Wiki FKKT - User contributions [en]

RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv

2021-04-05T10:31:56Z

Spelasupej:

RESHAPE je projekt iGEM iz leta 2020, ki so ga naredili študenti iz tehnične univerze DTU na Danskem. Ekipa je želela spremeniti morfologijo nitastih gliv z namenom boljše produkcije proteinov in drugih metabolitov v industriji.

Spletna stran projekta RESHAPE, iGEM 2020 [1]: [https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark ]

Avtorica povzetka: Špela Supej

=='''Uvod'''==

Tako imenovana »bela biotehnologija« je industrijska veja biotehnologije, ki uporablja žive celice kvasovk, gliv, bakterij in rastlin ter njihove encime za sintezo produktov, ki so lahko razgradljivi, njihova produkcija pa zahteva manjšo porabo energije in proizvede manj odpadkov [2]. Nitaste glive predstavljajo veliko večino industrijske produkcije encimov in kemikalij, pri čemer je glavni sev nitastih gliv, v katerem se proizvede okrog 60 % vseh industrijskih encimov, ''Aspergillus niger'' [3].

=== Nitaste glive ===
Nitaste glive, običajno znane kot plesni, so večcelični organizmi sestavljeni iz struktur, imenovanih hife. Z razraščanjem po organskem materialu oblikujejo večcelična omrežja, ki jih imenujemo miceliji. Glede na genetske in okoljske parametre lahko omrežja zavzamejo različne morfologije, kar omogoča nitastim glivam, da kolonizirajo substrat s čim manjšo količino lastne biomase. Poleg tega imajo izjemne sekretorne sposobnosti, saj lahko preko posebnih organov - hifnih končičev, izločijo kar 30.000 veziklov na minuto [4], [5]. Te lastnosti naredijo nitaste glive izredno zanimive za industrijo, vendar imajo tudi svoje probleme. Hife nitastih gliv povečajo viskoznost v fermentorjih, kar omeji prenos kisika do celic. Te so posledično pod stresom, zaradi česar se zmanjša njihova produktivnost [6]. Izboljšava morfologije nitastih gliv bi imela zaradi tega pozitiven vpliv na industrijsko produkcijo.

=='''Cilji projekta RESHAPE'''==

Glavni cilj projekta RESHAPE je bil optimizirati morfologijo nitaste glive ''Aspergillus niger'' s pomočjo pristopov sintezne biologije, kar bi izboljšalo industrijsko proizvodnjo proteinov in drugih malih molekul. Oblikovati so želeli nove signalne peptide, ki bi izboljšali sekrecijo proteinov v ''A. niger''. Poleg tega pa so želeli ustvariti tudi računalniška orodja, ki bi lahko na podlagi eksperimentalnih podatkov napovedala morfološke vzorce nitastih gliv.

=='''Spreminjanje morfologije ''Aspergillus niger'' '''==

Morfologija ''A. niger'' ima velik vpliv na uspešnost proizvodnje proteinov. Rast v obliki nitastih struktur lahko velikokrat predstavlja težave, saj se filamenti pogosto zavozlajo okrog sestavnih delov fermentacijskih tankov. V skupini iGEM so se zato odločili, da bodo poskušali spremeniti morfologijo ''A. niger'' na tak način, da bi bilo delo s sevom olajšano, brez da bi zmanjšali produkcijo proteinov.
Identificirali so sedem genov, ki vplivajo na spremembo morfologije in s pomočjo tehnologije CRISPR-Cas9 ustvarili nove seve ''A. niger'' s spremenjenimi morfologijami.
Geni povezani z morfologijo, ki so jih izbrali, so bili ''aplD'', ''arfA'', ''chsC'', ''gul-1'', ''pkaR'', ''racA'' in ''spaA''.

=== Zakaj so uporabili ''Aspergillus niger''? ===
Za svoj projekt so izbrali sev nitastih gliv ''Aspergillus niger'', saj se le-ta v industriji najpogosteje uporablja za proizvodnjo encimov in sekundarnih metabolitov. Za delo so uporabili referenčni sev ATCC 1015, ki je imel delecijo ''ΔkusA'', zaradi česar je bilo okvarjeno nehomologno povezovanje koncev. Delecija je sev prisilila v popravljanje prelomov na DNA s pomočjo homologne rekombinacije, kar je omogočilo vstavljanje/deletiranje delov genoma na tarčnih lokacijah. Sev je imel prav tako izbrisan gen ''pyrG'', ki zapisuje za encim orotidin 5'-fosfat dekarboksilazo, zaradi česar ni mogel rasti na gojišču brez prisotnosti uracila oz. uridina, kar so izkoristili kot selekcijski marker [7].

Za izbijanje genov in vstavljanje insercij v genom ''A. niger'' so uporabili USER kloniranje in tehniko CRISPR-Cas9.

=== USER kloniranje - za pripravo plazmidov ===
USER kloniranje (ang. Uracil-Specific Excision Reagent) se uporablja za direktno kloniranje insertov v USER kompatibilne vektorje z uporabo USER encima. USER encim združuje encimske aktivnosti uracil DNA glikozilaze – UDG, ki katalizira izrez uracilske baze, in endonukleaze VIII, ki prekine fosfodiestrsko vez na 3' in 5' koncu abazičnega mesta tako, da se deoksiriboza brez baze lahko sprosti iz DNA verige. Encim na ta način ustvari 1 nt dolgo vrzel na mestu uracilskega ostanka [8]. Inserte so ustvarili s pomočjo PCR pomnoževanja začetnih oligonukleotidov, ki so vsebovali en uracil na koncu kompatibilnem z uracilnim klonirnim mestom na vektorju. Produkte so nato obdelali z USER encimom, pri čemer je odstranitev uracila ustvarila previsne konce primerne za kloniranje. USER klonirno kaseto znotraj USER kompatibilnega vektorja so rezali z restrikcijskima encimoma ''Pac''I in ''Nt.BbvC''I, ki sta ustvarila previsne konce ujemajoče se s konci pripravljenih insertov. Po mešanju so se tako pripravljeni vektorji in inserti povezali in ustvarili novo oblikovane vektorje, ki so bili primerni za CRISPR-Cas9. [https://2020.igem.org/wiki/images/e/e3/T--DTU-Denmark--Biobrick.png Inserti] so bili sestavljeni iz promotorja in terminatorja, ki sta zagotovila transkripcijo inserta, usmerjevalne RNA in dveh zaporedij tRNA, ki sta zagotovili samocepitev mRNA po transkripciji in na ta način omogočili vezavo usmerjevalne RNA na protein Cas9.

=== CRISPR-Cas9 - za spreminjanje genoma ===
Za pripravo novih morfoloških sevov so uporabili tehnologijo CRISPR-Cas9, s katero so izbijali gene iz genoma ''A. niger''. Z USER kloniranjem so oblikovali sedem različnih CRISPR-Cas9 plazmidov, ki si jih je mogoče ogledati na iGEM spletni strani:

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385014 BBa_K3385014],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385018 BBa_K3385018],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385022 BBa_K3385022],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385026 BBa_K3385026],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385030 BBa_K3385030],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385034 BBa_K3385034] in

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385038 BBa_K3385038]).

==== Sevi ''A. niger'' z izbitimi geni ====
Če so želeli iz genoma gliv izbrisati specifične gene povezane z morfologijo, so glive transformirali s plazmidom, ki je vseboval tako zapis za Cas9 kot tudi dve sgRNA, kar je omogočilo nastanek dveh zarez (ene navzgor in druge navzdol od tarčnega gena). Glive so bile prav tako transformirane še s popravljalnim oligonukleotidom, ki je bil dolg okoli 90 nt in je deloval kot matrica za homologno rekombinacijo. Kadar so želeli doseči dvojno izbitje genov, so po prvotni transformaciji pridobljene seve ponovno transformirali s CRISPR-Cas9 plazmidom.

==== Sevi ''A. niger'' z zvišano oz. znižano ravnjo izražanja genov ====
Poleg »knock-out« sevov, so želeli preveriti tudi, kakšen vpliv ima na morfologijo zvišana oz. znižana raven izražanja tarčnih genov. Da bi dobili različne ekspresijske nivoje izražanja genov, so uporabili promotorje skupine DTU iGEM iz leta 2019. Za zvišano raven izražanja so se odločili za močan promotor PLEAPmstA_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046005 BBa_K3046005]), za znižano pa za šibek promotor PLEAPunk_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046006 BBa_K3046006]). Za oba promotorja so pripravili biokocke, ki so jih vstavili v plazmide, končni plazmidi pa so nastali, ko so s pomočjo USER kloniranja vanje vstavili še zapise za tarčne gene. Sevom so najprej izbili izbrane gene, nato pa so jih vanje ponovno vstavili z novimi promotorji. Za vstavljanje insercije so glive transformirali z lineariziranim zaporedjem, ki je vsebovalo konstrukt, ki so ga želeli vstaviti v genom, na obeh koncih konstrukta pa so bile 1-2 kb dolge homologne regije. Te regije so bile oblikovane tako, da so omogočale insercijo na specifična mesta znotraj genoma A. niger.

Vpliv morfologije na proizvodnjo proteinov so merili s pomočjo BCA testa (ang. Bicinchoninic Acid Assay), ki omogoča določanje koncentracije proteinov v raztopini. V alkalnem okolju lahko proteini reducirajo Cu2+ do Cu+. Cu+ kationi nato kelirajo dve BCA molekuli, kar vodi do vijoličnega obarvanja. Več proteinov kot je prisotnih, bolj intenzivna bo absorbanca pri 562 nm.

=='''Sekrecija proteinov'''==

Nivoje sekrecije so spremljali preko merjenja aktivnosti nativnega encima glukoamilaze (gen ''glaA''). Zapis za protein so najprej izbili iz glivnega genoma, nato pa so ga vanj ponovno integrirali s pomočjo biokock, ki jih je oblikovala danska ekipa leta 2019. Na ta način so zagotovili, da je bila aktivnost encima posledica njihovega inserta in ne naravne produkcije encima. Glukoamilaza je encim, ki razgradi škrob do beta-glukoze. Test sekrecije so naredili tako, da so v supernatant vzorca dodali škrob in po 10 minutni inkubaciji na 37 °C dodali jodov reagent, ki se lahko veže na polimere škorba. Če je prišlo do sekrecije glukoamilaze, je ta škrob razgradila, kar je pomenilo, da je imel jodov reagent na voljo manj škroba za vezavo in je bila zaradi tega sprememba barve manjša. Absorbanco so merili pri 580 nm.

=='''Priprava računalniških modelov'''==

Za lažjo karakterizacijo novih sevov so razvili tudi dva računalniška modela, ki lahko na podlagi eksperimentalnih podatkov preučujeta morfološke lastnosti ''A. niger''.

'''Morphologizer''' – je program, ki je sposoben avtomatsko analizirati mikroskopske slike micelijev. Micelije nato tretira kot graf in na podlagi tega določi parametre, kot so razvejanost micelija in kemotropizem.

'''Mycemulator''' – je stohastičen model, ki na podlagi morfoloških parametrov pridobljenih s pomočjo programa Morphologizer in eksperimentalnih podatkov simulira rast micelija.

=='''Rezultati'''==

Skupini je uspelo pripraviti devet novih sevov ''A. niger'' z različnimi morfologijami: ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/d3/T--DTU-Denmark--spyder_chsC.png ΔchsC]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6e/T--DTU-Denmark--spyder_spaA.png ΔspaA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/de/T--DTU-Denmark--spyder_gul-1.png Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/c/c8/T--DTU-Denmark--spyder_racA.png ΔracA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/0/0a/T--DTU-Denmark--spyder_pkaR.png ΔpkaR]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/44/T--DTU-Denmark--spyder_aplD.png ΔaplD]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/40/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_gul-1.png ΔchsC_Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6d/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_spaA.png ΔchsC_ΔspaA]'' in ''[https://2020.igem.org/wiki/images/8/8c/T--DTU-Denmark--spyder_spaA_gul-1.png ΔspaA_Δgul-1]''. Največji potencial je kazal sev z dvema izbitima genoma ''ΔchsC_Δgul-1''. Gen ''chsC'' zapisuje za hitin sintazo, gen ''gul-1'' pa za mRNA vezavni protein, ki sodeluje pri remodeliranju celične stene. Za ta sev so ugotovili, da ima hiperrazvejano morfologijo, kar je bila posledica aditivnega efekta delecije obeh genov. Sev je imel izredno visoko sekrecijo proteinov (kar 200 %) v primerjavi z referenčnim sevom. Sekrecija proteinov je bila najvišja pri sevih z delecijo gena ''[https://2020.igem.org/wiki/images/e/e7/T--DTU-Denmark--all_gluco.png gul-1]''. Oblikovali so tudi plazmide za vstavljanje insertov, s katerimi bi regulirali izražanje, vendar jih zaradi časovnih omejitev niso dokončali in z njimi niso uspeli transformirati gliv. Prav tako jim je uspelo pripraviti knjižnico 11 mutiranih sevov z inserti za različne nativne in sintetične signalne peptide za glukoamilazo, ki so jih določili z orodjem SignalPrepper. Več o pripravi knjižnice si lahko preberete [https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark/Design tukaj].

=='''Viri in literatura'''==
[1] “Team:DTU-Denmark - 2020.igem.org.” https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark (accessed Apr. 02, 2021).

[2] G. Frazzetto, “White biotechnology,” EMBO Rep., vol. 4, no. 9, pp. 835–837, Sep. 2003, doi: 10.1038/sj.embor.embor928.

[3] Siddiqui, S, New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering. Elsevier, 2016.

[4] V. Meyer et al., “Current challenges of research on filamentous fungi in relation to human welfare and a sustainable bio-economy: a white paper,” Fungal Biol. Biotechnol., vol. 3, no. 1, p. 6, Aug. 2016, doi: 10.1186/s40694-016-0024-8.

[5] G. Steinberg, “Hyphal Growth: a Tale of Motors, Lipids, and the Spitzenkörper,” Eukaryot. Cell, vol. 6, no. 3, pp. 351–360, Mar. 2007, doi: 10.1128/EC.00381-06.

[6] J. Arnau, D. Yaver, and C. M. Hjort, “Strategies and Challenges for the Development of Industrial Enzymes Using Fungal Cell Factories,” in Grand Challenges in Fungal Biotechnology, H. Nevalainen, Ed. Cham: Springer International Publishing, 2020, pp. 179–210.

[7] C. S. Nødvig, J. B. Nielsen, M. E. Kogle, and U. H. Mortensen, “A CRISPR-Cas9 System for Genetic Engineering of Filamentous Fungi,” PLOS ONE, vol. 10, no. 7, p. e0133085, Jul. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0133085.

[8] B. Salomonsen, U. H. Mortensen, and B. A. Halkier, “USER-Derived Cloning Methods and Their Primer Design,” in DNA Cloning and Assembly Methods, vol. 1116, S. Valla and R. Lale, Eds. Totowa, NJ: Humana Press, 2014, pp. 59–72.

[9] G. P. Borin et al., “Comparative Secretome Analysis of Trichoderma reesei and Aspergillus niger during Growth on Sugarcane Biomass,” PLoS ONE, vol. 10, no. 6, Jun. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0129275.

RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv

2021-04-05T08:48:06Z

Spelasupej:

RESHAPE je projekt iGEM iz leta 2020, ki so ga naredili študenti iz tehnične univerze DTU na Danskem. Ekipa je želela spremeniti morfologijo nitastih gliv z namenom boljše produkcije proteinov in drugih metabolitov v industriji.

Spletna stran projekta RESHAPE, iGEM 2020 [1]: [https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark ]

Avtorica povzetka: Špela Supej

=='''Uvod'''==

Tako imenovana »bela biotehnologija« je industrijska veja biotehnologije, ki uporablja žive celice kvasovk, gliv, bakterij in rastlin ter njihove encime za sintezo produktov, ki so lahko razgradljivi, njihova produkcija pa zahteva manjšo porabo energije in proizvede manj odpadkov [2]. Nitaste glive predstavljajo veliko večino industrijske produkcije encimov in kemikalij, pri čemer je glavni sev nitastih gliv, v katerem se proizvede okrog 60 % vseh industrijskih encimov, ''Aspergillus niger'' [3].

=== Nitaste glive ===
Nitaste glive, običajno znane kot plesni, so večcelični organizmi sestavljeni iz struktur, imenovanih hife. Z razraščanjem po organskem materialu oblikujejo večcelična omrežja, ki jih imenujemo miceliji. Glede na genetske in okoljske parametre lahko omrežja zavzamejo različne morfologije, kar omogoča nitastim glivam, da kolonizirajo substrat s čim manjšo količino lastne biomase. Poleg tega imajo izjemne sekretorne sposobnosti, saj lahko preko posebnih organov - hifnih končičev, izločijo kar 30.000 veziklov na minuto [4], [5]. Te lastnosti naredijo nitaste glive izredno zanimive za industrijo, vendar imajo tudi svoje probleme. Hife nitastih gliv povečajo viskoznost v fermentorjih, kar omeji prenos kisika do celic. Te so posledično pod stresom, zaradi česar se zmanjša njihova produktivnost [6]. Izboljšava morfologije nitastih gliv bi imela zaradi tega pozitiven vpliv na industrijsko produkcijo.

=='''Cilji projekta RESHAPE'''==

Glavni cilj projekta RESHAPE je bil optimizirati morfologijo nitaste glive ''Aspergillus niger'' s pomočjo pristopov sintezne biologije, kar bi izboljšalo industrijsko proizvodnjo proteinov in drugih malih molekul. Oblikovati so želeli nove signalne peptide, ki bi izboljšali sekrecijo proteinov v ''A. niger''. Poleg tega pa so želeli ustvariti tudi računalniška orodja, ki bi lahko na podlagi eksperimentalnih podatkov napovedala morfološke vzorce nitastih gliv.

=='''Spreminjanje morfologije ''Aspergillus niger'' '''==

Morfologija ''A. niger'' ima velik vpliv na uspešnost proizvodnje proteinov. Rast v obliki nitastih struktur lahko velikokrat predstavlja težave, saj se filamenti pogosto zavozlajo okrog sestavnih delov fermentacijskih tankov. V skupini iGEM so se zato odločili, da bodo poskušali spremeniti morfologijo ''A. niger'' na tak način, da bi bilo delo s sevom olajšano, brez da bi zmanjšali produkcijo proteinov.
Identificirali so sedem genov, ki vplivajo na spremembo morfologije in s pomočjo tehnologije CRISPR-Cas9 ustvarili nove seve ''A. niger'' s spremenjenimi morfologijami.
Geni povezani z morfologijo, ki so jih izbrali, so bili ''aplD'', ''arfA'', ''chsC'', ''gul-1'', ''pkaR'', ''racA'' in ''spaA''.

=== Zakaj so uporabili ''Aspergillus niger''? ===
Za svoj projekt so izbrali sev nitastih gliv ''Aspergillus niger'', saj se le-ta v industriji najpogosteje uporablja za proizvodnjo encimov in sekundarnih metabolitov. Za delo so uporabili referenčni sev ATCC 1015, ki je imel delecijo ''ΔkusA'', zaradi česar je bilo okvarjeno nehomologno povezovanje koncev. Delecija je sev prisilila v popravljanje prelomov na DNA s pomočjo homologne rekombinacije, kar je omogočilo vstavljanje/deletiranje delov genoma na tarčnih lokacijah. Sev je imel prav tako izbrisan gen ''pyrG'', ki zapisuje za encim orotidin 5'-fosfat dekarboksilazo, zaradi česar ni mogel rasti na gojišču brez prisotnosti uracila oz. uridina, kar so izkoristili kot selekcijski marker [7].

Za izbijanje genov in vstavljanje insercij v genom ''A. niger'' so uporabili USER kloniranje in tehniko CRISPR-Cas9.

=== USER kloniranje - za pripravo plazmidov ===
USER kloniranje (ang. Uracil-Specific Excision Reagent) se uporablja za direktno kloniranje insertov v USER kompatibilne vektorje z uporabo USER encima. USER encim združuje encimske aktivnosti uracil DNA glikozilaze – UDG, ki katalizira izrez uracilske baze, in endonukleaze VIII, ki prekine fosfodiestrsko vez na 3' in 5' koncu abazičnega mesta tako, da se deoksiriboza brez baze lahko sprosti iz DNA verige. Encim na ta način ustvari 1 nt dolgo vrzel na mestu uracilskega ostanka [8]. Inserte so ustvarili s pomočjo PCR pomnoževanja začetnih oligonukleotidov, ki so vsebovali en uracil na koncu kompatibilnem z uracilnim klonirnim mestom na vektorju. Produkte so nato obdelali z USER encimom, pri čemer je odstranitev uracila ustvarila previsne konce primerne za kloniranje. USER klonirno kaseto znotraj USER kompatibilnega vektorja so rezali z restrikcijskima encimoma ''Pac''I in ''Nt.BbvC''I, ki sta ustvarila previsne konce ujemajoče se s konci pripravljenih insertov. Po mešanju so se tako pripravljeni vektorji in inserti povezali in ustvarili novo oblikovane vektorje, ki so bili primerni za CRISPR-Cas9. [https://2020.igem.org/wiki/images/e/e3/T--DTU-Denmark--Biobrick.png Inserti] so bili sestavljeni iz promotorja in terminatorja, ki sta zagotovila transkripcijo inserta, usmerjevalne RNA in dveh zaporedij tRNA, ki sta zagotovili samocepitev mRNA po transkripciji in na ta način omogočili vezavo usmerjevalne RNA na protein Cas9.

=== CRISPR-Cas9 - za spreminjanje genoma ===
Za pripravo novih morfoloških sevov so uporabili tehnologijo CRISPR-Cas9, s katero so izbijali gene iz genoma ''A. niger''. Z USER kloniranjem so oblikovali sedem različnih CRISPR-Cas9 plazmidov, ki si jih je mogoče ogledati na iGEM spletni strani:

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385014 BBa_K3385014],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385018 BBa_K3385018],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385022 BBa_K3385022],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385026 BBa_K3385026],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385030 BBa_K3385030],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385034 BBa_K3385034] in

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385038 BBa_K3385038]).

==== Sevi ''A. niger'' z izbitimi geni ====
Če so želeli iz genoma gliv izbrisati specifične gene povezane z morfologijo, so glive transformirali s plazmidom, ki je vseboval tako zapis za Cas9 kot tudi dve sgRNA, kar je omogočilo nastanek dveh zarez (ene navzgor in druge navzdol od tarčnega gena). Glive so bile prav tako transformirane še s popravljalnim oligonukleotidom, ki je bil dolg okoli 90 nt in je deloval kot matrica za homologno rekombinacijo. Kadar so želeli doseči dvojno izbitje genov, so po prvotni transformaciji pridobljene seve ponovno transformirali s CRISPR-Cas9 plazmidom.

==== Sevi ''A. niger'' z zvišano oz. znižano ravnjo izražanja genov ====
Poleg »knock-out« sevov, so želeli preveriti tudi, kakšen vpliv ima na morfologijo zvišana oz. znižana raven izražanja tarčnih genov. Da bi dobili različne ekspresijske nivoje izražanja genov, so uporabili promotorje skupine DTU iGEM iz leta 2019. Za zvišano raven izražanja so se odločili za močan promotor PLEAPmstA_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046005 BBa_K3046005]), za znižano pa za šibek promotor PLEAPunk_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046006 BBa_K3046006]). Za oba promotorja so pripravili biokocke, ki so jih vstavili v plazmide, končni plazmidi pa so nastali, ko so s pomočjo USER kloniranja vanje vstavili še zapise za tarčne gene. Sevom so najprej izbili izbrane gene, nato pa so jih vanje ponovno vstavili z novimi promotorji. Za vstavljanje insercije so glive transformirali z lineariziranim zaporedjem, ki je vsebovalo konstrukt, ki so ga želeli vstaviti v genom, na obeh koncih konstrukta pa so bile 1-2 kb dolge homologne regije. Te regije so bile oblikovane tako, da so omogočale insercijo na specifična mesta znotraj genoma A. niger.

Vpliv morfologije na proizvodnjo proteinov so merili s pomočjo BCA testa (ang. Bicinchoninic Acid Assay), ki omogoča določanje koncentracije proteinov v raztopini. V alkalnem okolju lahko proteini reducirajo Cu2+ do Cu+. Cu+ kationi nato kelirajo dve BCA molekuli, kar vodi do vijoličnega obarvanja. Več proteinov kot je prisotnih, bolj intenzivna bo absorbanca pri 562 nm.

=='''Sekrecija proteinov'''==

Nivoje sekrecije so spremljali preko merjenja aktivnosti nativnega encima glukoamilaze (gen ''glaA''). Zapis za protein so najprej izbili iz glivnega genoma, nato pa so ga vanj ponovno integrirali s pomočjo biokock, ki jih je oblikovala danska ekipa leta 2019. Na ta način so zagotovili, da je bila aktivnost encima posledica njihovega inserta in ne naravne produkcije encima. Glukoamilaza je encim, ki razgradi škrob do beta-glukoze. Test sekrecije so naredili tako, da so v supernatant vzorca dodali škrob in po 10 minutni inkubaciji na 37 °C dodali jodov reagent, ki se lahko veže na polimere škorba. Če je prišlo do sekrecije glukoamilaze, je ta škrob razgradila, kar je pomenilo, da je imel jodov reagent na voljo manj škroba za vezavo in je bila zaradi tega sprememba barve manjša. Absorbanco so merili pri 580 nm.

=='''Priprava računalniških modelov'''==

Za lažjo karakterizacijo novih sevov so razvili tudi dva računalniška modela, ki lahko na podlagi eksperimentalnih podatkov preučujeta morfološke lastnosti ''A. niger''.

'''Morphologizer''' – je program, ki je sposoben avtomatsko analizirati mikroskopske slike micelijev. Micelije nato tretira kot graf in na podlagi tega določi parametre, kot so razvejanost micelija in kemotropizem.

'''Mycemulator''' – je stohastičen model, ki na podlagi morfoloških parametrov pridobljenih s pomočjo programa Morphologizer in eksperimentalnih podatkov simulira rast micelija.

