Wiki FKKT - User contributions [en]

Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih

2020-05-18T10:14:16Z

On2638:

==Uvod==

Vsakodnevno ljudje po celem svetu kupujejo in uživajo razna živila rastlinskega in živalskega izvora v dobri veri, da so živila varna in ne vsebujejo patogenih baterij. Ampak vsako leto na milijone ljudi zboli zaradi okužbe z raznimi patogeni, ki so jih zaužili s hrano. Torej patogene bakterije so prisotne v hrani, ki jo kupujemo in predstavljajo problem s katerim se spopada prehrambena industrija. Pojav rezistence bakterij na enega ali celo več antibiotikov ( t.i. multidrug-resistant bacteria) in pa sprememba v odnosu potrošnikov do kemijskih aditivov in težnja po čim bolj naravni hrani, obdelani s čim manj kemikalijami je spodbudila razvoj novih alternativnih sredstev proti bakterijam.

Možno rešitev tega problema predstavljajo bakteriofagi. Nahajajo se tako v naravnih kot v umetnih okoljih in kot virusi, ki uporabljajo bakterijske celice za svoje razmnoževanje, predstavljajo naravne sovražnike bakterijam.

==Prednosti uporabe bakteriofagov==

Za uporabo v boju proti bakterijam v živilih imajo bakteriofagi določene prednosti:

*Visoka specifičnost: bakteriofagi katerih tarča so patogene bakterije in bakterije, ki povzročajo kvarjenje hrane ne ogrožajo naravne mikrobiote gastrointestinalnega trakta;

*Zmožnost samorazmnoževnaja: že majhna doza bakteriofagov se je zmožna razmnožiti ob prisotnosti gostiteljskih bakterij in ko gostiteljskih bakterij ni več se tudi razmnoževanje ustavi;

*Zmožnost adaptacije: tako, kot so se zmožne bakterije prilagoditi in razviti obrambne mehanizme proti bakteriofagom, so tudi oni zmožni adaptacije na te spremembe;

*Odpornost: bakteriofagi so močno odporni na stres ki ga prinese predelava hrane;

*Do sedaj še niso opazili negativnih efektov, ki bi jih imeli bakteriofagi na evkariontske celice;

*Ne spremenijo zaznavnih lastnosti hrane, kot so okus, vonj in videz;

Poleg tega so bakteriofage izolirali iz raznih surovih živil (npr. govedina, perutnina), procesiranih živil, fermentiranih produktov (npr. jogurt, sir) in morske hrane. Kar pomeni da jih ljudje že dnevno zauživamo.

==Uporaba bakteriofagov==

V namen boja proti bakterijam v živilih se striktno uporabljajo samo litični bakteriofagi, saj je namen odstraniti bakterijske celice. Bakteriofage se v glavnem uporablja na štirih stopnjah tekom pridelave in predelave hrane. In sicer:

*Med primarno produkcijo: z dodatkom bakteriofagov preprečimo bakterijske okužbe med gojenjem rastlin in živali;

*Med procesiranjem: s tem preprečimo razvoj bakterijskih kolonij tekom procesiranja hrane;

*Pri sanitaciji: za čiščenje površin, ki pridejo v stik z živili tekom procesa;

*Pri konzervaciji: preprečevanje kontaminacije in razmnoževanja patogenih bakterij med shranjevanjem živil.

==Uporaba bakteriofagov pri pridelavi rastlin==

Sposobnost kmetijstva da kontinuirno oskrbuje prebivalstvo z dovoljšno količino hrane je ključnega pomena. Bakterijske okužbe rastlin predstavljajo eno od ovir, ki to onemogočajo. Do sedaj je bilo izvedenih že veliko študij, ki potrjujejo učinkovitost bakteriofagnih koktajlov proti številnim bakterijam, ki okužijo rastline, kot so na primer: Erwinia spp., Xanthomonas spp., Pseudomonas syringeae pv. phaseolicola in Ralstonia solanacearum.

Za uporabo bakteriofagov v boju proti bakterijskim okužbam v kmetijstvu se je potrebno spopasti z določenimi problemi. Potrebno je razviti način efektivne terapije z bakteriofagi za hektare obdelovalnih površin. Upoštevati je treba, da so v takih odprtih okoljih patogeni konstantno prisotni in dejavniki kot so veter, voda in insekti ves čas vnašajo nove patogene. V upoštev je treba vzeti razne pesticide, ki se jih v kmetijstvu uporablja, ki imajo lahko negativen vpliv na bakteriofage. Problem predstavljajo tudi razni klimatski dejavniki, kot so nihanje temperature, suša, UV sevanje.

V raziskavi so primerjali učinkovitost bakteriofagov proti bakteriji Xanthomonas campestris pv. pruni na plodovih nektarin v kontroliranih klimatskih pogojih in v sadovnjaku. Čeprav je 92 % sadja ostalo zdravega, so opazili da je bilo zmanjšanje populacije bakteriofagov v sadovnjaku za 10^4 večje. Možna razlaga za tako zmanjšanje populacije v naravnem okolju je povišana temperatura, dehidracija in UV sevanje.

V nadaljnjih študijah so se zato še posebej posvetile vplivu okoljskih dejavnikov. Ugotovili so da suspenzija bakteriofagov v bakteriofagov v 0,75% raztopini posnetega mleka v prahu ali pa 0,5% procentne saharoze, pomaga pri preživetju fagov v boju proti Xanthomonas spp. pri paradižniku. Obe mešanici sta pomagali pri blaženju vpliva UV sevanja. Trenutno potekajo še dodatne raziskave o potencialnih faktorjih, ki bi bili zmožni zmanjšati negativni efekt UV sevanja.

==Uporaba bakteriofagov pri živinoreji==

Večino dosedanjih študij zdravljenja živali z bakteriofagi se je izvajalo na štirih skupinah živali: perutnini, govedu, ovcah ter prašičih. Študije na kokoših so pokazale, da so terapije z bakteriofagi obetavne pri zmanjševanju patogenih bakterij v vzorcih vzetih iz slepega črevesa živali. Ena študija vpliva mešanice bakteriofagov na količino bakterij Campylobacter jejuni je pokazala začetni upad za 3 log CFU(Colony Forming Units)/g v primerjavi z kontrolno skupino in po 5 dneh se je količina nekoliko stabilizirala in bila za 1 log CFU/g manjša od kontrolne skupine. Poleg efektivnosti administracije bakteriofagov po infekciji so opazovali tudi skupino v katero so preventivno vnesli bakteriofage. Opazili so, da je prvotna kolonizacija črevesja opočasnjena, a se je po tednu dni stabilizirala in bila primerljiva skupini z post infekcijsko terapijo.

Za zmanjšanje količine Salmonella enterica pri prašičih med transportom in pred zakolom so uporabili koktajl bakteriofagov. Opazili so zmanjšanje kontaminacije črevesja prašičev za 90-95% v primerjavi z kontrolno skupino.

Ideje za aplikacije bakteriofagov niso omejene samo na kopenske živali, ampak se raziskuje tudi različne načine za administracijo bakteriofagov preko hrane za ribe. Težava pri tem je sproščanje bakteriofagov s hrane v slano vodo. Rešitev tega problema bi lahko predstavljali premazi iz biopolimerov, ki bi zaustavili uhajanje bakteriofagov.

==Faktorji, ki vplivajo na efektivnost delovanja bakteriofagov==

Študije na živilih kažejo na to, da na efektivnost delovanja bakteriofagov vpliva več faktorjev (koncentracija fagov, lastnosti matriksa, kje in kdaj v proizvodnem postopku se dodajo bakteriofagi, izbira bakteriofaga, način aplikacije).

Višja koncentracija bakteriofagov ponavadi privede do večjega zmanjšanja bakterij. Vendar ni vedno mogoče ali ni ekonomsko smiselno uporabljati visoke koncentracije fagov. Prav tako lahko tudi nižje koncentracije privedejo do zaželenih rezultatov, npr. pri kokoših, ki so bile okužene z patogenimi E. coli je pri naravnem izbruhu bakterij že nižja koncentracija bakteriofagov znatno znižala umrljivost.

Ko dodajamo bakteriofage živilom je precej pomembno kakšne so lastnosti matriksa tega živila, ker te lahko vplivajo na efektivnost bakteriofagov. Pri raziskavi, kjer so primerjali efektivnost fagov v polnomastnem mleku, posnetem mleku, energijski pijači, jabolčnem soku in surovem tekočem jajcu so opazili najmanjšo efektivnost pri jajcu. Predvidevali so, da je efektivnost zmanjšala velika viskoznost jajca in s tem omejila difuzijo bakteriofaga.

Način s katerim apliciramo bakteriofage močno vpliva na efektivnost. Pogosto se uporablja razprševanje, a se pri tem v okolje vnese tuje bakteriofage in spiranje opreme ni vedno mogoče. Najboljše rezultate pri živalih kažejo eksperimenti, kjer se koktajl bakteriofagov vnese oralno v žival, pri tem pa je pomembno, da pazimo na prebavne poti in ustrezno zaščitimo bakteriofage. Za zaščito pred nizkim pH-je v želodcu se poleg bakteriofaga vnese tudi antacid ali pa se enkapsulira bakteriofag.

==Enkapsulacija bakteriofagov==

Enkapsulacija bakteriofagov v specifične ovoje omogoči kontrolo nad sproščanjem bakteriofagov, ko so izpolnjeni pravi pogoji. Načinov kako se bakteriofage enkapsulira je veliko in še vedno se razvijajo novi postopki.

Pogost način zaščite bakteriofagov, ki se vnašajo s hrano in vodo je enkapsulacija v kapsule, ki so narejene iz alginata ter obdane z različnimi polimeri. Za močnejšo strukturo alginatnega hidrogela se zraven dodaja hitozan, izolat sirotke ali ksantan gumi. Takšen postopek je bil prvič omenjen leta 2008, ko so raziskovalci enkapsulirali za Salmonella specifičen bakteriofag FelixO1 v kapsule iz alginata obdane z hitozanom. Zaradi te predelave so bakteriofagi delno obdržali svojo aktivnost, ko so bili dani v simulirano želodčno kislino, a se je čas sproščanja bakteriofagov podaljšal na 5 h.

Pri enem od že patentiranih načinov enkapsulacije so bakteriofage imobilizirali v prahu posnetega mleka in vse to zaprli v kapsulo narejeno iz palmitinske in stearinske kisline. Bakteriofagi v takšnih kapsulah so bili bolj odporni na pH 2,15 kot kontrolna skupina bakteriofagov.

==Uporaba bakteriofagov in encimov, ki se prenašajo s fagi, v procesu sanitacije površin v prehrambni industriji==

Tvorba mikrobioloških biofilmov na površinah opreme je ena glavnih težav v obratih za proizvodnjo hrane. Biofilm je vsak skupek mikroorganizmov, v katerem se celice pritrjene ena na drugo in pogosto tudi na neko površino (biotsko ali abiotsko). Te celice se obdajo z sluzastim zunajceličnim matriksom, sestavljenim iz zunajceličnih polimernih snovi (EPS). Celice v biofilmu proizvajajo komponente EPS, ki je običajno konglomeracija zunajceličnih polisaharidov, beljakovin, lipidov in DNA.

Za bakterijske celice (L. monocytogenes, Salmonella, E. coli, Yersinia), ki tvorijo biofilme, je značilna visoka odpornost na neugodne okolijske razmere, antibiotike in razkužila. Biofilmi so dinamične strukture, katerih dovzetnost za bakteriofage je odvisna od vrste bakteriofaga in njegove sposobnosti proizvajanja encimov, ki lahko uničijo biofilm, ter od razpoložljivosti receptorskih mest za fage.

Velik potencial za boj proti bakterijskim biofilmom imajo encimi bakteriofagov (depolimeraze in endolizini). Depolimeraze (DP) lahko razgradijo strukturne, kapsularne in zunajcelične polisaharide, da olajšajo adhezijo fagov na celice. Depolimeraze se lahko pojavijo kot sestavni deli fagov ali kot topni proteini. Depolimeraze delimo na hidrolaze (polisaharaze) in liaze.

==Uporaba endolizinov bakteriofagov pri konzerviranju hrane==

Druga vrsta encimov, ki imajo potencialno uporabo v biosanitizaciji so endolizini. Uporabljajo se lahko eksogeno za uničenje gram-pozitivnih bakterij. Da so endolizini bolj učinkoviti proti gram-negativnim bakterijam je treba zunanjo membrano permeabilizirati (npr. z jabolčno in citronsko kislino). Določeni endolizini imajo povečano antimikrobno delovanje v prisotnosti Ca2+ in Mn2+.

Uporaba endolizinov bakteriofaga je mogoča na različnih stopnjah pridelave in predelave hrane. Učinkovitost endolizinov se poveča pri obdelavi hrane pri visokem hidrostatičnem tlaku. Druga obetavna metoda vključuje uporabo rekombinantnih bakterij, ki izločajo endolizine. Do danes niso našli nobenih sevov odpornih na endolizin. Za bakterije je razvoj odpornosti proti endolizinom težaven, saj bi ti organizmi morali spremeniti strukturo svoje celične stene.

==Dvojna narava bakteriofagov v mlečnem sektorju==

Bakteriofagi lahko zaradi svoje prisotnosti prispevajo k velikim finančnim izgubam v industriji. V mlečni industriji bakteriofagi (Caudovirales, Podoviridae in Siphoviridae) uničijo fermentacijski proces z lizo mlečnokislinskih bakterij (LAB).

