Wiki FKKT - User contributions [en]

Aptasense

2017-11-27T22:31:53Z

Petra Vivod:

Projekt ''Aptasense'' je delo iGEM ekipe iz švicarske univerze [http://2017.igem.org/Team:EPFL/Description EPFL, 2017].
(Povzela Petra Vivod)

Namen projekta je bil izboljšati diagnostične teste, ki temeljijo na zaznavanju proteinov v krvi ali serumu. Tega so se lotili s pomočjo aptamerov in RNA stikal, ki delujejo po principu »toehold«.

== Aptamer ==
Aptameri so enoverižne DNA ali RNA molekule, ki se vežejo na tarčne molekule z visoko specifičnostjo in visoko afiniteto. DNA apatamere lahko enostavno izberemo iz knjižnice kandidatov z metodo SELEX. Cilj ekipe je bil pripraviti aptamera iz enoverižne DNA, ki bi se specifično vezala na tarčni protein. Prvi aptamer so na 3' koncu označili z biotinom in s tem dosegli, da se je močno vezal na podlago iz streptavidina, na 5' koncu pa se je specifično vezal na tarčni protein. Drugi apatamer se je s 3' koncem specifično vezal na tarčni protein na 5' koncu pa je bil podaljšan s tarčno sekvenco za »toehold stikalo«.

== ''»Toehold stikalo«'' ==
»Toehold stikalo« je RNA fragment, ki ima zapis za reporterski protein. Fragment ima sekundarno strukturo v obliki lasnične zanke, ki zakriva vezavno mesto za ribosom in s tem onemogoča translacijo reporterskega proteina. »Toehold stikalo« je dizajnirano na način, da cilja tarčno RNA. Ko je tarčna RNA prisotna, se komplementarno veže na toehold stikalo. Vezava odpre lasničo strukturo, s tem se izpostavi vezavno mesto za ribosom, temu pa sledi začetek translacije reporterskega proteina.

== Ekspresijski sistem ==
Za translacijo reporterskega proteina je potreben ustrezen ekspresijski sistem. Odločili so se za pripravo lizata, brezceličnega ekspresijskega sistema. Za pripravo lizata je potrebno pripraviti kulturo na rastnem mediju LB in jo inkubirati preko noči. Nato je potrebno celice centrifugirati, sprati in sonificirati. Sonifikacija je metoda s katero s pomočjo ultrazvoka porušimo membrane. V nadaljevanju so pelet, v katerem so proteini, ločiti od supernatanta in ekstrahirali lizat.

Ekipa si je kot reporterski gen izbrala gen za α podenoto β-galaktozidaze, diagnostični test pa so izdelali po principu α-komplementacije. S tem so dobili hiter in občutljiv kvalitativen signal. β-galaktozidaza je tetramer, sestavljen iz dveh različnih podenot α in Ω, ki sta kodirani z genoma ''lacZα'' in ''lacZΩ''. Protein je funkcionalen le, če so podenote združene. Ker je celoten gen za β-galaktozidazo velik, bi bilo izražanje celotnega proteina dolgotrajnejše. Zato so se odločili, da bodo kot reporterski gen uporabili le α podenoto tega proteina. Uporabili so lizat seva ''E. Coli'' M15-T7, ki ima delecijo ostankov 11-41 v α podenoti, Ω podenota pa je še vedno funkcionalna. Ta sev torej ne producira funkcionalne β-galaktozidaze. Encim bo posledično substrat pretvoril v obarvani produkt le, če se bo v sistemu izrazil reporterski gen. Z namenom izboljšati hitrost prepisovanja so izbrali sev, ki ima dodan gen za RNA polimerazo bakteriofaga T7. T7 RNA polimeraza je hitra, specifična in natančna polimeraz in se veže na promotor T7.

Z namenom optimizacije diagnostičnega testa, so najprej optimizirali ekspresijski sistem. Za določanje učinkovitosti izražanja genov v lizatu so si pomagali s kvantitativnim testom – spremljali so fluorescenco EGFP. Lizat vsebuje precej eksonukleaz, ki razgrajujejo DNA. GamS protein bakteriofaga λ ščiti linearno DNA pred razgradnjo z eksonukleazami, kar posledično poveča izražanje proteinov. Uporabili so mešanico lizatov dveh bakterijskih sevov. Poleg seva M15-T7, so uporabili še sev Top10-gamS, ki so ga pripravili sami. Oblikovali so biokocko BBa_K2203000 [http://parts.igem.org/Part:BBa_K2203000], ki vključuje kodirajoče zaporedje za GamS protein in jo vključili v plazmid, s katerim so transformirali bakterijski sev Top-10. Ta sev ima tako kot sev M15-T7 napako v α podenoti gena za β-galaktozidazo.

Če so želeli spremljati izražanje genov v brezceličnem ekspresijskem sistemu, so morali lizatu naknadno dodati aminokisline, nukleotide, tRNA, CoA, NAD, cAMP, soli, pufre ter DNA, ki zapisuje gen za reporterski protein EGFP. Primerjali so izražanje EGFP proteina v primeru, ko so uporabili samo lizat seva M15-T7 ter v primerih, ko so uporabili mešanico lizatov sevov M15-T7 in Top10-GamS v različnih razmerjih. najboljši rezultat so dobili pri mešanici lizatov v razmerju 1:1 oziroma 1:2. Pri razmerju 1:3 in 1:4 je bilo izražanje manjše, verjetno zaradi pomanjkanja T7 polimeraze. Nato pa so preverili še, ali je ta ekspresijski sistem primeren tudi za izražanje gena lacZα v testu α-komplementacije. Za ta namen so oblikovali novo biokocko BBa_K2203002 [http://parts.igem.org/Part:BBa_K2203002], v katero so vključili kodirajoče zaporedje gena ''lacZα'' z dodanim promotorjem T7. V lizat so dodali substrat CPRG, polisaharid rumene barve, ki ga β-galaktozidaza pretvori v vijolični produkt. Lizat, ki so mu dodali DNA kodirajoče zaporedje gena ''T7-lacZα'' se je obarval vijolično, v nasprotnem primeru pa je ostal obarvan rumeno.

