Wiki FKKT - User contributions [en]

De novo načrtovanje transkripcijskega faktorja za uporabo v progesteronskem biosenzorju

2022-04-10T20:39:11Z

Polonaa:

''Povzeto po članku: K. Liu, Y. Zhang, K. Liu, Y. Zhao, B. Gao, X. Tao, M. Zhao, F. Q. Wang, D. Wei: De Novo Design of a Transcription Factor for a Progesterone Biosensor. Biosensors and Bioelectronics 2022, 203.''

== Uvod ==

Uporaba bioreporterskih bakterij omogoča zaznavo kemijskega signala, ki ga celica prek reporterskega proteina prevede v merljiv signal. Načrtovanje bakterij, ki zaznajo toksične snovi v okolju, velja za enega prvih uspehov na področju sintezne biologije. Z uporabo celičnih senzornih in regulatornih komponent, ki nastopajo v načrtovanem vezju, je tako mogoča detekcija tarčnih spojin v najrazličnejših vzorcih. Kljub velikemu potencialu je komercialno dostopnih le nekaj bakterijskih biosenzorjev, samo en pa je mednarodno akreditiran [1].

Progesteron je ključni regulator reproduktivnih funkcij, zato tudi spada med klasična hormonska zdravila in se v medicini že dolgo uporablja z namenom vzdrževanja nosečnosti. Poleg tega pa pri ljudeh v nizkih koncentracijah povzroča endokrinsko neravnovesje in povzroča akutne ali kronične zdravstvene težave [2]. Učinki progesterona so posledica vezave na jedrni progesteronski receptor (PR), ki spada v družino transkripcijskih regulatorjev [3].
Z razvojem področja sintezne biologije se je razširil tudi nabor genetskih komponent za uporabo v vezjih biosenzorjev. Takšne komponente so DNA-stikala, regulatorni in reporterski proteini [1]. Za uporabo v biosenzorjih, ki temeljijo na transkripciji pa so še posebej pomembni alosterični transkripcijski faktorji (TF), ki omogočijo odgovor celice na prisotnost tarčne komponente z aktivacijo transkripcije reporterskega gena. Iskanje naravnih TF, ki se specifično odzivajo na posamezno spojino, je kljub veliki naravni raznolikosti izjemno zahtevno [2].

Načrtovanje proteinov lahko olajša uporaba računskih metod, ki so trenutno še v razvoju. V članku je bila prvič predlagana strategija de novo načrtovanja TF s pomočjo metode molekulske dinamike (MD), kjer načrtovanje de novo trodomenskega proteina DLA za uporabo v biosenzorju temelji na konformacijski spremembi ligand vezavne domene (LBD) ob vezavi tarčne molekule na receptor. Ta konformacijska sprememba da proteinu DLA vlogo mikrostikala, ki tako nadzoruje izražanje reporterja v biosenzorju [2].

== Modeliranje TF ==

Tridimenzionalno strukturo proteinov lahko določamo z uporabo rentgenske kristalografije, jedrske magnetne resonance (NMR) ter s teoretičnim napovedovanjem modelov strukture, kar nam omogoča razumevanje funkcije proteina. Atomi, ki biološke molekule sestavljajo pa so v resnici dinamični, kar bistveno vpliva na funkcijo molekule in njene interakcije. Simulacije molekulske dinamike napovejo premike posameznih atomov v proteinu v določenem časovnem intervalu na podlagi fizikalnih zakonov interatomskih interakcij. S to metodo lahko spremljamo konformacijske spremembe, vezavo ligandov in zvijanje proteinov. S simulacijami MD pa lahko tudi napovemo odgovor biološke molekule na uvedbo mutacij, razne modifikacije in tudi vezavo ali odstranitev liganda [4].

'''Uporaba'''

Avtorji članka so načrtovali de novo transkripcijski faktor DLA, ki je sestavljen iz treh domen: LexA, LBD (PR) in B42. Njegovo vlogo mikrostikala so raziskovali s simulacijami MD pri čemer so spremljali spremembe konformacije proteina ob vezavi progesterona. Zanimalo jih je predvsem skrajšanje razdalje med podenotama LexA in B42, od česar je odvisna transkripcijska aktivnost proteina [2].

S spletnim orodjem I-TASSER so na osnovi homologije zaporedja napovedali 5 modelov strukture proteina DLA ter za nadaljnjo analizo z MD izbrali najbolje ocenjen model. V izbrani model strukture so za analizo z MD vezali molekulo progesterona, model brez vezanega liganda pa uporabili za kontrolo. Simulacije molekulske dinamike so izvajali v programskem paketu GROMACS 2019.6 z ustreznimi nastavitvami v intervalu 100 ns [2].

'''Rezultati'''

Rezultat simulacij MD sta bili dve verjetni konformacijski stanji. Ob vezavi progesterona je prišlo do premika C-končnega ß-zavoja znotraj LBD, kar je povzročilo odklon domene B42 in dodatno sterično oviro za približanje N-terminalne domene LexA. V modelu strukture brez vezanega progesterona pa je prišlo do stabilizacije C-končnega ß-zavoja, kar je povzročilo premik domene B42 v notranjost strukture. Lega centrov geometrije obeh modelov struktur ob vzpostavitvi ravnotežja se razlikuje za 1.7-2.2 nm, kar nakazuje na približanje transkripcijskih domen LexA in B42 ob vezavi progesterona. Rezultat simulacij molekulske dinamike je tako potrdil vlogo konformacijske spremembe domene LBD kot mikrostikala za nadzor aktivnosti celotnega de novo proteina DLA [2].
'''

== Biosenzor na osnovi celice ==

Biosenzorji so naprave, ki z uporabo biološke komponente pridobijo informacijo o vsebnosti določene komponente v vzorcu. Biosenzorji na osnovi celice uporabljajo kot biološko komponento živo celico in so bili razviti s tehnologijo rekombinantne DNA. Celice so načrtovali na način, da se s sintezo reporterskega proteina odzovejo na prisotnost specifične spojine. Njihova glavna prednost je zmožnost detekcije tarčne komponente prek kompleksnejših procesov v katerih sodelujejo številni encimi [5].

'''Konstrukcija'''

S konstrukcijo biosenzorja so želeli ojačati šibek signal konformacijske spremembe LBD ob vezavi progesterona v merljiv signal. Za šasijo za izbrali kvasovke S. cerevisiae, saj so preproste za liofilizacijo, suh prah pa je nato primeren za dolgotrajno hrambo. Sestavili so ekspresijsko kaseto z močnim promotorjem ADH1, ki je vsebovala trodomenski DLA in jo vstavili v genom gostitelja v genski lokus Gal80. Kot reporter so uporabili zeleni fluorescentni protein (GFP) na način, da so vektor pESC z zapisom za GFP pod promotorjem CYC1 in terminatorjem vstavili v celico. Promotor CYC1 so prilagodili, da je vseboval prokariontsko DNA-vezavno mesto za LexA, ki je prokariontska DNA-vezavna domena. Izražanje GFP je bilo na ta način strogo regulirano s prisotnostjo progesterona [2].

'''Rezultati'''

Občutljivost biosenzorja so najprej preizkušali z merjenjem fluorescence v odvisnosti od časa z namenom določitve optimalnega čas detekcije za katerega se je izkazal čas 5 h. Ta čas so upoštevali tudi v nadaljevanju poskusov. Visoko občutljivost testa so pokazali z merjenjem fluorescence pri naraščajoči koncentraciji progesterona. Pri tem so biosenzorju za vezavo liganda določili EC50 = 132 μg/L ter spodnjo mejo detekcije 5 μg/L. Opazili so tudi strm padec fluorescence, ko je koncentracija progesterona presegla 80 mg/L, kar je posledica inhibitornega vpliva molekule na kvasovke [2].
Za raziskovanje specifičnosti biosenzorja so izbrali 9 steroidov s podobnimi strukturami progesteronu in merili odziv biosenzorja na visoko koncentracijo izbranih steroidov. Poleg progesterona so opazili tudi detekcijo androst-4-en-3,17-diona (AD1) in holesterola, ki pa je izginila pri nižji koncentraciji ustrezni intervalu delovanja biosenzorja [2].

