Wiki FKKT - User contributions [en]

Identifikacija proizvajalcev antibakterijskih spojin z iskanjem odpornosti proti antibiotikom

2014-05-02T10:13:07Z

SpelaPodjed:

V razvitem svetu se že dolgo ne bojimo nalezljivih bolezni. Na žalost pa se lahko to hitro spremeni, saj se zaradi evolucije mikroorganizmov razširja odpornost proti antibiotikom, še več, odkrivajo vedno več mikrobov, ki so odporni proti več antibiotikom hkrati. Problem je predvsem v tem, da se hitrost odkrivanja novih antibiotikov ne more kosati s hitrostjo naraščanja odpornosti.

== Izzivi odkrivanja novih antibiotikov ==

Za uporabo novega zdravila morajo biti ta potrjena s strani raznih agencij, klinične študije antibiotikov pa so še posebej zahtevne. Placebo kontrole so v tem primeru neetične, kar je privedlo do tega, da klinične študije dokazujejo, da so nova zdravila slabša od obstoječih. Če hočejo to statistično ovreči, potrebujejo veliko ljudi, kar pomeni tudi velike stroške. Poleg stroškov pri kliničnih študijah so antibiotiki precej nedonosni, saj se jemljejo le kratek čas, medtem pa zdravila za kronične bolezni vseskozi prinašajo dobiček. Vse to odvrača farmacevtske družbe, da bi vlagale v to področje.
Sintetične spojine so v manjšini antibiotikov, ki jih uporabljamo v klinične namene. Razlog, da sintetični antibiotiki pogosto niso uspešni je v tem, da so bakterijske celice razvile kompleksne in redundantne ovire za prodor v celice in zadrževanje teh spojin. Sintetične spojine so tudi prilagojene za delovanje v človeških celicah in ustrezajo pravilu Lipinskega, ki pa je sam poudaril, da pravilo ne velja za antibiotike.

Najpomembnejše antimikrobne razrede zdravil, med drugim β-laktame, tetracikline, makrolide, aminoglikozide, rifamicine in glikopeptide, proizvajajo '''aktinomicete'''. Aktinomicete so skupina mikroorganizmov, ki živi v prsti. To so gram pozitivne bakterije, ki tvorijo micele in so podobne glivam. Navkljub velikemu številu odkritih antibiotikov, ki jih proizvajajo aktinomicete, so farmacevti nad njimi večinoma obupali, saj prihaja do ponovnega odkrivanja že znanih spojin, presajanja pa dajejo zelo malo zadetkov. Za''' glikopeptidne antibiotike (GPA)''' so izračunali, da morajo pregledati 150 tisoč sevov aktinomicet za identifikacijo enega proizvajalca glikopeptidnega antibiotika.

V istem času, ko se farmacevti umikajo, pa so nedavno dostopna zaporedja genomov več bakterijskih in okoljskih metagenomov razkrila izjemno bogat potencial za proizvodnjo naravnih produktov. Še več, tehnike za genetsko modifikacijo teh organizmov in povezanih skupin biosinteznih genov postajajo vedno bolj sofisticirane ter ponujajo možnost razširitve kemijske raznolikosti z uporabo pristopov sintezne biologije.
V članku '''Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance''' iz revije Nature Biotechnology '''Thaker in sod'''. poročajo o novem načinu odkrivanja proizvajalcev antibiotikov z uporabo rezistenčnega filtra.

== Rezultati ==

Na podlagi, da imajo proizvajalci antibiotikov zaščitni mehanizem za preprečitev samomora, so se odločili, da je to primeren filter za identifikacijo proizvajalcev antibiotikov. Odpornost najpogosteje dosežejo z ohranjenim operonom ''vanHAX'', ki modificira prekurzorje celične stene, da končajo z D-Ala-D-Lac namesto z D-Ala-D-Ala. Sposobnost prepoznavanja različnih GPA se razlikuje med proizvajalci in patogeni. Iz knjižnice aktinomicet so na gojišču z dodanim vankomicinom, ki je glikopeptidni antibiotik, izbrali odporne seve.
Z uporabo značilnih biosinteznih genov GPA, ki jih imenujejo prstni odtisi proizvajalcev GPA, so postavili nezakoreninjeno filogenetsko drevo. Na podlagi zaporedja treh biosinteznih genov ''oxyB'', ''oxyC'' in ''dpgC'', so seve razporedili v tri veje. Dve izmed vej so bili proizvajalci vankomicinov in teikoplaninov, tretja pa bi lahko bili proizvajalci novega ogrodja.
Eden izmed filogenetsko oddaljenih sevov, WAC1420, je ob optimiziranih pogojih proizvedel nov GPA. Okarakterizirali so ga z NMR, masno spektrometrijo in analizo kemijske degradacije. Poimenovali so ga '''pekiskomicin''', po mestu, od koder prihaja zbirka aktinomicet. Pekiskomicin je neobičajen heptapetidni GPA z več edinstvenimi lastnosti in drugimi, ki jih deli s kanoničnimi GPA ogrodji. Peptid ima tri intramolekularne prečne povezave, podobne vankomicinu, kar ustreza odsotnosti ''oxyE'' (gena za monooksigenazo) v prstnem odtisu. Z razliko od vankomicina pa pekiskomicin nima N-metil-Leu na prvem mestu in asparagina na tretjem mestu, ampak ima tam N,N-dimetil-Ala in glutaminsko kislino. Tirozin na drugem mestu (namesto β-hidroksiTyr pri vankomicinu) in sulfatacijo deli s teikoplaninsko skupino molekul. Čeprav ima pekiskomicin skromno antibakterijsko aktivnost, ima nekaj učinka na enterokoke tipa B, ki so odporni proti vankomicinu.

== Zaključek ==

Kanadski raziskovalci so pomembno izboljšali hitrost in frekvenco odkrivanja potencialnih proizvajalcev antibiotikov z uporabo dveh filtrov. Prvi filter temelji na podlagi odpornosti proti antibiotiku, drugi pa na prisotnosti prstnih odtisov biosinteznih genov za sintezo iskane vrste antibiotika. Filter za odpornost ni deloval pristransko samo za eno ogrodje, kar omogoča odkrivanje novih antibiotikov, pa tudi drugih naravnih produktov z raznolikimi farmacevtskimi aplikacijami. Filogenetska analiza prepreči ponovno odkrivanje znanih struktur in je zato nepogrešljiva pred nadaljnjimi analizami.
Novo obdobje odkrivanja antibiotikov se torej začenja s sekvenciranjem genomov, bioinformatiko, napredno analizno kemijo in sintezno biologijo.

== Viri ==

M. N. Thaker et al. Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. Nature Biotechnology 31, 922-927, 2013

G. D. Wright. Something old, something new: revisiting natural products in antibiotic drug discovery. Canadian Journal of Microbiology 60, 147–154, 2014

Identifikacija proizvajalcev antibakterijskih spojin z iskanjem odpornosti proti antibiotikom

2014-05-02T10:11:48Z

SpelaPodjed:

V razvitem svetu se že dolgo ne bojimo nalezljivih bolezni. Na žalost pa se lahko to hitro spremeni, saj se zaradi evolucije mikroorganizmov razširja odpornost proti antibiotikom, še več, odkrivajo vedno več mikrobov, ki so odporni proti več antibiotikom hkrati. Problem je predvsem v tem, da se hitrost odkrivanja novih antibiotikov ne more kosati s hitrostjo naraščanja odpornosti.

== Izzivi odkrivanja novih antibiotikov ==

Za uporabo novega zdravila morajo biti ta potrjena s strani raznih agencij, klinične študije antibiotikov pa so še posebej zahtevne. Placebo kontrole so v tem primeru neetične, kar je privedlo do tega, da klinične študije dokazujejo, da so nova zdravila slabša od obstoječih. Če hočejo to statistično ovreči, potrebujejo veliko ljudi, kar pomeni tudi velike stroške. Poleg stroškov pri kliničnih študijah so antibiotiki precej nedonosni, saj se jemljejo le kratek čas, medtem pa zdravila za kronične bolezni vseskozi prinašajo dobiček. Vse to odvrača farmacevtske družbe, da bi vlagale v to področje.
Sintetične spojine so v manjšini antibiotikov, ki jih uporabljamo v klinične namene. Razlog, da sintetični antibiotiki pogosto niso uspešni je v tem, da so bakterijske celice razvile kompleksne in redundantne ovire za prodor v celice in zadrževanje teh spojin. Sintetične spojine so tudi prilagojene za delovanje v človeških celicah in ustrezajo pravilu Lipinskega, ki pa je sam poudaril, da pravilo ne velja za antibiotike.

Najpomembnejše antimikrobne razrede zdravil, med drugim β-laktame, tetracikline, makrolide, aminoglikozide, rifamicine in glikopeptide, proizvajajo '''aktinomicete'''. Aktinomicete so skupina mikroorganizmov, ki živi v prsti. To so gram pozitivne bakterije, ki tvorijo micele in so podobne glivam. Navkljub velikemu številu odkritih antibiotikov, ki jih proizvajajo aktinomicete, so farmacevti nad njimi večinoma obupali, saj prihaja do ponovnega odkrivanja že znanih spojin, presajanja pa dajejo zelo malo zadetkov. Za''' glikopeptidne antibiotike (GPA)''' so izračunali, da morajo pregledati 150 tisoč sevov aktinomicet za identifikacijo enega proizvajalca glikopeptidnega antibiotika.

