Wiki FKKT - User contributions [en]

2015-bionano-seminar

2015-05-03T08:13:15Z

TinaGregorič:

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Avtor 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Avtor 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
|-
| Anže Prašnikar||Monika Praznik ||||29.03.||31.03.||Aneja Tuljak||Angelika Vižintin
|-
| Varja Božič||Eva Knapič||Razgradljivi kondomi s protimikrobno zaščito||29.03.||31.03.||Eva Udovič||Maja Grdadolnik
|-
| Belkisa Velagić||Aleksander Benčič||Avtomobilski encimski katalizator||29.03.||31.03.||Nika Kurinčič||Tjaša Goričan
|-
| Naja Vrankar||Valter Bergant||||31.03.||02.04.||Nataša Žigante||Luka Smole
|-
| Tilen Volčanšek||Veronika Jarc||||31.03.||02.04.||Anže Prašnikar||Jakob Gašper Lavrenčič
|-
| Tanja Lipec||Iza Ogris||Test občutljivosti na gluten z neprebavljivo kapsulo||31.03.||02.04.||Varja Božič||Klara Tereza Novoselc
|-
| Katja Lovrin||Mitja Crček||Uporaba nitrifikacijskih encimov pri kmetovanju||05.04.||07.04.||Belkisa Velagić||Monika Praznik
|-
| Saša Balažic||Urban Javoršek ||||05.04.||07.04.||Naja Vrankar||Eva Knapič
|-
| Urban Borštnik||Sara Primec||||05.04.||07.04.||Tilen Volčanšek||Aleksander Benčič
|-
| Nives Ahlin||Kim Kos||||12.04.||14.04.||Tanja Lipec||Valter Bergant
|-
| Matic Bevec||Estera Merljak||Antimaček®||12.04.||14.04.||Katja Lovrin||Veronika Jarc
|-
| Vida Špindler||Jernej Pušnik||||12.04.||14.04.||Saša Balažic||Iza Ogris
|-
| Jasmina Sedmak||Maxi Sagmeister||Brezžični zobni nanobiosenzor ||19.04.||21.04.||Urban Borštnik||Mitja Crček
|-
| Sanja Popović||Benjamin Bajželj||||19.04.||21.04.||Nives Ahlin||Urban Javoršek
|-
| Blaž Komar||Alja Zottel||||19.04.||21.04.||Matic Bevec||Sara Primec
|-
| Blaž Perič||Katarina Uršič||||03.05.||05.05.||Simon Preložnik||Kim Kos
|-
| Simon Preložnik||Maja Remškar||||03.05.||05.05.||Jasmina Sedmak||Estera Merljak
|-
| Aneja Tuljak||Tina Gregorič||Stekleničke z biosenzorjem za detekcijo ''E.coli''||03.05.||05.05.||Sanja Popović||Jernej Pušnik
|-
| Damir Hamulić||Anita Kustec||||10.05.||12.05.||Blaž Komar||Maxi Sagmeister
|-
| Janja Fortin||Tina Snoj||||10.05.||12.05.||Blaž Perič||Benjamin Bajželj
|-
| Rajko Vnuk||Mojca Banič||||10.05.||12.05.||Vida Špindler||Alja Zottel
|-
| Rok Grm||Ajda Rojc||||17.05.||19.05.||Kaja Javoršek||Katarina Uršič
|-
| Kristina Gavranić||Barbara Žužek||||17.05.||19.05.||Damir Hamulić||Maja Remškar
|-
| Urška Mohorič||Griša Prinčič||||17.05.||19.05.||Janja Fortin||Tina Gregorič
|-
| Maja Ramić||Nejc Petrišič||||24.05.||26.05.||Rajko Vnuk||Anita Kustec
|-
| Barbara Jeras||Tamara Marić||||24.05.||26.05.||Rok Grm||Tina Snoj
|-
| Matic Urlep||Samo Zakotnik||||24.05.||26.05.||Kristina Gavranić||Mojca Banič
|-
| Urban Verbič||Angelika Vižintin||||31.05.||02.06.||Urška Mohorič||Ajda Rojc
|-
| Nataša Žigante||Maja Grdadolnik||||31.05.||02.06.||Maja Ramić||Barbara Žužek
|-
| Kaja Javoršek||Tjaša Goričan||||31.05.||02.06.||Barbara Jeras||Griša Prinčič
|-
| Eva Udovič||Luka Smole||||07.06.||09.06.||Matic Urlep||Nejc Petrišič
|-
| Nika Kurinčič||Jakob Gašper Lavrenčič||||07.06.||09.06.||Urban Verbič||Tamara Marić
|-
| Klara Tereza Novoselc||||||07.06.||09.06.||Samo Zakotnik||
|}

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja najdete v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

==Naloga==
'''Vaša naloga je:<br>'''
Po dva študenta skupaj pripravita projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje:<br>
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od <font color=red>1500 do 2000 besed </font>. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. <font color=red> Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. </font>
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut, predstavitev pa ne sme biti krajša od 15 minut (popust :-)). Nalogo predstavita oba študenta (razdelita si čas). Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo pripombe k projektu in postavijo po dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.

