Wiki FKKT - User contributions [en]

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-09T07:19:32Z

Stefanija Ivanova: /* UVOD */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa).Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s pripravo serijskih pasaž v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==

Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2. 
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E(ovojnica), M(membrana), NP(jedrni protein) in S (protein bodice). 
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino. 
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®. 
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal. 

== REZULTATI ==
=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 ===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (NP), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena NP. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na tretjem položaju kodona [2].

=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].
=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].
=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].
=== Visokofrekvenčni kodoni ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu)kodoni prednost v vsaj dveh genih.

=== Redki kodoni ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].
=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].
=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===
Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu. 
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].
== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in prekinitev favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta.

== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093. 
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487. 
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821. 
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075.

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T18:44:56Z

Stefanija Ivanova: /* Zaključek */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s pripravo serijskih pasaž v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==

Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2. 
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E(ovojnica), M(membrana), NP(jedrni protein) in S (protein bodice). 
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino. 
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®. 
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal. 

== REZULTATI ==
=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 ===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (NP), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena NP. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na tretjem položaju kodona [2].

=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].
=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].
=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].
=== Visokofrekvenčni kodoni ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu)kodoni prednost v vsaj dveh genih.

=== Redki kodoni ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].
=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].
=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===
Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu. 
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].
== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in prekinitev favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta.

== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093. 
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487. 
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821. 
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075.

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T18:29:31Z

Stefanija Ivanova: /* Zamenjava kodonov */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s pripravo serijskih pasaž v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==

Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2. 
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E(ovojnica), M(membrana), NP(jedrni protein) in S (protein bodice). 
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino. 
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®. 
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal. 

== REZULTATI ==
=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 ===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (NP), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena NP. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na tretjem položaju kodona [2].

=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].
=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].
=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].
=== Visokofrekvenčni kodoni ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu)kodoni prednost v vsaj dveh genih.

=== Redki kodoni ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].
=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].
=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===
Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu. 
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].
== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta.
== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093. 
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487. 
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821. 
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075.

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T18:01:08Z

Stefanija Ivanova: /* Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s pripravo serijskih pasaž v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==

Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2. 
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E(ovojnica), M(membrana), NP(jedrni protein) in S (protein bodice). 
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino. 
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®. 
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal. 

== REZULTATI ==
=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 ===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (NP), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena NP. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na tretjem položaju kodona [2].

=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].
=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].
=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].
=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu)kodoni prednost v vsaj dveh genih.

=== Redki kodoni ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].
=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].
=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===
Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu. 
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].
== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta.
== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093. 
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487. 
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821. 
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075.

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T17:58:38Z

Stefanija Ivanova: /* Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s pripravo serijskih pasaž v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==

Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2. 
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E(ovojnica), M(membrana), NP(jedrni protein) in S (protein bodice). 
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino. 
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®. 
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal. 

== REZULTATI ==
=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 ===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na tretjem položaju kodona [2].

=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].
=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].
=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].
=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu)kodoni prednost v vsaj dveh genih.

=== Redki kodoni ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].
=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].
=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===
Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu. 
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].
== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta.
== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093. 
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487. 
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821. 
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075.

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T17:02:05Z

Stefanija Ivanova: /* UVOD */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s pripravo serijskih pasaž v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==

Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2. 
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E(ovojnica), M(membrana), NP(jedrni protein) in S (protein bodice). 
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino. 
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®. 
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal. 

== REZULTATI ==
=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 ===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na položaju tretjega kodona [2].
=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].
=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].
=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].
=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu)kodoni prednost v vsaj dveh genih.

=== Redki kodoni ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].
=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].
=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===
Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu. 
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].
== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta.
== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093. 
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487. 
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821. 
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075.

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T16:43:20Z

Stefanija Ivanova:

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s postopkom serijskega pasiranja v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==

Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2. 
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E(ovojnica), M(membrana), NP(jedrni protein) in S (protein bodice). 
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino. 
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®. 
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal. 

== REZULTATI ==
=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 ===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na položaju tretjega kodona [2].
=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].
=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].
=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].
=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu)kodoni prednost v vsaj dveh genih.

=== Redki kodoni ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].
=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].
=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===
Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu. 
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].
== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta.
== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093. 
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487. 
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821. 
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075.

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T16:41:42Z

Stefanija Ivanova: /* Zamenjava kodonov */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s postopkom serijskega pasiranja v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==

Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2.
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E(ovojnica), M(membrana), NP(jedrni protein) in S (protein bodice).
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino.
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®.
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal.

== REZULTATI ==
=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 ===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na položaju tretjega kodona [2].
=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].
=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].
=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].
=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu)kodoni prednost v vsaj dveh genih.

=== Redki kodoni ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].
=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].
=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===
Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu.
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].
== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta.
== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T16:41:02Z

Stefanija Ivanova: /* Oblikovanje kandidata za cepivo */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s postopkom serijskega pasiranja v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==

Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2.
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E(ovojnica), M(membrana), NP(jedrni protein) in S (protein bodice).
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino.
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®.
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal.

== REZULTATI ==
=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 ===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na položaju tretjega kodona [2].
=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].
=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].
=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].
=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) začetni kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu) začetni kodoni prednost v vsaj dveh genih.
=== Redki kodoni ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].
=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].
=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===
Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu.
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].
== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta.
== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T16:40:48Z

Stefanija Ivanova: /* MATERIALI IN METODE */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s postopkom serijskega pasiranja v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==

Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2.
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E(ovojnica), M(membrana), NP(jedrni protein) in S (protein bodice).
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino.
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®.
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal.

== REZULTATI ==
=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 ===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na položaju tretjega kodona [2].
=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].
=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].
=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].
=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) začetni kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu) začetni kodoni prednost v vsaj dveh genih.
=== Redki kodoni ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].
=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].
=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===
Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu.
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].
== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta.
== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T16:40:27Z

Stefanija Ivanova:

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s postopkom serijskega pasiranja v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==

Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2.
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E(ovojnica), M(membrana), NP(jedrni protein) in S (protein bodice).
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino.
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®.
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal.

== REZULTATI ==
=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2 ===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na položaju tretjega kodona [2].
=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].
=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].
=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].
=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) začetni kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu) začetni kodoni prednost v vsaj dveh genih.
=== Redki kodoni ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].
=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].
=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===
Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu.
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].
== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta.
== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T16:34:47Z

Stefanija Ivanova: New page: ''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology app...

Seminarji SB 2022/23

2023-05-08T16:31:19Z

Stefanija Ivanova:

== [[Image:Headline text]][[Image:[[Media:Example.jpg]]]] ==
[[http://www.example.com link title]]V študijskem letu 2022/23 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rudarjenje_in_uporaba_konstitutivnih_promotorjev_iz_Rhodosporidium_toruloides Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz ''Rhodosporidium toruloides''] (Ana Babnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biomolekularni_aktuatorji_za_gensko_selektivno_akusti%C4%8Dno_manipulacijo_celic Biomolekularni aktuatorji za gensko selektivno akustično manipulacijo celic] (Greta Junger)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/IN_VIVO_SAMOSESTAVLJENA_siRNA_KOT_NA%C4%8CIN_KOMBINIRANEGA_ZDRAVLJENJA_ULCEROZNEGA_KOLITISA#ZAKLJU.C4.8CEK In vivo samosestavljena siRNA kot način kombiniranega zdravljenja ulceroznega kolitisa] (Tjaša Kos)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_kompleta_orodij_za_zaznavanje_kvoruma_pri_cianobakterijah:_Razvoj_medceli%C4%8Dne_koordinacije_v_me%C5%A1anih_avtotrofno-heterotrofnih_skupnostih Priprava kompleta orodij za zaznavanje kvoruma pri cianobakterijah: Razvoj medcelične koordinacije v mešanih avtotrofno-heterotrofnih skupnostih] (Nuša Tkalec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_temperaturno_inducibilnega_transkripcijskega_reostata_pri_Neurospori_crassi Razvoj temperaturno inducibilnega transkripcijskega reostata pri ''Neurospori crassi''] (Luka Šegota)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_tumor_ciljajočih_bakterij_s_stikalnim_sistemom,_ki_se_odziva_na_dušikov(II)_oksid Priprava tumor ciljajočih bakterij s stikalnim sistemom, ki se odziva na dušikov(II) oksid] (Ana Kodra)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razcepljeni_ribocim%2C_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali Razcepljeni ribocim, ki signale nativnih RNA poveže z ortogonalnimi proteinskimi izhodnimi signali] (Ajda Beltram)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_nadzor_%C5%A1tevila_plazmidov_v_celici_%28Tulip%29 Sistem za nadzor števila plazmidov v celici (Tulip)] (Gregor Strniša)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Skupnostna_znanost_je_na%C4%8Drtovala_ribosome_s_koristnimi_fenotipi Skupnostna znanost je načrtovala ribosome s koristnimi fenotipi] (Tanja Gošnjak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pristop_sintezne_biologije_za_načrtovanje_kandidata_za_cepivo_proti_delta_različici_SARSCoV2_je_razkril_prekinitev_favoriziranega_para_kodonov_kot_boljšo_strategijo_pred_uporabo_redkih_kodonov Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARS-CoV-2 je razkril prekinitev favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov] (Stefanija Ivanova)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Dvosmerni_hibridni_eritritol_–_inducibilni_promotor_za_sintezno_biologijo_v_Yarrowia_lipolytica Dvosmerni hibridni eritritol – inducibilni promotor za sintezno biologijo v ''Yarrowia lipolytica''] (Maša Andoljšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Utišanje_izražanja_genov_s_strukturo_definirano_zankasto_strukturo_male_nekodirajoče_RNA_s_programiranimi_regulatornimi_aktivnostmi Utišanje izražanja genov s strukturo definirano zankasto strukturo male nekodirajoče RNA s programiranimi regulatornimi aktivnostmi] (Nika Bedrač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Izbolj%C5%A1anje_evolucijske_stabilnosti_obremenjujo%C4%8Dih_in_toksi%C4%8Dnih_funkcij_v_E.coli_z_diferenciacijskim_genetskim_vezjem_posredovanim_z_integrazo Izboljšanje evolucijske stabilnosti obremenjujočih in toksičnih funkcij v E.coli z diferenciacijskim genetskim vezjem posredovanim z integrazo] (Nika Banovšek)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MonChassis MonChassis] (Nika Tomsič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FIAT_LUX FIAT LUX] (Neža Lanišek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NETLANTIS NETLANTIS] (Maša Gabrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BINANOX BINANOX] (Vivian Nemanič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CoBiota CoBiota] (Petra Sintič)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2021/22]].

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-08T16:11:40Z

Stefanija Ivanova: /* Zamenjava kodonov */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s postopkom serijskega pasiranja v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==
Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2. 
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E, M, NP in S. 
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino. 
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®. 
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal.
== REZULTATI==

=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na položaju tretjega kodona [2].

=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].

=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].

=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].

=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu)kodoni prednost v vsaj dveh genih [2].

=== Redki kodonov ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].

=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].

=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===

Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa. 
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo. 
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)). 
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu. 
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].

== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta [2].

== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093 
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487 
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821 
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-07T17:48:49Z

Stefanija Ivanova: /* UVOD */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s postopkom serijskega pasiranja v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==
Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2. 
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E, M, NP in S. 
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino. 
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®. 
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal.
== REZULTATI==

=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na položaju tretjega kodona [2].

=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].

=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].

=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].

=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) začetni kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu) začetni kodoni prednost v vsaj dveh genih [2].
=== Redki kodonov ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].

=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].

=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===

Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa. 
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo. 
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)). 
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu. 
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].

== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta [2].

== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093 
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487 
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821 
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-07T17:48:24Z

Stefanija Ivanova:

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe. 
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s postopkom serijskega pasiranja v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==
Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2. 
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E, M, NP in S. 
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino. 
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®. 
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal.
== REZULTATI==

=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na položaju tretjega kodona [2].

=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].

=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].

=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].

=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) začetni kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu) začetni kodoni prednost v vsaj dveh genih [2].
=== Redki kodonov ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].

=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].

=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===

Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa. 
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo. 
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)). 
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu. 
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].

== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta [2].

== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093 
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487 
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821 
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-07T17:46:12Z

Stefanija Ivanova: /* VIRI */

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s postopkom serijskega pasiranja v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==
Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2.
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E, M, NP in S.
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino.
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®.
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal.
== REZULTATI==

=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na položaju tretjega kodona [2].

=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].

=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].

=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].

=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) začetni kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu) začetni kodoni prednost v vsaj dveh genih [2].
=== Redki kodonov ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].

=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].

=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===

Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu.
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].

== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta [2].

== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093 
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487 
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821 
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-07T17:45:28Z

Stefanija Ivanova:

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/. Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

== UVOD ==

Delta različica SARS-CoV-2 (B.1.617.2) ima 23 mutacij v primerjavi s prvim identificiranim sevom COVID-19 (sev alfa) [10]. Dvanajst od teh mutacij je v proteinu bodice spike, ki omogoča pritrditev gostiteljskih celic in je vključen v virusno patogenezo. Različica B.1.617.2 (delta) je bila prvič odkrita v Indiji decembra 2020 in je hitro postala najpogosteje prijavljena različica po vsem svetu [1]. Ta različica je bila povezana z globalnim porastom primerov, večjim virusnim bremenom, daljšim trajanjem nalezljivosti in visokimi stopnjami ponovne okužbe.
Tradicionalno se oslabljeni kandidati za cepivo ustvarijo s postopkom serijskega pasiranja v neoptimalnih pogojih, kar sčasoma povzroči atenuacijo virusa. Glavna težava je tveganje izgube atenuacije, zaradi česar lahko cepivo postane neučinkovito.
Namen te študije je bil raziskati molekularne značilnosti strukturnih genov ( (protein bodice (S), jedrni protein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice COVID-19, da bi identificirali potencialne tarče za razvoj kandidata za cepivo z uporabo sintezne biologije. Analizirali so različne vidike, kot so sestava, uporaba sinonimnih kodonov in razmerje med gostiteljevo tRNA in prednostnimi kodoni iz teh genov. Sinonimni kodoni se nanašajo na dva ali več kodonov, ki kodirajo isto aminokislino. Pristranskost kodona (angl. codon bias), biološki pojav, ki opisuje neenakomerno uporabo sinonimnih kodonov, se lahko uporablja za optimizacijo kodona (CO) in deoptimizacijo kodona (CD) [2].

== MATERIALI IN METODE ==
Pridobili so zaporedja iz Nacionalnega centra za biotehnološke informacije (NCBI) za delta sev SARS-CoV-2.
DNASTAR Lasergene Inc. je bil uporabljen za izračun dinukleotidnega razmerja obetov za gene E, M, NP in S.
RSCU pomeni relativno sinonimno uporabo kodona in je merilo, ki pomaga identificirati prednostne in neprednostne kodone za določeno aminokislino.
Analiza konteksta kodona (učinke sosednjih zaporedij na prevajanje proteinih) in določitev najpogostejših parov kodonov sta bila opravljena s programsko opremo Anaconda 2®.
Strežnik RNAfold je bil uporabljen za izračun minimalne proste energije (MFE) transkripta. Vrednosti CAI Codon Adaptation Index) so bile izračunane z uporabo strežnika CAICal.
== REZULTATI==

=== Značilnosti sestave strukturnih genov seva delta SARS-CoV-2===
Ta študija je preučevala nukleotidno sestavo strukturnih genov ((bodice(S), nukleoprotein (N), membrana (M) in ovojnica (E))) delta različice virusa SARS-CoV-2. Velikosti genov E, M, N in S so 228 bp, 669 bp, 1260 bp in 3822 bp [3]. Rezultati so pokazali, da so imeli ti geni visoko vsebnost AT in večjo številčnost nukleotidov T, razen gena M. Poleg tega so imeli vsi geni visok delež nukleotidov T na položaju tretjega kodona [2].

=== Analiza razmerja obetov dinukleotidov ===
Iz analize je razvidno, da sta TpT in CpA pokazala najvišjo stopnjo variacije vrednosti. Povprečna vrednost dinukleotida TpT je bila med 0,867–2,383, CpA pa med 0,359–1,569 za štiri strukturne gene virusa delta. Dinukleotid TpT je bil premalo zastopan v genu NP, medtem ko je v drugih genih preveč zastopan. CpG je bil, kot je bilo pričakovano, premalo zastopan v vseh genih. Gostiteljske celice zaznavajo CpG dinukleotid kot molekularne vzorce, povezane s patogenom in zato virusni patogeni ponavadi zmanjšajo pogostost vsebnosti CpG v svojem genetskem materialu [4]. Na podlagi povprečnega razmerja obetov je bilo očitno, da so dinukleotidi GpA, GpG, CpC in CpG premalo zastopani (razmerje obetov < 0,78), medtem ko so bili TpT, ApA, CpT in TpG preveč zastopani (razmerje obetov > 1,23). Vrednosti razmerja obetov za gene E, M in NP so dokaj primerljive, čeprav obstaja majhna razlika za gen NP [2].

=== Dinukleotidna pristranost (angl. Dinucleotide Bias) na stičišču kodonov ===
Študija je ocenila pristranost dinukleotidov na stičišču p3-1 za CpG in TpA v štirih genih delta seva. Najdeni so bili tako pozitivni kot negativni konteksti, pri čemer so bili negativni konteksti bolj izraziti za CpG v genih S in N. V stičišču TpA so bili negativni konteksti močno prisotni v genu S, medtem ko so bili pozitivni konteksti najdeni le v genu E. Opravljena analiza je pokazala, da so na stičišču prisotne vse vrste kontekstov (brez konteksta, pozitivni kontekst, negativen kontekst). Vendar je bilo ugotovljeno, da so negativni konteksti pogostejši za stičišče TpA v genu S, na kar so morda vplivali selektivni pritiski [2].

=== RSCU vrednosti kodonov iz štirih strukturnih genov ===
Višje vrednosti RSCU kažejo na prednostni kodon, nižje vrednosti pa kažejo na uporabo neprednostnih kodonov. Analiza je pokazala, da je vzorec uporabe kodona edinstven za vsak gen[2].

=== Zamenjava kodonov ===
Deoptimizacija parov kodonov (CPD) je učinkovita tehnika atenuacije virusa. Končni cilj zamenjave kodonov je povečati število premalo zastopanih parov kodonov v genih virusa. Študija je zagotovila informacije o parih kodonov, ki se pogosto pojavljajo, in o manj pogostih kodonih. Analiza je pokazala, da so med prvimi 20 najbolj zaželenimi pari kodonov ACT- (treonin), AAT- (asparagin), TTT- (fenil alanin) in TTG- (levcin) začetni kodoni v vsaj treh genih od štirih. Po drugi strani pa so imeli GTT- (Val), GGA-(Gly) in CTT-(Leu) začetni kodoni prednost v vsaj dveh genih [2].
=== Redki kodonov ===
Kodoni CGG (Arg), CCG (Pro) in CAC (His) so bili redki v vseh genih. Kodoni GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser) so bili redki v vsaj treh genih. Kodon CAA se zelo uporablja v NP (>5 % vseh kodonov), medtem ko se uporablja manj kot 1 % v genih E in S [2].

=== Preferenca kodonov strukturnih genov in nabor človeške tRNA ===
Študija je pokazala, da se med vsemi aminokislinami le prednostni kodon za ILeu ujema z najbolj razširjenimi izoakceptorskimi tRNA v človeških gostiteljih. Razen za Ileu so se le štiri aminokisline, in sicer Phe, Leu, Ala in Tyr, ujemale z bogato izoakceptorsko tRNA za njihove prednostne kodone v treh od štirih preučevanih genov. Ugotovitve so pokazale, da prednostni kodoni strukturnih genov delta različice SARS-CoV-2 niso v skladu z obilnim naborom tRNA, ki je prisoten v človeškem telesu [2].

=== Oblikovanje kandidata za cepivo ===

Na podlagi analize genov so avtorji skonstruirali tri kandidate za cepivo in te konstrukte so sistemsko analizirali glede sposobnosti virusa.
Prvi konstrukt je temeljil na informaciji, da so sekvence bogate z dinukleotidi TT in AA, slabljenje pa je povezano s povečanjem vsebnosti TA in zmanjšanjem dinukleotidov TpT in ApA. Zato so rekodirali tri preveč zastopane kodone, ki vsebujejo TT (kodoni CTT, GTT in CTT), in jih nadomestili s kodoni, ki vsebujejo TA, ki se redko pojavljajo.
Med načrtovanjem drugega konstrukta so nadomestili številne kodone z redkimi kodoni (CGG (Arg), CCG (Pro), CAC (His) GGG (Gly), CCC (Pro) in TCG (Ser)).
V tretjem konstruktu so prekinili prednostne pare kodonov na 5' koncu.
Študija je ocenila tri parametre za oceno sposobnosti konstruiranega virusa: CAI (angl. Codon Adaptation Index), CPS (angl. Codon Pair Score) in stabilnost mRNA. Konstrukt z redkimi kodoni je imel najvišjo stabilnost mRNA, vendar najnižje rezultate CAI in CPS. Konstrukt s kodoni, ki se končajo s TA, je imel nizko stabilnost mRNA, vendar so rezultati CAI in CPS podobni divjemu tipu. Prekinitev prednostnih kodonskih parov je povzročila zmanjšano izražanje proteinov, nizek CPS in nizko stabilnost mRNA. Na podlagi analize je bilo ugotovljeno, da je tretji konstrukt, ki je uvedel redke kodone za motenje favoriziranih kodonskih parov, najprimernejši kandidat [2].

== Zaključek ==
Raziskovalci so preizkusili tri strategije, za oblikovanje oslabljenega cepiva proti različici delta SARS-CoV-2 z uporabo pristopa sintetične biologije vključno s spremembo TpT v TpA, uvedbo redkih kodonov in motnjo favoriziranih kodonov. Ugotovili so, da je namesto vključevanja redkih kodonov, prekinitev priljubljenih parov kodonov bolj izvedljiva strategija pri pridobivanju boljših kandidatov za cepivo zaradi zmanjšane ekspresije proteinov in manjše stabilnosti transkripta [2].

== VIRI ==
[1] Shiehzadegan, S., Alaghemand, N., Fox, M., & Venketaraman, V. (2021). Analysis of the Delta Variant B.1.617.2 COVID-19. Clinics and Practice, 11(4), 778–784. https://doi.org/10.3390/clinpract11040093
[2] Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023). A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. https://doi.org/10.3390/vaccines11020487
[3] Yadav, R., Chaudhary, J. K., Jain, N., Chaudhary, P. K., Khanra, S., Dhamija, P., Sharma, A., Kumar, A., & Handu, S. (2021). Role of structural and non-structural proteins and therapeutic targets of sars-cov-2 for covid-19. Cells, 10(4), 821. https://doi.org/10.3390/cells10040821
[4] Atkinson, N. J., Witteveldt, J., Evans, D. J., & Simmonds, P. (2014). The influence of CpG and UpA dinucleotide frequencies on RNA virus replication and characterization of the innate cellular pathways underlying virus attenuation and enhanced replication. Nucleic Acids Research, 42(7), 4527–4545. https://doi.org/10.1093/nar/gku075

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-07T17:31:00Z

Stefanija Ivanova:

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-07T17:30:15Z

Stefanija Ivanova:

Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARSCoV2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov

2023-05-07T17:29:39Z

Stefanija Ivanova: New page: ''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/.Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023): A synthetic biology appr...

''Povzeto po članku: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9967482/.Gurjar, P., Karuvantevida, N., Rzhepakovsky, I. V., Khan, A. A., & Khandia, R. (2023): A synthetic biology approach for vaccine candidate design against delta strain of sars-cov-2 revealed disruption of favored codon pair as a better strategy over using rare codons. Vaccines, 11(2), 487. ]''

Seminarji SB 2022/23

2023-05-07T12:42:52Z

Stefanija Ivanova:

V študijskem letu 2022/23 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rudarjenje_in_uporaba_konstitutivnih_promotorjev_iz_Rhodosporidium_toruloides Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz ''Rhodosporidium toruloides''] (Ana Babnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biomolekularni_aktuatorji_za_gensko_selektivno_akusti%C4%8Dno_manipulacijo_celic Biomolekularni aktuatorji za gensko selektivno akustično manipulacijo celic] (Greta Junger)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/IN_VIVO_SAMOSESTAVLJENA_siRNA_KOT_NA%C4%8CIN_KOMBINIRANEGA_ZDRAVLJENJA_ULCEROZNEGA_KOLITISA#ZAKLJU.C4.8CEK In vivo samosestavljena siRNA kot način kombiniranega zdravljenja ulceroznega kolitisa] (Tjaša Kos)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_kompleta_orodij_za_zaznavanje_kvoruma_pri_cianobakterijah:_Razvoj_medceli%C4%8Dne_koordinacije_v_me%C5%A1anih_avtotrofno-heterotrofnih_skupnostih Priprava kompleta orodij za zaznavanje kvoruma pri cianobakterijah: Razvoj medcelične koordinacije v mešanih avtotrofno-heterotrofnih skupnostih] (Nuša Tkalec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_temperaturno_inducibilnega_transkripcijskega_reostata_pri_Neurospori_crassi Razvoj temperaturno inducibilnega transkripcijskega reostata pri ''Neurospori crassi''] (Luka Šegota)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_tumor_ciljajočih_bakterij_s_stikalnim_sistemom,_ki_se_odziva_na_dušikov(II)_oksid Priprava tumor ciljajočih bakterij s stikalnim sistemom, ki se odziva na dušikov(II) oksid] (Ana Kodra)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razcepljeni_ribocim%2C_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali Razcepljeni ribocim, ki signale nativnih RNA poveže z ortogonalnimi proteinskimi izhodnimi signali] (Ajda Beltram)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_nadzor_%C5%A1tevila_plazmidov_v_celici_%28Tulip%29 Sistem za nadzor števila plazmidov v celici (Tulip)] (Gregor Strniša)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Skupnostna_znanost_je_na%C4%8Drtovala_ribosome_s_koristnimi_fenotipi Skupnostna znanost je načrtovala ribosome s koristnimi fenotipi] (Tanja Gošnjak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pristop_sintezne_biologije_za_načrtovanje_kandidata_za_cepivo_proti_delta_različici_SARSCoV2_je_razkril_motnjo_favoriziranega_para_kodonov_kot_boljšo_strategijo_pred_uporabo_redkih_kodonov Pristop sintezne biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARS-CoV-2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov] (Stefanija Ivanova)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MonChassis MonChassis] (Nika Tomsič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FIAT_LUX FIAT LUX] (Neža Lanišek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NETLANTIS NETLANTIS] (Maša Gabrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BINANOX BINANOX] (Vivian Nemanič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CoBiota CoBiota] (Petra Sintič)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2021/22]].

Seminarji SB 2022/23

2023-05-07T12:42:04Z

Stefanija Ivanova:

V študijskem letu 2022/23 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rudarjenje_in_uporaba_konstitutivnih_promotorjev_iz_Rhodosporidium_toruloides Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz ''Rhodosporidium toruloides''] (Ana Babnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biomolekularni_aktuatorji_za_gensko_selektivno_akusti%C4%8Dno_manipulacijo_celic Biomolekularni aktuatorji za gensko selektivno akustično manipulacijo celic] (Greta Junger)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/IN_VIVO_SAMOSESTAVLJENA_siRNA_KOT_NA%C4%8CIN_KOMBINIRANEGA_ZDRAVLJENJA_ULCEROZNEGA_KOLITISA#ZAKLJU.C4.8CEK In vivo samosestavljena siRNA kot način kombiniranega zdravljenja ulceroznega kolitisa] (Tjaša Kos)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_kompleta_orodij_za_zaznavanje_kvoruma_pri_cianobakterijah:_Razvoj_medceli%C4%8Dne_koordinacije_v_me%C5%A1anih_avtotrofno-heterotrofnih_skupnostih Priprava kompleta orodij za zaznavanje kvoruma pri cianobakterijah: Razvoj medcelične koordinacije v mešanih avtotrofno-heterotrofnih skupnostih] (Nuša Tkalec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_temperaturno_inducibilnega_transkripcijskega_reostata_pri_Neurospori_crassi Razvoj temperaturno inducibilnega transkripcijskega reostata pri ''Neurospori crassi''] (Luka Šegota)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_tumor_ciljajočih_bakterij_s_stikalnim_sistemom,_ki_se_odziva_na_dušikov(II)_oksid Priprava tumor ciljajočih bakterij s stikalnim sistemom, ki se odziva na dušikov(II) oksid] (Ana Kodra)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razcepljeni_ribocim%2C_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali Razcepljeni ribocim, ki signale nativnih RNA poveže z ortogonalnimi proteinskimi izhodnimi signali] (Ajda Beltram)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_nadzor_%C5%A1tevila_plazmidov_v_celici_%28Tulip%29 Sistem za nadzor števila plazmidov v celici (Tulip)] (Gregor Strniša)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Skupnostna_znanost_je_na%C4%8Drtovala_ribosome_s_koristnimi_fenotipi Skupnostna znanost je načrtovala ribosome s koristnimi fenotipi] (Tanja Gošnjak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pristop_sintetične_biologije_za_načrtovanje_kandidata_za_cepivo_proti_delta_različici_SARSCoV2_je_razkril_motnjo_favoriziranega_para_kodonov_kot_boljšo_strategijo_pred_uporabo_redkih_kodonov Pristop sintetične biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARS-CoV-2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov] (Stefanija Ivanova)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MonChassis MonChassis] (Nika Tomsič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FIAT_LUX FIAT LUX] (Neža Lanišek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NETLANTIS NETLANTIS] (Maša Gabrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BINANOX BINANOX] (Vivian Nemanič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CoBiota CoBiota] (Petra Sintič)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2021/22]].

Seminarji SB 2022/23

2023-05-07T12:40:19Z

Stefanija Ivanova:

V študijskem letu 2022/23 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rudarjenje_in_uporaba_konstitutivnih_promotorjev_iz_Rhodosporidium_toruloides Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz ''Rhodosporidium toruloides''] (Ana Babnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biomolekularni_aktuatorji_za_gensko_selektivno_akusti%C4%8Dno_manipulacijo_celic Biomolekularni aktuatorji za gensko selektivno akustično manipulacijo celic] (Greta Junger)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/IN_VIVO_SAMOSESTAVLJENA_siRNA_KOT_NA%C4%8CIN_KOMBINIRANEGA_ZDRAVLJENJA_ULCEROZNEGA_KOLITISA#ZAKLJU.C4.8CEK In vivo samosestavljena siRNA kot način kombiniranega zdravljenja ulceroznega kolitisa] (Tjaša Kos)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_kompleta_orodij_za_zaznavanje_kvoruma_pri_cianobakterijah:_Razvoj_medceli%C4%8Dne_koordinacije_v_me%C5%A1anih_avtotrofno-heterotrofnih_skupnostih Priprava kompleta orodij za zaznavanje kvoruma pri cianobakterijah: Razvoj medcelične koordinacije v mešanih avtotrofno-heterotrofnih skupnostih] (Nuša Tkalec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_temperaturno_inducibilnega_transkripcijskega_reostata_pri_Neurospori_crassi Razvoj temperaturno inducibilnega transkripcijskega reostata pri ''Neurospori crassi''] (Luka Šegota)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_tumor_ciljajočih_bakterij_s_stikalnim_sistemom,_ki_se_odziva_na_dušikov(II)_oksid Priprava tumor ciljajočih bakterij s stikalnim sistemom, ki se odziva na dušikov(II) oksid] (Ana Kodra)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razcepljeni_ribocim%2C_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali Razcepljeni ribocim, ki signale nativnih RNA poveže z ortogonalnimi proteinskimi izhodnimi signali] (Ajda Beltram)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_nadzor_%C5%A1tevila_plazmidov_v_celici_%28Tulip%29 Sistem za nadzor števila plazmidov v celici (Tulip)] (Gregor Strniša)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Skupnostna_znanost_je_na%C4%8Drtovala_ribosome_s_koristnimi_fenotipi Skupnostna znanost je načrtovala ribosome s koristnimi fenotipi] (Tanja Gošnjak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pristop_sintetične_biologije_za_načrtovanje_kandidata_za_cepivo_proti_delta_različici_SARS-CoV-2_je_razkril_motnjo_favoriziranega_para_kodonov _kot_boljšo_strategijo_pred_uporabo_redkih_kodonov Pristop sintetične biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARS-CoV-2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov] (Stefanija Ivanova)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MonChassis MonChassis] (Nika Tomsič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FIAT_LUX FIAT LUX] (Neža Lanišek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NETLANTIS NETLANTIS] (Maša Gabrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BINANOX BINANOX] (Vivian Nemanič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CoBiota CoBiota] (Petra Sintič)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2021/22]].

