Wiki FKKT - User contributions [en]

Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah

2012-04-10T19:02:16Z

Sara Drascic: /* Primeri RNAi pri rastlinah */

V zadnjih nekaj letih je bil dosežen pomemben napredek tudi na področju utišanja genov v rastlinah. RNA interferenca (RNAi) je ena izmed najzanimivejših odkritij in zelo koristno orodje na področju funkcijske genomike. Je pojav, ki preko utišanja določenih genov uravnava ekspresijo le-teh. Post-transkripcijsko utišanje genov (PTGS) je bilo sprva omejeno le na rastline. V zadnjih nekaj letih pa je postalo jasno, da se PTGS pojavlja tako pri rastlinah kot tudi živalih in ima pomembno vlogo pri obrambnem mehanizmu pred virusi ter transpozonskem utiševalnem mehanizmu.

== Prvi poskusi RNAi na rastlinah ==

Raziskovanje RNA-interference pri rastlinah se je pričelo z okrasnimi rastlinami t.i. petunjami. Le-te so znanstveniki v ZDA želeli narediti bolj temno vijolične barve. V ta namen so v petunije vpeljali dodatne kopije endogenega gena CHS, ki kodira ključni encim za proizvodnjo pigmenta antocianina. Rezultati, ki so jih dobili so bili presenetljivi. Izkazalo se je, da kljub temu, da je veliko petunij vsebovalo dodatne kopije gena, produkcija antocianina ni bila povečana, ampak inhibirana. Namesto povečanja intezitete temno vijolične barve, so rože postale popolnoma bele oz. belo-vijolične. Podrobnejša raziskava je pokazala,da je prišlo do zmanjšanja izražanja endogena in transgena oziroma, da sta bila oba tipa gena utišana. Pri tem je očitno prišlo do visoke stopnje razgradnje mRNA, ki je onemogočila prepis proteina. Ta pojav so poimenovali kosupresija, vendar takrat molekulskega mehanizma še niso razumeli.

== Razlike med RNAi pri živalih in rastlinah ==

Kljub podobnosti v procesih RNAi pri omenjenih organizmih, obstajajo tudi očitne razlike. Vloga miRNA v rastlinah je enaka vlogi siRNA pri živalih, kar pomeni, da je prisotna pri cepitvi homologne mRNA hkrati pa lahko blokira translacijo le-te. Razlika pa je tudi v vezavi miRNA na njeno specifično zaporedje na mRNA. V rastlinah je miRNA v večini primerov popolnoma komplementarna sekvenci na mRNA in povzroči direktno cepitev ob prisotnosti RISC, medtem ko je pri živalih miRNA bolj divergenta, ni popolnoma komplementarna svoji tarčni mRNA in vpliva na represijo translacije.
Pri rastlinah prav tako nastopata dva posebna gena, ki ju pri živalih niso odkrili. Imenujeta se MET1 (gen, ki kodira DNA-metiltransferazo) ter SGS3 (kodira protein, katerega funkcija zaenkrat še ni znana). Gena v živalski celici nista prisotna, kar pomeni, da za RNAi v živalih nista pomembna.
Živali ponavadi vsebujejo en tip proteinov dicer, pri čemer pa se pri rastlinah pojavlja večje število le-teh. Raziskovali so zeliščno rastlino Arabidopsis ter našli 4 različne encime dicer. Pri Arabidopsis so dicerji 2, 3 in 4 pomembni za nastanek različnih siRNA vrst, medtem ko je dicer 1 odgovoren izključno za miRNA biogenezo. Aktivacijo vsakega dicerja omogoča siRNA karakteristične dolžine. Razen drugih protein v miRNA poti, pri rastlinah poteka enaka miRNA biogeneza kot pri živalih. Edina večja razlika je opažena pri rastlinah in sicer DCL1 deluje na pre-miRs v jedru in ne v citoplazmi, kot se to dogaja pri živalih.

== Tehnologija RNA interference ==

Tehnologijo RNA interference lahko koristno uporabimo pri velikem številu rastlinskih vrst. Rastlinam lahko utišamo ekspresijo specifičnih endogenih genov ali genov patogenov, ki jih napadajo. RNAi lahko uporabljamo tudi za inženiring metabolnih poti za ustvarjanje sekundarnih produktov. Dosežemo lahko visok pridelek in pridobitev izboljšanih rastlin, ki so boljše za zdravje človeka.
Eden izmed načinov kako pridobiti dvojnovijačno RNA (dsRNA) je kloniranje »smiselnih« in »nesmiselnih« sekvenc pod istim promotorjem, ki jih ločimo z introni. Po transkripciji te sekvence tvorijo RNA zanko, ki sproži utišanje genov.
Prav tako se za utišanje genov uporablja rastlinski patogeni virus (VIGS). Proces se imenuje z virusi inducirano utišanje genov. To utišanje je za razliko od prejšnjega načina začasno. Utišanje promotroskih sekvenc z uporabo te metode je dedno, saj metilirane promotorske sekvence ostanejo metilirane v nekaj naslednjih generacijah.
Rastline so pomembni naravni vir hrane, vlaken, lesa, olj itd. Veliko pomembnih sekundarnih metabolitov rastline proizvajajo v majhnih količinah in jih je zato težko pridobiti v zadostnih količinah. Proizvodnjo sekundarnih metabolitov rastline lahko povečamo z uporabo RNAi (npr. pridobivanje stearinske in oleinske kisline pri bombažu).
Efekt utišanja genov pri rastlinah so najprej uporabili v poskusih razvoja odpornosti na bolezni, predvsem tistih, ki jih povzročajo virusi. Odpornost na patogene so dosegli s transformiranjem rastlin z geni ali s sekvencami, ki so jih dobili iz patogenov, z namenom blokiranja specifičnega koraka v življenju ali ciklu infekcije patogena. Ko utišanje enkrat dosežemo, se to razširi po celem organizmu, zato je odpornost pogosteje sistematska kot lokalna.
Razširitev signala utišanja preko celotne rastline ima določene prednosti, ob tem pa tudi nekaj škodljivih posledic. Sistemsko širjenje signala utišanja, ki ga uvedemo z dsRNA je zelo uporabno v hortikulturi (npr. pri vinski trti in sadnemu drevju), kjer transgene rastline vzgojimo zelo težko.
Učinkovitost RNAi tehnologije za proizvodnjo na viruse odpornih rastlin je bilo prvič dokazano leta 1998 pri krompirju, ki je bil odporen na Krompirjev virus Y.
Pri nekaterih virusih so dosegli imunost rastline, pri drugih okrevanje po okužbi, zmanjšano kopičenje virusov v rastlini, blokiranje virusne infektivnosti, medtem ko so drugi virusi utišanje premagali. Pri nekaterih virusih stopnja odpornosti variira med tkivi. Nekateri rastlinski virusi so razvili načine proti utišanju genov s kodiranjem proteinov, ki lahko premagajo odpornost.
RNAi so uporabili tudi za generiranje moške sterilnosti in za obnavljanje moške plodnosti. Slednje je pomembno za produkcijo hibridnih semen pri rastlinah, kot so oljna repica, koruza in sončnice, kjer je rastlina zrasla iz semen druge generacije hibridnih rastlin.

