Wiki FKKT - User contributions [en]

Arheje v biotehnologiji

2023-05-23T20:10:41Z

Tea Amidović: /* Bakteriorodopsin */

== Uvod ==

Arheje lahko glede na njihovo okoljsko nišo enostavno razdelimo na tri fenotipe: termofile, metanogene in ekstremne halofile. Vsaka skupina ima edinstvene biokemijske lastnosti, ki jih je mogoče uporabiti v biotehnološki industriji. Arheje so na področju industrijske biotehnologije doslej zaostajale za bakterijami in evkarionti. Ti organizmi so naravno sposobni ali jih je mogoče inženirsko spremeniti za proizvodnjo številnih izdelkov, vključno z biogorivi, bioplastiko, površinskimi proteini, lipidi in kemikalijami, potrebnimi za industrijsko sintezo drugih snovi.

== Metan ==

Metanogeni so ena najbolj razširjenih skupin arhej. Njihov energijski metabolizem je izjemno unikaten, saj je neodvisen od molekularnega kisika in pogosto neodvisen tudi od prisotnosti organskih molekul. Kot končni porabniki hlapnih maščobnih kislin, alkoholov ali plinov v anaerobni prehranjevalni verigi proizvajajo močan toplogredni plin - metan. Metanogeni presnavljajo različne substrate, vključno s plini, kot so molekularni vodik, ogljikov monoksid in ogljikov dioksid, ter spojinami, kot so acetat, metanol in metoksilirane spojine.
Metanogene arheje so sposobne rasti pri temperaturah od 0 do 122 °C, vendar imajo lahko zelo različne hitrosti rasti, tudi pri isti temperaturi. Večina le-teh uporablja mešanico vodika in ogljikovega dioksida kot substrat, medtem ko nekatere vrste uporabljajo metilne spojine, acetat pa uporablja najmanjši delež metanogenov. Vsi ti substrati so produkti razkroja organskih snovi, zato je metanogeneza običajno zadnja stopnja mineralizacije organskih snovi v anaerobnih pogojih, če ni drugih akceptorjev vodika, kot sta nitrat ali sulfat.
Približno tretjina arhej za rast ne more uporabiti nobenega drugega vira energije in ogljika razen mešanice vodika in ogljikovega dioksida. Ta pojav je še posebej opazen med arhejami, izoliranimi iz geotermalnih okolij, kar je verjetno posledica odsotnosti ali nizkih ravni drugih substratov v vulkanskih okoljih. V teh okoljih je voda obogatena z vodikovim sulfidom, vodikom in amonijevimi ioni. Po drugi strani je koncentracija organskih spojin nizka, kar naj bi predvsem spodbujalo razvoj arhej, ki izkoriščajo vodik.
Glede na biotehnološko uporabo metanogenih organizmov se raziskuje in razvija bioelektrokemična pretvorba ogljikovega dioksida v metan z uporabo napetosti in metanogenov za biološko proizvodnjo metana na osnovi ogljikovega dioksida (CO2-BMP). Pri tem se vodik uporablja kot reducent. Študije so pokazale, da ima ta tehnologija velik potencial za shranjevanje odvečne električne energije, kot je energija iz vetrnih ali sončnih elektrarn, v obliki kemične energije.

== Molekularni vodik ==

Več kot tri četrtine svetovne proizvodnje vodika se trenutno pridobiva iz zemeljskega plina in premoga, medtem ko le majhen del proizvodnje temelji na električni energiji in obnovljivih virih. Vodik pa lahko proizvajajo tudi različni mikroorganizmi.
Nekateri najbolj raziskani arheji za proizvodnjo molekularnega vodika so hipertermofilne vrste, kot so Desulfurococcus amylolyticus, Pyrococcus furiosus, Thermococcus barophilus, Thermococcus kodakarensis, Thermococcus litoralis, Thermococcus onnurineus in drugi. Doslej so najvišje proizvodne vrednosti dosegli pri T. onnurineus NA1, ki so ga gojili na ogljikovem monoksidu, pri čemer je v 30-litrskem bioreaktorju proizvajal vodik s hitrostjo 236 mmol/Lh. Podobno so pri proizvodnji vodika iz ogljikovega monoksida z uporabo seva T. onnurineus NA1 s prekomerno ekspresijo nativne dehidrogenaze ogljikovega monoksida (CODH) in hidrogenaze dosegli hitrost 124 mmol/Lh. Dodatno gojenje divjega tipa T. onnurineus NA1 v bioreaktorju pod tlakom pri 4 barih je povečalo hitrost proizvodnje na 360 mmol/Lh. Nadaljnji napredek pri proizvodnji vodika s temi in podobnimi arhejami bo odvisen od boljšega razumevanja njihovega metabolizma in njegove uporabe v industriji. Kot pri vseh bioloških proizvodnih sistemih je tudi v tem primeru pomembno vprašanje ustrezne energijske vire za izvedljivost industrijske proizvodnje.
Nedavno je bilo predlagano, da bi format (HCOO-) lahko bil idealen industrijski vmesnik med fizikalno-kemijskim in biološkim področjem. V tem kontekstu bi format lahko deloval kot skladišče energije, ki se pridobi iz različnih industrijskih procesov, hkrati pa bi bil tudi vir energije za proizvodnjo goriv s pomočjo formatotrofnih mikrobov. Napredek pri uporabi formatotrofnih in karboksidotrofnih hidrogenogenih arhej kaže na potencial te tehnologije za postavitev dodatnega vira vodika kot čistega in obnovljivega nosilca energije.

== Polihidroksialkanoati ==

Polihidroksialkanoati (PHA) so skupina raznolikih biopoliestrov. Sintetizirajo jih različne arheje in bakterije kot znotrajcelične spojine za shranjevanje ogljika in energije. Precej izjemne strukture jim omogočajo tvorbo biokompatibilnih polimerov različnih lastnosti. Poleg številnih sevov bakterij, izkaže se, da je za njihovo sintezo pomembna skupina arhej (Haloarchaea), ki predstavljajo razred Euryarchaeota. Slednje so precej lokalizirane v hipersalinskih okoljih in za optimalni razvoj zahtevajo precej visoke koncentracijo soli. Pokazano je, da Haloarchaea producira kratko verižne PHA kot so poli(3-hidroksibutirat), poli(3-hidroksibutirat-ko-3-hidroksivalerat) in terpoliester poli(3-hidroksibutirat-ko-3-hidroksivalerat-ko-4-hidroksibutirat). Terpoliestri skupaj s kopoliestri oziroma poli(3-hidroksibutirat-ko-4-hidroksibutirat) so precej uporabni v biomedicini, od umetnih krvnih žil in vsadkov za regeneracijo kosti do kirurških orodij, zobozdravstvenih namen ipd. Z ustrezno izbiro virov ogljika ter specifičnih substratov je možno nadzorovati sestavo kopoliestra. Ta nadzor naj bi omogočil kontrolirano proizvodnjo specifičnih PHA z želenimi lastnostmi. Pri analizi produkcije PHA s haloarhejo Haloferax mediterranei je ugotovljeno, da so se določeni PHA kopičili v obliki znotrajceličnih zrnc. Zato so sklepali, da proizvodnjo ni treba prekiniti takoj po izčrpanju eksogenega vira ogljika, saj po 24 urah po izčrpanju ostane 70 % proizvedenega PHA. Razlog za to je v tem, da arheje sprva porabijo nizkomolekularne polimere in tako obogatijo frakcijo pred ekstrakcijo PHA iz gojišča, kar precej poveča učinkovitost proizvodnje.

== Površinski proteini ==

Proteini površinske plasti (S-layer proteins) predstavljajo sestavine celične stene, prisotne pri večini arhej in nekaterih bakterijah. Večinoma so močno glikozilirani in vloga takšnih glikoproteinov je, poleg vzdrževanja celične morfologije in celične delitve, tudi vpliv na odpornost celic proti osmotskem stresu. Površinski proteini so med najbolj razširjenimi biopolimeri na planetu, njihova proizvodna zmogljivost pa je omejena le z zmožnostjo sinteze biomase želenih organizmov ter z možnostjo same izolacije oziroma ekstrakcije slednjih proteinov iz takšne biomase. Glede na to, da je mreža površinske plasti pogosto izpostavljena ekstremnim okoljskim razmeram gostitelja, glikoproteini te mreže pri arhejah ohranijo svojo strukturo in delovanje v različnih pogojih, kar je precej uporabno načelo. Njihova funkcija ostane nespremenjena od pH 1 do pH 12, pri temperaturah do 120 °C in v različnih organskih topilih; proteini so tudi pogosto odporni proti proteazam. Zaradi teh lastnosti so arhejski površinski proteini predvsem uporabni v biotehnologiji. Izkaže se da je pomembna nanotehnološka uporaba njihovih fragmentov, in sicer iz razreda Sulfolobus acidocaldarius, za namen nanostrukturiranja površin in oblikovanja nanoklastrov. Tako je bila mogoča neposredna replikacija vzorca proteinske mreže v obliki urejenih kovinskih nanodelcev (Ti, Pd, Au). Arhejski površinski proteini naj bi lahko bili zanimiv produkt biotehnologije, ki bi ga v prihodnosti pridobivali iz izrabljene biomase, proizvedene v različnih drugih industrijskih proizvodnjah na osnovi arhej.

== Plinski vezikli ==

Plinski vezikli (GV) so proteinske strukture, ki sodijo med naravnim organelam številnih bakterij in halofilnih arhej. Med štirimi sevi halofilnih arhej, ki jih sintetizirajo, le sev Halobacterium salinarium je uporaben za preučevanje potencialne uporabe v biotehnologiji. Plinski vezikli se pogosto uporabljajo kot ogrodja epitopov pri razvoju cepiv ter kot konstrastna sredstva pri medicinski diagnostiki. Eden izmed biotehničnih pristopov k oblikovanju cepiv je proizvodnja bioloških nanostrukturiranih ogrodij. Izkaže se, da so nanodelci seva Halobacterium salinarium (GV-nano delci) precej uporabni za prikaz želenega antigena na površini GV. Slednji se pridobijo, ko rekombinantne GV združimo s strukturnim proteinom GvpC v plinskem veziklu ter tako dobimo GV-nanodelec. Ena študija je prikazala imunski odziv na rekombinantni GV-nanodelec, ki je vseboval epitopsko podenoto virusa opičje imunske pomankljivosti (SIV). Podoben princip je dokazan pri številnih drugih patogenih, kar lahko nakazuje na to, da rekombinantni GV-nanodelci sprožijo dolgotrajen imunski odziv, kadar prikazujejo podenote različnih epitopov. Takšen sistem nanodelcev plinskih veziklov je v biotehnologiji precej uporaben, ker je proizvodnja in dalja obdelava načeloma enostavna.

== Bakteriorodopsin ==

Bakteriorodopsin (bR) je fotoreceptorski protein v vijolični membrani (PM) Halobacterium salinarium. BR je v membrani organiziran v heksagonalni kristalni strukturi in deluje kot protonska črpalka, ki jo poganja svetloba, kar omogoča pretvorbo svetlobe v kemično energijo. Sestavljen je iz kovalentno vezanega barcterioopsina in retinala ter je analog rodopsinu v očeh sesalcev. Bakteriorodopsin se izraža iz gruče genov bop skupaj s proteinoma bat in prb, ki inducirata sintezo bR pri nizki vsebnosti kisika oziroma izpostavljenosti svetlobi. Izražena bR tvori izrazito obarvane lise v plazemski membrani, znane kot vijolična membrana (PM). Kljub temu da lahko več halofilnih arhej proizvaja bR, se H. salinarum uporablja kot modelni organizem za industrializacijo. H. salinarum ne uporablja preprostih virov ogljika, kot sta glukoza ali saharoza, temveč uspeva v koncentrirani slanici, bogati z aminokislinami, pri čemer sintetizira bR kot način prenosa energije od oksidativne fosforilacije k fototrofiji. Obstajajo različni pristopi za povečanje izkoristka bR iz H. salinarum. Optimizirani pogoji gojenja vključujejo sestavo gojišča, vir dušika, mešanje, intenzivnost svetlobe, razpoložljivost kisika in odstranjevanje zaviralnih metabolitov. Tehnologija PM se uporablja v vse večji meri in je še izboljšana tako, da nastane enostopenjski trifazni ekstrakcijski sistem (A3PS). Iz bR v A3PS je odstranjena znatna količina lipidov, kar je razvidno iz zmanjšanja utežnega razmerja med lipidi in bR z 0,6 na 0,2. Z enostopenjskim čiščenjem z A3PS je dosežen visok izkoristek bR (∼86 %). Očiščena bR, ekstrahirana z A3PS, je čistejša od bR, ekstrahirane z metodo ATPS, in je imela za 60 % več fototokov kot bR, ekstrahirana z metodo ATPS.

== Biokatalizatorji ==

Arhejski encimi imajo velik biotehnološki potencial, predvsem za kloniranje biokatalizatorjev v mezofile za proizvodnjo, kot so E. coli ali glivni gostitelji. To omogoča hitro povečanje proizvodnje in, v primeru termofilnih encimov, tudi enostavno nadaljnjo obdelavo s toplotnim šokom. Biotehnološki pristopi k uporabi metanogenih, anaerobnih organoheterotrofnih arhej so v največji meri osredotočeni na kemikalije in proizvodnjo biogoriv. Po drugi strani, halofili so se izkazali kot dobri za preučevanje gostitelja za proizvodnjo proteinov. Kljub temu je prekomerno izražanje v gostiteljih, kot je E. coli, pogosto problematično, saj lahko nizke koncentracije citoplazemskih soli vplivajo na zlaganje proteinov, ker kovinski kofaktorji včasih niso pravilno vstavljeni v apoproteine. Zato so zaželene proteine homologno ali heterologno uspešno čezmerno izražali v drugih halofilih. Zaradi omejenosti genetskih sistemov pri večini halofilov je bila prekomerna ekspresija omejena na H. volcanii in Halobacterium sp. NRC-1. V primerjavi z drugimi halofilnimi arhejami je H. volcanii zaradi hitrejše rasti, lahko dostopnega genetskega orodja in stabilnega genoma primernejša za heterologno inženirstvo. Funkcija nove alkalne serinske proteaze (halolizin), identificirane v genomu nekultiviranega halofila, je preučevana s heterologno ekspresijo v H. volcanii. Slednji je uporabljen tudi kot ekspresijski sistem za olfaktorni receptor sesalcev, pri čemer je protein uspešno integriran v njegovo lipidno membrano. To je pokazalo, da H. volcanii uspešno izraža proteine sesalcev, temveč je predlagana tudi njegova potencialna uporaba za proizvodnjo hibridnih biosenzorjev na osnovi nanovezikul.

== Zaključek ==

Arheje so na področju mikrobne biotehnologije zelo uporabne tako za industrijo kot za raziskave, saj se izboljšuje njihovo gojenje in genetski sistemi. Ena od glavnih prednosti arhej je zmožnost gojenja številnih ekstremnofilnih termofilov v nesterilnih pogojih in z uporabo poceni surovin, ki so običajno strupene za druge mikroorganizme. Glede na trenutno fazo razvoja, doslej so dostopna štiri proizvoda arhealnih celic, med katerim je tudi bakteriorodopsin. Drugi proizvodi arhej, kot so metan, vodik ter polihidroksialkanoati, so še v fazi razvoja. Nedavno je bilo odkritih veliko mehanizmov v povezavi z razvojem in industrijsko uporabo arhej, vendar šele zdaj pričakujemo, da se prikaže njihov potencial za biotehnološko uporabo.

== Viri ==

[1] Jabłoński, Sławomir, Paweł Rodowicz, and Marcin Łukaszewicz. Methanogenic archaea database containing physiological and biochemical characteristics. International journal of systematic and evolutionary microbiology 65.Pt_4 (2015): 1360-1368. https://doi.org/10.1099/ijs.0.000065

[2] Koller, M., E. Chiellini, and G. Braunegg. Study on the production and re-use of poly (3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) and extracellular polysaccharide by the archaeon Haloferax mediterranei strain DSM 1411. Chemical and Biochemical Engineering Quarterly 29.2 (2015): 87-98.
https://doi.org/10.15255/CABEQ.2014.2058

[3] Shibata, A., et al. Photocurrent of purple membrane adsorbed onto a thin polymer film: action characteristics of the local anesthetics. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces 23.4 (2002): 375-382. https://doi.org/10.1016/S0927-7765(01)00272-7

[4] Shiu, Pei-Jiun, Hsiu-Mei Chen, and Cheng-Kang Lee. One-step purification of delipidated Bacteriorhodopsin by aqueous-three-phase system from purple membrane of Halobacterium. Food and Bioproducts Processing 92.2 (2014): 113-119. https://doi.org/10.1016/j.fbp.2014.01.003

Arheje v biotehnologiji

2023-05-23T19:24:10Z

Tea Amidović: /* Bakteriorodopsin */

== Uvod ==

Arheje lahko glede na njihovo okoljsko nišo enostavno razdelimo na tri fenotipe: termofile, metanogene in ekstremne halofile. Vsaka skupina ima edinstvene biokemijske lastnosti, ki jih je mogoče uporabiti v biotehnološki industriji. Arheje so na področju industrijske biotehnologije doslej zaostajale za bakterijami in evkarionti. Ti organizmi so naravno sposobni ali jih je mogoče inženirsko spremeniti za proizvodnjo številnih izdelkov, vključno z biogorivi, bioplastiko, površinskimi proteini, lipidi in kemikalijami, potrebnimi za industrijsko sintezo drugih snovi.

== Metan ==

Metanogeni so ena najbolj razširjenih skupin arhej. Njihov energijski metabolizem je izjemno unikaten, saj je neodvisen od molekularnega kisika in pogosto neodvisen tudi od prisotnosti organskih molekul. Kot končni porabniki hlapnih maščobnih kislin, alkoholov ali plinov v anaerobni prehranjevalni verigi proizvajajo močan toplogredni plin - metan. Metanogeni presnavljajo različne substrate, vključno s plini, kot so molekularni vodik, ogljikov monoksid in ogljikov dioksid, ter spojinami, kot so acetat, metanol in metoksilirane spojine.
Metanogene arheje so sposobne rasti pri temperaturah od 0 do 122 °C, vendar imajo lahko zelo različne hitrosti rasti, tudi pri isti temperaturi. Večina le-teh uporablja mešanico vodika in ogljikovega dioksida kot substrat, medtem ko nekatere vrste uporabljajo metilne spojine, acetat pa uporablja najmanjši delež metanogenov. Vsi ti substrati so produkti razkroja organskih snovi, zato je metanogeneza običajno zadnja stopnja mineralizacije organskih snovi v anaerobnih pogojih, če ni drugih akceptorjev vodika, kot sta nitrat ali sulfat.
Približno tretjina arhej za rast ne more uporabiti nobenega drugega vira energije in ogljika razen mešanice vodika in ogljikovega dioksida. Ta pojav je še posebej opazen med arhejami, izoliranimi iz geotermalnih okolij, kar je verjetno posledica odsotnosti ali nizkih ravni drugih substratov v vulkanskih okoljih. V teh okoljih je voda obogatena z vodikovim sulfidom, vodikom in amonijevimi ioni. Po drugi strani je koncentracija organskih spojin nizka, kar naj bi predvsem spodbujalo razvoj arhej, ki izkoriščajo vodik.
Glede na biotehnološko uporabo metanogenih organizmov se raziskuje in razvija bioelektrokemična pretvorba ogljikovega dioksida v metan z uporabo napetosti in metanogenov za biološko proizvodnjo metana na osnovi ogljikovega dioksida (CO2-BMP). Pri tem se vodik uporablja kot reducent. Študije so pokazale, da ima ta tehnologija velik potencial za shranjevanje odvečne električne energije, kot je energija iz vetrnih ali sončnih elektrarn, v obliki kemične energije.

== Molekularni vodik ==

Več kot tri četrtine svetovne proizvodnje vodika se trenutno pridobiva iz zemeljskega plina in premoga, medtem ko le majhen del proizvodnje temelji na električni energiji in obnovljivih virih. Vodik pa lahko proizvajajo tudi različni mikroorganizmi.
Nekateri najbolj raziskani arheji za proizvodnjo molekularnega vodika so hipertermofilne vrste, kot so Desulfurococcus amylolyticus, Pyrococcus furiosus, Thermococcus barophilus, Thermococcus kodakarensis, Thermococcus litoralis, Thermococcus onnurineus in drugi. Doslej so najvišje proizvodne vrednosti dosegli pri T. onnurineus NA1, ki so ga gojili na ogljikovem monoksidu, pri čemer je v 30-litrskem bioreaktorju proizvajal vodik s hitrostjo 236 mmol/Lh. Podobno so pri proizvodnji vodika iz ogljikovega monoksida z uporabo seva T. onnurineus NA1 s prekomerno ekspresijo nativne dehidrogenaze ogljikovega monoksida (CODH) in hidrogenaze dosegli hitrost 124 mmol/Lh. Dodatno gojenje divjega tipa T. onnurineus NA1 v bioreaktorju pod tlakom pri 4 barih je povečalo hitrost proizvodnje na 360 mmol/Lh. Nadaljnji napredek pri proizvodnji vodika s temi in podobnimi arhejami bo odvisen od boljšega razumevanja njihovega metabolizma in njegove uporabe v industriji. Kot pri vseh bioloških proizvodnih sistemih je tudi v tem primeru pomembno vprašanje ustrezne energijske vire za izvedljivost industrijske proizvodnje.
Nedavno je bilo predlagano, da bi format (HCOO-) lahko bil idealen industrijski vmesnik med fizikalno-kemijskim in biološkim področjem. V tem kontekstu bi format lahko deloval kot skladišče energije, ki se pridobi iz različnih industrijskih procesov, hkrati pa bi bil tudi vir energije za proizvodnjo goriv s pomočjo formatotrofnih mikrobov. Napredek pri uporabi formatotrofnih in karboksidotrofnih hidrogenogenih arhej kaže na potencial te tehnologije za postavitev dodatnega vira vodika kot čistega in obnovljivega nosilca energije.

== Polihidroksialkanoati ==

Polihidroksialkanoati (PHA) so skupina raznolikih biopoliestrov. Sintetizirajo jih različne arheje in bakterije kot znotrajcelične spojine za shranjevanje ogljika in energije. Precej izjemne strukture jim omogočajo tvorbo biokompatibilnih polimerov različnih lastnosti. Poleg številnih sevov bakterij, izkaže se, da je za njihovo sintezo pomembna skupina arhej (Haloarchaea), ki predstavljajo razred Euryarchaeota. Slednje so precej lokalizirane v hipersalinskih okoljih in za optimalni razvoj zahtevajo precej visoke koncentracijo soli. Pokazano je, da Haloarchaea producira kratko verižne PHA kot so poli(3-hidroksibutirat), poli(3-hidroksibutirat-ko-3-hidroksivalerat) in terpoliester poli(3-hidroksibutirat-ko-3-hidroksivalerat-ko-4-hidroksibutirat). Terpoliestri skupaj s kopoliestri oziroma poli(3-hidroksibutirat-ko-4-hidroksibutirat) so precej uporabni v biomedicini, od umetnih krvnih žil in vsadkov za regeneracijo kosti do kirurških orodij, zobozdravstvenih namen ipd. Z ustrezno izbiro virov ogljika ter specifičnih substratov je možno nadzorovati sestavo kopoliestra. Ta nadzor naj bi omogočil kontrolirano proizvodnjo specifičnih PHA z želenimi lastnostmi. Pri analizi produkcije PHA s haloarhejo Haloferax mediterranei je ugotovljeno, da so se določeni PHA kopičili v obliki znotrajceličnih zrnc. Zato so sklepali, da proizvodnjo ni treba prekiniti takoj po izčrpanju eksogenega vira ogljika, saj po 24 urah po izčrpanju ostane 70 % proizvedenega PHA. Razlog za to je v tem, da arheje sprva porabijo nizkomolekularne polimere in tako obogatijo frakcijo pred ekstrakcijo PHA iz gojišča, kar precej poveča učinkovitost proizvodnje.

