https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Pia.spehar 2026-05-03T20:13:05Z User contributions MediaWiki 1.45.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tarakate&diff=24915 2025-05-12T19:03:34Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>=='''Uvod in teoretično ozadje'''==<br /> <br /> Kavčuk je elastičen naravni polimer, ki se pridobiva iz lateksa drevesa kavčukovca (''Hevea brasiliensis''). Njegova glavna komponenta je poli(cis-1,4-izopren), ki kavčuku daje značilne lastnosti, kot so elastičnost, odpornost na vodo in razteznost. Zaradi teh lastnosti je kavčuk široko uporabljen v industriji, na primer za izdelavo avtomobilskih gum, zaščitnih rokavic, medicinske opreme in številnih drugih izdelkov.<br /> <br /> Svetovna letna poraba kavčuka znaša približno 30 milijonov ton. Vendar pa obsežna pridelava kavčuka povzroča velike okoljske težave – zlasti zaradi krčenja tropskih gozdov, saj plantaže kavčukovca izpodrivajo naravne ekosisteme. To ustvarja potrebo po iskanju trajnostnih alternativnih virov naravnega kavčuka.<br /> <br /> Čeprav več kot 2500 rastlinskih vrst proizvaja naravni kavčuk, jih le malo omogoča komercialno proizvodnjo v zadostnih količinah. Ena najbolj obetavnih je posebna vrsta regrata – ''Taraxacum kok-saghyz'' (TKS), znana kot ruski regrat.<br /> <br /> Za razliko od kavčukovca, ki potrebuje več let do prvega pridelka, regrat raste hitro, omogoča večkratno letno žetev, uspeva v zmernem podnebju in tolerira neugodne rastne razmere, kot so sušna ali zbita tla. Čeprav regratov kavčuk verjetno ne bo popolnoma nadomestil tradicionalnega vira, vseeno predstavlja obetavno, trajnostno dopolnilo k svetovni oskrbi s kavčukom.<br /> <br /> =='''Cilji projekta Tarakate'''==<br /> Glavni cilj projekta iGEM ekipe iz Marburga je bil razvoj sintezno-bioloških orodij oziroma delov, ki bi omogočali natančen nadzor izražanja genov v regratu TKS. Ker takšnih orodij doslej skorajda ni bilo, so se odločili razviti lastno zbirko, ki vključuje endogene regulatorne elemente. Svoj projekt so okrepili še z oblikovanjem priročnika - '''&quot;Dandelion Handbook&quot;''', ki vključuje vse protokole, metode in znanje o biologiji regrata in genskem inženiringu. Njihov cilj je bil omogočiti drugim iGEM ekipam enostavno delo z regratom kot novim rastlinskim modelom (šasijo).<br /> <br /> =='''Identifikacija in izbor regulatornih regij'''==<br /> Delo so začeli z bioinformatsko analizo genoma regrata. Kot referenčni genom so uporabili javno dostopen genom regrata TKS, in sicer so analizirali transkriptom in za vsak gen določili povprečno raven izražanja in varianco izražanja med tkivi. Hoteli so namreč le tiste gene, za katere je povprečna raven izražanja v zgornjem 95.percentilu in katerih varianca je bila nižja od 30%. Tako so dobili več kot 750 genov, ki so jih analizirali naprej.<br /> <br /> S pomočjo funkcijske genomike in analize izražanja genov so na koncu izbrali 20 takšnih, ki se konstitutivno izražajo in so povezani z osnovnimi funkcijami celice.<br /> <br /> V naslednjem koraku so za vsak gen so sintetizirali ali pomnožili izbrane regulatorne regije. Uporabili so pomnoževanje z reakcijo PCR, s katero so pomnožili približno 2 kb dolg fragment, ki je vseboval zgornjo (''angl.'' upstream) regulatorno regijo. Ta je vsebovala ključne promotorje, 5‘UTR regije in cis-regulatorne elemente. <br /> <br /> Za 3'UTR regije in terminatorje pa so uporabili zaporedja iz referenčnega genoma in jih podaljšali za 150 bp, da so zajeli vse pomembne regulatorne regije.<br /> <br /> Vse produkte PCR in sintetizirane fragmente so nato sestavili z uporabo modularnega kloniranja (''angl.'' Modular Cloning - MoClo), pri čemer so upoštevali Phytobrick standard. Kot rezultat so dobili knjižnico 37 endogenih regulatornih delov specifičnih za regrat TKS. <br />  <br /> =='''Metode transformacije regrata'''==<br /> Karakterizacija sintezno-bioloških delov je ključen korak v sintezni biologiji, saj določa, kako se deli obnašajo znotraj organizma. Da bi lahko (na hitro) okarakterizirali novo-ustvarjene dele, so morali razviti sistem, ki bi jim to omogočal. Za ne-modelne rastline, kot je regrat, protokoli za prehodno izražanje niso precej optimizirani. Glavni poudarek ekipe je bil zato na razvoju hitrih, prehodnih metod, s katerimi bi lahko okarakterizirali ustvarjene dele. Za namene transformacije regrata so optimizirali so dve prehodni metodi, in sicer infiltracijo listov in transformacijo protoplastov.<br /> <br /> Poleg dveh prehodnih metod so optimizirali še protokole dveh stabilnih metod transformacije, in sicer protokol sterilne transformacije in metode CDB (''angl.'' Cut-Dip-Budding). Gre za enostavno metodo za transformacijo rastlinskih celic, kjer odrezane dele rastline potopijo v raztopino z ''A. tumefaciens''. Za regrat so razvili &quot;izjemno poenostavljeno metodo CDB&quot;, ki omogoča regeneracijo stabilno transformiranih poganjkov že v 14 dneh, brez sterilnih pogojev ali tkivne kulture.<br /> <br /> <br /> <br /> =='''Testni sistemi'''==<br /> ===Testni sistem RUBY===<br /> Da bi preverili učinkovitost transformacije rastlin so zasnovali testni konstrukt RUBY (''angl.'' Tarakate test construct RUBY). Ta vsebuje reporterski sistem RUBY, ki omogoča enostavno vizualizacijo izražanja genov preko sinteze rdečega pigmenta betalaina. Sistem namreč zapisuje za tri encime, ki pretvarjajo aminokislino tirozin v betalain – rdeč pigment. Ker pa regrat naravno proizvaja tudi druge rdeče pigmente, so za natančno potrditev izražanja betalain ekstrahirali in izmerili njegovo absorpcijo pri 535 nm. <br /> <br /> Konstrukt so najprej testirali v modelni rastlini, in sicer tobaku (''N. benthamiana'') z metodo infiltracije spodnje strani listov z ''A. rhizogenes''. Po inkubaciji so iz listov ekstrahirali betalaine in posneli absorpcijski spekter, na katerem so opazili značilne absorpcijske vrhove za betalain, kar je potrdilo uspešno izražanje. Ker so dobili pričakovane rezultate – to je rdečo obarvanje listov, so sistem preizkusili še v regratu, tako da so uporabili prej omenjen prilagojen protokol infiltracije listov.<br /> <br /> ===Testni sistem GFP===<br /> Da bi preverili učinkovitost transformacije protoplastov so razvili nov testni sistem, saj testni sistem RUBY za to metodo transformacije ni bil primeren. Pripravili so nov testni konstrukt z avGFP reporterjem (BBa_K5088675), ki je omogočil zaznavo izražanja preko merjenja intenzitete fluorescence. <br /> <br /> Delovanje konstrukta so preizkusili s transformacijo protoplastov tobaka in regrata. Intenziteta fluorescence je bila kljub optimizaciji protokola nizka, zato so avGFP zamenjali z močnejšim eGFP (''angl.'' enhanced GFP).<br /> <br /> ===Ratiometrični pristop===<br /> Pri uporabi metod, kot sta infiltracija listov in transformacija protoplastov, je učinkovitost transformacije precej variabilna. To je predstavljalo problem, ko so hoteli izvesti kvantitativne meritve za posamezen regulatorni element oziroma primerjati elemente med sabo. Da bi rešili to težavo, so razvili ratiometrični konstrukt (BBa_K5088677), ki omogoča sočasno merjenje aktivnosti dveh reporterskih genov. <br /> <br /> Konstrukt je izgledal tako, da so v testni konstrukt z eGFP dodali še zapis za reporter mCherry pod nadzorom ubikvitinskega promotorja iz ''A. thaliane'', ki omogoča konstitutivno izražanje reporterja. Signal mCherry v tem sistemu predstavlja referenco za normalizacijo. Razmerje fluorescence eGFP in mCherry je dalo informacijo o relativni aktivnosti testiranega elementa in jim omogočilo zanesljivo primerjavo aktivnosti različnih promotorjev in UTR regij. <br /> <br /> Ratiometrični konstrukt so najprej testirali s prehodno transformacijo tobaka. Ko so delovanje sistema uspešno potrdili v tobaku, so nadaljevali z delom v regratu (TKS). Nadaljevali so s testiranjem 35 različnih regulatornih elementov. Pri večini delih z 3‘UTR zaporedji so zaznali signal obeh reporterskih proteinov, pri delih, ki so vsebovali promotor in 5‘UTR pa so signal za GFP zaznali samo v enem primeru. Da bi odkrili, ali je problem v testnem sistemu ali samih regulatornih regijah, so iste regulatorne elemente testirali še z infiltracijo tobačnih listov. Dobili so pozitivne rezultate (rdeča in zelena fluorescenca) in s tem dokazali, da je potrebna nadaljnja optimizacija testnega sistema za regrat.<br /> <br /> =='''Plazmid pViRi'''==<br /> Eden izmed ciljev ekipe je bil razviti sistem za transformacijo regrata brez uporabe ''A. rhizogenes/tumefaciens''. Zamislili so si virulenčni plazmid, ki bi bil neodvisen od bakterijskega gostitelja in bi vseboval le bistvene gene, ki so potrebni za transformacijo. Vseboval bi še regijo T-DNA z geni, ki so potrebni za nastanek t.i. 'hairy root' pojava, ki je značilen za okužbo z ''A. rhizogenes''. <br /> <br /> Ekipa se je lotila zasnove plazmida, ki so ga poimenovali pViRi. Ključni poudarki pri zasnovi pViRi so bili:<br /> *visoka učinkovitost transformacije,<br /> *enostavna indukcija vir genov,<br /> *neodvisnost od bakterijskega kromosoma in<br /> *vsebnost genov, ki so potrebni za pojav hairy root fenotipa<br /> <br /> V sklopu projekta so uspešno sklonirali vse potrebne dele za sestavo plazmida, vendar jim zaradi časovne omejitve ni uspelo sestaviti končnega plazmida.<br /> <br /> =='''Zaključek'''==<br /> Projekt iGEM Marburg 2024 je pomembno prispeval k razvoju orodij za sintezno biologijo rastlin, zlasti regrata kot alternativnega vira naravnega kavčuka. Razvili so zbirko endogenih regulatornih elementov za regrat, optimizirali prehodne in stabilne metode transformacije, razvili vizualne in kvantitativne reporterske sisteme za izražanje genov v regratu in postavili osnovo za bakterijsko neodvisen transformacijski sistem. Čeprav niso uspeli dokončati vseh ciljev, so postavili pomembne temelje za prihodnje raziskave in omogočili drugim skupinam nadaljnje delo s TKS kot rastlinskim modelom v sintezni biologiji.<br /> <br /> =='''Viri in literatura'''==<br /> [1] Tarakate - From Rainforest Deforestation to Sustainable Rubber: Using Plant SynBio to Facilitate Dandelion Engineering https://2024.igem.wiki/marburg/#</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tarakate&diff=24905 2025-05-12T01:28:56Z

<p>Pia.spehar: Created page with &quot;==&#039;&#039;&#039;Uvod in teoretično ozadje&#039;&#039;&#039;== Kavčuk je elastičen naravni polimer, ki se pridobiva iz lateksa drevesa kavčukovca (&#039;&#039;Hevea brasiliensis&#039;&#039;). Njegova glavna komponenta je poli(cis-1,4-izopren), ki kavčuku daje značilne lastnosti, kot so elastičnost, odpornost na vodo in razteznost. Zaradi teh lastnosti je kavčuk široko uporabljen v industriji, na primer za izdelavo avtomobilskih gum, zaščitnih rokavic, medicinske opreme in številnih drugih izdelkov. Svet...&quot;</p> <hr /> <div>=='''Uvod in teoretično ozadje'''==<br /> <br /> Kavčuk je elastičen naravni polimer, ki se pridobiva iz lateksa drevesa kavčukovca (''Hevea brasiliensis''). Njegova glavna komponenta je poli(cis-1,4-izopren), ki kavčuku daje značilne lastnosti, kot so elastičnost, odpornost na vodo in razteznost. Zaradi teh lastnosti je kavčuk široko uporabljen v industriji, na primer za izdelavo avtomobilskih gum, zaščitnih rokavic, medicinske opreme in številnih drugih izdelkov.<br /> <br /> Svetovna letna poraba kavčuka znaša približno 30 milijonov ton. Vendar pa obsežna pridelava kavčuka povzroča velike okoljske težave – zlasti zaradi krčenja tropskih gozdov, saj plantaže kavčukovca izpodrivajo naravne ekosisteme. To ustvarja potrebo po iskanju trajnostnih alternativnih virov naravnega kavčuka.<br /> <br /> Čeprav več kot 2500 rastlinskih vrst proizvaja naravni kavčuk, jih le malo omogoča komercialno proizvodnjo v zadostnih količinah. Ena najbolj obetavnih je posebna vrsta regrata – ''Taraxacum kok-saghyz'' (TKS), znana kot ruski regrat.<br /> <br /> Za razliko od kavčukovca, ki potrebuje več let do prvega pridelka, regrat raste hitro, omogoča večkratno letno žetev, uspeva v zmernem podnebju in tolerira neugodne rastne razmere, kot so sušna ali zbita tla. Čeprav regratov kavčuk verjetno ne bo popolnoma nadomestil tradicionalnega vira, vseeno predstavlja obetavno, trajnostno dopolnilo k svetovni oskrbi s kavčukom.<br /> <br /> =='''Cilji projekta Tarakate'''==<br /> Glavni cilj projekta iGEM ekipe iz Marburga je bil razvoj sintezno-bioloških orodij oziroma delov, ki bi omogočali natančen nadzor izražanja genov v regratu TKS. Ker takšnih orodij doslej skorajda ni bilo, so se odločili razviti lastno zbirko, ki vključuje endogene regulatorne elemente. Svoj projekt so okrepili še z oblikovanjem priročnika - '''&quot;Dandelion Handbook&quot;''', ki vključuje vse protokole, metode in znanje o biologiji regrata in genskem inženiringu. Njihov cilj je bil omogočiti drugim iGEM ekipam enostavno delo z regratom kot novim rastlinskim modelom (šasijo).<br /> <br /> =='''Identifikacija in izbor regulatornih regij'''==<br /> Delo so začeli z bioinformatsko analizo genoma regrata. Kot referenčni genom so uporabili javno dostopen genom regrata TKS, in sicer so analizirali transkriptom in za vsak gen določili povprečno raven izražanja in varianco izražanja med tkivi. Hoteli so namreč le tiste gene, za katere je povprečna raven izražanja v zgornjem 95.percentilu in katerih varianca je bila nižja od 30%. Tako so dobili več kot 750 genov, ki so jih analizirali naprej.<br /> <br /> S pomočjo funkcijske genomike in analize izražanja genov so na koncu izbrali 20 takšnih, ki se konstitutivno izražajo in so povezani z osnovnimi funkcijami celice.<br /> <br /> V naslednjem koraku so za vsak gen so sintetizirali ali pomnožili izbrane regulatorne regije. Uporabili so pomnoževanje z reakcijo PCR, s katero so pomnožili približno 2 kb dolg fragment, ki je vseboval zgornjo (''angl.'' upstream) regulatorno regijo. Ta je vsebovala ključne promotorje, 5‘UTR regije in cis-regulatorne elemente. <br /> <br /> Za 3'UTR regije in terminatorje pa so uporabili zaporedja iz referenčnega genoma in jih podaljšali za 150 bp, da so zajeli vse pomembne regulatorne regije.<br /> <br /> Vse produkte PCR in sintetizirane fragmente so nato sestavili z uporabo modularnega kloniranja (''angl.'' Modular Cloning - MoClo), pri čemer so upoštevali Phytobrick standard. Kot rezultat so dobili knjižnico 37 endogenih regulatornih delov specifičnih za regrat TKS. <br />  <br /> =='''Metode transformacije regrata'''==<br /> Karakterizacija sintezno-bioloških delov je ključen korak v sintezni biologiji, saj določa, kako se deli obnašajo znotraj organizma. Da bi lahko (na hitro) okarakterizirali novo-ustvarjene dele, so morali razviti sistem, ki bi jim to omogočal. Za ne-modelne rastline, kot je regrat, protokoli za prehodno izražanje niso precej optimizirani. Glavni poudarek ekipe je bil zato na razvoju hitrih, prehodnih metod, s katerimi bi lahko okarakterizirali ustvarjene dele. Za namene transformacije regrata so optimizirali so dve prehodni metodi, in sicer infiltracijo listov in transformacijo protoplastov.<br /> <br /> Poleg dveh prehodnih metod so optimizirali še protokole dveh stabilnih metod transformacije, in sicer protokol sterilne transformacije in metode CDB (''angl.'' Cut-Dip-Budding). Gre za enostavno metodo za transformacijo rastlinskih celic, kjer odrezane dele rastline potopijo v raztopino z ''A. tumefaciens''. Za regrat so razvili &quot;izjemno poenostavljeno metodo CDB&quot;, ki omogoča regeneracijo stabilno transformiranih poganjkov že v 14 dneh, brez sterilnih pogojev ali tkivne kulture.<br /> <br /> <br /> <br /> =='''Testni sistemi'''==<br /> ===Testni sistem RUBY===<br /> Da bi preverili učinkovitost transformacije rastlin so zasnovali testni konstrukt RUBY (''angl.'' Tarakate test construct RUBY). Ta vsebuje reporterski sistem RUBY, ki omogoča enostavno vizualizacijo izražanja genov preko sinteze rdečega pigmenta betalaina. Sistem namreč zapisuje za tri encime, ki pretvarjajo aminokislino tirozin v betalain – rdeč pigment. Ker pa regrat naravno proizvaja tudi druge rdeče pigmente, so za natančno potrditev izražanja betalain ekstrahirali in izmerili njegovo absorpcijo pri 535 nm. <br /> <br /> Konstrukt so najprej testirali v modelni rastlini, in sicer tobaku (''N. benthamiana'') z metodo infiltracije spodnje strani listov z ''A. rhizogenes''. Po inkubaciji so iz listov ekstrahirali betalaine in posneli absorpcijski spekter, na katerem so opazili značilne absorpcijske vrhove za betalain, kar je potrdilo uspešno izražanje. Ker so dobili pričakovane rezultate – to je rdečo obarvanje listov, so sistem preizkusili še v regratu, tako da so uporabili prej omenjen prilagojen protokol infiltracije listov.<br /> <br /> ===Testni sistem GFP===<br /> Sistem RUBY je omogočal hitro vizualno potrditev, a zaradi počasne encimske sinteze betalainov ni bil primeren za natančne kvantitativne analize. Za bolj natančne meritve so zato pripravili nov testni konstrukt z avGFP reporterjem (BBa_K5088675), ki je omogočil hitrejšo zaznavo izražanja s pomočjo merjenja fluorescence. <br /> <br /> Delovanje konstrukta so preizkusili s prehodno transformacijo tobaka in regrata. Intenziteta fluorescence je bila kljub optimizaciji protokola nizka, zato so avGFP zamenjali z močnejšim eGFP (''angl.'' enhanced GFP).<br /> <br /> ===Ratiometrični pristop===<br /> Pri uporabi metod, kot sta infiltracija listov in transformacija protoplastov, je učinkovitost transformacije precej variabilna. To je predstavljalo problem, ko so hoteli izvesti kvantitativne meritve za posamezen regulatorni element oziroma primerjati elemente med sabo. Da bi rešili to težavo, so razvili ratiometrični konstrukt (BBa_K5088677), ki omogoča sočasno merjenje aktivnosti dveh reporterskih genov. <br /> <br /> Konstrukt je izgledal tako, da so v testni konstrukt z eGFP dodali še zapis za reporter mCherry pod nadzorom ubikvitinskega promotorja iz ''A. thaliane'', ki omogoča konstitutivno izražanje reporterja. Signal mCherry v tem sistemu predstavlja referenco za normalizacijo. Razmerje fluorescence eGFP in mCherry je dalo informacijo o relativni aktivnosti testiranega elementa in jim omogočilo zanesljivo primerjavo aktivnosti različnih promotorjev in UTR regij. <br /> <br /> Ratiometrični konstrukt so najprej testirali s prehodno transformacijo tobaka. Ko so delovanje sistema uspešno potrdili v tobaku, so nadaljevali z delom v regratu (TKS). Nadaljevali so s testiranjem 35 različnih regulatornih elementov. Pri večini delih z 3‘UTR zaporedji so zaznali signal obeh reporterskih proteinov, pri delih, ki so vsebovali promotor in 5‘UTR pa so signal za GFP zaznali samo v enem primeru. Da bi odkrili, ali je problem v testnem sistemu ali samih regulatornih regijah, so iste regulatorne elemente testirali še z infiltracijo tobačnih listov. Dobili so pozitivne rezultate (rdeča in zelena fluorescenca) in s tem dokazali, da je potrebna nadaljnja optimizacija testnega sistema za regrat.<br /> <br /> =='''Plazmid pViRi'''==<br /> Eden izmed ciljev ekipe je bil razviti sistem za transformacijo regrata brez uporabe ''A. rhizogenes/tumefaciens''. Zamislili so si virulenčni plazmid, ki bi bil neodvisen od bakterijskega gostitelja in bi vseboval le bistvene gene, ki so potrebni za transformacijo. Vseboval bi še regijo T-DNA z geni, ki so potrebni za nastanek t.i. 'hairy root' pojava, ki je značilen za okužbo z ''A. rhizogenes''. <br /> <br /> Ekipa se je lotila zasnove plazmida, ki so ga poimenovali pViRi. Ključni poudarki pri zasnovi pViRi so bili:<br /> - visoka učinkovitost transformacije,<br /> - enostavna indukcija vir genov,<br /> - neodvisnost od bakterijskega kromosoma in<br /> - vsebnost genov, ki so potrebni za pojav hairy root fenotipa<br /> <br /> V sklopu projekta so uspešno sklonirali vse potrebne dele za sestavo plazmida, vendar jim zaradi časovne omejitve ni uspelo sestaviti končnega plazmida.<br /> <br /> =='''Zaključek'''==<br /> Projekt iGEM Marburg 2024 je pomembno prispeval k razvoju orodij za sintezno biologijo rastlin, zlasti regrata kot alternativnega vira naravnega kavčuka. Razvili so zbirko endogenih regulatornih elementov za regrat, optimizirali prehodne in stabilne metode transformacije, razvili vizualne in kvantitativne reporterske sisteme za izražanje genov v regratu in postavili osnovo za bakterijsko neodvisen transformacijski sistem. Čeprav niso uspeli dokončati vseh ciljev, so postavili pomembne temelje za prihodnje raziskave in omogočili drugim skupinam nadaljnje delo s TKS kot rastlinskim modelom v sintezni biologiji.