https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Rok%C5%A0temberger 2026-04-09T01:13:14Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8590 2013-11-29T21:33:21Z

<p>RokŠtemberger: /* Rezultati */</p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Bolezen nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so raziskovalci že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so raziskovalci razvili novo potencialno metodo, ki vključuje uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic raziskovalci uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ''ex vivo'' z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, pri njej pa ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin.<br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HBL.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), in so vsebovali gen z zapisom za okrepljeno kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za ''in vitro'' in ''in vivo'' test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI.<br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ''In vitro'' luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic, več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. ''In vivo'' nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z ''in vivo'' BLI sistemom. Le-ta omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' ''In vivo'' Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8589 2013-11-29T21:32:12Z

<p>RokŠtemberger: /* Uvod */</p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Bolezen nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so raziskovalci že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so raziskovalci razvili novo potencialno metodo, ki vključuje uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic raziskovalci uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ''ex vivo'' z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, pri njej pa ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin.<br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HBL.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), in so vsebovali gen z zapisom za okrepljeno kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za ''in vitro'' in ''in vivo'' test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI.<br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ''In vitro'' luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic, več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. ''In vivo'' nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z ''in vivo'' BLI sistemom. Le-ta omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' ''In vivo'' Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8588 2013-11-29T21:29:41Z

<p>RokŠtemberger: /* Modelni organizem */</p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Bolezen nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki je vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ''ex vivo'' z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin.<br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HBL.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), in so vsebovali gen z zapisom za okrepljeno kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za ''in vitro'' in ''in vivo'' test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI.<br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ''In vitro'' luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic, več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. ''In vivo'' nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z ''in vivo'' BLI sistemom. Le-ta omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' ''In vivo'' Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8587 2013-11-29T21:28:41Z

<p>RokŠtemberger: /* Zaključek */</p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Bolezen nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki je vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ''ex vivo'' z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HBL.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), in so vsebovali gen z zapisom za okrepljeno kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za ''in vitro'' in ''in vivo'' test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI.<br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ''In vitro'' luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic, več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. ''In vivo'' nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z ''in vivo'' BLI sistemom. Le-ta omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' ''In vivo'' Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8585 2013-11-29T21:21:53Z

<p>RokŠtemberger: /* Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc) */</p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Bolezen nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki je vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ''ex vivo'' z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HBL.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), in so vsebovali gen z zapisom za okrepljeno kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za ''in vitro'' in ''in vivo'' test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI.<br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ''In vitro'' luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic, več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. ''In vivo'' nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z ''in vivo'' BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' ''In vivo'' Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8584 2013-11-29T21:19:43Z

<p>RokŠtemberger: /* Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc) */</p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Bolezen nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki je vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ''ex vivo'' z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HBL.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljeno kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za ''in vitro'' in ''in vivo'' test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI.<br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ''In vitro'' luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic, več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. ''In vivo'' nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z ''in vivo'' BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' ''In vivo'' Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8583 2013-11-29T21:14:51Z

<p>RokŠtemberger: /* Rezultati */</p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Bolezen nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki je vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ''ex vivo'' z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HB1.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljeno kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za ''in vitro'' in ''in vivo'' test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI.<br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ''In vitro'' luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic, več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. ''In vivo'' nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z ''in vivo'' BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' ''In vivo'' Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8582 2013-11-29T21:14:00Z