== Površinski proteini ==

Proteini površinske plasti (S-layer proteins) predstavljajo sestavine celične stene, prisotne pri večini arhej in nekaterih bakterijah. Večinoma so močno glikozilirani in vloga takšnih glikoproteinov je, poleg vzdrževanja celične morfologije in celične delitve, tudi vpliv na odpornost celic proti osmotskem stresu. Površinski proteini so med najbolj razširjenimi biopolimeri na planetu, njihova proizvodna zmogljivost pa je omejena le z zmožnostjo sinteze biomase želenih organizmov ter z možnostjo same izolacije oziroma ekstrakcije slednjih proteinov iz takšne biomase. Glede na to, da je mreža površinske plasti pogosto izpostavljena ekstremnim okoljskim razmeram gostitelja, glikoproteini te mreže pri arhejah ohranijo svojo strukturo in delovanje v različnih pogojih, kar je precej uporabno načelo. Njihova funkcija ostane nespremenjena od pH 1 do pH 12, pri temperaturah do 120 °C in v različnih organskih topilih; proteini so tudi pogosto odporni proti proteazam. Zaradi teh lastnosti so arhejski površinski proteini predvsem uporabni v biotehnologiji. Izkaže se da je pomembna nanotehnološka uporaba njihovih fragmentov, in sicer iz razreda Sulfolobus acidocaldarius, za namen nanostrukturiranja površin in oblikovanja nanoklastrov. Tako je bila mogoča neposredna replikacija vzorca proteinske mreže v obliki urejenih kovinskih nanodelcev (Ti, Pd, Au). Arhejski površinski proteini naj bi lahko bili zanimiv produkt biotehnologije, ki bi ga v prihodnosti pridobivali iz izrabljene biomase, proizvedene v različnih drugih industrijskih proizvodnjah na osnovi arhej.

== Plinski vezikli ==

Plinski vezikli (GV) so proteinske strukture, ki sodijo med naravnim organelam številnih bakterij in halofilnih arhej. Med štirimi sevi halofilnih arhej, ki jih sintetizirajo, le sev Halobacterium salinarium je uporaben za preučevanje potencialne uporabe v biotehnologiji. Plinski vezikli se pogosto uporabljajo kot ogrodja epitopov pri razvoju cepiv ter kot konstrastna sredstva pri medicinski diagnostiki. Eden izmed biotehničnih pristopov k oblikovanju cepiv je proizvodnja bioloških nanostrukturiranih ogrodij. Izkaže se, da so nanodelci seva Halobacterium salinarium (GV-nano delci) precej uporabni za prikaz želenega antigena na površini GV. Slednji se pridobijo, ko rekombinantne GV združimo s strukturnim proteinom GvpC v plinskem veziklu ter tako dobimo GV-nanodelec. Ena študija je prikazala imunski odziv na rekombinantni GV-nanodelec, ki je vseboval epitopsko podenoto virusa opičje imunske pomankljivosti (SIV). Podoben princip je dokazan pri številnih drugih patogenih, kar lahko nakazuje na to, da rekombinantni GV-nanodelci sprožijo dolgotrajen imunski odziv, kadar prikazujejo podenote različnih epitopov. Takšen sistem nanodelcev plinskih veziklov je v biotehnologiji precej uporaben, ker je proizvodnja in dalja obdelava načeloma enostavna.

== Bakteriorodopsin ==

Bakteriorodopsin (bR) je fotoreceptorski protein v vijolični membrani (PM) Halobacterium salinarium. BR je v membrani organiziran v heksagonalni kristalni strukturi in deluje kot protonska črpalka, ki jo poganja svetloba, kar omogoča pretvorbo svetlobe v kemično energijo. Sestavljen je iz kovalentno vezanega barcterioopsina in retinala ter je analog rodopsinu v očeh sesalcev. Bakteriorodopsin se izraža iz gruče genov bop skupaj s proteinoma bat in prb, ki inducirata sintezo bR pri nizki vsebnosti kisika oziroma izpostavljenosti svetlobi. Izražena bR tvori izrazito obarvane lise v plazemski membrani, znane kot vijolična membrana (PM). Kljub temu da lahko več halofilnih arhej proizvaja bR, se H. salinarum uporablja kot modelni organizem za industrializacijo. H. salinarum ne uporablja preprostih virov ogljika, kot sta glukoza ali saharoza, temveč uspeva v koncentrirani slanici, bogati z aminokislinami, pri čemer sintetizira bR kot način prenosa energije od oksidativne fosforilacije k fototrofiji. Obstajajo različni pristopi za povečanje izkoristka bR iz H. salinarum. Optimizirani pogoji gojenja vključujejo sestavo gojišča, vir dušika, mešanje, intenzivnost svetlobe, razpoložljivost kisika in odstranjevanje zaviralnih metabolitov. Tehnologija PM se uporablja v vse večji meri in je še izboljšana tako, da nastane enostopenjski trifazni ekstrakcijski sistem (A3PS). Iz bR v A3PS je bila odstranjena znatna količina lipidov, kar je razvidno iz zmanjšanja utežnega razmerja med lipidi in bR z 0,6 na 0,2. Z enostopenjskim čiščenjem z A3PS je dosežen visok izkoristek bR (∼86 %). Očiščena bR, ekstrahirana z A3PS, je čistejša od bR, ekstrahirane z metodo ATPS, in je imela za 60 % več fototokov kot bR, ekstrahirana z metodo ATPS.

== Biokatalizatorji ==

Arhejski encimi imajo velik biotehnološki potencial, predvsem za kloniranje biokatalizatorjev v mezofile za proizvodnjo, kot so E. coli ali glivni gostitelji. To omogoča hitro povečanje proizvodnje in, v primeru termofilnih encimov, tudi enostavno nadaljnjo obdelavo s toplotnim šokom. Biotehnološki pristopi k uporabi metanogenih, anaerobnih organoheterotrofnih arhej so v največji meri osredotočeni na kemikalije in proizvodnjo biogoriv. Po drugi strani, halofili so se izkazali kot dobri za preučevanje gostitelja za proizvodnjo proteinov. Kljub temu je prekomerno izražanje v gostiteljih, kot je E. coli, pogosto problematično, saj lahko nizke koncentracije citoplazemskih soli vplivajo na zlaganje proteinov, ker kovinski kofaktorji včasih niso pravilno vstavljeni v apoproteine. Zato so zaželene proteine homologno ali heterologno uspešno čezmerno izražali v drugih halofilih. Zaradi omejenosti genetskih sistemov pri večini halofilov je bila prekomerna ekspresija omejena na H. volcanii in Halobacterium sp. NRC-1. V primerjavi z drugimi halofilnimi arhejami je H. volcanii zaradi hitrejše rasti, lahko dostopnega genetskega orodja in stabilnega genoma primernejša za heterologno inženirstvo. Funkcija nove alkalne serinske proteaze (halolizin), identificirane v genomu nekultiviranega halofila, je preučevana s heterologno ekspresijo v H. volcanii. Slednji je uporabljen tudi kot ekspresijski sistem za olfaktorni receptor sesalcev, pri čemer je protein uspešno integriran v njegovo lipidno membrano. To je pokazalo, da H. volcanii uspešno izraža proteine sesalcev, temveč je predlagana tudi njegova potencialna uporaba za proizvodnjo hibridnih biosenzorjev na osnovi nanovezikul.

== Zaključek ==

Arheje so na področju mikrobne biotehnologije zelo uporabne tako za industrijo kot za raziskave, saj se izboljšuje njihovo gojenje in genetski sistemi. Ena od glavnih prednosti arhej je zmožnost gojenja številnih ekstremnofilnih termofilov v nesterilnih pogojih in z uporabo poceni surovin, ki so običajno strupene za druge mikroorganizme. Glede na trenutno fazo razvoja, doslej so dostopna štiri proizvoda arhealnih celic, med katerim je tudi bakteriorodopsin. Drugi proizvodi arhej, kot so metan, vodik ter polihidroksialkanoati, so še v fazi razvoja. Nedavno je bilo odkritih veliko mehanizmov v povezavi z razvojem in industrijsko uporabo arhej, vendar šele zdaj pričakujemo, da se prikaže njihov potencial za biotehnološko uporabo.

== Viri ==

[1] Jabłoński, Sławomir, Paweł Rodowicz, and Marcin Łukaszewicz. Methanogenic archaea database containing physiological and biochemical characteristics. International journal of systematic and evolutionary microbiology 65.Pt_4 (2015): 1360-1368. https://doi.org/10.1099/ijs.0.000065

[2] Koller, M., E. Chiellini, and G. Braunegg. Study on the production and re-use of poly (3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) and extracellular polysaccharide by the archaeon Haloferax mediterranei strain DSM 1411. Chemical and Biochemical Engineering Quarterly 29.2 (2015): 87-98.
https://doi.org/10.15255/CABEQ.2014.2058

[3] Shibata, A., et al. Photocurrent of purple membrane adsorbed onto a thin polymer film: action characteristics of the local anesthetics. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces 23.4 (2002): 375-382. https://doi.org/10.1016/S0927-7765(01)00272-7

[4] Shiu, Pei-Jiun, Hsiu-Mei Chen, and Cheng-Kang Lee. One-step purification of delipidated Bacteriorhodopsin by aqueous-three-phase system from purple membrane of Halobacterium. Food and Bioproducts Processing 92.2 (2014): 113-119. https://doi.org/10.1016/j.fbp.2014.01.003

Arheje v biotehnologiji

2023-05-23T18:51:31Z

Tea Amidović: /* Bakteriorodopsin */

== Uvod ==

Arheje lahko glede na njihovo okoljsko nišo enostavno razdelimo na tri fenotipe: termofile, metanogene in ekstremne halofile. Vsaka skupina ima edinstvene biokemijske lastnosti, ki jih je mogoče uporabiti v biotehnološki industriji. Arheje so na področju industrijske biotehnologije doslej zaostajale za bakterijami in evkarionti. Ti organizmi so naravno sposobni ali jih je mogoče inženirsko spremeniti za proizvodnjo številnih izdelkov, vključno z biogorivi, bioplastiko, površinskimi proteini, lipidi in kemikalijami, potrebnimi za industrijsko sintezo drugih snovi.

== Metan ==

Metanogeni so ena najbolj razširjenih skupin arhej. Njihov energijski metabolizem je izjemno unikaten, saj je neodvisen od molekularnega kisika in pogosto neodvisen tudi od prisotnosti organskih molekul. Kot končni porabniki hlapnih maščobnih kislin, alkoholov ali plinov v anaerobni prehranjevalni verigi proizvajajo močan toplogredni plin - metan. Metanogeni presnavljajo različne substrate, vključno s plini, kot so molekularni vodik, ogljikov monoksid in ogljikov dioksid, ter spojinami, kot so acetat, metanol in metoksilirane spojine.
Metanogene arheje so sposobne rasti pri temperaturah od 0 do 122 °C, vendar imajo lahko zelo različne hitrosti rasti, tudi pri isti temperaturi. Večina le-teh uporablja mešanico vodika in ogljikovega dioksida kot substrat, medtem ko nekatere vrste uporabljajo metilne spojine, acetat pa uporablja najmanjši delež metanogenov. Vsi ti substrati so produkti razkroja organskih snovi, zato je metanogeneza običajno zadnja stopnja mineralizacije organskih snovi v anaerobnih pogojih, če ni drugih akceptorjev vodika, kot sta nitrat ali sulfat.
Približno tretjina arhej za rast ne more uporabiti nobenega drugega vira energije in ogljika razen mešanice vodika in ogljikovega dioksida. Ta pojav je še posebej opazen med arhejami, izoliranimi iz geotermalnih okolij, kar je verjetno posledica odsotnosti ali nizkih ravni drugih substratov v vulkanskih okoljih. V teh okoljih je voda obogatena z vodikovim sulfidom, vodikom in amonijevimi ioni. Po drugi strani je koncentracija organskih spojin nizka, kar naj bi predvsem spodbujalo razvoj arhej, ki izkoriščajo vodik.
Glede na biotehnološko uporabo metanogenih organizmov se raziskuje in razvija bioelektrokemična pretvorba ogljikovega dioksida v metan z uporabo napetosti in metanogenov za biološko proizvodnjo metana na osnovi ogljikovega dioksida (CO2-BMP). Pri tem se vodik uporablja kot reducent. Študije so pokazale, da ima ta tehnologija velik potencial za shranjevanje odvečne električne energije, kot je energija iz vetrnih ali sončnih elektrarn, v obliki kemične energije.

== Molekularni vodik ==

Več kot tri četrtine svetovne proizvodnje vodika se trenutno pridobiva iz zemeljskega plina in premoga, medtem ko le majhen del proizvodnje temelji na električni energiji in obnovljivih virih. Vodik pa lahko proizvajajo tudi različni mikroorganizmi.
Nekateri najbolj raziskani arheji za proizvodnjo molekularnega vodika so hipertermofilne vrste, kot so Desulfurococcus amylolyticus, Pyrococcus furiosus, Thermococcus barophilus, Thermococcus kodakarensis, Thermococcus litoralis, Thermococcus onnurineus in drugi. Doslej so najvišje proizvodne vrednosti dosegli pri T. onnurineus NA1, ki so ga gojili na ogljikovem monoksidu, pri čemer je v 30-litrskem bioreaktorju proizvajal vodik s hitrostjo 236 mmol/Lh. Podobno so pri proizvodnji vodika iz ogljikovega monoksida z uporabo seva T. onnurineus NA1 s prekomerno ekspresijo nativne dehidrogenaze ogljikovega monoksida (CODH) in hidrogenaze dosegli hitrost 124 mmol/Lh. Dodatno gojenje divjega tipa T. onnurineus NA1 v bioreaktorju pod tlakom pri 4 barih je povečalo hitrost proizvodnje na 360 mmol/Lh. Nadaljnji napredek pri proizvodnji vodika s temi in podobnimi arhejami bo odvisen od boljšega razumevanja njihovega metabolizma in njegove uporabe v industriji. Kot pri vseh bioloških proizvodnih sistemih je tudi v tem primeru pomembno vprašanje ustrezne energijske vire za izvedljivost industrijske proizvodnje.
Nedavno je bilo predlagano, da bi format (HCOO-) lahko bil idealen industrijski vmesnik med fizikalno-kemijskim in biološkim področjem. V tem kontekstu bi format lahko deloval kot skladišče energije, ki se pridobi iz različnih industrijskih procesov, hkrati pa bi bil tudi vir energije za proizvodnjo goriv s pomočjo formatotrofnih mikrobov. Napredek pri uporabi formatotrofnih in karboksidotrofnih hidrogenogenih arhej kaže na potencial te tehnologije za postavitev dodatnega vira vodika kot čistega in obnovljivega nosilca energije.

== Polihidroksialkanoati ==

Polihidroksialkanoati (PHA) so skupina raznolikih biopoliestrov. Sintetizirajo jih različne arheje in bakterije kot znotrajcelične spojine za shranjevanje ogljika in energije. Precej izjemne strukture jim omogočajo tvorbo biokompatibilnih polimerov različnih lastnosti. Poleg številnih sevov bakterij, izkaže se, da je za njihovo sintezo pomembna skupina arhej (Haloarchaea), ki predstavljajo razred Euryarchaeota. Slednje so precej lokalizirane v hipersalinskih okoljih in za optimalni razvoj zahtevajo precej visoke koncentracijo soli. Pokazano je, da Haloarchaea producira kratko verižne PHA kot so poli(3-hidroksibutirat), poli(3-hidroksibutirat-ko-3-hidroksivalerat) in terpoliester poli(3-hidroksibutirat-ko-3-hidroksivalerat-ko-4-hidroksibutirat). Terpoliestri skupaj s kopoliestri oziroma poli(3-hidroksibutirat-ko-4-hidroksibutirat) so precej uporabni v biomedicini, od umetnih krvnih žil in vsadkov za regeneracijo kosti do kirurških orodij, zobozdravstvenih namen ipd. Z ustrezno izbiro virov ogljika ter specifičnih substratov je možno nadzorovati sestavo kopoliestra. Ta nadzor naj bi omogočil kontrolirano proizvodnjo specifičnih PHA z želenimi lastnostmi. Pri analizi produkcije PHA s haloarhejo Haloferax mediterranei je ugotovljeno, da so se določeni PHA kopičili v obliki znotrajceličnih zrnc. Zato so sklepali, da proizvodnjo ni treba prekiniti takoj po izčrpanju eksogenega vira ogljika, saj po 24 urah po izčrpanju ostane 70 % proizvedenega PHA. Razlog za to je v tem, da arheje sprva porabijo nizkomolekularne polimere in tako obogatijo frakcijo pred ekstrakcijo PHA iz gojišča, kar precej poveča učinkovitost proizvodnje.

== Površinski proteini ==

Proteini površinske plasti (S-layer proteins) predstavljajo sestavine celične stene, prisotne pri večini arhej in nekaterih bakterijah. Večinoma so močno glikozilirani in vloga takšnih glikoproteinov je, poleg vzdrževanja celične morfologije in celične delitve, tudi vpliv na odpornost celic proti osmotskem stresu. Površinski proteini so med najbolj razširjenimi biopolimeri na planetu, njihova proizvodna zmogljivost pa je omejena le z zmožnostjo sinteze biomase želenih organizmov ter z možnostjo same izolacije oziroma ekstrakcije slednjih proteinov iz takšne biomase. Glede na to, da je mreža površinske plasti pogosto izpostavljena ekstremnim okoljskim razmeram gostitelja, glikoproteini te mreže pri arhejah ohranijo svojo strukturo in delovanje v različnih pogojih, kar je precej uporabno načelo. Njihova funkcija ostane nespremenjena od pH 1 do pH 12, pri temperaturah do 120 °C in v različnih organskih topilih; proteini so tudi pogosto odporni proti proteazam. Zaradi teh lastnosti so arhejski površinski proteini predvsem uporabni v biotehnologiji. Izkaže se da je pomembna nanotehnološka uporaba njihovih fragmentov, in sicer iz razreda Sulfolobus acidocaldarius, za namen nanostrukturiranja površin in oblikovanja nanoklastrov. Tako je bila mogoča neposredna replikacija vzorca proteinske mreže v obliki urejenih kovinskih nanodelcev (Ti, Pd, Au). Arhejski površinski proteini naj bi lahko bili zanimiv produkt biotehnologije, ki bi ga v prihodnosti pridobivali iz izrabljene biomase, proizvedene v različnih drugih industrijskih proizvodnjah na osnovi arhej.

== Plinski vezikli ==

Plinski vezikli (GV) so proteinske strukture, ki sodijo med naravnim organelam številnih bakterij in halofilnih arhej. Med štirimi sevi halofilnih arhej, ki jih sintetizirajo, le sev Halobacterium salinarium je uporaben za preučevanje potencialne uporabe v biotehnologiji. Plinski vezikli se pogosto uporabljajo kot ogrodja epitopov pri razvoju cepiv ter kot konstrastna sredstva pri medicinski diagnostiki. Eden izmed biotehničnih pristopov k oblikovanju cepiv je proizvodnja bioloških nanostrukturiranih ogrodij. Izkaže se, da so nanodelci seva Halobacterium salinarium (GV-nano delci) precej uporabni za prikaz želenega antigena na površini GV. Slednji se pridobijo, ko rekombinantne GV združimo s strukturnim proteinom GvpC v plinskem veziklu ter tako dobimo GV-nanodelec. Ena študija je prikazala imunski odziv na rekombinantni GV-nanodelec, ki je vseboval epitopsko podenoto virusa opičje imunske pomankljivosti (SIV). Podoben princip je dokazan pri številnih drugih patogenih, kar lahko nakazuje na to, da rekombinantni GV-nanodelci sprožijo dolgotrajen imunski odziv, kadar prikazujejo podenote različnih epitopov. Takšen sistem nanodelcev plinskih veziklov je v biotehnologiji precej uporaben, ker je proizvodnja in dalja obdelava načeloma enostavna.

== Bakteriorodopsin ==

Bakteriorodopsin (bR) je fotoreceptorski protein v vijolični membrani (PM) Halobacterium salinarium. BR je v membrani organiziran v heksagonalni kristalni strukturi in deluje kot protonska črpalka, ki jo poganja svetloba, kar omogoča pretvorbo svetlobe v kemično energijo. Sestavljen je iz kovalentno vezanega barcterioopsina in retinala ter je analog rodopsinu v očeh sesalcev. Bakteriorodopsin se izraža iz gruče genov bop skupaj s proteinoma bat in prb, ki inducirata sintezo bR pri nizki vsebnosti kisika oziroma izpostavljenosti svetlobi. Izražena bR tvori izrazito obarvane lise v plazemski membrani, znane kot vijolična membrana (PM). Kljub temu da lahko več halofilnih arhej proizvaja bR, se H. salinarum uporablja kot modelni organizem za industrializacijo. H. salinarum ne uporablja preprostih virov ogljika, kot sta glukoza ali saharoza, temveč uspeva v koncentrirani slanici, bogati z aminokislinami, pri čemer sintetizira bR kot način prenosa energije od oksidativne fosforilacije k fototrofiji. Obstajajo različni pristopi za povečanje izkoristka bR iz H. salinarum. Optimizirani pogoji gojenja vključujejo sestavo gojišča, vir dušika, mešanje, intenzivnost svetlobe, razpoložljivost kisika in odstranjevanje zaviralnih metabolitov. Tehnologija PM se uporablja v vse večji meri in je še izboljšana tako, da nastane enostopenjski trifazni ekstrakcijski sistem (A3PS). Iz bR v A3PS je bila odstranjena znatna količina lipidov, kar je razvidno iz zmanjšanja utežnega razmerja med lipidi in bR z 0,6 na 0,2. Z enostopenjskim čiščenjem z A3PS je dosežen visok izkoristek bR (∼86 %). Očiščena bR, ekstrahirana z A3PS, je čistejša od bR, ekstrahirane z metodo ATPS, in je imela za 60 % večjo generacijo fototokov kot bR, ekstrahirana z metodo ATPS.

== Biokatalizatorji ==

Arhejski encimi imajo velik biotehnološki potencial, predvsem za kloniranje biokatalizatorjev v mezofile za proizvodnjo, kot so E. coli ali glivni gostitelji. To omogoča hitro povečanje proizvodnje in, v primeru termofilnih encimov, tudi enostavno nadaljnjo obdelavo s toplotnim šokom. Biotehnološki pristopi k uporabi metanogenih, anaerobnih organoheterotrofnih arhej so v največji meri osredotočeni na kemikalije in proizvodnjo biogoriv. Po drugi strani, halofili so se izkazali kot dobri za preučevanje gostitelja za proizvodnjo proteinov. Kljub temu je prekomerno izražanje v gostiteljih, kot je E. coli, pogosto problematično, saj lahko nizke koncentracije citoplazemskih soli vplivajo na zlaganje proteinov, ker kovinski kofaktorji včasih niso pravilno vstavljeni v apoproteine. Zato so zaželene proteine homologno ali heterologno uspešno čezmerno izražali v drugih halofilih. Zaradi omejenosti genetskih sistemov pri večini halofilov je bila prekomerna ekspresija omejena na H. volcanii in Halobacterium sp. NRC-1. V primerjavi z drugimi halofilnimi arhejami je H. volcanii zaradi hitrejše rasti, lahko dostopnega genetskega orodja in stabilnega genoma primernejša za heterologno inženirstvo. Funkcija nove alkalne serinske proteaze (halolizin), identificirane v genomu nekultiviranega halofila, je preučevana s heterologno ekspresijo v H. volcanii. Slednji je uporabljen tudi kot ekspresijski sistem za olfaktorni receptor sesalcev, pri čemer je protein uspešno integriran v njegovo lipidno membrano. To je pokazalo, da H. volcanii uspešno izraža proteine sesalcev, temveč je predlagana tudi njegova potencialna uporaba za proizvodnjo hibridnih biosenzorjev na osnovi nanovezikul.