Zmerni fagi integrirajo svoj genetski material v gostiteljski genom in ta se prenese na potomce. V življenjskem ciklu faga lahko zmerni bakteriofag LAB ostane dlje časa v obliki profaga. Stres, povezan s predelavo hrane, lahko aktivira profage in sproži litični cikel in s tem smrt LAB.

Obstaja veliko virov za fagno kontaminacijo fermentiranih izdelkov, ki vključujejo surovo mleko in sirotko v prahu. Surovo mleko je naravni rezervoar LAB, zato ima lahko bakteriofage, specifične za LAB. Začetne kulture LAB so tudi lahko vir okužbe z bakteriofagi. Drugi pomembni viri onesnaženja z bakteriofagi so zrak in površina v mlekarnah.

Bakteriofagi so pa lahko tudi koristni v mlečni industriji. Zaradi visoke specifičnosti se fagi lahko uporabljajo za uničenje patogenov, na primer bakterije Staphylococcus, ki jih pogosto najdemo v mlečnih izdelkih. Vseeno pa je določeno tveganje, da fermentacija ne uspe, kar zmanjšamo z:

*Uporabo učinkovitih razkužil (natrijev hipoklorit)

*Rotacijo sevov (sirarne)

*Genski inženiringom - izgradnja na fage odpornih sevov LAB

==Detekcija fagov v mlečnih izdelkih==

Za detekcijo se uporabljajo klasične mikrobiološke metode, na primer preizkus s plaki ali spremljanje zakisanosti. V surovem mleku je mogoče uporabiti tudi molekularno biološke metode - qPCR in klasični PCR. Metoda qPCR temelji na fluorescentnih tehnikah in omogoča hitrejšo detekcijo kot PCR. Dodatna metoda je pretočna citometrija, kjer spremljamo fizikalne in kemijske lastnosti populacije celic, njihovo množično odmrtje.

==Viri==

* M. Połaska and B. Sokołowska, “Review bacteriophages—a new hope or a huge problem in the food industry,” AIMS Microbiology. 2019.

* R. Lewis and C. Hill, “Overcoming barriers to phage application in food and feed,” Current Opinion in Biotechnology. 2020.

* E. Parente, T. M. Cogan, and I. B. Powell, “Starter Cultures: General Aspects,” in Cheese: Chemistry, Physics and Microbiology: Fourth Edition, 2017.

* Maddocks, Sarah, and Rowena Jenkins. “Quantitative PCR.” Understanding PCR. 2017.

* A. Svircev, D. Roach, and A. Castle, “Framing the future with bacteriophages in agriculture,” Viruses. 2018.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih

2020-05-17T17:30:25Z

On2638:

==Uvod==

Vsakodnevno ljudje po celem svetu kupujejo in uživajo razna živila rastlinskega in živalskega izvora v dobri veri, da so živila varna in ne vsebujejo patogenih baterij. Ampak vsako leto na milijone ljudi zboli zaradi okužbe z raznimi patogeni, ki so jih zaužili s hrano. Torej patogene bakterije so prisotne v hrani, ki jo kupujemo in predstavljajo problem s katerim se spopada prehrambena industrija. Pojav rezistence bakterij na enega ali celo več antibiotikov ( t.i. multidrug-resistant bacteria) in pa sprememba v odnosu potrošnikov do kemijskih aditivov in težnja po čim bolj naravni hrani, obdelani s čim manj kemikalijami je spodbudila razvoj novih alternativnih sredstev proti bakterijam.

Možno rešitev tega problema predstavljajo bakteriofagi. Nahajajo se tako v naravnih kot v umetnih okoljih in kot virusi, ki uporabljajo bakterijske celice za svoje razmnoževanje, predstavljajo naravne sovražnike bakterijam.

==Prednosti uporabe bakteriofagov==

Za uporabo v boju proti bakterijam v živilih imajo bakteriofagi določene prednosti:

*Visoka specifičnost: bakteriofagi katerih tarča so patogene bakterije in bakterije, ki povzročajo kvarjenje hrane ne ogrožajo naravne mikrobiote gastrointestinalnega trakta;

*Zmožnost samorazmnoževnaja: že majhna doza bakteriofagov se je zmožna razmnožiti ob prisotnosti gostiteljskih bakterij in ko gostiteljskih bakterij ni več se tudi razmnoževanje ustavi;

*Zmožnost adaptacije: tako, kot so se zmožne bakterije prilagoditi in razviti obrambne mehanizme proti bakteriofagom, so tudi oni zmožni adaptacije na te spremembe;

*Odpornost: bakteriofagi so močno odporni na stres ki ga prinese predelava hrane;

*Do sedaj še niso opazili negativnih efektov, ki bi jih imeli bakteriofagi na evkariontske celice;

*Ne spremenijo zaznavnih lastnosti hrane, kot so okus, vonj in videz;

Poleg tega so bakteriofage izolirali iz raznih surovih živil (npr. govedina, perutnina), procesiranih živil, fermentiranih produktov (npr. jogurt, sir) in morske hrane. Kar pomeni da jih ljudje že dnevno zauživamo.

==Uporaba bakteriofagov==

V namen boja proti bakterijam v živilih se striktno uporabljajo samo litični bakteriofagi, saj je namen odstraniti bakterijske celice. Bakteriofage se v glavnem uporablja na štirih stopnjah tekom pridelave in predelave hrane. In sicer:

*Med primarno produkcijo: z dodatkom bakteriofagov preprečimo bakterijske okužbe med gojenjem rastlin in živali;

*Med procesiranjem: s tem preprečimo razvoj bakterijskih kolonij tekom procesiranja hrane;

*Pri sanitaciji: za čiščenje površin, ki pridejo v stik z živili tekom procesa;

*Pri konzervaciji: preprečevanje kontaminacije in razmnoževanja patogenih bakterij med shranjevanjem živil.

==Uporaba bakteriofagov pri pridelavi rastlin==

Sposobnost kmetijstva da kontinuirno oskrbuje prebivalstvo z dovoljšno količino hrane je ključnega pomena. Bakterijske okužbe rastlin predstavljajo eno od ovir, ki to onemogočajo. Do sedaj je bilo izvedenih že veliko študij, ki potrjujejo učinkovitost bakteriofagnih koktajlov proti številnim bakterijam, ki okužijo rastline, kot so na primer: Erwinia spp., Xanthomonas spp., Pseudomonas syringeae pv. phaseolicola in Ralstonia solanacearum.

Za uporabo bakteriofagov v boju proti bakterijskim okužbam v kmetijstvu se je potrebno spopasti z določenimi problemi. Potrebno je razviti način efektivne terapije z bakteriofagi za hektare obdelovalnih površin. Upoštevati je treba, da so v takih odprtih okoljih patogeni konstantno prisotni in dejavniki kot so veter, voda in insekti ves čas vnašajo nove patogene. V upoštev je treba vzeti razne pesticide, ki se jih v kmetijstvu uporablja, ki imajo lahko negativen vpliv na bakteriofage. Problem predstavljajo tudi razni klimatski dejavniki, kot so nihanje temperature, suša, UV sevanje.

V raziskavi so primerjali učinkovitost bakteriofagov proti bakteriji Xanthomonas campestris pv. pruni na plodovih nektarin v kontroliranih klimatskih pogojih in v sadovnjaku. Čeprav je 92 % sadja ostalo zdravega, so opazili da je bilo zmanjšanje populacije bakteriofagov v sadovnjaku za 104 večje. Možna razlaga za tako zmanjšanje populacije v naravnem okolju je povišana temperatura, dehidracija in UV sevanje.

V nadaljnjih študijah so se zato še posebej posvetile vplivu okoljskih dejavnikov. Ugotovili so da suspenzija bakteriofagov v bakteriofagov v 0,75% raztopini posnetega mleka v prahu ali pa 0,5% procentne saharoze, pomaga pri preživetju fagov v boju proti Xanthomonas spp. pri paradižniku. Obe mešanici sta pomagali pri blaženju vpliva UV sevanja. Trenutno potekajo še dodatne raziskave o potencialnih faktorjih, ki bi bili zmožni zmanjšati negativni efekt UV sevanja.

==Uporaba bakteriofagov pri živinoreji==

Večino dosedanjih študij zdravljenja živali z bakteriofagi se je izvajalo na štirih skupinah živali: perutnini, govedu, ovcah ter prašičih. Študije na kokoših so pokazale, da so terapije z bakteriofagi obetavne pri zmanjševanju patogenih bakterij v vzorcih vzetih iz slepega črevesa živali. Ena študija vpliva mešanice bakteriofagov na količino bakterij Campylobacter jejuni je pokazala začetni upad za 3 log CFU(Colony Forming Units)/g v primerjavi z kontrolno skupino in po 5 dneh se je količina nekoliko stabilizirala in bila za 1 log CFU/g manjša od kontrolne skupine. Poleg efektivnosti administracije bakteriofagov po infekciji so opazovali tudi skupino v katero so preventivno vnesli bakteriofage. Opazili so, da je prvotna kolonizacija črevesja opočasnjena, a se je po tednu dni stabilizirala in bila primerljiva skupini z post infekcijsko terapijo.

Za zmanjšanje količine Salmonella enterica pri prašičih med transportom in pred zakolom so uporabili koktajl bakteriofagov. Opazili so zmanjšanje kontaminacije črevesja prašičev za 90-95% v primerjavi z kontrolno skupino.

Ideje za aplikacije bakteriofagov niso omejene samo na kopenske živali, ampak se raziskuje tudi različne načine za administracijo bakteriofagov preko hrane za ribe. Težava pri tem je sproščanje bakteriofagov s hrane v slano vodo. Rešitev tega problema bi lahko predstavljali premazi iz biopolimerov, ki bi zaustavili uhajanje bakteriofagov.

==Faktorji, ki vplivajo na efektivnost delovanja bakteriofagov==

Študije na živilih kažejo na to, da na efektivnost delovanja bakteriofagov vpliva več faktorjev (koncentracija fagov, lastnosti matriksa, kje in kdaj v proizvodnem postopku se dodajo bakteriofagi, izbira bakteriofaga, način aplikacije).

Višja koncentracija bakteriofagov ponavadi privede do večjega zmanjšanja bakterij. Vendar ni vedno mogoče ali ni ekonomsko smiselno uporabljati visoke koncentracije fagov. Prav tako lahko tudi nižje koncentracije privedejo do zaželenih rezultatov, npr. pri kokoših, ki so bile okužene z patogenimi E. coli je pri naravnem izbruhu bakterij že nižja koncentracija bakteriofagov znatno znižala umrljivost.

Ko dodajamo bakteriofage živilom je precej pomembno kakšne so lastnosti matriksa tega živila, ker te lahko vplivajo na efektivnost bakteriofagov. Pri raziskavi, kjer so primerjali efektivnost fagov v polnomastnem mleku, posnetem mleku, energijski pijači, jabolčnem soku in surovem tekočem jajcu so opazili najmanjšo efektivnost pri jajcu. Predvidevali so, da je efektivnost zmanjšala velika viskoznost jajca in s tem omejila difuzijo bakteriofaga.

Način s katerim apliciramo bakteriofage močno vpliva na efektivnost. Pogosto se uporablja razprševanje, a se pri tem v okolje vnese tuje bakteriofage in spiranje opreme ni vedno mogoče. Najboljše rezultate pri živalih kažejo eksperimenti, kjer se koktajl bakteriofagov vnese oralno v žival, pri tem pa je pomembno, da pazimo na prebavne poti in ustrezno zaščitimo bakteriofage. Za zaščito pred nizkim pH-je v želodcu se poleg bakteriofaga vnese tudi antacid ali pa se enkapsulira bakteriofag.

==Enkapsulacija bakteriofagov==

Enkapsulacija bakteriofagov v specifične ovoje omogoči kontrolo nad sproščanjem bakteriofagov, ko so izpolnjeni pravi pogoji. Načinov kako se bakteriofage enkapsulira je veliko in še vedno se razvijajo novi postopki.

Pogost način zaščite bakteriofagov, ki se vnašajo s hrano in vodo je enkapsulacija v kapsule, ki so narejene iz alginata ter obdane z različnimi polimeri. Za močnejšo strukturo alginatnega hidrogela se zraven dodaja hitozan, izolat sirotke ali ksantan gumi. Takšen postopek je bil prvič omenjen leta 2008, ko so raziskovalci enkapsulirali za Salmonella specifičen bakteriofag FelixO1 v kapsule iz alginata obdane z hitozanom. Zaradi te predelave so bakteriofagi delno obdržali svojo aktivnost, ko so bili dani v simulirano želodčno kislino, a se je čas sproščanja bakteriofagov podaljšal na 5 h.

Pri enem od že patentiranih načinov enkapsulacije so bakteriofage imobilizirali v prahu posnetega mleka in vse to zaprli v kapsulo narejeno iz palmitinske in stearinske kisline. Bakteriofagi v takšnih kapsulah so bili bolj odporni na pH 2,15 kot kontrolna skupina bakteriofagov.

==Uporaba bakteriofagov in encimov, ki se prenašajo s fagi, v procesu sanitacije površin v prehrambni industriji==

Tvorba mikrobioloških biofilmov na površinah opreme je ena glavnih težav v obratih za proizvodnjo hrane. Biofilm je vsak skupek mikroorganizmov, v katerem se celice pritrjene ena na drugo in pogosto tudi na neko površino (biotsko ali abiotsko). Te celice se obdajo z sluzastim zunajceličnim matriksom, sestavljenim iz zunajceličnih polimernih snovi (EPS). Celice v biofilmu proizvajajo komponente EPS, ki je običajno konglomeracija zunajceličnih polisaharidov, beljakovin, lipidov in DNA.