V istem času, ko se farmacevti umikajo, pa so nedavno dostopna zaporedja genomov več bakterijskih in okoljskih metagenomov razkrila izjemno bogat potencial za proizvodnjo naravnih produktov. Še več, tehnike za genetsko modifikacijo teh organizmov in povezanih skupin biosinteznih genov postajajo vedno bolj sofisticirane ter ponujajo možnost razširitve kemijske raznolikosti z uporabo pristopov sintezne biologije.
V članku Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance iz revije Nature Biotechnology Thaker in sod. poročajo o novem načinu odkrivanja proizvajalcev antibiotikov z uporabo rezistenčnega filtra.

== Rezultati ==

Na podlagi, da imajo proizvajalci antibiotikov zaščitni mehanizem za preprečitev samomora, so se odločili, da je to primeren filter za identifikacijo proizvajalcev antibiotikov. Odpornost najpogosteje dosežejo z ohranjenim operonom ''vanHAX'', ki modificira prekurzorje celične stene, da končajo z D-Ala-D-Lac namesto z D-Ala-D-Ala. Sposobnost prepoznavanja različnih GPA se razlikuje med proizvajalci in patogeni. Iz knjižnice aktinomicet so na gojišču z dodanim vankomicinom, ki je glikopeptidni antibiotik, izbrali odporne seve.
Z uporabo značilnih biosinteznih genov GPA, ki jih imenujejo prstni odtisi proizvajalcev GPA, so postavili nezakoreninjeno filogenetsko drevo. Na podlagi zaporedja treh biosinteznih genov ''oxyB'', ''oxyC'' in ''dpgC'', so seve razporedili v tri veje. Dve izmed vej so bili proizvajalci vankomicinov in teikoplaninov, tretja pa bi lahko bili proizvajalci novega ogrodja.
Eden izmed filogenetsko oddaljenih sevov, WAC1420, je ob optimiziranih pogojih proizvedel nov GPA. Okarakterizirali so ga z NMR, masno spektrometrijo in analizo kemijske degradacije. Poimenovali so ga '''pekiskomicin''', po mestu, od koder prihaja zbirka aktinomicet. Pekiskomicin je neobičajen heptapetidni GPA z več edinstvenimi lastnosti in drugimi, ki jih deli s kanoničnimi GPA ogrodji. Peptid ima tri intramolekularne prečne povezave, podobne vankomicinu, kar ustreza odsotnosti ''oxyE'' (gena za monooksigenazo) v prstnem odtisu. Z razliko od vankomicina pa pekiskomicin nima N-metil-Leu na prvem mestu in asparagina na tretjem mestu, ampak ima tam N,N-dimetil-Ala in glutaminsko kislino. Tirozin na drugem mestu (namesto β-hidroksiTyr pri vankomicinu) in sulfatacijo deli s teikoplaninsko skupino molekul. Čeprav ima pekiskomicin skromno antibakterijsko aktivnost, ima nekaj učinka na enterokoke tipa B, ki so odporni proti vankomicinu.

== Zaključek ==

Kanadski raziskovalci so pomembno izboljšali hitrost in frekvenco odkrivanja potencialnih proizvajalcev antibiotikov z uporabo dveh filtrov. Prvi filter temelji na podlagi odpornosti proti antibiotiku, drugi pa na prisotnosti prstnih odtisov biosinteznih genov za sintezo iskane vrste antibiotika. Filter za odpornost ni deloval pristransko samo za eno ogrodje, kar omogoča odkrivanje novih antibiotikov, pa tudi drugih naravnih produktov z raznolikimi farmacevtskimi aplikacijami. Filogenetska analiza prepreči ponovno odkrivanje znanih struktur in je zato nepogrešljiva pred nadaljnjimi analizami.
Novo obdobje odkrivanja antibiotikov se torej začenja s sekvenciranjem genomov, bioinformatiko, napredno analizno kemijo in sintezno biologijo.

== Viri ==

M. N. Thaker et al. Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. Nature Biotechnology 31, 922-927, 2013

G. D. Wright. Something old, something new: revisiting natural products in antibiotic drug discovery. Canadian Journal of Microbiology 60, 147–154, 2014

Identifikacija proizvajalcev antibakterijskih spojin z iskanjem odpornosti proti antibiotikom

2014-05-02T10:01:16Z

SpelaPodjed: New page: V razvitem svetu se že dolgo ne bojimo nalezljivih bolezni. Na žalost pa se lahko to hitro spremeni, saj se zaradi evolucije mikroorganizmov razširja odpornost proti antibiotikom, še v...

V razvitem svetu se že dolgo ne bojimo nalezljivih bolezni. Na žalost pa se lahko to hitro spremeni, saj se zaradi evolucije mikroorganizmov razširja odpornost proti antibiotikom, še več, odkrivajo vedno več mikrobov, ki so odporni proti več antibiotikom hkrati. Problem je predvsem v tem, da se hitrost odkrivanja novih antibiotikov ne more kosati s hitrostjo naraščanja odpornosti.

== Izzivi odkrivanja novih antibiotikov ==

Za uporabo novega zdravila morajo biti ta potrjena s strani raznih agencij, klinične študije antibiotikov pa so še posebej zahtevne. Placebo kontrole so v tem primeru neetične, kar je privedlo do tega, da klinične študije dokazujejo, da so nova zdravila slabša od obstoječih. Če hočejo to statistično ovreči, potrebujejo veliko ljudi, kar pomeni tudi velike stroške. Poleg stroškov pri kliničnih študijah so antibiotiki precej nedonosni, saj se jemljejo le kratek čas, medtem pa zdravila za kronične bolezni vseskozi prinašajo dobiček. Vse to odvrača farmacevtske družbe, da bi vlagale v to področje.
Sintetične spojine so v manjšini antibiotikov, ki jih uporabljamo v klinične namene. Razlog, da sintetični antibiotiki pogosto niso uspešni je v tem, da so bakterijske celice razvile kompleksne in redundantne ovire za prodor v celice in zadrževanje teh spojin. Sintetične spojine so tudi prilagojene za delovanje v človeških celicah in ustrezajo pravilu Lipinskega, ki pa je sam poudaril, da pravilo ne velja za antibiotike.

Najpomembnejše antimikrobne razrede zdravil, med drugim β-laktame, tetracikline, makrolide, aminoglikozide, rifamicine in glikopeptide, proizvajajo '''aktinomicete'''. Aktinomicete so skupina mikroorganizmov, ki živi v prsti. To so gram pozitivne bakterije, ki tvorijo micele in so podobne glivam. Navkljub velikemu številu odkritih antibiotikov, ki jih proizvajajo aktinomicete, so farmacevti nad njimi večinoma obupali, saj prihaja do ponovnega odkrivanja že znanih spojin, presajanja pa dajejo zelo malo zadetkov. Za''' glikopeptidne antibiotike (GPA)''' so izračunali, da morajo pregledati 150 tisoč sevov aktinomicet za identifikacijo enega proizvajalca glikopeptidnega antibiotika.

V istem času, ko se farmacevti umikajo, pa so nedavno dostopna zaporedja genomov več bakterijskih in okoljskih metagenomov razkrili izjemno bogat potencial za proizvodnjo naravnih produktov. Še več, tehnike za genetsko modifikacijo teh organizmov in povezanih skupin biosinteznih genov postajajo vedno bolj sofisticirane ter ponujajo možnost razširitve kemijske raznolikosti z uporabo pristopov sintezne biologije.
V članku Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance iz revije Nature Biotechnology Thaker in sod. poročajo o novem načinu odkrivanja proizvajalcev antibiotikov z uporabo rezistenčnega filtra.

== Rezultati ==

Na podlagi, da imajo proizvajalci antibiotikov zaščitni mehanizem za preprečitev samomora, so se odločili, da je to primeren filter za identifikacijo proizvajalcev antibiotikov. Odpornost najpogosteje dosežejo z ohranjenim operonom ''vanHAX'', ki modificira prekurzorje celične stene, da končajo z D-Ala-D-Lac namesto z D-Ala-D-Ala. Sposobnost prepoznavanja različnih GPA se razlikuje med proizvajalci in patogeni. Iz knjižnice aktinomicet so na gojišču z dodanim vankomicinom, ki je glikopeptidni antibiotik, izbrali odporne seve.
Z uporabo značilnih biosinteznih genov GPA, ki jih imenujejo prstni odtisi proizvajalcev GPA, so postavili nezakoreninjeno filogenetsko drevo. Na podlagi zaporedja treh biosinteznih genov ''oxyB'', ''oxyC'' in ''dpgC'', so seve razporedili v tri veje. Dve izmed vej so bili proizvajalci vankomicinov in teikoplaninov, tretja pa bi lahko bili proizvajalci novega ogrodja.
Eden izmed filogenetsko oddaljenih sevov, WAC1420, je ob optimiziranih pogojih proizvedel nov GPA. Okarakterizirali so ga z NMR, masno spektrometrijo in analizo kemijske degradacije. Poimenovali so ga '''pekiskomicin''', po mestu, od koder prihaja zbirka aktinomicet. Pekiskomicin je neobičajen heptapetidni GPA z več edinstvenimi lastnosti in drugimi, ki jih deli s kanoničnimi GPA ogrodji. Peptid ima tri intramolekularne prečne povezave, podobne vankomicinu, kar ustreza odsotnosti ''oxyE'' (gena za monooksigenazo) v prstnem odtisu. Z razliko od vankomicina pa pekiskomicin nima N-metil-Leu na prvem mestu in asparagina na tretjem mestu, ampak ima tam N,N-dimetil-Ala in glutaminsko kislino. Tirozin na drugem mestu (namesto β-hidroksiTyr pri vankomicinu) in sulfatacijo deli s teikoplaninsko skupino molekul. Čeprav ima pekiskomicin skromno antibakterijsko aktivnost, ima nekaj učinka na enterokoke tipa B, ki so odporni proti vankomicinu.