=='''Rezultati'''==

Skupini je uspelo pripraviti devet novih sevov ''A. niger'' z različnimi morfologijami: ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/d3/T--DTU-Denmark--spyder_chsC.png ΔchsC]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6e/T--DTU-Denmark--spyder_spaA.png ΔspaA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/de/T--DTU-Denmark--spyder_gul-1.png Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/c/c8/T--DTU-Denmark--spyder_racA.png ΔracA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/0/0a/T--DTU-Denmark--spyder_pkaR.png ΔpkaR]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/44/T--DTU-Denmark--spyder_aplD.png ΔaplD]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/40/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_gul-1.png ΔchsC_Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6d/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_spaA.png ΔchsC_ΔspaA]'' in ''[https://2020.igem.org/wiki/images/8/8c/T--DTU-Denmark--spyder_spaA_gul-1.png ΔspaA_Δgul-1]''. Največji potencial je kazal sev z dvema izbitima genoma ''ΔchsC_Δgul-1'', pri katerem je bila sekrecija proteinov izredno visoka, saj je bil bistveno bolj razvejan od referenčnega seva. Sekrecija proteinov je bila najvišja pri sevih z delecijo gena ''[https://2020.igem.org/wiki/images/e/e7/T--DTU-Denmark--all_gluco.png gul-1]''. Plazmide za vstavljanje insertov, s katerimi bi regulirali izražanje, so oblikovali, vendar jih zaradi časovnih omejitev niso dokončali. Prav tako jim je uspelo pripraviti knjižnico 11 mutiranih sevov z inserti za različne nativne in sintetične signalne peptide za glukoamilazo, ki so jih določili z orodjem SignalPrepper. Več o pripravi knjižnice si lahko preberete [https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark/Design tukaj].

=='''Viri in literatura'''==
[1] “Team:DTU-Denmark - 2020.igem.org.” https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark (accessed Apr. 02, 2021).

[2] G. Frazzetto, “White biotechnology,” EMBO Rep., vol. 4, no. 9, pp. 835–837, Sep. 2003, doi: 10.1038/sj.embor.embor928.

[3] Siddiqui, S, New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering. Elsevier, 2016.

[4] V. Meyer et al., “Current challenges of research on filamentous fungi in relation to human welfare and a sustainable bio-economy: a white paper,” Fungal Biol. Biotechnol., vol. 3, no. 1, p. 6, Aug. 2016, doi: 10.1186/s40694-016-0024-8.

[5] G. Steinberg, “Hyphal Growth: a Tale of Motors, Lipids, and the Spitzenkörper,” Eukaryot. Cell, vol. 6, no. 3, pp. 351–360, Mar. 2007, doi: 10.1128/EC.00381-06.

[6] J. Arnau, D. Yaver, and C. M. Hjort, “Strategies and Challenges for the Development of Industrial Enzymes Using Fungal Cell Factories,” in Grand Challenges in Fungal Biotechnology, H. Nevalainen, Ed. Cham: Springer International Publishing, 2020, pp. 179–210.

[7] C. S. Nødvig, J. B. Nielsen, M. E. Kogle, and U. H. Mortensen, “A CRISPR-Cas9 System for Genetic Engineering of Filamentous Fungi,” PLOS ONE, vol. 10, no. 7, p. e0133085, Jul. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0133085.

[8] B. Salomonsen, U. H. Mortensen, and B. A. Halkier, “USER-Derived Cloning Methods and Their Primer Design,” in DNA Cloning and Assembly Methods, vol. 1116, S. Valla and R. Lale, Eds. Totowa, NJ: Humana Press, 2014, pp. 59–72.

[9] G. P. Borin et al., “Comparative Secretome Analysis of Trichoderma reesei and Aspergillus niger during Growth on Sugarcane Biomass,” PLoS ONE, vol. 10, no. 6, Jun. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0129275.

RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv

2021-04-05T08:45:19Z

Spelasupej:

RESHAPE je projekt iGEM iz leta 2020, ki so ga naredili študenti iz tehnične univerze DTU na Danskem. Ekipa je želela spremeniti morfologijo nitastih gliv z namenom boljše produkcije proteinov in drugih metabolitov v industriji.

Spletna stran projekta RESHAPE, iGEM 2020 [1]: [https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark ]

Avtorica povzetka: Špela Supej

=='''Uvod'''==

Tako imenovana »bela biotehnologija« je industrijska veja biotehnologije, ki uporablja žive celice kvasovk, gliv, bakterij in rastlin ter njihove encime za sintezo produktov, ki so lahko razgradljivi, njihova produkcija pa zahteva manjšo porabo energije in proizvede manj odpadkov [2]. Nitaste glive predstavljajo veliko večino industrijske produkcije encimov in kemikalij, pri čemer je glavni sev nitastih gliv, v katerem se proizvede okrog 60 % vseh industrijskih encimov, ''Aspergillus niger'' [3].

=== Nitaste glive ===
Nitaste glive, običajno znane kot plesni, so večcelični organizmi sestavljeni iz struktur, imenovanih hife. Z razraščanjem po organskem materialu oblikujejo večcelična omrežja, ki jih imenujemo miceliji. Glede na genetske in okoljske parametre lahko omrežja zavzamejo različne morfologije, kar omogoča nitastim glivam, da kolonizirajo substrat s čim manjšo količino lastne biomase. Poleg tega imajo izjemne sekretorne sposobnosti, saj lahko preko posebnih organov - hifnih končičev, izločijo kar 30.000 veziklov na minuto [4], [5]. Te lastnosti naredijo nitaste glive izredno zanimive za industrijo, vendar imajo tudi svoje probleme. Hife nitastih gliv povečajo viskoznost v fermentorjih, kar omeji prenos kisika do celic. Te so posledično pod stresom, zaradi česar se zmanjša njihova produktivnost [6]. Izboljšava morfologije nitastih gliv bi imela zaradi tega pozitiven vpliv na industrijsko produkcijo.

=='''Cilji projekta RESHAPE'''==

Glavni cilj projekta RESHAPE je bil optimizirati morfologijo nitaste glive ''Aspergillus niger'' s pomočjo pristopov sintezne biologije, kar bi izboljšalo industrijsko proizvodnjo proteinov in drugih malih molekul. Oblikovati so želeli nove signalne peptide, ki bi izboljšali sekrecijo proteinov v ''A. niger''. Poleg tega pa so želeli ustvariti tudi računalniška orodja, ki bi lahko na podlagi eksperimentalnih podatkov napovedala morfološke vzorce nitastih gliv.

=='''Spreminjanje morfologije ''Aspergillus niger'' '''==

Morfologija ''A. niger'' ima velik vpliv na uspešnost proizvodnje proteinov. Rast v obliki nitastih struktur lahko velikokrat predstavlja težave, saj se filamenti pogosto zavozlajo okrog sestavnih delov fermentacijskih tankov. V skupini iGEM so se zato odločili, da bodo poskušali spremeniti morfologijo ''A. niger'' na tak način, da bi bilo delo s sevom olajšano, brez da bi zmanjšali produkcijo proteinov.
Identificirali so sedem genov, ki vplivajo na spremembo morfologije in s pomočjo tehnologije CRISPR-Cas9 ustvarili nove seve ''A. niger'' s spremenjenimi morfologijami.
Geni povezani z morfologijo, ki so jih izbrali, so bili ''aplD'', ''arfA'', ''chsC'', ''gul-1'', ''pkaR'', ''racA'' in ''spaA''.

=== Zakaj so uporabili ''Aspergillus niger''? ===
Za svoj projekt so izbrali sev nitastih gliv ''Aspergillus niger'', saj se le-ta v industriji najpogosteje uporablja za proizvodnjo encimov in sekundarnih metabolitov. Za delo so uporabili referenčni sev ATCC 1015, ki je imel delecijo ''ΔkusA'', zaradi česar je bilo okvarjeno nehomologno povezovanje koncev. Delecija je sev prisilila v popravljanje prelomov na DNA s pomočjo homologne rekombinacije, kar je omogočilo vstavljanje/deletiranje delov genoma na tarčnih lokacijah. Sev je imel prav tako izbrisan gen ''pyrG'', ki zapisuje za encim orotidin 5'-fosfat dekarboksilazo, zaradi česar ni mogel rasti na gojišču brez prisotnosti uracila oz. uridina, kar so izkoristili kot selekcijski marker [7].

Za izbijanje genov in vstavljanje insercij v genom ''A. niger'' so uporabili USER kloniranje in tehniko CRISPR-Cas9.

=== USER kloniranje - za pripravo plazmidov ===
USER kloniranje (ang. Uracil-Specific Excision Reagent) se uporablja za direktno kloniranje insertov v USER kompatibilne vektorje z uporabo USER encima. USER encim združuje encimske aktivnosti uracil DNA glikozilaze – UDG, ki katalizira izrez uracilske baze, in endonukleaze VIII, ki prekine fosfodiestrsko vez na 3' in 5' koncu abazičnega mesta tako, da se deoksiriboza brez baze lahko sprosti iz DNA verige. Encim na ta način ustvari 1 nt dolgo vrzel na mestu uracilskega ostanka [8]. Inserte so ustvarili s pomočjo PCR pomnoževanja začetnih oligonukleotidov, ki so vsebovali en uracil na koncu kompatibilnem z uracilnim klonirnim mestom na vektorju. Produkte so nato obdelali z USER encimom, pri čemer je odstranitev uracila ustvarila previsne konce primerne za kloniranje. USER klonirno kaseto znotraj USER kompatibilnega vektorja so rezali z restrikcijskima encimoma ''Pac''I in ''Nt.BbvC''I, ki sta ustvarila previsne konce ujemajoče se s konci pripravljenih insertov. Po mešanju so se tako pripravljeni vektorji in inserti povezali in ustvarili novo oblikovane vektorje, ki so bili primerni za CRISPR-Cas9. [https://2020.igem.org/wiki/images/e/e3/T--DTU-Denmark--Biobrick.png Inserti] so bili sestavljeni iz promotorja in terminatorja, ki sta zagotovila transkripcijo inserta, usmerjevalne RNA in dveh zaporedij tRNA, ki sta zagotovili samocepitev mRNA po transkripciji in na ta način omogočili vezavo usmerjevalne RNA na protein Cas9.

=== CRISPR-Cas9 - za spreminjanje genoma ===
Za pripravo novih morfoloških sevov so uporabili tehnologijo CRISPR-Cas9, s katero so izbijali gene iz genoma ''A. niger''. Z USER kloniranjem so oblikovali sedem različnih CRISPR-Cas9 plazmidov, ki si jih je mogoče ogledati na iGEM spletni strani:

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385014 BBa_K3385014],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385018 BBa_K3385018],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385022 BBa_K3385022],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385026 BBa_K3385026],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385030 BBa_K3385030],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385034 BBa_K3385034] in

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385038 BBa_K3385038]).

==== Sevi ''A. niger'' z izbitimi geni ====
Če so želeli iz genoma gliv izbrisati specifične gene povezane z morfologijo, so glive transformirali s plazmidom, ki je vseboval tako zapis za Cas9 kot tudi dve sgRNA, kar je omogočilo nastanek dveh zarez (ene navzgor in druge navzdol od tarčnega gena). Glive so bile prav tako transformirane še s popravljalnim oligonukleotidom, ki je bil dolg okoli 90 nt in je deloval kot matrica za homologno rekombinacijo. Kadar so želeli doseči dvojno izbitje genov, so po prvotni transformaciji pridobljene seve ponovno transformirali s CRISPR-Cas9 plazmidom.

==== Sevi ''A. niger'' z zvišano oz. znižano ravnjo izražanja genov ====
Poleg »knock-out« sevov, so želeli preveriti tudi, kakšen vpliv ima na morfologijo zvišana oz. znižana raven izražanja tarčnih genov. Da bi dobili različne ekspresijske nivoje izražanja genov, so uporabili promotorje skupine DTU iGEM iz leta 2019. Za zvišano raven izražanja so se odločili za močan promotor PLEAPmstA_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046005 BBa_K3046005]), za znižano pa za šibek promotor PLEAPunk_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046006 BBa_K3046006]). Za oba promotorja so pripravili biokocke, ki so jih vstavili v plazmide, končni plazmidi pa so nastali, ko so s pomočjo USER kloniranja vanje vstavili še zapise za tarčne gene. Sevom so najprej izbili izbrane gene, nato pa so jih vanje ponovno vstavili z novimi promotorji. Za vstavljanje insercije so glive transformirali z lineariziranim zaporedjem, ki je vsebovalo konstrukt, ki so ga želeli vstaviti v genom, na obeh koncih konstrukta pa so bile 1-2 kb dolge homologne regije. Te regije so bile oblikovane tako, da so omogočale insercijo na specifična mesta znotraj genoma A. niger.

Vpliv morfologije na proizvodnjo proteinov so merili s pomočjo BCA testa (ang. Bicinchoninic Acid Assay), ki omogoča določanje koncentracije proteinov v raztopini. V alkalnem okolju lahko proteini reducirajo Cu2+ do Cu+. Cu+ kationi nato kelirajo dve BCA molekuli, kar vodi do vijoličnega obarvanja. Več proteinov kot je prisotnih, bolj intenzivna bo absorbanca pri 562 nm.

=='''Sekrecija proteinov'''==

Nivoje sekrecije so spremljali preko merjenja aktivnosti nativnega encima glukoamilaze (gen ''glaA''). Zapis za protein so najprej izbili iz glivnega genoma, nato pa so ga vanj ponovno integrirali s pomočjo biokock, ki jih je oblikovala danska ekipa leta 2019. Na ta način so zagotovili, da je bila aktivnost encima posledica njihovega inserta in ne naravne produkcije encima. Glukoamilaza je encim, ki razgradi škrob do beta-glukoze. Test sekrecije so naredili tako, da so v supernatant vzorca dodali škrob in po 10 minutni inkubaciji na 37 °C dodali jodov reagent, ki se lahko veže na polimere škorba. Če je prišlo do sekrecije glukoamilaze, je ta škrob razgradila, kar pomeni, da je imel jodov reagent na voljo manj škroba za vezavo in je bila zaradi tega sprememba barve manjša. Absorbanco so merili pri 580 nm.

=='''Priprava računalniških modelov'''==

Za lažjo karakterizacijo novih sevov so razvili tudi dva računalniška modela, ki lahko na podlagi eksperimentalnih podatkov preučujeta morfološke lastnosti ''A. niger''.

'''Morphologizer''' – je program, ki je sposoben avtomatsko analizirati mikroskopske slike micelijev. Micelije nato tretira kot graf in na podlagi tega določi parametre, kot so razvejanost micelija in kemotropizem.

'''Mycemulator''' – je stohastičen model, ki na podlagi morfoloških parametrov pridobljenih s pomočjo programa Morphologizer in eksperimentalnih podatkov, simulira rast micelija.

=='''Rezultati'''==

Skupini je uspelo pripraviti devet novih sevov ''A. niger'' z različnimi morfologijami: ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/d3/T--DTU-Denmark--spyder_chsC.png ΔchsC]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6e/T--DTU-Denmark--spyder_spaA.png ΔspaA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/de/T--DTU-Denmark--spyder_gul-1.png Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/c/c8/T--DTU-Denmark--spyder_racA.png ΔracA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/0/0a/T--DTU-Denmark--spyder_pkaR.png ΔpkaR]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/44/T--DTU-Denmark--spyder_aplD.png ΔaplD]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/40/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_gul-1.png ΔchsC_Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6d/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_spaA.png ΔchsC_ΔspaA]'' in ''[https://2020.igem.org/wiki/images/8/8c/T--DTU-Denmark--spyder_spaA_gul-1.png ΔspaA_Δgul-1]''. Največji potencial je kazal sev z dvema izbitima genoma ''ΔchsC_Δgul-1'', pri katerem je bila sekrecija proteinov izredno visoka, saj je bil bistveno bolj razvejan od referenčnega seva. Sekrecija proteinov je bila najvišja pri sevih z delecijo gena ''[https://2020.igem.org/wiki/images/e/e7/T--DTU-Denmark--all_gluco.png gul-1]''. Plazmide za vstavljanje insertov, s katerimi bi regulirali izražanje, so oblikovali, vendar jih zaradi časovnih omejitev niso dokončali. Prav tako jim je uspelo pripraviti knjižnico 11 mutiranih sevov z inserti za različne nativne in sintetične signalne peptide za glukoamilazo, ki so jih določili z orodjem SignalPrepper. Več o pripravi knjižnice si lahko preberete [https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark/Design tukaj].

=='''Viri in literatura'''==
[1] “Team:DTU-Denmark - 2020.igem.org.” https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark (accessed Apr. 02, 2021).

[2] G. Frazzetto, “White biotechnology,” EMBO Rep., vol. 4, no. 9, pp. 835–837, Sep. 2003, doi: 10.1038/sj.embor.embor928.

[3] Siddiqui, S, New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering. Elsevier, 2016.

[4] V. Meyer et al., “Current challenges of research on filamentous fungi in relation to human welfare and a sustainable bio-economy: a white paper,” Fungal Biol. Biotechnol., vol. 3, no. 1, p. 6, Aug. 2016, doi: 10.1186/s40694-016-0024-8.

[5] G. Steinberg, “Hyphal Growth: a Tale of Motors, Lipids, and the Spitzenkörper,” Eukaryot. Cell, vol. 6, no. 3, pp. 351–360, Mar. 2007, doi: 10.1128/EC.00381-06.

[6] J. Arnau, D. Yaver, and C. M. Hjort, “Strategies and Challenges for the Development of Industrial Enzymes Using Fungal Cell Factories,” in Grand Challenges in Fungal Biotechnology, H. Nevalainen, Ed. Cham: Springer International Publishing, 2020, pp. 179–210.

[7] C. S. Nødvig, J. B. Nielsen, M. E. Kogle, and U. H. Mortensen, “A CRISPR-Cas9 System for Genetic Engineering of Filamentous Fungi,” PLOS ONE, vol. 10, no. 7, p. e0133085, Jul. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0133085.

[8] B. Salomonsen, U. H. Mortensen, and B. A. Halkier, “USER-Derived Cloning Methods and Their Primer Design,” in DNA Cloning and Assembly Methods, vol. 1116, S. Valla and R. Lale, Eds. Totowa, NJ: Humana Press, 2014, pp. 59–72.

[9] G. P. Borin et al., “Comparative Secretome Analysis of Trichoderma reesei and Aspergillus niger during Growth on Sugarcane Biomass,” PLoS ONE, vol. 10, no. 6, Jun. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0129275.

RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv

2021-04-05T08:43:43Z

Spelasupej:

RESHAPE je projekt iGEM iz leta 2020, ki so ga naredili študenti iz tehnične univerze DTU na Danskem. Ekipa je želela spremeniti morfologijo nitastih gliv z namenom boljše produkcije proteinov in drugih metabolitov v industriji.

Spletna stran projekta RESHAPE, iGEM 2020 [1]: [https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark ]

Avtorica povzetka: Špela Supej

=='''Uvod'''==

Tako imenovana »bela biotehnologija« je industrijska veja biotehnologije, ki uporablja žive celice kvasovk, gliv, bakterij in rastlin ter njihove encime za sintezo produktov, ki so lahko razgradljivi, njihova produkcija pa zahteva manjšo porabo energije in proizvede manj odpadkov [2]. Nitaste glive predstavljajo veliko večino industrijske produkcije encimov in kemikalij, pri čemer je glavni sev nitastih gliv, v katerem se proizvede okrog 60 % vseh industrijskih encimov, ''Aspergillus niger'' [3].

=== Nitaste glive ===
Nitaste glive, običajno znane kot plesni, so večcelični organizmi sestavljeni iz struktur, imenovanih hife. Z razraščanjem po organskem materialu oblikujejo večcelična omrežja, ki jih imenujemo miceliji. Glede na genetske in okoljske parametre lahko omrežja zavzamejo različne morfologije, kar omogoča nitastim glivam, da kolonizirajo substrat s čim manjšo količino lastne biomase. Poleg tega imajo izjemne sekretorne sposobnosti, saj lahko preko posebnih organov - hifnih končičev, izločijo kar 30.000 veziklov na minuto [4], [5]. Te lastnosti naredijo nitaste glive izredno zanimive za industrijo, vendar imajo tudi svoje probleme. Hife nitastih gliv povečajo viskoznost v fermentorjih, kar omeji prenos kisika do celic. Te so posledično pod stresom, zaradi česar se zmanjša njihova produktivnost [6]. Izboljšava morfologije nitastih gliv bi imela zaradi tega pozitiven vpliv na industrijsko produkcijo.

=='''Cilji projekta RESHAPE'''==

Glavni cilj projekta RESHAPE je bil optimizirati morfologijo nitaste glive ''Aspergillus niger'' s pomočjo pristopov sintezne biologije, kar bi izboljšalo industrijsko proizvodnjo proteinov in drugih malih molekul. Oblikovati so želeli nove signalne peptide, ki bi izboljšali sekrecijo proteinov v ''A. niger''. Poleg tega pa so želeli ustvariti tudi računalniška orodja, ki bi lahko na podlagi eksperimentalnih podatkov napovedala morfološke vzorce nitastih gliv.

=='''Spreminjanje morfologije ''Aspergillus niger'' '''==

Morfologija ''A. niger'' ima velik vpliv na uspešnost proizvodnje proteinov. Rast v obliki nitastih struktur lahko velikokrat predstavlja težave, saj se filamenti pogosto zavozlajo okrog sestavnih delov fermentacijskih tankov. V skupini iGEM so se zato odločili, da bodo poskušali spremeniti morfologijo ''A. niger'' na tak način, da bi bilo delo s sevom olajšano, brez da bi zmanjšali produkcijo proteinov.
Identificirali so sedem genov, ki vplivajo na spremembo morfologije in s pomočjo tehnologije CRISPR-Cas9 ustvarili nove seve ''A. niger'' s spremenjenimi morfologijami.
Geni povezani z morfologijo, ki so jih izbrali, so bili ''aplD'', ''arfA'', ''chsC'', ''gul-1'', ''pkaR'', ''racA'' in ''spaA''.

=== Zakaj so uporabili ''Aspergillus niger''? ===
Za svoj projekt so izbrali sev nitastih gliv ''Aspergillus niger'', saj se le-ta v industriji najpogosteje uporablja za proizvodnjo encimov in sekundarnih metabolitov. Za delo so uporabili referenčni sev ATCC 1015, ki je imel delecijo ''ΔkusA'', zaradi česar je bilo okvarjeno nehomologno povezovanje koncev. Delecija je sev prisilila v popravljanje prelomov na DNA s pomočjo homologne rekombinacije, kar je omogočilo vstavljanje/deletiranje delov genoma na tarčnih lokacijah. Sev je imel prav tako izbrisan gen ''pyrG'', ki zapisuje za encim orotidin 5'-fosfat dekarboksilazo, zaradi česar ni mogel rasti na gojišču brez prisotnosti uracila oz. uridina, kar so izkoristili kot selekcijski marker [7].

Za izbijanje genov in vstavljanje insercij v genom ''A. niger'' so uporabili USER kloniranje in tehniko CRISPR-Cas9.

=== USER kloniranje - za pripravo plazmidov ===
USER kloniranje (ang. Uracil-Specific Excision Reagent) se uporablja za direktno kloniranje insertov v USER kompatibilne vektorje z uporabo USER encima. USER encim združuje encimske aktivnosti uracil DNA glikozilaze – UDG, ki katalizira izrez uracilske baze, in endonukleaze VIII, ki prekine fosfodiestrsko vez na 3' in 5' koncu abazičnega mesta tako, da se deoksiriboza brez baze lahko sprosti iz DNA verige. Encim na ta način ustvari 1 nt dolgo vrzel na mestu uracilskega ostanka [8]. Inserte so ustvarili s pomočjo PCR pomnoževanja začetnih oligonukleotidov, ki so vsebovali en uracil na koncu kompatibilnem z uracilnim klonirnim mestom na vektorju. Produkte so nato obdelali z USER encimom, pri čemer je odstranitev uracila ustvarila previsne konce primerne za kloniranje. USER klonirno kaseto znotraj USER kompatibilnega vektorja so rezali z restrikcijskima encimoma ''Pac''I in ''Nt.BbvC''I, ki sta ustvarila previsne konce ujemajoče se s konci pripravljenih insertov. Po mešanju so se tako pripravljeni vektorji in inserti povezali in ustvarili novo oblikovane vektorje, ki so bili primerni za CRISPR-Cas9. [https://2020.igem.org/wiki/images/e/e3/T--DTU-Denmark--Biobrick.png Inserti] so bili sestavljeni iz promotorja in terminatorja, ki sta zagotovila transkripcijo inserta, usmerjevalne RNA in dveh zaporedij tRNA, ki sta zagotovili samocepitev mRNA po transkripciji in na ta način omogočili vezavo usmerjevalne RNA na protein Cas9.

=== CRISPR-Cas9 - za spreminjanje genoma ===
Za pripravo novih morfoloških sevov so uporabili tehnologijo CRISPR-Cas9, s katero so izbijali gene iz genoma ''A. niger''. Z USER kloniranjem so oblikovali sedem različnih CRISPR-Cas9 plazmidov, ki si jih je mogoče ogledati na iGEM spletni strani:

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385014 BBa_K3385014],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385018 BBa_K3385018],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385022 BBa_K3385022],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385026 BBa_K3385026],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385030 BBa_K3385030],

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385034 BBa_K3385034] in

-[http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3385038 BBa_K3385038]).

==== Sevi ''A. niger'' z izbitimi geni ====
Če so želeli iz genoma gliv izbrisati specifične gene povezane z morfologijo, so glive transformirali s plazmidom, ki je vseboval tako zapis za Cas9 kot tudi dve sgRNA, kar je omogočilo nastanek dveh zarez (ene navzgor in druge navzdol od tarčnega gena). Glive so bile prav tako transformirane še s popravljalnim oligonukleotidom, ki je bil dolg okoli 90 nt in je deloval kot matrica za homologno rekombinacijo. Kadar so želeli doseči dvojno izbitje genov, so po prvotni transformaciji pridobljene seve ponovno transformirali s CRISPR-Cas9 plazmidom.

==== Sevi ''A. niger'' z zvišano oz. znižano ravnjo izražanja genov ====
Poleg »knock-out« sevov, so želeli preveriti tudi, kakšen vpliv ima na morfologijo zvišana oz. znižana raven izražanja tarčnih genov. Da bi dobili različne ekspresijske nivoje izražanja genov, so uporabili promotorje skupine DTU iGEM iz leta 2019. Za zvišano raven izražanja so se odločili za močan promotor PLEAPmstA_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046005 BBa_K3046005]), za znižano pa za šibek promotor PLEAPunk_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046006 BBa_K3046006]). Za oba promotorja so pripravili biokocke, ki so jih vstavili v plazmide, končni plazmidi pa so nastali, ko so s pomočjo USER kloniranja vanje vstavili še zapise za tarčne gene. Sevom so najprej izbili izbrane gene, nato pa so jih vanje ponovno vstavili z novimi promotorji. Za vstavljanje insercije so glive transformirali z lineariziranim zaporedjem, ki je vsebovalo konstrukt, ki so ga želeli vstaviti v genom, na obeh koncih konstrukta pa so bile 1-2 kb dolge homologne regije. Te regije so bile oblikovane tako, da so omogočale insercijo na specifična mesta znotraj genoma A. niger.