==<font color=green>Imena datotek</font>==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1WdCXoXo1zkRrVlLKIcEV1z_MyhavU-3ERBm9n2oiawI/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do predstavitve seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1ToLPn78T9W3G6Hm5hV0mLseFYghiLQMlRPGb0J5zft8/viewform mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana <font color=green>zeleno</font>.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>
'''Citiranje knjig:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:'''<br>
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>
<font color=green>Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.</font>

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Seminarji TehDNA

2013-12-06T17:40:32Z

TinaGregorič:

Seminarje iz Tehnologije DNA bo v študijskem letu 2013/14 vodila asist. dr. Helena Čelešnik.

'''SEMINARJI SO OB TORKIH (ob 14h na dekanatu, soba D30, 1. nadstropje levo).'''

Seznam tem za seminarje:

# Mutageneza (16.10.), 3 seminarji: 1. Urban Bezeljak (CRISPR/Cas9) 2. Uroš Stupar (ZFN nukleaze) 3. Helena Vajović (tarčna mutageneza)
# Izražanje na površini (23.10.), 3 seminarji: 1. Mitja Crček (Ribosome display), 2. Klara Tereza Novoselc (Phage display) 3. Živa Marsetič (Predstavitev na površini bakterij)
# Dvohibridni sistemi (30.10.), 3 seminarji: 1. Katja Kovačič (BiFC) 2. Barbara Žužek (YTH s knjižnico celic HeLa) 3. Bernarda Majc (YTH)
# Mutageneza/genetika (6.11.), skupaj 3 seminarji: 1. Valter Bergant (scFv phage display), 2. Ana Kapraljević (gene silencing shRNA), 3. Tjaša Blatnik (gene overexpression)
# GSO v agronomiji (12.11.), 3 seminarji: 1. Niki Bursič (izboljšanje tolerance na mraz in slanost), 2. Petra Malavašič (biofortifikacija riža), 3. Jernej Mustar (rizobakterijska simbioza)
# Transgenske živali (26.11.), 3 seminarji: 1. Andrea Grof (transgenske kokoši), 2. Eva Lucija Kozak (HMC), 3. Špela Pohleven (transgene podgane)
# Izvorne celice (3.12.), 4 seminarji: 1. Sara Primec, 2. Alja Zottel, 3. Tjaša Goričan (SCNT), 4. Rok Štemberger
# DNA-diagnostika (10.12.), 4 seminarji: 1. Tina Gregorič , 2. Eva Knapič, 3. Veronika Jarc, 4. Jana Verbančič
# Forenzika, arheologija, sistematika (17.12.), 3 seminarji: 1. Matja Zalar, 2. Andreja Bratovš, 3. Maja Remškar
# Mikromreže, genomike (7.1.), 3 seminarji: 1. Andrej Vrankar (microarray-gene chips), 2. Filip Kolenc 3. Nastja Štemberger
# Gensko zdravljenje s. lat. (14.1.), 3 seminarji: 1. Ana Dolinar 2. Staša Komljenovič, 3. Katarina Uršič

'''IZBIRANJE ČLANKOV ZA SEMINARJE:
Ni nujno, da je metoda, ki jo želimo predstaviti, sama tematika izbranega članka. Zaželeno je, da članek obravnava neko biološko temo, pri raziskovanju le-te pa avtorji uporabljajo metodo, ki jo želimo predstaviti.'''

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 10.12.2013:''' '''dolžina predstavitve: 13 min, čas za vprašanja: 9 min na seminar.

PROSIM, DA SE STRIKTNO DRŽITE DOLŽINE PREDSTAVITEV, KER IMAMO TA TEDEN 4 SEMINARJE
# Tina Gregorič ([[Comparative genomic hybridization (CGH) arrays]]) Vprašanja: Crček Mitja, Majc Bernarda
# Eva Knapič ([[Automated Multiplexing Quantum Dots in Situ Hybridization Assay ]]) Vprašanja: Stupar Uroš, Malavašič Petra
# Veronika Jarc ([[identification and mapping of clone-specific chromosomal abnormalities ]]) Vprašanja: Marsetič Żiva, Bursić Niki
# Jana Verbančič ([[multiplex oligonucleotide ligation assay]]) Vprašanja: Bezeljak Urban, Żużek Barbara

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 3.12.2013:''' '''dolžina predstavitve: 13 min, čas za vprašanja: 9 min na seminar.

