Wiki FKKT - User contributions [en]

PrymDetect

2025-05-20T16:00:35Z

Pia Trošt:

[https://2024.igem.wiki/ju-krakow/index.html PrymDetect] je iGEM projekt ekipe iz Krakova, ki je leta 2024 zasedel 2. mesto v kategoriji dodiplomcev.

=='''Uvod in teoretično ozadje'''==

Poleti 2022 je reka Odra, druga najdaljša reka na Poljskem, doživela eno največjih ekoloških katastrof v Evropi. Na stotine ton poginulih rib in drugih vodnih organizmov je bilo najdenih vzdolž 560 km reke. Sprva so bile vzroki nejasni, vendar so kasnejše analize pokazale, da je bil glavni krivec ''Prymnesium parvum'', znan tudi kot "zlata alga".

''Prymnesium parvum'' je enocelična mikroalga, dolga približno 5 do 10 mikrometrov. Gre za organizem, ki lahko sam proizvaja hrano s fotosintezo, hkrati pa deluje tudi kot plenilec in se heterotrofno prehranjuje z drugimi organizmi. V določenih pogojih ''Prymnesium'' proizvaja toksine, znane kot primnezini. Ti toksini uničujejo škrge vodnih organizmov ter prodirajo v njihov krvni obtok in notranje organe. Čeprav danes ob Odri ne opažajo več množičnih poginov, se je ''P. parvum'' trajno naselil v rečnem sistemu in njegova prisotnost ostaja težava. Tradicionalne metode zaznavanja so počasne, zahtevajo laboratorijsko opremo in usposobljeno osebje.

=='''Cilj projekta'''==

Cilj projekta PrymDetect je bil razviti preprost in dostopen test za hitro zaznavanje zlate alge neposredno na terenu. Test so nadgradili s 3D-natisnjeno napravo in programsko opremo za kvantitativno merjenje fluorescence s pomočjo kamere mobilnega telefona. Poleg tega so želeli z razvojem odprte platforme olajšati izdelavo podobnih testov. Prizadevali so si tudi za ozaveščanje javnosti o nevarnostih razrasta zlate alge ter vključevanje lokalnih skupnosti v iskanje rešitev za zaščito vodnih ekosistemov.

=='''SHERLOCK detekcija ''P. parvum'''''==

V projektu so uporabili metodo SHERLOCK (''angl.'' Specific High-Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking) za zaznavanje ''Prymnesium parvum'' v vzorcih vode. SHERLOCK izkorišča lastnosti proteina Cas13a. Ta protein se s pomočjo crRNA z visoko specifičnostjo usmeri na točno določeno zaporedje. Molekula crRNA je sestavljena iz zaporedja DR (''angl.'' direct repeat) in vmesnika, ki je komplementaren tarči. Pri sintezi crRNA so pred zaporedje dodali T7 promotor. Ko se Cas13a veže na genetski material organizma, se aktivira njegova »kolateralna« RNazna aktivnost, kar pomeni, da nespecifično razgrajuje bližnje enoverižne RNA molekule. To aktivnost so izkoristili tako, da so v reakcijsko zmes vključili sintetične RNA sonde, označene s fluorescenčnim označevalcem in dušilcem signala. Če so zaznali fluorescenčni signal, to kaže na prisotnost ciljne DNA v vzorcu.

Najprej so po odvzemu vzorca vode izolirali DNA organizma z uporabo kompleta za izolacijo genomske DNA. Nato so za povečanje signala ciljne DNA uporabili pomnoževanje z rekombinazo in polimerazo (RPA). Pri RPA rekombinaze pomagajo stabilizirati vez med primerji in DNA, kar omogoča, da se reakcija uspešno izvaja že pri temperaturah pod 37 °C. Nato so v reakcijsko mešanico dodali vse komponente za SHERLOCK reakcijo, vključno s T7 RNA polimerazo. Ta korak aktivira kompleks crRNA:Cas13a, pri čemer aktivirani Cas13a protein začne razgrajevati RNA sonde v mešanici.

===Zasnova in optimizacija komponent===

Za programiranje sistema, ki cilja na specifično regijo genoma ''P. parvum'', je ekipa morala oblikovati učinkovito kombinacijo RPA primerjev in crRNA molekule. Izbrali so regijo genoma ITS2 (''angl.'' internal transcribed spacer 2), ki se pogosto uporablja za identifikacijo vrst zaradi svoje variabilnosti med vrstami in ohranjenosti znotraj vrste. Pripravili so dve začetni crRNA zaporedji: PrymCrRNA1 (BBa_K5087022) ter PrymCrRNA2 (BBa_K5087023). Določili so tudi tri pare primerjev (Gal, Mod in Alt), pri čemer so nekatere prilagodili iz obstoječe literature, druge pa zasnovali sami. Z združitvijo teh parov in dveh crRNA zaporedij so imeli na voljo 18 možnih kombinacij SHERLOCK komponent za nadaljnje testiranje. Ekipa je preverila delovanje vseh kombinacij, pri čemer so uporabili tako fluorescenčno metodo kot tudi test z lateralnim tokom (LFA). Najuspešnejša kombinacija je bil par ModF-ModR + PrymCrRNA1, saj je dosegla visoko fluorescenčno intenziteto tako pri koncentraciji 530 nM kot tudi pri 200 fM. Ekipa si je nato prizadevala dodatno optimizirati sistem. Izvedli so fluorescenčne teste, v katerih so ocenili vse kombinacije znotraj istega eksperimenta, da bi jih lahko neposredno primerjali med seboj. Cilj tega testa je bil ugotoviti, ali bi mešanje različnih primerjev (smerni in protismerni) ter različnih crRNA zaporedij lahko omogočilo nižjo mejo zaznavanja. Najbolje se je izkazala kombinacija ModF-GalR + PrymCrRNA1, saj je dosegla visoke fluorescenčne signale tako pri 480 nM kot tudi pri 200 fM koncentraciji ciljne DNA.

===Kvantifikacija sistema===

Naslednji korak je bila kvantifikacija sistema SHERLOCK, da bi preverili, ali fluorescenčni signal ustreza količini ciljne DNA ''P. parvum''. Mejo zaznavanja (LOD) so definirali kot najnižjo koncentracijo PCR-pomnožene DNA, ki še vedno daje pozitiven rezultat, kar se kaže kot statistično pomembno povečanje fluorescence skozi čas. Vendar se je izkazalo, da je bila reakcija SHERLOCK težko ponovljiva. Različne jakosti fluorescence so bile opažene tudi pri vzorcih iz iste RPA reakcije, prav tako pa so se meje zaznavanja razlikovale med ponovitvami testa. Ta nedoslednost je onemogočila zanesljivo primerjavo rezultatov med posameznimi eksperimenti. Kljub prizadevanjem za optimizacijo koncentracije RPA primerjev ni bilo mogoče določiti razpona koncentracij ciljne DNA, ki bi bil sorazmeren s končno intenzivnostjo fluorescence. Na podlagi teh ugotovitev se je izkazalo, da test ni primeren za kvantitativne meritve, temveč predvsem za kvalitativno zaznavanje prisotnosti tarče. Kljub prej omenjenim težavam z doslednostjo rezultatov je ekipa na podlagi zbranih podatkov zaključila, da je meja zaznavanja (LOD) njihovega testa 1 pM. Ta koncentracija ustreza približno 50 milijardam celic ''P. parvum'' na liter vode.

===Gojenje ''P. parvum''===

''Prymnesium parvum'' ni modelni organizem, zato zanj ne obstajajo uveljavljeni protokoli za gojenje v laboratorijskih pogojih. Ekipa je zato razvila lastno metodo za vzdrževanje kulture ''P. parvum'' v laboratoriju. Poleg tega so preizkusili različne tehnike izolacije DNA iz vzorcev te alge. Ugotovili so, da je izolacija z uporabo NEB kompleta dala nekoliko višjo koncentracijo DNA v primerjavi s kompletom QIAGEN. Poleg boljše učinkovitosti se je NEB komplet izkazal tudi za bolj priročnega, saj ni zahteval dolgotrajne začetne inkubacije, ki pri QIAGEN metodi traja od 5 do 7 ur.

===PrymFlow===

Ekipa je razvila tudi PrymFlow, test z lateralnim tokom (LFA), primeren za uporabo na terenu brez potrebe po fluorimetrični opremi. Uporabili so RNA sonde, ki so na enem koncu označene s 6-karboksifluoresceinom (FAM), na drugem pa z biotinom. T-linija označuje pozitiven rezultat, C-linija pa deluje kot kontrola, ki postaja manj izrazita, ko je v vzorcu več tarčnega zaporedja. Testi so pokazali, da inkubacija s telesno toploto in termopomnoževalnikom dajeta primerljive rezultate.

=='''SynLOCK'''==

Številne vrste alg imajo lahko negativne učinke na okolje, pri čemer se posamezni sevi genetsko razlikujejo, zato je nujno razvijati hitre in prilagodljive diagnostične metode za njihovo zaznavanje. Zato so razvili platformo SynLOCK – sistem za sintezo crRNA za uporabo s SHERLOCK. Tako morajo znanstveniki oblikovati le še zaporedje vmesnika, ki je specifično za tarčo, ki jo želijo zaznati.

Za izpolnitev ciljev projekta so člani ekipe najprej zasnovali t. i. SynLOCK kaseto (BBa_K5087017). Kaseta že vsebuje T7 promotor za in vitro transkripcijo ter DR zaporedje, ki je združljivo s Cas13a proteinom. Kasneje so dodali še reportersko enoto (vijolični kromoprotein), ki so jo umestili med restrikcijski mesti SapI. To omogoča enostavno vstavljanje prilagojenih vmesnikov s pomočjo SapI encima ter vizualno selekcijo kolonij, ki so uspešno privzele novo zaporedje. Kot ogrodje so izbrali plazmid pSB1C3, saj je to standardni vektor za shranjevanje BioBrick delov. Nato so sestavili celotno kaseto skupaj z reporterjem in jo prenesli v plazmid pSB1C3. V naslednjem koraku so vanjo klonirali prilagojene crRNA vmesnike, uporabljene v testu PrymDetect. Funkcionalnost sistema so potrdili z in vitro transkripcijo in elektroforezo RNA. Poleg tega so preverili prenosljivost SynLOCK kasete med različnimi plazmidnimi ogrodji.

=='''PrymChip'''==

Ekipa je želela razviti tudi dostopno, terensko uporabno testiranje okoljskih vzorcev, ki posameznikom omogoča testiranje vzorcev vode neposredno ob vodnih virih. Rezultat tega dela je PrymChip, 3D-natisnjena naprava za zaznavanje in kvantifikacijo zelene fluorescenčne svetlobe. Vse dele naprave so uspešno oblikovali v programu TinkerCAD in jih natisnili s tehnologijo FDM (''angl.'' fused deposition modeling). Zaradi časovne omejenosti in pomanjkanja reagentov ekipi ni uspelo demonstrirati zaznavanja alg s pomočjo SHERLOCK metode. Kljub temu so uspešno izvedli eksperiment s fluoresceinom, kar je potrdilo funkcionalnost naprave. Rezultati so pokazali, da programska oprema natančno analizira fotografije in poda rezultate, ki dobro ustrezajo dejanskim vrednostim koncentracije fluoresceina. To dokazuje, da je programska oprema učinkovita in zanesljiva, pri čemer pa je občutljivost meritve močno odvisna od kakovosti kamere pametnega telefona.

=='''Zaključek'''==

Projekt PrymDetect predstavlja celostno rešitev za zaznavanje mikroalge ''Prymnesium parvum'', ki lahko povzroča obsežno okoljsko škodo. S povezovanjem sodobnih pristopov sintezne biologije, kot je SHERLOCK ter z inženirskimi rešitvami, kot sta PrymFlow in PrymChip, je ekipa razvila sistem, ki je hkrati dostopen, prenosljiv in prilagodljiv. Pomemben prispevek projekta je tudi SynLOCK, standardiziran sistem za sintezo crRNA, ki močno olajša pripravo testov tudi za druge organizme. Projekt zato ne rešuje zgolj enega lokalnega problema, temveč ustvarja osnovo za širšo uporabo v okoljski diagnostiki in podporo prihodnjim iGEM ekipam. Čeprav je pri nekaterih komponentah, kot je kvantitativna analiza fluorescence, potrebna nadaljnja optimizacija, so doseženi rezultati trden dokaz koncepta.

=='''Viri in literatura'''==

[1] PrymDetect: Can SHERLOCK outsmart the Golden Algae? https://2024.igem.wiki/ju-krakow/index.html

Seminarji SB 2024/25

2025-05-19T11:37:05Z

Pia Trošt:

V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_umetnih_medvrstnih_promotorjev_z_različnimi_transkripcijskimi_močmi Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi] (Miljan Trajković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preprečevanje_nastanka_multimerov_pogosto_uporabljenih_plazmidov_v_sintezni_biologiji Preprečevanje nastanka multimerov pogosto uporabljenih plazmidov v sintezni biologiji] (Lev Jošt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_Nicotiane_benthamiane_za_proizvodnjo_krisoeriola_z_uporabo_tehnik_sintezne_biologije Priprava ''Nicotiane benthamiane'' za proizvodnjo krisoeriola z uporabo tehnik sintezne biologije] (Nika Frelih)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gensko_spremenjeni_receptorji_za_komunikacijo_med_celicami_preko_topnih_signalov_in_zaznavanje_bolezni Gensko spremenjeni receptorji za komunikacijo med celicami preko topnih signalov in zaznavanje bolezni] (Zara Bunc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nadzor_nad_izražanjem_heterolognih_genov_pri_Bdellovibrio_bacteriovorus_z_uporabo_sintezne_biologije Nadzor nad izražanjem heterolognih genov pri Bdellovibrio bacteriovorus z uporabo sintezne biologije] (Živa Flego)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov Uporaba konzorcija kvasovk za de novo biosintezo rastlinskih lignanov] (Urša Lah)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sonogenetsko_nadzorovane_gensko_spremenjene_celice_za_zdravljenje_raka_v_mišjih_tumorskih_modelih Sonogenetsko nadzorovane gensko spremenjene celice za zdravljenje raka v mišjih tumorskih modelih] (Pia Mencin)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Združitev_difuzijskega_modela_in_transformerja_za_sintezo_izboljšanih_promotorjev_ter_napoved_moči_sintetičnih_promotorjev_z_uporabo_globokega_učenja Združitev difuzijskega modela in transformerja za sintezo izboljšanih promotorjev ter napoved moči sintetičnih promotorjev z uporabo globokega učenja] (Tinkara Korošec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_dvojno_svetlobo_nadzirani_kokulturni_sistem_omogoča_uravnavanje_sestave_populacije Z dvojno svetlobo nadzirani sistem omogoča uravnavanje sestave populacije] (Ula Mikoš)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Načrtovanje_močnih_inducibilnih_sinteznih_promotorjev_v_kvasovkah Načrtovanje močnih inducibilnih sinteznih promotorjev v kvasovkah] (Bor Kunstelj)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolni_inženiring_E._coli_za_izboljšano_produkcijo_diolov_iz_acetata Metabolni inženiring ''E. coli'' za izboljšano produkcijo diolov iz acetata] (Teo Trost)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inkorporacija_fotosintetsko_aktivnih_kloroplastov_iz_alg_v_kultivirane_celice_sesalcev_kot_pot_k_fotosintezi_pri_Živalih Inkorporacija fotosintetsko aktivnih kloroplastov iz alg v kultivirane celice sesalcev kot pot k fotosintezi pri živalih] (Peter Gričar Vintar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Izgradnja_metabolične_poti_za_biosintezo_treonina_iz_etilen_glikola Izgradnja metabolične poti za biosintezo treonina iz etilen glikola] (Tinkara Butara)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Povezava_sintezne_in_sistemske_biologije_za_in_vivo_encimatiko Povezava sintezne in sistemske biologije za ''in vivo'' encimatiko] (Gaja Starc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nanotelo_proti_Pdc1p_kot_gensko_kodiran_inhibitor_proizvodnje_etanola_omogoča_dvojni_transkripcijski_in_posttranslacijski_nadzor_fermentacije_v_kvasovkah Nanotelo proti Pdc1p kot gensko kodiran inhibitor proizvodnje etanola omogoča dvojni transkripcijski in posttranslacijski nadzor fermentacije v kvasovkah] (Lara Zupanc)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/S_fazno_separacijo_posredovano_sestavljanje_ve%C4%8Dencimskih_kompleksov_in_vivo S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov ''in vivo''] (Lana Kores)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Umetna_nevronska_mreža_na_proteinski_ravni_v_sesalskih_celicah Umetna nevronska mreža na proteinski ravni v sesalskih celicah] (Gal Kastelic)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sintezne_virologije_za_hitro_inženirstvo_virusa_vezikularnega_stomatitisa_VSV Uporaba sintezne virologije za hitro inženirstvo virusa vezikularnega stomatitisa (VSV)] (Bine Brunec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_inženiring_funkcionalnih_siRNA Molekularni inženiring funkcionalnih siRNA] (Nataša Vujović)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETal:_izdelovanje_eteričnega_olja_sandalovine_iz_PET_plastike PETal: izdelovanje eteričnega olja sandalovine iz PET plastike] (Lara Krampač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET_TWINS:_Praktična_uporaba_PETaze_za_učinkovitejše_recikliranje_plastike PET TWINS: Praktična uporaba PETaze za učinkovitejše recikliranje plastike] (Tina Urh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAU-China:_Nodulska_tovarna_DHA_in_EPA CAU-China: Nodulska tovarna DHA in EPA] (Luka Fink)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/nuCloud:_Nov_oblak_za_shranjevanje_podatkov_na_osnovi_nukleotidov nuCloud: Nov oblak za shranjevanje podatkov na osnovi nukleotidov] (Aleš Poljanšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_metoda_diagnosticiranja_multiple_skleroze_-_miRADAR Nova metoda diagnosticiranja multiple skleroze - miRADAR] (Petja Premrl)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biostimulant_za_rast_rastlin_na_Luni_–_BioMoon Biostimulant za rast rastlin na Luni – BioMoon] (Žan Žnidar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CAPTURE:_Boj_proti_oku%C5%BEbam_s_Pseudomonas_aeruginosa_z_nosilci_protimikrobnih_peptidov&action=edit&redlink=1 Boj proti okužbam s Pseudomonas aeruginosa z nosilci protimikrobnih peptidov - CAPTURE] (Metka Rus)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/REPARO REPARO] (Lina Kopač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Tarakate Tarakate] (Pia Špehar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Heartecho:_presejalni_test_za_raka_pri_pacientih_po_miokardnem_infarktu Heartecho: presejalni test za raka pri pacientih po miokardnem infarktu] (Zarja Doberšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Synhesion Synhesion] (Janja Bohte)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rebolutionaries Rebolutionaries] (Mia Kobal)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PrymDetect PrymDetect] (Pia Trošt)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].

Seminarji SB 2024/25

2025-05-19T11:36:44Z

Pia Trošt:

V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_umetnih_medvrstnih_promotorjev_z_različnimi_transkripcijskimi_močmi Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi] (Miljan Trajković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preprečevanje_nastanka_multimerov_pogosto_uporabljenih_plazmidov_v_sintezni_biologiji Preprečevanje nastanka multimerov pogosto uporabljenih plazmidov v sintezni biologiji] (Lev Jošt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_Nicotiane_benthamiane_za_proizvodnjo_krisoeriola_z_uporabo_tehnik_sintezne_biologije Priprava ''Nicotiane benthamiane'' za proizvodnjo krisoeriola z uporabo tehnik sintezne biologije] (Nika Frelih)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gensko_spremenjeni_receptorji_za_komunikacijo_med_celicami_preko_topnih_signalov_in_zaznavanje_bolezni Gensko spremenjeni receptorji za komunikacijo med celicami preko topnih signalov in zaznavanje bolezni] (Zara Bunc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nadzor_nad_izražanjem_heterolognih_genov_pri_Bdellovibrio_bacteriovorus_z_uporabo_sintezne_biologije Nadzor nad izražanjem heterolognih genov pri Bdellovibrio bacteriovorus z uporabo sintezne biologije] (Živa Flego)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov Uporaba konzorcija kvasovk za de novo biosintezo rastlinskih lignanov] (Urša Lah)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sonogenetsko_nadzorovane_gensko_spremenjene_celice_za_zdravljenje_raka_v_mišjih_tumorskih_modelih Sonogenetsko nadzorovane gensko spremenjene celice za zdravljenje raka v mišjih tumorskih modelih] (Pia Mencin)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Združitev_difuzijskega_modela_in_transformerja_za_sintezo_izboljšanih_promotorjev_ter_napoved_moči_sintetičnih_promotorjev_z_uporabo_globokega_učenja Združitev difuzijskega modela in transformerja za sintezo izboljšanih promotorjev ter napoved moči sintetičnih promotorjev z uporabo globokega učenja] (Tinkara Korošec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_dvojno_svetlobo_nadzirani_kokulturni_sistem_omogoča_uravnavanje_sestave_populacije Z dvojno svetlobo nadzirani sistem omogoča uravnavanje sestave populacije] (Ula Mikoš)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Načrtovanje_močnih_inducibilnih_sinteznih_promotorjev_v_kvasovkah Načrtovanje močnih inducibilnih sinteznih promotorjev v kvasovkah] (Bor Kunstelj)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolni_inženiring_E._coli_za_izboljšano_produkcijo_diolov_iz_acetata Metabolni inženiring ''E. coli'' za izboljšano produkcijo diolov iz acetata] (Teo Trost)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inkorporacija_fotosintetsko_aktivnih_kloroplastov_iz_alg_v_kultivirane_celice_sesalcev_kot_pot_k_fotosintezi_pri_Živalih Inkorporacija fotosintetsko aktivnih kloroplastov iz alg v kultivirane celice sesalcev kot pot k fotosintezi pri živalih] (Peter Gričar Vintar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Izgradnja_metabolične_poti_za_biosintezo_treonina_iz_etilen_glikola Izgradnja metabolične poti za biosintezo treonina iz etilen glikola] (Tinkara Butara)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Povezava_sintezne_in_sistemske_biologije_za_in_vivo_encimatiko Povezava sintezne in sistemske biologije za ''in vivo'' encimatiko] (Gaja Starc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nanotelo_proti_Pdc1p_kot_gensko_kodiran_inhibitor_proizvodnje_etanola_omogoča_dvojni_transkripcijski_in_posttranslacijski_nadzor_fermentacije_v_kvasovkah Nanotelo proti Pdc1p kot gensko kodiran inhibitor proizvodnje etanola omogoča dvojni transkripcijski in posttranslacijski nadzor fermentacije v kvasovkah] (Lara Zupanc)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/S_fazno_separacijo_posredovano_sestavljanje_ve%C4%8Dencimskih_kompleksov_in_vivo S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov ''in vivo''] (Lana Kores)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Umetna_nevronska_mreža_na_proteinski_ravni_v_sesalskih_celicah Umetna nevronska mreža na proteinski ravni v sesalskih celicah] (Gal Kastelic)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sintezne_virologije_za_hitro_inženirstvo_virusa_vezikularnega_stomatitisa_VSV Uporaba sintezne virologije za hitro inženirstvo virusa vezikularnega stomatitisa (VSV)] (Bine Brunec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_inženiring_funkcionalnih_siRNA Molekularni inženiring funkcionalnih siRNA] (Nataša Vujović)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETal:_izdelovanje_eteričnega_olja_sandalovine_iz_PET_plastike PETal: izdelovanje eteričnega olja sandalovine iz PET plastike] (Lara Krampač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET_TWINS:_Praktična_uporaba_PETaze_za_učinkovitejše_recikliranje_plastike PET TWINS: Praktična uporaba PETaze za učinkovitejše recikliranje plastike] (Tina Urh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAU-China:_Nodulska_tovarna_DHA_in_EPA CAU-China: Nodulska tovarna DHA in EPA] (Luka Fink)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/nuCloud:_Nov_oblak_za_shranjevanje_podatkov_na_osnovi_nukleotidov nuCloud: Nov oblak za shranjevanje podatkov na osnovi nukleotidov] (Aleš Poljanšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_metoda_diagnosticiranja_multiple_skleroze_-_miRADAR Nova metoda diagnosticiranja multiple skleroze - miRADAR] (Petja Premrl)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biostimulant_za_rast_rastlin_na_Luni_–_BioMoon Biostimulant za rast rastlin na Luni – BioMoon] (Žan Žnidar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CAPTURE:_Boj_proti_oku%C5%BEbam_s_Pseudomonas_aeruginosa_z_nosilci_protimikrobnih_peptidov&action=edit&redlink=1 Boj proti okužbam s Pseudomonas aeruginosa z nosilci protimikrobnih peptidov - CAPTURE] (Metka Rus)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/REPARO REPARO] (Lina Kopač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Tarakate Tarakate] (Pia Špehar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Heartecho:_presejalni_test_za_raka_pri_pacientih_po_miokardnem_infarktu Heartecho: presejalni test za raka pri pacientih po miokardnem infarktu] (Zarja Doberšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Synhesion Synhesion] (Janja Bohte)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rebolutionaries Rebolutionaries] (Mia Kobal)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PrymDetect] (Pia Trošt)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].

