Wiki FKKT - User contributions [en]

Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije

2020-04-19T14:09:29Z

Tina Turel:

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.7b00397

== UVOD ==

V reke in morja se vsako leto sprosti ogromne količine krem za zaščito pred soncem. Sestavine v umetnih sončnih kremah močno vplivajo na okolje, saj se akumulirajo v živalih in vplivajo na fitoplankton, kar vpliva na strukturo vodne biote. Sončne kreme vsebujejo različne vrste sintetičnih organskih in anorganskih spojin, ki povzročajo porast populacije dinoflagelatov in nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti. Rešitev tega problema je uporaba naravnih sončnih krem, saj so okolju prijazne. Ena izmed glavnih sestavin je šinorin. Trenutno pa sta na trgu dva proizvoda s to spojino in sicer Helioguard 365 in Helionori. [1,2]

== MIKOSPORINU PODOBNE AMINOKISLINE ==

Mikosporinom podobne aminokisline so majhni sekundarni presnovki, ki jih proizvajajo organizmi, ki živijo v okolju z veliko količino sončne svetlobe, običajno morskem. Trenutno je odkritih približno 30. Nahajajo se v številnih mikroorganizmih, vključno z heterotrofnimi bakterijami, cianobakterijami, mikroalgami, askomicetami in baziidiocemičnimi glivami ter nekaterimi večceličnimi organizmi, kot so makroalge in morske živali. So precej majhne molekule, velike približno 400 Da. Vsebujejo 4-deoksigadusolno jedro (4-DG). MAA hitro pretvorijo absorbirano energijo v toploto, ne da bi pri tem nastale proste kisikove zvrsti. Vse MAA absorbirajo ultravijolične žarke, valovne dolžine med 310 in 362 nm. Spadajo med najmočnejše naravne absorbatorje ultravijoličnega sevanja. Poleg tega, da celice ščitijo pred mutacijo z UV sevanjem in prostimi radikali, MAA lahko povečajo celično toleranco do izsušitve, solnega in vročinskega stresa. Pri sintezi je 4-DG prvi ključni intermediat, ki ga pridobimo po šikimatski poti. Nato z ATP-ligazo na C3 4-DG dodamo glicin, da pridobimo mikosporin-glicin (MG) iz katerega nato nastanejo MMA z neribosomsko peptidno sintetazo (NRPS). Alternativna pot sinteze je bila pred kratkim odkrita v cianobakterijah, kjer 4-DG lahko prizvedemo iz sedoheptoze-7-fosfata in pentoznega fosfata. [1,3]

Šinorin spada med MMA in ga proizvajajo večinoma morske cianobakterije in alge. Komercialno uporabljen šinorin je izoliran iz rdeče alge Porphyra umbilicalis z izkoristkom 3,27 mg/g suhe biomase. P. umbilicalis se pogosto pridobiva iz narave, vsebnost MAA pa se lahko sezonsko in geografsko razlikuje. Gojenje vrste P. umbilicalis je problematično zaradi dolgega časa rasti, saj tudi v optimiziranih laboratorijskih pogojih raste od 2 do 6 dni, v naravi pa najmanj 64 dni. Heterološka ekspresija je koristna strategija za proizvodno naravnih proizvodov različnega izvora. Pri proizvodni šinorina v gostitelji E. coli pride do zelo malo proizvedene spojine in sicer 145 µg/L, poleg tega pa se znatno kopiči 4-GD, kar kaže na neučinkovito in neuravnoteženo proizvodnjo. Razlog za neuspešnost E. coli kot gostitelja je verjetno izrazito različnimi genetskimi ozadji med cianobakterijami in E. coli, npr. vsebnost genskega GC, promotorji, struktura polimeraze RNA in σ faktorjev. Enocelična cianobakterija Synechocystis sp. PCC6803 je pogost gostitelj za raziskave cianobakterij in se uporablja za proizvodnjo biogoriv, osnovnih kemikalij in biomaterialov. Primerna je predvsem zaradi kratkega časa podvojitve, ki je 5 do 10 ur, v primerjavi z ostalimi cianobakterijami, pa se lahko prilagodi genskim razlikam in ne vsebuje NRPS klastrov, s čimer se izognemo sintezi konkurenčnih biosintetskih gradnikov in poenostavimo izolacijo in identifikacijo izraženih produktov. [1]

== HETEROLOŠKA PRODUKCIJA ŠINORINA V SYNECHOCYSTIS ==

Genske klastre šinorina so pridobili iz cianobakterije Fischerelle, saj je od vseh potencialnih cianobakterij proizvedla največ šinorina. Vendar pa je proizvodna šinorina iz rdečih alg še vedno štirikrat višja. Za hiter dostop do šinorina so poskušali heterologno izraziti genski klaster iz vrste Fischerella v Synechocystis. Končni korak biosinteze šinorina katalizira encim NRPS. Le-ta za aktivnost potrebuje posttranslacijske modifikacije. Da bi zagotovili uspešno proizvodnjo šinorina, so koekspresirali gen fosfopantetenil transferaze (PPT) in genski klaster šinorina, vključno z nativnim promotorjem, z uporabo samoreplikativnega vektorja pRL1383a. Izražanje PPT je bilo pod nadzorom PrnpB, močnega konstitutivnega promotorja Synechocystis. Dobljeni konstrukt so konjugirli v triparentalnem parjenju Synechocystisvia, da so ustvarili proizvodni sev Sh-Pori. S PCR so potrdili prisotnost genskega klastre šinorina v celicah Sh-Pori in opazili pravilno transkripcijo vseh genov z uporabo RT-PCR. Nato so gojili Sh-Pori skupaj z dvema kontroloma 'wild type' (WT) Synechocystis in inženirskim sevom. Preko HPLC analize so določili spojino, ki je v kontrolah niso zaznali. Spojino so identificirali kot šinorin, z primerjavo retenznega časa in MS analize. Synechocystis je dosegla popolno pretvorbo vseh biosintetskih intermediatov in je tako primeren gostitelj šinorina. [1]

== IZBOLJŠANJE PROIZVODNE ŠINORINA Z UPORABO RAZLIČNIH PROMOTORJEV ==

Transkripcijski elementi nadzirajo produktivnost izraženih spojin v Synechocystis, vendar se njihove funkcije razlikujejo med različnimi gostitelji cianobakterij. Za namen komercialne proizvodne šinorina so optimizirali izražanje šinorinskega klastra s pomočjo treh promotorjev z različno jakostjo, in sicer z sintetičnim promotorjem Ptrc in dvema promotorjema Synechocystis PrnpB in Pcpc560. Tako so ustvarili tri nove ekspresijske vektorje in jih vstavili v Synechocystis, ter pridobili proizvodne seve Sh-Ptrc, Sh-PrnpB in Sh-P560. Preučili so proizvodno šinorina pri uporabi vsakega seva posebej. Sh-PrnpB je proizvedel najmanj šinorina, Sh-P560 pa največ. Vsi ti sevi so proizvedli za približno 4, 5 in 8-krat več šinorina v primerjavi s Sh-Pori. Prav tako sta Sh-Ptrc in Sh-P560 proizvedla več šinorina kot katera koli znana cianobakterijska vrsta. Poleg šinorina so ti sevi ustvarili tudi stransko spojino, ki so jo s pomočjo analize MS in maksimalne absorbcije identificirali kot 4-DG. Proizvodna 4-DG kaže na neuravnoteženo izražanje biosintetskih genov. S pomočjo RT-PCR analize so določili stopnjo transkripcije FsA v Sh-Pori približno 2, 3 in 3-krat višjo od FsB, FsC in FsD. V primerjavi z originalnim promotorjem so Ptrc, PrnpB in Pcpc560 povečala raven transkripcije FsA in FsB za približno 10, 5 in 19 krat, kar je v skladu z izboljšano proizvodnjo šinorina v treh novih sevih. Kopičenje 4-DG je bilo verjetno posledica relativno nizkega izražanja FsC, katerega kodirani encim pretvori 4-DG v MG. Stopnja transkripcije FsC v Sh-P560 je bila za 2–4 krat višja od Sh-Ptrc in Sh-PrnpB, kar je verjetno povzročilo nastanek 1,5–2-krat več šinorina. [1]

== PRILAGODLJITEV IZRAŽANJA POSAMEZNIH GENOV ==

Da bi dosegli popolno pretvorbo nakopičenega 4-DG, so poskušali zvišati izražanje FsC v Sh-P560. Uporabili so najmočnejši promotor Pcpc560 in ga vstavili v glavno verigo FsC gena šinorinskega klastra v Sh-P560. Kot pričakovano 4-DG po novi analizi ni bil zaznan, koncentracija šinorina pa se je povišala na 1,93 ± 0,09 mg/g DW. V HPLC analizi so zaznali novo spojino, ki so jo identificirali, po MS in absorpcijskem maksimumu, kot MG. Pcpc560 je izboljšal nivoje transkripcije FsC in FsD za 4 oziroma 8krat, v primerjavi s Sh-P560. Vendar je raven FsD ostala najnižja med vsemi geni in je bila več kot 2-krat nižja od FsC. V intergenično območje FsC in FsD so vstavili še tretji promotor Pcpc560 in ustvarili proizvodni sev Sh-TP560. Analiza qRT-PCR je pokazala 4-kratno povečanje transkripcije FsD v Sh-TP560, kar je 2-krat večja od FsC. Pri tem sevu se je stranski produkt MG v celoti pretvoril v šinorin, poleg tega pa prekomerna proizvodnja šinorina ni vplivala na rast Sh-TP560. Koncentracija šinorina se je povečala skupaj z obdobjem gojenja, kar kaže na stabilnost proizvodnje. V primerjavi z koncentracijo pridobljeno iz rdečo alge P. umbilicalis, je koncentracija umetno pridobljenega šinorina 73%. Vendar zahteva bistveno krajše obdobje rasti, kar kaže na potencial Sh-TP560 za dobavo šinorina za komercialno uporabo. [1]

== VPLIV EKSOGENEGA L-SERINA IN UV ŽARKOV NA PROIZVODNO ŠINORINA ==

L- serin je potrebna spojina pri biosintezi šinorina, zato bi lahko povečana količina tega perkurzorja izboljšala produktivnost. V Sh-DP560 in SH-TP560 je prišlo do popolne pretvorbe DG v MG, kar pomeni, da celična razpoložljivost l-serina ne omejuje biosinteze šinorina. Vpliv l-serina so preizkusili tako, da so v medij za kulture Sh-TP560 vnesli različne koncentracije l-serina. Opazili so, da l-serin zavira rast le, ko je njegova končna koncentracija višja od 0,5 mM. Pri 0,5 mM l-serin ne vplival na rast seva in izkoristek šinorina, kar kaže, da l-serin ni omejujoč dejavnik pri proizvodnji šinorina v Sh-TP560. [1]

Primarna biološka funkcija MAAs ščiti organizme pred poškodbami UV-sevanja, zato je bila potrebna ocenitev fotoprotektivnh učinkov šinorina na rast Sh-TP560. Kolonije WT, Synechocystis-pRL1383a in Sh- TP560 so izpostavili UV-A, UV-B žarkom in beli svetlobi 5 ur dnevno 13 dni. V primerjavi z belo svetlobo so UV žarki zmanjšali rast vseh sevov, kar je bilo pričakovano, saj imajo škodljiv vpliv na žive organizme. Niti UV-A niti UV-B žarki niso imeli pomembnega vpliva na proizvodnjo šinorina v Sh-TP560. [1]

== ZAKLJUČEK ==

V raziskavi so dokazali uspešno uporabo Synechocystis kot heterolognega gostitelja za proizvodnjo šinorina. Sh-TP560 je proizvedel 2,37 ± 0,21 mg / g DW končnega produkta šinorina, kar je primerljivo z proizvodno iz alg P. umbilicalis. Rezultati so pokazali, da je Synechocystis nov dober potencialni gostitelj za pridelavo snovi, ki jih najdemo v cianobakterijah. Poleg tega pa je proizvodna preko Synechocystis okolju prijazna in cenovno ugodna.

== VIRI ==

[1] Guang Yang, Monica A. Cozad, Destin A. Holland, Yi Zhang, Hendrik Luesch, and Yousong Ding: Photosynthetic Production of Sunscreen Shinorine Using an Engineered Cyanobacterium; ACS Synth. Biol. 2018, 7, 664−671

[2] M.Sendra, D Sánchez-Quiles, J.Blasco, I.Moreno-Garrido, L.M.Lubián, S.Pérez-García, A.Tovar-Sáncheza: Effects of TiO2 nanoparticles and sunscreens on coastal marine microalgae: Ultraviolet radiation is key variable for toxicity assessment; Volume 98, January 2017, Pages 62-68

[3] Saurabh Bhatia, Arun Garg, K. Sharma, S. Kumar, A. Sharma, and A. P. Purohit: Mycosporine and mycosporine-like amino acids: A paramount tool against ultra violet irradiation; Pharmacogn Rev. 2011 Jul-Dec; 5(10): 138–146.

Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije

2020-04-19T14:07:08Z

Tina Turel:

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.7b00397

== '''UVOD''' ==

V reke in morja se vsako leto sprosti ogromne količine krem za zaščito pred soncem. Sestavine v umetnih sončnih kremah močno vplivajo na okolje, saj se akumulirajo v živalih in vplivajo na fitoplankton, kar vpliva na strukturo vodne biote. Sončne kreme vsebujejo različne vrste sintetičnih organskih in anorganskih spojin, ki povzročajo porast populacije dinoflagelatov in nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti. Rešitev tega problema je uporaba naravnih sončnih krem, saj so okolju prijazne. Ena izmed glavnih sestavin je šinorin. Trenutno pa sta na trgu dva proizvoda s to spojino in sicer Helioguard 365 in Helionori. [1,2]

== '''MIKOSPORINU PODOBNE AMINOKISLINE''' ==

Mikosporinom podobne aminokisline so majhni sekundarni presnovki, ki jih proizvajajo organizmi, ki živijo v okolju z veliko količino sončne svetlobe, običajno morskem. Trenutno je odkritih približno 30. Nahajajo se v številnih mikroorganizmih, vključno z heterotrofnimi bakterijami, cianobakterijami, mikroalgami, askomicetami in baziidiocemičnimi glivami ter nekaterimi večceličnimi organizmi, kot so makroalge in morske živali. So precej majhne molekule, velike približno 400 Da. Vsebujejo 4-deoksigadusolno jedro (4-DG). MAA hitro pretvorijo absorbirano energijo v toploto, ne da bi pri tem nastale proste kisikove zvrsti. Vse MAA absorbirajo ultravijolične žarke, valovne dolžine med 310 in 362 nm. Spadajo med najmočnejše naravne absorbatorje ultravijoličnega sevanja. Poleg tega, da celice ščitijo pred mutacijo z UV sevanjem in prostimi radikali, MAA lahko povečajo celično toleranco do izsušitve, solnega in vročinskega stresa. Pri sintezi je 4-DG prvi ključni intermediat, ki ga pridobimo po šikimatski poti. Nato z ATP-ligazo na C3 4-DG dodamo glicin, da pridobimo mikosporin-glicin (MG) iz katerega nato nastanejo MMA z neribosomsko peptidno sintetazo (NRPS). Alternativna pot sinteze je bila pred kratkim odkrita v cianobakterijah, kjer 4-DG lahko prizvedemo iz sedoheptoze-7-fosfata in pentoznega fosfata. [1,3]