Seminarji SB 2022/23

2023-05-07T12:39:55Z

Stefanija Ivanova:

V študijskem letu 2022/23 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rudarjenje_in_uporaba_konstitutivnih_promotorjev_iz_Rhodosporidium_toruloides Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz ''Rhodosporidium toruloides''] (Ana Babnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biomolekularni_aktuatorji_za_gensko_selektivno_akusti%C4%8Dno_manipulacijo_celic Biomolekularni aktuatorji za gensko selektivno akustično manipulacijo celic] (Greta Junger)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/IN_VIVO_SAMOSESTAVLJENA_siRNA_KOT_NA%C4%8CIN_KOMBINIRANEGA_ZDRAVLJENJA_ULCEROZNEGA_KOLITISA#ZAKLJU.C4.8CEK In vivo samosestavljena siRNA kot način kombiniranega zdravljenja ulceroznega kolitisa] (Tjaša Kos)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_kompleta_orodij_za_zaznavanje_kvoruma_pri_cianobakterijah:_Razvoj_medceli%C4%8Dne_koordinacije_v_me%C5%A1anih_avtotrofno-heterotrofnih_skupnostih Priprava kompleta orodij za zaznavanje kvoruma pri cianobakterijah: Razvoj medcelične koordinacije v mešanih avtotrofno-heterotrofnih skupnostih] (Nuša Tkalec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_temperaturno_inducibilnega_transkripcijskega_reostata_pri_Neurospori_crassi Razvoj temperaturno inducibilnega transkripcijskega reostata pri ''Neurospori crassi''] (Luka Šegota)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_tumor_ciljajočih_bakterij_s_stikalnim_sistemom,_ki_se_odziva_na_dušikov(II)_oksid Priprava tumor ciljajočih bakterij s stikalnim sistemom, ki se odziva na dušikov(II) oksid] (Ana Kodra)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razcepljeni_ribocim%2C_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali Razcepljeni ribocim, ki signale nativnih RNA poveže z ortogonalnimi proteinskimi izhodnimi signali] (Ajda Beltram)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_nadzor_%C5%A1tevila_plazmidov_v_celici_%28Tulip%29 Sistem za nadzor števila plazmidov v celici (Tulip)] (Gregor Strniša)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Skupnostna_znanost_je_na%C4%8Drtovala_ribosome_s_koristnimi_fenotipi Skupnostna znanost je načrtovala ribosome s koristnimi fenotipi] (Tanja Gošnjak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pristop_sintetične_biologije_za_načrtovanje_kandidata_za_cepivo_proti_delta_različici_SARS-CoV-2_je_razkril_motnjo_favoriziranega_para_kodonov kot_boljšo_strategijo_pred_uporabo_redkih_kodonov Pristop sintetične biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta različici SARS-CoV-2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov] (Stefanija Ivanova)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MonChassis MonChassis] (Nika Tomsič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FIAT_LUX FIAT LUX] (Neža Lanišek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NETLANTIS NETLANTIS] (Maša Gabrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BINANOX BINANOX] (Vivian Nemanič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CoBiota CoBiota] (Petra Sintič)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2021/22]].

Seminarji SB 2022/23

2023-05-07T12:38:04Z

Stefanija Ivanova:

V študijskem letu 2022/23 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rudarjenje_in_uporaba_konstitutivnih_promotorjev_iz_Rhodosporidium_toruloides Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz ''Rhodosporidium toruloides''] (Ana Babnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biomolekularni_aktuatorji_za_gensko_selektivno_akusti%C4%8Dno_manipulacijo_celic Biomolekularni aktuatorji za gensko selektivno akustično manipulacijo celic] (Greta Junger)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/IN_VIVO_SAMOSESTAVLJENA_siRNA_KOT_NA%C4%8CIN_KOMBINIRANEGA_ZDRAVLJENJA_ULCEROZNEGA_KOLITISA#ZAKLJU.C4.8CEK In vivo samosestavljena siRNA kot način kombiniranega zdravljenja ulceroznega kolitisa] (Tjaša Kos)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_kompleta_orodij_za_zaznavanje_kvoruma_pri_cianobakterijah:_Razvoj_medceli%C4%8Dne_koordinacije_v_me%C5%A1anih_avtotrofno-heterotrofnih_skupnostih Priprava kompleta orodij za zaznavanje kvoruma pri cianobakterijah: Razvoj medcelične koordinacije v mešanih avtotrofno-heterotrofnih skupnostih] (Nuša Tkalec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_temperaturno_inducibilnega_transkripcijskega_reostata_pri_Neurospori_crassi Razvoj temperaturno inducibilnega transkripcijskega reostata pri ''Neurospori crassi''] (Luka Šegota)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_tumor_ciljajočih_bakterij_s_stikalnim_sistemom,_ki_se_odziva_na_dušikov(II)_oksid Priprava tumor ciljajočih bakterij s stikalnim sistemom, ki se odziva na dušikov(II) oksid] (Ana Kodra)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razcepljeni_ribocim%2C_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali Razcepljeni ribocim, ki signale nativnih RNA poveže z ortogonalnimi proteinskimi izhodnimi signali] (Ajda Beltram)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_nadzor_%C5%A1tevila_plazmidov_v_celici_%28Tulip%29 Sistem za nadzor števila plazmidov v celici (Tulip)] (Gregor Strniša)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Skupnostna_znanost_je_na%C4%8Drtovala_ribosome_s_koristnimi_fenotipi Skupnostna znanost je načrtovala ribosome s koristnimi fenotipi] (Tanja Gošnjak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pristop_sintetične_biologije_za_načrtovanje_kandidata_za_cepivo_proti_delta_različici SARS-CoV-2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov Pristop_sintetične_biologije_za_načrtovanje_kandidata_za_cepivo_proti_delta_različici SARS-CoV-2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov] (Stefanija Ivanova)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MonChassis MonChassis] (Nika Tomsič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FIAT_LUX FIAT LUX] (Neža Lanišek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NETLANTIS NETLANTIS] (Maša Gabrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BINANOX BINANOX] (Vivian Nemanič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CoBiota CoBiota] (Petra Sintič)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2021/22]].

Seminarji SB 2022/23

2023-05-07T12:35:04Z

Stefanija Ivanova:

V študijskem letu 2022/23 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rudarjenje_in_uporaba_konstitutivnih_promotorjev_iz_Rhodosporidium_toruloides Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz ''Rhodosporidium toruloides''] (Ana Babnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biomolekularni_aktuatorji_za_gensko_selektivno_akusti%C4%8Dno_manipulacijo_celic Biomolekularni aktuatorji za gensko selektivno akustično manipulacijo celic] (Greta Junger)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/IN_VIVO_SAMOSESTAVLJENA_siRNA_KOT_NA%C4%8CIN_KOMBINIRANEGA_ZDRAVLJENJA_ULCEROZNEGA_KOLITISA#ZAKLJU.C4.8CEK In vivo samosestavljena siRNA kot način kombiniranega zdravljenja ulceroznega kolitisa] (Tjaša Kos)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_kompleta_orodij_za_zaznavanje_kvoruma_pri_cianobakterijah:_Razvoj_medceli%C4%8Dne_koordinacije_v_me%C5%A1anih_avtotrofno-heterotrofnih_skupnostih Priprava kompleta orodij za zaznavanje kvoruma pri cianobakterijah: Razvoj medcelične koordinacije v mešanih avtotrofno-heterotrofnih skupnostih] (Nuša Tkalec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_temperaturno_inducibilnega_transkripcijskega_reostata_pri_Neurospori_crassi Razvoj temperaturno inducibilnega transkripcijskega reostata pri ''Neurospori crassi''] (Luka Šegota)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_tumor_ciljajočih_bakterij_s_stikalnim_sistemom,_ki_se_odziva_na_dušikov(II)_oksid Priprava tumor ciljajočih bakterij s stikalnim sistemom, ki se odziva na dušikov(II) oksid] (Ana Kodra)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razcepljeni_ribocim%2C_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali Razcepljeni ribocim, ki signale nativnih RNA poveže z ortogonalnimi proteinskimi izhodnimi signali] (Ajda Beltram)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_nadzor_%C5%A1tevila_plazmidov_v_celici_%28Tulip%29 Sistem za nadzor števila plazmidov v celici (Tulip)] (Gregor Strniša)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Skupnostna_znanost_je_na%C4%8Drtovala_ribosome_s_koristnimi_fenotipi Skupnostna znanost je načrtovala ribosome s koristnimi fenotipi] (Tanja Gošnjak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pristop_sintetične_biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta sevu SARS-CoV-2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov] (Stefanija Ivanova)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MonChassis MonChassis] (Nika Tomsič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FIAT_LUX FIAT LUX] (Neža Lanišek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NETLANTIS NETLANTIS] (Maša Gabrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BINANOX BINANOX] (Vivian Nemanič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CoBiota CoBiota] (Petra Sintič)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2021/22]].

Seminarji SB 2022/23

2023-05-07T12:33:18Z

Stefanija Ivanova:

V študijskem letu 2022/23 študentje pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rudarjenje_in_uporaba_konstitutivnih_promotorjev_iz_Rhodosporidium_toruloides Rudarjenje in uporaba konstitutivnih promotorjev iz ''Rhodosporidium toruloides''] (Ana Babnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biomolekularni_aktuatorji_za_gensko_selektivno_akusti%C4%8Dno_manipulacijo_celic Biomolekularni aktuatorji za gensko selektivno akustično manipulacijo celic] (Greta Junger)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/IN_VIVO_SAMOSESTAVLJENA_siRNA_KOT_NA%C4%8CIN_KOMBINIRANEGA_ZDRAVLJENJA_ULCEROZNEGA_KOLITISA#ZAKLJU.C4.8CEK In vivo samosestavljena siRNA kot način kombiniranega zdravljenja ulceroznega kolitisa] (Tjaša Kos)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_kompleta_orodij_za_zaznavanje_kvoruma_pri_cianobakterijah:_Razvoj_medceli%C4%8Dne_koordinacije_v_me%C5%A1anih_avtotrofno-heterotrofnih_skupnostih Priprava kompleta orodij za zaznavanje kvoruma pri cianobakterijah: Razvoj medcelične koordinacije v mešanih avtotrofno-heterotrofnih skupnostih] (Nuša Tkalec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razvoj_temperaturno_inducibilnega_transkripcijskega_reostata_pri_Neurospori_crassi Razvoj temperaturno inducibilnega transkripcijskega reostata pri ''Neurospori crassi''] (Luka Šegota)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_tumor_ciljajočih_bakterij_s_stikalnim_sistemom,_ki_se_odziva_na_dušikov(II)_oksid Priprava tumor ciljajočih bakterij s stikalnim sistemom, ki se odziva na dušikov(II) oksid] (Ana Kodra)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Razcepljeni_ribocim%2C_ki_signale_nativnih_RNA_pove%C5%BEe_z_ortogonalnimi_proteinskimi_izhodnimi_signali Razcepljeni ribocim, ki signale nativnih RNA poveže z ortogonalnimi proteinskimi izhodnimi signali] (Ajda Beltram)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_nadzor_%C5%A1tevila_plazmidov_v_celici_%28Tulip%29 Sistem za nadzor števila plazmidov v celici (Tulip)] (Gregor Strniša)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Skupnostna_znanost_je_na%C4%8Drtovala_ribosome_s_koristnimi_fenotipi Skupnostna znanost je načrtovala ribosome s koristnimi fenotipi] (Tanja Gošnjak)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pristop sintetične biologije za načrtovanje kandidata za cepivo proti delta sevu SARS-CoV-2 je razkril motnjo favoriziranega para kodonov kot boljšo strategijo pred uporabo redkih kodonov] (Stefanija Ivanova)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MonChassis MonChassis] (Nika Tomsič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/FIAT_LUX FIAT LUX] (Neža Lanišek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NETLANTIS NETLANTIS] (Maša Gabrič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BINANOX BINANOX] (Vivian Nemanič)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CoBiota CoBiota] (Petra Sintič)
----

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored je razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2021/22]].

Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija

2021-05-09T08:54:12Z

Stefanija Ivanova: /* Izvor in razvoj MERS-CoV */

=='''Uvod'''==

Koronavirusi so družina RNA virusov v vrstnem redu Nidovirales. So pomembni virusni patogeni tako pri ljudeh kot pri živalih in lahko povzročijo okužbe dihal in črevesja. Obstajajo štiri klasifikacije koronavirusov, in sicer: alfakoronavirus, betakoronavirus, gamakoronavirus in deltakoronavirus [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/#&gid=article-figures&pid=fig-3-uid-2]. Človeški koronavirusi so alfa in beta koronavirusi. Koronavirusi okužijo ptice in sesalce, netopirji pa so gostitelji največjega števila virusnih genotipov koronavirusa. Epidemije se lahko pojavijo, ko se virusi prenašajo z ene vrste na drugo.

=='''Poreklo in Variabilnost SARS-CoV'''==

Na začetku SARS epidemije leta 2002 (Kitajska) je bilo hitro sklenjeno, da vsi zgodnji pacienti so imeli stike z živalmi. Čez nekaj časa so ugotovili da SARS-CoV je povzročitelj bolezni in so našli protitelesa SARS-CoV v cibetah. Leta 2005 končno so sklenili da SARS-CoV izvira iz netopirjev, bolj natančno iz roda Rhinolophus. Netopirji Rhinolophus so pogosti v vsej Evroaziji in vsi so nosilci SARSr-CoVs (SARS-related Coronaviruses). Najverjetnejša hipoteza je, da prednik je nastal pri rekombinaciji iz netoprijev in prehod v cibetah in končno v človeku preko fekalno-oralni prenos. Junanski netopirjevi SARSr-CoVs imajo genetski elementi z katerim lahko povzročijo nove epidemije.

===Variabilnost SARSr-CoV pri ljudeh, cibetah in netopirjih===

Genomska zaporedja SARS-CoV pri ljudeh in cibetah sta skoraj identična. Največja razlika je v S (spike) genu, ki je razdeljen v 2 delih, S1 in S2. C-končni domena S1 je odgovoren za vezavo z ACE2 in vhod v celici. Drug gen, ki se bivstveno razlikuje je orf8, (on je ključen pri induciranju apoptozo in replikacijo) pri zgodnjih bolnikih imamo celotni orf8 gen, medtem pri poznih bolnikih gen je razdeljen v orf8a in orf8b, zaradi delecije 29 nukleotidov. Ti podatki kažejo da orf8 mutiral, ko je naredil prehod iz netopirjev na ljudeh in cibetah.

SARS-CoV in Netopirjeve SARSr-CoVs v glavnem se razlikujejo v 3 regijah: S, ORF8 in ORF3. Obstaja S1 podružnica ki je podobna SARS-CoV in najdemo jo le v Junanu, in drugačna podružnica S1 ki je krajša. Prva S1 podružnica pokaže 90-97.2 % AK identiteta, dokler druga manj kot 80%. Regija ORF8 se veliko razlikuje v različnih SARSr-CoVs, v Evropskem ORF8 je popolnoma izgubljen. ORF3 je antagonist interferona v SARS-CoV in nekateri SARSr-CoVs, v drugih SARSr-CoVs on gubi svojo funkcijo.

===Receptorji pri SARS-CoV in SARSr-CoVs===
Afiniteta vezavo S protein z ACE2 je ključno pri raziskovanju prehodov z eno vrsto na drugo. S protein je sestavljen iz 3 S1 glave in 3 S2 domeni, receptor vezavni domen (RBD) se nahaja vrhu na vsaki S1 glavi. Naravno spremembi tukaj, imajo velik vpliv na afiniteti z različnimi ACE2.
Najbolj pomembni za vezavo sta ostanka Lys31 (31) in Lys353 (353) na ACE2, če RBD formira solni mostički z njim se olajša vhod virusa v celici. Pomembni S protein ostanek ki vpliva na Lys31 je 479, pri SARSr-CoV to je Lys479, ki se ne veže z Lys31. Pri SARS-CoV imamo Arg479 ali Asn479, ki formirajo solni mostiček z Lys31. Drugi pomembni ostanek je Thr487 pri SARS-CoV, deluje na podobni način kot 479, če ga zamenjamo z Ser487, 487 ne more izgraditi mostiček z Lys353. Obstajajo tudi drugi pomembni ostanki kot 442, 472 in 480, vendar ne vplivajo toliko kot 479 in 487. [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/core/lw/2.0/html/tileshop_pmc/tileshop_pmc_inline.html?title=Click%20on%20image%20to%20zoom&p=PMC3&id=3308800_zbc0141201540001.jpg] Zanimivo, je da novi SARS-CoV2 ima zelo podobni S protein kot SARS-CoV, ampak Trp493 in Asn501 imajo isti funkciji kot N479 in T487, podobno velja tudi za drugi pomembni ostanki.

=='''Izvor in razvoj MERS-CoV'''==

Deset let po SARS se je v državah Bližnjega vzhoda pojavil še en betakoronavirus, bližnjevzhodni respiratorni sindrom (MERS-CoV). Virus vstopi v gostiteljsko celico z vezavo na receptor DPP4. Analiza genomskega zaporedja je pokazala, da je virus tesno povezan s koronavirusom HKU4 pri netopirjih Tylonycteris in koronavirusom HKU5 pri Pipistrellus. Okužbe z MERS-CoV so odkrili v vzorcih kameljega seruma v 1983. Iz filogenetskega drevesa opazimo da je genetska raznovrstnost virusnih linij L1 in L2 nizka, kar kaže, da so bili ljudje in kamele okuženi z virusi iz istega vira v kratkem časovnem obdobju. Med virusi L1 spadajo človeški in kamelni MERS-CoV, večinoma iz Bližnjega vzhoda. Med L2 spadajo le kameli MERS-Cov iz Afrike in ti virusi niso okužile ljudje. Ti dve virusni liniji imata skupnega prednika, vendar sta se v možnostih povzročitve okužb pri ljudeh razšli [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/#&gid=article-figures&pid=fig-4-uid-3]. Genomska zaporedja MERS-CoV, izolirana od ljudi in kamel, so skoraj enaka (> 99% identičnost). Glavne razlike so opazili v S-proteini, ORF4b in ORF3. Do danes imajo netopirji MERSr-CoV ter človeški in kameli MERS-CoV enake genomske strukture, vendar se v svojih genomskih zaporedjih bistveno razlikujejo. Najvišja identiteta genomskega zaporedja med netopirjem MERSr-CoV in MERS-Cov pri človeku in kamili je ~ 85%. Netopirji MERSr-CoV se v S proteinu najbolj razlikujejo. Zaporedja proteina S pri MERSr-CoV netopirjev in MERS-CoV človeka in kamele sta približno 45–65% identična, nižjo identiteto zaporedja so opazili v receptorski vezavni regiji (RBD). DPP4 pri ljudeh, kamelah, konjih in netopirjih lahko deluje kot receptor za MERS-CoV. Sevi MERS-CoV, izolirani od ljudi in kamel, so si med seboj zelo podobni in oba učinkovito uporabljata človeški DPP4. Prepoznavanje receptorjev igra pomembno vlogo. Številne rekombinacije kažejo, da je MERS-CoV nastal iz izmenjave genskih elementov med različnimi virusnimi predniki, vključno s tistimi, izoliranimi od kamel in domnevnih naravnih gostiteljskih netopirjev. Vsi MERSr-CoV, izolirani od netopirjev, podpirajo hipotezo, da MERS-CoV izvira iz netopirjev. Glede na filogenetsko vrzel med netopirji MERSr-CoV in MERS-CoV človeka in kamele se domneva da obstajajo še virusi, ki so neposredno prispevali k nastanku MERSr-CoV pri ljudeh in kamele.

=='''SADS-CoV'''==

V 2018 v provinci Guangdong so evidentirali sindrom akutne diareje prašičev (SADS). Kot povzročitelj je bil identificiran nov koronavirus netopirjev (SADS-CoV), ki je bil zelo podoben s koronavirusom Rhinolophus netopirjev HKU2 kar kaže na izvor netopirjev tega prašičjega virusa. Mehanizem prenosa SADS-CoV z netopirjev na prašiče trenutno ni znan.

=='''Zaključek'''==

Glede na veliko število koronavirusov in njihove stalne rekombinacije, ki omogočajo prenašanje bolezni z netopirjev na človeka, je izjemnega pomena za preučevanje SARSr-CoVs in MERSr-CoVs.
To se je potrdilo z Covid19 epidemijo, ki kot pričakovano je nastala iz Netopirjevi SARSr-CoVs v Kitajski, tam so našli SARSr-CoV z 96.2% identičnost z SARS-CoV2. SARS-CoV in SARS-CoV2 so zelo podobni, vendar imajo velike razlike v S proteinu, zaradi česar je SARS-CoV2 veliko bolj nevaren. Povzročitelj Covid19 ne bo zadnji koronavirus, ki bo naredil prehod na človeku.

==Viri==

1. Cui, Jie, et al. “Origin and Evolution of Pathogenic Coronaviruses.” Nature Reviews Microbiology, vol. 17, no. 3, Mar. 2019, pp. 181–92. DOI.org (Crossref), doi:10.1038/s41579-018-0118-9.

2. Tang, Xiaolu, et al. “On the Origin and Continuing Evolution of SARS-CoV-2.” National Science Review, vol. 7, no. 6, June 2020, pp. 1012–23. DOI.org (Crossref), doi:10.1093/nsr/nwaa036.

3. Ortega, Joseph Thomas, et al. “Role of Changes in SARS-CoV-2 Spike Protein in the Interaction with the Human ACE2 Receptor: An in Silico Analysis.” EXCLI Journal, vol. 19, Mar. 2020, pp. 410–17. PubMed Central, doi:10.17179/excli2020-1167.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija

2021-05-03T12:12:45Z

Stefanija Ivanova: /* Nastanek in razvoj MERS-CoV */

=='''Uvod'''==

Koronavirusi so družina RNA virusov v vrstnem redu Nidovirales. So pomembni virusni patogeni tako pri ljudeh kot pri živalih in lahko povzročijo okužbe dihal in črevesja. Obstajajo štiri klasifikacije koronavirusov, in sicer: alfakoronavirus, betakoronavirus, gamakoronavirus in deltakoronavirus [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/#&gid=article-figures&pid=fig-3-uid-2]. Človeški koronavirusi so alfa in beta koronavirusi. Koronavirusi okužijo ptice in sesalce, netopirji pa so gostitelji največjega števila virusnih genotipov koronavirusa. Epidemije se lahko pojavijo, ko se virusi prenašajo z ene vrste na drugo.

=='''Poreklo in Variabilnost SARS-CoV'''==

Na začetku SARS epidemije leta 2002 (Kitajska) je bilo hitro sklenjeno, da vsi zgodnji pacienti so imeli stike z živalmi. Čez nekaj časa so ugotovili da SARS-CoV je povzročitelj bolezni in so našli protitelesa SARS-CoV v cibetah. Leta 2005 končno so sklenili da SARS-CoV izvira iz netopirjev, bolj natančno iz roda Rhinolophus. Netopirji Rhinolophus so pogosti v vsej Evroaziji in vsi so nosilci SARSr-CoVs (SARS-related Coronaviruses). Najverjetnejša hipoteza je, da prednik je nastal pri rekombinaciji iz netoprijev in prehod v cibetah in končno v človeku preko fekalno-oralni prenos. Junanski netopirjevi SARSr-CoVs imajo genetski elementi z katerim lahko povzročijo nove epidemije.

===Variabilnost SARSr-CoV pri ljudeh, cibetah in netopirjih===

Genomska zaporedja SARS-CoV pri ljudeh in cibetah sta skoraj identična. Največja razlika je v S (spike) genu, ki je razdeljen v 2 delih, S1 in S2. C-končni domena S1 je odgovoren za vezavo z ACE2 in vhod v celici. Drug gen, ki se bivstveno razlikuje je orf8, (on je ključen pri induciranju apoptozo in replikacijo) pri zgodnjih bolnikih imamo celotni orf8 gen, medtem pri poznih bolnikih gen je razdeljen v orf8a in orf8b, zaradi delecije 29 nukleotidov. Ti podatki kažejo da orf8 mutiral, ko je naredil prehod iz netopirjev na ljudeh in cibetah.

SARS-CoV in Netopirjeve SARSr-CoVs v glavnem se razlikujejo v 3 regijah: S, ORF8 in ORF3. Obstaja S1 podružnica ki je podobna SARS-CoV in najdemo jo le v Junanu, in drugačna podružnica S1 ki je krajša. Prva S1 podružnica pokaže 90-97.2 % AK identiteta, dokler druga manj kot 80%. Regija ORF8 se veliko razlikuje v različnih SARSr-CoVs, v Evropskem ORF8 je popolnoma izgubljen. ORF3 je antagonist interferona v SARS-CoV in nekateri SARSr-CoVs, v drugih SARSr-CoVs on gubi svojo funkcijo.

===Receptorji pri SARS-CoV in SARSr-CoVs===
Afiniteta vezavo S protein z ACE2 je ključno pri raziskovanju prehodov z eno vrsto na drugo. S protein je sestavljen iz 3 S1 glave in 3 S2 domeni, receptor vezavni domen (RBD) se nahaja vrhu na vsaki S1 glavi. Naravno spremembi tukaj, imajo velik vpliv na afiniteti z različnimi ACE2.
Najbolj pomembni za vezavo sta ostanka Lys31 (31) in Lys353 (353) na ACE2, če RBD formira solni mostički z njim se olajša vhod virusa v celici. Pomembni S protein ostanek ki vpliva na Lys31 je 479, pri SARSr-CoV to je Lys479, ki se ne veže z Lys31. Pri SARS-CoV imamo Arg479 ali Asn479, ki formirajo solni mostiček z Lys31. Drugi pomembni ostanek je Thr487 pri SARS-CoV, deluje na podobni način kot 479, če ga zamenjamo z Ser487, 487 ne more izgraditi mostiček z Lys353. Obstajajo tudi drugi pomembni ostanki kot 442, 472 in 480, vendar ne vplivajo toliko kot 479 in 487. [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/core/lw/2.0/html/tileshop_pmc/tileshop_pmc_inline.html?title=Click%20on%20image%20to%20zoom&p=PMC3&id=3308800_zbc0141201540001.jpg] Zanimivo, je da novi SARS-CoV2 ima zelo podobni S protein kot SARS-CoV, ampak Trp493 in Asn501 imajo isti funkciji kot N479 in T487, podobno velja tudi za drugi pomembni ostanki.

=='''Izvor in razvoj MERS-CoV'''==

Deset let po SARS se je v državah Bližnjega vzhoda pojavil še en betakoronavirus, bližnjevzhodni respiratorni sindrom (MERS-CoV). Virus vstopi v gostiteljsko celico z vezavo na receptor DPP4. Analiza genomskega zaporedja je pokazala, da je virus tesno povezan s koronavirusom HKU4 pri netopirjih Tylonycteris in koronavirusom HKU5 pri Pipistrellus. Okužbe z MERS-CoV so odkrili v vzorcih kameljega seruma v 1983. Iz filogenetskega drevesa opazimo da je genetska raznovrstnost virusnih linij L1 in L2 nizka, kar kaže, da so bili ljudje in kamele okuženi z virusi iz istega vira v kratkem časovnem obdobju. Med virusi L1 spadajo človeški in kamelni MERS-CoV, večinoma iz Bližnjega vzhoda. Med L2 spadajo le kameli MERS-Cov iz Afrike in ti virusi niso okužile ljudje. Ti dve virusni liniji imata skupnega prednika, vendar sta se v možnostih povzročitve okužb pri ljudeh razšli [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/#&gid=article-figures&pid=fig-4-uid-3]. Genomska zaporedja MERS-CoV, izolirana od ljudi in kamel, so skoraj enaka (> 99% identičnost). Glavne razlike so opazili v S-proteini, ORF4b in ORF3. Do danes imajo netopirji MERSr-CoV ter človeški in kameli MERS-CoV enake genomske strukture, vendar se v svojih genomskih zaporedjih bistveno razlikujejo. Najvišja identiteta genomskega zaporedja med netopirjem MERSr-CoV in MERS-Cov pri človeku in kamili je ~ 85%. Netopirji MERSr-CoV se v S proteinu najbolj razlikujejo. Zaporedja proteina S pri MERSr-CoV netopirjev in MERS-CoV človeka in kamele sta približno 45–65% identična, nižjo identiteto zaporedja so opazili v receptorski vezavni regiji (RBD). DPP4 pri ljudeh, kamelah, konjih in netopirjih lahko deluje kot receptor za MERS-CoV. Sevi MERS-CoV, izolirani od ljudi in kamel, so si med seboj zelo podobni in oba učinkovito uporabljata človeški DPP4. Prepoznavanje receptorjev igra pomembno vlogo. Številne rekombinacije kažejo, da je MERS-CoV nastal iz izmenjave genskih elementov med različnimi virusnimi predniki, vključno s tistimi, izoliranimi od kamel in domnevnih naravnih gostiteljskih netopirjev. Vsi MERSr-CoV, izolirani od netopirjev, podpirajo hipotezo, da MERSr-CoV izvira iz netopirjev. Glede na filogenetsko vrzel med netopirji MERSr-CoV in MERS-CoV človeka in kamele se domneva da obstajajo še virusi, ki so neposredno prispevali k nastanku MERSr-CoV pri ljudeh in kamele.

=='''SADS-CoV'''==

V 2018 v provinci Guangdong so evidentirali sindrom akutne diareje prašičev (SADS). Kot povzročitelj je bil identificiran nov koronavirus netopirjev (SADS-CoV), ki je bil zelo podoben s koronavirusom Rhinolophus netopirjev HKU2 kar kaže na izvor netopirjev tega prašičjega virusa. Mehanizem prenosa SADS-CoV z netopirjev na prašiče trenutno ni znan.

=='''Zaključek'''==

Glede na veliko število koronavirusov in njihove stalne rekombinacije, ki omogočajo prenašanje bolezni z netopirjev na človeka, je izjemnega pomena za preučevanje SARSr-CoVs in MERSr-CoVs.
To se je potrdilo z Covid19 epidemijo, ki kot pričakovano je nastala iz Netopirjevi SARSr-CoVs v Junani, Kitajska, tam so našli SARSr-CoV z 96.2% identičnost z SARS-CoV2. SARS-CoV in SARS-CoV2 so zelo podobni, vendar imajo velike razlike v S proteinu, zaradi česar je SARS-CoV2 veliko bolj nevaren. Povzročitelj Covid19 ne bo zadnji koronavirus, ki bo naredil prehod na človeku.

==Viri==

1. Cui, Jie, et al. “Origin and Evolution of Pathogenic Coronaviruses.” Nature Reviews Microbiology, vol. 17, no. 3, Mar. 2019, pp. 181–92. DOI.org (Crossref), doi:10.1038/s41579-018-0118-9.

2. Tang, Xiaolu, et al. “On the Origin and Continuing Evolution of SARS-CoV-2.” National Science Review, vol. 7, no. 6, June 2020, pp. 1012–23. DOI.org (Crossref), doi:10.1093/nsr/nwaa036.

3. Ortega, Joseph Thomas, et al. “Role of Changes in SARS-CoV-2 Spike Protein in the Interaction with the Human ACE2 Receptor: An in Silico Analysis.” EXCLI Journal, vol. 19, Mar. 2020, pp. 410–17. PubMed Central, doi:10.17179/excli2020-1167.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija

2021-05-03T11:24:35Z

Stefanija Ivanova: /* Nastanek in razvoj MERS-CoV */

=='''Uvod'''==

Koronavirusi so družina RNA virusov v vrstnem redu Nidovirales. So pomembni virusni patogeni tako pri ljudeh kot pri živalih in lahko povzročijo okužbe dihal in črevesja. Obstajajo štiri klasifikacije koronavirusov, in sicer: alfakoronavirus, betakoronavirus, gamakoronavirus in deltakoronavirus [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/#&gid=article-figures&pid=fig-3-uid-2|slika]]. Človeški koronavirusi so alfa in beta koronavirusi. Koronavirusi okužijo ptice in sesalce, netopirji pa so gostitelji največjega števila virusnih genotipov koronavirusa. Epidemije se lahko pojavijo, ko se virusi prenašajo z ene vrste na drugo.

=='''Poreklo in Variabilnost SARS-CoV'''==

Na začetku SARS epidemije leta 2002 (Junan, Kitajska) je bilo hitro sklenjeno, da vsi zgodnji pacienti so imeli stike z živalmi. Čez nekaj časa so ugotovili da SARS-CoV je povzročitelj bolezni in so našli protitelesa SARS-CoV v cibetah in v kmetih, ki jih gojijo. Leta 2005 končno so sklenili da SARS-CoV izvira iz netopirjev, bolj natančno iz roda Rhinolophus. Netopirji Rhinolophus so pogosti v vsej Evroaziji in vsi so nosilci SARSr-CoVs (SARS-related Coronaviruses). Najverjetnejša hipoteza je, da prednik je nastal pri rekombinaciji iz netoprijev in prehod v cibetah in končno v človeku preko fekalno-oralni prenos. Junanski netopirjevi SARSr-CoVs imajo genetski elementi z katerim lahko povzročijo novo epidemijo.

===Variabilnost SARSr-CoV pri ljudeh, cibetah in netopirjih===

Genomska zaporedja SARS-CoV pri ljudeh in cibetah sta skoraj identična. Največja razlika je v S (spike) genu, ki je razdeljen v 2 delih, S1 in S2. C-končni domena S1 je odgovoren za vezavo z ACE2 in vhod v celicu. Drug gen, ki se bivstveno razlikuje je orf8, (on je ključen pri induciranju apoptoze in replikacijo) pri zgodnjih bolnikih imamo celotni orf8 gen, medtem pri poznih bolnikih gen je razdeljen v orf8a in orf8b, zaradi delecija 29 nukleotida. Ti podatki kažejo da orf8 mutiral, ko je naredil prehod iz netopirjev na ljudeh in cibetah.
SARS-CoV in Netopjieve SARSr-CoVs v glavnem se razlikujejo v 3 regijah: S, ORF8 in ORF3. Obstaja S1 podružnica ki je podobna SARS-CoV in najdemo jo le v Junanu, in drugačna podružnica S1 ki je krajša. Prva S1 podružnica pokaže 90-97.2 % AK identiteta, dokler druga manj kot 80%. Regija ORF8 se veliko razlikuje v različnih SARSr-CoVs, v Evropskem ORF8 je popolnoma izgubljen. ORF3 je antagonist interferona v SARS-CoV in nekateri SARSr-CoVs, v drugih SARSr-CoVs on gubi svojo funkcijo.

