Wiki FKKT - User contributions [en]

Seminarji SB 2017/18

2017-12-10T15:06:03Z

Sabina Štukelj:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]
#
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] 
2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] 

5.12. 
1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] 
4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] 

12.12. 
1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] 
2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] 
3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] 
4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] 

19.12. 
1 Ana Krišelj 
2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] 
3 Dominik Dekleva 
4 Neža Gaube 

9.1. 
1 Nastja Marondini 
2 Elizabeta Jevnikar 
3 Nina Roštan 
4 Barbara Lipovšek 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar 
2 Marija Kisilak 
3 Nataša Traven 
4 Tina Šimunović 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert 

23.1. 
1 Ana Cirnski 
2 
3 
4

MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo

2017-12-10T15:04:36Z

Sabina Štukelj: /* Prikaz komunikacije znotraj biokocke */

==UVOD==
Raziskovalna ekipa Univerze ShanghaiTech se s svojim projektom MagicBlock zavzema za prihodnost sintezne biologije, katero si predstavljajo kot skupek prispevkov s strani znanstvenikov iz različnih področij. Kljub temu pa delo z biokockami predstavlja velik izziv za ne-biologe, saj zahteva razumevanje kompleksnega molekularnega kloniranja in izobraženost o biološki varnosti. Pri svojem projektu se zavzemajo za to, da bi zgradili javno platformo za sintezno biologijo, ki bi bila dostopna širšemu krogu raziskovalcev. Svoj cilj so poskušali doseči s poenostavljenim konceptom »biokocke«, ki bi ga lažje predstavili javnosti. Namesto da bi uporabili genske kocke, so za »kocko« označili skupino funkcionalno opredeljenih bakterij. Zgradili so interaktivno platformo, ki združuje nadzor preko software-a s samodejnim sistemom za delo s tekočinami. S takšno platformo bi lahko večina ljudi, kar vključuje tudi osnovnošolce, preko interneta oblikovala svoje sintezno biološke poskuse, katere bi nato izvedel robot. Takšna platforma se imenuje MagicBlock in je sestavljena iz učinkovitega software vmesnika, bakterij ter robotov. Oblikovalci lahko uporabijo software-ski vmesnik za oblikovanje genskih vezij bioloških produktov. Številne biokocke (bakterije) so gojene v kulturi glede na genska vezja, ki so pridobljena iz strežnika (oblaka). Te bakterije so povezane z roboti, ki prenašajo tekočine s pomočjo supernatantnega prenašalca.

==LUX-U PODOBEN QUORUM ZAZNAVNI SISTEM==
Gram negativne bakterije med seboj komunicirajo preko Acil homoserin laktonov (AHL), katerih sinteza, preko družine AHL-sintetaz , poteka na relativno nizkem nivoju. Ko se bakterijska populacija poveča in sintetiziran AHL doseže kritično koncentracijo, se AHL veže in inducira dimerizacijo LuxR-podobnega prejemniškega proteina, ta pa nato proteinu omogoči vezavo na specifične promotorje za iniciacijo izražanja genov. Takšen način komunikacije med bakterijami je bil uporabljen za povezovanje MagicBlock biokock med seboj. Enostavne biokocke, ki imajo le eden Quorum zaznavni sistem so poimenovali »primarne biokocke«. Takšne enostavne kocke se večinoma uporabljajo kot vhodne in izhodne enote, odgovor na fizične ali kemične stimulante, pošiljalci vhodnih signalov do celotnega MagicBlock sistema ali pa proizvajajo visoke nivoje izhodnih reporterskih proteinov.Pojem »napredne biokocke« označuje biokocke, ki vsebujejo več kot eden Quorum zaznavni sistem. Uporaba več zaznavnih sistemov ni enostavna. Preučili so komunikacijo med AHL in njihovimi prejemniškimi proteini. Zaznavni sistem Pseudomonas aeruginosa in Rpa sistem Rhodopseudomonas palustris sta pokazala veliko ortogonalnost pri poskusih, zato sta bili ti bakteriji uporabljeni za konstrukcijo naprednih biokock.

==AVTOMATIZIRANI PROCESI==
Avtomatizirane naprave se pri projektu uporabljajo za prenos kulturnega supernatanta, prav tako pa povezujejo različne biokocke med seboj. Uporabniki bi lahko oblikovali genska vezja s pomočjo software-a z enostavnim uporabniškim vmesnikom, nato pa bi se njihov izdelek avtomatsko prevedel v strojno kodo, ki nadzira robote za prenos tekočin. Tako bi prenesli supernatant med bakterijskimi kulturami in povezali biokocke.

===Hardware===
Platforma je sestavljena iz vmesnika za strežnik (»oblak«), posebne cevi za bakterijsko kulturo in robota, ki prenaša tekočine. Po tem ko uporabnik izvede ukaz, genske vezi proizvedejo bioprodukt skozi strežnik, nato pa so bakterije, ki predstavljajo biokocke v genskem vezju, nacepljene v posebno cev. Cev lahko loči supernatant, ki vsebuje signalne molekule, od bakterijske celične mase. Supernatant se, s pomočjo robota, nato prenese v drugo izbrano cev in s tem poveže dve kocki v vezje. S pomočjo občutljivih genskih vezij je tako ustvarjen produkt, s tem, da oblikovalci izdelajo bioprodukt brez uporabe bioloških laboratorijev. Z ustreznim dizajnom bi lahko takšen prototip ustvarili v enem dnevu in z manj kot 180 dolarji, kar je cenovno zelo ugodno.

Magične biokocke (MagicBlock) predstavljajo bakterijske kulture z željeno zmožnostjo procesiranja informacij. Da bi bakterije povezali z jasnimi logičnimi pravili, morajo med seboj komunicirati v skladu z genskimi vezji. Z že prej omenjenim Quorum zaznavnim sistemom se morajo signalne kemikalije prenašati med bakterijami in s tem omogočiti nadaljnji prenos signala. Vseeno pa se je potrebno izogniti prenosu bakterijskih celic, da se minimizira mešanje različnih populacij bakterij. V ta namen so oblikovati posebno kulturno cev, s katero bi supernatant zlahka odsesali, celice pa bi ostale v originalnih ceveh. Zaradi cene in težav pri prizvodnji, se je ekipa ShanghaiTech-a odločila, da bo robota za prenos tekočin izdelala sama z rekonfiguracijo 3D tiskalnika skupaj z brizgalno črpalko. Vmesnik v tiskalniku omogoča avtomatski ali daljinski nadzor. Programirali so ploščad v 3D tiskalniku, da premika črpalko in s tem sesa ter prenaša tekočino iz posebne cevi.

===Software===
Software predstavlja ključno komponento, ki omogoča javni dostop do sintezne biologije brez izkušenj v laboratoriju. Nemogoče je, da bi veliko maso ljudi naučili konstruirati plazmide ali pa izvesti molekulsko kloniranje v biološkem laboratoriju, zato je ta software prilagojen tistim, ki imajo dobre ideje glede uporabe bioloških komponent in bi se radi izognili delu v laboratoriju. Poleg tega imajo ljudje, brez izkušenj v biologiji, dostop do oblikovanja svojih bioloških vezij. S pomočjo software-a lahko uporabniki zaključijo dejanska genska vezja le z izbiro in povezovanjem različnih standardnih delov. Pričakovano je, da bodo uporabniki z različnim znanstvenim ozadjem prispevali mnogo izjemnih dizajnov in s tem izkoristili potencial genskih vezij za reševanje praktičnih težav.

==POSKUSI IN MODELIRANJE==
V svojem modelu je ekipa poenostavila dejanski biološki proces v osnovni model, ki vključuje samo vhodno molekulo, promotor, transkripcijski gen, mRNA, ciljni protein in izhodno molekulo za dinamično perspektivo ter zmožnost odgovora. V razvojnem modelu so vzeli v obzir različne pogoje, ki vključujejo populacijsko rast, difuzijo signala in razpad signalnih molekul v celicah. Konstruirali so model za biokocke, ki bo uporabnika seznanil z uporabo sistema in vodil poskuse. Prav tako so prilagodili nove meritvene metode, ki merijo fluorescenco bakterij v realnem času in opravljajo nekatere osnovne raziskave o zaviranju rasti zaradi AHL. Cilj takšnega modela je pomoč pri razlagi opazovanih pojavov pri poskusih, prileganje parametrov za biokocke, meritev delovne učinkovitosti biokock in modeliranje bakterijske populacije znotraj MagicBlock-a.

S pomočjo izboljšanih modelov so uspeli odgovoriti na vprašanja o učinkovitosti biokock za vzdrževanje procesivnosti signala. Da bi določili učinkovitost signalne procesivnosti so naredili simulacijo AHL produkcije z eksperimentalnimi podatki in nato naredili predikcijo z ekspresijskim modelom. Model prav tako nudi predloge o času delovanja biokocke, preden so parametri določeni z eksperimenti.

===Testi ortogonalne predikcije===
Poleg podatkov iz literature so za oblikovanje modela uporabili molekularno prileganje za predikcijo afinitete Quorum zaznavne (QS) molekule homoserin lakton (HSL) do različnih QS prejemniških proteinov. Za konstrukcijo naprednih biokock v sistemu so uporabili Las sistem bakterije P. aeruginosa in RpaR sistem bakterije R. palustris, katera sta predvidoma relativno ortogonalna.

===Prikaz komunikacije znotraj biokocke===
Za prikaz komunikacije znotraj biokocke so najprej izmerili produkcijo AHL v generatorskih biokockah z metodama LC-MS in fluorescenčno QS receptorsko razporeditvijo (receptor array). Obe metodi sta potrdili generacijo AHL-jev, kvantitativni rezultati pa kažejo na to, da je produkcija AHL-jev z MagicBlock-om zadostna za stimulacijo naslednje biokocke in za aktivacijo genske ekspresije.

===Kinetični model MagicBlock===
Po ekspresijskih poskusih je ekipa zbrala dovolj podatkov za opis kinetičnh značilnosti biokocke. Modelirali so odziv in regeneracijo AHL-jev in tipičnih intermediatnih biokock ter določili parametre za robotski prenos tekočin.
S programom Matlab so pridobili krivuljo za protein, ki ga je sprožila vhodna signalna molekula.

==ODZIV LJUDI==
Z namenom, da bi svojo platformo vpeljali v praktično uporabo in dobili povratne informacije za nadaljnje izboljšave, je ekipa ShanghaiTech-a organizirala dve delavnici na katerih so predstavili osnovno idejo sintezne biologije in MagicBlock-a za oblikovanje lastnih bio-produktov. Prav tako so anketirali študente različnih smeri, ki so vključevale računalniško biologijo, sintezno biologijo in elektronsko inženirstvo. Mnenja anketirancev so prispevala ideje za nadaljnje izboljšanje hardware-a in software-a ter modeliranja.
Zanimivo je, da so od ljudi dobili različne dizajne z elementi MagicBlocka, kot je alarm za vodno onesnaženje, sintetična glasba in bakterijska barvna paleta, katere so oblikovali ne-biologi. Takšni dizajni bi lahko služili kot navdih za nadaljnje raziskave s katerimi bi, s pomočjo MagicBlock-a, sintezno biologijo približali širši javnosti.

Povzeto po projektu iGEM ekipe Univerze [http://2017.igem.org/Team:Shanghaitech ShanghaiTech]

MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo

2017-12-10T15:04:08Z

Sabina Štukelj: /* ODZIV LJUDI */

==UVOD==
Raziskovalna ekipa Univerze ShanghaiTech se s svojim projektom MagicBlock zavzema za prihodnost sintezne biologije, katero si predstavljajo kot skupek prispevkov s strani znanstvenikov iz različnih področij. Kljub temu pa delo z biokockami predstavlja velik izziv za ne-biologe, saj zahteva razumevanje kompleksnega molekularnega kloniranja in izobraženost o biološki varnosti. Pri svojem projektu se zavzemajo za to, da bi zgradili javno platformo za sintezno biologijo, ki bi bila dostopna širšemu krogu raziskovalcev. Svoj cilj so poskušali doseči s poenostavljenim konceptom »biokocke«, ki bi ga lažje predstavili javnosti. Namesto da bi uporabili genske kocke, so za »kocko« označili skupino funkcionalno opredeljenih bakterij. Zgradili so interaktivno platformo, ki združuje nadzor preko software-a s samodejnim sistemom za delo s tekočinami. S takšno platformo bi lahko večina ljudi, kar vključuje tudi osnovnošolce, preko interneta oblikovala svoje sintezno biološke poskuse, katere bi nato izvedel robot. Takšna platforma se imenuje MagicBlock in je sestavljena iz učinkovitega software vmesnika, bakterij ter robotov. Oblikovalci lahko uporabijo software-ski vmesnik za oblikovanje genskih vezij bioloških produktov. Številne biokocke (bakterije) so gojene v kulturi glede na genska vezja, ki so pridobljena iz strežnika (oblaka). Te bakterije so povezane z roboti, ki prenašajo tekočine s pomočjo supernatantnega prenašalca.