PROSIM, DA SE STRIKTNO DRŽITE DOLŽINE PREDSTAVITEV, KER IMAMO TA TEDEN 4 SEMINARJE
# Sara Primec([[Stem Cell Educator therapy]]) Vprašanja: Bergant Valter, Novoselc Klara Tereza
# Alja Zottel ([[hematopoietic stem/progenitor cells (HSPC) modification]]) Vprašanja: Dolinar Ana, Kapraljević Ana
# Tjaša Goričan ([[Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells & SCNT]]) Vprašanja: Vrankar Andrej, Uršič Katarina
# Rok Štemberger ([[neural stem cells]]) Vprašanja: Komljenović Staša, Blatnik Tjaša

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 26.11.2013 (ob 14h, soba D30)''' '''Dolžina predstavitve: 13 min'''
# Andrea Grof ([[transgenske kokoši]]) Vprašanja: Zottel Alja, Vajović Helena
# Eva Lucija Kozak ([[HMC]]) Vprašanja: Štemberger Nastja, Knapič Eva
# Špela Pohleven ([[transgene podgane]]) Vprašanja: Bratovš Andreja, Kovačič Katja

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 12.11.2013 (ob 14h na dekanatu - D30)''' '''Dolžina predstavitve: 13 min'''
# Niki Bursič ([[izboljšanje tolerance na mraz in slanost]]) (Vsak svoje) vprašanje postavita Kolenc Filip in Primec Sara
# Petra Malavašič ([[biofortifikacija riža]]) Vprašanje postavita Zalar Matja in Gregorič Tina
# Jernej Mustar ([[rizobakterijska simbioza]]) Vprašanje postavita Jarc Veronika in Remškar Maja

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 6.11.2013'''
# Valter Bergant ([[scFv phage display]])
# Ana Kapraljević ([[gene silencing shRNA]])
# Tjaša Blatnik ([[gene overexpression]])

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 30.10.2013'''
# Katja Kovačič ([[BiFC]])
# Barbara Žužek ([[YTH s knjižnico celic HeLa]])
# Bernarda Majc ([[YTH]])

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 23.10.2013'''
# Mitja Crček ([[Predstavitev na ribosomih]])
# Klara Tereza Novoselc ([[Phage display]])
# Živa Marsetič ([[Predstavitev na površini bakterij]])

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 14.10.2013'''
# Urban Bezeljak ([[CRISPR/Cas9]])
# Uroš Stupar ([[ZFN nukleaze]])
# Helena Vajović ([[tarčna mutageneza]])

Seminarji TehDNA

2013-12-06T17:38:43Z

TinaGregorič:

Seminarje iz Tehnologije DNA bo v študijskem letu 2013/14 vodila asist. dr. Helena Čelešnik.

'''SEMINARJI SO OB TORKIH (ob 14h na dekanatu, soba D30, 1. nadstropje levo).'''

Seznam tem za seminarje:

# Mutageneza (16.10.), 3 seminarji: 1. Urban Bezeljak (CRISPR/Cas9) 2. Uroš Stupar (ZFN nukleaze) 3. Helena Vajović (tarčna mutageneza)
# Izražanje na površini (23.10.), 3 seminarji: 1. Mitja Crček (Ribosome display), 2. Klara Tereza Novoselc (Phage display) 3. Živa Marsetič (Predstavitev na površini bakterij)
# Dvohibridni sistemi (30.10.), 3 seminarji: 1. Katja Kovačič (BiFC) 2. Barbara Žužek (YTH s knjižnico celic HeLa) 3. Bernarda Majc (YTH)
# Mutageneza/genetika (6.11.), skupaj 3 seminarji: 1. Valter Bergant (scFv phage display), 2. Ana Kapraljević (gene silencing shRNA), 3. Tjaša Blatnik (gene overexpression)
# GSO v agronomiji (12.11.), 3 seminarji: 1. Niki Bursič (izboljšanje tolerance na mraz in slanost), 2. Petra Malavašič (biofortifikacija riža), 3. Jernej Mustar (rizobakterijska simbioza)
# Transgenske živali (26.11.), 3 seminarji: 1. Andrea Grof (transgenske kokoši), 2. Eva Lucija Kozak (HMC), 3. Špela Pohleven (transgene podgane)
# Izvorne celice (3.12.), 4 seminarji: 1. Sara Primec, 2. Alja Zottel, 3. Tjaša Goričan (SCNT), 4. Rok Štemberger
# DNA-diagnostika (10.12.), 4 seminarji: 1. Tina Gregorič , 2. Eva Knapič, 3. Veronika Jarc, 4. Jana Verbančič
# Forenzika, arheologija, sistematika (17.12.), 3 seminarji: 1. Matja Zalar, 2. Andreja Bratovš, 3. Maja Remškar
# Mikromreže, genomike (7.1.), 3 seminarji: 1. Andrej Vrankar (microarray-gene chips), 2. Filip Kolenc 3. Nastja Štemberger
# Gensko zdravljenje s. lat. (14.1.), 3 seminarji: 1. Ana Dolinar 2. Staša Komljenovič, 3. Katarina Uršič

'''IZBIRANJE ČLANKOV ZA SEMINARJE:
Ni nujno, da je metoda, ki jo želimo predstaviti, sama tematika izbranega članka. Zaželeno je, da članek obravnava neko biološko temo, pri raziskovanju le-te pa avtorji uporabljajo metodo, ki jo želimo predstaviti.'''