<p>RokŠtemberger: /* Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc) */</p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Bolezen nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki je vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ''ex vivo'' z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HB1.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljeno kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za ''in vitro'' in ''in vivo'' test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI.<br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ''In vitro'' luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic. Več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. ''In vivo'' nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z ''in vivo'' BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' ''In vivo'' Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8581 2013-11-29T20:57:36Z

<p>RokŠtemberger: /* Uvod */</p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Bolezen nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki je vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ''ex vivo'' z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HB1.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljene kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za ''in vitro'' in ''in vivo'' test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI. <br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ''In vitro'' luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic. Več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. ''In vivo'' nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z ''in vivo'' BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' ''In vivo'' Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8577 2013-11-29T18:42:23Z

<p>RokŠtemberger: /* Uvod */</p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki je vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ''ex vivo'' z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HB1.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljene kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za ''in vitro'' in ''in vivo'' test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI. <br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ''In vitro'' luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic. Več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. ''In vivo'' nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z ''in vivo'' BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' ''In vivo'' Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8575 2013-11-29T18:25:41Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki bi vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ''ex vivo'' z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HB1.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljene kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za ''in vitro'' in ''in vivo'' test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI. <br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> ''In vitro'' luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic. Več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. ''In vivo'' nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z ''in vivo'' BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' ''In vivo'' Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8574 2013-11-29T18:24:33Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div><br /> == '''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic''' ==<br /> <br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki bi vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ex vivo z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HB1.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljene kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za in vitro in in vivo test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI. <br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> In vitro luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic. Več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. In vivo nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z in vivo BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8573 2013-11-29T18:24:20Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>'''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic'''<br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki bi vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ex vivo z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HB1.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljene kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za in vitro in in vivo test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI. <br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> In vitro luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic. Več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. In vivo nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z in vivo BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8572 2013-11-29T18:24:09Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>'''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic'''<br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki bi vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ex vivo z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HB1.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljene kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za in vitro in in vivo test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI. <br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> In vitro luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic. Več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. In vivo nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z in vivo BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==*Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8571 2013-11-29T18:23:23Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>'''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic'''<br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki bi vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ex vivo z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HB1.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljene kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za in vitro in in vivo test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI. <br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> In vitro luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic. Več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. In vivo nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z in vivo BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> ==Dodatno*==<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8570 2013-11-29T18:22:55Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>'''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic'''<br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki bi vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ex vivo z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HB1.