https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Tadej+Vertnik 2026-04-15T11:03:54Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25705 2026-04-14T21:28:57Z

<p>Tadej Vertnik: /* U1 snRNP kompleks */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov, ki se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. Možna je tudi vezava čez ekson, ki je pogosta v transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =U1 snRNP kompleks=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in &lt;br&gt;U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].&lt;br&gt;&lt;br&gt; Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS). Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo okvarjenih RNA. &lt;br&gt;&lt;br&gt;U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=<br /> Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteaz kar povzroči cepitve U1 kompleksa in njegovo funkcionalno inaktivacijo. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti.&lt;br&gt;<br /> Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.<br /> Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.&lt;br&gt;<br /> Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.<br /> Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE).<br /> <br /> ==Imunski odziv proti U1 snRNP==<br /> Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.&lt;br&gt;<br /> Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.<br /> <br /> =Zaključek=<br /> U1 snRNP kompleks je ključna komponenta spliceosoma, ki prepozna 5’ izrezovalno mesto na pre-mRNA in sproži sestavo kompleksa za izrezovanje intronov. Poleg osnovne vloge pri splicingu ima U1 snRNP pomembno vlogo tudi pri transkripciji.&lt;br&gt;<br /> Biogeneza U1 snRNP vključuje sintezo U1 snRNA v jedru, sestavljanje Sm jedra v citoplazmi s pomočjo SMN kompleksa ter ponovni transport nazaj v jedro, kjer nastane funkcionalen kompleks, ki se veže v spliceosom. U1 ima sposobnost prepoznati izrezovalno mesto, kljub vezavi navzgor ali navzdol od mesta spoja eksona in introna.&lt;br&gt;<br /> Motnje v delovanju U1 snRNP so povezane z boleznimi, kot je spinalna mišična atrofija, ki nastane pri napakah v splicingu. U1 snRNP kompleks ima vlogo tudi pri apoptozi in lahko sproži imunski odziv, kar je pomembno pri avtoimunskih boleznih, kot je SLE.&lt;br&gt;<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25704 2026-04-14T20:06:13Z

<p>Tadej Vertnik: /* U1 snRNP kompleks */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov, ki se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. Možna je tudi vezava čez ekson, ki je pogosta v transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =U1 snRNP kompleks=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in &lt;br&gt;U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].&lt;br&gt;&lt;br&gt; Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS). Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. &lt;br&gt;&lt;br&gt;U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=<br /> Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteaz kar povzroči cepitve U1 kompleksa in njegovo funkcionalno inaktivacijo. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti.&lt;br&gt;<br /> Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.<br /> Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.&lt;br&gt;<br /> Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.<br /> Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE).<br /> <br /> ==Imunski odziv proti U1 snRNP==<br /> Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.&lt;br&gt;<br /> Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.<br /> <br /> =Zaključek=<br /> U1 snRNP kompleks je ključna komponenta spliceosoma, ki prepozna 5’ izrezovalno mesto na pre-mRNA in sproži sestavo kompleksa za izrezovanje intronov. Poleg osnovne vloge pri splicingu ima U1 snRNP pomembno vlogo tudi pri transkripciji.&lt;br&gt;<br /> Biogeneza U1 snRNP vključuje sintezo U1 snRNA v jedru, sestavljanje Sm jedra v citoplazmi s pomočjo SMN kompleksa ter ponovni transport nazaj v jedro, kjer nastane funkcionalen kompleks, ki se veže v spliceosom. U1 ima sposobnost prepoznati izrezovalno mesto, kljub vezavi navzgor ali navzdol od mesta spoja eksona in introna.&lt;br&gt;<br /> Motnje v delovanju U1 snRNP so povezane z boleznimi, kot je spinalna mišična atrofija, ki nastane pri napakah v splicingu. U1 snRNP kompleks ima vlogo tudi pri apoptozi in lahko sproži imunski odziv, kar je pomembno pri avtoimunskih boleznih, kot je SLE.&lt;br&gt;<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25672 2026-04-14T11:55:45Z

<p>Tadej Vertnik: /* Zaključek */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov, ki se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. Možna je tudi vezava čez ekson, ki je pogosta v transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =U1 snRNP kompleks=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in &lt;br&gt;U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].&lt;br&gt;&lt;br&gt; Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. &lt;br&gt;&lt;br&gt;U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=<br /> Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteaz kar povzroči cepitve U1 kompleksa in njegovo funkcionalno inaktivacijo. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti.&lt;br&gt;<br /> Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.<br /> Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.&lt;br&gt;<br /> Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.<br /> Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE).<br /> <br /> ==Imunski odziv proti U1 snRNP==<br /> Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.&lt;br&gt;<br /> U1 snRNA neposredno prispeva k aktivaciji imunskega sistema z interakcijo z endosomskimi Tollu podobnimi receptorji (TLR), zlasti TLR7 in TLR8.<br /> Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne iz jedra v citoplazmo. Po izhodu iz jedra se kompleks U1 snRNP premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.<br /> <br /> =Zaključek=<br /> U1 snRNP kompleks je ključna komponenta spliceosoma, ki prepozna 5’ izrezovalno mesto na pre-mRNA in sproži sestavo kompleksa za izrezovanje intronov. Poleg osnovne vloge pri splicingu ima U1 snRNP pomembno vlogo tudi pri transkripciji.&lt;br&gt;<br /> Biogeneza U1 snRNP vključuje sintezo U1 snRNA v jedru, sestavljanje Sm jedra v citoplazmi s pomočjo SMN kompleksa ter ponovni transport nazaj v jedro, kjer nastane funkcionalen kompleks, ki se veže v spliceosom. U1 ima sposobnost prepoznati izrezovalno mesto, kljub vezavi navzgor ali navzdol od mesta spoja eksona in introna.&lt;br&gt;<br /> Motnje v delovanju U1 snRNP so povezane z boleznimi, kot je spinalna mišična atrofija, ki nastane pri napakah v splicingu. U1 snRNP kompleks ima vlogo tudi pri apoptozi in lahko sproži imunski odziv, kar je pomembno pri avtoimunskih boleznih, kot je SLE.&lt;br&gt;<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25671 2026-04-14T11:52:35Z

<p>Tadej Vertnik: /* U1 snRNP kompleks */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov, ki se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. Možna je tudi vezava čez ekson, ki je pogosta v transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =U1 snRNP kompleks=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in &lt;br&gt;U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].&lt;br&gt;&lt;br&gt; Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. &lt;br&gt;&lt;br&gt;U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=<br /> Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteaz kar povzroči cepitve U1 kompleksa in njegovo funkcionalno inaktivacijo. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti.&lt;br&gt;<br /> Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.<br /> Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.&lt;br&gt;<br /> Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.<br /> Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE).<br /> <br /> ==Imunski odziv proti U1 snRNP==<br /> Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.&lt;br&gt;<br /> U1 snRNA neposredno prispeva k aktivaciji imunskega sistema z interakcijo z endosomskimi Tollu podobnimi receptorji (TLR), zlasti TLR7 in TLR8.<br /> Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne iz jedra v citoplazmo. Po izhodu iz jedra se kompleks U1 snRNP premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.<br /> <br /> =Zaključek=<br /> U1 snRNP kompleks je ključna komponenta spliceosoma, ki prepozna 5’ izrezovalno mesto na pre-mRNA in sproži sestavo kompleksa za izrezovanje intronov. U1 je sestavljena iz snRNA, Sm proteinskega jedra in specifičnih proteinov (U1-70K, U1-A, U1-C), ki skupaj omogočijo natančno prepoznavo cepitvenih mest. Poleg osnovne vloge pri splicingu ima U1 snRNP pomembno vlogo tudi pri transkripciji.&lt;br&gt;<br /> Biogeneza U1 snRNP vključuje sintezo U1 snRNA v jedru, sestavljanje Sm jedra v citoplazmi s pomočjo SMN kompleksa ter ponovni transport nazaj v jedro, kjer nastane funkcionalen kompleks, ki se veže v spliceosom. U1 ima sposobnost prepoznati izrezovalno mesto, klub vezavi navzgor ali navzdol od mesta spoja eksona in introna.&lt;br&gt;<br /> Motnje v delovanju U1 snRNP so povezane z boleznimi, kot je spinalna mišična atrofija, ki nastane pri napakah v splicingu. U1 snRNP kompleks ima vlogo tudi pri apoptozi in lahko sproži imunski odziv, kar je pomembno pri avtoimunskih boleznih, kot je SLE.&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25669 2026-04-14T11:46:08Z

<p>Tadej Vertnik: /* Uvod */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov, ki se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. Možna je tudi vezava čez ekson, ki je pogosta v transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =U1 snRNP kompleks=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].&lt;br&gt;&lt;br&gt; Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. &lt;br&gt;&lt;br&gt;U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=<br /> Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteazm kar povzroči do cepitve U1 kompleksa in njegove funkcionalne inaktivacije. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti.&lt;br&gt;<br /> Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.<br /> Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.&lt;br&gt;<br /> Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.<br /> Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE). Zato se ta protitelesa uporabljajo kot diagnostični markerji.<br /> <br /> ==Imunski odziv proti U1 snRNP==<br /> Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.&lt;br&gt;<br /> U1 snRNA neposredno prispeva k aktivaciji imunskega sistema z interakcijo z endosomskimi Tollu podobnimi receptorji (TLR), zlasti TLR7 in TLR8.<br /> Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne iz jedra v citoplazmo. Po izhodu iz jedra se kompleks U1 snRNP premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.<br /> <br /> =Zaključek=<br /> U1 snRNP kompleks je ključna komponenta spliceosoma, ki prepozna 5’ izrezovalno mesto na pre-mRNA in sproži sestavo kompleksa za izrezovanje intronov. U1 je sestavljena iz snRNA, Sm proteinskega jedra in specifičnih proteinov (U1-70K, U1-A, U1-C), ki skupaj omogočijo natančno prepoznavo cepitvenih mest. Poleg osnovne vloge pri splicingu ima U1 snRNP pomembno vlogo tudi pri transkripciji.&lt;br&gt;<br /> Biogeneza U1 snRNP vključuje sintezo U1 snRNA v jedru, sestavljanje Sm jedra v citoplazmi s pomočjo SMN kompleksa ter ponovni transport nazaj v jedro, kjer nastane funkcionalen kompleks, ki se veže v spliceosom. U1 ima sposobnost prepoznati izrezovalno mesto, klub vezavi navzgor ali navzdol od mesta spoja eksona in introna.&lt;br&gt;<br /> Motnje v delovanju U1 snRNP so povezane z boleznimi, kot je spinalna mišična atrofija, ki nastane pri napakah v splicingu. U1 snRNP kompleks ima vlogo tudi pri apoptozi in lahko sproži imunski odziv, kar je pomembno pri avtoimunskih boleznih, kot je SLE.&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25668 2026-04-14T11:41:54Z