== Izboljšave biosenzorja ==

Z namenom dodatne izboljšave občutljivosti so optimizirali izražanje DLA v celici, saj je povišano izražanje DLA povezano z višjo občutljivostjo biosenzorja. Biosenzor P2 so konstruirali s promotorjem TEF1, zapis za DLA pa so še vedno vnesli v lokus Gal80. Biosenzor P3 pa je prav tako vseboval zapis za DLA pod promotorjem TEF1, le da so zapis v celico vnesli z vektorjem pTCL. Pri tem se je občutljivost izboljšala skoraj 5-krat pri P2 ter 206-krat pri P3. Kljub uspešni izboljšavi občutljivosti pa se je pri biosenzorju P3 zmanjšal interval delovanja ter povečala interferenca ozadja [2].
Za uporabo biosenzorja v klinični diagnostiki je zelo pomemben tudi kratek čas detekcije, ki je v primeru biosenzorja na osnovi celice povezan s hitrostjo transmembranskega transporta tarčne molekule. Čas detekcije so poskušali skrajšati s povečanjem hitrosti prehajanja molekul čez membrano, kar so dosegli z izpostavitvijo kvasovk natrijevemu dodecil sulfatu pri visokem pH, ki poškoduje celično membrano in s tem poveča njeno prepustnost. Na ta način so dosegli zmanjšanje časa do detekcije na 2,5 h [2].

== Zaključek ==

Z modularno uporabo teoretičnih računskih metod so uspešno načrtovali DLA na osnovi konformacijske spremembe LBD, ki je služil kot aktivator transkripcije v biosenzorju ter s tem predstavili pomen in aplikativnost postopka za hiter razvoj novih biosenzorjev raznih analitov. Uspešna izdelava specifičnega in hitrega progesteronskega biosenzorja nakazuje na možnost uporabe v klinični diagnostiki, kjer je trenutno v uporabi imunodetekcija (ELISA). Ta metoda je sicer visoko občutljiva, ima široko območje detekcije in kratek čas detekcije, vendar je izdelava draga, ima slabo ponovljivost rezultatov in navzkrižno reaktivnost z ostalimi steroidnimi hormoni. Razvoj cenejših tehnik detekcije ima velik pomen predvsem za države v razvoju in paciente z nižjimi dohodki z namenom zmanjšanja finančnega bremena zdravstvene oskrbe [2].

== Viri ==

[1] J. R. van der Meer, S. Belkin: Where Microbiology Meets Microengineering: Design and Applications of Reporter Bacteria. ''Nature Reviews Microbiology''. June 2010, pp 511–522.

[2] K. Liu, Y. Zhang, K. Liu, Y. Zhao, B. Gao, X. Tao, M. Zhao, F. Q. Wang, D. Wei: De Novo Design of a Transcription Factor for a Progesterone Biosensor. ''Biosensors and Bioelectronics''. 2022, 203.

[3] K. M. Scarpin, J. D. Graham, P. A. Mote, C. L. Clarke: Progesterone Action in Human Tissues: Regulation by Progesterone Receptor (PR) Isoform Expression, Nuclear Positioning and Coregulator Expression. ''Nuclear receptor signaling''. 2009.

[4] S. A. Hollingsworth, R. O. Dror: Molecular Dynamics Simulation for All. ''Neuron''. Cell Press September 19, 2018, pp 1129–1143.

[5] K. Yagi: Applications of Whole-Cell Bacterial Sensors in Biotechnology and Environmental Science. ''Applied Microbiology and Biotechnology''. January 2007, pp 1251–1258.

Seminarji SB 2021/22

2022-04-10T20:37:40Z

Polonaa:

V študijskem letu 2021/22 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
Lanski primer:

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_1,3-propandiola_iz_različnih_ogljikovodikov_po_nenaravni_poti_preko_3-hidroksipropanojske_kisline Proizvodnja 1,3-propandiola iz različnih ogljikovodikov po nenaravni poti preko 3-hidroksipropanojske kisline] (Liza Ulčakar) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombinatori%C4%8Dni_pristopi_pri_na%C4%8Drtovanju_medproteinskih_interakcij%2C_uravnavanih_s_svetlobnimi_stikali Kombinatorični pristopi pri načrtovanju medproteinskih interakcij, uravnavanih s svetlobnimi stikali] (Neža Žerjav)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/De_novo_na%C4%8Drtovanje_transkripcijskega_faktorja_za_uporabo_v_progesteronskem_biosenzorju ''De novo'' načrtovanje transkripcijskega faktorja za uporabo v progesteronskem biosenzorju] (Polona Skrt

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MIBOM_-_biokompatibilni_material_iz_školjk MIBOM - biokompatibilni material iz školjk] (Manca Osolin) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BOOM_V_-_bakterijski_membranski_vezikli_za_zaščito_rastlin_pred_patogeni BOOM V - bakterijski membranski vezikli za zaščito rastlin pred patogeni] (Eva Gartner) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/LET.IT.BEE_-_paradižnik,_katerega_cvetovi_razgradijo_insekticid LET.IT.BEE - paradižnik, katerega cvetovi razgradijo insekticid] (Barbara Jaklič) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kissed_by_light_-_sistem_proti_oku%C5%BEbi_opeklin Kissed by light - sistem proti okužbi opeklin] (Nina Varda)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gutail_Floractory_-_probiotične_bakterije_za_zaščito_črevesja_pred_vnetji Gutail Floractory - probiotične bakterije za zaščito črevesja pred vnetji] (Karmen Mlinar)

----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

De novo načrtovanje transkripcijskega faktorja za uporabo v progesteronskem biosenzorju

2022-04-10T20:35:08Z

Polonaa: New page: ''Povzeto po članku: K. Liu, Y. Zhang, K. Liu, Y. Zhao, B. Gao, X. Tao, M. Zhao, F. Q. Wang, D. Wei: De Novo Design of a Transcription Factor for a Progesterone Biosensor. Biosensors and ...

''Povzeto po članku: K. Liu, Y. Zhang, K. Liu, Y. Zhao, B. Gao, X. Tao, M. Zhao, F. Q. Wang, D. Wei: De Novo Design of a Transcription Factor for a Progesterone Biosensor. Biosensors and Bioelectronics 2022, 203.''

== Uvod ==

Uporaba bioreporterskih bakterij omogoča zaznavo kemijskega signala, ki ga celica prek reporterskega proteina prevede v merljiv signal. Načrtovanje bakterij, ki zaznajo toksične snovi v okolju, velja za enega prvih uspehov na področju sintezne biologije. Z uporabo celičnih senzornih in regulatornih komponent, ki nastopajo v načrtovanem vezju, je tako mogoča detekcija tarčnih spojin v najrazličnejših vzorcih. Kljub velikemu potencialu je komercialno dostopnih le nekaj bakterijskih biosenzorjev, samo en pa je mednarodno akreditiran [1].