== Aptamer – »Toehold stikalo« – test α-komplementacije ==
Pri projektu so delali s »toehold stikalom« za detekcijo virusa Zika, ki zazna prisotnost specifičnega RNA zaporedja virusa Zika v vzorcu. Oblikovali so novo biokocko [http://parts.igem.org/Part:BBa_K2203004]. Konstrukt je vseboval T7 promotor, »toehold stikalo«, reporterski gen - gen z zapisom za α podenenoto β-galaktozidaze ter T7 terminator. Ker so »toehold stikala« RNA molekule, aptameri pa enoverižne DNA molekule, so morali preveriti, ali se molekuli komplementarno vežeta ena na drugo. Najprej so testirali delovanje »toehold stikala«. K lizatu seva M15 so dodali tarčno RNA – konstrukt sestavljen iz T7 promotorja, tarčne RNA sekvence in T7 terminatorja. Znotraj tarčne sekvence se nahaja 36 baz dolga sekvenca, komplementarna »toehold stikalu«. »Toehold stikalo« se je vezalo na tarčno RNA in gen za β-galaktozidazo se je začel izražati. Po eni uri je lizat je spremenil barvo iz rumene v vijolično. Nato so preverili še, ali »toehold stikalo« deluje tudi ob prisotnosti enoverižne DNA tarčne sekvence. Tudi v tem primeru se je raztopina obarvala vijolično, brez komplementarne enoverižne DNA pa je ostala rumena. Testirali so tudi mejo detekcije, to je minimalno koncentracijo dodane enoverižne DNA, potrebne za spremembo barve in določili. Določili so, da je le ta 500 nM.

Za testiranje delovanja povezave aptamer – »toehold stikalo« so uporabili aptamera, ki se specifično vežeta na trombocitni rastni faktor (PDGF). PDGF ima ključno vlogo pri pljučnih boleznih ter angiogenezi v razvoju raka, zato bi ga lahko uporabili v diagnostične namene. Prvi aptamer je bil označen z biotinsko značko, drugi aptamer pa je bil na 5' koncu podaljšan s 27B tarčno sekvenco virusa Zika. Nato so pripravili nosilec, kamor so vezali primarni aptamer. Odločili so se za uporabo magnetnih kroglic, ki so jih prekrili s streptavidinom. Streptavidin ima visoko afiniteto do biotina z disociacijsko konstanto okoli 10-15 M. Vezava streptavidin - biotin je ena izmed najmočnejših nekovalentnih reakcij v naravi. Magnetne kroglice je možno iz lizata odstraniti z magnetom ter jih nato enostavno spirati in resuspendirati v različnih raztopinah. Na ta način se različne molekule vežejo ena vrh druge na povrini kroglic. V projektu so se poslužili »sendvič testa«. Na kroglice iz streptavidina so najprej vezali aptamer označen z biotinom, nato so nanj vezali tarčni protein, za njim pa še sekundarni aptamer s tarčno sekvenco za »toehold stikalo«. Kroglice so nato resuspendirali v lizatu, ki je vseboval »toehold stikalo« za detekcijo virusa Zika z reporterski genom za α podenoto β-galaktozidaze. Po petih urah inkubacije, so kroglice ločili od lizata in pomerili absorbanco pri 595 nm in 37 ºC. Vzorec, ki je vseboval »toehold stikalo«, vezano na drugi aptamer, je imel višjo absorbanco v primerjavi z negativno kontrolo.

== ''Toehold designer'' ==
Ekipa je pripravila tudi svojo programsko opremo ''Toehold designer'' za oblikovanje »toehold stikal«. Oblikovali so »toehold stikalo«, ki je ciljalo RNA virusa Hepatitisa C (HCV). Program išče najbolj optimalno sekvenco, ki ob zvitju v sekundarno strukturo upošteva, da mora biti tarčna molekula čim bolj dostopna za »toehold stikalo«, hkrati pa mora biti »toehold stikalo« čim bolj dostopno za vezavo na tarčno molekulo. Za tem, ko je program ''Toehold designer'' obdelal tarčno sekvenco, jim je kot rezultat podal najboljše ujemanje tarčna sekvenca/»toehold stikalo«. Najboljše »toehold stikalo«, ki ga je generiral program so testirali ''in vitro''. Oblikovali so biokocko BBa_K2203003 [http://parts.igem.org/Part:BBa_K2203003], ki vsebuje »toehold stikalo« za testiranje HCV ter gen za α podenoto β-galaktozidaze, ki so jo vstavili v plazmid pSB1C3. Plazmid so namnožili, izrezali toehold stikalo ter ga skupaj s substratom za β-galaktozidazo in tarčno sekvenco prenesli v ustrezen lizat. Po določenem času so opazili spremembo barve.

Ekipi je uspelo izpolniti cilj. Izboljšali so diagnostični test, saj so pokazali, da bi v prihodnosti lahko proteine diagnosticirali na podlagi aptamerov in se s tem izognili dolgotrajni pripravi specifičnih protiteles za izvedbo testa ELISA.