<p>Tadej Vertnik: /* Uvod */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov: U1, U2, U4, U5 in U6. Ti se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =U1 snRNP kompleks=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].&lt;br&gt;&lt;br&gt; Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. &lt;br&gt;&lt;br&gt;U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=<br /> Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteazm kar povzroči do cepitve U1 kompleksa in njegove funkcionalne inaktivacije. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti.&lt;br&gt;<br /> Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.<br /> Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.&lt;br&gt;<br /> Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.<br /> Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE). Zato se ta protitelesa uporabljajo kot diagnostični markerji.<br /> <br /> ==Imunski odziv proti U1 snRNP==<br /> Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.&lt;br&gt;<br /> U1 snRNA neposredno prispeva k aktivaciji imunskega sistema z interakcijo z endosomskimi Tollu podobnimi receptorji (TLR), zlasti TLR7 in TLR8.<br /> Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne iz jedra v citoplazmo. Po izhodu iz jedra se kompleks U1 snRNP premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.<br /> <br /> =Zaključek=<br /> U1 snRNP kompleks je ključna komponenta spliceosoma, ki prepozna 5’ izrezovalno mesto na pre-mRNA in sproži sestavo kompleksa za izrezovanje intronov. U1 je sestavljena iz snRNA, Sm proteinskega jedra in specifičnih proteinov (U1-70K, U1-A, U1-C), ki skupaj omogočijo natančno prepoznavo cepitvenih mest. Poleg osnovne vloge pri splicingu ima U1 snRNP pomembno vlogo tudi pri transkripciji.&lt;br&gt;<br /> Biogeneza U1 snRNP vključuje sintezo U1 snRNA v jedru, sestavljanje Sm jedra v citoplazmi s pomočjo SMN kompleksa ter ponovni transport nazaj v jedro, kjer nastane funkcionalen kompleks, ki se veže v spliceosom. U1 ima sposobnost prepoznati izrezovalno mesto, klub vezavi navzgor ali navzdol od mesta spoja eksona in introna.&lt;br&gt;<br /> Motnje v delovanju U1 snRNP so povezane z boleznimi, kot je spinalna mišična atrofija, ki nastane pri napakah v splicingu. U1 snRNP kompleks ima vlogo tudi pri apoptozi in lahko sproži imunski odziv, kar je pomembno pri avtoimunskih boleznih, kot je SLE.&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25667 2026-04-14T11:39:25Z

<p>Tadej Vertnik: /* Uvod */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Splicing nadzira spliceosom, dinamičen ribonukleoproteinski kompleks sestavljen iz malih jedrnih RNA (snRNA) in vezanih proteinov. Prepozna ustrezna mesta med introni in eksoni, ki so običajno GU dinukleotidi na 5' koncih intronov in AG dinukleotidi na 3' koncih intronov. Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov: U1, U2, U4, U5 in U6. Ti se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =U1 snRNP kompleks=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].&lt;br&gt;&lt;br&gt; Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. &lt;br&gt;&lt;br&gt;U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=<br /> Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteazm kar povzroči do cepitve U1 kompleksa in njegove funkcionalne inaktivacije. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti.&lt;br&gt;<br /> Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.<br /> Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.&lt;br&gt;<br /> Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.<br /> Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE). Zato se ta protitelesa uporabljajo kot diagnostični markerji.<br /> <br /> ==Imunski odziv proti U1 snRNP==<br /> Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.&lt;br&gt;<br /> U1 snRNA neposredno prispeva k aktivaciji imunskega sistema z interakcijo z endosomskimi Tollu podobnimi receptorji (TLR), zlasti TLR7 in TLR8.<br /> Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne iz jedra v citoplazmo. Po izhodu iz jedra se kompleks U1 snRNP premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.<br /> <br /> =Zaključek=<br /> U1 snRNP kompleks je ključna komponenta spliceosoma, ki prepozna 5’ izrezovalno mesto na pre-mRNA in sproži sestavo kompleksa za izrezovanje intronov. U1 je sestavljena iz snRNA, Sm proteinskega jedra in specifičnih proteinov (U1-70K, U1-A, U1-C), ki skupaj omogočijo natančno prepoznavo cepitvenih mest. Poleg osnovne vloge pri splicingu ima U1 snRNP pomembno vlogo tudi pri transkripciji.&lt;br&gt;<br /> Biogeneza U1 snRNP vključuje sintezo U1 snRNA v jedru, sestavljanje Sm jedra v citoplazmi s pomočjo SMN kompleksa ter ponovni transport nazaj v jedro, kjer nastane funkcionalen kompleks, ki se veže v spliceosom. U1 ima sposobnost prepoznati izrezovalno mesto, klub vezavi navzgor ali navzdol od mesta spoja eksona in introna.&lt;br&gt;<br /> Motnje v delovanju U1 snRNP so povezane z boleznimi, kot je spinalna mišična atrofija, ki nastane pri napakah v splicingu. U1 snRNP kompleks ima vlogo tudi pri apoptozi in lahko sproži imunski odziv, kar je pomembno pri avtoimunskih boleznih, kot je SLE.&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25666 2026-04-14T11:34:43Z

<p>Tadej Vertnik: /* U1 snRNP kompleks */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Pri translaciji genetske informacije se mora RNA ustrezno modificirati. Zato mora biti prekurzorska sporočevalna RNA (pre-mRNA) deležna splicinga oz. spajanja eksonov. Splicing nadzira spliceosom, dinamičen ribonukleoproteinski kompleks sestavljen iz malih jedrnih RNA (snRNA) in vezanih proteinov. Prepozna ustrezna mesta med introni in eksoni, ki so običajno GU dinukleotidi na 5' koncih intronov in AG dinukleotidi na 3' koncih intronov. Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov: U1, U2, U4, U5 in U6. Ti se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =U1 snRNP kompleks=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].&lt;br&gt;&lt;br&gt; Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. &lt;br&gt;&lt;br&gt;U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=<br /> Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteazm kar povzroči do cepitve U1 kompleksa in njegove funkcionalne inaktivacije. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti.&lt;br&gt;<br /> Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.<br /> Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.&lt;br&gt;<br /> Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.<br /> Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE). Zato se ta protitelesa uporabljajo kot diagnostični markerji.<br /> <br /> ==Imunski odziv proti U1 snRNP==<br /> Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.&lt;br&gt;<br /> U1 snRNA neposredno prispeva k aktivaciji imunskega sistema z interakcijo z endosomskimi Tollu podobnimi receptorji (TLR), zlasti TLR7 in TLR8.<br /> Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne iz jedra v citoplazmo. Po izhodu iz jedra se kompleks U1 snRNP premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.<br /> <br /> =Zaključek=<br /> U1 snRNP kompleks je ključna komponenta spliceosoma, ki prepozna 5’ izrezovalno mesto na pre-mRNA in sproži sestavo kompleksa za izrezovanje intronov. U1 je sestavljena iz snRNA, Sm proteinskega jedra in specifičnih proteinov (U1-70K, U1-A, U1-C), ki skupaj omogočijo natančno prepoznavo cepitvenih mest. Poleg osnovne vloge pri splicingu ima U1 snRNP pomembno vlogo tudi pri transkripciji.&lt;br&gt;<br /> Biogeneza U1 snRNP vključuje sintezo U1 snRNA v jedru, sestavljanje Sm jedra v citoplazmi s pomočjo SMN kompleksa ter ponovni transport nazaj v jedro, kjer nastane funkcionalen kompleks, ki se veže v spliceosom. U1 ima sposobnost prepoznati izrezovalno mesto, klub vezavi navzgor ali navzdol od mesta spoja eksona in introna.&lt;br&gt;<br /> Motnje v delovanju U1 snRNP so povezane z boleznimi, kot je spinalna mišična atrofija, ki nastane pri napakah v splicingu. U1 snRNP kompleks ima vlogo tudi pri apoptozi in lahko sproži imunski odziv, kar je pomembno pri avtoimunskih boleznih, kot je SLE.&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25654 2026-04-13T23:03:40Z

<p>Tadej Vertnik: </p> <hr /> <div>Tadej Vertnik: uvodno poglavje in poglavje o U1 snRNP kompleksu &lt;br&gt;<br /> Pavel Trojer: poglavji o biogenezi U1 snRNP in določanju mesta izrezovanja z razdalje &lt;br&gt;<br /> Jakob Sedonja:</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25653 2026-04-13T23:02:51Z

<p>Tadej Vertnik: /* U1 snRNP kompleks */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Pri translaciji genetske informacije se mora RNA ustrezno modificirati. Zato mora biti prekurzorska sporočevalna RNA (pre-mRNA) deležna splicinga oz. spajanja eksonov. Splicing nadzira spliceosom, dinamičen ribonukleoproteinski kompleks sestavljen iz malih jedrnih RNA (snRNA) in vezanih proteinov. Prepozna ustrezna mesta med introni in eksoni, ki so običajno GU dinukleotidi na 5' koncih intronov in AG dinukleotidi na 3' koncih intronov. Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov: U1, U2, U4, U5 in U6. Ti se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =U1 snRNP kompleks=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira SNRNP70 gen, U1-A, ki ga kodira SNRPA gen, in U1-C, ki ga kodira SNRPC gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].&lt;br&gt;&lt;br&gt; Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. &lt;br&gt;&lt;br&gt;U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25652 2026-04-13T23:01:30Z

<p>Tadej Vertnik: /* Zgradba U1 snRNP */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Pri translaciji genetske informacije se mora RNA ustrezno modificirati. Zato mora biti prekurzorska sporočevalna RNA (pre-mRNA) deležna splicinga oz. spajanja eksonov. Splicing nadzira spliceosom, dinamičen ribonukleoproteinski kompleks sestavljen iz malih jedrnih RNA (snRNA) in vezanih proteinov. Prepozna ustrezna mesta med introni in eksoni, ki so običajno GU dinukleotidi na 5' koncih intronov in AG dinukleotidi na 3' koncih intronov. Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov: U1, U2, U4, U5 in U6. Ti se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =U1 snRNP kompleks=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira SNRNP70 gen, U1-A, ki ga kodira SNRPA gen, in U1-C, ki ga kodira SNRPC gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest.&lt;br&gt;&lt;br&gt; Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. &lt;br&gt;&lt;br&gt;U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu[1,2,3].<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25651 2026-04-13T22:56:55Z

<p>Tadej Vertnik: /* Zgradba U1 snRNP */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Pri translaciji genetske informacije se mora RNA ustrezno modificirati. Zato mora biti prekurzorska sporočevalna RNA (pre-mRNA) deležna splicinga oz. spajanja eksonov. Splicing nadzira spliceosom, dinamičen ribonukleoproteinski kompleks sestavljen iz malih jedrnih RNA (snRNA) in vezanih proteinov. Prepozna ustrezna mesta med introni in eksoni, ki so običajno GU dinukleotidi na 5' koncih intronov in AG dinukleotidi na 3' koncih intronov. Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov: U1, U2, U4, U5 in U6. Ti se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =Zgradba U1 snRNP=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira SNRNP70 gen, U1-A, ki ga kodira SNRPA gen, in U1-C, ki ga kodira SNRPC gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest. Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA).<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu[1,2,3].<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25650 2026-04-13T22:56:10Z

<p>Tadej Vertnik: /* Viri */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Pri translaciji genetske informacije se mora RNA ustrezno modificirati. Zato mora biti prekurzorska sporočevalna RNA (pre-mRNA) deležna splicinga oz. spajanja eksonov. Splicing nadzira spliceosom, dinamičen ribonukleoproteinski kompleks sestavljen iz malih jedrnih RNA (snRNA) in vezanih proteinov. Prepozna ustrezna mesta med introni in eksoni, ki so običajno GU dinukleotidi na 5' koncih intronov in AG dinukleotidi na 3' koncih intronov. Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov: U1, U2, U4, U5 in U6. Ti se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =Zgradba U1 snRNP=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira SNRNP70 gen, U1-A, ki ga kodira SNRPA gen, in U1-C, ki ga kodira SNRPC gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest. Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA).<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu.<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 3. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451&lt;br&gt;<br /> 4. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 5. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25649 2026-04-13T22:52:15Z