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljene kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za in vitro in in vivo test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI. <br /> <br /> ==Induciranje PD modela==<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> In vitro luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic. Več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. In vivo nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z in vivo BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8569 2013-11-29T18:22:41Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>'''Zdravljenje Parkinsonove bolezni na mišjem modelu s transplantacijo nevronskih izvornih celic'''<br /> <br /> ==Uvod==<br /> <br /> Parkinsonova bolezen je druga najpogostejša degenerativna bolezen (takoj za Alzheimerjevo boleznijo). Nastane zaradi propada dopaminskih nevronov, ki proizvajajo dopamin in se le-ta ne proizvaja v zadostni koncentraciji, da bi opravljal nalogo živčnega prenašalca. Znaki te bolezni so: mišična rigidnost, upočasnjena gibljivost in značilen tremor. Gre namreč za kronično bolezen, ki sedaj še ni ozdravljiva, pacientu lahko le lajšamo simptome in s tem delno ohranjamo kvaliteto življenja.<br /> <br /> Zdravljenje Parkinsonove bolezni (PD) so znanstveniki že izvajali z metodo izvornih celic, vendar se le-ta ni obnesla zaradi mnogih stranskih učinkov. Nato so znanstveniki razvili novo potencialno metodo, ki bi vključevale uporabo embrionalnih izvornih celic: nevronske izvorne celice (NSC) in inducirane pluripotentne izvorne celice.<br /> <br /> Pri raziskavi so za transplantacijo NSC celic uporabili linijo HBL.F3, saj je le-ta stabilna in ima potencial, da se diferencira v nevronske in glia celice. <br /> Prej je bilo možno transplantirane izvorne celice opazovati samo ex vivo z uporabo imunohistokemije, kar pa je vključevalo žrtvovanje ogromno živali in veliko časa. Metoda, ki omogoča ponovitve meritev na eni živali v realnem času, in pri njej ni potrebno žrtvovati živali, je bioluminiscenčno slikanje (BLI).<br /> <br /> ==Modelni organizem==<br /> <br /> Pri raziskavi so uporabili 8 tednov stare moške miši C57BI/6, ki so jim povzročili Parkinsonovo bolezen z nevrotoksinom. Ta sev miši so uporabili zato, ker je zelo občutljiv na omenjeni nevrotoksin. <br /> <br /> ==Priprava modificiranih izvornih celic (F3-effLuc)==<br /> <br /> Izvorne celice HB1.F3 so transfecirali z Lenti virusi (ki so bili predhodno pripravljeni v drugih celicah), ki so vsebovali gen z zapisom za okrepljene kresničkino luciferazo, ki se je izražal na površini F3-effLuc izvornih celic. Okrepljena kresničkina luciferaza proizvede več svetlobe kot navadna, in nam tako omogoča večjo občutljivost z metodo BLI. Za in vitro in in vivo test določitve bioluminiscenco so znanstveniki uporabili D-luciferin, ki se je pretvoril v oksiluciferin in svetlobo katero so detektirali z BLI. <br /> <br /> ==Induciranje PD modela=<br /> <br /> 6-hidroksidopamin (6-ODHA) so vbrizgali intravaskularno v desni striatum miši. To je povzročilo degeneracijo dopaminskih nevronov, kar je vodilo v nastanek Parkinsonove bolezni.<br /> <br /> ==Transplantacija izvornih celic==<br /> Štiri tedne po injekciji 6-ODHA so bile F3-effLuc stereotaktično transplantirane v desni striatum, kjer so znanstveniki predhodno povzročili degradacijo dopaminskih nevronov. Transplantirane celice so se zadrževale na desni strani striatuma in niso migrirale v ostale dele možganov.<br /> <br /> ==Rezultati==<br /> <br /> In vitro luciferazna aktivnost effLuc transfeciranih celic je bila ustrezna. Celice, ki so ekspresirale gen za effLuc so bile določene s pretočno citometrijo in so predstavljale 88,6% vseh celic, kar pomeni da je transfekcija uspela. Izkaže se tudi, da je bioluminiscenca naraščala linearno s številom celic. Več kot je bilo prisotnih F3-effLuc celic, večja je bila bioluminiscenca.<br /> <br /> Transplantirane F3-effLuc celice so znanstveniki uspešno videli na možganih vseh miši z uporabo metode BLI. Bioluminiscenčna aktivnost transplantiranih F3-effLuc celic je gradialno padala v primerjavi z ozadjem do dneva 10 (kasneje se bioluminiscence ne zazna več). Zaradi umiranja F3-effLuc celic v tujem organizmu se je bioluminiscenca dnevno zmanjševala.<br /> <br /> Pri vedenjskem testu na miših so opazili izboljšanje šele po 4 tednih po transplantaciji, po 4 dneh niso opazili v nobeni preiskovani skupine bistvenih razlik. Injicirali so jim apomorfin (agonist dopamina), in pri PD miših opazili zmanjšanje tremorja in s tem izboljšanje v njihovem vedenju. <br /> <br /> Imunohistokemijske raziskave so pokazale, da je bilo na začetku (4 dni po transplantaciji) prisotnih zelo veliko transplantiranih izvornih celic F3-effLuc v striatumu, pozneje (4. tedne po transplantaciji) pa je bilo živih celic bistveno manj. Naredili so tudi raziskave detektiranja apoptotskih celic z metodo »Tunnel stain« in ugotovili, da je bilo na začetku zelo veliko apoptotskih celic, potem pa se apoptoza zmanjšala in s tem tudi delež apoptotskih celic, ker je bilo živih še samo peščica.<br /> <br /> ==Zaključek==<br /> <br /> Idealen sistem za zdravljenje z izvornimi celicami bi moral imeti dve pomembni lastnosti: dolgo živeče izvorne celice v tujem gostitelju in pa zmožnost diferenciacije v odrasle dopaminske nevrone. In vivo nadzorovanje transplantiranih izvornih celic je tudi ključnega pomena pri zdravljenju Parkinsonove bolezni. V našem primeru je transplantacija F3-effLuc celic v PD mišjem modelu uspela. Transplantirane F3-effLuc celice so uspešno nadzorovali z in vivo BLI sistemom. Le-ta nam omogoča določitev lokalizacije transplantiranih celic v realnem času brez žrtvovanja živali ali nekaterih ostalih invazivnih postopkov.<br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8568 2013-11-29T18:17:55Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8567 2013-11-29T18:17:06Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.<br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8566 2013-11-29T18:17:00Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234. -<br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8564 2013-11-29T18:16:49Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234. <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek na medmrežju]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8563 2013-11-29T18:16:09Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234. <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf Članek]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8562 2013-11-29T18:15:51Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234. <br /> Dostopno na: [http://mi.deckerpublishing.com/uploads/assets/fb09b871aa9384c23ce31aed48b2dfcf.pdf]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8561 2013-11-29T18:14:07Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> <br /> '''Članek:''' H. Im, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8560 2013-11-29T18:13:57Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> <br /> '''Članek:''' H. IM, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Neural_stem_cells&diff=8559 2013-11-29T18:13:46Z