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 10.12.2013:''' '''dolžina predstavitve: 13 min, čas za vprašanja: 9 min na seminar.

PROSIM, DA SE STRIKTNO DRŽITE DOLŽINE PREDSTAVITEV, KER IMAMO TA TEDEN 4 SEMINARJE
# Tina Gregorič ([[Identification of prefoldin amplification (1q23.3-q24.1) in bladder cancer using comparative genomic hybridization (CGH) arrays of urinary DNA.]]) Vprašanja: Crček Mitja, Majc Bernarda
# Eva Knapič ([[Automated Multiplexing Quantum Dots in Situ Hybridization Assay ]]) Vprašanja: Stupar Uroš, Malavašič Petra
# Veronika Jarc ([[identification and mapping of clone-specific chromosomal abnormalities ]]) Vprašanja: Marsetič Żiva, Bursić Niki
# Jana Verbančič ([[multiplex oligonucleotide ligation assay]]) Vprašanja: Bezeljak Urban, Żużek Barbara

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 3.12.2013:''' '''dolžina predstavitve: 13 min, čas za vprašanja: 9 min na seminar.

PROSIM, DA SE STRIKTNO DRŽITE DOLŽINE PREDSTAVITEV, KER IMAMO TA TEDEN 4 SEMINARJE
# Sara Primec([[Stem Cell Educator therapy]]) Vprašanja: Bergant Valter, Novoselc Klara Tereza
# Alja Zottel ([[hematopoietic stem/progenitor cells (HSPC) modification]]) Vprašanja: Dolinar Ana, Kapraljević Ana
# Tjaša Goričan ([[Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells & SCNT]]) Vprašanja: Vrankar Andrej, Uršič Katarina
# Rok Štemberger ([[neural stem cells]]) Vprašanja: Komljenović Staša, Blatnik Tjaša

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 26.11.2013 (ob 14h, soba D30)''' '''Dolžina predstavitve: 13 min'''
# Andrea Grof ([[transgenske kokoši]]) Vprašanja: Zottel Alja, Vajović Helena
# Eva Lucija Kozak ([[HMC]]) Vprašanja: Štemberger Nastja, Knapič Eva
# Špela Pohleven ([[transgene podgane]]) Vprašanja: Bratovš Andreja, Kovačič Katja

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 12.11.2013 (ob 14h na dekanatu - D30)''' '''Dolžina predstavitve: 13 min'''
# Niki Bursič ([[izboljšanje tolerance na mraz in slanost]]) (Vsak svoje) vprašanje postavita Kolenc Filip in Primec Sara
# Petra Malavašič ([[biofortifikacija riža]]) Vprašanje postavita Zalar Matja in Gregorič Tina
# Jernej Mustar ([[rizobakterijska simbioza]]) Vprašanje postavita Jarc Veronika in Remškar Maja

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 6.11.2013'''
# Valter Bergant ([[scFv phage display]])
# Ana Kapraljević ([[gene silencing shRNA]])
# Tjaša Blatnik ([[gene overexpression]])

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 30.10.2013'''
# Katja Kovačič ([[BiFC]])
# Barbara Žužek ([[YTH s knjižnico celic HeLa]])
# Bernarda Majc ([[YTH]])

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 23.10.2013'''
# Mitja Crček ([[Predstavitev na ribosomih]])
# Klara Tereza Novoselc ([[Phage display]])
# Živa Marsetič ([[Predstavitev na površini bakterij]])

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 14.10.2013'''
# Urban Bezeljak ([[CRISPR/Cas9]])
# Uroš Stupar ([[ZFN nukleaze]])
# Helena Vajović ([[tarčna mutageneza]])

Seminarji TehDNA

2013-12-06T17:37:56Z

TinaGregorič:

Seminarje iz Tehnologije DNA bo v študijskem letu 2013/14 vodila asist. dr. Helena Čelešnik.

'''SEMINARJI SO OB TORKIH (ob 14h na dekanatu, soba D30, 1. nadstropje levo).'''