== Primeri RNAi pri rastlinah ==

S tehnologijo RNA interference bi v prihodnosti lahko tudi omejili škodo, ki jo povzročajo insekti na rastlinah.
Dokler niso naredili novih raziskav na področju RNAi je bilo najbolj učinkovito v boju proti insektom, narediti rastline, ki so sintetizirale protein Bt toksin. Bt toksin insekte upočasni, zaradi njega prenehajo jesti rastline in nato poginejo. Po novih raziskavah pa so ugotovili, da Bt toksin ni učinkovit proti mnogim škodljivcem ker je veliko takih, ki so nanj sposobni razviti odpornost. Veliko vrst insektov je herbivorov ki so, v procesu evolucije, prilagodili svoj metabolizem tako da strupi, ki jih rastline izločajo da bi se znebile insektov, nimajo učinka. Ker so vse informacije, ki insektom omogočajo obrambo proti strupom, shranjene v njihovem genskem zapisu, bi veliko pomenilo če bi te gene poznali in jih znali utišati z RNAi.
Pri RNAi problemov z odpornostjo insektov ni, saj gensko spremenjene rastline, pri pobijanju insektov, izkoriščajo mehanizem utišanja genov, ki ga insekti že imajo in uporabljajo. Zato je RNAi šibka točka imunskega sistema insektov in drugih živali. Insekti, ki izklopijo RNA interferenco zato da se lahko varno prehranjujejo z gensko spremenjenimi rastlinami, bodo najverjetneje poginili zaradi bolezni. Druga slabost Bt toksina pa je njegova nespecifičnost, saj lahko pobije tudi tiste insekte, ki ne predstavljajo škode za rastline.
Presenetljivo je bilo odkritje, da je pri nekaterih insektih dovolj že to, da zaužijejo dvovijačno RNA. Na primer, če se ličinke hranijo z gensko spremenjenim tobakom, RNA pride v njihov prebavni trakt. Po prvih korakih interference se RISC specifično veže na mRNA in jo tako razreže, da se encim citokrom P450 ne more več sintetizirati.
Ker bi genetsko spremenjene rastline, ki se poslužujejo RNAi, napadale točno določene gene v točno določenih insektih, nekateri raziskovalci menijo, da naj nebi povzročale nezaželjenih učinkov in bi bile varnejše od ostalih gensko spremenjenih rastlin. Spet drugi opozarjajo, da je potrebno narediti še veliko testov in raziskav, saj bi se v primeru nespecifičnosti RNAi, mehanizem utišanja genov lahko prenesel na druge vrste rastlin ali celo na druge organizme.
Iz podobnih razlogov so gensko spremenili še bombaž, koruzo...

== Zaključek ==

RNAi postaja vedno bolj pomembna metoda za preučevanje funkcij genov pri evkariontih, saj je metoda zelo učinkovita in s poglobljenimi raziskavami, jo bomo s pridom izkoriščali pri genetskem izboljšanju rastlin. Utišanje z RNAi je enostavna metoda, ki se uporablja za utišanje genov tudi pri heksaploidnih organizmih in enokaličnicah (kulturne rastline,iz katerih pridobivamo večino hrane), kjer so drugi pristopi neučinkoviti. Čeprav tehnika utišanja z RNAi še ni optimizirana, so jo že leta 1998 označili za perspektivno tehniko pridobivanja rastlin z 'znotraj celično odpornostjo' proti virusom.

== Viri in literatura ==

1. Vaucheret H., Beclin C.; »Post-transcriptional gene silencing in plants«;Cell Science; September, 2001; 3083-309.

2. Saumet A.,Lecellier C.; »Anti-viral RNA silecing: do we look like plants?«; Januar 2006; [citirano: 30.3.2011] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1363733/?tool=pmcentrez

3. Raza Naqvi A.;«The fascinating world of RNA interference«; International Journal of Biological Science; 2009, 97-117.

4. Mansor S., Amin I., Hussain M., Zafar Y., Briddon R.W: 2006. Engineering novel traits in plants through RNA interference. Trends in plant science, 11, 11: 595-565

5. U.B. Jagtab, R.G. Gurav, V.A. Bapat : 2011. Role of RNA inteference in plant improvement. Naturwissenschaften,98 : 473-492.