<br /> <br /> =='''Viri in literatura'''==<br /> https://2024.igem.wiki/marburg/#</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2024/25&diff=24904 2025-05-12T00:31:23Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_umetnih_medvrstnih_promotorjev_z_različnimi_transkripcijskimi_močmi Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi] (Miljan Trajković) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preprečevanje_nastanka_multimerov_pogosto_uporabljenih_plazmidov_v_sintezni_biologiji Preprečevanje nastanka multimerov pogosto uporabljenih plazmidov v sintezni biologiji] (Lev Jošt)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_Nicotiane_benthamiane_za_proizvodnjo_krisoeriola_z_uporabo_tehnik_sintezne_biologije Priprava ''Nicotiane benthamiane'' za proizvodnjo krisoeriola z uporabo tehnik sintezne biologije] (Nika Frelih)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gensko_spremenjeni_receptorji_za_komunikacijo_med_celicami_preko_topnih_signalov_in_zaznavanje_bolezni Gensko spremenjeni receptorji za komunikacijo med celicami preko topnih signalov in zaznavanje bolezni] (Zara Bunc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nadzor_nad_izražanjem_heterolognih_genov_pri_Bdellovibrio_bacteriovorus_z_uporabo_sintezne_biologije Nadzor nad izražanjem heterolognih genov pri Bdellovibrio bacteriovorus z uporabo sintezne biologije] (Živa Flego)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov Uporaba konzorcija kvasovk za de novo biosintezo rastlinskih lignanov] (Urša Lah)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sonogenetsko_nadzorovane_gensko_spremenjene_celice_za_zdravljenje_raka_v_mišjih_tumorskih_modelih Sonogenetsko nadzorovane gensko spremenjene celice za zdravljenje raka v mišjih tumorskih modelih] (Pia Mencin) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Združitev_difuzijskega_modela_in_transformerja_za_sintezo_izboljšanih_promotorjev_ter_napoved_moči_sintetičnih_promotorjev_z_uporabo_globokega_učenja Združitev difuzijskega modela in transformerja za sintezo izboljšanih promotorjev ter napoved moči sintetičnih promotorjev z uporabo globokega učenja] (Tinkara Korošec) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_dvojno_svetlobo_nadzirani_kokulturni_sistem_omogoča_uravnavanje_sestave_populacije Z dvojno svetlobo nadzirani sistem omogoča uravnavanje sestave populacije] (Ula Mikoš)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Načrtovanje_močnih_inducibilnih_sinteznih_promotorjev_v_kvasovkah Načrtovanje močnih inducibilnih sinteznih promotorjev v kvasovkah] (Bor Kunstelj)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolni_inženiring_E._coli_za_izboljšano_produkcijo_diolov_iz_acetata Metabolni inženiring ''E. coli'' za izboljšano produkcijo diolov iz acetata] (Teo Trost)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inkorporacija_fotosintetsko_aktivnih_kloroplastov_iz_alg_v_kultivirane_celice_sesalcev_kot_pot_k_fotosintezi_pri_Živalih Inkorporacija fotosintetsko aktivnih kloroplastov iz alg v kultivirane celice sesalcev kot pot k fotosintezi pri živalih] (Peter Gričar Vintar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Izgradnja_metabolične_poti_za_biosintezo_treonina_iz_etilen_glikola Izgradnja metabolične poti za biosintezo treonina iz etilen glikola] (Tinkara Butara) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Povezava_sintezne_in_sistemske_biologije_za_in_vivo_encimatiko Povezava sintezne in sistemske biologije za ''in vivo'' encimatiko] (Gaja Starc) <br /> <br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETal:_izdelovanje_eteričnega_olja_sandalovine_iz_PET_plastike PETal: izdelovanje eteričnega olja sandalovine iz PET plastike] (Lara Krampač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET_TWINS:_Praktična_uporaba_PETaze_za_učinkovitejše_recikliranje_plastike PET TWINS: Praktična uporaba PETaze za učinkovitejše recikliranje plastike] (Tina Urh)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAU-China:_Nodulska_tovarna_DHA_in_EPA CAU-China: Nodulska tovarna DHA in EPA] (Luka Fink)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/nuCloud:_Nov_oblak_za_shranjevanje_podatkov_na_osnovi_nukleotidov nuCloud: Nov oblak za shranjevanje podatkov na osnovi nukleotidov] (Aleš Poljanšek)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_metoda_diagnosticiranja_multiple_skleroze_-_miRADAR Nova metoda diagnosticiranja multiple skleroze - miRADAR] (Petja Premrl)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biostimulant_za_rast_rastlin_na_Luni_–_BioMoon Biostimulant za rast rastlin na Luni – BioMoon] (Žan Žnidar)<br /> # [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CAPTURE:_Boj_proti_oku%C5%BEbam_s_Pseudomonas_aeruginosa_z_nosilci_protimikrobnih_peptidov&amp;action=edit&amp;redlink=1 Boj proti okužbam s Pseudomonas aeruginosa z nosilci protimikrobnih peptidov - CAPTURE] (Metka Rus)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/REPARO REPARO] (Lina Kopač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Tarakate Tarakate] (Pia Špehar)<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20349 2022-04-24T13:20:36Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>== UVOD ==<br /> <br /> <br /> Transpozicijske elemente najdemo pri mnogih evkariontih, med drugim tudi pri kvasovkah. Slednje uvrščamo v tako imenovano Ty družino retrotranspozonov, ki so strukturno in funkcionalno precej podobni retrovirusom. Takšnih transpozicijskih elementov poznamo pet, in sicer Ty1, Ty2, Ty3, Ty4 in Ty5. Ker kvasovke vsebujejo precejšen delež kodirajočih zaporedij v svojem genomu v primerjavi z deležem intronskih regij, so se morali razviti posebni mehanizmi integracije, omenjenih Ty transpozonov na gensko revnejše predele, s čimer je normalna transkripcija ostalih genov čim manj ogrožena.<br /> <br /> Specifična integracija je tako odvisna od kompleksnih interakcij med transpozoni in gostiteljsko celico, na točno določena mesta, ki so pri večini Ty transpozonov regije z zapisi za gene, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Izstopa le transpozicijski element Ty5, ki se za razliko od ostalih integrira v utišane predele kromatina specifičnih HM paritvenih tipov in telomerne regije. Ker so to zopet gensko revnejši predeli oz. predeli z mnogimi ponovitvami zaporedja, normalno delovanje in opravljanje funkcij organizma zaradi integracije ni ogroženo. Težava bi torej lahko nastopila v primeru Ty1, Ty2, Ty3 in Ty4, saj se vsi preferenčno integrirajo v podobne predele genoma, in sicer v bližino istih genov. Ta problem je rešen tako, da se vsak transpozon veže na svoje specifično mesto, kar vidimo na primeru Ty3. Pri Ty1, Ty2 in Ty4 pa je integracija usklajena s porazdelitvijo več endogenih kopij takšnih genov v genomu.<br /> <br /> Integracija poteka preko transpozonom lastnih integraz, ki specifično interagirajo s povezovalnimi faktorji gostiteljske celice – največkrat so to DNA-vezavni proteini na ustreznih mestih. Zaenkrat smo pri kvasovkah uspeli takšne faktorje natančno identificirati le za Ty1, Ty3 in Ty5. Od načina integracije sta odvisna uspešnost in obseg transkripcije takšnih integriranih regij. Najbolj uspešna integracija naj bi bila pri Ty1 in Ty2, zato sta v celici prisotna v največjem številu. Kljub temu se mora v celici ohranjati relativno nizko število kopij, kar je zagotovljeno z regulacijo procesov aktivacije in zatiranja izražanja. Preveliko število kopij v celici bi negativno vplivalo na normalno delovanje celice in organizma v celoti.<br /> <br /> Integracija pri transpozonu Ty5 poteče ob povezavi tarčne domene njegove integraze s proteinom Sir4 (protein heterokromatina). Ta povezava je pogoj za uspešno integracijo. Pri eksperimentu načrtne prekinitve interakcije se je namreč Ty5 integriral na poljubno mesto v genomu, kar bi lahko povzročilo mutagene spremembe. Prav tako vezava omenjenega transpozona na heterokromatin zavre transkripcijo ostalih de novo integriranih Ty5, s čimer je hkrati regulirano tudi ohranjanje ustreznega števila transpozonov Ty5 v celici.<br /> Ty1 in Ty3 interagirata z različnimi transkripcijskimi faktorji RNA polimeraze III. Takšen je v prvi vrsti TFIIIC, ki prepozna škatlo A, škatlo B in transkripcijski faktor TFIIIB. Slednji se veže na promotorsko mesto – TATA škatlo. Torej za integracijo tako Ty1, kot tudi Ty3 je potreben TFIIIC, nato pa pri obeh transpozonih sledi specifična interakcija še z drugimi enotami transkripcijskega sistema. Pri integraciji Ty1 sledi interakcija z AC40 podenoto RNA polimeraze III, pri Ty3 pa TFIIIC omogoči vzpostavitev povezave med IN3 (integraza transpozona Ty3) in dvema oz. tremi podenotami faktorja TFIIIB. Slednji ostane vezan skozi celotno transkripcijo genov, kar omogoča, da se Ty3 vključi v DNA na katerikoli stopnji transkripcije. Faktor TFIIIB se lahko poveže tudi s RNA polimerazo III. Zaradi omenjene interakcije, lahko polimeraza III vpliva na interakcijo med TFIIIB in IN3 in posledično na integracijo Ty3. Zaradi podobnosti med IN3 in RNA polimerazo III, lahko slednja zavzame vezavno mesto na TFIIIB, kar onemogoči vezavo IN3.<br /> <br /> Ty1 pa za razliko od Ty3 za integracijo potrebuje prisotnost polimeraze III. Podenota polimeraze AC40, s katero interagira Ty1, se nahaja na površini RNA polimeraze III in je blizu dela DNA, ki je navzgor od vezavnega mesta za TFIIIB, torej blizu mesta, kamor se integrira Ty1. Ob zamenjavi AC40 podenote z njenim ortologom – AC40s se je Ty1 namesto na običajno mesto preferenčno integriral v subtelomerne regije genoma, kjer se pri kvasovkah nahajajo geni za odziv na spremembe v okolju. Takšna integracija bi lahko imela vpliv na odziv kvasovk na stresne pogoje. Do podobnih interakcij s podenoto AC40 RNA polimeraze III naj bi prišlo tudi v primeru Ty2 in Ty4, kar kaže na izredno pomembnost AC40 podenote za preživetje kvasovk. <br /> <br /> <br /> <br /> == '''ALI JE AC40 EDINA PODENOTA POLIMERAZE III, KI SODELUJE PRI VKLJUČEVANJU TY1 V DNA KVASOVKE?''' ==<br /> <br /> <br /> Ko so z masno spektrometrijo raziskovali mesta na genomu, na katera se veže integraza Ty1 (IN1), so odkrili, da se veže na tista mesta, ki jih navadno zasedeta polimerazi (Pol I in Pol III). IN1 niso zaznali nikjer drugje na genomu, zato so sklepali, da je za vgrajevanje Ty1 v DNA potrebna samo prisotnost podenote AC40. Do podobnega odkritja so prišli, ko so raziskovali mesta vezave integraze Ty5. Potrdili so, da je vezava encima na podenoto AC40 dovolj, da se transpozon približa molekuli DNA in posledično vanjo vgradi. Kasneje so odkrili, da IN1 ne interagira le z AC40, ampak še s štirimi drugimi podenotami RNA polimeraze III (C25, C31, C34 in C53), s katerimi tvori šibkejšo povezavo. Podenote C31, C34 in C53, ki in vitro interagirajo z IN1 so postavljene tako, da sodelujejo pri specifični integraciji Ty1. Študije navzkrižnega povezovanja DNA-protein in krio-EM strukture so pokazale, da tudi podenota C34 interagira s faktorjem TFIIIB.<br /> Mutanti podenot C31, C34 in C53, ki so občutljivi na temperaturo, zmanjšajo frekvenco integracije Ty1. Te podenote lahko kljub šibki interakciji z IN1 spremenijo konformacijo RNA polimeraze III, s čimer vplivajo na interakcijo AC40-IN1 in druge korake integracije Ty1. Na mutantu C53 so izvedli še dodatne raziskave, in sicer so odkrili, da mutant C53 ∆2-280 povzroči popolno izgubo integracije Ty1 elementov navzgor od endogene tDNA, vseeno pa ni prišlo do preusmeritve integracije na področje subtelomer, kot je to značilno za mutante s prekinjeno interakcijo AC40-IN1.<br /> Do sedaj je bila večina raziskav o vlogi podenot polimeraze pri integraciji izvedena ''in vitro''. Zato še ni točno znano, kako ostale podenote, poleg AC40 vplivajo na integracijo transpozonov ''in vivo''. Za natančno vlogo in mehanizem delovanja podenot C31, C34 in C53 pri integraciji bi bilo zato potrebno izvesti še nadaljnje analize struktur ''in vivo''.<br /> <br /> <br /> '''Predintegracijski kompleks - intasom'''<br /> <br /> Struktura IN/cDNA predintegracijskega kompleksa je bila do zdaj opisana že za več retrovirusov. Kompleks je zgrajen iz štirih integraz (dve zunanji in dve notranji), ki so vezane na eno molekulo cDNA. Te integraze se med seboj razlikujejo po zgradbi in po vlogi v kompleksu. Struktura intasoma Ty1 še ni točno določena, znano pa je, da so na cDNA transpozona Ty1 vezane vsaj 4 integraze, ki tvorijo interakcije z različnimi podenotami RNNA polimeraze III. Povezava med IN1 s podenotama C34 in C53 je najdena le pri RNA polimerazi III, saj sta ti podenoti specifični za to polimerazo. Dokazano je tudi, da je za tvorbo te interakcije potrebna predhodna tvorba vezi IN1-AC40.<br /> <br /> Transport predintegracijskega kompleksa v jedro:<br /> Retroelementi za zaključek svojega cikla replikacije potujejo v in iz jedra. Jedrna ovojnica tako predstavlja fizično oviro, ki jo morajo prečkati, da uspešno zaključijo integracijo. Pri tem imajo ključno vlogo jedrni porni kompleksi, ki kontrolirajo prehajanje snovi. Jedrni lokalizacijski signal, ki sproži vstop predintegracijskega kompleksa v jedro, je bil najden na C-končni regiji Ty1 in Ty3. Jedrni lokalizacijski signal je pri obeh dvodelen in sestavljen iz nenavadno dolgega linkerja (29 aminokislin, običajno jih je 9-12), katerega fleksibilnost igra pomembno vlogo pri delovanju celotnega kompleksa. Ob vezavi importina α pride do konformacijske spremembe, pri čemer se izpostavi tarčna domena TD1. Ta se nahaja na linkerju in igra pomembno vlogo pri integraciji Ty1 v gostiteljsko DNA. Po vstopu predintegracijskega kompleksa v jedro, pride do odcepa importina α in vezave tarčne domene TD1 na domeno AC40, čemur sledi integracija Ty1 v izbrano regijo na gostiteljski DNA.<br /> <br /> <br /> <br /> == '''VLOGA STRUKTURE KROMATINA NA INTEGRACIJO Ty''' ==<br /> <br /> <br /> Ty retrotranspozon daje pri integraciji prednost konfiguracijam kromatina, v katere jih privabijo povezovalni faktorji. Ty5 in Ty3 se prednostno integrirata v heterokromatinske in evkromatinske regije, ki niso del nukleosomov, Ty1 pa se integrira v nukleosome. Ravno ta razlika med Ty3 in Ty1 je razlog, da ne pride do prekrivanja njunih integracijskih regij. Pri obeh se te nahajajo na genih, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Integracija Ty1 navzgor od regij tDNA se ponovi na vsakih 70 bp, kar pomeni, da se v povprečju na en nukleosom integrirata dva Ty1. Primerjava teh mest integracije s položajem DNA v nukleosomu kaže, da se obe mesti nahajata na isti strani nukleosoma, blizu stičišča histonskih regij H2A in H2B. Prednost tega mesta za integracijo Ty1 se najverjetneje skriva v nižji energijski barieri. <br /> <br /> Če podrobneje pregledamo integracijske profile Ty1, Ty3 in Ty5 lahko opazimo, da se ti v celoti ne ujemajo z legami njihovih povezovalnih faktorjev. Npr. nekatere regije, na katere se preferenčno integrira Ty5, se ne pokrivajo z vezavnim mestom za Sir4. Podoben primer je prisotnost AC40 in TFIIIB na večini regij tDNA, vendar je integracija Ty1 in Ty3 na le-te različno učinkovita. Po pregledu učinkovitosti integracije Ty3 na različnih regijah tDNA so opazili, da bi lahko bil eden od odločilnih faktorjev zvitost DNA, zaradi katere pride do motenj pri integraciji. Opazili so tudi, da se integracijsko mesto Ty1 prekriva z regijami prekomerne ekspresije proteina Sir3, visoke stopnje fosforiliranih H2A (γH2A) in nizke stopnje trimetiliranega histona H3 K79. γH2A je prisoten tudi pri tDNA, ki je prednostna tarča Ty1. Mnoge študije namigujejo, da fosforilacija H2A vpliva na sposobnost zmanjšanja stabilnosti nukleosomov tako, da privede do konformacijske spremembe dvojne vijačnice DNA, ki postane bolj dostopna drugim faktorjem. Prisotnost γH2A tako olajša integracijo Ty1. Identificiranih je več genov s funkcijami, ki vplivajo na preoblikovanje kromatina in tako uravnavajo učinkovitost integracije retrotranspozona Ty1. Izmed teh so le pri genu rad6∆ opazili precejšnjo spremembo v frekvenci integracije Ty1, ne da bi pri tem prišlo do spremembe celotnega integracijskega profila. Vendar so na tem področju potrebne še dodatne raziskave.<br /> <br /> Na integracijo Ty1 bi lahko vplivale tudi druge strukturne značilnosti kromatina. Geni, ki jih prepisuje RNA polimeraza III, so bili opisani kot vezavna mesta za kohezin. Ta vpliva na kompaktnost kromatina, sodeluje pri nastajanju kromosomskih zank in združuje sestrske kromatide med fazama G2 in M celičnega cikla. Opaženo je bilo, da prisotnost mutantov kohezina ali Esp1, ki vplivajo na odstranitev kohezinskega kompleksa, negativno vplivajo na pogostost integracije Ty1. To nakazuje na to, da se Ty1 raje integrira med anafazo faze M, ko so kohezini odsotni.<br /> <br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> 1.Bonnet, A., Lesage, P. Light and shadow on the mechanisms of integration site selection in yeast Ty retrotransposon families. Curr Genet 67, 347–357 (2021). https://doi.org/10.1007/s00294-021-01154-7<br /> <br /> 2.Lesage, P., &amp; Todeschini, A. L. (2005). Happy together: the life and times of Ty retrotransposons and their hosts. Cytogenetic and Genome Research, 110(1-4), 70–90. doi:10.1159/000084940<br /> <br /> 3.Sultana, T., Zamborlini, A., Cristofari, G. et al. Integration site selection by retroviruses and transposable elements in eukaryotes. Nat Rev Genet 18, 292–308 (2017). https://doi.org/10.1038/nrg.2017.7<br /> <br /> 4. Cheung, S., Ma, L., Chan, P. H., Hu, H. L., Mayor, T., Chen, H. T., &amp; Measday, V. (2016). Ty1 Integrase Interacts with RNA Polymerase III-specific Subcomplexes to Promote Insertion of Ty1 Elements Upstream of Polymerase (Pol) III-transcribed Genes. The Journal of biological chemistry, 291(12), 6396–6411. https://doi.org/10.1074/jbc.M115.686840</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20295 2022-04-24T10:31:48Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div><br /> == UVOD ==<br /> <br /> <br /> Transpozicijske elemente najdemo pri mnogih evkariontih, med drugim tudi pri kvasovkah. Slednje uvrščamo v tako imenovano Ty družino retrotranspozonov, ki so strukturno in funkcionalno precej podobni retrovirusom. Takšnih transpozicijskih elementov poznamo pet, in sicer Ty1, Ty2, Ty3, Ty4 in Ty5. Ker kvasovke vsebujejo precejšen delež kodirajočih zaporedij v svojem genomu v primerjavi z deležem intronskih regij, so se morali razviti posebni mehanizmi integracije, omenjenih Ty transpozonov na gensko revnejše predele, s čimer je normalna transkripcija ostalih genov čim manj ogrožena.<br /> <br /> Specifična integracija je tako odvisna od kompleksnih interakcij med transpozoni in gostiteljsko celico, na točno določena mesta, ki so pri večini Ty transpozonov regije z zapisi za gene, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Izstopa le transpozicijski element Ty5, ki se za razliko od ostalih integrira v utišane predele kromatina specifičnih HM paritvenih tipov in telomerne regije. Ker so to zopet gensko revnejši predeli oz. predeli z mnogimi ponovitvami zaporedja, normalno delovanje in opravljanje funkcij organizma zaradi integracije ni ogroženo. Težava bi torej lahko nastopila v primeru Ty1, Ty2, Ty3 in Ty4, saj se vsi preferenčno integrirajo v podobne predele genoma, in sicer v bližino istih genov. Ta problem je rešen tako, da se vsak transpozon veže na svoje specifično mesto, kar vidimo na primeru Ty3. Pri Ty1, Ty2 in Ty4 pa je integracija usklajena s porazdelitvijo več endogenih kopij takšnih genov v genomu.<br /> <br /> Integracija poteka preko transpozonom lastnih integraz, ki specifično interagirajo s povezovalnimi faktorji gostiteljske celice – največkrat so to DNA-vezavni proteini na ustreznih mestih. Zaenkrat smo pri kvasovkah uspeli takšne faktorje natančno identificirati le za Ty1, Ty3 in Ty5. Od načina integracije sta odvisna uspešnost in obseg transkripcije takšnih integriranih regij. Najbolj uspešna integracija naj bi bila pri Ty1 in Ty2, zato sta v celici prisotna v največjem številu. Kljub temu se mora v celici ohranjati relativno nizko število kopij, kar je zagotovljeno z regulacijo procesov aktivacije in zatiranja izražanja. Preveliko število kopij v celici bi negativno vplivalo na normalno delovanje celice in organizma v celoti.<br /> <br /> Integracija pri transpozonu Ty5 poteče ob povezavi tarčne domene njegove integraze s proteinom Sir4 (protein heterokromatina). Ta povezava je pogoj za uspešno integracijo. Pri eksperimentu načrtne prekinitve interakcije se je namreč Ty5 integriral na poljubno mesto v genomu, kar bi lahko povzročilo mutagene spremembe. Prav tako vezava omenjenega transpozona na heterokromatin zavre transkripcijo ostalih de novo integriranih Ty5, s čimer je hkrati regulirano tudi ohranjanje ustreznega števila transpozonov Ty5 v celici.<br /> Ty1 in Ty3 interagirata z različnimi transkripcijskimi faktorji RNA polimeraze III. Takšen je v prvi vrsti TFIIIC, ki prepozna škatlo A, škatlo B in transkripcijski faktor TFIIIB. Slednji se veže na promotorsko mesto – TATA škatlo. Torej za integracijo tako Ty1, kot tudi Ty3 je potreben TFIIIC, nato pa pri obeh transpozonih sledi specifična interakcija še z drugimi enotami transkripcijskega sistema. Pri integraciji Ty1 sledi interakcija z AC40 podenoto RNA polimeraze III, pri Ty3 pa TFIIIC omogoči vzpostavitev povezave med IN3 (integraza transpozona Ty3) in dvema oz. tremi podenotami faktorja TFIIIB. Slednji ostane vezan skozi celotno transkripcijo genov, kar omogoča, da se Ty3 vključi v DNA na katerikoli stopnji transkripcije. Faktor TFIIIB se lahko poveže tudi s RNA polimerazo III. Zaradi omenjene interakcije, lahko polimeraza III vpliva na interakcijo med TFIIIB in IN3 in posledično na integracijo Ty3. Zaradi podobnosti med IN3 in RNA polimerazo III, lahko slednja zavzame vezavno mesto na TFIIIB, kar onemogoči vezavo IN3.<br /> <br /> Ty1 pa za razliko od Ty3 za integracijo potrebuje prisotnost polimeraze III. Podenota polimeraze AC40, s katero interagira Ty1, se nahaja na površini RNA polimeraze III in je blizu dela DNA, ki je navzgor od vezavnega mesta za TFIIIB, torej blizu mesta, kamor se integrira Ty1. Ob zamenjavi AC40 podenote z njenim ortologom – AC40s se je Ty1 namesto na običajno mesto preferenčno integriral v subtelomerne regije genoma, kjer se pri kvasovkah nahajajo geni za odziv na spremembe v okolju. Takšna integracija bi lahko imela vpliv na odziv kvasovk na stresne pogoje. Do podobnih interakcij s podenoto AC40 RNA polimeraze III naj bi prišlo tudi v primeru Ty2 in Ty4, kar kaže na izredno pomembnost AC40 podenote za preživetje kvasovk. <br /> <br /> <br /> <br /> == '''ALI JE AC40 EDINA PODENOTA POLIMERAZE III, KI SODELUJE PRI VKLJUČEVANJU TY1 V DNA KVASOVKE?''' ==<br /> <br /> <br /> Ko so z masno spektrometrijo raziskovali mesta na genomu, na katera se veže integraza Ty1 (IN1), so odkrili, da se veže na tista mesta, ki jih navadno zasedeta polimerazi (Pol I in Pol III). IN1 niso zaznali nikjer drugje na genomu, zato so sklepali, da je za vgrajevanje Ty1 v DNA potrebna samo prisotnost podenote AC40. Do podobnega odkritja so prišli, ko so raziskovali mesta vezave integraze Ty5. Potrdili so, da je vezava encima na podenoto AC40 dovolj, da se transpozon približa molekuli DNA in posledično vanjo vgradi. Kasneje so odkrili, da IN1 ne interagira le z AC40, ampak še s štirimi drugimi podenotami RNA polimeraze III (C25, C31, C34 in C53), s katerimi tvori šibkejšo povezavo. Podenote C31, C34 in C53, ki in vitro interagirajo z IN1 so postavljene tako, da sodelujejo pri specifični integraciji Ty1. Študije navzkrižnega povezovanja DNA-protein in krio-EM strukture so pokazale, da tudi podenota C34 interagira s faktorjem TFIIIB.<br /> Mutanti podenot C31, C34 in C53, ki so občutljivi na temperaturo, zmanjšajo frekvenco integracije Ty1. Te podenote lahko kljub šibki interakciji z IN1 spremenijo konformacijo RNA polimeraze III, s čimer vplivajo na interakcijo AC40-IN1 in druge korake integracije Ty1. Na mutantu C53 so izvedli še dodatne raziskave, in sicer so odkrili, da mutant C53 ∆2-280 povzroči popolno izgubo integracije Ty1 elementov navzgor od endogene tDNA, vseeno pa ni prišlo do preusmeritve integracije na področje subtelomer, kot je to značilno za mutante s prekinjeno interakcijo AC40-IN1.<br /> Do sedaj je bila večina raziskav o vlogi podenot polimeraze pri integraciji izvedena ''in vitro''. Zato še ni točno znano, kako ostale podenote, poleg AC40 vplivajo na integracijo transpozonov ''in vivo''. Za natančno vlogo in mehanizem delovanja podenot C31, C34 in C53 pri integraciji bi bilo zato potrebno izvesti še nadaljnje analize struktur ''in vivo''.<br /> <br /> <br /> '''Predintegracijski kompleks - intasom'''<br /> <br /> Struktura IN/cDNA predintegracijskega kompleksa je bila do zdaj opisana že za več retrovirusov. Kompleks je zgrajen iz štirih integraz (dve zunanji in dve notranji), ki so vezane na eno molekulo cDNA. Te integraze se med seboj razlikujejo po zgradbi in po vlogi v kompleksu. Struktura intasoma Ty1 še ni točno določena, znano pa je, da so na cDNA transpozona Ty1 vezane vsaj 4 integraze, ki tvorijo interakcije z različnimi podenotami RNNA polimeraze III. Povezava med IN1 s podenotama C34 in C53 je najdena le pri RNA polimerazi III, saj sta ti podenoti specifični za to polimerazo. Dokazano je tudi, da je za tvorbo te interakcije potrebna predhodna tvorba vezi IN1-AC40.<br /> <br /> Transport predintegracijskega kompleksa v jedro:<br /> Retroelementi za zaključek svojega cikla replikacije potujejo v in iz jedra. Jedrna ovojnica tako predstavlja fizično oviro, ki jo morajo prečkati, da uspešno zaključijo integracijo. Pri tem imajo ključno vlogo jedrni porni kompleksi, ki kontrolirajo prehajanje snovi. Jedrni lokalizacijski signal, ki sproži vstop predintegracijskega kompleksa v jedro, je bil najden na C-končni regiji Ty1 in Ty3. Jedrni lokalizacijski signal je pri obeh dvodelen in sestavljen iz nenavadno dolgega linkerja (29 aminokislin, običajno jih je 9-12), katerega fleksibilnost igra pomembno vlogo pri delovanju celotnega kompleksa. Ob vezavi importina α pride do konformacijske spremembe, pri čemer se izpostavi tarčna domena TD1. Ta se nahaja na linkerju in igra pomembno vlogo pri integraciji Ty1 v gostiteljsko DNA. Po vstopu predintegracijskega kompleksa v jedro, pride do odcepa importina α in vezave tarčne domene TD1 na domeno AC40, čemur sledi integracija Ty1 v izbrano regijo na gostiteljski DNA.