Progesteron je ključni regulator reproduktivnih funkcij, zato tudi spada med klasična hormonska zdravila in se v medicini že dolgo uporablja z namenom vzdrževanja nosečnosti. Poleg tega pa pri ljudeh v nizkih koncentracijah povzroča endokrinsko neravnovesje in povzroča akutne ali kronične zdravstvene težave [2]. Učinki progesterona so posledica vezave na jedrni progesteronski receptor (PR), ki spada v družino transkripcijskih regulatorjev [3].
Z razvojem področja sintezne biologije se je razširil tudi nabor genetskih komponent za uporabo v vezjih biosenzorjev. Takšne komponente so DNA-stikala, regulatorni in reporterski proteini [1]. Za uporabo v biosenzorjih, ki temeljijo na transkripciji pa so še posebej pomembni alosterični transkripcijski faktorji (TF), ki omogočijo odgovor celice na prisotnost tarčne komponente z aktivacijo transkripcije reporterskega gena. Iskanje naravnih TF, ki se specifično odzivajo na posamezno spojino, je kljub veliki naravni raznolikosti izjemno zahtevno [2].

Načrtovanje proteinov lahko olajša uporaba računskih metod, ki so trenutno še v razvoju. V članku je bila prvič predlagana strategija de novo načrtovanja TF s pomočjo metode molekulske dinamike (MD), kjer načrtovanje de novo trodomenskega proteina DLA za uporabo v biosenzorju temelji na konformacijski spremembi ligand vezavne domene (LBD) ob vezavi tarčne molekule na receptor. Ta konformacijska sprememba da proteinu DLA vlogo mikrostikala, ki tako nadzoruje izražanje reporterja v biosenzorju [2].

== Modeliranje TF ==

Tridimenzionalno strukturo proteinov lahko določamo z uporabo rentgenske kristalografije, jedrske magnetne resonance (NMR) ter s teoretičnim napovedovanjem modelov strukture, kar nam omogoča razumevanje funkcije proteina. Atomi, ki biološke molekule sestavljajo pa so v resnici dinamični, kar bistveno vpliva na funkcijo molekule in njene interakcije. Simulacije molekulske dinamike napovejo premike posameznih atomov v proteinu v določenem časovnem intervalu na podlagi fizikalnih zakonov interatomskih interakcij. S to metodo lahko spremljamo konformacijske spremembe, vezavo ligandov in zvijanje proteinov. S simulacijami MD pa lahko tudi napovemo odgovor biološke molekule na uvedbo mutacij, razne modifikacije in tudi vezavo ali odstranitev liganda [4].

'''Uporaba'''

Avtorji članka so načrtovali de novo transkripcijski faktor DLA, ki je sestavljen iz treh domen: LexA, LBD (PR) in B42. Njegovo vlogo mikrostikala so raziskovali s simulacijami MD pri čemer so spremljali spremembe konformacije proteina ob vezavi progesterona. Zanimalo jih je predvsem skrajšanje razdalje med podenotama LexA in B42, od česar je odvisna transkripcijska aktivnost proteina [2].

S spletnim orodjem I-TASSER so na osnovi homologije zaporedja napovedali 5 modelov strukture proteina DLA ter za nadaljnjo analizo z MD izbrali najbolje ocenjen model. V izbrani model strukture so za analizo z MD vezali molekulo progesterona, model brez vezanega liganda pa uporabili za kontrolo. Simulacije molekulske dinamike so izvajali v programskem paketu GROMACS 2019.6 z ustreznimi nastavitvami v intervalu 100 ns [2].

'''Rezultati'''

Rezultat simulacij MD sta bili dve verjetni konformacijski stanji. Ob vezavi progesterona je prišlo do premika C-končnega ß-zavoja znotraj LBD, kar je povzročilo odklon domene B42 in dodatno sterično oviro za približanje N-terminalne domene LexA. V modelu strukture brez vezanega progesterona pa je prišlo do stabilizacije C-končnega ß-zavoja, kar je povzročilo premik domene B42 v notranjost strukture. Lega centrov geometrije obeh modelov struktur ob vzpostavitvi ravnotežja se razlikuje za 1.7-2.2 nm, kar nakazuje na približanje transkripcijskih domen LexA in B42 ob vezavi progesterona. Rezultat simulacij molekulske dinamike je tako potrdil vlogo konformacijske spremembe domene LBD kot mikrostikala za nadzor aktivnosti celotnega de novo proteina DLA [2].
'''

== Biosenzor na osnovi celice ==

Biosenzorji so naprave, ki z uporabo biološke komponente pridobijo informacijo o vsebnosti določene komponente v vzorcu. Biosenzorji na osnovi celice uporabljajo kot biološko komponento živo celico in so bili razviti s tehnologijo rekombinantne DNA. Celice so načrtovali na način, da se s sintezo reporterskega proteina odzovejo na prisotnost specifične spojine. Njihova glavna prednost je zmožnost detekcije tarčne komponente prek kompleksnejših procesov v katerih sodelujejo številni encimi [5].

'''Konstrukcija'''

S konstrukcijo biosenzorja so želeli ojačati šibek signal konformacijske spremembe LBD ob vezavi progesterona v merljiv signal. Za šasijo za izbrali kvasovke S. cerevisiae, saj so preproste za liofilizacijo, suh prah pa je nato primeren za dolgotrajno hrambo. Sestavili so ekspresijsko kaseto z močnim promotorjem ADH1, ki je vsebovala trodomenski DLA in jo vstavili v genom gostitelja v genski lokus Gal80. Kot reporter so uporabili zeleni fluorescentni protein (GFP) na način, da so vektor pESC z zapisom za GFP pod promotorjem CYC1 in terminatorjem vstavili v celico. Promotor CYC1 so prilagodili, da je vseboval prokariontsko DNA-vezavno mesto za LexA, ki je prokariontska DNA-vezavna domena. Izražanje GFP je bilo na ta način strogo regulirano s prisotnostjo progesterona [2].

'''Rezultati'''

Občutljivost biosenzorja so najprej preizkušali z merjenjem fluorescence v odvisnosti od časa z namenom določitve optimalnega čas detekcije za katerega se je izkazal čas 5 h. Ta čas so upoštevali tudi v nadaljevanju poskusov. Visoko občutljivost testa so pokazali z merjenjem fluorescence pri naraščajoči koncentraciji progesterona. Pri tem so biosenzorju za vezavo liganda določili EC50 = 132 μg/L ter spodnjo mejo detekcije 5 μg/L. Opazili so tudi strm padec fluorescence, ko je koncentracija progesterona presegla 80 mg/L, kar je posledica inhibitornega vpliva molekule na kvasovke [2].
Za raziskovanje specifičnosti biosenzorja so izbrali 9 steroidov s podobnimi strukturami progesteronu in merili odziv biosenzorja na visoko koncentracijo izbranih steroidov. Poleg progesterona so opazili tudi detekcijo androst-4-en-3,17-diona (AD1) in holesterola, ki pa je izginila pri nižji koncentraciji ustrezni intervalu delovanja biosenzorja [2].

== Izboljšave biosenzorja ==

Z namenom dodatne izboljšave občutljivosti so optimizirali izražanje DLA v celici, saj je povišano izražanje DLA povezano z višjo občutljivostjo biosenzorja. Biosenzor P2 so konstruirali s promotorjem TEF1, zapis za DLA pa so še vedno vnesli v lokus Gal80. Biosenzor P3 pa je prav tako vseboval zapis za DLA pod promotorjem TEF1, le da so zapis v celico vnesli z vektorjem pTCL. Pri tem se je občutljivost izboljšala skoraj 5-krat pri P2 ter 206-krat pri P3. Kljub uspešni izboljšavi občutljivosti pa se je pri biosenzorju P3 zmanjšal interval delovanja ter povečala interferenca ozadja [2].
Za uporabo biosenzorja v klinični diagnostiki je zelo pomemben tudi kratek čas detekcije, ki je v primeru biosenzorja na osnovi celice povezan s hitrostjo transmembranskega transporta tarčne molekule. Čas detekcije so poskušali skrajšati s povečanjem hitrosti prehajanja molekul čez membrano, kar so dosegli z izpostavitvijo kvasovk natrijevemu dodecil sulfatu pri visokem pH, ki poškoduje celično membrano in s tem poveča njeno prepustnost. Na ta način so dosegli zmanjšanje časa do detekcije na 2,5 h [2].