Za bakterijske celice (L. monocytogenes, Salmonella, E. coli, Yersinia), ki tvorijo biofilme, je značilna visoka odpornost na neugodne okolijske razmere, antibiotike in razkužila. Biofilmi so dinamične strukture, katerih dovzetnost za bakteriofage je odvisna od vrste bakteriofaga in njegove sposobnosti proizvajanja encimov, ki lahko uničijo biofilm, ter od razpoložljivosti receptorskih mest za fage.

Velik potencial za boj proti bakterijskim biofilmom imajo encimi, ki jih proizvajajo bakteriofagi (depolimeraze in endolizini). Depolimeraza (DP) lahko razgradi strukturne, kapsularne in zunajcelične polisaharide, da olajša adhezijo fagov na celice. Depolimeraze se lahko pojavijo kot sestavni deli fagov ali kot topni proteini. Depolimeraze delimo na hidrolaze (polisaharaze) in liaze.

==Uporaba endolizinov bakteriofagov pri konzerviranju hrane==

Druga vrsta encima, ki jo proizvajajo bakteriofagi, ki ima potencialno uporabo v biosanitizaciji so endolizini. Uporabljajo se lahko eksogeno za uničenje gram-pozitivnih bakterij. Da so endolizini bolj učinkoviti proti gram-negativnim bakterijam je treba zunanjo membrano permeabilizirati (npr. z jabolčno in citronsko kislino). Določeni endolizini imajo povečano antimikrobno delovanje v prisotnosti Ca2+ in Mn2+.

Uporaba endolizinov bakteriofaga je mogoča na različnih stopnjah pridelave in predelave hrane. Učinkovitost endolizinov se poveča pri obdelavi hrane pri visokem hidrostatičnem tlaku. Druga obetavna metoda vključuje uporabo rekombinantnih bakterij, ki izločajo endolizine. Do danes niso našli nobenih sevov odpornih na endolizin. Za bakterije je razvoj odpornosti proti endolizinom težaven, saj bi ti organizmi morali spremeniti strukturo svoje celične stene.

==Dvojna narava bakteriofagov v mlečnem sektorju==

Bakteriofagi lahko zaradi svoje prisotnosti prispevajo k velikim finančnim izgubam v industriji. V mlečni industriji bakteriofagi (Caudovirales, Podoviridae in Siphoviridae) uničijo fermentacijski proces z lizo mlečnokislinskih bakterij (LAB).

Zmerni fagi integrirajo svoj genetski material v gostiteljski genom in ta se prenese na potomce. V življenjskem ciklu faga lahko zmerni bakteriofag LAB ostane dlje časa v obliki profaga. Stres, povezan s predelavo hrane, lahko aktivira profage in sproži litični cikel in s tem smrt LAB.

Obstaja veliko virov za fagno kontaminacijo fermentiranih izdelkov, ki vključujejo surovo mleko in sirotko v prahu. Surovo mleko je naravni rezervoar LAB, zato ima lahko bakteriofage, specifične za LAB. Začetne kulture LAB so tudi lahko vir okužbe z bakteriofagi. Drugi pomembni viri onesnaženja z bakteriofagi so zrak in površina v mlekarnah.

Bakteriofagi so pa lahko tudi koristni v mlečni industriji. Zaradi visoke specifičnosti se fagi lahko uporabljajo za uničenje patogenov, na primer bakterije Staphylococcus, ki jih pogosto najdemo v mlečnih izdelkih. Vseeno pa je določeno tveganje, da fermentacija ne uspe, kar zmanjšamo z:

*Uporabo učinkovitih razkužil (natrijev hipoklorit)

*Rotacijo sevov (sirarne)

*Genski inženiringom - izgradnja na fage odpornih sevov LAB

==Detekcija fagov v mlečnih izdelkih==

Za detekcijo se uporabljajo klasične mikrobiološke metode, na primer preizkus s plaki ali spremljanje zakisanosti. V surovem mleku je mogoče uporabiti tudi molekularno biološke metode - qPCR in klasični PCR. Metoda qPCR temelji na fluorescentnih tehnikah in omogoča hitrejšo detekcijo kot PCR. Dodatna metoda je pretočna citometrija, kjer spremljamo fizikalne in kemijske lastnosti populacije celic, njihovo množično odmrtje.

==Viri==

* M. Połaska and B. Sokołowska, “Review bacteriophages—a new hope or a huge problem in the food industry,” AIMS Microbiology. 2019.

* R. Lewis and C. Hill, “Overcoming barriers to phage application in food and feed,” Current Opinion in Biotechnology. 2020.

* E. Parente, T. M. Cogan, and I. B. Powell, “Starter Cultures: General Aspects,” in Cheese: Chemistry, Physics and Microbiology: Fourth Edition, 2017.

* Maddocks, Sarah, and Rowena Jenkins. “Quantitative PCR.” Understanding PCR. 2017.

* A. Svircev, D. Roach, and A. Castle, “Framing the future with bacteriophages in agriculture,” Viruses. 2018.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih

2020-05-17T15:46:36Z

On2638:

==Uvod==

Vsakodnevno ljudje po celem svetu kupujejo in uživajo razna živila rastlinskega in živalskega izvora v dobri veri, da so živila varna in ne vsebujejo patogenih baterij. Ampak vsako leto na milijone ljudi zboli zaradi okužbe z raznimi patogeni, ki so jih zaužili s hrano. Torej patogene bakterije so prisotne v hrani, ki jo kupujemo in predstavljajo problem s katerim se spopada prehrambena industrija. Pojav rezistence bakterij na enega ali celo več antibiotikov ( t.i. multidrug-resistant bacteria) in pa sprememba v odnosu potrošnikov do kemijskih aditivov in težnja po čim bolj naravni hrani, obdelani s čim manj kemikalijami je spodbudila razvoj novih alternativnih sredstev proti bakterijam.

Možno rešitev tega problema predstavljajo bakteriofagi. Nahajajo se tako v naravnih kot v umetnih okoljih in kot virusi, ki uporabljajo bakterijske celice za svoje razmnoževanje, predstavljajo naravne sovražnike bakterijam.

==Prednosti uporabe bakteriofagov==

Za uporabo v boju proti bakterijam v živilih imajo bakteriofagi določene prednosti:

*Visoka specifičnost: bakteriofagi katerih tarča so patogene bakterije in bakterije, ki povzročajo kvarjenje hrane ne ogrožajo naravne mikrobiote gastrointestinalnega trakta;

*Zmožnost samorazmnoževnaja: že majhna doza bakteriofagov se je zmožna razmnožiti ob prisotnosti gostiteljskih bakterij in ko gostiteljskih bakterij ni več se tudi razmnoževanje ustavi;

*Zmožnost adaptacije: tako, kot so se zmožne bakterije prilagoditi in razviti obrambne mehanizme proti bakteriofagom, so tudi oni zmožni adaptacije na te spremembe;

*Odpornost: bakteriofagi so močno odporni na stres ki ga prinese predelava hrane;

*Do sedaj še niso opazili negativnih efektov, ki bi jih imeli bakteriofagi na evkariontske celice;

*Ne spremenijo zaznavnih lastnosti hrane, kot so okus, vonj in videz;

Poleg tega so bakteriofage izolirali iz raznih surovih živil (npr. govedina, perutnina), procesiranih živil, fermentiranih produktov (npr. jogurt, sir) in morske hrane. Kar pomeni da jih ljudje že dnevno zauživamo.

==Uporaba bakteriofagov==

V namen boja proti bakterijam v živilih se striktno uporabljajo samo litični bakteriofagi, saj je namen odstraniti bakterijske celice. Bakteriofage se v glavnem uporablja na štirih stopnjah tekom pridelave in predelave hrane. In sicer:

*Med primarno produkcijo: z dodatkom bakteriofagov preprečimo bakterijske okužbe med gojenjem rastlin in živali;

*Med procesiranjem: s tem preprečimo razvoj bakterijskih kolonij tekom procesiranja hrane;

*Pri sanitaciji: za čiščenje površin, ki pridejo v stik z živili tekom procesa;

*Pri konzervaciji: preprečevanje kontaminacije in razmnoževanja patogenih bakterij med shranjevanjem živil.

==Uporaba bakteriofagov pri pridelavi rastlin==

Sposobnost kmetijstva da kontinuirno oskrbuje prebivalstvo z dovoljšno količino hrane je ključnega pomena. Bakterijske okužbe rastlin predstavljajo eno od ovir, ki to onemogočajo. Do sedaj je bilo izvedenih že veliko študij, ki potrjujejo učinkovitost bakteriofagnih koktajlov proti številnim bakterijam, ki okužijo rastline, kot so na primer: Erwinia spp., Xanthomonas spp., Pseudomonas syringeae pv. phaseolicola in Ralstonia solanacearum.

Za uporabo bakteriofagov v boju proti bakterijskim okužbam v kmetijstvu se je potrebno spopasti z določenimi problemi. Potrebno je razviti način efektivne terapije z bakteriofagi za hektare obdelovalnih površin. Upoštevati je treba, da so v takih odprtih okoljih patogeni konstantno prisotni in dejavniki kot so veter, voda in insekti ves čas vnašajo nove patogene. V upoštev je treba vzeti razne pesticide, ki se jih v kmetijstvu uporablja, ki imajo lahko negativen vpliv na bakteriofage. Problem predstavljajo tudi razni klimatski dejavniki, kot so nihanje temperature, suša, UV sevanje.

V raziskavi so primerjali učinkovitost bakteriofagov proti bakteriji Xanthomonas campestris pv. pruni na plodovih nektarin v kontroliranih klimatskih pogojih in v sadovnjaku. Čeprav je 92 % sadja ostalo zdravega, so opazili da je bilo zmanjšanje populacije bakteriofagov v sadovnjaku za 104 večje. Možna razlaga za tako zmanjšanje populacije v naravnem okolju je povišana temperatura, dehidracija in UV sevanje.

V nadaljnjih študijah so se zato še posebej posvetile vplivu okoljskih dejavnikov. Ugotovili so da suspenzija bakteriofagov v bakteriofagov v 0,75% raztopini posnetega mleka v prahu ali pa 0,5% procentne saharoze, pomaga pri preživetju fagov v boju proti Xanthomonas spp. pri paradižniku. Obe mešanici sta pomagali pri blaženju vpliva UV sevanja. Trenutno potekajo še dodatne raziskave o potencialnih faktorjih, ki bi bili zmožni zmanjšati negativni efekt UV sevanja.

==Uporaba bakteriofagov pri živinoreji==

Večino dosedanjih študij zdravljenja živali z bakteriofagi se je izvajalo na štirih skupinah živali: perutnini, govedu, ovcah ter prašičih. Študije na kokoših so pokazale, da so terapije z bakteriofagi obetavne pri zmanjševanju patogenih bakterij v vzorcih vzetih iz slepega črevesa živali. Ena študija vpliva mešanice bakteriofagov na količino bakterij Campylobacter jejuni je pokazala začetni upad za 3 log CFU(Colony Forming Units)/g v primerjavi z kontrolno skupino in po 5 dneh se je količina nekoliko stabilizirala in bila za 1 log CFU/g manjša od kontrolne skupine. Poleg efektivnosti administracije bakteriofagov po infekciji so opazovali tudi skupino v katero so preventivno vnesli bakteriofage. Opazili so, da je prvotna kolonizacija črevesja opočasnjena, a se je po tednu dni stabilizirala in bila primerljiva skupini z post infekcijsko terapijo.

Za zmanjšanje količine Salmonella enterica pri prašičih med transportom in pred zakolom so uporabili koktajl bakteriofagov. Opazili so zmanjšanje kontaminacije črevesja prašičev za 90-95% v primerjavi z kontrolno skupino.

Ideje za aplikacije bakteriofagov niso omejene samo na kopenske živali, ampak se raziskuje tudi različne načine za administracijo bakteriofagov preko hrane za ribe. Težava pri tem je sproščanje bakteriofagov s hrane v slano vodo. Rešitev tega problema bi lahko predstavljali premazi iz biopolimerov, ki bi zaustavili uhajanje bakteriofagov.

==Faktorji, ki vplivajo na efektivnost delovanja bakteriofagov==

Študije na živilih kažejo na to, da na efektivnost delovanja bakteriofagov vpliva več faktorjev (koncentracija fagov, lastnosti matriksa, kje in kdaj v proizvodnem postopku se dodajo bakteriofagi, izbira bakteriofaga, način aplikacije).

Višja koncentracija bakteriofagov ponavadi privede do večjega zmanjšanja bakterij. Vendar ni vedno mogoče ali ni ekonomsko smiselno uporabljati visoke koncentracije fagov. Prav tako lahko tudi nižje koncentracije privedejo do zaželenih rezultatov, npr. pri kokoših, ki so bile okužene z patogenimi E. coli je pri naravnem izbruhu bakterij že nižja koncentracija bakteriofagov znatno znižala umrljivost.

Ko dodajamo bakteriofage živilom je precej pomembno kakšne so lastnosti matriksa tega živila, ker te lahko vplivajo na efektivnost bakteriofagov. Pri raziskavi, kjer so primerjali efektivnost fagov v polnomastnem mleku, posnetem mleku, energijski pijači, jabolčnem soku in surovem tekočem jajcu so opazili najmanjšo efektivnost pri jajcu. Predvidevali so, da je efektivnost zmanjšala velika viskoznost jajca in s tem omejila difuzijo bakteriofaga.