== Zaključek ==

Arheje so na področju mikrobne biotehnologije zelo uporabne tako za industrijo kot za raziskave, saj se izboljšuje njihovo gojenje in genetski sistemi. Ena od glavnih prednosti arhej je zmožnost gojenja številnih ekstremnofilnih termofilov v nesterilnih pogojih in z uporabo poceni surovin, ki so običajno strupene za druge mikroorganizme. Glede na trenutno fazo razvoja, doslej so dostopna štiri proizvoda arhealnih celic, med katerim je tudi bakteriorodopsin. Drugi proizvodi arhej, kot so metan, vodik ter polihidroksialkanoati, so še v fazi razvoja. Nedavno je bilo odkritih veliko mehanizmov v povezavi z razvojem in industrijsko uporabo arhej, vendar šele zdaj pričakujemo, da se prikaže njihov potencial za biotehnološko uporabo.

== Viri ==

[1] Jabłoński, Sławomir, Paweł Rodowicz, and Marcin Łukaszewicz. Methanogenic archaea database containing physiological and biochemical characteristics. International journal of systematic and evolutionary microbiology 65.Pt_4 (2015): 1360-1368. https://doi.org/10.1099/ijs.0.000065

[2] Koller, M., E. Chiellini, and G. Braunegg. Study on the production and re-use of poly (3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) and extracellular polysaccharide by the archaeon Haloferax mediterranei strain DSM 1411. Chemical and Biochemical Engineering Quarterly 29.2 (2015): 87-98.
https://doi.org/10.15255/CABEQ.2014.2058

[3] Shibata, A., et al. Photocurrent of purple membrane adsorbed onto a thin polymer film: action characteristics of the local anesthetics. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces 23.4 (2002): 375-382. https://doi.org/10.1016/S0927-7765(01)00272-7

[4] Shiu, Pei-Jiun, Hsiu-Mei Chen, and Cheng-Kang Lee. One-step purification of delipidated Bacteriorhodopsin by aqueous-three-phase system from purple membrane of Halobacterium. Food and Bioproducts Processing 92.2 (2014): 113-119. https://doi.org/10.1016/j.fbp.2014.01.003

Arheje v biotehnologiji

2023-05-23T18:44:04Z

Tea Amidović: /* Bakteriorodopsin */

== Uvod ==

Arheje lahko glede na njihovo okoljsko nišo enostavno razdelimo na tri fenotipe: termofile, metanogene in ekstremne halofile. Vsaka skupina ima edinstvene biokemijske lastnosti, ki jih je mogoče uporabiti v biotehnološki industriji. Arheje so na področju industrijske biotehnologije doslej zaostajale za bakterijami in evkarionti. Ti organizmi so naravno sposobni ali jih je mogoče inženirsko spremeniti za proizvodnjo številnih izdelkov, vključno z biogorivi, bioplastiko, površinskimi proteini, lipidi in kemikalijami, potrebnimi za industrijsko sintezo drugih snovi.

== Metan ==

Metanogeni so ena najbolj razširjenih skupin arhej. Njihov energijski metabolizem je izjemno unikaten, saj je neodvisen od molekularnega kisika in pogosto neodvisen tudi od prisotnosti organskih molekul. Kot končni porabniki hlapnih maščobnih kislin, alkoholov ali plinov v anaerobni prehranjevalni verigi proizvajajo močan toplogredni plin - metan. Metanogeni presnavljajo različne substrate, vključno s plini, kot so molekularni vodik, ogljikov monoksid in ogljikov dioksid, ter spojinami, kot so acetat, metanol in metoksilirane spojine.
Metanogene arheje so sposobne rasti pri temperaturah od 0 do 122 °C, vendar imajo lahko zelo različne hitrosti rasti, tudi pri isti temperaturi. Večina le-teh uporablja mešanico vodika in ogljikovega dioksida kot substrat, medtem ko nekatere vrste uporabljajo metilne spojine, acetat pa uporablja najmanjši delež metanogenov. Vsi ti substrati so produkti razkroja organskih snovi, zato je metanogeneza običajno zadnja stopnja mineralizacije organskih snovi v anaerobnih pogojih, če ni drugih akceptorjev vodika, kot sta nitrat ali sulfat.
Približno tretjina arhej za rast ne more uporabiti nobenega drugega vira energije in ogljika razen mešanice vodika in ogljikovega dioksida. Ta pojav je še posebej opazen med arhejami, izoliranimi iz geotermalnih okolij, kar je verjetno posledica odsotnosti ali nizkih ravni drugih substratov v vulkanskih okoljih. V teh okoljih je voda obogatena z vodikovim sulfidom, vodikom in amonijevimi ioni. Po drugi strani je koncentracija organskih spojin nizka, kar naj bi predvsem spodbujalo razvoj arhej, ki izkoriščajo vodik.
Glede na biotehnološko uporabo metanogenih organizmov se raziskuje in razvija bioelektrokemična pretvorba ogljikovega dioksida v metan z uporabo napetosti in metanogenov za biološko proizvodnjo metana na osnovi ogljikovega dioksida (CO2-BMP). Pri tem se vodik uporablja kot reducent. Študije so pokazale, da ima ta tehnologija velik potencial za shranjevanje odvečne električne energije, kot je energija iz vetrnih ali sončnih elektrarn, v obliki kemične energije.

== Molekularni vodik ==

Več kot tri četrtine svetovne proizvodnje vodika se trenutno pridobiva iz zemeljskega plina in premoga, medtem ko le majhen del proizvodnje temelji na električni energiji in obnovljivih virih. Vodik pa lahko proizvajajo tudi različni mikroorganizmi.
Nekateri najbolj raziskani arheji za proizvodnjo molekularnega vodika so hipertermofilne vrste, kot so Desulfurococcus amylolyticus, Pyrococcus furiosus, Thermococcus barophilus, Thermococcus kodakarensis, Thermococcus litoralis, Thermococcus onnurineus in drugi. Doslej so najvišje proizvodne vrednosti dosegli pri T. onnurineus NA1, ki so ga gojili na ogljikovem monoksidu, pri čemer je v 30-litrskem bioreaktorju proizvajal vodik s hitrostjo 236 mmol/Lh. Podobno so pri proizvodnji vodika iz ogljikovega monoksida z uporabo seva T. onnurineus NA1 s prekomerno ekspresijo nativne dehidrogenaze ogljikovega monoksida (CODH) in hidrogenaze dosegli hitrost 124 mmol/Lh. Dodatno gojenje divjega tipa T. onnurineus NA1 v bioreaktorju pod tlakom pri 4 barih je povečalo hitrost proizvodnje na 360 mmol/Lh. Nadaljnji napredek pri proizvodnji vodika s temi in podobnimi arhejami bo odvisen od boljšega razumevanja njihovega metabolizma in njegove uporabe v industriji. Kot pri vseh bioloških proizvodnih sistemih je tudi v tem primeru pomembno vprašanje ustrezne energijske vire za izvedljivost industrijske proizvodnje.
Nedavno je bilo predlagano, da bi format (HCOO-) lahko bil idealen industrijski vmesnik med fizikalno-kemijskim in biološkim področjem. V tem kontekstu bi format lahko deloval kot skladišče energije, ki se pridobi iz različnih industrijskih procesov, hkrati pa bi bil tudi vir energije za proizvodnjo goriv s pomočjo formatotrofnih mikrobov. Napredek pri uporabi formatotrofnih in karboksidotrofnih hidrogenogenih arhej kaže na potencial te tehnologije za postavitev dodatnega vira vodika kot čistega in obnovljivega nosilca energije.

== Polihidroksialkanoati ==

Polihidroksialkanoati (PHA) so skupina raznolikih biopoliestrov. Sintetizirajo jih različne arheje in bakterije kot znotrajcelične spojine za shranjevanje ogljika in energije. Precej izjemne strukture jim omogočajo tvorbo biokompatibilnih polimerov različnih lastnosti. Poleg številnih sevov bakterij, izkaže se, da je za njihovo sintezo pomembna skupina arhej (Haloarchaea), ki predstavljajo razred Euryarchaeota. Slednje so precej lokalizirane v hipersalinskih okoljih in za optimalni razvoj zahtevajo precej visoke koncentracijo soli. Pokazano je, da Haloarchaea producira kratko verižne PHA kot so poli(3-hidroksibutirat), poli(3-hidroksibutirat-ko-3-hidroksivalerat) in terpoliester poli(3-hidroksibutirat-ko-3-hidroksivalerat-ko-4-hidroksibutirat). Terpoliestri skupaj s kopoliestri oziroma poli(3-hidroksibutirat-ko-4-hidroksibutirat) so precej uporabni v biomedicini, od umetnih krvnih žil in vsadkov za regeneracijo kosti do kirurških orodij, zobozdravstvenih namen ipd. Z ustrezno izbiro virov ogljika ter specifičnih substratov je možno nadzorovati sestavo kopoliestra. Ta nadzor naj bi omogočil kontrolirano proizvodnjo specifičnih PHA z želenimi lastnostmi. Pri analizi produkcije PHA s haloarhejo Haloferax mediterranei je ugotovljeno, da so se določeni PHA kopičili v obliki znotrajceličnih zrnc. Zato so sklepali, da proizvodnjo ni treba prekiniti takoj po izčrpanju eksogenega vira ogljika, saj po 24 urah po izčrpanju ostane 70 % proizvedenega PHA. Razlog za to je v tem, da arheje sprva porabijo nizkomolekularne polimere in tako obogatijo frakcijo pred ekstrakcijo PHA iz gojišča, kar precej poveča učinkovitost proizvodnje.

== Površinski proteini ==

Proteini površinske plasti (S-layer proteins) predstavljajo sestavine celične stene, prisotne pri večini arhej in nekaterih bakterijah. Večinoma so močno glikozilirani in vloga takšnih glikoproteinov je, poleg vzdrževanja celične morfologije in celične delitve, tudi vpliv na odpornost celic proti osmotskem stresu. Površinski proteini so med najbolj razširjenimi biopolimeri na planetu, njihova proizvodna zmogljivost pa je omejena le z zmožnostjo sinteze biomase želenih organizmov ter z možnostjo same izolacije oziroma ekstrakcije slednjih proteinov iz takšne biomase. Glede na to, da je mreža površinske plasti pogosto izpostavljena ekstremnim okoljskim razmeram gostitelja, glikoproteini te mreže pri arhejah ohranijo svojo strukturo in delovanje v različnih pogojih, kar je precej uporabno načelo. Njihova funkcija ostane nespremenjena od pH 1 do pH 12, pri temperaturah do 120 °C in v različnih organskih topilih; proteini so tudi pogosto odporni proti proteazam. Zaradi teh lastnosti so arhejski površinski proteini predvsem uporabni v biotehnologiji. Izkaže se da je pomembna nanotehnološka uporaba njihovih fragmentov, in sicer iz razreda Sulfolobus acidocaldarius, za namen nanostrukturiranja površin in oblikovanja nanoklastrov. Tako je bila mogoča neposredna replikacija vzorca proteinske mreže v obliki urejenih kovinskih nanodelcev (Ti, Pd, Au). Arhejski površinski proteini naj bi lahko bili zanimiv produkt biotehnologije, ki bi ga v prihodnosti pridobivali iz izrabljene biomase, proizvedene v različnih drugih industrijskih proizvodnjah na osnovi arhej.

== Plinski vezikli ==

Plinski vezikli (GV) so proteinske strukture, ki sodijo med naravnim organelam številnih bakterij in halofilnih arhej. Med štirimi sevi halofilnih arhej, ki jih sintetizirajo, le sev Halobacterium salinarium je uporaben za preučevanje potencialne uporabe v biotehnologiji. Plinski vezikli se pogosto uporabljajo kot ogrodja epitopov pri razvoju cepiv ter kot konstrastna sredstva pri medicinski diagnostiki. Eden izmed biotehničnih pristopov k oblikovanju cepiv je proizvodnja bioloških nanostrukturiranih ogrodij. Izkaže se, da so nanodelci seva Halobacterium salinarium (GV-nano delci) precej uporabni za prikaz želenega antigena na površini GV. Slednji se pridobijo, ko rekombinantne GV združimo s strukturnim proteinom GvpC v plinskem veziklu ter tako dobimo GV-nanodelec. Ena študija je prikazala imunski odziv na rekombinantni GV-nanodelec, ki je vseboval epitopsko podenoto virusa opičje imunske pomankljivosti (SIV). Podoben princip je dokazan pri številnih drugih patogenih, kar lahko nakazuje na to, da rekombinantni GV-nanodelci sprožijo dolgotrajen imunski odziv, kadar prikazujejo podenote različnih epitopov. Takšen sistem nanodelcev plinskih veziklov je v biotehnologiji precej uporaben, ker je proizvodnja in dalja obdelava načeloma enostavna.

== Bakteriorodopsin ==

Bakteriorodopsin (bR) je fotoreceptorski protein v vijolični membrani (PM) bakterije Halobacterium salinarium. BR je v membrani organiziran v heksagonalni kristalni strukturi in deluje kot protonska črpalka, ki jo poganja svetloba, kar omogoča pretvorbo svetlobe v kemično energijo. Sestavljen je iz kovalentno vezanega barcterioopsina in retinala ter je analog rodopsinu v očeh sesalcev. Bakteriorodopsin se izraža iz gruče genov bop skupaj s proteinoma bat in prb, ki inducirata sintezo bR pri nizki vsebnosti kisika oziroma izpostavljenosti svetlobi. Izražena bR tvori izrazito obarvane lise v plazemski membrani, znane kot vijolična membrana (PM). Kljub temu da lahko več halofilnih arhej proizvaja bR, se H. salinarum uporablja kot modelni organizem za industrializacijo. H. salinarum ne uporablja preprostih virov ogljika, kot sta glukoza ali saharoza, temveč uspeva v koncentrirani slanici, bogati z aminokislinami, pri čemer sintetizira bR kot način prenosa energije od oksidativne fosforilacije k fototrofiji. Obstajajo različni pristopi za povečanje izkoristka bR iz H. salinarum. Optimizirani pogoji gojenja vključujejo sestavo gojišča, vir dušika, mešanje, intenzivnost svetlobe, razpoložljivost kisika in odstranjevanje zaviralnih metabolitov. Tehnologija PM se uporablja v vse večji meri in je še izboljšana tako, da nastane enostopenjski trifazni ekstrakcijski sistem (A3PS). Iz bR v A3PS je bila odstranjena znatna količina lipidov, kar je razvidno iz zmanjšanja utežnega razmerja med lipidi in bR z 0,6 na 0,2. Z enostopenjskim čiščenjem z A3PS je dosežen visok izkoristek bR (∼86 %). Očiščena bR, ekstrahirana z A3PS, je čistejša od bR, ekstrahirane z metodo ATPS, in je imela za 60 % večjo generacijo fototokov kot bR, ekstrahirana z metodo ATPS.

== Biokatalizatorji ==

Arhejski encimi imajo velik biotehnološki potencial, predvsem za kloniranje biokatalizatorjev v mezofile za proizvodnjo, kot so E. coli ali glivni gostitelji. To omogoča hitro povečanje proizvodnje in, v primeru termofilnih encimov, tudi enostavno nadaljnjo obdelavo s toplotnim šokom. Biotehnološki pristopi k uporabi metanogenih, anaerobnih organoheterotrofnih arhej so v največji meri osredotočeni na kemikalije in proizvodnjo biogoriv. Po drugi strani, halofili so se izkazali kot dobri za preučevanje gostitelja za proizvodnjo proteinov. Kljub temu je prekomerno izražanje v gostiteljih, kot je E. coli, pogosto problematično, saj lahko nizke koncentracije citoplazemskih soli vplivajo na zlaganje proteinov, ker kovinski kofaktorji včasih niso pravilno vstavljeni v apoproteine. Zato so zaželene proteine homologno ali heterologno uspešno čezmerno izražali v drugih halofilih. Zaradi omejenosti genetskih sistemov pri večini halofilov je bila prekomerna ekspresija omejena na H. volcanii in Halobacterium sp. NRC-1. V primerjavi z drugimi halofilnimi arhejami je H. volcanii zaradi hitrejše rasti, lahko dostopnega genetskega orodja in stabilnega genoma primernejša za heterologno inženirstvo. Funkcija nove alkalne serinske proteaze (halolizin), identificirane v genomu nekultiviranega halofila, je preučevana s heterologno ekspresijo v H. volcanii. Slednji je uporabljen tudi kot ekspresijski sistem za olfaktorni receptor sesalcev, pri čemer je protein uspešno integriran v njegovo lipidno membrano. To je pokazalo, da H. volcanii uspešno izraža proteine sesalcev, temveč je predlagana tudi njegova potencialna uporaba za proizvodnjo hibridnih biosenzorjev na osnovi nanovezikul.

== Zaključek ==

Arheje so na področju mikrobne biotehnologije zelo uporabne tako za industrijo kot za raziskave, saj se izboljšuje njihovo gojenje in genetski sistemi. Ena od glavnih prednosti arhej je zmožnost gojenja številnih ekstremnofilnih termofilov v nesterilnih pogojih in z uporabo poceni surovin, ki so običajno strupene za druge mikroorganizme. Glede na trenutno fazo razvoja, doslej so dostopna štiri proizvoda arhealnih celic, med katerim je tudi bakteriorodopsin. Drugi proizvodi arhej, kot so metan, vodik ter polihidroksialkanoati, so še v fazi razvoja. Nedavno je bilo odkritih veliko mehanizmov v povezavi z razvojem in industrijsko uporabo arhej, vendar šele zdaj pričakujemo, da se prikaže njihov potencial za biotehnološko uporabo.

== Viri ==

[1] Jabłoński, Sławomir, Paweł Rodowicz, and Marcin Łukaszewicz. Methanogenic archaea database containing physiological and biochemical characteristics. International journal of systematic and evolutionary microbiology 65.Pt_4 (2015): 1360-1368. https://doi.org/10.1099/ijs.0.000065

[2] Koller, M., E. Chiellini, and G. Braunegg. Study on the production and re-use of poly (3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) and extracellular polysaccharide by the archaeon Haloferax mediterranei strain DSM 1411. Chemical and Biochemical Engineering Quarterly 29.2 (2015): 87-98.
https://doi.org/10.15255/CABEQ.2014.2058

[3] Shibata, A., et al. Photocurrent of purple membrane adsorbed onto a thin polymer film: action characteristics of the local anesthetics. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces 23.4 (2002): 375-382. https://doi.org/10.1016/S0927-7765(01)00272-7

[4] Shiu, Pei-Jiun, Hsiu-Mei Chen, and Cheng-Kang Lee. One-step purification of delipidated Bacteriorhodopsin by aqueous-three-phase system from purple membrane of Halobacterium. Food and Bioproducts Processing 92.2 (2014): 113-119. https://doi.org/10.1016/j.fbp.2014.01.003

BIO2 Povzetki seminarjev 2022

2022-11-09T02:25:51Z

Tea Amidović: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2022/23 */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2022/23 =
==Tinkara Korošec - Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalnih molekul na človeka==

S koevolucijo patogenov in njegovih gostiteljev so oboji razvili svoje obrambne mehanizme. Pri nekaterih patogenih je ta proces vodil v evolucijo efektorskih proteinov, ki imitirajo evkariontske proteine in manipulirajo z gostiteljevimi signalnimi potimi. Pojav imenujemo imitacija molekul (angl. molecular mimicry). Gre za proteine, zelo podobne evkariontskim proteinom ali njihovim domenam. Patogene bakterije lahko imitirajo GTPazne regulatorje. Ti so dovzetni za biokemijske abnormalnosti, ki so direktno povezane z boleznimi. Največji skupek imitiranih proteinov so odkrili v bakterijskem rodu Legionella. Med okužbo patogen spremeni namembnost gostiteljske celice za optimizacijo pogojev, ki bakteriji omogočijo preživetje. Če se gostiteljske celice zdravijo, je tako okolje manj ugodno za bakterije in obolenje bo težje napredovalo. Z razumevanjem motivne imitacije preko kratkih linearnih motivov ali SLiM-ov, ki jo uporabljajo bakterije med okužbo, lahko razširimo spekter alternativ zdravljenja infekcij. S porastom rezistence na antibiotike, se je povečala tudi potreba po novih antibiotičnih terapijah. Obetavna alternativo antibiotikom predstavlja ciljanje gostitelja, da ta ustvari neugodno okolje za patogen, kar doseže s povzročanjem motenj v SLiM posredovanih interakcijah.

==Pia Kristanc - Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov==

Toksini so sestavine živalskih strupov, ki na žrtev delujejo na različne načine. Njihov cilj so pogosto ionski kanali, saj tako lahko že majhna količina strupa močno vpliva na veliko različnih procesov. Toksini pogosto delujejo kot inhibitorji. Kanal lahko inhibirajo tako, da zmotijo mehanizem odpiranja in zapiranja ali pa se vežejo direktno v poro in tako zamašijo kanal. Ionski kanali so tudi zanimivi kot tarče za zdravila, vendar je zelo težko ustvariti takšna, ki bi ciljala točno določen ionski kanal. Znanstveniki so zato začeli raziskovati toksine kot potencialna biološka zdravila. Primer takšnega že potrjenega zdravila je zikonotid, ki se uporablja kot analgetik. Pridobljen je iz strupa stožčastega polža in deluje kot inhibitor od napetosti odvisnega kalcijevega kanala, ki se nahaja v živčevju. Toksin blokira kanalsko poro in tako onemogoči njegovo delovanje. Drug primer sta dva toksina, ki blokirata ionske kanale za zaznavanje kisline (ASIC). Pri teh proton igra vlogo liganda, odgovornega za odprtje in zaprtje, zato je kanal direktno odvisen od pH okolja. Toksina, ki ga lahko inhibirata, sta mambalagin, pridobljen iz kače črne mambe, in π-heksatoksin-Hi1a, pridobljen iz avstralskega pajka. Prvi deluje kot analgetik, drugi pa izboljšuje posledice po ishemični kapi. Raziskovanje delovanja toksinov je pripomoglo k poznavanju delovanja ionskih kanalov, hkrati pa odpira možnosti za razvoj raznih zdravil, predvsem analgetikov, ki ne bi vsebovali opioidov.

==Marcel Tušek - Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem==

Mitofagija je specifičen proces, ki pomeni, da poteka avtofagija mitohondrija. Ta proces v celici je nastal evolucijsko. To lahko sklepamo po tem, da se aktivira v času pomanjkanja, kar je bilo preteklosti velikokrat prisotno, saj nismo vedno imeli dostopa do hrane. Poznamo tri vrste avtofagije. Celica ima dva procesa s katerima lahko uničuje visoko reaktivne kisikove radikale, ki nastanejo v času oksidativne fosforilacije. To sta mitofagija ter derivat NAC-a, saj obadva razgrajujeta te radikale. Razlika je, da NAC razgradi samo te radikale, medtem ko mitofagija pa kar celoten mitohondrij. Pri mitofagiji je trenutno znanih 32 proteinov, ki so specializirani samo za avtofagijo. Eden najpomembnejših izmed teh proteinov je Atg32, saj če on ni fosforiliran, mitofagija sploh ne more biti inducirana. Atg pomni, da je ta protein avtofagosomsko-povezan. Atg32 je transmembranski receptor, ki celici avtofagosomu sporoča, kam se naj veže. Najdemo ga na zunanji strani membrane mitohondrija. Pokazano je tudi bilo, da če Atg32 vežemo na peroksisome, jih je proces avtofagije sposoben razgraditi.