Šinorin spada med MMA in ga proizvajajo večinoma morske cianobakterije in alge. Komercialno uporabljen šinorin je izoliran iz rdeče alge Porphyra umbilicalis z izkoristkom 3,27 mg/g suhe biomase. P. umbilicalis se pogosto pridobiva iz narave, vsebnost MAA pa se lahko sezonsko in geografsko razlikuje. Gojenje vrste P. umbilicalis je problematično zaradi dolgega časa rasti, saj tudi v optimiziranih laboratorijskih pogojih raste od 2 do 6 dni, v naravi pa najmanj 64 dni. Heterološka ekspresija je koristna strategija za proizvodno naravnih proizvodov različnega izvora. Pri proizvodni šinorina v gostitelji E. coli pride do zelo malo proizvedene spojine in sicer 145 µg/L, poleg tega pa se znatno kopiči 4-GD, kar kaže na neučinkovito in neuravnoteženo proizvodnjo. Razlog za neuspešnost E. coli kot gostitelja je verjetno izrazito različnimi genetskimi ozadji med cianobakterijami in E. coli, npr. vsebnost genskega GC, promotorji, struktura polimeraze RNA in σ faktorjev. Enocelična cianobakterija Synechocystis sp. PCC6803 je pogost gostitelj za raziskave cianobakterij in se uporablja za proizvodnjo biogoriv, osnovnih kemikalij in biomaterialov. Primerna je predvsem zaradi kratkega časa podvojitve, ki je 5 do 10 ur, v primerjavi z ostalimi cianobakterijami, pa se lahko prilagodi genskim razlikam in ne vsebuje NRPS klastrov, s čimer se izognemo sintezi konkurenčnih biosintetskih gradnikov in poenostavimo izolacijo in identifikacijo izraženih produktov. [1]

== '''HETEROLOŠKA PRODUKCIJA ŠINORINA V SYNECHOCYSTIS''' ==

Genske klastre šinorina so pridobili iz cianobakterije Fischerelle, saj je od vseh potencialnih cianobakterij proizvedla največ šinorina. Vendar pa je proizvodna šinorina iz rdečih alg še vedno štirikrat višja. Za hiter dostop do šinorina so poskušali heterologno izraziti genski klaster iz vrste Fischerella v Synechocystis. Končni korak biosinteze šinorina katalizira encim NRPS. Le-ta za aktivnost potrebuje posttranslacijske modifikacije. Da bi zagotovili uspešno proizvodnjo šinorina, so koekspresirali gen fosfopantetenil transferaze (PPT) in genski klaster šinorina, vključno z nativnim promotorjem, z uporabo samoreplikativnega vektorja pRL1383a. Izražanje PPT je bilo pod nadzorom PrnpB, močnega konstitutivnega promotorja Synechocystis. Dobljeni konstrukt so konjugirli v triparentalnem parjenju Synechocystisvia, da so ustvarili proizvodni sev Sh-Pori. S PCR so potrdili prisotnost genskega klastre šinorina v celicah Sh-Pori in opazili pravilno transkripcijo vseh genov z uporabo RT-PCR. Nato so gojili Sh-Pori skupaj z dvema kontroloma 'wild type' (WT) Synechocystis in inženirskim sevom. Preko HPLC analize so določili spojino, ki je v kontrolah niso zaznali. Spojino so identificirali kot šinorin, z primerjavo retenznega časa in MS analize. Synechocystis je dosegla popolno pretvorbo vseh biosintetskih intermediatov in je tako primeren gostitelj šinorina. [1]

== '''IZBOLJŠANJE PROIZVODNE ŠINORINA Z UPORABO RAZLIČNIH PROMOTORJEV'''==

Transkripcijski elementi nadzirajo produktivnost izraženih spojin v Synechocystis, vendar se njihove funkcije razlikujejo med različnimi gostitelji cianobakterij. Za namen komercialne proizvodne šinorina so optimizirali izražanje šinorinskega klastra s pomočjo treh promotorjev z različno jakostjo, in sicer z sintetičnim promotorjem Ptrc in dvema promotorjema Synechocystis PrnpB in Pcpc560. Tako so ustvarili tri nove ekspresijske vektorje in jih vstavili v Synechocystis, ter pridobili proizvodne seve Sh-Ptrc, Sh-PrnpB in Sh-P560. Preučili so proizvodno šinorina pri uporabi vsakega seva posebej. Sh-PrnpB je proizvedel najmanj šinorina, Sh-P560 pa največ. Vsi ti sevi so proizvedli za približno 4, 5 in 8-krat več šinorina v primerjavi s Sh-Pori. Prav tako sta Sh-Ptrc in Sh-P560 proizvedla več šinorina kot katera koli znana cianobakterijska vrsta. Poleg šinorina so ti sevi ustvarili tudi stransko spojino, ki so jo s pomočjo analize MS in maksimalne absorbcije identificirali kot 4-DG. Proizvodna 4-DG kaže na neuravnoteženo izražanje biosintetskih genov. S pomočjo RT-PCR analize so določili stopnjo transkripcije FsA v Sh-Pori približno 2, 3 in 3-krat višjo od FsB, FsC in FsD. V primerjavi z originalnim promotorjem so Ptrc, PrnpB in Pcpc560 povečala raven transkripcije FsA in FsB za približno 10, 5 in 19 krat, kar je v skladu z izboljšano proizvodnjo šinorina v treh novih sevih. Kopičenje 4-DG je bilo verjetno posledica relativno nizkega izražanja FsC, katerega kodirani encim pretvori 4-DG v MG. Stopnja transkripcije FsC v Sh-P560 je bila za 2–4 krat višja od Sh-Ptrc in Sh-PrnpB, kar je verjetno povzročilo nastanek 1,5–2-krat več šinorina. [1]

== '''PRILAGODLJITEV IZRAŽANJA POSAMEZNIH GENOV''' ==

Da bi dosegli popolno pretvorbo nakopičenega 4-DG, so poskušali zvišati izražanje FsC v Sh-P560. Uporabili so najmočnejši promotor Pcpc560 in ga vstavili v glavno verigo FsC gena šinorinskega klastra v Sh-P560. Kot pričakovano 4-DG po novi analizi ni bil zaznan, koncentracija šinorina pa se je povišala na 1,93 ± 0,09 mg/g DW. V HPLC analizi so zaznali novo spojino, ki so jo identificirali, po MS in absorpcijskem maksimumu, kot MG. Pcpc560 je izboljšal nivoje transkripcije FsC in FsD za 4 oziroma 8krat, v primerjavi s Sh-P560. Vendar je raven FsD ostala najnižja med vsemi geni in je bila več kot 2-krat nižja od FsC. V intergenično območje FsC in FsD so vstavili še tretji promotor Pcpc560 in ustvarili proizvodni sev Sh-TP560. Analiza qRT-PCR je pokazala 4-kratno povečanje transkripcije FsD v Sh-TP560, kar je 2-krat večja od FsC. Pri tem sevu se je stranski produkt MG v celoti pretvoril v šinorin, poleg tega pa prekomerna proizvodnja šinorina ni vplivala na rast Sh-TP560. Koncentracija šinorina se je povečala skupaj z obdobjem gojenja, kar kaže na stabilnost proizvodnje. V primerjavi z koncentracijo pridobljeno iz rdečo alge P. umbilicalis, je koncentracija umetno pridobljenega šinorina 73%. Vendar zahteva bistveno krajše obdobje rasti, kar kaže na potencial Sh-TP560 za dobavo šinorina za komercialno uporabo. [1]

== '''VPLIV EKSOGENEGA L-SERINA IN UV ŽARKOV NA PROIZVODNO ŠINORINA''' ==

L- serin je potrebna spojina pri biosintezi šinorina, zato bi lahko povečana količina tega perkurzorja izboljšala produktivnost. V Sh-DP560 in SH-TP560 je prišlo do popolne pretvorbe DG v MG, kar pomeni, da celična razpoložljivost l-serina ne omejuje biosinteze šinorina. Vpliv l-serina so preizkusili tako, da so v medij za kulture Sh-TP560 vnesli različne koncentracije l-serina. Opazili so, da l-serin zavira rast le, ko je njegova končna koncentracija višja od 0,5 mM. Pri 0,5 mM l-serin ne vplival na rast seva in izkoristek šinorina, kar kaže, da l-serin ni omejujoč dejavnik pri proizvodnji šinorina v Sh-TP560. [1]

Primarna biološka funkcija MAAs ščiti organizme pred poškodbami UV-sevanja, zato je bila potrebna ocenitev fotoprotektivnh učinkov šinorina na rast Sh-TP560. Kolonije WT, Synechocystis-pRL1383a in Sh- TP560 so izpostavili UV-A, UV-B žarkom in beli svetlobi 5 ur dnevno 13 dni. V primerjavi z belo svetlobo so UV žarki zmanjšali rast vseh sevov, kar je bilo pričakovano, saj imajo škodljiv vpliv na žive organizme. Niti UV-A niti UV-B žarki niso imeli pomembnega vpliva na proizvodnjo šinorina v Sh-TP560. [1]

== '''ZAKLJUČEK''' ==

V raziskavi so dokazali uspešno uporabo Synechocystis kot heterolognega gostitelja za proizvodnjo šinorina. Sh-TP560 je proizvedel 2,37 ± 0,21 mg / g DW končnega produkta šinorina, kar je primerljivo z proizvodno iz alg P. umbilicalis. Rezultati so pokazali, da je Synechocystis nov dober potencialni gostitelj za pridelavo snovi, ki jih najdemo v cianobakterijah. Poleg tega pa je proizvodna preko Synechocystis okolju prijazna in cenovno ugodna.

== '''VIRI''' ==

[1] Guang Yang, Monica A. Cozad, Destin A. Holland, Yi Zhang, Hendrik Luesch, and Yousong Ding: Photosynthetic Production of Sunscreen Shinorine Using an Engineered Cyanobacterium; ACS Synth. Biol. 2018, 7, 664−671

[2] M.Sendra, D Sánchez-Quiles, J.Blasco, I.Moreno-Garrido, L.M.Lubián, S.Pérez-García, A.Tovar-Sáncheza: Effects of TiO2 nanoparticles and sunscreens on coastal marine microalgae: Ultraviolet radiation is key variable for toxicity assessment; Volume 98, January 2017, Pages 62-68

[3] Saurabh Bhatia, Arun Garg, K. Sharma, S. Kumar, A. Sharma, and A. P. Purohit: Mycosporine and mycosporine-like amino acids: A paramount tool against ultra violet irradiation; Pharmacogn Rev. 2011 Jul-Dec; 5(10): 138–146.

Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije

2020-04-19T14:04:30Z

Tina Turel:

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.7b00397

'''UVOD'''

V reke in morja se vsako leto sprosti ogromne količine krem za zaščito pred soncem. Sestavine v umetnih sončnih kremah močno vplivajo na okolje, saj se akumulirajo v živalih in vplivajo na fitoplankton, kar vpliva na strukturo vodne biote. Sončne kreme vsebujejo različne vrste sintetičnih organskih in anorganskih spojin, ki povzročajo porast populacije dinoflagelatov in nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti. Rešitev tega problema je uporaba naravnih sončnih krem, saj so okolju prijazne. Ena izmed glavnih sestavin je šinorin. Trenutno pa sta na trgu dva proizvoda s to spojino in sicer Helioguard 365 in Helionori. [1,2]

'''MIKOSPORINU PODOBNE AMINOKISLINE'''

Mikosporinom podobne aminokisline so majhni sekundarni presnovki, ki jih proizvajajo organizmi, ki živijo v okolju z veliko količino sončne svetlobe, običajno morskem. Trenutno je odkritih približno 30. Nahajajo se v številnih mikroorganizmih, vključno z heterotrofnimi bakterijami, cianobakterijami, mikroalgami, askomicetami in baziidiocemičnimi glivami ter nekaterimi večceličnimi organizmi, kot so makroalge in morske živali. So precej majhne molekule, velike približno 400 Da. Vsebujejo 4-deoksigadusolno jedro (4-DG). MAA hitro pretvorijo absorbirano energijo v toploto, ne da bi pri tem nastale proste kisikove zvrsti. Vse MAA absorbirajo ultravijolične žarke, valovne dolžine med 310 in 362 nm. Spadajo med najmočnejše naravne absorbatorje ultravijoličnega sevanja. Poleg tega, da celice ščitijo pred mutacijo z UV sevanjem in prostimi radikali, MAA lahko povečajo celično toleranco do izsušitve, solnega in vročinskega stresa. Pri sintezi je 4-DG prvi ključni intermediat, ki ga pridobimo po šikimatski poti. Nato z ATP-ligazo na C3 4-DG dodamo glicin, da pridobimo mikosporin-glicin (MG) iz katerega nato nastanejo MMA z neribosomsko peptidno sintetazo (NRPS). Alternativna pot sinteze je bila pred kratkim odkrita v cianobakterijah, kjer 4-DG lahko prizvedemo iz sedoheptoze-7-fosfata in pentoznega fosfata. [1,3]

Šinorin spada med MMA in ga proizvajajo večinoma morske cianobakterije in alge. Komercialno uporabljen šinorin je izoliran iz rdeče alge Porphyra umbilicalis z izkoristkom 3,27 mg/g suhe biomase. P. umbilicalis se pogosto pridobiva iz narave, vsebnost MAA pa se lahko sezonsko in geografsko razlikuje. Gojenje vrste P. umbilicalis je problematično zaradi dolgega časa rasti, saj tudi v optimiziranih laboratorijskih pogojih raste od 2 do 6 dni, v naravi pa najmanj 64 dni. Heterološka ekspresija je koristna strategija za proizvodno naravnih proizvodov različnega izvora. Pri proizvodni šinorina v gostitelji E. coli pride do zelo malo proizvedene spojine in sicer 145 µg/L, poleg tega pa se znatno kopiči 4-GD, kar kaže na neučinkovito in neuravnoteženo proizvodnjo. Razlog za neuspešnost E. coli kot gostitelja je verjetno izrazito različnimi genetskimi ozadji med cianobakterijami in E. coli, npr. vsebnost genskega GC, promotorji, struktura polimeraze RNA in σ faktorjev. Enocelična cianobakterija Synechocystis sp. PCC6803 je pogost gostitelj za raziskave cianobakterij in se uporablja za proizvodnjo biogoriv, osnovnih kemikalij in biomaterialov. Primerna je predvsem zaradi kratkega časa podvojitve, ki je 5 do 10 ur, v primerjavi z ostalimi cianobakterijami, pa se lahko prilagodi genskim razlikam in ne vsebuje NRPS klastrov, s čimer se izognemo sintezi konkurenčnih biosintetskih gradnikov in poenostavimo izolacijo in identifikacijo izraženih produktov. [1]

'''HETEROLOŠKA PRODUKCIJA ŠINORINA V SYNECHOCYSTIS'''

Genske klastre šinorina so pridobili iz cianobakterije Fischerelle, saj je od vseh potencialnih cianobakterij proizvedla največ šinorina. Vendar pa je proizvodna šinorina iz rdečih alg še vedno štirikrat višja. Za hiter dostop do šinorina so poskušali heterologno izraziti genski klaster iz vrste Fischerella v Synechocystis. Končni korak biosinteze šinorina katalizira encim NRPS. Le-ta za aktivnost potrebuje posttranslacijske modifikacije. Da bi zagotovili uspešno proizvodnjo šinorina, so koekspresirali gen fosfopantetenil transferaze (PPT) in genski klaster šinorina, vključno z nativnim promotorjem, z uporabo samoreplikativnega vektorja pRL1383a. Izražanje PPT je bilo pod nadzorom PrnpB, močnega konstitutivnega promotorja Synechocystis. Dobljeni konstrukt so konjugirli v triparentalnem parjenju Synechocystisvia, da so ustvarili proizvodni sev Sh-Pori. S PCR so potrdili prisotnost genskega klastre šinorina v celicah Sh-Pori in opazili pravilno transkripcijo vseh genov z uporabo RT-PCR. Nato so gojili Sh-Pori skupaj z dvema kontroloma 'wild type' (WT) Synechocystis in inženirskim sevom. Preko HPLC analize so določili spojino, ki je v kontrolah niso zaznali. Spojino so identificirali kot šinorin, z primerjavo retenznega časa in MS analize. Synechocystis je dosegla popolno pretvorbo vseh biosintetskih intermediatov in je tako primeren gostitelj šinorina. [1]

