https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Primo%C5%BE+BWiki FKKT - User contributions [en]2026-04-17T15:47:12ZUser contributionsMediaWiki 1.39.3https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=6144Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T20:29:33Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
Mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
*DNMT1:<br />
DNA metiltransferaza 1, služi vzdrževanju metilacije DNA na replikacijskih vilicah ter interagira z PCNA. (zaporedja simetrične metilacije DNA na CpG (citozin, ki mu sledi gvanin)mestih)[[http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_methyltransferase#DNMT_1]]<br />
*NP95(imenovan tudi UHRF1):<br />
Protein pri sesalcih, ki predstavlja dodatno mehansko povezavo med delno metilirano DNA in DNMT1(veže se na DNA ter interagira z DNMT1).Posledica odstranitve NP95 so metilacijski defekti, ki spominjajo na tiste, ki jih lahko opazimo pri izgubi DNMT1, kar nakazuje na pomembno vlogo NP95 pri vzdrževanju metiltransferazne aktivnosti pravkar podvojene DNA.[[http://en.wikipedia.org/wiki/UHRF1]]<br />
<br />
Vzorci metilacije DNA se lahko zvesto reproducirajo (po prehodu replikacijskih vilic) z izkoriščanjem več dejavnikov: semi-konzervativno podvajanje, posledica je delno metilirana DNA, prepoznavanje te delno metilirane hčerinske verige s strani NP95 ter povezava DNMT1 z replikacijskim mehanizmom.<br />
<br />
'''2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij'''<br />
<br />
DNA in njeni metilacijski markerji se podvajajo s pomočjo semi-konzervativnega mehanizma, pri čemer je informacija kopirana iz predloge. Prehod replikacijskih vilic poruši starševski nukleosom, ki nosi post-translacijske modifikacije. Da bi bili dedni in s tem epigenetski markerji, morajo biti ti histoni in njihove modifikacije ponovno sestavljeni za replikacijskimi vilicami. Vendar logične predloge za ponovno sestavo nukleosoma ni. Glede na to, da je zunaj S faze zamenjava replikativnih histonov H3(varianta H3.1) in H4 minimalna v primerjavi s hitro zamenjavo H2A in H2B, sta histona H3 in H4 ter njuni markerji najbolj verjetna kandidata, za prenašanje informacije iz enega celičnega cikla do drugega. Torej, da bi se izognili izgubi informacije , ki je zakodirana v histonskih modifikacijah, je potrebna pravilna koordinacija med reciklirajočimi starševskimi <br />
H3-H4 dimeri in njihovimi histonskimi markerji skupaj z novo nastalimi histoni.Kako to poteka opisuje več različnih domnevnih modelov, ki so predmet trenutnih raziskav.<br />
<br />
'''2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev'''<br />
<br />
Pri modelu bralec-pisec dedovanj histonskih markerjev, služijo markerji na sosednjih starševskih nukleosomih kot podlaga za modifikacije novo vključenih histonov. Do tega koraka naj bi prišlo v kasnejših fazah celičnega cikla. <br />
<br />
Prav tako pa bi markerji lahko bili uvedeni replikacijsko in naj bi bili koordinirani z začetkom replikacije domen. Pri tem načinu naj bi bili dve možnosti:<br />
*skupni faktorji na vseh replikacijskih vilicah, ki vplivajo na označevanje<br />
*domensko specifični faktorji, ki so nadzorovani preko lokalnega kromatinskega okolja in preko že obstoječih markerjev, kot je npr. metilacija DNA<br />
<br />
Ti modeli in domneve so še precej nejasni in potrebni nadaljnih raziskav ter študij.<br />
<br />
'''2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze'''<br />
<br />
Histonske variante lahko označujejo stanje kromatina. Aktivne regije so obogatene s H3.3, medtem, ko edinstvena vključitev centromer specifičnega histona H3 ((varianta CenH3, CENP-A pri ljudeh[[http://en.wikipedia.org/wiki/CENPA]]) določa mesto centromerne identitete. Skupaj z replikativnima variantama H3.1 ter H3.2, nadomestni varianti H3.3 in CENP-A predstavljata glavni H3 histoski izotip pri sesalcih. Med S fazo se vkjučujeta izkjučno H3.1 ter H3.2, medtem, ko do odlaganja nadomestnih variant H3.3 in CENP-A prihaja izven S faze. Zaradi tega ti dve histonski varianti predstavljata glavna kandidata pri prenosu epigentske informacije izven procesa replikacije. <br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholerae''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Vibrio_cholerae]], medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli''[[http://en.wikipedia.org/wiki/E_coli]]) prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Caulobacter_crescentus]]. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.<br />
<br />
<br />
== 4.PRIMER EPIGENETSKE REGULACIJE CELIČNEGA CIKLA ==<br />
<br />
Epigenetska regulacija na področju celičnega cikla se smatra kot mehanizem za inaktivacijo poti za sintezo supresorjev tumorja v veliko primerih rakavih obolenj. Ena od teh obolenj je tudi osteosarkom[[http://en.wikipedia.org/wiki/Osteosarcoma]].Osteosarkom je najpogostejši primarni maligni tumor na kosteh pri otrocih in mladostnikih. Ta tumor je povezan s spremembami v genih, ki so vključeni v regulacijo celičnega cikla in apoptozo. <br />
<br />
Nedavni napredki na področju epigenetike so pripomogli k boljšemu razumevanju patogeneze osteosarkoma. Spreminjanje ekspresije genov in signalnih poti, ki nadzorujejo celični cikel in apoptozo lahko privede do spremembe normalne celice v maligno.<br />
Najbolj očitno vlogo pri nastanku osteosarkoma imata proteina p53 in retinoblastom (Rb)[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/fig1/]]. Vendar pa so bile raziskave osredotočene večinoma zgolj na mutacije in ne na epigenetskemehanizme pri inaktivaciji teh in drugih regulatorjev.<br />
<br />
'''4.1Retinoblastom'''<br />
Rb je v mnogih tipih raka inaktiviran. Njegova vloga v celičnem ciklu je inhibicija vstopa v S-fazo. Genetske spremembe gena so večinoma delecije. Hipermetilacija gena za Rb vpliva na druge vrste raka, vendar glede na raziskave, na osteosarkom nima vpliva. Dokazano je bilo, da od Rb odvisna ustavitev G1 vključuje p16INK4A inhibicijo ciklinskih D/cdk4 in cdk6 kompleksov, ki ponavadi začnejo fosforilacijo Rb. Tako lahko spremembe v Rb, cdk4/6, ciklinu D ali p16INK4A vodijo do genetskih okvar, kar vodi do nastanka tumorja. Do nedavnega niso raziskovali epigenetskih modifikacij pk16INK4A gena, ki je pogosto spremenjen tumorski supresor v celičnih linijah z osteosarkomom, sedaj pa se je pokazalo, da ima metilacija promotorja za RB ali p16INK4A veliko vlogo v motenju kontrole celičnega cikla in nastanka osteosarkoma.<br />
<br />
'''4.2Protein p53'''<br />
P53 igra pomembno vlogo pri apoptozi, prekinitvi celičnega cikla in obnavljanju DNA. Ko pride do poškodbe DNA in ta ni popravljiva, začne p53 proces apoptoze. Če pa pride do hipermetilacije proteina HIC1 (kar se zgodi pri raku), se ta deaktivira, s tem pa se poveča konc. SIRT1 deacetilaze, ki deacetilira in inaktivira p53. Tako je apoptoza preprečena in celice s poškodovano DNA lahko preživijo, kar vodi do nastanka tumorjev.<br />
V patogenezo osteosarkoma je torej vključenih veliko poti, med katerimi so tudi poti celičnega cikla in apoptoze, ki imajo pomembno vlogo v tumorogenezi. <br />
<br />
In čeprav vemo, da p53, Rb in ostali mediatorji regulacije celičnega cikla in apoptoze prispevajo k osteosarkomu, še ni čisto jasno, kako so ti geni spremenjeni. Vendar pa novejše študije kažejo na to, da bi lahko na te gene vplivali metilacija, modifikacije histonov in drugi epigenetski dejavniki. <br />
<br />
<br />
== 5.VIRI ==<br />
*Aline V. Probst, Elaine Dunleavy & Geneviève Almouzni; Epigenetic inheritance during the cell cycle; Nature Reviews Molecular Cell Biology 10, 192-206 (March 2009)[[http://www.nature.com/nrm/journal/v10/n3/full/nrm2640.html]]<br />
*Collier J.; Epigenetic regulation of the bacterial cell cycle; Current Opinion Microbiology 2009 Dec;12(6):722-9[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19783470]]<br />
*Krithi Rao-Bindal, Eugenie S. Kleinerman; Epigenetic Regulation of Apoptosis and Cell Cycle in Osteosarcoma; Sarcoma Volume 2011 (2011), Article ID 679457, 5 pagesdoi:10.1155/2011/679457[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/]]</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=6120Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T20:20:42Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
*DNMT1:<br />
DNA metiltransferaza 1, služi vzdrževanju metilacije DNA na replikacijskih vilicah ter interagira z PCNA. (zaporedja simetrične metilacije DNA na CpG (citozin, ki mu sledi gvanin)mestih )<br />
*NP95:<br />
Protein pri sesalcih, ki predstavlja dodatno mehansko povezavo med delno metilirano DNA in DNMT1(veže se na DNA ter interagira z DNMT1).Posledica odstranitve NP95 so metilacijski defekti, ki spominjajo na tiste, ki jih lahko opazimo pri izgubi DNMT1, kar nakazuje na pomembno vlogo NP95 pri vzdrževanju metiltransferazne aktivnosti pravkar podvojene DNA.<br />
<br />
Vzorci metilacije DNA se lahko zvesto reproducirajo ( po prehodu replikacijskih vilic )z izkoriščanjem več dejavnikov: semi-konzervativno podvajanje, posledica je delno metilirana DNA, prepoznavanje te delno metilirane hčerinske verige s strani NP95 ter povezava DNMT1 z replikacijskim mehanizmom.<br />
<br />
'''2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij'''<br />
<br />
DNA in njeni metilacijski markerji se podvajajo s pomočjo semi-konzervativnega mehanizma, pri čemer je informacija kopirana iz predloge. Prehod replikacijskih vilic poruši starševski nukleosom, ki nosi post-translacijske modifikacije. Da bi bili dedni in s tem epigenetski markerji, morajo biti ti histoni in njihove modifikacije ponovno sestavljeni za replikacijskimi vilicami. Vendar logične predloge za ponovno sestavo nukleosoma ni. Glede na to, da je zunaj S faze zamenjava replikativnih histonov H3(varianta H3.1) in H4 minimalna v primerjavi s hitro zamenjavo H2A in H2B, sta histona H3 in H4 ter njuni markerji najbolj verjetna kandidata, za prenašanje informacije iz enega celičnega cikla do drugega. Torej, da bi se izognili izgubi informacije , ki je zakodirana v histonskih modifikacijah, je potrebna pravilna koordinacija med reciklirajočimi starševskimi <br />
H3-H4 dimeri in njihovimi histonskimi markerji skupaj z novo nastalimi histoni.Kako to poteka opisuje več različnih domnevnih modelov, ki so predmet trenutnih raziskav.<br />
<br />
'''2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev'''<br />
<br />
Pri modelu bralec-pisec dedovanj histonskih markerjev, služijo markerji na sosednjih starševskih nukleosomih kot podlaga za modifikacije novo vključenih histonov. Do tega koraka naj bi prišlo v kasnejših fazah celičnega cikla. <br />
<br />
Prav tako pa bi markerji lahko bili uvedeni replikacijsko in naj bi bili koordinirani z začetkom replikacije domen. Pri tem načinu naj bi bili dve možnosti:<br />
*skupni faktorji na vseh replikacijskih vilicah, ki vplivajo na označevanje<br />
*domensko specifični faktorji, ki so nadzorovani preko lokalnega kromatinskega okolja in preko že obstoječih markerjev, kot je npr. metilacija DNA<br />
<br />
Ti modeli in domneve so še precej nejasni in potrebni nadaljnih raziskav ter študij.<br />
<br />
'''2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze'''<br />
<br />
Histonske variante lahko označujejo stanje kromatina. Aktivne regije so obogatene s H3.3, medtem, ko edinstvena vključitev centromer specifičnega histona H3 ((varianta CenH3, CENP-A pri ljudeh) določa mesto centromerne identitete. Skupaj z replikativnima variantama H3.1 ter H3.2, nadomestni varianti H3.3 in CENP-A predstavljata glavni H3 histoski izotip pri sesalcih. Med S fazo se vkjučujeta izkjučno H3.1 ter H3.2, medtem, ko do odlaganja nadomestnih variant H3.3 in CENP-A prihaja izven S faze. Zaradi tega ti dve histonski varianti predstavljata glavna kandidata pri prenosu epigentske informacije izven procesa replikacije. <br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholerae''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Vibrio_cholerae]], medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli''[[http://en.wikipedia.org/wiki/E_coli]]) prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Caulobacter_crescentus]]. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.<br />
<br />
<br />
== 4.PRIMER EPIGENETSKE REGULACIJE CELIČNEGA CIKLA ==<br />
<br />
Epigenetska regulacija na področju celičnega cikla se smatra kot mehanizem za inaktivacijo poti za sintezo supresorjev tumorja v veliko primerih rakavih obolenj. Ena od teh obolenj je tudi osteosarkom.Osteosarkom je najpogostejši primarni maligni tumor na kosteh pri otrocih in mladostnikih. Ta tumor je povezan s spremembami v genih, ki so vključeni v regulacijo celičnega cikla in apoptozo. <br />
<br />
Nedavni napredki na področju epigenetike so pripomogli k boljšemu razumevanju patogeneze osteosarkoma. Spreminjanje ekspresije genov in signalnih poti, ki nadzorujejo celični cikel in apoptozo lahko privede do spremembe normalne celice v maligno.<br />
Najbolj očitno vlogo pri nastanku osteosarkoma imata proteina p53 in retinoblastom (Rb)[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/fig1/]]. Vendar pa so bile raziskave osredotočene večinoma zgolj na mutacije in ne na epigenetskemehanizme pri inaktivaciji teh in drugih regulatorjev.<br />
<br />
'''4.1Retinoblastom'''<br />
Rb je v mnogih tipih raka inaktiviran. Njegova vloga v celičnem ciklu je inhibicija vstopa v S-fazo. Genetske spremembe gena so večinoma delecije. Hipermetilacija gena za Rb vpliva na druge vrste raka, vendar glede na raziskave, na osteosarkom nima vpliva. Dokazano je bilo, da od Rb odvisna ustavitev G1 vključuje p16INK4A inhibicijo ciklinskih D/cdk4 in cdk6 kompleksov, ki ponavadi začnejo fosforilacijo Rb. Tako lahko spremembe v Rb, cdk4/6, ciklinu D ali p16INK4A vodijo do genetskih okvar, kar vodi do nastanka tumorja. Do nedavnega niso raziskovali epigenetskih modifikacij pk16INK4A gena, ki je pogosto spremenjen tumorski supresor v celičnih linijah z osteosarkomom, sedaj pa se je pokazalo, da ima metilacija promotorja za RB ali p16INK4A veliko vlogo v motenju kontrole celičnega cikla in nastanka osteosarkoma.<br />
<br />
'''4.2Protein p53'''<br />
P53 igra pomembno vlogo pri apoptozi, prekinitvi celičnega cikla in obnavljanju DNA. Ko pride do poškodbe DNA in ta ni popravljiva, začne p53 proces apoptoze. Če pa pride do hipermetilacije proteina HIC1 (kar se zgodi pri raku), se ta deaktivira, s tem pa se poveča konc. SIRT1 deacetilaze, ki deacetilira in inaktivira p53. Tako je apoptoza preprečena in celice s poškodovano DNA lahko preživijo, kar vodi do nastanka tumorjev.<br />
V patogenezo osteosarkoma je torej vključenih veliko poti, med katerimi so tudi poti celičnega cikla in apoptoze, ki imajo pomembno vlogo v tumorogenezi. <br />
<br />
In čeprav vemo, da p53, Rb in ostali mediatorji regulacije celičnega cikla in apoptoze prispevajo k osteosarkomu, še ni čisto jasno, kako so ti geni spremenjeni. Vendar pa novejše študije kažejo na to, da bi lahko na te gene vplivali metilacija, modifikacije histonov in drugi epigenetski dejavniki. <br />
<br />
<br />
== 5.VIRI ==<br />
*Aline V. Probst, Elaine Dunleavy & Geneviève Almouzni; Epigenetic inheritance during the cell cycle; Nature Reviews Molecular Cell Biology 10, 192-206 (March 2009)[[http://www.nature.com/nrm/journal/v10/n3/full/nrm2640.html]]<br />
*Collier J.; Epigenetic regulation of the bacterial cell cycle; Current Opinion Microbiology 2009 Dec;12(6):722-9[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19783470]]<br />
*Krithi Rao-Bindal, Eugenie S. Kleinerman; Epigenetic Regulation of Apoptosis and Cell Cycle in Osteosarcoma; Sarcoma Volume 2011 (2011), Article ID 679457, 5 pagesdoi:10.1155/2011/679457[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/]]</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=6111Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T20:17:39Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
*DNMT1:<br />
DNA metiltransferaza 1, služi vzdrževanju metilacije DNA na replikacijskih vilicah ter interagira z PCNA. (zaporedja simetrične metilacije DNA na CpG (citozin, ki mu sledi gvanin)mestih )<br />
*NP95:<br />
Protein pri sesalcih, ki predstavlja dodatno mehansko povezavo med delno metilirano DNA in DNMT1(veže se na DNA ter interagira z DNMT1).Posledica odstranitve NP95 so metilacijski defekti, ki spominjajo na tiste, ki jih lahko opazimo pri izgubi DNMT1, kar nakazuje na pomembno vlogo NP95 pri vzdrževanju metiltransferazne aktivnosti pravkar podvojene DNA.<br />
<br />
