https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=SabinaKolar 2026-04-08T23:28:12Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2014&diff=9151 2014-04-07T22:07:32Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''<br /> <br /> V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.<br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> Naslovi odobrenih člankov:<br /> <br /> # A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html) [[Proizvodnja feremonov vešče v rastlinah]]. Filip Kolenc, 24. marca 2014<br /> # Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) [[Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo]]. Aleksander Krajnc, 24. marca 2014<br /> # Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) [[Produkcija optično čiste mlečne kisline v sevu enterococcus faecium kaže potencial v biopretvorbi odpadkov kmetijske industrije: fiziološka in proteomska študija]]. Žan Železnik, 31. marca<br /> # Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) [[Glive, sposobne razgradnje formaldehida: izolacija, karakterizacija in njihov metabolizem formaldehida.]] Sara Sajko, 31. marca<br /> # Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) [[Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika.]] Vito Frančič, 7. aprila<br /> # Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine (J. Gorantala, ''et al''; Journal of Biotechnology, 176, 2014, str. 1-10.; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614000571) - [[Pridobitev zaščitnega imunskega odziva proti antraksu preko oralne imunizacije z zaščitnim antigenom kot cepivom, pridobljenim na osnovi rastlin]]. Sabina Kolar, 7. aprila<br /> # Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev ter primer uporabe cepiva pri miših. Ana Dolinar, 14. aprila<br /> # Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak, 14. aprila<br /> # Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) Inženiring ''Escherichie coli'' za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo. Maja Remškar, 5. maja<br /> # Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. (M. N. Thaker et al.; Nature Biotechnology 31, 922-927; 2013)Špela Podjed, 5. maja<br /> # Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). Elmina Handanović, 12. maja 2014<br /> # Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). Luka Bevc, 12. maja<br /> # Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. Jernej Mustar, 19. maja<br /> # Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140) Luka Grm, 19. maja<br /> # M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc, 26. maja<br /> # Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo &amp; David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant, 26. maja</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Pridobitev_za%C5%A1%C4%8Ditnega_imunskega_odziva_proti_antraksu_preko_oralne_imunizacije_z_za%C5%A1%C4%8Ditnim_antigenom_kot_cepivom,_pridobljenim_na_osnovi_rastlin&diff=9150 2014-04-07T22:03:52Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''UVOD'''<br /> <br /> Antraks ali vranični prisad je bolezen, ki jo povzroča bakterija ''Bacillus anthracis''. Gre za nalezljivo bolezen, ki običajno prizadene rastlinojede živali, lahko pa tudi človeka. Razširjena je predvsem na kmetijskih področjih Osrednje Azije, Južne Amerike in Afrike. Pri človeku se najpogosteje pojavlja kožna oblika, ki je običajno ozdravljiva, pri drugih oblikah antraksa pa je smrtnost precej visoka. Posebno nevarna je pljučna oblika bolezni, ki nastane zaradi vdihavanja spor te bakterije, prav te pa se uporabljajo kot biološko orožje v teroristične namene.<br /> <br /> Cepiva proti antraksu, ki se uporabljajo v veterinarske namene in za zaščito človeka, niso idealna, saj povzročajo neželene stranske učinke, niso cenovno ugodna in omogočajo le sistemsko imunost. Prav tako cepljenje živali predstavlja nevarnost za človeka, ko gre za divje in potencialno že okužene živali. Alternativo klasičnim cepivom predstavljajo cepiva, ki temeljijo na oralni aplikaciji. Lahko gre za transgene rastline, ki vsebujejo in izražajo gen za določen antigen in po užitju pri človeku ali živali spodbudijo ustrezen imunski odziv. <br /> <br /> V raziskavi, ki jo obravnava članek, so pripravili transgene linije indijske ogrščice (''Brassica juncea'') in tobaka, ki so vsebovale gen za 'zaščitni antigen' (angl. protective antigen, PA). Gre za poglavitno imunogeno komponento trikomponentnega toksina antraksa. Cepiva, pripravljena na osnovi užitnih rastlin olajšajo dostavnost živalim in ljudem, so cenejša, varnejša in poleg sistemske imunosti omogočajo tudi mukozno imunost. <br /> <br /> <br /> '''POTEK DELA'''<br /> <br /> Gen za PA so s specifičnimi začetnimi oligonukleotidi pomnožili iz plazmida pXO1 (naravni plazmid ''B. anthracis'') in ga klonirali v vektorja pCHV-RKB in pBIN. Prvi vektor je omogočal mestospecifičen vnos gena v kloroplaste tobaka, transformacijo pa so dosegli z metodo biolistike. Transgeno indijsko ogrščico so pripravili s pomočjo drugega vektorja in z ''Agrobacterium'' posredovano transformacijo. Vključitev transgena v genom rastlin so preučevali z metodo PCR ter s prenosom Southern. <br /> <br /> Iz listov transgenega tobaka in ogrščice so nato izolirali vse topne proteine, naredili prenos Western, prisotnost PA pa so dokazovali s specifičnimi anti-PA protitelesi. Funkcionalno aktivnost PA so preverili z in vitro citotoksičnim testom na makrofagih, ki so jih inkubirali s PA skupaj z efektorskim proteinom toksina antraksa (angl. lethal factor, LF). <br /> <br /> Sledili so poskusi na miškah BALB/c. Poskuse do izvedli na 11 skupinah mišk, vsaka pa je vsebovala 5-6 miši. Miši so imunizirali z določeno količino PA, dobljeno iz ogrščice oz. tobaka ter z rPA (rekombinanti PA, pridobljen iz ''E. coli''). Ag so v miške vnesli intraperitonealno (i.p.), oz. so živali hranili z listi transgenih rastlin, pri čemer so določene skupine imunizirali ob uporabi enega izmed dveh adjuvansov (alhidrogel (Al) ali toksin kolere (CT)), pri drugih pa adjuvansov niso dodali. Miške so imunizirali ob dnevih 0, 7, 14 in 28, zadnjo poživilno dozo pa so prejele na dan 175. Pred vsako ponovno imunizacijo so miškam odvzeli krvne vzorce in vzorce blata ter s pomočjo testa ELISA določili titer prisotnih anti-PA protiteles razredov IgG1, IgG2a in IgA. Nevtralizacijo učinkovitost protiteles so testirali tako, da so jih inkubirali s pridobljenimi PA (skupaj z LF), inkubacijsko mešanico pa testirali na makrofagih.<br /> <br /> V zadnji stopnji so preverili učinkovitost imunskega odziva testnih mišk. Miškam so i.p. aplicirali določeno količino vegetativnih celic ''B. anthracis'' na dan 189 in jih opazovali še mesec dni, v kolikor so preživele.<br /> <br /> <br /> '''REZULTATI'''<br /> <br /> Metodi PCR in Southern sta potrdili vključitev transgena v genom rastline, v primeru tobaka so dokazali mestospecifično vgraditev gena v DNA kloroplastov. Prenos Western in uporaba specifičnih anti-PA sta dokazala prisotnost PA v proteinskem izolatu. <br /> <br /> In vitro citotoksični testi so dokazali biološko aktivnost PA. V primeru vzorcev PA, izoliranih iz ogrščice, je toksin liziral 26-81 % makrofagov, v primeru vzorcev PA iz tobaka pa 93-96 %. S testom ELISA so pokazali, da so bila anti-PA protitelesa prisotna tako v serumu kot vzorcih blata. Najvišje titre za protitelesa razreda IgG so zaznali v primeru mišk, imuniziranih i.p. z rPA ob dodatku adjuvansa Al, titri pri ostalih skupinah mišk pa so bili le nekoliko nižji. Titri za protitelesa razreda IgA so bili signifikantno nižji kot titri za protitelesa razreda IgG. Nevtralizacijski test je pokazal, da so bila protitelesa pridobljena po oralni imunizaciji sposobna nevtralizirati toksin. <br /> <br /> V končnem poskusu, kjer so miškam aplicirali vegetativne celice ''B. anthracis'', so jih 14 dni opazovali na vsake 3-4 ure. Vse kontrolne miške so umrle po treh dneh. Miške, ki so jih imunizirali z rPA z dodanim adjuvansom Al, so pokazale 100 % preživelost. Pri vseh preostalih skupinah pa je bila preživelost 60-80 %.<br /> <br /> <br /> '''DISKUSIJA'''<br /> <br /> V raziskavi so torej uspešno izrazili gen za PA v indijski ogrščici in tobaku in dosegli imunsko zaščito pri miškah, ki so se prehranjevale s temi rastlinami. Miške so pokazale visok titer anti-PA protiteles v serumu, kar kaže na učinkovitost takega sistema. Prav tako so zaznali prisotnost Ab razreda IgA v vzorcih blata, kar kaže na to, da lahko z oralno imunizacijo pri miškah zagotovimo tudi zaščito prebavil in dihal. Sekretorna IgA so namreč izrednega pomena pri vdihavanju celic ''B. anthracis'' in odpornosti na bolezen, predvsem smrtonosne pljučne oblike. V raziskavi so pokazali tudi, da lahko uporaba adjuvansov pripomore k boljšemu imunskemu odgovoru tudi v primeru oralne imunizacije.<br /> <br /> <br /> <br /> '''Dostop do članka''': http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614000571</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Pridobitev_za%C5%A1%C4%8Ditnega_imunskega_odziva_proti_antraksu_preko_oralne_imunizacije_z_za%C5%A1%C4%8Ditnim_antigenom_kot_cepivom,_pridobljenim_na_osnovi_rastlin&diff=9141 2014-04-05T01:15:23Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''UVOD'''<br /> <br /> Antraks ali vranični prisad je bolezen, ki jo povzroča bakterija ''Bacillus anthracis''. Gre za nalezljivo bolezen, ki običajno prizadene rastlinojede živali, lahko pa tudi človeka. Razširjena je predvsem na kmetijskih področjih Osrednje Azije, Južne Amerike in Afrike. Pri človeku se najpogosteje pojavlja kožna oblika, ki je običajno ozdravljiva, pri drugih oblikah antraksa pa je smrtnost precej visoka. Posebno nevarna je pljučna oblika bolezni, ki nastane zaradi vdihavanja spor te bakterije, prav te pa se uporabljajo kot biološko orožje v teroristične namene.<br /> <br /> Cepiva proti antraksu, ki se uporabljajo v veterinarske namene in za zaščito človeka, niso idealna, saj povzročajo neželene stranske učinke, niso cenovno ugodna in omogočajo le sistemsko imunost. Prav tako cepljenje živali predstavlja nevarnost za človeka, ko gre za divje in potencialno že okužene živali. Alternativo klasičnim cepivom predstavljajo cepiva, ki temeljijo na oralni aplikaciji. Lahko gre za transgene rastline, ki vsebujejo in izražajo gen za določen antigen in po užitju pri človeku ali živali spodbudijo ustrezen imunski odziv. <br /> <br /> V raziskavi, ki jo obravnava članek, so pripravili transgene linije Indijske ogrščice (''Brassica juncea'') in tobaka, ki so vsebovale gen za 'zaščitni antigen' (protective antigen, PA). Gre za poglavitno imunogeno komponento tridelnega toksina antraksa. Cepiva, pripravljena na osnovi užitnih rastlin olajšajo dostavnost živalim in ljudem, so cenejša, varnejša in poleg sistemske imunosti omogočajo tudi prisotnost protiteles v sluznicah. <br /> <br /> <br /> '''POTEK DELA'''<br /> <br /> Gen za PA so s specifičnimi začetnimi oligonukleotidi pomnožili iz plazmida pXO1 (naravni plazmid ''B. anthracis'') in ga klonirali v vektorja pCHV-RKB in pBIN. Prvi vektor je omogočal mestospecifičen vnos gena v kloroplaste tobaka, transformacijo pa so dosegli z metodo biolistike. Transgeno Indijsko ogrščico so pripravili s pomočjo drugega vektorja in z ''Agrobacterium'' posredovano transformacijo. Vključitev transgena v genom rastlin so preučevali z metodo PCR ter s prenosom Southern. <br /> <br /> Iz listov transgenega tobaka in ogrščice so nato izolirali vse topne proteine, naredili prenos Western, prisotnost PA pa so dokazovali s specifičnimi anti-PA protitelesi. Funkcionalno aktivnost PA so preverili z in vitro citotoksičnim testom na makrofagih, ki so jih inkubirali z PA skupaj z funkcionalnim proteinom toksina antraksa (lethal factor, LF). <br /> <br /> Sledili so poskusi na miškah BALB/c. Poskuse do izvedli na 11 skupinah mišk, vsaka pa je vsebovala 5-6 miši. Miši so imunizirali z določeno količino PA, dobljeno iz ogrščice oz. tobaka ter z rPA (rekombinanti PA, pridobljen iz ''E. coli''). Ag so v miške vnesli intraperitonealno (i.p.), oz. so živali hranili z listi transgenih rastlin, pri čemer so določene skupine imunizirali ob uporabi enega izmed dveh adjuvansov (alhidrogel (Al) ali toksin kolere (CT)), pri drugih pa adjuvansov niso dodali. Miške so imunizirali ob dnevih 0, 7, 14 in 28, zadnjo poživilno dozo pa so prejele na dan 175. Pred vsako ponovno imunizacijo so miškam odvzeli krvne vzorce in vzorce blata ter s pomočjo testa ELISA določili titer prisotnih anti-PA protiteles razredov IgG1, IgG2a in IgA. Nevtralizacijo učinkovitost protiteles so testirali tako, da so jih inkubirali s pridobljenimi PA (skupaj z LF), inkubacijsko mešanico pa testirali na makrofagih.<br /> <br /> V zadnji stopnji so preverili učinkovitost imunskega odziva testnih mišk. Miškam so i.p. aplicirali določeno količino vegetativnih celic ''B. anthracis'' na dan 189 in jih opazovali še mesec dni, v kolikor so preživele.<br /> <br /> <br /> '''REZULTATI'''<br /> <br /> Metodi PCR in Southern sta potrdili vključitev transgena v genom rastline, v primeru tobaka so dokazali mestospecifično vgraditev gena v DNA kloroplastov. Prenos Western in uporaba specifičnih anti-PA sta dokazala prisotnost PA v proteinskem izolatu. <br /> <br /> In vitro citotoksični testi so dokazali biološko aktivnost PA. V primeru vzorcev PA, izoliranih iz ogrščice, je toksin liziral 26-81 % makrofagov, v primeru vzorcev PA iz tobaka pa 93-96 %. S testom ELISA so pokazali, da so bila anti-PA protitelesa prisotna tako v serumu kot vzorcih blata. Najvišje titre za protitelesa razreda IgG so zaznali v primeru mišk, imuniziranih i.p. z rPA ob dodatku adjuvansa Al, titri pri ostalih skupinah mišk pa so bili le nekoliko nižji. Titri za protitelesa razreda IgA so bili signifikantno nižji kot titri za protitelesa razreda IgG. Nevtralizacijski test je pokazal, da so bila protitelesa pridobljena po oralni imunizaciji sposobna nevtralizirati toksin. <br /> <br /> V končnem poskusu, kjer so miškam aplicirali vegetativne celice ''B. anthracis'', so jih 14 dni opazovali na vsake 3-4 ure. Vse kontrolne miške so umrle po treh dneh. Miške, ki so jih imunizirali z rPA z dodanim adjuvansom Al, so pokazale 100 % preživelost. Pri vseh preostalih skupinah pa je bila preživelost 60-80 %.<br /> <br /> <br /> '''DISKUSIJA'''<br /> <br /> V raziskavi so torej uspešno izrazili gen za PA v Indijski ogrščici in tobaku in dosegli imunsko zaščito pri miškah, ki so se prehranjevale s temi rastlinami. Miške so pokazale visok titer anti-PA protiteles v serumu, kar kaže na učinkovitost takega sistema. Prav tako so zaznali prisotnost Ab razreda IgA v vzorcih blata, kar kaže na to, da lahko z oralno imunizacijo pri miškah zagotovimo tudi zaščito sluznic. Sekretorna IgA so namreč izrednega pomena pri vdihavanju celic ''B. anthracis'' in odpornosti na bolezen, predvsem smrtonosne pljučne oblike. V raziskavi so pokazali tudi, da lahko uporaba adjuvansov pripomore k boljšemu imunskemu odgovoru tudi v primeru oralne imunizacije.<br /> <br /> <br /> <br /> '''Dostop do članka''': http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614000571</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Pridobitev_za%C5%A1%C4%8Ditnega_imunskega_odziva_proti_antraksu_preko_oralne_imunizacije_z_za%C5%A1%C4%8Ditnim_antigenom_kot_cepivom,_pridobljenim_na_osnovi_rastlin&diff=9140 2014-04-05T01:11:10Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''UVOD'''<br /> <br /> Antraks ali vranični prisad je bolezen, ki jo povzroča bakterija ''Bacillus anthracis''. Gre za nalezljivo bolezen, ki običajno prizadene rastlinojede živali, lahko pa tudi človeka. Razširjena je predvsem na kmetijskih področjih Osrednje Azije, Južne Amerike in Afrike. Pri človeku se najpogosteje pojavlja kožna oblika, ki je običajno ozdravljiva, pri drugih oblikah antraksa pa je smrtnost precej visoka. Posebno nevarna je pljučna oblika bolezni, ki nastane zaradi vdihavanja spor te bakterije, prav te pa se uporabljajo kot biološko orožje v teroristične namene.<br /> <br /> Cepiva proti antraksu, ki se uporabljajo v veterinarske namene in za zaščito človeka, niso idealna, saj povzročajo neželene stranske učinke, niso cenovno ugodna in omogočajo le sistemsko imunost. Prav tako cepljenje živali predstavlja nevarnost za človeka, ko gre za divje in potencialno že okužene živali. Alternativo klasičnim cepivom predstavljajo cepiva, ki temeljijo na oralni aplikaciji. Lahko gre za transgene rastline, ki vsebujejo in izražajo gen za določen antigen in po užitju pri človeku ali živali spodbudijo ustrezen imunski odziv. <br /> <br /> V raziskavi, ki jo obravnava članek, so pripravili transgene linije Indijske ogrščice (''Brassica juncea'') in tobaka, ki so vsebovale gen za 'zaščitni antigen' (protective antigen, PA). Gre za poglavitno imunogeno komponento tridelnega toksina antraksa. Cepiva, pripravljena na osnovi užitnih rastlin olajšajo dostavnost živalim in ljudem, so cenejša, varnejša in poleg sistemske imunosti omogočajo tudi prisotnost protiteles v sluznicah. <br /> <br /> <br /> '''POTEK DELA'''<br /> <br /> Gen za PA so s specifičnimi začetnimi oligonukleotidi pomnožili iz plazmida pXO1 (naravni plazmid B. anthracis) in ga klonirali v vektorja pCHV-RKB in pBIN. Prvi vektor je omogočal mestospecifičen vnos gena v kloroplaste tobaka, transformacijo pa so dosegli z metodo biolistike. Transgeno Indijsko ogrščico so pripravili s pomočjo drugega vektorja in z ''Agrobacterium'' posredovano transformacijo. Vključitev transgena v genom rastlin so preučevali z metodo PCR ter s prenosom Southern. <br /> <br /> Iz listov transgenega tobaka in ogrščice so nato izolirali vse topne proteine, naredili prenos Western, prisotnost PA pa so dokazovali s specifičnimi anti-PA protitelesi. Funkcionalno aktivnost PA so preverili z in vitro citotoksičnim testom na makrofagih, ki so jih inkubirali z PA skupaj z funkcionalnim proteinom toksina antraksa (lethal factor, LF). <br /> <br /> Sledili so poskusi na miškah BALB/c. Poskuse do izvedli na 11 skupinah mišk, vsaka pa je vsebovala 5-6 miši. Miši so imunizirali z določeno količino PA, dobljeno iz ogrščice oz. tobaka ter z rPA (rekombinanti PA, pridobljen iz ''E. coli''). Ag so v miške vnesli intraperitonealno (i.p.), oz. so živali hranili z listi transgenih rastlin, pri čemer so določene skupine imunizirali ob uporabi enega izmed dveh adjuvansov (alhidrogel (Al) ali toksin kolere (CT)), pri drugih pa adjuvansov niso dodali. Miške so imunizirali ob dnevih 0, 7, 14 in 28, zadnjo poživilno dozo pa so prejele na dan 175. Pred vsako ponovno imunizacijo so miškam odvzeli krvne vzorce in vzorce blata ter s pomočjo testa ELISA določili titer prisotnih anti-PA protiteles razredov IgG1, IgG2a in IgA. Nevtralizacijo učinkovitost protiteles so testirali tako, da so jih inkubirali s pridobljenimi PA (skupaj z LF), inkubacijsko mešanico pa testirali na makrofagih.<br /> <br /> V zadnji stopnji so preverili učinkovitost imunskega odziva testnih mišk. Miškam so i.p. aplicirali določeno količino vegetativnih celic ''B. anthracis'' na dan 189 in jih opazovali še mesec dni, v kolikor so preživele.<br /> <br /> <br /> '''REZULTATI'''<br /> <br /> Metodi PCR in Southern sta potrdili vključitev transgena v genom rastline, v primeru tobaka so dokazali mestospecifično vgraditev gena v DNA kloroplastov. Prenos Western in uporaba specifičnih anti-PA sta dokazala prisotnost PA v proteinskem izolatu. <br /> <br /> In vitro citotoksični testi so dokazali biološko aktivnost PA. V primeru vzorcev PA, izoliranih iz ogrščice, je toksin liziral 26-81 % makrofagov, v primeru vzorcev PA iz tobaka pa 93-96 %. S testom ELISA so pokazali, da so bila anti-PA protitelesa prisotna tako v serumu kot vzorcih blata. Najvišje titre za protitelesa razreda IgG so zaznali v primeru mišk, imuniziranih i.p. z rPA ob dodatku adjuvansa Al, titri pri ostalih skupinah mišk pa so bili le nekoliko nižji. Titri za protitelesa razreda IgA so bili signifikantno nižji kot titri za protitelesa razreda IgG. Nevtralizacijski test je pokazal, da so bila protitelesa pridobljena po oralni imunizaciji sposobna nevtralizirati toksin. <br /> <br /> V končnem poskusu, kjer so miškam aplicirali vegetativne celice ''B. anthracis'', so jih 14 dni opazovali na vsake 3-4 ure. Vse kontrolne miške so umrle po treh dneh. Miške, ki so jih imunizirali z rPA z dodanim adjuvansom Al, so pokazale 100 % preživelost. Pri vseh preostalih skupinah pa je bila preživelost 60-80 %.<br /> <br /> <br /> '''DISKUSIJA'''<br /> <br /> V raziskavi so torej uspešno izrazili gen za PA v Indijski ogrščici in tobaku in dosegli imunsko zaščito pri miškah, ki so se prehranjevale s temi rastlinami. Miške so pokazale visok titer anti-PA protiteles v serumu, kar kaže na učinkovitost takega sistema. Prav tako so zaznali prisotnost Ab razreda IgA v vzorcih blata, kar kaže na to, da lahko z oralno imunizacijo pri miškah zagotovimo tudi zaščito sluznic. Sekretorna IgA so namreč izrednega pomena pri vdihavanju celic ''B. anthracis'' in odpornosti na bolezen, predvsem smrtonosne pljučne oblike. V raziskavi so pokazali tudi, da lahko uporaba adjuvansov pripomore k boljšemu imunskemu odgovoru tudi v primeru oralne imunizacije.<br /> <br /> <br /> <br /> '''Dostop do članka''': http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614000571</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Pridobitev_za%C5%A1%C4%8Ditnega_imunskega_odziva_proti_antraksu_preko_oralne_imunizacije_z_za%C5%A1%C4%8Ditnim_antigenom_kot_cepivom,_pridobljenim_na_osnovi_rastlin&diff=9139 2014-04-05T01:09:27Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''UVOD'''<br /> <br /> Antraks ali vranični prisad je bolezen, ki jo povzroča bakterija ''Bacillus anthracis''. Gre za nalezljivo bolezen, ki običajno prizadene rastlinojede živali, lahko pa tudi človeka. Razširjena je predvsem na kmetijskih področjih Osrednje Azije, Južne Amerike in Afrike. Pri človeku se najpogosteje pojavlja kožna oblika, ki je običajno ozdravljiva, pri drugih oblikah antraksa pa je smrtnost precej visoka. Posebno nevarna je pljučna oblika bolezni, ki nastane zaradi vdihavanja spor te bakterije, prav te pa se uporabljajo kot biološko orožje v teroristične namene.<br /> <br /> Cepiva proti antraksu, ki se uporabljajo v veterinarske namene in za zaščito človeka, niso idealna, saj povzročajo neželene stranske učinke, niso cenovno ugodna in omogočajo le sistemsko imunost. Prav tako cepljenje živali predstavlja nevarnost za človeka, ko gre za divje in potencialno že okužene živali. Alternativo klasičnim cepivom predstavljajo cepiva, ki temeljijo na oralni aplikaciji. Lahko gre za transgene rastline, ki vsebujejo in izražajo gen za določen antigen in po užitju pri človeku ali živali spodbudijo ustrezen imunski odziv. <br /> <br /> V raziskavi, ki jo obravnava članek, so pripravili transgene linije Indijske ogrščice (''Brassica juncea'') in tobaka, ki so vsebovale gen za 'zaščitni antigen' (protective antigen, PA). Gre za poglavitno imunogeno komponento tridelnega toksina antraksa. Cepiva, pripravljena na osnovi užitnih rastlin olajšajo dostavnost živalim in ljudem, so cenejša, varnejša in poleg sistemske imunosti omogočajo tudi prisotnost protiteles v sluznicah. <br /> <br /> <br /> '''POTEK DELA'''<br /> <br /> Gen za PA so s specifičnimi začetnimi oligonukleotidi pomnožili iz plazmida pXO1 (naravni plazmid B. anthracis) in ga klonirali v vektorja pCHV-RKB in pBIN. Prvi vektor je omogočal mestospecifičen vnos gena v kloroplaste tobaka, transformacijo pa so dosegli z metodo biolistike. Transgeno Indijsko ogrščico so pripravili s pomočjo drugega vektorja in z ''Agrobacterium'' posredovano transformacijo. Vključitev transgena v genom rastlin so preučevali z metodo PCR ter s prenosom Southern. <br /> <br /> Iz listov transgenega tobaka in ogrščice so nato izolirali vse topne proteine, naredili prenos Western, prisotnost PA pa so dokazovali s specifičnimi anti-PA protitelesi. Funkcionalno aktivnost PA so preverili z in vitro citotoksičnim testom na makrofagih, ki so jih inkubirali z PA skupaj z funkcionalnim proteinom toksina antraksa (lethal factor, LF). <br /> <br /> Sledili so poskusi na miškah BALB/c. Poskuse do izvedli na 11 skupinah mišk, vsaka pa je vsebovala 5-6 miši. Miši so imunizirali z določeno količino PA, dobljeno iz ogrščice oz. tobaka ter z rPA (rekombinanti PA, pridobljen iz ''E. coli''). Ag so v miške vnesli intraperitonealno (i.p.), oz. so živali hranili z listi transgenih rastlin, pri čemer so določene skupine imunizirali ob uporabi enega izmed dveh adjuvansov (alhidrogel (Al) ali toksin kolere (CT)), pri drugih pa adjuvansov niso dodali. Miške so imunizirali ob dnevih 0, 7, 14 in 28, zadnjo poživilno dozo pa so prejele na dan 175. Pred vsako ponovno imunizacijo so miškam odvzeli krvne vzorce in vzorce blata ter s pomočjo testa ELISA določili titer prisotnih anti-PA protiteles razredov IgG1, IgG2a in IgA. Nevtralizacijo učinkovitost protiteles so testirali tako, da so jih inkubirali s pridobljenimi PA (skupaj z LF), inkubacijsko mešanico pa testirali na makrofagih.<br /> <br /> V zadnji stopnji so preverili učinkovitost imunskega odziva testnih mišk. Miškam so i.p. aplicirali določeno količino vegetativnih celic ''B. anthracis'' na dan 189 in jih opazovali še mesec dni, v kolikor so preživele.<br /> <br /> <br /> '''REZULTATI'''<br /> <br /> Metodi PCR in Southern sta potrdili vključitev transgena v genom rastline, v primeru tobaka so dokazali mestospecifično vgraditev gena v DNA kloroplastov. Prenos Western in uporaba specifičnih anti-PA sta dokazala prisotnost PA v proteinskem izolatu. <br /> <br /> In vitro citotoksični testi so dokazali biološko aktivnost PA. V primeru vzorcev PA, izoliranih iz ogrščice, je toksin liziral 26-81 % makrofagov, v primeru vzorcev PA iz tobaka pa 93-96 %. S testom ELISA so pokazali, da so bila anti-PA protitelesa prisotna tako v serumu kot vzorcih blata. Najvišje titre za protitelesa razreda IgG so zaznali v primeru mišk, imuniziranih i.p. z rPA ob dodatku adjuvansa Al, titri pri ostalih skupinah mišk pa so bili le nekoliko nižji. Titri za protitelesa razreda IgA so bili signifikantno nižji kot titri za protitelesa razreda IgG. Nevtralizacijski test je pokazal, da so bila protitelesa pridobljena po oralni imunizaciji sposobna nevtralizirati toksin. <br /> <br /> V končnem poskusu, kjer so miškam aplicirali vegetativne celice ''B. anthracis'', so jih 14 dni opazovali na vsake 3-4 ure. Vse kontrolne miške so umrle po treh dneh. Miške, ki so jih imunizirali z rPA z dodanim adjuvansom Al, so pokazale 100 % preživelost. Pri vseh preostalih skupinah pa je bila preživelost 60-80 %.<br /> <br /> <br /> '''DISKUSIJA'''<br /> <br /> V raziskavi so torej uspešno izrazili gen za PA v Indijski ogrščici in tobaku in dosegli imunsko zaščito pri miškah, ki so se prehranjevale s temi rastlinami. Miške so pokazale visok titer anti-PA protiteles v serumu, kar kaže na učinkovitost takega sistema. Prav tako so zaznali prisotnost Ab razreda IgA v vzorcih blata, kar kaže na to, da lahko z oralno imunizacijo pri miškah zagotovimo tudi zaščito sluznic. Sekretorna IgA so namreč izrednega pomena pri vdihavanju celic ''B. anthracis'' in odpornosti na bolezen, predvsem smrtonosne pljučne oblike. V raziskavi so pokazali tudi, da lahko uporaba adjuvansov pripomore k boljšemu imunskemu odgovoru tudi v primeru oralne imunizacije.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Pridobitev_za%C5%A1%C4%8Ditnega_imunskega_odziva_proti_antraksu_preko_oralne_imunizacije_z_za%C5%A1%C4%8Ditnim_antigenom_kot_cepivom,_pridobljenim_na_osnovi_rastlin&diff=9138 2014-04-05T01:07:13Z

