Wiki FKKT - User contributions [en]

Negativna samoregulacija linearizira odziv na odmerek in zavira heterogenost genskega izražanja

2019-01-02T13:05:11Z

Tic123: /* Preprosti matematični model razloži linearizacijo odziva in zmanjšanje šuma */

Povzeto po raziskovalnem članku: D. Nevozhay, R. M. Adams, K. F. Murphy, K. Josić, G. Balazsi. »Negative autoregulation linearizes the dose-response and suppresses the heterogeneity of gene expression.« PNAS 2009, let. 106, št. 13, str. 5123-5128. [https://www.pnas.org/content/106/13/5123]

== Uvod ==
Celice z istim genomom lahko zaradi naključnih dogodkov, kot sta celična delitev ali različni celični odzivi na okolje, vsebujejo različne koncentracije proteinov. Ta heterogenost je znana kot šum genskega izražanja. Ker so skoraj vsi geni del transkripcijskih mrež, je njihovo izražanje odvisno od prisotne regulacije. Tako je pogosto prisotna negativna povratna zanka, ki zmanjša šum genskega izražanja, inducira oscilirajoče gensko izražanje in zmanjša porabo energije za sintezo proteinov z zaviranjem sinteze mRNA. Znano je, da negativna povratna zanka vpliva na krivuljo odziva, vendar ni bilo izvedenih natančnejših študij. Zato je bil namen raziskave, določiti vpliv negativne povratne zanke na gensko izražanje v sintetičnih transkripcijskih kaskadah. Za poskuse so v kromosome haploidnega seva kvasovke ''S. cerevisiae'' YPH500 integrirali vezje iz regulatornega in reporterskega dela s pomočjo integracijskega plazmida pRS4D1 ter s tekočinsko citometrijo merili odzive na induktor [1].

== Transkripcijska kaskada brez samoregulacije ==
V kromosome ''S. cerevisiae'' so vgradili vezje z negativno regulacijo, sestavljeno iz regulatornega in reporterskega dela. Regulatorni del sta sestavljala tetraciklinski represor TetR in konstitutivni promotor PGAL1 v prisotnosti galaktoze [1,2]. Kot induktor so uporabili anhidrotetraciklin (ATc), ki se veže na represor TetR in mu prepreči vezavo na tarčni promotor, kar omogoči izražanje ustreznega gena. Reporterski del sta sestavljala promotor PGAL1-D12 z dvema vezavnima mestoma ''tetO2'' za represor in fluorescirajoči protein yEGFP (angl. yeast enhanced green fluorescent protein) [1,3]. S spreminjanjem koncentracije induktorja so izmerili sigmoidno odvisnost odziva (Hillova krivulja) s strmim povečanjem pri vmesnih koncentracijah (50-90 ng/mL) [1,4]. Pri vmesnih koncentracijah induktorja je imel šum genskega izražanja vrh, pri manjših in večjih koncentracijah pa je šum bil veliko nižji. Analiza histogramov populacijskih porazdelitev je pokazala, da celice pri vmesnih koncentracijah induktorja neenakomerno preklopijo v stanje visokega genskega izražanja, kar vodi do visokega heterogenega izražanja reporterja in visokih nivojev šuma. To je problem za natančno izražanje genov in vivo. Na osnovi meritev so izdelali matematični model s sintezo represorja in reporterja. Simulacije so se dobro ujemale z izmerjenim odzivom in šumom. Simulacije so vrh šuma razložile z visokim represorskim šumom (konstitutivni promotor), ki ga ojačata velik odziv reporterskega reporterskega promotorja in sklopitev s počasno dinamiko promotorjev. Model nakazuje tudi, da se induktor najprej veže na prosti znotrajcelični represor, preden učinkuje na že vezan represor. Zaradi tega pride do velikega odziva blizu najnižje koncentracije induktorja, ki veže ves prosti znotrajcelični represor [1].

== Transkripcijska kaskada z negativno povratno zanko (linearizator) ==
Matematični model so uporabili za napoved rezultatov po vgradnji negativne povratne zanke v vezje. V vezju so zamenjali konstitutivni promotor s promotorjem PGAL1-D12 in ohranili reakcijske hitrosti. V literaturi so našli podatek, da je pri popolni indukciji prišlo do 30 % zmanjšanja hitrosti transkripcije regulatorja. Simulacije takega modela so predvidele linearen odziv vse do 90 % nasičenosti induktorja in zmanjšanja šuma pri vseh koncentracijah. Napovedi o linearizaciji so potrdili z meritvami do 60 ng/mL. Prav tako so linearnost preverili pri nizkih koncentracijah induktorja (od 0,1 ng/mL) in izključili nelinearnost na začetku krivulje zaradi zamika Hillove krivulje na levo. Prav tako je model pravilno napovedal enakomerno porazdelitev izražanja znotraj ozkega koncentracijskega območja in nizek nivo šuma pri vseh koncentracijah induktorja. Negativna povratna zanka je pri vmesnih koncentracijah induktorja zmanjšala šum do sedemkrat. Na koncu so še preverili, ali izražanje reporterskega gena odraža odziv regulatornega dela na induktor. Zato so sestavili vezje s fuzijskim proteinom tetR::yEGFP in promotorjem PGAL1-D12. Izmerjen odziv je bil linearen, nivoji šuma pa primerljivi s transkripcijsko kaskado z negativno povratno zanko [1].

== Preprosti matematični model razloži linearizacijo odziva in zmanjšanje šuma ==
Z zmanjšanjem števila biokemijskih reakcij in uporabo kinetike masne aktivnosti so dobili tri diferencialne enačbe:
dx/dt = aFx(x) - bxy - dx;
dy/dt = C - bxy - fy;
dz/dt = aFz(x) - dz.
Znaki x, y in z so koncentracije prostega znotrajceličnega represorja, induktorja in reporterja. C je parameter, sorazmeren koncentraciji zunajceličnega induktorja. Drugi parametri so a, hitrost proteinske sinteze, b, hitrost asociacije induktorja in represorja, d, hitrost redčenja zaradi celične rasti, in f, združene hitrosti redčenja, razgradnje in transporta induktorja iz celice. Disociacija induktorja z represorja poteka veliko počasneje, kot ostali procesi, zato je v model niso vključili. Funkciji Fx in Fz opisujeta odvisnost proteinske sinteze na regulatornih in reporterskih promotorjih od represorja. Če je Fx=1 funkcije opišejo vezje brez povratne zanke. Pod nasičenjem je asociacija prostega represorja in induktorja glavni vir razpada zanju in sta dx in fy zanemarljiva v primerjavi z bxy. Tako dobimo pri pogoju dinamičnega ravnotežja enačbo x = Fx^(-1)(C/a), kjer je Fx^(-1) inverzna funkcija Fx, kar kaže na to, da je koncentracija prostega represorja x popačena linearna funkcija C. Za reporter pa dobimo enačbo z = (a/d)Fz(x) = (a/d)Fz[Fx^(-1)(C/a)] = C/d, ki kaže, da reporterski promotor odpravi popačenost funkcije x(C), iz česar sledi linearna odvisnost C/d. Tako sta Fx in Fz povezani preko linearne transformacije z enačbo Fz(x(C)) = sFx(x(C+ᵠ)) + l. Parametri s=1, ᵠ=0 in l=0 opisujejo ista promotorja (Fx=Fz). Lizearizacija torej zahteva, da se popačenje na regulatornem nivoju odpravi na reporterskem nivoju. Linearizacija odziva nastopi, kadar sta Fx in Fz povezana z linearno transformacijo [1].

== Linearizacija odziva ni odvisna od števila vezavnih mest ==
Matematične napovedi o popačenju promotorja so preverili še z drugimi promotorji z enim (PGAL1-S1), dvema (PGAL1-D12) in tremi (PGAL1-T123) mesti ''tetO2''. Pri negativni regulaciji je bil naklon odziva promotorja z enim vezavnim mestom dvakrat večji kot pri ostalih dveh, medtem ko se je vrh šuma večal s številom vezavnih mest. Pri kombinaciji istih promotorjev v negativno povratno zanko so, v skladu z matematičnim modelom, povsod izmerili približno isti linearen odziv in naklon, kar nakazuje na neodvisnost linearizacije od promotorske moči in števila vezavnih mest. V naslednjem poskusu so zamenjali reporterski promotor PGAL1-D12 v izvornem linearizatorju s preostalima dvema. Primerjava odziva z odzivom PGAL1-D12 brez povratne zanke je pokazala različne represorske odvisnosti promotorjev. Za promotor PGAL1-S1 je bila znatno drugačna od PGAL1-D12, medtem ko je bila za PGAL1-T123 kvazi-enaka. Ko so v vezju z negativno povratno zanko zamenjali reporterski promotor so ugotovili, da ima kombinacija PD12-T123 višji naklon a linearen odziv, medtem ko odziv kombinacije PD12-S1 odstopa od premice. To je potrdilo model, da morata biti pri linearizaciji odziva promotorja (Fx in Fz) povezana z linearno transformacijo. Pri vseh poskusih je prišlo do zmanjšanja šuma, torej sta to neodvisni lastnosti vezij [1].

== Zaključek ==
Pri vezju z negativno regulacijo je bil odziv sigmoidna krivulja, ki je pri vmesnih koncentracijah induktorja (50-90 ng/mL) imela visok porast signala. Prav tako je bilo pri teh koncentracijah največ šuma, saj so celice zaradi heterogenosti genskega izražanja različno izražale reporterske gene. Meritve so omogočile nastanek matematičnega modela, ki se je ujemal z izmerjenimi rezultati in je napovedal obnašanje sistema z vgrajeno negativne povratne zanke. To je vključevalo linearizacijo odziva do 90 % nasičenosti z induktorjem in zmanjšanje šuma v celotnem koncentracijskem območju. Poskusi so te napovedi potrdile; prišlo je do linearizacije odziva (do 60 ng/mL) in zmanjšanja šuma. Pri vmesnih koncentracijah se je šum zmanjšal za sedemkrat. Obnašanje modela in sistema so opisali s preprostimi diferencialnimi enačbami, katerih rešitev za koncentracijo reporterskega proteina nam da linearno odvisnost od zunajcelične koncentracije induktorja. Pogoj za linearizacijo je povezanost obeh promotorjev (Fx in Fz) preko linearne transformacije oz. da se popačenost regulatornega promotorja odpravi z reporterskim. Z zamenjavo promotorjev so matematične rešitve in pogoje potrdili ter ugotovili, da je zmanjšanje šuma neodvisno od linearizacije in prisotno pri vseh uporabljenih vezjih. Trenutno ne obstajajo alternative za linearizacijo v evkariontskih sistemih za gensko izražanje. Podobni poskusi so bili izvedeni v E. coli, kjer je negativna povratna zanka zmanjšala šum v širokem območju koncentracij induktorja. Pri bakteriji je prišlo do šuma v obliki črke U zaradi različnega števila plazmidov in ga najbolje zatrejo vmesne koncentracije induktorja. Tega problema pri kvasovkah ni bilo, ker je bilo integrirano po eno vezje v kromosom. Sposobnost linearizatorja, da spremeni sigmoidno krivuljo v premico in enakomerno porazdeli gensko izražanje se bi lahko izkoristila za izgradnjo zanesljivih sintetičnih transkripcijskih omrežij. To je pomembno za pristop »bottom-up« in zaradi razširjene uporabe sistemov genskega izražanja tet v bakterijah, kvasovkah, žuželkinih in sesalskih celicah.

== Viri ==
[1] D. Nevozhay, R. M. Adams, K. F. Murphy, K. Josić, G. Balazsi. »Negative autoregulation linearizes the dose-response and suppresses the heterogeneity of gene expression.« PNAS 2009, let. 106, št. 13, str. 5123-5128.