PrymDetect

2025-05-19T11:35:10Z

Pia Trošt:

[https://2024.igem.wiki/ju-krakow/index.html PrymDetect] je iGEM projekt ekipe iz Krakova, ki je leta 2024 zasedel 2. mesto v kategoriji dodiplomcev.

=='''Uvod in teoretično ozadje'''==

Poleti 2022 je reka Odra, druga najdaljša reka na Poljskem, doživela eno največjih ekoloških katastrof v Evropi. Na stotine ton poginulih rib in drugih vodnih organizmov je bilo najdenih vzdolž 560 km reke. Sprva so bile vzroki nejasni, vendar so kasnejše analize pokazale, da je bil glavni krivec ''Prymnesium parvum'', znan tudi kot "zlata alga".

''Prymnesium parvum'' je enocelična mikroalga, dolga približno 5 do 10 mikrometrov. Gre za organizem, ki lahko sam proizvaja hrano s fotosintezo, hkrati pa deluje tudi kot plenilec in se heterotrofno prehranjuje z drugimi organizmi. V določenih pogojih ''Prymnesium'' proizvaja toksine, znane kot primnezini. Ti toksini uničujejo škrge vodnih organizmov ter prodirajo v njihov krvni obtok in notranje organe. Čeprav danes ob Odri ne opažajo več množičnih poginov, se je ''P. parvum'' trajno naselil v rečnem sistemu in njegova prisotnost ostaja težava. Tradicionalne metode zaznavanja so počasne, zahtevajo laboratorijsko opremo in usposobljeno osebje.

=='''Cilj projekta'''==

Cilj projekta PrymDetect je bil razviti preprost in dostopen test za hitro zaznavanje zlate alge neposredno na terenu. Test so nadgradili s 3D-natisnjeno napravo in programsko opremo za kvantitativno merjenje fluorescence s pomočjo kamere mobilnega telefona. Poleg tega so želeli z razvojem odprte platforme olajšati izdelavo podobnih testov. Prizadevali so si tudi za ozaveščanje javnosti o nevarnostih razrasta zlate alge ter vključevanje lokalnih skupnosti v iskanje rešitev za zaščito vodnih ekosistemov.

=='''SHERLOCK detekcija ''P. parvum'''''==

V projektu so uporabili metodo SHERLOCK (''angl.'' Specific High-Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking) za zaznavanje ''Prymnesium parvum'' v vzorcih vode. SHERLOCK izkorišča lastnosti proteina Cas13a. Ta protein se s pomočjo crRNA z visoko specifičnostjo usmeri na točno določeno zaporedje. Molekula crRNA je sestavljena iz zaporedja DR (''angl.'' direct repeat) in vmesnika, ki je komplementaren tarči. Pri sintezi crRNA so pred zaporedje dodali T7 promotor. Ko se Cas13a veže na genetski material organizma, se aktivira njegova »kolateralna« RNazna aktivnost, kar pomeni, da nespecifično razgrajuje bližnje enoverižne RNA molekule. To aktivnost so izkoristili tako, da so v reakcijsko zmes vključili sintetične RNA sonde, označene s fluorescenčnim označevalcem in dušilcem signala. Če so zaznali fluorescenčni signal, to kaže na prisotnost ciljne DNA v vzorcu.

Najprej so po odvzemu vzorca vode izolirali DNA organizma z uporabo kompleta za izolacijo genomske DNA. Nato so za povečanje signala ciljne DNA uporabili pomnoževanje z rekombinazo in polimerazo (RPA). Pri RPA rekombinaze pomagajo stabilizirati vez med primerji in DNA, kar omogoča, da se reakcija uspešno izvaja že pri temperaturah pod 37 °C. Nato so v reakcijsko mešanico dodali vse komponente za SHERLOCK reakcijo, vključno s T7 RNA polimerazo. Ta korak aktivira kompleks crRNA:Cas13a, pri čemer aktivirani Cas13a protein začne razgrajevati RNA sonde v mešanici.

===Zasnova in optimizacija komponent===

Za programiranje sistema, ki cilja na specifično regijo genoma ''P. parvum'', je ekipa morala oblikovati učinkovito kombinacijo RPA primerjev in crRNA molekule. Izbrali so regijo genoma ITS2 (''angl.'' internal transcribed spacer 2), ki se pogosto uporablja za identifikacijo vrst zaradi svoje variabilnosti med vrstami in ohranjenosti znotraj vrste. Pripravili so dve začetni crRNA zaporedji: PrymCrRNA1 (BBa_K5087022) ter PrymCrRNA2 (BBa_K5087023). Določili so tudi tri pare primerjev (Gal, Mod in Alt), pri čemer so nekatere prilagodili iz obstoječe literature, druge pa zasnovali sami. Z združitvijo teh parov in dveh crRNA zaporedij so imeli na voljo 18 možnih kombinacij SHERLOCK komponent za nadaljnje testiranje. Ekipa je preverila delovanje vseh kombinacij, pri čemer so uporabili tako fluorescenčno metodo kot tudi test z lateralnim tokom (LFA). Najuspešnejša kombinacija je bil par ModF-ModR + PrymCrRNA1, saj je dosegla visoko fluorescenčno intenziteto tako pri koncentraciji 530 nM kot tudi pri 200 fM. Ekipa si je nato prizadevala dodatno optimizirati sistem. Izvedli so fluorescenčne teste, v katerih so ocenili vse kombinacije znotraj istega eksperimenta, da bi jih lahko neposredno primerjali med seboj. Cilj tega testa je bil ugotoviti, ali bi mešanje različnih primerjev (smerni in protismerni) ter različnih crRNA zaporedij lahko omogočilo nižjo mejo zaznavanja. Najbolje se je izkazala kombinacija ModF-GalR + PrymCrRNA1, saj je dosegla visoke fluorescenčne signale tako pri 480 nM kot tudi pri 200 fM koncentraciji ciljne DNA.

===Kvantifikacija sistema===

Naslednji korak je bila kvantifikacija sistema SHERLOCK, da bi preverili, ali fluorescenčni signal ustreza količini ciljne DNA ''P. parvum''. Mejo zaznavanja (LOD) so definirali kot najnižjo koncentracijo PCR-pomnožene DNA, ki še vedno daje pozitiven rezultat, kar se kaže kot statistično pomembno povečanje fluorescence skozi čas. Vendar se je izkazalo, da je bila reakcija SHERLOCK težko ponovljiva. Različne jakosti fluorescence so bile opažene tudi pri vzorcih iz iste RPA reakcije, prav tako pa so se meje zaznavanja razlikovale med ponovitvami testa. Ta nedoslednost je onemogočila zanesljivo primerjavo rezultatov med posameznimi eksperimenti. Kljub prizadevanjem za optimizacijo koncentracije RPA primerjev ni bilo mogoče določiti razpona koncentracij ciljne DNA, ki bi bil sorazmeren s končno intenzivnostjo fluorescence. Na podlagi teh ugotovitev se je izkazalo, da test ni primeren za kvantitativne meritve, temveč predvsem za kvalitativno zaznavanje prisotnosti tarče. Kljub prej omenjenim težavam z doslednostjo rezultatov je ekipa na podlagi zbranih podatkov zaključila, da je meja zaznavanja (LOD) njihovega testa 1 pM. Ta koncentracija ustreza približno 50 milijardam celic ''P. parvum'' na liter vode.

===Gojenje ''P. parvum''===

''Prymnesium parvum'' ni modelni organizem, zato zanj ne obstajajo uveljavljeni protokoli za gojenje v laboratorijskih pogojih. Ekipa je zato razvila lastno metodo za vzdrževanje kulture ''P. parvum'' v laboratoriju. Poleg tega so preizkusili različne tehnike izolacije DNA iz vzorcev te alge. Ugotovili so, da je izolacija z uporabo NEB kompleta dala nekoliko višjo koncentracijo DNA v primerjavi s kompletom QIAGEN. Poleg boljše učinkovitosti se je NEB komplet izkazal tudi za bolj priročnega, saj ni zahteval dolgotrajne začetne inkubacije, ki pri QIAGEN metodi traja od 5 do 7 ur.

===PrymFlow===

Ekipa je razvila tudi PrymFlow, test z lateralnim tokom (LFA), primeren za uporabo na terenu brez potrebe po fluorimetrični opremi. Uporabili so RNA sonde, ki so na enem koncu označene s 6-karboksifluoresceinom (FAM), na drugem pa z biotinom. T-linija označuje pozitiven rezultat, C-linija pa deluje kot kontrola, ki postaja manj izrazita, ko je v vzorcu več tarčnega zaporedja. Testi so pokazali, da inkubacija s telesno toploto in termopomnoževalnikom dajeta primerljive rezultate.

=='''SynLOCK'''==

Številne vrste alg imajo lahko negativne učinke na okolje, pri čemer se posamezni sevi genetsko razlikujejo, zato je nujno razvijati hitre in prilagodljive diagnostične metode za njihovo zaznavanje. Zato so razvili platformo SynLOCK – sistem za sintezo crRNA za uporabo s SHERLOCK. Tako morajo znanstveniki oblikovati le še zaporedje vmesnika, ki je specifično za tarčo, ki jo želijo zaznati.

Za izpolnitev ciljev projekta so člani ekipe najprej zasnovali t. i. SynLOCK kaseto (BBa_K5087017). Kaseta že vsebuje T7 promotor za in vitro transkripcijo ter DR zaporedje, ki je združljivo s Cas13a proteinom. Kasneje so dodali še reportersko enoto (vijolični kromoprotein), ki so jo umestili med restrikcijski mesti SapI. To omogoča enostavno vstavljanje prilagojenih vmesnikov s pomočjo SapI encima ter vizualno selekcijo kolonij, ki so uspešno privzele novo zaporedje. Kot ogrodje so izbrali plazmid pSB1C3, saj je to standardni vektor za shranjevanje BioBrick delov. Nato so sestavili celotno kaseto skupaj z reporterjem in jo prenesli v plazmid pSB1C3. V naslednjem koraku so vanjo klonirali prilagojene crRNA vmesnike, uporabljene v testu PrymDetect. Funkcionalnost sistema so potrdili z in vitro transkripcijo in elektroforezo RNA. Poleg tega so preverili prenosljivost SynLOCK kasete med različnimi plazmidnimi ogrodji.

=='''PrymChip'''==

Ekipa je želela razviti tudi dostopno, terensko uporabno testiranje okoljskih vzorcev, ki posameznikom omogoča testiranje vzorcev vode neposredno ob vodnih virih. Rezultat tega dela je PrymChip, 3D-natisnjena naprava za zaznavanje in kvantifikacijo zelene fluorescenčne svetlobe. Vse dele naprave so uspešno oblikovali v programu TinkerCAD in jih natisnili s tehnologijo FDM (''angl.'' fused deposition modeling). Zaradi časovne omejenosti in pomanjkanja reagentov ekipi ni uspelo demonstrirati zaznavanja alg s pomočjo SHERLOCK metode. Kljub temu so uspešno izvedli eksperiment s fluoresceinom, kar je potrdilo funkcionalnost naprave. Rezultati so pokazali, da programska oprema natančno analizira fotografije in poda rezultate, ki dobro ustrezajo dejanskim vrednostim koncentracije fluoresceina. To dokazuje, da je programska oprema učinkovita in zanesljiva, pri čemer pa je občutljivost meritve močno odvisna od kakovosti kamere pametnega telefona.

=='''Zaključek'''==

Projekt PrymDetect predstavlja celostno rešitev za zaznavanje mikroalge ''Prymnesium parvum'', ki lahko povzroča obsežno okoljsko škodo. S povezovanjem sodobnih pristopov sintetične biologije, kot je SHERLOCK ter z inženirskimi rešitvami, kot sta PrymFlow in PrymChip, je ekipa razvila sistem, ki je hkrati dostopen, prenosljiv in prilagodljiv. Pomemben prispevek projekta je tudi SynLOCK, standardiziran sistem za sintezo crRNA, ki močno olajša pripravo testov tudi za druge organizme. Projekt zato ne rešuje zgolj enega lokalnega problema, temveč ustvarja osnovo za širšo uporabo v okoljski diagnostiki in podporo prihodnjim iGEM ekipam. Čeprav je pri nekaterih komponentah, kot je kvantitativna analiza fluorescence, potrebna nadaljnja optimizacija, so doseženi rezultati trden dokaz koncepta.

=='''Viri in literatura'''==

[1] PrymDetect: Can SHERLOCK outsmart the Golden Algae? https://2024.igem.wiki/ju-krakow/index.html

PrymDetect

2025-05-19T11:34:18Z

Pia Trošt: Created page with "[https://2024.igem.wiki/ju-krakow/index.html PrymDetect] je iGEM projekt ekipe iz Krakova, ki je leta 2024 zasedel 2. mesto v kategoriji dodiplomcev. =='''Uvod in teoretično ozadje'''== Poleti 2022 je reka Odra, druga najdaljša reka na Poljskem, doživela eno največjih ekoloških katastrof v Evropi. Na stotine ton poginulih rib in drugih vodnih organizmov je bilo najdenih vzdolž 560 km reke. Sprva so bile vzroki nejasni, vendar so kasnejše analize pokazale, da je..."

[https://2024.igem.wiki/ju-krakow/index.html PrymDetect] je iGEM projekt ekipe iz Krakova, ki je leta 2024 zasedel 2. mesto v kategoriji dodiplomcev.

=='''Uvod in teoretično ozadje'''==

Poleti 2022 je reka Odra, druga najdaljša reka na Poljskem, doživela eno največjih ekoloških katastrof v Evropi. Na stotine ton poginulih rib in drugih vodnih organizmov je bilo najdenih vzdolž 560 km reke. Sprva so bile vzroki nejasni, vendar so kasnejše analize pokazale, da je bil glavni krivec ''Prymnesium parvum'', znan tudi kot "zlata alga".

''Prymnesium parvum'' je enocelična mikroalga, dolga približno 5 do 10 mikrometrov. Gre za organizem, ki lahko sam proizvaja hrano s fotosintezo, hkrati pa deluje tudi kot plenilec in se heterotrofno prehranjuje z drugimi organizmi. V določenih pogojih ''Prymnesium'' proizvaja toksine, znane kot primnezini. Ti toksini uničujejo škrge vodnih organizmov ter prodirajo v njihov krvni obtok in notranje organe. Čeprav danes ob Odri ne opažajo več množičnih poginov, se je ''P. parvum'' trajno naselil v rečnem sistemu in njegova prisotnost ostaja težava. Tradicionalne metode zaznavanja so počasne, zahtevajo laboratorijsko opremo in usposobljeno osebje.

=='''Cilj projekta'''==

Cilj projekta PrymDetect je bil razviti preprost in dostopen test za hitro zaznavanje zlate alge neposredno na terenu. Test so nadgradili s 3D-natisnjeno napravo in programsko opremo za kvantitativno merjenje fluorescence s pomočjo kamere mobilnega telefona. Poleg tega so želeli z razvojem odprte platforme olajšati izdelavo podobnih testov. Prizadevali so si tudi za ozaveščanje javnosti o nevarnostih razrasta zlate alge ter vključevanje lokalnih skupnosti v iskanje rešitev za zaščito vodnih ekosistemov.

=='''SHERLOCK detekcija ''P. parvum'''''==

V projektu so uporabili metodo SHERLOCK (''angl.'' Specific High-Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking) za zaznavanje ''Prymnesium parvum'' v vzorcih vode. SHERLOCK izkorišča lastnosti proteina Cas13a. Ta protein se s pomočjo crRNA z visoko specifičnostjo usmeri na točno določeno zaporedje. Molekula crRNA je sestavljena iz zaporedja DR (''angl.'' direct repeat) in vmesnika, ki je komplementaren tarči. Pri sintezi crRNA so pred zaporedje dodali T7 promotor. Ko se Cas13a veže na genetski material organizma, se aktivira njegova »kolateralna« RNazna aktivnost, kar pomeni, da nespecifično razgrajuje bližnje enoverižne RNA molekule. To aktivnost so izkoristili tako, da so v reakcijsko zmes vključili sintetične RNA sonde, označene s fluorescenčnim označevalcem in dušilcem signala. Če so zaznali fluorescenčni signal, to kaže na prisotnost ciljne DNA v vzorcu.

Najprej so po odvzemu vzorca vode izolirali DNA organizma z uporabo kompleta za izolacijo genomske DNA. Nato so za povečanje signala ciljne DNA uporabili pomnoževanje z rekombinazo in polimerazo (RPA). Pri RPA rekombinaze pomagajo stabilizirati vez med primerji in DNA, kar omogoča, da se reakcija uspešno izvaja že pri temperaturah pod 37 °C. Nato so v reakcijsko mešanico dodali vse komponente za SHERLOCK reakcijo, vključno s T7 RNA polimerazo. Ta korak aktivira kompleks crRNA:Cas13a, pri čemer aktivirani Cas13a protein začne razgrajevati RNA sonde v mešanici.

===Zasnova in optimizacija komponent===

Za programiranje sistema, ki cilja na specifično regijo genoma ''P. parvum'', je ekipa morala oblikovati učinkovito kombinacijo RPA primerjev in crRNA molekule. Izbrali so regijo genoma ITS2 (''angl.'' internal transcribed spacer 2), ki se pogosto uporablja za identifikacijo vrst zaradi svoje variabilnosti med vrstami in ohranjenosti znotraj vrste. Pripravili so dve začetni crRNA zaporedji: PrymCrRNA1 (BBa_K5087022) ter PrymCrRNA2 (BBa_K5087023). Določili so tudi tri pare primerjev (Gal, Mod in Alt), pri čemer so nekatere prilagodili iz obstoječe literature, druge pa zasnovali sami. Z združitvijo teh parov in dveh crRNA zaporedij so imeli na voljo 18 možnih kombinacij SHERLOCK komponent za nadaljnje testiranje. Ekipa je preverila delovanje vseh kombinacij, pri čemer so uporabili tako fluorescenčno metodo kot tudi test z lateralnim tokom (LFA). Najuspešnejša kombinacija je bil par ModF-ModR + PrymCrRNA1, saj je dosegla visoko fluorescenčno intenziteto tako pri koncentraciji 530 nM kot tudi pri 200 fM. Ekipa si je nato prizadevala dodatno optimizirati sistem. Izvedli so fluorescenčne teste, v katerih so ocenili vse kombinacije znotraj istega eksperimenta, da bi jih lahko neposredno primerjali med seboj. Cilj tega testa je bil ugotoviti, ali bi mešanje različnih primerjev (smerni in protismerni) ter različnih crRNA zaporedij lahko omogočilo nižjo mejo zaznavanja. Najbolje se je izkazala kombinacija ModF-GalR + PrymCrRNA1, saj je dosegla visoke fluorescenčne signale tako pri 480 nM kot tudi pri 200 fM koncentraciji ciljne DNA.

===Kvantifikacija sistema===

Naslednji korak je bila kvantifikacija sistema SHERLOCK, da bi preverili, ali fluorescenčni signal ustreza količini ciljne DNA ''P. parvum''. Mejo zaznavanja (LOD) so definirali kot najnižjo koncentracijo PCR-pomnožene DNA, ki še vedno daje pozitiven rezultat, kar se kaže kot statistično pomembno povečanje fluorescence skozi čas. Vendar se je izkazalo, da je bila reakcija SHERLOCK težko ponovljiva. Različne jakosti fluorescence so bile opažene tudi pri vzorcih iz iste RPA reakcije, prav tako pa so se meje zaznavanja razlikovale med ponovitvami testa. Ta nedoslednost je onemogočila zanesljivo primerjavo rezultatov med posameznimi eksperimenti. Kljub prizadevanjem za optimizacijo koncentracije RPA primerjev ni bilo mogoče določiti razpona koncentracij ciljne DNA, ki bi bil sorazmeren s končno intenzivnostjo fluorescence. Na podlagi teh ugotovitev se je izkazalo, da test ni primeren za kvantitativne meritve, temveč predvsem za kvalitativno zaznavanje prisotnosti tarče. Kljub prej omenjenim težavam z doslednostjo rezultatov je ekipa na podlagi zbranih podatkov zaključila, da je meja zaznavanja (LOD) njihovega testa 1 pM. Ta koncentracija ustreza približno 50 milijardam celic ''P. parvum'' na liter vode.

===Gojenje ''P. parvum''===

''Prymnesium parvum'' ni modelni organizem, zato zanj ne obstajajo uveljavljeni protokoli za gojenje v laboratorijskih pogojih. Ekipa je zato razvila lastno metodo za vzdrževanje kulture ''P. parvum'' v laboratoriju. Poleg tega so preizkusili različne tehnike izolacije DNA iz vzorcev te alge. Ugotovili so, da je izolacija z uporabo NEB kompleta dala nekoliko višjo koncentracijo DNA v primerjavi s kompletom QIAGEN. Poleg boljše učinkovitosti se je NEB komplet izkazal tudi za bolj priročnega, saj ni zahteval dolgotrajne začetne inkubacije, ki pri QIAGEN metodi traja od 5 do 7 ur.

===PrymFlow===

Ekipa je razvila tudi PrymFlow, test z lateralnim tokom (LFA), primeren za uporabo na terenu brez potrebe po fluorimetrični opremi. Uporabili so RNA sonde, ki so na enem koncu označene s 6-karboksifluoresceinom (FAM), na drugem pa z biotinom. T-linija označuje pozitiven rezultat, C-linija pa deluje kot kontrola, ki postaja manj izrazita, ko je v vzorcu več tarčnega zaporedja. Testi so pokazali, da inkubacija s telesno toploto in termopomnoževalnikom dajeta primerljive rezultate.

=='''SynLOCK'''==

Številne vrste alg imajo lahko negativne učinke na okolje, pri čemer se posamezni sevi genetsko razlikujejo, zato je nujno razvijati hitre in prilagodljive diagnostične metode za njihovo zaznavanje. Zato so razvili platformo SynLOCK – sistem za sintezo crRNA za uporabo s SHERLOCK. Tako morajo znanstveniki oblikovati le še zaporedje vmesnika, ki je specifično za tarčo, ki jo želijo zaznati.

Za izpolnitev ciljev projekta so člani ekipe najprej zasnovali t. i. SynLOCK kaseto (BBa_K5087017). Kaseta že vsebuje T7 promotor za in vitro transkripcijo ter DR zaporedje, ki je združljivo s Cas13a proteinom. Kasneje so dodali še reportersko enoto (vijolični kromoprotein), ki so jo umestili med restrikcijski mesti SapI. To omogoča enostavno vstavljanje prilagojenih vmesnikov s pomočjo SapI encima ter vizualno selekcijo kolonij, ki so uspešno privzele novo zaporedje. Kot ogrodje so izbrali plazmid pSB1C3, saj je to standardni vektor za shranjevanje BioBrick delov. Nato so sestavili celotno kaseto skupaj z reporterjem in jo prenesli v plazmid pSB1C3. V naslednjem koraku so vanjo klonirali prilagojene crRNA vmesnike, uporabljene v testu PrymDetect. Funkcionalnost sistema so potrdili z in vitro transkripcijo in elektroforezo RNA. Poleg tega so preverili prenosljivost SynLOCK kasete med različnimi plazmidnimi ogrodji.