Način s katerim apliciramo bakteriofage močno vpliva na efektivnost. Pogosto se uporablja razprševanje, a se pri tem v okolje vnese tuje bakteriofage in spiranje opreme ni vedno mogoče. Najboljše rezultate pri živalih kažejo eksperimenti, kjer se koktajl bakteriofagov vnese oralno v žival, pri tem pa je pomembno, da pazimo na prebavne poti in ustrezno zaščitimo bakteriofage. Za zaščito pred nizkim pH-je v želodcu se poleg bakteriofaga vnese tudi antacid ali pa se enkapsulira bakteriofag.

==Enkapsulacija bakteriofagov==

Enkapsulacija bakteriofagov v specifične ovoje omogoči kontrolo nad sproščanjem bakteriofagov, ko so izpolnjeni pravi pogoji. Načinov kako se bakteriofage enkapsulira je veliko in še vedno se razvijajo novi postopki.

Pogost način zaščite bakteriofagov, ki se vnašajo s hrano in vodo je enkapsulacija v kapsule, ki so narejene iz alginata ter obdane z različnimi polimeri. Za močnejšo strukturo alginatnega hidrogela se zraven dodaja hitozan, izolat sirotke ali ksantan gumi. Takšen postopek je bil prvič omenjen leta 2008, ko so raziskovalci enkapsulirali za Salmonella specifičen bakteriofag FelixO1 v kapsule iz alginata obdane z hitozanom. Zaradi te predelave so bakteriofagi delno obdržali svojo aktivnost, ko so bili dani v simulirano želodčno kislino, a se je čas sproščanja bakteriofagov podaljšal na 5 h.

Pri enem od že patentiranih načinov enkapsulacije so bakteriofage imobilizirali v prahu posnetega mleka in vse to zaprli v kapsulo narejeno iz palmitinske in stearinske kisline. Bakteriofagi v takšnih kapsulah so bili bolj odporni na pH 2,15 kot kontrolna skupina bakteriofagov.

==Uporaba bakteriofagov in encimov, ki se prenašajo s fagi, v procesu sanitacije površin v prehrambni industriji==

Tvorba mikrobioloških biofilmov na površinah opreme je ena glavnih težav v obratih za proizvodnjo hrane. Biofilm je vsak skupek mikroorganizmov, v katerem se celice pritrjene ena na drugo in pogosto tudi na neko površino (biotsko ali abiotsko). Te celice se obdajo z sluzastim zunajceličnim matriksom, sestavljenim iz zunajceličnih polimernih snovi (EPS). Celice v biofilmu proizvajajo komponente EPS, ki je običajno konglomeracija zunajceličnih polisaharidov, beljakovin, lipidov in DNA.

Za bakterijske celice (L. monocytogenes, Salmonella, E. coli, Yersinia), ki tvorijo biofilme, je značilna visoka odpornost na neugodne okolijske razmere, antibiotike in razkužila. Biofilmi so dinamične strukture, katerih dovzetnost za bakteriofage je odvisna od vrste bakteriofaga in njegove sposobnosti proizvajanja encimov, ki lahko uničijo biofilm, ter od razpoložljivosti receptorskih mest za fage.

Velik potencial za boj proti bakterijskim biofilmom imajo encimi, ki jih proizvajajo bakteriofagi (depolimeraze in endolizini). Depolimeraza (DP) lahko razgradi strukturne, kapsularne in zunajcelične polisaharide, da olajša adhezijo fagov na celice. Depolimeraze se lahko pojavijo kot sestavni deli fagov ali kot topni proteini. Depolimeraze delimo na hidrolaze (polisaharaze) in lizaze.

==Uporaba endolizinov bakteriofagov pri konzerviranju hrane==

Druga vrsta encima, ki jo proizvajajo bakteriofagi, ki ima potencialno uporabo v biosanitizaciji so endolizini. Uporabljajo se lahko eksogeno za uničenje gram-pozitivnih bakterij. Da so endolizini bolj učinkoviti proti gram-negativnim bakterijam je treba zunanjo membrano permeabilizirati (npr. z jabolčno in citronsko kislino). Določeni endolizini imajo povečano antimikrobno delovanje v prisotnosti Ca2+ in Mn2+.

Uporaba endolizinov bakteriofaga je mogoča na različnih stopnjah pridelave in predelave hrane. Učinkovitost endolizinov se poveča pri obdelavi hrane pri visokem hidrostatičnem tlaku. Druga obetavna metoda vključuje uporabo rekombinantnih bakterij, ki izločajo endolizine. Do danes niso našli nobenih sevov odpornih na endolizin. Za bakterije je razvoj odpornosti proti endolizinom težaven, saj bi ti organizmi morali spremeniti strukturo svoje celične stene.

==Dvojna narava bakteriofagov v mlečnem sektorju==

Bakteriofagi lahko zaradi svoje prisotnosti prispevajo k velikim finančnim izgubam v industriji. V mlečni industriji bakteriofagi (Caudovirales, Podoviridae in Siphoviridae) uničijo fermentacijski proces z lizo mlečnokislinskih bakterij (LAB).

Zmerni fagi integrirajo svoj genetski material v gostiteljski genom in ta se prenese na potomce. V življenjskem ciklu faga lahko zmerni bakteriofag LAB ostane dlje časa v obliki profaga. Stres, povezan s predelavo hrane, lahko aktivira profage in sproži litični cikel in s tem smrt LAB.

Obstaja veliko virov za fagno kontaminacijo fermentiranih izdelkov, ki vključujejo surovo mleko in sirotko v prahu. Surovo mleko je naravni rezervoar LAB, zato ima lahko bakteriofage, specifične za LAB. Začetne kulture LAB so tudi lahko vir okužbe z bakteriofagi. Drugi pomembni viri onesnaženja z bakteriofagi so zrak in površina v mlekarnah.

Bakteriofagi so pa lahko tudi koristni v mlečni industriji. Zaradi visoke specifičnosti se fagi lahko uporabljajo za uničenje patogenov, na primer bakterije Staphylococcus, ki jih pogosto najdemo v mlečnih izdelkih. Vseeno pa je določeno tveganje, da fermentacija ne uspe, kar zmanjšamo z:

*Uporabo učinkovitih razkužil (natrijev hipoklorit)

*Rotacijo sevov (sirarne)

*Genski inženiringom - izgradnja na fage odpornih sevov LAB

==Detekcija fagov v mlečnih izdelkih==

Za detekcijo se uporabljajo klasične mikrobiološke metode, na primer preizkus s plaki ali spremljanje zakisanosti. V surovem mleku je mogoče uporabiti tudi molekularno biološke metode - qPCR in klasični PCR. Metoda qPCR temelji na fluorescentnih tehnikah in omogoča hitrejšo detekcijo kot PCR. Dodatna metoda je pretočna citometrija, kjer spremljamo fizikalne in kemijske lastnosti populacije celic, njihovo množično odmrtje.

==Viri==

* M. Połaska and B. Sokołowska, “Review bacteriophages—a new hope or a huge problem in the food industry,” AIMS Microbiology. 2019.

* R. Lewis and C. Hill, “Overcoming barriers to phage application in food and feed,” Current Opinion in Biotechnology. 2020.

* E. Parente, T. M. Cogan, and I. B. Powell, “Starter Cultures: General Aspects,” in Cheese: Chemistry, Physics and Microbiology: Fourth Edition, 2017.

* Maddocks, Sarah, and Rowena Jenkins. “Quantitative PCR.” Understanding PCR. 2017.

* A. Svircev, D. Roach, and A. Castle, “Framing the future with bacteriophages in agriculture,” Viruses. 2018.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Bakteriofagi

2020-03-16T09:04:09Z

On2638:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2019/20 obravnavajo različne vidike bakteriofagov, od njihove zgradbe in delovanja, do vloge v okolju in izrabe za zdravljenje. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu. Za orientacijo in splošno poznavanje tematike si oglejte prosojnice v spletni učilnici - 3. teden marca. V okviru posameznih glavnih poglavij lahko predlagate še kakšen seminar po lastni presoji (pošljite predlog po e-pošti!).

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti (lahko tudi dva, če pa bi kakšno temo na vsak način rad obdelal en sam, mi prej pišite, da se pogovorimo glede vsebine in obsega). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200-1800 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Predstavitev naj bo dolga 15-20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite le malo splošnega uvoda, ki naj ima za nalogo, da umesti vašo temo v kontekst problematike bakteriofagov.

Predvidena umestitev seminarjev v semestru je razvidna iz spletne učilnice, a zaenkrat ni mogoče zagotovo reči, da ne bo kakšnih sprememb zaradi ukrepov proti širjenju koronavirusa.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).

Spodnji seznam vključuje povezave do nekaterih preglednih člankov iz zadnjega obdobja, ki jih lahko uporabite za osnovo pri pripravi. Večinoma pa navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim - predvidoma po 8 na teden), tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.

Poglavja za seminarje so:

'''STRUKTURA IN DELOVANJE FAGOV''' 
https://www.intechopen.com/books/bacteriophages-perspectives-and-future/bacteriophages-their-structural-organisation-and-function (poglavje, 2019) 
1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov 
2. Struktura kapsid in prokapsid 
3. Struktura konektorjev in repov 
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6416446/ (pregledni, 2019) 
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6209105/ (pregledni, 2018) 
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1879625718300142?via% 
(pregledni, 2018) 
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570963919301888?via% 
(pregledni, 2020) 
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave 

'''INTERAKCIJE in EKOLOGIJA''' 

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm (pregledni, 2019) 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29523063 
9. Interakcija faga z bakterijo 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169409X19300031 (pregledni, 2019) 
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi 

https://www.mdpi.com/2076-0817/8/3/100/htm (pregledni, 2019) 
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih (brez človeka - to je predhodna tema) 

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/08927014.2019.1613525 in https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32125643 
(pregledni, 2019+2020) 
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0966842X19300599?via% 
(pregledni, 2019) 
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom 

https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11274-013-1358-5 (pregledni, 2013) 
14. Cianofagi 

'''UPORABA BAKTERIOFAGOV''' 

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2019.00513/full (pregledni, 2019) 
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb 
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh 
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5371805/ 
(pregledni, 2017 - samo kratko poglavje o uporabi na rastlinah) 
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0160412019305410 (pregledni, 2019) 
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti 

https://www.aimspress.com/fileOther/PDF/microbiology/microbiol-05-04- 
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S095816691930093X?via%3Dihub 
(pregledni, 2019 + 2020) 
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih 

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm 
in https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166919301296?via%3Dihub 
(pregledni, 2019 + 2020) 
21. Biotehnološka izraba fagov 

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja, tako kot je prikazano pri izmišljenem ničtem seminarju.
Seminarje bomo izvedli v enakem vrstnem redu, kot so navedeni zgoraj.

0. Analiza bakteriofagov v smrekovem gozdu (Jana Dolenc, Tilen Deželak, Sonja Mavrič) 

1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov 
2. Struktura kapsid in prokapsid 
3. Struktura konektorjev in repov 
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov 
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda (Kim Glavič, Nastja Feguš, Nina Varda) 
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni (Žiga Vičič, Dunia Sahir, Maja Globočnik) 
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina (Anja Konjc, Tina Logonder, Manca Osolin) 
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave (Tina Arnšek, Ana Babnik, Greta Junger) 
9. Interakcija faga z bakterijo (Anastasija Nechevska, Marjeta Milostnik, Ana Vičič) 
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi (Michelle Oletič, Nika Vegelj, Rebeka Dajčman) 
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih (Lena Trnovec, Maja Kolar, Liza Praznik) 
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme 
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom (Žan Fortuna, Tevž Levstek) 
14. Cianofagi 
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb (Maša Gabrič, Maša Andoljšek, Vivian Nemanič) 
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh(Tim Nograšek, Jure Povšin, Sašo Jakob) 
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje (Maja Mahorič, Ana Potočnik, Maja Trifkovič) 
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin (Tanja Janko, Špela Šubelj in Matic Krivec) 
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti 
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih (Tadej Uršič, Teo Nograšek, Oskar Nemec) 
21. Biotehnološka izraba fagov 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na tem, drugem, seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki> 

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)

Bakteriofagi

2020-03-13T07:01:53Z

On2638:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2019/20 obravnavajo različne vidike bakteriofagov, od njihove zgradbe in delovanja, do vloge v okolju in izrabe za zdravljenje. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu. Za orientacijo in splošno poznavanje tematike si oglejte prosojnice v spletni učilnici - 3. teden marca. V okviru posameznih glavnih poglavij lahko predlagate še kakšen seminar po lastni presoji (pošljite predlog po e-pošti!).

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti (lahko tudi dva, če pa bi kakšno temo na vsak način rad obdelal en sam, mi prej pišite, da se pogovorimo glede vsebine in obsega). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200-1800 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Predstavitev naj bo dolga 15-20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite le malo splošnega uvoda, ki naj ima za nalogo, da umesti vašo temo v kontekst problematike bakteriofagov.

Predvidena umestitev seminarjev v semestru je razvidna iz spletne učilnice, a zaenkrat ni mogoče zagotovo reči, da ne bo kakšnih sprememb zaradi ukrepov proti širjenju koronavirusa.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).

Spodnji seznam vključuje povezave do nekaterih preglednih člankov iz zadnjega obdobja, ki jih lahko uporabite za osnovo pri pripravi. Večinoma pa navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim - predvidoma po 8 na teden), tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.

