Wiki FKKT - User contributions [en]

Anodna in katodna mikrobna združba v eno-celični mikrobni gorivni celici

2015-06-03T22:17:49Z

TamaraMaric: New page: =UVOD= Mikrobne gorivne celice so naprave, ki iz obnovljivih virov ali odpadkov biomase proizvajajo energijo. V mikrobnih gorivnih celicah so mikroorganizmi tisti, ki katalizirajo oksidac...

=UVOD=

Mikrobne gorivne celice so naprave, ki iz obnovljivih virov ali odpadkov biomase proizvajajo energijo. V mikrobnih gorivnih celicah so mikroorganizmi tisti, ki katalizirajo oksidacijo organskih in anorganskih snovi. Elektroni, ki se sprostijo pri reakciji se prenesejo do anode, nato pa potujejo do katode, kjer poteče reakcija s protonom in končnim akceptorjem elektronov. Ta proces se imenuje zunanji prenos elektronov (EET). Sestavni deli gorivne celice določajo različne pogoje in sicer, temperaturo, pH, elektronske akceptorje, površino elektrod in velikost reaktorja. Anodne mikrobne združbe tvorijo biofilm na anodi ter tako na različne načine sodelujejo pri prenosu elektronov. Prenos poteka neposredno, preko kontakta membranskih citokromov in elektrode, ali posredno preko različnih prenašalcev, ki se na celični površini reducirajo in nato z difuzijo potujejo do anode, kjer se oksidirajo in tako oddajo elektron. V dosedanjih raziskavah so pokazali, da se na anodi najpogosteje nahaja rod bakterije ''Geobacter''. Z analizo mikromrež, kjer so opazovali izražanje genov, so znanstveniki pokazali, da sta pri generiranju toka ključna električno prevodni pili in citokrom c (OmcZ). OmcZ deluje na način elektrokemijskih vrat, ki sodelujejo pri prenosu elektronov na anodo. Piliji pa omogočajo prenos na daljšo razdaljo. Prenos elektronov se iz periplazemskega prostora na zunanjo membrano prenese preko verige citokromov c.
Za analizo sestave mikrobnih združb na elektrodah se znanstveniki poslužujejo različnih molekularnih tehnik. Ena izmed prvih tehnik, je elektroforeza temperaturnega gradienta (DGGE), kjer DNA in RNA zaradi različne sestave dentaurirata pri različnih temperaturah. Na ta način se da določiti mikrobni odtis. Sledita še metodi FISH, kjer z uporabo specifičnih prob kvantificiramo določeno populacijo in T-RFLP (‘angl’. Terminal restriction fragment length polymorphism). Najpogosteje za določitev mikrobnega odtisa pa se uporablja analiza gena 16S rRNA, ki je se je skozi evolucijo počasi spreminjal in je zato primeren za klasifikacijo in identifikacijo mikrobov. Tehnologija naslednje generacije sekvenciranja se je v zadnjem času zelo razvila in tako predstavlja odlično orodje za opis diverzitete in sestave mikrobnih združb.

=CILJ RAZISKAVE=

Pri proizvodnji bioplina ostane digestat, ki vsebuje visoko koncentracijo dušika, v obliki amoniaka, in fosfatnih spojin, ki se sproščata v okolje in tako onesnažujeta okolje. Mikrobne gorivne celice bi lahko uporabili za odstranjevanje zgoraj opisanih molekul. Cilj te raziskave je bila določtev mikrobnega odtisa na elektrodah v eno-celični mikrobni gorivni celici, ki delujejo na digestat, ki ostane pri proizvodnji bioplina.

=POTEK RAZISKAVE IN REZULTATI=

Eno-celična mikrobna gorivna celica je bila opremljena s katodo iz ogljika in dodane plasti iz mikropor, ki ojačajo izmenjavo kisika in pospešijo rast biofilma. Anoda je bila prav tako iz ogljika. Celico so inokulirali z digestatom bioplinov ter tako spremljali tok. Po 41 dnevih so odvzeli vzorce biofilma iz anode in katode ter s pomočjo tehnologije naslednje generacije sekvenciranja določili mikrobni odtis.
Ugotovili so, da sta v anodnem biofilmu najpogostejša reda bakterije ''Deferribacterales'' (51,6 % sekvenc) in ''Rhodospirillales'' (9 % sekvenc). V katodnem biofilmu pa ''Oceanospirillales'' (37,8 % sekvenc) in ''Bacteroidales'' (20,4 % sekvenc). Skoraj vse detektirane sekvence reda ''Deferribacterales'' so pripadale rodu ''Geovibrio'', ki je gram negativna bakterija in je sposobna oksidirati acetat v Fe (III). Med ''Rhodospirillales'' so bile najpogostejše vijolične ne-žveplene bakterije. Med ''Oceanospirillales'' je bil skoraj izključno prisoten rod ''Nitrincola''. Za slednje je značilna najvišja rast pri pH 9. Znotraj roda ''Bacteroidales'' se je pojavila največja diverziteta in vsi pripadniki se tudi drugače nahajajo v digestatu.

=ZAKLJUČEK=

V raziskavi so določili mikrobni odtis na anodi in katodi mikrobne gorivne celice. Znanstveniki predvidevajo, da ima pH močno vlogo pri določanju mikrobnih združb, kar prikazuje večji delež bakterij ''Nitrincola'' v bližini katode, kjer je pH bolj alkalen. Prav tako, pa na sestavo biofilma vpliva gradient kisika, saj so opazili da se aerobi nahajajo bolj na površini bofilma, medtem ko se anaerobi nahajajo v notranjosti.

MBT seminarji 2015

2015-06-03T22:11:48Z

TamaraMaric:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''

Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' 
# Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015
#A simpliﬁed and accurate detection of the genetically modiﬁed wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015

'''Gensko spremenjene živali''' 
# [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)
# Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015

'''Okolje''' 
# Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015
# Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015

'''Terapevtiki''' 
# Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila
# Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila

'''Encimi''' 
# Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015
# Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015
# Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015

'''Protitelesa''' 
# Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015
# Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015
# Functional mutations in and characterization of VHH against ''Helicobacter pylori'' urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). [[Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi Helicobacter pylori]]. Marko Radojković, 7. maja 2015

'''Cepiva''' 
# Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. [[Razvoj pegiliranih lipopleksov proti E6 za aplikacijo na sluznico pri predrakavih spremembah materničnega vratu]]. Tanja Korpar, 7. maja 2015
# A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. [[Nova "priming-boosting" strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu]]. Anita Kustec, 8. maja 2015
# Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) [[Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena.]] Daša Pavc, 8. maja 2015

'''Male molekule in polimeri''' 
# Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. [[Z metanolom inducirana terminacija polimerizacije poli(3-hidroksibutiratnih) polimerov: Vpliv na molekulsko maso]]. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015
# Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015
# Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases (Citorik RJ. ''et al''; Nature Biotechnology 32, 1141-1145, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n11/full/nbt.3011.html). [[Sekven%C4%8Dno specifi%C4%8Dna protimikrobna sredstva]] Iza Ogris, 15. maja 2015
# Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) [[Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije Lactococcus lactis izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline]] Maja Grdadolnik, 15. maja 2015

'''Pretvorba biomase''' 
# Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse (L. Jia ''et al''; Bioresource Technology 185, 2015; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114) [[Vpliv metod predobdelave na sinergizem celulaze in ksilanaze pri hidrolizi bagase]]. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015
# Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y [[Tretja generacija proizvodnje biovodika s pomočjo, z mikroalgami Scenedesmus obliquus hranjenimi bakterijami Clostridium butyricum in mešanico prilagojenih mikroorganizmov]] Nives Naraglav, 22. maja 2015
# Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436 [[Biokatalitični učinek encimske hidrolize dvovijačnega ekstruderja na destrukturiranje rastlinskega materiala]]. Griša Prinčič, 22. maja 2015

'''Metabolično inženirstvo''' 
# Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica (K. Qiao ''et al.''; Metabolic Engineering 29, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166) [[Povečanje proizvodnje lipidov v kvasovki Yarrowia lipolytica]]. Andreja Bratovš, 28. maja 2015
# Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). [[Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za proizvodnjo biogoriva in kemikalij iz maščobnih kislin]]. Dominik Kert, 29. maja 2015
# Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). [[Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline]]. Jure Zabret, 29. maja 2015

'''Biološki viri energije''' 
# Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. [[Anodna in katodna mikrobna združba v eno-celični mikrobni gorivni celici]] Tamara Marić, 4. junija 2015
# Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. [[Kombinacija temne fermentacije v trdnem stanju in mehanske obdelave za razgradnjo lignoceluloze: Inovativen pristop za proizvodnjo biogoriv in hlapnih organskih kislin.]] Jernej Pušnik, 4. junija 2015
# Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. [[Uporaba govejega gnoja v proizvodnji bioetanola.]] Nastja Pirman, 5. junija 2015
# Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. [[Celulolitični encimi talne glive Penicillium sp. TG2 in njihov potencial pri proizvodnji etanola.]] Jana Verbančič, 5. junija 2015

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' 
# Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija
# How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija
# Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015

Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi

2012-04-17T09:05:53Z

TamaraMaric: /* Ovire pri zdravljenju raka z RNAi */

==Uvod==
Z imenom rak označujemo skupino bolezni, katerih skupna značilnost je nenadzorovana proliferacija in sposobnost napadanja drugih tkiv. Danes najpogostejše oblike zdravljenja so operativni posegi, zdravljenje z zdravili, ki pobijajo rakaste celice ali zavirajo njihovo rast, radioterapija in imunoterapija. Naštete metode so precej nespecifične in invazivne zato poleg rakavih celic močno prizadanejo tudi zdravo tkivo, kar se odraža v hudih stranskih učinkih. Delovanje RNAi pa je usmerjeno na en ali na skupek sorodnih genov, zato je učinek lokaliziran le na mutirane celice.

==Vpliv RNAi v tumorskih celicah==
Princip delovanja RNAi je pri tumorskih celicah popolnoma enak kot pri normalnih celicah.
Ugotovljeno pa je bilo, da je izražanje miRNA pri rakavih celicah drugačno kot pri normalnih celicah, pri čemer se poveča predvsem ekspresija onkogenske miRNA. Na podlagi izražene miRNA je možno ugotoviti tako vrsto raka kot tudi stadij njegovega razvoja. Z induciranim spreminjanjem ekspresije miRNA pa je možno doseči tudi spremembe v fenotipu raka. Prav ti dve značilnosti sta osnova za razvoj zdravljenja z RNAi.

===Potencialne tarče zdravljenja===
S pomočjo študij mutacij, ki se pojavljajo v malignih tumorjih, so ugotovili, da so v rakavih celicah najpogostejše spremembe genov, ki zapisujejo za:
*proteine,ki sodelujejo pri regulaciji celičnega cikla,kot sta p53 in pRb,
*tirozin kinaze,
*pro- in antiapoptotske proteine,
*proteine povezane s celičnim staranjem,
*proteine, ki celicam omogočijo pritrditev na podlago in medsebojno povezovanje,
*proteine, ki vplivajo na razgradnjo in stabilnost drugih proteinov.

Poleg zgoraj naštetih so kot tarče za zdravljenje z RNAi uporabni tudi nekateri transkripcijski faktorji (npr. VEGF), ki sodelujejo pri ožiljenju, rasti ali razširjanju tumorjev po telesu.
S pomočjo vnosa sintetične miRNA ali siRNA je možno raziskovanje celičnih procesov, ki so specifični ali okvarjeni v rakavih celicah. Kot primer naj navedem, da so s pomočjo RNAi vektorjev in sistematičnega raziskovanja ter primerjave med izražanjem genov v rakavih in normalinih celicah, identificirali deubikvitinacijske encime in gene, vpletene v proces s TRAIL inducirane apoptoze. Poleg tega lahko s selektivnim sistematičnim utiševanjem posameznih genov raziskujemo vlogo in vpliv posamičnih proteinov na procese, kot so apoptoza in proliferacija, ki so spremenjeni pri praktično vseh vrstah rakov. S takšnim načinom raziskovanja so določili tudi zgoraj naštete tarče zdravljenja z RNAi.

===Razvoj terapevtikov===
Manipulacija izražanja genov lahko poteka z miRNA, s katero hkrati vplivamo na več genov, ki pa so pogosto medsebojno povezani v smislu skupnega vpliva na določen celični proces, ali s siRNA, ki je specifična za en sam gen.

Ena veja razvoja RNAi terapevtikov želi ustvariti zdravila, ki temeljijo na utišanju antiapoptotskih genov in genov udeleženih pri proliferaciji, s čimer bi rast tumorjev vsaj ustavili, oziroma rakave celice uničili. Druga veja pa razvija terapevtike, ki bi s svojim delovanjem preprečili izražanje proteinov, ki povzročajo rezistenco tumorskih celic na kemoterapevtike. S tem bi dobili dobra podporna zdravila, ki bi izboljšala uspešnost kemoterapije. Pri rakih, za katere je značilna okvara dicerja, pa zaradi drugačnega načina izražanja miRNA, terapije z RNAi niso uspešne.

===Princip delovanja terapevtikov===
Kot smo že omenili, so razlike fenotipov normalnega in rakavega tkiva osnova za razvoj terapevtikov. Do danes so razvili dva principa delovanja zdravil: neposredno in posredno. Pri neposredni metodi uporabljajo za blokiranje ekspresije onkogene miRNA in nadomeščanje tumor supresorske miRNA, ki je v rakavih celicah manj izražena, oligonukleotide in virusne konstrukte.
Pri posredni metodi uporabljajo zdravila, ki ne delujejo direktno na miRNA, ampak preko kompleksov, ki sodelujejo pri zorenju v zrelo miRNA.

*'''Protismerni oligonukleotidi''' delujejo kot kompetitivni inhibitorji na onkogeno miRNA. So komplementarni zaporedju željene miRNA in se ob vstopu v celico nanjo vežejo. Skupaj tvorita dupleks, ki se kasneje razgradi. V prvem poskusu so inhibitorno miRNA vbrizgali v ''D. melanogaster'' in koncentracija onkogene miRNA se je znižala. Ker enak poskus pri ''C. elegans'' ni bil uspešen, so znanstveniki s kemijsko modifikacijo stabilizirali inhibitorno miRNA ter tako povečali njeno specifičnost. miRNA je stabilizirana z metilno ali metoksietilno skupino na 2’-O mestu na ribozi. Delovanje protismernih oligonukleotidov so Krutzfeldt ''et al.'' pokazali na primeru miR-122, ki je najbolje izražena v jetrih. V mišjo repno veno so vbrizgali inhibitorno miRNA, drugače imenovano antagomir, in po 24 urah so opazili spremembo v koncentraciji miR-122. S tem so pokazali, da je utišanje genov s to metodo specifično, učinkovito in dolgotrajno, kajti učinek utišanja je trajal 23 dni.

*'''miRNA pivniki''' so transkripti z vezavnimi mesti za miRNA, katere delovanje želimo v celici preprečiti. V celici tekmujejo za vezavo onkogene miRNA z mRNA. V celici se prepisujejo iz predhodno vstavljenega vektorja. miRNA ima večjo afiniteto do tega transkripta kot do tarčne mRNA. Prvi razlog za to je popolna komplementarnost zaporedja onkogene miRNA in transkripta, drugi pa umetno narejena izboklina na mestu vezave za ago2 protein, ki omogoči bolj stabilno vezavo med miRNA sponges in onkogeno miRNA v kompleksu RISC. Eksperiment je pokazal, da miRNA pivniki v organizmu učinkujejo podobno kot protismerni oligonukleotidi.

*'''Obnova ekspresije tumor supresorske miRNA''': Dejstvo, da je v rakavem tkivu nižji nivo tumor supresorske miRNA v primerjavi z normalnim tkivom, izkoristimo tako, da jo dodamo umetno: intravenozno ali preko adenovirusnih vektorjev. Intravenozno vnašamo miRNA posnemovalke. To so dvovijačne, majhne in kemijsko modificirane molekule, ki inducirajo programirano celično smrt in blokirajo proliferacijo. V številnih tipih rakov je inhibirano izražanje miR-15a in družine miR-29. Eksperiment je pokazal, da ob vnosu teh dveh miRNA posnemovalk v jetrne tumorje ali rabdomiosarkome pride do inducirane celične smrti in posledičnega zmanjšanja tumorskega tkiva. Pri drugi metodi pa z adenovirusi transduciramo vektor v celico, s čimer zagotovimo dolgoročno ekspresijo in minimalno toksičnost. Dokazano je bilo, da je ekspresija miR-26 v jetrnih tumorjih zmanjšana. Kota ''et al''. pa so pokazali, da z vnosom adenovirusnega vektorja miR-26 dosežejo zmanjšanje tumorjev in zmanjšano stopnjo proliferacije.
[http://www.nature.com/nrd/journal/v9/n10/images/nrd3179-f4.jpg Shema principov delovanja terapevtikov]

==miRNA kot pomoč pri diagnosticiranju raka==
Razlike v ekspresiji miRNA v rakavih celicah glede na normalne celice lahko uporabimo tudi za diagnosticiranje vrste raka. Lu ''et al''. so v raziskavi pokazali, da je potrebno le približno 200 genov miRNA za uspešno klasifikacijo človeških rakavih obolenj. Za primerjavo naj navedem podatek, da so podobno klasifikacijo poskušali izvesti na podlagi mRNA. Uporabili so 16.000 genov mRNA, ki kodirajo za proteine, vendar jim ni uspelo najti povrzave med rakom z istim izvorom. Nasprotno pa imajo raki iz iste družine (npr. tumorji endotelijskega izvora: rak na debelem črevesu, rak na jetrih, trebušni slinavki) podoben profil izražanja miRNA. Baza podatkov z značilnimi miRNA profili za različne tumorje bi lahko v prihodnosti olajšala diagnozo in tudi zdravljenje raka, saj je s profilom izražanja miRNA poleg vrste raka možno določiti tudi stopnjo diferenciacije tumorskih celic. Ti dve informaciji pa bi bili v veliko pomoč pri odločitvah o vrsti terapije za pacienta.
Ugotovljeno je bilo tudi, da so pri določenih vrstah raka tudi v krvni plazmi prisotne različne miRNA. miRNA bi tako lahko uporabili kot neinvazivni biomarker za zgodnje odkrivanje raka, vendar so potrebne nadaljne raziskave, s katerimi bi določili normalne nivoje miRNA v krvi.

==Ovire pri zdravljenju raka z RNAi==
*Ena od največjih težav, s katerimi se srečujejo raziskovalci pri razvoju RNAi terapevtikov je '''vnos siRNA/shRNA''' v celico. Molekule RNAi lahko vežejo na prenašalce, od katerih so trenutno najbolj perspektivni različni nanodelci.
*Težavo lahko predstavlja tudi '''nespecifičnost RNAi'''. Čeprav je siRNA specifična za določen gen, lahko pride do hibridizacije s transkripti, ki vsebujejo le delno skladno zaporedje. Včasih je dovolj že 6-8 nukleotidov. Metilacija hidroksilne skupine na ribozi poveča afiniteto siRNA do določenega zaporedja.
*Rakave celice imajo pogosto zmanjšano koncentracijo dicerja in droshe, kar vpliva na procesiranje prekurzorjev siRNA. Pride lahko tudi do prenasičenja kompleksov RISC, kar vodi v tekmovanje med eksogeno siRNA/miRNA in endogeno miRNA. Posledično se lahko izrazijo geni, ki jih regulira endogena miRNA.
*Treba je tudi upoštevati, da se normalne celice na vstavljeno RNAi odzovejo drugače kot rakave celice. Ponavadi utišanje traja dlje v normalnem tkivu, saj se rakave celice delijo hitreje in pride do razredčenja interferenčnih molekul.
*'''Rezistenca na RNAi''': Pri siRNA lahko zaradi zelo specifične vezave že pri točkovnih mutacijah v tarčnem zaporedju pride do rezistence tumorskih celic na RNAi. Nekatera zaporedja so lahko tudi nedostopna za siRNA zaradi sekundarnih struktur ali vezanih proteinov. Tem dvem težavam se lahko izognemo tako, da si izberemo več zaporedij na tarčni mRNA in več tarčnih mRNA v sami celici. Z utišanjem genov pa ne moremo vplivati na že obstoječe proteine, zato je tudi dolga življenjska doba proteinov oblika rezistence. Rakave celice lahko postanejo odporne na RNAi tudi z mutacijo ali zmanjšanim izražanjem genov za proteine, ki sodelujejo pri procesiranju siRNA/miRNA (dicer, drosha, RISC kompleks). Te mehanizme rezistence bo potrebno še natančneje raziskati, da se bo lahko RNAi uporabljala za zdravljenje raka.

==Perspektive==
Večina farmacevtskih podjetij se ukvarja z razvojem zdravil na osnovi siRNA. Vsako zdravilo mora biti potrjeno v petih fazah kliničnega testiranja. Glede na to, da so vsi RNAi terapevtiki zaenkrat v fazi I ali II, v bližnji prihodnosti še ne moremo pričakovati zdravila za rakava obolenja, ki bi delovalo na osnovi RNA interference. Zaenkrat raziskave temeljijo na manipulaciji ene miRNA ali ene družine miRNA. Znanstveniki predvidevajo, da je razvoj raka odvisen od medsebojnega vpliva različnih miRNA, zato bo za učinkovito zdravljenje najverjetneje potrebno razviti zdravila, ki bodo vplivala na celotno mrežo miRNA v obolelih celicah in ne na eno samo. Izboljšave terapevtikov stremijo k minimalni toksičnosti nosilcev in maksimalni specifičnosti zdravila. Vizija razvoja je izdelava terapevtikov za vse vrste rakov, na katere lahko vplivamo z RNAi.

==Viri==
*Garzon R., Marcucci G., Croce C. M. Targeting microRNA in cancer: rationale, strategies and challenges. ''Nature reviews drug discovery'', 2010, vol. 9, str. 775-789.
*Pai SI ''et al''. Prospects of RNAi interference therapy for cancer. ''Gene therapy'', 2006, vol. 13, str. 464-477.
*Petrocca F. in Lieberman J. Promise and challenge of RNA interference - based therapy for cancer. ''Journal of clinical oncology'', 2011, letn. 29, štev. 9, str. 747-754.
*Pecot C. V. et al. RNA interference in the clinic: challenges and future directions. ''Nature reviews'', 2011, vol. 11, str. 59-67.
*Esquela-Kerscher, A. in Slack, F. J. Oncomirs — microRNAs with a role in cancer. ''Nature Reviews Cancer'', 2006, štev. 6, str. 259-269

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi

2012-04-17T09:05:14Z

TamaraMaric: /* Princip delovanja terapevtikov */

==Uvod==
Z imenom rak označujemo skupino bolezni, katerih skupna značilnost je nenadzorovana proliferacija in sposobnost napadanja drugih tkiv. Danes najpogostejše oblike zdravljenja so operativni posegi, zdravljenje z zdravili, ki pobijajo rakaste celice ali zavirajo njihovo rast, radioterapija in imunoterapija. Naštete metode so precej nespecifične in invazivne zato poleg rakavih celic močno prizadanejo tudi zdravo tkivo, kar se odraža v hudih stranskih učinkih. Delovanje RNAi pa je usmerjeno na en ali na skupek sorodnih genov, zato je učinek lokaliziran le na mutirane celice.