=='''PrymChip'''==

Ekipa je želela razviti tudi dostopno, terensko uporabno testiranje okoljskih vzorcev, ki posameznikom omogoča testiranje vzorcev vode neposredno ob vodnih virih. Rezultat tega dela je PrymChip, 3D-natisnjena naprava za zaznavanje in kvantifikacijo zelene fluorescenčne svetlobe. Vse dele naprave so uspešno oblikovali v programu TinkerCAD in jih natisnili s tehnologijo FDM (''angl.'' fused deposition modeling). Zaradi časovne omejenosti in pomanjkanja reagentov ekipi ni uspelo demonstrirati zaznavanja alg s pomočjo SHERLOCK metode. Kljub temu so uspešno izvedli eksperiment s fluoresceinom, kar je potrdilo funkcionalnost naprave. Rezultati so pokazali, da programska oprema natančno analizira fotografije in poda rezultate, ki dobro ustrezajo dejanskim vrednostim koncentracije fluoresceina. To dokazuje, da je programska oprema učinkovita in zanesljiva, pri čemer pa je občutljivost meritve močno odvisna od kakovosti kamere pametnega telefona.

=='''Zaključek'''==

Projekt PrymDetect predstavlja celostno rešitev za zaznavanje mikroalge ''Prymnesium parvum'', ki lahko povzroča obsežno okoljsko škodo. S povezovanjem sodobnih pristopov sintetične biologije, kot je SHERLOCK ter z inženirskimi rešitvami, kot sta PrymFlow in PrymChip, je ekipa razvila sistem, ki je hkrati dostopen, prenosljiv in prilagodljiv. Pomemben prispevek projekta je tudi SynLOCK, standardiziran sistem za sintezo crRNA, ki močno olajša pripravo testov tudi za druge organizme. Projekt zato ne rešuje zgolj enega lokalnega problema, temveč ustvarja osnovo za širšo uporabo v okoljski diagnostiki in podporo prihodnjim iGEM ekipam. Čeprav je pri nekaterih komponentah, kot je kvantitativna analiza fluorescence, potrebna nadaljnja optimizacija, so doseženi rezultati trden dokaz koncepta.

=='''Viri in literatura'''==

[1] PrymDetect: Can SHERLOCK outsmart the Golden Algae? https://2024.igem.wiki/ju-krakow/index.html

Klasifikacija transpozicijskih elementov in pregled načina delovanja

2022-04-18T10:05:49Z

Pia Trošt: /* Klasifikacija transpozonov pri prokariontih */

==Uvod==

Velik delež človeškega genoma sestavljajo transpozoni, ki jih imenujemo tudi transpozicijski elementi. Transpozoni so mobilni genetski elementi, ki se glede na mehanizem transpozicije in reakcijske intermediate delijo na dve večji skupini, DNA transpozone in retrotranspozone. Pri DNA transpozonih gre za dele DNA, ki se lahko premaknejo iz enega dela genoma na drugega. Premik, ki se zgodi, imenujemo transpozicija in ga katalizirajo encimi transpozaze, katerih zapis lahko nosijo kar transpozoni sami. Od drugih poti za premik mobilnih genetskih elementov se razlikuje v tem, da obsežna homologija med DNA sekvencami na koncu transpozona in tarčnim delom DNA, kamor se transpozon ustavi, ni potrebna. Bistvena značilnost premika DNA transpozonov je, da so vsi intermediati reakcije DNA molekule, kar na primer za retrotranspozone ne velja.
Da pride do premika transpozona, mora biti prisoten encim transpozaza, ki prepozna inverzni ponovitvi na koncih transpozona in se nanju veže ter prenese transpozon na novo mesto v DNA. Na katero mesto DNA se bo prenesel, je odvisno od vrste transpozona. Pri večini transpozonov tarčo predstavljajo nekaj nukleotidov dolga zaporedja DNA, za katerimi se transpozon lahko vmesti oziroma prilepi. Primer takega zaporedja je TTAA zaporedje, polega katerega se rad veže piggyBac transpozon. Poleg tega zaporedja se prav tako rad integrira v bližino mest začetka transkripcije in v introne znotraj genov. Posledica takega premika je lahko deaktivacija ključnih genov ali njihovih promotorjev. Zgodi pa se tudi, da spremembe v genomu zaradi transpozicije organizmu koristijo. Veliko organizmov je razvilo mehanizme za zatiranje aktivnosti transpozonov, iz česar bi lahko sklepali, da je transpozicija organizmom povzročala več težav kot koristi. Primer mehanizmov za zatiranje so pri evkariontih modifikacije kromatina (DNA metilacija, modifikacija histonov).

==Način transpozicije==

Transpozoni se med sabo razlikujejo po načinu oziroma mehanizmu premika. Najbolj preučen je mehanizem »izreži in prilepi« (»cut-and-paste«), kjer se transpozon izreže iz enega dela in premakne v drugi del genoma. Gre za dvojni verižni prelom ob koncih transpozona, ki mu rečemo tudi izrez. Pri tem pride do nukleofilnih reakcij, ki pomagajo prekiniti posamezno verigo DNA. Po izrezu in premiku pride do integracije, kjer se transpozon prilepi v nov del DNA, prav tako s pomočjo nukleofilnih reakcij. Na ta način se premikajo tudi prvi znani transpozoni, ki jih je odkrila Barbara McClintock, ko je preučevala spremenljive genetske lokuse pri koruzi. Obstajajo tudi še drugi mehanizmi premika DNA transpozonov, med bolj raziskanimi sta dva, ki vključujeta dodatno DNA sintezo. Pri prvem gre za replikativno transpozicijo »copy-and-paste«, kjer originalen transpozon ostane na prvotnem mestu in se ne izrezuje, njegova kopija pa se premakne na novo mesto genoma. V samem procesu replikativne transpozicije se izoblikuje intermediat Shapiro, v katerem pride do sinteze nove DNA. Drugi bolj raziskan mehanizem premika z dodatno DNA sintezo se imenuje »copy-out−paste-in«, pri katerem pride do kopiranja transpozona in izoblikovanja krožne DNA, ki se prenese na novo mesto v genomu. Pri tem ena veriga originalnega transpozona ostane na prvotnem mestu v genomu in se podvoji, drugi del DNA verige pa se izreže, oblikuje v krožno DNA, se v tem stanju podvoji ter prenese na novo mesto v genomu.

==Klasifikacija transpozonov pri prokariontih==

Transpozone lahko ločimo glede na to, kje imajo zakodirano transpozazo. Avtonomni DNA transpozoni že vsebujejo gen za transpozazo, medtem ko neavtonomne DNA transpozone mobilizira transpozaza, ki je zakodirana drugje v genomu. Najpreprostejše avtonomne transpozone pri prokariontih imenujemo insercijska zaporedja (IS) in so sestavljena le iz gena za transpozazo in inverznih ponovitev na koncih.
Pri bakterijah je bilo identificiranih več kot 4000 različnih IS, ki so dolga 750-3000 bp. Posamezna IS lahko združujemo v družine. Klasifikacija lahko temelji na podobnosti invertinih in direktnih ponovitev, značilnosti njihovih odprtih bralnih okvirjev ali ciljnih zaporedij v katere se vstavljajo. Glede na te značilnosti je trenutno klasificiranih okoli 30 družin IS. Najpomembnejši faktor pri delitvi pa je podobnost v zaporedju za transpozazo. Posamezne družine lahko naprej združujemo v razrede. Pri razlikovanju transpozonov po tipu katalitične domene transpozaze dobimo 4 razrede: DD(E/D) transpozone, Y1 in Y2 transpozone, serinske in DEDD transpozone.
DD(E/D) transpozoni so poimenovani po treh ohranjenih negativno nabitih aminokislinskih ostankih v aktivnem mestu transpozaze, kjer je na tretjem mestu najpogosteje glutamat, lahko pa tudi aspartat. V ta razred spada največje število IS, nekateri izmed teh so družine IS1, IS3, IS4 in IS5, ki se delijo še na poddružine. Večina IS z DD(E/D) transpozazo so majhni, genetsko kompaktni segmenti DNA z enim ali dvema odprtima bralnima okvirjema (transpozaza in morda protein, ki sodeluje pri regulaciji).
Razred Y1 in Y2 transpozonov je klasificiran glede na transpozazo, ki pripada HUH endonukleazni superdružini (v aktivnem mestu sta histidinska ostanka ločena z velikim hidrofobnim ostankom). Pod HUH endonukleaze spadajta družini Y1 in Y2 transpozaz, ki se razlikujeta glede na število (ena ali dva) tirozinskih ostankov vključenih v katalizo. V razred Y1 spada družina IS200/IS605, v razred Y2 pa spada družina IS91. Družina IS91 je precej homogena, IS200/IS605 pa se deli na tri poddružine: IS200, IS1341 in IS605.
V razred serinskih transpozonov spada družina IS607. Pod DEDD transpozone pa spada družina IS110, ki je trenutno edina znana IS družina, ki kodira DEDD transpozazo. Poleg teh štirih večjih razredov pa poznamo tudi številne družine IS, za katere nukleazna domena transpozaze še ni bila identificirana.
IS pa se lahko pojavljajo tudi kot gradniki sestavljenih transpozonov, ki nastanejo, ko se IS vstavi na vsako stran enega ali več genov. Sestavljeni transpozoni so še posebej pomembni, če vmesni geni nosijo zapis za npr. odpornost proti antibiotikom.
V zvezi s prenašanjem odpornosti na antibiotike pri bakterijah, so bili odkriti transpozoni Tn5, Tn10, Tn3 in Tn7, ki so tudi eni izmed najbolj preučenih transpozonov pri prokariontih. Tn5 in Tn10 sta sestavljena transpozona in se premikata z mehanizmom »izreži in prilepi«. Prav tako oba spadata v razred DD(E/D) transpozonov. Tn5 vsebuje tri gene za rezistenco, Tn10 pa ima rezistenco na tetracikiln. Tn3 je nesestavljeni transpozon, saj na robovih nima IS, pač pa le obrnjeni ponovitvi. Prenaša se po principu replikativne transpozicije (»copy-and-paste«), vsebuje gen za β-laktamazo in spada v razred DD(E/D) transpozonov. Tn7 vsebuje gene za pet encimov, ki sodelujejo pri premiku po »izreži in prilepi« mehanizmu in kodira rezistenco na streptomicin.

==Klasifikacija transpozonov pri evkariontih==

Prokariontske in evkariontske transpozicijske elemente tradicionalno obravnavamo ločeno, kljub določenim podobnostim v strukturi in mehanizmih delovanja, zato so se razvili tudi različni načini klasifikacije. Najbolj splošna in osnovna delitev evkariontskih transpozicijskih elementov, ki izvira že iz leta 1989, je na dva razreda glede na kemijsko naravo reakcijskih intermediatov (RNA ali DNA). V razred 1 spadajo elementi, ki imajo RNA-intermediate in se imenujejo retrotranspozoni. RNA-intermediat, ki nastane s transkripcijo retrotranspozona, se z reverzno traskripcijo prepiše v DNA in integrira v genom na tarčnem mestu. Pri tem ostane transpozon na svojem mestu, zato take mehanizme transpozicije imenujemo tudi "kopiraj in prilepi". Transpozicijski elementi, uvrščeni v razred 2 pa imajo samo DNA-intermediate transpozicije in jih imenujemo DNA-transpozoni. Transpozicija večinoma poteka po mehanizmu "izreži in prilepi".
Razredi se lahko naprej delijo na podrazrede, rede, superdružine in družine. V različnih virih so navedeni klasifikacijski sistemi, ki se med seboj lahko do neke mere razlikujejo po razvrščanju v posamezne zgoraj navedene enote; v nekaterih virih avtorji enačijo pojma podrazreda in reda.
Transpozicijski elementi so združeni v podrazrede glede na mehanizem transpozicije in/ali integracije v tarčno DNA. V superdružine in družine pa se uvrščajo na podlagi filogenetskih odnosov.

===Retrotranspozoni===

Retrotranspozone lahko razdelimo na tri podrazrede: LTR (dolge končne ponovitve), ne-LTR in tirozin rekombinaza (YR) mobilizirane elemente. Kot ločen podrazred lahko obravnavamo tudi elemente Penelope. LTR retrotranspozoni so prevladujoč red pri rastlinah, manj pa pri živalih. Med dolgimi končnimi ponovitvami (250-600 bp) se ponavadi nahajata gena gag (strukturni gen za oblikovanje virusnega delca) in pol (prekurzor, iz katerega se bodo odcepile integraza, reverzna transkriptaza in proteaza). LTR-elementi so strukturno podobni retrovirusom in imajo tudi do neke mere podoben način razširjanja v genomu. YR-mobilizirani elementi so podobni LTR, a vsebujejo gen za tirozinsko rekombinazo namesto integraze. Podrazred ne-LTR retroelementov ponavadi razdelimo na LINE in SINE (dolgi oz. kratki razpršeni jedrni nukleotidni elementi). Do transkripcije tu prihaja s stalnih mest, mehanizem transpozicije pa je drugačen od LTR.

===DNA transpozoni===

DNA-transpozone delimo na štiri podrazrede: TIR (DDE elementi), Crypton, Helitron in Mavericks (Polinton). Transpozoni iz prvega in drugega omenjenega podrazreda so najpreprosteje zgrajeni; večinoma jih sestavljajo samo inverzne ponovitve in gen za transpozazo. Po strukturi zato spominjajo na insercijska zaporedja pri prokariontih, ki jih sicer pri evkariontih ne imenujemo tako. TIR elementi so pri evkariontih izmed DNA-transpozonov najbolj razširjeni in so razporejeni v okoli 17 superdružin, glede na zaporedje (terminalnih) inverznih ponovitev. Zanje se ponekod uporablja tudi ime DDE elementi (kot pri prokariontih), a so take katalitične domene transpozaz našli tudi pri drugih skupinah transpozonov, zato to poimenovanje ni čisto korektno. Nekatere izmed najbolj znanih superdružin so Tc1-Mariner, hAT in Mutator. Za transpozone v podrazredu Crypton je značilno, da kodirajo za tirozinsko rekombinazo, nimajo pa inverznih ponovitev. Na splošno je o tem razredu še malo znanega. Elementi podrazreda Helitron uporabljajo drugačen mehanizem transpozicije od ostalih, t. i. mehanizem kotalečega se kolesa. Večinoma so neavtonomi, avtonomni predstavniki pa kodirajo za Y2 tip tirozinske rekombinaze (tip katalitične domene transpozaze) in včasih še za druge proteine. Transpozoni iz skupine Maverick so zelo dolgi elementi (10-20 kb), z dolgimi inverznimi ponovitvami in lahko kodirajo tudi do 11 proteinov. Razširjeni so pri različnih vrstah evkariontov, a le v malem številu kopij na genom.

==Viri==

1. Wicker T, Sabot F, Hua-Van A, Bennetzen JL, Capy P, Chalhoub B, et al. A unified classification system for eukaryotic transposable elements. Nat Rev Genet. 2007;8: 973–982. doi:10.1038/nrg2165

2. Hickman AB, Dyda F. DNA Transposition at Work. Chem Rev. 2016;116: 12758–12784. doi:10.1021/acs.chemrev.6b00003

3. Wells JN, Feschotte C. A Field Guide to Eukaryotic Transposable Elements. Annu Rev Genet. 2020;54: 539–561. doi:10.1146/annurev-genet-040620-022145

4. Siguier P, Gourbeyre E, Chandler M. Bacterial insertion sequences: their genomic impact and diversity. FEMS Microbiol Rev. 2014 Sep;38(5):865-91. doi: 10.1111/1574-6976.12067.

5.Reprogramiranje s transpozicijo - Wiki FKKT. http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_s_transpozicijo. Pridobljeno 17. april 2022.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Transpozicijski elementi

2022-04-17T16:18:52Z

Pia Trošt:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2021/22 obravnavajo odkritje, mehanizem in vlogo transpozicijskih elementov pri prokariontih in evkariontih. Okvirni naslovi teme so navedeni na spodnjem seznamu.

Vse teme temeljijo na preglednih člankih, kar pomeni, da obravnavajo zaključene teme, na katerih je bilo opravljenega že veliko dela. Zato je smiselno, da vsako temo obdelajo po trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200-1800 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. Predstavitev naj bo dolga 15-20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite le malo splošnega uvoda, ki naj zgolj umesti vašo temo v kontekst transpozicijskih elementov.

Seminarske predstavitve bodo potekale predvidoma od 19.4. do 9.5. V tem času ne bo klasičnih predavanj, torej bodo tako ponedeljkovi kot torkovi termini namenjeni seminarjem.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).

Razdelitev seminarjev je potekala v okolju Google Drive, kjer so (bile) navedene povezave do izhodiščnih člankov, s katerimi lahko začnete iskanje literature. Večinoma navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili kvaliteten 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim), tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na spodnjem seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>. Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularna_biologija_koronavirusov Molekularna biologija koronavirusov (2020/21)].

Poglavja za seminarje so:

1. Odkritje transpozicijskih elementov pri koruzi 
2. Odkritje transpozicijskih elementov pri bakterijah 
3. [[Klasifikacija transpozicijskih elementov in pregled načina delovanja]] (Klara Ažbe, Pia Trošt, Ana Maučec) 
4. Katalitični mehanizem transpozaz 
5. Transpozoni kot prenašalci odpornosti bakterij proti antibiotikom 
6. Pomen retroelementov v mikrobnih genomih 
7. Vloga TE pri evkariontih – splošni pregled 
8. Integracija transpozonov pri kvasovkah 
9. Retrotranspozoni LINE-1 in dejavniki, ki uravnavajo njihovo delovanje 
10. Transkripcijski faktorji, ki omogočajo izražanje transpozicijskih elementov 
11. TE kot regulatorji transkripcije 
12. Interakcije transpozon – gostitelj 
13. Sodobni pogled na TE pri koruzi 
14. Vloga TE pri razvoju zarodka 
15. Transpozoni in rak 
16. Uporabna vrednost transpozonov za gensko zdravljenje 
17. Biotehnološka uporaba transpozicijskega mehanizma: primer Sleeping Beauty 
18. Funkcije nekodirajoče RNA, ki je po izvoru transpozonska 
19. TE kot gonilo sprememb v genomu pšenice 
20. TE pri mentalnih boleznih 
21. TE pri vnetnih boleznih 
22. Vloga retrotranspozonov v procesih staranja 
23. Preferenčna integracijska mesta retrotranspozona Tf1 v genomu kvasovke ''Schizosaccharomyces pombe''

Klasifikacija in pregled načina delovanja transpozicijskih elementov

2022-04-17T16:18:24Z

Pia Trošt: Klasifikacija in pregled načina delovanja transpozicijskih elementov moved to Klasifikacija transpozicijskih elementov in pregled načina delovanja: A mistake naming the title

#REDIRECT [[Klasifikacija transpozicijskih elementov in pregled načina delovanja]]

Klasifikacija transpozicijskih elementov in pregled načina delovanja

2022-04-17T16:18:24Z

Pia Trošt: Klasifikacija in pregled načina delovanja transpozicijskih elementov moved to Klasifikacija transpozicijskih elementov in pregled načina delovanja: A mistake naming the title

==Uvod==

Velik delež človeškega genoma sestavljajo transpozoni, ki jih imenujemo tudi transpozicijski elementi. Transpozoni so mobilni genetski elementi, ki se glede na mehanizem transpozicije in reakcijske intermediate delijo na dve večji skupini, DNA transpozone in retrotranspozone. Pri DNA transpozonih gre za dele DNA, ki se lahko premaknejo iz enega dela genoma na drugega. Premik, ki se zgodi, imenujemo transpozicija in ga katalizirajo encimi transpozaze, katerih zapis lahko nosijo kar transpozoni sami. Od drugih poti za premik mobilnih genetskih elementov se razlikuje v tem, da obsežna homologija med DNA sekvencami na koncu transpozona in tarčnim delom DNA, kamor se transpozon ustavi, ni potrebna. Bistvena značilnost premika DNA transpozonov je, da so vsi intermediati reakcije DNA molekule, kar na primer za retrotranspozone ne velja.
Da pride do premika transpozona, mora biti prisoten encim transpozaza, ki prepozna inverzni ponovitvi na koncih transpozona in se nanju veže ter prenese transpozon na novo mesto v DNA. Na katero mesto DNA se bo prenesel, je odvisno od vrste transpozona. Pri večini transpozonov tarčo predstavljajo nekaj nukleotidov dolga zaporedja DNA, za katerimi se transpozon lahko vmesti oziroma prilepi. Primer takega zaporedja je TTAA zaporedje, polega katerega se rad veže piggyBac transpozon. Poleg tega zaporedja se prav tako rad integrira v bližino mest začetka transkripcije in v introne znotraj genov. Posledica takega premika je lahko deaktivacija ključnih genov ali njihovih promotorjev. Zgodi pa se tudi, da spremembe v genomu zaradi transpozicije organizmu koristijo. Veliko organizmov je razvilo mehanizme za zatiranje aktivnosti transpozonov, iz česar bi lahko sklepali, da je transpozicija organizmom povzročala več težav kot koristi. Primer mehanizmov za zatiranje so pri evkariontih modifikacije kromatina (DNA metilacija, modifikacija histonov).

==Način transpozicije==

Transpozoni se med sabo razlikujejo po načinu oziroma mehanizmu premika. Najbolj preučen je mehanizem »izreži in prilepi« (»cut-and-paste«), kjer se transpozon izreže iz enega dela in premakne v drugi del genoma. Gre za dvojni verižni prelom ob koncih transpozona, ki mu rečemo tudi izrez. Pri tem pride do nukleofilnih reakcij, ki pomagajo prekiniti posamezno verigo DNA. Po izrezu in premiku pride do integracije, kjer se transpozon prilepi v nov del DNA, prav tako s pomočjo nukleofilnih reakcij. Na ta način se premikajo tudi prvi znani transpozoni, ki jih je odkrila Barbara McClintock, ko je preučevala spremenljive genetske lokuse pri koruzi. Obstajajo tudi še drugi mehanizmi premika DNA transpozonov, med bolj raziskanimi sta dva, ki vključujeta dodatno DNA sintezo. Pri prvem gre za replikativno transpozicijo »copy-and-paste«, kjer originalen transpozon ostane na prvotnem mestu in se ne izrezuje, njegova kopija pa se premakne na novo mesto genoma. V samem procesu replikativne transpozicije se izoblikuje intermediat Shapiro, v katerem pride do sinteze nove DNA. Drugi bolj raziskan mehanizem premika z dodatno DNA sintezo se imenuje »copy-out−paste-in«, pri katerem pride do kopiranja transpozona in izoblikovanja krožne DNA, ki se prenese na novo mesto v genomu. Pri tem ena veriga originalnega transpozona ostane na prvotnem mestu v genomu in se podvoji, drugi del DNA verige pa se izreže, oblikuje v krožno DNA, se v tem stanju podvoji ter prenese na novo mesto v genomu.