Vzorci metilacije DNA se lahko zvesto reproducirajo ( po prehodu replikacijskih vilic )z izkoriščanjem več dejavnikov: semi-konzervativno podvajanje, posledica je delno metilirana DNA, prepoznavanje te delno metilirane hčerinske verige s strani NP95 ter povezava DNMT1 z replikacijskim mehanizmom.<br />
<br />
'''2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij'''<br />
<br />
DNA in njeni metilacijski markerji se podvajajo s pomočjo semi-konzervativnega mehanizma, pri čemer je informacija kopirana iz predloge. Prehod replikacijskih vilic poruši starševski nukleosom, ki nosi post-translacijske modifikacije. Da bi bili dedni in s tem epigenetski markerji, morajo biti ti histoni in njihove modifikacije ponovno sestavljeni za replikacijskimi vilicami. Vendar logične predloge za ponovno sestavo nukleosoma ni. Glede na to, da je zunaj S faze zamenjava replikativnih histonov H3(varianta H3.1) in H4 minimalna v primerjavi s hitro zamenjavo H2A in H2B, sta histona H3 in H4 ter njuni markerji najbolj verjetna kandidata, za prenašanje informacije iz enega celičnega cikla do drugega. Torej, da bi se izognili izgubi informacije , ki je zakodirana v histonskih modifikacijah, je potrebna pravilna koordinacija med reciklirajočimi starševskimi <br />
H3-H4 dimeri in njihovimi histonskimi markerji skupaj z novo nastalimi histoni.Kako to poteka opisuje več različnih domnevnih modelov, ki so predmet trenutnih raziskav.<br />
<br />
'''2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev'''<br />
<br />
Pri modelu bralec-pisec dedovanj histonskih markerjev, služijo markerji na sosednjih starševskih nukleosomih kot podlaga za modifikacije novo vključenih histonov. Do tega koraka naj bi prišlo v kasnejših fazah celičnega cikla. <br />
<br />
Prav tako pa bi markerji lahko bili uvedeni replikacijsko in naj bi bili koordinirani z začetkom replikacije domen. Pri tem načinu naj bi bili dve možnosti:<br />
*skupni faktorji na vseh replikacijskih vilicah, ki vplivajo na označevanje<br />
*domensko specifični faktorji, ki so nadzorovani preko lokalnega kromatinskega okolja in preko že obstoječih markerjev, kot je npr. metilacija DNA<br />
<br />
Ti modeli in domneve so še precej nejasni in potrebni nadaljnih raziskav ter študij.<br />
<br />
'''2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze'''<br />
<br />
Histonske variante lahko označujejo stanje kromatina. Aktiven regije so obogatene s H3.3, medtem, ko edinstvena vključitev centromer specifičnega histona H3 ((varianta CenH3, CENP-A pri ljudeh) določa mesto centromerne identitete. Skupaj z replikativnima variantama H3.1 ter H3.2, nadomestni varianti H3.3 in CENP-A predstavljata glavni H3 histoski izotip pri sesalcih. Med S fazo se vkjučujeta izkjučno H3.1 ter H3.2, medtem, ko do odlaganja nadomestnih variant H3.3 in CENP-A prihaja izven S faze. Zaradi tega ti dve histonski varianti predstavljata glavna kandidata pri prenosu epigentske informacije izven replikacije. <br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholerae''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Vibrio_cholerae]], medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli''[[http://en.wikipedia.org/wiki/E_coli]]) prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Caulobacter_crescentus]]. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.<br />
<br />
<br />
== 4.PRIMER EPIGENETSKE REGULACIJE CELIČNEGA CIKLA ==<br />
<br />
Epigenetska regulacija na področju celičnega cikla se smatra kot mehanizem za inaktivacijo poti za sintezo supresorjev tumorja v veliko primerih rakavih obolenj. Ena od teh obolenj je tudi osteosarkom.Osteosarkom je najpogostejši primarni maligni tumor na kosteh pri otrocih in mladostnikih. Ta tumor je povezan s spremembami v genih, ki so vključeni v regulacijo celičnega cikla in apoptozo. <br />
<br />
Nedavni napredki na področju epigenetike so pripomogli k boljšemu razumevanju patogeneze osteosarkoma. Spreminjanje ekspresije genov in signalnih poti, ki nadzorujejo celični cikel in apoptozo lahko privede do spremembe normalne celice v maligno.<br />
Najbolj očitno vlogo pri nastanku osteosarkoma imata proteina p53 in retinoblastom (Rb)[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/fig1/]]. Vendar pa so bile raziskave osredotočene večinoma zgolj na mutacije in ne na epigenetskemehanizme pri inaktivaciji teh in drugih regulatorjev.<br />
<br />
'''4.1Retinoblastom'''<br />
Rb je v mnogih tipih raka inaktiviran. Njegova vloga v celičnem ciklu je inhibicija vstopa v S-fazo. Genetske spremembe gena so večinoma delecije. Hipermetilacija gena za Rb vpliva na druge vrste raka, vendar glede na raziskave, na osteosarkom nima vpliva. Dokazano je bilo, da od Rb odvisna ustavitev G1 vključuje p16INK4A inhibicijo ciklinskih D/cdk4 in cdk6 kompleksov, ki ponavadi začnejo fosforilacijo Rb. Tako lahko spremembe v Rb, cdk4/6, ciklinu D ali p16INK4A vodijo do genetskih okvar, kar vodi do nastanka tumorja. Do nedavnega niso raziskovali epigenetskih modifikacij pk16INK4A gena, ki je pogosto spremenjen tumorski supresor v celičnih linijah z osteosarkomom, sedaj pa se je pokazalo, da ima metilacija promotorja za RB ali p16INK4A veliko vlogo v motenju kontrole celičnega cikla in nastanka osteosarkoma.<br />
<br />
'''4.2Protein p53'''<br />
P53 igra pomembno vlogo pri apoptozi, prekinitvi celičnega cikla in obnavljanju DNA. Ko pride do poškodbe DNA in ta ni popravljiva, začne p53 proces apoptoze. Če pa pride do hipermetilacije proteina HIC1 (kar se zgodi pri raku), se ta deaktivira, s tem pa se poveča konc. SIRT1 deacetilaze, ki deacetilira in inaktivira p53. Tako je apoptoza preprečena in celice s poškodovano DNA lahko preživijo, kar vodi do nastanka tumorjev.<br />
V patogenezo osteosarkoma je torej vključenih veliko poti, med katerimi so tudi poti celičnega cikla in apoptoze, ki imajo pomembno vlogo v tumorogenezi. <br />
<br />
In čeprav vemo, da p53, Rb in ostali mediatorji regulacije celičnega cikla in apoptoze prispevajo k osteosarkomu, še ni čisto jasno, kako so ti geni spremenjeni. Vendar pa novejše študije kažejo na to, da bi lahko na te gene vplivali metilacija, modifikacije histonov in drugi epigenetski dejavniki. <br />
<br />
<br />
== 5.VIRI ==<br />
*Aline V. Probst, Elaine Dunleavy & Geneviève Almouzni; Epigenetic inheritance during the cell cycle; Nature Reviews Molecular Cell Biology 10, 192-206 (March 2009)[[http://www.nature.com/nrm/journal/v10/n3/full/nrm2640.html]]<br />
*Collier J.; Epigenetic regulation of the bacterial cell cycle; Current Opinion Microbiology 2009 Dec;12(6):722-9[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19783470]]<br />
*Krithi Rao-Bindal, Eugenie S. Kleinerman; Epigenetic Regulation of Apoptosis and Cell Cycle in Osteosarcoma; Sarcoma Volume 2011 (2011), Article ID 679457, 5 pagesdoi:10.1155/2011/679457[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/]]</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=6104Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T20:16:17Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
*DNMT1:<br />
DNA metiltransferaza 1, služi vzdrževanju metilacije DNA na replikacijskih vilicah ter interagira z PCNA. (zaporedja simetrične metilacije DNA na CpG (citozin, ki mu sledi gvanin)mestih ) <br />
<br />
Vzorci metilacije DNA se lahko zvesto reproducirajo ( po prehodu replikacijskih vilic )z izkoriščanjem več dejavnikov: semi-konzervativno podvajanje, posledica je delno metilirana DNA, prepoznavanje te delno metilirane hčerinske verige s strani NP95 ter povezava DNMT1 z replikacijskim mehanizmom.<br />
<br />
'''2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij'''<br />
<br />
DNA in njeni metilacijski markerji se podvajajo s pomočjo semi-konzervativnega mehanizma, pri čemer je informacija kopirana iz predloge. Prehod replikacijskih vilic poruši starševski nukleosom, ki nosi post-translacijske modifikacije. Da bi bili dedni in s tem epigenetski markerji, morajo biti ti histoni in njihove modifikacije ponovno sestavljeni za replikacijskimi vilicami. Vendar logične predloge za ponovno sestavo nukleosoma ni. Glede na to, da je zunaj S faze zamenjava replikativnih histonov H3(varianta H3.1) in H4 minimalna v primerjavi s hitro zamenjavo H2A in H2B, sta histona H3 in H4 ter njuni markerji najbolj verjetna kandidata, za prenašanje informacije iz enega celičnega cikla do drugega. Torej, da bi se izognili izgubi informacije , ki je zakodirana v histonskih modifikacijah, je potrebna pravilna koordinacija med reciklirajočimi starševskimi <br />
H3-H4 dimeri in njihovimi histonskimi markerji skupaj z novo nastalimi histoni.Kako to poteka opisuje več različnih domnevnih modelov, ki so predmet trenutnih raziskav.<br />
<br />
'''2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev'''<br />
<br />
Pri modelu bralec-pisec dedovanj histonskih markerjev, služijo markerji na sosednjih starševskih nukleosomih kot podlaga za modifikacije novo vključenih histonov. Do tega koraka naj bi prišlo v kasnejših fazah celičnega cikla. <br />
<br />
Prav tako pa bi markerji lahko bili uvedeni replikacijsko in naj bi bili koordinirani z začetkom replikacije domen. Pri tem načinu naj bi bili dve možnosti:<br />
*skupni faktorji na vseh replikacijskih vilicah, ki vplivajo na označevanje<br />
*domensko specifični faktorji, ki so nadzorovani preko lokalnega kromatinskega okolja in preko že obstoječih markerjev, kot je npr. metilacija DNA<br />
<br />
Ti modeli in domneve so še precej nejasni in potrebni nadaljnih raziskav ter študij.<br />
<br />
'''2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze'''<br />
<br />
Histonske variante lahko označujejo stanje kromatina. Aktiven regije so obogatene s H3.3, medtem, ko edinstvena vključitev centromer specifičnega histona H3 ((varianta CenH3, CENP-A pri ljudeh) določa mesto centromerne identitete. Skupaj z replikativnima variantama H3.1 ter H3.2, nadomestni varianti H3.3 in CENP-A predstavljata glavni H3 histoski izotip pri sesalcih. Med S fazo se vkjučujeta izkjučno H3.1 ter H3.2, medtem, ko do odlaganja nadomestnih variant H3.3 in CENP-A prihaja izven S faze. Zaradi tega ti dve histonski varianti predstavljata glavna kandidata pri prenosu epigentske informacije izven replikacije. <br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholerae''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Vibrio_cholerae]], medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli''[[http://en.wikipedia.org/wiki/E_coli]]) prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Caulobacter_crescentus]]. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.<br />
<br />
<br />
== 4.PRIMER EPIGENETSKE REGULACIJE CELIČNEGA CIKLA ==<br />
<br />
Epigenetska regulacija na področju celičnega cikla se smatra kot mehanizem za inaktivacijo poti za sintezo supresorjev tumorja v veliko primerih rakavih obolenj. Ena od teh obolenj je tudi osteosarkom.Osteosarkom je najpogostejši primarni maligni tumor na kosteh pri otrocih in mladostnikih. Ta tumor je povezan s spremembami v genih, ki so vključeni v regulacijo celičnega cikla in apoptozo. <br />
<br />
Nedavni napredki na področju epigenetike so pripomogli k boljšemu razumevanju patogeneze osteosarkoma. Spreminjanje ekspresije genov in signalnih poti, ki nadzorujejo celični cikel in apoptozo lahko privede do spremembe normalne celice v maligno.<br />
Najbolj očitno vlogo pri nastanku osteosarkoma imata proteina p53 in retinoblastom (Rb)[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/fig1/]]. Vendar pa so bile raziskave osredotočene večinoma zgolj na mutacije in ne na epigenetskemehanizme pri inaktivaciji teh in drugih regulatorjev.<br />
<br />
'''4.1Retinoblastom'''<br />
Rb je v mnogih tipih raka inaktiviran. Njegova vloga v celičnem ciklu je inhibicija vstopa v S-fazo. Genetske spremembe gena so večinoma delecije. Hipermetilacija gena za Rb vpliva na druge vrste raka, vendar glede na raziskave, na osteosarkom nima vpliva. Dokazano je bilo, da od Rb odvisna ustavitev G1 vključuje p16INK4A inhibicijo ciklinskih D/cdk4 in cdk6 kompleksov, ki ponavadi začnejo fosforilacijo Rb. Tako lahko spremembe v Rb, cdk4/6, ciklinu D ali p16INK4A vodijo do genetskih okvar, kar vodi do nastanka tumorja. Do nedavnega niso raziskovali epigenetskih modifikacij pk16INK4A gena, ki je pogosto spremenjen tumorski supresor v celičnih linijah z osteosarkomom, sedaj pa se je pokazalo, da ima metilacija promotorja za RB ali p16INK4A veliko vlogo v motenju kontrole celičnega cikla in nastanka osteosarkoma.<br />
<br />
'''4.2Protein p53'''<br />
P53 igra pomembno vlogo pri apoptozi, prekinitvi celičnega cikla in obnavljanju DNA. Ko pride do poškodbe DNA in ta ni popravljiva, začne p53 proces apoptoze. Če pa pride do hipermetilacije proteina HIC1 (kar se zgodi pri raku), se ta deaktivira, s tem pa se poveča konc. SIRT1 deacetilaze, ki deacetilira in inaktivira p53. Tako je apoptoza preprečena in celice s poškodovano DNA lahko preživijo, kar vodi do nastanka tumorjev.<br />
V patogenezo osteosarkoma je torej vključenih veliko poti, med katerimi so tudi poti celičnega cikla in apoptoze, ki imajo pomembno vlogo v tumorogenezi. <br />
<br />
In čeprav vemo, da p53, Rb in ostali mediatorji regulacije celičnega cikla in apoptoze prispevajo k osteosarkomu, še ni čisto jasno, kako so ti geni spremenjeni. Vendar pa novejše študije kažejo na to, da bi lahko na te gene vplivali metilacija, modifikacije histonov in drugi epigenetski dejavniki. <br />
<br />
<br />
== 5.VIRI ==<br />
*Aline V. Probst, Elaine Dunleavy & Geneviève Almouzni; Epigenetic inheritance during the cell cycle; Nature Reviews Molecular Cell Biology 10, 192-206 (March 2009)[[http://www.nature.com/nrm/journal/v10/n3/full/nrm2640.html]]<br />
*Collier J.; Epigenetic regulation of the bacterial cell cycle; Current Opinion Microbiology 2009 Dec;12(6):722-9[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19783470]]<br />
*Krithi Rao-Bindal, Eugenie S. Kleinerman; Epigenetic Regulation of Apoptosis and Cell Cycle in Osteosarcoma; Sarcoma Volume 2011 (2011), Article ID 679457, 5 pagesdoi:10.1155/2011/679457[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/]]</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5999Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T17:49:01Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
*DNMT1:<br />
DNA metiltransferaza 1, služi vzdrževanju metilacije DNA na replikacijskih vilicah ter interagira z PCNA. (zaporedja simetrične metilacije DNA na CpG (citozin, ki mu sledi gvanin)mestih ) <br />
<br />
Vzorci metilacije DNA se lahko zvesto reproducirajo ( po prehodu replikacijskih vilic )z izkoriščanjem več dejavnikov: semi-konzervativno podvajanje, posledica je delno metilirana DNA, prepoznavanje te delno metilirane hčerinske verige s strani NP95 ter povezava DNMT1 z replikacijskim mehanizmom.<br />
<br />
'''2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij'''<br />
<br />
DNA in njeni metilacijski markerji se podvajajo s pomočjo semi-konzervativnega mehanizma, pri čemer je informacija kopirana iz predloge. Prehod replikacijskih vilic poruši starševski nukleosom, ki nosi post-translacijske modifikacije. Da bi bili dedni in s tem epigenetski markerji, morajo biti ti histoni in njihove modifikacije ponovno sestavljeni za replikacijskimi vilicami. Vendar logične predloge za ponovno sestavo nukleosoma ni. Glede na to, da je zunaj S faze zamenjava replikativnih histonov H3(varianta H3.1) in H4 minimalna v primerjavi s hitro zamenjavo H2A in H2B, sta histona H3 in H4 ter njuni markerji najbolj verjetna kandidata, za prenašanje informacije iz enega celičnega cikla do drugega. Torej, da bi se izognili izgubi informacije , ki je zakodirana v histonskih modifikacijah, je potrebna pravilna koordinacija med reciklirajočimi starševskimi <br />
H3-H4 dimeri in njihovimi histonskimi markerji skupaj z novo nastalimi histoni.<br />
<br />
'''2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev'''<br />
'''2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze'''<br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholerae''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Vibrio_cholerae]], medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli''[[http://en.wikipedia.org/wiki/E_coli]]) prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Caulobacter_crescentus]]. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.<br />
<br />
<br />
== 4.PRIMER EPIGENETSKE REGULACIJE CELIČNEGA CIKLA ==<br />
<br />
Epigenetska regulacija na področju celičnega cikla se smatra kot mehanizem za inaktivacijo poti za sintezo supresorjev tumorja v veliko primerih rakavih obolenj. Ena od teh obolenj je tudi osteosarkom.Osteosarkom je najpogostejši primarni maligni tumor na kosteh pri otrocih in mladostnikih. Ta tumor je povezan s spremembami v genih, ki so vključeni v regulacijo celičnega cikla in apoptozo. <br />