===Receptorji pri SARS-CoV in SARSr-CoVs===

Afiniteta vezavo S protein z ACE2 je ključno pri raziskovanju preskoki z eno vrsto na drugo. S protein je sestavljen iz 3 S1 glave in 3 S2 domeni, Receptor vezavni domen (RBD) se nahaja vrhu na vsaki S1 glavi. Naravno spremembi tukaj, imajo velik vpliv na afiniteti z različnimi ACE2.
Najbolj pomembni za vezavo so ostanki Lys31 (31) in Lys353 (353) na ACE2, če RBD formira solni mostički z njim se olajša vhod virusa v celici. Pomembni S protein ostanek ki vpliva na Lys31 je 479, pri SARSr-CoV to je Lys479, ki ne se veže z Lys31. Pri SARS-CoV imamo Arg479 ali Asn479, ki formirajo solni mostiček z Lys31. Drugi pomembni ostanek je Thr487 pri SARS-CoV, deluje na podobni način kot 479, če ga zamenjamo z Ser487, 487 ne more izgraditi mostiček z Lys353. Obstajajo tudi drugi pomembni ostanki kot 442, 472 in 480, vendar ne vplivajo toliko kot 479 in 487. Zanimivo, je da novi SARS-CoV2 ima zelo podobni S protein kot SARS-CoV, ampak Trp493 in Asn501 imajo isti funkciji kot N479 in T487, podobno velja tudi za drugi pomembni ostanki. [1] [tabela]

=='''Nastanek in razvoj MERS-CoV'''==

Deset let po SARS se je v državah Bližnjega vzhoda pojavil še en betakoronavirus, bližnjevzhodni respiratorni sindrom (MERS-CoV). Virus vstopi v gostiteljsko celico z vezavo na receptor DPP4. Analiza genomskega zaporedja je pokazala, da je virus tesno povezan s koronavirusom HKU4 pri netopirjih Tylonycteris in koronavirusom HKU5 pri Pipistrellus. Okužbe z MERS-CoV so odkrili v vzorcih kameljega seruma v 1983. Iz filogenetskega drevesa opazimo da je genetska raznovrstnost virusnih linij L1 in L2 nizka, kar kaže, da so bili ljudje in kamele okuženi z virusi iz istega vira v kratkem časovnem obdobju. Med virusi L1 spadajo človeški in kameli MERS-CoV, večinoma z Bližnjega vzhoda. Med L2 spadajo le kameli MERS-Cov iz Afrike in ti virusi niso okužile ljudje. Ti dve virusni liniji imata skupnega prednika, vendar sta se v možnostih povzročitve okužb pri ljudeh razšli [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/#&gid=article-figures&pid=fig-4-uid-3]. Genomska zaporedja MERS-CoV, izolirana od ljudi in kamel, so skoraj enaka (> 99% identitete). Glavne razlike so opazili v S-proteini, ORF4b in ORF3. Do danes imajo netopirji MERSr-CoV ter človeški in kameli MERS-CoV enake genomske strukture, vendar se v svojih genomskih zaporedjih bistveno razlikujejo. Najvišja identiteta genomskega zaporedja med netopirjem MERSr-CoV in MERS-Cov pri človeku in kamili je ~ 85%. Netopirji MERSr-CoV se v S proteinu najbolj razlikujejo. Zaporedja proteina S pri MERSr-CoV netopirjev in MERS-CoV človeka in kamele sta približno 45–65% identična, nižjo identiteto zaporedja so opazili v receptorski vezavni regiji (RBD). DPP4 pri ljudeh, kamelah, konjih in netopirjih lahko deluje kot receptor za MERS-CoV. Sevi MERS-CoV, izolirani od ljudi in kamel, so si med seboj zelo podobni in oba učinkovito uporabljata človeški DPP4. Prepoznavanje receptorjev igra pomembno vlogo. Številne rekombinacije kažejo, da je MERS-CoV nastal iz izmenjave genskih elementov med različnimi virusnimi predniki, vključno s tistimi, izoliranimi od kamel in domnevnih naravnih gostiteljskih netopirjev. Vsi MERSr-CoV, izolirani od netopirjev, podpirajo hipotezo, da MERSr-CoV izvira iz netopirjev. Glede na filogenetsko vrzel med netopirji MERSr-CoV in MERS-CoV človeka in kamele se domneva da obstajajo še virusi, ki so neposredno prispevali k nastanku MERSr-CoV pri ljudeh in kamele.

=='''SADS-CoV'''==

V 2018 v provinci Guangdong so evidentirali sindrom akutne diareje prašičev (SADS). Kot povzročitelj je bil identificiran nov koronavirus netopirjev (SADS-CoV), ki je bil zelo podoben s koronavirusom Rhinolophus netopirjev HKU2 kar kaže na izvor netopirjev tega prašičjega virusa. Mehanizem prenosa SADS-CoV z netopirjev na prašiče trenutno ni znan.

=='''Zaključek'''==
Glede na veliko število koronavirusov in njihove stalne rekombinacije, ki omogočajo prenašanje bolezni z netopirjev na človeka, je izjemnega pomena za preučevanje SARSr-CoVs in MERSr-CoVs.
To se je potrdilo z Covid19 epidemijo, ki kot pričakovano je nastala iz Netopirjevi SARSr-CoVs v Junani, Kitajska, tam so našli SARSr-CoV z 96.2% identičnost z SARS-CoV2. SARS-CoV in SARS-CoV2 so zelo podobni, vendar imajo velike razlike v S proteinu, zaradi česar je SARS-CoV2 veliko bolj nevaren. Povzročitelj Covid19 ne bo zadnji koronavirus, ki bo naredil prehod na človeku.

==Viri==

Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija

2021-05-03T11:24:14Z

Stefanija Ivanova: /* Nastanek in razvoj MERS-CoV */

=='''Uvod'''==

Koronavirusi so družina RNA virusov v vrstnem redu Nidovirales. So pomembni virusni patogeni tako pri ljudeh kot pri živalih in lahko povzročijo okužbe dihal in črevesja. Obstajajo štiri klasifikacije koronavirusov, in sicer: alfakoronavirus, betakoronavirus, gamakoronavirus in deltakoronavirus [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/#&gid=article-figures&pid=fig-3-uid-2|slika]]. Človeški koronavirusi so alfa in beta koronavirusi. Koronavirusi okužijo ptice in sesalce, netopirji pa so gostitelji največjega števila virusnih genotipov koronavirusa. Epidemije se lahko pojavijo, ko se virusi prenašajo z ene vrste na drugo.

=='''Poreklo in Variabilnost SARS-CoV'''==

Na začetku SARS epidemije leta 2002 (Junan, Kitajska) je bilo hitro sklenjeno, da vsi zgodnji pacienti so imeli stike z živalmi. Čez nekaj časa so ugotovili da SARS-CoV je povzročitelj bolezni in so našli protitelesa SARS-CoV v cibetah in v kmetih, ki jih gojijo. Leta 2005 končno so sklenili da SARS-CoV izvira iz netopirjev, bolj natančno iz roda Rhinolophus. Netopirji Rhinolophus so pogosti v vsej Evroaziji in vsi so nosilci SARSr-CoVs (SARS-related Coronaviruses). Najverjetnejša hipoteza je, da prednik je nastal pri rekombinaciji iz netoprijev in prehod v cibetah in končno v človeku preko fekalno-oralni prenos. Junanski netopirjevi SARSr-CoVs imajo genetski elementi z katerim lahko povzročijo novo epidemijo.

===Variabilnost SARSr-CoV pri ljudeh, cibetah in netopirjih===

Genomska zaporedja SARS-CoV pri ljudeh in cibetah sta skoraj identična. Največja razlika je v S (spike) genu, ki je razdeljen v 2 delih, S1 in S2. C-končni domena S1 je odgovoren za vezavo z ACE2 in vhod v celicu. Drug gen, ki se bivstveno razlikuje je orf8, (on je ključen pri induciranju apoptoze in replikacijo) pri zgodnjih bolnikih imamo celotni orf8 gen, medtem pri poznih bolnikih gen je razdeljen v orf8a in orf8b, zaradi delecija 29 nukleotida. Ti podatki kažejo da orf8 mutiral, ko je naredil prehod iz netopirjev na ljudeh in cibetah.
SARS-CoV in Netopjieve SARSr-CoVs v glavnem se razlikujejo v 3 regijah: S, ORF8 in ORF3. Obstaja S1 podružnica ki je podobna SARS-CoV in najdemo jo le v Junanu, in drugačna podružnica S1 ki je krajša. Prva S1 podružnica pokaže 90-97.2 % AK identiteta, dokler druga manj kot 80%. Regija ORF8 se veliko razlikuje v različnih SARSr-CoVs, v Evropskem ORF8 je popolnoma izgubljen. ORF3 je antagonist interferona v SARS-CoV in nekateri SARSr-CoVs, v drugih SARSr-CoVs on gubi svojo funkcijo.

===Receptorji pri SARS-CoV in SARSr-CoVs===

Afiniteta vezavo S protein z ACE2 je ključno pri raziskovanju preskoki z eno vrsto na drugo. S protein je sestavljen iz 3 S1 glave in 3 S2 domeni, Receptor vezavni domen (RBD) se nahaja vrhu na vsaki S1 glavi. Naravno spremembi tukaj, imajo velik vpliv na afiniteti z različnimi ACE2.
Najbolj pomembni za vezavo so ostanki Lys31 (31) in Lys353 (353) na ACE2, če RBD formira solni mostički z njim se olajša vhod virusa v celici. Pomembni S protein ostanek ki vpliva na Lys31 je 479, pri SARSr-CoV to je Lys479, ki ne se veže z Lys31. Pri SARS-CoV imamo Arg479 ali Asn479, ki formirajo solni mostiček z Lys31. Drugi pomembni ostanek je Thr487 pri SARS-CoV, deluje na podobni način kot 479, če ga zamenjamo z Ser487, 487 ne more izgraditi mostiček z Lys353. Obstajajo tudi drugi pomembni ostanki kot 442, 472 in 480, vendar ne vplivajo toliko kot 479 in 487. Zanimivo, je da novi SARS-CoV2 ima zelo podobni S protein kot SARS-CoV, ampak Trp493 in Asn501 imajo isti funkciji kot N479 in T487, podobno velja tudi za drugi pomembni ostanki. [1] [tabela]

=='''Nastanek in razvoj MERS-CoV'''==

Deset let po SARS se je v državah Bližnjega vzhoda pojavil še en betakoronavirus, bližnjevzhodni respiratorni sindrom (MERS-CoV). Virus vstopi v gostiteljsko celico z vezavo na receptor DPP4. Analiza genomskega zaporedja je pokazala, da je virus tesno povezan s koronavirusom HKU4 pri netopirjih Tylonycteris in koronavirusom HKU5 pri Pipistrellus. Okužbe z MERS-CoV so odkrili v vzorcih kameljega seruma v 1983. Iz filogenetskega drevesa opazimo da je genetska raznovrstnost virusnih linij L1 in L2 nizka, kar kaže, da so bili ljudje in kamele okuženi z virusi iz istega vira v kratkem časovnem obdobju. Med virusi L1 spadajo človeški in kameli MERS-CoV, večinoma z Bližnjega vzhoda. Med L2 spadajo le kameli MERS-Cov iz Afrike in ti virusi niso okužile ljudje. Ti dve virusni liniji imata skupnega prednika, vendar sta se v možnostih povzročitve okužb pri ljudeh razšli https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/#&gid=article-figures&pid=fig-4-uid-3]. Genomska zaporedja MERS-CoV, izolirana od ljudi in kamel, so skoraj enaka (> 99% identitete). Glavne razlike so opazili v S-proteini, ORF4b in ORF3. Do danes imajo netopirji MERSr-CoV ter človeški in kameli MERS-CoV enake genomske strukture, vendar se v svojih genomskih zaporedjih bistveno razlikujejo. Najvišja identiteta genomskega zaporedja med netopirjem MERSr-CoV in MERS-Cov pri človeku in kamili je ~ 85%. Netopirji MERSr-CoV se v S proteinu najbolj razlikujejo. Zaporedja proteina S pri MERSr-CoV netopirjev in MERS-CoV človeka in kamele sta približno 45–65% identična, nižjo identiteto zaporedja so opazili v receptorski vezavni regiji (RBD). DPP4 pri ljudeh, kamelah, konjih in netopirjih lahko deluje kot receptor za MERS-CoV. Sevi MERS-CoV, izolirani od ljudi in kamel, so si med seboj zelo podobni in oba učinkovito uporabljata človeški DPP4. Prepoznavanje receptorjev igra pomembno vlogo. Številne rekombinacije kažejo, da je MERS-CoV nastal iz izmenjave genskih elementov med različnimi virusnimi predniki, vključno s tistimi, izoliranimi od kamel in domnevnih naravnih gostiteljskih netopirjev. Vsi MERSr-CoV, izolirani od netopirjev, podpirajo hipotezo, da MERSr-CoV izvira iz netopirjev. Glede na filogenetsko vrzel med netopirji MERSr-CoV in MERS-CoV človeka in kamele se domneva da obstajajo še virusi, ki so neposredno prispevali k nastanku MERSr-CoV pri ljudeh in kamele.

=='''SADS-CoV'''==

V 2018 v provinci Guangdong so evidentirali sindrom akutne diareje prašičev (SADS). Kot povzročitelj je bil identificiran nov koronavirus netopirjev (SADS-CoV), ki je bil zelo podoben s koronavirusom Rhinolophus netopirjev HKU2 kar kaže na izvor netopirjev tega prašičjega virusa. Mehanizem prenosa SADS-CoV z netopirjev na prašiče trenutno ni znan.

=='''Zaključek'''==
Glede na veliko število koronavirusov in njihove stalne rekombinacije, ki omogočajo prenašanje bolezni z netopirjev na človeka, je izjemnega pomena za preučevanje SARSr-CoVs in MERSr-CoVs.
To se je potrdilo z Covid19 epidemijo, ki kot pričakovano je nastala iz Netopirjevi SARSr-CoVs v Junani, Kitajska, tam so našli SARSr-CoV z 96.2% identičnost z SARS-CoV2. SARS-CoV in SARS-CoV2 so zelo podobni, vendar imajo velike razlike v S proteinu, zaradi česar je SARS-CoV2 veliko bolj nevaren. Povzročitelj Covid19 ne bo zadnji koronavirus, ki bo naredil prehod na človeku.

==Viri==

Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija

2021-05-03T11:23:57Z

Stefanija Ivanova: /* Nastanek in razvoj MERS-CoV */

=='''Uvod'''==

Koronavirusi so družina RNA virusov v vrstnem redu Nidovirales. So pomembni virusni patogeni tako pri ljudeh kot pri živalih in lahko povzročijo okužbe dihal in črevesja. Obstajajo štiri klasifikacije koronavirusov, in sicer: alfakoronavirus, betakoronavirus, gamakoronavirus in deltakoronavirus [[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/#&gid=article-figures&pid=fig-3-uid-2|slika]]. Človeški koronavirusi so alfa in beta koronavirusi. Koronavirusi okužijo ptice in sesalce, netopirji pa so gostitelji največjega števila virusnih genotipov koronavirusa. Epidemije se lahko pojavijo, ko se virusi prenašajo z ene vrste na drugo.

=='''Poreklo in Variabilnost SARS-CoV'''==

Na začetku SARS epidemije leta 2002 (Junan, Kitajska) je bilo hitro sklenjeno, da vsi zgodnji pacienti so imeli stike z živalmi. Čez nekaj časa so ugotovili da SARS-CoV je povzročitelj bolezni in so našli protitelesa SARS-CoV v cibetah in v kmetih, ki jih gojijo. Leta 2005 končno so sklenili da SARS-CoV izvira iz netopirjev, bolj natančno iz roda Rhinolophus. Netopirji Rhinolophus so pogosti v vsej Evroaziji in vsi so nosilci SARSr-CoVs (SARS-related Coronaviruses). Najverjetnejša hipoteza je, da prednik je nastal pri rekombinaciji iz netoprijev in prehod v cibetah in končno v človeku preko fekalno-oralni prenos. Junanski netopirjevi SARSr-CoVs imajo genetski elementi z katerim lahko povzročijo novo epidemijo.

===Variabilnost SARSr-CoV pri ljudeh, cibetah in netopirjih===

Genomska zaporedja SARS-CoV pri ljudeh in cibetah sta skoraj identična. Največja razlika je v S (spike) genu, ki je razdeljen v 2 delih, S1 in S2. C-končni domena S1 je odgovoren za vezavo z ACE2 in vhod v celicu. Drug gen, ki se bivstveno razlikuje je orf8, (on je ključen pri induciranju apoptoze in replikacijo) pri zgodnjih bolnikih imamo celotni orf8 gen, medtem pri poznih bolnikih gen je razdeljen v orf8a in orf8b, zaradi delecija 29 nukleotida. Ti podatki kažejo da orf8 mutiral, ko je naredil prehod iz netopirjev na ljudeh in cibetah.
SARS-CoV in Netopjieve SARSr-CoVs v glavnem se razlikujejo v 3 regijah: S, ORF8 in ORF3. Obstaja S1 podružnica ki je podobna SARS-CoV in najdemo jo le v Junanu, in drugačna podružnica S1 ki je krajša. Prva S1 podružnica pokaže 90-97.2 % AK identiteta, dokler druga manj kot 80%. Regija ORF8 se veliko razlikuje v različnih SARSr-CoVs, v Evropskem ORF8 je popolnoma izgubljen. ORF3 je antagonist interferona v SARS-CoV in nekateri SARSr-CoVs, v drugih SARSr-CoVs on gubi svojo funkcijo.

===Receptorji pri SARS-CoV in SARSr-CoVs===

Afiniteta vezavo S protein z ACE2 je ključno pri raziskovanju preskoki z eno vrsto na drugo. S protein je sestavljen iz 3 S1 glave in 3 S2 domeni, Receptor vezavni domen (RBD) se nahaja vrhu na vsaki S1 glavi. Naravno spremembi tukaj, imajo velik vpliv na afiniteti z različnimi ACE2.
Najbolj pomembni za vezavo so ostanki Lys31 (31) in Lys353 (353) na ACE2, če RBD formira solni mostički z njim se olajša vhod virusa v celici. Pomembni S protein ostanek ki vpliva na Lys31 je 479, pri SARSr-CoV to je Lys479, ki ne se veže z Lys31. Pri SARS-CoV imamo Arg479 ali Asn479, ki formirajo solni mostiček z Lys31. Drugi pomembni ostanek je Thr487 pri SARS-CoV, deluje na podobni način kot 479, če ga zamenjamo z Ser487, 487 ne more izgraditi mostiček z Lys353. Obstajajo tudi drugi pomembni ostanki kot 442, 472 in 480, vendar ne vplivajo toliko kot 479 in 487. Zanimivo, je da novi SARS-CoV2 ima zelo podobni S protein kot SARS-CoV, ampak Trp493 in Asn501 imajo isti funkciji kot N479 in T487, podobno velja tudi za drugi pomembni ostanki. [1] [tabela]

=='''Nastanek in razvoj MERS-CoV'''==

Deset let po SARS se je v državah Bližnjega vzhoda pojavil še en betakoronavirus, bližnjevzhodni respiratorni sindrom (MERS-CoV). Virus vstopi v gostiteljsko celico z vezavo na receptor DPP4. Analiza genomskega zaporedja je pokazala, da je virus tesno povezan s koronavirusom HKU4 pri netopirjih Tylonycteris in koronavirusom HKU5 pri Pipistrellus. Okužbe z MERS-CoV so odkrili v vzorcih kameljega seruma v 1983. Iz filogenetskega drevesa opazimo da je genetska raznovrstnost virusnih linij L1 in L2 nizka, kar kaže, da so bili ljudje in kamele okuženi z virusi iz istega vira v kratkem časovnem obdobju. Med virusi L1 spadajo človeški in kameli MERS-CoV, večinoma z Bližnjega vzhoda. Med L2 spadajo le kameli MERS-Cov iz Afrike in ti virusi niso okužile ljudje. Ti dve virusni liniji imata skupnega prednika, vendar sta se v možnostih povzročitve okužb pri ljudeh razšli[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/#&gid=article-figures&pid=fig-4-uid-3]. Genomska zaporedja MERS-CoV, izolirana od ljudi in kamel, so skoraj enaka (> 99% identitete). Glavne razlike so opazili v S-proteini, ORF4b in ORF3. Do danes imajo netopirji MERSr-CoV ter človeški in kameli MERS-CoV enake genomske strukture, vendar se v svojih genomskih zaporedjih bistveno razlikujejo. Najvišja identiteta genomskega zaporedja med netopirjem MERSr-CoV in MERS-Cov pri človeku in kamili je ~ 85%. Netopirji MERSr-CoV se v S proteinu najbolj razlikujejo. Zaporedja proteina S pri MERSr-CoV netopirjev in MERS-CoV človeka in kamele sta približno 45–65% identična, nižjo identiteto zaporedja so opazili v receptorski vezavni regiji (RBD). DPP4 pri ljudeh, kamelah, konjih in netopirjih lahko deluje kot receptor za MERS-CoV. Sevi MERS-CoV, izolirani od ljudi in kamel, so si med seboj zelo podobni in oba učinkovito uporabljata človeški DPP4. Prepoznavanje receptorjev igra pomembno vlogo. Številne rekombinacije kažejo, da je MERS-CoV nastal iz izmenjave genskih elementov med različnimi virusnimi predniki, vključno s tistimi, izoliranimi od kamel in domnevnih naravnih gostiteljskih netopirjev. Vsi MERSr-CoV, izolirani od netopirjev, podpirajo hipotezo, da MERSr-CoV izvira iz netopirjev. Glede na filogenetsko vrzel med netopirji MERSr-CoV in MERS-CoV človeka in kamele se domneva da obstajajo še virusi, ki so neposredno prispevali k nastanku MERSr-CoV pri ljudeh in kamele.

=='''SADS-CoV'''==

V 2018 v provinci Guangdong so evidentirali sindrom akutne diareje prašičev (SADS). Kot povzročitelj je bil identificiran nov koronavirus netopirjev (SADS-CoV), ki je bil zelo podoben s koronavirusom Rhinolophus netopirjev HKU2 kar kaže na izvor netopirjev tega prašičjega virusa. Mehanizem prenosa SADS-CoV z netopirjev na prašiče trenutno ni znan.

=='''Zaključek'''==
Glede na veliko število koronavirusov in njihove stalne rekombinacije, ki omogočajo prenašanje bolezni z netopirjev na človeka, je izjemnega pomena za preučevanje SARSr-CoVs in MERSr-CoVs.
To se je potrdilo z Covid19 epidemijo, ki kot pričakovano je nastala iz Netopirjevi SARSr-CoVs v Junani, Kitajska, tam so našli SARSr-CoV z 96.2% identičnost z SARS-CoV2. SARS-CoV in SARS-CoV2 so zelo podobni, vendar imajo velike razlike v S proteinu, zaradi česar je SARS-CoV2 veliko bolj nevaren. Povzročitelj Covid19 ne bo zadnji koronavirus, ki bo naredil prehod na človeku.

==Viri==

Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija

2021-05-03T11:19:10Z

Stefanija Ivanova: /* Uvod */

=='''Uvod'''==

Koronavirusi so družina RNA virusov v vrstnem redu Nidovirales. So pomembni virusni patogeni tako pri ljudeh kot pri živalih in lahko povzročijo okužbe dihal in črevesja. Obstajajo štiri klasifikacije koronavirusov, in sicer: alfakoronavirus, betakoronavirus, gamakoronavirus in deltakoronavirus [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/#&gid=article-figures&pid=fig-3-uid-2](slika). Človeški koronavirusi so alfa in beta koronavirusi. Koronavirusi okužijo ptice in sesalce, netopirji pa so gostitelji največjega števila virusnih genotipov koronavirusa. Epidemije se lahko pojavijo, ko se virusi prenašajo z ene vrste na drugo.

=='''Poreklo in Variabilnost SARS-CoV'''==

Na začetku SARS epidemije leta 2002 (Junan, Kitajska) je bilo hitro sklenjeno, da vsi zgodnji pacienti so imeli stike z živalmi. Čez nekaj časa so ugotovili da SARS-CoV je povzročitelj bolezni in so našli protitelesa SARS-CoV v cibetah in v kmetih, ki jih gojijo. Leta 2005 končno so sklenili da SARS-CoV izvira iz netopirjev, bolj natančno iz roda Rhinolophus. Netopirji Rhinolophus so pogosti v vsej Evroaziji in vsi so nosilci SARSr-CoVs (SARS-related Coronaviruses). Najverjetnejša hipoteza je, da prednik je nastal pri rekombinaciji iz netoprijev in prehod v cibetah in končno v človeku preko fekalno-oralni prenos. Junanski netopirjevi SARSr-CoVs imajo genetski elementi z katerim lahko povzročijo novo epidemijo.

===Variabilnost SARSr-CoV pri ljudeh, cibetah in netopirjih===

Genomska zaporedja SARS-CoV pri ljudeh in cibetah sta skoraj identična. Največja razlika je v S (spike) genu, ki je razdeljen v 2 delih, S1 in S2. C-končni domena S1 je odgovoren za vezavo z ACE2 in vhod v celicu. Drug gen, ki se bivstveno razlikuje je orf8, (on je ključen pri induciranju apoptoze in replikacijo) pri zgodnjih bolnikih imamo celotni orf8 gen, medtem pri poznih bolnikih gen je razdeljen v orf8a in orf8b, zaradi delecija 29 nukleotida. Ti podatki kažejo da orf8 mutiral, ko je naredil prehod iz netopirjev na ljudeh in cibetah.
SARS-CoV in Netopjieve SARSr-CoVs v glavnem se razlikujejo v 3 regijah: S, ORF8 in ORF3. Obstaja S1 podružnica ki je podobna SARS-CoV in najdemo jo le v Junanu, in drugačna podružnica S1 ki je krajša. Prva S1 podružnica pokaže 90-97.2 % AK identiteta, dokler druga manj kot 80%. Regija ORF8 se veliko razlikuje v različnih SARSr-CoVs, v Evropskem ORF8 je popolnoma izgubljen. ORF3 je antagonist interferona v SARS-CoV in nekateri SARSr-CoVs, v drugih SARSr-CoVs on gubi svojo funkcijo.

===Receptorji pri SARS-CoV in SARSr-CoVs===

Afiniteta vezavo S protein z ACE2 je ključno pri raziskovanju preskoki z eno vrsto na drugo. S protein je sestavljen iz 3 S1 glave in 3 S2 domeni, Receptor vezavni domen (RBD) se nahaja vrhu na vsaki S1 glavi. Naravno spremembi tukaj, imajo velik vpliv na afiniteti z različnimi ACE2.
Najbolj pomembni za vezavo so ostanki Lys31 (31) in Lys353 (353) na ACE2, če RBD formira solni mostički z njim se olajša vhod virusa v celici. Pomembni S protein ostanek ki vpliva na Lys31 je 479, pri SARSr-CoV to je Lys479, ki ne se veže z Lys31. Pri SARS-CoV imamo Arg479 ali Asn479, ki formirajo solni mostiček z Lys31. Drugi pomembni ostanek je Thr487 pri SARS-CoV, deluje na podobni način kot 479, če ga zamenjamo z Ser487, 487 ne more izgraditi mostiček z Lys353. Obstajajo tudi drugi pomembni ostanki kot 442, 472 in 480, vendar ne vplivajo toliko kot 479 in 487. Zanimivo, je da novi SARS-CoV2 ima zelo podobni S protein kot SARS-CoV, ampak Trp493 in Asn501 imajo isti funkciji kot N479 in T487, podobno velja tudi za drugi pomembni ostanki. [1] [tabela]

=='''Nastanek in razvoj MERS-CoV'''==

Deset let po SARS se je v državah Bližnjega vzhoda pojavil še en betakoronavirus, bližnjevzhodni respiratorni sindrom (MERS-CoV). Virus vstopi v gostiteljsko celico z vezavo na receptor DPP4. Analiza genomskega zaporedja je pokazala, da je virus tesno povezan s koronavirusom HKU4 pri netopirjih Tylonycteris in koronavirusom HKU5 pri Pipistrellus. Okužbe z MERS-CoV so odkrili v vzorcih kameljega seruma v 1983. Iz filogenetskega drevesa opazimo da je genetska raznovrstnost virusnih linij L1 in L2 nizka, kar kaže, da so bili ljudje in kamele okuženi z virusi iz istega vira v kratkem časovnem obdobju. Med virusi L1 spadajo človeški in kameli MERS-CoV, večinoma z Bližnjega vzhoda. Med L2 spadajo le kameli MERS-Cov iz Afrike in ti virusi niso okužile ljudje. Ti dve virusni liniji imata skupnega prednika, vendar sta se v možnostih povzročitve okužb pri ljudeh razšli(slika). Genomska zaporedja MERS-CoV, izolirana od ljudi in kamel, so skoraj enaka (> 99% identitete). Glavne razlike so opazili v S-proteini, ORF4b in ORF3. Do danes imajo netopirji MERSr-CoV ter človeški in kameli MERS-CoV enake genomske strukture, vendar se v svojih genomskih zaporedjih bistveno razlikujejo. Najvišja identiteta genomskega zaporedja med netopirjem MERSr-CoV in MERS-Cov pri človeku in kamili je ~ 85%. Netopirji MERSr-CoV se v S proteinu najbolj razlikujejo. Zaporedja proteina S pri MERSr-CoV netopirjev in MERS-CoV človeka in kamele sta približno 45–65% identična, nižjo identiteto zaporedja so opazili v receptorski vezavni regiji (RBD). DPP4 pri ljudeh, kamelah, konjih in netopirjih lahko deluje kot receptor za MERS-CoV. Sevi MERS-CoV, izolirani od ljudi in kamel, so si med seboj zelo podobni in oba učinkovito uporabljata človeški DPP4. Prepoznavanje receptorjev igra pomembno vlogo. Številne rekombinacije kažejo, da je MERS-CoV nastal iz izmenjave genskih elementov med različnimi virusnimi predniki, vključno s tistimi, izoliranimi od kamel in domnevnih naravnih gostiteljskih netopirjev. Vsi MERSr-CoV, izolirani od netopirjev, podpirajo hipotezo, da MERSr-CoV izvira iz netopirjev. Glede na filogenetsko vrzel med netopirji MERSr-CoV in MERS-CoV človeka in kamele se domneva da obstajajo še virusi, ki so neposredno prispevali k nastanku MERSr-CoV pri ljudeh in kamele.

=='''SADS-CoV'''==

V 2018 v provinci Guangdong so evidentirali sindrom akutne diareje prašičev (SADS). Kot povzročitelj je bil identificiran nov koronavirus netopirjev (SADS-CoV), ki je bil zelo podoben s koronavirusom Rhinolophus netopirjev HKU2 kar kaže na izvor netopirjev tega prašičjega virusa. Mehanizem prenosa SADS-CoV z netopirjev na prašiče trenutno ni znan.

=='''Zaključek'''==
Glede na veliko število koronavirusov in njihove stalne rekombinacije, ki omogočajo prenašanje bolezni z netopirjev na človeka, je izjemnega pomena za preučevanje SARSr-CoVs in MERSr-CoVs.
To se je potrdilo z Covid19 epidemijo, ki kot pričakovano je nastala iz Netopirjevi SARSr-CoVs v Junani, Kitajska, tam so našli SARSr-CoV z 96.2% identičnost z SARS-CoV2. SARS-CoV in SARS-CoV2 so zelo podobni, vendar imajo velike razlike v S proteinu, zaradi česar je SARS-CoV2 veliko bolj nevaren. Povzročitelj Covid19 ne bo zadnji koronavirus, ki bo naredil prehod na človeku.

==Viri==

BIO2 Povzetki seminarjev 2020

2020-11-24T12:15:45Z

Stefanija Ivanova: /* Stefanija Ivanova - Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 =

==Jan Bregar - Protein retinoblastoma==

Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.

==Ajda Beltram - Struktura in dinamika signalnih komplekov GPCR==

Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov ali pa preko fosforilacije receptorja s kinazo GRK in arestinov. Vendar ti proteini ne obstajajo le v aktivirani ali neaktivirani obliki, pač pa imajo veliko konformacijskih stanj, ki vsaka sproži svojo signalno pot. Mene je zanimala podrobna razlaga konformacijskih sprememb, ki se zgodijo med prenosom signala. Za aktivacijo G-proteinov je potrebna zamenjava GDP z GTP, kjer igra ključno vlogo razcep domen podenote α G-proteina in destabilizacija vezavnega mesta za nukleotid na Ras-domeni podenote α, kar so posledice konformacijskih sprememb, ki jih povzroči vezava na receptor. Različni ligandi, ki se vežejo na receptorje, pa lahko vplivajo tudi na afiniteto G-proteina do GDP. Kompleksi receptor-G-protein, ki nastanejo z vezavo popolnih agonistov, imajo manjšo afiniteto do GDP, kot tisti, ki so nastali z vezavo delnih agonistov. Pri arestinih pa so prav tako prišli do novega spoznanja. Aktivacija arestinov je večinoma prikazana kot proces iz dveh delov in sicer vezave na fosforiliran C-rep receptorja in nato vezave na jedro receptorja, vendar pa so odkrili, da lahko obe vezavi posebej aktivirata arestin. To nakazuje na to, da verjetno obstaja veliko različnih kompleksov arestina in receptorja, ki regulirajo vsak svojo signalno pot.