==Vpliv RNAi v tumorskih celicah==
Princip delovanja RNAi je pri tumorskih celicah popolnoma enak kot pri normalnih celicah.
Ugotovljeno pa je bilo, da je izražanje miRNA pri rakavih celicah drugačno kot pri normalnih celicah, pri čemer se poveča predvsem ekspresija onkogenske miRNA. Na podlagi izražene miRNA je možno ugotoviti tako vrsto raka kot tudi stadij njegovega razvoja. Z induciranim spreminjanjem ekspresije miRNA pa je možno doseči tudi spremembe v fenotipu raka. Prav ti dve značilnosti sta osnova za razvoj zdravljenja z RNAi.

===Potencialne tarče zdravljenja===
S pomočjo študij mutacij, ki se pojavljajo v malignih tumorjih, so ugotovili, da so v rakavih celicah najpogostejše spremembe genov, ki zapisujejo za:
*proteine,ki sodelujejo pri regulaciji celičnega cikla,kot sta p53 in pRb,
*tirozin kinaze,
*pro- in antiapoptotske proteine,
*proteine povezane s celičnim staranjem,
*proteine, ki celicam omogočijo pritrditev na podlago in medsebojno povezovanje,
*proteine, ki vplivajo na razgradnjo in stabilnost drugih proteinov.

Poleg zgoraj naštetih so kot tarče za zdravljenje z RNAi uporabni tudi nekateri transkripcijski faktorji (npr. VEGF), ki sodelujejo pri ožiljenju, rasti ali razširjanju tumorjev po telesu.
S pomočjo vnosa sintetične miRNA ali siRNA je možno raziskovanje celičnih procesov, ki so specifični ali okvarjeni v rakavih celicah. Kot primer naj navedem, da so s pomočjo RNAi vektorjev in sistematičnega raziskovanja ter primerjave med izražanjem genov v rakavih in normalinih celicah, identificirali deubikvitinacijske encime in gene, vpletene v proces s TRAIL inducirane apoptoze. Poleg tega lahko s selektivnim sistematičnim utiševanjem posameznih genov raziskujemo vlogo in vpliv posamičnih proteinov na procese, kot so apoptoza in proliferacija, ki so spremenjeni pri praktično vseh vrstah rakov. S takšnim načinom raziskovanja so določili tudi zgoraj naštete tarče zdravljenja z RNAi.

===Razvoj terapevtikov===
Manipulacija izražanja genov lahko poteka z miRNA, s katero hkrati vplivamo na več genov, ki pa so pogosto medsebojno povezani v smislu skupnega vpliva na določen celični proces, ali s siRNA, ki je specifična za en sam gen.

Ena veja razvoja RNAi terapevtikov želi ustvariti zdravila, ki temeljijo na utišanju antiapoptotskih genov in genov udeleženih pri proliferaciji, s čimer bi rast tumorjev vsaj ustavili, oziroma rakave celice uničili. Druga veja pa razvija terapevtike, ki bi s svojim delovanjem preprečili izražanje proteinov, ki povzročajo rezistenco tumorskih celic na kemoterapevtike. S tem bi dobili dobra podporna zdravila, ki bi izboljšala uspešnost kemoterapije. Pri rakih, za katere je značilna okvara dicerja, pa zaradi drugačnega načina izražanja miRNA, terapije z RNAi niso uspešne.

===Princip delovanja terapevtikov===
Kot smo že omenili, so razlike fenotipov normalnega in rakavega tkiva osnova za razvoj terapevtikov. Do danes so razvili dva principa delovanja zdravil: neposredno in posredno. Pri neposredni metodi uporabljajo za blokiranje ekspresije onkogene miRNA in nadomeščanje tumor supresorske miRNA, ki je v rakavih celicah manj izražena, oligonukleotide in virusne konstrukte.
Pri posredni metodi uporabljajo zdravila, ki ne delujejo direktno na miRNA, ampak preko kompleksov, ki sodelujejo pri zorenju v zrelo miRNA.

*'''Protismerni oligonukleotidi''' delujejo kot kompetitivni inhibitorji na onkogeno miRNA. So komplementarni zaporedju željene miRNA in se ob vstopu v celico nanjo vežejo. Skupaj tvorita dupleks, ki se kasneje razgradi. V prvem poskusu so inhibitorno miRNA vbrizgali v ''D. melanogaster'' in koncentracija onkogene miRNA se je znižala. Ker enak poskus pri ''C. elegans'' ni bil uspešen, so znanstveniki s kemijsko modifikacijo stabilizirali inhibitorno miRNA ter tako povečali njeno specifičnost. miRNA je stabilizirana z metilno ali metoksietilno skupino na 2’-O mestu na ribozi. Delovanje protismernih oligonukleotidov so Krutzfeldt ''et al.'' pokazali na primeru miR-122, ki je najbolje izražena v jetrih. V mišjo repno veno so vbrizgali inhibitorno miRNA, drugače imenovano antagomir, in po 24 urah so opazili spremembo v koncentraciji miR-122. S tem so pokazali, da je utišanje genov s to metodo specifično, učinkovito in dolgotrajno, kajti učinek utišanja je trajal 23 dni.

*'''miRNA pivniki''' so transkripti z vezavnimi mesti za miRNA, katere delovanje želimo v celici preprečiti. V celici tekmujejo za vezavo onkogene miRNA z mRNA. V celici se prepisujejo iz predhodno vstavljenega vektorja. miRNA ima večjo afiniteto do tega transkripta kot do tarčne mRNA. Prvi razlog za to je popolna komplementarnost zaporedja onkogene miRNA in transkripta, drugi pa umetno narejena izboklina na mestu vezave za ago2 protein, ki omogoči bolj stabilno vezavo med miRNA sponges in onkogeno miRNA v kompleksu RISC. Eksperiment je pokazal, da miRNA pivniki v organizmu učinkujejo podobno kot protismerni oligonukleotidi.

*'''Obnova ekspresije tumor supresorske miRNA''': Dejstvo, da je v rakavem tkivu nižji nivo tumor supresorske miRNA v primerjavi z normalnim tkivom, izkoristimo tako, da jo dodamo umetno: intravenozno ali preko adenovirusnih vektorjev. Intravenozno vnašamo miRNA posnemovalke. To so dvovijačne, majhne in kemijsko modificirane molekule, ki inducirajo programirano celično smrt in blokirajo proliferacijo. V številnih tipih rakov je inhibirano izražanje miR-15a in družine miR-29. Eksperiment je pokazal, da ob vnosu teh dveh miRNA posnemovalk v jetrne tumorje ali rabdomiosarkome pride do inducirane celične smrti in posledičnega zmanjšanja tumorskega tkiva. Pri drugi metodi pa z adenovirusi transduciramo vektor v celico, s čimer zagotovimo dolgoročno ekspresijo in minimalno toksičnost. Dokazano je bilo, da je ekspresija miR-26 v jetrnih tumorjih zmanjšana. Kota ''et al''. pa so pokazali, da z vnosom adenovirusnega vektorja miR-26 dosežejo zmanjšanje tumorjev in zmanjšano stopnjo proliferacije.
[http://www.nature.com/nrd/journal/v9/n10/images/nrd3179-f4.jpg Shema principov delovanja terapevtikov]

==miRNA kot pomoč pri diagnosticiranju raka==
Razlike v ekspresiji miRNA v rakavih celicah glede na normalne celice lahko uporabimo tudi za diagnosticiranje vrste raka. Lu ''et al''. so v raziskavi pokazali, da je potrebno le približno 200 genov miRNA za uspešno klasifikacijo človeških rakavih obolenj. Za primerjavo naj navedem podatek, da so podobno klasifikacijo poskušali izvesti na podlagi mRNA. Uporabili so 16.000 genov mRNA, ki kodirajo za proteine, vendar jim ni uspelo najti povrzave med rakom z istim izvorom. Nasprotno pa imajo raki iz iste družine (npr. tumorji endotelijskega izvora: rak na debelem črevesu, rak na jetrih, trebušni slinavki) podoben profil izražanja miRNA. Baza podatkov z značilnimi miRNA profili za različne tumorje bi lahko v prihodnosti olajšala diagnozo in tudi zdravljenje raka, saj je s profilom izražanja miRNA poleg vrste raka možno določiti tudi stopnjo diferenciacije tumorskih celic. Ti dve informaciji pa bi bili v veliko pomoč pri odločitvah o vrsti terapije za pacienta.
Ugotovljeno je bilo tudi, da so pri določenih vrstah raka tudi v krvni plazmi prisotne različne miRNA. miRNA bi tako lahko uporabili kot neinvazivni biomarker za zgodnje odkrivanje raka, vendar so potrebne nadaljne raziskave, s katerimi bi določili normalne nivoje miRNA v krvi.

==Ovire pri zdravljenju raka z RNAi==
*Ena od največjih težav, s katerimi se srečujejo raziskovalci pri razvoju RNAi terapevtikov je '''vnos siRNA/shRNA''' v celico. Molekule RNAi lahko vežejo na prenašalce, od katerih so trenutno najbolj perspektivni različni nanodelci.
*Težavo lahko predstavlja tudi '''nespecifičnost RNAi'''. Čeprav je siRNA specifična za določen gen, lahko pride do hibridizacije s transkripti, ki vsebujejo le delno skladno zaporedje. Včasih je dovolj že 6-8 nukleotidov. Metilacija hidroksilne skupine na ribozi poveča afiniteto siRNA do določenega zaporedja.
*Rakave celice imajo pogosto zmanjšano koncentracijo Dicerja in Droshe, kar vpliva na procesiranje prekurzorjev siRNA. Pride lahko tudi do prenasičenja kompleksov RISC, kar vodi v tekmovanje med eksogeno siRNA/miRNA in endogeno miRNA. Posledično se lahko izrazijo geni, ki jih regulira endogena miRNA.
*Treba je tudi upoštevati, da se normalne celice na vstavljeno RNAi odzovejo drugače kot rakave celice. Ponavadi utišanje traja dlje v normalnem tkivu, saj se rakave celice delijo hitreje in pride do razredčenja interferenčnih molekul.
*'''Rezistenca na RNAi''': Pri siRNA lahko zaradi zelo specifične vezave že pri točkovnih mutacijah v tarčnem zaporedju pride do rezistence tumorskih celic na RNAi. Nekatera zaporedja so lahko tudi nedostopna za siRNA zaradi sekundarnih struktur ali vezanih proteinov. Tem dvem težavam se lahko izognemo tako, da si izberemo več zaporedij na tarčni mRNA in več tarčnih mRNA v sami celici. Z utišanjem genov pa ne moremo vplivati na že obstoječe proteine, zato je tudi dolga življenjska doba proteinov oblika rezistence. Rakave celice lahko postanejo odporne na RNAi tudi z mutacijo ali zmanjšanim izražanjem genov za proteine, ki sodelujejo pri procesiranju siRNA/miRNA (Dicer, Drosha, RISC kompleks). Te mehanizme rezistence bo potrebno še natančneje raziskati, da se bo lahko RNAi uporabljala za zdravljenje raka.

==Perspektive==
Večina farmacevtskih podjetij se ukvarja z razvojem zdravil na osnovi siRNA. Vsako zdravilo mora biti potrjeno v petih fazah kliničnega testiranja. Glede na to, da so vsi RNAi terapevtiki zaenkrat v fazi I ali II, v bližnji prihodnosti še ne moremo pričakovati zdravila za rakava obolenja, ki bi delovalo na osnovi RNA interference. Zaenkrat raziskave temeljijo na manipulaciji ene miRNA ali ene družine miRNA. Znanstveniki predvidevajo, da je razvoj raka odvisen od medsebojnega vpliva različnih miRNA, zato bo za učinkovito zdravljenje najverjetneje potrebno razviti zdravila, ki bodo vplivala na celotno mrežo miRNA v obolelih celicah in ne na eno samo. Izboljšave terapevtikov stremijo k minimalni toksičnosti nosilcev in maksimalni specifičnosti zdravila. Vizija razvoja je izdelava terapevtikov za vse vrste rakov, na katere lahko vplivamo z RNAi.

==Viri==
*Garzon R., Marcucci G., Croce C. M. Targeting microRNA in cancer: rationale, strategies and challenges. ''Nature reviews drug discovery'', 2010, vol. 9, str. 775-789.
*Pai SI ''et al''. Prospects of RNAi interference therapy for cancer. ''Gene therapy'', 2006, vol. 13, str. 464-477.
*Petrocca F. in Lieberman J. Promise and challenge of RNA interference - based therapy for cancer. ''Journal of clinical oncology'', 2011, letn. 29, štev. 9, str. 747-754.
*Pecot C. V. et al. RNA interference in the clinic: challenges and future directions. ''Nature reviews'', 2011, vol. 11, str. 59-67.
*Esquela-Kerscher, A. in Slack, F. J. Oncomirs — microRNAs with a role in cancer. ''Nature Reviews Cancer'', 2006, štev. 6, str. 259-269

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi

2012-04-17T09:04:48Z

TamaraMaric: /* Razvoj terapevtikov */

==Uvod==
Z imenom rak označujemo skupino bolezni, katerih skupna značilnost je nenadzorovana proliferacija in sposobnost napadanja drugih tkiv. Danes najpogostejše oblike zdravljenja so operativni posegi, zdravljenje z zdravili, ki pobijajo rakaste celice ali zavirajo njihovo rast, radioterapija in imunoterapija. Naštete metode so precej nespecifične in invazivne zato poleg rakavih celic močno prizadanejo tudi zdravo tkivo, kar se odraža v hudih stranskih učinkih. Delovanje RNAi pa je usmerjeno na en ali na skupek sorodnih genov, zato je učinek lokaliziran le na mutirane celice.

==Vpliv RNAi v tumorskih celicah==
Princip delovanja RNAi je pri tumorskih celicah popolnoma enak kot pri normalnih celicah.
Ugotovljeno pa je bilo, da je izražanje miRNA pri rakavih celicah drugačno kot pri normalnih celicah, pri čemer se poveča predvsem ekspresija onkogenske miRNA. Na podlagi izražene miRNA je možno ugotoviti tako vrsto raka kot tudi stadij njegovega razvoja. Z induciranim spreminjanjem ekspresije miRNA pa je možno doseči tudi spremembe v fenotipu raka. Prav ti dve značilnosti sta osnova za razvoj zdravljenja z RNAi.

===Potencialne tarče zdravljenja===
S pomočjo študij mutacij, ki se pojavljajo v malignih tumorjih, so ugotovili, da so v rakavih celicah najpogostejše spremembe genov, ki zapisujejo za:
*proteine,ki sodelujejo pri regulaciji celičnega cikla,kot sta p53 in pRb,
*tirozin kinaze,
*pro- in antiapoptotske proteine,
*proteine povezane s celičnim staranjem,
*proteine, ki celicam omogočijo pritrditev na podlago in medsebojno povezovanje,
*proteine, ki vplivajo na razgradnjo in stabilnost drugih proteinov.

Poleg zgoraj naštetih so kot tarče za zdravljenje z RNAi uporabni tudi nekateri transkripcijski faktorji (npr. VEGF), ki sodelujejo pri ožiljenju, rasti ali razširjanju tumorjev po telesu.
S pomočjo vnosa sintetične miRNA ali siRNA je možno raziskovanje celičnih procesov, ki so specifični ali okvarjeni v rakavih celicah. Kot primer naj navedem, da so s pomočjo RNAi vektorjev in sistematičnega raziskovanja ter primerjave med izražanjem genov v rakavih in normalinih celicah, identificirali deubikvitinacijske encime in gene, vpletene v proces s TRAIL inducirane apoptoze. Poleg tega lahko s selektivnim sistematičnim utiševanjem posameznih genov raziskujemo vlogo in vpliv posamičnih proteinov na procese, kot so apoptoza in proliferacija, ki so spremenjeni pri praktično vseh vrstah rakov. S takšnim načinom raziskovanja so določili tudi zgoraj naštete tarče zdravljenja z RNAi.

===Razvoj terapevtikov===
Manipulacija izražanja genov lahko poteka z miRNA, s katero hkrati vplivamo na več genov, ki pa so pogosto medsebojno povezani v smislu skupnega vpliva na določen celični proces, ali s siRNA, ki je specifična za en sam gen.

Ena veja razvoja RNAi terapevtikov želi ustvariti zdravila, ki temeljijo na utišanju antiapoptotskih genov in genov udeleženih pri proliferaciji, s čimer bi rast tumorjev vsaj ustavili, oziroma rakave celice uničili. Druga veja pa razvija terapevtike, ki bi s svojim delovanjem preprečili izražanje proteinov, ki povzročajo rezistenco tumorskih celic na kemoterapevtike. S tem bi dobili dobra podporna zdravila, ki bi izboljšala uspešnost kemoterapije. Pri rakih, za katere je značilna okvara dicerja, pa zaradi drugačnega načina izražanja miRNA, terapije z RNAi niso uspešne.

===Princip delovanja terapevtikov===
Kot smo že omenili, so razlike fenotipov normalnega in rakavega tkiva osnova za razvoj terapevtikov. Do danes so razvili dva principa delovanja zdravil: neposredno in posredno. Pri neposredni metodi uporabljajo za blokiranje ekspresije onkogene miRNA in nadomeščanje tumor supresorske miRNA, ki je v rakavih celicah manj izražena, oligonukleotide in virusne konstrukte.
Pri posredni metodi uporabljajo zdravila, ki ne delujejo direktno na miRNA, ampak preko kompleksov, ki sodelujejo pri zorenju v zrelo miRNA.

*'''Protismerni oligonukleotidi''' delujejo kot kompetitivni inhibitorji na onkogeno miRNA. So komplementarni zaporedju željene miRNA in se ob vstopu v celico nanjo vežejo. Skupaj tvorita dupleks, ki se kasneje razgradi. V prvem poskusu so inhibitorno miRNA vbrizgali v ''D. melanogaster'' in koncentracija onkogene miRNA se je znižala. Ker enak poskus pri ''C. elegans'' ni bil uspešen, so znanstveniki s kemijsko modifikacijo stabilizirali inhibitorno miRNA ter tako povečali njeno specifičnost. miRNA je stabilizirana z metilno ali metoksietilno skupino na 2’-O mestu na ribozi. Delovanje protismernih oligonukleotidov so Krutzfeldt ''et al.'' pokazali na primeru miR-122, ki je najbolje izražena v jetrih. V mišjo repno veno so vbrizgali inhibitorno miRNA, drugače imenovano antagomir, in po 24 urah so opazili spremembo v koncentraciji miR-122. S tem so pokazali, da je utišanje genov s to metodo specifično, učinkovito in dolgotrajno, kajti učinek utišanja je trajal 23 dni.

*'''miRNA pivniki''' so transkripti z vezavnimi mesti za miRNA, katere delovanje želimo v celici preprečiti. V celici tekmujejo za vezavo onkogene miRNA z mRNA. V celici se prepisujejo iz predhodno vstavljenega vektorja. miRNA ima večjo afiniteto do tega transkripta kot do tarčne mRNA. Prvi razlog za to je popolna komplementarnost zaporedja onkogene miRNA in transkripta, drugi pa umetno narejena izboklina na mestu vezave za Ago2 protein, ki omogoči bolj stabilno vezavo med miRNA sponges in onkogeno miRNA v kompleksu RISC. Eksperiment je pokazal, da miRNA pivniki v organizmu učinkujejo podobno kot protismerni oligonukleotidi.

*'''Obnova ekspresije tumor supresorske miRNA''': Dejstvo, da je v rakavem tkivu nižji nivo tumor supresorske miRNA v primerjavi z normalnim tkivom, izkoristimo tako, da jo dodamo umetno: intravenozno ali preko adenovirusnih vektorjev. Intravenozno vnašamo miRNA posnemovalke. To so dvovijačne, majhne in kemijsko modificirane molekule, ki inducirajo programirano celično smrt in blokirajo proliferacijo. V številnih tipih rakov je inhibirano izražanje miR-15a in družine miR-29. Eksperiment je pokazal, da ob vnosu teh dveh miRNA posnemovalk v jetrne tumorje ali rabdomiosarkome pride do inducirane celične smrti in posledičnega zmanjšanja tumorskega tkiva. Pri drugi metodi pa z adenovirusi transduciramo vektor v celico, s čimer zagotovimo dolgoročno ekspresijo in minimalno toksičnost. Dokazano je bilo, da je ekspresija miR-26 v jetrnih tumorjih zmanjšana. Kota ''et al''. pa so pokazali, da z vnosom adenovirusnega vektorja miR-26 dosežejo zmanjšanje tumorjev in zmanjšano stopnjo proliferacije.
[http://www.nature.com/nrd/journal/v9/n10/images/nrd3179-f4.jpg Shema principov delovanja terapevtikov]

==miRNA kot pomoč pri diagnosticiranju raka==
Razlike v ekspresiji miRNA v rakavih celicah glede na normalne celice lahko uporabimo tudi za diagnosticiranje vrste raka. Lu ''et al''. so v raziskavi pokazali, da je potrebno le približno 200 genov miRNA za uspešno klasifikacijo človeških rakavih obolenj. Za primerjavo naj navedem podatek, da so podobno klasifikacijo poskušali izvesti na podlagi mRNA. Uporabili so 16.000 genov mRNA, ki kodirajo za proteine, vendar jim ni uspelo najti povrzave med rakom z istim izvorom. Nasprotno pa imajo raki iz iste družine (npr. tumorji endotelijskega izvora: rak na debelem črevesu, rak na jetrih, trebušni slinavki) podoben profil izražanja miRNA. Baza podatkov z značilnimi miRNA profili za različne tumorje bi lahko v prihodnosti olajšala diagnozo in tudi zdravljenje raka, saj je s profilom izražanja miRNA poleg vrste raka možno določiti tudi stopnjo diferenciacije tumorskih celic. Ti dve informaciji pa bi bili v veliko pomoč pri odločitvah o vrsti terapije za pacienta.
Ugotovljeno je bilo tudi, da so pri določenih vrstah raka tudi v krvni plazmi prisotne različne miRNA. miRNA bi tako lahko uporabili kot neinvazivni biomarker za zgodnje odkrivanje raka, vendar so potrebne nadaljne raziskave, s katerimi bi določili normalne nivoje miRNA v krvi.