<p>Tadej Vertnik: /* Uvod */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Pri translaciji genetske informacije se mora RNA ustrezno modificirati. Zato mora biti prekurzorska sporočevalna RNA (pre-mRNA) deležna splicinga oz. spajanja eksonov. Splicing nadzira spliceosom, dinamičen ribonukleoproteinski kompleks sestavljen iz malih jedrnih RNA (snRNA) in vezanih proteinov. Prepozna ustrezna mesta med introni in eksoni, ki so običajno GU dinukleotidi na 5' koncih intronov in AG dinukleotidi na 3' koncih intronov. Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov: U1, U2, U4, U5 in U6. Ti se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].<br /> <br /> =Zgradba U1 snRNP=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira SNRNP70 gen, U1-A, ki ga kodira SNRPA gen, in U1-C, ki ga kodira SNRPC gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest. Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA).<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu.<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 3. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> 4. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 5. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25648 2026-04-13T22:51:52Z

<p>Tadej Vertnik: /* Viri */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Pri translaciji genetske informacije se mora RNA ustrezno modificirati. Zato mora biti prekurzorska sporočevalna RNA (pre-mRNA) deležna splicinga oz. spajanja eksonov. Splicing nadzira spliceosom, dinamičen ribonukleoproteinski kompleks sestavljen iz malih jedrnih RNA (snRNA) in vezanih proteinov. Prepozna ustrezna mesta med introni in eksoni, ki so običajno GU dinukleotidi na 5' koncih intronov in AG dinukleotidi na 3' koncih intronov. Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov: U1, U2, U4, U5 in U6. Ti se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen.<br /> <br /> =Zgradba U1 snRNP=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira SNRNP70 gen, U1-A, ki ga kodira SNRPA gen, in U1-C, ki ga kodira SNRPC gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest. Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA).<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu.<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 3. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> 4. So, B. R., Wan, L., Zhang, Z., Li, P., Babiash, E., Duan, J., Younis, I., Dreyfuss, G. (2016). A U1 snRNP-Specific Assembly Pathway Reveals the SMN Complex as a Versatile RNP Exchange. Nature Structural &amp; Molecular Biology. 23(3):225–230. &lt;br&gt;https://doi.org/10.1038/nsmb.3167 &lt;br&gt;<br /> 5. Di, C., So, B. R., Cai, Z., Arai, C., Duan, J., Dreyfuss, G. (2019). U1 snRNP Telescripting Roles in Transcription and Its Mechanism. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 84:115-122. https://doi.org/10.1101/sqb.2019.84.040451<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25647 2026-04-13T22:26:02Z

<p>Tadej Vertnik: /* Zgradba U1 snRNP */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Pri translaciji genetske informacije se mora RNA ustrezno modificirati. Zato mora biti prekurzorska sporočevalna RNA (pre-mRNA) deležna splicinga oz. spajanja eksonov. Splicing nadzira spliceosom, dinamičen ribonukleoproteinski kompleks sestavljen iz malih jedrnih RNA (snRNA) in vezanih proteinov. Prepozna ustrezna mesta med introni in eksoni, ki so običajno GU dinukleotidi na 5' koncih intronov in AG dinukleotidi na 3' koncih intronov. Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov: U1, U2, U4, U5 in U6. Ti se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen.<br /> <br /> =Zgradba U1 snRNP=<br /> U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira SNRNP70 gen, U1-A, ki ga kodira SNRPA gen, in U1-C, ki ga kodira SNRPC gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest. Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.<br /> Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA).<br /> Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu.<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 3. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> 4. &lt;br&gt;<br /> 5.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biogeneza_in_delovanje_spliceosomske_komponente_U1&diff=25646 2026-04-13T22:24:59Z

<p>Tadej Vertnik: /* Uvod */</p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Pri translaciji genetske informacije se mora RNA ustrezno modificirati. Zato mora biti prekurzorska sporočevalna RNA (pre-mRNA) deležna splicinga oz. spajanja eksonov. Splicing nadzira spliceosom, dinamičen ribonukleoproteinski kompleks sestavljen iz malih jedrnih RNA (snRNA) in vezanih proteinov. Prepozna ustrezna mesta med introni in eksoni, ki so običajno GU dinukleotidi na 5' koncih intronov in AG dinukleotidi na 3' koncih intronov. Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov: U1, U2, U4, U5 in U6. Ti se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen.<br /> <br /> =Zgradba U1 snRNP=<br /> <br /> =Biogeneza U1 snRNP=<br /> Začetek sinteze je v jedru, kjer se gen ''RNU1-1'' prepiše v pre-U1 snRNA, ki ima poleg osnovnega RNA ogrodja U1 komponente še 50 nukleotidov na 3' koncu. V Cajalovem telescu se nato sestavi eksportni kompleks, saj se mora pre-U1 snRNA prenesti v citosol za uspešno dodajanje Sm jedra, ki je ključni del funkcionalnega U1 snRNP. Eksportni kompleks se na takšno RNA veže s prepoznavo 7-metilgvanozinske kape (m7G kapa).<br /> <br /> V citoplazmi eksportni kompleks ob vezavi U1-70K razpade in se s pomočjo SMN kompleksa, katerega ključni del je SMN (angl. survival motor neuron protein) doda Sm jedro. Pravilno sestavljeno Sm jedro prepozna eksonukleaza TOE1, ki odcepi končnih 50 nukleotidov na 3' koncu. Ta korak služi kot &quot;kontrola kvalitete&quot;, saj lahko le do te točke pravilno sestavljeni snRNP nadaljujejo pot v procesu. Sledi hipermetilacija m7G kape v 2,2,7-trimetilgvanozinsko kapo (TMG kapo), ki poteče s pomočjo PRIP-interagirajočega proteina, ki ima metiltransferazno domeno. <br /> <br /> Sm jedro in TMG kapa predstavljata jedrni lokalizacijski signal, na katerega se lahko veže jedrni importni kompleks, ki celotno snRNP prenese nazaj v jedro. Le-ta v jedru razpade, da se lahko na snRNP vežejo še U1-specifični proteini, kot sta U1-A in U1-C, ter potečejo še končne post-translacijske modifikacije. Tako je U1 snRNP pripravljena, da se z drugimi komponentami veže v spliceosom.<br /> <br /> [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/wrna.70026?saml_referrer povezava do slike, ki opisuje proces (stran 4 v članku)]<br /> <br /> =Določanje izrezovalnega mesta na daljavo=<br /> Glavni vzrok za bolezni kot so spinalna mišična atrofija (SMA), hemofilija B, cistična fibroza, fenilketonurija itd. je nepravilno izrezovanje intronov, kar posledično vodi do okrnjenih in nefunkcionalnih proteinov. Specifično pri teh boleznih prihaja do preskakovanja eksonov, ki v zrelo mRNA tako niso vključeni.<br /> <br /> ==Spinalna mišična atrofija (SMA) in U1 snRNP==<br /> <br /> Človek ima v svojem genomu dva gena (''SMN1'' in ''SMN2'') za protein SMN, ki sta nastala s podvajanjem in sta si torej dokaj podobna. Pri bolezni SMA pride do okvare gena ''SMN1'', zato ne nastane funkcionalen protein SMN, ki je odgovoren za transkripcijo, translacijo, biogenezo U1 snRNP, RNA razmeščanje ... Odgovornost za slednji dve funkciji je glavni razlog za nastanek SMA. Ker je v genu ''SMN2'' prisotna kritična mutacija, ki povzroči preskakovanje eksona 7 pri izrezovanju intronov, le-ta ne more nadomestiti gena ''SMN1'', ko je le-ta okvarjen. Pri večini pacientov s SMA so namreč našli funkcionalen gen ''SMN2''.<br /> <br /> V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Soares, E. S., Leal, C. B. Q. S., Sinatti, V. V. C., Bottós, R. M., &amp; Zimmer, C. G. M. (2025). Role of the U1 snRNP Complex in Human Health and Disease. Wiley interdisciplinary reviews. RNA, 16(4), e70026. https://doi.org/10.1002/wrna.70026 &lt;br&gt;<br /> 2. Singh, R. N., &amp; Singh, N. N. (2019). A novel role of U1 snRNP: Splice site selection from a distance. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862(6), 634–642. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2019.04.004 &lt;br&gt;<br /> 3. Lorson, C. L., Rindt, H., &amp; Shababi, M. (2010). Spinal muscular atrophy: mechanisms and therapeutic strategies. Human molecular genetics, 19(R1), R111–R118. https://doi.org/10.1093/hmg/ddq147&lt;br&gt;<br /> 4. &lt;br&gt;<br /> 5.<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Povzetki_seminarjev_2025/26&diff=25124 2025-10-25T08:43:36Z

<p>Tadej Vertnik: /* Povzetki seminarjev */</p> <hr /> <div>== Povzetki seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! naslov seminarja !! povzetek seminarja<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || || |<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Proteinska fosfataza 1 (PP1), prisotna v vseh evkariontskih celicah, katalizira velik del defosforilacij serinskih (Ser) in treoninskih (Thr) aminokislinskih ostankov v proteinih. Sodeluje v številnih signalnih poteh in drugih celičnih procesih. Strogo jo regulirajo številni regulatorni interaktorji proteinske fosfataze ena (RIPPO). Dva najpogosteje izražena sta supresor-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitor-3 (I3). Omenjena regulatorna interaktorja proteinske fosfataze ena (RIPPO) tvorita trojni kompleks s proteinsko fosfatazo 1 (PP1). Njuna delecija vodi do fenotipov mitotske zaustavitve, kar je lahko za nekatere organizme smrtonosno. Funkcija supresorja-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitorja-3 (I3) je že desetletja neznanka. V preteklosti sta bila SDS22 in I3 poznana zgolj kot aktivatorja in inhibitorja PP1. V minulih letih pa so znanstveniki prišli do podrobnejših ugotovitev o kompleksni večstopenjski vlogi SDS22 in I3 v življenjskem ciklu PP1. Sodelujeta namreč pri stabilizaciji in aktivaciji novih PP1, translokaciji PP1 v jedro in tudi shranjevanju PP1 za ponovno uporabo pri tvorbi holoencimov. Obstoječe študije nakazujejo, da SDS22 in I3 služita tudi kot lovilca PP1 za proteolitsko degradacijo. Predstavljene bodo posamezne in medsebojne interakcije PP1, SDS22 in I3. ||<br /> |-<br /> | Grošelj, Kristina || || |<br /> |-<br /> | Korbar, Maruša || Osteoartroza: vloga signalne poti Wnt pri ravnovesju med regeneracijo in razgradnjo hrustanca || Osteoartroza je kronična, degenerativna bolezen sklepov, ki prizadene milijone ljudi po svetu in je glavni vzrok invalidnosti oziroma fizične oviranosti pri starejši populaciji. Njen razvoj je na biokemijskem nivoju posledica porušenega ravnovesja med sintezo in razgradnjo hrustančnega zunajceličnega matriksa. Ključno vlogo pri tem igrajo hondrociti, glavne celice sklepnega hrustanca. Njihova presnovna aktivnost je strogo uravnana, k čemur pomembno prispeva Wnt signalizacija. Ta vpliva na razvoj, diferenciacijo in preživetje hondrocitov ter uravnava ravnovesje med proliferacijo in zorenjem celic. V seminarski nalogi se osredotočam na potek signalnih poti in njihov vpliv. Kanonična Wnt/beta-kateninska pot nadzoruje izražanje genov, povezanih s sintezo kolagena, proteoglikanov in encimov za razgradnjo zunajceličnega matriksa. Nekanonične poti (Wnt/PCP in Wnt/ Ca2+) pa urejajo celično polariteto, komunikacijo med celicami in organizacijo tkiva. V zdravem hrustancu so te poti uravnotežene. Prekomerna aktivnost vodi v hipertrofijo hondrocitov, fibrozo in razgradnjo matriksa, medtem ko prenizka aktivnost zmanjšuje regeneracijske sposobnosti. Razumevanje mehanizma teh signalnih poti je zato pomembno za razvoj novih učinkovitih terapevtskih pristopov k zdravljenju osteoartroze. Eden izmed njih je zdravljenje z Lorecivivintom, ki je trenutno v tretji fazi kliničnega testiranja in pri testirancih kaže zelo obetavne rezultate. ||<br /> |-<br /> |}</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Povzetki_seminarjev_2025/26&diff=25122 2025-10-24T23:16:09Z