Poglavja za seminarje so:

'''STRUKTURA IN DELOVANJE FAGOV''' 
https://www.intechopen.com/books/bacteriophages-perspectives-and-future/bacteriophages-their-structural-organisation-and-function (poglavje, 2019) 
1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov 
2. Struktura kapsid in prokapsid 
3. Struktura konektorjev in repov 
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6416446/ (pregledni, 2019) 
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6209105/ (pregledni, 2018) 
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1879625718300142?via% 
(pregledni, 2018) 
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570963919301888?via% 
(pregledni, 2020) 
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave 

'''INTERAKCIJE in EKOLOGIJA''' 

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm (pregledni, 2019) 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29523063 
9. Interakcija faga z bakterijo 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169409X19300031 (pregledni, 2019) 
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi 

https://www.mdpi.com/2076-0817/8/3/100/htm (pregledni, 2019) 
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih (brez človeka - to je predhodna tema) 

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/08927014.2019.1613525 in https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32125643 
(pregledni, 2019+2020) 
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0966842X19300599?via% 
(pregledni, 2019) 
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom 

https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11274-013-1358-5 (pregledni, 2013) 
14. Cianofagi 

'''UPORABA BAKTERIOFAGOV''' 

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2019.00513/full (pregledni, 2019) 
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb 
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh 
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5371805/ 
(pregledni, 2017 - samo kratko poglavje o uporabi na rastlinah) 
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0160412019305410 (pregledni, 2019) 
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti 

https://www.aimspress.com/fileOther/PDF/microbiology/microbiol-05-04- 
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S095816691930093X?via%3Dihub 
(pregledni, 2019 + 2020) 
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih 

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm 
in https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166919301296?via%3Dihub 
(pregledni, 2019 + 2020) 
21. Biotehnološka izraba fagov 

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja, tako kot je prikazano pri izmišljenem ničtem seminarju.
Seminarje bomo izvedli v enakem vrstnem redu, kot so navedeni zgoraj.

0. Analiza bakteriofagov v smrekovem gozdu (Jana Dolenc, Tilen Deželak, Sonja Mavrič) 

1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov 
2. Struktura kapsid in prokapsid 
3. Struktura konektorjev in repov 
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov 
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda (Kim Glavič, Nastja Feguš, Nina Varda) 
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni (Žiga Vičič, Dunia Sahir, Maja Globočnik) 
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina (Anja Konjc, Tina Logonder, Manca Osolin) 
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave (Tina Arnšek, Ana Babnik, Greta Junger) 
9. Interakcija faga z bakterijo (Anastasija Nechevska, Marjeta Milostnik) 
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi (Michelle Oletič, Nika Vegelj, Rebeka Dajčman) 
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih (Lena Trnovec, Maja Kolar, Liza Praznik) 
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme 
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom (Žan Fortuna, Tevž Levstek) 
14. Cianofagi (Oskar Nemec) 
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb (Maša Gabrič, Maša Andoljšek, Vivian Nemanič) 
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh(Tim Nograšek, Jure Povšin, Sašo Jakob) 
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje (Maja Mahorič, Ana Potočnik, Maja Trifkovič) 
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin 
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti 
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih (Tadej Uršič, Teo Nograšek) 
21. Biotehnološka izraba fagov 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na tem, drugem, seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki> 

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)

BIO2 Povzetki seminarjev 2019

2019-11-08T21:16:08Z

On2638:

== Kim Glavič: ATP KOT SIGNALNA MOLEKULA ŽIVALI IN RASTLIN ==

Molekula ATP ni le temeljni vir energije za mnoge procese v celici, temveč tudi signalna molekula v zunajceličnem matriksu živali in rastlin. ATP, kot velika polarna molekula, se iz celic rastlin izloči s pomočjo eksocitotskih veziklov ali ATP prenašalcev. Iz živalskih celic pa s pomočjo eksocitotskih veziklov, ATP prenašalcev ali koneksonskih hemikanalčkov. Ob povečanih koncentracijah molekul ATP v zunajceličnem matriksu se te vežejo na ustrezne P2- receptorje. Po sprostitvi nazaj v matriks pa njihovo koncentracijo uravnavajo ekto-nukleotidaze. Na splošno aktivacija P2- receptorjev povzroči povišanje koncentracije kalcijevih ionov in dušikovega monoksida v citosolu celice ter nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti v zunajceličnem matriksu. Kalcijevi ioni, dušikov monoksid in reaktivne kisikove zvrsti so sekundarni obveščevalci, ki so ključni za fiziološki odziv celice. Rastlinska ATP-signalizacija ima pomembno vlogo pri časovni regulaciji kalitve cvetnega prahu, rasti pelodne cevke, nastanku koreninskih gomoljev in zaznavanju ter posledično izogibanju oviram pri rasti korenin. Živalska ATP-signalizacija sodeluje pri nastanku imunskega odziva, prenosu živčnih signalov, celični smrti in regulaciji mnogih drugih procesov.

== Tevž Levstek: GLICINSKI TRANSPORTERJI KOT TERAPEVTSKE TARČE ==

Glicin je proteinogena aminokislina, ki opravlja tudi funkcijo signalne molekule, natančneje nevrotransmiterja. Najdemo ga v dveh vrstah sinaps: glicinergičnih, kjer je glavni nevrotransmiter in glutamatergičnih, kjer ima pomožno vlogo, saj pomaga glutamatu pri signaliziranju. Koncentracije glicina v medceličnini regulirajo glicinski transporterji, ki jih delimo na GlyT1 in GlyT2. Glicinergična sinapsa je inhibitorna, kar pomeni, da če glicin aktivira svoj receptor, posinaptično celico hiperpolarizira (še poveča raven kloridnih ionov v njej). V tej sinapsi GlyT1 zmanjšuje koncentracijo glicina, saj ga transportira v okoliške glia celice. GlyT2 po drugi strani pa zvišuje koncentracijo glicina, saj zbira razpršen glicin, ga reciklira in omogoči ponovno usmerjeno pošiljanje proti receptorjem. V glutamatergičnih sinapsah pa je glicin skupaj z glutamatom ekscitatorna signalna molekula. Če se glicin veže na protein NMDA, ki je na posinaptični membrani, mu s pozitivno alosterično modifikacijo olajša vezavo z glutamatom, ki odpre kationski kanalček in depolarizira celico. Tu regulira koncentracijo glicina le GlyT1, ki jo zmanjšuje, GlyT2 pa tu ne nastopa. Razumevanje delovanja obeh sinaps nam lahko omogoči sintezo novih zdravil, ki bi bolj učinkovito delovala proti nekaterim duševnim boleznim kot so shizofrenija, alkoholizem, obsesivno-kompulzivna motnja in še precej drugim. Ta zdravila najpogosteje inhibirajo delovanje GlyT1 in imajo veliko uspešnost pri glodalcih. Pri ljudeh pa na žalost še ni bilo dobrih rezultatov in na razvoj tovrstnega zdravila še čakamo.

== Ana Potočnik: FOSFATIDILSERIN KOT SIGNALNA MOLEKULA ==

Fosfatidilserin je glicerofosfolipid in pomemben gradnik celičnih membran. V zdravih in živečih celicah se nahaja izključno na notranji, citosolni strani fosfolipidnega dvosloja. To asimetrično razporeditev s pomočjo ATP vzpostavlja aminofosfolipidna translokaza. Poleg svoje strukturne vloge ima fosfatidilserin tudi pomembno funkcijo v mnogih signalizacijskih poteh. Kot signalna molekula sodeluje pri koagulaciji krvi, fagocitozi apoptoznih celic, celični fuziji in odlaganju mineralov v osteoblaste. Ključna lastnost fosfatidilserina kot signalne molekule je njegova negativno nabita polarna glava. Preko nje fosfatidilserin z drugimi signalnimi molekulami ali receptorji tvori elektrostatske ali stereospecifične interakcije. Sodeluje pri signalizaciji znotraj celice in tudi pri ekstracelularni signalizaciji. Ko sodeluje pri ekstracelularni signalizaciji, se nahaja tudi na ekstracelularni strani fosfolipidnega dvosloja. Prehod fosfatidilserina iz notranje na zunanjo stran uravnavajo skramblaze. Te so lahko aktivirane s pomočjo kaspaz, ki so encimi, prisotni v apoptozni celici. Med molekulami, ki se vežejo na fosfatidilserin, so najbolj preučevane tiste, ki za vezavo nanj uporabijo Gla domeno. Laktahedrin, ki je na fagocit vezan preko integrinov αvβ3, z vezavo na fosfatidilserin apoptozno celico pritrdi k makrofagu. Gas6 in protein S, ki se prav tako vežeta na fosfatidilserin, pa preko TAM receptorjev sprožita tirozinkinazno aktivnost. Aktivira se Rac1 in polimerizacija aktina sproži fagocitozo apoptozne celice. Izpostavljenost fosfatidilserina na ekstracelularni strani celice je zadosten signal makrofagu, da fagocitira celico. To nakazuje na pomembno vlogo fosfatidilserina kot signalne molekule.

== Tadej Uršič: TLR SIGNALIZACIJA IN NJENA VLOGA PRI REVMATIČNIH BOLEZNIH ==

Prirojeni imunski sistem predstavlja prvi obrambni mehanizem organizma. Celice prirojenega imunskega sistema izražajo receptorje, ki zaznavajo določene gradnike bakterij in virusov in pa molekule, ki nastanejo pri poškodbah samega organizma. Ti receptorji sprožijo signalne poti ki privedejo do odgovora organizma na vdor patogena. Ena od skupin teh receptorjev so TLR (Toll-Like Receptors). So integralni proteini za katere je značilna z levcini bogata ektodomena za prepoznavanje ligandov in pa TIR domena za navzdoljno signalizacijo. TLR-ji prepoznavajo komponente membran (lipide, lipopolisaharide, lipoproteini, …) in nukleinske kisline bakterij in virusov in kot odgovor sprožijo vnetno reakcijo. Če je le ta normalno regulirana le ta pripomore pri odpravi vdirajočih patogenov v organizem. Če pa pride do napak v regulaciji to lahko privede do kroničnega vnetja tkiva. Pri revmatičnih obolenjih, kot so na primer revmatoidni artritis, putiki, lymski artritis, lupus… , so odkrili večjo izraženost TLR-jev, kar je lahko glavni razlog za njihov nastanek. Znanstveniki sedaj testirajo razne inhibitorje TLR-jev ali pa njihovih adaptornih proteinov, kot potencialna zdravila za te bolezni.

== Nika Vegelj : FORMACIJA BIOFILMA V POVEZAVI S C-DI-GMP MOLEKULO ==

Za bakterijo, kot tudi za vsa ostala živa bitja je nujno, da se prilagajajo na spreminjanje življenjskih pogojev, saj jim to omogoča preživetje. Molekula c-di-GMP je sekundarni sporočevalev pri baktrerijah, ki regulira različne celične procese. C-di-GMP so prvič odkrili kot alosterični aktivator celulozne sintetaze v bakteriji Gluconacetobacter xylinum. Pri patogenih organizmih molekula c-di-GMP kontrolira virulentni odgovor, ki je povezan s quorum sensingom, procesom s katerim bakterije med seboj komunicirajo. Koncentracija molekule c-di-GMP je v celici regulirana s pomočjo encimov fosfodiesteraz in gvanilat ciklaz. C-di-GMP je sintetizirana znotraj celice iz dveh molekul GTP s pomočjo encima digvanilat ciklaze, ki na aktivni strani nosi domeno GGDEF. Razpad molekule pa omogoča encim fosfodiesteraza, ki nosi domeno EAL, ta omogoča, da molekula razpade na linearni nukleotid pGpG. Glavni namen raziskovanja molekule c-di-GMP ter njene vloge pri tvorbi biofilma, je bil, da bi ugotovili nove metode, ki bi preprečile nastanek biofilma in tako pozdravile z njim povezane bolezni. Cistična fibroza je ena izmed najpogostejših bolezni v evropi, za njo pa je odgovorna bakterija pseudomonas aeruginosa, ki s tvorbo biofilma povzroča kronično obolenje, saj antibiotiki ne delujejo direktno na biofilm. C-di-GMP je sekundarni sporočevalec pri bakterijah, ne pa tudi pri evkariontih in arhejah. Prav zato je tako zanimiv za znanstvenike, saj lahko z razvojem zdravil, ki bi vplivale na molekulo, razvili potencialna zdravila za kronične bolezni.

== Maja Kolar: BIOKEMIJSKA LOGIKA GLIKOLIZE ==
Čeprav glikoliza sprva zgleda zapletena in naključna, je v smislu zadovoljevanja vsem biokemijskim zahtevam ena najenostavnejših metabolnih poti. Pri načrtovanju poti se je treba zavedati kompromisov za zadovoljevanje različnim omejitvam, zato lahko skozi analizo vseh teoretično možnih poti ugotovimo katera je celici najugodnejša. Termodinamske omejitve vključujejo Gibbsovo prosto entalpijo reakcij, ki jo lahko izračunamo iz redoks potencialov in ugotovimo katere poti v metabolizmu so ender-/eksergonske. Pri encimskih mehanizmih moramo upoštevati aktivacijske skupine, ki pa lahko povečajo reaktivnost intermediatov, kar spada pod fizikalno-kemijske lastnosti intermediatov. Med njih štejemo tudi prepustnost skozi membrano, afiniteto do encimov in toksičnost. Slednjo celica izniči z izogibanjem reakcijskim potem ali sistemi endogene detoksifikacije kot je sistem glioksalaz za intermediat metilglioksal. Pri glikolizi se jim celica izogne z delitvijo elektronske prerazporeditve, kjer po podobnih poteh ne nastopajo toksične spojine. Preko energij vezi in elektronskih prerazporeditev lahko določimo kje na glikolizni poti bo nastajal ATP. Najobsežnejše zastopana je glikoliza Embden-Meyerhof-Parnas, vendar njene naravne alternative dokazujejo, da so skozi evolucijo različni organizmi kot so anaerobne/aerobne bakterije, termofili obravnavali določene zahteve kot bolj ali manj pomembne. Znanje različnih bioloških zahtev pa lahko prenesemo na metabolni inženiring, kjer iščemo učinkovite rešitve za proizvodnjo industrijsko iskanih metabolitov.