== Zaključek ==

Kanadski raziskovalci so pomembno izboljšali hitrost in frekvenco odkrivanja potencialnih proizvajalcev antibiotikov z uporabo dveh filtrov. Prvi filter temelji na podlagi odpornosti proti antibiotiku, drugi pa na prisotnosti prstnih odtisov biosinteznih genov za sintezo iskane vrste antibiotika. Filter za odpornost ni deloval pristransko samo za eno ogrodje, kar omogoča odkrivanje novih antibiotikov, pa tudi drugih naravnih produktov z raznolikimi farmacevtskimi aplikacijami. Filogenetska analiza prepreči ponovno odkrivanje znanih struktur in je zato nepogrešljiva pred nadaljnjimi analizami.
Novo obdobje odkrivanja antibiotikov se torej začenja s sekvenciranjem genomov, bioinformatiko, napredno analizno kemijo in sintezno biologijo.

== Viri ==

M. N. Thaker et al. Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. Nature Biotechnology 31, 922-927, 2013

G. D. Wright. Something old, something new: revisiting natural products in antibiotic drug discovery. Canadian Journal of Microbiology 60, 147–154, 2014

MBT seminarji 2014

2014-05-02T08:50:03Z

SpelaPodjed:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''

V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.
Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014
(slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

Naslovi odobrenih člankov:

# A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html) [[Proizvodnja feremonov vešče v rastlinah]]. Filip Kolenc, 24. marca 2014
# Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) [[Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo]]. Aleksander Krajnc, 24. marca 2014
# Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) [[Produkcija optično čiste mlečne kisline v sevu enterococcus faecium kaže potencial v biopretvorbi odpadkov kmetijske industrije: fiziološka in proteomska študija]]. Žan Železnik, 31. marca
# Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) [[Glive, sposobne razgradnje formaldehida: izolacija, karakterizacija in njihov metabolizem formaldehida.]] Sara Sajko, 31. marca
# Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) [[Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika.]] Vito Frančič, 7. aprila
# Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine (J. Gorantala, ''et al''; Journal of Biotechnology, 176, 2014, str. 1-10.; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614000571) - [[Pridobitev zaščitnega imunskega odziva proti antraksu preko oralne imunizacije z zaščitnim antigenom kot cepivom, pridobljenim na osnovi rastlin]]. Sabina Kolar, 7. aprila
# Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). [[Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev]]. Ana Dolinar, 14. aprila
# Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak, 14. aprila
# Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) Inženiring ''Escherichie coli'' za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo. Maja Remškar, 5. maja
# Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. (M. N. Thaker et al.; Nature Biotechnology 31, 922-927; 2013). [[Identifikacija proizvajalcev antibakterijskih spojin z iskanjem odpornosti proti antibiotikom]]. Špela Podjed, 5. maja
# Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). Elmina Handanović, 12. maja 2014
# Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). Luka Bevc, 12. maja
# Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. Jernej Mustar, 19. maja
# Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140) Luka Grm, 19. maja
# M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc, 26. maja
# Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo & David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant, 26. maja

Epigenetsko uravnavanje izražanja genov

2011-02-24T19:34:28Z

SpelaPodjed:

Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:

# Mehanizem metilacije DNA
# Mehanizem modifikacije histonov
# Analiza metilacijskih vzorcev na DNA
# Analiza posttranslacijskih sprememb histonov
# Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)
# Ksenobiotiki in epigenetske spremembe
# Epigenetske spremembe in rak
# Epigenetske spremembe in debelost
# Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)
# Epigenetska regulacija celičnega cikla
# Epigenetika in staranje
# Projekt Čovekov epigenom

Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu v začetku aprila 2011 (po 7 predstavitev v 2 urah).

----

''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''
# ''Mehanizem metilacije DNA'' (Vito Frančič, Aleksander Krajnc, Žan Caf-Feldin)
# ''Mehanizem modifikacije histonov''
# ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA''
# ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov'' (Barbara Berki, Maruša Bratuš, Kaja Rupar)
# ''Dedovanje metilacijskih vzorcev'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,Urška Žbogar, Špela Podjed)
# ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž, Špela Baus)
# ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)
# ''Epigenetske spremembe in debelost'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, ...)
# ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)
# ''Epigenetska regulacija celičnega cikla'' (Janez Meden, Primož Bembič,...)
# ''Epigenetika in staranje'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)
# ''Projekt Čovekov epigenom'' (Blaž Svetic, Kaja Tadić...)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki>
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

G proteini

2011-01-11T19:39:55Z

SpelaPodjed:

G proteini (guanine nucleotide binding protein) so družina proteinov, ki sodelujejo pri prenašanju kemičnih signalov iz zunanjosti celice v notranjost, in tako povzročijo spremembe v celici. Odkrila sta jih Alfred G. Gilman in Martin Rodbell, ko sta preučevala delovanje adrenalina na celice. Ugotovila sta, da se ob vezavi andrenalina na receptor, celice ne stimulirajo direktno, ampak da receptor stimulira G protein, ki deluje na encim. Primer encima je adenilat ciklaza, ki katalizira nastanek cAMP. Za to odkritje sta leta 1994 prejela Nobelovo nagrado za medicino.
G proteini prenašajo signale mnogih hormonov, nevrotransmiterjev, rastnih faktorjev in drugih signalnih faktorjev, sodelujejo pa pri regulaciji metaboličnih encimov, ionskih kanalčkov in transporterjev in tako nadzorujejo transkripcijo, premikanje celice in njeno krčenje ter sekrecijo. G proteini vplivajo na embrionalni razvoj, spomin, učenje in homeostazo.

== GPCR-ji ==

Receptorji, povezani z G proteini (GPCRs – G Protein Coupled Receptors) so transmembranski receptorji, ki jih sestavlja sedem transmembranskih heliksov. Okvare GPCR so krive za mnoge bolezni, kot so alergije, depresija, slepota, nekatere oblike raka, kolera, diabetes in razne kardiovaskularne bolezni. Skoraj polovica vseh zdravil spremeni delovanje enega izmed receptorjev, ki je povezan z G proteinom. Ocenjujejo, da človeški genom kodira več kot 1000 receptorjev, povezanih z G proteinom, od tega je za 150 receptorjev funkcija še neznana.

GPCR deluje tako, da se signalna molekula se veže na domeno na zunanji strani celične membrane. Znotrajcelična domena receptorja aktivira G protein, ki veže fosfatno skupino in iz GDP sintetizira GTP, s čimer sproži kaskado drugih reakcij in spremembe v celici.

== G proteini so molekularna stikala ==

Kompleksi G proteina delujejo kot molekularna stikala. Vsi G proteini imajo enako osnovno strukturo in uporabljajo enake mehanizme za ″preklapljanje″ med neaktivno in aktivno obliko.
G proteine delimo na dve skupini: '''heterotrimere''' in '''monomere'''. Prvi so veliki in vezani na notranjo stran membrane. Sestavljajo jih tri različne podenote: α, β in γ. Neaktivna oblika G proteina prednostno veže GDP, aktivna oblika pa GTP. V obliki, kjer je vezan GTP, se G protein konformacijsko spremeni. Protein se loči na '''α podenoto in βγ kompleks''', ki sta zdaj prosta, a še vedno vezana na plazemsko membrano. Obstaja več Gα podenot : stimulatorna, inhibitorna in druge. Stimulatorno deluje na adenilat ciklazo in fosfolipazo C, inhibitorno na adenilat ciklazo. G protein sodeluje tudi pri zaznavanju svetlobe. Gαt je del transducina, ki prenaša svetlobni signal do cGMP fosfodiesteraze, ki zniža nivo cGMP v celici.
Ko se βγ kompleks odcepi, se izpostavijo predeli, ki so bili pred tem zakriti, zdaj pa omogočajo interakcijo z nadaljnjimi proteini ali ionskimi kanalčki, ki sodelujejo v signalizacijski poti. βγ kompleks se v srčni mišici veže na K+ kanalček in ga s tem odpre. S tem iz celice spusti K+ ione, kar spremeni električni naboj celice in inhibira delovanje celice.
Monomeri so majhni, imajo le eno podenoto in se nahajajo prosto v citosolu in nukleoplazmi. So majhne GTPaze z molekulsko maso okoli 20-40 kDa. Delimo jih na več skupin: Ras, Rho, Rab, Rap, Arf, Ran in druge. Sodelujejo kot regulatorji v ključnih procesih, kot so celična delitev, transport veziklov in celična diferenciacija.