==Anja Moškrič - Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmitorjev==

Signalizacija živčnih celic med drugim poteka s prenosom nevrotransmitorjev preko sinaps. Pri kemični sinapsi gre za pretvarjanje električnih impulzov v eksocitotsko sprostitev nevrotransmitorja (npr. glutamat, GABA, epinefrin, norepinefrin). Pri pretvarjanju signala imajo ključno vlogo napetostno uravnavani kalcijevi ionski kanalčki (Cav), v presinaptičnem predelu. Ti, kot odgovor na depolarizacijo nevrona, usmerjajo kalcijeve ione v notranjost celice in posledično sprožijo fuzijo mešička (z nevrotransmitorjem) s presinaptično membrano. Zgrajeni so iz več podenot, od teh je glavna α1, ki tvori poro za pretok ionov. Podenoti α2δ in β pa regulirata lastnosti. Kanalčke glede na obliko glavne podenote klasificiramo v 3 večje skupine: Cav1, Cav2 in Cav3. V večini sinaps so prisotni kanalčki iz družine Cav2. Da eksocitoza lahko poteče hitro in učinkovito, morajo biti Cav locirani znotraj aktivne regije presinaptične membrane, v bližini mesta eksocitoze. Slednjo kalcijevi kanalčki regulirajo preko različnih proteinov. Pomembnejši predstavnik je družina proteinov RIM (z rab3 vezavne molekule). Ti se na kanalček vežejo z RIM vezavnimi proteini (RBP). Z njimi asociira tudi protein munc13, ki je v membrani vezikla in nevrona vezani s proteini SNARE. Ti so mediatorji pri fuziji membran. Delovanje kanalčka inaktivirajo procesi, kot sta od napetosti odvisni mehanizem in od kalcija odvisen mehanizem, ki je povezan s kalmodulinom.

==Gregor Strniša - Načini aktivacije GPCR==

GPCR, oziroma z G proteinom sklopljeni receptorji, so transmembranski proteini, ki s svojim delovanjem vplivajo na dogajanje v celici. Zaradi vezave liganda na njihovo zunajcelično stran se jim spremeni konformacija in omogoči prenos signala preko različnih signalnih molekul. Signal se preko različnih G proteinov in β-arrestinov prenaša do drugih proteinov v celici. Kmalu po odkritju GPCR se je izkazalo, da vsi ne delujejo po istem principu. Nove raziskovalne metode so omogočile napredek na področju vizualizacije molekul in njihovega sledenja v celici. Tako so znanstveniki prišli do odkritja petih novih metod aktivacije GPCR, ki lažje razložijo delovanje receptorjev. Med seboj so si različne, a se lahko pogosto prekrivajo in dopolnjujejo. GPCR omogočijo več možnosti odgovora na določen ligand in njegovo koncentracijo. Načini aktivacije, predstavljeni v moji seminarski nalogi, so pristranska aktivacija, znotrajcelična aktivacija, dimerizacijska aktivacija, transaktivacija in dvofazna aktivacija. Posamezen receptor navadno deluje na več načinov. Ob posameznem načinu so podani primeri receptorjev in njihovega delovanja. Z razumevanjem načinov njihove aktivacije se odprejo nove možnosti razvoja zdravil, ki bi delovale preko GPCR, ali vplivale na njihove signalne poti.

==Nikola Janakievski - Selective Androgen Receptor Modulators==

Selective Androgen Receptors Modulators or better known as SARMs, were discovered 30 years ago, as a potential replacement to steroid therapy. SARMs are a type of Selective Receptor Modulators (SRM), compounds which can act both as agonists and antagonists in androgen receptors (ARs) (as a non-steroid replacement), according to the tissue they are in. The main idea behind SARMs, is improving the hormone therapies we have currently, which use synthetic steroids. An ideal SARM could have all the benefits of steroid hormones, without the side effects. The potential benefits and safety of SARMs is yet to be determined, there are numerous ongoing studies for various applications. It is important to have a summary of all these potential application and past examples of studies. In this seminar, we aim to do just that, by comparing all past studies and future potential applications related to SARMs. We conclude that, SARMs are a viable alternative, possibly an improvement to synthetic steroids, although much more research and clinical trials are required for SARMs to become truly applicable.

==Vid Dobrovoljc - Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti==

Preučevanje součinkovanja med signalnimi potmi v celici je zelo zanimivo področje, vendar dokaj težko za raziskovanje. S seminarjem sem poizkusil predstaviti sovplivanje inzulinske(RTK) in β-adrenergične (GCPR) poti v srcu. . Inzulin na β-adrenergične (βAR) poti vpliva s fosforilacijo receptorja z različnimi kinazami, na primer protein kinazo A (PKA) G-protein kinazo (GRK2) in celo sam inzulinskim receptorjem (INSR), kar vodi do desenzitacije in včasih tudi internalizacije receptorja z vezavo β-arestina. Drug način vplivanja je z delovanjem na nižje člene v signalni poti, na primer na koncentracijo cAMP s fosfodiesterazami (PDE). Inzulin lahko tudi s pomočjo fosforilacije uporabi β-adrenergično pot za krepitev svojega signala. Zelo pomembna točka obeh signalnih poti je GRK2, ki po naravi deluje inhibirajoče na obe signalni poti, po zadnjih rezultatih pa jo poleg tega inzulin uporablja za še dodatno inhibicijo GPCR poti. Vplivanje βAR poti na inzulinsko pot je manj jasno, vendar kaže, da lahko βAR na sprejem glukoze v odvisnosti od situacije vpliva tako pozitivno kot negativno, dokaj pomembno vlogo pri tem pa ima PKB. Domnevam, da bo v prihodnosti vedno več raziskav na temo povezav med signalnimi potmi, saj bodo razvite nove opazovalne tehnike, poleg tega pa je razumevanje povezav koristno tako pri razvoju novih tehnik zdravljenja, kot pri samem študiju razvoja celične signalizacije

==Rebeka Jerina - Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev==

Veliko ljudi po svetu pije kavo, čaj ali kokakolo. Vsem naštetim pijačam je skupen kofein, najpogosteje zaužit psihostimulant na svetu. Kofein povzroča veliko učinkov, med katerimi je najbolj znan vpliv na budnost. Zanima me ali vemo kako in zakaj jo povzroči. Kofein je antagonist adenozinskih receptorjev (ARs). Ima podobno strukturo kot adenozin, zato lahko zaseda njegova vezavna mesta. Adenozinski receptorji so izraženi v mnogih tkivih, veliko pa jih najdemo v centralnem živčnem sistemu (CNS). Raziskala sem, da kofein večinoma vpliva na adenozinska receptorja podtipa A1 in A2A. Te dva podtipa adenozinskih receptorjev (ARs) vplivata na regulacijo mnogih fizioloških funkcij kot so spanje, kognicija, motivacija in čustva. Kofein tako z antagonizmom adenozinskih receptorjev (ARs) prepreči signalno kaskado, ki bi spodbudila zaspanost in posledično ohranja budnost. Adenozinski receptorji (ARs) spadajo pod receptorje povezane z G-proteini. Zgradba A1AR in A2AAR se nekoliko razlikuje, zato je tudi mehanizem delovanja teh dveh podtipov nekoliko drugačen. Signalizacija adenozinskih receptorjev (ARs) lahko poteka po več različnih signalnih poteh. Kofein bi zaradi pozitivnih okrepitvenih učinkov, pojava različnih duševnih motenj in pojava negativnih simptomov po prenehanju uživanja lahko prištevali med droge. Raziskave so pokazale, da se z antagonizmom adenozinskih receptorjev da uspešno zdraviti tudi številne bolezni. Glede na učinke in uporabo kofeina bi lahko rekli, da velja za hranilo, zdravilo ali drogo.

==Zala Perko - Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice==

Fotoreceptorji v membrani celic očesne mrežnice so značilni predstavniki z G-proteinom sklopljenih receptorjev. Njihova naloga je absorpcija svetlobe določene valovne dolžine in prenos signala preko G-proteina na citoplazemsko stran, kjer poteče veriga encimsko kataliziranih reakcij. Aktiviran fotoreceptor mora v procesu regeneracije ponovno zavzeti neaktivno konformacijo in vezati naravni ligand 11-cis-retinal. Barvni fotoreceptorji jodopsini zahtevajo učinkovit regeneracijski mehanizem, ker morajo stalno procesirati veliko količino svetlobnih signalov. Aktivna konformacija jodopsina razpade veliko hitreje v primerjavi z rodopsinom in tudi sam potek regeneracije je pri jodopsinih hitrejši. Vzrok za to bi lahko bila različna usoda desenzibiliziranih receptorjev. Nedavno so odkrili možnost, da pri regeneraciji jodopsinov pride do preusmeritve signalne poti. Namesto, da se receptor deaktivira preko internalizacije z arestinom, ostane v membrani in veže ligand glede na prehodno konformacijsko stanje v katerem se nahaja. Na različen potek regeneracije jodopsinov bi lahko vplivala tudi vezava druge molekule retinala v alosterično mesto, ki je posledica konformacijskih sprememb. Povezava med interakcijo retinala in njegovih analogov z določenim konformacijskim intermediatom ima pomembno vlogo tudi s terapevtskega vidika, saj GPCR-ji v splošnem predstavljajo terapevtske tarče za zdravljenje mnogih obolenj. Uporaba analogov 11-cis-retinala, kot sta 9CR in 6mr, ki se vežeta v aktivno ali eno od alosteričnih mest, bi lahko predstavljala učinkovit pristop pri zdravljenju prirojenih mutacij v fotoreceptorjih.

==Eva Vene - Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1==

Družina TRP kanalčkov pri živalih združuje devet manjših skupin kationskih prenašalcev, ki odločilno vplivajo na pravilno delovanje organizma. Eden od tovrstnih kanalčkov je tudi TRPV1 z angleškim imenom »transient receptor potential vanilloid 1«. Tega najdemo v mnogih organih in organskih sistemih, natančneje pa se v tem seminarju osredotočamo na njegovo vlogo v perifernem živčevju. TRPV1 vsebuje okoli polovica vseh somatskih in visceralnih senzoričnih nevronov, zato je pomemben mediator pri nocicepciji oziroma zaznavanju možno nevarnih stimulov ter njihovim prevodom v akcijskih potencial. Njegovo delovanje, poleg nekaterih drugih dražljajev, lahko vzbudi organska molekula, imenovana kapsaicin. Slednjega najdemo v sadežih rastlin rodu Capsicum in ga pojmujemo kot eno odločilnih molekul za pekoč okus teh plodov. Ob vezavi kapsaicina na TRPV1 v celico vdrejo kationi, ki spodbudijo različne celične procese, ključne za oblikovanje in prenos živčnega signala do možganov ter pojav vnetja. Posebej zanimive so dvolične posledice vezave kapsaicina, ki sicer vodijo do bolečine, draženja in vnetja, a omogočijo tudi refrakcijsko dobo kanalčka, ki predstavlja čas, ko slednjega ne moremo aktivirati ter desenzitacijo in degradacijo živčnih vlaken, kar povezujemo z analgetičnim učinkom te molekule. Ob redni daljši izpostavitvi kapsaicinu, ki ga lahko administriramo transdermalno ali injiciramo, se tako uspešno uporablja pri lajšanju kroničnih bolečin.

==Erik Putar - AMPK: senzor glukoze ter celičnega energijskega stanja ==

Celica uporablja z AMP aktivirano protein kinazo (AMPK) kot senzor celičnega energijskega stanja in glukoze. Njen glavni aktivator je AMP, ki promovira fosforilacijo Thr172 na AMPK, inhibira defosforilacijo fosforiliranega Thr172 ter alosterično aktivira AMPK. Aktivacija AMPK poteče že ob majhem energijskem deficitu in sproži regulatorni odgovor, ki preusmeri celični metabolizem iz anabolizma v katabolizem. Fosforilacija Thr172 poteče preko kinaze LKB1, medtem ko sta glikogen sintaza in acetil koencim A karboksilaza (ACC) dve tarči izmed mnogih kinazne aktivnosti AMPK. AMPK je heterotrimer sestavljen iz podenot α, β in γ. V α podenoti je prisotno kinazno aktivno mesto ter Thr172, medtem ko so na γ podenoti prisotna vezavna mesta za adenin nukleotide. β podenota je miristilirana na svojem N koncu, kar je ključnega pomena za delovanje glukoznega senzorja. Ta mehanizem poteka na lizosomih in sicer s tvorbo velikega kompleksa, ki vsebuje aldolazo, v-ATPazo, Ragulator, AXIN, LKB1 ter AMPK. Aldolaza je sicer tista, ki čuti prisotnost glukoze in to preko fruktoze 1,6-bisfosfata (FBP): odsotnost FBP v njenem aktivnem mestu aktivira AMPK neodvisno od razmerja koncentracijah adenin nukleotidov in tako preusmeri celico iz glikolitične v alternativne oksidativne poti.

==Timotej Sotošek - Regulacija mišičnega glikogena: granule in njeni proteini ==

Glikogen je primarna oblika shranjevanja glukoze, ki je hitra in dostopna oblika energije. Kljub njegovi pomembnosti pa procesi regulacije glikogena še vedno niso popolnoma jasni. Metabolizem glikogena je zelo reguliran, hkrati pa dinamičen. Kako se bo metabolizem glikogena usmeril, je odvisno od mnogih dejavnikov. Zaloge glikogena v skeletnih mišicah so razdeljena na tri območja: podsarkomerno, intermiofibrilarno in intramiofibrilarno. Vsako od teh območij ima drugačno funkcijo v celici in temu primerno vsaka zase regulira sintezo in razgradnjo glikogenskih granul. Vsaka granula glikogena pa je sposobna tudi samostojnega izvajanja regulacije, pri kateri sodelujejo različni proteini. Eden pomembnejših je protein fosfataza 1 (PP1), ki nadzoruje aktivnost ključnih encimov, kot so glikogen sintaza (GS) in glikogen fosforilaza (GP), pri tem pa mu pomaga glikogen tarčni protein (PTG), ki deluje kot ogrodni protein med PP1 in drugimi proteini. Ta proces je reguliran preko kompleksa laforin-malin, ki prekine povezavo med PP1 in PTG. V seminarju so predstavljene naloge in lastnosti glikogena v treh oddelkih znotraj skeletnih mišic. Predstavljen bo vpliv, ki ga imajo našteti proteini na sintezo glikogena, podrobnejši opis naloge, zgradbe proteinov laforina in malina, kako kompleks laforin-malin inhibira glikogen sintezo ter kakšne so posledice nedelovanja tega proteinskega kompleksa.

==Nika Tomsič - Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec ==

Acetil-CoA je eden glavnih metabolitov. Deluje kot mejna točka med glikolizo in Krebsovim ciklom. Poleg tega so pomembne tudi njegove naloge kot sekundarni obveščevalec. Nadzoruje ključne celične procese, vključno z energetsko presnovo, mitozo in avtofagijo, tako neposredno kot preko regulacije ekspresije genov. Acetil-CoA običajno nastane v mitohondrijskem matriksu iz piruvata ali kot posledica β-oksidacije dolge verige maščobnih kislin. Lahko pa nastane tudi v citosolu z oksidacijo aminokislin, etanola ali z delovanjem acetil-CoA sintetaze, ki združuje dve glavni komponenti: acetil in koencim A. Razmerje med koncentracijama v mitohondrijskem matriksu in v citosolu je vedno enako. Govorimo torej o nekem dinamičnem ravnotežju, ki ga omogočajo številni prenašalci. Mitohondrijska memebrana je sicer neprepustna za acetil-CoA, zato mora najprej zreagirati v drugo obliko, da lahko vstopa ali iztopa iz mitohondrija. V mitohondrij vstopa piruvat s pomočjo citrat – piruvatnih prenašalcev. Tu piruvat dehidrogenazni kompleks katalizira reakcijo v acetil-CoA. Ko pa je v mitohondriju preveč acetil-CoA, se lahko ta prenese v citosol ali jedro v obliki acetilkarnitina preko karnitinskega prenašalca. V citosolu se spet povrne v acetil-CoA in je lahko vir anabolizma maščobnih kislin ali aminokislin, v jedru pa je njegova funkcija acetiliranje histonov. To omogoči prepisovanje genskega materiala. Lahko pa tudi nadaljuje svojo pot v mitohondriju in vstopi v citratni cikel, kjer je prvi korak pretvorba v citrat preko citratnega sinteznega kompleksa.

==Aleksandra Rauter - Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih==

Makrofagi so nepogrešljive komponente imunskega sistema, ki izhajajo iz matičnih celic kostnega mozga in nastajajo v procesu hematopoeze. Glavne funkcije, ki jih opravljajo so fagocitoza, izločanje citokinov in sodelovanje pri humoralnem imunskem odzivu skupaj z limfociti. Njihovo aktivacijo povzroči prisotnost različnih citokinov, ki se vežejo na specifične TLR receptorje. Najpogostejši ligand klasične aktivacije je lipopolisaharid (LPS), strukturna komponenta celičnih sten bakterij. Zaznava vezanega liganda preko adapterskih proteinov, signalne kaskade, transkripcijskih faktorjev vodi do razvoja enega od dveh fenotipov makrofagov. M1 fenotip ima baktericidno in fagocitno delovanje, M2 pa sodeluje predvsem pri reparaciji tkiv. Točni mehanizmi, ki to povzročijo, še niso poznani. M1 makrofag ima reprogramiran Krebsov cikel, kar povzroči akumulacijo različnih intermediatov v mitohondriju. Ti se lahko prenesejo v citosol preko specifičnih transporterjev in sodelujejo pri različnih regulatornih mehanizmih. Sukcinat povzroči povečano izločanje vnetnih citokinov preko stabilizacije transkripcijskega faktorja HIF-1α, povečanja količine mROS, posttranslacijskih modifikacij proteinov in signalizacije preko z GPCR. Spremenjen Krebsov cikel povzroči akumulacijo citrata, ki je perkurzor itakonata. Ta preko transkripcijske regulacije in inhibicije določenih encimov regulira protivnetni in protimikrobni odziv. Fumarat in α-ketoglutarat sodelujeta pri epigenetski regulaciji celičnih procesov.

==Jakob Tomšič - Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju ==

Acetoacetat, β-hidroksibutirat in aceton, drugače imenovani tudi ketonska telesca, so produkti našega metabolizma, ki ob pomankanju hranil možgansko tkivo, srce in skeletne mišice oskrbujejo z energijo. Ketogeneze pa danes ne povezujemo le s stanjem pomankanja hranil, ampak jo lahko spodbudimo tudi s tako imenovano ketogeno dieto, ki ji pripisujejo mnoge pozitivne učinke. Vloga ketogene diete pri epilepsiji in drugih nevroloških boleznih je poznana že skoraj stoletje, vendar so bili mehanizmi za antiepileptično delovanje vedno uganka. Trenutno poznamo več funkcij ketonskih telesc, ki presegajo njihovo osnovno metabolno vlogo. Ketonska telesca imajo epigenetski vpliv in lahko spodbujajo izražanje antioksidativnih genov. Prav tako je viden vpliv na vezikularni transport glutamatata z VGLUT v nevronih in zaviranje prenosa signala z GABA nevrotransmiterji. Ketonska telesca izražajo nevrozaščitno in protivnetno vlogo z vplivom na imunski sistem, z vezavo na HCA2 receptor, ki spodbuja nastanek prostagladina D2, in inhibicijo NLRP3 inflamasoma. Nevrološke motnje, kot je epilepsija, imajo več vzrokov, med katerimi sta neizpodbitno prevelika vzburjenost nevronov ter vnetno stanje tkiva. Vedno več dokazov kaže na vlogo ketonskih telesc pri nadziranju in manjšanju števila epileptičnih napadov pri bolnikih. Kljub vsem dokazom in povezavam pa še vedno obstajajo dvomi, da so ravno ketonska telesca tista, ki imajo antiepileptične funkcijo.

==Laura Unuk - Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta ==

Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin (lcFAOD) so dedne avtosomske recesivne bolezni, ki onemogočajo metabolizem maščobnih kislin. Gre za mutacije genov, ki kodirajo encime oksidacije in karnitinskega transporta. Pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin (12-18 C-atomov) sodeluje več kot 15 encimov, vendar le motnja enega lahko pripelje do kliničnih simptomov, kot so šibkost mišic, odpoved jeter, odpoved srca, itd. Glavni encimi, ki katalizirajo karnitinski transport so OCTN2, CPT1, CPT2 in CACT; encimi, ki pa katalizirajo oksidacijo so VLCAD, MTP, LCHAD in LCKAT. Karnitin je pomembna molekula za prenos dolgoverižnih maščobnih kislin skozi membrano mitohondrija, saj dolgoverižna maščobna kislina lahko vstopi v mitohondrij le v obliki acil-karnitin estra. Najpogostejša motnja pri lcFAOD pa je motnja VLCAD encima, ki katalizira reakcije odcepa dveh ogljikovih atomov iz maščobne kisline na CoA. Nastali acil-CoA nato naprej lahko vstopi v cikel citronske kisline, kjer nastane ATP. Ob nedelovanju VLCAD pride do pomanjkanja ATP v celici in posledično kliničnih simptomov. Zaznavanje napake enega od encimov je izvedena preko profila acilkarnitina v krvi, plazmi ali DBS. Z metodo NBS ('newborn screening') lahko kmalu po rojstvu že zaznajo motnjo in tako z hitrim zdravljenjem preprečijo neprijetno napredovanje bolezni. Glavni način zdravljenja trenutno predstavlja specifična dieta, ki pa je odvisna od vrste in intenzitete lcFAOD. Prav tako so v razvoju različne terapije za zdravljenje motenj, ki pa imajo velik potencial.

==Stefanija Ivanova - Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc ==

Ketonska telesca predstavljajo alternativno energijo za možgane, srce in skeletne mišice pod določenimi pogoji, kot so stradanje, intenzivna vadba, nenadzorovan diabetes ali po zaužitju ketonskih dodatkov. Zanimanje za delovanje ketonskih telesc se je povečalo predvsem pri športnikih. Ker ima uživanje eksogenih ketonov dramatične učinke na metabolizem skeletnih mišic med vadbo, imajo lahko športniki od tega koristi. Pomembna premisleka sta, kako športniki tolerirajo vnos ketonskih estrov med vadbo in ali dodatek ogroža ali vpliva na vnos ogljikovih hidratov. Zaužitje ketonskih dodatkov lahko hitro poveča koncentracijo ketonskih telesc, v primerjavi s ketogeno prehrano ali stradanjem, ki potrebujeta vsaj nekaj dni. Dodatek eksogenih ketonov predstavlja vir energije in ima lahko učinke pri varčevanju zalog ogljikovih hidratov med treningom v času nizke razpoložljivosti ogljikovih hidratov. Varčevanje zalog endogenih ogljikovih hidratov bi teoretično povzročilo večjo zmogljivost med ključnimi deli, med katerim so ogljikovi hidrati prevladujoči substrat. Dokler niso metabolne interakcije dodatkov ketonskih estrov s skeletnimi mišicami med vadbo popolnoma razjasnjene, vse predlagane ergogene lastnosti ostanejo teoretične. Glavni razlog za utemeljevanje eksogenih dodatkov ketonov morajo biti ugotovitve, da se ketoliza med vadbo poveča in pomembno prispeva k oskrbi z energijo. Čeprav obstajajo predlogi, da so dodatki ketonskih telesc koristni za športnike, je trenutno premalo informacij o učinkih dodatkov na metabolizem ketonskih telesc med vadbo. Na številna vprašanja je še treba odgovoriti.

BIO2 Povzetki seminarjev 2020

2020-11-24T10:00:37Z

Stefanija Ivanova: /* Stefanija Ivanova - Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 =

==Jan Bregar - Protein retinoblastoma==

Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.

==Ajda Beltram - Struktura in dinamika signalnih komplekov GPCR==

Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov ali pa preko fosforilacije receptorja s kinazo GRK in arestinov. Vendar ti proteini ne obstajajo le v aktivirani ali neaktivirani obliki, pač pa imajo veliko konformacijskih stanj, ki vsaka sproži svojo signalno pot. Mene je zanimala podrobna razlaga konformacijskih sprememb, ki se zgodijo med prenosom signala. Za aktivacijo G-proteinov je potrebna zamenjava GDP z GTP, kjer igra ključno vlogo razcep domen podenote α G-proteina in destabilizacija vezavnega mesta za nukleotid na Ras-domeni podenote α, kar so posledice konformacijskih sprememb, ki jih povzroči vezava na receptor. Različni ligandi, ki se vežejo na receptorje, pa lahko vplivajo tudi na afiniteto G-proteina do GDP. Kompleksi receptor-G-protein, ki nastanejo z vezavo popolnih agonistov, imajo manjšo afiniteto do GDP, kot tisti, ki so nastali z vezavo delnih agonistov. Pri arestinih pa so prav tako prišli do novega spoznanja. Aktivacija arestinov je večinoma prikazana kot proces iz dveh delov in sicer vezave na fosforiliran C-rep receptorja in nato vezave na jedro receptorja, vendar pa so odkrili, da lahko obe vezavi posebej aktivirata arestin. To nakazuje na to, da verjetno obstaja veliko različnih kompleksov arestina in receptorja, ki regulirajo vsak svojo signalno pot.

==Anja Moškrič - Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmitorjev==

Signalizacija živčnih celic med drugim poteka s prenosom nevrotransmitorjev preko sinaps. Pri kemični sinapsi gre za pretvarjanje električnih impulzov v eksocitotsko sprostitev nevrotransmitorja (npr. glutamat, GABA, epinefrin, norepinefrin). Pri pretvarjanju signala imajo ključno vlogo napetostno uravnavani kalcijevi ionski kanalčki (Cav), v presinaptičnem predelu. Ti, kot odgovor na depolarizacijo nevrona, usmerjajo kalcijeve ione v notranjost celice in posledično sprožijo fuzijo mešička (z nevrotransmitorjem) s presinaptično membrano. Zgrajeni so iz več podenot, od teh je glavna α1, ki tvori poro za pretok ionov. Podenoti α2δ in β pa regulirata lastnosti. Kanalčke glede na obliko glavne podenote klasificiramo v 3 večje skupine: Cav1, Cav2 in Cav3. V večini sinaps so prisotni kanalčki iz družine Cav2. Da eksocitoza lahko poteče hitro in učinkovito, morajo biti Cav locirani znotraj aktivne regije presinaptične membrane, v bližini mesta eksocitoze. Slednjo kalcijevi kanalčki regulirajo preko različnih proteinov. Pomembnejši predstavnik je družina proteinov RIM (z rab3 vezavne molekule). Ti se na kanalček vežejo z RIM vezavnimi proteini (RBP). Z njimi asociira tudi protein munc13, ki je v membrani vezikla in nevrona vezani s proteini SNARE. Ti so mediatorji pri fuziji membran. Delovanje kanalčka inaktivirajo procesi, kot sta od napetosti odvisni mehanizem in od kalcija odvisen mehanizem, ki je povezan s kalmodulinom.

==Gregor Strniša - Načini aktivacije GPCR==

GPCR, oziroma z G proteinom sklopljeni receptorji, so transmembranski proteini, ki s svojim delovanjem vplivajo na dogajanje v celici. Zaradi vezave liganda na njihovo zunajcelično stran se jim spremeni konformacija in omogoči prenos signala preko različnih signalnih molekul. Signal se preko različnih G proteinov in β-arrestinov prenaša do drugih proteinov v celici. Kmalu po odkritju GPCR se je izkazalo, da vsi ne delujejo po istem principu. Nove raziskovalne metode so omogočile napredek na področju vizualizacije molekul in njihovega sledenja v celici. Tako so znanstveniki prišli do odkritja petih novih metod aktivacije GPCR, ki lažje razložijo delovanje receptorjev. Med seboj so si različne, a se lahko pogosto prekrivajo in dopolnjujejo. GPCR omogočijo več možnosti odgovora na določen ligand in njegovo koncentracijo. Načini aktivacije, predstavljeni v moji seminarski nalogi, so pristranska aktivacija, znotrajcelična aktivacija, dimerizacijska aktivacija, transaktivacija in dvofazna aktivacija. Posamezen receptor navadno deluje na več načinov. Ob posameznem načinu so podani primeri receptorjev in njihovega delovanja. Z razumevanjem načinov njihove aktivacije se odprejo nove možnosti razvoja zdravil, ki bi delovale preko GPCR, ali vplivale na njihove signalne poti.

==Nikola Janakievski - Selective Androgen Receptor Modulators==

Selective Androgen Receptors Modulators or better known as SARMs, were discovered 30 years ago, as a potential replacement to steroid therapy. SARMs are a type of Selective Receptor Modulators (SRM), compounds which can act both as agonists and antagonists in androgen receptors (ARs) (as a non-steroid replacement), according to the tissue they are in. The main idea behind SARMs, is improving the hormone therapies we have currently, which use synthetic steroids. An ideal SARM could have all the benefits of steroid hormones, without the side effects. The potential benefits and safety of SARMs is yet to be determined, there are numerous ongoing studies for various applications. It is important to have a summary of all these potential application and past examples of studies. In this seminar, we aim to do just that, by comparing all past studies and future potential applications related to SARMs. We conclude that, SARMs are a viable alternative, possibly an improvement to synthetic steroids, although much more research and clinical trials are required for SARMs to become truly applicable.

==Vid Dobrovoljc - Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti==

Preučevanje součinkovanja med signalnimi potmi v celici je zelo zanimivo področje, vendar dokaj težko za raziskovanje. S seminarjem sem poizkusil predstaviti sovplivanje inzulinske(RTK) in β-adrenergične (GCPR) poti v srcu. . Inzulin na β-adrenergične (βAR) poti vpliva s fosforilacijo receptorja z različnimi kinazami, na primer protein kinazo A (PKA) G-protein kinazo (GRK2) in celo sam inzulinskim receptorjem (INSR), kar vodi do desenzitacije in včasih tudi internalizacije receptorja z vezavo β-arestina. Drug način vplivanja je z delovanjem na nižje člene v signalni poti, na primer na koncentracijo cAMP s fosfodiesterazami (PDE). Inzulin lahko tudi s pomočjo fosforilacije uporabi β-adrenergično pot za krepitev svojega signala. Zelo pomembna točka obeh signalnih poti je GRK2, ki po naravi deluje inhibirajoče na obe signalni poti, po zadnjih rezultatih pa jo poleg tega inzulin uporablja za še dodatno inhibicijo GPCR poti. Vplivanje βAR poti na inzulinsko pot je manj jasno, vendar kaže, da lahko βAR na sprejem glukoze v odvisnosti od situacije vpliva tako pozitivno kot negativno, dokaj pomembno vlogo pri tem pa ima PKB. Domnevam, da bo v prihodnosti vedno več raziskav na temo povezav med signalnimi potmi, saj bodo razvite nove opazovalne tehnike, poleg tega pa je razumevanje povezav koristno tako pri razvoju novih tehnik zdravljenja, kot pri samem študiju razvoja celične signalizacije

==Rebeka Jerina - Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev==

Veliko ljudi po svetu pije kavo, čaj ali kokakolo. Vsem naštetim pijačam je skupen kofein, najpogosteje zaužit psihostimulant na svetu. Kofein povzroča veliko učinkov, med katerimi je najbolj znan vpliv na budnost. Zanima me ali vemo kako in zakaj jo povzroči. Kofein je antagonist adenozinskih receptorjev (ARs). Ima podobno strukturo kot adenozin, zato lahko zaseda njegova vezavna mesta. Adenozinski receptorji so izraženi v mnogih tkivih, veliko pa jih najdemo v centralnem živčnem sistemu (CNS). Raziskala sem, da kofein večinoma vpliva na adenozinska receptorja podtipa A1 in A2A. Te dva podtipa adenozinskih receptorjev (ARs) vplivata na regulacijo mnogih fizioloških funkcij kot so spanje, kognicija, motivacija in čustva. Kofein tako z antagonizmom adenozinskih receptorjev (ARs) prepreči signalno kaskado, ki bi spodbudila zaspanost in posledično ohranja budnost. Adenozinski receptorji (ARs) spadajo pod receptorje povezane z G-proteini. Zgradba A1AR in A2AAR se nekoliko razlikuje, zato je tudi mehanizem delovanja teh dveh podtipov nekoliko drugačen. Signalizacija adenozinskih receptorjev (ARs) lahko poteka po več različnih signalnih poteh. Kofein bi zaradi pozitivnih okrepitvenih učinkov, pojava različnih duševnih motenj in pojava negativnih simptomov po prenehanju uživanja lahko prištevali med droge. Raziskave so pokazale, da se z antagonizmom adenozinskih receptorjev da uspešno zdraviti tudi številne bolezni. Glede na učinke in uporabo kofeina bi lahko rekli, da velja za hranilo, zdravilo ali drogo.

==Zala Perko - Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice==

Fotoreceptorji v membrani celic očesne mrežnice so značilni predstavniki z G-proteinom sklopljenih receptorjev. Njihova naloga je absorpcija svetlobe določene valovne dolžine in prenos signala preko G-proteina na citoplazemsko stran, kjer poteče veriga encimsko kataliziranih reakcij. Aktiviran fotoreceptor mora v procesu regeneracije ponovno zavzeti neaktivno konformacijo in vezati naravni ligand 11-cis-retinal. Barvni fotoreceptorji jodopsini zahtevajo učinkovit regeneracijski mehanizem, ker morajo stalno procesirati veliko količino svetlobnih signalov. Aktivna konformacija jodopsina razpade veliko hitreje v primerjavi z rodopsinom in tudi sam potek regeneracije je pri jodopsinih hitrejši. Vzrok za to bi lahko bila različna usoda desenzibiliziranih receptorjev. Nedavno so odkrili možnost, da pri regeneraciji jodopsinov pride do preusmeritve signalne poti. Namesto, da se receptor deaktivira preko internalizacije z arestinom, ostane v membrani in veže ligand glede na prehodno konformacijsko stanje v katerem se nahaja. Na različen potek regeneracije jodopsinov bi lahko vplivala tudi vezava druge molekule retinala v alosterično mesto, ki je posledica konformacijskih sprememb. Povezava med interakcijo retinala in njegovih analogov z določenim konformacijskim intermediatom ima pomembno vlogo tudi s terapevtskega vidika, saj GPCR-ji v splošnem predstavljajo terapevtske tarče za zdravljenje mnogih obolenj. Uporaba analogov 11-cis-retinala, kot sta 9CR in 6mr, ki se vežeta v aktivno ali eno od alosteričnih mest, bi lahko predstavljala učinkovit pristop pri zdravljenju prirojenih mutacij v fotoreceptorjih.