'''IZBOLJŠANJE PROIZVODNE ŠINORINA Z UPORABO RAZLIČNIH PROMOTORJEV'''

Transkripcijski elementi nadzirajo produktivnost izraženih spojin v Synechocystis, vendar se njihove funkcije razlikujejo med različnimi gostitelji cianobakterij. Za namen komercialne proizvodne šinorina so optimizirali izražanje šinorinskega klastra s pomočjo treh promotorjev z različno jakostjo, in sicer z sintetičnim promotorjem Ptrc in dvema promotorjema Synechocystis PrnpB in Pcpc560. Tako so ustvarili tri nove ekspresijske vektorje in jih vstavili v Synechocystis, ter pridobili proizvodne seve Sh-Ptrc, Sh-PrnpB in Sh-P560. Preučili so proizvodno šinorina pri uporabi vsakega seva posebej. Sh-PrnpB je proizvedel najmanj šinorina, Sh-P560 pa največ. Vsi ti sevi so proizvedli za približno 4, 5 in 8-krat več šinorina v primerjavi s Sh-Pori. Prav tako sta Sh-Ptrc in Sh-P560 proizvedla več šinorina kot katera koli znana cianobakterijska vrsta. Poleg šinorina so ti sevi ustvarili tudi stransko spojino, ki so jo s pomočjo analize MS in maksimalne absorbcije identificirali kot 4-DG. Proizvodna 4-DG kaže na neuravnoteženo izražanje biosintetskih genov. S pomočjo RT-PCR analize so določili stopnjo transkripcije FsA v Sh-Pori približno 2, 3 in 3-krat višjo od FsB, FsC in FsD. V primerjavi z originalnim promotorjem so Ptrc, PrnpB in Pcpc560 povečala raven transkripcije FsA in FsB za približno 10, 5 in 19 krat, kar je v skladu z izboljšano proizvodnjo šinorina v treh novih sevih. Kopičenje 4-DG je bilo verjetno posledica relativno nizkega izražanja FsC, katerega kodirani encim pretvori 4-DG v MG. Stopnja transkripcije FsC v Sh-P560 je bila za 2–4 krat višja od Sh-Ptrc in Sh-PrnpB, kar je verjetno povzročilo nastanek 1,5–2-krat več šinorina. [1]

'''PRILAGODLJITEV IZRAŽANJA POSAMEZNIH GENOV'''

Da bi dosegli popolno pretvorbo nakopičenega 4-DG, so poskušali zvišati izražanje FsC v Sh-P560. Uporabili so najmočnejši promotor Pcpc560 in ga vstavili v glavno verigo FsC gena šinorinskega klastra v Sh-P560. Kot pričakovano 4-DG po novi analizi ni bil zaznan, koncentracija šinorina pa se je povišala na 1,93 ± 0,09 mg/g DW. V HPLC analizi so zaznali novo spojino, ki so jo identificirali, po MS in absorpcijskem maksimumu, kot MG. Pcpc560 je izboljšal nivoje transkripcije FsC in FsD za 4 oziroma 8krat, v primerjavi s Sh-P560. Vendar je raven FsD ostala najnižja med vsemi geni in je bila več kot 2-krat nižja od FsC. V intergenično območje FsC in FsD so vstavili še tretji promotor Pcpc560 in ustvarili proizvodni sev Sh-TP560. Analiza qRT-PCR je pokazala 4-kratno povečanje transkripcije FsD v Sh-TP560, kar je 2-krat večja od FsC. Pri tem sevu se je stranski produkt MG v celoti pretvoril v šinorin, poleg tega pa prekomerna proizvodnja šinorina ni vplivala na rast Sh-TP560. Koncentracija šinorina se je povečala skupaj z obdobjem gojenja, kar kaže na stabilnost proizvodnje. V primerjavi z koncentracijo pridobljeno iz rdečo alge P. umbilicalis, je koncentracija umetno pridobljenega šinorina 73%. Vendar zahteva bistveno krajše obdobje rasti, kar kaže na potencial Sh-TP560 za dobavo šinorina za komercialno uporabo. [1]

'''VPLIV EKSOGENEGA L-SERINA IN UV ŽARKOV NA PROIZVODNO ŠINORINA'''

L- serin je potrebna spojina pri biosintezi šinorina, zato bi lahko povečana količina tega perkurzorja izboljšala produktivnost. V Sh-DP560 in SH-TP560 je prišlo do popolne pretvorbe DG v MG, kar pomeni, da celična razpoložljivost l-serina ne omejuje biosinteze šinorina. Vpliv l-serina so preizkusili tako, da so v medij za kulture Sh-TP560 vnesli različne koncentracije l-serina. Opazili so, da l-serin zavira rast le, ko je njegova končna koncentracija višja od 0,5 mM. Pri 0,5 mM l-serin ne vplival na rast seva in izkoristek šinorina, kar kaže, da l-serin ni omejujoč dejavnik pri proizvodnji šinorina v Sh-TP560. [1]

Primarna biološka funkcija MAAs ščiti organizme pred poškodbami UV-sevanja, zato je bila potrebna ocenitev fotoprotektivnh učinkov šinorina na rast Sh-TP560. Kolonije WT, Synechocystis-pRL1383a in Sh- TP560 so izpostavili UV-A, UV-B žarkom in beli svetlobi 5 ur dnevno 13 dni. V primerjavi z belo svetlobo so UV žarki zmanjšali rast vseh sevov, kar je bilo pričakovano, saj imajo škodljiv vpliv na žive organizme. Niti UV-A niti UV-B žarki niso imeli pomembnega vpliva na proizvodnjo šinorina v Sh-TP560. [1]

'''ZAKLJUČEK'''

V raziskavi so dokazali uspešno uporabo Synechocystis kot heterolognega gostitelja za proizvodnjo šinorina. Sh-TP560 je proizvedel 2,37 ± 0,21 mg / g DW končnega produkta šinorina, kar je primerljivo z proizvodno iz alg P. umbilicalis. Rezultati so pokazali, da je Synechocystis nov dober potencialni gostitelj za pridelavo snovi, ki jih najdemo v cianobakterijah. Poleg tega pa je proizvodna preko Synechocystis okolju prijazna in cenovno ugodna.

'''VIRI'''

[1] Guang Yang, Monica A. Cozad, Destin A. Holland, Yi Zhang, Hendrik Luesch, and Yousong Ding: Photosynthetic Production of Sunscreen Shinorine Using an Engineered Cyanobacterium; ACS Synth. Biol. 2018, 7, 664−671

[2] M.Sendra, D Sánchez-Quiles, J.Blasco, I.Moreno-Garrido, L.M.Lubián, S.Pérez-García, A.Tovar-Sáncheza: Effects of TiO2 nanoparticles and sunscreens on coastal marine microalgae: Ultraviolet radiation is key variable for toxicity assessment; Volume 98, January 2017, Pages 62-68

[3] Saurabh Bhatia, Arun Garg, K. Sharma, S. Kumar, A. Sharma, and A. P. Purohit: Mycosporine and mycosporine-like amino acids: A paramount tool against ultra violet irradiation; Pharmacogn Rev. 2011 Jul-Dec; 5(10): 138–146.

Seminarji SB 2019/20

2020-04-19T14:00:50Z

Tina Turel:

V študijskem letu 2019/20 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

Primer: 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MoClo:_modularni_klonirni_sistem_za_standardizirano_sestavljanje_ve%C4%8Dgenskih_konstruktov MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov] (Valentina Levak)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 
Primer: 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Phactory:_proizvodnja_bakteriofagov_za_precizno_zdravljenje Phactory: proizvodnja bakteriofagov za precizno zdravljenje] (Rok Miklavčič)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

----

Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu so možni največ 4 seminarji; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar):

15.4. 
1 [[Robustno večcelično računanje z uporabo gensko kodiranih vrat NE-ALI in kemičnih 'žic']] (Tanja Zupan) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETEXE_-_sistem_za_filtracijo_mikroplastike_v_pralnih_strojih PETEXE - sistem za filtracijo mikroplastike v pralnih strojih]
(Lana Vogrinec) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Magi.Coli:_sinteza_psilocibina_s_pomo%C4%8Djo_E.coli Magi.Coli: sinteza psilocibina s pomočjo ''E.coli''] (Luka Lavrič) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SONOBE_-_proteinski_sistem_za_agregacijo_mikroplastike SONOBE - proteinski sistem za agregacijo mikroplastike] (Vesna Podgrajšek) 

21.4. 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_real_MVP:_ekspresijski_sistem_za_pripravo_modularnih_virusom_podobnih_delcev The real MVP: ekspresijski sistem za pripravo modularnih virusom podobnih delcev] (Žiga Vičič) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_%C5%A1inorina%2C_naravne_za%C5%A1%C4%8Dite_pred_soncem%2C_z_uporabo_cianobakterije Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije] (Tina Turel) 
3 Anže Jenko 
4 Dunia Sahir 

22.4. 
1 Milica Janković 
2 Nika Testen 
3 Ana Obaha 
4 Ana Maklin 

5.5. 
1 Ajda Lenardič 
2 Jelena Štrbac 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Programabilni_enocelični_sesalski_bioračunalniki Programabilni enocelični sesalski bioračunalniki] (Andreja Habič) 
4 Uroš Prešern 

6.5. 
1 Sara Korošec 
2 Peter Škrinjar 
3 Luka Gregorič 
4 Urban Hribar 

12.5. 
1 Jerneja Nimac 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Orodje_za_modularno_sestavljanje_večgenskih_konstruktov_v_kvasovki: Orodje za modularno sestavljanje večgenskih konstruktov v kvasovki] (Katja Doberšek) 
3 Daria Latysheva 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularni_klonirni_sistem_MoClo_za_biološko_sintezo_v_mikroalgi_C._reinhardtii Modularni klonirni sistem MoClo za biološko sintezo v mikroalgi ''C. reinhardtii''] (Veronika Razpotnik) 

13.5. 
1 Ines Medved 
2 Željka Erić 
3 Patricija Miklavc 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEenirsko_pripravljeni_promotorji%2C_ki_omogo%C4%8Dajo_izra%C5%BEanje_ne_glede_na_%C5%A1tevilo_kopij Inženirsko pripravljeni promotorji, ki omogočajo izražanje ne glede na število kopij] (Benjamin Malovrh) 

19.5. 
1 Samo Purič 
2 Sara Jereb 
3 Primož Bembič 
4 Andrej Race 

20.5. 
1 Katja Malenšek 
2 Vid Modic 
3 Andrej Ivanovski 
4 Maja Globočnik 

26.5. 
1 Nika Zaveršek 
2 Janina Gea Cvikl 
3 
4 

27.5. Rezervni termin 
1 
2 
3 
4

Seminarji SB 2019/20

2020-04-19T14:00:31Z

Tina Turel:

V študijskem letu 2019/20 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

Primer: 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MoClo:_modularni_klonirni_sistem_za_standardizirano_sestavljanje_ve%C4%8Dgenskih_konstruktov MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov] (Valentina Levak)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 
Primer: 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Phactory:_proizvodnja_bakteriofagov_za_precizno_zdravljenje Phactory: proizvodnja bakteriofagov za precizno zdravljenje] (Rok Miklavčič)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

----

Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu so možni največ 4 seminarji; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar):

15.4. 
1 [[Robustno večcelično računanje z uporabo gensko kodiranih vrat NE-ALI in kemičnih 'žic']] (Tanja Zupan) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETEXE_-_sistem_za_filtracijo_mikroplastike_v_pralnih_strojih PETEXE - sistem za filtracijo mikroplastike v pralnih strojih]
(Lana Vogrinec) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Magi.Coli:_sinteza_psilocibina_s_pomo%C4%8Djo_E.coli Magi.Coli: sinteza psilocibina s pomočjo ''E.coli''] (Luka Lavrič) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SONOBE_-_proteinski_sistem_za_agregacijo_mikroplastike SONOBE - proteinski sistem za agregacijo mikroplastike] (Vesna Podgrajšek) 

21.4. 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_real_MVP:_ekspresijski_sistem_za_pripravo_modularnih_virusom_podobnih_delcev The real MVP: ekspresijski sistem za pripravo modularnih virusom podobnih delcev] (Žiga Vičič) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_%C5%A1inorina%2C_naravne_za%C5%A1%C4%8Dite_pred_soncem%2C_z_uporabo_cianobakterije Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije](Tina Turel) 
3 Anže Jenko 
4 Dunia Sahir 

22.4. 
1 Milica Janković 
2 Nika Testen 
3 Ana Obaha 
4 Ana Maklin 

5.5. 
1 Ajda Lenardič 
2 Jelena Štrbac 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Programabilni_enocelični_sesalski_bioračunalniki Programabilni enocelični sesalski bioračunalniki] (Andreja Habič) 
4 Uroš Prešern 

6.5. 
1 Sara Korošec 
2 Peter Škrinjar 
3 Luka Gregorič 
4 Urban Hribar 

12.5. 
1 Jerneja Nimac 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Orodje_za_modularno_sestavljanje_večgenskih_konstruktov_v_kvasovki: Orodje za modularno sestavljanje večgenskih konstruktov v kvasovki] (Katja Doberšek) 
3 Daria Latysheva 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularni_klonirni_sistem_MoClo_za_biološko_sintezo_v_mikroalgi_C._reinhardtii Modularni klonirni sistem MoClo za biološko sintezo v mikroalgi ''C. reinhardtii''] (Veronika Razpotnik) 

13.5. 
1 Ines Medved 
2 Željka Erić 
3 Patricija Miklavc 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEenirsko_pripravljeni_promotorji%2C_ki_omogo%C4%8Dajo_izra%C5%BEanje_ne_glede_na_%C5%A1tevilo_kopij Inženirsko pripravljeni promotorji, ki omogočajo izražanje ne glede na število kopij] (Benjamin Malovrh) 

19.5. 
1 Samo Purič 
2 Sara Jereb 
3 Primož Bembič 
4 Andrej Race 

20.5. 
1 Katja Malenšek 
2 Vid Modic 
3 Andrej Ivanovski 
4 Maja Globočnik 

26.5. 
1 Nika Zaveršek 
2 Janina Gea Cvikl 
3 
4 

27.5. Rezervni termin 
1 
2 
3 
4

Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije

2020-04-19T13:59:07Z

Tina Turel:

Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije

2020-04-19T13:58:35Z

Tina Turel:

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssynbio.7b00397

'''UVOD'''

V reke in morja se vsako leto sprosti ogromne količine krem za zaščito pred soncem. Sestavine v umetnih sončnih kremah močno vplivajo na okolje, saj se akumulirajo v živalih in vplivajo na fitoplankton, kar vpliva na strukturo vodne biote. Sončne kreme vsebujejo različne vrste sintetičnih organskih in anorganskih spojin, ki povzročajo porast populacije dinoflagelatov in nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti. Rešitev tega problema je uporaba naravnih sončnih krem, saj so okolju prijazne. Ena izmed glavnih sestavin je šinorin. Trenutno pa sta na trgu dva proizvoda s to spojino in sicer Helioguard 365 in Helionori. [1,2]