== Povrnitev v prvotno stanje ==

Menjava GDP za GTP poteka počasi, katalizirajo pa jo GEF faktorji (guanosine nucleotide-exchange factors). G protein se sam inaktivira s hidrolizo vezanega GTP do GDP, kar pomeni, da imajo G proteini GTPazno aktivnost. GTPazna aktivnost se poveča zaradi delovanja GAP proteinov (GTPase activator protein). GAP proteini odločajo, kako dolgo naj bo stikalo ″prižgano″, saj prispevajo pomemben argininski ostanek, ki sega v aktivno mesto G proteina, kjer je uravnavana GTPazna aktivnost. Ta argininski ostanek je pomemben pri katalizi. Če bi bil G protein stalno aktiviran, bi to privedlo do raznih bolezni, npr. nekaterih oblik raka.

G proteini

2011-01-11T19:36:52Z

SpelaPodjed: New page: == G PROTEINI == G proteini (guanine nucleotide binding protein) so družina proteinov, ki sodelujejo pri prenašanju kemičnih signalov iz zunanjosti celice v notranjost, in tako povzro...

== G PROTEINI ==

G proteini (guanine nucleotide binding protein) so družina proteinov, ki sodelujejo pri prenašanju kemičnih signalov iz zunanjosti celice v notranjost, in tako povzročijo spremembe v celici. Odkrila sta jih Alfred G. Gilman in Martin Rodbell, ko sta preučevala delovanje adrenalina na celice. Ugotovila sta, da se ob vezavi andrenalina na receptor, celice ne stimulirajo direktno, ampak da receptor stimulira G protein, ki deluje na encim. Primer encima je adenilat ciklaza, ki katalizira nastanek cAMP. Za to odkritje sta leta 1994 prejela Nobelovo nagrado za medicino.
G proteini prenašajo signale mnogih hormonov, nevrotransmiterjev, rastnih faktorjev in drugih signalnih faktorjev, sodelujejo pa pri regulaciji metaboličnih encimov, ionskih kanalčkov in transporterjev in tako nadzorujejo transkripcijo, premikanje celice in njeno krčenje ter sekrecijo. G proteini vplivajo na embrionalni razvoj, spomin, učenje in homeostazo.

== GPCR-ji ==

Receptorji, povezani z G proteini (GPCRs – G Protein Coupled Receptors) so transmembranski receptorji, ki jih sestavlja sedem transmembranskih heliksov. Okvare GPCR so krive za mnoge bolezni, kot so alergije, depresija, slepota, nekatere oblike raka, kolera, diabetes in razne kardiovaskularne bolezni. Skoraj polovica vseh zdravil spremeni delovanje enega izmed receptorjev, ki je povezan z G proteinom. Ocenjujejo, da človeški genom kodira več kot 1000 receptorjev, povezanih z G proteinom, od tega je za 150 receptorjev funkcija še neznana.

GPCR deluje tako, da se signalna molekula se veže na domeno na zunanji strani celične membrane. Znotrajcelična domena receptorja aktivira G protein, ki veže fosfatno skupino in iz GDP sintetizira GTP, s čimer sproži kaskado drugih reakcij in spremembe v celici.

== G proteini so molekularna stikala ==

Kompleksi G proteina delujejo kot molekularna stikala. Vsi G proteini imajo enako osnovno strukturo in uporabljajo enake mehanizme za ″preklapljanje″ med neaktivno in aktivno obliko.
G proteine delimo na dve skupini: '''heterotrimere''' in '''monomere'''. Prvi so veliki in vezani na notranjo stran membrane. Sestavljajo jih tri različne podenote: α, β in γ. Neaktivna oblika G proteina prednostno veže GDP, aktivna oblika pa GTP. V obliki, kjer je vezan GTP, se G protein konformacijsko spremeni. Protein se loči na '''α podenoto in βγ kompleks''', ki sta zdaj prosta, a še vedno vezana na plazemsko membrano. Obstaja več Gα podenot : stimulatorna, inhibitorna in druge. Stimulatorno deluje na adenilat ciklazo in fosfolipazo C, inhibitorno na adenilat ciklazo. G protein sodeluje tudi pri zaznavanju svetlobe. Gαt je del transducina, ki prenaša svetlobni signal do cGMP fosfodiesteraze, ki zniža nivo cGMP v celici.
Ko se βγ kompleks odcepi, se izpostavijo predeli, ki so bili pred tem zakriti, zdaj pa omogočajo interakcijo z nadaljnjimi proteini ali ionskimi kanalčki, ki sodelujejo v signalizacijski poti. βγ kompleks se v srčni mišici veže na K+ kanalček in ga s tem odpre. S tem iz celice spusti K+ ione, kar spremeni električni naboj celice in inhibira delovanje celice.
Monomeri so majhni, imajo le eno podenoto in se nahajajo prosto v citosolu in nukleoplazmi. So majhne GTPaze z molekulsko maso okoli 20-40 kDa. Delimo jih na več skupin: Ras, Rho, Rab, Rap, Arf, Ran in druge. Sodelujejo kot regulatorji v ključnih procesih, kot so celična delitev, transport veziklov in celična diferenciacija.

== Povrnitev v prvotno stanje ==

Menjava GDP za GTP poteka počasi, katalizirajo pa jo GEF faktorji (guanosine nucleotide-exchange factors). G protein se sam inaktivira s hidrolizo vezanega GTP do GDP, kar pomeni, da imajo G proteini GTPazno aktivnost. GTPazna aktivnost se poveča zaradi delovanja GAP proteinov (GTPase activator protein). GAP proteini odločajo, kako dolgo naj bo stikalo ″prižgano″, saj prispevajo pomemben argininski ostanek, ki sega v aktivno mesto G proteina, kjer je uravnavana GTPazna aktivnost. Ta argininski ostanek je pomemben pri katalizi. Če bi bil G protein stalno aktiviran, bi to privedlo do raznih bolezni, npr. nekaterih oblik raka.

BIO2 Seminar-geslo

2011-01-11T19:22:35Z

SpelaPodjed:

*[[G proteini]] : Brigita Razboršek, Špela Podjed
*[[Verižna reakcija s polimerazo (PCR)]] : Maja Kogoj, Margareta Žlajpah
*[[Šaperoni]] : Tjaša Bigec, Janja Juvančič
*[[Lastnosti aminokislin]] : Tjaša Berčič, Sabina Kolar
*[[Mišična distrofija]] : Elmina Handanović, Dino Šćuk
*Ionski kanalčki : Nives Naraglav, Zala Rot
*[[Celična stena rastlin]] : Kaja Rupar, Maruša Bratuš
*[["Sebični gen"]] : Eva Tolar, Sara Primec
*[[Epilepsija]] : Luka Bevc, Filip Kolenc
* [[Receptorji TLR]] : Špela Umek, Đorđe Dimitrijević
*[[Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)]] : Urška Žbogar, Nejc Perme
*[[Nevrotransmiterji]] : Tanja Korpar, Nataša Simonič
*[[Receptorji]] : Aleksander Kranjc, Uroš Stupar
*[[Peptidna vez in peptidi]] : Vito Frančič, Žan Caf-Feldin
*[[Zaznavanje okusov]]: Tisa Primc, Urban Bezeljak
*[[Eritropoetin]]: Kristina Bremec, Petra Gorečan
*[[Poškodbe s prostimi radikali]]: Tonja Pavlovič, Tjaša Flis
*[[Splošna zgradba imunoglobulinov]] : Veronika Rovanšek
*[[Značilnosti genomov]] : Barbara Berki, Žan Železnik
*[[Polimeri nukleinskih kislin]] : Laura Ogrin, Damjana Hriberšek