[2] J. L. Ramos, M. Martinez-Bueno, A. J. Molina-Henares, W. Teran, K. Watanabe, X. Zhang, M. Trinidad Gallegos, R. Brennan, R. Tobes. »The TetR Family of Transcriptional Repressors.« Microbiology and molecular biology reviews 2005, let. 69, št. 2, str. 326-356.

[3] B. P. Cormack, G. Bertram, M. Egerton, N. A. Gow, S. Falkow, A. J. Brown. »Yeast.enhanced freen fluorescent protein (yEGFP): a reporter of gene expression in Candida albicans.« Microbiology 1997, let. 143, št. 2, str. 303-311.

[4] Hill equation (biochemistry).Dostopno na: https://en.wikipedia.org/wiki/Hill_equation_(biochemistry) [2. 1. 2019].

Negativna samoregulacija linearizira odziv na odmerek in zavira heterogenost genskega izražanja

2019-01-02T10:49:14Z

Tic123: /* Preprosti matematični model razloži linearizacijo odziva in zmanjšanje šuma */

Povzeto po raziskovalnem članku: D. Nevozhay, R. M. Adams, K. F. Murphy, K. Josić, G. Balazsi. »Negative autoregulation linearizes the dose-response and suppresses the heterogeneity of gene expression.« PNAS 2009, let. 106, št. 13, str. 5123-5128. [https://www.pnas.org/content/106/13/5123]

== Uvod ==
Celice z istim genomom lahko zaradi naključnih dogodkov, kot sta celična delitev ali različni celični odzivi na okolje, vsebujejo različne koncentracije proteinov. Ta heterogenost je znana kot šum genskega izražanja. Ker so skoraj vsi geni del transkripcijskih mrež, je njihovo izražanje odvisno od prisotne regulacije. Tako je pogosto prisotna negativna povratna zanka, ki zmanjša šum genskega izražanja, inducira oscilirajoče gensko izražanje in zmanjša porabo energije za sintezo proteinov z zaviranjem sinteze mRNA. Znano je, da negativna povratna zanka vpliva na krivuljo odziva, vendar ni bilo izvedenih natančnejših študij. Zato je bil namen raziskave, določiti vpliv negativne povratne zanke na gensko izražanje v sintetičnih transkripcijskih kaskadah. Za poskuse so v kromosome haploidnega seva kvasovke ''S. cerevisiae'' YPH500 integrirali vezje iz regulatornega in reporterskega dela s pomočjo integracijskega plazmida pRS4D1 ter s tekočinsko citometrijo merili odzive na induktor [1].

== Transkripcijska kaskada brez samoregulacije ==
V kromosome ''S. cerevisiae'' so vgradili vezje z negativno regulacijo, sestavljeno iz regulatornega in reporterskega dela. Regulatorni del sta sestavljala tetraciklinski represor TetR in konstitutivni promotor PGAL1 v prisotnosti galaktoze [1,2]. Kot induktor so uporabili anhidrotetraciklin (ATc), ki se veže na represor TetR in mu prepreči vezavo na tarčni promotor, kar omogoči izražanje ustreznega gena. Reporterski del sta sestavljala promotor PGAL1-D12 z dvema vezavnima mestoma ''tetO2'' za represor in fluorescirajoči protein yEGFP (angl. yeast enhanced green fluorescent protein) [1,3]. S spreminjanjem koncentracije induktorja so izmerili sigmoidno odvisnost odziva (Hillova krivulja) s strmim povečanjem pri vmesnih koncentracijah (50-90 ng/mL) [1,4]. Pri vmesnih koncentracijah induktorja je imel šum genskega izražanja vrh, pri manjših in večjih koncentracijah pa je šum bil veliko nižji. Analiza histogramov populacijskih porazdelitev je pokazala, da celice pri vmesnih koncentracijah induktorja neenakomerno preklopijo v stanje visokega genskega izražanja, kar vodi do visokega heterogenega izražanja reporterja in visokih nivojev šuma. To je problem za natančno izražanje genov in vivo. Na osnovi meritev so izdelali matematični model s sintezo represorja in reporterja. Simulacije so se dobro ujemale z izmerjenim odzivom in šumom. Simulacije so vrh šuma razložile z visokim represorskim šumom (konstitutivni promotor), ki ga ojačata velik odziv reporterskega reporterskega promotorja in sklopitev s počasno dinamiko promotorjev. Model nakazuje tudi, da se induktor najprej veže na prosti znotrajcelični represor, preden učinkuje na že vezan represor. Zaradi tega pride do velikega odziva blizu najnižje koncentracije induktorja, ki veže ves prosti znotrajcelični represor [1].

== Transkripcijska kaskada z negativno povratno zanko (linearizator) ==
Matematični model so uporabili za napoved rezultatov po vgradnji negativne povratne zanke v vezje. V vezju so zamenjali konstitutivni promotor s promotorjem PGAL1-D12 in ohranili reakcijske hitrosti. V literaturi so našli podatek, da je pri popolni indukciji prišlo do 30 % zmanjšanja hitrosti transkripcije regulatorja. Simulacije takega modela so predvidele linearen odziv vse do 90 % nasičenosti induktorja in zmanjšanja šuma pri vseh koncentracijah. Napovedi o linearizaciji so potrdili z meritvami do 60 ng/mL. Prav tako so linearnost preverili pri nizkih koncentracijah induktorja (od 0,1 ng/mL) in izključili nelinearnost na začetku krivulje zaradi zamika Hillove krivulje na levo. Prav tako je model pravilno napovedal enakomerno porazdelitev izražanja znotraj ozkega koncentracijskega območja in nizek nivo šuma pri vseh koncentracijah induktorja. Negativna povratna zanka je pri vmesnih koncentracijah induktorja zmanjšala šum do sedemkrat. Na koncu so še preverili, ali izražanje reporterskega gena odraža odziv regulatornega dela na induktor. Zato so sestavili vezje s fuzijskim proteinom tetR::yEGFP in promotorjem PGAL1-D12. Izmerjen odziv je bil linearen, nivoji šuma pa primerljivi s transkripcijsko kaskado z negativno povratno zanko [1].

== Preprosti matematični model razloži linearizacijo odziva in zmanjšanje šuma ==
Z zmanjšanjem števila biokemijskih reakcij in uporabo kinetike masne aktivnosti so dobili tri diferencialne enačbe:
dx/dt = aFx(x) – bxy - dx;
dy/dt = C – bxy - fy;
dz/dt = aFz(x) - dz.
Znaki x, y in z so koncentracije prostega znotrajceličnega represorja, induktorja in reporterja. C je parameter, sorazmeren koncentraciji zunajceličnega induktorja. Drugi parametri so a, hitrost proteinske sinteze, b, hitrost asociacije induktorja in represorja, d, hitrost redčenja zaradi celične rasti, in f, združene hitrosti redčenja, razgradnje in transporta induktorja iz celice. Disociacija induktorja z represorja poteka veliko počasneje, kot ostali procesi, zato je v model niso vključili. Funkciji Fx in Fz opisujeta odvisnost proteinske sinteze na regulatornih in reporterskih promotorjih od represorja. Če je Fx=1 funkcije opišejo vezje brez povratne zanke. Pod nasičenjem je asociacija prostega represorja in induktorja glavni vir razpada zanju in sta dx in fy zanemarljiva v primerjavi z bxy. Tako dobimo pri pogoju dinamičnega ravnotežja enačbo x = Fx^(-1)(C/a), kjer je Fx^(-1) inverzna funkcija Fx, kar kaže na to, da je koncentracija prostega represorja x popačena funkcija C. Za reporter pa dobimo enačbo z = (a/d)Fz(x) = (a/d)Fz[Fx^(-1)(C/a)] = C/d, ki kaže, da reporterski promotor odpravi popačenost funkcije x(C), iz česar sledi linearna odvisnost C/d. Tako sta Fx in Fz povezani preko linearne transformacije z enačbo Fz(x(C)) = sFx(x(C+ᵠ)) + l. Parametri s=1, ᵠ=0 in l=0 opisujejo ista promotorja (Fx=Fz). Lizearizacija torej zahteva, da se popačenje na regulatornem nivoju odpravi na reporterskem nivoju. Linearizacija odziva nastopi, kadar sta Fx in Fz povezana z linearno transformacijo [1].

== Linearizacija odziva ni odvisna od števila vezavnih mest ==
Matematične napovedi o popačenju promotorja so preverili še z drugimi promotorji z enim (PGAL1-S1), dvema (PGAL1-D12) in tremi (PGAL1-T123) mesti ''tetO2''. Pri negativni regulaciji je bil naklon odziva promotorja z enim vezavnim mestom dvakrat večji kot pri ostalih dveh, medtem ko se je vrh šuma večal s številom vezavnih mest. Pri kombinaciji istih promotorjev v negativno povratno zanko so, v skladu z matematičnim modelom, povsod izmerili približno isti linearen odziv in naklon, kar nakazuje na neodvisnost linearizacije od promotorske moči in števila vezavnih mest. V naslednjem poskusu so zamenjali reporterski promotor PGAL1-D12 v izvornem linearizatorju s preostalima dvema. Primerjava odziva z odzivom PGAL1-D12 brez povratne zanke je pokazala različne represorske odvisnosti promotorjev. Za promotor PGAL1-S1 je bila znatno drugačna od PGAL1-D12, medtem ko je bila za PGAL1-T123 kvazi-enaka. Ko so v vezju z negativno povratno zanko zamenjali reporterski promotor so ugotovili, da ima kombinacija PD12-T123 višji naklon a linearen odziv, medtem ko odziv kombinacije PD12-S1 odstopa od premice. To je potrdilo model, da morata biti pri linearizaciji odziva promotorja (Fx in Fz) povezana z linearno transformacijo. Pri vseh poskusih je prišlo do zmanjšanja šuma, torej sta to neodvisni lastnosti vezij [1].

== Zaključek ==
Pri vezju z negativno regulacijo je bil odziv sigmoidna krivulja, ki je pri vmesnih koncentracijah induktorja (50-90 ng/mL) imela visok porast signala. Prav tako je bilo pri teh koncentracijah največ šuma, saj so celice zaradi heterogenosti genskega izražanja različno izražale reporterske gene. Meritve so omogočile nastanek matematičnega modela, ki se je ujemal z izmerjenimi rezultati in je napovedal obnašanje sistema z vgrajeno negativne povratne zanke. To je vključevalo linearizacijo odziva do 90 % nasičenosti z induktorjem in zmanjšanje šuma v celotnem koncentracijskem območju. Poskusi so te napovedi potrdile; prišlo je do linearizacije odziva (do 60 ng/mL) in zmanjšanja šuma. Pri vmesnih koncentracijah se je šum zmanjšal za sedemkrat. Obnašanje modela in sistema so opisali s preprostimi diferencialnimi enačbami, katerih rešitev za koncentracijo reporterskega proteina nam da linearno odvisnost od zunajcelične koncentracije induktorja. Pogoj za linearizacijo je povezanost obeh promotorjev (Fx in Fz) preko linearne transformacije oz. da se popačenost regulatornega promotorja odpravi z reporterskim. Z zamenjavo promotorjev so matematične rešitve in pogoje potrdili ter ugotovili, da je zmanjšanje šuma neodvisno od linearizacije in prisotno pri vseh uporabljenih vezjih. Trenutno ne obstajajo alternative za linearizacijo v evkariontskih sistemih za gensko izražanje. Podobni poskusi so bili izvedeni v E. coli, kjer je negativna povratna zanka zmanjšala šum v širokem območju koncentracij induktorja. Pri bakteriji je prišlo do šuma v obliki črke U zaradi različnega števila plazmidov in ga najbolje zatrejo vmesne koncentracije induktorja. Tega problema pri kvasovkah ni bilo, ker je bilo integrirano po eno vezje v kromosom. Sposobnost linearizatorja, da spremeni sigmoidno krivuljo v premico in enakomerno porazdeli gensko izražanje se bi lahko izkoristila za izgradnjo zanesljivih sintetičnih transkripcijskih omrežij. To je pomembno za pristop »bottom-up« in zaradi razširjene uporabe sistemov genskega izražanja tet v bakterijah, kvasovkah, žuželkinih in sesalskih celicah.