==Ovire pri zdravljenju raka z RNAi==
*Ena od največjih težav, s katerimi se srečujejo raziskovalci pri razvoju RNAi terapevtikov je '''vnos siRNA/shRNA''' v celico. Molekule RNAi lahko vežejo na prenašalce, od katerih so trenutno najbolj perspektivni različni nanodelci.
*Težavo lahko predstavlja tudi '''nespecifičnost RNAi'''. Čeprav je siRNA specifična za določen gen, lahko pride do hibridizacije s transkripti, ki vsebujejo le delno skladno zaporedje. Včasih je dovolj že 6-8 nukleotidov. Metilacija hidroksilne skupine na ribozi poveča afiniteto siRNA do določenega zaporedja.
*Rakave celice imajo pogosto zmanjšano koncentracijo Dicerja in Droshe, kar vpliva na procesiranje prekurzorjev siRNA. Pride lahko tudi do prenasičenja kompleksov RISC, kar vodi v tekmovanje med eksogeno siRNA/miRNA in endogeno miRNA. Posledično se lahko izrazijo geni, ki jih regulira endogena miRNA.
*Treba je tudi upoštevati, da se normalne celice na vstavljeno RNAi odzovejo drugače kot rakave celice. Ponavadi utišanje traja dlje v normalnem tkivu, saj se rakave celice delijo hitreje in pride do razredčenja interferenčnih molekul.
*'''Rezistenca na RNAi''': Pri siRNA lahko zaradi zelo specifične vezave že pri točkovnih mutacijah v tarčnem zaporedju pride do rezistence tumorskih celic na RNAi. Nekatera zaporedja so lahko tudi nedostopna za siRNA zaradi sekundarnih struktur ali vezanih proteinov. Tem dvem težavam se lahko izognemo tako, da si izberemo več zaporedij na tarčni mRNA in več tarčnih mRNA v sami celici. Z utišanjem genov pa ne moremo vplivati na že obstoječe proteine, zato je tudi dolga življenjska doba proteinov oblika rezistence. Rakave celice lahko postanejo odporne na RNAi tudi z mutacijo ali zmanjšanim izražanjem genov za proteine, ki sodelujejo pri procesiranju siRNA/miRNA (Dicer, Drosha, RISC kompleks). Te mehanizme rezistence bo potrebno še natančneje raziskati, da se bo lahko RNAi uporabljala za zdravljenje raka.

==Perspektive==
Večina farmacevtskih podjetij se ukvarja z razvojem zdravil na osnovi siRNA. Vsako zdravilo mora biti potrjeno v petih fazah kliničnega testiranja. Glede na to, da so vsi RNAi terapevtiki zaenkrat v fazi I ali II, v bližnji prihodnosti še ne moremo pričakovati zdravila za rakava obolenja, ki bi delovalo na osnovi RNA interference. Zaenkrat raziskave temeljijo na manipulaciji ene miRNA ali ene družine miRNA. Znanstveniki predvidevajo, da je razvoj raka odvisen od medsebojnega vpliva različnih miRNA, zato bo za učinkovito zdravljenje najverjetneje potrebno razviti zdravila, ki bodo vplivala na celotno mrežo miRNA v obolelih celicah in ne na eno samo. Izboljšave terapevtikov stremijo k minimalni toksičnosti nosilcev in maksimalni specifičnosti zdravila. Vizija razvoja je izdelava terapevtikov za vse vrste rakov, na katere lahko vplivamo z RNAi.

==Viri==
*Garzon R., Marcucci G., Croce C. M. Targeting microRNA in cancer: rationale, strategies and challenges. ''Nature reviews drug discovery'', 2010, vol. 9, str. 775-789.
*Pai SI ''et al''. Prospects of RNAi interference therapy for cancer. ''Gene therapy'', 2006, vol. 13, str. 464-477.
*Petrocca F. in Lieberman J. Promise and challenge of RNA interference - based therapy for cancer. ''Journal of clinical oncology'', 2011, letn. 29, štev. 9, str. 747-754.
*Pecot C. V. et al. RNA interference in the clinic: challenges and future directions. ''Nature reviews'', 2011, vol. 11, str. 59-67.
*Esquela-Kerscher, A. in Slack, F. J. Oncomirs — microRNAs with a role in cancer. ''Nature Reviews Cancer'', 2006, štev. 6, str. 259-269

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi

2012-04-17T09:04:29Z

TamaraMaric: /* Potencialne tarče zdravljenja */

==Uvod==
Z imenom rak označujemo skupino bolezni, katerih skupna značilnost je nenadzorovana proliferacija in sposobnost napadanja drugih tkiv. Danes najpogostejše oblike zdravljenja so operativni posegi, zdravljenje z zdravili, ki pobijajo rakaste celice ali zavirajo njihovo rast, radioterapija in imunoterapija. Naštete metode so precej nespecifične in invazivne zato poleg rakavih celic močno prizadanejo tudi zdravo tkivo, kar se odraža v hudih stranskih učinkih. Delovanje RNAi pa je usmerjeno na en ali na skupek sorodnih genov, zato je učinek lokaliziran le na mutirane celice.

==Vpliv RNAi v tumorskih celicah==
Princip delovanja RNAi je pri tumorskih celicah popolnoma enak kot pri normalnih celicah.
Ugotovljeno pa je bilo, da je izražanje miRNA pri rakavih celicah drugačno kot pri normalnih celicah, pri čemer se poveča predvsem ekspresija onkogenske miRNA. Na podlagi izražene miRNA je možno ugotoviti tako vrsto raka kot tudi stadij njegovega razvoja. Z induciranim spreminjanjem ekspresije miRNA pa je možno doseči tudi spremembe v fenotipu raka. Prav ti dve značilnosti sta osnova za razvoj zdravljenja z RNAi.

===Potencialne tarče zdravljenja===
S pomočjo študij mutacij, ki se pojavljajo v malignih tumorjih, so ugotovili, da so v rakavih celicah najpogostejše spremembe genov, ki zapisujejo za:
*proteine,ki sodelujejo pri regulaciji celičnega cikla,kot sta p53 in pRb,
*tirozin kinaze,
*pro- in antiapoptotske proteine,
*proteine povezane s celičnim staranjem,
*proteine, ki celicam omogočijo pritrditev na podlago in medsebojno povezovanje,
*proteine, ki vplivajo na razgradnjo in stabilnost drugih proteinov.

Poleg zgoraj naštetih so kot tarče za zdravljenje z RNAi uporabni tudi nekateri transkripcijski faktorji (npr. VEGF), ki sodelujejo pri ožiljenju, rasti ali razširjanju tumorjev po telesu.
S pomočjo vnosa sintetične miRNA ali siRNA je možno raziskovanje celičnih procesov, ki so specifični ali okvarjeni v rakavih celicah. Kot primer naj navedem, da so s pomočjo RNAi vektorjev in sistematičnega raziskovanja ter primerjave med izražanjem genov v rakavih in normalinih celicah, identificirali deubikvitinacijske encime in gene, vpletene v proces s TRAIL inducirane apoptoze. Poleg tega lahko s selektivnim sistematičnim utiševanjem posameznih genov raziskujemo vlogo in vpliv posamičnih proteinov na procese, kot so apoptoza in proliferacija, ki so spremenjeni pri praktično vseh vrstah rakov. S takšnim načinom raziskovanja so določili tudi zgoraj naštete tarče zdravljenja z RNAi.

===Razvoj terapevtikov===
Manipulacija izražanja genov lahko poteka z miRNA, s katero hkrati vplivamo na več genov, ki pa so pogosto medsebojno povezani v smislu skupnega vpliva na določen celični proces, ali s siRNA, ki je specifična za en sam gen.

Ena veja razvoja RNAi terapevtikov želi ustvariti zdravila, ki temeljijo na utišanju antiapoptotskih genov in genov udeleženih pri proliferaciji, s čimer bi rast tumorjev vsaj ustavili, oziroma rakave celice uničili. Druga veja pa razvija terapevtike, ki bi s svojim delovanjem preprečili izražanje proteinov, ki povzročajo rezistenco tumorskih celic na kemoterapevtike. S tem bi dobili dobra podporna zdravila, ki bi izboljšala uspešnost kemoterapije. Pri rakih, za katere je značilna okvara Dicerja, pa zaradi drugačnega načina izražanja miRNA, terapije z RNAi niso uspešne.

===Princip delovanja terapevtikov===
Kot smo že omenili, so razlike fenotipov normalnega in rakavega tkiva osnova za razvoj terapevtikov. Do danes so razvili dva principa delovanja zdravil: neposredno in posredno. Pri neposredni metodi uporabljajo za blokiranje ekspresije onkogene miRNA in nadomeščanje tumor supresorske miRNA, ki je v rakavih celicah manj izražena, oligonukleotide in virusne konstrukte.
Pri posredni metodi uporabljajo zdravila, ki ne delujejo direktno na miRNA, ampak preko kompleksov, ki sodelujejo pri zorenju v zrelo miRNA.

*'''Protismerni oligonukleotidi''' delujejo kot kompetitivni inhibitorji na onkogeno miRNA. So komplementarni zaporedju željene miRNA in se ob vstopu v celico nanjo vežejo. Skupaj tvorita dupleks, ki se kasneje razgradi. V prvem poskusu so inhibitorno miRNA vbrizgali v ''D. melanogaster'' in koncentracija onkogene miRNA se je znižala. Ker enak poskus pri ''C. elegans'' ni bil uspešen, so znanstveniki s kemijsko modifikacijo stabilizirali inhibitorno miRNA ter tako povečali njeno specifičnost. miRNA je stabilizirana z metilno ali metoksietilno skupino na 2’-O mestu na ribozi. Delovanje protismernih oligonukleotidov so Krutzfeldt ''et al.'' pokazali na primeru miR-122, ki je najbolje izražena v jetrih. V mišjo repno veno so vbrizgali inhibitorno miRNA, drugače imenovano antagomir, in po 24 urah so opazili spremembo v koncentraciji miR-122. S tem so pokazali, da je utišanje genov s to metodo specifično, učinkovito in dolgotrajno, kajti učinek utišanja je trajal 23 dni.

*'''miRNA pivniki''' so transkripti z vezavnimi mesti za miRNA, katere delovanje želimo v celici preprečiti. V celici tekmujejo za vezavo onkogene miRNA z mRNA. V celici se prepisujejo iz predhodno vstavljenega vektorja. miRNA ima večjo afiniteto do tega transkripta kot do tarčne mRNA. Prvi razlog za to je popolna komplementarnost zaporedja onkogene miRNA in transkripta, drugi pa umetno narejena izboklina na mestu vezave za Ago2 protein, ki omogoči bolj stabilno vezavo med miRNA sponges in onkogeno miRNA v kompleksu RISC. Eksperiment je pokazal, da miRNA pivniki v organizmu učinkujejo podobno kot protismerni oligonukleotidi.

*'''Obnova ekspresije tumor supresorske miRNA''': Dejstvo, da je v rakavem tkivu nižji nivo tumor supresorske miRNA v primerjavi z normalnim tkivom, izkoristimo tako, da jo dodamo umetno: intravenozno ali preko adenovirusnih vektorjev. Intravenozno vnašamo miRNA posnemovalke. To so dvovijačne, majhne in kemijsko modificirane molekule, ki inducirajo programirano celično smrt in blokirajo proliferacijo. V številnih tipih rakov je inhibirano izražanje miR-15a in družine miR-29. Eksperiment je pokazal, da ob vnosu teh dveh miRNA posnemovalk v jetrne tumorje ali rabdomiosarkome pride do inducirane celične smrti in posledičnega zmanjšanja tumorskega tkiva. Pri drugi metodi pa z adenovirusi transduciramo vektor v celico, s čimer zagotovimo dolgoročno ekspresijo in minimalno toksičnost. Dokazano je bilo, da je ekspresija miR-26 v jetrnih tumorjih zmanjšana. Kota ''et al''. pa so pokazali, da z vnosom adenovirusnega vektorja miR-26 dosežejo zmanjšanje tumorjev in zmanjšano stopnjo proliferacije.
[http://www.nature.com/nrd/journal/v9/n10/images/nrd3179-f4.jpg Shema principov delovanja terapevtikov]

==miRNA kot pomoč pri diagnosticiranju raka==
Razlike v ekspresiji miRNA v rakavih celicah glede na normalne celice lahko uporabimo tudi za diagnosticiranje vrste raka. Lu ''et al''. so v raziskavi pokazali, da je potrebno le približno 200 genov miRNA za uspešno klasifikacijo človeških rakavih obolenj. Za primerjavo naj navedem podatek, da so podobno klasifikacijo poskušali izvesti na podlagi mRNA. Uporabili so 16.000 genov mRNA, ki kodirajo za proteine, vendar jim ni uspelo najti povrzave med rakom z istim izvorom. Nasprotno pa imajo raki iz iste družine (npr. tumorji endotelijskega izvora: rak na debelem črevesu, rak na jetrih, trebušni slinavki) podoben profil izražanja miRNA. Baza podatkov z značilnimi miRNA profili za različne tumorje bi lahko v prihodnosti olajšala diagnozo in tudi zdravljenje raka, saj je s profilom izražanja miRNA poleg vrste raka možno določiti tudi stopnjo diferenciacije tumorskih celic. Ti dve informaciji pa bi bili v veliko pomoč pri odločitvah o vrsti terapije za pacienta.
Ugotovljeno je bilo tudi, da so pri določenih vrstah raka tudi v krvni plazmi prisotne različne miRNA. miRNA bi tako lahko uporabili kot neinvazivni biomarker za zgodnje odkrivanje raka, vendar so potrebne nadaljne raziskave, s katerimi bi določili normalne nivoje miRNA v krvi.

==Ovire pri zdravljenju raka z RNAi==
*Ena od največjih težav, s katerimi se srečujejo raziskovalci pri razvoju RNAi terapevtikov je '''vnos siRNA/shRNA''' v celico. Molekule RNAi lahko vežejo na prenašalce, od katerih so trenutno najbolj perspektivni različni nanodelci.
*Težavo lahko predstavlja tudi '''nespecifičnost RNAi'''. Čeprav je siRNA specifična za določen gen, lahko pride do hibridizacije s transkripti, ki vsebujejo le delno skladno zaporedje. Včasih je dovolj že 6-8 nukleotidov. Metilacija hidroksilne skupine na ribozi poveča afiniteto siRNA do določenega zaporedja.
*Rakave celice imajo pogosto zmanjšano koncentracijo Dicerja in Droshe, kar vpliva na procesiranje prekurzorjev siRNA. Pride lahko tudi do prenasičenja kompleksov RISC, kar vodi v tekmovanje med eksogeno siRNA/miRNA in endogeno miRNA. Posledično se lahko izrazijo geni, ki jih regulira endogena miRNA.
*Treba je tudi upoštevati, da se normalne celice na vstavljeno RNAi odzovejo drugače kot rakave celice. Ponavadi utišanje traja dlje v normalnem tkivu, saj se rakave celice delijo hitreje in pride do razredčenja interferenčnih molekul.
*'''Rezistenca na RNAi''': Pri siRNA lahko zaradi zelo specifične vezave že pri točkovnih mutacijah v tarčnem zaporedju pride do rezistence tumorskih celic na RNAi. Nekatera zaporedja so lahko tudi nedostopna za siRNA zaradi sekundarnih struktur ali vezanih proteinov. Tem dvem težavam se lahko izognemo tako, da si izberemo več zaporedij na tarčni mRNA in več tarčnih mRNA v sami celici. Z utišanjem genov pa ne moremo vplivati na že obstoječe proteine, zato je tudi dolga življenjska doba proteinov oblika rezistence. Rakave celice lahko postanejo odporne na RNAi tudi z mutacijo ali zmanjšanim izražanjem genov za proteine, ki sodelujejo pri procesiranju siRNA/miRNA (Dicer, Drosha, RISC kompleks). Te mehanizme rezistence bo potrebno še natančneje raziskati, da se bo lahko RNAi uporabljala za zdravljenje raka.

==Perspektive==
Večina farmacevtskih podjetij se ukvarja z razvojem zdravil na osnovi siRNA. Vsako zdravilo mora biti potrjeno v petih fazah kliničnega testiranja. Glede na to, da so vsi RNAi terapevtiki zaenkrat v fazi I ali II, v bližnji prihodnosti še ne moremo pričakovati zdravila za rakava obolenja, ki bi delovalo na osnovi RNA interference. Zaenkrat raziskave temeljijo na manipulaciji ene miRNA ali ene družine miRNA. Znanstveniki predvidevajo, da je razvoj raka odvisen od medsebojnega vpliva različnih miRNA, zato bo za učinkovito zdravljenje najverjetneje potrebno razviti zdravila, ki bodo vplivala na celotno mrežo miRNA v obolelih celicah in ne na eno samo. Izboljšave terapevtikov stremijo k minimalni toksičnosti nosilcev in maksimalni specifičnosti zdravila. Vizija razvoja je izdelava terapevtikov za vse vrste rakov, na katere lahko vplivamo z RNAi.

==Viri==
*Garzon R., Marcucci G., Croce C. M. Targeting microRNA in cancer: rationale, strategies and challenges. ''Nature reviews drug discovery'', 2010, vol. 9, str. 775-789.
*Pai SI ''et al''. Prospects of RNAi interference therapy for cancer. ''Gene therapy'', 2006, vol. 13, str. 464-477.
*Petrocca F. in Lieberman J. Promise and challenge of RNA interference - based therapy for cancer. ''Journal of clinical oncology'', 2011, letn. 29, štev. 9, str. 747-754.
*Pecot C. V. et al. RNA interference in the clinic: challenges and future directions. ''Nature reviews'', 2011, vol. 11, str. 59-67.
*Esquela-Kerscher, A. in Slack, F. J. Oncomirs — microRNAs with a role in cancer. ''Nature Reviews Cancer'', 2006, štev. 6, str. 259-269

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi

2012-04-17T09:03:34Z

TamaraMaric: /* Princip delovanja terapevtikov */

==Uvod==
Z imenom rak označujemo skupino bolezni, katerih skupna značilnost je nenadzorovana proliferacija in sposobnost napadanja drugih tkiv. Danes najpogostejše oblike zdravljenja so operativni posegi, zdravljenje z zdravili, ki pobijajo rakaste celice ali zavirajo njihovo rast, radioterapija in imunoterapija. Naštete metode so precej nespecifične in invazivne zato poleg rakavih celic močno prizadanejo tudi zdravo tkivo, kar se odraža v hudih stranskih učinkih. Delovanje RNAi pa je usmerjeno na en ali na skupek sorodnih genov, zato je učinek lokaliziran le na mutirane celice.

==Vpliv RNAi v tumorskih celicah==
Princip delovanja RNAi je pri tumorskih celicah popolnoma enak kot pri normalnih celicah.
Ugotovljeno pa je bilo, da je izražanje miRNA pri rakavih celicah drugačno kot pri normalnih celicah, pri čemer se poveča predvsem ekspresija onkogenske miRNA. Na podlagi izražene miRNA je možno ugotoviti tako vrsto raka kot tudi stadij njegovega razvoja. Z induciranim spreminjanjem ekspresije miRNA pa je možno doseči tudi spremembe v fenotipu raka. Prav ti dve značilnosti sta osnova za razvoj zdravljenja z RNAi.

===Potencialne tarče zdravljenja===
S pomočjo študij mutacij, ki se pojavljajo v malignih tumorjih, so ugotovili, da so v rakavih celicah najpogostejše spremembe genov, ki zapisujejo za:
*proteine,ki sodelujejo pri regulaciji celičnega cikla,kot sta P53 in PRb,
*tirozin kinaze,
*pro- in antiapoptotske proteine,
*proteine povezane s celičnim staranjem,
*proteine, ki celicam omogočijo pritrditev na podlago in medsebojno povezovanje,
*proteine, ki vplivajo na razgradnjo in stabilnost drugih proteinov.

Poleg zgoraj naštetih so kot tarče za zdravljenje z RNAi uporabni tudi nekateri transkripcijski faktorji (npr. VEGF), ki sodelujejo pri ožiljenju, rasti ali razširjanju tumorjev po telesu.
S pomočjo vnosa sintetične miRNA ali siRNA je možno raziskovanje celičnih procesov, ki so specifični ali okvarjeni v rakavih celicah. Kot primer naj navedem, da so s pomočjo RNAi vektorjev in sistematičnega raziskovanja ter primerjave med izražanjem genov v rakavih in normalinih celicah, identificirali deubikvitinacijske encime in gene, vpletene v proces s TRAIL inducirane apoptoze. Poleg tega lahko s selektivnim sistematičnim utiševanjem posameznih genov raziskujemo vlogo in vpliv posamičnih proteinov na procese, kot so apoptoza in proliferacija, ki so spremenjeni pri praktično vseh vrstah rakov. S takšnim načinom raziskovanja so določili tudi zgoraj naštete tarče zdravljenja z RNAi.

===Razvoj terapevtikov===
Manipulacija izražanja genov lahko poteka z miRNA, s katero hkrati vplivamo na več genov, ki pa so pogosto medsebojno povezani v smislu skupnega vpliva na določen celični proces, ali s siRNA, ki je specifična za en sam gen.

Ena veja razvoja RNAi terapevtikov želi ustvariti zdravila, ki temeljijo na utišanju antiapoptotskih genov in genov udeleženih pri proliferaciji, s čimer bi rast tumorjev vsaj ustavili, oziroma rakave celice uničili. Druga veja pa razvija terapevtike, ki bi s svojim delovanjem preprečili izražanje proteinov, ki povzročajo rezistenco tumorskih celic na kemoterapevtike. S tem bi dobili dobra podporna zdravila, ki bi izboljšala uspešnost kemoterapije. Pri rakih, za katere je značilna okvara Dicerja, pa zaradi drugačnega načina izražanja miRNA, terapije z RNAi niso uspešne.

===Princip delovanja terapevtikov===
Kot smo že omenili, so razlike fenotipov normalnega in rakavega tkiva osnova za razvoj terapevtikov. Do danes so razvili dva principa delovanja zdravil: neposredno in posredno. Pri neposredni metodi uporabljajo za blokiranje ekspresije onkogene miRNA in nadomeščanje tumor supresorske miRNA, ki je v rakavih celicah manj izražena, oligonukleotide in virusne konstrukte.
Pri posredni metodi uporabljajo zdravila, ki ne delujejo direktno na miRNA, ampak preko kompleksov, ki sodelujejo pri zorenju v zrelo miRNA.

*'''Protismerni oligonukleotidi''' delujejo kot kompetitivni inhibitorji na onkogeno miRNA. So komplementarni zaporedju željene miRNA in se ob vstopu v celico nanjo vežejo. Skupaj tvorita dupleks, ki se kasneje razgradi. V prvem poskusu so inhibitorno miRNA vbrizgali v ''D. melanogaster'' in koncentracija onkogene miRNA se je znižala. Ker enak poskus pri ''C. elegans'' ni bil uspešen, so znanstveniki s kemijsko modifikacijo stabilizirali inhibitorno miRNA ter tako povečali njeno specifičnost. miRNA je stabilizirana z metilno ali metoksietilno skupino na 2’-O mestu na ribozi. Delovanje protismernih oligonukleotidov so Krutzfeldt ''et al.'' pokazali na primeru miR-122, ki je najbolje izražena v jetrih. V mišjo repno veno so vbrizgali inhibitorno miRNA, drugače imenovano antagomir, in po 24 urah so opazili spremembo v koncentraciji miR-122. S tem so pokazali, da je utišanje genov s to metodo specifično, učinkovito in dolgotrajno, kajti učinek utišanja je trajal 23 dni.