'''MIKOSPORINU PODOBNE AMINOKISLINE'''

Mikosporinom podobne aminokisline so majhni sekundarni presnovki, ki jih proizvajajo organizmi, ki živijo v okolju z veliko količino sončne svetlobe, običajno morskem. Trenutno je odkritih približno 30. Nahajajo se v številnih mikroorganizmih, vključno z heterotrofnimi bakterijami, cianobakterijami, mikroalgami, askomicetami in baziidiocemičnimi glivami ter nekaterimi večceličnimi organizmi, kot so makroalge in morske živali. So precej majhne molekule, velike približno 400 Da. Vsebujejo 4-deoksigadusolno jedro (4-DG). MAA hitro pretvorijo absorbirano energijo v toploto, ne da bi pri tem nastale proste kisikove zvrsti. Vse MAA absorbirajo ultravijolične žarke, valovne dolžine med 310 in 362 nm. Spadajo med najmočnejše naravne absorbatorje ultravijoličnega sevanja. Poleg tega, da celice ščitijo pred mutacijo z UV sevanjem in prostimi radikali, MAA lahko povečajo celično toleranco do izsušitve, solnega in vročinskega stresa. Pri sintezi je 4-DG prvi ključni intermediat, ki ga pridobimo po šikimatski poti. Nato z ATP-ligazo na C3 4-DG dodamo glicin, da pridobimo mikosporin-glicin (MG) iz katerega nato nastanejo MMA z neribosomsko peptidno sintetazo (NRPS). Alternativna pot sinteze je bila pred kratkim odkrita v cianobakterijah, kjer 4-DG lahko prizvedemo iz sedoheptoze-7-fosfata in pentoznega fosfata. [1,3]

Šinorin spada med MMA in ga proizvajajo večinoma morske cianobakterije in alge. Komercialno uporabljen šinorin je izoliran iz rdeče alge Porphyra umbilicalis z izkoristkom 3,27 mg/g suhe biomase. P. umbilicalis se pogosto pridobiva iz narave, vsebnost MAA pa se lahko sezonsko in geografsko razlikuje. Gojenje vrste P. umbilicalis je problematično zaradi dolgega časa rasti, saj tudi v optimiziranih laboratorijskih pogojih raste od 2 do 6 dni, v naravi pa najmanj 64 dni. Heterološka ekspresija je koristna strategija za proizvodno naravnih proizvodov različnega izvora. Pri proizvodni šinorina v gostitelji E. coli pride do zelo malo proizvedene spojine in sicer 145 µg/L, poleg tega pa se znatno kopiči 4-GD, kar kaže na neučinkovito in neuravnoteženo proizvodnjo. Razlog za neuspešnost E. coli kot gostitelja je verjetno izrazito različnimi genetskimi ozadji med cianobakterijami in E. coli, npr. vsebnost genskega GC, promotorji, struktura polimeraze RNA in σ faktorjev. Enocelična cianobakterija Synechocystis sp. PCC6803 je pogost gostitelj za raziskave cianobakterij in se uporablja za proizvodnjo biogoriv, osnovnih kemikalij in biomaterialov. Primerna je predvsem zaradi kratkega časa podvojitve, ki je 5 do 10 ur, v primerjavi z ostalimi cianobakterijami, pa se lahko prilagodi genskim razlikam in ne vsebuje NRPS klastrov, s čimer se izognemo sintezi konkurenčnih biosintetskih gradnikov in poenostavimo izolacijo in identifikacijo izraženih produktov. [1]

'''HETEROLOŠKA PRODUKCIJA ŠINORINA V SYNECHOCYSTIS'''

Genske klastre šinorina so pridobili iz cianobakterije Fischerelle, saj je od vseh potencialnih cianobakterij proizvedla največ šinorina. Vendar pa je proizvodna šinorina iz rdečih alg še vedno štirikrat višja. Za hiter dostop do šinorina so poskušali heterologno izraziti genski klaster iz vrste Fischerella v Synechocystis. Končni korak biosinteze šinorina katalizira encim NRPS. Le-ta za aktivnost potrebuje posttranslacijske modifikacije. Da bi zagotovili uspešno proizvodnjo šinorina, so koekspresirali gen fosfopantetenil transferaze (PPT) in genski klaster šinorina, vključno z nativnim promotorjem, z uporabo samoreplikativnega vektorja pRL1383a. Izražanje PPT je bilo pod nadzorom PrnpB, močnega konstitutivnega promotorja Synechocystis. Dobljeni konstrukt so konjugirli v triparentalnem parjenju Synechocystisvia, da so ustvarili proizvodni sev Sh-Pori. S PCR so potrdili prisotnost genskega klastre šinorina v celicah Sh-Pori in opazili pravilno transkripcijo vseh genov z uporabo RT-PCR. Nato so gojili Sh-Pori skupaj z dvema kontroloma 'wild type' (WT) Synechocystis in inženirskim sevom. Preko HPLC analize so določili spojino, ki je v kontrolah niso zaznali. Spojino so identificirali kot šinorin, z primerjavo retenznega časa in MS analize. Synechocystis je dosegla popolno pretvorbo vseh biosintetskih intermediatov in je tako primeren gostitelj šinorina. [1]

'''IZBOLJŠANJE PROIZVODNE ŠINORINA Z UPORABO RAZLIČNIH PROMOTORJEV'''

Transkripcijski elementi nadzirajo produktivnost izraženih spojin v Synechocystis, vendar se njihove funkcije razlikujejo med različnimi gostitelji cianobakterij. Za namen komercialne proizvodne šinorina so optimizirali izražanje šinorinskega klastra s pomočjo treh promotorjev z različno jakostjo, in sicer z sintetičnim promotorjem Ptrc in dvema promotorjema Synechocystis PrnpB in Pcpc560. Tako so ustvarili tri nove ekspresijske vektorje in jih vstavili v Synechocystis, ter pridobili proizvodne seve Sh-Ptrc, Sh-PrnpB in Sh-P560. Preučili so proizvodno šinorina pri uporabi vsakega seva posebej. Sh-PrnpB je proizvedel najmanj šinorina, Sh-P560 pa največ. Vsi ti sevi so proizvedli za približno 4, 5 in 8-krat več šinorina v primerjavi s Sh-Pori. Prav tako sta Sh-Ptrc in Sh-P560 proizvedla več šinorina kot katera koli znana cianobakterijska vrsta. Poleg šinorina so ti sevi ustvarili tudi stransko spojino, ki so jo s pomočjo analize MS in maksimalne absorbcije identificirali kot 4-DG. Proizvodna 4-DG kaže na neuravnoteženo izražanje biosintetskih genov. S pomočjo RT-PCR analize so določili stopnjo transkripcije FsA v Sh-Pori približno 2, 3 in 3-krat višjo od FsB, FsC in FsD. V primerjavi z originalnim promotorjem so Ptrc, PrnpB in Pcpc560 povečala raven transkripcije FsA in FsB za približno 10, 5 in 19 krat, kar je v skladu z izboljšano proizvodnjo šinorina v treh novih sevih. Kopičenje 4-DG je bilo verjetno posledica relativno nizkega izražanja FsC, katerega kodirani encim pretvori 4-DG v MG. Stopnja transkripcije FsC v Sh-P560 je bila za 2–4 krat višja od Sh-Ptrc in Sh-PrnpB, kar je verjetno povzročilo nastanek 1,5–2-krat več šinorina. [1]

'''PRILAGODLJITEV IZRAŽANJA POSAMEZNIH GENOV'''

Da bi dosegli popolno pretvorbo nakopičenega 4-DG, so poskušali zvišati izražanje FsC v Sh-P560. Uporabili so najmočnejši promotor Pcpc560 in ga vstavili v glavno verigo FsC gena šinorinskega klastra v Sh-P560. Kot pričakovano 4-DG po novi analizi ni bil zaznan, koncentracija šinorina pa se je povišala na 1,93 ± 0,09 mg/g DW. V HPLC analizi so zaznali novo spojino, ki so jo identificirali, po MS in absorpcijskem maksimumu, kot MG. Pcpc560 je izboljšal nivoje transkripcije FsC in FsD za 4 oziroma 8krat, v primerjavi s Sh-P560. Vendar je raven FsD ostala najnižja med vsemi geni in je bila več kot 2-krat nižja od FsC. V intergenično območje FsC in FsD so vstavili še tretji promotor Pcpc560 in ustvarili proizvodni sev Sh-TP560. Analiza qRT-PCR je pokazala 4-kratno povečanje transkripcije FsD v Sh-TP560, kar je 2-krat večja od FsC. Pri tem sevu se je stranski produkt MG v celoti pretvoril v šinorin, poleg tega pa prekomerna proizvodnja šinorina ni vplivala na rast Sh-TP560. Koncentracija šinorina se je povečala skupaj z obdobjem gojenja, kar kaže na stabilnost proizvodnje. V primerjavi z koncentracijo pridobljeno iz rdečo alge P. umbilicalis, je koncentracija umetno pridobljenega šinorina 73%. Vendar zahteva bistveno krajše obdobje rasti, kar kaže na potencial Sh-TP560 za dobavo šinorina za komercialno uporabo. [1]

'''VPLIV EKSOGENEGA L-SERINA IN UV ŽARKOV NA PROIZVODNO ŠINORINA'''

L- serin je potrebna spojina pri biosintezi šinorina, zato bi lahko povečana količina tega perkurzorja izboljšala produktivnost. V Sh-DP560 in SH-TP560 je prišlo do popolne pretvorbe DG v MG, kar pomeni, da celična razpoložljivost l-serina ne omejuje biosinteze šinorina. Vpliv l-serina so preizkusili tako, da so v medij za kulture Sh-TP560 vnesli različne koncentracije l-serina. Opazili so, da l-serin zavira rast le, ko je njegova končna koncentracija višja od 0,5 mM. Pri 0,5 mM l-serin ne vplival na rast seva in izkoristek šinorina, kar kaže, da l-serin ni omejujoč dejavnik pri proizvodnji šinorina v Sh-TP560. [1]

Primarna biološka funkcija MAAs ščiti organizme pred poškodbami UV-sevanja, zato je bila potrebna ocenitev fotoprotektivnh učinkov šinorina na rast Sh-TP560. Kolonije WT, Synechocystis-pRL1383a in Sh- TP560 so izpostavili UV-A, UV-B žarkom in beli svetlobi 5 ur dnevno 13 dni. V primerjavi z belo svetlobo so UV žarki zmanjšali rast vseh sevov, kar je bilo pričakovano, saj imajo škodljiv vpliv na žive organizme. Niti UV-A niti UV-B žarki niso imeli pomembnega vpliva na proizvodnjo šinorina v Sh-TP560. [1]

'''ZAKLJUČEK'''

V raziskavi so dokazali uspešno uporabo Synechocystis kot heterolognega gostitelja za proizvodnjo šinorina. Sh-TP560 je proizvedel 2,37 ± 0,21 mg / g DW končnega produkta šinorina, kar je primerljivo z proizvodno iz alg P. umbilicalis. Rezultati so pokazali, da je Synechocystis nov dober potencialni gostitelj za pridelavo snovi, ki jih najdemo v cianobakterijah. Poleg tega pa je proizvodna preko Synechocystis okolju prijazna in cenovno ugodna.

'''VIRI'''

[1] Guang Yang, Monica A. Cozad, Destin A. Holland, Yi Zhang, Hendrik Luesch, and Yousong Ding: Photosynthetic Production of Sunscreen Shinorine Using an Engineered Cyanobacterium; ACS Synth. Biol. 2018, 7, 664−671
[2] M.Sendra, D Sánchez-Quiles, J.Blasco, I.Moreno-Garrido, L.M.Lubián, S.Pérez-García, A.Tovar-Sáncheza: Effects of TiO2 nanoparticles and sunscreens on coastal marine microalgae: Ultraviolet radiation is key variable for toxicity assessment; Volume 98, January 2017, Pages 62-68
[3] Saurabh Bhatia, Arun Garg, K. Sharma, S. Kumar, A. Sharma, and A. P. Purohit: Mycosporine and mycosporine-like amino acids: A paramount tool against ultra violet irradiation; Pharmacogn Rev. 2011 Jul-Dec; 5(10): 138–146.

Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije

2020-04-19T13:57:07Z

Tina Turel:

'''UVOD'''

V reke in morja se vsako leto sprosti ogromne količine krem za zaščito pred soncem. Sestavine v umetnih sončnih kremah močno vplivajo na okolje, saj se akumulirajo v živalih in vplivajo na fitoplankton, kar vpliva na strukturo vodne biote. Sončne kreme vsebujejo različne vrste sintetičnih organskih in anorganskih spojin, ki povzročajo porast populacije dinoflagelatov in nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti. Rešitev tega problema je uporaba naravnih sončnih krem, saj so okolju prijazne. Ena izmed glavnih sestavin je šinorin. Trenutno pa sta na trgu dva proizvoda s to spojino in sicer Helioguard 365 in Helionori. [1,2]

'''MIKOSPORINU PODOBNE AMINOKISLINE'''

Mikosporinom podobne aminokisline so majhni sekundarni presnovki, ki jih proizvajajo organizmi, ki živijo v okolju z veliko količino sončne svetlobe, običajno morskem. Trenutno je odkritih približno 30. Nahajajo se v številnih mikroorganizmih, vključno z heterotrofnimi bakterijami, cianobakterijami, mikroalgami, askomicetami in baziidiocemičnimi glivami ter nekaterimi večceličnimi organizmi, kot so makroalge in morske živali. So precej majhne molekule, velike približno 400 Da. Vsebujejo 4-deoksigadusolno jedro (4-DG). MAA hitro pretvorijo absorbirano energijo v toploto, ne da bi pri tem nastale proste kisikove zvrsti. Vse MAA absorbirajo ultravijolične žarke, valovne dolžine med 310 in 362 nm. Spadajo med najmočnejše naravne absorbatorje ultravijoličnega sevanja. Poleg tega, da celice ščitijo pred mutacijo z UV sevanjem in prostimi radikali, MAA lahko povečajo celično toleranco do izsušitve, solnega in vročinskega stresa. Pri sintezi je 4-DG prvi ključni intermediat, ki ga pridobimo po šikimatski poti. Nato z ATP-ligazo na C3 4-DG dodamo glicin, da pridobimo mikosporin-glicin (MG) iz katerega nato nastanejo MMA z neribosomsko peptidno sintetazo (NRPS). Alternativna pot sinteze je bila pred kratkim odkrita v cianobakterijah, kjer 4-DG lahko prizvedemo iz sedoheptoze-7-fosfata in pentoznega fosfata. [1,3]