== Viri ==
[1] D. Nevozhay, R. M. Adams, K. F. Murphy, K. Josić, G. Balazsi. »Negative autoregulation linearizes the dose-response and suppresses the heterogeneity of gene expression.« PNAS 2009, let. 106, št. 13, str. 5123-5128.

[2] J. L. Ramos, M. Martinez-Bueno, A. J. Molina-Henares, W. Teran, K. Watanabe, X. Zhang, M. Trinidad Gallegos, R. Brennan, R. Tobes. »The TetR Family of Transcriptional Repressors.« Microbiology and molecular biology reviews 2005, let. 69, št. 2, str. 326-356.

[3] B. P. Cormack, G. Bertram, M. Egerton, N. A. Gow, S. Falkow, A. J. Brown. »Yeast.enhanced freen fluorescent protein (yEGFP): a reporter of gene expression in Candida albicans.« Microbiology 1997, let. 143, št. 2, str. 303-311.

[4] Hill equation (biochemistry).Dostopno na: https://en.wikipedia.org/wiki/Hill_equation_(biochemistry) [2. 1. 2019].

Negativna samoregulacija linearizira odziv na odmerek in zavira heterogenost genskega izražanja

2019-01-02T10:47:08Z

Tic123:

Povzeto po raziskovalnem članku: D. Nevozhay, R. M. Adams, K. F. Murphy, K. Josić, G. Balazsi. »Negative autoregulation linearizes the dose-response and suppresses the heterogeneity of gene expression.« PNAS 2009, let. 106, št. 13, str. 5123-5128. [https://www.pnas.org/content/106/13/5123]

== Uvod ==
Celice z istim genomom lahko zaradi naključnih dogodkov, kot sta celična delitev ali različni celični odzivi na okolje, vsebujejo različne koncentracije proteinov. Ta heterogenost je znana kot šum genskega izražanja. Ker so skoraj vsi geni del transkripcijskih mrež, je njihovo izražanje odvisno od prisotne regulacije. Tako je pogosto prisotna negativna povratna zanka, ki zmanjša šum genskega izražanja, inducira oscilirajoče gensko izražanje in zmanjša porabo energije za sintezo proteinov z zaviranjem sinteze mRNA. Znano je, da negativna povratna zanka vpliva na krivuljo odziva, vendar ni bilo izvedenih natančnejših študij. Zato je bil namen raziskave, določiti vpliv negativne povratne zanke na gensko izražanje v sintetičnih transkripcijskih kaskadah. Za poskuse so v kromosome haploidnega seva kvasovke ''S. cerevisiae'' YPH500 integrirali vezje iz regulatornega in reporterskega dela s pomočjo integracijskega plazmida pRS4D1 ter s tekočinsko citometrijo merili odzive na induktor [1].

== Transkripcijska kaskada brez samoregulacije ==
V kromosome ''S. cerevisiae'' so vgradili vezje z negativno regulacijo, sestavljeno iz regulatornega in reporterskega dela. Regulatorni del sta sestavljala tetraciklinski represor TetR in konstitutivni promotor PGAL1 v prisotnosti galaktoze [1,2]. Kot induktor so uporabili anhidrotetraciklin (ATc), ki se veže na represor TetR in mu prepreči vezavo na tarčni promotor, kar omogoči izražanje ustreznega gena. Reporterski del sta sestavljala promotor PGAL1-D12 z dvema vezavnima mestoma ''tetO2'' za represor in fluorescirajoči protein yEGFP (angl. yeast enhanced green fluorescent protein) [1,3]. S spreminjanjem koncentracije induktorja so izmerili sigmoidno odvisnost odziva (Hillova krivulja) s strmim povečanjem pri vmesnih koncentracijah (50-90 ng/mL) [1,4]. Pri vmesnih koncentracijah induktorja je imel šum genskega izražanja vrh, pri manjših in večjih koncentracijah pa je šum bil veliko nižji. Analiza histogramov populacijskih porazdelitev je pokazala, da celice pri vmesnih koncentracijah induktorja neenakomerno preklopijo v stanje visokega genskega izražanja, kar vodi do visokega heterogenega izražanja reporterja in visokih nivojev šuma. To je problem za natančno izražanje genov in vivo. Na osnovi meritev so izdelali matematični model s sintezo represorja in reporterja. Simulacije so se dobro ujemale z izmerjenim odzivom in šumom. Simulacije so vrh šuma razložile z visokim represorskim šumom (konstitutivni promotor), ki ga ojačata velik odziv reporterskega reporterskega promotorja in sklopitev s počasno dinamiko promotorjev. Model nakazuje tudi, da se induktor najprej veže na prosti znotrajcelični represor, preden učinkuje na že vezan represor. Zaradi tega pride do velikega odziva blizu najnižje koncentracije induktorja, ki veže ves prosti znotrajcelični represor [1].

== Transkripcijska kaskada z negativno povratno zanko (linearizator) ==
Matematični model so uporabili za napoved rezultatov po vgradnji negativne povratne zanke v vezje. V vezju so zamenjali konstitutivni promotor s promotorjem PGAL1-D12 in ohranili reakcijske hitrosti. V literaturi so našli podatek, da je pri popolni indukciji prišlo do 30 % zmanjšanja hitrosti transkripcije regulatorja. Simulacije takega modela so predvidele linearen odziv vse do 90 % nasičenosti induktorja in zmanjšanja šuma pri vseh koncentracijah. Napovedi o linearizaciji so potrdili z meritvami do 60 ng/mL. Prav tako so linearnost preverili pri nizkih koncentracijah induktorja (od 0,1 ng/mL) in izključili nelinearnost na začetku krivulje zaradi zamika Hillove krivulje na levo. Prav tako je model pravilno napovedal enakomerno porazdelitev izražanja znotraj ozkega koncentracijskega območja in nizek nivo šuma pri vseh koncentracijah induktorja. Negativna povratna zanka je pri vmesnih koncentracijah induktorja zmanjšala šum do sedemkrat. Na koncu so še preverili, ali izražanje reporterskega gena odraža odziv regulatornega dela na induktor. Zato so sestavili vezje s fuzijskim proteinom tetR::yEGFP in promotorjem PGAL1-D12. Izmerjen odziv je bil linearen, nivoji šuma pa primerljivi s transkripcijsko kaskado z negativno povratno zanko [1].

== Preprosti matematični model razloži linearizacijo odziva in zmanjšanje šuma ==
Z zmanjšanjem števila biokemijskih reakcij in uporabo kinetike masne aktivnosti so dobili tri diferencialne enačbe:
dx/dt = aFx(x) – bxy - dx;
dy/dt = C – bxy - fy;
dz/dt = aFz(x) - dz.
Znaki x, y in z so koncentracije prostega znotrajceličnega represorja, induktorja in reporterja. C je parameter, sorazmeren koncentraciji zunajceličnega induktorja. Drugi parametri so a, hitrost proteinske sinteze, b, hitrost asociacije induktorja in represorja, d, hitrost redčenja zaradi celične rasti, in f, združene hitrosti redčenja, razgradnje in transporta induktorja iz celice. Disociacija induktorja z represorja poteka veliko počasneje, kot ostali procesi, zato je v model niso vključili. Funkciji Fx in Fz opisujeta odvisnost proteinske sinteze na regulatornih in reporterskih promotorjih od represorja. Če je Fx=1 funkcije opišejo vezje brez povratne zanke. Pod nasičenjem je asociacija prostega represorja in induktorja glavni vir razpada zanju in sta dx in fy zanemarljiva v primerjavi z bxy. Tako dobimo pri pogoju dinamičnega ravnotežja enačbo x = Fx^(-1)(C/a), kjer je Fx^(-1) inverzna funkcija Fx, kar kaže na to, da je koncentracija prostega represorja x popačena funkcija C. Za reporter pa dobimo enačbo z = (a/d)Fz(x) = (a/d)Fz[Fx-1(C/a)] = C/d, ki kaže, da reporterski promotor odpravi popačenost funkcije x(C), iz česar sledi linearna odvisnost C/d. Tako sta Fx in Fz povezani preko linearne transformacije z enačbo Fz(x(C)) = sFx(x(C+ᵠ)) + l. Parametri s=1, ᵠ=0 in l=0 opisujejo ista promotorja (Fx=Fz). Lizearizacija torej zahteva, da se popačenje na regulatornem nivoju odpravi na reporterskem nivoju. Linearizacija odziva nastopi, kadar sta Fx in Fz povezana z linearno transformacijo [1].

== Linearizacija odziva ni odvisna od števila vezavnih mest ==
Matematične napovedi o popačenju promotorja so preverili še z drugimi promotorji z enim (PGAL1-S1), dvema (PGAL1-D12) in tremi (PGAL1-T123) mesti ''tetO2''. Pri negativni regulaciji je bil naklon odziva promotorja z enim vezavnim mestom dvakrat večji kot pri ostalih dveh, medtem ko se je vrh šuma večal s številom vezavnih mest. Pri kombinaciji istih promotorjev v negativno povratno zanko so, v skladu z matematičnim modelom, povsod izmerili približno isti linearen odziv in naklon, kar nakazuje na neodvisnost linearizacije od promotorske moči in števila vezavnih mest. V naslednjem poskusu so zamenjali reporterski promotor PGAL1-D12 v izvornem linearizatorju s preostalima dvema. Primerjava odziva z odzivom PGAL1-D12 brez povratne zanke je pokazala različne represorske odvisnosti promotorjev. Za promotor PGAL1-S1 je bila znatno drugačna od PGAL1-D12, medtem ko je bila za PGAL1-T123 kvazi-enaka. Ko so v vezju z negativno povratno zanko zamenjali reporterski promotor so ugotovili, da ima kombinacija PD12-T123 višji naklon a linearen odziv, medtem ko odziv kombinacije PD12-S1 odstopa od premice. To je potrdilo model, da morata biti pri linearizaciji odziva promotorja (Fx in Fz) povezana z linearno transformacijo. Pri vseh poskusih je prišlo do zmanjšanja šuma, torej sta to neodvisni lastnosti vezij [1].