*'''miRNA pivniki''' so transkripti z vezavnimi mesti za miRNA, katere delovanje želimo v celici preprečiti. V celici tekmujejo za vezavo onkogene miRNA z mRNA. V celici se prepisujejo iz predhodno vstavljenega vektorja. miRNA ima večjo afiniteto do tega transkripta kot do tarčne mRNA. Prvi razlog za to je popolna komplementarnost zaporedja onkogene miRNA in transkripta, drugi pa umetno narejena izboklina na mestu vezave za Ago2 protein, ki omogoči bolj stabilno vezavo med miRNA sponges in onkogeno miRNA v kompleksu RISC. Eksperiment je pokazal, da miRNA pivniki v organizmu učinkujejo podobno kot protismerni oligonukleotidi.

*'''Obnova ekspresije tumor supresorske miRNA''': Dejstvo, da je v rakavem tkivu nižji nivo tumor supresorske miRNA v primerjavi z normalnim tkivom, izkoristimo tako, da jo dodamo umetno: intravenozno ali preko adenovirusnih vektorjev. Intravenozno vnašamo miRNA posnemovalke. To so dvovijačne, majhne in kemijsko modificirane molekule, ki inducirajo programirano celično smrt in blokirajo proliferacijo. V številnih tipih rakov je inhibirano izražanje miR-15a in družine miR-29. Eksperiment je pokazal, da ob vnosu teh dveh miRNA posnemovalk v jetrne tumorje ali rabdomiosarkome pride do inducirane celične smrti in posledičnega zmanjšanja tumorskega tkiva. Pri drugi metodi pa z adenovirusi transduciramo vektor v celico, s čimer zagotovimo dolgoročno ekspresijo in minimalno toksičnost. Dokazano je bilo, da je ekspresija miR-26 v jetrnih tumorjih zmanjšana. Kota ''et al''. pa so pokazali, da z vnosom adenovirusnega vektorja miR-26 dosežejo zmanjšanje tumorjev in zmanjšano stopnjo proliferacije.
[http://www.nature.com/nrd/journal/v9/n10/images/nrd3179-f4.jpg Shema principov delovanja terapevtikov]

==miRNA kot pomoč pri diagnosticiranju raka==
Razlike v ekspresiji miRNA v rakavih celicah glede na normalne celice lahko uporabimo tudi za diagnosticiranje vrste raka. Lu ''et al''. so v raziskavi pokazali, da je potrebno le približno 200 genov miRNA za uspešno klasifikacijo človeških rakavih obolenj. Za primerjavo naj navedem podatek, da so podobno klasifikacijo poskušali izvesti na podlagi mRNA. Uporabili so 16.000 genov mRNA, ki kodirajo za proteine, vendar jim ni uspelo najti povrzave med rakom z istim izvorom. Nasprotno pa imajo raki iz iste družine (npr. tumorji endotelijskega izvora: rak na debelem črevesu, rak na jetrih, trebušni slinavki) podoben profil izražanja miRNA. Baza podatkov z značilnimi miRNA profili za različne tumorje bi lahko v prihodnosti olajšala diagnozo in tudi zdravljenje raka, saj je s profilom izražanja miRNA poleg vrste raka možno določiti tudi stopnjo diferenciacije tumorskih celic. Ti dve informaciji pa bi bili v veliko pomoč pri odločitvah o vrsti terapije za pacienta.
Ugotovljeno je bilo tudi, da so pri določenih vrstah raka tudi v krvni plazmi prisotne različne miRNA. miRNA bi tako lahko uporabili kot neinvazivni biomarker za zgodnje odkrivanje raka, vendar so potrebne nadaljne raziskave, s katerimi bi določili normalne nivoje miRNA v krvi.

==Ovire pri zdravljenju raka z RNAi==
*Ena od največjih težav, s katerimi se srečujejo raziskovalci pri razvoju RNAi terapevtikov je '''vnos siRNA/shRNA''' v celico. Molekule RNAi lahko vežejo na prenašalce, od katerih so trenutno najbolj perspektivni različni nanodelci.
*Težavo lahko predstavlja tudi '''nespecifičnost RNAi'''. Čeprav je siRNA specifična za določen gen, lahko pride do hibridizacije s transkripti, ki vsebujejo le delno skladno zaporedje. Včasih je dovolj že 6-8 nukleotidov. Metilacija hidroksilne skupine na ribozi poveča afiniteto siRNA do določenega zaporedja.
*Rakave celice imajo pogosto zmanjšano koncentracijo Dicerja in Droshe, kar vpliva na procesiranje prekurzorjev siRNA. Pride lahko tudi do prenasičenja kompleksov RISC, kar vodi v tekmovanje med eksogeno siRNA/miRNA in endogeno miRNA. Posledično se lahko izrazijo geni, ki jih regulira endogena miRNA.
*Treba je tudi upoštevati, da se normalne celice na vstavljeno RNAi odzovejo drugače kot rakave celice. Ponavadi utišanje traja dlje v normalnem tkivu, saj se rakave celice delijo hitreje in pride do razredčenja interferenčnih molekul.
*'''Rezistenca na RNAi''': Pri siRNA lahko zaradi zelo specifične vezave že pri točkovnih mutacijah v tarčnem zaporedju pride do rezistence tumorskih celic na RNAi. Nekatera zaporedja so lahko tudi nedostopna za siRNA zaradi sekundarnih struktur ali vezanih proteinov. Tem dvem težavam se lahko izognemo tako, da si izberemo več zaporedij na tarčni mRNA in več tarčnih mRNA v sami celici. Z utišanjem genov pa ne moremo vplivati na že obstoječe proteine, zato je tudi dolga življenjska doba proteinov oblika rezistence. Rakave celice lahko postanejo odporne na RNAi tudi z mutacijo ali zmanjšanim izražanjem genov za proteine, ki sodelujejo pri procesiranju siRNA/miRNA (Dicer, Drosha, RISC kompleks). Te mehanizme rezistence bo potrebno še natančneje raziskati, da se bo lahko RNAi uporabljala za zdravljenje raka.

==Perspektive==
Večina farmacevtskih podjetij se ukvarja z razvojem zdravil na osnovi siRNA. Vsako zdravilo mora biti potrjeno v petih fazah kliničnega testiranja. Glede na to, da so vsi RNAi terapevtiki zaenkrat v fazi I ali II, v bližnji prihodnosti še ne moremo pričakovati zdravila za rakava obolenja, ki bi delovalo na osnovi RNA interference. Zaenkrat raziskave temeljijo na manipulaciji ene miRNA ali ene družine miRNA. Znanstveniki predvidevajo, da je razvoj raka odvisen od medsebojnega vpliva različnih miRNA, zato bo za učinkovito zdravljenje najverjetneje potrebno razviti zdravila, ki bodo vplivala na celotno mrežo miRNA v obolelih celicah in ne na eno samo. Izboljšave terapevtikov stremijo k minimalni toksičnosti nosilcev in maksimalni specifičnosti zdravila. Vizija razvoja je izdelava terapevtikov za vse vrste rakov, na katere lahko vplivamo z RNAi.

==Viri==
*Garzon R., Marcucci G., Croce C. M. Targeting microRNA in cancer: rationale, strategies and challenges. ''Nature reviews drug discovery'', 2010, vol. 9, str. 775-789.
*Pai SI ''et al''. Prospects of RNAi interference therapy for cancer. ''Gene therapy'', 2006, vol. 13, str. 464-477.
*Petrocca F. in Lieberman J. Promise and challenge of RNA interference - based therapy for cancer. ''Journal of clinical oncology'', 2011, letn. 29, štev. 9, str. 747-754.
*Pecot C. V. et al. RNA interference in the clinic: challenges and future directions. ''Nature reviews'', 2011, vol. 11, str. 59-67.
*Esquela-Kerscher, A. in Slack, F. J. Oncomirs — microRNAs with a role in cancer. ''Nature Reviews Cancer'', 2006, štev. 6, str. 259-269

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi

2012-04-17T07:48:12Z

TamaraMaric: /* Princip delovanja terapevtikov */

==Uvod==
Z imenom rak označujemo skupino bolezni, katerih skupna značilnost je nenadzorovana proliferacija in sposobnost napadanja drugih tkiv. Danes najpogostejše oblike zdravljenja so operativni posegi, zdravljenje z zdravili, ki pobijajo rakaste celice ali zavirajo njihovo rast, radioterapija in imunoterapija. Naštete metode so precej nespecifične in invazivne zato poleg rakavih celic močno prizadanejo tudi zdravo tkivo, kar se odraža v hudih stranskih učinkih. Delovanje RNAi pa je usmerjeno na en ali na skupek sorodnih genov, zato je učinek lokaliziran le na mutirane celice.

==Vpliv RNAi v tumorskih celicah==
Princip delovanja RNAi je pri tumorskih celicah popolnoma enak kot pri normalnih celicah.
Ugotovljeno pa je bilo, da je izražanje miRNA pri rakavih celicah drugačno kot pri normalnih celicah, pri čemer se poveča predvsem ekspresija onkogenske miRNA. Na podlagi izražene miRNA je možno ugotoviti tako vrsto raka kot tudi stadij njegovega razvoja. Z induciranim spreminjanjem ekspresije miRNA pa je možno doseči tudi spremembe v fenotipu raka. Prav ti dve značilnosti sta osnova za razvoj zdravljenja z RNAi.

===Potencialne tarče zdravljenja===
S pomočjo študij mutacij, ki se pojavljajo v malignih tumorjih, so ugotovili, da so v rakavih celicah najpogostejše spremembe genov, ki zapisujejo za:
*proteine,ki sodelujejo pri regulaciji celičnega cikla,kot sta P53 in PRb,
*tirozin kinaze,
*pro- in antiapoptotske proteine,
*proteine povezane s celičnim staranjem,
*proteine, ki celicam omogočijo pritrditev na podlago in medsebojno povezovanje,
*proteine, ki vplivajo na razgradnjo in stabilnost drugih proteinov.

Poleg zgoraj naštetih so kot tarče za zdravljenje z RNAi uporabni tudi nekateri transkripcijski faktorji (npr. VEGF), ki sodelujejo pri ožiljenju, rasti ali razširjanju tumorjev po telesu.
S pomočjo vnosa sintetične miRNA ali siRNA je možno raziskovanje celičnih procesov, ki so specifični ali okvarjeni v rakavih celicah. Kot primer naj navedem, da so s pomočjo RNAi vektorjev in sistematičnega raziskovanja ter primerjave med izražanjem genov v rakavih in normalinih celicah, identificirali deubikvitinacijske encime in gene, vpletene v proces s TRAIL inducirane apoptoze. Poleg tega lahko s selektivnim sistematičnim utiševanjem posameznih genov raziskujemo vlogo in vpliv posamičnih proteinov na procese, kot so apoptoza in proliferacija, ki so spremenjeni pri praktično vseh vrstah rakov. S takšnim načinom raziskovanja so določili tudi zgoraj naštete tarče zdravljenja z RNAi.

===Razvoj terapevtikov===
Manipulacija izražanja genov lahko poteka z miRNA, s katero hkrati vplivamo na več genov, ki pa so pogosto medsebojno povezani v smislu skupnega vpliva na določen celični proces, ali s siRNA, ki je specifična za en sam gen.

Ena veja razvoja RNAi terapevtikov želi ustvariti zdravila, ki temeljijo na utišanju antiapoptotskih genov in genov udeleženih pri proliferaciji, s čimer bi rast tumorjev vsaj ustavili, oziroma rakave celice uničili. Druga veja pa razvija terapevtike, ki bi s svojim delovanjem preprečili izražanje proteinov, ki povzročajo rezistenco tumorskih celic na kemoterapevtike. S tem bi dobili dobra podporna zdravila, ki bi izboljšala uspešnost kemoterapije. Pri rakih, za katere je značilna okvara Dicerja, pa zaradi drugačnega načina izražanja miRNA, terapije z RNAi niso uspešne.

===Princip delovanja terapevtikov===
Kot smo že omenili, so razlike fenotipov normalnega in rakavega tkiva osnova za razvoj terapevtikov. Do danes so razvili dva principa delovanja zdravil: neposredno in posredno. Pri neposredni metodi uporabljajo za blokiranje ekspresije onkogene miRNA in nadomeščanje tumor supresorske miRNA, ki je v rakavih celicah manj izražena, oligonukleotide in virusne konstrukte.
Pri posredni metodi uporabljajo zdravila, ki ne delujejo direktno na miRNA, ampak preko kompleksov, ki sodelujejo pri zorenju v zrelo miRNA.

*'''Antisense oligonukleotidi''' delujejo kot kompetitivni inhibitorji na onkogeno miRNA. So komplementarni zaporedju željene miRNA in se ob vstopu v celico nanjo vežejo. Skupaj tvorita dupleks, ki se kasneje razgradi. V prvem poskusu so inhibitorno miRNA vbrizgali v ''D. melanogaster'' in koncentracija onkogene miRNA se je znižala. Ker enak poskus pri ''C. elegans'' ni bil uspešen, so znanstveniki s kemijsko modifikacijo stabilizirali inhibitorno miRNA ter tako povečali njeno specifičnost. miRNA je stabilizirana z metilno ali metoksietilno skupino na 2’-O mestu na ribozi. Delovanje antisense oligonukleotidov so Krutzfeldt ''et al.'' pokazali na primeru miR-122, ki je najbolje izražena v jetrih. V mišjo repno veno so vbrizgali inhibitorno miRNA, drugače imenovano antagomir, in po 24 urah so opazili spremembo v koncentraciji miR-122. S tem so pokazali, da je utišanje genov s to metodo specifično, učinkovito in dolgotrajno, kajti učinek utišanja je trajal 23 dni.

*'''miRNA sponges''' so transkripti z vezavnimi mesti za miRNA, katere delovanje želimo v celici preprečiti. V celici tekmujejo za vezavo onkogene miRNA z mRNA. V celici se prepisujejo iz predhodno vstavljenega vektorja. miRNA ima večjo afiniteto do tega transkripta kot do tarčne mRNA. Prvi razlog za to je popolna komplementarnost zaporedja onkogene miRNA in transkripta, drugi pa umetno narejena izboklina na mestu vezave za Ago2 protein, ki omogoči bolj stabilno vezavo med miRNA sponges in onkogeno miRNA v kompleksu RISC. Eksperiment je pokazal, da miRNA sponges v organizmu učinkujejo podobno kot antisense oligonukleotidi.

*'''Obnova ekspresije tumor supresorske miRNA''': Dejstvo, da je v rakavem tkivu nižji nivo tumor supresorske miRNA v primerjavi z normalnim tkivom, izkoristimo tako, da jo dodamo umetno: intravenozno ali preko adenovirusnih vektorjev. Intravenozno vnašamo miRNA mimike. To so dvovijačne, majhne in kemijsko modificirane molekule, ki inducirajo programirano celično smrt in blokirajo proliferacijo. V številnih tipih rakov je inhibirano izražanje miR-15a in družine miR-29. Eksperiment je pokazal, da ob vnosu teh dveh miRNA mimik v jetrne tumorje ali rabdomiosarkome pride do inducirane celične smrti in posledičnega zmanjšanja tumorskega tkiva. Pri drugi metodi pa z adenovirusi transduciramo vektor v celico, s čimer zagotovimo dolgoročno ekspresijo in minimalno toksičnost. Dokazano je bilo, da je ekspresija miR-26 v jetrnih tumorjih zmanjšana. Kota ''et al''. pa so pokazali, da z vnosom adenovirusnega vektorja miR-26 dosežejo zmanjšanje tumorjev in zmanjšano stopnjo proliferacije.
[http://www.nature.com/nrd/journal/v9/n10/images/nrd3179-f4.jpg Shema principov delovanja terapevtikov]

==miRNA kot pomoč pri diagnosticiranju raka==
Razlike v ekspresiji miRNA v rakavih celicah glede na normalne celice lahko uporabimo tudi za diagnosticiranje vrste raka. Lu ''et al''. so v raziskavi pokazali, da je potrebno le približno 200 genov miRNA za uspešno klasifikacijo človeških rakavih obolenj. Za primerjavo naj navedem podatek, da so podobno klasifikacijo poskušali izvesti na podlagi mRNA. Uporabili so 16.000 genov mRNA, ki kodirajo za proteine, vendar jim ni uspelo najti povrzave med rakom z istim izvorom. Nasprotno pa imajo raki iz iste družine (npr. tumorji endotelijskega izvora: rak na debelem črevesu, rak na jetrih, trebušni slinavki) podoben profil izražanja miRNA. Baza podatkov z značilnimi miRNA profili za različne tumorje bi lahko v prihodnosti olajšala diagnozo in tudi zdravljenje raka, saj je s profilom izražanja miRNA poleg vrste raka možno določiti tudi stopnjo diferenciacije tumorskih celic. Ti dve informaciji pa bi bili v veliko pomoč pri odločitvah o vrsti terapije za pacienta.
Ugotovljeno je bilo tudi, da so pri določenih vrstah raka tudi v krvni plazmi prisotne različne miRNA. miRNA bi tako lahko uporabili kot neinvazivni biomarker za zgodnje odkrivanje raka, vendar so potrebne nadaljne raziskave, s katerimi bi določili normalne nivoje miRNA v krvi.

==Ovire pri zdravljenju raka z RNAi==
*Ena od največjih težav, s katerimi se srečujejo raziskovalci pri razvoju RNAi terapevtikov je '''vnos siRNA/shRNA''' v celico. Molekule RNAi lahko vežejo na prenašalce, od katerih so trenutno najbolj perspektivni različni nanodelci.
*Težavo lahko predstavlja tudi '''nespecifičnost RNAi'''. Čeprav je siRNA specifična za določen gen, lahko pride do hibridizacije s transkripti, ki vsebujejo le delno skladno zaporedje. Včasih je dovolj že 6-8 nukleotidov. Metilacija hidroksilne skupine na ribozi poveča afiniteto siRNA do določenega zaporedja.
*Rakave celice imajo pogosto zmanjšano koncentracijo Dicerja in Droshe, kar vpliva na procesiranje prekurzorjev siRNA. Pride lahko tudi do prenasičenja kompleksov RISC, kar vodi v tekmovanje med eksogeno siRNA/miRNA in endogeno miRNA. Posledično se lahko izrazijo geni, ki jih regulira endogena miRNA.
*Treba je tudi upoštevati, da se normalne celice na vstavljeno RNAi odzovejo drugače kot rakave celice. Ponavadi utišanje traja dlje v normalnem tkivu, saj se rakave celice delijo hitreje in pride do razredčenja interferenčnih molekul.
*'''Rezistenca na RNAi''': Pri siRNA lahko zaradi zelo specifične vezave že pri točkovnih mutacijah v tarčnem zaporedju pride do rezistence tumorskih celic na RNAi. Nekatera zaporedja so lahko tudi nedostopna za siRNA zaradi sekundarnih struktur ali vezanih proteinov. Tem dvem težavam se lahko izognemo tako, da si izberemo več zaporedij na tarčni mRNA in več tarčnih mRNA v sami celici. Z utišanjem genov pa ne moremo vplivati na že obstoječe proteine, zato je tudi dolga življenjska doba proteinov oblika rezistence. Rakave celice lahko postanejo odporne na RNAi tudi z mutacijo ali zmanjšanim izražanjem genov za proteine, ki sodelujejo pri procesiranju siRNA/miRNA (Dicer, Drosha, RISC kompleks). Te mehanizme rezistence bo potrebno še natančneje raziskati, da se bo lahko RNAi uporabljala za zdravljenje raka.

==Perspektive==
Večina farmacevtskih podjetij se ukvarja z razvojem zdravil na osnovi siRNA. Vsako zdravilo mora biti potrjeno v petih fazah kliničnega testiranja. Glede na to, da so vsi RNAi terapevtiki zaenkrat v fazi I ali II, v bližnji prihodnosti še ne moremo pričakovati zdravila za rakava obolenja, ki bi delovalo na osnovi RNA interference. Zaenkrat raziskave temeljijo na manipulaciji ene miRNA ali ene družine miRNA. Znanstveniki predvidevajo, da je razvoj raka odvisen od medsebojnega vpliva različnih miRNA, zato bo za učinkovito zdravljenje najverjetneje potrebno razviti zdravila, ki bodo vplivala na celotno mrežo miRNA v obolelih celicah in ne na eno samo. Izboljšave terapevtikov stremijo k minimalni toksičnosti nosilcev in maksimalni specifičnosti zdravila. Vizija razvoja je izdelava terapevtikov za vse vrste rakov, na katere lahko vplivamo z RNAi.

==Viri==
*Garzon R., Marcucci G., Croce C. M. Targeting microRNA in cancer: rationale, strategies and challenges. ''Nature reviews drug discovery'', 2010, vol. 9, str. 775-789.
*Pai SI ''et al''. Prospects of RNAi interference therapy for cancer. ''Gene therapy'', 2006, vol. 13, str. 464-477.
*Petrocca F. in Lieberman J. Promise and challenge of RNA interference - based therapy for cancer. ''Journal of clinical oncology'', 2011, letn. 29, štev. 9, str. 747-754.
*Pecot C. V. et al. RNA interference in the clinic: challenges and future directions. ''Nature reviews'', 2011, vol. 11, str. 59-67.
*Esquela-Kerscher, A. in Slack, F. J. Oncomirs — microRNAs with a role in cancer. ''Nature Reviews Cancer'', 2006, štev. 6, str. 259-269

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

RNA-interferenca

2012-02-29T09:56:41Z

TamaraMaric: /* Skupine */

== Predstavitev seminarja 2011/12 ==
Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2011/12 je utišanje izražanja genov z RNA-interferenco.
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:

# Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference (1995-1998)
# Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA) (2000-2001)
# Odkritje encima 'dicer' (2000-2001)
# Odkritje mikro-RNA (miRNA) (2001)
# Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (2003)
# Odkritje in delovanje nukleaze Drosha (2003-)
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (2003-2004)
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) (2006)
# Evolucijski pomen RNAi (2006-)
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC
# Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni
# Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah
# Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi
# Biotehnološka uporaba RNAi
# Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi

Povezave do nekaterih ključnih člankov najdete na strani [http://www.rnaiweb.com/RNAi/RNAi_Timeline/ RNAi Web].

Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. (več o tem v nadaljevanju).

