Wiki FKKT - User contributions [en]

2017-bionano-seminar

2017-05-17T05:31:35Z

TinaKuhar: /* Seznam seminarjev */

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent/ka 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent/ka 2'''
|-
| Peter Prezelj||22.03.17||Spreminjanje vsebnosti in karakteristik hranilnih snovi v živilih in pripravljeni hrani z uporabo kovalentnih modifikacij, prečnega povezovanja in encimov||Vita Vidmar||Zala Gluhić
|-
| Boštjan Petrič||22.03.17||Reverzibilno tiskanje s peptidnimi /proteinskimi pigmenti, kovalentno vezanimi na celulozo prek amidne vezi||Luka Kavčič||Judita Avbelj
|-
| Ema Guštin||22.03.17||Nanoprevleka hrustanca za preprečitev osteoartritisa||Mojca Juteršek||Vid Jazbec
|-
| Tjaša Lapanja||29.03.17||Modificirana CHO celična linija prilagojena za ultrazvočno indukcijo izražanja proteinov v industrijskih bioreaktorjih||Bojana Lazović||Vita Vidmar
|-
| Maruša Prolič Kalinšek||29.03.17||Senzor za detekcijo Legionella bakterij na osnovi polidiacetilena||Eva Korošec||Luka Kavčič
|-
| Domen Klofutar||29.03.17||Novi načini prenosa informacij z izrabo kapacitet DNA: Prenos šifrirne in/ali steganografske DNA v ustni votlini preko naravno prisotnih gostiteljev Lactobacillus Casei in Veillonella Parvula||Tajda Buh||Mojca Juteršek
|-
| Simon Bolta||05.04.17||Z vezavo zunajceličnega kalcija do zmanjšanja bolečine v mišicah po treningu||Peter Prezelj||Bojana Lazović
|-
| Tomaž Rozmarič||05.04.17||Korekcija vida s pomočjo nano robotov||Boštjan Petrič||Eva Korošec
|-
| Urša Kapš||05.04.17||Nanodelci za strjevanje krvi||Ema Guštin||Tajda Buh
|-
| Julija Mazej||12.04.17||kapsule za vzpostavitev ravnovesja crevesne mikrobiote||Tjaša Lapanja||Peter Prezelj
|-
| Nataša Žigante||12.04.17||opis teme ali naslov||Maruša Prolič Kalinšek||Boštjan Petrič
|-
| Anja Herceg||12.04.17||Boj proti koroziji s pomočjo superhidrofobnega sol-gela z enkapsuliranimi zaščitnimi bakterijami||Domen Klofutar||Ema Guštin
|-
| Mirjam Kmetič||19.04.17||Nanoprotistrup na osnovi nanodelcev, ki vsebujejo inhibitor varespladib||Simon Bolta||Tjaša Lapanja
|-
| Mojca Kostanjevec||19.04.17||Nanodiski - dostavni sistem za tarčno ciljanje EpCAM na površini rakavih epitelijskih celic||Tomaž Rozmarič||Maruša Prolič Kalinšek
|-
| Jan Rozman||19.04.17||Sinteza nealergenega rekombinantnega kazeina za jedilno / biorazgradljivo embalažo||Urša Kapš||Domen Klofutar
|-
| Barbara Dušak||03.05.17||Izboljšava gojenja mesa n vitro||Julija Mazej||Simon Bolta
|-
| Mateja Cigoj||03.05.17||Probiotik z dodatkom nanodelcev za zdravljenje celiakije. Uporaba probiotičnih bakterij, ki izločajo peptidaze za razgradnjo glutena do neimunogenih fragmentov, in nanodelcev, ki vsebujejo modificirane naravne glutenske peptide specifične za HLA-DQ2 receptorje na limfocitih T, ki zavrejo Th1 posredovan avtoimunski odziv na gluten.||Nataša Žigante||Tomaž Rozmarič
|-
| Toni Nagode||03.05.17||Reverzibilno pritrjevanje predmetov na osnovi nanoslojev iz biotina in avidina||Anja Herceg||Urša Kapš
|-
| Tim Božič||10.05.17||Optimizacija pigmentov povodnega konja za proizvodnjo sončne kreme||Mirjam Kmetič||Julija Mazej
|-
| Darja Božič||10.05.17||Kontaktne leče iz proteinsko vtisnjenega polimera za zmanjšanje verjetnosti pojava proteinskih depozitov in okužb||Mojca Kostanjevec||Nataša Žigante
|-
| Petra Tavčar||10.05.17||Odstranjevalec škodljivih E-jev in BPA iz kupljenih pijač na osnovi kovalentno pritrjenih protiteles in aptamerov||Jan Rozman||Anja Herceg
|-
| Marjeta Horvat||17.05.17||FeO nanodelci za učinkovitejše odpravljanje zobnega kariesa||Barbara Dušak||Mirjam Kmetič
|-
| Danijela Jošić||17.05.17||Gensko spremenjen Lactobacillus s spermicidnim in protimikrobnim delovanjem za dolgotrajno zaščito pred zanositvijo in spolno prenosljivimi boleznimi.||Mateja Cigoj||Mojca Kostanjevec
|-
| Tina Kuhar||17.05.17||Cigareti z gensko spremenjenim tobakom in izboljšanim filtrom za lažje odvajanje od kajenja||Toni Nagode||Jan Rozman
|-
| Nika Strašek||24.05.17||Uporabniku dostopen diagnostični test za zaznavo okužbe s boreliozo in klopnim meningitisom||Tim Božič||Barbara Dušak
|-
| Eva Vidak||24.05.17||Biosenzor za CO na osnovi transkripcijskega faktorja CooA iz bakterije ''Rhodospirillum rubrum''||Darja Božič||Mateja Cigoj
|-
| Alja Zgonc||24.05.17||Senzor za zaznavanje miRNA v urinu za diagnozo nevrodegenerativnih bolezni||Petra Tavčar||Toni Nagode
|-
| Zala Gluhić||31.05.17||Varnejše uživanje alkohola z uporabo odorant-binding proteina LUSH.||Marjeta Horvat||Tim Božič
|-
| Judita Avbelj||31.05.17||Nanonaprava iz bioloških delov, ki z absorbcijo in razgradnjo delcev iz zraka preprečuje različne alergijske reakcije.||Danijela Jošić||Darja Božič
|-
| Vid Jazbec||31.05.17||Gensko spremenjene čebele odporne na insekticide.||Tina Kuhar||Petra Tavčar
|-
| Vita Vidmar||31.05.17||'Hot start' transglutaminaza za popravljanje razcepljenih lasnih konic||Nika Strašek||Marjeta Horvat
|-
| Luka Kavčič||31.05.17||Senzor za zaznavo natančne glikozilacije proteinov (npr. eritropoetina)||Eva Vidak||Danijela Jošić
|-
| Mojca Juteršek||31.05.17||Senzor za zaznavo natančne glikozilacije proteinov (npr. eritropoetina)||Alja Zgonc||Tina Kuhar
|-
| Bojana Lazović||07.06.17||Poenostavljen pristop k razvoju novih senzorjev FRET (Förster resonance energy transfer)||Zala Gluhić||Nika Strašek
|-
| Eva Korošec||07.06.17||Tattoo biosenzor za raven alkohola v krvi na osnovi alkohol oksidaze, povezan s pametnim telefonom, računalnikom ali avtomobilskimi ključi.||Judita Avbelj||Eva Vidak
|-
| Tajda Buh||07.06.17||opis teme ali naslov||Vid Jazbec||Alja Zgonc
|}