==Klasifikacija transpozonov pri prokariontih==

Transpozone lahko ločimo glede na to, kje imajo zakodirano transpozazo. Avtonomni DNA transpozoni že vsebujejo gen za transpozazo, medtem ko neavtonomne DNA transpozone mobilizira transpozaza, ki je zakodirana drugje v genomu. Najpreprostejše avtonomne transpozone pri prokariontih imenujemo insercijska zaporedja (IS) in so sestavljena le iz gena za transpozazo in inverznih ponovitev na koncih.
Pri bakterijah je bilo identificiranih več kot 4000 različnih IS, ki so dolga 750-3000 bp. Posamezna IS lahko združujemo v družine. Klasifikacija lahko temelji na podobnosti invertinih in direktnih ponovitev, značilnosti njihovih odprtih bralnih okvirjev ali ciljnih zaporedij v katere se vstavljajo. Glede na te značilnosti je trenutno klasificiranih okoli 30 družin IS. Najpomembnejši faktor pri delitvi pa je podobnost v zaporedju za transpozazo. Posamezne družine lahko naprej združujemo v razrede. Pri razlikovanju transpozonov po tipu katalitične domene transpozaze dobimo 4 razrede: DD(E/D) transpozone, Y1 in Y2 transpozone, serinske in DEDD transpozone.
DD(E/D) transpozoni so poimenovani po treh ohranjenih negativno nabitih aminokislinskih ostankih v aktivnem mestu transpozaze, kjer je na tretjem mestu najpogosteje glutamat, lahko pa tudi aspartat. V ta razred spada največje število IS, nekateri izmed teh so družine IS1, IS3, IS4 in IS5, ki se delijo še na poddružine. Večina IS z DD(E/D) transpozazo so majhni, genetsko kompaktni segmenti DNA z enim ali dvema odprtima bralnima okvirjema (transpozaza in morda protein, ki sodeluje pri regulaciji).
Razred Y1 in Y2 transpozonov je klasificiran glede na transpozazo, ki pripada HUH endonukleazni superdružini (v aktivnem mestu sta histidinska ostanka ločena z velikim hidrofobnim ostankom). Pod HUH endonukleaze spadajta družini Y1 in Y2 transpozaz, ki se razlikujeta glede na število (ena ali dva) tirozinskih ostankov vključenih v katalizo. V razred Y1 spada družina IS200/IS605, v razred Y2 pa spada družina IS91. Družina IS91 je precej homogena, IS200/IS605 pa se deli na tri poddružine: IS200, IS1341 in IS605.
V razred serinskih transpozonov spada družina IS607. Pod DEDD transpozone pa spada družina IS110, ki je trenutno edina znana IS družina, ki kodira DEDD transpozazo. Poleg teh štirih večjih razredov pa poznamo tudi številne družine IS, za katere nukleazna domena transpozaze še ni bila identificirana.
IS pa se lahko pojavljajo tudi kot gradniki sestavljenih transpozonov, ki nastanejo, ko se IS vstavi na vsako stran enega ali več genov. Sestavljeni transpozoni so še posebej pomembni, če vmesni geni nosijo zapis za npr. odpornost proti antibiotikom.
V zvezi s prenašanjem odpornosti na antibiotike pri bakterijah, so bili odkriti transpozoni Tn5, Tn10, Tn3 in Tn7, ki so tudi eni izmed najbolj preučenih transpozonov pri prokariontih. Tn5 in Tn10 sta sestavljena transpozona in se premikata z mehanizmom »izreži in prilepi«. Prav tako oba spadata v razred DD(E/D) transpozonov. Tn5 vsebuje tri gene za rezistenco, Tn10 pa ima rezistenco na tetracikiln. Tn3 je nesestavljeni transpozon, saj na robovih nima IS, pač pa le obrnjeni ponovitvi. Prenaša se po principu replikativne transpozicije (»copy-in«), vsebuje gen za β-laktamazo in spada v razred DD(E/D) transpozonov. Tn7 vsebuje gene za pet encimov, ki sodelujejo pri premiku po »izreži in prilepi« mehanizmu in kodira rezistenco na streptomicin.

==Klasifikacija transpozonov pri evkariontih==

Prokariontske in evkariontske transpozicijske elemente tradicionalno obravnavamo ločeno, kljub določenim podobnostim v strukturi in mehanizmih delovanja, zato so se razvili tudi različni načini klasifikacije. Najbolj splošna in osnovna delitev evkariontskih transpozicijskih elementov, ki izvira že iz leta 1989, je na dva razreda glede na kemijsko naravo reakcijskih intermediatov (RNA ali DNA). V razred 1 spadajo elementi, ki imajo RNA-intermediate in se imenujejo retrotranspozoni. RNA-intermediat, ki nastane s transkripcijo retrotranspozona, se z reverzno traskripcijo prepiše v DNA in integrira v genom na tarčnem mestu. Pri tem ostane transpozon na svojem mestu, zato take mehanizme transpozicije imenujemo tudi "kopiraj in prilepi". Transpozicijski elementi, uvrščeni v razred 2 pa imajo samo DNA-intermediate transpozicije in jih imenujemo DNA-transpozoni. Transpozicija večinoma poteka po mehanizmu "izreži in prilepi".
Razredi se lahko naprej delijo na podrazrede, rede, superdružine in družine. V različnih virih so navedeni klasifikacijski sistemi, ki se med seboj lahko do neke mere razlikujejo po razvrščanju v posamezne zgoraj navedene enote; v nekaterih virih avtorji enačijo pojma podrazreda in reda.
Transpozicijski elementi so združeni v podrazrede glede na mehanizem transpozicije in/ali integracije v tarčno DNA. V superdružine in družine pa se uvrščajo na podlagi filogenetskih odnosov.

===Retrotranspozoni===

Retrotranspozone lahko razdelimo na tri podrazrede: LTR (dolge končne ponovitve), ne-LTR in tirozin rekombinaza (YR) mobilizirane elemente. Kot ločen podrazred lahko obravnavamo tudi elemente Penelope. LTR retrotranspozoni so prevladujoč red pri rastlinah, manj pa pri živalih. Med dolgimi končnimi ponovitvami (250-600 bp) se ponavadi nahajata gena gag (strukturni gen za oblikovanje virusnega delca) in pol (prekurzor, iz katerega se bodo odcepile integraza, reverzna transkriptaza in proteaza). LTR-elementi so strukturno podobni retrovirusom in imajo tudi do neke mere podoben način propagacije v genomu. YR-mobilizirani elementi so podobni LTR, a vsebujejo gen za tirozinsko rekombinazo namesto integraze. Podrazred ne-LTR retroelementov ponavadi razdelimo na LINE in SINE (dolgi oz. kratki razpršeni jedrni nukleotidni elementi). Do transkripcije tu prihaja s stalnih mest, mehanizem transpozicije pa je drugačen od LTR.

===DNA transpozoni===

DNA-transpozone delimo na štiri podrazrede: TIR (DDE elementi), Crypton, Helitron in Mavericks (Polinton). Transpozoni iz prvega in drugega omenjenega podrazreda so najpreprosteje zgrajeni; večinoma jih sestavljajo samo inverzne ponovitve in gen za transpozazo. Po strukturi zato spominjajo na insercijska zaporedja pri prokariontih, ki jih sicer pri evkariontih ne imenujemo tako. TIR elementi so pri evkariontih izmed DNA-transpozonov najbolj razširjeni in so razporejeni v okoli 17 superdružin, glede na zaporedje (terminalnih) inverznih ponovitev. Zanje se ponekod uporablja tudi ime DDE elementi (kot pri prokariontih), a so take katalitične domene transpozaz našli tudi pri drugih skupinah transpozonov, zato to poimenovanje ni čisto korektno. Nekatere izmed najbolj znanih superdružin so Tc1-Mariner, hAT in Mutator. Za transpozone v podrazredu Crypton je značilno, da kodirajo za tirozinsko rekombinazo, nimajo pa inverznih ponovitev. Na splošno je o tem razredu še malo znanega. Elementi podrazreda Helitron uporabljajo drugačen mehanizem transpozicije od ostalih, t. i. mehanizem kotalečega se kolesa. Večinoma so neavtonomi, avtonomni predstavniki pa kodirajo za Y2 tip tirozinske rekombinaze (tip katalitične domene transpozaze) in včasih še za druge proteine. Transpozoni iz skupine Maverick so zelo dolgi elementi (10-20 kb), z dolgimi inverznimi ponovitvami in lahko kodirajo tudi do 11 proteinov. Razširjeni so pri različnih vrstah evkariontov, a le v malem številu kopij na genom.

==Viri==

1. Wicker T, Sabot F, Hua-Van A, Bennetzen JL, Capy P, Chalhoub B, et al. A unified classification system for eukaryotic transposable elements. Nat Rev Genet. 2007;8: 973–982. doi:10.1038/nrg2165

2. Hickman AB, Dyda F. DNA Transposition at Work. Chem Rev. 2016;116: 12758–12784. doi:10.1021/acs.chemrev.6b00003

3. Wells JN, Feschotte C. A Field Guide to Eukaryotic Transposable Elements. Annu Rev Genet. 2020;54: 539–561. doi:10.1146/annurev-genet-040620-022145

4. Siguier P, Gourbeyre E, Chandler M. Bacterial insertion sequences: their genomic impact and diversity. FEMS Microbiol Rev. 2014 Sep;38(5):865-91. doi: 10.1111/1574-6976.12067.

5.Reprogramiranje s transpozicijo - Wiki FKKT. http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_s_transpozicijo. Pridobljeno 17. april 2022.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Klasifikacija transpozicijskih elementov in pregled načina delovanja

2022-04-17T16:07:09Z

Pia Trošt: New page: ==Uvod== Velik delež človeškega genoma sestavljajo transpozoni, ki jih imenujemo tudi transpozicijski elementi. Transpozoni so mobilni genetski elementi, ki se glede na mehanizem trans...

==Uvod==

Velik delež človeškega genoma sestavljajo transpozoni, ki jih imenujemo tudi transpozicijski elementi. Transpozoni so mobilni genetski elementi, ki se glede na mehanizem transpozicije in reakcijske intermediate delijo na dve večji skupini, DNA transpozone in retrotranspozone. Pri DNA transpozonih gre za dele DNA, ki se lahko premaknejo iz enega dela genoma na drugega. Premik, ki se zgodi, imenujemo transpozicija in ga katalizirajo encimi transpozaze, katerih zapis lahko nosijo kar transpozoni sami. Od drugih poti za premik mobilnih genetskih elementov se razlikuje v tem, da obsežna homologija med DNA sekvencami na koncu transpozona in tarčnim delom DNA, kamor se transpozon ustavi, ni potrebna. Bistvena značilnost premika DNA transpozonov je, da so vsi intermediati reakcije DNA molekule, kar na primer za retrotranspozone ne velja.
Da pride do premika transpozona, mora biti prisoten encim transpozaza, ki prepozna inverzni ponovitvi na koncih transpozona in se nanju veže ter prenese transpozon na novo mesto v DNA. Na katero mesto DNA se bo prenesel, je odvisno od vrste transpozona. Pri večini transpozonov tarčo predstavljajo nekaj nukleotidov dolga zaporedja DNA, za katerimi se transpozon lahko vmesti oziroma prilepi. Primer takega zaporedja je TTAA zaporedje, polega katerega se rad veže piggyBac transpozon. Poleg tega zaporedja se prav tako rad integrira v bližino mest začetka transkripcije in v introne znotraj genov. Posledica takega premika je lahko deaktivacija ključnih genov ali njihovih promotorjev. Zgodi pa se tudi, da spremembe v genomu zaradi transpozicije organizmu koristijo. Veliko organizmov je razvilo mehanizme za zatiranje aktivnosti transpozonov, iz česar bi lahko sklepali, da je transpozicija organizmom povzročala več težav kot koristi. Primer mehanizmov za zatiranje so pri evkariontih modifikacije kromatina (DNA metilacija, modifikacija histonov).

==Način transpozicije==

Transpozoni se med sabo razlikujejo po načinu oziroma mehanizmu premika. Najbolj preučen je mehanizem »izreži in prilepi« (»cut-and-paste«), kjer se transpozon izreže iz enega dela in premakne v drugi del genoma. Gre za dvojni verižni prelom ob koncih transpozona, ki mu rečemo tudi izrez. Pri tem pride do nukleofilnih reakcij, ki pomagajo prekiniti posamezno verigo DNA. Po izrezu in premiku pride do integracije, kjer se transpozon prilepi v nov del DNA, prav tako s pomočjo nukleofilnih reakcij. Na ta način se premikajo tudi prvi znani transpozoni, ki jih je odkrila Barbara McClintock, ko je preučevala spremenljive genetske lokuse pri koruzi. Obstajajo tudi še drugi mehanizmi premika DNA transpozonov, med bolj raziskanimi sta dva, ki vključujeta dodatno DNA sintezo. Pri prvem gre za replikativno transpozicijo »copy-and-paste«, kjer originalen transpozon ostane na prvotnem mestu in se ne izrezuje, njegova kopija pa se premakne na novo mesto genoma. V samem procesu replikativne transpozicije se izoblikuje intermediat Shapiro, v katerem pride do sinteze nove DNA. Drugi bolj raziskan mehanizem premika z dodatno DNA sintezo se imenuje »copy-out−paste-in«, pri katerem pride do kopiranja transpozona in izoblikovanja krožne DNA, ki se prenese na novo mesto v genomu. Pri tem ena veriga originalnega transpozona ostane na prvotnem mestu v genomu in se podvoji, drugi del DNA verige pa se izreže, oblikuje v krožno DNA, se v tem stanju podvoji ter prenese na novo mesto v genomu.

==Klasifikacija transpozonov pri prokariontih==

Transpozone lahko ločimo glede na to, kje imajo zakodirano transpozazo. Avtonomni DNA transpozoni že vsebujejo gen za transpozazo, medtem ko neavtonomne DNA transpozone mobilizira transpozaza, ki je zakodirana drugje v genomu. Najpreprostejše avtonomne transpozone pri prokariontih imenujemo insercijska zaporedja (IS) in so sestavljena le iz gena za transpozazo in inverznih ponovitev na koncih.
Pri bakterijah je bilo identificiranih več kot 4000 različnih IS, ki so dolga 750-3000 bp. Posamezna IS lahko združujemo v družine. Klasifikacija lahko temelji na podobnosti invertinih in direktnih ponovitev, značilnosti njihovih odprtih bralnih okvirjev ali ciljnih zaporedij v katere se vstavljajo. Glede na te značilnosti je trenutno klasificiranih okoli 30 družin IS. Najpomembnejši faktor pri delitvi pa je podobnost v zaporedju za transpozazo. Posamezne družine lahko naprej združujemo v razrede. Pri razlikovanju transpozonov po tipu katalitične domene transpozaze dobimo 4 razrede: DD(E/D) transpozone, Y1 in Y2 transpozone, serinske in DEDD transpozone.
DD(E/D) transpozoni so poimenovani po treh ohranjenih negativno nabitih aminokislinskih ostankih v aktivnem mestu transpozaze, kjer je na tretjem mestu najpogosteje glutamat, lahko pa tudi aspartat. V ta razred spada največje število IS, nekateri izmed teh so družine IS1, IS3, IS4 in IS5, ki se delijo še na poddružine. Večina IS z DD(E/D) transpozazo so majhni, genetsko kompaktni segmenti DNA z enim ali dvema odprtima bralnima okvirjema (transpozaza in morda protein, ki sodeluje pri regulaciji).
Razred Y1 in Y2 transpozonov je klasificiran glede na transpozazo, ki pripada HUH endonukleazni superdružini (v aktivnem mestu sta histidinska ostanka ločena z velikim hidrofobnim ostankom). Pod HUH endonukleaze spadajta družini Y1 in Y2 transpozaz, ki se razlikujeta glede na število (ena ali dva) tirozinskih ostankov vključenih v katalizo. V razred Y1 spada družina IS200/IS605, v razred Y2 pa spada družina IS91. Družina IS91 je precej homogena, IS200/IS605 pa se deli na tri poddružine: IS200, IS1341 in IS605.
V razred serinskih transpozonov spada družina IS607. Pod DEDD transpozone pa spada družina IS110, ki je trenutno edina znana IS družina, ki kodira DEDD transpozazo. Poleg teh štirih večjih razredov pa poznamo tudi številne družine IS, za katere nukleazna domena transpozaze še ni bila identificirana.
IS pa se lahko pojavljajo tudi kot gradniki sestavljenih transpozonov, ki nastanejo, ko se IS vstavi na vsako stran enega ali več genov. Sestavljeni transpozoni so še posebej pomembni, če vmesni geni nosijo zapis za npr. odpornost proti antibiotikom.
V zvezi s prenašanjem odpornosti na antibiotike pri bakterijah, so bili odkriti transpozoni Tn5, Tn10, Tn3 in Tn7, ki so tudi eni izmed najbolj preučenih transpozonov pri prokariontih. Tn5 in Tn10 sta sestavljena transpozona in se premikata z mehanizmom »izreži in prilepi«. Prav tako oba spadata v razred DD(E/D) transpozonov. Tn5 vsebuje tri gene za rezistenco, Tn10 pa ima rezistenco na tetracikiln. Tn3 je nesestavljeni transpozon, saj na robovih nima IS, pač pa le obrnjeni ponovitvi. Prenaša se po principu replikativne transpozicije (»copy-in«), vsebuje gen za β-laktamazo in spada v razred DD(E/D) transpozonov. Tn7 vsebuje gene za pet encimov, ki sodelujejo pri premiku po »izreži in prilepi« mehanizmu in kodira rezistenco na streptomicin.

==Klasifikacija transpozonov pri evkariontih==

Prokariontske in evkariontske transpozicijske elemente tradicionalno obravnavamo ločeno, kljub določenim podobnostim v strukturi in mehanizmih delovanja, zato so se razvili tudi različni načini klasifikacije. Najbolj splošna in osnovna delitev evkariontskih transpozicijskih elementov, ki izvira že iz leta 1989, je na dva razreda glede na kemijsko naravo reakcijskih intermediatov (RNA ali DNA). V razred 1 spadajo elementi, ki imajo RNA-intermediate in se imenujejo retrotranspozoni. RNA-intermediat, ki nastane s transkripcijo retrotranspozona, se z reverzno traskripcijo prepiše v DNA in integrira v genom na tarčnem mestu. Pri tem ostane transpozon na svojem mestu, zato take mehanizme transpozicije imenujemo tudi "kopiraj in prilepi". Transpozicijski elementi, uvrščeni v razred 2 pa imajo samo DNA-intermediate transpozicije in jih imenujemo DNA-transpozoni. Transpozicija večinoma poteka po mehanizmu "izreži in prilepi".
Razredi se lahko naprej delijo na podrazrede, rede, superdružine in družine. V različnih virih so navedeni klasifikacijski sistemi, ki se med seboj lahko do neke mere razlikujejo po razvrščanju v posamezne zgoraj navedene enote; v nekaterih virih avtorji enačijo pojma podrazreda in reda.
Transpozicijski elementi so združeni v podrazrede glede na mehanizem transpozicije in/ali integracije v tarčno DNA. V superdružine in družine pa se uvrščajo na podlagi filogenetskih odnosov.

===Retrotranspozoni===

Retrotranspozone lahko razdelimo na tri podrazrede: LTR (dolge končne ponovitve), ne-LTR in tirozin rekombinaza (YR) mobilizirane elemente. Kot ločen podrazred lahko obravnavamo tudi elemente Penelope. LTR retrotranspozoni so prevladujoč red pri rastlinah, manj pa pri živalih. Med dolgimi končnimi ponovitvami (250-600 bp) se ponavadi nahajata gena gag (strukturni gen za oblikovanje virusnega delca) in pol (prekurzor, iz katerega se bodo odcepile integraza, reverzna transkriptaza in proteaza). LTR-elementi so strukturno podobni retrovirusom in imajo tudi do neke mere podoben način propagacije v genomu. YR-mobilizirani elementi so podobni LTR, a vsebujejo gen za tirozinsko rekombinazo namesto integraze. Podrazred ne-LTR retroelementov ponavadi razdelimo na LINE in SINE (dolgi oz. kratki razpršeni jedrni nukleotidni elementi). Do transkripcije tu prihaja s stalnih mest, mehanizem transpozicije pa je drugačen od LTR.

===DNA transpozoni===

DNA-transpozone delimo na štiri podrazrede: TIR (DDE elementi), Crypton, Helitron in Mavericks (Polinton). Transpozoni iz prvega in drugega omenjenega podrazreda so najpreprosteje zgrajeni; večinoma jih sestavljajo samo inverzne ponovitve in gen za transpozazo. Po strukturi zato spominjajo na insercijska zaporedja pri prokariontih, ki jih sicer pri evkariontih ne imenujemo tako. TIR elementi so pri evkariontih izmed DNA-transpozonov najbolj razširjeni in so razporejeni v okoli 17 superdružin, glede na zaporedje (terminalnih) inverznih ponovitev. Zanje se ponekod uporablja tudi ime DDE elementi (kot pri prokariontih), a so take katalitične domene transpozaz našli tudi pri drugih skupinah transpozonov, zato to poimenovanje ni čisto korektno. Nekatere izmed najbolj znanih superdružin so Tc1-Mariner, hAT in Mutator. Za transpozone v podrazredu Crypton je značilno, da kodirajo za tirozinsko rekombinazo, nimajo pa inverznih ponovitev. Na splošno je o tem razredu še malo znanega. Elementi podrazreda Helitron uporabljajo drugačen mehanizem transpozicije od ostalih, t. i. mehanizem kotalečega se kolesa. Večinoma so neavtonomi, avtonomni predstavniki pa kodirajo za Y2 tip tirozinske rekombinaze (tip katalitične domene transpozaze) in včasih še za druge proteine. Transpozoni iz skupine Maverick so zelo dolgi elementi (10-20 kb), z dolgimi inverznimi ponovitvami in lahko kodirajo tudi do 11 proteinov. Razširjeni so pri različnih vrstah evkariontov, a le v malem številu kopij na genom.

==Viri==

1. Wicker T, Sabot F, Hua-Van A, Bennetzen JL, Capy P, Chalhoub B, et al. A unified classification system for eukaryotic transposable elements. Nat Rev Genet. 2007;8: 973–982. doi:10.1038/nrg2165

2. Hickman AB, Dyda F. DNA Transposition at Work. Chem Rev. 2016;116: 12758–12784. doi:10.1021/acs.chemrev.6b00003

3. Wells JN, Feschotte C. A Field Guide to Eukaryotic Transposable Elements. Annu Rev Genet. 2020;54: 539–561. doi:10.1146/annurev-genet-040620-022145

4. Siguier P, Gourbeyre E, Chandler M. Bacterial insertion sequences: their genomic impact and diversity. FEMS Microbiol Rev. 2014 Sep;38(5):865-91. doi: 10.1111/1574-6976.12067.

5.Reprogramiranje s transpozicijo - Wiki FKKT. http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_s_transpozicijo. Pridobljeno 17. april 2022.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

BIO2 Povzetki seminarjev 2021

2022-01-07T19:38:46Z

Pia Trošt: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 =

==Klara Ažbe - Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni==

Mitohondrij je celični organel, ki pomembno prispeva k delovanju celice. Njegova glavna naloga je proizvodnja energije, poleg tega pa ne smemo zanemariti vloge stranskih produktov, ki ob proizvodnji energije nastanejo. Pri pridobivanje energije ima pomembno vlogo Krebsov cikel, v katerem nastane kar nekaj metabolitov. Njihova pomembnost je bila prvotno prepoznana pri sintezi makromolekul (nukleotidov, proteinov, lipidov), kasneje pa se je izkazalo, da so tudi zelo pomembne signalne molekule, ki nadzorujejo modifikacije kromatina, hipoksični odziv, metilacije DNA in imunski odziv. Količina posameznega intermediata je v celici natančno regulirana, vendar pa se lahko zgodi, da pride do določene mutacije, na primer mutacije encima za razgradnjo metabolita, posledično pa se ta metabolit začne kopičiti v celici. To lahko privede do sprememb v fiziologiji celice in do različnih bolezni, kakšne bodo te spremembe in bolezni pa je odvisno od vrste metabolita. Med bolj vplivne metabolite spadajo acetil-CoA, α-ketoglutarat, sukcinat in fumarat, pomemben je tudi 2-hidroksiglutarat, ki sicer ni intermediat cikla TCA, vendar pa je povezan s ciklom tako, da se sintetizira iz α-ketoglutarata. Ugotovitve, kako povečane količine metabolitov vplivajo na celico in posledično na organizem ter bolezni, so pomembne predvsem za zdravljenje bolezni, zato se za prihodnost pričakuje, da bo še večja količina znanja na tem področju prenesena v klinično uporabo.

==Pia Mencin - Akonitaza in njena vloga v celici==

Načeloma pripisujemo določenemu proteinu eno funkcijo, poznamo pa tudi proteine, ki imajo dve popolnoma različni nalogi v celici. To so tako imenovani »moonlighting proteins« oziroma večnamenski proteini. Tak večnamenski protein je tudi citosolna akonitaza (cAcn). Ko je nanj vezana prostetična skupina: Fe-S kletka, deluje kot katalizator pretvorbe citrata v izocitrat. Ob razdružitvi Fe-S kletke deluje kot IRP1 (odzivni protein za železo). Ta ima zmožnost vezave na mRNA proteinov, ki sodelujejo pri metabolizmu železa, ter tako zagotavlja homeostazo železa v celici. Ob razdružitvi kletke cAcn in nastanku apoencima znanega kot IRP1 pride do konformacijskih sprememb v proteinu pri katerih nastane mesto za vezavo na IRE (odzivni element za železo), to je reža, ki na novo nastane med domenama 3 in 4 cAcn.
Poleg citosolne poznamo tudi mitohondrijsko akonitazo (mAcn), ki je njena izooblika. Sodeluje v TCA ciklu, in sicer katalizira pretvorbo citrata v izocitrat, ter ščiti mtDNA pred oksidativnimi poškodbami.
Proteina sta tarča ROS, ti ju poškodujejo (oksidirajo) in inaktivirajo. mAcn ob inaktivaciji z ROS posredno inhibira nastanek ROS v mitohondriju in tako deluje kot regulator oksidativnega stresa. Za preprečevanje kopičenja oksidirane mAcn v mitohondriju poskrbi Lon proteaza.
Izocima mAcn ter cAcn sta še en izmed mnogih dokazov kako natančno nadzorovano in prepleteno je delovanje procesov v celici.