<p>RokŠtemberger: New page: Članek: H. IM, D.W.Hwang, H.K. Lee &#039;&#039;et al.&#039;&#039; In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induc...</p> <hr /> <div><br /> <br /> <br /> <br /> Članek: H. IM, D.W.Hwang, H.K. Lee ''et al.'' In vivo Visualitation and Monitoring of Viable Neural Stem Cells Using Noninvasive Bioluminiscence Imaging in the 6-Hydroxydopamine-Induced Mouse Model of Parkinson Disease. ''Molecular Imaging'', 2013, letn. 12, str. 224-234.</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_TehDNA&diff=8307 2013-10-08T21:19:05Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>Seminarje iz Tehnologije DNA bo v študijskem letu 2013/14 vodila asist. dr. Helena Čelešnik.<br /> <br /> Seznam tem za seminarje:<br /> <br /> # Mutageneza (16.10.) (povzetek in porocilo lahko oddate v pon., 14.10), 3 seminarji: 1. Urban Bezeljak<br /> # Izražanje na površini (23.10.), 3 seminarji: 1. Mitja Crček, 2. Klara Tereza Novoselc<br /> # Dvohibridni sistemi (30.10.), 3 seminarji: 1. Katja Kovačič 2. Barbara Žužek 3. Bernarda Majc<br /> # Mutageneza, izražanje na površini ali dvohibridni sistemi (6.11.), 3 seminarji: 1. Valter Bergant, 2. Ana Kapraljević, 3. Tjaša Blatnik<br /> # GSO v agronomiji (13.11.), 3 seminarji: 1. Niki Bursič, 2. Petra Malavašič, 3. Jernej Mustar<br /> # Transgenske živali (27.11.), 3 seminarji: 1. Andrea Grof, 2. Eva Lucija Kozak, 3. Špela Pohleven<br /> # Izvorne celice (4.12.), 4 seminarji: 1. Sara Primec, 2. Alja Zottel, 3. Tjaša Goričan, 4. Rok Štemberger<br /> # DNA-diagnostika (11.12.), 4 seminarji: 1. Tina Gregorič , 2. Eva Knapič, 3. Veronika Jarc, 4. Jana Verbančič<br /> # Forenzika, arheologija, sistematika (18.12.), 3 seminarji: 1. Matja Zalar, 2. Andreja Bratovš, 3. Maja Remškar<br /> # Mikromreže, genomike (8.1.), 3 seminarji: 1. Andrej Vrankar, 2. Filip Kolenc 3. Nastja Štemberger<br /> # Gensko zdravljenje s. lat. (15.1.), 3 seminarji: 1. Ana Dolinar 2. Staša Komljenovič, 3. Katarina Uršič</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_TehDNA&diff=8296 2013-10-08T17:42:47Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>Seminarje iz Tehnologije DNA bo v študijskem letu 2013/14 vodila asist. dr. Helena Čelešnik.<br /> <br /> Seznam tem za seminarje:<br /> <br /> # Mutageneza (16.10.) (povzetek in porocilo lahko oddate v pon., 14.10), 3 seminarji: <br /> # Izražanje na površini (23.10.), 3 seminarji:<br /> # Dvohibridni sistemi (30.10.), 3 seminarji:<br /> # Mutageneza, izražanje na površini ali dvohibridni sistemi (6.11.), 3 seminarji: 1. Valter Bergant, 2. Ana Kapraljević, 3. Tjaša Blatnik<br /> # GSO v agronomiji (13.11.), 3 seminarji: 1. Niki Bursič, 2. Petra Malavašič, 3. Jernej Mustar<br /> # Transgenske živali (27.11.), 3 seminarji: 1. Andrea Grof, 2. Eva Lucija Kozak, 3. Špela Pohleven<br /> # Izvorne celice (4.12.), 4 seminarji: 1. Sara Primec, 2. Alja Zottel, 3. Tjaša Goričan, 4. Rok Štemberger<br /> # DNA-diagnostika (11.12.), 4 seminarji: 1. Tina Gregorič , 2. Eva Knapič, 3. Veronika Jarc, 4. Jana Verbančič<br /> # Forenzika, arheologija, sistematika (18.12.), 3 seminarji: 1. Matja Zalar, 2. Andreja Bratovš, 3. Maja Remškar<br /> # Mikromreže, genomike (8.1.), 3 seminarji: 1. Andrej Vrankar, 2. Filip Kolenc<br /> # Gensko zdravljenje s. lat. (15.1.), 3 seminarji: 1. Ana Dolinar</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_TehDNA&diff=8285 2013-10-08T15:11:09Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>Seminarje iz Tehnologije DNA bo v študijskem letu 2013/14 vodila asist. dr. Helena Čelešnik.<br /> <br /> Seznam tem za seminarje:<br /> <br /> # Mutageneza (16.10.), 3 seminarji:<br /> # Izražanje na površini (23.10.), 3 seminarji:<br /> # Dvohibridni sistemi (30.10.), 3 seminarji:<br /> # Mikromrežne tehnologije (6.11.), 3 seminarji:<br /> # GSO v agronomiji (13.11.), 3 seminarji: 1. Niki Bursič, 2. Petra Malavašič, 3. Jernej Mustar<br /> # Transgenske živali (27.11.), 3 seminarji: Andrea Grof, Eva Lucija Kozak, Špela Pohleven<br /> # Izvorne celice (4.12.), 4 seminarji: Sara Primec, Alja Zottel, Tjaša Goričan, Rok Štemberger<br /> # DNA-diagnostika (11.12.), 4 seminarji: Tina Gregorič , Eva Knapič, Veronika Jarc<br /> # Forenzika, arheologija, sistematika (18.12.), 3 seminarji: Matja Zalar<br /> # Mikromreže, genomike (8.1.), 3 seminarji:<br /> # Gensko zdravljenje s. lat. (15.1.), 3 seminarji: Ana Dolinar</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_TehDNA&diff=8281 2013-10-08T14:59:06Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>Seminarje iz Tehnologije DNA bo v študijskem letu 2013/14 vodila asist. dr. Helena Čelešnik.<br /> <br /> Seznam tem za seminarje:<br /> <br /> # Mutageneza (16.10.)<br /> # Izražanje na površini (23.10.)<br /> # Dvohibridni sistemi (30.10.) Rok Štemberger<br /> # Mikromrežne tehnologije (6.11.)<br /> # GSO v agronomiji (13.11.) Niki Bursič, Petra Malavašič, Jernej Mustar<br /> # Transgenske živali (27.11.) Andrea Grof, Eva Lucija Kozak, Špela Pohleven<br /> # Izvorne celice (4.12.) Sara Primec, Alja Zottel, Tjaša Goričan<br /> # DNA-diagnostika (11.12.) Tina Gregorič , Eva Knapič, Veronika Jarc<br /> # Forenzika, arheologija, sistematika (18.12.) <br /> # Mikromreže, genomike (8.1.)<br /> # Gensko zdravljenje s. lat. (15.1.) Ana Dolinar</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=7016 2012-04-02T19:21:33Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan Lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena Lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko Lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije Lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • ''celični delitvi''<br /> <br /> • ''celični smrti''<br /> <br /> • ''celični diferenciaciji''<br /> <br /> • ''metabolizmu maščob v muhah''<br /> <br /> • ''oblikovanju nevronov v glistah''<br /> <br /> • ''razvoju listov in cveta''<br /> <br /> • ''morfogenezi udov''<br /> <br /> • ''proliferaciji''<br /> <br /> • ''apoptozi edokrinega sistema''<br /> <br /> • ''Obnova kosti''<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR IN ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> <br /> • ''pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA''<br /> <br /> • ''pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA''<br /> <br /> • ''miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks''<br /> <br /> • ''zrela miRNA''<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''': <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA''':<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks''':<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA''':<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == DODATNO GRADIVO ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> <br /> 1. Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> 2. Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> 1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. ''Nature reviews molecular cell biology'', 2005, str.376-385.<br /> <br /> 2. L. Nelson David, M. Cox Michael. ''Principles of biochemistry''. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> 3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. ''Cell'', 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> 4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> 5. http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=7015 2012-04-02T19:20:54Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan Lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena Lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko Lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije Lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • ''celični delitvi''<br /> <br /> • ''celični smrti''<br /> <br /> • ''celični diferenciaciji''<br /> <br /> • ''metabolizmu maščob v muhah''<br /> <br /> • ''oblikovanju nevronov v glistah''<br /> <br /> • ''razvoju listov in cveta''<br /> <br /> • ''morfogenezi udov''<br /> <br /> • ''proliferaciji''<br /> <br /> • ''apoptozi edokrinega sistema''<br /> <br /> • ''Obnova kosti''<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> <br /> • ''pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA''<br /> <br /> • ''pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA''<br /> <br /> • ''miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks''<br /> <br /> • ''zrela miRNA''<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''': <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA''':<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks''':<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA''':<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == DODATNO GRADIVO ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> <br /> 1. Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> 2. Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> 1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. ''Nature reviews molecular cell biology'', 2005, str.376-385.<br /> <br /> 2. L. Nelson David, M. Cox Michael. ''Principles of biochemistry''. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> 3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. ''Cell'', 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> 4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> 5. http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=7014 2012-04-02T19:19:53Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan Lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena Lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko Lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije Lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • ''celični delitvi''<br /> <br /> • ''celični smrti''<br /> <br /> • ''celični diferenciaciji''<br /> <br /> • ''metabolizmu maščob v muhah''<br /> <br /> • ''oblikovanju nevronov v glistah''<br /> <br /> • ''razvoju listov in cveta''<br /> <br /> • ''morfogenezi udov''<br /> <br /> • ''proliferaciji''<br /> <br /> • ''apoptozi edokrinega sistema''<br /> <br /> • ''Obnova kosti''<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> <br /> • ''pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA''<br /> <br /> • ''pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA''<br /> <br /> • ''miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks''<br /> <br /> • ''zrela miRNA''<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''': <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA''':<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks''':<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA''':<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == DODATNO GRADIVO ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> <br /> 1. Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> 2. Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> 1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> 2. L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> 3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> 4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> 5. http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=7013 2012-04-02T19:18:58Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan Lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena Lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko Lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije Lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • ''Celični delitvi''<br /> <br /> • ''Celični smrti''<br /> <br /> • ''Celični diferenciaciji''<br /> <br /> • ''Metabolizmu maščob v muhah''<br /> <br /> • ''Oblikovanju nevronov v glistah''<br /> <br /> • ''Razvoju listov in cveta''<br /> <br /> • ''Morfogenezi udov''<br /> <br /> • ''Proliferaciji''<br /> <br /> • ''Apoptozi edokrinega sistema''<br /> <br /> • ''Obnova kosti''<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> <br /> • ''pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA''<br /> <br /> • ''pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA''<br /> <br /> • ''miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks''<br /> <br /> • ''zrela miRNA''<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''': <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA''':<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks''':<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA''':<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == DODATNO GRADIVO ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> <br /> 1. Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> 2. Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> 1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> 2. L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> 3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> 4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> 5. http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=7012 2012-04-02T19:18:27Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan Lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena Lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko Lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije Lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • ''Celični delitvi''<br /> <br /> • ''Celični smrti''<br /> <br /> • ''Celični diferenciaciji''<br /> <br /> • ''Metabolizmu maščob v muhah''<br /> <br /> • ''Oblikovanju nevronov v glistah''<br /> <br /> • ''Razvoju listov in cveta''<br /> <br /> • ''Morfogenezi udov''<br /> <br /> • ''Proliferaciji''<br /> <br /> • ''Apoptozi edokrinega sistema''<br /> <br /> • ''Obnova kosti''<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> <br /> • ''pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA''<br /> <br /> • ''pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA''<br /> <br /> • ''miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks''<br /> <br /> • ''zrela miRNA''<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == DODATNO GRADIVO ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> <br /> 1. Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> 2. Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> 1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> 2. L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> 3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> 4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> 5. http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=7003 2012-04-02T18:31:55Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan Lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena Lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko Lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije Lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • ''Celični delitvi''<br /> <br /> • ''Celični smrti''<br /> <br /> • ''Celični diferenciaciji''<br /> <br /> • ''Metabolizmu maščob v muhah''<br /> <br /> • ''Oblikovanju nevronov v glistah''<br /> <br /> • ''Razvoju listov in cveta''<br /> <br /> • ''Morfogenezi udov''<br /> <br /> • ''Proliferaciji''<br /> <br /> • ''Apoptozi edokrinega sistema''<br /> <br /> • ''Obnova kosti''<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> <br /> • ''pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA''<br /> <br /> • ''pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA''<br /> <br /> • ''miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks''<br /> <br /> • ''zrela miRNA''<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == Dodatno gradivo ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> <br /> 1. Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> 2. Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> 1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> 2. L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> 3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> 4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> 5. http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=7002 2012-04-02T18:31:07Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • ''Celični delitvi''<br /> <br /> • ''Celični smrti''<br /> <br /> • ''Celični diferenciaciji''<br /> <br /> • ''Metabolizmu maščob v muhah''<br /> <br /> • ''Oblikovanju nevronov v glistah''<br /> <br /> • ''Razvoju listov in cveta''<br /> <br /> • ''Morfogenezi udov''<br /> <br /> • ''Proliferaciji''<br /> <br /> • ''Apoptozi edokrinega sistema''<br /> <br /> • ''Obnova kosti''<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> <br /> • ''pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA''<br /> <br /> • ''pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA''<br /> <br /> • ''miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks''<br /> <br /> • ''zrela miRNA''<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == Dodatno gradivo ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> <br /> 1. Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> 2. Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> 1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> 2. L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> 3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> 4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> 5. http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=7001 2012-04-02T18:30:09Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • '''Celični delitvi'''<br /> <br /> • '''Celični smrti'''<br /> <br /> • '''Celični diferenciaciji'''<br /> <br /> • '''Metabolizmu maščob v muhah'''<br /> <br /> • '''Oblikovanju nevronov v glistah'''<br /> <br /> • '''Razvoju listov in cveta'''<br /> <br /> • '''Morfogenezi udov'''<br /> <br /> • '''Proliferaciji'''<br /> <br /> • '''Apoptozi edokrinega sistem'''a<br /> <br /> • '''Obnova kosti'''<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> <br /> • '''pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA'''<br /> <br /> • '''pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA'''<br /> <br /> • '''miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks'''<br /> <br /> • '''zrela miRNA'''<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == Dodatno gradivo ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> <br /> 1. Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> 2. Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> 1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> 2. L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> 3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> 4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> 5. http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=RNA-interferenca&diff=7000 2012-04-02T18:28:55Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2011/12 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)<br /> # Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)<br /> # Evolucijski pomen RNAi (2006-)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi<br /> <br /> Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web]. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_interferen%C4%8Dne_RNA_%28siRNA%29 Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)] (Tanja Korpar, Ines Šterbal)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_mikro_RNA_%28miRNA%29 Odkritje mikro-RNA (miRNA)] (Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha Odkritje in delovanje nukleaze Drosha] (Ines Kerin, Petra Malavašič)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (Katra Koman, Matevž Ambrožič, Matevž Merljak)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucijski_pomen_RNAi Evolucijski pomen RNAi] (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC(Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni(Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah(Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Klini%C4%8Dni_preizkusi_z_u%C4%8Dinkovinami_na_osnovi_RNAi Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi] (Maja Remškar, Monika Škrjanc)<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi (Marko Radojković, Sandi Botonjić)<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;<br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=RNA-interferenca&diff=6999 2012-04-02T18:28:41Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2011/12 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)<br /> # Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)<br /> # Evolucijski pomen RNAi (2006-)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi<br /> <br /> Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web]. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_interferen%C4%8Dne_RNA_%28siRNA%29 Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)] (Tanja Korpar, Ines Šterbal)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_mikro_RNA_%28miRNA%29 Odkritje mikro-RNA (miRNA)](Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha Odkritje in delovanje nukleaze Drosha] (Ines Kerin, Petra Malavašič)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (Katra Koman, Matevž Ambrožič, Matevž Merljak)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucijski_pomen_RNAi Evolucijski pomen RNAi] (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC(Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni(Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah(Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Klini%C4%8Dni_preizkusi_z_u%C4%8Dinkovinami_na_osnovi_RNAi Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi] (Maja Remškar, Monika Škrjanc)<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi (Marko Radojković, Sandi Botonjić)<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;<br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=RNA-interferenca&diff=6998 2012-04-02T18:27:51Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2011/12 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)<br /> # Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)<br /> # Evolucijski pomen RNAi (2006-)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi<br /> <br /> Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web]. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_interferen%C4%8Dne_RNA_%28siRNA%29 Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)] (Tanja Korpar, Ines Šterbal)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_mikro_RNA_%28miRNA%29]Odkritje mikro-RNA (miRNA) (Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha Odkritje in delovanje nukleaze Drosha] (Ines Kerin, Petra Malavašič)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (Katra Koman, Matevž Ambrožič, Matevž Merljak)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucijski_pomen_RNAi Evolucijski pomen RNAi] (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC(Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni(Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah(Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Klini%C4%8Dni_preizkusi_z_u%C4%8Dinkovinami_na_osnovi_RNAi Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi] (Maja Remškar, Monika Škrjanc)<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi (Marko Radojković, Sandi Botonjić)<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;<br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=RNA-interferenca&diff=6997 2012-04-02T18:26:24Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2011/12 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)<br /> # Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)<br /> # Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)<br /> # Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)<br /> # Evolucijski pomen RNAi (2006-)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah<br /> # Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi<br /> <br /> Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web]. <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_interferen%C4%8Dne_RNA_%28siRNA%29 Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)] (Tanja Korpar, Ines Šterbal)<br /> # Odkritje encima 'dicer' (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)<br /> # Odkritje mikro-RNA (miRNA) (Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_mikro_RNA_%28miRNA%29]<br /> # Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha Odkritje in delovanje nukleaze Drosha] (Ines Kerin, Petra Malavašič)<br /> # Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)<br /> # Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (Katra Koman, Matevž Ambrožič, Matevž Merljak)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucijski_pomen_RNAi Evolucijski pomen RNAi] (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)<br /> # Odkritje in delovanje kompleksa RISC(Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)<br /> # Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni(Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)<br /> # Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah(Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Klini%C4%8Dni_preizkusi_z_u%C4%8Dinkovinami_na_osnovi_RNAi Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi] (Maja Remškar, Monika Škrjanc)<br /> # Biotehnološka uporaba RNAi (Marko Radojković, Sandi Botonjić)<br /> # Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;<br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=6994 2012-04-02T18:23:14Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • Celični delitvi<br /> <br /> • Celični smrti<br /> <br /> • Celični diferenciaciji<br /> <br /> • Metabolizmu maščob v muhah<br /> <br /> • Oblikovanju nevronov v glistah<br /> <br /> • Razvoju listov in cveta<br /> <br /> • Morfogenezi udov<br /> <br /> • Proliferaciji<br /> <br /> • Apoptozi edokrinega sistema<br /> <br /> • Obnova kosti<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> <br /> • pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA<br /> <br /> • pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA<br /> <br /> • miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks<br /> <br /> • zrela miRNA<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == Dodatno gradivo ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> <br /> 1. Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> 2. Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> 1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> 2. L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> 3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> 4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> 5. http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=6993 2012-04-02T18:22:34Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • Celični delitvi<br /> <br /> • Celični smrti<br /> <br /> • Celični diferenciaciji<br /> <br /> • Metabolizmu maščob v muhah<br /> <br /> • Oblikovanju nevronov v glistah<br /> <br /> • Razvoju listov in cveta<br /> <br /> • Morfogenezi udov<br /> <br /> • Proliferaciji<br /> <br /> • Apoptozi edokrinega sistema<br /> <br /> • Obnova kosti<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> <br /> • pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA<br /> <br /> • pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA<br /> <br /> • miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks<br /> <br /> • zrela miRNA<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == Dodatno gradivo ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> 1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> 2. L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> 3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> 4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> 5. http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=6992 2012-04-02T18:21:15Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • Celični delitvi<br /> <br /> • Celični smrti<br /> <br /> • Celični diferenciaciji<br /> <br /> • Metabolizmu maščob v muhah<br /> <br /> • Oblikovanju nevronov v glistah<br /> <br /> • Razvoju listov in cveta<br /> <br /> • Morfogenezi udov<br /> <br /> • Proliferaciji<br /> <br /> • Apoptozi edokrinega sistema<br /> <br /> • Obnova kosti<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> <br /> • pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA<br /> <br /> • pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA<br /> <br /> • miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks<br /> <br /> • zrela miRNA<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == Dodatno gradivo ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=6991 2012-04-02T18:20:44Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> <br /> • Celični delitvi<br /> <br /> • Celični smrti<br /> <br /> • Celični diferenciaciji<br /> <br /> • Metabolizmu maščob v muhah<br /> <br /> • Oblikovanju nevronov v glistah<br /> <br /> • Razvoju listov in cveta<br /> <br /> • Morfogenezi udov<br /> <br /> • Proliferaciji<br /> <br /> • Apoptozi edokrinega sistema<br /> <br /> • Obnova kosti<br /> <br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> • pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA<br /> <br /> • pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA<br /> <br /> • miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks<br /> <br /> • zrela miRNA<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == Dodatno gradivo ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=6990 2012-04-02T18:16:08Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> • Celični delitvi<br /> <br /> • Celični smrti<br /> <br /> • Celični diferenciaciji<br /> <br /> • Metabolizmu maščob v muhah<br /> <br /> • Oblikovanju nevronov v glistah<br /> <br /> • Razvoju listov in cveta<br /> <br /> • Morfogenezi udov<br /> <br /> • Proliferaciji<br /> <br /> • Apoptozi edokrinega sistema<br /> <br /> • Obnova kosti<br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> • pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA<br /> <br /> • pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA<br /> <br /> • miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks<br /> <br /> • zrela miRNA<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == Dodatno gradivo ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=6989 2012-04-02T18:15:49Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> • Celični delitvi<br /> <br /> • Celični smrti<br /> <br /> • Celični diferenciaciji<br /> <br /> • Metabolizmu maščob v muhah<br /> <br /> • Oblikovanju nevronov v glistah<br /> <br /> • Razvoju listov in cveta<br /> <br /> • Morfogenezi udov<br /> <br /> • Proliferaciji<br /> <br /> • Apoptozi edokrinega