Seminarji SB 2017/18

2017-11-26T22:34:41Z

Petra Vivod:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
#
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 Urška Černe 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann 
2 Anja Tanšek 

5.12. 
1 Urška Furar 
2 Tina Lekan 
3 Katja Malovrh 
4 Jernej Vidmar 

12.12. 
1 Helena Jakše 
2 Tjaša Bensa 
3 Sabina Štukelj 
4 Amadeja Lapornik 

19.12. 
1 Ana Krišelj 
2 Vanna Imširović 
3 Dominik Dekleva 
4 Neža Gaube 

9.1. 
1 Nastja Marondini 
2 Elizabeta Jevnikar 
3 Nina Roštan 
4 Barbara Lipovšek 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar 
2 Marija Kisilak 
3 Nataša Traven 
4 Tina Šimunović 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert 

23.1. 
1 Ana Cirnski 
2 
3 
4

Aptasense

2017-11-26T22:27:58Z

Petra Vivod: New page: Projekt ''Aptasense'' je delo iGEM ekipe iz švicarske univerze [http://2017.igem.org/Team:EPFL/Description EPFL, 2017]. Želeli so izboljšati diagnostične teste, ki temeljijo na zaznava...

Projekt ''Aptasense'' je delo iGEM ekipe iz švicarske univerze [http://2017.igem.org/Team:EPFL/Description EPFL, 2017]. Želeli so izboljšati diagnostične teste, ki temeljijo na zaznavanju proteinov v človeških tekočinah. Tega so se lotili s pomočjo aptamerov in RNA stikal, ki delujejo po principu »toehold«.

== Aptamer ==
Aptameri so enoverižne DNA ali RNA molekule, ki se vežejo na tarčne molekule z visoko specifičnostjo in visoko afiniteto. DNA apatamere lahko enostavno izberemo iz knjižnice kandidatov z metodo SELEX. Cilj ekipe je bil pripraviti aptamera iz enoverižne DNA, ki bi se specifično vezala na tarčni protein. Prvi aptamer so na 3' koncu označili z biotinom in s tem dosegli, da se je močno vezal na podlago iz streptavidina, na 5' koncu pa se je specifično vezal na tarčni protein. Drugi apatamer se je s 3' koncem specifično vezal na tarčni protein na 5' koncu pa je bil podaljšan s tarčno sekvenco za »toehold stikalo«.

== ''»Toehold stikalo«'' ==
»Toehold stikalo« je RNA fragment, ki ima zapis za reporterski protein. Fragment ima sekundarno strukturo v obliki lasnične zanke, ki zakriva vezavno mesto za ribosom in s tem onemogoča translacijo reporterskega proteina. »Toehold stikalo« je dizajnirano na način, da cilja tarčno RNA. Ko je tarčna RNA prisotna, se komplementarno veže na toehold stikalo. Vezava odpre lasničo strukturo, s tem se izpostavi vezavno mesto za ribosom, temu pa sledi začetek translacije reporterskega proteina.

== Ekspresijski sistem ==
Za translacijo reporterskega proteina je potreben ustrezen ekspresijski sistem. Odločili so se za pripravo lizata, brezceličnega ekspresijskega sistema. Za pripravo lizata je potrebno pripraviti kulturo na rastnem mediju LB in jo inkubirati preko noči. Nato je potrebno celice centrifugirati, sprati in sonificirati. Sonifikacija je metoda s katero s pomočjo ultrazvoka porušimo membrane. V nadaljevanju so pelet, v katerem so proteini, ločiti od supernatanta in ekstrahirali lizat.

Ekipa si je kot reporterski gen izbrala gen za α podenoto β-galaktozidaze, diagnostični test pa so izdelali po principu α-komplementacije. S tem so dobili hiter in občutljiv kvalitativen signal. β-galaktozidaza je tetramer, sestavljen iz dveh različnih podenot α in Ω, ki sta kodirani z genoma ''lacZα'' in ''lacZΩ''. Protein je funkcionalen le, če so podenote združene. Ker je celoten gen za β-galaktozidazo velik, bi bilo izražanje celotnega proteina dolgotrajnejše. Zato so se odločili, da bodo kot reporterski gen uporabili le α podenoto tega proteina. Uporabili so lizat seva ''E. Coli'' M15-T7, ki ima delecijo ostankov 11-41 v α podenoti, Ω podenota pa je še vedno funkcionalna. Ta sev torej ne producira funkcionalne β-galaktozidaze. Encim bo posledično substrat pretvoril v obarvani produkt le, če se bo v sistemu izrazil reporterski gen. Z namenom izboljšati hitrost prepisovanja so izbrali sev, ki ima dodan gen za RNA polimerazo bakteriofaga T7. T7 RNA polimeraza je hitra, specifična in natančna polimeraz in se veže na promotor T7.

Z namenom optimizacije diagnostičnega testa, so najprej optimizirali ekspresijski sistem. Za določanje učinkovitosti izražanja genov v lizatu so si pomagali s kvantitativnim testom – spremljali so fluorescenco EGFP. Lizat vsebuje precej eksonukleaz, ki razgrajujejo DNA. GamS protein bakteriofaga λ ščiti linearno DNA pred razgradnjo z eksonukleazami, kar posledično poveča izražanje proteinov. Uporabili so mešanico lizatov dveh bakterijskih sevov. Poleg seva M15-T7, so uporabili še sev Top10-gamS, ki so ga pripravili sami. Oblikovali so biokocko BBa_K2203000 [http://parts.igem.org/Part:BBa_K2203000], ki vključuje kodirajoče zaporedje za GamS protein in jo vključili v plazmid, s katerim so transformirali bakterijski sev Top-10. Ta sev ima tako kot sev M15-T7 napako v α podenoti gena za β-galaktozidazo.