==Marko Kovačić - Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo==

Citokini so proteini z majhno molekulsko maso (približno 5-25 kDa), ki so pomembni v celičnem signaliziranju. Delujejo tako, da se vežejo na specifične membranske receptorje in s tem regulirajo transkripcijo genov ali njihovih transkripcijskih faktorjev. Tako sprožijo imunski odziv na vnetje, infekcijo ali na druga stanja. S svojimi signalnimi mehanizmi kontrolirajo rast in aktivnost drugih celic imunskega sistema ter krvnih celic. Interlevkini so skupina citokinov, ki imajo različne funkcije, predvsem so pomembni pri komunikaciji med celicami imunskega sistema, pri vnetnih in imunomodulatornih procesih. Citokini IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 so zelo pomembni člani družine interlevkinov interlevkin-1 (IL-1). Številne raziskave so pokazale, da je ta poddružina interlevkinov pomembna pri regulaciji glikolize, tj. poti, ki je pomembna za pridobivanje energije v obliki ATP. Glikolizo lahko regulirajo na nivoju vnosa glukoze v celice ali pa na nivoju reguliranja glikolitičnih encimov, ker se njihove signalne poti prepletajo s signalnimi potmi, ki so ključne pri regulaciji glikolize. Disregulacija glikolize lahko vodi do številnih bolezni (rak, diabetes tipa 2, reumatoidni artritis, osteoartritis, astma), poddružina IL-1 pa z regulacijo glikolize lahko vpliva na potek le-teh. Vpliv na delovanje citokinov IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 tako daje številne možnosti pri zdravljenju z glikolizo povezanih bolezni in prav to je predmet številnih raziskav.

==Janja Bohte - Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu==

Rak jeter je šesta najpogostejša oblika raka na svetu. Kar 90% primarnih rakov jeter predstavlja hepatocelularni karcinom (HCC). Za zdravljenje te bolezni se med drugim uporabljalo zdravila za zaviranje specifičnih signalnih poti, ki so odgovorne za rast tumorja. Tako zdravilo je sorafenib, zaviralec tirozin kinaze, na katerega organizem zaradi povečane aerobne glikolize v nekem časovnem obdobju razvije odpornost. Aerobna glikoliza oziroma Warburgov učinek je pojav, ko tumorske celice pretvarjajo glukozo v laktat kljub zadostni količini kisika. Prehod z metabolične poti oksidativne fosforilacije na pot glikolize pri HCC spodbuja celično proliferacijo ter ponuja ugodno mikrookolje za napredovanje tumorja. Odgovorna je za regulacijo invazije, metastaze, angiogeneze in odpornosti na zdravila pri HCC. Mehanizem Warburgovega učinka je kompleksen, pomembno vlogo pa imajo trije encimi, ki sodelujejo v sami presnovi glukoze: heksokinaza 2 (HK2), fosfofruktokinaza 1 (PFK1) in piruvat kinaza tipa M2 (PKM2). Ti so regulirani na več načinov in s številnimi transkripcijskimi faktorji ter metaboličnimi potmi, kot so AMPK, PI3K/Akt metabolična pot, HIF-1α, c-Myc ter nekodirajoče RNA. Zaradi pomembne vloge glikolize pri napredovanju tumorja, je usmerjanje na glavne dejavnike na tej poti, kot je inhibicija HK2, PFK ali PKM2, ključnega pomena za razvoj novih terapevtskih pristopov za zdravljenje HCC.

==Urša Štefan - Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji==

Pojav dvovijačne DNA v citosolu je v celici največkrat pokazatelj celične abnormalnosti – virusne okužbe, poškodbe dednega materiala, oksidativnega stresa ali rakave transformacije. Celice so zato razvile načine zaznavanja prisotnosti DNA v citosolu. Eden izmed takšnih je signalna pot STING. Protein ciklična GMP-AMP sintetaza po vezavi z DNA sintetizira cGAMP, ki aktivira protein STING, vezan v membrani endoplazmatskega retikuluma. Ta se transportira do Golgijevega aparata, kjer mu vezava kinaze TBK1 omogoča aktivacijo transkripcijskih faktorjev IRF3 in NF-κB za citokine. Poleg odziva na citosolno DNA protein STING sodeluje tudi v regulaciji celičnega metabolizma, celičnega cikla, pri indukciji avtofagije, regulaciji ravni kalcija in kot senzor poškodb DNA. Zaradi svojega velikega obsega delovanja je signalna pot STING tarča razvoja številnih zdravil, ki pa je do zdaj bil le delno uspešen. Članek opiše signalno pot STING, njene funkcije v celici in na kratko povzame vlogo signalne poti pri zdravljenju rakavih obolenj.

==Hana Glavnik - S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida==

S-glutationilacija proteinov ima v celici pomembno vlogo. Ob zvišanju koncentracije reaktivnih kisikovih spojin (ROS), se v celici vzpostavi stanje oksidativnega stresa. Ker so za celico te spojine toksične, je razvila mehanizme, ki ji pomagajo uravnavati njihovo koncentracijo in zaščitijo ostale spojine v celici pred ireverzibilno oksidacijo. Najbolj pomembna spojina med ROS je vodikov peroksid, ki ima poleg toksičnih vplivov tudi lastnosti sekundarnega sporočevalca. Ob nastopu oksidativnega stresa v celici in povišane koncentracije vodikovega peroksida, zaznata signale encima GRX1 in GRX2, ki glutationilirata proteine z vezavo glutationa (GSH) na tiolne skupine cisteinov (-SH) in jih tako zaščitita pred poškodbami. Hkrati se s potekom S-glutationilacije aktivirajo tiste metabolične poti, pri katerih nastajajo antioksidanti, največkrat NADPH, ki pomagajo razgraditi vodikov peroksid in ostale ROS spojine. Tiste poti, pri katerih nastajajo ROS spojine so inhibirane s strani S-glutationilacije, dokler ne pride do signala, ki ga sprejmeta GRX1/2. To sproži njune deglutationilacijske aktivnosti in z deglutationilacijo encimov se stanje v celici se normalizira in metabolične poti lahko potekajo nemoteno.

==Tinkara Butara - Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih==
Kemotaksija je oblika gibanja, kjer se organizem giba k ugodnemu kemijskemu gradientu ali stran od toksičnega oziroma neugodnega. Oblika gibanja je značilna za premikajoče se bakterije in arheje. Kemotaksija igra pomembno vlogo pri iskanju hrane, oblikovanju biofilma in tudi pri patogenezi. Takšno gibanje, s prepoznavanjem različnih kemijskih zvrsti, nadzorujejo kemoreceptorji. To so transmembranski proteini, ki vežejo snovi iz okolice in tako sprožijo nadaljnjo signalizacijo znotraj celice, ta pa vodi do spremembe v rotaciji bička. Vezava ugodne signalne molekule vodi do konformacijskih sprememb v kemoreceptorju, ki preprečijo avtofosforilacijo kinaze CheA, ki omogoča fosforilacijo proteina CheY. Fosforiliran CheY se namreč veže na motor bička in tako spremeni njegovo rotacijo iz nasprotne smeri urinega kazalca v smer urinega kazalca. Ko biček rotira v smeri urinega kazalca, to spodbudi naključno gibanje v prostoru, ki na novo orientira bakterijsko celico. Če biček rotira v nasprotni smeri urinega kazalca, pa se celica giba naravnost proti ugodnemu kemijskemu gradientu. Prilagoditev na signal nadzorujejo regulatorni proteini (CheR, CheB, za zaključek signala pa je pomemben protein CheZ, ki hidrolizira CheY-P. Kemoreceptorji se nahajajo na polih bakterijske celice in se združujejo v skupke, kar predstavlja dodatno možnost prilagoditve na kemijski signal.

==David Valte - Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov==

Jedrni hormonski receptorji (NHR) so poleg g-proteinov, receptorjev z encimsko aktivnostjo in ionskih kanalčkov le še eden od načinov biosignalizacije, ki pa se po načinu delovanja od drugih precej razlikuje. Jedrni hormonski receptorji neposredno vplivajo na transkripcijo in tako posledično tudi na izražanje genov. Z vezavo ligandov, kot so na primer vitamin d, retinoidni hormoni, tiroidni hormoni in steroidi, na receptor, pride na hormonskih receptorjih do konformacijskih sprememb. Spremembe v konformaciji receptorja pa omogočajo interakcije receptorja s specifičnimi sekvencami DNA. Te sekvence imenujemo hormonski odzivni elementi HRE/HREs, HRE se ponavadi nahajajo znotraj promotorja tarčnega gena, na teh mestih NHR delujejo kot aktivatorji transkripcije DNA. Transkripcija DNA povzroči nastanek mRNA z zapisom za nastanek proteinov, katere celica potrebuje, preko teh pa se lahko odzove na zunanje motnje. Prepoznavo zaporedij HRE in vezavo na DNA omogoča specifična sestava jedrnih receptorjev. Te so sestavljeni iz večih domen, vsaka od teh ima specifično funkcijo brez katere delovanje NR ni mogoče. Posebne domene omogočajo prepoznavo HRE, vezavo na DNA in dimerizacijo z drugimi NR. Na hormonske odzivne elemente se lahko NHR vežejo v obliki monomerov, lahko pa se NHR-ji vežejo drug z drugim, tako nastajajo dimeri. Dimeri omogočajo drugačne afinitete za vezavo z DNA.

==Alliana Kolar - Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji==
Abscizinska kislina (ABA) je naravno prisoten rastlinski hormon, katerega koncentracija se poviša, ko je rastlina pod vplivom stresa in se na stres tudi odzove. Igra vlogo pri zapiranju listnih rež, ko rastlini primanjkuje vode, inhibira kalitev, spodbuja dormanco, vpliva na cvetenje, staranje listov, zorenju plodov ipd. Ker je sintetična ABA nestabilna in ob zunanjem nanosu ne pokaže vpliva na rastlino, je potrebno z modeliranjem antagonistov oziroma agonistov sintetizirati analoge, ki bi bodisi promovirali/oponašali ali zavirali njeno delovanje. Z njimi bi agronomi lahko manipulirali na delovanje rastline in imeli nadzor nad njim, kar bi posledično prineslo večji donos zaradi večje količine in kakovosti proizvodov. Za to pa je potrebno dobro poznati molekulo in njeno biokemijsko delovanje ob signalizaciji in tudi druge spojine, s katerimi regulira procese v rastlini. Ker pa je to področje še dokaj neraziskano in nepojasnjeno, je zelo težko najti prave analoge in dodatno sintetizirati še boljše. Vendar pa po odkritju sintetične molekule pirabaktin, ki je delovala kot primeren agonist, so odkrili še 14 receptorjev ABA, imenovanih PYR (Pyrabactin Resistance)/PYR-like/(RCARs)Regulatory Components of ABA Receptors in s tem še boljše razumeli delovanje ABA in njene signalizacije.

== Gaja Starc - Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres==

Vse daljša sušna obdobja, visoke temperature in nizka vlažnost, od pritrjenih organizmov zahtevajo prilagoditve, s katerimi lahko izboljšajo uporabo energije in kemijskih virov v raznovrstnih razmerah. Kot mehanizem, ki omogoča nadzor nad ravnotežjem med izgubo vode in izmenjavo plinov, so rastline v krovnih tkivih razvile aktivno regulirane odprtine – reže. Reže so ključne za fiksacijo atmosferskega ogljika pri fotosintezi, hkrati pa rastline zaradi rež izgubijo 95 % vode v ozračje. Regulacija premikanja listnih rež je ključna za uspešno rast in razvoj rastline. Premikanje rež je tesno povezano z zaporedjem kompleksnih procesov zaznavanja, prenosa in uravnavanja signalov v celicah zapiralkah. Vodikov sulfid (H2S) uravnava premikanje celic zapiralk in sodeluje pri uravnavanju in prenosu signalov v organizmih ter tako sodeluje pri prilagajanju rastline na spremembe v okolju in odzivih na abiotski oziroma biotski stres. Novejše študije pri navadnem repnjakovcu (''Arabidopsis thaliana'') so pokazale, da zunanji H2S spodbuja zapiranje listnih rež, pri čemer sodeluje s fitohormoni in signalnimi molekulami. Glavna signalna pot, pri kateri sodeluje, je persulfidacija proteinov – post-translacijska modifikacija pri kateri so tiolne skupine cisteinskih ostankov modificirane v persulfidne. Sodeluje tudi pri uravnavanju aktivnosti ionskih kanalčkov v celicah zapiralkah, ki so ključni pri nadzoru premikanja listnih rež in pomaga omiliti oksidativni stres z vplivom na koncentracijo reaktivnih kisikovih zvrsti v celicah zapiralkah.

== Andraž Rotar - Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih==
Signalna pot kinaze janus (angl. janus kinase-JAK) in signalnega prenašalca in aktivatorja transkripcije (angl. signal transducer and activator of transcription-STAT), krajše JAK/STAT, je prisotna v večini večceličnih organizmih. Mehanizem poti je eleganten in presenetljivo preprost način, s katerim zunajcelični faktorji povzročijo gensko izražanje. Prepisani geni so nujni pri bioloških procesih kot so celična rast, diferenciacija, apoptoza in imunskem odzivu. Signalizacija JAK/STAT je v celici močno regulirana. Primarni regulatorji spadajo v tri skupine, in sicer med zaviralce citokinske signalizacije (angl. suppressor of cytokine signaling-SOCS), proteinske inhibitorje aktiviranih STAT (angl. protein inhibitors of activated STAT-PIAS) in protein tirozinske fosfataze (angl. protein tyrosine phosphatase-PTP). Če se v organizmu pojavi okvara signalne poti ali njene regulacije to privede do raznih avtoimunih bolezni kot so revmatoidni artritis, Parkinsonova bolezen ter multipla skleroza. Ker pa pot nadzira tudi celični cikel, lahko mutacije genov, odgovornih za sintezo sestavnih delov poti, privedejo do rakavih obolenj. Da bi se z temi patološkimi stanji lahko spopadali, raziskovalci z veliko vnemo iščejo nove vedno boljše inhibitorje signale poti. Do ne daljnega smo poznali le inhibitorje za JAK, sedaj pa jih razvijajo tudi za STAT. V seminarski nalogi so predstavljeni vsi zgoraj našteti proteini, patološka stanja povezana z JAK/STAT, ter inhibitorji za njihovo zdravljenje.

== Pia Špehar - Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu==
Integrini so adhezijski receptorski proteini, zgrajeni iz dveh podenot. Imajo mnogo različnih funkcij, in sicer povezujejo citoskelet in zunajcelični matriks, s tem posledično povežejo notranjost celice z njeno okolico. Delujejo kot prenašalci signalov in spodbujevalci celične proliferacije in preživetja. Sodelujejo pri imunskem odzivu, apoptozi, celični diferenciaciji, mnoge raziskave pa so pokazale, da so ključni tudi pri signalizaciji in regulaciji vezikularnega transporta. Ključno vlogo imajo pri eksocitozi biosintetskih in sekretornih veziklov, saj nase vežejo mikrotubule in preko njih usmerjajo vezikle do celične površine. Sodelujejo tudi pri procesu degranulacije v trombocitih in levkocitih, pri agregaciji trombocitov in posledično pri hemostazi, ki je prva stopnja celjenja ran. V citotoksičnih limfocitih prepoznava antigena na tarčni celici povzroči sidranje mikrotubulov na integrine. Ti se nato povežejo z medcelično adhezijsko molekulo in tako sprožijo prenos signala za celično smrt tarčne celice. V trombocitih pa integrin-posredovana degranulacija α-granul omogoči agregacijo trombocitov in s tem nastanek krvnega strdka, ki zaustavi krvavitev. Integrini sodelujejo tudi pri endocitozi, in sicer pri vnosu virusov in zunajceličnih veziklov v celico. V celico se lahko prenese virus, vsebina veziklov ali pa samo signal, ki sproži nadaljnje procese znotraj celice. Pomembni so tudi za prenos signalov pri endocitotskem recikliranju receptorjev tirozin kinaz (RTK).

==Tina Urh - Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti receptorjev kot tarča zdravljenja==
Nevrotransmiterji acetilholin, norepinefrin, dopamin, serotonin, subtanca P, GABA in glutamat posredujejo stimulatorne ali inhibitorne živčne funkcije preko vezave na specifične receptorje. Izločajo se iz avtonomnih živcev, ganglijev, nadledvične žleze, rakavih celic in celic imunskega sistema. Spremenjena komunikacija med živčnim in imunskim sistemom in uporaba receptorskih agonistov/antagonistov je vedno pogosteje tarča zdravljenja nevrodegenerativnih, imunopatoloških in avtoimunskih bolezni. E in NE sta stresna hormona in interagirata z α in β adrenergičnimi receptorji; aktivacija β2-AR (agonist izoprotenerol) spoodbuja rast tumorja. Blokira jo antagonist propranolol. GABA je pomirjevalo in antidiabetično sredstvo, stimulira rakavo proliferacijo preko GABAA; A receptorski agonist je muscimol. Vendar pa je vpliv GABA odvisen od tipa raka in receptorja. Serotonin (5-HT) ima vlogo vazokonstriktorja; proizvajajo ga imunske celice. Antagonisti 5-HT2AR imajo antipsihotične in antidepresivne lastnosti. Povečanje števila receptorjev 5-HT1A kaže na zaviranje izločanja serotonina in posledično povečano depresivnost. Dopamin oz. agonisti DA receptorjev izkazujejo inhibitorni efekt na rast tumorja. Neselektivni agonisti so učinkoviti za zdravljenje bolezni CŽS. Tudi vloge dopamin receptorjev so specifične glede na tip tumorja. Substanca P spada v družino nevropeptidov in spodbuja razvoj raka. Inhibicija receptorja NK-1 s specifičnimi antagonisti povzroči antitumorske učinke. Glutagonski agonisti lahko sprožijo smrt T celic, odvečni Glu vpliva na razvoj epilepsije in raka. Za zdravljenje bi se lahko uporabljalo inhibitorje mGluR1.

== Katja Resnik - Signalna omrežja, ki povzročajo raka ==
Normalno delovanje vsake posamezne celice in posledično organizma kot celote nam omogočajo številni procesi, kjer je ključnega pomena njihova regulacija. Tako lahko spremenjene signalne poti, ki v naših celicah uravnavajo predvsem procese celične proliferacije, diferenciacije, apoptoze in na splošno celičnega cikla privedejo do številnih bolezni, med drugim tudi do razvoja raka. Dve ključni poti, ki sta pri večini človeških oblik raka napačno regulirani sta signalni poti RAS in APC. RAS proteini so vrsta G proteinov, ki regulirajo normalen potek celičnega cikla preko povezovanja z efektorskimi proteini. Onkogene oblike RAS proteinov, ki so posledica mutacij, povzročijo njihovo nenehno aktivnost, kar vodi v transformacijo signalne poti. Ta se odraža v izražanju genov, ki se sicer naj ne bi izražali, kar lahko vodi v nenehno spodbujanje celične proliferacije. Po drugi strani pa do podobnega učinka pride tudi zaradi napak v signalni poti APC, ko okvarjen protein APC ne more več opravljati funkcije zmanjševanja koncentracije ključnega proteina za regulacijo in prehod iz faze celične proliferacije v fazo diferenciacije in staranja celic. Proučevanje takšnih signalnih poti nam omogoča spoznavanje vplivov določenih mutacij na posamezne procese in njihovo prispevanje k razvoju raka. Pomembno je le, da na signalne poti gledamo kot na prepletena omrežja, kar lahko ključno prispeva k razvoju uspešnih zdravil in metod zdravljenja omenjene bolezni.

== Nuša Kos Thaler - Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice ==
Glikogen je makromolekula, sestavljena iz enot glukoze, ki jo najdemo predvsem v jetrih in mišicah. Njegov metabolizem je ključnega pomena za pridobivanje in shranjevanje energije v človeškem telesu. Če ne deluje pravilno, lahko povzroča različne bolezni, ki jim s skupnim imenom rečemo bolezni kopičenja glikogena (glycogen storage diseases – GSD). Te so praviloma genetske in povezane z mutacijami genov, ki kodirajo encime za sintezo, razgradnjo ali regulacijo dolžine glikogenskih verig. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa I je mutiran encim α-glukoza-6-fosfataza, ki katalizira pretvorbo iz glukoze-6-fosfata v glukozo, kar lahko povzroči hipoglikemijo pacientov. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa II je mutiran encim za razgradnjo glikogena v lizosomu (kisla α-glukozidaza). Zaradi neaktivnosti encima se glikogen ne more razgraditi in se nalaga v lizosomih. Če ti počijo, lahko poškodujejo celico, kar privede do mnogih okvar v telesu, predvsem do progresivne mišične oslabelosti. Zelo poseben tip bolezni je Laforina bolezen, kjer se pokaže pomembnost glikogena še v drugih organih, možganih. Pri njej se zgodijo mutacije na genih za laforin in malin, ki skupaj regulirata dolžine stranskih verig glikogena. Pogosta posledica so epileptični napadi. Kljub mnogim raziskavam na tem področju najučinkovitejših rešitev za zdravljenje omenjenih bolezni še nismo odkrili.

== Karidia Kolbl - Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom ==
Povezava med funkcijo spanja in nevropsihiatričnimi boleznimi, kot je depresija, ter nevrološkimi motnjami v obliki migren, je danes raziskovano a precej neopredeljeno področje. Nedavne študije so pokazale, da med spancem obnavljamo zaloge glikogena, ki jih med budnostjo porabimo. Kasneje pa so ugotovili, da pomanjkanje spanca povzroča povišano količino možganskega glikogena, kar opisuje “glikogenetska” hipoteza. Ta pravi, da sinteza in poraba glikogena potekata med budnostjo so časno, medtem ko upad prenosa vzdražnostnih signalov med nevroni v stanju spanja ustvarja neravnovesje. Zmanjšana aktivnost se odraža v kopičenju glikogena med spanjem. Njegova vloga je namreč energijsko zalagati celice, še posebej med aktivno nevrološko signalizacijo (sinaptične povezave) in s tem vzpostavljati koncentracijo kalija in glutamata. Pri osebkih, ki pa jim spanca primanjkuje, prihaja do transkripcijskih sprememb, kar lahko povzroča migrene. Njihova raven možganskega glikogena je namreč znatno manjša in so posledično nezmožni ohranjati ustrezne količine kalija in glutamata znotraj in zunaj celic. To se odraža v kortikalni depolarizaciji, ki se širi po možganski skorji med živčnimi vlakni in se elektrofiziološko gledano povezuje z avro (drugo fazo) migrene. Namen seminarske naloge je torej pregled nekaterih ugotovitev in domnev v zvezi z glikogenezo in glikogenolizo, ter posledicami njune aktivnosti.

==Zarja Weingerl - Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu==
Sukcinat ima v Krebsovem ciklu vlogo enega od intermediatov. Gre za dianion dikarboksilne kisline, torej se od sukcinske kisline razlikuje le v številu dveh H atomov na karboksilnih skupinah. Njegova vloga v metabolizmu pa ni omejena le na Krebsov cikel. Je namreč pomemben medcelični komunikator ter vpliva na vnetni odziv organizma. Veže se na receptor GPR91, ki je eden od regulatornih modulatorjev pri različnih podskupinah celic, in sodeluje pri regulaciji krvnega tlaka. Sukcinat je lahko eden od vzrokov za nastanek psevdohipoksičnega stanja, ki nastane zaradi aktivacije hipoksijske signalne poti kljub zadostni meri kisika. Deluje lahko kot kemoatraktant (snov, ki inducira premike). Zaradi njegove povezave z GABA šantom (poteka tudi v anaerobnih pogojih) pa sinteza sukcinata ni odvisna le od anaerobnih pogojev, ki so potrebni za delovanje Krebsovega cikla. Sukcinat deluje kot promotor metilacije DNA, ter vpliva na potek sukcinilacije. Sukcinilacija je posttranslacijska modifikacija pri kateri pride do vezave sukcinilnih skupin na lizinske ostanke. Da je zmožen opravljati vse te in še mnoge druge naloge igra pomembno vlogo njegov transport. Transportira se lahko preko obeh membran mitohondrija, ter tako prispe v citosol, možen pa je tudi njegov transport v medcelični prostor.