6. Huvenne H., Smagghe G.Mechanisms of dsRNA uptake in insects and potential of RNAi for pest control: A review. Journal of insect physiology, 2010, 56, 227-235

7. "Yellow biotechnology": Using plants to silence insect genes in a high-throughput manner. ScienceDaily, 2012
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah

2012-04-07T16:10:21Z

Sara Drascic: /* Viri in literatura */

V zadnjih nekaj letih je bil dosežen pomemben napredek tudi na področju utišanja genov v rastlinah. RNA interferenca (RNAi) je ena izmed najzanimivejših odkritij in zelo koristno orodje na področju funkcijske genomike. Je pojav, ki preko utišanja določenih genov uravnava ekspresijo le-teh. Post-transkripcijsko utišanje genov (PTGS) je bilo sprva omejeno le na rastline. V zadnjih nekaj letih pa je postalo jasno, da se PTGS pojavlja tako pri rastlinah kot tudi živalih in ima pomembno vlogo pri obrambnem mehanizmu pred virusi ter transpozonskem utiševalnem mehanizmu.

== Prvi poskusi RNAi na rastlinah ==

Raziskovanje RNA-interference pri rastlinah se je pričelo z okrasnimi rastlinami t.i. petunjami. Le-te so znanstveniki v ZDA želeli narediti bolj temno vijolične barve. V ta namen so v petunije vpeljali dodatne kopije endogenega gena CHS, ki kodira ključni encim za proizvodnjo pigmenta antocianina. Rezultati, ki so jih dobili so bili presenetljivi. Izkazalo se je, da kljub temu, da je veliko petunij vsebovalo dodatne kopije gena, produkcija antocianina ni bila povečana, ampak inhibirana. Namesto povečanja intezitete temno vijolične barve, so rože postale popolnoma bele oz. belo-vijolične. Podrobnejša raziskava je pokazala,da je prišlo do zmanjšanja izražanja endogena in transgena oziroma, da sta bila oba tipa gena utišana. Pri tem je očitno prišlo do visoke stopnje razgradnje mRNA, ki je onemogočila prepis proteina. Ta pojav so poimenovali kosupresija, vendar takrat molekulskega mehanizma še niso razumeli.

== Razlike med RNAi pri živalih in rastlinah ==

Kljub podobnosti v procesih RNAi pri omenjenih organizmih, obstajajo tudi očitne razlike. Vloga miRNA v rastlinah je enaka vlogi siRNA pri živalih, kar pomeni, da je prisotna pri cepitvi homologne mRNA hkrati pa lahko blokira translacijo le-te. Razlika pa je tudi v vezavi miRNA na njeno specifično zaporedje na mRNA. V rastlinah je miRNA v večini primerov popolnoma komplementarna sekvenci na mRNA in povzroči direktno cepitev ob prisotnosti RISC, medtem ko je pri živalih miRNA bolj divergenta, ni popolnoma komplementarna svoji tarčni mRNA in vpliva na represijo translacije.
Pri rastlinah prav tako nastopata dva posebna gena, ki ju pri živalih niso odkrili. Imenujeta se MET1 (gen, ki kodira DNA-metiltransferazo) ter SGS3 (kodira protein, katerega funkcija zaenkrat še ni znana). Gena v živalski celici nista prisotna, kar pomeni, da za RNAi v živalih nista pomembna.
Živali ponavadi vsebujejo en tip proteinov dicer, pri čemer pa se pri rastlinah pojavlja večje število le-teh. Raziskovali so zeliščno rastlino Arabidopsis ter našli 4 različne encime dicer. Pri Arabidopsis so dicerji 2, 3 in 4 pomembni za nastanek različnih siRNA vrst, medtem ko je dicer 1 odgovoren izključno za miRNA biogenezo. Aktivacijo vsakega dicerja omogoča siRNA karakteristične dolžine. Razen drugih protein v miRNA poti, pri rastlinah poteka enaka miRNA biogeneza kot pri živalih. Edina večja razlika je opažena pri rastlinah in sicer DCL1 deluje na pre-miRs v jedru in ne v citoplazmi, kot se to dogaja pri živalih.

== Tehnologija RNA interference ==

Tehnologijo RNA interference lahko koristno uporabimo pri velikem številu rastlinskih vrst. Rastlinam lahko utišamo ekspresijo specifičnih endogenih genov ali genov patogenov, ki jih napadajo. RNAi lahko uporabljamo tudi za inženiring metabolnih poti za ustvarjanje sekundarnih produktov. Dosežemo lahko visok pridelek in pridobitev izboljšanih rastlin, ki so boljše za zdravje človeka.
Eden izmed načinov kako pridobiti dvojnovijačno RNA (dsRNA) je kloniranje »smiselnih« in »nesmiselnih« sekvenc pod istim promotorjem, ki jih ločimo z introni. Po transkripciji te sekvence tvorijo RNA zanko, ki sproži utišanje genov.
Prav tako se za utišanje genov uporablja rastlinski patogeni virus (VIGS). Proces se imenuje z virusi inducirano utišanje genov. To utišanje je za razliko od prejšnjega načina začasno. Utišanje promotroskih sekvenc z uporabo te metode je dedno, saj metilirane promotorske sekvence ostanejo metilirane v nekaj naslednjih generacijah.
Rastline so pomembni naravni vir hrane, vlaken, lesa, olj itd. Veliko pomembnih sekundarnih metabolitov rastline proizvajajo v majhnih količinah in jih je zato težko pridobiti v zadostnih količinah. Proizvodnjo sekundarnih metabolitov rastline lahko povečamo z uporabo RNAi (npr. pridobivanje stearinske in oleinske kisline pri bombažu).
Efekt utišanja genov pri rastlinah so najprej uporabili v poskusih razvoja odpornosti na bolezni, predvsem tistih, ki jih povzročajo virusi. Odpornost na patogene so dosegli s transformiranjem rastlin z geni ali s sekvencami, ki so jih dobili iz patogenov, z namenom blokiranja specifičnega koraka v življenju ali ciklu infekcije patogena. Ko utišanje enkrat dosežemo, se to razširi po celem organizmu, zato je odpornost pogosteje sistematska kot lokalna.
Razširitev signala utišanja preko celotne rastline ima določene prednosti, ob tem pa tudi nekaj škodljivih posledic. Sistemsko širjenje signala utišanja, ki ga uvedemo z dsRNA je zelo uporabno v hortikulturi (npr. pri vinski trti in sadnemu drevju), kjer transgene rastline vzgojimo zelo težko.
Učinkovitost RNAi tehnologije za proizvodnjo na viruse odpornih rastlin je bilo prvič dokazano leta 1998 pri krompirju, ki je bil odporen na Krompirjev virus Y.
Pri nekaterih virusih so dosegli imunost rastline, pri drugih okrevanje po okužbi, zmanjšano kopičenje virusov v rastlini, blokiranje virusne infektivnosti, medtem ko so drugi virusi utišanje premagali. Pri nekaterih virusih stopnja odpornosti variira med tkivi. Nekateri rastlinski virusi so razvili načine proti utišanju genov s kodiranjem proteinov, ki lahko premagajo odpornost.
RNAi so uporabili tudi za generiranje moške sterilnosti in za obnavljanje moške plodnosti. Slednje je pomembno za produkcijo hibridnih semen pri rastlinah, kot so oljna repica, koruza in sončnice, kjer je rastlina zrasla iz semen druge generacije hibridnih rastlin.