<p>SabinaKolar: New page: &#039;&#039;&#039;UVOD&#039;&#039;&#039; Antraks ali vranični prisad je bolezen, ki jo povzroča bakterija Bacillus anthracis. Gre za nalezljivo bolezen, ki običajno prizadene rastlinojede živali, lahko pa tudi čl...</p> <hr /> <div>'''UVOD'''<br /> <br /> Antraks ali vranični prisad je bolezen, ki jo povzroča bakterija Bacillus anthracis. Gre za nalezljivo bolezen, ki običajno prizadene rastlinojede živali, lahko pa tudi človeka. Razširjena je predvsem na kmetijskih področjih Osrednje Azije, Južne Amerike in Afrike. Pri človeku se najpogosteje pojavlja kožna oblika, ki je običajno ozdravljiva, pri drugih oblikah antraksa pa je smrtnost precej visoka. Posebno nevarna je pljučna oblika bolezni, ki nastane zaradi vdihavanja spor te bakterije, prav te pa se uporabljajo kot biološko orožje v teroristične namene.<br /> <br /> Cepiva proti antraksu, ki se uporabljajo v veterinarske namene in za zaščito človeka, niso idealna, saj povzročajo neželene stranske učinke, niso cenovno ugodna in omogočajo le sistemsko imunost. Prav tako cepljenje živali predstavlja nevarnost za človeka, ko gre za divje in potencialno že okužene živali. Alternativo klasičnim cepivom predstavljajo cepiva, ki temeljijo na oralni aplikaciji. Lahko gre za transgene rastline, ki vsebujejo in izražajo gen za določen antigen in po užitju pri človeku ali živali spodbudijo ustrezen imunski odziv. <br /> <br /> V raziskavi, ki jo obravnava članek, so pripravili transgene linije Indijske ogrščice (Brassica juncea) in tobaka, ki so vsebovale gen za 'zaščitni antigen' (protective antigen, PA). Gre za poglavitno imunogeno komponento tridelnega toksina antraksa. Cepiva, pripravljena na osnovi užitnih rastlin olajšajo dostavnost živalim in ljudem, so cenejša, varnejša in poleg sistemske imunosti omogočajo tudi prisotnost protiteles v sluznicah. <br /> <br /> <br /> '''POTEK DELA'''<br /> <br /> Gen za PA so s specifičnimi začetnimi oligonukleotidi pomnožili iz plazmida pXO1 (naravni plazmid B. anthracis) in ga klonirali v vektorja pCHV-RKB in pBIN. Prvi vektor je omogočal mestospecifičen vnos gena v kloroplaste tobaka, transformacijo pa so dosegli z metodo biolistike. Transgeno Indijsko ogrščico so pripravili s pomočjo drugega vektorja in z Agrobacterium posredovano transformacijo. Vključitev transgena v genom rastlin so preučevali z metodo PCR ter s prenosom Southern. <br /> <br /> Iz listov transgenega tobaka in ogrščice so nato izolirali vse topne proteine, naredili prenos Western, prisotnost PA pa so dokazovali s specifičnimi anti-PA protitelesi. Funkcionalno aktivnost PA so preverili z in vitro citotoksičnim testom na makrofagih, ki so jih inkubirali z PA skupaj z funkcionalnim proteinom toksina antraksa (lethal factor, LF). <br /> <br /> Sledili so poskusi na miškah BALB/c. Poskuse do izvedli na 11 skupinah mišk, vsaka pa je vsebovala 5-6 miši. Miši so imunizirali z določeno količino PA, dobljeno iz ogrščice oz. tobaka ter z rPA (rekombinanti PA, pridobljen iz E. coli). Ag so v miške vnesli intraperitonealno (i.p.), oz. so živali hranili z listi transgenih rastlin, pri čemer so določene skupine imunizirali ob uporabi enega izmed dveh adjuvansov (alhidrogel (Al) ali toksin kolere (CT)), pri drugih pa adjuvansov niso dodali. Miške so imunizirali ob dnevih 0, 7, 14 in 28, zadnjo poživilno dozo pa so prejele na dan 175. Pred vsako ponovno imunizacijo so miškam odvzeli krvne vzorce in vzorce blata ter s pomočjo testa ELISA določili titer prisotnih anti-PA protiteles razredov IgG1, IgG2a in IgA. Nevtralizacijo učinkovitost protiteles so testirali tako, da so jih inkubirali s pridobljenimi PA (skupaj z LF), inkubacijsko mešanico pa testirali na makrofagih.<br /> <br /> V zadnji stopnji so preverili učinkovitost imunskega odziva testnih mišk. Miškam so i.p. aplicirali določeno količino vegetativnih celic B. anthracis na dan 189 in jih opazovali še mesec dni, v kolikor so preživele.<br /> <br /> <br /> '''REZULTATI'''<br /> <br /> Metodi PCR in Southern sta potrdili vključitev transgena v genom rastline, v primeru tobaka so dokazali mestospecifično vgraditev gena v DNA kloroplastov. Prenos Western in uporaba specifičnih anti-PA sta dokazala prisotnost PA v proteinskem izolatu. <br /> <br /> In vitro citotoksični testi so dokazali biološko aktivnost PA. V primeru vzorcev PA, izoliranih iz ogrščice, je toksin liziral 26-81 % makrofagov, v primeru vzorcev PA iz tobaka pa 93-96 %. S testom ELISA so pokazali, da so bila anti-PA protitelesa prisotna tako v serumu kot vzorcih blata. Najvišje titre za protitelesa razreda IgG so zaznali v primeru mišk, imuniziranih i.p. z rPA ob dodatku adjuvansa Al, titri pri ostalih skupinah mišk pa so bili le nekoliko nižji. Titri za protitelesa razreda IgA so bili signifikantno nižji kot titri za protitelesa razreda IgG. Nevtralizacijski test je pokazal, da so bila protitelesa pridobljena po oralni imunizaciji sposobna nevtralizirati toksin. <br /> <br /> V končnem poskusu, kjer so miškam aplicirali vegetativne celice B. anthracis, so jih 14 dni opazovali na vsake 3-4 ure. Vse kontrolne miške so umrle po treh dneh. Miške, ki so jih imunizirali z rPA z dodanim adjuvansom Al, so pokazale 100 % preživelost. Pri vseh preostalih skupinah pa je bila preživelost 60-80 %.<br /> <br /> <br /> '''DISKUSIJA'''<br /> <br /> V raziskavi so torej uspešno izrazili gen za PA v Indijski ogrščici in tobaku in dosegli imunsko zaščito pri miškah, ki so se prehranjevale s temi rastlinami. Miške so pokazale visok titer anti-PA protiteles v serumu, kar kaže na učinkovitost takega sistema. Prav tako so zaznali prisotnost Ab razreda IgA v vzorcih blata, kar kaže na to, da lahko z oralno imunizacijo pri miškah zagotovimo tudi zaščito sluznic. Sekretorna IgA so namreč izrednega pomena pri vdihavanju celic B. anthracis in odpornosti na bolezen, predvsem smrtonosne pljučne oblike. V raziskavi so pokazali tudi, da lahko uporaba adjuvansov pripomore k boljšemu imunskemu odgovoru tudi v primeru oralne imunizacije.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2014&diff=9137 2014-04-05T01:01:57Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''<br /> <br /> V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.<br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> Naslovi odobrenih člankov:<br /> <br /> # A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html) [[Proizvodnja feremonov vešče v rastlinah]]. Filip Kolenc, 24. marca 2014<br /> # Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) [[Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo]]. Aleksander Krajnc, 24. marca 2014<br /> # Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) [[Produkcija optično čiste mlečne kisline v sevu enterococcus faecium kaže potencial v biopretvorbi odpadkov kmetijske industrije: fiziološka in proteomska študija]]. Žan Železnik, 31. marca<br /> # Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) [[Glive, sposobne razgradnje formaldehida: izolacija, karakterizacija in njihov metabolizem formaldehida.]] Sara Sajko, 31. marca<br /> # Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika. Vito Frančič, 7. aprila<br /> # Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine (J. Gorantala, ''et al''; Journal of Biotechnology, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614000571) - [[Pridobitev zaščitnega imunskega odziva proti antraksu preko oralne imunizacije z zaščitnim antigenom kot cepivom, pridobljenim na osnovi rastlin]]. Sabina Kolar, 7. aprila<br /> # Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev ter primer uporabe cepiva pri miših. Ana Dolinar, 14. aprila<br /> # Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak, 14. aprila<br /> # Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) Inženiring ''Escherichie coli'' za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo. Maja Remškar, 5. maja<br /> # Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. (M. N. Thaker et al.; Nature Biotechnology 31, 922-927; 2013)Špela Podjed, 5. maja<br /> # Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). Elmina Handanović, 12. maja 2014<br /> # Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). Luka Bevc, 12. maja<br /> # Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. Jernej Mustar, 19. maja<br /> # Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140) Luka Grm, 19. maja<br /> # M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc, 26. maja<br /> # Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo &amp; David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant, 26. maja</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Produkcija_opti%C4%8Dno_%C4%8Diste_mle%C4%8Dne_kisline_v_sevu_enterococcus_faecium_ka%C5%BEe_potencial_v_biopretvorbi_odpadkov_kmetijske_industrije:_fiziolo%C5%A1ka_in_proteomska_%C5%A1tudija&diff=9110 2014-03-30T17:08:35Z

<p>SabinaKolar: New page: ČLANEK: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614000169 &#039;&#039;&#039;Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industri...</p> <hr /> <div>ČLANEK: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614000169<br /> <br /> '''Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies'''<br /> <br /> <br /> == UVOD ==<br /> Zaradi želje po razvoju alternative iz nafte pridelanim umetnim materialom se v zadnjih letih veliko pozornost posveča raziskavam različnim bioplastik. Eni od teh razgradljivih biopolimerov so polilaktidi. Zaradi tega se je močno povečala potreba po proizvodnji monomerne enote tega polimera: mlečne kisline (LA). Eden od problemov je, da je za proizvodnjo polimerov potrebna optično čista mlečna kislina, saj je poli-D-LA amorfna, poli-L-LA pa kristalinična struktura.<br /> Proizvodnja mlečne kisline je možna preko kemične sinteze ali pa s mikrobno fermentacijo ogljikovih hidratov. Slednji način ima številne prednosti, saj navadno dobimo optično čistejši produkt, delovna temperatura proizvodnje je nižja, zaradi možnosti uporabe odpadkov kmetijske industrije pa so substrati mnogo cenejši. Za proizvodnjo so najprimernejše mlečnokislinske bakterije, saj je mlečna kislina njihov glavni končni metabolični produkt.<br /> <br /> <br /> == IZBOR SEVA ==<br /> Pri tej raziskavi so najprej želeli ugotoviti, kateri sev mlečnokislinskih bakterij je najprimernejši za proizvodnjo levosučne oblike mlečne kisline. Na koncu eksponentne faze rasti so določili koncentracije mlečne kisline za vsak sev. Pri tem so z encimskim testom posebej določili koncentracijo levosučne ter desnosučne oblike. Kriterija za najprimernejši sev sta bila dva: koncentracija mlečne kisline ter optična čistost le te. Sev Enterococcus faecium LLAA-1 je najbolj ustrezal tema dvema kriterijema, zato so nadaljne raziskave opravljali na temu sevu.<br /> <br /> <br /> == PROIZVODNJA MLEČNE KISLINE PRI RASTI NA RAZLIČNIH SLADKORJIH ==<br /> V naslednji stopnji študije so preverili, z uporabo katerega sladkorja je proizvodnja mlečne kisline največja. Bakterije so gojili na kemično definiranem gojišču, ter bogatem gojišču M17. V obeh primerih so mediju dodali glukozo, fruktozo, celobiozo ali ksilozo. Pri mediju M17 so preverili tudi, ali dodatek natrijevega acetata poveča produkcijo mlečne kisline. Po pričakovanju so bakterije v M17 gojišču dosegle višjo optično gostoto, ter višjo produkcijo mlečne kisline, kot bakterije v definiranem gojišču. Glukoza ter fruktoza sta dala najboljše rezultate, pri ksilozi pa sta bila rast ter produkcija zelo nizki. Dodatek natrijevega acetata ni izboljšal produkcije mlečne kisline. Še več, v primeru glukoze in celobioze jo je celo zmanjšal.<br /> <br /> <br /> == VPLIV KISIKA NA PROIZVODNJO MLEČNE KISLINE ==<br /> Preverili so rast celic ter produkcijo mlečne kisline v aerobnih ter anaerobnih pogojih. Pri tem so uporabili bogato gojišče z dodatkom fruktoze. Porabo fruktoze ter produkcijo mlečne kisline so spremljali s HPLC. Ugotovili so, da je rast v aerobnih in anaerobnih pogojih primerljiva. Končna optična gostota pri aerobnih pogojih je manj kot 10% višja kot pri anaerobnih pogojih, kar ni bilo pričakovano, saj ima navadno kisik inhibitorni učinek na rast mikroaerofilnih mlečnokislinskih bakterij.<br /> Produkcija mlečne kisline se je močno razlikovala v različnih pogojih. V aerobnih pogojih je bila skoraj 3x večja kot v anaerobnih pogojih. Bila je znatno višja, kot bi bila največja teoretična produkcija ob porabi vse fruktoze, kar kaže na to, da pride v aerobnih pogojih do aktivacije alternativnih metabolnih poti, ki vodijo v produkcijo mlečne kisline. Substrat pa so najverjetneje proteini.<br /> <br /> <br /> == PROTEOMSKA ANALIZA ==<br /> Da bi ugotovili, kaj je razlog za različno obnašanje celic v aerobnih in anaerobnih razmerah, so se odločili izvesti proteomsko analizo. Iz celic na začetku stacionarne faze so izolirali proteine, ter izvedli 2D elektroforezo. Proteine, pri katerih je bil nivo izražanja različen, so identificirali z MALDI TOF masno spektrometrijo. Različno se je izražalo le 17 proteinov, ki so jih razdelili v 3 skupine: proteine energetskega metabolizma, proteine stresnega odziva ter ostale proteine.<br /> V aerobnih pogojih se poveča izražanje komponent piruvat dehidrogenaznega kompleksa. Ker ta encimski kompleks usmerja piruvat v smer sineze acetil-CoA, in ne mlečne kisline, je to še en indikator, da je razlog za višjo produkcijo mlečne kisline pretvorba nekega drugega substrata, in ne fruktoze.<br /> Eden od proteinov, ki ima povišano izražanje v aerobnih pogojih, je podenota alkil hidroperoksid reduktaze. Ta protein ima glede na homologijo najbrš NADH oksidazno aktivnost, kar poveča oksidativni metabolizem. Tako je razlog za povečano produkcijo mlečne kisline v aerobnih pogojih najbrš kombinacija povečanja fruktoznega katabolizma, ter delno zaradi aktivacije aminokislinskega katabolizma. Aminokislinski katabolizem poda celicam dve prednosti za produkcijo mlečne kisline: nov vir substratov za biosintezo; ter produkcija amoniaka. Slednje je pomembno, saj nevtralizira zakisanje, do katerega bi prišlo, zaradi povečanja sinteze mlečne kisline.<br /> Proteini stresnega odziva so imeli povišano raven izražanja v anaerobnih pogojih, kar kaže na to, da je prisotnost kisika ugodna za rast tega seva bakterij. Med ostalimi proteini s spremenjenim nivojem izražanja sta bila 2 proteina, udeležena v sintezo proteinov, ter 3 hipotetični proteini, katerih funkcija ni znana.<br /> <br /> <br /> == ZAKLJUČEK ==<br /> Številne seve mlečnokislinskih bakterij bi lahko uporabili pri industrijski proizvodnji mlečne kisline, toda enantioselektivnost sinteze ta nabor močno zmanjša. Sev E. faectum LLAA-1 je sposoben proizvodnje velikih količin optično čiste levo-sučne mlečne kisline. Ker zelo verjetno kot substrat lahko uporablja poleg sladkorjev tudi aminokisline, to omogoča, da lahko kot vir ogljika uporabimo ne le polisaharidno biomaso, temveč tudi s proteini bogate odpadke živiljske industrije.<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> 1. Pessione, A., et al. (2014), Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies. Journal of Biotechnology, 173: 31-40</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2014&diff=9109 2014-03-30T17:02:54Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''<br /> <br /> V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.<br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> Naslovi odobrenih člankov:<br /> <br /> # A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html) [[Proizvodnja feremonov vešče v rastlinah]]. Filip Kolenc, 24. marca 2014<br /> # Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) [[Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo]]. Aleksander Krajnc, 24. marca 2014<br /> # Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) [[Produkcija optično čiste mlečne kisline v sevu enterococcus faecium kaže potencial v biopretvorbi odpadkov kmetijske industrije: fiziološka in proteomska študija]]. Žan Železnik, 31. marca<br /> # Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) [[Glive, sposobne razgradnje formaldehida: izolacija, karakterizacija in njihov metabolizem formaldehida.]] Sara Sajko, 31. marca<br /> # Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika. Vito Frančič, 7. aprila<br /> # Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine. Sabina Kolar, 7. aprila<br /> # Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev ter primer uporabe cepiva pri miših. Ana Dolinar, 14. aprila<br /> # Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak, 14. aprila<br /> # Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) Inženiring ''Escherichie coli'' za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo. Maja Remškar, 5. maja<br /> # Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. (M. N. Thaker et al.; Nature Biotechnology 31, 922-927; 2013)Špela Podjed, 5. maja<br /> # Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). Elmina Handanović, 12. maja 2014<br /> # Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). Luka Bevc, 12. maja<br /> # Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. Jernej Mustar, 19. maja<br /> # Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140) Luka Grm, 19. maja<br /> # M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc, 26. maja<br /> # Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo &amp; David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant, 26. maja</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2014&diff=9108 2014-03-30T17:02:21Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''<br /> <br /> V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.<br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> Naslovi odobrenih člankov:<br /> <br /> # A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html) [[Proizvodnja feremonov vešče v rastlinah]]. Filip Kolenc, 24. marca 2014<br /> # Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) [[Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo]]. Aleksander Krajnc, 24. marca 2014<br /> # Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) [[Produkcija optično čiste mlečne kisline v sevu enterococcus faecium kaže potencial v biopretvorbi odpadkov kmetijske industrije: fiziološka in proteomska študija]]Žan Železnik, 31. marca<br /> # Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) [[Glive, sposobne razgradnje formaldehida: izolacija, karakterizacija in njihov metabolizem formaldehida.]] Sara Sajko, 31. marca<br /> # Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika. Vito Frančič, 7. aprila<br /> # Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine. Sabina Kolar, 7. aprila<br /> # Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev ter primer uporabe cepiva pri miših. Ana Dolinar, 14. aprila<br /> # Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak, 14. aprila<br /> # Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) Inženiring ''Escherichie coli'' za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo. Maja Remškar, 5. maja<br /> # Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. (M. N. Thaker et al.; Nature Biotechnology 31, 922-927; 2013)Špela Podjed, 5. maja<br /> # Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). Elmina Handanović, 12. maja 2014<br /> # Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). Luka Bevc, 12. maja<br /> # Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. Jernej Mustar, 19. maja<br /> # Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140) Luka Grm, 19. maja<br /> # M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc, 26. maja<br /> # Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo &amp; David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant, 26. maja</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2014&diff=9075 2014-03-23T23:18:04Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''<br /> <br /> V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.<br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> Naslovi odobrenih člankov:<br /> <br /> # A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html) [[Proizvodnja feremonov vešče v rastlinah]]. Filip Kolenc, 24. marca 2014<br /> <br /> # Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) [[Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo]]. Aleksander Krajnc, 24. marca 2014<br /> <br /> <br /> # Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) Žan Železnik, 31. marca<br /> # Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) Sara Sajko, 31. marca<br /> # Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika. Vito Frančič, 7. aprila<br /> # Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine. Sabina Kolar, 7. aprila<br /> # Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev ter primer uporabe cepiva pri miših. Ana Dolinar, 14. aprila<br /> # Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak, 14. aprila<br /> # Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) Inženiring ''Escherichie coli'' za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo. Maja Remškar, 5. maja<br /> # Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. (M. N. Thaker et al.; Nature Biotechnology 31, 922-927; 2013)Špela Podjed, 5. maja<br /> # Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). Elmina Handanović, 12. maja 2014<br /> # Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). Luka Bevc, 12. maja<br /> # Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. Jernej Mustar, 19. maja<br /> # Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140) Luka Grm, 19. maja<br /> # M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc, 26. maja<br /> # Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo &amp; David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant, 26. maja</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2014&diff=9074 2014-03-23T23:17:40Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''<br /> <br /> V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.<br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> Naslovi odobrenih člankov:<br /> <br /> # A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html) [[Proizvodnja feremonov vešče v rastlinah]]. Filip Kolenc, 24. marca 2014<br /> <br /> # Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) [[Vstavitev gena ''rd29A:AtDREB2A'' CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo]]. Aleksander Krajnc, 24. marca 2014<br /> <br /> <br /> # Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) Žan Železnik, 31. marca<br /> # Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) Sara Sajko, 31. marca<br /> # Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika. Vito Frančič, 7. aprila<br /> # Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine. Sabina Kolar, 7. aprila<br /> # Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev ter primer uporabe cepiva pri miših. Ana Dolinar, 14. aprila<br /> # Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak, 14. aprila<br /> # Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) Inženiring ''Escherichie coli'' za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo. Maja Remškar, 5. maja<br /> # Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. (M. N. Thaker et al.; Nature Biotechnology 31, 922-927; 2013)Špela Podjed, 5. maja<br /> # Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). Elmina Handanović, 12. maja 2014<br /> # Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). Luka Bevc, 12. maja<br /> # Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. Jernej Mustar, 19. maja<br /> # Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140) Luka Grm, 19. maja<br /> # M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc, 26. maja<br /> # Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo &amp; David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant, 26. maja</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vstavitev_gena_rd29A:AtDREB2A_CA_v_sojo_in_njegova_molekulska_karakterizacija_v_listih_in_koreninah_med_dehidracijo&diff=9073 2014-03-23T23:15:57Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''''Leading article:''' Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration''<br /> <br /> <br /> Brazilija in ZDA sta največji proizvodni državi soje na svetu, kjer vsaka pridela približno 35% soje. Ko govorimo o proizvodnji in izvozu soje, se moramo zavedati, da govorimo o trgu vrednem 60 bilijonov dolarjev. Vsaka naravna katastrofa, predvsem suša, pomeni ogromne denarne izgube teh velikih držav in velik manjko soje v največjih uvoznicah (Kitajska uvozi 54% soje sveta). Potreba po sojinih kultivarih, ki so odporni na sušo in vročino je čedalje večja, saj se bo po napovedih IPCC (Intergovrnmental Panel on Climate Change, 2007) Zemljina temparatura vzdigovala v naslednjih letih, desetletjih in s tem bo prišlo do počasnega zmanjšanja površin za gojenje soje kot tudi drugih poljščin. Ena od alternativ kako minimizirati izgube v sušnih obdobjih je prav z uporabo biotehnoloških orodij.<br /> <br /> Družina transkripcijskih faktorjev (''Dehydration Responsive Element Binding - DREB'') iz ''Arabidopsis thaliana'' je povezana z povečano odpornostjo proti abiotskem stresu. Znan transkripcijski faktor (TF) ''AtDREB2A'' sproži povečano izražanje proteinov kot odziv na sušo, visoko slanost in vročino. Dokazali so že, da je prekomerno izražanje konstitutivno aktivnega (CA) DREB2A v Arabidopsis thaliana pokazalo povečano toleranco na stres, ki se pojavlja pri suši (pomanjkanje vode, vročina, slanost). Prav tako so v soji so našli DREB2 gen (''GmDREB2;2'') in s prenosom in ekspresijo tega v Arabidopsis thaliana izboljšali njen odziv na stres. To je neposredni dokaz, da DREB podobni proteini povečajo odpornost na abiotski stres in sušnost. Poravnava sekvenc med družino DREB genov je pokazala le majhno razliko med podobnimi rastlinami v neohranjenih regijah.<br /> <br /> V tej raziskavi so TF ''AtDREB2A'' so vstavili v sojo z biolistiko. Kultivar BR 16, ki ni odporen na sušo, so kotransformirali z konstruktoma ''rd29A:AtDREB2A'' CA in ''ahas:AtAHAS''. Konstrukt ''rd29A:AtDREB2A'' CA je sestavljen iz promotorja ''rd29A'', ki ga lahko induciramo s stresom ter kodirajoče regije ''AtDREB2A'' CA, ki ima izbrisano domeno za negativno regulacijo. Drugi konstrukt, ''ahas:AtAHAS'', je potreben, ker deluje kot selekcijski marker za imazapir. Imazapir je imidazolinski herbicid, ki pri selekcionira transformirane rastline, saj preprečuje razvoj celic, ki niso dobile konstruktov. <br /> <br /> Na začetku raziskave so imeli 6537 embrijev. Po biolistiki jih je, od 970 preiskanih, pokazalo 78 pozitivni rezultat za vstavljeni konstrukt, a sta bile le dve GS rastlini od teh brez himer; GS rastlini P1397 in P2193. Iskanje teh konstruktov so izvedli z konvencionalno PCR metod s specifičnimi začetnimi oligonukleotidi. Himerizacija je drugače pogost pojav pri biolistiki in zato so uporabili imazapir, saj ta zmanjšuje prav slednjo.<br /> <br /> Število kopij vstavljenega transgena v T0 generaciji GS rastlin je bilo v povprečju 2-17, kar je karakteristika transformacije z biolistiko. Pri P2193 so se vstavitve transgena ''AtDREB2A'' CA zgodile na istem lokusu, saj podatki iz generacij T1 in T2 kažejo vzorec segregacije, ki sledi Mendelovim zakonom dedovanja. Southern blot je pokazal, da je v T0 generaciji je imela GS rastlina P2193 ogromno vstavljenih insertov (&gt;48), ki jih je izgubila v tranziciji iz T0 v T1, nato pa je število insertov v generacijah T1 in T2 ostalo stabilno (0-5). Pri P1397 so v T0 generaciji opazili 9-17 kopij in 0-3 v T1. Ko so primerjali rezultate T0 in T1 generacij, so rastline P2193 kazale največjo gensko ekspresijo. To verjetno tudi namiguje na večjo stabilnost transgena v genomu P2193 v primerjavi z P1397.<br /> <br /> Izguba transgena pri tranziciji je pogost pojav pri segregaciji gamet. Možna razlaga mehanizmov izgube je lahko, da je prišlo do intrakromosalne rekombinacija, do nestabilnost genov zaradi manipulacije tkivne kulture, ali napake v vzorcu metilacije DNA, kateri sledi eliminacija genov, ki jo aktivira obrambni mehanizem rastline. <br /> <br /> Nivo izražanja transgena v P2193 in P1397 med dehidracijo celic v BOD inkubatorju, kaže, da se je ''Arabidopsis thaliana'' TF ''DREB2A'' aktiviral v soji. Pri T0 generaciji je bilo izražanje povečano za slab red velikosti 103 (725x pred inkubacijo) v primerjavi z BR16 in je padalo s časom v inkubatorjem. Opaziti je bilo, da je izražanje pri T1 generaciji padlo na 111x povečanje transkriptov v celici pred inkubacijo.<br /> <br /> Visoko izražanje je bilo opaženo med dehidracijo v hidroponičnem sistemu. Po vodnem stresu je bil nivo izražanja transgena v listih in koreninah 1042x in 27750x višji kot v kontrolnih rastlinah. To kaže, da se konstrukt'' AtDREB2A'' CA diferenčno izraža v različnih delih soje. V soji imajo verjetno TF neposreden vpliv na vzdrževanje vodnega stresa v listih in koreninah in so povezani z izražanjem genov, ki so pomagajo pri zaščiti celičnih struktur pred dehidracijo.<br /> <br /> Nivo izražanja in število kopij v celicah GS rastlin je dokaz, da je bil celični ustroj sprejel TF ''AtDREB2A'' CA. Najverjetneje se je transgen vstavil nekje v evkromatske regije, kjer ni prišlo do metilacije ali utišanja tega. V rastlini P2193 je bil transgen diferenčno izražen v listih in koreninah med pomanjkanjem vode. Nadaljne raziskave bi morale biti opravljene na GS rastlini P2193, predvsem na področju kaskade efektorskih proteinov pod regulacijo TF ''AtDREB2A'' CA. Vključiti bi bilo tudi treba ta kultivar v širše progame razvoja sojinih rastlin odpornih na sušo.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vstavitev_gena_rd29A:AtDREB2A_CA_v_sojo_in_njegova_molekulska_karakterizacija_v_listih_in_koreninah_med_dehidracijo&diff=9072 2014-03-23T23:08:57Z