==Eva Vene - Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1==

Družina TRP kanalčkov pri živalih združuje devet manjših skupin kationskih prenašalcev, ki odločilno vplivajo na pravilno delovanje organizma. Eden od tovrstnih kanalčkov je tudi TRPV1 z angleškim imenom »transient receptor potential vanilloid 1«. Tega najdemo v mnogih organih in organskih sistemih, natančneje pa se v tem seminarju osredotočamo na njegovo vlogo v perifernem živčevju. TRPV1 vsebuje okoli polovica vseh somatskih in visceralnih senzoričnih nevronov, zato je pomemben mediator pri nocicepciji oziroma zaznavanju možno nevarnih stimulov ter njihovim prevodom v akcijskih potencial. Njegovo delovanje, poleg nekaterih drugih dražljajev, lahko vzbudi organska molekula, imenovana kapsaicin. Slednjega najdemo v sadežih rastlin rodu Capsicum in ga pojmujemo kot eno odločilnih molekul za pekoč okus teh plodov. Ob vezavi kapsaicina na TRPV1 v celico vdrejo kationi, ki spodbudijo različne celične procese, ključne za oblikovanje in prenos živčnega signala do možganov ter pojav vnetja. Posebej zanimive so dvolične posledice vezave kapsaicina, ki sicer vodijo do bolečine, draženja in vnetja, a omogočijo tudi refrakcijsko dobo kanalčka, ki predstavlja čas, ko slednjega ne moremo aktivirati ter desenzitacijo in degradacijo živčnih vlaken, kar povezujemo z analgetičnim učinkom te molekule. Ob redni daljši izpostavitvi kapsaicinu, ki ga lahko administriramo transdermalno ali injiciramo, se tako uspešno uporablja pri lajšanju kroničnih bolečin.

==Erik Putar - AMPK: senzor glukoze ter celičnega energijskega stanja ==

Celica uporablja z AMP aktivirano protein kinazo (AMPK) kot senzor celičnega energijskega stanja in glukoze. Njen glavni aktivator je AMP, ki promovira fosforilacijo Thr172 na AMPK, inhibira defosforilacijo fosforiliranega Thr172 ter alosterično aktivira AMPK. Aktivacija AMPK poteče že ob majhem energijskem deficitu in sproži regulatorni odgovor, ki preusmeri celični metabolizem iz anabolizma v katabolizem. Fosforilacija Thr172 poteče preko kinaze LKB1, medtem ko sta glikogen sintaza in acetil koencim A karboksilaza (ACC) dve tarči izmed mnogih kinazne aktivnosti AMPK. AMPK je heterotrimer sestavljen iz podenot α, β in γ. V α podenoti je prisotno kinazno aktivno mesto ter Thr172, medtem ko so na γ podenoti prisotna vezavna mesta za adenin nukleotide. β podenota je miristilirana na svojem N koncu, kar je ključnega pomena za delovanje glukoznega senzorja. Ta mehanizem poteka na lizosomih in sicer s tvorbo velikega kompleksa, ki vsebuje aldolazo, v-ATPazo, Ragulator, AXIN, LKB1 ter AMPK. Aldolaza je sicer tista, ki čuti prisotnost glukoze in to preko fruktoze 1,6-bisfosfata (FBP): odsotnost FBP v njenem aktivnem mestu aktivira AMPK neodvisno od razmerja koncentracijah adenin nukleotidov in tako preusmeri celico iz glikolitične v alternativne oksidativne poti.

==Timotej Sotošek - Regulacija mišičnega glikogena: granule in njeni proteini ==

Glikogen je primarna oblika shranjevanja glukoze, ki je hitra in dostopna oblika energije. Kljub njegovi pomembnosti pa procesi regulacije glikogena še vedno niso popolnoma jasni. Metabolizem glikogena je zelo reguliran, hkrati pa dinamičen. Kako se bo metabolizem glikogena usmeril, je odvisno od mnogih dejavnikov. Zaloge glikogena v skeletnih mišicah so razdeljena na tri območja: podsarkomerno, intermiofibrilarno in intramiofibrilarno. Vsako od teh območij ima drugačno funkcijo v celici in temu primerno vsaka zase regulira sintezo in razgradnjo glikogenskih granul. Vsaka granula glikogena pa je sposobna tudi samostojnega izvajanja regulacije, pri kateri sodelujejo različni proteini. Eden pomembnejših je protein fosfataza 1 (PP1), ki nadzoruje aktivnost ključnih encimov, kot so glikogen sintaza (GS) in glikogen fosforilaza (GP), pri tem pa mu pomaga glikogen tarčni protein (PTG), ki deluje kot ogrodni protein med PP1 in drugimi proteini. Ta proces je reguliran preko kompleksa laforin-malin, ki prekine povezavo med PP1 in PTG. V seminarju so predstavljene naloge in lastnosti glikogena v treh oddelkih znotraj skeletnih mišic. Predstavljen bo vpliv, ki ga imajo našteti proteini na sintezo glikogena, podrobnejši opis naloge, zgradbe proteinov laforina in malina, kako kompleks laforin-malin inhibira glikogen sintezo ter kakšne so posledice nedelovanja tega proteinskega kompleksa.

==Nika Tomsič - Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec ==

Acetil-CoA je eden glavnih metabolitov. Deluje kot mejna točka med glikolizo in Krebsovim ciklom. Poleg tega so pomembne tudi njegove naloge kot sekundarni obveščevalec. Nadzoruje ključne celične procese, vključno z energetsko presnovo, mitozo in avtofagijo, tako neposredno kot preko regulacije ekspresije genov. Acetil-CoA običajno nastane v mitohondrijskem matriksu iz piruvata ali kot posledica β-oksidacije dolge verige maščobnih kislin. Lahko pa nastane tudi v citosolu z oksidacijo aminokislin, etanola ali z delovanjem acetil-CoA sintetaze, ki združuje dve glavni komponenti: acetil in koencim A. Razmerje med koncentracijama v mitohondrijskem matriksu in v citosolu je vedno enako. Govorimo torej o nekem dinamičnem ravnotežju, ki ga omogočajo številni prenašalci. Mitohondrijska memebrana je sicer neprepustna za acetil-CoA, zato mora najprej zreagirati v drugo obliko, da lahko vstopa ali iztopa iz mitohondrija. V mitohondrij vstopa piruvat s pomočjo citrat – piruvatnih prenašalcev. Tu piruvat dehidrogenazni kompleks katalizira reakcijo v acetil-CoA. Ko pa je v mitohondriju preveč acetil-CoA, se lahko ta prenese v citosol ali jedro v obliki acetilkarnitina preko karnitinskega prenašalca. V citosolu se spet povrne v acetil-CoA in je lahko vir anabolizma maščobnih kislin ali aminokislin, v jedru pa je njegova funkcija acetiliranje histonov. To omogoči prepisovanje genskega materiala. Lahko pa tudi nadaljuje svojo pot v mitohondriju in vstopi v citratni cikel, kjer je prvi korak pretvorba v citrat preko citratnega sinteznega kompleksa.

==Aleksandra Rauter - Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih==

Makrofagi so nepogrešljive komponente imunskega sistema, ki izhajajo iz matičnih celic kostnega mozga in nastajajo v procesu hematopoeze. Glavne funkcije, ki jih opravljajo so fagocitoza, izločanje citokinov in sodelovanje pri humoralnem imunskem odzivu skupaj z limfociti. Njihovo aktivacijo povzroči prisotnost različnih citokinov, ki se vežejo na specifične TLR receptorje. Najpogostejši ligand klasične aktivacije je lipopolisaharid (LPS), strukturna komponenta celičnih sten bakterij. Zaznava vezanega liganda preko adapterskih proteinov, signalne kaskade, transkripcijskih faktorjev vodi do razvoja enega od dveh fenotipov makrofagov. M1 fenotip ima baktericidno in fagocitno delovanje, M2 pa sodeluje predvsem pri reparaciji tkiv. Točni mehanizmi, ki to povzročijo, še niso poznani. M1 makrofag ima reprogramiran Krebsov cikel, kar povzroči akumulacijo različnih intermediatov v mitohondriju. Ti se lahko prenesejo v citosol preko specifičnih transporterjev in sodelujejo pri različnih regulatornih mehanizmih. Sukcinat povzroči povečano izločanje vnetnih citokinov preko stabilizacije transkripcijskega faktorja HIF-1α, povečanja količine mROS, posttranslacijskih modifikacij proteinov in signalizacije preko z GPCR. Spremenjen Krebsov cikel povzroči akumulacijo citrata, ki je perkurzor itakonata. Ta preko transkripcijske regulacije in inhibicije določenih encimov regulira protivnetni in protimikrobni odziv. Fumarat in α-ketoglutarat sodelujeta pri epigenetski regulaciji celičnih procesov.

==Jakob Tomšič - Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju ==

Acetoacetat, β-hidroksibutirat in aceton, drugače imenovani tudi ketonska telesca, so produkti našega metabolizma, ki ob pomankanju hranil možgansko tkivo, srce in skeletne mišice oskrbujejo z energijo. Ketogeneze pa danes ne povezujemo le s stanjem pomankanja hranil, ampak jo lahko spodbudimo tudi s tako imenovano ketogeno dieto, ki ji pripisujejo mnoge pozitivne učinke. Vloga ketogene diete pri epilepsiji in drugih nevroloških boleznih je poznana že skoraj stoletje, vendar so bili mehanizmi za antiepileptično delovanje vedno uganka. Trenutno poznamo več funkcij ketonskih telesc, ki presegajo njihovo osnovno metabolno vlogo. Ketonska telesca imajo epigenetski vpliv in lahko spodbujajo izražanje antioksidativnih genov. Prav tako je viden vpliv na vezikularni transport glutamatata z VGLUT v nevronih in zaviranje prenosa signala z GABA nevrotransmiterji. Ketonska telesca izražajo nevrozaščitno in protivnetno vlogo z vplivom na imunski sistem, z vezavo na HCA2 receptor, ki spodbuja nastanek prostagladina D2, in inhibicijo NLRP3 inflamasoma. Nevrološke motnje, kot je epilepsija, imajo več vzrokov, med katerimi sta neizpodbitno prevelika vzburjenost nevronov ter vnetno stanje tkiva. Vedno več dokazov kaže na vlogo ketonskih telesc pri nadziranju in manjšanju števila epileptičnih napadov pri bolnikih. Kljub vsem dokazom in povezavam pa še vedno obstajajo dvomi, da so ravno ketonska telesca tista, ki imajo antiepileptične funkcijo.

==Laura Unuk - Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta ==

Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin (lcFAOD) so dedne avtosomske recesivne bolezni, ki onemogočajo metabolizem maščobnih kislin. Gre za mutacije genov, ki kodirajo encime oksidacije in karnitinskega transporta. Pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin (12-18 C-atomov) sodeluje več kot 15 encimov, vendar le motnja enega lahko pripelje do kliničnih simptomov, kot so šibkost mišic, odpoved jeter, odpoved srca, itd. Glavni encimi, ki katalizirajo karnitinski transport so OCTN2, CPT1, CPT2 in CACT; encimi, ki pa katalizirajo oksidacijo so VLCAD, MTP, LCHAD in LCKAT. Karnitin je pomembna molekula za prenos dolgoverižnih maščobnih kislin skozi membrano mitohondrija, saj dolgoverižna maščobna kislina lahko vstopi v mitohondrij le v obliki acil-karnitin estra. Najpogostejša motnja pri lcFAOD pa je motnja VLCAD encima, ki katalizira reakcije odcepa dveh ogljikovih atomov iz maščobne kisline na CoA. Nastali acil-CoA nato naprej lahko vstopi v cikel citronske kisline, kjer nastane ATP. Ob nedelovanju VLCAD pride do pomanjkanja ATP v celici in posledično kliničnih simptomov. Zaznavanje napake enega od encimov je izvedena preko profila acilkarnitina v krvi, plazmi ali DBS. Z metodo NBS ('newborn screening') lahko kmalu po rojstvu že zaznajo motnjo in tako z hitrim zdravljenjem preprečijo neprijetno napredovanje bolezni. Glavni način zdravljenja trenutno predstavlja specifična dieta, ki pa je odvisna od vrste in intenzitete lcFAOD. Prav tako so v razvoju različne terapije za zdravljenje motenj, ki pa imajo velik potencial.

==Stefanija Ivanova - Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc ==

Ketonska telesca predstavljajo alternativno energijo za možgane, srce in skeletne mišice pod določenimi pogoji, kot so stradanje, intezivna vadba, nenadzorovan diabetes ali po zaužitju ketonskih dodatov. Zanimanje za delovanje ketonskih telesc se je povečalo predvsem pri športniki. Ker uživanje eksogenih ketonov ima dramatične učinke na metabolizem skeletnih mišic med vadbo, lahko športniki dobijo korist iz tega. Pomembna premisleka sta, kako športniki tolerirajo vnos ketonskih estrov med vadbo in ali dodatek vgroža ali vpliva na vnos ogljikovi hidrati. Zaužitje ketonskih dodatkov lahko hitro poveča koncentracijo ketonskih telesc, v primerjavi z ketogeno prehrano ali stradanjem, ki potrebujeta vsaj nekaj dni. Dodatek eksogenih ketonov predstavlja vir energije in ima lahko učinke pri varčevanju zaloge ogljikovih hidratov med treningom v času nizke razpoložljivosti ogljikovih hidratov. Varčevanje zaloge endogenih ogljikovih hidratov bi teoretično povzročilo večjo zmogljivost med ključnimi deli, med katerim so ogljikovi hidrati prevladujoči substrat. Dokler niso metabolne interakcije dodatkov ketonskih estrov s skeletnimi mišicami med vadbo popolnoma razjasnjene, vse predlagane ergogene lastnosti ostanejo teoretične. Glavni razlog za utemeljevanje eksogenih dodatkov ketonov morajo biti ugotovitve, da se ketoliza med vadbo poveča in pomembno prispeva k oskrbi z energijo. Čeprav obstajajo predlogi, da so dodatki ketonskih telesc koristni za športnike, je trenutno premalo informacij o učinkih dodatkov na metabolizem ketonskih telesc med vadbo. Na številna vprašanja je še treba odgovoriti.

BIO2 Povzetki seminarjev 2020

2020-11-24T09:56:58Z

Stefanija Ivanova: /* Stefanija Ivanova - Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 =

==Jan Bregar - Protein retinoblastoma==

Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.

==Ajda Beltram - Struktura in dinamika signalnih komplekov GPCR==

Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov ali pa preko fosforilacije receptorja s kinazo GRK in arestinov. Vendar ti proteini ne obstajajo le v aktivirani ali neaktivirani obliki, pač pa imajo veliko konformacijskih stanj, ki vsaka sproži svojo signalno pot. Mene je zanimala podrobna razlaga konformacijskih sprememb, ki se zgodijo med prenosom signala. Za aktivacijo G-proteinov je potrebna zamenjava GDP z GTP, kjer igra ključno vlogo razcep domen podenote α G-proteina in destabilizacija vezavnega mesta za nukleotid na Ras-domeni podenote α, kar so posledice konformacijskih sprememb, ki jih povzroči vezava na receptor. Različni ligandi, ki se vežejo na receptorje, pa lahko vplivajo tudi na afiniteto G-proteina do GDP. Kompleksi receptor-G-protein, ki nastanejo z vezavo popolnih agonistov, imajo manjšo afiniteto do GDP, kot tisti, ki so nastali z vezavo delnih agonistov. Pri arestinih pa so prav tako prišli do novega spoznanja. Aktivacija arestinov je večinoma prikazana kot proces iz dveh delov in sicer vezave na fosforiliran C-rep receptorja in nato vezave na jedro receptorja, vendar pa so odkrili, da lahko obe vezavi posebej aktivirata arestin. To nakazuje na to, da verjetno obstaja veliko različnih kompleksov arestina in receptorja, ki regulirajo vsak svojo signalno pot.

==Anja Moškrič - Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmitorjev==

Signalizacija živčnih celic med drugim poteka s prenosom nevrotransmitorjev preko sinaps. Pri kemični sinapsi gre za pretvarjanje električnih impulzov v eksocitotsko sprostitev nevrotransmitorja (npr. glutamat, GABA, epinefrin, norepinefrin). Pri pretvarjanju signala imajo ključno vlogo napetostno uravnavani kalcijevi ionski kanalčki (Cav), v presinaptičnem predelu. Ti, kot odgovor na depolarizacijo nevrona, usmerjajo kalcijeve ione v notranjost celice in posledično sprožijo fuzijo mešička (z nevrotransmitorjem) s presinaptično membrano. Zgrajeni so iz več podenot, od teh je glavna α1, ki tvori poro za pretok ionov. Podenoti α2δ in β pa regulirata lastnosti. Kanalčke glede na obliko glavne podenote klasificiramo v 3 večje skupine: Cav1, Cav2 in Cav3. V večini sinaps so prisotni kanalčki iz družine Cav2. Da eksocitoza lahko poteče hitro in učinkovito, morajo biti Cav locirani znotraj aktivne regije presinaptične membrane, v bližini mesta eksocitoze. Slednjo kalcijevi kanalčki regulirajo preko različnih proteinov. Pomembnejši predstavnik je družina proteinov RIM (z rab3 vezavne molekule). Ti se na kanalček vežejo z RIM vezavnimi proteini (RBP). Z njimi asociira tudi protein munc13, ki je v membrani vezikla in nevrona vezani s proteini SNARE. Ti so mediatorji pri fuziji membran. Delovanje kanalčka inaktivirajo procesi, kot sta od napetosti odvisni mehanizem in od kalcija odvisen mehanizem, ki je povezan s kalmodulinom.

==Gregor Strniša - Načini aktivacije GPCR==

GPCR, oziroma z G proteinom sklopljeni receptorji, so transmembranski proteini, ki s svojim delovanjem vplivajo na dogajanje v celici. Zaradi vezave liganda na njihovo zunajcelično stran se jim spremeni konformacija in omogoči prenos signala preko različnih signalnih molekul. Signal se preko različnih G proteinov in β-arrestinov prenaša do drugih proteinov v celici. Kmalu po odkritju GPCR se je izkazalo, da vsi ne delujejo po istem principu. Nove raziskovalne metode so omogočile napredek na področju vizualizacije molekul in njihovega sledenja v celici. Tako so znanstveniki prišli do odkritja petih novih metod aktivacije GPCR, ki lažje razložijo delovanje receptorjev. Med seboj so si različne, a se lahko pogosto prekrivajo in dopolnjujejo. GPCR omogočijo več možnosti odgovora na določen ligand in njegovo koncentracijo. Načini aktivacije, predstavljeni v moji seminarski nalogi, so pristranska aktivacija, znotrajcelična aktivacija, dimerizacijska aktivacija, transaktivacija in dvofazna aktivacija. Posamezen receptor navadno deluje na več načinov. Ob posameznem načinu so podani primeri receptorjev in njihovega delovanja. Z razumevanjem načinov njihove aktivacije se odprejo nove možnosti razvoja zdravil, ki bi delovale preko GPCR, ali vplivale na njihove signalne poti.

==Nikola Janakievski - Selective Androgen Receptor Modulators==

Selective Androgen Receptors Modulators or better known as SARMs, were discovered 30 years ago, as a potential replacement to steroid therapy. SARMs are a type of Selective Receptor Modulators (SRM), compounds which can act both as agonists and antagonists in androgen receptors (ARs) (as a non-steroid replacement), according to the tissue they are in. The main idea behind SARMs, is improving the hormone therapies we have currently, which use synthetic steroids. An ideal SARM could have all the benefits of steroid hormones, without the side effects. The potential benefits and safety of SARMs is yet to be determined, there are numerous ongoing studies for various applications. It is important to have a summary of all these potential application and past examples of studies. In this seminar, we aim to do just that, by comparing all past studies and future potential applications related to SARMs. We conclude that, SARMs are a viable alternative, possibly an improvement to synthetic steroids, although much more research and clinical trials are required for SARMs to become truly applicable.

==Vid Dobrovoljc - Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti==

Preučevanje součinkovanja med signalnimi potmi v celici je zelo zanimivo področje, vendar dokaj težko za raziskovanje. S seminarjem sem poizkusil predstaviti sovplivanje inzulinske(RTK) in β-adrenergične (GCPR) poti v srcu. . Inzulin na β-adrenergične (βAR) poti vpliva s fosforilacijo receptorja z različnimi kinazami, na primer protein kinazo A (PKA) G-protein kinazo (GRK2) in celo sam inzulinskim receptorjem (INSR), kar vodi do desenzitacije in včasih tudi internalizacije receptorja z vezavo β-arestina. Drug način vplivanja je z delovanjem na nižje člene v signalni poti, na primer na koncentracijo cAMP s fosfodiesterazami (PDE). Inzulin lahko tudi s pomočjo fosforilacije uporabi β-adrenergično pot za krepitev svojega signala. Zelo pomembna točka obeh signalnih poti je GRK2, ki po naravi deluje inhibirajoče na obe signalni poti, po zadnjih rezultatih pa jo poleg tega inzulin uporablja za še dodatno inhibicijo GPCR poti. Vplivanje βAR poti na inzulinsko pot je manj jasno, vendar kaže, da lahko βAR na sprejem glukoze v odvisnosti od situacije vpliva tako pozitivno kot negativno, dokaj pomembno vlogo pri tem pa ima PKB. Domnevam, da bo v prihodnosti vedno več raziskav na temo povezav med signalnimi potmi, saj bodo razvite nove opazovalne tehnike, poleg tega pa je razumevanje povezav koristno tako pri razvoju novih tehnik zdravljenja, kot pri samem študiju razvoja celične signalizacije

==Rebeka Jerina - Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev==

Veliko ljudi po svetu pije kavo, čaj ali kokakolo. Vsem naštetim pijačam je skupen kofein, najpogosteje zaužit psihostimulant na svetu. Kofein povzroča veliko učinkov, med katerimi je najbolj znan vpliv na budnost. Zanima me ali vemo kako in zakaj jo povzroči. Kofein je antagonist adenozinskih receptorjev (ARs). Ima podobno strukturo kot adenozin, zato lahko zaseda njegova vezavna mesta. Adenozinski receptorji so izraženi v mnogih tkivih, veliko pa jih najdemo v centralnem živčnem sistemu (CNS). Raziskala sem, da kofein večinoma vpliva na adenozinska receptorja podtipa A1 in A2A. Te dva podtipa adenozinskih receptorjev (ARs) vplivata na regulacijo mnogih fizioloških funkcij kot so spanje, kognicija, motivacija in čustva. Kofein tako z antagonizmom adenozinskih receptorjev (ARs) prepreči signalno kaskado, ki bi spodbudila zaspanost in posledično ohranja budnost. Adenozinski receptorji (ARs) spadajo pod receptorje povezane z G-proteini. Zgradba A1AR in A2AAR se nekoliko razlikuje, zato je tudi mehanizem delovanja teh dveh podtipov nekoliko drugačen. Signalizacija adenozinskih receptorjev (ARs) lahko poteka po več različnih signalnih poteh. Kofein bi zaradi pozitivnih okrepitvenih učinkov, pojava različnih duševnih motenj in pojava negativnih simptomov po prenehanju uživanja lahko prištevali med droge. Raziskave so pokazale, da se z antagonizmom adenozinskih receptorjev da uspešno zdraviti tudi številne bolezni. Glede na učinke in uporabo kofeina bi lahko rekli, da velja za hranilo, zdravilo ali drogo.

==Zala Perko - Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice==

Fotoreceptorji v membrani celic očesne mrežnice so značilni predstavniki z G-proteinom sklopljenih receptorjev. Njihova naloga je absorpcija svetlobe določene valovne dolžine in prenos signala preko G-proteina na citoplazemsko stran, kjer poteče veriga encimsko kataliziranih reakcij. Aktiviran fotoreceptor mora v procesu regeneracije ponovno zavzeti neaktivno konformacijo in vezati naravni ligand 11-cis-retinal. Barvni fotoreceptorji jodopsini zahtevajo učinkovit regeneracijski mehanizem, ker morajo stalno procesirati veliko količino svetlobnih signalov. Aktivna konformacija jodopsina razpade veliko hitreje v primerjavi z rodopsinom in tudi sam potek regeneracije je pri jodopsinih hitrejši. Vzrok za to bi lahko bila različna usoda desenzibiliziranih receptorjev. Nedavno so odkrili možnost, da pri regeneraciji jodopsinov pride do preusmeritve signalne poti. Namesto, da se receptor deaktivira preko internalizacije z arestinom, ostane v membrani in veže ligand glede na prehodno konformacijsko stanje v katerem se nahaja. Na različen potek regeneracije jodopsinov bi lahko vplivala tudi vezava druge molekule retinala v alosterično mesto, ki je posledica konformacijskih sprememb. Povezava med interakcijo retinala in njegovih analogov z določenim konformacijskim intermediatom ima pomembno vlogo tudi s terapevtskega vidika, saj GPCR-ji v splošnem predstavljajo terapevtske tarče za zdravljenje mnogih obolenj. Uporaba analogov 11-cis-retinala, kot sta 9CR in 6mr, ki se vežeta v aktivno ali eno od alosteričnih mest, bi lahko predstavljala učinkovit pristop pri zdravljenju prirojenih mutacij v fotoreceptorjih.

==Eva Vene - Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1==

Družina TRP kanalčkov pri živalih združuje devet manjših skupin kationskih prenašalcev, ki odločilno vplivajo na pravilno delovanje organizma. Eden od tovrstnih kanalčkov je tudi TRPV1 z angleškim imenom »transient receptor potential vanilloid 1«. Tega najdemo v mnogih organih in organskih sistemih, natančneje pa se v tem seminarju osredotočamo na njegovo vlogo v perifernem živčevju. TRPV1 vsebuje okoli polovica vseh somatskih in visceralnih senzoričnih nevronov, zato je pomemben mediator pri nocicepciji oziroma zaznavanju možno nevarnih stimulov ter njihovim prevodom v akcijskih potencial. Njegovo delovanje, poleg nekaterih drugih dražljajev, lahko vzbudi organska molekula, imenovana kapsaicin. Slednjega najdemo v sadežih rastlin rodu Capsicum in ga pojmujemo kot eno odločilnih molekul za pekoč okus teh plodov. Ob vezavi kapsaicina na TRPV1 v celico vdrejo kationi, ki spodbudijo različne celične procese, ključne za oblikovanje in prenos živčnega signala do možganov ter pojav vnetja. Posebej zanimive so dvolične posledice vezave kapsaicina, ki sicer vodijo do bolečine, draženja in vnetja, a omogočijo tudi refrakcijsko dobo kanalčka, ki predstavlja čas, ko slednjega ne moremo aktivirati ter desenzitacijo in degradacijo živčnih vlaken, kar povezujemo z analgetičnim učinkom te molekule. Ob redni daljši izpostavitvi kapsaicinu, ki ga lahko administriramo transdermalno ali injiciramo, se tako uspešno uporablja pri lajšanju kroničnih bolečin.

==Erik Putar - AMPK: senzor glukoze ter celičnega energijskega stanja ==

Celica uporablja z AMP aktivirano protein kinazo (AMPK) kot senzor celičnega energijskega stanja in glukoze. Njen glavni aktivator je AMP, ki promovira fosforilacijo Thr172 na AMPK, inhibira defosforilacijo fosforiliranega Thr172 ter alosterično aktivira AMPK. Aktivacija AMPK poteče že ob majhem energijskem deficitu in sproži regulatorni odgovor, ki preusmeri celični metabolizem iz anabolizma v katabolizem. Fosforilacija Thr172 poteče preko kinaze LKB1, medtem ko sta glikogen sintaza in acetil koencim A karboksilaza (ACC) dve tarči izmed mnogih kinazne aktivnosti AMPK. AMPK je heterotrimer sestavljen iz podenot α, β in γ. V α podenoti je prisotno kinazno aktivno mesto ter Thr172, medtem ko so na γ podenoti prisotna vezavna mesta za adenin nukleotide. β podenota je miristilirana na svojem N koncu, kar je ključnega pomena za delovanje glukoznega senzorja. Ta mehanizem poteka na lizosomih in sicer s tvorbo velikega kompleksa, ki vsebuje aldolazo, v-ATPazo, Ragulator, AXIN, LKB1 ter AMPK. Aldolaza je sicer tista, ki čuti prisotnost glukoze in to preko fruktoze 1,6-bisfosfata (FBP): odsotnost FBP v njenem aktivnem mestu aktivira AMPK neodvisno od razmerja koncentracijah adenin nukleotidov in tako preusmeri celico iz glikolitične v alternativne oksidativne poti.

==Timotej Sotošek - Regulacija mišičnega glikogena: granule in njeni proteini ==

Glikogen je primarna oblika shranjevanja glukoze, ki je hitra in dostopna oblika energije. Kljub njegovi pomembnosti pa procesi regulacije glikogena še vedno niso popolnoma jasni. Metabolizem glikogena je zelo reguliran, hkrati pa dinamičen. Kako se bo metabolizem glikogena usmeril, je odvisno od mnogih dejavnikov. Zaloge glikogena v skeletnih mišicah so razdeljena na tri območja: podsarkomerno, intermiofibrilarno in intramiofibrilarno. Vsako od teh območij ima drugačno funkcijo v celici in temu primerno vsaka zase regulira sintezo in razgradnjo glikogenskih granul. Vsaka granula glikogena pa je sposobna tudi samostojnega izvajanja regulacije, pri kateri sodelujejo različni proteini. Eden pomembnejših je protein fosfataza 1 (PP1), ki nadzoruje aktivnost ključnih encimov, kot so glikogen sintaza (GS) in glikogen fosforilaza (GP), pri tem pa mu pomaga glikogen tarčni protein (PTG), ki deluje kot ogrodni protein med PP1 in drugimi proteini. Ta proces je reguliran preko kompleksa laforin-malin, ki prekine povezavo med PP1 in PTG. V seminarju so predstavljene naloge in lastnosti glikogena v treh oddelkih znotraj skeletnih mišic. Predstavljen bo vpliv, ki ga imajo našteti proteini na sintezo glikogena, podrobnejši opis naloge, zgradbe proteinov laforina in malina, kako kompleks laforin-malin inhibira glikogen sintezo ter kakšne so posledice nedelovanja tega proteinskega kompleksa.

==Nika Tomsič - Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec ==

Acetil-CoA je eden glavnih metabolitov. Deluje kot mejna točka med glikolizo in Krebsovim ciklom. Poleg tega so pomembne tudi njegove naloge kot sekundarni obveščevalec. Nadzoruje ključne celične procese, vključno z energetsko presnovo, mitozo in avtofagijo, tako neposredno kot preko regulacije ekspresije genov. Acetil-CoA običajno nastane v mitohondrijskem matriksu iz piruvata ali kot posledica β-oksidacije dolge verige maščobnih kislin. Lahko pa nastane tudi v citosolu z oksidacijo aminokislin, etanola ali z delovanjem acetil-CoA sintetaze, ki združuje dve glavni komponenti: acetil in koencim A. Razmerje med koncentracijama v mitohondrijskem matriksu in v citosolu je vedno enako. Govorimo torej o nekem dinamičnem ravnotežju, ki ga omogočajo številni prenašalci. Mitohondrijska memebrana je sicer neprepustna za acetil-CoA, zato mora najprej zreagirati v drugo obliko, da lahko vstopa ali iztopa iz mitohondrija. V mitohondrij vstopa piruvat s pomočjo citrat – piruvatnih prenašalcev. Tu piruvat dehidrogenazni kompleks katalizira reakcijo v acetil-CoA. Ko pa je v mitohondriju preveč acetil-CoA, se lahko ta prenese v citosol ali jedro v obliki acetilkarnitina preko karnitinskega prenašalca. V citosolu se spet povrne v acetil-CoA in je lahko vir anabolizma maščobnih kislin ali aminokislin, v jedru pa je njegova funkcija acetiliranje histonov. To omogoči prepisovanje genskega materiala. Lahko pa tudi nadaljuje svojo pot v mitohondriju in vstopi v citratni cikel, kjer je prvi korak pretvorba v citrat preko citratnega sinteznega kompleksa.