== Zaključek ==

Z modularno uporabo teoretičnih računskih metod so uspešno načrtovali DLA na osnovi konformacijske spremembe LBD, ki je služil kot aktivator transkripcije v biosenzorju ter s tem predstavili pomen in aplikativnost postopka za hiter razvoj novih biosenzorjev raznih analitov. Uspešna izdelava specifičnega in hitrega progesteronskega biosenzorja nakazuje na možnost uporabe v klinični diagnostiki, kjer je trenutno v uporabi imunodetekcija (ELISA). Ta metoda je sicer visoko občutljiva, ima široko območje detekcije in kratek čas detekcije, vendar je izdelava draga, ima slabo ponovljivost rezultatov in navzkrižno reaktivnost z ostalimi steroidnimi hormoni. Razvoj cenejših tehnik detekcije ima velik pomen predvsem za države v razvoju in paciente z nižjimi dohodki z namenom zmanjšanja finančnega bremena zdravstvene oskrbe [2].

----

[1] J. R. van der Meer, S. Belkin: Where Microbiology Meets Microengineering: Design and Applications of Reporter Bacteria. ''Nature Reviews Microbiology''. June 2010, pp 511–522.

[2] K. Liu, Y. Zhang, K. Liu, Y. Zhao, B. Gao, X. Tao, M. Zhao, F. Q. Wang, D. Wei: De Novo Design of a Transcription Factor for a Progesterone Biosensor. ''Biosensors and Bioelectronics''. 2022, 203.

[3] K. M. Scarpin, J. D. Graham, P. A. Mote, C. L. Clarke: Progesterone Action in Human Tissues: Regulation by Progesterone Receptor (PR) Isoform Expression, Nuclear Positioning and Coregulator Expression. ''Nuclear receptor signaling''. 2009.

[4] S. A. Hollingsworth, R. O. Dror: Molecular Dynamics Simulation for All. ''Neuron''. Cell Press September 19, 2018, pp 1129–1143.

[5] K. Yagi: Applications of Whole-Cell Bacterial Sensors in Biotechnology and Environmental Science. ''Applied Microbiology and Biotechnology''. January 2007, pp 1251–1258.

Protivirusna zdravila

2018-05-07T20:10:37Z

Polonaa:

==Protivirusna zdravila==

== Zgodovina in razvoj zdravil==
Razvoj zdravil se je začel v 60. letih, kot odgovor na epidemije, ki so tvegale ogromno število smrtnih žrtev po vsem svetu. Na začetku razvoja zdravil je raziskovanje učinkovin potekalo naključno. Niso se osredotočali na specifične mehanizme delovanja virusov, ampak so testirali naključne spojine in naravne produkte za njihovo sposobnost inhibicije replikacije virusov.
Trenutno je protivirusnih zdravil je zelo malo in skoraj vsa so virusno specifična. Način replikacije virusa zahteva delovanje zdravil na sisteme v celici, ki jih potrebuje tudi sam organizem za delovanje, zato so zelo pogosti stranski učinki. Prav tako je za ustrezno delovanje zdravila pomembno, da je dovolj močno, da v celoti ustavi replikacijo. V nasprotnem primeru se pogosto razvijejo odporni mutantski virusi.

== Virocidi==
Točni mehanizmi delovanja virocidov oz. dezinfekcijskih sredstev niso znani, saj so specifični glede na posamezen virus in učinkovino. Tudi najmanjše razlike v zgradbi virusov lahko ključno vplivajo na njihovo odpornost. Virocidi delujejo tako, da povzročijo ireverzibilno deaktivacijo virusa s kemijsko poškodbo. Napadejo eno ali več ključnih funkcij v replikaciji virusa; najpogosteje prepoznavanje in pripenjanje virusa ter povzročijo poškodbe genoma. Nekateri tudi preprečijo injeciranje virusnega genoma v gostiteljsko celico.
Virocidi so lahko detergenti, močne kisine, nanodelci kovin, UV svetloba in visoka temperatura. Zelo pomembni so tudi močni oksidanti; npr. O2 in ClO2, ki preprečujeta povezavo virusa z gostiteljsko celico. Prosti klor povzroča poškodbe na genomu in v zgradbi virusa ter onemogoči vnos in replikacijo genoma. UV svetloba deluje prek inibicije replikacije genoma in hkrati preprečuje vnos genoma v celico.
Virocidi delujejo dokaj nespecifično, vseeno pa je kvaliteta delovanja odvisna od prisotnosti lipidne ovojnice in velikosti virusa. Najbolj občutljivi na dezinfekcijska sredstva so virusi iz skupine, ki jih sestavljajo lipidi. Najbolj odporni pa so majhni virusi brez lipidov.
Dezinfekcijska sredstva so pomembna za preprečevanje izbruha ali okoljskega širjenja okužb prek vode in hrane, uporabljajo jih tudi v proizvodnji cepiv.
== Virostatiki==
Virostatiki so zdravila, ki se uporabljajo za zdravljenje specifičnih virusnih okužb. Podobno kot virocidi napadajo različne točke gostiteljevega mehanizma, ki omogoča razvoj virusa. Veliko zdravil je nukleozidov ali nukleozidnih analogov. Pri zdravljenju s katerimikoli zdravili je pogost razvoj odpornih mutantskih virusov, zato se predvsem pri zdravljenju okužbe z virusom HIV poslužujejo kombinacij različnih zdravil. Vsa protivirusna zdravila so bolj ali manj toksična za gostitelja, zato zdravljenje pogosto spremljajo hudi neželeni stranski učinki.

VIRUS HERPESA
Doživljenjsko bivana v gostitelju in morfološko spreminja celice ter napada tkiva ektodermalnega izvora.
Pogosta zdravila za zdravljenje so aciklovir (Virolex), iodoksiuridin, cidofovir, itd.

Aciklovir je derivat gvanina. Po privzemu v celico se fosforilira in inhibira DNA polimerazo kot zaključevalec verige. Prvo fosforilacijo katalizira v virusu kodiran encim timidin kinaza.

Iodoksiuridin je nukleozidni timidinski analog. Po fosforilaciji v celici se vgradi v virusno DNA in jo naredi manj obstojno. Inhibira timidinsko kinazo in DNA polimerazo. Vgrajuje se tudi v celično DNA.

Cidofovir je nukleozidni citozinski analog. Inhibira sintezo DNA s tem, da upočasni ali ustavi elongacijo verige. Je učinkovito zdravilo, vendar povzroči nepopravljivo okvaro ledvic.

VIRUS INFLUENCE
Povzroča gripo, ki ima majhno smrtnost.
Zdravila, ki so pogosto v uporabi so amantadin, zanamivir, oseltamivir (Tamiflu), itd..

Amantadin (Symetrel) inhibira replikacijo virusa influence A. Vpliv na slačenje in sestavljanje virusa. Interagira z virusnim M2 proteinom (ionski kanalček) ter tako blokira vstop protonov v virion, ki so potrebni za ustvaritev primerno kislega okolja za slačenje ovojnice.

Zanamivir in oseltamivir imitirata naravni ligand (sialično kislino) ter tako inhibirata nevraminidazo, ki je odgovorna za cepitev N-acetilneuraminske (sialične) kisline z virusnega receptorja, da se novi virusi lahko izpustijo z okužene celice. Tako ostanejo virusi ujeti na celici.

VIRUS HEPATITISA
Zdravljenje okužb z različnimi oblikami hapatitisa poteka z interferonom-α-2b, lamivudinom, adefovirom, ribavirinom, itd.