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 2.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 4.4., 5 - 8 6.4., 9 - 12 11.4 in 13 - 15 13.4. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

=== Skupine ===

''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''

# Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference
# Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)
# Odkritje encima 'dicer'
# Odkritje mikro-RNA (miRNA)
# Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) (Alja Zottel, Eva Knapič, Taja Karner)
# Odkritje in delovanje nukleaze Drosha
# Prvi poskusi zdravljenja z RNAi (Mirjam Kmetič, Ana Dolinar)
# Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa)
# Evolucijski pomen RNAi
# Odkritje in delovanje kompleksa RISC
# Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni
# Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah
# Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi
# Biotehnološka uporaba RNAi
# Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi (Andreja Bratovš, Matja Zalar, Tamara Marić)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki>
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[Epigenetsko uravnavanje izražanja genov]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.

BIO2 Povzetki seminarjev 2011

2011-11-25T15:02:15Z

TamaraMaric:

== Sara Draščič: On the spur of a whim ==

Serotonin ali 5-hidroksitriptamin (5-HT) spada v skupino heterogenih biokemičnih snovi, ki prenašajo informacije po živčnem sistemu in ki jim rečemo nevrotransmiterji. Ima pomembno vlogo pri veliko najrazličnejših reakcijah v telesu. Njegovo nepravilno delovanje vpliva na počutje, apetit, slabost, spanje, telesno temperaturo, staranje, bolečino, anksioznost, agresijo, spomin, migrene in na številne druge procese v organizmu. Večina serotonina se sintetizira v prebavnem traktu, preostali del pa v centralnem živčnem sistemu in trombocitih. Kljub temu, da se sintetizira le v določenih delih telesa, je prisoten povsod. Dokaz za njegovo prisotnost pa so serotoninski receptorji. Serotonin ima veliko receptorjev, ki so jih organizirali v sedem skupin glede na njihove fiziološke in strukturne razlike. Ravno zaradi tako velikega števila raznoraznih receptorjev, je serotonin pomemben pri tolikih različnih procesih, saj je njegovo delovanje, v veliki meri, odvisno od tega, na kateri receptor se bo vezal. Veliki pomen pri delovanju serotonina ima tudi njegov transporter. To je protein, katerega struktura še ni znana, vendar vemo kje in na katerem kromosomu se nahaja. Transporter je tudi glavna tarča raznih antidepresivov in drog kot so ecstasy, kokain in LSD.

== Ula Štok: Neuregulin 1 ==

Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.

== Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje ==

Disleksija je motnja, ki se kaže v nesposobnosti branja oziroma razumevanja prebranega, ter napakah in težavah pri izgovarjanju besed. Disleksiki,kot imenujemo posameznike, ki trpijo za disleksijo, imajo kljub normalnim intelektualnim sposobnostim, znanjem in izobrazbo, moteni veščini pisanja in branja s tendenco, da pomešajo med seboj črke ali besede med branjem ali pisanjem. V zadnjih letih, so uspeli ugotoviti mesta na kromosomih, povezana z dovzetnostjo za disleksijo. DYX1C1,KIAA0319,DCDC2 in ROBO1, so bili označeni kot kandidati, z dovzetnostjo za disleksijo. Najbolj obetaven je protein KIAA0319. Je transmembranski protein iz desetih transmembranskih vijačnic, najden v plazemski membrani nevronov. Njegov C-terminalni konec gleda v ekstracelularni matriks, manjši N-terminalni konec pa prehaja v citoplazmo nevrona. C-terminalni konec je visoko glikoziliran in nosi 5 PKD(polycystyc kidney desease) domene in eno MANEC(motif at the N terminus with eight cysteines) domeno. KIAA0319 igra vlogo pri rasti možganov in njihovi migraciji med razvojem možganov-iz tega je razvidno, da je disleksija problem v razvoju nevronov že v zgodnjih letih. Posamezniki z disleksijo nosijo izoobliko tega proteina, ki povzroči nižjo izraženost le tega. Spremembe so v 5'-regiji, ki kodira izoobliko proteina. Najopaznejše povezave z disleksijo se kažejo v 2,3 kb regiji, ki zavzema promotor, prvi nepreveden ekson in del prvega introna – odprti kromatin. Te ugotovitve vodijo, da je 5'-regija KIAA0319 gena tista lokacija alelov, ki največ prispeva k motnji branja.

== Katra Koman: INZULIN ==

Inzulin je peptidni hormon, ki sodeluje v uravnavanju ravni glukoze v krvi. Sintetizira in skladišči se v β-celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke. Sinteza poteka od prekurzorske molekule preproinzulina preko proinzulina do dokončne zrele molekule inzulina, ki se shrani v skladiščnih veziklih. Ob povišanju ravni glukoze v krvi, na primer po obroku, glukoza, ki je tudi glavni stimulator sekrecije inzulina, iz krvi preide v β-celice skozi GLUT2 transporter. Tam se fosforilira v glukozo-6-fosfat, saj tako fosforilirana ne more več iz celice, lahko pa vstopi v proces glikolize, ki mu sledita še Krebsov cikel in oksidativna fosforilacija, ki povzroči pretvorbo ADP v ATP molekule. ATP molekula stimulira zaprtje kalijevih kanalčkov, kar privede do depolarizacije celične membrane, to pa sproži na odprtje kalcijevih kanalčkov in vdor Ca2+ ionov. Povišana koncentracija kalcijevih Ca2+ ionov v celici stimulira prenos in zlitje skladiščnih veziklov z inzulinom z membrano. Inzulin se tako sprosti v krvni obtok in potuje do tarčnih celic, ki imajo na površini izražene inzulinske receptorje. Ko se veže nanj, prenese signal o povišanju ravni glukoze v krvi v celico. To povzroči kaskado reakcij znotraj celice, ki pa na koncu privedejo do translokacije veziklov z GLUT4 transporterjev na površino celice. Število teh transporterjev za glukozo se na površini celične membrane poveča in glukoza lahko prehaja v celico, posledično pa pade raven glukoze v krvi. Razgradnja inzulina poteka v jetrih in ledvicah. Okvare na katerikoli stopnji poti inzulina se odražajo v diabetesu ali drugih boleznih.

== Rok Štemberger: Protein GABAA (gama aminomaslena kislina A) - zgradba, vloga in zanimivosti ==

V svoji seminarski nalogi sem raziskoval vlogo, pomen in zanimivosti proteina GABAA (gama-aminomaslena kislina A). To je receptor, ki se nahaja predvsem v centralnem živčnem sistemu in je zadolžen zato, da opravlja funkcijo inhibitorja. Lociran je na površini nevrotičnih sinaps in prekinja elektrokemični signal, tako da omogoči prehod kloridnih ionov znotraj celice. To se zgodi takrat ko se ustrezen ligand Gama veže na aktivno mesto tega receptorja. Konformacija podenot se spremeni in to omogoči aktivacijo receptorja. Znanstveniki so ugotovili, da obstaja več vrst GABAA receptorjev, kar pa je odvisno od sestave podenot. Najbolj pogoste podenote so alfa beta in gama v razmerju 2:2:1. V primeru da do prekinitve ne pride se lahko pojavijo epileptični napadi, psihiatrične motnje itd. Stres lahko v dobi odraščanja močno vpliva na GABAA receptorje in jih tudi permanentno strukturno spremeni, kar pa lahko kasneje v našem življenju vpliva predvsem na naš spanec in njegovo kvaliteto. Absint je bila v preteklosti prepovedana pijača, saj je povzročala razna obolenja zaradi substance imenovane tujon. Le ta se je vezala na GABAA receptorje in tako onemogočila njegovo delovanje, zato ker je preprečevala prehod kloridnih ionov v membrano. Sedaj potekajo raziskave teh receptorjev, saj je ključnega pomena čim boljša ozdravitev bolezni, ki nastanejo zaradi nepravilnega delovanja GABAA receptorja.

== Veronika Jarc: Perforin ==

Perforin je protein, ki nastane iz citotoksičnih limfocitov T. S pomočjo grancimov napade tarčno celico in jo uniči. Rečemo lahko, da je pomemben člen pri imunskem odzivu in sodeluje s NK celicami. Sestavljen je iz 555 aminokislin, njegova molekulska masa pa je 62-67 kD. Sestavljen je iz dveh pomembnih domen, domene MACPF in domene C2. Za domeno C2 je značilno, da ima afiniteto do Ca2+ ionov. Saj se na lipidni dvosloj veže le ob prisotnosti kalcija. Drugače obstajata dva različna tipa C2 domene, ki sta bila izolirana iz različnih organizmov. Lahko rečemo, da sta oba tipa zelo podobna v tem, da sta pri tipu 1 N-konec in C-konec obrnjena na vrh domene, kar je nasprotno kot pri tipu 2. Poznamo tri MACPF domene: Plu-MACPF, C8a MACPF in lipokalin C8g. Vse te domene primerjamo z skupino proteinov citolizinov in ugotovimo nekaj podobnosti in nekaj razlik. Na splošno, pa lahko rečemo, da je evolucija poskrbela tako, da so sta si domena MACPF in citolizini raszlični le v nekaj aminokislinah. Poznamo tri mehanizme kako perforin preide v tarčno celico in pri tem pomaga gramcimom B uničit to celico. Prvi mehanizem je prehajanje preko perforinske pore in sicer s pomočjo veziklov preide v celico. Naslednji mehanizem je endosomolitični model, pri katerem je pomemben kompleks s pomočjo katerega prehaja v celico. Kot zadnji mehanizem pa je model prehodne perforinske pore, ki pove, da perforin tvori kanalčke s pomočjo katerih grancimi B preidejo direktno v celico. Grancimi B so serinske proteaze, ki se sintetizirajo v citotoksičnih limfocitih T in NK celicah.

== Taja Karner: Glavoboli in migrene ==

Zaradi stresnega in hitrega tempa življenja, vse več ljudi trpi za občasnimi glavoboli, ki so najpogosteje posledica utrujenosti. Prav tako je vedno več ljudi, ki trpijo za močnejšimi oblikami glavobolov imenovanih migrene. V hujših oblikah migrene lahko glavobol traja do dva dni, močno migreno lahko spremljajo še drugi simptomi kot so slabost, bruhanje, občutljivost na svetlobo in močan zvok, depresija ter nespečnost. Mutacija, ki je največji krivec za nastanek bolezni se pojavlja na kromosomu 10 na genu KCNK18. Ta zapisuje protein TRESK, ki se nahaja v hrbtenjači in deluje kot kalijev kanalček. Mutacija povzroči, da ne pride do izmenjavanja ionov, kar povzroči hude glavobole. V raziskavah so odkrili zanimivo povezavo z anestetikom. Ta namreč ne glede na mutacijo ponovno aktivira kanal. To bi lahko učinkovito pozdravilo migrene, če bi ga le uspeli spraviti v primerno obliko. Ugotovili so tudi, da zdravila, ki vsebujejo citosporin in takrolimus v večini primerov povzročajo migrene v zdravstvu pa jih še vseeno pogosto uporabljajo. Odkritje te mutacije predstavlja revolucijo v zdravstvu in verjamem, da bo kmalu vodilo do odkritja učinkovitega zdravila proti migrenam.

== Ana Dolinar: Univerzalna kri – prihodnost transfuzijske medicine? ==

α-galaktozidaza (AGAL_HUMAN) je glikozil-hidrolazni encim. Spada v GH27-D (klan D, 27. družina) in ima aktivno mesto v obliki (β/α)8 sodčka. Encim zapisuje gen GLA, ki se nahaja na kromosomu X.

Ideja o univerzalni krvi, ki bi bila primerna za transfuzijo, ne glede na krvno skupino pacienta, je med znanstveniki prisotna že približno trideset let.
Razvili so tri metode za pretvorbo različnih antigenov v antigen 0 (po sistemu AB0), ki je primeren za transfuzijo v vse krvne skupine.
:#Encimska razgradnja antigenov A in B do antigena 0. Za antigene A so uporabili α-N-acetilgalaktozaminidazo, vendar so antigeni preveč kompleksni in metoda ni bila uspešna. Pri antigenih B so dosegli popolno pretvorbo v antigen 0 z uporabo α-galaktozidaze iz bakterije ''Streptomyces griseoplanus''.
:#Prekrivanje površine eritrocitov z maleimidofenil-polietilen-glikolom (Mal-Phe-PEG). Prekrije vse antigene, ne samo A ali B, vendar metoda ni uspešna, ker polietilen-glikol povzroča imunski odziv.
:#Pridobivanje univerzalnih rdečih krvnih celic iz pluripotentnih matičnih celic. Uspeli so pridobiti zrele eritrocite, ki so popolnoma funkcionalni.
Uporaba univerzalne krvi bi zmanjšala ali celo izničila imunski odziv ob transfuziji, prav tako ne bi bilo možnosti za transfuzijo napačne krvne skupne zaradi človeške napake. Metode trenutno niso dovolj izpopolnjene, da bi bilo možno pričakovati njeno uporabo v bližnji prihodnosti.

== Maša Mohar: Moški ali ženska to je sedaj vprašanje?(SRY - faktor za določitev spola) ==

SRY gen kodira Sry protein ki je član družine Sox (Sry related HMG box) transkripcijskih faktorjev. Poznamo jih okoli 20 pri človeku in miškah ter še mnogo drugih. Sox proteini imajo zelo različne vloge v embriogenezi in pri razvoju mnogih drugih organov. Tipično delujejo tako kot nekakšna stikala v diferenciaciji celic- sprožijo razvoj določenih celic. Sry je prav tako kot ostali člani te družine karakteriziran po HMG( high mobility group). HMG je drugače skupina specifičnih transkripcijskih faktorjev, ki imajo ~ 80 AK dolge strukturalno podobne domene za vezavo na DNA. Te domene oz. domena če je samo ena se veže na zaporedje (A/T)ACAA(T/A) v majhni žleb DNA. S tem ustvari zvitje DNA za približno 60- 85 stopinj. S tem ko se DNA zvije se razkrijejo mesta za izražanje drugih genov, recimo Sox9, ki kodira Sox9 protein ki pomaga pri diferenciaciji Sertoli celic in tako pri oblikovanju testisov, s tem pa determinira moški spol. Ugotovili smo tudi da obstaja veliko genskih bolezni povezanih s Sry genom in da lahko obstaja tudi ženska z XY spolnima kromosomoma, ker se pri njej zaradi mutacij Sry protein ne izrazi, prav tako pa obstajajo tudi moški z XX spolnima koromosomoma, kjer se enem od X kromosomov lahko izrazi SRY gen ob nepravilnostih pri očetovem delu zapisa. V bistvu sem prišla do zaključka da je zelo tanka meja med moškim in ženskim oblikovanjem spola, ena majhna mutacija oz. ena majhna razlika lahko privede do nastanka ženske ali moškega.

== Urška Rauter: A Green Glow: zgradba in funkcija encima luciferaze ==
Luciferaza je encim odvisen od ATP in magnezijevih ionov. Proces bioluminiscence se začne z vezavo na substrat luciferin, tvori se adenilatni intermediat in ob prisotnosti molekularnega kisika izhaja svetloba. Luciferaza je zgrajena iz dveh ločenih domen, večja se nahaja na N-koncu in manjša na C-koncu molekule, večja domena pa ima tudi svoje poddomene. Domeni sta med seboj ločeni z razpoko, kjer naj bi se po domnevanjih nahajalo tudi aktivno mesto encima. Luciferaza predstavlja tudi nov način mehanizma tvorbe adenilatnega intermediata med encimi in ponuja razlago za marsikatero metabolično pot.
Velika dilema, ki me med znanstveniki ostaja pa je razlika v barvi svetlobe, ki jo proces oksidacije luciferina emitira. Najverjetneje je za to odločilna keto tavtomerna oblika oksiluciferina in tudi resnonančna stabilizacija njegovega fenolatnega aniona, čeprav so znanstveniki odkrili tudi veliko drugih možnih vzrokov za različne barve (različne aminokisline, polarnost okolja, pH, ...).
Luciferaza se veliko uporablja v medicini, kjer služi kot marker molekul v telesu in tako pripomore k boljšem razumevanju različnih bolezni in infekcij, kot tudi sami strukturi celic in njenih organelov.

== Mirjam Kmetič: Mint condition (limonen-3-hidroksilaza in limonen-6-hidroksilaza) ==

Klasasta meta vsebuje encim limonen-6-hidroksilazo, ki sodeluje pri pridobivanju karvona. Poprova meta pa vsebuje limonen-3-hidroksilazo, ki je udeležena pri proizvodnji mentola. Obe hidroksilazi pripadata družini citokromov P450, njeni predstavniki pomembno sodelujejo pri proizvajanju različnih oksidiranih monoterpenov, ki so vir arom eteričnih olj. Karvon in mentol sta končna produkta hidroksilacije limonena. Ta encima sta si zelo podobna in njuni vezavni mesti za substrat sta zelo omejeni. Velja pravilo, da za spremembo aktivnosti v družini citokromov P450 potrebujemo določeno število mutacij, vendar je za modifikacijo vezavne aktivnosti limonenovih hidroksilaz potrebna samo ena. Ta fenilalanin v izolevcin mutacija povzroči, da se limonen-6-hidroksilaza spremeni v limonen-3-hidroksilazo! Mutiran encim je tako sposoben sinteze mentola tako kot encim v poprovi meti! Taka mutacija kaže, da sta prav ti dve aminokislini ne le nujni, temveč tudi prav zagotovo vpleteni pri orientaciji limonena v aktivnem mestu tako, da se ta hidroksilizira na ali C3 ali C6 poziciji. Posamične mutacije, ki lahko drastično spremenijo funkcijo proteina, so znanstveno zanimive. Nakazujejo ne le na zelo specifične manjše regije v sekvenici proteina, temveč so tudi ključne za razumevanje področij, kot so vezava in orientacija substrata, funkcija encima, metabolična pot in struktura vezavnega mesta.

== Sandi Botonjić: Kokain esteraza ==

Znanstveniki so v rizosferi kokinih plantaž (Erythroxylum coca) našli sev MB1, gram pozitivne bakterije Rhodococcus sp.. Tej bakteriji kokain predstavlja glavni vir ogljika in dušika in zato so znanstveniki izolirali osrednji encim njenega metabolizma tj. kokain esterazo (v nadaljevanju cocE). Encim je sestavljen iz treh domen: DOM1, ki vsebuje nabor kanoničnih α-vijačnic in β-ploskev; DOM2 - domena le z α-vijačnicami; in DOM3 je roladi podobna struktura z β-ploskvami. CocE je serinska esteraza, katere aktivno mesto se nahaja na stičišču vseh treh domen. Ta hidrolizira kokain na ekgonil metil ester in benzojsko kislino, ki nimata psihoaktivnih učinkov. CocE je pravi Ferrari v primerjavi z drugimi esterazami, saj lahko razgradi enako količino kokaina 1000 krat hitreje. Tako lahko postane neprecenljiva pri nujnih intervencijah v primeru prevelikega odmerka, saj bi intravenozni vbrizg cocE močno zmanjšal razpolovni čas kokaina. CocE je predmet številnih raziskav, v katerih znanstveniki proučujejo njeno termostabilnost in njenih mutiranih oblik, saj njen razpolovni čas pri fiziološki temperaturi traja le nekaj minut. Znanstveniki pa na podlagi ugotovitev iz raziskav cocE razvijajo tudi učinkovita protitelesa z vsaj podobnimi katalitičnimi parametri, ki bi brez imunskega odziva odlično delovala v bioloških sistemih.

==Tjaša Flis: Parkinsonizem in Parkin protein==

Parkinsonova bolezen je vse pogostejša bolezen pri starostnikih, njeni simptomi pa so tresavica, mišična otrdelost in upočasnjena motorika. Vzrok se skriva v propadu dopamnergičnih nevronskih celic. Bolezen je lahko avtosomno dominantno dedovana, kar pomeni, da pacienti podedujejo eno normalno in eno mutirano kopijo gena. Slednja prevladuje in se deduje naprej. Pri Parkinsonovi bolezni se mutacija zgodi v Park2 genu, ki kodira Parkin protein ali E3 ubikvitin ligazo. Parkin na poškodovane ali na preveč izražene proteine pripne ubikvitin (označevalni protein), ki jih nato usmeri v proteasom, to je velik razgradni kompleks v celicah.
Če mutacija poškoduje Parkin, je pot razgradnje onemogočena, to pa pomeni, da se v celici akumulirajo odvečni proteini. Tvorijo se Lewy-eva telesca polna teh proteinov, ki nadomestijo celične organele v nevronskih celicah, kar vodi do prenehanja njihovega delovanja. Ker pa ima Parkin več kot samo en substrat ki ga ubikvitinira, je točen mehanizem bolezni še dandanes uganka.
Eden izmed najbolj poznanih substratov je transmembranski protein Pael-R. Zvitje tega proteina poteka ob prisotnosti šaperonov. Prevelika koncentracija tega receptorja lahko izzove stres v endoplazmatskem retikulumu situiranem v nevronskih celicah. V primeru da je Parkin neaktiven, Pael-R povzroči celično smrt. Vendar to je le ena izmed možnih rešitev, substratov je namreč vsaj še dvajset, raziskave pa se nadaljujejo.

== Matja Zalar: Vloga SRK in SCR proteinov pri preprečevanju incestnega razmnoževanja cvetočih rastlin ==

Rastline so za zaščito pred samooplojevanjem razvile več vrst mehanizmov prepoznavanja lastnega peloda na molekularni ravni. Pri cvetočih rastlinah je najpogostejši mehanizem tipa SSI ali sporofitične lastne inkompatibilnosti. Pri družini ''Brassicaceae'' je za aktivacijo SSI ključna interakcija med transmembranskim proteinom SRK, ki predstavlja žensko determinanto odziva, in njenim ligandom - proteinom SCR, drugače imenovanim tudi moška determinanta odziva na lastno inkompatibilnost. Specifičnost vezave je zagotovljena s polimorfizmom alel obeh determinant. V posameznih vrstah je možno najti tudi do 100 različnih S-haplotipov genov za determinanti.
Vezava liganda na receptor bo uspešna le, če oba izhajata iz istega S-haplotipa. Vezava SCR na zunajcelično, N-glikolizirano domeno SRK povzroči nastanek kompleksa treh proteinov, ki s svojo aktivnostjo sproži kaksado reakcij, kar v končni fazi pripelje do preprečitve samooploditve.
Na neugodne življenske pogoje, ki so onemogočali medsebojno opraševanje, so se nekatere rastline prilagodile s favorizacijo samooplojevanja. Pri njih so mutacije S-lokusa, ki nosi zapis za SRK in SCR, povzročile nepravilno delovanje SI ali njegovo popolno odpoved. To pa seveda vodi v neprepoznavanje lastnega peloda in rastlina se samooprašuje. Najbolj znan primer take rastline je ''Arabidopsis thaliana'', ki se zaradi svojih specifičnih lastnosti uporablja kot modelni organizem v številnih študijah lastne inkompatibilnosti.