==Lucija Kovaček - Nekroptoza in njena vloga pri raku==
Nekroptoza je oblika celične smrti, kjer celica nabrekne, membrana poči in sprosti se znotrajcelična vsebina. Ta vsebuje tudi molekulske vzorce povezane s poškodbo celic oziroma DAMP (angl. damage-associated molecular patterns), ki povzročijo provnetni odziv. Nekroptoza je pomembna zlasti pri regulaciji rasti tumorjev in imunskem odzivu. Regulirana je s proteinskimi kinazami povezanimi z receptorji (angl. receptor-interacting protein kinases) ali z RIP kinazami, bolj natančno z RIPK1 in RIPK3. Procesi signalizacije celične smrti imajo ključno vlogo pri regulaciji tumorjev, saj so se rakave celice prilagodile, tako da bi nekroptozi ubežale. RIP kinaze lahko vplivajo na rast tumorjev z uravnavanjem aktivnosti imunskih efektorjev v tumorskem mikrookolju. Smrt rakavih celic z nekroptozo, lahko tako trajno okrepi protitumorsko imunost. Kljub temu pa obstajajo primeri, pri katerih RIP kinaze povzročijo vnetje in pomagajo pri napredovanju tumorja. Znanstveniki zato želijo raziskati, kako je aktivnost RIP kinaz regulirana v tumorjih in v imunskih celicah ter kako se ti procesi med seboj usklajujejo. To nam bi pomagalo bolje razumeti tumorigenezo in možnosti njenega nadzora v prihodnosti. Šele ko bomo popolnoma razumeli mehanizem regulacije nekroptoze pri raku, bomo lahko zasnovali nove terapije za njegovo premagovanje, kjer ne bi več ogrožali imunskih celic.

==Luka Fink - Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo==
Celična adhezija je bistvena za tvorbo organov, celično migracijo in interakcijo s ciljnimi celicami in zunajceličnim matriksom. Integrini so veliki proteinski heterodimeri α in β verige in tvorijo pomembno družino molekul celične adhezije. V zadnjih nekaj letih je prišlo do dramatičnega razvoja razumevanja regulacije integrina in izkazalo se je, da je fosforilacija le-tega temeljnega pomena. V tem seminarju želim razložiti, kako je aktivnost integrina regulirana z njegovo fosforilacijo. Proteinske kinaze in fosfataze inducirajo specifične fosforilacije in defosforilacije integrinov, kar jim omogoča uravnavanje dinamičnih interakcij s citoplazemskimi proteini. Eni izmed zunajceličnih ligandov, ki interagirajo z integrini so kolagen, fibrinogen, fibronektin in veliko drugih proteinov, ki imajo sekvenco, ki jo integrini lahko prepoznajo: –Arg–Gly–Asp– (RGD). Kratek citoplazemski podaljšek α in β podenote vzpostavlja povezave s citoskeletnimi proteini, ki ležijo pod plazmalemo: talin, α-aktinin, vinkulin, paxillin in drugi. Nekateri od teh delujejo kot pozitivni ali pa negativni regulatorji integrinov. S tem se dosežejo spremembe v celični adheziji in signalizaciji. LFA-1 (Lymphocyte function-associated antigen 1) integrin je bil uporabljen kot model za študijo adhezije. Je integrin, ki ga najdemo na limfocitih in levkocitih. Igra ključno vlogo pri migraciji levkocitov iz krvnega obtoka do tkiv. Fosforilacija α verige je nujno potrebna za indukcijo fosforilacije na β verigi v LFA-1. Signalni poti enega in drugega integrina, ki lahko aktivirata ali inaktivirata njuno funkcijo, sta nadzorovani s fosforilacijo β verige.

==Tin Vranjes - Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice==
V zunanjem segmentu paličice poteka fototransdukcija. To je prevzem svetlobnega signala in njegova pretvorba po signalni poti v spremembo membranskega potenciala paličice. Struktura zunanjega segmenta je specializirana za potek signalne poti, s kupom membranskih diskov med katerimi se nahajajo ključne komponente za fototransdukcijo. S krio-elektronsko tomografijo(krio-ET) lahko dobimo 3- dimenzionalne slike znotraj celičnih okolij z nanometrske ločljivosti in malo motečih artefaktov.V kombinaciji z drugimi metodami nam je omogočila narediti velikostno konsistenten model zunanjega segmenta paličice. Pri sprožitvi kaskade reakcij fototransdukcije in njeni regulaciji je ključen rodopsin in kompleksi, ki jih tvori v svoji aktivirani obliki, s trnsducinom, GRK1 in arestinom. Iz tomografskih slik in strukturnih podatkov o PDE6, ki pretvarja cGMP v neciklično obliko, in GCs, ki pretvarja GMP v ciklično obliko, lahko sklepamo, da proteina delujeta tudi kot steberna proteina pri ohranjanju razdalje med membranskimi cikli. Pri fotostimulacji lahko merimo intrinzične optične signale, ki so posledica podaljšanja fotoreceptorskih celic ob fotostimulaciji. To bi lahko omogočala zgradba PDE6, katerega konformacija se pri aktivaciji spremeni in s tem poveča dolžino med membranskimi cikli. Razumevanje strukture proteinov in okolja v katerem poteka fototransdukcije je ključno za razumevanje bolezni mrežnice.

==Teja Mohar - Encimi za popravilo metabolitov==
V celici med seboj usklajeno deluje stotine metaboličnih encimov, ki so zelo specifični. A encimi niso popolni katalizatorji in zato, kljub njihovi visoki specifičnosti pod fiziološkimi razmerami, številni katalizirajo manj pogoste stranske reakcije, katerih rezultat so stranski produkti - nekanonični metaboliti. Lahko so neuporabna obremenitev metabolizma saj se lahko kopičijo v celicah in so lahko zaviralni in/ali reaktivni, kar včasih povzroči toksičnost. Zato so za trajno delovanje presnovnih poti potrebni mehanizmi za preprečevanje poškodb metabolitov ali za pretvorbo poškodovanih metabolitov nazaj v fiziološke oblike. Večje pomanjkanje encimov za popravilo metabolitov lahko pri ljudeh povzroči različne bolezni, pri višjih vretenčarjih pa ima lahko smrtonosne posledice. To kaže na njihovo pomembno vlogo pri celičnem metabolizmu. En popravljalni encim ima zmožnost katalizirati številne različne popravljalne reakcije. Velike metabolične poti pa lahko potrebujejo tudi več popravljalnih encimov. Glikoliza tako za popravilo napak potrebuje 10 popravljalnih encimov (G6PC3, PGP, ACYP1, NAXD, NAXE, L2HGDH, GLO1, GLO2, FN3K, MDP-1) in prenašalec (G6PT). Odkritje novih metabolitov, encimov in celotnih poti je omogočilo zdravljenje tudi prej slabo razumljenih bolezni. Glede na število popravljalnih encimov, ki so prisotni pri glikolizi je verjetno, da jih je treba odkriti še na stotine, ki ščitijo širok spekter presnovnih poti.

==Tea Amidović - Karakterizacija glikoproteoma==
Glikozilacija, ena od najpogostejših posttranslacijskih modifikacij, spremeni proteine in lipide na različne načine, kar ima za posledico prodorno foliacijo celične površine. Kljub veliki kompleksnosti v živalskih sistemih imajo glikanske strukture ključne biološke in fiziološke vloge, pomagajo pri zvijanju proteinov in pri biološkem prepoznavanju. Proteinski glikokonjugati, ki nastanejo kot rezultat glikozilacije, lahko prispevajo k pomembnim biološkim funkcijami. Razumevanje biologije glikokonjugata na ravni konjugata lahko zagotovi pomembne vpoglede v razvoj bioloških označevalcev in zdravil. Ugotavljamo, da so glikokonjugati več kot vsota njihovih posameznih komponent glikana in proteina. Nove raziskave, ki so osredotočene na glikom, kažejo na združevanje glikoma in proteoma na vseh ravneh, od glikanskih nizov do glikoproteomike in krioelektronske mikroskopije. Popolna analiza glikoproteinskih konjugatov kot tudi njihovih komponent je zdaj mogoča zahvaljujoč novim metodam. Vse večja zbirka orodij za karakterizacijo strukture, interakcij in bioloških funkcij proteinskih glikokonjugatov za razumevanje in nadzorovanje teh skrivnostnih biomolekul postaja ključnega pomena za preučevanje glikoproteoma.

BIO2 Seminar 2022

2022-10-25T17:15:07Z

Tea Amidović: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| class="wikitable"
! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve
|-
! Tinkara Korošec
| 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Marcel Tušek
| 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Pia Kristanc
| 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Samo Pucihar
| 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Luka Fink
| 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Tin Vranješ
| 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Lucija Kovaček
| 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Mark Varlamov
| 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Klemen Justin
| 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Teja Mohar
| 14-15 || || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Tea Amidović
| 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Taja Pojbič
| 14-15 || || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Deni Krašna
| 16 || || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Zara Bunc
| 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Urša Lah
| 16 || || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Žiga Koren
| 16 || || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Tim-David Agrež
| 17 || || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Aleš Poljanšek
| 17 || || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Tonja Jeromelj
| 17 || || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Miha Tomšič
| 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Leila Bohorč
| 18 || || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Teo Trost
| 18 || || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Ivana Stojić
| 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Lara Rajterič
| 18 || || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Primož Šenica Pavletič
| 19 || || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Špela Auer
| 19 || || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Gal Kastelic
| 19 || || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Miljan Trajković
| 19 || || Lara Rajterič || Miha Tomšič || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Taja Mužič
| 20 || || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Mia Kobal
| 20 || || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Laura Simonič
| 20 || || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Karin Rak
| 20 || || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Ula Mikoš
| 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lara Zupanc
| 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lena Kogoj
| 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Naja Pečovnik Wutt
| 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Matija Novel
| 22 || Kreatin in protitumorna imuniteta T celic || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Sofija Stevanović
| 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Martin Kresal
| 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Laura Trček
| 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Filip Petrovič
| 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|-
! Patricija Kolander
| 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-04-17T12:38:59Z

Tea Amidović:

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323103854.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti "''sauteur d'alfort''" povzroča okvaro v gibanju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210325150205.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||Molekularna povezava med tveganjem za kolorektalni rak in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||Kako bakterije se upirajo antibiotikem||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210130092739.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||Visokoločljivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||Mozaicizem in obsežne mutacije človeške placente
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310122521.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||Jedrni kompleks DICER - circRNA povzroči deregulacijo mikro-RNA v celicah glioblastoma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210108131103.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||Znanstveniki si predstavljajo strukturo ključnega encima, ki tvori trigliceride||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311082935.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210415114120.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408131455.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075412.htm||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210402141745.htm||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210331143115.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152913.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK 2022 Povzetki seminarjev

2021-04-17T12:36:19Z

Tea Amidović:

=== Magdalena Ilievska:
Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema

Seminarska naloga govori o tem, kako enocelični sluzni kalup Physarum polycephalum pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. Physarum polycephalum, brezcelični sluzni kalup je protist z različnimi celičnimi oblikami in široko geografsko razširjenostjo. Njegovo telo je ogromna enojna celica, sestavljena iz medsebojno povezanih cevi, ki tvorijo zapletene mreže. V zadnjih letih so raziskave Physarum polycephalum spet postale vrhunske. Leta 2000 je japonski raziskovalec Toshiyuki Nakagaki izvedel osnovni poskus, ki je pokazal, da je sluzni kalup sposoben najti najkrajšo pot skozi labirint. Od takrat se je pametno reševanje problemov Physarum polycephalum vrnilo iz sence in je danes spet v središču, ko se razpravlja o vprašanjih o izvoru inteligence in spoznanja. Raziskovalci na Inštitutu za dinamiko in samoorganizacijo Max-Planck in Tehniški univerzi v Münchnu so ugotovili, kako sluzni kalup Physarum polycephalum ohranja spomine - čeprav nima živčnega sistema. Sposobnost shranjevanja in pridobivanja informacij daje telesu očitno prednost pri iskanju hrane ali pri izogibanju škodljivih okoljih. Tradicionalno se to pripisuje organizmom, ki imajo živčni sistem. Novi študiji avtorjev Mirne Kramar in prof. Karen Alim izzivajo tega stališča z odkrivanjem neverjetnih sposobnosti zelo dinamičnega enoceličnega organizma za shranjevanje in pridobivanje informacij o svojem okolju.

=== Živa Urh: Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ===

V stresnih razmerah celice preklopijo iz običajnega v bolj omejen način delovanja, da se zaščitijo pred poškodbami. Pri tem si pomagajo na različne načine. Eden od načinov je varnostni program imenovan toplotni šok, ki je povezan s hitro regulacijo genske aktivnosti (zmanjšanjem transkripcije) v stresnih situacijah. Stres povzroči nastanek jedrnih kondenzatov NELF, ki nastanejo, ko NELF tvori kapljice. NELF ali negativni podaljševalni dejavnik, je proteinski kompleks iz več podenot, ki se ob jedrnem signalu oblikuje v kondenzate oz. kapljice. Vezava kompleksa NELF na promotorje vzdrževalnih genov je tista, ki povzroči slabšo mobilnost RNA polimeraze II in posledično slabše prepisovanje genov ter tako zmanjša proizvodnjo proteinov, ki niso nujni v stresnih razmerah. Mehanizem nastanka jedrnih kondenzatov je povezan z defosforilacijo NELF in nadaljnjo SUMOilacijo. Ta dva procesa spadata pod posebne post-translacijske modifikacije (PTM), ki so bistvene za kondenzacijo NELF. Pomembno vlogo pri formaciji kondenzatov NELF imajo tudi neurejene regije (IDR), ki jih najdemo pri posameznih podenotah tega proteinskega kompleksa. IDR so deli proteinov brez fiksne strukture in delujejo kot lovke. Povezave med lovkami podenot A in E med so bistvenega pomena za tvorbo kapljic oz. kondenzatov. Celice, ki zaradi pomanjkanja lovk pri podenotah ne tvorijo kondenzatov NELF tudi ne zmanjšajo transkripcije. Posledično take celice normalno prepisujejo gene in so tako bolj dovzetne za celično smrt.

=== Tinkara Butara: Kako rastline zaznajo napad herbivorov ===

Rastline niso nemočni opazovalci dogajanja okoli njih, ampak se na okoliške dražljaje tudi odzivajo. Skozi evolucijo so razvile posebne obrambne mehanizme, ki se sprožijo kot odgovor na elicitorje. Elicitorji so kemijske zvrsti, ki jih lahko izločajo herbivori ali pa rastline same. Te kemijske zvrsti se vežejo na proteinske receptorje na celični membrani in tako sprožijo odziv, na primer na objedanje. Sporočilo o nevarnosti se nato širi do lokalno poškodovanih delov rastline in sistemsko opozarja celotno rastlino na poškodbo. Rastlini lastni elicitorji so najpreprostejši tip, med katerimi je najbolj univerzalen zunajcelični ATP. Primerni elicitorji herbivorov so prebavni encimi v njihovi slini ter konjugati maščobnih kislin in aminokislin. Odziv rastline na napad herbivora pa je lahko povezan tudi s simbiotskimi organizmi herbivora. Ti lahko izločajo snovi s katerimi omogočijo lažji razvoj insekta ali pa s tem pomagajo rastlini. Pomemben sprožilec rastlinskega odziva na herbivore so tudi fizični dražljaji, ki jih ti povzročajo. Pri tem se sproščajo hlapne snovi, ki lahko služijo privabljanju naravnih sovražnikov herbivora ali pa širijo sporočilo o nevarnosti do drugih rastlin. Kot odziv na elicitorje se v večini primerov tvorita rastlinska hormona jasmonska in salicilna kislina, ki sta del obrambnih mehanizmov rastlin. Karakterizacija rastlinskih elicitorjev nam ponuja orodje za razvoj agrokemikalij, ki bodo odganjale herbivore in hkrati ščitile rastline.

=== Pia Špehar: Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku ===

Leta 1986 je celični biokemik Kazumitsu Ueda odkril, da ima protein ABCB1 zmožnost, da iz rakavih celic transportira mnoge kemoterapevtike in tako telesu omogoči odpornost na kemoterapijo. ABCB1 spada med ABC-prenašalce, in sicer je eden izmed tistih prenašalcev, ki iz celic izločajo toksične hidrofobne komponente. Najdemo ga v membranah celic v jetrih, možganih, testisih in placenti. Skoraj 30 let po odkritju funkcije proteina, je Ueda s svojo ekipo lahko določil še mehanizem njegovega delovanja, in sicer z izvedbo več raziskav. Sprva so protein kristalizirali v stanju pred in po transportu substrata ter primerjali stanji med seboj, izvedli pa so tudi analizo s FRET tehniko. Ugotovili so, da substrat vstopi v osrednjo votlino skozi del proteina v notranjosti celice. Nato se veže na vrh osrednje votline proteina, kjer se nahaja hidrofobno aromatsko omrežje, ki ima pomembno vlogo pri prepoznavanju substratov. Vezava substrata na to omrežje sproži konformacijsko spremembo proteina. Za spremembo je potrebna tudi energija, ki jo priskrbi molekula ATP. Vezava ATP-ja sproži tudi nastanek omrežja, ki povzroči, da se protein začne zvijati in obračati, skrči se tudi osrednja votlina proteina. Ko se osrednja votlina skrči, se substrat izloči v zunajcelični prostor. Pri celotnem procesu je pomembna tudi hidroliza ATP, ki služi temu, da se protein vrne nazaj v prvotno stanje.

=== Pia Trošt: Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature ===

Zaradi naraščajočega vpliva antropogenih dejavnikov koralni grebeni hitro propadajo in korale se morajo prilagoditi vse bolj stresnemu okolju. Acropora tenuis je ena glavnih vrst koral ob obali Okinave na Japonskem in se pojavlja v treh barvnih različicah (N, G in P), med katerimi je bila opažena različna stopnja beljenja pri povišani temperaturi. Korale živijo v sožitju z algami iz družine Symbiodiniaceae. Pri različicah N in P je bila zaznana zmanjšana fotosintetska aktivnost simbiontov, medtem ko je različica G ohranila aktivnost tudi pri povišani temperaturi. Raziskava je pokazala, da vse barvne različice gostijo isti klad simbiontov, torej različne temperaturne odpornosti ni mogoče pripisati razliki v Symbiodiniaceae. Ker je bil genom A. tenuis dekodiran, je bilo mogoče identificirati gene za fluorescenčne proteine (GFP, CFP, RFP in ChrP). Poletna raziskava profilov izražanja posameznih proteinov je pokazala, da je bilo izražanje CFP in RFP pri vseh različicah nizko, različica P je pokazala višje izražanje ChrP, različica G pa višje izražanje GFP, ki se je ohranilo tudi pri višji temperaturi. Rezultati kažejo, da imajo vse različice enak nabor genov za fluorescenco, torej so barvne različice vzrok različnega izražanja genov FP, ki povečajo odpornost koral proti beljenju.

=== Gašper Struna: Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ===

Sistemi toksin-antitoksin (TA) imajo pomembno vlogo v bakterijah. Vplivajo na stabilnost plazmida in imajo pomembno vlogo pri postsegregacijskem propadu. Če plazmida ni, antitoksin ne prepreči delovanja toksina in toksin povzroči propad celice. Poznamo sedem tipov TA sistemov, med katerimi je najpogostejši tip II. Pri tem tipu antitoksin prepreči delovanje toksina tako, da se močno veže nanj in s tem inhibira njegovo delovanje. TA sistem tipa II najdemo tudi v bakteriji Pseudoaltermonas rubra, in sicer je ta TA sistem predstavnik para ParE/PF03693. V raziskavi so ugotovili, da antitoksin (PrpA) iz tega para zmanjša delovanje toksina na več načinov, in sicer tako da se neposredno veže na toksin ali pa se veže na promotor TA operona in deluje kot represor. PrpA ima pomembno vlogo tudi pri replikaciji, saj se lahko veže na podobno mesto kot iniciatorski protein RepB in s tem onemogoči začetek replikacije. PrpA ima na N-koncu vezavno mesto za DNA, s C-koncem pa interagira s toksinom, je tudi labilen, vezava na toksin pa ga stabilizira. Pari ParE/PF03693 so tudi v nekaterih virulentnih bakterijah in njihova nadaljnja študija bi lahko pripomogla k boljšemu razumevanju odpornosti bakterij na antibiotike in njihovem virulentnem delovanju.

=== Nuša Kos Thaler: Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih ===

Levivirusi so bakteriofagi z majhnim enoverižnim RNA genomom, ki ga sestavljajo 3–4 geni. Eden od njih je gen ''sgl'' (ang. single gene lysis), ki kodira protein za sprožitev avtolize gostiteljske celice in sprostitev virionov. Za razliko od dvoverižnih DNA bakteriofagov, ki encimsko razgradijo peptidoglikan (glavno enoto celične stene bakterijskih celic), protein Sgl pri lizi po navadi deluje kot nekompetitivni inhibitor in preprečuje njegov nastanek. Geni ''sgl'' so zelo majhni, raznoliki in pogosto vstavljeni v druge gene, zaradi česar jih težko odkrijemo. V nedavnih raziskavah so našli več deset tisoč genomov levivirusov, ki jih pred kratkim še nismo poznali. V določenih so odkrili gene ''sgl'' in preizkušali njihovo aktivnost na ''E. coli'' ter ugotovili, da lahko hitro ustvarijo gen ''sgl''. Bazna zaporedja najdenih genov ''sgl'' imajo zelo malo ali celo nobene podobnosti z baznimi zaporedji že preučevanih genov ''sgl''. V genomu posameznega bakteriofaga se lahko pojavlja več genov ''sgl'', kar pomeni, da bi lahko levivirusi hkrati okužili in lizirali celice evolucijsko oddaljenih bakterijskih vrst. Zaradi svoje raznolikosti, hitre evolucije in zmožnosti spreminjanja so potencialni vir za razvoj proteinskih antibiotikov in fagne terapije.

=== Nataša Vujović: How HER2 positive breast cancer cells evade treatments that utilize T cells ===

Immunotherapy continues to show exciting promise in more effectively treating cancer especially hematologic malignancies but they have not proven effective in treating solid tumors. The T lymphocyte is of key importance to the immune system and is at the core of adaptive immunity. Their roles include directly killing infected host cells, activating other immune cells, producing cytokines and regulating the immune response. Global research efforts centering on T cell-engaging therapies like T-cell bispecific antibodies (TCBs) and chimeric antigen receptors (CARs), are conducted in hope of finding a more effective treatment for cancer. TCBs are typically designed to bind to a selected tumor-associated antigen and to a T cell receptor (TCR). CAR T cells are T cells that have been genetically engineered to produce an artificial T cell receptor for use in immunotherapy. Researchers have now found a novel mechanism of resistance to T cell therapies used by HER2 positive breast cancer cells. The resistance is obtained by disruption of interferon-gamma signaling. IFN-γ has a critical role in recognizing and eliminating pathogens. The disruption of its pathways happens by JAK2 down-modulation. The kinase JAK2 transduces the signal initiated by interferon-gamma. JAK2 was shown to be repeatedly disrupted in several resistant models.