<p>Tadej Vertnik: /* Povzetki seminarjev */</p> <hr /> <div>== Povzetki seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! naslov seminarja !! povzetek seminarja<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || || |<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Proteinska fosfataza 1 (PP1), prisotna v vseh evkariontskih celicah, katalizira velik del defosforilacij serinskih (Ser) in treoninskih (Thr) aminokislinskih ostankov v proteinih. Sodeluje v številnih signalnih poteh in drugih celičnih procesih. Strogo jo regulirajo številni regulatorni interaktorji proteinske fosfataze ena (RIPPO). Dva najpogosteje izražena sta supresor-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitor-3 (I3). Omenjena regulatorna interaktorja proteinske fosfataze ena (RIPPO) tvorita trojni kompleks s proteinsko fosfatazo 1 (PP1). Njuna delecija vodi do fenotipov mitotske zaustavitve, kar je lahko za nekatere organizme smrtonosno. Funkcija supresorja-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitorja-3 (I3) je že desetletja neznanka. V preteklosti sta bila SDS22 in I3 poznana zgolj kot aktivatorja in inhibitorja PP1. V minulih letih pa so znanstveniki prišli do podrobnejših ugotovitev o kompleksni večstopenjski vlogi SDS22 in I3 v življenjskem ciklu PP1. Sodelujeta namreč pri stabilizaciji in aktivaciji novih PP1, translokaciji PP1 v jedro in tudi shranjevanju PP1 za ponovno uporabo pri tvorbi holoencimov. Obstoječe študije nakazujejo, da SDS22 in I3 služita tudi kot lovilca PP1 za protolitsko degradacijo. Predstavljene bodo posamezne in medsebojne interakcije PP1, SDS22 in I3. ||<br /> |-<br /> | Grošelj, Kristina || || |<br /> |-<br /> | Korbar, Maruša || || |<br /> |-<br /> |}</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Povzetki_seminarjev_2025/26&diff=25121 2025-10-24T23:15:41Z

<p>Tadej Vertnik: /* Povzetki seminarjev */</p> <hr /> <div>== Povzetki seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! naslov seminarja !! povzetek seminarja<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || || |<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Proteinska fosfataza 1 (PP1), prisotna v vseh evkariontskih celicah, katalizira velik del defosforilacij serinskih (Ser) in treoninskih (Thr) aminokislinskih ostankov v proteinih. Sodeluje v številnih signalnih poteh in drugih celičnih procesih. Strogo jo regulirajo številni regulatorni interaktorji proteinske fosfataze ena (RIPPO). Dva najpogosteje izražena sta supresor-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitor-3 (I3). Omenjena regulatorna interaktorja proteinske fosfataze ena (RIPPO) tvorita trojni kompleks s proteinsko fosfatazo 1 (PP1). Njuna delecija vodi do fenotipov mitotske zaustavitve, kar je lahko za nekatere organizme smrtonosno. Funkcija supresorja-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitorja-3 (I3) je že desetletja neznanka. V preteklosti sta bila SDS22 in I3 poznana zgolj kot aktivatorja in inhibitorja PP1. V minulih letih pa so znanstveniki prišli do podrobnejših ugotovitev o kompleksni večstopenjski vlogi SDS22 in I3 v življenjskem ciklu PP1. Sodelujeta namreč pri stabilizaciji in aktivaciji novih PP1, translokaciji PP1 v jedro in tudi shranjevanju PP1 za ponovno uporabo pri tvorbi holoencimov. Obstoječe študije nakazujejo, da SDS22 in I3 služita tudi kot lovilca PP1 za protolitsko degradacijo. Predstavljene bodo posamezne in medsebojne interakcije PP1, SDS22 in I3. ||<br /> |-<br /> | Grošelj, Kristina || || |<br /> |-<br /> |}</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Povzetki_seminarjev_2025/26&diff=25120 2025-10-24T23:15:01Z

<p>Tadej Vertnik: /* Povzetki seminarjev */</p> <hr /> <div>== Povzetki seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! naslov seminarja !! povzetek seminarja<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || || |<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Proteinska fosfataza 1 (PP1), prisotna v vseh evkariontskih celicah, katalizira velik del defosforilacij serinskih (Ser) in treoninskih (Thr) aminokislinskih ostankov v proteinih. Sodeluje v številnih signalnih poteh in drugih celičnih procesih. Strogo jo regulirajo številni regulatorni interaktorji proteinske fosfataze ena (RIPPO). Dva najpogosteje izražena sta supresor-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitor-3 (I3). Omenjena regulatorna interaktorja proteinske fosfataze ena (RIPPO) tvorita trojni kompleks s proteinsko fosfatazo 1 (PP1). Njuna delecija vodi do fenotipov mitotske zaustavitve, kar je lahko za nekatere organizme smrtonosno. Funkcija supresorja-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitorja-3 (I3) je že desetletja neznanka. V preteklosti sta bila SDS22 in I3 poznana zgolj kot aktivatorja in inhibitorja PP1. V minulih letih pa so znanstveniki prišli do podrobnejših ugotovitev o kompleksni večstopenjski vlogi SDS22 in I3 v življenjskem ciklu PP1. Sodelujeta namreč pri stabilizaciji in aktivaciji novih PP1, translokaciji PP1 v jedro in tudi shranjevanju PP1 za ponovno uporabo pri tvorbi holoencimov. Obstoječe študije nakazujejo, da SDS22 in I3 služita tudi kot lovilca PP1 za protolitsko degradacijo. Predstavljene bodo posamezne in medsebojne interakcije PP1, SDS22 in I3. ||<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> |}</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2025&diff=25119 2025-10-24T23:10:15Z

<p>Tadej Vertnik: /* Biokemijski seminar */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || 12 || || Sumina, Mia || Logar, Klara || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || 12 || [[Povzetki seminarjev 2025/26|Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3]] || Prevodnik, Tjaša || Jelaković, Tina || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Grošelj, Kristina || 12 || || Markova, Evdokija || Bratkovič, Maša || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Korbar, Maruša || 12 || || Papa, Maja || Žižmund, Bruno || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Fink Ružič, Ema || 12 || || Sojer, Peter || Sumina, Mia || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Neloska, Nina || 12 || || Vertnik, Tadej || Prevodnik, Tjaša || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Bogataj, Tjaša || 12 || || Grošelj, Kristina || Markova, Evdokija || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Uršič, Neža || 12 || || Korbar, Maruša || Sojer, Peter || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Peteh, Zoja || 14-15 || || Fink Ružič, Ema || Papa, Maja || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Černoša, Žiga || 14-15 || || Neloska, Nina || Vertnik, Tadej || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Sitki, Anna || 14-15 || || Bogataj, Tjaša || Grošelj, Kristina || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Kranjc Praprotnik, Ana || 14-15 || || Uršič, Neža || Korbar, Maruša || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Željko, Urška || 16 || || Peteh, Zoja || Fink Ružič, Ema || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Matjašec, Klemen || 16 || || Černoša, Žiga || Neloska, Nina || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Trojer, Pavel || 16 || || Sitki, Anna || Bogataj, Tjaša || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Šen Bubnjevič, Nuša || 16 || || Kranjc Praprotnik, Ana || Uršič, Neža || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Špan, Ana || 17 || || Željko, Urška || Peteh, Zoja || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Filipič, Žan || 17 || || Matjašec, Klemen || Černoša, Žiga || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Zaletelj, Teja || 17 || || Trojer, Pavel || Sitki, Anna || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Vetrih, Elina || 17 || || Šen Bubnjevič, Nuša || Kranjc Praprotnik, Ana || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Kokol, Manja || 18 || || Špan, Ana || Željko, Urška || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Ničić, Petar || 18 || || Filipič, Žan || Matjašec, Klemen || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Založnik, Lina || 18 || || Zaletelj, Teja || Trojer, Pavel || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Pikelj, Vesna || 18 || || Vetrih, Elina || Šen Bubnjevič, Nuša || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Kovač, Maša || 19 || || Kokol, Manja || Špan, Ana || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Rampre, Inja || 19 || || Ničić, Petar || Filipič, Žan || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Jeretič, Timon || 19 || || Založnik, Lina || Zaletelj, Teja || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Debevec, Ana || 19 || || Pikelj, Vesna || Vetrih, Elina || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Sedonja, Jakob || 20 || || Kovač, Maša || Kokol, Manja || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Činkole Črček, Anja || 20 || || Rampre, Inja || Ničić, Petar || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Gobec, Lara || 20 || || Jeretič, Timon || Založnik, Lina || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Milić, Danka || 20 || || Debevec, Ana || Pikelj, Vesna || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Štante, Nejc || 21 || || Sedonja, Jakob || Kovač, Maša || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Lanišek, Eva || 21 || || Činkole Črček, Anja || Rampre, Inja || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Bedjanič, Bine || 21 || || Gobec, Lara || Jeretič, Timon || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Presker, Urša || 21 || || Milić, Danka || Debevec, Ana || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Smodiš, Živa || 22 || || Štante, Nejc || Sedonja, Jakob || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Logar, Klara || 22 || || Lanišek, Eva || Činkole Črček, Anja || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Jelaković, Tina || 22 || || Bedjanič, Bine || Gobec, Lara || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Bratkovič, Maša || 22 || || Presker, Urša || Milić, Danka || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Žižmund, Bruno || 23 || || Smodiš, Živa || Štante, Nejc || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Sumina, Mia || 23 || || Logar, Klara || Lanišek, Eva || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Prevodnik, Tjaša || 23 || || Jelaković, Tina || Bedjanič, Bine || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Markova, Evdokija || 23 || || Bratkovič, Maša || Presker, Urša || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Papa, Maja || 23 || || Žižmund, Bruno || Smodiš, Živa || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2024|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Povzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 do 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) elektronsko verzijo seminarja, predstavitev pa morate oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem ključu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> V seminarskih nalogah uporabljajte način citiranja, ki je predpisan za [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/datoteke/1-O_fakulteti/3-Pravilniki__akti/2_stopnja_Pravilnik_Priloge/Navodila_za_izdelavo_dipl_mag_dela_PB3.pdf diplomska in magistrska dela na FKKT].<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2025&diff=25118 2025-10-24T23:09:34Z