==LUX-U PODOBEN QUORUM ZAZNAVNI SISTEM==
Gram negativne bakterije med seboj komunicirajo preko Acil homoserin laktonov (AHL), katerih sinteza, preko družine AHL-sintetaz , poteka na relativno nizkem nivoju. Ko se bakterijska populacija poveča in sintetiziran AHL doseže kritično koncentracijo, se AHL veže in inducira dimerizacijo LuxR-podobnega prejemniškega proteina, ta pa nato proteinu omogoči vezavo na specifične promotorje za iniciacijo izražanja genov. Takšen način komunikacije med bakterijami je bil uporabljen za povezovanje MagicBlock biokock med seboj. Enostavne biokocke, ki imajo le eden Quorum zaznavni sistem so poimenovali »primarne biokocke«. Takšne enostavne kocke se večinoma uporabljajo kot vhodne in izhodne enote, odgovor na fizične ali kemične stimulante, pošiljalci vhodnih signalov do celotnega MagicBlock sistema ali pa proizvajajo visoke nivoje izhodnih reporterskih proteinov.Pojem »napredne biokocke« označuje biokocke, ki vsebujejo več kot eden Quorum zaznavni sistem. Uporaba več zaznavnih sistemov ni enostavna. Preučili so komunikacijo med AHL in njihovimi prejemniškimi proteini. Zaznavni sistem Pseudomonas aeruginosa in Rpa sistem Rhodopseudomonas palustris sta pokazala veliko ortogonalnost pri poskusih, zato sta bili ti bakteriji uporabljeni za konstrukcijo naprednih biokock.

==AVTOMATIZIRANI PROCESI==
Avtomatizirane naprave se pri projektu uporabljajo za prenos kulturnega supernatanta, prav tako pa povezujejo različne biokocke med seboj. Uporabniki bi lahko oblikovali genska vezja s pomočjo software-a z enostavnim uporabniškim vmesnikom, nato pa bi se njihov izdelek avtomatsko prevedel v strojno kodo, ki nadzira robote za prenos tekočin. Tako bi prenesli supernatant med bakterijskimi kulturami in povezali biokocke.

===Hardware===
Platforma je sestavljena iz vmesnika za strežnik (»oblak«), posebne cevi za bakterijsko kulturo in robota, ki prenaša tekočine. Po tem ko uporabnik izvede ukaz, genske vezi proizvedejo bioprodukt skozi strežnik, nato pa so bakterije, ki predstavljajo biokocke v genskem vezju, nacepljene v posebno cev. Cev lahko loči supernatant, ki vsebuje signalne molekule, od bakterijske celične mase. Supernatant se, s pomočjo robota, nato prenese v drugo izbrano cev in s tem poveže dve kocki v vezje. S pomočjo občutljivih genskih vezij je tako ustvarjen produkt, s tem, da oblikovalci izdelajo bioprodukt brez uporabe bioloških laboratorijev. Z ustreznim dizajnom bi lahko takšen prototip ustvarili v enem dnevu in z manj kot 180 dolarji, kar je cenovno zelo ugodno.

Magične biokocke (MagicBlock) predstavljajo bakterijske kulture z željeno zmožnostjo procesiranja informacij. Da bi bakterije povezali z jasnimi logičnimi pravili, morajo med seboj komunicirati v skladu z genskimi vezji. Z že prej omenjenim Quorum zaznavnim sistemom se morajo signalne kemikalije prenašati med bakterijami in s tem omogočiti nadaljnji prenos signala. Vseeno pa se je potrebno izogniti prenosu bakterijskih celic, da se minimizira mešanje različnih populacij bakterij. V ta namen so oblikovati posebno kulturno cev, s katero bi supernatant zlahka odsesali, celice pa bi ostale v originalnih ceveh. Zaradi cene in težav pri prizvodnji, se je ekipa ShanghaiTech-a odločila, da bo robota za prenos tekočin izdelala sama z rekonfiguracijo 3D tiskalnika skupaj z brizgalno črpalko. Vmesnik v tiskalniku omogoča avtomatski ali daljinski nadzor. Programirali so ploščad v 3D tiskalniku, da premika črpalko in s tem sesa ter prenaša tekočino iz posebne cevi.

===Software===
Software predstavlja ključno komponento, ki omogoča javni dostop do sintezne biologije brez izkušenj v laboratoriju. Nemogoče je, da bi veliko maso ljudi naučili konstruirati plazmide ali pa izvesti molekulsko kloniranje v biološkem laboratoriju, zato je ta software prilagojen tistim, ki imajo dobre ideje glede uporabe bioloških komponent in bi se radi izognili delu v laboratoriju. Poleg tega imajo ljudje, brez izkušenj v biologiji, dostop do oblikovanja svojih bioloških vezij. S pomočjo software-a lahko uporabniki zaključijo dejanska genska vezja le z izbiro in povezovanjem različnih standardnih delov. Pričakovano je, da bodo uporabniki z različnim znanstvenim ozadjem prispevali mnogo izjemnih dizajnov in s tem izkoristili potencial genskih vezij za reševanje praktičnih težav.

==POSKUSI IN MODELIRANJE==
V svojem modelu je ekipa poenostavila dejanski biološki proces v osnovni model, ki vključuje samo vhodno molekulo, promotor, transkripcijski gen, mRNA, ciljni protein in izhodno molekulo za dinamično perspektivo ter zmožnost odgovora. V razvojnem modelu so vzeli v obzir različne pogoje, ki vključujejo populacijsko rast, difuzijo signala in razpad signalnih molekul v celicah. Konstruirali so model za biokocke, ki bo uporabnika seznanil z uporabo sistema in vodil poskuse. Prav tako so prilagodili nove meritvene metode, ki merijo fluorescenco bakterij v realnem času in opravljajo nekatere osnovne raziskave o zaviranju rasti zaradi AHL. Cilj takšnega modela je pomoč pri razlagi opazovanih pojavov pri poskusih, prileganje parametrov za biokocke, meritev delovne učinkovitosti biokock in modeliranje bakterijske populacije znotraj MagicBlock-a.

S pomočjo izboljšanih modelov so uspeli odgovoriti na vprašanja o učinkovitosti biokock za vzdrževanje procesivnosti signala. Da bi določili učinkovitost signalne procesivnosti so naredili simulacijo AHL produkcije z eksperimentalnimi podatki in nato naredili predikcijo z ekspresijskim modelom. Model prav tako nudi predloge o času delovanja biokocke, preden so parametri določeni z eksperimenti.

===Testi ortogonalne predikcije===
Poleg podatkov iz literature so za oblikovanje modela uporabili molekularno prileganje za predikcijo afinitete Quorum zaznavne (QS) molekule homoserin lakton (HSL) do različnih QS prejemniških proteinov. Za konstrukcijo naprednih biokock v sistemu so uporabili Las sistem bakterije P. aeruginosa in RpaR sistem bakterije R. palustris, katera sta predvidoma relativno ortogonalna.

===Prikaz komunikacije znotraj biokocke===
Za prikaz komunikacije znotraj biokocke so najprej izmerili produkcijo AHL v generatorskih biokockah z metodama LC-MS (tekočinska kromatografija – masna spektrometrija) in fluorescenčno QS receptorsko razporeditvijo (receptor array). Obe metodi sta potrdili generacijo AHL-jev, kvantitativni rezultati pa kažejo na to, da je produkcija AHL-jev z MagicBlock-om zadostna za stimulacijo naslednje biokocke in za aktivacijo genske ekspresije.

===Kinetični model MagicBlock===
Po ekspresijskih poskusih je ekipa zbrala dovolj podatkov za opis kinetičnh značilnosti biokocke. Modelirali so odziv in regeneracijo AHL-jev in tipičnih intermediatnih biokock ter določili parametre za robotski prenos tekočin.
S programom Matlab so pridobili krivuljo za protein, ki ga je sprožila vhodna signalna molekula.

==ODZIV LJUDI==
Z namenom, da bi svojo platformo vpeljali v praktično uporabo in dobili povratne informacije za nadaljnje izboljšave, je ekipa ShanghaiTech-a organizirala dve delavnici na katerih so predstavili osnovno idejo sintezne biologije in MagicBlock-a za oblikovanje lastnih bio-produktov. Prav tako so anketirali študente različnih smeri, ki so vključevale računalniško biologijo, sintezno biologijo in elektronsko inženirstvo. Mnenja anketirancev so prispevala ideje za nadaljnje izboljšanje hardware-a in software-a ter modeliranja.
Zanimivo je, da so od ljudi dobili različne dizajne z elementi MagicBlocka, kot je alarm za vodno onesnaženje, sintetična glasba in bakterijska barvna paleta, katere so oblikovali ne-biologi. Takšni dizajni bi lahko služili kot navdih za nadaljnje raziskave s katerimi bi, s pomočjo MagicBlock-a, sintezno biologijo približali širši javnosti.

Povzeto po projektu iGEM ekipe Univerze [http://2017.igem.org/Team:Shanghaitech ShanghaiTech]

MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo

2017-12-10T15:03:19Z

Sabina Štukelj: /* ODZIV LJUDI */

==UVOD==
Raziskovalna ekipa Univerze ShanghaiTech se s svojim projektom MagicBlock zavzema za prihodnost sintezne biologije, katero si predstavljajo kot skupek prispevkov s strani znanstvenikov iz različnih področij. Kljub temu pa delo z biokockami predstavlja velik izziv za ne-biologe, saj zahteva razumevanje kompleksnega molekularnega kloniranja in izobraženost o biološki varnosti. Pri svojem projektu se zavzemajo za to, da bi zgradili javno platformo za sintezno biologijo, ki bi bila dostopna širšemu krogu raziskovalcev. Svoj cilj so poskušali doseči s poenostavljenim konceptom »biokocke«, ki bi ga lažje predstavili javnosti. Namesto da bi uporabili genske kocke, so za »kocko« označili skupino funkcionalno opredeljenih bakterij. Zgradili so interaktivno platformo, ki združuje nadzor preko software-a s samodejnim sistemom za delo s tekočinami. S takšno platformo bi lahko večina ljudi, kar vključuje tudi osnovnošolce, preko interneta oblikovala svoje sintezno biološke poskuse, katere bi nato izvedel robot. Takšna platforma se imenuje MagicBlock in je sestavljena iz učinkovitega software vmesnika, bakterij ter robotov. Oblikovalci lahko uporabijo software-ski vmesnik za oblikovanje genskih vezij bioloških produktov. Številne biokocke (bakterije) so gojene v kulturi glede na genska vezja, ki so pridobljena iz strežnika (oblaka). Te bakterije so povezane z roboti, ki prenašajo tekočine s pomočjo supernatantnega prenašalca.

==LUX-U PODOBEN QUORUM ZAZNAVNI SISTEM==
Gram negativne bakterije med seboj komunicirajo preko Acil homoserin laktonov (AHL), katerih sinteza, preko družine AHL-sintetaz , poteka na relativno nizkem nivoju. Ko se bakterijska populacija poveča in sintetiziran AHL doseže kritično koncentracijo, se AHL veže in inducira dimerizacijo LuxR-podobnega prejemniškega proteina, ta pa nato proteinu omogoči vezavo na specifične promotorje za iniciacijo izražanja genov. Takšen način komunikacije med bakterijami je bil uporabljen za povezovanje MagicBlock biokock med seboj. Enostavne biokocke, ki imajo le eden Quorum zaznavni sistem so poimenovali »primarne biokocke«. Takšne enostavne kocke se večinoma uporabljajo kot vhodne in izhodne enote, odgovor na fizične ali kemične stimulante, pošiljalci vhodnih signalov do celotnega MagicBlock sistema ali pa proizvajajo visoke nivoje izhodnih reporterskih proteinov.Pojem »napredne biokocke« označuje biokocke, ki vsebujejo več kot eden Quorum zaznavni sistem. Uporaba več zaznavnih sistemov ni enostavna. Preučili so komunikacijo med AHL in njihovimi prejemniškimi proteini. Zaznavni sistem Pseudomonas aeruginosa in Rpa sistem Rhodopseudomonas palustris sta pokazala veliko ortogonalnost pri poskusih, zato sta bili ti bakteriji uporabljeni za konstrukcijo naprednih biokock.

==AVTOMATIZIRANI PROCESI==
Avtomatizirane naprave se pri projektu uporabljajo za prenos kulturnega supernatanta, prav tako pa povezujejo različne biokocke med seboj. Uporabniki bi lahko oblikovali genska vezja s pomočjo software-a z enostavnim uporabniškim vmesnikom, nato pa bi se njihov izdelek avtomatsko prevedel v strojno kodo, ki nadzira robote za prenos tekočin. Tako bi prenesli supernatant med bakterijskimi kulturami in povezali biokocke.