BIO2 2010 Seminar

2010-11-04T21:34:11Z

SpelaPodjed: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */

= Biokemijski seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov članka'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''
|-
| Gregor Gunčar||[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]|||||||||
|-
| DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara
|-
| KRAJNC ALEKSANDER||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Aleksander_Krajnc:_Oligomerske_oblike_z_G_proteinom_sklopljenih_receptorjev_.28GPCR.29|Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR)]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban
|-
| FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša
|-
| CAF - FELDIN ŽAN||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.BDan_Caf-Feldin:_Glikoliza:_Zgolj_bioenergetksa_vloga_ali_pot_pre.C5.BEivetja Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?]||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina
|-
| ŽELEZNIK ŽAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Žan_Železnik:_Biokemijska_in_strukturna_osnova_za_trans-v-cis_izomerizacijo_retinoidov_v_kemiji_vida|Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević
|-
| PRIMC TISA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Tisa_Primc:_Apoptoza_inducirana_prek_smrtnih_receptorjev| Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović
|-
| RAZBORŠEK BRIGITA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Brigita_Razbor.C5.A1ek:_Adhezijski_GPCR-ji_-_Odkrivanje_pomena_novih_receptorjev Adhezijski GPCR-ji: odkrivanje pomena novih receptorjev]||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič
|-
| SIMONIČ NATAŠA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Nata.C5.A1a_Simoni.C4.8D:_Botulin_in_tetanus_nevrotoksin:_struktura.2C_delovanje_in_terapevtska_uporaba Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba]||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar
|-
| OGRIN LAURA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Laura_Ogrin:_Kooperativni_in_nekooperativni_ionski_kanali_CNG| Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG]]||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc
|-
| DIMITRIJEVIČ ĐORĐE||||3.11.||10.11.||17.11.||||
|-
| PERME NEJC||Glucose-sensing mechanisms in eukaryotic cells||5.11.||12.11.||19.11.||Primc||Ogrin
|-
| PODJED ŠPELA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.A0pela_Podjed:_Strukturne_lastnosti_RNA-stikal.2C_ki_ve.C5.BEejo_metabolite| Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite]]||5.11.||12.11.||19.11.||Perme||Rot
|-
| ŽBOGAR URŠKA||Multifaceted roles of glycolytic enzymes||10.11.||17.11.||24.11.||Podjed||Razboršek
|-
| NARAGLAV NIVES||Protein kinases: evolution of dynamic regulatory proteins||12.11.||19.11.||26.11.||Rovanšek||Rupar
|-
| BEZELJAK URBAN||Emerging complex pathways of the actomyosin powerstroke||12.11.||19.11.||26.11.||Stupar||Šćuk
|-
| ŽLAJPAH MARGARETA||HIF-1 regulation: not so easy come, easy go||12.11.||19.11.||26.11.||Tolar||Žbogar
|-
| KOLAR SABINA||Bridging the GAP between insulin signaling and GLUT4 translocation||17.11.||24.11.||1.12.
|-
| HANDANOVIĆ ELMINA||A Biochemical Approach to the Problem of Aging||19.11.||26.11.||3.12.
|-
| BRATUŠ MARUŠA||Mitochondria as we don't know them ||19.11.||26.11.||3.12.
|-
| RUPAR KAJA||Sirtuin regulation of mitochondria- energy production, apoptosis, and signaling||24.11.||1.12.||8.12.
|-
| BERKI BARBARA||||26.11.||3.12.||10.12.||||
|-
| JUVANČIČ JANJA||||26.11.||3.12.||10.12.||||
|-
| ROT ZALA||||1.12.||8.12.||15.12.||||
|-
| KOLENC FILIP||||3.12.||10.12.||17.12.||||
|-
| ŠČUK DINO||||3.12.||10.12.||17.12.||||
|-
| BEVC LUKA||||3.12.||10.12.||17.12.||||
|-
| MEDEN JANEZ||Regulatory crosstalk of the metabolic network||8.12.||15.12.||22.12.||Naraglav||Mikuž
|-
| ROVANŠEK VERONIKA||||10.12.||17.12.||24.12.||||
|-
| BERČIČ TJAŠA||||10.12.||17.12.||24.12.||||
|-
| BIGEC TJAŠA||||10.12.||17.12.||24.12.||||
|-
| KOGOJ MAJA||||22.12.||29.12.||5.1.||||
|-
| BREMEC KRISTINA||||24.12.||3.1.||7.1.
|-
| STUPAR UROŠ||||24.12.||3.1.||7.1.
|-
| TOLAR EVA||||24.12.||3.1.||7.1.
|-
| UMEK ŠPELA||||3.1.||7.1.||12.1.
|-
| HRIBERŠEK DAMJANA||||3.1.||7.1.||14.1.
|-
| KORPAR TANJA||||3.1.||7.1.||14.1.
|-
| PAVLOVIČ TANJA||||3.1.||7.1.||14.1.
|-
| GOREČAN PETRA||||5.1.||12.1.||19.1.
|-
| GREGORIČ TINA||||7.1.||14.1.||21.1.
|-
| PRIMEC SARA||||7.1.||14.1.||21.1.
|-
| FLIS TJAŠA||||7.1.||14.1.||21.1.
|}

== Gradivo za seminarje ==
Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon 
B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent

===A: Leksikografsko geslo===
Za vpis gesla veljajo naslednja pravila: 
* Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.
* Do '''12. decembra 2010''' do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.
* Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene!
* Opis pod A morate dokončati do '''12. januarja 2010''' do 12. ure.

===B: Seminar===
Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja
* [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsaj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsi, ki so bili na seminarju prisotni, '''morajo''' oceniti seminar, tako da oddajo svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev

2010-11-04T15:17:29Z

SpelaPodjed:

== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==

[http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.

Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.

Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.

PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata
( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2].

Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev :

Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,
in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.

Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč.

S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija.

Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]

== Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==
Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.

[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&h=405&w=300&sz=43&hl=sl&start=0&sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&zoom=1&tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&tbnh=131&tbnw=97&ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=681&vpy=357&dur=1189&hovh=261&hovw=193&tx=102&ty=242&oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&esq=1&page=1&ndsp=36&ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]

[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&h=391&w=350&sz=51&hl=sl&start=0&sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&zoom=1&tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&tbnh=139&tbnw=124&ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&um=1&itbs=1&iact=rc&dur=233&oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&esq=1&page=1&ndsp=36&ved=1t:429,r:6,s:0&tx=68&ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]

== Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==
Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.
== Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==
V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.

[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&h=813&w=829&sz=410&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&tbnh=137&tbnw=138&prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&um=1&itbs=1&iact=rc&dur=235&ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&esq=2&page=1&ndsp=21&ved=1t:429,r:17,s:0&tx=65&ty=28&biw=1280&bih=578 Protein PFKFB3 ]

[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&h=412&w=397&sz=59&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&tbnh=121&tbnw=117&prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&um=1&itbs=1&iact=rc&dur=177&ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&esq=1&page=1&ndsp=21&ved=1t:429,r:13,s:0&tx=53&ty=50&biw=1280&bih=578 Protein (APC/C)]

== Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==

GPCR, receptorji, povezani z G proteini, znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred. V človeškem telesu jih najdemo kar 30.

Adhezijske GPCR definira:

- dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),

- zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti,

- 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,

- GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.

Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji.

Viri:
1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33,
No. 10, 491-500

2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in
both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119

== Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==
Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.

== Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==
Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).

Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.

Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.

Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi "dostavljalca" protirakavih snovi v tumorske celice).

Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&feature=related].

== Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==
CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.
V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom.
S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.

== Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==
Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.

== Špela Podjed: Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite ==
RNA-stikala so elementi neprevedenega dela mRNA, ki so sposobni vezave majhnih metabolitov. Do sedaj so jih odkrili že več kot dvajset, še vedno pa niso razkrili vseh lastnosti njihovih struktur. Najprej so jih odkrili in vitro. Ugotovili so, da naravni in umetni aptameri (del RNA, ki veže metabolit) uporabljajo skupne načine za vezavo liganda. Oboji uporabljajo parjenje baz, zlaganje aromatov in stabilizacijo z kovinskimi ioni. Naravni aptameri so večji in ligand s parjenjem baz in terciarnimi interakcijami med oddaljenimi deli vijačnice objamejo z vseh koncev. To zagotavlja veliko afiniteto RNA-stikala do liganda. Naravni aptameri so veliko bolj selektivni in specifični do liganda od njihovih umetnih modelov. Slednji so strukturno namreč preprostejši, vsebujejo manj nukleotidov in tako ne morejo dobro skriti metabolita v notranjost strukture. Poleg tega so odkrili tudi RNA-stikalo, ki je hkrati tudi ribocim, to je glmS [http://www.rcsb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=3L3C&bionumber=1], ki se avtokatalitično cepi ob vezavi metabolita glukozamin-6-fosfata. RNA-stikala so izredno pomembna, saj so zaradi njihove narave zelo primerna za manipulacijo izražanja genov in zaznavanje majhnih metabolitov. V človeku jih do sedaj še niso odkrili, zato so nadvse primerna za razvoj zdravil proti bakterijam.

Biokemijski seminar 1 - 2009/10

2010-05-13T17:51:13Z

SpelaPodjed:

Temo za seminar pošljite na naslov profesorice [mailto:brigita.lenarcic@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta.

Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [[BiokemSeminar-SkupineNovica-B09 | seznam letošnjih 2. letnikov]]. 
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[Biokemijski seminar 1 - 2009/10 - Kazalo | kazalo]] in to v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. Vpišete lahko tudi novo kategorijo.

Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bomo vpisali, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve.

----

== Seminarski roki: ==

'''Predstavitev 15.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 4.3., recenzenti popravijo do 8.3.} 
2. Dimitrijević Đorđe - [[ Cerebralne in periferne spremembe, ki so nastale med dušikovo oksidno (NO) sintezo v modelu spalne bolezni podgane; Identifikacija možganskih iNOS ekspresivnih celic.]] [http://elitestv.com/pub/2010/02/cerebral-and-peripheral-changes-occurring-in-nitric-oxide-no-synthesis-in-a-rat-model-of-sleeping-sickness-identification-of-brain-inos-expressing-cells]
 
''Recenzenta: Pavlovič T., Ferkolj M. ''
3. Belšak Karmen - [[3-D struktura virusa s potencialom za boj proti raku in virusu HIV]] [http://www.newsroom.ucla.edu/portal/ucla/ucla-researchers-reveal-3d-structure-153580.aspx] 
''Recenzenta: Bevc L., Flis T. ''
4. Debeljak Mirjam - [[Proteini jedrnih por direktno stimulirajo izražanje genov celičnega cikla in razvojnih genov znotraj nukleoplazme]] [http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2900012-7] 
''Recenzenta: Bezeljak U., Stupar U. ''

'''Predstavitev 18.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.3., recenzenti popravijo do 12.3.} 
1. Bole Urša [[Gen, ki povečuje vzdržljivost pri teku]] [http://physiolgenomics.physiology.org/cgi/reprint/00199.2009v1] 
''Recenzenta: Bigec T., Ščuk D. ''
2. Razboršek Brigita - [[Okvarjene vezave PINK1 in parkina so lahko vzrok Parkinsonove bolezni]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/179203.php] 
''Recenzenta: Kaneuskaya L., Šterbal I. ''