Seznam tem za seminarje:

# Mutageneza (16.10.), 3 seminarji: 1. Urban Bezeljak (CRISPR/Cas9) 2. Uroš Stupar (ZFN nukleaze) 3. Helena Vajović (tarčna mutageneza)
# Izražanje na površini (23.10.), 3 seminarji: 1. Mitja Crček (Ribosome display), 2. Klara Tereza Novoselc (Phage display) 3. Živa Marsetič (Predstavitev na površini bakterij)
# Dvohibridni sistemi (30.10.), 3 seminarji: 1. Katja Kovačič (BiFC) 2. Barbara Žužek (YTH s knjižnico celic HeLa) 3. Bernarda Majc (YTH)
# Mutageneza/genetika (6.11.), skupaj 3 seminarji: 1. Valter Bergant (scFv phage display), 2. Ana Kapraljević (gene silencing shRNA), 3. Tjaša Blatnik (gene overexpression)
# GSO v agronomiji (12.11.), 3 seminarji: 1. Niki Bursič (izboljšanje tolerance na mraz in slanost), 2. Petra Malavašič (biofortifikacija riža), 3. Jernej Mustar (rizobakterijska simbioza)
# Transgenske živali (26.11.), 3 seminarji: 1. Andrea Grof (transgenske kokoši), 2. Eva Lucija Kozak (HMC), 3. Špela Pohleven (transgene podgane)
# Izvorne celice (3.12.), 4 seminarji: 1. Sara Primec, 2. Alja Zottel, 3. Tjaša Goričan (SCNT), 4. Rok Štemberger
# DNA-diagnostika (10.12.), 4 seminarji: 1. Tina Gregorič , 2. Eva Knapič, 3. Veronika Jarc, 4. Jana Verbančič
# Forenzika, arheologija, sistematika (17.12.), 3 seminarji: 1. Matja Zalar, 2. Andreja Bratovš, 3. Maja Remškar
# Mikromreže, genomike (7.1.), 3 seminarji: 1. Andrej Vrankar (microarray-gene chips), 2. Filip Kolenc 3. Nastja Štemberger
# Gensko zdravljenje s. lat. (14.1.), 3 seminarji: 1. Ana Dolinar 2. Staša Komljenovič, 3. Katarina Uršič

'''IZBIRANJE ČLANKOV ZA SEMINARJE:
Ni nujno, da je metoda, ki jo želimo predstaviti, sama tematika izbranega članka. Zaželeno je, da članek obravnava neko biološko temo, pri raziskovanju le-te pa avtorji uporabljajo metodo, ki jo želimo predstaviti.'''

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 10.12.2013:''' '''dolžina predstavitve: 13 min, čas za vprašanja: 9 min na seminar.

PROSIM, DA SE STRIKTNO DRŽITE DOLŽINE PREDSTAVITEV, KER IMAMO TA TEDEN 4 SEMINARJE
# Tina Gregorič (Identification of prefoldin amplification (1q23.3-q24.1) in bladder cancer using comparative genomic hybridization (CGH) arrays of urinary DNA.) Vprašanja: Crček Mitja, Majc Bernarda
# Eva Knapič ([[Automated Multiplexing Quantum Dots in Situ Hybridization Assay ]]) Vprašanja: Stupar Uroš, Malavašič Petra
# Veronika Jarc ([[identification and mapping of clone-specific chromosomal abnormalities ]]) Vprašanja: Marsetič Żiva, Bursić Niki
# Jana Verbančič ([[multiplex oligonucleotide ligation assay]]) Vprašanja: Bezeljak Urban, Żużek Barbara

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 3.12.2013:''' '''dolžina predstavitve: 13 min, čas za vprašanja: 9 min na seminar.

PROSIM, DA SE STRIKTNO DRŽITE DOLŽINE PREDSTAVITEV, KER IMAMO TA TEDEN 4 SEMINARJE
# Sara Primec([[Stem Cell Educator therapy]]) Vprašanja: Bergant Valter, Novoselc Klara Tereza
# Alja Zottel ([[hematopoietic stem/progenitor cells (HSPC) modification]]) Vprašanja: Dolinar Ana, Kapraljević Ana
# Tjaša Goričan ([[Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells & SCNT]]) Vprašanja: Vrankar Andrej, Uršič Katarina
# Rok Štemberger ([[neural stem cells]]) Vprašanja: Komljenović Staša, Blatnik Tjaša

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 26.11.2013 (ob 14h, soba D30)''' '''Dolžina predstavitve: 13 min'''
# Andrea Grof ([[transgenske kokoši]]) Vprašanja: Zottel Alja, Vajović Helena
# Eva Lucija Kozak ([[HMC]]) Vprašanja: Štemberger Nastja, Knapič Eva
# Špela Pohleven ([[transgene podgane]]) Vprašanja: Bratovš Andreja, Kovačič Katja