== Primeri RNAi pri rastlinah ==

S tehnologijo RNA interference bi v prihodnosti lahko tudi omejili škodo, ki jo povzročajo insekti na rastlinah.
Dokler niso naredili novih raziskav na področju RNAi je bilo najbolj učinkovito v boju proti insektom, narediti rastline, ki so sintetizirale protein Bt toksin. Bt toksin insekte upočasni, zaradi njega prenehajo jesti rastline in nato poginejo. Po novih raziskavah pa so ugotovili, da Bt toksin ni učinkovit proti mnogim škodljivcem ker je veliko takih, ki so nanj sposobni razviti odpornost. Veliko vrst insektov je herbivorov ki so, v procesu evolucije, prilagodili svoj metabolizem tako da strupi, ki jih rastline izločajo da bi se znebile insektov, nimajo učinka. Ker so vse informacije, ki insektom omogočajo obrambo proti strupom, shranjene v njihovem genskem zapisu, bi veliko pomenilo če bi te gene poznali in jih znali utišati z RNAi.
Pri RNAi problemov z odpornostjo insektov ni, saj gensko spremenjene rastline, pri pobijanju insektov, izkoriščajo mehanizem utišanja genov, ki ga insekti že imajo in uporabljajo. Zato je RNAi šibka točka imunskega sistema insektov in drugih živali. Insekti, ki izklopijo RNA interferenco zato da se lahko varno prehranjujejo z gensko spremenjenimi rastlinami, bodo najverjetneje poginili zaradi bolezni. Druga slabost Bt toksina pa je njegova nespecifičnost, saj lahko pobije tudi tiste insekte, ki ne predstavljajo škode za rastline.
Presenetljivo je bilo odkritje, da je pri nekaterih insektih dovolj že to, da zaužijejo dvovijačno RNA. Na primer, če se ličinke hranijo z gensko spremenjenim tobakom, RNA pride v njihov prebavni trakt. Po prvih korakih interference se RISC specifično veže na mRNA gena za CYP6B46 in tako razreže mRNA, da se encim citokrom P450 ne more več sintetizirati.
Ker bi genetsko spremenjene rastline, ki se poslužujejo RNAi, napadale točno določene gene v točno določenih insektih, nekateri raziskovalci menijo, da naj nebi povzročale nezaželjenih učinkov in bi bile varnejše od ostalih gensko spremenjenih rastlin. Spet drugi opozarjajo, da je potrebno narediti še veliko testov in raziskav, saj bi se v primeru nespecifičnosti RNAi, mehanizem utišanja genov lahko prenesel na druge vrste rastlin ali celo na druge organizme.
Iz podobnih razlogov so gensko spremenili še bombaž, koruzo...

== Zaključek ==

RNAi postaja vedno bolj pomembna metoda za preučevanje funkcij genov pri evkariontih, saj je metoda zelo učinkovita in s poglobljenimi raziskavami, jo bomo s pridom izkoriščali pri genetskem izboljšanju rastlin. Utišanje z RNAi je enostavna metoda, ki se uporablja za utišanje genov tudi pri heksaploidnih organizmih in enokaličnicah (kulturne rastline,iz katerih pridobivamo večino hrane), kjer so drugi pristopi neučinkoviti. Čeprav tehnika utišanja z RNAi še ni optimizirana, so jo že leta 1998 označili za perspektivno tehniko pridobivanja rastlin z 'znotraj celično odpornostjo' proti virusom.

== Viri in literatura ==

1. Vaucheret H., Beclin C.; »Post-transcriptional gene silencing in plants«;Cell Science; September, 2001; 3083-309.

2. Saumet A.,Lecellier C.; »Anti-viral RNA silecing: do we look like plants?«; Januar 2006; [citirano: 30.3.2011] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1363733/?tool=pmcentrez

3. Raza Naqvi A.;«The fascinating world of RNA interference«; International Journal of Biological Science; 2009, 97-117.

4. Mansor S., Amin I., Hussain M., Zafar Y., Briddon R.W: 2006. Engineering novel traits in plants through RNA interference. Trends in plant science, 11, 11: 595-565

5. U.B. Jagtab, R.G. Gurav, V.A. Bapat : 2011. Role of RNA inteference in plant improvement. Naturwissenschaften,98 : 473-492.