== Jure Povšin: VPLIV DIMETIL FUMARATA NA GAPDH IN AEROBNO GLIKOLIZO PRI MODULACIJI IMUNOSTI ==
Aktivirane imunske celice se po Warburgovi hipotezi osredotočijo na izvajanje aerobne glikolize namesto na izvajanje oksidativne fosforilacije, s čimer predstavljajo potencialno terapevtsko tarčo pri avtoimunski boleznih. Dimetil fumarat (DMF), je derivat od intermediarnega fumarata iz Krebsovega cikla. DMF je ester fumarne kisline ter imunomodulacijsko zdravilo, ki se uporablja za zdravljenje multiple skleroze in luskavice. Čeprav njegov terapevtski mehanizem zaenkrat ostaja še negotov, je znano, da DMF kovalentno spreminja ostanke cisteina v procesu, imenovanem succination. Preiskovanje aktivnost DMF-ja dodatno zapleta njegova hidroliza in vivo do monometil fumarata (MMF), ki lahko tudi sam modulira imunski odziv in vnetje tkiv. Kornberg in sodelavci so ugotovili , da DMF pri procesu, imenovanem succination, inaktivira katalitični cistein glikolitičnega encima gliceraldehid 3-fosfat dehidrogenaze (GAPDH) pri miših in ljudeh, tako in vitro kot in vivo. S tem navzdol uravnava aerobno glikolizo v aktiviranih mieloidnih in limfoidnih celicah, kar povrzoča njene protivnetne učinke. Rezultati znanstvenikov zagotavljajo mehanski vpogled v imunsko modulacijo z DMF in predstavljajo dokaz koncepta, da je aerobna glikoliza lahko zelo pomembna terapevtska tarča v avtoimunosti in da nas lahko nadaljnje raziskovanje pripelje do dolgo iskanih zdravil proti hudim avtoimunim boleznim.

== Manca Osolin: REGULACIJA METABOLIZMA GLUKOZE IN LAKTATA V MOŽGANIH ==
Aerobna glikoliza je proces razgradnje glukoze do laktata v prisotnosti kisika. Proces aerobne glikolize je med drugim značilen tudi za astrocite, posebne celice v možganih. Ker imajo nevroni večjo potrebo po energiji kot astrociti, vzdržujejo visok nivo oksidativnega metabolizma, medtem ko astrociti favorizirajo aerobno glikolizo in omejujejo oksidativno aktivnost. Številne raziskave so pokazale, da astrociti laktat, ki nastane v procesu aerobne glikolize, posredujejo nevronom. Ta koncept se imenuje ANLS hipoteza. Nevroni morajo vzdrževati ravnotežje med pentoza fosfatno potjo in glikolitično potjo, da dosežejo potrebe po energiji in da vzdržujejo antioksidativni potencial. Zato uporaba laktata kot oksidativnega substrata lahko zagotavlja ugoden način za nevrone, da proizvedejo visoke količine ATP med zaobidenjem glikolitične poti, saj tako varčujejo glukozo za pentoza fosfatno pot. Aerobna glikoliza, ki poteka v astrocitih in katere končni produkt je laktat, ima pomembno vlogo pri vzdrževanju nevronske aktivnosti. Laktat se prenese iz astrocitov v nevrone, da zadosti energijskim potrebam nevronov, prav tako pa laktat deluje tudi kot signalna molekula, ki regulira nevronske funkcije, kot so vzdražnost in plastičnost nevronov ter okrepitev spomina. V možganih se nahaja tudi posebna vrsta nevronov, ki na različne mehanizme zaznavajo spremembe koncentracije glukoze, kar jim omogoča prilagajanje na zunanje spremembe preko depolarizacije.

== Greta Junger: INTERMEDIATI CIKLA CITRONSKE KISLINE: SIGNALNE MOLEKULE POD KRINKO ==
Cikel citronske kisline je centralna metabolna pot, pri kateri se energetsko bogata molekula acetil-CoA oksidira ter svoje elektrone odda prenašalcem. Oksidacija je postopna in poteka preko več intermediatov. Za njih je dolgo časa veljalo, da je to njihova edina vloga, vendar pa se je ta domneva izkazala za napačno. Večina intermediatov cikla citronske kisline ima namreč večstransko vlogo, saj sodelujejo tako pri signalizaciji kot tudi regulaciji različnih procesov. Za delovanje α ketoglutarat-odvisnih dioksigenaz (2-OGDO) je nujno potreben α ketoglutarat. Zaradi podobne kemijske zgradbe se na 2-OGDO lahko vežeta tudi sukcinat in fumarat, ki pa encima ne aktivirata, pač pa delujeta kot kompetitivna inhibitorja. Kot taka lahko v celici ustvarita pseudo-hipoksično stanje ali pa posredno vplivata na spremembo demetilacije DNA in histonov. Poleg omenjenega imajo nekateri intermediati ključno vlogo tudi pri post-translacijski modifikaciji proteinov, natančneje acetilaciji, sukcinaciji in sukcinilaciji Lys in Cys ostankov. Za sukcinat in α ketoglutarat obstajata specifična GPC-receptorja - SUCNR1 in OXGR1. Fiziološki pomen SUCNR1, ki se med drugim nahaja v ledvicah, srčnem tkivu in očeh, je bolje raziskan od OXGR1O. Nedolgo nazaj so pojasnili tudi vlogo sukcinata pri nastanku reaktivnih kisikovih zvrsti in obratnega toka elektronov.

== Oskar Nemec: Uravnavanje delovanja levkocitov z intermediati cikla citronske kisline ==
Glede na to, da je cikel citronske kisline (TCA) osnovno vozlišče (energijskega) metabolizma celic, je smiselno sklepati, da je aktivacija celic naravne imunosti in njihova regulacija s tem procesom povezana. Imunski odziv je namreč energijsko potraten proces in v veliki meri odvisen od mitohondrijskega metabolizma. Izkazalo se je, da intermediati TCA, kot so sukcinat, itakonat, citrat in fumarat, posredujejo ali uravnavajo pomembne funkcije mieloidnih celic (levkocitov) med okužbo in vnetjem. Aktivacija levkocitov, ki se zgodi v sklopu vnetnega procesa z vnetnimi dejavniki vodi v preoblikovanje cikla in kopičenje teh intermediatov v celici. Sukcinat ima vnetni učinek, ker povzroči stabilizacijo HIF-1 (hypoxia inducible factor 1), povečanje količine mROS (reaktivne kisikove zvrsti mitohondrija), postranslacijske modifikacije proteinov z sukcinilacijo in signalizacijo preko z G-proteinom sklopljenimi receptorji (klasična kaskada). Citrat prav tako spodbuja vnetni odziv, saj se zaradi njega sintetizirajo reaktivne kisikove in dušikove zvrsti ter prostaglandin E2. Itakonat pa ima protivnetno vlogo, saj zavira SDH in omeji vnetne učinke sukcinata, sposoben je pa tudi, v nasprotju s sukcinatom, sam ubiti patogene. Vloga fumarata v vnetnem procesu ni dokončno pojasnjena, znano pa je da povzroča med drugimi zmanjšanje količine ROS in tako zmanjša vnetni odziv.

== Teo Nograšek: GPR91: PREMIKANJE MEJA INTERMEDIATOV KREBSOVEGA CIKLA ==
Sukcinat je najbolj poznan kot intermediat Krebsovega cikla, vendar so novejše raziskave pokazale, da ima tudi pomembno funkcijo kot signalna molekula. Celice v hipoksiji sintetizirajo in izločajo sukcinat, ki se nato veže na receptor GPR91. GPR91 je najden v celicah jeter, krvnih celicah, maščobnih celicah, ledvičnih celicah in celicah mrežnice. V jetrih signal iz GPR91 vpliva na Itove celice, ki so zadolžene za izločanje kolagena pri poškodbi jeter. V mrežnici je GPR91 izražen v nevronskih celicah ganglijev in njegova aktivacija povzroči neovaskularizacijo. Aktivacija GPR91 v ledvicah povzroči povišanje krvnega tlaka preko renina. Povišan krvni tlak lahko povzroči hipertrofijo, na nastanek pa vpliva tudi sama vezava med sukcinatom in receptorjem GPR91 na srčnih mišičnih celicah, kar povzroči transkripcijo genov za nastanek hipertrofije. Poleg tega visoka koncentracija sukcinata povzroči smrt srčnih celic. Raziskave na področju zaviranja delovanja GPR91 bi lahko omilile zaplete, ki nastanejo pri transplantaciji, ker je bilo odkrito, da imajo pacienti po transplantaciji povišano količino sukcinata v krvi, kar vodi do zapletov.

BIO2 Seminar 2019

2019-10-20T12:05:22Z

On2638: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve
|-
! Tevž Levstek
| 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2019 Glicinski transporterji kot terapevtske tarče] || Sašo Jakob || Andrej Špenko || 18/10/2019 || 21/10/2019 || 23/10/2019
|-
! Ana Potočnik
| 12 || Fosfatidilserin kot signalna molekula || Marjeta Milostnik || Maja Mahorič || 18/10/2019 || 21/10/2019 || 23/10/2019
|-
! Kim Glavič
| 12 || ATP kot signalna molekula živali in rastlin || Tina Logonder || Tim Nograšek || 18/10/2019 || 21/10/2019 || 23/10/2019
|-
! Nika Vegelj
| 12 || || Žan Fortuna || Nina Varda || 25/10/2019 || 28/10/2019 || 30/10/2019
|-
! Tadej Uršič
| 12 || || Michelle Oletič || Tina Arnšek || 25/10/2019 || 28/10/2019 || 30/10/2019
|-
! Natalija Razpotnik
| 12 || || Maša Gabrič || Timotej Zgonik || 25/10/2019 || 28/10/2019 || 30/10/2019
|-
! Maja Kolar
| 14-15 || || Tevž Levstek || Sašo Jakob || 01/11/2019 || 04/11/2019 || 06/11/2019
|-
! Jure Povšin
| 14-15 || || Ana Potočnik || Marjeta Milostnik || 01/11/2019 || 04/11/2019 || 06/11/2019
|-
! Manca Osolin
| 14-15 || || Kim Glavič || Tina Logonder || 01/11/2019 || 04/11/2019 || 06/11/2019
|-
! Greta Junger
| 16 || || Nika Vegelj || Žan Fortuna || 08/11/2019 || 11/11/2019 || 13/11/2019
|-
! Oskar Nemec
| 16 || Uravnavanje delovanja levkocitov z intermediati cikla citronske kisline || Tadej Uršič || Michelle Oletič || 08/11/2019 || 11/11/2019 || 13/11/2019
|-
! Teo Nograšek
| 16 || || Natalija Razpotnik || Maša Gabrič || 08/11/2019 || 11/11/2019 || 13/11/2019
|-
! Ana Babnik
| 17 || || Maja Kolar || Tevž Levstek || 15/11/2019 || 18/11/2019 || 20/11/2019
|-
! Maša Andoljšek
| 17 || || Jure Povšin || Ana Potočnik || 15/11/2019 || 18/11/2019 || 20/11/2019
|-
! Nastja Feguš
| 17 || || Manca Osolin || Kim Glavič || 15/11/2019 || 18/11/2019 || 20/11/2019
|-
! Vivian Nemanič
| 18 || || Greta Junger || Nika Vegelj || 22/11/2019 || 25/11/2019 || 27/11/2019
|-
! Lena Trnovec
| 18 || || Oskar Nemec || Tadej Uršič || 22/11/2019 || 25/11/2019 || 27/11/2019
|-
! Sonja Gabrijelčič
| 18 || || Teo Nograšek || Natalija Razpotnik || 22/11/2019 || 25/11/2019 || 27/11/2019
|}

Dokončno razporeditev bom objavil naknadno.
*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Sporočite mi morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2018|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2019 Povzetki seminarjev

2019-03-04T18:12:16Z

On2638: /* Oskar Nemec: Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr */

=== Maja Kolar: Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih ===
Nevroni spadajo med najbolj polarizirane celice v naravi. To jim omogoča oblikovanje različnih lokaliziranih struktur, kot so akson in dendriti. Možgansko skorjo sestavljajo kortikalni nevroni, v katerih se oblike mitohondrijev razlikujejo glede na lokacijo; v dendritih in somi so dolge, cevaste oblike, medtem ko so v izrastkih aksona veliko krajši in kroglasti. Majhnost aksonskih mitohondrijev je povezana predvsem s fizijo oz. binarno cepitvijo, ki poteka prek oligomerizacije Drp1 proteina iz skupine dinaminov zunanji membrani. Ker je Drp1 citoplazemski protein, se z mitohondrijsko zunanjo membrano veže prek 4 različnih receptorjev, nevroznanstveniki Univerze v Columbiji, Lewis in sodelavci, pa so raziskovali predvsem receptor MFF (ang. mitochondrial fission factor), saj je v kortikalnih nevronih najpogostejši. Ekspresijo MFF gena so Lewis in sodelavci zavirali prek uporabe shRNA (ang. short hairpin RNA) ki je umetno izdelan RNA in se uporablja za RNA posege pri zaviranju ekspresije tarčnih genov. Z raziskavo so dokazali, da MFF nima znatnega vpliva na membranski potencial mitohondrijev in na njihovo skupno sposobnost pridelave ATP, je pa z zmanjšanim delovanjem izrazito vplival na povečanje presinaptičnih mitohondrijev. To je povečalo mitohondrijsko sposobnost absorpcije Ca2+ ionov med nevrotransmisijo, kar je vodilo do zmanjšanega presinaptičnega citoplazemskega kopičenja Ca2+. Posledično se je zmanjšalo sproščanje nevrotransmitorjev v sinaptično špranjo, zmanjšala aksonska razvejanost v možganih in oslabila medsebojna povezanost nevronov.