== Matevž Ambrožič: BSX protein in debelost ==

Za primeren občutek sitosti ali lakote glede na stanje energetskih zalog v telesu in odgovarjajoč vnos hrane ter porabo energije je odgovorna zapletena pot sporočanja. Začne se s tremi hormoni: inzulin, leptin in grelin. Leptin in inzulin se sprostita, ko so maščobne in hidratne zaloge v telesu polne in morata do možganov prenesti signal za prenehanje hranjenja, grelin pa ravno nasprotno. Vsi po krvi potujejo do hipotalamusa, predela možganov, ki je odgovoren za energijsko ravnovesje. V hipotalamusu sta dva tipa živčnih celic: oreksigene in anoreksigene. Prve sproščajo NPY in AgRP, nevropeptida, ki spodbujata hranjenje in zmanjšata porabo energije, druge pa α-MSH in CART, katerih učinek je nasproten. Našteti nevropeptidi se iz nevronov sprostijo po vezavi ustreznega izmed treh hormonov in prenesejo signal naprej, do končne spremembe v vnosu ali porabi energije. Glavni protein seminarja, BSX (brain specific homeobox) protein je transkripcijski faktor, ki spodbudi ekspresijo genov za AgRP in NPY, hkrati pa je odgovoren za premik organizma v iskanju hrane. Če v opisanem sistemu pride do napake, so pojavi nepotreben občutek lakote, kar je vzrok mnogih primerov debelosti. V boju z bolezensko debelostjo so ključne raziskave na BSX proteinu, saj je osrednji člen poti, ki v možgane prenese (včasih lažen) občutek lakote.

== Kaja Javoršek: A grey matter ==

Mikrocefalin je protein, ki ga kodira enakoimenski gen. Mikrocefalin naj bi kontroliral poliferacijo in diferenciacijo nevroblastov med nevrogenezo. Odkritje, da je mikrocefalin odločilen regulator velikosti možganov, je sprožilo hipotezo, da je igral vlogo v evoluciji možganov.
Razen v možganih najdemo mikrocefalin tudi v ledvicah, srcu, pljučih, vranici in skeletnih mišicah. Vendar pomen mikrocefalina v teh organih še ni znan.
Mutacije na genu mikrocefalina vodijo do nastanka mikrocefalije. To je bolezen razvoja živčnega sistema in je definirana kot resno zmanjšana velikost možganov. Pri odraslih je normalen volumen možganov od 1200 cm3 do 1600 cm3, pri odraslih s primarno mikocefalijo pa okoli 400 cm3 . Poleg mirocefalina pa povzročajo mikrocefalijo še mutacije petih genih (ASPM, MCPH2, CDK5RAP2, MCPH4, CENPJ)
Mikrocefalin ima tri BRCT domene na C – koncu. BRCT domene so prisotne v veliko ključnih proteinih, ki kontrolirajo delitev celice. Zato predvidevajo da mikrocefalija nastane, ker je ovirana normalna regulacija delitve celic v možganih.
Ugotovili so, da je protein mikrocefalin dol 835 aminokislin. Zaradi mutacije na genu mikrocefalina se ta protein skrajša na 25 aminokislin.
Znanstveniki so izvedli raziskavo ali gena mikrocefalin in ASPM vplivata na inteligenco. Na podlagi treh raziskav so zaključili, da inteligenca ni povezana z dominantnimi aleli ASPM – ja ali mikrocefalina.

== Rok Vene: A mind astray ==

Alzheimerjeva bolezen postaja vedno bolj aktualna tematika. Trenutno je na svetu več kot 26 milijonov ljudi s to obliko demence. Zaradi daljše življenjske dobe pa pričakujemo, da bo število obolelih samo še naraščalo. Alzheimerjeva bolezen prizadene centralni živčni sistem, v možganih se nalagajo snovi, ki povzročijo propad živčnih celic. Ena izmed snovi, ki se nalagajo v možganih so nefunkcionalni Tau proteini. Tau proteini sodijo v družino proteinov imenovanih microtubule-associated proteins (MAP), njihova naloga pa je je stabilizacija mikrotubulov. To dosežejo tako, da se na mikrotubule vežejo. Poleg tega predvidevajo, da imajo Tau proteini še eno nalogo. Sodelovali naj bi v kompleksu za uravnavanje vzdražnosti živčnih celic. Nefunkcionalnost Tau proteinov povezujejo z različnimi boleznimi, ki jih poznamo pod skupnim imenom tauopatije. V primeru Alzheimerjeve bolezni je Tau protein nefunkcionalen, zato ker je hiperfosforiliran, kar mu onemogoča vezavo na mikrotubule. Tau proteini zato tvorijo netopne agregate – nevrofibrilarne pentlje, ki najbrž povzročijo odmiranje živčnih celic. Pri iskanju učinkovin proti hiperfosforilaciji in agregaciji Tau proteina, so znanstveniki raziskali protein FKBP52. Ta protein ima več funkcij. Osredotočili so se predvsem na njegove šaperonske lastnosti. Ugotovili so, da se FKBP52 veže na hiperfosforiliran Tau protein, in tako prepreči agregacijo Tau proteina, ki je odgovorna za odmiranje nevronov.

== Ines Šterbal: LTP1 ==

Protein LTP1, izoliran iz ječmenovega zrna, spada v družino lipidnih prenašalnih proteinov (lipid transfer protein –LTP). Je dobro topen protein, ki se nahaja v alevronski plasti ječmenovega semena. Sestavljen je iz štirih heliksov, ki so povezani z disulfidnimi mostički. Ima dobro definiran C-terminalni konec. V razmerah in vivo je globularni protein, s stožčastim hidrofobnim jedrom, ki se razteza od enega konca molekule do drugega. Sposoben je vezati različne lipide, kot so maščobne kisline ali acetil-koencim A. LTP1 proteini so na površini aktivni proteini, so stabilni, denaturirajo šele okrog 100 °C. Vloga LTP1 proteina in vivo še ni znana. In vitro je glavni protein pri penjenju piva. Opravlja pa še številne druge funkcije, odvisno od tega, kateri ligand ima vezan. LTP1 proteini so verjetno vključeni v prenos lipidov preko membrane in celo v nastanek membrane, lahko bi imeli vlogo v transportu monomera Cutin, vlogo naj bi igrali tudi v obrambnem mehanizmu rastlin. Lipidi, ki so vezani na LTP1 bi naj imeli antibakterijsko aktivnost za bakterije in glive.
Vsi podatki kažejo, da so povezave med sladkorji in proteini, ki nastanejo kot produkt Milardove reakcije, prvi korak do nastanka pivovske pene. Kaže, da je kontrola glikacije LTP1 proteinov med slajenjem in varjenjem piva, nujna za optimalno penjenje piva.

== Mitja Crček: DSIP in spanje ==

Pred 2000 leti so ljudje verjeli, da postanemo zaspani zaradi nekakšnih želodčnih hlapov, ki gredo v možgane, se tam kondenzirajo, zamašijo pore in posledično povzročajo zaspanost. Kasneje so seveda ugotovili da temu ni tako, leta 1977 pa so odkrili majhne peptide, ki naj bi nas uspavali in jih poimenovali Delta Sleep-Inducing peptide (DSIP). DSIP je majhen peptid, sestavljen iz devetih aminokislinskih ostankov in maso 850 daltonov, prvič pa so ga odkrili pri zajcih. Sodeloval naj bi tako pri endokrini regulaciji kot pri fizioloških procesih (poveča učinkovitost oksidativne fosforilacije), pomembno vlogo pa naj bi imel tudi v medicini in pri zdravljenju bolezni. Ker naj bi podaljševal REM fazo, bi ga lahko uporabljali tudi kot dodatek pri zdravljenju alkoholizma ali ga dodajali antidepresivom in pomirjevalom, ki skrajšujejo REM fazo. Raziskave so spremljale tudi vpliv DSIP-ja na nespečnost. Ugotovili so, da DSIP rahlo povečuje kvaliteto spanja in skrajšuje latenco uspavanja, na trajanje budnosti in druge parametre pa ne vpliva, zato so si strokovnjaki enotni, da ima DSIP le rahle terapevtske učinke na nespečnost. Delovanje peptida pa še vedno ni povsem razjasnjeno in le želimo si lahko, da bodo novejše raziskave prinesle nove informacije, saj ima DSIP vsekakor velik potencial v medicini.

== Dominik Kert: FOXP2, govoreči protein ==

Ljudje in živali se razlikujejo. Za znanstvenike 19. stoletja je bilo zelo fascinantno to, da mi lahko govorimo, se sporazumevamo in pomnimo besede, medtem ko živali ne morejo. Ko se je pojavila družina KE na koncu 90. let prejšnjega stoletja, so znanstveniki ugotovili, da obstaja gen, ki kodira FOXP2. Družina KE je slovi po tem, da ima polovica njenih članov težave z govorom. Tako so ugotovili, da se mutacija prenaša avtosomno in dominantno. In verjetno na to vpliva mutacija FOXP2, FOXP2 protein pa je po vsej verjetnosti odločilen faktor pri govoru.
FOXP2 protein je sestavljen iz 715 aminokislin in spada med družino transkripcijskih faktorjev, ki se imenuje FOX (zaradi 'forkhead box' domene). Zanimivo je, da se ta gen razlikuje od gena opic (šimpanz, gorila, makaki) le za dve in od miši le za tri aminokisline. To se znanstvenikom zdi zelo zanimivo, ker je verjetno zaradi teh dve sprememb v aminokislinskem zaporedju prišlo do sprememb pri sporazumevanju. Zaradi teh dejstev so se naprej usmerili na to, ali je bil gen res pod vplivom naravne selekcije in ugotovili so, da je bil res.
FOXP2 na te spremembe vpliva v možganih, je pa prisoten tudi v pljučih, drobovju in srcu. Vendar njegova funkcija tam še ni znana.

== Petra Malavašič: Ureaza bakterije Helicobacter pylori ==

Bakterija Helicobacter pylori spada med patogene mikrobe. Znanstvenika Warren in Marshall sta leta 1987 odkrila to bakterijo ter ugotovila, da je s to bakterijo povezana razjeda na želodcu. Leta 2005 sta prejela Nobelovo nagrado. Že vsak drugi človek je okužen s to bakterijo. Naseljena je na želodčni sluznici in povzroča kronično vnetje želodčne sluznice. Bakterija se lahko naseli in se razmnožuje v prisotnosti želodčne kisline, kjer je pH okoli 2. Posebni obrambni mehanizmi omogočajo bakteriji, da lahko preživi v kislem okolju. Encim ureaza je pri tem najpomembnejši. Ureaza je encim, ki katalizira hidrolizo uree, pri čemer nastane amoniak, ki se v končni fazi veže z molekulami vode v amonijev hidroksid, ki poveča pH v neposredni okolici bakterije. Encim ureaza se nahaja v citoplazmi bakterijske celice in na njeni površini. Sam encim je zgrajen zelo kompleksno in omogoča bakteriji preživetje. Posebna kompleksna zgradba encima onemogoči, da bi kislina želodčnega soka denaturirala encim. Encim sestavljata dva kompleksa (αβ) štirih prostorsko razporejenih (αβ)3 enot.

== Matevž Merljak: CEM15, VIF in infektivnost retrovirusov ==

Ena izmed komponent obrambnega mehanizma pred retrovirusi v nekaterih človeških celicah je citidinska deaminaza CEM15 (APOBEC3G). V celicah, ki jo izražajo, se retrovirusi brez posebnega proteina (VIF, “viral infectivity factor”) ne morejo uspešno množiti, zato takim celicam pravimo “nepermisivne” celice.

CEM15 deluje tako, da med procesom reverzne transkripcije v novonastali “minus” DNA verigi številne citidinske baze pretvori v uridinske, ter s tem povzroči tako zmanjšano obstojnost z uracilom bogate DNA verige, kot tudi zamenjave gvanozinskih baz z adenozinskimi v kodirajoči (“plus”) verigi DNA. Čeprav takšna hipermutacija za nadaljno infektivnost virusa ni vedno usodna (torej lahko tako mutirana DNA v nekaterih primerih še vedno tvori funkcionalne viruse), je običajno dovolj obsežna, da onemogoči uspešno reprodukcijo virusa.

Raziskave kažejo, da CEM15 ne napade nastajajoče DNA kot lasten celični odgovor na infekcijo, pač pa se med izgradnjo novih virusov vgradi v le-te ter po infekciji nove celice povzroči omenjene spremembe v nastajajoči DNA verigi.

Že omenjen faktor VIF izhaja iz virusa HIV-1, ki primarno napada sicer nepermisivne limfocite T. Naloga VIF je preprečitev vgradnje CEM15 v nastajajoče viruse, to pa doseže tako z oteževanjem njene translacije, kot tudi z indukcijo razgradnje CEM15 v proteasomu.

== Eva Knapič: TSH3 - Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? ==

Kaj novorojenčkom omogoča zadihati? Raziskave so pokazale, da ima eno izmed vodilnih vlog pri začetku dihanja protein teashirt homolog 3 (TSH3). To je protein, ki ga uvrščamo med transkripcijske faktorje. Po strukturi spada v družino cinkovih prstov, kjer so sekundarne strukture koordinirane s cinkovim ionom. TSH3 ima pet tako urejenih struktur in vse spadajo v Cys2His2 skupino – cinkov ion koordinira dva cisteinska in dva histidinska ostanka ßßα podenote.
Organizem brez zapisa za teashirt 3 protein se v času embrionalnega razvoja navidezno ne razlikuje od organizmov, ki ta zapis imajo. Vendar so podrobnejše raziskave pokazale, da se brez prisotnosti proteina teashirt 3 dokončno ne oblikujejo pljučni mešički, ki so funkcionalna enota pljuč, saj tam poteka izmenjava plinov. Odsotnost proteina povzroča povečano apoptozo nevronov motoričnega jedra v možganskem deblu, s tem so proteinu pripisali zmožnost inhibicije apoptoze nevronov. Prav tako so nezmožnost odziva organizma na pH spremembe okolja pripisali pomanjkanju proteina TSH3.
Iz vseh teh pomanjkljivostih, ki jih povzroča TSH3 so raziskovalci prišli do zaključka, da novorojenček brez zapisa za protein ni zmožen zadihati, ker ni sposoben odziva na spremembo okolja, predvsem pH in tako ne more vzdrževati homeostaze, ki je potreba na preživetje.

== Tjaša Goričan: Vpliv Nogo proteina na regeneracijo živčnega sistema ==

Nevroni vsebujejo mielin, ki je sestavni del mielinske ovojnice aksona in ima nalogo zagotavljanja stalnega prenosa električnih signalov. Poleg tega pa mu je dodeljena tudi nenavadna lastnost. Vsebuje namreč proteine Nogo-A, ki delujejo kot inhibirotji za rast poškodovanih aksonov. Posledično se diferencirani nevroni niso sposobni deliti. Problem se pojavi pri poškodbi živčnega sistema, saj se ni sposoben regenerirati. Bolezni, ki so povezane s poškodbami živčevja so: Poškodbe hrbtenjače, Alzheimerjeva bolezen, možganska kap, shizofrenija itd.

Nogo-A protein spada v družino proteinov retikulonov in je ena od oblik Nogo proteinov. Je transmembranski protein, ki se z domeno Nogo-66 uspešno veže na receptor in povzroči razgradnjo mikrotubulov v aksonu, kar privede do preureditve citoskeleta in posledično zaustavitve rasti aksona. Največ Nogo-A se nahaja na oligodendrocitih. Oligodendrociti so celice, ki spadajo med nevroglio in tvorijo mielinski ovoj nevronov v centralnem živčnem sistemu. Veliko več ga najdemo v centralnem živčnem sistemu v primerjavi s perifernim.

Čeprav je še veliko neznanega na področju živčnega sistema, je znanost že dosegla uspehe glede boja proti boleznimi, povezanimi z regeneracijo živčnega sistema. S protitelesi se da inhibirati protein Nogo-A in s tem preprečiti inhibicijo rasti poškodovanih nevronov.

== Marko Radojković: Fluoroscentni proteini in njihova uporaba v živčnem sistemu ==

Fluoroscentni proteini so členi družine homologih proteinov, ki se delijo skupno lastnost da svetlijo zaradi formiranja kromoforma znotraj lastnega polipeptidnega zaporedja. Prvi odkrit takšen protein je bil zeleni fluoroscentni protein ali GFP. Od tedaj do danes so kreirani različni mutanti, ki žarijo skoraj vse barve človeškega vidnega spektra. Izkazalo se je da so zelo uporabni v mnogih bioloških disciplinah, predvsem pa so popularni v spremljanju dinamike proteinov, genske ekspresije, in tudi posledično na viši ravni, dinamike organelov ter gibanja celic znotraj tkiva.

Ne tako dolgo nazaj, tim znanstvenikov je uspel skombinirati različne barvne variante GFP-ja s sofisticiranim Cre/Lox sistemom genske rekombinacije in tako omogočil njihovo izražanje v samih možganih. Tale tehnika omogoča da se vsaki posamezni nevron obarva drugače in tako loči od sosednjih, kar omogoča detajlno analizo živčnega vezja. Brainbow strategija, kakor so jo poimenovali, daje upanje znanstvenikom da z ustvarjanem celotnega ''zemljevida'' možganov, lahko izpeljejo pomembne
informacije o nevronskih povezavah in njihov nadaljni vpliv na vedenje in delovanje organizma.

== Tamara Marić: MikroRNA ==
MikroRNA je mala molekula, ki je prepisana z DNA na tak način kot mRNA. Zapis za miRNA se lahko nahaja v intronskih regijah, kodirajočih ali nekodirajočih genov. Osnovna funkcija je utišanje genov na nivoju sinteze proteinov. Da pa lahko opravi svojo nalogo mora dozoreti. Biogeneza miRNA se začne v samem jedru, kjer se 1000 nukleotidov dolg transkript s pomočjo encimskega kompleksa (Drosha-DGCR8)skrajša na 60-70 nukleotidov dolg pre-miRNA.Z eksportinom-5 se prenese iz jedra v citoplazmo do naslednjega kompleksa. Dicer veže pre-miRNA in jo skrajša na 22 nukleotidov. Nastane miRNA dupleks. Ena izmed verig prevzame vodilno funkcijo in se vmesti v kompleks istega encima v povezavi z drugimi proteini. Kompleks pripelje do komplamentarne verige mRNA in povzroči translacijsko represijo. Znanstveniki se ukvarjajo predvsem z vprašanjem,kako se miRNA izraža v številnih boleznih. Natančneje sem si pogledala proces resorpcije in obnove kosti in kako miRNA vpliva na regulacijo teh dveh procesov.

BIO2 Seminar 2011

2011-10-09T14:35:59Z

TamaraMaric: /* Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek */

= Biokemijski seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek==
Vpišite svoj izbrani naslov!!!
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''
|-
| Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||
|-
| Maša Mirković||Naslov seminarja||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||
|-
| Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||
|-
| Katra Koman||Naslov seminarja||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||
|-
| Iza Ogris||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||
|-
| Ana Remžgar||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||
|-
| Urška Rauter||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||
|-
| Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||
|-
| Rok Štemberger||Naslov seminarja||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||
|-
| Maša Mohar||Naslov seminarja||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||
|-
| Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||
|-
| Mirjam Kmetič||Naslov seminarja||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||
|-
| Janez Meden||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||
|-
| Tjaša Flis||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||
|-
| Sandi Botonjić||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||
|-
| Kaja Javoršek||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||
|-
| Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||
|-
| Ines Šterbal||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||
|-
| Andreja Bratovš||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||
|-
| Matevž Ambrožič||Naslov seminarja||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||
|-
| Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||
|-
| Mitja Crček||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||
|-
| Dominik Kert||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||
|-
| Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||
|-
| Eva Knapič||Life's first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||
|-
| Marko Radojković||Naslov seminarja||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||
|-
| Tjaša Goričan||Naslov seminarja||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||
|-
| Tina Gregorič||Naslov seminarja||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||
|-
| Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||
|-
| Ana Dolinar||The juice of life||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||
|-
| Maja Remškar||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||
|-
| Matja Zalar||Naslov seminarja||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||
|-
| Urška Navodnik||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||
|-
| Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||
|-
| Ines Kerin||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||
|-
| Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||
|-
| Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||
|-
| Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||
|-
| Jana Verbančič||Hidden power||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||
|-
| Petra Gorečan||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||
|-
| Karmen Hrovat||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||
|-
| Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||
|-
| Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||
|-
| Špela Pohleven||Naslov seminarja||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||
|-
| Sabina Mavretič ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||
|-
| Karmen Belšak ||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||
|-
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||
|-
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||
|-
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||
|-
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||
|-
| Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||
|}

== Gradivo za seminarje ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!
V seminarsko nalogo mora biti vključeno:
* sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina
* slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana
* poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar 2011

2011-03-28T23:20:09Z

TamaraMaric: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Slovenski naslov članka'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Faktor vpliva revije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| BOTONJIĆ SANDI||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Sandi_Botonji.C4.87:_Tioredoksinu_podoben_protein_.28TXNL2.29_.C5.A1.C4.8Diti_kancerogene_celice_pred_oksidativnim_stresom Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom]
||15.387||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA
|-
| VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA
|-
| ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA
|-
| ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN
|-
| DOLINAR ANA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Ana_Dolinar:_Prilagojena_ali_prilagodljiva_imunost.3F_Primer_naravnih_celic_ubijalk Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk]||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA
|-
| RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA
|-
| MOHAR MAŠA||Sladkorna bolezen tipa 2 kot bolezen imunskega sistema||30,006||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA
|-
| POHLEVEN ŠPELA||Prioni||34||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA
|-
| KEPIC LEA||Agonisti adrenoreceptorjev β2||34.48||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ
|-
| KMETIČ MIRJAM||Celična regulacija metabolizma železa||5,371||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA
|-
| JARC VERONIKA||Eksperimentalni modeli za študijo imunobiologije hepatitisa C||3.26||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA
|-
| KOMAN KATRA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Katra_Koman:_.09Pomen_dendritskih_celic_.28DCs.29_in_celic_ubijalk_.28NK.29_v_imunskem_odzivu_na_oku.C5.BEbo_z_virusom_HIV-1 Pomen dendritskih celic (DCs) in celic ubijalk (NK) v imunskem odzivu na okužbo z virusom HIV-1]||32.245||21.03.||25.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM
|-
| OGRIS IZA||Zakaj imajo možgani glikogen?||5,125||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ
|-
| KERIN INES||Kanabinoidi za zdravljenje shizofrenije? Uravnotežena nevrokemična sestava za škodljive in terapevtske učinke uživanja konoplje||4.458||14.03.||21.03.||28.03.||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK
|-
| VERBANČIČ JANA||Apoptozi podobna smrt v bakterijah, ki jo povzroča HAMLET, človeški mlečni lipidno-proteinski kompleks||4.351||21.03.||28.03.||04.04.||KARNER TAJA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA
|-
| KNAPIČ EVA||Kako virusi vodijo delovanje celice.||14.101||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA
|-
| REMŽGAR ANA||Črevesna absorpcija vitamina D ne poteka le s pasivno difuzijo: dokazi za vpletenost enakih transporterjev kot pri holesterolu||4.356||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA
|-
| GRDADOLNIK MAJA||Jedrni in nejedrni receptorji za estrogene||5.328||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK
|-
| JAVORŠEK KAJA||Potencial matičnih celic pri Parkinsonovi bolezni in molekularni faktorji za tvorbo dopaminskih nevronov||4.139||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO
|-
| BRATOVŠ ANDREJA||Vloga GPCR v patologiji Alzheimerjeve bolezni||26||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA
|-
| CRČEK MITJA||Matične celice in njihova vloga pri zdravljenju bolezni in poškodb||7.365||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA
|-
| MARIĆ TAMARA||Organizacija jedra||9.58||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA
|-
| ŠTEMBERGER ROK||povečano izražanje in imunogenosti HIV proteinov po inaktivaciji encimske aktivnosti||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI
|-
| LORBEK SARA||Interakcije maščobna kislina - gen, adipokini in debelost||3.072||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK
|-
| REMŠKAR MAJA||Evolucijska dinamika transponibilnih elementov (TE) v majhnem RNA svetu||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA
|-
| ČUPOVIĆ VANA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA
|-
| RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA
|-
| RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA
|-
| VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA
|-
| FRANKO NIK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO
|-
| HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA
|-
| AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA
|-
| NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK
|-
| BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA
|-
| KARNER TAJA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA
|-
| KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA
|-
| MUSTAR JERNEJ||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA
|-
| GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ
|-
| GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA
|-
| BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA
|-
| ŠTOK ULA||Mutacija mitohondrijske DNA v povezavi z rakom debelega črevesa kot posledica abnormalnega delovanja citokroma c oksidaze||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES
|-
| nihce ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR
* osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1 Povzetki seminarjev 2011

2011-03-28T23:18:38Z

TamaraMaric:

== Alja Zottel: Vloga imunskega sistema pri nastanku ateroskleroze ==
Glavni vzrok nastanka ateroskleroze je imunski odgovor na lipoproteine majhne gostote oz LDL, ki se kopiči pod endotelom arterijskih žil. Apolipoprotein B100, ki je komponenta LDL, se veže na proteoglikane zunajceličnega matriksa in se pod vplivom različnih radikalov oksidira. OxLDL nato aktivira endotelijske celice, da začnejo proizvajati adhezijske beljakovine, kot sta E-selektin in VCAM-1. Te beljakovine skupaj s kemokini povlečejo monocite, T limfocite in in dendritske celice v endotelijsko plast žile. Monociti se nato pod vplivom M-CSF citokina diferencirajo v makrofage. Makrofagi nato začnejo proizvajati odstranjevalne receptorje. Ti tako lahko prepoznajo oxLDL in ga z endocitozo vsrkajo. Makrofagi se zato napihnejo in spremenijo v »foam cell«. Te celice so najštevilčnejše celice v aterosklerotskih plakih. Dejavniki, ki pospešujejo nastanej ateroskleroze so signalni proteini PRR, T levkociti in proteini CRP. T celice pomagalke izločajo interferon gama, ki privlači monocite. Protein CRP se veže na navadni LDL in tako ga lahko makrofagi, ki imajo receptorje za CRP vsrkajo. Dejavniki, ki preprečujejo nastanek ateroskleroze so B limfociti in protein PPAR. PPAR je receptorski protein oz. transkripcijski faktor, ki preprečuje nastanek »foam cell« celic in vsrkavanje LDL v makrofage. Preprečuje tudi razvoj T celic in povečuje količino HDL v krvi.