6. Huvenne H., Smagghe G.Mechanisms of dsRNA uptake in insects and potential of RNAi for pest control: A review. Journal of insect physiology, 2010, 56, 227-235

7. "Yellow biotechnology": Using plants to silence insect genes in a high-throughput manner. ScienceDaily, 2012
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Talk:Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah

2012-04-07T16:06:49Z

Sara Drascic:

Prvi poskusi RNAi na rastlinah, razlike med RNAi pri živalih in rastlinah, zaključek-Tina

Tehnologija RNAi-Teja

Primeri RNAi prirastlinah-Sara

Talk:Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah

2012-04-07T16:06:09Z

Sara Drascic: New page: Prvi poskusi RNAi na rastlinah,razlike med RNAi pri živalih in rastlinah, zaključek-Tina Tehnologija RNAi-Teja Primeri RNAi prirastlinah-Sara

Prvi poskusi RNAi na rastlinah,razlike med RNAi pri živalih in rastlinah, zaključek-Tina
Tehnologija RNAi-Teja
Primeri RNAi prirastlinah-Sara

RNA-interferenca

2012-04-02T21:32:37Z

Sara Drascic: /* Skupine */

== Predstavitev seminarja 2011/12 ==
Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:

# Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)
# Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)
# Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)
# Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)
# Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)
# Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)
# Evolucijski pomen RNAi (2006-)
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC
# Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni
# Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah
# Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi
# Biotehnološka uporaba RNAi
# Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi

Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web].

Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

=== Skupine ===

''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Raziskave%2C_ki_so_privedle_do_odkritja_RNA-interference_(1995-1998) Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference] (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_interferen%C4%8Dne_RNA_%28siRNA%29 Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)] (Tanja Korpar, Ines Šterbal)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_encima_%27dicer%27#Delovanje Odkritje encima 'dicer'] (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_mikro_RNA_%28miRNA%29 Odkritje mikro-RNA (miRNA)] (Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_lasni%C4%8Dne_RNA_%28shRNA%29 Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA)] (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha Odkritje in delovanje nukleaze Drosha] (Ines Kerin, Petra Malavašič)
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (Katra Koman, Matevž Ambrožič, Matevž Merljak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucijski_pomen_RNAi Evolucijski pomen RNAi] (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC(Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/11.Pomen_RNAi_kot_obramba_pred_virusi_in_transpozoni Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni](Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Posebnosti_in_primeri_RNAi_pri_rastlinah Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah] (Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Klini%C4%8Dni_preizkusi_z_u%C4%8Dinkovinami_na_osnovi_RNAi Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi] (Maja Remškar, Monika Škrjanc)
# Biotehnološka uporaba RNAi (Marko Radojković, Sandi Botonjić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mo%C5%BEni_pristopi_k_zdravljenju_raka_z_RNAi Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi] (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki>
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.

RNA-interferenca

2012-04-02T21:31:15Z

Sara Drascic: /* Skupine */

== Predstavitev seminarja 2011/12 ==
Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:

# Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)
# Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)
# Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)
# Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)
# Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)
# Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)
# Evolucijski pomen RNAi (2006-)
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC
# Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni
# Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah
# Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi
# Biotehnološka uporaba RNAi
# Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi

Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web].

Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

=== Skupine ===

''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Raziskave%2C_ki_so_privedle_do_odkritja_RNA-interference_(1995-1998) Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference] (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_interferen%C4%8Dne_RNA_%28siRNA%29 Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)] (Tanja Korpar, Ines Šterbal)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_encima_%27dicer%27#Delovanje Odkritje encima 'dicer'] (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_mikro_RNA_%28miRNA%29 Odkritje mikro-RNA (miRNA)] (Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_lasni%C4%8Dne_RNA_%28shRNA%29 Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA)] (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha Odkritje in delovanje nukleaze Drosha] (Ines Kerin, Petra Malavašič)
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (Katra Koman, Matevž Ambrožič, Matevž Merljak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucijski_pomen_RNAi Evolucijski pomen RNAi] (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC(Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/11.Pomen_RNAi_kot_obramba_pred_virusi_in_transpozoni Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni](Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Posebnosti_in_primeri_RNAi_pri_rastlinah] (Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Klini%C4%8Dni_preizkusi_z_u%C4%8Dinkovinami_na_osnovi_RNAi Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi] (Maja Remškar, Monika Škrjanc)
# Biotehnološka uporaba RNAi (Marko Radojković, Sandi Botonjić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mo%C5%BEni_pristopi_k_zdravljenju_raka_z_RNAi Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi] (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki>
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.

RNA-interferenca

2012-04-02T21:28:29Z

Sara Drascic: /* Skupine */

== Predstavitev seminarja 2011/12 ==
Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:

# Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)
# Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)
# Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)
# Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)
# Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)
# Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)
# Evolucijski pomen RNAi (2006-)
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC
# Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni
# Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah
# Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi
# Biotehnološka uporaba RNAi
# Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi

Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web].

Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

=== Skupine ===

''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Raziskave%2C_ki_so_privedle_do_odkritja_RNA-interference_(1995-1998) Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference] (Andrej Vrankar,Jernej Mustar,Dominik Kert)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_interferen%C4%8Dne_RNA_%28siRNA%29 Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)] (Tanja Korpar, Ines Šterbal)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_encima_%27dicer%27#Delovanje Odkritje encima 'dicer'] (Iza Ogris, Maja Grdadolnik, Karmen Hrovat)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_mikro_RNA_%28miRNA%29 Odkritje mikro-RNA (miRNA)] (Mitja Crček, Rok Štemberger, Tjaša Flis)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_kratke_lasni%C4%8Dne_RNA_%28shRNA%29 Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA)] (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Odkritje_in_delovanje_nukleaze_Drosha Odkritje in delovanje nukleaze Drosha] (Ines Kerin, Petra Malavašič)
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (Katra Koman, Matevž Ambrožič, Matevž Merljak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucijski_pomen_RNAi Evolucijski pomen RNAi] (Špela Pohleven, Rok Vene, Jana Verbančič)
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC(Ula Štok, Sara Primec, Maša Mirkovič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/11.Pomen_RNAi_kot_obramba_pred_virusi_in_transpozoni Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni](Veronika Jarc, Tjaša Goričan, Kaja Javoršek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Posebnosti_in_primeri_RNAi_pri_rastlinahPosebnosti in primeri RNAi pri rastlinah] (Tina Gregorič, Sara Draščič, Teja Banič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Klini%C4%8Dni_preizkusi_z_u%C4%8Dinkovinami_na_osnovi_RNAi Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi] (Maja Remškar, Monika Škrjanc)
# Biotehnološka uporaba RNAi (Marko Radojković, Sandi Botonjić)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mo%C5%BEni_pristopi_k_zdravljenju_raka_z_RNAi Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi] (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki>
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.

Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah

2012-04-02T21:26:46Z

Sara Drascic: /* 1. Prvi poskusi RNAi na rastlinah */

V zadnjih nekaj letih je bil dosežen pomemben napredek tudi na področju utišanja genov v rastlinah. RNA interferenca (RNAi) je ena izmed najzanimivejših odkritij in zelo koristno orodje na področju funkcijske genomike. Je pojav, ki preko utišanja določenih genov uravnava ekspresijo le-teh. Post-transkripcijsko utišanje genov (PTGS) je bilo sprva omejeno le na rastline. V zadnjih nekaj letih pa je postalo jasno, da se PTGS pojavlja tako pri rastlinah kot tudi živalih in ima pomembno vlogo pri obrambnem mehanizmu pred virusi ter transpozonskem utiševalnem mehanizmu.

== Prvi poskusi RNAi na rastlinah ==

Raziskovanje RNA-interference pri rastlinah se je pričelo z okrasnimi rastlinami t.i. petunjami. Le-te so znanstveniki v ZDA želeli narediti bolj temno vijolične barve. V ta namen so v petunije vpeljali dodatne kopije endogenega gena CHS, ki kodira ključni encim za proizvodnjo pigmenta antocianina. Rezultati, ki so jih dobili so bili presenetljivi. Izkazalo se je, da kljub temu, da je veliko petunij vsebovalo dodatne kopije gena, produkcija antocianina ni bila povečana, ampak inhibirana. Namesto povečanja intezitete temno vijolične barve, so rože postale popolnoma bele oz. belo-vijolične. Podrobnejša raziskava je pokazala,da je prišlo do zmanjšanja izražanja endogena in transgena oziroma, da sta bila oba tipa gena utišana. Pri tem je očitno prišlo do visoke stopnje razgradnje mRNA, ki je onemogočila prepis proteina. Ta pojav so poimenovali kosupresija, vendar takrat molekulskega mehanizma še niso razumeli.

== Razlike med RNAi pri živalih in rastlinah ==

Kljub podobnosti v procesih RNAi pri omenjenih organizmih, obstajajo tudi očitne razlike. Vloga miRNA v rastlinah je enaka vlogi siRNA pri živalih, kar pomeni, da je prisotna pri cepitvi homologne mRNA hkrati pa lahko blokira translacijo le-te. Razlika pa je tudi v vezavi miRNA na njeno specifično zaporedje na mRNA. V rastlinah je miRNA v večini primerov popolnoma komplementarna sekvenci na mRNA in povzroči direktno cepitev ob prisotnosti RISC, medtem ko je pri živalih miRNA bolj divergenta, ni popolnoma komplementarna svoji tarčni mRNA in vpliva na represijo translacije.
Pri rastlinah prav tako nastopata dva posebna gena, ki ju pri živalih niso odkrili. Imenujeta se MET1 (gen, ki kodira DNA-metiltransferazo) ter SGS3 (kodira protein, katerega funkcija zaenkrat še ni znana). Gena v živalski celici nista prisotna, kar pomeni, da za RNAi v živalih nista pomembna.
Živali ponavadi vsebujejo en tip proteinov dicer, pri čemer pa se pri rastlinah pojavlja večje število le-teh. Raziskovali so zeliščno rastlino Arabidopsis ter našli 4 različne encime dicer. Pri Arabidopsis so dicerji 2, 3 in 4 pomembni za nastanek različnih siRNA vrst, medtem ko je dicer 1 odgovoren izključno za miRNA biogenezo. Aktivacijo vsakega dicerja omogoča siRNA karakteristične dolžine. Razen drugih protein v miRNA poti, pri rastlinah poteka enaka miRNA biogeneza kot pri živalih. Edina večja razlika je opažena pri rastlinah in sicer DCL1 deluje na pre-miRs v jedru in ne v citoplazmi, kot se to dogaja pri živalih.