=== Urša Zevnik: FOXO3, gen, povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom ===

Forkhead box O3 (FOXO3) je protein, ki sodeluje pri številnih procesih, ki podaljšujejo življenjsko dobo in zavirajo s starostjo povezane bolezni. Ugotovili so, da imajo posamezniki z določeno različico tega gena kar trikrat večjo možnost, da dočakajo sto let.
Ena izmed njegovih funkcij je tudi obramba nevralnih matičnih celic pred oksidativnim stresom. V oksidirajočih pogojih v celici pride do oksidacije cisteina na FOXO3, kar prepreči njegovo fosforilacijo. Tak protein se transportira v jedro, kjer deluje kot transkripcijski faktor. Med drugim poveča prepisovanje encima glicin-N-metiltransferaze (GNMT), ki katalizira reakcijo, pri kateri se porablja S-adenozil metionin (SAM). SAM kot metilni donor omogoča dozoritev jedrnih laminov, ker pa je zaradi več GNMT njegova razpoložljivost manjša, lamini ne dozorijo pravilno in se združujejo v skupke. To privede do prepustnosti jedrne membrane, iz jedra uhajajo fragmenti DNA, celica jih zamenja za virusne nukleotide in sproži interferonski odziv tipa I. Ta povzroči, da nevralne matične celice preidejo v dormantno stanje in se prenehajo deliti. To je ugodno, saj nevroni, nastali v stresnih razmerah, nebi preživeli, celice pa bi se pri delitvah izčrpavale. Tkivo bi torej prej izgubilo sposobnost obnavljanja in se prej postaralo.

=== Sara Borišek: Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2 ===

Debelost je prisotna pri ljudeh že od nekdaj, v zadnjih letih pa je odstotek debelosti pri ljudeh kar precej narasel, predvsem pri mladih, s tem pa so narasle tudi zdravstvene težave ljudi s prekomerno težo. Predvsem je z debelostjo asociirana prehrana, ki vsebuje velik delež maščob ta pa s srčnimi obolenji. V ospredju je hipertrofija levega srčnega prekata, ki je eno izmed glavnih srčnih obolenj in povečuje tveganje za smrt. Hipertrofija levega prekata je zgostitev in povečanje sten levega prekata. Vse več pozornosti zato dobiva NADPH oksidaza 2 ali NOX-2, ki ima zaradi svojega vpliva na oksidativno škodo, povzročeno s prehrano, glavno vlogo pri ustvarjanju bioaktivnega superoksida. Znanstveniki so v raziskavi, ki je potekala na Šoli za biološko znanost Univerze v Readingu preverili ali obstaja povezava med proteinom NOX-2 in prehrano, ki vsebuje visok odstotek maščob pri hipertrofiji levega prekata. Trenutne ugotovitve so, da prehrana z visoko vsebnostjo maščob povzroči oksidativni stres, ki ga nadzira protein NOX-2, kar podpira hipertrofijo levega srčnega prekata. Zanimanje za selektivno ciljanje na protein NOX-2 kot terapevtsko strategijo je naraslo, zato so v raziskavi predlagali specifično ciljanje aktivacije srčnega proteina NOX-2, ki bi lahko bil izvedljiv pristop k ohranjanju funkcije miokarda v presnovnih pogojih.

=== Nika Ferk: Formulacije na osnovi biomaterijalov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim ===

V seminarski nalogi si bomo podrobneje pogledali kako se človeštvo in današnja znanost spopadata z izzivi patogenih delcev in boleznimi, ki jih le te povzročajo. Z nalezljivo kužnimi boleznimi se človeštvo soča že od nekdaj. Skozi razvijanje tehnologij smo ustvarili cepiva. Običajno se klasična cepiva, pridobljena iz živih oslabljenih patogenov in inaktiviranih virusov, rekombinantnih proteinov in sintetičnih peptidov. S cepivi v telesu povzročimo imunski odziv in nastanek protiteles. Skozi napredovanje tehnologije, natančneje biotehnologije in nanotehnologije so na trg prišli biomateriali. Biomateriali imajo dober potencial za boj proti kužnim boleznim, predvsem zaradi njihovih lasnosti kot so: oblike in značilnosti površine, ki skupaj močno vplivajo na učinkovit način prenosa delcev. Še pomembneje pa je, da biomateriali omogočajo dostavo antigenov in imunsko stimulirajočih snovi, ki predstavljajo močan pristop cepljenja pri aktivaciji imunskih odzivov. Same pa lahko tudi vplivajo na zaščito materiala, ki ga nosijo in s tem lahko podaljšajo sproščanje. Raziskani in najbolj potencialni biomaterijali so sintetični in naravni polimerni delci, lipidi, samosestavljeni proteini, virusom podobni delci (VPD) in anorganski delci. Eden izmed najbolj uspešnejših biološko razgradljivih biomaterijalov je PLGA ali poli(mlečno-ko-glikolna kislina). Poleg kisline so bili tudi zelo uspešni anorganski nano delci, formulirani so bili kot sistem za dajenje cepiv zaradi njihovih ustreznih fiziokemijskih lastnosti.

=== Špela Rapuš: Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle ===

Mikobakterije sicer uvrščamo med Grampozitivne bakterije, vendar imajo precej bolj zapleteno celično ovojnico. Ta sestoji iz notranje membrane, sloja peptidoglikana in dodatne mikomembrane, v kateri so značilne mikolične kisline. Odkrili so, da te bakterije tvorijo membranske vezikle na dva različna načina, odvisno od zunanjih pogojev, katerim so podvržene. Če mikobakterijo izpostavimo poškodovanju DNA se bo sprožil proces, angl. bubbling cell death, pri katerem se bodo tvorili membranski vezikli iz notranje membrane. Če pa bakterijo izpostavimo stresu na celično ovojnico, se ta odzove s procesom imenovanim angl. mycomembrane blebbing, pri katerem se iz mikomembrane odcepljajo vezikli. Kot modelni organizem so pri raziskavi uporabili Corynebacterium glutamicum in jo izpostavili mitomicinu C, ki je induciral stres na DNA in penicilinu G oz. deficitu biotina, ki sta zavirala biosintezo celične stene. Pri tem so se tvorili membranski vezikli na različne načine. Preučili so tudi lipidno sestavo membranskih veziklov in z rezultati skušali dokazati njihov izvor. Do podobnih ugotovitev pa so prišli tudi pri nekaterih drugih mikobakterijah. Membranski vezikli so izrednega pomena v proizvodnji cepiv in antibiotikov, zato so njihova dognanja velikega pomena.

=== Leila Bohorč: Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico ===

Virusa ebola in Marburg spadata v družino filovirusov, ki veljajo za ene najnevarnejših patogenov na svetu. Za vstop v celice uporabljajo mehanizem, ki je posredovan z enim samim glikoproteinom na površini virusa. Odkritih je bilo že mnogo potencialnih inhibitorjev, a je ravno visoka smrtnost eden izmed razlogov za slabo poznavanje mehanizmov. Majhne molekule, ki lahko inhibirajo vstop filovirusov v celico, so lahko že odobrena zdravila, ki se sicer uporabljajo pri zdravljenju drugih bolezni. Na glikoproteinu virusa ebola je primarno vezavno mesto hidrofoben žep na območju notranje fuzijske zanke. Dve izmed številnih molekul, ki se lahko vežejo tja, sta ospemifen in toremifen, ki se razlikujeta le v stranski verigi. Toremifen se lahko zaradi bazične aminske funkcionalne skupine akumulira tudi v lizosomih, kar poveča njegovo učinkovitost. Dimetilaminska stranska veriga na tej molekuli pa nima posebne vloge pri direktni vezavi molekule na hidrofoben žep. Na glikoproteinu ebole obstaja še sekundarno vezavno mesto na območju domene HR2. Na bazični žep v tej regiji se vežejo le specifične molekule kot sta fluoksetin in toremifen. Ti molekuli proti eboli delujeta sinergično, proti Marburgu pa antagonistično. Na glikoproteinu virusa Marburg je domena HR2 primarno vezavno mesto.

=== Ivana Vukšinić: Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma ===

Ko je v okolju na voljo dovolj hranil, gliva sluzavka vrste Dictyostelium discoideum obstaja v obliki enoceličnega organizma, ob morebitnem nastopu stradanja pa se posamezne celice začnejo združevati in tvorijo agregat, ki se obnaša kot mnogoceličen organizem. Med kulminacijo se iz njega razvije sorokarp s sporangijem, v katerem se tvorijo spore, ki populaciji omogočijo preživetje neugodnih razmer. To sposobnost uravnava novo odkrit mehanizem, s katerim od žvepla odvisno metabolično stikalo narekuje celično diferenciacijo. V času pomanjkanja hranil pride do porasta reaktivnih kisikovih spojin (ROS), ki so v velikih količinah celici škodljive, kar privede do velike potrebe po sintezi antioksidanta glutationa (GSH). To povzroči sekvestracijo cisteina, enega izmed prekurzorjev GSH, kar omeji razpoložljivost te aminokisline za potrebe drugih procesov v celici. Cistein je namreč ena od le dveh aminokislin, ki vsebujeta žveplo, to pa ima med drugim pomembno vlogo pri sintezi večine proteinov in železo-žveplovih klastrov, ki so ključne funkcionalne skupine v metaboličnih encimih. Izkazalo se je, da sekvestracija žvepla upočasni sintezo proteinov, inhibira proliferacijo celic in tako utira pot mnogoceličnemu razvoju. Izsledke raziskave bi lahko uporabili pri preučevanju drugih proliferacijskih celic, kot so rakave celice, pri katerih bi ciljanje procesov žveplovega metabolizma lahko izboljšalo protitumorno imunost.

=== Primož Šenica Pavletič: Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji ===

Malarija je bolezen, ki vsako leto prizadene na milijone ljudi v najrevnejših državah sveta. Bolezen povzroči parazit plazmodij, glavni prenašalci pa so komarji. Za zdravljenje in preprečevanje bolezni obstaja kar nekaj zdravil, vendar so ta za večino ljudi, ki živijo v državah v razvoju nedostopna. Ena najboljših rešitev za zajezitev bolezni je genska modifikacija malaričnih komarjev. Številne študije nakazujejo na veliko učinkovitost nadzorovanja populacije z genskim inženiringom. V raziskavah so komarjem vstavili gen za rezistenco na parazit ali pa so z vstavljenimi geni povzročili zmanjšanje celotne populacije. To pomeni širjenje genov, ki povzročajo pristransko razmerje med spoloma (več moških osebkov), oziroma širjenje genov, ki bi naredili samice neplodne. Glavni cilj je preprečiti ženskim osebkom prenašati parazit plazmodij na gostitelja in s tem širiti bolezen. Za spremembo DNA se uporablja tehnika CRISPR-Cas9S. S CRISPR-Cas9S lahko spremenimo genom na kateremkoli mestu. Znanstveniki so povečali možnost, da se želena lastnost prenese na naslednje generacije tako, da so uporabili gene drive. Gene drive spodbudi celico, da prepiše želeni del gena na homologni kromosom. Gene drive je zelo učinkovit, saj se je v 5 – 7 generacijah (odvisno od števila osebkov, ki so imeli gene drive že od začetka) razširil na več kot 95% populacije.

=== Lana Bajec: Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ===

Med staranjem so skeletne mišice podvržene strukturnim in funkcijskim spremembam. Po 50. letu starosti ljudje povprečno začnejo izgubljati 15 – 30 % mišične mase na desetletje, kar se kaže kot drastična izguba mišične moči. Ta mišična distrofija in izguba moči je znana kot sarkopenija. Sarkopenija je posledica krčenja mišičnih vlaken in upadanja števila in zmogljivosti mitohondrijev v celicah mišičnih vlaken, ki mišici zagotavljajo energijo. Raziskovalci na Stanford University Shool of Medicine so s pomočjo inhibicije proteina 15-PGDH v starejših miših dosegli obnovo mišične mase in moči v mišicah živali ter njihovo vzdržljivost, kar bi lahko igralo veliko vlogo pri potencialni strategiji zdravljenja sarkopenije pri ljudeh. V mišicah starejših miših inhibicija encima 15-PGDH s tako imenovanim genetskim knockdownom ali pa z inhibitorjem SW preprečuje atrofijo mišic in znatno poveča mišično maso, moč in vzdržljivost. Dokazali so, da ima molekukla 15-PGDH velik vpliv na mišično funkcijo. Miši z inhibiranim encimom 15-PGDH so bile zmožne dalj časa teči na tekalni stezi in bile nasplošno bolj vzdržljive. Velik vpliv na to naj bi imelo znatno povečanje števila mitohondrijev in njihovih funkcij ter izboljšanje celične avtofagije pri inhibiciji encima 15-PGDH.

=== Pia Sotlar: Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice ===

CRISPR-Cas9 je metoda, ki lahko z uporabo encima Cas9 in sgRNA permanentno uniči točno določene gene, kar predstavlja potencialen način za zdravljenje raka. V rakavi celici bi tako izbris oziroma motnja v genu PLK1, ki nosi zapis za kinazo PLK1, ki je ključna pri procesu mitoze, povzročila celično smrt v delečih se celicah. V raziskavi so se lotili problema dostave velikega encima Cas9 in sgRNA. Nov način dostave, ki ga ne omejujeta toksičnost in majhna nosilnost so klinično odobreni nanodelci, ki zaradi svoje kationske narave omogočajo učinkovito zajemanje nukleinske kisline. Dokazali so da z uporabo le-teh lahko dosežejo učinkovito urejanje genoma tako in vitro kot in vivo. Pri tem so se osredotočili na urejanje genoma pri celicah GBM 005, izoliranih iz gliomov, in celični liniji adenokarcinoma jajčnikov (OV8). In vitro inkubacija je pri teh celičnih linijah povzročila 84 oziroma 91% genomskega urejanja. Pri sistemu in vivo, so bili te procenti malce nižji (68%), zato so za potrebe sistemskega doziranja razvili tudi sistemsko injicirane lipidne nanodelce, ki so bili premazani s protitelesi in so zagotavljali še bolj učinkovit privzem kinaze Cas9 in sgRNA. Taki tarčni lipidni nanodelci so omogočali 82% urejanje genoma in povečali preživetje miši za 80%. S tem so dokazali učinkovitost lipidnih nanodelcev za prenos in predstavili novo metoda zdravljenja raka.

=== Zarja Weingerl: Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco ===

Mali proteini so proteini sestavljeni iz manj kot 100 amonokislin. So skupina še zelo neraziskanih struktur z zelo raznolikimi vlogami v fiziologiji bakterij. Znanstveniki so se odločili podrobneje raziskati njihovo funkcijo znotraj Sallmonele Typhimurium. Želeli so odkriti ORFje (odprte bralne okvirje) sedaj še nepoznanih in nedoločenih malih proteinov. Pri tem so uporabili mnogo različnih orodji in znanstvenih metod, kot so: sPepFinder, Ribo-seq, TraDIS, Grad-seq, prenos western itd. Pridobili so 139 različnih sORF kandidatov, ki so jih poimenovali kot STsORF, čemur sledi še zaporedno število. Vseh 139 novo odkritih STsORFjev so dodali v zapis Salmonelle in tako število malih proteinov znotraj tega dvignili na 609 vnosov. Dodatno so raziskali 16 na novo odkritih STsORFjev, ki sta jih predvidela tako sPepFinder kot tudi Ribo-seq. Raziskali so tudi vpliv malih proteinov na virulentnost Salmonelle. Opazovali so izražanje sORFjev med infekcijo in ga primerjali z njihovo izraženostjo v vcepku. Ker se je v teh raziskavah mnogokrat pojavil protein MgrB so želeli dodatno proučiti njegov vpliv na virulentnost in prišli do njegove povezave z bičkom in geni povezani z gibljivostjo. Njegovo pomankanje namreč povzroči defekt v gibljivosti, ki je posledica motnje uravnavanja bička.

=== Teja Spruk: Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev ===
Zaradi vedno večje uporabe antibiotikov v medicinske in znanstvene namene, je odpornost nanje vedno večji problem. V naravnem okolju je vedno večja prisotnost antibiotikov in mikrobov, ki so nanje odporni, kar je posledica njihove uporabe pri selekciji v laboratorijih. Ta poteka tako, da celicam, za katere hočejo, da preživijo, vstavijo gen za odpornost na določen antibiotik. Nato jih dajo na gojišče s tem antibiotikom in tako preživijo le zaželene celice, ostale odmrejo. A vendar je veliko organizmov razvilo sistem, kako obiti naše antibiotike in tako je problem vedno večji. V raziskavi so razvili preprosto in učinkovito metodo za odpravo prekomerne uporabe le teh ter za omejevanje gensko spremenjenih organizmov. Ta zahteva zamenjavo antibiotikov v laboratoriju s fluoridom, ki je strupen za mikroorganizme. Ti so razvili gen FEX (angl. fluoride exporter) za zaščito celic z odstranjevanjem fluorida, ki ga najdemo v naravnem okolju. Raziskovalci so zato odstranili gen FEX in tako povzročili neodpornost na fluorid. GSO bi seveda v laboratoriju še vedno uspeval, saj tam uporabljajo destilirano vodo. Če pa bi ušel v naravo, bi umrl takoj, ko bi naletel na fluorid in s tem bi se preprečilo nadaljnje razmnoževanje.

=== Metka Rus: Zdravljenje motenj metabolizma lipidov in previsokega holesterola z genskim spreminjanjem na osnovi lipidnih nanodelcev ===
Cilj članka je optimizacija in testiranje lipidnega nanodelca, uporabljenega kot vektor za prenos sistema CRISPR-Cas9 v hematocite v jetrih. Sistem CRISPR-Cas9 je orodje za gensko spreminjanje v živih organizmih. V tem primeru je tarča genskega inženiringa gen Angptl3, ki kodira encim Angptl3. Ta encim vpliva na količino trigliceridov in holesterola v celicah, saj inhibira encim protein lipazo, ki le te razgrajuje. Z genskim inženiringom torej želimo doseči mutacijo na genu, ki bi zmanjšala koncentracijo encima Angptl3 in posledično zmanjšala koncentracijo holesterola in trigliceridov. Seveda pa ima sistem CRISPR-Cas9 svoja tveganja, na katera pa lahko delno vplivamo z vektorjem ki sistem prenaša do ciljne točke. Pojavlja se tveganje za mutacije v napačnih celicah in na napačnih lokusih, velik izziv pa je tudi doseči dovoljšno učinkovitost sistema oziroma doseči, da sistem res pride do cilja (v tem primeru do DNKja v hepatocitah). Vektorji za to nalogo že obstajajo a imajo veliko pomanjkljivosti. Primer je vektor MC-3, ki je že odobren s strani FDA. Dana raziskava skuša optimizirati in testirati lipidni nanodelec z osnovnim lipidoidom v ovojnici 306-O12B. Delovanje tega delca primerjajo z delovanjem delca MC-3 in izkaže se, da je tako specifičnost kot učinkovitost nanodelca z lipidoidom 306-O12B večja.

=== Pia Mencin: Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje===
Pingvini so razvili številne prilagoditve na vodno okolje, saj je to okolje v katerem si lovijo hrano. Daljši čas potopa pingvinom, poleg številnih drugih prilagoditev, omogočata povišana afiniteta hemoglobina (Hb) do kisika (O2) in okrepljen Bohrov učinek (tj. zmanjšana afiniteta Hb do O2 pri nizkem pH). Natančneje funkcionalno spremenjen Hb pingvinov omogoča da povečajo ekstrakcijo O2 iz pljuč in razkladanje O2 iz krvi, to jim zagotavlja da učinkoviteje izkoristijo svoje zaloge O2 vdihnjenega zraka in povečajo čas podvodnega iskanja hrane. Do tega odkritja so znanstveniki prišli s primerjavo Hb pingvinov in Hb najbližjih sorodnih organizmov pingvinov, ki se ne potapljajo. Rekonstruirali so Hb pingvinom najbližjega skupnega prednika (AncSphen) ter Hb starejšega prednika (AncPro), ki so si ga delili pingvini z njihovimi najbližjimi sorodniki, ki se ne potabljajo. S primerjavo prej omenjenih Hb so dokazali, da je prišlo do povečanja afinitete Hb do O2 in okrepljenega Bohrovega učinka pri pingvinih in ne do zmanjšanja afinitete ter poslabšanja Bohrovega učinka pri pingvinom sorodnim organizmom, ki se ne potapljajo. To dokazuje da se je spremenjena funkcija Hb pingvinov razvila kot posledica prilagoditve na vodno okolje. Raziskave so tudi pokazale da so funkcionalne spremembe v Hb pingvinov posledica večkratnih substitucij aminokislin, ki ustvarjajo interakcije med podenotami in stabilizirajo R-stanje Hb.

=== Ana Maučec: Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju ===
Endogeni retrovirusni elementi so prisotni v genomu večine sesalcev in predstavljajo ostanke okužb zarodnih celic z eksogenimi virusi pred več milijoni let. Številne raziskave so retroviruse povezale z razvojem različnih rakavih obolenj pri sesalcih. Z evolucijskih razvojem gostitelja so se spreminjali tudi endogeni virusi, zato je neposredne škodljive učinke na gostiteljev genom, kot so moteno in prekomerno izražanje genov, težko zaznati. Retrovirus koal (KoRV) je trenutno edini znani virus, ki prehaja med eksogeno in endogeno obliko. Gre za zapleten proces, ki vključuje kopičenje mutacij v virusnem nukleotidnem zaporedju in rekombinacijo. Skozi veliko generacij postanejo endogeni retrovirusi fiksirani in neaktivni. Zaradi nadpovprečne pojavnosti raka v populaciji koal iz severne Avstralije, so znanstveniki predpostavili povezavo med malignimi obolenji in KoRV. V vzorcih desetih koal so v zdravem in tumorskem tkivu določili lokacijo in število integracijskih mest (IM) endogenih retrovirusov. V izbranih genih blizu IM so zaznali moteno izražanje genov in njihovo večjo ekspresijo. Največjo gostoto IM so zaznali v bližini onkogenov in predvidevajo, da večja transkripcijska aktivnost teh genov olajša integracije virusov na teh mestih. Retrovirusne »invazije« genomov sesalcev imajo na začetku številne škodljive posledice za gostitelje, a so skozi zgodovino pomembno prispevale k oblikovanju njihovih genomov, tudi človekovega.

=== Neža Peternel: Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih ===
Znano je, kako se različne bolezni in deformacije lahko dedujejo preko genskega zapisa, v zadnjih desetletjih pa se veliko raziskav ukvarja s tematiko prenosa epigenetskih informacij na potomce. Epigenetske spremembe so za razliko od genskih reverzibilne in ne posegajo v zapis DNA, temveč z različnimi označevalci vplivajo na specifično izražanje genov. Trimetilacija lizina 4 na histonski podenoti 3 (H3K4me3) je bila v semenčicah identificirana kot pomemben člen pri prenosu informacij na potomce, saj naj bi se izognila epigenetskemu reprogramiranju pred vgnezditvijo zarodka. V nedavnih raziskavah so ugotovili, da lahko pomanjkanje folata v prehrani privede do motenj v folatnem ciklu, kar posredno vpliva na procese metilacije in demetilacije. Abnormalnosti v vzorcih metilacije so bile prisotne predvsem blizu področij, kjer se nahajajo geni za pravilno izgradnjo kosti, tako pri očetu kot tudi pri potomcih, posledice pa so se kazale pri izražanju fenotipa potomcev. Pomanjkanje folata v kombinaciji s povečano ekspresijo gena za KDM1A je privedlo do še hujših deformacij. Kot možno razlago izognitve reprogramiranja H3K4me3 so navedli pogosto sovpadanje trimetiliziranih območij H3K4 z regijami za vezavo proteinov Smc1 in CTCF. S študijo so odgovorili na mnoga vprašanja v zvezi z mehanizmi epigenetskega dedovanja, hkrati pa odprli možnosti za nadaljnjo raziskovanje, predvsem glede popravljalnih mehanizmov, ki bi lahko preprečili prenos določenih epigenetskih vzorcev na potomce.