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 12.11.2013 (ob 14h na dekanatu - D30)''' '''Dolžina predstavitve: 13 min'''
# Niki Bursič ([[izboljšanje tolerance na mraz in slanost]]) (Vsak svoje) vprašanje postavita Kolenc Filip in Primec Sara
# Petra Malavašič ([[biofortifikacija riža]]) Vprašanje postavita Zalar Matja in Gregorič Tina
# Jernej Mustar ([[rizobakterijska simbioza]]) Vprašanje postavita Jarc Veronika in Remškar Maja

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 6.11.2013'''
# Valter Bergant ([[scFv phage display]])
# Ana Kapraljević ([[gene silencing shRNA]])
# Tjaša Blatnik ([[gene overexpression]])

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 30.10.2013'''
# Katja Kovačič ([[BiFC]])
# Barbara Žužek ([[YTH s knjižnico celic HeLa]])
# Bernarda Majc ([[YTH]])

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 23.10.2013'''
# Mitja Crček ([[Predstavitev na ribosomih]])
# Klara Tereza Novoselc ([[Phage display]])
# Živa Marsetič ([[Predstavitev na površini bakterij]])

'''POVZETKI ZA SEMINARJE 14.10.2013'''
# Urban Bezeljak ([[CRISPR/Cas9]])
# Uroš Stupar ([[ZFN nukleaze]])
# Helena Vajović ([[tarčna mutageneza]])

Comparative genomic hybridization (CGH) arrays

2013-12-06T17:36:29Z

TinaGregorič:

Povzeto po: Identification of prefoldin amplification (1q23.3-q24.1) in bladder cancer using comparative genomic hybridization (CGH) arrays of urinary DNA., López V, González-Peramato P, Suela J, Serrano A, Algaba F, Cigudosa JC, Vidal A, Bellmunt J, Heredero O, Sánchez-Carbayo M.J Transl Med. 2013.

<h2>Uvod</h2>
Rak sečnega mehurja je 4. najpogostejša maligna bolezen in je predvsem pri moških na drugem mestu rakavih bolezni sečil, takoj za rakom prostate. Najpogostejši bolezenski znak je krvavitev iz sečnega mehurja, zato vsaka krvavitev zahteva takojšnji pregled. Trenutno je glavna metoda za diagnostiko raka na mehurju citoskopija v kombinaciji z urinsko citološkimi preiskavami. Izvedba citoskopije je za paciente dokaj neugodna, zato so v raziskavi želeli izvesti metodo, ki bi bila za paciente ugodnejša. Odločili so se za uporabo primerjalne genomske hibridizacije na mikromrežah (aCGH), kjer so za vzorce uporabili DNA iz urina. Za potrditev in preverjanje rezultatov, ki so jih dobili z omenjeno metodo, so uporabili še dve tehniki - fluorescenčno in situ hibridizacijo (FISH) ter imunohistologijo.

<h2>Primerjalna genomska hibridizacija na mikromrežah (aCGH)</h2>
Primerjalna genomska hibridizacija na mikromrežah (aCGH) je molekularno citogenetska metoda za preiskovanje kromosomskih neravnovesij na ravni celotnega genoma. Kvantitativne spremembe genoma vključujejo delecije (primanjkljaj oziroma izrez določenega odseka genoma), insercije (vključitev nukleotidnih zaporedij v genom), amplifikacije (pomnožitve določenega odseka DNA) in kromosomske prerazporeditve, kjer se deli dedne informacije med posameznimi kromosomi nepravilno izmenjajo. Gre za tehnično zahtevno in zamudno tehniko in kot taka je neprimerna za rutinsko diagnostično delo. Klasične citogenetske metode, s katerimi se tudi preiskuje tovrstne spremembe (kariotipizacija, proganje kromosomov, fluorescentna in situ hibridizacija – FISH, idr.) imajo pomanjkljivo ločljivost in zahtevajo celice, ki se delijo.

Na CGH mikromrežah so nanešeni klonirani poljubno dolgi (tudi do nekaj 100 kb) odseki DNA točno določene lokacije na kromosomu. To omogoča zelo natančno določevanje sprememb v genomu. Metoda se v največji meri uporablja v onkologiji, in sicer v diagnostične namene (prepoznavanje vrste raka) in s tem povezano prognozo, uporabna pa je tudi za določevanje kromosomskih aberacij različnih genetskih obolenj in za prenatalno diagnostiko različnih kromosomskih abnormalnosti, npr. Downovega sindroma. Analiza DNA različnih osebkov na mikromreži pokaže prisotnost ali odsotnost signala, kar potrjuje prisotnost oziroma odsotnost določene kromosomske spremembe, povezane z boleznijo.