==Naloga==
'''Vaša naloga je:<br>'''
Študent pripravi projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje:<br>
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo od <font color=red>2000 do 2500 besed </font> (vključno z literaturo). Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. <font color=red> Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. </font>
* Seminar oddajte '''dva dneva pred datumom predstavitve''', ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Vsak recenzent predlaga izboljšavo projekta.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik dva dneva pred predstavitvijo do polnoči.

==<font color=green>Imena datotek</font>==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana <font color=green>zeleno</font>.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>
'''Citiranje knjig:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:'''<br>
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>
<font color=green>Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.</font>

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

2017-bionano-seminar

2017-05-13T10:35:04Z

TinaKuhar: /* Seznam seminarjev */

= Bionanotehnologija- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent/ka 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent/ka 2'''
|-
| Peter Prezelj||22.03.17||Spreminjanje vsebnosti in karakteristik hranilnih snovi v živilih in pripravljeni hrani z uporabo kovalentnih modifikacij, prečnega povezovanja in encimov||Vita Vidmar||Zala Gluhić
|-
| Boštjan Petrič||22.03.17||Reverzibilno tiskanje s peptidnimi /proteinskimi pigmenti, kovalentno vezanimi na celulozo prek amidne vezi||Luka Kavčič||Judita Avbelj
|-
| Ema Guštin||22.03.17||Nanoprevleka hrustanca za preprečitev osteoartritisa||Mojca Juteršek||Vid Jazbec
|-
| Tjaša Lapanja||29.03.17||Modificirana CHO celična linija prilagojena za ultrazvočno indukcijo izražanja proteinov v industrijskih bioreaktorjih||Bojana Lazović||Vita Vidmar
|-
| Maruša Prolič Kalinšek||29.03.17||Senzor za detekcijo Legionella bakterij na osnovi polidiacetilena||Eva Korošec||Luka Kavčič
|-
| Domen Klofutar||29.03.17||Novi načini prenosa informacij z izrabo kapacitet DNA: Prenos šifrirne in/ali steganografske DNA v ustni votlini preko naravno prisotnih gostiteljev Lactobacillus Casei in Veillonella Parvula||Tajda Buh||Mojca Juteršek
|-
| Simon Bolta||05.04.17||Z vezavo zunajceličnega kalcija do zmanjšanja bolečine v mišicah po treningu||Peter Prezelj||Bojana Lazović
|-
| Tomaž Rozmarič||05.04.17||Korekcija vida s pomočjo nano robotov||Boštjan Petrič||Eva Korošec
|-
| Urša Kapš||05.04.17||Nanodelci za strjevanje krvi||Ema Guštin||Tajda Buh
|-
| Julija Mazej||12.04.17||kapsule za vzpostavitev ravnovesja crevesne mikrobiote||Tjaša Lapanja||Peter Prezelj
|-
| Nataša Žigante||12.04.17||opis teme ali naslov||Maruša Prolič Kalinšek||Boštjan Petrič
|-
| Anja Herceg||12.04.17||Boj proti koroziji s pomočjo superhidrofobnega sol-gela z enkapsuliranimi zaščitnimi bakterijami||Domen Klofutar||Ema Guštin
|-
| Mirjam Kmetič||19.04.17||Nanoprotistrup na osnovi nanodelcev, ki vsebujejo inhibitor varespladib||Simon Bolta||Tjaša Lapanja
|-
| Mojca Kostanjevec||19.04.17||Nanodiski - dostavni sistem za tarčno ciljanje EpCAM na površini rakavih epitelijskih celic||Tomaž Rozmarič||Maruša Prolič Kalinšek
|-
| Jan Rozman||19.04.17||Sinteza nealergenega rekombinantnega kazeina za jedilno / biorazgradljivo embalažo||Urša Kapš||Domen Klofutar
|-
| Barbara Dušak||03.05.17||Izboljšava gojenja mesa n vitro||Julija Mazej||Simon Bolta
|-