Vpliv morfologije na proizvodnjo proteinov so merili s pomočjo BCA testa (ang. Bicinchoninic Acid Assay), ki omogoča določanje koncentracije proteinov v raztopini. V alkalnem okolju lahko proteini reducirajo Cu2+ do Cu+. Cu+ kationi nato kelirajo dve BCA molekuli, kar vodi do vijoličnega obarvanja. Več proteinov kot je prisotnih, bolj intenzivna bo absorbanca pri 562 nm.

=='''Sekrecija proteinov'''==

Nivoje sekrecije so spremljali preko merjenja aktivnosti nativnega encima glukoamilaze (gen ''glaA''). Zapis za protein so najprej izbili iz glivnega genoma, nato pa so ga vanj ponovno integrirali s pomočjo biokock, ki jih je oblikovala danska ekipa leta 2019. Na ta način so zagotovili, da je bila aktivnost encima posledica njihovega inserta in ne naravne produkcije encima. Glukoamilaza je encim, ki razgradi škrob do beta-glukoze. Test sekrecije so naredili tako, da so v supernatant vzorca dodali škrob in po 10 minutni inkubaciji na 37 °C dodali jodov reagent, ki se lahko veže na polimere škorba. Če je prišlo do sekrecije glukoamilaze, je ta škrob razgradila, kar pomeni, da je imel jodov reagent na voljo manj škroba za vezavo in je bila zaradi tega sprememba barve manjša. Absorbanco so merili pri 580 nm.

=='''Priprava računalniških modelov'''==

Za lažjo karakterizacijo novih sevov so razvili tudi dva računalniška modela, ki lahko na podlagi eksperimentalnih podatkov preučujeta morfološke lastnosti ''A. niger''.

'''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6d/T--DTU-Denmark--image-results-anim.gif Morphologizer]''' – je program, ki je sposoben avtomatsko analizirati mikroskopske slike micelijev. Micelije nato tretira kot graf in na podlagi tega določi parametre, kot so razvejanost micelija in kemotropizem.

'''[https://2020.igem.org/wiki/images/b/b6/T--DTU-Denmark--sim_WT.gif Mycemulator]''' – je stohastičen model, ki na podlagi morfoloških parametrov pridobljenih s pomočjo programa Morphologizer in eksperimentalnih podatkov, simulira rast micelija.

=='''Rezultati'''==

Skupini je uspelo pripraviti devet novih sevov ''A. niger'' z različnimi morfologijami: ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/d3/T--DTU-Denmark--spyder_chsC.png ΔchsC]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6e/T--DTU-Denmark--spyder_spaA.png ΔspaA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/de/T--DTU-Denmark--spyder_gul-1.png Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/c/c8/T--DTU-Denmark--spyder_racA.png ΔracA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/0/0a/T--DTU-Denmark--spyder_pkaR.png ΔpkaR]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/44/T--DTU-Denmark--spyder_aplD.png ΔaplD]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/40/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_gul-1.png ΔchsC_Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6d/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_spaA.png ΔchsC_ΔspaA]'' in ''[https://2020.igem.org/wiki/images/8/8c/T--DTU-Denmark--spyder_spaA_gul-1.png ΔspaA_Δgul-1]''. Največji potencial je kazal sev z dvema izbitima genoma ''ΔchsC_Δgul-1'', pri katerem je bila sekrecija proteinov izredno visoka, saj je bil bistveno bolj razvejan od referenčnega seva. Sekrecija proteinov je bila najvišja pri sevih z delecijo gena ''[https://2020.igem.org/wiki/images/e/e7/T--DTU-Denmark--all_gluco.png gul-1]''. Plazmide za vstavljanje insertov, s katerimi bi regulirali izražanje, so oblikovali, vendar jih zaradi časovnih omejitev niso dokončali. Prav tako jim je uspelo pripraviti knjižnico 11 mutiranih sevov z inserti za različne nativne in sintetične signalne peptide za glukoamilazo, ki so jih določili z orodjem SignalPrepper. Več o pripravi knjižnice si lahko preberete [https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark/Design tukaj].

=='''Viri in literatura'''==
[1] “Team:DTU-Denmark - 2020.igem.org.” https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark (accessed Apr. 02, 2021).

[2] G. Frazzetto, “White biotechnology,” EMBO Rep., vol. 4, no. 9, pp. 835–837, Sep. 2003, doi: 10.1038/sj.embor.embor928.

[3] Siddiqui, S, New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering. Elsevier, 2016.

[4] V. Meyer et al., “Current challenges of research on filamentous fungi in relation to human welfare and a sustainable bio-economy: a white paper,” Fungal Biol. Biotechnol., vol. 3, no. 1, p. 6, Aug. 2016, doi: 10.1186/s40694-016-0024-8.

[5] G. Steinberg, “Hyphal Growth: a Tale of Motors, Lipids, and the Spitzenkörper,” Eukaryot. Cell, vol. 6, no. 3, pp. 351–360, Mar. 2007, doi: 10.1128/EC.00381-06.

[6] J. Arnau, D. Yaver, and C. M. Hjort, “Strategies and Challenges for the Development of Industrial Enzymes Using Fungal Cell Factories,” in Grand Challenges in Fungal Biotechnology, H. Nevalainen, Ed. Cham: Springer International Publishing, 2020, pp. 179–210.

[7] C. S. Nødvig, J. B. Nielsen, M. E. Kogle, and U. H. Mortensen, “A CRISPR-Cas9 System for Genetic Engineering of Filamentous Fungi,” PLOS ONE, vol. 10, no. 7, p. e0133085, Jul. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0133085.

[8] B. Salomonsen, U. H. Mortensen, and B. A. Halkier, “USER-Derived Cloning Methods and Their Primer Design,” in DNA Cloning and Assembly Methods, vol. 1116, S. Valla and R. Lale, Eds. Totowa, NJ: Humana Press, 2014, pp. 59–72.

[9] G. P. Borin et al., “Comparative Secretome Analysis of Trichoderma reesei and Aspergillus niger during Growth on Sugarcane Biomass,” PLoS ONE, vol. 10, no. 6, Jun. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0129275.

RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv

2021-04-05T08:27:28Z

Spelasupej:

RESHAPE je projekt iGEM iz leta 2020, ki so ga naredili študenti iz tehnične univerze DTU na Danskem. Ekipa je želela spremeniti morfologijo nitastih gliv z namenom boljše produkcije proteinov in drugih metabolitov v industriji.

Spletna stran projekta RESHAPE, iGEM 2020 [1]: [https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark ]

Avtorica povzetka: Špela Supej

=='''Uvod'''==

Tako imenovana »bela biotehnologija« je industrijska veja biotehnologije, ki uporablja žive celice kvasovk, gliv, bakterij in rastlin ter njihove encime za sintezo produktov, ki so lahko razgradljivi, njihova produkcija pa zahteva manjšo porabo energije in proizvede manj odpadkov [2]. Nitaste glive predstavljajo veliko večino industrijske produkcije encimov in kemikalij, pri čemer je glavni sev nitastih gliv, v katerem se proizvede okrog 60 % vseh industrijskih encimov, ''Aspergillus niger'' [3].

=== Nitaste glive ===
Nitaste glive, običajno znane kot plesni, so večcelični organizmi sestavljeni iz struktur, imenovanih hife. Z razraščanjem po organskem materialu oblikujejo večcelična omrežja, ki jih imenujemo miceliji. Glede na genetske in okoljske parametre lahko omrežja zavzamejo različne morfologije, kar omogoča nitastim glivam, da kolonizirajo substrat s čim manjšo količino lastne biomase. Poleg tega imajo izjemne sekretorne sposobnosti, saj lahko preko posebnih organov - hifnih končičev, izločijo kar 30.000 veziklov na minuto [4], [5]. Te lastnosti naredijo nitaste glive izredno zanimive za industrijo, vendar imajo tudi svoje probleme. Hife nitastih gliv povečajo viskoznost v fermentorjih, kar omeji prenos kisika do celic. Te so posledično pod stresom, zaradi česar se zmanjša njihova produktivnost [6]. Izboljšava morfologije nitastih gliv bi imela zaradi tega pozitiven vpliv na industrijsko produkcijo.

=='''Cilji projekta RESHAPE'''==

Glavni cilj projekta RESHAPE je bil optimizirati morfologijo nitaste glive ''Aspergillus niger'' s pomočjo pristopov sintezne biologije, kar bi izboljšalo industrijsko proizvodnjo proteinov in drugih malih molekul. Oblikovati so želeli nove signalne peptide, ki bi izboljšali sekrecijo proteinov v ''A. niger''. Poleg tega pa so želeli ustvariti tudi računalniška orodja, ki bi lahko na podlagi eksperimentalnih podatkov napovedala morfološke vzorce nitastih gliv.

=='''Spreminjanje morfologije ''Aspergillus niger'' '''==

Morfologija ''A. niger'' ima velik vpliv na uspešnost proizvodnje proteinov. Rast v obliki nitastih struktur lahko velikokrat predstavlja težave, saj se filamenti pogosto zavozlajo okrog sestavnih delov fermentacijskih tankov. V skupini iGEM so se zato odločili, da bodo poskušali spremeniti morfologijo ''A. niger'' na tak način, da bi bilo delo s sevom olajšano, brez da bi zmanjšali produkcijo proteinov.
Identificirali so sedem genov, ki vplivajo na spremembo morfologije in s pomočjo tehnologije CRISPR-Cas9 ustvarili nove seve ''A. niger'' s spremenjenimi morfologijami.
Geni povezani z morfologijo, ki so jih izbrali, so bili ''aplD'', ''arfA'', ''chsC'', ''gul-1'', ''pkaR'', ''racA'' in ''spaA''.

=== Zakaj so uporabili ''Aspergillus niger''? ===
Za svoj projekt so izbrali sev nitastih gliv ''Aspergillus niger'', saj se le-ta v industriji najpogosteje uporablja za proizvodnjo encimov in sekundarnih metabolitov. Za delo so uporabili referenčni sev ATCC 1015, ki je imel delecijo ''ΔkusA'', zaradi česar je bilo okvarjeno nehomologno povezovanje koncev. Delecija je sev prisilila v popravljanje prelomov na DNA s pomočjo homologne rekombinacije, kar je omogočilo vstavljanje/deletiranje delov genoma na tarčnih lokacijah. Sev je imel prav tako izbrisan gen ''pyrG'', ki zapisuje za encim orotidin 5'-fosfat dekarboksilazo, zaradi česar ni mogel rasti na gojišču brez prisotnosti uracila oz. uridina, kar so izkoristili kot selekcijski marker [7].

Za izbijanje genov in vstavljanje insercij v genom ''A. niger'' so uporabili USER kloniranje in tehniko CRISPR-Cas9.

=== USER kloniranje - za pripravo plazmidov ===
USER kloniranje (ang. Uracil-Specific Excision Reagent) se uporablja za direktno kloniranje insertov v USER kompatibilne vektorje z uporabo USER encima. USER encim združuje encimske aktivnosti uracil DNA glikozilaze – UDG, ki katalizira izrez uracilske baze, in endonukleaze VIII, ki prekine fosfodiestrsko vez na 3' in 5' koncu abazičnega mesta tako, da se deoksiriboza brez baze lahko sprosti iz DNA verige. Encim na ta način ustvari 1 nt dolgo vrzel na mestu uracilskega ostanka [8]. Inserte so ustvarili s pomočjo PCR pomnoževanja začetnih oligonukleotidov, ki so vsebovali en uracil na koncu kompatibilnem z uracilnim klonirnim mestom na vektorju. Produkte so nato obdelali z USER encimom, pri čemer je odstranitev uracila ustvarila previsne konce primerne za kloniranje. USER klonirno kaseto znotraj USER kompatibilnega vektorja so rezali z restrikcijskima encimoma ''Pac''I in ''Nt.BbvC''I, ki sta ustvarila previsne konce ujemajoče se s konci pripravljenih insertov. Po mešanju so se tako pripravljeni vektorji in inserti povezali in ustvarili novo oblikovane vektorje, ki so bili primerni za CRISPR-Cas9. [https://2020.igem.org/wiki/images/e/e3/T--DTU-Denmark--Biobrick.png Inserti] so bili sestavljeni iz promotorja in terminatorja, ki sta zagotovila transkripcijo inserta, usmerjevalne RNA in dveh zaporedij tRNA, ki sta zagotovili samocepitev mRNA po transkripciji in na ta način omogočili vezavo usmerjevalne RNA na protein Cas9.

=== CRISPR-Cas9 - za spreminjanje genoma ===
Za pripravo novih morfoloških sevov so uporabili tehnologijo CRISPR-Cas9, s katero so izbijali gene iz genoma ''A. niger''. Z USER kloniranjem so oblikovali sedem različnih CRISPR-Cas9 plazmidov, ki si jih je mogoče ogledati na iGEM spletni strani.

==== Sevi ''A. niger'' z izbitimi geni ====
Če so želeli iz genoma gliv izbrisati specifične gene povezane z morfologijo, so glive transformirali s plazmidom, ki je vseboval tako zapis za Cas9 kot tudi dve sgRNA, kar je omogočilo nastanek dveh zarez (ene navzgor in druge navzdol od tarčnega gena). Glive so bile prav tako transformirane še s popravljalnim oligonukleotidom, ki je bil dolg okoli 90 nt in je deloval kot matrica za homologno rekombinacijo. Kadar so želeli doseči dvojno izbitje genov, so po prvotni transformaciji pridobljene seve ponovno transformirali s CRISPR-Cas9 plazmidom.

==== Sevi ''A. niger'' z zvišano oz. znižano ravnjo izražanja genov ====
Poleg »knock-out« sevov, so želeli preveriti tudi, kakšen vpliv ima na morfologijo zvišana oz. znižana raven izražanja tarčnih genov. Da bi dobili različne ekspresijske nivoje izražanja genov, so uporabili promotorje skupine DTU iGEM iz leta 2019. Za zvišano raven izražanja so se odločili za močan promotor PLEAPmstA_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046005 BBa_K3046005]), za znižano pa za šibek promotor PLEAPunk_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046006 BBa_K3046006]). Za oba promotorja so pripravili biokocke, ki so jih vstavili v plazmide, končni plazmidi pa so nastali, ko so s pomočjo USER kloniranja vanje vstavili še zapise za tarčne gene. Sevom so najprej izbili izbrane gene, nato pa so jih vanje ponovno vstavili z novimi promotorji. Za vstavljanje insercije so glive transformirali z lineariziranim zaporedjem, ki je vsebovalo konstrukt, ki so ga želeli vstaviti v genom, na obeh koncih konstrukta pa so bile 1-2 kb dolge homologne regije. Te regije so bile oblikovane tako, da so omogočale insercijo na specifična mesta znotraj genoma A. niger.

Vpliv morfologije na proizvodnjo proteinov so merili s pomočjo BCA testa (ang. Bicinchoninic Acid Assay), ki omogoča določanje koncentracije proteinov v raztopini. V alkalnem okolju lahko proteini reducirajo Cu2+ do Cu+. Cu+ kationi nato kelirajo dve BCA molekuli, kar vodi do vijoličnega obarvanja. Več proteinov kot je prisotnih, bolj intenzivna bo absorbanca pri 562 nm.

=='''Sekrecija proteinov'''==

Nivoje sekrecije so spremljali preko merjenja aktivnosti nativnega encima glukoamilaze (gen ''glaA''). Zapis za protein so najprej izbili iz glivnega genoma, nato pa so ga vanj ponovno integrirali s pomočjo biokock, ki jih je oblikovala danska ekipa leta 2019. Na ta način so zagotovili, da je bila aktivnost encima posledica njihovega inserta in ne naravne produkcije encima. Glukoamilaza je encim, ki razgradi škrob do beta-glukoze. Test sekrecije so naredili tako, da so v supernatant vzorca dodali škrob in po 10 minutni inkubaciji na 37 °C dodali jodov reagent, ki se lahko veže na polimere škorba. Če je prišlo do sekrecije glukoamilaze, je ta škrob razgradila, kar pomeni, da je imel jodov reagent na voljo manj škroba za vezavo in je bila zaradi tega sprememba barve manjša. Absorbanco so merili pri 580 nm.

=='''Priprava računalniških modelov'''==

Za lažjo karakterizacijo novih sevov so razvili tudi dva računalniška modela, ki lahko na podlagi eksperimentalnih podatkov preučujeta morfološke lastnosti ''A. niger''.

'''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6d/T--DTU-Denmark--image-results-anim.gif Morphologizer]''' – je program, ki je sposoben avtomatsko analizirati mikroskopske slike micelijev. Micelije nato tretira kot graf in na podlagi tega določi parametre, kot so razvejanost micelija in kemotropizem.

'''[https://2020.igem.org/wiki/images/b/b6/T--DTU-Denmark--sim_WT.gif Mycemulator]''' – je stohastičen model, ki na podlagi morfoloških parametrov pridobljenih s pomočjo programa Morphologizer in eksperimentalnih podatkov, simulira rast micelija.

=='''Rezultati'''==

Skupini je uspelo pripraviti devet novih sevov ''A. niger'' z različnimi morfologijami: ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/d3/T--DTU-Denmark--spyder_chsC.png ΔchsC]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6e/T--DTU-Denmark--spyder_spaA.png ΔspaA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/de/T--DTU-Denmark--spyder_gul-1.png Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/c/c8/T--DTU-Denmark--spyder_racA.png ΔracA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/0/0a/T--DTU-Denmark--spyder_pkaR.png ΔpkaR]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/44/T--DTU-Denmark--spyder_aplD.png ΔaplD]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/40/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_gul-1.png ΔchsC_Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6d/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_spaA.png ΔchsC_ΔspaA]'' in ''[https://2020.igem.org/wiki/images/8/8c/T--DTU-Denmark--spyder_spaA_gul-1.png ΔspaA_Δgul-1]''. Največji potencial je kazal sev z dvema izbitima genoma ''ΔchsC_Δgul-1'', pri katerem je bila sekrecija proteinov izredno visoka, saj je bil bistveno bolj razvejan od referenčnega seva. Sekrecija proteinov je bila najvišja pri sevih z delecijo gena ''[https://2020.igem.org/wiki/images/e/e7/T--DTU-Denmark--all_gluco.png gul-1]''. Plazmide za vstavljanje insertov, s katerimi bi regulirali izražanje, so oblikovali, vendar jih zaradi časovnih omejitev niso dokončali.

=='''Viri in literatura'''==
[1] “Team:DTU-Denmark - 2020.igem.org.” https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark (accessed Apr. 02, 2021).

[2] G. Frazzetto, “White biotechnology,” EMBO Rep., vol. 4, no. 9, pp. 835–837, Sep. 2003, doi: 10.1038/sj.embor.embor928.

[3] Siddiqui, S, New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering. Elsevier, 2016.

[4] V. Meyer et al., “Current challenges of research on filamentous fungi in relation to human welfare and a sustainable bio-economy: a white paper,” Fungal Biol. Biotechnol., vol. 3, no. 1, p. 6, Aug. 2016, doi: 10.1186/s40694-016-0024-8.

[5] G. Steinberg, “Hyphal Growth: a Tale of Motors, Lipids, and the Spitzenkörper,” Eukaryot. Cell, vol. 6, no. 3, pp. 351–360, Mar. 2007, doi: 10.1128/EC.00381-06.

[6] J. Arnau, D. Yaver, and C. M. Hjort, “Strategies and Challenges for the Development of Industrial Enzymes Using Fungal Cell Factories,” in Grand Challenges in Fungal Biotechnology, H. Nevalainen, Ed. Cham: Springer International Publishing, 2020, pp. 179–210.

[7] C. S. Nødvig, J. B. Nielsen, M. E. Kogle, and U. H. Mortensen, “A CRISPR-Cas9 System for Genetic Engineering of Filamentous Fungi,” PLOS ONE, vol. 10, no. 7, p. e0133085, Jul. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0133085.

[8] B. Salomonsen, U. H. Mortensen, and B. A. Halkier, “USER-Derived Cloning Methods and Their Primer Design,” in DNA Cloning and Assembly Methods, vol. 1116, S. Valla and R. Lale, Eds. Totowa, NJ: Humana Press, 2014, pp. 59–72.

[9] G. P. Borin et al., “Comparative Secretome Analysis of Trichoderma reesei and Aspergillus niger during Growth on Sugarcane Biomass,” PLoS ONE, vol. 10, no. 6, Jun. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0129275.

RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv

2021-04-05T08:24:45Z

Spelasupej:

RESHAPE je projekt iGEM iz leta 2020, ki so ga naredili študenti iz tehnične univerze DTU na Danskem. Ekipa je želela spremeniti morfologijo nitastih gliv z namenom boljše produkcije proteinov in drugih metabolitov v industriji.

Spletna stran projekta RESHAPE, iGEM 2020 [1]: [https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark ]

Avtorica povzetka: Špela Supej

=='''Uvod'''==

Tako imenovana »bela biotehnologija« je industrijska veja biotehnologije, ki uporablja žive celice kvasovk, gliv, bakterij in rastlin ter njihove encime za sintezo produktov, ki so lahko razgradljivi, njihova produkcija pa zahteva manjšo porabo energije in proizvede manj odpadkov [2]. Nitaste glive predstavljajo veliko večino industrijske produkcije encimov in kemikalij, pri čemer je glavni sev nitastih gliv, v katerem se proizvede okrog 60 % vseh industrijskih encimov, ''Aspergillus niger'' [3].

=== Nitaste glive ===
Nitaste glive, običajno znane kot plesni, so večcelični organizmi sestavljeni iz struktur, imenovanih hife. Z razraščanjem po organskem materialu oblikujejo večcelična omrežja, ki jih imenujemo miceliji. Glede na genetske in okoljske parametre lahko omrežja zavzamejo različne morfologije, kar omogoča nitastim glivam, da kolonizirajo substrat s čim manjšo količino lastne biomase. Poleg tega imajo izjemne sekretorne sposobnosti, saj lahko preko posebnih organov - hifnih končičev, izločijo kar 30.000 veziklov na minuto [4], [5]. Te lastnosti naredijo nitaste glive izredno zanimive za industrijo, vendar imajo tudi svoje probleme. Hife nitastih gliv povečajo viskoznost v fermentorjih, kar omeji prenos kisika do celic. Te so posledično pod stresom, zaradi česar se zmanjša njihova produktivnost [6]. Izboljšava morfologije nitastih gliv bi imela zaradi tega pozitiven vpliv na industrijsko produkcijo.

=='''Cilji projekta RESHAPE'''==

Glavni cilj projekta RESHAPE je bil optimizirati morfologijo nitaste glive ''Aspergillus niger'' s pomočjo pristopov sintezne biologije, kar bi izboljšalo industrijsko proizvodnjo proteinov in drugih malih molekul. Oblikovati so želeli nove signalne peptide, ki bi izboljšali sekrecijo proteinov v ''A. niger''. Poleg tega pa so želeli ustvariti tudi računalniška orodja, ki bi lahko napovedala morfološke vzorce nitastih gliv in predvidela sintetične signalne peptide, ki bi zvišali nivo proteinske sekrecije.

=='''Spreminjanje morfologije ''Aspergillus niger'' '''==

Morfologija ''A. niger'' ima velik vpliv na uspešnost proizvodnje proteinov. Rast v obliki nitastih struktur lahko velikokrat predstavlja težave, saj se filamenti pogosto zavozlajo okrog sestavnih delov fermentacijskih tankov. V skupini iGEM so se zato odločili, da bodo poskušali spremeniti morfologijo ''A. niger'' na tak način, da bi bilo delo s sevom olajšano, brez da bi zmanjšali produkcijo proteinov.
Identificirali so sedem genov, ki vplivajo na spremembo morfologije in s pomočjo tehnologije CRISPR-Cas9 ustvarili nove seve ''A. niger'' s spremenjenimi morfologijami.
Geni povezani z morfologijo, ki so jih izbrali, so bili ''aplD'', ''arfA'', ''chsC'', ''gul-1'', ''pkaR'', ''racA'' in ''spaA''.

=== Zakaj so uporabili ''Aspergillus niger''? ===
Za svoj projekt so izbrali sev nitastih gliv ''Aspergillus niger'', saj se le-ta v industriji najpogosteje uporablja za proizvodnjo encimov in sekundarnih metabolitov. Za delo so uporabili referenčni sev ATCC 1015, ki je imel delecijo ''ΔkusA'', zaradi česar je bilo okvarjeno nehomologno povezovanje koncev. Delecija je sev prisilila v popravljanje prelomov na DNA s pomočjo homologne rekombinacije, kar je omogočilo vstavljanje/deletiranje delov genoma na tarčnih lokacijah. Sev je imel prav tako izbrisan gen ''pyrG'', ki zapisuje za encim orotidin 5'-fosfat dekarboksilazo, zaradi česar ni mogel rasti na gojišču brez prisotnosti uracila oz. uridina, kar so izkoristili kot selekcijski marker [7].

Za izbijanje genov in vstavljanje insercij v genom ''A. niger'' so uporabili USER kloniranje in tehniko CRISPR-Cas9.

=== USER kloniranje - za pripravo plazmidov ===
USER kloniranje (ang. Uracil-Specific Excision Reagent) se uporablja za direktno kloniranje insertov v USER kompatibilne vektorje z uporabo USER encima. USER encim združuje encimske aktivnosti uracil DNA glikozilaze – UDG, ki katalizira izrez uracilske baze, in endonukleaze VIII, ki prekine fosfodiestrsko vez na 3' in 5' koncu abazičnega mesta tako, da se deoksiriboza brez baze lahko sprosti iz DNA verige. Encim na ta način ustvari 1 nt dolgo vrzel na mestu uracilskega ostanka [8]. Inserte so ustvarili s pomočjo PCR pomnoževanja začetnih oligonukleotidov, ki so vsebovali en uracil na koncu kompatibilnem z uracilnim klonirnim mestom na vektorju. Produkte so nato obdelali z USER encimom, pri čemer je odstranitev uracila ustvarila previsne konce primerne za kloniranje. USER klonirno kaseto znotraj USER kompatibilnega vektorja so rezali z restrikcijskima encimoma ''Pac''I in ''Nt.BbvC''I, ki sta ustvarila previsne konce ujemajoče se s konci pripravljenih insertov. Po mešanju so se tako pripravljeni vektorji in inserti povezali in ustvarili novo oblikovane vektorje, ki so bili primerni za CRISPR-Cas9. [https://2020.igem.org/wiki/images/e/e3/T--DTU-Denmark--Biobrick.png Inserti] so bili sestavljeni iz promotorja in terminatorja, ki sta zagotovila transkripcijo inserta, usmerjevalne RNA in dveh zaporedij tRNA, ki sta zagotovili samocepitev mRNA po transkripciji in na ta način omogočili vezavo usmerjevalne RNA na protein Cas9.

