https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Petra+M.Wiki FKKT - User contributions [en]2026-04-15T08:28:28ZUser contributionsMediaWiki 1.39.3https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uspe%C5%A1na_priprava_gensko_spremenjene_oljne_rastline_z_visoko_vsebnostjo_omega-3_polinenasi%C4%8Denih_ma%C5%A1%C4%8Dobnih_kislin.&diff=10177Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.2015-03-15T11:17:44Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>== UVOD IN OPREDELITEV PROBLEMA ==<br />
<br />
Veliko današnjih bolezni je tesno povezanih z vrsto hrane, ki jo zaužijemo. <br />
<br />
Polinenasičene maščobne kisline (PUFA) vsebujejo v svoji molekulski strukturi več kot eno dvojno vez. Med PUFA uvrščamo neesencialne, kot tudi esencialne ω-3 in ω-6 maščobne kisline, katere sodelujejo v številnih fizioloških procesih in je njihov vnos s hrano obvezen. V današnji prehrani so ω-6 maščobne kisline najpogosteje prisotne, medtem ko s prehrano zaužijemo premalo ω-3 maščobnih kislin. Moderno prehranjevanje je spremenilo optimalno razmerje vnosa ω-3 in ω-6 maščobnih kislin v napačno (20-50:1), kar povezujejo s številnimi obolenji. Največ ω-3 maščobnih kislin vsebujejo olja morskih rib in nekatera rastlinska olja (laneno olje in repično olje), toda le ribje olje vsebuje zdravju pomembne EPA (eikozapentanojska maščobna kislina) in DHA (dokosapentanojska maščobna kislina) ω-3 maščobne kisline. Zaradi številnih dokazanih zdravju ugodnih učinkov vnašanja ω-3 maščobnih kislin, se je močno povečala proizvodnja ribjega olja. Posledično je povečano lovljenje privedlo do skorajšnjega izumrtja določenih vrst rib in pa do ogromnega onesnaževanja morij. Zato je potrebno nujno poiskati nove vire ω-3 maščobnih kislin s podobno maščobnokislinsko sestavo, kot jih ima ribje olje. <br />
<br />
<br />
== CILJ RAZISKAVE ==<br />
<br />
Avtorji članka so želeli spremeniti maščobnokislinsko sestavo oljne rastline navadni riček (''C. sativa''), v maščobnokislinsko sestavo podobno ribjemu olju. Tako pripravljena rastlina bi v svojih semenih kopičila ogromne količine EPA in DHA maščobnih kislin.<br />
<br />
<br />
== POSTOPEK DELA ==<br />
<br />
Za genetsko manipulacijo so izbrali rastlino ''C. sativa'', ker je pogosto uporabljena oljna rastlina za proizvodnjo olja, enostavna je za gojenje in vsebuje naravno prisotno ALA (alfa-linolenska maščobna kislina) ω-3 maščobno kislino. <br />
<br />
Pripravili so dva genska konstrukta p5_EPA, kateri je vseboval potrebne encime za biosintezo EPA maščobne kisline in pa konstrukt p7_DHA, kateri je vseboval potrebne encime za biosintezo, tako EPA kot tudi DHA maščobnih kislin. Pet genski konstrukt p5_EPA je vseboval delta-6 desaturazni gen iz fitoplanktona ''O. tauri'', delta-5 desaturazni gen iz glive ''Thraustochytrium sp''., delta-12 desaturazni gen plesnivke ''Phytophthora sojae'', ω-3 desaturazni gen iz ''Phytophthora infestans'' in delta-6 elongazni gen iz rastline ''P. patens''. Sedem genski konstrukt p7_DHA pa je vseboval še dodatna dva gena delta-5 elongazni gen iz ''O. tauri'' in delta-4 desaturazni gen fitoplanktona ''Emiliania huxleyi''. Oba konstrukta sta vsebovala za semena značilna promotorska in terminatorska zaporedja. Končna transformacijska vektorja sta vsebovala še ustrezna selekcijska markerja. Tako skonstruirane vektorje so vnesli v bakterijo ''Agrobacterium tumefaciens''. Rastlino navadni riček so nato izpostavili suspenziji teh bakterij. Iz semen genetsko modificiranih rastlin so analizirali metilne estre maščobnih kislin. Semenom rastlin, ki so izražali konstrukt p5_EPA, so določili razmerje med ω-3 in ω-6 in je znašal 9:1 v prid ω-3 maščobnih kislin. Semena, ki so izražala konstrukt p7_DHA pa so vsebovala količine EPA in DHA primerljive s količinami teh maščobnih kislin v ribjem olju. Z lipidomiko so okarakterizirali akumulirane maščobne kisline. Pokazali so, da se EPA vgradi predvsem v triacilglicerole (TAG>DAG) , DHA pa pretežno v diacilglicerole (DAG>TAG). Nato jih je zanimalo še v kateri tip celičnih fosfolipidov (fosfatidilholin, fosfatidiletanolamin, fosfatidilinozitol, fosfatidilserin) so se vgradile EPA oz. DHA maščobne kisline. Ugotovili so, da se je EPA vgradila enakomerno med vse tipe fosfolipidov, DHA pa so pretežno zaznali v fosfatidiletanolaminu. Maščobnokislinska analiza (FID) je pokazala, da se v semenih naravno prisotne maščobne kisline, kot so oleinska kislina, linolna kislina in linolenska kislina, v procesu biosinteze pretvorijo v ω-3 maščobne kisline. <br />
<br />
<br />
== ZAKLJUČEK ==<br />
<br />
Omega-3 maščobne kisline so polinenasičene maščobne kisline, ki so za zdravje človeka nujno potrebne. Ravno zaradi številnih dokazanih ugodnih lastnosti, ki jih predpisujejo uživanju ω-3 maščobnih kislin, se je povpraševanje po njih močno povečalo. Trenutno je vir DHA in EPA maščobnih kislin le ribje olje. Ruiz-Lopez in sodelavci so pokazali, da se z uporabo genskega inženiringa da uspešno pripraviti rastlino, katere olje vsebuje podobno maščobnokislinsko sestavo kot ribje olje.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uspe%C5%A1na_priprava_gensko_spremenjene_oljne_rastline_z_visoko_vsebnostjo_omega-3_polinenasi%C4%8Denih_ma%C5%A1%C4%8Dobnih_kislin.&diff=10173Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.2015-03-14T16:46:15Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>== UVOD IN OPREDELITEV PROBLEMA ==<br />
<br />
Veliko današnjih bolezni je tesno povezanih z vrsto hrane, ki jo zaužijemo. <br />
<br />
Polinenasičene maščobne kisline (PUFA) vsebujejo v svoji molekulski strukturi več kot eno dvojno vez. Med PUFA uvrščamo neesencialne, kot tudi esencialne ω-3 in ω-6 maščobne kisline, katere sodelujejo v številnih fizioloških procesih in je njihov vnos s hrano obvezen. V današnji prehrani so ω-6 maščobne kisline najpogosteje prisotne, medtem ko s prehrano zaužijemo premalo ω-3 maščobnih kislin. Moderno prehranjevanje je spremenilo optimalno razmerje vnosa ω-3 in ω-6 maščobnih kislin v napačno (20-50:1), kar povezujejo s številnimi obolenji. Največ ω-3 maščobnih kislin vsebujejo olja morskih rib in nekatera rastlinska olja (laneno olje in repično olje), toda le ribje olje vsebuje zdravju pomembne EPA (eikozapentanojska maščobna kislina) in DHA (dokosapentanojska maščobna kislina) ω-3 maščobne kisline. Zaradi številnih dokazanih zdravju ugodnih učinkov vnašanja ω-3 maščobnih kislin, se je močno povečala proizvodnja ribjega olja. Posledično je povečano lovljenje privedlo do skorajšnjega izumrtja določenih vrst rib in pa do ogromnega onesnaževanja morij. Zato je potrebno nujno poiskati nove vire ω-3 maščobnih kislin s podobno maščobnokislinsko sestavo, kot jih ima ribje olje. <br />
<br />
<br />
== CILJ RAZISKAVE ==<br />
<br />
Avtorji članka so želeli spremeniti maščobnokislinsko sestavo oljne rastline navadni riček (''C. sativa''), v maščobnokislinsko sestavo podobno ribjemu olju. Tako pripravljena rastlina bi v svojih semenih kopičila ogromne količine EPA in DHA maščobnih kislin.<br />
<br />
<br />
== POSTOPEK DELA ==<br />
<br />
Za genetsko manipulacijo so izbrali rastlino ''C. sativa'', ker je pogosto uporabljena oljna rastlina za proizvodnjo olja, enostavna je za gojenje in ne vsebuje naravno prisotnih ω-3 maščobnih kislin. <br />
<br />
Pripravili so dva genska konstrukta p5_EPA, kateri je vseboval potrebne encime za biosintezo EPA maščobne kisline in pa konstrukt p7_DHA, kateri je vseboval potrebne encime za biosintezo, tako EPA kot tudi DHA maščobnih kislin. Pet genski konstrukt p5_EPA je vseboval delta-6 desaturazni gen iz fitoplanktona ''O. tauri'', delta-5 desaturazni gen iz glive ''Thraustochytrium sp''., delta-12 desaturazni gen plesnivke ''Phytophthora sojae'', ω-3 desaturazni gen iz ''Phytophthora infestans'' in delta-6 elongazni gen iz rastline ''P. patens''. Sedem genski konstrukt p7_DHA pa je vseboval še dodatna dva gena delta-5 elongazni gen iz ''O. tauri'' in delta-4 desaturazni gen fitoplanktona ''Emiliania huxleyi''. Oba konstrukta sta vsebovala za semena značilna promotorska in terminatorska zaporedja. Končna transformacijska vektorja sta vsebovala še ustrezna selekcijska markerja. Tako skonstruirane vektorje so vnesli v bakterijo ''Agrobacterium tumefaciens''. Rastlino navadni riček so nato izpostavili suspenziji teh bakterij. Iz semen genetsko modificiranih rastlin so analizirali metilne estre maščobnih kislin. Semenom rastlin, ki so izražali konstrukt p5_EPA, so določili razmerje med ω-3 in ω-6 in je znašal 9:1 v prid ω-3 maščobnih kislin. Semena, ki so izražala konstrukt p7_DHA pa so vsebovala količine EPA in DHA primerljive s količinami teh maščobnih kislin v ribjem olju. Z lipidomiko so okarakterizirali akumulirane maščobne kisline. Pokazali so, da se EPA vgradi predvsem v triacilglicerole (TAG>DAG) , DHA pa pretežno v diacilglicerole (DAG>TAG). Nato jih je zanimalo še v kateri tip celičnih fosfolipidov (fosfatidilholin, fosfatidiletanolamin, fosfatidilinozitol, fosfatidilserin) so se vgradile EPA oz. DHA maščobne kisline. Ugotovili so, da se je EPA vgradila enakomerno med vse tipe fosfolipidov, DHA pa so pretežno zaznali v fosfatidiletanolaminu. Maščobnokislinska analiza (FID) je pokazala, da se v semenih naravno prisotne maščobne kisline, kot so oleinska kislina, linolna kislina in linolenska kislina, v procesu biosinteze pretvorijo v ω-3 maščobne kisline. <br />
<br />
<br />
== ZAKLJUČEK ==<br />
<br />
Omega-3 maščobne kisline so polinenasičene maščobne kisline, ki so za zdravje človeka nujno potrebne. Ravno zaradi številnih dokazanih ugodnih lastnosti, ki jih predpisujejo uživanju ω-3 maščobnih kislin, se je povpraševanje po njih močno povečalo. Trenutno je vir DHA in EPA maščobnih kislin le ribje olje. Ruiz-Lopez in sodelavci so pokazali, da se z uporabo genskega inženiringa da uspešno pripraviti rastlino, katere olje vsebuje podobno maščobnokislinsko sestavo kot ribje olje.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uspe%C5%A1na_priprava_gensko_spremenjene_oljne_rastline_z_visoko_vsebnostjo_omega-3_polinenasi%C4%8Denih_ma%C5%A1%C4%8Dobnih_kislin.&diff=10172Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.2015-03-14T16:45:55Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>== UVOD IN OPREDELITEV PROBLEMA ==<br />
<br />
Veliko današnjih bolezni je tesno povezanih z vrsto hrane, ki jo zaužijemo. <br />
<br />
Polinenasičene maščobne kisline (PUFA) vsebujejo v svoji molekulski strukturi več kot eno dvojno vez. Med PUFA uvrščamo neesencialne, kot tudi esencialne ω-3 in ω-6 maščobne kisline, katere sodelujejo v številnih fizioloških procesih in je njihov vnos s hrano obvezen. V današnji prehrani so ω-6 maščobne kisline najpogosteje prisotne, medtem ko s prehrano zaužijemo premalo ω-3 maščobnih kislin. Moderno prehranjevanje je spremenilo optimalno razmerje vnosa ω-3 in ω-6 maščobnih kislin v napačno (20-50:1), kar povezujejo s številnimi obolenji. Največ ω-3 maščobnih kislin vsebujejo olja morskih rib in nekatera rastlinska olja (laneno olje in repično olje), toda le ribje olje vsebuje zdravju pomembne EPA (eikozapentanojska maščobna kislina) in DHA (dokosapentanojska maščobna kislina) ω-3 maščobne kisline. Zaradi številnih dokazanih zdravju ugodnih učinkov vnašanja ω-3 maščobnih kislin, se je močno povečala proizvodnja ribjega olja. Posledično je povečano lovljenje privedlo do skorajšnjega izumrtja določenih vrst rib in pa do ogromnega onesnaževanja morij. Zato je potrebno nujno poiskati nove vire ω-3 maščobnih kislin s podobno maščobnokislinsko sestavo, kot jih ima ribje olje. <br />
<br />
<br />
== CILJ RAZISKAVE ==<br />
<br />
Avtorji članka so želeli spremeniti maščobnokislinsko sestavo oljne rastline navadni riček (''C. sativa''), v maščobnokislinsko sestavo podobno ribjemu olju. Tako pripravljena rastlina bi v svojih semenih kopičila ogromne količine EPA in DHA maščobnih kislin.<br />
<br />
<br />
== POSTOPEK DELA ==<br />
<br />
Za genetsko manipulacijo so izbrali rastlino C. sativa, ker je pogosto uporabljena oljna rastlina za proizvodnjo olja, enostavna je za gojenje in ne vsebuje naravno prisotnih ω-3 maščobnih kislin. <br />
<br />
Pripravili so dva genska konstrukta p5_EPA, kateri je vseboval potrebne encime za biosintezo EPA maščobne kisline in pa konstrukt p7_DHA, kateri je vseboval potrebne encime za biosintezo, tako EPA kot tudi DHA maščobnih kislin. Pet genski konstrukt p5_EPA je vseboval delta-6 desaturazni gen iz fitoplanktona ''O. tauri'', delta-5 desaturazni gen iz glive ''Thraustochytrium sp''., delta-12 desaturazni gen plesnivke ''Phytophthora sojae'', ω-3 desaturazni gen iz ''Phytophthora infestans'' in delta-6 elongazni gen iz rastline ''P. patens''. Sedem genski konstrukt p7_DHA pa je vseboval še dodatna dva gena delta-5 elongazni gen iz ''O. tauri'' in delta-4 desaturazni gen fitoplanktona ''Emiliania huxleyi''. Oba konstrukta sta vsebovala za semena značilna promotorska in terminatorska zaporedja. Končna transformacijska vektorja sta vsebovala še ustrezna selekcijska markerja. Tako skonstruirane vektorje so vnesli v bakterijo ''Agrobacterium tumefaciens''. Rastlino navadni riček so nato izpostavili suspenziji teh bakterij. Iz semen genetsko modificiranih rastlin so analizirali metilne estre maščobnih kislin. Semenom rastlin, ki so izražali konstrukt p5_EPA, so določili razmerje med ω-3 in ω-6 in je znašal 9:1 v prid ω-3 maščobnih kislin. Semena, ki so izražala konstrukt p7_DHA pa so vsebovala količine EPA in DHA primerljive s količinami teh maščobnih kislin v ribjem olju. Z lipidomiko so okarakterizirali akumulirane maščobne kisline. Pokazali so, da se EPA vgradi predvsem v triacilglicerole (TAG>DAG) , DHA pa pretežno v diacilglicerole (DAG>TAG). Nato jih je zanimalo še v kateri tip celičnih fosfolipidov (fosfatidilholin, fosfatidiletanolamin, fosfatidilinozitol, fosfatidilserin) so se vgradile EPA oz. DHA maščobne kisline. Ugotovili so, da se je EPA vgradila enakomerno med vse tipe fosfolipidov, DHA pa so pretežno zaznali v fosfatidiletanolaminu. Maščobnokislinska analiza (FID) je pokazala, da se v semenih naravno prisotne maščobne kisline, kot so oleinska kislina, linolna kislina in linolenska kislina, v procesu biosinteze pretvorijo v ω-3 maščobne kisline. <br />
<br />
<br />
== ZAKLJUČEK ==<br />
<br />
Omega-3 maščobne kisline so polinenasičene maščobne kisline, ki so za zdravje človeka nujno potrebne. Ravno zaradi številnih dokazanih ugodnih lastnosti, ki jih predpisujejo uživanju ω-3 maščobnih kislin, se je povpraševanje po njih močno povečalo. Trenutno je vir DHA in EPA maščobnih kislin le ribje olje. Ruiz-Lopez in sodelavci so pokazali, da se z uporabo genskega inženiringa da uspešno pripraviti rastlino, katere olje vsebuje podobno maščobnokislinsko sestavo kot ribje olje.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10171MBT seminarji 20152015-03-13T17:36:40Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br />
<br />
Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br />
<br />
Način vnosa:<br />
<br />
# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br />
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br />
<br />
<br />
'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br />
<br />
'''Gensko spremenjene rastline'''<br><br />
<br />
# Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015<br />
# Matej Lesar, 20.marca 2015<br />
<br />
'''Gensko spremenjene živali'''<br><br />
<br />
# A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)<br />
# Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne. Maxi Sagmeister, 27. marca 2015<br />
<br />
'''Okolje'''<br><br />
# Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliesterski tekstil. Mitja Crček,<br />
# Mirjam Kmetič<br />
<br />
'''Terapevtiki'''<br><br />
# Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 9. marca 2015<br />
<br />
'''Encimi'''<br><br />
<br />
# Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). Priprava ''Pichie pastoris'', ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov. Špela Tomaž<br />
<br />
'''Protitelesa'''<br> <br />
<br />
# Functional mutations in and characterization of VHH against Helicobacter pylori urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4.html). Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi ''Helicobacter pylori''. Marko Radojković, 9. marca 2015<br />
#Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom. Urška Rauter, 10. marca 2015<br />
<br />
'''Cepiva'''<br><br />
<br />
A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. Nova "priming-boosting" strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu. Anita Kustec, 11. marca 2015<br />
<br />
'''Male molekule in polimeri'''<br><br />
Iza Ogris<br><br />
Maja Grdadolnik<br />
<br />
'''Pretvorba biomase'''<br><br />
<br />
'''Metabolično inženirstvo'''<br><br />
<br />
# Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). Metabolično inženirstvo ''Saccharomyces cerevisiae'' za proizvodnjo derivatov maščobnih kislin, ki so primerni za biogorivo in kemikalije. Dominik Kert, 9. marca 2015<br />
<br />
'''Biološki viri energije'''<br></div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uspe%C5%A1na_priprava_gensko_spremenjene_oljne_rastline_z_visoko_vsebnostjo_omega-3_polinenasi%C4%8Denih_ma%C5%A1%C4%8Dobnih_kislin.&diff=10170Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.2015-03-13T17:35:05Z<p>Petra M.: New page: == UVOD IN OPREDELITEV PROBLEMA == Veliko današnjih bolezni je tesno povezanih z vrsto hrane, ki jo zaužijemo. Polinenasičene maščobne kisline (PUFA) vsebujejo v svoji molekulski s...</p>
<hr />
<div>== UVOD IN OPREDELITEV PROBLEMA ==<br />
<br />
Veliko današnjih bolezni je tesno povezanih z vrsto hrane, ki jo zaužijemo. <br />
<br />
Polinenasičene maščobne kisline (PUFA) vsebujejo v svoji molekulski strukturi več kot eno dvojno vez. Med PUFA uvrščamo neesencialne, kot tudi esencialne ω-3 in ω-6 maščobne kisline, katere sodelujejo v številnih fizioloških procesih in je njihov vnos s hrano obvezen. V današnji prehrani so ω-6 maščobne kisline najpogosteje prisotne, medtem ko s prehrano zaužijemo premalo ω-3 maščobnih kislin. Moderno prehranjevanje je spremenilo optimalno razmerje vnosa ω-3 in ω-6 maščobnih kislin v napačno (20-50:1), kar povezujejo s številnimi obolenji. Največ ω-3 maščobnih kislin vsebujejo olja morskih rib in nekatera rastlinska olja (laneno olje in repično olje), toda le ribje olje vsebuje zdravju pomembne EPA (eikozapentanojska maščobna kislina) in DHA (dokosapentanojska maščobna kislina) ω-3 maščobne kisline. Zaradi številnih dokazanih zdravju ugodnih učinkov vnašanja ω-3 maščobnih kislin, se je močno povečala proizvodnja ribjega olja. Posledično je povečano lovljenje privedlo do skorajšnjega izumrtja določenih vrst rib in pa do ogromnega onesnaževanja morij. Zato je potrebno nujno poiskati nove vire ω-3 maščobnih kislin s podobno maščobnokislinsko sestavo, kot jih ima ribje olje. <br />
<br />
<br />
== CILJ RAZISKAVE ==<br />
<br />
Avtorji članka so želeli spremeniti maščobnokislinsko sestavo oljne rastline navadni riček (C. sativa), v maščobnokislinsko sestavo podobno ribjemu olju. Tako pripravljena rastlina bi v svojih semenih kopičila ogromne količine EPA in DHA maščobnih kislin.<br />
<br />
<br />
== POSTOPEK DELA ==<br />
<br />
Za genetsko manipulacijo so izbrali rastlino C. sativa, ker je pogosto uporabljena oljna rastlina za proizvodnjo olja, enostavna je za gojenje in ne vsebuje naravno prisotnih ω-3 maščobnih kislin. <br />
<br />