| Mateja Cigoj||03.05.17||Probiotik z dodatkom nanodelcev za zdravljenje celiakije. Uporaba probiotičnih bakterij, ki izločajo peptidaze za razgradnjo glutena do neimunogenih fragmentov, in nanodelcev, ki vsebujejo modificirane naravne glutenske peptide specifične za HLA-DQ2 receptorje na limfocitih T, ki zavrejo Th1 posredovan avtoimunski odziv na gluten.||Nataša Žigante||Tomaž Rozmarič
|-
| Toni Nagode||03.05.17||Reverzibilno pritrjevanje predmetov na osnovi nanoslojev iz biotina in avidina||Anja Herceg||Urša Kapš
|-
| Tim Božič||10.05.17||Optimizacija pigmentov povodnega konja za proizvodnjo sončne kreme||Mirjam Kmetič||Julija Mazej
|-
| Darja Božič||10.05.17||Kontaktne leče iz proteinsko vtisnjenega polimera za zmanjšanje verjetnosti pojava proteinskih depozitov in okužb||Mojca Kostanjevec||Nataša Žigante
|-
| Petra Tavčar||10.05.17||Odstranjevalec škodljivih E-jev in BPA iz kupljenih pijač na osnovi kovalentno pritrjenih protiteles in aptamerov||Jan Rozman||Anja Herceg
|-
| Marjeta Horvat||17.05.17||FeO nanodelci za učinkovitejše odpravljanje zobnega kariesa||Barbara Dušak||Mirjam Kmetič
|-
| Danijela Jošić||17.05.17||Gensko spremenjen Lactobacillus, ki izloča nanodelce z spermicidnim in protimikrobnim delovanjem za dolgotrajno zaščito pred zanositvijo in spolno prenosljivimi boleznimi.||Mateja Cigoj||Mojca Kostanjevec
|-
| Tina Kuhar||17.05.17||Gensko spremenjen tobak, ki pomaga pri odvanjanju od kajenja||Toni Nagode||Jan Rozman
|-
| Nika Strašek||24.05.17||Uporabniku dostopen diagnostični test za zaznavo okužbe s boreliozo in klopnim meningitisom||Tim Božič||Barbara Dušak
|-
| Eva Vidak||24.05.17||Biosenzor za CO na osnovi transkripcijskega faktorja CooA iz bakterije Rhodospirillum rubrum||Darja Božič||Mateja Cigoj
|-
| Alja Zgonc||24.05.17||Senzor za zaznavanje miRNA v urinu za diagnozo nevrodegenerativnih bolezni||Petra Tavčar||Toni Nagode
|-
| Zala Gluhić||31.05.17||Varnejše uživanje alkohola z uporabo odorant-binding proteina LUSH.||Marjeta Horvat||Tim Božič
|-
| Judita Avbelj||31.05.17||Nanonaprava iz bioloških delov, ki z absorbcijo in razgradnjo delcev iz zraka preprečuje različne alergijske reakcije.||Danijela Jošić||Darja Božič
|-
| Vid Jazbec||31.05.17||Gensko spremenjene čebele odporne na insekticide.||Tina Kuhar||Petra Tavčar
|-
| Vita Vidmar||31.05.17||'Hot start' transglutaminaza za popravljanje razcepljenih lasnih konic||Nika Strašek||Marjeta Horvat
|-
| Luka Kavčič||31.05.17||Senzor za zaznavo natančne glikozilacije proteinov (npr. eritropoetina)||Eva Vidak||Danijela Jošić
|-
| Mojca Juteršek||31.05.17||Senzor za zaznavo natančne glikozilacije proteinov (npr. eritropoetina)||Alja Zgonc||Tina Kuhar
|-
| Bojana Lazović||07.06.17||Poenostavljen pristop k razvoju novih senzorjev FRET (Förster resonance energy transfer)||Zala Gluhić||Nika Strašek
|-
| Eva Korošec||07.06.17||Tattoo biosenzor za raven alkohola v krvi na osnovi alkohol oksidaze, povezan s pametnim telefonom, računalnikom ali avtomobilskimi ključi.||Judita Avbelj||Eva Vidak
|-
| Tajda Buh||07.06.17||opis teme ali naslov||Vid Jazbec||Alja Zgonc
|}

==Naloga==
'''Vaša naloga je:<br>'''
Študent pripravi projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt.
Predlagana struktura:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje:<br>
* Prva stran seminarja naj vsebuje naslov projekta, avtorje, povzetek (od 130 do 160 besed) in grafični povzetek (čez približno pol strani)
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo od <font color=red>2000 do 2500 besed </font> (vključno z literaturo). Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. <font color=red> Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. </font>
* Seminar oddajte '''dva dneva pred datumom predstavitve''', ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Vsak recenzent predlaga izboljšavo projekta.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik dva dneva pred predstavitvijo do polnoči.