Če so želeli spremljati izražanje genov v brezceličnem ekspresijskem sistemu, so morali lizatu naknadno dodati aminokisline, nukleotide, tRNA, CoA, NAD, cAMP, soli, pufre ter DNA, ki zapisuje gen za reporterski protein EGFP. Primerjali so izražanje EGFP proteina v primeru, ko so uporabili samo lizat seva M15-T7 ter v primerih, ko so uporabili mešanico lizatov sevov M15-T7 in Top10-GamS v različnih razmerjih. najboljši rezultat so dobili pri mešanici lizatov v razmerju 1:1 oziroma 1:2. Pri razmerju 1:3 in 1:4 je bilo izražanje manjše, verjetno zaradi pomanjkanja T7 polimeraze. Nato pa so preverili še, ali je ta ekspresijski sistem primeren tudi za izražanje gena lacZα v testu α-komplementacije. Za ta namen so oblikovali novo biokocko BBa_K2203002 [http://parts.igem.org/Part:BBa_K2203002], v katero so vključili kodirajoče zaporedje gena ''lacZα'' z dodanim promotorjem T7. V lizat so dodali substrat CPRG, polisaharid rumene barve, ki ga β-galaktozidaza pretvori v vijolični produkt. Lizat, ki so mu dodali DNA kodirajoče zaporedje gena ''T7-lacZα'' se je obarval vijolično, v nasprotnem primeru pa je ostal obarvan rumeno.

== Aptamer – »Toehold stikalo« – test α-komplementacije ==
Pri projektu so delali s »toehold stikalom« za detekcijo virusa Zika, ki zazna prisotnost specifičnega RNA zaporedja virusa Zika v vzorcu. Oblikovali so novo biokocko [http://parts.igem.org/Part:BBa_K2203004]. Konstrukt je vseboval T7 promotor, »toehold stikalo«, reporterski gen - gen z zapisom za α podenenoto β-galaktozidaze ter T7 terminator. Ker so »toehold stikala« RNA molekule, aptameri pa enoverižne DNA molekule, so morali preveriti, ali se molekuli komplementarno vežeta ena na drugo. Najprej so testirali delovanje »toehold stikala«. K lizatu seva M15 so dodali tarčno RNA – konstrukt sestavljen iz T7 promotorja, tarčne RNA sekvence in T7 terminatorja. Znotraj tarčne sekvence se nahaja 36 baz dolga sekvenca, komplementarna »toehold stikalu«. »Toehold stikalo« se je vezalo na tarčno RNA in gen za β-galaktozidazo se je začel izražati. Po eni uri je lizat je spremenil barvo iz rumene v vijolično. Nato so preverili še, ali »toehold stikalo« deluje tudi ob prisotnosti enoverižne DNA tarčne sekvence. Tudi v tem primeru se je raztopina obarvala vijolično, brez komplementarne enoverižne DNA pa je ostala rumena. Testirali so tudi mejo detekcije, to je minimalno koncentracijo dodane enoverižne DNA, potrebne za spremembo barve in določili. Določili so, da je le ta 500 nM.

Za testiranje delovanja povezave aptamer – »toehold stikalo« so uporabili aptamera, ki se specifično vežeta na trombocitni rastni faktor (PDGF). PDGF ima ključno vlogo pri pljučnih boleznih ter angiogenezi v razvoju raka, zato bi ga lahko uporabili v diagnostične namene. Prvi aptamer je bil označen z biotinsko značko, drugi aptamer pa je bil na 5' koncu podaljšan s 27B tarčno sekvenco virusa Zika. Nato so pripravili nosilec, kamor so vezali primarni aptamer. Odločili so se za uporabo magnetnih kroglic, ki so jih prekrili s streptavidinom. Streptavidin ima visoko afiniteto do biotina z disociacijsko konstanto okoli 10-15 M. Vezava streptavidin - biotin je ena izmed najmočnejših nekovalentnih reakcij v naravi. Magnetne kroglice je možno iz lizata odstraniti z magnetom ter jih nato enostavno spirati in resuspendirati v različnih raztopinah. Na ta način se različne molekule vežejo ena vrh druge na povrini kroglic. V projektu so se poslužili »sendvič testa«. Na kroglice iz streptavidina so najprej vezali aptamer označen z biotinom, nato so nanj vezali tarčni protein, za njim pa še sekundarni aptamer s tarčno sekvenco za »toehold stikalo«. Kroglice so nato resuspendirali v lizatu, ki je vseboval »toehold stikalo« za detekcijo virusa Zika z reporterski genom za α podenoto β-galaktozidaze. Po petih urah inkubacije, so kroglice ločili od lizata in pomerili absorbanco pri 595 nm in 37 ºC. Vzorec, ki je vseboval »toehold stikalo«, vezano na drugi aptamer, je imel višjo absorbanco v primerjavi z negativno kontrolo.

== ''Toehold designer'' ==
Ekipa je pripravila tudi svojo programsko opremo ''Toehold designer'' za oblikovanje »toehold stikal«. Oblikovali so »toehold stikalo«, ki je ciljalo RNA virusa Hepatitisa C (HCV). Program išče najbolj optimalno sekvenco, ki ob zvitju v sekundarno strukturo upošteva, da mora biti tarčna molekula čim bolj dostopna za »toehold stikalo«, hkrati pa mora biti »toehold stikalo« čim bolj dostopno za vezavo na tarčno molekulo. Za tem, ko je program ''Toehold designer'' obdelal tarčno sekvenco, jim je kot rezultat podal najboljše ujemanje tarčna sekvenca/»toehold stikalo«. Najboljše »toehold stikalo«, ki ga je generiral program so testirali ''in vitro''. Oblikovali so biokocko BBa_K2203003 [http://parts.igem.org/Part:BBa_K2203003], ki vsebuje »toehold stikalo« za testiranje HCV ter gen za α podenoto β-galaktozidaze, ki so jo vstavili v plazmid pSB1C3. Plazmid so namnožili, izrezali toehold stikalo ter ga skupaj s substratom za β-galaktozidazo in tarčno sekvenco prenesli v ustrezen lizat. Po določenem času so opazili spremembo barve.