===Hardware===
Platforma je sestavljena iz vmesnika za strežnik (»oblak«), posebne cevi za bakterijsko kulturo in robota, ki prenaša tekočine. Po tem ko uporabnik izvede ukaz, genske vezi proizvedejo bioprodukt skozi strežnik, nato pa so bakterije, ki predstavljajo biokocke v genskem vezju, nacepljene v posebno cev. Cev lahko loči supernatant, ki vsebuje signalne molekule, od bakterijske celične mase. Supernatant se, s pomočjo robota, nato prenese v drugo izbrano cev in s tem poveže dve kocki v vezje. S pomočjo občutljivih genskih vezij je tako ustvarjen produkt, s tem, da oblikovalci izdelajo bioprodukt brez uporabe bioloških laboratorijev. Z ustreznim dizajnom bi lahko takšen prototip ustvarili v enem dnevu in z manj kot 180 dolarji, kar je cenovno zelo ugodno.

Magične biokocke (MagicBlock) predstavljajo bakterijske kulture z željeno zmožnostjo procesiranja informacij. Da bi bakterije povezali z jasnimi logičnimi pravili, morajo med seboj komunicirati v skladu z genskimi vezji. Z že prej omenjenim Quorum zaznavnim sistemom se morajo signalne kemikalije prenašati med bakterijami in s tem omogočiti nadaljnji prenos signala. Vseeno pa se je potrebno izogniti prenosu bakterijskih celic, da se minimizira mešanje različnih populacij bakterij. V ta namen so oblikovati posebno kulturno cev, s katero bi supernatant zlahka odsesali, celice pa bi ostale v originalnih ceveh. Zaradi cene in težav pri prizvodnji, se je ekipa ShanghaiTech-a odločila, da bo robota za prenos tekočin izdelala sama z rekonfiguracijo 3D tiskalnika skupaj z brizgalno črpalko. Vmesnik v tiskalniku omogoča avtomatski ali daljinski nadzor. Programirali so ploščad v 3D tiskalniku, da premika črpalko in s tem sesa ter prenaša tekočino iz posebne cevi.

===Software===
Software predstavlja ključno komponento, ki omogoča javni dostop do sintezne biologije brez izkušenj v laboratoriju. Nemogoče je, da bi veliko maso ljudi naučili konstruirati plazmide ali pa izvesti molekulsko kloniranje v biološkem laboratoriju, zato je ta software prilagojen tistim, ki imajo dobre ideje glede uporabe bioloških komponent in bi se radi izognili delu v laboratoriju. Poleg tega imajo ljudje, brez izkušenj v biologiji, dostop do oblikovanja svojih bioloških vezij. S pomočjo software-a lahko uporabniki zaključijo dejanska genska vezja le z izbiro in povezovanjem različnih standardnih delov. Pričakovano je, da bodo uporabniki z različnim znanstvenim ozadjem prispevali mnogo izjemnih dizajnov in s tem izkoristili potencial genskih vezij za reševanje praktičnih težav.

==POSKUSI IN MODELIRANJE==
V svojem modelu je ekipa poenostavila dejanski biološki proces v osnovni model, ki vključuje samo vhodno molekulo, promotor, transkripcijski gen, mRNA, ciljni protein in izhodno molekulo za dinamično perspektivo ter zmožnost odgovora. V razvojnem modelu so vzeli v obzir različne pogoje, ki vključujejo populacijsko rast, difuzijo signala in razpad signalnih molekul v celicah. Konstruirali so model za biokocke, ki bo uporabnika seznanil z uporabo sistema in vodil poskuse. Prav tako so prilagodili nove meritvene metode, ki merijo fluorescenco bakterij v realnem času in opravljajo nekatere osnovne raziskave o zaviranju rasti zaradi AHL. Cilj takšnega modela je pomoč pri razlagi opazovanih pojavov pri poskusih, prileganje parametrov za biokocke, meritev delovne učinkovitosti biokock in modeliranje bakterijske populacije znotraj MagicBlock-a.

S pomočjo izboljšanih modelov so uspeli odgovoriti na vprašanja o učinkovitosti biokock za vzdrževanje procesivnosti signala. Da bi določili učinkovitost signalne procesivnosti so naredili simulacijo AHL produkcije z eksperimentalnimi podatki in nato naredili predikcijo z ekspresijskim modelom. Model prav tako nudi predloge o času delovanja biokocke, preden so parametri določeni z eksperimenti.

===Testi ortogonalne predikcije===
Poleg podatkov iz literature so za oblikovanje modela uporabili molekularno prileganje za predikcijo afinitete Quorum zaznavne (QS) molekule homoserin lakton (HSL) do različnih QS prejemniških proteinov. Za konstrukcijo naprednih biokock v sistemu so uporabili Las sistem bakterije P. aeruginosa in RpaR sistem bakterije R. palustris, katera sta predvidoma relativno ortogonalna.

===Prikaz komunikacije znotraj biokocke===
Za prikaz komunikacije znotraj biokocke so najprej izmerili produkcijo AHL v generatorskih biokockah z metodama LC-MS (tekočinska kromatografija – masna spektrometrija) in fluorescenčno QS receptorsko razporeditvijo (receptor array). Obe metodi sta potrdili generacijo AHL-jev, kvantitativni rezultati pa kažejo na to, da je produkcija AHL-jev z MagicBlock-om zadostna za stimulacijo naslednje biokocke in za aktivacijo genske ekspresije.

===Kinetični model MagicBlock===
Po ekspresijskih poskusih je ekipa zbrala dovolj podatkov za opis kinetičnh značilnosti biokocke. Modelirali so odziv in regeneracijo AHL-jev in tipičnih intermediatnih biokock ter določili parametre za robotski prenos tekočin.
S programom Matlab so pridobili krivuljo za protein, ki ga je sprožila vhodna signalna molekula.

==ODZIV LJUDI==
Z namenom, da bi svojo platformo vpeljali v praktično uporabo in dobili povratne informacije za nadaljnje izboljšave, je ekipa ShanghaiTech-a organizirala dve delavnici na katerih so predstavili osnovno idejo sintezne biologije in MagicBlock-a za oblikovanje lastnih bio-produktov. Prav tako so anketirali študente različnih smeri, ki so vključevale računalniško biologijo, sintezno biologijo in elektronsko inženirstvo. Mnenja anketirancev so prispevala ideje za nadaljnje izboljšanje hardware-a in software-a ter modeliranja.
Zanimivo je, da so od ljudi dobili različne dizajne z elementi MagicBlocka, kot je alarm za vodno onesnaženje, sintetična glasba in bakterijska barvna paleta, katere so oblikovali ne-biologi. Takšni dizajni bi lahko služili kot navdih za nadaljnje raziskave s katerimi bi, s pomočjo MagicBlocka, sintezno biologijo približali širši javnosti.

Povzeto po projektu iGEM ekipe Univerze [http://2017.igem.org/Team:Shanghaitech ShanghaiTech]

MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo

2017-12-10T14:56:21Z

Sabina Štukelj: /* UVOD */

==UVOD==
Raziskovalna ekipa Univerze ShanghaiTech se s svojim projektom MagicBlock zavzema za prihodnost sintezne biologije, katero si predstavljajo kot skupek prispevkov s strani znanstvenikov iz različnih področij. Kljub temu pa delo z biokockami predstavlja velik izziv za ne-biologe, saj zahteva razumevanje kompleksnega molekularnega kloniranja in izobraženost o biološki varnosti. Pri svojem projektu se zavzemajo za to, da bi zgradili javno platformo za sintezno biologijo, ki bi bila dostopna širšemu krogu raziskovalcev. Svoj cilj so poskušali doseči s poenostavljenim konceptom »biokocke«, ki bi ga lažje predstavili javnosti. Namesto da bi uporabili genske kocke, so za »kocko« označili skupino funkcionalno opredeljenih bakterij. Zgradili so interaktivno platformo, ki združuje nadzor preko software-a s samodejnim sistemom za delo s tekočinami. S takšno platformo bi lahko večina ljudi, kar vključuje tudi osnovnošolce, preko interneta oblikovala svoje sintezno biološke poskuse, katere bi nato izvedel robot. Takšna platforma se imenuje MagicBlock in je sestavljena iz učinkovitega software vmesnika, bakterij ter robotov. Oblikovalci lahko uporabijo software-ski vmesnik za oblikovanje genskih vezij bioloških produktov. Številne biokocke (bakterije) so gojene v kulturi glede na genska vezja, ki so pridobljena iz strežnika (oblaka). Te bakterije so povezane z roboti, ki prenašajo tekočine s pomočjo supernatantnega prenašalca.

==LUX-U PODOBEN QUORUM ZAZNAVNI SISTEM==
Gram negativne bakterije med seboj komunicirajo preko Acil homoserin laktonov (AHL), katerih sinteza, preko družine AHL-sintetaz , poteka na relativno nizkem nivoju. Ko se bakterijska populacija poveča in sintetiziran AHL doseže kritično koncentracijo, se AHL veže in inducira dimerizacijo LuxR-podobnega prejemniškega proteina, ta pa nato proteinu omogoči vezavo na specifične promotorje za iniciacijo izražanja genov. Takšen način komunikacije med bakterijami je bil uporabljen za povezovanje MagicBlock biokock med seboj. Enostavne biokocke, ki imajo le eden Quorum zaznavni sistem so poimenovali »primarne biokocke«. Takšne enostavne kocke se večinoma uporabljajo kot vhodne in izhodne enote, odgovor na fizične ali kemične stimulante, pošiljalci vhodnih signalov do celotnega MagicBlock sistema ali pa proizvajajo visoke nivoje izhodnih reporterskih proteinov.Pojem »napredne biokocke« označuje biokocke, ki vsebujejo več kot eden Quorum zaznavni sistem. Uporaba več zaznavnih sistemov ni enostavna. Preučili so komunikacijo med AHL in njihovimi prejemniškimi proteini. Zaznavni sistem Pseudomonas aeruginosa in Rpa sistem Rhodopseudomonas palustris sta pokazala veliko ortogonalnost pri poskusih, zato sta bili ti bakteriji uporabljeni za konstrukcijo naprednih biokock.

==AVTOMATIZIRANI PROCESI==
Avtomatizirane naprave se pri projektu uporabljajo za prenos kulturnega supernatanta, prav tako pa povezujejo različne biokocke med seboj. Uporabniki bi lahko oblikovali genska vezja s pomočjo software-a z enostavnim uporabniškim vmesnikom, nato pa bi se njihov izdelek avtomatsko prevedel v strojno kodo, ki nadzira robote za prenos tekočin. Tako bi prenesli supernatant med bakterijskimi kulturami in povezali biokocke.

===Hardware===
Platforma je sestavljena iz vmesnika za strežnik (»oblak«), posebne cevi za bakterijsko kulturo in robota, ki prenaša tekočine. Po tem ko uporabnik izvede ukaz, genske vezi proizvedejo bioprodukt skozi strežnik, nato pa so bakterije, ki predstavljajo biokocke v genskem vezju, nacepljene v posebno cev. Cev lahko loči supernatant, ki vsebuje signalne molekule, od bakterijske celične mase. Supernatant se, s pomočjo robota, nato prenese v drugo izbrano cev in s tem poveže dve kocki v vezje. S pomočjo občutljivih genskih vezij je tako ustvarjen produkt, s tem, da oblikovalci izdelajo bioprodukt brez uporabe bioloških laboratorijev. Z ustreznim dizajnom bi lahko takšen prototip ustvarili v enem dnevu in z manj kot 180 dolarji, kar je cenovno zelo ugodno.

Magične biokocke (MagicBlock) predstavljajo bakterijske kulture z željeno zmožnostjo procesiranja informacij. Da bi bakterije povezali z jasnimi logičnimi pravili, morajo med seboj komunicirati v skladu z genskimi vezji. Z že prej omenjenim Quorum zaznavnim sistemom se morajo signalne kemikalije prenašati med bakterijami in s tem omogočiti nadaljnji prenos signala. Vseeno pa se je potrebno izogniti prenosu bakterijskih celic, da se minimizira mešanje različnih populacij bakterij. V ta namen so oblikovati posebno kulturno cev, s katero bi supernatant zlahka odsesali, celice pa bi ostale v originalnih ceveh. Zaradi cene in težav pri prizvodnji, se je ekipa ShanghaiTech-a odločila, da bo robota za prenos tekočin izdelala sama z rekonfiguracijo 3D tiskalnika skupaj z brizgalno črpalko. Vmesnik v tiskalniku omogoča avtomatski ali daljinski nadzor. Programirali so ploščad v 3D tiskalniku, da premika črpalko in s tem sesa ter prenaša tekočino iz posebne cevi.