<p>SabinaKolar: New page: Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo Leading article: Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybe...</p> <hr /> <div>Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo<br /> <br /> <br /> Leading article: Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration<br /> <br /> <br /> <br /> Brazilija in ZDA sta največji proizvodni državi soje na svetu, kjer vsaka pridela približno 35% soje. Ko govorimo o proizvodnji in izvozu soje, se moramo zavedati, da govorimo o trgu vrednem 60 bilijonov dolarjev. Vsaka naravna katastrofa, predvsem suša, pomeni ogromne denarne izgube teh velikih držav in velik manjko soje v največjih uvoznicah (Kitajska uvozi 54% soje sveta). Potreba po sojinih kultivarih, ki so odporni na sušo in vročino je čedalje večja, saj se bo po napovedih IPCC (Intergovrnmental Panel on Climate Change, 2007) Zemljina temparatura vzdigovala v naslednjih letih, desetletjih in s tem bo prišlo do počasnega zmanjšanja površin za gojenje soje kot tudi drugih poljščin. Ena od alternativ kako minimizirati izgube v sušnih obdobjih je prav z uporabo biotehnoloških orodij.<br /> <br /> Družina transkripcijskih faktorjev (Dehydration Responsive Element Binding - DREB) iz Arabidopsis thaliana je povezana z povečano odpornostjo proti abiotskem stresu. Znan transkripcijski faktor (TF) AtDREB2A sproži povečano izražanje proteinov kot odziv na sušo, visoko slanost in vročino. Dokazali so že, da je prekomerno izražanje konstitutivno aktivnega (CA) DREB2A v Arabidopsis thaliana pokazalo povečano toleranco na stres, ki se pojavlja pri suši (pomanjkanje vode, vročina, slanost). Prav tako so v soji so našli DREB2 gen (GmDREB2;2) in s prenosom in ekspresijo tega v Arabidopsis thaliana izboljšali njen odziv na stres. To je neposredni dokaz, da DREB podobni proteini povečajo odpornost na abiotski stres in sušnost. Poravnava sekvenc med družino DREB genov je pokazala le majhno razliko med podobnimi rastlinami v neohranjenih regijah.<br /> <br /> V tej raziskavi so TF AtDREB2A so vstavili v sojo z biolistiko. Kultivar BR 16, ki ni odporen na sušo, so kotransformirali z konstruktoma rd29A:AtDREB2A CA in ahas:AtAHAS. Konstrukt rd29A:AtDREB2A CA je sestavljen iz promotorja rd29A, ki ga lahko induciramo s stresom ter kodirajoče regije AtDREB2A CA, ki ima izbrisano domeno za negativno regulacijo. Drugi konstrukt, ahas:AtAHAS, je potreben, ker deluje kot selekcijski marker za imazapir. Imazapir je imidazolinski herbicid, ki pri selekcionira transformirane rastline, saj preprečuje razvoj celic, ki niso dobile konstruktov. <br /> <br /> Na začetku raziskave so imeli 6537 embrijev. Po biolistiki jih je, od 970 preiskanih, pokazalo 78 pozitivni rezultat za vstavljeni konstrukt, a sta bile le dve GS rastlini od teh brez himer; GS rastlini P1397 in P2193. Iskanje teh konstruktov so izvedli z konvencionalno PCR metod s specifičnimi začetnimi oligonukleotidi. Himerizacija je drugače pogost pojav pri biolistiki in zato so uporabili imazapir, saj ta zmanjšuje prav slednjo.<br /> <br /> Število kopij vstavljenega transgena v T0 generaciji GS rastlin je bilo v povprečju 2-17, kar je karakteristika transformacije z biolistiko. Pri P2193 so se vstavitve transgena AtDREB2A CA zgodile na istem lokusu, saj podatki iz generacij T1 in T2 kažejo vzorec segregacije, ki sledi Mendelovim zakonom dedovanja. Southern blot je pokazal, da je v T0 generaciji je imela GS rastlina P2193 ogromno vstavljenih insertov (&gt;48), ki jih je izgubila v tranziciji iz T0 v T1, nato pa je število insertov v generacijah T1 in T2 ostalo stabilno (0-5). Pri P1397 so v T0 generaciji opazili 9-17 kopij in 0-3 v T1. Ko so primerjali rezultate T0 in T1 generacij, so rastline P2193 kazale največjo gensko ekspresijo. To verjetno tudi namiguje na večjo stabilnost transgena v genomu P2193 v primerjavi z P1397.<br /> <br /> Izguba transgena pri tranziciji je pogost pojav pri segregaciji gamet. Možna razlaga mehanizmov izgube je lahko, da je prišlo do intrakromosalne rekombinacija, do nestabilnost genov zaradi manipulacije tkivne kulture, ali napake v vzorcu metilacije DNA, kateri sledi eliminacija genov, ki jo aktivira obrambni mehanizem rastline. <br /> <br /> Nivo izražanja transgena v P2193 in P1397 med dehidracijo celic v BOD inkubatorju, kaže, da se je Arabidopsis thaliana TF DREB2A aktiviral v soji. Pri T0 generaciji je bilo izražanje povečano za slab red velikosti 103 (725x pred inkubacijo) v primerjavi z BR16 in je padalo s časom v inkubatorjem. Opaziti je bilo, da je izražanje pri T1 generaciji padlo na 111x povečanje transkriptov v celici pred inkubacijo.<br /> <br /> Visoko izražanje je bilo opaženo med dehidracijo v hidroponičnem sistemu. Po vodnem stresu je bil nivo izražanja transgena v listih in koreninah 1042x in 27750x višji kot v kontrolnih rastlinah. To kaže, da se konstrukt AtDREB2A CA diferenčno izraža v različnih delih soje. V soji imajo verjetno TF neposreden vpliv na vzdrževanje vodnega stresa v listih in koreninah in so povezani z izražanjem genov, ki so pomagajo pri zaščiti celičnih struktur pred dehidracijo.<br /> <br /> Nivo izražanja in število kopij v celicah GS rastlin je dokaz, da je bil celični ustroj sprejel TF AtDREB2A CA. Najverjetneje se je transgen vstavil nekje v evkromatske regije, kjer ni prišlo do metilacije ali utišanja tega. V rastlini P2193 je bil transgen diferenčno izražen v listih in koreninah med pomanjkanjem vode. Nadaljne raziskave bi morale biti opravljene na GS rastlini P2193, predvsem na področju kaskade efektorskih proteinov pod regulacijo TF AtDREB2A CA. Vključiti bi bilo tudi treba ta kultivar v širše progame razvoja sojinih rastlin odpornih na sušo.&lt;nowiki&gt;Insert non-formatted text here&lt;/nowiki&gt;</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2014&diff=9071 2014-03-23T23:07:37Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''<br /> <br /> V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.<br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> Naslovi odobrenih člankov:<br /> <br /> # A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html) [[Proizvodnja feremonov vešče v rastlinah]]. Filip Kolenc, 24. marca 2014<br /> <br /> # Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) [[Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo]]. Aleksander Krajnc, 24. marca 2014<br /> <br /> <br /> # Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) Žan Železnik, 31. marca<br /> # Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) Sara Sajko, 31. marca<br /> # Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika. Vito Frančič, 7. aprila<br /> # Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine. Sabina Kolar, 7. aprila<br /> # Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev ter primer uporabe cepiva pri miših. Ana Dolinar, 14. aprila<br /> # Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak, 14. aprila<br /> # Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) Inženiring ''Escherichie coli'' za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo. Maja Remškar, 5. maja<br /> # Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. (M. N. Thaker et al.; Nature Biotechnology 31, 922-927; 2013)Špela Podjed, 5. maja<br /> # Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). Elmina Handanović, 12. maja 2014<br /> # Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). Luka Bevc, 12. maja<br /> # Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. Jernej Mustar, 19. maja<br /> # Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140) Luka Grm, 19. maja<br /> # M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc, 26. maja<br /> # Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo &amp; David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant, 26. maja</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetski_status_in_motnje_delovanja_mo%C5%BEganov&diff=6161 2011-04-18T21:10:20Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> Vse bolj očitno postaja, da so epigenetske modifikacije kritični faktorji regulacije izražanja genov. Delujejo kot dinamične oznake, ki spremenijo vzorec ekspresije in tako na nivoju celotnega genoma vzpostavijo specifični profil celic. Ključnega pomena so med razvojem ter kasneje za celično diferenciacijo. V oziru na živčni sistem igrajo te spremembe veliko vlogo v raznolikem sklopu procesov in so tako povezani s številnimi motnjami. Pridobivanje novih celostnih znanj o ključnih komponentah in mehanizmih vpletenih v epigenetsko regulacijo bo imelo v prihodnosti velik pomen pri razumevanju in zdravljenju posledičnih bolezenskih stanj.<br /> <br /> == Razvoj možganov ==<br /> Za diferenciacijo celic v nevronske celice so odgovorni prav posebni geni, kateri zapisujejo za proteine, ki so pomembni pri nevronski vzdražnosti, sproščanju nevrotransmiterjev in ohranjanju transmembranskega potenciala. Ti geni morajo biti v vseh drugih celicah našega telesa seveda neaktivni, za kar so odgovorni posebni utiševalni elementi NRSE (nevron restrictive silencer element), ki se nahajajo na promotorjih teh genov. Regulatorni elementi NRSE (21-24bp) lahko popolnoma utišajo gene v »nenevronskih« celicah. Utišanje se zgodi zaradi posebnih transkripcijskih faktorjev, ki se nanje vežejo in delujejo kot represorji. Če v »nenevronskih« celicah represorjev ni ali če niso aktivni in ne morejo inhibirati NRSE, pride pri razvoju otroka v maternici do izražanja teh tipičnih nevronskih genov v vseh tkivih. Posledica je že zgodnja smrt embria. Prisotnost represorjev v nevronskem sistemu pa lahko privede do disfunkcij in motenj v razvoju možganov in živčevja. <br /> Da pa geni, ki zapisujejo za te represorje ostanejo utišani v nevronskih celicah, mora biti struktura kromatina posebno oblikovana. Gre za regulacijo, ki je odvisna od modifikacije histonov ter tudi same DNA. Zmanjšana raven acetilacije histonov in povišana metilacija na promotorjih običajno pomeni deaktivacijo genov in onemogočeno transkripcijo. V možganskih celicah mora biti prisoten ravno takšen epigenetski status na genih za te represorje, v vseh ostalih celicah pa ravno obratno. Za deacetilacijo histonov je odgovoren encim HDAC (histonska deacetilaza), medtem ko metilacijo DNA izvede DNMT (DNA metiltransferaza). Epigenetski dejavniki in usklajeno delovanje modificirajočih encimov tako poleg ostalih transkripcijskih faktorjev vplivajo na diferenciacijo celic, tudi nevronov in vplivajo na pravilen razvoj možganov.<br /> <br /> == Spomin ==<br /> Nevronske celice izločajo poseben nevrotropični faktor BDNF (brain-derived neurotrophic factor). BDNF spada med nevrotropine, ki so skupina rastnih faktorjev in je bistvenega pomena za oblikovanje dolgotrajnega spomina ter sinaptične plastičnosti, njegova inhibicija pa naj bi pomenila tudi kognitivne in mentalne okvare.<br /> Regulacija BDNF je dober primer, kjer epigenetske modifikacije poleg običajnih transkripcijskih faktorjev vplivajo na izražanje genov in v tem primeru povzročijo spremembe v elektrofiziologiji in vedenju možganov. Študije so pokazale, da je tudi aktivnost gena, ki zapisuje za BDNF, odvisna od epigenetskega statusa njegovega promotorja in histonov, ki so v povezavi s tem genom.<br /> CBP je encim, ki spada med HAT (histonska acetiltransferaza) in modificira histone, tako da jih acetilira. Acetilacija histonov je ponavadi povezana z aktivacijo genov. Pravilno delovanje CBP, oziroma acetilacija histonov blizu gena za BDNF, je nujno potrebna za sinaptično plastičnost in oblikovanje spomina. <br /> Znanstveniki predvidevajo, da gre pri oblikovanju spomina za tako imenovano histonsko kodo, kar pomeni, da različni tipi spomina vključujejo različne vzorce histonske modifikacije. Pri oblikovanju dolgotrajnega spomina gre za močno povečana acetilacija histona H3, H4 pa ne sme biti acetiliran.<br /> Motnja v delovanju HAT torej pomeni oslabljene sposobnosti pomnjenja. Ugotovljeno pa je bilo tudi, da naj bi HDAC, ki deluje z nasprotnim učinkom kot HAT delovala kot represor spomina, saj deacetilira histone. Inhibicija HDAC dokazano pomeni izboljšanje v sposobnosti pomnjenja in večjo sinaptično plastičnost, pa tudi pri mnogih nevronskih boleznih, kar pa se tudi že uporablja v klinične namene.<br /> Poleg histonske regulacije BDNF gena, pa na izražanje vpliva tudi modifikacija same DNA. Različne ravni metilacije promotorja tega gena vplivajo na njegovo izražanje. Metilacija in demetilacija se v celici dogaja ves čas, tudi ko je ta že diferencirana. V možganskih celica je to bistvenega pomena pri oblikovanju spomina. Metilacija oz. demetilacija lahko traja od nekaj sekund, do nekaj ur, pa tudi več desetletij. Nek metilacijski vzorec pa se lahko celo prenaša iz generacije v generacijo. Pri kratkotrajnem spominu naj bi metilirano stanje trajalo nekaj minut, pri dolgotrajnem pa tudi skozi celo življenje. <br /> Nevroni odraslega človeka se ne delijo več in verjetno se tudi zato razvil ta mehanizem modifikacije, kot del nadaljnega razvijanja možganov. Pomenijo izkustveno pridobljene spremembe vedenja kot so učenje, spomin in dolgotrajne navade. Ravno zato je epigenetski status tako zelo bistven pri razvijanju in funkcionalnosti možganov.<br /> <br /> == Bolezni ==<br /> Veliko možganskih funkcij je odvisnih od sprememb v genskem izražanju. Zato ima epigenetika velik vpliv na kognitivne sposobnosti, razvoj možganskih bolezni ter odvisnosti. <br /> DNA in histonsko modifikacijo povzročijo različni dejavniki, kot je prehrana ter vpliv kemikalij (ftalati). V določenih primerih pa se epigenetski status lahko tudi deduje iz generacije v generacijo, kar pojasnjuje prisotnost neke bolezni v družinah.<br /> <br /> === Rett sindrom ===<br /> Rettov sindrom je naziv za skupek simptomov, ki jih povzroči genetska napaka na kromosomu x. Posledično pride do zaostanka v razvoju možganov. Je ena najbolj raziskanih bolezni z vidika delovanja epigenetike. Sindromi nastanejo zaradi mutacije gena, ki zapisuje za MeCP2 (Metil-CpG binding protein-2).<br /> MeCP2 je protein, ki se veže na metilirano CpG območje na promotorskem mestu na DNA. Deluje kot dolgoročni epigenetski modulator, ter ob vezavi deluje kot utiševalec transkripcije. Njegova prisotnost regulira tudi nadaljno metilacijo na DNA, saj pripomore, da DNMT (DNA metiltransferaza) dodatno modificira kromatin. Če je gen za njegov zapis mutiran, bo izražanje mnogih genov nepravilno regulirano, kar povzroči nastanek mnogih različnih sindromov (rett sindromi), kot so kognitivne in motorične disfunkcije, mentalna retardacija in motnja usklajenosti gibov, lahko se pojavi tudi epilepsija.<br /> DNA metilacija je običajno povezana z represijo transkripcije genov. Kot že omenjeno, se na takšno DNA lahko vežejo proteini kot je MeCP2, ti pa olajšajo vezavo še enega encima HDAC (histonska deacetilaza)na histone. HDAC histone deacetilira, kar pomeni še dodatno deaktivacijo gena. Ta dva dogodka skupaj oblikujeta strukturo kromatina in fizično onemogočata, da bi se lahko na promotorje vezali transkripcijski faktorji. <br /> V primeru, da je protein MeCP2 nefunkcionalen, pride do motenj v regulaciji izražanja genov. Transkripcija je takrat onemogočena, kar lahko izzove razne bolezni in disfunkcije možganov, za katere so značilni rett sindromi.<br /> <br /> === Huntingtonova bolezen ===<br /> Je avtosomalna, dominatno dedovana, progresivna bolezen, katere značilnosti so nehoteni grobi gibi, upad kognitivnih sposobnosti ter čustvene in psihiatrične motnje. Izguba nevronov in astroglioliza je posledica prevelikega povečanja števila CAG trinukleotidov na genu, ki nosi zapis za protein huntingtin. Zaradi te mutacije postane huntingtin neaktiven in proteolitični encimi ga fragmentirajo. Fragmenti tvorijo nekakšne gmote, ki se akumulirajo v celici. Posledica so motnje v prevajanju signala in odmiranje nevronov.<br /> Huntingtin je zelo pomemben protein, saj normalno omogoča ekspresijo gena za BDNF (brain derived neurotrophic factor). Ta je nujno potreben za oblikovanje dolgotrajnega spomina, njegova inhibicija pa pomeni kognitivne in mentalne okvare na ravni transkripcije. <br /> Epigenetski vpliv je omejen predvsem na (CAG)n regijo, kjer lahko pride do modifikacij. Dodatno pa se ta regija nahaja še v območju CpG, ki je prav tako precej dovzetna za modifikacijo, posebno na citozinu. Raziskave so pokazale, da prav modifikacija DNA in histonov vpliva na stabilnost teh ponovitev in da je DNA metilacija povezana z mutagenezo, ki pomeni več CAG zaporedij, kot je običajno.<br /> <br /> === Shizofrenija ===<br /> Obsega več različnih vrst duševnih bolezni, ki obsegajo motnje v mišljenju, zaznavanju, čustvovanju, hotenju… Sem uvrščamo npr. avtizem, kjer pacienti bežijo iz resničnosti v lasten notranji svet, povezan z halucinacijami in blodnjami. <br /> Vzrok bolezni naj bi bila abnormalna regulacija gena za protein reelin, raziskave pa shizofrenijo povezujejo še z nepravilnim izražanjem še mnogih drugih genov. Reelin je pomemben pri oblikovanju možganov že zgodaj v razvoju in kasneje pri učenju. Gen naj bi bil pri pacientih zaradi hipermetilacije na CpG mestih promotorja manj aktiven, kot je normalno. DNA metilacija se običajno zgodi že zelo zgodaj v otroštvu in ostane nespremenjena ves čas našega življenja . Lahko pride do modifikacije tudi kasneje v življenju, tudi v starosti, na kar močno vpliva okolje. <br /> Shizofrenija naj bi se tudi dedovala. V družinah, kjer je bolezen že prisotna, je verjetnost, da se bo pojavila še pri kakšnem sorodniku, 9x večja kot splošno v populacij. Raziskave kažejo na to, da se epigenetski status nekega točno določenega gena lahko prenaša iz generacije v generacijo.<br /> <br /> === Alzheimerjeva bolezen ===<br /> Bolezen nastane zaradi nastanka nevrofibrilarnih vozlov v celici, oziroma tvorjenja zunajceličnih plakov. Posledica je odmrtje nevronov in sinaps v možganih. Plaki nastanejo ob prisotnosti polipeptida ß-amiloida, okoli katerega se nalagajo drugi proteini. ß-amiloid nastane pri hidrolizi APP (amyloid precurzor protein), ter povzroča hude bolezni tudi v drugih organih v telesu. Posledica kopičenja tega proteina v možganih je demenca in končno smrt. <br /> Epigenetski mehanizem te bolezni, ki regulira ekspresijo genov in stopnjo oksidativno poškodovane DNA, deluje preko metilacije ali oksidacije CpG dinukleotidov v promotorjih gena za APP. <br /> Vpliv okolja lahko že v zelo zgodnjem obdobju razvoja možganov inhibira DNMT (DNA metiltransferazo). Zaradi tega pride do hipometilacije genov, kot npr. gena za APP. Ti zgodnji vzorci se lahko ohranijo in izrazijo šele pozno v življenju, posledica pa je povečano izražanje APP in s tem ß-amiloida, kar pomeni tvorbo plakov v celici, povezanih z nevrodegenerativnimi dogodki.<br /> Pomemben dejavnik te bolezni je tudi oksidativni stres. Gre za oksidacijo makromolekul, tudi DNA. Gvanin ima glede na ostale nukleotide majhen oksidacijski potencial in ROS (reactive oxygen species ) z njim najhitreje reagirajo. Pri tem nastane oxo8dG (oksidirana oblika gvanina). Zaradi te modifikacije postane afiniteta transkripcijskih faktorjev, ki se vežejo na DNA spremenjena, kar močno vpliva na ekspresijo genov. <br /> Glede na to, da ima APP promoter kar 72% GC parov, oziroma kar 5x več CpG regij kot običajni promotorji, je bolj dovzeten za metilacijo DNA in oksidacijo, ki se običajno zgodi ravno na citozinu.<br /> <br /> === Histonska modifikacija in bolezni možganov ===<br /> Do sedaj je bilo govora večino o pomenu modifikacije na sami DNA. Velik pomen na izražanje genov ima tudi modifikacija histonov. Običajno acetilacija histonov pomeni aktivacijo genov, deacetilacija pa utišanje genov, kot tudi metilacija na DNA. Preko določenih proteinov (MeCP2) sta ta dva dogodka povezana in vplivata drug na drugega.<br /> HDAC, encim, ki deacetilira histone, običajno pomaga pri nastanku nevrodenerativnih boleznih, kot so shizofrenija, Huntingtonova in Parkinsonova bolezen. HDAC inhibitorji (HDI) torej delujejo kot nevroprotektorji. Preprečujejo oz. upočasnijo odmiranje nevronov in vitro in in vivo, njihovo delovanje pa se s pridom uporablja že v klinične namene.<br /> <br /> == Vplivi alkohola, zdravil in drog ==<br /> Etanol je škodljiv teratogen, ki inducira številne nevronske okvare predvsem pri razvoju otroških možganov. Prav tako ga povezujejo s posledičnimi vedenjskimi in drugimi fiziološkimi motnjami. Na zvezo z epigenetskimi mehanizmi kažejo redke študije, ki dokazujejo vpletenost etanola v spremembe diferenciacije nevronskih celic ter drugih epigenetskih mehanizmov, kjer naj bi etanol inhibitorno vplival na metabolizem eno-karbonskih skupin, DNA metiltransferazo in metilacijo DNA ter modifikacije histonov in nekodirajočih RNA. Predpostavljeno je, da so te spremembe v epigenetskem programiranju lahko osnova teratogenih posledic uživanja večjih količin etanola tako pred kot tudi med nosečnostjo, kot je fetalni alkoholni sindrom. <br /> Dandanes je med drugim na voljo tudi vrsta različnih zdravil, ki delujejo kot inhibitorji funkcij določenih proteinov, pri tem pa je glavna tarča DNA saj je osnova za določanje njihove ekspresije. Zdravila se na DNA vežejo na različne načine. Lahko je to posredno z nadzorovanjem encimov in faktorjev vpletenih v transkripcijo ali pa z molekulami, ki se vežejo direktno na določene dele dvojne vijačnice in vplivajo na interakcijo med DNA in proteini. Tako neposredno delovanje zdravil na DNA ima pogosto neprijetne stranske učinke posledično pa so lahko pri tem na udaru tudi drugi, na primer replikacijski sistemi DNA, ki so ključni za nemoten razvoj celice.<br /> Droge, kot sta na primer kokain ali heroin sprožajo epigenetske spremembe v določenih možganskih predelih, kjer naenkrat vplivajo na stotine genov. Nekatere od teh sprememb ostanejo tudi po odstranitvi škodljive substance iz telesa in se verjetno tudi trajno zapisujejo v epigenetski kod. Obstajajo tudi študije, ki namigujejo, da je povečana metilacija DNA lahko predispozicija za očutljivost posameznika na razvoj odvisnosti. Stanje hipermetilacije je lahko poleg dednega prenosa preko genomskega podvojevanja tudi posledica drugih življenjskih dogodkov. V končni fazi pa dolgoročno uživanje takšnih substanc tudi samo po sebi vpliva na epigenetski status.<br /> <br /> == Viri ==<br /> # Jonathan M. Levenson and J. David Sweatt, Epigenetic mechanisms in memory formation, Nature February 2005 volume 6 108-118 http://neuroschool.univ-lille1.fr/mes_documents/reul/levenson_and_sweatt_nat_neurosci_rev_2005.pdf<br /> # Nasser H. Zawia, Debomoy K. Lahiri and Fernando Cardozo–Pelaez, Epigenetics, oxidative stress and Alzheimer’s Diseas, Free Radic Biol Med. Author manuscript PMC 2010 May 1 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2673453/<br /> # Tania L. Roth, Farah D. Lubin, Monsheel Sodhi and Joel E. Kleinman, Epigenetic mechanisms in schizophrenia, Biochim Biophys Acta. Author manuscript PMC 2010 September 1 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779706/<br /> # David Berreby, Environmental Impact, The scientist Volume 25 Issue 3 Page 40 http://www.the-scientist.com/article/display/58009/<br /> # Philip C. Haycock, Fetal Alcohol Spectrum Disorders: The Epigenetic Perspective, Biology of Reproduction October 1 2009 vol. 81 no. 4 607-617 http://www.biolreprod.org/content/81/4/607.long<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetsko_uravnavanje_izra%C5%BEanja_genov&diff=5368 2011-02-17T14:19:59Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Mehanizem metilacije DNA<br /> # Mehanizem modifikacije histonov<br /> # Analiza metilacijskih vzorcev na DNA<br /> # Analiza posttranslacijskih sprememb histonov<br /> # Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)<br /> # Ksenobiotiki in epigenetske spremembe<br /> # Epigenetske spremembe in rak<br /> # Epigenetske spremembe in debelost<br /> # Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)<br /> # Epigenetska regulacija celičnega cikla<br /> # Epigenetika in staranje<br /> # Projekt Čovekov epigenom<br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu v začetku aprila 2011 (po 7 predstavitev v 2 urah).<br /> <br /> ----<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> # ''Mehanizem metilacije DNA''<br /> # ''Mehanizem modifikacije histonov''<br /> # ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA''<br /> # ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov''<br /> # ''Dedovanje metilacijskih vzorcev''<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana''<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki''<br /> # ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe''<br /> # ''Epigenetske spremembe in rak''<br /> # ''Epigenetske spremembe in debelost''<br /> # ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)<br /> # ''Epigenetska regulacija celičnega cikla''<br /> # ''Epigenetika in staranje''<br /> # ''Projekt Čovekov epigenom''<br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetsko_uravnavanje_izra%C5%BEanja_genov&diff=5367 2011-02-17T14:19:43Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Mehanizem metilacije DNA<br /> # Mehanizem modifikacije histonov<br /> # Analiza metilacijskih vzorcev na DNA<br /> # Analiza posttranslacijskih sprememb histonov<br /> # Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)<br /> # Ksenobiotiki in epigenetske spremembe<br /> # Epigenetske spremembe in rak<br /> # Epigenetske spremembe in debelost<br /> # Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)<br /> # Epigenetska regulacija celičnega cikla<br /> # Epigenetika in staranje<br /> # Projekt Čovekov epigenom<br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu v začetku aprila 2011 (po 7 predstavitev v 2 urah).<br /> <br /> ----<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> # ''Mehanizem metilacije DNA''<br /> # ''Mehanizem modifikacije histonov''<br /> # ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA''<br /> # ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov''<br /> # ''Dedovanje metilacijskih vzorcev''<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana''<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki''<br /> # ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe''<br /> # ''Epigenetske spremembe in rak''<br /> # ''Epigenetske spremembe in debelost''<br /> # ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)<br /> # ''Epigenetska regulacija celičnega cikla''<br /> # ''Epigenetika in staranje''<br /> # ''Projekt Čovekov epigenom''<br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija&diff=5366 2011-02-17T14:11:11Z

