicah CHO-K1 ===
Za ponazoritev uporabe sistema CelloSelect so izbrali biofarmacevtski protein eritropoetin. Želeli so ustvariti protein celotne dolžine, zato so na C-končnem delu uporabili fuzijo s furinom T2A in tako so povezali gen za eritropoetin s selekcijsko kaseto [3]. Zaradi prisotnega peptida T2A se fuzijski protein prevaja ločeno v samostojni protein. Eritropoetin je sekretorni protein, ki se nato transportira v golgi, kjer najprej poteče cepitev furina, nato pa odstranitev C-terminalnih lizinov in argininov s pomočjo karboksipeptidaze. V želji po potrditvi, da imajo celice CHO-K1 endopeptidazno aktivnost, so jih transfecirali ločeno z dvema različnima konstruktoma, ki kodirata za konstituitivno izražanje izločenega proteina, ki je označen z oznako FLAG. Konstrukt ima na C-koncu majhno 18 aminokislin dolgo oznako, ki je ločena z cepitvenim mestom za furin (pMM83), drugi pa ima fleksibilni GS povezovalnik (pMM84). Analizo supernatanta celic so izvedli s prenosom Western in potrdili, da so bili pristoni krajši peptidi v vzorcu celic, ki je bil transfeciran s konstruktom, ki je vseboval furin. V naslednjem koraku so vzporedno transfecirali CHO-K1 celice z CelloSelect kaseto, ki je nosila zapis za citrin in eritripoetin.

=== Učinkovitost CelloSelect sistema v suspenziji celičnih kultur CHO-S ===
Želeli so preveriti ali CelloSelect sistem deluje tudi pri celicah seva CHO-S, ki rastejo v mediju brez protinov in seruma. Hkrati pa so primerjali učinkovitost CelloSelecta s selekcijskimi sistemi, ki temeljijo na dveh metabolnih markerjih GS in DHFR, ki se pogosto uporabljata v industrijskih procesih. Izdelali so tri konstrukte, ki kodirajo za zapis za protein citrin ali pa eritropoetin. Vsi konstrukti vsebujejo na obeh straneh ITR zaporedji, ki kodirata za transpozazo PiggyBac. Vse konstrukte so transfecirali v celice CHO-S, ki so bile v selekcijskem mediju z FMX8 sestavo [4]. Dokazali so, da je populacija celic na kateri je bila izvedena selekcija s celobiozo dosegla 95% hitrejšo ekspresijo citrina, kot pa populacija celic pod MSX (GS) in MTX (DHFR)selekcijo. Pokazali so, da so celice selekcionirane pod celobioznim sistemom stabilne do 60 dni v kulturi, pri čemer ohranijo do 99% flourescirajočih celic kot tudi podoben nivo ekspresije citrina. Po 15 dneh so analizirali populacijo celic, ki je izražala eritropoetin. Nenazadnje so ocenili ali bi selekcijska gena cdt1 in gh1 vplivala na presnovno obremenitev celic. Preverili so tudi ali bi dodatek celobioze k stabilnim celičnim linijam, ki rastejo na glukozi imela vpliv na celično rast in pa produktivnost. Primerjali so rastne vzorce celic CHO-S, ki izražajo citrin in pa netransformirane celice CHO-S v mediju, ki je vseboval glukozo (30Mm), v prisotnosti in pa odsotnosti celobioze (2g/L). Ugotovili so, da so vzorci rasti celic v obeh primer zelo podobni, zato so sklepali, da selekcijski geni nimajo vpliva na metabolično obremenitev celic. Prav tako so potrdili, da celobioza nima negativnega vpliva na celično rast in produkcijo rekombinantnega proteina.

=== Uporaba Celloselect sistema za proizvodnjo monoklonskih protiteles pri kultivaciji s hranjenjem ===
S pomočjo sistema CelloSelect so ovrednotili stabilno izražanje modelnega monoklonskega protitelesa Rituksimaba, ki je eden izmed najuspešnejših proteinskih terapevtikov, ki so proizvedeni v celicah linije CHO. Celice CHO-S so bile transfecirane z ekspresijskim sistemom CelloSelect, ki kodira za težke in lahke verige rituksimaba. Zapisa sta med seboj ločena z zapisom za cepitveni protein T2A (pAna264) in zbrane v mediju, ki vsebuje celobiozo 12 dni. S kvantitativnim PCR so analizirali število uspešno integriranih kaset z zapisom za PiggyBac transpozazo v genomu celic. Celice, ki izražajo citrin in rituksimab, so imele v genomu povprečno 10 in 13 kaset CelloSelect sistema, kar je podobno vrednostim, ki so dosežene ob uporabi antibiotikov za selekcijo. Serijsko gojenje s hranjenjem je prednostno pred šaržnim gojenjem, saj se pri serijskem hranilo konstantno dodaja. Dokazali so, da so kulture gojene v serijskem gojenju s hranjenjem dosegle višje gostote celic, kot pa pri šaržnem gojenju, prav tako, pa se je povečala tudi sposobnost preživetja celic [1].

=== Zaključek ===
Metabolni inženiring v celicah sesalcev se osredotoča predvsem na izboljšan izplen rekombinantnega proteina za zmanjšanje stranskih produktov in za povečanje preživetja celic med gojenje. V delu so raziskovalci predstavili nov pristop selekcije, kjer so izvedli prenos heterologne presnovne poti iz glive N.Crassa v sesalske celice. Dokazali so, da uporaba celobioze omogoči preživetje in razmnoževanje konstruiranih celic na mediju brez glukoze, ki vsebuje celobiozo. Sesalske celice navadno ne morejo presnavljati celobioze, ta sistem pa omogoči specifično in učinkovito selekcijo CHO-K1 celic, ki stabilno izražajo metabolne encime za uspešno presnovo celobioze. Z eksperimentom, kjer so ustvarili stabilne linije, ki so proizvajale protein eritropoetin so pokazali, da je na tak način mogoče celice gojiti dalj časa. V primerjavi z izbirnimi metodami, ki temeljijo na antibiotikih, ima CelloSelect prednost uporabe netoksičnega selekcijskega sredstva, ki omogoča stalno vzdrževanje selekcijskega tlaka in potencialno zmanjša potrebno količino nadaljnje obdelave.

== Viri in literatura ==
[1] Matasci, M., Baldi, L., Hacker, D. L. & Wurm, F. M. The PiggyBac transposon enhances the frequency of CHO stable cell line generation and yields recombinant lines with superior productivity and stability. Biotechnology and Bioengineering 108, 2141–2150 (2011).

[2] Lin, J. et al. Impact of Signal Peptides on Furin-2A Mediated Monoclonal Antibody Secretion in CHO Cells. Biotechnology Journal 12, 1700268 (2017).

[3] Zhang, J. Mammalian Cell Culture for Biopharmaceutical Production. Manual of Industrial Microbiology and Biotechnology 157–178 (2014) doi:10.1128/9781555816827.CH12.

[4] Teixeira, A. P. et al. CelloSelect – A synthetic cellobiose metabolic pathway for selection of stable transgenic CHO cell lines. Metabolic Engineering 70, 23–30 (2022).

CelloSelect – sintetična celobiozna presnovna pot za izbor stabilnih transgenih celičnih linij CHO

2022-05-09T21:12:22Z

Nvegelj:

Izhodiščni članek: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717622000015
== Uvod ==
Protokoli, ki se danes uporabljajo za ustvarjanje transgenih celičnih linij, temeljijo na uporabi antibiotikov in specializiranih celičnih linij, ki jim manjka del njihove metabolne poti. Vse to pa vodi v uporabo potencialno nevarnih snovi in celičnih linij z izbitimi geni, kar lahko zmanjša produktivnost. Večina sesalskih celic za svoje preživetje ne more izrabiti ogljikovega hidrata celobioze, disaharida, ki nastane preko povezave dveh molekul glukoze, povezanih z β(1-4) glikozidno vezjo. V raziskovalnem delu so raziskovalci predstavili novo metodo imenovano CelloSelect, ki se uporablja pri ustvarjanju stabilnih celičnih linij z uporabo celobioze. CelloSelect je neodvisen od antibiotikov in ne zahteva izločanja endogenih encimov. V nasprotju z mikroorganizmi in glivami, večina celic sesalcev ne more presnoviti celobioze. Z CelloSelectom so raziskovalci iznašli način, da sesalske celice preživijo z metaboliziranjem celobioze tako, da so uvedli heterologno metabolno pot izrabe celobioze, pridobljene iz glive Neurospora crassa, s čimer so celice sesalcev obdarili s sposobnostjo preživetja in rasti na celobiozi kot edinem viru ogljika. Rezultati kažejo, da ta pristop zagotavlja novo in učinkovito strategijo za ustvarjanje stabilnih celičnih linij brez uporabe antibiotika ali škodljivih kemikalij [1].

== Rezultati ==
=== Oblikovanje poti izrabe celobioze ===
Ustvarili so tri genetske konstrukte, ki kodirajo za izražanje bodisi transporterja celulodekstrina (CDT1) iz glive N. Cassa, bodisi β-glukozidaze (GH1) ali pa obeh, ki pa sta ločena s peptidom T2A, ki je podvržen cepljenju. Peptid obdajajo končne ponovitve ITR, ki temeljijo na tranaspeptidazi imenovani PiggyBac. Da so preverili funkcionalnost konstruktov, so celice CHO-K1 transfecirali ločeno z vsakim izmed plazmidov, prav tako pa so izvedli transfekcijo obeh skupaj. Kot pozitivna kontrola so služile celice, ki so jih po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju gojili še dodatnih 48-ur v mediju z glukozo. Ostale celice so po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju, nato še dodatno gojili v mediju bogatem z celobiozo, vendar brez glukoze. Kot negativna kontrola pa so jim služile celice, ki so jih gojili v mediju brez glukoze in tudi brez celobioze. Da so potrdili samo funkcionalnost izrabe celobioze za preživetje celic, so predhodno transfecirane celice gojili v mediju, ki je vseboval resorufin-β-D-celobiozid ter opazovali sproščanje flourescenčnega produkta resurofina. Sproščanje resurofina so opazili v celicah, ki so izražale samo β-glukozidazo oz., ki so izražale tako β-glukozidazo kot celodekstrinski transporter (bodisi v ločenih konstruktih ali v kombinaciji)[1][2].

=== Vzpostavitev optimiziranega protokola CelloSelect v adherentnih celičnih kulturah CHO-K1 ===
Nato so raziskovali vpliv števila pritrjenih celic, koncentracijo FBS reagenta ter koncentracijo celobioze na preživetje celic. Celice CHO-K1 so kotransfecirali s plazmidom, ki kodira za hiperaktivno PiggyBac transpozazo in celotnim sistemom CelloSelect, ki vsebuje še zapis za flourescenčni protein citrin. Ugotovili so, da nižje koncentracije celobioze in FBS povečajo odstotek flourescenčnih celic in večje število pritrjenih celic poveča samo preživetje le-teh. Optimalni pogoji za selekcijo so bili pri 0.3x106 celic/ml, 5%FBS, 0.125g/L celobioze, ki naj bi privedli do 73% izplena flourescenčnih celic. Nato so ponovili transfekcijo CelloSelecta pri optimalnih pogojih ter analizirali koncentracijo flourescenčnega proteina ter število celic štiri dni zapored. Po štirih dneh so potrdili, da je v transfecirani kulturi več kot 85% flourescirajočih celic, medtem ko so netransfecirane celice in pa celice z medijem brez sladkorja bile po treh dneh skoraj popolnoma izčrpane. Potrdili so preživetje celic, ki so bile predhodno transfecirane z celotnim CelloSelect sistemom ali pa samo z zapisom za GH-1. Hkrati so dokazali, da je Celodekstrinski transporter CD1 nujen za preživetje celic pod selekcijskimi pogoji [1].

=== Uporaba za stabilno proizvodnjo biofarmacevtskih beljakovin v celicah CHO-K1 ===
Za ponazoritev uporabe sistema CelloSelect so izbrali biofarmacevtski protein eritropoetin. Želeli so ustvariti protein celotne dolžine, zato so na C-končnem delu uporabili fuzijo s furinom T2A in tako so povezali gen za eritropoetin s selekcijsko kaseto [3]. Zaradi prisotnega peptida T2A se fuzijski protein prevaja ločeno v samostojni protein. Eritropoetin je sekretorni protein, ki se nato transportira v golgi, kjer najprej poteče cepitev furina, nato pa odstranitev C-terminalnih lizinov in argininov s pomočjo karboksipeptidaze. V želji po potrditvi, da imajo celice CHO-K1 endopeptidazno aktivnost, so jih transfecirali ločeno z dvema različnima konstruktoma, ki kodirata za konstituitivno izražanje izločenega proteina, ki je označen z oznako FLAG. Konstrukt ima na C-koncu majhno 18 aminokislin dolgo oznako, ki je ločena z cepitvenim mestom za furin (pMM83), drugi pa ima fleksibilni GS povezovalnik (pMM84). Analizo supernatanta celic so izvedli s prenosom Western in potrdili, da so bili pristoni krajši peptidi v vzorcu celic, ki je bil transfeciran s konstruktom, ki je vseboval furin. V naslednjem koraku so vzporedno transfecirali CHO-K1 celice z CelloSelect kaseto, ki je nosila zapis za citrin in eritripoetin.

=== Učinkovitost CelloSelect sistema v suspenziji celičnih kultur CHO-S ===
Želeli so preveriti ali CelloSelect sistem deluje tudi pri celicah seva CHO-S, ki rastejo v mediju brez protinov in seruma. Hkrati pa so primerjali učinkovitost CelloSelecta s selekcijskimi sistemi, ki temeljijo na dveh metabolnih markerjih GS in DHFR, ki se pogosto uporabljata v industrijskih procesih. Izdelali so tri konstrukte, ki kodirajo za zapis za protein citrin ali pa eritropoetin. Vsi konstrukti vsebujejo na obeh straneh ITR zaporedji, ki kodirata za transpozazo PiggyBac. Vse konstrukte so transfecirali v celice CHO-S, ki so bile v selekcijskem mediju z FMX8 sestavo [4]. Dokazali so, da je populacija celic na kateri je bila izvedena selekcija s celobiozo dosegla 95% hitrejšo ekspresijo citrina, kot pa populacija celic pod MSX (GS) in MTX (DHFR)selekcijo. Pokazali so, da so celice selekcionirane pod celobioznim sistemom stabilne do 60 dni v kulturi, pri čemer ohranijo do 99% flourescirajočih celic kot tudi podoben nivo ekspresije citrina. Po 15 dneh so analizirali populacijo celic, ki je izražala eritropoetin. Nenazadnje so ocenili ali bi selekcijska gena cdt1 in gh1 vplivala na presnovno obremenitev celic. Preverili so tudi ali bi dodatek celobioze k stabilnim celičnim linijam, ki rastejo na glukozi imela vpliv na celično rast in pa produktivnost. Primerjali so rastne vzorce celic CHO-S, ki izražajo citrin in pa netransformirane celice CHO-S v mediju, ki je vseboval glukozo (30Mm), v prisotnosti in pa odsotnosti celobioze (2g/L). Ugotovili so, da so vzorci rasti celic v obeh primer zelo podobni, zato so sklepali, da selekcijski geni nimajo vpliva na metabolično obremenitev celic. Prav tako so potrdili, da celobioza nima negativnega vpliva na celično rast in produkcijo rekombinantnega proteina.

=== Uporaba Celloselect sistema za proizvodnjo monoklonskih protiteles pri kultivaciji s hranjenjem ===
S pomočjo sistema CelloSelect so ovrednotili stabilno izražanje modelnega monoklonskega protitelesa Rituksimaba, ki je eden izmed najuspešnejših proteinskih terapevtikov, ki so proizvedeni v celicah linije CHO. Celice CHO-S so bile transfecirane z ekspresijskim sistemom CelloSelect, ki kodira za težke in lahke verige rituksimaba. Zapisa sta med seboj ločena z zapisom za cepitveni protein T2A (pAna264) in zbrane v mediju, ki vsebuje celobiozo 12 dni. S kvantitativnim PCR so analizirali število uspešno integriranih kaset z zapisom za PiggyBac transpozazo v genomu celic. Celice, ki izražajo citrin in rituksimab, so imele v genomu povprečno 10 in 13 kaset CelloSelect sistema, kar je podobno vrednostim, ki so dosežene ob uporabi antibiotikov za selekcijo. Serijsko gojenje s hranjenjem je prednostno pred šaržnim gojenjem, saj se pri serijskem hranilo konstantno dodaja. Dokazali so, da so kulture gojene v serijskem gojenju s hranjenjem dosegle višje gostote celic, kot pa pri šaržnem gojenju, prav tako, pa se je povečala tudi sposobnost preživetja celic [1].

=== Zaključek ===
Metabolni inženiring v celicah sesalcev se osredotoča predvsem na izboljšan izplen rekombinantnega proteina za zmanjšanje stranskih produktov in za povečanje preživetja celic med gojenje. V delu so raziskovalci predstavili nov pristop selekcije, kjer so izvedli prenos heterologne presnovne poti iz glive N.Crassa v sesalske celice. Dokazali so, da uporaba celobioze omogoči preživetje in razmnoževanje konstruiranih celic na mediju brez glukoze, ki vsebuje celobiozo. Sesalske celice navadno ne morejo presnavljati celobioze, ta sistem pa omogoči specifično in učinkovito selekcijo CHO-K1 celic, ki stabilno izražajo metabolne encime za uspešno presnovo celobioze. Z eksperimentom, kjer so ustvarili stabilne linije, ki so proizvajale protein eritropoetin so pokazali, da je na tak način mogoče celice gojiti dalj časa. V primerjavi z izbirnimi metodami, ki temeljijo na antibiotikih, ima CelloSelect prednost uporabe netoksičnega selekcijskega sredstva, ki omogoča stalno vzdrževanje selekcijskega tlaka in potencialno zmanjša potrebno količino nadaljnje obdelave.

== Viri in literatura ==
[1] Matasci, M., Baldi, L., Hacker, D. L. & Wurm, F. M. The PiggyBac transposon enhances the frequency of CHO stable cell line generation and yields recombinant lines with superior productivity and stability. Biotechnology and Bioengineering 108, 2141–2150 (2011).

[2] Lin, J. et al. Impact of Signal Peptides on Furin-2A Mediated Monoclonal Antibody Secretion in CHO Cells. Biotechnology Journal 12, 1700268 (2017).

[3] Zhang, J. Mammalian Cell Culture for Biopharmaceutical Production. Manual of Industrial Microbiology and Biotechnology 157–178 (2014) doi:10.1128/9781555816827.CH12.

[4] Teixeira, A. P. et al. CelloSelect – A synthetic cellobiose metabolic pathway for selection of stable transgenic CHO cell lines. Metabolic Engineering 70, 23–30 (2022).

Seminarji SB 2021/22

2022-05-09T21:09:32Z

Nvegelj:

V študijskem letu 2021/22 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatori%C4%8Dni_pristopi_pri_na%C4%8Drtovanju_medproteinskih_interakcij%2C_uravnavanih_s_svetlobnimi_stikali Kombinatorični pristopi pri načrtovanju medproteinskih interakcij, uravnavanih s svetlobnimi stikali] (Neža Žerjav)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/De_novo_na%C4%8Drtovanje_transkripcijskega_faktorja_za_uporabo_v_progesteronskem_biosenzorju ''De novo'' načrtovanje transkripcijskega faktorja za uporabo v progesteronskem biosenzorju] (Polona Skrt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prozdravila_na_osnovi_siRNA%2C_ki_aktivirajo_RNA-interferenco_kot_odziv_na_prisotnost_specifi%C4%8Dnega_RNA-biomarkerja Prozdravila na osnovi siRNA, ki aktivirajo RNA-interferenco kot odziv na prisotnost specifičnega RNA-biomarkerja] (Tina Zavodnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bifunkcionalno_optogenetsko_stikalo_za_izboljšanje_proizvodnje_šikimske_kisline_v_E._coli Bifunkcionalno optogenetsko stikalo za izboljšanje proizvodnje šikimske kisline v ''E. coli''] (Meta Kodrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inžiniring_in_izkoriščanje_sintetične_alosterije_luciferaze_NanoLuc Inžiniring in izkoriščanje sintetične alosterije luciferaze NanoLuc] (Rebeka Dajčman)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularen_RNA_interferenčni_sistem_za_regulacijo_multipleksnih_genov Modularen RNA interferenčni sistem za regulacijo multipleksnih genov] (Marko Pavleković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Označevanje_bioloških_celic_za_zanesljivo_celično_inženirstvo Označevanje bioloških celic za zanesljivo celično inženirstvo] (Neža Blaznik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_biosenzorjem_usmerjen_inžiniring_Cupriavidus_necator_H16_za_avtotrofno_proizvodnjo_manitola Z biosenzorjem usmerjen inženiring ''Cupriavidus necator'' H16 za avtotrofno proizvodnjo manitola] (Teo Nograšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CelloSelect_%E2%80%93_sinteti%C4%8Dna_celobiozna_presnovna_pot_za_izbor_stabilnih_transgenih_celi%C4%8Dnih_linij_CHO CelloSelect – sintetična celobiozna presnovna pot za izbor stabilnih transgenih celičnih linij CHO] (Nika Vegelj)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MIBOM_-_biokompatibilni_material_iz_školjk MIBOM - biokompatibilni material iz školjk] (Manca Osolin) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BOOM_V_-_bakterijski_membranski_vezikli_za_zaščito_rastlin_pred_patogeni BOOM V - bakterijski membranski vezikli za zaščito rastlin pred patogeni] (Eva Gartner) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LET.IT.BEE_-_paradižnik,_katerega_cvetovi_razgradijo_insekticid LET.IT.BEE - paradižnik, katerega cvetovi razgradijo insekticid] (Barbara Jaklič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kissed_by_light_-_sistem_proti_oku%C5%BEbi_opeklin Kissed by light - sistem proti okužbi opeklin] (Nina Varda)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gutail_Floractory_-_probiotične_bakterije_za_zaščito_črevesja_pred_vnetji Gutail Floractory - probiotične bakterije za zaščito črevesja pred vnetji] (Karmen Mlinar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/AptaVita_-_diagnostika_pomanjkanja_vitaminov_z_aptacimi AptaVita - diagnostika pomanjkanja vitaminov z aptacimi] (Valeriya Musina)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/P.L.A.N.T._-_rastlinski_detekcijski_sistem_za_bojne_strupe P.L.A.N.T. - rastlinski detekcijski sistem za bojne strupe] (Tina Logonder)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kolorimetrični_sistem_za_zaznavanje_virusov_na_podlagi_G_-_kvadrupleksov Kolorimetrični sistem za zaznavanje virusov na podlagi G-kvadrupleksov] (Nastja Feguš)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aprifreeze Aprifreeze - zaščita marelic pred spomladanskimi pozebami] (Laura Gašperšič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/OpenPlast_-_kloroplastni_brezcelični_sistemi_za_hitrejšo_karakterizacijo_genetskih_delov OpenPlast - kloroplastni brezcelični sistemi za hitrejšo karakterizacijo genetskih delov] (Kim Glavič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PHEAST_-_P._pastoris_za_odstranjevanje_metana PHEAST - ''P. pastoris'' za odstranjevanje metana] (Ana Potočnik) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ELIXIO_-Mikrobni_konzorcij_za_vonj_po_vijolicah ELIXIO Mikrobni konzorcij za vonj po vijolicah] (Ajda Godec) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Agrobactory_593_-_Modularna_bakterijska_platforma_za_pripravo_biopesticidov Agrobactory 593 - Modularna bakterijska platforma za pripravo biopesticidev] (Tim Nograšek) 
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

CelloSelect – sintetična celobiozna presnovna pot za izbor stabilnih transgenih celičnih linij CHO

2022-05-09T21:05:13Z

Nvegelj:

Izhodiščni članek: Matasci, M., Baldi, L., Hacker, D. L. & Wurm, F. M. The PiggyBac transposon enhances the frequency of CHO stable cell line generation and yields recombinant lines with superior productivity and stability. Biotechnology and Bioengineering 108, 2141–2150 (2011).