<br /> <br /> <br /> <br /> == '''VLOGA STRUKTURE KROMATINA NA INTEGRACIJO Ty''' ==<br /> <br /> <br /> Ty retrotranspozon daje pri integraciji prednost konfiguracijam kromatina, v katere jih privabijo povezovalni faktorji. Ty5 in Ty3 se prednostno integrirata v heterokromatinske in evkromatinske regije, ki niso del nukleosomov, Ty1 pa se integrira v nukleosome. Ravno ta razlika med Ty3 in Ty1 je razlog, da ne pride do prekrivanja njunih integracijskih regij. Pri obeh se te nahajajo na genih, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Integracija Ty1 navzgor od regij tDNA se ponovi na vsakih 70 bp, kar pomeni, da se v povprečju na en nukleosom integrirata dva Ty1. Primerjava teh mest integracije s položajem DNA v nukleosomu kaže, da se obe mesti nahajata na isti strani nukleosoma, blizu stičišča histonskih regij H2A in H2B. Prednost tega mesta za integracijo Ty1 se najverjetneje skriva v nižji energijski barieri. <br /> <br /> Če podrobneje pregledamo integracijske profile Ty1, Ty3 in Ty5 lahko opazimo, da se ti v celoti ne ujemajo z legami njihovih povezovalnih faktorjev. Npr. nekatere regije, na katere se preferenčno integrira Ty5, se ne pokrivajo z vezavnim mestom za Sir4. Podoben primer je prisotnost AC40 in TFIIIB na večini regij tDNA, vendar je integracija Ty1 in Ty3 na le-te različno učinkovita. Po pregledu učinkovitosti integracije Ty3 na različnih regijah tDNA so opazili, da bi lahko bil eden od odločilnih faktorjev zvitost DNA, zaradi katere pride do motenj pri integraciji. Opazili so tudi, da se integracijsko mesto Ty1 prekriva z regijami prekomerne ekspresije proteina Sir3, visoke stopnje fosforiliranih H2A (γH2A) in nizke stopnje trimetiliranega histona H3 K79. γH2A je prisoten tudi pri tDNA, ki je prednostna tarča Ty1. Mnoge študije namigujejo, da fosforilacija H2A vpliva na sposobnost zmanjšanja stabilnosti nukleosomov tako, da privede do konformacijske spremembe dvojne vijačnice DNA, ki postane bolj dostopna drugim faktorjem. Prisotnost γH2A tako olajša integracijo Ty1. Identificiranih je več genov s funkcijami, ki vplivajo na preoblikovanje kromatina in tako uravnavajo učinkovitost integracije retrotranspozona Ty1. Izmed teh so le pri genu rad6∆ opazili precejšnjo spremembo v frekvenci integracije Ty1, ne da bi pri tem prišlo do spremembe celotnega integracijskega profila. Vendar so na tem področju potrebne še dodatne raziskave.<br /> <br /> Na integracijo Ty1 bi lahko vplivale tudi druge strukturne značilnosti kromatina. Geni, ki jih prepisuje RNA polimeraza III, so bili opisani kot vezavna mesta za kohezin. Ta vpliva na kompaktnost kromatina, sodeluje pri nastajanju kromosomskih zank in združuje sestrske kromatide med fazama G2 in M celičnega cikla. Opaženo je bilo, da prisotnost mutantov kohezina ali Esp1, ki vplivajo na odstranitev kohezinskega kompleksa, negativno vplivajo na pogostost integracije Ty1. To nakazuje na to, da se Ty1 raje integrira med anafazo faze M, ko so kohezini odsotni.<br /> <br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> 1.Bonnet, A., Lesage, P. Light and shadow on the mechanisms of integration site selection in yeast Ty retrotransposon families. Curr Genet 67, 347–357 (2021). https://doi.org/10.1007/s00294-021-01154-7<br /> <br /> 2.Lesage, P., &amp; Todeschini, A. L. (2005). Happy together: the life and times of Ty retrotransposons and their hosts. Cytogenetic and Genome Research, 110(1-4), 70–90. doi:10.1159/000084940<br /> <br /> 3.Sultana, T., Zamborlini, A., Cristofari, G. et al. Integration site selection by retroviruses and transposable elements in eukaryotes. Nat Rev Genet 18, 292–308 (2017). https://doi.org/10.1038/nrg.2017.7</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20294 2022-04-24T10:31:25Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>'''Katja Resnik:''' Uvod<br /> <br /> '''Pia Špehar:''' od vključno zadnjega odstavka uvoda naprej<br /> <br /> '''Zarja Weingerl:''' od Transport predintegracijskega kompleksa v jedro do konca</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20293 2022-04-24T10:28:36Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>Transpozicijske elemente najdemo pri mnogih evkariontih, med drugim tudi pri kvasovkah. Slednje uvrščamo v tako imenovano Ty družino retrotranspozonov, ki so strukturno in funkcionalno precej podobni retrovirusom. Takšnih transpozicijskih elementov poznamo pet, in sicer Ty1, Ty2, Ty3, Ty4 in Ty5. Ker kvasovke vsebujejo precejšen delež kodirajočih zaporedij v svojem genomu v primerjavi z deležem intronskih regij, so se morali razviti posebni mehanizmi integracije, omenjenih Ty transpozonov na gensko revnejše predele, s čimer je normalna transkripcija ostalih genov čim manj ogrožena.<br /> <br /> Specifična integracija je tako odvisna od kompleksnih interakcij med transpozoni in gostiteljsko celico, na točno določena mesta, ki so pri večini Ty transpozonov regije z zapisi za gene, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Izstopa le transpozicijski element Ty5, ki se za razliko od ostalih integrira v utišane predele kromatina specifičnih HM paritvenih tipov in telomerne regije. Ker so to zopet gensko revnejši predeli oz. predeli z mnogimi ponovitvami zaporedja, normalno delovanje in opravljanje funkcij organizma zaradi integracije ni ogroženo. Težava bi torej lahko nastopila v primeru Ty1, Ty2, Ty3 in Ty4, saj se vsi preferenčno integrirajo v podobne predele genoma, in sicer v bližino istih genov. Ta problem je rešen tako, da se vsak transpozon veže na svoje specifično mesto, kar vidimo na primeru Ty3. Pri Ty1, Ty2 in Ty4 pa je integracija usklajena s porazdelitvijo več endogenih kopij takšnih genov v genomu.<br /> <br /> Integracija poteka preko transpozonom lastnih integraz, ki specifično interagirajo s povezovalnimi faktorji gostiteljske celice – največkrat so to DNA-vezavni proteini na ustreznih mestih. Zaenkrat smo pri kvasovkah uspeli takšne faktorje natančno identificirati le za Ty1, Ty3 in Ty5. Od načina integracije sta odvisna uspešnost in obseg transkripcije takšnih integriranih regij. Najbolj uspešna integracija naj bi bila pri Ty1 in Ty2, zato sta v celici prisotna v največjem številu. Kljub temu se mora v celici ohranjati relativno nizko število kopij, kar je zagotovljeno z regulacijo procesov aktivacije in zatiranja izražanja. Preveliko število kopij v celici bi negativno vplivalo na normalno delovanje celice in organizma v celoti.<br /> <br /> Integracija pri transpozonu Ty5 poteče ob povezavi tarčne domene njegove integraze s proteinom Sir4 (protein heterokromatina). Ta povezava je pogoj za uspešno integracijo. Pri eksperimentu načrtne prekinitve interakcije se je namreč Ty5 integriral na poljubno mesto v genomu, kar bi lahko povzročilo mutagene spremembe. Prav tako vezava omenjenega transpozona na heterokromatin zavre transkripcijo ostalih de novo integriranih Ty5, s čimer je hkrati regulirano tudi ohranjanje ustreznega števila transpozonov Ty5 v celici.<br /> Ty1 in Ty3 interagirata z različnimi transkripcijskimi faktorji RNA polimeraze III. Takšen je v prvi vrsti TFIIIC, ki prepozna škatlo A, škatlo B in transkripcijski faktor TFIIIB. Slednji se veže na promotorsko mesto – TATA škatlo. Torej za integracijo tako Ty1, kot tudi Ty3 je potreben TFIIIC, nato pa pri obeh transpozonih sledi specifična interakcija še z drugimi enotami transkripcijskega sistema. Pri integraciji Ty1 sledi interakcija z AC40 podenoto RNA polimeraze III, pri Ty3 pa TFIIIC omogoči vzpostavitev povezave med IN3 (integraza transpozona Ty3) in dvema oz. tremi podenotami faktorja TFIIIB. Slednji ostane vezan skozi celotno transkripcijo genov, kar omogoča, da se Ty3 vključi v DNA na katerikoli stopnji transkripcije. Faktor TFIIIB se lahko poveže tudi s RNA polimerazo III. Zaradi omenjene interakcije, lahko polimeraza III vpliva na interakcijo med TFIIIB in IN3 in posledično na integracijo Ty3. Zaradi podobnosti med IN3 in RNA polimerazo III, lahko slednja zavzame vezavno mesto na TFIIIB, kar onemogoči vezavo IN3.<br /> <br /> Ty1 pa za razliko od Ty3 za integracijo potrebuje prisotnost polimeraze III. Podenota polimeraze AC40, s katero interagira Ty1, se nahaja na površini RNA polimeraze III in je blizu dela DNA, ki je navzgor od vezavnega mesta za TFIIIB, torej blizu mesta, kamor se integrira Ty1. Ob zamenjavi AC40 podenote z njenim ortologom – AC40s se je Ty1 namesto na običajno mesto preferenčno integriral v subtelomerne regije genoma, kjer se pri kvasovkah nahajajo geni za odziv na spremembe v okolju. Takšna integracija bi lahko imela vpliv na odziv kvasovk na stresne pogoje. Do podobnih interakcij s podenoto AC40 RNA polimeraze III naj bi prišlo tudi v primeru Ty2 in Ty4, kar kaže na izredno pomembnost AC40 podenote za preživetje kvasovk. <br /> <br /> <br /> <br /> == '''ALI JE AC40 EDINA PODENOTA POLIMERAZE III, KI SODELUJE PRI VKLJUČEVANJU TY1 V DNA KVASOVKE?''' ==<br /> <br /> <br /> Ko so z masno spektrometrijo raziskovali mesta na genomu, na katera se veže integraza Ty1 (IN1), so odkrili, da se veže na tista mesta, ki jih navadno zasedeta polimerazi (Pol I in Pol III). IN1 niso zaznali nikjer drugje na genomu, zato so sklepali, da je za vgrajevanje Ty1 v DNA potrebna samo prisotnost podenote AC40. Do podobnega odkritja so prišli, ko so raziskovali mesta vezave integraze Ty5. Potrdili so, da je vezava encima na podenoto AC40 dovolj, da se transpozon približa molekuli DNA in posledično vanjo vgradi. Kasneje so odkrili, da IN1 ne interagira le z AC40, ampak še s štirimi drugimi podenotami RNA polimeraze III (C25, C31, C34 in C53), s katerimi tvori šibkejšo povezavo. Podenote C31, C34 in C53, ki in vitro interagirajo z IN1 so postavljene tako, da sodelujejo pri specifični integraciji Ty1. Študije navzkrižnega povezovanja DNA-protein in krio-EM strukture so pokazale, da tudi podenota C34 interagira s faktorjem TFIIIB.<br /> Mutanti podenot C31, C34 in C53, ki so občutljivi na temperaturo, zmanjšajo frekvenco integracije Ty1. Te podenote lahko kljub šibki interakciji z IN1 spremenijo konformacijo RNA polimeraze III, s čimer vplivajo na interakcijo AC40-IN1 in druge korake integracije Ty1. Na mutantu C53 so izvedli še dodatne raziskave, in sicer so odkrili, da mutant C53 ∆2-280 povzroči popolno izgubo integracije Ty1 elementov navzgor od endogene tDNA, vseeno pa ni prišlo do preusmeritve integracije na področje subtelomer, kot je to značilno za mutante s prekinjeno interakcijo AC40-IN1.<br /> Do sedaj je bila večina raziskav o vlogi podenot polimeraze pri integraciji izvedena ''in vitro''. Zato še ni točno znano, kako ostale podenote, poleg AC40 vplivajo na integracijo transpozonov ''in vivo''. Za natančno vlogo in mehanizem delovanja podenot C31, C34 in C53 pri integraciji bi bilo zato potrebno izvesti še nadaljnje analize struktur ''in vivo''.<br /> <br /> <br /> '''Predintegracijski kompleks - intasom'''<br /> <br /> Struktura IN/cDNA predintegracijskega kompleksa je bila do zdaj opisana že za več retrovirusov. Kompleks je zgrajen iz štirih integraz (dve zunanji in dve notranji), ki so vezane na eno molekulo cDNA. Te integraze se med seboj razlikujejo po zgradbi in po vlogi v kompleksu. Struktura intasoma Ty1 še ni točno določena, znano pa je, da so na cDNA transpozona Ty1 vezane vsaj 4 integraze, ki tvorijo interakcije z različnimi podenotami RNNA polimeraze III. Povezava med IN1 s podenotama C34 in C53 je najdena le pri RNA polimerazi III, saj sta ti podenoti specifični za to polimerazo. Dokazano je tudi, da je za tvorbo te interakcije potrebna predhodna tvorba vezi IN1-AC40.<br /> <br /> Transport predintegracijskega kompleksa v jedro:<br /> Retroelementi za zaključek svojega cikla replikacije potujejo v in iz jedra. Jedrna ovojnica tako predstavlja fizično oviro, ki jo morajo prečkati, da uspešno zaključijo integracijo. Pri tem imajo ključno vlogo jedrni porni kompleksi, ki kontrolirajo prehajanje snovi. Jedrni lokalizacijski signal, ki sproži vstop predintegracijskega kompleksa v jedro, je bil najden na C-končni regiji Ty1 in Ty3. Jedrni lokalizacijski signal je pri obeh dvodelen in sestavljen iz nenavadno dolgega linkerja (29 aminokislin, običajno jih je 9-12), katerega fleksibilnost igra pomembno vlogo pri delovanju celotnega kompleksa. Ob vezavi importina α pride do konformacijske spremembe, pri čemer se izpostavi tarčna domena TD1. Ta se nahaja na linkerju in igra pomembno vlogo pri integraciji Ty1 v gostiteljsko DNA. Po vstopu predintegracijskega kompleksa v jedro, pride do odcepa importina α in vezave tarčne domene TD1 na domeno AC40, čemur sledi integracija Ty1 v izbrano regijo na gostiteljski DNA.<br /> <br /> <br /> <br /> == '''VLOGA STRUKTURE KROMATINA NA INTEGRACIJO Ty''' ==<br /> <br /> <br /> Ty retrotranspozon daje pri integraciji prednost konfiguracijam kromatina, v katere jih privabijo povezovalni faktorji. Ty5 in Ty3 se prednostno integrirata v heterokromatinske in evkromatinske regije, ki niso del nukleosomov, Ty1 pa se integrira v nukleosome. Ravno ta razlika med Ty3 in Ty1 je razlog, da ne pride do prekrivanja njunih integracijskih regij. Pri obeh se te nahajajo na genih, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Integracija Ty1 navzgor od regij tDNA se ponovi na vsakih 70 bp, kar pomeni, da se v povprečju na en nukleosom integrirata dva Ty1. Primerjava teh mest integracije s položajem DNA v nukleosomu kaže, da se obe mesti nahajata na isti strani nukleosoma, blizu stičišča histonskih regij H2A in H2B. Prednost tega mesta za integracijo Ty1 se najverjetneje skriva v nižji energijski barieri. <br /> <br /> Če podrobneje pregledamo integracijske profile Ty1, Ty3 in Ty5 lahko opazimo, da se ti v celoti ne ujemajo z legami njihovih povezovalnih faktorjev. Npr. nekatere regije, na katere se preferenčno integrira Ty5, se ne pokrivajo z vezavnim mestom za Sir4. Podoben primer je prisotnost AC40 in TFIIIB na večini regij tDNA, vendar je integracija Ty1 in Ty3 na le-te različno učinkovita. Po pregledu učinkovitosti integracije Ty3 na različnih regijah tDNA so opazili, da bi lahko bil eden od odločilnih faktorjev zvitost DNA, zaradi katere pride do motenj pri integraciji. Opazili so tudi, da se integracijsko mesto Ty1 prekriva z regijami prekomerne ekspresije proteina Sir3, visoke stopnje fosforiliranih H2A (γH2A) in nizke stopnje trimetiliranega histona H3 K79. γH2A je prisoten tudi pri tDNA, ki je prednostna tarča Ty1. Mnoge študije namigujejo, da fosforilacija H2A vpliva na sposobnost zmanjšanja stabilnosti nukleosomov tako, da privede do konformacijske spremembe dvojne vijačnice DNA, ki postane bolj dostopna drugim faktorjem. Prisotnost γH2A tako olajša integracijo Ty1. Identificiranih je več genov s funkcijami, ki vplivajo na preoblikovanje kromatina in tako uravnavajo učinkovitost integracije retrotranspozona Ty1. Izmed teh so le pri genu rad6∆ opazili precejšnjo spremembo v frekvenci integracije Ty1, ne da bi pri tem prišlo do spremembe celotnega integracijskega profila. Vendar so na tem področju potrebne še dodatne raziskave.<br /> <br /> Na integracijo Ty1 bi lahko vplivale tudi druge strukturne značilnosti kromatina. Geni, ki jih prepisuje RNA polimeraza III, so bili opisani kot vezavna mesta za kohezin. Ta vpliva na kompaktnost kromatina, sodeluje pri nastajanju kromosomskih zank in združuje sestrske kromatide med fazama G2 in M celičnega cikla. Opaženo je bilo, da prisotnost mutantov kohezina ali Esp1, ki vplivajo na odstranitev kohezinskega kompleksa, negativno vplivajo na pogostost integracije Ty1. To nakazuje na to, da se Ty1 raje integrira med anafazo faze M, ko so kohezini odsotni.<br /> <br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> 1.Bonnet, A., Lesage, P. Light and shadow on the mechanisms of integration site selection in yeast Ty retrotransposon families. Curr Genet 67, 347–357 (2021). https://doi.org/10.1007/s00294-021-01154-7<br /> <br /> 2.Lesage, P., &amp; Todeschini, A. L. (2005). Happy together: the life and times of Ty retrotransposons and their hosts. Cytogenetic and Genome Research, 110(1-4), 70–90. doi:10.1159/000084940<br /> <br /> 3.Sultana, T., Zamborlini, A., Cristofari, G. et al. Integration site selection by retroviruses and transposable elements in eukaryotes. Nat Rev Genet 18, 292–308 (2017). https://doi.org/10.1038/nrg.2017.7</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20277 2022-04-23T21:29:43Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>Transpozicijske elemente najdemo pri mnogih evkariontih, med drugim tudi pri kvasovkah. Slednje uvrščamo v tako imenovano Ty družino retrotranspozonov, ki so strukturno in funkcionalno precej podobni retrovirusom. Takšnih transpozicijskih elementov poznamo pet, in sicer Ty1, Ty2, Ty3, Ty4 in Ty5. Ker kvasovke vsebujejo precejšen delež kodirajočih zaporedij v svojem genomu v primerjavi z deležem intronskih regij, so se morali razviti posebni mehanizmi integracije, omenjenih Ty transpozonov na gensko revnejše predele, s čimer je normalna transkripcija ostalih genov čim manj ogrožena.<br /> <br /> Specifična integracija je tako odvisna od kompleksnih interakcij med transpozoni in gostiteljsko celico, na točno določena mesta, ki so pri večini Ty transpozonov regije z zapisi za gene, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Izstopa le transpozicijski element Ty5, ki se za razliko od ostalih integrira v utišane predele kromatina specifičnih HM paritvenih tipov in telomerne regije. Ker so to zopet gensko revnejši predeli oz. predeli z mnogimi ponovitvami zaporedja, normalno delovanje in opravljanje funkcij organizma zaradi integracije ni ogroženo. Težava bi torej lahko nastopila v primeru Ty1, Ty2, Ty3 in Ty4, saj se vsi preferenčno integrirajo v podobne predele genoma, in sicer v bližino istih genov. Ta problem je rešen tako, da se vsak transpozon veže na svoje specifično mesto, kar vidimo na primeru Ty3. Pri Ty1, Ty2 in Ty4 pa je integracija usklajena s porazdelitvijo več endogenih kopij takšnih genov v genomu.<br /> <br /> Integracija poteka preko transpozonom lastnih integraz, ki specifično interagirajo s povezovalnimi faktorji gostiteljske celice – največkrat so to DNA-vezavni proteini na ustreznih mestih. Zaenkrat smo pri kvasovkah uspeli takšne faktorje natančno identificirati le za Ty1, Ty3 in Ty5. Od načina integracije sta odvisna uspešnost in obseg transkripcije takšnih integriranih regij. Najbolj uspešna integracija naj bi bila pri Ty1 in Ty2, zato sta v celici prisotna v največjem številu. Kljub temu se mora v celici ohranjati relativno nizko število kopij, kar je zagotovljeno z regulacijo procesov aktivacije in zatiranja izražanja. Preveliko število kopij v celici bi negativno vplivalo na normalno delovanje celice in organizma v celoti.<br /> <br /> Integracija pri transpozonu Ty5 poteče ob povezavi tarčne domene njegove integraze s proteinom Sir4 (protein heterokromatina). Ta povezava je pogoj za uspešno integracijo. Pri eksperimentu načrtne prekinitve interakcije se je namreč Ty5 integriral na poljubno mesto v genomu, kar bi lahko povzročilo mutagene spremembe. Prav tako vezava omenjenega transpozona na heterokromatin zavre transkripcijo ostalih de novo integriranih Ty5, s čimer je hkrati regulirano tudi ohranjanje ustreznega števila transpozonov Ty5 v celici.<br /> Ty1 in Ty3 interagirata z različnimi transkripcijskimi faktorji RNA polimeraze III. Takšen je v prvi vrsti TFIIIC, ki prepozna škatlo A, škatlo B in transkripcijski faktor TFIIIB. Slednji se veže na promotorsko mesto – TATA škatlo. Torej za integracijo tako Ty1, kot tudi Ty3 je potreben TFIIIC, nato pa pri obeh transpozonih sledi specifična interakcija še z drugimi enotami transkripcijskega sistema. Pri integraciji Ty1 sledi interakcija z AC40 podenoto RNA polimeraze III, pri Ty3 pa TFIIIC omogoči vzpostavitev povezave med IN3 (integraza transpozona Ty3) in dvema oz. tremi podenotami faktorja TFIIIB. Slednji ostane vezan skozi celotno transkripcijo genov, kar omogoča, da se Ty3 vključi v DNA na katerikoli stopnji transkripcije. Faktor TFIIIB se lahko poveže tudi s RNA polimerazo III. Zaradi omenjene interakcije, lahko polimeraza III vpliva na interakcijo med TFIIIB in IN3 in posledično na integracijo Ty3. Zaradi podobnosti med IN3 in RNA polimerazo III, lahko slednja zavzame vezavno mesto na TFIIIB, kar onemogoči vezavo IN3.<br /> Ty1 pa za razliko od Ty3 za integracijo potrebuje prisotnost polimeraze III. Podenota polimeraze AC40, s katero interagira Ty1, se nahaja na površini RNA polimeraze III in je blizu dela DNA, ki je navzgor od vezavnega mesta za TFIIIB, torej blizu mesta, kamor se integrira Ty1. Ob zamenjavi AC40 podenote z njenim ortologom – AC40s se je Ty1 namesto na običajno mesto preferenčno integriral v subtelomerne regije genoma, kjer se pri kvasovkah nahajajo geni za odziv na spremembe v okolju. Takšna integracija bi lahko imela vpliv na odziv kvasovk na stresne pogoje. Do podobnih interakcij s podenoto AC40 RNA polimeraze III naj bi prišlo tudi v primeru Ty2 in Ty4, kar kaže na izredno pomembnost AC40 podenote za preživetje kvasovk. <br /> <br /> <br /> <br /> == '''ALI JE AC40 EDINA PODENOTA POLIMERAZE III, KI SODELUJE PRI VKLJUČEVANJU TY1 V DNA KVASOVKE?''' ==<br /> <br /> <br /> Ko so z masno spektrometrijo raziskovali mesta na genomu, na katera se veže integraza Ty1 (IN1), so odkrili, da se veže na tista mesta, ki jih navadno zasedeta polimerazi (Pol I in Pol III). IN1 niso zaznali nikjer drugje na genomu, zato so sklepali, da je za vgrajevanje Ty1 v DNA potrebna samo prisotnost podenote AC40. Do podobnega odkritja so prišli, ko so raziskovali mesta vezave integraze Ty5. Potrdili so, da je vezava encima na podenoto AC40 dovolj, da se transpozon približa molekuli DNA in posledično vanjo vgradi. Kasneje so odkrili, da IN1 ne interagira le z AC40, ampak še s štirimi drugimi podenotami RNA polimeraze III (C25, C31, C34 in C53), s katerimi tvori šibkejšo povezavo. Podenote C31, C34 in C53, ki in vitro interagirajo z IN1 so postavljene tako, da sodelujejo pri specifični integraciji Ty1. Študije navzkrižnega povezovanja DNA-protein in krio-EM strukture so pokazale, da tudi podenota C34 interagira s faktorjem TFIIIB.<br /> Mutanti podenot C31, C34 in C53, ki so občutljivi na temperaturo, zmanjšajo frekvenco integracije Ty1. Te podenote lahko kljub šibki interakciji z IN1 spremenijo konformacijo RNA polimeraze III, s čimer vplivajo na interakcijo AC40-IN1 in druge korake integracije Ty1. Na mutantu C53 so izvedli še dodatne raziskave, in sicer so odkrili, da mutant C53 ∆2-280 povzroči popolno izgubo integracije Ty1 elementov navzgor od endogene tDNA, vseeno pa ni prišlo do preusmeritve integracije na področje subtelomer, kot je to značilno za mutante s prekinjeno interakcijo AC40-IN1.<br /> Do sedaj je bila večina raziskav o vlogi podenot polimeraze pri integraciji izvedena in vitro. Zato še ni točno znano, kako ostale podenote, poleg AC40 vplivajo na integracijo transpozonov in vivo. Za natančno vlogo in mehanizem delovanja podenot C31, C34 in C53 pri integraciji bi bilo zato potrebno izvesti še nadaljnje analize struktur in vivo.