<p>SabinaKolar: /* Teme predavanj */</p> <hr /> <div>Predmet 2. letnika študijskega programa Biokemija. Izvaja se v poletnem semestru. Ima 45 h predavanj, 20 h semnarjev in 10 h laboratorijskih vaj, skupaj 5 kreditnih točk ECTS.<br /> <br /> Nosilec predmeta: doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]. Temi Dinamika proteinske strukture in Povezava struktura - funkcija predava doc. dr. Gregor Gunčar.<br /> <br /> Urnik predavanj in seminarjev: sreda 10h - 12h in petek 11h - 13h v veliki predavalnici IJS.<br /> <br /> Razpored vaj bo objavljen kasneje. Vaje bomo predvidoma izvedli v zadnjem tednu maja in prvem tednu junija (10 h).<br /> <br /> Izpitni roki: 27.6., 6.7., 30.8. in 23.9. 2011.<br /> Delnih izpitov ne bo.<br /> <br /> === Teme predavanj ===<br /> # Mehanizem podvojevanja DNA (4P)<br /> # Rekombinacija in popravljanje mutacij (4P)<br /> # Transkripcija in posttranskripcijski procesi (5P)<br /> # Genetski kod in tRNA (2P)<br /> # Ribosomi in translacija (5P)<br /> # Struktura kromosomov in organizacija genoma (2P, 2S) <br /> # Kontrola izražanja pri prokariontih (4P, 4S)<br /> # Kontrola izražanja pri evkariontih (2P, 2S)<br /> # Usmerjanje proteinov in posttranslacijske modifikacije (4P, 2S)<br /> # Razgradnja proteinov (3P)<br /> # *Dinamika proteinske strukture (2P, 4S)<br /> # *Primeri povezave med strukturo in delovanjem proteina (2P, 4S)<br /> # Virusi (2P, 2S)<br /> # Čutila (4P)<br /> ''(P = predavanje, S = seminar) * predava G. Gunčar''<br /> <br /> === Teme seminarjev ===<br /> Seminarji bodo vključeni v termine predavanj, obdelali pa bomo poglavja, ki se navezujejo na snov predavanj oziroma jo dodatno ilustrirajo.<br /> En teden bo namenjen skupnemu delu na isto temo, ki bo letos [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]]. Temo bomo razdelali z več vidikov, delo pa bo potekalo v manjših skupinah. Skupine bodo predstavile svoja poglavja na spletu in s kratkim (ustrezno slikovno podprtim) nastopom v predavalnici.<br /> <br /> === Teme laboratorijskih vah ===<br /> Navodila za vaje boste dobili pred začetkom vaj, to bo predvidoma v mesecu aprilu. Predvidene teme so: <br /> * Laktozni operon in alfa-komplementacija<br /> * Transdukcija bakterij in ciklus faga lambda<br /> * Utišanje genov<br /> <br /> === Literatura ===<br /> Voet &amp; Voet: Biochemistry, 3. izdaja. Wiley, 2004. - Tema tega predmeta je 5. del knjige, poglavja 29-34. Temi, ki ju bo predstavil doc. Gunčar, sta opisani v poglavjih 8 in 9 iste knjige. Tema Čutila bo povzeta po učbeniku Berg, Tymoczko &amp; Stryer: Biochemistry, 5. izdaja (Freeman, 2001).<br /> Učite se lahko tudi po novejših verzijah istih dveh učbenikov.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija&diff=5365 2011-02-17T14:10:30Z

<p>SabinaKolar: /* Teme predavanj */</p> <hr /> <div>Predmet 2. letnika študijskega programa Biokemija. Izvaja se v poletnem semestru. Ima 45 h predavanj, 20 h semnarjev in 10 h laboratorijskih vaj, skupaj 5 kreditnih točk ECTS.<br /> <br /> Nosilec predmeta: doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]. Temi Dinamika proteinske strukture in Povezava struktura - funkcija predava doc. dr. Gregor Gunčar.<br /> <br /> Urnik predavanj in seminarjev: sreda 10h - 12h in petek 11h - 13h v veliki predavalnici IJS.<br /> <br /> Razpored vaj bo objavljen kasneje. Vaje bomo predvidoma izvedli v zadnjem tednu maja in prvem tednu junija (10 h).<br /> <br /> Izpitni roki: 27.6., 6.7., 30.8. in 23.9. 2011.<br /> Delnih izpitov ne bo.<br /> <br /> === Teme predavanj ===<br /> # Mehanizem podvojevanja DNA (4P)<br /> # Rekombinacija in popravljanje mutacij (4P)<br /> # Transkripcija in posttranskripcijski procesi (5P)<br /> # Genetski kod in tRNA (2P)<br /> # Ribosomi in translacija (5P)<br /> # Struktura kromosomov in organizacija genoma (2P, 2S) (Kolar Sabina, Handanovič Elmina, Pavlovič Tonja)<br /> # Kontrola izražanja pri prokariontih (4P, 4S)<br /> # Kontrola izražanja pri evkariontih (2P, 2S)<br /> # Usmerjanje proteinov in posttranslacijske modifikacije (4P, 2S)<br /> # Razgradnja proteinov (3P)<br /> # *Dinamika proteinske strukture (2P, 4S)<br /> # *Primeri povezave med strukturo in delovanjem proteina (2P, 4S)<br /> # Virusi (2P, 2S)<br /> # Čutila (4P)<br /> ''(P = predavanje, S = seminar) * predava G. Gunčar''<br /> <br /> === Teme seminarjev ===<br /> Seminarji bodo vključeni v termine predavanj, obdelali pa bomo poglavja, ki se navezujejo na snov predavanj oziroma jo dodatno ilustrirajo.<br /> En teden bo namenjen skupnemu delu na isto temo, ki bo letos [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]]. Temo bomo razdelali z več vidikov, delo pa bo potekalo v manjših skupinah. Skupine bodo predstavile svoja poglavja na spletu in s kratkim (ustrezno slikovno podprtim) nastopom v predavalnici.<br /> <br /> === Teme laboratorijskih vah ===<br /> Navodila za vaje boste dobili pred začetkom vaj, to bo predvidoma v mesecu aprilu. Predvidene teme so: <br /> * Laktozni operon in alfa-komplementacija<br /> * Transdukcija bakterij in ciklus faga lambda<br /> * Utišanje genov<br /> <br /> === Literatura ===<br /> Voet &amp; Voet: Biochemistry, 3. izdaja. Wiley, 2004. - Tema tega predmeta je 5. del knjige, poglavja 29-34. Temi, ki ju bo predstavil doc. Gunčar, sta opisani v poglavjih 8 in 9 iste knjige. Tema Čutila bo povzeta po učbeniku Berg, Tymoczko &amp; Stryer: Biochemistry, 5. izdaja (Freeman, 2001).<br /> Učite se lahko tudi po novejših verzijah istih dveh učbenikov.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija&diff=5364 2011-02-17T14:10:20Z

<p>SabinaKolar: /* Teme predavanj */</p> <hr /> <div>Predmet 2. letnika študijskega programa Biokemija. Izvaja se v poletnem semestru. Ima 45 h predavanj, 20 h semnarjev in 10 h laboratorijskih vaj, skupaj 5 kreditnih točk ECTS.<br /> <br /> Nosilec predmeta: doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]. Temi Dinamika proteinske strukture in Povezava struktura - funkcija predava doc. dr. Gregor Gunčar.<br /> <br /> Urnik predavanj in seminarjev: sreda 10h - 12h in petek 11h - 13h v veliki predavalnici IJS.<br /> <br /> Razpored vaj bo objavljen kasneje. Vaje bomo predvidoma izvedli v zadnjem tednu maja in prvem tednu junija (10 h).<br /> <br /> Izpitni roki: 27.6., 6.7., 30.8. in 23.9. 2011.<br /> Delnih izpitov ne bo.<br /> <br /> === Teme predavanj ===<br /> # Mehanizem podvojevanja DNA (4P)<br /> # Rekombinacija in popravljanje mutacij (4P)<br /> # Transkripcija in posttranskripcijski procesi (5P)<br /> # Genetski kod in tRNA (2P)<br /> # Ribosomi in translacija (5P)<br /> # Struktura kromosomov in organizacija genoma (2P, 2S) (Kolar Sabina, Handanovič Elmina, Pavlovič Tonja)<br /> # Kontrola izražanja pri prokariontih (4P, 4S)<br /> # Kontrola izražanja pri evkariontih (2P, 2S)<br /> # Usmerjanje proteinov in posttranslacijske modifikacije (4P, 2S)<br /> # Razgradnja proteinov (3P)<br /> # *Dinamika proteinske strukture (2P, 4S)<br /> # *Primeri povezave med strukturo in delovanjem proteina (2P, 4S)<br /> # Virusi (2P, 2S)<br /> # Čutila (4P)<br /> ''(P = predavanje, S = seminar) * predava G. Gunčar''<br /> <br /> === Teme seminarjev ===<br /> Seminarji bodo vključeni v termine predavanj, obdelali pa bomo poglavja, ki se navezujejo na snov predavanj oziroma jo dodatno ilustrirajo.<br /> En teden bo namenjen skupnemu delu na isto temo, ki bo letos [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]]. Temo bomo razdelali z več vidikov, delo pa bo potekalo v manjših skupinah. Skupine bodo predstavile svoja poglavja na spletu in s kratkim (ustrezno slikovno podprtim) nastopom v predavalnici.<br /> <br /> === Teme laboratorijskih vah ===<br /> Navodila za vaje boste dobili pred začetkom vaj, to bo predvidoma v mesecu aprilu. Predvidene teme so: <br /> * Laktozni operon in alfa-komplementacija<br /> * Transdukcija bakterij in ciklus faga lambda<br /> * Utišanje genov<br /> <br /> === Literatura ===<br /> Voet &amp; Voet: Biochemistry, 3. izdaja. Wiley, 2004. - Tema tega predmeta je 5. del knjige, poglavja 29-34. Temi, ki ju bo predstavil doc. Gunčar, sta opisani v poglavjih 8 in 9 iste knjige. Tema Čutila bo povzeta po učbeniku Berg, Tymoczko &amp; Stryer: Biochemistry, 5. izdaja (Freeman, 2001).<br /> Učite se lahko tudi po novejših verzijah istih dveh učbenikov.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4355 2010-11-18T22:15:29Z

<p>SabinaKolar: /* Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.<br /> <br /> <br /> == Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==<br /> Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.<br /> <br /> == Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==<br /> RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&amp;bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.<br /> <br /> == Nejc Perme: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah ==<br /> Glukoza je zelo pomemben vir ogljika in energije za evkariontske celice. Zato so razvile kompleksne mehanizme za natančno zaznavanje sprememb v koncentraciji. V raziskavah, ki so potekale v kvasovkah, so odkrili tri mehanizme za zaznavanje glukoze:<br /> <br /> 1) Kot zaznavna molekula deluje sama heksokinaza 2. Izkazalo se je, da se heksokinaza 2 lahko nahaja tudi v jedru, kjer neposredno interagira s transkripcijskimi faktorji (npr. Mig1), ki kontrolirajo ekspresijo genov. Da se heksokinaza pomakne v jedro pa mora prej prejeti signal od glukoze.<br /> <br /> 2) Zaznavni molekuli sta dva proteina v membrani (Rgt2 in Snf3), ki sta homologna transportnim proteinom glukoze. Med seboj se razlikujeta v tem, da se Snf3 odzove na majhne koncentracije glukoze, Rgt2 pa na velike. Odzoveta se na enak način kot heksokinaza z represijo in ekspresijo nekaterih genov (pri tem ne vstopata v jedro)<br /> <br /> 3) Glukoza se zaznava z GPCR sistemom. Alfa-podenota se odcepi in aktivira adenilat ciklazo. Da postane adenilat ciklaza aktivna je potrebna še glukoza-6-fosfat.<br /> <br /> Kako te mehanizmi zaznajo glukozo še ni znano, dokazano pa je, da imajo molekule pomembne vloge pri signalizaciji saj brez njih ne pride do celičnega odziva. Raziskovanje mehanizmov zaznavanja je šele v začetnih fazah, zato lahko pričakujemo, da bodo nadaljnje raziskave uspele razložiti kako naše celice zaznajo glukozo.<br /> <br /> == Urška Žbogar: Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov ==<br /> Glikoliza je biokemijska pot, ki se je razvila pod anaerobnimi pogoji in v kateri se 1 molekula glukoze pretvori v 2 molekuli piruvata. Ta pot je regulirana s številnimi encimi, za katere so novejše študije pokazale, da so bolj zapleteni, multi-funkcijski proteini, ne pa zgolj enostavne komponente glikolitične poti. Nekateri encimi opravljajo dodatne funkcije, in sicer v<br /> regulaciji transkripcije: heksokinaza (HK)-2, laktat dehidrogenaza A (LDH-A), gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza (GAPD) in enolaza (ENO)-1;<br /> regulaciji apoptoze: glukokinaza, HK in GAPD;<br /> stimulaciji celične motilitete: glukoza-6-fosfat izomeraza<br /> <br /> Glikoliza je glavni vir proizvodnje energije v pogojih, ko primanjkuje kisika zato je izražanje genov, ki kodirajo glikolitične encime pomembno za prilagoditev na hipoksijo (pomanjkanje kisika). Odziv na hipoksijo je posredovan s transkripcijskim faktorjem HIF-1, ki veže cis-regulatorne elemente za aktivacijo genov za odziv na hipoksijo, vključno s tistimi, ki kodirajo glikolitične encime. Rakave celice pa opravljajo glikolizo s povišano produkcijo laktata kljub prisotnosti zadostne količine kisika. Odvisnost rakavih celic od glikolize se kaže v spremenjenih tumornih mitohondrijih, ki niso sposobni vzdrževati normalnega oksidativnega metabolizma.<br /> <br /> V primeru heksokinaze je glikolizna pot povezana z mitohondrijsko oksidativno fosforilacijo <br /> in apoptozo (lokalizacija v mitohondriju). Multifunkcionalnost teh encimov dokazuje tudi lokalizacija glikolitičnih encimov v jedru, kjer sodelujejo kot komponente transkripcijskega koaktivatorja (LDH-A in GAPD) ali represorja (ENO1), medtem ko sama glikoliza poteka izključno v citoplazmi.<br /> <br /> == Urban Bezeljak: Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta ==<br /> Raziskave na primeru biokemijskega aktomiozinskega motorja[http://www.banyantree.org/jsale/actinmyosin/images/actin.gif] so postregle z nekaterimi dognanji, ki so in še bodo pomagali razumeti ostale fiziološke procese od celičnega premikanja do celičnega signaliziranja. Tako kot pri avtomobilskem motorju z notranjim izgorevanjem lahko tudi pri motornem proteinu miozinu definiramo „delovni takt“, korak kjer pride do nastanka mehanske moči. Delovni takt aktomiozina je ključni trenutek v miozinskem ATPaznem ciklu, v katerem služi hidroliza ATP kot vir energije in konformacijskih sprememb, ki povzročijo premik mišičnih filamentov.<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Myosin Molekula miozina] je sestavljena iz glave (motorne domene), vratu (vzvoda) in dolgega repa, ki se prepleta ter tvori debel mišični filament. Na motorni domeni najdemo aktinske vezavne regije, nukleotidno vezavno mesto ter elemente, ki posredujejo spremembe v nukleotidnem žepu do vzvoda oz. do vezavnih mest za aktin. Ko je na miozinsko glavo vezana molekula ATP, sta aktin in miozin razdružena, ko pa pride do hidrolize, se zaradi nastalih konformacijskih sprememb glava lahko veže na aktin, vzvodna ročica miozina pa v koraku delovnega takta zamahne in premakne filamenta. Sprostitev produktov hidrolize in ponovna vezava ATP označujeta začetek novega mehanokemičnega cikla. Odločilen pomen pri izvedbi učinkovitega miozinskega zamaha igra t.i. aktnska aktivacija, ki onemogoči nastanek jalovega zamaha, pri katerem aktin in miozin nista povezana. Mehanizem preusmeritve reakcijskega pretoka na učinkovito izvedbo biološke funkcije imenujemo kinetična izbira reakcijske poti. Zanjo je značilno, da sistem ubere termodinamsko manj ugodno, a hitrejšo reakcijsko pot, saj je ugodnejša (v našem primeru jalov zamah) kinetično ovirana.<br /> <br /> == Margareta Žlajpah: Regulacija HIF-1 proteina ==<br /> &quot;Hypoxia-inducible factors&quot; ali drugače HIF proteini so skupina heterodimernih transkripcijskih faktorjev, ki se odzovejo na pomankanje kisika na celični ravni. Izmed vseh je HIF-1 protein najpomembnejši, saj je HIF-1 proteini tisi, ki je odgovoren za aktivacijo genov, ki kontrolirajo metabolne poti v takem okolju. Odgovor na &quot;hypoxio&quot; vključuje preklop iz aerobnega na anaerobni metabolizem in izražanje proteinov, ki regulirajo celično preživetje ali njeno smrt - apoptozo.<br /> <br /> Pomankanje kisika v celici je značilno tako za popolnoma zdrave bolnike (posledica višinskih treningov ali visokih alpinističnih vzponov) kot tudi za tiste, ki so zboleli za rakom. Ena izmed redkih autosomnih bolezni raka je tudi von Hippel Lindau bolezen. V kombinaciji z HIF-1α proteinom, naj bi se VHL gen dekativiral in s tem dovolil rast dobro ožiljenih tumorjev v ledvicah, očesni mrežnici in centralnem živčnem sistemu.<br /> <br /> Sam VHL protein (pVHL) pa ima tudi pomembno vlogo pri razgradnji HIF proteinov. Do sedaj je znanih nekaj različnih pVHL odvisnih mehanizmov po katerih se HIF protein razgradi, odkrili pa so tudi pVHL neodvisne mehanizme razgradnje. Po drugi strani pa je translacija še dokaj neodkrito področje biokemije, na katerem se iz dneva v dan pojavljajo nove ideje vendar natančnega mehanizma sinteze HIF proteina še ne poznamo.<br /> <br /> Cilj znanstvenikov je dodobra spoznati regulacijo tako sinteze kot tudi razgradnje HIF-1 proteina, saj bi z novimi dognanji na tem področju bili korak bližje izdelavi zdravil proti raku, ter razumevanju odziva telesa na pomankanje kisika.<br /> <br /> == Nives Naraglav: Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov ==<br /> Protein kinaze (PK) so v celicah zelo raznoliki in pogosti encimi, ki z odcepom fosfata iz molekule ATP, fosforilirajo ostale proteine. <br /> <br /> Čeprav so si PK v neaktivne stanju med seboj zelo različne, pa obstajajo elementi, ki se pogosteje ponavljajo v aktivnih oblikah več evkariontskih protein kinaz. Takšni elementi so katalitična zanka, aktivacijski segment, GHI domena in F heliks. Da je encim aktiven, morajo biti ti elementi v medsebojni legi, ki omogoča tvorjenje regulatornega in katalitičnega hidrofobnega področja, ki nastaneta z interakcijami med seboj oddaljenih aminokislinskih ostankov.<br /> <br /> Med preučevanjem evkariontskih PK in njihovih skupnih predhodnikov so znanstveniki ugotovili, da so prvi tekom evolucije razvili dinamičen način regulacije, ki je vezana na GHI domeno in aktivacijski segment, ki pa jih predhodniki nimajo. V dani raziskavi je podrobneje raziskano aktivno povezovanje elementov prek konformacijskih sprememb ter pomen različnih struktur pri aktivaciji in regulaciji evkariontskih PK.<br /> <br /> Razumevanje načina povezovanja katalitičnega ogrodja, ki sestoji iz F heliksa in hidrofobnih področij, s preostali elementi katalitične podenote, je izhodišče za raziskovanje nepravilnosti, drugačnosti v delovanju kinaz.<br /> <br /> == Maruša Bratuš: Mitohondriji kot jih ne poznamo ==<br /> <br /> Vsi poznamo mitohondrije, ki s pomočjo kisika in piruvat dehidrogenaze oksidativno dekarboksilirajo piruvat do acetil-koencima A, ki je potem v reakcijah Krebsovega cikla dokončno oksidiran do ogljikovega dioksida, pri čemer nastaja energija v obliki ATP, FADH2 in NADH. Večina energije pa potem pride iz oksidativne fosforilacije, ko so elektroni iz NADH preko verige prenosa elektronov prenešeni do kisika, prenos protonov, ki pri tem tudi poteka, pa poganja ATP sintazo. Poznamo pa tudi veliko organizmov, ki preživijo v okolju z zelo malo ali celo brez kisika. Kako preživijo? Njihovi mitohondriji kot končni akceptor elektronov ne potrebujejo kisika, saj uporabijo druge molekule, ki so na voljo, na primer nitrate iz okolja ali endogeno proizveden fumarat. Produkt njihovega dihanja zato ni voda, temveč nitriti ali sukcinat. Pri tem je pri eukariontih pomemben encim fumarat reduktaza, ki je strukturno soroden aerobnemu encimu sukcinat dehidrogenaza, funkcijo pa ima tako kot fumarat reduktazni kompleksi v prokariontih. Posebna vrsta mitohondrijev pa lahko kot donorje elektronov v sintezi ATP uporablja tudi anorganske sulfide. Za razlago raznolikosti mitohondrijev obstajata dve teoriji. Obe pa vključujeta možnost evolucijskih modifikacij podedovanih ali pridobljenih genov, ki naj bi izvirali neposredno iz genoma prednikov mitohondrijev, ki je bil najverjetneje individualna anaerobna eubakterija.<br /> <br /> <br /> == Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem ==<br /> <br /> Inzulin je majhen hormon, katerega glavna funkcija je regulacija metabolizma ogljikovih hidratov in maščob v telesu. Izloča se iz ß-celic pankreasa kot odgovor na povišano koncentracijo glukoze v krvi. Preko krvnega obtoka se prenese do tarčnih celic mišičnega in maščobnega tkiva, kjer se usede na specifičen tirozin-kinazni receptor INS-R. Preko zapletene kaskade spodbudi celico k absorbciji glukoze, s čimer je ohranjena normalna koncentracija glukoze v krvi tudi po zaužitem obroku.<br /> <br /> IRS je inzulin receptor substrat, ki po fosforilaciji z INS-R aktivira PPIn 3-kinazo, ta pa pretvori membranski fofatidilinositolbisfosfat ali PtdIns(4,5)P2 v trisfosforiliran PtdIns(3,4,5)P3. Nastali produkt je nujno potreben za aktivacijo kinaze PDK1, ki pa fosforilira še eno (serin/treonin) kinazo Akt. [http://www.shrani.si/f/3d/Xx/3JJwNshp/vpliv-inzulina-na-transp.jpg slika]<br /> <br /> Končni cilj te inzulin-stimulirane kaskade je transport glukoznega prenašalca iz citoplazme na plazmalemo. Glukozni transporter ali GLUT4 se prvotno nahaja v membrani intracelularnega kompartmenta, ob stimulaciji z inzulinom pa se le-ta prenese na plazmalemo in se z njo združi. GLUT je tako transportiran na zunanjo stran membrane, kjer lahko opravlja svojo funkcijo.<br /> <br /> Kljub dolgoletnim raziskovanjem te kaskade, pa je še vedno odprto vprašanje, kako in preko katerih molekul pa signal prepotuje od Akt do tega GLUT4 vsebovanega vezikla, oziroma kateri je tisti substrat Akt-a, ki vpliva na GLUT4 translokacijo do plazmaleme. Do sedaj so znanstveniki identificirali tri potencialne kandidate: AS160, PIKfyve in synip.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4354 2010-11-18T22:11:31Z