Šinorin spada med MMA in ga proizvajajo večinoma morske cianobakterije in alge. Komercialno uporabljen šinorin je izoliran iz rdeče alge Porphyra umbilicalis z izkoristkom 3,27 mg/g suhe biomase. P. umbilicalis se pogosto pridobiva iz narave, vsebnost MAA pa se lahko sezonsko in geografsko razlikuje. Gojenje vrste P. umbilicalis je problematično zaradi dolgega časa rasti, saj tudi v optimiziranih laboratorijskih pogojih raste od 2 do 6 dni, v naravi pa najmanj 64 dni. Heterološka ekspresija je koristna strategija za proizvodno naravnih proizvodov različnega izvora. Pri proizvodni šinorina v gostitelji E. coli pride do zelo malo proizvedene spojine in sicer 145 µg/L, poleg tega pa se znatno kopiči 4-GD, kar kaže na neučinkovito in neuravnoteženo proizvodnjo. Razlog za neuspešnost E. coli kot gostitelja je verjetno izrazito različnimi genetskimi ozadji med cianobakterijami in E. coli, npr. vsebnost genskega GC, promotorji, struktura polimeraze RNA in σ faktorjev. Enocelična cianobakterija Synechocystis sp. PCC6803 je pogost gostitelj za raziskave cianobakterij in se uporablja za proizvodnjo biogoriv, osnovnih kemikalij in biomaterialov. Primerna je predvsem zaradi kratkega časa podvojitve, ki je 5 do 10 ur, v primerjavi z ostalimi cianobakterijami, pa se lahko prilagodi genskim razlikam in ne vsebuje NRPS klastrov, s čimer se izognemo sintezi konkurenčnih biosintetskih gradnikov in poenostavimo izolacijo in identifikacijo izraženih produktov. [1]

'''HETEROLOŠKA PRODUKCIJA ŠINORINA V SYNECHOCYSTIS'''

Genske klastre šinorina so pridobili iz cianobakterije Fischerelle, saj je od vseh potencialnih cianobakterij proizvedla največ šinorina. Vendar pa je proizvodna šinorina iz rdečih alg še vedno štirikrat višja. Za hiter dostop do šinorina so poskušali heterologno izraziti genski klaster iz vrste Fischerella v Synechocystis. Končni korak biosinteze šinorina katalizira encim NRPS. Le-ta za aktivnost potrebuje posttranslacijske modifikacije. Da bi zagotovili uspešno proizvodnjo šinorina, so koekspresirali gen fosfopantetenil transferaze (PPT) in genski klaster šinorina, vključno z nativnim promotorjem, z uporabo samoreplikativnega vektorja pRL1383a. Izražanje PPT je bilo pod nadzorom PrnpB, močnega konstitutivnega promotorja Synechocystis. Dobljeni konstrukt so konjugirli v triparentalnem parjenju Synechocystisvia, da so ustvarili proizvodni sev Sh-Pori. S PCR so potrdili prisotnost genskega klastre šinorina v celicah Sh-Pori in opazili pravilno transkripcijo vseh genov z uporabo RT-PCR. Nato so gojili Sh-Pori skupaj z dvema kontroloma 'wild type' (WT) Synechocystis in inženirskim sevom. Preko HPLC analize so določili spojino, ki je v kontrolah niso zaznali. Spojino so identificirali kot šinorin, z primerjavo retenznega časa in MS analize. Synechocystis je dosegla popolno pretvorbo vseh biosintetskih intermediatov in je tako primeren gostitelj šinorina. [1]

'''IZBOLJŠANJE PROIZVODNE ŠINORINA Z UPORABO RAZLIČNIH PROMOTORJEV'''

Transkripcijski elementi nadzirajo produktivnost izraženih spojin v Synechocystis, vendar se njihove funkcije razlikujejo med različnimi gostitelji cianobakterij. Za namen komercialne proizvodne šinorina so optimizirali izražanje šinorinskega klastra s pomočjo treh promotorjev z različno jakostjo, in sicer z sintetičnim promotorjem Ptrc in dvema promotorjema Synechocystis PrnpB in Pcpc560. Tako so ustvarili tri nove ekspresijske vektorje in jih vstavili v Synechocystis, ter pridobili proizvodne seve Sh-Ptrc, Sh-PrnpB in Sh-P560. Preučili so proizvodno šinorina pri uporabi vsakega seva posebej. Sh-PrnpB je proizvedel najmanj šinorina, Sh-P560 pa največ. Vsi ti sevi so proizvedli za približno 4, 5 in 8-krat več šinorina v primerjavi s Sh-Pori. Prav tako sta Sh-Ptrc in Sh-P560 proizvedla več šinorina kot katera koli znana cianobakterijska vrsta. Poleg šinorina so ti sevi ustvarili tudi stransko spojino, ki so jo s pomočjo analize MS in maksimalne absorbcije identificirali kot 4-DG. Proizvodna 4-DG kaže na neuravnoteženo izražanje biosintetskih genov. S pomočjo RT-PCR analize so določili stopnjo transkripcije FsA v Sh-Pori približno 2, 3 in 3-krat višjo od FsB, FsC in FsD. V primerjavi z originalnim promotorjem so Ptrc, PrnpB in Pcpc560 povečala raven transkripcije FsA in FsB za približno 10, 5 in 19 krat, kar je v skladu z izboljšano proizvodnjo šinorina v treh novih sevih. Kopičenje 4-DG je bilo verjetno posledica relativno nizkega izražanja FsC, katerega kodirani encim pretvori 4-DG v MG. Stopnja transkripcije FsC v Sh-P560 je bila za 2–4 krat višja od Sh-Ptrc in Sh-PrnpB, kar je verjetno povzročilo nastanek 1,5–2-krat več šinorina. [1]

'''PRILAGODLJITEV IZRAŽANJA POSAMEZNIH GENOV'''

Da bi dosegli popolno pretvorbo nakopičenega 4-DG, so poskušali zvišati izražanje FsC v Sh-P560. Uporabili so najmočnejši promotor Pcpc560 in ga vstavili v glavno verigo FsC gena šinorinskega klastra v Sh-P560. Kot pričakovano 4-DG po novi analizi ni bil zaznan, koncentracija šinorina pa se je povišala na 1,93 ± 0,09 mg/g DW. V HPLC analizi so zaznali novo spojino, ki so jo identificirali, po MS in absorpcijskem maksimumu, kot MG. Pcpc560 je izboljšal nivoje transkripcije FsC in FsD za 4 oziroma 8krat, v primerjavi s Sh-P560. Vendar je raven FsD ostala najnižja med vsemi geni in je bila več kot 2-krat nižja od FsC. V intergenično območje FsC in FsD so vstavili še tretji promotor Pcpc560 in ustvarili proizvodni sev Sh-TP560. Analiza qRT-PCR je pokazala 4-kratno povečanje transkripcije FsD v Sh-TP560, kar je 2-krat večja od FsC. Pri tem sevu se je stranski produkt MG v celoti pretvoril v šinorin, poleg tega pa prekomerna proizvodnja šinorina ni vplivala na rast Sh-TP560. Koncentracija šinorina se je povečala skupaj z obdobjem gojenja, kar kaže na stabilnost proizvodnje. V primerjavi z koncentracijo pridobljeno iz rdečo alge P. umbilicalis, je koncentracija umetno pridobljenega šinorina 73%. Vendar zahteva bistveno krajše obdobje rasti, kar kaže na potencial Sh-TP560 za dobavo šinorina za komercialno uporabo. [1]

'''VPLIV EKSOGENEGA L-SERINA IN UV ŽARKOV NA PROIZVODNO ŠINORINA'''

L- serin je potrebna spojina pri biosintezi šinorina, zato bi lahko povečana količina tega perkurzorja izboljšala produktivnost. V Sh-DP560 in SH-TP560 je prišlo do popolne pretvorbe DG v MG, kar pomeni, da celična razpoložljivost l-serina ne omejuje biosinteze šinorina. Vpliv l-serina so preizkusili tako, da so v medij za kulture Sh-TP560 vnesli različne koncentracije l-serina. Opazili so, da l-serin zavira rast le, ko je njegova končna koncentracija višja od 0,5 mM. Pri 0,5 mM l-serin ne vplival na rast seva in izkoristek šinorina, kar kaže, da l-serin ni omejujoč dejavnik pri proizvodnji šinorina v Sh-TP560. [1]

Primarna biološka funkcija MAAs ščiti organizme pred poškodbami UV-sevanja, zato je bila potrebna ocenitev fotoprotektivnh učinkov šinorina na rast Sh-TP560. Kolonije WT, Synechocystis-pRL1383a in Sh- TP560 so izpostavili UV-A, UV-B žarkom in beli svetlobi 5 ur dnevno 13 dni. V primerjavi z belo svetlobo so UV žarki zmanjšali rast vseh sevov, kar je bilo pričakovano, saj imajo škodljiv vpliv na žive organizme. Niti UV-A niti UV-B žarki niso imeli pomembnega vpliva na proizvodnjo šinorina v Sh-TP560. [1]

'''ZAKLJUČEK'''

V raziskavi so dokazali uspešno uporabo Synechocystis kot heterolognega gostitelja za proizvodnjo šinorina. Sh-TP560 je proizvedel 2,37 ± 0,21 mg / g DW končnega produkta šinorina, kar je primerljivo z proizvodno iz alg P. umbilicalis. Rezultati so pokazali, da je Synechocystis nov dober potencialni gostitelj za pridelavo snovi, ki jih najdemo v cianobakterijah. Poleg tega pa je proizvodna preko Synechocystis okolju prijazna in cenovno ugodna.

'''VIRI'''

[1] Guang Yang, Monica A. Cozad, Destin A. Holland, Yi Zhang, Hendrik Luesch, and Yousong Ding: Photosynthetic Production of Sunscreen Shinorine Using an Engineered Cyanobacterium; ACS Synth. Biol. 2018, 7, 664−671
[2] M.Sendra, D Sánchez-Quiles, J.Blasco, I.Moreno-Garrido, L.M.Lubián, S.Pérez-García, A.Tovar-Sáncheza: Effects of TiO2 nanoparticles and sunscreens on coastal marine microalgae: Ultraviolet radiation is key variable for toxicity assessment; Volume 98, January 2017, Pages 62-68
[3] Saurabh Bhatia, Arun Garg, K. Sharma, S. Kumar, A. Sharma, and A. P. Purohit: Mycosporine and mycosporine-like amino acids: A paramount tool against ultra violet irradiation; Pharmacogn Rev. 2011 Jul-Dec; 5(10): 138–146.

Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije

2020-04-19T13:55:59Z

Tina Turel:

'''UVOD'''
V reke in morja se vsako leto sprosti ogromne količine krem za zaščito pred soncem. Sestavine v umetnih sončnih kremah močno vplivajo na okolje, saj se akumulirajo v živalih in vplivajo na fitoplankton, kar vpliva na strukturo vodne biote. Sončne kreme vsebujejo različne vrste sintetičnih organskih in anorganskih spojin, ki povzročajo porast populacije dinoflagelatov in nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti. Rešitev tega problema je uporaba naravnih sončnih krem, saj so okolju prijazne. Ena izmed glavnih sestavin je šinorin. Trenutno pa sta na trgu dva proizvoda s to spojino in sicer Helioguard 365 in Helionori. [1,2]

'''MIKOSPORINU PODOBNE AMINOKISLINE'''
Mikosporinom podobne aminokisline so majhni sekundarni presnovki, ki jih proizvajajo organizmi, ki živijo v okolju z veliko količino sončne svetlobe, običajno morskem. Trenutno je odkritih približno 30. Nahajajo se v številnih mikroorganizmih, vključno z heterotrofnimi bakterijami, cianobakterijami, mikroalgami, askomicetami in baziidiocemičnimi glivami ter nekaterimi večceličnimi organizmi, kot so makroalge in morske živali. So precej majhne molekule, velike približno 400 Da. Vsebujejo 4-deoksigadusolno jedro (4-DG). MAA hitro pretvorijo absorbirano energijo v toploto, ne da bi pri tem nastale proste kisikove zvrsti. Vse MAA absorbirajo ultravijolične žarke, valovne dolžine med 310 in 362 nm. Spadajo med najmočnejše naravne absorbatorje ultravijoličnega sevanja. Poleg tega, da celice ščitijo pred mutacijo z UV sevanjem in prostimi radikali, MAA lahko povečajo celično toleranco do izsušitve, solnega in vročinskega stresa. Pri sintezi je 4-DG prvi ključni intermediat, ki ga pridobimo po šikimatski poti. Nato z ATP-ligazo na C3 4-DG dodamo glicin, da pridobimo mikosporin-glicin (MG) iz katerega nato nastanejo MMA z neribosomsko peptidno sintetazo (NRPS). Alternativna pot sinteze je bila pred kratkim odkrita v cianobakterijah, kjer 4-DG lahko prizvedemo iz sedoheptoze-7-fosfata in pentoznega fosfata. [1,3]

Šinorin spada med MMA in ga proizvajajo večinoma morske cianobakterije in alge. Komercialno uporabljen šinorin je izoliran iz rdeče alge Porphyra umbilicalis z izkoristkom 3,27 mg/g suhe biomase. P. umbilicalis se pogosto pridobiva iz narave, vsebnost MAA pa se lahko sezonsko in geografsko razlikuje. Gojenje vrste P. umbilicalis je problematično zaradi dolgega časa rasti, saj tudi v optimiziranih laboratorijskih pogojih raste od 2 do 6 dni, v naravi pa najmanj 64 dni. Heterološka ekspresija je koristna strategija za proizvodno naravnih proizvodov različnega izvora. Pri proizvodni šinorina v gostitelji E. coli pride do zelo malo proizvedene spojine in sicer 145 µg/L, poleg tega pa se znatno kopiči 4-GD, kar kaže na neučinkovito in neuravnoteženo proizvodnjo. Razlog za neuspešnost E. coli kot gostitelja je verjetno izrazito različnimi genetskimi ozadji med cianobakterijami in E. coli, npr. vsebnost genskega GC, promotorji, struktura polimeraze RNA in σ faktorjev. Enocelična cianobakterija Synechocystis sp. PCC6803 je pogost gostitelj za raziskave cianobakterij in se uporablja za proizvodnjo biogoriv, osnovnih kemikalij in biomaterialov. Primerna je predvsem zaradi kratkega časa podvojitve, ki je 5 do 10 ur, v primerjavi z ostalimi cianobakterijami, pa se lahko prilagodi genskim razlikam in ne vsebuje NRPS klastrov, s čimer se izognemo sintezi konkurenčnih biosintetskih gradnikov in poenostavimo izolacijo in identifikacijo izraženih produktov. [1]

'''HETEROLOŠKA PRODUKCIJA ŠINORINA V SYNECHOCYSTIS'''
Genske klastre šinorina so pridobili iz cianobakterije Fischerelle, saj je od vseh potencialnih cianobakterij proizvedla največ šinorina. Vendar pa je proizvodna šinorina iz rdečih alg še vedno štirikrat višja. Za hiter dostop do šinorina so poskušali heterologno izraziti genski klaster iz vrste Fischerella v Synechocystis. Končni korak biosinteze šinorina katalizira encim NRPS. Le-ta za aktivnost potrebuje posttranslacijske modifikacije. Da bi zagotovili uspešno proizvodnjo šinorina, so koekspresirali gen fosfopantetenil transferaze (PPT) in genski klaster šinorina, vključno z nativnim promotorjem, z uporabo samoreplikativnega vektorja pRL1383a. Izražanje PPT je bilo pod nadzorom PrnpB, močnega konstitutivnega promotorja Synechocystis. Dobljeni konstrukt so konjugirli v triparentalnem parjenju Synechocystisvia, da so ustvarili proizvodni sev Sh-Pori. S PCR so potrdili prisotnost genskega klastre šinorina v celicah Sh-Pori in opazili pravilno transkripcijo vseh genov z uporabo RT-PCR. Nato so gojili Sh-Pori skupaj z dvema kontroloma 'wild type' (WT) Synechocystis in inženirskim sevom. Preko HPLC analize so določili spojino, ki je v kontrolah niso zaznali. Spojino so identificirali kot šinorin, z primerjavo retenznega časa in MS analize. Synechocystis je dosegla popolno pretvorbo vseh biosintetskih intermediatov in je tako primeren gostitelj šinorina. [1]