Ekipi je uspelo izpolniti cilj. Izboljšali so diagnostični test, saj so pokazali, da bi v prihodnosti lahko proteine diagnosticirali na podlagi aptamerov in se s tem izognili dolgotrajni pripravi specifičnih protiteles za izvedbo testa ELISA.

Seminarji SB 2017/18

2017-11-16T17:27:51Z

Petra Vivod:

MBT seminarji 2017

2017-04-17T12:40:53Z

Petra Vivod:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Tjaša Košir - prestavljeno na 6.6.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
#Amadeja Lapornik
#Mojca Hunski

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001 Stukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v ''Mycobacterium tuberculosis'' Vid Jazbec
#Zala Gluhić
#Katja Malovrh

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017
# Tim Božič
# Tajda Buh

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900) Proizvodnja obnovljive ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalist s potencialno uporabo v industriji hrane. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Bine Tršavec
# Simon Bolta

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Inge Sotlar
# Anja Herceg
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# Barbara Dušak
# Tjaša Grum
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
#

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij) 
# Matjaž Ivanuša
#
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2017

2017-04-17T12:38:51Z

Petra Vivod:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Tjaša Košir - prestavljeno na 6.6.
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) [[Zaznavanje zunajcelične miR-210 kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic]]. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) [[Multipleksna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z binarnimi deoksiribocimnimi senzorji]]. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Enhanced humoral and CD8 + T cell immunity in mice vaccinated by DNA vaccine against human respiratory syncytial virus through targeting the encoded F protein to dendritic cells (Y. Hua ''et al''; International Immunopharmacology, Vol 46, 2017; http://doi.org/10.1016/j.intimp.2017.02.023) [[Ojačanje humoralne in T-celične CD8+ imunosti v miškah cepljenih s cepivom DNA proti človeškemu respiratornemu sincicijskemu virusu z usmerjanjem kodiranega proteina F na dendritske celice]]. Tomaž Rozmarič, 19. april
#Amadeja Lapornik
#Mojca Hunski

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
# Structural Basis of ''Mycobacterium tuberculosis''Transcription and Transcription Inhibition http://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.03.001 Stukturna osnova transkripcije in transripcijske inhibicije v ''Mycobacterium tuberculosis'' Vid Jazbec
#Zala Gluhić
#Katja Malovrh

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017
# Tim Božič
# Tajda Buh

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900) Proizvodnja obnovljive ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalist s potencialno uporabo v industriji hrane. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Bine Tršavec
# Simon Bolta

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Inge Sotlar
# Anja Herceg
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# Barbara Dušak
# Tjaša Grum
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
#

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij) 
# Matjaž Ivanuša
#
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2017

2017-04-10T17:16:22Z

Petra Vivod:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2016/17'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do ponedeljka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v sredo). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2017
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (8. marec) 
# Synthesis of bacteriophage lytic proteins against ''Streptococcus pneumoniae'' in the chloroplast of ''Chlamydomonas reinhardtii'' (L. Stoffels ''et al''; Plant Biotechnol. J., 2017; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12703/epdf) [[Sinteza bakteriofagnih litičnih proteinov proti Streptococcus pneumoniae v kloroplastih alge Chlamydomonas reinhardtii]]. Eva Vidak, 8. marec 2017
# Bioengineering of the Plant Culture of ''Capsicum frutescens'' with Vanillin Synthase Gene for the Production of Vanillin (M. Jenn Yang Chee ''et al''; Molecular Biotechnology 59(1), 2017; http://link.springer.com/article/10.1007/s12033-016-9986-2) [[Bioinženiring rastlinske kulture Capsicum frutescens z genom za vanilin sintazo za pridobivanje vanilina]]. Mojca Juteršek, 8. marec 2017
# The production of human glucocerebrosidase in glyco-engineered ''Nicotiana benthamiana'' plants (Limkul, J. ''et al''; Plant Biotechnol J., 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pbi.12529/full) [[Proizvodnja človeške glukocerebrozidaze v rastlini Nicotiana benthamiana s spremenjeno glikozilacijo]]. Vita Vidmar, 8. marec 2017

'''Gensko spremenjene živali''' (15. marec) 
# Evaluation of porcine stem cells competence for somatic cell nuclear transfer and production of cloned animals (J. O. Secher; Animal Reproduction Science, 2017;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378432016304274) [[Določanje kompetence prašičjih matičnih celic za somatski jedrni prenos in kloniranje živali]]. Jerneja Kocutar, 15. marec 2017
# High-level expression of a novel recombinant human plasminogen activator (rhPA) in the milk of transgenic rabbits and its thrombolytic bioactivity ''in vitro'' (Song, S. ''et al''; Molecular Biology Reports ,2016; https://link-springer-com.nukweb.nuk.uni-lj.si/article/10.1007%2Fs11033-016-4020-0) [[Visoka stopnja izražanja rekombinantnega tkivnega aktivatorja plazminogena v mleku transgenskih zajcev in njegova trombolitična aktivnost in vitro]]. Tjaša Lapanja, 15. marec 2017
# Precision engineering for PRRSV resistance in pigs: Macrophages from genome edited pigs lacking CD163 SRCR5 domain are fully resistant to both PRRSV genotypes while maintaining biological function (C. Burcard ''et al''; PLOS Pathogens 13 (2) 2017; http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006206) [[Makrofagi iz gensko spremenjenih prašičev z delecijo domene CD163 SRCR5 odporni na okužbo s PRRSV]]. Urška Černe, 15. marec 2017