<br />
Nedavni napredki na področju epigenetike so pripomogli k boljšemu razumevanju patogeneze osteosarkoma. Spreminjanje ekspresije genov in signalnih poti, ki nadzorujejo celični cikel in apoptozo lahko privede do spremembe normalne celice v maligno.<br />
Najbolj očitno vlogo pri nastanku osteosarkoma imata proteina p53 in retinoblastom (Rb)[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/fig1/]]. Vendar pa so bile raziskave osredotočene večinoma zgolj na mutacije in ne na epigenetskemehanizme pri inaktivaciji teh in drugih regulatorjev.<br />
<br />
'''4.1Retinoblastom'''<br />
Rb je v mnogih tipih raka inaktiviran. Njegova vloga v celičnem ciklu je inhibicija vstopa v S-fazo. Genetske spremembe gena so večinoma delecije. Hipermetilacija gena za Rb vpliva na druge vrste raka, vendar glede na raziskave, na osteosarkom nima vpliva. Dokazano je bilo, da od Rb odvisna ustavitev G1 vključuje p16INK4A inhibicijo ciklinskih D/cdk4 in cdk6 kompleksov, ki ponavadi začnejo fosforilacijo Rb. Tako lahko spremembe v Rb, cdk4/6, ciklinu D ali p16INK4A vodijo do genetskih okvar, kar vodi do nastanka tumorja. Do nedavnega niso raziskovali epigenetskih modifikacij pk16INK4A gena, ki je pogosto spremenjen tumorski supresor v celičnih linijah z osteosarkomom, sedaj pa se je pokazalo, da ima metilacija promotorja za RB ali p16INK4A veliko vlogo v motenju kontrole celičnega cikla in nastanka osteosarkoma.<br />
<br />
'''4.2Protein p53'''<br />
P53 igra pomembno vlogo pri apoptozi, prekinitvi celičnega cikla in obnavljanju DNA. Ko pride do poškodbe DNA in ta ni popravljiva, začne p53 proces apoptoze. Če pa pride do hipermetilacije proteina HIC1 (kar se zgodi pri raku), se ta deaktivira, s tem pa se poveča konc. SIRT1 deacetilaze, ki deacetilira in inaktivira p53. Tako je apoptoza preprečena in celice s poškodovano DNA lahko preživijo, kar vodi do nastanka tumorjev.<br />
V patogenezo osteosarkoma je torej vključenih veliko poti, med katerimi so tudi poti celičnega cikla in apoptoze, ki imajo pomembno vlogo v tumorogenezi. <br />
<br />
In čeprav vemo, da p53, Rb in ostali mediatorji regulacije celičnega cikla in apoptoze prispevajo k osteosarkomu, še ni čisto jasno, kako so ti geni spremenjeni. Vendar pa novejše študije kažejo na to, da bi lahko na te gene vplivali metilacija, modifikacije histonov in drugi epigenetski dejavniki. <br />
<br />
<br />
== 5.VIRI ==<br />
*Aline V. Probst, Elaine Dunleavy & Geneviève Almouzni; Epigenetic inheritance during the cell cycle; Nature Reviews Molecular Cell Biology 10, 192-206 (March 2009)[[http://www.nature.com/nrm/journal/v10/n3/full/nrm2640.html]]<br />
*Collier J.; Epigenetic regulation of the bacterial cell cycle; Current Opinion Microbiology 2009 Dec;12(6):722-9[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19783470]]<br />
*Krithi Rao-Bindal, Eugenie S. Kleinerman; Epigenetic Regulation of Apoptosis and Cell Cycle in Osteosarcoma; Sarcoma Volume 2011 (2011), Article ID 679457, 5 pagesdoi:10.1155/2011/679457[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/]]</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5997Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T17:44:57Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
<br />
'''2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij'''<br />
'''2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev'''<br />
'''2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze'''<br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholerae''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Vibrio_cholerae]], medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli''[[http://en.wikipedia.org/wiki/E_coli]]) prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''[[http://en.wikipedia.org/wiki/Caulobacter_crescentus]]. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.<br />
<br />
<br />
== 4.PRIMER EPIGENETSKE REGULACIJE CELIČNEGA CIKLA ==<br />
<br />
Epigenetska regulacija na področju celičnega cikla se smatra kot mehanizem za inaktivacijo poti za sintezo supresorjev tumorja v veliko primerih rakavih obolenj. Ena od teh obolenj je tudi osteosarkom.Osteosarkom je najpogostejši primarni maligni tumor na kosteh pri otrocih in mladostnikih. Ta tumor je povezan s spremembami v genih, ki so vključeni v regulacijo celičnega cikla in apoptozo. <br />
<br />
Nedavni napredki na področju epigenetike so pripomogli k boljšemu razumevanju patogeneze osteosarkoma. Spreminjanje ekspresije genov in signalnih poti, ki nadzorujejo celični cikel in apoptozo lahko privede do spremembe normalne celice v maligno.<br />
Najbolj očitno vlogo pri nastanku osteosarkoma imata proteina p53 in retinoblastom (Rb). Vendar pa so bile raziskave osredotočene večinoma zgolj na mutacije in ne na epigenetskemehanizme pri inaktivaciji teh in drugih regulatorjev.<br />
<br />
'''4.1Retinoblastom'''<br />
Rb je v mnogih tipih raka inaktiviran. Njegova vloga v celičnem ciklu je inhibicija vstopa v S-fazo. Genetske spremembe gena so večinoma delecije. Hipermetilacija gena za Rb vpliva na druge vrste raka, vendar glede na raziskave, na osteosarkom nima vpliva. Dokazano je bilo, da od Rb odvisna ustavitev G1 vključuje p16INK4A inhibicijo ciklinskih D/cdk4 in cdk6 kompleksov, ki ponavadi začnejo fosforilacijo Rb. Tako lahko spremembe v Rb, cdk4/6, ciklinu D ali p16INK4A vodijo do genetskih okvar, kar vodi do nastanka tumorja. Do nedavnega niso raziskovali epigenetskih modifikacij pk16INK4A gena, ki je pogosto spremenjen tumorski supresor v celičnih linijah z osteosarkomom, sedaj pa se je pokazalo, da ima metilacija promotorja za RB ali p16INK4A veliko vlogo v motenju kontrole celičnega cikla in nastanka osteosarkoma.<br />
<br />
'''4.2Protein p53'''<br />
P53 igra pomembno vlogo pri apoptozi, prekinitvi celičnega cikla in obnavljanju DNA. Ko pride do poškodbe DNA in ta ni popravljiva, začne p53 proces apoptoze. Če pa pride do hipermetilacije proteina HIC1 (kar se zgodi pri raku), se ta deaktivira, s tem pa se poveča konc. SIRT1 deacetilaze, ki deacetilira in inaktivira p53. Tako je apoptoza preprečena in celice s poškodovano DNA lahko preživijo, kar vodi do nastanka tumorjev.<br />
V patogenezo osteosarkoma je torej vključenih veliko poti, med katerimi so tudi poti celičnega cikla in apoptoze, ki imajo pomembno vlogo v tumorogenezi. <br />
<br />
In čeprav vemo, da p53, Rb in ostali mediatorji regulacije celičnega cikla in apoptoze prispevajo k osteosarkomu, še ni čisto jasno, kako so ti geni spremenjeni. Vendar pa novejše študije kažejo na to, da bi lahko na te gene vplivali metilacija, modifikacije histonov in drugi epigenetski dejavniki. <br />
<br />
<br />
== 5.VIRI ==<br />
*Aline V. Probst, Elaine Dunleavy & Geneviève Almouzni; Epigenetic inheritance during the cell cycle; Nature Reviews Molecular Cell Biology 10, 192-206 (March 2009)[[http://www.nature.com/nrm/journal/v10/n3/full/nrm2640.html]]<br />
*Collier J.; Epigenetic regulation of the bacterial cell cycle; Current Opinion Microbiology 2009 Dec;12(6):722-9[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19783470]]<br />
*Krithi Rao-Bindal, Eugenie S. Kleinerman; Epigenetic Regulation of Apoptosis and Cell Cycle in Osteosarcoma; Sarcoma Volume 2011 (2011), Article ID 679457, 5 pagesdoi:10.1155/2011/679457[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/]]</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5996Talk:Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T17:37:10Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>*Točka 1&2 Bembič Primož<br />
*Točka 3 Meden Janez<br />
*Točka 4 Uroš Stupar</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5994Talk:Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T17:36:36Z<p>Primož B: New page: Točka 1&2 Bembič Primož Točka 3 Meden Janez Točka 4 Uroš Stupar</p>
<hr />
<div>Točka 1&2 Bembič Primož<br />
Točka 3 Meden Janez<br />
Točka 4 Uroš Stupar</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5993Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T17:34:58Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
<br />
'''2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij'''<br />
'''2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev'''<br />
'''2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze'''<br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholera'', medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli'') prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.<br />
<br />
<br />
== 4.PRIMER EPIGENETSKE REGULACIJE CELIČNEGA CIKLA ==<br />
<br />
Epigenetska regulacija na področju celičnega cikla se smatra kot mehanizem za inaktivacijo poti za sintezo supresorjev tumorja v veliko primerih rakavih obolenj. Ena od teh obolenj je tudi osteosarkom.Osteosarkom je najpogostejši primarni maligni tumor na kosteh pri otrocih in mladostnikih. Ta tumor je povezan s spremembami v genih, ki so vključeni v regulacijo celičnega cikla in apoptozo. <br />
<br />
Nedavni napredki na področju epigenetike so pripomogli k boljšemu razumevanju patogeneze osteosarkoma. Spreminjanje ekspresije genov in signalnih poti, ki nadzorujejo celični cikel in apoptozo lahko privede do spremembe normalne celice v maligno.<br />
Najbolj očitno vlogo pri nastanku osteosarkoma imata proteina p53 in retinoblastom (Rb). Vendar pa so bile raziskave osredotočene večinoma zgolj na mutacije in ne na epigenetskemehanizme pri inaktivaciji teh in drugih regulatorjev.<br />
<br />
'''4.1Retinoblastom'''<br />
Rb je v mnogih tipih raka inaktiviran. Njegova vloga v celičnem ciklu je inhibicija vstopa v S-fazo. Genetske spremembe gena so večinoma delecije. Hipermetilacija gena za Rb vpliva na druge vrste raka, vendar glede na raziskave, na osteosarkom nima vpliva. Dokazano je bilo, da od Rb odvisna ustavitev G1 vključuje p16INK4A inhibicijo ciklinskih D/cdk4 in cdk6 kompleksov, ki ponavadi začnejo fosforilacijo Rb. Tako lahko spremembe v Rb, cdk4/6, ciklinu D ali p16INK4A vodijo do genetskih okvar, kar vodi do nastanka tumorja. Do nedavnega niso raziskovali epigenetskih modifikacij pk16INK4A gena, ki je pogosto spremenjen tumorski supresor v celičnih linijah z osteosarkomom, sedaj pa se je pokazalo, da ima metilacija promotorja za RB ali p16INK4A veliko vlogo v motenju kontrole celičnega cikla in nastanka osteosarkoma.<br />
<br />
'''4.2Protein p53'''<br />
P53 igra pomembno vlogo pri apoptozi, prekinitvi celičnega cikla in obnavljanju DNA. Ko pride do poškodbe DNA in ta ni popravljiva, začne p53 proces apoptoze. Če pa pride do hipermetilacije proteina HIC1 (kar se zgodi pri raku), se ta deaktivira, s tem pa se poveča konc. SIRT1 deacetilaze, ki deacetilira in inaktivira p53. Tako je apoptoza preprečena in celice s poškodovano DNA lahko preživijo, kar vodi do nastanka tumorjev.<br />
V patogenezo osteosarkoma je torej vključenih veliko poti, med katerimi so tudi poti celičnega cikla in apoptoze, ki imajo pomembno vlogo v tumorogenezi. <br />
<br />
In čeprav vemo, da p53, Rb in ostali mediatorji regulacije celičnega cikla in apoptoze prispevajo k osteosarkomu, še ni čisto jasno, kako so ti geni spremenjeni. Vendar pa novejše študije kažejo na to, da bi lahko na te gene vplivali metilacija, modifikacije histonov in drugi epigenetski dejavniki. <br />
<br />
<br />
== 5.VIRI ==<br />
*Aline V. Probst, Elaine Dunleavy & Geneviève Almouzni; Epigenetic inheritance during the cell cycle; Nature Reviews Molecular Cell Biology 10, 192-206 (March 2009)[[http://www.nature.com/nrm/journal/v10/n3/full/nrm2640.html]]<br />
*Collier J.; Epigenetic regulation of the bacterial cell cycle; Current Opinion Microbiology 2009 Dec;12(6):722-9[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19783470]]<br />
*Krithi Rao-Bindal, Eugenie S. Kleinerman; Epigenetic Regulation of Apoptosis and Cell Cycle in Osteosarcoma; Sarcoma Volume 2011 (2011), Article ID 679457, 5 pagesdoi:10.1155/2011/679457[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/]]</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5992Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T17:34:32Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
<br />
'''2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij'''<br />
'''2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev'''<br />
'''2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze'''<br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholera'', medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli'') prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.<br />
<br />
<br />
== 4.PRIMER EPIGENETSKE REGULACIJE CELIČNEGA CIKLA ==<br />
<br />
Epigenetska regulacija na področju celičnega cikla se smatra kot mehanizem za inaktivacijo poti za sintezo supresorjev tumorja v veliko primerih rakavih obolenj. Ena od teh obolenj je tudi osteosarkom.Osteosarkom je najpogostejši primarni maligni tumor na kosteh pri otrocih in mladostnikih. Ta tumor je povezan s spremembami v genih, ki so vključeni v regulacijo celičnega cikla in apoptozo. <br />
<br />
Nedavni napredki na področju epigenetike so pripomogli k boljšemu razumevanju patogeneze osteosarkoma. Spreminjanje ekspresije genov in signalnih poti, ki nadzorujejo celični cikel in apoptozo lahko privede do spremembe normalne celice v maligno.<br />
Najbolj očitno vlogo pri nastanku osteosarkoma imata proteina p53 in retinoblastom (Rb). Vendar pa so bile raziskave osredotočene večinoma zgolj na mutacije in ne na epigenetskemehanizme pri inaktivaciji teh in drugih regulatorjev.<br />
<br />
'''4.1Retinoblastom'''<br />
Rb je v mnogih tipih raka inaktiviran. Njegova vloga v celičnem ciklu je inhibicija vstopa v S-fazo. Genetske spremembe gena so večinoma delecije. Hipermetilacija gena za Rb vpliva na druge vrste raka, vendar glede na raziskave, na osteosarkom nima vpliva. Dokazano je bilo, da od Rb odvisna ustavitev G1 vključuje p16INK4A inhibicijo ciklinskih D/cdk4 in cdk6 kompleksov, ki ponavadi začnejo fosforilacijo Rb. Tako lahko spremembe v Rb, cdk4/6, ciklinu D ali p16INK4A vodijo do genetskih okvar, kar vodi do nastanka tumorja. Do nedavnega niso raziskovali epigenetskih modifikacij pk16INK4A gena, ki je pogosto spremenjen tumorski supresor v celičnih linijah z osteosarkomom, sedaj pa se je pokazalo, da ima metilacija promotorja za RB ali p16INK4A veliko vlogo v motenju kontrole celičnega cikla in nastanka osteosarkoma.<br />
<br />
'''4.2Protein p53'''<br />
P53 igra pomembno vlogo pri apoptozi, prekinitvi celičnega cikla in obnavljanju DNA. Ko pride do poškodbe DNA in ta ni popravljiva, začne p53 proces apoptoze. Če pa pride do hipermetilacije proteina HIC1 (kar se zgodi pri raku), se ta deaktivira, s tem pa se poveča konc. SIRT1 deacetilaze, ki deacetilira in inaktivira p53. Tako je apoptoza preprečena in celice s poškodovano DNA lahko preživijo, kar vodi do nastanka tumorjev.<br />
V patogenezo osteosarkoma je torej vključenih veliko poti, med katerimi so tudi poti celičnega cikla in apoptoze, ki imajo pomembno vlogo v tumorogenezi. <br />
<br />
In čeprav vemo, da p53, Rb in ostali mediatorji regulacije celičnega cikla in apoptoze prispevajo k osteosarkomu, še ni čisto jasno, kako so ti geni spremenjeni. Vendar pa novejše študije kažejo na to, da bi lahko na te gene vplivali metilacija, modifikacije histonov in drugi epigenetski dejavniki. <br />
<br />
<br />
== 5.VIRI ==<br />
*Aline V. Probst, Elaine Dunleavy & Geneviève Almouzni; Epigenetic inheritance during the cell cycle; Nature Reviews Molecular Cell Biology 10, 192-206 (March 2009)[[http://www.nature.com/nrm/journal/v10/n3/full/nrm2640.html]]<br />
*Collier J.; Epigenetic regulation of the bacterial cell cycle; Current Opinion Microbiology 2009 Dec;12(6):722-9[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19783470]]<br />
*Krithi Rao-Bindal, Eugenie S. Kleinerman; Epigenetic Regulation of Apoptosis and Cell Cycle in Osteosarcoma; Sarcoma<br />
Volume 2011 (2011), Article ID 679457, 5 pagesdoi:10.1155/2011/679457[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/]]</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5991Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T17:33:47Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
<br />
'''2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij'''<br />
'''2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev'''<br />