Ribavirin je gvanozinski analog. V obliki trifosfata inhibira replikacijo DNA in RNA virusov prek inhibicije mRNA polimeraze in z onemogočanjem sinteze oligonukleotidnega primerja pomembnega za transkripcijo genoma.

HIV
Za zdravljenje okužb virusa HIV obstaja največ zdravil, ki delujejo kot inhibitorji reverzne transkriptaze, inhibitorji proteaz in inhibitorji fuzije.

• Nukleozidni inhibitorji reverzne transkriptaze
NIRV so timidinski analogi. Vgradijo se v rastočo verigo DNA in delujejo kot zaključevalci verige.
Primera zdravil v uporabi sta zidovudin in didanozin (Videx).

Zidovudin (AZT) se po vstopu v celico fosforilira do AZT 5'-trifosfata. Po odcepitvi PPi (difosfatne) skupine, se vgradi na 3'-konec nastajajoče DNA in prekine transkripcijo, saj N3-skupina onemogoči nastanek nove fosfodiesterske vezi.

• Nenukleozidni inhibitorji reverzne transkriptaze
Delujejo kot nekompetitivni alosterični zaviralci reverzne transkriptaze in se uporabljajo v kombinaciji z drugimi zdravili.
K NNIRT spadajo med drugimi nevirapine, amprenavir in efavirenz.

Nevirapine se veže v hidrofoben žep 10A stran od aktivnega mesta reverzne transkriptaze, kar alosterično inhibira encim.

• Inhibitorji proteaz
HIV proteaze so ključne za reprodukcijo virusa.

Primer zdravila, ki spada v to skupino je saquinavir. Ta inhibira HIV-1 in HIV-2 proteaze. Veže se v aktivno mesto encima in inhibira cepitev proteinov.

• Druga zdravila: inhibitorji fuzije, inhibitorji vstopa.
Enfuvirtide je 36 aminokislin dolg peptid, ki deluje proti virusu HIV-1. Veže se na pomemben virusni protein za združitev s celico in prepreči tvorbo membranske pore za vstop kapside virusa.

== Imunomodulatorji==
Imunomodulatorji so protivirusna sredstva, ki vplivajo na izboljšanje odziva gostitelja na vstop virusov. Ta protivirusna zdravila ne napadajo neposredno specifičen patogen, ampak globalno spodbujajo imunski odziv gostitelja. Imunomodulatorsko funkcijo imajo interferoni (IFN). IFN so proteini, ki jih proizvajajo telesne celice kot obrambni odziv na viruse. Prav tako lahko telo zaščitijo proti bakterijam in parazitskim okužbam, zavirajo delitev celic in spodbujajo ali zavirajo njihovo diferenciacijo. Interferoni spadajo v skupino citokinov, majhnih proteinov, ki sodelujejo pri medcelični signalizaciji. So posledica patogene stimulacije na celico. Spodbujena okužena celica in tiste ob njej proizvajajo beljakovine, ki preprečijo, da bi se virusi razmnoževali znotraj teh celic. Tako se zavira nadaljnje razvijanje virusa in s tem okužba.
V virusno stimulirani celici se interferonski geni aktivirajo pod vplivom molekul RNA, ki se pojavijo kot vmesna stopnja pri razmnoževanju virusov. IFN se po sintezi izločijo iz celice in se vežejo na receptorje sosednjih celic. Vezava IFN na receptorje pa sproži proizvodnjo protivirusnih beljakovin. Oligoadenilatna polimeraza in beljakovinska kinaza P1 sta najpomembnejši proizvedeni beljakovini. Prva izdeluje kratke verige adenilatov, ki aktivirajo endoribonukleazo L. ta encim povzroča razgradnjo virusne mRNA. Druga pa fosforilira robosomske beljakovine in onemogoči translacijo virusne mRNA. Metilaze, fosfofiestraze, beljakovina Mx in glikoziltransferaze pa ovirajo glikoziliranje virusnih beljakovin. IFN tudi povečajo aktivnost beljakovine p53, ki spodbuja apoptozo okuženih celic.

== Rezistenca==
Rezistenca virusa pomeni, da protivirusna zdravila, ki so včasih ta virus izničila oziroma zatrla ne delujejo več. Največkrat je to posledica mutacij v virusnem genomu. Odporni virusi so problem predvsem za imunsko oslabljene ljudi, vendar pa so razvoj in prenos takih mutantov prisotni tudi pri imunokompetentnih ljudeh. Ker zdravniki vedno bolj predpisujejo protivirusna zdravila, se število mutantov veča. Mutacije lahko spremenijo virusno patogenost, prenosljivost in genetsko stabilnost. Genetsko spremenjeni virusi so najbolj pogosti pri ljudeh z oslabljenih imunskim sistemom, saj je v takem primeru virusni obrambni sistem nedotaknjen, imunosupresija pa izboljša priložnost za replikacijo virusov. Take okoliščine pa so idealne za nastanek mutantov, še posebej, če so protivirusna zdravila neprekinjeno prisotna. Okoliščine, ki dajejo prednost naravnemu izboru virusov odpornih na protivirusna zdravila so: visoka virusna replikativna obremenitev, visoke intrizična stopnja mutacije in daljše izpostavljenost protivirusnim zdravilom. Posledice takih mutantov so, da se učinki protivirusnih zdravil zmanjšajo ali celo popolnoma izzvenijo, kar povzroči nezmožnost zatiranja ali izkoreninjenja virusov v gostitelju.

== Viri==
*Actor, J. K., & Actor, J. K. (2012). Basic Virology. In Elsevier’s Integrated Review Immunology and Microbiology (pp. 121–128). Elsevier.
*De Clercq, E. (2004). Antiviral drugs in current clinical use. Journal pf Clinical Virology (pp.115-133)
*Springman, R., Keller, T., Molineux, I. J., and J. J. Bull. (2012). Evolution at a High Imposed Mutation Rate: Adaptation Obscures the Load in Phage T7. Genetics (pp. 221-232)

Molekularna biologija virusov

2018-03-20T12:07:25Z

Polonaa:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.

Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili.
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov!

Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi 
6. Retrovirusi (lahko 3) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3) 
10. Viroidi in satelitski virusi 
11. Evolucija virusov 
12. Virusi in rak 
13. Rastlinski virusi (lahko 3) 
14. Protivirusna zdravila (lahko 3) 
15. Protivirusna cepiva 
16. Diagnostika virusnih okužb 

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved, Veronika Razpotnik, Andrej Ivanovski) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi (Milica Jankovic) 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi (Anže Jenko, Ana Maklin) 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi (Andreja Habič, Uroš Prešern) 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi (Anja Černe, Špela Deučman) 
6. Retrovirusi (Katja Doberšek, Špela Supej, Barbara Slapnik) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) (Nika Zaveršek, Nika Goršek) 
8. Nitasti fagi (Ajda Krč, Tanja Zupan) 
9. Ikozaedrični fagi (Urban Hribar, Luka Gregorič, Luka Fratina) 
10. Viroidi in satelitski virusi (Lea Knez, Patrik Levačić) 
11. Evolucija virusov 
12. Virusi in rak (Ana Obaha, Lija Srnovršnik) 
13. Rastlinski virusi (Katja Dolenc, Martin Špendl) 
14. Protivirusna zdravila (Tina Turel, Maja Vrabec, Polona Skrt) 
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac) 
16. Diagnostika virusnih okužb (Samo Purič, Peter Škrinjar) 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

Molekularna biologija virusov

2018-03-15T20:44:45Z

Polonaa:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.

Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili.
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov!

Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi 
6. Retrovirusi (lahko 3) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3) 
10. Viroidi in satelitski virusi 
11. Evolucija virusov 
12. Virusi in rak 
13. Rastlinski virusi (lahko 3) 
14. Protivirusna zdravila (lahko 3) 
15. Protivirusna cepiva 
16. Diagnostika virusnih okužb 

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved, Veronika Razpotnik) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi (Milica Jankovic) 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi (Anže Jenko, Ana Maklin) 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi (Anja Černe, Špela Deučman) 
6. Retrovirusi (Katja Doberšek, Špela Supej, Barbara Slapnik) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) (Nika Zaveršek, Nika Goršek) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi 
10. Viroidi in satelitski virusi(Ivanovski) 
11. Evolucija virusov (Polona Skrt) 
12. Virusi in rak (Ana Obaha, Lija Srnovršnik) 
13. Rastlinski virusi (Katja Dolenc, Martin Špendl) 
14. Protivirusna zdravila (Tina Turel, Maja Vrabec) 
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac) 
16. Diagnostika virusnih okužb 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

BIO2 Povzetki seminarjev 2017

2017-11-03T18:26:14Z

Polonaa: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2017/2018 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2017/2018 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2017 stran]

=== Luka Gregorič: Pozitivne vloge negativnih regulatorjev ===

Pri preučevanju regulacije sistemov v celici, so negativni regulatorji bolj temen, neraziskan del celotnega procesa, čeprav enako pomemben. Brez njih se lahko v celici začenja nenadzorovano deljenje in posledično rakavost tkiva, ali pa se nam poveča možnost hujšega obolenja. V živčnem sistemu lahko brez GPR-jev poteče prekomerna mielinizacija aksonov, ki pomenijo veliko zmanjšanje vseh kognitivnih sposobnosti organizma in posledično tudi manjšo zmožnost prilagajanja. V mišičnem tkivu, pa lahko pomanjkanje ali slabše delovanje negativnih regulatorjev naredi tkiva manj eksplozivna in povzroči hitrejše staranje, zaradi razlik med tkivi tipa 1 in tipa 2. V najhujšem primeru pa nam pomanjkanje negativnih regulatorjev celo povzroči mišično atofijo, medtem ko nam bi boljše poznavanje prav njih lahko omogočilo, da obdržimo mlade mišice čez celo življenje. Hitrost celotnega delovanja negativnih regulatorjev pa ni odvisna od moči signala, saj signal v zelo majhnem času lahko spravijo na prvotno raven, ne glede na to, kdaj se je ta signal začel. Visoka odzivnost signalov pa tudi pomaga telesu, ko se rabi hitro odzvati na različne dražljaje. Najhitrejše to naredi tako, da je signal vedno aktiviran in se izklopi le ob primeru, da se je potrebno hitro odzvati.

=== Ines Medved: Vohalni receptorji v epidermisu ===
Primarna vloga vohalnih receptorjev je zaznava vonja, ki je zelo pomembna. Poleg zaznave vonja pa imajo receptorji za vonj tudi druge funkcije. Ti receptorji se nahajajo v tkivih, ki niso povezana z vohalno nalogo. Nahajajo se skoraj po celotnem telesu npr. v ledvicah, možganih, srcu, koži, v krvi … V epidermisu so našli dva takšna receptorja, in sicer receptorja OR2AT4 in OR51E2. Kljub podobnemu mehanizmu delovanja se po funkciji zelo razlikujeta. OR2AT4 ob stimulaciji z agonistom poveča celično proliferacijo, vpliva na migracijo celic in sodeluje pri reepitalizaciji v procesu celjenja ran. Ugotovili so, da sodeluje tudi pri zaprtju rane. Za razliko od OR2AT4 receptor OR51E2 zmanjša celično proliferacijo, sodeluje pa v melanogenezi, dendritogenezi in pri celični diferenciaciji. Vohalni receptor OR51E2 ima vlogo tudi v rakavih celicah prostate. Receptorja sta zelo specifična. Vohalni receptor OR2AT4 stimulira le sandanol in brahmanol, OR51E2 pa β-ionon. Za oba receptorja so našli tudi antagoniste, ki blokirajo Ca2+ signal. Za OR2AT4 so odkrili dva antagonista oksifenilon in fenirat, za receptor OR51E2 pa α-ionon. Kljub podobni lokaciji in mehanizmom se receptorja zelo razlikujeta. Medtem ko bi se OR2AT4 lahko uporabljal pri zdravljenju oziroma celjenju rane, bi bil lahko receptor OR51E2 potencialni pokazatelj za rakave celice.

===Daria Latysheva: The role of intrinsically disordered proteins in signalling pathways and regulation ===

Intrinsically disordered proteins (IDPs) are proteins, which do not have a defined three – dimensional structure, yet are completely functional. Found mostly in eukaryotic cells, they play an important role in biosignalling and regulation of a cell. Undergoing coupled folding and binding, IDPs’ recognition elements are cable of taking over the structures of different targets. Since IDPs have multiple interaction motifs, they often serve as signalling centres, thus contributing to the dynamic assembly of complex molecules and varied signalling pathways. Undergoing post – translational modifications, these proteins also add complexity to the regulatory networks and can change the original output of the crosswalk. IDPs are also an important component of higher - order signalling assemblies, enabling the formation of reversible complexes. Being an attractive field of the research, IDPs were not yet studied completely and there is still much to be understood about the structure, functions and the location of IDPs in the cell. Experimental and computational techniques are being developed to identify and characterise disordered regions in proteins in order to emphasize the prevalent role of IDPs in cellular signalling and regulation.

===Polona Skrt: Mehanizem zaznavanja okusa maščobe ===

Okus je pomembna zaznavna zmožnost, saj nas usmerja pri uživanju hranilne in prebavljive hrane ter nas ščiti pred strupi in ostalimi nevarnimi snovmi. Čutne celice se nahajajo v brbončicah v ustni votlini, na jeziku in v grlu. V brbončicah se nahaja okoli 100 celic, ki jih delimo v 3 skupine. Prvi tip so celice podobne glia celicam, ki se ovijejo okoli ostalih celic in jim nudijo oporo ter preprečujejo nekontrolirano širjenje živčnih prenašalcev. Naslednji tip so t.i. receptorske celice, ki zaznavajo sladko, grenko in umami ter sproščajo nevrotransmiterje, ki signal prenesejo do živčevja. Tretji tip celic so predsinaptične celice, ki se odzivajo predvsem na kisel okus. Njihova posebnost je, da se prek sinaps direktno povezujejo z živčnim vlakni. Pri signalizaciji okusov so zelo pomembni z G-proteini povezani receptorji, ki omogočajo zaznavanje sladkega, grenkega in umami okusa ter ionski kanalčki, ki prenašajo informacijo o kislem in slanem okusu. Ne dolgo nazaj so znanstveniki, k prej omenjenim petim osnovnim okusom, dodali še šestega – okus po maščobi. Signalizacija najverjetneje poteka preko receptorja CD36, možni pa so še GPR120 in GPR40 ter DRK kanalčki. Mehanizem je še dokaj neraziskan, predpostavljajo pa sodelovanje med več receptorji.