==Ena Kartal - Metabolizem lipojske kisline in mitohondrijska redoks regulacija==
Lipojska kislina je kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov, ki vsebuje žveplo, in je kovalentno vezan z encimom preko lizina. Prav zaradi tega, ker se nahaja v vsaki celici v našemu organizmu in kot kofaktor sodeluje pri nastanku energije organizma, je predmet različnih raziskav. Ključna njegova funkcionalna lastnost je, da se lahko podvrže redoks reakcijam. Po vsaki reakciji kjer sodeluje lipoilni kofaktor z svojo disulfidno obliko, ki deluje kot akceptor elektronov, mora potekati reoksidacija dihidrolipoamida, ki jo katalizira flavoencim lipoamid dehidrogenaza. Do danes je lipojska kislina spregledan kofaktor mitohondrijskih multiencimskih kompleksov. Ko so jo prvič izolirali iz živalskih jeter, so jo primerjali z vitaminom, ker je povezana z biosintezo maščobnih kislin, SAM (ki sodelujejo pri biosintezi biotina) in biosintezo železo-žveplovega žepka z oksidativno sposobnostjo cikla trikarboksilnih kislin. Danes se uporablja tudi kot prehransko dopolnilo. Pomanjkanje LA kofaktora vodi do disfunkcije bistvenih encimskih kompleksov, ki sodelujejo v mitohondrijskem metabolizmu, kar provzroča različne bolezni. Za zdravljenje bolzni, ki nastajajo zaradi pomanjkanja regulacije lipoilacije encimov, so še vedno potrebne dodatne raziskave, ker še obstajajo neodgovorjena vprašanja glede ''reciklažne poti'' pri biosintezi LA pri ljudeh.

==Sara Jerič - Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na metiliranje histonov in DNA ter posledično na proces staranja==
Intermediati cikla citronske kisline imajo pomembno vlogo pri regulaciji epigenetskih in neepigenetskih sprememb. Pri tem so najbolj pomembni 2-oksoglutarat, sukcinat in fumarat, ki z aktivacijo oz. inhibicijo vplivajo na veliko družino encimov dioksidaz, ki so odvisne od 2-oksoglutarata (2-OGDO). Ti encimi pri regulaciji neepigenetskih sprememb vplivajo na sintezo kolagena in nadzorujejo količino kisika v celici (npr. Sprožijo primeren odziv, če pride do hipoksije). Pri regulaciji epigenetskih sprememb pa 2-OGDO encimi vplivajo na metilacijo DNA in histonov ter posledično transkripcijo in izražanjem genov. Metilacija DNA poteka z encimoma DNA metiltranferaza in DNA demetilaza, metilacija histonov pa z encimoma histon metiltransferaza in histon demetilaza. Spremembe pri metilaciji DNA in histonov povzročijo tudi spremembe pri kromatinu, kar pa povezujemo s procesom staranja. S staranjem se torej zmanjša količina obnovitvenih procesov (npr. ob staranju matične celice zmanjšajo količino popravil poškodb tkiv). Proces staranja ni točno programiran v celici, temveč je naključen degradirajoč proces, ki so ga sprožile epigenetske spremembe. Intermediati Krebsovega cikla pa lahko povzročijo tudi epigenetske spremembe, ki se kažejo pri boleznih povezanih s staranjem, npr. Alzheimerjeva bolezen. Čeprav vloga intermediatov Krebsovega cikla in njihov mehanizem pri procesu staranja še ni točno določen, lahko zagotovimo, da predstavljajo enega kjučnih regulatorjev epigenetskih sprememb, ki pa vplivajo na proces staranja.

==Nik Vidmar - Presnova, učinki ter bolezenska stanja kot posledica povišanih koncentracij ketonskih telesc==
Ketonska telesca nastajajo v jetrih v okoliščinah, ko je prisotnost glukoze prenizka za normalno delovanje organov, kot so na primer možgani. Predstavljajo jih molekule acetoacetata, ki nastaja pri presnovi maščobnih kislin ob pomankanju glukoze, 3-β-hidroksibutirata, ki nastaja v mitohondrijih jetrnih celic in acetona. Najpomembnejša med ketonskimi telesci sta acetoacetat in 3-β-hidroksibutirat, saj se transportirata kot vir energije iz jeter v druga tkiva. Tretje ketonsko telo aceton ni zelo pomembno, saj se ne porablja kot vir energije in se preko pljuč izloča iz telesa. Ketonska telesca so pomembna zato, ker pripomorejo k varčevanju glukoze in zmanjšujejo proteolizo v času, ko je glukoze v telesu premalo, kar pomaga pri ohranjanju zdravja in funkcionalnosti telesa. Nekateri organi, kot so možgani, niso zmožni uporabiti maščobnih kislin kot vir energije, zato uporabijo ketonska telesca, ki so alternativni vir energije v primeru daljše lakote ali posta. Uravnavajo tudi nivo sproščanja inzulina in povzročijo peroksidacijo lipidov. V nižjih koncentracijah se v krvi neprestano nahajajo pri zdravih ljudeh. Njihove koncentracije se delno povečajo pri dolgi telovadbi in postu. Povišana koncentracija ketonskih telesc je lahko posledica zastrupitve, na primer z alkoholom, kar vodi do alkoholne ketoacidoze. V primeru diabetesa pa lahko povišana koncentracija vodi do diabetične ketoacidoze. Tako stanje je zelo nevarno in lahko, če ga ne zdravimo, privede do smrti.

==Gašper Struna - Oksidacija maščobnih kislin v peroksisomih==
Oksidacija maščobnih kislin je pomemben proces, ki je vključen tako v anabolne kot katabolne metabolične poti. Ta proces poteka v mitohondrijih, kjer ima predvsem katabolno vlogo, ter v peroksisomih, kjer pa ima bolj anabolno vlogo. β-oksidaciji maščobnih kislin sta v obeh organelih zelo podobni. Obstajajo pa tudi mnoge razlike. Geni za encime, ki sodelujejo pri oksidaciji v posameznem organelu, so različni. V prenosu maščobnih kislin skozi membrano sodelujeta različna transporterja. V prvem koraku β-oksidacije se peroksisomski FADH2 takoj oksidira nazaj, pri tem pa elektrone sprejme kisik, medtem ko pri mitohondriju vstopi v elektronsko prenašalno verigo. Multifunkcijski protein (MP) pri peroksisomu za razliko od mitohondrijskega ne vsebuje tiolazne aktivnosti; ima pa peroksisom dva MP, pri čemer eden lahko reagira tudi z D-izomeri β-hidroksiacil-CoA.
V peroksisomu se maščobne kisline le delno oksidirajo, dokončna oksidacija poteče v mitohondriju, lahko pa oksidacija maščobnih kislin v peroksisomu služi le skrajševanju verige v anabolnih poteh, na primer pri biosintezi nekaterih lipidov. Peroksisomska oksidacija je predvsem pomembna pri oksidaciji dolgoverižnih in razvejanih maščobnih kislin. Veliko podrobnosti o oksidaciji v tem organelu pa je še vedno nepojasnjenih ali pa za njih obstajajo le modeli kot na primer pri načinu reoksidacije NADH in transportu acil-CoA skozi membrano. Pomembnost tega procesa pa nakazujejo tudi številne bolezni povezane s peroksisomsko β-oksidacijo, zaradi česar je razumevanje tega procesa zelo pomembno.

==Neža Peternel - Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin v skeletnih mišicah s prehrano in telesno vadbo==
Maščobe poleg ogljikovih hidratov predstavljajo pomemben vir energije za delovanje naših organizmov. Maščobne kisline (MK) se v mišicah oksidirajo in vodijo do nastanka ATP molekul. Poznavanje mehanizma oksidacije MK omogoča lažje razumevanje regulacije procesa pod vplivom različnih zunanjih dejavnikov. Med pomembnejše regulatorne proteine štejemo maščobno-kislinsko translokazo CD36, ki se nahaja v sarkolemi in regulira vnos MK v mišične celice, in karnitin-aciltransferaze (CPT1, CPT2 in CACT), ki nadzirajo vnos MK v mitohondrij. Pri procesu β-oksidacije maščobnih kislin je pomemben encim β-hidroksi-acil-CoA dehidrogenaza, ki omejuje hitrost reakcije. Dokazali so, da vzdržljivostna zmerna vadba in povečan vnos maščob pozitivno vplivata na regulacijo proteinov, ki so vključeni v proces oksidacije. Maščobne kisline in krčenje skeletnih mišic v tem primeru delujejo kot signali, ki navidezno inducirajo izražanje beljakovin v metabolnih poteh lipidov in s tem povečajo presnovno sposobnost maščobnih kislin. Pomembni signalni receptorji so jedrni transkripcijski faktorji PPAR, ki vplivajo na izražanje genov za regulatorne proteine.
V zadnjem času se zelo razvija farmacevtsko področje vadbene mimetike (ang. exercise mimetics). Z različnimi zdravili in prehranskimi dodatki želijo posnemati pozitivne učinke vadbe na organizem in tako olajšati poteke določenih bolezni ter zmanjšati delež ljudi s prekomerno telesno težo. Hkrati pa z razvojem takšnih zdravil prihaja tudi do dopinških zlorab v vrhunskem športu.

== Urša Zevnik - Genetske napake mitohondrijske oksidacije maščobnih kislin in karnitinskega transporta==
Mitohondrijska oksidacija maščobnih kislin je ključen metabolni proces za zagotavljanje energije, ko se izpraznijo zaloge glikogena, za nekatere procese pa predstavlja preferenčni vir energije tudi, ko je glukoze dovolj. Za skoraj vse proteine, ki sodelujejo v procesu β-oksidacije maščobnih kislin ali karnitinskemu transportu le teh v mitohondrij, so znane genetske napake, ki povzročijo pomanjkanje ali zmanjšano aktivnost teh proteinov. Popolna odsotnost večinoma vodi v smrt v prvih dneh življenja, za delno pomanjkanje pa so značilna srčna, mišična in ledvična obolenja ter pogoste hipoglikemije. Simptomi so odvisni od posameznika, stopnje pomanjkanja in vrste okvarjenega proteina. So posledica porušene energijske homeostaze in nabiranja toksičnih metabolitov. Trajno zdravilo ne obstaja, zdravljenje pa temelji na preprečevanju katabolizma z izogibanjem postenja ali naporne fizične aktivnosti in na dieti z manjšim deležem maščob. Na voljo so tudi zdravila, ki na različne načine, na primer z obnavljanjem metabolitov cikla citronske kisline ali spodbujanjem transkripcije encimov β-oksidacije lahko omilijo simptome, vendar je njihova učinkovitost omejena. Kljub zanesljivim metodam diagnostike in presejalnim testiranjem novorojenčkov smrtnost zaradi teh bolezni ostaja visoka.

== Tina Javeršek - Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije==
Hiperamoniemija (HA) je stanje povišane koncentracije amonijaka v krvi, ko pride do neravnovesja med količino nastalega in odstranjenega amonijaka. Ta se v naravi nahaja predvsem v reducirani obliki kot amonijev ion NH₄⁺. Vzroka za nastanek HA sta največkrat prekomerno nastajanje odvečnega amonijaka v debelem črevesu in nezadostno razstrupljanje pri motnjah v ciklu uree. Razlikujemo med primarno in sekundarno (pridobljeno) HA. Za zdravljenje se uporablja predvsem laktuloza, sintetični disaharid, ki se v našem telesu ne presnavlja. Pogosto je tudi zdravljenje z antibiotikom rifaksiminom, ki inhibira sintezo bakterijske RNA in tako preprečuje rast bakterij, ki proizvajajo encim urezo. Ta katalizira hidrolizo sečnine, pri tem pa nastajajo amonijevi ioni. Pri visokih koncentracijah imajo toksične učinke in lahko povzročijo ireverzibilne okvare centralnega živčnega sistema. Natrijev benzoat in fenilacetat nase vežeta glicin in glutamin, nastala hipurat in fenilacetilglutamin pa se izločata z urinom. Kot sredstva za zdravljenje hiperamoniemije se uporabljajo še aminokisline z razvejano verigo, L- arginin, L-citrulin in kargluminska kislina. Ob akutnem povišanju koncentracij amonijaka v krvi se ta odstranjuje s hemodializo, s čimer v najkrajšem možnem času dosežemo znižanje njegovih koncentracij. Genska in celična terapija obljubljata učinkovit pristop pri zdravljenju, vendar so potrebne še številne raziskave na tem področju.

== Klara Kočman - Bowman-Birkov inhibitor ==
Bowman-Birkov inhibitor, inhibira tako tripsin kot tudi α-kimotripsin. Z njima tvori kompleks 1:1 oz. 1:1:1 ko sta na inhibitor vezana oba encima. Reakcijsko mesto za inhibicijo tripsina se nahaja na mestu Lys 16–Ser 17, za inhibicijo kimotripsina pa na mestu Leu 42–Ser 44. Naloga tripsina in kimotripsina je cepitev večjih peptidov na manjše peptide v trebušni slinavki. Bowman-Birkov inhibitor najdemo v nekaterih travniških rastlinah in vseh stročnicah, predvsem v soji. Uživanje surove soje lahko vodi do hipertrofije trebušne slinavke pri živalih. Je tudi zelo učinkovit pri preprečevanju karcinogeneze, zato iščejo način kaki bi lahko z Bowman-Birkovim inhibitorjem preventivno preprečevali raka brez toksičnosti za maligne celice in vitro. V soji pa najdemo tudi Bowman-Birkovem inhibitorju podoben Kunitzov inhibitor. Znanstveniki so ugotovili, da sta Bowman-Birkovemu inhibitorju v določenih sekvencah podobna tudi inhibitor limskega ter vrtnega fižola. Bowman-Birkov inhibitor se lahko zaradi svojih sedmih disulfidnih vezi cepi na več različnih peptidov, ki ohranijo svojo inhibitorno aktivnost. Inhibitor se v raztopinah z visoko koncentracijo inhibitorja med seboj reverzibilno poveže v dimere in trimere, kar lahko vidimo tudi pri inhibitorju, izoliranem iz soje, ki je v obliki trimera.

== Miha Razdevšek - Motnje razgradnje glicina in njihove posledice ==

Glicin je najmanjša aminokislina, ki se razgrajuje po treh poteh. Pri ljudeh je najpogostejša razgradnja z glicin cepitvenim encimom (glycine cleavage enzyme, GCE). Ta encim je sestavljen iz štirih proteinov, ki glicin pretvarjajo v CO2 in NH4+. Ko pride do mutacij GCE, se glicin po tej poti ne more več razgrajevati in se posledično kopiči v celici. To stanje imenujemo neketotska hiperglicinemija (nonkertotic hyperglicemia, NKH). V eni izmed metabolnih poti, ki se pri takšnih pogojih aktivirajo nastane zelo reaktivna molekula metilglioksal (MGO). MGO se kovalentno poveže s proteini in DNA, kar imenujemo glikacija. Produkte, ki pri tem nastanejo pa končni produkti napredovane glikacije (advanced glycation end products, AGE). Primarno se MGO poveže z argininom na proteinih in deoksigvanozinom na DNA. Glikacija proteinov vpliva na izgubo njihove funkcije in povezavo ekstracelularnih ter intracelularnih proteinov. Reakcija z DNA pa predstavlja nevarnosti povezane z genomsko nestabilnostjo. Povišane vrednosti MGO se povezuje z boleznimi staranja, diabetesom, debelostjo, rakom in nevrodegenerativnimi boleznimi. Izziv predstavlja predvsem razumevanje pomena MGO pri normalnem fiziološkem stanju, koncentracija, pri kateri postane MGO toksičen in možnost uporabe MGO za specifično diagnostiko bolezni.

== Jan Trebušak - Vloga Karbamoil Fosfat Sintetaze 1 ==

Karbamoil fosfat sintetaza 1 (CPS1) je kompleksen, večdomenski ter evolucijsko konservativen encim, ki katalizira prvo reakcijo v ciklu uree. Encim je sestavljen iz okoli 1500 aminokislin in ima dve katalitični mesti na katerih poteka fosforilacija substratov, njegov alosterični efektor pa je N-acetil-L-glutamat (NAG). Ker reakcije na CSP1 predstavljajo ‘vstopni’ korak v cikel uree ima vsakršna okvara lahko hude posledice. Najočitnejši simptom je akutna hiperamonemija oz. povišanje koncentracije amoniaka v krvi, ki lahko ob kronični izpostavitvi vodi v nevrodegenerativna obolenja. Čeprav je hiperamonemija glavni in najbolj akutni zaplet pri okvari CSP1, pa ni edini. Raziskave so pokazale, da ima CSP1 vpliv tudi na nastanek in rast raka, razvoj kardiovaskularnih obolenj in tudi zmožnost posameznikov za vzdrževanje konstantne telesne mase. Trenutne oblike zdravljenja vključujejo strogo izogibanje aminokislinam v prehrani in uživanje dodatkov, ki nase vežejo dušik iz organizma. Naprednejše oblike zdravljenja, kot so genska terapija in jemanje analogov NAG, ki bi spodbudili delovanje tudi nepravilno delujoče CSP1 so v začetnih fazah kliničnih testiranj. Pri genskem zdravljenju predstavlja težavo tudi to, da je večina inaktivirajočih mutacij na CSP1 specifičnih za posamezne družine ali majhne populacije, kar pomeni, da vsaka od the potrebuje posebaj prilagojeno zdravljenje. Na tem področju je potrebno opraviti še veliko raziskav, da bi odkrili zdravilo za nedelujočo CSP1.

== Lana Kores - VLOGA METABOLIZMA RAZVEJANIH AMINOKISLIN PRI BOLEZNI JAVORJEVEGA SIRUPA (MSUD)==

Prirejene napake metabolizma (IEM) so pogosto posledica redkih monogenskih napak, ki sledijo mendelskim vzorcem dedovanja za avtosomne-recesivne lastnosti. Prizadeti posamezniki imajo mutacijo na obeh alelih na monogenskem mestu, medtem ko njihovi starši po definiciji nosijo le en mutiran alel in se pri njih fenotip bolezni ne izraža. Bolezen javorjevega sirupa (MSUD) je primer take monogenske bolezni. Povzroči jo okvara razvejane α-ketokislinske dehidrogenaze (BCKD). BCKD je multiencimski kompleks, zgrajen iz treh katalitičnih komponent: E1 – dekarboksilaze, sestavljene iz 2α in 2β podenot; E2 – transciklaze; in E3 – dehidrogenaze. Gen za E1α najdemo na kromosomu 19, gen za E1β na kromosomu 6, gen za E2 na kromosomu 1 in gen za E3 na kromosomu 7. Pri normalnem delovanju (v zdravem človeku) bi v prvem koraku metabolizma BCAA izocimi razvejane aminokislinske transaminaze (BCATs) transaminirale BCAAs do razvejanih α-ketokislin (BCKAs), torej iz levcina do α-ketoizokaproata (KIC), iz izolevcina do α-keto-β-metilvalerata (KMV) in iz valina do α-ketoizovalerata (KIV). V naslednjem koraku metabolne poti bi razvejan ketokislinski dehidrogenazni kompleks (BCKDC) kataliziral ireverzibilno oksidativno dekarboksilacijo α-ketokislin (vendar se pri MSUD zaradi okvare BCKD to ne zgodi). Zaradi tega pride do kopičenja razvejanih aminokislin in posledično do hudih nevroloških motenj.

== Maša Mencigar - Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih ==

Reaktivne kisikove zvrsti (ROS, ang. reactive oxygen species) so skupina reduciranih nestabilnih derivatov kisika, ki imajo dobre oksidativne lastnosti. V celici nastajajo pri normalnem delovanju celičnega metabolizma v nizkih koncentracijah in so potrebne za homeostazo celice in celično signaliziranje, delujejo kot sekundarni sporočevalci. Ob povišani koncentraciji pa so za celico lahko nevarni, saj privedejo do oksitadivnega stresa. Oksidativni stres lahko povzroči poškodbe in mutacije DNA ter pripomore k drugim obolenjem kot so nevrodegenerativne bolezni in rakava obolenja. Antioksidanti, kot so superoksid dismutaze (SOD), Glutation (GSH) in Jedrni faktor eritroid 2 (NFR2), preprečujejo povišanje koncentracije ROS v celici, saj pretvarjajo ROS do manj reaktivnih spojin oziroma vode. Različne koncentracije reaktivnih kisikovih zvrsti različno vplivajo na celico, ob povišani koncentraciji ROS se poveča nastanek malignih mutacij, ROS torej deluje kot tumor promotor. Ob previsokih koncentracijah ROS pa privede do celične smrti, torej deluje ROS kot tumor supresor.Delovanje ROS kot tumor promotor ali supresor pa ni odvisno le od njegove koncentracije v celici, ampak tudi od stopnje razvoja in lokacije tumorja. Za zdravljenje rakavih obolenj uporabljajo nekatere kemoterapetvike (cisplatin, bleomicin in arsenični trioksid), ki povišajo koncentracije ROS in s tem povzroči nepopravljive poškodbe celic, ter privede do celične smrti.

== Klara Razboršek - Regulacija apoptoze v zdravju in bolezni: uravnoteženo delovanje BCL-2 družine proteinov ==

Apoptotska celična smrt je ključen proces za ohranjanje tkivne homeostaze. Poznamo ekstrinzično pot apoptoze, ki je rezultat zunajceličnih signalov, in intrinzično ali mitohondrijsko pot. Le-ta je rezultat signalov, ki delujejo direktno na tarče znotraj celic. Pomembni regulatorji te poti so proteini iz družine BCL-2. Gre za globularne proteine, ki se nahajajo v citosolu v bližini mitohondrija ali pa se sidrajo v zunanjo mitohondrijsko membrano. Razdelimo jih v tri skupine, glede na njihovo vlogo pri regulaciji procesa apoptoze. Pro-apoptotski proteini se aktivirajo kot odziv na celični stres in sprožijo začetek procesa apoptoze. Anti-apoptotski proteini kljubujejo pro-apoptotskim tako, da jih vežejo nase in jih s tem deaktivirajo, kar lahko zaustavi proces apoptoze. Če anti-apoptotskih proteinov ni dovolj ali pa so deaktivirani, se pro-apoptotski proteini vežejo na pro-apoptotske efektorske proteine – BAK in BAX. Ta dva proteina se sidrata v zunanjo mitohondrijsko membrano in preko oligomerizacije tvorita makropore. To povzroči permeabilizacijo zunanje mitohondrijske membrane. Iz medmembranskega prostora mitohondrija se sprosti citokrom c, kar povzroči aktivacijo kaspaz, ki povzročijo programirano celično smrt. Če pride do napak pri regulaciji BCL-2 proteinov lahko to privede do različnih obolenj, kot so nevrodegenerativne in avtoimune bolezni ter raka. Nepravilna regulacija v času prenatalnega razvoja pa lahko privede v smrt embria.

== Špela Rapuš - Zlivanje in cepitev mitohondrijev ==

Mitohondriji imajo veliko pomembnih funkcij v celici, zato je pomembno njihovo pravilno delovanje. Pri tem sta pomembna zlivanje in delitve mitohondrijev, ki vplivata, da so procesi, med katerimi je tudi oksidativna fosforilacija, pravilno regulirani. Ključni faktorji za ta procesa spadajo v superdružino dinaminov in izkoriščajo hidrolizo GTP za svoje delovanje. Za zlivanje membran so ključni mitofuzina Mfn1 in Mfn2 ter protein Opa1. Pri delitvi pa sodelujejo Drp1 in njegovi adaptorji na površini membrane, ki oblikujejo delitveni kompleks. Pri delitvi so pomembni tudi ostali dejavniki, ki pripomorejo k delitvi na primer endoplazemski retikulum in polimerizacija aktina okoli mitohondrija, ki začetno zoži mesto delitve. Morfologija mitohondrija, ki jo regulirata zlivanja in cepitve, je povezana tudi z metaboličnim stanjem celice. Od oblike krist je namreč odvisno tudi delovanje kompleksov oksidativne fosforilacije. Mutacije v zapisih za proteine, ki sodelujejo pri zlivanju oziroma cepitvi, vodijo v nepravilno delovanje pomembnih procesov v mitohondriju in kot posledica nastopijo mnoge bolezni, predvsem nevrodegenerativne kot tudi rak.