===Software===
Software predstavlja ključno komponento, ki omogoča javni dostop do sintezne biologije brez izkušenj v laboratoriju. Nemogoče je, da bi veliko maso ljudi naučili konstruirati plazmide ali pa izvesti molekulsko kloniranje v biološkem laboratoriju, zato je ta software prilagojen tistim, ki imajo dobre ideje glede uporabe bioloških komponent in bi se radi izognili delu v laboratoriju. Poleg tega imajo ljudje, brez izkušenj v biologiji, dostop do oblikovanja svojih bioloških vezij. S pomočjo software-a lahko uporabniki zaključijo dejanska genska vezja le z izbiro in povezovanjem različnih standardnih delov. Pričakovano je, da bodo uporabniki z različnim znanstvenim ozadjem prispevali mnogo izjemnih dizajnov in s tem izkoristili potencial genskih vezij za reševanje praktičnih težav.

==POSKUSI IN MODELIRANJE==
V svojem modelu je ekipa poenostavila dejanski biološki proces v osnovni model, ki vključuje samo vhodno molekulo, promotor, transkripcijski gen, mRNA, ciljni protein in izhodno molekulo za dinamično perspektivo ter zmožnost odgovora. V razvojnem modelu so vzeli v obzir različne pogoje, ki vključujejo populacijsko rast, difuzijo signala in razpad signalnih molekul v celicah. Konstruirali so model za biokocke, ki bo uporabnika seznanil z uporabo sistema in vodil poskuse. Prav tako so prilagodili nove meritvene metode, ki merijo fluorescenco bakterij v realnem času in opravljajo nekatere osnovne raziskave o zaviranju rasti zaradi AHL. Cilj takšnega modela je pomoč pri razlagi opazovanih pojavov pri poskusih, prileganje parametrov za biokocke, meritev delovne učinkovitosti biokock in modeliranje bakterijske populacije znotraj MagicBlock-a.

S pomočjo izboljšanih modelov so uspeli odgovoriti na vprašanja o učinkovitosti biokock za vzdrževanje procesivnosti signala. Da bi določili učinkovitost signalne procesivnosti so naredili simulacijo AHL produkcije z eksperimentalnimi podatki in nato naredili predikcijo z ekspresijskim modelom. Model prav tako nudi predloge o času delovanja biokocke, preden so parametri določeni z eksperimenti.

===Testi ortogonalne predikcije===
Poleg podatkov iz literature so za oblikovanje modela uporabili molekularno prileganje za predikcijo afinitete Quorum zaznavne (QS) molekule homoserin lakton (HSL) do različnih QS prejemniških proteinov. Za konstrukcijo naprednih biokock v sistemu so uporabili Las sistem bakterije P. aeruginosa in RpaR sistem bakterije R. palustris, katera sta predvidoma relativno ortogonalna.

===Prikaz komunikacije znotraj biokocke===
Za prikaz komunikacije znotraj biokocke so najprej izmerili produkcijo AHL v generatorskih biokockah z metodama LC-MS (tekočinska kromatografija – masna spektrometrija) in fluorescenčno QS receptorsko razporeditvijo (receptor array). Obe metodi sta potrdili generacijo AHL-jev, kvantitativni rezultati pa kažejo na to, da je produkcija AHL-jev z MagicBlock-om zadostna za stimulacijo naslednje biokocke in za aktivacijo genske ekspresije.

===Kinetični model MagicBlock===
Po ekspresijskih poskusih je ekipa zbrala dovolj podatkov za opis kinetičnh značilnosti biokocke. Modelirali so odziv in regeneracijo AHL-jev in tipičnih intermediatnih biokock ter določili parametre za robotski prenos tekočin.
S programom Matlab so pridobili krivuljo za protein, ki ga je sprožila vhodna signalna molekula.

==ODZIV LJUDI==
Z namenom, da bi svojo platformo vpeljali v praktično uporabo in dobili povratne informacije za nadaljnje izboljšave, je ekipa ShanghaiTech-a organizirala dve delavnici na katerih so predstavili osnovno idejo sintezne biologije in MagicBlock-a za oblikovanje lastnih bio-produktov. Prav tako so anketirali študente različnih smeri, ki so vključevale računalniško biologijo, sintezno biologijo in elektronsko inženirstvo. Mnenja anketirancev so prispevala ideje za nadaljnje izboljšanje hardware-a in software-a ter modeliranja.
Zanimivo je, da so od ljudi dobili različne dizajne z elementi MagicBlocka, kot je alarm za vodno onesnaženje, sintetična glasba in bakterijska barvna paleta, katere so oblikovali ne-biologi. Takšni dizajni bi lahko služili kot navdih za nadaljnje raziskave s katerimi bi, s pomočjo MagicBlocka, sintezno biologijo približali širši javnosti.

MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo

2017-12-10T14:41:05Z

Sabina Štukelj: New page: ==UVOD== Raziskovalna ekipa Univerze ShanghaiTech se s svojim projektom MagicBlock zavzema za prihodnost sintezne biologije, katero si predstavljajo kot skupek prispevkov s strani znanstve...

Seminarji SB 2017/18

2017-12-10T14:36:44Z

Sabina Štukelj:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]
#
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] 
2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] 

5.12. 
1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] 
4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] 

12.12. 
1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] 
2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] 
3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock:interaktivna platforma za sintezno biologijo] 
4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] 

19.12. 
1 Ana Krišelj 
2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] 
3 Dominik Dekleva 
4 Neža Gaube 

9.1. 
1 Nastja Marondini 
2 Elizabeta Jevnikar 
3 Nina Roštan 
4 Barbara Lipovšek 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar 
2 Marija Kisilak 
3 Nataša Traven 
4 Tina Šimunović 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert 

23.1. 
1 Ana Cirnski 
2 
3 
4

TBK2013 Povzetki seminarjev

2013-03-24T13:00:31Z

Sabina Štukelj: /* Sabina Štukelj: Vezava in pomen antifreeze proteinov */

== Sabina Štukelj: Struktura in pomen antifreeze proteinov ==
Antifreeze proteini so prisotni v telesnih tekočinah mnogih organizmov, ki živijo v hladnih razmerah in jih ščitijo pred zamrznitvijo. Glavna značilnost teh proteinov je vezava ledenih kristalov in s tem omejevanje rasti kristalov. V naravi obstaja velika diverziteta AFP (antifreeze) molekul, k njej pa prispeva led s svojimi številnimi različnimi površinami z drugačno geometrijsko razporeditvijo kisikovih atomov. Da se AFP molekule učinkovito vežejo na gornji sloj ledu so predvsem zaslužne vodikove vezi, ki nastanejo med kisikovimi atomi in stranskimi skupinami z vodikom. Poznamo več tipov AFP-jev, raziskovani pa so bili predvsem pri ribah, zato tu ločimo 5 znanih tipov: AFGP-ji, AFP I, AFP II, AFP III in AFP IV. Klasificirani so kot hiperaktivni ali zmerno aktivni, odvisno od aktivnosti njihove zamrzovalne histereze (FH). Znanstvena raziskava, ki je opisana v seminarju podaja neposredne dokaze, da je vezava hiperaktivne TmAFP molekule na ledene kristale nepovratna in da je FH aktivnost neodvisna od koncentracije AFP molekul v raztopini, kar pa so najnovejša odkritja na področju antifreeze proteinov in nasprotujejo dotedanjim teorijam. Rezultati raziskav njihovih lastnosti in zgradbe niso pomembni le za razumevanje interakcij z ledom in za tvorbo veznih domen na drugih proteinih, temveč tudi v praksi, saj se uporabljajo na področjih medicine, biotehnologije in prehrambene industrije kot sredstvo proti zamrzovanju.

== Jakob Rupert: Vplivi na citotoksičnost Aβ oligomerov v povezavi z nepatogenimi prioni PrPc in vpliv na pojav Alzheimerjeve bolezni ==
Alzheimerjeva bolezen (AD) je progresivna nevrodegenerativna bolezen osrednjega živčevja, ki prizadane predvsem možgane. Simptomi so izguba spomina, motnje zavesti, oteženo gibanje in drugo. Je neozdravljiva in se vedno konča s smrtjo. V zadnjem času veliko raziskujejo povezavo med AD in nepatogenimi prioni PrPC in ugotovitve kažejo, da se amiloidni-β oligomeri radi vežejo na PrPC, z njim tvorijo komplekse, ki se nato endocitirajo v nevron in povzročijo propad celice in tvorbo značilnih amiloidnih plak v možganih, predvsem v predelih hipokampusa in pa cerebralnega korteksa. Vendar na vezavo AβO na PrPc vpliva še nekatere druge molecule, v zadnjem času pa so odkrili tudi dve molekuli. To sta ekstrakta iz rdečega vina (resveratrol) in predvsem EGCG iz zelenega čaja. Oba zmanjšata vpliv amiloidnih plak s tem da strukturno spremenita AβO, ki se mu s tem skoraj izniči toksičnost. To prinaša novo upanje za domnevnih več kot 37 milijonov bolnikov z AD po svetu. Bolezen sicer prizadane večinoma starejše od 65 let, takih pa je v starajoči družbi vedno več, zato so raziskave možnih vzrokov in zdravil za AD ene najbolj aktualnih tudi iz ekonomskega vidika.

== Helena Jakše: Resveratrol-preventiva proti raku ==
Že vrsto let preiskujejo zdravilne učinke rdečega vina in s tem povezane pomembne spojine-resveratrola. Ta se v naravi nahaja v groznih peškah in koži grozdnih jagod, v nekaterih robidnicah in še v mnogih drugih rastlinskih virih. Resveratrol vpliva na vse stopnje karcinogeneze (nastanek rakastih celic) od začetka do napredovanja raka z vplivom na signalne poti, ki kontrolirajo razvoj in rast celic, programirano celično smrt (apoptozo), metastazo in angiogenezo (nastanek novih žil v tumorjih). Mnoge študije so pokazale, da resveratrol zavira širjenje človeškega tumorja in vitro. Ta spoznanja so vodile v nove raziskave, ki so ocenile resveratrolov potencial za zdravljenje raka. In vitro raziskave so pokazale, da resveratrol vzpostavlja interakcije z večimi tarčnimi molekulami in s poškodovanimi celicami kože, dojk, prostate, trebušne slinavke, želodca, debelega črevesa in požiralnika.

Z reguliranjem več signalnih poti (NF-kB, Akt, CD95, Wnt) resveratrol aktivira signale za programirano celično smrt predrakavih in rakastih celic, brez da bi pri tem negativno vplival na zdrave celice.

Učinkovitost resveratrola v živalskih rakavih modelih je omejena zaradi njegove biološke razpoložljivosti po vstopu v organizem. Največji vpliv proti raku je bil zabeležen za tiste tumorje, s katerimi je bil resveratrol v direktnem stiku, na primer koža in prebavni trakt.

==Lenka Tomešová:Key to Controlling Toxicity of Huntington's Disease Protein May Be Cell Contents ==
Huntington‘s disease (HD) belongs to the group of neurogenerative diseases and unfortunately there are no effective therapies for these serious illnesess. HD is caused by an expansion of a CAG (cytosin-adanin-guanin - CAG is the code for an amino acid-glutamine) repeat coding for a polyglutamine in the huntingtin protein, resulting in aggragation of respective proteins. It is caused by mutation of only one gen. It is one of the reason why is HD one of the most tested diseases.
New researches suggest that the toxicity of Huntingtin protein on cell is not caused just by the lenght of the proteins expansions, but there could play an important role also other proteins which are in the cells.
In this experiment were used yest cells. Human huntingtin protein was placed into yest cells and researchers found toxicity differences due to presence of other protein aggregates which are called prions. Data showed that mechanism of polyglutamine toxicity depends on the prion composition of the cell. Polyglutamine is not the toxic reagent itself, but rather enhances the effects of the prion aggregates by sequestering them and making them more rigid. Data showed for the first time that aggresome (an internal compartment of expanded huntingting clumps) is not always protective. Now scientists have a new approach that through characterization of pre-existing proteins in the cell they can identify potencional therapeutic targets.