==<font color=green>Imena datotek</font>==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem receptu:
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.doc(x) za seminar, npr. 19_nano_Craik_Venter.docx
* 19_nano_Priimek1_Priimek2.ppt(x) za prezentacijo, npr. 19_nano_Craik_Venter.pptx

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana <font color=green>zeleno</font>.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>
'''Citiranje knjig:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:'''<br>
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>
<font color=green>Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.</font>

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Seminarji SB 2016/17

2016-12-05T21:17:49Z

TinaKuhar:

V študijskem letu 2016/17 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [[Učinkovito ciljanje izraženih in utišanih genov v človeških zarodnih in induciranih pluripotentnih celicah z nukleazami z motivi cinkovih prstov]]. Angelika Vižintin (22. 11. 2016)
# [[Izdelava sintetičnega genoma s pristopom sestavljanja celotnega genoma: Bakteriofag φX174 iz sintetičnih oligonukleotidov]]. Darja Božič (22.11.2016)
# [[Modeliranje sintetične večcelične ure: Represilatorji, sklopljeni z zaznavanjem celične gostote]]. Vita Vidmar (22. 11. 2016)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
#[[Mezenhimske matične celice nove generacije]]. Danijela Jošić (22.11.2016)
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bakterije%2C_ki_kelirajo_bakrove_ione%2C_v_boju_proti_Wilsonovi_bolezni Bakterije, ki kelirajo bakrove ione, v boju proti Wilsonovi bolezni. Simon Bolta (22. 11. 2016)]
#[["Training protein" - PETaze]]. Urša Kapš (29.11.2016)
#[[Plasticure: rešitev za učinkovitejšo razgradnjo plastike]]. Marjeta Horvat (29. 11. 2016)
#[[Quantifly]]. Ema Guštin (29. 11. 2016)
#[[Ecolibrium – razvoj ogrodja za inženiring mešanih kultur]]. Mojca Juteršek (29. 11. 2016)
#[[BeeT Beehave]]. Maja Svetličič (29.11.2016)
#[[BiotINK - nov pristop k biotiskanju tkiva]]. Mateja Cigoj (6. 12. 2016)
#[[InstaCHLAM – orodje za inženiring kloroplastov]]. Alja Zgonc (6. 12. 2016)
#[[Mos(kit)o]]. Judita Avbelj (6. 12. 2016)
#[[BioSynthAge - Kvalitetno staranje]]. Tina Kuhar (6.12.2016)
Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 12 minut (10-14). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

BioSynthAge - Kvalitetno staranje

2016-12-05T21:17:39Z

TinaKuhar: New page: <h2>UVOD </h2> Staranje je tema, ki je privlačila skupino UCL iz Londona. Njihov cilj je bil prispevati k kvalitetnemu staranju, torej, da bi biološko staranje, kar v največji meri izkl...

<h2>UVOD </h2>
Staranje je tema, ki je privlačila skupino UCL iz Londona. Njihov cilj je bil prispevati k kvalitetnemu staranju, torej, da bi biološko staranje, kar v največji meri izključevalo hude bolezni tipične za staranje. Mednje sodijo Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza in izolirana sistolična hipertenzija (1).
Staranje je po definiciji proces, pri katerem začnejo po reproduktivni zrelosti organizma usihati mnoge fiziološke funkcije telesa skladno s starostjo organizma (2). Za celično staranje je značilna zmanjšana količina proizvedene energije v mitohondrijih, slabša sposobnost celične delitve in zato kopičenje poškodb DNA, kopičenje poškodovanih beljakovin, akumulacija netopnih molekul v celicah in zmanjšana sinteza novih beljakovin (3).
V zadnjih letih se je življenjska doba podaljšala, vendar pa še vedno 2/3 populacije umre zaradi hudih posledic bolezni, ki so tipične v starosti, kar pa je tesno povezano s kvaliteto življenja starostnika in njegovih bližnjih. Skupina je preučila dejavnike, ki privedejo do staranja in poiskala rešitve, ki potencialno vodijo do kvalitetnejšega staranja. Osredotočili so se na bistvene točke za zametek bolezni in na organe, ki so najbolj dovzetni za bolezni v starosti.
V pljučih so tako preučevali rešitev, ki jo ponuja genska terapija s prekomernim izražanjem encima superoksid dismutaze 3. Naredili so tudi sistem za povečano proizvodnjo likopena (močan antioksidant) v črevesju. Hipertenzijo so skušali zmanjšati s povečanim izražanjem esencialne aminokisline L-arginina. S proizvodnjo bakteriocina so kontrolirali zdravje ustne votline (1).

<h3>Oksidativni stres</h3>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Oboji nastanejo pod vplivom okolja in povzročajo oksidativni stres v organizmu. ROS aktivirajo gene, ki so udeleženi pri vnetnem odzivu ali pa povzročijo poškodbe na DNA, proteinih in lipidih (2). Ker se s staranjem zmanjšuje tudi aktivnost DNA popravljalnih mehanizmov (3), v končni fazi pride do genomske nestabilnosti, kar se konča z apoptozo ali z pretvorbo celice v rakavo celico (2).