Pripravili so dva genska konstrukta p5_EPA, kateri je vseboval potrebne encime za biosintezo EPA maščobne kisline in pa konstrukt p7_DHA, kateri je vseboval potrebne encime za biosintezo, tako EPA kot tudi DHA maščobnih kislin. Pet genski konstrukt p5_EPA je vseboval delta-6 desaturazni gen iz fitoplanktona O. tauri, delta-5 desaturazni gen iz glive Thraustochytrium sp., delta-12 desaturazni gen plesnivke Phytophthora sojae, ω-3 desaturazni gen iz Phytophthora infestans in delta-6 elongazni gen iz rastline P. patens. Sedem genski konstrukt p7_DHA pa je vseboval še dodatna dva gena delta-5 elongazni gen iz O. tauri in delta-4 desaturazni gen fitoplanktona Emiliania huxleyi. Oba konstrukta sta vsebovala za semena značilna promotorska in terminatorska zaporedja. Končna transformacijska vektorja sta vsebovala še ustrezna selekcijska markerja. Tako skonstruirane vektorje so vnesli v bakterijo Agrobacterium tumefaciens. Rastlino navadni riček so nato izpostavili suspenziji teh bakterij. Iz semen genetsko modificiranih rastlin so analizirali metilne estre maščobnih kislin. Semenom rastlin, ki so izražali konstrukt p5_EPA, so določili razmerje med ω-3 in ω-6 in je znašal 9:1 v prid ω-3 maščobnih kislin. Semena, ki so izražala konstrukt p7_DHA pa so vsebovala količine EPA in DHA primerljive s količinami teh maščobnih kislin v ribjem olju. Z lipidomiko so okarakterizirali akumulirane maščobne kisline. Pokazali so, da se EPA vgradi predvsem v triacilglicerole (TAG>DAG) , DHA pa pretežno v diacilglicerole (DAG>TAG). Nato jih je zanimalo še v kateri tip celičnih fosfolipidov (fosfatidilholin, fosfatidiletanolamin, fosfatidilinozitol, fosfatidilserin) so se vgradile EPA oz. DHA maščobne kisline. Ugotovili so, da se je EPA vgradila enakomerno med vse tipe fosfolipidov, DHA pa so pretežno zaznali v fosfatidiletanolaminu. Maščobnokislinska analiza (FID) je pokazala, da se v semenih naravno prisotne maščobne kisline, kot so oleinska kislina, linolna kislina in linolenska kislina, v procesu biosinteze pretvorijo v ω-3 maščobne kisline. <br />
<br />
<br />
== ZAKLJUČEK ==<br />
<br />
Omega-3 maščobne kisline so polinenasičene maščobne kisline, ki so za zdravje človeka nujno potrebne. Ravno zaradi številnih dokazanih ugodnih lastnosti, ki jih predpisujejo uživanju ω-3 maščobnih kislin, se je povpraševanje po njih močno povečalo. Trenutno je vir DHA in EPA maščobnih kislin le ribje olje. Ruiz-Lopez in sodelavci so pokazali, da se z uporabo genskega inženiringa da uspešno pripraviti rastlino, katere olje vsebuje podobno maščobnokislinsko sestavo kot ribje olje.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10140MBT seminarji 20152015-03-08T19:02:26Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br />
<br />
Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br />
<br />
Način vnosa:<br />
<br />
# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br />
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br />
<br />
<br />
'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br />
<br />
'''Gensko spremenjene rastline'''<br><br />
<br />
# Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin. Petra Malavašič, 8. marca 2015<br />
<br />
'''Gensko spremenjene živali'''<br><br />
<br />
'''Okolje'''<br><br />
Mirjam Kmetič<br />
<br />
'''Terapevtiki'''<br><br />
<br />
'''Encimi'''<br><br />
<br />
'''Protitelesa'''<br> <br />
Marko Radojković<br />
<br />
'''Cepiva'''<br><br />
<br />
'''Male molekule in polimeri'''<br><br />
Iza Ogris<br><br />
Maja Grdadolnik<br />
<br />
'''Pretvorba biomase'''<br><br />
<br />
'''Metabolično inženirstvo'''<br><br />
<br />
'''Biološki viri energije'''<br></div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biofortifikacija_ri%C5%BEa&diff=8491Biofortifikacija riža2013-11-08T15:03:02Z<p>Petra M.: New page: == '''BIOFORTIFIKACIJA RIŽA (povzeto po: Masuda in sod., 2013)''' == '''UVOD''' S slabokrvnostjo se sooča okoli 2 bilijona ljudi po vsem svetu in okoli 0,8 milijona jih v enem letu tu...</p>
<hr />
<div><br />
== '''BIOFORTIFIKACIJA RIŽA (povzeto po: Masuda in sod., 2013)''' ==<br />
<br />
<br />
'''UVOD'''<br />
S slabokrvnostjo se sooča okoli 2 bilijona ljudi po vsem svetu in okoli 0,8 milijona jih v enem letu tudi umre.Z genskimi modifikacijami lahko izboljšamo kakovost hrane tudi tako, da neposredno koristijo zdravju. Biofortifikacija pomeni postopek žlahtnjenja rastlin za izboljšanje prehranske vrednosti živila. To pa je možno doseči na konvencionalen način ali pa z genskim inženiringom.<br />
Poliran riž je obdelan tako, da ostane le endosperm bogat s škrobom in proteini. Raven vitaminov in mineralov v tako obdelanem rižu je zelo nizka.Riž sodi v družino trav. Ena od značilnosti je, da sintetizirajo mugininsko kislino (MA). Ta deluje kot kelator na način, da prevzame železo iz prsti revne z mikroelementi. Namesto do MA se v rižu sintetizira DMA (deoksimugininska kislina), ki pa ni tako učinkovit kelator.<br />
<br />
'''NAMEN'''<br />
Namen raziskave je bil vzgojiti riž s sojinim genom za feritin in ječmenovimi geni za sintezo MA. Na ta način so želeli povečali koncentracijo železa v endospermu riža.<br />
<br />
'''RAZPRAVA'''<br />
Za gensko spreminjanje riža (''Oryza sativa L.'') so uporabili »marker free« vektor pBBIMFN in z njegovo pomočjo so skonstruirali transformacijska vektorja Fer-NAS-NAAT-IDS3 in Fer. Konstrukte so vnesli v riž s pomočjo bakterije ''Agrobacterium tumefaciens''. Zanimalo jih je ali vstavljeni geni za biosintezo MA pripomorejo k zvišanju koncentracije Fe v semenih riža. Zato so poleg transformacijskega vektorja Fer-NAS-NAAT-IDS3 skonstruirali še kontrolni transformacijski vektor Fer, ki pa ni imel vstavljenih genov za MA.<br />
T1 rastline gojili naprej in pridobili T2 semena, katera so analizirali na vsebnost železa. Ugotovili so, da predvsem 1-12, 22-4 in 24-11 Fer-NAS-NAAT-IDS3 in Fer linija 13-6 vsebujejo znatne količine Fe in dajejo ustrezen donos semen in zato so jih uporabili za nadaljnje analize. Da so preverili ekspresijo genov HvNAS1, hvNAAT-A, hvNAAT-B in IDS3 v Fer-NAS-NAAT-IDS3 linijah, so rastline gojili v gojišču s pomanjkanjem Fe. Po tretmaju so iz korenin in poganjkov rastline izolirali RNA in z metodo Northern blot analizirali izražanje genov HvNAS1, hvNAAT-A, hvNAAT-B in IDS3. Izražanje so opazili pri linijah 1-12, 22-4 in 34-11 kjer so se vsi geni za IDS3 močno izrazili. Po pričakovanjih se gen za IDS3 ni izrazil pri Fer liniji 13-6. Pri linijah 22-4 in 34-11 pa presenetljivo niso zaznali izražanja genov HvNAAT-A in HvNAAT-B. Predvidevajo, da je prišlo do delecije in izgube dela Fer-NAS-NAAT-IDS3 konstrukta, kar so preverili tudi z genomskim PCR. Le pri liniji 1-12 je prišlo do ekspresije vseh želenih genov.<br />
Izmerili so vsebnost Fe v T3 semenih pridobljenih z gojenjem rastlin v gojišču s pomanjkanjem Fe. Linije, ki so izražale gen za feritin in gene za sintezo MA so vsebovale 2,5-5 kratno povečanje vsebnosti Fe v semenih v primerjavi z gensko nespremenjenimi. Vse analizirane transgene linije gojene v gojišču s Fe so imele povečano vsebnost Fe v semenih na račun transgenega feritina v primerjavi s kontrolnim vzorcem (gensko nespremenjenimi semeni). <br />
Čeprav liniji 22-4 in 34-11 nista izražali genov HvNAS1, HvNAAT-1 in HvNAAT-B pa so opazili, da je izmerjena koncentracija Fe v semenih enaka ali celo višja od linije 1-12 (izraženi so bili vsi vstavljeni geni za biosintezo MA). Opazili pa so povečano koncentracijo Fe pri linijah, kjer se je izražal gen IDS3 in to 4-kratno povečanje v primerjavi s kontrolnimi, ne gensko spremenjenimi semeni. Glede na dobljene rezultate sklepajo, da je IDS3 eden ključnih in najpomembnejših genov za biosintezo MA in s tem povečanja koncentracije Fe v semenih. Riž vsebuje homologe HvNAS1, HvNAAT-1 in HvNAAT-B, ne vsebuje pa gena IDS3, ki bi bil potreben za pretvorbo DMA oblike v MA obliko. <br />
<br />
'''SKLEPI'''<br />
Zaključek raziskave kaže, da je transgeni riž, ki izraža feritin in ječmenov gen IDS3 odpornejši na pogoje, ko primanjkuje Fe (je bolj toleranten na pomanjkanje Fe) v primerjavi z gensko nespremenjenim rižem. Iz dobljenih rezultatov sklepajo, da je vnos genov za feritin in IDS3 najboljša oblika biofortifikacije riža, ko je izpostavljen pogojem pomanjkanja Fe.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha&diff=6958Odkritje in delovanje nukleaze Drosha2012-04-02T15:18:06Z<p>Petra M.: /* Struktura Droshe in Mirkoprocesor */</p>
<hr />
<div>Drosha je proteinski kompleks, ki skupaj z DiGeorge syndrome critical region 8 (DGCR8) cepi primarne lasnične mi-RNA (pri-mi RNA) molekule v prekurzorske mi RNA (pre-mi RNA). Je endonukleaza, ki cepi na obeh verigah RNA heliksa. Cepi samo dvoverižne RNA, enoverižnih ne cepi. Encim Drosha sestavljajo dve RNazni domeni, ki tvorita encimski katalitični center. Poleg RNaznih domen je na C- koncu še dsRBD domena.<br />
<br />
== Osnove ==<br />
<br />
MikroRNA (miRNA) je enovijačna RNA (ssRNA), dolga približno 22 nukleotidov. Je regulatorna molekula, ki nadzoruje različne celične funkcije v evkariontih, kot so diferenciacija, razvoj in protivirusna obramba. Proces zorenja miRNA poteka v jedru in v citoplazmi in sicer v dveh stopnjah. Začne se v jedru, kjer najprej poteče transkripcija z encimom RNA polimeraza II. Začetni transkript, ki nastane pri transkripciji (pri-miRNA) cepi encim Drosha na približno 70 nukleotidov dolgo prekurzorsko miRNA (pre-miRNA). Nastalo pre-miRNA encim Eksportin 5 prenese iz jedra v citoplazmo, kjer jo encim Dicer dalje cepi na miRNA.<br />
Drosha je specifična endonukleaza, ki cepi dvovijačno RNA (dsRNA) tako, da reže na vsaki od verig dvovijačnice oz. heliksa. Velika je približno 160 kDa. Spada v družino ribonukleaz III (RNaz III), ki jih najdemo tako pri evkariontih kot pri prokariontih. Ribonukleaze III se delijo na 3 razrede glede na razporeditev domen. Drosho uvrščamo v II. razred ribonukleaz III, saj vsebuje dve katalitični domeni in C-terminalno domeno dsRBD oz. dsRNA-binding domain. Poleg tega ima Drosha še eno domeno, in sicer N-terminalno domeno, katere vloga naj bi bila signalizacijska sekvenca, ki služi kot signal transporta Droshe v jedro. Za razliko od razreda II so encimi I. razreda preprostejši. Imajo le eno katalitično domeno in domeno dsRBD. Razred III, v katerega uvrščamo encim Dicer, vsebujejo helikazno domeno, PAZ domeno in DUF283 domeno, ne glede na nukleazno in dsRBD domeno. Človeški genom kodira le dve ribonukleazi III – Dicer in Drosho. Homologi Droshe so prisotni le pri živalih.<br />
<br />
== Odkritje ==<br />
<br />
Drosha je bila odkrita pri Drosphilli (vinska mušica). Človeški homolog je bil sprva opisan kot protein, ki reagira s transkripcijskimi faktorji Sp1. Prvo raziskavo delovanja Droshe so opravili Stanley Crooke in sodelavci in so jo na podlagi rezultatov raziskave dodelili v družino ribonukleaz III. Dokazali so, da je Drosha jedrni protein. Opravili so eksperiment, kjer so z negativno regulacijo s protismiselnimi oligonukleotidi zmanjšali delovanje Droshe. Posledica zmanjšanega delovanja se je kazala v kopičenju intermediatov pri nastajanju pre-miRNA oz. kopičenju pri-miRNA. Tako so dokazali, da ima Drosha pomembno vlogo pri zorenju miRNA. Kasnejše raziskave so pokazale, da proces zorenja miRNA poteka v dveh stopnjah. V prvi stopnji encim Drosha v jedru prepozna substrat, začetni transkript oz. pri-miRNA, in ga cepi. Produkt cepitve je pre-miRNA, ki je dolga približno 70 nukleotidov. Pre-miRNA se nato prenese v citoplazmo, kjer poteče nadaljnja cepitev z encimom Dicer. Tako nastane zrela ~22 nukleotidov dolga molekula miRNA.<br />
<br />
== Struktura Droshe in Mirkoprocesor ==<br />
<br />
Encim Drosha sestavljata dve RNazni domeni, ki tvorita intramolekularni dimer, ki služi kot encimski katalitični center. Na 3`koncu verige pri-miRNA cepi domena RIIIDa, medtem ko domena RIIIDb cepi na 5`koncu verige, pri tem pa delujeta neodvisno druga od druge. Poleg RNaznih domen je na C- koncu še dsRBD domena, ki je sestavljena iz α heliksa (Ser1263-Thr1271), sledijo mu tri antiparalene β ploskve (Leu1283- Gly1314) in domena se konča z še enim α heliksom (Ile 1317-Lys-1331). Vse skupaj tvori αβββα strukturo. [http://www.rcsb.org/pdb/explore/images.do?structureId=2KHX Strukturo dsRBD domene] so razrešili s pomočjo NMR metode. Drosha ima poleg katalitičnih domen in dsRBD domene še N-terminalno domeno, ki predstavlja jedrni lokalizacijski signal. <br />
<br />
Ker dsRBD domena ni dovolj za vezavo substrata na encim, drosha potrebuje partnerski protein, ki prepozna pri-miRNA. Imenuje se DGCR8 (DiGeorge syndrome critical region 8), znan kot Pasha pri Drosphilla melongaster in C. elegans. Da je Drosha res odvisna od partnerskega proteina, dokazuje naslednji opravljen poskus. Skoraj povsem so izčrpali oz. zmanjšali koncentracijo DGCR8. Posledično je naraščala koncentracija pri-miRNA, medtem ko sta koncentraciji pre-miRNA in miRNA upadali. Tako so dokazali, da niti Drosha, niti DGCR8 sama nista bila aktivna, zato cepitev pri-miRNA ni potekla, medtem ko je kompleks obeh encimov postal aktiven. To je služilo kot dokaz, da je DGCR8 pomemben kofaktor encima Drosha. <br />
DGCR8 vsebuje dve dsRBD domeni, ki prepoznata ssRNA segment na pri-miRNA in se zasidra na mesto med ssRNA (enovijačna RNA) in dsRNA (dvovijačna RNA) ter tako signalizira Droshi, da cepi ~11 bp stran od te povezave. V svoji osrednji regiji DGCR8 vsebuje tudi WW domeno (imenuje se tudi Rsp5/wwp), ki ima dva močno ohranjena triptofanska ostanka, ločena s približno 20 aminokislinami. Ta domena dobro reagira s prolini bogatimi regijami. Ker je Drosha bogata s prolini na N-koncu, lahko s kofaktorjem DGCR8 reagira preko domene WW. [http://c431376.r76.cf2.rackcdn.com/2282/fmicb-01-00108-HTML/image_m/fmicb-01-00108-g001.jpg Domene, ki tvorijo Drosho in DGCR8]<br />
<br />
Drosha in DGCR8 se povežeta med seboj in tako tvorita funkcionalni kompleks, znan kot Mikroprocesor, 500- 650 kDa velik encimski kompleks. Mikroprocesor katalizira cepitev dolgih primarnih mi-RNA transkriptov (pri-mi RNA) v kratke lasnice (pre-mi RNA), dolge približno 70 nukleotidov. Ključno vpliva na specifičnost miRNA, saj določi kje bo deloval naslednji RNAzni encim Dicer. Vse pri-miRNA vsebujejo terminalno zanko, so dvovijačne molekule in vsebujejo sekvenco, ki je enovijačna. In ravno te značilnosti omogočajo mikroprocesorju prepoznavanje pravega mesta cepitve. Raziskave so pokazale, da lahko Mirkoprocesor vsebuje več kopij proteina Droshe ali DGCR8, ali drugih proteinov povezanih z Drosho in DGCR8. <br />
<br />
Mikroprocesor ima večjo afiniteto in specifičnost do substrata, kot bi jo imela posamezna encima Drosha in DGCR8, vezana na pri-miRNA. 5` in 3` konec pri-miRNA sta osnovna segmenta začetnega transkripta RNA, nadaljujeta se v spodnjo dvovijačno RNA, ki poteka od osnovnih segmentov do mesta cepitve, od mesta cepitve pa do terminalne oz. končne zanke pa poteka zgornja dvovijačna RNA. dsRBD domena proteina DGCR8 lahko prepozna oba dela dvovijačne RNA, spodnjega in zgornjega. Domena dsRBD encima Drosha pa se lahko veže na centralno mesto blizu mesta cepitve pri-miRNA. <br />
Drosha deluje kot katalitična podenota, medtem ko je DGCR8 (Pasha) ključen za prepoznavanje substrata (pri-mi RNA). Dve podenoti encima Drosha interagirata med seboj in ustvarita intramolekularni dimer, kjer vsaka od katalitičnih enot cepi eno od dsRNA. RIIIDb cepi na 5` strani lasnice in RIIDa cepi na 3` strani. To povzroči, da se pojavita na 3` koncu dva prosta nukleotida, ki ˝štrlita˝ ven- štrleča konca. Ta dva prosta nukleotida sta zelo pomembna, saj ju encim Eksportin 5 prepozna in tako omogoči [http://helicase.pbworks.com/f/1239290091/14f1.jpeg prenos pre-mi RNA iz jedra v citoplazmo].<br />
<br />
== Regulacija ==<br />
<br />
Mikroprocesor je pri biogenezi miRNA prvi člen regulacije. Regulacija poteka preko uravnavanja mikroprocesorjeve aktivnosti. Drosha in DGCR8 sta regulirana tako transkripcijsko kot postranskripcijsko.<br />
Če se koncentracije Droshe in DGCR8 zvišane v celici, Mikroprocesor cepi DGCR8 mRNA. To povzroči zmanjšano sintezo DGCR8 in s tem destabilizacijo proteina Droshe. Kar privede do inaktivacije Mikroprocesorja. Mikroprocesor ima lastnosti avtoregulacije.<br />
Proteini, ki vplivajo na delovanje- regulacijo mikroprocesorja so t.i. DEAD box proteini. To sta predvsem proteina p68 in p72. Sta od ATP odvisna helikazna proteina. Poleg beljakovinskega kompleksa spliceosoma sta pomembna pri izrezovanju intronov in opravljata helikazno funkcijo. Ta dva proteina vplivata na mnoge druge proteine in transkripcijske faktorje, kot so: Smads, p53 in receptorji za estrogen. Smads so transkripcijski faktorji, ki so pozitivni regulatorji Droshe. So signalne molekule družine TGFβ. Smads regulirajo gensko ekspresijo že v samem začetku, tako, da vplivajo na transkripcijo DNA ali pa postranskripcijsko vplivajo na zorenje miRNA tako, da se v jedru vežejo na Drosho in p68 ter omogočijo Droshi vezavo na pravo mesto za cepitev. P53 je tudi pozitivni regulator nastanka miRNA. p53 deluje tako, da se poveže z helikazo p68 in olajša inerakcijo Drosha-pri-miRNA. Receptor za estrogen (ERα) je naegativni regulator in deluje tako, da se poveže z estradiolom in z p68 ali p72 ter povzroči, da se Drosha odcepi od pri-mi RNA in s tem prepreči nadaljno zorenje miRNA. (http://jb.oxfordjournals.org/content/148/4/381/F2.expansion.html)<br />
<br />
== Literatura ==<br />
<br />
# Carmichael, G.G. RNA silencing: Methods and protocols. New Yersey, Humana Press, 2005<br />
# Dusebery D.N.B., Hata A. Mechanisms of control of micro RNA biogenesis. The journal of biochemistry.2010, 148,4:381-392<br />
# Yeom et. al. Caracterization of DGCR8/Pasha, the essential cofactor for Drosha in primary miRNA processing. Nucelic Acid Research, 2006, vol. 34, no. 16, 4622-4629<br />
# Mueller et. al. Solution structure of the Drosha double-stranded RNA-binding domain. Silence, 2010, 1-5<br />
# Zeng, Y., Ruy, Y. in Cullen, B.R. Recognition and cleavage of primary microRNA precursor by the nuclear processing enzyme Drosha. The EMBO journal, 2005, vol. 24, no. 1, 138-148<br />
<br />
<br />
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha&diff=6957Talk:Odkritje in delovanje nukleaze Drosha2012-04-02T15:16:17Z<p>Petra M.: New page: Celotno seminarsko nalogo sva skupaj pripravili Ines Kerin in Petra Malavašič</p>
<hr />
<div>Celotno seminarsko nalogo sva skupaj pripravili Ines Kerin in Petra Malavašič</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=RNA-interferenca&diff=6956RNA-interferenca2012-04-02T15:15:32Z<p>Petra M.: /* Skupine */</p>
<hr />
<div>== Predstavitev seminarja 2011/12 ==<br />
Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.<br />
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br />
<br />
# Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)<br />
# Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)<br />
# Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)<br />
# Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)<br />
# Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)<br />
# Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)<br />
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)<br />
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)<br />
# Evolucijski pomen RNAi (2006-)<br />
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br />
# Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br />
# Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah<br />
# Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br />
# Biotehnološka uporaba RNAi<br />
# Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi<br />
<br />
Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web]. <br />
<br />
Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).<br />
<br />
Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br />
<br />
<br />
=== Skupine ===<br />
<br />
''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br />
<br />
# Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)<br />
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_interferen%C4%8Dne_RNA_%28siRNA%29 Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)] (Tanja Korpar, Ines Šterbal)<br />