== Uvod ==
Protokoli, ki se danes uporabljajo za ustvarjanje transgenih celičnih linij, temeljijo na uporabi antibiotikov in specializiranih celičnih linij, ki jim manjka del njihove metabolne poti. Vse to pa vodi v uporabo potencialno nevarnih snovi in celičnih linij z izbitimi geni, kar lahko zmanjša produktivnost. Večina sesalskih celic za svoje preživetje ne more izrabiti ogljikovega hidrata celobioze, disaharida, ki nastane preko povezave dveh molekul glukoze, povezanih z β(1-4) glikozidno vezjo. V raziskovalnem delu so raziskovalci predstavili novo metodo imenovano CelloSelect, ki se uporablja pri ustvarjanju stabilnih celičnih linij z uporabo celobioze. CelloSelect je neodvisen od antibiotikov in ne zahteva izločanja endogenih encimov. V nasprotju z mikroorganizmi in glivami, večina celic sesalcev ne more presnoviti celobioze. Z CelloSelectom so raziskovalci iznašli način, da sesalske celice preživijo z metaboliziranjem celobioze tako, da so uvedli heterologno metabolno pot izrabe celobioze, pridobljene iz glive Neurospora crassa, s čimer so celice sesalcev obdarili s sposobnostjo preživetja in rasti na celobiozi kot edinem viru ogljika. Rezultati kažejo, da ta pristop zagotavlja novo in učinkovito strategijo za ustvarjanje stabilnih celičnih linij brez uporabe antibiotika ali škodljivih kemikalij [1].

== Rezultati ==
=== Oblikovanje poti izrabe celobioze ===
Ustvarili so tri genetske konstrukte, ki kodirajo za izražanje bodisi transporterja celulodekstrina (CDT1) iz glive N. Cassa, bodisi β-glukozidaze (GH1) ali pa obeh, ki pa sta ločena s peptidom T2A, ki je podvržen cepljenju. Peptid obdajajo končne ponovitve ITR, ki temeljijo na tranaspeptidazi imenovani PiggyBac. Da so preverili funkcionalnost konstruktov, so celice CHO-K1 transfecirali ločeno z vsakim izmed plazmidov, prav tako pa so izvedli transfekcijo obeh skupaj. Kot pozitivna kontrola so služile celice, ki so jih po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju gojili še dodatnih 48-ur v mediju z glukozo. Ostale celice so po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju, nato še dodatno gojili v mediju bogatem z celobiozo, vendar brez glukoze. Kot negativna kontrola pa so jim služile celice, ki so jih gojili v mediju brez glukoze in tudi brez celobioze. Da so potrdili samo funkcionalnost izrabe celobioze za preživetje celic, so predhodno transfecirane celice gojili v mediju, ki je vseboval resorufin-β-D-celobiozid ter opazovali sproščanje flourescenčnega produkta resurofina. Sproščanje resurofina so opazili v celicah, ki so izražale samo β-glukozidazo oz., ki so izražale tako β-glukozidazo kot celodekstrinski transporter (bodisi v ločenih konstruktih ali v kombinaciji)[1][2].

=== Vzpostavitev optimiziranega protokola CelloSelect v adherentnih celičnih kulturah CHO-K1 ===
Nato so raziskovali vpliv števila pritrjenih celic, koncentracijo FBS reagenta ter koncentracijo celobioze na preživetje celic. Celice CHO-K1 so kotransfecirali s plazmidom, ki kodira za hiperaktivno PiggyBac transpozazo in celotnim sistemom CelloSelect, ki vsebuje še zapis za flourescenčni protein citrin. Ugotovili so, da nižje koncentracije celobioze in FBS povečajo odstotek flourescenčnih celic in večje število pritrjenih celic poveča samo preživetje le-teh. Optimalni pogoji za selekcijo so bili pri 0.3x106 celic/ml, 5%FBS, 0.125g/L celobioze, ki naj bi privedli do 73% izplena flourescenčnih celic. Nato so ponovili transfekcijo CelloSelecta pri optimalnih pogojih ter analizirali koncentracijo flourescenčnega proteina ter število celic štiri dni zapored. Po štirih dneh so potrdili, da je v transfecirani kulturi več kot 85% flourescirajočih celic, medtem ko so netransfecirane celice in pa celice z medijem brez sladkorja bile po treh dneh skoraj popolnoma izčrpane. Potrdili so preživetje celic, ki so bile predhodno transfecirane z celotnim CelloSelect sistemom ali pa samo z zapisom za GH-1. Hkrati so dokazali, da je Celodekstrinski transporter CD1 nujen za preživetje celic pod selekcijskimi pogoji [1].

=== Uporaba za stabilno proizvodnjo biofarmacevtskih beljakovin v celicah CHO-K1 ===
Za ponazoritev uporabe sistema CelloSelect so izbrali biofarmacevtski protein eritropoetin. Želeli so ustvariti protein celotne dolžine, zato so na C-končnem delu uporabili fuzijo s furinom T2A in tako so povezali gen za eritropoetin s selekcijsko kaseto [3]. Zaradi prisotnega peptida T2A se fuzijski protein prevaja ločeno v samostojni protein. Eritropoetin je sekretorni protein, ki se nato transportira v golgi, kjer najprej poteče cepitev furina, nato pa odstranitev C-terminalnih lizinov in argininov s pomočjo karboksipeptidaze. V želji po potrditvi, da imajo celice CHO-K1 endopeptidazno aktivnost, so jih transfecirali ločeno z dvema različnima konstruktoma, ki kodirata za konstituitivno izražanje izločenega proteina, ki je označen z oznako FLAG. Konstrukt ima na C-koncu majhno 18 aminokislin dolgo oznako, ki je ločena z cepitvenim mestom za furin (pMM83), drugi pa ima fleksibilni GS povezovalnik (pMM84). Analizo supernatanta celic so izvedli s prenosom Western in potrdili, da so bili pristoni krajši peptidi v vzorcu celic, ki je bil transfeciran s konstruktom, ki je vseboval furin. V naslednjem koraku so vzporedno transfecirali CHO-K1 celice z CelloSelect kaseto, ki je nosila zapis za citrin in eritripoetin.

=== Učinkovitost CelloSelect sistema v suspenziji celičnih kultur CHO-S ===
Želeli so preveriti ali CelloSelect sistem deluje tudi pri celicah seva CHO-S, ki rastejo v mediju brez protinov in seruma. Hkrati pa so primerjali učinkovitost CelloSelecta s selekcijskimi sistemi, ki temeljijo na dveh metabolnih markerjih GS in DHFR, ki se pogosto uporabljata v industrijskih procesih. Izdelali so tri konstrukte, ki kodirajo za zapis za protein citrin ali pa eritropoetin. Vsi konstrukti vsebujejo na obeh straneh ITR zaporedji, ki kodirata za transpozazo PiggyBac. Vse konstrukte so transfecirali v celice CHO-S, ki so bile v selekcijskem mediju z FMX8 sestavo [4]. Dokazali so, da je populacija celic na kateri je bila izvedena selekcija s celobiozo dosegla 95% hitrejšo ekspresijo citrina, kot pa populacija celic pod MSX (GS) in MTX (DHFR)selekcijo. Pokazali so, da so celice selekcionirane pod celobioznim sistemom stabilne do 60 dni v kulturi, pri čemer ohranijo do 99% flourescirajočih celic kot tudi podoben nivo ekspresije citrina. Po 15 dneh so analizirali populacijo celic, ki je izražala eritropoetin. Nenazadnje so ocenili ali bi selekcijska gena cdt1 in gh1 vplivala na presnovno obremenitev celic. Preverili so tudi ali bi dodatek celobioze k stabilnim celičnim linijam, ki rastejo na glukozi imela vpliv na celično rast in pa produktivnost. Primerjali so rastne vzorce celic CHO-S, ki izražajo citrin in pa netransformirane celice CHO-S v mediju, ki je vseboval glukozo (30Mm), v prisotnosti in pa odsotnosti celobioze (2g/L). Ugotovili so, da so vzorci rasti celic v obeh primer zelo podobni, zato so sklepali, da selekcijski geni nimajo vpliva na metabolično obremenitev celic. Prav tako so potrdili, da celobioza nima negativnega vpliva na celično rast in produkcijo rekombinantnega proteina.

=== Uporaba Celloselect sistema za proizvodnjo monoklonskih protiteles pri kultivaciji s hranjenjem ===
S pomočjo sistema CelloSelect so ovrednotili stabilno izražanje modelnega monoklonskega protitelesa Rituksimaba, ki je eden izmed najuspešnejših proteinskih terapevtikov, ki so proizvedeni v celicah linije CHO. Celice CHO-S so bile transfecirane z ekspresijskim sistemom CelloSelect, ki kodira za težke in lahke verige rituksimaba. Zapisa sta med seboj ločena z zapisom za cepitveni protein T2A (pAna264) in zbrane v mediju, ki vsebuje celobiozo 12 dni. S kvantitativnim PCR so analizirali število uspešno integriranih kaset z zapisom za PiggyBac transpozazo v genomu celic. Celice, ki izražajo citrin in rituksimab, so imele v genomu povprečno 10 in 13 kaset CelloSelect sistema, kar je podobno vrednostim, ki so dosežene ob uporabi antibiotikov za selekcijo. Serijsko gojenje s hranjenjem je prednostno pred šaržnim gojenjem, saj se pri serijskem hranilo konstantno dodaja. Dokazali so, da so kulture gojene v serijskem gojenju s hranjenjem dosegle višje gostote celic, kot pa pri šaržnem gojenju, prav tako, pa se je povečala tudi sposobnost preživetja celic [1].

=== Zaključek ===
Metabolni inženiring v celicah sesalcev se osredotoča predvsem na izboljšan izplen rekombinantnega proteina za zmanjšanje stranskih produktov in za povečanje preživetja celic med gojenje. V delu so raziskovalci predstavili nov pristop selekcije, kjer so izvedli prenos heterologne presnovne poti iz glive N.Crassa v sesalske celice. Dokazali so, da uporaba celobioze omogoči preživetje in razmnoževanje konstruiranih celic na mediju brez glukoze, ki vsebuje celobiozo. Sesalske celice navadno ne morejo presnavljati celobioze, ta sistem pa omogoči specifično in učinkovito selekcijo CHO-K1 celic, ki stabilno izražajo metabolne encime za uspešno presnovo celobioze. Z eksperimentom, kjer so ustvarili stabilne linije, ki so proizvajale protein eritropoetin so pokazali, da je na tak način mogoče celice gojiti dalj časa. V primerjavi z izbirnimi metodami, ki temeljijo na antibiotikih, ima CelloSelect prednost uporabe netoksičnega selekcijskega sredstva, ki omogoča stalno vzdrževanje selekcijskega tlaka in potencialno zmanjša potrebno količino nadaljnje obdelave.

== Viri in literatura ==
[1] Matasci, M., Baldi, L., Hacker, D. L. & Wurm, F. M. The PiggyBac transposon enhances the frequency of CHO stable cell line generation and yields recombinant lines with superior productivity and stability. Biotechnology and Bioengineering 108, 2141–2150 (2011).

[2] Lin, J. et al. Impact of Signal Peptides on Furin-2A Mediated Monoclonal Antibody Secretion in CHO Cells. Biotechnology Journal 12, 1700268 (2017).

[3] Zhang, J. Mammalian Cell Culture for Biopharmaceutical Production. Manual of Industrial Microbiology and Biotechnology 157–178 (2014) doi:10.1128/9781555816827.CH12.

[4] Teixeira, A. P. et al. CelloSelect – A synthetic cellobiose metabolic pathway for selection of stable transgenic CHO cell lines. Metabolic Engineering 70, 23–30 (2022).

CelloSelect – sintetična celobiozna presnovna pot za izbor stabilnih transgenih celičnih linij CHO

2022-05-09T21:03:16Z

Nvegelj:

Izhodiščni članek: Matasci, M., Baldi, L., Hacker, D. L. & Wurm, F. M. The PiggyBac transposon enhances the frequency of CHO stable cell line generation and yields recombinant lines with superior productivity and stability. Biotechnology and Bioengineering 108, 2141–2150 (2011).

== Uvod ==
Protokoli, ki se danes uporabljajo za ustvarjanje transgenih celičnih linij, temeljijo na uporabi antibiotikov in specializiranih celičnih linij, ki jim manjka del njihove metabolne poti. Vse to pa vodi v uporabo potencialno nevarnih snovi in celičnih linij z izbitimi geni, kar lahko zmanjša produktivnost. Večina sesalskih celic za svoje preživetje ne more izrabiti ogljikovega hidrata celobioze, disaharida, ki nastane preko povezave dveh molekul glukoze, povezanih z β(1-4) glikozidno vezjo. V raziskovalnem delu so raziskovalci predstavili novo metodo imenovano CelloSelect, ki se uporablja pri ustvarjanju stabilnih celičnih linij z uporabo celobioze. CelloSelect je neodvisen od antibiotikov in ne zahteva izločanja endogenih encimov. V nasprotju z mikroorganizmi in glivami, večina celic sesalcev ne more presnoviti celobioze. Z CelloSelectom so raziskovalci iznašli način, da sesalske celice preživijo z metaboliziranjem celobioze tako, da so uvedli heterologno metabolno pot izrabe celobioze, pridobljene iz glive Neurospora crassa, s čimer so celice sesalcev obdarili s sposobnostjo preživetja in rasti na celobiozi kot edinem viru ogljika. Rezultati kažejo, da ta pristop zagotavlja novo in učinkovito strategijo za ustvarjanje stabilnih celičnih linij brez uporabe antibiotika ali škodljivih kemikalij [1].

== Rezultati ==
=== Oblikovanje poti izrabe celobioze ===
Ustvarili so tri genetske konstrukte, ki kodirajo za izražanje bodisi transporterja celulodekstrina (CDT1) iz glive N. Cassa, bodisi β-glukozidaze (GH1) ali pa obeh, ki pa sta ločena s peptidom T2A, ki je podvržen cepljenju. Peptid obdajajo končne ponovitve ITR, ki temeljijo na tranaspeptidazi imenovani PiggyBac [2]. Da so preverili funkcionalnost konstruktov, so celice CHO-K1 transfecirali ločeno z vsakim izmed plazmidov, prav tako pa so izvedli transfekcijo obeh skupaj. Kot pozitivna kontrola so služile celice, ki so jih po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju gojili še dodatnih 48-ur v mediju z glukozo. Ostale celice so po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju, nato še dodatno gojili v mediju bogatem z celobiozo, vendar brez glukoze. Kot negativna kontrola pa so jim služile celice, ki so jih gojili v mediju brez glukoze in tudi brez celobioze. Da so potrdili samo funkcionalnost izrabe celobioze za preživetje celic, so predhodno transfecirane celice gojili v mediju, ki je vseboval resorufin-β-D-celobiozid ter opazovali sproščanje flourescenčnega produkta resurofina. Sproščanje resurofina so opazili v celicah, ki so izražale samo β-glukozidazo oz., ki so izražale tako β-glukozidazo kot celodekstrinski transporter (bodisi v ločenih konstruktih ali v kombinaciji)[1].

=== Vzpostavitev optimiziranega protokola CelloSelect v adherentnih celičnih kulturah CHO-K1 ===
Nato so raziskovali vpliv števila pritrjenih celic, koncentracijo FBS reagenta ter koncentracijo celobioze na preživetje celic. Celice CHO-K1 so kotransfecirali s plazmidom, ki kodira za hiperaktivno PiggyBac transpozazo in celotnim sistemom CelloSelect, ki vsebuje še zapis za flourescenčni protein citrin. Ugotovili so, da nižje koncentracije celobioze in FBS povečajo odstotek flourescenčnih celic in večje število pritrjenih celic poveča samo preživetje le-teh. Optimalni pogoji za selekcijo so bili pri 0.3x106 celic/ml, 5%FBS, 0.125g/L celobioze, ki naj bi privedli do 73% izplena flourescenčnih celic. Nato so ponovili transfekcijo CelloSelecta pri optimalnih pogojih ter analizirali koncentracijo flourescenčnega proteina ter število celic štiri dni zapored. Po štirih dneh so potrdili, da je v transfecirani kulturi več kot 85% flourescirajočih celic, medtem ko so netransfecirane celice in pa celice z medijem brez sladkorja bile po treh dneh skoraj popolnoma izčrpane. Potrdili so preživetje celic, ki so bile predhodno transfecirane z celotnim CelloSelect sistemom ali pa samo z zapisom za GH-1. Hkrati so dokazali, da je Celodekstrinski transporter CD1 nujen za preživetje celic pod selekcijskimi pogoji [1].
=== Uporaba za stabilno proizvodnjo biofarmacevtskih beljakovin v celicah CHO-K1 ===
Za ponazoritev uporabe sistema CelloSelect so izbrali biofarmacevtski protein eritropoetin. Želeli so ustvariti protein celotne dolžine, zato so na C-končnem delu uporabili fuzijo s furinom T2A in tako so povezali gen za eritropoetin s selekcijsko kaseto [3]. Zaradi prisotnega peptida T2A se fuzijski protein prevaja ločeno v samostojni protein. Eritropoetin je sekretorni protein, ki se nato transportira v golgi, kjer najprej poteče cepitev furina, nato pa odstranitev C-terminalnih lizinov in argininov s pomočjo karboksipeptidaze. V želji po potrditvi, da imajo celice CHO-K1 endopeptidazno aktivnost, so jih transfecirali ločeno z dvema različnima konstruktoma, ki kodirata za konstituitivno izražanje izločenega proteina, ki je označen z oznako FLAG. Konstrukt ima na C-koncu majhno 18 aminokislin dolgo oznako, ki je ločena z cepitvenim mestom za furin (pMM83), drugi pa ima fleksibilni GS povezovalnik (pMM84). Analizo supernatanta celic so izvedli s prenosom Western in potrdili, da so bili pristoni krajši peptidi v vzorcu celic, ki je bil transfeciran s konstruktom, ki je vseboval furin. V naslednjem koraku so vzporedno transfecirali CHO-K1 celice z CelloSelect kaseto, ki je nosila zapis za citrin in eritripoetin.

=== Učinkovitost CelloSelect sistema v suspenziji celičnih kultur CHO-S ===
Želeli so preveriti ali CelloSelect sistem deluje tudi pri celicah seva CHO-S, ki rastejo v mediju brez protinov in seruma. Hkrati pa so primerjali učinkovitost CelloSelecta s selekcijskimi sistemi, ki temeljijo na dveh metabolnih markerjih GS in DHFR, ki se pogosto uporabljata v industrijskih procesih. Izdelali so tri konstrukte, ki kodirajo za zapis za protein citrin ali pa eritropoetin. Vsi konstrukti vsebujejo na obeh straneh ITR zaporedji, ki kodirata za transpozazo PiggyBac. Vse konstrukte so transfecirali v celice CHO-S, ki so bile v selekcijskem mediju z FMX8 sestavo [4]. Dokazali so, da je populacija celic na kateri je bila izvedena selekcija s celobiozo dosegla 95% hitrejšo ekspresijo citrina, kot pa populacija celic pod MSX (GS) in MTX (DHFR)selekcijo. Pokazali so, da so celice selekcionirane pod celobioznim sistemom stabilne do 60 dni v kulturi, pri čemer ohranijo do 99% flourescirajočih celic kot tudi podoben nivo ekspresije citrina. Po 15 dneh so analizirali populacijo celic, ki je izražala eritropoetin. Nenazadnje so ocenili ali bi selekcijska gena cdt1 in gh1 vplivala na presnovno obremenitev celic. Preverili so tudi ali bi dodatek celobioze k stabilnim celičnim linijam, ki rastejo na glukozi imela vpliv na celično rast in pa produktivnost. Primerjali so rastne vzorce celic CHO-S, ki izražajo citrin in pa netransformirane celice CHO-S v mediju, ki je vseboval glukozo (30Mm), v prisotnosti in pa odsotnosti celobioze (2g/L). Ugotovili so, da so vzorci rasti celic v obeh primer zelo podobni, zato so sklepali, da selekcijski geni nimajo vpliva na metabolično obremenitev celic. Prav tako so potrdili, da celobioza nima negativnega vpliva na celično rast in produkcijo rekombinantnega proteina.

=== Uporaba Celloselect sistema za proizvodnjo monoklonskih protiteles pri kultivaciji s hranjenjem ===
S pomočjo sistema CelloSelect so ovrednotili stabilno izražanje modelnega monoklonskega protitelesa Rituksimaba, ki je eden izmed najuspešnejših proteinskih terapevtikov, ki so proizvedeni v celicah linije CHO. Celice CHO-S so bile transfecirane z ekspresijskim sistemom CelloSelect, ki kodira za težke in lahke verige rituksimaba. Zapisa sta med seboj ločena z zapisom za cepitveni protein T2A (pAna264) in zbrane v mediju, ki vsebuje celobiozo 12 dni. S kvantitativnim PCR so analizirali število uspešno integriranih kaset z zapisom za PiggyBac transpozazo v genomu celic. Celice, ki izražajo citrin in rituksimab, so imele v genomu povprečno 10 in 13 kaset CelloSelect sistema, kar je podobno vrednostim, ki so dosežene ob uporabi antibiotikov za selekcijo. Serijsko gojenje s hranjenjem je prednostno pred šaržnim gojenjem, saj se pri serijskem hranilo konstantno dodaja. Dokazali so, da so kulture gojene v serijskem gojenju s hranjenjem dosegle višje gostote celic, kot pa pri šaržnem gojenju, prav tako, pa se je povečala tudi sposobnost preživetja celic [1].

=== Zaključek ===
Metabolni inženiring v celicah sesalcev se osredotoča predvsem na izboljšan izplen rekombinantnega proteina za zmanjšanje stranskih produktov in za povečanje preživetja celic med gojenje. V delu so raziskovalci predstavili nov pristop selekcije, kjer so izvedli prenos heterologne presnovne poti iz glive N.Crassa v sesalske celice. Dokazali so, da uporaba celobioze omogoči preživetje in razmnoževanje konstruiranih celic na mediju brez glukoze, ki vsebuje celobiozo. Sesalske celice navadno ne morejo presnavljati celobioze, ta sistem pa omogoči specifično in učinkovito selekcijo CHO-K1 celic, ki stabilno izražajo metabolne encime za uspešno presnovo celobioze. Z eksperimentom, kjer so ustvarili stabilne linije, ki so proizvajale protein eritropoetin so pokazali, da je na tak način mogoče celice gojiti dalj časa. V primerjavi z izbirnimi metodami, ki temeljijo na antibiotikih, ima CelloSelect prednost uporabe netoksičnega selekcijskega sredstva, ki omogoča stalno vzdrževanje selekcijskega tlaka in potencialno zmanjša potrebno količino nadaljnje obdelave.

== Viri in literatura ==
[1] Matasci, M., Baldi, L., Hacker, D. L. & Wurm, F. M. The PiggyBac transposon enhances the frequency of CHO stable cell line generation and yields recombinant lines with superior productivity and stability. Biotechnology and Bioengineering 108, 2141–2150 (2011).

[2] Lin, J. et al. Impact of Signal Peptides on Furin-2A Mediated Monoclonal Antibody Secretion in CHO Cells. Biotechnology Journal 12, 1700268 (2017).

[3] Zhang, J. Mammalian Cell Culture for Biopharmaceutical Production. Manual of Industrial Microbiology and Biotechnology 157–178 (2014) doi:10.1128/9781555816827.CH12.

[4] Teixeira, A. P. et al. CelloSelect – A synthetic cellobiose metabolic pathway for selection of stable transgenic CHO cell lines. Metabolic Engineering 70, 23–30 (2022).

CelloSelect – sintetična celobiozna presnovna pot za izbor stabilnih transgenih celičnih linij CHO

2022-05-09T20:47:57Z

Nvegelj: New page: Izhodiščni članek: Matasci, M., Baldi, L., Hacker, D. L. & Wurm, F. M. The PiggyBac transposon enhances the frequency of CHO stable cell line generation and yields recombinant lines wit...

Izhodiščni članek: Matasci, M., Baldi, L., Hacker, D. L. & Wurm, F. M. The PiggyBac transposon enhances the frequency of CHO stable cell line generation and yields recombinant lines with superior productivity and stability. Biotechnology and Bioengineering 108, 2141–2150 (2011).