==Aleksandra Rauter - Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih==

Makrofagi so nepogrešljive komponente imunskega sistema, ki izhajajo iz matičnih celic kostnega mozga in nastajajo v procesu hematopoeze. Glavne funkcije, ki jih opravljajo so fagocitoza, izločanje citokinov in sodelovanje pri humoralnem imunskem odzivu skupaj z limfociti. Njihovo aktivacijo povzroči prisotnost različnih citokinov, ki se vežejo na specifične TLR receptorje. Najpogostejši ligand klasične aktivacije je lipopolisaharid (LPS), strukturna komponenta celičnih sten bakterij. Zaznava vezanega liganda preko adapterskih proteinov, signalne kaskade, transkripcijskih faktorjev vodi do razvoja enega od dveh fenotipov makrofagov. M1 fenotip ima baktericidno in fagocitno delovanje, M2 pa sodeluje predvsem pri reparaciji tkiv. Točni mehanizmi, ki to povzročijo, še niso poznani. M1 makrofag ima reprogramiran Krebsov cikel, kar povzroči akumulacijo različnih intermediatov v mitohondriju. Ti se lahko prenesejo v citosol preko specifičnih transporterjev in sodelujejo pri različnih regulatornih mehanizmih. Sukcinat povzroči povečano izločanje vnetnih citokinov preko stabilizacije transkripcijskega faktorja HIF-1α, povečanja količine mROS, posttranslacijskih modifikacij proteinov in signalizacije preko z GPCR. Spremenjen Krebsov cikel povzroči akumulacijo citrata, ki je perkurzor itakonata. Ta preko transkripcijske regulacije in inhibicije določenih encimov regulira protivnetni in protimikrobni odziv. Fumarat in α-ketoglutarat sodelujeta pri epigenetski regulaciji celičnih procesov.

==Jakob Tomšič - Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju ==

Acetoacetat, β-hidroksibutirat in aceton, drugače imenovani tudi ketonska telesca, so produkti našega metabolizma, ki ob pomankanju hranil možgansko tkivo, srce in skeletne mišice oskrbujejo z energijo. Ketogeneze pa danes ne povezujemo le s stanjem pomankanja hranil, ampak jo lahko spodbudimo tudi s tako imenovano ketogeno dieto, ki ji pripisujejo mnoge pozitivne učinke. Vloga ketogene diete pri epilepsiji in drugih nevroloških boleznih je poznana že skoraj stoletje, vendar so bili mehanizmi za antiepileptično delovanje vedno uganka. Trenutno poznamo več funkcij ketonskih telesc, ki presegajo njihovo osnovno metabolno vlogo. Ketonska telesca imajo epigenetski vpliv in lahko spodbujajo izražanje antioksidativnih genov. Prav tako je viden vpliv na vezikularni transport glutamatata z VGLUT v nevronih in zaviranje prenosa signala z GABA nevrotransmiterji. Ketonska telesca izražajo nevrozaščitno in protivnetno vlogo z vplivom na imunski sistem, z vezavo na HCA2 receptor, ki spodbuja nastanek prostagladina D2, in inhibicijo NLRP3 inflamasoma. Nevrološke motnje, kot je epilepsija, imajo več vzrokov, med katerimi sta neizpodbitno prevelika vzburjenost nevronov ter vnetno stanje tkiva. Vedno več dokazov kaže na vlogo ketonskih telesc pri nadziranju in manjšanju števila epileptičnih napadov pri bolnikih. Kljub vsem dokazom in povezavam pa še vedno obstajajo dvomi, da so ravno ketonska telesca tista, ki imajo antiepileptične funkcijo.

==Laura Unuk - Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta ==

Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin (lcFAOD) so dedne avtosomske recesivne bolezni, ki onemogočajo metabolizem maščobnih kislin. Gre za mutacije genov, ki kodirajo encime oksidacije in karnitinskega transporta. Pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin (12-18 C-atomov) sodeluje več kot 15 encimov, vendar le motnja enega lahko pripelje do kliničnih simptomov, kot so šibkost mišic, odpoved jeter, odpoved srca, itd. Glavni encimi, ki katalizirajo karnitinski transport so OCTN2, CPT1, CPT2 in CACT; encimi, ki pa katalizirajo oksidacijo so VLCAD, MTP, LCHAD in LCKAT. Karnitin je pomembna molekula za prenos dolgoverižnih maščobnih kislin skozi membrano mitohondrija, saj dolgoverižna maščobna kislina lahko vstopi v mitohondrij le v obliki acil-karnitin estra. Najpogostejša motnja pri lcFAOD pa je motnja VLCAD encima, ki katalizira reakcije odcepa dveh ogljikovih atomov iz maščobne kisline na CoA. Nastali acil-CoA nato naprej lahko vstopi v cikel citronske kisline, kjer nastane ATP. Ob nedelovanju VLCAD pride do pomanjkanja ATP v celici in posledično kliničnih simptomov. Zaznavanje napake enega od encimov je izvedena preko profila acilkarnitina v krvi, plazmi ali DBS. Z metodo NBS ('newborn screening') lahko kmalu po rojstvu že zaznajo motnjo in tako z hitrim zdravljenjem preprečijo neprijetno napredovanje bolezni. Glavni način zdravljenja trenutno predstavlja specifična dieta, ki pa je odvisna od vrste in intenzitete lcFAOD. Prav tako so v razvoju različne terapije za zdravljenje motenj, ki pa imajo velik potencial.

==Stefanija Ivanova - Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc ==

Ketonska telesca predstavljajo alternativno energijo za možgane, srce in skeletne mišice pod določenimi pogoji, kot so stradanje, močna vadba, nenadzorovan diabetes ali po zaužitju ketonskih dodatov. Zanimanje za delovanje ketonskih telesc se je povečalo predvsem pri športniki. Ker uživanje eksogenih ketonov ima dramatične učinke na metabolizem skeletnih mišic med vadbo, lahko športniki dobijo korist iz tega. Pomembna premisleka sta, kako športniki tolerirajo vnos ketonskih estrov med vadbo in ali dodatek vgroža ali vpliva na vnos ogljikovi hidrati. Zaužitje ketonskih dodatkov lahko hitro poveča koncentracijo ketonskih telesc, v primerjavi z ketogeno prehrano ali stradanjem, ki potrebujeta vsaj nekaj dni. Dodatek eksogenih ketonov predstavlja vir energije in ima lahko učinke pri varčevanju zaloge beljakovin in ogljikovih hidratov med treningom v času nizke razpoložljivosti ogljikovih hidratov. Varčevanje zaloge endogenih ogljikovih hidratov bi teoretično povzročilo večjo zmogljivost med ključnimi deli, med katerim so ogljikovi hidrati prevladujoči substrat. Dokler niso metabolne interakcije dodatkov ketonskih estrov s skeletnimi mišicami med vadbo popolnoma razjasnjene, vse predlagane ergogene lastnosti ostanejo teoretične. Glavni razlog za utemeljevanje eksogenih dodatkov ketonov morajo biti ugotovitve, da se ketoliza med vadbo poveča in pomembno prispeva k oskrbi z energijo. Čeprav obstajajo predlogi, da so dodatki ketonskih telesc koristni za športnike, je trenutno premalo informacij o učinkih dodatkov na metabolizem ketonskih telesc med vadbo. Na številna vprašanja je še treba odgovoriti.

BIO2 Povzetki seminarjev 2020

2020-11-22T10:52:22Z

Stefanija Ivanova: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2020/21 =

==Jan Bregar - Protein retinoblastoma==

Protein retinoblastoma (pRb) je eden ključnih proteinov, ki regulirajo celični cikel in njegova inaktivacija lahko povzroči različna bolezenska stanja. Ta protein regulira ključni prehod iz G1 v S fazo celičnega cikla s pomočjo interakcij z družino E2F, ki je vrsta transkripcijskih faktorjev celičnega cikla. Retinoblastoma protein (pRb) nadzoruje tudi izstop celice iz celičnega cikla. Njeno aktivnost regulira več mehanizmov, ki zaznavajo znotraj- in zunajcelične signale, ki blokirajo ali dovoljujejo fosforilacijo. pRb fosforilirajo od ciklina odvisne kinaze (Cdk-ji) in s tem protein Rb bodisi inaktivirajo ali pa rahlo spremenijo njegove lastnosti, protein pa vseeno ohrani svojo funkcijo. Odkrili so tudi, da pRb regulira apoptozo s pomočjo enakih interakcij s transkripcijskimi faktorji E2F. To, da je pRb vpleten pri apoptozi, popolno dopolnjuje pRb kot pomemben določevalec usode celice. Med trajanjem celičenga cikla je pRb inaktiviran, kar povzroči, da je celica bolj občutljiva na apoptotske stimuluse. Regulacijo apoptoze lahko onesposobijo nekateri virusi, ki s svojimi onkoproteini povzročijo napake v delovanju proteina Rb, kar lahko predstavlja tveganje za organizem. pRb – E2F kompleksi imajo pomembno vlogo pri regulaciji transkripcije genov, ki so vključeni v diferenciaciji in razvoju.

==Ajda Beltram - Struktura in dinamika signalnih komplekov GPCR==

Receptorji sklopljeni z G-proteinom (GPCR) so transmembranski proteini, ki kot odgovor na ligande regulirajo veliko signalnih poti preko heterotrimernih G-proteinov ali pa preko fosforilacije receptorja s kinazo GRK in arestinov. Vendar ti proteini ne obstajajo le v aktivirani ali neaktivirani obliki, pač pa imajo veliko konformacijskih stanj, ki vsaka sproži svojo signalno pot. Mene je zanimala podrobna razlaga konformacijskih sprememb, ki se zgodijo med prenosom signala. Za aktivacijo G-proteinov je potrebna zamenjava GDP z GTP, kjer igra ključno vlogo razcep domen podenote α G-proteina in destabilizacija vezavnega mesta za nukleotid na Ras-domeni podenote α, kar so posledice konformacijskih sprememb, ki jih povzroči vezava na receptor. Različni ligandi, ki se vežejo na receptorje, pa lahko vplivajo tudi na afiniteto G-proteina do GDP. Kompleksi receptor-G-protein, ki nastanejo z vezavo popolnih agonistov, imajo manjšo afiniteto do GDP, kot tisti, ki so nastali z vezavo delnih agonistov. Pri arestinih pa so prav tako prišli do novega spoznanja. Aktivacija arestinov je večinoma prikazana kot proces iz dveh delov in sicer vezave na fosforiliran C-rep receptorja in nato vezave na jedro receptorja, vendar pa so odkrili, da lahko obe vezavi posebej aktivirata arestin. To nakazuje na to, da verjetno obstaja veliko različnih kompleksov arestina in receptorja, ki regulirajo vsak svojo signalno pot.

==Anja Moškrič - Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmitorjev==

Signalizacija živčnih celic med drugim poteka s prenosom nevrotransmitorjev preko sinaps. Pri kemični sinapsi gre za pretvarjanje električnih impulzov v eksocitotsko sprostitev nevrotransmitorja (npr. glutamat, GABA, epinefrin, norepinefrin). Pri pretvarjanju signala imajo ključno vlogo napetostno uravnavani kalcijevi ionski kanalčki (Cav), v presinaptičnem predelu. Ti, kot odgovor na depolarizacijo nevrona, usmerjajo kalcijeve ione v notranjost celice in posledično sprožijo fuzijo mešička (z nevrotransmitorjem) s presinaptično membrano. Zgrajeni so iz več podenot, od teh je glavna α1, ki tvori poro za pretok ionov. Podenoti α2δ in β pa regulirata lastnosti. Kanalčke glede na obliko glavne podenote klasificiramo v 3 večje skupine: Cav1, Cav2 in Cav3. V večini sinaps so prisotni kanalčki iz družine Cav2. Da eksocitoza lahko poteče hitro in učinkovito, morajo biti Cav locirani znotraj aktivne regije presinaptične membrane, v bližini mesta eksocitoze. Slednjo kalcijevi kanalčki regulirajo preko različnih proteinov. Pomembnejši predstavnik je družina proteinov RIM (z rab3 vezavne molekule). Ti se na kanalček vežejo z RIM vezavnimi proteini (RBP). Z njimi asociira tudi protein munc13, ki je v membrani vezikla in nevrona vezani s proteini SNARE. Ti so mediatorji pri fuziji membran. Delovanje kanalčka inaktivirajo procesi, kot sta od napetosti odvisni mehanizem in od kalcija odvisen mehanizem, ki je povezan s kalmodulinom.

==Gregor Strniša - Načini aktivacije GPCR==

GPCR, oziroma z G proteinom sklopljeni receptorji, so transmembranski proteini, ki s svojim delovanjem vplivajo na dogajanje v celici. Zaradi vezave liganda na njihovo zunajcelično stran se jim spremeni konformacija in omogoči prenos signala preko različnih signalnih molekul. Signal se preko različnih G proteinov in β-arrestinov prenaša do drugih proteinov v celici. Kmalu po odkritju GPCR se je izkazalo, da vsi ne delujejo po istem principu. Nove raziskovalne metode so omogočile napredek na področju vizualizacije molekul in njihovega sledenja v celici. Tako so znanstveniki prišli do odkritja petih novih metod aktivacije GPCR, ki lažje razložijo delovanje receptorjev. Med seboj so si različne, a se lahko pogosto prekrivajo in dopolnjujejo. GPCR omogočijo več možnosti odgovora na določen ligand in njegovo koncentracijo. Načini aktivacije, predstavljeni v moji seminarski nalogi, so pristranska aktivacija, znotrajcelična aktivacija, dimerizacijska aktivacija, transaktivacija in dvofazna aktivacija. Posamezen receptor navadno deluje na več načinov. Ob posameznem načinu so podani primeri receptorjev in njihovega delovanja. Z razumevanjem načinov njihove aktivacije se odprejo nove možnosti razvoja zdravil, ki bi delovale preko GPCR, ali vplivale na njihove signalne poti.

==Nikola Janakievski - Selective Androgen Receptor Modulators==

Selective Androgen Receptors Modulators or better known as SARMs, were discovered 30 years ago, as a potential replacement to steroid therapy. SARMs are a type of Selective Receptor Modulators (SRM), compounds which can act both as agonists and antagonists in androgen receptors (ARs) (as a non-steroid replacement), according to the tissue they are in. The main idea behind SARMs, is improving the hormone therapies we have currently, which use synthetic steroids. An ideal SARM could have all the benefits of steroid hormones, without the side effects. The potential benefits and safety of SARMs is yet to be determined, there are numerous ongoing studies for various applications. It is important to have a summary of all these potential application and past examples of studies. In this seminar, we aim to do just that, by comparing all past studies and future potential applications related to SARMs. We conclude that, SARMs are a viable alternative, possibly an improvement to synthetic steroids, although much more research and clinical trials are required for SARMs to become truly applicable.

==Vid Dobrovoljc - Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti==

Preučevanje součinkovanja med signalnimi potmi v celici je zelo zanimivo področje, vendar dokaj težko za raziskovanje. S seminarjem sem poizkusil predstaviti sovplivanje inzulinske(RTK) in β-adrenergične (GCPR) poti v srcu. . Inzulin na β-adrenergične (βAR) poti vpliva s fosforilacijo receptorja z različnimi kinazami, na primer protein kinazo A (PKA) G-protein kinazo (GRK2) in celo sam inzulinskim receptorjem (INSR), kar vodi do desenzitacije in včasih tudi internalizacije receptorja z vezavo β-arestina. Drug način vplivanja je z delovanjem na nižje člene v signalni poti, na primer na koncentracijo cAMP s fosfodiesterazami (PDE). Inzulin lahko tudi s pomočjo fosforilacije uporabi β-adrenergično pot za krepitev svojega signala. Zelo pomembna točka obeh signalnih poti je GRK2, ki po naravi deluje inhibirajoče na obe signalni poti, po zadnjih rezultatih pa jo poleg tega inzulin uporablja za še dodatno inhibicijo GPCR poti. Vplivanje βAR poti na inzulinsko pot je manj jasno, vendar kaže, da lahko βAR na sprejem glukoze v odvisnosti od situacije vpliva tako pozitivno kot negativno, dokaj pomembno vlogo pri tem pa ima PKB. Domnevam, da bo v prihodnosti vedno več raziskav na temo povezav med signalnimi potmi, saj bodo razvite nove opazovalne tehnike, poleg tega pa je razumevanje povezav koristno tako pri razvoju novih tehnik zdravljenja, kot pri samem študiju razvoja celične signalizacije

==Rebeka Jerina - Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev==

Veliko ljudi po svetu pije kavo, čaj ali kokakolo. Vsem naštetim pijačam je skupen kofein, najpogosteje zaužit psihostimulant na svetu. Kofein povzroča veliko učinkov, med katerimi je najbolj znan vpliv na budnost. Zanima me ali vemo kako in zakaj jo povzroči. Kofein je antagonist adenozinskih receptorjev (ARs). Ima podobno strukturo kot adenozin, zato lahko zaseda njegova vezavna mesta. Adenozinski receptorji so izraženi v mnogih tkivih, veliko pa jih najdemo v centralnem živčnem sistemu (CNS). Raziskala sem, da kofein večinoma vpliva na adenozinska receptorja podtipa A1 in A2A. Te dva podtipa adenozinskih receptorjev (ARs) vplivata na regulacijo mnogih fizioloških funkcij kot so spanje, kognicija, motivacija in čustva. Kofein tako z antagonizmom adenozinskih receptorjev (ARs) prepreči signalno kaskado, ki bi spodbudila zaspanost in posledično ohranja budnost. Adenozinski receptorji (ARs) spadajo pod receptorje povezane z G-proteini. Zgradba A1AR in A2AAR se nekoliko razlikuje, zato je tudi mehanizem delovanja teh dveh podtipov nekoliko drugačen. Signalizacija adenozinskih receptorjev (ARs) lahko poteka po več različnih signalnih poteh. Kofein bi zaradi pozitivnih okrepitvenih učinkov, pojava različnih duševnih motenj in pojava negativnih simptomov po prenehanju uživanja lahko prištevali med droge. Raziskave so pokazale, da se z antagonizmom adenozinskih receptorjev da uspešno zdraviti tudi številne bolezni. Glede na učinke in uporabo kofeina bi lahko rekli, da velja za hranilo, zdravilo ali drogo.

==Zala Perko - Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice==

Fotoreceptorji v membrani celic očesne mrežnice so značilni predstavniki z G-proteinom sklopljenih receptorjev. Njihova naloga je absorpcija svetlobe določene valovne dolžine in prenos signala preko G-proteina na citoplazemsko stran, kjer poteče veriga encimsko kataliziranih reakcij. Aktiviran fotoreceptor mora v procesu regeneracije ponovno zavzeti neaktivno konformacijo in vezati naravni ligand 11-cis-retinal. Barvni fotoreceptorji jodopsini zahtevajo učinkovit regeneracijski mehanizem, ker morajo stalno procesirati veliko količino svetlobnih signalov. Aktivna konformacija jodopsina razpade veliko hitreje v primerjavi z rodopsinom in tudi sam potek regeneracije je pri jodopsinih hitrejši. Vzrok za to bi lahko bila različna usoda desenzibiliziranih receptorjev. Nedavno so odkrili možnost, da pri regeneraciji jodopsinov pride do preusmeritve signalne poti. Namesto, da se receptor deaktivira preko internalizacije z arestinom, ostane v membrani in veže ligand glede na prehodno konformacijsko stanje v katerem se nahaja. Na različen potek regeneracije jodopsinov bi lahko vplivala tudi vezava druge molekule retinala v alosterično mesto, ki je posledica konformacijskih sprememb. Povezava med interakcijo retinala in njegovih analogov z določenim konformacijskim intermediatom ima pomembno vlogo tudi s terapevtskega vidika, saj GPCR-ji v splošnem predstavljajo terapevtske tarče za zdravljenje mnogih obolenj. Uporaba analogov 11-cis-retinala, kot sta 9CR in 6mr, ki se vežeta v aktivno ali eno od alosteričnih mest, bi lahko predstavljala učinkovit pristop pri zdravljenju prirojenih mutacij v fotoreceptorjih.

==Eva Vene - Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1==

Družina TRP kanalčkov pri živalih združuje devet manjših skupin kationskih prenašalcev, ki odločilno vplivajo na pravilno delovanje organizma. Eden od tovrstnih kanalčkov je tudi TRPV1 z angleškim imenom »transient receptor potential vanilloid 1«. Tega najdemo v mnogih organih in organskih sistemih, natančneje pa se v tem seminarju osredotočamo na njegovo vlogo v perifernem živčevju. TRPV1 vsebuje okoli polovica vseh somatskih in visceralnih senzoričnih nevronov, zato je pomemben mediator pri nocicepciji oziroma zaznavanju možno nevarnih stimulov ter njihovim prevodom v akcijskih potencial. Njegovo delovanje, poleg nekaterih drugih dražljajev, lahko vzbudi organska molekula, imenovana kapsaicin. Slednjega najdemo v sadežih rastlin rodu Capsicum in ga pojmujemo kot eno odločilnih molekul za pekoč okus teh plodov. Ob vezavi kapsaicina na TRPV1 v celico vdrejo kationi, ki spodbudijo različne celične procese, ključne za oblikovanje in prenos živčnega signala do možganov ter pojav vnetja. Posebej zanimive so dvolične posledice vezave kapsaicina, ki sicer vodijo do bolečine, draženja in vnetja, a omogočijo tudi refrakcijsko dobo kanalčka, ki predstavlja čas, ko slednjega ne moremo aktivirati ter desenzitacijo in degradacijo živčnih vlaken, kar povezujemo z analgetičnim učinkom te molekule. Ob redni daljši izpostavitvi kapsaicinu, ki ga lahko administriramo transdermalno ali injiciramo, se tako uspešno uporablja pri lajšanju kroničnih bolečin.

==Erik Putar - AMPK: senzor glukoze ter celičnega energijskega stanja ==

Celica uporablja z AMP aktivirano protein kinazo (AMPK) kot senzor celičnega energijskega stanja in glukoze. Njen glavni aktivator je AMP, ki promovira fosforilacijo Thr172 na AMPK, inhibira defosforilacijo fosforiliranega Thr172 ter alosterično aktivira AMPK. Aktivacija AMPK poteče že ob majhem energijskem deficitu in sproži regulatorni odgovor, ki preusmeri celični metabolizem iz anabolizma v katabolizem. Fosforilacija Thr172 poteče preko kinaze LKB1, medtem ko sta glikogen sintaza in acetil koencim A karboksilaza (ACC) dve tarči izmed mnogih kinazne aktivnosti AMPK. AMPK je heterotrimer sestavljen iz podenot α, β in γ. V α podenoti je prisotno kinazno aktivno mesto ter Thr172, medtem ko so na γ podenoti prisotna vezavna mesta za adenin nukleotide. β podenota je miristilirana na svojem N koncu, kar je ključnega pomena za delovanje glukoznega senzorja. Ta mehanizem poteka na lizosomih in sicer s tvorbo velikega kompleksa, ki vsebuje aldolazo, v-ATPazo, Ragulator, AXIN, LKB1 ter AMPK. Aldolaza je sicer tista, ki čuti prisotnost glukoze in to preko fruktoze 1,6-bisfosfata (FBP): odsotnost FBP v njenem aktivnem mestu aktivira AMPK neodvisno od razmerja koncentracijah adenin nukleotidov in tako preusmeri celico iz glikolitične v alternativne oksidativne poti.

==Timotej Sotošek - Regulacija mišičnega glikogena: granule in njeni proteini ==

Glikogen je primarna oblika shranjevanja glukoze, ki je hitra in dostopna oblika energije. Kljub njegovi pomembnosti pa procesi regulacije glikogena še vedno niso popolnoma jasni. Metabolizem glikogena je zelo reguliran, hkrati pa dinamičen. Kako se bo metabolizem glikogena usmeril, je odvisno od mnogih dejavnikov. Zaloge glikogena v skeletnih mišicah so razdeljena na tri območja: podsarkomerno, intermiofibrilarno in intramiofibrilarno. Vsako od teh območij ima drugačno funkcijo v celici in temu primerno vsaka zase regulira sintezo in razgradnjo glikogenskih granul. Vsaka granula glikogena pa je sposobna tudi samostojnega izvajanja regulacije, pri kateri sodelujejo različni proteini. Eden pomembnejših je protein fosfataza 1 (PP1), ki nadzoruje aktivnost ključnih encimov, kot so glikogen sintaza (GS) in glikogen fosforilaza (GP), pri tem pa mu pomaga glikogen tarčni protein (PTG), ki deluje kot ogrodni protein med PP1 in drugimi proteini. Ta proces je reguliran preko kompleksa laforin-malin, ki prekine povezavo med PP1 in PTG. V seminarju so predstavljene naloge in lastnosti glikogena v treh oddelkih znotraj skeletnih mišic. Predstavljen bo vpliv, ki ga imajo našteti proteini na sintezo glikogena, podrobnejši opis naloge, zgradbe proteinov laforina in malina, kako kompleks laforin-malin inhibira glikogen sintezo ter kakšne so posledice nedelovanja tega proteinskega kompleksa.

==Nika Tomsič - Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec ==

Acetil-CoA je eden glavnih metabolitov. Deluje kot mejna točka med glikolizo in Krebsovim ciklom. Poleg tega so pomembne tudi njegove naloge kot sekundarni obveščevalec. Nadzoruje ključne celične procese, vključno z energetsko presnovo, mitozo in avtofagijo, tako neposredno kot preko regulacije ekspresije genov. Acetil-CoA običajno nastane v mitohondrijskem matriksu iz piruvata ali kot posledica β-oksidacije dolge verige maščobnih kislin. Lahko pa nastane tudi v citosolu z oksidacijo aminokislin, etanola ali z delovanjem acetil-CoA sintetaze, ki združuje dve glavni komponenti: acetil in koencim A. Razmerje med koncentracijama v mitohondrijskem matriksu in v citosolu je vedno enako. Govorimo torej o nekem dinamičnem ravnotežju, ki ga omogočajo številni prenašalci. Mitohondrijska memebrana je sicer neprepustna za acetil-CoA, zato mora najprej zreagirati v drugo obliko, da lahko vstopa ali iztopa iz mitohondrija. V mitohondrij vstopa piruvat s pomočjo citrat – piruvatnih prenašalcev. Tu piruvat dehidrogenazni kompleks katalizira reakcijo v acetil-CoA. Ko pa je v mitohondriju preveč acetil-CoA, se lahko ta prenese v citosol ali jedro v obliki acetilkarnitina preko karnitinskega prenašalca. V citosolu se spet povrne v acetil-CoA in je lahko vir anabolizma maščobnih kislin ali aminokislin, v jedru pa je njegova funkcija acetiliranje histonov. To omogoči prepisovanje genskega materiala. Lahko pa tudi nadaljuje svojo pot v mitohondriju in vstopi v citratni cikel, kjer je prvi korak pretvorba v citrat preko citratnega sinteznega kompleksa.

==Aleksandra Rauter - Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih==

Makrofagi so nepogrešljive komponente imunskega sistema, ki izhajajo iz matičnih celic kostnega mozga in nastajajo v procesu hematopoeze. Glavne funkcije, ki jih opravljajo so fagocitoza, izločanje citokinov in sodelovanje pri humoralnem imunskem odzivu skupaj z limfociti. Njihovo aktivacijo povzroči prisotnost različnih citokinov, ki se vežejo na specifične TLR receptorje. Najpogostejši ligand klasične aktivacije je lipopolisaharid (LPS), strukturna komponenta celičnih sten bakterij. Zaznava vezanega liganda preko adapterskih proteinov, signalne kaskade, transkripcijskih faktorjev vodi do razvoja enega od dveh fenotipov makrofagov. M1 fenotip ima baktericidno in fagocitno delovanje, M2 pa sodeluje predvsem pri reparaciji tkiv. Točni mehanizmi, ki to povzročijo, še niso poznani. M1 makrofag ima reprogramiran Krebsov cikel, kar povzroči akumulacijo različnih intermediatov v mitohondriju. Ti se lahko prenesejo v citosol preko specifičnih transporterjev in sodelujejo pri različnih regulatornih mehanizmih. Sukcinat povzroči povečano izločanje vnetnih citokinov preko stabilizacije transkripcijskega faktorja HIF-1α, povečanja količine mROS, posttranslacijskih modifikacij proteinov in signalizacije preko z GPCR. Spremenjen Krebsov cikel povzroči akumulacijo citrata, ki je perkurzor itakonata. Ta preko transkripcijske regulacije in inhibicije določenih encimov regulira protivnetni in protimikrobni odziv. Fumarat in α-ketoglutarat sodelujeta pri epigenetski regulaciji celičnih procesov.

==Jakob Tomšič - Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju ==

Acetoacetat, β-hidroksibutirat in aceton, drugače imenovani tudi ketonska telesca, so produkti našega metabolizma, ki ob pomankanju hranil možgansko tkivo, srce in skeletne mišice oskrbujejo z energijo. Ketogeneze pa danes ne povezujemo le s stanjem pomankanja hranil, ampak jo lahko spodbudimo tudi s tako imenovano ketogeno dieto, ki ji pripisujejo mnoge pozitivne učinke. Vloga ketogene diete pri epilepsiji in drugih nevroloških boleznih je poznana že skoraj stoletje, vendar so bili mehanizmi za antiepileptično delovanje vedno uganka. Trenutno poznamo več funkcij ketonskih telesc, ki presegajo njihovo osnovno metabolno vlogo. Ketonska telesca imajo epigenetski vpliv in lahko spodbujajo izražanje antioksidativnih genov. Prav tako je viden vpliv na vezikulatni transport glutamatata z VGLUT v nevronih in zaviranje prenosa signala z GABA nevrotransmiterji. Ketonska telesca izražajo nevrozaščitno in protivnetno vlogo z vplivom na imunski sistem, z vezavo na HCA2 receptor, ki spodbuja nastanek prostagladina D2, in inhibicijo NLRP3 inflamasoma. Nevrološke motnje, kot je epilepsija, imajo več vzrokov, med katerimi sta neizpodbitno prevelika vzburjenost nevronov ter vnetno stanje tkiva. Vedno več dokazov kaže na vlogo ketonskih telesc pri nadziranju in manjšanju števila epileptičnih napadov pri bolnikih. Kljub vsem dokazom in povezavam pa še vedno obstajajo dvomi, da so ravno ketonska telesca tista, ki imajo antiepileptične funkcijo.

==Laura Unuk - Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta ==

Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin (lcFAOD) so dedne avtosomske recesivne bolezni, ki onemogočajo metabolizem maščobnih kislin. Gre za mutacije genov, ki kodirajo encime oksidacije in karnitinskega transporta. Pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin (12-18 C-atomov) sodeluje več kot 15 encimov, vendar le motnja enega lahko pripelje do kliničnih simptomov, kot so šibkost mišic, odpoved jeter, odpoved srca, itd. Glavni encimi, ki katalizirajo karnitinski transport so OCTN2, CPT1, CPT2 in CACT; encimi, ki pa katalizirajo oksidacijo so VLCAD, MTP, LCHAD in LCKAT. Karnitin je pomembna molekula za prenos dolgoverižnih maščobnih kislin skozi membrano mitohondrija, saj dolgoverižna maščobna kislina lahko vstopi v mitohondrij le v obliki acil-karnitin estra. Najpogostejša motnja pri lcFAOD pa je motnja VLCAD encima, ki katalizira reakcije odcepa dveh ogljikovih atomov iz maščobne kisline na CoA. Nastali acil-CoA nato naprej lahko vstopi v cikel citronske kisline, kjer nastane ATP. Ob nedelovanju VLCAD pride do pomanjkanja ATP v celici in posledično kliničnih simptomov. Zaznavanje napake enega od encimov je izvedena preko profila acilkarnitina v krvi, plazmi ali DBS. Z metodo NBS ('newborn screening') lahko kmalu po rojstvu že zaznajo motnjo in tako z hitrim zdravljenjem preprečijo neprijetno napredovanje bolezni. Glavni način zdravljenja trenutno predstavlja specifična dieta, ki pa je odvisna od vrste in intenzitete lcFAOD. Prav tako so v razvoju različne terapije za zdravljenje motenj, ki pa imajo velik potencial.

==Stefanija Ivanova - Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc ==

Ketonska telesca predstavljajo alternativno energijo za možgane, srce in skeletne mišice pod določenimi pogoji, kot so stradanje, močna vadba, nenadzorovan diabetes ali po zaužitju ketonskih dodatov. Zanimanje za delovanje ketonskih telesc se je povečalo predvsem pri športniki. Ker uživanje eksogenih ketonov ima dramatične učinke na metabolizem skeletnih mišic med vadbo, lahko športniki dobijo korist iz tega. Pomembna premisleka sta, kako športniki tolerirajo vnos ketonskih estrov med vadbo in ali dodatek vgroža ali vpliva na vnos ogljikovi hidrati. Zaužitje ketonskih dodatkov lahko hitro poveča koncentracijo ketonskih telesc, v primerjavi z ketogeno prehrano ali stradanjem, ki potrebujeta vsaj nekaj dni. Glavni razlog za utemeljevanje eksogenih dodatkov ketonov morajo biti ugotovitve, da se ketoliza med vadbo poveča in pomembno prispeva k oskrbi z energijo. Čeprav obstajajo predlogi, da so dodatki ketonskih telesc koristni za športnike, je trenutno premalo informacij o učinkih dodatkov na metabolizem ketonskih telesc med vadbo. Na številna vprašanja je še treba odgovoriti.