<br /> <br /> <br /> '''Predintegracijski kompleks - intasom'''<br /> <br /> Struktura IN/cDNA predintegracijskega kompleksa je bila do zdaj opisana že za več retrovirusov. Kompleks je zgrajen iz štirih integraz (dve zunanji in dve notranji), ki so vezane na eno molekulo cDNA. Te integraze se med seboj razlikujejo po zgradbi in po vlogi v kompleksu. Struktura intasoma Ty1 še ni točno določena, znano pa je, da so na cDNA transpozona Ty1 vezane vsaj 4 integraze, ki tvorijo interakcije z različnimi podenotami RNNA polimeraze III. Povezava med IN1 s podenotama C34 in C53 je najdena le pri RNA polimerazi III, saj sta ti podenoti specifični za to polimerazo. Dokazano je tudi, da je za tvorbo te interakcije potrebna predhodna tvorba vezi IN1-AC40.<br /> <br /> Transport predintegracijskega kompleksa v jedro:<br /> Retroelementi za zaključek svojega cikla replikacije potujejo v in iz jedra. Jedrna ovojnica tako predstavlja fizično oviro, ki jo morajo prečkati, da uspešno zaključijo integracijo. Pri tem imajo ključno vlogo jedrni porni kompleksi, ki kontrolirajo prehajanje snovi. Jedrni lokalizacijski signal, ki sproži vstop predintegracijskega kompleksa v jedro, je bil najden na C-končni regiji Ty1 in Ty3. Jedrni lokalizacijski signal je pri obeh dvodelen in sestavljen iz nenavadno dolgega linkerja (29 aminokislin, običajno jih je 9-12), katerega fleksibilnost igra pomembno vlogo pri delovanju celotnega kompleksa. Ob vezavi importina α pride do konformacijske spremembe, pri čemer se izpostavi tarčna domena TD1. Ta se nahaja na linkerju in igra pomembno vlogo pri integraciji Ty1 v gostiteljsko DNA. Po vstopu predintegracijskega kompleksa v jedro, pride do odcepa importina α in vezave tarčne domene TD1 na domeno AC40, čemur sledi integracija Ty1 v izbrano regijo na gostiteljski DNA.<br /> <br /> <br /> <br /> == '''VLOGA STRUKTURE KROMATINA NA INTEGRACIJO Ty''' ==<br /> <br /> <br /> Ty retrotranspozon daje pri integraciji prednost konfiguracijam kromatina, v katere jih privabijo povezovalni faktorji. Ty5 in Ty3 se prednostno integrirata v heterokromatinske in evkromatinske regije, ki niso del nukleosomov, Ty1 pa se integrira v nukleosome. Ravno ta razlika med Ty3 in Ty1 je razlog, da ne pride do prekrivanja njunih integracijskih regij. Pri obeh se te nahajajo na genih, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Integracija Ty1 navzgor od regij tDNA se ponovi na vsakih 70 bp, kar pomeni, da se v povprečju na en nukleosom integrirata dva Ty1. Primerjava teh mest integracije s položajem DNA v nukleosomu kaže, da se obe mesti nahajata na isti strani nukleosoma, blizu stičišča histonskih regij H2A in H2B. Prednost tega mesta za integracijo Ty1 se najverjetneje skriva v nižji energijski barieri. <br /> <br /> Če podrobneje pregledamo integracijske profile Ty1, Ty3 in Ty5 lahko opazimo, da se ti v celoti ne ujemajo z legami njihovih povezovalnih faktorjev. Npr. nekatere regije, na katere se preferenčno integrira Ty5, se ne pokrivajo z vezavnim mestom za Sir4. Podoben primer je prisotnost AC40 in TFIIIB na večini regij tDNA, vendar je integracija Ty1 in Ty3 na le-te različno učinkovita. Po pregledu učinkovitosti integracije Ty3 na različnih regijah tDNA so opazili, da bi lahko bil eden od odločilnih faktorjev zvitost DNA, zaradi katere pride do motenj pri integraciji. Opazili so tudi, da se integracijsko mesto Ty1 prekriva z regijami prekomerne ekspresije proteina Sir3, visoke stopnje fosforiliranih H2A (γH2A) in nizke stopnje trimetiliranega histona H3 K79. γH2A je prisoten tudi pri tDNA, ki je prednostna tarča Ty1. Mnoge študije namigujejo, da fosforilacija H2A vpliva na sposobnost zmanjšanja stabilnosti nukleosomov tako, da privede do konformacijske spremembe dvojne vijačnice DNA, ki postane bolj dostopna drugim faktorjem. Prisotnost γH2A tako olajša integracijo Ty1. Identificiranih je več genov s funkcijami, ki vplivajo na preoblikovanje kromatina in tako uravnavajo učinkovitost integracije retrotranspozona Ty1. Izmed teh so le pri genu rad6∆ opazili precejšnjo spremembo v frekvenci integracije Ty1, ne da bi pri tem prišlo do spremembe celotnega integracijskega profila. Vendar so na tem področju potrebne še dodatne raziskave.<br /> <br /> Na integracijo Ty1 bi lahko vplivale tudi druge strukturne značilnosti kromatina. Geni, ki jih prepisuje RNA polimeraza III, so bili opisani kot vezavna mesta za kohezin. Ta vpliva na kompaktnost kromatina, sodeluje pri nastajanju kromosomskih zank in združuje sestrske kromatide med fazama G2 in M celičnega cikla. Opaženo je bilo, da prisotnost mutantov kohezina ali Esp1, ki vplivajo na odstranitev kohezinskega kompleksa, negativno vplivajo na pogostost integracije Ty1. To nakazuje na to, da se Ty1 raje integrira med anafazo faze M, ko so kohezini odsotni.<br /> <br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> 1.Bonnet, A., Lesage, P. Light and shadow on the mechanisms of integration site selection in yeast Ty retrotransposon families. Curr Genet 67, 347–357 (2021). https://doi.org/10.1007/s00294-021-01154-7<br /> <br /> 2.Lesage, P., &amp; Todeschini, A. L. (2005). Happy together: the life and times of Ty retrotransposons and their hosts. Cytogenetic and Genome Research, 110(1-4), 70–90. doi:10.1159/000084940<br /> <br /> 3.Sultana, T., Zamborlini, A., Cristofari, G. et al. Integration site selection by retroviruses and transposable elements in eukaryotes. Nat Rev Genet 18, 292–308 (2017). https://doi.org/10.1038/nrg.2017.7</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20276 2022-04-23T21:27:42Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>Transpozicijske elemente najdemo pri mnogih evkariontih, med drugim tudi pri kvasovkah. Slednje uvrščamo v tako imenovano Ty družino retrotranspozonov, ki so strukturno in funkcionalno precej podobni retrovirusom. Takšnih transpozicijskih elementov poznamo pet, in sicer Ty1, Ty2, Ty3, Ty4 in Ty5. Ker kvasovke vsebujejo precejšen delež kodirajočih zaporedij v svojem genomu v primerjavi z deležem intronskih regij, so se morali razviti posebni mehanizmi integracije, omenjenih Ty transpozonov na gensko revnejše predele, s čimer je normalna transkripcija ostalih genov čim manj ogrožena.<br /> <br /> Specifična integracija je tako odvisna od kompleksnih interakcij med transpozoni in gostiteljsko celico, na točno določena mesta, ki so pri večini Ty transpozonov regije z zapisi za gene, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Izstopa le transpozicijski element Ty5, ki se za razliko od ostalih integrira v utišane predele kromatina specifičnih HM paritvenih tipov in telomerne regije. Ker so to zopet gensko revnejši predeli oz. predeli z mnogimi ponovitvami zaporedja, normalno delovanje in opravljanje funkcij organizma zaradi integracije ni ogroženo. Težava bi torej lahko nastopila v primeru Ty1, Ty2, Ty3 in Ty4, saj se vsi preferenčno integrirajo v podobne predele genoma, in sicer v bližino istih genov. Ta problem je rešen tako, da se vsak transpozon veže na svoje specifično mesto, kar vidimo na primeru Ty3. Pri Ty1, Ty2 in Ty4 pa je integracija usklajena s porazdelitvijo več endogenih kopij takšnih genov v genomu.<br /> <br /> Integracija poteka preko transpozonom lastnih integraz, ki specifično interagirajo s povezovalnimi faktorji gostiteljske celice – največkrat so to DNA-vezavni proteini na ustreznih mestih. Zaenkrat smo pri kvasovkah uspeli takšne faktorje natančno identificirati le za Ty1, Ty3 in Ty5. Od načina integracije sta odvisna uspešnost in obseg transkripcije takšnih integriranih regij. Najbolj uspešna integracija naj bi bila pri Ty1 in Ty2, zato sta v celici prisotna v največjem številu. Kljub temu se mora v celici ohranjati relativno nizko število kopij, kar je zagotovljeno z regulacijo procesov aktivacije in zatiranja izražanja. Preveliko število kopij v celici bi negativno vplivalo na normalno delovanje celice in organizma v celoti.<br /> <br /> Integracija pri transpozonu Ty5 poteče ob povezavi tarčne domene njegove integraze s proteinom Sir4 (protein heterokromatina). Ta povezava je pogoj za uspešno integracijo. Pri eksperimentu načrtne prekinitve interakcije se je namreč Ty5 integriral na poljubno mesto v genomu, kar bi lahko povzročilo mutagene spremembe. Prav tako vezava omenjenega transpozona na heterokromatin zavre transkripcijo ostalih de novo integriranih Ty5, s čimer je hkrati regulirano tudi ohranjanje ustreznega števila transpozonov Ty5 v celici.<br /> Ty1 in Ty3 interagirata z različnimi transkripcijskimi faktorji RNA polimeraze III. Takšen je v prvi vrsti TFIIIC, ki prepozna škatlo A, škatlo B in transkripcijski faktor TFIIIB. Slednji se veže na promotorsko mesto – TATA škatlo. Torej za integracijo tako Ty1, kot tudi Ty3 je potreben TFIIIC, nato pa pri obeh transpozonih sledi specifična interakcija še z drugimi enotami transkripcijskega sistema. Pri integraciji Ty1 sledi interakcija z AC40 podenoto RNA polimeraze III, pri Ty3 pa TFIIIC omogoči vzpostavitev povezave med IN3 (integraza transpozona Ty3) in dvema oz. tremi podenotami faktorja TFIIIB. Slednji ostane vezan skozi celotno transkripcijo genov, kar omogoča, da se Ty3 vključi v DNA na katerikoli stopnji transkripcije. Faktor TFIIIB se lahko poveže tudi s RNA polimerazo III. Zaradi omenjene interakcije, lahko polimeraza III vpliva na interakcijo med TFIIIB in IN3 in posledično na integracijo Ty3. Zaradi podobnosti med IN3 in RNA polimerazo III, lahko slednja zavzame vezavno mesto na TFIIIB, kar onemogoči vezavo IN3.<br /> Ty1 pa za razliko od Ty3 za integracijo potrebuje prisotnost polimeraze III. Podenota polimeraze AC40, s katero interagira Ty1, se nahaja na površini RNA polimeraze III in je blizu dela DNA, ki je navzgor od vezavnega mesta za TFIIIB, torej blizu mesta, kamor se integrira Ty1. Ob zamenjavi AC40 podenote z njenim ortologom – AC40s se je Ty1 namesto na običajno mesto preferenčno integriral v subtelomerne regije genoma, kjer se pri kvasovkah nahajajo geni za odziv na spremembe v okolju. Takšna integracija bi lahko imela vpliv na odziv kvasovk na stresne pogoje. Do podobnih interakcij s podenoto AC40 RNA polimeraze III naj bi prišlo tudi v primeru Ty2 in Ty4, kar kaže na izredno pomembnost AC40 podenote za preživetje kvasovk. <br /> <br /> <br /> <br /> == '''ALI JE AC40 EDINA PODENOTA POLIMERAZE III, KI SODELUJE PRI VKLJUČEVANJU TY1 V DNA KVASOVKE?''' ==<br /> <br /> <br /> Ko so z masno spektrometrijo raziskovali mesta na genomu, na katera se veže integraza Ty1 (IN1), so odkrili, da se veže na tista mesta, ki jih navadno zasedeta polimerazi (Pol I in Pol III). IN1 niso zaznali nikjer drugje na genomu, zato so sklepali, da je za vgrajevanje Ty1 v DNA potrebna samo prisotnost podenote AC40. Do podobnega odkritja so prišli, ko so raziskovali mesta vezave integraze Ty5. Potrdili so, da je vezava encima na podenoto AC40 dovolj, da se transpozon približa molekuli DNA in posledično vanjo vgradi. Kasneje so odkrili, da IN1 ne interagira le z AC40, ampak še s štirimi drugimi podenotami RNA polimeraze III (C25, C31, C34 in C53), s katerimi tvori šibkejšo povezavo. Podenote C31, C34 in C53, ki in vitro interagirajo z IN1 so postavljene tako, da sodelujejo pri specifični integraciji Ty1. Študije navzkrižnega povezovanja DNA-protein in krio-EM strukture so pokazale, da tudi podenota C34 interagira s faktorjem TFIIIB.<br /> Mutanti podenot C31, C34 in C53, ki so občutljivi na temperaturo, zmanjšajo frekvenco integracije Ty1. Te podenote lahko kljub šibki interakciji z IN1 spremenijo konformacijo RNA polimeraze III, s čimer vplivajo na interakcijo AC40-IN1 in druge korake integracije Ty1. Na mutantu C53 so izvedli še dodatne raziskave, in sicer so odkrili, da mutant C53 ∆2-280 povzroči popolno izgubo integracije Ty1 elementov navzgor od endogene tDNA, vseeno pa ni prišlo do preusmeritve integracije na področje subtelomer, kot je to značilno za mutante s prekinjeno interakcijo AC40-IN1.<br /> Do sedaj je bila večina raziskav o vlogi podenot polimeraze pri integraciji izvedena in vitro. Zato še ni točno znano, kako ostale podenote, poleg AC40 vplivajo na integracijo transpozonov in vivo. Za natančno vlogo in mehanizem delovanja podenot C31, C34 in C53 pri integraciji bi bilo zato potrebno izvesti še nadaljnje analize struktur in vivo.<br /> <br /> <br /> '''Predintegracijski kompleks - intasom'''<br /> <br /> Struktura IN/cDNA predintegracijskega kompleksa je bila do zdaj opisana že za več retrovirusov. Kompleks je zgrajen iz štirih integraz (dve zunanji in dve notranji), ki so vezane na eno molekulo cDNA. Te integraze se med seboj razlikujejo po zgradbi in po vlogi v kompleksu. Struktura intasoma Ty1 še ni točno določena, znano pa je, da so na cDNA transpozona Ty1 vezane vsaj 4 integraze, ki tvorijo interakcije z različnimi podenotami RNNA polimeraze III. Povezava med IN1 s podenotama C34 in C53 je najdena le pri RNA polimerazi III, saj sta ti podenoti specifični za to polimerazo. Dokazano je tudi, da je za tvorbo te interakcije potrebna predhodna tvorba vezi IN1-AC40.<br /> <br /> Transport predintegracijskega kompleksa v jedro:<br /> Retroelementi za zaključek svojega cikla replikacije potujejo v in iz jedra. Jedrna ovojnica tako predstavlja fizično oviro, ki jo morajo prečkati, da uspešno zaključijo integracijo. Pri tem imajo ključno vlogo jedrni porni kompleksi, ki kontrolirajo prehajanje snovi. Jedrni lokalizacijski signal, ki sproži vstop predintegracijskega kompleksa v jedro, je bil najden na C-končni regiji Ty1 in Ty3. Jedrni lokalizacijski signal je pri obeh dvodelen in sestavljen iz nenavadno dolgega linkerja (29 aminokislin, običajno jih je 9-12), katerega fleksibilnost igra pomembno vlogo pri delovanju celotnega kompleksa. Ob vezavi importina α pride do konformacijske spremembe, pri čemer se izpostavi tarčna domena TD1. Ta se nahaja na linkerju in igra pomembno vlogo pri integraciji Ty1 v gostiteljsko DNA. Po vstopu predintegracijskega kompleksa v jedro, pride do odcepa importina α in vezave tarčne domene TD1 na domeno AC40, čemur sledi integracija Ty1 v izbrano regijo na gostiteljski DNA.<br /> <br /> <br /> <br /> == '''VLOGA STRUKTURE KROMATINA NA INTEGRACIJO Ty''' ==<br /> <br /> <br /> Ty retrotranspozon daje pri integraciji prednost konfiguracijam kromatina, v katere jih privabijo povezovalni faktorji. Ty5 in Ty3 se prednostno integrirata v heterokromatinske in evkromatinske regije, ki niso del nukleosomov, Ty1 pa se integrira v nukleosome. Ravno ta razlika med Ty3 in Ty1 je razlog, da ne pride do prekrivanja njunih integracijskih regij. Pri obeh se te nahajajo na genih, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Integracija Ty1 navzgor od regij tDNA se ponovi na vsakih 70 bp, kar pomeni, da se v povprečju na en nukleosom integrirata dva Ty1. Primerjava teh mest integracije s položajem DNA v nukleosomu kaže, da se obe mesti nahajata na isti strani nukleosoma, blizu stičišča histonskih regij H2A in H2B. Prednost tega mesta za integracijo Ty1 se najverjetneje skriva v nižji energijski barieri. <br /> <br /> Če podrobneje pregledamo integracijske profile Ty1, Ty3 in Ty5 lahko opazimo, da se ti v celoti ne ujemajo z legami njihovih povezovalnih faktorjev. Npr. nekatere regije, na katere se preferenčno integrira Ty5, se ne pokrivajo z vezavnim mestom za Sir4. Podoben primer je prisotnost AC40 in TFIIIB na večini regij tDNA, vendar je integracija Ty1 in Ty3 na le-te različno učinkovita. Po pregledu učinkovitosti integracije Ty3 na različnih regijah tDNA so opazili, da bi lahko bil eden od odločilnih faktorjev zvitost DNA, zaradi katere pride do motenj pri integraciji. Opazili so tudi, da se integracijsko mesto Ty1 prekriva z regijami prekomerne ekspresije proteina Sir3, visoke stopnje fosforiliranih H2A (γH2A) in nizke stopnje trimetiliranega histona H3 K79. γH2A je prisoten tudi pri tDNA, ki je prednostna tarča Ty1. Mnoge študije namigujejo, da fosforilacija H2A vpliva na sposobnost zmanjšanja stabilnosti nukleosomov tako, da privede do konformacijske spremembe dvojne vijačnice DNA, ki postane bolj dostopna drugim faktorjem. Prisotnost γH2A tako olajša integracijo Ty1. Identificiranih je več genov s funkcijami, ki vplivajo na preoblikovanje kromatina in tako uravnavajo učinkovitost integracije retrotranspozona Ty1. Izmed teh so le pri genu rad6∆ opazili precejšnjo spremembo v frekvenci integracije Ty1, ne da bi pri tem prišlo do spremembe celotnega integracijskega profila. Vendar so na tem področju potrebne še dodatne raziskave.<br /> <br /> Na integracijo Ty1 bi lahko vplivale tudi druge strukturne značilnosti kromatina. Geni, ki jih prepisuje RNA polimeraza III, so bili opisani kot vezavna mesta za kohezin. Ta vpliva na kompaktnost kromatina, sodeluje pri nastajanju kromosomskih zank in združuje sestrske kromatide med fazama G2 in M celičnega cikla. Opaženo je bilo, da prisotnost mutantov kohezina ali Esp1, ki vplivajo na odstranitev kohezinskega kompleksa, negativno vplivajo na pogostost integracije Ty1. To nakazuje na to, da se Ty1 raje integrira med anafazo faze M, ko so kohezini odsotni.<br /> <br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> 1.Bonnet, A., Lesage, P. Light and shadow on the mechanisms of integration site selection in yeast Ty retrotransposon families. Curr Genet 67, 347–357 (2021). https://doi.org/10.1007/s00294-021-01154-7<br /> <br /> 2.Lesage, P., &amp; Todeschini, A. L. (2005). Happy together: the life and times of Ty retrotransposons and their hosts. Cytogenetic and Genome Research, 110(1-4), 70–90. doi:10.1159/000084940<br /> <br /> 3. Sultana, T., Zamborlini, A., Cristofari, G., &amp; Lesage, P. (2017). Integration site selection by retroviruses and transposable elements in eukaryotes. Nature Reviews Genetics, 18(5), 292–308. doi:10.1038/nrg.2017.7</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20275 2022-04-23T21:19:59Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>Transpozicijske elemente najdemo pri mnogih evkariontih, med drugim tudi pri kvasovkah. Slednje uvrščamo v tako imenovano Ty družino retrotranspozonov, ki so strukturno in funkcionalno precej podobni retrovirusom. Takšnih transpozicijskih elementov poznamo pet, in sicer Ty1, Ty2, Ty3, Ty4 in Ty5. Ker kvasovke vsebujejo precejšen delež kodirajočih zaporedij v svojem genomu v primerjavi z deležem intronskih regij, so se morali razviti posebni mehanizmi integracije, omenjenih Ty transpozonov na gensko revnejše predele, s čimer je normalna transkripcija ostalih genov čim manj ogrožena.<br /> <br /> Specifična integracija je tako odvisna od kompleksnih interakcij med transpozoni in gostiteljsko celico, na točno določena mesta, ki so pri večini Ty transpozonov regije z zapisi za gene, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Izstopa le transpozicijski element Ty5, ki se za razliko od ostalih integrira v utišane predele kromatina specifičnih HM paritvenih tipov in telomerne regije. Ker so to zopet gensko revnejši predeli oz. predeli z mnogimi ponovitvami zaporedja, normalno delovanje in opravljanje funkcij organizma zaradi integracije ni ogroženo. Težava bi torej lahko nastopila v primeru Ty1, Ty2, Ty3 in Ty4, saj se vsi preferenčno integrirajo v podobne predele genoma, in sicer v bližino istih genov. Ta problem je rešen tako, da se vsak transpozon veže na svoje specifično mesto, kar vidimo na primeru Ty3. Pri Ty1, Ty2 in Ty4 pa je integracija usklajena s porazdelitvijo več endogenih kopij takšnih genov v genomu.<br /> <br /> Integracija poteka preko transpozonom lastnih integraz, ki specifično interagirajo s povezovalnimi faktorji gostiteljske celice – največkrat so to DNA-vezavni proteini na ustreznih mestih. Zaenkrat smo pri kvasovkah uspeli takšne faktorje natančno identificirati le za Ty1, Ty3 in Ty5. Od načina integracije sta odvisna uspešnost in obseg transkripcije takšnih integriranih regij. Najbolj uspešna integracija naj bi bila pri Ty1 in Ty2, zato sta v celici prisotna v največjem številu. Kljub temu se mora v celici ohranjati relativno nizko število kopij, kar je zagotovljeno z regulacijo procesov aktivacije in zatiranja izražanja. Preveliko število kopij v celici bi negativno vplivalo na normalno delovanje celice in organizma v celoti.<br /> <br /> Integracija pri transpozonu Ty5 poteče ob povezavi tarčne domene njegove integraze s proteinom Sir4 (protein heterokromatina). Ta povezava je pogoj za uspešno integracijo. Pri eksperimentu načrtne prekinitve interakcije se je namreč Ty5 integriral na poljubno mesto v genomu, kar bi lahko povzročilo mutagene spremembe. Prav tako vezava omenjenega transpozona na heterokromatin zavre transkripcijo ostalih de novo integriranih Ty5, s čimer je hkrati regulirano tudi ohranjanje ustreznega števila transpozonov Ty5 v celici.<br /> Ty1 in Ty3 interagirata z različnimi transkripcijskimi faktorji RNA polimeraze III. Takšen je v prvi vrsti TFIIIC, ki prepozna škatlo A, škatlo B in transkripcijski faktor TFIIIB. Slednji se veže na promotorsko mesto – TATA škatlo. Torej za integracijo tako Ty1, kot tudi Ty3 je potreben TFIIIC, nato pa pri obeh transpozonih sledi specifična interakcija še z drugimi enotami transkripcijskega sistema. Pri integraciji Ty1 sledi interakcija z AC40 podenoto RNA polimeraze III, pri Ty3 pa TFIIIC omogoči vzpostavitev povezave med IN3 (integraza transpozona Ty3) in dvema oz. tremi podenotami faktorja TFIIIB. Slednji ostane vezan skozi celotno transkripcijo genov, kar omogoča, da se Ty3 vključi v DNA na katerikoli stopnji transkripcije. Faktor TFIIIB se lahko poveže tudi s RNA polimerazo III. Zaradi omenjene interakcije, lahko polimeraza III vpliva na interakcijo med TFIIIB in IN3 in posledično na integracijo Ty3. Zaradi podobnosti med IN3 in RNA polimerazo III, lahko slednja zavzame vezavno mesto na TFIIIB, kar onemogoči vezavo IN3.<br /> Ty1 pa za razliko od Ty3 za integracijo potrebuje prisotnost polimeraze III. Podenota polimeraze AC40, s katero interagira Ty1, se nahaja na površini RNA polimeraze III in je blizu dela DNA, ki je navzgor od vezavnega mesta za TFIIIB, torej blizu mesta, kamor se integrira Ty1. Ob zamenjavi AC40 podenote z njenim ortologom – AC40s se je Ty1 namesto na običajno mesto preferenčno integriral v subtelomerne regije genoma, kjer se pri kvasovkah nahajajo geni za odziv na spremembe v okolju. Takšna integracija bi lahko imela vpliv na odziv kvasovk na stresne pogoje. Do podobnih interakcij s podenoto AC40 RNA polimeraze III naj bi prišlo tudi v primeru Ty2 in Ty4, kar kaže na izredno pomembnost AC40 podenote za preživetje kvasovk. <br /> <br /> <br /> <br /> == '''ALI JE AC40 EDINA PODENOTA POLIMERAZE III, KI SODELUJE PRI VKLJUČEVANJU TY1 V DNA KVASOVKE?''' ==<br /> <br /> <br /> Ko so z masno spektrometrijo raziskovali mesta na genomu, na katera se veže integraza Ty1 (IN1), so odkrili, da se veže na tista mesta, ki jih navadno zasedeta polimerazi (Pol I in Pol III). IN1 niso zaznali nikjer drugje na genomu, zato so sklepali, da je za vgrajevanje Ty1 v DNA potrebna samo prisotnost podenote AC40. Do podobnega odkritja so prišli, ko so raziskovali mesta vezave integraze Ty5. Potrdili so, da je vezava encima na podenoto AC40 dovolj, da se transpozon približa molekuli DNA in posledično vanjo vgradi. Kasneje so odkrili, da IN1 ne interagira le z AC40, ampak še s štirimi drugimi podenotami RNA polimeraze III (C25, C31, C34 in C53), s katerimi tvori šibkejšo povezavo. Podenote C31, C34 in C53, ki in vitro interagirajo z IN1 so postavljene tako, da sodelujejo pri specifični integraciji Ty1. Študije navzkrižnega povezovanja DNA-protein in krio-EM strukture so pokazale, da tudi podenota C34 interagira s faktorjem TFIIIB.