== Domen Klofutar: MICU1 kot esencialen regulator koncentracije Ca2+ v mitohondrijih ==
V celičnem organelu mitohondriju se odvija oksidativna fosforilacija oziroma tvorba molekul ATP, ki jih telo porablja kot energijo. Za stimuliranje omenjenega procesa je potrebna zadostna koncentracija kalcijevih dvovalentnih kationov. Molekula MICU1 je periferni membranski protein, ki v povezavi z uniporterjem, katerega del je tudi protein MCU, sestavlja enega izmed proteinskih kompleksov na notranji membrani mitohondrija. Protein MICU1 v času mirovanja pri majhnih koncentracijah kalcijevih kationov v citosolu zavira prehod kalcija skozi uniporter. Prevelika koncentracija kalcija v matriksu mitohondrija bi povzročila nastajanje reaktivnih kisikovih zvrsti, ki bi zavrle proces oksidativne fosforilacije in sprožile začetek apoptoze – vrste programirane celične smrti. Prevelika koncentracija kalcija v matriksu pa lahko povzroči tudi depolarizacijo notranje membrane mitohondrija, ki škodi delovanju tega organela. MICU1 pri visoki koncentraciji kalcija v citosolu na pretok kationov skozi uniporter nima vpliva. Prav tako ne vpliva na kinetiko procesov v mitohondriju. Vsebuje dve EF domeni, ki sta sestavljeni vsaka iz dveh regularnih struktur α-heliks, ki sta pravokotni ena na drugo. Domeni sta obrnjeni proti matriksu in specifično vežeta kalcij. S tem protein uravnava koncentracijo kalcija v mitohondriju. Vsakršna mutacija na kateri koli izmed domen poruši proces delovanja proteina, saj ena domena zaznava višje koncentracije kalcija, druga pa nižje.
== Urška Kašnik: ''Propionibacterium acnes'' - bakterija, ki povzroča akne ==

Bakterija P. acnes je je del kožne flore, torej je prisotna na koži skoraj vseh zdravih odraslih ljudi. Živi na maščobnih kislinah v loju, ki ga sintetizirajo žleze lojnice v lasnih mešičkih. Povezana je z nastankom aken.

Akne so pogosta bolezen kože oz. žlez lojnic, katerih funkcija je izločanje loja (poltekoča mešanica maščobnih kislin, trigliceridov, voskov in holesterola), kar preprečuje prekomerno izsuševanje in pokanje kože. Najpogosteje se pojavlja v času pubertete.

Aken je več vrst. Med blažjimi oblikami sta zaprt komedo (beli ogrc), ki zgleda kot mala bela bunkica, in odprt komedo (črn ogrc), ki mu daje barvo pigment melanin. Med vnetne oblike spadajo papule, pustule, nodule in ciste.

Raziskava UCLA je odkrila, da vse P. acnes bakterije ne povzročajo mozoljev – nekateri sevi lahko dejansko pomagajo ohraniti zdravo kožo. Ugotovitve, dognane s to raziskavo, bi lahko vodile do razvoja novih terapij za preprečevanje in zdravljenje težav s kožo. Upajo, da bodo njihove ugotovitve pomagale razviti nove strategije, ki bodo preprečile napake na koži, že predenj bodo te nastale.

== Maruša Prolič-Kalinšek: Živčni strupi in butirilholinesteraza ==
Živčni strupi so organofosforjeve spojine, ki inhibirajo acetilholinesterazo, kar povzroči nalaganje nevrotransmitorja acetilholina v živčno sinapso in nevromišični stik. Povzročijo odpoved živčnega in respiratornega sistema. Ena izmed snovi, ki lahko nudi zaščito pred živčnimi strupi je butirilholinesteraza (BChE). To je globularen protein, ki se sintetizira v jetrih. BChE veže večino antiholinesteraz, zato ga lahko uporabimo za odstranjevanje organofosforjevih živčnih strupov. V zadnjih 10 letih je bilo razvitih več metod pridobivanja tega encima npr. iz mleka transgenih živali pridobljen BChE, z uporabo adenovirusa. V nedavni raziskavi so s kemično polisialilacijo modificirali rekombinanten BChE. Da bi izbrali najugodnejši ekspresijski vektor so zato uporabili tri. Kot najbolj učinkovit se je izkazal pBudCE/EF/BCHE. Transfekcija tega v CHO-K1 celice, je povzročila produkcijo do 3 mg/L BChE. Po optimizaciji ekspresijskih pogojev so dosegli proizvodnjo 35 mg/L rBChE. Ker je analiza pokazala da je bil encim večinoma v monomerni obliki, so dodali tetramerizacijski peptid. Nato so izvedli modifikacija z oksidirano polisialična kislino. S tem so pridobili encim, ki je imel dolg razpolovni čas, je obdržal večino svoje aktivnosti, je bil bolj stabilen in je miši obvaroval pred učinki žuvčnega strupa VR.

== Mojca Juteršek: Sekrecijski sistem tipa III pri Pseudomonas aeruginosa in vpliv metabolizma na njegovo izražanje ==
Pseudomonas aeruginosa je oportunistična Gram-negativna bakterija, ki veliko težav povzroča predvsem bolnikom s cistično fibrozo. Svojo virulentnost izraža preko sekrecijskega sistema tipa III, ki ji omogoča direkten prenos eksotoksinov v gostiteljsko celico. Ta mehanizem je dobro reguliran preko regulatornih molekul, že nekaj časa pa je znano, da na izražanje sekrecijskega sistema tipa III vplivata tudi metabolizem in omejena količina kisika v okolju. V nedavni raziskavi so ti dve dejstvi povezali in raziskali vpliv metabolizma na izražanje sekrecijskega sistema tipa III pri bakterijah, gojenih v okolju z omejeno količino kisika, kar je še posebno pomembno za bolnike s cistično fibrozo, saj so v njihovih pljučih ravno takšne razmere. Znanstvenikom je uspelo dokazati, da ima pomembno vlogo pri regulaciji izražanja sekrecijskega sistema tipa III v razmerah z omejeno količino kisika encim izocitrat-liaza, ki je pomben encim v metabolnih poteh teh bakterij. Hkrati so odkrili, da ima omenjen mehanizme vpliv tudi na količino biofilma, ki ga bakterije tvorijo, ta pa je pomemben obrambni sistem bakterij pred delovanjem antibiotikov. To odkritje tako obljublja nove možnosti v preprečevanju okužb s P. aeruginosa.

== Tjaša Bensa: Sulforafan kot potencialni kandidat za zdravljenje levkemije ==
Sulforafan spada med izotiocianate in ga najdemo v križnicah zelenjave, kot so brokoli, cvetača, ohrovt ... Znastveniki so odkrili, da sulforafan varuje pred rakom na požiralniku, želodcu, debelem črevesu, na prostati, dojkah, jajčnikih, pred rakom na materničnem vratu in tudi proti levkemiji.
Levkemija je krvni rak, za katerega je značilno nenadzorovano razraščanje rakavih belih krvničk v kostnem mozgu. Poznamo več vrst levkemije, pri otrocih pa se najpogosteje pojavlja akutna limfoblastna levkemija (ALL). Pri ALL so lahko celice pre-B ALL ali pa T-ALL. Zaenkrat še ne poznamo terapije, ki bi popolnoma ozdravila bolnike, saj imamo slabo razumevanje o diagnozi bolezni ALL.

Znastveniki na Baylor College of Medicine so naredili vrsto poskusov, da so dokazali pozitiven učinek sulforafana na levkemične celice. Sulforafan je sprožil apoptozo v celicah pre-B ALL (Nalm-6, REH, RS-4) in T-ALL celicah (Jurkat, RPMI, DND41, KOPTK1), v zdravih celicah pa ne. Ko so zdravim celicam dodali sulforafan, so bile te bolj odporne na njegovo citotoksičnost, kot pa levkemične celice.

Poskuse so naredili tudi na miših. Z bioluminiscenčnim slikanjem so dokazali, da je po treh tednih sulforafan zmanjšal število levkemičnih celic. Tudi pri miših s tumorjem je sulforafan po sedmih dnevih zdravljenja zmanjšal obseg tumorja.

Akutna limfoblastna levkemija predstavlja najpogostejšo vrsto levkemije pri otrocih, saj zanjo zboli kar 80 % otrok z levkemijo. Če bi sulforafan postal nova terapija za zdravljenje levkemije, bi to tako pomenil velik preobrat v zdravstvu in medicini.

== Petra Tavčar: Zdravljenje Huntingtonove bolezni s proteini s cinkovimi prsti ==
Huntingtonova bolezen je monogenska dedna bolezen, ki se razvije zaradi prekomernega ponavljanja zaporedja nukleotidov CAG na genu, ki nosi zapis za protein huntingtin. Pri obolelih se zaporedje ponovi od 36 do 121-krat (normalno: 10 do 29-krat). Protein huntingtin je odgovoren za zdrav embrionalni razvoj ter razvijanje in ohranjanje nevronov pri odraslih ljudeh. Pri bolnikih nastaja protein z daljšo verigo poliglutamina, ki se z ostalimi mutiranimi huntingtin proteini združuje v proteinske agregate. Le-ti tvorijo inkluzijska telesca, ki se nalagajo na aksonih, dendritih in v jedrih nekaterih možganskih živčnih celic ter motijo normalno delovanje celic. To privede do sprememb v obnašanju, demence in horee (sunkovitih nehotenih gibov).

Trenutno še ne poznamo načina, s katerim bi zdravili ali preprečevali to bolezen. V razvoju pa je zdravljenje s proteini s cinkovimi prsti. To so regulatorni proteini, ki vsebujejo motiv cinkovega prsta. Prepoznavajo in se vežejo na določene odseke DNA in s tem regulirajo izražanje gena, na katerega se vežejo. Ker je oblikovanje proteinov s cinkovimi prsti enostavno, lahko izdelamo različne proteine, ki se vežejo na različne odseke DNA. Prav tako lahko nanje pripnemo poljubne regulacijske molekule ali vezavne elemente, kar omogoča specifično vezavo na želeni mutiran gen in preprečuje represijo nemutiranih genov.

Oblikovali so protein z enajstimi cinkovimi prsti, ki prepozna in se veže na poli 5´- GC(A/T) -3´. Sposoben je prepoznati poli-CAG ter poli-GCA, poli-GCT DNA del. Z raziskavo so dokazali, da represorji s cinkovimi prsti lahko povzročijo redukcijo na nivoju RNA in na nivoju proteinov v možganih miši, kar vodi do izboljšanja v fenotipu obolelih miši. Kombiniranje represorjev s cinkovimi prsti in promotorjev CAG in WPRE lahko omogoči selektivno represijo mutiranega gena, zmanjšano količino škodljivih proteinskih agregatov in blažitev simptomov Huntingtonove bolezni.

== Rok Ferenc: Nov način zdravljenja Androgenic alopecia ==
Androgenic alopecia oz. bolj splošno "plešavost" je bolezen, sicer značilna za moške, vendar prizadene tudi ženske in najstnike. Čeprav je izjemno razširjenja in bi uspešno zdravilo nedvomno ponovilo globalni uspeh in razvpitost modre tabletke, saj ima plešavost velike psihološke učinke na prizadetega, so do sedaj znana zdravila bodisi neučinkovita, bodisi zaradi stranskih učinkov nezaželena. Nedavno odkritje kapljic za oči, ki pospešijo rast trepalnic, je znanstvenike pripeljalo do novih raziskav, ki predvsem temeljijo na novo odkriti snovi - bimatoprost, ki bi hipotetično prek receptorjev lokalno lahko vplival na lasne folikle in pospešeno rast las. Slednje jim je uspelo potrditi. Najprej so izločili zunanji vpliv na rast dlak z gojenjem foliklov v kulturi, s poskusi na miših so teorijo prenesli na žive organizme, z opazovanjem delovanja antagonista za bimatoprost pa so dokončno potrdili obstoj receptorjev. Receptorje so z gelsko elektroforezo dokazali tudi v človeku ter jih s posebnimi tehnikami locirali v dermalni pupili, ki naprej stimulacijsko vpliva na celice, ki proizvajajo pigment in keratin. Svet je tako korak bliže k zdravljenju plešavosti in hkrati dvig ogromnega bremena z ramen marsikaterega moškega... pa tudi ženske.