== Zaključek ==
Pri vezju z negativno regulacijo je bil odziv sigmoidna krivulja, ki je pri vmesnih koncentracijah induktorja (50-90 ng/mL) imela visok porast signala. Prav tako je bilo pri teh koncentracijah največ šuma, saj so celice zaradi heterogenosti genskega izražanja različno izražale reporterske gene. Meritve so omogočile nastanek matematičnega modela, ki se je ujemal z izmerjenimi rezultati in je napovedal obnašanje sistema z vgrajeno negativne povratne zanke. To je vključevalo linearizacijo odziva do 90 % nasičenosti z induktorjem in zmanjšanje šuma v celotnem koncentracijskem območju. Poskusi so te napovedi potrdile; prišlo je do linearizacije odziva (do 60 ng/mL) in zmanjšanja šuma. Pri vmesnih koncentracijah se je šum zmanjšal za sedemkrat. Obnašanje modela in sistema so opisali s preprostimi diferencialnimi enačbami, katerih rešitev za koncentracijo reporterskega proteina nam da linearno odvisnost od zunajcelične koncentracije induktorja. Pogoj za linearizacijo je povezanost obeh promotorjev (Fx in Fz) preko linearne transformacije oz. da se popačenost regulatornega promotorja odpravi z reporterskim. Z zamenjavo promotorjev so matematične rešitve in pogoje potrdili ter ugotovili, da je zmanjšanje šuma neodvisno od linearizacije in prisotno pri vseh uporabljenih vezjih. Trenutno ne obstajajo alternative za linearizacijo v evkariontskih sistemih za gensko izražanje. Podobni poskusi so bili izvedeni v E. coli, kjer je negativna povratna zanka zmanjšala šum v širokem območju koncentracij induktorja. Pri bakteriji je prišlo do šuma v obliki črke U zaradi različnega števila plazmidov in ga najbolje zatrejo vmesne koncentracije induktorja. Tega problema pri kvasovkah ni bilo, ker je bilo integrirano po eno vezje v kromosom. Sposobnost linearizatorja, da spremeni sigmoidno krivuljo v premico in enakomerno porazdeli gensko izražanje se bi lahko izkoristila za izgradnjo zanesljivih sintetičnih transkripcijskih omrežij. To je pomembno za pristop »bottom-up« in zaradi razširjene uporabe sistemov genskega izražanja tet v bakterijah, kvasovkah, žuželkinih in sesalskih celicah.

== Viri ==
[1] D. Nevozhay, R. M. Adams, K. F. Murphy, K. Josić, G. Balazsi. »Negative autoregulation linearizes the dose-response and suppresses the heterogeneity of gene expression.« PNAS 2009, let. 106, št. 13, str. 5123-5128.

[2] J. L. Ramos, M. Martinez-Bueno, A. J. Molina-Henares, W. Teran, K. Watanabe, X. Zhang, M. Trinidad Gallegos, R. Brennan, R. Tobes. »The TetR Family of Transcriptional Repressors.« Microbiology and molecular biology reviews 2005, let. 69, št. 2, str. 326-356.

[3] B. P. Cormack, G. Bertram, M. Egerton, N. A. Gow, S. Falkow, A. J. Brown. »Yeast.enhanced freen fluorescent protein (yEGFP): a reporter of gene expression in Candida albicans.« Microbiology 1997, let. 143, št. 2, str. 303-311.

[4] Hill equation (biochemistry).Dostopno na: https://en.wikipedia.org/wiki/Hill_equation_(biochemistry) [2. 1. 2019].

Negativna samoregulacija linearizira odziv na odmerek in zavira heterogenost genskega izražanja

2019-01-02T10:34:05Z

Tic123: New page: Povzeto po raziskovalnem članku: D. Nevozhay, R. M. Adams, K. F. Murphy, K. Josić, G. Balazsi. »Negative autoregulation linearizes the dose-response and suppresses the heterogeneity of ...

Seminarji SB 2018/19

2019-01-02T10:26:04Z

Tic123:

V študijskem letu 2018/19 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MoClo:_modularni_klonirni_sistem_za_standardizirano_sestavljanje_ve%C4%8Dgenskih_konstruktov MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov] (Valentina Levak)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RNA-stikala_tipa_%C2%BBToehold%C2%AB:_de_novo_oblikovani_regulatorji_izra%C5%BEanja_genov RNA-stikala tipa Toehold: de novo oblikovani regulatorji izražanja genov] (Špela Malenšek)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Raznoliko_in_modelno_zasnovana_priprava_sinteti%C4%8Dnih_genskih_vezij_s_predvidenimi_lastnostmi Raznoliko in modelno zasnovana priprava sintetičnih genskih vezij s predvidenimi lastnostmi] (Matej Kolarič)

[[Dispersing biofilms with engineered enzymatic bacteriophage]] (Fran Krstanović)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nekaj_pogledov_na_sistemsko_biologijo_kvasovke Nekaj pogledov na sistemsko biologijo kvasovke] (Gašper Žun)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Organizacija_znotrajceli%C4%8Dnih_reakcij_z_razumsko_na%C4%8Drtovanimi_RNA_sestavi#Na.C4.8Drtovanje_in_sestavljanje_RNA_sestavov Organizacija znotrajceličnih reakcij z razumsko načrtovanimi RNA sestavi] (Urška Jelenovec)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biolo%C5%A1ko_vezje_na_osnovi_RNA-interference_za_identifikacijo_specifi%C4%8Dnih_rakavih_celic Biološko vezje na osnovi RNA-interference za identifikacijo specifičnih rakavih celic] (Gašper Marinšek)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kontrola_hitrosti_translacije_preko_pomožnega_mesta_5’-UTR:_energijski_kompromis_med_dostopnostjo%2C_selektivnim_razvijanjem_RNA-struktur_in_drsenjem_30S_ribosomske_podenote_po_RNA-strukturah Kontrola hitrosti translacije preko pomožnega mesta 5’-UTR: energijski kompromis med dostopnostjo, selektivnim razvijanjem RNA-struktur in drsenjem 30S ribosomske podenote po RNA-strukturah] (Neža Koritnik)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preoblikovanje_genskega_skupka_za_fiksacijo_dušika_bakterije_Klebsiella_oxytoca Preoblikovanje genskega skupka za fiksacijo dušika bakterije ''Klebsiella oxytoca''] (Gašper Virant)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Negativna_samoregulacija_linearizira_odziv_na_odmerek_in_zavira_heterogenost_genskega_izražanja Negativna samoregulacija linearizira odziv na odmerek in zavira heterogenost genskega izražanja] (Primož Tič)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 
[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Phactory:_proizvodnja_bakteriofagov_za_precizno_zdravljenje Phactory: proizvodnja bakteriofagov za precizno zdravljenje] (Rok Miklavčič)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Canditect:_hitra_detekcija_vaginalne_infekcije_s_Candido_albicans_z_uporabo_sistema_CRISPR/dCas9 Canditect – hitra detekcija vaginalne infekcije s Candido albicans z uporabo sistema CRISPR/dCas9] (Jerneja Ovčar)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAPOEIRA_-_razvoj_personaliziranega_cepiva_proti_raku_in_sistema_za_spremljanje_odziva_na_zdravljenje CAPOEIRA – razvoj personaliziranega cepiva proti raku in sistema za spremljanje odziva na zdravljenje] (Anamarija Habič)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biotic_Blue_-_encimska_razgradnja_zdravilnih_u%C4%8Dinkovin_v_odpadnih_vodah#BIOTIC_BLUE BIOTIC BLUE - encimska razgradnja zdravilnih učinkovin v odpadnih vodah] (Tina Požun)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Of_CO2urse_-_sistem_za_zmanj%C5%A1evanje_izpustov_ogljikovega_dioksida_v_industriji Of CO2urse - sistem za zmanjševanje izpustov ogljikovega dioksida v industriji] (Kity Požek)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Cockroach_terminator Cockroach terminator]] (Roberta Mulac)

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MiBiome_-_probioti%C4%8Dna_bakterija_za_zdravljenje_kroni%C4%8Dne_vnetne_%C4%8Drevesne_bolezni MiBiome - probiotična bakterija za zdravljenje kronične vnetne črevesne bolezni] (Ernest Šprager)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

----

Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

22.11. 
1 
2 Valentina Levak 

27.11. 
1 
2 
3 
4 

29.11. 
1 Matej Kolarič 
2 Špela Malenšek 
3 
4 

4.12. 
1 Gašper Žun 
2 Fran Krstanovic 
3 
4 

6.12. 
1 Urška Jelenovec 
2 Rok Miklavčič 
3 
4 

11.12. 
1 Jerneja Ovčar 
2 Neža Koritnik 
3 Gašper Virant 
4 Gašper Marinšek 

18.12. 
1 Tina Požun 
2 Anamarija Habič 
3 Roberta Mulac 
4 Kity Požek 

3.1. 
1 Nina Mavec 
2 Primož Tič 
3 Ernest Šprager 
4 

8.1. 
1 Marija Atanasova 
2 Bine Tršavec 
3 Peter Pečan 
4 Tjaša Sorčan 

10.1. 
1 Špela Koren 
2 Natalija Pucihar 
3 Karmen Žbogar 
4 Uroš Zavrtanik 

15.1. 
1 Jerneja Kocutar 
2 Blaž Lebar 
3 Tadej Satler 
4 Miha Koprivnikar Krajnc 

17.1. 
1 Milena Stojkovska 
2 Urška Kašnik

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T21:11:34Z

Tic123: /* Viri */

==Delovanje encima in njegova funkcija==
O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da skrbi za ustrezno razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==
Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==Vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.
Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==
OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena OGT je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

==Viri==
* Olivier-Van Stichelen, S., Abramowitz, L. K. in Hanover J. A. X marks the spot: Does it matter that O-GlcNAc Transferase is an X-linked gene?, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2014, letn. 453, str. 201-207.
* Hewagama, A., Gorelik, G., Patel, D., Liyanarachchi, P., McCune, W. J., Somer, E., Gonzalez-Rivera, T., The Michigan Lupus Cohort, Strickland, F. in Richardson, B. Overexpression of X-Linked genes in T cells from women with lupus, Journal of Autoimmunity, 2013, letn. 41, str. 60-71.
* Ma, J. in Hart, W. G. Protein O-GlcNAcylation in diabetes and diabetic complications, Expert Reviews Proteomics, 2013, letn. 10, št. 4, str. 365-380.
*Caldwell, S. A., Jackson, S. R., Shahriari, K. S., Lynch, T. P., Sethi, G., Walker, S., Vosseller, K. in Reginato, M. J. Nutrient sensor O-GlcNAc transferase regulates breast cancer tumorgenesis through targeting of the oncogenic transcription factor FoxM1, Oncogene, 2010, letn. 29, str. 2831-2842.
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T21:03:02Z

Tic123: /* Razvoj bolezni */

==Delovanje encima in njegova funkcija==
O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da skrbi za ustrezno razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==
Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==Vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.
Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==
OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena OGT je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

==Viri==
* Olivier-Van Stichelen, S., Abramowitz, L. K. in Hanover J. A. X marks the spot: Does it matter that O-GlcNAc Transferase is an X-linked gene?, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2014, vol. 453, str. 201-207.
* Hewagama, A., Gorelik, G., Patel, D., Liyanarachchi, P., McCune, W. J., Somer, E., Gonzalez-Rivera, T., The Michigan Lupus Cohort, Strickland, F. in Richardson, B. Overexpression of X-Linked genes in T cells from women with lupus, Journal of Autoimmunity, 2013, vol. 41, str. 60-71.
* Ma, J. in Hart, W. G. Protein O-GlcNAcylation in diabetes and diabetic complications, Expert Reviews Proteomics, 2013, vol. 10, št. 4, str. 365-380.
*Caldwell, S. A., Jackson, S. R., Shahriari, K. S., Lynch, T. P., Sethi, G., Walker, S., Vosseller, K. in Reginato, M. J. Nutrient sensor O-GlcNAc transferase regulates breast cancer tumorgenesis through targeting of the oncogenic transcription factor FoxM1, Oncogene, 2010, vol. 29, str. 2831-2842.
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T21:00:37Z

Tic123: /* Viri */

==Delovanje encima in njegova funkcija==
O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da skrbi za ustrezno razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==
Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==Vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.
Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==
OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena O-GlcNAc transferaze (OGT) je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