'''2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze'''<br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholera'', medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli'') prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.<br />
<br />
<br />
== 4.PRIMER EPIGENETSKE REGULACIJE CELIČNEGA CIKLA ==<br />
<br />
Epigenetska regulacija na področju celičnega cikla se smatra kot mehanizem za inaktivacijo poti za sintezo supresorjev tumorja v veliko primerih rakavih obolenj. Ena od teh obolenj je tudi osteosarkom.Osteosarkom je najpogostejši primarni maligni tumor na kosteh pri otrocih in mladostnikih. Ta tumor je povezan s spremembami v genih, ki so vključeni v regulacijo celičnega cikla in apoptozo. <br />
<br />
Nedavni napredki na področju epigenetike so pripomogli k boljšemu razumevanju patogeneze osteosarkoma. Spreminjanje ekspresije genov in signalnih poti, ki nadzorujejo celični cikel in apoptozo lahko privede do spremembe normalne celice v maligno.<br />
Najbolj očitno vlogo pri nastanku osteosarkoma imata proteina p53 in retinoblastom (Rb). Vendar pa so bile raziskave osredotočene večinoma zgolj na mutacije in ne na epigenetskemehanizme pri inaktivaciji teh in drugih regulatorjev.<br />
<br />
'''4.1Retinoblastom'''<br />
Rb je v mnogih tipih raka inaktiviran. Njegova vloga v celičnem ciklu je inhibicija vstopa v S-fazo. Genetske spremembe gena so večinoma delecije. Hipermetilacija gena za Rb vpliva na druge vrste raka, vendar glede na raziskave, na osteosarkom nima vpliva. Dokazano je bilo, da od Rb odvisna ustavitev G1 vključuje p16INK4A inhibicijo ciklinskih D/cdk4 in cdk6 kompleksov, ki ponavadi začnejo fosforilacijo Rb. Tako lahko spremembe v Rb, cdk4/6, ciklinu D ali p16INK4A vodijo do genetskih okvar, kar vodi do nastanka tumorja. Do nedavnega niso raziskovali epigenetskih modifikacij pk16INK4A gena, ki je pogosto spremenjen tumorski supresor v celičnih linijah z osteosarkomom, sedaj pa se je pokazalo, da ima metilacija promotorja za RB ali p16INK4A veliko vlogo v motenju kontrole celičnega cikla in nastanka osteosarkoma.<br />
<br />
'''4.2Protein p53'''<br />
P53 igra pomembno vlogo pri apoptozi, prekinitvi celičnega cikla in obnavljanju DNA. Ko pride do poškodbe DNA in ta ni popravljiva, začne p53 proces apoptoze. Če pa pride do hipermetilacije proteina HIC1 (kar se zgodi pri raku), se ta deaktivira, s tem pa se poveča konc. SIRT1 deacetilaze, ki deacetilira in inaktivira p53. Tako je apoptoza preprečena in celice s poškodovano DNA lahko preživijo, kar vodi do nastanka tumorjev.<br />
V patogenezo osteosarkoma je torej vključenih veliko poti, med katerimi so tudi poti celičnega cikla in apoptoze, ki imajo pomembno vlogo v tumorogenezi. <br />
<br />
In čeprav vemo, da p53, Rb in ostali mediatorji regulacije celičnega cikla in apoptoze prispevajo k osteosarkomu, še ni čisto jasno, kako so ti geni spremenjeni. Vendar pa novejše študije kažejo na to, da bi lahko na te gene vplivali metilacija, modifikacije histonov in drugi epigenetski dejavniki. <br />
<br />
<br />
== 5.VIRI ==<br />
*Aline V. Probst, Elaine Dunleavy & Geneviève Almouzni; Epigenetic inheritance during the cell cycle; Nature Reviews Molecular Cell Biology 10, 192-206 (March 2009)[[http://www.nature.com/nrm/journal/v10/n3/full/nrm2640.html]]<br />
*Collier J.; Epigenetic regulation of the bacterial cell cycle; Current Opinion Microbiology 2009 Dec;12(6):722-9[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19783470]]<br />
*Krithi Rao-Bindal, Eugenie S. Kleinerman; Epigenetic Regulation of Apoptosis and Cell Cycle in Osteosarcoma; Sarcoma<br />
Volume 2011 (2011), Article ID 679457, 5 pages<br />
doi:10.1155/2011/679457[[http://www.hindawi.com/journals/srcm/2011/679457/]]</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5985Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T17:27:03Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
<br />
'''2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij'''<br />
'''2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev'''<br />
'''2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze'''<br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholera'', medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli'') prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.<br />
<br />
<br />
== 4.PRIMER EPIGENETSKE REGULACIJE CELIČNEGA CIKLA ==<br />
<br />
Epigenetska regulacija na področju celičnega cikla se smatra kot mehanizem za inaktivacijo poti za sintezo supresorjev tumorja v veliko primerih rakavih obolenj. Ena od teh obolenj je tudi osteosarkom.Osteosarkom je najpogostejši primarni maligni tumor na kosteh pri otrocih in mladostnikih. Ta tumor je povezan s spremembami v genih, ki so vključeni v regulacijo celičnega cikla in apoptozo. <br />
<br />
Nedavni napredki na področju epigenetike so pripomogli k boljšemu razumevanju patogeneze osteosarkoma. Spreminjanje ekspresije genov in signalnih poti, ki nadzorujejo celični cikel in apoptozo lahko privede do spremembe normalne celice v maligno.<br />
Najbolj očitno vlogo pri nastanku osteosarkoma imata proteina p53 in retinoblastom (Rb). Vendar pa so bile raziskave osredotočene večinoma zgolj na mutacije in ne na epigenetskemehanizme pri inaktivaciji teh in drugih regulatorjev.<br />
<br />
'''4.1Retinoblastom'''<br />
Rb je v mnogih tipih raka inaktiviran. Njegova vloga v celičnem ciklu je inhibicija vstopa v S-fazo. Genetske spremembe gena so večinoma delecije. Hipermetilacija gena za Rb vpliva na druge vrste raka, vendar glede na raziskave, na osteosarkom nima vpliva. Dokazano je bilo, da od Rb odvisna ustavitev G1 vključuje p16INK4A inhibicijo ciklinskih D/cdk4 in cdk6 kompleksov, ki ponavadi začnejo fosforilacijo Rb. Tako lahko spremembe v Rb, cdk4/6, ciklinu D ali p16INK4A vodijo do genetskih okvar, kar vodi do nastanka tumorja. Do nedavnega niso raziskovali epigenetskih modifikacij pk16INK4A gena, ki je pogosto spremenjen tumorski supresor v celičnih linijah z osteosarkomom, sedaj pa se je pokazalo, da ima metilacija promotorja za RB ali p16INK4A veliko vlogo v motenju kontrole celičnega cikla in nastanka osteosarkoma.<br />
<br />
'''4.2Protein p53'''<br />
P53 igra pomembno vlogo pri apoptozi, prekinitvi celičnega cikla in obnavljanju DNA. Ko pride do poškodbe DNA in ta ni popravljiva, začne p53 proces apoptoze. Če pa pride do hipermetilacije proteina HIC1 (kar se zgodi pri raku), se ta deaktivira, s tem pa se poveča konc. SIRT1 deacetilaze, ki deacetilira in inaktivira p53. Tako je apoptoza preprečena in celice s poškodovano DNA lahko preživijo, kar vodi do nastanka tumorjev.<br />
V patogenezo osteosarkoma je torej vključenih veliko poti, med katerimi so tudi poti celičnega cikla in apoptoze, ki imajo pomembno vlogo v tumorogenezi. <br />
<br />
In čeprav vemo, da p53, Rb in ostali mediatorji regulacije celičnega cikla in apoptoze prispevajo k osteosarkomu, še ni čisto jasno, kako so ti geni spremenjeni. Vendar pa novejše študije kažejo na to, da bi lahko na te gene vplivali metilacija, modifikacije histonov in drugi epigenetski dejavniki. <br />
<br />
<br />
== 5.VIRI ==<br />
*Aline V. Probst, Elaine Dunleavy & Geneviève Almouzni; Epigenetic inheritance during the cell cycle;Nature Reviews Molecular Cell Biology 10, 192-206 (March 2009)[[http://www.nature.com/nrm/journal/v10/n3/full/nrm2640.html]]<br />
== Headline text ==</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5976Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T17:01:41Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
<br />
'''2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij'''<br />
'''2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev'''<br />
'''2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze'''<br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholera'', medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli'') prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5952Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:32:54Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer ''Vibrio cholera'', medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. ''E.coli'') prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri ''C.crescentus''. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v ''E.coli'' in v ''C.crescentus''''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri ''E.coli'' 6 GATC mest, pri ''C.crescendus'' pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri ''E.coli'', ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri ''C.crescentus'' je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5947Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:30:36Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.<br />
<br />
== 3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH ==<br />
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .<br />
<br />
'''3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah'''<br />
<br />
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer Vibrio cholera, medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. E. coli) prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice. <br />
<br />
'''3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah'''<br />
Prvic je bil identificiran pri C. crescentus. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.<br />
<br />
'''3.3DnaA transkripcija v E.coli in v C.crescentus''' <br />
DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri E.coli 6 GATC mest, pri C.crescendus pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. <br />
Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri E.coli, ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo.<br />
Pri C.crescentus je možen DnaA repressor GcrA protein.<br />
<br />
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5940Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:20:12Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5939Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:19:33Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
*metilacije DNA<br />
*DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
*modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5937Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:14:31Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
-metilacije DNA<br />
-DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
-modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
'''2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5934Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:08:57Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
-metilacije DNA<br />
-DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
-modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
'''<br />
2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem'''<br />
<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5933Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:08:16Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
-metilacije DNA<br />
-DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
-modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5932Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:07:23Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
-metilacije DNA<br />
-DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
-modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5931Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:06:53Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
-metilacije DNA<br />
-DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
-modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.<br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5930Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:04:53Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
-metilacije DNA[[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_metilacije_DNA]]<br />
-DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
-modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.[[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php <br />
/Mehanizem_modifikacije_histonov]] <br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:<br />
<br />
*MCM kompleks:<br />
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z <br />
histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5928Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:03:37Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
-metilacije DNA[[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_metilacije_DNA]]<br />
-DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
-modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.[[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_modifikacije_histonov]] <br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5927Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T16:02:50Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[http://en.wikipedia.org/wiki/Replication_fork]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:<br />
-metilacije DNA[[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_metilacije_DNA]]<br />
-DNA in kromatin vezajočih faktorjev <br />
-modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.[[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_modifikacije_histonov]] <br />
<br />
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5924Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T15:56:46Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje metilacije DNA , DNA in kromatin vezajočih faktorjev, modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur. Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s <br />
pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- <br />
PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev <br />
replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev <br />
ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med <br />
dedovanjem genetske in epigentske informacije:</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5923Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T15:52:36Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje metilacije DNA , DNA in kromatin vezajočih faktorjev, modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur. Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
== 2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem ==<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA povezoval tudi DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med dedovanjem genetske in epigentske informacije:</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5921Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T15:46:46Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje metilacije DNA , DNA in kromatin vezajočih faktorjev, modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur. Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
== 2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem ==<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA povezoval tudi DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med dedovanjem genetske in epigentske informacije:</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5920Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T15:45:32Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje metilacije DNA , DNA in kromatin vezajočih faktorjev, modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur. Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
<br />
== 2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem ==<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA povezoval tudi DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med dedovanjem genetske in epigentske informacije:</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5919Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T15:44:29Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje metilacije DNA , DNA in kromatin vezajočih faktorjev, modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur. Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
== 2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem ==<br />
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA povezoval tudi DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med dedovanjem genetske in epigentske informacije:</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5918Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T15:42:12Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== 1.CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
== 2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje metilacije DNA , DNA in kromatin vezajočih faktorjev, modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur. Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