=== CRISPR-Cas9 - za spreminjanje genoma ===
Za pripravo novih morfoloških sevov so uporabili tehnologijo CRISPR-Cas9, s katero so izbijali gene iz genoma ''A. niger''. Z USER kloniranjem so oblikovali sedem različnih CRISPR-Cas9 plazmidov, ki si jih je mogoče ogledati na iGEM spletni strani.

==== Sevi ''A. niger'' z izbitimi geni ====
Če so želeli iz genoma gliv izbrisati specifične gene povezane z morfologijo, so glive transformirali s plazmidom, ki je vseboval tako zapis za Cas9 kot tudi dve sgRNA, kar je omogočilo nastanek dveh zarez (ene navzgor in druge navzdol od tarčnega gena). Glive so bile prav tako transformirane še s popravljalnim oligonukleotidom, ki je bil dolg okoli 90 nt in je deloval kot matrica za homologno rekombinacijo. Kadar so želeli doseči dvojno izbitje genov, so po prvotni transformaciji pridobljene seve ponovno transformirali s CRISPR-Cas9 plazmidom.

==== Sevi ''A. niger'' z zvišano oz. znižano ravnjo izražanja genov ====
Poleg »knock-out« sevov, so želeli preveriti tudi, kakšen vpliv ima na morfologijo zvišana oz. znižana raven izražanja tarčnih genov. Da bi dobili različne ekspresijske nivoje izražanja genov, so uporabili promotorje skupine DTU iGEM iz leta 2019. Za zvišano raven izražanja so se odločili za močan promotor PLEAPmstA_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046005 BBa_K3046005]), za znižano pa za šibek promotor PLEAPunk_1 ([http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K3046006 BBa_K3046006]). Za oba promotorja so pripravili biokocke, ki so jih vstavili v plazmide, končni plazmidi pa so nastali, ko so s pomočjo USER kloniranja vanje vstavili še zapise za tarčne gene. Sevom so najprej izbili izbrane gene, nato pa so jih vanje ponovno vstavili z novimi promotorji. Za vstavljanje insercije so glive transformirali z lineariziranim zaporedjem, ki je vsebovalo konstrukt, ki so ga želeli vstaviti v genom, na obeh koncih konstrukta pa so bile 1-2 kb dolge homologne regije. Te regije so bile oblikovane tako, da so omogočale insercijo na specifična mesta znotraj genoma A. niger.

Vpliv morfologije na proizvodnjo proteinov so merili s pomočjo BCA testa (ang. Bicinchoninic Acid Assay), ki omogoča določanje koncentracije proteinov v raztopini. V alkalnem okolju lahko proteini reducirajo Cu2+ do Cu+. Cu+ kationi nato kelirajo dve BCA molekuli, kar vodi do vijoličnega obarvanja. Več proteinov kot je prisotnih, bolj intenzivna bo absorbanca pri 562 nm.

=='''Sekrecija proteinov'''==

Nivoje sekrecije so spremljali preko merjenja aktivnosti nativnega encima glukoamilaze (gen ''glaA''). Zapis za protein so najprej izbili iz glivnega genoma, nato pa so ga vanj ponovno integrirali s pomočjo biokock, ki jih je oblikovala danska ekipa leta 2019. Na ta način so zagotovili, da je bila aktivnost encima posledica njihovega inserta in ne naravne produkcije encima. Glukoamilaza je encim, ki razgradi škrob do beta-glukoze. Test sekrecije so naredili tako, da so v supernatant vzorca dodali škrob in po 10 minutni inkubaciji na 37 °C dodali jodov reagent, ki se lahko veže na polimere škorba. Če je prišlo do sekrecije glukoamilaze, je ta škrob razgradila, kar pomeni, da je imel jodov reagent na voljo manj škroba za vezavo in je bila zaradi tega sprememba barve manjša. Absorbanco so merili pri 580 nm.

=='''Priprava računalniških modelov'''==

Za lažjo karakterizacijo novih sevov so razvili tudi dva računalniška modela, ki lahko na podlagi eksperimentalnih podatkov preučujeta morfološke lastnosti ''A. niger''.

'''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6d/T--DTU-Denmark--image-results-anim.gif Morphologizer]''' – je program, ki je sposoben avtomatsko analizirati mikroskopske slike micelijev. Micelije nato tretira kot graf in na podlagi tega določi parametre, kot so razvejanost micelija in kemotropizem.

'''[https://2020.igem.org/wiki/images/b/b6/T--DTU-Denmark--sim_WT.gif Mycemulator]''' – je stohastičen model, ki na podlagi morfoloških parametrov pridobljenih s pomočjo programa Morphologizer in eksperimentalnih podatkov, simulira rast micelija.

=='''Rezultati'''==

Skupini je uspelo pripraviti devet novih sevov ''A. niger'' z različnimi morfologijami: ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/d3/T--DTU-Denmark--spyder_chsC.png ΔchsC]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6e/T--DTU-Denmark--spyder_spaA.png ΔspaA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/d/de/T--DTU-Denmark--spyder_gul-1.png Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/c/c8/T--DTU-Denmark--spyder_racA.png ΔracA]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/0/0a/T--DTU-Denmark--spyder_pkaR.png ΔpkaR]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/44/T--DTU-Denmark--spyder_aplD.png ΔaplD]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/4/40/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_gul-1.png ΔchsC_Δgul-1]'', ''[https://2020.igem.org/wiki/images/6/6d/T--DTU-Denmark--spyder_chsC_spaA.png ΔchsC_ΔspaA]'' in ''[https://2020.igem.org/wiki/images/8/8c/T--DTU-Denmark--spyder_spaA_gul-1.png ΔspaA_Δgul-1]''. Največji potencial je kazal sev z dvema izbitima genoma ''ΔchsC_Δgul-1'', pri katerem je bila sekrecija proteinov izredno visoka, saj je bil bistveno bolj razvejan od referenčnega seva. Sekrecija proteinov je bila najvišja pri sevih z delecijo gena ''[https://2020.igem.org/wiki/images/e/e7/T--DTU-Denmark--all_gluco.png gul-1]''. Plazmide za vstavljanje insertov, s katerimi bi regulirali izražanje, so oblikovali, vendar jih zaradi časovnih omejitev niso dokončali.

=='''Viri in literatura'''==
[1] “Team:DTU-Denmark - 2020.igem.org.” https://2020.igem.org/Team:DTU-Denmark (accessed Apr. 02, 2021).

[2] G. Frazzetto, “White biotechnology,” EMBO Rep., vol. 4, no. 9, pp. 835–837, Sep. 2003, doi: 10.1038/sj.embor.embor928.

[3] Siddiqui, S, New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering. Elsevier, 2016.

[4] V. Meyer et al., “Current challenges of research on filamentous fungi in relation to human welfare and a sustainable bio-economy: a white paper,” Fungal Biol. Biotechnol., vol. 3, no. 1, p. 6, Aug. 2016, doi: 10.1186/s40694-016-0024-8.

[5] G. Steinberg, “Hyphal Growth: a Tale of Motors, Lipids, and the Spitzenkörper,” Eukaryot. Cell, vol. 6, no. 3, pp. 351–360, Mar. 2007, doi: 10.1128/EC.00381-06.

[6] J. Arnau, D. Yaver, and C. M. Hjort, “Strategies and Challenges for the Development of Industrial Enzymes Using Fungal Cell Factories,” in Grand Challenges in Fungal Biotechnology, H. Nevalainen, Ed. Cham: Springer International Publishing, 2020, pp. 179–210.

[7] C. S. Nødvig, J. B. Nielsen, M. E. Kogle, and U. H. Mortensen, “A CRISPR-Cas9 System for Genetic Engineering of Filamentous Fungi,” PLOS ONE, vol. 10, no. 7, p. e0133085, Jul. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0133085.

[8] B. Salomonsen, U. H. Mortensen, and B. A. Halkier, “USER-Derived Cloning Methods and Their Primer Design,” in DNA Cloning and Assembly Methods, vol. 1116, S. Valla and R. Lale, Eds. Totowa, NJ: Humana Press, 2014, pp. 59–72.

[9] G. P. Borin et al., “Comparative Secretome Analysis of Trichoderma reesei and Aspergillus niger during Growth on Sugarcane Biomass,” PLoS ONE, vol. 10, no. 6, Jun. 2015, doi: 10.1371/journal.pone.0129275.

RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv

2021-04-05T07:38:25Z

Spelasupej: New page: RESHAPE je projekt iGEM iz leta 2020, ki so ga naredili študenti iz tehnične univerze DTU na Danskem. Ekipa je želela spremeniti morfologijo nitastih gliv z namenom boljše produkcije p...

Seminarji SB 2020/21

2021-04-03T17:23:47Z

Spelasupej: New page: V študijskem letu 2020/21 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme: RAZISKOVALNI ČLANKI (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo po...

V študijskem letu 2020/21 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RESHAPE_-_spreminjanje_morfologije_nitastih_gliv RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv]
(Špela Supej)

Sintezna biologija

2021-04-03T17:19:33Z

Spelasupej: /* Seminarji */

Izpiti v študijskem letu 2019/20 (1. letnik) so bili: 15. junij, 2. julij, 24. avgust 2020.

Sintezna biologija je prišla kot samostojen predmet na slovenske univerze dobrih 10 let za prvimi ameriškimi univerzami. Kljub temu so se prvi dokaj splošni učbeniki za ta predmet pojavili šele par let nazaj, vsebina predmeta pa ni standardizirana in je med univerzami lahko zelo različna. V slovenščini nimamo niti učbenika, niti še ni dokončno vzpostavljena terminologija (veliko izrazov sicer prevzemamo iz molekularne biologije), vendar se stanje izboljšuje.

Predmet [http://www.fkkt.uni-lj.si/fileadmin/datoteke/2-%C5%A0tudij/2-Bolonjski_programi_2._stopnje/2-Biokemija/SINTEZNA_BIOLOGIJA_2014.pdf Sintezna biologija] smo vključili v prvi magistrski študij Biokemije na FKKT kot enega od dveh temeljnih predmetov v 2. letniku, po tem, ko študentje že opravijo izpit iz Tehnologije DNA. Delno se navezuje na izbirni predmet [[Molekularna biotehnologija]]. Z reakreditacijo je predmet od leta 2016/17 naprej obvezen za vse študente Biokemije. Ob preureditvah 2. letnika, ki je zdaj v veliki meri namenjen pripravi magistrske naloge, je predmet prešel v poletni semester 1. letnika.

Predmet ima 30 h predavanj, 25 h seminarjev in 20 h računalniških in laboratorijskih vaj in ga izvajamo v poletnem semestru.

Nosilec predmeta sem Marko Dolinar. Navodila za vaje boste dobili v tednu pred prvo vajo.

Pri pripravi seminarjev in pripravah na izpit boste verjetno rabili sinteznobiološki terminološki slovar [[SBTS]] (v nastajanju).

=== Seminarji ===
V študijskem letu 2013/14 so študentje pripravljali poglavja za učbenik sintezne biologije, v katerem so obdelana poglavja od osnov do kompleksnih, ne pa toliko aplikativnih, izvedb načel sintezne biologije.

V študijskem letu 2014/15 so bili tema seminarjev najodmevnejši članki s področja sintezne biologije. Ti so najpogosteje napisani v tako kompleksnem jeziku, da jih študentje nižjih letnikov ali nestrokovnjaki (ki pa imajo osnovno znanje s področja biokemije in molekularne biologije) ne morejo v celoti razumeti. S seznama 40 najbolj citiranih člankov s področja SB so si študentje izbrali vsak enega za predstavitev. Ta je bila v dogovoru s študenti v angleškem jeziku v pisni obliki (3000 - 5000 besed), predstavitev na seminarskih urah (15 minut za vsako predstavitev) pa je bila v slovenskem jeziku. [[List of SB articles|Kazalo člankov]] za 2014/15 s povezavami na seminarje je na ločeni strani.

Leta 2015/16 so bili seminarji pretežno iz dveh zbornikov, v katerih poglavja obravnavajo osnovne pristope v sintezni biologiji in uporabo za industrijske namene, nekaj seminarjev pa je bilo na osnovi preglednih člankov, ki opisujejo zaokrožena področja raziskav in aplikacij. [[Seminarji SB 2015/16|Seznam naslovov]] vsebuje tudi povezave do seminarjev.

V študijskem letu 2016/17 so študentje lahko izbirali med dvema tipoma seminarskih tem: visokocitirani raziskovalni (ne pregledni) članki s področja sintezne biologije ali pa predstavitev katerega od nagrajenih študentskih projektov s tekmovanja iGEM 2016. [[Seminarji SB 2016/17|Seznam tem]] vključuje povezave do seminarjev, ti pa povezave do izhodiščnih gradiv. Enako so bili seminarji organizirani tudi v [[Seminarji SB 2017/18| študijskem letu 2017/18]] in [[Seminarji SB 2018/19| študijskem letu 2018/19]].

V zadnjih nekaj letih imate študentje torej na voljo seznam znanstvenih člankov s področja sintezne biologije in izbrane projekte s tekmovanja iGEM. Seznam izbranih seminarjev za tekoče študijsko leto je na [[Seminarji SB 2019/20| posebni strani]].

Seminarji za leto 2020/21 so na [[Seminarji SB 2020/21| posebni strani]].

=== Ocenjevanje ===
Ocena je sestavljena iz več delov. Za pripravo seminarja boste dobili 20 % točk, za sodelovanje pri seminarjih pa 5 %. Za odgovore na kolokviju (ocena mora biti pozitivna, da lahko pristopite k izpitu) boste dobili 25 % točk, preostalih 50 % pa za odgovore na izpitna vprašanja iz teorije. Na pisnem izpitu morate iz teorije doseči vsaj 55 % točk. Nato končno oceno izračunam po zgornjem kriteriju in tako, kot kažejo spodnja primera in razmejitev med ocenami.

Primera izračuna končne ocene: 
'''1. primer''' 
Ocena seminarja 9, sodelovanje pri seminarju 6, kolokvij 9, teorija 75 %. 
Preračun po formuli: 9*0,20+6*0,05+9*0,25+75/10*0,50 = 8,1 -> ocena 8 
'''2. primer''' 
Ocena seminarja 6, sodelovanje pri seminarju 6, kolokvij 7, teorija 55 %. 
Preračun po formuli: 6*0,20+6*0,05+7*0,25+55/10*0,50 = 6,0 -> ocena 6 

Meje med ocenami bodo: 0-54 % (odstotki se nanašajo na oceno pisnega dela izpita): 5 (negativno), 5,5-6,5: 6, 6,6-7,4: 7, 7,5-8,2: 8, 8,3-9,0: 9, 9,1-10: 10.

BNT-seminar

2021-03-08T16:47:21Z

Spelasupej: /* Seznam seminarjev */

= Bionanotehnologija 2021- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Vpisna številka'''
30170005 
30019057
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
16.3.2021 
30.3.2021
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent1'''
Anamarija Agnič 
Barbara Slapnik
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent2'''
Urška Pečarič Strnad 
Sara Laznik
|-

==Naloga==
Pripravite projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt, ki pa mora biti takšen, da pritegne investitorje. Ker je pomembno tudi kako boste to naredili, morate predstaviti tudi metodo in ne samo ideje. Natančno morate vedeti, kako boste projekt izvedli.

Predlagana struktura teksta:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Elektronska verzija seminarja: avtor, naslov projekta, razširjeni povzetek projekta- 350-400 besed (brez literature) in grafični povzetek (čez približno pol strani). Vse naj bo na maksimalno dveh straneh, a ne sme vsebovati manj kot 350 besed (sem se ne šteje literatura).
* Elektronsko verzijo seminarja oddajte en dan pred predstavitvijo, kasneje pa boste vsebino še prekopirali na za to določeno spletno stran, predstavitev pa eno uro pred seminarjem na [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ strežnik].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo XY minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenta morate predlagati vsaj eno izboljšavo predstavljenega projekta.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem modelu:
* 20_nano_Priimek.doc za seminar, npr. 20_nano_Craik_Venter.doc
* 20_nano_Priimek.ppt za prezentacijo, npr. 20_nano_Craik_Venter.ppt

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Molekularna biologija virusov

2018-04-22T07:05:53Z

Spelasupej:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.

Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili.
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov!

Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi 
6. Retrovirusi (lahko 3) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3) 
10. Viroidi in satelitski virusi 
11. Evolucija virusov 
12. Diagnostika virusnih okužb 
13. Rastlinski virusi (lahko 3) 
14. Protivirusna zdravila (lahko 3) 
15. Protivirusna cepiva 
16. Virusi in rak 
17. Virusi, ki jih uporabljamo pri genskem zdravljenju

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved, Veronika Razpotnik, Andrej Ivanovski) 
2. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Parvovirusi_in_sorodni_ssDNA-virusi Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi] (Milica Jankovic, Andrej Race) 
3. [[Reovirusi in drugi dsRNA-virusi]](Anže Jenko, Ana Maklin) 
4. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pikorna_virusi_in_drugi_RNA(+)_virusi Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi] (Tanja Zupan, Ajda Krč) 
5. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rabdovirusi_in_drugi_RNA(-)-virusi Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi] (Anja Černe, Špela Deučman) 
6. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Retrovirusi Retrovirusi] (Katja Doberšek, Špela Supej, Barbara Slapnik) 
7. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hepadnavirusi_in_kavlimovirusi_%28DNA-virusi_z_reverzno_transkripcijo%29 Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo)] (Nika Zaveršek, Nika Goršek) 
8. Nitasti fagi () 
9. Ikozaedrični fagi (Urban Hribar, Luka Gregorič, Luka Fratina) 
10. Viroidi in satelitski virusi (Lea Knez, Patrik Levačić) 
11. Evolucija virusov () 
12. Diagnostika virusnih okužb (Samo Purič, Peter Škrinjar) 
13. Rastlinski virusi (Katja Dolenc, Martin Špendl) 
14. Protivirusna zdravila (Tina Turel, Maja Vrabec, Polona Skrt) 
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac) 
16. Virusi in rak (Ana Obaha, Lija Srnovršnik) 
17. Virusi, ki jih uporabljamo pri genskem zdravljenju (Andreja Habič, Uroš Prešern)

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki> 
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)

Talk:Retrovirusi

2018-04-22T07:04:36Z

Spelasupej:

Katja Doberšek: klasifikacija, struktura, virus HIV, kako retrovirusi vplivajo na gostiteljske celice

Špela Supej: zgodnja faza življenjskega cikla (do transkripcije)

Barbara Slapnik: pozna faza življenjskega cikla (od transkripcije)

Talk:Retrovirusi

2018-04-22T07:03:46Z

Spelasupej: New page: Katja Doberšek: Klasifikacija, struktura, virus HIV, kako retrovirusi vplivajo na gostiteljske celice Špela Supej: Zgodnja faza življenjskega cikla (do transkripcije) Barbara Slapnik: P...

Katja Doberšek: Klasifikacija, struktura, virus HIV, kako retrovirusi vplivajo na gostiteljske celice
Špela Supej: Zgodnja faza življenjskega cikla (do transkripcije)
Barbara Slapnik: Pozna faza življenjskega cikla (od transkripcije)

Retrovirusi

2018-04-22T07:00:29Z

Spelasupej: New page: Retrovirusi so eni izmed najbolje raziskanih živalskih virusov. Spadajo med RT viruse, ki svoj genom podvojujejo z reverzno transkripcijo. V to skupino spada še družina hepadnavirusov, ...

Retrovirusi so eni izmed najbolje raziskanih živalskih virusov. Spadajo med RT viruse, ki svoj genom podvojujejo z reverzno transkripcijo. V to skupino spada še družina hepadnavirusov, katerih genom je DNA (hepatitis B), genom retrovirusov pa je RNA. Za reverzno transkripcijo je značilno, da se informacija prenese v smeri, ki je v nasprotju s centralno dogmo, in sicer iz RNA nazaj v DNA. Pri procesu sodeluje encim reverzna transkriptaza.

== Klasifikacija ==
Retroviruse v glavnem delimo na enostavne in kompleksne. Značilen predstavnik enostavnega retrovirusa je MLV (murine leukemia virus), kompleksnega pa virus HIV. Včasih so jih delili glede na patologijo (onkovirusi, lentivirusi in spumavirusi), danes pa glede na strukturo in organizacijo genoma (7 rodov).

== Struktura ==
'''VIRION''' je sferične oblike in ima premer okoli 100 nm. Ovojnico, ki nastane z brstenjem iz plazemske membrane, sestavljata v glavnem dve vrsti glikoproteinov. To so zunanji površinski proteini in transmembranski proteini. Na notranji strani ovojnice so proteini matriksa.
Kapsida je ikozaedrična ali stožčasta, sestavljajo jo kapsidni proteini. Znotraj kapside se nahajajo še trije virusni proteini, ki delujejo kot encimi. To so reverzna transkriptaza, proteaza in integraza.

'''GENOM''' retrovirusov predstavljata dve kopiji pozitivno usmerjene RNA. Shranjeni sta kot dimer in obdani z nukleokapsidnimi proteini. V dimer sta povezani preko interakcije med posebnima nukleotidnima zaporedjema na vsaki verigi, imenovanima 'kissing loop'. Na 5' koncu je metilirana kapa, na 3' koncu pa poli(A) rep. Tako na 5' kot na 3' koncu sta 150-200 nt dolgi ponavljajoči regiji (R), v osrednjem delu genoma pa so kodirani virusni proteini. Različni rodovi virusov imajo na genom vezano različno vrsto tRNA.
Enostavni retrovirusi imajo v genomu zapis za tri poliproteine: Gag (skupinsko-specifični antigen), Pol (polimeraza) in Env (proteini ovojnice). Za poliproteine je značilno, da jih sestavlja več polipeptidnih verig, ki se kasneje (v procesu splicinga) ločijo na posamezne funkcionalne polipeptide. Kompleksni retrovirusi poleg omenjenih treh poliproteinov kodirajo še šest drugih. To so Vpr, Vif, Vpu, Tat, Rev in Nef.

== Virus HIV ==
HIV je prototip kompleksnega retrovirusa. Splošno znan je predvsem zato, ker pri človeku povzroča AIDS. Po zgradbi je precej podoben enostavnim retrovirusom, le kapsida je drugačne, ikozaedrične oblike. Tudi njegov genom je nekoliko kompleksnejši in večji od genoma enostavnih retrovirusov. HIV glede na zgradbo genoma delimo še na dva genotipa, HIV-1 in HIV-2. AIDS povzroča HIV-2, ki se od HIV-1 razlikuje po tem, da ima v genomu namesto proteina Vpu zapis za Vpx.

== Življenjski cikel ==
Življenjski cikel retrovirusov poteka v dveh fazah. V zgodnji fazi virus vstopi v gostiteljsko celico, ustvari DNA kopijo svoje virusne RNA in jo vstavi v gostiteljski genom. V pozni fazi življenjskega cikla pa se izrazi virusna RNA, poteka sinteza virusnih proteinov in sestavljanje virionov.

=== Vstop v celico ===
Enostavni retrovirusi se na gostiteljsko celico pritrdijo preko virusnih receptorjev in vstopijo v celico z endocitozo s fuzijo zaradi znižanja pH v endosomu, medtem ko kompleksni retrovirusi vstopijo v celico pretežno z direktno fuzijo s celično membrano. Kompleksni retrovirusi potrebujejo za vstop v celico poleg glavnega receptorja CD4 tudi kemokinski koreceptor CCR5 ali CXCR4.

=== Reverzna transkripcija ===
Med transportom reverzno-transkripcijskega kompleksa RTC do jedra gostiteljske celice poteka proces reverzna transkripcija, pri katerem se enoverižna virusna RNA prepiše v dvoverižno DNA s pomočjo encima reverzne transkriptaze, ki ima dve aktivnosti: RNA/DNA odvisno DNA polimerazno aktivnost in ribonukleazno H aktivnost. Proces se začne z vezavo tRNA molekule na PBS (primer-bonding site) virusne RNA, ki služi kot primer za začetek sinteze DNA. Sinteza poteka od 3' proti 5' koncu virusne RNA, pri čemer nastane kratka negativno usmerjena DNA molekula, ki je kopija U5 in R regije. RNaza H odstrani RNA del novonastalega DNA-RNA hibrida in tako izpostavi DNA kopijo U5 in R zaporedij. Slednje hibridizira z R zaporedjem virusne RNA in novonastala DNA molekula se prenese na 3' konec. Reverzna transkriptaza sintetizira kopijo celotnega RNA genoma, ki vsebuje zaporedje U3-R-U5 ali LTR (long terminal repeat). Ribonukleazni del encima nato razgradi vso virusno RNA, razen polipurinskega področja, ki v nadaljevanju služi kot primer za sintezo druge kratke pozitivno usmerjene verige DNA. Ko se ta sintetizira, RNaza H razgradi še polipurinski primer in tRNA s prve verige, pri čemer se izpostavi PBS vezavno mesto na drugi verigi. To hibridizira s komplementarnim zaporedjem prve verige DNA in novo sintetizirana druga veriga se prenese na 3' konec. Proces se zaključi s podaljšanjem obeh verig DNA, pri čemer nastane linearna dvoverižna DNA (provirusna DNA), ki ima na obeh koncih LTR zaporedje. Reverzna transkriptaza retrovirusov nima 3'→5' eksonukleazne aktivnosti, ki jo celične DNA polimeraze uporabljajo za popravljanje napak zaradi česar obstajajo retrovirusi v številnih variacijah.

=== Vstop v jedro in integracija ===
Provirusna DNA je vezana v predintegracijskem kompleksu (PIC). Sama velikost tega kompleksa mu preprečuje vstop v jedro skozi jedrne pore, zato večina retrovirusov vstopi v jedro med fazo M celičnega cikla, ko jedra ovojnica razpade. Posledično lahko enostavni retrovirusi okužijo samo celice, ki se delijo. To pa ne velja za kompleksne lentiviruse, kot je HIV, saj ti kodirajo za proteine, ki omogočajo aktivni transport PIC skozi jedrne pore in lahko okužijo celice tudi v mirujočem stanju. To lastnost s pridom izkoriščajo v laboratorijih, kjer uporabljajo lentivirusne vektorje za dostavo genov v celična jedra.
Po vstopu v jedro sledi integracija provirusne DNA v genom gostitelja, kar ji omogoča podvojevanje hkrati z gostiteljskim genomom in nastanek novih virusnih proteinov. Integracijo katalizira virusna integraza, ki se veže na oba 3' konca linearne virusne DNA, odstrani dva končna nukleotida in združi virusno DNA z gostiteljsko. Integracijska mesta so naključno razporejena po gostiteljskem genomu, sama integracija pa je ireverzibilna.