BIO1-seminar

2013-03-24T13:00:02Z

Sabina Štukelj: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/
username: tbk
password: samozameDD

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Rok Ferenc||Nov način zdravljenja Androgenic alopecia||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121026125127.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Jure Fabjan||Marjeta Horvat||Tadej Rozman
|-
| Mojca Juteršek||Sekrecijski sistem tipa III pri Pseudomonas aeruginosa in vpliv metabolizma na njegovo izražanje||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130130083017.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Boštjan Petrič||Maja Zupančič||Milena Jovanov
|-
| Tjaša Bensa||Sulforafan kot potencialni kandidat za zdravljenje levkemije||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121212205602.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Peter Prezelj||Luka Kavčič||Nina Pirih
|-
| Petra Tavčar||Zdravljenje Huntingtonove bolezni s proteini s cinkovimi prsti||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121010131358.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Ana Krišelj||Alja Zgonc||Urša Kapš
|-
| Tilen Komel||||||11.03.||14.03.||18.03.||Rok Ferenc||Jure Fabjan||Marjeta Horvat
|-
| Urška Kašnik||Propionibacterium acnes - bakterija, ki povzroča akne||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130228080135.htm||11.03.||14.03.||18.03.||Mojca Juteršek||Boštjan Petrič||Maja Zupančič
|-
| David Pignar||||||11.03.||14.03.||18.03.||Tjaša Bensa||Peter Prezelj||Luka Kavčič
|-
| Maruša Prolič - Kalinšek||Živčni strupi in butirilholinesteraza||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130111101450.htm||11.03.||14.03.||18.03.||Petra Tavčar||Ana Krišelj||Alja Zgonc
|-
| Domen Klofutar||MICU1 kot regulator koncentracije Ca2+ v mitohondrijih||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/11/121127130025.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Tilen Komel||Rok Ferenc||Jure Fabjan
|-
| Jakob Rupert||Vplivi na vezavo Aβ-oligomerov na nepatogene prione PrPC in povezava z nastankom Alzheimerjeve bolezni||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130205200241.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Urška Kašnik||Mojca Juteršek||Boštjan Petrič
|-
| Helena Jakše|| Resveratrol kot preventiva proti raku||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121205084419.htm||18.03.||21.03.||25.03.||David Pignar||Tjaša Bensa||Peter Prezelj
|-
| Lenka Tomešová||Key to Controlling Toxicity of Huntington's Disease Protein May Be Cell Contents
||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/06/120606092537.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Maruša Prolič - Kalinšek||Petra Tavčar||Ana Krišelj
|-
| Simon Bolta||Vloga rjavega maščobnega tkiva pri termogenezi||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313160754.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Domen Klofutar||Tilen Komel||Rok Ferenc
|-
| Vita Vidmar||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130214132629.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Jakob Rupert||Urška Kašnik||Mojca Juteršek
|-
| Sabina Štukelj||Struktura in pomen antifreeze proteinov||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130218092501.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Helena Jakše||David Pignar||Tjaša Bensa
|-
| Nika Strašek||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313182019.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Lenka Tomešová||Maruša Prolič - Kalinšek||Petra Tavčar
|-
| Vid Jazbec||||||08.04.||11.04.||15.04.||Simon Bolta||Domen Klofutar||Tilen Komel
|-
| Aneta Atanasova||||||08.04.||11.04.||15.04.||Vita Vidmar||Jakob Rupert||Urška Kašnik
|-
| Rok Ipšek||||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/08/120813155644.htm||08.04.||11.04.||15.04.||Sabina Štukelj||Helena Jakše||David Pignar
|-
| Helena Šneberger||||||08.04.||11.04.||15.04.||Nika Strašek||Lenka Tomešová||Maruša Prolič - Kalinšek
|-
| Tim Božič||||||15.04.||18.04.||22.04.||Vid Jazbec||Simon Bolta||Domen Klofutar
|-
| Sara Košenina||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130223111356.htm||15.04.||18.04.||22.04.||Aneta Atanasova||Vita Vidmar||Jakob Rupert
|-
| Eva Krivec||||||15.04.||18.04.||22.04.||Rok Ipšek||Sabina Štukelj||Helena Jakše
|-
| Jan Rozman||||||15.04.||18.04.||22.04.||Helena Šneberger||Nika Strašek||Lenka Tomešová
|-
| Eva Vidak||||||22.04.||25.04.||06.05.||Tim Božič||Vid Jazbec||Simon Bolta
|-
| Toni Nagode||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130204094606.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Sara Košenina||Aneta Atanasova||Vita Vidmar
|-
| Ema Guštin||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130117132921.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Eva Krivec||Rok Ipšek||Sabina Štukelj
|-
| Dominik Dekleva||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130212210009.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Jan Rozman||Helena Šneberger||Nika Strašek
|-
| Mojca Kostanjevec||||||06.05.||09.05.||13.05.||Eva Vidak||Tim Božič||Vid Jazbec
|-
| Eva Oblak Zvonar||||||06.05.||09.05.||13.05.||Toni Nagode||Sara Košenina||Aneta Atanasova
|-
| Barbara Sopčić||||||06.05.||09.05.||13.05.||Ema Guštin||Eva Krivec||Rok Ipšek
|-
| Tadej Rozman||||||06.05.||09.05.||13.05.||Dominik Dekleva||Jan Rozman||Helena Šneberger
|-
| Milena Jovanov||||||13.05.||16.05.||20.05.||Mojca Kostanjevec||Eva Vidak||Tim Božič
|-
| Nina Pirih||||||13.05.||16.05.||20.05.||Eva Oblak Zvonar||Toni Nagode||Sara Košenina
|-
| Urša Kapš||||||13.05.||16.05.||20.05.||Barbara Sopčić||Ema Guštin||Eva Krivec
|-
| Marjeta Horvat||||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/09/120924080253.htm||13.05.||16.05.||20.05.||Tadej Rozman||Dominik Dekleva||Jan Rozman
|-
| Maja Zupančič||||||20.05.||23.05.||27.05.||Milena Jovanov||Mojca Kostanjevec||Eva Vidak
|-
| Luka Kavčič||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130311173913.htm||20.05.||23.05.||27.05.||Nina Pirih||Eva Oblak Zvonar||Toni Nagode
|-
| Alja Zgonc||||||20.05.||23.05.||27.05.||Urša Kapš||Barbara Sopčić||Ema Guštin
|-
| Jure Fabjan||||||20.05.||23.05.||27.05.||Marjeta Horvat||Tadej Rozman||Dominik Dekleva
|-
| Boštjan Petrič||||||27.05.||30.05.||03.06.||Maja Zupančič||Milena Jovanov||Mojca Kostanjevec
|-
| Peter Prezelj||||||27.05.||30.05.||03.06.||Luka Kavčič||Nina Pirih||Eva Oblak Zvonar
|-
| Ana Krišelj||||||27.05.||30.05.||03.06.||Alja Zgonc||Urša Kapš||Barbara Sopčić
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2012. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2013 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 16 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava- 6 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2013 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2013-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1aMGp5bXFlQm9SMFU0X0lOaHZpQlE6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDhwMmlUUWpVRHByNUozdXVfRV9Henc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar

2013-03-24T12:54:11Z

Sabina Štukelj: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/
username: tbk
password: samozameDD

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Rok Ferenc||Nov način zdravljenja Androgenic alopecia||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121026125127.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Jure Fabjan||Marjeta Horvat||Tadej Rozman
|-
| Mojca Juteršek||Sekrecijski sistem tipa III pri Pseudomonas aeruginosa in vpliv metabolizma na njegovo izražanje||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130130083017.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Boštjan Petrič||Maja Zupančič||Milena Jovanov
|-
| Tjaša Bensa||Sulforafan kot potencialni kandidat za zdravljenje levkemije||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121212205602.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Peter Prezelj||Luka Kavčič||Nina Pirih
|-
| Petra Tavčar||Zdravljenje Huntingtonove bolezni s proteini s cinkovimi prsti||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121010131358.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Ana Krišelj||Alja Zgonc||Urša Kapš
|-
| Tilen Komel||||||11.03.||14.03.||18.03.||Rok Ferenc||Jure Fabjan||Marjeta Horvat
|-
| Urška Kašnik||Propionibacterium acnes - bakterija, ki povzroča akne||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130228080135.htm||11.03.||14.03.||18.03.||Mojca Juteršek||Boštjan Petrič||Maja Zupančič
|-
| David Pignar||||||11.03.||14.03.||18.03.||Tjaša Bensa||Peter Prezelj||Luka Kavčič
|-
| Maruša Prolič - Kalinšek||Živčni strupi in butirilholinesteraza||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130111101450.htm||11.03.||14.03.||18.03.||Petra Tavčar||Ana Krišelj||Alja Zgonc
|-
| Domen Klofutar||MICU1 kot regulator koncentracije Ca2+ v mitohondrijih||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/11/121127130025.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Tilen Komel||Rok Ferenc||Jure Fabjan
|-
| Jakob Rupert||Vplivi na vezavo Aβ-oligomerov na nepatogene prione PrPC in povezava z nastankom Alzheimerjeve bolezni||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130205200241.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Urška Kašnik||Mojca Juteršek||Boštjan Petrič
|-
| Helena Jakše|| Resveratrol kot preventiva proti raku||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121205084419.htm||18.03.||21.03.||25.03.||David Pignar||Tjaša Bensa||Peter Prezelj
|-
| Lenka Tomešová||Key to Controlling Toxicity of Huntington's Disease Protein May Be Cell Contents
||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/06/120606092537.htm||18.03.||21.03.||25.03.||Maruša Prolič - Kalinšek||Petra Tavčar||Ana Krišelj
|-
| Simon Bolta||Vloga rjavega maščobnega tkiva pri termogenezi||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313160754.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Domen Klofutar||Tilen Komel||Rok Ferenc
|-
| Vita Vidmar||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130214132629.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Jakob Rupert||Urška Kašnik||Mojca Juteršek
|-
| Sabina Štukelj||Vezava in pomen antifreeze proteinov||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130218092501.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Helena Jakše||David Pignar||Tjaša Bensa
|-
| Nika Strašek||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313182019.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Lenka Tomešová||Maruša Prolič - Kalinšek||Petra Tavčar
|-
| Vid Jazbec||||||08.04.||11.04.||15.04.||Simon Bolta||Domen Klofutar||Tilen Komel
|-
| Aneta Atanasova||||||08.04.||11.04.||15.04.||Vita Vidmar||Jakob Rupert||Urška Kašnik
|-
| Rok Ipšek||||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/08/120813155644.htm||08.04.||11.04.||15.04.||Sabina Štukelj||Helena Jakše||David Pignar
|-
| Helena Šneberger||||||08.04.||11.04.||15.04.||Nika Strašek||Lenka Tomešová||Maruša Prolič - Kalinšek
|-
| Tim Božič||||||15.04.||18.04.||22.04.||Vid Jazbec||Simon Bolta||Domen Klofutar
|-
| Sara Košenina||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130223111356.htm||15.04.||18.04.||22.04.||Aneta Atanasova||Vita Vidmar||Jakob Rupert
|-
| Eva Krivec||||||15.04.||18.04.||22.04.||Rok Ipšek||Sabina Štukelj||Helena Jakše
|-
| Jan Rozman||||||15.04.||18.04.||22.04.||Helena Šneberger||Nika Strašek||Lenka Tomešová
|-
| Eva Vidak||||||22.04.||25.04.||06.05.||Tim Božič||Vid Jazbec||Simon Bolta
|-
| Toni Nagode||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130204094606.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Sara Košenina||Aneta Atanasova||Vita Vidmar
|-
| Ema Guštin||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130117132921.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Eva Krivec||Rok Ipšek||Sabina Štukelj
|-
| Dominik Dekleva||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130212210009.htm||22.04.||25.04.||06.05.||Jan Rozman||Helena Šneberger||Nika Strašek
|-
| Mojca Kostanjevec||||||06.05.||09.05.||13.05.||Eva Vidak||Tim Božič||Vid Jazbec
|-
| Eva Oblak Zvonar||||||06.05.||09.05.||13.05.||Toni Nagode||Sara Košenina||Aneta Atanasova
|-
| Barbara Sopčić||||||06.05.||09.05.||13.05.||Ema Guštin||Eva Krivec||Rok Ipšek
|-
| Tadej Rozman||||||06.05.||09.05.||13.05.||Dominik Dekleva||Jan Rozman||Helena Šneberger
|-
| Milena Jovanov||||||13.05.||16.05.||20.05.||Mojca Kostanjevec||Eva Vidak||Tim Božič
|-
| Nina Pirih||||||13.05.||16.05.||20.05.||Eva Oblak Zvonar||Toni Nagode||Sara Košenina
|-
| Urša Kapš||||||13.05.||16.05.||20.05.||Barbara Sopčić||Ema Guštin||Eva Krivec
|-
| Marjeta Horvat||||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/09/120924080253.htm||13.05.||16.05.||20.05.||Tadej Rozman||Dominik Dekleva||Jan Rozman
|-
| Maja Zupančič||||||20.05.||23.05.||27.05.||Milena Jovanov||Mojca Kostanjevec||Eva Vidak
|-
| Luka Kavčič||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130311173913.htm||20.05.||23.05.||27.05.||Nina Pirih||Eva Oblak Zvonar||Toni Nagode
|-
| Alja Zgonc||||||20.05.||23.05.||27.05.||Urša Kapš||Barbara Sopčić||Ema Guštin
|-
| Jure Fabjan||||||20.05.||23.05.||27.05.||Marjeta Horvat||Tadej Rozman||Dominik Dekleva
|-
| Boštjan Petrič||||||27.05.||30.05.||03.06.||Maja Zupančič||Milena Jovanov||Mojca Kostanjevec
|-
| Peter Prezelj||||||27.05.||30.05.||03.06.||Luka Kavčič||Nina Pirih||Eva Oblak Zvonar
|-
| Ana Krišelj||||||27.05.||30.05.||03.06.||Alja Zgonc||Urša Kapš||Barbara Sopčić
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2012. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2013 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 16 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava- 6 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2013 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2013-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1aMGp5bXFlQm9SMFU0X0lOaHZpQlE6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDhwMmlUUWpVRHByNUozdXVfRV9Henc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2013 Povzetki seminarjev