<br /> Mutanti podenot C31, C34 in C53, ki so občutljivi na temperaturo, zmanjšajo frekvenco integracije Ty1. Te podenote lahko kljub šibki interakciji z IN1 spremenijo konformacijo RNA polimeraze III, s čimer vplivajo na interakcijo AC40-IN1 in druge korake integracije Ty1. Na mutantu C53 so izvedli še dodatne raziskave, in sicer so odkrili, da mutant C53 ∆2-280 povzroči popolno izgubo integracije Ty1 elementov navzgor od endogene tDNA, vseeno pa ni prišlo do preusmeritve integracije na področje subtelomer, kot je to značilno za mutante s prekinjeno interakcijo AC40-IN1.<br /> Do sedaj je bila večina raziskav o vlogi podenot polimeraze pri integraciji izvedena in vitro. Zato še ni točno znano, kako ostale podenote, poleg AC40 vplivajo na integracijo transpozonov in vivo. Za natančno vlogo in mehanizem delovanja podenot C31, C34 in C53 pri integraciji bi bilo zato potrebno izvesti še nadaljnje analize struktur in vivo.<br /> <br /> <br /> '''Predintegracijski kompleks - intasom'''<br /> <br /> Struktura IN/cDNA predintegracijskega kompleksa je bila do zdaj opisana že za več retrovirusov. Kompleks je zgrajen iz štirih integraz (dve zunanji in dve notranji), ki so vezane na eno molekulo cDNA. Te integraze se med seboj razlikujejo po zgradbi in po vlogi v kompleksu. Struktura intasoma Ty1 še ni točno določena, znano pa je, da so na cDNA transpozona Ty1 vezane vsaj 4 integraze, ki tvorijo interakcije z različnimi podenotami RNNA polimeraze III. Povezava med IN1 s podenotama C34 in C53 je najdena le pri RNA polimerazi III, saj sta ti podenoti specifični za to polimerazo. Dokazano je tudi, da je za tvorbo te interakcije potrebna predhodna tvorba vezi IN1-AC40.<br /> <br /> Transport predintegracijskega kompleksa v jedro:<br /> Retroelementi za zaključek svojega cikla replikacije potujejo v in iz jedra. Jedrna ovojnica tako predstavlja fizično oviro, ki jo morajo prečkati, da uspešno zaključijo integracijo. Pri tem imajo ključno vlogo jedrni porni kompleksi, ki kontrolirajo prehajanje snovi. Jedrni lokalizacijski signal, ki sproži vstop predintegracijskega kompleksa v jedro, je bil najden na C-končni regiji Ty1 in Ty3. Jedrni lokalizacijski signal je pri obeh dvodelen in sestavljen iz nenavadno dolgega linkerja (29 aminokislin, običajno jih je 9-12), katerega fleksibilnost igra pomembno vlogo pri delovanju celotnega kompleksa. Ob vezavi importina α pride do konformacijske spremembe, pri čemer se izpostavi tarčna domena TD1. Ta se nahaja na linkerju in igra pomembno vlogo pri integraciji Ty1 v gostiteljsko DNA. Po vstopu predintegracijskega kompleksa v jedro, pride do odcepa importina α in vezave tarčne domene TD1 na domeno AC40, čemur sledi integracija Ty1 v izbrano regijo na gostiteljski DNA.<br /> <br /> <br /> <br /> == '''VLOGA STRUKTURE KROMATINA NA INTEGRACIJO Ty''' ==<br /> <br /> <br /> Ty retrotranspozon daje pri integraciji prednost konfiguracijam kromatina, v katere jih privabijo povezovalni faktorji. Ty5 in Ty3 se prednostno integrirata v heterokromatinske in evkromatinske regije, ki niso del nukleosomov, Ty1 pa se integrira v nukleosome. Ravno ta razlika med Ty3 in Ty1 je razlog, da ne pride do prekrivanja njunih integracijskih regij. Pri obeh se te nahajajo na genih, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Integracija Ty1 navzgor od regij tDNA se ponovi na vsakih 70 bp, kar pomeni, da se v povprečju na en nukleosom integrirata dva Ty1. Primerjava teh mest integracije s položajem DNA v nukleosomu kaže, da se obe mesti nahajata na isti strani nukleosoma, blizu stičišča histonskih regij H2A in H2B. Prednost tega mesta za integracijo Ty1 se najverjetneje skriva v nižji energijski barieri. <br /> <br /> Če podrobneje pregledamo integracijske profile Ty1, Ty3 in Ty5 lahko opazimo, da se ti v celoti ne ujemajo z legami njihovih povezovalnih faktorjev. Npr. nekatere regije, na katere se preferenčno integrira Ty5, se ne pokrivajo z vezavnim mestom za Sir4. Podoben primer je prisotnost AC40 in TFIIIB na večini regij tDNA, vendar je integracija Ty1 in Ty3 na le-te različno učinkovita. Po pregledu učinkovitosti integracije Ty3 na različnih regijah tDNA so opazili, da bi lahko bil eden od odločilnih faktorjev zvitost DNA, zaradi katere pride do motenj pri integraciji. Opazili so tudi, da se integracijsko mesto Ty1 prekriva z regijami prekomerne ekspresije proteina Sir3, visoke stopnje fosforiliranih H2A (γH2A) in nizke stopnje trimetiliranega histona H3 K79. γH2A je prisoten tudi pri tDNA, ki je prednostna tarča Ty1. Mnoge študije namigujejo, da fosforilacija H2A vpliva na sposobnost zmanjšanja stabilnosti nukleosomov tako, da privede do konformacijske spremembe dvojne vijačnice DNA, ki postane bolj dostopna drugim faktorjem. Prisotnost γH2A tako olajša integracijo Ty1. Identificiranih je več genov s funkcijami, ki vplivajo na preoblikovanje kromatina in tako uravnavajo učinkovitost integracije retrotranspozona Ty1. Izmed teh so le pri genu rad6∆ opazili precejšnjo spremembo v frekvenci integracije Ty1, ne da bi pri tem prišlo do spremembe celotnega integracijskega profila. Vendar so na tem področju potrebne še dodatne raziskave.<br /> <br /> Na integracijo Ty1 bi lahko vplivale tudi druge strukturne značilnosti kromatina. Geni, ki jih prepisuje RNA polimeraza III, so bili opisani kot vezavna mesta za kohezin. Ta vpliva na kompaktnost kromatina, sodeluje pri nastajanju kromosomskih zank in združuje sestrske kromatide med fazama G2 in M celičnega cikla. Opaženo je bilo, da prisotnost mutantov kohezina ali Esp1, ki vplivajo na odstranitev kohezinskega kompleksa, negativno vplivajo na pogostost integracije Ty1. To nakazuje na to, da se Ty1 raje integrira med anafazo faze M, ko so kohezini odsotni.<br /> <br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> 1.</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20272 2022-04-23T21:14:48Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>Transpozicijske elemente najdemo pri mnogih evkariontih, med drugim tudi pri kvasovkah. Slednje uvrščamo v tako imenovano Ty družino retrotranspozonov, ki so strukturno in funkcionalno precej podobni retrovirusom. Takšnih transpozicijskih elementov poznamo pet, in sicer Ty1, Ty2, Ty3, Ty4 in Ty5. Ker kvasovke vsebujejo precejšen delež kodirajočih zaporedij v svojem genomu v primerjavi z deležem intronskih regij, so se morali razviti posebni mehanizmi integracije, omenjenih Ty transpozonov na gensko revnejše predele, s čimer je normalna transkripcija ostalih genov čim manj ogrožena.<br /> <br /> Specifična integracija je tako odvisna od kompleksnih interakcij med transpozoni in gostiteljsko celico, na točno določena mesta, ki so pri večini Ty transpozonov regije z zapisi za gene, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Izstopa le transpozicijski element Ty5, ki se za razliko od ostalih integrira v utišane predele kromatina specifičnih HM paritvenih tipov in telomerne regije. Ker so to zopet gensko revnejši predeli oz. predeli z mnogimi ponovitvami zaporedja, normalno delovanje in opravljanje funkcij organizma zaradi integracije ni ogroženo. Težava bi torej lahko nastopila v primeru Ty1, Ty2, Ty3 in Ty4, saj se vsi preferenčno integrirajo v podobne predele genoma, in sicer v bližino istih genov. Ta problem je rešen tako, da se vsak transpozon veže na svoje specifično mesto, kar vidimo na primeru Ty3. Pri Ty1, Ty2 in Ty4 pa je integracija usklajena s porazdelitvijo več endogenih kopij takšnih genov v genomu.<br /> <br /> Integracija poteka preko transpozonom lastnih integraz, ki specifično interagirajo s povezovalnimi faktorji gostiteljske celice – največkrat so to DNA-vezavni proteini na ustreznih mestih. Zaenkrat smo pri kvasovkah uspeli takšne faktorje natančno identificirati le za Ty1, Ty3 in Ty5. Od načina integracije sta odvisna uspešnost in obseg transkripcije takšnih integriranih regij. Najbolj uspešna integracija naj bi bila pri Ty1 in Ty2, zato sta v celici prisotna v največjem številu. Kljub temu se mora v celici ohranjati relativno nizko število kopij, kar je zagotovljeno z regulacijo procesov aktivacije in zatiranja izražanja. Preveliko število kopij v celici bi negativno vplivalo na normalno delovanje celice in organizma v celoti.<br /> <br /> Integracija pri transpozonu Ty5 poteče ob povezavi tarčne domene njegove integraze s proteinom Sir4 (protein heterokromatina). Ta povezava je pogoj za uspešno integracijo. Pri eksperimentu načrtne prekinitve interakcije se je namreč Ty5 integriral na poljubno mesto v genomu, kar bi lahko povzročilo mutagene spremembe. Prav tako vezava omenjenega transpozona na heterokromatin zavre transkripcijo ostalih de novo integriranih Ty5, s čimer je hkrati regulirano tudi ohranjanje ustreznega števila transpozonov Ty5 v celici.<br /> Ty1 in Ty3 interagirata z različnimi transkripcijskimi faktorji RNA polimeraze III. Takšen je v prvi vrsti TFIIIC, ki prepozna škatlo A, škatlo B in transkripcijski faktor TFIIIB. Slednji se veže na promotorsko mesto – TATA škatlo. Torej za integracijo tako Ty1, kot tudi Ty3 je potreben TFIIIC, nato pa pri obeh transpozonih sledi specifična interakcija še z drugimi enotami transkripcijskega sistema. Pri integraciji Ty1 sledi interakcija z AC40 podenoto RNA polimeraze III, pri Ty3 pa TFIIIC omogoči vzpostavitev povezave med IN3 (integraza transpozona Ty3) in dvema oz. tremi podenotami faktorja TFIIIB. Slednji ostane vezan skozi celotno transkripcijo genov, kar omogoča, da se Ty3 vključi v DNA na katerikoli stopnji transkripcije. Faktor TFIIIB se lahko poveže tudi s RNA polimerazo III. Zaradi omenjene interakcije, lahko polimeraza III vpliva na interakcijo med TFIIIB in IN3 in posledično na integracijo Ty3. Zaradi podobnosti med IN3 in RNA polimerazo III, lahko slednja zavzame vezavno mesto na TFIIIB, kar onemogoči vezavo IN3.<br /> Ty1 pa za razliko od Ty3 za integracijo potrebuje prisotnost polimeraze III. Podenota polimeraze AC40, s katero interagira Ty1, se nahaja na površini RNA polimeraze III in je blizu dela DNA, ki je navzgor od vezavnega mesta za TFIIIB, torej blizu mesta, kamor se integrira Ty1. Ob zamenjavi AC40 podenote z njenim ortologom – AC40s se je Ty1 namesto na običajno mesto preferenčno integriral v subtelomerne regije genoma, kjer se pri kvasovkah nahajajo geni za odziv na spremembe v okolju. Takšna integracija bi lahko imela vpliv na odziv kvasovk na stresne pogoje. Do podobnih interakcij s podenoto AC40 RNA polimeraze III naj bi prišlo tudi v primeru Ty2 in Ty4, kar kaže na izredno pomembnost AC40 podenote za preživetje kvasovk. <br /> <br /> <br /> <br /> == '''ALI JE AC40 EDINA PODENOTA POLIMERAZE III, KI SODELUJE PRI VKLJUČEVANJU TY1 V DNA KVASOVKE?''' ==<br /> <br /> <br /> Ko so z masno spektrometrijo raziskovali mesta na genomu, na katera se veže integraza Ty1 (IN1), so odkrili, da se veže na tista mesta, ki jih navadno zasedeta polimerazi (Pol I in Pol III). IN1 niso zaznali nikjer drugje na genomu, zato so sklepali, da je za vgrajevanje Ty1 v DNA potrebna samo prisotnost podenote AC40. Do podobnega odkritja so prišli, ko so raziskovali mesta vezave integraze Ty5. Potrdili so, da je vezava encima na podenoto AC40 dovolj, da se transpozon približa molekuli DNA in posledično vanjo vgradi. Kasneje so odkrili, da IN1 ne interagira le z AC40, ampak še s štirimi drugimi podenotami RNA polimeraze III (C25, C31, C34 in C53), s katerimi tvori šibkejšo povezavo. Podenote C31, C34 in C53, ki in vitro interagirajo z IN1 so postavljene tako, da sodelujejo pri specifični integraciji Ty1. Študije navzkrižnega povezovanja DNA-protein in krio-EM strukture so pokazale, da tudi podenota C34 interagira s faktorjem TFIIIB.<br /> Mutanti podenot C31, C34 in C53, ki so občutljivi na temperaturo, zmanjšajo frekvenco integracije Ty1. Te podenote lahko kljub šibki interakciji z IN1 spremenijo konformacijo RNA polimeraze III, s čimer vplivajo na interakcijo AC40-IN1 in druge korake integracije Ty1. Na mutantu C53 so izvedli še dodatne raziskave, in sicer so odkrili, da mutant C53 ∆2-280 povzroči popolno izgubo integracije Ty1 elementov navzgor od endogene tDNA, vseeno pa ni prišlo do preusmeritve integracije na področje subtelomer, kot je to značilno za mutante s prekinjeno interakcijo AC40-IN1.<br /> Do sedaj je bila večina raziskav o vlogi podenot polimeraze pri integraciji izvedena in vitro. Zato še ni točno znano, kako ostale podenote, poleg AC40 vplivajo na integracijo transpozonov in vivo. Za natančno vlogo in mehanizem delovanja podenot C31, C34 in C53 pri integraciji bi bilo zato potrebno izvesti še nadaljnje analize struktur in vivo.<br /> <br /> <br /> '''Predintegracijski kompleks - intasom'''<br /> <br /> Struktura IN/cDNA predintegracijskega kompleksa je bila do zdaj opisana že za več retrovirusov. Kompleks je zgrajen iz štirih integraz (dve zunanji in dve notranji), ki so vezane na eno molekulo cDNA. Te integraze se med seboj razlikujejo po zgradbi in po vlogi v kompleksu. Struktura intasoma Ty1 še ni točno določena, znano pa je, da so na cDNA transpozona Ty1 vezane vsaj 4 integraze, ki tvorijo interakcije z različnimi podenotami RNNA polimeraze III. Povezava med IN1 s podenotama C34 in C53 je najdena le pri RNA polimerazi III, saj sta ti podenoti specifični za to polimerazo. Dokazano je tudi, da je za tvorbo te interakcije potrebna predhodna tvorba vezi IN1-AC40.<br /> <br /> Transport predintegracijskega kompleksa v jedro:<br /> Retroelementi za zaključek svojega cikla replikacije potujejo v in iz jedra. Jedrna ovojnica tako predstavlja fizično oviro, ki jo morajo prečkati, da uspešno zaključijo integracijo. Pri tem imajo ključno vlogo jedrni porni kompleksi, ki kontrolirajo prehajanje snovi. Jedrni lokalizacijski signal, ki sproži vstop predintegracijskega kompleksa v jedro, je bil najden na C-končni regiji Ty1 in Ty3. Jedrni lokalizacijski signal je pri obeh dvodelen in sestavljen iz nenavadno dolgega linkerja (29 aminokislin, običajno jih je 9-12), katerega fleksibilnost igra pomembno vlogo pri delovanju celotnega kompleksa. Ob vezavi importina α pride do konformacijske spremembe, pri čemer se izpostavi tarčna domena TD1. Ta se nahaja na linkerju in igra pomembno vlogo pri integraciji Ty1 v gostiteljsko DNA. Po vstopu predintegracijskega kompleksa v jedro, pride do odcepa importina α in vezave tarčne domene TD1 na domeno AC40, čemur sledi integracija Ty1 v izbrano regijo na gostiteljski DNA.<br /> <br /> <br /> <br /> == '''VLOGA STRUKTURE KROMATINA NA INTEGRACIJO Ty''' ==<br /> <br /> <br /> Ty retrotranspozon daje pri integraciji prednost konfiguracijam kromatina, v katere jih privabijo povezovalni faktorji. Ty5 in Ty3 se prednostno integrirata v heterokromatinske in evkromatinske regije, ki niso del nukleosomov, Ty1 pa se integrira v nukleosome. Ravno ta razlika med Ty3 in Ty1 je razlog, da ne pride do prekrivanja njunih integracijskih regij. Pri obeh se te nahajajo na genih, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Integracija Ty1 navzgor od regij tDNA se ponovi na vsakih 70 bp, kar pomeni, da se v povprečju na en nukleosom integrirata dva Ty1. Primerjava teh mest integracije s položajem DNA v nukleosomu kaže, da se obe mesti nahajata na isti strani nukleosoma, blizu stičišča histonskih regij H2A in H2B. Prednost tega mesta za integracijo Ty1 se najverjetneje skriva v nižji energijski barieri. <br /> <br /> Če podrobneje pregledamo integracijske profile Ty1, Ty3 in Ty5 lahko opazimo, da se ti v celoti ne ujemajo z legami njihovih povezovalnih faktorjev. Npr. nekatere regije, na katere se preferenčno integrira Ty5, se ne pokrivajo z vezavnim mestom za Sir4. Podoben primer je prisotnost AC40 in TFIIIB na večini regij tDNA, vendar je integracija Ty1 in Ty3 na le-te različno učinkovita. Po pregledu učinkovitosti integracije Ty3 na različnih regijah tDNA so opazili, da bi lahko bil eden od odločilnih faktorjev zvitost DNA, zaradi katere pride do motenj pri integraciji. Opazili so tudi, da se integracijsko mesto Ty1 prekriva z regijami prekomerne ekspresije proteina Sir3, visoke stopnje fosforiliranih H2A (γH2A) in nizke stopnje trimetiliranega histona H3 K79. γH2A je prisoten tudi pri tDNA, ki je prednostna tarča Ty1. Mnoge študije namigujejo, da fosforilacija H2A vpliva na sposobnost zmanjšanja stabilnosti nukleosomov tako, da privede do konformacijske spremembe dvojne vijačnice DNA, ki postane bolj dostopna drugim faktorjem. Prisotnost γH2A tako olajša integracijo Ty1. Identificiranih je več genov s funkcijami, ki vplivajo na preoblikovanje kromatina in tako uravnavajo učinkovitost integracije retrotranspozona Ty1. Izmed teh so le pri genu rad6∆ opazili precejšnjo spremembo v frekvenci integracije Ty1, ne da bi pri tem prišlo do spremembe celotnega integracijskega profila. Vendar so na tem področju potrebne še dodatne raziskave.<br /> <br /> Na integracijo Ty1 bi lahko vplivale tudi druge strukturne značilnosti kromatina. Geni, ki jih prepisuje RNA polimeraza III, so bili opisani kot vezavna mesta za kohezin. Ta vpliva na kompaktnost kromatina, sodeluje pri nastajanju kromosomskih zank in združuje sestrske kromatide med fazama G2 in M celičnega cikla. Opaženo je bilo, da prisotnost mutantov kohezina ali Esp1, ki vplivajo na odstranitev kohezinskega kompleksa, negativno vplivajo na pogostost integracije Ty1. To nakazuje na to, da se Ty1 raje integrira med anafazo faze M, ko so kohezini odsotni.</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20271 2022-04-23T21:14:22Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>'''Katja Resnik:''' Uvod<br /> <br /> '''Pia Špehar:''' Ali je AC40 edina podenota polimeraze III, ki sodeluje pri integraciji Ty1 v DNA kvasovke? in Intasom-predintegracijski kompleks<br /> <br /> '''Zarja Weingerl:''' Transport predintegracijskega kompleksa v jedro in Vloga strukture kromatina na integracijo Ty</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20270 2022-04-23T21:14:01Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>'''Katja Resnik:''' Uvod<br /> <br /> '''Pia Špehar:''' Ali je AC40 edina podenota polimeraze III, ki sodeluje pri integraciji Ty1 DNA kvasovke? in Intasom-predintegracijski kompleks<br /> <br /> '''Zarja Weingerl:''' Transport predintegracijskega kompleksa v jedro in Vloga strukture kromatina na integracijo Ty</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20269 2022-04-23T21:13:45Z

<p>Pia.spehar: New page: &#039;&#039;&#039;Katja Resnik:&#039;&#039;&#039; Uvod &#039;&#039;&#039;Pia Špehar:&#039;&#039;&#039; Ali je AC40 edina podenota polimeraze III, ki sodeluje pri integraciji Ty1 DNA kvasovke? in Intasom-predintegracijski kompleks &#039;&#039;&#039;Zarja Weingerl...</p> <hr /> <div>'''Katja Resnik:''' Uvod<br /> '''Pia Špehar:''' Ali je AC40 edina podenota polimeraze III, ki sodeluje pri integraciji Ty1 DNA kvasovke? in Intasom-predintegracijski kompleks<br /> '''Zarja Weingerl:''' Transport predintegracijskega kompleksa v jedro in Vloga strukture kromatina na integracijo Ty</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20268 2022-04-23T21:08:31Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>Transpozicijske elemente najdemo pri mnogih evkariontih, med drugim tudi pri kvasovkah. Slednje uvrščamo v tako imenovano Ty družino retrotranspozonov, ki so strukturno in funkcionalno precej podobni retrovirusom. Takšnih transpozicijskih elementov poznamo pet, in sicer Ty1, Ty2, Ty3, Ty4 in Ty5. Ker kvasovke vsebujejo precejšen delež kodirajočih zaporedij v svojem genomu v primerjavi z deležem intronskih regij, so se morali razviti posebni mehanizmi integracije, omenjenih Ty transpozonov na gensko revnejše predele, s čimer je normalna transkripcija ostalih genov čim manj ogrožena.<br /> <br /> Specifična integracija je tako odvisna od kompleksnih interakcij med transpozoni in gostiteljsko celico, na točno določena mesta, ki so pri večini Ty transpozonov regije z zapisi za gene, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Izstopa le transpozicijski element Ty5, ki se za razliko od ostalih integrira v utišane predele kromatina specifičnih HM paritvenih tipov in telomerne regije. Ker so to zopet gensko revnejši predeli oz. predeli z mnogimi ponovitvami zaporedja, normalno delovanje in opravljanje funkcij organizma zaradi integracije ni ogroženo. Težava bi torej lahko nastopila v primeru Ty1, Ty2, Ty3 in Ty4, saj se vsi preferenčno integrirajo v podobne predele genoma, in sicer v bližino istih genov. Ta problem je rešen tako, da se vsak transpozon veže na svoje specifično mesto, kar vidimo na primeru Ty3. Pri Ty1, Ty2 in Ty4 pa je integracija usklajena s porazdelitvijo več endogenih kopij takšnih genov v genomu.<br /> <br /> Integracija poteka preko transpozonom lastnih integraz, ki specifično interagirajo s povezovalnimi faktorji gostiteljske celice – največkrat so to DNA-vezavni proteini na ustreznih mestih. Zaenkrat smo pri kvasovkah uspeli takšne faktorje natančno identificirati le za Ty1, Ty3 in Ty5. Od načina integracije sta odvisna uspešnost in obseg transkripcije takšnih integriranih regij. Najbolj uspešna integracija naj bi bila pri Ty1 in Ty2, zato sta v celici prisotna v največjem številu. Kljub temu se mora v celici ohranjati relativno nizko število kopij, kar je zagotovljeno z regulacijo procesov aktivacije in zatiranja izražanja. Preveliko število kopij v celici bi negativno vplivalo na normalno delovanje celice in organizma v celoti.<br /> <br /> Integracija pri transpozonu Ty5 poteče ob povezavi tarčne domene njegove integraze s proteinom Sir4 (protein heterokromatina). Ta povezava je pogoj za uspešno integracijo. Pri eksperimentu načrtne prekinitve interakcije se je namreč Ty5 integriral na poljubno mesto v genomu, kar bi lahko povzročilo mutagene spremembe. Prav tako vezava omenjenega transpozona na heterokromatin zavre transkripcijo ostalih de novo integriranih Ty5, s čimer je hkrati regulirano tudi ohranjanje ustreznega števila transpozonov Ty5 v celici.<br /> Ty1 in Ty3 interagirata z različnimi transkripcijskimi faktorji RNA polimeraze III. Takšen je v prvi vrsti TFIIIC, ki prepozna škatlo A, škatlo B in transkripcijski faktor TFIIIB. Slednji se veže na promotorsko mesto – TATA škatlo. Torej za integracijo tako Ty1, kot tudi Ty3 je potreben TFIIIC, nato pa pri obeh transpozonih sledi specifična interakcija še z drugimi enotami transkripcijskega sistema. Pri integraciji Ty1 sledi interakcija z AC40 podenoto RNA polimeraze III, pri Ty3 pa TFIIIC omogoči vzpostavitev povezave med IN3 (integraza transpozona Ty3) in dvema oz. tremi podenotami faktorja TFIIIB. Slednji ostane vezan skozi celotno transkripcijo genov, kar omogoča, da se Ty3 vključi v DNA na katerikoli stopnji transkripcije. Faktor TFIIIB se lahko poveže tudi s RNA polimerazo III. Zaradi omenjene interakcije, lahko polimeraza III vpliva na interakcijo med TFIIIB in IN3 in posledično na integracijo Ty3. Zaradi podobnosti med IN3 in RNA polimerazo III, lahko slednja zavzame vezavno mesto na TFIIIB, kar onemogoči vezavo IN3.