'''IZBOLJŠANJE PROIZVODNE ŠINORINA Z UPORABO RAZLIČNIH PROMOTORJEV'''
Transkripcijski elementi nadzirajo produktivnost izraženih spojin v Synechocystis, vendar se njihove funkcije razlikujejo med različnimi gostitelji cianobakterij. Za namen komercialne proizvodne šinorina so optimizirali izražanje šinorinskega klastra s pomočjo treh promotorjev z različno jakostjo, in sicer z sintetičnim promotorjem Ptrc in dvema promotorjema Synechocystis PrnpB in Pcpc560. Tako so ustvarili tri nove ekspresijske vektorje in jih vstavili v Synechocystis, ter pridobili proizvodne seve Sh-Ptrc, Sh-PrnpB in Sh-P560. Preučili so proizvodno šinorina pri uporabi vsakega seva posebej. Sh-PrnpB je proizvedel najmanj šinorina, Sh-P560 pa največ. Vsi ti sevi so proizvedli za približno 4, 5 in 8-krat več šinorina v primerjavi s Sh-Pori. Prav tako sta Sh-Ptrc in Sh-P560 proizvedla več šinorina kot katera koli znana cianobakterijska vrsta. Poleg šinorina so ti sevi ustvarili tudi stransko spojino, ki so jo s pomočjo analize MS in maksimalne absorbcije identificirali kot 4-DG. Proizvodna 4-DG kaže na neuravnoteženo izražanje biosintetskih genov. S pomočjo RT-PCR analize so določili stopnjo transkripcije FsA v Sh-Pori približno 2, 3 in 3-krat višjo od FsB, FsC in FsD. V primerjavi z originalnim promotorjem so Ptrc, PrnpB in Pcpc560 povečala raven transkripcije FsA in FsB za približno 10, 5 in 19 krat, kar je v skladu z izboljšano proizvodnjo šinorina v treh novih sevih. Kopičenje 4-DG je bilo verjetno posledica relativno nizkega izražanja FsC, katerega kodirani encim pretvori 4-DG v MG. Stopnja transkripcije FsC v Sh-P560 je bila za 2–4 krat višja od Sh-Ptrc in Sh-PrnpB, kar je verjetno povzročilo nastanek 1,5–2-krat več šinorina. [1]

'''PRILAGODLJITEV IZRAŽANJA POSAMEZNIH GENOV'''
Da bi dosegli popolno pretvorbo nakopičenega 4-DG, so poskušali zvišati izražanje FsC v Sh-P560. Uporabili so najmočnejši promotor Pcpc560 in ga vstavili v glavno verigo FsC gena šinorinskega klastra v Sh-P560. Kot pričakovano 4-DG po novi analizi ni bil zaznan, koncentracija šinorina pa se je povišala na 1,93 ± 0,09 mg/g DW. V HPLC analizi so zaznali novo spojino, ki so jo identificirali, po MS in absorpcijskem maksimumu, kot MG. Pcpc560 je izboljšal nivoje transkripcije FsC in FsD za 4 oziroma 8krat, v primerjavi s Sh-P560. Vendar je raven FsD ostala najnižja med vsemi geni in je bila več kot 2-krat nižja od FsC. V intergenično območje FsC in FsD so vstavili še tretji promotor Pcpc560 in ustvarili proizvodni sev Sh-TP560. Analiza qRT-PCR je pokazala 4-kratno povečanje transkripcije FsD v Sh-TP560, kar je 2-krat večja od FsC. Pri tem sevu se je stranski produkt MG v celoti pretvoril v šinorin, poleg tega pa prekomerna proizvodnja šinorina ni vplivala na rast Sh-TP560. Koncentracija šinorina se je povečala skupaj z obdobjem gojenja, kar kaže na stabilnost proizvodnje. V primerjavi z koncentracijo pridobljeno iz rdečo alge P. umbilicalis, je koncentracija umetno pridobljenega šinorina 73%. Vendar zahteva bistveno krajše obdobje rasti, kar kaže na potencial Sh-TP560 za dobavo šinorina za komercialno uporabo. [1]

'''VPLIV EKSOGENEGA L-SERINA IN UV ŽARKOV NA PROIZVODNO ŠINORINA'''
L- serin je potrebna spojina pri biosintezi šinorina, zato bi lahko povečana količina tega perkurzorja izboljšala produktivnost. V Sh-DP560 in SH-TP560 je prišlo do popolne pretvorbe DG v MG, kar pomeni, da celična razpoložljivost l-serina ne omejuje biosinteze šinorina. Vpliv l-serina so preizkusili tako, da so v medij za kulture Sh-TP560 vnesli različne koncentracije l-serina. Opazili so, da l-serin zavira rast le, ko je njegova končna koncentracija višja od 0,5 mM. Pri 0,5 mM l-serin ne vplival na rast seva in izkoristek šinorina, kar kaže, da l-serin ni omejujoč dejavnik pri proizvodnji šinorina v Sh-TP560. [1]

Primarna biološka funkcija MAAs ščiti organizme pred poškodbami UV-sevanja, zato je bila potrebna ocenitev fotoprotektivnh učinkov šinorina na rast Sh-TP560. Kolonije WT, Synechocystis-pRL1383a in Sh- TP560 so izpostavili UV-A, UV-B žarkom in beli svetlobi 5 ur dnevno 13 dni. V primerjavi z belo svetlobo so UV žarki zmanjšali rast vseh sevov, kar je bilo pričakovano, saj imajo škodljiv vpliv na žive organizme. Niti UV-A niti UV-B žarki niso imeli pomembnega vpliva na proizvodnjo šinorina v Sh-TP560. [1]

'''ZAKLJUČEK'''
V raziskavi so dokazali uspešno uporabo Synechocystis kot heterolognega gostitelja za proizvodnjo šinorina. Sh-TP560 je proizvedel 2,37 ± 0,21 mg / g DW končnega produkta šinorina, kar je primerljivo z proizvodno iz alg P. umbilicalis. Rezultati so pokazali, da je Synechocystis nov dober potencialni gostitelj za pridelavo snovi, ki jih najdemo v cianobakterijah. Poleg tega pa je proizvodna preko Synechocystis okolju prijazna in cenovno ugodna.

'''VIRI'''
[1] Guang Yang, Monica A. Cozad, Destin A. Holland, Yi Zhang, Hendrik Luesch, and Yousong Ding: Photosynthetic Production of Sunscreen Shinorine Using an Engineered Cyanobacterium; ACS Synth. Biol. 2018, 7, 664−671
[2] M.Sendra, D Sánchez-Quiles, J.Blasco, I.Moreno-Garrido, L.M.Lubián, S.Pérez-García, A.Tovar-Sáncheza: Effects of TiO2 nanoparticles and sunscreens on coastal marine microalgae: Ultraviolet radiation is key variable for toxicity assessment; Volume 98, January 2017, Pages 62-68
[3] Saurabh Bhatia, Arun Garg, K. Sharma, S. Kumar, A. Sharma, and A. P. Purohit: Mycosporine and mycosporine-like amino acids: A paramount tool against ultra violet irradiation; Pharmacogn Rev. 2011 Jul-Dec; 5(10): 138–146.

Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije

2020-04-19T13:52:51Z

Tina Turel: New page: UVOD V reke in morja se vsako leto sprosti ogromne količine krem za zaščito pred soncem. Sestavine v umetnih sončnih kremah močno vplivajo na okolje, saj se akumulirajo v živalih in ...

UVOD
V reke in morja se vsako leto sprosti ogromne količine krem za zaščito pred soncem. Sestavine v umetnih sončnih kremah močno vplivajo na okolje, saj se akumulirajo v živalih in vplivajo na fitoplankton, kar vpliva na strukturo vodne biote. Sončne kreme vsebujejo različne vrste sintetičnih organskih in anorganskih spojin, ki povzročajo porast populacije dinoflagelatov in nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti. Rešitev tega problema je uporaba naravnih sončnih krem, saj so okolju prijazne. Ena izmed glavnih sestavin je šinorin. Trenutno pa sta na trgu dva proizvoda s to spojino in sicer Helioguard 365 in Helionori. [1,2]
MIKOSPORINU PODOBNE AMINOKISLINE
Mikosporinom podobne aminokisline so majhni sekundarni presnovki, ki jih proizvajajo organizmi, ki živijo v okolju z veliko količino sončne svetlobe, običajno morskem. Trenutno je odkritih približno 30. Nahajajo se v številnih mikroorganizmih, vključno z heterotrofnimi bakterijami, cianobakterijami, mikroalgami, askomicetami in baziidiocemičnimi glivami ter nekaterimi večceličnimi organizmi, kot so makroalge in morske živali. So precej majhne molekule, velike približno 400 Da. Vsebujejo 4-deoksigadusolno jedro (4-DG). MAA hitro pretvorijo absorbirano energijo v toploto, ne da bi pri tem nastale proste kisikove zvrsti. Vse MAA absorbirajo ultravijolične žarke, valovne dolžine med 310 in 362 nm. Spadajo med najmočnejše naravne absorbatorje ultravijoličnega sevanja. Poleg tega, da celice ščitijo pred mutacijo z UV sevanjem in prostimi radikali, MAA lahko povečajo celično toleranco do izsušitve, solnega in vročinskega stresa. Pri sintezi je 4-DG prvi ključni intermediat, ki ga pridobimo po šikimatski poti. Nato z ATP-ligazo na C3 4-DG dodamo glicin, da pridobimo mikosporin-glicin (MG) iz katerega nato nastanejo MMA z neribosomsko peptidno sintetazo (NRPS). Alternativna pot sinteze je bila pred kratkim odkrita v cianobakterijah, kjer 4-DG lahko prizvedemo iz sedoheptoze-7-fosfata in pentoznega fosfata. [1,3]
Šinorin spada med MMA in ga proizvajajo večinoma morske cianobakterije in alge. Komercialno uporabljen šinorin je izoliran iz rdeče alge Porphyra umbilicalis z izkoristkom 3,27 mg/g suhe biomase. P. umbilicalis se pogosto pridobiva iz narave, vsebnost MAA pa se lahko sezonsko in geografsko razlikuje. Gojenje vrste P. umbilicalis je problematično zaradi dolgega časa rasti, saj tudi v optimiziranih laboratorijskih pogojih raste od 2 do 6 dni, v naravi pa najmanj 64 dni. Heterološka ekspresija je koristna strategija za proizvodno naravnih proizvodov različnega izvora. Pri proizvodni šinorina v gostitelji E. coli pride do zelo malo proizvedene spojine in sicer 145 µg/L, poleg tega pa se znatno kopiči 4-GD, kar kaže na neučinkovito in neuravnoteženo proizvodnjo. Razlog za neuspešnost E. coli kot gostitelja je verjetno izrazito različnimi genetskimi ozadji med cianobakterijami in E. coli, npr. vsebnost genskega GC, promotorji, struktura polimeraze RNA in σ faktorjev. Enocelična cianobakterija Synechocystis sp. PCC6803 je pogost gostitelj za raziskave cianobakterij in se uporablja za proizvodnjo biogoriv, osnovnih kemikalij in biomaterialov. Primerna je predvsem zaradi kratkega časa podvojitve, ki je 5 do 10 ur, v primerjavi z ostalimi cianobakterijami, pa se lahko prilagodi genskim razlikam in ne vsebuje NRPS klastrov, s čimer se izognemo sintezi konkurenčnih biosintetskih gradnikov in poenostavimo izolacijo in identifikacijo izraženih produktov. [1]
HETEROLOŠKA PRODUKCIJA ŠINORINA V SYNECHOCYSTIS
Genske klastre šinorina so pridobili iz cianobakterije Fischerelle, saj je od vseh potencialnih cianobakterij proizvedla največ šinorina. Vendar pa je proizvodna šinorina iz rdečih alg še vedno štirikrat višja. Za hiter dostop do šinorina so poskušali heterologno izraziti genski klaster iz vrste Fischerella v Synechocystis. Končni korak biosinteze šinorina katalizira encim NRPS. Le-ta za aktivnost potrebuje posttranslacijske modifikacije. Da bi zagotovili uspešno proizvodnjo šinorina, so koekspresirali gen fosfopantetenil transferaze (PPT) in genski klaster šinorina, vključno z nativnim promotorjem, z uporabo samoreplikativnega vektorja pRL1383a. Izražanje PPT je bilo pod nadzorom PrnpB, močnega konstitutivnega promotorja Synechocystis. Dobljeni konstrukt so konjugirli v triparentalnem parjenju Synechocystisvia, da so ustvarili proizvodni sev Sh-Pori. S PCR so potrdili prisotnost genskega klastre šinorina v celicah Sh-Pori in opazili pravilno transkripcijo vseh genov z uporabo RT-PCR. Nato so gojili Sh-Pori skupaj z dvema kontroloma 'wild type' (WT) Synechocystis in inženirskim sevom. Preko HPLC analize so določili spojino, ki je v kontrolah niso zaznali. Spojino so identificirali kot šinorin, z primerjavo retenznega časa in MS analize. Synechocystis je dosegla popolno pretvorbo vseh biosintetskih intermediatov in je tako primeren gostitelj šinorina. [1]
IZBOLJŠANJE PROIZVODNE ŠINORINA Z UPORABO RAZLIČNIH PROMOTORJEV
Transkripcijski elementi nadzirajo produktivnost izraženih spojin v Synechocystis, vendar se njihove funkcije razlikujejo med različnimi gostitelji cianobakterij. Za namen komercialne proizvodne šinorina so optimizirali izražanje šinorinskega klastra s pomočjo treh promotorjev z različno jakostjo, in sicer z sintetičnim promotorjem Ptrc in dvema promotorjema Synechocystis PrnpB in Pcpc560. Tako so ustvarili tri nove ekspresijske vektorje in jih vstavili v Synechocystis, ter pridobili proizvodne seve Sh-Ptrc, Sh-PrnpB in Sh-P560. Preučili so proizvodno šinorina pri uporabi vsakega seva posebej. Sh-PrnpB je proizvedel najmanj šinorina, Sh-P560 pa največ. Vsi ti sevi so proizvedli za približno 4, 5 in 8-krat več šinorina v primerjavi s Sh-Pori. Prav tako sta Sh-Ptrc in Sh-P560 proizvedla več šinorina kot katera koli znana cianobakterijska vrsta. Poleg šinorina so ti sevi ustvarili tudi stransko spojino, ki so jo s pomočjo analize MS in maksimalne absorbcije identificirali kot 4-DG. Proizvodna 4-DG kaže na neuravnoteženo izražanje biosintetskih genov. S pomočjo RT-PCR analize so določili stopnjo transkripcije FsA v Sh-Pori približno 2, 3 in 3-krat višjo od FsB, FsC in FsD. V primerjavi z originalnim promotorjem so Ptrc, PrnpB in Pcpc560 povečala raven transkripcije FsA in FsB za približno 10, 5 in 19 krat, kar je v skladu z izboljšano proizvodnjo šinorina v treh novih sevih. Kopičenje 4-DG je bilo verjetno posledica relativno nizkega izražanja FsC, katerega kodirani encim pretvori 4-DG v MG. Stopnja transkripcije FsC v Sh-P560 je bila za 2–4 krat višja od Sh-Ptrc in Sh-PrnpB, kar je verjetno povzročilo nastanek 1,5–2-krat več šinorina. [1]
PRILAGODLJITEV IZRAŽANJA POSAMEZNIH GENOV
Da bi dosegli popolno pretvorbo nakopičenega 4-DG, so poskušali zvišati izražanje FsC v Sh-P560. Uporabili so najmočnejši promotor Pcpc560 in ga vstavili v glavno verigo FsC gena šinorinskega klastra v Sh-P560. Kot pričakovano 4-DG po novi analizi ni bil zaznan, koncentracija šinorina pa se je povišala na 1,93 ± 0,09 mg/g DW. V HPLC analizi so zaznali novo spojino, ki so jo identificirali, po MS in absorpcijskem maksimumu, kot MG. Pcpc560 je izboljšal nivoje transkripcije FsC in FsD za 4 oziroma 8krat, v primerjavi s Sh-P560. Vendar je raven FsD ostala najnižja med vsemi geni in je bila več kot 2-krat nižja od FsC. V intergenično območje FsC in FsD so vstavili še tretji promotor Pcpc560 in ustvarili proizvodni sev Sh-TP560. Analiza qRT-PCR je pokazala 4-kratno povečanje transkripcije FsD v Sh-TP560, kar je 2-krat večja od FsC. Pri tem sevu se je stranski produkt MG v celoti pretvoril v šinorin, poleg tega pa prekomerna proizvodnja šinorina ni vplivala na rast Sh-TP560. Koncentracija šinorina se je povečala skupaj z obdobjem gojenja, kar kaže na stabilnost proizvodnje. V primerjavi z koncentracijo pridobljeno iz rdečo alge P. umbilicalis, je koncentracija umetno pridobljenega šinorina 73%. Vendar zahteva bistveno krajše obdobje rasti, kar kaže na potencial Sh-TP560 za dobavo šinorina za komercialno uporabo. [1]
VPLIV EKSOGENEGA L-SERINA IN UV ŽARKOV NA PROIZVODNO ŠINORINA
L- serin je potrebna spojina pri biosintezi šinorina, zato bi lahko povečana količina tega perkurzorja izboljšala produktivnost. V Sh-DP560 in SH-TP560 je prišlo do popolne pretvorbe DG v MG, kar pomeni, da celična razpoložljivost l-serina ne omejuje biosinteze šinorina. Vpliv l-serina so preizkusili tako, da so v medij za kulture Sh-TP560 vnesli različne koncentracije l-serina. Opazili so, da l-serin zavira rast le, ko je njegova končna koncentracija višja od 0,5 mM. Pri 0,5 mM l-serin ne vplival na rast seva in izkoristek šinorina, kar kaže, da l-serin ni omejujoč dejavnik pri proizvodnji šinorina v Sh-TP560. [1]
Primarna biološka funkcija MAAs ščiti organizme pred poškodbami UV-sevanja, zato je bila potrebna ocenitev fotoprotektivnh učinkov šinorina na rast Sh-TP560. Kolonije WT, Synechocystis-pRL1383a in Sh- TP560 so izpostavili UV-A, UV-B žarkom in beli svetlobi 5 ur dnevno 13 dni. V primerjavi z belo svetlobo so UV žarki zmanjšali rast vseh sevov, kar je bilo pričakovano, saj imajo škodljiv vpliv na žive organizme. Niti UV-A niti UV-B žarki niso imeli pomembnega vpliva na proizvodnjo šinorina v Sh-TP560. [1]
ZAKLJUČEK
V raziskavi so dokazali uspešno uporabo Synechocystis kot heterolognega gostitelja za proizvodnjo šinorina. Sh-TP560 je proizvedel 2,37 ± 0,21 mg / g DW končnega produkta šinorina, kar je primerljivo z proizvodno iz alg P. umbilicalis. Rezultati so pokazali, da je Synechocystis nov dober potencialni gostitelj za pridelavo snovi, ki jih najdemo v cianobakterijah. Poleg tega pa je proizvodna preko Synechocystis okolju prijazna in cenovno ugodna.