== Uvod ==
Protokoli, ki se danes uporabljajo za ustvarjanje transgenih celičnih linij, temeljijo na uporabi antibiotikov in specializiranih celičnih linij, ki jim manjka del njihove metabolne poti. Vse to pa vodi v uporabo potencialno nevarnih snovi in celičnih linij z izbitimi geni, kar lahko zmanjša produktivnost. Večina sesalskih celic za svoje preživetje ne more izrabiti ogljikovega hidrata celobioze, disaharida, ki nastane preko povezave dveh molekul glukoze, povezanih z β(1-4) glikozidno vezjo. V raziskovalnem delu so raziskovalci predstavili novo metodo imenovano CelloSelect, ki se uporablja pri ustvarjanju stabilnih celičnih linij z uporabo celobioze. CelloSelect je neodvisen od antibiotikov in ne zahteva izločanja endogenih encimov. V nasprotju z mikroorganizmi in glivami, večina celic sesalcev ne more presnoviti celobioze. Z CelloSelectom so raziskovalci iznašli način, da sesalske celice preživijo z metaboliziranjem celobioze tako, da so uvedli heterologno metabolno pot izrabe celobioze, pridobljene iz glive Neurospora crassa, s čimer so celice sesalcev obdarili s sposobnostjo preživetja in rasti na celobiozi kot edinem viru ogljika. Rezultati kažejo, da ta pristop zagotavlja novo in učinkovito strategijo za ustvarjanje stabilnih celičnih linij brez uporabe antibiotika ali škodljivih kemikalij [1].

== Rezultati ==
=== Oblikovanje poti izrabe celobioze ===
Ustvarili so tri genetske konstrukte, ki kodirajo za izražanje bodisi transporterja celulodekstrina (CDT1) iz glive N. Cassa, bodisi β-glukozidaze (GH1) ali pa obeh, ki pa sta ločena s peptidom T2A, ki je podvržen cepljenju. Peptid obdajajo končne ponovitve ITR, ki temeljijo na tranaspeptidazi imenovani PiggyBac [2]. Da so preverili funkcionalnost konstruktov, so celice CHO-K1 transfecirali ločeno z vsakim izmed plazmidov, prav tako pa so izvedli transfekcijo obeh skupaj. Kot pozitivna kontrola so služile celice, ki so jih po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju gojili še dodatnih 48-ur v mediju z glukozo. Ostale celice so po prvotnem 48-urnem gojenju v mediju, nato še dodatno gojili v mediju bogatem z celobiozo, vendar brez glukoze. Kot negativna kontrola pa so jim služile celice, ki so jih gojili v mediju brez glukoze in tudi brez celobioze. Da so potrdili samo funkcionalnost izrabe celobioze za preživetje celic, so predhodno transfecirane celice gojili v mediju, ki je vseboval resorufin-β-D-celobiozid ter opazovali sproščanje flourescenčnega produkta resurofina. Sproščanje resurofina so opazili v celicah, ki so izražale samo β-glukozidazo oz., ki so izražale tako β-glukozidazo kot celodekstrinski transporter (bodisi v ločenih konstruktih ali v kombinaciji)[1].

=== Vzpostavitev optimiziranega protokola CelloSelect v adherentnih celičnih kulturah CHO-K1 ===
Nato so raziskovali vpliv števila pritrjenih celic, koncentracijo FBS reagenta ter koncentracijo celobioze na preživetje celic. Celice CHO-K1 so kotransfecirali s plazmidom, ki kodira za hiperaktivno PiggyBac transpozazo in celotnim sistemom CelloSelect, ki vsebuje še zapis za flourescenčni protein citrin. Ugotovili so, da nižje koncentracije celobioze in FBS povečajo odstotek flourescenčnih celic in večje število pritrjenih celic poveča samo preživetje le-teh. Optimalni pogoji za selekcijo so bili pri 0.3x106 celic/ml, 5%FBS, 0.125g/L celobioze, ki naj bi privedli do 73% izplena flourescenčnih celic. Nato so ponovili transfekcijo CelloSelecta pri optimalnih pogojih ter analizirali koncentracijo flourescenčnega proteina ter število celic štiri dni zapored. Po štirih dneh so potrdili, da je v transfecirani kulturi več kot 85% flourescirajočih celic, medtem ko so netransfecirane celice in pa celice z medijem brez sladkorja bile po treh dneh skoraj popolnoma izčrpane. Potrdili so preživetje celic, ki so bile predhodno transfecirane z celotnim CelloSelect sistemom ali pa samo z zapisom za GH-1. Hkrati so dokazali, da je Celodekstrinski transporter CD1 nujen za preživetje celic pod selekcijskimi pogoji [1].
=== Uporaba za stabilno proizvodnjo biofarmacevtskih beljakovin v celicah CHO-K1 ===
Za ponazoritev uporabe sistema CelloSelect so izbrali biofarmacevtski protein eritropoetin. Želeli so ustvariti protein celotne dolžine, zato so na C-končnem delu uporabili fuzijo s furinom T2A in tako so povezali gen za eritropoetin s selekcijsko kaseto [3]. Zaradi prisotnega peptida T2A se fuzijski protein prevaja ločeno v samostojni protein. Eritropoetin je sekretorni protein, ki se nato transportira v golgi, kjer najprej poteče cepitev furina, nato pa odstranitev C-terminalnih lizinov in argininov s pomočjo karboksipeptidaze. V želji po potrditvi, da imajo celice CHO-K1 endopeptidazno aktivnost, so jih transfecirali ločeno z dvema različnima konstruktoma, ki kodirata za konstituitivno izražanje izločenega proteina, ki je označen z oznako FLAG. Konstrukt ima na C-koncu majhno 18 aminokislin dolgo oznako, ki je ločena z cepitvenim mestom za furin (pMM83), drugi pa ima fleksibilni GS povezovalnik (pMM84). Analizo supernatanta celic so izvedli s prenosom Western in potrdili, da so bili pristoni krajši peptidi v vzorcu celic, ki je bil transfeciran s konstruktom, ki je vseboval furin. V naslednjem koraku so vzporedno transfecirali CHO-K1 celice z CelloSelect kaseto, ki je nosila zapis za citrin in eritripoetin.

=== Učinkovitost CelloSelect sistema v suspenziji celičnih kultur CHO-S ===
Želeli so preveriti ali CelloSelect sistem deluje tudi pri celicah seva CHO-S, ki rastejo v mediju brez protinov in seruma. Hkrati pa so primerjali učinkovitost CelloSelecta s selekcijskimi sistemi, ki temeljijo na dveh metabolnih markerjih GS in DHFR, ki se pogosto uporabljata v industrijskih procesih. Izdelali so tri konstrukte, ki kodirajo za zapis za protein citrin ali pa eritropoetin. Vsi konstrukti vsebujejo na obeh straneh ITR zaporedji, ki kodirata za transpozazo PiggyBac. Vse konstrukte so transfecirali v celice CHO-S, ki so bile v selekcijskem mediju z FMX8 sestavo [4]. Dokazali so, da je populacija celic na kateri je bila izvedena selekcija s celobiozo dosegla 95% hitrejšo ekspresijo citrina, kot pa populacija celic pod MSX (GS) in MTX (DHFR)selekcijo. Pokazali so, da so celice selekcionirane pod celobioznim sistemom stabilne do 60 dni v kulturi, pri čemer ohranijo do 99% flourescirajočih celic kot tudi podoben nivo ekspresije citrina. Po 15 dneh so analizirali populacijo celic, ki je izražala eritropoetin. Nenazadnje so ocenili ali bi selekcijska gena cdt1 in gh1 vplivala na presnovno obremenitev celic. Preverili so tudi ali bi dodatek celobioze k stabilnim celičnim linijam, ki rastejo na glukozi imela vpliv na celično rast in pa produktivnost. Primerjali so rastne vzorce celic CHO-S, ki izražajo citrin in pa netransformirane celice CHO-S v mediju, ki je vseboval glukozo (30Mm), v prisotnosti in pa odsotnosti celobioze (2g/L). Ugotovili so, da so vzorci rasti celic v obeh primer zelo podobni, zato so sklepali, da selekcijski geni nimajo vpliva na metabolično obremenitev celic. Prav tako so potrdili, da celobioza nima negativnega vpliva na celično rast in produkcijo rekombinantnega proteina.

=== Uporaba Celloselect sistema za proizvodnjo monoklonskih protiteles pri kultivaciji s hranjenjem ===
S pomočjo sistema CelloSelect so ovrednotili stabilno izražanje modelnega monoklonskega protitelesa Rituksimaba, ki je eden izmed najuspešnejših proteinskih terapevtikov, ki so proizvedeni v celicah linije CHO. Celice CHO-S so bile transfecirane z ekspresijskim sistemom CelloSelect, ki kodira za težke in lahke verige rituksimaba. Zapisa sta med seboj ločena z zapisom za cepitveni protein T2A (pAna264) in zbrane v mediju, ki vsebuje celobiozo 12 dni. S kvantitativnim PCR so analizirali število uspešno integriranih kaset z zapisom za PiggyBac transpozazo v genomu celic. Celice, ki izražajo citrin in rituksimab, so imele v genomu povprečno 10 in 13 kaset CelloSelect sistema, kar je podobno vrednostim, ki so dosežene ob uporabi antibiotikov za selekcijo. Serijsko gojenje s hranjenjem je prednostno pred šaržnim gojenjem, saj se pri serijskem hranilo konstantno dodaja. Dokazali so, da so kulture gojene v serijskem gojenju s hranjenjem dosegle višje gostote celic, kot pa pri šaržnem gojenju, prav tako, pa se je povečala tudi sposobnost preživetja celic [1].

=== Zaključek ===
Metabolni inženiring v celicah sesalcev se osredotoča predvsem na izboljšan izplen rekombinantnega proteina za zmanjšanje stranskih produktov in za povečanje preživetja celic med gojenje. V delu so raziskovalci predstavili nov pristop selekcije, kjer so izvedli prenos heterologne presnovne poti iz glive N.Crassa v sesalske celice. Dokazali so, da uporaba celobioze omogoči preživetje in razmnoževanje konstruiranih celic na mediju brez glukoze, ki vsebuje celobiozo. Sesalske celice navadno ne morejo presnavljati celobioze, ta sistem pa omogoči specifično in učinkovito selekcijo CHO-K1 celic, ki stabilno izražajo metabolne encime za uspešno presnovo celobioze. Z eksperimentom, kjer so ustvarili stabilne linije, ki so proizvajale protein eritropoetin so pokazali, da je na tak način mogoče celice gojiti dalj časa. V primerjavi z izbirnimi metodami, ki temeljijo na antibiotikih, ima CelloSelect prednost uporabe netoksičnega selekcijskega sredstva, ki omogoča stalno vzdrževanje selekcijskega tlaka in potencialno zmanjša potrebno količino nadaljnje obdelave.

== Viri in literatura ==
[1] Matasci, M., Baldi, L., Hacker, D. L. & Wurm, F. M. The PiggyBac transposon enhances the frequency of CHO stable cell line generation and yields recombinant lines with superior productivity and stability. Biotechnology and Bioengineering 108, 2141–2150 (2011).
[2] Lin, J. et al. Impact of Signal Peptides on Furin-2A Mediated Monoclonal Antibody Secretion in CHO Cells. Biotechnology Journal 12, 1700268 (2017).
[3] Zhang, J. Mammalian Cell Culture for Biopharmaceutical Production. Manual of Industrial Microbiology and Biotechnology 157–178 (2014) doi:10.1128/9781555816827.CH12.
[4] Teixeira, A. P. et al. CelloSelect – A synthetic cellobiose metabolic pathway for selection of stable transgenic CHO cell lines. Metabolic Engineering 70, 23–30 (2022).

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-10T09:20:37Z

Nvegelj:

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.

== Fagi v obtočilnem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno bariero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 s peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral s kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

== Imunski odziv v črevesju ==

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

=== Endocitozno prepoznavanje ===

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I:C), TLR7/8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).

=== Citoplazemsko prepoznavanje ===

Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so ''Chlamydia'', ''Mycobacterium'' in ''Listeria''. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njihove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje bakteriofaga Anti-Shiga. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo ''Shigella dysenteriae'', množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofagi M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo β-amiloidne plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji β3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje β3-integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β-amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 kot vektorja fragmenta anti-β-amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β-amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

== Viri ==

Barr, J. J. A bacteriophages journey through the human body. Immunol. Rev. 279, 106–122 (2017).

Huh, H., Wong, S., St. Jean, J. & Slavcev, R. Bacteriophage interactions with mammalian tissue: Therapeutic applications. Adv. Drug Deliv. Rev. 145, 4–17 (2019).

Carroll-Portillo, A. & Lin, H. C. Bacteriophage and the innate immune system: Access and signaling. Microorganisms 7, 1–11 (2019).

Tian, Y. et al. Probing the Endocytic Pathways of the Filamentous Bacteriophage in Live Cells Using Ratiometric pH Fluorescent Indicator. Adv. Healthc. Mater. 4, 413–419 (2015).

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-10T08:56:48Z

Nvegelj:

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.

== Fagi v obtočilnem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno bariero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 z peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral z kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

== Imunski odziv v črevesju ==

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

=== Endocitozno prepoznavanje ===

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I:C), TLR7/8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).

=== Citoplazemsko prepoznavanje ===

Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so ''Chlamydia'', ''Mycobacterium'' in ''Listeria''. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njihove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje abakteriofaga Anti-Shiga. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo ''Shigella dysenteriae'', množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofag M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo β-amiloidne plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji β3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje β3-integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β-amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 kot vektorja fragmenta anti-β-amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β-amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

== Viri ==

Barr, J. J. A bacteriophages journey through the human body. Immunol. Rev. 279, 106–122 (2017).

Huh, H., Wong, S., St. Jean, J. & Slavcev, R. Bacteriophage interactions with mammalian tissue: Therapeutic applications. Adv. Drug Deliv. Rev. 145, 4–17 (2019).

Carroll-Portillo, A. & Lin, H. C. Bacteriophage and the innate immune system: Access and signaling. Microorganisms 7, 1–11 (2019).

Tian, Y. et al. Probing the Endocytic Pathways of the Filamentous Bacteriophage in Live Cells Using Ratiometric pH Fluorescent Indicator. Adv. Healthc. Mater. 4, 413–419 (2015).

Bakteriofagi

2020-05-10T07:46:47Z

Nvegelj:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2019/20 obravnavajo različne vidike bakteriofagov, od njihove zgradbe in delovanja, do vloge v okolju in izrabe za zdravljenje. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu. Za orientacijo in splošno poznavanje tematike si oglejte prosojnice v spletni učilnici - 3. teden marca. V okviru posameznih glavnih poglavij lahko predlagate še kakšen seminar po lastni presoji (pošljite predlog po e-pošti!).

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti (lahko tudi dva, če pa bi kakšno temo na vsak način rad obdelal en sam, mi prej pišite, da se pogovorimo glede vsebine in obsega). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200-1800 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Predstavitev naj bo dolga 15-20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite le malo splošnega uvoda, ki naj ima za nalogo, da umesti vašo temo v kontekst problematike bakteriofagov.

Predvidena umestitev seminarjev v semestru je razvidna iz spletne učilnice, a zaenkrat ni mogoče zagotovo reči, da ne bo kakšnih sprememb zaradi ukrepov proti širjenju koronavirusa.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).

Spodnji seznam vključuje povezave do nekaterih preglednih člankov iz zadnjega obdobja, ki jih lahko uporabite za osnovo pri pripravi. Večinoma pa navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim - predvidoma po 8 na teden), tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.

Poglavja za seminarje so:

'''STRUKTURA IN DELOVANJE FAGOV''' 
https://www.intechopen.com/books/bacteriophages-perspectives-and-future/bacteriophages-their-structural-organisation-and-function (poglavje, 2019) 
1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov 
2. Struktura kapsid in prokapsid 
3. Struktura konektorjev in repov 
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6416446/ (pregledni, 2019) 
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6209105/ (pregledni, 2018) 
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1879625718300142?via% 
(pregledni, 2018) 
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570963919301888?via% 
(pregledni, 2020) 
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave 

'''INTERAKCIJE in EKOLOGIJA''' 

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm (pregledni, 2019) 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29523063 
9. Interakcija faga z bakterijo 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169409X19300031 (pregledni, 2019) 
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi 

https://www.mdpi.com/2076-0817/8/3/100/htm (pregledni, 2019) 
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih (brez človeka - to je predhodna tema) 

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/08927014.2019.1613525 in https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32125643 
(pregledni, 2019+2020) 
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0966842X19300599?via% 
(pregledni, 2019) 
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom 

https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11274-013-1358-5 (pregledni, 2013) 
14. Cianofagi 

'''UPORABA BAKTERIOFAGOV''' 

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2019.00513/full (pregledni, 2019) 
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb 
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh 
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5371805/ 
(pregledni, 2017 - samo kratko poglavje o uporabi na rastlinah) 
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0160412019305410 (pregledni, 2019) 
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti 

https://www.aimspress.com/fileOther/PDF/microbiology/microbiol-05-04- 
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S095816691930093X?via%3Dihub 
(pregledni, 2019 + 2020) 
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih 

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm 
in https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166919301296?via%3Dihub 
(pregledni, 2019 + 2020) 
21. Biotehnološka izraba fagov 

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja, tako kot je prikazano pri izmišljenem ničtem seminarju.
Seminarje bomo izvedli v enakem vrstnem redu, kot so navedeni zgoraj.

0. Analiza bakteriofagov v smrekovem gozdu (Jana Dolenc, Tilen Deželak, Sonja Mavrič) 

1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov 
2. Struktura kapsid in prokapsid 
3. Struktura konektorjev in repov 
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov 
5. [[Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda]] (Kim Glavič, Nastja Feguš, Nina Varda) 
6. [[Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni]] (Žiga Vičič, Dunia Sahir, Maja Globočnik) 
7. [[Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina]] (Anja Konjc, Tina Logonder, Manca Osolin) 
8. [[Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave]] (Tina Arnšek, Ana Babnik, Greta Junger) 
9. [[Interakcija faga z bakterijo]] (Anastasija Nechevska, Marjeta Milostnik, Ana Vičič) 
10.[[Interakcije fagov s človeškimi tkivi]] (Michelle Oletič, Nika Vegelj, Rebeka Dajčman) 
11. [[Fagi v naravnih in umetnih okoljih]] (Lena Trnovec, Maja Kolar, Liza Praznik) 
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme 
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom (Žan Fortuna, Tevž Levstek, Lara Drinovec) 
14. Cianofagi (Timotej Zgonik, ) 
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb (Maša Gabrič, Maša Andoljšek, Vivian Nemanič) 
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh(Tim Nograšek, Jure Povšin, Sašo Jakob) 
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje (Maja Mahorič, Ana Potočnik, Maja Trifkovič) 
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin (Tanja Janko, Špela Šubelj in Matic Krivec) 
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti 
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih (Tadej Uršič, Teo Nograšek, Oskar Nemec) 
21. Biotehnološka izraba fagov 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na tem, drugem, seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki> 

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)

Talk:Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T21:13:13Z

Nvegelj:

==== Nika Vegelj: ====
Uvod, fagi v obtočilnem sistemu, odziv imunskega sistema na bakteriofage.
==== Rebeka Dajčman: ====
Bakteriofagi v črevesju, imunski odziv v črevesju.
==== Michelle Oletič: ====
Endocitozno prepoznavanje, citoplazemsko prepoznavanje, fagi v možganih.

Talk:Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T21:07:46Z

Nvegelj:

'''Nika Vegelj:'''Uvod, Fagi v obtočilnem sistemu, odziv imunskega sistema na bakteriofage.
'''Rebeka Dajčman:'''Bakteriofagi v črevesju, imunski odziv v črevesju.
'''Michelle Oletič:'''Endocitozno prepoznavanje, citoplazemsko prepoznavanje, fagi v možganih.

Talk:Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T21:07:17Z

Nvegelj: New page: '''Nika Vegelj:''' Uvod, Fagi v cirkulatornem sistemu, odziv imunskega sistema na bakteriofage. '''Rebeka Dajčman:''' Bakteriofagi v črevesju, imunski odziv v črevesju. '''Michelle ...

'''Nika Vegelj:''' Uvod, Fagi v cirkulatornem sistemu, odziv imunskega sistema na bakteriofage.
'''Rebeka Dajčman:''' Bakteriofagi v črevesju, imunski odziv v črevesju.
'''Michelle Oletič:''' Endocitozno prepoznavanje, citoplazemsko prepoznavanje, fagi v možganih.

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T20:59:04Z

Nvegelj:

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.

== Fagi v obtočilnem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno barijero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 z peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral z kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

=== Imunski odziv v črevesju ===

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

== Imunski odziv ==

=== Endocitozno prepoznavanje ===

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I: C), TLR7 in 8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).

=== Citoplazemsko prepoznavanje ===

Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so Chlamydia, Mycobacterium in Listeria. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. . Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njegove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje abakteriofaga ''anti-Shiga''. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo Shigella dysenteriae, množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofag M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo amiloidne beta plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji beta3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje beta integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 faga kot vektorja fragmenta anti-β amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

== Viri ==

Barr, J. J. A bacteriophages journey through the human body. Immunol. Rev. 279, 106–122 (2017).

Huh, H., Wong, S., St. Jean, J. & Slavcev, R. Bacteriophage interactions with mammalian tissue: Therapeutic applications. Adv. Drug Deliv. Rev. 145, 4–17 (2019).

Carroll-Portillo, A. & Lin, H. C. Bacteriophage and the innate immune system: Access and signaling. Microorganisms 7, 1–11 (2019).

Tian, Y. et al. Probing the Endocytic Pathways of the Filamentous Bacteriophage in Live Cells Using Ratiometric pH Fluorescent Indicator. Adv. Healthc. Mater. 4, 413–419 (2015).

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T20:57:24Z

Nvegelj: /* Fagi v cirkulatornem sistemu */

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.

== Fagi v obtočilnem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno barijero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 z peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral z kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

=== Imunski odziv v črevesju ===

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

== Endocitozno prepoznavanje ==

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I: C), TLR7 in 8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).

== Citoplazemsko prepoznavanje ==

Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so Chlamydia, Mycobacterium in Listeria. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. . Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njegove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje abakteriofaga ''anti-Shiga''. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo Shigella dysenteriae, množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofag M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo amiloidne beta plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji beta3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje beta integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 faga kot vektorja fragmenta anti-β amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

== Viri ==

Barr, J. J. A bacteriophages journey through the human body. Immunol. Rev. 279, 106–122 (2017).

Huh, H., Wong, S., St. Jean, J. & Slavcev, R. Bacteriophage interactions with mammalian tissue: Therapeutic applications. Adv. Drug Deliv. Rev. 145, 4–17 (2019).

Carroll-Portillo, A. & Lin, H. C. Bacteriophage and the innate immune system: Access and signaling. Microorganisms 7, 1–11 (2019).

Tian, Y. et al. Probing the Endocytic Pathways of the Filamentous Bacteriophage in Live Cells Using Ratiometric pH Fluorescent Indicator. Adv. Healthc. Mater. 4, 413–419 (2015).

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T20:56:19Z

Nvegelj: /* Endocitozno prepoznavanje */

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.

== Fagi v cirkulatornem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno barijero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 z peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral z kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

=== Imunski odziv v črevesju ===

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

== Endocitozno prepoznavanje ==

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I: C), TLR7 in 8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).

== Citoplazemsko prepoznavanje ==

Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so Chlamydia, Mycobacterium in Listeria. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. . Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njegove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje abakteriofaga ''anti-Shiga''. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo Shigella dysenteriae, množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofag M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo amiloidne beta plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji beta3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje beta integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 faga kot vektorja fragmenta anti-β amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

== Viri ==

Barr, J. J. A bacteriophages journey through the human body. Immunol. Rev. 279, 106–122 (2017).

Huh, H., Wong, S., St. Jean, J. & Slavcev, R. Bacteriophage interactions with mammalian tissue: Therapeutic applications. Adv. Drug Deliv. Rev. 145, 4–17 (2019).

Carroll-Portillo, A. & Lin, H. C. Bacteriophage and the innate immune system: Access and signaling. Microorganisms 7, 1–11 (2019).

Tian, Y. et al. Probing the Endocytic Pathways of the Filamentous Bacteriophage in Live Cells Using Ratiometric pH Fluorescent Indicator. Adv. Healthc. Mater. 4, 413–419 (2015).