BIO2 Seminar 2017

2017-11-01T16:37:09Z

Polonaa: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Ines Medved || 12 || Receptorji za vonj v epidermisu || Špela Supej || Lea Knez || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Luka Gregorič || 12 || Pozitivne vloge negativnih regulatorjev || Uroš Prešern || Katja Doberšek || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Daria Latysheva || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Daria_Latysheva:_The_role_of_intrinsically_disordered_proteins_in_signalling_pathways_and_regulation The role of intrinsically disordered proteins in signallng pathways and regulation] || Luka Fratina || Martin Špendl || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Polona Skrt || 12 || Mehanizem zaznavanja okusa maščobe || Andreja Habič || Ajda Galič || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Peter Škrinjar || 12 || || Andrej Race || Nika Zaveršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Milica Janković || 12 || || Anže Jenko || Nika Goršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Tina Turel || 14-15 || Vpliv mikroorganizmov na presnovo glukoze || Ines Medved || Špela Supej || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Barbara Slapnik || 14-15 || || Luka Gregorič || Uroš Prešern || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Ana Maklin || 14-15 || || Daria Latysheva || Luka Fratina || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Ajda Krč || 16 || || Polona Skrt || Andreja Habič || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Urban Hribar || 16 || || Peter Škrinjar || Andrej Race || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Urška Zagorc || 16 || || Milica Janković || Anže Jenko || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Patrik Levačić || 17 || || Tina Turel || Ines Medved || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Jerneja Nimac || 17 || || Barbara Slapnik || Luka Gregorič || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Lija Srnovršnik || 17 || || Ana Maklin || Daria Latysheva || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Nika Mikulič || 18 || || Ajda Krč || Polona Skrt || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Tanja Zupan || 18 || || Urban Hribar || Peter Škrinjar || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Anja Tavčar || 18 || || Urška Zagorc || Milica Janković || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Maja Vrabec || 19 || || Patrik Levačić || Tina Turel || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Špela Deučman || 19 || || Jerneja Nimac || Barbara Slapnik || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Anja Černe || 19 || || Lija Srnovršnik || Ana Maklin || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Lea Knez || 20 || || Nika Mikulič || Ajda Krč || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Katja Doberšek || 20 || || Tanja Zupan || Urban Hribar || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Martin Špendl || 20 || || Anja Tavčar || Urška Zagorc || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Ajda Galič || 21 || || Maja Vrabec || Patrik Levačić || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Nika Zaveršek || 21 || || Špela Deučman || Jerneja Nimac || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Nika Goršek || 21 || || Anja Černe || Lija Srnovršnik || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Špela Supej || 22 || || Lea Knez || Nika Mikulič || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Uroš Prešern || 22 || || Katja Doberšek || Tanja Zupan || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Luka Fratina || 22 || || Martin Špendl || Anja Tavčar || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Andreja Habič || 23 || || Ajda Galič || Maja Vrabec || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Andrej Race || 23 || || Nika Zaveršek || Špela Deučman || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Anže Jenko || 23 || || Nika Goršek || Anja Černe || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Katja Dolenc || 23 || || ? || ? || 20/01/17 || 22/01/17 || 24/01/17
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2017|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2016 Povzetki seminarjev

2016-03-01T21:08:47Z

Polonaa:

[[TBK2016-seminar|Nazaj na osnovno stran]]

=== Lana Vogrinec: Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije ===
V nalogi sem se posvetila procesu umetne fotosinteze, s katero se znanstveniki iz različnih področij že več let ukvarjajo. Sistem, ki bi bil zmožen posnemati ta naravni proces, bi na učinkovit način rešil problem onesnaženja s toplogrednim plinom CO2, hkrati pa bi bilo mogoče fotosintetske produkte uporabiti za predelavo v industrijsko pomembne surovine, na primer gorivo. Osredotočila sem se na članek z naslovom Self-photosensitization of nonphotosynthetic bacteria for solar-to-chemical production - avtorjev K. K. Sakimota, A. B. Wonga in P. Yanga, objavljen v reviji Science 1. 1. 2016. V njem je opisana sestava in delovanje hibridnega sistema nefotosintetske bakterije Moorella thermoacetica in njenega biološko oborjenega delca, kadmijevega sulfida (CdS). Hibrid deluje tako, da kadmijev sulfid, ki ga je bakterija ob dodatku določenih snovi sposobna sama proizvajati, služi kot sprejemnik sončne svetlobe. Elektroni, ki se ob tem vzbudijo, vstopajo v presnovne procese bakterij, natančneje v Wood-Ljungdahlovo pot, v kateri se CO2 reducira v etanojsko kislino. Tak sistem ima veliko prednosti, saj sam proizvaja delce, potrebne za absorpcijo svetlobe in ima velik izkoristek celo v primerjavi z naravno fotosintezo. Prav tako je obetavna možnost samostojne regeneracije, saj se majhen delež produktov, ki nastanejo pri fotosintezi, shranjuje v obliki biomase. Na tak način sistem raste, se vzdržuje in reproducira izključno na podlagi sončne energije.

=== Aljaž Božič: Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze ===
Bakterije uporabljajo različne načine za razmnoževanje in širjenje v nove celice. Nekatere bakterije so sposobne prehajati med celicami brez da bi vstopile v medcelični prostor. Take bakterije uporabljajo posebne mehanizme za prehode med celicami (npr. gibljivost s pomočjo aktina). Raziskava na bakterijah Francisella tularensis pa kaže, da so bakterije sposobne prehajati med celicami tudi brez posebnih mehanizmov ob medceličnih stikih celic. Natančneje ob procesu trogocitoze; pojavu, kjer limfociti, ki so povezani s celicami, ki vsebujejo ustrezne antigene prevzamejo proteine iz plazmaleme teh celic in jih dodajo na svojo površino. Vendar pa je proces trogocitoze omejen le na limfocite, zato so takega prehajanja med celicami sposobne le bakterije, ki lahko preživijo v limfocitih. Poleg tega lahko na ta način okužijo le tiste tipe celic, ki vršijo trogocitozo. Natančen mehanizem prehoda bakterij med celicami še ni znan, prehod pa je sočasen s trogocitozo, torej je le ta lahko označevalec za prehode bakterij. Prehod baterij med celicami pa ni omejen zgolj na bakterijo Francisella tularensis, saj so rezultati za bakterijo Salmonella enterica serovar Typhimurum podobni. Verjetno se tudi njima podobne bakterije obnašajo enako.

=== Polona Skrt: Aktivnost mitohondrija in staranje kožnih celic===
Raziskave staranja so že nekaj časa zelo aktualne in med najbolj sprejetimi teorijami je povezava med spremenjenim delovanjem prenašalnih verig mitohondrija, posledično nastajanjem večje količine reaktivnih kisikovih zvrsti(ROS), in staranjem celic ter tkiv. Celična senescenca oz. staranje je pravzaprav odziv ne stres(krajšanje telomer, poškodbe DNA), ki se kaže kot izguba sposobnosti delitve celice. To posledično privede do preprečitve razvoja raka, vendar tudi do kopičenja teh celic v tkivih ali omejitve zmožnosti regenerativnih zalog matičnih celic. Poudarek te raziskave je na povezavi aktivnosti mitohondrijskega kompleksa II, ki je del dihalne verige in je najmanj preučen sistem od vseh petih. Ta kompleks je zgrajen iz 4 podenot in za razliko od sorodnih treh kompleksov ni protonska črpalka. Njegova naloga je dovajanje elektronov(prek FAD) ubikinonu(koencimu Q10), ki se nato reducira. Pri temu nastajajo tudi ROS, ki so v skladu z obravnavano teorijo o staranju povzročitelji veliko poškodb DNA. V raziskavi so preučevali povezavo med aktivnostjo kompleksa II in naraščajočo starostjo. Ugotovitve so pokazale, da z naraščajočo starostjo darovalcev kožnih celic pada aktivnost kompleksa II v senescentnih fibroblastih. Vzrok za staranje celic bi tako lahko bile večje količine ROS ali pa dejansko znižana aktivnost kompleksa II.