<br /> Ty1 pa za razliko od Ty3 za integracijo potrebuje prisotnost polimeraze III. Podenota polimeraze AC40, s katero interagira Ty1, se nahaja na površini RNA polimeraze III in je blizu dela DNA, ki je navzgor od vezavnega mesta za TFIIIB, torej blizu mesta, kamor se integrira Ty1. Ob zamenjavi AC40 podenote z njenim ortologom – AC40s se je Ty1 namesto na običajno mesto preferenčno integriral v subtelomerne regije genoma, kjer se pri kvasovkah nahajajo geni za odziv na spremembe v okolju. Takšna integracija bi lahko imela vpliv na odziv kvasovk na stresne pogoje. Do podobnih interakcij s podenoto AC40 RNA polimeraze III naj bi prišlo tudi v primeru Ty2 in Ty4, kar kaže na izredno pomembnost AC40 podenote za preživetje kvasovk. <br /> <br /> <br /> <br /> == '''ALI JE AC40 EDINA PODENOTA POLIMERAZE III, KI SODELUJE PRI VKLJUČEVANJU TY1 V GOSTITELJSKO DNA?''' ==<br /> <br /> <br /> Ko so z masno spektrometrijo raziskovali mesta na genomu, na katera se veže integraza Ty1 (IN1), so odkrili, da se veže na tista mesta, ki jih navadno zasedeta polimerazi (Pol I in Pol III). IN1 niso zaznali nikjer drugje na genomu, zato so sklepali, da je za vgrajevanje Ty1 v DNA potrebna samo prisotnost podenote AC40. Do podobnega odkritja so prišli, ko so raziskovali mesta vezave integraze Ty5. Potrdili so, da je vezava encima na podenoto AC40 dovolj, da se transpozon približa molekuli DNA in posledično vanjo vgradi. Kasneje so odkrili, da IN1 ne interagira le z AC40, ampak še s štirimi drugimi podenotami RNA polimeraze III (C25, C31, C34 in C53), s katerimi tvori šibkejšo povezavo. Podenote C31, C34 in C53, ki in vitro interagirajo z IN1 so postavljene tako, da sodelujejo pri specifični integraciji Ty1. Študije navzkrižnega povezovanja DNA-protein in krio-EM strukture so pokazale, da tudi podenota C34 interagira s faktorjem TFIIIB.<br /> Mutanti podenot C31, C34 in C53, ki so občutljivi na temperaturo, zmanjšajo frekvenco integracije Ty1. Te podenote lahko kljub šibki interakciji z IN1 spremenijo konformacijo RNA polimeraze III, s čimer vplivajo na interakcijo AC40-IN1 in druge korake integracije Ty1. Na mutantu C53 so izvedli še dodatne raziskave, in sicer so odkrili, da mutant C53 ∆2-280 povzroči popolno izgubo integracije Ty1 elementov navzgor od endogene tDNA, vseeno pa ni prišlo do preusmeritve integracije na področje subtelomer, kot je to značilno za mutante s prekinjeno interakcijo AC40-IN1.<br /> Do sedaj je bila večina raziskav o vlogi podenot polimeraze pri integraciji izvedena in vitro. Zato še ni točno znano, kako ostale podenote, poleg AC40 vplivajo na integracijo transpozonov in vivo. Za natančno vlogo in mehanizem delovanja podenot C31, C34 in C53 pri integraciji bi bilo zato potrebno izvesti še nadaljnje analize struktur in vivo.<br /> <br /> <br /> '''Predintegracijski kompleks - intasom'''<br /> <br /> Struktura IN/cDNA predintegracijskega kompleksa je bila do zdaj opisana že za več retrovirusov. Kompleks je zgrajen iz štirih integraz (dve zunanji in dve notranji), ki so vezane na eno molekulo cDNA. Te integraze se med seboj razlikujejo po zgradbi in po vlogi v kompleksu. Struktura intasoma Ty1 še ni točno določena, znano pa je, da so na cDNA transpozona Ty1 vezane vsaj 4 integraze, ki tvorijo interakcije z različnimi podenotami RNNA polimeraze III. Povezava med IN1 s podenotama C34 in C53 je najdena le pri RNA polimerazi III, saj sta ti podenoti specifični za to polimerazo. Dokazano je tudi, da je za tvorbo te interakcije potrebna predhodna tvorba vezi IN1-AC40.<br /> <br /> Transport predintegracijskega kompleksa v jedro:<br /> Retroelementi za zaključek svojega cikla replikacije potujejo v in iz jedra. Jedrna ovojnica tako predstavlja fizično oviro, ki jo morajo prečkati, da uspešno zaključijo integracijo. Pri tem imajo ključno vlogo jedrni porni kompleksi, ki kontrolirajo prehajanje snovi. Jedrni lokalizacijski signal, ki sproži vstop predintegracijskega kompleksa v jedro, je bil najden na C-končni regiji Ty1 in Ty3. Jedrni lokalizacijski signal je pri obeh dvodelen in sestavljen iz nenavadno dolgega linkerja (29 aminokislin, običajno jih je 9-12), katerega fleksibilnost igra pomembno vlogo pri delovanju celotnega kompleksa. Ob vezavi importina α pride do konformacijske spremembe, pri čemer se izpostavi tarčna domena TD1. Ta se nahaja na linkerju in igra pomembno vlogo pri integraciji Ty1 v gostiteljsko DNA. Po vstopu predintegracijskega kompleksa v jedro, pride do odcepa importina α in vezave tarčne domene TD1 na domeno AC40, čemur sledi integracija Ty1 v izbrano regijo na gostiteljski DNA.<br /> <br /> <br /> <br /> == '''VLOGA STRUKTURE KROMATINA NA INTEGRACIJO Ty''' ==<br /> <br /> <br /> Ty retrotranspozon daje pri integraciji prednost konfiguracijam kromatina, v katere jih privabijo povezovalni faktorji. Ty5 in Ty3 se prednostno integrirata v heterokromatinske in evkromatinske regije, ki niso del nukleosomov, Ty1 pa se integrira v nukleosome. Ravno ta razlika med Ty3 in Ty1 je razlog, da ne pride do prekrivanja njunih integracijskih regij. Pri obeh se te nahajajo na genih, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Integracija Ty1 navzgor od regij tDNA se ponovi na vsakih 70 bp, kar pomeni, da se v povprečju na en nukleosom integrirata dva Ty1. Primerjava teh mest integracije s položajem DNA v nukleosomu kaže, da se obe mesti nahajata na isti strani nukleosoma, blizu stičišča histonskih regij H2A in H2B. Prednost tega mesta za integracijo Ty1 se najverjetneje skriva v nižji energijski barieri. <br /> <br /> Če podrobneje pregledamo integracijske profile Ty1, Ty3 in Ty5 lahko opazimo, da se ti v celoti ne ujemajo z legami njihovih povezovalnih faktorjev. Npr. nekatere regije, na katere se preferenčno integrira Ty5, se ne pokrivajo z vezavnim mestom za Sir4. Podoben primer je prisotnost AC40 in TFIIIB na večini regij tDNA, vendar je integracija Ty1 in Ty3 na le-te različno učinkovita. Po pregledu učinkovitosti integracije Ty3 na različnih regijah tDNA so opazili, da bi lahko bil eden od odločilnih faktorjev zvitost DNA, zaradi katere pride do motenj pri integraciji. Opazili so tudi, da se integracijsko mesto Ty1 prekriva z regijami prekomerne ekspresije proteina Sir3, visoke stopnje fosforiliranih H2A (γH2A) in nizke stopnje trimetiliranega histona H3 K79. γH2A je prisoten tudi pri tDNA, ki je prednostna tarča Ty1. Mnoge študije namigujejo, da fosforilacija H2A vpliva na sposobnost zmanjšanja stabilnosti nukleosomov tako, da privede do konformacijske spremembe dvojne vijačnice DNA, ki postane bolj dostopna drugim faktorjem. Prisotnost γH2A tako olajša integracijo Ty1. Identificiranih je več genov s funkcijami, ki vplivajo na preoblikovanje kromatina in tako uravnavajo učinkovitost integracije retrotranspozona Ty1. Izmed teh so le pri genu rad6∆ opazili precejšnjo spremembo v frekvenci integracije Ty1, ne da bi pri tem prišlo do spremembe celotnega integracijskega profila. Vendar so na tem področju potrebne še dodatne raziskave.<br /> <br /> Na integracijo Ty1 bi lahko vplivale tudi druge strukturne značilnosti kromatina. Geni, ki jih prepisuje RNA polimeraza III, so bili opisani kot vezavna mesta za kohezin. Ta vpliva na kompaktnost kromatina, sodeluje pri nastajanju kromosomskih zank in združuje sestrske kromatide med fazama G2 in M celičnega cikla. Opaženo je bilo, da prisotnost mutantov kohezina ali Esp1, ki vplivajo na odstranitev kohezinskega kompleksa, negativno vplivajo na pogostost integracije Ty1. To nakazuje na to, da se Ty1 raje integrira med anafazo faze M, ko so kohezini odsotni.</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20267 2022-04-23T21:07:20Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>Transpozicijske elemente najdemo pri mnogih evkariontih, med drugim tudi pri kvasovkah. Slednje uvrščamo v tako imenovano Ty družino retrotranspozonov, ki so strukturno in funkcionalno precej podobni retrovirusom. Takšnih transpozicijskih elementov poznamo pet, in sicer Ty1, Ty2, Ty3, Ty4 in Ty5. Ker kvasovke vsebujejo precejšen delež kodirajočih zaporedij v svojem genomu v primerjavi z deležem intronskih regij, so se morali razviti posebni mehanizmi integracije, omenjenih Ty transpozonov na gensko revnejše predele, s čimer je normalna transkripcija ostalih genov čim manj ogrožena.<br /> <br /> Specifična integracija je tako odvisna od kompleksnih interakcij med transpozoni in gostiteljsko celico, na točno določena mesta, ki so pri večini Ty transpozonov regije z zapisi za gene, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Izstopa le transpozicijski element Ty5, ki se za razliko od ostalih integrira v utišane predele kromatina specifičnih HM paritvenih tipov in telomerne regije. Ker so to zopet gensko revnejši predeli oz. predeli z mnogimi ponovitvami zaporedja, normalno delovanje in opravljanje funkcij organizma zaradi integracije ni ogroženo. Težava bi torej lahko nastopila v primeru Ty1, Ty2, Ty3 in Ty4, saj se vsi preferenčno integrirajo v podobne predele genoma, in sicer v bližino istih genov. Ta problem je rešen tako, da se vsak transpozon veže na svoje specifično mesto, kar vidimo na primeru Ty3. Pri Ty1, Ty2 in Ty4 pa je integracija usklajena s porazdelitvijo več endogenih kopij takšnih genov v genomu.<br /> <br /> Integracija poteka preko transpozonom lastnih integraz, ki specifično interagirajo s povezovalnimi faktorji gostiteljske celice – največkrat so to DNA-vezavni proteini na ustreznih mestih. Zaenkrat smo pri kvasovkah uspeli takšne faktorje natančno identificirati le za Ty1, Ty3 in Ty5. Od načina integracije sta odvisna uspešnost in obseg transkripcije takšnih integriranih regij. Najbolj uspešna integracija naj bi bila pri Ty1 in Ty2, zato sta v celici prisotna v največjem številu. Kljub temu se mora v celici ohranjati relativno nizko število kopij, kar je zagotovljeno z regulacijo procesov aktivacije in zatiranja izražanja. Preveliko število kopij v celici bi negativno vplivalo na normalno delovanje celice in organizma v celoti.<br /> <br /> Integracija pri transpozonu Ty5 poteče ob povezavi tarčne domene njegove integraze s proteinom Sir4 (protein heterokromatina). Ta povezava je pogoj za uspešno integracijo. Pri eksperimentu načrtne prekinitve interakcije se je namreč Ty5 integriral na poljubno mesto v genomu, kar bi lahko povzročilo mutagene spremembe. Prav tako vezava omenjenega transpozona na heterokromatin zavre transkripcijo ostalih de novo integriranih Ty5, s čimer je hkrati regulirano tudi ohranjanje ustreznega števila transpozonov Ty5 v celici.<br /> Ty1 in Ty3 interagirata z različnimi transkripcijskimi faktorji RNA polimeraze III. Takšen je v prvi vrsti TFIIIC, ki prepozna škatlo A, škatlo B in transkripcijski faktor TFIIIB. Slednji se veže na promotorsko mesto – TATA škatlo. Torej za integracijo tako Ty1, kot tudi Ty3 je potreben TFIIIC, nato pa pri obeh transpozonih sledi specifična interakcija še z drugimi enotami transkripcijskega sistema. Pri integraciji Ty1 sledi interakcija z AC40 podenoto RNA polimeraze III, pri Ty3 pa TFIIIC omogoči vzpostavitev povezave med IN3 (integraza transpozona Ty3) in dvema oz. tremi podenotami faktorja TFIIIB. Slednji ostane vezan skozi celotno transkripcijo genov, kar omogoča, da se Ty3 vključi v DNA na katerikoli stopnji transkripcije. Faktor TFIIIB se lahko poveže tudi s RNA polimerazo III. Zaradi omenjene interakcije, lahko polimeraza III vpliva na interakcijo med TFIIIB in IN3 in posledično na integracijo Ty3. Zaradi podobnosti med IN3 in RNA polimerazo III, lahko slednja zavzame vezavno mesto na TFIIIB, kar onemogoči vezavo IN3.<br /> Ty1 pa za razliko od Ty3 za integracijo potrebuje prisotnost polimeraze III. Podenota polimeraze AC40, s katero interagira Ty1, se nahaja na površini RNA polimeraze III in je blizu dela DNA, ki je navzgor od vezavnega mesta za TFIIIB, torej blizu mesta, kamor se integrira Ty1. Ob zamenjavi AC40 podenote z njenim ortologom – AC40s se je Ty1 namesto na običajno mesto preferenčno integriral v subtelomerne regije genoma, kjer se pri kvasovkah nahajajo geni za odziv na spremembe v okolju. Takšna integracija bi lahko imela vpliv na odziv kvasovk na stresne pogoje. Do podobnih interakcij s podenoto AC40 RNA polimeraze III naj bi prišlo tudi v primeru Ty2 in Ty4, kar kaže na izredno pomembnost AC40 podenote za preživetje kvasovk. <br /> <br /> '''ALI JE AC40 EDINA PODENOTA POLIMERAZE III, KI SODELUJE PRI VKLJUČEVANJU TY1 V GOSTITELJSKO DNA?'''<br /> Ko so z masno spektrometrijo raziskovali mesta na genomu, na katera se veže integraza Ty1 (IN1), so odkrili, da se veže na tista mesta, ki jih navadno zasedeta polimerazi (Pol I in Pol III). IN1 niso zaznali nikjer drugje na genomu, zato so sklepali, da je za vgrajevanje Ty1 v DNA potrebna samo prisotnost podenote AC40. Do podobnega odkritja so prišli, ko so raziskovali mesta vezave integraze Ty5. Potrdili so, da je vezava encima na podenoto AC40 dovolj, da se transpozon približa molekuli DNA in posledično vanjo vgradi. Kasneje so odkrili, da IN1 ne interagira le z AC40, ampak še s štirimi drugimi podenotami RNA polimeraze III (C25, C31, C34 in C53), s katerimi tvori šibkejšo povezavo. Podenote C31, C34 in C53, ki in vitro interagirajo z IN1 so postavljene tako, da sodelujejo pri specifični integraciji Ty1. Študije navzkrižnega povezovanja DNA-protein in krio-EM strukture so pokazale, da tudi podenota C34 interagira s faktorjem TFIIIB.<br /> Mutanti podenot C31, C34 in C53, ki so občutljivi na temperaturo, zmanjšajo frekvenco integracije Ty1. Te podenote lahko kljub šibki interakciji z IN1 spremenijo konformacijo RNA polimeraze III, s čimer vplivajo na interakcijo AC40-IN1 in druge korake integracije Ty1. Na mutantu C53 so izvedli še dodatne raziskave, in sicer so odkrili, da mutant C53 ∆2-280 povzroči popolno izgubo integracije Ty1 elementov navzgor od endogene tDNA, vseeno pa ni prišlo do preusmeritve integracije na področje subtelomer, kot je to značilno za mutante s prekinjeno interakcijo AC40-IN1.<br /> Do sedaj je bila večina raziskav o vlogi podenot polimeraze pri integraciji izvedena in vitro. Zato še ni točno znano, kako ostale podenote, poleg AC40 vplivajo na integracijo transpozonov in vivo. Za natančno vlogo in mehanizem delovanja podenot C31, C34 in C53 pri integraciji bi bilo zato potrebno izvesti še nadaljnje analize struktur in vivo.<br /> <br /> '''Predintegracijski kompleks - intasom'''<br /> Struktura IN/cDNA predintegracijskega kompleksa je bila do zdaj opisana že za več retrovirusov. Kompleks je zgrajen iz štirih integraz (dve zunanji in dve notranji), ki so vezane na eno molekulo cDNA. Te integraze se med seboj razlikujejo po zgradbi in po vlogi v kompleksu. Struktura intasoma Ty1 še ni točno določena, znano pa je, da so na cDNA transpozona Ty1 vezane vsaj 4 integraze, ki tvorijo interakcije z različnimi podenotami RNNA polimeraze III. Povezava med IN1 s podenotama C34 in C53 je najdena le pri RNA polimerazi III, saj sta ti podenoti specifični za to polimerazo. Dokazano je tudi, da je za tvorbo te interakcije potrebna predhodna tvorba vezi IN1-AC40.<br /> <br /> Transport predintegracijskega kompleksa v jedro:<br /> Retroelementi za zaključek svojega cikla replikacije potujejo v in iz jedra. Jedrna ovojnica tako predstavlja fizično oviro, ki jo morajo prečkati, da uspešno zaključijo integracijo. Pri tem imajo ključno vlogo jedrni porni kompleksi, ki kontrolirajo prehajanje snovi. Jedrni lokalizacijski signal, ki sproži vstop predintegracijskega kompleksa v jedro, je bil najden na C-končni regiji Ty1 in Ty3. Jedrni lokalizacijski signal je pri obeh dvodelen in sestavljen iz nenavadno dolgega linkerja (29 aminokislin, običajno jih je 9-12), katerega fleksibilnost igra pomembno vlogo pri delovanju celotnega kompleksa. Ob vezavi importina α pride do konformacijske spremembe, pri čemer se izpostavi tarčna domena TD1. Ta se nahaja na linkerju in igra pomembno vlogo pri integraciji Ty1 v gostiteljsko DNA. Po vstopu predintegracijskega kompleksa v jedro, pride do odcepa importina α in vezave tarčne domene TD1 na domeno AC40, čemur sledi integracija Ty1 v izbrano regijo na gostiteljski DNA.<br /> <br /> '''VLOGA STRUKTURE KROMATINA NA INTEGRACIJO Ty''' <br /> <br /> Ty retrotranspozon daje pri integraciji prednost konfiguracijam kromatina, v katere jih privabijo povezovalni faktorji. Ty5 in Ty3 se prednostno integrirata v heterokromatinske in evkromatinske regije, ki niso del nukleosomov, Ty1 pa se integrira v nukleosome. Ravno ta razlika med Ty3 in Ty1 je razlog, da ne pride do prekrivanja njunih integracijskih regij. Pri obeh se te nahajajo na genih, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Integracija Ty1 navzgor od regij tDNA se ponovi na vsakih 70 bp, kar pomeni, da se v povprečju na en nukleosom integrirata dva Ty1. Primerjava teh mest integracije s položajem DNA v nukleosomu kaže, da se obe mesti nahajata na isti strani nukleosoma, blizu stičišča histonskih regij H2A in H2B. Prednost tega mesta za integracijo Ty1 se najverjetneje skriva v nižji energijski barieri. <br /> Če podrobneje pregledamo integracijske profile Ty1, Ty3 in Ty5 lahko opazimo, da se ti v celoti ne ujemajo z legami njihovih povezovalnih faktorjev. Npr. nekatere regije, na katere se preferenčno integrira Ty5, se ne pokrivajo z vezavnim mestom za Sir4. Podoben primer je prisotnost AC40 in TFIIIB na večini regij tDNA, vendar je integracija Ty1 in Ty3 na le-te različno učinkovita. Po pregledu učinkovitosti integracije Ty3 na različnih regijah tDNA so opazili, da bi lahko bil eden od odločilnih faktorjev zvitost DNA, zaradi katere pride do motenj pri integraciji. Opazili so tudi, da se integracijsko mesto Ty1 prekriva z regijami prekomerne ekspresije proteina Sir3, visoke stopnje fosforiliranih H2A (γH2A) in nizke stopnje trimetiliranega histona H3 K79. γH2A je prisoten tudi pri tDNA, ki je prednostna tarča Ty1. Mnoge študije namigujejo, da fosforilacija H2A vpliva na sposobnost zmanjšanja stabilnosti nukleosomov tako, da privede do konformacijske spremembe dvojne vijačnice DNA, ki postane bolj dostopna drugim faktorjem. Prisotnost γH2A tako olajša integracijo Ty1. Identificiranih je več genov s funkcijami, ki vplivajo na preoblikovanje kromatina in tako uravnavajo učinkovitost integracije retrotranspozona Ty1. Izmed teh so le pri genu rad6∆ opazili precejšnjo spremembo v frekvenci integracije Ty1, ne da bi pri tem prišlo do spremembe celotnega integracijskega profila. Vendar so na tem področju potrebne še dodatne raziskave.<br /> Na integracijo Ty1 bi lahko vplivale tudi druge strukturne značilnosti kromatina. Geni, ki jih prepisuje RNA polimeraza III, so bili opisani kot vezavna mesta za kohezin. Ta vpliva na kompaktnost kromatina, sodeluje pri nastajanju kromosomskih zank in združuje sestrske kromatide med fazama G2 in M celičnega cikla. Opaženo je bilo, da prisotnost mutantov kohezina ali Esp1, ki vplivajo na odstranitev kohezinskega kompleksa, negativno vplivajo na pogostost integracije Ty1. To nakazuje na to, da se Ty1 raje integrira med anafazo faze M, ko so kohezini odsotni.</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Integracija_transpozonov_pri_kvasovkah&diff=20266 2022-04-23T21:06:46Z

<p>Pia.spehar: New page: Transpozicijske elemente najdemo pri mnogih evkariontih, med drugim tudi pri kvasovkah. Slednje uvrščamo v tako imenovano Ty družino retrotranspozonov, ki so strukturno in funkcionalno ...</p> <hr /> <div>Transpozicijske elemente najdemo pri mnogih evkariontih, med drugim tudi pri kvasovkah. Slednje uvrščamo v tako imenovano Ty družino retrotranspozonov, ki so strukturno in funkcionalno precej podobni retrovirusom. Takšnih transpozicijskih elementov poznamo pet, in sicer Ty1, Ty2, Ty3, Ty4 in Ty5. Ker kvasovke vsebujejo precejšen delež kodirajočih zaporedij v svojem genomu v primerjavi z deležem intronskih regij, so se morali razviti posebni mehanizmi integracije, omenjenih Ty transpozonov na gensko revnejše predele, s čimer je normalna transkripcija ostalih genov čim manj ogrožena.<br /> Specifična integracija je tako odvisna od kompleksnih interakcij med transpozoni in gostiteljsko celico, na točno določena mesta, ki so pri večini Ty transpozonov regije z zapisi za gene, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Izstopa le transpozicijski element Ty5, ki se za razliko od ostalih integrira v utišane predele kromatina specifičnih HM paritvenih tipov in telomerne regije. Ker so to zopet gensko revnejši predeli oz. predeli z mnogimi ponovitvami zaporedja, normalno delovanje in opravljanje funkcij organizma zaradi integracije ni ogroženo. Težava bi torej lahko nastopila v primeru Ty1, Ty2, Ty3 in Ty4, saj se vsi preferenčno integrirajo v podobne predele genoma, in sicer v bližino istih genov. Ta problem je rešen tako, da se vsak transpozon veže na svoje specifično mesto, kar vidimo na primeru Ty3. Pri Ty1, Ty2 in Ty4 pa je integracija usklajena s porazdelitvijo več endogenih kopij takšnih genov v genomu.<br /> Integracija poteka preko transpozonom lastnih integraz, ki specifično interagirajo s povezovalnimi faktorji gostiteljske celice – največkrat so to DNA-vezavni proteini na ustreznih mestih. Zaenkrat smo pri kvasovkah uspeli takšne faktorje natančno identificirati le za Ty1, Ty3 in Ty5. Od načina integracije sta odvisna uspešnost in obseg transkripcije takšnih integriranih regij. Najbolj uspešna integracija naj bi bila pri Ty1 in Ty2, zato sta v celici prisotna v največjem številu. Kljub temu se mora v celici ohranjati relativno nizko število kopij, kar je zagotovljeno z regulacijo procesov aktivacije in zatiranja izražanja. Preveliko število kopij v celici bi negativno vplivalo na normalno delovanje celice in organizma v celoti.<br /> Integracija pri transpozonu Ty5 poteče ob povezavi tarčne domene njegove integraze s proteinom Sir4 (protein heterokromatina). Ta povezava je pogoj za uspešno integracijo. Pri eksperimentu načrtne prekinitve interakcije se je namreč Ty5 integriral na poljubno mesto v genomu, kar bi lahko povzročilo mutagene spremembe. Prav tako vezava omenjenega transpozona na heterokromatin zavre transkripcijo ostalih de novo integriranih Ty5, s čimer je hkrati regulirano tudi ohranjanje ustreznega števila transpozonov Ty5 v celici.<br /> Ty1 in Ty3 interagirata z različnimi transkripcijskimi faktorji RNA polimeraze III. Takšen je v prvi vrsti TFIIIC, ki prepozna škatlo A, škatlo B in transkripcijski faktor TFIIIB. Slednji se veže na promotorsko mesto – TATA škatlo. Torej za integracijo tako Ty1, kot tudi Ty3 je potreben TFIIIC, nato pa pri obeh transpozonih sledi specifična interakcija še z drugimi enotami transkripcijskega sistema. Pri integraciji Ty1 sledi interakcija z AC40 podenoto RNA polimeraze III, pri Ty3 pa TFIIIC omogoči vzpostavitev povezave med IN3 (integraza transpozona Ty3) in dvema oz. tremi podenotami faktorja TFIIIB. Slednji ostane vezan skozi celotno transkripcijo genov, kar omogoča, da se Ty3 vključi v DNA na katerikoli stopnji transkripcije. Faktor TFIIIB se lahko poveže tudi s RNA polimerazo III. Zaradi omenjene interakcije, lahko polimeraza III vpliva na interakcijo med TFIIIB in IN3 in posledično na integracijo Ty3. Zaradi podobnosti med IN3 in RNA polimerazo III, lahko slednja zavzame vezavno mesto na TFIIIB, kar onemogoči vezavo IN3.