'''Predstavitev 25.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 11.3., recenzenti popravijo do 18.3.} 
1. Umek Špela [[Zaviranje angiogeneze in rasti tumorja z oralno aktivno učinkovino, ki stabilizira neaktivno stanje PDGFRβ/B-RAF]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/179032.php] 
''Recenzenta: Kogoj M., Bratuš Š. ''
2. Kolar Sabina - [[ATP hidroliza v Eg5 kinazi vključuje katalitični dvovodni mehanizem]]
[http://www.physorg.com/news186584297.html] 
''Recenzenta: Stupar U., Caf-Feldin Ž ''
3. Kranjc Aleksander - [[Ritalin povečuje sposobnost učenja s povečanjem plastičnosti možganov]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/181514.php] 
''Recenzenta: Kolenc F., Merljak M.. ''
4. Bosilj Monika [[Pandemska gripa kaže znake odpornosti na tamiflu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100301131902.htm] 
''Recenzenta: Korpar T., Primec S., ''
5. Bezeljak Urban [[Tvorba priona z rekombinantnim prionskim proteinom]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2010-01/osu-soe012710.php] 
''Recenzenta: Simonič N., Železnik Ž. ''
6. Primc Tisa [[Dosežena aksonska regeneracija in vitro]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/07/090724113546.htm] 
''Recenzenta: Žbogar U., Rovanšek V. ''

'''Predstavitev 1.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.3., recenzenti popravijo do 25.3.} 
1. Banič Teja [[Električni tokovi prostorsko ločijo biogeokemijske procese v morskih sedimentih]] [http://news.sciencemag.org/sciencenow/2010/02/-deep-on-the-ocean.html] 
''Recenzenta: Juvančič J., Korpar T. ''
2. Simonič Nataša [[Zavirano IGF-1 sporočanje zmanjšuje s staranjem povezano proteotoksičnost v miših]] [http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(09)01426-3] 
''Recenzenta: Žlajpah M., Rot Z. ''
3. Rovanšek Veronika [[Sestrin kot povratni inhibitor TOR-a, ki preprečuje s starostjo povezane bolezni]] [http://esciencenews.com/articles/2010/03/04/protein.shown.be.natural.inhibitor.aging.fruit.fly.model] 
''Recenzenta: Adamič B., Frančič V. ''
4. Železnik Žan [[Od kaspaze odvisna pretvorba Dicer-ribonukleaze v deoksiribonukleazo, ki spodbuja apoptozo]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2010-03/uoca-doc031010.php] 
''Recenzenta: Rupar K., Gregorič T. ''
5. Ferkolj Maja [[Toksičen učinek na DNA pri pogostem in občasnem kajenju marihuane ter tobaka]][http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Toksi%C4%8Den_u%C4%8Dinek_na_DNA_pri_pogostem_in_ob%C4%8Dasnem_kajenju_marihuane_ter_tobaka]
''Recenzenta: Belšak K., Gubanec, V ''
6. Draščič Sara [[Za pojav sladkorne bolezni tipa 2 je kriv protein]] [http://www.dnevnik.si/novice/zdravje/1042282774] 
''Recenzenta: Berčič T., Handanović E. ''

'''Predstavitev 8.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.3., recenzenti popravijo do 1.4.} 
1. Caf Feldin Žan [[Atrazin pri afriških žabah krempljarkah povroča poplno feminizacijo]] [http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=common-herbicide-turns-male-frogs-into-females] 
''Recenzenta: Berki B., Hriberšek D. ''
2. Frančič Vito [[Stabilnost in dinamika zvijanja proteina posneta v živi celici]] [http://www.scientificamerican.com/blog/post.cfm?id=scientists-observe-protein-folding-2010-02-28] 
''Recenzenta: Merljak M., Bole U. ''
3. Stupar Uroš 
''Recenzenta: Naraglav N., Bosilj M. ''

'''Predstavitev 12.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 29.3., recenzenti popravijo do 5.4.} 
1. Kanevskaya Liza [[Avtoimunski sindrom odgovoren za kronične sluzninčne infekcije s kandido]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=1045] 
''Recenzenta: Frančič V., Tolar E. ''
2. Ščuk Dino [[Metabolične raziskave na pacientih s hepatitisom B in C]] [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2816273/?tool=pmcentrez;report=abstract] 
''Recenzenta: Gregorič T., Razboršek T. ''
3. Kolenc Filip [[Struktura C-terminalne domene nsp4 mačjega virusa]] [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2714721/?tool=pmcentrez] 
''Recenzenta: Gubanec V., Debeljak M. ''

'''Predstavitev 15.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.4., recenzenti popravijo do 8.4.} 
1. Handanović Elmina 
''Recenzenta: Perme N., Dimitrijević Đ. ''
2. Flis Tjaša [[ Zdravljenje melanoma z nanodelci]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/183633.php] 
''Recenzenta: Železnik Ž., Kaneuskaya L. ''
3. Pavlovič Tonja - [[Beta-2-mikroglobulin v motnjah avtističnega spektra]] [http://www.scipub.org/fulltext/ajbb/ajbb3287-91.pdf] 
''Recenzenta: Bole U., Žlajpah M. ''
4. Bratuš Maruša [[Morfologija psov- geni in mutacije]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100301201937.htm] 
''Recenzenta: Bosilj M., Kolar S. ''
5. Primec Sara [[Regulatorni protein v embrionalnih celicah]]
[http://sl.wikipedia.org/wiki/Regulatorni_protein_v_embrionalnih_celicah] 
''Recenzenta: Tolar E., Kolenc F. ''
6. Naraglav Nives [[Spomni se magnezija, če se želiš spomniti: sintetični magnezijev dodatek izboljša spomin in upočasni slabšanje spomina, kot posledico staranja]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2010/02/100222162011.htm] 
''Recenzenta: Umek Š., Simonič N. ''
7. Kogoj Maja [[Presnova: Razumevanje odpornosti na ščitnične hormone]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100308220538.htm] 
''Recenzenta: Rovanšek V., Kranjc A. ''
8. Žbogar Urška [[Zmožnost aminokislin za opravljanje več vlog hkrati je morda šibka točka virusa hepatitisa C]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091231153631.htm] 

''Recenzenta: Rupar K., Podjed Š. ''

'''Predstavitev 22.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.4., recenzenti popravijo do 15.4.} 
1. Bevc Luka - [[Dvojna vloga Notch proteina]] [http://www.irbbarcelona.org/index.php/en/news/irb-news/scientific/opposing-functions-of-a-key-molecule-in-the-development-of-organisms] 
''Recenzenta: Kolar S., Perme N. ''
2. Bigec Tjaša [[Učinek usmerjenih nanodelcev na človeško RNA]] [http://media.caltech.edu/press_releases/13334] 
''Recenzenta: Ščuk D., Podjed Š. ''
3. Žlajpah Margareta [[Struktura nespecifičnih LTP proteinov omogoča razumevanje njihove odpornosti na proteolizo]][http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/bi901939z] 
''Recenzenta: Šterbal I., Berčič T. ''

'''Predstavitev 6.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 22.4., recenzenti popravijo do 29.4.} 
1. Juvančič Janja - [[Pridobivanje morfija]] [http://www.sciencenews.org/view/generic/id/57257/title/Chemists_pin_down_poppys_tricks_for_making_morphine] 
''Recenzenta: Bratuš M., Berki B. ''
2. Berčič Tjaša [[Prenos DNA v človeških zarodkih za preprečitev prenosa mitohondrijske bolezni DNA]][http://www.sciencedaily.com/releases/2010/04/100416121800.htm] 
''Recenzenta: Caf-Feldin Ž., Primc T. ''
3. Gregorič Tina [[Insekticidne lastnosti semen "C.arabica" in "C.racemosa" pri Cowpea hrošču ("C.maculatus") ]][http://www.eurekalert.org/pub_releases/2010-03/acs-piu033110.php] 
''Recenzenta: Debeljak M., Naraglav N. ''
4. Gubanec Vesna [[BanLec potencialni preprečevalec replikacije virusa HIV]][http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100315091303.htm] 
''Recenzenta: Dimitrijević Đ., Bezeljak U. ''
5. Ogrin Laura [[Receptorji dopamina D2 v disfunkcionalnih nagrajevalnih sistemih in kompulzivno prenajedanje pri debelih podganah]][http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100328170243.htm#] 
''Recenzenta: Draščič S., Pavlovič T. ''
6. Tolar Eva 
''Recenzenta: Ferkolj M., Umek Š. ''

'''Predstavitev 13.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 29.4., recenzenti popravijo do 6.5.} 
1. Korpar Tanja [[Morfogen Wingless je odgovoren za nastanek barvnih vzorcev na krilih]][http://www.sciencedaily.com/releases/2010/04/100407134812.htm] 
''Recenzenta: Kranjc A., Kogoj M. ''
2. Šterbal Ines 
''Recenzenta: Handanović E., Adamič B. ''
3. Berki Barbara [[Operacija z molekularno fluorescenco, ki uporablja aktivne peptide, ki prodrejo v celico, zmanjša število rakastih celic, ki ostanejo po operaciji in izboljša možnosti preživetja]][http://www.sciencedaily.com/releases/2010/02/100216182031.htm] 
''Recenzenta: Žbogar U., Banič T. ''

'''Predstavitev 27.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 13.5., recenzenti popravijo do 20.5.} 
1. Podjed Špela [[Inducirano izražanje genov plastidnega genoma s sintetičnim RNA-stikalom]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100330092817.htm] 
''Recenzenta: Flis T., Belšak K. ''
2. Rot Zala 
''Recenzenta: Primec S., Bevc L. ''
3. Hriberšek Damjana 
''Recenzenta: Razboršek B., Ogrin L. ''