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T20:52:12Z

Nvegelj:

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.

== Fagi v cirkulatornem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno barijero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 z peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral z kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

=== Imunski odziv v črevesju ===

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

== Endocitozno prepoznavanje ==

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I: C), TLR7 in 8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).
Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so Chlamydia, Mycobacterium in Listeria. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. . Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njegove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje abakteriofaga ''anti-Shiga''. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo Shigella dysenteriae, množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofag M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo amiloidne beta plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji beta3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje beta integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 faga kot vektorja fragmenta anti-β amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

== Viri ==

Barr, J. J. A bacteriophages journey through the human body. Immunol. Rev. 279, 106–122 (2017).

Huh, H., Wong, S., St. Jean, J. & Slavcev, R. Bacteriophage interactions with mammalian tissue: Therapeutic applications. Adv. Drug Deliv. Rev. 145, 4–17 (2019).

Carroll-Portillo, A. & Lin, H. C. Bacteriophage and the innate immune system: Access and signaling. Microorganisms 7, 1–11 (2019).

Tian, Y. et al. Probing the Endocytic Pathways of the Filamentous Bacteriophage in Live Cells Using Ratiometric pH Fluorescent Indicator. Adv. Healthc. Mater. 4, 413–419 (2015).

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T20:51:35Z

Nvegelj:

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.

== Fagi v cirkulatornem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno barijero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 z peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral z kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

=== Imunski odziv v črevesju ===

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

== Endocitozno prepoznavanje ==

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I: C), TLR7 in 8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).
Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so Chlamydia, Mycobacterium in Listeria. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. . Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njegove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje abakteriofaga ''anti-Shiga''. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo Shigella dysenteriae, množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofag M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo amiloidne beta plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji beta3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje beta integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 faga kot vektorja fragmenta anti-β amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

== Viri ==

1. Barr, J. J. A bacteriophages journey through the human body. Immunol. Rev. 279, 106–122 (2017).
2. Huh, H., Wong, S., St. Jean, J. & Slavcev, R. Bacteriophage interactions with mammalian tissue: Therapeutic applications. Adv. Drug Deliv. Rev. 145, 4–17 (2019).
3. Carroll-Portillo, A. & Lin, H. C. Bacteriophage and the innate immune system: Access and signaling. Microorganisms 7, 1–11 (2019).
4. Tian, Y. et al. Probing the Endocytic Pathways of the Filamentous Bacteriophage in Live Cells Using Ratiometric pH Fluorescent Indicator. Adv. Healthc. Mater. 4, 413–419 (2015).

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T20:51:03Z

Nvegelj:

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.

== Fagi v cirkulatornem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno barijero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 z peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral z kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

=== Imunski odziv v črevesju ===

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

== Endocitozno prepoznavanje ==

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I: C), TLR7 in 8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).
Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so Chlamydia, Mycobacterium in Listeria. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. . Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njegove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje abakteriofaga ''anti-Shiga''. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo Shigella dysenteriae, množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofag M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo amiloidne beta plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji beta3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje beta integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 faga kot vektorja fragmenta anti-β amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

== Viri ==

Barr, J. J. A bacteriophages journey through the human body. Immunol. Rev. 279, 106–122 (2017).
Huh, H., Wong, S., St. Jean, J. & Slavcev, R. Bacteriophage interactions with mammalian tissue: Therapeutic applications. Adv. Drug Deliv. Rev. 145, 4–17 (2019).
Carroll-Portillo, A. & Lin, H. C. Bacteriophage and the innate immune system: Access and signaling. Microorganisms 7, 1–11 (2019).
Tian, Y. et al. Probing the Endocytic Pathways of the Filamentous Bacteriophage in Live Cells Using Ratiometric pH Fluorescent Indicator. Adv. Healthc. Mater. 4, 413–419 (2015).

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T20:33:50Z

Nvegelj:

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.

== Fagi v cirkulatornem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno barijero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 z peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral z kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

=== Imunski odziv v črevesju ===

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

== Endocitozno prepoznavanje ==

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I: C), TLR7 in 8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).
Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so Chlamydia, Mycobacterium in Listeria. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. . Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njegove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje abakteriofaga ''anti-Shiga''. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo Shigella dysenteriae, množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofag M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo amiloidne beta plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji beta3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje beta integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 faga kot vektorja fragmenta anti-β amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T20:33:02Z

Nvegelj:

= Interakcije fagov s človeškimi tkivi =

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.

== Fagi v cirkulatornem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno barijero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 z peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral z kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

=== Imunski odziv v črevesju ===

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

== Endocitozno prepoznavanje ==

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I: C), TLR7 in 8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).
Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so Chlamydia, Mycobacterium in Listeria. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. . Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njegove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje abakteriofaga ''anti-Shiga''. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo Shigella dysenteriae, množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofag M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo amiloidne beta plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji beta3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje beta integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 faga kot vektorja fragmenta anti-β amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T20:32:12Z

Nvegelj:

= Interakcije fagov s človeškimi tkivi =

== Uvod ==

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.
== Fagi v cirkulatornem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno barijero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 z peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral z kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

=== Imunski odziv v črevesju ===

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

== Endocitozno prepoznavanje ==

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I: C), TLR7 in 8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).
Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so Chlamydia, Mycobacterium in Listeria. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. . Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njegove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje abakteriofaga ''anti-Shiga''. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo Shigella dysenteriae, množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofag M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo amiloidne beta plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji beta3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje beta integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 faga kot vektorja fragmenta anti-β amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

Interakcije fagov s človeškimi tkivi

2020-05-09T20:31:33Z

Nvegelj: New page: <h2>Interakcije fagov s človeškimi tkivi</h2> == Uvod == Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakter...

<h2>Interakcije fagov s človeškimi tkivi</h2>

== Uvod ==

Človeško telo je dom številnih bakteriofagov, raznolike skupine virusov, ki okužijo bakterije. Za znanstvenike so bakteriofagi zanimivi iz vidika uporabe za zdravljenje nekaterih bakterijskih okužb, vendar kljub velikemu številu znanstvenih raziskav, mehanizem interakcije med fagom in človeškim tkivom še vedno ni popolnoma jasen. Fagi lahko prehajajo preko endotelija, ampak nimajo sposobnosti, da bi okužili evkariontske celice. Okužijo lahko zgolj bakterijske celice, saj se pritrdijo na specifične receptorje na bakterijski celični steni.
== Fagi v cirkulatornem sistemu ==

Širjenje fagov poteka izjemno hitro. Bakteriofagi, ki vstopijo v obtočilni sistem morajo pronicati skozi endotelij, da pridejo do želenega organa pri katerem želijo sprožiti terapevtske učinke. Endotelij tvori polprepustno barijero med krvjo in tkivom. Pri normalnih pogojih lahko le majhne molekule ( manjše kot 70kDA ) prosto prehajajo med endotelijem in notranjostjo organa. Pri vnetnih procesih pa lahko tudi večje molekule ( 2000 kDA), namreč vnetni proces poveča prepustnost endotelne bariere. Že dolgo je znano, da je endotelna bariera zelo heterogena po strukturi, kar pa nas privede do por imenovanih fenestare, ki uravnavajo izmenjavo snovi med tkivom in žilami. Poznamo več vrst velikosti por, kot tudi različne velikosti fagov, ki pa bi lahko prosto prehajali skozi te pore v želene organe. Poznamo več tipov prenosa materiala preko endotelne membrane kot so fagocitoza, makropinocitoza, s klatrinom posredovana endocitoza ter preostali energijsko neodvisne endocitotni mehanizmi. Zelo potencialen za terapevtsko uporabo pri zdravljenju bakterijskih infekcij je bakteriofag M13. Pri njem so ugotovili, da lahko prehaja zgolj čez epitelijska tkiva z CME ( klatrinsko posredovana endocitoza ) ter makropinocitozo. Dokazi kažejo tudi na to, da so se fagi sposobni vezati na receptorje na membranah celic. Ena od študij prikaže kako so spremljali internalizacijo bakteriofaga M13, kateremu so izrazili celične prodorne proteine oz. CPP (angl. Cell-penetrating peptides) vrste 3D8 VL in pa TAT pri epitelijskih HelA celicah. Vsak CPP je interagiral z celični receptorji, da je sprožil endocitozo. Zanimivo je, da je vsak CPP izbral drugačno pot endocitoze, namreč bakteriofag M13 z peptidom 3D8 VL se je endocitiral po CME metodi, medtem ko slednji z izraženim TAT peptidom se je endocitiral z kaveloarno endocitozo oz. CavMe. Po endocitozi so se internalizirani bakteriofagi lokalizirali v endosomalnih odsekih, torej endoplazemskem retikulumu in golgijevem aparatu. Kljub temu je večina bakteriofagov končala v lizosomu, kjer so se kasneje razgradili. Ugotovili so tudi, da so izpostavljeni ß3 integrini na celični membrani še ena od možnosti, ki bi jih fagi lahko uporabili za vstop v celico.

== Odziv imunskega sistema na bakteriofage ==

Ob vstopu v obtočilni sistem bakteriofagi aktivirajo imunski sistem. Problem terapije z bakteriofagi je nastanek protiteles proti le tem, saj so bakteriofagi že naravno prisotni v našem okolju. Protitelesa so odkrili v 81% zdravih ljudi, ki niso bili deležni predhodne terapije s fagi. Prevelika uporaba terapije s fagi bi povzročila pretirano proizvodnjo protiteles, kar pa bi povzročilo težjo uporabo fagov za terapevtska zdravljenja. Lako bi tudi spremenili kapsidne proteine s katerimi bi omogočili, da bi se bili fagi sposobni izogniti makrofagnemu sistemu, imeli pa bi tudi podaljšano cirkulacijo ter posledično podaljšan terapevtski učinek.

=== Fagna fagocitoza ===

Bakteriofage lahko fagocitirajo človeške celice, zato tudi človeško telo igra glavno vlogo pri čistki fagov. Enojedrni fagocitni sistem (ang. Mononuclear phagocyte system) v jetrih in vranici je odgovoren za filtracijo tujih organizmov, med njimi tudi bakteriofagov iz krvožilja. Vranica in jetra so glavna shramba bakteriofagov, saj je aktivnost fagov tam največja.
Fagi pa lahko spodbudijo fagocitozo bakterij preko makrofagov. Fagi torej na nek način označijo bakterijo ter jo naredijo bolj prepoznavno za imunski sistem. Litična aktivnost faga poleg označitve bakterije, tudi poveča učinkovitost odstranitve patogene bakterije. Med fagocitozo bakterije naj bi bakteriofag še naprej liziral fagocitirano bakterijo in tako pomagal v procesu fagocitoze bakterijskega patogena.

=== Produkcija protiteles proti bakteriofagom ===

Fagi vsebujejo tesno zapakirano DNA ali pa RNA, ki je obdana s proteinskim plaščem, zato je logično pričakovati, da se bodo v telesu formirala protitelesa proti fagom med fagno terapijo ali pa proti fagom, ki so prisotni v našem okolju. V naravi prisotni bakteriofagi aktivirajo našo humoralno imunost, to je pridobljena imunost pri kateri je specifični imunski odziv pridobljen proti specifičnemu patogenu. Protitelesa pa so producirana od plazma T celic

== Bakteriofagi v črevesju ==

V črevesju sesalcev najdemo veliko število bakterij, ki so potencialne žrtve bakteriofagov. Ti namreč predstavljajo 90% vseh virusov v gastrointestinalnem traktu. Vstop faga v črevesje je največkrat preko oralne administracije, v črevesju se pa le ta sreča z ostrimi življenjskimi pogoji, kot je visoka kislost, proteolitična aktivnost encimov, anaerobno okolje in odziv imunskega sistema. Večina fagov ne preživi pH nižjega od 2, vendar so pa nekatere vrste razvile acidno rezistenco.
prva zaščita pred vstopom patogena v notranjost organizma je črevesna mukusna bariera. Sestavlja jo zunanji mukusni sloj, ki je sekretorni ter notranji mukusni sloj, ki je vezan na površje celic. Pod mukusom se nahaja plast črevesnih epitelijskih celic.
Nekateri eksperimenti potrjujejo fagni prehod iz črevesja, saj so po oralni administraciji opazili povišano koncentracijo fagov v krvi prostovoljca, medtem ko so drugi eksperimenti to teorijo ovrgli. Teoretično lahko fagi prehajajo čez črevesni epitelij na različne načine.

=== Prehod z mukusnimi glikoproteini ===

Mukus je gelu podobna sluzasta snov sestavljena pretežno iz vode in glikoproteinov, ki so zelo različni, kar omogoča fagu variabilnost proteinskih vezav. Domneva se, da pri interakciji igrajo pomembno vlogo Imunoglobulinu-podobne proteinske domene na kapsidi faga. Pri evkariontih Ig-superdružina sodeluje pri vezavnih procesih, prepoznavanju antigenov in služijo kot receptorji na T-limfocitih.

=== Vloga Hoc proteina pri interakcijah ===

Hoc protein (visoko imunogeni zunanji kapsidni protein) je protein na kapsidi faga T4 kateri ima Ig-podobne domene. Raziskovalci so naredili še teoretičen test analize gena hoc. S poravnavo proteinskih in nukleinskih zaporedij so našli kratek odsek identičnega zaporedja 20 aminokislin med Hoc genom in IRF-2BP2 (interferon regulatoren faktor 2 vezavni protein 2). Ta fragment kodira aminokislinski motiv PEPEGE, ki se pri evkariontskih proteinih nahaja izven aktivnega mesta, zato domnevno nima funkcije. Homologija teh proteinov kaže na ko-evolucijski razvoj, ki je bil za fage potreben, če so želeli preživeti v črevesnem okolju. Ti proteini bi naj sodelovali pri zaščiti bakteriofaga pred razgradnjo, saj ga fagi, katerih naravno okolje ni gastrointestinalni trakt, nimajo.
Sestavlja ga globularna glava, ki »štrli« iz površja kapside, vrat in baza katera pritrjuje protein na sredino heksamerov sestavljenih iz gp23 proteinov. Gen za Hoc protein (gpHoc) kodira štiri Ig-podobne proteinske domene, vezava z glikanom pa je šibka, vendar je število teh vezal veliko. Takšna interakcija omogoča fagu stacioniran položaj v mukusu oz. mu omogoča difuzijo v nižje plasti. Že vezani fagi onemogočijo bakteriji vezavo na mukos in s tem okužbo evkariontske celice, drugič pa zagotavljajo brez-gostiteljski sloj imunosti, saj lahko lažje okužijo že zasidrane bakterije, jih uničijo preko litičnega cikla in tako zreducirajo število bakterij v črevesju.

=== Imunski odziv v črevesju ===

V mukusu najdemo tudi deset različnih transmembranskih mucinov, ki so prav tako glikoproteini. Vezava liganda na C-terminalno domeno sproži avto-fosforilacijo in signalno transdukcijo, ki med drugim vključuje aktivacijo T-limfocitov.
Epitelijske celice črevesne sluznice na svoji površini izražajo CD61 (trombocitni glikoprotein IIIa), ki sodelujejo pri imunskem odzivu. To so ß3 integrini na katere se vežejo ligandi s specifičnim aminokislinskim zaporedjem katerega imenujemo RGD motiv (arginin-glicin-asparagin). Na kapsidi bakteriofabov T4 so našli protein gp24 z KGD motiv (lizin-glicin-asparagin) za katerega velja, da je analog RGD motiva.
Pri interakciji faga T4 z dendritno celico lahko pride do inhibicije imunskega odziva, tako da fag sodelujejo pri inhibirajo IL-10 (interlevkin 10). Fagocitoza T4 faga bi naj tudi inhibira vse kasnejše fagocitozne procese kar kaže na imunosupresivno delovanje. Drugi fagi lahko ob stiku z epitelijsko celico prožijo nastajanje IL-6, ki poveča sekrecijo IgA. Razni eksperimenti so pokazali povišano raven IgA po oralni adminisraciji fagov.

== Endocitozno prepoznavanje ==

Endocitno prepoznavanje se začne z endocitozo prostega faga, opsoniziranega faga (to pomeni z vezanim protitelesom in substratom) ali z bakteriofagi okužene bakterije. Fagni epitopi so izpostavljeni patogen prepoznavnim receptorjem PRR znotraj endosomskega predela. V primeru lizogeniziranih bakterij to zahteva razgradnjo bakterijskih membran. Tako se lahko vgrajena DNA faga sprosti skupaj z bakterijsko DNA. Za bakterije okužene s fagi, in za proste bakteriofage je razgradnja virusne kapside tista, ki sprosti bakteriofagne nukleotide, kar omogoča zaznavanje PRR. PRR vključuje številne endosomsko povezane TLR (Toll-like receptors), ki prepoznajo nukleinske kisline: TLR3 (veže dsRNA in poli I: C), TLR7 in 8 (veže ssRNA in poli dT) in TLR9 (veže CpG DNA).
Citoplazmatsko prepoznavanje fagne DNA znotraj evkariontskega gostitelja še ni opisano, vendar se najverjetneje pojavi pri fagu, ki okuži znotrajcelične bakterije, kot so Chlamydia, Mycobacterium in Listeria. Najbolj zapleten del te aktivacijske poti je dostop nukleinske kisline faga do citoplazemskega prostora. Epitopi znotrajceličnega bakteriofaga bodo verjetno postali izpostavljeni v citoplazmi bodisi zaradi bakterijske smrti bodisi z bakteriofagi povzročene bakterijske lize. Bakterifagno DNA v citoplazmi bi lahko prepoznali po nukleotidnih senzorjih, kot so cGAS-STING ali AIM2-podobni receptorji. Fagna RNA lahko signalizira prek RIG-1 podobnih receptorjev (RIG-1 ali MDA5).

== Fagi v možganih ==

Zaradi strogo reguliranega sistema prehajanja v krvno možgansko pregrado (BBB) prenos zdravil v centralni živčni sistem predstavlja veliko oviro. . Rešitev predstavljajo fagi, ki so že dolgo znani po tem, da se kopičijo v možganih, tako da očitno prehajajo BBB z lahkoto. Mehanizem kako bakteriofagi vstopijo v BBB še ni poznan. Poznanih pa je veliko poskusov, kjer so v možgane namerno injicirali bakteriofage in spremljali njegove učinke v možganih. Prva pomembnejša raziskava je bila, ko so leta 1943 pokazali kopičenje in razmnoževanje abakteriofaga ''anti-Shiga''. Bakteriofag Anti-Shiga, ki se vbrizga v splošni obtok, se lahko v možganih miši, okuženih z bakterijo Shigella dysenteriae, množi v možganih.
Nedavne študije kažejo, da se bakteriofag M13, zelo veliki nanodelci(~900 nm), vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske proteine, kar vodi v razčlenitev plakov na modelih Alzheimerjeve in Parkinsonove bolezni. Da bi določili izvedljivost, varnost in značilnosti konvekcijskega dovajanja nativnega nitastega bakteriofaga M13 v možgane, je Ksendzovsky s skupino raziskovalcev možgane primatov perfutiral z bakteriofagom. Med zdravljenjem so bile vse živali nevrološko aktivne, brez dokazov o toksičnosti, medtem ko so opazili, da se fagi širijo po možganih primatov z aksonskim transportom.
Pokazalo se je tudi, da fagi vežejo amiloidne beta plake, rake in tumorske celice, kar kaže na potencialno terapevtsko vlogo v možganih. Z bakteriofagom T4 so dokazali, da le-ti zavirajo rast tumorja v možganih miših. Predlagan je možni molekularni mehanizem teh učinkov, in sicer specifična interakcija med motivom Lys-Gly-Asp fagnega proteina 24 in receptorji beta3-integrina na ciljnih celicah (to so celice mišjega melanoma). Ugotovljeno pa je bilo, da blokiranje beta integrinov z bakteriofagi povzroči znatno zmanjšanje invazivnosti tumorja.
Zgodnjo diagnozo Alzheimerjeve bolezni preprečimo s pomanjkanjem sredstev za vizualizacijo in ciljanje β amiloidnih oblog v možgane prizadetih ljudi in vivo. Intranazalno vstavljanje inženirsko narejenega nitastega faga M13 faga kot vektorja fragmenta anti-β amiloidnega protitelesa v miši z Alzheimerjevo boleznijo omogoča in vivo targetiranje β amiloidnih oblog. Fagi, ki se vežejo na β-amiloidne in α-sinukleinske ploščice, ki so povezani z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo, so olajšali razpad in odstranjevanje teh napačno zvitih proteinov v možganih.

Bakteriofagi

2020-03-12T19:07:11Z

Nvegelj:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2019/20 obravnavajo različne vidike bakteriofagov, od njihove zgradbe in delovanja, do vloge v okolju in izrabe za zdravljenje. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu. Za orientacijo in splošno poznavanje tematike si oglejte prosojnice v spletni učilnici - 3. teden marca. V okviru posameznih glavnih poglavij lahko predlagate še kakšen seminar po lastni presoji (pošljite predlog po e-pošti!).

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti (lahko tudi dva, če pa bi kakšno temo na vsak način rad obdelal en sam, mi prej pišite, da se pogovorimo glede vsebine in obsega). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200-1800 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Predstavitev naj bo dolga 15-20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite le malo splošnega uvoda, ki naj ima za nalogo, da umesti vašo temo v kontekst problematike bakteriofagov.

Predvidena umestitev seminarjev v semestru je razvidna iz spletne učilnice, a zaenkrat ni mogoče zagotovo reči, da ne bo kakšnih sprememb zaradi ukrepov proti širjenju koronavirusa.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).

Spodnji seznam vključuje povezave do nekaterih preglednih člankov iz zadnjega obdobja, ki jih lahko uporabite za osnovo pri pripravi. Večinoma pa navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim - predvidoma po 8 na teden), tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.

Poglavja za seminarje so:

'''STRUKTURA IN DELOVANJE FAGOV''' 
https://www.intechopen.com/books/bacteriophages-perspectives-and-future/bacteriophages-their-structural-organisation-and-function (poglavje, 2019) 
1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov 
2. Struktura kapsid in prokapsid 
3. Struktura konektorjev in repov 
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6416446/ (pregledni, 2019) 
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6209105/ (pregledni, 2018) 
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1879625718300142?via% 
(pregledni, 2018) 
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570963919301888?via% 
(pregledni, 2020) 
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave 

'''INTERAKCIJE in EKOLOGIJA''' 

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm (pregledni, 2019) 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29523063 
9. Interakcija faga z bakterijo 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169409X19300031 (pregledni, 2019) 
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi 

https://www.mdpi.com/2076-0817/8/3/100/htm (pregledni, 2019) 
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih (brez človeka - to je predhodna tema) 

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/08927014.2019.1613525 in https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32125643 
(pregledni, 2019+2020) 
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0966842X19300599?via% 
(pregledni, 2019) 
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom 

https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11274-013-1358-5 (pregledni, 2013) 
14. Cianofagi 

'''UPORABA BAKTERIOFAGOV''' 

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2019.00513/full (pregledni, 2019) 
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb 
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh 
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5371805/ 
(pregledni, 2017 - samo kratko poglavje o uporabi na rastlinah) 
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0160412019305410 (pregledni, 2019) 
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti 

https://www.aimspress.com/fileOther/PDF/microbiology/microbiol-05-04- 
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S095816691930093X?via%3Dihub 
(pregledni, 2019 + 2020) 
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih 

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm 
in https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166919301296?via%3Dihub 
(pregledni, 2019 + 2020) 
21. Biotehnološka izraba fagov 

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja, tako kot je prikazano pri izmišljenem ničtem seminarju.
Seminarje bomo izvedli v enakem vrstnem redu, kot so navedeni zgoraj.