=== Timotej Zgonik: Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način ===
Že dolgo časa v biokemiji obstaja problem, kako so iz akiralnih molekul nastali kiralni komplesksi, saj je pri eksperimentih vedno bilo treba dodati kiralni center, da so se ostale molekule pravilno zvile. Raziskovalci Tehnološkega inštituta v Georgiji so izvedli tri eksperimente, ki so demonstrirali tvorbo homokiralnih struktur iz akiralnih komponent. V prvem eksperimentu so pripravili raztopino triaminopirimidina (TAP) in 6-(2,4,6-triokso-1,3,5-triazinan-1-il)heksanojske kisline (CyCo6). Spojini sta se povezali v heksamerne rozete, te pa so se nalagale v stolpiče tako leve in desne kiralnosti. Ko so v drugem eksperimentu v raztopini zamenjali CyCo6 z analogno, a kiralno spojino, je bila kiralnost vseh posledično nastalih struktur enaka. Tudi če je bila le vsaka tisoča molekula CyCo6 zamenjana s kiralnim analogom, so bile strukture še vedno homokiralne. Enako je veljalo tudi, če sta bila v raztopini prisotna enantiomera obeh kiralnosti, a je bil eden v rahlem presežku. Pri tretjem poskusu so rezultate uspeli ponoviti tudi za organske spojine, ki bi na Zemlji lahko bile prisotne pred nastankom življenja, čeprav je bil pri tem bil učinek ojačitve kiralnosti šibkejši, enantiomerski presežek, potreben za homokiralnost, pa večji. Vendarle gre pri tem za prvi primer, ko so spontano nastali analogi nukleotidov povzročili tvorbo homokiralnih struktur.

=== Nina Varda: Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano ===
Proteini in nukleinske kisline so ključne za delovanje živih organizmov. Zanje je značilno, da se zvijejo v posebne konformacije, ki določajo njihove funkcije. A načrt po katerem bi se makromolekule zvijale še ni bil odkrit. Tako se je razvilo področje raziskovanja foldamerov (sintetičnih oligomerov, ki se zvijajo v sekundarne in terciarne strukture npr. v vijačnice in plošče). Otto in sodelavci so v svoji raziskavi predstavili kompleksno molekulo, ki lahko nastane spontano. Iz gradnika, ki ga sestavljata aminokislinska in adeninska podenota, so pridobili makrocikel iz 15 gradnikov. 15mer se je tako v kristalni obliki, kot tudi v raztopini zvil, zaradi nekovalentnih interakcij med gradniki. Najbolj opazen strukturni motiv je nalaganje aromatskih obročev v kupe (sekundarne strukture). Ena molekula se zvije v 5 kupov, pri čemer je vsak sestavljen iz treh fenilnih obročev in dveh adeninskih obročev. Ker so kupi med sabo orientirani, je prisotna tudi terciarna struktura. Pri nekaterih foldamerih so že bile odkrite katalitske in inhibitorne lastnosti. Ker so foldameri, ki so zaradi svoje terciarne zgradbe relativno kompleksni, sposobni spontanega nastanka, je možno, da so se pojavili in imeli pomembno vlogo že v zgodnjih fazah nastanka življenja.

===Anja Konjc: Nanodelci v boju proti raku===

Nanodelci postajajo čedalje pomembnejši pri razvoju zdravil, saj imajo določene posebnosti, ki omogočajo tarčno usmerjanje zdravil in zmanjševanje njihovih stranskih učinkov (npr. pri kemoterapiji). Vendar so predhodne raziskave pokazale določene pomanjkljivosti. S sintezo posebnega ščita, imenovanega proteinski koronski ščit (PCS), so raziskovalci rešili te omejitve. Ugotovili so namreč, da PCS zmanjša interakcije nanodelcev s serumskimi proteini in omogoči, da makrofagi teh delcev ne fagocitirajo. Tako nanodelci ostanejo več časa v krvi in prenesejo zdravila na ciljno mesto (npr. v tumorje). Nanodelci so namreč sposobni prenašati sorazmerno velike količine molekul (npr. zdravil), ki jih vstavimo v njihove pore. Znanstveniki so PCS sintetizirali tako, da so nanodelce prevlekli s posebnimi proteini. Obnašanje tako prevlečenih nanodelcev so opazovali z različnimi poskusi. Ko so mišim vbrizgali različne nanodelce, so ugotovili, da so se v tumorjih najbolj nakopičili tisti s PCS. To je dokazalo hipotezo, da lahko ti nanodelci uspešno prinesejo zdravila v tumorje, ne da bi pri tem prišlo do imunskega odziva, torej fagocitoze delcev. Zato bodo tudi v prihodnje nanodelci s PCS imeli pomembno vlogo pri zdravljenju različnih obolenj, ne le rakavih, saj povečujejo učinkovitost zdravljenja.

=== Oskar Nemec: Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr ===
Ustanovi Johns Hopkins Medicine in Sheppard Pratt Health System sta izvedli raziskavo, ki je pokazala, da imajo ljudje s shizofrenijo povečano količino protiteles proti virusu Epstein-Barr (VEB). Gre za herpesvirus, ki lahko povzroči infekcijsko mononukleozo. Za povečan imunski odziv je morda krivo dejstvo, da shizofrenija spremeni imunski sistem pacientov in jih naredi bolj občutljive na virus ali pa okužba poveča tveganje za izoblikovanje shizofrenije. Študijo so izvedli na 743 osebah - 432 je bilo obolelih za shizofrenijo, 311 pa jih je bilo zdravih. Najprej so izmerili količino protiteles proti komponentam virusa in primerjali količino protiteles med zdravo skupino in shizofreniki. Ugotovili so, da imajo shizofreniki od 1.7 do 2.3-krat večjo verjetnost, da imajo povečano količino protiteles proti VEB. Merili so tudi količino protiteles proti ostalim podobnim virusom, ampak pri shizofrenikih niso ugotovili odstopanja od zdrave skupine. Nato so proučevali DNA udeležencev ter ugotovili, da če ima dana oseba povečano količino protiteles proti VEB in tudi genetsko dovzetnost za shizofrenijo, je verjetnost da je ta oseba v skupini shizofrenikov osemkrat večja kot pa verjetnost, da je oseba zdrava. Ker ni pravih zdravil proti virusu, je pomembno, da odkrijejo, kako preprečiti delitev virusa. Povečano razumevanje delovanja infekcije z virusom VEB nam lahko morda pomaga pri zdravljenju shizofrenije.

TBK2019 Povzetki seminarjev

2019-03-04T18:10:44Z

On2638:

=== Maja Kolar: Pomen velikosti aksonskih mitohondrijev v možganih ===
Nevroni spadajo med najbolj polarizirane celice v naravi. To jim omogoča oblikovanje različnih lokaliziranih struktur, kot so akson in dendriti. Možgansko skorjo sestavljajo kortikalni nevroni, v katerih se oblike mitohondrijev razlikujejo glede na lokacijo; v dendritih in somi so dolge, cevaste oblike, medtem ko so v izrastkih aksona veliko krajši in kroglasti. Majhnost aksonskih mitohondrijev je povezana predvsem s fizijo oz. binarno cepitvijo, ki poteka prek oligomerizacije Drp1 proteina iz skupine dinaminov zunanji membrani. Ker je Drp1 citoplazemski protein, se z mitohondrijsko zunanjo membrano veže prek 4 različnih receptorjev, nevroznanstveniki Univerze v Columbiji, Lewis in sodelavci, pa so raziskovali predvsem receptor MFF (ang. mitochondrial fission factor), saj je v kortikalnih nevronih najpogostejši. Ekspresijo MFF gena so Lewis in sodelavci zavirali prek uporabe shRNA (ang. short hairpin RNA) ki je umetno izdelan RNA in se uporablja za RNA posege pri zaviranju ekspresije tarčnih genov. Z raziskavo so dokazali, da MFF nima znatnega vpliva na membranski potencial mitohondrijev in na njihovo skupno sposobnost pridelave ATP, je pa z zmanjšanim delovanjem izrazito vplival na povečanje presinaptičnih mitohondrijev. To je povečalo mitohondrijsko sposobnost absorpcije Ca2+ ionov med nevrotransmisijo, kar je vodilo do zmanjšanega presinaptičnega citoplazemskega kopičenja Ca2+. Posledično se je zmanjšalo sproščanje nevrotransmitorjev v sinaptično špranjo, zmanjšala aksonska razvejanost v možganih in oslabila medsebojna povezanost nevronov.

=== Timotej Zgonik: Vijačna struktura v biomolekulah se lahko razvije na dokaj preprost način ===
Že dolgo časa v biokemiji obstaja problem, kako so iz akiralnih molekul nastali kiralni komplesksi, saj je pri eksperimentih vedno bilo treba dodati kiralni center, da so se ostale molekule pravilno zvile. Raziskovalci Tehnološkega inštituta v Georgiji so izvedli tri eksperimente, ki so demonstrirali tvorbo homokiralnih struktur iz akiralnih komponent. V prvem eksperimentu so pripravili raztopino triaminopirimidina (TAP) in 6-(2,4,6-triokso-1,3,5-triazinan-1-il)heksanojske kisline (CyCo6). Spojini sta se povezali v heksamerne rozete, te pa so se nalagale v stolpiče tako leve in desne kiralnosti. Ko so v drugem eksperimentu v raztopini zamenjali CyCo6 z analogno, a kiralno spojino, je bila kiralnost vseh posledično nastalih struktur enaka. Tudi če je bila le vsaka tisoča molekula CyCo6 zamenjana s kiralnim analogom, so bile strukture še vedno homokiralne. Enako je veljalo tudi, če sta bila v raztopini prisotna enantiomera obeh kiralnosti, a je bil eden v rahlem presežku. Pri tretjem poskusu so rezultate uspeli ponoviti tudi za organske spojine, ki bi na Zemlji lahko bile prisotne pred nastankom življenja, čeprav je bil pri tem bil učinek ojačitve kiralnosti šibkejši, enantiomerski presežek, potreben za homokiralnost, pa večji. Vendarle gre pri tem za prvi primer, ko so spontano nastali analogi nukleotidov povzročili tvorbo homokiralnih struktur.

=== Nina Varda: Kompleksne molekule, ki se zvijajo kot proteini, lahko nastanejo spontano ===
Proteini in nukleinske kisline so ključne za delovanje živih organizmov. Zanje je značilno, da se zvijejo v posebne konformacije, ki določajo njihove funkcije. A načrt po katerem bi se makromolekule zvijale še ni bil odkrit. Tako se je razvilo področje raziskovanja foldamerov (sintetičnih oligomerov, ki se zvijajo v sekundarne in terciarne strukture npr. v vijačnice in plošče). Otto in sodelavci so v svoji raziskavi predstavili kompleksno molekulo, ki lahko nastane spontano. Iz gradnika, ki ga sestavljata aminokislinska in adeninska podenota, so pridobili makrocikel iz 15 gradnikov. 15mer se je tako v kristalni obliki, kot tudi v raztopini zvil, zaradi nekovalentnih interakcij med gradniki. Najbolj opazen strukturni motiv je nalaganje aromatskih obročev v kupe (sekundarne strukture). Ena molekula se zvije v 5 kupov, pri čemer je vsak sestavljen iz treh fenilnih obročev in dveh adeninskih obročev. Ker so kupi med sabo orientirani, je prisotna tudi terciarna struktura. Pri nekaterih foldamerih so že bile odkrite katalitske in inhibitorne lastnosti. Ker so foldameri, ki so zaradi svoje terciarne zgradbe relativno kompleksni, sposobni spontanega nastanka, je možno, da so se pojavili in imeli pomembno vlogo že v zgodnjih fazah nastanka življenja.

===Anja Konjc: Nanodelci v boju proti raku===

Nanodelci postajajo čedalje pomembnejši pri razvoju zdravil, saj imajo določene posebnosti, ki omogočajo tarčno usmerjanje zdravil in zmanjševanje njihovih stranskih učinkov (npr. pri kemoterapiji). Vendar so predhodne raziskave pokazale določene pomanjkljivosti. S sintezo posebnega ščita, imenovanega proteinski koronski ščit (PCS), so raziskovalci rešili te omejitve. Ugotovili so namreč, da PCS zmanjša interakcije nanodelcev s serumskimi proteini in omogoči, da makrofagi teh delcev ne fagocitirajo. Tako nanodelci ostanejo več časa v krvi in prenesejo zdravila na ciljno mesto (npr. v tumorje). Nanodelci so namreč sposobni prenašati sorazmerno velike količine molekul (npr. zdravil), ki jih vstavimo v njihove pore. Znanstveniki so PCS sintetizirali tako, da so nanodelce prevlekli s posebnimi proteini. Obnašanje tako prevlečenih nanodelcev so opazovali z različnimi poskusi. Ko so mišim vbrizgali različne nanodelce, so ugotovili, da so se v tumorjih najbolj nakopičili tisti s PCS. To je dokazalo hipotezo, da lahko ti nanodelci uspešno prinesejo zdravila v tumorje, ne da bi pri tem prišlo do imunskega odziva, torej fagocitoze delcev. Zato bodo tudi v prihodnje nanodelci s PCS imeli pomembno vlogo pri zdravljenju različnih obolenj, ne le rakavih, saj povečujejo učinkovitost zdravljenja.