# Odkritje encima 'dicer' (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)<br />
# Odkritje mikro-RNA (miRNA) (Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)<br />
# Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)<br />
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha Odkritje in delovanje nukleaze Drosha] (Ines Kerin, Petra Malavašič)<br />
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)<br />
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (Katra Koman, Matevž Ambrožič, Matevž Merljak)<br />
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucijski_pomen_RNAi Evolucijski pomen RNAi] (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)<br />
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC(Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)<br />
# Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni(Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)<br />
# Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah(Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)<br />
# Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi (Maja Remškar, Monika Škrjanc)<br />
# Biotehnološka uporaba RNAi (Marko Radojković, Sandi Botonjić)<br />
# Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)<br />
<br />
<br />
Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki><br />
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki><br />
<br />
Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=RNA-interferenca&diff=6955RNA-interferenca2012-04-02T15:15:11Z<p>Petra M.: /* Skupine */</p>
<hr />
<div>== Predstavitev seminarja 2011/12 ==<br />
Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.<br />
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br />
<br />
# Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)<br />
# Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)<br />
# Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)<br />
# Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)<br />
# Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)<br />
# Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)<br />
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)<br />
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)<br />
# Evolucijski pomen RNAi (2006-)<br />
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br />
# Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br />
# Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah<br />
# Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br />
# Biotehnološka uporaba RNAi<br />
# Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi<br />
<br />
Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web]. <br />
<br />
Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).<br />
<br />
Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br />
<br />
<br />
=== Skupine ===<br />
<br />
''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br />
<br />
# Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)<br />
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_interferen%C4%8Dne_RNA_%28siRNA%29 Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)] (Tanja Korpar, Ines Šterbal)<br />
# Odkritje encima 'dicer' (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)<br />
# Odkritje mikro-RNA (miRNA) (Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)<br />
# Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)<br />
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha Odkritje in delovanje nukleaze Drosha[ (Ines Kerin, Petra Malavašič)<br />
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)<br />
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (Katra Koman, Matevž Ambrožič, Matevž Merljak)<br />
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucijski_pomen_RNAi Evolucijski pomen RNAi] (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)<br />
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC(Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)<br />
# Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni(Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)<br />
# Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah(Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)<br />
# Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi (Maja Remškar, Monika Škrjanc)<br />
# Biotehnološka uporaba RNAi (Marko Radojković, Sandi Botonjić)<br />
# Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)<br />
<br />
<br />
Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki><br />
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki><br />
<br />
Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha&diff=6954Odkritje in delovanje nukleaze Drosha2012-04-02T15:14:07Z<p>Petra M.: New page: Drosha je proteinski kompleks, ki skupaj z DiGeorge syndrome critical region 8 (DGCR8) cepi primarne lasnične mi-RNA (pri-mi RNA) molekule v prekurzorske mi RNA (pre-mi RNA). Je endonukl...</p>
<hr />
<div>Drosha je proteinski kompleks, ki skupaj z DiGeorge syndrome critical region 8 (DGCR8) cepi primarne lasnične mi-RNA (pri-mi RNA) molekule v prekurzorske mi RNA (pre-mi RNA). Je endonukleaza, ki cepi na obeh verigah RNA heliksa. Cepi samo dvoverižne RNA, enoverižnih ne cepi. Encim Drosha sestavljajo dve RNazni domeni, ki tvorita encimski katalitični center. Poleg RNaznih domen je na C- koncu še dsRBD domena.<br />
<br />
== Osnove ==<br />
<br />
MikroRNA (miRNA) je enovijačna RNA (ssRNA), dolga približno 22 nukleotidov. Je regulatorna molekula, ki nadzoruje različne celične funkcije v evkariontih, kot so diferenciacija, razvoj in protivirusna obramba. Proces zorenja miRNA poteka v jedru in v citoplazmi in sicer v dveh stopnjah. Začne se v jedru, kjer najprej poteče transkripcija z encimom RNA polimeraza II. Začetni transkript, ki nastane pri transkripciji (pri-miRNA) cepi encim Drosha na približno 70 nukleotidov dolgo prekurzorsko miRNA (pre-miRNA). Nastalo pre-miRNA encim Eksportin 5 prenese iz jedra v citoplazmo, kjer jo encim Dicer dalje cepi na miRNA.<br />
Drosha je specifična endonukleaza, ki cepi dvovijačno RNA (dsRNA) tako, da reže na vsaki od verig dvovijačnice oz. heliksa. Velika je približno 160 kDa. Spada v družino ribonukleaz III (RNaz III), ki jih najdemo tako pri evkariontih kot pri prokariontih. Ribonukleaze III se delijo na 3 razrede glede na razporeditev domen. Drosho uvrščamo v II. razred ribonukleaz III, saj vsebuje dve katalitični domeni in C-terminalno domeno dsRBD oz. dsRNA-binding domain. Poleg tega ima Drosha še eno domeno, in sicer N-terminalno domeno, katere vloga naj bi bila signalizacijska sekvenca, ki služi kot signal transporta Droshe v jedro. Za razliko od razreda II so encimi I. razreda preprostejši. Imajo le eno katalitično domeno in domeno dsRBD. Razred III, v katerega uvrščamo encim Dicer, vsebujejo helikazno domeno, PAZ domeno in DUF283 domeno, ne glede na nukleazno in dsRBD domeno. Človeški genom kodira le dve ribonukleazi III – Dicer in Drosho. Homologi Droshe so prisotni le pri živalih.<br />
<br />
== Odkritje ==<br />
<br />
Drosha je bila odkrita pri Drosphilli (vinska mušica). Človeški homolog je bil sprva opisan kot protein, ki reagira s transkripcijskimi faktorji Sp1. Prvo raziskavo delovanja Droshe so opravili Stanley Crooke in sodelavci in so jo na podlagi rezultatov raziskave dodelili v družino ribonukleaz III. Dokazali so, da je Drosha jedrni protein. Opravili so eksperiment, kjer so z negativno regulacijo s protismiselnimi oligonukleotidi zmanjšali delovanje Droshe. Posledica zmanjšanega delovanja se je kazala v kopičenju intermediatov pri nastajanju pre-miRNA oz. kopičenju pri-miRNA. Tako so dokazali, da ima Drosha pomembno vlogo pri zorenju miRNA. Kasnejše raziskave so pokazale, da proces zorenja miRNA poteka v dveh stopnjah. V prvi stopnji encim Drosha v jedru prepozna substrat, začetni transkript oz. pri-miRNA, in ga cepi. Produkt cepitve je pre-miRNA, ki je dolga približno 70 nukleotidov. Pre-miRNA se nato prenese v citoplazmo, kjer poteče nadaljnja cepitev z encimom Dicer. Tako nastane zrela ~22 nukleotidov dolga molekula miRNA.<br />
<br />
== Struktura Droshe in Mirkoprocesor ==<br />
<br />
Encim Drosha sestavljata dve RNazni domeni, ki tvorita intramolekularni dimer, ki služi kot encimski katalitični center. Na 3`koncu verige pri-miRNA cepi domena RIIIDa, medtem ko domena RIIIDb cepi na 5`koncu verige, pri tem pa delujeta neodvisno druga od druge. Poleg RNaznih domen je na C- koncu še dsRBD domena, ki je sestavljena iz α heliksa (Ser1263-Thr1271), sledijo mu tri antiparalene β ploskve (Leu1283- Gly1314) in domena se konča z še enim α heliksom (Ile 1317-Lys-1331). Vse skupaj tvori αβββα strukturo. [http://www.rcsb.org/pdb/explore/images.do?structureId=2KHX Strukturo dsRBD domene] so razrešili s pomočjo NMR metode. Drosha ima poleg katalitičnih domen in dsRBD domene še N-terminalno domeno, ki predstavlja jedrni lokalizacijski signal. <br />
<br />
Ker dsRBD domena ni dovolj za vezavo substrata na encim, drosha potrebuje partnerski protein, ki prepozna pri-miRNA. Imenuje se DGCR8 (DiGeorge syndrome critical region 8), znan kot Pasha pri Drosphilla melongaster in C. elegans. Da je Drosha res odvisna od partnerskega proteina, dokazuje naslednji opravljen poskus. Skoraj povsem so izčrpali oz. zmanjšali koncentracijo DGCR8. Posledično je naraščala koncentracija pri-miRNA, medtem ko sta koncentraciji pre-miRNA in miRNA upadali. Tako so dokazali, da niti Drosha, niti DGCR8 sama nista bila aktivna, zato cepitev pri-miRNA ni potekla, medtem ko je kompleks obeh encimov postal aktiven. To je služilo kot dokaz, da je DGCR8 pomemben kofaktor encima Drosha. <br />
DGCR8 vsebuje dve dsRBD domeni, ki prepoznata ssRNA segment na pri-miRNA in se zasidra na mesto med ssRNA (enovijačna RNA) in dsRNA (dvovijačna RNA) ter tako signalizira Droshi, da cepi ~11 bp stran od te povezave. V svoji osrednji regiji DGCR8 vsebuje tudi WW domeno (imenuje se tudi Rsp5/wwp), ki ima dva močno ohranjena triptofanska ostanka, ločena s približno 20 aminokislinami. Ta domena dobro reagira s prolini bogatimi regijami. Ker je Drosha bogata s prolini na N-koncu, lahko s kofaktorjem DGCR8 reagira preko domene WW. [http://c431376.r76.cf2.rackcdn.com/2282/fmicb-01-00108-HTML/image_m/fmicb-01-00108-g001.jpghttp Domene, ki tvorijo Drosho in DGCR8]<br />
<br />
Drosha in DGCR8 se povežeta med seboj in tako tvorita funkcionalni kompleks, znan kot Mikroprocesor, 500- 650 kDa velik encimski kompleks. Mikroprocesor katalizira cepitev dolgih primarnih mi-RNA transkriptov (pri-mi RNA) v kratke lasnice (pre-mi RNA), dolge približno 70 nukleotidov. Ključno vpliva na specifičnost miRNA, saj določi kje bo deloval naslednji RNAzni encim Dicer. Vse pri-miRNA vsebujejo terminalno zanko, so dvovijačne molekule in vsebujejo sekvenco, ki je enovijačna. In ravno te značilnosti omogočajo mikroprocesorju prepoznavanje pravega mesta cepitve. Raziskave so pokazale, da lahko Mirkoprocesor vsebuje več kopij proteina Droshe ali DGCR8, ali drugih proteinov povezanih z Drosho in DGCR8. <br />
<br />
Mikroprocesor ima večjo afiniteto in specifičnost do substrata, kot bi jo imela posamezna encima Drosha in DGCR8, vezana na pri-miRNA. 5` in 3` konec pri-miRNA sta osnovna segmenta začetnega transkripta RNA, nadaljujeta se v spodnjo dvovijačno RNA, ki poteka od osnovnih segmentov do mesta cepitve, od mesta cepitve pa do terminalne oz. končne zanke pa poteka zgornja dvovijačna RNA. dsRBD domena proteina DGCR8 lahko prepozna oba dela dvovijačne RNA, spodnjega in zgornjega. Domena dsRBD encima Drosha pa se lahko veže na centralno mesto blizu mesta cepitve pri-miRNA. <br />
Drosha deluje kot katalitična podenota, medtem ko je DGCR8 (Pasha) ključen za prepoznavanje substrata (pri-mi RNA). Dve podenoti encima Drosha interagirata med seboj in ustvarita intramolekularni dimer, kjer vsaka od katalitičnih enot cepi eno od dsRNA. RIIIDb cepi na 5` strani lasnice in RIIDa cepi na 3` strani. To povzroči, da se pojavita na 3` koncu dva prosta nukleotida, ki ˝štrlita˝ ven- štrleča konca. Ta dva prosta nukleotida sta zelo pomembna, saj ju encim Eksportin 5 prepozna in tako omogoči [http://helicase.pbworks.com/f/1239290091/14f1.jpeg prenos pre-mi RNA iz jedra v citoplazmo]. <br />
<br />
== Regulacija ==<br />
<br />
Mikroprocesor je pri biogenezi miRNA prvi člen regulacije. Regulacija poteka preko uravnavanja mikroprocesorjeve aktivnosti. Drosha in DGCR8 sta regulirana tako transkripcijsko kot postranskripcijsko.<br />
Če se koncentracije Droshe in DGCR8 zvišane v celici, Mikroprocesor cepi DGCR8 mRNA. To povzroči zmanjšano sintezo DGCR8 in s tem destabilizacijo proteina Droshe. Kar privede do inaktivacije Mikroprocesorja. Mikroprocesor ima lastnosti avtoregulacije.<br />
Proteini, ki vplivajo na delovanje- regulacijo mikroprocesorja so t.i. DEAD box proteini. To sta predvsem proteina p68 in p72. Sta od ATP odvisna helikazna proteina. Poleg beljakovinskega kompleksa spliceosoma sta pomembna pri izrezovanju intronov in opravljata helikazno funkcijo. Ta dva proteina vplivata na mnoge druge proteine in transkripcijske faktorje, kot so: Smads, p53 in receptorji za estrogen. Smads so transkripcijski faktorji, ki so pozitivni regulatorji Droshe. So signalne molekule družine TGFβ. Smads regulirajo gensko ekspresijo že v samem začetku, tako, da vplivajo na transkripcijo DNA ali pa postranskripcijsko vplivajo na zorenje miRNA tako, da se v jedru vežejo na Drosho in p68 ter omogočijo Droshi vezavo na pravo mesto za cepitev. P53 je tudi pozitivni regulator nastanka miRNA. p53 deluje tako, da se poveže z helikazo p68 in olajša inerakcijo Drosha-pri-miRNA. Receptor za estrogen (ERα) je naegativni regulator in deluje tako, da se poveže z estradiolom in z p68 ali p72 ter povzroči, da se Drosha odcepi od pri-mi RNA in s tem prepreči nadaljno zorenje miRNA. (http://jb.oxfordjournals.org/content/148/4/381/F2.expansion.html)<br />
<br />
== Literatura ==<br />
<br />
# Carmichael, G.G. RNA silencing: Methods and protocols. New Yersey, Humana Press, 2005<br />
# Dusebery D.N.B., Hata A. Mechanisms of control of micro RNA biogenesis. The journal of biochemistry.2010, 148,4:381-392<br />
# Yeom et. al. Caracterization of DGCR8/Pasha, the essential cofactor for Drosha in primary miRNA processing. Nucelic Acid Research, 2006, vol. 34, no. 16, 4622-4629<br />
# Mueller et. al. Solution structure of the Drosha double-stranded RNA-binding domain. Silence, 2010, 1-5<br />
# Zeng, Y., Ruy, Y. in Cullen, B.R. Recognition and cleavage of primary microRNA precursor by the nuclear processing enzyme Drosha. The EMBO journal, 2005, vol. 24, no. 1, 138-148<br />
<br />
<br />
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6520BIO2 Seminar 20112011-11-20T22:54:34Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>= Biokemijski seminar =<br />
<br />
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br />
<br />
Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br />
<br />
== Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! ==<br />
Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br />
{| {{table}}<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''<br />
|-<br />
| Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br />
|-<br />
| Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br />
|-<br />
| Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br />
|-<br />
| Katra Koman||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Katra_Koman:_INZULIN Protein of the 20th century]||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br />
|-<br />
| Ana Dolinar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ana_Dolinar:_Univerzalna_kri_.E2.80.93_prihodnost_transfuzijske_medicine.3F The juice of life]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br />
|-<br />
| Urška Rauter||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ur.C5.A1ka_Rauter:_A_Green_Glow:_zgradba_in_funkcija_encima_luciferaze A green glow]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br />
|-<br />
| Taja Karner||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Taja_Karner:_Glavoboli_in_migrene Throb]||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br />
|-<br />
| Rok Štemberger||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_.C5.A0temberger:_Protein_GABAA_.28gama_aminomaslena_kislina_A.29_-_zgradba.2C_vloga_in_zanimivosti Forbidden fruit]||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br />
|-<br />
| Maša Mohar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ma.C5.A1a_Mohar:_Mo.C5.A1ki_ali_.C5.BEenska_to_je_sedaj_vpra.C5.A1anje.3F.28SRY_-_faktor_za_dolo.C4.8Ditev_spola.29 The tenuous nature of sex]||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br />
|-<br />
| Veronika Jarc||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Veronika_Jarc:_Perforin Our hollow architecture]||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br />
|-<br />
| Mirjam Kmetič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mirjam_Kmeti.C4.8D:_Mint_condition_.28limonen-3-hidroksilaza_in_limonen-6-hidroksilaza.29 Mint condition]||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br />
|-<br />
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||01.12.11||20.1.12||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br />
|-<br />
| Tjaša Flis||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Life's tremors]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br />
|-<br />
| Sandi Botonjić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Nature's junkie]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br />
|-<br />
| Kaja Javoršek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Kaja_Javor.C5.A1ek:_A_grey_matter A grey matter]||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Dominik Kert||Tjaša Flis<br />
|-<br />
| Rok Vene||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_Vene:_A_mind_astray A mind astray]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br />
|-<br />
| Ines Šterbal||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 LTP1]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br />
|-<br />
| Matja Zalar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matja_Zalar:_Vloga_SRK_in_SCR_proteinov_pri_prepre.C4.8Devanju_incestnega_razmno.C5.BEevanja_c Do it yourself]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br />
|-<br />
| Matevž Ambrožič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Ambro.C5.BEi.C4.8D:_BSX_protein_in_debelost Of fidgets and food]||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br />
|-<br />
| Matevž Merljak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Merljak:_CEM15.2C_VIF_in_infektivnost_retrovirusov Protein wars]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik<br />
|-<br />
| Mitja Crček||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mijta_Cr.C4.8Dek:_DSIP_in_spanje When your day draws to an end]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Andrej Vrankar <br />
|-<br />
| Dominik Kert||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Dominik_Kert:_FOXP2.2C_govore.C4.8Di_protein FOXP2, govoreči protein]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br />
|-<br />
| Petra Malavašič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Petra_Malava.C5.A1i.C4.8D:_Ureaza_bakterije_Helicobacter_pylori Going unnoticed]||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br />
|-<br />
| Eva Knapič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Eva_Knapi.C4.8D:_TSH3_-_Kaj_novorojen.C4.8Dkom_omogo.C4.8Da_zadihati? Life's first breath]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br />
|-<br />
| Marko Radojković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Marko_Radojkovi.C4.87:_Fluoroscentni_proteini_in_njihova_uporaba_v_.C5.BEiv.C4.8Dnem_sistemu Paint my thoughts]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br />