<h4>Vpliv na proteine</h4>
Skupina je preko dinamičnega sipanja svetlobe (DLS) opazovala strukturo proteinov ob oksidacijskem stresu, ki so ga izzvali s 5mM vodikovim peroksidom. Rezultati so pokazali, da se struktura proteina (monoklonskega protitelesa) ob stresu spremeni. In sicer iz pravilno zvitega proteina nastanejo veliki agregati proteinov in majhni nestabilni intermediati.
Ker s starostjo oksidativni stres narašča, je proteinska struktura čedalje bolj okrnjena, kar vodi v zmanjšanje aktivnosti vitalnih proteinov to pa v bolezen.
Zato je zmanjševanje oksidacijskega stresa logična tarča za vsesplošno ohranjanje zdravja (1).

<h4>Obramba pred oksidacijskim stresom</h4>
Pred ROS se telo brani z encimi superoksid dismutazo, katalazo in glutation peroksido. Nevtralizirajo pa jih tudi antioksidanti (glutation, vitamin E in C, karotenoidi (npr. likopen), glutation) in L-arginin (4).
<h4>'''Likopen'''</h4>
Likopen je eden izmed najmočnejših antioksidantov, ki sadju daje rdečo barvo (paradižnik, lubenica). Obarvan je zaradi konjugiranih dvojne vezi, ki sicer omogočajo dušenje ROS in nas zato varuje pred oksidativnim stresom in staranjem. Študije kažejo, da dieta s povečanim vnosom likopena zniža tveganje za rakom prostate, želodca in pljuč (5).
Skupina pa je želela povečati koncentracijo likopena s pomočjo sintezne biologije. Pripravili so biokocko z zapisom za likopen pod NarK promotorjem, ki aktivira izražanje likopena v odgovor na oksidativni stres. Celice E. coli so transformirali s pripravljenim plazmidom, te pa bi pacient zaužil s probiotikom.
Po pripravi biokocke, so preverjali preživetje transgenih celic v stresnih pogojih v primerjavi z celicami divjega tipa. Stres so ustvarili s hipoksijo, z medijem z 2mM bakrovim kloridom (CuCl2) in z 50 ter 100µM natrijevim nitroprusidom (SNP). V odvisnosti od časa so spremljali optično gostoto. Spektrofotometrično pa so lahko zaradi obarvanosti likopena spremljali naraščanje koncentracije likopena z naraščanjem optične gostote.
Rezultati so dokazali, da likopen omogoči rast celic v stresnih pogojih, saj ščiti celice pred oksidativnim stresom. Njegovo izražanje pa se s stopnjo stresa povečuje, kar bi predvidoma celicam omogočilo preživetje v črevesju (1).
<h4>'''L-arginin'''</h4>
L-arginin je esencialna aminokislina, pomembna pri vzdrževanju celične homeostaze. Dokazano namreč pomanjkanje te aminokisline vodi v povečano koncentracijo ROS in zmanjšano koncentracijo antioksidantov v celici (6). Dodatki L-arginina izboljšajo simptome kardiovasklarne bolezni (hiperzenzijo), ki je najpogostejši vzrok smrti na svetu.
Skupina je sintetizirala sistem treh biokock, ki bi povečano izražala L-arginin. Tudi tu bi se poslužili vnosa s probiotikom. Pri tem se je osredotočila na glavna mehanizma, ki preprečujeta masovno sintezo L-arginina v celicah. In sicer na represijo NAGS encima s strani L-arginina (negativna povratna zanka) in na represor ArgR. ArgR je pogost represor encimov, ki sodelujejo v biosintezi L-arginina. Prva biokocka torej predstavlja mutagenizirano verzijo NAGS encima, ki je odporen na inhibicijo s strani L-arginina. Druga je vezavno zaporedje za represor ArgR, ARG box. Tretja biokocka pa je pripravljena za sintezo transportrskega proteina, ki bi L-arginin prenesel iz celice ven.
<h4>'''Superoksid dizmutaza (SOD)'''</h4>
SOD so treh vrst glede na to, kje se nahajajo in so pomembni v boju proti ROS. SOD je skupino začela zanimati, zaradi dejstva, da so nekatere mutacije v SOD3 povezane s poslabšano pljučno funkcijo pri odraslih in večjo nagnjenost k KOPB, povečana količina divjega tipa SOD3 pa prispevajo učinkovitejši nevtralizaciji ROS, ki se s staranjem kopičijo.
Skupina se je povečane ekspresije SOD3 lotila z gensko terapijo. Konstruirali so sistem lentivirusnega vektorja z genom SOD3. Ta konstrukt bi v pljuča vnesli z inhalacijskim sredstvom, tam pa bi se vgradil v DNA in se konstutivno izražal v pljučnih epitelnih celicah (tkivno-specifični promotor). Aplikacija preko inhalatorja ima prednost v hitrosti dostave. Da so lažje spremljali učinkovitost transfekcije so encimu SOD3 pripeli še GFP reporter.