==Viri==
* Olivier-Van Stichelen, S., Abramowitz, L. K. in Hanover J. A. X marks the spot: Does it matter that O-GlcNAc Transferase is an X-linked gene?, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2014, vol. 453, str. 201-207.
* Hewagama, A., Gorelik, G., Patel, D., Liyanarachchi, P., McCune, W. J., Somer, E., Gonzalez-Rivera, T., The Michigan Lupus Cohort, Strickland, F. in Richardson, B. Overexpression of X-Linked genes in T cells from women with lupus, Journal of Autoimmunity, 2013, vol. 41, str. 60-71.
* Ma, J. in Hart, W. G. Protein O-GlcNAcylation in diabetes and diabetic complications, Expert Reviews Proteomics, 2013, vol. 10, št. 4, str. 365-380.
*Caldwell, S. A., Jackson, S. R., Shahriari, K. S., Lynch, T. P., Sethi, G., Walker, S., Vosseller, K. in Reginato, M. J. Nutrient sensor O-GlcNAc transferase regulates breast cancer tumorgenesis through targeting of the oncogenic transcription factor FoxM1, Oncogene, 2010, vol. 29, str. 2831-2842.
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T20:27:29Z

Tic123:

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena O-GlcNAc transferaze (OGT) je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T20:21:34Z

Tic123: New page: '''Razvoj bolezni'''

'''Razvoj bolezni'''

BIO2 Povzetki seminarjev 2014

2014-10-28T19:41:05Z

Tic123: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2014 stran]

=== Tadej Ulčnik: Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju ===

Transkripcijski faktorji so proteini, ki se specifično vežejo na DNA ter s tem omogočijo vezavo RNA polimeraze. Delujejo kot regulatorji izražanja genov. Primer transkripcijskih faktorjev so jedrni steroidni receptorji. Steroidni receptorji se nahajajo v citosolu in se aktivirajo ob vezavi steroidnih hormonov. Določeni vsebujejo med sabo podobno domeno, s katero se lahko več različnih receptorjev veže na isto zaporedje na promotorju. Še vedno ni znano kaj vse vpliva na potek translacije, tudi sami mehanizmi delovanja ostajajo še skrivnost. Primerjava aktivnosti in dinamike dveh podobnih steroidnih receptorjev, androgenega in glukokortikoidnega, ki imata v celici vlogo transkripcijskih faktorjev, je pokazala, da čeprav sta si receptorja podobna, to ne velja za njuno delovanje. Na promotorju nista bila ves čas prisotna v enaki količini, tudi količina prepisanega gena je bila različna. Ob dodatku inhibitorjev sta ta različno uspešno preprečevala transkripcijo, kar se je poznalo pri številu vezanih polimeraz in pri količini prepisanih mRNA. Za ta konkretni primer je bilo dokazano, da čeprav sta oba receptorja vplivala na izražanje gena, nista delovala na enak način in v enaki meri. Kaj vse je vplivalo na to je težko določiti, tako da to ostaja predmet nadaljnjih raziskav.

=== Dominik Dekleva: Aktivacija GPCR-jev v povezavi z vodo ===

Pomanjkljivosti do sedaj znanih metod za preučevanje proteinov, kot sta NMR- spektroskopija in rentgenska difrakcija, se kažejo, med drugim, pri preučevanju različnih proteinov in receptorjev, udeleženih v biosignalnih poti na atomarnem nivoju. Statične strukture nam ne povedo veliko o reorganizaciji vezi in dinamiki spreminjajočih se interakcij v proteinih, ki so ključne pri signalizacijskih poteh v celicah. Z uporabo nove metode, molekularnih dinamičnih (MD) simulacij, za katero stoji precej statistične matematike, lahko modele makromolekul opazujemo na atomarnem nivoju ter v mikrosekundnem časovnem oknu. Uporabnost omenjene metode se je dobro obnesla tudi v primeru švicarskih znanstvenikov iz Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, ki so preiskovali vlogo vode pri aktivaciji treh prototipskih GPCR-jev: adenozin A2A R, β2-adrenergični receptor in rodopsin, kar bom povzel v nadaljevanju. Dokazali so, da se z vezavo liganda znotraj sedmih α-vijačnic GPCR vzpostavi urejen vodni tunel, ki močno vpliva na spremembo konformacije proteina GPCR-ja, ki se zgodi zaradi reorganizacije številnih vodikovih vezi v notranjosti proteina GPCR. Ob vezavi liganda na molekulo GPCR se torej ustvari vodni tunel v molekuli, kar omogoča nadaljnjo signalizacijo in ustrezen odziv celice na primarni sporočevalec.

=== Nuša Kelhar: Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja ===
Celična membrana ali plazmalema je nekakšen ovoj celice, ki služi predvsem kot selektivna pregrada med celično zunanjostjo in notranjostjo. Sestavljena je iz lipidnega dvosloja in številnih proteinov, ki so povezani z membrano ali so vezani nanjo. Celične membrane se stalno spreminjajo zaradi odcepljanja in zlivanja veziklov ter zaradi interakcij z dinamičnim citoskeletom. Površina in oblika membrane močno vplivata na učinkovitost njene signalne aktivnosti. Ker reakcije pri prenosu signalov vključujejo tudi membranske komponente in vplivajo na citoskeletsko dinamiko, se s tem spreminja oblika membrane in oblika celice. Če poznamo odvisnost signalizacije od teh mehanizmov lahko že iz oblike celice napovemo, kakšne signale je prenesla ali prejela pred kratkim in prepoznamo nekatere znake nepravilnega delovanja signalnih poti, kar je pomembno pri identifikaciji rakavih celic in zdravljenju. Pomembni mehanizmi, s katerimi membrana sodeluje pri sporočanju so redukcija dimenzij, kjer se spremeni prostor gibanja delcev, ukrivljanje zaradi prostorskih gradientov receptorjev, kjer se receptorji združujejo na membranskih izboklinah in nato lateralno prehajajo, in sodelovanje s citoskeletom, ki izbokline stabilizira in omogoča, da delujejo kot nekakšna tipala. Pogledali si bomo tudi primere delovanja nekaterih načinov sporočanja med celicami in reakcije na določene signale, nekaj pa bomo povedali še o tem, kako njihovo nepravilno delovanje vpliva na razvoj rakavih celic.

=== Luka Lavrič: Glikoliza - Metabolizem v možganih ===
V svoji seminarski nalogi, sem se osredotočil na metabolizem v možganih. Za osnovni članek, sem si izbral temo, ki preučuje kakšni so vplivi na nevrone in astrocite, živčne celice, ki se nahajajo v možganih. Opisal sem raziskave in odzive astrocitov in nevronov na dušikov oksid, ki so jih izvedli na miših. Zaradi dušikovega oksida pride do zaviranja mitohondričnega dihanja, zaradi katerega nevroni hitro umrejo, medtem, ko astrociti izkoriščajo glikolizo-tipično-generirano ATP za povečanje svoje potencialne mitohondrijske membrane, s čimer postajajo vse bolj odporni na pro-apoptotične dražljaje. Nevroni ne morejo povečati glikolize zaradi pomanjkanja aktivnosti-glikolizne spodbude encima 6-fosfofrukto-2-kinaza / fruktoza 2,6-bisfosfatna izooblika 3 (PFKFB3), ki je pomemben za aktivacijo 6-fosfofrukto-1-kinaze (PFK1), ki je glavni regluator glikolize. V nevronih, se PFKFB3 neprestano razgrajuje preko E3 ubikvitin ligaze, ki spodbuja kompleksne/cyclosome (APC / C) - CDH1. Metabolizem glukoze v nevronih je usmerjen predvsem po poti pentoze-fosfata, ki vodi do regeneracije glutationa, ki je za nas zelo pomemben. Regulacija aktivnosti PFKFB3 s APC/C-CDH1 sistemom proteasoma je pomembna za razumevanje presnove glukoze, bioenergetsko oskrbo in po možnosti odziva na stres v delujočih možganih. Pri nevronih je visoka aktivnost regulatornega sistema APC/C-CDH1 vključena v preusmeritev presnove glukoze v smeri regeneracije reduciranega glutationa.

=== Primož Tič: Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze ===
Citratni cikel je pomemben člen metabolizma, saj njegovi intermediati vstopajo v mnoge anabolne poti. Zato so vsakršne napake v njegovem delovanju lahko usodne za organizem. Zelo pomemben encim citratnega cikla je piruvat karboksilaza, ki spremeni piruvat v oksaloacetat. Oksaloacetat je pomemben intermediat, saj lahko vstopi npr. v cikel glukoneogeneze in tako prepreči laktatno acidozo, ki je skupni simptom te metabolne okvare. Ker je cilj metabolizma proizvodnja energije v obliki molekul ATP, se celica na moteno delovanje metabolizma odzove s senzornimi proteini AMPK (''AMP-activated protein kinase''). Proteini spodbudijo katabolne procese, kjer nastajajo molekule ATP in zavirajo neesencialne anabolne procese, kjer se ATP porablja. Obratno deluje protein mTOR (''mammalian target of rapamycin''), ki spodbuja sintezo maščobnih kislin, proteinov in ogljikovih hidratov. Poznamo tri tipe bolezni: tip A, tip B in tip C. Najhujša oblika je tip B, kjer oseba umre v roku treh mesecev po rojstvu. Zaenkrat se bolezen še ne da zdraviti, jo pa lahko blažimo npr. z anaplerotično dieto. Anaplerotične reackije nadomeščajo intermediate npr. v citratnem ciklu, ko jih je malo. Anaplerotična dieta izkorišča alternativne intermediate, ki lahko zaobidejo nedelujoče encime in poteka metabolizem normalno. Tako se vsaj približno vzpostavi homeostaza celice. Primer takšnega intermediata je triglicerid triheptanoin, ki se lahko vključi v citratni cikel. V prihodnosti bi lahko takšne in podobne okvare zdravili z gensko terapijo.

BIO2 Seminar 2014

2014-10-28T19:01:48Z

Tic123: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem raka]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Moj izbrani naslov]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Moj izbrani naslov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||Moj izbrani naslov||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||Moj izbrani naslov||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||Moj izbrani naslov||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||Moj izbrani naslov||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||Moj izbrani naslov||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||Moj izbrani naslov||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||Moj izbrani naslov||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jerneja Ovčar||20||Moj izbrani naslov||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Valentina Levak||20||Moj izbrani naslov||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||Moj izbrani naslov||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||Moj izbrani naslov||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||Moj izbrani naslov||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||Moj izbrani naslov||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||Moj izbrani naslov||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||Moj izbrani naslov||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||Moj izbrani naslov||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||Moj izbrani naslov||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2014

2014-10-28T13:36:46Z

Tic123: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem raka]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||Moj izbrani naslov||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem glukoze in glutamina je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Moj izbrani naslov]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Moj izbrani naslov]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Moj izbrani naslov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||Moj izbrani naslov||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||Moj izbrani naslov||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||Moj izbrani naslov||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||Moj izbrani naslov||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||Moj izbrani naslov||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||Moj izbrani naslov||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||Moj izbrani naslov||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jerneja Ovčar||20||Moj izbrani naslov||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Valentina Levak||20||Moj izbrani naslov||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||Moj izbrani naslov||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||Moj izbrani naslov||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||Moj izbrani naslov||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||Moj izbrani naslov||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||Moj izbrani naslov||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||Moj izbrani naslov||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||Moj izbrani naslov||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||Moj izbrani naslov||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-05-05T20:27:07Z