2013-03-24T12:42:27Z

Sabina Štukelj:

== Sabina Štukelj: Vezava in pomen antifreeze proteinov ==
Antifreeze proteini so prisotni v telesnih tekočinah mnogih organizmov, ki živijo v hladnih razmerah in jih ščitijo pred zamrznitvijo. Glavna značilnost teh proteinov je vezava ledenih kristalov in s tem omejevanje rasti kristalov. V naravi obstaja velika diverziteta AFP (antifreeze) molekul, k njej pa prispeva led s svojimi številnimi različnimi površinami z drugačno geometrijsko razporeditvijo kisikovih atomov. Da se AFP molekule učinkovito vežejo na gornji sloj ledu so predvsem zaslužne vodikove vezi, ki nastanejo med kisikovimi atomi in stranskimi skupinami z vodikom. Poznamo več tipov AFP-jev, raziskovani pa so bili predvsem pri ribah, zato tu ločimo 5 znanih tipov: AFGP-ji, AFP I, AFP II, AFP III in AFP IV. Klasificirani so kot hiperaktivni ali zmerno aktivni, odvisno od aktivnosti njihove zamrzovalne histereze (FH). Znanstvena raziskava, ki je opisana v seminarju podaja neposredne dokaze, da je vezava hiperaktivne TmAFP molekule na ledene kristale nepovratna in da je FH aktivnost neodvisna od koncentracije AFP molekul v raztopini, kar pa so najnovejša odkritja na področju antifreeze proteinov in nasprotujejo dotedanjim teorijam. Rezultati raziskav njihovih lastnosti in zgradbe niso pomembni le za razumevanje interakcij z ledom in za tvorbo veznih domen na drugih proteinih, temveč tudi v praksi, saj se uporabljajo na področjih medicine, biotehnologije in prehrambene industrije kot sredstvo proti zamrzovanju.

== Jakob Rupert: Vplivi na citotoksičnost Aβ oligomerov v povezavi z nepatogenimi prioni PrPc in vpliv na pojav Alzheimerjeve bolezni ==
Alzheimerjeva bolezen (AD) je progresivna nevrodegenerativna bolezen osrednjega živčevja, ki prizadane predvsem možgane. Simptomi so izguba spomina, motnje zavesti, oteženo gibanje in drugo. Je neozdravljiva in se vedno konča s smrtjo. V zadnjem času veliko raziskujejo povezavo med AD in nepatogenimi prioni PrPC in ugotovitve kažejo, da se amiloidni-β oligomeri radi vežejo na PrPC, z njim tvorijo komplekse, ki se nato endocitirajo v nevron in povzročijo propad celice in tvorbo značilnih amiloidnih plak v možganih, predvsem v predelih hipokampusa in pa cerebralnega korteksa. Vendar na vezavo AβO na PrPc vpliva še nekatere druge molecule, v zadnjem času pa so odkrili tudi dve molekuli. To sta ekstrakta iz rdečega vina (resveratrol) in predvsem EGCG iz zelenega čaja. Oba zmanjšata vpliv amiloidnih plak s tem da strukturno spremenita AβO, ki se mu s tem skoraj izniči toksičnost. To prinaša novo upanje za domnevnih več kot 37 milijonov bolnikov z AD po svetu. Bolezen sicer prizadane večinoma starejše od 65 let, takih pa je v starajoči družbi vedno več, zato so raziskave možnih vzrokov in zdravil za AD ene najbolj aktualnih tudi iz ekonomskega vidika.

== Helena Jakše: Resveratrol-preventiva proti raku ==
Že vrsto let preiskujejo zdravilne učinke rdečega vina in s tem povezane pomembne spojine-resveratrola. Ta se v naravi nahaja v groznih peškah in koži grozdnih jagod, v nekaterih robidnicah in še v mnogih drugih rastlinskih virih. Resveratrol vpliva na vse stopnje karcinogeneze (nastanek rakastih celic) od začetka do napredovanja raka z vplivom na signalne poti, ki kontrolirajo razvoj in rast celic, programirano celično smrt (apoptozo), metastazo in angiogenezo (nastanek novih žil v tumorjih). Mnoge študije so pokazale, da resveratrol zavira širjenje človeškega tumorja in vitro. Ta spoznanja so vodile v nove raziskave, ki so ocenile resveratrolov potencial za zdravljenje raka. In vitro raziskave so pokazale, da resveratrol vzpostavlja interakcije z večimi tarčnimi molekulami in s poškodovanimi celicami kože, dojk, prostate, trebušne slinavke, želodca, debelega črevesa in požiralnika.

Z reguliranjem več signalnih poti (NF-kB, Akt, CD95, Wnt) resveratrol aktivira signale za programirano celično smrt predrakavih in rakastih celic, brez da bi pri tem negativno vplival na zdrave celice.

Učinkovitost resveratrola v živalskih rakavih modelih je omejena zaradi njegove biološke razpoložljivosti po vstopu v organizem. Največji vpliv proti raku je bil zabeležen za tiste tumorje, s katerimi je bil resveratrol v direktnem stiku, na primer koža in prebavni trakt.

==Lenka Tomešová:Key to Controlling Toxicity of Huntington's Disease Protein May Be Cell Contents ==
Huntington‘s disease (HD) belongs to the group of neurogenerative diseases and unfortunately there are no effective therapies for these serious illnesess. HD is caused by an expansion of a CAG (cytosin-adanin-guanin - CAG is the code for an amino acid-glutamine) repeat coding for a polyglutamine in the huntingtin protein, resulting in aggragation of respective proteins. It is caused by mutation of only one gen. It is one of the reason why is HD one of the most tested diseases.
New researches suggest that the toxicity of Huntingtin protein on cell is not caused just by the lenght of the proteins expansions, but there could play an important role also other proteins which are in the cells.
In this experiment were used yest cells. Human huntingtin protein was placed into yest cells and researchers found toxicity differences due to presence of other protein aggregates which are called prions. Data showed that mechanism of polyglutamine toxicity depends on the prion composition of the cell. Polyglutamine is not the toxic reagent itself, but rather enhances the effects of the prion aggregates by sequestering them and making them more rigid. Data showed for the first time that aggresome (an internal compartment of expanded huntingting clumps) is not always protective. Now scientists have a new approach that through characterization of pre-existing proteins in the cell they can identify potencional therapeutic targets.

== Domen Klofutar: MICU1 kot esencialen regulator koncentracije Ca2+ v mitohondrijih ==
V celičnem organelu mitohondriju se odvija oksidativna fosforilacija oziroma tvorba molekul ATP, ki jih telo porablja kot energijo. Za stimuliranje omenjenega procesa je potrebna zadostna koncentracija kalcijevih dvovalentnih kationov. Molekula MICU1 je periferni membranski protein, ki v povezavi z uniporterjem, katerega del je tudi protein MCU, sestavlja enega izmed proteinskih kompleksov na notranji membrani mitohondrija. Protein MICU1 v času mirovanja pri majhnih koncentracijah kalcijevih kationov v citosolu zavira prehod kalcija skozi uniporter. Prevelika koncentracija kalcija v matriksu mitohondrija bi povzročila nastajanje reaktivnih kisikovih zvrsti, ki bi zavrle proces oksidativne fosforilacije in sprožile začetek apoptoze – vrste programirane celične smrti. Prevelika koncentracija kalcija v matriksu pa lahko povzroči tudi depolarizacijo notranje membrane mitohondrija, ki škodi delovanju tega organela. MICU1 pri visoki koncentraciji kalcija v citosolu na pretok kationov skozi uniporter nima vpliva. Prav tako ne vpliva na kinetiko procesov v mitohondriju. Vsebuje dve EF domeni, ki sta sestavljeni vsaka iz dveh regularnih struktur α-heliks, ki sta pravokotni ena na drugo. Domeni sta obrnjeni proti matriksu in specifično vežeta kalcij. S tem protein uravnava koncentracijo kalcija v mitohondriju. Vsakršna mutacija na kateri koli izmed domen poruši proces delovanja proteina, saj ena domena zaznava višje koncentracije kalcija, druga pa nižje.
== Urška Kašnik: ''Propionibacterium acnes'' - bakterija, ki povzroča akne ==

Bakterija P. acnes je je del kožne flore, torej je prisotna na koži skoraj vseh zdravih odraslih ljudi. Živi na maščobnih kislinah v loju, ki ga sintetizirajo žleze lojnice v lasnih mešičkih. Povezana je z nastankom aken.

Akne so pogosta bolezen kože oz. žlez lojnic, katerih funkcija je izločanje loja (poltekoča mešanica maščobnih kislin, trigliceridov, voskov in holesterola), kar preprečuje prekomerno izsuševanje in pokanje kože. Najpogosteje se pojavlja v času pubertete.

Aken je več vrst. Med blažjimi oblikami sta zaprt komedo (beli ogrc), ki zgleda kot mala bela bunkica, in odprt komedo (črn ogrc), ki mu daje barvo pigment melanin. Med vnetne oblike spadajo papule, pustule, nodule in ciste.

Raziskava UCLA je odkrila, da vse P. acnes bakterije ne povzročajo mozoljev – nekateri sevi lahko dejansko pomagajo ohraniti zdravo kožo. Ugotovitve, dognane s to raziskavo, bi lahko vodile do razvoja novih terapij za preprečevanje in zdravljenje težav s kožo. Upajo, da bodo njihove ugotovitve pomagale razviti nove strategije, ki bodo preprečile napake na koži, že predenj bodo te nastale.

== Maruša Prolič-Kalinšek: Živčni strupi in butirilholinesteraza ==
Živčni strupi so organofosforjeve spojine, ki inhibirajo acetilholinesterazo, kar povzroči nalaganje nevrotransmitorja acetilholina v živčno sinapso in nevromišični stik. Povzročijo odpoved živčnega in respiratornega sistema. Ena izmed snovi, ki lahko nudi zaščito pred živčnimi strupi je butirilholinesteraza (BChE). To je globularen protein, ki se sintetizira v jetrih. BChE veže večino antiholinesteraz, zato ga lahko uporabimo za odstranjevanje organofosforjevih živčnih strupov. V zadnjih 10 letih je bilo razvitih več metod pridobivanja tega encima npr. iz mleka transgenih živali pridobljen BChE, z uporabo adenovirusa. V nedavni raziskavi so s kemično polisialilacijo modificirali rekombinanten BChE. Da bi izbrali najugodnejši ekspresijski vektor so zato uporabili tri. Kot najbolj učinkovit se je izkazal pBudCE/EF/BCHE. Transfekcija tega v CHO-K1 celice, je povzročila produkcijo do 3 mg/L BChE. Po optimizaciji ekspresijskih pogojev so dosegli proizvodnjo 35 mg/L rBChE. Ker je analiza pokazala da je bil encim večinoma v monomerni obliki, so dodali tetramerizacijski peptid. Nato so izvedli modifikacija z oksidirano polisialična kislino. S tem so pridobili encim, ki je imel dolg razpolovni čas, je obdržal večino svoje aktivnosti, je bil bolj stabilen in je miši obvaroval pred učinki žuvčnega strupa VR.

== Mojca Juteršek: Sekrecijski sistem tipa III pri Pseudomonas aeruginosa in vpliv metabolizma na njegovo izražanje ==
Pseudomonas aeruginosa je oportunistična Gram-negativna bakterija, ki veliko težav povzroča predvsem bolnikom s cistično fibrozo. Svojo virulentnost izraža preko sekrecijskega sistema tipa III, ki ji omogoča direkten prenos eksotoksinov v gostiteljsko celico. Ta mehanizem je dobro reguliran preko regulatornih molekul, že nekaj časa pa je znano, da na izražanje sekrecijskega sistema tipa III vplivata tudi metabolizem in omejena količina kisika v okolju. V nedavni raziskavi so ti dve dejstvi povezali in raziskali vpliv metabolizma na izražanje sekrecijskega sistema tipa III pri bakterijah, gojenih v okolju z omejeno količino kisika, kar je še posebno pomembno za bolnike s cistično fibrozo, saj so v njihovih pljučih ravno takšne razmere. Znanstvenikom je uspelo dokazati, da ima pomembno vlogo pri regulaciji izražanja sekrecijskega sistema tipa III v razmerah z omejeno količino kisika encim izocitrat-liaza, ki je pomben encim v metabolnih poteh teh bakterij. Hkrati so odkrili, da ima omenjen mehanizme vpliv tudi na količino biofilma, ki ga bakterije tvorijo, ta pa je pomemben obrambni sistem bakterij pred delovanjem antibiotikov. To odkritje tako obljublja nove možnosti v preprečevanju okužb s P. aeruginosa.