sistema<br /> <br /> • Obnova kosti<br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> • pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA<br /> <br /> • pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA<br /> <br /> • miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks<br /> <br /> • zrela miRNA<br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == Dodatno gradivo ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=6988 2012-04-02T18:15:35Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> • Celični delitvi<br /> <br /> • Celični smrti<br /> <br /> • Celični diferenciaciji<br /> <br /> • Metabolizmu maščob v muhah<br /> <br /> • Oblikovanju nevronov v glistah<br /> <br /> • Razvoju listov in cveta<br /> <br /> • Morfogenezi udov<br /> <br /> • Proliferaciji<br /> <br /> • Apoptozi edokrinega sistema<br /> <br /> • Obnova kosti<br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> • pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA<br /> <br /> • pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA<br /> <br /> • miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks<br /> <br /> • zrela miRNA<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == Dodatno gradivo ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> <br /> V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Odkritje_mikro_RNA_(miRNA)&diff=6987 2012-04-02T18:14:59Z

<p>RokŠtemberger: </p> <hr /> <div>== ODKRITJE mikro-RNA (miRNA) ==<br /> <br /> <br /> <br /> Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan lin-4. <br /> <br /> Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA. <br /> <br /> Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.<br /> Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih. <br /> Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.<br /> <br /> Zanimivo je, da lahko s primerjavo različnih miRNA med seboj razmejimo molekularno evolucijsko zgodovino oz. potek evolucije. To pa zato, ker lahko kompleksnost določenega fenotipa (kateri proteini se izrazijo) odraža, kateri zapis za miRNA bomo našli v genotipu.<br /> (do sem je povzetek spisal Rok Štemberger)<br /> <br /> <br /> <br /> Ob začetku projekta Gene-genome so znanstveniki predvidevali, da bodo našli preko 100.000 genov, ki kodirajo proteine, vendar so jih na koncu našli samo 20.000. Dolgo časa je prevladovalo mnenje, da so nekodirajoča intronska zaporedja neuporabna, oziroma niso poznali njihove vloge, danes pa se bližamo spoznanju, da je skoraj celoten genom funkcionalen. To domnevo potrjuje tudi miRNA, saj njen zapis najdemo v intronskih regijah, in sicer tako na kodirajočih kot tudi nekodirajočih genih.<br /> <br /> <br /> Danes je znano, da je miRNA nekodirajoča, in je dolga približno 22 nukleotidov, komplementarna pa je v sekvenci nekaterim regijam določene mRNA. MiRNA regulira mRNA tako da jo prereže oz. inhibira translacijo proteinov. Najdemo jo v mnogih organizmih. Največ raziskav je potekalo na črvih in muhah, v zadnjem obdobju pa vse več raziskav poteka tudi pri človeku. Zanimivo je tudi, da do 1% človeškega genoma lahko kodira človeško miRNA, ta pa lahko cilja na več kot polovico vseh mRNA. Ta podatek nam pove, da je še veliko neznanega o celotni usodi miRNA v organizmu, in da bi lahko v prihodnosti morda z manipulacijo miRNA izkoristili njene lastnosti sebi v prid.<br /> <br /> Do leta 2004 so raziskovalci ugotovili, da miRNA deluje kot kontrola pri:<br /> <br /> • Celični delitvi<br /> <br /> • Celični smrti<br /> <br /> • Celični diferenciaciji<br /> <br /> • Metabolizmu maščob v muhah<br /> <br /> • Oblikovanju nevronov v glistah<br /> <br /> • Razvoju listov in cveta<br /> <br /> • Morfogenezi udov<br /> <br /> • Proliferaciji<br /> <br /> • Apoptozi edokrinega sistema<br /> <br /> • Obnova kosti<br /> <br /> Poleg tega so odkrili, da različne miRNA najdemo v različnih celičnih tipih in tkivih. Izražanje miRNA je odvisna v katerem tkivu je prisotna, kar odraža izjemno diverziteto v celičnih fenotipih in tako igra pomembno vlogo v diferenciaciji tkiva in njegovem vzdrževanju.<br /> Danes se znanstveniki ukvarjajo predvsem z opazovanjem miRNA in kako ta regulira številne procese v telesu. Zelo zanimiv primer neposrednega delovanja miRNA je v zvezi z obnavljanjem kosti v našem telesu. V najstniških letih se naše kosti izgrajujejo s pomočjo osteoblastov, kasneje pa preidemo v fazo, ko se kosti obnavljajo, pri čemer potekata tako proces izgradnje (z osteoblasti), kot razgradnje s pomočjo osteoklastov. Nepravilno regulirana diferenciacija celic v osteoblaste in osteoklaste lahko privede do bolezenskih stanj, kot je na primer osteoporoza. Najpomembnejša molekula pri regulaciji diferenciacije pa je prav miRNA. <br /> Procese, ki jih bomo omenjali v nadaljevanju veljajo za živali, kajti pri rastlinah vse skupaj poteka malo drugače.<br /> (do sem je povzetek spisala Tjaša Flis)<br /> <br /> <br /> == OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==<br /> <br /> Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.<br /> Gene za miRNA najdemo na intronskem zaporedju v genih, ki kodirajo ali pa ne kodirajo proteina, lahko pa leži celo v eksonih dolgega nekodirajočega zaporedja. Največji del molekul miRNA kodirajo intronska zaporedja kodirajoče RNA. Glavni razlog je, da je s tem, ko se hkrati prepišeta mRNA, in miRNA, zagotovljena regulacija na nivoju sinteze proteinov.<br /> <br /> Zorenje miRNA je večstopenjsko, zato poznamo več struktur miRNA. Če jih zapišemo pa vrstnem redu nastanka, si sledijo:<br /> <br /> • pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA<br /> <br /> • pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA<br /> <br /> • miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks<br /> <br /> • zrela miRNA<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> '''Pri-miRNA''' <br /> Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.<br /> <br /> '''Pre-miRNA'''<br /> Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.<br /> <br /> '''MiRNA dupleks'''<br /> V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.<br /> <br /> '''Zrela miRNA'''<br /> Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.<br /> Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.<br /> (do sem je povzetek spisal Mitja Crček)<br /> <br /> <br /> == Dodatno gradivo ==<br /> <br /> (od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)<br /> Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&amp;um=1&amp;hl=sl&amp;client=firefox-a&amp;rls=org.mozilla:sl:official&amp;biw=1680&amp;bih=878&amp;tbm=isch&amp;tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&amp;imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&amp;docid=xTWyuD3LzJqH3M&amp;imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&amp;w=544&amp;h=734&amp;ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&amp;zoom=1&amp;iact=hc&amp;vpx=353&amp;vpy=482&amp;dur=382&amp;hovh=210&amp;hovw=156&amp;tx=145&amp;ty=142&amp;sig=109233804040984737619&amp;sqi=2&amp;page=1&amp;tbnh=167&amp;tbnw=124&amp;start=0&amp;ndsp=33&amp;ved=1t:429,r:18,s:0<br /> <br /> Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> <br /> http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]<br /> <br /> http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]<br /> <br /> V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.<br /> <br /> L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046<br /> <br /> P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

RokŠtemberger