== 2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem ==</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetska_regulacija_celi%C4%8Dnega_cikla&diff=5917Epigenetska regulacija celičnega cikla2011-04-18T15:41:24Z<p>Primož B: New page: 1.== CELIČNI CIKEL == Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, im...</p>
<hr />
<div><br />
1.== CELIČNI CIKEL ==<br />
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[http://sl.wikipedia.org/wiki/Celi%C4%8Dni_ciklus]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.<br />
<br />
<br />
2.== EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM ==<br />
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje metilacije DNA , DNA in kromatin vezajočih faktorjev, modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur. Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).<br />
<br />
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.<br />
<br />
2.1== Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem ==</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetsko_uravnavanje_izra%C5%BEanja_genov&diff=5915Epigenetsko uravnavanje izražanja genov2011-04-18T15:27:14Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>== Predstavitev seminarja 2010/11 ==<br />
Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.<br />
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br />
<br />
# Mehanizem metilacije DNA<br />
# Mehanizem modifikacije histonov<br />
# Analiza metilacijskih vzorcev na DNA<br />
# Analiza posttranslacijskih sprememb histonov<br />
# Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)<br />
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)<br />
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)<br />
# Ksenobiotiki in epigenetske spremembe<br />
# Epigenetske spremembe in rak<br />
# Epigenetske spremembe in debelost<br />
# Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)<br />
# Epigenetska regulacija celičnega cikla<br />
# Epigenetika in staranje<br />
# Projekt Čovekov epigenom<br />
# (rezervna tema) ''Epigenetsko dogajanje pri rastlinah''<br />
<br />
<br />
Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu sredi aprila (po 7 predstavitev v 2 urah).<br />
<br />
Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 18.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 7 bodo 20.4., ostalih seminarjev pa 22.4. Vsaka skupina ima za predstavitev do 10 minut časa, sledi pa razprava (2-5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br />
<br />
<br />
=== Skupine ===<br />
<br />
''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br />
<br />
# ''[[Mehanizem metilacije DNA]]'' (Vito Frančič, Aleksander Krajnc, Žan Caf-Feldin)<br />
# ''[[Mehanizem modifikacije histonov]]'' (Filip Kolenc, Nataša Simonič,Đorđe Dimitrijević)<br />
# ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA'' (Veronika Rovanšek, Žan Železnik, Eva Tolar)<br />
# ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov'' (Barbara Berki, Maruša Bratuš, Kaja Rupar)<br />
# ''Dedovanje metilacijskih vzorcev'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)<br />
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)<br />
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,Urška Žbogar, Špela Podjed)<br />
# ''[[Ksenobiotiki in epigenetske spremembe]]'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž, Špela Baus)<br />
# ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)<br />
# ''[[Epigenetske spremembe in debelost]]'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, Špela Umek)<br />
# ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)<br />
# ''[[Epigenetska regulacija celičnega cikla]]'' (Janez Meden, Primož Bembič, Uroš Stupar)<br />
# ''[[Epigenetika in staranje]]'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)<br />
# ''Projekt Čovekov epigenom'' (Blaž Svetic, Kaja Tadić, Sabina Mavretič)<br />
# (rezervna tema) ''Epigenetsko dogajanje pri rastlinah'' (Damjana Hriberšek, Laura Ogrin)<br />
<br />
Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki><br />
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki></div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BiokemSeminar-SkupineNovica-B09&diff=1454BiokemSeminar-SkupineNovica-B092009-12-16T06:50:29Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta.<br><br> <br />
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo].<br><br />
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša.<br><br><br />
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve.<br><br />
<hr><br><br />
<br />
== Seminarski roki: ==<br />
<br />
'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.}<br><br />
1 Špela Alič - [[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2009-10/uoia-sdp102109.php]<br><br />
''Recenzenta: Alexandra B., Primož B.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.}<br><br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.}<br><br />
1 Tjaša Lukan: [[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=986]<br><br />
''Recenzenta: Tine T., Alenka B.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.}<br><br />
1 Aljaž Gaber: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]]<br><br />
''Recenzenta: Vid P., Špela P.<br>''<br />
2 Špela Baus: [[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa ]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/168877.php] <br><br />
''Recenzenta: Andraž Š., Alenka M.<br>''<br />
3 Špela Medic: [[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091007103032.htm] <br><br />
''Recenzenta: Gregor K., Daša J.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.}<br><br />
1 Janez Meden: [[Virus HIV se ne integrira blizu TSS aktivnega gena gostiteljske celice]]<br><br />
<br />
''Recenzenta: Branislav L., Alenka B.<br>''<br />
2 Tea Lenarčič: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] <br><br />
''Recenzenta: Karmen K., Matej C.<br>''<br />
3 Ana Bajc: [[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] <br><br />
''Recenzenta: Jasna B., Davor Š.M.<br>''<br />
<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.}<br><br />
1 Maruša Rajh - [[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143706.htm]<br><br />
''Recenzenta: Pia P.D., Sara P.<br>''<br />
2 Tanja Guček - [[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029155956.htm]<br><br />
''Recenzenta: Katja P., Blaž S.<br>''<br />
3 Primož Bembič [[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA ]] [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSR-4XNW6M0-5&_user=10&_coverDate=11%2F13%2F2009&_rdoc=5&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%237053%232009%23999639996%231559117%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=7053&_sort=d&_docanchor=&view=c&_ct=18&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=d1b60b299f8dcdbb2b452d4db5aacc3e] <br><br />
''Recenzenta: Urška S., Maja K.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.}<br><br />
1 Alexandra Bogožalec: [[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091104101625.htm] <br><br />
''Recenzenta: Saška P., Zorica L.<br>''<br />
2 Andraž Šmon: [[Zakaj šimpanzi ne govorijo? Razlog je v genu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091111130942.htm] <br><br />
''Recenzenta: Sabina M., Špela A.<br>''<br />
3 Tine Tesovnik: [[Odkritje, ki bo morda pripomoglo pojasniti, zakaj hepatitis B bolj prizadene moške kot ženske]]<br />
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091118112425.htm] <br><br />
''Recenzenta: Tjaša L., Davor Š.M.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.}<br><br />
1 Alenka Bombač - [[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine, utira pot odkritjem v medicini]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091019122840.htm] <br><br />
''Recenzenta: Špela B., Branislav L.<br>''<br />
2 Gregor Kurinčič - [[Uporaba herbicidov in fibratov, ki blokirajo T1R3 receptorje v črevesju in trebušni slinavki]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091009120846.htm]<br><br />
''Recenzenta: Aljaž G., Špela M.<br>''<br />
3 Alenka Mikuž - [[Histonska demetilaza JHDM2A vpliva na moško neplodnost in debelost]]<br><br />
''Recenzenta: Urška S., Blaž S.<br>''<br />
<br />
'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 21.12., recenzenti popravijo do 28.12.}<br><br />
1 Vid Puž - [[Nova razlaga, kako telo preprečuje nastanek novih žil]]<br />
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091111092043.htm]<br><br />
''Recenzenta: Janez M., Ana B.<br>''<br />
2 Daša Janeš - [[Izražanje genov v adenokarcinomu sitastih sinusov]] [http://www.biomedcentral.com/1755-8794/2/65] <br><br />
''Recenzenta: Tea L., Maja K.<br>''<br />
3 Špela Petelin<br><br />
''Recenzenta: Saška P., Zorica L.<br>''<br />
<br />
'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 30.12.}<br><br />
1 Alenka Buh <br> <br />
''Recenzenta: Maruša R., Tanja G.<br>''<br />
2 karmen kmet- [[komplementarno delovanje nanocevk in protiteles pri odkrivanju in uničevanju rakastih celic na dojkah]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091202091030.htm] <br><br />
''Recenzenta: Sabina M., Špela A.<br>''<br />
3 jasna brčić<br><br />
''Recenzenta: Tjaša L., Špela M.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 29.12., recenzenti popravijo do 5.1.}<br><br />
1 Pia Pužar Dominkuš - [[Aktivacija genskega izražanja holesterola v živčnih celicah kot posledica okužbe s prionom]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091118101401.htm]<br />
''Recenzenta: Aljaž G., Špela B.<br>''<br />
2 Sara Pintar <br><br />
''Recenzenta: Alexandra B., Alenka B.<br>''<br />
3 Katja Pernek - [[Proteinsko inženirstvo pospešuje raziskovanje Alzheimerjeve bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029151318.htm] <br><br />
''Recenzenta: Janez M., Matej C.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 30.12., recenzenti popravijo do 6.1.}<br><br />
1 Blaž Svetic<br><br />
''Recenzenta: Tea L., Ana B.<br>''<br />
2 Matej Cibic<br><br />
''Recenzenta: Alenka M., Primož B.<br>''<br />
3 Branislav Lukić - [[Odkrit nov način za stabilizacijo proteinov]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091210125544.htm]<br><br />
''Recenzenta: Andraž Š., Daša J.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.}<br><br />
1 Davor Škofič Maurer - [[Celice ščitijo proteine pred virusi in bakterijami z vgraditvijo napačne aminokisline v njihovo zaporedje.]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091125134701.htm] <br> <br />
''Recenzenta: Tine T., Špela P.<br>''<br />
2 Urška Slapšak <br><br />
''Recenzenta: Maruša R., Vid P.<br>''<br />
3 Saška Polanc<br> - [[Razumevanje smiselnosti popravkov v DNA pri rakavih obolenjih]] [[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091203171716.htm]]<br />
''Recenzenta: Sara P., Katja P.<br>''<br />
<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.}<br><br />
1 Maja Kozlevčar <br><br />
''Recenzenta: Alenka B., Karmen K.<br>''<br />
2 Sabina Mavretič <br><br />
''Recenzenta: Jasna B., Pia P.D.<br>''<br />
3 Zorica Latinović <br><br />
''Recenzenta: Gregor K., Tanja G.<br>''</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BiokemSeminar-SeznamNovic-B09&diff=1406BiokemSeminar-SeznamNovic-B092009-12-08T09:46:15Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>=Seznam novic po področjih=<br />
Novico, ki jo boste predstavili, uvrstite v kategorijo, kamor mislite, da najbolj sodi. Vpišite naslov seminarja v slovenščini, hkrati pa naj bo naslov povezava na novo stran, kjer boste pripravili opis. Dopišite svoje ime in datum predstavitve. (Če si ne predstavljate, kako naj bi to naredili, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Seznam_predstavljenih_novic_-_2008/9 lanski seznam]). <br />
<br />
<br />
===Encimatika===<br />
<br><br />
<br />
===Biokemija bolezni===<br />
<br><br />
[[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] Alexandra Bogožalec, 22.12.2009<br />
<br />
[[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami ]] Maruša Rajh, 16.12.2009<br />
<br />
[[Virus HIV se ne integrira blizu TSS aktivnega gena gostiteljske celice]] Janez Meden, 15. 12. 2009<br />
<br />
[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje%2C_ki_bo_morda_pripomoglo_pojasniti%2C_zakaj_hepatitis_B_bolj_prizadene_mo%C5%A1ke_kot_%C5%BEenske Odkritje, ki bo morda pripomoglo pojasniti, zakaj hepatitis B bolj prizadene moške kot ženske] Tine Tesovnik, 22. 12. 2009<br />
<br />
===Nevrobiokemija===<br />
[[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] Špela Medic, 9.12.2009<br />
<br />
[[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]] Aljaž Gaber, 9.12.2009<br />
<br />
[[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] Tea Lenarcic, 15.12.2009<br />
<br />
===Genomika===<br />
<br><br />
<br />
===Nanobiotehnologija===<br />
<br><br />
<br />
===Celična biokemija===<br />
[[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] Tjaša Lukan, 8.12.2009<br />
<br />
===Hormonska regulacija===<br />
[[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa]] Špela Baus, 9.12.2009<br />
<br />
===Metabolizem===<br />
<br><br />
<br />
===Signalne poti v celicah===<br />
[[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] Ana Bajc, 15. 12. 2009<br />
<br><br />
<br />
===Imunologija===<br />
<br><br />
===Genetika===<br />
[[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] Špela Alič, 1.12.2009<br />
<br><br />
[[Zakaj šimpanzi ne govorijo? Razlog je v genu]] Andraž Šmon, 22.12.2009<br />
<br><br />
[[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA]] Primož Bembič, 16.12.2009<br />
<br><br />
<br />
===Forenzika===<br />
[[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] Tanja Guček, 16.12.2009<br />
<br><br />
===Proteomika===<br />
[[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine, utira pot odkritjem v medicini]] Alenka Bombač, 23.12.2009<br />
<br></div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Jederni_Poli-(ADP-Riboza)-odvisni_signalosom_potrjuje_I%CE%BAB_kinazno_aktivacijo_ob_po%C5%A1kodbe_DNA&diff=1298Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA2009-12-02T23:16:46Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>DNA[http://en.wikipedia.org/wiki/DNA] informaciji v vsaki naši celici ves čas preti nevarnost poškodb. Te so lahko posledica UV( oziroma kakšne druge oblike ionizirajočega) sevanja, napak pri celični delitvi, kemikaliji ali metabolnih produktov znotraj celic. Take okvare DNA so pogosto vzrok za številne bolezni ( najpogosteje so to različna rakava obolenja) ter celično smrt.<br />
<br />
Zaradi tega, so celice razvile kompleksne sisteme, ki v nekaj sekundah zaznajo nepravilnosti v verigi DNA in poskrbijo, da se napake popravijo. V primerih, da so poškodbe DNA prehude, pa celica lahko sproži programirano celično smrt ( apoptozo). <br />
<br />
----<br />
<br />
<br />
Ključno vlogo v apoptozi ima transkripcijski faktor '''p53'''[http://sl.wikipedia.org/wiki/P53], ki preprečuje preživetje okvarjenih celic.<br />
Transkripcijski faktor '''NF-kappaB'''[http://en.wikipedia.org/wiki/NF-%CE%BAB] , pa ima nasprotno funkcijo kakor p53. Aktivira namreč program, ki omogoča preživetje celic s poškodovano DNA.<br />
<br />
S pomočjo raziskave, so znanstveniki na MDC[http://en.wikipedia.org/wiki/Max_Delbr%C3%BCck_Center_for_Molecular_Medicine]ju ugotovili, da ima glavno vlogo pri aktivaciji faktorja NF-kappaB, encim '''PARP-1'''[http://en.wikipedia.org/wiki/PARP1], ki je dejaven pri detekciji poškodb DNA. Tvori namreč signalosom, ki je bistven za aktivacijo transkripcijskega faktorja in s tem omogoča preživetje okvarjenih (oz. tumorskih) celic. <br />
<br />
<br />
----<br />
<br />
Odkritja raziskave so velikega pomena v zdravstvu, saj je odkritje start signala za aktivacijo NF-kappaB velikega pomena za razumevanje signalnih poti. <br />
S pomočjo tega znanja upajo, da jim bo uspelo razviti zdravilo, ki bi onemogočilo NF-kappaB in s tem preprečilo preživetje rakastih celic ter njihovo nadaljno rast.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Jederni_Poli-(ADP-Riboza)-odvisni_signalosom_potrjuje_I%CE%BAB_kinazno_aktivacijo_ob_po%C5%A1kodbe_DNA&diff=1297Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA2009-12-02T23:16:08Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>DNA[http://en.wikipedia.org/wiki/DNA] informaciji v vsaki naši celici ves čas preti nevarnost poškodb. Te so lahko posledica UV( oziroma kakšne druge oblike ionizirajočega) sevanja, napak pri celični delitvi, kemikaliji ali metabolnih produktov znotraj celic. Take okvare DNA so pogosto vzrok za številne bolezni ( najpogosteje so to različna rakava obolenja) ter celično smrt.<br />