<p>SabinaKolar: /* Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.<br /> <br /> <br /> == Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==<br /> Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.<br /> <br /> == Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==<br /> RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&amp;bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.<br /> <br /> == Nejc Perme: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah ==<br /> Glukoza je zelo pomemben vir ogljika in energije za evkariontske celice. Zato so razvile kompleksne mehanizme za natančno zaznavanje sprememb v koncentraciji. V raziskavah, ki so potekale v kvasovkah, so odkrili tri mehanizme za zaznavanje glukoze:<br /> <br /> 1) Kot zaznavna molekula deluje sama heksokinaza 2. Izkazalo se je, da se heksokinaza 2 lahko nahaja tudi v jedru, kjer neposredno interagira s transkripcijskimi faktorji (npr. Mig1), ki kontrolirajo ekspresijo genov. Da se heksokinaza pomakne v jedro pa mora prej prejeti signal od glukoze.<br /> <br /> 2) Zaznavni molekuli sta dva proteina v membrani (Rgt2 in Snf3), ki sta homologna transportnim proteinom glukoze. Med seboj se razlikujeta v tem, da se Snf3 odzove na majhne koncentracije glukoze, Rgt2 pa na velike. Odzoveta se na enak način kot heksokinaza z represijo in ekspresijo nekaterih genov (pri tem ne vstopata v jedro)<br /> <br /> 3) Glukoza se zaznava z GPCR sistemom. Alfa-podenota se odcepi in aktivira adenilat ciklazo. Da postane adenilat ciklaza aktivna je potrebna še glukoza-6-fosfat.<br /> <br /> Kako te mehanizmi zaznajo glukozo še ni znano, dokazano pa je, da imajo molekule pomembne vloge pri signalizaciji saj brez njih ne pride do celičnega odziva. Raziskovanje mehanizmov zaznavanja je šele v začetnih fazah, zato lahko pričakujemo, da bodo nadaljnje raziskave uspele razložiti kako naše celice zaznajo glukozo.<br /> <br /> == Urška Žbogar: Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov ==<br /> Glikoliza je biokemijska pot, ki se je razvila pod anaerobnimi pogoji in v kateri se 1 molekula glukoze pretvori v 2 molekuli piruvata. Ta pot je regulirana s številnimi encimi, za katere so novejše študije pokazale, da so bolj zapleteni, multi-funkcijski proteini, ne pa zgolj enostavne komponente glikolitične poti. Nekateri encimi opravljajo dodatne funkcije, in sicer v<br /> regulaciji transkripcije: heksokinaza (HK)-2, laktat dehidrogenaza A (LDH-A), gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza (GAPD) in enolaza (ENO)-1;<br /> regulaciji apoptoze: glukokinaza, HK in GAPD;<br /> stimulaciji celične motilitete: glukoza-6-fosfat izomeraza<br /> <br /> Glikoliza je glavni vir proizvodnje energije v pogojih, ko primanjkuje kisika zato je izražanje genov, ki kodirajo glikolitične encime pomembno za prilagoditev na hipoksijo (pomanjkanje kisika). Odziv na hipoksijo je posredovan s transkripcijskim faktorjem HIF-1, ki veže cis-regulatorne elemente za aktivacijo genov za odziv na hipoksijo, vključno s tistimi, ki kodirajo glikolitične encime. Rakave celice pa opravljajo glikolizo s povišano produkcijo laktata kljub prisotnosti zadostne količine kisika. Odvisnost rakavih celic od glikolize se kaže v spremenjenih tumornih mitohondrijih, ki niso sposobni vzdrževati normalnega oksidativnega metabolizma.<br /> <br /> V primeru heksokinaze je glikolizna pot povezana z mitohondrijsko oksidativno fosforilacijo <br /> in apoptozo (lokalizacija v mitohondriju). Multifunkcionalnost teh encimov dokazuje tudi lokalizacija glikolitičnih encimov v jedru, kjer sodelujejo kot komponente transkripcijskega koaktivatorja (LDH-A in GAPD) ali represorja (ENO1), medtem ko sama glikoliza poteka izključno v citoplazmi.<br /> <br /> == Urban Bezeljak: Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta ==<br /> Raziskave na primeru biokemijskega aktomiozinskega motorja[http://www.banyantree.org/jsale/actinmyosin/images/actin.gif] so postregle z nekaterimi dognanji, ki so in še bodo pomagali razumeti ostale fiziološke procese od celičnega premikanja do celičnega signaliziranja. Tako kot pri avtomobilskem motorju z notranjim izgorevanjem lahko tudi pri motornem proteinu miozinu definiramo „delovni takt“, korak kjer pride do nastanka mehanske moči. Delovni takt aktomiozina je ključni trenutek v miozinskem ATPaznem ciklu, v katerem služi hidroliza ATP kot vir energije in konformacijskih sprememb, ki povzročijo premik mišičnih filamentov.<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Myosin Molekula miozina] je sestavljena iz glave (motorne domene), vratu (vzvoda) in dolgega repa, ki se prepleta ter tvori debel mišični filament. Na motorni domeni najdemo aktinske vezavne regije, nukleotidno vezavno mesto ter elemente, ki posredujejo spremembe v nukleotidnem žepu do vzvoda oz. do vezavnih mest za aktin. Ko je na miozinsko glavo vezana molekula ATP, sta aktin in miozin razdružena, ko pa pride do hidrolize, se zaradi nastalih konformacijskih sprememb glava lahko veže na aktin, vzvodna ročica miozina pa v koraku delovnega takta zamahne in premakne filamenta. Sprostitev produktov hidrolize in ponovna vezava ATP označujeta začetek novega mehanokemičnega cikla. Odločilen pomen pri izvedbi učinkovitega miozinskega zamaha igra t.i. aktnska aktivacija, ki onemogoči nastanek jalovega zamaha, pri katerem aktin in miozin nista povezana. Mehanizem preusmeritve reakcijskega pretoka na učinkovito izvedbo biološke funkcije imenujemo kinetična izbira reakcijske poti. Zanjo je značilno, da sistem ubere termodinamsko manj ugodno, a hitrejšo reakcijsko pot, saj je ugodnejša (v našem primeru jalov zamah) kinetično ovirana.<br /> <br /> == Margareta Žlajpah: Regulacija HIF-1 proteina ==<br /> &quot;Hypoxia-inducible factors&quot; ali drugače HIF proteini so skupina heterodimernih transkripcijskih faktorjev, ki se odzovejo na pomankanje kisika na celični ravni. Izmed vseh je HIF-1 protein najpomembnejši, saj je HIF-1 proteini tisi, ki je odgovoren za aktivacijo genov, ki kontrolirajo metabolne poti v takem okolju. Odgovor na &quot;hypoxio&quot; vključuje preklop iz aerobnega na anaerobni metabolizem in izražanje proteinov, ki regulirajo celično preživetje ali njeno smrt - apoptozo.<br /> <br /> Pomankanje kisika v celici je značilno tako za popolnoma zdrave bolnike (posledica višinskih treningov ali visokih alpinističnih vzponov) kot tudi za tiste, ki so zboleli za rakom. Ena izmed redkih autosomnih bolezni raka je tudi von Hippel Lindau bolezen. V kombinaciji z HIF-1α proteinom, naj bi se VHL gen dekativiral in s tem dovolil rast dobro ožiljenih tumorjev v ledvicah, očesni mrežnici in centralnem živčnem sistemu.<br /> <br /> Sam VHL protein (pVHL) pa ima tudi pomembno vlogo pri razgradnji HIF proteinov. Do sedaj je znanih nekaj različnih pVHL odvisnih mehanizmov po katerih se HIF protein razgradi, odkrili pa so tudi pVHL neodvisne mehanizme razgradnje. Po drugi strani pa je translacija še dokaj neodkrito področje biokemije, na katerem se iz dneva v dan pojavljajo nove ideje vendar natančnega mehanizma sinteze HIF proteina še ne poznamo.<br /> <br /> Cilj znanstvenikov je dodobra spoznati regulacijo tako sinteze kot tudi razgradnje HIF-1 proteina, saj bi z novimi dognanji na tem področju bili korak bližje izdelavi zdravil proti raku, ter razumevanju odziva telesa na pomankanje kisika.<br /> <br /> == Nives Naraglav: Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov ==<br /> Protein kinaze (PK) so v celicah zelo raznoliki in pogosti encimi, ki z odcepom fosfata iz molekule ATP, fosforilirajo ostale proteine. <br /> <br /> Čeprav so si PK v neaktivne stanju med seboj zelo različne, pa obstajajo elementi, ki se pogosteje ponavljajo v aktivnih oblikah več evkariontskih protein kinaz. Takšni elementi so katalitična zanka, aktivacijski segment, GHI domena in F heliks. Da je encim aktiven, morajo biti ti elementi v medsebojni legi, ki omogoča tvorjenje regulatornega in katalitičnega hidrofobnega področja, ki nastaneta z interakcijami med seboj oddaljenih aminokislinskih ostankov.<br /> <br /> Med preučevanjem evkariontskih PK in njihovih skupnih predhodnikov so znanstveniki ugotovili, da so prvi tekom evolucije razvili dinamičen način regulacije, ki je vezana na GHI domeno in aktivacijski segment, ki pa jih predhodniki nimajo. V dani raziskavi je podrobneje raziskano aktivno povezovanje elementov prek konformacijskih sprememb ter pomen različnih struktur pri aktivaciji in regulaciji evkariontskih PK.<br /> <br /> Razumevanje načina povezovanja katalitičnega ogrodja, ki sestoji iz F heliksa in hidrofobnih področij, s preostali elementi katalitične podenote, je izhodišče za raziskovanje nepravilnosti, drugačnosti v delovanju kinaz.<br /> <br /> == Maruša Bratuš: Mitohondriji kot jih ne poznamo ==<br /> <br /> Vsi poznamo mitohondrije, ki s pomočjo kisika in piruvat dehidrogenaze oksidativno dekarboksilirajo piruvat do acetil-koencima A, ki je potem v reakcijah Krebsovega cikla dokončno oksidiran do ogljikovega dioksida, pri čemer nastaja energija v obliki ATP, FADH2 in NADH. Večina energije pa potem pride iz oksidativne fosforilacije, ko so elektroni iz NADH preko verige prenosa elektronov prenešeni do kisika, prenos protonov, ki pri tem tudi poteka, pa poganja ATP sintazo. Poznamo pa tudi veliko organizmov, ki preživijo v okolju z zelo malo ali celo brez kisika. Kako preživijo? Njihovi mitohondriji kot končni akceptor elektronov ne potrebujejo kisika, saj uporabijo druge molekule, ki so na voljo, na primer nitrate iz okolja ali endogeno proizveden fumarat. Produkt njihovega dihanja zato ni voda, temveč nitriti ali sukcinat. Pri tem je pri eukariontih pomemben encim fumarat reduktaza, ki je strukturno soroden aerobnemu encimu sukcinat dehidrogenaza, funkcijo pa ima tako kot fumarat reduktazni kompleksi v prokariontih. Posebna vrsta mitohondrijev pa lahko kot donorje elektronov v sintezi ATP uporablja tudi anorganske sulfide. Za razlago raznolikosti mitohondrijev obstajata dve teoriji. Obe pa vključujeta možnost evolucijskih modifikacij podedovanih ali pridobljenih genov, ki naj bi izvirali neposredno iz genoma prednikov mitohondrijev, ki je bil najverjetneje individualna anaerobna eubakterija.<br /> <br /> <br /> == Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem ==<br /> <br /> Inzulin je majhen hormon, katerega glavna funkcija je regulacija metabolizma ogljikovih hidratov in maščob v telesu. Izloča se iz ß-celic pankreasa kot odgovor na povišano koncentracijo glukoze v krvi. Preko krvnega obtoka se prenese do tarčnih celic mišičnega in maščobnega tkiva, kjer se usede na specifičen tirozin-kinazni receptor INS-R. Preko zapletene kaskade spodbudi celico k absorbciji glukoze, s čimer je ohranjena normalna koncentracija glukoze v krvi tudi po zaužitem obroku.<br /> <br /> IRS je inzulin receptor substrat, ki po fosforilaciji z INS-R aktivira PPIn 3-kinazo, ta pa pretvori membranski fofatidilinositolbisfosfat ali PtdIns(4,5)P2 v trisfosforiliran PtdIns(3,4,5)P3. Nastali produkt je nujno potreben za aktivacijo kinaze PDK1, ki pa fosforilira še eno (serin/treonin) kinazo Akt. [http://www.shrani.si/f/c/Mg/4ezTdjhy/vpliv-inzulina-na-transp.jpg slika1], [http://www.shrani.si/f/3T/Ec/1uyl8P1C/inzulin-in-traqnsport-gl.png slika2]<br /> <br /> Končni cilj te inzulin-stimulirane kaskade je transport glukoznega prenašalca iz citoplazme na plazmalemo. Glukozni transporter ali GLUT4 se prvotno nahaja v membrani intracelularnega kompartmenta, ob stimulaciji z inzulinom pa se le-ta prenese na plazmalemo in se z njo združi. GLUT je tako transportiran na zunanjo stran membrane, kjer lahko opravlja svojo funkcijo.<br /> <br /> Kljub dolgoletnim raziskovanjem te kaskade, pa je še vedno odprto vprašanje, kako in preko katerih molekul pa signal prepotuje od Akt do tega GLUT4 vsebovanega vezikla, oziroma kateri je tisti substrat Akt-a, ki vpliva na GLUT4 translokacijo do plazmaleme. Do sedaj so znanstveniki identificirali tri potencialne kandidate: AS160, PIKfyve in synip.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4353 2010-11-18T22:07:18Z

<p>SabinaKolar: /* Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.<br /> <br /> <br /> == Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==<br /> Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.<br /> <br /> == Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==<br /> RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&amp;bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.<br /> <br /> == Nejc Perme: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah ==<br /> Glukoza je zelo pomemben vir ogljika in energije za evkariontske celice. Zato so razvile kompleksne mehanizme za natančno zaznavanje sprememb v koncentraciji. V raziskavah, ki so potekale v kvasovkah, so odkrili tri mehanizme za zaznavanje glukoze:<br /> <br /> 1) Kot zaznavna molekula deluje sama heksokinaza 2. Izkazalo se je, da se heksokinaza 2 lahko nahaja tudi v jedru, kjer neposredno interagira s transkripcijskimi faktorji (npr. Mig1), ki kontrolirajo ekspresijo genov. Da se heksokinaza pomakne v jedro pa mora prej prejeti signal od glukoze.<br /> <br /> 2) Zaznavni molekuli sta dva proteina v membrani (Rgt2 in Snf3), ki sta homologna transportnim proteinom glukoze. Med seboj se razlikujeta v tem, da se Snf3 odzove na majhne koncentracije glukoze, Rgt2 pa na velike. Odzoveta se na enak način kot heksokinaza z represijo in ekspresijo nekaterih genov (pri tem ne vstopata v jedro)<br /> <br /> 3) Glukoza se zaznava z GPCR sistemom. Alfa-podenota se odcepi in aktivira adenilat ciklazo. Da postane adenilat ciklaza aktivna je potrebna še glukoza-6-fosfat.<br /> <br /> Kako te mehanizmi zaznajo glukozo še ni znano, dokazano pa je, da imajo molekule pomembne vloge pri signalizaciji saj brez njih ne pride do celičnega odziva. Raziskovanje mehanizmov zaznavanja je šele v začetnih fazah, zato lahko pričakujemo, da bodo nadaljnje raziskave uspele razložiti kako naše celice zaznajo glukozo.<br /> <br /> == Urška Žbogar: Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov ==<br /> Glikoliza je biokemijska pot, ki se je razvila pod anaerobnimi pogoji in v kateri se 1 molekula glukoze pretvori v 2 molekuli piruvata. Ta pot je regulirana s številnimi encimi, za katere so novejše študije pokazale, da so bolj zapleteni, multi-funkcijski proteini, ne pa zgolj enostavne komponente glikolitične poti. Nekateri encimi opravljajo dodatne funkcije, in sicer v<br /> regulaciji transkripcije: heksokinaza (HK)-2, laktat dehidrogenaza A (LDH-A), gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza (GAPD) in enolaza (ENO)-1;<br /> regulaciji apoptoze: glukokinaza, HK in GAPD;<br /> stimulaciji celične motilitete: glukoza-6-fosfat izomeraza<br /> <br /> Glikoliza je glavni vir proizvodnje energije v pogojih, ko primanjkuje kisika zato je izražanje genov, ki kodirajo glikolitične encime pomembno za prilagoditev na hipoksijo (pomanjkanje kisika). Odziv na hipoksijo je posredovan s transkripcijskim faktorjem HIF-1, ki veže cis-regulatorne elemente za aktivacijo genov za odziv na hipoksijo, vključno s tistimi, ki kodirajo glikolitične encime. Rakave celice pa opravljajo glikolizo s povišano produkcijo laktata kljub prisotnosti zadostne količine kisika. Odvisnost rakavih celic od glikolize se kaže v spremenjenih tumornih mitohondrijih, ki niso sposobni vzdrževati normalnega oksidativnega metabolizma.<br /> <br /> V primeru heksokinaze je glikolizna pot povezana z mitohondrijsko oksidativno fosforilacijo <br /> in apoptozo (lokalizacija v mitohondriju). Multifunkcionalnost teh encimov dokazuje tudi lokalizacija glikolitičnih encimov v jedru, kjer sodelujejo kot komponente transkripcijskega koaktivatorja (LDH-A in GAPD) ali represorja (ENO1), medtem ko sama glikoliza poteka izključno v citoplazmi.<br /> <br /> == Urban Bezeljak: Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta ==<br /> Raziskave na primeru biokemijskega aktomiozinskega motorja[http://www.banyantree.org/jsale/actinmyosin/images/actin.gif] so postregle z nekaterimi dognanji, ki so in še bodo pomagali razumeti ostale fiziološke procese od celičnega premikanja do celičnega signaliziranja. Tako kot pri avtomobilskem motorju z notranjim izgorevanjem lahko tudi pri motornem proteinu miozinu definiramo „delovni takt“, korak kjer pride do nastanka mehanske moči. Delovni takt aktomiozina je ključni trenutek v miozinskem ATPaznem ciklu, v katerem služi hidroliza ATP kot vir energije in konformacijskih sprememb, ki povzročijo premik mišičnih filamentov.<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Myosin Molekula miozina] je sestavljena iz glave (motorne domene), vratu (vzvoda) in dolgega repa, ki se prepleta ter tvori debel mišični filament. Na motorni domeni najdemo aktinske vezavne regije, nukleotidno vezavno mesto ter elemente, ki posredujejo spremembe v nukleotidnem žepu do vzvoda oz. do vezavnih mest za aktin. Ko je na miozinsko glavo vezana molekula ATP, sta aktin in miozin razdružena, ko pa pride do hidrolize, se zaradi nastalih konformacijskih sprememb glava lahko veže na aktin, vzvodna ročica miozina pa v koraku delovnega takta zamahne in premakne filamenta. Sprostitev produktov hidrolize in ponovna vezava ATP označujeta začetek novega mehanokemičnega cikla. Odločilen pomen pri izvedbi učinkovitega miozinskega zamaha igra t.i. aktnska aktivacija, ki onemogoči nastanek jalovega zamaha, pri katerem aktin in miozin nista povezana. Mehanizem preusmeritve reakcijskega pretoka na učinkovito izvedbo biološke funkcije imenujemo kinetična izbira reakcijske poti. Zanjo je značilno, da sistem ubere termodinamsko manj ugodno, a hitrejšo reakcijsko pot, saj je ugodnejša (v našem primeru jalov zamah) kinetično ovirana.<br /> <br /> == Margareta Žlajpah: Regulacija HIF-1 proteina ==<br /> &quot;Hypoxia-inducible factors&quot; ali drugače HIF proteini so skupina heterodimernih transkripcijskih faktorjev, ki se odzovejo na pomankanje kisika na celični ravni. Izmed vseh je HIF-1 protein najpomembnejši, saj je HIF-1 proteini tisi, ki je odgovoren za aktivacijo genov, ki kontrolirajo metabolne poti v takem okolju. Odgovor na &quot;hypoxio&quot; vključuje preklop iz aerobnega na anaerobni metabolizem in izražanje proteinov, ki regulirajo celično preživetje ali njeno smrt - apoptozo.<br /> <br /> Pomankanje kisika v celici je značilno tako za popolnoma zdrave bolnike (posledica višinskih treningov ali visokih alpinističnih vzponov) kot tudi za tiste, ki so zboleli za rakom. Ena izmed redkih autosomnih bolezni raka je tudi von Hippel Lindau bolezen. V kombinaciji z HIF-1α proteinom, naj bi se VHL gen dekativiral in s tem dovolil rast dobro ožiljenih tumorjev v ledvicah, očesni mrežnici in centralnem živčnem sistemu.<br /> <br /> Sam VHL protein (pVHL) pa ima tudi pomembno vlogo pri razgradnji HIF proteinov. Do sedaj je znanih nekaj različnih pVHL odvisnih mehanizmov po katerih se HIF protein razgradi, odkrili pa so tudi pVHL neodvisne mehanizme razgradnje. Po drugi strani pa je translacija še dokaj neodkrito področje biokemije, na katerem se iz dneva v dan pojavljajo nove ideje vendar natančnega mehanizma sinteze HIF proteina še ne poznamo.<br /> <br /> Cilj znanstvenikov je dodobra spoznati regulacijo tako sinteze kot tudi razgradnje HIF-1 proteina, saj bi z novimi dognanji na tem področju bili korak bližje izdelavi zdravil proti raku, ter razumevanju odziva telesa na pomankanje kisika.<br /> <br /> == Nives Naraglav: Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov ==<br /> Protein kinaze (PK) so v celicah zelo raznoliki in pogosti encimi, ki z odcepom fosfata iz molekule ATP, fosforilirajo ostale proteine. <br /> <br /> Čeprav so si PK v neaktivne stanju med seboj zelo različne, pa obstajajo elementi, ki se pogosteje ponavljajo v aktivnih oblikah več evkariontskih protein kinaz. Takšni elementi so katalitična zanka, aktivacijski segment, GHI domena in F heliks. Da je encim aktiven, morajo biti ti elementi v medsebojni legi, ki omogoča tvorjenje regulatornega in katalitičnega hidrofobnega področja, ki nastaneta z interakcijami med seboj oddaljenih aminokislinskih ostankov.<br /> <br /> Med preučevanjem evkariontskih PK in njihovih skupnih predhodnikov so znanstveniki ugotovili, da so prvi tekom evolucije razvili dinamičen način regulacije, ki je vezana na GHI domeno in aktivacijski segment, ki pa jih predhodniki nimajo. V dani raziskavi je podrobneje raziskano aktivno povezovanje elementov prek konformacijskih sprememb ter pomen različnih struktur pri aktivaciji in regulaciji evkariontskih PK.<br /> <br /> Razumevanje načina povezovanja katalitičnega ogrodja, ki sestoji iz F heliksa in hidrofobnih področij, s preostali elementi katalitične podenote, je izhodišče za raziskovanje nepravilnosti, drugačnosti v delovanju kinaz.<br /> <br /> == Maruša Bratuš: Mitohondriji kot jih ne poznamo ==<br /> <br /> Vsi poznamo mitohondrije, ki s pomočjo kisika in piruvat dehidrogenaze oksidativno dekarboksilirajo piruvat do acetil-koencima A, ki je potem v reakcijah Krebsovega cikla dokončno oksidiran do ogljikovega dioksida, pri čemer nastaja energija v obliki ATP, FADH2 in NADH. Večina energije pa potem pride iz oksidativne fosforilacije, ko so elektroni iz NADH preko verige prenosa elektronov prenešeni do kisika, prenos protonov, ki pri tem tudi poteka, pa poganja ATP sintazo. Poznamo pa tudi veliko organizmov, ki preživijo v okolju z zelo malo ali celo brez kisika. Kako preživijo? Njihovi mitohondriji kot končni akceptor elektronov ne potrebujejo kisika, saj uporabijo druge molekule, ki so na voljo, na primer nitrate iz okolja ali endogeno proizveden fumarat. Produkt njihovega dihanja zato ni voda, temveč nitriti ali sukcinat. Pri tem je pri eukariontih pomemben encim fumarat reduktaza, ki je strukturno soroden aerobnemu encimu sukcinat dehidrogenaza, funkcijo pa ima tako kot fumarat reduktazni kompleksi v prokariontih. Posebna vrsta mitohondrijev pa lahko kot donorje elektronov v sintezi ATP uporablja tudi anorganske sulfide. Za razlago raznolikosti mitohondrijev obstajata dve teoriji. Obe pa vključujeta možnost evolucijskih modifikacij podedovanih ali pridobljenih genov, ki naj bi izvirali neposredno iz genoma prednikov mitohondrijev, ki je bil najverjetneje individualna anaerobna eubakterija.<br /> <br /> <br /> == Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem ==<br /> <br /> Inzulin je majhen hormon, katerega glavna funkcija je regulacija metabolizma ogljikovih hidratov in maščob v telesu. Izloča se iz ß-celic pankreasa kot odgovor na povišano koncentracijo glukoze v krvi. Preko krvnega obtoka se prenese do tarčnih celic mišičnega in maščobnega tkiva, kjer se usede na specifičen tirozin-kinazni receptor INS-R. Preko zapletene kaskade spodbudi celico k absorbciji glukoze, s čimer je ohranjena normalna koncentracija glukoze v krvi tudi po zaužitem obroku.<br /> <br /> IRS je inzulin receptor substrat, ki po fosforilaciji z INS-R aktivira PPIn 3-kinazo, ta pa pretvori membranski fofatidilinositolbisfosfat ali PtdIns(4,5)P2 v trisfosforiliran PtdIns(3,4,5)P3. Nastali produkt je nujno potreben za aktivacijo kinaze PDK1, ki pa fosforilira še eno (serin/treonin) kinazo Akt. [http://www.shrani.si/f/c/Mg/4ezTdjhy/vpliv-inzulina-na-transp.jpg slika]<br /> <br /> Končni cilj te inzulin-stimulirane kaskade je transport glukoznega prenašalca iz citoplazme na plazmalemo. Glukozni transporter ali GLUT4 se prvotno nahaja v membrani intracelularnega kompartmenta, ob stimulaciji z inzulinom pa se le-ta prenese na plazmalemo in se z njo združi. GLUT je tako transportiran na zunanjo stran membrane, kjer lahko opravlja svojo funkcijo.<br /> <br /> Kljub dolgoletnim raziskovanjem te kaskade, pa je še vedno odprto vprašanje, kako in preko katerih molekul pa signal prepotuje od Akt do tega GLUT4 vsebovanega vezikla, oziroma kateri je tisti substrat Akt-a, ki vpliva na GLUT4 translokacijo do plazmaleme. Do sedaj so znanstveniki identificirali tri potencialne kandidate: AS160, PIKfyve in synip.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4352 2010-11-18T22:04:42Z