<p>Tadej Vertnik: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || 12 || || Sumina, Mia || Logar, Klara || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || 12 || [[Povzetki seminarjev 2025/26|Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3]] || Prevodnik, Tjaša || Jelaković, Tina || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Grošelj, Kristina || 12 || || Markova, Evdokija || Bratkovič, Maša || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Korbar, Maruša || 12 || || Papa, Maja || Žižmund, Bruno || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Fink Ružič, Ema || 12 || || Sojer, Peter || Sumina, Mia || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Neloska, Nina || 12 || || Vertnik, Tadej || Prevodnik, Tjaša || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Bogataj, Tjaša || 12 || || Grošelj, Kristina || Markova, Evdokija || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Uršič, Neža || 12 || || Korbar, Maruša || Sojer, Peter || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Peteh, Zoja || 14-15 || || Fink Ružič, Ema || Papa, Maja || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Černoša, Žiga || 14-15 || || Neloska, Nina || Vertnik, Tadej || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Sitki, Anna || 14-15 || || Bogataj, Tjaša || Grošelj, Kristina || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Kranjc Praprotnik, Ana || 14-15 || || Uršič, Neža || Korbar, Maruša || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Željko, Urška || 16 || || Peteh, Zoja || Fink Ružič, Ema || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Matjašec, Klemen || 16 || || Černoša, Žiga || Neloska, Nina || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Trojer, Pavel || 16 || || Sitki, Anna || Bogataj, Tjaša || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Šen Bubnjevič, Nuša || 16 || || Kranjc Praprotnik, Ana || Uršič, Neža || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Špan, Ana || 17 || || Željko, Urška || Peteh, Zoja || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Filipič, Žan || 17 || || Matjašec, Klemen || Černoša, Žiga || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Zaletelj, Teja || 17 || || Trojer, Pavel || Sitki, Anna || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Vetrih, Elina || 17 || || Šen Bubnjevič, Nuša || Kranjc Praprotnik, Ana || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Kokol, Manja || 18 || || Špan, Ana || Željko, Urška || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Ničić, Petar || 18 || || Filipič, Žan || Matjašec, Klemen || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Založnik, Lina || 18 || || Zaletelj, Teja || Trojer, Pavel || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Pikelj, Vesna || 18 || || Vetrih, Elina || Šen Bubnjevič, Nuša || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Kovač, Maša || 19 || || Kokol, Manja || Špan, Ana || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Rampre, Inja || 19 || || Ničić, Petar || Filipič, Žan || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Jeretič, Timon || 19 || || Založnik, Lina || Zaletelj, Teja || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Debevec, Ana || 19 || || Pikelj, Vesna || Vetrih, Elina || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Sedonja, Jakob || 20 || || Kovač, Maša || Kokol, Manja || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Činkole Črček, Anja || 20 || || Rampre, Inja || Ničić, Petar || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Gobec, Lara || 20 || || Jeretič, Timon || Založnik, Lina || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Milić, Danka || 20 || || Debevec, Ana || Pikelj, Vesna || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Štante, Nejc || 21 || || Sedonja, Jakob || Kovač, Maša || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Lanišek, Eva || 21 || || Činkole Črček, Anja || Rampre, Inja || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Bedjanič, Bine || 21 || || Gobec, Lara || Jeretič, Timon || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Presker, Urša || 21 || || Milić, Danka || Debevec, Ana || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Smodiš, Živa || 22 || || Štante, Nejc || Sedonja, Jakob || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Logar, Klara || 22 || || Lanišek, Eva || Činkole Črček, Anja || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Jelaković, Tina || 22 || || Bedjanič, Bine || Gobec, Lara || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Bratkovič, Maša || 22 || || Presker, Urša || Milić, Danka || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Žižmund, Bruno || 23 || || Smodiš, Živa || Štante, Nejc || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Sumina, Mia || 23 || || Logar, Klara || Lanišek, Eva || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Prevodnik, Tjaša || 23 || || Jelaković, Tina || Bedjanič, Bine || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Markova, Evdokija || 23 || || Bratkovič, Maša || Presker, Urša || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Papa, Maja || 23 || || Žižmund, Bruno || Smodiš, Živa || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Povzetki seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! naslov seminarja !! povzetek seminarja<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Proteinska fosfataza 1 (PP1), prisotna v vseh evkariontskih celicah, katalizira velik del defosforilacij serinskih (Ser) in treoninskih (Thr) aminokislinskih ostankov v proteinih. Sodeluje v številnih signalnih poteh in drugih celičnih procesih. Strogo jo regulirajo številni regulatorni interaktorji proteinske fosfataze ena (RIPPO). Dva najpogosteje izražena sta supresor-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitor-3 (I3). Omenjena regulatorna interaktorja proteinske fosfataze ena (RIPPO) tvorita trojni kompleks s proteinsko fosfatazo 1 (PP1). Njuna delecija vodi do fenotipov mitotske zaustavitve, kar je lahko za nekatere organizme smrtonosno. Funkcija supresorja-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitorja-3 (I3) je že desetletja neznanka. V preteklosti sta bila SDS22 in I3 poznana zgolj kot aktivatorja in inhibitorja PP1. V minulih letih pa so znanstveniki prišli do podrobnejših ugotovitev o kompleksni večstopenjski vlogi SDS22 in I3 v življenjskem ciklu PP1. Sodelujeta namreč pri stabilizaciji in aktivaciji novih PP1, translokaciji PP1 v jedro in tudi shranjevanju PP1 za ponovno uporabo pri tvorbi holoencimov. Obstoječe študije nakazujejo, da SDS22 in I3 služita tudi kot lovilca PP1 za protolitsko degradacijo. Predstavljene bodo posamezne in medsebojne interakcije PP1, SDS22 in I3. ||<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> |}<br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2024|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Povzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 do 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) elektronsko verzijo seminarja, predstavitev pa morate oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem ključu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> V seminarskih nalogah uporabljajte način citiranja, ki je predpisan za [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/datoteke/1-O_fakulteti/3-Pravilniki__akti/2_stopnja_Pravilnik_Priloge/Navodila_za_izdelavo_dipl_mag_dela_PB3.pdf diplomska in magistrska dela na FKKT].<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2025&diff=25117 2025-10-24T23:06:04Z

<p>Tadej Vertnik: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || 12 || || Sumina, Mia || Logar, Klara || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || 12 || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 [[Povzetki seminarjev 2025/26]] || Prevodnik, Tjaša || Jelaković, Tina || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Grošelj, Kristina || 12 || || Markova, Evdokija || Bratkovič, Maša || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Korbar, Maruša || 12 || || Papa, Maja || Žižmund, Bruno || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Fink Ružič, Ema || 12 || || Sojer, Peter || Sumina, Mia || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Neloska, Nina || 12 || || Vertnik, Tadej || Prevodnik, Tjaša || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Bogataj, Tjaša || 12 || || Grošelj, Kristina || Markova, Evdokija || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Uršič, Neža || 12 || || Korbar, Maruša || Sojer, Peter || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Peteh, Zoja || 14-15 || || Fink Ružič, Ema || Papa, Maja || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Černoša, Žiga || 14-15 || || Neloska, Nina || Vertnik, Tadej || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Sitki, Anna || 14-15 || || Bogataj, Tjaša || Grošelj, Kristina || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Kranjc Praprotnik, Ana || 14-15 || || Uršič, Neža || Korbar, Maruša || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Željko, Urška || 16 || || Peteh, Zoja || Fink Ružič, Ema || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Matjašec, Klemen || 16 || || Černoša, Žiga || Neloska, Nina || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Trojer, Pavel || 16 || || Sitki, Anna || Bogataj, Tjaša || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Šen Bubnjevič, Nuša || 16 || || Kranjc Praprotnik, Ana || Uršič, Neža || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Špan, Ana || 17 || || Željko, Urška || Peteh, Zoja || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Filipič, Žan || 17 || || Matjašec, Klemen || Černoša, Žiga || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Zaletelj, Teja || 17 || || Trojer, Pavel || Sitki, Anna || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Vetrih, Elina || 17 || || Šen Bubnjevič, Nuša || Kranjc Praprotnik, Ana || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Kokol, Manja || 18 || || Špan, Ana || Željko, Urška || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Ničić, Petar || 18 || || Filipič, Žan || Matjašec, Klemen || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Založnik, Lina || 18 || || Zaletelj, Teja || Trojer, Pavel || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Pikelj, Vesna || 18 || || Vetrih, Elina || Šen Bubnjevič, Nuša || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Kovač, Maša || 19 || || Kokol, Manja || Špan, Ana || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Rampre, Inja || 19 || || Ničić, Petar || Filipič, Žan || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Jeretič, Timon || 19 || || Založnik, Lina || Zaletelj, Teja || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Debevec, Ana || 19 || || Pikelj, Vesna || Vetrih, Elina || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Sedonja, Jakob || 20 || || Kovač, Maša || Kokol, Manja || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Činkole Črček, Anja || 20 || || Rampre, Inja || Ničić, Petar || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Gobec, Lara || 20 || || Jeretič, Timon || Založnik, Lina || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Milić, Danka || 20 || || Debevec, Ana || Pikelj, Vesna || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Štante, Nejc || 21 || || Sedonja, Jakob || Kovač, Maša || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Lanišek, Eva || 21 || || Činkole Črček, Anja || Rampre, Inja || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Bedjanič, Bine || 21 || || Gobec, Lara || Jeretič, Timon || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Presker, Urša || 21 || || Milić, Danka || Debevec, Ana || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Smodiš, Živa || 22 || || Štante, Nejc || Sedonja, Jakob || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Logar, Klara || 22 || || Lanišek, Eva || Činkole Črček, Anja || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Jelaković, Tina || 22 || || Bedjanič, Bine || Gobec, Lara || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Bratkovič, Maša || 22 || || Presker, Urša || Milić, Danka || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Žižmund, Bruno || 23 || || Smodiš, Živa || Štante, Nejc || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Sumina, Mia || 23 || || Logar, Klara || Lanišek, Eva || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Prevodnik, Tjaša || 23 || || Jelaković, Tina || Bedjanič, Bine || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Markova, Evdokija || 23 || || Bratkovič, Maša || Presker, Urša || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Papa, Maja || 23 || || Žižmund, Bruno || Smodiš, Živa || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Povzetki seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! naslov seminarja !! povzetek seminarja<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Proteinska fosfataza 1 (PP1), prisotna v vseh evkariontskih celicah, katalizira velik del defosforilacij serinskih (Ser) in treoninskih (Thr) aminokislinskih ostankov v proteinih. Sodeluje v številnih signalnih poteh in drugih celičnih procesih. Strogo jo regulirajo številni regulatorni interaktorji proteinske fosfataze ena (RIPPO). Dva najpogosteje izražena sta supresor-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitor-3 (I3). Omenjena regulatorna interaktorja proteinske fosfataze ena (RIPPO) tvorita trojni kompleks s proteinsko fosfatazo 1 (PP1). Njuna delecija vodi do fenotipov mitotske zaustavitve, kar je lahko za nekatere organizme smrtonosno. Funkcija supresorja-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitorja-3 (I3) je že desetletja neznanka. V preteklosti sta bila SDS22 in I3 poznana zgolj kot aktivatorja in inhibitorja PP1. V minulih letih pa so znanstveniki prišli do podrobnejših ugotovitev o kompleksni večstopenjski vlogi SDS22 in I3 v življenjskem ciklu PP1. Sodelujeta namreč pri stabilizaciji in aktivaciji novih PP1, translokaciji PP1 v jedro in tudi shranjevanju PP1 za ponovno uporabo pri tvorbi holoencimov. Obstoječe študije nakazujejo, da SDS22 in I3 služita tudi kot lovilca PP1 za protolitsko degradacijo. Predstavljene bodo posamezne in medsebojne interakcije PP1, SDS22 in I3. ||<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> |}<br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2024|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Povzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 do 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) elektronsko verzijo seminarja, predstavitev pa morate oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem ključu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> V seminarskih nalogah uporabljajte način citiranja, ki je predpisan za [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/datoteke/1-O_fakulteti/3-Pravilniki__akti/2_stopnja_Pravilnik_Priloge/Navodila_za_izdelavo_dipl_mag_dela_PB3.pdf diplomska in magistrska dela na FKKT].<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2025&diff=25116 2025-10-24T23:05:29Z