|-<br />
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br />
|-<br />
| Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br />
|-<br />
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br />
|-<br />
| Ana Remžgar||I'll have you for supper||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br />
|-<br />
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br />
|-<br />
| Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br />
|-<br />
| Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br />
|-<br />
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br />
|-<br />
| Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br />
|-<br />
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br />
|-<br />
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br />
|-<br />
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br />
|-<br />
| Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br />
|-<br />
| Karmen Hrovat||The thread of life||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br />
|-<br />
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br />
|-<br />
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br />
|-<br />
| Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br />
|-<br />
| Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br />
|-<br />
| Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br />
|-<br />
| Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br />
|-<br />
| Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br />
|-<br />
| Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br />
|-<br />
| Urška Rode||Smart sweat||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br />
|-<br />
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|}<br />
<br />
== Gradivo za seminarje ==<br />
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br />
username: bio2<br />
password: samozame<br />
<br />
==Naloga==<br />
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''<br />
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br />
<br />
V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:<br />
<br />
* sekvenca proteina in [http://www.uniprot.org/ UniProt] oznaka proteina<br />
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br />
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br />
<br />
Za pripravo seminarja velja naslednje:<br><br />
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br />
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br />
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br />
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br />
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo] na spletu.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFNXUDBCRVBaVExvOFVxakpJUHRnOEE6MA mnenje] najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
==Citiranje virov==<br />
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br />
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br />
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br><br />
'''Citiranje knjig:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br><br />
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br><br />
<br />
Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br><br />
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br><br />
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br />
<br />
'''Citiranje člankov:'''<br><br />
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br />
<br />
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br><br />
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br />
<br />
Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br><br />
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br><br />
<br />
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br />
<br />
<br />
'''Citiranje spletnih virov:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br><br />
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br><br />
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6519BIO2 Seminar 20112011-11-20T22:40:47Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>= Biokemijski seminar =<br />
<br />
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br />
<br />
Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br />
<br />
== Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! ==<br />
Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br />
{| {{table}}<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''<br />
|-<br />
| Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br />
|-<br />
| Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br />
|-<br />
| Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br />
|-<br />
| Katra Koman||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Katra_Koman:_INZULIN Protein of the 20th century]||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br />
|-<br />
| Ana Dolinar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ana_Dolinar:_Univerzalna_kri_.E2.80.93_prihodnost_transfuzijske_medicine.3F The juice of life]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br />
|-<br />
| Urška Rauter||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ur.C5.A1ka_Rauter:_A_Green_Glow:_zgradba_in_funkcija_encima_luciferaze A green glow]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br />
|-<br />
| Taja Karner||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Taja_Karner:_Glavoboli_in_migrene Throb]||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br />
|-<br />
| Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br />
|-<br />
| Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br />
|-<br />
| Veronika Jarc||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Veronika_Jarc:_Perforin Our hollow architecture]||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br />
|-<br />
| Mirjam Kmetič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mirjam_Kmeti.C4.8D:_Mint_condition_.28limonen-3-hidroksilaza_in_limonen-6-hidroksilaza.29 Mint condition]||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br />
|-<br />
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||01.12.11||20.1.12||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br />
|-<br />
| Tjaša Flis||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Life's tremors]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br />
|-<br />
| Sandi Botonjić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Nature's junkie]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br />
|-<br />
| Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Dominik Kert||Tjaša Flis<br />
|-<br />
| Rok Vene||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_Vene:_A_mind_astray A mind astray]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br />
|-<br />
| Ines Šterbal||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 LTP1]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br />
|-<br />
| Matja Zalar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matja_Zalar:_Vloga_SRK_in_SCR_proteinov_pri_prepre.C4.8Devanju_incestnega_razmno.C5.BEevanja_c Do it yourself]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br />
|-<br />
| Matevž Ambrožič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Ambro.C5.BEi.C4.8D:_BSX_protein_in_debelost Of fidgets and food]||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br />
|-<br />
| Matevž Merljak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Merljak:_CEM15.2C_VIF_in_infektivnost_retrovirusov Protein wars]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik<br />
|-<br />
| Mitja Crček||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mijta_Cr.C4.8Dek:_DSIP_in_spanje When your day draws to an end]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Andrej Vrankar <br />
|-<br />
| Dominik Kert||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Dominik_Kert:_FOXP2.2C_govore.C4.8Di_protein FOXP2, govoreči protein]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br />
|-<br />
| Petra Malavašič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Petra_Malava.C5.A1i.C4.8D:_Ureaza_bakterije_Helicobacter_pylori Going unnoticed]||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br />
|-<br />
| Eva Knapič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Eva_Knapi.C4.8D:_TSH3_-_Kaj_novorojen.C4.8Dkom_omogo.C4.8Da_zadihati? Life's first breath]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br />
|-<br />
| Marko Radojković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Marko_Radojkovi.C4.87:_Fluoroscentni_proteini_in_njihova_uporaba_v_.C5.BEiv.C4.8Dnem_sistemu Paint my thoughts]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br />
|-<br />
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br />
|-<br />
| Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br />
|-<br />
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br />
|-<br />
| Ana Remžgar||I'll have you for supper||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br />
|-<br />
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br />
|-<br />
| Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br />
|-<br />
| Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br />
|-<br />
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br />
|-<br />
| Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br />
|-<br />
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br />
|-<br />
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br />
|-<br />
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br />
|-<br />
| Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br />
|-<br />
| Karmen Hrovat||The thread of life||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br />
|-<br />
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br />
|-<br />
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br />
|-<br />
| Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br />
|-<br />
| Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br />
|-<br />
| Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br />
|-<br />
| Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br />
|-<br />
| Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br />
|-<br />
| Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br />
|-<br />
| Urška Rode||Smart sweat||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br />
|-<br />
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|}<br />
<br />
== Gradivo za seminarje ==<br />
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br />
username: bio2<br />
password: samozame<br />
<br />
==Naloga==<br />
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''<br />
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br />
<br />
V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:<br />
<br />
* sekvenca proteina in [http://www.uniprot.org/ UniProt] oznaka proteina<br />
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br />
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br />
<br />
Za pripravo seminarja velja naslednje:<br><br />
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br />
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br />
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br />
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br />
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo] na spletu.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFNXUDBCRVBaVExvOFVxakpJUHRnOEE6MA mnenje] najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
==Citiranje virov==<br />
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br />
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br />
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br><br />
'''Citiranje knjig:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br><br />
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br><br />
<br />
Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br><br />
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br><br />
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br />
<br />
'''Citiranje člankov:'''<br><br />
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br />
<br />
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br><br />
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br />
<br />
Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br><br />
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br><br />
<br />
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br />
<br />
<br />
'''Citiranje spletnih virov:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br><br />
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br><br />
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6518BIO2 Seminar 20112011-11-20T22:33:33Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>= Biokemijski seminar =<br />
<br />
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br />
<br />
Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br />
<br />
== Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! ==<br />
Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br />
{| {{table}}<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''<br />
|-<br />
| Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br />
|-<br />
| Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br />
|-<br />
| Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br />
|-<br />
| Katra Koman||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Katra_Koman:_INZULIN Protein of the 20th century]||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br />
|-<br />
| Ana Dolinar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ana_Dolinar:_Univerzalna_kri_.E2.80.93_prihodnost_transfuzijske_medicine.3F The juice of life]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br />
|-<br />
| Urška Rauter||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ur.C5.A1ka_Rauter:_A_Green_Glow:_zgradba_in_funkcija_encima_luciferaze A green glow]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br />
|-<br />
| Taja Karner||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Taja_Karner:_Glavoboli_in_migrene Throb]||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br />
|-<br />
| Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br />
|-<br />
| Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br />
|-<br />
| Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br />
|-<br />
| Mirjam Kmetič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mirjam_Kmeti.C4.8D:_Mint_condition_.28limonen-3-hidroksilaza_in_limonen-6-hidroksilaza.29 Mint condition]||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br />
|-<br />
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||01.12.11||20.1.12||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br />
|-<br />
| Tjaša Flis||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Life's tremors]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br />
|-<br />
| Sandi Botonjić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Nature's junkie]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br />
|-<br />
| Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Dominik Kert||Tjaša Flis<br />
|-<br />
| Rok Vene||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_Vene:_A_mind_astray A mind astray]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br />
|-<br />
| Ines Šterbal||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 LTP1]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br />
|-<br />
| Matja Zalar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matja_Zalar:_Vloga_SRK_in_SCR_proteinov_pri_prepre.C4.8Devanju_incestnega_razmno.C5.BEevanja_c Do it yourself]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br />
|-<br />
| Matevž Ambrožič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Ambro.C5.BEi.C4.8D:_BSX_protein_in_debelost Of fidgets and food]||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br />
|-<br />
| Matevž Merljak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Merljak:_CEM15.2C_VIF_in_infektivnost_retrovirusov Protein wars]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik<br />
|-<br />
| Mitja Crček||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mijta_Cr.C4.8Dek:_DSIP_in_spanje When your day draws to an end]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Andrej Vrankar <br />
|-<br />
| Dominik Kert||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Dominik_Kert:_FOXP2.2C_govore.C4.8Di_protein FOXP2, govoreči protein]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br />
|-<br />
| Petra Malavašič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Petra_Malava.C5.A1i.C4.8D:_Ureaza_bakterije_Helicobacter_pylori Going unnoticed]||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br />
|-<br />
| Eva Knapič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Eva_Knapi.C4.8D:_TSH3_-_Kaj_novorojen.C4.8Dkom_omogo.C4.8Da_zadihati? Life's first breath]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br />
|-<br />
| Marko Radojković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Marko_Radojkovi.C4.87:_Fluoroscentni_proteini_in_njihova_uporaba_v_.C5.BEiv.C4.8Dnem_sistemu Paint my thoughts]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br />
|-<br />
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br />
|-<br />
| Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br />
|-<br />
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br />
|-<br />
| Ana Remžgar||I'll have you for supper||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br />
|-<br />
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br />
|-<br />
| Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br />
|-<br />
| Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br />
|-<br />
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br />
|-<br />
| Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br />
|-<br />
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br />
|-<br />
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br />
|-<br />
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br />
|-<br />
| Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br />
|-<br />
| Karmen Hrovat||The thread of life||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br />
|-<br />
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br />
|-<br />
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br />
|-<br />
| Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br />
|-<br />
| Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br />
|-<br />
| Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br />
|-<br />
| Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br />
|-<br />
| Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br />
|-<br />
| Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br />
|-<br />
| Urška Rode||Smart sweat||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br />
|-<br />
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|}<br />
<br />
== Gradivo za seminarje ==<br />
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br />
username: bio2<br />
password: samozame<br />
<br />
==Naloga==<br />
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''<br />
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br />
<br />
V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:<br />
<br />
* sekvenca proteina in [http://www.uniprot.org/ UniProt] oznaka proteina<br />
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br />
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br />
<br />
Za pripravo seminarja velja naslednje:<br><br />
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br />
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br />
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br />