<p>SabinaKolar: /* Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.<br /> <br /> <br /> == Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==<br /> Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.<br /> <br /> == Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==<br /> RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&amp;bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.<br /> <br /> == Nejc Perme: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah ==<br /> Glukoza je zelo pomemben vir ogljika in energije za evkariontske celice. Zato so razvile kompleksne mehanizme za natančno zaznavanje sprememb v koncentraciji. V raziskavah, ki so potekale v kvasovkah, so odkrili tri mehanizme za zaznavanje glukoze:<br /> <br /> 1) Kot zaznavna molekula deluje sama heksokinaza 2. Izkazalo se je, da se heksokinaza 2 lahko nahaja tudi v jedru, kjer neposredno interagira s transkripcijskimi faktorji (npr. Mig1), ki kontrolirajo ekspresijo genov. Da se heksokinaza pomakne v jedro pa mora prej prejeti signal od glukoze.<br /> <br /> 2) Zaznavni molekuli sta dva proteina v membrani (Rgt2 in Snf3), ki sta homologna transportnim proteinom glukoze. Med seboj se razlikujeta v tem, da se Snf3 odzove na majhne koncentracije glukoze, Rgt2 pa na velike. Odzoveta se na enak način kot heksokinaza z represijo in ekspresijo nekaterih genov (pri tem ne vstopata v jedro)<br /> <br /> 3) Glukoza se zaznava z GPCR sistemom. Alfa-podenota se odcepi in aktivira adenilat ciklazo. Da postane adenilat ciklaza aktivna je potrebna še glukoza-6-fosfat.<br /> <br /> Kako te mehanizmi zaznajo glukozo še ni znano, dokazano pa je, da imajo molekule pomembne vloge pri signalizaciji saj brez njih ne pride do celičnega odziva. Raziskovanje mehanizmov zaznavanja je šele v začetnih fazah, zato lahko pričakujemo, da bodo nadaljnje raziskave uspele razložiti kako naše celice zaznajo glukozo.<br /> <br /> == Urška Žbogar: Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov ==<br /> Glikoliza je biokemijska pot, ki se je razvila pod anaerobnimi pogoji in v kateri se 1 molekula glukoze pretvori v 2 molekuli piruvata. Ta pot je regulirana s številnimi encimi, za katere so novejše študije pokazale, da so bolj zapleteni, multi-funkcijski proteini, ne pa zgolj enostavne komponente glikolitične poti. Nekateri encimi opravljajo dodatne funkcije, in sicer v<br /> regulaciji transkripcije: heksokinaza (HK)-2, laktat dehidrogenaza A (LDH-A), gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza (GAPD) in enolaza (ENO)-1;<br /> regulaciji apoptoze: glukokinaza, HK in GAPD;<br /> stimulaciji celične motilitete: glukoza-6-fosfat izomeraza<br /> <br /> Glikoliza je glavni vir proizvodnje energije v pogojih, ko primanjkuje kisika zato je izražanje genov, ki kodirajo glikolitične encime pomembno za prilagoditev na hipoksijo (pomanjkanje kisika). Odziv na hipoksijo je posredovan s transkripcijskim faktorjem HIF-1, ki veže cis-regulatorne elemente za aktivacijo genov za odziv na hipoksijo, vključno s tistimi, ki kodirajo glikolitične encime. Rakave celice pa opravljajo glikolizo s povišano produkcijo laktata kljub prisotnosti zadostne količine kisika. Odvisnost rakavih celic od glikolize se kaže v spremenjenih tumornih mitohondrijih, ki niso sposobni vzdrževati normalnega oksidativnega metabolizma.<br /> <br /> V primeru heksokinaze je glikolizna pot povezana z mitohondrijsko oksidativno fosforilacijo <br /> in apoptozo (lokalizacija v mitohondriju). Multifunkcionalnost teh encimov dokazuje tudi lokalizacija glikolitičnih encimov v jedru, kjer sodelujejo kot komponente transkripcijskega koaktivatorja (LDH-A in GAPD) ali represorja (ENO1), medtem ko sama glikoliza poteka izključno v citoplazmi.<br /> <br /> == Urban Bezeljak: Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta ==<br /> Raziskave na primeru biokemijskega aktomiozinskega motorja[http://www.banyantree.org/jsale/actinmyosin/images/actin.gif] so postregle z nekaterimi dognanji, ki so in še bodo pomagali razumeti ostale fiziološke procese od celičnega premikanja do celičnega signaliziranja. Tako kot pri avtomobilskem motorju z notranjim izgorevanjem lahko tudi pri motornem proteinu miozinu definiramo „delovni takt“, korak kjer pride do nastanka mehanske moči. Delovni takt aktomiozina je ključni trenutek v miozinskem ATPaznem ciklu, v katerem služi hidroliza ATP kot vir energije in konformacijskih sprememb, ki povzročijo premik mišičnih filamentov.<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Myosin Molekula miozina] je sestavljena iz glave (motorne domene), vratu (vzvoda) in dolgega repa, ki se prepleta ter tvori debel mišični filament. Na motorni domeni najdemo aktinske vezavne regije, nukleotidno vezavno mesto ter elemente, ki posredujejo spremembe v nukleotidnem žepu do vzvoda oz. do vezavnih mest za aktin. Ko je na miozinsko glavo vezana molekula ATP, sta aktin in miozin razdružena, ko pa pride do hidrolize, se zaradi nastalih konformacijskih sprememb glava lahko veže na aktin, vzvodna ročica miozina pa v koraku delovnega takta zamahne in premakne filamenta. Sprostitev produktov hidrolize in ponovna vezava ATP označujeta začetek novega mehanokemičnega cikla. Odločilen pomen pri izvedbi učinkovitega miozinskega zamaha igra t.i. aktnska aktivacija, ki onemogoči nastanek jalovega zamaha, pri katerem aktin in miozin nista povezana. Mehanizem preusmeritve reakcijskega pretoka na učinkovito izvedbo biološke funkcije imenujemo kinetična izbira reakcijske poti. Zanjo je značilno, da sistem ubere termodinamsko manj ugodno, a hitrejšo reakcijsko pot, saj je ugodnejša (v našem primeru jalov zamah) kinetično ovirana.<br /> <br /> == Margareta Žlajpah: Regulacija HIF-1 proteina ==<br /> &quot;Hypoxia-inducible factors&quot; ali drugače HIF proteini so skupina heterodimernih transkripcijskih faktorjev, ki se odzovejo na pomankanje kisika na celični ravni. Izmed vseh je HIF-1 protein najpomembnejši, saj je HIF-1 proteini tisi, ki je odgovoren za aktivacijo genov, ki kontrolirajo metabolne poti v takem okolju. Odgovor na &quot;hypoxio&quot; vključuje preklop iz aerobnega na anaerobni metabolizem in izražanje proteinov, ki regulirajo celično preživetje ali njeno smrt - apoptozo.<br /> <br /> Pomankanje kisika v celici je značilno tako za popolnoma zdrave bolnike (posledica višinskih treningov ali visokih alpinističnih vzponov) kot tudi za tiste, ki so zboleli za rakom. Ena izmed redkih autosomnih bolezni raka je tudi von Hippel Lindau bolezen. V kombinaciji z HIF-1α proteinom, naj bi se VHL gen dekativiral in s tem dovolil rast dobro ožiljenih tumorjev v ledvicah, očesni mrežnici in centralnem živčnem sistemu.<br /> <br /> Sam VHL protein (pVHL) pa ima tudi pomembno vlogo pri razgradnji HIF proteinov. Do sedaj je znanih nekaj različnih pVHL odvisnih mehanizmov po katerih se HIF protein razgradi, odkrili pa so tudi pVHL neodvisne mehanizme razgradnje. Po drugi strani pa je translacija še dokaj neodkrito področje biokemije, na katerem se iz dneva v dan pojavljajo nove ideje vendar natančnega mehanizma sinteze HIF proteina še ne poznamo.<br /> <br /> Cilj znanstvenikov je dodobra spoznati regulacijo tako sinteze kot tudi razgradnje HIF-1 proteina, saj bi z novimi dognanji na tem področju bili korak bližje izdelavi zdravil proti raku, ter razumevanju odziva telesa na pomankanje kisika.<br /> <br /> == Nives Naraglav: Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov ==<br /> Protein kinaze (PK) so v celicah zelo raznoliki in pogosti encimi, ki z odcepom fosfata iz molekule ATP, fosforilirajo ostale proteine. <br /> <br /> Čeprav so si PK v neaktivne stanju med seboj zelo različne, pa obstajajo elementi, ki se pogosteje ponavljajo v aktivnih oblikah več evkariontskih protein kinaz. Takšni elementi so katalitična zanka, aktivacijski segment, GHI domena in F heliks. Da je encim aktiven, morajo biti ti elementi v medsebojni legi, ki omogoča tvorjenje regulatornega in katalitičnega hidrofobnega področja, ki nastaneta z interakcijami med seboj oddaljenih aminokislinskih ostankov.<br /> <br /> Med preučevanjem evkariontskih PK in njihovih skupnih predhodnikov so znanstveniki ugotovili, da so prvi tekom evolucije razvili dinamičen način regulacije, ki je vezana na GHI domeno in aktivacijski segment, ki pa jih predhodniki nimajo. V dani raziskavi je podrobneje raziskano aktivno povezovanje elementov prek konformacijskih sprememb ter pomen različnih struktur pri aktivaciji in regulaciji evkariontskih PK.<br /> <br /> Razumevanje načina povezovanja katalitičnega ogrodja, ki sestoji iz F heliksa in hidrofobnih področij, s preostali elementi katalitične podenote, je izhodišče za raziskovanje nepravilnosti, drugačnosti v delovanju kinaz.<br /> <br /> == Maruša Bratuš: Mitohondriji kot jih ne poznamo ==<br /> <br /> Vsi poznamo mitohondrije, ki s pomočjo kisika in piruvat dehidrogenaze oksidativno dekarboksilirajo piruvat do acetil-koencima A, ki je potem v reakcijah Krebsovega cikla dokončno oksidiran do ogljikovega dioksida, pri čemer nastaja energija v obliki ATP, FADH2 in NADH. Večina energije pa potem pride iz oksidativne fosforilacije, ko so elektroni iz NADH preko verige prenosa elektronov prenešeni do kisika, prenos protonov, ki pri tem tudi poteka, pa poganja ATP sintazo. Poznamo pa tudi veliko organizmov, ki preživijo v okolju z zelo malo ali celo brez kisika. Kako preživijo? Njihovi mitohondriji kot končni akceptor elektronov ne potrebujejo kisika, saj uporabijo druge molekule, ki so na voljo, na primer nitrate iz okolja ali endogeno proizveden fumarat. Produkt njihovega dihanja zato ni voda, temveč nitriti ali sukcinat. Pri tem je pri eukariontih pomemben encim fumarat reduktaza, ki je strukturno soroden aerobnemu encimu sukcinat dehidrogenaza, funkcijo pa ima tako kot fumarat reduktazni kompleksi v prokariontih. Posebna vrsta mitohondrijev pa lahko kot donorje elektronov v sintezi ATP uporablja tudi anorganske sulfide. Za razlago raznolikosti mitohondrijev obstajata dve teoriji. Obe pa vključujeta možnost evolucijskih modifikacij podedovanih ali pridobljenih genov, ki naj bi izvirali neposredno iz genoma prednikov mitohondrijev, ki je bil najverjetneje individualna anaerobna eubakterija.<br /> <br /> <br /> == Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem ==<br /> <br /> Inzulin je majhen hormon, katerega glavna funkcija je regulacija metabolizma ogljikovih hidratov in maščob v telesu. Izloča se iz ß-celic pankreasa kot odgovor na povišano koncentracijo glukoze v krvi. Preko krvnega obtoka se prenese do tarčnih celic mišičnega in maščobnega tkiva, kjer se usede na specifičen tirozin-kinazni receptor INS-R. Preko zapletene kaskade spodbudi celico k absorbciji glukoze, s čimer je ohranjena normalna koncentracija glukoze v krvi tudi po zaužitem obroku.<br /> <br /> IRS je inzulin receptor substrat, ki po fosforilaciji z INS-R aktivira PPIn 3-kinazo, ta pa pretvori membranski fofatidilinositolbisfosfat ali PtdIns(4,5)P2 v trisfosforiliran PtdIns(3,4,5)P3. Nastali produkt je nujno potreben za aktivacijo kinaze PDK1, ki pa fosforilira še eno (serin/treonin) kinazo Akt. ([http://www.shrani.si/f/c/Mg/4ezTdjhy/vpliv-inzulina-na-transp.jpg])<br /> <br /> Končni cilj te inzulin-stimulirane kaskade je transport glukoznega prenašalca iz citoplazme na plazmalemo. Glukozni transporter ali GLUT4 se prvotno nahaja v membrani intracelularnega kompartmenta, ob stimulaciji z inzulinom pa se le-ta prenese na plazmalemo in se z njo združi. GLUT je tako transportiran na zunanjo stran membrane, kjer lahko opravlja svojo funkcijo.<br /> <br /> Kljub dolgoletnim raziskovanjem te kaskade, pa je še vedno odprto vprašanje, kako in preko katerih molekul pa signal prepotuje od Akt do tega GLUT4 vsebovanega vezikla, oziroma kateri je tisti substrat Akt-a, ki vpliva na GLUT4 translokacijo do plazmaleme. Do sedaj so znanstveniki identificirali tri potencialne kandidate: AS160, PIKfyve in synip.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4351 2010-11-18T21:49:40Z

<p>SabinaKolar: /* Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem */</p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.<br /> <br /> <br /> == Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==<br /> Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.<br /> <br /> == Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==<br /> RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&amp;bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.<br /> <br /> == Nejc Perme: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah ==<br /> Glukoza je zelo pomemben vir ogljika in energije za evkariontske celice. Zato so razvile kompleksne mehanizme za natančno zaznavanje sprememb v koncentraciji. V raziskavah, ki so potekale v kvasovkah, so odkrili tri mehanizme za zaznavanje glukoze:<br /> <br /> 1) Kot zaznavna molekula deluje sama heksokinaza 2. Izkazalo se je, da se heksokinaza 2 lahko nahaja tudi v jedru, kjer neposredno interagira s transkripcijskimi faktorji (npr. Mig1), ki kontrolirajo ekspresijo genov. Da se heksokinaza pomakne v jedro pa mora prej prejeti signal od glukoze.<br /> <br /> 2) Zaznavni molekuli sta dva proteina v membrani (Rgt2 in Snf3), ki sta homologna transportnim proteinom glukoze. Med seboj se razlikujeta v tem, da se Snf3 odzove na majhne koncentracije glukoze, Rgt2 pa na velike. Odzoveta se na enak način kot heksokinaza z represijo in ekspresijo nekaterih genov (pri tem ne vstopata v jedro)<br /> <br /> 3) Glukoza se zaznava z GPCR sistemom. Alfa-podenota se odcepi in aktivira adenilat ciklazo. Da postane adenilat ciklaza aktivna je potrebna še glukoza-6-fosfat.<br /> <br /> Kako te mehanizmi zaznajo glukozo še ni znano, dokazano pa je, da imajo molekule pomembne vloge pri signalizaciji saj brez njih ne pride do celičnega odziva. Raziskovanje mehanizmov zaznavanja je šele v začetnih fazah, zato lahko pričakujemo, da bodo nadaljnje raziskave uspele razložiti kako naše celice zaznajo glukozo.<br /> <br /> == Urška Žbogar: Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov ==<br /> Glikoliza je biokemijska pot, ki se je razvila pod anaerobnimi pogoji in v kateri se 1 molekula glukoze pretvori v 2 molekuli piruvata. Ta pot je regulirana s številnimi encimi, za katere so novejše študije pokazale, da so bolj zapleteni, multi-funkcijski proteini, ne pa zgolj enostavne komponente glikolitične poti. Nekateri encimi opravljajo dodatne funkcije, in sicer v<br /> regulaciji transkripcije: heksokinaza (HK)-2, laktat dehidrogenaza A (LDH-A), gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza (GAPD) in enolaza (ENO)-1;<br /> regulaciji apoptoze: glukokinaza, HK in GAPD;<br /> stimulaciji celične motilitete: glukoza-6-fosfat izomeraza<br /> <br /> Glikoliza je glavni vir proizvodnje energije v pogojih, ko primanjkuje kisika zato je izražanje genov, ki kodirajo glikolitične encime pomembno za prilagoditev na hipoksijo (pomanjkanje kisika). Odziv na hipoksijo je posredovan s transkripcijskim faktorjem HIF-1, ki veže cis-regulatorne elemente za aktivacijo genov za odziv na hipoksijo, vključno s tistimi, ki kodirajo glikolitične encime. Rakave celice pa opravljajo glikolizo s povišano produkcijo laktata kljub prisotnosti zadostne količine kisika. Odvisnost rakavih celic od glikolize se kaže v spremenjenih tumornih mitohondrijih, ki niso sposobni vzdrževati normalnega oksidativnega metabolizma.<br /> <br /> V primeru heksokinaze je glikolizna pot povezana z mitohondrijsko oksidativno fosforilacijo <br /> in apoptozo (lokalizacija v mitohondriju). Multifunkcionalnost teh encimov dokazuje tudi lokalizacija glikolitičnih encimov v jedru, kjer sodelujejo kot komponente transkripcijskega koaktivatorja (LDH-A in GAPD) ali represorja (ENO1), medtem ko sama glikoliza poteka izključno v citoplazmi.<br /> <br /> == Urban Bezeljak: Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta ==<br /> Raziskave na primeru biokemijskega aktomiozinskega motorja[http://www.banyantree.org/jsale/actinmyosin/images/actin.gif] so postregle z nekaterimi dognanji, ki so in še bodo pomagali razumeti ostale fiziološke procese od celičnega premikanja do celičnega signaliziranja. Tako kot pri avtomobilskem motorju z notranjim izgorevanjem lahko tudi pri motornem proteinu miozinu definiramo „delovni takt“, korak kjer pride do nastanka mehanske moči. Delovni takt aktomiozina je ključni trenutek v miozinskem ATPaznem ciklu, v katerem služi hidroliza ATP kot vir energije in konformacijskih sprememb, ki povzročijo premik mišičnih filamentov.<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Myosin Molekula miozina] je sestavljena iz glave (motorne domene), vratu (vzvoda) in dolgega repa, ki se prepleta ter tvori debel mišični filament. Na motorni domeni najdemo aktinske vezavne regije, nukleotidno vezavno mesto ter elemente, ki posredujejo spremembe v nukleotidnem žepu do vzvoda oz. do vezavnih mest za aktin. Ko je na miozinsko glavo vezana molekula ATP, sta aktin in miozin razdružena, ko pa pride do hidrolize, se zaradi nastalih konformacijskih sprememb glava lahko veže na aktin, vzvodna ročica miozina pa v koraku delovnega takta zamahne in premakne filamenta. Sprostitev produktov hidrolize in ponovna vezava ATP označujeta začetek novega mehanokemičnega cikla. Odločilen pomen pri izvedbi učinkovitega miozinskega zamaha igra t.i. aktnska aktivacija, ki onemogoči nastanek jalovega zamaha, pri katerem aktin in miozin nista povezana. Mehanizem preusmeritve reakcijskega pretoka na učinkovito izvedbo biološke funkcije imenujemo kinetična izbira reakcijske poti. Zanjo je značilno, da sistem ubere termodinamsko manj ugodno, a hitrejšo reakcijsko pot, saj je ugodnejša (v našem primeru jalov zamah) kinetično ovirana.<br /> <br /> == Margareta Žlajpah: Regulacija HIF-1 proteina ==<br /> &quot;Hypoxia-inducible factors&quot; ali drugače HIF proteini so skupina heterodimernih transkripcijskih faktorjev, ki se odzovejo na pomankanje kisika na celični ravni. Izmed vseh je HIF-1 protein najpomembnejši, saj je HIF-1 proteini tisi, ki je odgovoren za aktivacijo genov, ki kontrolirajo metabolne poti v takem okolju. Odgovor na &quot;hypoxio&quot; vključuje preklop iz aerobnega na anaerobni metabolizem in izražanje proteinov, ki regulirajo celično preživetje ali njeno smrt - apoptozo.<br /> <br /> Pomankanje kisika v celici je značilno tako za popolnoma zdrave bolnike (posledica višinskih treningov ali visokih alpinističnih vzponov) kot tudi za tiste, ki so zboleli za rakom. Ena izmed redkih autosomnih bolezni raka je tudi von Hippel Lindau bolezen. V kombinaciji z HIF-1α proteinom, naj bi se VHL gen dekativiral in s tem dovolil rast dobro ožiljenih tumorjev v ledvicah, očesni mrežnici in centralnem živčnem sistemu.<br /> <br /> Sam VHL protein (pVHL) pa ima tudi pomembno vlogo pri razgradnji HIF proteinov. Do sedaj je znanih nekaj različnih pVHL odvisnih mehanizmov po katerih se HIF protein razgradi, odkrili pa so tudi pVHL neodvisne mehanizme razgradnje. Po drugi strani pa je translacija še dokaj neodkrito področje biokemije, na katerem se iz dneva v dan pojavljajo nove ideje vendar natančnega mehanizma sinteze HIF proteina še ne poznamo.<br /> <br /> Cilj znanstvenikov je dodobra spoznati regulacijo tako sinteze kot tudi razgradnje HIF-1 proteina, saj bi z novimi dognanji na tem področju bili korak bližje izdelavi zdravil proti raku, ter razumevanju odziva telesa na pomankanje kisika.<br /> <br /> == Nives Naraglav: Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov ==<br /> Protein kinaze (PK) so v celicah zelo raznoliki in pogosti encimi, ki z odcepom fosfata iz molekule ATP, fosforilirajo ostale proteine. <br /> <br /> Čeprav so si PK v neaktivne stanju med seboj zelo različne, pa obstajajo elementi, ki se pogosteje ponavljajo v aktivnih oblikah več evkariontskih protein kinaz. Takšni elementi so katalitična zanka, aktivacijski segment, GHI domena in F heliks. Da je encim aktiven, morajo biti ti elementi v medsebojni legi, ki omogoča tvorjenje regulatornega in katalitičnega hidrofobnega področja, ki nastaneta z interakcijami med seboj oddaljenih aminokislinskih ostankov.<br /> <br /> Med preučevanjem evkariontskih PK in njihovih skupnih predhodnikov so znanstveniki ugotovili, da so prvi tekom evolucije razvili dinamičen način regulacije, ki je vezana na GHI domeno in aktivacijski segment, ki pa jih predhodniki nimajo. V dani raziskavi je podrobneje raziskano aktivno povezovanje elementov prek konformacijskih sprememb ter pomen različnih struktur pri aktivaciji in regulaciji evkariontskih PK.<br /> <br /> Razumevanje načina povezovanja katalitičnega ogrodja, ki sestoji iz F heliksa in hidrofobnih področij, s preostali elementi katalitične podenote, je izhodišče za raziskovanje nepravilnosti, drugačnosti v delovanju kinaz.<br /> <br /> == Maruša Bratuš: Mitohondriji kot jih ne poznamo ==<br /> <br /> Vsi poznamo mitohondrije, ki s pomočjo kisika in piruvat dehidrogenaze oksidativno dekarboksilirajo piruvat do acetil-koencima A, ki je potem v reakcijah Krebsovega cikla dokončno oksidiran do ogljikovega dioksida, pri čemer nastaja energija v obliki ATP, FADH2 in NADH. Večina energije pa potem pride iz oksidativne fosforilacije, ko so elektroni iz NADH preko verige prenosa elektronov prenešeni do kisika, prenos protonov, ki pri tem tudi poteka, pa poganja ATP sintazo. Poznamo pa tudi veliko organizmov, ki preživijo v okolju z zelo malo ali celo brez kisika. Kako preživijo? Njihovi mitohondriji kot končni akceptor elektronov ne potrebujejo kisika, saj uporabijo druge molekule, ki so na voljo, na primer nitrate iz okolja ali endogeno proizveden fumarat. Produkt njihovega dihanja zato ni voda, temveč nitriti ali sukcinat. Pri tem je pri eukariontih pomemben encim fumarat reduktaza, ki je strukturno soroden aerobnemu encimu sukcinat dehidrogenaza, funkcijo pa ima tako kot fumarat reduktazni kompleksi v prokariontih. Posebna vrsta mitohondrijev pa lahko kot donorje elektronov v sintezi ATP uporablja tudi anorganske sulfide. Za razlago raznolikosti mitohondrijev obstajata dve teoriji. Obe pa vključujeta možnost evolucijskih modifikacij podedovanih ali pridobljenih genov, ki naj bi izvirali neposredno iz genoma prednikov mitohondrijev, ki je bil najverjetneje individualna anaerobna eubakterija.<br /> <br /> <br /> == Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem ==<br /> <br /> Inzulin je majhen hormon, katerega glavna funkcija je regulacija metabolizma ogljikovih hidratov in maščob v telesu. Izloča se iz ß-celic pankreasa kot odgovor na povišano koncentracijo glukoze v krvi. Preko krvnega obtoka se prenese do tarčnih celic mišičnega in maščobnega tkiva, kjer se usede na specifičen tirozin-kinazni receptor INS-R. Preko zapletene kaskade spodbudi celico k absorbciji glukoze, s čimer je ohranjena normalna koncentracija glukoze v krvi tudi po zaužitem obroku.<br /> <br /> IRS je inzulin receptor substrat, ki po fosforilaciji z INS-R aktivira PPIn 3-kinazo, ta pa pretvori membranski fofatidilinositolbisfosfat ali PtdIns(4,5)P2 v trisfosforiliran PtdIns(3,4,5)P3. Nastali produkt je nujno potreben za aktivacijo kinaze PDK1, ki pa fosforilira še eno (serin/treonin) kinazo Akt. (SLIKA)<br /> <br /> Končni cilj te inzulin-stimulirane kaskade je transport glukoznega prenašalca iz citoplazme na plazmalemo. Glukozni transporter ali GLUT4 se prvotno nahaja v membrani intracelularnega kompartmenta, ob stimulaciji z inzulinom pa se le-ta prenese na plazmalemo in se z njo združi. GLUT je tako transportiran na zunanjo stran membrane, kjer lahko opravlja svojo funkcijo.<br /> <br /> Kljub dolgoletnim raziskovanjem te kaskade, pa je še vedno odprto vprašanje, kako in preko katerih molekul pa signal prepotuje od Akt do tega GLUT4 vsebovanega vezikla, oziroma kateri je tisti substrat Akt-a, ki vpliva na GLUT4 translokacijo do plazmaleme. Do sedaj so znanstveniki identificirali tri potencialne kandidate: AS160, PIKfyve in synip.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4350 2010-11-18T21:47:31Z