<p>Tadej Vertnik: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || 12 || || Sumina, Mia || Logar, Klara || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || 12 || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 [Povzetki seminarjev 2025/26] || Prevodnik, Tjaša || Jelaković, Tina || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Grošelj, Kristina || 12 || || Markova, Evdokija || Bratkovič, Maša || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Korbar, Maruša || 12 || || Papa, Maja || Žižmund, Bruno || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Fink Ružič, Ema || 12 || || Sojer, Peter || Sumina, Mia || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Neloska, Nina || 12 || || Vertnik, Tadej || Prevodnik, Tjaša || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Bogataj, Tjaša || 12 || || Grošelj, Kristina || Markova, Evdokija || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Uršič, Neža || 12 || || Korbar, Maruša || Sojer, Peter || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Peteh, Zoja || 14-15 || || Fink Ružič, Ema || Papa, Maja || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Černoša, Žiga || 14-15 || || Neloska, Nina || Vertnik, Tadej || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Sitki, Anna || 14-15 || || Bogataj, Tjaša || Grošelj, Kristina || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Kranjc Praprotnik, Ana || 14-15 || || Uršič, Neža || Korbar, Maruša || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Željko, Urška || 16 || || Peteh, Zoja || Fink Ružič, Ema || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Matjašec, Klemen || 16 || || Černoša, Žiga || Neloska, Nina || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Trojer, Pavel || 16 || || Sitki, Anna || Bogataj, Tjaša || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Šen Bubnjevič, Nuša || 16 || || Kranjc Praprotnik, Ana || Uršič, Neža || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Špan, Ana || 17 || || Željko, Urška || Peteh, Zoja || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Filipič, Žan || 17 || || Matjašec, Klemen || Černoša, Žiga || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Zaletelj, Teja || 17 || || Trojer, Pavel || Sitki, Anna || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Vetrih, Elina || 17 || || Šen Bubnjevič, Nuša || Kranjc Praprotnik, Ana || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Kokol, Manja || 18 || || Špan, Ana || Željko, Urška || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Ničić, Petar || 18 || || Filipič, Žan || Matjašec, Klemen || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Založnik, Lina || 18 || || Zaletelj, Teja || Trojer, Pavel || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Pikelj, Vesna || 18 || || Vetrih, Elina || Šen Bubnjevič, Nuša || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Kovač, Maša || 19 || || Kokol, Manja || Špan, Ana || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Rampre, Inja || 19 || || Ničić, Petar || Filipič, Žan || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Jeretič, Timon || 19 || || Založnik, Lina || Zaletelj, Teja || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Debevec, Ana || 19 || || Pikelj, Vesna || Vetrih, Elina || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Sedonja, Jakob || 20 || || Kovač, Maša || Kokol, Manja || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Činkole Črček, Anja || 20 || || Rampre, Inja || Ničić, Petar || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Gobec, Lara || 20 || || Jeretič, Timon || Založnik, Lina || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Milić, Danka || 20 || || Debevec, Ana || Pikelj, Vesna || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Štante, Nejc || 21 || || Sedonja, Jakob || Kovač, Maša || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Lanišek, Eva || 21 || || Činkole Črček, Anja || Rampre, Inja || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Bedjanič, Bine || 21 || || Gobec, Lara || Jeretič, Timon || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Presker, Urša || 21 || || Milić, Danka || Debevec, Ana || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Smodiš, Živa || 22 || || Štante, Nejc || Sedonja, Jakob || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Logar, Klara || 22 || || Lanišek, Eva || Činkole Črček, Anja || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Jelaković, Tina || 22 || || Bedjanič, Bine || Gobec, Lara || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Bratkovič, Maša || 22 || || Presker, Urša || Milić, Danka || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Žižmund, Bruno || 23 || || Smodiš, Živa || Štante, Nejc || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Sumina, Mia || 23 || || Logar, Klara || Lanišek, Eva || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Prevodnik, Tjaša || 23 || || Jelaković, Tina || Bedjanič, Bine || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Markova, Evdokija || 23 || || Bratkovič, Maša || Presker, Urša || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Papa, Maja || 23 || || Žižmund, Bruno || Smodiš, Živa || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Povzetki seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! naslov seminarja !! povzetek seminarja<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Proteinska fosfataza 1 (PP1), prisotna v vseh evkariontskih celicah, katalizira velik del defosforilacij serinskih (Ser) in treoninskih (Thr) aminokislinskih ostankov v proteinih. Sodeluje v številnih signalnih poteh in drugih celičnih procesih. Strogo jo regulirajo številni regulatorni interaktorji proteinske fosfataze ena (RIPPO). Dva najpogosteje izražena sta supresor-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitor-3 (I3). Omenjena regulatorna interaktorja proteinske fosfataze ena (RIPPO) tvorita trojni kompleks s proteinsko fosfatazo 1 (PP1). Njuna delecija vodi do fenotipov mitotske zaustavitve, kar je lahko za nekatere organizme smrtonosno. Funkcija supresorja-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitorja-3 (I3) je že desetletja neznanka. V preteklosti sta bila SDS22 in I3 poznana zgolj kot aktivatorja in inhibitorja PP1. V minulih letih pa so znanstveniki prišli do podrobnejših ugotovitev o kompleksni večstopenjski vlogi SDS22 in I3 v življenjskem ciklu PP1. Sodelujeta namreč pri stabilizaciji in aktivaciji novih PP1, translokaciji PP1 v jedro in tudi shranjevanju PP1 za ponovno uporabo pri tvorbi holoencimov. Obstoječe študije nakazujejo, da SDS22 in I3 služita tudi kot lovilca PP1 za protolitsko degradacijo. Predstavljene bodo posamezne in medsebojne interakcije PP1, SDS22 in I3. ||<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> |}<br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2024|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Povzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 do 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) elektronsko verzijo seminarja, predstavitev pa morate oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem ključu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> V seminarskih nalogah uporabljajte način citiranja, ki je predpisan za [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/datoteke/1-O_fakulteti/3-Pravilniki__akti/2_stopnja_Pravilnik_Priloge/Navodila_za_izdelavo_dipl_mag_dela_PB3.pdf diplomska in magistrska dela na FKKT].<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2025&diff=25115 2025-10-24T23:04:24Z