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br />
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo] na spletu.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFNXUDBCRVBaVExvOFVxakpJUHRnOEE6MA mnenje] najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
==Citiranje virov==<br />
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br />
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br />
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br><br />
'''Citiranje knjig:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br><br />
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br><br />
<br />
Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br><br />
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br><br />
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br />
<br />
'''Citiranje člankov:'''<br><br />
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br />
<br />
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br><br />
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br />
<br />
Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br><br />
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br><br />
<br />
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br />
<br />
<br />
'''Citiranje spletnih virov:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br><br />
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br><br />
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6517BIO2 Seminar 20112011-11-20T22:32:11Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>= Biokemijski seminar =<br />
<br />
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br />
<br />
Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br />
<br />
== Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! ==<br />
Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br />
{| {{table}}<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''<br />
|-<br />
| Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br />
|-<br />
| Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br />
|-<br />
| Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br />
|-<br />
| Katra Koman||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Katra_Koman:_INZULIN Protein of the 20th century]||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br />
|-<br />
| Ana Dolinar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ana_Dolinar:_Univerzalna_kri_.E2.80.93_prihodnost_transfuzijske_medicine.3F The juice of life]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br />
|-<br />
| Urška Rauter||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ur.C5.A1ka_Rauter:_A_Green_Glow:_zgradba_in_funkcija_encima_luciferaze A green glow]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br />
|-<br />
| Taja Karner||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Taja_Karner:_Glavoboli_in_migrene Throb]||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br />
|-<br />
| Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br />
|-<br />
| Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br />
|-<br />
| Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br />
|-<br />
| Mirjam Kmetič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mirjam_Kmeti.C4.8D:_Mint_condition_.28limonen-3-hidroksilaza_in_limonen-6-hidroksilaza.29 Mint condition]||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br />
|-<br />
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||01.12.11||20.1.12||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br />
|-<br />
| Tjaša Flis||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Life's tremors]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br />
|-<br />
| Sandi Botonjić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Nature's junkie]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br />
|-<br />
| Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Dominik Kert||Tjaša Flis<br />
|-<br />
| Rok Vene||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_Vene:_A_mind_astray A mind astray]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br />
|-<br />
| Ines Šterbal||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 LTP1]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br />
|-<br />
| Matja Zalar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matja_Zalar:_Vloga_SRK_in_SCR_proteinov_pri_prepre.C4.8Devanju_incestnega_razmno.C5.BEevanja_c Do it yourself]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br />
|-<br />
| Matevž Ambrožič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Ambro.C5.BEi.C4.8D:_BSX_protein_in_debelost Of fidgets and food]||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br />
|-<br />
| Matevž Merljak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Merljak:_CEM15.2C_VIF_in_infektivnost_retrovirusov Protein wars]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik<br />
|-<br />
| Mitja Crček||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mijta_Cr.C4.8Dek:_DSIP_in_spanje When your day draws to an end]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Andrej Vrankar <br />
|-<br />
| Dominik Kert||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Dominik_Kert:_FOXP2.2C_govore.C4.8Di_protein FOXP2, govoreči protein]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br />
|-<br />
| Petra Malavašič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Petra_Malava.C5.A1i.C4.8D:_Ureaza_bakterije_Helicobacter_pylori, Going unnoticed]||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br />
|-<br />
| Eva Knapič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Eva_Knapi.C4.8D:_TSH3_-_Kaj_novorojen.C4.8Dkom_omogo.C4.8Da_zadihati? Life's first breath]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br />
|-<br />
| Marko Radojković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Marko_Radojkovi.C4.87:_Fluoroscentni_proteini_in_njihova_uporaba_v_.C5.BEiv.C4.8Dnem_sistemu Paint my thoughts]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br />
|-<br />
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br />
|-<br />
| Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br />
|-<br />
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br />
|-<br />
| Ana Remžgar||I'll have you for supper||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br />
|-<br />
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br />
|-<br />
| Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br />
|-<br />
| Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br />
|-<br />
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br />
|-<br />
| Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br />
|-<br />
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br />
|-<br />
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br />
|-<br />
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br />
|-<br />
| Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br />
|-<br />
| Karmen Hrovat||The thread of life||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br />
|-<br />
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br />
|-<br />
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br />
|-<br />
| Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br />
|-<br />
| Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br />
|-<br />
| Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br />
|-<br />
| Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br />
|-<br />
| Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br />
|-<br />
| Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br />
|-<br />
| Urška Rode||Smart sweat||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br />
|-<br />
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|}<br />
<br />
== Gradivo za seminarje ==<br />
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br />
username: bio2<br />
password: samozame<br />
<br />
==Naloga==<br />
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''<br />
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br />
<br />
V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:<br />
<br />
* sekvenca proteina in [http://www.uniprot.org/ UniProt] oznaka proteina<br />
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br />
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br />
<br />
Za pripravo seminarja velja naslednje:<br><br />
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br />
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br />
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br />
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br />
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo] na spletu.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFNXUDBCRVBaVExvOFVxakpJUHRnOEE6MA mnenje] najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
==Citiranje virov==<br />
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br />
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br />
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br><br />
'''Citiranje knjig:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br><br />
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br><br />
<br />
Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br><br />
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br><br />
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br />
<br />
'''Citiranje člankov:'''<br><br />
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br />
<br />
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br><br />
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br />
<br />
Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br><br />
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br><br />
<br />
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br />
<br />
<br />
'''Citiranje spletnih virov:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br><br />
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br><br />
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6516BIO2 Seminar 20112011-11-20T22:23:48Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>= Biokemijski seminar =<br />
<br />
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br />
<br />
Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br />
<br />
== Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! ==<br />
Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br />
{| {{table}}<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''<br />
|-<br />
| Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br />
|-<br />
| Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br />
|-<br />
| Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br />
|-<br />
| Katra Koman||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Katra_Koman:_INZULIN Protein of the 20th century]||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br />
|-<br />
| Ana Dolinar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ana_Dolinar:_Univerzalna_kri_.E2.80.93_prihodnost_transfuzijske_medicine.3F The juice of life]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br />
|-<br />
| Urška Rauter||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ur.C5.A1ka_Rauter:_A_Green_Glow:_zgradba_in_funkcija_encima_luciferaze A green glow]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br />
|-<br />
| Taja Karner||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Taja_Karner:_Glavoboli_in_migrene Throb]||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br />
|-<br />
| Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br />
|-<br />
| Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br />
|-<br />
| Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br />
|-<br />
| Mirjam Kmetič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mirjam_Kmeti.C4.8D:_Mint_condition_.28limonen-3-hidroksilaza_in_limonen-6-hidroksilaza.29 Mint condition]||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br />
|-<br />
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||01.12.11||20.1.12||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br />
|-<br />
| Tjaša Flis||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Life's tremors]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br />
|-<br />
| Sandi Botonjić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Nature's junkie]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br />
|-<br />
| Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Dominik Kert||Tjaša Flis<br />
|-<br />
| Rok Vene||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_Vene:_A_mind_astray A mind astray]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br />
|-<br />
| Ines Šterbal||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 LTP1]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br />
|-<br />
| Matja Zalar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matja_Zalar:_Vloga_SRK_in_SCR_proteinov_pri_prepre.C4.8Devanju_incestnega_razmno.C5.BEevanja_c Do it yourself]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br />
|-<br />
| Matevž Ambrožič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Ambro.C5.BEi.C4.8D:_BSX_protein_in_debelost Of fidgets and food]||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br />
|-<br />
| Matevž Merljak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Merljak:_CEM15.2C_VIF_in_infektivnost_retrovirusov Protein wars]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik<br />
|-<br />
| Mitja Crček||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mijta_Cr.C4.8Dek:_DSIP_in_spanje When your day draws to an end]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Andrej Vrankar <br />
|-<br />
| Dominik Kert||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Dominik_Kert:_FOXP2.2C_govore.C4.8Di_protein FOXP2, govoreči protein]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br />
|-<br />
| Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br />
|-<br />
| Eva Knapič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Eva_Knapi.C4.8D:_TSH3_-_Kaj_novorojen.C4.8Dkom_omogo.C4.8Da_zadihati? Life's first breath]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br />
|-<br />
| Marko Radojković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Marko_Radojkovi.C4.87:_Fluoroscentni_proteini_in_njihova_uporaba_v_.C5.BEiv.C4.8Dnem_sistemu Paint my thoughts]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br />
|-<br />
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br />
|-<br />
| Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br />
|-<br />
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br />
|-<br />
| Ana Remžgar||I'll have you for supper||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br />
|-<br />
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br />
|-<br />
| Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br />
|-<br />
| Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br />
|-<br />
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br />
|-<br />
| Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br />
|-<br />
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br />
|-<br />
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br />
|-<br />
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br />
|-<br />
| Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br />
|-<br />
| Karmen Hrovat||The thread of life||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br />
|-<br />
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br />
|-<br />
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br />
|-<br />
| Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br />
|-<br />
| Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br />
|-<br />
| Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br />
|-<br />
| Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br />
|-<br />
| Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br />
|-<br />
| Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br />
|-<br />
| Urška Rode||Smart sweat||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br />
|-<br />
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|}<br />
<br />
== Gradivo za seminarje ==<br />
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br />
username: bio2<br />
password: samozame<br />
<br />
==Naloga==<br />
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''<br />
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br />
<br />
V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:<br />
<br />
* sekvenca proteina in [http://www.uniprot.org/ UniProt] oznaka proteina<br />
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br />
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br />
<br />
Za pripravo seminarja velja naslednje:<br><br />
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br />
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br />
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br />
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br />
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo] na spletu.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFNXUDBCRVBaVExvOFVxakpJUHRnOEE6MA mnenje] najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
==Citiranje virov==<br />
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br />
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br />
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br><br />
'''Citiranje knjig:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br><br />
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br><br />
<br />
Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br><br />
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br><br />
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br />
<br />
'''Citiranje člankov:'''<br><br />
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br />
<br />
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br><br />
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br />
<br />
Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br><br />
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br><br />
<br />
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br />
<br />
<br />
'''Citiranje spletnih virov:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br><br />
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br><br />
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6515BIO2 Seminar 20112011-11-20T22:18:19Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>= Biokemijski seminar =<br />
<br />
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br />
<br />
Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br />
<br />
== Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! ==<br />
Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br />
{| {{table}}<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''<br />
|-<br />
| Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br />
|-<br />
| Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br />
|-<br />
| Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br />
|-<br />
| Katra Koman||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Katra_Koman:_INZULIN Protein of the 20th century]||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br />
|-<br />
| Ana Dolinar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ana_Dolinar:_Univerzalna_kri_.E2.80.93_prihodnost_transfuzijske_medicine.3F The juice of life]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br />
|-<br />
| Urška Rauter||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ur.C5.A1ka_Rauter:_A_Green_Glow:_zgradba_in_funkcija_encima_luciferaze A green glow]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br />
|-<br />