<p>SabinaKolar: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar||[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]|||||||||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Aleksander_Krajnc:_Oligomerske_oblike_z_G_proteinom_sklopljenih_receptorjev_.28GPCR.29|Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR)]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.BDan_Caf-Feldin:_Glikoliza:_Zgolj_bioenergetksa_vloga_ali_pot_pre.C5.BEivetja Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?]||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Žan_Železnik:_Biokemijska_in_strukturna_osnova_za_trans-v-cis_izomerizacijo_retinoidov_v_kemiji_vida|Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Tisa_Primc:_Apoptoza_inducirana_prek_smrtnih_receptorjev| Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Brigita_Razbor.C5.A1ek:_Adhezijski_GPCR-ji_-_Odkrivanje_pomena_novih_receptorjev Adhezijski GPCR-ji: odkrivanje pomena novih receptorjev]||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Nata.C5.A1a_Simoni.C4.8D:_Botulin_in_tetanus_nevrotoksin:_struktura.2C_delovanje_in_terapevtska_uporaba Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba]||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Laura_Ogrin:_Kooperativni_in_nekooperativni_ionski_kanali_CNG| Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG]]||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIČ ĐORĐE||||3.11.||10.11.||17.11.||||<br /> |-<br /> | PERME NEJC||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Nejc_Perme:_Mehanizmi_zaznavanja_glukoze_v_evkariontskih_celicah|Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]]||5.11.||12.11.||19.11.||Primc||Ogrin<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.A0pela_Podjed:_Strukturne_lastnosti_RNA-stikal.2C_ki_ve.C5.BEejo_metabolite| Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite]]||5.11.||12.11.||19.11.||Perme||Rot<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev# Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov]||10.11.||17.11.||24.11.||Podjed||Razboršek<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Nives_Naraglav:_Protein_kinaze:_evolucija_dinamično_reguliranih_proteinov|Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov]]||12.11.||19.11.||26.11.||Rovanšek||Rupar<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Urban_Bezeljak:_Na_novo_odkrite_skrivnosti_aktomiozinskega_delovnega_takta| Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta]]||12.11.||19.11.||26.11.||Stupar||Šćuk<br /> |-<br /> | ŽLAJPAH MARGARETA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Margareta_Žlajpah:_Regulacija_HIF-1_proteina| Regulacija HIF-1 proteina]]||12.11.||19.11.||26.11.||Tolar||Žbogar<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem| Bridging the GAP between insulin signaling and GLUT4 translocation]]||19.11.||24.11.||1.12.||Umek||Korpar<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||A Biochemical Approach to the Problem of Aging||26.11.||1.12.||3.12.||Žlajpah||Železnik<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Maruša_Bratuš:_Mitohondriji_kot_jih_ne_poznamo| Mitohondriji kot jih ne poznamo]]||26.11.||1.12.||3.12.||Pavlovič||Primec<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||Sirtuin regulation of mitochondria- energy production, apoptosis, and signaling||2.12.||6.12.||8.12.||Gorečan||Gregorič<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||Mitochondrial Evolution||3.12.||7.12.||10.12.||Tolar||Primec<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||Versatility of the mitochondrial protein import machinery||3.12.||7.12.||10.12.||Caf-Feldin||Berčič<br /> |-<br /> | ROT ZALA||The mitochondrial uncoupling-protein homologues||3.12.||8.12.||15.12.||Rovanšek||Korpar<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||Post-translational modifications in signal integration||3.12.||10.12.||17.12.||Bevc||Flis<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||Mechanisms of lipid-body formation||3.12.||10.12.||17.12.||Bigec||Železnik<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||Hormone-sensitive lipase – new roles for an old enzyme||3.12.||10.12.||17.12.||Gorečan||Kolenc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||Regulatory crosstalk of the metabolic network||8.12.||15.12.||22.12.||Naraglav||Flis<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||10.12.||17.12.||24.12.||Bezeljak||Ogrin<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||10.12.||17.12.||24.12.||Hriberšek||Bremec<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||10.12.||17.12.||24.12.||Juvančič||Razboršek<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||22.12.||29.12.||5.1.||Rupar||Gregorič<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||24.12.||3.1.||7.1.||Stupar||Žlajpah<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||24.12.||3.1.||7.1.||Handanović||Pavlovič<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||24.12.||3.1.||7.1.||Dimitrijević||Podjed<br /> |-<br /> | UMEK ŠPELA||||3.1.||7.1.||12.1.||Kranjc||Primc<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||3.1.||7.1.||14.1.||Naraglav||Rot<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||3.1.||7.1.||14.1.||Perme||Bratuš<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||3.1.||7.1.||14.1.||Frančič||Žbogar<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||5.1.||12.1.||19.1.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||7.1.||14.1.||21.1.||Simonič||Umek<br /> |-<br /> | PRIMEC SARA||||7.1.||14.1.||21.1.||Berki||Meden<br /> |-<br /> | FLIS TJAŠA||||7.1.||14.1.||21.1.||Ščuk||Meden<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do '''12. decembra 2010''' do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do '''12. januarja 2010''' do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4349 2010-11-18T21:43:54Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.<br /> <br /> Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.<br /> <br /> Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.<br /> <br /> PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata <br /> ( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2]. <br /> <br /> Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev : <br /> <br /> Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,<br /> in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.<br /> <br /> Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč. <br /> <br /> S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija. <br /> <br /> Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]<br /> <br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]<br /> <br /> == Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==<br /> Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&amp;imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&amp;usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&amp;h=405&amp;w=300&amp;sz=43&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&amp;zoom=1&amp;tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&amp;tbnh=131&amp;tbnw=97&amp;ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=hc&amp;vpx=681&amp;vpy=357&amp;dur=1189&amp;hovh=261&amp;hovw=193&amp;tx=102&amp;ty=242&amp;oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&amp;imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&amp;usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&amp;h=391&amp;w=350&amp;sz=51&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&amp;zoom=1&amp;tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&amp;tbnh=139&amp;tbnw=124&amp;ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=233&amp;oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=36&amp;ved=1t:429,r:6,s:0&amp;tx=68&amp;ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==<br /> V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&amp;usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&amp;h=813&amp;w=829&amp;sz=410&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&amp;tbnh=137&amp;tbnw=138&amp;prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=235&amp;ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&amp;oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&amp;esq=2&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:17,s:0&amp;tx=65&amp;ty=28&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein PFKFB3 ]<br /> <br /> [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&amp;imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&amp;usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&amp;h=412&amp;w=397&amp;sz=59&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&amp;tbnh=121&amp;tbnw=117&amp;prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=177&amp;ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=21&amp;ved=1t:429,r:13,s:0&amp;tx=53&amp;ty=50&amp;biw=1280&amp;bih=578 Protein (APC/C)]<br /> <br /> == Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==<br /> <br /> GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.<br /> <br /> Adhezijske GPCR definira:<br /> <br /> - dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),<br /> <br /> - zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti, <br /> <br /> - 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,<br /> <br /> - GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.<br /> <br /> Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji. <br /> <br /> Viri:<br /> 1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33, <br /> No. 10, 491-500<br /> <br /> 2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in <br /> both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119<br /> <br /> == Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==<br /> Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.<br /> <br /> == Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==<br /> Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).<br /> <br /> Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.<br /> <br /> Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.<br /> <br /> Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi &quot;dostavljalca&quot; protirakavih snovi v tumorske celice).<br /> <br /> Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&amp;feature=related].<br /> <br /> == Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==<br /> CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.<br /> V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom. <br /> S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.<br /> <br /> <br /> == Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==<br /> Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.<br /> <br /> == Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==<br /> RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&amp;bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.<br /> <br /> == Nejc Perme: Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah ==<br /> Glukoza je zelo pomemben vir ogljika in energije za evkariontske celice. Zato so razvile kompleksne mehanizme za natančno zaznavanje sprememb v koncentraciji. V raziskavah, ki so potekale v kvasovkah, so odkrili tri mehanizme za zaznavanje glukoze:<br /> <br /> 1) Kot zaznavna molekula deluje sama heksokinaza 2. Izkazalo se je, da se heksokinaza 2 lahko nahaja tudi v jedru, kjer neposredno interagira s transkripcijskimi faktorji (npr. Mig1), ki kontrolirajo ekspresijo genov. Da se heksokinaza pomakne v jedro pa mora prej prejeti signal od glukoze.<br /> <br /> 2) Zaznavni molekuli sta dva proteina v membrani (Rgt2 in Snf3), ki sta homologna transportnim proteinom glukoze. Med seboj se razlikujeta v tem, da se Snf3 odzove na majhne koncentracije glukoze, Rgt2 pa na velike. Odzoveta se na enak način kot heksokinaza z represijo in ekspresijo nekaterih genov (pri tem ne vstopata v jedro)<br /> <br /> 3) Glukoza se zaznava z GPCR sistemom. Alfa-podenota se odcepi in aktivira adenilat ciklazo. Da postane adenilat ciklaza aktivna je potrebna še glukoza-6-fosfat.<br /> <br /> Kako te mehanizmi zaznajo glukozo še ni znano, dokazano pa je, da imajo molekule pomembne vloge pri signalizaciji saj brez njih ne pride do celičnega odziva. Raziskovanje mehanizmov zaznavanja je šele v začetnih fazah, zato lahko pričakujemo, da bodo nadaljnje raziskave uspele razložiti kako naše celice zaznajo glukozo.<br /> <br /> == Urška Žbogar: Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov ==<br /> Glikoliza je biokemijska pot, ki se je razvila pod anaerobnimi pogoji in v kateri se 1 molekula glukoze pretvori v 2 molekuli piruvata. Ta pot je regulirana s številnimi encimi, za katere so novejše študije pokazale, da so bolj zapleteni, multi-funkcijski proteini, ne pa zgolj enostavne komponente glikolitične poti. Nekateri encimi opravljajo dodatne funkcije, in sicer v<br /> regulaciji transkripcije: heksokinaza (HK)-2, laktat dehidrogenaza A (LDH-A), gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza (GAPD) in enolaza (ENO)-1;<br /> regulaciji apoptoze: glukokinaza, HK in GAPD;<br /> stimulaciji celične motilitete: glukoza-6-fosfat izomeraza<br /> <br /> Glikoliza je glavni vir proizvodnje energije v pogojih, ko primanjkuje kisika zato je izražanje genov, ki kodirajo glikolitične encime pomembno za prilagoditev na hipoksijo (pomanjkanje kisika). Odziv na hipoksijo je posredovan s transkripcijskim faktorjem HIF-1, ki veže cis-regulatorne elemente za aktivacijo genov za odziv na hipoksijo, vključno s tistimi, ki kodirajo glikolitične encime. Rakave celice pa opravljajo glikolizo s povišano produkcijo laktata kljub prisotnosti zadostne količine kisika. Odvisnost rakavih celic od glikolize se kaže v spremenjenih tumornih mitohondrijih, ki niso sposobni vzdrževati normalnega oksidativnega metabolizma.<br /> <br /> V primeru heksokinaze je glikolizna pot povezana z mitohondrijsko oksidativno fosforilacijo <br /> in apoptozo (lokalizacija v mitohondriju). Multifunkcionalnost teh encimov dokazuje tudi lokalizacija glikolitičnih encimov v jedru, kjer sodelujejo kot komponente transkripcijskega koaktivatorja (LDH-A in GAPD) ali represorja (ENO1), medtem ko sama glikoliza poteka izključno v citoplazmi.<br /> <br /> == Urban Bezeljak: Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta ==<br /> Raziskave na primeru biokemijskega aktomiozinskega motorja[http://www.banyantree.org/jsale/actinmyosin/images/actin.gif] so postregle z nekaterimi dognanji, ki so in še bodo pomagali razumeti ostale fiziološke procese od celičnega premikanja do celičnega signaliziranja. Tako kot pri avtomobilskem motorju z notranjim izgorevanjem lahko tudi pri motornem proteinu miozinu definiramo „delovni takt“, korak kjer pride do nastanka mehanske moči. Delovni takt aktomiozina je ključni trenutek v miozinskem ATPaznem ciklu, v katerem služi hidroliza ATP kot vir energije in konformacijskih sprememb, ki povzročijo premik mišičnih filamentov.<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Myosin Molekula miozina] je sestavljena iz glave (motorne domene), vratu (vzvoda) in dolgega repa, ki se prepleta ter tvori debel mišični filament. Na motorni domeni najdemo aktinske vezavne regije, nukleotidno vezavno mesto ter elemente, ki posredujejo spremembe v nukleotidnem žepu do vzvoda oz. do vezavnih mest za aktin. Ko je na miozinsko glavo vezana molekula ATP, sta aktin in miozin razdružena, ko pa pride do hidrolize, se zaradi nastalih konformacijskih sprememb glava lahko veže na aktin, vzvodna ročica miozina pa v koraku delovnega takta zamahne in premakne filamenta. Sprostitev produktov hidrolize in ponovna vezava ATP označujeta začetek novega mehanokemičnega cikla. Odločilen pomen pri izvedbi učinkovitega miozinskega zamaha igra t.i. aktnska aktivacija, ki onemogoči nastanek jalovega zamaha, pri katerem aktin in miozin nista povezana. Mehanizem preusmeritve reakcijskega pretoka na učinkovito izvedbo biološke funkcije imenujemo kinetična izbira reakcijske poti. Zanjo je značilno, da sistem ubere termodinamsko manj ugodno, a hitrejšo reakcijsko pot, saj je ugodnejša (v našem primeru jalov zamah) kinetično ovirana.<br /> <br /> == Margareta Žlajpah: Regulacija HIF-1 proteina ==<br /> &quot;Hypoxia-inducible factors&quot; ali drugače HIF proteini so skupina heterodimernih transkripcijskih faktorjev, ki se odzovejo na pomankanje kisika na celični ravni. Izmed vseh je HIF-1 protein najpomembnejši, saj je HIF-1 proteini tisi, ki je odgovoren za aktivacijo genov, ki kontrolirajo metabolne poti v takem okolju. Odgovor na &quot;hypoxio&quot; vključuje preklop iz aerobnega na anaerobni metabolizem in izražanje proteinov, ki regulirajo celično preživetje ali njeno smrt - apoptozo.<br /> <br /> Pomankanje kisika v celici je značilno tako za popolnoma zdrave bolnike (posledica višinskih treningov ali visokih alpinističnih vzponov) kot tudi za tiste, ki so zboleli za rakom. Ena izmed redkih autosomnih bolezni raka je tudi von Hippel Lindau bolezen. V kombinaciji z HIF-1α proteinom, naj bi se VHL gen dekativiral in s tem dovolil rast dobro ožiljenih tumorjev v ledvicah, očesni mrežnici in centralnem živčnem sistemu.<br /> <br /> Sam VHL protein (pVHL) pa ima tudi pomembno vlogo pri razgradnji HIF proteinov. Do sedaj je znanih nekaj različnih pVHL odvisnih mehanizmov po katerih se HIF protein razgradi, odkrili pa so tudi pVHL neodvisne mehanizme razgradnje. Po drugi strani pa je translacija še dokaj neodkrito področje biokemije, na katerem se iz dneva v dan pojavljajo nove ideje vendar natančnega mehanizma sinteze HIF proteina še ne poznamo.<br /> <br /> Cilj znanstvenikov je dodobra spoznati regulacijo tako sinteze kot tudi razgradnje HIF-1 proteina, saj bi z novimi dognanji na tem področju bili korak bližje izdelavi zdravil proti raku, ter razumevanju odziva telesa na pomankanje kisika.<br /> <br /> == Nives Naraglav: Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov ==<br /> Protein kinaze (PK) so v celicah zelo raznoliki in pogosti encimi, ki z odcepom fosfata iz molekule ATP, fosforilirajo ostale proteine. <br /> <br /> Čeprav so si PK v neaktivne stanju med seboj zelo različne, pa obstajajo elementi, ki se pogosteje ponavljajo v aktivnih oblikah več evkariontskih protein kinaz. Takšni elementi so katalitična zanka, aktivacijski segment, GHI domena in F heliks. Da je encim aktiven, morajo biti ti elementi v medsebojni legi, ki omogoča tvorjenje regulatornega in katalitičnega hidrofobnega področja, ki nastaneta z interakcijami med seboj oddaljenih aminokislinskih ostankov.<br /> <br /> Med preučevanjem evkariontskih PK in njihovih skupnih predhodnikov so znanstveniki ugotovili, da so prvi tekom evolucije razvili dinamičen način regulacije, ki je vezana na GHI domeno in aktivacijski segment, ki pa jih predhodniki nimajo. V dani raziskavi je podrobneje raziskano aktivno povezovanje elementov prek konformacijskih sprememb ter pomen različnih struktur pri aktivaciji in regulaciji evkariontskih PK.<br /> <br /> Razumevanje načina povezovanja katalitičnega ogrodja, ki sestoji iz F heliksa in hidrofobnih področij, s preostali elementi katalitične podenote, je izhodišče za raziskovanje nepravilnosti, drugačnosti v delovanju kinaz.<br /> <br /> == Maruša Bratuš: Mitohondriji kot jih ne poznamo ==<br /> <br /> Vsi poznamo mitohondrije, ki s pomočjo kisika in piruvat dehidrogenaze oksidativno dekarboksilirajo piruvat do acetil-koencima A, ki je potem v reakcijah Krebsovega cikla dokončno oksidiran do ogljikovega dioksida, pri čemer nastaja energija v obliki ATP, FADH2 in NADH. Večina energije pa potem pride iz oksidativne fosforilacije, ko so elektroni iz NADH preko verige prenosa elektronov prenešeni do kisika, prenos protonov, ki pri tem tudi poteka, pa poganja ATP sintazo. Poznamo pa tudi veliko organizmov, ki preživijo v okolju z zelo malo ali celo brez kisika. Kako preživijo? Njihovi mitohondriji kot končni akceptor elektronov ne potrebujejo kisika, saj uporabijo druge molekule, ki so na voljo, na primer nitrate iz okolja ali endogeno proizveden fumarat. Produkt njihovega dihanja zato ni voda, temveč nitriti ali sukcinat. Pri tem je pri eukariontih pomemben encim fumarat reduktaza, ki je strukturno soroden aerobnemu encimu sukcinat dehidrogenaza, funkcijo pa ima tako kot fumarat reduktazni kompleksi v prokariontih. Posebna vrsta mitohondrijev pa lahko kot donorje elektronov v sintezi ATP uporablja tudi anorganske sulfide. Za razlago raznolikosti mitohondrijev obstajata dve teoriji. Obe pa vključujeta možnost evolucijskih modifikacij podedovanih ali pridobljenih genov, ki naj bi izvirali neposredno iz genoma prednikov mitohondrijev, ki je bil najverjetneje individualna anaerobna eubakterija.<br /> <br /> <br /> == Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem ==<br /> <br /> Inzulin je majhen hormon, katerega glavna funkcija je regulacija metabolizma ogljikovih hidratov in maščob v telesu. Izloča se iz ß-celic pankreasa kot odgovor na povišano koncentracijo glukoze v krvi. Preko krvnega obtoka se prenese do tarčnih celic mišičnega in maščobnega tkiva, kjer se usede na specifičen tirozin-kinazni receptor INS-R. Preko zapletene kaskade spodbudi celico k absorbciji glukoze, s čimer je ohranjena normalna koncentracija glukoze v krvi tudi po zaužitem obroku.<br /> IRS je inzulin receptor substrat, ki po fosforilaciji z INS-R aktivira PPIn 3-kinazo, ta pa pretvori membranski fofatidilinositolbisfosfat ali PtdIns(4,5)P2 v trisfosforiliran PtdIns(3,4,5)P3. Nastali produkt je nujno potreben za aktivacijo kinaze PDK1, ki pa fosforilira še eno (serin/treonin) kinazo Akt. (SLIKA)<br /> Končni cilj te inzulin-stimulirane kaskade je transport glukoznega prenašalca iz citoplazme na plazmalemo. Glukozni transporter ali GLUT4 se prvotno nahaja v membrani intracelularnega kompartmenta, ob stimulaciji z inzulinom pa se le-ta prenese na plazmalemo in se z njo združi. GLUT je tako transportiran na zunanjo stran membrane, kjer lahko opravlja svojo funkcijo.<br /> Kljub dolgoletnim raziskovanjem te kaskade, pa je še vedno odprto vprašanje, kako in preko katerih molekul pa signal prepotuje od Akt do tega GLUT4 vsebovanega vezikla, oziroma kateri je tisti substrat Akt-a, ki vpliva na GLUT4 translokacijo do plazmaleme. Do sedaj so znanstveniki identificirali tri potencialne kandidate: AS160, PIKfyve in synip.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4348 2010-11-18T21:40:39Z

<p>SabinaKolar: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar||[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]|||||||||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Aleksander_Krajnc:_Oligomerske_oblike_z_G_proteinom_sklopljenih_receptorjev_.28GPCR.29|Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR)]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.BDan_Caf-Feldin:_Glikoliza:_Zgolj_bioenergetksa_vloga_ali_pot_pre.C5.BEivetja Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?]||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Žan_Železnik:_Biokemijska_in_strukturna_osnova_za_trans-v-cis_izomerizacijo_retinoidov_v_kemiji_vida|Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Tisa_Primc:_Apoptoza_inducirana_prek_smrtnih_receptorjev| Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Brigita_Razbor.C5.A1ek:_Adhezijski_GPCR-ji_-_Odkrivanje_pomena_novih_receptorjev Adhezijski GPCR-ji: odkrivanje pomena novih receptorjev]||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Nata.C5.A1a_Simoni.C4.8D:_Botulin_in_tetanus_nevrotoksin:_struktura.2C_delovanje_in_terapevtska_uporaba Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba]||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Laura_Ogrin:_Kooperativni_in_nekooperativni_ionski_kanali_CNG| Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG]]||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIČ ĐORĐE||||3.11.||10.11.||17.11.||||<br /> |-<br /> | PERME NEJC||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Nejc_Perme:_Mehanizmi_zaznavanja_glukoze_v_evkariontskih_celicah|Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]]||5.11.||12.11.||19.11.||Primc||Ogrin<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.A0pela_Podjed:_Strukturne_lastnosti_RNA-stikal.2C_ki_ve.C5.BEejo_metabolite| Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite]]||5.11.||12.11.||19.11.||Perme||Rot<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev# Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov]||10.11.||17.11.||24.11.||Podjed||Razboršek<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Nives_Naraglav:_Protein_kinaze:_evolucija_dinamično_reguliranih_proteinov|Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov]]||12.11.||19.11.||26.11.||Rovanšek||Rupar<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Urban_Bezeljak:_Na_novo_odkrite_skrivnosti_aktomiozinskega_delovnega_takta| Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta]]||12.11.||19.11.||26.11.||Stupar||Šćuk<br /> |-<br /> | ŽLAJPAH MARGARETA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Margareta_Žlajpah:_Regulacija_HIF-1_proteina| Regulacija HIF-1 proteina]]||12.11.||19.11.||26.11.||Tolar||Žbogar<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Sabina_Kolar:_Bridging_the_GAP_between_insulin_signaling_and_GLUT4_translocation| Bridging the GAP between insulin signaling and GLUT4 translocation]]||19.11.||24.11.||1.12.||Umek||Korpar<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||A Biochemical Approach to the Problem of Aging||26.11.||1.12.||3.12.||Žlajpah||Železnik<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Maruša_Bratuš:_Mitohondriji_kot_jih_ne_poznamo| Mitohondriji kot jih ne poznamo]]||26.11.||1.12.||3.12.||Pavlovič||Primec<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||Sirtuin regulation of mitochondria- energy production, apoptosis, and signaling||2.12.||6.12.||8.12.||Gorečan||Gregorič<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||Mitochondrial Evolution||3.12.||7.12.||10.12.||Tolar||Primec<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||Versatility of the mitochondrial protein import machinery||3.12.||7.12.||10.12.||Caf-Feldin||Berčič<br /> |-<br /> | ROT ZALA||The mitochondrial uncoupling-protein homologues||3.12.||8.12.||15.12.||Rovanšek||Korpar<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||Post-translational modifications in signal integration||3.12.||10.12.||17.12.||Bevc||Flis<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||Mechanisms of lipid-body formation||3.12.||10.12.||17.12.||Bigec||Železnik<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||Hormone-sensitive lipase – new roles for an old enzyme||3.12.||10.12.||17.12.||Gorečan||Kolenc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||Regulatory crosstalk of the metabolic network||8.12.||15.12.||22.12.||Naraglav||Flis<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||10.12.||17.12.||24.12.||Bezeljak||Ogrin<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||10.12.||17.12.||24.12.||Hriberšek||Bremec<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||10.12.||17.12.||24.12.||Juvančič||Razboršek<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||22.12.||29.12.||5.1.||Rupar||Gregorič<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||24.12.||3.1.||7.1.||Stupar||Žlajpah<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||24.12.||3.1.||7.1.||Handanović||Pavlovič<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||24.12.||3.1.||7.1.||Dimitrijević||Podjed<br /> |-<br /> | UMEK ŠPELA||||3.1.||7.1.||12.1.||Kranjc||Primc<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||3.1.||7.1.||14.1.||Naraglav||Rot<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||3.1.||7.1.||14.1.||Perme||Bratuš<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||3.1.||7.1.||14.1.||Frančič||Žbogar<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||5.1.||12.1.||19.1.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||7.1.||14.1.||21.1.||Simonič||Umek<br /> |-<br /> | PRIMEC SARA||||7.1.||14.1.||21.1.||Berki||Meden<br /> |-<br /> | FLIS TJAŠA||||7.1.||14.1.||21.1.||Ščuk||Meden<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do '''12. decembra 2010''' do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do '''12. januarja 2010''' do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4347 2010-11-18T21:35:03Z