== Veronika Jarc: Hepatitis C ==
Hepatitis C(HCV) je nalezljiva bolezen, ki napade ljudi, šimpanze ter nekatere majhne modelne živali. HCV spada med RNA viruse z ovojnico.Razvrščen pa je v rod hepacivirus ter družino flaviviridae. Sestavljen je iz 6 genotipov (1-6), ki se razlikujejo v nukleotidni sekvenci od 30-35%, sedmega pa so odkrili leta 2008 (Gottwein et al., 2008). HCV vsebuje pozitiven trak gena (9,6 kb), ki je sestavljen iz 5´-NCR( non-coding region), 3´- NCR in IRES( internal ribosome entry side). IRES vsebuje odprto bralno ogrodje, ki šifrira strukturne in ne strukturne proteine. Med strukturne proteine spadajo proteinsko jedro, virusna RNA ter dva glikoproteina E1 in E2. Sestavni deli ne strukturnih proteinov pa so hidrofoben protein p7, NS2-3 proteaza, NS3 serin proteaza, NS4A polipeptid, NS4B protein, NS5A protein in NS5B RNA odvisna RNA polimeraza (RdRp).
S pomočjo različnih odkritij, kot so HCVpp(sestavljen iz lipidne ovojnice z E1-E2 proteini, na retrovirusni nukleokapsidi), izoliranje kloniranega gena 2a ter s pomočjo tega gena HCVcc( cell-culture produced HCV), so znanstveniki začeli preučevati življenski cikel in celično strukturo hepatitisa C. To so dosegli z preučevanjem različnih eksperimentalnih modelov kot so imunski odzivi, NK celice in dendritske celice.
Poznamo tudi proteine, ki jih HCv sreča v hepatocitski celici in ti so in tegrin RGE/RGD, LDL receptor, HDL receptor, klaudin okludin in tetraspanin CD81.

== Matja Zalar: Protein p53 ==
Protein p53, včasih imenovan tudi varuh genoma, kodira gen TP53 na sedemnajstem kromosomu. Je eden izmed tako imenovanih tumor-supresorskih proteinov, ki, kot to sporoča že samo ime, zavirajo nastanek in rast tumorjev. Na področju razumevanja delovanja, vloge in strukture proteina p53 in njegovih mutantov se izvaja veliko raziskav. Trenutno je p53 najbolj raziskan tumor-supresorski protein, še zdaleč pa ni edini. Gre za protein, ki se kopiči v jedru in z vezavo na DNA v obliki teramera nadzoruje in regulira procese kot so apoptoza, zaustavitev celičnega cikla in popravljanje poškodovane DNA. Za raziskovalce je še posebno zanimiv zaradi dejstva, da v nemutirani obliki zavira nastanek in rast tumojev, njegove GOF mutirane oblike pa pripomorejo k nenadzorovani delitvi celic in nastanku rakastih tkiv. Veliko raziskav se ukvarjaja z iskanjem snovi, ki bi obnovile osnovno obliko p53, oziroma uničile mutantske oblike p53 v rakastih celicah ter s tem uničile tumor. To pa bi lahko bistveno izboljšalo tehnike zdravljenja rakavih obolenj in odziv človeškega organizma na ta zdravljenja. Odkrili so že kar nekaj takšnih snovi (RITA, PRIMA, nutlin3), ki pa jih še vedno testirajo in še niso v redni uporabi pri zdravljenju rakavih obolenj.

== Andrej Vrankar: Androgena alopecija ==
Na podlagi raziskav, ki so jih znanstveniki izvedli na celičnih vzorcih posameznikov z androgeno alopecijo, so ugotovili, da je bila domneva, da je za nastanek AGA kriv propad matičnih celic v lasnem mešičku oziroma, propad samega lasnega mešička napačna. Raziskave so pokazale ravno nasprotno in sicer, da se matične celice tudi v plešastem lasišču posameznika z AGA ohranjajo in da lasni mešički ne propadejo, vendar se le zelo skrčijo. So pa ugotovili, da se število celic imenovanih predniške celice v plešastem lasišču močno zmanjša, kar je eden od glavnih vzrokov za nastanek AGA, saj so prav predniške celice tiste, ki so zaslužene za rast las. Čeprav se dednost smatra kot glavni vzrok za nastanek AGA, pa tudi hormoni igrajo pomembno vlogo. Pri moških je to moški hormon testosteron, ki se s pomočjo encima 5-α-reduktaze v lasno mešičnih celicah pretvarja v svojo bolj aktivno obliko dihidrotestosteron (DHT). Ta se se nato s posebno vezjo veže na androgene receptorje v lasnih mešičkih, kar sproži posebne procese, ki skrajšajo anageno fazo celičnega cikla. Zaradi skrajšanja te faze las prej prestopi v telogeno fazo in izpade. Kako občutljivi so lasni mešički na androgene pa je seveda gensko pogojeno.

== Sandi Botonjić: Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom ==
Kisikovi radikali, ki povzročajo oksidativni stres lahko v skrajnem primeru poškodujejo DNA in tako povzročijo nenadzorovano delitev celic, kar pomeni nastanek raka v organizmu. Hkrati pa je raven kisikovih radikalov v rakastih celicah višja, kot v zdravih, in sicer zaradi onkogenih stimulacij, povečane presnovne aktivnosti ter okvare mitohondrijev. Toda rakave celice imajo, kot protiutež tudi močan antioksidantni mehanizem s katerim zavirajo programirano celično smrt.

Raziskovalci so tekom analiziranja večih tkiv, ki so obolela z različnimi vrstami raka ugotovili, da je pri vseh povečana raven [http://www.thesgc.org/structures/structure_images/2WZ9_400x400.png tioredoksinu podobnega proteina - TXNL2]. Zatem so izvajali poskuse na miših tako, da so jim vbrizgali kancerogene eritrocite in ko so se pojavili simptomi tumorja – so jim vbrizgali še protein TXNL2. Ugotovili so, da protein TXNL2 zavira rast rakavih celic. Proučevali so tudi vpliv proteina TXNL2 v mišjih zarodkih. Prišli so do zaključka, da protein TXNL2 regulira raven kisikovih radikalov tako pri živečih organizmih, kot med embriogenezo.

Znanstveniki so prepričani, da je protein TXNL2 potencialna tarča bioloških zdravil v prihodnosti. Namreč monoklonska protitelesa (med katere spade tudi TXNL2) za zdravljenje raka z vezavo na receptorje za rastne dejavnike blokirajo celično rast in diferenciacijo ter tako zaustavijo rast tumorja. Zaustavijo lahko tudi rast tumorskega ožilja in s tem posredno onemogočajo rast tumorjev in metastaziranje. Med mehanizme delovanja monoklonskih protiteles, spada tudi ciljanje drugih efektorskih molekul na mesta delovanja - kot so npr. kisikovi radikali. Raziskave so potrdile, da to velja tudi za protein TXNL2.

== Ana Dolinar: Prilagojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk ==
Naravne celice ubijalke (NK celice) so vrsta levkocitov. V človeškem telesu so zadolžene za uničevanje patogenih organizmov s pomočjo za celice strupenih snovi. Na površini imajo pet skupin receptorjev: aktivacijske, inhibitorne, kemotaksične in citokine ter adhezijske receptorje.

Njihova aktivacija je odvisna od vezave ligandov na površinske receptorje NK celice. Če je vezanih več inhibitornih ligandov kot aktivacijskih, potem se NK celica ne aktivira, ker inhibitorni ligandi zavrejo delovanje NK celice. V primeru, da se veže več aktivacijskih kot inhibitornih ligandov ali pa se slednji sploh ne vežejo, se NK celica aktivira ([http://www.georg-speyer-haus.de/agkoch/research/subframe_en.htm aktivirana NK celica-rumeno, tarčna celica-rdeče]). Vezava kemotaksičnih ligandov vpliva na gibanje molekule zaradi kemičnih signalov, vezava citokinov spodbuja rast celic ali sintezo snovi, ki jih potrebuje imunski sistem, vezava adhezijskih ligandov pa omogoča pritrjanje NK celice na tarčno celico.

Raziskovalci se trudijo, da bi našli optimalno imunoterapijo, pri kateri bi sodelovale NK celice. Te terapije bi bile uporabne predvsem pri rakavih obolenjih, vendar so možnosti tudi pri obolenjih z virusom HIV ali z virusom hepatitisa C. Ta način imunoterapije je mogoč, ker večina tumorskih celic in virusov ne izraža MHC tipa 1, pomembnega inhibitorskega liganda za NK celice. [http://media.wiley.com/CurrentProtocols/IM/ima01n/ima01n-fig-0004-1-full.gif Zgradba MHC-1 molekule, prikazana z Ribbonovim diagramom in vezanim peptidom (A) ter površinska struktura molekule z vezanim peptidom (C). Slika B prikazuje molekulo MHC-2 z vezanim peptidom.]

== Urška Rauter: Razvojne vloge Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike pri orientaciji epidermalnega vretena ==
Mehanizem nastajanja polariziranega epidermalnega sloja, ki s procesoma stratifikacije in diferenciacije tvori kožo, regulira več različnih med seboj v komplekse povezanih bioloških molekul. Trije najbolj osnovni procesi so delovanje proteinov aktina, orientacija vretena in sistem celične signalizacije. Znanstveniki pa so v obširni raziskavi potrdili tudi pomembno vlogo t. i. Srf proteina (serum response factor protein), transkripcijskega dejavnika, katerega pomembna vloga je regulacija celične diferenciacije.

Srf je transkripcijski dejavnik, ki se veže na določen, njemu ustrezen receptorski element; Sre (serum response element), to so predvsem geni v zgodnjem razvoju, geni za razvoj nevronov in mišična gena (proteina) aktin in miozin. Ker je njegova primarna funkcija regulacija ekspresije naštetih genov, odločilno vpliva na celično rast in diferenciacijo, prenos med nevroni in razvoj mišic.

Namen raziskave je obširen. Rezultati obetajoči. Dokazali so pomembno vlogo Srf proteina pri marsikaterem mehanizmu/procesu v embrionalnem razvoju. Tako recimo Srf odločilno vpliva na diferenciacijo celic, saj izguba le-tega povzroči kaotično deljenje in diferenciacijo celic med več plastmi epidermisa. Nadalje vpliva tudi na pravilno vzpostavitev polarnosti bazalne lamine in še najbolj ključno na tvorbo aktinsko-miozinskega skeleta, ki je nujen za pravilno mitozo, posledično za obliko in trdnost celice. Orientacija vretena in asimetrično dedovanje sta po zadnjih raziskavah osrednja mehanizma, ki omogočata matičnim celicam samostojno obnovi in diferenciacijo v pravilni smeri. Rezultati kažejo, da lahko takšne signale pošiljamo preko Srf proteina in aktinsko-miozinskega skeleta, za pravilno tvorbo in nadzirano regulacijo orientacije vretena, asimetrične celične delitve in nasploh usodo posamezne celice. Rezultati razkrivajo nove pojasnitve bioloških procesov, ki sodelujejo pri tvorbi morfologije epidermisa.

== Špela Pohleven: Prioni ==

Prioni so patogeni proteini, ki se od svojih nepatogenih, normalnih, v zaporedju aminokislin enakih dvojnikov, razlikujejo v 3D strukturi – imajo večji del β ploskev. Poznamo več vrst prionov, toda običajno govorimo le o proteinu PrP, ki je prisoten pri ljudeh in živalih. Ostali so namreč značilni za glive, ki so tako primerne za razne raziskave.
Za prione je značilno povezovanje v nitaste polimere, ki jih imenjujemo amiloidi. Znanstveniki domnevajo, da je prav njihova urejena struktura tista, zaradi katere so slabo topni v detergentih in odporni na proteaze.
Najbolj nenavadna lastnost prionov pa je njihova zmožnost širjenja brez potrebe po DNA in RNA. V zvezi s tem potekajo številne raziskave, saj prioni povzročajo številne smrtne bolezni, kot so Creutzfeldt-Jakobova bolezen, smrtonosna družinska nespečnost in druge. Z informacijami, ki jih tako pridobivajo, je možnost za odkritje zdravila večja.
Pri eni od nedavnih raziskav so tako ugotovili, da obstajata dve prionski obliki proteina PrP – infektivna in toksična. Za raziskave so uporabili miši z različnim izražanjem gena PRNP za PrP protein. Vse so okužili s prioni praskavca (ena od prionskih bolezni). Vse so dosegle enak prag infektivnosti, toda smrt ni nastopila istočasno. Iz meritev so znanstveniki prišli do zaključka, da morata obstajati dve različni obliki. To pa je le izhodišče za nove raziskave.

== Maša Mohar: Sladkorna bolezen, kot bolezen imunskega sistema ==

Diabetes mellitus je kronična motnja metabolizma beljakovin, lipidov in ogljikovih hidratov. Nastane zaradi zmanjšane funkcije proizvajanja insulina v telesu. Njen vzrok pa je lahko studi zmanjšana sposobnost telesnih celic za pravilno izkoriščanje insulina. Tip 2 je od insulina neodvisen diabetes (NIDDM). Ta tip ima 80-90% vseh pacientov in se pojavi v odraslem obdobju življenja, spodbudijo ga lahko različni mehanizmi, in za nekatere se še ne ve točno kako pride do tega, je pa res da k temu veliko pripomore nezdrav način življenja in seveda dednost. Prav tako se diabetes tipa 2 deli v dve skupini in sicer na debeli tip, ki ga ima približno 80% vse populacije in na ne debeli tip.
Da je T2D bolezen imunskega sistema pa ugotovimo s tem ko vidimo kako se telo odzovena določene mehanizme, ki sprožijo to bolezen. To so oksidativni stres, stres ER( endoplazemski retikel), lipotoksičnost in glukotoksičnost. Prav tako je potrebno poudariti, da ima diabetes tipa 2 svoje metabolne karakteristike in skupaj s temi patogenimi mehanizmi tvori formulo za nastanek bolezni. Seveda lahko pri T2D pride tudi do dolgoročnih komplikacij, kot so makro in mikro- vaskularne bolezni, problemi z ledvicami, očmi in živci. Te pa so glavni dejavniki za povzročitev hujšega bolezenskega stanja in ne nazadnje tudi smrti zaradi diabetesa.

== Mirjam Kmetič: Regulacija celičnega metabolizma železa ==

Železo je pomemben mikroelement, ki ga vezanega na proteine, vsebujejo skoraj vsa živa bitja. Celice sesalcev potrebujejo zadostno količino železa, da zadovoljijo metabolne potrebe ali dosežejo specializirane funkcije. Vsekakor pa je železo potencialno strupeno, še posebej v obliki Fe2+ ionov, ki katalizirajo pretvorbo vodikovega peroksida v proste radikale, ti pa poškodujejo veliko celičnih struktur (DNA, proteine, lipide...) in posledično celica lahko celo odmre. Vse oblike življenja se temu izognejo tako, da vežejo železove ione na proteine in tako hkrati izkoristijo njegove ugodnosti. Železo se prenaša v tkivo ob pomoči kroženja transferina, prenašalca, ki veže železo v plazmi, katerega predvsem sproščajo črevesne resice in retikuloendotelni makrofagi. Z železom bogat transferin se veže na membranski transferin receptor 1, kar se odraža z endocitozo in sprejemom te kovine. Sprejeto železo se prenese do mitohondrija za sintezo hema ali železo-žveplovih proteinov, ki so bistveni deli mnogih metaloproteinov. Presežno železo se skladišči in detoksificira v feritinu, ki je v citosolu. Metabolizem železa je nadzorovan na različnih nivojih in z raznovrstnimi mehanizmi. Pri uravnavanju je zelo pomemben sistem IRE (iron-responsive element)/IRP (iron-regulatory protein), dobro poznano post-transkripcijsko regulatorno vezje, ki ne le vzdržuje homeostazo v različnih tipih celic, ampak tudi prispeva k sistemskemu ravnovesju železa.

== Lea Kepic: Agonisti adrenoreceptorjev β2 ==

Vloga receptorjev v organizmih je zelo pomembna saj prenaša vse potrebne informacije za delovanje. Delimo jih na ionotropne in metabotropne. Največja skupina metabotropnih receptorjev pripada receptorjem, ki so sklopljeni s proteinom G. Mednje spadajo tudi adrenergični receptorji ali adrenoreceptorji. Adrenoreceptorji so tarčni za katekolamine (fight or flight hormoni) med katere spadajo adrenalin, noradrenalin in dopamin. V svojem seminarju sem se posvetila predvsem podskupini β2 (β2-AR) in njihovim agonistom. Agonisti so spojine, ki se selektivno vežejo na specifične receptorje, ki sprožijo nadaljnji odziv. Njegova naloga je posnemanje naravno obstoječih (endogenih) molekul, kot so na primer hormoni. Najbolj pogost in učinkovit agonist za β2-AR je izoprenalin, med hormoni pa je najboljši adrenalin. S pomočjo eksperimentov znanstveniki raziskujejo posebnosti v zgradbi predvsem kristalnih struktur, tvorbo vezi z različnimi spojinami, konformacijske spremembe, vpliv inhibitorjev, ravnotežna stanja ter energijska pretvarjanja. Rezultati teh raziskav so izhodišče za praktično uporabnost agonistov. Zaradi njihovih lastnosti jih vedno več uporabljamo v medicini za zdravnjenje plujčnih bolezni; predvsem astme in bronhitisa. To področje za enkrat še ni do dobra raziskano zato jih navadno uporabljamo le kot dodatke drugim zdravilom. Raziskani pa so že tudi nekateri negativni učinki na telo.

== Iza Ogris: Zakaj imajo možgani glikogen? ==

Glikogen se v možganih nahaja v precej manjših koncentracijah kot v jetrih in mišicah.Pojavi se vprašanje o njegovi vlogi v možganih in kje se nahaja. Glikogen vsebujejo astrocite- glia celice, ki obdajajo nevrone in skbijo za koncentracijo ionov v izvenceličnem prostoru ter dovajanje določenih snovi nevronom. Ko se med aktivnostjo nevronov v izvenceličnem prostoru kopičijo kalijevi ioni, jih astrocite začnejo privzemati z K/Na ATPazo. Posledično se v astrocitah zviša nivo AMP, kar stimulira delovanje encima glikogen fosforilaze (razgradnja glikogena). Astrocite med nevronsko aktivnostjo privzemajo tudi živnčni prenašalec glutamat iz sinaps, ki tudi posredno povzroča padec energije v astrocitah. Ko se nivo glukoze v dejavnih nevronih znižuje, se medtem v astrocitih povečuje. Koncentracija glukoze je nato v astrocitih večja kot v izvencelični tekočini in nevronih, zato se ustvari koncentracijski gradient kar omogoči pot glukoze iz astrocitov v nevrone. Pri vzdrževanju glukoze se tako razgradnja glikogena izkaže za bolj učinkovito kot le privzem glukoze iz krvi. Razkriva se izvor in usoda glukozne rezerve.