== Vanja Ivošević - Kompleksonst biosinteze ubikinona ==

Ubikinon (koencim Q_10) je koencim, ki je prisoten pri vseh živalih in pri večini bakterij, sestavni je del transportne verige elektronov ter tako sodeluje pri aerobnem celičnem metabolizmu, ki proizvaja energijo v obliki ATP. Najdemo ga predvsem v mitohondrijih, največ ga ima v mitohondrijih organov, ki imajo visoko potrebo po energiji kot so srce, jetra in ledvice. Obstajajo tri redoks stanja ubikinona, popolnoma oksidirano (ubikinon), ubisemikinon in popolnoma reducirano stanje (ubikinol). Ubikinon ima bistveno vlogo kot elektronski prenašalec med kompleksom NADH: ubikinon oksidoreduktazo (kompleks I), sukcinat dehidrogenazo (kompleks II) in citokrom bc_1 kompleksom (kompleks III) dihalne verige, lahko prenaša dva ali en elektorn. Biosinteza je glavni vir ubikinona. Za biosintezo je potrebno vsaj 12 genov, če se zgodi mutacija na enem ali več teh genov, prihaja do pomanjkanja ubikinona v organizmu. Mutacije v človeških genih za sintezo ubikinona povzročajo stanje, ki se imenuje primarno pomanjkanje ubikinona, mitohondrijsko motnjo, ki se manifestira na različne načine kot so multisistemske motnje, encefalopatija ali nefropatija. Direktna posledica pomanjkanja ubikinona je zmanjašana proizvodnja ATP in prekomerna tvorba ROS- reaktivnih kisikovih zvrst. Za razliko od večine ostalih mitohondrijskih motenj, za zdravljenje te motnje je na voljo učinkovito zdravljenje.

==Lev Jošt - Tvorba ROS in njen prispevek k signalizaciji in k razumevanju bolezni ==

Mitohondriji so dobro znani po svoji osrednji vlogi pri proizvodnji ATP, homeostazi kalcija ter biosintezi hema in steroidov. Označili so jih za t.i. "elektrarno" celice.
Mitohondrijska elektronska transportna veriga (ETC) uporablja vrsto reakcij prenosa elektronov za ustvarjanje celičnega ATP z oksidativno fosforilacijo. Posledica prenosa elektronov je nastajanje reaktivnih kisikovih vrst (ROS). Za omenjene ROS, pri katerih je ključen superoksid in tudi vodikov peroksid, se je sprva menilo, da so strupeni stranski produkti mitohondrijske fiziološke aktivnosti, a so na podlagi raziskav dokazali, da so to pomembne molekule, katerih proizvodnja, pretvorba in uničenje so zelo regulirani. Torej funkcije ETC so tesno povezane s tvorbo ROS ter proizvodnjo ATP in glede nato da ETC uravnava celično homeostazo s tema dvema procesoma in da so bile odkrite spremembe v obeh teh procesih povezane s patologijo neštetih bolezni, ki zajemajo skoraj vse organske sisteme, je logično sklepati, da nam lahko zmožnost natančnega in učinkovitega merjenja delovanja ETC pri ljudeh, zagotovi koristne diagnostične in mehanistične informacije.

== Žan Žnidar – Signalizacija bioaktivnih sfingolipidov ==
Lipidi s svojo barierno funkcijo igrajo ključno vlogo za obstoj življenja. Poleg tega, da so gradniki celičnih membran, pa se v zadnjih desetletjih razgrinja tudi njihov signalizacijski pomen. Bioaktivni sfingolipidi kot sporočevalci vplivajo na pestro množico celičnih dogodkov. Z vezavo na encim ali v njegovo bližino alosterično regulirajo njegovo delovanje, s tvorjenjem proteinskih kanalčkov pa omogočajo prehod proapoptotskih proteinov skozi mitohondrijsko membrano.
Zaradi hidrofobne narave so omejeni na mesto svoje sinteze – na membrano celice ali kakega membranskega celičnega organela. Tako so zmožni vplivati le na membranske proteine. Za prenos med posameznimi membranami se mora tvoriti vezikel ali pa je potreben prenašalni protein. Hidrofobno značaj omogoča gibanje flip-flop med slojema posamezne membrane, medtem ko ga hidrofilni predeli otežujejo ali celo preprečujejo.
Kopičenje posameznega sfingolipida je lahko znak porušene homeostaze v organizmu. Poškodovani encimi, ki so ključni za linearni del mreže pretvarjanj, imajo za posledico pomanjkanje sfingolipidov naprej po verigi in presežek tistih, ki so na poti do njih. V takih primerih pride do različnih obolenj.

==Nuša Brdnik - Vloga šaperonov v biogenezi encima Rubisco ==
Rubisco je eden najbolj ključnih encimov, saj katalizira reakcijo vezave CO2 na petogljični sladkor ribulozo 1,5-bisfosfat in s tem razkroj nestabilnega 6-ogljičnega intermediata na dve molekuli s tremi ogljiki. Hkrati pa je katalitično zelo neučinkovit, zato je že dolgo tarča genetskega inženirstva, saj želimo izboljšati njegovo učinkovitost in s tem optimizirati proces fotosinteze v rastlinah. Napredek na tem področju je zelo oviran, ker je rubisco močno odvisen od šaperonov in pomožnih faktorjev. Zadnje raziskave pa so razkrile mehanizme šaperonov in pomožnih faktorjev, ki so vključeni v biogenezo rubisca. Šaperonini Cpn60 zvijajo velike podenote rubisca, nato so v biogenezo vključeni faktorji RbcX, Raf1, BSD2 in Raf2. Rekombinantno izražanje rastlinskega rubisca v E. coli je bilo uspešno le z vsemi štirimi pomožnimi faktorji. Izkaže se, da vsi faktorji promovirajo oblikovanje jedrnega kompleksa velikih podenot rubisca, ampak vsak po različnih vezavnih mehanizmih. Po dokončani biogenezi rubisco aktivaza vzdržuje in popravlja funkcijo rubisca. Možnost za izboljšanje katalitične učinkovitosti predstavlja predvsem inženirstvo cianobakterijskih mehanizmov koncentriranja CO2. Natančno razumevanje vloge pomožnih faktorjev je omogočilo uspešno rekombinantno izražanje rubisca v E. coli in predstavlja podlago za nadaljnje raziskave v smeri ekstenzivne mutageneze rubisca, s čimer bi optimizirali njegovo funkcijo.

==Petja Premrl - Encimi Calvinovega cikla in GAPDH/CP12/PRK kompleks ==
Kisikovi fototrofi uporabljajo Calvinov cikel za fiksacijo CO2 in s tem sintetizirajo ogljikove hidrate. Pri reakcijah, ki si sledijo v tem ciklu, nastopata encima PRK ter GAPDH, katerih aktivnost je regulirana s proteinom CP12. V temi, ko fotosinteza ne poteka, ta dva encima Calvinovega cikla, skupaj s proteinom CP12 tvorita ternarni kompleks GAPDH/CP12/PRK. GAPDH se najprej poveže z oksidiranim CP12, da nastane binarni kompleks GAPDH/CP12. Ta kompleks pa se nato poveže še z encimom PRK, ni pa pomembno ali je slednji v reducirani ali oksidirani obliki. V tako nastalem ternarnem kompleksu sta encima inhibirana, in se aktivirata šele na svetlobi, ko se ta kompleks razdre. Nastanek tega kompleksa je reguliran s tioredoksini ter piridinskima nukleotidoma NAD/NADH ter NADP/NAPDH. Kompleks je stabiliziran z nizkimi koncentracijami NAD(H) oz. NADP(H), katere naj bi se nahajale v zatemnjenih kloroplastih ter cianobakterijah, iz česar lahko sklepamo, da je kompleks stabilnejši v temi.

==Ema Kavčič - Sinteza celične stene: vir ogljika in regulacija ==
Ogljik, ki se v procesu fotosinteze fiksira v sladkorje, se v veliki meri porabi za sintezo celične stene. Do celic, kjer fotosinteza ne poteka, ogljik potuje v obliki saharoze in lahko kot tak tudi vstopi v celico, ali pa prej razpade na heksoze. Sladkorji se v celici z encimskimi reakcijami pretvorijo v UDP sladkorje, osnovne gradnike celične stene. Celično steno sestavljajo polisaharidi. Sinteza celuloze poteka na rozetah, ki so zasidrane v membrano. Nastajajoče verige polisaharidov se med seboj povežejo v fibrilo. Sinteza hemiceluloze in pektinov poteka v Golgijevem aparatu. Njihovo sintezo katalizirajo različne glikoziltransferaze. Hemiceluloze se povezujejo s celulozo in tvorijo omrežje. Pektini vežejo vodo in tako hidrirajo steno. Sinteza celične stene je regulirana na več načinov. Kadar je na voljo malo ogljika (npr. ponoči) se ta v večjem deležu porabi za sintezo komponent celične stene. Sinteza celične stene mora biti usklajena tudi s širitvijo celice. Širitev celične stene poteka predvsem na račun privzema vode, kar se zgodi zvečer. Sinteza celične stene pa je intenzivnejša podnevi zaradi večje količine fiksiranega ogljika. Na sintezo stene vplivajo tudi drugi transkripcijski faktorji, signalne poti (npr. signal CWI), osmotski in solni stres in fosforilacjia proteinov.

== Jan Kogovšek - Karbonska anhidraza in molekularna evolucija C4 fotosinteze ==
Fotosinteza rastlinam omogoča rast, razvoj in nadaljevanje vrste, istočasno pa njeni stranski produkti omogočajo življenje ostalim organizmom. Zaradi temperaturnih in okoljskih dejavnikov, ki se razlikujejo glede na lokacijo, nekatere rastline niso sposobne preživeti v vseh okoljih, kar močno vpliva na njihovo zmožnost obstoja. Da zmanjšajo vpliv okolja na njihovo življenje, so razvile dodatne mehanizme, s katerimi preprečijo povečano izhlapevanje vode in izgubo vgrajenih ogljikovih atomov, kar se pojavi zaradi nespecifičnosti glavnega encima fotosinteze – encima Rubisco. Ta vrsta fotosinteze se imenuje C4 fotosinteza. Glavni adut teh rastlin je karbonska anhidraza, ki pretvarja CO2 v hidrogenkarbonat, ki se nato prenese v celice žilnega ovoja s kloroplasti, kjer se pretvori nazaj v CO2. To zmanjša dostop kisika do Rubisca, tako ga ta ne more porabiti, kar zmanjša fotorespiracijo, kjer rastlina izgubi ogljik, hkrati pa produkti te reakcije porabijo ogromno energije, da se pretvorijo nazaj v uporabno obliko. Znanstevnike je zanimalo, kako se je C4 razvila in če je kakorkoli povezana s C3 rastlinami. S primerjavami različnih vrst C3 in C4 rastlin so ugotovili, da nekatere izkazujejo podobne lastnosti, kar nakazuje, da izhajajo iz istega prednika. Poleg tega so raziskali tudi sestavo encimov, ki so odgovorni, da C4 fotosinteza sploh lahko poteka.

== Tina Zajec - Avtotrofna fiksacija oglijka pri mikroorganizmih ==
Poglavitni in hkrati tudi najbolj razširjen način avtotrofne vgradnje anorganskega ogljika v organske skelete predstavlja Calvin-Benson-Basshamov cikel, ki je sklopljen s svetlobnimi reakcijami fotosinteze. Poleg Calvinovega cikla, pa je pri bakterijah in arhejah, predvsem tistih, ki uspevajo v okoljih brez prisotnosti kisika in pogosto tudi brez energije sončne svetlobe prisotnih še kar nekaj dodatnih načinov asimilacije anorganskega ogljika preko sledečih metabolnih poti: reduktivni cikel citronske kisline (rTCA), 3-hidroksipropionatni bicikel (3-HP), reduktivna acetil-CoA metabolna pot (Wood-Ljungdahl metabolna pot), 3-hidroksipropionat/4-hidroksibutiratni cikel (3-HP/4-HB) in pa dikarboksilat/4-hidroksibutiratni cikel (DC/4-HB). Potek redukcijskih poti v anaerobnih pogojih je glede na porabo ATP veliko ugodnejši, končni produkt pa je v večini primerov acetat, ponekod pa tudi piruvat. V seminarju se bom posvetila predvsem podrobnejšemu opisu cikla rTCA in pa Wood-Ljungdahl poti. Reduktivni cikel TCA preko dveh karboksilacijskih reakcij s pomočjo poti, ki je pravzaprav obratna poteku Krebsovega cikla sintetizira acetat, W.L.- pot pa po linearni poti direktno asimilira dve CO2 molekuli v prisotnosti H2 prav tako v acetat. Relativna enostavnost katalitskih komponent, analognost encimov z drugimi metabolnimi potmi, predvsem pa sposobnost delovanja v anoksičnih pogojih nakazujeta na izvornost poti in možne evolucijske implikacije o razvoju avtotrofnega življenja na Zemlji.

==Pia Sotlar - Metabolizem purinov in purinergična signalizacija==
Purini in njihovi derivati sodelujejo pri številnih procesih v celicah, zato je ključno, da njihov metabolizem deluje brez napak. Poznamo dve poti ohranjanja purinskega 'bazena', de novo sintezno pot in reciklažno pot (ang. salvage pathway). De novo sinteza se običajno začne z porabo fosforibozil pirofosfata in konča, ko se producira IMP. Sinteza je sestavljena iz 10 reakcij, ki pa jih regulira samo 6 encimov, ki se zaradi bolj učinkovite sinteze povežejo v kompleks imenovan purinosom. De novo sinteza je energijsko bolj potratna kot recikažna, ki sintetizira nukleotide z recikliranjem degradiranih baz. Tudi katabolizem purinov je uravnan proces, ki vodi do končnega produkta, sečne kisline. Motnje lahko povzročijo prekomerno odlaganje urata (sol sečne kisline) v sklepih in tkivih, kar imenujemo hiperurikemija ter vodi do bolezni imenovane protin, pri kateri se sklepi vnamejo. Purini pa imajo lahko poleg na primer sinteze DNA, še dodatno vlogo. Predstavljajo namreč ligand, ki se veže na tako imenovane purinoreceptorje, ki jih delimo na P1 in P2 receptorje. V splošnem so P1 receptorji vključeni v protivnetni odziv, P2 pa v provnetni odziv in ker jih najdemo v skoraj vseh tkivih, predstavljajo potencialno možnost za zdravljenje številnih bolezni z njihovimi agonisti in antagonisti. To sta na primer alzheimerjeva bolezen in protin.

==Mark Loborec - Cirkadiana regulacija metabolizma lipidov==
Organizmi imajo v sebi tako imenovano notranjo uro. Ta ura vzdržuje cirkadiani ritem, to je ritem, ki se ponavlja na približno 24 ur. Ta je odgovoren za regulacijo mnogih celičnih procesov, med njegovimi pomembnejšimi vlogami pa je regulacija metabolizma lipidov. Cirkadiani ritem se po celem telesu vzdržuje s pomočjo glavne ure, ki se nahaja v SCN. Ta nato z regulacijo telesne temperature, kortizola in melatonina lahko neposredno vpliva na notranje ure v drugih tkivih, lahko pa nanje vpliva tudi posredno, s spreminjanjem vzorca spanja in prehranjevanja. Ob svetlobnem dražljaju se sproži signalna kaskada, ki pripelje do tvorbe kompleksa BMAL1/CLOCK. Ta nato z promoviranjem in represijo različnih genov povzroči ciklično izražanje proteinov cirkadianega ritma. Te proteini nato vplivajo na izražanje proteinov, ki so odgovorni za metabolizem lipidov. Veliko proteinov, ki so cirkadiano regulirani, je ključnega pomena pri sintezi, razgradnji, skladiščenju ali transportu lipidov. Zanimivo pa je izražanje cirkadianosti proteinov različno od tkiva do tkiva. Spremembe v cirkadianem ritmu ali njegove okvare lahko vodijo do različnih bolezenskih stanj, najpogosteje debelosti. Mehanizmi cirkadiane regulacije še niso povsem raziskani, a vemo, da so ključnega pomena za normalno delovanje organizma.

==Ana Kastelic - Prolaktin in diferenciacija mlečnih žlez med nosečnostjo in dojenjem==
Žensko telo se že veliko pred rodnim obdobjem pripravlja na sprejem in preživetje potomcev. Sesalci so veja toplokrvnih vretenčarjev, ki jim je skupno to, da je preživetje zaroda odvisno od materinega mleka. Struktura mlečnih žlez pa tudi sestava mleka je med sesalci precej dobro ohranjena, kljub temu pa sta vodilni hormon prolaktin in njegov receptor PRLR vrstno specifična, ker pomeni, da se npr. prolaktin iz primatov ne more vezati na človeški receptor za prolaktin. Specializacija celic, ki sodelujejo pri dojenju, se začne že v embironalnem razvoju, nadaljuje med adolescenco in doseže višek med nosečnostjo in aktivnim dojenjem. Ob prenehanju dojenja se tkivo povrne v prednosečniško stanje, lahko pa se ob ponovni nosečnosti zopet preoblikuje. V večini procesov diferenciacije je vodilni hormon prolaktin, sodeluje pa tudi veliko drugih hormonov. Specializacija tkiva za laktacijo pa ni njegova edina vloga, odgovoren je tudi za sintezo in vzdrževanje mleka, sintezo lipidov, postopen propad tkiva ob prenehanju dojenja in drugo. Prolaktin je pleotropični hormon in sodeluje v veliko signalnih poteh, deluje lahko tako ekso-, kot para- in endokrino. Izloča se iz hipofize in deluje na mlečne žleze (pa tudi druga tkiva). V mlečnih žlezah sproži kaskado reakcij, ki vodijo bodisi v diferenciacijo in specializacijo celic mlečnih žlez, ali pa v tvorbo mleka.

==Metka Rus - Regulacija lipidnega metabolizma v jetrih s hormoni ščitnice ==
Hormonska regulacija med drugim koordinira metabolne procese v različnih tkivih. Ena od hormonalinih žlez je ščitnica ki primarno izloča hormona T3 in T4, ki sta derivata tirozina. T3 je veliko bolj aktivna oblika, zato se T4 navadno ob vstopu v ciljno celico pretvori v T3 s pomočjo encima dejodaze. S hormonom T3 pa se v jetrih regulira tako de novo lipogeneza kot β-oksidacije. Hormon v osnovi vpliva na transkripcijo proteinov potrebnih v omenjenih procesih, vplivajo pa tudi na prenos maščobnih kislin v jetra, razgradnjo prehranskih maščob, izdelavo VLDL in LDL, regulirajo pa tudi sintezo holesterola in bolj kompleksnih lipidov. V zadnjem času pa se pojavlja vse več dokazov da regulacija ni le transkriptivna ampak vpliva tudi direktno na delovanje določenih proteinov. Reguliranje hormonov ščitnice je potencialen način zdravljena različnih bolezni lipidnega metabolizma kot sta na primer hiperholesterolemija in nealkoholna maščobna jetrna bolezen. Za obe se v zadnjem času razvijajo oblike zdravljenja ki temeljijo na regulaciji izražanja ali delovanja ščitničnih hormonov, sploh pa na razvoju analogov T3 s specifičnimi funkcijami.

==Gašper Možina - Učinki alkohola na jetrni metabolizem lipidov ==
Jetrna presnova lipidov je zaporedje kompleksnih procesov, ki nadzorujejo dotok in iztok hepatičnih in eksogenih lipidov. Homeostaza toka lipidov je strogo nadzorovana z izražanjem metaboličnih proteinov, oskrbo s substratom, oksidacijo in izločanjem. Ti procesi ohranjajo jetrne lipidne zaloge relativno konstantne, vendar pa lahko motnje katerega koli od njih povzročijo kopičenje lipidov v jetrih. Etanol je edinstven med toksini, saj moti skoraj vse vidike presnove lipidov v jetrih. Ta kompleksen odziv je deloma posledica velikih presnovnih potreb, ki jih od organa zahteva etanol, vključuje pa tudi bolj raznolike spremembe v izražanju in oskrbi s substrati. Etanol zviša vnos maščobnih kislin v hepatocitih, slabša njihovo oksidacijo, promovira de novo lipogenezo in skladiščenje lipidov, zavira izvoz oz. izločanje lipidov ter inhibira katabolizem maščobnih kapljic. Boljše in natančnejše razumevanje mehanizmov, s katerimi alkohol povzroča steatozo in naprej tudi težje oblike alkoholne jetrne bolezni, je ključno za zdravljenje in preprečevanje napredovanja bolezni.

==Kostadin Mitkov - Heme biosynthesis and congenital erythropoietic porphyria ==
The heme biosynthetic pathway is consisted of eight enzyme catalyzed steps in the conversion of glycine and succinyl-coenzyme A to heme, each step catalyzed by a different enzyme. A mutation or a deficiency of each of those enzymes results in a specific metabolic disorder also known as porphyria. Porphyrias are classified as either hepatic or erythropoietic, according to whether the excess production of porphyrin precursors and porphyrins occurs primarily in the liver or in the erythron. Congenital erythropoietic porphyria (CEP) is an erythropoietic porphyria and has a distinct phenotype and typically presents with significantly more severe cutaneous involvement and debilitating complications than the other erythropoietic porphyrias. The clinical spectrum of CEP depends on the level of residual uroporphyrinogen III synthase (UROS) activity, which is determined by the underlying pathogenic loss-of-function UROS mutations. The clinical characteristics of CEP include exquisite photosensitivity to visible light, resulting in bullous vesicular lesions which, when infected lead to progressive photomutilation of sun-exposed areas such as the face and hands. Because of the photosensitivity this disease is often referred to as ‘vampire disease’. Hemolysis is also always present and that’s why patients are transfusion-dependent throughout their life. The only curative approach is bone marrow or hematopoietic stem cell transplantation, otherwise management of CEP consists of strict avoidance of exposure to visible light which leads to a very restricted social and family life.

==Ela Kovač - Aminokislinska regulacija skeletnih mišic ==
Aminokisline so osnovni gradniki proteinov in v telesu imajo funkcijo prehranskih, senzoričnih in bioloških regulatorjev. Skeletne mišice spadajo med največje organe v človeškem telesu in predstavljajo približno 40 % celotne telesne mase. V njih poteka metabolizem aminokislin z razvejano verigo (BCAA), med katere sodijo levcin, izolevcin in valin. Med vzdržljivostno telesno vadbo se poveča izražanje peroksisom proliferator-aktiviranega receptorja-gama koaktivatorja 1α (PGC1α), ki aktivira metabolizem BCAA in ima ključno vlogo pri uravnavanju termogeneze, mitohondrijske biogeneze, oksidacije maščobnih kislin in razvoju srca. Za sintezo proteinov so ključni levcin, arginin in β-hidroksi-β-metilbutirat (HMB), saj aktivirajo mTORC1 (ang. the mammalian target of rapamycin complex 1), ki spodbudi sintezo proteinov. Pomemben metabolit levcina je β-aminoizobutironska kislina (BAIBA), ki nastaja v skeletnih mišicah med telesno vadbo. Njene glavne funkcije so povečana poraba energije z aktivacijo β-oksidacije hepatičnih maščobnih kislin, spodbujanje porjavitve belega maščevja in preprečevanje ateroskleroze. Pomemben metabolit pa je tudi 5-aminolevulinska kislina (5ALA), saj igra pomembno vlogo pri biosintezi hema in regulaciji metabolizma glukoze v skeletnih mišicah. Ugotovljeno je bilo, da lahko vnos 5ALA v telo v obliki prehranskega dodatka zmanjša hiperglikemijo, pomaga preprečevati nastanek diabetesa tipa 2 in izboljša delovanje skeletnih mišic. Ob staranju se v skeletnih mišicah znižuje nivo različnih metabolitov, med njimi tudi β-alanina, zato je pri ljudeh srednjih let priporočljiv njegov vnos v obliki prehranskega dodatka.