<p>Tadej Vertnik: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || 12 || || Sumina, Mia || Logar, Klara || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || 12 || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Prevodnik, Tjaša || Jelaković, Tina || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Grošelj, Kristina || 12 || || Markova, Evdokija || Bratkovič, Maša || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Korbar, Maruša || 12 || || Papa, Maja || Žižmund, Bruno || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Fink Ružič, Ema || 12 || || Sojer, Peter || Sumina, Mia || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Neloska, Nina || 12 || || Vertnik, Tadej || Prevodnik, Tjaša || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Bogataj, Tjaša || 12 || || Grošelj, Kristina || Markova, Evdokija || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Uršič, Neža || 12 || || Korbar, Maruša || Sojer, Peter || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Peteh, Zoja || 14-15 || || Fink Ružič, Ema || Papa, Maja || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Černoša, Žiga || 14-15 || || Neloska, Nina || Vertnik, Tadej || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Sitki, Anna || 14-15 || || Bogataj, Tjaša || Grošelj, Kristina || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Kranjc Praprotnik, Ana || 14-15 || || Uršič, Neža || Korbar, Maruša || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Željko, Urška || 16 || || Peteh, Zoja || Fink Ružič, Ema || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Matjašec, Klemen || 16 || || Černoša, Žiga || Neloska, Nina || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Trojer, Pavel || 16 || || Sitki, Anna || Bogataj, Tjaša || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Šen Bubnjevič, Nuša || 16 || || Kranjc Praprotnik, Ana || Uršič, Neža || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Špan, Ana || 17 || || Željko, Urška || Peteh, Zoja || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Filipič, Žan || 17 || || Matjašec, Klemen || Černoša, Žiga || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Zaletelj, Teja || 17 || || Trojer, Pavel || Sitki, Anna || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Vetrih, Elina || 17 || || Šen Bubnjevič, Nuša || Kranjc Praprotnik, Ana || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Kokol, Manja || 18 || || Špan, Ana || Željko, Urška || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Ničić, Petar || 18 || || Filipič, Žan || Matjašec, Klemen || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Založnik, Lina || 18 || || Zaletelj, Teja || Trojer, Pavel || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Pikelj, Vesna || 18 || || Vetrih, Elina || Šen Bubnjevič, Nuša || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Kovač, Maša || 19 || || Kokol, Manja || Špan, Ana || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Rampre, Inja || 19 || || Ničić, Petar || Filipič, Žan || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Jeretič, Timon || 19 || || Založnik, Lina || Zaletelj, Teja || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Debevec, Ana || 19 || || Pikelj, Vesna || Vetrih, Elina || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Sedonja, Jakob || 20 || || Kovač, Maša || Kokol, Manja || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Činkole Črček, Anja || 20 || || Rampre, Inja || Ničić, Petar || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Gobec, Lara || 20 || || Jeretič, Timon || Založnik, Lina || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Milić, Danka || 20 || || Debevec, Ana || Pikelj, Vesna || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Štante, Nejc || 21 || || Sedonja, Jakob || Kovač, Maša || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Lanišek, Eva || 21 || || Činkole Črček, Anja || Rampre, Inja || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Bedjanič, Bine || 21 || || Gobec, Lara || Jeretič, Timon || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Presker, Urša || 21 || || Milić, Danka || Debevec, Ana || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Smodiš, Živa || 22 || || Štante, Nejc || Sedonja, Jakob || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Logar, Klara || 22 || || Lanišek, Eva || Činkole Črček, Anja || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Jelaković, Tina || 22 || || Bedjanič, Bine || Gobec, Lara || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Bratkovič, Maša || 22 || || Presker, Urša || Milić, Danka || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Žižmund, Bruno || 23 || || Smodiš, Živa || Štante, Nejc || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Sumina, Mia || 23 || || Logar, Klara || Lanišek, Eva || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Prevodnik, Tjaša || 23 || || Jelaković, Tina || Bedjanič, Bine || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Markova, Evdokija || 23 || || Bratkovič, Maša || Presker, Urša || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Papa, Maja || 23 || || Žižmund, Bruno || Smodiš, Živa || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Povzetki seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! naslov seminarja !! povzetek seminarja<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Proteinska fosfataza 1 (PP1), prisotna v vseh evkariontskih celicah, katalizira velik del defosforilacij serinskih (Ser) in treoninskih (Thr) aminokislinskih ostankov v proteinih. Sodeluje v številnih signalnih poteh in drugih celičnih procesih. Strogo jo regulirajo številni regulatorni interaktorji proteinske fosfataze ena (RIPPO). Dva najpogosteje izražena sta supresor-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitor-3 (I3). Omenjena regulatorna interaktorja proteinske fosfataze ena (RIPPO) tvorita trojni kompleks s proteinsko fosfatazo 1 (PP1). Njuna delecija vodi do fenotipov mitotske zaustavitve, kar je lahko za nekatere organizme smrtonosno. Funkcija supresorja-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitorja-3 (I3) je že desetletja neznanka. V preteklosti sta bila SDS22 in I3 poznana zgolj kot aktivatorja in inhibitorja PP1. V minulih letih pa so znanstveniki prišli do podrobnejših ugotovitev o kompleksni večstopenjski vlogi SDS22 in I3 v življenjskem ciklu PP1. Sodelujeta namreč pri stabilizaciji in aktivaciji novih PP1, translokaciji PP1 v jedro in tudi shranjevanju PP1 za ponovno uporabo pri tvorbi holoencimov. Obstoječe študije nakazujejo, da SDS22 in I3 služita tudi kot lovilca PP1 za protolitsko degradacijo. Predstavljene bodo posamezne in medsebojne interakcije PP1, SDS22 in I3. ||<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> |}<br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2024|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Povzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 do 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) elektronsko verzijo seminarja, predstavitev pa morate oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem ključu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> V seminarskih nalogah uporabljajte način citiranja, ki je predpisan za [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/datoteke/1-O_fakulteti/3-Pravilniki__akti/2_stopnja_Pravilnik_Priloge/Navodila_za_izdelavo_dipl_mag_dela_PB3.pdf diplomska in magistrska dela na FKKT].<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Povzetki_seminarjev_2025/26&diff=25114 2025-10-24T23:03:29Z

<p>Tadej Vertnik: Created page with &quot;== Povzetki seminarjev == {| class=&quot;wikitable&quot; ! študent !! naslov seminarja !! povzetek seminarja |- | || || | |- | Vertnik, Tadej || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Proteinska fosfataza 1 (PP1), prisotna v vseh evkariontskih celicah, katalizira velik del defosforilacij serinskih (Ser) in treoninskih (Thr) aminokislinskih ostankov v proteinih. Sodeluje v številnih signalnih poteh in drugih celičnih procesih. Strogo jo regulirajo šte...&quot;</p> <hr /> <div>== Povzetki seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! naslov seminarja !! povzetek seminarja<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Proteinska fosfataza 1 (PP1), prisotna v vseh evkariontskih celicah, katalizira velik del defosforilacij serinskih (Ser) in treoninskih (Thr) aminokislinskih ostankov v proteinih. Sodeluje v številnih signalnih poteh in drugih celičnih procesih. Strogo jo regulirajo številni regulatorni interaktorji proteinske fosfataze ena (RIPPO). Dva najpogosteje izražena sta supresor-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitor-3 (I3). Omenjena regulatorna interaktorja proteinske fosfataze ena (RIPPO) tvorita trojni kompleks s proteinsko fosfatazo 1 (PP1). Njuna delecija vodi do fenotipov mitotske zaustavitve, kar je lahko za nekatere organizme smrtonosno. Funkcija supresorja-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitorja-3 (I3) je že desetletja neznanka. V preteklosti sta bila SDS22 in I3 poznana zgolj kot aktivatorja in inhibitorja PP1. V minulih letih pa so znanstveniki prišli do podrobnejših ugotovitev o kompleksni večstopenjski vlogi SDS22 in I3 v življenjskem ciklu PP1. Sodelujeta namreč pri stabilizaciji in aktivaciji novih PP1, translokaciji PP1 v jedro in tudi shranjevanju PP1 za ponovno uporabo pri tvorbi holoencimov. Obstoječe študije nakazujejo, da SDS22 in I3 služita tudi kot lovilca PP1 za protolitsko degradacijo. Predstavljene bodo posamezne in medsebojne interakcije PP1, SDS22 in I3. ||<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> |}</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2025&diff=25113 2025-10-24T23:00:52Z

<p>Tadej Vertnik: /* Biokemijski seminar */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || 12 || || Sumina, Mia || Logar, Klara || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || 12 || || Prevodnik, Tjaša || Jelaković, Tina || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Grošelj, Kristina || 12 || || Markova, Evdokija || Bratkovič, Maša || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Korbar, Maruša || 12 || || Papa, Maja || Žižmund, Bruno || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Fink Ružič, Ema || 12 || || Sojer, Peter || Sumina, Mia || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Neloska, Nina || 12 || || Vertnik, Tadej || Prevodnik, Tjaša || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Bogataj, Tjaša || 12 || || Grošelj, Kristina || Markova, Evdokija || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Uršič, Neža || 12 || || Korbar, Maruša || Sojer, Peter || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Peteh, Zoja || 14-15 || || Fink Ružič, Ema || Papa, Maja || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Černoša, Žiga || 14-15 || || Neloska, Nina || Vertnik, Tadej || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Sitki, Anna || 14-15 || || Bogataj, Tjaša || Grošelj, Kristina || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Kranjc Praprotnik, Ana || 14-15 || || Uršič, Neža || Korbar, Maruša || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Željko, Urška || 16 || || Peteh, Zoja || Fink Ružič, Ema || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Matjašec, Klemen || 16 || || Černoša, Žiga || Neloska, Nina || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Trojer, Pavel || 16 || || Sitki, Anna || Bogataj, Tjaša || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Šen Bubnjevič, Nuša || 16 || || Kranjc Praprotnik, Ana || Uršič, Neža || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Špan, Ana || 17 || || Željko, Urška || Peteh, Zoja || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Filipič, Žan || 17 || || Matjašec, Klemen || Černoša, Žiga || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Zaletelj, Teja || 17 || || Trojer, Pavel || Sitki, Anna || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Vetrih, Elina || 17 || || Šen Bubnjevič, Nuša || Kranjc Praprotnik, Ana || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Kokol, Manja || 18 || || Špan, Ana || Željko, Urška || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Ničić, Petar || 18 || || Filipič, Žan || Matjašec, Klemen || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Založnik, Lina || 18 || || Zaletelj, Teja || Trojer, Pavel || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Pikelj, Vesna || 18 || || Vetrih, Elina || Šen Bubnjevič, Nuša || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Kovač, Maša || 19 || || Kokol, Manja || Špan, Ana || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Rampre, Inja || 19 || || Ničić, Petar || Filipič, Žan || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Jeretič, Timon || 19 || || Založnik, Lina || Zaletelj, Teja || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Debevec, Ana || 19 || || Pikelj, Vesna || Vetrih, Elina || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Sedonja, Jakob || 20 || || Kovač, Maša || Kokol, Manja || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Činkole Črček, Anja || 20 || || Rampre, Inja || Ničić, Petar || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Gobec, Lara || 20 || || Jeretič, Timon || Založnik, Lina || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Milić, Danka || 20 || || Debevec, Ana || Pikelj, Vesna || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Štante, Nejc || 21 || || Sedonja, Jakob || Kovač, Maša || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Lanišek, Eva || 21 || || Činkole Črček, Anja || Rampre, Inja || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Bedjanič, Bine || 21 || || Gobec, Lara || Jeretič, Timon || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Presker, Urša || 21 || || Milić, Danka || Debevec, Ana || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Smodiš, Živa || 22 || || Štante, Nejc || Sedonja, Jakob || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Logar, Klara || 22 || || Lanišek, Eva || Činkole Črček, Anja || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Jelaković, Tina || 22 || || Bedjanič, Bine || Gobec, Lara || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Bratkovič, Maša || 22 || || Presker, Urša || Milić, Danka || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Žižmund, Bruno || 23 || || Smodiš, Živa || Štante, Nejc || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Sumina, Mia || 23 || || Logar, Klara || Lanišek, Eva || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Prevodnik, Tjaša || 23 || || Jelaković, Tina || Bedjanič, Bine || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Markova, Evdokija || 23 || || Bratkovič, Maša || Presker, Urša || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Papa, Maja || 23 || || Žižmund, Bruno || Smodiš, Živa || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Povzetki seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! naslov seminarja !! povzetek seminarja<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || Proteinska fosfataza 1 pod nadzorom SDS22 in inhibitorja-3 || Proteinska fosfataza 1 (PP1), prisotna v vseh evkariontskih celicah, katalizira velik del defosforilacij serinskih (Ser) in treoninskih (Thr) aminokislinskih ostankov v proteinih. Sodeluje v številnih signalnih poteh in drugih celičnih procesih. Strogo jo regulirajo številni regulatorni interaktorji proteinske fosfataze ena (RIPPO). Dva najpogosteje izražena sta supresor-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitor-3 (I3). Omenjena regulatorna interaktorja proteinske fosfataze ena (RIPPO) tvorita trojni kompleks s proteinsko fosfatazo 1 (PP1). Njuna delecija vodi do fenotipov mitotske zaustavitve, kar je lahko za nekatere organizme smrtonosno. Funkcija supresorja-Dis2-številka 2 (SDS22) in inhibitorja-3 (I3) je že desetletja neznanka. V preteklosti sta bila SDS22 in I3 poznana zgolj kot aktivatorja in inhibitorja PP1. V minulih letih pa so znanstveniki prišli do podrobnejših ugotovitev o kompleksni večstopenjski vlogi SDS22 in I3 v življenjskem ciklu PP1. Sodelujeta namreč pri stabilizaciji in aktivaciji novih PP1, translokaciji PP1 v jedro in tudi shranjevanju PP1 za ponovno uporabo pri tvorbi holoencimov. Obstoječe študije nakazujejo, da SDS22 in I3 služita tudi kot lovilca PP1 za protolitsko degradacijo. Predstavljene bodo posamezne in medsebojne interakcije PP1, SDS22 in I3. ||<br /> |-<br /> | || || |<br /> |-<br /> |}<br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2024|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Povzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 do 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) elektronsko verzijo seminarja, predstavitev pa morate oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem ključu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> V seminarskih nalogah uporabljajte način citiranja, ki je predpisan za [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/datoteke/1-O_fakulteti/3-Pravilniki__akti/2_stopnja_Pravilnik_Priloge/Navodila_za_izdelavo_dipl_mag_dela_PB3.pdf diplomska in magistrska dela na FKKT].<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2025&diff=25112 2025-10-20T21:12:21Z