<h2>Metode dela pri aCGH</h2>
Za vzorce so uporabili urinsko DNA dveh skupin ljudi. V prvi skupini je bilo 14 donorjev urina, pri katerih je bil rak na mehurju že diagnosticiran z metodo citoskopije. Druga skupina donorjev je vsebovala 8 prostovoljcev, ki niso oboleli za rakom na mehurju ter prostovoljcev, za katere ni bilo preverjeno, ali so oboleli. Po izolaciji DNA iz urina, je sledilo označevanje genomske DNA s fluorescentnimi barvili. Testno (bolnikovo) DNA so označili z zelenim barvilom (Cynanin5 oz Cy5), kontrolno DNA pa z rdečim barvilom (Cynanin3 oz Cy3). Vzorce so nanesli na mikromreže. Med hibridizacijo pride do prileganja identičnih ali podobnih zaporedij nukleinskih kislin preko nastanka stabilnih komplementarnih baznih parov. Hibridizaciji je sledila detekcija intenzitete fluorescenčo označene DNA, ki poteka pri 670nm (Cy5) in 570nm (Cy3). Z analiziranjem razmerja obeh barvil vzdolž posameznega kromosoma, sistem zazna prisotnost in/ali lokacijo kromosomskih neravnotežij po celotnem genomu, glede na vrednost CNV (copy number value), ki je določena za posamezno regijo.

<h2>Rezultati in diskusija</h2>
Rezultati, ki so jih dobili z metodo aCGH, so pokazali pogoste genomske aberacije pri rakavih bolnikih. Najbolj pogosta amplifikacija je bila detektirana na regiji 1q23.3-q24, sledijo ji tudi druge regije (1q21.2-q21.3, 1q24.2-q24.3, 5p15.3 ter 11p15.59). Določili pa so tudi regije, kjer so bile detektirane delecije DNA in sicer so to regije 10p15.3 in 11p15.5. Analiza in rezultati so pokazali, da je aCGH ustrezna tehnika za raziskovanje kromosomskih neravnovesij, ki se pojavljajo pri raku sečnega mehurja. Regija 1q23.3-q24 vsebuje več genov, največji dodatek DNA pa je sovpadal z genom za prefoldin (PFND2). To so potrdili tudi z metodo FISH. Zaradi rezultatov, ki so jih pridobili z aCGH, so s tehniko imunohistokemije raziskali tudi izražanje prefoldina ter ugotovili, da pri bolnikih, ki so oboleli za rakom sečnega mehurja, prihaja do povečanega izražanja prefoldina PFND2. Povečana količina prefoldina naj bi bila povezana s fazo tumorja in tumorsko rastjo v sečnem mehurju.

<h2>Zaključek</h2>
S pomočjo primerjalne genomske hibridizacije (CGH) so določili, da je protein prefoldin potencialni biomarker za diagnosticiranje raka sečnega mehurja, hkrati pa so PFND2 izpostavili kot možno terapevtsko tarčo, preko katere bi lahko zdravili raka. Povečana ekspresija prefoldina PFND2 je povezana z nastankom in rastjo tumorja v mehurju, vendar zaenkrat njegova vloga še ni znana.

Comparative genomic hybridization (CGH) arrays

2013-12-06T17:36:07Z

TinaGregorič: New page: Povzeto po: Identification of prefoldin amplification (1q23.3-q24.1) in bladder cancer using comparative genomic hybridization (CGH) arrays of urinary DNA., López V, González-Peramato P,...

Povzeto po: Identification of prefoldin amplification (1q23.3-q24.1) in bladder cancer using comparative genomic hybridization (CGH) arrays of urinary DNA., López V, González-Peramato P, Suela J, Serrano A, Algaba F, Cigudosa JC, Vidal A, Bellmunt J, Heredero O, Sánchez-Carbayo M.J Transl Med. 2013.

<h2>UVOD</h2>
Rak sečnega mehurja je 4. najpogostejša maligna bolezen in je predvsem pri moških na drugem mestu rakavih bolezni sečil, takoj za rakom prostate. Najpogostejši bolezenski znak je krvavitev iz sečnega mehurja, zato vsaka krvavitev zahteva takojšnji pregled. Trenutno je glavna metoda za diagnostiko raka na mehurju citoskopija v kombinaciji z urinsko citološkimi preiskavami. Izvedba citoskopije je za paciente dokaj neugodna, zato so v raziskavi želeli izvesti metodo, ki bi bila za paciente ugodnejša. Odločili so se za uporabo primerjalne genomske hibridizacije na mikromrežah (aCGH), kjer so za vzorce uporabili DNA iz urina. Za potrditev in preverjanje rezultatov, ki so jih dobili z omenjeno metodo, so uporabili še dve tehniki - fluorescenčno in situ hibridizacijo (FISH) ter imunohistologijo.