'''Predstavitev 31.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.5., recenzenti popravijo do 24.5.} 
1. Perme Nejc 
''Recenzenta: Rot Z., Bigec T. ''
2. Merljak Matevž 
''Recenzenta: Banič T., Primc T. ''
3. Rupar Kaja 
''Recenzenta: Hriberšek D., Juvančič J. ''

'''Predstavitev 3.6.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.5., recenzenti popravijo do 25.5.} 
1. Adamič Bojan -[[Omega-3 maščobne kisline predstavljajo možno orožje v boju s tumorji živčnega sistema pri otrocih.]]
[http://ki.se/ki/jsp/polopoly.jsp?l=en&d=130&a=96133&newsdep=130] 
''Recenzenta: ''
2. 
''Recenzenta: ''
3. 
''Recenzenta: ''
4. 
''Recenzenta: ''
5. 
''Recenzenta: ''
6. 
''Recenzenta: ''
7. 
''Recenzenta: ''
8. 
''Recenzenta: ''

Inducirano izražanje genov plastidnega genoma s sintetičnim RNA-stikalom

2010-05-13T17:50:16Z

SpelaPodjed:

RNA-stikala so deli mRNA molekul, ki se zvijejo v posebno sekundarno strukturo. Nanje se lahko veže ligand, kar povzroči konformacijske spremembe na molekuli, ki vplivajo na izražanje genov. RNA-stikala so našli v prokariontih in evkariontih, v kloroplastih in mitodondrijih pa še ne. Znanstveniki z inštituta Max-Planck v Nemčiji so se zato odločili, da bodo pripravili RNA-stikala, ki bodo učinkovita tudi v plastidih. Uporabili so bakterijska stikala in jih ''in silico'' teoretično prilagodili za delovanje v kloroplastu. Naredili so konstrukte šestih različnih RNA-stikal in gena za zeleno fluorescirajoči protein. Te so nato z vektorjem transformirali v kloroplastni genom tobaka. Po testiranju ''in vivo'' so našli RNA-stikalo, ki učinkovito deluje kot translacijski regulator izražanja genov v plastidu, ko se nanj veže ligand teofilin. Ko so rastline poškropili s teofilinom se je protein v kloroplastu začel kopičiti, v odsotnosti teofilina pa se protein ni tvoril. To stikalo je zato zelo uporabno tudi za nadaljne raziskave in uporabo v genskem inženirstvu, saj bodo lahko rastline prilagodili tako, da bodo proizvajala zdravila v plastidih pod našim nadzorom.

Inducirano izražanje genov plastidnega genoma s sintetičnim RNA-stikalom

2010-05-13T17:49:38Z

SpelaPodjed: New page: RNA-stikala so deli mRNA molekul, ki se zvijejo v posebno sekundarno strukturo. Nanje se lahko veže ligand, kar povzroči konformacijske spremembe na molekuli, ki vplivajo na izražanje g...

RNA-stikala so deli mRNA molekul, ki se zvijejo v posebno sekundarno strukturo. Nanje se lahko veže ligand, kar povzroči konformacijske spremembe na molekuli, ki vplivajo na izražanje genov. RNA-stikala so našli v prokariontih in evkariontih, v kloroplastih in mitodondrijih pa še ne. Znanstveniki z inštituta Max-Planck v Nemčiji so se zato odločili, da bodo pripravili RNA-stikala, ki bodo učinkovita tudi v plastidih. Uporabili so bakterijska stikala in jih in silico teoretično prilagodili za delovanje v kloroplastu. Naredili so konstrukte šestih različnih RNA-stikal in gena za zeleno fluorescirajoči protein. Te so nato z vektorjem transformirali v kloroplastni genom tobaka. Po testiranju in vivo so našli RNA-stikalo, ki učinkovito deluje kot translacijski regulator izražanja genov v plastidu, ko se nanj veže ligand teofilin. Ko so rastline poškropili s teofilinom se je protein v kloroplastu začel kopičiti, v odsotnosti teofilina pa se protein ni tvoril. To stikalo je zato zelo uporabno tudi za nadaljne raziskave in uporabo v genskem inženirstvu, saj bodo lahko rastline prilagodili tako, da bodo proizvajala zdravila v plastidih pod našim nadzorom.

Biokemijski seminar 1 - 2009/10

2010-05-13T17:49:19Z

SpelaPodjed:

Temo za seminar pošljite na naslov profesorice [mailto:brigita.lenarcic@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta.

Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [[BiokemSeminar-SkupineNovica-B09 | seznam letošnjih 2. letnikov]]. 
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[Biokemijski seminar 1 - 2009/10 - Kazalo | kazalo]] in to v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. Vpišete lahko tudi novo kategorijo.

Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bomo vpisali, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve.

----

== Seminarski roki: ==

'''Predstavitev 15.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 4.3., recenzenti popravijo do 8.3.} 
2. Dimitrijević Đorđe - [[ Cerebralne in periferne spremembe, ki so nastale med dušikovo oksidno (NO) sintezo v modelu spalne bolezni podgane; Identifikacija možganskih iNOS ekspresivnih celic.]] [http://elitestv.com/pub/2010/02/cerebral-and-peripheral-changes-occurring-in-nitric-oxide-no-synthesis-in-a-rat-model-of-sleeping-sickness-identification-of-brain-inos-expressing-cells]
 
''Recenzenta: Pavlovič T., Ferkolj M. ''
3. Belšak Karmen - [[3-D struktura virusa s potencialom za boj proti raku in virusu HIV]] [http://www.newsroom.ucla.edu/portal/ucla/ucla-researchers-reveal-3d-structure-153580.aspx] 
''Recenzenta: Bevc L., Flis T. ''
4. Debeljak Mirjam - [[Proteini jedrnih por direktno stimulirajo izražanje genov celičnega cikla in razvojnih genov znotraj nukleoplazme]] [http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2900012-7] 
''Recenzenta: Bezeljak U., Stupar U. ''

'''Predstavitev 18.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.3., recenzenti popravijo do 12.3.} 
1. Bole Urša [[Gen, ki povečuje vzdržljivost pri teku]] [http://physiolgenomics.physiology.org/cgi/reprint/00199.2009v1] 
''Recenzenta: Bigec T., Ščuk D. ''
2. Razboršek Brigita - [[Okvarjene vezave PINK1 in parkina so lahko vzrok Parkinsonove bolezni]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/179203.php] 
''Recenzenta: Kaneuskaya L., Šterbal I. ''

'''Predstavitev 25.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 11.3., recenzenti popravijo do 18.3.} 
1. Umek Špela [[Zaviranje angiogeneze in rasti tumorja z oralno aktivno učinkovino, ki stabilizira neaktivno stanje PDGFRβ/B-RAF]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/179032.php] 
''Recenzenta: Kogoj M., Bratuš Š. ''
2. Kolar Sabina - [[ATP hidroliza v Eg5 kinazi vključuje katalitični dvovodni mehanizem]]
[http://www.physorg.com/news186584297.html] 
''Recenzenta: Stupar U., Caf-Feldin Ž ''
3. Kranjc Aleksander - [[Ritalin povečuje sposobnost učenja s povečanjem plastičnosti možganov]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/181514.php] 
''Recenzenta: Kolenc F., Merljak M.. ''
4. Bosilj Monika [[Pandemska gripa kaže znake odpornosti na tamiflu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100301131902.htm] 
''Recenzenta: Korpar T., Primec S., ''
5. Bezeljak Urban [[Tvorba priona z rekombinantnim prionskim proteinom]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2010-01/osu-soe012710.php] 
''Recenzenta: Simonič N., Železnik Ž. ''
6. Primc Tisa [[Dosežena aksonska regeneracija in vitro]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/07/090724113546.htm] 
''Recenzenta: Žbogar U., Rovanšek V. ''

'''Predstavitev 1.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.3., recenzenti popravijo do 25.3.} 
1. Banič Teja [[Električni tokovi prostorsko ločijo biogeokemijske procese v morskih sedimentih]] [http://news.sciencemag.org/sciencenow/2010/02/-deep-on-the-ocean.html] 
''Recenzenta: Juvančič J., Korpar T. ''
2. Simonič Nataša [[Zavirano IGF-1 sporočanje zmanjšuje s staranjem povezano proteotoksičnost v miših]] [http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(09)01426-3] 
''Recenzenta: Žlajpah M., Rot Z. ''
3. Rovanšek Veronika [[Sestrin kot povratni inhibitor TOR-a, ki preprečuje s starostjo povezane bolezni]] [http://esciencenews.com/articles/2010/03/04/protein.shown.be.natural.inhibitor.aging.fruit.fly.model] 
''Recenzenta: Adamič B., Frančič V. ''
4. Železnik Žan [[Od kaspaze odvisna pretvorba Dicer-ribonukleaze v deoksiribonukleazo, ki spodbuja apoptozo]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2010-03/uoca-doc031010.php] 
''Recenzenta: Rupar K., Gregorič T. ''
5. Ferkolj Maja [[Toksičen učinek na DNA pri pogostem in občasnem kajenju marihuane ter tobaka]][http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Toksi%C4%8Den_u%C4%8Dinek_na_DNA_pri_pogostem_in_ob%C4%8Dasnem_kajenju_marihuane_ter_tobaka]
''Recenzenta: Belšak K., Gubanec, V ''
6. Draščič Sara [[Za pojav sladkorne bolezni tipa 2 je kriv protein]] [http://www.dnevnik.si/novice/zdravje/1042282774] 
''Recenzenta: Berčič T., Handanović E. ''