=== Transkripcija ===
Provirusna DNA služi kot matrica za prepisovanje retrovirusne RNA. Transkripcija poteka z RNA polimerazo II gostiteljske celice. Provirusna DNA vsebuje dve identični LTR zaporedji. 5' LTR, ki vsebuje signal za iniciacijo transkripcije in 3' LTR, ki vsebuje signal za posttranskripcijsko procesiranje.
Transkripcija se začne na stiku med U3 in R regijo na 5' LTR koncu in se nadaljuje vzdolž celotnega genoma do regije U5 na 3' LTR koncu.
U3 regija je razdeljena na dva dela, na promotor in ojačevalec (enhancer), na oba se lahko vežejo pozitivni regulatorji transkripcije. Promotor vsebuje škatlo TATA, na ojačevalec se lahko vežejo proteini, ki prepoznajo to zaporedje.
Pri transkripciji HIV-1 ima ključno vlogo protein Tat. Ekspresija Tat proteina znatno poveča količino virusne RNA v okuženih celicah tako, da se veže na TAR (Tat-responsive element) zaporedje na nastajajoči RNA. Zaporedje Tat z vezavo na zaporedje TAR poveča procesivnost RNA polimeraze II tako, da povzroči hiperfosforilacijo C-končne domene na RNA polimerazi II. Tat vezan na TAR deluje kot antiterminator virusne transkripcije.
Po transkripciji pride do dodajanja kape na 5' koncu, poliadenilacije na 3' koncu in rezanja transkripta. Genomska RNA, ki ima celotno dolžino, služi kot mRNA za translacijo Gag/Pol poliproteinov ali kot matrica za reverzno transkripcijo. Rezana oziroma subgenomska RNA pa služi kot mRNA za translacijo Env poliproteinov.

=== Transport iz jedra v citoplazmo ===
Za transport iz jedra v citoplazmo je ključen protein Rev, ki se veže na zaporedje RRE (Rev-responsive element) na mRNA. Rev in mRNA se skupaj preneseta iz jedra s pomočjo eksportinov.

=== Translacija ===
Nerezana, genomska RNA sintetizira Gag in Gag/Pol poliproteine. Za sintezo teh dveh poliproteinov iz ene same mRNA je potrebna modifikacija normalne translacije.
Pri MLV virusih je pomemben UAG stop kodon, ki ločuje med Gag in Pol bralnim okvirjem. Če je stop kodon prepoznan, pride do sinteze Gag poliproteinov. Nekajkrat pa glutamin-tRNA prebere UAG stop kodon kot CAG in tako v polipeptidno verigo vstavi glutamin, takrat je terminacija translacije zavrta in sintetizira se Gag/Pol fuzijski protein. Za proces pravilnega prepoznavanja stop kodona je ključna sekundarna struktura RNA – pseudoknot.
Pri virusih HIV imata proteina Gag in Pol drugačen bralni okvir. Pri translaciji pride do premika bralnega okvirja (ribosomal frameshifting) za en nukleotid nazaj.
Prednost za translacijo dveh proteinov iz ene mRNA je, da sta proteina sintetizirana v določenem razmerju, vedno bo več proteina Gag kot Gag/Pol.

=== Sestavljanje in pakiranje virusa ===
Sestavljanje se začne v citoplazmi, kjer se Gag veže na genomsko RNA. Gag/RNA kompleks se s pomočjo maščobne kisline miristata transportira do plazmaleme, kjer pride do sestavljanja kapside.
Pakiranje genomske RNA sproži signal za pakiranje-psi, ki se nahaja na 5' koncu RNA.

=== Sprostitev in zorenje virusa ===
Sestavljanje Gag poliproteinov ob plazmalemi povzroči, da se membrana rahlo ukrivi. L domena, kodirana na Gag ima odločilno vlogo da spodbudi ESCRT sistem za proizvajanje multivezikularnih teles. Nukleokapsida sproščenih virionov je sestavljena iz Gag ali Gag/Pol.
Ko so virioni sproščeni iz celice, postane aktivna virusna proteaza, ki cepi Gag in Gag/Pol poliproteine v strukturne in encimske proteine. Ti proteini se premestijo tako, da tvorijo elektronsko gosto jedro zrelega viriona. Zorenje virusa je nujno, kajti le zreli virusi lahko okužijo novo celico.

== Kako retrovirusi vplivajo na gostiteljske celice ==
Glede na vpliv na gostiteljsko celico retroviruse delimo na akutno transformirajoče in netransformirajoče. Oboji lahko v okuženih celicah povzročijo prekomerno rast in delitev, kar vodi v pojav raka. Akutno transformirajoči virusi v celice vnesejo virusne onkogene. V genomu lahko kodirajo mutirane oblike celičnih signalnih proteinov povezanih s celično rastjo. Netransformirajoči virusi pa lahko preko naključne integracije provirusne DNA v genom gostiteljske celice na mesta, ki kodirajo proto-onkogene, povzročijo mutacijo le-teh.

== Viri ==
1. Suzuki, Y. & Craigie, R. The road to chromatin - Nuclear entry of retroviruses. Nat. Rev. Microbiol. 5, 187–196 (2007).

2. Acheson, N. H. Fundamentals of Molecular Virology Textbook. 2007, (2011).

3. Ryu, W.-S. Molecular Virology of Human Pathogenic Viruses. Molecular Virology of Human Pathogenic Viruses (2017). doi:10.1016/B978-0-12-800838-6.00021-7

4. Coffin, J. M., Hughes, S. H. & Varmus, H. Retroviruses. (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1997).

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Molekularna biologija virusov

2018-03-15T17:58:04Z

Spelasupej:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.

Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili.
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov!

Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi 
6. Retrovirusi (lahko 3) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3) 
10. Viroidi in satelitski virusi 
11. Evolucija virusov 
12. Virusi in rak 
13. Rastlinski virusi (lahko 3) 
14. Protivirusna zdravila (lahko 3) 
15. Protivirusna cepiva 
16. Diagnostika virusnih okužb 

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi 
6. Retrovirusi (Katja Doberšek, Špela Supej, Barbara Slapnik) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi 
10. Viroidi in satelitski virusi(Tina Turel) 
11. Evolucija virusov 
12. Virusi in rak 
13. Rastlinski virusi 
14. Protivirusna zdravila 
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac) 
16. Diagnostika virusnih okužb 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

BIO2 Povzetki seminarjev 2017

2018-01-04T17:47:17Z

Spelasupej: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2017/2018 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2017/2018 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2017 stran]

=== Luka Gregorič: Pozitivne vloge negativnih regulatorjev ===

Pri preučevanju regulacije sistemov v celici, so negativni regulatorji bolj temen, neraziskan del celotnega procesa, čeprav enako pomemben. Brez njih se lahko v celici začenja nenadzorovano deljenje in posledično rakavost tkiva, ali pa se nam poveča možnost hujšega obolenja. V živčnem sistemu lahko brez GPR-jev poteče prekomerna mielinizacija aksonov, ki pomenijo veliko zmanjšanje vseh kognitivnih sposobnosti organizma in posledično tudi manjšo zmožnost prilagajanja. V mišičnem tkivu, pa lahko pomanjkanje ali slabše delovanje negativnih regulatorjev naredi tkiva manj eksplozivna in povzroči hitrejše staranje, zaradi razlik med tkivi tipa 1 in tipa 2. V najhujšem primeru pa nam pomanjkanje negativnih regulatorjev celo povzroči mišično atofijo, medtem ko nam bi boljše poznavanje prav njih lahko omogočilo, da obdržimo mlade mišice čez celo življenje. Hitrost celotnega delovanja negativnih regulatorjev pa ni odvisna od moči signala, saj signal v zelo majhnem času lahko spravijo na prvotno raven, ne glede na to, kdaj se je ta signal začel. Visoka odzivnost signalov pa tudi pomaga telesu, ko se rabi hitro odzvati na različne dražljaje. Najhitrejše to naredi tako, da je signal vedno aktiviran in se izklopi le ob primeru, da se je potrebno hitro odzvati.

=== Ines Medved: Vohalni receptorji v epidermisu ===
Primarna vloga vohalnih receptorjev je zaznava vonja, ki je zelo pomembna. Poleg zaznave vonja pa imajo receptorji za vonj tudi druge funkcije. Ti receptorji se nahajajo v tkivih, ki niso povezana z vohalno nalogo. Nahajajo se skoraj po celotnem telesu npr. v ledvicah, možganih, srcu, koži, v krvi … V epidermisu so našli dva takšna receptorja, in sicer receptorja OR2AT4 in OR51E2. Kljub podobnemu mehanizmu delovanja se po funkciji zelo razlikujeta. OR2AT4 ob stimulaciji z agonistom poveča celično proliferacijo, vpliva na migracijo celic in sodeluje pri reepitalizaciji v procesu celjenja ran. Ugotovili so, da sodeluje tudi pri zaprtju rane. Za razliko od OR2AT4 receptor OR51E2 zmanjša celično proliferacijo, sodeluje pa v melanogenezi, dendritogenezi in pri celični diferenciaciji. Vohalni receptor OR51E2 ima vlogo tudi v rakavih celicah prostate. Receptorja sta zelo specifična. Vohalni receptor OR2AT4 stimulira le sandanol in brahmanol, OR51E2 pa β-ionon. Za oba receptorja so našli tudi antagoniste, ki blokirajo Ca2+ signal. Za OR2AT4 so odkrili dva antagonista oksifenilon in fenirat, za receptor OR51E2 pa α-ionon. Kljub podobni lokaciji in mehanizmom se receptorja zelo razlikujeta. Medtem ko bi se OR2AT4 lahko uporabljal pri zdravljenju oziroma celjenju rane, bi bil lahko receptor OR51E2 potencialni pokazatelj za rakave celice.

===Daria Latysheva: The role of intrinsically disordered proteins in signalling pathways and regulation ===

Intrinsically disordered proteins (IDPs) are proteins, which do not have a defined three – dimensional structure, yet are completely functional. Found mostly in eukaryotic cells, they play an important role in biosignalling and regulation of a cell. Undergoing coupled folding and binding, IDPs’ recognition elements are cable of taking over the structures of different targets. Since IDPs have multiple interaction motifs, they often serve as signalling centres, thus contributing to the dynamic assembly of complex molecules and varied signalling pathways. Undergoing post – translational modifications, these proteins also add complexity to the regulatory networks and can change the original output of the crosswalk. IDPs are also an important component of higher - order signalling assemblies, enabling the formation of reversible complexes. Being an attractive field of the research, IDPs were not yet studied completely and there is still much to be understood about the structure, functions and the location of IDPs in the cell. Experimental and computational techniques are being developed to identify and characterise disordered regions in proteins in order to emphasize the prevalent role of IDPs in cellular signalling and regulation.

===Polona Skrt: Mehanizem zaznavanja okusa maščobe ===

Okus je pomembna zaznavna zmožnost, saj nas usmerja pri uživanju hranilne in prebavljive hrane ter nas ščiti pred strupi in ostalimi nevarnimi snovmi. Čutne celice se nahajajo v brbončicah v ustni votlini, na jeziku in v grlu. V brbončicah se nahaja okoli 100 celic, ki jih delimo v 3 skupine. Prvi tip so celice podobne glia celicam, ki se ovijejo okoli ostalih celic in jim nudijo oporo ter preprečujejo nekontrolirano širjenje živčnih prenašalcev. Naslednji tip so t.i. receptorske celice, ki zaznavajo sladko, grenko in umami ter sproščajo nevrotransmiterje, ki signal prenesejo do živčevja. Tretji tip celic so predsinaptične celice, ki se odzivajo predvsem na kisel okus. Njihova posebnost je, da se prek sinaps direktno povezujejo z živčnim vlakni. Pri signalizaciji okusov so zelo pomembni z G-proteini povezani receptorji, ki omogočajo zaznavanje sladkega, grenkega in umami okusa ter ionski kanalčki, ki prenašajo informacijo o kislem in slanem okusu. Ne dolgo nazaj so znanstveniki, k prej omenjenim petim osnovnim okusom, dodali še šestega – okus po maščobi. Signalizacija najverjetneje poteka preko receptorja CD36, možni pa so še GPR120 in GPR40 ter DRK kanalčki. Mehanizem je še dokaj neraziskan, predpostavljajo pa sodelovanje med več receptorji.

===Peter Škrinjar: Receptorji za okus in njihova povezava z debelostjo ===

Okus je eden izmed petih osnovnih čutov, katerega naloga je prepoznavanje hranil in preprečevanje vnosa telesu nevarnih snovi. Pri tem mu pomagajo receptorji za okus. Te se razlikujejo za vseh pet osnovnih okusov – grenko, sladko in umami zaznamo s pomočjo GPCR-jev, slano in kislo pa s pomočjo ionskih kanalčkov. Raziskave še potekajo glede receptorjev za maščobnokislinski okus. Poleg receptorjev v ustih pa poznamo tudi receptorje za okus v prebavni cevi. Tam so te pomembni predvsem v enteroendokrinih celicah, kjer ob prisotnosti različnih ligandov sprožijo izločanje različnih peptidnih hormonov (GLP-1, CCK, PYY itd.). Te nato stimulirajo vagusni živec, ki prenese informacijo do možganov, ki se primerno odzovejo (npr. ob prisotnosti sladkorjev se v prebavni cevi izloča GLP-1, ki sproži izločanje inzulina iz trebušne slinavke). Receptorje za okus lahko povežemo tudi z debelostjo. Genetske razlike pri receptorjih za maščobnokislinski okus (predvsem CD36, ki je najbolj raziskan) lahko povzročijo slabše zaznavanje maščobnih kislin, kar bi nato vodilo do debelosti. To povezavo je sicer potrebno še dokazati. Podobno bi lahko predvidevali za maščobnokislinske receptorje v prebavnem traktu. Kot alternativa za zdravljenje debelosti se je pojavila hipoteza o zdravljenju preko receptorjev za okus na adipocitah brez α-gustducina, na katere imajo grenke komponente inhibicijski učinek.

===Milica Janković: Jedrni receptorji: Karakteristike in regulacija receptorjev ter identifikacija ligandov===

Jedrni receptorji so proteini prisotni v celicah, ki prenašajo signale svojih ligandov. Naddružino jedrnih receptorjev sestavlja 48 transkripcijskih faktorjev (pri ljudeh). Aktivirajo se po vezavi liganda in vključujejo receptorje za steroidne hormone, lipofilne vitamine, ščitnične hormone in retinoinsko kislino. Receptor- ligandni kompleks se veže na specifično področje na DNA, katero imenujemo hormonski responsni element (HRE). Jedrni receptorji so transkripcijski faktorji, ker delujejo direktno v jedru in spreminjajo ekspresijo genov ter na ta način vplivajo na razvoj, diferencijacijo in homeostazo in metabolizem. Obstajajo štirje tipi nuklearnih receptorjev, ki se razlikujejo po signalnih poteh.Zavzemajo tudi različne konformacije, ki so povzročene z vezavo agonista, oziroma antagonista. Morda najbolj revolucionarna ugotovitev, je bilo presenetljivo odkritje, da obstajajo številni receptorji, kateri so povezani na majhne molekulske ligande. Ker ti ligandi niso znani, receptorji so poimenovani siroti (orphans) receptorji. Vprašanje je bilo, kako bi lahko prišli do odkritja tistih ligandov? Vsi jedrni receptorji imajo podobno strukturo, na podlagi česa je bilo lahko narediti vrsto testov za identifikacijo ligandov.
Ker se pa vežejo na majhne molekule, predstavljajo zanimive terapevtske cilje. Bi bili bogat vir za razvoj sintetičnih majhnih molekul kot ligandov.

===Tina Turel: Vpliv mikroorganizmov na presnovo glukoze===

V biomedicini je v zadnjih letih prišlo do odkritja, da črevesna mikroflora sodeluje v različnih metabolnih procesih. Mikroorganizmi v črevesju komunicirajo z gostiteljem preko TLR-jev. TLR so receptorji v prirojenem imunskem sistemu, ki zaznajo določeno patogeno zaporedje in aktivirajo imunski odziv oziroma omogočajo komunikacijo med črevesno mikrofloro in gostiteljem. Prav tako pa lahko TLR-ji pa omogočijo, da v različnih metabolnih procesih lahko sodelujejo tudi mikroorganizmi. V študiji so se znanstveniki usmerili v določitev vseh členov, ki vplivajo na presnovo glukoze. Presnova glukoze je univerzalni postopek, ki je prisoten v vseh vretenčarjih in tudi v nekaterih nevretenčarjih. Študija je odkrila manjkajočo povezavo med IFNɣ in presnovo glukoze in sicer A. muciniphilo, ključni mikroorganizem, ki je odgovoren za izboljšanje tolerance na glukozo. Potrdili so, da bakterija lahko izboljša toleranco glukoze v različnih gostiteljih. Irgm1 so določili kot glavnega posrednik med IFNɣ in A. muciniphilo. Dejstvo je, da je A. muciniphila prisotna tudi v človeški mikroflori, zato so znanstveniki opravili poskuse tudi na prostovoljcih. Izkazalo se je, da je postopek in pa vpliv določenih komponent na presnovo in toleranco glukoze enak kot pri miših. Raziskava pa ponuja novo pot v zdravljenju metabolnih bolezni in sicer reguliranje ravni A. muciniphile.

===Ana Maklin: Vloga PGP in PHO13 v metabolizmu===

PGP in njegov ortolog PHO13 v kvasovkah sta bila predmet številnih raziskav. Njune funkcije so zelo raznolike, jasno pa je, da s svojo fosfatazno aktivnostjo ter drugimi lastnostmi pomembno vplivata tudi na metabolizem. Zaradi stranske aktivnosti nekaterih encimov v metabolnih procesi, nastajajo tudi produkti, ki lahko ovirajo normalno delovanje celic. Evolucijsko gledano, so organizmi torej morali ustvariti popravljalni sistem, ki prepreči nadaljnje posledice teh napak. Naloga PGP in PHO13 je, da s svojo aktivnostjo pretvorita neželjene produkte, ki nastajajo zaradi stranske aktivnosti encimov, v druge, ki niso škodljivi. V metabolizmu glukoze, zaradi stranske aktivnosti gliceraldehid 3-fosfat dehidrogenaze in piruvat kinaze nastajata 4-fosfoeritronat in 2-fosfolaktat. Prvi je inhibitor 6-fosfoglukonat dehidrogenaze, drugi pa fosfofruktokinaze-1. Inhibicija teh dveh encimov bi brez PGP in PHO13 povzročila moteno glikolizo in pentoza fosftno pot. PHO13 oziroma njegova odsotno v celicah ima pomembo vlogo tudi pri pretvorbi rastlinske biomase v etanol. Ker uporaba etanola iz biomase kot vir obnovljive energije postaja vedno bolj razširjena, je PHO13 postal pomemben predmet za napredek v metabolnem inženirstvu. Deaktivacija PHO13 v kvasovkah z izraženimi XR/XDH/XK namreč preprečuje defosforilacijo ksiluloze 5-fosfata, kar omogoča nadaljevanje metabolnih procesov potrebnih za nastanek etanola, izboljša toleranco na običajne inhibitorje fermentacije (šibke kisline, produkti razgradnje sladkorjev) ter povzroči pospešeno transkripcijo genov, vključenih v pentozo fosfatno pot (naprimer TAL1,ki kodira protein transaldolazo, enega ključnih encimov pri neoksidativni pentoza fosfatni poti).

===Barbara Slapnik: Regulacija metabolizma glukoze v sesalskih celičnih kulturah===

Regulacija metabolizma glukoze je iz vidika celičnih kultur zelo pomembna, saj vpliva na celično rast in produktivnost celic. Boljše poznavanje regulacije metabolizma nam omogoča njegovo kontroliranje in s tem možnost za povečanje produktivnosti celic v celičnih kulturah. Regulacija metabolizma glukoze v celici poteka v več stopnjah. Pretok omejujejo intermediati, ki vstopajo še v druge metabolne poti. Zelo pomembna stopnja je regulacija z encimi. Glavni encimi, ki regulirajo glikolizo so heksokinaza, fosfofruktokinaza in piruvat kinaza. Poznamo več izooblik encimov, ki se razlikujejo po delovanju in afiniteti do substratov. Regulacija metabolizma glukoze poteka tudi na nivoju celične signalizacije. Protein kinaza B, ki ga imenujemo tudi Akt je odvisen od prisotnosti inzulina. Akt vpliva na izražanje glukoznega prenašalca 1 in delovanje heksokinaze ter fosfofruktokinaze. AMP kinaza je ključna za aktivacijo katabolnih poti in inhibicijo anabolnih poti. c-Myc je transkripcijski faktor, ki vpliva na izražanje glukoznega prenašalca 1 in delovanje fosfofruktokinaze, gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaze, fosfoglicerat kinaze in enolaze. p53 je transkripcijski faktor, ki zmanjša transkripcijo glukoznega prenašalca 1 in 3 ter aktivnost fosfoglicerat mutaze. Razumevanje regulacije metabolizma glukoze nam omogoča boljšo celično rast v bioreaktorjih.

===Ajda Krč: Spremembe v delovanju Krebsovega cikla in sposobnost prilagajanja parazitov na razmere v okolju===

Preučevanje parazitov, predvsem njihovega življenjskega kroga ter biokemijskih procesov, ki skrbijo za njihovo rast in razvoj, je pomembno predvsem z vidika preprečevanja bolezni, ki jih povzročajo s svojim zajedanjem v gostiteljskih organizmih. Paraziti iz debla Apicomplexa, v katerega spadata tudi Plasmodium falciparum in Toxoplasma gondii imajo značilen organel, t.i. apikoplast, s katerim prodrejo v gostiteljsko celico. Plasmodium falciparum spada v družino plazmodijev, zajedavcev eritrocitov, ki povzročajo malarijo, Toxoplazma gondii pa je glavni krivec za pojav toksoplazmoze. Življenjski krog teh parazitov se običajno deli na spolno in nespolno fazo razmnoževanja. Obe fazi spremljajo določeni procesi, ki pomagajo organizmom preživeti v najrazličnejših okoljih. Med mehanizme, ki sodelujejo pri preživetju, gotovo spada tudi ogljikov metabolizem, ki vključuje procese glikolize, glutaminolize, reakcije v Krebsovem ciklu ter elektronsko prenašalno verigo. V seminarski nalogi so opisane nekatere spremembe in prilagoditve določenih encimov Krebsovega cikla na okolje, v katerem se organizem nahaja, ter anaplerotične poti, v katere je Krebsov cikel parazitov vpleten. Prav tako so razložene nekatere alternativne poti, po katerih paraziti pridejo do potrebne energije (reakcije glutaminolize) glede na fazo v njihovem razvoju.

===Urban Hribar: Metabolizem polariziranih makrofagov===

Makrofagi lahko spremenijo svoje delovanje kot odziv na zunanje dejavnike za opravljanje različnih nalog. Temu procesu pravimo aktivacija oziroma polarizacija makrofagov. Makrofagi se lahko palarizirajo v makrofage tipa M1 (klasično aktivirani) in tipa M2 (alternativno aktivirani). Makrofagi M1 so pomembni v boju proti okužbam mikrobov in so znani kot makrofagi, ki promovirajo vnetja. Proizvajajo tudi dušikov oksid (NO) in vnetostne citokinine. Na dolgi rok lahko makrofagi M1 in njihovi produkti škodujejo tkivu lastnega oganizma. Zato makrofagi tipa M2 zavirajo vnetja in so odgovorni za popravilo tkiva. Pri funkcijah teh makrofagov imajo pomembno vlogo tudi spremenjeni metabolizmi polariziranih makrofagov. Makrofagi M1 imajo pospešeno delovanje glikolize ter zmanjšano aktivnost oksidativne fosforilacije. Z pospešeno glikolizo ter laktatno fermentacijo makrofagi proizvajajo večino svojih zalog ATP. Poleg tega ima tudi prekinjen krebsov cikel na dveh mestih. Prvo mesto je pri reakciji izocitrata v alfa-ketoglutarat, drugo mesto pa pri reakciji sukcinata v fumarat. Prekinitve v ciklu vodijo do kopičenja intermediatov, ki pa se uporabljajo za sintezo NO, prostgladinov in vnetnosnih citokinov. Hkrati je krebsov cikel makrofagov M1 povezan z ciklom sečnine, ki lahko proizvaja NO. Posebnost makrofagov M1 je tudi da v mitohondrijih proizvajajo povečane količine reaktivnih kisikovih zvrst (ROS). Te se tudi uporabljajo za boj proti bakterijam in proizvodnjo vnetnostnih citokinov.

===Urška Zagorc: Salmonela in citratni cikel===

Zastrupitev z bakterijo salmonelo spada med najpogostejše zastrupitve s hrano. Bakterija lahko živi v različnih okoljih, saj zna zelo dobro prilagoditi svoj metabolizem in se hkrati tudi izmakniti naravnemu imunskemu sistemu. Za to poskrbijo številni encimi citratnega cikla v salmoneli. Encimi akonitaza, izocitrat dehidrogenaza in izocitrat liaza inhibirajo delovanje inflamasoma NLRP3. Inflamasom je receptor imunskega sistema in aktivira kaspaze, ki vodijo v celično smrt. Z inhibiranim delovanjem teh inflamasomov posledično ne pride do celične smrti škodljivih celic. Tudi citrat in citratni cikel imata pri ohranjanju bakterije salmonele svojo vlogo. Citrat, na primer, je povezan v kompleks z železom. Ob izpostavljenosti dušikovemu oksidu, ki ima velik vpliv na celoten ogljikov metabolizem, se citrat porablja. Zmanjša se količina železa v celici, ki je bila prej v ravnotežju, hkrati pa se zmanjša tudi rast salmonele. Citratni cikel pa ni edini način, ki ga uporablja bakterija salmonela za svoje preživetje. Razvila je namreč mnogo poti, po katerih se lahko izogne oviram gostitelja. Ta se poleg inflamasomov bori s salmoneli strupenimi snovmi, kot je dušikov oksid, a tudi za to je bakterija že našla rešitev.