Tic123: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tja.C5.A1a_Sor.C4.8Dan:_Posamezni_Iks_kanali_na_povr.C5.A1ini_sr.C4.8Dnih_celic_sesalcev_vsebujejo_dve_KCNE1_podenoti, Posamezni Iks kanali na površini celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Toma.C5.BE_.C5.BDagar:_Klju.C4.8Dna_proteina_pri_uravnavanju_celi.C4.8Dne_smrti Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Fran_Krstanovi.C4.87:_Breast_milk_protein_may_be_key_to_protecting_babies_from_HIV Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jure_Zadravec:_Vloga_tumorskih_ozna.C4.8Devalcev_CA19-9.2C_CA125_in_CA72-4_pri_diagnozi_raka_trebu.C5.A1ne_slinavke Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140121164754.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Primo.C5.BE_Ti.C4.8D:_Regeneracija_osterelega_pri.C5.BEeljca_z_enim_samim_transkripcijskim_faktorjem Regeneracija ostarelega priželjca z enim samim transkripcijskim faktorjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140408115610.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416133253.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140320173506.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hasiba_Kamenjaković:_Podobnosti_med_HIV./.AIDS.opioidne_odvisnosti_epidemije Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140401162205.htm Povezava]|| 05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-05-04T20:47:25Z

Tic123: /* Hasiba Kamenjaković: Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije */

[[TBK2014-seminar|Nazaj na osnovno stran]]

== 17.3. ==

=== Andrej Žulič: Prva umetna celica z delujočimi organeli ===

Prvič v zgodovini je znanstvenikom na nizozemski univerzu Radboud v Nijmegenu uspelo ustvariti umetno celico z delujočimi organeli, ki lahko v večih korakih, kemičnih reakcijah, reagent preko raznih vmesnih stopenj privedejo do končnega produkta, rezorufina, ki je fluorescenten in se ga zato na koncu reakcije lažje opazi. Te organele so ustvarili tako, da so majhne polimerosome narejene iz PS-b-PIAT polprepustnega polimera napolnili z encimi in jih potem vnesli v miniskulno kapljico vode, ki je vsebovala še proste encime in substrate, in to kapljico še enkrat obdali s lipidnim slojem – celično steno narejeno iz PB-b-PEO hidrofobnega polimera. Zaradi fluorescence produkta so lahko preverili, da se predvidene reakcije resnično dogajajo po korakih v polimerosomnih nanoreaktorjih ali organelih. Produkti posameznih organelov lahko prestopijo steno organela v celično plazmo od koder najdejo pot v druge celične organele, kjer se izvršujejo posledični koraki te ''kaskadne'' reakcije. Obstaja več načinov kako zgraditi strukture podobne celicam. Poleg opisanega, ki kombinira več pristopov, se lahko umetne celice gradi iz majhnih kapljic tekočine podobne citoplazmi, iz polimerov ali maščobnih kislin. Naslednjih korak je nedvomno narediti umetno celico, ki lahko sama proizvaja svojo energijo. S preučevanjem tega področja lahko biokemiki vedno bolje razumemo kaj se dogaja na celičnem nivoju in kako to uporabiti v nadaljnih raziskavah.

=== Urška Černe: Boj imunskega sistema proti malariji ===
Malarijo povzroča infekcija z parazitom, vrste Plasmodium falciparum, ki se prenese na človeka z pikom okuženega komarja mrzličarja. Ko piči človeka, se trosi prenesejo v njegovo kri in se začnejo množiti v jetrih. Nastanejo merozoiti, ki vstopajo v rdeča krvna telesca (eritrocite), kjer se nadalje delijo, dokler eritrocit ne poči. P. falciparum je specifični gostitelj, kar predstavlja težavo pri izvedbi človeške infekcije na laboratorijskih živalih kot so miši. Za premagovanje tega izziva so raziskovalci razvili miš z človeškimi eritrociti in jim dodali človeške imunske celice (miš RICH). Imunski sistem ima pri obvladovanju okužbe ključno vlogo. Študije na miših z uporabo človeških sevov Plasmodium so pokazale, da imunske celice (naravne celice ubijalke = celice NK, T celice in celice B) prispevajo k antiparazitski imunosti, pri čemer so bistvenega pomena celice NK. Te reagirajo z okuženimi eritrociti in jih tudi eliminirajo. Okuženi eritrociti postanejo sploščeni, kar kaže na uhajanje celične vsebine in izgubo volumna celice. Celični receptor LFA-1 je vključen v interakcijo celic NK z okuženimi eritrociti in njihov pomor. Pojasnitev molekularne narave vseh teh interakcij je bistveno za razumevanje mehanizma odzivanja naravnih celic ubijalk na infekcijo s P. falciparum.

=== Jerneja Kocutar: Odziv celic na stresne situacije ===
Kadar so celice izpostavljene stresnim pogojem, ki ogrozajo njihovo prezivetje se v njih aktivira stresni odziv, da bi čimprej spet vzpostavile homeostazo. Tak odziv je univerzalen in ga lahko najdemo v vseh organizmih in v vseh vrstah celic. Celice proizvajajo stresne proteine, ki izpolnjujejo razlicne naloge npr. preprečujejo tvorbo agregatov in neaktivnih intermediatov, odstranjujejo že poškodovane proteine, varujejo celične strukture, reorganizirajo celično oskrbo z energijo...Preden pa celica začne tvoriti proteine se aktivirajo transkripcijski receptrorji, od katerih je najpomembnejši HSF1. Aktivni HSF1 je trimer in ima dolčcene skupine fosolizirane. Regulacija stresnega odziva je odvisna od več celičnih procesov in organelov, najpomembnejši pa so procesi v jedru. Za uravnavanje stresnega odziva imamo 55 pozitivnih in 14 negativnih modulatorjev, ki so locirani v jedru, citoplazmi ali organelih. Pozitivni stresni odziv podaljšujejo in preprečujejo agregacijo proteinov, negativni pa odziv zavirajo. Vsi modulatorji so zelo tesno povezani med seboj, saj opazimo veliko več povezav kot med nakljičnim proteini. Kot najpomembnejši modulator je bila spoznana acetiltransferaza EP300, ki z acetiliranjem lizinov uravnava delovanje HSF1. V prihodnosti bi stresni odziv lahko uporabili tudi za zdravljenje bolezni pri katerih je problem obsežno propadanje celic. S tarčno aktivacijo stresnega odziva bi lahko reducirali poškodbe na celicah.

=== Tadej Ulčnik: Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice ===
Vzorec izražanja razklopnih proteinov med diferenciacijo matičnih celic daje nov namig o njihovii vlogi. Izmed družine petih razklopnih proteinov je znana le vloga razklopnega proteina UCP1, funkcija ostalih štirih pa še vedno ni znana. Znanstveniki so na podlagi rezultatov več analiz domnevali, da vzorec izražanja UPC proteinov sovpada s specifičnimi celicami, ki imajo podoben metabolizem, in se spremeni, če se celice same spremenijo. Analizirali so izražanje UCP2 v mišjih embrionalnih matičnih celicah pred in po diferenciaciji v nevrone. Dokazali so, da je samo UCP2 prisoten v nediferenciranih matičnih celicah in izgine takoj, ko se te začnejo diferencirati v nevrone. Nasprotno od tega se istočasno poviša raven izražanja UCP4 in tipičnih nevralnih označevalnih proteinov. Prisotnost proteina UCP2 v matičnih, rakavih in imunskih celicah, kaže na to, da je UCP2 prisoten v celicah z veliko zmožnostjo razmnoževanja, za katere je tudi značilen metabolizem, ki temelji na glikolizi. Protein UCP4 pa je prisoten samo v diferenciranih živčnih celicah, ki se niso sposobne deliti. Odkrili so da se UCP2 izraža tudi v nevroblastomih, katerih metabolizem je podoben rakavim celicam, ne izraža pa se UCP4. Te ugotovitve bi lahko pripomogle k hitrejšem odkrivanju rakavih celic, ki se od ostalih razlikujejo v metabolizmu in nekaterih proteinih.

== 24.3. ==

=== Hrvoje Malkoč: Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev ===

Da bi razumeli demielizacijske bolezni moramo najprej vedeti, kako pride do njih. Zato so znanstveniki iz Kalifornijske univerze Santa Barbara izvedli poskus s katerim so preverjali sestavo in lastnosti mielinskih dvoslojev. Mielin je več lipidnih dvoslojev skupaj, ki morajo biti kompaktni in med seboj vsebovati čim manjše količine vode. Že majhna sprememba v zgradbi mielinske ovojnice lahko povzroči težave pri izolaciji aksona in s tem povzroči različne motnje ali celo to, da impulz ne prispe na cilj. Posledice so lahko bolezni, kot je multipla skleroza, vzroki pa so lahko avtoimunski odzivi, infekcije, izpostavljenost določenim kemikalijam, pa tudi genetika. Opravljene so bile raziskave o adsorbciji mielinskega bazičnega proteina (MBP) na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev in njihov vpliv na strukturo, ravnovesni razmik in adhezijske sile med njima. Znanstveniki so na obe strani aparata površinskih sil postavili lipidni dvosloj, ga dali v pufersko raztopino z MBP-jem in jih približali da so se zlepili. Nato so jih dali narazen in merili adhezijo in debelino filma. Ugotovili so, da je zdrav mielin veliko bolj kompakten in vsebuje manj vode med membranami, pa tudi ima močnejšo adhezijo, in se bolj prijema na nasprotnega. Ta raziskava se razlikuje od drugih po tem, da ima molekularen pristop za razliko od drugih in bi zato lahko omogočila napredek v raziskavi demielizacijskih bolezni.

=== Janja Krapež: Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane ===

Celice obdaja lipidni dvosloj, ki je polprepusten in loči zunanjost celice od notranjosti (vse snovi torej ne morejo v celico). Prehod molekul je v veliki meri odvisen od transmebranskih proteinov, ki omogočajo transport snovi, ki ne morejo direktno skozi lipidni dvosloj, to so ioni in druge večje molekule. Nekateri proteini pa v neki drugi celici povzročijo majhne pore – nanopore. Pri tem ioni in molekule prosto prehajajo, kar privede do celične smrti, ker prehod snovi ni več nadzorovan. Raziskovalci želijo skozi take nanopore spraviti tudi DNA ali proteine. Težava je le v tem, da je težko nadzorovati prehode molekul skozi nanopore. Raziskovalci namreč ne želijo, da bi skozi nanopre lahko v celico vstopale vse molekule. Vstopale naj bi le tiste molekule, ki imajo za to pravo gensko informacijo. Profesorju Maglia in njegovi ekipi je uspelo sestaviti nanoporo, ki deluje kot cikel in prepušča DNA. Točno določeni deli DNA v raztopini hibridizirajo in se transportirajo skozi DNA poro. Na nasprotni strani pore pa je druga DNA, ki izpusti iskano genetsko zaporedje iz pore v celico. Ta prenos se zgodi vsakokrat, ko ima DNA, ki želi skozi membrano, pravilno zaporedje. Ta prehod poteka spontano in deluje kot tekoči trak. DNA vijačnico so združili z vrhom proteinske nanopore. Tako so dobili membranski sistem, ki je omogočil transport specifične DNA molekule skozi nanoporo.