=== Zoran Džon Ivanić: Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida ===
Epigenom med drugim tvorijo tudi vzorci metilacije DNA, ki opredeljujejo identiteto celice in njeno funkcijo. Informacijska teorija staranja razlaga staranje kot izgubo epigenetske informacije kamor spada sprememba vzorcev metilacije. Raziskovalce zanima, ali je s povrnitvijo mladostnega vzorca metilacije v organizmu mogoče doseči regeneracijo. Z uporabo transkripcijskih faktorjev Yamanake OCT4, SOX2 in KLF4 (OSK) so uspešno pomladili genetsko aktivnost v fibroblastu stare miši. Na modelu poškodbe vidnega živca v miši pa je izraženje OSK omogočilo regeneracijo in proliferacijo aksonov. Poškodba živca spremeni metilacijo DNA na podoben način kot staranje. To spremembo OSK prepreči s povečanjem količine TET1 in TET2, encimov, ki katalizirata demetilacijo DNA. Preizkus OSK pri zdravljenju modela glavkoma pri miših je pokazal spodbudne rezultate. Glavkom je obolenje oči, za katero je značilno povečanje tlaka v očesu, izguba ganglijskih celic mrežnice (RGC) in aksonov v vidnem živcu. Izražanje OSK je povrnilo gostoto aksonov nazaj na zdrav nivo, kar je bilo zaznati v izboljšanju ostrine vida osebkov. Med vzroki za slabši vid je tudi staranje. Zdravljenje starih miši z OSK je slab vid popravilo. Pri tem je bilo odkrito, da se nivoji mRNA 464 genov s staranjem spremenijo, 90% teh pa se s pomočjo izražanja OSK povrne v mladostno stanje. Tako je z OSK mogoče pomladiti kompleksno tkivo in povrniti njegovo funkcijo.

=== Nik Vidmar: Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje ===
Z hitrim staranjem prebivalstva po svetu se pojavlja vedno večje število degenerativnih obolenj, ki pa predstavljajo tako ekonomsko kot druženo obremenitev. Zato je veliko poudarka v znanstvenem svetu na alternativnih metodah regenerativne medicine, ki bodo lahko v prihodnosti pomagale pri zdravljenju in preprečevanju degenerativnih obolenj. Veliko pozornosti je bilo v zadnjih letih posvečene raziskovanju proteinskih molekularnih superstruktur predvsem takih, kjer prevladujejo gostitelj-gost interakcije. V raziskavi so raziskovali potencialne aplikacije gostitelj-gost kompleksa med β-ciklodekstrinom in adamantanom na peptidnih amfifilih in ugotavljali kako je ta hidrogel vplival na aktivnost možganskih nevronov. Izkazalo se je, da je raziskovan biomaterial ugodno vplival na aktivacijo nevronov in da so se ti dobro razraščali skozi porozni gel. Raziskovali so tudi možnosti 3D tiskanja gela in uspeli najti ugodno metodo, ki ni imela negativnega vpliva na sam gel ali njegove interakcije z nevroni. Rezultati so pokazali, da bo verjetno mogoče v prihodnosti z različnimi biomaterijali zdraviti poškodbe živčnega sistema in degenerativne bolezni, saj bodo ti pomagali pri obnavljanju nevronov in spodbudili njihovo aktivnost.

=== Marko Kovačić: Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ===
Raziskovalci s Tokijskega tehnološkega inštituta (Tokyo Tech) na Japonskem in univerze Monash v Avstraliji so se ukvarjali z vprašanjem, kako se uporabljajo metaboliti, pridobljeni v procesu avtofagije. Preučevali so rast kvasovk Saccharomyces Cerevisiae v glukoznem in etanolskem mediju. Po prenosu iz glukoznega v etanolski medij so kvasovke za pridobivanje energije namesto vrenja začele opravljati aerobno mitohondrijsko dihanje. Znanstveniki so ugotovili, da se mutirane kvasovke, ki niso sposobne opravljati neselektivne avtofagije, dlje prilagajajo na aerobno dihanje kot kvasovke, ki so zmožne opravljati avtofagijo. Z dodajanjem različnih hranil so ugotovili, da je aminokislina serin pomembna pri začetnem prilagajanju kvasovk na aerobno rast. Ob pomanjkanju aminokisline serin je bila poraba kisika v mitohondrijih nizka, ob dodatku serina pa se je le-ta povečala. Serin je pomemben za enoogljični metabolizem v mitohondrijih, ker zagotavlja enoogljično enoto, ki jo sprejme tetrahidrofolat (THF). Po sprejemu enoogljične enote se THF vključi v enoogljični metabolizem. Vezavo formilne skupine, pridobljene iz reakcij v enoogljičnem metabolizmu, na Met-tRNAfMet(iniciacijska tRNA) katalizira encim Fmt1. Formilacija iniciacijske tRNA poveča njeno afiniteto do mitohondrijskega iniciacijskega faktorja 2 (mIF2), ki je ključen pri povezovanju mitohondrijskih ribosomov, mRNA in fMet-tRNAfMet, torej pri procesu sinteze proteinov v mitohondrijih. Le-ti so ključni za pridobivanje energije z aerobnim dihanjem in za rast kvasovk.

=== Katja Resnik: Molekularna povezava med tveganjem za razvoj kolorektalnega raka in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi ===
Splošno znano je, da naj bi prehrana, še posebej pa uživanje rdečega in procesiranega mesa, vplivalo na povečano tveganje za nastanek raka danke in debelega črevesja pri človeku. Prav tako je s povečanim tveganjem povezana tudi povišana raven anti-Neu5Gc protiteles, ki imajo nalogo vezave Neu5Gc sialične kisline, ki vstopa v naše telo le s prehrano. Pred kratkim sta bila tako v raziskavi Univerze v Tel Avivu združena oba pogleda, in sicer so raziskovali vpliv prehrane na povišano raven anti-Neu5Gc protiteles in s tem na povečano tveganje za razvoj kolorektalnega raka. S pomočjo prostovoljcev, ki so oddali najmanj šest 24-urnih evidenc zaužite hrane in pijače, so naredili podrobno analizo vzorcev njihovih serumov in s tem izračunali ravni prisotnih anti-Neu5Gc protiteles, prav tako pa tudi podrobno analizo vzorcev zaužite hrane, s čimer so ugotovili prisotnost Neu5Gc v le-teh. Bila je ugotovljena povezava, da uživanje predvsem govejega in svinjskega mesa ter mlečnih izdelkov povzroča povišanje ravni anti-Neu5Gc protiteles, kar je omogočilo izračun indeksa za izračun vsebnosti Neu5Gc v določeni hrani, a na žalost raziskava še ni privedla do nobenih točnejših povezav s povečanim tveganjem za kolorektalni rak.

=== Klara Razboršek: Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo ===
Nastanek proteinskih agregatov in njihovo odlaganje v Lewyjeva telesca je značilno za različne nevrodegenerativne bolezni, kot je Parkinsonova bolezen. V tem primeru, se v celicah tvorijo amiloidna vlakna alfa-sinukleina, ki sama po sebi niso toksična, vendar so lahko vir toksičnih produktov. Mehanizem, ki je odgovoren za njihovo razčlembo je sestavljen iz šaperona Hsp70 in košaperonov DNAJB1 in Hsp110. Hsp70 (70-kDa heat shock protein) deluje v vseh življenjskih fazah proteinov od sinteze do razgradnje in je zaradi tega ključen za vzdrževanje homeostaze proteinov. Odgovoren je za razčlembno nepravilno zvitih proteinov, translokacijo polipeptidov v mitohondrije, kloroplaste in endoplazemski retikulum, razgradnjo proteinskih kompleksov in regulacijo proteinske aktivnosti. Košaperon DNAJB1 deluje kot usmerjevalni faktor, saj prepozna substrat preko lastnih šaperonskih reakcij in spodbudi hidrolizo ATP na Hsp70, kar omogoči vezavo Hsp70 na substrat. Poleg ključne vloge pri selekciji substrata, pa ima DNAJB1 še pomembno vlogo pri zaustavitvi mehanizma, saj zazna oligomerno stanje substrata. Da se ustvarijo dovolj močne entropične sile, ki omogočijo odcepljanje monomerov, se morajo šaperoni Hsp70 na substratu organizirati v skupke. To omogoča košaperon Hsp110, ki se veže na molekule Hsp70, ki niso povezane v skupke, in jih prenese v bližino drugih. Premeščanje ustvari močne vlečne sile, ki destabilizirajo amiloidna vlakna, kar privede do fragmentacije.

=== Karidia Kolbl: Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti ''sauteur d'alfort'' povzroča okvaro v gibanju ===
Študija se osredotoča na francosko vrsto zajca ''sauteur d'alfort'', ki zaradi pojava mutacije ne more izvajati normalnih poskokov, ki so zanj značilni. Dinamično izmenjevanje ritmičnega premikanja sprednjih udov in bilateralnega sinhroničnega odskoka iz zadnjih udov zamenja dvig na sprednje in hoja po teh. Zanj je značilna tudi slepost, ki jo razvijejo v prvem letu starosti. Odkriti so želeli, kje se vzročna mutacija nahaja in kakšne so posledice v prisotnosti oz. številčnosti nekaterih pomembnih motoričnih nevronov. S tem namenom so križali homozigotna osebka z recesivnima in dominantnima aleloma. Za lociranje prisotnosti polimorfizmov so uporabili tehniko genskega kartiranja in ''sliding-window approach''. Odkrili so, da se 95% mutacij nahaja na 1% deležu sekvenciranega genoma. Temu je sledila še podrobnejša analiza kromosoma 1, kjer je prišlo do zamenjave baz na intronu 9 in nastanka izoformov. Opazili so tudi zmanjšano koncentracijo nekaterih nevronov receptorske cone LTMR; RORB-pozitivnega nevrona ter nevronov SATB1/2, za katera so ob dodatnih raziskavah opazili upad in posledično okvaro gibanja pri miših. Nekaj besed so namenili tudi nevronu DMRT3, ki ima pomembno motorično vlogo in koordinira sinhronost zadnjih udov pri različnih živalskih vrstah.

=== Simona Kočeva: Kako bakterije se upirajo antibiotikem ===
Prilagoditev je temeljni biološki proces ki vodi organizme, da spremenijo svoje lastnosti in vedenje, da se bolje prilagodijo svojemu okolju pa naj gre za znamenito raznolikost ščinkavcev ali številne sorte bakterij s katerimi ljudje sobivajo. Medtem ko antibiotiki ljudem že dolgo pomagajo pri preprečevanju in zdravljenju bakterijskih okužb, pa se številne vrste bakterij vse bolj prilagajajo, da se uprejo antibiotičnemu zdravljenju. Ko so bili v več generacijah izpostavljeni manj smrtnim odmerkom antibiotika so raziskovalci ugotovili da so bakterije močno spremenile svojo obliko, tako da so postale širše in bolj ukrivljene. Druga stran te enačbe je da se bakterije lahko znajdejo tudi brez celične stene, ko pa jih imunski sistem težko zazna, ker človeške celice nimajo nobene svoje. Te spremembe oblike omogočajo bakterijam da premagajo stres zaradi antibiotikov in nadaljujejo s hitro rastjo. Te fizične spremembe omogočajo bakterijam, da dosežejo večjo ukrivljenost in nižje razmerje med površino in prostornino, kar bi omogočilo, da manj delcev antibiotikov prehaja skozi njihove celične površine ko rastejo. Ta vpogled ima velike posledice za zdravje ljudi in bo verjetno spodbudil številne nadaljnje molekularne študije o vlogi celične oblike na rast bakterij in odpornost na antibiotike.

=== Janja Bohte: Visokoločjivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ===
Prenašalne RNA (tRNA) so kratke molekule potrebne za prevajanje genskih informacij v proteinska zaporedja. Sestava združb teh molekul je ključnega pomena za učinkovito dekodiranje mRNA in integriteto proteoma. Številčnost tRNA lahko močno vpliva na celično fiziologijo, toda merjenje količine tRNA v celicah je omejeno s številnimi tehničnimi izzivi. Uspešne meritve številčnosti ovira velika podobnost med molekulami tRNA ter blokade pri sintezi cDNA, predvsem prezgodnja zaustavitev encima reverzna transkriptaza. Raziskovalci so premagali te omejitve s pomočjo mim-tRNAseq, ki temelji na metodi, ki se jo lahko uporabi za kvantificiranje tRNA v katerem koli organizmu z znanim genomom in bo pomagala izboljšati razumevanje prenašalne RNA. Skupaj so združili metodo za izdelavo knjižnice cDNA iz endogeno spremenjenih tRNA z novim računskim okvirom za poravnavo odčitkov, analizo podatkov in vizualizacijo. Razvili so tudi celovit in uporabniku prijazen računalniški nabor orodij, ki zagotavljajo meritve številčnosti tRNA, frakcij polnjenja in profilov sprememb z izjemno natančnostjo in ločljivostjo. Ker je njihov potek potek dela kritičen, preudaren in uporaben za katerikoli organizem z znanim genomom, predvidevajo, da bo pomagal pojasniti prej nerešljive vidike biologije tRNA.

=== Miha Razdevšek: Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo ===
Nevrodegenerativne bolezni predstavlajo v današnji družbi velik socialni in ekonomski problem zaradi primanjkovanja zdravil, ki je posledica slabega poznavanja bolezni. Za Alzheimerjevo bolezen (Alzheimer's disease, AD) je značilna agregacija proteinov Aβ in proteina tau. Moj seminar govori o epigenetskih spremembah povezanih z AD. Z natančno transkriptomsko, proteomsko in epigenomsko anazlizo možgan so raziskovalci analizirali specifične epigenetske modifikacije ljudi z AD v primerjavi z zdravimi starimi in mladimi. Analiza transkriptoma je pri ljudeh z AD prikazala večjo ekspresivnost genov povezanih s transkripcijo in strukturo kromatina, vključujoč gene za histon acetil transferaze, ki acetilirajo histon 3 na liznu 9 in 27 (H3K9ac in H3K27ac). Po analizi proteoma so prav tako ugotovili močno povečanje H3K9ac in H3K27ac. Podroben pregled dinamičnosti epigenetskih sprememb je prikazal povečanje H3K9ac in H3K27ac, kar nakazuje na njuno značilno vlogo pri AD. Prav tako je bilo ugotovljeno, da deacetilacijam sledijo demetilacije, acetilacije pa ne vplivajo na metilacijsko dinamiko, kar nakazuje potencial specifičnih acetilacij pri epigenetskem zdravljenju. Svoje in vitro ugotovitve so na koncu raziskovalci potrdili na vinski mušici, kjer so z vzpostavitvijo H3K9ac in H3K27ac inducirali agregacijo proteina Aβ42, kar je vodilo v degeneracijo notranjega in zunanjega očesa. S svojo študijo so predvsem prikazali pomembno negativno vlogo epigenetskih sprememb H3K9ac in H3K27ac pri mehanizmu in razvoju AD.

=== Tea Amidović: Mosaicism and extensive mutation of human placentas ===
The natural form of the placenta is distinct from any other human organ and resembles that of a tumor, with much of the same genetic variations present in childhood cancers. Placentas can have chromosomal abnormalities that the fetus1 may not have. Confined placental mosaicism (CPM) is the cause of this genetic segregation. CPM is characterized as the occurrence of chromosomal anomalies in extra-embryonic tissue that are not present in fetal tissue. Using whole-genome sequencing of 86 bulk placental samples and 106 microdissections of placental tissue, this research studied the phylogeny of human placental cells as reconstructed from somatic mutations. In this research, the total number of substitutions used in bulk placental samples was 145. Clinical karyotyping may have observed a trisomy of chromosome 10 in all bulk samples with copy number shift. In a case of mosaic trisomic rescue, direct support for this has been found. Results of this research discover large-scale mutagenesis in placental tissues and propose that mosaicism is a common characteristic of placental growth in embryogenesis.

=== Patricija Kolander: Jedrni kompleks DICER - circRNA povzroči deregulacijo mikro-RNA v celicah glioblastoma ===
Glioblastom je eden izmed najagresivnejših možganskih tumorjev pri človeku. Tumorske celice imajo v primerjavi z zdravimi bistveno manj izraženih mikro-RNA. Mikro-RNA so izredno pomembni regulatorji izražanja genov in lahko povzročijo njihovo utišanje, tako da se vežejo na komplementarno obveščevalno RNA in inhibirajo translacijo. Mikro-RNA lahko delujejo kot onkogeni – promovirajo nastanek raka ali pa delujejo kot zaviralci tumorjev. Z reguliranjem izražanja mikro-RNA rakave celice ohranijo sposobnost samoobnavljanja in proliferacije. V celicah glioblastoma je bilo odkritih bistveno več onkogeničnih mikro-RNA in precej manj tistih, ki zavirajo rast tumorjev. V raziskavi so dokazali, da v tumorskih celicah pride do spremembe v post-transkripcijskem zorenju mikro-RNA. Pri njem igra pomembno encim DICER, ki citoplazmi odreže zanko iz prekurzorske mikro-RNA, da nastane dvovijačni dupleks, ki se nato dokončno pretvori v zrelo mikro-RNA. V celicah glioblastoma pride do povečanega izražanja onkogena MALAT1 in njenega transkripta krožne RNA – circ2082. Ta v jedru tvori kompleks z RBM3 (RNA binding protein 3) in encimom DICER, ta pa posledično ne more potovati v citoplazmo, kjer v zdravi celici opravlja svojo nalogo. Znižanje izražanja circ2082 je vodilo do ponovne vzpostavitve ravnovesja mikro-RNA, kakršno je bilo v predrakavi celici, kar nakazuje na potencialne protirakave učinke targetiranja circ2082.

TBK 2022 Povzetki seminarjev

2021-04-16T14:32:04Z

Tea Amidović:

=== Magdalena Ilievska:
Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema

Seminarska naloga govori o tem, kako enocelični sluzni kalup Physarum polycephalum pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. Physarum polycephalum, brezcelični sluzni kalup je protist z različnimi celičnimi oblikami in široko geografsko razširjenostjo. Njegovo telo je ogromna enojna celica, sestavljena iz medsebojno povezanih cevi, ki tvorijo zapletene mreže. V zadnjih letih so raziskave Physarum polycephalum spet postale vrhunske. Leta 2000 je japonski raziskovalec Toshiyuki Nakagaki izvedel osnovni poskus, ki je pokazal, da je sluzni kalup sposoben najti najkrajšo pot skozi labirint. Od takrat se je pametno reševanje problemov Physarum polycephalum vrnilo iz sence in je danes spet v središču, ko se razpravlja o vprašanjih o izvoru inteligence in spoznanja. Raziskovalci na Inštitutu za dinamiko in samoorganizacijo Max-Planck in Tehniški univerzi v Münchnu so ugotovili, kako sluzni kalup Physarum polycephalum ohranja spomine - čeprav nima živčnega sistema. Sposobnost shranjevanja in pridobivanja informacij daje telesu očitno prednost pri iskanju hrane ali pri izogibanju škodljivih okoljih. Tradicionalno se to pripisuje organizmom, ki imajo živčni sistem. Novi študiji avtorjev Mirne Kramar in prof. Karen Alim izzivajo tega stališča z odkrivanjem neverjetnih sposobnosti zelo dinamičnega enoceličnega organizma za shranjevanje in pridobivanje informacij o svojem okolju.

=== Živa Urh: Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ===

V stresnih razmerah celice preklopijo iz običajnega v bolj omejen način delovanja, da se zaščitijo pred poškodbami. Pri tem si pomagajo na različne načine. Eden od načinov je varnostni program imenovan toplotni šok, ki je povezan s hitro regulacijo genske aktivnosti (zmanjšanjem transkripcije) v stresnih situacijah. Stres povzroči nastanek jedrnih kondenzatov NELF, ki nastanejo, ko NELF tvori kapljice. NELF ali negativni podaljševalni dejavnik, je proteinski kompleks iz več podenot, ki se ob jedrnem signalu oblikuje v kondenzate oz. kapljice. Vezava kompleksa NELF na promotorje vzdrževalnih genov je tista, ki povzroči slabšo mobilnost RNA polimeraze II in posledično slabše prepisovanje genov ter tako zmanjša proizvodnjo proteinov, ki niso nujni v stresnih razmerah. Mehanizem nastanka jedrnih kondenzatov je povezan z defosforilacijo NELF in nadaljnjo SUMOilacijo. Ta dva procesa spadata pod posebne post-translacijske modifikacije (PTM), ki so bistvene za kondenzacijo NELF. Pomembno vlogo pri formaciji kondenzatov NELF imajo tudi neurejene regije (IDR), ki jih najdemo pri posameznih podenotah tega proteinskega kompleksa. IDR so deli proteinov brez fiksne strukture in delujejo kot lovke. Povezave med lovkami podenot A in E med so bistvenega pomena za tvorbo kapljic oz. kondenzatov. Celice, ki zaradi pomanjkanja lovk pri podenotah ne tvorijo kondenzatov NELF tudi ne zmanjšajo transkripcije. Posledično take celice normalno prepisujejo gene in so tako bolj dovzetne za celično smrt.

=== Tinkara Butara: Kako rastline zaznajo napad herbivorov ===

Rastline niso nemočni opazovalci dogajanja okoli njih, ampak se na okoliške dražljaje tudi odzivajo. Skozi evolucijo so razvile posebne obrambne mehanizme, ki se sprožijo kot odgovor na elicitorje. Elicitorji so kemijske zvrsti, ki jih lahko izločajo herbivori ali pa rastline same. Te kemijske zvrsti se vežejo na proteinske receptorje na celični membrani in tako sprožijo odziv, na primer na objedanje. Sporočilo o nevarnosti se nato širi do lokalno poškodovanih delov rastline in sistemsko opozarja celotno rastlino na poškodbo. Rastlini lastni elicitorji so najpreprostejši tip, med katerimi je najbolj univerzalen zunajcelični ATP. Primerni elicitorji herbivorov so prebavni encimi v njihovi slini ter konjugati maščobnih kislin in aminokislin. Odziv rastline na napad herbivora pa je lahko povezan tudi s simbiotskimi organizmi herbivora. Ti lahko izločajo snovi s katerimi omogočijo lažji razvoj insekta ali pa s tem pomagajo rastlini. Pomemben sprožilec rastlinskega odziva na herbivore so tudi fizični dražljaji, ki jih ti povzročajo. Pri tem se sproščajo hlapne snovi, ki lahko služijo privabljanju naravnih sovražnikov herbivora ali pa širijo sporočilo o nevarnosti do drugih rastlin. Kot odziv na elicitorje se v večini primerov tvorita rastlinska hormona jasmonska in salicilna kislina, ki sta del obrambnih mehanizmov rastlin. Karakterizacija rastlinskih elicitorjev nam ponuja orodje za razvoj agrokemikalij, ki bodo odganjale herbivore in hkrati ščitile rastline.

=== Pia Špehar: Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku ===

Leta 1986 je celični biokemik Kazumitsu Ueda odkril, da ima protein ABCB1 zmožnost, da iz rakavih celic transportira mnoge kemoterapevtike in tako telesu omogoči odpornost na kemoterapijo. ABCB1 spada med ABC-prenašalce, in sicer je eden izmed tistih prenašalcev, ki iz celic izločajo toksične hidrofobne komponente. Najdemo ga v membranah celic v jetrih, možganih, testisih in placenti. Skoraj 30 let po odkritju funkcije proteina, je Ueda s svojo ekipo lahko določil še mehanizem njegovega delovanja, in sicer z izvedbo več raziskav. Sprva so protein kristalizirali v stanju pred in po transportu substrata ter primerjali stanji med seboj, izvedli pa so tudi analizo s FRET tehniko. Ugotovili so, da substrat vstopi v osrednjo votlino skozi del proteina v notranjosti celice. Nato se veže na vrh osrednje votline proteina, kjer se nahaja hidrofobno aromatsko omrežje, ki ima pomembno vlogo pri prepoznavanju substratov. Vezava substrata na to omrežje sproži konformacijsko spremembo proteina. Za spremembo je potrebna tudi energija, ki jo priskrbi molekula ATP. Vezava ATP-ja sproži tudi nastanek omrežja, ki povzroči, da se protein začne zvijati in obračati, skrči se tudi osrednja votlina proteina. Ko se osrednja votlina skrči, se substrat izloči v zunajcelični prostor. Pri celotnem procesu je pomembna tudi hidroliza ATP, ki služi temu, da se protein vrne nazaj v prvotno stanje.