0. Analiza bakteriofagov v smrekovem gozdu (Jana Dolenc, Tilen Deželak, Sonja Mavrič) 

1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov 
2. Struktura kapsid in prokapsid 
3. Struktura konektorjev in repov 
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov 
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda (Nastja Feguš, Nina Varda) 
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni 
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina 
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave 
9. Interakcija faga z bakterijo (Anastasija Nechevska, Marjeta Milostnik) 
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi (Michelle Oletič, Nika Vegelj, Rebeka Dajčman) 
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih 
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme 
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom 
14. Cianofagi 
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb 
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh 
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje 
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin 
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti 
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih 
21. Biotehnološka izraba fagov 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na tem, drugem, seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki> 

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)

BIO2 Povzetki seminarjev 2019

2019-10-26T09:41:31Z

Nvegelj: /* Nika Vegelj : FORMACIJA BIOFILMA V POVEZAVI S C-DI-GMP MOLEKULO */

== Kim Glavič: ATP KOT SIGNALNA MOLEKULA ŽIVALI IN RASTLIN ==

Molekula ATP ni le temeljni vir energije za mnoge procese v celici, temveč tudi signalna molekula v zunajceličnem matriksu živali in rastlin. ATP, kot velika polarna molekula, se iz celic rastlin izloči s pomočjo eksocitotskih veziklov ali ATP prenašalcev. Iz živalskih celic pa s pomočjo eksocitotskih veziklov, ATP prenašalcev ali koneksonskih hemikanalčkov. Ob povečanih koncentracijah molekul ATP v zunajceličnem matriksu se te vežejo na ustrezne P2- receptorje. Po sprostitvi nazaj v matriks pa njihovo koncentracijo uravnavajo ekto-nukleotidaze. Na splošno aktivacija P2- receptorjev povzroči povišanje koncentracije kalcijevih ionov in dušikovega monoksida v citosolu celice ter nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti v zunajceličnem matriksu. Kalcijevi ioni, dušikov monoksid in reaktivne kisikove zvrsti so sekundarni obveščevalci, ki so ključni za fiziološki odziv celice. Rastlinska ATP-signalizacija ima pomembno vlogo pri časovni regulaciji kalitve cvetnega prahu, rasti pelodne cevke, nastanku koreninskih gomoljev in zaznavanju ter posledično izogibanju oviram pri rasti korenin. Živalska ATP-signalizacija sodeluje pri nastanku imunskega odziva, prenosu živčnih signalov, celični smrti in regulaciji mnogih drugih procesov.

== Tevž Levstek: GLICINSKI TRANSPORTERJI KOT TERAPEVTSKE TARČE ==

Glicin je proteinogena aminokislina, ki opravlja tudi funkcijo signalne molekule, natančneje nevrotransmiterja. Najdemo ga v dveh vrstah sinaps: glicinergičnih, kjer je glavni nevrotransmiter in glutamatergičnih, kjer ima pomožno vlogo, saj pomaga glutamatu pri signaliziranju. Koncentracije glicina v medceličnini regulirajo glicinski transporterji, ki jih delimo na GlyT1 in GlyT2. Glicinergična sinapsa je inhibitorna, kar pomeni, da če glicin aktivira svoj receptor, posinaptično celico hiperpolarizira (še poveča raven kloridnih ionov v njej). V tej sinapsi GlyT1 zmanjšuje koncentracijo glicina, saj ga transportira v okoliške glia celice. GlyT2 po drugi strani pa zvišuje koncentracijo glicina, saj zbira razpršen glicin, ga reciklira in omogoči ponovno usmerjeno pošiljanje proti receptorjem. V glutamatergičnih sinapsah pa je glicin skupaj z glutamatom ekscitatorna signalna molekula. Če se glicin veže na protein NMDA, ki je na posinaptični membrani, mu s pozitivno alosterično modifikacijo olajša vezavo z glutamatom, ki odpre kationski kanalček in depolarizira celico. Tu regulira koncentracijo glicina le GlyT1, ki jo zmanjšuje, GlyT2 pa tu ne nastopa. Razumevanje delovanja obeh sinaps nam lahko omogoči sintezo novih zdravil, ki bi bolj učinkovito delovala proti nekaterim duševnim boleznim kot so shizofrenija, alkoholizem, obsesivno-kompulzivna motnja in še precej drugim. Ta zdravila najpogosteje inhibirajo delovanje GlyT1 in imajo veliko uspešnost pri glodalcih. Pri ljudeh pa na žalost še ni bilo dobrih rezultatov in na razvoj tovrstnega zdravila še čakamo.

== Ana Potočnik: FOSFATIDILSERIN KOT SIGNALNA MOLEKULA ==

Fosfatidilserin je glicerofosfolipid in pomemben gradnik celičnih membran. V zdravih in živečih celicah se nahaja izključno na notranji, citosolni strani fosfolipidnega dvosloja. To asimetrično razporeditev s pomočjo ATP vzpostavlja aminofosfolipidna translokaza. Poleg svoje strukturne vloge ima fosfatidilserin tudi pomembno funkcijo v mnogih signalizacijskih poteh. Kot signalna molekula sodeluje pri koagulaciji krvi, fagocitozi apoptoznih celic, celični fuziji in odlaganju mineralov v osteoblaste. Ključna lastnost fosfatidilserina kot signalne molekule je njegova negativno nabita polarna glava. Preko nje fosfatidilserin z drugimi signalnimi molekulami ali receptorji tvori elektrostatske ali stereospecifične interakcije. Sodeluje pri signalizaciji znotraj celice in tudi pri ekstracelularni signalizaciji. Ko sodeluje pri ekstracelularni signalizaciji, se nahaja tudi na ekstracelularni strani fosfolipidnega dvosloja. Prehod fosfatidilserina iz notranje na zunanjo stran uravnavajo skramblaze. Te so lahko aktivirane s pomočjo kaspaz, ki so encimi, prisotni v apoptozni celici. Med molekulami, ki se vežejo na fosfatidilserin, so najbolj preučevane tiste, ki za vezavo nanj uporabijo Gla domeno. Laktahedrin, ki je na fagocit vezan preko integrinov αvβ3, z vezavo na fosfatidilserin apoptozno celico pritrdi k makrofagu. Gas6 in protein S, ki se prav tako vežeta na fosfatidilserin, pa preko TAM receptorjev sprožita tirozinkinazno aktivnost. Aktivira se Rac1 in polimerizacija aktina sproži fagocitozo apoptozne celice. Izpostavljenost fosfatidilserina na ekstracelularni strani celice je zadosten signal makrofagu, da fagocitira celico. To nakazuje na pomembno vlogo fosfatidilserina kot signalne molekule.

== Tadej Uršič: TLR SIGNALIZACIJA IN NJENA VLOGA PRI REVMATIČNIH BOLEZNIH ==

Prirojeni imunski sistem predstavlja prvi obrambni mehanizem organizma. Celice prirojenega imunskega sistema izražajo receptorje, ki zaznavajo določene gradnike bakterij in virusov in pa molekule, ki nastanejo pri poškodbah samega organizma. Ti receptorji sprožijo signalne poti ki privedejo do odgovora organizma na vdor patogena. Ena od skupin teh receptorjev so TLR (Toll-Like Receptors). So integralni proteini za katere je značilna z levcini bogata ektodomena za prepoznavanje ligandov in pa TIR domena za navzdoljno signalizacijo. TLR-ji prepoznavajo komponente membran (lipide, lipopolisaharide, lipoproteini, …) in nukleinske kisline bakterij in virusov in kot odgovor sprožijo vnetno reakcijo. Če je le ta normalno regulirana le ta pripomore pri odpravi vdirajočih patogenov v organizem. Če pa pride do napak v regulaciji to lahko privede do kroničnega vnetja tkiva. Pri revmatičnih obolenjih, kot so na primer revmatoidni artritis, putiki, lymski artritis, lupus… , so odkrili večjo izraženost TLR-jev, kar je lahko glavni razlog za njihov nastanek. Znanstveniki sedaj testirajo razne inhibitorje TLR-jev ali pa njihovih adaptornih proteinov, kot potencialna zdravila za te bolezni.

== Nika Vegelj : FORMACIJA BIOFILMA V POVEZAVI S C-DI-GMP MOLEKULO ==

Za bakterijo, kot tudi za vsa ostala živa bitja je nujno, da se prilagajajo na spreminjanje življenjskih pogojev, saj jim to omogoča preživetje. Molekula c-di-GMP je sekundarni sporočevalev pri baktrerijah, ki regulira različne celične procese. C-di-GMP so prvič odkrili kot alosterični aktivator celulozne sintetaze v bakteriji Gluconacetobacter xylinum. Pri patogenih organizmih molekula c-di-GMP kontrolira virulentni odgovor, ki je povezan s quorum sensingom, procesom s katerim bakterije med seboj komunicirajo. Koncentracija molekule c-di-GMP je v celici regulirana s pomočjo encimov fosfodiesteraz in gvanilat ciklaz. C-di-GMP je sintetizirana znotraj celice iz dveh molekul GTP s pomočjo encima digvanilat ciklaze, ki na aktivni strani nosi domeno GGDEF. Razpad molekule pa omogoča encim fosfodiesteraza, ki nosi domeno EAL, ta omogoča, da molekula razpade na linearni nukleotid pGpG. Glavni namen raziskovanja molekule c-di-GMP ter njene vloge pri tvorbi biofilma, je bil, da bi ugotovili nove metode, ki bi preprečile nastanek biofilma in tako pozdravile z njim povezane bolezni. Cistična fibroza je ena izmed najpogostejših bolezni v evropi, za njo pa je odgovorna bakterija pseudomonas aeruginosa, ki s tvorbo biofilma povzroča kronično obolenje, saj antibiotiki ne delujejo direktno na biofilm. C-di-GMP je sekundarni sporočevalec pri bakterijah, ne pa tudi pri evkariontih in arhejah. Prav zato je tako zanimiv za znanstvenike, saj lahko z razvojem zdravil, ki bi vplivale na molekulo, razvili potencialna zdravila za kronične bolezni.

BIO2 Povzetki seminarjev 2019

2019-10-26T09:38:53Z

Nvegelj:

BIO2 Seminar 2019

2019-10-25T20:10:35Z

Nvegelj: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve
|-
! Tevž Levstek
| 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2019 Glicinski transporterji kot terapevtske tarče] || Sašo Jakob || Andrej Špenko || 18/10/2019 || 21/10/2019 || 23/10/2019
|-
! Ana Potočnik
| 12 || Fosfatidilserin kot signalna molekula || Marjeta Milostnik || Maja Mahorič || 18/10/2019 || 21/10/2019 || 23/10/2019
|-
! Kim Glavič
| 12 || ATP kot signalna molekula živali in rastlin || Tina Logonder || Tim Nograšek || 18/10/2019 || 21/10/2019 || 23/10/2019
|-
! Nika Vegelj
| 12 || Formacija biofilma v povezavi s c-di-GMP signalizacijo. || Žan Fortuna || Nina Varda || 25/10/2019 || 28/10/2019 || 30/10/2019
|-
! Tadej Uršič
| 12 || TLR signalizacija in njena vloga pri revmatičnih boleznih || Michelle Oletič || Tina Arnšek || 25/10/2019 || 28/10/2019 || 30/10/2019
|-
! Natalija Razpotnik
| 12 || || Maša Gabrič || Timotej Zgonik || 25/10/2019 || 28/10/2019 || 30/10/2019
|-
! Maja Kolar
| 14-15 || || Tevž Levstek || Sašo Jakob || 01/11/2019 || 04/11/2019 || 06/11/2019
|-
! Jure Povšin
| 14-15 || || Ana Potočnik || Marjeta Milostnik || 01/11/2019 || 04/11/2019 || 06/11/2019
|-
! Manca Osolin
| 14-15 || Regulacija metabolizma med astrociti in nevroni || Kim Glavič || Tina Logonder || 01/11/2019 || 04/11/2019 || 06/11/2019
|-
! Greta Junger
| 16 || || Nika Vegelj || Žan Fortuna || 08/11/2019 || 11/11/2019 || 13/11/2019
|-
! Oskar Nemec
| 16 || Uravnavanje delovanja levkocitov z intermediati cikla citronske kisline || Tadej Uršič || Michelle Oletič || 08/11/2019 || 11/11/2019 || 13/11/2019
|-
! Teo Nograšek
| 16 ||GPR91: || Natalija Razpotnik || Maša Gabrič || 08/11/2019 || 11/11/2019 || 13/11/2019
|-
! Ana Babnik
| 17 || || Maja Kolar || Tevž Levstek || 15/11/2019 || 18/11/2019 || 20/11/2019
|-
! Maša Andoljšek
| 17 || || Jure Povšin || Ana Potočnik || 15/11/2019 || 18/11/2019 || 20/11/2019
|-
! Nastja Feguš
| 17 || || Manca Osolin || Kim Glavič || 15/11/2019 || 18/11/2019 || 20/11/2019
|-
! Vivian Nemanič
| 18 || || Greta Junger || Nika Vegelj || 22/11/2019 || 25/11/2019 || 27/11/2019
|-
! Lena Trnovec
| 18 || || Oskar Nemec || Tadej Uršič || 22/11/2019 || 25/11/2019 || 27/11/2019
|-
! Sonja Gabrijelčič
| 18 || || Teo Nograšek || Natalija Razpotnik || 22/11/2019 || 25/11/2019 || 27/11/2019
|-
| Maja Trifkovič || 19 || || Ana Babnik || Maja Kolar || 29/11/2019 || 02/12/2019 || 04/12/2019
|-
| Anja Konjc || 19 || || Maša Andoljšek || Jure Povšin || 29/11/2019 || 02/12/2019 || 04/12/2019
|-
| Ana Vičič || 19 || || Nastja Feguš || Manca Osolin || 29/11/2019 || 02/12/2019 || 04/12/2019
|-
| Andrej Špenko || 20 || || Vivian Nemanič || Greta Junger || 06/12/2019 || 09/12/2019 || 11/12/2019
|-
| Maja Mahorič || 20 || || Lena Trnovec || Oskar Nemec || 06/12/2019 || 09/12/2019 || 11/12/2019
|-
| Tim Nograšek || 20 || || Sonja Gabrijelčič || Teo Nograšek || 06/12/2019 || 09/12/2019 || 11/12/2019
|-
| Nina Varda || 21 || || Maja Trifkovič || Ana Babnik || 13/12/2019 || 16/12/2019 || 18/12/2019
|-
| Tina Arnšek || 21 || || Anja Konjc || Maša Andoljšek || 13/12/2019 || 16/12/2019 || 18/12/2019
|-
| Timotej Zgonik || 21 || || Ana Vičič || Nastja Feguš || 13/12/2019 || 16/12/2019 || 18/12/2019
|-
| Sašo Jakob || 22 || || Andrej Špenko || Vivian Nemanič || 03/01/2020 || 06/01/2020 || 08/01/2020
|-
| Marjeta Milostnik || 22 || || Maja Mahorič || Lena Trnovec || 03/01/2020 || 06/01/2020 || 08/01/2020
|-
| Tina Logonder || 22 || || Tim Nograšek || Sonja Gabrijelčič || 03/01/2020 || 06/01/2020 || 08/01/2020
|-
| Žan Fortuna || 23 || || Nina Varda || Maja Trifkovič || 10/01/2020 || 13/01/2020 || 15/01/2020
|-
| Michelle Oletič || 23 || || Tina Arnšek || Anja Konjc || 10/01/2020 || 13/01/2020 || 15/01/2020
|-
| Maša Gabrič || 23 || || Timotej Zgonik || Ana Vičič || 10/01/2020 || 13/01/2020 || 15/01/2020
|}

Dokončno razporeditev bom objavil naknadno.
*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Sporočite mi morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2019|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2019 Povzetki seminarjev

2019-03-18T17:30:46Z

Nvegelj: /* Nika Vegelj: Nove poti iskanja funkcionalnega zdravila za virus HIV */

=== Maja Kolar: Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih ===
Nevroni spadajo med najbolj polarizirane celice v naravi. To jim omogoča oblikovanje različnih lokaliziranih struktur, kot so akson in dendriti. Možgansko skorjo sestavljajo kortikalni nevroni, v katerih se oblike mitohondrijev razlikujejo glede na lokacijo; v dendritih in somi so dolge, cevaste oblike, medtem ko so v izrastkih aksona veliko krajši in kroglasti. Majhnost aksonskih mitohondrijev je povezana predvsem s fizijo oz. binarno cepitvijo, ki poteka prek oligomerizacije Drp1 proteina iz skupine dinaminov zunanji membrani. Ker je Drp1 citoplazemski protein, se z mitohondrijsko zunanjo membrano veže prek 4 različnih receptorjev, nevroznanstveniki Univerze v Columbiji, Lewis in sodelavci, pa so raziskovali predvsem receptor MFF (ang. mitochondrial fission factor), saj je v kortikalnih nevronih najpogostejši. Ekspresijo MFF gena so Lewis in sodelavci zavirali prek uporabe shRNA (ang. short hairpin RNA) ki je umetno izdelan RNA in se uporablja za RNA posege pri zaviranju ekspresije tarčnih genov. Z raziskavo so dokazali, da MFF nima znatnega vpliva na membranski potencial mitohondrijev in na njihovo skupno sposobnost pridelave ATP, je pa z zmanjšanim delovanjem izrazito vplival na povečanje presinaptičnih mitohondrijev. To je povečalo mitohondrijsko sposobnost absorpcije Ca2+ ionov med nevrotransmisijo, kar je vodilo do zmanjšanega presinaptičnega citoplazemskega kopičenja Ca2+. Posledično se je zmanjšalo sproščanje nevrotransmitorjev v sinaptično špranjo, zmanjšala aksonska razvejanost v možganih in oslabila medsebojna povezanost nevronov.

=== Timotej Zgonik: Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način ===
Že dolgo časa v biokemiji obstaja problem, kako so iz akiralnih molekul nastali kiralni komplesksi, saj je pri eksperimentih vedno bilo treba dodati kiralni center, da so se ostale molekule pravilno zvile. Raziskovalci Tehnološkega inštituta v Georgiji so izvedli tri eksperimente, ki so demonstrirali tvorbo homokiralnih struktur iz akiralnih komponent. V prvem eksperimentu so pripravili raztopino triaminopirimidina (TAP) in 6-(2,4,6-triokso-1,3,5-triazinan-1-il)heksanojske kisline (CyCo6). Spojini sta se povezali v heksamerne rozete, te pa so se nalagale v stolpiče tako leve in desne kiralnosti. Ko so v drugem eksperimentu v raztopini zamenjali CyCo6 z analogno, a kiralno spojino, je bila kiralnost vseh posledično nastalih struktur enaka. Tudi če je bila le vsaka tisoča molekula CyCo6 zamenjana s kiralnim analogom, so bile strukture še vedno homokiralne. Enako je veljalo tudi, če sta bila v raztopini prisotna enantiomera obeh kiralnosti, a je bil eden v rahlem presežku. Pri tretjem poskusu so rezultate uspeli ponoviti tudi za organske spojine, ki bi na Zemlji lahko bile prisotne pred nastankom življenja, čeprav je bil pri tem bil učinek ojačitve kiralnosti šibkejši, enantiomerski presežek, potreben za homokiralnost, pa večji. Vendarle gre pri tem za prvi primer, ko so spontano nastali analogi nukleotidov povzročili tvorbo homokiralnih struktur.

=== Nina Varda: Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano ===
Proteini in nukleinske kisline so ključne za delovanje živih organizmov. Zanje je značilno, da se zvijejo v posebne konformacije, ki določajo njihove funkcije. A načrt po katerem bi se makromolekule zvijale še ni bil odkrit. Tako se je razvilo področje raziskovanja foldamerov (sintetičnih oligomerov, ki se zvijajo v sekundarne in terciarne strukture npr. v vijačnice in plošče). Otto in sodelavci so v svoji raziskavi predstavili kompleksno molekulo, ki lahko nastane spontano. Iz gradnika, ki ga sestavljata aminokislinska in adeninska podenota, so pridobili makrocikel iz 15 gradnikov. 15mer se je tako v kristalni obliki, kot tudi v raztopini zvil, zaradi nekovalentnih interakcij med gradniki. Najbolj opazen strukturni motiv je nalaganje aromatskih obročev v kupe (sekundarne strukture). Ena molekula se zvije v 5 kupov, pri čemer je vsak sestavljen iz treh fenilnih obročev in dveh adeninskih obročev. Ker so kupi med sabo orientirani, je prisotna tudi terciarna struktura. Pri nekaterih foldamerih so že bile odkrite katalitske in inhibitorne lastnosti. Ker so foldameri, ki so zaradi svoje terciarne zgradbe relativno kompleksni, sposobni spontanega nastanka, je možno, da so se pojavili in imeli pomembno vlogo že v zgodnjih fazah nastanka življenja.

===Anja Konjc: Nanodelci v boju proti raku===

Nanodelci postajajo čedalje pomembnejši pri razvoju zdravil, saj imajo določene posebnosti, ki omogočajo tarčno usmerjanje zdravil in zmanjševanje njihovih stranskih učinkov (npr. pri kemoterapiji). Vendar so predhodne raziskave pokazale določene pomanjkljivosti. S sintezo posebnega ščita, imenovanega proteinski koronski ščit (PCS), so raziskovalci rešili te omejitve. Ugotovili so namreč, da PCS zmanjša interakcije nanodelcev s serumskimi proteini in omogoči, da makrofagi teh delcev ne fagocitirajo. Tako nanodelci ostanejo več časa v krvi in prenesejo zdravila na ciljno mesto (npr. v tumorje). Nanodelci so namreč sposobni prenašati sorazmerno velike količine molekul (npr. zdravil), ki jih vstavimo v njihove pore. Znanstveniki so PCS sintetizirali tako, da so nanodelce prevlekli s posebnimi proteini. Obnašanje tako prevlečenih nanodelcev so opazovali z različnimi poskusi. Ko so mišim vbrizgali različne nanodelce, so ugotovili, da so se v tumorjih najbolj nakopičili tisti s PCS. To je dokazalo hipotezo, da lahko ti nanodelci uspešno prinesejo zdravila v tumorje, ne da bi pri tem prišlo do imunskega odziva, torej fagocitoze delcev. Zato bodo tudi v prihodnje nanodelci s PCS imeli pomembno vlogo pri zdravljenju različnih obolenj, ne le rakavih, saj povečujejo učinkovitost zdravljenja.

=== Oskar Nemec: Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr ===
Ustanovi Johns Hopkins Medicine in Sheppard Pratt Health System sta izvedli raziskavo, ki je pokazala, da imajo ljudje s shizofrenijo povečano količino protiteles proti virusu Epstein-Barr (VEB). Gre za herpesvirus, ki lahko povzroči infekcijsko mononukleozo. Za povečan imunski odziv je morda krivo dejstvo, da shizofrenija spremeni imunski sistem pacientov in jih naredi bolj občutljive na virus ali pa okužba poveča tveganje za izoblikovanje shizofrenije. Študijo so izvedli na 743 osebah - 432 je bilo obolelih za shizofrenijo, 311 pa jih je bilo zdravih. Najprej so izmerili količino protiteles proti komponentam virusa in primerjali količino protiteles med zdravo skupino in shizofreniki. Ugotovili so, da imajo shizofreniki od 1.7 do 2.3-krat večjo verjetnost, da imajo povečano količino protiteles proti VEB. Merili so tudi količino protiteles proti ostalim podobnim virusom, ampak pri shizofrenikih niso ugotovili odstopanja od zdrave skupine. Nato so proučevali DNA udeležencev ter ugotovili, da če ima dana oseba povečano količino protiteles proti VEB in tudi genetsko dovzetnost za shizofrenijo, je verjetnost da je ta oseba v skupini shizofrenikov osemkrat večja kot pa verjetnost, da je oseba zdrava. Ker ni pravih zdravil proti virusu, je pomembno, da odkrijejo, kako preprečiti delitev virusa. Povečano razumevanje delovanja infekcije z virusom VEB nam lahko morda pomaga pri zdravljenju shizofrenije.

=== Vivian Nemanič: Zmanjšanje stranskih učinkov kemoterapije z absorpcijsko napravo ===
Zdravila, ki jih uporabljamo za kemoterapijo, imajo veliko stranskih učinkov na naše telo. Da pa da zdravila delovala, so potrebne zelo velike količine, ki pa ne morejo ostati samo na tumorju oz. na prizadetem organu. V tej študiji so skušali ugotoviti kako bi preprečili, da zdravila zakrožijo po celem telesu in rešitev bi lahko bila absorpcijska naprava, ki bi nase vezala zdravilo iz krvi in tako pravzaprav absorbirala do 70% zdravila, ki ni ostalo v tumorju. To napravo bi izdelali s 3D tiskalnikom, zato da bi bila optimalne oblike in velikosti in bi se popolnoma prilegala žili. Eksperiment so izvedli na prašičih za primer jetrnega raka in bil je zelo uspešen. Verjetno bi absorpcijska naprava delovala tudi pri drugih vrstah raka in pri različnih zdravilih za kemoterapijo, poleg tega pa je pomembno da naprava ne ovira krvnega obtoka ali povzroče tromboze. Torej je varna za naše telo, saj naj ne bi imela nobenih negativnih učinkov na delovanje našega telesa, saj jo po približno eni uri po začetku kemoterapije vzamemo iz telesa, saj hitro opravi svojo nalogo. Naprava bi lahko postala zelo pomembna tudi pri odstranjevanju toksinov pri bakterijskih okužbah, okoljskih toksinov, ali pa tudi samih celic, ki bi jih ujeli na podlagi specifičnih kemijskih, fizikalnih ali bioloških značilnosti.