Seminarji SB 2019/20

2020-04-19T13:49:20Z

Tina Turel:

V študijskem letu 2019/20 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

Primer: 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MoClo:_modularni_klonirni_sistem_za_standardizirano_sestavljanje_ve%C4%8Dgenskih_konstruktov MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov] (Valentina Levak)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 
Primer: 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Phactory:_proizvodnja_bakteriofagov_za_precizno_zdravljenje Phactory: proizvodnja bakteriofagov za precizno zdravljenje] (Rok Miklavčič)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

----

Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu so možni največ 4 seminarji; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar):

15.4. 
1 [[Robustno večcelično računanje z uporabo gensko kodiranih vrat NE-ALI in kemičnih 'žic']] (Tanja Zupan) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETEXE_-_sistem_za_filtracijo_mikroplastike_v_pralnih_strojih PETEXE - sistem za filtracijo mikroplastike v pralnih strojih]
(Lana Vogrinec) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Magi.Coli:_sinteza_psilocibina_s_pomo%C4%8Djo_E.coli Magi.Coli: sinteza psilocibina s pomočjo ''E.coli''] (Luka Lavrič) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SONOBE_-_proteinski_sistem_za_agregacijo_mikroplastike SONOBE - proteinski sistem za agregacijo mikroplastike] (Vesna Podgrajšek) 

21.4. 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_real_MVP:_ekspresijski_sistem_za_pripravo_modularnih_virusom_podobnih_delcev The real MVP: ekspresijski sistem za pripravo modularnih virusom podobnih delcev] (Žiga Vičič) 
2 (Tina Turel) 
3 Anže Jenko 
4 Dunia Sahir 

22.4. 
1 Milica Janković 
2 Nika Testen 
3 Ana Obaha 
4 Ana Maklin 

5.5. 
1 Ajda Lenardič 
2 Jelena Štrbac 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Programabilni_enocelični_sesalski_bioračunalniki Programabilni enocelični sesalski bioračunalniki] (Andreja Habič) 
4 Uroš Prešern 

6.5. 
1 Sara Korošec 
2 Peter Škrinjar 
3 Luka Gregorič 
4 Urban Hribar 

12.5. 
1 Jerneja Nimac 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Orodje_za_modularno_sestavljanje_večgenskih_konstruktov_v_kvasovki: Orodje za modularno sestavljanje večgenskih konstruktov v kvasovki] (Katja Doberšek) 
3 Daria Latysheva 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularni_klonirni_sistem_MoClo_za_biološko_sintezo_v_mikroalgi_C._reinhardtii Modularni klonirni sistem MoClo za biološko sintezo v mikroalgi ''C. reinhardtii''] (Veronika Razpotnik) 

13.5. 
1 Ines Medved 
2 Željka Erić 
3 Patricija Miklavc 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEenirsko_pripravljeni_promotorji%2C_ki_omogo%C4%8Dajo_izra%C5%BEanje_ne_glede_na_%C5%A1tevilo_kopij Inženirsko pripravljeni promotorji, ki omogočajo izražanje ne glede na število kopij] (Benjamin Malovrh) 

19.5. 
1 Samo Purič 
2 Sara Jereb 
3 Primož Bembič 
4 Andrej Race 

20.5. 
1 Katja Malenšek 
2 Vid Modic 
3 Andrej Ivanovski 
4 Maja Globočnik 

26.5. 
1 Nika Zaveršek 
2 Janina Gea Cvikl 
3 
4 

27.5. Rezervni termin 
1 
2 
3 
4

Seminarji SB 2019/20

2020-03-04T21:25:54Z

Tina Turel:

Seminarji SB 2019/20

2020-03-04T21:24:16Z

Tina Turel:

Molekularna biologija virusov

2018-03-15T18:05:20Z

Tina Turel:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.

Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili.
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov!

Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi 
6. Retrovirusi (lahko 3) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3) 
10. Viroidi in satelitski virusi 
11. Evolucija virusov 
12. Virusi in rak 
13. Rastlinski virusi (lahko 3) 
14. Protivirusna zdravila (lahko 3) 
15. Protivirusna cepiva 
16. Diagnostika virusnih okužb 

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi 
6. Retrovirusi (Katja Doberšek, Špela Supej, Barbara Slapnik) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi 
10. Viroidi in satelitski virusi 
11. Evolucija virusov 
12. Virusi in rak 
13. Rastlinski virusi 
14. Protivirusna zdravila (Tina Turel) 
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac) 
16. Diagnostika virusnih okužb 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

Molekularna biologija virusov

2018-03-15T17:57:56Z

Tina Turel:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2017/18 obravnavajo področje virusov, saj v naslednjem letu ne boste imeli možnosti vpisa izbirnega predmeta Virologija. Tematika je razdeljena na 16 poglavij. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu.

Vsako temo obdelata praviloma dva študenta, nekatere teme pa omogočajo tudi razdelitev snovi na tri dele (to je označeno na prvem seznamu). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili.
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.
Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov!

Predstavitve seminarjev po datumih so razvidne iz spletne učilnice.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (lahko 3) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi 
6. Retrovirusi (lahko 3) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi (lahko 3) 
10. Viroidi in satelitski virusi 
11. Evolucija virusov 
12. Virusi in rak 
13. Rastlinski virusi (lahko 3) 
14. Protivirusna zdravila (lahko 3) 
15. Protivirusna cepiva 
16. Diagnostika virusnih okužb 

----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja:

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA-virusi (Ines Medved) 
2. Parvovirusi in sorodni ssDNA-virusi 
3. Reovirusi in drugi dsRNA-virusi 
4. Pikornavirusi in drugi RNA(+)-virusi 
5. Rabdovirusi in drugi RNA(-)-virusi 
6. Retrovirusi (Katja Dobrsek, Spela Supej, Barbara Slapnik) 
7. Hepadnavirusi in kavlimovirusi (DNA-virusi z reverzno transkripcijo) 
8. Nitasti fagi 
9. Ikozaedrični fagi 
10. Viroidi in satelitski virusi(Tina Turel) 
11. Evolucija virusov 
12. Virusi in rak 
13. Rastlinski virusi 
14. Protivirusna zdravila 
15. Protivirusna cepiva (Daria Latysheva, Jerneja Nimac) 
16. Diagnostika virusnih okužb 

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, ki vsebuje povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

BIO2 Povzetki seminarjev 2017

2017-11-10T15:41:49Z

Tina Turel: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2017/2018 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2017/2018 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2017 stran]

=== Luka Gregorič: Pozitivne vloge negativnih regulatorjev ===

Pri preučevanju regulacije sistemov v celici, so negativni regulatorji bolj temen, neraziskan del celotnega procesa, čeprav enako pomemben. Brez njih se lahko v celici začenja nenadzorovano deljenje in posledično rakavost tkiva, ali pa se nam poveča možnost hujšega obolenja. V živčnem sistemu lahko brez GPR-jev poteče prekomerna mielinizacija aksonov, ki pomenijo veliko zmanjšanje vseh kognitivnih sposobnosti organizma in posledično tudi manjšo zmožnost prilagajanja. V mišičnem tkivu, pa lahko pomanjkanje ali slabše delovanje negativnih regulatorjev naredi tkiva manj eksplozivna in povzroči hitrejše staranje, zaradi razlik med tkivi tipa 1 in tipa 2. V najhujšem primeru pa nam pomanjkanje negativnih regulatorjev celo povzroči mišično atofijo, medtem ko nam bi boljše poznavanje prav njih lahko omogočilo, da obdržimo mlade mišice čez celo življenje. Hitrost celotnega delovanja negativnih regulatorjev pa ni odvisna od moči signala, saj signal v zelo majhnem času lahko spravijo na prvotno raven, ne glede na to, kdaj se je ta signal začel. Visoka odzivnost signalov pa tudi pomaga telesu, ko se rabi hitro odzvati na različne dražljaje. Najhitrejše to naredi tako, da je signal vedno aktiviran in se izklopi le ob primeru, da se je potrebno hitro odzvati.

=== Ines Medved: Vohalni receptorji v epidermisu ===
Primarna vloga vohalnih receptorjev je zaznava vonja, ki je zelo pomembna. Poleg zaznave vonja pa imajo receptorji za vonj tudi druge funkcije. Ti receptorji se nahajajo v tkivih, ki niso povezana z vohalno nalogo. Nahajajo se skoraj po celotnem telesu npr. v ledvicah, možganih, srcu, koži, v krvi … V epidermisu so našli dva takšna receptorja, in sicer receptorja OR2AT4 in OR51E2. Kljub podobnemu mehanizmu delovanja se po funkciji zelo razlikujeta. OR2AT4 ob stimulaciji z agonistom poveča celično proliferacijo, vpliva na migracijo celic in sodeluje pri reepitalizaciji v procesu celjenja ran. Ugotovili so, da sodeluje tudi pri zaprtju rane. Za razliko od OR2AT4 receptor OR51E2 zmanjša celično proliferacijo, sodeluje pa v melanogenezi, dendritogenezi in pri celični diferenciaciji. Vohalni receptor OR51E2 ima vlogo tudi v rakavih celicah prostate. Receptorja sta zelo specifična. Vohalni receptor OR2AT4 stimulira le sandanol in brahmanol, OR51E2 pa β-ionon. Za oba receptorja so našli tudi antagoniste, ki blokirajo Ca2+ signal. Za OR2AT4 so odkrili dva antagonista oksifenilon in fenirat, za receptor OR51E2 pa α-ionon. Kljub podobni lokaciji in mehanizmom se receptorja zelo razlikujeta. Medtem ko bi se OR2AT4 lahko uporabljal pri zdravljenju oziroma celjenju rane, bi bil lahko receptor OR51E2 potencialni pokazatelj za rakave celice.

===Daria Latysheva: The role of intrinsically disordered proteins in signalling pathways and regulation ===

Intrinsically disordered proteins (IDPs) are proteins, which do not have a defined three – dimensional structure, yet are completely functional. Found mostly in eukaryotic cells, they play an important role in biosignalling and regulation of a cell. Undergoing coupled folding and binding, IDPs’ recognition elements are cable of taking over the structures of different targets. Since IDPs have multiple interaction motifs, they often serve as signalling centres, thus contributing to the dynamic assembly of complex molecules and varied signalling pathways. Undergoing post – translational modifications, these proteins also add complexity to the regulatory networks and can change the original output of the crosswalk. IDPs are also an important component of higher - order signalling assemblies, enabling the formation of reversible complexes. Being an attractive field of the research, IDPs were not yet studied completely and there is still much to be understood about the structure, functions and the location of IDPs in the cell. Experimental and computational techniques are being developed to identify and characterise disordered regions in proteins in order to emphasize the prevalent role of IDPs in cellular signalling and regulation.

===Polona Skrt: Mehanizem zaznavanja okusa maščobe ===

Okus je pomembna zaznavna zmožnost, saj nas usmerja pri uživanju hranilne in prebavljive hrane ter nas ščiti pred strupi in ostalimi nevarnimi snovmi. Čutne celice se nahajajo v brbončicah v ustni votlini, na jeziku in v grlu. V brbončicah se nahaja okoli 100 celic, ki jih delimo v 3 skupine. Prvi tip so celice podobne glia celicam, ki se ovijejo okoli ostalih celic in jim nudijo oporo ter preprečujejo nekontrolirano širjenje živčnih prenašalcev. Naslednji tip so t.i. receptorske celice, ki zaznavajo sladko, grenko in umami ter sproščajo nevrotransmiterje, ki signal prenesejo do živčevja. Tretji tip celic so predsinaptične celice, ki se odzivajo predvsem na kisel okus. Njihova posebnost je, da se prek sinaps direktno povezujejo z živčnim vlakni. Pri signalizaciji okusov so zelo pomembni z G-proteini povezani receptorji, ki omogočajo zaznavanje sladkega, grenkega in umami okusa ter ionski kanalčki, ki prenašajo informacijo o kislem in slanem okusu. Ne dolgo nazaj so znanstveniki, k prej omenjenim petim osnovnim okusom, dodali še šestega – okus po maščobi. Signalizacija najverjetneje poteka preko receptorja CD36, možni pa so še GPR120 in GPR40 ter DRK kanalčki. Mehanizem je še dokaj neraziskan, predpostavljajo pa sodelovanje med več receptorji.