<br />
Zaradi tega, so celice razvile kompleksne sisteme, ki v nekaj sekundah zaznajo nepravilnosti v verigi DNA in poskrbijo, da se napake popravijo. V primerih, da so poškodbe DNA prehude, pa celica lahko sproži programirano celično smrt ( apoptozo). <br />
<br />
Ključno vlogo v apoptozi ima transkripcijski faktor '''p53'''[http://sl.wikipedia.org/wiki/P53], ki preprečuje preživetje okvarjenih celic.<br />
Transkripcijski faktor '''NF-kappaB'''[http://en.wikipedia.org/wiki/NF-%CE%BAB] , pa ima nasprotno funkcijo kakor p53. Aktivira namreč program, ki omogoča preživetje celic s poškodovano DNA.<br />
<br />
S pomočjo raziskave, so znanstveniki na MDC[http://en.wikipedia.org/wiki/Max_Delbr%C3%BCck_Center_for_Molecular_Medicine]ju ugotovili, da ima glavno vlogo pri aktivaciji faktorja NF-kappaB, encim '''PARP-1'''[http://en.wikipedia.org/wiki/PARP1], ki je dejaven pri detekciji poškodb DNA. Tvori namreč signalosom, ki je bistven za aktivacijo transkripcijskega faktorja in s tem omogoča preživetje okvarjenih (oz. tumorskih) celic. <br />
<br />
<br />
Odkritja raziskave so velikega pomena v zdravstvu, saj je odkritje start signala za aktivacijo NF-kappaB velikega pomena za razumevanje signalnih poti. <br />
S pomočjo tega znanja upajo, da jim bo uspelo razviti zdravilo, ki bi onemogočilo NF-kappaB in s tem preprečilo preživetje rakastih celic ter njihovo nadaljno rast.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Jederni_Poli-(ADP-Riboza)-odvisni_signalosom_potrjuje_I%CE%BAB_kinazno_aktivacijo_ob_po%C5%A1kodbe_DNA&diff=1296Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA2009-12-02T23:12:38Z<p>Primož B: New page: DNA informaciji v vsaki naši celici ves čas preti nevarnost poškodb. Te so lahko posledica UV( oziroma kakšne druge oblike ionizirajočega) sevanja, napak pri celični delitvi, kemik...</p>
<hr />
<div>DNA informaciji v vsaki naši celici ves čas preti nevarnost poškodb. Te so lahko posledica UV( oziroma kakšne druge oblike ionizirajočega) sevanja, napak pri celični delitvi, kemikaliji ali metabolnih produktov znotraj celic. Take okvare DNA so pogosto vzrok za številne bolezni ( najpogosteje so to različna rakava obolenja) ter celično smrt.<br />
<br />
Zaradi tega, so celice razvile kompleksne sisteme, ki v nekaj sekundah zaznajo nepravilnosti v verigi DNA in poskrbijo, da se napake popravijo. V primerih, da so poškodbe DNA prehude, pa celica lahko sproži programirano celično smrt ( apoptozo). <br />
<br />
Ključno vlogo v apoptozi ima transkripcijski faktor '''p53'''[[http://sl.wikipedia.org/wiki/P53]], ki preprečuje preživetje okvarjenih celic.<br />
Transkripcijski faktor '''NF-kappaB''' , pa ima nasprotno funkcijo kakor p53. Aktivira namreč program, ki omogoča preživetje celic s poškodovano DNA.<br />
<br />
S pomočjo raziskave, so znanstveniki na MDCju ugotovili, da ima glavno vlogo pri aktivaciji faktorja NF-kappaB, encim '''PARP-1''', ki je dejaven pri detekciji poškodb DNA. Tvori namreč signalosom, ki je bistven za aktivacijo transkripcijskega faktorja in s tem omogoča preživetje okvarjenih (oz. tumorskih) celic. Odkritja raziskave so velikega pomena v zdravstvu, saj je odkritje start signala za aktivacijo NF-kappaB velikega pomena za razumevanje signalnih poti. <br />
<br />
<br />
S pomočjo tega znanja upajo, da jim bo uspelo razviti zdravilo, ki bi onemogočilo NF-kappaB in s tem preprečilo preživetje rakastih celic ter njihovo nadaljno rast.</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BiokemSeminar-SkupineNovica-B09&diff=1295BiokemSeminar-SkupineNovica-B092009-12-02T22:57:54Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta.<br><br> <br />
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo].<br><br />
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša.<br><br><br />
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve.<br><br />
<hr><br><br />
<br />
== Seminarski roki: ==<br />
<br />
'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.}<br><br />
1 Špela Alič - [[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2009-10/uoia-sdp102109.php]<br><br />
''Recenzenta: Alexandra B., Primož B.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.}<br><br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.}<br><br />
1 Tjaša Lukan: [[Transkripcijska faktorja, specifična za hčerinske celice, uravnavata celično velikost pri brstenju kvasovk]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=986]<br><br />
''Recenzenta: Tine T., Alenka B.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.}<br><br />
1 Aljaž Gaber: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]]<br><br />
''Recenzenta: Vid P., Špela P.<br>''<br />
2 Špela Baus: [[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa ]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/168877.php] <br><br />
''Recenzenta: Andraž Š., Alenka M.<br>''<br />
3 Špela Medic: [[Encim, ki je mogoče ključnega pomena za odmiranje celic pri Alzheimerjevi bolezni]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091007103032.htm] <br><br />
''Recenzenta: Gregor K., Daša J.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.}<br><br />
1 Janez Meden <br><br />
''Recenzenta: Branislav L., Alenka B.<br>''<br />
2 Tea Lenarčič: [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače (2)]] <br><br />
''Recenzenta: Karmen K., Matej C.<br>''<br />
3 Ana Bajc: [[Kemoreceptorja SRBC-64 in SRBC-66 sta povod za razvojne učinke dormantnega feromona v C. elegans]] <br><br />
''Recenzenta: Jasna B., Davor Š.M.<br>''<br />
<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.}<br><br />
1 Maruša Rajh - [[X-vezana adrenolevkodistrofija: Hematopoetična genska terapija z lentivirusno spremenjenimi matičnimi celicami]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143706.htm]<br><br />
''Recenzenta: Pia P.D., Sara P.<br>''<br />
2 Tanja Guček - [[Izboljšane forenzične analize za lažje zasledovanje kriminalcev]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091029155956.htm]<br><br />
''Recenzenta: Katja P., Blaž S.<br>''<br />
3 Primož Bembič [[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje IκB kinazno aktivacijo ob poškodbe DNA ]]<br><br />
''Recenzenta: Urška S., Maja K.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.}<br><br />
1 Alexandra Bogožalec: [[Odkrit način za določanje nizkih koncentracij C-reaktivnega proteina (CRP) v krvnem serumu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091104101625.htm] <br><br />
''Recenzenta: Saška P., Zorica L.<br>''<br />
2 Andraž Šmon <br><br />
''Recenzenta: Sabina M., Špela A.<br>''<br />
3 Tine Tesovnik<br><br />
''Recenzenta: Tjaša L., Davor Š.M.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.}<br><br />
1 Alenka Bombač - [[Nova tehnika določevanja lokacije sladkorjev vezanih na proteine utira pot odkritjem v medicini]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/10/091019122840.htm] <br><br />
''Recenzenta: Špela B., Branislav L.<br>''<br />
2 Gregor Kurinčič <br><br />
''Recenzenta: Aljaž G., Špela M.<br>''<br />
3 Alenka Mikuž <br><br />
''Recenzenta: Urška S., Blaž S.<br>''<br />
<br />
'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 15.12., recenzenti popravijo do 22.12.}<br><br />
1 Vid Puž <br><br />
''Recenzenta: Janez M., Ana B.<br>''<br />
2 Daša Janeš <br><br />
''Recenzenta: Tea L., Maja K.<br>''<br />
3 Špela Petelin<br><br />
''Recenzenta: Saška P., Zorica L.<br>''<br />
<br />
'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 16.12., recenzenti popravijo do 23.12.}<br><br />
1 Alenka Buh <br> <br />
''Recenzenta: Maruša R., Tanja G.<br>''<br />
2 karmen kmet<br><br />
''Recenzenta: Sabina M., Špela A.<br>''<br />
3 jasna brčić<br><br />
''Recenzenta: Tjaša L., Špela M.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 5.1.}<br><br />
1 Pia Pužar Dominkuš <br><br />
''Recenzenta: Aljaž G., Špela B.<br>''<br />
2 Sara Pintar <br><br />
''Recenzenta: Alexandra B., Alenka B.<br>''<br />
3 Katja Pernek <br><br />
''Recenzenta: Janez M., Matej C.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 6.1.}<br><br />
1 Blaž Svetic<br><br />
''Recenzenta: Tea L., Ana B.<br>''<br />
2 Matej Cibic<br><br />
''Recenzenta: Alenka M., Primož B.<br>''<br />
3 Branislav Lukić<br><br />
''Recenzenta: Andraž Š., Daša J.<br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.}<br><br />
1 Davor Škofič Maurer - [[Celice ščitijo proteine pred virusi in bakterijami z vgraditvijo napačne aminokisline v njihovo zaporedje.]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091125134701.htm] <br> <br />
''Recenzenta: Tine T., Špela P.<br>''<br />
2 Urška Slapšak <br><br />
''Recenzenta: Maruša R., Vid P.<br>''<br />
3 Saška Polanc<br><br />
''Recenzenta: Sara P., Katja P.<br>''<br />
<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.}<br><br />
1 Maja Kozlevčar <br><br />
''Recenzenta: Alenka B., Karmen K.<br>''<br />
2 Sabina Mavretič <br><br />
''Recenzenta: Jasna B., Pia P.D.<br>''<br />
3 Zorica Latinović <br><br />
''Recenzenta: Gregor K., Tanja G.<br>''</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Plazmalema&diff=1094Plazmalema2009-11-30T17:14:56Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>'''Plazmalema''' (celična membrana) je 6-10nm debela meja, ki ločuje notranjost evkariontskih in prokariontskih celic od okolja. Ker je selektivno prepustna, plazmalema odloča o vsebini citoplazme in s tem določa celično identiteto. Kot večina drugih celičnih membran je tudi plazmalema sestavljena iz proteinov in lipidov.[[http://micro.magnet.fsu.edu/cells/plasmamembrane/images/plasmamembranefigure1.jpg]] <br />
<br />
----<br />
<br />
Osnovni gradnik plazmaleme je '''fosfolipidni dvosloj''', ki je '''neprepusten''' za večino bioloških molekul, zato je prehod ionov in večine bioloških molekul je odvisen od membranskih proteinov.<br />
<br />
Membranski proteini so odgovorni za selektivni prehod molekul v in iz celice, omogočajo tudi medcelične interakcije pri večceličnih organizmih ter služijo kot sprejemniki za vstopajoče signale iz okolja.<br />
<br />
Razmerje med številom membranskih proteinov in lipidov je pri večini celic 50%:50%,izjeme so Schwanove celice(25% proteinov) ter mitohondrijske celice(75%proteinov). <br />
<br />
Ker so proteini veliko večji od lipidov je masno razmerje takšno, da na eno molekulo proteina pride 50-100 molekul lipidov.<br />
Lipidi in proteini so med seboj povezani z nekovalentnimi vezmi.<br />
<br />
Zunanja površina plazmaleme živalskih celic je prekrita s plastjo bogato z ogljikovimi hidrati-'''glikokaliksom'''. Glikokaliks vsebuje oligosaharide vezane na membanske proteine (glikoproteini) in lipide (glikolipidi).<br />
<br />
== Fosfolipidni dvosloj ==<br />
<br />
Molekule lipidov so sestavljene iz polarne glave ter nepolarnega repa[http://www.bioteach.ubc.ca/Bio-industry/Inex/graphics/phospholipid.gif] <br />
Hidrofobni repi molekul, ki tvorijo fosfolipidni dvosloj so stisnjeni skupaj, tako da so hidrofilne glave izpostavljene okolju in notranjosti celice.[[http://www.fz-juelich.de/isb/isb-1/datapool/page/28/Figure1-500.jpg]]<br />
<br />
Plazmaleme živalskih celic vsebujejo štiri glavne vrste fosfolipidov:''' fosfatidilholin''', '''sfingomielin'''(zunanja plast), '''fosfatidiletanolamin''', '''fosfatidilserin'''(notranja plast) ; ti lipidi so razporejeni asimetrično med obe plasti dvosloja ter tvorijo več kot polovico vseh lipidov v večini membran.<br />
<br />
Poleg fosfolipidov so v membrani prisotni tudi glikolipidi(notranja plast) in holesterol(obe plasti).<br />
<br />
Fosfolipidi se gibljejo po membrani z lateralno difuzijo v okviru enega sloja, druga možnost je flip-flop oziroma preskok iz ene plasti v drugo(katalizira ga fosfolipidni translokator), molekule pa se lahko hitro gibljejo okoli svoje osi z rotacijo.<br />
<br />
Fluidnost fosfolipidnega dvosloja je odvisna od zgradbe membrane:<br />
<br />
- pri telesni temperaturi so membrane fluidne; če temperatura pade postanejo rigidne<br />
<br />
- čim večja je vsebnost holesterola tem manjša je fluidnost<br />
<br />
- čim daljši so repi ali čim več je nasičenih maščobnih kislin tem manjša je fluidnost<br />
<br />
== Membranski proteini ==<br />
<br />
Za razliko od lipidov (osnovni strukturni elementi membrane) so proteini zadolženi za specifične membranske funkcije.[[http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/ecb/ecb_images/11_20_membrane_proteins.jpg]] Membanski proteini se delijo na dve veliki skupini, integralne in periferne membranske proteine.<br />
<br />
''' Integralni proteini ''' so lahko transmembranski ali pa so vgrajeni v membrano le z lipidnim delom, na katerega je proteinski del vezan kovalentno. Nekateri od slednjih so vstavljeni v zunanji del dvosloja z GPI-sidri (glikozilfosfatidilinozitol). Transmembranski proteini lahko dvosloj predirajo večkrat z α heliksom 20-25 hidrofobnih aminokislin.[[http://molsim.chem.uva.nl/research/TMsignalling_lizhe/transmembrane.gif]] Večina je glikozilirana v Golgijevem aparatu.<br />
<br />
''' Periferni proteini ''' niso vstavljeni v hidrofobno notranjost, temveč so povezani z integralnimi membranskimi proteini prek ionskih vezi (te vezi se pretrgajo pri ekstremnem pH ali visoki koncentraciji soli).<br />
<br />
Nekateri transmembranski proteini ne predirajo membrano z α heliksom, primer za to so porini, ki oblikujejo kanale v zunanjih membranah nekaterih bakterij.<br />
<br />
==Viri==<br />
<br />
1.) Copper G.M., Hausman R.E. The Cell A Molecular Approach. 4th edition<br />
<br />
2.) http://en.wikipedia.org/wiki/Cell_membrane<br />
<br />
3.) Alberts.B et at., Essential cell biology, 2th edition</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Plazmalema&diff=1093Plazmalema2009-11-30T17:13:33Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>'''Plazmalema''' (celična membrana) je 6-10nm debela meja, ki ločuje notranjost evkariontskih in prokariontskih celic od okolja. Ker je selektivno prepustna, plazmalema odloča o vsebini citoplazme in s tem določa celično identiteto. Kot večina drugih celičnih membran je tudi plazmalema sestavljena iz proteinov in lipidov.[[http://micro.magnet.fsu.edu/cells/plasmamembrane/images/plasmamembranefigure1.jpg]] <br />
<br />
----<br />
<br />
Osnovni gradnik plazmaleme je '''fosfolipidni dvosloj''', ki je '''neprepusten''' za večino bioloških molekul, zato je prehod ionov in večine bioloških molekul je odvisen od membranskih proteinov.<br />
<br />
Membranski proteini so odgovorni za selektivni prehod molekul v in iz celice, omogočajo tudi medcelične interakcije pri večceličnih organizmih ter služijo kot sprejemniki za vstopajoče signale iz okolja.<br />
<br />
Razmerje med številom membranskih proteinov in lipidov je pri večini celic 50%:50%,izjeme so Schwanove celice(25% proteinov) ter mitohondrijske celice(75%proteinov). <br />
<br />
Ker so proteini veliko večji od lipidov je masno razmerje takšno, da na eno molekulo proteina pride 50-100 molekul lipidov.<br />
Lipidi in proteini so med seboj povezani z nekovalentnimi vezmi.<br />
<br />
Zunanja površina plazmaleme živalskih celic je prekrita s plastjo bogato z ogljikovimi hidrati-'''glikokaliksom'''. Glikokaliks vsebuje oligosaharide vezane na membanske proteine (glikoproteini) in lipide (glikolipidi).<br />
<br />
== Fosfolipidni dvosloj ==<br />
<br />
Molekule lipidov so sestavljene iz polarne glave ter nepolarnega repa[[http://www.bioteach.ubc.ca/Bio-industry/Inex/graphics/phospholipid.gif. <br />
Hidrofobni repi molekul, ki tvorijo fosfolipidni dvosloj so stisnjeni skupaj, tako da so hidrofilne glave izpostavljene okolju in notranjosti celice.[[http://www.fz-juelich.de/isb/isb-1/datapool/page/28/Figure1-500.jpg]]<br />
<br />
Plazmaleme živalskih celic vsebujejo štiri glavne vrste fosfolipidov:''' fosfatidilholin''', '''sfingomielin'''(zunanja plast), '''fosfatidiletanolamin''', '''fosfatidilserin'''(notranja plast) ; ti lipidi so razporejeni asimetrično med obe plasti dvosloja ter tvorijo več kot polovico vseh lipidov v večini membran.<br />
<br />
Poleg fosfolipidov so v membrani prisotni tudi glikolipidi(notranja plast) in holesterol(obe plasti).<br />
<br />
Fosfolipidi se gibljejo po membrani z lateralno difuzijo v okviru enega sloja, druga možnost je flip-flop oziroma preskok iz ene plasti v drugo(katalizira ga fosfolipidni translokator), molekule pa se lahko hitro gibljejo okoli svoje osi z rotacijo.<br />
<br />
Fluidnost fosfolipidnega dvosloja je odvisna od zgradbe membrane:<br />