| Taja Karner||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Taja_Karner:_Glavoboli_in_migrene Throb]||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br />
|-<br />
| Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br />
|-<br />
| Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br />
|-<br />
| Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br />
|-<br />
| Mirjam Kmetič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mirjam_Kmeti.C4.8D:_Mint_condition_.28limonen-3-hidroksilaza_in_limonen-6-hidroksilaza.29 Mint condition]||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br />
|-<br />
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||01.12.11||20.1.12||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br />
|-<br />
| Tjaša Flis||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Life's tremors]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br />
|-<br />
| Sandi Botonjić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Nature's junkie]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br />
|-<br />
| Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Dominik Kert||Tjaša Flis<br />
|-<br />
| Rok Vene||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_Vene:_A_mind_astray A mind astray]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br />
|-<br />
| Ines Šterbal||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 LTP1]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br />
|-<br />
| Matja Zalar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matja_Zalar:_Vloga_SRK_in_SCR_proteinov_pri_prepre.C4.8Devanju_incestnega_razmno.C5.BEevanja_c Do it yourself]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br />
|-<br />
| Matevž Ambrožič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Ambro.C5.BEi.C4.8D:_BSX_protein_in_debelost Of fidgets and food]||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br />
|-<br />
| Matevž Merljak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Merljak:_CEM15.2C_VIF_in_infektivnost_retrovirusov Protein wars]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik<br />
|-<br />
| Mitja Crček||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mijta_Cr.C4.8Dek:_DSIP_in_spanje When your day draws to an end]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Andrej Vrankar <br />
|-<br />
| Dominik Kert||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Dominik_Kert:_FOXP2.2C_govore.C4.8Di_protein FOXP2, govoreči protein]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br />
|-<br />
| Petra Malavašič||Ureaza bakterije Helicobacter pylori||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br />
|-<br />
| Eva Knapič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Eva_Knapi.C4.8D:_TSH3_-_Kaj_novorojen.C4.8Dkom_omogo.C4.8Da_zadihati? Life's first breath]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br />
|-<br />
| Marko Radojković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Marko_Radojkovi.C4.87:_Fluoroscentni_proteini_in_njihova_uporaba_v_.C5.BEiv.C4.8Dnem_sistemu Paint my thoughts]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br />
|-<br />
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br />
|-<br />
| Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br />
|-<br />
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br />
|-<br />
| Ana Remžgar||I'll have you for supper||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br />
|-<br />
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br />
|-<br />
| Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br />
|-<br />
| Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br />
|-<br />
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br />
|-<br />
| Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br />
|-<br />
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br />
|-<br />
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br />
|-<br />
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br />
|-<br />
| Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br />
|-<br />
| Karmen Hrovat||The thread of life||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br />
|-<br />
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br />
|-<br />
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br />
|-<br />
| Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br />
|-<br />
| Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br />
|-<br />
| Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br />
|-<br />
| Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br />
|-<br />
| Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br />
|-<br />
| Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br />
|-<br />
| Urška Rode||Smart sweat||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br />
|-<br />
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|}<br />
<br />
== Gradivo za seminarje ==<br />
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br />
username: bio2<br />
password: samozame<br />
<br />
==Naloga==<br />
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''<br />
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br />
<br />
V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:<br />
<br />
* sekvenca proteina in [http://www.uniprot.org/ UniProt] oznaka proteina<br />
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br />
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br />
<br />
Za pripravo seminarja velja naslednje:<br><br />
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br />
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br />
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br />
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br />
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo] na spletu.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFNXUDBCRVBaVExvOFVxakpJUHRnOEE6MA mnenje] najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
==Citiranje virov==<br />
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br />
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br />
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br><br />
'''Citiranje knjig:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br><br />
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br><br />
<br />
Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br><br />
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br><br />
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br />
<br />
'''Citiranje člankov:'''<br><br />
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br />
<br />
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br><br />
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br />
<br />
Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br><br />
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br><br />
<br />
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br />
<br />
<br />
'''Citiranje spletnih virov:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br><br />
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br><br />
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6514BIO2 Seminar 20112011-11-20T22:06:58Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>= Biokemijski seminar =<br />
<br />
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br />
<br />
Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br />
<br />
== Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! ==<br />
Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br />
{| {{table}}<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''<br />
|-<br />
| Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br />
|-<br />
| Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br />
|-<br />
| Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br />
|-<br />
| Katra Koman||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Katra_Koman:_INZULIN Protein of the 20th century]||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br />
|-<br />
| Ana Dolinar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ana_Dolinar:_Univerzalna_kri_.E2.80.93_prihodnost_transfuzijske_medicine.3F The juice of life]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br />
|-<br />
| Urška Rauter||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ur.C5.A1ka_Rauter:_A_Green_Glow:_zgradba_in_funkcija_encima_luciferaze A green glow]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br />
|-<br />
| Taja Karner||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Taja_Karner:_Glavoboli_in_migrene Throb]||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br />
|-<br />
| Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br />
|-<br />
| Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br />
|-<br />
| Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br />
|-<br />
| Mirjam Kmetič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mirjam_Kmeti.C4.8D:_Mint_condition_.28limonen-3-hidroksilaza_in_limonen-6-hidroksilaza.29 Mint condition]||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br />
|-<br />
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||01.12.11||20.1.12||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br />
|-<br />
| Tjaša Flis||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Life's tremors]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br />
|-<br />
| Sandi Botonjić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Sandi_Botonji.C4.87:_Kokain_esteraza Nature's junkie]||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br />
|-<br />
| Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Dominik Kert||Tjaša Flis<br />
|-<br />
| Rok Vene||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Rok_Vene:_A_mind_astray A mind astray]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br />
|-<br />
| Ines Šterbal||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 LTP1]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br />
|-<br />
| Matja Zalar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matja_Zalar:_Vloga_SRK_in_SCR_proteinov_pri_prepre.C4.8Devanju_incestnega_razmno.C5.BEevanja_c Do it yourself]||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br />
|-<br />
| Matevž Ambrožič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Ambro.C5.BEi.C4.8D:_BSX_protein_in_debelost Of fidgets and food]||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br />
|-<br />
| Matevž Merljak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Matev.C5.BE_Merljak:_CEM15.2C_VIF_in_infektivnost_retrovirusov Protein wars]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik<br />
|-<br />
| Mitja Crček||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Mijta_Cr.C4.8Dek:_DSIP_in_spanje When your day draws to an end]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Andrej Vrankar <br />
|-<br />
| Dominik Kert||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Dominik_Kert:_FOXP2.2C_govore.C4.8Di_protein FOXP2, govoreči protein]||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br />
|-<br />
| Petra Malavašič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Petra_Malava.C5.A1i.C4.8D:_Ureaza_bakterije_Helicobacter_pylori]||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br />
|-<br />
| Eva Knapič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Eva_Knapi.C4.8D:_TSH3_-_Kaj_novorojen.C4.8Dkom_omogo.C4.8Da_zadihati? Life's first breath]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br />
|-<br />
| Marko Radojković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Marko_Radojkovi.C4.87:_Fluoroscentni_proteini_in_njihova_uporaba_v_.C5.BEiv.C4.8Dnem_sistemu Paint my thoughts]||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br />
|-<br />
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br />
|-<br />
| Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br />
|-<br />
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br />
|-<br />
| Ana Remžgar||I'll have you for supper||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br />
|-<br />
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br />
|-<br />
| Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br />
|-<br />
| Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br />
|-<br />
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br />
|-<br />
| Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br />
|-<br />
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br />
|-<br />
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br />
|-<br />
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br />
|-<br />
| Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br />
|-<br />
| Karmen Hrovat||The thread of life||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br />
|-<br />
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br />
|-<br />
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br />
|-<br />
| Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br />
|-<br />
| Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br />
|-<br />
| Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br />
|-<br />
| Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br />
|-<br />
| Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br />
|-<br />
| Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br />
|-<br />
| Urška Rode||Smart sweat||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br />
|-<br />
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|}<br />
<br />
== Gradivo za seminarje ==<br />
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br />
username: bio2<br />
password: samozame<br />
<br />
==Naloga==<br />
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''<br />
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br />
<br />
V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:<br />
<br />
* sekvenca proteina in [http://www.uniprot.org/ UniProt] oznaka proteina<br />
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br />
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br />
<br />
Za pripravo seminarja velja naslednje:<br><br />
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br />
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br />
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br />
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br />
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo] na spletu.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFNXUDBCRVBaVExvOFVxakpJUHRnOEE6MA mnenje] najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
==Citiranje virov==<br />
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br />
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br />
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br><br />
'''Citiranje knjig:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br><br />
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br><br />
<br />
Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br><br />
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br><br />
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br />
<br />
'''Citiranje člankov:'''<br><br />
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br />
<br />
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br><br />
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br />
<br />
Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br><br />
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br><br />
<br />
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br />
<br />
<br />
'''Citiranje spletnih virov:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br><br />
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br><br />
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2011&diff=6497BIO2 Povzetki seminarjev 20112011-11-13T20:21:13Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>== Sara Draščič: On the spur of a whim ==<br />
<br />
Serotonin ali 5-hidroksitriptamin (5-HT) spada v skupino heterogenih biokemičnih snovi, ki prenašajo informacije po živčnem sistemu in ki jim rečemo nevrotransmiterji. Ima pomembno vlogo pri veliko najrazličnejših reakcijah v telesu. Njegovo nepravilno delovanje vpliva na počutje, apetit, slabost, spanje, telesno temperaturo, staranje, bolečino, anksioznost, agresijo, spomin, migrene in na številne druge procese v organizmu. Večina serotonina se sintetizira v prebavnem traktu, preostali del pa v centralnem živčnem sistemu in trombocitih. Kljub temu, da se sintetizira le v določenih delih telesa, je prisoten povsod. Dokaz za njegovo prisotnost pa so serotoninski receptorji. Serotonin ima veliko receptorjev, ki so jih organizirali v sedem skupin glede na njihove fiziološke in strukturne razlike. Ravno zaradi tako velikega števila raznoraznih receptorjev, je serotonin pomemben pri tolikih različnih procesih, saj je njegovo delovanje, v veliki meri, odvisno od tega, na kateri receptor se bo vezal. Veliki pomen pri delovanju serotonina ima tudi njegov transporter. To je protein, katerega struktura še ni znana, vendar vemo kje in na katerem kromosomu se nahaja. Transporter je tudi glavna tarča raznih antidepresivov in drog kot so ecstasy, kokain in LSD.<br />
<br />
== Ula Štok: Neuregulin 1 ==<br />
<br />
Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.<br />
<br />
== Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje ==<br />
<br />
Disleksija je motnja, ki se kaže v nesposobnosti branja oziroma razumevanja prebranega, ter napakah in težavah pri izgovarjanju besed. Disleksiki,kot imenujemo posameznike, ki trpijo za disleksijo, imajo kljub normalnim intelektualnim sposobnostim, znanjem in izobrazbo, moteni veščini pisanja in branja s tendenco, da pomešajo med seboj črke ali besede med branjem ali pisanjem. V zadnjih letih, so uspeli ugotoviti mesta na kromosomih, povezana z dovzetnostjo za disleksijo. DYX1C1,KIAA0319,DCDC2 in ROBO1, so bili označeni kot kandidati, z dovzetnostjo za disleksijo. Najbolj obetaven je protein KIAA0319. Je transmembranski protein iz desetih transmembranskih vijačnic, najden v plazemski membrani nevronov. Njegov C-terminalni konec gleda v ekstracelularni matriks, manjši N-terminalni konec pa prehaja v citoplazmo nevrona. C-terminalni konec je visoko glikoziliran in nosi 5 PKD(polycystyc kidney desease) domene in eno MANEC(motif at the N terminus with eight cysteines) domeno. KIAA0319 igra vlogo pri rasti možganov in njihovi migraciji med razvojem možganov-iz tega je razvidno, da je disleksija problem v razvoju nevronov že v zgodnjih letih. Posamezniki z disleksijo nosijo izoobliko tega proteina, ki povzroči nižjo izraženost le tega. Spremembe so v 5'-regiji, ki kodira izoobliko proteina. Najopaznejše povezave z disleksijo se kažejo v 2,3 kb regiji, ki zavzema promotor, prvi nepreveden ekson in del prvega introna – odprti kromatin. Te ugotovitve vodijo, da je 5'-regija KIAA0319 gena tista lokacija alelov, ki največ prispeva k motnji branja.<br />
<br />
== Katra Koman: INZULIN ==<br />
<br />
Inzulin je peptidni hormon, ki sodeluje v uravnavanju ravni glukoze v krvi. Sintetizira in skladišči se v β-celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke. Sinteza poteka od prekurzorske molekule preproinzulina preko proinzulina do dokončne zrele molekule inzulina, ki se shrani v skladiščnih veziklih. Ob povišanju ravni glukoze v krvi, na primer po obroku, glukoza, ki je tudi glavni stimulator sekrecije inzulina, iz krvi preide v β-celice skozi GLUT2 transporter. Tam se fosforilira v glukozo-6-fosfat, saj tako fosforilirana ne more več iz celice, lahko pa vstopi v proces glikolize, ki mu sledita še Krebsov cikel in oksidativna fosforilacija, ki povzroči pretvorbo ADP v ATP molekule. ATP molekula stimulira zaprtje kalijevih kanalčkov, kar privede do depolarizacije celične membrane, to pa sproži na odprtje kalcijevih kanalčkov in vdor Ca2+ ionov. Povišana koncentracija kalcijevih Ca2+ ionov v celici stimulira prenos in zlitje skladiščnih veziklov z inzulinom z membrano. Inzulin se tako sprosti v krvni obtok in potuje do tarčnih celic, ki imajo na površini izražene inzulinske receptorje. Ko se veže nanj, prenese signal o povišanju ravni glukoze v krvi v celico. To povzroči kaskado reakcij znotraj celice, ki pa na koncu privedejo do translokacije veziklov z GLUT4 transporterjev na površino celice. Število teh transporterjev za glukozo se na površini celične membrane poveča in glukoza lahko prehaja v celico, posledično pa pade raven glukoze v krvi. Razgradnja inzulina poteka v jetrih in ledvicah. Okvare na katerikoli stopnji poti inzulina se odražajo v diabetesu ali drugih boleznih.<br />