== Tjaša Bensa: Sulforafan kot potencialni kandidat za zdravljenje levkemije ==
Sulforafan spada med izotiocianate in ga najdemo v križnicah zelenjave, kot so brokoli, cvetača, ohrovt ... Znastveniki so odkrili, da sulforafan varuje pred rakom na požiralniku, želodcu, debelem črevesu, na prostati, dojkah, jajčnikih, pred rakom na materničnem vratu in tudi proti levkemiji.
Levkemija je krvni rak, za katerega je značilno nenadzorovano razraščanje rakavih belih krvničk v kostnem mozgu. Poznamo več vrst levkemije, pri otrocih pa se najpogosteje pojavlja akutna limfoblastna levkemija (ALL). Pri ALL so lahko celice pre-B ALL ali pa T-ALL. Zaenkrat še ne poznamo terapije, ki bi popolnoma ozdravila bolnike, saj imamo slabo razumevanje o diagnozi bolezni ALL.

Znastveniki na Baylor College of Medicine so naredili vrsto poskusov, da so dokazali pozitiven učinek sulforafana na levkemične celice. Sulforafan je sprožil apoptozo v celicah pre-B ALL (Nalm-6, REH, RS-4) in T-ALL celicah (Jurkat, RPMI, DND41, KOPTK1), v zdravih celicah pa ne. Ko so zdravim celicam dodali sulforafan, so bile te bolj odporne na njegovo citotoksičnost, kot pa levkemične celice.

Poskuse so naredili tudi na miših. Z bioluminiscenčnim slikanjem so dokazali, da je po treh tednih sulforafan zmanjšal število levkemičnih celic. Tudi pri miših s tumorjem je sulforafan po sedmih dnevih zdravljenja zmanjšal obseg tumorja.

Akutna limfoblastna levkemija predstavlja najpogostejšo vrsto levkemije pri otrocih, saj zanjo zboli kar 80 % otrok z levkemijo. Če bi sulforafan postal nova terapija za zdravljenje levkemije, bi to tako pomenil velik preobrat v zdravstvu in medicini.

== Petra Tavčar: Zdravljenje Huntingtonove bolezni s proteini s cinkovimi prsti ==
Huntingtonova bolezen je monogenska dedna bolezen, ki se razvije zaradi prekomernega ponavljanja zaporedja nukleotidov CAG na genu, ki nosi zapis za protein huntingtin. Pri obolelih se zaporedje ponovi od 36 do 121-krat (normalno: 10 do 29-krat). Protein huntingtin je odgovoren za zdrav embrionalni razvoj ter razvijanje in ohranjanje nevronov pri odraslih ljudeh. Pri bolnikih nastaja protein z daljšo verigo poliglutamina, ki se z ostalimi mutiranimi huntingtin proteini združuje v proteinske agregate. Le-ti tvorijo inkluzijska telesca, ki se nalagajo na aksonih, dendritih in v jedrih nekaterih možganskih živčnih celic ter motijo normalno delovanje celic. To privede do sprememb v obnašanju, demence in horee (sunkovitih nehotenih gibov).

Trenutno še ne poznamo načina, s katerim bi zdravili ali preprečevali to bolezen. V razvoju pa je zdravljenje s proteini s cinkovimi prsti. To so regulatorni proteini, ki vsebujejo motiv cinkovega prsta. Prepoznavajo in se vežejo na določene odseke DNA in s tem regulirajo izražanje gena, na katerega se vežejo. Ker je oblikovanje proteinov s cinkovimi prsti enostavno, lahko izdelamo različne proteine, ki se vežejo na različne odseke DNA. Prav tako lahko nanje pripnemo poljubne regulacijske molekule ali vezavne elemente, kar omogoča specifično vezavo na želeni mutiran gen in preprečuje represijo nemutiranih genov.

Oblikovali so protein z enajstimi cinkovimi prsti, ki prepozna in se veže na poli 5´- GC(A/T) -3´. Sposoben je prepoznati poli-CAG ter poli-GCA, poli-GCT DNA del. Z raziskavo so dokazali, da represorji s cinkovimi prsti lahko povzročijo redukcijo na nivoju RNA in na nivoju proteinov v možganih miši, kar vodi do izboljšanja v fenotipu obolelih miši. Kombiniranje represorjev s cinkovimi prsti in promotorjev CAG in WPRE lahko omogoči selektivno represijo mutiranega gena, zmanjšano količino škodljivih proteinskih agregatov in blažitev simptomov Huntingtonove bolezni.

== Rok Ferenc: Nov način zdravljenja Androgenic alopecia ==
Androgenic alopecia oz. bolj splošno "plešavost" je bolezen, sicer značilna za moške, vendar prizadene tudi ženske in najstnike. Čeprav je izjemno razširjenja in bi uspešno zdravilo nedvomno ponovilo globalni uspeh in razvpitost modre tabletke, saj ima plešavost velike psihološke učinke na prizadetega, so do sedaj znana zdravila bodisi neučinkovita, bodisi zaradi stranskih učinkov nezaželena. Nedavno odkritje kapljic za oči, ki pospešijo rast trepalnic, je znanstvenike pripeljalo do novih raziskav, ki predvsem temeljijo na novo odkriti snovi - bimatoprost, ki bi hipotetično prek receptorjev lokalno lahko vplival na lasne folikle in pospešeno rast las. Slednje jim je uspelo potrditi. Najprej so izločili zunanji vpliv na rast dlak z gojenjem foliklov v kulturi, s poskusi na miših so teorijo prenesli na žive organizme, z opazovanjem delovanja antagonista za bimatoprost pa so dokončno potrdili obstoj receptorjev. Receptorje so z gelsko elektroforezo dokazali tudi v človeku ter jih s posebnimi tehnikami locirali v dermalni pupili, ki naprej stimulacijsko vpliva na celice, ki proizvajajo pigment in keratin. Svet je tako korak bliže k zdravljenju plešavosti in hkrati dvig ogromnega bremena z ramen marsikaterega moškega... pa tudi ženske.

BIO1-seminar

2013-03-02T12:29:25Z

Sabina Štukelj: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/
username: tbk
password: samozameDD

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Link'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Rok Ferenc||to je moj tekst||||04.03.||07.03.||11.03.||Jure Fabjan||Marjeta Horvat||Tadej Rozman
|-
| Mojca Juteršek||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130130083017.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Boštjan Petrič||Maja Zupančič||Milena Jovanov
|-
| Tjaša Bensa||||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121212205602.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Peter Prezelj||Luka Kavčič||Nina Pirih
|-
| Petra Tavčar||||http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121010131358.htm||04.03.||07.03.||11.03.||Ana Krišelj||Alja Zgonc||Urša Kapš
|-
| Tilen Komel||||||11.03.||14.03.||18.03.||Rok Ferenc||Jure Fabjan||Marjeta Horvat
|-
| Urška Kašnik||||||11.03.||14.03.||18.03.||Mojca Juteršek||Boštjan Petrič||Maja Zupančič
|-
| David Pignar||||||11.03.||14.03.||18.03.||Tjaša Bensa||Peter Prezelj||Luka Kavčič
|-
| Maruša Prolič - Kalinšek||||||11.03.||14.03.||18.03.||Petra Tavčar||Ana Krišelj||Alja Zgonc
|-
| Domen Klofutar||||||18.03.||21.03.||25.03.||Tilen Komel||Rok Ferenc||Jure Fabjan
|-
| Jakob Rupert||||||18.03.||21.03.||25.03.||Urška Kašnik||Mojca Juteršek||Boštjan Petrič
|-
| Helena Jakše||||||18.03.||21.03.||25.03.||David Pignar||Tjaša Bensa||Peter Prezelj
|-
| Lenka Tomešová||||||18.03.||21.03.||25.03.||Maruša Prolič - Kalinšek||Petra Tavčar||Ana Krišelj
|-
| Simon Bolta||||||25.03.||28.03.||08.04.||Domen Klofutar||Tilen Komel||Rok Ferenc
|-
| Vita Vidmar||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130214132629.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Jakob Rupert||Urška Kašnik||Mojca Juteršek
|-
| Sabina Štukelj||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130218092501.htm||25.03.||28.03.||08.04.||Helena Jakše||David Pignar||Tjaša Bensa
|-
| Nika Strašek||||||25.03.||28.03.||08.04.||Lenka Tomešová||Maruša Prolič - Kalinšek||Petra Tavčar
|-
| Vid Jazbec||||||08.04.||11.04.||15.04.||Simon Bolta||Domen Klofutar||Tilen Komel
|-
| Aneta Atanasova||||||08.04.||11.04.||15.04.||Vita Vidmar||Jakob Rupert||Urška Kašnik
|-
| Rok Ipšek||||||08.04.||11.04.||15.04.||Sabina Štukelj||Helena Jakše||David Pignar
|-
| Helena Šneberger||||||08.04.||11.04.||15.04.||Nika Strašek||Lenka Tomešová||Maruša Prolič - Kalinšek
|-
| Tim Božič||||||15.04.||18.04.||22.04.||Vid Jazbec||Simon Bolta||Domen Klofutar
|-
| Sara Košenina||||http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130223111356.htm||15.04.||18.04.||22.04.||Aneta Atanasova||Vita Vidmar||Jakob Rupert
|-
| Eva Krivec||||||15.04.||18.04.||22.04.||Rok Ipšek||Sabina Štukelj||Helena Jakše
|-
| Jan Rozman||||||15.04.||18.04.||22.04.||Helena Šneberger||Nika Strašek||Lenka Tomešová
|-
| Eva Vidak||||||22.04.||25.04.||06.05.||Tim Božič||Vid Jazbec||Simon Bolta
|-
| Toni Nagode||||||22.04.||25.04.||06.05.||Sara Košenina||Aneta Atanasova||Vita Vidmar
|-
| Ema Guštin||||||22.04.||25.04.||06.05.||Eva Krivec||Rok Ipšek||Sabina Štukelj
|-
| Dominik Dekleva||||||22.04.||25.04.||06.05.||Jan Rozman||Helena Šneberger||Nika Strašek
|-
| Mojca Kostanjevec||||||06.05.||09.05.||13.05.||Eva Vidak||Tim Božič||Vid Jazbec
|-
| Eva Oblak Zvonar||||||06.05.||09.05.||13.05.||Toni Nagode||Sara Košenina||Aneta Atanasova
|-
| Barbara Sopčić||||||06.05.||09.05.||13.05.||Ema Guštin||Eva Krivec||Rok Ipšek
|-
| Tadej Rozman||||||06.05.||09.05.||13.05.||Dominik Dekleva||Jan Rozman||Helena Šneberger
|-
| Milena Jovanov||||||13.05.||16.05.||20.05.||Mojca Kostanjevec||Eva Vidak||Tim Božič
|-
| Nina Pirih||||||13.05.||16.05.||20.05.||Eva Oblak Zvonar||Toni Nagode||Sara Košenina
|-
| Urša Kapš||||||13.05.||16.05.||20.05.||Barbara Sopčić||Ema Guštin||Eva Krivec
|-
| Marjeta Horvat||||||13.05.||16.05.||20.05.||Tadej Rozman||Dominik Dekleva||Jan Rozman
|-
| Maja Zupančič||||||20.05.||23.05.||27.05.||Milena Jovanov||Mojca Kostanjevec||Eva Vidak
|-
| Luka Kavčič||||||20.05.||23.05.||27.05.||Nina Pirih||Eva Oblak Zvonar||Toni Nagode
|-
| Alja Zgonc||||||20.05.||23.05.||27.05.||Urša Kapš||Barbara Sopčić||Ema Guštin
|-
| Jure Fabjan||||||20.05.||23.05.||27.05.||Marjeta Horvat||Tadej Rozman||Dominik Dekleva
|-
| Boštjan Petrič||||||27.05.||30.05.||03.06.||Maja Zupančič||Milena Jovanov||Mojca Kostanjevec
|-
| Peter Prezelj||||||27.05.||30.05.||03.06.||Luka Kavčič||Nina Pirih||Eva Oblak Zvonar
|-
| Ana Krišelj||||||27.05.||30.05.||03.06.||Alja Zgonc||Urša Kapš||Barbara Sopčić
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2012. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 16 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava- 6 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2013 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2013-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dEozRlMwVDh0NDBmSmd2VnV0TUwtVGc6MA mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.