===Lija Srnovršnik: Hepatična oksidacija maščobnih kislin med stradanjem===

Jetra so ključna pri uravnavanju ravnotežja energije v celotnem telesu.
Da bi razumeli vlogo hepatične β-oksidacije maščobnih kislin med obdobjem stradanja, so vzredili miši z izločenim genom za delovanje karnitin acil-transferaze 2 v jetrih (Cpt2L-⁄- miši). Ta encim katalizira obvezen korak v mitohondrijski dolgoverižni β-oksidaciji maščobnih kislin. Karnitin acil-transferaza 2 namreč sodeluje pri prenosu maščobnih kislin v notranjost mitohondrija in brez nje β-oksidacija ne more potekati. Miši so stradali 24 ur, kar je povzročilo nalaganje maščobe na jetra in povišano raven lipidov v krvi, vendar pa odsotnost ketonskih telesc, medtem ko je raven glukoze ostala normalna. Če med stradanjem, hepatična oksidacija ne poteka, se inducirajo PPARα tarčni geni v jetrih. Sistemska homeostaza energije je bila večinoma vzdrževana v stradajočih Cpt2L-⁄- miših z adaptacijami v hepatični in sistemski ekspresiji genov za oksidacijo, na kar so vplivali PPARα tarčni geni, ki vključujejo prokatabolične hepatokine Fgf21, Gdf15 and Igfbp1.
Da bi primerjali rezultate, so Cpt2L-⁄- miši hranili s ketonsko dieto, prišlo je do hude lipolize ter posledično hepatomegalije (povečanja jeter), poškodb samega organa in posledično smrti. Opazili so popolno odsotnost zalog triacilglicerolov v adipocitih. Ti podatki kažejo, da hepatična oksidacija maščobnih kislin ni nujno potrebna za preživetje med pomanjkanjem hrane, vendar je ključna za omejitev lipolize v adipocitih ter regulacijo nadomestnega katabolizma, ko je glukoza omejena.

===Patrik Levačić: Ceramidi in njihova povezava z debelostjo===
V modernem svetu je debelost vse večji problem, če ne celo eden glavnih krivcev za bolezni, ki so povezane s prekomerno cirkulacijo lipidov v krvi, kot je npr. ateroskleroza ipd. Tekom debelosti je prisotnega več sladkorja v obliki glukoze, lipidov ter vnetji. Ker je presežek lipidov, natančneje maščobnih kislin v obtoku, so to primerni pogoji za tvorbo ceramidov, ki so sicer še sestavljeni iz sfingozina, ki se preko aminske skupine poveže z maščobno kislino. Ceramidi se eni glavnih krivcev za znižano stopnjo oksidacije maščobnih kislin, to pripomore k nalaganju maščobnega tkiva na organe ter v adipocitno tkivo, a žal lahko tudi adipocitno tkivo raste do neke mere, ko doseže maksimalno velikost posatne to tkivo nefunkcionalno in ne more več shranjevati lipidov. Rezultat je prekomerna cirkulacija lipidov v krvi. V seminarju je največ govora o dveh specifičnih ceramidih, ceramid C16:0 ter ceramid C18:0, ki sta v raziskavah imela vlogo negativnega regulatorja metabolizma lipidov ter slodkorjev. Kakršnekoli motnje metabolizma pa se odražajo v obliki vnetji, slabši funkcionalnosti celic, samih organelov v notranjosti celice ter kroničnih obolenj kot so npr. sladkorna bolezen. Za boj proti debelosti je večina študij ugotovila, da s povišanim procentom oksidiranih maščobnih kislin dosežemo zmanjšanje deleža prostih maščobnih kislin ter blokiramo tvorbo novih ceramidov.

===Jerneja Nimac: Ketonska telesca kot signalni metaboliti===

Nove raziskave na področju ketonskih telesc kažejo, da ta niso le pasivni prenašalci energije, ampak tudi pomembni signalni metaboliti. Najpomembnejši med njimi je β-hidroksibutirat (BHB). Signalne vloge, ki mu jih pripisujejo so inhibicija histonske deacetilaze razreda I (HDAC), aktivacija z G-proteinom sklopljenega receptorja HCAR2 in inhibicija prav tako z G-proteinom sklopljenega receptorja FFAR3. Ko BHB inhibira HDAC se poveča izražanje genov, ki zmanjšajo oksidativni stres, poleg tega pa naj bi ta inhibicija izboljšala občutljivost na inzulin. Antilipolitični učinek receptorja HCAR2 inhibira hormonsko odzivno triglicerid lipazo, kar ustvari negativno povratno zanko in zaustavitev ketogeneze. Vpliv BHB na receptor FFAR3 pa še ni popolnoma raziskan. Predpostavljajo, da BHB vpliva na FFAR3 v odvisnosti od pogojev, torej G-proteina in koncentracije BHB, je pa ena od raziskav pokazala, da molekula BHB z vezavo na FFAR3 inhibira od napetosti odvisne kalcijeve kanalčke. Molekula BHB se veže tudi na inflamasom NLRP3 in z njegovo inhibicijo prepreči izstop K+. Poleg ketonskega telesca BHB pa ima nekaj signalnih funkcij tudi acetoacetat. Slednji skupaj z molekulo BHB regulira vezikularni transporter glutamata (VGLUT2), in sicer tako da inhibira od Cl- odvisni vnos glutamata. Signalna funkcija ketonskih telesc v celici pa sproži odzive, ki naj bi pripomogli k zaviranju epilepsije, demence, raka in vplivali na staranje.

===Nika Mikulič Vernik: Hiperamoniemija in metode zdravljenja===

Amonijak se v telesu porablja v anabolizmu aminokislin, sintezi proteinov in zagotavljanju pH vrednosti. Kadar ga je v krvni plazmi preveč, ga mora telo detoksicirati in izločiti, za kar skrbi cikel uree v jetrnih celicah. Preostanek amonijaka odstrani glutamin sintetaza, ki iz glutamata tvori glutamin. Če je amonijaka v krvi preveč, to stanje imenujemo hiperamoniemija. Za razvoj te bolezni poznamo več vzrokov, glede na njih pa ločimo primarno (okvare encimov ali transporterjev, ki delujejo v ciklu uree) in sekundarno hiperamoniemijo (inhibicija cikla uree).
Ker ima amonijev ion NH4+ podoben atomski radij kot K+, lahko membrane prehaja na enak način. Preide lahko tudi krvno možgansko bariero, kar povzroča nevrološke težave, kot so zatekanje astrocitov, povečana permeabilnost krvno možganske bariere, cerebralni edem (zatekanje možganov) in hepatična encefalopatija, kar lahko vodi v komo in celo smrt.
Zdravila za zdravljenje hiperamoniemije imajo dva možna načina delovanja; 1) zmanjšanje nastanka in absorpcije amonijaka (zmanjševanje števila bakterij, ki proizvajajo ureaze, ali zmanjševanje degradacije glutamina in glicina); 2) izboljšanje sistemov za detoksikacijo in izločanje. Zraven tega se uporabljajo tudi razne dialize, genske in celične terapije ter kirurški posegi.

===Tanja Zupan: Presnovne bolezni aminokislin===

Bolezen javorjevega sirupa (MSUD), fenilketonurija (PKU), hiperamoniemija (HA), citrulinemija (CTLN), tirozinemija, cistinoza in Hartnupova bolezen so presnovne bolezni aminokislin, ki se dedujejo avtosomno recesivno. Bolezen javorjevega sirupa se pojavi zaradi nedelovanje encima BCKDH (ang. »branched-chain α-ketoacid dehydrogenase complex«), zato se v urinu poveča koncentracija α-ketokislin, ki dajejo urinu značilen vonj po javorjevm sirupu. Nedelovanje encima fenilalanin hidroksilaza (PAH), ki sodeluje pri presnovi fenilalanina v tirozin pa povzroči fenilketonurijo. Tirozinemija je posledica pomanjkanja oz. nedelovanje encimov v metabolni poti tirozina, delimo jo na tri tipe: tirozinemija tipa I (pomanjkanje encima fumarilacetoacetate (FAH), ki katalizira razgradnjo fumarilacetoacetata v acetoacetat in fumarat), tirozinemija tipa II (pomanjkanje encima tirozin aminotrasnferaze (TAT) v jetrih, ki tirozin pretvori v p-hidroksilfenilpiruvat), tirozinemija tipa III (pomanjkanje p-hidroksifenilpiruvat dioksigenaza). Cistinoza pa je bolezen, ki je posledica okvarjenega transporta cistina iz lizosomov v citoplazmo, pri čemer se cistin kopiči v celicah in jih poškoduje zaradi tvorbe kristalov. Hiperamoniemija in citrulinemija sta bolezni, ki ju povzroči nedelovanje encimov v ciklu sečnine. Za hiperamoniemijo je značilna zvišana koncentracija amoniaka v krvi zaradi pomanjkanja encima ornitin transkarbamilaze (OTC). Citrulinemijo delimo na dva tipa, citrulinemijo tipa I ali klasično citrulinemijo, pri kateri gre za pomanjaknja argininosukcinata, ter citrulinemijo tipa II, kjer gre za pomanjkanje citronov. Bolezni zdravimo oz. omejimo njene posledice s strogo vseživljenjsko dieto, pri kateri omejimo vnos določene aminokisline v organizem.

===Anja Tavčar: Regulacija imunskega odziva z metabolizmom L-arginina===
L-arginin je pri človeku ena od pogojno esencialnih aminokislin, kar pomeni, da ga moramo v primerih, ko potreba po njem presega zmožnosti lastne produkcije, vnašati s hrano. Njegov metabolizem poteka v tako imenovanih mieloidnih celicah zaviralkah (MSC), in sicer s pomočjo encima arginaze (ARG, nastajata urea in L-ornitin) ali NO-sintaze (NOS, nastajata NO in L-citrulin). Obe vrsti encimov za svoje delovanje nujno potrebujeta kofaktorje, da pa do aktivnosti sploh pride, mora mieloidna celica prejeti signal iz okolice. Običajno gre za vezavo katerega od številnih citokinov, ki služijo kot signalne molekule med različnimi elementi imunskega sistema. Pri razumevanju uravnavanja oz. usklajevanja delovanja ARG in NOS ostaja še kar nekaj nerazrešenih vprašanj in problematik, vendar lahko kljub temu potrdimo, da je njuna združena aktivnost pomemben supresor T celic ter hkrati odličen označevalec mieloidnih celic zaviralk, ki so razširjene po celem telesu. Z regulacijo aktivnosti teh dveh encimov celice vplivajo na delovanje okoliških limfocitov T in tako inhibirajo njihovo pretirano izražanje ter poliferacijo po odstranitvi patogena iz sistema, ki bi sicer privedla do akumulacije T celic. V primeru, da do tega zaviranja ne pride, govorimo o avtoimunskih boleznih, kjer zaradi predolge izpostavljenosti citotksičnim limfocitom, prihaja do okvar, ki vodijo v napadanje telesu lastnih celic ter nastanka tumorjev.

===Maja Vrabec: Poškodbe mitohondrijske DNA in popravljalni mehanizmi===
V mitohondrijski DNA se mutacije kopičijo bistveno hitreje in v večji meri kot v jedrni DNA. Zaradi sproščanja reaktivnih kisikovih zvrsti (ROS) iz dihalne verige v mitohondrijih in omejenega nabora mehanizmov odstranjevanja oziroma pretvarjanja le-teh v manj škodljive kompomnente, je oksidativno okolje mitohondrijske DNA dolgo časa veljalo za glavni razlog večjega števila mutacij. Pred nekaj leti pa je bilo dokazano, da so glavni razlog za kopičenje mutacij v mitohondrijski DNA napake v replikaciji, kar vključuje neustrezno delovanje mitohondrijske DNA polimeraze POLG ter nesorazmernosti in modifikacije v zalogah deoksi nukleotidov tri-fosfat, ki so namenjeni za vključitev v novonastajajoče verige. Mitohondrijska DNA ima bistveno manjši nabor popravljalnih mehanizmov kot jedrna DNA, zaradi česar veliko mutacij ostane nepopravljenih in se kopičijo. Poleg tega ima določen vpliv na količino mutacij v DNA tudi okolje in razne škodljive komponente v njem, ki največkrat preko tvorbe aduktov z mtDNA močno ovirajo ali onemogočajo delovanje mitohondrijske DNA polimeraze med replikacijo in transkripcijo. Najpogostejše mutacije v mitohondrijski DNA so zamenjava enega nukleotida in vstavitev oziroma odstranitev posamezne baze. Določen delež mutacij je prisoten načeloma v vseh mitohondrijskih genomih, posledice za funkcionalnost celotnega mitohondrija in celice se začnejo kazati šele, ko količina mutacij doseže nek določen nivo, ki je odvisen od tipa celic.

===Anja Černe: Vpliv mitohondrijskega stresa na staranje===
Mitohondrij je glavni določevalec aktivnosti HSR (odgovor na stres), vzdrževanja proteostaze in življenske dobe. HSR je transkripcijski program, ki se vzpostavi kot odgovor na stres. Glavni člen pri HSR je transkripcijski faktor HSF-1 (heat-shock factor 1). V začetku reproduktivne dobe se aktivnost HSR zmanjša v prid razmnoževanju. Inhibicijo HSR spodbudi povišana histonska metilacija histona H3K27 na delih kromosoma, kjer je lociran gen za stres. Preko blagega mitohondrijskega stresa lahko v celicah zmanjšamo represijo HSR ter upočasnimo proces staranja. Induciran stres mora biti v omejen. Motnje v mitohondriju lahko sprožimo s kemikalijami (inhibicija kompleksov I in III), infekcijo s patogenimi bakterijami ali preko neravnovesij v mitohondrijski DNA. Celica se na stres odzove z odgovorom UPRmt, s katerim obnovi proteostazo (proteinska homeostaza). Kadar pride do kolapsa proteostaze (stanje, v katerem šaperoni ne zmorejo dovolj učinkovito oz. hitro popravljati nepravilno zvite proteine), se sproži mitohondrijski odgovor na nezvite proteine - UPRmt. Tovrsten odgovor se začne z delovanjem protease CLPP-1, ki razgradi moteče proteine na kratke peptide in le-te transporter HAF-1 izvozi iz matriksa. Peptidi nato aktivirajo transkripcijski faktor AFTS-1, ki se v jedru veže na promotorje genov za mitohondrijske šaperone. V mitohondriju je zelo pomembna regulacija aktivacije kompleksa I; pretirana inhibicija ima lahko usodne učinke (npr. pomanjkanje testosterona znatno zniža aktivnost kompleksa I), medtem ko blago utišanje lahko doprinese k upočasnjevanju staranja (npr. rotenon inhibira kompleks I, kar spodbuja UPRmt).

===Špela Deučman: Vloga reaktivnih kisikovih zvrsti (ROS) pri celični signalizaciji===
Pri mnogih celičnih procesih nastaja superoksid oz. radikali, ki se kasneje s kisikom združijo v superoksid. Te spojine, imenovane reaktivne kisikove zvrsti (ROS), nastajajo predvsem v mitohondrijih, peroksisomih, endoplazemskem retikulumu in na kompleksih NADPH oksidaze. Zaradi njihove velike reaktivnost so znanstveniki dolgo časa menili, da so to nezaželene molekule, ki povzročajo poškodbe lipidov, proteinov in DNA. V zadnjih dveh desetletjih pa so ugotovili, da imajo pomembno vlogo v homeostazi in kot posredniki intraceličnega signaliziranja. Regulacija ROS z encimi in antioksidanti je ključnega pomena, saj preprečuje poškodbe celičnih struktur in celično smrt hkrati pa vzdržuje dovolj veliko koncentracijo za namene signalizacije. Organizmi so razvili več mehanizmov in najpogostejši med njimi je mehanizem imenovan »redox relay«, pri katerem H2O2 oksidira cisteinske ostanke proteinov kot so PRXs in GPXs. Pri kvasovkah H2O2 oksidira Orp1, ki v nadaljevanju oksidira Yap1. Pri tako imenovanem »floodgate« mehanizemu nastaja H2O2, ki regulira sintezo kortikosterona (pri miših) z negativno povratno zanko, kar omogoča akumulacijo H2O2 ter nadaljnjo signalizacijo. Pri signalizaciji z drugimi rastnimi faktorji prav tako nastaja in se akumulira H2O2, vendar se PRX začasno inaktivira s fosforilacijo. Pri hipoksičnih pogojih se PRX1 oksidira in s tem preprečuje oksidacijo (inaktivacijo) AMPK. Pri interakciji ASK1 in TRX slednji deluje kot nosilec in negativni regulator ASK1. Ob oksidaciji TRX z H2O2 ASK1 oddisociira in tako postane aktiven.

===Katja Doberšek: Vpliv zunanjih dejavnikov na sintezo celuloze===
Celuloza je najpomembnejša sestavina primarne celične stene višje razvitih rastlin. Sintetizira se na plazmalemi na posebnih proteinskih strukturah, imenovanih celulozo sintazni kompleksi ali rozete. To so strukture iz šestih delov, organiziranih v šestkotnik s premerom okoli 30nm. Na vsakem izmed teh šestih delov se nahajajo tri molekule proteina celulozne sintaze, ki glukozne ostanke povezuje v celulozno fibrilo. Rozeta je skupaj s proteini celulozne sintaze pripeta na sistem kortikalnih mikrotubulov, po katerih se premika. Na okoljske stresorje se rastline različno odzivajo, vendar gre pri tem pogosto za spremembe v mehanizmu sinteze celuloze in raziskave so v zadnjem času veliko pozornosti posvečale boljšemu spoznavanju teh odzivov. Okoljske stresorje delimo na abiotske, kot so temperatura, količina svetlobe in osmotski tlak, ter biotske, kot so prisotnost drugih organizmov, predvsem bakterij ali virusov. Pri izražanju genov za proteine, ki sodelujejo pri mehanizmu sinteze celuloze, imajo pomembno vlogo nekateri rastlinski hormoni – fitohormoni, ki se sprošččajo pod vplivom okoljskih stresorjev. To so hormoni družine brasinosteroidov in ABA, ki ga imenujejo tudi rastlinski hormon stresa. Ti s svojim delovanjem namreč aktivirajo ali deaktivirajo določene transkripcijske faktorje, ki se lahko direktno vežejo na promotorsko regijo genov za proteine CESA in drugih.

===Martin Špendl: Lektini in prepoznavanje sladkornih podenot===
Večina organizmov sintetizira proteine, ki lahko vežejo ogljikove hidrate specifično in reverzibilno. Imenujemo jih lektini (izpeljava latinskega glagola izbrati) ali aglutinini, zaradi svoje sposobnosti tvorbe skupkov in obarjanja celic, tako kot protitelesa. Bolj natančno so to proteini, ki lahko vežejo mono- ali oligosaharide v ne-katalitične domene. Saharidi svoje strukture ob vezavi ne spreminjajo, lahko pa spremenijo energijsko stanje le-teh. Od protiteles jih razlikujemo po tem, da njihova prisotnost ni nujno povezana z imunskim odzivom in so lahko prisotni tudi kot posledica stresa ali spremembe v okolici. Večinoma se nahajajo v ekstra-celularnem matriksu (ECM), lizosomih, membranah celic in jedru. Najbolj pogosti so v semenih stročnic. Njihova naloga je prevajanje informacij saharidnih podenot glikolipidov, glikoproteinov in proteoglikanov, ki lahko zaradi svojih mnogoterih struktur v zgoščenem prostoru, kot je na primer EMC, prenašajo veliko gostoto le-teh. Posledično morajo biti vezavna mesta lektinov temu primerno bolj kompleksna. Na osnovi teh lastnosti lektinov izvirajo postopki obdelave vzorca pri naravoslovnih metod in farmacevtskih sintezah zdravilnih učinkovin.Lektini tipa C, ki imajo v svojem vezavnem mestu kation kalcija, so v visokih koncentracijah toksični. Zato moramo živila, ki vsebujejo lektine (na primer stročnice, žita, kostanj in krompir) pred zaužitjem skuhati, da se denaturirajo. V nasprotnem primeru lahko uživanje lektinskih živil privede do bruhanja, driske, prebavnih motenj, slabosti in napenjanja.

===Lea Knez: Trehaloza-6-fosfat kot signalna molekula v rastlinah===
V rastlinah imajo ogljikovi hidrati ključno vlogo v metabolizmu, poleg tega, pa lahko delujejo tudi kot signalne molekule. Ena izmed takih signalnih poti vključuje zaznavanje ter odziv na trehalozo-6-fosfat (T6P). Sintezo T6P katalizira encim trehaloza-6-fosfat sintaza (TPS). T6P deluje kot signal za razpoložljive zaloge ogljikovih hidratov, saj je njegova koncentracija v celicah tesno povezana s koncentracijo saharoze. Dokazali so, da T6P vpliva na sintezo škroba ter da inducira cvetenje rastlin, vendar so potrebne nadaljne raziskave za ugotovitev mehanizma delovanja T6P v teh procesih. T6P je prvi odkriti metabolit, ki sodeluje pri koordinaciji metabolizma z rastjo in razvojem rastline. Izguba gena za encim TPS upočasni razvoj in shranjevanje energijskih zalog v embriju. Predlagali so regulatorni mehanizem kjer T6P deluje na SnRK1 (sucrose non-fermenting related kinase-1) tako da ga inhibira, kar spodbudi anabolične procese in rast rastline. Ob nižjih koncentracijah T6P, pa se SnRK1 aktivira in pospeši katabolične procese ter adaptacijo rastline na zmanjšane zaloge ogljika. Genom rastline Arabidopsis thaliana vsebuje 11 TPS (AtTPS1-11) genov, od katerih so le za TPS1 dokazali encimsko aktivnost, funkcije ostalih homologov pa so še neznane. V bodočih raziskavah bi bilo predvsem pomembno razumeti kakšno vlogo imajo vsi encimi iz družine TPS v rastlinah.

===Nika Goršek: Lipidi v gostiteljski celici ob okužbi z virusom hepatitis C===
Virus hepatitis C je glavni krivec za razvoj jetrne steatoze, fibroze, ciroze in hepatocelularnega karcinoma. Z virusom je okuženih že 170 milijonov ljudi. Življenjski cikel HCV je tesno povezan z metabolizmom lipidov, od vstopa pa vse do njegovega sestavljanja in sekrecije. Virus se poveže s celico preko številnih receptorjev, ki so vključeni predvsem v metabolizem lipidov (LDL-r, SR-BI, NPC1L1, CD81, TfR1, klaudin-1 in okludin). V celico pa vstopi preko s klatrinom posredovane endocitoze. Translacija virusnih polipeptidov poteka na membrana endoplazemskega retikuluma. Pri replikaciji sodelujejo tako virusni kot celični proteini. Replikacija poteka na membranskih mrežah, ki služijo kot osnova za nastanek replikacijeskega kompleksa. Virus si prilasti lipidni metabolizem in tako v membranske mreže privablja sfingolipide in holesterol preko lipidnih transfer proteinov. Virus je zmožen relokalizirati fosfatidilinozitol 4-kinazo III α, ki omogoča sintezo fosfatidilinozitol-4-fosfatov (glicerofosfolipidi), ki so nujno potrebni za nastanek replikacijskega kompleksa.
Raznorazne analize so pokazale, da je virus spremenil ekspresijo genov v gostiteljski celici. Predvsem se je spremenila regulacija genov za holesterolno biosintezo – se je povečala.
Virusne – lipidne interakcije so zelo privlačne za razvoj posrednih protivirusnih zdravil, saj je za virus težje, da razvije mutacije, ki bi delovale proti zdravilom, katerih tarča je gostiteljska celica. Obstajajo nekatera, za zdaj še ne priznana zdravila, ki vplivajo na gostiteljsko celico, vendar so za njihovo uporabo potrebne dodatne analize in raziskave.

===Nika Zaveršek:Povezava velike depresivne motnje z razmerjem med omega-6 in omega-3 maščobnimi kislinami===
Velika depresivna motnja je duševna motnja, ki jo spremljajo občutki tesnobe, letargije, razdražljivosti, krivde, težave s koncentracijo, izguba veselja in zanimanja do običajno prijetnih dejavnosti, lahko povzroči tudi samomorilne misli. V zadnjih desetletjih je depresija postala bolj pogosta. V tem časovnem okvirju pa se je drastično spremenila tudi prehrana v tem delu sveta, in sicer predvsem v razmerju zaužitih esencialnih omega-6 in omega-3 maščobnih kislin, ki je od ugotovljenega idealnega razmerja 2:1 narastla do zaužitih 15-20:1. Povečano razmerje lahko povzroči nevrološke, kognitivne bolezni, bolezni srca in ožilja, možganov in ožilja ter bolezni povezanih z razpoloženjem. Razmerje omega-6:omega-3 maščobnih kislin vpliva na sestavo fosfolipidov v membrani in s tem na njeno fluidnost ter sintezo eikozanoidov, ki regulirajo vnetja, zato poznamo pro- in protivnetne. Izkaže pa se, da ti eikozanoidi ne regulirajo samo vnetij, ampak tudi vse druge mehanizme povezane z njimi, kot so HPA os in posledično sinteza kortizola, ta pa regulira sintezo nevrotransmiterjev npr.: serotonin. Fluidnost membran pa poleg tega vpliva tudi na kvartarno strukturo membranskih proteinov v nevronih in tako na njihovo afiniteto za nevrotransmiterje.

===Špela Supej: Biosinteza rastlinskih alkaloidov===
Alkaloidi so strukturno zelo raznolika skupina naravnih organskih spojin, ki nastanejo kot sekundarni metaboliti pri rastlinski presnovi aminokislin. Za njihovo zgradbo je značilno, da vsebujejo dušik, ki je običajno vezan v heterocikličen obroč. Večina alkaloidov je zelo strupenih in imajo izrazito grenak okus ter tako za mnoge rastline predstavljajo učinkovito zaščito pred rastlinojedci in patogenimi organizmi. Kljub temu pa se mnogi zaradi svojih fizioloških in koristnih farmakoloških lastnosti uporabljajo v medicini. Glede na izvor ločimo alkaloide, ki so sintetizirani iz aminokislin in tiste, ki so sintetizirani iz nukleotidov. V seminarju predstavim sintezo dveh pomembnih alkaloidov in njun vpliv na človeško telo. Tropanski alkaloid nikotin v rastlini tobaka nastane iz treh aminokislin (asparginske kisline, ornitina in metionina) in iz gliceraldehida. Biosinteza poteka v dveh delih, eden izmed njenih glavnih regulatorjev pa je rastlinski hormon jasmonska kislina, ki sproži povečano izražanje genov za sintezo encimov, ki so potrebni za nastanek nikotina. Ta v človeškem telesu deluje kot agonist na večino nikotin acetilholinskih receptorjev in povzroča sproščanje dopamina in adrenalina v krvni obtok. Drug pomemben alkaloid, ki je predstavljen, je kofein, ki izvira iz družine purinskih alkaloidov. Sintetizira se iz ksantozina, v telesu pa deluje kot blago poživilo in diuretik.