<br />
== Rok Štemberger: Protein GABAA (gama aminomaslena kislina A) - zgradba, vloga in zanimivosti ==<br />
<br />
V svoji seminarski nalogi sem raziskoval vlogo, pomen in zanimivosti proteina GABAA (gama-aminomaslena kislina A). To je receptor, ki se nahaja predvsem v centralnem živčnem sistemu in je zadolžen zato, da opravlja funkcijo inhibitorja. Lociran je na površini nevrotičnih sinaps in prekinja elektrokemični signal, tako da omogoči prehod kloridnih ionov znotraj celice. To se zgodi takrat ko se ustrezen ligand Gama veže na aktivno mesto tega receptorja. Konformacija podenot se spremeni in to omogoči aktivacijo receptorja. Znanstveniki so ugotovili, da obstaja več vrst GABAA receptorjev, kar pa je odvisno od sestave podenot. Najbolj pogoste podenote so alfa beta in gama v razmerju 2:2:1. V primeru da do prekinitve ne pride se lahko pojavijo epileptični napadi, psihiatrične motnje itd. Stres lahko v dobi odraščanja močno vpliva na GABAA receptorje in jih tudi permanentno strukturno spremeni, kar pa lahko kasneje v našem življenju vpliva predvsem na naš spanec in njegovo kvaliteto. Absint je bila v preteklosti prepovedana pijača, saj je povzročala razna obolenja zaradi substance imenovane tujon. Le ta se je vezala na GABAA receptorje in tako onemogočila njegovo delovanje, zato ker je preprečevala prehod kloridnih ionov v membrano. Sedaj potekajo raziskave teh receptorjev, saj je ključnega pomena čim boljša ozdravitev bolezni, ki nastanejo zaradi nepravilnega delovanja GABAA receptorja.<br />
<br />
== Veronika Jarc: Perforin ==<br />
<br />
Perforin je protein, ki nastane iz citotoksičnih limfocitov T. S pomočjo grancimov napade tarčno celico in jo uniči. Rečemo lahko, da je pomemben člen pri imunskem odzivu in sodeluje s NK celicami. Sestavljen je iz 555 aminokislin, njegova molekulska masa pa je 62-67 kD. Sestavljen je iz dveh pomembnih domen, domene MACPF in domene C2. Za domeno C2 je značilno, da ima afiniteto do Ca2+ ionov. Saj se na lipidni dvosloj veže le ob prisotnosti kalcija. Drugače obstajata dva različna tipa C2 domene, ki sta bila izolirana iz različnih organizmov. Lahko rečemo, da sta oba tipa zelo podobna v tem, da sta pri tipu 1 N-konec in C-konec obrnjena na vrh domene, kar je nasprotno kot pri tipu 2. Poznamo tri MACPF domene: Plu-MACPF, C8a MACPF in lipokalin C8g. Vse te domene primerjamo z skupino proteinov citolizinov in ugotovimo nekaj podobnosti in nekaj razlik. Na splošno, pa lahko rečemo, da je evolucija poskrbela tako, da so sta si domena MACPF in citolizini raszlični le v nekaj aminokislinah. Poznamo tri mehanizme kako perforin preide v tarčno celico in pri tem pomaga gramcimom B uničit to celico. Prvi mehanizem je prehajanje preko perforinske pore in sicer s pomočjo veziklov preide v celico. Naslednji mehanizem je endosomolitični model, pri katerem je pomemben kompleks s pomočjo katerega prehaja v celico. Kot zadnji mehanizem pa je model prehodne perforinske pore, ki pove, da perforin tvori kanalčke s pomočjo katerih grancimi B preidejo direktno v celico. Grancimi B so serinske proteaze, ki se sintetizirajo v citotoksičnih limfocitih T in NK celicah.<br />
<br />
== Taja Karner: Glavoboli in migrene ==<br />
<br />
Zaradi stresnega in hitrega tempa življenja, vse več ljudi trpi za občasnimi glavoboli, ki so najpogosteje posledica utrujenosti. Prav tako je vedno več ljudi, ki trpijo za močnejšimi oblikami glavobolov imenovanih migrene. V hujših oblikah migrene lahko glavobol traja do dva dni, močno migreno lahko spremljajo še drugi simptomi kot so slabost, bruhanje, občutljivost na svetlobo in močan zvok, depresija ter nespečnost. Mutacija, ki je največji krivec za nastanek bolezni se pojavlja na kromosomu 10 na genu KCNK18. Ta zapisuje protein TRESK, ki se nahaja v hrbtenjači in deluje kot kalijev kanalček. Mutacija povzroči, da ne pride do izmenjavanja ionov, kar povzroči hude glavobole. V raziskavah so odkrili zanimivo povezavo z anestetikom. Ta namreč ne glede na mutacijo ponovno aktivira kanal. To bi lahko učinkovito pozdravilo migrene, če bi ga le uspeli spraviti v primerno obliko. Ugotovili so tudi, da zdravila, ki vsebujejo citosporin in takrolimus v večini primerov povzročajo migrene v zdravstvu pa jih še vseeno pogosto uporabljajo. Odkritje te mutacije predstavlja revolucijo v zdravstvu in verjamem, da bo kmalu vodilo do odkritja učinkovitega zdravila proti migrenam.<br />
<br />
== Ana Dolinar: Univerzalna kri – prihodnost transfuzijske medicine? ==<br />
<br />
α-galaktozidaza (AGAL_HUMAN) je glikozil-hidrolazni encim. Spada v GH27-D (klan D, 27. družina) in ima aktivno mesto v obliki (β/α)8 sodčka. Encim zapisuje gen GLA, ki se nahaja na kromosomu X. <br />
<br />
Ideja o univerzalni krvi, ki bi bila primerna za transfuzijo, ne glede na krvno skupino pacienta, je med znanstveniki prisotna že približno trideset let. <br />
Razvili so tri metode za pretvorbo različnih antigenov v antigen 0 (po sistemu AB0), ki je primeren za transfuzijo v vse krvne skupine.<br />
:#Encimska razgradnja antigenov A in B do antigena 0. Za antigene A so uporabili α-N-acetilgalaktozaminidazo, vendar so antigeni preveč kompleksni in metoda ni bila uspešna. Pri antigenih B so dosegli popolno pretvorbo v antigen 0 z uporabo α-galaktozidaze iz bakterije ''Streptomyces griseoplanus''.<br />
:#Prekrivanje površine eritrocitov z maleimidofenil-polietilen-glikolom (Mal-Phe-PEG). Prekrije vse antigene, ne samo A ali B, vendar metoda ni uspešna, ker polietilen-glikol povzroča imunski odziv.<br />
:#Pridobivanje univerzalnih rdečih krvnih celic iz pluripotentnih matičnih celic. Uspeli so pridobiti zrele eritrocite, ki so popolnoma funkcionalni.<br />
Uporaba univerzalne krvi bi zmanjšala ali celo izničila imunski odziv ob transfuziji, prav tako ne bi bilo možnosti za transfuzijo napačne krvne skupne zaradi človeške napake. Metode trenutno niso dovolj izpopolnjene, da bi bilo možno pričakovati njeno uporabo v bližnji prihodnosti.<br />
<br />
== Maša Mohar: Moški ali ženska to je sedaj vprašanje?(SRY - faktor za določitev spola) ==<br />
<br />
SRY gen kodira Sry protein ki je član družine Sox (Sry related HMG box) transkripcijskih faktorjev. Poznamo jih okoli 20 pri človeku in miškah ter še mnogo drugih. Sox proteini imajo zelo različne vloge v embriogenezi in pri razvoju mnogih drugih organov. Tipično delujejo tako kot nekakšna stikala v diferenciaciji celic- sprožijo razvoj določenih celic. Sry je prav tako kot ostali člani te družine karakteriziran po HMG( high mobility group). HMG je drugače skupina specifičnih transkripcijskih faktorjev, ki imajo ~ 80 AK dolge strukturalno podobne domene za vezavo na DNA. Te domene oz. domena če je samo ena se veže na zaporedje (A/T)ACAA(T/A) v majhni žleb DNA. S tem ustvari zvitje DNA za približno 60- 85 stopinj. S tem ko se DNA zvije se razkrijejo mesta za izražanje drugih genov, recimo Sox9, ki kodira Sox9 protein ki pomaga pri diferenciaciji Sertoli celic in tako pri oblikovanju testisov, s tem pa determinira moški spol. Ugotovili smo tudi da obstaja veliko genskih bolezni povezanih s Sry genom in da lahko obstaja tudi ženska z XY spolnima kromosomoma, ker se pri njej zaradi mutacij Sry protein ne izrazi, prav tako pa obstajajo tudi moški z XX spolnima koromosomoma, kjer se enem od X kromosomov lahko izrazi SRY gen ob nepravilnostih pri očetovem delu zapisa. V bistvu sem prišla do zaključka da je zelo tanka meja med moškim in ženskim oblikovanjem spola, ena majhna mutacija oz. ena majhna razlika lahko privede do nastanka ženske ali moškega.<br />
<br />
<br />
== Urška Rauter: A Green Glow: zgradba in funkcija encima luciferaze ==<br />
Luciferaza je encim odvisen od ATP in magnezijevih ionov. Proces bioluminiscence se začne z vezavo na substrat luciferin, tvori se adenilatni intermediat in ob prisotnosti molekularnega kisika izhaja svetloba. Luciferaza je zgrajena iz dveh ločenih domen, večja se nahaja na N-koncu in manjša na C-koncu molekule, večja domena pa ima tudi svoje poddomene. Domeni sta med seboj ločeni z razpoko, kjer naj bi se po domnevanjih nahajalo tudi aktivno mesto encima. Luciferaza predstavlja tudi nov način mehanizma tvorbe adenilatnega intermediata med encimi in ponuja razlago za marsikatero metabolično pot.<br />
Velika dilema, ki me med znanstveniki ostaja pa je razlika v barvi svetlobe, ki jo proces oksidacije luciferina emitira. Najverjetneje je za to odločilna keto tavtomerna oblika oksiluciferina in tudi resnonančna stabilizacija njegovega fenolatnega aniona, čeprav so znanstveniki odkrili tudi veliko drugih možnih vzrokov za različne barve (različne aminokisline, polarnost okolja, pH, ...).<br />
Luciferaza se veliko uporablja v medicini, kjer služi kot marker molekul v telesu in tako pripomore k boljšem razumevanju različnih bolezni in infekcij, kot tudi sami strukturi celic in njenih organelov.<br />
<br />
== Mirjam Kmetič: Mint condition (limonen-3-hidroksilaza in limonen-6-hidroksilaza) ==<br />
<br />
Klasasta meta vsebuje encim limonen-6-hidroksilazo, ki sodeluje pri pridobivanju karvona. Poprova meta pa vsebuje limonen-3-hidroksilazo, ki je udeležena pri proizvodnji mentola. Obe hidroksilazi pripadata družini citokromov P450, njeni predstavniki pomembno sodelujejo pri proizvajanju različnih oksidiranih monoterpenov, ki so vir arom eteričnih olj. Karvon in mentol sta končna produkta hidroksilacije limonena. Ta encima sta si zelo podobna in njuni vezavni mesti za substrat sta zelo omejeni. Velja pravilo, da za spremembo aktivnosti v družini citokromov P450 potrebujemo določeno število mutacij, vendar je za modifikacijo vezavne aktivnosti limonenovih hidroksilaz potrebna samo ena. Ta fenilalanin v izolevcin mutacija povzroči, da se limonen-6-hidroksilaza spremeni v limonen-3-hidroksilazo! Mutiran encim je tako sposoben sinteze mentola tako kot encim v poprovi meti! Taka mutacija kaže, da sta prav ti dve aminokislini ne le nujni, temveč tudi prav zagotovo vpleteni pri orientaciji limonena v aktivnem mestu tako, da se ta hidroksilizira na ali C3 ali C6 poziciji. Posamične mutacije, ki lahko drastično spremenijo funkcijo proteina, so znanstveno zanimive. Nakazujejo ne le na zelo specifične manjše regije v sekvenici proteina, temveč so tudi ključne za razumevanje področij, kot so vezava in orientacija substrata, funkcija encima, metabolična pot in struktura vezavnega mesta.<br />
<br />
== Sandi Botonjić: Kokain esteraza ==<br />
<br />
Znanstveniki so v rizosferi kokinih plantaž (Erythroxylum coca) našli sev MB1, gram pozitivne bakterije Rhodococcus sp.. Tej bakteriji kokain predstavlja glavni vir ogljika in dušika in zato so znanstveniki izolirali osrednji encim njenega metabolizma tj. kokain esterazo (v nadaljevanju cocE). Encim je sestavljen iz treh domen: DOM1, ki vsebuje nabor kanoničnih α-vijačnic in β-ploskev; DOM2 - domena le z α-vijačnicami; in DOM3 je roladi podobna struktura z β-ploskvami. CocE je serinska esteraza, katere aktivno mesto se nahaja na stičišču vseh treh domen. Ta hidrolizira kokain na ekgonil metil ester in benzojsko kislino, ki nimata psihoaktivnih učinkov. CocE je pravi Ferrari v primerjavi z drugimi esterazami, saj lahko razgradi enako količino kokaina 1000 krat hitreje. Tako lahko postane neprecenljiva pri nujnih intervencijah v primeru prevelikega odmerka, saj bi intravenozni vbrizg cocE močno zmanjšal razpolovni čas kokaina. CocE je predmet številnih raziskav, v katerih znanstveniki proučujejo njeno termostabilnost in njenih mutiranih oblik, saj njen razpolovni čas pri fiziološki temperaturi traja le nekaj minut. Znanstveniki pa na podlagi ugotovitev iz raziskav cocE razvijajo tudi učinkovita protitelesa z vsaj podobnimi katalitičnimi parametri, ki bi brez imunskega odziva odlično delovala v bioloških sistemih.<br />
<br />
==Tjaša Flis: Parkinsonizem in Parkin protein==<br />
<br />
Parkinsonova bolezen je vse pogostejša bolezen pri starostnikih, njeni simptomi pa so tresavica, mišična otrdelost in upočasnjena motorika. Vzrok se skriva v propadu dopamnergičnih nevronskih celic. Bolezen je lahko avtosomno dominantno dedovana, kar pomeni, da pacienti podedujejo eno normalno in eno mutirano kopijo gena. Slednja prevladuje in se deduje naprej. Pri Parkinsonovi bolezni se mutacija zgodi v Park2 genu, ki kodira Parkin protein ali E3 ubikvitin ligazo. Parkin na poškodovane ali na preveč izražene proteine pripne ubikvitin (označevalni protein), ki jih nato usmeri v proteasom, to je velik razgradni kompleks v celicah.<br />
Če mutacija poškoduje Parkin, je pot razgradnje onemogočena, to pa pomeni, da se v celici akumulirajo odvečni proteini. Tvorijo se Lewy-eva telesca polna teh proteinov, ki nadomestijo celične organele v nevronskih celicah, kar vodi do prenehanja njihovega delovanja. Ker pa ima Parkin več kot samo en substrat ki ga ubikvitinira, je točen mehanizem bolezni še dandanes uganka.<br />
Eden izmed najbolj poznanih substratov je transmembranski protein Pael-R. Zvitje tega proteina poteka ob prisotnosti šaperonov. Prevelika koncentracija tega receptorja lahko izzove stres v endoplazmatskem retikulumu situiranem v nevronskih celicah. V primeru da je Parkin neaktiven, Pael-R povzroči celično smrt. Vendar to je le ena izmed možnih rešitev, substratov je namreč vsaj še dvajset, raziskave pa se nadaljujejo.<br />
<br />
== Matja Zalar: Vloga SRK in SCR proteinov pri preprečevanju incestnega razmnoževanja cvetočih rastlin ==<br />
<br />
Rastline so za zaščito pred samooplojevanjem razvile več vrst mehanizmov prepoznavanja lastnega peloda na molekularni ravni. Pri cvetočih rastlinah je najpogostejši mehanizem tipa SSI ali sporofitične lastne inkompatibilnosti. Pri družini ''Brassicaceae'' je za aktivacijo SSI ključna interakcija med transmembranskim proteinom SRK, ki predstavlja žensko determinanto odziva, in njenim ligandom - proteinom SCR, drugače imenovanim tudi moška determinanta odziva na lastno inkompatibilnost. Specifičnost vezave je zagotovljena s polimorfizmom alel obeh determinant. V posameznih vrstah je možno najti tudi do 100 različnih S-haplotipov genov za determinanti. <br />
Vezava liganda na receptor bo uspešna le, če oba izhajata iz istega S-haplotipa. Vezava SCR na zunajcelično, N-glikolizirano domeno SRK povzroči nastanek kompleksa treh proteinov, ki s svojo aktivnostjo sproži kaksado reakcij, kar v končni fazi pripelje do preprečitve samooploditve. <br />
Na neugodne življenske pogoje, ki so onemogočali medsebojno opraševanje, so se nekatere rastline prilagodile s favorizacijo samooplojevanja. Pri njih so mutacije S-lokusa, ki nosi zapis za SRK in SCR, povzročile nepravilno delovanje SI ali njegovo popolno odpoved. To pa seveda vodi v neprepoznavanje lastnega peloda in rastlina se samooprašuje. Najbolj znan primer take rastline je ''Arabidopsis thaliana'', ki se zaradi svojih specifičnih lastnosti uporablja kot modelni organizem v številnih študijah lastne inkompatibilnosti.<br />
<br />
== Matevž Ambrožič: BSX protein in debelost ==<br />
<br />
Za primeren občutek sitosti ali lakote glede na stanje energetskih zalog v telesu in odgovarjajoč vnos hrane ter porabo energije je odgovorna zapletena pot sporočanja. Začne se s tremi hormoni: inzulin, leptin in grelin. Leptin in inzulin se sprostita, ko so maščobne in hidratne zaloge v telesu polne in morata do možganov prenesti signal za prenehanje hranjenja, grelin pa ravno nasprotno. Vsi po krvi potujejo do hipotalamusa, predela možganov, ki je odgovoren za energijsko ravnovesje. V hipotalamusu sta dva tipa živčnih celic: oreksigene in anoreksigene. Prve sproščajo NPY in AgRP, nevropeptida, ki spodbujata hranjenje in zmanjšata porabo energije, druge pa α-MSH in CART, katerih učinek je nasproten. Našteti nevropeptidi se iz nevronov sprostijo po vezavi ustreznega izmed treh hormonov in prenesejo signal naprej, do končne spremembe v vnosu ali porabi energije. Glavni protein seminarja, BSX (brain specific homeobox) protein je transkripcijski faktor, ki spodbudi ekspresijo genov za AgRP in NPY, hkrati pa je odgovoren za premik organizma v iskanju hrane. Če v opisanem sistemu pride do napake, so pojavi nepotreben občutek lakote, kar je vzrok mnogih primerov debelosti. V boju z bolezensko debelostjo so ključne raziskave na BSX proteinu, saj je osrednji člen poti, ki v možgane prenese (včasih lažen) občutek lakote.<br />
<br />
== Kaja Javoršek: A grey matter ==<br />
<br />
Mikrocefalin je protein, ki ga kodira enakoimenski gen. Mikrocefalin naj bi kontroliral poliferacijo in diferenciacijo nevroblastov med nevrogenezo. Odkritje, da je mikrocefalin odločilen regulator velikosti možganov, je sprožilo hipotezo, da je igral vlogo v evoluciji možganov. <br />
Razen v možganih najdemo mikrocefalin tudi v ledvicah, srcu, pljučih, vranici in skeletnih mišicah. Vendar pomen mikrocefalina v teh organih še ni znan. <br />
Mutacije na genu mikrocefalina vodijo do nastanka mikrocefalije. To je bolezen razvoja živčnega sistema in je definirana kot resno zmanjšana velikost možganov. Pri odraslih je normalen volumen možganov od 1200 cm3 do 1600 cm3, pri odraslih s primarno mikocefalijo pa okoli 400 cm3 . Poleg mirocefalina pa povzročajo mikrocefalijo še mutacije petih genih (ASPM, MCPH2, CDK5RAP2, MCPH4, CENPJ)<br />
Mikrocefalin ima tri BRCT domene na C – koncu. BRCT domene so prisotne v veliko ključnih proteinih, ki kontrolirajo delitev celice. Zato predvidevajo da mikrocefalija nastane, ker je ovirana normalna regulacija delitve celic v možganih. <br />
Ugotovili so, da je protein mikrocefalin dol 835 aminokislin. Zaradi mutacije na genu mikrocefalina se ta protein skrajša na 25 aminokislin. <br />
Znanstveniki so izvedli raziskavo ali gena mikrocefalin in ASPM vplivata na inteligenco. Na podlagi treh raziskav so zaključili, da inteligenca ni povezana z dominantnimi aleli ASPM – ja ali mikrocefalina.<br />
<br />
<br />
== Rok Vene: A mind astray ==<br />
<br />
Alzheimerjeva bolezen postaja vedno bolj aktualna tematika. Trenutno je na svetu več kot 26 milijonov ljudi s to obliko demence. Zaradi daljše življenjske dobe pa pričakujemo, da bo število obolelih samo še naraščalo. Alzheimerjeva bolezen prizadene centralni živčni sistem, v možganih se nalagajo snovi, ki povzročijo propad živčnih celic. Ena izmed snovi, ki se nalagajo v možganih so nefunkcionalni Tau proteini. Tau proteini sodijo v družino proteinov imenovanih microtubule-associated proteins (MAP), njihova naloga pa je je stabilizacija mikrotubulov. To dosežejo tako, da se na mikrotubule vežejo. Poleg tega predvidevajo, da imajo Tau proteini še eno nalogo. Sodelovali naj bi v kompleksu za uravnavanje vzdražnosti živčnih celic. Nefunkcionalnost Tau proteinov povezujejo z različnimi boleznimi, ki jih poznamo pod skupnim imenom tauopatije. V primeru Alzheimerjeve bolezni je Tau protein nefunkcionalen, zato ker je hiperfosforiliran, kar mu onemogoča vezavo na mikrotubule. Tau proteini zato tvorijo netopne agregate – nevrofibrilarne pentlje, ki najbrž povzročijo odmiranje živčnih celic. Pri iskanju učinkovin proti hiperfosforilaciji in agregaciji Tau proteina, so znanstveniki raziskali protein FKBP52. Ta protein ima več funkcij. Osredotočili so se predvsem na njegove šaperonske lastnosti. Ugotovili so, da se FKBP52 veže na hiperfosforiliran Tau protein, in tako prepreči agregacijo Tau proteina, ki je odgovorna za odmiranje nevronov.<br />