'''Okolje''' (22. marec) 
# Decorating outer membrane vesicles with organophosphorus hydrolase and cellulose binding domain for organophosphate pesticide degradation (S. Fu-Hsiang ''et al''; Chemical Engineering Journal, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1385894716312815) [[Predstavitev organofosfatne hidrolaze in celuloza vezavne domene na površini veziklov zunanje membrane za razgradnjo organofosfatnih pesticidov]]. Nina Roštan, 22. marec 2017
# Bacterial Exopolysaccharide mediated heavy metal removal: A Review on biosynthesis, mechanism and remediation strategies (P. Gupta in B. Diwan; Biotechnology Reports, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X16301382) [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odstranjevanje_te%C5%BEkih_kovin_s_pomo%C4%8Djo_bakterijskih_eksopolisaharidov:_biosinteza%2C_mehanizem_in_strategije_remediacije Odstranjevanje težkih kovin s pomočjo bakterijskih eksopolisaharidov: biosinteza, mehanizem in strategije remediacije]. Eva Korošec, 22. marec 2017
# Disulfide isomerase-like protein AtPDIL1–2 is a good candidate for trichlorophenol phytodetoxification (Peng, R.-H. in sod.; Sci. Rep. 7, 2017; http://www.nature.com/articles/srep40130#s1) [[Disulfid izomerazi podoben protein AtPDIL1-2 kot kandidat za fitodetoksifikacijo 2,4,6-triklorofenola]]. Ana Cirnski, 22. marca 2017

'''Terapevtski proteini''' (29. marec) 
# Production of functional human nerve growth factor from the saliva of transgenic mice by using salivary glands as bioreactors (F. Zeng in sodelavci; Scientific Reports 7(41270), 2017; http://www.nature.com/articles/srep41270) [[Proizvodnja humanega živčnega rastnega faktorja v slini transgenskih miši z uporabo žlez slinavk kot bioreaktorjev]]. Neža Levičnik, 29. marca 2017
# Mechano growth factor-C24E, a potential promoting biochemical factor for ligament tissue engineering (Y. Song in sodelavci; Biochemical Engineering Journal 105(2016) 249-263,2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369703X15300681) [[MGF-C24E, potencialni promovirajoči biokemijski faktor za tkivno inženirstvo ligamentov]] . Peter Prezelj, 29. marca 2017
# Secretion of biologically active pancreatitis-associated protein I (PAP) by genetically modified dairy ''Lactococcus lactis'' NZ9000 in the prevention of intestinal mucositis (R. D. Carvalho ''et al''; Microbial cell factories, 2017; http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-017-0624-x) [[Preprečevanje vnetja sluznice prebavnega trakta z gensko spremenjenimi bakterijami Lactococcus lactis NZ9000, ki izločajo biološko aktivni s pankreatitisom povezani protein I (PAP)]]. Domen Klofutar, 29. marec 2017

'''Protitelesa kot terapevtiki''' (5. april) 
# Therapeutic antibody targeting of indoleamine-2,3-dioxygenase (IDO2) inhibits autoimmune arthritis (L. M. F. Merlo "et al"; Clinical Immunology, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1521661616306052). [[Terapevtska protitelesa proti indolamin 2,3-dioksigenazi zavirajo avtoimunski artritis]]. Ema Guštin, 5. aprila 2017
# Production of a tumor-targeting antibody with a human-compatible glycosylation profile in ''N. benthamiana'' hairy root cultures (C. Lonoce ''et al''; Biotechnology Journal, 2016; http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biot.201500628/abstract) [[Proizvodnja protitumorskih protiteles s človeku kompatibilnim glikozilacijskim profilom v kulturah koreninskih laskov v Nicotiani benthamiani]]. Jan Rozman, 5.4.2017
# A Therapeutic Antibody for Cancer, Derived from Single Human B Cells (R. T. Bushey ''et al''; Cell Reports 15(7), 2016, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S221112471630465X) [[Terapevtsko protitelo proti raku, pridobljeno iz človeške B celice]]. Alja Zgonc, 5. april 2017

'''Diagnostiki''' (12. april) 
# Tjaša Košir
# Detection of urinary cell-free miR-210 as a potential tool of liquid biopsy for clear cell renal cell carcinoma (G. Li ''et al''; Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.urolonc.2016.12.007) Zaznavanje zunajcelične miR-210 kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic. Petra Vivod, 12. april 2017
# Multiplex Detection of Extensively Drug Resistant Tuberculosis using Binary Deoxyribozyme Sensors (H. N. Bengtson ''et al''; Biosensors and Bioelectronics 94, 2017; http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2017.02.051) Večkanalna detekcija na zdravila odporne tuberkuloze z uporabo binarnih deoksiribocimnih senzorjev. Marija Kisilak, 12. april 2017

'''Cepiva''' (19. april) 
#Tomaž Rozmarič
#Amadeja Lapornik
#Mojca Hunski

'''Antibiotiki in LMW učinkovine''' (26. april) 
#Vid Jazbec <3 <3
#Zala Gluhić
#Katja Malovrh

'''Male molekule in polimeri''' (3. maj) 
# Engineering of a microbial coculture of ''Escherichia coli'' strains for the biosynthesis of resveratrol (José M. Camacho-Zaragoza ''et al''; Microbal Cell factories 15(163), 2016; https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-016-0562-z) Inženiring mikrobne kokulture dveh sevov ''Escherichia coli'' za biosintezo resveratrola. Petra Tavčar,3. marec 2017
# Tim Božič
# Tajda Buh

'''Encimi''' (10. maj) 
# Production of the renewable extremophile lipase: Valuable biocatalyst with potential usage in food industry (M. Memarpoor-Yazdi ''et al''; Food and Bioproducts Processing 102, 2017; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960308516301900) Proizvodnja obnovljive ekstremofilne lipaze: dragocen biokatalist s potencialno uporabo v industriji hrane. Nataša Traven, 10. maj 2017
# Bine Tršavec
# Simon Bolta