<h4>Vpliv na nastajanje zobnih plakov</h4>
Ustna votlina je dobro gojišče za mnoge mikroorganizme, ki sintetizirajo zunajcelični polisaharidi matriks, ki jim omogoča tesen stik s zobno površino, kar ustvari matrični biofilm. Kopičenje biofilna za bakterije, ki živijo pod njim, pomeni stres. Posledično pride do lokalizacije metabolitov in lokalno nižjega pH-ja in naseljevanja acidofilnih Gram pozitivnim bakterij. Nižji pH pa vodi do demineralizacije, do zobnega kariesa in na koncu do paradontalne bolezni, ki pa je rizični faktor za nekatere sistemske bolezni.
Cilj skupine je bila določitev indikatorja za patalogijo v ustni votlini, da bi lahko glede tega regulirali sproščanje antimikrobnega peptida mutacina 3. Rešitev so poiskali v spremljanju pH. Ugotovili so, da kot pH senzor lahko služi promotor Spy, ki regulira izražanje gena (v poizkusu GFP) v odvisnosti od pH.
Da bi povečali specifičnost, so vezje kasneje preoblikovali tako, da zelena fluorescenčna svetloba inducira nastanek modre, katero mi zaznavamo. Bistvo principa vodi CcaS (histidinska kinaza), ki se aktivira ob zeleni svetlobi in katalizira fosforilacijo CcaR (odzivni regulator). To se kaže v aktivaciji izražanja modrega fluorescentnega proteina, ki je voden s PcpcG2 promotorjem.

Mutacin3 je protein učinkovit v boju z Gram pozitivnimi bakterijam. Vezje za biosintezo mutacina 3 vsebuje strukturni gen mutA, ki omogoča sintezo prepropeptida (C-konec vsebuje propeptid, pred iznosom proteina v medij pa se odcepi še signalni peptid z N-konca). Kontranskripcijska enota mutBCDP omogoča razločevanje mutacina3 od drugih bakteriocinov preko delovanja encimov na peptid kodiranih v tem lokusu MutBCDP; Encim, ki ga kodira zapis MutB katalizira dehidracijo peptida, MutC pa ciklizacijo propeptidnih serinskih in treoninskih ostankov, ki se lahko kondenzirajo s sosednjimi cisteinskimi ostanki. To privede do tvorbe tioesterskih mostov. Encim, ki ga kodira mutD katalizira oksidativno dekarboksilacijo C-terminalnih cisteinskih ostanov, medtem ko je produkt mutP zapisa serinska proteaza, ki cepi signalni peptid. Slednja je zadnja stopnja v biosintezi. Zrel mutacin 3 ima obročasto strukturo z gibljivimi povezavami (linkerji) med podenotami. Ta giblivost je pomembna za baktericidno aktivnost. V membrani tvori transmembranske pore, kar vodi v izplavljanje celičnih komponent (1).

<h2>Zaključek </h2>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Ti so zelo reaktivni, reagirajo z DNA, lipidi in proteini ter tako povzročajo oksidativni stres. Proti temu se telo brani z antioksidanti in popravljalnimi mehanizmi. V primeru neravnovesja med prooksidativnimi in antioksidativnimi procesi v celici pride do apoptoze ali pa do nekaterih boleznih, kot so Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza, hipertenzija, diabetes, kancerogene bolezni idr. Ker se s staranjem oksidativni stres povečuje, se povečuje tudi nagnjenost do naštetih bolezni (2). Da se starali kvalitetno je skupina razmišljala in gradila na procesih, ki vključujejo predvsem obrabo pred oksidativnim stresom.

<h2>VIRI </h2>
(1) http://2016.igem.org/Team:UCL, dostopno: december 2016
(2) http://www.zrss.si/bzid/geni/pdf/sersa-clanek.pdf, dostopno: december 2016
(3) J, L. Gerson S, The role of DNA damage repair in aging of adult stem cells 2007. Nucleic Acids Res. Dec; 35(22): 7557–7565.
(4) Balasaheb Nimse S, Pal D, Free radicals, natural antioxidants, and their reaction mechanisms 2015. RSC Ad. May, 27986-28006
(5) http://www.bhia.org/lycopene.htm , dostopno: december 2017
(6) A, Das S, Roy S. Deprivation of L-Arginine Induces Oxidative Stress Mediated Apoptosis in Leishmania donovani Promastigotes: Contribution of the Polyamine Pathway 2016. PLoS Negl Trop Dis. Jan; 10(1): e0004373.

Seminarji SB 2016/17

2016-12-05T21:16:05Z

TinaKuhar:

V študijskem letu 2016/17 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [[Učinkovito ciljanje izraženih in utišanih genov v človeških zarodnih in induciranih pluripotentnih celicah z nukleazami z motivi cinkovih prstov]]. Angelika Vižintin (22. 11. 2016)
# [[Izdelava sintetičnega genoma s pristopom sestavljanja celotnega genoma: Bakteriofag φX174 iz sintetičnih oligonukleotidov]]. Darja Božič (22.11.2016)
# [[Modeliranje sintetične večcelične ure: Represilatorji, sklopljeni z zaznavanjem celične gostote]]. Vita Vidmar (22. 11. 2016)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br>
(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
#[[Mezenhimske matične celice nove generacije]]. Danijela Jošić (22.11.2016)
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bakterije%2C_ki_kelirajo_bakrove_ione%2C_v_boju_proti_Wilsonovi_bolezni Bakterije, ki kelirajo bakrove ione, v boju proti Wilsonovi bolezni. Simon Bolta (22. 11. 2016)]
#[["Training protein" - PETaze]]. Urša Kapš (29.11.2016)
#[[Plasticure: rešitev za učinkovitejšo razgradnjo plastike]]. Marjeta Horvat (29. 11. 2016)
#[[Quantifly]]. Ema Guštin (29. 11. 2016)
#[[Ecolibrium – razvoj ogrodja za inženiring mešanih kultur]]. Mojca Juteršek (29. 11. 2016)
#[[BeeT Beehave]]. Maja Svetličič (29.11.2016)
#[[BiotINK - nov pristop k biotiskanju tkiva]]. Mateja Cigoj (6. 12. 2016)
#[[InstaCHLAM – orodje za inženiring kloroplastov]]. Alja Zgonc (6. 12. 2016)
#[[Mos(kit)o]]. Judita Avbelj (6. 12. 2016)
#[[BioSynthAge - Kvalitetno staranje. Tina Kuhar (6.12.2016)
Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 12 minut (10-14). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