== Ines Kerin: Kanabinoidi za zdravljenje shizofrenije? Uravnotežena nevrokemična sestava za škodljive in terapevtske učinke uživanja konoplje ==

Že desetletja velja prepričanje, da je uživanje konoplje eden pomembnih dejavnikov za nastanek in razvoj shizofrenije. Vendar so v novejših raziskavah odkrili, da naj bi kanabinoidi, psihoaktivne substance v konoplji, izboljšali nevropsihološke učinke in negativne simptome, ter imeli antipsihotične lastnosti pri ljudeh s shizofrenijo. Shizofrenija je huda duševna bolezen iz skupine psihoz. Simptome shizofrenije povzroča spremenjena količina določenih snovi v možganih, in sicer živčnih prenašalcev, ki omogočajo medsebojno komunikacijo možganskih celic. Motnje v komunikaciji pa povzročajo spremembo v delovanju možganov. Pomembno vlogo ima pri bolezni dopamin, ki lahko s prevelikim sproščanjem izzove nekatere simptome.
Shizofrenijo zdravijo s pomočjo antipsihotikov, ki imajo podobne lastnosti kot kanabinoidi v konoplji. Vendar se učinki konoplje od učinkov antipsihotikov nekoliko razlikujejo. Pri negativnih simptomih konoplja, tako kot antipsihotiki, spodbuja sproščanje in delovanje dopamina. Manj znano pa je, ali zavira ali spodbuja delovanje ostalih petih nevrotransmiterjev (serotonina, acetilholina, noradrenalina, glutamina in GABA). Na pozitivne simptome ima konoplja, kot je vidno v tabeli lahko tako koristne kot nekosristne učinke. Simptome lahko izboljša z zaviranjem sproščanja serotonina, acetilholina in noradrenalina. V primeru dopamina, glutamata in GABA ima konoplja negative učinke, saj v nasprotju z antipsihotiki, poveča sproščanje dopamina in zavira delovanje glutamata in GABA. Obstajajo dokazi, da imajo kanabinoidi zdravilne učinke na pozitivne in negativne simptome pri shizofreniji. Vendar to poglavje še ni zaključeno in se izvajajo še nadalnje raziskave v tej smeri.

== Eva Knapič: Kako virusi vodijo delovanje celice. ==
Virusi so geni obdani z zaščitno proteinsko ovojnico. Za izražanje teh genov, da lahko naredijo proteine in podvojijo kromosome, je potrebno, da vstopijo v celico in uporabijo celične mehanizme, saj sami tega niso zmožni. Poznamo več vrst virusov. Posebnost evkariontskih virusov je sposobnost posnemanja kratkih linearnih motivov proteinov poznanih pod kratico SLiMs. To so deli proteinov, ki so odgovorni za posredovanje med nekaterimi celičnimi funkcijami. So zelo kratki, večinoma nekje od 3 do 10 aminokislin. Motivi sodelujejo pri vezavi proteinih, pri prepoznavanju post-translacijske modifikacije encimov, pri usmerjanju proteinov v celične razdelke in pa so prisotni na cepitvenih mestih proteina. S posnemanjem različnih motivov lahko virusi prevzamejo nadzor nad celico. Najpogostejši mehanizmi prevzema nadzora so uporaba celičnega transporta, manipuliranje signalnega transporta, nadzor proteinov v celici, regulacija prepisovanja, sprememba modifikacije gostiteljevega proteina in usmerjanje modifikacije proteinov.
Uporaba proteinskih motivov v celici in lahko posnemanje le teh predstavlja šibkost v celični organiziranosti, saj virusi s pridom izkoriščajo to v svojo korist. Posnemanje motivov virusom omogoča, da sami vodijo delovanje celice in se sami s pomočjo celičnih mehanizmov enostavno razmnožujejo in tako hitro okužijo celoten organizem.
V nadalje bodo potekale raziskave za izkoriščanje posnemanja motivov v namene zdravljenja virusnih okužb.
== Katra Koman: Pomen dendritskih celic (DCs) in celic ubijalk (NK) v imunskem odzivu na okužbo z virusom HIV-1 ==
Dendritske celice (DCs - dendritic cells) in celice ubijalke (NK – natural killer cells) sta dva tipa celic prirojenega imunskega sistema, ki imata zelo pomembno vlogo pri protivirusni odpornosti. Tako dendritske celice, kot tudi celice ubijalke so sicer pomemben del (nespecifičnega) prirojenega imunskega sistema, a hkrati vplivajo tudi na učinkovit razvoj (specifičnega) prilagojenega imunskega odziva. DC so ključnega pomena za aktiviranje za virus specifičnih T celic, kar pa je močno odvisno od prejšnjega, prirojenega imunskega odziva. NK celice pa ovirajo zgodnje širjenje virusov, tako da proizvajajo citokine in s fagocitozo neposredno uničujejo okužene celice. Razumevanje delovanja in funkcije teh celic pa ima pomemben vpliv na razvijanje nove strategije cepiva proti virusu HIV-1, katere uspeh bo odvisen od primernega razumevanja delovanja teh celic.

== Jana Verbančič: Apoptozi podobna smrt v bakterijah, ki jo povzroča HAMLET, lipidno-proteinski kompleks v človeškem mleku ==
Apoptoza oz. programirana celična smrt je eden najpomembnejših procesov v evkariontskih celicah. Organizem je z apoptozo sposoben sam uravnavati število živih celic. Uniči jih lahko, ker so poškodovane, stare ali ker ne opravljajo več svoje naloge, lahko pa uniči tudi popolnoma zdrave celice, ki jih ne potrebuje več (npr. pri embrionalnem razvoju). Pomemben dejavnik pri apoptozi so encimi kaspaze, ki cepijo in aktivirajo druge proteine, vse skupaj pa lahko poteka po dveh poteh. Prva je notranja in vključuje mitohondrije in citokrom c, ki deluje kot signalna molekula v apoptotskem ciklu ter tako sproži delovanje kaspaz in posledično apoptozo. Druga pot je zunanja in vključuje aktivacijo proteinskih receptorjev (t. i. receptorjev smrti) na zunanji strani membrane. Oblikuje se kompleks iz receptorja, adaptorskega proteina in vezane kaspaze (DISC), ki povzroča cepljenje in aktivacijo nadaljnjih kaspaz; to pa spet vodi v apoptozo. V mehanizme so lahko vključeni mnogi drugi proteini ali neproteinski signali.
Programirane celične smrti pa nimajo samo evkarionti, ampak so dokazali, da so tudi prokarionti sposobni procesov, ki so zelo podobni apoptozi. Raziskave so delali na streptokokih in tumorskih celicah, ki so jim dodali kompleks HAMLET (human alpha-lactalbumin made lethal to tumor cells), ki ga lahko najdemo v človeškem mleku. Kompleks je deloval kot signalna molekula za začetek apoptoze v tumorskih celicah oz. za začetek apoptozi podobnega procesa v bakterijah.

== Ana Remžgar: Črevesna absorpcija vitamina D ne poteka le s pasivno difuzijo: dokazi za vpletenost enakih transporterjev kot pri holesterolu ==
Vitamin D je hormon, ki ga telo lahko proizvede samo s pomočjo obsevanja kože z ultravijolično svetlobo, vendar je hipovitaminoza D razširjena v mnogih državah in je pomemben svetovni zdravstveni problem. Vitamin D je nujno potreben za uravnavanje ravnovesja med kalcijem in fosfati v telesu ter za normalno rast kosti.

Dolgo časa je veljalo, da se v črevesju vitamin D absorbira le s pomočjo pasivne difuzije. Znanstveniki so kulturi človeških embrionalnih ledvičnih (HEK) celic dodali vsaj enega od teh membranskih proteinov (SR-BI, CD36, NPC1L1). Ti trije proteini so pomembni pri absorpciji holesterola. Zaradi podobne zgradbe holesterola in vitamina D, so znanstveniki sklepali, da so lahko ti trije proteini pomembni tudi pri absorpciji vitamina D. Ko so HEK celicam dodali te proteine, se je absorpcija vitamina D opazno povečala. Ko pa so HEK celicam dodali poleg proteinov še njihove inhibitorje, se je absorpcija močno zmanjšala.
Vpliv SR-BI so opazovali tudi in vivo. Uporabili so wild type miši ter miši z mnogo bolj izraženim Scavenger receptorjem razreda B tipa I (SR-BI). Tudi tu se je pri SR-BI miših povečala absorpcija vitamina D.

Ti rezultati nam prvič pokažejo, da se vitamin D v črevesju ne absorbira le preko pasivne difuzije vendar je v ta proces vključenih kar nekaj transporterjev.

== Maja Grdadolnik: Jedrni in nejedrni receptorji za estrogene. ==
Receptorji za estrogene oz. estrogenski receptorji so proteinske molekule z vlogo specifičnega mesta vezave ustreznega liganda. Nahajajo se v vseh celicah tkiv, ki so tarčne celice estrogena. Lahko se nahajajo v jedru celice, v neposredni bližini DNA, lahko pa so vezani na posebna mesta na membrani celice, t.i. caveole.
Estrogeni (estron (E1), estradiol (E2), estriol (E3)) so lipidopolarni in brez večjih težav prehajajo skozi lipidni dvosloj. Nato se vežejo na lipoproteine v krvi, ki jih prenesejo do jedra tarčne celice. Tarčne celice so po navadi celice jajčnikov, testisov, nadledvičnih žlez, jeter in prsi. V jedru se nato vežejo na estrogenski receptor, s katerim tvorijo kompleks. Ta ligand-receptor kompleks se nato s posebnim mestom (domeno E) veže na specifično mesto na DNA, imenovano estrogen response element (ESE). S tem sodeluje pri procesu transkripcije in uravnava sintezo ustreznih proteinov.
Nejedrni estrogenski receptorji so vezani na posebna mesta na membrani celice, t.i. caveole. Na ta mesta so vezani z integralnim proteinom, za vezavo pa potrebujejo aminokislinski substrat. Receptorje na membrani lahko povezujemo z interakcijo z različnimi ligandi, imajo pa tudi pomembno vlogo posredne aktivacije endotelijske NO sintaze, ki pozitivno vpliva na srce in ožilje. Nejedrne estrogenske receptorje že povezujejo s procesi, ki blagodejno vplivajo na kardiovaskularne bolezni in tkivo endotelija.

== Andreja Bratovš: Vloga GPCR v patologiji Alzheimerjeve bolezni. ==
Alzheimerjeva bolezen je najpogostejša oblika demence. Zaradi odmiranja nevronov pride do zmanjšanja obsega možganov in pešanja razumskih funkcij. Eden glavnih razlogov za nastanek bolezni so amiloidni plaki. Ti nastajajo s kopičenjem amiloidnih peptidov beta. APP (amyloid precursor protein) je membranski protein, ki ga pri zdravem človeku cepi najprej α-sekretaza (nastane sAPPα), nato pa še γ-sekretaza – nastane topen delec p3. Kadar pa APP cepi β-sekretaza, nastane najprej sAPPβ, po cepitvi z γ-sekretazo pa nastane amiloidni peptid beta.
Pri iskanju zdravila za Alzheimerjevo bolezen se trenutno osredotočajo prav na amiloidne plake oz. na preprečevanje njihovega nastajanja ter njihovo razgradnjo. Alternativen pristop imunoterapiji je regulacija receptorjev, sklopljenih z G-proteini, saj so ti udeleženi v več fazah nastajanja plakov. Možnih je več poti, in sicer: zaviranje nastajanja amiloidnih peptidov beta z regulacijo α-, β- ali γ-sekretaze ter sproščanje encimov za razgradnjo plakov. Pri regulaciji α-sekretaze gre za promoviranje njenega delovanja, saj se tako poleg tega, da ne nastajajo amiloidni peptidi beta, tudi sprošča sAPPα, ki ima vlogo pri zaščiti nevronov. Za β-sekretazo je sicer znanih veliko inhibitorjev, vendar jih iz možganov eksportira P-glikoprotein. Problem pri γ-sekretaze je, da ta sekretaza cepi tudi del proteina Notch, zato bi z njeno inhibicijo vplivali tudi na Notch signalno pot.

== Kaja Javoršek: Potencial matičnih celic pri Parkinsonovi bolezni in molekularni faktorji za tvorbo dopaminskih nevronov. ==
Parkinsonova bolezen je nevrodegenerativna bolezen bazalnih ganglijev. ta bolezen prizadane predvsem telesno gibanje, nastane pa ker se zmanjša koncentracija dopamina v striatumu. Kot posledica tega, začnejo propadati dopaminski nevroni v substanti nigri. Prav propadanje dopaminskih nevronov pa je vrzok za Parkinsonovo bolezen. Vzrok za propadanje teh nevronov pa še vedno ni znan. Znano je da dopaminski nevroni s starostjo pospešeno propadajo. To je tudi razlog, zakaj se ta bolezen pojavlja šele pri starejših ljudeh.
Danes se v medicini uporablja veliko terapij, ki pa le lajšajo simptome in bolezni ne pozdravijo. Prav to je razlog za tako veliko število raziskav povezanih s Parkinsonovo boleznijo. Čeprav mehanizmi razvoja dopaminskih nevronov še niso povsem znani, so raziskovalci odkrili kar nekaj molekularnih faktorjev, ki vplivajo na njihovo tvorbo, na primer Fox proteini in receptor sirota Nurr1. Fox proteini so transkripcijski faktorji, ki vežejo DNA. Med temi proteini igrata najpomembnejšo vlogo v nastanku dopaminskih nevronov FoxA1 in FoxA2 proteina. Receptor sirota Nurr1 pa je pomemben pri nastanku L-DOPE, ki je vmesen produkt pri nastanku dopamina iz L-tirozina. Za nastanek L-DOPE mora biti prisoten encim tirozin hidroksilaza. Za izražanje tega encima pa je pomemben receptor sirota Nurr1 in mutacije tega receptorja so povezane s Parkinsonovo boleznijo in shizofrenijo.
Poleg vseh načinov zdravljenja, pa poskušajo Parkinsonovo bolezen pozdraviti tudi s pomočjo matičnih celic, saj so se zmožne diferencirati v katero koli vrsto celic, vključno z dopaminskimi nevroni.

== Tamara Marić: Organizacija jedra. ==
Organizacija genoma v jedru je zelo kompleksna in dinamična in prav to je znanstvenike privedlo do mišljenja, da ima jedro neko globjo strukturo, kjer mora vladati red. S pomočjo novih tehnoloških metod (3C, FISH, 4C) so odkrili kar nekaj zanimivh stvari o sestavi samega jedra. Jedro si moramo predstavljati kot 3D strukturo, v kateri se neprestano nekaj dogaja. Sestavljen je iz dveh glavnih domen, obrobja in centra. Na obrobju sta še dva pododdelka. Ob jedrnih porah se nahajajo aktivni geni, ki so povezani s številnimi proteini, speči geni pa se nahajajo ob lamini. V centru se pododdelki medseboj razlikujejo po funkcijah. V jedrcu se nahajajo geni za rRNA, v transkripcijskih tovarnah se nahajajo vse »sestavine«, ki jih geni potrebujejo za prepis, polycombska telesca imajo bistveno vlogo pri ohranjevanju represije in perinuklearni prostor je specializiran za replikacijo heterokromatina. Ker pa to ne miruje je logično da kromatinske zanke med seboj interagirajo. Poznamo homologne (kjer gre za podobno zgrajene/iste kromosome) in nehomologne(se med seboj razlikujejo) interkromosomske interakcije. Pri prvi je pomembno, da se podobna kromosoma »zmenita«, kateri bo aktiven, pri drugi pa je diferenciacija celice odvisna od aktivnosti nekega gena.

BIO1-seminar 2011

2011-03-23T16:21:56Z

TamaraMaric: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Slovenski naslov članka'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Faktor vpliva revije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| BOTONJIĆ SANDI||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Sandi_Botonji.C4.87:_Tioredoksinu_podoben_protein_.28TXNL2.29_.C5.A1.C4.8Diti_kancerogene_celice_pred_oksidativnim_stresom Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom]
||15.387||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA
|-
| VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA
|-
| ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA
|-
| ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN
|-
| DOLINAR ANA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Ana_Dolinar:_Prilagojena_ali_prilagodljiva_imunost.3F_Primer_naravnih_celic_ubijalk Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk]||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA
|-
| RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA
|-
| MOHAR MAŠA||Sladkorna bolezen tipa 2 kot bolezen imunskega sistema||30,006||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA
|-
| POHLEVEN ŠPELA||Prioni||34||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA
|-
| KEPIC LEA||Agonisti adrenoreceptorjev β2||34.48||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ
|-
| KMETIČ MIRJAM||Celična regulacija metabolizma železa||5,371||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA
|-
| JARC VERONIKA||Eksperimentalni modeli za študijo imunobiologije hepatitisa C||3.26||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA
|-
| KOMAN KATRA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Katra_Koman:_.09Pomen_dendritskih_celic_.28DCs.29_in_celic_ubijalk_.28NK.29_v_imunskem_odzivu_na_oku.C5.BEbo_z_virusom_HIV-1 Pomen dendritskih celic (DCs) in celic ubijalk (NK) v imunskem odzivu na okužbo z virusom HIV-1]||32.245||21.03.||25.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM
|-
| OGRIS IZA||Zakaj imajo možgani glikogen?||5,125||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ
|-
| KERIN INES||Kanabinoidi za zdravljenje shizofrenije? Uravnotežena nevrokemična sestava za škodljive in terapevtske učinke uživanja konoplje||4.458||14.03.||21.03.||28.03.||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK
|-
| VERBANČIČ JANA||Apoptozi podobna smrt v bakterijah, ki jo povzroča HAMLET, človeški mlečni lipidno-proteinski kompleks||4.351||21.03.||28.03.||04.04.||KARNER TAJA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA
|-
| KNAPIČ EVA||Kako virusi vodijo delovanje celice.||14.101||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA
|-
| REMŽGAR ANA||Črevesna absorpcija vitamina D ne poteka le s pasivno difuzijo: dokazi za vpletenost enakih transporterjev kot pri holesterolu||4.356||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA
|-
| GRDADOLNIK MAJA||Jedrni in nejedrni receptorji za estrogene||5.328||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK
|-
| JAVORŠEK KAJA||Potencial matične celice pri Parkinsonovi bolezni in molekularni faktorji za tvorbo dopaminergičnih nevronov||4.139||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO
|-
| BRATOVŠ ANDREJA||Vloga GPCR v patologiji Alzheimerjeve bolezni||26||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA
|-
| CRČEK MITJA||Matične celice||7.365||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA
|-
| MARIĆ TAMARA||Sestava jedra||9.1||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA
|-
| ŠTEMBERGER ROK||povečano izražanje in imunogenosti HIV proteinov po inaktivaciji encimske aktivnosti||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI
|-
| LORBEK SARA||Interakcije maščobna kislina - gen, adipokini in debelost||3.072||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK
|-
| REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA
|-
| ČUPOVIĆ VANA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA
|-
| RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA
|-
| RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA
|-
| VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA
|-
| FRANKO NIK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO
|-
| HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA
|-
| AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA
|-
| NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK
|-
| BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA
|-
| KARNER TAJA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA
|-
| KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA
|-
| MUSTAR JERNEJ||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA
|-
| GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ
|-
| GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA
|-
| BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA
|-
| ŠTOK ULA||Mutacija mitohondrijske DNA v povezavi z rakom debelega črevesa kot posledica abnormalnega delovanja citokroma c oksidaze||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES
|-
| nihce ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR
* osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar 2011

2011-03-06T12:26:36Z

TamaraMaric: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Slovenski naslov članka'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Faktor vpliva revije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| BOTONJIĆ SANDI||Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom||||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA
|-
| VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA
|-
| ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA
|-
| ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN
|-
| DOLINAR ANA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Ana_Dolinar:_Prilagojena_ali_prilagodljiva_imunost.3F_Primer_naravnih_celic_ubijalk Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk]||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA
|-
| RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA
|-
| MOHAR MAŠA||Sladkorna bolezen tipa 2 kot bolezen imunskega sistema||30,006||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA
|-
| POHLEVEN ŠPELA||jhfjsdf sdh fjhds v||12||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA
|-
| KEPIC LEA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ
|-
| KMETIČ MIRJAM||Celična regulacija metabolizma železa||5,371||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA
|-
| JARC VERONIKA||Hepatitis C||||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA
|-
| KOMAN KATRA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM
|-
| OGRIS IZA||Zakaj imajo možgani glikogen?||||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ
|-
| KERIN INES||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK
|-
| VERBANČIČ JANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||KARNER TAJA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA
|-
| KNAPIČ EVA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA
|-
| REMŽGAR ANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA
|-
| POVŠE KATJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK
|-
| JAVORŠEK KAJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO
|-
| BRATOVŠ ANDREJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA
|-
| CRČEK MITJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA
|-
| MARIĆ TAMARA||ciljanje kemokinskih receptorjev ob alergijskih obolenjih||5.155||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA
|-
| ŠTEMBERGER ROK||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI
|-
| LORBEK SARA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK
|-
| REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA
|-
| ČUPOVIĆ VANA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA
|-
| RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA
|-
| RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA
|-
| VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA
|-
| FRANKO NIK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO
|-
| HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA
|-
| AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA
|-
| NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK
|-
| BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA
|-
| KARNER TAJA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA
|-
| KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA
|-
| GRDADOLNIK MAJA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA
|-
| GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ
|-
| GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA
|-
| BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA
|-
| ŠTOK ULA||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES
|-
| MUSTAR JERNEJ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR
* osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO1-seminar 2011

2011-03-06T12:25:27Z

TamaraMaric: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Slovenski naslov članka'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Faktor vpliva revije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| BOTONJIĆ SANDI||Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom||||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA
|-
| VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA
|-
| ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA
|-
| ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN
|-
| DOLINAR ANA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO1_Povzetki_seminarjev#Ana_Dolinar:_Prilagojena_ali_prilagodljiva_imunost.3F_Primer_naravnih_celic_ubijalk Prirojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk]||28||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA
|-
| RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA
|-
| MOHAR MAŠA||Sladkorna bolezen tipa 2 kot bolezen imunskega sistema||30,006||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA
|-
| POHLEVEN ŠPELA||jhfjsdf sdh fjhds v||12||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA
|-
| KEPIC LEA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ
|-
| KMETIČ MIRJAM||Celična regulacija metabolizma železa||5,371||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA
|-
| JARC VERONIKA||Hepatitis C||||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA
|-
| KOMAN KATRA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM
|-
| OGRIS IZA||Zakaj imajo možgani glikogen?||||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ
|-
| KERIN INES||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK
|-
| VERBANČIČ JANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||KARNER TAJA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA
|-
| KNAPIČ EVA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA
|-
| REMŽGAR ANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA
|-
| POVŠE KATJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK
|-
| JAVORŠEK KAJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO
|-
| BRATOVŠ ANDREJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA
|-
| CRČEK MITJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA
|-
| MARIĆ TAMARA||ciljanje kemokinskih receptorjev ob alergijskih obolenjih||||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA
|-
| ŠTEMBERGER ROK||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI
|-
| LORBEK SARA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK
|-
| REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA
|-
| ČUPOVIĆ VANA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA
|-
| RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA
|-
| RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA
|-
| VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA
|-
| FRANKO NIK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO
|-
| HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA
|-
| AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA
|-
| NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK
|-
| BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA
|-
| KARNER TAJA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA
|-
| KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA
|-
| GRDADOLNIK MAJA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA
|-
| GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ
|-
| GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA
|-
| BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA
|-
| ŠTOK ULA||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES
|-
| MUSTAR JERNEJ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR
* osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!
* [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.