== Tehnologija RNA interference ==

Tehnologijo RNA interference lahko koristno uporabimo pri velikem številu rastlinskih vrst. Rastlinam lahko utišamo ekspresijo specifičnih endogenih genov ali genov patogenov, ki jih napadajo. RNAi lahko uporabljamo tudi za inženiring metabolnih poti za ustvarjanje sekundarnih produktov. Dosežemo lahko visok pridelek in pridobitev izboljšanih rastlin, ki so boljše za zdravje človeka.
Eden izmed načinov kako pridobiti dvojnovijačno RNA (dsRNA) je kloniranje »smiselnih« in »nesmiselnih« sekvenc pod istim promotorjem, ki jih ločimo z introni. Po transkripciji te sekvence tvorijo RNA zanko, ki sproži utišanje genov.
Prav tako se za utišanje genov uporablja rastlinski patogeni virus (VIGS). Proces se imenuje z virusi inducirano utišanje genov. To utišanje je za razliko od prejšnjega načina začasno. Utišanje promotroskih sekvenc z uporabo te metode je dedno, saj metilirane promotorske sekvence ostanejo metilirane v nekaj naslednjih generacijah.
Rastline so pomembni naravni vir hrane, vlaken, lesa, olj itd. Veliko pomembnih sekundarnih metabolitov rastline proizvajajo v majhnih količinah in jih je zato težko pridobiti v zadostnih količinah. Proizvodnjo sekundarnih metabolitov rastline lahko povečamo z uporabo RNAi (npr. pridobivanje stearinske in oleinske kisline pri bombažu).
Efekt utišanja genov pri rastlinah so najprej uporabili v poskusih razvoja odpornosti na bolezni, predvsem tistih, ki jih povzročajo virusi. Odpornost na patogene so dosegli s transformiranjem rastlin z geni ali s sekvencami, ki so jih dobili iz patogenov, z namenom blokiranja specifičnega koraka v življenju ali ciklu infekcije patogena. Ko utišanje enkrat dosežemo, se to razširi po celem organizmu, zato je odpornost pogosteje sistematska kot lokalna.
Razširitev signala utišanja preko celotne rastline ima določene prednosti, ob tem pa tudi nekaj škodljivih posledic. Sistemsko širjenje signala utišanja, ki ga uvedemo z dsRNA je zelo uporabno v hortikulturi (npr. pri vinski trti in sadnemu drevju), kjer transgene rastline vzgojimo zelo težko.
Učinkovitost RNAi tehnologije za proizvodnjo na viruse odpornih rastlin je bilo prvič dokazano leta 1998 pri krompirju, ki je bil odporen na Krompirjev virus Y.
Pri nekaterih virusih so dosegli imunost rastline, pri drugih okrevanje po okužbi, zmanjšano kopičenje virusov v rastlini, blokiranje virusne infektivnosti, medtem ko so drugi virusi utišanje premagali. Pri nekaterih virusih stopnja odpornosti variira med tkivi. Nekateri rastlinski virusi so razvili načine proti utišanju genov s kodiranjem proteinov, ki lahko premagajo odpornost.
RNAi so uporabili tudi za generiranje moške sterilnosti in za obnavljanje moške plodnosti. Slednje je pomembno za produkcijo hibridnih semen pri rastlinah, kot so oljna repica, koruza in sončnice, kjer je rastlina zrasla iz semen druge generacije hibridnih rastlin.

== Primeri RNAi pri rastlinah ==

S tehnologijo RNA interference bi v prihodnosti lahko tudi omejili škodo, ki jo povzročajo insekti na rastlinah.
Dokler niso naredili novih raziskav na področju RNAi je bilo najbolj učinkovito v boju proti insektom, narediti rastline, ki so sintetizirale protein Bt toksin. Bt toksin insekte upočasni, zaradi njega prenehajo jesti rastline in nato poginejo. Po novih raziskavah pa so ugotovili, da Bt toksin ni učinkovit proti mnogim škodljivcem ker je veliko takih, ki so nanj sposobni razviti odpornost. Veliko vrst insektov je herbivorov ki so, v procesu evolucije, prilagodili svoj metabolizem tako da strupi, ki jih rastline izločajo da bi se znebile insektov, nimajo učinka. Ker so vse informacije, ki insektom omogočajo obrambo proti strupom, shranjene v njihovem genskem zapisu, bi veliko pomenilo če bi te gene poznali in jih znali utišati z RNAi.
Pri RNAi problemov z odpornostjo insektov ni, saj gensko spremenjene rastline, pri pobijanju insektov, izkoriščajo mehanizem utišanja genov, ki ga insekti že imajo in uporabljajo. Zato je RNAi šibka točka imunskega sistema insektov in drugih živali. Insekti, ki izklopijo RNA interferenco zato da se lahko varno prehranjujejo z gensko spremenjenimi rastlinami, bodo najverjetneje poginili zaradi bolezni. Druga slabost Bt toksina pa je njegova nespecifičnost, saj lahko pobije tudi tiste insekte, ki ne predstavljajo škode za rastline.
Presenetljivo je bilo odkritje, da je pri nekaterih insektih dovolj že to, da zaužijejo dvovijačno RNA. Na primer, če se ličinke hranijo z gensko spremenjenim tobakom, RNA pride v njihov prebavni trakt. Po prvih korakih interference se RISC specifično veže na mRNA gena za CYP6B46 in tako razreže mRNA, da se encim citokrom P450 ne more več sintetizirati.
Ker bi genetsko spremenjene rastline, ki se poslužujejo RNAi, napadale točno določene gene v točno določenih insektih, nekateri raziskovalci menijo, da naj nebi povzročale nezaželjenih učinkov in bi bile varnejše od ostalih gensko spremenjenih rastlin. Spet drugi opozarjajo, da je potrebno narediti še veliko testov in raziskav, saj bi se v primeru nespecifičnosti RNAi, mehanizem utišanja genov lahko prenesel na druge vrste rastlin ali celo na druge organizme.
Iz podobnih razlogov so gensko spremenili še bombaž, koruzo...

== Zaključek ==

RNAi postaja vedno bolj pomembna metoda za preučevanje funkcij genov pri evkariontih, saj je metoda zelo učinkovita in s poglobljenimi raziskavami, jo bomo s pridom izkoriščali pri genetskem izboljšanju rastlin. Utišanje z RNAi je enostavna metoda, ki se uporablja za utišanje genov tudi pri heksaploidnih organizmih in enokaličnicah (kulturne rastline,iz katerih pridobivamo večino hrane), kjer so drugi pristopi neučinkoviti. Čeprav tehnika utišanja z RNAi še ni optimizirana, so jo že leta 1998 označili za perspektivno tehniko pridobivanja rastlin z 'znotraj celično odpornostjo' proti virusom.

== Viri in literatura ==

1. Vaucheret H., Beclin C.; »Post-transcriptional gene silencing in plants«;Cell Science; September, 2001; 3083-309.

2. Saumet A.,Lecellier C.; »Anti-viral RNA silecing: do we look like plants?«; Januar 2006; [citirano: 30.3.2011] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1363733/?tool=pmcentrez

3. Raza Naqvi A.;«The fascinating world of RNA interference«; International Journal of Biological Science; 2009, 97-117.

4. Mansor S., Amin I., Hussain M., Zafar Y., Briddon R.W: 2006. Engineering novel traits in plants through RNA interference. Trends in plant science, 11, 11: 595-565

5. U.B. Jagtab, R.G. Gurav, V.A. Bapat : 2011. Role of RNA inteference in plant improvement. Naturwissenschaften,98 : 473-492.