===Peter Škrinjar: Receptorji za okus in njihova povezava z debelostjo ===

Okus je eden izmed petih osnovnih čutov, katerega naloga je prepoznavanje hranil in preprečevanje vnosa telesu nevarnih snovi. Pri tem mu pomagajo receptorji za okus. Te se razlikujejo za vseh pet osnovnih okusov – grenko, sladko in umami zaznamo s pomočjo GPCR-jev, slano in kislo pa s pomočjo ionskih kanalčkov. Raziskave še potekajo glede receptorjev za maščobnokislinski okus. Poleg receptorjev v ustih pa poznamo tudi receptorje za okus v prebavni cevi. Tam so te pomembni predvsem v enteroendokrinih celicah, kjer ob prisotnosti različnih ligandov sprožijo izločanje različnih peptidnih hormonov (GLP-1, CCK, PYY itd.). Te nato stimulirajo vagusni živec, ki prenese informacijo do možganov, ki se primerno odzovejo (npr. ob prisotnosti sladkorjev se v prebavni cevi izloča GLP-1, ki sproži izločanje inzulina iz trebušne slinavke). Receptorje za okus lahko povežemo tudi z debelostjo. Genetske razlike pri receptorjih za maščobnokislinski okus (predvsem CD36, ki je najbolj raziskan) lahko povzročijo slabše zaznavanje maščobnih kislin, kar bi nato vodilo do debelosti. To povezavo je sicer potrebno še dokazati. Podobno bi lahko predvidevali za maščobnokislinske receptorje v prebavnem traktu. Kot alternativa za zdravljenje debelosti se je pojavila hipoteza o zdravljenju preko receptorjev za okus na adipocitah brez α-gustducina, na katere imajo grenke komponente inhibicijski učinek.

===Milica Janković: Jedrni receptorji: Karakteristike in regulacija receptorjev ter identifikacija ligandov===

Jedrni receptorji so proteini prisotni v celicah, ki prenašajo signale svojih ligandov. Naddružino jedrnih receptorjev sestavlja 48 transkripcijskih faktorjev (pri ljudeh). Aktivirajo se po vezavi liganda in vključujejo receptorje za steroidne hormone, lipofilne vitamine, ščitnične hormone in retinoinsko kislino. Receptor- ligandni kompleks se veže na specifično področje na DNA, katero imenujemo hormonski responsni element (HRE). Jedrni receptorji so transkripcijski faktorji, ker delujejo direktno v jedru in spreminjajo ekspresijo genov ter na ta način vplivajo na razvoj, diferencijacijo in homeostazo in metabolizem. Obstajajo štirje tipi nuklearnih receptorjev, ki se razlikujejo po signalnih poteh.Zavzemajo tudi različne konformacije, ki so povzročene z vezavo agonista, oziroma antagonista. Morda najbolj revolucionarna ugotovitev, je bilo presenetljivo odkritje, da obstajajo številni receptorji, kateri so povezani na majhne molekulske ligande. Ker ti ligandi niso znani, receptorji so poimenovani siroti (orphans) receptorji. Vprašanje je bilo, kako bi lahko prišli do odkritja tistih ligandov? Vsi jedrni receptorji imajo podobno strukturo, na podlagi česa je bilo lahko narediti vrsto testov za identifikacijo ligandov.
Ker se pa vežejo na majhne molekule, predstavljajo zanimive terapevtske cilje. Bi bili bogat vir za razvoj sintetičnih majhnih molekul kot ligandov.

===Tina Turel: Vpliv mikroorganizmov na presnovo glukoze===

V biomedicini je v zadnjih letih prišlo do odkritja, da črevesna mikroflora sodeluje v različnih metabolnih procesih. Mikroorganizmi v črevesju komunicirajo z gostiteljem preko TLR-jev. TLR so receptorji v prirojenem imunskem sistemu, ki zaznajo določeno patogeno zaporedje in aktivirajo imunski odziv oziroma omogočajo komunikacijo med črevesno mikrofloro in gostiteljem. Prav tako pa lahko TLR-ji pa omogočijo, da v različnih metabolnih procesih lahko sodelujejo tudi mikroorganizmi. V študiji so se znanstveniki usmerili v določitev vseh členov, ki vplivajo na presnovo glukoze. Presnova glukoze je univerzalni postopek, ki je prisoten v vseh vretenčarjih in tudi v nekaterih nevretenčarjih. Študija je odkrila manjkajočo povezavo med IFNɣ in presnovo glukoze in sicer A. muciniphilo, ključni mikroorganizem, ki je odgovoren za izboljšanje tolerance na glukozo. Potrdili so, da bakterija lahko izboljša toleranco glukoze v različnih gostiteljih. Irgm1 so določili kot glavnega posrednik med IFNɣ in A. muciniphilo. Dejstvo je, da je A. muciniphila prisotna tudi v človeški mikroflori, zato so znanstveniki opravili poskuse tudi na prostovoljcih. Izkazalo se je, da je postopek in pa vpliv določenih komponent na presnovo in toleranco glukoze enak kot pri miših. Raziskava pa ponuja novo pot v zdravljenju metabolnih bolezni in sicer reguliranje ravni A. muciniphile.

BIO2 Seminar 2017

2017-10-23T16:03:48Z

Tina Turel: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Ines Medved || 12 || Receptorji za vonj v epidermisu || Špela Supej || Lea Knez || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Luka Gregorič || 12 || Pozitivne vloge negativnih regulatorjev || Uroš Prešern || Katja Doberšek || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Daria Latysheva || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Daria_Latysheva:_The_role_of_intrinsically_disordered_proteins_in_signalling_pathways_and_regulation The role of intrinsically disordered proteins in signallng pathways and regulation] || Luka Fratina || Martin Špendl || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Polona Skrt || 12 || || Andreja Habič || Ajda Galič || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Peter Škrinjar || 12 || || Andrej Race || Nika Zaveršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Milica Janković || 12 || || Anže Jenko || Nika Goršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Tina Turel || 14-15 || Vpliv mikroorganizmov na presnovo glukoze || Ines Medved || Špela Supej || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Barbara Slapnik || 14-15 || || Luka Gregorič || Uroš Prešern || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Ana Maklin || 14-15 || || Daria Latysheva || Luka Fratina || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Ajda Krč || 16 || || Polona Skrt || Andreja Habič || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Urban Hribar || 16 || || Peter Škrinjar || Andrej Race || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Urška Zagorc || 16 || || Milica Janković || Anže Jenko || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Patrik Levačić || 17 || || Tina Turel || Ines Medved || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Jerneja Nimac || 17 || || Barbara Slapnik || Luka Gregorič || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Lija Srnovršnik || 17 || || Ana Maklin || Daria Latysheva || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Nika Mikulič || 18 || || Ajda Krč || Polona Skrt || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Tanja Zupan || 18 || || Urban Hribar || Peter Škrinjar || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Anja Tavčar || 18 || || Urška Zagorc || Milica Janković || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Maja Vrabec || 19 || || Patrik Levačić || Tina Turel || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Špela Deučman || 19 || || Jerneja Nimac || Barbara Slapnik || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Anja Černe || 19 || || Lija Srnovršnik || Ana Maklin || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Lea Knez || 20 || || Nika Mikulič || Ajda Krč || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Katja Doberšek || 20 || || Tanja Zupan || Urban Hribar || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Martin Špendl || 20 || || Anja Tavčar || Urška Zagorc || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Ajda Galič || 21 || || Maja Vrabec || Patrik Levačić || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Nika Zaveršek || 21 || || Špela Deučman || Jerneja Nimac || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Nika Goršek || 21 || || Anja Černe || Lija Srnovršnik || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Špela Supej || 22 || || Lea Knez || Nika Mikulič || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Uroš Prešern || 22 || || Katja Doberšek || Tanja Zupan || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Luka Fratina || 22 || || Martin Špendl || Anja Tavčar || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Andreja Habič || 23 || || Ajda Galič || Maja Vrabec || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Andrej Race || 23 || || Nika Zaveršek || Špela Deučman || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Anže Jenko || 23 || || Nika Goršek || Anja Černe || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Katja Dolenc || 23 || || ? || ? || 20/01/17 || 22/01/17 || 24/01/17
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2017|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2017 Povzetki seminarjev

2017-02-28T15:46:27Z

Tina Turel: /* Ana Scott: Naslov seminarja */

[[TBK2017-seminar|Nazaj na osnovno stran]]
===Ana Scott: Naslov seminarja===
Tekst ....

'''Patrik Levaćić: Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionanlnost in strukturo prebavnih celic'''

Vnos nano delcev titanovega dioksida (TiO2) preko prehrambenih izdelkov kot so sladkarije ter žvečilni gumiji je praktično nemogoče. Prebavni trakt služi kot pomembna mejo med telesom in zunanjim okoljem. Cilj raziskave je bilo opazovanje posledic vnosa 30 nano meterskih delcev titanovega dioksida preko modela celične strukture tankega črevesja ter določitev kako akutna ter kronična izpostavljenost takim delcem lahko vpliva na funkcionalnost in strukturo celice. Postopek prepoznavanja TiO2 delcev je zelo kompleksen, navadno se uporablja Ramanova spektroskopija, katera izkorišča lastnosti molekule kot so vibracijska ter rotacijska stanja, s tem pa dobimo tako imenovani ''finger-print'' molekule, saj ima usaka molekula svoje lastnosti in se po njih loči od drugih molekul. Rezultati raziskave so potrdili da, čeprav akutna izpostavljenost ni pustila resnejših posledic na celični strukturi, ima kronična izpostavljenost kar nekaj posledic na celičnem nivoju. Spremeni se funkcionalnost celice, nivo delovanja membranskih encimov vpade, spremeni se prav tako tudi struktura, saj se zmanjša sposobnost vsrkavanja nutrientov preko mikrovilov.

'''Tina Turel: Povezanost retrovirusov z razvojem možganov'''

Možgani človeka so bistveno bolj razviti od možganov drugih sesalcev in zato veliko težji za raziskovanje in razumevanje. Številne raziskave so dokazale, da bi transportni elementi (TE-ji), ki so še pred nekaj leti veljali za neuporaben del DNA, tako imenovan »junk DNK«, lahko bili odgovorni za današnjo stopnjo razvitosti človeških možganov.
Retrovirusi so posebna skupina virusov. Nekateri veljajo za škodljive (HIV), drugi pa so povsem neškodljivi. V našem DNA je več kot 1000 različnih retrovirusov. V raziskavi, ki jo je vodil Johan Jakobsson in se je odvijala v Lundu, so dokazovali pomembno vlogo ERV-ja, endogenega retrovirusa v razvoju človeških možganov. Želeli so pokazati, da nekaj tisoč ERV-jev, mnogi so primarno specifični, delujejo kot priklopna podlaga za epigenetske represorsko beljakovino TRIM28, ki vzpostavi lokalni hetero kromatin okoli ERV-jev. Retrovirusi lahko pri vsakem človeku reagirajo drugače, saj so tak tip genetskega materiala, da se lahko nahajajo v katerem koli delu v genomu. Različna izražanja ERV-ja pa bi bila lahko tudi razlog za možganske okvare, ki povzročijo bolezni, kot so ALS, shizofrenija in bipolarna motnja .

TBK2017-seminar

2017-02-28T15:36:55Z

Tina Turel: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Nina Mezgec Mrzlikar || Nevroprotein regulira gen povezan s shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova
|-
| Tina Turel || Povezanost retrovirusov z razvojem možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek
|-
| Sonja Gabrijelčič || Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221110808.htm https://elifesciences.org/content/6/e20420 || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan
|-
| Patrik Levačić || Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm|| 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race
|-
| Nika Goršek || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir
|-
| Dragana Savković || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl
|-
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik
|-
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved
|-
| Urška Zagorc || || || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar
|-
| Anja Černe || Presnova vodikovega peroksida in učinek farmakološkega askorbata na rakave celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170109134014.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern
|-
| Barbara Slapnik || || || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej
|-
| Jerneja Nimac || || || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez
|-
| Gašper Anton Komatar || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič
|-
| Nadja Škafar || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina
|-
| Anže Jenko || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar
|-
| Špela Deučman || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec
|-
| Luka Gregorič || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski
|-
| Jana Kotnik || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek
|-
| Andrej Špenko || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič
|-
| Ana Maklin || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč
|-
| Emilija Bogatinova || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn
|-
| Nika Zaveršek || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković
|-
| Tanja Zupan || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec
|-
| Andrej Race || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič
|-
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar
|-
| Martin Špendl || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel
|-
| Nika Mikulič Vernik || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič
|-
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić
|-
| Urban Hribar || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek
|-
| Uroš Prešern || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković
|-
| Špela Supej || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman
|-
| Lea Knez || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva
|-
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc
|-
| Luka Fratina || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe
|-
| Anja Tavčar || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik
|-
| Maja Vrabec || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac
|-
| Vesna Dimitrovski || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar
|-
| Katja Doberšek || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar
|-
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko
|-
| Ajda Krč || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman
|-
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič
|-
| Milica Janković || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik
|-
| Ajda Godec || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko
|-
| Andreja Habič || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2017-seminar

2017-02-23T05:48:42Z

Tina Turel: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Nina Mezgec Mrzlikar || Nevroprotein regulira gen povezan s shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova
|-
| Tina Turel || Retrovirusi-pomembni za razvoj možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek
|-
| Sonja Gabrijelčič || || || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan
|-
| Patrik Levačić || Prehrambeni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih bonbonih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race
|-
| Nika Goršek || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir
|-
| Dragana Savković || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl
|-
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik
|-
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved
|-
| Urška Zagorc || || || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar
|-
| Anja Černe || || || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern
|-
| Barbara Slapnik || || || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej
|-
| Jerneja Nimac || || || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez
|-
| Gašper Anton Komatar || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič
|-
| Nadja Škafar || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina
|-
| Anže Jenko || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar
|-
| Špela Deučman || || || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec
|-
| Luka Gregorič || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski
|-
| Jana Kotnik || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek
|-
| Andrej Špenko || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič
|-
| Ana Maklin || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč
|-
| Emilija Bogatinova || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn
|-
| Nika Zaveršek || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković
|-
| Tanja Zupan || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec
|-
| Andrej Race || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič
|-
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar
|-
| Martin Špendl || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel
|-
| Nika Mikulič Vernik || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič
|-
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić
|-
| Urban Hribar || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek
|-
| Uroš Prešern || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković
|-
| Špela Supej || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman
|-
| Lea Knez || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva
|-
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc
|-
| Luka Fratina || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe
|-
| Anja Tavčar || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik
|-
| Maja Vrabec || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac
|-
| Vesna Dimitrovski || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar
|-
| Katja Doberšek || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar
|-
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko
|-
| Ajda Krč || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman
|-
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič
|-
| Milica Janković || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik
|-
| Ajda Godec || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko
|-
| Andreja Habič || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.