BioSynthAge - Kvalitetno staranje. Tina Kuhar (6.12.2016)

2016-12-05T21:12:15Z

TinaKuhar

2016-12-05T21:05:20Z

Kvalitetno staranje

2016-12-05T20:53:40Z

TinaKuhar:

Kvalitetno staranje

2016-12-05T20:53:03Z

TinaKuhar:

<h2>UVOD </h2>
Staranje je tema, ki je privlačila skupino UCL iz Londona. Njihov cilj je bil prispevati k kvalitetnemu staranju, torej, da bi biološko staranje, kar v največji meri izključevalo hude bolezni tipične za staranje. Mednje sodijo Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza in izolirana sistolična hipertenzija (1).
Staranje je po definiciji proces, pri katerem začnejo po reproduktivni zrelosti organizma usihati mnoge fiziološke funkcije telesa skladno s starostjo organizma (2). Za celično staranje je značilna zmanjšana količina proizvedene energije v mitohondrijih, slabša sposobnost celične delitve in zato kopičenje poškodb DNA, kopičenje poškodovanih beljakovin, akumulacija netopnih molekul v celicah in zmanjšana sinteza novih beljakovin (3).
V zadnjih letih se je življenjska doba podaljšala, vendar pa še vedno 2/3 populacije umre zaradi hudih posledic bolezni, ki so tipične v starosti, kar pa je tesno povezano s kvaliteto življenja starostnika in njegovih bližnjih. Skupina je preučila dejavnike, ki privedejo do staranja in poiskala rešitve, ki potencialno vodijo do kvalitetnejšega staranja. Osredotočili so se na bistvene točke za zametek bolezni in na organe, ki so najbolj dovzetni za bolezni v starosti.
V pljučih so tako preučevali rešitev, ki jo ponuja genska terapija s prekomernim izražanjem encima superoksid dismutaze 3. Naredili so tudi sistem za povečano proizvodnjo likopena (močan antioksidant) v črevesju. Hipertenzijo so skušali zmanjšati s povečanim izražanjem esencialne aminokisline L-arginina. S proizvodnjo bakteriocina so kontrolirali zdravje ustne votline (1).

<h3>Oksidativni stres</h3>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Oboji nastanejo pod vplivom okolja in povzročajo oksidativni stres v organizmu. ROS aktivirajo gene, ki so udeleženi pri vnetnem odzivu ali pa povzročijo poškodbe na DNA, proteinih in lipidih (2). Ker se s staranjem zmanjšuje tudi aktivnost DNA popravljalnih mehanizmov (3), v končni fazi pride do genomske nestabilnosti, kar se konča z apoptozo ali z pretvorbo celice v rakavo celico (2).

<h4>Vpliv na proteine</h4>
Skupina je preko dinamičnega sipanja svetlobe (DLS) opazovala strukturo proteinov ob oksidacijskem stresu, ki so ga izzvali s 5mM vodikovim peroksidom. Rezultati so pokazali, da se struktura proteina (monoklonskega protitelesa) ob stresu spremeni. In sicer iz pravilno zvitega proteina nastanejo veliki agregati proteinov in majhni nestabilni intermediati.
Ker s starostjo oksidativni stres narašča, je proteinska struktura čedalje bolj okrnjena, kar vodi v zmanjšanje aktivnosti vitalnih proteinov to pa v bolezen.
Zato je zmanjševanje oksidacijskega stresa logična tarča za vsesplošno ohranjanje zdravja (1).