<br />
- pri telesni temperaturi so membrane fluidne; če temperatura pade postanejo rigidne<br />
<br />
- čim večja je vsebnost holesterola tem manjša je fluidnost<br />
<br />
- čim daljši so repi ali čim več je nasičenih maščobnih kislin tem manjša je fluidnost<br />
<br />
== Membranski proteini ==<br />
<br />
Za razliko od lipidov (osnovni strukturni elementi membrane) so proteini zadolženi za specifične membranske funkcije.[[http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/ecb/ecb_images/11_20_membrane_proteins.jpg]] Membanski proteini se delijo na dve veliki skupini, integralne in periferne membranske proteine.<br />
<br />
''' Integralni proteini ''' so lahko transmembranski ali pa so vgrajeni v membrano le z lipidnim delom, na katerega je proteinski del vezan kovalentno. Nekateri od slednjih so vstavljeni v zunanji del dvosloja z GPI-sidri (glikozilfosfatidilinozitol). Transmembranski proteini lahko dvosloj predirajo večkrat z α heliksom 20-25 hidrofobnih aminokislin.[[http://molsim.chem.uva.nl/research/TMsignalling_lizhe/transmembrane.gif]] Večina je glikozilirana v Golgijevem aparatu.<br />
<br />
''' Periferni proteini ''' niso vstavljeni v hidrofobno notranjost, temveč so povezani z integralnimi membranskimi proteini prek ionskih vezi (te vezi se pretrgajo pri ekstremnem pH ali visoki koncentraciji soli).<br />
<br />
Nekateri transmembranski proteini ne predirajo membrano z α heliksom, primer za to so porini, ki oblikujejo kanale v zunanjih membranah nekaterih bakterij.<br />
<br />
==Viri==<br />
<br />
1.) Copper G.M., Hausman R.E. The Cell A Molecular Approach. 4th edition<br />
<br />
2.) http://en.wikipedia.org/wiki/Cell_membrane<br />
<br />
3.) Alberts.B et at., Essential cell biology, 2th edition</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Plazmalema&diff=1088Plazmalema2009-11-30T12:54:24Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>'''Plazmalema''' (celična membrana) je 6-10nm debela meja, ki ločuje notranjost evkariontskih in prokariontskih celic od okolja. Ker je selektivno prepustna, plazmalema odloča o vsebini citoplazme in s tem določa celično identiteto. Kot večina drugih celičnih membran je tudi plazmalema sestavljena iz proteinov in lipidov.[[http://micro.magnet.fsu.edu/cells/plasmamembrane/images/plasmamembranefigure1.jpg]] <br />
<br />
----<br />
<br />
Osnovni gradnik plazmaleme je '''fosfolipidni dvosloj''', ki je '''neprepusten''' za večino bioloških molekul, zato je prehod ionov in večine bioloških molekul je odvisen od membranskih proteinov.<br />
<br />
Membranski proteini so odgovorni za selektivni prehod molekul v in iz celice, omogočajo tudi medcelične interakcije pri večceličnih organizmih ter služijo kot sprejemniki za vstopajoče signale iz okolja.<br />
<br />
Razmerje med številom membranskih proteinov in lipidov je pri večini celic 50%:50%,izjeme so Schwanove celice(25% proteinov) ter mitohondrijske celice(75%proteinov). <br />
<br />
Ker so proteini veliko večji od lipidov je masno razmerje takšno, da na eno molekulo proteina pride 50-100 molekul lipidov.<br />
Lipidi in proteini so med seboj povezani z nekovalentnimi vezmi.<br />
<br />
Zunanja površina plazmaleme živalskih celic je prekrita s plastjo bogato z ogljikovimi hidrati-'''glikokaliksom'''. Glikokaliks vsebuje oligosaharide vezane na membanske proteine (glikoproteini) in lipide (glikolipidi).<br />
<br />
== Fosfolipidni dvosloj ==<br />
<br />
Molekule lipidov so sestavljene iz polarne glave ter nepolarnega repa. Hidrofobni repi molekul, ki tvorijo fosfolipidni dvosloj so stisnjeni skupaj, tako da so hidrofilne glave izpostavljene okolju in notranjosti celice.[[http://www.fz-juelich.de/isb/isb-1/datapool/page/28/Figure1-500.jpg]]<br />
<br />
Plazmaleme živalskih celic vsebujejo štiri glavne vrste fosfolipidov:''' fosfatidilholin''', '''sfingomielin'''(zunanja plast), '''fosfatidiletanolamin''', '''fosfatidilserin'''(notranja plast) ; ti lipidi so razporejeni asimetrično med obe plasti dvosloja ter tvorijo več kot polovico vseh lipidov v večini membran.<br />
<br />
Poleg fosfolipidov so v membrani prisotni tudi glikolipidi(notranja plast) in holesterol(obe plasti).<br />
<br />
Fosfolipidi se gibljejo po membrani z lateralno difuzijo v okviru enega sloja, druga možnost je flip-flop oziroma preskok iz ene plasti v drugo(katalizira ga fosfolipidni translokator), molekule pa se lahko hitro gibljejo okoli svoje osi z rotacijo.<br />
<br />
Fluidnost fosfolipidnega dvosloja je odvisna od zgradbe membrane:<br />
<br />
- pri telesni temperaturi so membrane fluidne; če temperatura pade postanejo rigidne<br />
<br />
- čim večja je vsebnost holesterola tem manjša je fluidnost<br />
<br />
- čim daljši so repi ali čim več je nasičenih maščobnih kislin tem manjša je fluidnost<br />
<br />
== Membranski proteini ==<br />
<br />
Za razliko od lipidov (osnovni strukturni elementi membrane) so proteini zadolženi za specifične membranske funkcije.[[http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/ecb/ecb_images/11_20_membrane_proteins.jpg]] Membanski proteini se delijo na dve veliki skupini, integralne in periferne membranske proteine.<br />
<br />
''' Integralni proteini ''' so lahko transmembranski ali pa so vgrajeni v membrano le z lipidnim delom, na katerega je proteinski del vezan kovalentno. Nekateri od slednjih so vstavljeni v zunanji del dvosloja z GPI-sidri (glikozilfosfatidilinozitol). Transmembranski proteini lahko dvosloj predirajo večkrat z α heliksom 20-25 hidrofobnih aminokislin.[[http://molsim.chem.uva.nl/research/TMsignalling_lizhe/transmembrane.gif]] Večina je glikozilirana v Golgijevem aparatu.<br />
<br />
''' Periferni proteini ''' niso vstavljeni v hidrofobno notranjost, temveč so povezani z integralnimi membranskimi proteini prek ionskih vezi (te vezi se pretrgajo pri ekstremnem pH ali visoki koncentraciji soli).<br />
<br />
Nekateri transmembranski proteini ne predirajo membrano z α heliksom, primer za to so porini, ki oblikujejo kanale v zunanjih membranah nekaterih bakterij.<br />
<br />
===Viri===<br />
<br />
1.) Copper G.M., Hausman R.E. The Cell A Molecular Approach. 4th edition<br />
<br />
2.) http://en.wikipedia.org/wiki/Cell_membrane<br />
<br />
3.) Alberts.B et at., Essential cell biology, 2th edition</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Plazmalema&diff=1086Plazmalema2009-11-30T12:41:35Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>'''Plazmalema''' (celična membrana) je 6-10nm debela meja, ki ločuje notranjost evkariontskih in prokariontskih celic od okolja. Ker je selektivno prepustna, plazmalema odloča o vsebini citoplazme in s tem določa celično identiteto. Kot večina drugih celičnih membran je tudi plazmalema sestavljena iz proteinov in lipidov.[[http://micro.magnet.fsu.edu/cells/plasmamembrane/images/plasmamembranefigure1.jpg]] <br />
<br />
----<br />
<br />
Osnovni gradnik plazmaleme je '''fosfolipidni dvosloj''', ki je '''neprepusten''' za večino bioloških molekul, zato je prehod ionov in večine bioloških molekul je odvisen od membranskih proteinov. <br />
Membranski proteini so odgovorni za selektivni prehod molekul v in iz celice, omogočajo tudi medcelične interakcije pri večceličnih organizmih ter služijo kot sprejemniki za vstopajoče signale iz okolja. <br />
Razmerje med številom membranskih proteinov in lipidov je pri večini celic 50%:50%,izjeme so Schwanove celice(25% proteinov) ter mitohondrijske celice(75%proteinov). <br />
Ker so proteini veliko večji od lipidov je masno razmerje takšno, da na eno molekulo proteina pride 50-100 molekul lipidov.<br />
Lipidi in proteini so med seboj povezani z nekovalentnimi vezmi.<br />
<br />
Zunanja površina plazmaleme živalskih celic je prekrita s plastjo bogato z ogljikovimi hidrati-'''glikokaliksom'''. Glikokaliks vsebuje oligosaharide vezane na membanske proteine (glikoproteini) in lipide (glikolipidi).<br />
<br />
== Fosfolipidni dvosloj ==<br />
<br />
Molekule lipidov so sestavljene iz polarne glave ter nepolarnega repa. Hidrofobni repi molekul, ki tvorijo fosfolipidni dvosloj so stisnjeni skupaj, tako da so hidrofilne glave izpostavljene okolju in notranjosti celice.[[http://www.fz-juelich.de/isb/isb-1/datapool/page/28/Figure1-500.jpg]]<br />
<br />
Plazmaleme živalskih celic vsebujejo štiri glavne vrste fosfolipidov:''' fosfatidilholin''', '''sfingomielin'''(zunanja plast), '''fosfatidiletanolamin''', '''fosfatidilserin'''(notranja plast) ; ti lipidi so razporejeni asimetrično med obe plasti dvosloja ter tvorijo več kot polovico vseh lipidov v večini membran.<br />
Poleg fosfolipidov so v membrani prisotni tudi glikolipidi(notranja plast) in holesterol(obe plasti).<br />
<br />
Fosfolipidi se gibljejo po membrani z lateralno difuzijo v okviru enega sloja, druga možnost je flip-flop oziroma preskok iz ene plasti v drugo(katalizira ga fosfolipidni translokator), molekule pa se lahko hitro gibljejo okoli svoje osi z rotacijo.<br />
<br />
Fluidnost fosfolipidnega dvosloja je odvisna od zgradbe membrane:<br />
<br />
- pri telesni temperaturi so membrane fluidne; če temperatura pade postanejo rigidne<br />
<br />
- čim večja je vsebnost holesterola tem manjša je fluidnost<br />
<br />
- čim daljši so repi ali čim več je nasičenih maščobnih kislin tem manjša je fluidnost<br />
<br />
== Membranski proteini ==<br />
<br />
Za razliko od lipidov (osnovni strukturni elementi membrane) so proteini zadolženi za specifične membranske funkcije.[[http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/ecb/ecb_images/11_20_membrane_proteins.jpg]] Membanski proteini se delijo na dve veliki skupini, integralne in periferne membranske proteine.<br />
<br />
''' Integralni proteini ''' so lahko transmembranski ali pa so vgrajeni v membrano le z lipidnim delom, na katerega je proteinski del vezan kovalentno. Nekateri od slednjih so vstavljeni v zunanji del dvosloja z GPI-sidri (glikozilfosfatidilinozitol). Transmembranski proteini lahko dvosloj predirajo večkrat z α heliksom 20-25 hidrofobnih aminokislin.[[http://molsim.chem.uva.nl/research/TMsignalling_lizhe/transmembrane.gif]] Večina je glikozilirana v Golgijevem aparatu.<br />
<br />
''' Periferni proteini ''' niso vstavljeni v hidrofobno notranjost, temveč so povezani z integralnimi membranskimi proteini prek ionskih vezi (te vezi se pretrgajo pri ekstremnem pH ali visoki koncentraciji soli).<br />
<br />
Nekateri transmembranski proteini ne predirajo membrano z α heliksom, primer za to so porini, ki oblikujejo kanale v zunanjih membranah nekaterih bakterij.<br />
<br />
===Viri===<br />
<br />
1.) Copper G.M., Hausman R.E. The Cell A Molecular Approach. 4th edition<br />
<br />
2.) http://en.wikipedia.org/wiki/Cell_membrane<br />
<br />
3.) Alberts.B et at., Essential cell biology, 2th edition</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Plazmalema&diff=1085Plazmalema2009-11-30T12:31:31Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>'''Plazmalema''' (celična membrana) je 6-10nm debela meja, ki ločuje notranjost evkariontskih in prokariontskih celic od okolja. Ker je selektivno prepustna, plazmalema odloča o vsebini citoplazme in s tem določa celično identiteto. Kot večina drugih celičnih membran je tudi plazmalema sestavljena iz proteinov in lipidov.[[http://micro.magnet.fsu.edu/cells/plasmamembrane/images/plasmamembranefigure1.jpg]] <br />
<br />
----<br />
<br />
Osnovni gradnik plazmaleme je '''fosfolipidni dvosloj''', ki je '''neprepusten''' za večino bioloških molekul, zato je prehod ionov in večine bioloških molekul je odvisen od membranskih proteinov. <br />
Membranski proteini so odgovorni za selektivni prehod molekul v in iz celice, omogočajo tudi medcelične interakcije pri večceličnih organizmih ter služijo kot sprejemniki za vstopajoče signale iz okolja. <br />
Razmerje med številom membranskih proteinov in lipidov je pri večini celic 50%:50%,izjeme so Schwanove celice(25% proteinov) ter mitohondrijske celice(75%proteinov). <br />
Ker so proteini veliko večji od lipidov je masno razmerje takšno, da na eno molekulo proteina pride 50-100 molekul lipidov.<br />
Lipidi in proteini so med seboj povezani z nekovalentnimi vezmi.<br />
<br />
Zunanja površina plazmaleme živalskih celic je prekrita s plastjo bogato z ogljikovimi hidrati-'''glikokaliksom'''. Glikokaliks vsebuje oligosaharide vezane na membanske proteine (glikoproteini) in lipide (glikolipidi).<br />
<br />
== Fosfolipidni dvosloj ==<br />
<br />
Molekule lipidov so sestavljene iz polarne glave ter nepolarnega repa. Hidrofobni repi molekul, ki tvorijo fosfolipidni dvosloj so stisnjeni skupaj, tako da so hidrofilne glave izpostavljene okolju in notranjosti celice.[[http://www.fz-juelich.de/isb/isb-1/datapool/page/28/Figure1-500.jpg]]<br />
<br />
Plazmaleme živalskih celic vsebujejo štiri glavne vrste fosfolipidov:''' fosfatidilholin''', '''sfingomielin'''(zunanja plast), '''fosfatidiletanolamin''', '''fosfatidilserin'''(notranja plast) ; ti lipidi so razporejeni asimetrično med obe plasti dvosloja ter tvorijo več kot polovico vseh lipidov v večini membran.<br />
Poleg fosfolipidov so v membrani prisotni tudi glikolipidi(notranja plast) in holesterol(obe plasti).<br />
<br />
Fosfolipidi se gibljejo po membrani z lateralno difuzijo v okviru enega sloja, druga možnost je flip-flop oziroma preskok iz ene plasti v drugo(katalizira ga fosfolipidni translokator), molekule pa se lahko hitro gibljejo okoli svoje osi z rotacijo.<br />
<br />
Fluidnost fosfolipidnega dvosloja je odvisna od zgradbe membrane:<br />
<br />
- pri telesni temperaturi so membrane fluidne; če temperatura pade postanejo rigidne<br />
<br />
- čim večja je vsebnost holesterola tem manjša je fluidnost<br />
<br />
- čim daljši so repi ali čim več je nasičenih maščobnih kislin tem manjša je fluidnost<br />
<br />
== Membranski proteini ==<br />
<br />
Za razliko od lipidov (osnovni strukturni elementi membrane) so proteini zadolženi za specifične membranske funkcije.[[http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/ecb/ecb_images/11_20_membrane_proteins.jpg]] Membanski proteini se delijo na dve veliki skupini, integralne in periferne membranske proteine.<br />
<br />
''' Integralni proteini ''' so lahko transmembranski ali pa so vgrajeni v membrano le z lipidnim delom, na katerega je proteinski del vezan kovalentno. Nekateri od slednjih so vstavljeni v zunanji del dvosloja z GPI-sidri (glikozilfosfatidilinozitol). Transmembranski proteini lahko dvosloj predirajo večkrat z α heliksom 20-25 hidrofobnih aminokislin.[[http://molsim.chem.uva.nl/research/TMsignalling_lizhe/transmembrane.gif]] Večina je glikozilirana v Golgijevem aparatu.<br />
<br />
''' Periferni proteini ''' niso vstavljeni v hidrofobno notranjost, temveč so povezani z integralnimi membranskimi proteini prek ionskih vezi (te vezi se pretrgajo pri ekstremnem pH ali visoki koncentraciji soli).<br />
<br />
Nekateri transmembranski proteini ne predirajo membrano z α heliksom, primer za to so porini, ki oblikujejo kanale v zunanjih membranah nekaterih bakterij.<br />
<br />
===Viri===<br />
<br />
1.) Copper G.M., Hausman R.E. The Cell A Molecular Approach. 4th edition<br />
2.) http://en.wikipedia.org/wiki/Cell_membrane<br />
3.) Alberts.B et at., Essential cell biology, 2th edition</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Plazmalema&diff=1084Plazmalema2009-11-30T12:12:32Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>'''Plazmalema''' (celična membrana) je 6-10nm debela meja, ki ločuje notranjost evkariontskih in prokariontskih celic od okolja. Ker je selektivno prepustna, plazmalema odloča o vsebini citoplazme in s tem določa celično identiteto. Kot večina drugih celičnih membran je tudi plazmalema sestavljena iz proteinov in lipidov.[[http://micro.magnet.fsu.edu/cells/plasmamembrane/images/plasmamembranefigure1.jpg]] <br />
<br />
----<br />
<br />
Osnovni gradnik plazmaleme je fosfolipidni dvosloj, ki je '''neprepusten''' za večino bioloških molekul, zato je prehod ionov in večine bioloških molekul je odvisen od membranskih proteinov. Membranski proteini so odgovorni za selektivni prehod molekul v in iz celice, omogočajo tudi medcelične interakcije pri večceličnih organizmih ter služijo kot sprejemniki za vstopajoče signale iz okolja. Razmerje med številom membranskih proteinov in lipidov je pri večini celic 50%:50%,izjeme so Schwanove celice(25% proteinov) ter mitohondrijske celice(75%proteinov). Ker so proteini veliko večji od lipidov je masno razmerje takšno, da na eno molekulo proteina pride 50-100 molekul lipidov.<br />