=== Oskar Nemec: Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr ===
Ustanovi Johns Hopkins Medicine in Sheppard Pratt Health System sta izvedli raziskavo, ki je pokazala, da imajo ljudje s shizofrenijo povečano količino protiteles proti virusu Epstein-Barr (VEB). Gre za herpesvirus, ki lahko povzroči infekcijsko mononukleozo. Za povečan imunski odziv je morda krivo dejstvo, da shizofrenija spremeni imunski sistem pacientov in jih naredi bolj občutljive na virus ali pa okužba poveča tveganje za izoblikovanje shizofrenije. Študijo so izvedli na 743 osebah - 432 je bilo obolelih za shizofrenijo, 311 pa jih je bilo zdravih. Najprej so izmerili količino protiteles proti komponentam virusa in primerjali količino protiteles med zdravo skupino in shizofreniki. Ugotovili so, da imajo shizofreniki od 1.7 do 2.3-krat večjo verjetnost, da imajo povečano količino protiteles proti EBV. Merili so tudi količino protiteles proti ostalim podobnim virusom, ampak pri shizofrenikih niso ugotovili odstopanja od zdrave skupine. Nato so proučevali DNA udeležencev ter ugotovili, da če ima dana oseba povečano količino protiteles proti EBV in tudi genetsko dovzetnost za shizofrenijo, je verjetnost da je ta oseba v skupini shizofrenikov osemkrat večja kot pa verjetnost, da je oseba zdrava. Ker ni pravih zdravil proti virusu, je pomembno, da odkrijejo, kako preprečiti delitev virusa. Povečano razumevanje delovanja infekcije z virusom EBV nam lahko morda pomaga pri zdravljenju shizofrenije.

TBK2019-seminar

2019-02-20T15:59:11Z

On2638: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Maša Andoljšek||Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213132309.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Isidora Stevanoska|| Tina Arnšek|| Lena Trnovec
|-
| Maja Trifkovič||naslov||povezava do novice||21.02.||22.02.||25.02.|| Manca Osolin|| Tadej Uršič|| Ana Vičič
|-
| Teo Nograšek||Kako se proteini vgradijo v celično membrano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Ajda Košorok|| Ana Potočnik|| Maša Gabrič
|-
| Maja Kolar||||||28.02.||01.03.||04.03.|| Hana Zajc|| Mateja Milošević|| Laura Unuk
|-
| Nina Varda||||||28.02.||01.03.||04.03.|| Katja Benčuk|| Nastja Feguš|| Sašo Jakob
|-
| Anja Konjc||||||28.02.||01.03.||04.03.|| Tina Logonder|| Maja Mahorič|| Alliana Kolar
|-
| Timotej Zgonik||||||28.02.||01.03.||04.03.|| Špela Sotlar|| Nika Banovšek|| Nika Ramšak
|-
| Ela Sabadin||||||05.03.||08.03.||11.03.|| Maša Andoljšek|| Greta Junger|| Tim Nograšek
|-
| Kim Glavič||||||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Trifkovič|| Isidora Stevanoska|| Žan Fortuna
|-
| Oskar Nemec||Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090911.htm https://academic.oup.com/schizophreniabulletin/advance-article/doi/10.1093/schbul/sby164/5193713||05.03.||08.03.||11.03.|| Teo Nograšek|| Manca Osolin|| Jure Povšin
|-
| Vivian Nemanič||||||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Kolar|| Ajda Košorok|| Jernej Kastelic
|-
| Srna Anastasovska||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Nina Varda|| Hana Zajc|| Tina Arnšek
|-
| Karmen Ferjan||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Anja Konjc|| Katja Benčuk|| Tadej Uršič
|-
| Ana Babnik||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Timotej Zgonik|| Tina Logonder|| Ana Potočnik
|-
| Aleksandra Rauter||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Ela Sabadin|| Špela Sotlar|| Mateja Milošević
|-
| Nika Vegelj||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Kim Glavič|| Maša Andoljšek|| Nastja Feguš
|-
| Adela Šajn||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Oskar Nemec|| Maja Trifkovič|| Maja Mahorič
|-
| Michelle Oletič||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Vivian Nemanič|| Teo Nograšek|| Nika Banovšek
|-
| Tevž Levstek||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Srna Anastasovska|| Maja Kolar|| Greta Junger
|-
| Matevž Drnovšek||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Karmen Ferjan|| Nina Varda|| Isidora Stevanoska
|-
| Marjeta Milostnik||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Ana Babnik|| Anja Konjc|| Manca Osolin
|-
| Lena Trnovec||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Aleksandra Rauter|| Timotej Zgonik|| Ajda Košorok
|-
| Ana Vičič||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Nika Vegelj|| Ela Sabadin|| Hana Zajc
|-
| Maša Gabrič||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Adela Šajn|| Kim Glavič|| Katja Benčuk
|-
| Laura Unuk||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Michelle Oletič|| Oskar Nemec|| Tina Logonder
|-
| Sašo Jakob||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Tevž Levstek|| Vivian Nemanič|| Špela Sotlar
|-
| Alliana Kolar||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Matevž Drnovšek|| Srna Anastasovska|| Maša Andoljšek
|-
| Nika Ramšak||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Marjeta Milostnik|| Karmen Ferjan|| Maja Trifkovič
|-
| Tim Nograšek||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Lena Trnovec|| Ana Babnik|| Teo Nograšek
|-
| Žan Fortuna||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Ana Vičič|| Aleksandra Rauter|| Maja Kolar
|-
| Jure Povšin||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Maša Gabrič|| Nika Vegelj|| Nina Varda
|-
| Jernej Kastelic||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Laura Unuk|| Adela Šajn|| Anja Konjc
|-
| Tina Arnšek||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Sašo Jakob|| Michelle Oletič|| Timotej Zgonik
|-
| Tadej Uršič||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Alliana Kolar|| Tevž Levstek|| Ela Sabadin
|-
| Ana Potočnik||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Nika Ramšak|| Matevž Drnovšek|| Kim Glavič
|-
| Mateja Milošević||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Tim Nograšek|| Marjeta Milostnik|| Oskar Nemec
|-
| Nastja Feguš||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Žan Fortuna|| Lena Trnovec|| Vivian Nemanič
|-
| Maja Mahorič||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jure Povšin|| Ana Vičič|| Srna Anastasovska
|-
| Nika Banovšek||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jernej Kastelic|| Maša Gabrič|| Karmen Ferjan
|-
| Greta Junger||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tina Arnšek|| Laura Unuk|| Ana Babnik
|-
| Isidora Stevanoska||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tadej Uršič|| Sašo Jakob|| Aleksandra Rauter
|-
| Manca Osolin||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Ana Potočnik|| Alliana Kolar|| Nika Vegelj
|-
| Ajda Košorok||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Mateja Milošević|| Nika Ramšak|| Adela Šajn
|-
| Hana Zajc||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nastja Feguš|| Tim Nograšek|| Michelle Oletič
|-
| Katja Benčuk||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Maja Mahorič|| Žan Fortuna|| Tevž Levstek
|-
| Tina Logonder||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nika Banovšek|| Jure Povšin|| Matevž Drnovšek
|-
| Špela Sotlar||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Greta Junger|| Jernej Kastelic|| Marjeta Milostnik

|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2019_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2019_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2019_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2019_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2019_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2019_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2019-seminar

2019-02-20T15:47:26Z

On2638: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||28.10.||05.11.||07.11.||r1||r2||r3
|-
| Maša Andoljšek||Zrele človeške celice lahko spremenijo svojo funkcijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190213132309.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Isidora Stevanoska|| Tina Arnšek|| Lena Trnovec
|-
| Maja Trifkovič||naslov||povezava do novice||21.02.||22.02.||25.02.|| Manca Osolin|| Tadej Uršič|| Ana Vičič
|-
| Teo Nograšek||Kako se proteini vgradijo v celično membrano||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||21.02.||22.02.||25.02.|| Ajda Košorok|| Ana Potočnik|| Maša Gabrič
|-
| Maja Kolar||||||28.02.||01.03.||04.03.|| Hana Zajc|| Mateja Milošević|| Laura Unuk
|-
| Nina Varda||||||28.02.||01.03.||04.03.|| Katja Benčuk|| Nastja Feguš|| Sašo Jakob
|-
| Anja Konjc||||||28.02.||01.03.||04.03.|| Tina Logonder|| Maja Mahorič|| Alliana Kolar
|-
| Timotej Zgonik||||||28.02.||01.03.||04.03.|| Špela Sotlar|| Nika Banovšek|| Nika Ramšak
|-
| Ela Sabadin||||||05.03.||08.03.||11.03.|| Maša Andoljšek|| Greta Junger|| Tim Nograšek
|-
| Kim Glavič||||||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Trifkovič|| Isidora Stevanoska|| Žan Fortuna
|-
| Oskar Nemec||Shizofrenija je povezana z nenavadnim imunskim odzivom na virus Epstein-Barr||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/01/190109090911.htm||05.03.||08.03.||11.03.|| Teo Nograšek|| Manca Osolin|| Jure Povšin
|-
| Vivian Nemanič||||||05.03.||08.03.||11.03.|| Maja Kolar|| Ajda Košorok|| Jernej Kastelic
|-
| Srna Anastasovska||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Nina Varda|| Hana Zajc|| Tina Arnšek
|-
| Karmen Ferjan||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Anja Konjc|| Katja Benčuk|| Tadej Uršič
|-
| Ana Babnik||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Timotej Zgonik|| Tina Logonder|| Ana Potočnik
|-
| Aleksandra Rauter||||||12.03.||15.03.||18.03.|| Ela Sabadin|| Špela Sotlar|| Mateja Milošević
|-
| Nika Vegelj||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Kim Glavič|| Maša Andoljšek|| Nastja Feguš
|-
| Adela Šajn||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Oskar Nemec|| Maja Trifkovič|| Maja Mahorič
|-
| Michelle Oletič||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Vivian Nemanič|| Teo Nograšek|| Nika Banovšek
|-
| Tevž Levstek||||||19.03.||22.03.||25.03.|| Srna Anastasovska|| Maja Kolar|| Greta Junger
|-
| Matevž Drnovšek||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Karmen Ferjan|| Nina Varda|| Isidora Stevanoska
|-
| Marjeta Milostnik||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Ana Babnik|| Anja Konjc|| Manca Osolin
|-
| Lena Trnovec||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Aleksandra Rauter|| Timotej Zgonik|| Ajda Košorok
|-
| Ana Vičič||||||26.03.||29.03.||01.04.|| Nika Vegelj|| Ela Sabadin|| Hana Zajc
|-
| Maša Gabrič||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Adela Šajn|| Kim Glavič|| Katja Benčuk
|-
| Laura Unuk||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Michelle Oletič|| Oskar Nemec|| Tina Logonder
|-
| Sašo Jakob||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Tevž Levstek|| Vivian Nemanič|| Špela Sotlar
|-
| Alliana Kolar||||||02.04.||05.04.||08.04.|| Matevž Drnovšek|| Srna Anastasovska|| Maša Andoljšek
|-
| Nika Ramšak||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Marjeta Milostnik|| Karmen Ferjan|| Maja Trifkovič
|-
| Tim Nograšek||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Lena Trnovec|| Ana Babnik|| Teo Nograšek
|-
| Žan Fortuna||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Ana Vičič|| Aleksandra Rauter|| Maja Kolar
|-
| Jure Povšin||||||09.04.||12.04.||15.04.|| Maša Gabrič|| Nika Vegelj|| Nina Varda
|-
| Jernej Kastelic||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Laura Unuk|| Adela Šajn|| Anja Konjc
|-
| Tina Arnšek||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Sašo Jakob|| Michelle Oletič|| Timotej Zgonik
|-
| Tadej Uršič||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Alliana Kolar|| Tevž Levstek|| Ela Sabadin
|-
| Ana Potočnik||||||23.04.||26.04.||29.04.|| Nika Ramšak|| Matevž Drnovšek|| Kim Glavič
|-
| Mateja Milošević||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Tim Nograšek|| Marjeta Milostnik|| Oskar Nemec
|-
| Nastja Feguš||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Žan Fortuna|| Lena Trnovec|| Vivian Nemanič
|-
| Maja Mahorič||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jure Povšin|| Ana Vičič|| Srna Anastasovska
|-
| Nika Banovšek||||||30.04.||03.05.||06.05.|| Jernej Kastelic|| Maša Gabrič|| Karmen Ferjan
|-
| Greta Junger||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tina Arnšek|| Laura Unuk|| Ana Babnik
|-
| Isidora Stevanoska||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Tadej Uršič|| Sašo Jakob|| Aleksandra Rauter
|-
| Manca Osolin||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Ana Potočnik|| Alliana Kolar|| Nika Vegelj
|-
| Ajda Košorok||||||07.05.||10.05.||13.05.|| Mateja Milošević|| Nika Ramšak|| Adela Šajn
|-
| Hana Zajc||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nastja Feguš|| Tim Nograšek|| Michelle Oletič
|-
| Katja Benčuk||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Maja Mahorič|| Žan Fortuna|| Tevž Levstek
|-
| Tina Logonder||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Nika Banovšek|| Jure Povšin|| Matevž Drnovšek
|-
| Špela Sotlar||||||14.05.||17.05.||20.05.|| Greta Junger|| Jernej Kastelic|| Marjeta Milostnik

|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2019_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2019_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2019_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2019_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2019_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2019_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.