TBK2016-seminar

2016-03-01T21:03:21Z

Polonaa: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Domen Vaupotič||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151020091651.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik
|-
| Aljaž Božič||Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215143327.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tomaž Žigon||Tanja Peric||Luka Okorn
|-
| Lana Vogrinec||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160104164221.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tina Ivančir||Iztok Štuhec||Maša Zorman
|-
| Polona Skrt||Aktivnost mitohondrija in staranje kožnih celic||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160226080947.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar
|-
| Andrej Ivanovski||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle
|-
| Dominik Rebek||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Aljaž Božič||Tomaž Žigon||Tanja Peric
|-
| Kaja Ujčič||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Lana Vogrinec||Tina Ivančir||Iztok Štuhec
|-
| David Dolhar||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Polona Skrt||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek
|-
| Vida Štrancar||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič
|-
| Lara Turk||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Dominik Rebek||Aljaž Božič||Tomaž Žigon
|-
| Janja Murn||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec||Tina Ivančir
|-
| Zorana Andonović||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||David Dolhar||Polona Skrt||Ajda Cafun
|-
| Ana Obaha||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič
|-
| Nadja Škafar||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Lara Turk||Dominik Rebek||Aljaž Božič
|-
| Marijana Mijatović||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Janja Murn||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec
|-
| Aljaž Puž||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Zorana Andonović||David Dolhar||Polona Skrt
|-
| Ana Erčulj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Ana Obaha||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski
|-
| Urban Ferčec||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Nadja Škafar||Lara Turk||Dominik Rebek
|-
| Karin Kokalj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Marijana Mijatović||Janja Murn||Kaja Ujčič
|-
| Aljoša Savić||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Aljaž Puž||Zorana Andonović||David Dolhar
|-
| Ela Hudovernik||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Ana Erčulj||Ana Obaha||Vida Štrancar
|-
| David Titovšek||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Urban Ferčec||Nadja Škafar||Lara Turk
|-
| Zala Živič||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215123751.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Karin Kokalj||Marijana Mijatović||Janja Murn
|-
| Neli Sedej||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Aljoša Savić||Aljaž Puž||Zorana Andonović
|-
| Aljoša Marinko||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Ela Hudovernik||Ana Erčulj||Ana Obaha
|-
| Melita Flander||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||David Titovšek||Urban Ferčec||Nadja Škafar
|-
| Pia Lavriha||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Zala Živič||Karin Kokalj||Marijana Mijatović
|-
| Katja Malenšek||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Neli Sedej||Aljoša Savić||Aljaž Puž
|-
| Kevin Heric||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik||Ana Erčulj
|-
| Jurij Nastran||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Melita Flander||David Titovšek||Urban Ferčec
|-
| Ajda Lenardič||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Pia Lavriha||Zala Živič||Karin Kokalj
|-
| Katarina Petra van Midden||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Katja Malenšek||Neli Sedej||Aljoša Savić
|-
| Valentina Novak||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Kevin Heric||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik
|-
| Veronika Razpotnik||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Jurij Nastran||Melita Flander||David Titovšek
|-
| Luka Okorn||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Ajda Lenardič||Pia Lavriha||Zala Živič
|-
| Maša Zorman||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek||Neli Sedej
|-
| Jošt Hočevar||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Valentina Novak||Kevin Heric||Aljoša Marinko
|-
| Ana Halužan Vasle||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran||Melita Flander
|-
| Tanja Peric||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Luka Okorn||Ajda Lenardič||Pia Lavriha
|-
| Iztok Štuhec||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek
|-
| Maksimiljan Adamek||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Jošt Hočevar||Valentina Novak||Kevin Heric
|-
| Eva Klemenčič||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran
|-
| Tomaž Žigon||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Tanja Peric||Luka Okorn||Ajda Lenardič
|-
| Tina Ivančir||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Iztok Štuhec||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden
|-
| Ajda Cafun||naslov||link||31.05.||03.06.||06.06.||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar||Valentina Novak
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2015. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2016 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2016_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2016_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2016_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2016_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2016_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2016_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2016-seminar

2016-02-28T22:09:48Z

Polonaa: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Domen Vaupotič||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151020091651.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik
|-
| Aljaž Božič||naslov||link||01.03.||04.03.||07.03.||Tomaž Žigon||Tanja Peric||Luka Okorn
|-
| Lana Vogrinec||naslov||link||01.03.||04.03.||07.03.||Tina Ivančir||Iztok Štuhec||Maša Zorman
|-
| Polona Skrt||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160226080947.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar
|-
| Andrej Ivanovski||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle
|-
| Dominik Rebek||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Aljaž Božič||Tomaž Žigon||Tanja Peric
|-
| Kaja Ujčič||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Lana Vogrinec||Tina Ivančir||Iztok Štuhec
|-
| David Dolhar||naslov||link||08.03.||11.03.||14.03.||Polona Skrt||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek
|-
| Vida Štrancar||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič
|-
| Lara Turk||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Dominik Rebek||Aljaž Božič||Tomaž Žigon
|-
| Janja Murn||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec||Tina Ivančir
|-
| Zorana Andonović||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||David Dolhar||Polona Skrt||Ajda Cafun
|-
| Ana Obaha||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič
|-
| Nadja Škafar||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Lara Turk||Dominik Rebek||Aljaž Božič
|-
| Marijana Mijatović||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Janja Murn||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec
|-
| Aljaž Puž||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Zorana Andonović||David Dolhar||Polona Skrt
|-
| Ana Erčulj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Ana Obaha||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski
|-
| Urban Ferčec||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Nadja Škafar||Lara Turk||Dominik Rebek
|-
| Karin Kokalj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Marijana Mijatović||Janja Murn||Kaja Ujčič
|-
| Aljoša Savić||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Aljaž Puž||Zorana Andonović||David Dolhar
|-
| Ela Hudovernik||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Ana Erčulj||Ana Obaha||Vida Štrancar
|-
| David Titovšek||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Urban Ferčec||Nadja Škafar||Lara Turk
|-
| Zala Živič||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Karin Kokalj||Marijana Mijatović||Janja Murn
|-
| Neli Sedej||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Aljoša Savić||Aljaž Puž||Zorana Andonović
|-
| Aljoša Marinko||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Ela Hudovernik||Ana Erčulj||Ana Obaha
|-
| Melita Flander||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||David Titovšek||Urban Ferčec||Nadja Škafar
|-
| Pia Lavriha||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Zala Živič||Karin Kokalj||Marijana Mijatović
|-
| Katja Malenšek||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Neli Sedej||Aljoša Savić||Aljaž Puž
|-
| Kevin Heric||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik||Ana Erčulj
|-
| Jurij Nastran||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Melita Flander||David Titovšek||Urban Ferčec
|-
| Ajda Lenardič||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Pia Lavriha||Zala Živič||Karin Kokalj
|-
| Katarina Petra van Midden||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Katja Malenšek||Neli Sedej||Aljoša Savić
|-
| Valentina Novak||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Kevin Heric||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik
|-
| Veronika Razpotnik||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Jurij Nastran||Melita Flander||David Titovšek
|-
| Luka Okorn||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Ajda Lenardič||Pia Lavriha||Zala Živič
|-
| Maša Zorman||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek||Neli Sedej
|-
| Jošt Hočevar||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Valentina Novak||Kevin Heric||Aljoša Marinko
|-
| Ana Halužan Vasle||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran||Melita Flander
|-
| Tanja Peric||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Luka Okorn||Ajda Lenardič||Pia Lavriha
|-
| Iztok Štuhec||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek
|-
| Maksimiljan Adamek||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Jošt Hočevar||Valentina Novak||Kevin Heric
|-
| Eva Klemenčič||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran
|-
| Tomaž Žigon||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Tanja Peric||Luka Okorn||Ajda Lenardič
|-
| Tina Ivančir||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Iztok Štuhec||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden
|-
| Ajda Cafun||naslov||link||31.05.||03.06.||06.06.||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar||Valentina Novak
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2015. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2016 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2016_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2016_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2016_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2016_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2016_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2016_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.