<br /> Ty1 pa za razliko od Ty3 za integracijo potrebuje prisotnost polimeraze III. Podenota polimeraze AC40, s katero interagira Ty1, se nahaja na površini RNA polimeraze III in je blizu dela DNA, ki je navzgor od vezavnega mesta za TFIIIB, torej blizu mesta, kamor se integrira Ty1. Ob zamenjavi AC40 podenote z njenim ortologom – AC40s se je Ty1 namesto na običajno mesto preferenčno integriral v subtelomerne regije genoma, kjer se pri kvasovkah nahajajo geni za odziv na spremembe v okolju. Takšna integracija bi lahko imela vpliv na odziv kvasovk na stresne pogoje. Do podobnih interakcij s podenoto AC40 RNA polimeraze III naj bi prišlo tudi v primeru Ty2 in Ty4, kar kaže na izredno pomembnost AC40 podenote za preživetje kvasovk. <br /> <br /> '''ALI JE AC40 EDINA PODENOTA POLIMERAZE III, KI SODELUJE PRI VKLJUČEVANJU TY1 V GOSTITELJSKO DNA?'''<br /> Ko so z masno spektrometrijo raziskovali mesta na genomu, na katera se veže integraza Ty1 (IN1), so odkrili, da se veže na tista mesta, ki jih navadno zasedeta polimerazi (Pol I in Pol III). IN1 niso zaznali nikjer drugje na genomu, zato so sklepali, da je za vgrajevanje Ty1 v DNA potrebna samo prisotnost podenote AC40. Do podobnega odkritja so prišli, ko so raziskovali mesta vezave integraze Ty5. Potrdili so, da je vezava encima na podenoto AC40 dovolj, da se transpozon približa molekuli DNA in posledično vanjo vgradi. Kasneje so odkrili, da IN1 ne interagira le z AC40, ampak še s štirimi drugimi podenotami RNA polimeraze III (C25, C31, C34 in C53), s katerimi tvori šibkejšo povezavo. Podenote C31, C34 in C53, ki in vitro interagirajo z IN1 so postavljene tako, da sodelujejo pri specifični integraciji Ty1. Študije navzkrižnega povezovanja DNA-protein in krio-EM strukture so pokazale, da tudi podenota C34 interagira s faktorjem TFIIIB.<br /> Mutanti podenot C31, C34 in C53, ki so občutljivi na temperaturo, zmanjšajo frekvenco integracije Ty1. Te podenote lahko kljub šibki interakciji z IN1 spremenijo konformacijo RNA polimeraze III, s čimer vplivajo na interakcijo AC40-IN1 in druge korake integracije Ty1. Na mutantu C53 so izvedli še dodatne raziskave, in sicer so odkrili, da mutant C53 ∆2-280 povzroči popolno izgubo integracije Ty1 elementov navzgor od endogene tDNA, vseeno pa ni prišlo do preusmeritve integracije na področje subtelomer, kot je to značilno za mutante s prekinjeno interakcijo AC40-IN1.<br /> Do sedaj je bila večina raziskav o vlogi podenot polimeraze pri integraciji izvedena in vitro. Zato še ni točno znano, kako ostale podenote, poleg AC40 vplivajo na integracijo transpozonov in vivo. Za natančno vlogo in mehanizem delovanja podenot C31, C34 in C53 pri integraciji bi bilo zato potrebno izvesti še nadaljnje analize struktur in vivo.<br /> <br /> '''Predintegracijski kompleks - intasom'''<br /> Struktura IN/cDNA predintegracijskega kompleksa je bila do zdaj opisana že za več retrovirusov. Kompleks je zgrajen iz štirih integraz (dve zunanji in dve notranji), ki so vezane na eno molekulo cDNA. Te integraze se med seboj razlikujejo po zgradbi in po vlogi v kompleksu. Struktura intasoma Ty1 še ni točno določena, znano pa je, da so na cDNA transpozona Ty1 vezane vsaj 4 integraze, ki tvorijo interakcije z različnimi podenotami RNNA polimeraze III. Povezava med IN1 s podenotama C34 in C53 je najdena le pri RNA polimerazi III, saj sta ti podenoti specifični za to polimerazo. Dokazano je tudi, da je za tvorbo te interakcije potrebna predhodna tvorba vezi IN1-AC40.<br /> <br /> Transport predintegracijskega kompleksa v jedro:<br /> Retroelementi za zaključek svojega cikla replikacije potujejo v in iz jedra. Jedrna ovojnica tako predstavlja fizično oviro, ki jo morajo prečkati, da uspešno zaključijo integracijo. Pri tem imajo ključno vlogo jedrni porni kompleksi, ki kontrolirajo prehajanje snovi. Jedrni lokalizacijski signal, ki sproži vstop predintegracijskega kompleksa v jedro, je bil najden na C-končni regiji Ty1 in Ty3. Jedrni lokalizacijski signal je pri obeh dvodelen in sestavljen iz nenavadno dolgega linkerja (29 aminokislin, običajno jih je 9-12), katerega fleksibilnost igra pomembno vlogo pri delovanju celotnega kompleksa. Ob vezavi importina α pride do konformacijske spremembe, pri čemer se izpostavi tarčna domena TD1. Ta se nahaja na linkerju in igra pomembno vlogo pri integraciji Ty1 v gostiteljsko DNA. Po vstopu predintegracijskega kompleksa v jedro, pride do odcepa importina α in vezave tarčne domene TD1 na domeno AC40, čemur sledi integracija Ty1 v izbrano regijo na gostiteljski DNA.<br /> <br /> '''VLOGA STRUKTURE KROMATINA NA INTEGRACIJO Ty''' <br /> Ty retrotranspozon daje pri integraciji prednost konfiguracijam kromatina, v katere jih privabijo povezovalni faktorji. Ty5 in Ty3 se prednostno integrirata v heterokromatinske in evkromatinske regije, ki niso del nukleosomov, Ty1 pa se integrira v nukleosome. Ravno ta razlika med Ty3 in Ty1 je razlog, da ne pride do prekrivanja njunih integracijskih regij. Pri obeh se te nahajajo na genih, ki jih prepisuje RNA polimeraza III. Integracija Ty1 navzgor od regij tDNA se ponovi na vsakih 70 bp, kar pomeni, da se v povprečju na en nukleosom integrirata dva Ty1. Primerjava teh mest integracije s položajem DNA v nukleosomu kaže, da se obe mesti nahajata na isti strani nukleosoma, blizu stičišča histonskih regij H2A in H2B. Prednost tega mesta za integracijo Ty1 se najverjetneje skriva v nižji energijski barieri. <br /> Če podrobneje pregledamo integracijske profile Ty1, Ty3 in Ty5 lahko opazimo, da se ti v celoti ne ujemajo z legami njihovih povezovalnih faktorjev. Npr. nekatere regije, na katere se preferenčno integrira Ty5, se ne pokrivajo z vezavnim mestom za Sir4. Podoben primer je prisotnost AC40 in TFIIIB na večini regij tDNA, vendar je integracija Ty1 in Ty3 na le-te različno učinkovita. Po pregledu učinkovitosti integracije Ty3 na različnih regijah tDNA so opazili, da bi lahko bil eden od odločilnih faktorjev zvitost DNA, zaradi katere pride do motenj pri integraciji. Opazili so tudi, da se integracijsko mesto Ty1 prekriva z regijami prekomerne ekspresije proteina Sir3, visoke stopnje fosforiliranih H2A (γH2A) in nizke stopnje trimetiliranega histona H3 K79. γH2A je prisoten tudi pri tDNA, ki je prednostna tarča Ty1. Mnoge študije namigujejo, da fosforilacija H2A vpliva na sposobnost zmanjšanja stabilnosti nukleosomov tako, da privede do konformacijske spremembe dvojne vijačnice DNA, ki postane bolj dostopna drugim faktorjem. Prisotnost γH2A tako olajša integracijo Ty1. Identificiranih je več genov s funkcijami, ki vplivajo na preoblikovanje kromatina in tako uravnavajo učinkovitost integracije retrotranspozona Ty1. Izmed teh so le pri genu rad6∆ opazili precejšnjo spremembo v frekvenci integracije Ty1, ne da bi pri tem prišlo do spremembe celotnega integracijskega profila. Vendar so na tem področju potrebne še dodatne raziskave.<br /> Na integracijo Ty1 bi lahko vplivale tudi druge strukturne značilnosti kromatina. Geni, ki jih prepisuje RNA polimeraza III, so bili opisani kot vezavna mesta za kohezin. Ta vpliva na kompaktnost kromatina, sodeluje pri nastajanju kromosomskih zank in združuje sestrske kromatide med fazama G2 in M celičnega cikla. Opaženo je bilo, da prisotnost mutantov kohezina ali Esp1, ki vplivajo na odstranitev kohezinskega kompleksa, negativno vplivajo na pogostost integracije Ty1. To nakazuje na to, da se Ty1 raje integrira med anafazo faze M, ko so kohezini odsotni.</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Transpozicijski_elementi&diff=20224 2022-04-21T10:30:33Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2021/22 obravnavajo odkritje, mehanizem in vlogo transpozicijskih elementov pri prokariontih in evkariontih. Okvirni naslovi teme so navedeni na spodnjem seznamu.<br /> <br /> Vse teme temeljijo na preglednih člankih, kar pomeni, da obravnavajo zaključene teme, na katerih je bilo opravljenega že veliko dela. Zato je smiselno, da vsako temo obdelajo po trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200-1800 besed), ki ste jih uporabili.<br /> <br /> Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. Predstavitev naj bo dolga 15-20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite le malo splošnega uvoda, ki naj zgolj umesti vašo temo v kontekst transpozicijskih elementov.<br /> <br /> Seminarske predstavitve bodo potekale predvidoma od 19.4. do 9.5. V tem času ne bo klasičnih predavanj, torej bodo tako ponedeljkovi kot torkovi termini namenjeni seminarjem.<br /> <br /> Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).<br /> <br /> Razdelitev seminarjev je potekala v okolju Google Drive, kjer so (bile) navedene povezave do izhodiščnih člankov, s katerimi lahko začnete iskanje literature. Večinoma navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili kvaliteten 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim), tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.<br /> <br /> Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na spodnjem seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: &lt;nowiki&gt;[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;. Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularna_biologija_koronavirusov Molekularna biologija koronavirusov (2020/21)].<br /> <br /> <br /> Poglavja za seminarje so:<br /> <br /> # [[Odkritje transpozicijskih elementov pri bakterijah]] (Teja Spruk, Urša Štefan, Urša Zevnik) &lt;br&gt;<br /> # [[Klasifikacija transpozicijskih elementov in pregled načina delovanja]] (Klara Ažbe, Pia Trošt, Ana Maučec) &lt;br&gt;<br /> # [[Katalitični mehanizem transpozaz]] (Nuša Brdnik, Mark Loborec, Maj Priveršek) &lt;br&gt;<br /> # [[Transpozoni kot prenašalci odpornosti bakterij proti antibiotikom]] (Ana Kastelic, Lev Jošt, Gašper Struna) &lt;br&gt;<br /> <br /> ----<br /> <br /> # [[Pomen retroelementov v mikrobnih genomih]] (Ema Kavčič, Špela Rapuš, Ivana Vukšinić) &lt;br&gt;<br /> # [[Integracija transpozonov pri kvasovkah]] (Katja Resnik, Pia Špehar, Zarja Weingerl) &lt;br&gt;<br /> # Retrotranspozoni LINE-1 in dejavniki, ki uravnavajo njihovo delovanje&lt;br&gt;<br /> # TE kot regulatorji transkripcije&lt;br&gt;<br /> <br /> ----<br /> <br /> # Interakcije transpozon – gostitelj&lt;br&gt;<br /> # Sodobni pogled na TE pri koruzi&lt;br&gt;<br /> # Vloga TE pri razvoju zarodka&lt;br&gt;<br /> # [[Transpozoni in rak]] (Maša Mencigar, Alliana Kolar, Klara Kočman) &lt;br&gt;<br /> <br /> ----<br /> <br /> # Uporabna vrednost transpozonov za gensko zdravljenje &lt;br&gt;<br /> # Biotehnološka uporaba transpozicijskega mehanizma: primer Sleeping Beauty&lt;br&gt;<br /> # Funkcije nekodirajoče RNA, ki je po izvoru transpozonska &lt;br&gt;<br /> # TE kot gonilo sprememb v genomu pšenice&lt;br&gt;<br /> <br /> ----<br /> <br /> # TE pri mentalnih boleznih&lt;br&gt;<br /> # TE pri vnetnih boleznih&lt;br&gt;<br /> <br /> ----<br /> <br /> # Preferenčna integracijska mesta retrotranspozona Tf1 v genomu kvasovke ''Schizosaccharomyces pombe''&lt;br&gt;</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2021&diff=19503 2021-11-05T20:09:07Z

<p>Pia.spehar: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 */</p> <hr /> <div>= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 =<br /> <br /> <br /> ==Urša Štefan - Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji==<br /> <br /> Pojav dvovijačne DNA v citosolu je v celici največkrat pokazatelj celične abnormalnosti – virusne okužbe, poškodbe dednega materiala, oksidativnega stresa ali rakave transformacije. Celice so zato razvile načine zaznavanja prisotnosti DNA v citosolu. Eden izmed takšnih je signalna pot STING. Protein ciklična GMP-AMP sintetaza po vezavi z DNA sintetizira cGAMP, ki aktivira protein STING, vezan v membrani endoplazmatskega retikuluma. Ta se transportira do Golgijevega aparata, kjer mu vezava kinaze TBK1 omogoča aktivacijo transkripcijskih faktorjev IRF3 in NF-κB za citokine. Poleg odziva na citosolno DNA protein STING sodeluje tudi v regulaciji celičnega metabolizma, celičnega cikla, pri indukciji avtofagije, regulaciji ravni kalcija in kot senzor poškodb DNA. Zaradi svojega velikega obsega delovanja je signalna pot STING tarča razvoja številnih zdravil, ki pa je do zdaj bil le delno uspešen. Članek opiše signalno pot STING, njene funkcije v celici in na kratko povzame vlogo signalne poti pri zdravljenju rakavih obolenj.<br /> <br /> ==Hana Glavnik - S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida==<br /> <br /> S-glutationilacija proteinov ima v celici pomembno vlogo. Ob zvišanju koncentracije reaktivnih kisikovih spojin (ROS), se v celici vzpostavi stanje oksidativnega stresa. Ker so za celico te spojine toksične, je razvila mehanizme, ki ji pomagajo uravnavati njihovo koncentracijo in zaščitijo ostale spojine v celici pred ireverzibilno oksidacijo. Najbolj pomembna spojina med ROS je vodikov peroksid, ki ima poleg toksičnih vplivov tudi lastnosti sekundarnega sporočevalca. Ob nastopu oksidativnega stresa v celici in povišane koncentracije vodikovega peroksida, zaznata signale encima GRX1 in GRX2, ki glutationilirata proteine z vezavo glutationa (GSH) na tiolne skupine cisteinov (-SH) in jih tako zaščitita pred poškodbami. Hkrati se s potekom S-glutationilacije aktivirajo tiste metabolične poti, pri katerih nastajajo antioksidanti, največkrat NADPH, ki pomagajo razgraditi vodikov peroksid in ostale ROS spojine. Tiste poti, pri katerih nastajajo ROS spojine so inhibirane s strani S-glutationilacije, dokler ne pride do signala, ki ga sprejmeta GRX1/2. To sproži njune deglutationilacijske aktivnosti in z deglutationilacijo encimov se stanje v celici se normalizira in metabolične poti lahko potekajo nemoteno.<br /> <br /> ==Tinkara Butara - Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih==<br /> Kemotaksija je oblika gibanja, kjer se organizem giba k ugodnemu kemijskemu gradientu ali stran od toksičnega oziroma neugodnega. Oblika gibanja je značilna za premikajoče se bakterije in arheje. Kemotaksija igra pomembno vlogo pri iskanju hrane, oblikovanju biofilma in tudi pri patogenezi. Takšno gibanje, s prepoznavanjem različnih kemijskih zvrsti, nadzorujejo kemoreceptorji. To so transmembranski proteini, ki vežejo snovi iz okolice in tako sprožijo nadaljnjo signalizacijo znotraj celice, ta pa vodi do spremembe v rotaciji bička. Vezava ugodne signalne molekule vodi do konformacijskih sprememb v kemoreceptorju, ki preprečijo avtofosforilacijo kinaze CheA, ki omogoča fosforilacijo proteina CheY. Fosforiliran CheY se namreč veže na motor bička in tako spremeni njegovo rotacijo iz nasprotne smeri urinega kazalca v smer urinega kazalca. Ko biček rotira v smeri urinega kazalca, to spodbudi naključno gibanje v prostoru, ki na novo orientira bakterijsko celico. Če biček rotira v nasprotni smeri urinega kazalca, pa se celica giba naravnost proti ugodnemu kemijskemu gradientu. Prilagoditev na signal nadzorujejo regulatorni proteini (CheR, CheB, za zaključek signala pa je pomemben protein CheZ, ki hidrolizira CheY-P. Kemoreceptorji se nahajajo na polih bakterijske celice in se združujejo v skupke, kar predstavlja dodatno možnost prilagoditve na kemijski signal.<br /> <br /> ==David Valte - Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov==<br /> <br /> Jedrni hormonski receptorji (NHR) so poleg g-proteinov, receptorjev z encimsko aktivnostjo in ionskih kanalčkov le še eden od načinov biosignalizacije, ki pa se po načinu delovanja od drugih precej razlikuje. Jedrni hormonski receptorji neposredno vplivajo na transkripcijo in tako posledično tudi na izražanje genov. Z vezavo ligandov, kot so na primer vitamin d, retinoidni hormoni, tiroidni hormoni in steroidi, na receptor, pride na hormonskih receptorjih do konformacijskih sprememb. Spremembe v konformaciji receptorja pa omogočajo interakcije receptorja s specifičnimi sekvencami DNA. Te sekvence imenujemo hormonski odzivni elementi HRE/HREs, HRE se ponavadi nahajajo znotraj promotorja tarčnega gena, na teh mestih NHR delujejo kot aktivatorji transkripcije DNA. Transkripcija DNA povzroči nastanek mRNA z zapisom za nastanek proteinov, katere celica potrebuje, preko teh pa se lahko odzove na zunanje motnje. Prepoznavo zaporedij HRE in vezavo na DNA omogoča specifična sestava jedrnih receptorjev. Te so sestavljeni iz večih domen, vsaka od teh ima specifično funkcijo brez katere delovanje NR ni mogoče. Posebne domene omogočajo prepoznavo HRE, vezavo na DNA in dimerizacijo z drugimi NR. Na hormonske odzivne elemente se lahko NHR vežejo v obliki monomerov, lahko pa se NHR-ji vežejo drug z drugim, tako nastajajo dimeri. Dimeri omogočajo drugačne afinitete za vezavo z DNA.<br /> <br /> ==Alliana Kolar - Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji==<br /> Abscizinska kislina (ABA) je naravno prisoten rastlinski hormon, katerega koncentracija se poviša, ko je rastlina pod vplivom stresa in se na stres tudi odzove. Igra vlogo pri zapiranju listnih rež, ko rastlini primanjkuje vode, inhibira kalitev, spodbuja dormanco, vpliva na cvetenje, staranje listov, zorenju plodov ipd. Ker je sintetična ABA nestabilna in ob zunanjem nanosu ne pokaže vpliva na rastlino, je potrebno z modeliranjem antagonistov oziroma agonistov sintetizirati analoge, ki bi bodisi promovirali/oponašali ali zavirali njeno delovanje. Z njimi bi agronomi lahko manipulirali na delovanje rastline in imeli nadzor nad njim, kar bi posledično prineslo večji donos zaradi večje količine in kakovosti proizvodov. Za to pa je potrebno dobro poznati molekulo in njeno biokemijsko delovanje ob signalizaciji in tudi druge spojine, s katerimi regulira procese v rastlini. Ker pa je to področje še dokaj neraziskano in nepojasnjeno, je zelo težko najti prave analoge in dodatno sintetizirati še boljše. Vendar pa po odkritju sintetične molekule pirabaktin, ki je delovala kot primeren agonist, so odkrili še 14 receptorjev ABA, imenovanih PYR (Pyrabactin Resistance)/PYR-like/(RCARs)Regulatory Components of ABA Receptors in s tem še boljše razumeli delovanje ABA in njene signalizacije.<br /> <br /> == Gaja Starc - Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres==<br /> <br /> Vse daljša sušna obdobja, visoke temperature in nizka vlažnost, od pritrjenih organizmov zahtevajo prilagoditve, s katerimi lahko izboljšajo uporabo energije in kemijskih virov v raznovrstnih razmerah. Kot mehanizem, ki omogoča nadzor nad ravnotežjem med izgubo vode in izmenjavo plinov, so rastline v krovnih tkivih razvile aktivno regulirane odprtine – reže. Reže so ključne za fiksacijo atmosferskega ogljika pri fotosintezi, hkrati pa rastline zaradi rež izgubijo 95 % vode v ozračje. Regulacija premikanja listnih rež je ključna za uspešno rast in razvoj rastline. Premikanje rež je tesno povezano z zaporedjem kompleksnih procesov zaznavanja, prenosa in uravnavanja signalov v celicah zapiralkah. Vodikov sulfid (H2S) uravnava premikanje celic zapiralk in sodeluje pri uravnavanju in prenosu signalov v organizmih ter tako sodeluje pri prilagajanju rastline na spremembe v okolju in odzivih na abiotski oziroma biotski stres. Novejše študije pri navadnem repnjakovcu (''Arabidopsis thaliana'') so pokazale, da zunanji H2S spodbuja zapiranje listnih rež, pri čemer sodeluje s fitohormoni in signalnimi molekulami. Glavna signalna pot, pri kateri sodeluje, je persulfidacija proteinov – post-translacijska modifikacija pri kateri so tiolne skupine cisteinskih ostankov modificirane v persulfidne. Sodeluje tudi pri uravnavanju aktivnosti ionskih kanalčkov v celicah zapiralkah, ki so ključni pri nadzoru premikanja listnih rež in pomaga omiliti oksidativni stres z vplivom na koncentracijo reaktivnih kisikovih zvrsti v celicah zapiralkah.<br /> <br /> == Andraž Rotar - Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih==<br /> Signalna pot kinaze janus (angl. janus kinase-JAK) in signalnega prenašalca in aktivatorja transkripcije (angl. signal transducer and activator of transcription-STAT), krajše JAK/STAT, je prisotna v večini večceličnih organizmih. Mehanizem poti je eleganten in presenetljivo preprost način, s katerim zunajcelični faktorji povzročijo gensko izražanje. Prepisani geni so nujni pri bioloških procesih kot so celična rast, diferenciacija, apoptoza in imunskem odzivu. Signalizacija JAK/STAT je v celici močno regulirana. Primarni regulatorji spadajo v tri skupine, in sicer med zaviralce citokinske signalizacije (angl. suppressor of cytokine signaling-SOCS), proteinske inhibitorje aktiviranih STAT (angl. protein inhibitors of activated STAT-PIAS) in protein tirozinske fosfataze (angl. protein tyrosine phosphatase-PTP). Če se v organizmu pojavi okvara signalne poti ali njene regulacije to privede do raznih avtoimunih bolezni kot so revmatoidni artritis, Parkinsonova bolezen ter multipla skleroza. Ker pa pot nadzira tudi celični cikel, lahko mutacije genov, odgovornih za sintezo sestavnih delov poti, privedejo do rakavih obolenj. Da bi se z temi patološkimi stanji lahko spopadali, raziskovalci z veliko vnemo iščejo nove vedno boljše inhibitorje signale poti. Do ne daljnega smo poznali le inhibitorje za JAK, sedaj pa jih razvijajo tudi za STAT. V seminarski nalogi so predstavljeni vsi zgoraj našteti proteini, patološka stanja povezana z JAK/STAT, ter inhibitorji za njihovo zdravljenje.<br /> <br /> == Pia Špehar - Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu==<br /> Integrini so adhezijski receptorski proteini, zgrajeni iz dveh podenot. Imajo mnogo različnih funkcij, in sicer povezujejo citoskelet in zunajcelični matriks, s tem posledično povežejo notranjost celice z njeno okolico. Delujejo kot prenašalci signalov in spodbujevalci celične proliferacije in preživetja. Sodelujejo pri imunskem odzivu, apoptozi, celični diferenciaciji, mnoge raziskave pa so pokazale, da so ključni tudi pri signalizaciji in regulaciji vezikularnega transporta. Ključno vlogo imajo pri eksocitozi biosintetskih in sekretornih veziklov, saj nase vežejo mikrotubule in preko njih usmerjajo vezikle do celične površine. Sodelujejo tudi pri procesu degranulacije v trombocitih in levkocitih, pri agregaciji trombocitov in posledično pri hemostazi, ki je prva stopnja celjenja ran. V citotoksičnih limfocitih prepoznava antigena na tarčni celici povzroči sidranje mikrotubulov na integrine. Ti se nato povežejo z medcelično adhezijsko molekulo in tako sprožijo prenos signala za celično smrt tarčne celice. V trombocitih pa integrin-posredovana degranulacija α-granul omogoči agregacijo trombocitov in s tem nastanek krvnega strdka, ki zaustavi krvavitev. Integrini sodelujejo tudi pri endocitozi, in sicer pri vnosu virusov in zunajceličnih veziklov v celico. V celico se lahko prenese virus, vsebina veziklov ali pa samo signal, ki sproži nadaljnje procese znotraj celice. Pomembni so tudi za prenos signalov pri endocitotskem recikliranju receptorjev tirozin kinaz (RTK).</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2021&diff=19489 2021-10-31T19:25:07Z