== 31.3. ==

=== Monika Pepelnjak: Odpornost tumorjev na kemoterapijo ===

Rak debelega črevesja in danke je drugi najpogostejši rak v Sloveniji. Kadar bolezen ni odkrita dovolj hitro, je za zdravljenje poleg kirurške odstranitve malignega tumorja potrebno tudi zdravljenje s citostatiki (kemoterapija). Najpogosteje uporabljen citostatik pri kolorektalnem raku je oksaliplatin, ki poškoduje DNA zaporedje in tako prepreči delovanje in hitro delitev celic. Velik problem pri zdravljenju pa povzročata primarna in pridobljena odpornost na oksaliplatin. Odpornost je lahko posledica več različnih dejavnikov, eden izmed njih so tudi epigenetske spremembe. Raziskovalci so odkrivali razloge za odpornost z epigenetskega vidika in primerjali metilacije različnih genov v odpornih in odzivnih celicah. Ugotovili do, da se največje razlike pojavljajo v metilaciji SRBC gena, ki je znan kot interaktor s produktom gena BRCA1. Dokazali so, da je metilacija tega gena, in s tem njegovo utišanje, resnično odgovorna za zmanjšano odzivnost celic na oksaliplatin. Epigenetska inaktivacija SRBC gena se je pojavila pri 29.8% pacientov, povezali pa so tudi utišanje tega gena in krajše obdobje preživetja brez nadaljevanja bolezni pri pacientih, ki so se zdravili z oksaliplatinom, vendar jim metastaz kirurško niso mogli odstraniti. Rezultati postavljajo osnovo za nadaljne študije, kjer bi lahko metilacijo gena SRBC uporabili kot predhodnji pokazatelj odpornosti na oksaliplatin.

=== Anja Tanšek: Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze ===

V celicah sesalcev je endocitoza, posredovana s klatrinom (CME), glavna pot za vstop večjih molekul skozi membrano preko različnih receptorjev. Mehanizem CME se zaustavi kmalu po tem, ko celica vstopi v profazo in začne ponovno delovati v pozni anafazi, kjer je potreben za membransko dinamiko pri citokinezi. Predlagana sta bila dva glavna mehanizma, ki bi lahko povzročila inhibicijo CME. Prva hipoteza pravi, da direktna mitotska fosforilacija CME sistema zmanjša njegovo aktivnost. V podporo tej predpostavki so številni endocitozni proteini, ki so fosforilirani med mitozo, vendar vpliv teh modifikacij na CME ni jasen, niti dokazan. Druga hipoteza pravi, da povečana membranska napetost mitotskih celic prepreči nastanek jamice in izoblikovanje v vezikel med CME. Celicam, ki so v fazi mitoze, se membranska napetost poveča. Posledično se poveča tudi potreba po aktinskem citoskeletu, ker se formira celični korteks. Zato aktinski citoskelet ni na voljo mehanizmu CME za premagovanje povečane obremenitve zaradi membranske napetosti in se endocitoza v celici ustavi. V tej študiji so raziskovalci dokazali, da je za zaviranje CME v času mitoze odgovorno pomanjkanje aktina. Dokazali so, da lahko CME poteka tudi v mitotskih celicah, kljub visoki membranski napetosti, tako da so omogočili delovanje aktina pri CME. Mitotska fosforilacija endocitoznih proteinov je bila prisotna tudi v celicah s ponovno vzpostavljeno CME, kar kaže, da direktna fosforilacija CME mehanizma ni odgovorna za njegovo inhibicijo.

=== Jerneja Ovčar: Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja ===

Človeški motorični sistem je izjemno napreden pri nadzoru vizualno vodenih premikov, saj se zelo hitro prilagaja spremembam. To doseže skozi niz visoko avtomatičnih procesov, ki prevajajo vizualne informacije v predstavitve. Motorični sistem je del osrednjega živčnega sistema in se ukvarja z gibanjem. Sestoji iz piramidalnega in ekstrapiramidalnega sistema. Da pa se lahko doseže takšen niz visoko avtomatičnih procesov za oblikovanje predstavitev, ki so primerne za vklop motoričnega nadzora, potrebuje motorični nadzor vizualne informacije, ki se nanašajo na cilj. V ta namen je bila raziskana vloga pozornosti v vizualno povratnem nadzoru, tako da je bil motorični sistem izzvan z več poskusi. Rezultati so pokazali, da vizualna pozornost spreminja obdelavo ciljne informacije. Ugotovili so, da je učinek spremembe pozornosti večji pri premikih ciljev (nek predmet) kot pa pri premikih kurzorjev (npr. rok). Zato sklepamo na obstoj ločenega vizualno-motoričnega zavezujočega mehanizma, ki daje prednost vizualnim podatkom, ki predstavljajo gibanje premikajočega uda. Vizualno-motoričen mehanizem pojasnjuje učinkovitost in hitrost, s katero lahko človek hkrati izvaja več ciljno usmerjenih gibanj. Njegova prednost je, da loči med ciljem in motečimi predmeti na poti. Zaznavanje vizualnih dražljajev, ki se nanašajo na naše gibanje, je temeljni proces pri nadzoru segajočih gibanj. Vizualno-motorični mehanizem je skupen vsem vrstam, ki se pri usmerjanju gibanja opirajo na vid.

=== Inge Sotlar: CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin ===
,
Dolgoročni spomin hrani vse, kar se v življenju naučimo. Spomin z leti slabi, motnje spomina pa se pojavijo tudi pri nevrodegenerativnih boleznih, kot sta npr. Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen. Znanstveniki so poskušali odkriti proteine, odgovorne za ohranjanje dolgoročnega spomina. Za pomembne regulatorje sinteze proteinov v sinaptičnih membranah so se izkazali CPEB proteini, ki največkrat delujejo kot aktivatorji translacije mRNA v različnih tipih celic, tudi v nevronih. Pri raziskavi na vinskih mušicah so našli protein iz družine CPEB, Orb2, ki je s svojimi oligomeri, podobnim amiloidom, potreben za shranjevanje informacij v dolgoročni spomin. Njegov monomer, Orb2A, je v živčnem sistemu prisoten v zelo majhnih količinah, a tvori pomemben kompleks s proteinom Tob, regulatorjem celičnega cikla. Da povezavo Tob-Orb2A uravnava fosforilacija, so dokazali z dodatkom kalikulina, inhibitorjem, ki blokira proteinsko fosfatazo 2 (PP2A). Dodatek je povzročil, da se je število povezav Tob-2A zmanjšalo. Pri iskanju kinaz, ki fosforilirajo protein Tob, so se osredotočili na kinazo LimK, saj se sintetizira le v sinapsah in je potrebna za njihovo oblikovanje. Dokazali so, da gre pri nastanku oligomerov Orb2 za součinkovanje med proteinom Tob, kinazo LimK in fosfatazo PP2A. Kako se podatki shranjujejo v spomin je zapleten proces, vendar raziskovanje biokemijskih reakcij nudi možnosti za zdravljenje neozdravljivih bolezni živčevja.

== 7.4. ==

=== Božin Krstanoski: Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih ===

Kljub sodobni tehnologiji so razlitja nafte še vedno pogosta težava za oceane. Zaradi kompleksne strukture molekule nafte lahko čiščenje razlitja traja tudi mesece ali leta, kar pa je zelo škodljivo za morsko okolje. Znanstveniki so ugotovili, da si je narava sposobna sama pomagati ob nesrečah kot so razlitja nafte - z morskimi bakterijami. Poznamo tri vrste bakterij, ki pripomorejo k bioremediaciji - bakterije, ki proizvajajo kislino in so anaerobne, bakterije, ki zmanjšujejo sulfate ter splošne aerobne bakterije. Najnovejše raziskave pa kažejo, da je mogoče s pravo mero vzpodbude povzročiti, da so te bakterije pri bioremediaciji še bolj učinkovite. Ugotovili so, da so bakterije pri poskusih, ko so imele dovolj zalog nutrientov kot so fosfati in dušik dosegle večjo in bolj učinkovito razgradnjo nafte. Najpomembnejša morska bakterija, ki je sposobna razgradnje nafte je Alcanivorax borkumensis. A. borkumensis primarno uporablja alkane kot vir energije, vendar lahko prebavi tudi nekatere druge organske spojine. Ko uporablja alkane za vir energije, vsaka celica A. borkumensis tvori biosurfaktant na svoji površini, ki je dodatna plast, ki nastane ob celični membrani. Snovi, ki sestavljajo biosurfaktant znižajo površinsko napetost vode, kar pripomore k boljši razgradnji nafte. Druga pomembna morska bakterija, ki je pomembna ob razlitjih nafte, je Oleispira antarctica. Ker je ta bakterija psihrofil, je sposobna preživeti ekstremne pogoje, kot so nizke temperature in je zato zelo učinkovita pri bioremediaciji v polarnih morjih. Odkritje Oleispire antarctice je zelo pomembno, saj nam je njihova ekološka tekmovalnost v hladnih okoljih odprla nove poti za iskanje biotehnoloških rešitev za zmanjšanje onesnaževanja v polarnih morjih.

=== Amadeja Lapornik: Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov ===

Koagulacija je proces pri katerem v krvi nastajajo strdki. Strjevanje krvi je pomemben mehanizem odziva na poškodbe, saj strdki ob raztrganju stene žil preprečijo uhajanje krvi. Tromboza je nastanek krvnega strdka (trombusa) v žili, kar onemogoča normalen pretok krvi po krvožilnem sistemu. Najpogostejši vzroki za nastanek venske tromboze so poškodbe žilnih sten in upočasnitve toka krvi na mestu poškodbe, dolgotrajna nepremičnost, rakava in internistična obolenja. Najpomembnejši encim, ki je regulator hemostaze (proces, zaustavljanja krvavitve) je trombin. Je encim, ki se nahaja v krvni plazmi, spada v skupino serin proteaz. V članku so predvidevali, da je možno odkrivanje krvnih strdkov (in s tem nevarnost tromboze) s posebnimi nanodelci. Kot pomoč za zgodnje odkrivanje nevarnih bolezni so znanstveniki razvili beljakovinske substrate, ki so občutljivi na proteaze in jih poimenovali sintezni biomarkerji. Predpostavili so, da so sintezni biomarkerji oblikovani za preiskovanje notranjosti žil, zaznavanje aktivnosti proteaze in posledično odkrivanja zasnov akutne tromboze. V raziskavi so znanstveniki uporabili fluorescenčno spektroskopijo in encimskoimunski test (ELISA), ki se uporablja za detekcijo protiteles ali antigenov v vzorcu. Takšen način testiranj lahko odkriva zgodnje nevarnosti bolezni, ki se nahajajo globoko v telesu, kot so pljuča. Testiranja omogočajo analizo urina za kvantitativno oceno količine krvnih strdkov, ki bremenijo žilo.

=== Angela Mihajloska: Proteine,ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju ===
Gonoreja (lat. gonorrhoea) ali kapavica je močno razširjena spolno prenosljiva bolezen, ki se večinoma prenaša s spolnim stikom in jo povzroča gonokok, kateri nastane na sluznicah spolovil gnojno vnetje z gnojnim izločkom. Bacterija Neisseria gonorrhoeae (GC) najpogoste se prenese iz enega partnerja na drugega med spolnim odnosom preko semenske oziroma vaginalne tekočine pri nezaščitenih spolnih odnosih in večinoma prizadane spolne organe.Znanstveniki so odkrili nove proteine v ali na površini bakterije, ki povzroča gonorejo. Ti ponujajo obetavne novi pogled za napada proti spolne bolezne, ki imajo se večjo odpornost na antibiotike. Samo tretja generacija cefalosporinskih antibiotih še vedno povejo dobro učinkovitost proti gonoreji, ustvarjajo teki s časom, da bi našli nekaj alternativni način za zdravljenje te bolezni, ki imajo resne posledice za zdravje.So odkrili skupno 22 različite proteinov. Med temi proteinov ki so prikazani podobno obilje v štirih GC sevov, 32 so bili ugotovljeni v obeh celične ovojnice in membranske mehurčke frakciji.
Osredotočiti na eno od njih, in homolog protein zunajne membrane LptD, smo dokazali da je njena izčrpavanje povzrčil izgubo GC.