<br />
<br />
== Ines Šterbal: LTP1 ==<br />
<br />
Protein LTP1, izoliran iz ječmenovega zrna, spada v družino lipidnih prenašalnih proteinov (lipid transfer protein –LTP). Je dobro topen protein, ki se nahaja v alevronski plasti ječmenovega semena. Sestavljen je iz štirih heliksov, ki so povezani z disulfidnimi mostički. Ima dobro definiran C-terminalni konec. V razmerah in vivo je globularni protein, s stožčastim hidrofobnim jedrom, ki se razteza od enega konca molekule do drugega. Sposoben je vezati različne lipide, kot so maščobne kisline ali acetil-koencim A. LTP1 proteini so na površini aktivni proteini, so stabilni, denaturirajo šele okrog 100 °C. Vloga LTP1 proteina in vivo še ni znana. In vitro je glavni protein pri penjenju piva. Opravlja pa še številne druge funkcije, odvisno od tega, kateri ligand ima vezan. LTP1 proteini so verjetno vključeni v prenos lipidov preko membrane in celo v nastanek membrane, lahko bi imeli vlogo v transportu monomera Cutin, vlogo naj bi igrali tudi v obrambnem mehanizmu rastlin. Lipidi, ki so vezani na LTP1 bi naj imeli antibakterijsko aktivnost za bakterije in glive. <br />
Vsi podatki kažejo, da so povezave med sladkorji in proteini, ki nastanejo kot produkt Milardove reakcije, prvi korak do nastanka pivovske pene. Kaže, da je kontrola glikacije LTP1 proteinov med slajenjem in varjenjem piva, nujna za optimalno penjenje piva.<br />
<br />
<br />
== Mijta Crček: DSIP in spanje ==<br />
<br />
Pred 2000 leti so ljudje verjeli, da postanemo zaspani zaradi nekakšnih želodčnih hlapov, ki gredo v možgane, se tam kondenzirajo, zamašijo pore in posledično povzročajo zaspanost. Kasneje so seveda ugotovili da temu ni tako, leta 1977 pa so odkrili majhne peptide, ki naj bi nas uspavali in jih poimenovali Delta Sleep-Inducing peptide (DSIP). DSIP je majhen peptid, sestavljen iz devetih aminokislinskih ostankov in maso 850 daltonov, prvič pa so ga odkrili pri zajcih. Sodeloval naj bi tako pri endokrini regulaciji kot pri fizioloških procesih (poveča učinkovitost oksidativne fosforilacije), pomembno vlogo pa naj bi imel tudi v medicini in pri zdravljenju bolezni. Ker naj bi podaljševal REM fazo, bi ga lahko uporabljali tudi kot dodatek pri zdravljenju alkoholizma ali ga dodajali antidepresivom in pomirjevalom, ki skrajšujejo REM fazo. Raziskave so spremljale tudi vpliv DSIP-ja na nespečnost. Ugotovili so, da DSIP rahlo povečuje kvaliteto spanja in skrajšuje latenco uspavanja, na trajanje budnosti in druge parametre pa ne vpliva, zato so si strokovnjaki enotni, da ima DSIP le rahle terapevtske učinke na nespečnost. Delovanje peptida pa še vedno ni povsem razjasnjeno in le želimo si lahko, da bodo novejše raziskave prinesle nove informacije, saj ima DSIP vsekakor velik potencial v medicini.<br />
<br />
<br />
== Dominik Kert: FOXP2, govoreči protein ==<br />
<br />
Ljudje in živali se razlikujejo. Za znanstvenike 19. stoletja je bilo zelo fascinantno to, da mi lahko govorimo, se sporazumevamo in pomnimo besede, medtem ko živali ne morejo. Ko se je pojavila družina KE na koncu 90. let prejšnjega stoletja, so znanstveniki ugotovili, da obstaja gen, ki kodira FOXP2. Družina KE je slovi po tem, da ima polovica njenih članov težave z govorom. Tako so ugotovili, da se mutacija prenaša avtosomno in dominantno. In verjetno na to vpliva mutacija FOXP2, FOXP2 protein pa je po vsej verjetnosti odločilen faktor pri govoru.<br />
FOXP2 protein je sestavljen iz 715 aminokislin in spada med družino transkripcijskih faktorjev, ki se imenuje FOX (zaradi 'forkhead box' domene). Zanimivo je, da se ta gen razlikuje od gena opic (šimpanz, gorila, makaki) le za dve in od miši le za tri aminokisline. To se znanstvenikom zdi zelo zanimivo, ker je verjetno zaradi teh dve sprememb v aminokislinskem zaporedju prišlo do sprememb pri sporazumevanju. Zaradi teh dejstev so se naprej usmerili na to, ali je bil gen res pod vplivom naravne selekcije in ugotovili so, da je bil res.<br />
FOXP2 na te spremembe vpliva v možganih, je pa prisoten tudi v pljučih, drobovju in srcu. Vendar njegova funkcija tam še ni znana.<br />
<br />
== Petra Malavašič: Ureaza bakterije Helicobacter pylori ==<br />
<br />
Bakterija Helicobacter pylori spada med patogene mikrobe. Znanstvenika Warren in Marshall sta leta 1987 odkrila to bakterijo ter ugotovila, da je s to bakterijo povezana razjeda na želodcu. Leta 2005 sta prejela Nobelovo nagrado. Že vsak drugi človek je okužen s to bakterijo. Naseljena je na želodčni sluznici in povzroča kronično vnetje želodčne sluznice. Bakterija se lahko naseli in se razmnožuje v prisotnosti želodčne kisline, kjer je pH okoli 2. Posebni obrambni mehanizmi omogočajo bakteriji, da lahko preživi v kislem okolju. Encim ureaza je pri tem najpomembnejši. Ureaza je encim, ki katalizira hidrolizo uree, pri čemer nastane amoniak, ki se v končni fazi veže z molekulami vode v amonijev hidroksid, ki poveča pH v neposredni okolici bakterije. Encim ureaza se nahaja v citoplazmi bakterijske celice in na njeni površini. Sam encim je zgrajen zelo kompleksno in omogoča bakteriji preživetje. Posebna kompleksna zgradba encima onemogoči, da bi kislina želodčnega soka denaturirala encim. Encim sestavljata dva kompleksa (αβ) štirih prostorsko razporejenih (αβ)3 enot.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6396BIO2 Seminar 20112011-10-14T10:41:53Z<p>Petra M.: /* Seznam seminarjev */</p>
<hr />
<div>= Biokemijski seminar =<br />
<br />
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br />
<br />
Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br />
<br />
== Seznam seminarjev ==<br />
Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br />
{| {{table}}<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''<br />
|-<br />
| Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br />
|-<br />
| Maša Mirković||The twisted way of things||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br />
|-<br />
| Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br />
|-<br />
| Katra Koman||Protein of the 20th century||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||<br />
|-<br />
| Ime in priimek||Naslov||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br />
|-<br />
| Ana Dolinar||The juice of life||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br />
|-<br />
| Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br />
|-<br />
| Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||<br />
|-<br />
| Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br />
|-<br />
| Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br />
|-<br />
| Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br />
|-<br />
| Mirjam Kmetič||Mint condition||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||<br />
|-<br />
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness<br />
||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br />
|-<br />
| Tjaša Flis||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br />
|-<br />
| Sandi Botonjić||Nature's junkie||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br />
|-<br />
| Kaja Javoršek||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||<br />
|-<br />
| Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br />
|-<br />
| Ines Šterbal||One beer please||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br />
|-<br />
| Matja Zalar||Do it yourself||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br />
|-<br />
| Matevž Ambrožič||Moody wallpaper||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||<br />
|-<br />
| Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br />
|-<br />
| Mitja Crček||When your day draws to an end||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br />
|-<br />
| Dominik Kert||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br />
|-<br />
| Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||<br />
|-<br />
| Eva Knapič||Life's first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br />
|-<br />
| Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br />
|-<br />
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br />
|-<br />
| Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||<br />
|-<br />
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br />
|-<br />
| Ana Remžgar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br />
|-<br />
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br />
|-<br />
| Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||<br />
|-<br />
| Urška Navodnik||Darwin's dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br />
|-<br />
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br />
|-<br />
| Ines Kerin||A queen's dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br />
|-<br />
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||<br />
|-<br />
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br />
|-<br />
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br />
|-<br />
| Jana Verbančič||Hidden power||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br />
|-<br />
| Petra Gorečan||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||<br />
|-<br />
| Karmen Hrovat||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br />
|-<br />
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br />
|-<br />
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br />
|-<br />
| Špela Pohleven||The making of crooked||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||<br />
|-<br />
| Sabina Mavretič ||A short story||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br />
|-<br />
| Karmen Belšak ||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br />
|-<br />
| Iza Ogris ||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br />
|-<br />
| Monika Škrjanc ||The greenest of us all||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||<br />
|-<br />
| Ana Potočnik ||Skin-deep||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|-<br />
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|-<br />
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|}<br />
<br />
== Gradivo za seminarje ==<br />
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br />
username: bio2<br />
password: samozame<br />
<br />
==Naloga==<br />
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''<br />
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br />
V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br />
* sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br />
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br />
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br />
<br />
Za pripravo seminarja velja naslednje:<br><br />
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br />
* Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br />
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br />
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br />
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
==Citiranje virov==<br />
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br />
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br />
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br><br />
'''Citiranje knjig:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br><br />
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br><br />
<br />
Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br><br />
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br><br />
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br />
<br />
'''Citiranje člankov:'''<br><br />
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br />
<br />
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br><br />
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br />
<br />
Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br><br />
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br><br />
<br />
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br />
<br />
<br />
'''Citiranje spletnih virov:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br><br />
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br><br />
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Petra M.https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6387BIO2 Seminar 20112011-10-13T13:51:02Z<p>Petra M.: </p>
<hr />
<div>= Biokemijski seminar =<br />
<br />
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br />
<br />
Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br />
<br />
== Seznam seminarjev ==<br />
Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br />
{| {{table}}<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''<br />
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''<br />
|-<br />
| Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br />
|-<br />
| Maša Mirković||The twisted way of things||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br />
|-<br />
| Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br />
|-<br />
| Katra Koman||Protein of the 20th century||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||<br />
|-<br />
| Iza Ogris||Love,love, love...||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br />
|-<br />
| Ana Dolinar||The juice of life||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br />
|-<br />
| Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br />
|-<br />
| Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||<br />
|-<br />
| Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br />
|-<br />
| Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br />
|-<br />
| Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br />
|-<br />
| Mirjam Kmetič||Mint condition||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||<br />
|-<br />
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness<br />
||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br />
|-<br />
| Tjaša Flis||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br />
|-<br />
| Sandi Botonjić||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br />
|-<br />
| Kaja Javoršek||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||<br />
|-<br />
| Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br />
|-<br />
| Ines Šterbal||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br />
|-<br />
| Matja Zalar||Do it yourself||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br />
|-<br />
| Matevž Ambrožič||Naslov seminarja||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||<br />
|-<br />
| Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br />
|-<br />
| Mitja Crček||When your day draws to an end||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br />
|-<br />
| Dominik Kert||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br />
|-<br />
| Petra Malavašič||The man behind the molecular lung ||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||<br />
|-<br />
| Eva Knapič||Life's first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br />
|-<br />
| Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br />
|-<br />
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br />
|-<br />
| Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||<br />
|-<br />
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br />
|-<br />
| Ana Remžgar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br />
|-<br />
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br />
|-<br />
| Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||<br />
|-<br />
| Urška Navodnik||Darwin's dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br />
|-<br />
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br />
|-<br />
| Ines Kerin||A queen's dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br />
|-<br />
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||<br />
|-<br />
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br />
|-<br />
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br />
|-<br />
| Jana Verbančič||Hidden power||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br />
|-<br />
| Petra Gorečan||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||<br />
|-<br />
| Karmen Hrovat||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br />
|-<br />
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br />
|-<br />
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br />
|-<br />
| Špela Pohleven||The making of crooked||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||<br />
|-<br />
| Sabina Mavretič ||A short story||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br />
|-<br />
| Karmen Belšak ||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br />
|-<br />
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br />
|-<br />
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||<br />
|-<br />
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|-<br />
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|-<br />
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br />
|}<br />
<br />
== Gradivo za seminarje ==<br />
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br />
username: bio2<br />
password: samozame<br />
<br />
==Naloga==<br />
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''<br />
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br />
V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br />
* sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br />
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br />
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br />
<br />
Za pripravo seminarja velja naslednje:<br><br />
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br />
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br />
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br />
* Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br />
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br />
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br />
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br />
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br />
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br />
<br />
==Ocenjevanje seminarjev==<br />
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br />
<br />
== Mnenje o predstavitvi ==<br />
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br />
<br />
==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br />
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br />
<br />
==Citiranje virov==<br />
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br />
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br />
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br><br />
'''Citiranje knjig:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br><br />
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br><br />
<br />
Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br><br />
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br><br />
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br />
<br />
'''Citiranje člankov:'''<br><br />
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br />
<br />
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br><br />
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br><br />
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br />
<br />
Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br><br />
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br><br />
<br />
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br />
<br />
<br />
'''Citiranje spletnih virov:'''<br><br />
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br><br />
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br><br />
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>Petra M.