BIO2 Seminar 2017

2018-01-04T17:45:29Z

Spelasupej: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Ines Medved || 12 || Receptorji za vonj v epidermisu || Špela Supej || Lea Knez || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Luka Gregorič || 12 || Pozitivne vloge negativnih regulatorjev || Uroš Prešern || Katja Doberšek || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Daria Latysheva || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Daria_Latysheva:_The_role_of_intrinsically_disordered_proteins_in_signalling_pathways_and_regulation The role of intrinsically disordered proteins in signallng pathways and regulation] || Luka Fratina || Martin Špendl || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Polona Skrt || 12 || Mehanizem zaznavanja okusa maščobe || Andreja Habič || Ajda Galič || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Peter Škrinjar || 12 || Receptorji za okus in njihova povezava z debelostjo || Andrej Race || Nika Zaveršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Milica Janković || 12 || Nuklearni receptorji: Karakteristike in regulacija receptorjev ter identifikacija ligandov || Anže Jenko || Nika Goršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Tina Turel || 14-15 || Vpliv mikroorganizmov na presnovo glukoze || Ines Medved || Špela Supej || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Barbara Slapnik || 14-15 || Regulacija metabolizma glukoze v celičnih kulturah|| Luka Gregorič || Uroš Prešern || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Ana Maklin || 14-15 || Vloga PGP in PHO13 v metabolizmu || Daria Latysheva || Luka Fratina || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Ajda Krč || 16 || Spremembe v delovanju Krebsovega cikla in sposobnost prilagajanja parazitov na razmere v okolju || Polona Skrt || Andreja Habič || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Urban Hribar || 16 || Metabolizem polariziranih makrofagov || Peter Škrinjar || Andrej Race || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Urška Zagorc || 16 || Salmonela in citratni cikel || Milica Janković || Anže Jenko || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Patrik Levačić || 17 || Ceramidi in njihova povezava z debelostjo || Tina Turel || Ines Medved || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Jerneja Nimac || 17 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Jerneja_Nimac:_Ketonska_telesca_kot_signalni_metaboliti Ketonska telesca kot signalni metaboliti] || Barbara Slapnik || Luka Gregorič || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Lija Srnovršnik || 17 || Hepatična oksidacija maščobnih kislin med stradanjem || Ana Maklin || Daria Latysheva || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Nika Mikulič || 18 || Hiperamoniemija in metode zdravljenja || Ajda Krč || Polona Skrt || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Tanja Zupan || 18 || Presnovne bolezni aminokislin || Urban Hribar || Peter Škrinjar || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Anja Tavčar || 18 || Regulacija imunskega odziva z metabolizmom l-arginina || Urška Zagorc || Milica Janković || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Maja Vrabec || 19 || Poškodbe mitohondrijske DNA in popravljalni mehanizmi || Patrik Levačić || Tina Turel || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Špela Deučman || 19 || Vloga reaktivnih kisikovih zvrsti (ROS) pri celični signalizaciji || Jerneja Nimac || Barbara Slapnik || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Anja Černe || 19 || Vpliv mitohondrijskega stresa na staranje || Lija Srnovršnik || Ana Maklin || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Lea Knez || 20 || Trehaloza-6-fosfat kot signalna molekula v rastlinah || Nika Mikulič || Ajda Krč || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Katja Doberšek || 20 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Katja_Doberšek:_Vpliv_zunajceličnih_dejavnikov_na_sintezo_celuloze_v_rastlinskih_celicah Vpliv zunajceličnih dejavnikov na sintezo celuloze v rastlinskih celicah] || Tanja Zupan || Urban Hribar || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Martin Špendl || 20 || Lektini in prepoznavanje sladkornih podenot || Anja Tavčar || Urška Zagorc || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Ajda Galič || 21 || || Katja Dolenc || Patrik Levačić || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Nika Zaveršek || 21 || Povezava velike depresivne motnje z razmerjem med omega-6 in omega-3 maščobnimi kislinami || Špela Deučman || Jerneja Nimac || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Nika Goršek || 21 || Lipidi v gostiteljski celici ob okužbi z virusom hepatitisa C || Anja Černe || Lija Srnovršnik || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Špela Supej || 22 || Biosinteza rastlinskih alkaloidov || Lea Knez || Katja Dolenc|| 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Uroš Prešern || 22 || Ribonukleotid reduktaza || Katja Doberšek || Tanja Zupan || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Luka Fratina || 22 || Fermantivna proizvodnja aminokislin v bakterijah || Martin Špendl || Anja Tavčar || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Andreja Habič || 23 || Rjavo maščobno tkivo kot sekrecijski organ || Ajda Galič || Maja Vrabec || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Andrej Race || 23 || Ghrelin || Nika Zaveršek || Špela Deučman || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Anže Jenko || 23 || || Nika Goršek || Anja Černe || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Katja Dolenc || 23 || || Maja Vrabec || Nika Mikulič || 20/01/17 || 22/01/17 || 24/01/17
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2017|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2017 Povzetki seminarjev

2017-05-05T16:57:56Z

Spelasupej: /* Ana Scott: Naslov seminarja */

[[TBK2017-seminar|Nazaj na osnovno stran]]
===Ana Scott: Naslov seminarja===
Tekst ....

'''Patrik Levaćić: Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionanlnost in strukturo prebavnih celic'''

Vnos nano delcev titanovega dioksida (TiO2) preko prehrambenih izdelkov kot so sladkarije ter žvečilni gumiji je praktično nemogoče. Prebavni trakt služi kot pomembna meja med telesom in zunanjim okoljem. Cilj raziskave je bilo opazovanje posledic vnosa 30 nano meterskih delcev titanovega dioksida preko modela celične strukture tankega črevesja ter določitev kako akutna ter kronična izpostavljenost takim delcem lahko vpliva na funkcionalnost in strukturo celice. Postopek prepoznavanja TiO2 delcev je zelo kompleksen, navadno se uporablja Ramanova spektroskopija, ki izkorišča lastnosti molekule kot so vibracijska ter rotacijska stanja, s tem pa dobimo tako imenovani ''finger-print'' molekule, saj ima vsaka molekula svoje lastnosti in se po njih loči od drugih molekul. Rezultati raziskave so potrdili, da čeprav akutna izpostavljenost ni pustila resnejših posledic na celični strukturi, ima kronična izpostavljenost kar nekaj posledic na celičnem nivoju. Spremeni se funkcionalnost celice, nivo delovanja membranskih encimov vpade, spremeni se prav tako tudi struktura, saj se zmanjša sposobnost vsrkavanja nutrientov preko mikrovilov.

'''Tina Turel: Povezanost retrovirusov z razvojem možganov'''

Možgani človeka so bistveno bolj razviti od možganov drugih sesalcev in zato veliko težji za raziskovanje in razumevanje. Številne raziskave so dokazale, da bi transportni elementi (TE-ji), ki so še pred nekaj leti veljali za neuporaben del DNA, tako imenovan »junk DNK«, lahko bili odgovorni za današnjo stopnjo razvitosti človeških možganov.
Retrovirusi so posebna skupina virusov. Nekateri veljajo za škodljive (HIV), drugi pa so povsem neškodljivi. V našem DNA je več kot 1000 različnih retrovirusov. V raziskavi, ki jo je vodil Johan Jakobsson in se je odvijala v Lundu, so dokazovali pomembno vlogo ERV-ja, endogenega retrovirusa v razvoju človeških možganov. Želeli so pokazati, da nekaj tisoč ERV-jev, mnogi so primarno specifični, delujejo kot priklopna podlaga za epigenetske represorsko beljakovino TRIM28, ki vzpostavi lokalni hetero kromatin okoli ERV-jev. Retrovirusi lahko pri vsakem človeku reagirajo drugače, saj so tak tip genetskega materiala, da se lahko nahajajo v katerem koli delu v genomu. Različna izražanja ERV-ja pa bi bila lahko tudi razlog za možganske okvare, ki povzročijo bolezni, kot so ALS, shizofrenija in bipolarna motnja .

'''Nina Mezgec Mrzlikar: Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo'''

Shizofrenija je duševna motnja, ki se razvije v zgodnjem odraslem obdobju. DISC-1 (Disrupted-In-Schizophrenia-1) je protein, kodiran z genom DISC-1 in je močno izražen v možganskem hipokampusu. Sodeluje pri razvoju aksonov in povezovanju celic. Caveolin-1 je ogrodni protein bistven pri regulaciji receptorjev na membranah in spodbuja razvoj novih povezav med živčnimi celicami. V tej raziskavi so znanstveniki proučevali vpliv proteina Cav-1 na izražanje gena DISC-1 v živčnih celicah. Ugotovljeno je bilo, da prekomerno izražen gen Cav-1 povzroči večje izražanje gena DISC-1 in drugih sinaptičnih proteinov, ki so potrebni za prenos živčnega signala. V miših, katerim so iz hipokampusa odstranili Cav-1 je posledično prišlo do manjšega izražanja DISC-1 in hkrati drugih sinaptičnih proteinov. Izguba Cav-1 torej zmanjšuje aktivnost sinaps, kar pa je vzrok za številne nevrodegenerativne bolezni, kot je tudi shizofrenija. Ugotovitve kažejo na pomembno vlogo proteina Caveolin-1 v celicah, saj vzdržuje pravilno delovanje receptorjev in s tem prenos živčnega signala.

'''Sonja Gabrijelčič: Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami'''

Odpornost bakterij na antibiotike je v porastu po vsem svetu. Pojavlja se tako v državah v razvoju, kjer je predvsem posledica nekvalitetnih antibiotikov, kot v najrazvitejših državah sveta, kjer se pojavlja več in več patogenov, ki lahko preživijo v okolju z več zdravilnimi učinkovinami oziroma antibiotiki. Bakterije lahko pridobijo odpornost ali z izmenjavo mobilnih genetskih elementov ali z mutacijo genetskega materiala, ki je že v celici. V raziskavi, ki jo opisuje članek, so raziskovalci želeli opazovati slednje, zato so izmed bakterij, ki so lahko sočasno odporne na več antibiotikov, izbrali Mycobacterium smegmatis, sorodnico bakterije, ki povzroča tuberkulozo, in eno od predstavnic skupine bakterij, pri kateri do izmenjevanja plazmidov praktično ne pride. Klasificirali so tipe mutacij, do katerih je prišlo, in se osredotočili predvsem na mutacije, ki so se zgodile na mestih genoma, kjer se kodirajo proteini, ki so sestavni deli ribosomov. Ugotovili so, da so taki mutanti odporni na antibiotike z različnimi mehanizmi delovanja, ki jim niso bili še nikoli izpostavljeni, na antibiotike širokega spektra in poleg tega tudi na nekatere druge mehanske strese na membrane.

'''Daria Latysheva: Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic'''

Mehansko aktivni kanalčki so membranski proteini, ki so neposredno odvisni od sile in pretvarjajo mehanske držljaje v električne oz. biokemijske signale. Piezo1 je mehansko aktiven ionski kanalček, ki spodbuja celično smrt v predelih z visoko gostoto celic. V raziskavi so ugotovili, da kotrolira tudi mitotsko delitev. Raziskali so mehanizem delovanja Piezo1 v procesu celične delitve. Pri nizki gostoti celic oz. kjer so celice raztegnjene se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter se odpre; posledično sproži influks kalcija v celico. ERK1 se aktivira zaradi povečane koncentracije Ca2+ ionov, kar vpliva na aktivnost ciklina B v G2 fazi mitotske delitve in povzroči proliferacijo. Način, na kateri Piezo1 aktivira dva nasprotna procesa je odvisen od lokacije in načina aktivacije kanalčka. V predelih z nizko gostoto celic se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter hitro aktivira celično delitev. Če so celice razporejene tesno druga ob drugi, se Piezo1 oblikuje v velike citiplazemske agregate in spodbuja celično smrt. Zaradi sposobnosti zaznave mehanskega raztezka ter prevelike in premajhne gostote celic Piezo 1 deluje kot homeostatski senzor in kontrolira število epitelijskih celic.

'''Nika Goršek: Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku'''

MRP1 ali »Multidrug resistance protein« je protein, ki spada v družino ABC-transporterjev. Pomemben je pri reguliranju redoks homeostaze, vnetij in sekrecije hormonov. Znano je tudi, da ima pomembno vlogo pri odpornosti na zdravila in njihovem črpanju iz celic. V raziskavi na univerzi Rockefeller so z uporabo elektronske kriomikroskopije določili njegovo zgradbo. Sestavljajo ga štirje glavni deli: dva transmembranska dela, ki tvorita telo transporterja, dva dela, ki vežeta ATP, motiv v obliki lase in N-terminalni transmembranski del. Čeprav ima MRP1 dva dela, ki bi lahko vezala ATP, pa tega veže le en, saj pri drugem delu pride do drugačnega zaporedja aminokislin. V raziskavah so dokazali, da mutacije določenih delov proteina vodijo v bolezenska stanja in da bi sprememba le ene aminokisline v zaporedju vplivala na aktivnost proteina. MRP1 ima le eno dvojno vezavno mesto, ki je pozitivno nabito. Pestrost substratov je zaradi takega vezavnega mesta veliko večja, kot pri nekaterih drugih znanih proteinih. Prenaša lahko organske, amfipatične in aninonske molekule, na primer zdravila proti raku, opijate, antidepresive in tudi nekatere za življenje pomembne snovi (hormoni in protivnetne molekule). Ob vezavi substrata se oblika proteina MRP1 spremeni, aktivnost pa se poveča. Po končanem transportu pa protein preide nazaj v prvotno, neaktivno obliko.

'''Dragana Savković: Stopnja preživetja evkariontskih celic po elektroforezni nanoinjekciji'''

Znotrajcelična dostava makromolekul je pomemben korak za terapevtske in raziskovalne namene. Za uvajanje tujih molekul v citoplazmo živih celic uporabljale so se metode, katere so se v večini primerov uporabljale za veliko število celic v kulturi in je splošno znano, da veliko število teh celic (do 50%) ne preživi ta proces. Da bi rešili ta problem, razvili so alternativno metodo znotrajcelične dobave, oziroma znotrajcelično elektroforezno nanoinjekcijo. V raziskavi so primerjali stopnjo preživetja celic injiciranih z pipeto s premerom 100 nm in pipeto s premerom 500 nm. Ugotovili so, da je stopnja preživetja z uporabo 100 nm pipeto veliko večja kot s 500 nm pipeto in tudi da ostale preživele celice kažejo bolj naraven cikel celic.

'''Urška Zagorc: Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1'''

Sladkorna bolezen tipa 1, ki je značilna predvsem za otroke in mladostnike, je posledica motnje v imunskem sistemu. Organizem uniči lastne celice v trebušni slinavki, ki proizvajajo inzulin. Ta omogoča glukozi iz hrane vstop v celico, s čimer celica dobi hrano in energijo. V raziskavi nemškega raziskovalnega centra za zdravje in okolje Helmholtz Zentrum München so sodelovali otroci, katerih ožji družinski član ima diabetes tipa 1 in otroci brez dednih dispozicij. Analizirali so krvne vzorce otrok z avto-protitelesi ter jih primerjala z vzorci otrok, ki ne kažejo znakov bolezni niti nimajo protiteles.Identificirali so 41 peptidov iz 26 proteinov, ki se razlikujejo v krvnih vzorcih tistih otrok s protitelesi in tistih brez. Glede na koncentracijo peptidov v treh proteinih (hepatocitni rastni faktor HGF, istem komplementa H in ceruloplazmin) in glede na starost otroka, so dosegli tudi boljšo oceno hitrosti razvoja bolezni. Večja koncentracija sistema komplementa H in hepatocitnega rastnega faktorja ter nižja koncentracija ceruloplazmina pri tem nižji starosti bolnika, pomenijo hitrejši napredek bolezni. Identificirani proteini nam pokažejo bolj natančno oceno stopnje pred pojavom simptomov. Zaradi njih je možno tudi ugotoviti ali ima bolnik s protitelesi, večjo ali manjšo možnost za razvoj sladkorne bolezni tipa 1 in kako hitro se bo bolezen razvila.

'''Anja Černe: Uporaba askorbata pri zdravljenju raka'''

Če askorbat vnesemo v organizem v manjših koncentracijah ima antioksidativne učinke, medtem ko se pri vnosu v večjih koncentracijah obnaša kot prooksidant. Farmakološko koncentriran askorbat povzroča tok izvenceličnega H2O2 v celico in vse celice, tako zdrave kot rakave, encimsko razgrajujejo H2O2, ki je zanje toksičen. Glavni encimi, ki razgrajujejo H2O2 pri velikih količinah so katalaze. Ker pa je katalaz v rakavih celicah malo, so rakave celice bolj dovzetne škodljive učinke, zato je askorbat zanje selektivno toksičen. Katalazna aktivnost v rakavih celicah lahko napove, kako se bo tumor odzval na terapijo z askorbatom. Pri nekaterih vrstah tkiv je rast tumorjev bolj upočasnjena, pri drugih manj (odvisnost od količine katalaz, ki jih tkivo vsebuje). Število aktivnih katalaznih monomerov na celico in ED50 (koločina snovi, ki učinkuje pri 50% osebkih) sta sorazmerna s konstanto celične razgradnje H2O2. Radikali, ki nastanejo pri reakciji med ionom kovine in H2O2, poškodujejo DNA, v kolikšni meri se to zgodi pa je odvisno od količine askorbata.

'''Jerneja Nimac: S CRISPR/Cas9 nad X-vezavno kronično granulomatozno bolezen'''

Kronična granulomatozna bolezen je dedna bolezen imunskega sistema, ki nastane zaradi mutacije v genu CYBB, ki kodira gp91phox. Slednji je katalitični center NADPH oksidaze 2 (NOX2), ki ima pomembno vlogo pri obrambi organizma pred okužbami. Mutacije v genu CYBB na kromosomu Xp21.1 pa so odgovorne za X-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni. Za popravljanje takšne monogenske mutacije so v raziskavi uporabili sistem CRISPR/Cas9. Ta sistem so za obrambo pred virusnimi okužbami razvile bakterije in arheje, gre pa za poseben od RNA odvisen sistem pridobljene imunosti, ki specifično prepozna in reže tujo tarčno DNA. V raziskavi so skušali s sistemom CRISPR/Cas9 popraviti mutacijo C676T na eksonu 7 gena CYBB. Z DHR testi so ugotovili, da s CRISPR/Cas9 popravljene mieloične celice obnovijo aktivnost NOX2 in ponovno izražajo protein gp91phox. S spreminjanjem količine ssODN pa so dokazali, da je stopnja popravljenih genov večja, če je količina ssODN večja, delež indelov pa se zmanjša. Prav tako so potrdili uspešno presaditev s CRISPR/Cas9 popravljenih krvotvornih matičnih in predniških celic in njihovo diferenciacijo v nepoškodovane mieloične in limfocitne celice v NSG miših v obdobju petih mesecev.

'''Barbara Slapnik: Holesterol v celični membrani'''

Holesterol je razporejen po celični membrani. Pomemben je za vzdrževanje membranske fluidnosti, membrano naredi bolj togo in manj prepustno. Njegova porazdelitev med zunanjim in notranjim fosfolipidnim slojem pa ni enakomerna. V raziskavi so razvili dopolnilne senzorje, ki omogočajo vpogled holesterola v obeh slojih sočasno in določili njegovo točno koncentracijo. Ugotovili so, da je koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane znatno višja kot koncentracija v notranjem sloju. Visoka koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane zmanjša njeno prepustnost, medtem ko nizka koncentracija holesterola v notranjem sloju omogoča celično sporočanje. Rezultati prikazujejo pomen transbilarne asimetrije holesterola v celični membrani in njegovo prerazporeditev za celično homeostazo, rast in razmnoževanje. Podajajo tudi povezavo med holesterolom v notranjem sloju celične membrane in rakom. Določili so točno koncentracijo holesterola, kar jim omogoča boljšo diagnostiko in zdravljenje raka, vendar so za to potrebne še nadaljnje raziskave. Rezultati prav tako predstavljajo osnovo za nadaljnje študije transbilarne dinamike in funkcij holesterola in drugih lipidov v celici.

'''Nadja Škafar: Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev'''

Nanotehnologija igra pomembno vlogo v moderni medicini, še posebej na področju zdravljenja bolezni s tarčno dostavo zdravil. Glavna prednost nanodostavnih sistemov (NS) pred danes uveljavljenimi metodami zdravljenja raka je selektivna dostava protitumorskih učinkovin tumorskim celicam, kar zmanjša možnost pojava neželenih stranskih učinkov, s tem pa se bolniku omogoči boljša kakovost življenja med in po zdravljenju. Dosedanje raziskave na področju NS so temeljile na injiciranju nanodelcev v krvni obtok. Ker pa ob vnosu nanodelcev v telo prihaja do medsebojnega delovanja NS s celicami imunskega sistema, jih te, še preden lahko nanodelci dostavijo zdravila do željenega mesta, odstranijo s fagocitozo. Raziskovalca Jian Yang in Cheng Dong sta zato s svojo ekipo skušala razviti novo tehniko NS, ki problematiko reakcij med NS in makrofagi v bioloških sistemih odpravi tako, da makrofage uporablja kot nosilce nanodelcev do tumorskih celic. Rezultati so pokazali, da so lahko makrofagi uspešni nosilci nanodelcev ter da bi lahko bili NS takšnega tipa v prihodnosti uspešna metoda za zdravljenje številnih bolezni.

'''Špela Deučman: Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč'''

Pri presajenih organih je največja skrb zavrnitev, ki je lahko akutna ali kronična. Pri slednji presadek sčasoma izgubi funkcijo in odmre, kar lahko povzroči smrt prejemnika. Stopnja preživetja presaditve pljuč je nižja od vseh ostalih presaditev organov. Pri 50% pacientov se pojavi obliterantni bronhiolitis oz. BOS, ki je glavni razlog kronične zavrnitve pljuč. Namen raziskave je bil odkriti signalno pot med NFAT1 (transkripcijski faktor), β-cateninom (koregulator transkripcije), ATX (eksoencim) in LPA1 (receptor) oz. LPA (sporočevalec) ter predlagati potencialno terapevtsko vlogo LPA1 antagonistov ter ATX inhibitorjev z namenom, da bi preprečili BOS. Odkrili so pozitivno korelacijo ekspresije med β-cateninom in kolagenom I. Ker LPA prepreči razgradnjo aktivnega β-catenina in ker je za nastanek LPA odgovoren ATX, so raziskali mehanizme reguliranja ekspresije ATX. Ugotovili so, da ekspresijo ATX regulira transkripcijski faktor NFAT1. Znano je, da LPA povečuje znotrajcelično koncentracijo prostih Ca2+ ionov, ti pa so povezani z aktivacijo in jedrsko translokacijo NFAT1. To pomeni, da LPA regulira ekspresijo NFAT1 in posledično tudi ATX. Pri raziskovanju na miših so uporabili LPA1 antagoniste in ATX inhibitorje, ki so vidno zmanjšali napredek BOS.

'''Anže Jenko: Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice'''

Kemiluminiscenčne sonde veljajo za eno izmed najbolj občutljivih diagnostičnih metod pri določanju encimske aktivnosti in koncentracije analita, kar v praktičnem življenju denimo koristi forenzikom. Ker pa je splošno uveljavljen princip koriščenje kemiluminiscence slabo dodelan in privede do velikih energetskih izgub. Raziskovalci so tako v sami raziskavi preizkušali kemiluminiscenčne in fluorescenčne lastnosti različnih derivatov Schaapovega adamatiliden-dioksetana, na katerega so vezali različne substituente, ki pa so imeli znaten vpliv. Na ta način so želeli ustvariti enokomponentni sistem, z visoko intenziteto izseva, ki pa je tudi primeren v fizioloških razmerah. To jim je na koncu tudi uspelo. Na najbolj ustrezni izmed sintetiziranih sond, so hidroksilno skupino na benzenovem obroču ''zamaskirali'' z drugačnimi zaščitnimi skupinami. Vsaka izmed teh skupin pa je bila občutljiva na različne molekule (denimo beta-galaktoza na encim beta-galaktozidaza), reakcija s katerimi je povzročila destabilizacijo - vzbujeno stanje sonde in posledično kemiluminiscenco. Ta mehanizem je pokazal visoko mero selektivnosti, zato so ga lahko praktično koristili pri mikroskopskem prikazovanju celic. Pri celicah z genom za prekomerno izražanje beta-galaktozidaze je z uporabo relavantne sonde (ustrezna zaščitna skupina) prišlo do obarvanja, pri takšni, kjer pa tega encima ni bilo prisotnega, pa do obarvanja ni prišlo.

'''Jana Kotnik: Sintetični membranski receptorji'''

Znanstveniki na Univerzi Bristol so našli način za posnemanje sporazumevanja celic z okolico. Ustvarili so sintetični receptor, ki se odziva na kemične signale podobno kot njegova naravna ekvivalenta. Vsadijo se v membrano in so sposobni vezave določenih ligandov. Receptor je sestavljen iz 3 delov: Vezavnega žepka konstruiranega iz kationskega kovinskega kompleksa, hidrofobne oligomerne vijačnice (jedro receptorja) in sonde s pirensko fluorescenco. V raziskavi so na podlagi sevanja sonde preučevali vpliv kiralnih ligandov na receptor in njegovo obliko v topilu ter v umetnih membranah veziklov. Umetni receptorji ponujajo redko možnost primerjanja obnašanja (oblike) molekul v raztopini in v membrani ter priložnost raziskovanja učinka membrane na razporeditvene preference in vezave ligandov. Kontroliranje prenašanja biokemijskih informacij čez fosfolipidni dvosloj predstavlja veliko priložnost za razvoj sintezne biologije - predstavljamo si lahko npr. umetne celice, s katerimi bi z nadzorovanjem receptorjev v membranah proizvajali koristne materiale ali zdravila.