BIO2 Seminar 2020

2020-11-22T10:49:38Z

Stefanija Ivanova: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Ajda Beltram||12||Zgradba in dinamika signalnih kompleksov GPCR||Luka Hafner||Tinkara Božič||16/10/20||19/10/20||21/10/20
|-
| Jan Bregar||12||Protein retinoblastoma||Nika Bedrač||Martin Stanonik||16/10/20||19/10/20||21/10/20
|-
| Anja Moškrič||12|| Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmiterjev||Srna Anastasovska||Luka Stanković||16/10/20||19/10/20||21/10/20
|-
| Gregor Strniša||12||Načini aktivacije GPCR||Manca Pirc||Ana Pervanja||23/10/20||26/10/20||28/10/20
|-
| Vid Dobrovoljc||12||Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti||Maruša Sernc||Nika Banovšek||23/10/20||26/10/20||28/10/20
|-
| Nikola Janakievski||12||Selective androgen receptor modulators||Ajda Beltram||Aljaž Simonič||23/10/20||26/10/20||28/10/20
|-
| Rebeka Jerina||12||Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev||Jan Bregar||Luka Hafner||30/10/20||02/11/20||04/11/20
|-
| Eva Vene||12||Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1||Anja Moškrič||Nika Bedrač||30/10/20||02/11/20||04/11/20
|-
| Zala Perko||12||Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice||Gregor Strniša||Srna Anastasovska||30/10/20||02/11/20||04/11/20
|-
| Erik Putar||14-15||AMPK: senzor glukoze in celičnega energijskega stanja||Nikola Janakievski||Manca Pirc||06/11/20||09/11/20||11/11/20
|-
| Iva Matić||14-15||||Rebeka Jerina||Maruša Sernc||06/11/20||09/11/20||13/01/21
|-
| Timotej Sotošek||14-15||Regulacija mišičnega glikogena: granula in njeni proteini||Eva Vene||Ajda Beltram||06/11/20||09/11/20||11/11/20
|-
| Nika Tomsič||16||Acetil-CoA: glavni metabolit in sekundarni obveščevalec||Zala Perko||Jan Bregar||13/11/20||16/11/20||18/11/20
|-
| Andrej Špenko||16||||Erik Putar||Anja Moškrič||13/11/20||16/11/20||18/11/20
|-
| Aleksandra Rauter||16||Vloga intermediatov Krebsovega cikla v makrofagih||Iva Matić||Gregor Strniša||13/11/20||16/11/20||18/11/20
|-
| Laura Unuk||17||Motnje oksidacije dolgoverižnih maščobnih kislin in karnitinskega transporta||Timotej Sotošek||Nikola Janakievski||20/11/20||23/11/20||25/11/20
|-
| Stefanija Ivanova||17||Vpliv telovadbe na metabolizem ketonskih telesc||Nika Tomsič||Rebeka Jerina||20/11/20||23/11/20||25/11/20
|-
| Jakob Tomšič||17||Funkcije ketonskih telesc v centralnem živčevju||Andrej Špenko||Eva Vene||20/11/20||23/11/20||25/11/20
|-
| Neža Leskovar||18||||Aleksandra Rauter||Zala Perko||27/11/20||30/11/20||02/12/20
|-
| Luka Šegota||18||||Laura Unuk||Erik Putar||27/11/20||30/11/20||02/12/20
|-
| Nika Perko||18||||Stefanija Ivanova||Iva Matić||27/11/20||30/11/20||02/12/20
|-
| Ela Bizjak||19||Mutacije mitohondrijske DNA, heterogenost in mitohondrijske bolezni||Jakob Tomšič||Timotej Sotošek||04/12/20||07/12/20||09/12/20
|-
| Bor Krajnik||19||||Neža Leskovar||Nika Tomsič||04/12/20||07/12/20||09/12/20
|-
| Maja Kobal||19||||Luka Šegota||Vid Dobrovoljc||04/12/20||07/12/20||09/12/20
|-
| Mateja Milošević||20||||Nika Perko||Andrej Špenko||11/12/20||14/12/20||16/12/20
|-
| Tinkara Božič||20||Pomen saharoze in njenega metabolizma za rastline||Ela Bizjak||Aleksandra Rauter||11/12/20||14/12/20||16/12/20
|-
| Martin Stanonik||20||||Bor Krajnik||Laura Unuk||11/12/20||14/12/20||16/12/20
|-
| Luka Stanković||21||||Maja Kobal||Stefanija Ivanova||18/12/20||21/12/20||23/12/20
|-
| Ana Pervanja||21||Vpliv cirkadianega ritma na metabolizem lipidov||Mateja Milošević||Jakob Tomšič||18/12/20||21/12/20||23/12/20
|-
| Nika Banovšek||21||||Tinkara Božič||Neža Leskovar||18/12/20||21/12/20||23/12/20
|-
| Aljaž Simonič||22||||Martin Stanonik||Luka Šegota||23/12/20||28/12/20||30/12/20
|-
| Luka Hafner||22||||Luka Stanković||Ana Žagar||23/12/20||28/12/20||30/12/20
|-
| Ana Žagar||22||||Vid Dobrovoljc||Nika Perko||23/12/20||28/12/20||30/12/20
|-
| Nika Bedrač||23||||Ana Pervanja||Ela Bizjak||30/12/20||04/01/21||06/01/21
|-
| Srna Anastasovska||23||||Nika Banovšek||Bor Krajnik||30/12/20||04/01/21||06/01/21
|-
| Manca Pirc||23||||Aljaž Simonič||Maja Kobal||30/12/20||04/01/21||06/01/21
|-
| Maruša Sernc||23||||Ana Žagar||Mateja Milošević||08/01/21||11/01/21||13/01/21
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim,da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2020|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2020

2020-11-08T16:58:32Z

Stefanija Ivanova: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Ajda Beltram||12||Zgradba in dinamika signalnih kompleksov GPCR||Luka Hafner||Tinkara Božič||16/10/20||19/10/20||21/10/20
|-
| Jan Bregar||12||Protein retinoblastoma||Nika Bedrač||Martin Stanonik||16/10/20||19/10/20||21/10/20
|-
| Anja Moškrič||12|| Presinaptični kalcijevi kanalčki kot specializiran nadzor za sproščanje nevrotransmiterjev||Srna Anastasovska||Luka Stanković||16/10/20||19/10/20||21/10/20
|-
| Gregor Strniša||12||Načini aktivacije GPCR||Manca Pirc||Ana Pervanja||23/10/20||26/10/20||28/10/20
|-
| Vid Dobrovoljc||12||Medsebojni vpliv signalnih poti na primeru RTK in GPCR signalnih poti||Maruša Sernc||Nika Banovšek||23/10/20||26/10/20||28/10/20
|-
| Nikola Janakievski||12||Selective androgen receptor modulators||Ajda Beltram||Aljaž Simonič||23/10/20||26/10/20||28/10/20
|-
| Rebeka Jerina||12||Kofein kot antagonist adenozinskih receptorjev||Jan Bregar||Luka Hafner||30/10/20||02/11/20||04/11/20
|-
| Eva Vene||12||Povezava bolečine z vezavo kapsaicina na TRPV1||Anja Moškrič||Nika Bedrač||30/10/20||02/11/20||04/11/20
|-
| Zala Perko||12||Mehanizmi vezave ligandov in regeneracija fotoreceptorjev očesne mrežnice||Gregor Strniša||Srna Anastasovska||30/10/20||02/11/20||04/11/20
|-
| Erik Putar||14-15||AMPK: senzor glukoze in celičnega energijskega stanja||Nikola Janakievski||Manca Pirc||06/11/20||09/11/20||11/11/20
|-
| Iva Matić||14-15||||Rebeka Jerina||Maruša Sernc||06/11/20||09/11/20||11/11/20
|-
| Timotej Sotošek||14-15||Regulacija mišičnega glikogena: granula in njeni proteini||Eva Vene||Ajda Beltram||06/11/20||09/11/20||11/11/20
|-
| Nika Tomsič||16||Acetil-CoA in regulacija metabolizma||Zala Perko||Jan Bregar||13/11/20||16/11/20||18/11/20
|-
| Andrej Špenko||16||||Erik Putar||Anja Moškrič||13/11/20||16/11/20||18/11/20
|-
| Aleksandra Rauter||16||||Iva Matić||Gregor Strniša||13/11/20||16/11/20||18/11/20
|-
| Laura Unuk||17||Motnje pri oksidaciji dolgoverižnih maščobnih kislin||Timotej Sotošek||Nikola Janakievski||20/11/20||23/11/20||25/11/20
|-
| Stefanija Ivanova||17||Metabolism of ketone bodies during exercise and defects||Nika Tomsič||Rebeka Jerina||20/11/20||23/11/20||25/11/20
|-
| Jakob Tomšič||17||Funkcije ketonskih telesc v celicah centralnega živčevja||Andrej Špenko||Eva Vene||20/11/20||23/11/20||25/11/20
|-
| Neža Leskovar||18||||Aleksandra Rauter||Zala Perko||27/11/20||30/11/20||02/12/20
|-
| Luka Šegota||18||||Laura Unuk||Erik Putar||27/11/20||30/11/20||02/12/20
|-
| Nika Perko||18||||Stefanija Ivanova||Iva Matić||27/11/20||30/11/20||02/12/20
|-
| Ela Bizjak||19||||Jakob Tomšič||Timotej Sotošek||04/12/20||07/12/20||09/12/20
|-
| Bor Krajnik||19||||Neža Leskovar||Nika Tomsič||04/12/20||07/12/20||09/12/20
|-
| Maja Kobal||19||||Luka Šegota||Vid Dobrovoljc||04/12/20||07/12/20||09/12/20
|-
| Mateja Milošević||20||||Nika Perko||Andrej Špenko||11/12/20||14/12/20||16/12/20
|-
| Tinkara Božič||20||||Ela Bizjak||Aleksandra Rauter||11/12/20||14/12/20||16/12/20
|-
| Martin Stanonik||20||||Bor Krajnik||Laura Unuk||11/12/20||14/12/20||16/12/20
|-
| Luka Stanković||21||||Maja Kobal||Stefanija Ivanova||18/12/20||21/12/20||23/12/20
|-
| Ana Pervanja||21||||Mateja Milošević||Jakob Tomšič||18/12/20||21/12/20||23/12/20
|-
| Nika Banovšek||21||||Tinkara Božič||Neža Leskovar||18/12/20||21/12/20||23/12/20
|-
| Aljaž Simonič||22||||Martin Stanonik||Luka Šegota||23/12/20||28/12/20||30/12/20
|-
| Luka Hafner||22||||Luka Stanković||Ana Žagar||23/12/20||28/12/20||30/12/20
|-
| Ana Žagar||22||||Vid Dobrovoljc||Nika Perko||23/12/20||28/12/20||30/12/20
|-
| Nika Bedrač||23||||Ana Pervanja||Ela Bizjak||30/12/20||04/01/21||06/01/21
|-
| Srna Anastasovska||23||||Nika Banovšek||Bor Krajnik||30/12/20||04/01/21||06/01/21
|-
| Manca Pirc||23||||Aljaž Simonič||Maja Kobal||30/12/20||04/01/21||06/01/21
|-
| Maruša Sernc||23||||Ana Žagar||Mateja Milošević||08/01/21||11/01/21||13/01/21
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim,da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2020|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020 Povzetki seminarjev

2020-04-17T16:19:08Z

Stefanija Ivanova:

=== Gregor Strniša: Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost===

Invazivne vrste predstavljajo velik problem naši družbi, saj s svojim širjenjem spreminjajo ravnotežje v ekosistemih. Razumevanje njihovega genoma je ključnega pomena za prepoznavanje sposobnosti, ki jim omogočajo prilagajanje na življenje v drugačnih krajih. Okrogli gobi je ena najbolj uspešnih invazivnih vrst, ki se je razširila iz svojega nativnega območja ob Črnem morju vse do Velikih jezer v Ameriki. Znanstveniki so ob primerjavi genoma okroglega gobija z drugimi podobnimi vrstami odkrili nenavadne prilagoditve, zaradi katerih lažje preživi v novih okoljih. Razširjena področja genov za imunski sistem mu omogočajo boljšo obrambo pred drugačnimi mikroorganizmi, ki jih lahko sreča v novem okolju. Povečana so vsa območja genov za nastanek inflamosoma - celične strukture, ki inducira nadzorovano celično smrt preko piroptoze ob detekciji tujih mikroorganizmov. Ima razširjeno območje genov družine CYP (citokromi P450), ki sodelujejo pri razgradnji telesu tujih snovi. Odkrili so še nekaj mutacij genov na receptorjih za vid in voh, za katere pa se še ne ve, ali imajo vpliv na preživetje okroglega gobija v novih okoljih. Nadaljnje raziskave drugih invazivnih vrst bodo pokazale, kako lahko omejimo njihovo širjenje in ohranimo naše ekosisteme.

=== Jan Trebušak:Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti.===
Alergije, ki jih pri ljudeh sproži vbod klopa so bile zaradi zakasnelih simptomov diagnosticirane šele pred kratkim, predstavljajo pa naraščujočo grožnjo javnemu zdravju. Sindrom alfa-gal je alergija, ki se lahko pojavi, ko gostitelj ob vbodu pride v stik z molekulami galaktoze-alfa-1,3-galaktoze iz klopove sline, to je krvni antigen, ki v klopa pride s pitjem krvi svojega gostitelja. V takih primerih postane oseba alergična na vse vrste mesa, ki vsebujejo omenjeni ogljikov hidrat t.j vse rdeče meso, razen meso višjih primatov in ljudi. Alergija na rdeče meso je ena izmed redkih alergij na hrano, ki lahko sproži hude kožne, gastrointestinalne in respiratorne reakcije, oziroma anafilakso, buren odziv telesa najverjetneje sprožijo specifična protitelesa IgE. Ker so mehanizmi po katerih pride do alergij na hrano slabo poznani, je bil cilj študije razviti mišji model alergijske senzitizacija ob dermalni izpostavitvi klopom, ki bi ga potencialno lahko uporabili za identifikacijo mehanizmov, ki nazdorujejo sprožitev IgE protiteles povezanih z boleznimi, ki jih prenašajo klop.

=== Sara Golob: Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni ===

Pri Alzheimerjevi bolezni pride do padca kognitivnih funkcij, kot so spomin, govor, pozornost, učenje, itd. Razvije se zaradi različnih dejavnikov, ki so lahko dedni ali okoljski. Eden od okoljskih dejavnikov je okužba z virusom Herpes simpleks tip 1. Ta povzroči večje izražanje ε4 alela apolipoproteina E, ki povzroča nalaganje Tau proteina in amiloida beta, ki sestavljata senilne plake pri Alzheimerjevi bolezni. To povezavo so odkrili s protitelesi proti virusu Herpes simpleks tipa 1 ter preko lizosomske okvare, zaradi katere pride do nalaganja amiloida beta v možganih. Dokazana je bila tudi povezava med Alzheimerjevo boleznijo in drugimi boleznimi (epilepsija, demenca, shizofrenija, fibromialgija, demenca), pri katerih je opazna kognitivna disfunkcija. Pri bolnikih z epilepsijo so odkrili amiloidne plake, ki so značilni za Alzheimerjevo bolezen, zaradi česar je večja verjetnost, da oboleli za epilepsijo zbolijo še za Alzheimerjevo boleznijo in obratno. Herpes simpleks virus redko povzroča tudi akutni encefalitis, katerega posledica so epileptični napadi, izguba spomina in spremembe v vedenju. Zato znanstveniki menijo, da je povezava med epilepsijo in Alzheimerjevo boleznijo tudi v apolipoproteinu E.

=== Ena Kartal: Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije ===
Čeprav je bila vzpostavljena povezava med kroničnim vnetjem in nevrodegenerativnimi boleznimi, je bilo veliko odprtih vprašanj v zvezi s tem, kako celično staranje, proces, pri katerem celice, ki se nehajo deliti pod stresom, izločijo mešanico vnetnih beljakovin, vplivajo na te patologije. Raziskovalci poročajo, da staranje v astrocitih, ki je najbolj razširjena vrsta celic v možganih, vodi do škodljive '' ekscitotoksičnosti '' na kortikalnih nevronih, ki so vključeni v spomin.In pri tem pride do Alzheimerjeve bolezni,ki je najpogostejši vzrok demence pri starejših, je nepopravljiva, napredujoča možganska motnja, ki ubija možganske celice in postopoma uničuje spomin.

=== Lenka Stanković: Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 ===

Karakteristika raka je njegova sposobnost spodbujanja angiogeneze, oziroma tvorba novih krvnih žil. Angiogeneza prispeva k rasti in napredovanju tumorja z induciranjem in vzdrževanjem kislega / hipoksičnega in imunosupresivnega okolja. Krvne žile v rakih so pogosto nefunkcionalne in omejujejo promet s T-celicami. Odkritje angiogenih zaviralcev naj bi pripomoglo k zmanjšanju umrljivosti zaradi karcinomov. Tukaj prikazujemo, da imunoterapija proti CD40 poveča tumorsko infiltracijo CD8+T, vendar regresijo tumorja dosežemo močneje, če anti-CD40 kombinirano z dvojno blokado Ang2 in VEGFA. Kombinacija anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonističkih protiteles proti anti-CD40 omogoča zavrnitev tumorjev pri sintetičnih modelih tumorjev. Proučevali so odzive tumorjev na anti-VEGFA, anti-Ang2 in agonistična protitelesa proti CD40 v različnih modelih mišjega raka. V raziskavi so pokazali, da kombinacija agonističnih protiteles CD40 z dvojno blokado VEGFA/Ang2 povečuje protitumorski odziv v modelnih raka miši s pomočjo sinergistične regulacije genov in indukcije imunskega permisivnega mikrookruženja tumorja, za katero je značilno provnetno (M1 podobno) aktivacijo makrofagov, vaskularno normalizacija ter izboljšanja infiltracije in prostorska lokalizacija efektorskih T-celic. T-celice pošljejo signale drugim vrstam imunskih celic, vključno s citotoksičnimi T celicami CD8+. Citotoksične T-celice, znane tudi kot CD8 + T-celice, izražajo svoje TCR, ki jih spremlja glikoprotein CD8. CD8 + T-celice so povezane z učinkovitim ubijanjem rakavih celic: med antigensko specifično aktivacijo afiniteta med CD8 glikoproteinom, izraženim s celico CD8 + T, in molekulo MHC razreda I, izraženo z rakavo celico, ohranja obe vrsti celic skupaj. Tesna vezava T celic in rakavih celic skozi kompleks CD8 / TCR in kompleks antigen / MHC-I povzroči, da celice CD8 + T izločajo perforin in grancime, kar vodi v lizo rakavih celic.

=== Nika Tomsič: Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije ===
Po oceni World Health Organisation- World malaria report 2019 je v letu 2018 bilo 228 milijonov primerov malarije. Sladkor je glavni vir energije parazita, zato je razumevanje presnove sladkorjev pomembna tema, ki bi lahko predstavljala pomoč pri sestavljanju zdravil in izrivanju tega parazita. Glavna razlika v presnovi sladkorjev med parazitom in drugimi organizmi je prenašalec, ki sladkorje prenaša v celico. Za to je odgovoren šeskotni prenašalec PfHT1, ki je sposoben transportirati bodisi glukozo kot fruktozo. Strukturno pa je zelo podoben prenašalcem človeške celice GLUT. Prenašalec obsega 12 transmembranskih vijačnic, ki tvorijo osrednjo pot za vstop glukoze. Ključni del proteina pa predstavljajo izrastki ki delujejo kot receptorji za sladkorje. Sladkorne prenašalce še nadaljnjo stabilizirajo solne medcelične povezave. Druga velika razlika med PfHT1 in drugimi prenašalci je brez dvoma način odpiranja in zapiranja prenašalca, saj ni sestavljenen samo iz treh običajnih stanj (odprto navznoter, zaprto, odprto navznoter), temveč ga zaznamujejo še dve vmesni stanji (zaprto navznoter in zaprto navzven, angl. inward–occluded in outward-occluded). Nadaljnjo raziskovanje bi torej lahko omogočilo razvoja novih antimalaričnih zdravil, ki blokirajo uvoz sladkorja in zastrašujejo parazita do smrti oz. razvoja novih zaviralcev, ki so bolj specifični za blokiranje funkcije PfHT1, ne da bi pri tem vplivali na transport sladkorja v človeških celicah.

=== Maša Mencigar: Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem ===
Apoptotske celice v telesu lahko nadzorujejo imunski sistem in preprečijo nezaželene imunske odzive na telesu lastna tkiva oziroma celice. Avtoimune bolezni so kronične, neozdravljive in predstavlajo velik zdravstven problem, saj bolniki trpijo, hkrati pa povzročajo velike stroške. Znanstveniki iz nemškega centra za raziskave rakavih bolezni (DKFZ - Deutsches Krebsforschungszentrum; angl: German Cancer Research Center) so našli receptor na imunskih celicah miši, ki aktivira ta zaščitni mehanizem in prepreči nevarne avtoimunske reakcije. Ta receptor se imenuje dektin-1, ki ima dvojno vlogo, saj veže beta-glukane in aksin proteine. Pomankanje dektina-1 vodi do simptomov avtoimunih bolezni šele proti koncu življenske dobe. Ključna pa je povezava med encimom NAHPH oksidazo-2 in dektinom-1, zato imajo ljudje, ki nimajo tega encima avtoimune bolezni.

=== Ema Kovačič: Izpostavljenost ploda materini mikrobioti ===
Študija o prehodu materine mikrobiote skozi placento pri otrocih, ki so se rodili s carskim rezom prezgodaj in normalno. Mamam so vzeli brise iz različnih delov telesa, otrokom pa takoj po rojstvu vzorce iz ustne votline in mekonija. Imunski sistem pri otrocih se razvije že v prenatalnem obdobju. Našli so DNK nekaterih bakterij v posteljici, plodovnici in mekoniju, kar kaže, da se zarodek spopade z bakterijami že v prenatalnem obdobju. Odkritje bakterijskih zapisov v materničnem okolju nakazuje na koesistenco mehanizmov za kontorolo izpostavljenosti pri plodu in materini mikrobioti.

=== Zala Puklavec: Globoko učenje void do odkritja novih antibiotikov===
Zaradi naglega pojava bakterij, ki so odporne na antibiotike, raste potreba po odkritju novih antibiotikov. Zato so naučili globoko nevronsko mrežo napovedati molekule, ki imajo antibakterijske lastnosti. S tem računalniškim modelom so odkrili, da ima halicin (c-Jun N-terminal kinase inhibitor SU3327) zelo močne antibakterijske lastnosti. Nadaljni eksperimenti so pokazali, da deluje na drugačen način kot večina antibiotikov. Za razliko od ostalih je halicin proti E.coli bakteriociden, ne le bakteriostatski. Testirali so ga tudi na bakterijah, za katere po mnenju Svetovne zdravstvene organizacije najnujneje potrebujemo neko obliko zdravljenja, in proti veliki večini je deloval zelo uspešno. Z daljšo izpostavljenostjo E.coli halicinu so poskušali izolirati mutantske celice, ki so razvile odpornost nanj, vendar jim ni uspelo, kar kaže na to, da te odpornosti ni možno ali pa se vsaj veliko težje razvije. Z še nekaj eksperimenti pa so prišli do zaključka, da halicin disipatira transmembranski pH potencial in najverjetneje veže Fe3+ pred pH disipacijo in povezavo z membrano.

=== Martin Stanonik: De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc===
Odkrivamo vedno več proteinov, ki so nastali iz de novo genov. To pomeni, da so se kodirali iz nekodirajočih delov DNA, kar velja za redek proces. V laboratorijskih poskusih je preveliko izražanje teh nastajajočih genov omogočalo boljše delovanje celice v primerjavi z prevelikim izražanjem že vzpostavljenih genov in motenje tega procesa ni vplivalo na delovanje celice. za osebek so uporabili kvas, saj glive kvasovke vsebujejo najboljše lastnosti za izražanje genov.To prikazuje velik potencial, še posebej za timinsko bogate sekvence za izdelavo transmembranskih proteinov. Iz kombinacij različnih analiz je bil predlagan nov model genskega nastanka. Ta odkritja, bi lahko omogočala nov način izdelave polipeptidov, ki nastanejo iz teh, de novo, delov DNA.

=== Klara Kočman: Koronavirus: SARS-CoV in SARS-CoV-2 ===
Koronavirusi so veliki, pozitivni RNA virusi. Okuženost z virusom lahko opazimo z značilni simptomi kot so vročina, kašelj in pomanjkanje zraka. Najnovejši tip koronavirusa, SARS-CoV-2, tudi 2019-nCoV, se je prvič pojavil 31. decembra 2019 v mestu Wuhan na Kitajskem. Transport virusa s človeka na človeka je pogost pri telesnih stikih z bolnikom. SARS-CoV-2 primerjajo z virusama MERS-CoV in SARS-CoV. Na podlagi celotne analize genoma in proteinov je virus bližje SARS-CoV kot MERS-CoV, saj obstaja več kot 90% genetska podobnost s SARS-CoV, medtem kot je s MERS-CoV-jem neznatna. Genom virusa SARS-CoV-2 je sestavljen iz približno 30 kilobaz, ki jih kodira več strukturnih in nestrukturnih proteinov. S SARS-CoV si je podoben po dolžini genoma ter podobnem mehanizmu vstopa v celico ter uporabi celičnih receptorjev (ACE2). Glikoprotein ACE2 se nahaja na površini membrane in je pomemben za vezavo receptorjev gostiteljskih celic in gostitelja. Transmembranski proteini virusa se vežejo na človeško celico preko receptorjev ACE2 (encim za pretvorbo angiotenzina 2). Med 120 sekvencami virusa SARS-CoV-2 ni bila zanana niti ena mutacija, zato lahko s ciljenjem slednjih nudimo zaščito. Znanstveniki z opazovanjem odziva na protitelesa pri miših raziskujejo cepivo.

===Timotej Sotošek: Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje Vzhodni respiratorni sindrom koronavirusa===
Zdravilo remdesivir (bolj natančno Remdesivir trifosfat) je preiskovalna spojina, ki je bilo sprva ustvarjeno za zdravit Ebolo. Ima širok spektrum protivirusnih aktivnosti proti RNA virusih kot na primer koronavirusi , Filovirusi,… Njegova tarča je multi-podenotni RNA sintezni kompleks znan pod imenom RNA-odvisna RNA polimeraza na katerem s pomočjo drugih proteinov poteka sinteza virusne RNA verige. Remdesivir je nukleotidni analog ATP-ja s katerim tekmuje za vezavo v nastajajočo se virusno RNA verigo po tem, ko je virus že okuži celico. V primeru, da se Remdesivir uspe vezat v virusno RNA verigo bo ta prenehala rast in tako postala ne uporabna. To pomeni, da je Remdesivir le inhibitor, ki upočasnjuje oz. preprečuje nadaljno širjenje virusa. Raziskave so preiskovale mehanizem inhibicije na virusu Srednje Vzhodni respiratorni sindrom(MERS-CoV) in ga primerjali kako je učinkovit v primerjavi inhibicije virusa Ebola, ter na splošno kako zelo je njegov mehanizem učinkovit. Ker sta si MERS-CoV in SARS-CoV-2 sorodna virusa bi lahko zdravilo Remdesivir pomagal ozdravit obolele z SARS-CoV-2 koronavirusom.

===Nika Perko: Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk===
Komarji vrste Aedes aegypti so eni glavnih povzročiteljev bolezni kot so denga, rumena mrzlica, zika in čikungunja. Najdemo jih v tropskem in subtropskem pasu ter celo v Evropi. Znanstveniki Univerze Nove Mehike so poiskali način, kako preprečiti širitev omenjenih bolezni. Ustvarili so naraven insekticid, ki prepreči razvoj komarjev, ko so ti še v stopnji ličinke. Larvicid je sestavljen iz enostavnih komponent: eteričnega olja pomarančevca Citrus sinensis in gliv kvasovk vrste Saccharomyces cervevisiae. Sintetiziran je bil s postopkom enkapsulacije eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk. Med korake tega procesa so vpeljali še enega novega. Z njim so odstranili odvečno eterično olje, ki je ostalo na zunanji strani celic. To je bilo izredno pomembno, saj je odvečno olje delovalo kot repelent. Z različnimi analizami in primerjavami so ugotovili, da struktura celične stene, membrane in oljnih kapljic ostane po enkapsulaciji nespremenjena. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se kvasovke po enkapsulaciji niso mogle več razmnoževat. Testi efektivnosti so bili vzpodbudni, saj je bil larvicid učinkovit pri vseh ličinkah. Najbolj pa je bil učinkovit pri začetni razvojni stopnji ličink. Novi larvicid ima kar nekaj dobrih lastnosti: je naraven, ne more se nenadzorovano širit in tako škodit vodnemu okolju, izdelava je relativno poceni, je neškodljiv za ljudi, dolgo učinkuje…

=== Anja Moškrič: Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR-Cas tipa I ===
Sistem CRISPR-Cas je imunski mehanizem, ki je značilen za veliko prokariontov in arhej. Gre za gruče enakomerno prekinjenih palindromskih ponovitev, ki nosijo zapis za obrambo proti vdoru tujega dednega materiala (virusov in plazmidov). Kratica Cas pa predstavlja s CRISPR povezane gene, ki kodirajo zapis za nekatere encime, ki cepijo DNA. CRISPR lokus je sestavljen iz ponavljajočih CRISPR genov, med katerimi so vmesniki. Na teh pa je shranjena kopija dela zapisa virusa oz. plazmida. S študijo so želeli izvedeti vpliv infekcije bakterije Pseudomonas aeruginosa, s temperiranim oziroma lizogenim bakteriofagom (DMS3), ki se v obliki profaga vključi v dedni material gostiteljske celice. Izbrana bakterijska vrsta vrši sistem CRISPR-Cas tipa I-F. Za primerjavo so za eksperimente uporabljali tudi nekatere mutirane vrste bakterij,ki so imele napako v CRISPR lokusu. Eksperimenti so pokazali, da ob infekciji z nemutiranimi bakteriofagi bakterije niso sposobne uspešno odstranit le-teh. Iz zbranih rezultatov so ugotovili, da je v tem primeru imunski mehanizem slabo prilagojen celicam, saj povzroča imunopatološki efekt (avtoimunost). Do tega pride zaradi nepopolnega ujemanja zapisa na CRISPR vmesnikih s profagi. Če bakteriofagi ne kodirajo zapisa za acr gene (anti-CRISPR geni, ki zatirajo omenjen mehanizem), lahko to privede do izgube sistema CRISPR-Cas skozi evolucijo.

===Maja Deutsch: Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline===
Med vsemi mnogoceličarji in njihovimi mikrobiomi se pojavijo številne medsebojne kemične interakcije. Številne molekule, za katere je znano, da jih proizvaja mikrobiom, izrazito vplivajo na ravnovesje med zdravjem in boleznijo. Z uporabo masne spektrometrije in vizualizacije podatkov so bili ocenjeni učinki mikrobioma na celotno kemijo sesalca s primerjavo podatkov metabolomike pri aseptičnih miši in specifičnih-mikroorganizmov-prostih miši. Ugotovljeno je bilo, da mikrobiota vpliva na kemijo vseh organov. To je vključevalo aminokislinske konjugacije žolčnih kislin, ki so bile uporabljene za proizvodnjo fenilalanoholne kisline, tirozoholne kisline in levcoholne kisline, ki prej še niso bile identificirane, kljub obsežnim raziskavam kemije žolčnih kislin. Ti konjugati žolčne kisline so bili najdeni tudi pri ljudeh, vendar so bile bolj pogoste pri bolnikih z vnetnimi črevesnimi boleznmi, cistično fibrozo in pri dojenčkih. Te spojine so agonizirale farnezodini receptor X (FXR) in miši, ki so imele na novo odkrite kisline, so pokazale zmanjšano izražanje genov za sintezo žolčne kisline. Potrebne pa so nadaljnje raziskave, da se ugotovi, ali imajo te spojine fiziološko vlogo v sesalcih in ali prispevajo k črevesnim boleznim, ki so povezane z mikrobiomsko disbiozo.

=== Hana Glavnik: Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo ===
Pri raziskovanju malarije so znanstveniki odkrili pojav, ki so ga poimenovali rozeta. Rozeta je skupek neokuženih rdečih krvnih celic, ki s pomočjo proteinov, ki jih sintetizira parazit obkolijo okuženo rdečo krvno celico. Parazit se tako zaščiti pred gostiteljevim imunskim sistemom, saj ga monocite tako obkoljenega težje zaznajo. Raziskovali so tvorjenje rozet pri različnih pogojih. Izoliranim parazitom so dodali različne vrste monocitov in opazovali njihovo reakcijo. S tem so odkrili tudi protein IGFBP7, ki inducira tvorjenje rozet, vendar le ob prisotnosti dodatnih serumskih faktorjev. Odkritje proteina IGFBP7 je vodilo v odkritje novega načina tvorjenja rozet, tako imenovanega tipa II, saj za razliko od prvotnega tipa I, ta ne poteče spontano. Nato so pod drobnogled vzeli tvorjenje rozet s proteinom IGFBP7. Z namenom, da bi lahko razložili ta pojav, so eritrocite zdravili z encimom Heparinaza in jih nato izpostavili pogojem, ugodnim za nastanek rozet ter opazovali dobljene rezultate. IGFBP7 opozori parazite na prihod monocitov, nato parazit ta protein uporabi kot most, ki se poveže še z dvema človeškima proteinoma na zdravem eritrocitu in tako pomaga pri tvorjenju.

=== Eva Ratajc: Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika ===
Virus Zahodnega Nila (WNV) je glavni povzročitelj virusnega encefalitisa v Združenih državah Amerike. Tudi okužbe z virusom zika (ZIKV) povzročajo resne nevrološke bolezni in prirojene napake. Znano je, da ima pri sproženju imunskega odziva pomembno vlogo Z-DNA vezavni protein 1 (ZBP1). Z-DNA vezavni protein (ZBP1) je citoplazmatski DNA-senzor, ki služi kot receptor za prepoznavanje molekularnih vzorcev. Ob okužbi telesa z virusom zika in virusom Zahodnega Nila se poveča izražanje ZBP1 v mišjih možganih. Zaradi tega so raziskovalci želeli raziskati vlogo ZBP1 pri omejitvi patogeneze pri osebkih, okuženih z navedenima virusoma. Pri miših z izbitim genom za ZBP1 −/− so zaznali višjo stopnjo okužb in višjo smrtnost po okužbi tako s smrtonosno kot z nesmrtonosno obliko virusa Zahodnega Nila kot pri miših divjega tipa (WT). Raziskovalci so ugotovili, da ima ZBP1 ključno vlogo pri omejitvi patogeneze pri miših. ZBP1 prepreči širjenje okužbe WNV in ZIKV v primarnih mišjih celicah in je pomemben za preživetje osebkov z boleznimi, ki ju povzročata omenjena virusa. Pomanjkanje ZBP1 je povzročilo večje količine virusa v serumu in možganih pri ZBP1−/− miših v primerjavi z divjim tipom. Pri ZBP1−/− miših so zaznali tudi višje virusne titre, ki so jih povezali z znižanimi leveli protivirusnih citokinov in kemokinov.