=== Pia Trošt: Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature ===

Zaradi naraščajočega vpliva antropogenih dejavnikov koralni grebeni hitro propadajo in korale se morajo prilagoditi vse bolj stresnemu okolju. Acropora tenuis je ena glavnih vrst koral ob obali Okinave na Japonskem in se pojavlja v treh barvnih različicah (N, G in P), med katerimi je bila opažena različna stopnja beljenja pri povišani temperaturi. Korale živijo v sožitju z algami iz družine Symbiodiniaceae. Pri različicah N in P je bila zaznana zmanjšana fotosintetska aktivnost simbiontov, medtem ko je različica G ohranila aktivnost tudi pri povišani temperaturi. Raziskava je pokazala, da vse barvne različice gostijo isti klad simbiontov, torej različne temperaturne odpornosti ni mogoče pripisati razliki v Symbiodiniaceae. Ker je bil genom A. tenuis dekodiran, je bilo mogoče identificirati gene za fluorescenčne proteine (GFP, CFP, RFP in ChrP). Poletna raziskava profilov izražanja posameznih proteinov je pokazala, da je bilo izražanje CFP in RFP pri vseh različicah nizko, različica P je pokazala višje izražanje ChrP, različica G pa višje izražanje GFP, ki se je ohranilo tudi pri višji temperaturi. Rezultati kažejo, da imajo vse različice enak nabor genov za fluorescenco, torej so barvne različice vzrok različnega izražanja genov FP, ki povečajo odpornost koral proti beljenju.

=== Gašper Struna: Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ===

Sistemi toksin-antitoksin (TA) imajo pomembno vlogo v bakterijah. Vplivajo na stabilnost plazmida in imajo pomembno vlogo pri postsegregacijskem propadu. Če plazmida ni, antitoksin ne prepreči delovanja toksina in toksin povzroči propad celice. Poznamo sedem tipov TA sistemov, med katerimi je najpogostejši tip II. Pri tem tipu antitoksin prepreči delovanje toksina tako, da se močno veže nanj in s tem inhibira njegovo delovanje. TA sistem tipa II najdemo tudi v bakteriji Pseudoaltermonas rubra, in sicer je ta TA sistem predstavnik para ParE/PF03693. V raziskavi so ugotovili, da antitoksin (PrpA) iz tega para zmanjša delovanje toksina na več načinov, in sicer tako da se neposredno veže na toksin ali pa se veže na promotor TA operona in deluje kot represor. PrpA ima pomembno vlogo tudi pri replikaciji, saj se lahko veže na podobno mesto kot iniciatorski protein RepB in s tem onemogoči začetek replikacije. PrpA ima na N-koncu vezavno mesto za DNA, s C-koncem pa interagira s toksinom, je tudi labilen, vezava na toksin pa ga stabilizira. Pari ParE/PF03693 so tudi v nekaterih virulentnih bakterijah in njihova nadaljnja študija bi lahko pripomogla k boljšemu razumevanju odpornosti bakterij na antibiotike in njihovem virulentnem delovanju.

=== Nuša Kos Thaler: Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih ===

Levivirusi so bakteriofagi z majhnim enoverižnim RNA genomom, ki ga sestavljajo 3–4 geni. Eden od njih je gen ''sgl'' (ang. single gene lysis), ki kodira protein za sprožitev avtolize gostiteljske celice in sprostitev virionov. Za razliko od dvoverižnih DNA bakteriofagov, ki encimsko razgradijo peptidoglikan (glavno enoto celične stene bakterijskih celic), protein Sgl pri lizi po navadi deluje kot nekompetitivni inhibitor in preprečuje njegov nastanek. Geni ''sgl'' so zelo majhni, raznoliki in pogosto vstavljeni v druge gene, zaradi česar jih težko odkrijemo. V nedavnih raziskavah so našli več deset tisoč genomov levivirusov, ki jih pred kratkim še nismo poznali. V določenih so odkrili gene ''sgl'' in preizkušali njihovo aktivnost na ''E. coli'' ter ugotovili, da lahko hitro ustvarijo gen ''sgl''. Bazna zaporedja najdenih genov ''sgl'' imajo zelo malo ali celo nobene podobnosti z baznimi zaporedji že preučevanih genov ''sgl''. V genomu posameznega bakteriofaga se lahko pojavlja več genov ''sgl'', kar pomeni, da bi lahko levivirusi hkrati okužili in lizirali celice evolucijsko oddaljenih bakterijskih vrst. Zaradi svoje raznolikosti, hitre evolucije in zmožnosti spreminjanja so potencialni vir za razvoj proteinskih antibiotikov in fagne terapije.

=== Nataša Vujović: How HER2 positive breast cancer cells evade treatments that utilize T cells ===

Immunotherapy continues to show exciting promise in more effectively treating cancer especially hematologic malignancies but they have not proven effective in treating solid tumors. The T lymphocyte is of key importance to the immune system and is at the core of adaptive immunity. Their roles include directly killing infected host cells, activating other immune cells, producing cytokines and regulating the immune response. Global research efforts centering on T cell-engaging therapies like T-cell bispecific antibodies (TCBs) and chimeric antigen receptors (CARs), are conducted in hope of finding a more effective treatment for cancer. TCBs are typically designed to bind to a selected tumor-associated antigen and to a T cell receptor (TCR). CAR T cells are T cells that have been genetically engineered to produce an artificial T cell receptor for use in immunotherapy. Researchers have now found a novel mechanism of resistance to T cell therapies used by HER2 positive breast cancer cells. The resistance is obtained by disruption of interferon-gamma signaling. IFN-γ has a critical role in recognizing and eliminating pathogens. The disruption of its pathways happens by JAK2 down-modulation. The kinase JAK2 transduces the signal initiated by interferon-gamma. JAK2 was shown to be repeatedly disrupted in several resistant models.

=== Urša Zevnik: FOXO3, gen, povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom ===

Forkhead box O3 (FOXO3) je protein, ki sodeluje pri številnih procesih, ki podaljšujejo življenjsko dobo in zavirajo s starostjo povezane bolezni. Ugotovili so, da imajo posamezniki z določeno različico tega gena kar trikrat večjo možnost, da dočakajo sto let.
Ena izmed njegovih funkcij je tudi obramba nevralnih matičnih celic pred oksidativnim stresom. V oksidirajočih pogojih v celici pride do oksidacije cisteina na FOXO3, kar prepreči njegovo fosforilacijo. Tak protein se transportira v jedro, kjer deluje kot transkripcijski faktor. Med drugim poveča prepisovanje encima glicin-N-metiltransferaze (GNMT), ki katalizira reakcijo, pri kateri se porablja S-adenozil metionin (SAM). SAM kot metilni donor omogoča dozoritev jedrnih laminov, ker pa je zaradi več GNMT njegova razpoložljivost manjša, lamini ne dozorijo pravilno in se združujejo v skupke. To privede do prepustnosti jedrne membrane, iz jedra uhajajo fragmenti DNA, celica jih zamenja za virusne nukleotide in sproži interferonski odziv tipa I. Ta povzroči, da nevralne matične celice preidejo v dormantno stanje in se prenehajo deliti. To je ugodno, saj nevroni, nastali v stresnih razmerah, nebi preživeli, celice pa bi se pri delitvah izčrpavale. Tkivo bi torej prej izgubilo sposobnost obnavljanja in se prej postaralo.

=== Sara Borišek: Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2 ===

Debelost je prisotna pri ljudeh že od nekdaj, v zadnjih letih pa je odstotek debelosti pri ljudeh kar precej narasel, predvsem pri mladih, s tem pa so narasle tudi zdravstvene težave ljudi s prekomerno težo. Predvsem je z debelostjo asociirana prehrana, ki vsebuje velik delež maščob ta pa s srčnimi obolenji. V ospredju je hipertrofija levega srčnega prekata, ki je eno izmed glavnih srčnih obolenj in povečuje tveganje za smrt. Hipertrofija levega prekata je zgostitev in povečanje sten levega prekata. Vse več pozornosti zato dobiva NADPH oksidaza 2 ali NOX-2, ki ima zaradi svojega vpliva na oksidativno škodo, povzročeno s prehrano, glavno vlogo pri ustvarjanju bioaktivnega superoksida. Znanstveniki so v raziskavi, ki je potekala na Šoli za biološko znanost Univerze v Readingu preverili ali obstaja povezava med proteinom NOX-2 in prehrano, ki vsebuje visok odstotek maščob pri hipertrofiji levega prekata. Trenutne ugotovitve so, da prehrana z visoko vsebnostjo maščob povzroči oksidativni stres, ki ga nadzira protein NOX-2, kar podpira hipertrofijo levega srčnega prekata. Zanimanje za selektivno ciljanje na protein NOX-2 kot terapevtsko strategijo je naraslo, zato so v raziskavi predlagali specifično ciljanje aktivacije srčnega proteina NOX-2, ki bi lahko bil izvedljiv pristop k ohranjanju funkcije miokarda v presnovnih pogojih.

=== Nika Ferk: Formulacije na osnovi biomaterijalov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim ===

V seminarski nalogi si bomo podrobneje pogledali kako se človeštvo in današnja znanost spopadata z izzivi patogenih delcev in boleznimi, ki jih le te povzročajo. Z nalezljivo kužnimi boleznimi se človeštvo soča že od nekdaj. Skozi razvijanje tehnologij smo ustvarili cepiva. Običajno se klasična cepiva, pridobljena iz živih oslabljenih patogenov in inaktiviranih virusov, rekombinantnih proteinov in sintetičnih peptidov. S cepivi v telesu povzročimo imunski odziv in nastanek protiteles. Skozi napredovanje tehnologije, natančneje biotehnologije in nanotehnologije so na trg prišli biomateriali. Biomateriali imajo dober potencial za boj proti kužnim boleznim, predvsem zaradi njihovih lasnosti kot so: oblike in značilnosti površine, ki skupaj močno vplivajo na učinkovit način prenosa delcev. Še pomembneje pa je, da biomateriali omogočajo dostavo antigenov in imunsko stimulirajočih snovi, ki predstavljajo močan pristop cepljenja pri aktivaciji imunskih odzivov. Same pa lahko tudi vplivajo na zaščito materiala, ki ga nosijo in s tem lahko podaljšajo sproščanje. Raziskani in najbolj potencialni biomaterijali so sintetični in naravni polimerni delci, lipidi, samosestavljeni proteini, virusom podobni delci (VPD) in anorganski delci. Eden izmed najbolj uspešnejših biološko razgradljivih biomaterijalov je PLGA ali poli(mlečno-ko-glikolna kislina). Poleg kisline so bili tudi zelo uspešni anorganski nano delci, formulirani so bili kot sistem za dajenje cepiv zaradi njihovih ustreznih fiziokemijskih lastnosti.

=== Špela Rapuš: Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle ===

Mikobakterije sicer uvrščamo med Grampozitivne bakterije, vendar imajo precej bolj zapleteno celično ovojnico. Ta sestoji iz notranje membrane, sloja peptidoglikana in dodatne mikomembrane, v kateri so značilne mikolične kisline. Odkrili so, da te bakterije tvorijo membranske vezikle na dva različna načina, odvisno od zunanjih pogojev, katerim so podvržene. Če mikobakterijo izpostavimo poškodovanju DNA se bo sprožil proces, angl. bubbling cell death, pri katerem se bodo tvorili membranski vezikli iz notranje membrane. Če pa bakterijo izpostavimo stresu na celično ovojnico, se ta odzove s procesom imenovanim angl. mycomembrane blebbing, pri katerem se iz mikomembrane odcepljajo vezikli. Kot modelni organizem so pri raziskavi uporabili Corynebacterium glutamicum in jo izpostavili mitomicinu C, ki je induciral stres na DNA in penicilinu G oz. deficitu biotina, ki sta zavirala biosintezo celične stene. Pri tem so se tvorili membranski vezikli na različne načine. Preučili so tudi lipidno sestavo membranskih veziklov in z rezultati skušali dokazati njihov izvor. Do podobnih ugotovitev pa so prišli tudi pri nekaterih drugih mikobakterijah. Membranski vezikli so izrednega pomena v proizvodnji cepiv in antibiotikov, zato so njihova dognanja velikega pomena.

=== Leila Bohorč: Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico ===

Virusa ebola in Marburg spadata v družino filovirusov, ki veljajo za ene najnevarnejših patogenov na svetu. Za vstop v celice uporabljajo mehanizem, ki je posredovan z enim samim glikoproteinom na površini virusa. Odkritih je bilo že mnogo potencialnih inhibitorjev, a je ravno visoka smrtnost eden izmed razlogov za slabo poznavanje mehanizmov. Majhne molekule, ki lahko inhibirajo vstop filovirusov v celico, so lahko že odobrena zdravila, ki se sicer uporabljajo pri zdravljenju drugih bolezni. Na glikoproteinu virusa ebola je primarno vezavno mesto hidrofoben žep na območju notranje fuzijske zanke. Dve izmed številnih molekul, ki se lahko vežejo tja, sta ospemifen in toremifen, ki se razlikujeta le v stranski verigi. Toremifen se lahko zaradi bazične aminske funkcionalne skupine akumulira tudi v lizosomih, kar poveča njegovo učinkovitost. Dimetilaminska stranska veriga na tej molekuli pa nima posebne vloge pri direktni vezavi molekule na hidrofoben žep. Na glikoproteinu ebole obstaja še sekundarno vezavno mesto na območju domene HR2. Na bazični žep v tej regiji se vežejo le specifične molekule kot sta fluoksetin in toremifen. Ti molekuli proti eboli delujeta sinergično, proti Marburgu pa antagonistično. Na glikoproteinu virusa Marburg je domena HR2 primarno vezavno mesto.

=== Ivana Vukšinić: Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma ===

Ko je v okolju na voljo dovolj hranil, gliva sluzavka vrste Dictyostelium discoideum obstaja v obliki enoceličnega organizma, ob morebitnem nastopu stradanja pa se posamezne celice začnejo združevati in tvorijo agregat, ki se obnaša kot mnogoceličen organizem. Med kulminacijo se iz njega razvije sorokarp s sporangijem, v katerem se tvorijo spore, ki populaciji omogočijo preživetje neugodnih razmer. To sposobnost uravnava novo odkrit mehanizem, s katerim od žvepla odvisno metabolično stikalo narekuje celično diferenciacijo. V času pomanjkanja hranil pride do porasta reaktivnih kisikovih spojin (ROS), ki so v velikih količinah celici škodljive, kar privede do velike potrebe po sintezi antioksidanta glutationa (GSH). To povzroči sekvestracijo cisteina, enega izmed prekurzorjev GSH, kar omeji razpoložljivost te aminokisline za potrebe drugih procesov v celici. Cistein je namreč ena od le dveh aminokislin, ki vsebujeta žveplo, to pa ima med drugim pomembno vlogo pri sintezi večine proteinov in železo-žveplovih klastrov, ki so ključne funkcionalne skupine v metaboličnih encimih. Izkazalo se je, da sekvestracija žvepla upočasni sintezo proteinov, inhibira proliferacijo celic in tako utira pot mnogoceličnemu razvoju. Izsledke raziskave bi lahko uporabili pri preučevanju drugih proliferacijskih celic, kot so rakave celice, pri katerih bi ciljanje procesov žveplovega metabolizma lahko izboljšalo protitumorno imunost.

=== Primož Šenica Pavletič: Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji ===

Malarija je bolezen, ki vsako leto prizadene na milijone ljudi v najrevnejših državah sveta. Bolezen povzroči parazit plazmodij, glavni prenašalci pa so komarji. Za zdravljenje in preprečevanje bolezni obstaja kar nekaj zdravil, vendar so ta za večino ljudi, ki živijo v državah v razvoju nedostopna. Ena najboljših rešitev za zajezitev bolezni je genska modifikacija malaričnih komarjev. Številne študije nakazujejo na veliko učinkovitost nadzorovanja populacije z genskim inženiringom. V raziskavah so komarjem vstavili gen za rezistenco na parazit ali pa so z vstavljenimi geni povzročili zmanjšanje celotne populacije. To pomeni širjenje genov, ki povzročajo pristransko razmerje med spoloma (več moških osebkov), oziroma širjenje genov, ki bi naredili samice neplodne. Glavni cilj je preprečiti ženskim osebkom prenašati parazit plazmodij na gostitelja in s tem širiti bolezen. Za spremembo DNA se uporablja tehnika CRISPR-Cas9S. S CRISPR-Cas9S lahko spremenimo genom na kateremkoli mestu. Znanstveniki so povečali možnost, da se želena lastnost prenese na naslednje generacije tako, da so uporabili gene drive. Gene drive spodbudi celico, da prepiše želeni del gena na homologni kromosom. Gene drive je zelo učinkovit, saj se je v 5 – 7 generacijah (odvisno od števila osebkov, ki so imeli gene drive že od začetka) razširil na več kot 95% populacije.

=== Lana Bajec: Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ===

Med staranjem so skeletne mišice podvržene strukturnim in funkcijskim spremembam. Po 50. letu starosti ljudje povprečno začnejo izgubljati 15 – 30 % mišične mase na desetletje, kar se kaže kot drastična izguba mišične moči. Ta mišična distrofija in izguba moči je znana kot sarkopenija. Sarkopenija je posledica krčenja mišičnih vlaken in upadanja števila in zmogljivosti mitohondrijev v celicah mišičnih vlaken, ki mišici zagotavljajo energijo. Raziskovalci na Stanford University Shool of Medicine so s pomočjo inhibicije proteina 15-PGDH v starejših miših dosegli obnovo mišične mase in moči v mišicah živali ter njihovo vzdržljivost, kar bi lahko igralo veliko vlogo pri potencialni strategiji zdravljenja sarkopenije pri ljudeh. V mišicah starejših miših inhibicija encima 15-PGDH s tako imenovanim genetskim knockdownom ali pa z inhibitorjem SW preprečuje atrofijo mišic in znatno poveča mišično maso, moč in vzdržljivost. Dokazali so, da ima molekukla 15-PGDH velik vpliv na mišično funkcijo. Miši z inhibiranim encimom 15-PGDH so bile zmožne dalj časa teči na tekalni stezi in bile nasplošno bolj vzdržljive. Velik vpliv na to naj bi imelo znatno povečanje števila mitohondrijev in njihovih funkcij ter izboljšanje celične avtofagije pri inhibiciji encima 15-PGDH.

=== Pia Sotlar: Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice ===

CRISPR-Cas9 je metoda, ki lahko z uporabo encima Cas9 in sgRNA permanentno uniči točno določene gene, kar predstavlja potencialen način za zdravljenje raka. V rakavi celici bi tako izbris oziroma motnja v genu PLK1, ki nosi zapis za kinazo PLK1, ki je ključna pri procesu mitoze, povzročila celično smrt v delečih se celicah. V raziskavi so se lotili problema dostave velikega encima Cas9 in sgRNA. Nov način dostave, ki ga ne omejujeta toksičnost in majhna nosilnost so klinično odobreni nanodelci, ki zaradi svoje kationske narave omogočajo učinkovito zajemanje nukleinske kisline. Dokazali so da z uporabo le-teh lahko dosežejo učinkovito urejanje genoma tako in vitro kot in vivo. Pri tem so se osredotočili na urejanje genoma pri celicah GBM 005, izoliranih iz gliomov, in celični liniji adenokarcinoma jajčnikov (OV8). In vitro inkubacija je pri teh celičnih linijah povzročila 84 oziroma 91% genomskega urejanja. Pri sistemu in vivo, so bili te procenti malce nižji (68%), zato so za potrebe sistemskega doziranja razvili tudi sistemsko injicirane lipidne nanodelce, ki so bili premazani s protitelesi in so zagotavljali še bolj učinkovit privzem kinaze Cas9 in sgRNA. Taki tarčni lipidni nanodelci so omogočali 82% urejanje genoma in povečali preživetje miši za 80%. S tem so dokazali učinkovitost lipidnih nanodelcev za prenos in predstavili novo metoda zdravljenja raka.

=== Zarja Weingerl: Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco ===

Mali proteini so proteini sestavljeni iz manj kot 100 amonokislin. So skupina še zelo neraziskanih struktur z zelo raznolikimi vlogami v fiziologiji bakterij. Znanstveniki so se odločili podrobneje raziskati njihovo funkcijo znotraj Sallmonele Typhimurium. Želeli so odkriti ORFje (odprte bralne okvirje) sedaj še nepoznanih in nedoločenih malih proteinov. Pri tem so uporabili mnogo različnih orodji in znanstvenih metod, kot so: sPepFinder, Ribo-seq, TraDIS, Grad-seq, prenos western itd. Pridobili so 139 različnih sORF kandidatov, ki so jih poimenovali kot STsORF, čemur sledi še zaporedno število. Vseh 139 novo odkritih STsORFjev so dodali v zapis Salmonelle in tako število malih proteinov znotraj tega dvignili na 609 vnosov. Dodatno so raziskali 16 na novo odkritih STsORFjev, ki sta jih predvidela tako sPepFinder kot tudi Ribo-seq. Raziskali so tudi vpliv malih proteinov na virulentnost Salmonelle. Opazovali so izražanje sORFjev med infekcijo in ga primerjali z njihovo izraženostjo v vcepku. Ker se je v teh raziskavah mnogokrat pojavil protein MgrB so želeli dodatno proučiti njegov vpliv na virulentnost in prišli do njegove povezave z bičkom in geni povezani z gibljivostjo. Njegovo pomankanje namreč povzroči defekt v gibljivosti, ki je posledica motnje uravnavanja bička.

=== Teja Spruk: Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev ===
Zaradi vedno večje uporabe antibiotikov v medicinske in znanstvene namene, je odpornost nanje vedno večji problem. V naravnem okolju je vedno večja prisotnost antibiotikov in mikrobov, ki so nanje odporni, kar je posledica njihove uporabe pri selekciji v laboratorijih. Ta poteka tako, da celicam, za katere hočejo, da preživijo, vstavijo gen za odpornost na določen antibiotik. Nato jih dajo na gojišče s tem antibiotikom in tako preživijo le zaželene celice, ostale odmrejo. A vendar je veliko organizmov razvilo sistem, kako obiti naše antibiotike in tako je problem vedno večji. V raziskavi so razvili preprosto in učinkovito metodo za odpravo prekomerne uporabe le teh ter za omejevanje gensko spremenjenih organizmov. Ta zahteva zamenjavo antibiotikov v laboratoriju s fluoridom, ki je strupen za mikroorganizme. Ti so razvili gen FEX (angl. fluoride exporter) za zaščito celic z odstranjevanjem fluorida, ki ga najdemo v naravnem okolju. Raziskovalci so zato odstranili gen FEX in tako povzročili neodpornost na fluorid. GSO bi seveda v laboratoriju še vedno uspeval, saj tam uporabljajo destilirano vodo. Če pa bi ušel v naravo, bi umrl takoj, ko bi naletel na fluorid in s tem bi se preprečilo nadaljnje razmnoževanje.