'''Andrej Špenko: Nova tehnika za regeneracijo kostnega tkiva'''

Ruski znanstveniki so odkrili učinkovit način za izdelavo mineraliziranih vlaken, ki so mehansko odporna in hkrati celicam nudijo ugodne pogoje za preživetje. Vlakna, ki so bila narejena z elektrostatskim sukanjem, da so čim bolj posnemala človeški matriks, so potopili v raztopino Na2CO3 in CaCl2. Na vlaknih so se je tako formirali kristali CaCO3, katerih oblika pa je bila zelo odvisna od pogojev, v katerih so nastali. Pri nadaljnjih poskusih so raztopine z ogrodjem obdelali z ultrazvočnim valovanjem, da so ioni prodrli tudi v spodnje sloje ter v sredino vlaken. Ugotovili so, da se s pomočjo ultrazvočnega obdelovanja v prvih 30 sekundah formira vaterit, nestabilna oblika kristalov CaCO3, ki vlakna v nekaj kratkih ponovitvah popolnoma obda. Pri kasnejših ponovitvah pa se formira kalcit, ki pa je bolj pravilen in mehansko odporen kot vaterit. Če bi vlakna pustili v raztopini za daljše časovno obdobje, bi imel kalcit čas, da se formira. To bi pomenilo manjšo mehansko obstojnost, saj bi se na vlaknih raje formirali pravilni kristali, kot pa da bi vlakna obdali in tako pripravili enakomeren sloj okoli vlaken, na katere bi se kasneje zlagali dodatni kristali. Znanstveniki so v dokončana vlakna položili človeške kožne celice in po treh dneh so testi pokazali, da je sposobnost preživetja celic skoraj enaka tisti, v kontroli.

'''Ana Maklin: Termična stabilnost proteinov'''

Temperatura ima velik vpliv na fiziologijo celice. Organizmi rastejo najbolj optimalno le v omejenih temperaturnih razsežnostih. Občutljivost na temperaturo je v veliki meri posledica vpliva temperature na strukturo in funkcijo proteinov. Leuenberg et al. so opazovali termično stabilnost proteinov, z uporabo postopka LiS-MS, ki omogoča preučevanje proteinov neposredno v celičnem matriksu. Postopek so uporabili na ''Escherichia coli'', ''Saccharomyces cerevisiae'', ''Thermus thermophilus'' in človeških celicah, pridobili pa so podatke za več kot 8000 proteinov. Med raziskavo so prišli med drugim do naslednjih spoznanj: (i) do temperaturno sprožene celične smrti pride zaradi izgube določenih proteinov s ključnimi funkcijami, (ii) stabilnost nekaterih proteinov je posledica evolucijskega ohranjanja, (iii) dolžina proteinov in njihova termična stabilnost sta v obratnem sorazmerju, (iv) proteini, manj podvrženi termični agregaciji, so stabilnejši, (v) stabilni proteini imajo več beta ploskev, nestabilni pa alfa vijačnic.

'''Luka Gregorič: Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil'''

Uriniranje v bazene povzroča precej preglavic veliko lastnikom bazenov in tudi njihovim obiskovalcem. Zato se raziskovalci že dolgo trudijo ugotoviti učinkovit način s katerim bi lahko nadzirali koncentracijo urina v bazenih, da bi lahko se tudi lažje in bolj učinkovito spopadli z razkuževanjem le tega. Zato so začeli meriti vsebnost umetnega sladila ACE (acetilsulfam-K), ki se pojavlja v človeškem urinu in je zelo odporen na zunanje dejavnike (na velike spremembe pH in temperature). Hkrati pa je njegove koncentracije v podtalnici relativno malo, tako da velika odstopanja le tega ne moremo pripisati zunanjim dejavnikom. Koncentracija ACE v urinu je 4000 μg/L. Testirali so 21 različnih bazenov in 8 vročih vrelcev v Kanadi. Zbiranje vzorcev je trajalo 3 tedne. Testirali so jih skupaj z praznim vzorcem in ugotovili, da ima voda v bazenih in vročih vrelcih veliko večjo koncentracijo ACE kot prazen vzorec (ki je imel koncentracijo 0 ng/L) in podtalnica (10 ng/L). Te koncentracije so imele razpon vse od najmanjših vrednostih 50 ng/L do 7100 ng/L v vročih vrelcih. Ker v bazenih ni nobenega drugega očitnega vira ACE kot človeški urin so zaključili, da je v tistih bazenih, ki vsebujejo več ACE, tudi koncentracija urina večja.

'''Andrej Race: Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency'''

NADPH is an important molecule for cells biosythesis and detoxification of H2O2,because of its reductive power. Glucose-6-phosphate (G6PD) is one of the enzymes that is responsible for its production in the pentose phosphate pathway. The lacking of this protein can create problems for some blood cells, like erythrocytes. Erythrocytes do not have any other way of making this essential cofactor, so this deficiency may lead to their destruction and disease called favism. The distribution of this disease is remarkably similar to distribution of malaria, leading to a research that found out that parasitized erythrocytes in G6PD deficient person are more likeliy to get phagocytised by white blood cells and with that better chance of defending against this disease. The other type of cells that are affeceted by this deficiency are granulocytes, they require NADPH for chain of reactions that lead to formation of neutrophil extracellular trap, protection against bacteria and fungi. This lead to a conclusion that severe G6PD deficient people should be treated with antibiotics and antimycotics.

'''Bogatinova Emilija: NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju'''

Anioni kot so NO3 so tipični elektron donatorji. Vender izračuni napovedujejo da, je poraudelitev naboja NO3 je anizotropen in minimalen na dušiku. Tukaj so pokazali da ko je naboj nitrata v zadosni meri ovira odmevalo čež večjih obročjih, ki lahko stapijo v interakcijo z elektronskimi bogatimi partnerji. Ankete o Cambridge strukturnih Database in Protein Data Bank kažejo geometrijske nastavitve nekaterih kisika in žvepla, ki vsebuje subjektov okrog anioni nitrata, ki so v skladu s tem "π-lujenj lepljenje". Izračuni pokažejo donor-akceptor orbitalne interakcije, ki potrjujejo kontraintuitivnim Lewisova π-kislost nitrata.

'''Zaveršek Nika: BAKTERIJE LAHKO S POMOČJO SINTETIZIRANIH ŽELEZOVIH MOLEKUL POSTANEJO ELEKTRIČNI GENERATORJI'''
Bakterije in še nekateri ostali mikroorganizmi so samoobnovljivi 'nanoreaktorji', ki živijo povsod na Zemeljskem površju. Če bi ti organizmi lahko anodam oddali električno energijo, bi bil to nov način pridobivanja tako imenovane čiste energije. Problem je, da veliko organizmov ne more oddati električne energije, ki nastane pri njihovem metabolizmu, elektrodi.[1] Zanimivo pa se je vprašati, kako je sploh možno, da bi bakterije lahko oddale elektrone glede na to, da elektrode niso prisotne v naravnem okolju teh bakterij. Ena izmed teorij je, da so nekatere bakterije zmožne oddajanja elektronov elektrodi zato, ker v naravi elektrone lahko oddajo nekaterim netopnim mineralom. poleg tega, da bakterije lahko oddajajo elektrone, jih lahko tudi sprejemajo in jih uporabijo, da optimizirajo svoj metabolizem. Električni tok nastaja pri bakterijskem metabolizmu, ki poteka po principu redoks reakcij, iz organskih goriv. To lastnost bakterij bi lahko uporablili za nižje stroške ćiščenja vode, saj bi bakterije razgradile ogranske snovi, ki so v vodi, poleg tega pa bi proizvedle elektriko.

'''Zupan Tanja: Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki
Strokovnjaki na področju finih motoričnih sposobnosti, ki so povezane s spremembami v strukturi možganov so preučevali razliko v funkciji in povezljivosti možganov športnikov in ne športnikov v stanju mirovanja (v stanju mirovanja, v naših možganih delujejo tri povezave, ki so povezane z motoričnimi funkcijami: DMN (default mode network), FPN (frontoparietal network) in MN (motor network)) s pomočjo magnetne resonance. Pri raziskavi je sodelovalo dvaindvajset zdravih odraslih moškega spola med 18-25 let. Od tega 11 športnikov in 11 ne športnikov, ki pa se po starosti ujemajo s športniki. Rezultati so pokazali, da ukvarjanje z visoko aerobično vadbo v mladosti vpliva na razlike, ki nastanejo v povezovanju možganov, ki so opazne v stanju mirovanja. Posledice gibanja niso opazne le pri motoričnih sposobnostih ampak tudi pri delovanju izvršilnih funkcij, prostorski orientaciji in pri spominskih sposobnostih. Razlike v povezovanju se lahko pojavijo kot odziv na kognitivne zahteve teka na dolge razdalje v kombinaciji z aerobno vadbo. Poleg tega pa lahko kognitivne zahteve pri visoki intenzivni vzdržljivi vadbi privedejo tudi do razlik pri opravljanju dejavnosti, ki pa niso povezane s športom. V prihodnjih raziskavah na tem področju bodo v raziskovanje vključili tudi rekreativne športnike in ženske, ki v to raziskavo niso bili vključeni.

'''Mikulič Vernik Nika: ONKOLITIČNI VIRUSI, KI SELEKTIVNO NAPADAJO RAKASTE CELICE'''

Onkolitični virusi lahko s svojimi replikacijami znotraj gostiteljskih celic uničijo tumorska tkiva. Da bi izboljšali to njihovo sposobnost, znanstveniki neprestano razvijajo nove, močnejše viruse, ki pa s svojo močjo postajajo zmeraj bolj toksični. Zaradi tega narašča potreba po razvoju visoko specifičnih virusov, ki bi napadali zgolj tumorska tkiva, zdrava pa bi pustili nepoškodovana. Raziskovalci so določili optimalno sekvenco proteinov na 3'-UTR virusne mRNA, potrebno za onkoselektivnost virusov. Izdelali so adenovirus AdCPE s to sekvenco in primerjali njegovo učinkovitost pri uničevanju tumorskega tkiva z učinkovitostjo divjega tipa virusa ''in vitro'' in ''in vivo''. Primerjali so tudi vpliv virusa na normalno tkivo in prišli do zaključkov; 1) Virus AdCPE ni nič manj učinkovit pri uničevanju tumorskega tkiva kot divji tip virusa; 2) AdCPE je dosti manj toksičen od divjega tipa virusa.

'''Martin Špendl: NANOGRAFEN-RENIJEV KOMPLEKS ZA SELEKTIVNO REDUKCIJO OGLJIKOVEGA DIOKSIDA

Pereč problem razvitega sveta postajajo emisije CO2, ki so stranski produkt uporabe fosilnih goriv. Problem pridobivanja energije iz obnovljivih virov pa je ta, da so izkoristki zelo nizki oz. pridobljene energije ne moremo shraniti. Eden od načinov pridobivanja energije iz sonca ter hkratno odstranjevanje CO2 iz ozračja je omogočeno s selektivno redukcijo in z uporabo nanografen-renijevega kompleksa kot elektrokatalizator in fotokatalizator. Ko je molekula izpostavljena sončni svetlobi, lahko reducira CO2 v CO, ki služi kot zaloga energije in je komponenta sintetičnega plina (ang. syngas) skupaj z vodikom. Mešanico plinov se uporablja v gorilnih celicah, ki kemično energijo pretvorijo v električno energijo z zelo visokim izkoristkom in relativno malo emisijami. V primeru mešanice ogljikovega oksida in vodika je stranski produkt le CO2, ki je bil pridobljen iz zraka[2].
Dosedanji katalizatorji redukcije ogljikovega dioksida niso dosegali dovolj visokega izkoristka, da bi se metode začele uporabljati na industrijskem nivoju. Zato so znanstveniki začeli proučevati molekularne katalizatorje, saj lahko le-te usmerijo reakcijo preko več elektronov in s tem dosežejo višje izkoristke ter večjo selektivnost katalizirane reakcije. Kljub temu ostaja neznanka kako zmanjšati razliko v potencialih med redukcijskim potencialom katalizatorja ter same reakcije.

'''Ines Medved: KAKO ZMANJŠAN VNOS KALORIJ VPLIVA NA PROCES STARANJA
Mnoge raziskave so pokazale, da zmanjšan vnos kalorij upočasni proces staranja in preprečuje mnoge bolezni kot so diabetes, hipertenzija, rak … Daljša življenjska doba je povezana s celično homeostazo, zmanjšano celično rastjo in stopnjo sinteze proteinov. Ker se proteini sintetizirajo na ribosomih, morajo ti dobro delovati. Njihovo delovanje nadzoruje RQC (ang. Ribosome quality control complex). Raziskovalci so ugotovili, da se je celična rast miši, ki so bile na dieti z malo kalorij, zmanjšala za 25 %, prav tako se je zmanjšala tudi respiratorna kapaciteta jeter. Po desetih tednih privajanja na dieto so iz meritev ugotovili, da so bili proteini v homeostazi, zato so lahko izračunali hitrost zamenjave proteinov. Proteine so razdelili v tri skupine, in sicer v statične, v tiste, ki se hitro izmenjujejo in nastajajo počasi ali pa hitro, ter v proteine, ki 'skačejo' med prvo in drugo skupino. S polisomsko analizo so ugotovili, da je bilo v miših, ki so bile na dieti z malo kalorij, število aktivnih ribosomov manjše.

'''Uroš Prešern: Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt'''

Partanatos je ena izmed vrst celične smrti, ki nastopi zaradi prevelike aktivnosti poli(ADP-riboza) polimeraze 1 (PARP-1) v jedru. Pogost je v primeru možganske kapi, infarkta in nevrodegenerativnih boleznih, zaradi česar bi boljše poznavanje samega procesa omogočilo razvoj novih načinov zdravljenja teh obolenj. V predhodnih raziskavah so ugotovili, da partanatos nastopi, ko molekule poli-ADP-riboze, ki jih PARP-1 sintetizira, preidejo iz jedra v citosol, kjer aktivirajo premestitev indukcijskega faktorja apoptoze (AIF) iz mitohondrijev v jedro. Temu sledi razrez DNA. Nukleaza, ki povzroči razrez DNA, je bila do nedavnega manjkajoči člen v partanatosu. Skupini raziskovalcev je uspelo odkriti, da je iskana nukleaza inhibitorni dejavnik migracije makrofagov (MIF). Pokazali so, da se med partanatosom MIF veže na AIF in se skupaj z njim premesti v jedro, kjer povzroči fragmentacijo DNA. Inhibicija nukleazne aktivnosti MIF se je v modelu možganske kapi pri miših odrazila v 75-odstotnem zmanjšanju volumna prizadetega tkiva, pospešeno pa je bilo tudi okrevanje. Rezultati raziskave odpirajo potencialne možnosti za zdravljenje akutnih in kroničnih nevroloških bolezni, v katerih nastopi partanatos.

'''Urban Hribar: Modifikacija encimov FAS in biogoriva'''

Z modifikacijo encimskih kompleksov glivični FAS (fatty acid synthases) tipa 1 lahko razširimo spekter njihovih produktov. FAS komplekse sestavlja 7 kataliznih podenot in ene podenote nosilnega proteina ACP (acyl carrier protein). FAS kvasovk Rhodosporidium toruloides (RtFAS) in Aplanochytrium kerguelense (AkFAS) imajo podvojene ACP podenote. Če eno od teh podenot odstranimo to ne vpliva na delovanje encima. V teh encimih lahko zato nadomestimo eno od ACP podenot z drugim encimom kot naprimer sTE (short-chain thioesterase). Encim sTE hidrolizira acil-ACP/CoA v kratke in srednje dolge maščobne kisline (short/medium-chain fatty acids - S/MCFAs). Če celice kvasovk kot naprimer S. cerevisiae izražajo AkFAS ali RtFAS, ki imajo eno od ACP skupin zamenjano z sTE, proizvedejo 5-13 krat večjo količino izvenceličnih S/MFAs. Podobno lahko v FAS S. cerevisiae (ScFAS) dodamo encim Mks2. Ta encim bi spremenil reakcijski mehanizem ScFAS, tako da bi ta proizvajal večje količine metilih ketonov. Po pričakovanjih celice, ki izražajo modificirani ScFAS proizvedejo 10 krat več metilnih ketonov kot celice, ki so izražale naravni ScFAS. Hkrati pa celice z modificiranim encimom proizvajajo manj specifičnih maščobnih kislin. S temi metodami lahko nadziramo katere produkte lahko pridobivamo z glivičnimi celičnimi tovarnami, kar bi lahko tudi privedlo do velikih napredkov v proizvodnji biogoriv.

'''Lea Knez: Hemoglobin Kirklareli'''

Mutacije hemoglobina lahko povzročijo širok spekter fenotipičnih različic proteina, nekatere lahko vodijo do nestabilnega kompleksa in razgradnje rdečih krvničk. Mutacijo Kirklareli so odkrili pri 23-letni pacientki, ki so ji diagnosticirali anemijo, enako mutacijo pa je imel tudi oče, zato so jo poimenovali po Turškem mestu v katerem je odraščal. Oba imata v α podenoti na poziciji 58 zamenjan histidin za levcin, presenetljivo pa oče ni anemičen, je pa kadilec z visokim deležem HbCO v krvi. Mutirana α podenota avtooksidira 8x in izgublja hem 200x hitreje kot navadna α apodenota v zdravem hemoglobinu, saj levcin ni več sposoben tvoriti vodikove vezi s kisikom. Posledično se protein denaturira zelo hitro in ni več zmožen opravljati svoje funkcije. Mutirana alfa podenota ima pa 80.000x večjo afiniteto za CO kot za O₂, kar povzroča hitro in obstojno vezavo med hemoglobinom in CO, ta kompleks pa celoten protein stabilizira in prepreči avtooksidacijo, zato tudi oče, ki kadi, nima anemije.

'''Špela Supej: Nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe'''

Optogenetika je biološka tehnika, ki uporablja svetlobo za kontroliranje celičnih procesov v živih tkivih, tipično v nevronih. Proteinom se ob absorpciji vidne svetlobe spremeni aktivnost, kar se uporablja za nadzorovanje celične fiziologije. Raziskava, s pomočjo katere so znanstveniki odkrili nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe, je potekala leta 2017 na Univerzi v Alberti. Glavni protein, imenovan fotocepitveni protein (ang. photocleavable protein) ali PhoCl, ob izpostavitvi svetlobi razpade na dva dela in tako omogoča opazovanje in raziskovanje aktivnosti znotraj celice na načine, ki prej niso bili mogoči. PhoCl je torej novo optogenetsko orodje, ki »ujame« proteine v neaktivnem stanju s kovalentno vezjo, kjer edini način aktivacije predstavlja ireverzibilen fotoodcep. Vsa ostala orodja, ki so bila do sedaj odkrita, uporabljajo reverzibilen odcep in za aktivnost proteinov zahtevajo konstanto osvetlitev, kar lahko vodi do fototoksičnosti. Prednost sistemov PhoCl je ravno to, da ko svetloba povzroči aktivacijo proteinov, ti ostanejo aktivni tako dolgo, dokler niso uničeni v normalnih procesih v celici.

TBK2017-seminar

2017-05-02T10:40:23Z

Spelasupej: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Nina Mezgec Mrzlikar || Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova
|-
| Tina Turel || Povezanost retrovirusov z razvojem možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek
|-
| Sonja Gabrijelčič || Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221110808.htm https://elifesciences.org/content/6/e20420 || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan
|-
| Patrik Levačić || Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm|| 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race
|-
| Nika Goršek ||Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170224160629.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir
|-
| Dragana Savković || Stopnja preživetja evkariotskih celic po elektroforezni nano-injekciji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105437.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl
|-
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik
|-
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved
|-
| Urška Zagorc || Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1 || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161107112428.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar
|-
| Anja Černe || Učinek farmakološkega askorbata na rakave celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170109134014.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern
|-
| Barbara Slapnik ||Holesterol v celični membrani || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170117163039.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej
|-
| Jerneja Nimac || S CRISPR/Cas9 nad x-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110734.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez
|-
| Gašper Anton Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309132308.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič
|-
| Nadja Škafar ||Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104154408.htm|| 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina
|-
| Anže Jenko || Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308081051.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar
|-
| Špela Deučman || Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105426.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec
|-
| Luka Gregorič || Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301084913.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski
|-
| Jana Kotnik || Sintetični membranski receptorji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170306114231.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek
|-
| Andrej Špenko || Nova tehnika za boljšo regeneracijo kostnega tkiva || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161220093946.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič
|-
| Ana Maklin || Termična stabilnost proteinov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170228131046.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč
|-
| Emilija Bogatinova ||NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170222131802.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn
|-
| Nika Zaveršek || Bakterije lahko s pomočjo posebnih sintetičnih molekul spremenimo v električne generatorje || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170209133509.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković
|-
| Tanja Zupan || Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161214151637.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec
|-
| Andrej Race || Deficit Glukoze-6-fosfat-dehidrogenaze || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/07/160726094319.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič
|-
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar
|-
| Martin Špendl || Nanografen-renijev kompleks za selektivno redukcijo ogljikovega dioksida ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308135342.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel
|-
| Nika Mikulič Vernik || Onkolitični virusi, ki selektivno napadajo rakaste celice ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316112147.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič
|-
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić
|-
| Urban Hribar || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309120519.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek
|-
| Uroš Prešern ||Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/10/161006143602.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković
|-
| Špela Supej || Nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170315125623.htm|| 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman
|-
| Lea Knez || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012518.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva
|-
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc
|-
| Luka Fratina || || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161221111327.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe
|-
| Anja Tavčar || Selenomabi - obstojna in učinkovita protitelesa, konjugirana s citostatiki|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316151821.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik
|-
| Maja Vrabec || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170119163345.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac
|-
| Vesna Dimitrovski || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar
|-
| Katja Doberšek || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215145949.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar
|-
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko
|-
| Ajda Krč || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman
|-
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič
|-
| Milica Janković || || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/08/160816151900.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik
|-
| Ajda Godec || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161121174639.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko
|-
| Andreja Habič || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2017-seminar

2017-03-16T15:09:24Z

Spelasupej: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Nina Mezgec Mrzlikar || Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova
|-
| Tina Turel || Povezanost retrovirusov z razvojem možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek
|-
| Sonja Gabrijelčič || Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221110808.htm https://elifesciences.org/content/6/e20420 || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan
|-
| Patrik Levačić || Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm|| 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race
|-
| Nika Goršek ||Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170224160629.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir
|-
| Dragana Savković || Stopnja preživetja evkariotskih celic po elektroforezni nano-injekciji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105437.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl
|-
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik
|-
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved
|-
| Urška Zagorc || Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1 || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161107112428.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar
|-
| Anja Černe || Učinek farmakološkega askorbata na rakave celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170109134014.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern
|-
| Barbara Slapnik ||Holesterol v celični membrani || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170117163039.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej
|-
| Jerneja Nimac || S CRISPR/Cas9 nad x-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110734.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez
|-
| Gašper Anton Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309132308.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič
|-
| Nadja Škafar || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104154408.htm|| 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina
|-
| Anže Jenko || Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308081051.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar
|-
| Špela Deučman || Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105426.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec
|-
| Luka Gregorič || Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301084913.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski
|-
| Jana Kotnik || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek
|-
| Andrej Špenko || Nova tehnika za boljšo regeneracijo kostnega tkiva || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161220093946.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič
|-
| Ana Maklin || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170313102420.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč
|-
| Emilija Bogatinova ||NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170222131802.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn
|-
| Nika Zaveršek || Bakterije lahko s pomočjo posebnih sintetičnih molekul spremenimo v električne generatorje || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170209133509.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković
|-
| Tanja Zupan || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161214151637.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec
|-
| Andrej Race || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič
|-
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar
|-
| Martin Špendl || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel
|-
| Nika Mikulič Vernik || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič
|-
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić
|-
| Urban Hribar || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek
|-
| Uroš Prešern || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković
|-
| Špela Supej || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170315125623.htm|| 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman
|-
| Lea Knez || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012518.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva
|-
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc
|-
| Luka Fratina || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe
|-
| Anja Tavčar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170302143951.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik
|-
| Maja Vrabec || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac
|-
| Vesna Dimitrovski || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar
|-
| Katja Doberšek || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213083810.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar
|-
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko
|-
| Ajda Krč || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman
|-
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič
|-
| Milica Janković || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik
|-
| Ajda Godec || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko
|-
| Andreja Habič || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2017-seminar

2017-03-13T17:02:44Z

Spelasupej: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Nina Mezgec Mrzlikar || Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova
|-
| Tina Turel || Povezanost retrovirusov z razvojem možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek
|-
| Sonja Gabrijelčič || Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221110808.htm https://elifesciences.org/content/6/e20420 || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan
|-
| Patrik Levačić || Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm|| 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race
|-
| Nika Goršek ||Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170224160629.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir
|-
| Dragana Savković || Stopnja preživetja evkariotskih celic po elektroforezni nano-injekciji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105437.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl
|-
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik
|-
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved
|-
| Urška Zagorc || Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1 || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161107112428.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar
|-
| Anja Černe || Učinek farmakološkega askorbata na rakave celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170109134014.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern
|-
| Barbara Slapnik ||Vloga holesterola v celici || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170117163039.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej
|-
| Jerneja Nimac || S CRISPR/Cas9 nad x-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110734.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez
|-
| Gašper Anton Komatar || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič
|-
| Nadja Škafar || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104154408.htm|| 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina
|-
| Anže Jenko || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar
|-
| Špela Deučman || Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105426.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec
|-
| Luka Gregorič || Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja sladkosti || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301084913.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski
|-
| Jana Kotnik || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek
|-
| Andrej Špenko || Nova tehnika za boljšo regeneracijo kostnega tkiva || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161220093946.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič
|-
| Ana Maklin || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221142049.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč
|-
| Emilija Bogatinova ||NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170222131802.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn
|-
| Nika Zaveršek || Bakterije lahko s pomočjo posebnih sintetičnih molekul spremenimo v električne generatorje || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170209133509.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković
|-
| Tanja Zupan || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec
|-
| Andrej Race || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič
|-
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar
|-
| Martin Špendl || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel
|-
| Nika Mikulič Vernik || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič
|-
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić
|-
| Urban Hribar || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek
|-
| Uroš Prešern || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković
|-
| Špela Supej || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170223114801.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman
|-
| Lea Knez || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012518.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva
|-
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc
|-
| Luka Fratina || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe
|-
| Anja Tavčar || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik
|-
| Maja Vrabec || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac
|-
| Vesna Dimitrovski || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar
|-
| Katja Doberšek || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213083810.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar
|-
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko
|-
| Ajda Krč || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman
|-
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič
|-
| Milica Janković || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik
|-
| Ajda Godec || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko
|-
| Andreja Habič || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.