=== Kim Glavič: Preveč popravljanja DNA lahko poškoduje tkiva ===
Zaradi nenehnega nastajanja poškodb DNA, ki jih povzročajo okoljski dejavniki, stranski produkti celičnega metabolizma ali pa kemoterapevtiki (npr. alkilirajoče snovi), so se razvili različni popravljalni mehanizmi, ki te napake popravljajo in skrbijo za zaščito zdravih tkiv. Eden takih mehanizmov je tudi popravljanje z izcepom baze (BER), ki v večini celic učinkovito odstrani napake. V nekaterih celicah, ki vsebujejo večje količine DNA-glikozilaze (AAG) pa njegova prevelika aktivnost povzroči kaskado dogodkov, kateri vodijo do celične smrti. Raziskovalci so ugotovili, da je povzročena degeneracija celic odvisna tako od količine AAG kot tudi od spola organizma ter, da sta pri propadanju teh celic prisotni dve vrsti celičnih smrti in sicer apoptoza (genetsko kontrolirana programirana celična smrt) ter nekroza (poteče kadar celica propade zaradi poškodbe). Pri slednji se med procesom propadanja izloča protein, ki posredno vpliva na nastanek vnetne reakcije torej prodiranja makrofagov na mesto propadajočih celic. TI makrofagi pa vplivajo na nastanek zelo reaktivnih kisikovih spojin, katere povzročijo še več poškodb DNA. Zaradi tega se aktivnost AAG še poveča, kar pa povzroči še večjo količino propadlih celic.

=== Ela Sabadin: Genska terapija lahko ozdravi prirojeno gluhost pri miših ===
Znanstveniki so uspeli obnoviti sluh v odrasli miši modela DFNB9 gluhosti – motnja sluha, ki predstavlja enega najbolj pogostih primerov genetsko prirojene gluhosti. Posamezniki z DFNB9 so popolnoma gluhi in imajo pomanjkanje gena za kodiranje otoferlina (pri ljudeh je kodiran z otof genom), proteina, ki je bistven za prenašanje zvočnih informacij v slušno-senzoričnih sinapsah. Z injeciranjem tega gena v bolne miši, so znanstveniki uspešno obnovili funkcijo slušne sinapse in povrnili sluh na skoraj normalno stopnjo. Genska terapija na podlagi AAV (adeno-associated virus) je obetajoča terapevtska možnost za zdravljenje gluhosti, vendar je njena vloga omejena s potencialno ozkim terapevtskim oknom. Kakorkoli, ker je AAV omejil kapaciteto paketa DNA (približno 4,7 kilobaz), je zahtevno uporabiti to tehniko za gene, katerih regija kodiranja (cDNA) presega 5 kb, kot je na primer gen za kodiranje otoferlina, ki ima regijo kodiranja dolgo 6 kb. Znanstveniki so premagali to oviro s prilagajanjem AAV pristopa, znanega kot dvojna AAV strategija. Rezultati, doseženi s strani znanstvenikov, kažejo na to, da ja terapevtsko okno za prenos lokalnih genov pri pacientih z DFNB9 prirojeno gluhostjo lahko širše kot zgolj ideja in ponuja upe za razširitev teh ugotovitev na ostale tipe gluhosti.

=== Aleksandra Rauter: Izolirana bakterija črevesne flore in njena možna povezava z depresijo ===
Črevesna flora je kompleksni mikrobni ekosistem v gastrointestinalnem traktu sesalcev. Vpliva na mnoge pomembne funkcije gostitelja, vpliva pa tudi na živčni sistem. V sami raziskavi so se osredotočili na rastne faktorje, ki vplivajo na celično delitev, proliferacijo. Zaradi odsotnosti rastnih faktorjev v umetnih medijih, je večina bakterij še negojenih, kar ovira naše razumevanje njihovih bioloških vlog. V študiji so z uporabo kokulture izolirali bakterijo KLE1738, ki je za svojo rast potrebovala prisotnost bakterije Bacteroides fragilis. Analiza supernatanta B. fragilis je vodila v izolacijo rastnega faktorja. To je bila GABA (Gamma AminoButyric Acid), ki je glavni nevrotransmiterski inhibitor v centralnem živčnem sistemu. Na podlagi spremenjenih vrednosti GABA v odvisnosti od antibiotikov in prisotnosti mikroorganizmov, so prišli do zaključka, da je črevesna flora posredno povezana tudi z različnimi boleznimi. Raziskali so, kako ševilčnost B. fragilis vpliva na nevronsko mrežo in povezavo med posameznimi regijami v možganih. Rezultati so pokazali, da zmanjšano število bakterij obratno korelira s funkcionalno povezavo med posameznimi možganskimi regijami. Prekrivanje teh z regijami limbičnega sistema je vplivalo na čustvene odizve. Z izolirano bakterijo KLE1738 niso našli nobene povezave. Dejstvo, da številčnost bakterij Bacteroides (in posledično vrednosti GABA) vpliva na fiziologijo možganskih regij, so potrdile tudi ostale študije. Raziskovalci so mnenja, da je to prvi korak k razumevanju te povezave.

=== Ana Babnik: Kako nas okuži določena vrsta bakterij? ===
Znano je, da Gram negativne bakterije v veziklih zunanje membrane transportirajo toksine, zaradi katerih zbolimo. O mehanizmu nastanku veziklov zunanje membrane se do sedaj ni vedelo veliko, predlaganih pa je bilo nekaj teorij biogeneze teh veziklov. Raziskovalcem iz Binghamton University v New Yorku je uspelo odkriti mehanizem, kako bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'' komunicirajo med sabo preko majhnih molekul ''Pseudomonas quinolone signal'' (PQS). Ta bakterija je pomembna, saj je predmet mnogih raziskav in pri živalih, rastlinah in ljudeh povzroča hude okužbe. Molekula PQS se preko več korakov vgradi v vrhnji sloj zunanje membrane, s tem asimetrično poveča membrano in povzroči uvihanje. Li in sodelavci so s simulacijami, pri katerih so približali molekulo na 1 nm (trajanje 300 ns ali 500 ns), dokazali, da pri tem delujejo močne vodikove vezi med fosfatno skupino membrane in funkcionalnimi skupinami PQS, ki pomagajo pri spontani umestitvi v membrano. Z meritvami minimalne razdalje med vrhnjim slojem in PQS, ki je znašal 1,35 nm, so potrdili izjemno stabilnost faze vezave molekule na površino. Odkrili pa so tudi spremembo iz odprte v zaprto konformacijo PQS, ki zmanjša odbojne sile pri penetraciji vrhnjega dela membrane. Sklepajo, da bi tak model komunikacije bakterij lahko obstajal še pri drugih vrstah Gram negativnih bakterij. Spoznanja raziskave pa prinašajo boljše razumevanje mehanizmov biogeneze membranskih veziklov, ki raziskovalcem pomagajo razumeti interakcije med več vrstami ter tako posledično iskati rešitve za preprečitev potencialnih okužb.

=== Karmen Ferjan: Sestavina zelenega čaja, ki pomaga siRNA zdrsniti v celico ===
Glavni problem pri kliničnem prenosu siRNA v zdravilih je dostava v citosol. Mnogi polimeri so bili razviti za ta prenos siRNA, ampak noben hkrati ni ustrezal, bili so premalo učinkoviti ali pa preveč toksični. Članek objavljen v reviji ACS central Science poroča o preprosti strategiji za izgradnjo nanodelcev v obliki jedra z lupino, ki je zelo učinkovita za dostavo siRNA. Nanodelec je pripravljen z entropijsko-gnanim kompleksom siRNA in sestavine zelenega čaja EGCG, ter je obložen z polimeri nizke molekulske mase. Poskusi so bili izvedeni z šestimi različno razvejanimi naravnimi in sintetičnimi polimeri. Izdelan nanodelec je imenovan GNP (Green Nanoparticle). Ta strategija lajša polimerom zgoščevanje siRNA v enoten nanodelec, ki lažje dostopa v celico kot siRNA brez catechina. Zgoščevanje dokažemo z drugačno barvo fluresciranj v prisotnosti EtBr. Namen uporabe GNP je lajšanje bolezenskih stanj kot je na primer kronično črevesno vnetje. Poskusi uporabe so bili izvedeni na HeLa celicah ter na miših. EGCG je z antioksidantskimi, proti-vnetnimi, antibakterijskimi in proti-rakotvornimi učinki navdihujoč za lokalno zdravljenje različnih bolezni.

=== Maša Andoljšek: Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo ===
Poznamo diferenciacijo zrelih celic pri rastlinah, nekaterih živalih, manj pa pri sesalcih. Splošno velja, da človeške odrasle matične celice ne morejo spremeniti svoje funkcije. Raziskava je bila na temo plastičnosti, to pomeni spreminjanje naloge zrele celice. Raziskovali so, ali lahko celice alfa (proizvajalke glukagona) ali celice gama (proizvajalke pankreatičnega polipeptida), ki se nahajajo v Langerhansovih otočkih trebušne slinavke, spremenijo svojo funkcijo in začnejo proizvajati inzulin, kot celice beta. Raziskava je potekala in vitro, nato pa še in vivo, saj so psevdootočke, spremenjenih celic z transkripcijskimi faktorji(Pdx1, Mafa in Nkx6-1), transplantirali v miši. Sprva so celicam alfa dodali zeleni fluorescenčni protein in zgodilo se ni nič, nato so ob dodatku Pdx1 in Mafa začele proizvajati največ inzulina, ter tudi nekatere gene celic beta. Čez nekaj tednov so proizvajale le še inzulin. Potrdili so diferenciacijo celic alfa in gama in vitro. Prilagajanje je bilo s časom čedalje bolj uspešno. Celice alfa in vivo so postale uspešne proizvajalke inzulina in ob transplantaciji psevdodotočkov celic alfa zdravih donorjev so ozdravili diabetes pri miši. Ugotovili so, da so se celice hitreje spremenile in vivo, kot in vitro. Da bi ugotovitve te raziskave postale del zdravljenja je potrebno še veliko, bi pa lahko bilo to zdravljenje uspešnejše od zdravljenja diabetesa danes.

=== Nika Vegelj: Nove poti iskanja funkcionalnega zdravila za virus HIV ===
Virus HIV spada v družino retrovirusov, njegov genom pa je sestavljen iz dveh enojnih vijačnic RNA. Virus HIV primarno okuži celice, ki so pomembne pri imunskem odzivu, to so CD4+ T celice. Problem virusa HIV je ta, da se ga telo ne more znebiti zgolj s tvorbo protiteles, saj ostane integriran v genomu obolelega. Okužba z virusom HIV nato sproži odmiranje celic, ter apoptozo neokuženih celic, ki pridejo v stik z okuženimi. Zmanjšanje števila CD4+ T limfocitov pa vodi do nezadostnega celično posredovanega imunskega odziva. Funkcionalno zdravilo za virus HIV zahteva, da si organizem ponovno zgradi imunski sistem. Virus HIV primarno okuži celice, ki so pomembne pri imunskem odzivu, to pa so CD4+ T limfociti. Ko virus okuži CD4+ T limfocite, se lahko aktivno deli, da proizvede čim več novih virusov ali pa gre v stanje mirovanja. Znanstveniki so z raziskavo prikazali, da stimulacija CD4 T limfocitov z anti - α4 β7 antitelesi lahko modulirajo količino cofilina in popravijo defekt migracije T limfocitov, ki ga je povzročila hiperaktivacija cofilina. Znanstveniki so torej s to raziskavo odkrili nove možnosti za testiranje novih terapevtikov, ki bi obnovili sistem za migracijo T celic ter repopulacijo tkiv za rekonstrukcijo imunskega sistema in posledično nadzora nad virusom.

TBK2019-seminar

2019-03-18T16:23:03Z

Nvegelj: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Maša Andoljšek||Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213132309.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Isidora Stevanoska|| Tina Arnšek|| Lena Trnovec
|-
| Maja Trifkovič||naslov||povezava do novice||21.02.||22.02.||25.02.|| Manca Osolin|| Tadej Uršič|| Ana Vičič
|-
| Teo Nograšek||Kako se proteini vgradijo v celično membrano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Ajda Košorok|| Ana Potočnik|| Maša Gabrič
|-
| Maja Kolar||Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181127110959.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Hana Zajc|| Mateja Milošević||
Laura Unuk
|-
| Nina Varda||Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110824.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Katja Benčuk|| Nastja Feguš|| Sašo Jakob
|-
| Anja Konjc||Nanodelci v boju proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117092550.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Tina Logonder|| Maja Mahorič|| Alliana Kolar
|-
| Timotej Zgonik||Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190124095112.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Špela Sotlar|| Nika Banovšek|| Nika Ramšak
|-
| Ela Sabadin||Genska terapija lahko ozdravi prirojeno gluhost pri miši ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190219111643.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maša Andoljšek|| Greta Junger|| Tim Nograšek
|-
| Kim Glavič||Preveč popravljanja DNA lahko poškoduje tkiva||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190212141409.htm||05.03||08.03.||11.03.|| Maja Trifkovič|| Isidora Stevanoska|| Žan Fortuna
|-
| Oskar Nemec||Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090911.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Teo Nograšek|| Manca Osolin|| Jure Povšin
|-
| Vivian Nemanič||Zmanjšanje stranskih učinkov kemoterapije z absorpcijsko napravo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090930.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Kolar|| Ajda Košorok|| Jernej Kastelic
|-
| Srna Anastasovska||Bakterijski genotoksin kolibaktin človeškega črevesa alkilira DNA.||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214153159.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Nina Varda|| Hana Zajc|| Tina Arnšek
|-
| Karmen Ferjan||Sestavina zelenega čaja, ki pomaga siRNA zdrsniti v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/09/180919083446.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Anja Konjc|| Katja Benčuk|| Tadej Uršič
|-
| Ana Babnik||Kako nas okuži določena vrsta bakterij?||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190225075613.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Timotej Zgonik|| Tina Logonder|| Ana Potočnik
|-
| Aleksandra Rauter||Izolirana bakterija črevesne flore in njena možna povezava z depresijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213124350.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Ela Sabadin|| Špela Sotlar|| Mateja Milošević
|-
| Nika Vegelj||Nove poti iskanja funkcionalnega zdravila za virus HIV||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190207173229.htm||19.03.||22.03.||25.03.|| Kim Glavič|| Maša Andoljšek|| Nastja Feguš
|-
| Adela Šajn||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Oskar Nemec|| Maja Trifkovič|| Maja Mahorič
|-
| Michelle Oletič||Naivni makrofagi||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181129142441.htm?fbclid=IwAR2x562KFLljGOmHD5T40KXBf6I2L72TpMpvVM0I3lNBckrVxXW3cXQG-vM||19.03.||22.03.||25.03.|| Vivian Nemanič|| Teo Nograšek|| Nika Banovšek
|-
| Tevž Levstek||Odkritje, ki izboljša razumevanje, kako se nekateri virusi množijo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/03/190312123658.htm||19.03.||22.03.||25.03.|| Srna Anastasovska|| Maja Kolar|| Greta Junger
|-
| Matevž Drnovšek||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Karmen Ferjan|| Nina Varda|| Isidora Stevanoska
|-
| Marjeta Milostnik||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Ana Babnik|| Anja Konjc|| Manca Osolin
|-
| Lena Trnovec||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Aleksandra Rauter|| Timotej Zgonik|| Ajda Košorok
|-
| Ana Vičič||Snov, ki preprečuje malarijo pri komarjih.|| https://www.sciencedaily.com/releases/2018/09/180918082059.htm ||26.03.||29.03.||01.04.|| Nika Vegelj|| Ela Sabadin|| Hana Zajc
|-
| Maša Gabrič||||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181127092558.htm||02.04.||05.04.||08.04.|| Adela Šajn|| Kim Glavič|| Katja Benčuk
|-
| Laura Unuk||Kako HIV-1 protein zatira odgovore imunskega sistema||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190205102525.htm||02.04.||05.04.||08.04.|| Michelle Oletič|| Oskar Nemec|| Tina Logonder
|-
| Sašo Jakob||Terapija pljučnih bolezni z vdihavanjem mRNA ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190104104032.htm||02.04.||05.04.||08.04.|| Tevž Levstek|| Vivian Nemanič|| Špela Sotlar
|-
| Alliana Kolar||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Matevž Drnovšek|| Srna Anastasovska|| Maša Andoljšek
|-
| Nika Ramšak||Nova potencialna možnost zdravljenja cistične fibroze ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/03/190313143248.htm||09.04.||12.04.||15.04.|| Marjeta Milostnik|| Karmen Ferjan|| Maja Trifkovič
|-
| Tim Nograšek||Kako virusi ukanejo gostiteljske celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/03/190306125335.htm||09.04.||12.04.||15.04.|| Lena Trnovec|| Ana Babnik|| Teo Nograšek
|-
| Žan Fortuna||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Ana Vičič|| Aleksandra Rauter|| Maja Kolar
|-
| Jure Povšin||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Maša Gabrič|| Nika Vegelj|| Nina Varda
|-
| Jernej Kastelic||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Laura Unuk|| Adela Šajn|| Anja Konjc
|-
| Tina Arnšek||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Sašo Jakob|| Michelle Oletič|| Timotej Zgonik
|-
| Tadej Uršič||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Alliana Kolar|| Tevž Levstek|| Ela Sabadin
|-
| Ana Potočnik||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Nika Ramšak|| Matevž Drnovšek|| Kim Glavič
|-
| Mateja Milošević||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Tim Nograšek|| Marjeta Milostnik|| Oskar Nemec
|-
| Nastja Feguš||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Žan Fortuna|| Lena Trnovec|| Vivian Nemanič
|-
| Maja Mahorič||Spreminjanje odprtih ran v kožo||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/09/180905131831.htm||30.04.||03.05.||06.05.|| Jure Povšin|| Ana Vičič|| Srna Anastasovska
|-
| Nika Banovšek||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jernej Kastelic|| Maša Gabrič|| Karmen Ferjan
|-
| Greta Junger||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tina Arnšek|| Laura Unuk|| Ana Babnik
|-
| Isidora Stevanoska||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tadej Uršič|| Sašo Jakob|| Aleksandra Rauter
|-
| Manca Osolin||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Ana Potočnik|| Alliana Kolar|| Nika Vegelj
|-
| Ajda Košorok||New pill can deliver insulin through the stomach||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190207142206.htm||07.05.||10.05.||13.05.|| Mateja Milošević|| Nika Ramšak|| Adela Šajn
|-
| Hana Zajc||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nastja Feguš|| Tim Nograšek|| Michelle Oletič
|-
| Katja Benčuk||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Maja Mahorič|| Žan Fortuna|| Tevž Levstek
|-
| Tina Logonder||RNA-vezavni protein Pum2 je tarča v boju proti staranju||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190110141826.htm||14.05.||17.05.||20.05.|| Nika Banovšek|| Jure Povšin|| Matevž Drnovšek
|-
| Špela Sotlar||Vpogled v mehanizem, ki nadzira poškodbe DNA||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190226112344.htm||14.05.||17.05.||20.05.|| Greta Junger|| Jernej Kastelic|| Marjeta Milostnik

|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2019 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2019_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2019_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2019_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2019_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2019_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2019_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2019 Povzetki seminarjev

2019-03-18T16:21:48Z

Nvegelj:

=== Maja Kolar: Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih ===
Nevroni spadajo med najbolj polarizirane celice v naravi. To jim omogoča oblikovanje različnih lokaliziranih struktur, kot so akson in dendriti. Možgansko skorjo sestavljajo kortikalni nevroni, v katerih se oblike mitohondrijev razlikujejo glede na lokacijo; v dendritih in somi so dolge, cevaste oblike, medtem ko so v izrastkih aksona veliko krajši in kroglasti. Majhnost aksonskih mitohondrijev je povezana predvsem s fizijo oz. binarno cepitvijo, ki poteka prek oligomerizacije Drp1 proteina iz skupine dinaminov zunanji membrani. Ker je Drp1 citoplazemski protein, se z mitohondrijsko zunanjo membrano veže prek 4 različnih receptorjev, nevroznanstveniki Univerze v Columbiji, Lewis in sodelavci, pa so raziskovali predvsem receptor MFF (ang. mitochondrial fission factor), saj je v kortikalnih nevronih najpogostejši. Ekspresijo MFF gena so Lewis in sodelavci zavirali prek uporabe shRNA (ang. short hairpin RNA) ki je umetno izdelan RNA in se uporablja za RNA posege pri zaviranju ekspresije tarčnih genov. Z raziskavo so dokazali, da MFF nima znatnega vpliva na membranski potencial mitohondrijev in na njihovo skupno sposobnost pridelave ATP, je pa z zmanjšanim delovanjem izrazito vplival na povečanje presinaptičnih mitohondrijev. To je povečalo mitohondrijsko sposobnost absorpcije Ca2+ ionov med nevrotransmisijo, kar je vodilo do zmanjšanega presinaptičnega citoplazemskega kopičenja Ca2+. Posledično se je zmanjšalo sproščanje nevrotransmitorjev v sinaptično špranjo, zmanjšala aksonska razvejanost v možganih in oslabila medsebojna povezanost nevronov.

=== Timotej Zgonik: Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način ===
Že dolgo časa v biokemiji obstaja problem, kako so iz akiralnih molekul nastali kiralni komplesksi, saj je pri eksperimentih vedno bilo treba dodati kiralni center, da so se ostale molekule pravilno zvile. Raziskovalci Tehnološkega inštituta v Georgiji so izvedli tri eksperimente, ki so demonstrirali tvorbo homokiralnih struktur iz akiralnih komponent. V prvem eksperimentu so pripravili raztopino triaminopirimidina (TAP) in 6-(2,4,6-triokso-1,3,5-triazinan-1-il)heksanojske kisline (CyCo6). Spojini sta se povezali v heksamerne rozete, te pa so se nalagale v stolpiče tako leve in desne kiralnosti. Ko so v drugem eksperimentu v raztopini zamenjali CyCo6 z analogno, a kiralno spojino, je bila kiralnost vseh posledično nastalih struktur enaka. Tudi če je bila le vsaka tisoča molekula CyCo6 zamenjana s kiralnim analogom, so bile strukture še vedno homokiralne. Enako je veljalo tudi, če sta bila v raztopini prisotna enantiomera obeh kiralnosti, a je bil eden v rahlem presežku. Pri tretjem poskusu so rezultate uspeli ponoviti tudi za organske spojine, ki bi na Zemlji lahko bile prisotne pred nastankom življenja, čeprav je bil pri tem bil učinek ojačitve kiralnosti šibkejši, enantiomerski presežek, potreben za homokiralnost, pa večji. Vendarle gre pri tem za prvi primer, ko so spontano nastali analogi nukleotidov povzročili tvorbo homokiralnih struktur.

=== Nina Varda: Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano ===
Proteini in nukleinske kisline so ključne za delovanje živih organizmov. Zanje je značilno, da se zvijejo v posebne konformacije, ki določajo njihove funkcije. A načrt po katerem bi se makromolekule zvijale še ni bil odkrit. Tako se je razvilo področje raziskovanja foldamerov (sintetičnih oligomerov, ki se zvijajo v sekundarne in terciarne strukture npr. v vijačnice in plošče). Otto in sodelavci so v svoji raziskavi predstavili kompleksno molekulo, ki lahko nastane spontano. Iz gradnika, ki ga sestavljata aminokislinska in adeninska podenota, so pridobili makrocikel iz 15 gradnikov. 15mer se je tako v kristalni obliki, kot tudi v raztopini zvil, zaradi nekovalentnih interakcij med gradniki. Najbolj opazen strukturni motiv je nalaganje aromatskih obročev v kupe (sekundarne strukture). Ena molekula se zvije v 5 kupov, pri čemer je vsak sestavljen iz treh fenilnih obročev in dveh adeninskih obročev. Ker so kupi med sabo orientirani, je prisotna tudi terciarna struktura. Pri nekaterih foldamerih so že bile odkrite katalitske in inhibitorne lastnosti. Ker so foldameri, ki so zaradi svoje terciarne zgradbe relativno kompleksni, sposobni spontanega nastanka, je možno, da so se pojavili in imeli pomembno vlogo že v zgodnjih fazah nastanka življenja.