=== Domagoj Majić: Low vitamin D levels raise anemia risk in children ===
Low levels of the “sunshine” vitamin D appear to increase a child’s risk of anemia, according to new research. The study is believed to be the first one to extensively explore the link between the two conditions in children.

== 14.4. ==

=== Peter Pečan: Reprogramiranje kožnih celic v srčne ===
Srčni zastoj, ki je v razvitem svetu med glavnimi razlogi za smrt, povzroči pri osebah, ki ga preživijo, izgubo ali okvaro srčnega tkiva. Kljub napredkom na področju biomedicine, je vračanje funkcionalnosti poškodovanemu srčnemu tkivu precejšen izziv. Napredki na področju induciranih pluripotentnih matičnih celic (angl. »induced pluripotent stem cell«) so vzpodbudili raziskovanje možnosti reprogramiranja enga tipa celice v drugega, ne da bi pri tem šle skozi pluripotentno stanje; ta proces se imenuje transdiferenciacija. Postopek obeta možnost popravkov poškodovanih srčnih celic brez povečanega tveganja za nastanek tumorjev, povezanega s pluripotentnimi celicami pri terapiji z zamenjavo celic in/ali pri in vivo regeneraciji s pomočjo reprogramiranja. Čeprav do zdaj znani načini, ki uporabljajo več genskih faktorjev (med 4 in 7), dokazujejo možnost reprogramiranja, takšne genske manipulacije prinašajo številne težave, predvsem na področju varnosti in učinkovitosti. Poleg tega bi bilo za učinkovitejšo uporabo transdiferencialne terapije potrebno zmanjšati ali pa povsem odstraniti potrebo po genski manipulaciji. To bi lahko dosegli z zamenjavo transkripcijskih faktorjev s tako imenovanimi majhnimi molekulami (angl. »small molecules«), ki bi lahko ustvarile pogoje za reprogramiranje z enim samim transkripcijskim faktorjem.

=== Živa Moravec: Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv ===
Znanstveniki se že leta trudijo ustvariti umetna tkiva, ki bi bila čim bolj podobna pravim. Če želijo to doseči, morajo biti umetno ustvarjeni tkivni konstrukti sestavljeni iz treh glavnih komponent – celic, zunajceličnega matriksa in žil, ki morajo biti urejene v pravilne geometrijske vzorce. Verjetno najpomembnejše je ožiljenje tkiva. Če žilno omrežje manjka, bo slej ko prej prišlo do razvoja nekrotičnega jedra zaradi odsotnosti učinkovitega dotoka hranil, rastnih in signalnih faktorjev ter odvajanja odvečnih produktov. V študiji, predstavljeni v članku, so razvili novo metodo 3D biotiskanja, ki omogoča izdelovanje tkiv, opremljenih z žilami, več tipi celic naenkrat in zunajceličnim matriksom. Za te potrebe so razvili tiskalnik s štirimi neodvisnimi tiskalnimi šobami in več črnil, glede na različne lastnosti posameznih glavnih komponent: za izdelavo ožilja so razvili začasno podporno črnilo na osnovi praška Pluronic F127, za izdelavo zunajceličnega matriksa in črnila, ki so ga uporabili kot nosilec celic, pa so sintetizirali gelatin metakrilat. Z uporabo teh črnil so najprej natisnili več vzorčnih 1D, 2D in 3D omrežij, s katerimi so posnemali osnovne strukture v tkivih, nato so se osredotočili na endotelizacijo žilnih sten, pri čemer so v vzorec tkiva injicirali raztopino človeških endotelnih celic. Kot zadnjo in najbolj kompleksno strukturo so natisnili model tkiva iz štirih plasti, v katerega so vključili dva tipa celic (človeške in mišje). Taka tridimenzionalna okolja odpirajo nove možnosti testiranja zdravil in raziskave na več medicinskih področjih, z nadaljnjimi izboljšavami pa bi lahko ta tehnika vodila tudi do proizvodnje funkcionalnih tridimenzionalnih tkiv, morda tudi organov.

== 5.5 ==

=== Jure Zadravec: Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke ===

CA125 in CA72-4 spadata v družino glikoliziranih proteinov z visoko molekulsko maso in se pogosto uporabljata kot tumorska označevalca pri diagnozi raka jajčnikov ter raka želodca. Zadnje raziskave pa so pokazale, da omenjena označevalca igrata pomembno vlogo tudi pri diagnosticiranju raka trebušne slinavke. Ker je pri tem raku razpoložljivost podatkov o tumorskih označevalcih omejena, je bil cilj te raziskave ugotoviti klinično vlogo CA19-9 (specifičen za raka trebušne slinavke), CA125 in CA72-4 ter povezavo z mednarodno klasifikacijo tumorjev - TNM (Tumor Node Metastasis). Z imunoradiometrično metodo so merili koncentracijo tumorskih označevalcev pri pacientih z rakom ter pri pacientih z benignimi spremembami na trebušni slinavki. Rezultati so pokazali občutno višje koncentracije označevalcev pri pacientih z rakom v primerjavi s tistimi z benignimi spremembami. Raziskavo so zaključili z ugotovitvijo, da odkrivanje s kombinacijo označevalcev CA19-9 in CA72-4 močno izboljša specifičnost diagnoze.

=== Tomaž Žagar: Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti ===

Za normalno delovanje večceličnega organizma je potrebno, da se celice delijo in rastejo kontrolirano, ker drugače lahko to privede razvoja raka. Celice pa so tekom evolucije razvile nekatere mehanizme, s katerimi lahko samo sebe pokončajo/razgradijo, če prejmejo signal, da je čas da propadejo. Ta mehanizma sta avtofagija in apoptoza. Signali pa lahko pridejo od zunaj ali od znotraj. Če pridejo od znotraj, se vežejo na mitohondrijsko membrano in začnejo proces celične smrti. Ključna proteina, ki uravnavata celično smrt sta protein Bcl-2 in protein NAF-1. Prvi protein ima med drugim na svoji površini dve domeni. Ena inhibira, druga pa inducira apoptozo. Protein NAP-1 se lahko veže na katerokoli izmed dome, res pa je, da se močneje veže na dome, ki inhibira apoptozo. Kljub temu, da natančen mehanizem še ni poznan, so se raziskovalci odločili raziskati kje se proteina vežeta in kakšne so posledice vezave na aktivnost proteinov. S tem so hoteli ustvariti temelje za bodoče raziskave na področju odkrivanja zdravila proti raku, saj se je izkazalo, da je pri rakastih celicah povečano število NAF-1 proteinov.

=== Tjaša Sorčan: Posamezni Iks kanali na površini srčnih celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti ===

Da se naše srce lahko krči in razteza, potrebujemo posebne IKS kanale, ki se nahajajo na površini srčnih celic. Sestavljata jih dva proteina: E1, katerega število je bilo do nedavnega neznano, in Q1, za katerega vemo da tvori poro s štirimi podenotami. Kljub temu da Q1 lahko sam tvori napetostno odvisni kalijev kanal, pa je nujno potreben tudi E1, ker nadzira kinetiko prehoda, površinsko izražanje, kako so celice regulirane z zdravili, napetostno odvisnost, enotno prevodnost in farmakologijo nastalih kompleksov. Njuno razmerje se ne spreminja, tudi če povečamo ali znižamo raven le enega proteina. V članku sta opisani dve nasprotujoči raziskavi. Prva pripada Morinu in Kobertzu, ki sta s pomočjo škorpijonovega strupa CTX in njegove povezave s E1 določila dve podenoti. Nasprotovala pa jima je raziskava Nakajo et al. , ki je zagovarjala spreminjajočo stehiometrijo med dvema in štirimi E1 podenotami. Vendar naj bi bile njegove domneve napačne, kar so tudi dokazali z fotobeljenjem z enim fluorescenčnim delčkom na površini žive celice sesalca. Demonstrirali so tri spektroskopske metode štetja in za oceno rezultatov uporabili dva statistična pristopa. Te so dokazale, da posamezni IKS kanali na površini celic sesalca res vsebujejo le in samo dve E1 podenoti.

=== Fran Krstanović: Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV ===

HIV is an incurable disease that attacks our immune system leaving it shattered. One of the many ways of transmission is with breastfeeding from a HIV-1 positive mother,but not all of the children get effected. Breast milk is full of healthy benefits such as antibodies that help babies build their own immune system. A study at Duke Medical Science has found a protein(TNC) that is responsible for repression of HIV-1 and the explanation why a higher rate of children are not effected via breastfeeding.Further studies will show if TNC neutralizing characteristics could be used as a breakthrough in HIV-prevention therapy if given orally to infants prior to breastfeeding.

== 12.5. ==

=== Hasiba Kamenjaković: Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije ===
Bolezni uporabe opioidov so najhitreje rastoča vrsta težav z drogami . Po mnenju raziskovalcev , veliko od trenutne izpostavljenosti opioidov je povezana z eksplozijo široko dostopna , močnih protibolečinskih zdravil na recept , ki imajo enak učinek v možganih kot heroin . Čeprav je veliko koristi od znatnega lajšanje bolečin in izboljšanje kakovosti življenja , opioidi na recept, zdaj ubil več ljudi kot heroin in kokain skupaj. Raziskovalci so ugotovili , da medtem ko razširjena, je zasvojenost marginalizirana kot ga določa ločeno od drugih bolezni, socialni problem , z ovirami za zdravljenje , od strogih meril za vstop v omejene razpoložljivosti zdravljenja.

Tudi so opisal potrebo po celovitem preprečevanju, diagnostiko in zdravljenje kampanjo za boj proti prevelik odmerek , skupaj s standardno -of- nego modele zdravljenja , ki temeljijo na obstoječih dokazov . Predlagajo, več izobraževanja za medicinske stroke in da izobraževalni viri za zasvojenost v medicinsko usposabljanje se na par z drugih kroničnih bolezni . Prav tako, kot s HIV / AIDS , bolniki , ki trpijo zaradi odvisnosti bi morali biti vključeni v oblikovanje in izvajanje programov in izdelkov , namenjenih , da jim služi .

===Primož Tič: Regeneracija osterelega priželjca z enim samim transkripcijskim faktorjem===
Priželjc je zelo pomemben člen našega imunskega sistema, saj proizvaja T-celice, ki nevtralizirajo antigene. S staranjem pride do naravnega procesa involucije, kjer pride do degeneracije strukture in odpovedi funkcij priželjca. To ima negativni učinek na imunski sistem, saj je osebek manj odziven na nove antigene in se z njimi težje spopada. Znanstvenikom je uspelo s prekomernim stimuliranjem oziroma izražanjem posebne oblike mišjega gena FOXN1 (FOXN1ER) s tamoksifenom obnoviti strukturo in funkcije priželjca. Preko enega samega transkripcijskega faktorja jim je uspelo regenerirati celoten organ ''in vivo'' do skoraj enake mere, kot ga najdemo v mladih miših. Povečano število proteinov FOXN1ER je vplivalo na transkripcijo genov, ki so vpleteni v cikel celične delitve, tako se je zakrneli organ obnovil s proliferacijo TEC celic (thymic epithelial cell). Raziskava je tudi pokazala, da se z obnovo priželjca poveča število T-celic in s tem izboljša imunski sistem. Rezultati bi lahko pomagali pri zdravljenju bolnikov, ki imajo šibek imunski sistem ali okvare priželjca. Dejstvo, da lahko z enim transkripcijskim faktorjem obnoviš celoten organ pa odpira nova vprašanja na področju regenerativne biologije, kjer bi lahko na podoben način poskusili regenerirati tudi ostale organe.

TBK2014-seminar

2014-04-22T12:46:08Z

Tic123: /* Temelji biokemije- seminar */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev =={| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager

| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140408115610.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.