<p>Tadej Vertnik: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || 12 || || Sumina, Mia || Logar, Klara || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || 12 || || Prevodnik, Tjaša || Jelaković, Tina || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Grošelj, Kristina || 12 || || Markova, Evdokija || Bratkovič, Maša || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Korbar, Maruša || 12 || || Papa, Maja || Žižmund, Bruno || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Fink Ružič, Ema || 12 || || Sojer, Peter || Sumina, Mia || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Neloska, Nina || 12 || || Vertnik, Tadej || Prevodnik, Tjaša || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Bogataj, Tjaša || 12 || || Grošelj, Kristina || Markova, Evdokija || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Uršič, Neža || 12 || || Korbar, Maruša || Sojer, Peter || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Peteh, Zoja || 14-15 || || Fink Ružič, Ema || Papa, Maja || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Černoša, Žiga || 14-15 || || Neloska, Nina || Vertnik, Tadej || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Sitki, Anna || 14-15 || || Bogataj, Tjaša || Grošelj, Kristina || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Kranjc Praprotnik, Ana || 14-15 || || Uršič, Neža || Korbar, Maruša || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Željko, Urška || 16 || || Peteh, Zoja || Fink Ružič, Ema || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Matjašec, Klemen || 16 || || Černoša, Žiga || Neloska, Nina || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Trojer, Pavel || 16 || || Sitki, Anna || Bogataj, Tjaša || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Šen Bubnjevič, Nuša || 16 || || Kranjc Praprotnik, Ana || Uršič, Neža || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Špan, Ana || 17 || || Željko, Urška || Peteh, Zoja || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Filipič, Žan || 17 || || Matjašec, Klemen || Černoša, Žiga || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Zaletelj, Teja || 17 || || Trojer, Pavel || Sitki, Anna || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Vetrih, Elina || 17 || || Šen Bubnjevič, Nuša || Kranjc Praprotnik, Ana || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Kokol, Manja || 18 || || Špan, Ana || Željko, Urška || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Ničić, Petar || 18 || || Filipič, Žan || Matjašec, Klemen || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Založnik, Lina || 18 || || Zaletelj, Teja || Trojer, Pavel || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Pikelj, Vesna || 18 || || Vetrih, Elina || Šen Bubnjevič, Nuša || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Kovač, Maša || 19 || || Kokol, Manja || Špan, Ana || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Rampre, Inja || 19 || || Ničić, Petar || Filipič, Žan || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Jeretič, Timon || 19 || || Založnik, Lina || Zaletelj, Teja || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Debevec, Ana || 19 || || Pikelj, Vesna || Vetrih, Elina || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Sedonja, Jakob || 20 || || Kovač, Maša || Kokol, Manja || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Činkole Črček, Anja || 20 || || Rampre, Inja || Ničić, Petar || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Gobec, Lara || 20 || || Jeretič, Timon || Založnik, Lina || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Milić, Danka || 20 || || Debevec, Ana || Pikelj, Vesna || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Štante, Nejc || 21 || || Sedonja, Jakob || Kovač, Maša || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Lanišek, Eva || 21 || || Činkole Črček, Anja || Rampre, Inja || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Bedjanič, Bine || 21 || || Gobec, Lara || Jeretič, Timon || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Presker, Urša || 21 || || Milić, Danka || Debevec, Ana || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Smodiš, Živa || 22 || || Štante, Nejc || Sedonja, Jakob || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Logar, Klara || 22 || || Lanišek, Eva || Činkole Črček, Anja || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Jelaković, Tina || 22 || || Bedjanič, Bine || Gobec, Lara || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Bratkovič, Maša || 22 || || Presker, Urša || Milić, Danka || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Žižmund, Bruno || 23 || || Smodiš, Živa || Štante, Nejc || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Sumina, Mia || 23 || || Logar, Klara || Lanišek, Eva || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Prevodnik, Tjaša || 23 || || Jelaković, Tina || Bedjanič, Bine || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Markova, Evdokija || 23 || || Bratkovič, Maša || Presker, Urša || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Papa, Maja || 23 || || Žižmund, Bruno || Smodiš, Živa || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2024|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Povzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 do 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) elektronsko verzijo seminarja, predstavitev pa morate oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem ključu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> V seminarskih nalogah uporabljajte način citiranja, ki je predpisan za [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/datoteke/1-O_fakulteti/3-Pravilniki__akti/2_stopnja_Pravilnik_Priloge/Navodila_za_izdelavo_dipl_mag_dela_PB3.pdf diplomska in magistrska dela na FKKT].<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.</div>

Tadej Vertnik https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2025&diff=25111 2025-10-20T21:02:17Z

<p>Tadej Vertnik: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! študent !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> | Sojer, Peter || 12 || || Sumina, Mia || Logar, Klara || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Vertnik, Tadej || 12 || Eksosomi: novi akterji v mreži usmerjanja aksonov || Prevodnik, Tjaša || Jelaković, Tina || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Grošelj, Kristina || 12 || || Markova, Evdokija || Bratkovič, Maša || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Korbar, Maruša || 12 || || Papa, Maja || Žižmund, Bruno || 24/10/2025 || 27/10/2025 || 29/10/2025<br /> |-<br /> | Fink Ružič, Ema || 12 || || Sojer, Peter || Sumina, Mia || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Neloska, Nina || 12 || || Vertnik, Tadej || Prevodnik, Tjaša || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Bogataj, Tjaša || 12 || || Grošelj, Kristina || Markova, Evdokija || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Uršič, Neža || 12 || || Korbar, Maruša || Sojer, Peter || 31/10/2025 || 03/11/2025 || 05/11/2025<br /> |-<br /> | Peteh, Zoja || 14-15 || || Fink Ružič, Ema || Papa, Maja || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Černoša, Žiga || 14-15 || || Neloska, Nina || Vertnik, Tadej || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Sitki, Anna || 14-15 || || Bogataj, Tjaša || Grošelj, Kristina || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Kranjc Praprotnik, Ana || 14-15 || || Uršič, Neža || Korbar, Maruša || 07/11/2025 || 10/11/2025 || 12/11/2025<br /> |-<br /> | Željko, Urška || 16 || || Peteh, Zoja || Fink Ružič, Ema || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Matjašec, Klemen || 16 || || Černoša, Žiga || Neloska, Nina || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Trojer, Pavel || 16 || || Sitki, Anna || Bogataj, Tjaša || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Šen Bubnjevič, Nuša || 16 || || Kranjc Praprotnik, Ana || Uršič, Neža || 14/11/2025 || 17/11/2025 || 19/11/2025<br /> |-<br /> | Špan, Ana || 17 || || Željko, Urška || Peteh, Zoja || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Filipič, Žan || 17 || || Matjašec, Klemen || Černoša, Žiga || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Zaletelj, Teja || 17 || || Trojer, Pavel || Sitki, Anna || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Vetrih, Elina || 17 || || Šen Bubnjevič, Nuša || Kranjc Praprotnik, Ana || 21/11/2025 || 24/11/2025 || 26/11/2025<br /> |-<br /> | Kokol, Manja || 18 || || Špan, Ana || Željko, Urška || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Ničić, Petar || 18 || || Filipič, Žan || Matjašec, Klemen || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Založnik, Lina || 18 || || Zaletelj, Teja || Trojer, Pavel || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Pikelj, Vesna || 18 || || Vetrih, Elina || Šen Bubnjevič, Nuša || 28/11/2025 || 01/12/2025 || 03/12/2025<br /> |-<br /> | Kovač, Maša || 19 || || Kokol, Manja || Špan, Ana || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Rampre, Inja || 19 || || Ničić, Petar || Filipič, Žan || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Jeretič, Timon || 19 || || Založnik, Lina || Zaletelj, Teja || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Debevec, Ana || 19 || || Pikelj, Vesna || Vetrih, Elina || 05/12/2025 || 08/12/2025 || 10/12/2025<br /> |-<br /> | Sedonja, Jakob || 20 || || Kovač, Maša || Kokol, Manja || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Činkole Črček, Anja || 20 || || Rampre, Inja || Ničić, Petar || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Gobec, Lara || 20 || || Jeretič, Timon || Založnik, Lina || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Milić, Danka || 20 || || Debevec, Ana || Pikelj, Vesna || 12/12/2025 || 15/12/2025 || 17/12/2025<br /> |-<br /> | Štante, Nejc || 21 || || Sedonja, Jakob || Kovač, Maša || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Lanišek, Eva || 21 || || Činkole Črček, Anja || Rampre, Inja || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Bedjanič, Bine || 21 || || Gobec, Lara || Jeretič, Timon || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Presker, Urša || 21 || || Milić, Danka || Debevec, Ana || 19/12/2025 || 22/12/2025 || 24/12/2025<br /> |-<br /> | Smodiš, Živa || 22 || || Štante, Nejc || Sedonja, Jakob || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Logar, Klara || 22 || || Lanišek, Eva || Činkole Črček, Anja || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Jelaković, Tina || 22 || || Bedjanič, Bine || Gobec, Lara || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Bratkovič, Maša || 22 || || Presker, Urša || Milić, Danka || 02/01/2026 || 05/01/2026 || 07/01/2026<br /> |-<br /> | Žižmund, Bruno || 23 || || Smodiš, Živa || Štante, Nejc || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Sumina, Mia || 23 || || Logar, Klara || Lanišek, Eva || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Prevodnik, Tjaša || 23 || || Jelaković, Tina || Bedjanič, Bine || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Markova, Evdokija || 23 || || Bratkovič, Maša || Presker, Urša || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |-<br /> | Papa, Maja || 23 || || Žižmund, Bruno || Smodiš, Živa || 09/01/2026 || 12/01/2026 || 14/01/2026<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2024|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Povzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 do 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) elektronsko verzijo seminarja, predstavitev pa morate oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem ključu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> V seminarskih nalogah uporabljajte način citiranja, ki je predpisan za [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/datoteke/1-O_fakulteti/3-Pravilniki__akti/2_stopnja_Pravilnik_Priloge/Navodila_za_izdelavo_dipl_mag_dela_PB3.pdf diplomska in magistrska dela na FKKT].<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.</div>

Tadej Vertnik