<p>Pia.spehar: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''priimek, ime'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Valte, David||12||Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Kolar, Alliana||12||Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Glavnik, Hana||12||S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Štefan, Urša||12||Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Špehar, Pia||12||Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Urh, Tina||12||Nevrotransmiterji kot bodoče tarče pri zdravljenju raka||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Rotar, Andraž||12||Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Starc, Gaja||12||Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Resnik, Katja||12||Signalna omrežja, ki povzročajo raka||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Bohte, Janja||14-15||Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Miklošič, Maja||14-15||||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kovačić, Marko||14-15||||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kolbl, Karidia||14-15||||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kos Thaler, Nuša||14-15||||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Ažbe, Klara||16||||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Jerič, Sara||16||||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Mencin, Pia||16||||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Weingerl, Zarja||16||||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Kartal, Ena||16||||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Struna, Gašper||17||||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Zevnik, Urša||17||||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Peternel, Neža||17||||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Vidmar, Nik||17||||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Trebušak, Jan||18||||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kores, Lana||18||||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Razdevšek, Miha||18||||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Javeršek, Tina||18||||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kočman, Klara||18||||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Jošt, Lev||19||||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Razboršek, Klara||19||||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Rapuš, Špela||19||||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Mencigar, Maša||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Ivošević, Vanja||19||||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Kogovšek, Jan||20||||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||||||<br /> |-<br /> | Brdnik, Nuša||20||||Kores, Lana||Jerič, Sara||||||<br /> |-<br /> | Premrl, Petja||20||||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||||||<br /> |-<br /> | Kavčič, Ema||20||||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||||||<br /> |-<br /> | Zajec, Tina||20||||Kočman, Klara||Kartal, Ena||||||<br /> |-<br /> | Žnidar, Žan||21||||Jošt, Lev||Struna, Gašper||||||<br /> |-<br /> | Rus, Metka||21||||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||||||<br /> |-<br /> | Loborec, Mark||21||||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||||||<br /> |-<br /> | Kastelic, Ana||21||||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||||||<br /> |-<br /> | Možina, Gašper||21||||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Pia||22||||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||||||<br /> |-<br /> | Mitkov, Kostadin||22||||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||||||<br /> |-<br /> | Vukšinić, Ivana||22||||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||||||<br /> |-<br /> | Kovač, Ela||22||||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||||||<br /> |-<br /> | Vujović, Nataša||22||||Zajec, Tina||Kočman, Klara||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Špela||23||||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||||||<br /> |-<br /> | Trošt, Pia||23||||Rus, Metka||Razboršek, Klara||||||<br /> |-<br /> | Maučec, Ana||23||||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||||||<br /> |-<br /> | Priveršek, Maj||23||||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||||||<br /> |-<br /> | Spruk, Teja||23||||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||||||<br /> |-<br /> | Deutsch, Maja||23||||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||||||<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2021&diff=19468 2021-10-22T21:41:08Z

<p>Pia.spehar: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''priimek, ime'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''poglavje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum oddaje'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum recenzije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum predstavitve'''<br /> |-<br /> | Valte, David||12||||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Kolar, Alliana||12||||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Glavnik, Hana||12||Reakcije S-glutationilacije proteinov kot globalni inhibitorji celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti na signale vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Štefan, Urša||12||Evolucija signalizacije STING in njena povezava z rakavimi obolenji||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21<br /> |-<br /> | Špehar, Pia||12||Integrini in njihove funkcije||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Urh, Tina||12||||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Rotar, Andraž||12||||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Starc, Gaja||12||||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Resnik, Katja||12||||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21<br /> |-<br /> | Bohte, Janja||14-15||||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Miklošič, Maja||14-15||||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kovačić, Marko||14-15||||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kolbl, Karidia||14-15||||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Kos Thaler, Nuša||14-15||||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21<br /> |-<br /> | Ažbe, Klara||16||||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Jerič, Sara||16||||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Mencin, Pia||16||||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Weingerl, Zarja||16||||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Kartal, Ena||16||||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21<br /> |-<br /> | Struna, Gašper||17||||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Zevnik, Urša||17||||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Peternel, Neža||17||||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Vidmar, Nik||17||||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21<br /> |-<br /> | Trebušak, Jan||18||||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kores, Lana||18||||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Razdevšek, Miha||18||||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Javeršek, Tina||18||||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Kočman, Klara||18||||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21<br /> |-<br /> | Jošt, Lev||19||||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Razboršek, Klara||19||||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Rapuš, Špela||19||||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Mencigar, Maša||19||||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Ivošević, Vanja||19||||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21<br /> |-<br /> | Kogovšek, Jan||20||||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||||||<br /> |-<br /> | Brdnik, Nuša||20||||Kores, Lana||Jerič, Sara||||||<br /> |-<br /> | Premrl, Petja||20||||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||||||<br /> |-<br /> | Kavčič, Ema||20||||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||||||<br /> |-<br /> | Zajec, Tina||20||||Kočman, Klara||Kartal, Ena||||||<br /> |-<br /> | Žnidar, Žan||21||||Jošt, Lev||Struna, Gašper||||||<br /> |-<br /> | Rus, Metka||21||||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||||||<br /> |-<br /> | Loborec, Mark||21||||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||||||<br /> |-<br /> | Kastelic, Ana||21||||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||||||<br /> |-<br /> | Možina, Gašper||21||||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Pia||22||||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||||||<br /> |-<br /> | Mitkov, Kostadin||22||||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||||||<br /> |-<br /> | Vukšinić, Ivana||22||||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||||||<br /> |-<br /> | Kovač, Ela||22||||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||||||<br /> |-<br /> | Vujović, Nataša||22||||Zajec, Tina||Kočman, Klara||||||<br /> |-<br /> | Sotlar, Špela||23||||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||||||<br /> |-<br /> | Trošt, Pia||23||||Rus, Metka||Razboršek, Klara||||||<br /> |-<br /> | Maučec, Ana||23||||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||||||<br /> |-<br /> | Priveršek, Maj||23||||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||||||<br /> |-<br /> | Spruk, Teja||23||||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||||||<br /> |-<br /> | Deutsch, Maja||23||||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||||||<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2020|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK_2022_Povzetki_seminarjev&diff=17823 2021-03-03T09:25:26Z

<p>Pia.spehar: /* Tinkara Butara: Kako rastline zaznajo napad herbivorov */</p> <hr /> <div>=== Ime in priimek: Naslov seminarja ===<br /> <br /> Sed ut perspiciatis unde omnis iste natus error sit voluptatem accusantium doloremque laudantium, totam rem aperiam, eaque ipsa quae ab illo inventore veritatis et quasi architecto beatae vitae dicta sunt explicabo. Nemo enim ipsam voluptatem quia voluptas sit aspernatur aut odit aut fugit, sed quia consequuntur magni dolores eos qui ratione voluptatem sequi nesciunt. Neque porro quisquam est, qui dolorem ipsum quia dolor sit amet, consectetur, adipisci velit, sed quia non numquam eius modi tempora incidunt ut labore et dolore magnam aliquam quaerat voluptatem. Ut enim ad minima veniam, quis nostrum exercitationem ullam corporis suscipit laboriosam, nisi ut aliquid ex ea commodi consequatur? Quis autem vel eum iure reprehenderit qui in ea voluptate velit esse quam nihil molestiae consequatur, vel illum qui dolorem eum fugiat quo voluptas nulla pariatur?<br /> <br /> <br /> === Tinkara Butara: Kako rastline zaznajo napad herbivorov ===<br /> <br /> Rastline niso nemočni opazovalci dogajanja okoli njih, ampak se na okoliške dražljaje tudi odzivajo. Skozi evolucijo so razvile posebne obrambne mehanizme, ki se sprožijo kot odgovor na elicitorje. Elicitorji so kemijske zvrsti, ki jih lahko izločajo herbivori ali pa rastline same. Te kemijske zvrsti se vežejo na proteinske receptorje na celični membrani in tako sprožijo odziv, na primer na objedanje. Sporočilo o nevarnosti se nato širi do lokalno poškodovanih delov rastline in sistematsko opozarja celotno rastlino na poškodbo. Rastlini lastni elicitorji so najpreprostejši tip, med katerimi je najbolj univerzalen zunajcelični ATP. Primerni elicitorji herbivorov so prebavni encimi v njihovi slini ter konjugati maščobnih kislin in aminokislin. Odziv rastline na napad herbivora pa je lahko povezan tudi s simbiotskimi organizmi herbivora. Ti lahko izločajo snovi s katerimi omogočijo lažji razvoj insekta ali pa s tem pomagajo rastlini. Pomemben sprožilec rastlinskega odziva na herbivore so tudi fizični dražljaji, ki jih ti povzročajo. Pri tem se sproščajo hlapne snovi, ki lahko služijo privabljanju naravnih sovražnikov herbivora ali pa širijo sporočilo o nevarnosti do drugih rastlin. Kot odziv na elicitorje se v večini primerov tvorita rastlinska hormona jasmonska in salicilna kislina, ki sta del obrambnih mehanizmov rastlin. Karakterizacija rastlinskih elicitorjev nam ponuja orodje za razvoj agrokemikalij, ki bodo odganjale herbivore in hkrati ščitile rastline.<br /> <br /> <br /> === Pia Špehar: Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku ===<br /> <br /> Leta 1986 je celični biokemik Kazumitsu Ueda odkril, da ima protein ABCB1 zmožnost, da iz rakavih celic transportira mnoge kemoterapevtike in tako telesu omogoči odpornost na kemoterapijo. ABCB1 spada med ABC-prenašalce, in sicer je eden izmed tistih prenašalcev, ki iz celic izločajo toksične hidrofobne komponente. Najdemo ga v membranah celic v jetrih, možganih, testisih in placenti. Skoraj 30 let po odkritju funkcije proteina, je Ueda s svojo ekipo lahko določil še mehanizem njegovega delovanja, in sicer z izvedbo več raziskav. Sprva so protein kristalizirali v stanju pred in po transportu substrata ter primerjali stanji med seboj, izvedli pa so tudi analizo s FRET tehniko. Ugotovili so, da substrat vstopi v osrednjo votlino skozi del proteina v notranjosti celice. Nato se veže na vrh osrednje votline proteina, kjer se nahaja hidrofobno aromatsko omrežje, ki ima pomembno vlogo pri prepoznavanju substratov. Vezava substrata na to omrežje sproži konformacijsko spremembo proteina. Za spremembo je potrebna tudi energija, ki jo priskrbi molekula ATP. Vezava ATP-ja sproži tudi nastanek omrežja, ki povzroči, da se protein začne zvijati in obračati, skrči se tudi osrednja votlina proteina. Ko se osrednja votlina skrči, se substrat izloči v zunajcelični prostor. Pri celotnem procesu je pomembna tudi hidroliza ATP, ki služi temu, da se protein vrne nazaj v prvotno stanje.</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Temelji_biokemije_2023_-_seminar&diff=17802 2021-02-24T20:19:05Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3<br /> |-<br /> | Gašper Struna||||||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger<br /> |-<br /> | Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik<br /> |-<br /> | Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič<br /> |-<br /> | Pia Trošt||Barvita povezava najdena v sposobnosti korale preživeti višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan<br /> |-<br /> | Živa Urh||||||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek<br /> |-<br /> | Urša Zevnik||Gen za dolgoživost ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc<br /> |-<br /> | Nika Ferk||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc<br /> |-<br /> | Nataša Vujović||||||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec<br /> |-<br /> | Thaler Nuša Kos||||||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević<br /> |-<br /> | Ela Kovač||||||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl<br /> |-<br /> | Lana Bajec||||||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte<br /> |-<br /> | Leila Bohorč||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović<br /> |-<br /> | Špela Rapuš||||||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe<br /> |-<br /> | Pavletič Primož Šenica||||||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal<br /> |-<br /> | Ivana Vukšinić||||||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar<br /> |-<br /> | Zarja Weingerl||||||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna<br /> |-<br /> | Teja Spruk||||||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar<br /> |-<br /> | Magdalena Ilievska||||||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara<br /> |-<br /> | Metka Rus||||||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt<br /> |-<br /> | Pia Sotlar||||||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh<br /> |-<br /> | Nik Vidmar||||||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik<br /> |-<br /> | Ana Maučec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216115118.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk<br /> |-<br /> | Neža Peternel||||||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović<br /> |-<br /> | Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in povrnitev vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos<br /> |-<br /> | Pia Mencin||||||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač<br /> |-<br /> | Marko Kovačić||||||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec<br /> |-<br /> | Karidia Kolbl||||||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč<br /> |-<br /> | Klara Razboršek||||||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš<br /> |-<br /> | Katja Resnik||||||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica<br /> |-<br /> | Simona Kocheva||||||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić<br /> |-<br /> | Miha Razdevšek||||||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl<br /> |-<br /> | Janja Bohte||||||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk<br /> |-<br /> | Tea Amidović||||||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska<br /> |-<br /> | Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus<br /> |-<br /> | Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar<br /> |-<br /> | Tina Zajec||||||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar<br /> |-<br /> | Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec<br /> |-<br /> | Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel<br /> |-<br /> | Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić<br /> |-<br /> | Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin<br /> |-<br /> | Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić<br /> |-<br /> | Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl<br /> |-<br /> | Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek<br /> |-<br /> | Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik<br /> |-<br /> | Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva<br /> |-<br /> | Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek<br /> |-<br /> | Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte<br /> |-<br /> | Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović<br /> |-<br /> | David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander<br /> |-<br /> | Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt<br /> |-<br /> | Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec<br /> |-<br /> | Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh<br /> |-<br /> | Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar<br /> |-<br /> | Sara Borišek||||||21.05.||24.05.||27.05.||Pavletič Primož Šenica||Špela Rapuš||Tinkara Butara<br /> |-}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Pia.spehar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Temelji_biokemije_2023_-_seminar&diff=17800 2021-02-24T18:07:48Z

<p>Pia.spehar: </p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Povezava'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3<br /> |-<br /> | Gašper Struna||||||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger<br /> |-<br /> | Pia Špehar||||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik<br /> |-<br /> | Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič<br /> |-<br /> | Pia Trošt||||||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan<br /> |-<br /> | Živa Urh||||||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek<br /> |-<br /> | Urša Zevnik||Gen za dolgoživost ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc<br /> |-<br /> | Nika Ferk||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc<br /> |-<br /> | Nataša Vujović||||||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec<br /> |-<br /> | Thaler Nuša Kos||||||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević<br /> |-<br /> | Ela Kovač||||||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl<br /> |-<br /> | Lana Bajec||||||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte<br /> |-<br /> | Leila Bohorč||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović<br /> |-<br /> | Špela Rapuš||||||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe<br /> |-<br /> | Pavletič Primož Šenica||||||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal<br /> |-<br /> | Ivana Vukšinić||||||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar<br /> |-<br /> | Zarja Weingerl||||||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna<br /> |-<br /> | Teja Spruk||||||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar<br /> |-<br /> | Magdalena Ilievska||||||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara<br /> |-<br /> | Metka Rus||||||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt<br /> |-<br /> | Pia Sotlar||||||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh<br /> |-<br /> | Nik Vidmar||||||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik<br /> |-<br /> | Ana Maučec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216115118.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk<br /> |-<br /> | Neža Peternel||||||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović<br /> |-<br /> | Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in povrnitev vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos<br /> |-<br /> | Pia Mencin||||||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač<br /> |-<br /> | Marko Kovačić||||||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec<br /> |-<br /> | Karidia Kolbl||||||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč<br /> |-<br /> | Klara Razboršek||||||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš<br /> |-<br /> | Katja Resnik||||||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica<br /> |-<br /> | Simona Kocheva||||||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić<br /> |-<br /> | Miha Razdevšek||||||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl<br /> |-<br /> | Janja Bohte||||||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk<br /> |-<br /> | Tea Amidović||||||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska<br /> |-<br /> | Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus<br /> |-<br /> | Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar<br /> |-<br /> | Tina Zajec||||||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar<br /> |-<br /> | Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec<br /> |-<br /> | Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel<br /> |-<br /> | Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić<br /> |-<br /> | Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin<br /> |-<br /> | Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić<br /> |-<br /> | Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl<br /> |-<br /> | Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek<br /> |-<br /> | Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik<br /> |-<br /> | Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva<br /> |-<br /> | Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek<br /> |-<br /> | Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte<br /> |-<br /> | Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović<br /> |-<br /> | David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander<br /> |-<br /> | Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt<br /> |-<br /> | Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec<br /> |-<br /> | Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh<br /> |-<br /> | Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar<br /> |-<br /> | Sara Borišek||||||21.05.||24.05.||27.05.||Pavletič Primož Šenica||Špela Rapuš||Tinkara Butara<br /> |-}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo <br /> * [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> *Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pptx<br /> * TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Pia.spehar