===Anja Konjc: Nanodelci v boju proti raku===

Nanodelci postajajo čedalje pomembnejši pri razvoju zdravil, saj imajo določene posebnosti, ki omogočajo tarčno usmerjanje zdravil in zmanjševanje njihovih stranskih učinkov (npr. pri kemoterapiji). Vendar so predhodne raziskave pokazale določene pomanjkljivosti. S sintezo posebnega ščita, imenovanega proteinski koronski ščit (PCS), so raziskovalci rešili te omejitve. Ugotovili so namreč, da PCS zmanjša interakcije nanodelcev s serumskimi proteini in omogoči, da makrofagi teh delcev ne fagocitirajo. Tako nanodelci ostanejo več časa v krvi in prenesejo zdravila na ciljno mesto (npr. v tumorje). Nanodelci so namreč sposobni prenašati sorazmerno velike količine molekul (npr. zdravil), ki jih vstavimo v njihove pore. Znanstveniki so PCS sintetizirali tako, da so nanodelce prevlekli s posebnimi proteini. Obnašanje tako prevlečenih nanodelcev so opazovali z različnimi poskusi. Ko so mišim vbrizgali različne nanodelce, so ugotovili, da so se v tumorjih najbolj nakopičili tisti s PCS. To je dokazalo hipotezo, da lahko ti nanodelci uspešno prinesejo zdravila v tumorje, ne da bi pri tem prišlo do imunskega odziva, torej fagocitoze delcev. Zato bodo tudi v prihodnje nanodelci s PCS imeli pomembno vlogo pri zdravljenju različnih obolenj, ne le rakavih, saj povečujejo učinkovitost zdravljenja.

=== Oskar Nemec: Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr ===
Ustanovi Johns Hopkins Medicine in Sheppard Pratt Health System sta izvedli raziskavo, ki je pokazala, da imajo ljudje s shizofrenijo povečano količino protiteles proti virusu Epstein-Barr (VEB). Gre za herpesvirus, ki lahko povzroči infekcijsko mononukleozo. Za povečan imunski odziv je morda krivo dejstvo, da shizofrenija spremeni imunski sistem pacientov in jih naredi bolj občutljive na virus ali pa okužba poveča tveganje za izoblikovanje shizofrenije. Študijo so izvedli na 743 osebah - 432 je bilo obolelih za shizofrenijo, 311 pa jih je bilo zdravih. Najprej so izmerili količino protiteles proti komponentam virusa in primerjali količino protiteles med zdravo skupino in shizofreniki. Ugotovili so, da imajo shizofreniki od 1.7 do 2.3-krat večjo verjetnost, da imajo povečano količino protiteles proti VEB. Merili so tudi količino protiteles proti ostalim podobnim virusom, ampak pri shizofrenikih niso ugotovili odstopanja od zdrave skupine. Nato so proučevali DNA udeležencev ter ugotovili, da če ima dana oseba povečano količino protiteles proti VEB in tudi genetsko dovzetnost za shizofrenijo, je verjetnost da je ta oseba v skupini shizofrenikov osemkrat večja kot pa verjetnost, da je oseba zdrava. Ker ni pravih zdravil proti virusu, je pomembno, da odkrijejo, kako preprečiti delitev virusa. Povečano razumevanje delovanja infekcije z virusom VEB nam lahko morda pomaga pri zdravljenju shizofrenije.

=== Vivian Nemanič: Zmanjšanje stranskih učinkov kemoterapije z absorpcijsko napravo ===
Zdravila, ki jih uporabljamo za kemoterapijo, imajo veliko stranskih učinkov na naše telo. Da pa da zdravila delovala, so potrebne zelo velike količine, ki pa ne morejo ostati samo na tumorju oz. na prizadetem organu. V tej študiji so skušali ugotoviti kako bi preprečili, da zdravila zakrožijo po celem telesu in rešitev bi lahko bila absorpcijska naprava, ki bi nase vezala zdravilo iz krvi in tako pravzaprav absorbirala do 70% zdravila, ki ni ostalo v tumorju. To napravo bi izdelali s 3D tiskalnikom, zato da bi bila optimalne oblike in velikosti in bi se popolnoma prilegala žili. Eksperiment so izvedli na prašičih za primer jetrnega raka in bil je zelo uspešen. Verjetno bi absorpcijska naprava delovala tudi pri drugih vrstah raka in pri različnih zdravilih za kemoterapijo, poleg tega pa je pomembno da naprava ne ovira krvnega obtoka ali povzroče tromboze. Torej je varna za naše telo, saj naj ne bi imela nobenih negativnih učinkov na delovanje našega telesa, saj jo po približno eni uri po začetku kemoterapije vzamemo iz telesa, saj hitro opravi svojo nalogo. Naprava bi lahko postala zelo pomembna tudi pri odstranjevanju toksinov pri bakterijskih okužbah, okoljskih toksinov, ali pa tudi samih celic, ki bi jih ujeli na podlagi specifičnih kemijskih, fizikalnih ali bioloških značilnosti.

=== Kim Glavič: Preveč popravljanja DNA lahko poškoduje tkiva ===
Zaradi nenehnega nastajanja poškodb DNA, ki jih povzročajo okoljski dejavniki, stranski produkti celičnega metabolizma ali pa kemoterapevtiki (npr. alkilirajoče snovi), so se razvili različni popravljalni mehanizmi, ki te napake popravljajo in skrbijo za zaščito zdravih tkiv. Eden takih mehanizmov je tudi popravljanje z izcepom baze (BER), ki v večini celic učinkovito odstrani napake. V nekaterih celicah, ki vsebujejo večje količine DNA-glikozilaze (AAG) pa njegova prevelika aktivnost povzroči kaskado dogodkov, kateri vodijo do celične smrti. Raziskovalci so ugotovili, da je povzročena degeneracija celic odvisna tako od količine AAG kot tudi od spola organizma ter, da sta pri propadanju teh celic prisotni dve vrsti celičnih smrti in sicer apoptoza (genetsko kontrolirana programirana celična smrt) ter nekroza (poteče kadar celica propade zaradi poškodbe). Pri slednji se med procesom propadanja izloča protein, ki posredno vpliva na nastanek vnetne reakcije torej prodiranja makrofagov na mesto propadajočih celic. TI makrofagi pa vplivajo na nastanek zelo reaktivnih kisikovih spojin, katere povzročijo še več poškodb DNA. Zaradi tega se aktivnost AAG še poveča, kar pa povzroči še večjo količino propadlih celic.

=== Ela Sabadin: Genska terapija lahko ozdravi prirojeno gluhost pri miših ===
Znanstveniki so uspeli obnoviti sluh v odrasli miši modela DFNB9 gluhosti – motnja sluha, ki predstavlja enega najbolj pogostih primerov genetsko prirojene gluhosti. Posamezniki z DFNB9 so popolnoma gluhi in imajo pomanjkanje gena za kodiranje otoferlina (pri ljudeh je kodiran z otof genom), proteina, ki je bistven za prenašanje zvočnih informacij v slušno-senzoričnih sinapsah. Z injeciranjem tega gena v bolne miši, so znanstveniki uspešno obnovili funkcijo slušne sinapse in povrnili sluh na skoraj normalno stopnjo. Genska terapija na podlagi AAV (adeno-associated virus) je obetajoča terapevtska možnost za zdravljenje gluhosti, vendar je njena vloga omejena s potencialno ozkim terapevtskim oknom. Kakorkoli, ker je AAV omejil kapaciteto paketa DNA (približno 4,7 kilobaz), je zahtevno uporabiti to tehniko za gene, katerih regija kodiranja (cDNA) presega 5 kb, kot je na primer gen za kodiranje otoferlina, ki ima regijo kodiranja dolgo 6 kb. Znanstveniki so premagali to oviro s prilagajanjem AAV pristopa, znanega kot dvojna AAV strategija. Rezultati, doseženi s strani znanstvenikov, kažejo na to, da ja terapevtsko okno za prenos lokalnih genov pri pacientih z DFNB9 prirojeno gluhostjo lahko širše kot zgolj ideja in ponuja upe za razširitev teh ugotovitev na ostale tipe gluhosti.

=== Aleksandra Rauter: Izolirana bakterija črevesne flore in njena možna povezava z depresijo ===
Črevesna flora je kompleksni mikrobni ekosistem v gastrointestinalnem traktu sesalcev. Vpliva na mnoge pomembne funkcije gostitelja, vpliva pa tudi na živčni sistem. V sami raziskavi so se osredotočili na rastne faktorje, ki vplivajo na celično delitev, proliferacijo. Zaradi odsotnosti rastnih faktorjev v umetnih medijih, je večina bakterij še negojenih, kar ovira naše razumevanje njihovih bioloških vlog. V študiji so z uporabo kokulture izolirali bakterijo KLE1738, ki je za svojo rast potrebovala prisotnost bakterije Bacteroides fragilis. Analiza supernatanta B. fragilis je vodila v izolacijo rastnega faktorja. To je bila GABA (Gamma AminoButyric Acid), ki je glavni nevrotransmiterski inhibitor v centralnem živčnem sistemu. Na podlagi spremenjenih vrednosti GABA v odvisnosti od antibiotikov in prisotnosti mikroorganizmov, so prišli do zaključka, da je črevesna flora posredno povezana tudi z različnimi boleznimi. Raziskali so, kako ševilčnost B. fragilis vpliva na nevronsko mrežo in povezavo med posameznimi regijami v možganih. Rezultati so pokazali, da zmanjšano število bakterij obratno korelira s funkcionalno povezavo med posameznimi možganskimi regijami. Prekrivanje teh z regijami limbičnega sistema je vplivalo na čustvene odizve. Z izolirano bakterijo KLE1738 niso našli nobene povezave. Dejstvo, da številčnost bakterij Bacteroides (in posledično vrednosti GABA) vpliva na fiziologijo možganskih regij, so potrdile tudi ostale študije. Raziskovalci so mnenja, da je to prvi korak k razumevanju te povezave.

=== Ana Babnik: Kako nas okuži določena vrsta bakterij? ===
Znano je, da Gram negativne bakterije v veziklih zunanje membrane transportirajo toksine, zaradi katerih zbolimo. O mehanizmu nastanku veziklov zunanje membrane se do sedaj ni vedelo veliko, predlaganih pa je bilo nekaj teorij biogeneze teh veziklov. Raziskovalcem iz Binghamton University v New Yorku je uspelo odkriti mehanizem, kako bakterije ''Pseudomonas aeruginosa'' komunicirajo med sabo preko majhnih molekul ''Pseudomonas quinolone signal'' (PQS). Ta bakterija je pomembna, saj je predmet mnogih raziskav in pri živalih, rastlinah in ljudeh povzroča hude okužbe. Molekula PQS se preko več korakov vgradi v vrhnji sloj zunanje membrane, s tem asimetrično poveča membrano in povzroči uvihanje. Li in sodelavci so s simulacijami, pri katerih so približali molekulo na 1 nm (trajanje 300 ns ali 500 ns), dokazali, da pri tem delujejo močne vodikove vezi med fosfatno skupino membrane in funkcionalnimi skupinami PQS, ki pomagajo pri spontani umestitvi v membrano. Z meritvami minimalne razdalje med vrhnjim slojem in PQS, ki je znašal 1,35 nm, so potrdili izjemno stabilnost faze vezave molekule na površino. Odkrili pa so tudi spremembo iz odprte v zaprto konformacijo PQS, ki zmanjša odbojne sile pri penetraciji vrhnjega dela membrane. Sklepajo, da bi tak model komunikacije bakterij lahko obstajal še pri drugih vrstah Gram negativnih bakterij. Spoznanja raziskave pa prinašajo boljše razumevanje mehanizmov biogeneze membranskih veziklov, ki raziskovalcem pomagajo razumeti interakcije med več vrstami ter tako posledično iskati rešitve za preprečitev potencialnih okužb.

=== Karmen Ferjan: Sestavina zelenega čaja, ki pomaga siRNA zdrsniti v celico ===
Glavni problem pri kliničnem prenosu siRNA v zdravilih je dostava v citosol. Mnogi polimeri so bili razviti za ta prenos siRNA, ampak noben hkrati ni ustrezal, bili so premalo učinkoviti ali pa preveč toksični. Članek objavljen v reviji ACS central Science poroča o preprosti strategiji za izgradnjo nanodelcev v obliki jedra z lupino, ki je zelo učinkovita za dostavo siRNA. Nanodelec je pripravljen z entropijsko-gnanim kompleksom siRNA in sestavine zelenega čaja EGCG, ter je obložen z polimeri nizke molekulske mase. Poskusi so bili izvedeni z šestimi različno razvejanimi naravnimi in sintetičnimi polimeri. Izdelan nanodelec je imenovan GNP (Green Nanoparticle). Ta strategija lajša polimerom zgoščevanje siRNA v enoten nanodelec, ki lažje dostopa v celico kot siRNA brez catechina. Zgoščevanje dokažemo z drugačno barvo fluresciranj v prisotnosti EtBr. Namen uporabe GNP je lajšanje bolezenskih stanj kot je na primer kronično črevesno vnetje. Poskusi uporabe so bili izvedeni na HeLa celicah ter na miših. EGCG je z antioksidantskimi, proti-vnetnimi, antibakterijskimi in proti-rakotvornimi učinki navdihujoč za lokalno zdravljenje različnih bolezni.

=== Maša Andoljšek: Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo ===
Poznamo diferenciacijo zrelih celic pri rastlinah, nekaterih živalih, manj pa pri sesalcih. Splošno velja, da človeške odrasle matične celice ne morejo spremeniti svoje funkcije. Raziskava je bila na temo plastičnosti, to pomeni spreminjanje naloge zrele celice. Raziskovali so, ali lahko celice alfa (proizvajalke glukagona) ali celice gama (proizvajalke pankreatičnega polipeptida), ki se nahajajo v Langerhansovih otočkih trebušne slinavke, spremenijo svojo funkcijo in začnejo proizvajati inzulin, kot celice beta. Raziskava je potekala in vitro, nato pa še in vivo, saj so psevdootočke, spremenjenih celic z transkripcijskimi faktorji(Pdx1, Mafa in Nkx6-1), transplantirali v miši. Sprva so celicam alfa dodali zeleni fluorescenčni protein in zgodilo se ni nič, nato so ob dodatku Pdx1 in Mafa začele proizvajati največ inzulina, ter tudi nekatere gene celic beta. Čez nekaj tednov so proizvajale le še inzulin. Potrdili so diferenciacijo celic alfa in gama in vitro. Prilagajanje je bilo s časom čedalje bolj uspešno. Celice alfa in vivo so postale uspešne proizvajalke inzulina in ob transplantaciji psevdodotočkov celic alfa zdravih donorjev so ozdravili diabetes pri miši. Ugotovili so, da so se celice hitreje spremenile in vivo, kot in vitro. Da bi ugotovitve te raziskave postale del zdravljenja je potrebno še veliko, bi pa lahko bilo to zdravljenje uspešnejše od zdravljenja diabetesa danes.

=== Nika Vegelj: Nove poti iskanja funkcionalnega zdravila za virus HIV ===
Virus HIV spada v družino retrovirusov, njegov genom pa je sestavljen iz dveh enojnih vijačnic RNA. Virus HIV primarno okuži celice, ki so pomembne pri imunskem odzivu, to CD4+ T celice. Problem virusa HIV je ta, da se ga telo ne more znebiti zgolj s tvorbo protiteles, saj ostane integriran v genomu obolelega. Okužba z virusom HIV nato sproži odmiranje celic, ter apoptozo neokuženih celic, ki pridejo v stik z okuženimi. Zmanjšanje števila CD4+ T limfocitov pa vodi do nezadostnega celično posredovanega imunskega odziva. Funkcionalno zdravilo za virus HIV zahteva, da si organizem ponovno zgradi imunski sistem. Virus HIV primarno okuži celice, ki so pomembne pri imunskem odzivu, to pa so CD4+ T limfociti. Ko virus okuži CD4+ T limfocite, se lahko aktivno deli, da proizvede čim več novih virusov ali pa gre v stanje mirovanja. Znanstveniki so z raziskavo prikazali, da stimulacija CD4 T limfocitov z anti - α4 β7 antitelesi lahko modulirajo količino cofilina in popravijo defekt migracije T limfocitov, ki ga je povzročila hiperaktivacija cofilina. Znanstveniki so torej s to raziskavo odkrili nove možnosti za testiranje novih terapevtikov, ki bi obnovili sistem za migracijo T celic ter repopulacijo tkiv za rekonstrukcijo imunskega sistema in posledično nadzora nad virusom.

TBK2019-seminar

2019-03-09T10:42:29Z

Nvegelj: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Maša Andoljšek||Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213132309.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Isidora Stevanoska|| Tina Arnšek|| Lena Trnovec
|-
| Maja Trifkovič||naslov||povezava do novice||21.02.||22.02.||25.02.|| Manca Osolin|| Tadej Uršič|| Ana Vičič
|-
| Teo Nograšek||Kako se proteini vgradijo v celično membrano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Ajda Košorok|| Ana Potočnik|| Maša Gabrič
|-
| Maja Kolar||Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181127110959.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Hana Zajc|| Mateja Milošević|| Laura Unuk
|-
| Nina Varda||Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110824.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Katja Benčuk|| Nastja Feguš|| Sašo Jakob
|-
| Anja Konjc||Nanodelci v boju proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117092550.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Tina Logonder|| Maja Mahorič|| Alliana Kolar
|-
| Timotej Zgonik||Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190124095112.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Špela Sotlar|| Nika Banovšek|| Nika Ramšak
|-
| Ela Sabadin||Genska terapija lahko ozdravi prirojeno gluhost pri miši ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190219111643.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maša Andoljšek|| Greta Junger|| Tim Nograšek
|-
| Kim Glavič||Prevelika količina popravljene DNA lahko poškoduje tkiva||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190212141409.htm||05.03||08.03.||11.03.|| Maja Trifkovič|| Isidora Stevanoska|| Žan Fortuna
|-
| Oskar Nemec||Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090911.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Teo Nograšek|| Manca Osolin|| Jure Povšin
|-
| Vivian Nemanič||Zmanjšanje stranskih učinkov kemoterapije z absorpcijsko napravo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090930.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Kolar|| Ajda Košorok|| Jernej Kastelic
|-
| Srna Anastasovska||Bakterijski genotoksin kolibaktin človeškega črevesa alkilira DNA.||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214153159.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Nina Varda|| Hana Zajc|| Tina Arnšek
|-
| Karmen Ferjan||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Anja Konjc|| Katja Benčuk|| Tadej Uršič
|-
| Ana Babnik||Kako nas okuži določena vrsta bakterij?||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190225075613.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Timotej Zgonik|| Tina Logonder|| Ana Potočnik
|-
| Aleksandra Rauter||Izolirana bakterija črevesne flore in njena možna povezava z depresijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213124350.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Ela Sabadin|| Špela Sotlar|| Mateja Milošević
|-
| Nika Vegelj||Finding clues to a functional HIV cure||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190207173229.htm||19.03.||22.03.||25.03.|| Kim Glavič|| Maša Andoljšek|| Nastja Feguš
|-
| Adela Šajn||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Oskar Nemec|| Maja Trifkovič|| Maja Mahorič
|-
| Michelle Oletič||Naivni makrofagi||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181129142441.htm?fbclid=IwAR2x562KFLljGOmHD5T40KXBf6I2L72TpMpvVM0I3lNBckrVxXW3cXQG-vM||19.03.||22.03.||25.03.|| Vivian Nemanič|| Teo Nograšek|| Nika Banovšek
|-
| Tevž Levstek||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Srna Anastasovska|| Maja Kolar|| Greta Junger
|-
| Matevž Drnovšek||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Karmen Ferjan|| Nina Varda|| Isidora Stevanoska
|-
| Marjeta Milostnik||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Ana Babnik|| Anja Konjc|| Manca Osolin
|-
| Lena Trnovec||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Aleksandra Rauter|| Timotej Zgonik|| Ajda Košorok
|-
| Ana Vičič||Snov, ki preprečuje malarijo pri komarjih.|| https://www.sciencedaily.com/releases/2018/09/180918082059.htm ||26.03.||29.03.||01.04.|| Nika Vegelj|| Ela Sabadin|| Hana Zajc
|-
| Maša Gabrič||||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181127092558.htm||02.04.||05.04.||08.04.|| Adela Šajn|| Kim Glavič|| Katja Benčuk
|-
| Laura Unuk||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Michelle Oletič|| Oskar Nemec|| Tina Logonder
|-
| Sašo Jakob||Terapija pljučnih bolezni z vdihavanjem mRNA ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190104104032.htm||02.04.||05.04.||08.04.|| Tevž Levstek|| Vivian Nemanič|| Špela Sotlar
|-
| Alliana Kolar||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Matevž Drnovšek|| Srna Anastasovska|| Maša Andoljšek
|-
| Nika Ramšak||Merjenje celične obremenjenosti s fluorescenčno molekulo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/08/180827110828.htm||09.04.||12.04.||15.04.|| Marjeta Milostnik|| Karmen Ferjan|| Maja Trifkovič
|-
| Tim Nograšek||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Lena Trnovec|| Ana Babnik|| Teo Nograšek
|-
| Žan Fortuna||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Ana Vičič|| Aleksandra Rauter|| Maja Kolar
|-
| Jure Povšin||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Maša Gabrič|| Nika Vegelj|| Nina Varda
|-
| Jernej Kastelic||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Laura Unuk|| Adela Šajn|| Anja Konjc
|-
| Tina Arnšek||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Sašo Jakob|| Michelle Oletič|| Timotej Zgonik
|-
| Tadej Uršič||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Alliana Kolar|| Tevž Levstek|| Ela Sabadin
|-
| Ana Potočnik||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Nika Ramšak|| Matevž Drnovšek|| Kim Glavič
|-
| Mateja Milošević||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Tim Nograšek|| Marjeta Milostnik|| Oskar Nemec
|-
| Nastja Feguš||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Žan Fortuna|| Lena Trnovec|| Vivian Nemanič
|-
| Maja Mahorič||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jure Povšin|| Ana Vičič|| Srna Anastasovska
|-
| Nika Banovšek||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jernej Kastelic|| Maša Gabrič|| Karmen Ferjan
|-
| Greta Junger||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tina Arnšek|| Laura Unuk|| Ana Babnik
|-
| Isidora Stevanoska||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tadej Uršič|| Sašo Jakob|| Aleksandra Rauter
|-
| Manca Osolin||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Ana Potočnik|| Alliana Kolar|| Nika Vegelj
|-
| Ajda Košorok||New pill can deliver insulin through the stomach||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190207142206.htm||07.05.||10.05.||13.05.|| Mateja Milošević|| Nika Ramšak|| Adela Šajn
|-
| Hana Zajc||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nastja Feguš|| Tim Nograšek|| Michelle Oletič
|-
| Katja Benčuk||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Maja Mahorič|| Žan Fortuna|| Tevž Levstek
|-
| Tina Logonder||RNA-vezavni protein Pum2 je tarča v boju proti staranju||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190110141826.htm||14.05.||17.05.||20.05.|| Nika Banovšek|| Jure Povšin|| Matevž Drnovšek
|-
| Špela Sotlar||Vpogled v mehanizem, ki nadzira poškodbe DNA||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190226112344.htm||14.05.||17.05.||20.05.|| Greta Junger|| Jernej Kastelic|| Marjeta Milostnik

|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2019 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2019_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2019_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2019_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2019_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2019_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2019_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2019-seminar