=== Lana Kores: Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona ===
Ionski kanalček TRPA1 (znan tudi kot wasabi receptor) je receptor za dražilce, ki povzročajo akutno bolečino in nevrogeno vnetje. Toksin za wasabi receptor WaTx je toksin avstralskega škorpijona, ki s pasivno difuzijo preide čez membrano celice in se nato veže na TRPA1. WaTx deluje na podoben način kot elektofilni dražilci receptorja, le da v nasprotju z njimi kanalčka ne odpre direktno, ampak le stabilizira njegovo odprto stanje in tako zmanjša prepustnost za Ca2+ ione. Koncentracija Ca2+ ionov je zato zadostna, da povzroči akutno bolečino, ne pa dovolj velika, da bi prišlo do nevrogenega vnetja, kot npr. pri elektrofilnem dražilcu AITC.

=== Eva Vene: Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo ===
Neuspešnost cepiva ter dejstvo, da je, zaradi širjenja življenjskega prostora A. aegypti, ogroženih 50% svetovnega prebivalstva, je vodilo v nadaljnje raziskave, ki bi omogočile zaustavitev širjenja virusa z restrikcijo slednjega že v samih prenašalcih. Možnost za uspeh obetajo protitelesa s širokim spektrom nevtralizacije (ang. broadly neutralizing antibodies), saj so slednja uspešna proti antigensko različnim virusom. Zaenkrat tovrstna protitelesa kot možnost zatiranja širjenja bolezni še niso bila uporabljena proti katerikoli vrsti virusa, njihova upešnost pa se je pokazala pri drugi veji mikroorganizmov.
Za raziskave so uporabili človeško protitelo 1C19, katerega uspešnost proti serotipom DENV je bila znana že iz prejšnjih let. V genom transgenih komarjev je bil dodan modificiran gen za scFv 1C19 (človeško protitelo, ki deluje proti DENV) in fluorescenčni označevalec, ki se sintetizira za protitelesom, tipa tdTomato. V komarje je bil določen serotip virusa vnešen z okuženo krvjo. Določili so dva možna izida okužbe: ponekod je DENV prosto prehajal čez srednje črevo – komarji so postali prenašalci virusa; v drugem primeru pa so izražena protitelesa nevtralizirala serotip virusa in s tem preprečila prenos okužbe naprej.

=== Nina Žgajnar: In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov ===
Konvencionalne metode genskega inženirstva za reševanje zapletenih problemov se običajno osredotočajo na prilagajanje enega ali več genov. Sintezna biologija pa k tem težavam pristopa z novega vidika: ukvarja se z večjimi spremembami obstoječih celičnih struktur in z izgradnjo bolj zapletenih sistemov. Sinteza kemičnega sistema, ki je sposoben razmnoževanja in razvoja, je glavni cilj sintezne biologije. To bi lahko dosegli z in vitro rekonstrukcijo minimalno samozadostne centralne dogme. Znanstveniki so ustvarili sistem in vitro translacije, ki omogoča samostojno podvajanje in izražanje večjih genomov. Demonstrirali so samostojno podvojevanje genoma iz več kot 116 kilobaz, ki zajema celoten niz translacijskih faktorjev E. coli, vse tri ribosomske RNA, sistem za obnavljanje energije ter RNA in DNA polimeraze. Vzporedno z replikacijo DNA sistem omogoča sintezo vsaj 30 kodiranih translacijskih faktorjev, od katerih je polovica izražena v enakih ali večjih količinah od njihovih vhodnih nivojev. Vprašanje, kaj vse lahko dosežemo s samosestavljanjem kemijskih spojin, velja za eno izmed pomembnejših vprašanj v znanosti. Sintezna biologija tukaj postavlja nov cilj: sestaviti organizem izključno iz majhnih molekul. Potencialno bi tako lahko ustvarili organizme, ki bi čistili nevarne odpadke na nedostopnih mestih, rastline, ki bi zaznavale določene kemikalije in se nanje ustrezno odzvale, proizvedli čisto gorivo na učinkovit in trajnosten način ali prepoznavali in uničevali tumorje.

=== Luka Šegota: Sulfolipid-1, kot sprožilec kašlja pri tuberkuloznih bakterijah ===
Tuberkuloza je pljučna bolezen, ki jo povzroča bakterija Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Med sesalci se ta bakterija prenaša s kašljem. Kašelj je vzbujen zaradi nociceptorske inervacije pljuč (porazdelitve končičev nevronov po pljučih). Mycobacterium tuberculosis sintetizira molekule, ki interagirajo z nevroni v pljučih in pri tem se poveča intercelularna koncentracija kalcija. Na osnovi merjenja koncentracije kalcija v dorzalnem koreninskem gangliju mišjega zarodka po stiku s bakterijo so ugotovili, da Mtb ativira nevrone. Da bi odkrili vzbujevalno molekulo, so ganglije mišjih zarodkov izpostavili izvlečkom (Mtb) celične membrane, frakcijam citosola, proteinom iz celične stene in proteinom Triton X-114. Ugotovili so, da le deli celice, ki vsebujejo lipide, vzbujajo nevrone. Molekula, ki je za to »odgovorna« se imenuje sulfolipid-1. Gre za najbolj sulfatiran glikolipid, ki se nahaja v zunanji membrani celične stene Mtb, najden je le v patogenih bakterijah te vrste. Eksperimenti so pokazali, da živali kašljajo le zaradi sevov Mtb bakterij, ki so sposobne sintetizirati sulfolipid-1. Morebitna terapija, ki zavira kašelj, bi lahko znatno zmanjšala prenos tuberkuloze in drugih bolezni.

=== Jan Kogovšek: Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije ===
Parazit Plasmodium falciparum je najpogostejši povzročitelj malarije pri ljudeh. S to boleznijo zboli več milijonov ljudi, umre pa jih približno 400 000 vsako leto. Antimalariki, ki so v uporabi, počasi izgubljajo svojo moč, kajti parazit je postal rezistenten na do sedaj najbolj učinkovito terapijo, imenovano artemisinin combination therapy (ATC). Znanstveniki so v ta namen odkrili tri nove zdravilne učinkovine, ki delujejo kot inhibitorji plazmepsina IX in plazmepsina X, ki ju izloča Plasmodium. Odkrili so, da inhibitorji zavrejo izločanje dodatnih proteinov iz celic, ki parazitu omogočajo vstop v eritrocite. S testi so ugotovili, da WM4 in WM5, ki sta prva na novo odkrita inhibitorja, delujeta na isti princip, vendar ne vplivata na dozorevanje in širjenje oocist parazita. WM382, naknadno odkrit inhibitor, pa poleg istih mehanizmov, kot jih imata WM4 in WM5, deluje tudi na dozorevanje oocist v fazi rasti parazita v jetrih. Za vse tri učinkovine so tudi dokazali specifično delovanje na oba plazmepsina. S tem ko WM382 zavira rast in zorenje oocist parazita, se tudi zmanjša prenašanje parazita na komarje in možnost prenosa rezistence na že obstoječe antimalarike.

=== Kostadin Mitkov: Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ===
Maintenance of protein homeostasis is essential for the cell viability and growth. The cells in the human body are constantly exposed to environmental stress factors, which tend to disturb that protein homeostasis maintenance. For the first time, research shows that the contacts between cells, known as cell adhesion, are essential for cells to survive stress and maintain protein homeostasis. Cell adhesion is relied on heat shock factors (HSFs). HSFs mediate their protective functions through diverse genetic programs, which are composed of genes encoding molecular chaperones and other genes crucial for cell survival. Scientists have found that HSF2 is critical for cell survival during prolonged proteotoxicity, and their RNA sequencing (RNA-seq) analyses revealed that cells that lack HSF2 have weakened viability which is not caused by inadequate induction of molecular chaperones but is due to marked downregulation of cadherin superfamily genes. They demonstrated that maintenance of cadherin-mediated cell-cell adhesion is dependent on HSF2 and it is also required for protection against stress induced by proteasome inhibition. This study identifies HSF2 as a key regulator of cadherin superfamily genes and defines cell-cell adhesion as a determinant of proteotoxic stress resistance.

=== Jan Bregar: Prehodno neintegrativno izražanje reprogramirnih faktorjev v jedru spodbuja večplastno izboljšanje starajočih se človeških celic ===
Za staranje je značilno postopno poslabševanje delovanja na nivoju molekul in posledicno tudi celic, tkiv in nenazadnje celotnega organizma. Na kromatinskem nivoju s starostjo povezujemo pogostejše pojavljanje epigenetskih napak, izčrpavanje matičnih celic, senescenco in deregulirano celično/tkivno homeostazo. Jedrno reprogramiranje, ki vodi k pluripotenci (zmožnost celice, da se diferencira v kateri koli zarodni sloj), lahko vrne celico, tako starostno kot tudi identitetsko, v stanje ekvivalentno embrionalni celici. Ta raziskava je dokazala, da lahko dosežemo celični preporod pri človeških celicah, ki smo jih izolirali iz naravno staranih posameznikov. Pokazali so, da lahko neintegrativno prehodno celično reprogramiranje na podlagi mRNA naglo spremeni širok spekter znakov staranja v začetni fazi, ko se epigenetski izbris celične identitete še ni zgodil. Pokazali so, da se proces preporoda pojavi pri naravno staranih človeških in mišjih celicah, s tem ko se povrne izgubljena funkcionalnost v obolelih celicah, brez da bi posegli v celično identiteto.

=== Ajda Beltram: Identifikacija potencialnih komponent cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV ===
Cilj te raziskave je pomoč pri izdelavi cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV, saj sta si virusa genetske zelo podobna. Dokazali so veliko podobnost med posameznimi strukturnimi proteini SARS-CoV-2 in SARS-CoV, ter nekoliko manjšo med SARS-CoV-2 in MERS-CoV. Primerjali so tudi eksperimentalno določene epitope celic T in B strukturnih proteinov (S in N) SARS-CoV s strukturnimi proteini SARS-CoV-2. Epitope celic T so dobili na podlagi pozitivnega odziva celic T na epitope ali pozitivne vezave MHC na epitope, epitope celic B pa s pozitivno vezavo celic B na epitope. Ugotovili so, da se 23 % epitopov celic T in 16 % epitopov celic B SARS-CoV popolnoma ujema s SARS-CoV-2 in so tudi brez mutacij. Velik potencial predstavljajo predvsem epitopi celic T, saj je bilo dokazano pri SARS-CoV, da omogočajo dolgotrajno zaščito. Pri celicah B pa imajo za sprožitev imunskega odziva s protitelesi za SARS-CoV-2 več potenciala linearni epitopi celic B podenote S2 proteina S, saj se jih veliko popolnoma ujema s SARS-CoV-2. Zaradi vsega tega so najverjetneje cepiva, ki spodbudijo odziv celic T, in cepiva, ki poskušajo izzvati protitelesa, ki se vežejo na linearne epitope podenote S2, efektivna in bi morala biti v prihodnje še bolj raziskana.

=== Nadja Dolničar: Interferonsko spodbujeno izločanje živega patogena Cryptococcus neoformans iz makrofagov kot posledica virusne okužbe ===
V življenju so ljudje pogosto izpostavljeni več okužbam hkrati. Ker so le-te pogosto proučevane posamično, ostaja njihovo vzajemno delovanje dokaj nepoznano. Zato so se znanstveniki odločili raziskati, kako na odziv prirojenega imunskega sistema na glivo Cryptococcus neoformans vpliva sočasna virusna okužba. Kljub temu da makrofagi ohranijo normalno sposobnost fagocitoze in onesposobljanja mikroba, vseeno izražajo izjemno povečano nagnjenost k vomocitozi. To je mehanizem pri katerem makrofag izloči glivo, ji pri tem ne škodi, sam pa tudi ne razpade (non-lytic extrusion). Aktivacija vomocitoze je sprožena s strani interferonov tipa 1, protivirusnih molekul, ki predstavljajo eno od družin citokinov, majhno molekulskih proteinov, ki skrbijo za komunikacijo med celicami in njihovo aktivacijo ob odzivu prirojenega imunskega sistema na patogeni mikrob oz. virus. Interferoni z vezavo na interferonske receptorje na makrofagu signalno sprožijo izločitev glive iz makrofaga. Tako lahko sklepamo, da ta do sedaj neopazovan pojav predstavlja nekakšno hierarhijo, ki ji celice imunskega sistema sledijo oz. »reprioritizacijo«, pri kateri lahko celice imunskega sistem spreminjajo frekvenco izločanja prvotnega patogena glede na stopnjo ogroženosti s strani sekundarne okužbe. Tako makrofage na nek način sprostijo in jim omogočijo boj proti sekundarni virusni okužbi. Ta pojav pa je lahko za organizem tako ugoden kot tudi usoden, odvisno od okoliščin.

=== Tinkara Božič: Atomske zgradbe zaprtih in odprtih protonskih kanalčkov BM2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ===
Poznamo tri različne viruse, ki povzročajo gripo (influenco) – to so virusi A, B in C; vsak od njih pa vsebuje drugačno verzijo proteina M2 (AM2, BM2, CM2). M2 je ionsko reguliran kanalček, ki prenaša protone skozi zunanjo virusno membrano (ali lipidno ovojnico). Kisel pH aktivira protonski kanalček BM2 gipe tipa B, da se sproži odvijanje virusa. Za razliko od proteina AM2, ki povzroča gipo tipa A in usmerja protone samo v notranjost kanalčka, sprošča BM2 protone navznoter in navzven. Z uporabo jedrske magnetne resonančne (NMR) spektroskopije v trdnem stanju so znanstveniki pokazali strukture transmembranske domene odprtega in zaprtega kanalčka BM2 v fosfolipidnem okolju. Pri aktivaciji transmembranske vijačnice povečajo kot nagnjenosti za 6 ° in svoj povprečen premer za 2,1 Å. Ob tem pridobi BM2 gibanje za aktivacijo, podobno škarjam, ki je zelo drugačno od gibanja AM2 – ta se izmenično odpira in zapira in tako protonom omogoči vstop. Prav zaradi simetričnega gibanja, podobnega škarjam, se lahko protoni skozi kanalček BM2 premikajo v obe smeri, skozi AM2 pa samo v eno smer. Protonskoselektiven histidin in obramben triptofan v odprtem kanalčku BM2 se reorientirata podobno kot v AM2, ob čemer so znanstveniki ugotovili, da je dinamika stranskih verig ključna za prenos protonov po kanalčku.

=== Tina Javeršek: Vpliv trans maščobnih kislin na potek apoptoze preko mitohondrijske pozitivne povratne zanke JNK-Sab-ROS ===
Trans maščobne kisline sodijo v skupino nenasičenih maščobnih kislin, ki imajo v svoji strukturi eno ali več dvojnih vezi. Linolelaidinska in elaidinska kislina, ki sta najbolj pogosti trans maščobni kislini v prehrani, nastajata med industrijsko delno hidrogenacijo rastlinskih in ribjih olj. Pri raziskovanju vpliva elaidinske kisline na potek apoptoze so uporabili sredstvo doksorubicin, ki povzroča okvare DNK. Zdravljenje celic z doksorubicinim, ki so bila pred tem izpostavljena elaidinski kislini, je zmanjšalo njihovo sposobnost preživetja, medtem ko cis-izomera elaidinske kisline (oleinska kislina) ni imela takšnega učinka. Elaidinska kislina torej služi kot spodbujevalni faktor pri apoptozi tako, da olajša vzajemno povečanje mitohondrijske generacije ROS in aktivacijo JNK, ki jo posreduje Sab (mitohondrijska pozitivna povratna zanka JNK-Sab-ROS). ROS (reactive oxygen species) so mitohondrijske reaktivne kisikove zvrsti, nastanejo pa kot stranski produkti mitohondrijske presnove. Kopičenje ter zvrsti je potencialno škodljivo, saj visoke ravni le teh povzročajo okvare DNK. Doksorubicin sproži generacijo ROS in poznejšo aktivacijo ASK1-p38/ JNK, kar vodi v celično smrt. Zmanjšanje mitohondrijske ROS je zaviral potek apoptoze ter nastanek generacije ROS samo v prisotnosti elaidinske kisline, vendar ne, ko te ni bilo. To je bil dokaz, da imajo trans maščobne kisline potencial, da sprožijo aktivacijo pozitivne povratne zanke JNK-Sab-ROS, ki pa se ne aktivira v pogojih brez trans maščob. Te maščobne kisline, predvsem industrijske, povečajo tveganje za razvoj in napredovanje različnih obolenj, kot so vnetja, metabolični sindrom, nevrodegenerativne motnje in tudi kardiovaskularne bolezni.

=== Vid Dobrovoljc: Povratni vsadek za dolgotrajno inkapsulacijo in preživetje terapevtskih celic v njem ===
Celična terapija je način zdravljenja, pri katerem bolniku presadijo terapevtske celice, ki bodisi nadomeščajo ali pa zdravijo bolne celice. Glavni problem celičnih terapij je imunski odziv. V tej raziskavi se posvečajo obrambi terapevtskih celic z uporabo polimernih makroinkapsulacijskih naprav. Napravo za makroinkapsulacijo, ki so jo uporabili, v grobem sestavlja celični rezervoar, pritrjen na porozno polimerno membrano PCTE. Naloga naprave je zaščita terapevtskih celic pred imunskim odzivom. Ta se kaže na dva načina. Prvi je direkten s citokini, drugi pa je posreden z nastankom fibrotične kapsule. Za zavrtje prvega potrebujemo membrano s porami ustrezne velikosti, ki morajo preprečevati prehod določenim komponentam imunskega sistema, po drugi strani pa morajo omogočati prehod hranilom. V raziskavi so določili, da so najustreznejše pore velikosti med 0,8 µm in 0,4 µm. Za zmanjšanje drugega načina pa je pomembno, da je naprava čim bolj biokompatibilna. To so dosegli z razvojem nove prevleke THPT. Uporabnost novih naprav so preizkusili še na več načinov. Naprave so se na preizkusih dobro obnesle, saj so terapevtske celice v napravah funkcionirale čez celoten 130-dnevni test. Diabetične miši, ki so jim z uporabo naprav presadili langerhansove otočke, pa so skozi daljša obdobja kazale glikemično sliko zdravih miši.

=== Polona Leban: Zakaj so motnje avtističnega spektra (ASD) pogostejše pri dečkih kot pri deklicah? ===
Vzrok za to še ni čisto jasen. Vsaka celica našega telesa vsebuje dva spolna kromosoma, pri ženski populaciji XX, pri moški pa XY kromosoma. Primerjali so dva gena NLGN4, enega na X in enega na Y kromosomu, ki sta ključna za vzpostavitev in delovanje sinaps. Do nedavnega so domnevali, da sta gena NLGN4X in NLGN4Y, ki kodirata proteine, delovala v enaki meri v nevronih. Izkazalo se je, da je dinamika proteina NLGN4Y v možganskih celicah manjša, zato ni sposoben vzdrževati sinapse, kar oslabi prehajanje signalov med nevroni. Mutacije na NLGN4X lahko vodijo do hudih učinkov na delovanje možganov, medtem ko vloga NLGN4Y še ni čisto jasna, a naj bi bile težave s slednjim posledica ene same aminokisline. Med drugim so odkrili, da je regija, ki obdaja to aminokislino v NLGN4X občutljiva na mutacije. Ko se na enem od genov NLGN4X pojavi mutacija, lahko drugi gen pri ženskah temu kompenzira. NLGN4Y pri moških pa ne more prevzeti funkcije mutiranega gena, ker se že sam funkcionalno razlikuje. Nezmožnost kompenzacije nam pomaga razložiti, zakaj je ASD pri moških, ki imajo samo en X kromosom, pogostejša. Podrobnejše znanje teh proteinov bi zdravnikom, ki zdravijo bolnike z mutacijami na NLGN4X, pomagalo bolje razumeti njihove simptome.

=== Stefanija Ivanova: Perceived healthiness of food items and the trafﬁc light front of pack nutrition labelling: choice-based conjoint analysis and cross-sectional survey ===
Perceptions of healthy eating are thought to be an important determinant, where food items are often categorised as healthy or unhealthy.Traffic light labelling was introduced to aid the selection of healthier choices with a simple red, amber green colour coding system. In this study, the goal was to find out whether it was fat, saturated fat, sugar or salt people most wanted to avoid and see whether the traffic light labelling was influencing this decision. Foods with a high sugar content and products flagged with a red label were by far perceived to be the worst for health . These behaviours highlight possible unintended consequences of the effect of the single-nutrient approach on perceptions of health. Focusing on reducing the intake of one nutrient might drive people to neglect the overall quality of the food, which gives the food industry the chance to modify other ingredients, regardless of their healthiness, at the same time as keeping the level of the focused nutrient in the recommended quantities. Despite a lack of knowledge about the daily intake recommendations, decisions made by participants concerning the healthfulness of food products were signiﬁcantly inﬂuenced by sugar content. TLL appears to guide consumer beliefs in the absence of deep knowledge. Taking all of the factors that would affect the process of reading nutrition labelling into consideration would increase the effectiveness of the use of TLL. This includes individual motivation and interest in health, educational level, socioeconomic status and other critical factors.

Konec klepeta
Napiši sporočilo ...

TBK2020-seminar

2020-04-15T09:49:29Z

Stefanija Ivanova: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa|| || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || Mikrobiomska analiza krvi in tkiv kot pristop k diagnosticiranju rakavih obolenj || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311123302.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || Identifikacija potencialnih komponent cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak ||Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190820130938.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || Prehodno neintegrativno izražanje reprogramirnih faktorjev v jedru spodbuja večplastno izboljšanje starih človeških celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar ||Interferonsko spodbujeno izločanje živega patogena Cryptococcus neoformans iz makrofagov kot posledica virusne okužbe ||https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1008240 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek ||Vpliv trans maščobnih kislin na potek apoptoze preko mitohondrijske pozitivne povratne zanke JNK-Sab-ROS || https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc ||Povratni vsadek za dolgotrajno inkapsulacijo in preživetje terapevtskih celic v njem||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200330152124.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič ||Atomske strukture zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov ||Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || Perceived healthiness of food items and the traffic light front of pack nutrition labelling: choice-based conjoint analysis and cross-sectional survey|| https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200228102257.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || Beljakovine v krvi ščitijo pred poškodbami nevronov po možganski krvavitvi || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/10/191022174405.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || Vpliv BPA in njegovega analoga BPS na placento in razvijajoče se možgane ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218182202.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
|Erika Rihter || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020-seminar

2020-04-14T16:01:00Z

Stefanija Ivanova: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa|| || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || Mikrobiomska analiza krvi in tkiv kot pristop k diagnosticiranju rakavih obolenj || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311123302.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || Identifikacija potencialnih komponent cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak ||Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190820130938.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || Prehodno neintegrativno izražanje reprogramirnih faktorjev v jedru spodbuja večplastno izboljšanje starih človeških celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar ||Interferonsko spodbujeno izločanje živega patogena Cryptococcus neoformans iz makrofagov kot posledica virusne okužbe ||https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1008240 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek ||Vpliv trans maščobnih kislin na potek apoptoze preko mitohondrijske pozitivne povratne zanke JNK-Sab-ROS || https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc ||Povratni vsadek za dolgotrajno inkapsulacijo in preživetje terapevtskih celic v njem||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200330152124.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič ||Atomske strukture zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov ||Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || Perceived healthiness of food items and the traffic lightfront of pack nutrition labelling: choice-based conjointanalysis and cross-sectional survey|| https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200228102257.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || Beljakovine v krvi ščitijo pred poškodbami nevronov po možganski krvavitvi || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/10/191022174405.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || Vpliv BPA in njegovega analoga BPS na placento in razvijajoče se možgane ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218182202.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
|Erika Rihter || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020-seminar

2020-04-11T12:20:11Z

Stefanija Ivanova: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa|| || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || Mikrobiomska analiza krvi in tkiv kot pristop k diagnosticiranju rakavih obolenj || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311123302.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || Identifikacija potencialnih komponent cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak ||Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190820130938.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || Prehodno neintegrativno izražanje reprogramirnih faktorjev v jedru spodbuja večplastno izboljšanje starih človeških celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar ||Interferonsko spodbujeno izločanje živega patogena Cryptococcus neoformans iz makrofagov kot posledica virusne okužbe ||https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1008240 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200330152124.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič ||Atomske strukture zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov ||Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || Public knowledge and perceptions of the nutrition traffic light labelling|| https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200228102257.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || Poškodovane celice se obnavljajo s pomočjo molekula TMEM16F || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200128122730.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218182202.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
|Erika Rihter || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020-seminar

2020-04-11T12:08:17Z

Stefanija Ivanova: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa|| || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || Mikrobiomska analiza krvi in tkiv kot pristop k diagnosticiranju rakavih obolenj || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311123302.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || Identifikacija potencialnih komponent cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak ||Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190820130938.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || Prehodno neintegrativno izražanje reprogramirnih faktorjev v jedru spodbuja večplastno izboljšanje starih človeških celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar ||Interferonsko spodbujeno izločanje živega patogena Cryptococcus neoformans iz makrofagov kot posledica virusne okužbe ||https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1008240 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200330152124.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič ||Atomske strukture zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov ||Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || Perceptions of healthy eating|| https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200228102257.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || Poškodovane celice se obnavljajo s pomočjo molekula TMEM16F || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200128122730.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218182202.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
|Erika Rihter || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020-seminar

2020-04-10T18:26:05Z

Stefanija Ivanova: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa|| || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || Mikrobiomska analiza krvi in tkiv kot pristop k diagnosticiranju rakavih obolenj || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311123302.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || Identifikacija potencialnih komponent cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak ||Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190820130938.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || Prehodno neintegrativno izražanje reprogramirnih faktorjev v jedru spodbuja večplastno izboljšanje starih človeških celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar ||Interferonsko spodbujeno izločanje živega patogena Cryptococcus neoformans iz makrofagov kot posledica virusne okužbe ||https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1008240 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200330152124.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič ||Atomske strukture zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov ||Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200228102257.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || Poškodovane celice se obnavljajo s pomočjo molekula TMEM16F || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200128122730.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218182202.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
|Erika Rihter || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2020-seminar

2020-04-04T14:21:47Z

Stefanija Ivanova: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
{| border="1" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott ||[[TBK2020_Povzetki_seminarjev#Anna_Scott:_Notting_Hill|Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek]]||[https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm povezava] || 28.10. || 05.11. || 07.11. || r1 || r2 || r3
|-
| Lenka Stanković || Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40 || https://www.pnas.org/content/117/1/541 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Špela Došler || Zala Perko || Marija Dujaković
|-
| Ena Kartal || Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Jasmina Bešić || Ana Žagar || Neža Leskovar
|-
| Ema Kovačič ||Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti || https://insight.jci.org/articles/view/127806 || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Nikola Janakievski || Karin Rak || Luka Hafner
|-
| Nika Tomsič || Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Maja Deutsch || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj
|-
| Sara Golob ||Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm || 24.02. || 27.02. || 03.03. || Manca Pirc || Maja Kobal || Rebeka Jerina
|-
| Zala Puklavec ||Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Nika Bedrač || Špela Došler || Zala Perko
|-
| Martin Stanonik || De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić || Ana Žagar
|-
| Klara Kočman || Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bor Krajnik || Nikola Janakievski || Karin Rak
|-
| Maša Mencigar || Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Erik Putar || Maja Deutsch || Jakob Tomšič
|-
| Nevena Ješić || Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Ela Bizjak || Manca Pirc || Maja Kobal
|-
| Nika Perko ||Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk ||https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4 || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Lenka Stanković || Nika Bedrač || Špela Došler
|-
| Timotej Sotošek || Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa|| || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ena Kartal || Ivana Trifunovska || Jasmina Bešić
|-
| Hana Glavnik || Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm || 10.03. || 13.03. || 24.03. || Ema Kovačič || Bor Krajnik || Nikola Janakievski
|-
| Maja Deutsch || Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline || https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Martin Stanonik || Ena Kartal || Ivana Trifunovska
|-
| Eva Ratajc || Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika || https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089 || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Anja Moškrič || Ema Kovačič || Bor Krajnik
|-
| Lana Kores || Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona || https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm || 17.03. || 20.03. || 24.03. || Maša Mencigar || Nika Tomsič || Erik Putar
|-
| Jan Kogovšek || Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Nika Perko || Zala Puklavec || Lenka Stanković
|-
| Nina Žgajnar || In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Timotej Sotošek || Martin Stanonik || Ena Kartal
|-
| Erika Rihter || Mikrobiomska analiza krvi in tkiv kot pristop k diagnosticiranju rakavih obolenj || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311123302.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Hana Glavnik || Anja Moškrič || Ema Kovačič
|-
| Luka Šegota || Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Klara Kočman || Maša Mencigar || Nika Tomsič
|-
| Eva Vene ||Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm || 24.03. || 27.03. || 31.03. || Gaja Osojnik || Nevena Ješić || Sara Golob
|-
| Ajda Beltram || Predhodna identifikacija potencialnih tarč cepiva za COVID-19 koronavirus na podlagi imunoloških raziskav za Sars-CoV || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm|| 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aleksandra Pajović || Nika Perko || Zala Puklavec
|-
| Jan Trebušak || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek || Martin Stanonik
|-
| Jan Bregar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Eva Ratajc || Hana Glavnik || Anja Moškrič
|-
| Gregor Strniša || Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Lana Kores || Klara Kočman || Maša Mencigar
|-
| Petra Pahor || || || 31.03. || 03.04. || 07.04. || Sara Borišek || Gaja Osojnik || Nevena Ješić
|-
| Nadja Dolničar || || https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30229-4?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420302294%3Fshowall%3Dtrue || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović || Nika Perko
|-
| Tina Javeršek || || https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6 || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič || Timotej Sotošek
|-
| Vid Dobrovoljc || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Erika Rihter || Eva Ratajc || Hana Glavnik
|-
| Tinkara Božič ||Atomske strukture zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkrivajo transportni mehanizem gripe tipa B ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Luka Šegota || Lana Kores || Klara Kočman
|-
| Kostadin Mitkov ||Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Eva Vene || Sara Borišek || Gaja Osojnik
|-
| Sara Jerič || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Ajda Beltram || Jan Kogovšek || Aleksandra Pajović
|-
| Polona Leban || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Trebušak || Nina Žgajnar || Aljaž Simonič
|-
| Stefanija Ivanova || New defensive behaviour of the false coral snake || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200323085220.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Jan Bregar || Erika Rihter || Eva Ratajc
|-
| Luka Stanković || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Gregor Strniša || Luka Šegota || Lana Kores
|-
| Ana Pervanja || Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Petra Pahor || Eva Vene || Sara Borišek
|-
| Marija Dujaković || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Nadja Dolničar || Ajda Beltram || Jan Kogovšek
|-
| Neža Leskovar || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tina Javeršek || Jan Trebušak || Nina Žgajnar
|-
| Luka Hafner || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar || Erika Rihter
|-
| Anja Moškrič || Povezava med infekcijo s temperiranimi bakteriofagi in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I|| https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2 || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Tinkara Božič || Gregor Strniša || Luka Šegota
|-
| Rebeka Jerina || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Kostadin Mitkov || Petra Pahor || Eva Vene
|-
| Zala Perko || Regulacija s staranjem povezanih patoloških stanj z acetilacijo proteina NLRP3 || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Sara Jerič || Nadja Dolničar || Ajda Beltram
|-
| Ana Žagar || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Polona Leban || Tina Javeršek || Jan Trebušak
|-
| Karin Rak || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc || Jan Bregar
|-
| Jakob Tomšič || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Luka Stanković || Tinkara Božič || Gregor Strniša
|-
| Maja Kobal || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov || Petra Pahor
|-
|Erika Rihter || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marija Dujaković || Sara Jerič || Nadja Dolničar
|-
| Jasmina Bešić || Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Neža Leskovar || Polona Leban || Tina Javeršek
|-
| Nikola Janakievski || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Luka Hafner || Stefanija Ivanova || Vid Dobrovoljc
|-
| Aljaž Simonič || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Marigona Beqiraj || Luka Stanković || Tinkara Božič
|-
| Manca Pirc || || || 13.05. || 16.05. || 19.05. || Rebeka Jerina || Ana Pervanja || Kostadin Mitkov
|-
| Nika Bedrač || Nižji vnos žveplo vsebujočih amino kislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Zala Perko || Marija Dujaković || Sara Jerič
|-
| Ivana Trifunovska || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Ana Žagar || Neža Leskovar || Polona Leban
|-
| Bor Krajnik || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Karin Rak || Luka Hafner || Stefanija Ivanova
|-
| Erik Putar || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Jakob Tomšič || Marigona Beqiraj || Luka Stanković
|-
| Ela Bizjak || || || 20.05. || 23.05. || 26.05. || Maja Kobal || Rebeka Jerina || Ana Pervanja
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2020 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.