'''Pretvorba biomase''' (17. maj) 
# Inge Sotlar
# Anja Herceg
# The ''Podospora anserina'' lytic polysaccharide monooxygenase PaLPMO9H catalyzes oxidative cleavage of diverse plant cell wall matrix glycans (M. Fanuel ''et al''; Biotechnology for Biofuels, 2017; https://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-017-0749-5). Anja Tanšek, 17. maj 2017

'''Metabolno inženirstvo''' (24. maj) 
# Barbara Dušak
# Tjaša Grum
# Sara Kimm Fuhrmann

'''Biološki viri energije''' (31. maj) 
# Self-regulated 1-butanol production in ''Escherichia coli'' based on the endogenous fermentative control (RC. Wen, CR. Shen; Biotechnol Biofuels, 2016; http://biotechnologyforbiofuels.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13068-016-0680-1) Samoregulirana proizvodnja 1-butanola v ''Escherichia coli'', ki temelji na endogeni kontroli fermentacije. Barbara Lipovšek, 31. maj 2017
# A Ferrocene-Based Conjugated Oligoelectrolyte Catalyzes Bacterial Electrode Respiration (N. D. Kirchhofer in sodelavci; Chem 2, 240-257, 2017; http://www.cell.com/chem/abstract/S2451-9294(17)30001-3). Konjugirani oligoelektrolit na osnovi ferocena katalizira bakterijsko elektrodno respiracijo. Matic Kovačič, 31. maj 2017
#

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (6. junij) 
# Matjaž Ivanuša
#
#

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic

2017-04-10T17:00:08Z

Petra Vivod:

Svetlocelični karcinom ledvičnih celic je najpogostejši podtip raka ledvičnih celic. Simptomi so zelo nespecifični, kot so utrujenost in slabost. Trenutna diagnostika temelji na ultrazvoku, računalniški tomografiji, magnetni resonanci in tkivni biopsiji ledvičnega tkiva. Približno polovici bolnikov bolezen diagnosticirajo, ko so metastaze že prisotne, kar stopnjo preživetja naslednjih petih let zniža iz 81 % na 8 %. 
Dosedanje študije kažejo na to, da je mikro RNA miR-210 prekomerno izražena pri svetloceličnem karcinomu ledvičnih celic ter da jo zaznamo v večini bioloških tekočin, tudi v urinu. Diagnostični testi na osnovi urina imajo velik potencial kot presejalni diagnostični testi, saj lahko urin zbiramo na popolnoma neinvaziven način, diagnostične metode pa so hitre in poceni. 
MiRNA so 18 - 25 nukleotidov dolge nekodirajoče RNA molekule, ki so vpletene v razvoj številnih vrst raka. MiRNA se v kompleksu z RNA vezavnimi proteini komplementarno veže na mRNA in tako preprečuje izražanje tumorsupresorskih genov oziroma povečuje izražanje onkogenov. Študije in vitro kažejo tudi na to, da naj bi imela miRNA funkcijo v celični komunikaciji. MiRNA se v zunajcelični prostor prenaša preko membranskih veziklov (eksosomi in apoptotična telesca), lipoproteinov in ribonukleinskih kompleksov (miRNA vezana na protein AGO 2). Zunajcelična miRNA je relativno stabilna, saj je pred RNazami zaščitena s transportnimi vezikli in RNA vezavnimi proteini.

<h2>Metode dela</h2>

V raziskavo so vključili 75 pacientov s svetloceličnim karcinomom ledvičnih celic in jih razdelili glede na TNM klasifikacijo. Vsi vzorci so bili pridobljeni od bolnikov, pri katerih se rak še ni razširil na limfne vozle in druge organe. V skupine T1, T2 in T3 so jih razdelili glede na velikost tumorja. Kontrolno skupino je sestavljalo 45 zdravih prostovoljcev. Pridobili so tudi 15 urinskih vzorcev, pacientov s svetloceličnim karcinomom ledvičnih celic pred operativno odstranitvijo tumorja ledvic in 7 dni po odstranitvi tumorja. 
Vzorec urina so dvakrat centrifugirali in tako odstranili vse celice in celične komponente. Celokupno RNA so izolirali z uporabo komercialnih kitov in dodali 5,6*108 kopij referenčne miRNA cel-miR-39. RNA so nato pretvorili v cDNA. Za določevanje koncentracije cDNA so uporabili kvantitativni PCR v realnem času. Raven izražanja zunajcelične miRNA v urinu so normalizirali z referenčno miRNA cel-miR-39.

<h2>Rezultati</h2>

Zunajcelično miR-210 so zaznali tako pri pacientih s svetloceličnim karcinomom ledvičnih celic kot tudi pri prostovoljcih kontrolne skupine. Srednja vrednost ravni izražanja miR-210 je bila signifikantno višja pri pacientih s svetloceličnim karcinomom ledvičnih celic (3,9E - 3 +/- 1,2E - 3) kot pri kontrolni skupini (0,3E - 3 +/- 0,007E - 3). 
Pacienti v katerikoli stopnji zgodnjega razvoja raka, so imeli statistično gledano višje izražanje miR-210 kot v kontrolni skupini, kar kaže na to, da ima miR-210 diagnostično vrednost pri zgodnjem odkrivanju raka. Pri primerjavi stopnje izražanja miR-210 pri 15 pacientih pred in 7 dni po odstranitvi tumorja na ledvicah so ugotovili, da je bila stopnja izražanja signifikantno zmanjšana pri vzorcih, ki so bili odvzeti pacientom po operaciji. To kaže na to, da se miR-210 izraža iz primarnega ledvičnega tumorja.