<p>SabinaKolar: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar||[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]|||||||||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Aleksander_Krajnc:_Oligomerske_oblike_z_G_proteinom_sklopljenih_receptorjev_.28GPCR.29|Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR)]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.BDan_Caf-Feldin:_Glikoliza:_Zgolj_bioenergetksa_vloga_ali_pot_pre.C5.BEivetja Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?]||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Žan_Železnik:_Biokemijska_in_strukturna_osnova_za_trans-v-cis_izomerizacijo_retinoidov_v_kemiji_vida|Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Tisa_Primc:_Apoptoza_inducirana_prek_smrtnih_receptorjev| Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Brigita_Razbor.C5.A1ek:_Adhezijski_GPCR-ji_-_Odkrivanje_pomena_novih_receptorjev Adhezijski GPCR-ji: odkrivanje pomena novih receptorjev]||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Nata.C5.A1a_Simoni.C4.8D:_Botulin_in_tetanus_nevrotoksin:_struktura.2C_delovanje_in_terapevtska_uporaba Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba]||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Laura_Ogrin:_Kooperativni_in_nekooperativni_ionski_kanali_CNG| Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG]]||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIČ ĐORĐE||||3.11.||10.11.||17.11.||||<br /> |-<br /> | PERME NEJC||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Nejc_Perme:_Mehanizmi_zaznavanja_glukoze_v_evkariontskih_celicah|Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]]||5.11.||12.11.||19.11.||Primc||Ogrin<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.A0pela_Podjed:_Strukturne_lastnosti_RNA-stikal.2C_ki_ve.C5.BEejo_metabolite| Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite]]||5.11.||12.11.||19.11.||Perme||Rot<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev# Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov]||10.11.||17.11.||24.11.||Podjed||Razboršek<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Nives_Naraglav:_Protein_kinaze:_evolucija_dinamično_reguliranih_proteinov|Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov]]||12.11.||19.11.||26.11.||Rovanšek||Rupar<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Urban_Bezeljak:_Na_novo_odkrite_skrivnosti_aktomiozinskega_delovnega_takta| Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta]]||12.11.||19.11.||26.11.||Stupar||Šćuk<br /> |-<br /> | ŽLAJPAH MARGARETA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Margareta_Žlajpah:_Regulacija_HIF-1_proteina| Regulacija HIF-1 proteina]]||12.11.||19.11.||26.11.||Tolar||Žbogar<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||[[Bridging the GAP between insulin signaling and GLUT4 translocation]]||19.11.||24.11.||1.12.||Umek||Korpar<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||A Biochemical Approach to the Problem of Aging||26.11.||1.12.||3.12.||Žlajpah||Železnik<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Maruša_Bratuš:_Mitohondriji_kot_jih_ne_poznamo| Mitohondriji kot jih ne poznamo]]||26.11.||1.12.||3.12.||Pavlovič||Primec<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||Sirtuin regulation of mitochondria- energy production, apoptosis, and signaling||2.12.||6.12.||8.12.||Gorečan||Gregorič<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||Mitochondrial Evolution||3.12.||7.12.||10.12.||Tolar||Primec<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||Versatility of the mitochondrial protein import machinery||3.12.||7.12.||10.12.||Caf-Feldin||Berčič<br /> |-<br /> | ROT ZALA||The mitochondrial uncoupling-protein homologues||3.12.||8.12.||15.12.||Rovanšek||Korpar<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||Post-translational modifications in signal integration||3.12.||10.12.||17.12.||Bevc||Flis<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||Mechanisms of lipid-body formation||3.12.||10.12.||17.12.||Bigec||Železnik<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||Hormone-sensitive lipase – new roles for an old enzyme||3.12.||10.12.||17.12.||Gorečan||Kolenc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||Regulatory crosstalk of the metabolic network||8.12.||15.12.||22.12.||Naraglav||Flis<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||10.12.||17.12.||24.12.||Bezeljak||Ogrin<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||10.12.||17.12.||24.12.||Hriberšek||Bremec<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||10.12.||17.12.||24.12.||Juvančič||Razboršek<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||22.12.||29.12.||5.1.||Rupar||Gregorič<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||24.12.||3.1.||7.1.||Stupar||Žlajpah<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||24.12.||3.1.||7.1.||Handanović||Pavlovič<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||24.12.||3.1.||7.1.||Dimitrijević||Podjed<br /> |-<br /> | UMEK ŠPELA||||3.1.||7.1.||12.1.||Kranjc||Primc<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||3.1.||7.1.||14.1.||Naraglav||Rot<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||3.1.||7.1.||14.1.||Perme||Bratuš<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||3.1.||7.1.||14.1.||Frančič||Žbogar<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||5.1.||12.1.||19.1.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||7.1.||14.1.||21.1.||Simonič||Umek<br /> |-<br /> | PRIMEC SARA||||7.1.||14.1.||21.1.||Berki||Meden<br /> |-<br /> | FLIS TJAŠA||||7.1.||14.1.||21.1.||Ščuk||Meden<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do '''12. decembra 2010''' do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do '''12. januarja 2010''' do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=ATP_hidroliza_v_Eg5_kinazi_vklju%C4%8Duje_kataliti%C4%8Dni_dvovodni_mehanizem&diff=3280 2010-03-11T19:04:10Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''ATP''' (adenozin trifosfat)[http://www.griffined.com/images/ATP_molecule.jpg] je majhna, a energetsko izredno bogata molekula, ki v živih organizmih služi za kratkoročno shranjevanje energije. Vsaka celica v človekovem telesu vsebuje okoli milijardo molekul ATP in energija, ki jo nosijo s seboj je bistvenega pomena za mnoge reakcije in funkcioniranje vsake celice. ATP je sestavljen iz adenozina (adenin in riboza), ter treh verižno vezanih fosfatnih ostankov, povezanih z fosfoanhidridnimi vezmi. In prav v teh vezeh se skriva kemijska energija, ki se sprošča pri hidrolizi. <br /> <br /> Vendar pa vse do danes ni bilo povsem pojasnjeno, kako encimi v celici dejansko izrabijo energijo te molekule.<br /> <br /> Jasno je bilo, da mora biti tretja fosfatna skupina napadena s hidroksidnim ionom, torej vodo, ki je izgubila en proton. Na splošno pa je bilo pri kinazah in drugih ATP-azah nejasno kaj, oziroma katera je ta katalitična baza, ki omogoči nastanek hidroksidnega iona. Predvidevali so, da gre za nekaj na encimu samem, za kakšno aminokislino. S pomočjo kristalografije človeške kinaze Eg5, pa so znanstveniki prišli do presenetljivih dognanj, da ta neznana baza ni nobena amonokislina, temveč nič drugega kot le še ena molekula vode. Dokopali pa so se tudi do jasne slike celotne cepitve vezi, ki ga omogoča ta dvovodni mehanizem.<br /> <br /> <br /> == Viri ==<br /> *Psysorg.com, 1.3.2010 - Researchers determine how ATP, molecule bearing 'the fuel of life,' is broken down in cells [http://www.physorg.com/news186584297.html (povezava)]<br /> <br /> *ASBMB, 19.2.2010 – ATP hidrolysis in Eg5 kinesin involves a catalytic two-wather mechanism (Courtney L. Parke, Edward J. Wojcik, Sunyoung Kim, David K. Worthylake)</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=ATP_hidroliza_v_Eg5_kinazi_vklju%C4%8Duje_kataliti%C4%8Dni_dvovodni_mehanizem&diff=3279 2010-03-11T19:03:54Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''ATP''' (adenozin trifosfat)[[http://www.griffined.com/images/ATP_molecule.jpg]] je majhna, a energetsko izredno bogata molekula, ki v živih organizmih služi za kratkoročno shranjevanje energije. Vsaka celica v človekovem telesu vsebuje okoli milijardo molekul ATP in energija, ki jo nosijo s seboj je bistvenega pomena za mnoge reakcije in funkcioniranje vsake celice. ATP je sestavljen iz adenozina (adenin in riboza), ter treh verižno vezanih fosfatnih ostankov, povezanih z fosfoanhidridnimi vezmi. In prav v teh vezeh se skriva kemijska energija, ki se sprošča pri hidrolizi. <br /> <br /> Vendar pa vse do danes ni bilo povsem pojasnjeno, kako encimi v celici dejansko izrabijo energijo te molekule.<br /> <br /> Jasno je bilo, da mora biti tretja fosfatna skupina napadena s hidroksidnim ionom, torej vodo, ki je izgubila en proton. Na splošno pa je bilo pri kinazah in drugih ATP-azah nejasno kaj, oziroma katera je ta katalitična baza, ki omogoči nastanek hidroksidnega iona. Predvidevali so, da gre za nekaj na encimu samem, za kakšno aminokislino. S pomočjo kristalografije človeške kinaze Eg5, pa so znanstveniki prišli do presenetljivih dognanj, da ta neznana baza ni nobena amonokislina, temveč nič drugega kot le še ena molekula vode. Dokopali pa so se tudi do jasne slike celotne cepitve vezi, ki ga omogoča ta dvovodni mehanizem.<br /> <br /> <br /> == Viri ==<br /> *Psysorg.com, 1.3.2010 - Researchers determine how ATP, molecule bearing 'the fuel of life,' is broken down in cells [http://www.physorg.com/news186584297.html (povezava)]<br /> <br /> *ASBMB, 19.2.2010 – ATP hidrolysis in Eg5 kinesin involves a catalytic two-wather mechanism (Courtney L. Parke, Edward J. Wojcik, Sunyoung Kim, David K. Worthylake)</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biokemijski_seminar_1_-_2009/10_-_Kazalo&diff=3278 2010-03-11T18:53:39Z

<p>SabinaKolar: /* Metabolizem */</p> <hr /> <div>=Seznam novic po področjih=<br /> Novico, ki jo boste predstavili, uvrstite v kategorijo, kamor mislite, da najbolj sodi. Vpišite naslov seminarja v slovenščini, hkrati pa naj bo naslov povezava na novo stran, kjer boste pripravili opis. Dopišite svoje ime in datum predstavitve. (Če si ne predstavljate, kako naj bi to naredili, si oglejte [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09 | seznam letošnjih 2. letnikov]]). <br /> <br /> <br /> ===Encimatika===<br /> <br /> ===Biokemija bolezni===<br /> [[Okvarjene vezave PINK1 in parkina so lahko vzrok Parkinsonove bolezni]] Brigita Razboršek, 18.3.2010<br /> <br /> [[Cerebralne in periferne spremembe, ki so nastale med dušikovo oksidno (NO) sintezo v modelu spalne bolezni podgane; Identifikacija možganskih iNOS ekspresivnih celic]] Đorđe Dimitrijević, 15.3.2010<br /> [[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cerebralne_in_periferne_spremembe,_ki_so_nastale_med_du%C5%A1ikovo_oksidno_(NO)_sintezo_v_modelu_spalne_bolezni_podgane;_Identifikacija_mo%C5%BEganskih_iNOS_ekspresivnih_celic.]]<br /> [[Tvorba priona z rekombinantnim prionskim proteinom]] Urban Bezeljak, 25. 3. 2010<br /> <br /> [[Pandemska gripa kaže znake odpornosti na tamiflu]] Monika Bosilj, 25. 3. 2010<br /> <br /> ===Genomika===<br /> <br /> ===Celična biokemija===<br /> <br /> ===Hormonska regulacija===<br /> <br /> ===Metabolizem===<br /> [[ATP hidroliza v Eg5 kinazi vključuje katalitični dvovodni mehanizem]], Sabina Kolar, 11.03.2010<br /> <br /> ===Signalne poti v celicah===<br /> <br /> ===Imunologija===<br /> <br /> ===Molekularna genetika===<br /> <br /> ===Proteomika===<br /> <br /> ===Nevrobiokemija===<br /> [[Dosežena aksonska regeneracija in vitro]] Tisa Primc, 25.3.2010</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biokemijski_seminar_1_-_2009/10_-_Kazalo&diff=3277 2010-03-11T18:53:16Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>=Seznam novic po področjih=<br /> Novico, ki jo boste predstavili, uvrstite v kategorijo, kamor mislite, da najbolj sodi. Vpišite naslov seminarja v slovenščini, hkrati pa naj bo naslov povezava na novo stran, kjer boste pripravili opis. Dopišite svoje ime in datum predstavitve. (Če si ne predstavljate, kako naj bi to naredili, si oglejte [[BiokemSeminar-SeznamNovic-B09 | seznam letošnjih 2. letnikov]]). <br /> <br /> <br /> ===Encimatika===<br /> <br /> ===Biokemija bolezni===<br /> [[Okvarjene vezave PINK1 in parkina so lahko vzrok Parkinsonove bolezni]] Brigita Razboršek, 18.3.2010<br /> <br /> [[Cerebralne in periferne spremembe, ki so nastale med dušikovo oksidno (NO) sintezo v modelu spalne bolezni podgane; Identifikacija možganskih iNOS ekspresivnih celic]] Đorđe Dimitrijević, 15.3.2010<br /> [[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cerebralne_in_periferne_spremembe,_ki_so_nastale_med_du%C5%A1ikovo_oksidno_(NO)_sintezo_v_modelu_spalne_bolezni_podgane;_Identifikacija_mo%C5%BEganskih_iNOS_ekspresivnih_celic.]]<br /> [[Tvorba priona z rekombinantnim prionskim proteinom]] Urban Bezeljak, 25. 3. 2010<br /> <br /> [[Pandemska gripa kaže znake odpornosti na tamiflu]] Monika Bosilj, 25. 3. 2010<br /> <br /> ===Genomika===<br /> <br /> ===Celična biokemija===<br /> <br /> ===Hormonska regulacija===<br /> <br /> ===Metabolizem===<br /> [[ATP hidroliza v Eg5 kinazi vključuje katalitični dvovodni mehanizem]] Sabina Kolar, 11.03.2010<br /> <br /> ===Signalne poti v celicah===<br /> <br /> ===Imunologija===<br /> <br /> ===Molekularna genetika===<br /> <br /> ===Proteomika===<br /> <br /> ===Nevrobiokemija===<br /> [[Dosežena aksonska regeneracija in vitro]] Tisa Primc, 25.3.2010</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biokemijski_seminar_1_-_2009/10&diff=3276 2010-03-11T18:49:48Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>Temo za seminar pošljite na naslov profesorice [mailto:brigita.lenarcic@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta.<br /> <br /> Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [[BiokemSeminar-SkupineNovica-B09 | seznam letošnjih 2. letnikov]].&lt;br&gt;<br /> Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[Biokemijski seminar 1 - 2009/10 - Kazalo | kazalo]] in to v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. Vpišete lahko tudi novo kategorijo.<br /> <br /> Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bomo vpisali, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve.<br /> <br /> ----<br /> <br /> <br /> == Seminarski roki: ==<br /> <br /> '''Predstavitev 15.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 4.3., recenzenti popravijo do 8.3.}&lt;br&gt;<br /> 1. Adamič Bojan -[[Omega-3 maščobne kisline predstavljajo možno orožje v boju s tumorji živčnega sistema pri otrocih.]]<br /> [http://ki.se/ki/jsp/polopoly.jsp?l=en&amp;d=130&amp;a=96133&amp;newsdep=130] &lt;br&gt; <br /> ''Recenzenta: Ogrin L., Draščič S.&lt;br&gt;''<br /> 2. Dimitrijević Đorđe - [[ Cerebralne in periferne spremembe, ki so nastale med dušikovo oksidno (NO) sintezo v modelu spalne bolezni podgane; Identifikacija možganskih iNOS ekspresivnih celic.]] [http://elitestv.com/pub/2010/02/cerebral-and-peripheral-changes-occurring-in-nitric-oxide-no-synthesis-in-a-rat-model-of-sleeping-sickness-identification-of-brain-inos-expressing-cells]<br /> &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Pavlovič T., Ferkolj M.&lt;br&gt;''<br /> 3. Belšak Karmen - [[3-D struktura virusa s potencialom za boj proti raku in virusu HIV]] [http://www.newsroom.ucla.edu/portal/ucla/ucla-researchers-reveal-3d-structure-153580.aspx]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Bevc L., Flis T.&lt;br&gt;''<br /> 4. Debeljak Mirjam - [[Proteini jedrnih por direktno stimulirajo izražanje genov celičnega cikla in razvojnih genov znotraj nukleoplazme]] [http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2900012-7]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Bezeljak U., Stupar U.&lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 18.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.3., recenzenti popravijo do 12.3.}&lt;br&gt;<br /> 1. Bole Urša [[Gen, ki povečuje vzdržljivost pri teku]] [http://physiolgenomics.physiology.org/cgi/reprint/00199.2009v1] &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Bigec T., Ščuk D.&lt;br&gt;''<br /> 2. Razboršek Brigita - [[Okvarjene vezave PINK1 in parkina so lahko vzrok Parkinsonove bolezni]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/179203.php]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Kaneuskaya L., Šterbal I.&lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 25.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 11.3., recenzenti popravijo do 18.3.}&lt;br&gt;<br /> 1. Umek Špela [[Zaviranje angiogeneze in rasti tumorja z oralno aktivno učinkovino, ki stabilizira neaktivno stanje PDGFRβ/B-RAF]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/179032.php]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Kogoj M., Bratuš Š.&lt;br&gt;''<br /> 2. Kolar Sabina - [[ATP hidroliza v Eg5 kinazi vključuje katalitični dvovodni mehanizem]]<br /> [http://www.physorg.com/news186584297.html]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Stupar U., Caf-Feldin Ž&lt;br&gt;''<br /> 3. Kranjc Aleksander&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Kolenc F., Merljak M..&lt;br&gt;''<br /> 4. Bosilj Monika [[Pandemska gripa kaže znake odpornosti na tamiflu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100301131902.htm]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Korpar T., Primec S., &lt;br&gt;''<br /> 5. Bezeljak Urban [[Tvorba priona z rekombinantnim prionskim proteinom]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2010-01/osu-soe012710.php]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Simonič N., Železnik Ž.&lt;br&gt;''<br /> 6. Primc Tisa [[Dosežena aksonska regeneracija in vitro]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/07/090724113546.htm]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Žbogar U., Rovanšek V.&lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 1.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.3., recenzenti popravijo do 25.3.}&lt;br&gt;<br /> 1. Banič Teja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Simonič Nataša&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Rovanšek Veronika&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 4. Železnik Žan&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 5. Ferkolj Maja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 6. Draščič Sara&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 8.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.3., recenzenti popravijo do 1.4.}&lt;br&gt;<br /> 1. Caf Feldin Žan&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Frančič Vito [[Stabilnost in dinamika zvijanja proteina posneta v živi celici]] [http://www.scientificamerican.com/blog/post.cfm?id=scientists-observe-protein-folding-2010-02-28]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Stupar Uroš&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 12.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 29.3., recenzenti popravijo do 5.4.}&lt;br&gt;<br /> 1. Kanevskaya Liza&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Ščuk Dino&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Kolenc Filip&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 15.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.4., recenzenti popravijo do 8.4.}&lt;br&gt;<br /> 1. Handanović Elmina&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Flis Tjaša&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Pavlovič Tanja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 4. Bratuš Maruša&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 5. Primec Sara&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 6. Naraglav Nives&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 7. Kogoj Maja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 8. Žbogar Urška&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 22.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.4., recenzenti popravijo do 15.4.}&lt;br&gt;<br /> 1. Bevc Luka&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Bigec Tjaša&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Žlajpah Margareta&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 6.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 22.4., recenzenti popravijo do 29.4.}&lt;br&gt;<br /> 1. Juvančič Janja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Berčič Tjaša&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Gregorič Tina&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 4. Gubanec Vesna&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 5. Ogrin Laura&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 6. Tolar Eva&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 13.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 29.4., recenzenti popravijo do 6.5.}&lt;br&gt;<br /> 1. Korpar Tanja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Šterbal Ines&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Berki Barbara&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 27.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 13.5., recenzenti popravijo do 20.5.}&lt;br&gt;<br /> 1. Podjed Špela&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Rot Zala&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Hriberšek Damjana&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 31.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.5., recenzenti popravijo do 24.5.}&lt;br&gt;<br /> 1. Perme Nejc&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Merljak Matevž&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Rupar Kaja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 3.6.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.5., recenzenti popravijo do 25.5.}&lt;br&gt;<br /> 1. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 4. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 5. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 6. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 7. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 8. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=ATP_hidroliza_v_Eg5_kinazi_vklju%C4%8Duje_kataliti%C4%8Dni_dvovodni_mehanizem&diff=3275 2010-03-11T18:46:53Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''ATP''' (adenozin trifosfat) je majhna, a energetsko izredno bogata molekula, ki v živih organizmih služi za kratkoročno shranjevanje energije. Vsaka celica v človekovem telesu vsebuje okoli milijardo molekul ATP in energija, ki jo nosijo s seboj je bistvenega pomena za mnoge reakcije in funkcioniranje vsake celice. ATP je sestavljen iz adenozina (adenin in riboza), ter treh verižno vezanih fosfatnih ostankov, povezanih z fosfoanhidridnimi vezmi. In prav v teh vezeh se skriva kemijska energija, ki se sprošča pri hidrolizi. <br /> <br /> Vendar pa vse do danes ni bilo povsem pojasnjeno, kako encimi v celici dejansko izrabijo energijo te molekule.<br /> <br /> Jasno je bilo, da mora biti tretja fosfatna skupina napadena s hidroksidnim ionom, torej vodo, ki je izgubila en proton. Na splošno pa je bilo pri kinazah in drugih ATP-azah nejasno kaj, oziroma katera je ta katalitična baza, ki omogoči nastanek hidroksidnega iona. Predvidevali so, da gre za nekaj na encimu samem, za kakšno aminokislino. S pomočjo kristalografije človeške kinaze Eg5, pa so znanstveniki prišli do presenetljivih dognanj, da ta neznana baza ni nobena amonokislina, temveč nič drugega kot le še ena molekula vode. Dokopali pa so se tudi do jasne slike celotne cepitve vezi, ki ga omogoča ta dvovodni mehanizem.<br /> <br /> <br /> == Viri ==<br /> *Psysorg.com, 1.3.2010 - Researchers determine how ATP, molecule bearing 'the fuel of life,' is broken down in cells [http://www.physorg.com/news186584297.html (povezava)]<br /> <br /> *ASBMB, 19.2.2010 – ATP hidrolysis in Eg5 kinesin involves a catalytic two-wather mechanism (Courtney L. Parke, Edward J. Wojcik, Sunyoung Kim, David K. Worthylake)</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=ATP_hidroliza_v_Eg5_kinazi_vklju%C4%8Duje_kataliti%C4%8Dni_dvovodni_mehanizem&diff=3274 2010-03-11T18:44:40Z

<p>SabinaKolar: </p> <hr /> <div>'''ATP''' (adenozin trifosfat) je majhna, a energetsko izredno bogata molekula, ki v živih organizmih služi za kratkoročno shranjevanje energije. Vsaka celica v človekovem telesu vsebuje okoli milijardo molekul ATP in energija, ki jo nosijo s seboj je bistvenega pomena za mnoge reakcije in funkcioniranje vsake celice. ATP je sestavljen iz adenozina (adenin in riboza), ter treh verižno vezanih fosfatnih ostankov, povezanih z fosfoanhidridnimi vezmi. In prav v teh vezeh se skriva kemijska energija, ki se sprošča pri hidrolizi. <br /> <br /> Vendar pa vse do danes ni bilo povsem pojasnjeno, kako encimi v celici dejansko izrabijo energijo te molekule.<br /> <br /> Jasno je bilo, da mora biti tretja fosfatna skupina napadena s hidroksidnim ionom, torej vodo, ki je izgubila en proton. Na splošno pa je bilo pri kinazah in drugih ATP-azah nejasno kaj, oziroma katera je ta katalitična baza, ki omogoči nastanek hidroksidnega iona. Predvidevali so, da gre za nekaj na encimu samem, za kakšno aminokislino. S pomočjo kristalografije človeške kinaze Eg5, pa so znanstveniki prišli do presenetljivih dognanj, da ta neznana baza ni nobena amonokislina, temveč nič drugega kot le še ena molekula vode. Dokopali pa so se tudi do jasne slike celotne cepitve vezi, ki ga omogoča ta dvovodni mehanizem.<br /> <br /> <br /> == Viri ==<br /> *Psysorg.com, 1.3.2010 - Researchers determine how ATP, molecule bearing 'the fuel of life,' is broken down in cells <br /> <br /> *ASBMB, 19.2.2010 – ATP hidrolysis in Eg5 kinesin involves a catalytic two-wather mechanism (Courtney L. Parke, Edward J. Wojcik, Sunyoung Kim, David K. Worthylake)</div>

SabinaKolar https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=ATP_hidroliza_v_Eg5_kinazi_vklju%C4%8Duje_kataliti%C4%8Dni_dvovodni_mehanizem&diff=3273 2010-03-11T18:43:44Z

<p>SabinaKolar: New page: Članek: Psysorg.com, 1.3.2010 - Researchers determine how ATP, molecule bearing &#039;the fuel of life,&#039; is broken down in cells Članek: ASBMB, 19.2.2010 – ATP hidrolysis in Eg5 kinesin i...</p> <hr /> <div>Članek: Psysorg.com, 1.3.2010 - Researchers determine how ATP, molecule bearing 'the fuel of life,' is broken down in cells <br /> <br /> Članek: ASBMB, 19.2.2010 – ATP hidrolysis in Eg5 kinesin involves a catalytic two-wather mechanism (Courtney L. Parke, Edward J. Wojcik, Sunyoung Kim, David K. Worthylake) <br /> <br /> '''ATP''' (adenozin trifosfat) je majhna, a energetsko izredno bogata molekula, ki v živih organizmih služi za kratkoročno shranjevanje energije. Vsaka celica v človekovem telesu vsebuje okoli milijardo molekul ATP in energija, ki jo nosijo s seboj je bistvenega pomena za mnoge reakcije in funkcioniranje vsake celice. ATP je sestavljen iz adenozina (adenin in riboza), ter treh verižno vezanih fosfatnih ostankov, povezanih z fosfoanhidridnimi vezmi. In prav v teh vezeh se skriva kemijska energija, ki se sprošča pri hidrolizi. <br /> <br /> Vendar pa vse do danes ni bilo povsem pojasnjeno, kako encimi v celici dejansko izrabijo energijo te molekule.<br /> <br /> Jasno je bilo, da mora biti tretja fosfatna skupina napadena s hidroksidnim ionom, torej vodo, ki je izgubila en proton. Na splošno pa je bilo pri kinazah in drugih ATP-azah nejasno kaj, oziroma katera je ta katalitična baza, ki omogoči nastanek hidroksidnega iona. Predvidevali so, da gre za nekaj na encimu samem, za kakšno aminokislino. S pomočjo kristalografije človeške kinaze Eg5, pa so znanstveniki prišli do presenetljivih dognanj, da ta neznana baza ni nobena amonokislina, temveč nič drugega kot le še ena molekula vode. Dokopali pa so se tudi do jasne slike celotne cepitve vezi, ki ga omogoča ta dvovodni mehanizem.</div>

SabinaKolar