Lipidi in proteini so med seboj povezani z nekovalentnimi vezmi.<br />
<br />
Zunanja površina plazmaleme živalskih celic je prekrita s plastjo bogato z ogljikovimi hidrati-'''glikokaliksom'''. Glikokaliks vsebuje oligosaharide vezane na membanske proteine (glikoproteini) in lipide (glikolipidi).<br />
<br />
== Fosfolipidni dvosloj ==<br />
<br />
Molekule lipidov so sestavljene iz polarne glave ter nepolarnega repa. Hidrofobni repi molekul, ki tvorijo fosfolipidni dvosloj so stisnjeni skupaj, tako da so hidrofilne glave izpostavljene okolju in notranjosti celice.[[http://www.fz-juelich.de/isb/isb-1/datapool/page/28/Figure1-500.jpg]]Plazmaleme živalskih celic vsebujejo štiri glavne vrste fosfolipidov: fosfatidilholin, sfingomielin(zunanja plast), fosfatidiletanolamin, fosfatidilserin(notranja plast) ; ti lipidi so razporejeni asimetrično med obe plasti dvosloja ter tvorijo več kot polovico vseh lipidov v večini membran. Poleg fosfolipidov so v membrani prisotni tudi glikolipidi(notranja plast) in holesterol(obe plasti).<br />
<br />
Fosfolipidi se gibljejo po membrani z lateralno difuzijo v okviru enega sloja, druga možnost je flip-flop oziroma preskok iz ene plasti v drugo(katalizira ga fosfolipidni translokator), molekule pa se lahko hitro gibljejo okoli svoje osi z rotacijo.<br />
<br />
Fluidnost fosfolipidnega dvosloja je odvisna od zgradbe membrane:<br />
<br />
- pri telesni T so membrane fluidne; če T pade postanejo rigidne<br />
<br />
- čim večja je vsebnost holesterola tem manjša je fluidnost<br />
<br />
- čim daljši so repi ali čim več je nasičenih maščobnih kislin tem manjša je fluidnost<br />
<br />
== Membranski proteini ==<br />
<br />
Za razliko od lipidov (osnovni strukturni elementi membrane) so proteini zadolženi za specifične membranske funkcije.[[http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/ecb/ecb_images/11_20_membrane_proteins.jpg]] Membanski proteini se delijo na dve veliki skupini, integralne in periferne membranske proteine.<br />
<br />
''' Integralni proteini ''' so lahko transmembranski ali pa so vgrajeni v membrano le z lipidnim delom, na katerega je proteinski del vezan kovalentno. Nekateri od slednjih so vstavljeni v zunanji del dvosloja z GPI-sidri (glikozilfosfatidilinozitol). Transmembranski proteini lahko dvosloj predirajo večkrat z α heliksom 20-25 hidrofobnih aminokislin.[[http://molsim.chem.uva.nl/research/TMsignalling_lizhe/transmembrane.gif]] Večina je glikozilirana v Golgijevem aparatu.<br />
<br />
''' Periferni proteini ''' niso vstavljeni v hidrofobno notranjost, temveč so povezani z integralnimi membranskimi proteini prek ionskih vezi (te vezi se pretrgajo pri ekstremnem pH ali visoki koncentraciji soli).<br />
<br />
Nekateri transmembranski proteini ne predirajo membrano z α heliksom, primer za to so porini, ki oblikujejo kanale v zunanjih membranah nekaterih bakterij.<br />
<br />
===Viri===<br />
<br />
1.) Copper G.M., Hausman R.E. The Cell A Molecular Approach. 4th edition<br />
2.) http://en.wikipedia.org/wiki/Cell_membrane</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BiokemSeminar-SkupineNovica-B09&diff=418BiokemSeminar-SkupineNovica-B092009-11-19T10:10:43Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta.<br><br> <br />
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo].<br><br />
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša.<br><br><br />
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve.<br><br />
<hr><br><br />
<br />
== Seminarski roki: ==<br />
<br />
'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.}<br><br />
1 Špela Alič - [[Drsenje SSB proteinov po enoverižni molekuli DNA]][http://www.eurekalert.org/pub_releases/2009-10/uoia-sdp102109.php]<br><br />
''Recenzenta: Alexandra B., Primož B.<br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.}<br><br />
1 Tjaša Lukan<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.}<br><br />
1 Aljaž Gaber<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Špela Baus - [[Protein kritičen za sekrecijo inzulina lahko prispeva k pojavu diabetesa ]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/168877.php] <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Špela Medic<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.}<br><br />
1 Janez Meden <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Tea Lenarčič<br> - [[Termostabilizirana hondroitinaza ABC pospeši razrast aksonov in okrevanje po poškodbi hrbtenjače]]<br />
<br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Ana Bajc<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.}<br><br />
1 Maruša Rajh <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Tanja Guček <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Primož Bembič<br>[[Jederni Poli-(ADP-Riboza)-odvisni signalosom potrjuje poškodbe DNA]]<br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.}<br><br />
1 Alexandra Bogožalec<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Andraž Šmon <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Tine Tesovnik<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.}<br><br />
1 Alenka Bombač <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Gregor Kurinčič <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Alenka Mikuž <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 15.12., recenzenti popravijo do 22.12.}<br><br />
1 Vid Puž <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Daša Janeš<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Špela Petelin<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 16.12., recenzenti popravijo do 23.12.}<br><br />
1 Alenka Buh <br> <br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 5.1.}<br><br />
1 Pia Pužar Dominkuš <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Sara Pintar <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Katja Pernek <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 6.1.}<br><br />
1 Blaž Svetic<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Matej Cibic<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Branislav Lukić<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.}<br><br />
1 Davor Škofič Maurer <br> <br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Urška Slapšak <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Saška Polanc<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.}<br><br />
1 Maja Kozlevčar <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Sabina Mavretič <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Zorica Latinović <br><br />
''Recenzenta: <br>''</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BiokemSeminar-SkupineLeksikon-B09&diff=334BiokemSeminar-SkupineLeksikon-B092009-10-27T09:26:34Z<p>Primož B: /* Skupina 13 */</p>
<hr />
<div>Vpišite imena članov posameznih skupin za leksikografske opise (Biokemiki 2009/10)!<br><br />
Rok za vpis članov skupine (vsaka skupina ima 2 študenta) je 26. oktober 2009 do 12. ure.<br> <br />
Do 9. novembra je treba vpisati še naslov teme. Pred vpisom svoje teme preverite, da je ni izbral in vpisal že kdo drug - velja tudi za pretekla leta.<br><br />
Če ste v dvomih, kako vpisati podatke, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/index.php?title=Skupine_za_leksikon_-_B08 lanski seznam]. Vrstni red skupin ni povezan z roki, saj imate vsi isti rok za oddajo - 1. december do 12. ure.<br><br />
<br> <br />
<br />
=== Skupina 1 ===<br />
<br />
Špela Baus<br />
<br />
=== Skupina 2 ===<br />
Alenka Mikuž in Daša Janeš<br />
<br />
[[Biočipi]]<br><br />
<br />
=== Skupina 3 ===<br />
Ana Bajc in Sara Pintar<br><br />
[[Huntingtonova bolezen]]<br><br />
<br />
=== Skupina 4 ===<br />
<br />
Alexandra Bogožalec in Aljaž Gaber<br />
<br />
[[Glikogen]]<br><br />
<br />
=== Skupina 5 ===<br />
Alenka Bombač in Pia Pužar Dominkuš<br />
<br />
[[Kolageni]]<br><br />
<br />
=== Skupina 6 ===<br />
Matej Cibic in Saška Polanc<br />
<br />
Verižna reakcija s polimerazo<br />
<br />
=== Skupina 7 ===<br />
Vid Puž in Blaž Svetic<br />
<br />
=== Skupina 8 ===<br />
Špela Alič in Tanja Guček<br><br />
[[Mutacije]]<br />
<br />
=== Skupina 9 ===<br />
Gregor Kurinčič in Janez Meden<br><br />
[[Jedrna membrana in jedrna pora]]<br><br />
<br />
=== Skupina 10 ===<br />
Andraž Šmon in Tine Tesovnik<br />
<br />
[[Mišična distrofija]]<br><br />
<br />
=== Skupina 11 ===<br />
Jasna Brčič, Karmen Kmet<br />
<br />
[[Leptin]]<br><br />
<br />
=== Skupina 12 ===<br />
Maruša Rajh, Špela Petelin<br />
<br />
Prepisovanje DNA --> RNA<br />
<br />
=== Skupina 13 ===<br />
Branislav Lukić in Primož Bembič<br><br />
[[Plazmalema]]<br><br />
<br />
=== Skupina 14 ===<br />
Urška Slapšak in Davor Škofič Maurer<br><br />
Aktivacija limfocitov T<br />
<br />
=== Skupina 15 ===<br />
Špela Medic<br />
<br />
=== Skupina 16 ===<br />
Tjaša Lukan<br />
<br />
Prenos majhnih molekul skozi membrano<br />
<br />
=== Skupina 17 ===<br />
Alenka Buh in Katja Pernek<br />
<br />
=== Skupina 18 ===<br />
Sabina Mavretič in Maja Kozlevčar</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BiokemSeminar-SkupineLeksikon-B09&diff=333BiokemSeminar-SkupineLeksikon-B092009-10-27T09:25:08Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>Vpišite imena članov posameznih skupin za leksikografske opise (Biokemiki 2009/10)!<br><br />
Rok za vpis članov skupine (vsaka skupina ima 2 študenta) je 26. oktober 2009 do 12. ure.<br> <br />
Do 9. novembra je treba vpisati še naslov teme. Pred vpisom svoje teme preverite, da je ni izbral in vpisal že kdo drug - velja tudi za pretekla leta.<br><br />
Če ste v dvomih, kako vpisati podatke, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/index.php?title=Skupine_za_leksikon_-_B08 lanski seznam]. Vrstni red skupin ni povezan z roki, saj imate vsi isti rok za oddajo - 1. december do 12. ure.<br><br />
<br> <br />
<br />
=== Skupina 1 ===<br />
<br />
Špela Baus<br />
<br />
=== Skupina 2 ===<br />
Alenka Mikuž in Daša Janeš<br />
<br />
[[Biočipi]]<br><br />
<br />
=== Skupina 3 ===<br />
Ana Bajc in Sara Pintar<br><br />
[[Huntingtonova bolezen]]<br><br />
<br />
=== Skupina 4 ===<br />
<br />
Alexandra Bogožalec in Aljaž Gaber<br />
<br />
[[Glikogen]]<br><br />
<br />
=== Skupina 5 ===<br />
Alenka Bombač in Pia Pužar Dominkuš<br />
<br />
[[Kolageni]]<br><br />
<br />
=== Skupina 6 ===<br />
Matej Cibic in Saška Polanc<br />
<br />
Verižna reakcija s polimerazo<br />
<br />
=== Skupina 7 ===<br />
Vid Puž in Blaž Svetic<br />
<br />
=== Skupina 8 ===<br />
Špela Alič in Tanja Guček<br><br />
[[Mutacije]]<br />
<br />
=== Skupina 9 ===<br />
Gregor Kurinčič in Janez Meden<br><br />
[[Jedrna membrana in jedrna pora]]<br><br />
<br />
=== Skupina 10 ===<br />
Andraž Šmon in Tine Tesovnik<br />
<br />
[[Mišična distrofija]]<br><br />
<br />
=== Skupina 11 ===<br />
Jasna Brčič, Karmen Kmet<br />
<br />
[[Leptin]]<br><br />
<br />
=== Skupina 12 ===<br />
Maruša Rajh, Špela Petelin<br />
<br />
Prepisovanje DNA --> RNA<br />
<br />
=== Skupina 13 ===<br />
Branislav Lukić in Primož Bembič<br><br />
Plazmalema<br><br />
=== Skupina 14 ===<br />
Urška Slapšak in Davor Škofič Maurer<br><br />
Aktivacija limfocitov T<br />
<br />
=== Skupina 15 ===<br />
Špela Medic<br />
<br />
=== Skupina 16 ===<br />
Tjaša Lukan<br />
<br />
Prenos majhnih molekul skozi membrano<br />
<br />
=== Skupina 17 ===<br />
Alenka Buh in Katja Pernek<br />
<br />
=== Skupina 18 ===<br />
Sabina Mavretič in Maja Kozlevčar</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BiokemSeminar-SkupineNovica-B09&diff=200BiokemSeminar-SkupineNovica-B092009-10-13T16:29:01Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta.<br><br> <br />
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo].<br><br />
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša.<br><br><br />
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve.<br><br />
<hr><br><br />
<br />
== Seminarski roki: ==<br />
<br />
'''Predstavitev 24.11.''' {rok za oddajo 1. verzije 10.11., recenzenti popravijo do 17.11.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 25.11.''' {rok za oddajo 1. verzije 11.11., recenzenti popravijo do 18.11.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.}<br><br />
1 Špela Alič<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.}<br><br />
1 Blaž Svetic <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.}<br><br />
1 Maruša Rajh <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Tanja Guček <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Primož Bembič<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 15.12., recenzenti popravijo do 22.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 16.12., recenzenti popravijo do 23.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 5.1.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 6.1.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.}<br><br />
1 Davor Škofič Maurer <br> <br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Urška Slapšak <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Saška Polanc<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''</div>Primož Bhttps://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BiokemSeminar-SkupineNovica-B09&diff=199BiokemSeminar-SkupineNovica-B092009-10-13T16:21:32Z<p>Primož B: </p>
<hr />
<div>Temo za seminar pošljite na naslov docenta [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta.<br><br> <br />
Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Skupine_za_seminar_-_B08 lansko verzijo].<br><br />
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09|seznam novic]] v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša.<br><br><br />
Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bom vpisal, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve.<br><br />
<hr><br><br />
<br />
== Seminarski roki: ==<br />
<br />
'''Predstavitev 24.11.''' {rok za oddajo 1. verzije 10.11., recenzenti popravijo do 17.11.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 25.11.''' {rok za oddajo 1. verzije 11.11., recenzenti popravijo do 18.11.}<br><br />
1 Primož Bembič <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 1.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.11., recenzenti popravijo do 24.11.}<br><br />
1 Špela Alič<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 2.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.11., recenzenti popravijo do 25.11.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 8.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 24.11., recenzenti popravijo do 1.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 9.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.11., recenzenti popravijo do 2.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 15.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.12., recenzenti popravijo do 8.12.}<br><br />
1 Blaž Svetic <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 16.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 2.12., recenzenti popravijo do 9.12.}<br><br />
1 Maruša Rajh <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Tanja Guček <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 22.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.12., recenzenti popravijo do 15.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 23.12.''' {rok za oddajo 1. verzije 9.12., recenzenti popravijo do 16.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
'''Predstavitev 5.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 15.12., recenzenti popravijo do 22.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
'''Predstavitev 6.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 16.12., recenzenti popravijo do 23.12.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 12.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 22.12., recenzenti popravijo do 5.1.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 13.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 23.12., recenzenti popravijo do 6.1.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 19.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 5.1., recenzenti popravijo do 12.1.}<br><br />
1 Davor Škofič Maurer <br> <br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 Urška Slapšak <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 Saška Polanc<br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
<br />
<br />
<br />
'''Predstavitev 20.1.09''' {rok za oddajo 1. verzije 6.1., recenzenti popravijo do 13.1.}<br><br />
1 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
2 <br><br />
''Recenzenta: <br>''<br />
3 <br><br />
''Recenzenta: <br>''</div>Primož B