<h2>Primerjalna genomska hibridizacija na mikromrežah (aCGH)</h2>
Primerjalna genomska hibridizacija na mikromrežah (aCGH) je molekularno citogenetska metoda za preiskovanje kromosomskih neravnovesij na ravni celotnega genoma. Kvantitativne spremembe genoma vključujejo delecije (primanjkljaj oziroma izrez določenega odseka genoma), insercije (vključitev nukleotidnih zaporedij v genom), amplifikacije (pomnožitve določenega odseka DNA) in kromosomske prerazporeditve, kjer se deli dedne informacije med posameznimi kromosomi nepravilno izmenjajo. Gre za tehnično zahtevno in zamudno tehniko in kot taka je neprimerna za rutinsko diagnostično delo. Klasične citogenetske metode, s katerimi se tudi preiskuje tovrstne spremembe (kariotipizacija, proganje kromosomov, fluorescentna in situ hibridizacija – FISH, idr.) imajo pomanjkljivo ločljivost in zahtevajo celice, ki se delijo.

Na CGH mikromrežah so nanešeni klonirani poljubno dolgi (tudi do nekaj 100 kb) odseki DNA točno določene lokacije na kromosomu. To omogoča zelo natančno določevanje sprememb v genomu. Metoda se v največji meri uporablja v onkologiji, in sicer v diagnostične namene (prepoznavanje vrste raka) in s tem povezano prognozo, uporabna pa je tudi za določevanje kromosomskih aberacij različnih genetskih obolenj in za prenatalno diagnostiko različnih kromosomskih abnormalnosti, npr. Downovega sindroma. Analiza DNA različnih osebkov na mikromreži pokaže prisotnost ali odsotnost signala, kar potrjuje prisotnost oziroma odsotnost določene kromosomske spremembe, povezane z boleznijo.

<h2>Metode dela pri aCGH</h2>
Za vzorce so uporabili urinsko DNA dveh skupin ljudi. V prvi skupini je bilo 14 donorjev urina, pri katerih je bil rak na mehurju že diagnosticiran z metodo citoskopije. Druga skupina donorjev je vsebovala 8 prostovoljcev, ki niso oboleli za rakom na mehurju ter prostovoljcev, za katere ni bilo preverjeno, ali so oboleli. Po izolaciji DNA iz urina, je sledilo označevanje genomske DNA s fluorescentnimi barvili. Testno (bolnikovo) DNA so označili z zelenim barvilom (Cynanin5 oz Cy5), kontrolno DNA pa z rdečim barvilom (Cynanin3 oz Cy3). Vzorce so nanesli na mikromreže. Med hibridizacijo pride do prileganja identičnih ali podobnih zaporedij nukleinskih kislin preko nastanka stabilnih komplementarnih baznih parov. Hibridizaciji je sledila detekcija intenzitete fluorescenčo označene DNA, ki poteka pri 670nm (Cy5) in 570nm (Cy3). Z analiziranjem razmerja obeh barvil vzdolž posameznega kromosoma, sistem zazna prisotnost in/ali lokacijo kromosomskih neravnotežij po celotnem genomu, glede na vrednost CNV (copy number value), ki je določena za posamezno regijo.

<h2>Rezultati in diskusija</h2>
Rezultati, ki so jih dobili z metodo aCGH, so pokazali pogoste genomske aberacije pri rakavih bolnikih. Najbolj pogosta amplifikacija je bila detektirana na regiji 1q23.3-q24, sledijo ji tudi druge regije (1q21.2-q21.3, 1q24.2-q24.3, 5p15.3 ter 11p15.59). Določili pa so tudi regije, kjer so bile detektirane delecije DNA in sicer so to regije 10p15.3 in 11p15.5. Analiza in rezultati so pokazali, da je aCGH ustrezna tehnika za raziskovanje kromosomskih neravnovesij, ki se pojavljajo pri raku sečnega mehurja. Regija 1q23.3-q24 vsebuje več genov, največji dodatek DNA pa je sovpadal z genom za prefoldin (PFND2). To so potrdili tudi z metodo FISH. Zaradi rezultatov, ki so jih pridobili z aCGH, so s tehniko imunohistokemije raziskali tudi izražanje prefoldina ter ugotovili, da pri bolnikih, ki so oboleli za rakom sečnega mehurja, prihaja do povečanega izražanja prefoldina PFND2. Povečana količina prefoldina naj bi bila povezana s fazo tumorja in tumorsko rastjo v sečnem mehurju.

<h2>Zaključek</h2>
S pomočjo primerjalne genomske hibridizacije (CGH) so določili, da je protein prefoldin potencialni biomarker za diagnosticiranje raka sečnega mehurja, hkrati pa so PFND2 izpostavili kot možno terapevtsko tarčo, preko katere bi lahko zdravili raka. Povečana ekspresija prefoldina PFND2 je povezana z nastankom in rastjo tumorja v mehurju, vendar zaenkrat njegova vloga še ni znana.