2019-03-02T10:39:34Z

Nvegelj: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Maša Andoljšek||Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213132309.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Isidora Stevanoska|| Tina Arnšek|| Lena Trnovec
|-
| Maja Trifkovič||naslov||povezava do novice||21.02.||22.02.||25.02.|| Manca Osolin|| Tadej Uršič|| Ana Vičič
|-
| Teo Nograšek||Kako se proteini vgradijo v celično membrano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Ajda Košorok|| Ana Potočnik|| Maša Gabrič
|-
| Maja Kolar||Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181127110959.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Hana Zajc|| Mateja Milošević|| Laura Unuk
|-
| Nina Varda||Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110824.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Katja Benčuk|| Nastja Feguš|| Sašo Jakob
|-
| Anja Konjc||Nanodelci v boju proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117092550.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Tina Logonder|| Maja Mahorič|| Alliana Kolar
|-
| Timotej Zgonik||Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190124095112.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Špela Sotlar|| Nika Banovšek|| Nika Ramšak
|-
| Ela Sabadin||Genska terapija lahko ozdravi prirojeno gluhost pri miši ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190219111643.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maša Andoljšek|| Greta Junger|| Tim Nograšek
|-
| Kim Glavič||Kemikalija dodana potrošniškim produktom oslabi delovanje antibiotikov||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190221172048.htm||05.03||08.03.||11.03.|| Maja Trifkovič|| Isidora Stevanoska|| Žan Fortuna
|-
| Oskar Nemec||Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090911.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Teo Nograšek|| Manca Osolin|| Jure Povšin
|-
| Vivian Nemanič||Zmanjšanje posledic kemoterapije||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090930.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Kolar|| Ajda Košorok|| Jernej Kastelic
|-
| Srna Anastasovska||||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214153159.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Nina Varda|| Hana Zajc|| Tina Arnšek
|-
| Karmen Ferjan||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Anja Konjc|| Katja Benčuk|| Tadej Uršič
|-
| Ana Babnik||||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190225075613.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Timotej Zgonik|| Tina Logonder|| Ana Potočnik
|-
| Aleksandra Rauter||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Ela Sabadin|| Špela Sotlar|| Mateja Milošević
|-
| Nika Vegelj||New details of HIV life cycle||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181005111453.htm||19.03.||22.03.||25.03.|| Kim Glavič|| Maša Andoljšek|| Nastja Feguš
|-
| Adela Šajn||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Oskar Nemec|| Maja Trifkovič|| Maja Mahorič
|-
| Michelle Oletič||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Vivian Nemanič|| Teo Nograšek|| Nika Banovšek
|-
| Tevž Levstek||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Srna Anastasovska|| Maja Kolar|| Greta Junger
|-
| Matevž Drnovšek||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Karmen Ferjan|| Nina Varda|| Isidora Stevanoska
|-
| Marjeta Milostnik||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Ana Babnik|| Anja Konjc|| Manca Osolin
|-
| Lena Trnovec||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Aleksandra Rauter|| Timotej Zgonik|| Ajda Košorok
|-
| Ana Vičič||Great white shark genome decoded|| https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190218153238.htm ||26.03.||29.03.||01.04.|| Nika Vegelj|| Ela Sabadin|| Hana Zajc
|-
| Maša Gabrič||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Adela Šajn|| Kim Glavič|| Katja Benčuk
|-
| Laura Unuk||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Michelle Oletič|| Oskar Nemec|| Tina Logonder
|-
| Sašo Jakob||Terapija pljučnih bolezni z vdihavanjem mRNA ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190104104032.htm||02.04.||05.04.||08.04.|| Tevž Levstek|| Vivian Nemanič|| Špela Sotlar
|-
| Alliana Kolar||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Matevž Drnovšek|| Srna Anastasovska|| Maša Andoljšek
|-
| Nika Ramšak||Merjenje celične obremenjenosti s fluorescenčno molekulo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/08/180827110828.htm||09.04.||12.04.||15.04.|| Marjeta Milostnik|| Karmen Ferjan|| Maja Trifkovič
|-
| Tim Nograšek||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Lena Trnovec|| Ana Babnik|| Teo Nograšek
|-
| Žan Fortuna||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Ana Vičič|| Aleksandra Rauter|| Maja Kolar
|-
| Jure Povšin||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Maša Gabrič|| Nika Vegelj|| Nina Varda
|-
| Jernej Kastelic||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Laura Unuk|| Adela Šajn|| Anja Konjc
|-
| Tina Arnšek||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Sašo Jakob|| Michelle Oletič|| Timotej Zgonik
|-
| Tadej Uršič||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Alliana Kolar|| Tevž Levstek|| Ela Sabadin
|-
| Ana Potočnik||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Nika Ramšak|| Matevž Drnovšek|| Kim Glavič
|-
| Mateja Milošević||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Tim Nograšek|| Marjeta Milostnik|| Oskar Nemec
|-
| Nastja Feguš||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Žan Fortuna|| Lena Trnovec|| Vivian Nemanič
|-
| Maja Mahorič||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jure Povšin|| Ana Vičič|| Srna Anastasovska
|-
| Nika Banovšek||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jernej Kastelic|| Maša Gabrič|| Karmen Ferjan
|-
| Greta Junger||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tina Arnšek|| Laura Unuk|| Ana Babnik
|-
| Isidora Stevanoska||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tadej Uršič|| Sašo Jakob|| Aleksandra Rauter
|-
| Manca Osolin||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Ana Potočnik|| Alliana Kolar|| Nika Vegelj
|-
| Ajda Košorok||New test to detect disease and infection||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110808.htm||07.05.||10.05.||13.05.|| Mateja Milošević|| Nika Ramšak|| Adela Šajn
|-
| Hana Zajc||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nastja Feguš|| Tim Nograšek|| Michelle Oletič
|-
| Katja Benčuk||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Maja Mahorič|| Žan Fortuna|| Tevž Levstek
|-
| Tina Logonder||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nika Banovšek|| Jure Povšin|| Matevž Drnovšek
|-
| Špela Sotlar||Vpogled v mehanizem, ki nadzira poškodbe DNA||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190226112344.htm||14.05.||17.05.||20.05.|| Greta Junger|| Jernej Kastelic|| Marjeta Milostnik

|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2019_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2019_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2019_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2019_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2019_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2019_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2019-seminar

2019-02-26T18:37:06Z

Nvegelj: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Maša Andoljšek||Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213132309.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Isidora Stevanoska|| Tina Arnšek|| Lena Trnovec
|-
| Maja Trifkovič||naslov||povezava do novice||21.02.||22.02.||25.02.|| Manca Osolin|| Tadej Uršič|| Ana Vičič
|-
| Teo Nograšek||Kako se proteini vgradijo v celično membrano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Ajda Košorok|| Ana Potočnik|| Maša Gabrič
|-
| Maja Kolar||Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181127110959.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Hana Zajc|| Mateja Milošević|| Laura Unuk
|-
| Nina Varda||Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110824.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Katja Benčuk|| Nastja Feguš|| Sašo Jakob
|-
| Anja Konjc||Nanodelci v boju proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117092550.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Tina Logonder|| Maja Mahorič|| Alliana Kolar
|-
| Timotej Zgonik||Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190124095112.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Špela Sotlar|| Nika Banovšek|| Nika Ramšak
|-
| Ela Sabadin||Genska terapija lahko ozdravi prirojeno gluhost pri miši ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190219111643.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maša Andoljšek|| Greta Junger|| Tim Nograšek
|-
| Kim Glavič||Kemikalija dodana potrošniškim produktom oslabi delovanje antibiotikov||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190221172048.htm||05.03||08.03.||11.03.|| Maja Trifkovič|| Isidora Stevanoska|| Žan Fortuna
|-
| Oskar Nemec||Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090911.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Teo Nograšek|| Manca Osolin|| Jure Povšin
|-
| Vivian Nemanič||Zmanjšanje posledic kemoterapije||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090930.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Kolar|| Ajda Košorok|| Jernej Kastelic
|-
| Srna Anastasovska||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Nina Varda|| Hana Zajc|| Tina Arnšek
|-
| Karmen Ferjan||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Anja Konjc|| Katja Benčuk|| Tadej Uršič
|-
| Ana Babnik||||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190225075613.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Timotej Zgonik|| Tina Logonder|| Ana Potočnik
|-
| Aleksandra Rauter||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Ela Sabadin|| Špela Sotlar|| Mateja Milošević
|-
| Nika Vegelj||Iznajdba, ki bi lahko rešila problem pri zdravljenju virusa HIV.||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190207173229.htm||19.03.||22.03.||25.03.|| Kim Glavič|| Maša Andoljšek|| Nastja Feguš
|-
| Adela Šajn||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Oskar Nemec|| Maja Trifkovič|| Maja Mahorič
|-
| Michelle Oletič||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Vivian Nemanič|| Teo Nograšek|| Nika Banovšek
|-
| Tevž Levstek||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Srna Anastasovska|| Maja Kolar|| Greta Junger
|-
| Matevž Drnovšek||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Karmen Ferjan|| Nina Varda|| Isidora Stevanoska
|-
| Marjeta Milostnik||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Ana Babnik|| Anja Konjc|| Manca Osolin
|-
| Lena Trnovec||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Aleksandra Rauter|| Timotej Zgonik|| Ajda Košorok
|-
| Ana Vičič||Great white shark genome decoded|| https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190218153238.htm ||26.03.||29.03.||01.04.|| Nika Vegelj|| Ela Sabadin|| Hana Zajc
|-
| Maša Gabrič||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Adela Šajn|| Kim Glavič|| Katja Benčuk
|-
| Laura Unuk||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Michelle Oletič|| Oskar Nemec|| Tina Logonder
|-
| Sašo Jakob||Terapija pljučnih bolezni z vdihavanjem mRNA ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190104104032.htm||02.04.||05.04.||08.04.|| Tevž Levstek|| Vivian Nemanič|| Špela Sotlar
|-
| Alliana Kolar||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Matevž Drnovšek|| Srna Anastasovska|| Maša Andoljšek
|-
| Nika Ramšak||Merjenje celične obremenjenosti s fluorescenčno molekulo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/08/180827110828.htm||09.04.||12.04.||15.04.|| Marjeta Milostnik|| Karmen Ferjan|| Maja Trifkovič
|-
| Tim Nograšek||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Lena Trnovec|| Ana Babnik|| Teo Nograšek
|-
| Žan Fortuna||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Ana Vičič|| Aleksandra Rauter|| Maja Kolar
|-
| Jure Povšin||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Maša Gabrič|| Nika Vegelj|| Nina Varda
|-
| Jernej Kastelic||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Laura Unuk|| Adela Šajn|| Anja Konjc
|-
| Tina Arnšek||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Sašo Jakob|| Michelle Oletič|| Timotej Zgonik
|-
| Tadej Uršič||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Alliana Kolar|| Tevž Levstek|| Ela Sabadin
|-
| Ana Potočnik||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Nika Ramšak|| Matevž Drnovšek|| Kim Glavič
|-
| Mateja Milošević||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Tim Nograšek|| Marjeta Milostnik|| Oskar Nemec
|-
| Nastja Feguš||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Žan Fortuna|| Lena Trnovec|| Vivian Nemanič
|-
| Maja Mahorič||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jure Povšin|| Ana Vičič|| Srna Anastasovska
|-
| Nika Banovšek||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jernej Kastelic|| Maša Gabrič|| Karmen Ferjan
|-
| Greta Junger||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tina Arnšek|| Laura Unuk|| Ana Babnik
|-
| Isidora Stevanoska||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tadej Uršič|| Sašo Jakob|| Aleksandra Rauter
|-
| Manca Osolin||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Ana Potočnik|| Alliana Kolar|| Nika Vegelj
|-
| Ajda Košorok||New test to detect disease and infection||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110808.htm||07.05.||10.05.||13.05.|| Mateja Milošević|| Nika Ramšak|| Adela Šajn
|-
| Hana Zajc||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nastja Feguš|| Tim Nograšek|| Michelle Oletič
|-
| Katja Benčuk||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Maja Mahorič|| Žan Fortuna|| Tevž Levstek
|-
| Tina Logonder||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nika Banovšek|| Jure Povšin|| Matevž Drnovšek
|-
| Špela Sotlar||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Greta Junger|| Jernej Kastelic|| Marjeta Milostnik

|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2019_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2019_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2019_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2019_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2019_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2019_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2019-seminar

2019-02-26T17:37:21Z

Nvegelj: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Maša Andoljšek||Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213132309.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Isidora Stevanoska|| Tina Arnšek|| Lena Trnovec
|-
| Maja Trifkovič||naslov||povezava do novice||21.02.||22.02.||25.02.|| Manca Osolin|| Tadej Uršič|| Ana Vičič
|-
| Teo Nograšek||Kako se proteini vgradijo v celično membrano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Ajda Košorok|| Ana Potočnik|| Maša Gabrič
|-
| Maja Kolar||Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181127110959.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Hana Zajc|| Mateja Milošević|| Laura Unuk
|-
| Nina Varda||Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110824.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Katja Benčuk|| Nastja Feguš|| Sašo Jakob
|-
| Anja Konjc||Nanodelci v boju proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117092550.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Tina Logonder|| Maja Mahorič|| Alliana Kolar
|-
| Timotej Zgonik||Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190124095112.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Špela Sotlar|| Nika Banovšek|| Nika Ramšak
|-
| Ela Sabadin||Genska terapija lahko ozdravi prirojeno gluhost pri miši ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190219111643.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maša Andoljšek|| Greta Junger|| Tim Nograšek
|-
| Kim Glavič||Kemikalija dodana potrošniškim produktom oslabi delovanje antibiotikov||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190221172048.htm||05.03||08.03.||11.03.|| Maja Trifkovič|| Isidora Stevanoska|| Žan Fortuna
|-
| Oskar Nemec||Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090911.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Teo Nograšek|| Manca Osolin|| Jure Povšin
|-
| Vivian Nemanič||Zmanjšanje posledic kemoterapije||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090930.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Kolar|| Ajda Košorok|| Jernej Kastelic
|-
| Srna Anastasovska||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Nina Varda|| Hana Zajc|| Tina Arnšek
|-
| Karmen Ferjan||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Anja Konjc|| Katja Benčuk|| Tadej Uršič
|-
| Ana Babnik||||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190225075613.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Timotej Zgonik|| Tina Logonder|| Ana Potočnik
|-
| Aleksandra Rauter||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Ela Sabadin|| Špela Sotlar|| Mateja Milošević
|-
| Nika Vegelj||Iznajdba, ki bi lahko rešila problem pri zdravljenju virusa HIV.||http://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190207173229.htm||19.03.||22.03.||25.03.|| Kim Glavič|| Maša Andoljšek|| Nastja Feguš
|-
| Adela Šajn||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Oskar Nemec|| Maja Trifkovič|| Maja Mahorič
|-
| Michelle Oletič||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Vivian Nemanič|| Teo Nograšek|| Nika Banovšek
|-
| Tevž Levstek||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Srna Anastasovska|| Maja Kolar|| Greta Junger
|-
| Matevž Drnovšek||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Karmen Ferjan|| Nina Varda|| Isidora Stevanoska
|-
| Marjeta Milostnik||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Ana Babnik|| Anja Konjc|| Manca Osolin
|-
| Lena Trnovec||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Aleksandra Rauter|| Timotej Zgonik|| Ajda Košorok
|-
| Ana Vičič||Great white shark genome decoded|| https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190218153238.htm ||26.03.||29.03.||01.04.|| Nika Vegelj|| Ela Sabadin|| Hana Zajc
|-
| Maša Gabrič||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Adela Šajn|| Kim Glavič|| Katja Benčuk
|-
| Laura Unuk||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Michelle Oletič|| Oskar Nemec|| Tina Logonder
|-
| Sašo Jakob||Terapija pljučnih bolezni z vdihavanjem mRNA ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190104104032.htm||02.04.||05.04.||08.04.|| Tevž Levstek|| Vivian Nemanič|| Špela Sotlar
|-
| Alliana Kolar||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Matevž Drnovšek|| Srna Anastasovska|| Maša Andoljšek
|-
| Nika Ramšak||Merjenje celične obremenjenosti s fluorescenčno molekulo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/08/180827110828.htm||09.04.||12.04.||15.04.|| Marjeta Milostnik|| Karmen Ferjan|| Maja Trifkovič
|-
| Tim Nograšek||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Lena Trnovec|| Ana Babnik|| Teo Nograšek
|-
| Žan Fortuna||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Ana Vičič|| Aleksandra Rauter|| Maja Kolar
|-
| Jure Povšin||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Maša Gabrič|| Nika Vegelj|| Nina Varda
|-
| Jernej Kastelic||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Laura Unuk|| Adela Šajn|| Anja Konjc
|-
| Tina Arnšek||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Sašo Jakob|| Michelle Oletič|| Timotej Zgonik
|-
| Tadej Uršič||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Alliana Kolar|| Tevž Levstek|| Ela Sabadin
|-
| Ana Potočnik||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Nika Ramšak|| Matevž Drnovšek|| Kim Glavič
|-
| Mateja Milošević||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Tim Nograšek|| Marjeta Milostnik|| Oskar Nemec
|-
| Nastja Feguš||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Žan Fortuna|| Lena Trnovec|| Vivian Nemanič
|-
| Maja Mahorič||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jure Povšin|| Ana Vičič|| Srna Anastasovska
|-
| Nika Banovšek||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jernej Kastelic|| Maša Gabrič|| Karmen Ferjan
|-
| Greta Junger||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tina Arnšek|| Laura Unuk|| Ana Babnik
|-
| Isidora Stevanoska||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tadej Uršič|| Sašo Jakob|| Aleksandra Rauter
|-
| Manca Osolin||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Ana Potočnik|| Alliana Kolar|| Nika Vegelj
|-
| Ajda Košorok||New test to detect disease and infection||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110808.htm||07.05.||10.05.||13.05.|| Mateja Milošević|| Nika Ramšak|| Adela Šajn
|-
| Hana Zajc||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nastja Feguš|| Tim Nograšek|| Michelle Oletič
|-
| Katja Benčuk||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Maja Mahorič|| Žan Fortuna|| Tevž Levstek
|-
| Tina Logonder||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nika Banovšek|| Jure Povšin|| Matevž Drnovšek
|-
| Špela Sotlar||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Greta Junger|| Jernej Kastelic|| Marjeta Milostnik

|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2019_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2019_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2019_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2019_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2019_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2019_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2019-seminar

2019-02-26T17:36:38Z

Nvegelj: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Maša Andoljšek||Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213132309.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Isidora Stevanoska|| Tina Arnšek|| Lena Trnovec
|-
| Maja Trifkovič||naslov||povezava do novice||21.02.||22.02.||25.02.|| Manca Osolin|| Tadej Uršič|| Ana Vičič
|-
| Teo Nograšek||Kako se proteini vgradijo v celično membrano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Ajda Košorok|| Ana Potočnik|| Maša Gabrič
|-
| Maja Kolar||Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/11/181127110959.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Hana Zajc|| Mateja Milošević|| Laura Unuk
|-
| Nina Varda||Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110824.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Katja Benčuk|| Nastja Feguš|| Sašo Jakob
|-
| Anja Konjc||Nanodelci v boju proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117092550.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Tina Logonder|| Maja Mahorič|| Alliana Kolar
|-
| Timotej Zgonik||Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190124095112.htm||28.02.||01.03.||04.03.|| Špela Sotlar|| Nika Banovšek|| Nika Ramšak
|-
| Ela Sabadin||Genska terapija lahko ozdravi prirojeno gluhost pri miši ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190219111643.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maša Andoljšek|| Greta Junger|| Tim Nograšek
|-
| Kim Glavič||Kemikalija dodana potrošniškim produktom oslabi delovanje antibiotikov||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190221172048.htm||05.03||08.03.||11.03.|| Maja Trifkovič|| Isidora Stevanoska|| Žan Fortuna
|-
| Oskar Nemec||Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090911.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Teo Nograšek|| Manca Osolin|| Jure Povšin
|-
| Vivian Nemanič||Zmanjšanje posledic kemoterapije||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090930.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Kolar|| Ajda Košorok|| Jernej Kastelic
|-
| Srna Anastasovska||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Nina Varda|| Hana Zajc|| Tina Arnšek
|-
| Karmen Ferjan||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Anja Konjc|| Katja Benčuk|| Tadej Uršič
|-
| Ana Babnik||||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190225075613.htm||12.03.||15.03.||18.03.|| Timotej Zgonik|| Tina Logonder|| Ana Potočnik
|-
| Aleksandra Rauter||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Ela Sabadin|| Špela Sotlar|| Mateja Milošević
|-
| Nika Vegelj||Iznajdba, ki bi lahko rešila problem pri zdravljenju virusa HIV.||www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190207173229.htm||19.03.||22.03.||25.03.|| Kim Glavič|| Maša Andoljšek|| Nastja Feguš
|-
| Adela Šajn||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Oskar Nemec|| Maja Trifkovič|| Maja Mahorič
|-
| Michelle Oletič||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Vivian Nemanič|| Teo Nograšek|| Nika Banovšek
|-
| Tevž Levstek||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Srna Anastasovska|| Maja Kolar|| Greta Junger
|-
| Matevž Drnovšek||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Karmen Ferjan|| Nina Varda|| Isidora Stevanoska
|-
| Marjeta Milostnik||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Ana Babnik|| Anja Konjc|| Manca Osolin
|-
| Lena Trnovec||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Aleksandra Rauter|| Timotej Zgonik|| Ajda Košorok
|-
| Ana Vičič||Great white shark genome decoded|| https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190218153238.htm ||26.03.||29.03.||01.04.|| Nika Vegelj|| Ela Sabadin|| Hana Zajc
|-
| Maša Gabrič||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Adela Šajn|| Kim Glavič|| Katja Benčuk
|-
| Laura Unuk||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Michelle Oletič|| Oskar Nemec|| Tina Logonder
|-
| Sašo Jakob||Terapija pljučnih bolezni z vdihavanjem mRNA ||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190104104032.htm||02.04.||05.04.||08.04.|| Tevž Levstek|| Vivian Nemanič|| Špela Sotlar
|-
| Alliana Kolar||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Matevž Drnovšek|| Srna Anastasovska|| Maša Andoljšek
|-
| Nika Ramšak||Merjenje celične obremenjenosti s fluorescenčno molekulo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2018/08/180827110828.htm||09.04.||12.04.||15.04.|| Marjeta Milostnik|| Karmen Ferjan|| Maja Trifkovič
|-
| Tim Nograšek||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Lena Trnovec|| Ana Babnik|| Teo Nograšek
|-
| Žan Fortuna||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Ana Vičič|| Aleksandra Rauter|| Maja Kolar
|-
| Jure Povšin||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Maša Gabrič|| Nika Vegelj|| Nina Varda
|-
| Jernej Kastelic||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Laura Unuk|| Adela Šajn|| Anja Konjc
|-
| Tina Arnšek||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Sašo Jakob|| Michelle Oletič|| Timotej Zgonik
|-
| Tadej Uršič||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Alliana Kolar|| Tevž Levstek|| Ela Sabadin
|-
| Ana Potočnik||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Nika Ramšak|| Matevž Drnovšek|| Kim Glavič
|-
| Mateja Milošević||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Tim Nograšek|| Marjeta Milostnik|| Oskar Nemec
|-
| Nastja Feguš||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Žan Fortuna|| Lena Trnovec|| Vivian Nemanič
|-
| Maja Mahorič||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jure Povšin|| Ana Vičič|| Srna Anastasovska
|-
| Nika Banovšek||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jernej Kastelic|| Maša Gabrič|| Karmen Ferjan
|-
| Greta Junger||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tina Arnšek|| Laura Unuk|| Ana Babnik
|-
| Isidora Stevanoska||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tadej Uršič|| Sašo Jakob|| Aleksandra Rauter
|-
| Manca Osolin||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Ana Potočnik|| Alliana Kolar|| Nika Vegelj
|-
| Ajda Košorok||New test to detect disease and infection||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190117110808.htm||07.05.||10.05.||13.05.|| Mateja Milošević|| Nika Ramšak|| Adela Šajn
|-
| Hana Zajc||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nastja Feguš|| Tim Nograšek|| Michelle Oletič
|-
| Katja Benčuk||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Maja Mahorič|| Žan Fortuna|| Tevž Levstek
|-
| Tina Logonder||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nika Banovšek|| Jure Povšin|| Matevž Drnovšek
|-
| Špela Sotlar||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Greta Junger|| Jernej Kastelic|| Marjeta Milostnik

|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2019_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2019_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2019_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2019_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2019_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2019_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.