==Ivana Vukšinić - Vloga bilirubina kot signalne molekule ==
Bilirubin, znan tudi kot rumeni žolčni pigment, je končni produkt katabolne poti razgradnje hema, pri kateri sodelujeta encima hem oksigenaza (HMOX) in biliverdin reduktaza (BLVR). Velja za enega najučinkovitejših antioksidantov v naravi, saj je zmožen nevtralizacije 10.000-krat višje znotrajcelične koncentracije H2O2. V zadnjem času so nove raziskave pokazale, da imajo bilirubin, njegov prekurzor biliverdin ter omenjena encima (skupaj imenovani “rumeni igralci” oz. “yellow players” - YPs) pomembno preventivno vlogo pri zaščiti pred boleznimi, za katere je značilno kronično prooksidativno stanje, npr. pri nevrodegenerativnih in kardiovaskularnih boleznih ter diabetesu. Posamezniki z rahlo povišano sistemsko koncentracijo bilirubina imajo manjše tveganje za razvoj teh bolezni, kar pomeni, da bi induciranje aktivnosti t.i. “rumenih igralcev” lahko predstavljalo nov terapevtski pristop za zdravljenje teh bolezni. Da bilirubin sploh lahko izkazuje tako obsežne in močne učinke, kot mu jih pripisujejo, mora imeti možnost vplivanja na celične signalne poti in na sisteme za transkripcijo genov. V seminarski nalogi so predstavljena najnovejša odkritja, ki prikazujejo bilirubin v tej povsem novi luči – kot pomembo signalno molekulo, ki je zmožna aktivirati različne jedrne in citoplazemske receptorje, s čimer posnema endokrino delovanje hormonov.

==Nataša Vujović - Glutamine metabolism and its role in cardiomyocytes ==
Glutamine is a unique amino acid involved in many biochemical reactions regarding energy generation and nucleotide biosynthesis. It is the most abundant amino acid in the human bloodstream and it is involved in processes that use it for its γ-nitrogen, α-nitrogen or the carbon skeleton. It can be converted to α-ketoglutarate which is a key component of the tricarboxylic acid cycle. Glutamine is engaged in glutathione production that functions as an antioxidant in redox balance. It also has a role in epigenetic regulation and as a mTor signal. Cardiovascular disease (CVD) is a major cause of mortality. Glutamine makes up much to 40% of the free amino acid pool in heart muscle and it has a fundamental role in cardiac metabolism. Cardiomyocytes are the genuine cardiac muscle cells that make up the muscular walls (myocardium) of blood vessels. Glutamine has a protective role in a variety of pathological circumstances in the heart such as ischemia damage sepsis-induced heart attacks and heart failure. It increases the protection against heat shocks in proliferating cells and cardiomyocytes. Pharmacological treatment shows promise in improving heart function via glutamine metabolism regulation and findings in this area could help develop potential therapies for cardiovascular diseases.

==Ana Maučec - Vloga deiodinaz pri homeostazi tiroidnih hormonov ==
Tiroidni hormoni imajo zelo številne in raznolike učinke na večino celic v človeškem telesu, med drugim so pomembni za uravnavanje energijskega metabolizma, rasti in diferenciacije. Za optimalne koncentracije tiroidnih hormonov v krvi skrbita dva glavna sistema : HPT-os, ki je regulirana z negativno povratno zanko in encimi deiodinaze. Joditironin deionidaze so encimi, ki uravnavajo tako serumske kot tudi znotrajcelične količine aktivnega hormona trijodotironina z regioselektivno dejodizacijo T4. Znane so tri različne jodotironin deiodinaze; to so DIO1, DIO2 in DIO3. Vsem je skupno, da imajo v katalitičnem mestu pomembno in v proteinih redko zastopano aminokislino selenocistein, a so njihovo delovanje, katalične sposobnosti in zastopanost v tkivih različni. Izražanje teh encimov v tkivu je odvisno od vrste tkiva in trenutnih potreb organizma. Intracelularno lahko z deiodinazami pride do t. i. aktivacijske oz. deaktivacijske poti. Pri aktivacijski poti pride do odstranitve joda iz zunanjega, fenolnega obroča in tako iz T4 nastane biološko aktiven T3 ali iz T3 nastane 3, 5- T2 . Pri deaktivacijski poti pa encimi odstranijo atom joda iz notranjega obroča; iz T4 nastane rT3 (3,3′, 5′-trijodotironin, neaktivna oblika hormona) in iz T3 nastaneta 3, 3′- T2 in 3′,5′- T2. To celici omogoča, da natančno regulira izražanje specifičnih genov, ki pripeljejo do želenega fiziološkega učinka.

==Maj Priveršek - Sinteza in transport dopamina v presinaptičnem nevronu ==
Dopamin je eden izmed pomembnejših nevrotransmitorjev. Nepravilnemu delovanju sistemov za uravnavanje dopamina se pripisujejo mnoga bolezenska stanja, kot so Parkinsonova bolezen, shizofrenija, motnja aktivnosti in pozornosti (ADHD) in tudi depresija. Dopamin se sintetizira iz esencialne aminokisline fenilalanina v treh oz. iz tirozina v dveh korakih. Koncentracijo dopamina v sinaptični špranji uravnavata transmembranski transporter dopamina (DAT) in vezikularni monoaminski transporter 2 (VMAT2). DAT predstavlja primarni mehanizem za odstranjevanje zunajceličnega dopamina, njegova kinetika pa je odgovorna za časovno in prostorsko dinamiko dopamina na postsinaptičnem nevronu. VMAT je protein iz družine SLC18 transporterjev in je zadolžen s pakiranjem dopamina (in v splošnem monoaminov) v sekretorne vezikle. Za pravilno kompartmentalizacijo in časovno regulacijo nivojev dopamina skrbita tako DAT kot VMAT2, ki pravzaprav delujeta drug drugemu nasprotujoče. Na izražanje in delovanje DAT in VMAT2 vplivajo tudi nekatere droge kot so kokain in nekateri fenetilamini (D-amfetamin, MDMA in metamfetamin). Uravnavanje dopamina je še posebej pomembno, saj dopamin izkazuje mnoge nevrotoksične lastnosti. Citosolni dopamin lahko toksičnost povzroča na dva načina: z deaminacijo s pomočjo mitohondrijske monoamin oksidaze ali preko avtooksidacije, pri čemer se tvorijo mnoge reaktivne kisikove zvrsti.

==Špela Sotlar - Funkcija in regulacija leptina ==
Leptin je hormon, sintetiziran iz 146 aminokislin. Njegova sinteza poteka v adipocitih, po sistemu pa se prenaša po krvi. Primarno vpliva na oreksigene in anoreksigene nevrone v centralnem živčnem sistemu. Oreksigeni nevroni nam spodbudijo potrebo po hrani in zmanjšajo porabo energije, anoreksigeni pa obratno. Leptinski receptorji (LepR) spadajo v družino heličnih citokinskih receptorjev. Ločimo šest izoform (LepRa, LepRb, LepRc, LepRd, LepRe, LepRf). Vse izoforme imajo enako zunajcelično in transmembransko domeno (razen LepRe), toda le LepRb ima dolgo citosolno domeno, ki lahko sproži transkripcijo genov. LepRe ima le zunajmembransko domeno in deluje kot topni receptor. Signalizacija LepRb poteka po JAK2/STAT3 poti. Mutacije na leptinskem receptorju so redke, njihova posledica pa je prenajedanje, prekomerna telesna teža in hipogonadizem. Mutacije na leptinu vodijo do podobnih zdravstvenih obolenj, vendar se mišim ob zdravljenju z injekcijo leptina zdravstveno stanje izboljša. Poleg vpliva, ki ga ima leptin na apetit in energetsko homeostazo, velja povedati, da leptin lahko vpliva tudi na druge sisteme v telesu. Tako so miši, ki imajo okvarjen gen za leptin neplodne, kar kaže na vpliv leptina v reprodukcijskem sistemu. Zaradi prisotnosti leptinskih receptorjev na celicah imunskega sistema lahko leptin vpliva tudi na naše zdravje. Kljub temu je o leptinu in njegovi vlogi v organizmu še veliko nepojasnjenega.

==Pia Trošt - Metabolizem vitamina D in njegova funkcija pri rakavih obolenjih ==
Vitamin D je skupina v maščobi topnih sekosteroidnih prohormonov in obstaja v dveh glavnih izooblikah: vitamin D2 (ergokalciferol) in vitamin D3 (holekalciferol). Vitamin D lahko pridobimo iz prehrane živalskega ali rastlinskega izvora ter iz sinteze v koži. Ne glede na vir, pa se vitamin D najprej prenese v jetra, kjer se prične pretvorba ergokalciferola in holekalciferola (neaktivni obliki) v kalcitriol, ki je aktivna oblika vitamina D. Kalcitriol lahko v tarčnih celicah inducira genomsko ali negenomsko regulacijo, ki vodita do celične proliferacije in diferenciacije, transporta kalcija in nekaterih imunskih odzivov. Mehanizem aktivacije vitamina D lahko poteka po dveh poteh: klasični in alternativni. Klasična pot se začne v jetrih s pretvorbo vitamina D v kalcidiol, nato pa sledi pretvorba v kalcitriol v ledvicah. Pri alternativni poti pa dobimo iz vitamina D veliko število metabolitov, ki opravljajo podobno vlogo kot kalcitriol. Raziskave kažejo, da ima vitamin D protitumorne učinke, ki se kažejo kot antiproliferacija, indukcija apoptoze, stimulacija diferenciacije, protivnetni učinki in inhibicija metastaze. Mnogi metaboliti, ki nastanejo po alternativni poti presnove vitamina D imajo protirakavo delovanje, primerljivo z delovanjem kalcitriola, z manjšim kalcemičnim učinkom. Torej, bi lahko z nadaljnimi raziskavami aktivacija signalizacije vitamina D postala obetavna strategija za preprečevanje in zdravljenje številnih vrst raka.

BIO2 Seminar 2021

2022-01-07T19:27:42Z

Pia Trošt: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''priimek, ime'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Valte, David||12||Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Kolar, Alliana||12||Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Glavnik, Hana||12||S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Štefan, Urša||12||Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Špehar, Pia||12||Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Urh, Tina||12|| Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti kot tarča zdravljenja ||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Rotar, Andraž||12||Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Starc, Gaja||12||Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Resnik, Katja||12||Signalna omrežja, ki povzročajo raka||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Bohte, Janja||14-15||Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Miklošič, Maja||14-15||ni opravila||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kovačić, Marko||14-15||Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kolbl, Karidia||14-15||Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kos Thaler, Nuša||14-15||Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Ažbe, Klara||16||Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Jerič, Sara||16||Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na metiliranje histonov in DNA ter posledično na proces staranja||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Mencin, Pia||16||Akonitaza in njena vloga v celici||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Weingerl, Zarja||16||Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Kartal, Ena||16||Metabolizem lipojske kisline in mitohondrijska redoks regulacija||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Struna, Gašper||17||Oksidacija maščobnih kislin v peroksisomih||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Zevnik, Urša||17||Genetske napake mitohondrijske oksidacije maščobnih kislin in karnitinskega transporta||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Peternel, Neža||17||Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin s prehrano in telesno vadbo||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Vidmar, Nik||17||Presnova, učinki ter bolezenska stanja kot posledica povišanih koncentracij ketonskih telesc||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Trebušak, Jan||18||Vloga karbamoil fosfat sintetaze||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kores, Lana||18||Urinska bolezen javorjevega sirupa (MSUD)||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Razdevšek, Miha||18||Motnje razgradnje glicina in njihove posledice||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Javeršek, Tina||18||Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kočman, Klara||18||Bowman-Birkov inhibitor||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Jošt, Lev||19||Tvorba ROS in njihov prispevek k signalizaciji in razumevanju bolezni||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Razboršek, Klara||19||Regulacija apoptoze v zdravju in bolezni: uravnoteženo delovanje BCL-2 proteinov ||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Rapuš, Špela||19||Zlivanje in cepitve mitohondrijev||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Mencigar, Maša||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Ivošević, Vanja*gg||19||Kompleksnost biosinteze ubikinona||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Kogovšek, Jan||20||Karbonska anhidraza in molekularna evolucija C4 fotosinteze||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||17/12/21||20/12/21||22/12/21
|-
| Brdnik, Nuša||20||Vloga šaperonov v biogenezi encima Rubisco||Kores, Lana||Jerič, Sara||17/12/21||20/12/21||22/12/21
|-
| Premrl, Petja||20||Encimi Calvinovega cikla ter GAPDH/CP12/PRK kompleks||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||17/12/21||20/12/21||22/12/21
|-
| Kavčič, Ema||20||Sinteza celične stene: vir ogljika in regulacija||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||17/12/21||20/12/21||22/12/21
|-
| Zajec, Tina||20||Avtotrofna asimilacija ogljika pri mikroorganizmih||Kočman, Klara||Kartal, Ena||17/12/21||20/12/21||22/12/21
|-
| Žnidar, Žan||21||Signalizacija bioaktivnih (sfingo)lipidov||Jošt, Lev||Struna, Gašper||17/12/21||20/12/21||22/12/21
|-
| Rus, Metka||21||Vpliv hormonov ščitnice na biosintezo lipidov v jetrih||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||31/12/21||03/01/22||05/01/22
|-
| Loborec, Mark||21||Cirkadiana regulacija lipidnega metabolizma||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||31/12/21||03/01/22||05/01/22
|-
| Kastelic, Ana||21||Prolaktin in diferenciacija mlečnih žlez med nosečnostjo in dojenjem||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||31/12/21||03/01/22||05/01/22
|-
| Možina, Gašper||21||Učinki alkohola na jetrni metabolizem lipidov||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||31/12/21||03/01/22||05/01/22
|-
| Sotlar, Pia||22||Metabolizem purinov in purinergična signalizacija||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||31/12/21||03/01/22||05/01/22
|-
| Mitkov, Kostadin||22||Heme biosynthesis and congenital erythropoietic porphyria||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||03/01/22||06/01/22||11/01/22
|-
| Vukšinić, Ivana||22||Vloga bilirubina kot signalne molekule||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||04/01/22||07/01/22||11/01/22
|-
| Kovač, Ela||22||Aminokislinska regulacija skeletnih mišic||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||05/01/22||08/01/22||11/01/22
|-
| Vujović, Nataša||22||Glutamine metabolism and its role in cardiomyocytes||Zajec, Tina||Kočman, Klara||06/01/22||09/01/22||11/01/22
|-
| Sotlar, Špela||23||Funkcija in regulacija leptina||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||07/01/22||10/01/22||12/01/22
|-
| Trošt, Pia||23||Metabolizem vitamina D in njegova funkcija pri rakavih obolenjih||Rus, Metka||Razboršek, Klara||07/01/22||10/01/22||12/01/22
|-
| Maučec, Ana||23||Vloga deiodinaz pri homeostazi tiroidnih hormonov||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||07/01/22||10/01/22||12/01/22
|-
| Priveršek, Maj||23||Sinteza in transport dopamina v presinaptičnem nevronu||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||07/01/22||10/01/22||12/01/22
|-
| Spruk, Teja||23||Maščobno tkivo in adipociti v patogenezi metaboličnega sindroma||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||07/01/22||10/01/22||12/01/22
|-
| Deutsch, Maja||23||Mehanizem delovanja tiroidnih hormonov||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||07/01/22||10/01/22||12/01/22
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK 2022 Povzetki seminarjev

2021-03-04T16:52:27Z

Pia Trošt:

=== Ime in priimek: Naslov seminarja ===

Sed ut perspiciatis unde omnis iste natus error sit voluptatem accusantium doloremque laudantium, totam rem aperiam, eaque ipsa quae ab illo inventore veritatis et quasi architecto beatae vitae dicta sunt explicabo. Nemo enim ipsam voluptatem quia voluptas sit aspernatur aut odit aut fugit, sed quia consequuntur magni dolores eos qui ratione voluptatem sequi nesciunt. Neque porro quisquam est, qui dolorem ipsum quia dolor sit amet, consectetur, adipisci velit, sed quia non numquam eius modi tempora incidunt ut labore et dolore magnam aliquam quaerat voluptatem. Ut enim ad minima veniam, quis nostrum exercitationem ullam corporis suscipit laboriosam, nisi ut aliquid ex ea commodi consequatur? Quis autem vel eum iure reprehenderit qui in ea voluptate velit esse quam nihil molestiae consequatur, vel illum qui dolorem eum fugiat quo voluptas nulla pariatur?

=== Živa Urh: Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ===

V stresnih razmerah celice preklopijo iz običajnega v bolj omejen način delovanja, da se zaščitijo pred poškodbami. Pri tem si pomagajo na različne načine. Eden od načinov je varnostni program imenovan toplotni šok, ki je povezan s hitro regulacijo genske aktivnosti (zmanjšanjem transkripcije) v stresnih situacijah. Stres povzroči nastanek jedrnih kondenzatov NELF, ki nastanejo, ko NELF tvori kapljice. NELF ali negativni podaljševalni dejavnik, je proteinski kompleks iz več podenot, ki se ob jedrnem signalu oblikuje v kondenzate oz. kapljice. Vezava kompleksa NELF na promotorje vzdrževalnih genov je tista, ki povzroči slabšo mobilnost RNA polimeraze II in posledično slabše prepisovanje genov ter tako zmanjša proizvodnjo proteinov, ki niso nujni v stresnih razmerah. Mehanizem nastanka jedrnih kondenzatov je povezan z defosforilacijo NELF in nadaljnjo SUMOilacijo. Ta dva procesa spadata pod posebne post-translacijske modifikacije (PTM), ki so bistvene za kondenzacijo NELF. Pomembno vlogo pri formaciji kondenzatov NELF imajo tudi neurejene regije (IDR), ki jih najdemo pri posameznih podenotah tega proteinskega kompleksa. IDR so deli proteinov brez fiksne strukture in delujejo kot lovke. Povezave med lovkami podenot A in E med so bistvenega pomena za tvorbo kapljic oz. kondenzatov. Celice, ki zaradi pomanjkanja lovk pri podenotah ne tvorijo kondenzatov NELF tudi ne zmanjšajo transkripcije. Posledično take celice normalno prepisujejo gene in so tako bolj dovzetne za celično smrt.

=== Tinkara Butara: Kako rastline zaznajo napad herbivorov ===

Rastline niso nemočni opazovalci dogajanja okoli njih, ampak se na okoliške dražljaje tudi odzivajo. Skozi evolucijo so razvile posebne obrambne mehanizme, ki se sprožijo kot odgovor na elicitorje. Elicitorji so kemijske zvrsti, ki jih lahko izločajo herbivori ali pa rastline same. Te kemijske zvrsti se vežejo na proteinske receptorje na celični membrani in tako sprožijo odziv, na primer na objedanje. Sporočilo o nevarnosti se nato širi do lokalno poškodovanih delov rastline in sistemsko opozarja celotno rastlino na poškodbo. Rastlini lastni elicitorji so najpreprostejši tip, med katerimi je najbolj univerzalen zunajcelični ATP. Primerni elicitorji herbivorov so prebavni encimi v njihovi slini ter konjugati maščobnih kislin in aminokislin. Odziv rastline na napad herbivora pa je lahko povezan tudi s simbiotskimi organizmi herbivora. Ti lahko izločajo snovi s katerimi omogočijo lažji razvoj insekta ali pa s tem pomagajo rastlini. Pomemben sprožilec rastlinskega odziva na herbivore so tudi fizični dražljaji, ki jih ti povzročajo. Pri tem se sproščajo hlapne snovi, ki lahko služijo privabljanju naravnih sovražnikov herbivora ali pa širijo sporočilo o nevarnosti do drugih rastlin. Kot odziv na elicitorje se v večini primerov tvorita rastlinska hormona jasmonska in salicilna kislina, ki sta del obrambnih mehanizmov rastlin. Karakterizacija rastlinskih elicitorjev nam ponuja orodje za razvoj agrokemikalij, ki bodo odganjale herbivore in hkrati ščitile rastline.

=== Pia Špehar: Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku ===

Leta 1986 je celični biokemik Kazumitsu Ueda odkril, da ima protein ABCB1 zmožnost, da iz rakavih celic transportira mnoge kemoterapevtike in tako telesu omogoči odpornost na kemoterapijo. ABCB1 spada med ABC-prenašalce, in sicer je eden izmed tistih prenašalcev, ki iz celic izločajo toksične hidrofobne komponente. Najdemo ga v membranah celic v jetrih, možganih, testisih in placenti. Skoraj 30 let po odkritju funkcije proteina, je Ueda s svojo ekipo lahko določil še mehanizem njegovega delovanja, in sicer z izvedbo več raziskav. Sprva so protein kristalizirali v stanju pred in po transportu substrata ter primerjali stanji med seboj, izvedli pa so tudi analizo s FRET tehniko. Ugotovili so, da substrat vstopi v osrednjo votlino skozi del proteina v notranjosti celice. Nato se veže na vrh osrednje votline proteina, kjer se nahaja hidrofobno aromatsko omrežje, ki ima pomembno vlogo pri prepoznavanju substratov. Vezava substrata na to omrežje sproži konformacijsko spremembo proteina. Za spremembo je potrebna tudi energija, ki jo priskrbi molekula ATP. Vezava ATP-ja sproži tudi nastanek omrežja, ki povzroči, da se protein začne zvijati in obračati, skrči se tudi osrednja votlina proteina. Ko se osrednja votlina skrči, se substrat izloči v zunajcelični prostor. Pri celotnem procesu je pomembna tudi hidroliza ATP, ki služi temu, da se protein vrne nazaj v prvotno stanje.

=== Pia Trošt: Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature ===

Zaradi naraščajočega vpliva antropogenih dejavnikov koralni grebeni hitro propadajo in korale se morajo prilagoditi vse bolj stresnemu okolju. Acropora tenuis je ena glavnih vrst koral ob obali Okinave na Japonskem in se pojavlja v treh barvnih različicah (N, G in P), med katerimi je bila opažena različna stopnja beljenja pri povišani temperaturi. Korale živijo v sožitju z algami iz družine Symbiodiniaceae. Pri različicah N in P je bila zaznana zmanjšana fotosintetska aktivnost simbiontov, medtem ko je različica G ohranila aktivnost tudi pri povišani temperaturi. Raziskava je pokazala, da vse barvne različice gostijo isti klad simbiontov, torej različne temperaturne odpornosti ni mogoče pripisati razliki v Symbiodiniaceae. Ker je bil genom A. tenuis dekodiran, je bilo mogoče identificirati gene za fluorescenčne proteine (GFP, CFP, RFP in ChrP). Poletna raziskava profilov izražanja posameznih proteinov je pokazala, da je bilo izražanje CFP in RFP pri vseh različicah nizko, različica P je pokazala višje izražanje ChrP, različica G pa višje izražanje GFP, ki se je ohranilo tudi pri višji temperaturi. Rezultati kažejo, da imajo vse različice enak nabor genov za fluorescenco, torej so barvne različice vzrok različnega izražanja genov FP, ki povečajo odpornost koral proti beljenju.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-02-25T12:29:15Z

Pia Trošt: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||||||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||||||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||Gen za dolgoživost ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||||||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||||||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Ela Kovač||||||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||||||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||||||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||||||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||||||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||||||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||||||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||||||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||||||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||||||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||||||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216115118.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||||||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in povrnitev vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||||||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||||||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||||||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||||||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš
|-
| Katja Resnik||||||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||||||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||||||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||||||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||||||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||||||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Sara Borišek||||||21.05.||24.05.||27.05.||Pavletič Primož Šenica||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-02-24T20:00:17Z

Pia Trošt: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||||||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvita povezava najdena v sposobnosti korale preživeti višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||||||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||Gen za dolgoživost ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||||||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||||||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Ela Kovač||||||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||||||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||||||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||||||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||||||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||||||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||||||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||||||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||||||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||||||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||||||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216115118.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||||||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in povrnitev vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||||||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||||||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||||||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||||||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš
|-
| Katja Resnik||||||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||||||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||||||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||||||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||||||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||||||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Sara Borišek||||||21.05.||24.05.||27.05.||Pavletič Primož Šenica||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.