=== Metka Rus: Zdravljenje motenj metabolizma lipidov in previsokega holesterola z genskim spreminjanjem na osnovi lipidnih nanodelcev ===
Cilj članka je optimizacija in testiranje lipidnega nanodelca, uporabljenega kot vektor za prenos sistema CRISPR-Cas9 v hematocite v jetrih. Sistem CRISPR-Cas9 je orodje za gensko spreminjanje v živih organizmih. V tem primeru je tarča genskega inženiringa gen Angptl3, ki kodira encim Angptl3. Ta encim vpliva na količino trigliceridov in holesterola v celicah, saj inhibira encim protein lipazo, ki le te razgrajuje. Z genskim inženiringom torej želimo doseči mutacijo na genu, ki bi zmanjšala koncentracijo encima Angptl3 in posledično zmanjšala koncentracijo holesterola in trigliceridov. Seveda pa ima sistem CRISPR-Cas9 svoja tveganja, na katera pa lahko delno vplivamo z vektorjem ki sistem prenaša do ciljne točke. Pojavlja se tveganje za mutacije v napačnih celicah in na napačnih lokusih, velik izziv pa je tudi doseči dovoljšno učinkovitost sistema oziroma doseči, da sistem res pride do cilja (v tem primeru do DNKja v hepatocitah). Vektorji za to nalogo že obstajajo a imajo veliko pomanjkljivosti. Primer je vektor MC-3, ki je že odobren s strani FDA. Dana raziskava skuša optimizirati in testirati lipidni nanodelec z osnovnim lipidoidom v ovojnici 306-O12B. Delovanje tega delca primerjajo z delovanjem delca MC-3 in izkaže se, da je tako specifičnost kot učinkovitost nanodelca z lipidoidom 306-O12B večja.

=== Pia Mencin: Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje===
Pingvini so razvili številne prilagoditve na vodno okolje, saj je to okolje v katerem si lovijo hrano. Daljši čas potopa pingvinom, poleg številnih drugih prilagoditev, omogočata povišana afiniteta hemoglobina (Hb) do kisika (O2) in okrepljen Bohrov učinek (tj. zmanjšana afiniteta Hb do O2 pri nizkem pH). Natančneje funkcionalno spremenjen Hb pingvinov omogoča da povečajo ekstrakcijo O2 iz pljuč in razkladanje O2 iz krvi, to jim zagotavlja da učinkoviteje izkoristijo svoje zaloge O2 vdihnjenega zraka in povečajo čas podvodnega iskanja hrane. Do tega odkritja so znanstveniki prišli s primerjavo Hb pingvinov in Hb najbližjih sorodnih organizmov pingvinov, ki se ne potapljajo. Rekonstruirali so Hb pingvinom najbližjega skupnega prednika (AncSphen) ter Hb starejšega prednika (AncPro), ki so si ga delili pingvini z njihovimi najbližjimi sorodniki, ki se ne potabljajo. S primerjavo prej omenjenih Hb so dokazali, da je prišlo do povečanja afinitete Hb do O2 in okrepljenega Bohrovega učinka pri pingvinih in ne do zmanjšanja afinitete ter poslabšanja Bohrovega učinka pri pingvinom sorodnim organizmom, ki se ne potapljajo. To dokazuje da se je spremenjena funkcija Hb pingvinov razvila kot posledica prilagoditve na vodno okolje. Raziskave so tudi pokazale da so funkcionalne spremembe v Hb pingvinov posledica večkratnih substitucij aminokislin, ki ustvarjajo interakcije med podenotami in stabilizirajo R-stanje Hb.

=== Ana Maučec: Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju ===
Endogeni retrovirusni elementi so prisotni v genomu večine sesalcev in predstavljajo ostanke okužb zarodnih celic z eksogenimi virusi pred več milijoni let. Številne raziskave so retroviruse povezale z razvojem različnih rakavih obolenj pri sesalcih. Z evolucijskih razvojem gostitelja so se spreminjali tudi endogeni virusi, zato je neposredne škodljive učinke na gostiteljev genom, kot so moteno in prekomerno izražanje genov, težko zaznati. Retrovirus koal (KoRV) je trenutno edini znani virus, ki prehaja med eksogeno in endogeno obliko. Gre za zapleten proces, ki vključuje kopičenje mutacij v virusnem nukleotidnem zaporedju in rekombinacijo. Skozi veliko generacij postanejo endogeni retrovirusi fiksirani in neaktivni. Zaradi nadpovprečne pojavnosti raka v populaciji koal iz severne Avstralije, so znanstveniki predpostavili povezavo med malignimi obolenji in KoRV. V vzorcih desetih koal so v zdravem in tumorskem tkivu določili lokacijo in število integracijskih mest (IM) endogenih retrovirusov. V izbranih genih blizu IM so zaznali moteno izražanje genov in njihovo večjo ekspresijo. Največjo gostoto IM so zaznali v bližini onkogenov in predvidevajo, da večja transkripcijska aktivnost teh genov olajša integracije virusov na teh mestih. Retrovirusne »invazije« genomov sesalcev imajo na začetku številne škodljive posledice za gostitelje, a so skozi zgodovino pomembno prispevale k oblikovanju njihovih genomov, tudi človekovega.

=== Neža Peternel: Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih ===
Znano je, kako se različne bolezni in deformacije lahko dedujejo preko genskega zapisa, v zadnjih desetletjih pa se veliko raziskav ukvarja s tematiko prenosa epigenetskih informacij na potomce. Epigenetske spremembe so za razliko od genskih reverzibilne in ne posegajo v zapis DNA, temveč z različnimi označevalci vplivajo na specifično izražanje genov. Trimetilacija lizina 4 na histonski podenoti 3 (H3K4me3) je bila v semenčicah identificirana kot pomemben člen pri prenosu informacij na potomce, saj naj bi se izognila epigenetskemu reprogramiranju pred vgnezditvijo zarodka. V nedavnih raziskavah so ugotovili, da lahko pomanjkanje folata v prehrani privede do motenj v folatnem ciklu, kar posredno vpliva na procese metilacije in demetilacije. Abnormalnosti v vzorcih metilacije so bile prisotne predvsem blizu področij, kjer se nahajajo geni za pravilno izgradnjo kosti, tako pri očetu kot tudi pri potomcih, posledice pa so se kazale pri izražanju fenotipa potomcev. Pomanjkanje folata v kombinaciji s povečano ekspresijo gena za KDM1A je privedlo do še hujših deformacij. Kot možno razlago izognitve reprogramiranja H3K4me3 so navedli pogosto sovpadanje trimetiliziranih območij H3K4 z regijami za vezavo proteinov Smc1 in CTCF. S študijo so odgovorili na mnoga vprašanja v zvezi z mehanizmi epigenetskega dedovanja, hkrati pa odprli možnosti za nadaljnjo raziskovanje, predvsem glede popravljalnih mehanizmov, ki bi lahko preprečili prenos določenih epigenetskih vzorcev na potomce.

=== Zoran Džon Ivanić: Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida ===
Epigenom med drugim tvorijo tudi vzorci metilacije DNA, ki opredeljujejo identiteto celice in njeno funkcijo. Informacijska teorija staranja razlaga staranje kot izgubo epigenetske informacije kamor spada sprememba vzorcev metilacije. Raziskovalce zanima, ali je s povrnitvijo mladostnega vzorca metilacije v organizmu mogoče doseči regeneracijo. Z uporabo transkripcijskih faktorjev Yamanake OCT4, SOX2 in KLF4 (OSK) so uspešno pomladili genetsko aktivnost v fibroblastu stare miši. Na modelu poškodbe vidnega živca v miši pa je izraženje OSK omogočilo regeneracijo in proliferacijo aksonov. Poškodba živca spremeni metilacijo DNA na podoben način kot staranje. To spremembo OSK prepreči s povečanjem količine TET1 in TET2, encimov, ki katalizirata demetilacijo DNA. Preizkus OSK pri zdravljenju modela glavkoma pri miših je pokazal spodbudne rezultate. Glavkom je obolenje oči, za katero je značilno povečanje tlaka v očesu, izguba ganglijskih celic mrežnice (RGC) in aksonov v vidnem živcu. Izražanje OSK je povrnilo gostoto aksonov nazaj na zdrav nivo, kar je bilo zaznati v izboljšanju ostrine vida osebkov. Med vzroki za slabši vid je tudi staranje. Zdravljenje starih miši z OSK je slab vid popravilo. Pri tem je bilo odkrito, da se nivoji mRNA 464 genov s staranjem spremenijo, 90% teh pa se s pomočjo izražanja OSK povrne v mladostno stanje. Tako je z OSK mogoče pomladiti kompleksno tkivo in povrniti njegovo funkcijo.

=== Nik Vidmar: Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje ===
Z hitrim staranjem prebivalstva po svetu se pojavlja vedno večje število degenerativnih obolenj, ki pa predstavljajo tako ekonomsko kot druženo obremenitev. Zato je veliko poudarka v znanstvenem svetu na alternativnih metodah regenerativne medicine, ki bodo lahko v prihodnosti pomagale pri zdravljenju in preprečevanju degenerativnih obolenj. Veliko pozornosti je bilo v zadnjih letih posvečene raziskovanju proteinskih molekularnih superstruktur predvsem takih, kjer prevladujejo gostitelj-gost interakcije. V raziskavi so raziskovali potencialne aplikacije gostitelj-gost kompleksa med β-ciklodekstrinom in adamantanom na peptidnih amfifilih in ugotavljali kako je ta hidrogel vplival na aktivnost možganskih nevronov. Izkazalo se je, da je raziskovan biomaterial ugodno vplival na aktivacijo nevronov in da so se ti dobro razraščali skozi porozni gel. Raziskovali so tudi možnosti 3D tiskanja gela in uspeli najti ugodno metodo, ki ni imela negativnega vpliva na sam gel ali njegove interakcije z nevroni. Rezultati so pokazali, da bo verjetno mogoče v prihodnosti z različnimi biomaterijali zdraviti poškodbe živčnega sistema in degenerativne bolezni, saj bodo ti pomagali pri obnavljanju nevronov in spodbudili njihovo aktivnost.

=== Marko Kovačić: Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ===
Raziskovalci s Tokijskega tehnološkega inštituta (Tokyo Tech) na Japonskem in univerze Monash v Avstraliji so se ukvarjali z vprašanjem, kako se uporabljajo metaboliti, pridobljeni v procesu avtofagije. Preučevali so rast kvasovk Saccharomyces Cerevisiae v glukoznem in etanolskem mediju. Po prenosu iz glukoznega v etanolski medij so kvasovke za pridobivanje energije namesto vrenja začele opravljati aerobno mitohondrijsko dihanje. Znanstveniki so ugotovili, da se mutirane kvasovke, ki niso sposobne opravljati neselektivne avtofagije, dlje prilagajajo na aerobno dihanje kot kvasovke, ki so zmožne opravljati avtofagijo. Z dodajanjem različnih hranil so ugotovili, da je aminokislina serin pomembna pri začetnem prilagajanju kvasovk na aerobno rast. Ob pomanjkanju aminokisline serin je bila poraba kisika v mitohondrijih nizka, ob dodatku serina pa se je le-ta povečala. Serin je pomemben za enoogljični metabolizem v mitohondrijih, ker zagotavlja enoogljično enoto, ki jo sprejme tetrahidrofolat (THF). Po sprejemu enoogljične enote se THF vključi v enoogljični metabolizem. Vezavo formilne skupine, pridobljene iz reakcij v enoogljičnem metabolizmu, na Met-tRNAfMet(iniciacijska tRNA) katalizira encim Fmt1. Formilacija iniciacijske tRNA poveča njeno afiniteto do mitohondrijskega iniciacijskega faktorja 2 (mIF2), ki je ključen pri povezovanju mitohondrijskih ribosomov, mRNA in fMet-tRNAfMet, torej pri procesu sinteze proteinov v mitohondrijih. Le-ti so ključni za pridobivanje energije z aerobnim dihanjem in za rast kvasovk.

=== Katja Resnik: Molekularna povezava med tveganjem za razvoj kolorektalnega raka in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi ===
Splošno znano je, da naj bi prehrana, še posebej pa uživanje rdečega in procesiranega mesa, vplivalo na povečano tveganje za nastanek raka danke in debelega črevesja pri človeku. Prav tako je s povečanim tveganjem povezana tudi povišana raven anti-Neu5Gc protiteles, ki imajo nalogo vezave Neu5Gc sialične kisline, ki vstopa v naše telo le s prehrano. Pred kratkim sta bila tako v raziskavi Univerze v Tel Avivu združena oba pogleda, in sicer so raziskovali vpliv prehrane na povišano raven anti-Neu5Gc protiteles in s tem na povečano tveganje za razvoj kolorektalnega raka. S pomočjo prostovoljcev, ki so oddali najmanj šest 24-urnih evidenc zaužite hrane in pijače, so naredili podrobno analizo vzorcev njihovih serumov in s tem izračunali ravni prisotnih anti-Neu5Gc protiteles, prav tako pa tudi podrobno analizo vzorcev zaužite hrane, s čimer so ugotovili prisotnost Neu5Gc v le-teh. Bila je ugotovljena povezava, da uživanje predvsem govejega in svinjskega mesa ter mlečnih izdelkov povzroča povišanje ravni anti-Neu5Gc protiteles, kar je omogočilo izračun indeksa za izračun vsebnosti Neu5Gc v določeni hrani, a na žalost raziskava še ni privedla do nobenih točnejših povezav s povečanim tveganjem za kolorektalni rak.

=== Klara Razboršek: Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo ===
Nastanek proteinskih agregatov in njihovo odlaganje v Lewyjeva telesca je značilno za različne nevrodegenerativne bolezni, kot je Parkinsonova bolezen. V tem primeru, se v celicah tvorijo amiloidna vlakna alfa-sinukleina, ki sama po sebi niso toksična, vendar so lahko vir toksičnih produktov. Mehanizem, ki je odgovoren za njihovo razčlembo je sestavljen iz šaperona Hsp70 in košaperonov DNAJB1 in Hsp110. Hsp70 (70-kDa heat shock protein) deluje v vseh življenjskih fazah proteinov od sinteze do razgradnje in je zaradi tega ključen za vzdrževanje homeostaze proteinov. Odgovoren je za razčlembno nepravilno zvitih proteinov, translokacijo polipeptidov v mitohondrije, kloroplaste in endoplazemski retikulum, razgradnjo proteinskih kompleksov in regulacijo proteinske aktivnosti. Košaperon DNAJB1 deluje kot usmerjevalni faktor, saj prepozna substrat preko lastnih šaperonskih reakcij in spodbudi hidrolizo ATP na Hsp70, kar omogoči vezavo Hsp70 na substrat. Poleg ključne vloge pri selekciji substrata, pa ima DNAJB1 še pomembno vlogo pri zaustavitvi mehanizma, saj zazna oligomerno stanje substrata. Da se ustvarijo dovolj močne entropične sile, ki omogočijo odcepljanje monomerov, se morajo šaperoni Hsp70 na substratu organizirati v skupke. To omogoča košaperon Hsp110, ki se veže na molekule Hsp70, ki niso povezane v skupke, in jih prenese v bližino drugih. Premeščanje ustvari močne vlečne sile, ki destabilizirajo amiloidna vlakna, kar privede do fragmentacije.

=== Karidia Kolbl: Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti ''sauteur d'alfort'' povzroča okvaro v gibanju ===
Študija se osredotoča na francosko vrsto zajca ''sauteur d'alfort'', ki zaradi pojava mutacije ne more izvajati normalnih poskokov, ki so zanj značilni. Dinamično izmenjevanje ritmičnega premikanja sprednjih udov in bilateralnega sinhroničnega odskoka iz zadnjih udov zamenja dvig na sprednje in hoja po teh. Zanj je značilna tudi slepost, ki jo razvijejo v prvem letu starosti. Odkriti so želeli, kje se vzročna mutacija nahaja in kakšne so posledice v prisotnosti oz. številčnosti nekaterih pomembnih motoričnih nevronov. S tem namenom so križali homozigotna osebka z recesivnima in dominantnima aleloma. Za lociranje prisotnosti polimorfizmov so uporabili tehniko genskega kartiranja in ''sliding-window approach''. Odkrili so, da se 95% mutacij nahaja na 1% deležu sekvenciranega genoma. Temu je sledila še podrobnejša analiza kromosoma 1, kjer je prišlo do zamenjave baz na intronu 9 in nastanka izoformov. Opazili so tudi zmanjšano koncentracijo nekaterih nevronov receptorske cone LTMR; RORB-pozitivnega nevrona ter nevronov SATB1/2, za katera so ob dodatnih raziskavah opazili upad in posledično okvaro gibanja pri miših. Nekaj besed so namenili tudi nevronu DMRT3, ki ima pomembno motorično vlogo in koordinira sinhronost zadnjih udov pri različnih živalskih vrstah.

=== Simona Kočeva: Kako bakterije se upirajo antibiotikem ===
Prilagoditev je temeljni biološki proces ki vodi organizme, da spremenijo svoje lastnosti in vedenje, da se bolje prilagodijo svojemu okolju pa naj gre za znamenito raznolikost ščinkavcev ali številne sorte bakterij s katerimi ljudje sobivajo. Medtem ko antibiotiki ljudem že dolgo pomagajo pri preprečevanju in zdravljenju bakterijskih okužb, pa se številne vrste bakterij vse bolj prilagajajo, da se uprejo antibiotičnemu zdravljenju. Ko so bili v več generacijah izpostavljeni manj smrtnim odmerkom antibiotika so raziskovalci ugotovili da so bakterije močno spremenile svojo obliko, tako da so postale širše in bolj ukrivljene. Druga stran te enačbe je da se bakterije lahko znajdejo tudi brez celične stene, ko pa jih imunski sistem težko zazna, ker človeške celice nimajo nobene svoje. Te spremembe oblike omogočajo bakterijam da premagajo stres zaradi antibiotikov in nadaljujejo s hitro rastjo. Te fizične spremembe omogočajo bakterijam, da dosežejo večjo ukrivljenost in nižje razmerje med površino in prostornino, kar bi omogočilo, da manj delcev antibiotikov prehaja skozi njihove celične površine ko rastejo. Ta vpogled ima velike posledice za zdravje ljudi in bo verjetno spodbudil številne nadaljnje molekularne študije o vlogi celične oblike na rast bakterij in odpornost na antibiotike.

=== Janja Bohte: Visokoločjivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ===
Prenašalne RNA (tRNA) so kratke molekule potrebne za prevajanje genskih informacij v proteinska zaporedja. Sestava združb teh molekul je ključnega pomena za učinkovito dekodiranje mRNA in integriteto proteoma. Številčnost tRNA lahko močno vpliva na celično fiziologijo, toda merjenje količine tRNA v celicah je omejeno s številnimi tehničnimi izzivi. Uspešne meritve številčnosti ovira velika podobnost med molekulami tRNA ter blokade pri sintezi cDNA, predvsem prezgodnja zaustavitev encima reverzna transkriptaza. Raziskovalci so premagali te omejitve s pomočjo mim-tRNAseq, ki temelji na metodi, ki se jo lahko uporabi za kvantificiranje tRNA v katerem koli organizmu z znanim genomom in bo pomagala izboljšati razumevanje prenašalne RNA. Skupaj so združili metodo za izdelavo knjižnice cDNA iz endogeno spremenjenih tRNA z novim računskim okvirom za poravnavo odčitkov, analizo podatkov in vizualizacijo. Razvili so tudi celovit in uporabniku prijazen računalniški nabor orodij, ki zagotavljajo meritve številčnosti tRNA, frakcij polnjenja in profilov sprememb z izjemno natančnostjo in ločljivostjo. Ker je njihov potek potek dela kritičen, preudaren in uporaben za katerikoli organizem z znanim genomom, predvidevajo, da bo pomagal pojasniti prej nerešljive vidike biologije tRNA.

=== Miha Razdevšek: Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo ===
Nevrodegenerativne bolezni predstavlajo v današnji družbi velik socialni in ekonomski problem zaradi primanjkovanja zdravil, ki je posledica slabega poznavanja bolezni. Za Alzheimerjevo bolezen (Alzheimer's disease, AD) je značilna agregacija proteinov Aβ in proteina tau. Moj seminar govori o epigenetskih spremembah povezanih z AD. Z natančno transkriptomsko, proteomsko in epigenomsko anazlizo možgan so raziskovalci analizirali specifične epigenetske modifikacije ljudi z AD v primerjavi z zdravimi starimi in mladimi. Analiza transkriptoma je pri ljudeh z AD prikazala večjo ekspresivnost genov povezanih s transkripcijo in strukturo kromatina, vključujoč gene za histon acetil transferaze, ki acetilirajo histon 3 na liznu 9 in 27 (H3K9ac in H3K27ac). Po analizi proteoma so prav tako ugotovili močno povečanje H3K9ac in H3K27ac. Podroben pregled dinamičnosti epigenetskih sprememb je prikazal povečanje H3K9ac in H3K27ac, kar nakazuje na njuno značilno vlogo pri AD. Prav tako je bilo ugotovljeno, da deacetilacijam sledijo demetilacije, acetilacije pa ne vplivajo na metilacijsko dinamiko, kar nakazuje potencial specifičnih acetilacij pri epigenetskem zdravljenju. Svoje in vitro ugotovitve so na koncu raziskovalci potrdili na vinski mušici, kjer so z vzpostavitvijo H3K9ac in H3K27ac inducirali agregacijo proteina Aβ42, kar je vodilo v degeneracijo notranjega in zunanjega očesa. S svojo študijo so predvsem prikazali pomembno negativno vlogo epigenetskih sprememb H3K9ac in H3K27ac pri mehanizmu in razvoju AD.

=== Tea Amidović: Mosaicism and extensive mutation of (human) placentas ===
The natural form of the placenta is distinct from any other human organ and resembles that of a tumor, with much of the same genetic variations present in childhood cancers. Placentas can have chromosomal abnormalities that the fetus1 may not have. Confined placental mosaicism (CPM) is the cause of this genetic segregation. CPM is characterized as the occurrence of chromosomal anomalies in extra-embryonic tissue that are not present in fetal tissue. Using whole-genome sequencing of 86 bulk placental samples and 106 microdissections of placental tissue, this research studied the phylogeny of human placental cells as reconstructed from somatic mutations. In this research, the total number of substitutions used in bulk placental samples was 145. Clinical karyotyping may have observed a trisomy of chromosome 10 in all bulk samples with copy number shift. In a case of mosaic trisomic rescue, direct support for this has been found. Results of this research discover large-scale mutagenesis in placental tissues and propose that mosaicism is a common characteristic of placental growth in embryogenesis.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-04-09T10:32:44Z

Tea Amidović:

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323103854.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti "''sauteur d'alfort''" povzroča okvaro v gibanju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210325150205.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||Molekularna povezava med tveganjem za kolorektalni rak in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210130092739.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||Visokoločljivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||Mozaicizem in obsežne mutacije (človeške) placente
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310122521.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210317141631.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-04-08T21:19:03Z

Tea Amidović:

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323103854.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti "''sauteur d'alfort''" povzroča okvaro v gibanju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210325150205.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||Molekularna povezava med tveganjem za kolorektalni rak in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210130092739.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||Visokoločljivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||Inherentni mozaicizem in obsežna mutacija človeške placente
||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310122521.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210317141631.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-03-27T23:32:59Z

Tea Amidović:

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||Molekularne super strukture, ki bodo lahko pomagale pri ustvarjanju nevronov in posledično pripomogle k zmanjševanju števila degenerativnih obolenj||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323103854.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Vpliv avtofagije na prilagajanje celic drugačnim okoljskim razmeram||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||||||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||Kako molekularni šaperoni HSP-70 raztapljajo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||||||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||Visokoločljivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310122521.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210317141631.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.