'''Predstavitev 8.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.3., recenzenti popravijo do 1.4.} 
1. Caf Feldin Žan [[Atrazin pri afriških žabah krempljarkah povroča poplno feminizacijo]] [http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=common-herbicide-turns-male-frogs-into-females] 
''Recenzenta: Berki B., Hriberšek D. ''
2. Frančič Vito [[Stabilnost in dinamika zvijanja proteina posneta v živi celici]] [http://www.scientificamerican.com/blog/post.cfm?id=scientists-observe-protein-folding-2010-02-28] 
''Recenzenta: Merljak M., Bole U. ''
3. Stupar Uroš 
''Recenzenta: Naraglav N., Bosilj M. ''

'''Predstavitev 12.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 29.3., recenzenti popravijo do 5.4.} 
1. Kanevskaya Liza [[Avtoimunski sindrom odgovoren za kronične sluzninčne infekcije s kandido]] [http://newswire.rockefeller.edu/?page=engine&id=1045] 
''Recenzenta: Frančič V., Tolar E. ''
2. Ščuk Dino [[Metabolične raziskave na pacientih s hepatitisom B in C]] [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2816273/?tool=pmcentrez;report=abstract] 
''Recenzenta: Gregorič T., Razboršek T. ''
3. Kolenc Filip [[Struktura C-terminalne domene nsp4 mačjega virusa]] [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2714721/?tool=pmcentrez] 
''Recenzenta: Gubanec V., Debeljak M. ''

'''Predstavitev 15.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.4., recenzenti popravijo do 8.4.} 
1. Handanović Elmina 
''Recenzenta: Perme N., Dimitrijević Đ. ''
2. Flis Tjaša [[ Zdravljenje melanoma z nanodelci]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/183633.php] 
''Recenzenta: Železnik Ž., Kaneuskaya L. ''
3. Pavlovič Tonja - [[Beta-2-mikroglobulin v motnjah avtističnega spektra]] [http://www.scipub.org/fulltext/ajbb/ajbb3287-91.pdf] 
''Recenzenta: Bole U., Žlajpah M. ''
4. Bratuš Maruša [[Morfologija psov- geni in mutacije]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100301201937.htm] 
''Recenzenta: Bosilj M., Kolar S. ''
5. Primec Sara [[Regulatorni protein v embrionalnih celicah]]
[http://sl.wikipedia.org/wiki/Regulatorni_protein_v_embrionalnih_celicah] 
''Recenzenta: Tolar E., Kolenc F. ''
6. Naraglav Nives [[Spomni se magnezija, če se želiš spomniti: sintetični magnezijev dodatek izboljša spomin in upočasni slabšanje spomina, kot posledico staranja]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2010/02/100222162011.htm] 
''Recenzenta: Umek Š., Simonič N. ''
7. Kogoj Maja [[Presnova: Razumevanje odpornosti na ščitnične hormone]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100308220538.htm] 
''Recenzenta: Rovanšek V., Kranjc A. ''
8. Žbogar Urška [[Zmožnost aminokislin za opravljanje več vlog hkrati je morda šibka točka virusa hepatitisa C]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091231153631.htm] 

''Recenzenta: Rupar K., Podjed Š. ''

'''Predstavitev 22.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.4., recenzenti popravijo do 15.4.} 
1. Bevc Luka - [[Dvojna vloga Notch proteina]] [http://www.irbbarcelona.org/index.php/en/news/irb-news/scientific/opposing-functions-of-a-key-molecule-in-the-development-of-organisms] 
''Recenzenta: Kolar S., Perme N. ''
2. Bigec Tjaša [[Učinek usmerjenih nanodelcev na človeško RNA]] [http://media.caltech.edu/press_releases/13334] 
''Recenzenta: Ščuk D., Podjed Š. ''
3. Žlajpah Margareta [[Struktura nespecifičnih LTP proteinov omogoča razumevanje njihove odpornosti na proteolizo]][http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/bi901939z] 
''Recenzenta: Šterbal I., Berčič T. ''

'''Predstavitev 6.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 22.4., recenzenti popravijo do 29.4.} 
1. Juvančič Janja - [[Pridobivanje morfija]] [http://www.sciencenews.org/view/generic/id/57257/title/Chemists_pin_down_poppys_tricks_for_making_morphine] 
''Recenzenta: Bratuš M., Berki B. ''
2. Berčič Tjaša [[Prenos DNA v človeških zarodkih za preprečitev prenosa mitohondrijske bolezni DNA]][http://www.sciencedaily.com/releases/2010/04/100416121800.htm] 
''Recenzenta: Caf-Feldin Ž., Primc T. ''
3. Gregorič Tina [[Insekticidne lastnosti semen "C.arabica" in "C.racemosa" pri Cowpea hrošču ("C.maculatus") ]][http://www.eurekalert.org/pub_releases/2010-03/acs-piu033110.php] 
''Recenzenta: Debeljak M., Naraglav N. ''
4. Gubanec Vesna [[BanLec potencialni preprečevalec replikacije virusa HIV]][http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100315091303.htm] 
''Recenzenta: Dimitrijević Đ., Bezeljak U. ''
5. Ogrin Laura [[Receptorji dopamina D2 v disfunkcionalnih nagrajevalnih sistemih in kompulzivno prenajedanje pri debelih podganah]][http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100328170243.htm#] 
''Recenzenta: Draščič S., Pavlovič T. ''
6. Tolar Eva 
''Recenzenta: Ferkolj M., Umek Š. ''

'''Predstavitev 13.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 29.4., recenzenti popravijo do 6.5.} 
1. Korpar Tanja [[Morfogen Wingless je odgovoren za nastanek barvnih vzorcev na krilih]][http://www.sciencedaily.com/releases/2010/04/100407134812.htm] 
''Recenzenta: Kranjc A., Kogoj M. ''
2. Šterbal Ines 
''Recenzenta: Handanović E., Adamič B. ''
3. Berki Barbara [[Operacija z molekularno fluorescenco, ki uporablja aktivne peptide, ki prodrejo v celico, zmanjša število rakastih celic, ki ostanejo po operaciji in izboljša možnosti preživetja]][http://www.sciencedaily.com/releases/2010/02/100216182031.htm] 
''Recenzenta: Žbogar U., Banič T. ''

'''Predstavitev 27.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 13.5., recenzenti popravijo do 20.5.} 
1. Podjed Špela [[Inducirano izražanje genov plastidnega genoma s sintetičnim RNA-stikalom]] [] 
''Recenzenta: Flis T., Belšak K. ''
2. Rot Zala 
''Recenzenta: Primec S., Bevc L. ''
3. Hriberšek Damjana 
''Recenzenta: Razboršek B., Ogrin L. ''

'''Predstavitev 31.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.5., recenzenti popravijo do 24.5.} 
1. Perme Nejc 
''Recenzenta: Rot Z., Bigec T. ''
2. Merljak Matevž 
''Recenzenta: Banič T., Primc T. ''
3. Rupar Kaja 
''Recenzenta: Hriberšek D., Juvančič J. ''

'''Predstavitev 3.6.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.5., recenzenti popravijo do 25.5.} 
1. Adamič Bojan -[[Omega-3 maščobne kisline predstavljajo možno orožje v boju s tumorji živčnega sistema pri otrocih.]]
[http://ki.se/ki/jsp/polopoly.jsp?l=en&d=130&a=96133&newsdep=130] 
''Recenzenta: ''
2. 
''Recenzenta: ''
3. 
''Recenzenta: ''
4. 
''Recenzenta: ''
5. 
''Recenzenta: ''
6. 
''Recenzenta: ''
7. 
''Recenzenta: ''
8. 
''Recenzenta: ''

Inducirano izražanje genov plastidnega genoma s sintetičnimi RNA-stikali

2010-05-13T17:19:13Z

RNA-stikala so deli mRNA molekul, ki se zvijejo v posebno sekundarno strukturo. Nanje se lahko veže ligand, kar povzroči konformacijske spremembe na molekuli, ki vplivajo na izražanje genov. RNA-stikala so našli v prokariontih in evkariontih, v kloroplastih in mitodondrijih pa še ne. Znanstveniki z inštituta Max-Planck v Nemčiji so se zato odločili, da bodo pripravili RNA-stikala, ki bodo učinkovita tudi v plastidih. Uporabili so bakterijska stikala in jih in silico teoretično prilagodili za delovanje v kloroplastu. Naredili so konstrukte šestih različnih RNA-stikal in gena za zeleno fluorescirajoči protein. Te so nato z vektorjem transformirali v kloroplastni genom tobaka. Po testiranju in vivo so našli RNA-stikalo, ki učinkovito deluje kot translacijski regulator izražanja genov v plastidu, ko se nanj veže ligand teofilin. Ko so rastline poškropili s teofilinom se je protein v kloroplastu začel kopičiti, v odsotnosti teofilina pa se protein ni tvoril. To stikalo je zato zelo uporabno tudi za nadaljne raziskave in uporabo v genskem inženirstvu, saj bodo lahko rastline prilagodili tako, da bodo proizvajala zdravila v plastidih pod našim nadzorom.