6. Huvenne H., Smagghe G.Mechanisms of dsRNA uptake in insects and potential of RNAi for pest control: A review. Journal of insect physiology, 2010, 56, 227-235

7. "yellow biotechnology": Using plants to silence insect genes in a high-throughput manner. ScienceDaily, 2012
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

BIO2 Povzetki seminarjev 2011

2011-10-18T08:40:51Z

Sara Drascic: /* Sara Draščič: On the spur of a whim */

== Sara Draščič: On the spur of a whim ==

Serotonin ali 5-hidroksitriptamin (5-HT) spada v skupino heterogenih biokemičnih snovi, ki prenašajo informacije po živčnem sistemu in ki jim rečemo nevrotransmiterji. Ima pomembno vlogo pri veliko najrazličnejših reakcijah v telesu. Njegovo nepravilno delovanje vpliva na počutje, apetit, slabost, spanje, telesno temperaturo, staranje, bolečino, anksioznost, agresijo, spomin, migrene in na številne druge procese v organizmu. Večina serotonina se sintetizira v prebavnem traktu, preostali del pa v centralnem živčnem sistemu in trombocitih. Kljub temu, da se sintetizira le v določenih delih telesa, je prisoten povsod. Dokaz za njegovo prisotnost pa so serotoninski receptorji. Serotonin ima veliko receptorjev, ki so jih organizirali v sedem skupin glede na njihove fiziološke in strukturne razlike. Ravno zaradi tako velikega števila raznoraznih receptorjev, je serotonin pomemben pri tolikih različnih procesih, saj je njegovo delovanje, v veliki meri, odvisno od tega, na kateri receptor se bo vezal. Veliki pomen pri delovanju serotonina ima tudi njegov transporter. To je protein, katerega struktura še ni znana, vendar vemo kje in na katerem kromosomu se nahaja. Transporter je tudi glavna tarča raznih antidepresivov in drog kot so ecstasy, kokain in LSD.

== Ula Štok: Neuregulin 1 ==

Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.

BIO2 Seminar 2011

2011-10-17T18:33:08Z

Sara Drascic: /* Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! Če sem koga razporedil za recenzenta v rok, ko bo odsoten, naj mi prosim pošlje mail */

= Biokemijski seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! Če sem koga razporedil za recenzenta v rok, ko bo odsoten, naj mi prosim pošlje mail ==
Vpišite svoj izbrani naslov!!!
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''
|-
| Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič
|-
| Maša Mirković||The twisted way of things||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković
|-
| Sara Draščič||On the spur of a whim http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc
|-
| Katra Koman||Protein of the 20th century||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc
|-
| Ana Dolinar||The juice of life||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš
|-
| Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić
|-
| Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić
|-
| Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik
|-
| Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin
|-
| Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič
|-
| Mirjam Kmetič||Mint condition||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič
|-
| Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Veronika Jarc||Ana Dolinar
|-
| Tjaša Flis||Life's tremors||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven
|-
| Sandi Botonjić||Nature\'s junkie||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž
|-
| Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Andrej Vrankar||Tjaša Flis
|-
| Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar
|-
| Ines Šterbal||One beer please||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene
|-
| Matja Zalar||Do it yourself||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak
|-
| Matevž Ambrožič||Of fidgets and food||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič
|-
| Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik
|-
| Mitja Crček||When your day draws to an end||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Dominik Kert
|-
| Dominik Kert||Talking heads||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek
|-
| Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček
|-
| Eva Knapič||Life\'s first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar
|-
| Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode
|-
| Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal
|-
| Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter
|-
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger
|-
| Ana Remžgar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič
|-
| Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak
|-
| Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič
|-
| Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat
|-
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič
|-
| Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris
|-
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman
|-
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden
|-
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik
|-
| Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar
|-
| Karmen Hrovat||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner
|-
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar
|-
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar
|-
| Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković
|-
| Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič
|-
| Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič
|-
| Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar
|-
| Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan
|-
| Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok
|-
| Urška Rode||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel
|-
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||
|-
| Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||
|}

== Gradivo za seminarje ==
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!
V seminarsko nalogo mora biti vključeno:
* sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev 2011

2011-10-17T18:30:39Z

Sara Drascic: /* Povzetki seminarjev 2011 */

Serotonin ali 5-hidroksitriptamin (5-HT) spada v skupino heterogenih biokemičnih snovi, ki prenašajo informacije po živčnem sistemu in ki jim rečemo nevrotransmiterji. Ima pomembno vlogo pri veliko najrazličnejših reakcij v telesu. Njegovo nepravilno delovanje vpliva na počutje, apetit, slabost, spanje, telesno temperaturo, staranje, bolečino, anksioznost, agresijo, spomin, migrene in na številne druge procese v organizmu. Večina serotonina se sintetizira v prebavnem traktu, preostali del pa v centralnem živčnem sistemu in trombocitih. Kljub temu, da se sintetizira le v določenih delih telesa, je prisoten povsod. Dokaz za njegovo prisotnost pa so serotoninski receptorji. Serotonin ima veliko receptorjev, ki so jih organizirali v sedem skupin glede na njihove fiziološke in strukturne razlike. Ravno zaradi tako velikega števila raznoraznih receptorjev, je serotonin pomemben pri tolikih različnih procesih, saj je njegovo delovanje, v veliki meri, odvisno od tega na kateri receptor se bo vezal. Veliki pomen pri delovanju serotonina ima tudi njegov transporter. To je protein, katerega struktura še ni znana, vendar vemo kje in na katerem kromosomu se nahaja. Transporter je tudi glavna tarča raznih antidepresivov in drog kot so ecstasy, kokain in LSD.