<h2>Diagnostična vrednost zunajcelične miRNA v urinu</h2>
ROC krivulja je pokazala, da bi miR-210 v urinu lahko bila tumorski označevalec za diagnosticiranje svetloceličnega karcinomom ledvičnih celic. 
Mejno vrednost so določili pri 2,0 E – 4 ter določili, da je senzitivnost diagnostičnega testa 57,8 %, specifičnost pa 80,0 %. Tako senzitivnost, kot tudi občutljivost bi lahko povečali z analizo izražanja večjega števila različnih miRNA.

Potrebnih bo še nekaj študij, ki bodo potrdile te rezultate. Zagotovo pa ima določanje zunajcelične miRNA v urinu potencial pri zgodnjem odkrivanju raka.

Zaznavanje zunajcelične miR-210 v urinu kot potencialni diagnostični test za odkrivanje svetloceličnega karcinoma ledvičnih celic

2017-04-10T16:58:34Z

Petra Vivod: New page: Svetlocelični karcinom ledvičnih celic je najpogostejši podtip raka ledvičnih celic. Simptomi so zelo nespecifični, kot so utrujenost in slabost. Trenutna diagnostika temelji na ultra...

Svetlocelični karcinom ledvičnih celic je najpogostejši podtip raka ledvičnih celic. Simptomi so zelo nespecifični, kot so utrujenost in slabost. Trenutna diagnostika temelji na ultrazvoku, računalniški tomografiji, magnetni resonanci in tkivni biopsiji ledvičnega tkiva. Približno polovici bolnikov bolezen diagnosticirajo, ko so metastaze že prisotne, kar stopnjo preživetja naslednjih petih let zniža iz 81 % na 8 %. 
Dosedanje študije kažejo na to, da je mikro RNA miR-210 prekomerno izražena pri svetloceličnem karcinomu ledvičnih celic ter da jo zaznamo v večini bioloških tekočin, tudi v urinu. Diagnostični testi na osnovi urina imajo velik potencial kot presejalni diagnostični testi, saj lahko urin zbiramo na popolnoma neinvaziven način, diagnostične metode pa so hitre in poceni. 
MiRNA so 18 - 25 nukleotidov dolge nekodirajoče RNA molekule, ki so vpletene v razvoj številnih vrst raka. MiRNA se v kompleksu z RNA vezavnimi proteini komplementarno veže na mRNA in tako preprečuje izražanje tumorsupresorskih genov oziroma povečuje izražanje onkogenov. Študije in vitro kažejo tudi na to, da naj bi imela miRNA funkcijo v celični komunikaciji. MiRNA se v zunajcelični prostor prenaša preko membranskih veziklov (eksosomi in apoptotična telesca), lipoproteinov in ribonukleinskih kompleksov (miRNA vezana na protein AGO 2). Zunajcelična miRNA je relativno stabilna, saj je pred RNazami zaščitena s transportnimi vezikli in RNA vezavnimi proteini.

<h2>Metode dela</h2>

V raziskavo so vključili 75 pacientov s svetloceličnim karcinomom ledvičnih celic in jih razdelili glede na TNM klasifikacijo. Vsi vzorci so bili pridobljeni od bolnikov, pri katerih se rak še ni razširil na limfne vozle in druge organe. V skupine T1, T2 in T3 so jih razdelili glede na velikost tumorja. Kontrolno skupino je sestavljalo 45 zdravih prostovoljcev. Pridobili so tudi 15 urinskih vzorcev, pacientov s svetloceličnim karcinomom ledvičnih celic pred operativno odstranitvijo tumorja ledvic in 7 dni po odstranitvi tumorja. 
Vzorec urina so dvakrat centrifugirali in tako odstranili vse celice in celične komponente. Celokupno RNA so izolirali z uporabo komercialnih kitov in dodali 5,6*108 kopij referenčne miRNA cel-miR-39. RNA so nato pretvorili v cDNA. Za določevanje koncentracije cDNA so uporabili kvantitativni PCR v realnem času. Raven izražanja zunajcelične miRNA v urinu so normalizirali z referenčno miRNA cel-miR-39.

<h2>Rezultati</h2>

Zunajcelično miR-210 so zaznali tako pri pacientih s svetloceličnim karcinomom ledvičnih celic kot tudi pri prostovoljcih kontrolne skupine. Srednja vrednost ravni izražanja miR-210 je bila signifikantno višja pri pacientih s svetloceličnim karcinomom ledvičnih celic (3,9E - 3 +/- 1,2E - 3) kot pri kontrolni skupini (0,3E - 3 +/- 0,007E - 3). 
Pacienti v katerikoli stopnji zgodnjega razvoja raka, so imeli statistično gledano višje izražanje miR-210 kot v kontrolni skupini, kar kaže na to, da ima miR-210 diagnostično vrednost pri zgodnjem odkrivanju raka. Pri primerjavi stopnje izražanja miR-210 pri 15 pacientih pred in 7 dni po odstranitvi tumorja na ledvicah so ugotovili, da je bila stopnja izražanja signifikantno zmanjšana pri vzorcih, ki so bili odvzeti pacientom po operaciji. To kaže na to, da se miR-210 izraža iz primarnega ledvičnega tumorja.

<h2>Diagnostična vrednost zunajcelične miRNA v urinu</h2>
ROC krivulja je pokazala, da bi miR-210 v urinu lahko bila tumorski označevalec za diagnosticiranje svetloceličnega karcinomom ledvičnih celic. 
Mejno vrednost so določili pri 2,0 E – 4 ter določili, da je senzitivnost diagnostičnega testa 57,8 %, specifičnost pa 80,0 %. Tako senzitivnost, kot tudi občutljivost bi lahko povečali z analizo izražanja večjega števila različnih miRNA.

Potrebnih bo še nekaj študij, ki bodo potrdile te rezultate. Je pa nedvomno, da ima določanje zunajcelične miRNA v urinu potencial pri zgodnjem odkrivanju raka.