<h4>Obramba pred oksidacijskim stresom</h4>
Pred ROS se telo brani z encimi superoksid dismutazo, katalazo in glutation peroksido. Nevtralizirajo pa jih tudi antioksidanti (glutation, vitamin E in C, karotenoidi (npr. likopen), glutation) in L-arginin (4).
<h4>'''Likopen'''</h4>
Likopen je eden izmed najmočnejših antioksidantov, ki sadju daje rdečo barvo (paradižnik, lubenica). Obarvan je zaradi konjugiranih dvojne vezi, ki sicer omogočajo dušenje ROS in nas zato varuje pred oksidativnim stresom in staranjem. Študije kažejo, da dieta s povečanim vnosom likopena zniža tveganje za rakom prostate, želodca in pljuč (5).
Skupina pa je želela povečati koncentracijo likopena s pomočjo sintezne biologije. Pripravili so biokocko z zapisom za likopen pod NarK promotorjem, ki aktivira izražanje likopena v odgovor na oksidativni stres. Celice E. coli so transformirali s pripravljenim plazmidom, te pa bi pacient zaužil s probiotikom.
Po pripravi biokocke, so preverjali preživetje transgenih celic v stresnih pogojih v primerjavi z celicami divjega tipa. Stres so ustvarili s hipoksijo, z medijem z 2mM bakrovim kloridom (CuCl2) in z 50 ter 100µM natrijevim nitroprusidom (SNP). V odvisnosti od časa so spremljali optično gostoto. Spektrofotometrično pa so lahko zaradi obarvanosti likopena spremljali naraščanje koncentracije likopena z naraščanjem optične gostote.
Rezultati so dokazali, da likopen omogoči rast celic v stresnih pogojih, saj ščiti celice pred oksidativnim stresom. Njegovo izražanje pa se s stopnjo stresa povečuje, kar bi predvidoma celicam omogočilo preživetje v črevesju (1).
<h4>'''L-arginin'''</h4>
L-arginin je esencialna aminokislina, pomembna pri vzdrževanju celične homeostaze. Dokazano namreč pomanjkanje te aminokisline vodi v povečano koncentracijo ROS in zmanjšano koncentracijo antioksidantov v celici (6). Dodatki L-arginina izboljšajo simptome kardiovasklarne bolezni (hiperzenzijo), ki je najpogostejši vzrok smrti na svetu.
Skupina je sintetizirala sistem treh biokock, ki bi povečano izražala L-arginin. Tudi tu bi se poslužili vnosa s probiotikom. Pri tem se je osredotočila na glavna mehanizma, ki preprečujeta masovno sintezo L-arginina v celicah. In sicer na represijo NAGS encima s strani L-arginina (negativna povratna zanka) in na represor ArgR. ArgR je pogost represor encimov, ki sodelujejo v biosintezi L-arginina. Prva biokocka torej predstavlja mutagenizirano verzijo NAGS encima, ki je odporen na inhibicijo s strani L-arginina. Druga je vezavno zaporedje za represor ArgR, ARG box. Tretja biokocka pa je pripravljena za sintezo transportrskega proteina, ki bi L-arginin prenesel iz celice ven.
<h4>'''Superoksid dizmutaza (SOD)'''</h>
SOD so treh vrst glede na to, kje se nahajajo in so pomembni v boju proti ROS. SOD je skupino začela zanimati, zaradi dejstva, da so nekatere mutacije v SOD3 povezane s poslabšano pljučno funkcijo pri odraslih in večjo nagnjenost k KOPB, povečana količina divjega tipa SOD3 pa prispevajo učinkovitejši nevtralizaciji ROS, ki se s staranjem kopičijo.
Skupina se je povečane ekspresije SOD3 lotila z gensko terapijo. Konstruirali so sistem lentivirusnega vektorja z genom SOD3. Ta konstrukt bi v pljuča vnesli z inhalacijskim sredstvom, tam pa bi se vgradil v DNA in se konstutivno izražal v pljučnih epitelnih celicah (tkivno-specifični promotor). Aplikacija preko inhalatorja ima prednost v hitrosti dostave. Da so lažje spremljali učinkovitost transfekcije so encimu SOD3 pripeli še GFP reporter.

<h4>Vpliv na nastajanje zobnih plakov</h4>
Ustna votlina je dobro gojišče za mnoge mikroorganizme, ki sintetizirajo zunajcelični polisaharidi matriks, ki jim omogoča tesen stik s zobno površino, kar ustvari matrični biofilm. Kopičenje biofilna za bakterije, ki živijo pod njim, pomeni stres. Posledično pride do lokalizacije metabolitov in lokalno nižjega pH-ja in naseljevanja acidofilnih Gram pozitivnim bakterij. Nižji pH pa vodi do demineralizacije, do zobnega kariesa in na koncu do paradontalne bolezni, ki pa je rizični faktor za nekatere sistemske bolezni.
Cilj skupine je bila določitev indikatorja za patalogijo v ustni votlini, da bi lahko glede tega regulirali sproščanje antimikrobnega peptida mutacina 3. Rešitev so poiskali v spremljanju pH. Ugotovili so, da kot pH senzor lahko služi promotor Spy, ki regulira izražanje gena (v poizkusu GFP) v odvisnosti od pH.
Da bi povečali specifičnost, so vezje kasneje preoblikovali tako, da zelena fluorescenčna svetloba inducira nastanek modre, katero mi zaznavamo. Bistvo principa vodi CcaS (histidinska kinaza), ki se aktivira ob zeleni svetlobi in katalizira fosforilacijo CcaR (odzivni regulator). To se kaže v aktivaciji izražanja modrega fluorescentnega proteina, ki je voden s PcpcG2 promotorjem.

Mutacin3 je protein učinkovit v boju z Gram pozitivnimi bakterijam. Vezje za biosintezo mutacina 3 vsebuje strukturni gen mutA, ki omogoča sintezo prepropeptida (C-konec vsebuje propeptid, pred iznosom proteina v medij pa se odcepi še signalni peptid z N-konca). Kontranskripcijska enota mutBCDP omogoča razločevanje mutacina3 od drugih bakteriocinov preko delovanja encimov na peptid kodiranih v tem lokusu MutBCDP; Encim, ki ga kodira zapis MutB katalizira dehidracijo peptida, MutC pa ciklizacijo propeptidnih serinskih in treoninskih ostankov, ki se lahko kondenzirajo s sosednjimi cisteinskimi ostanki. To privede do tvorbe tioesterskih mostov. Encim, ki ga kodira mutD katalizira oksidativno dekarboksilacijo C-terminalnih cisteinskih ostanov, medtem ko je produkt mutP zapisa serinska proteaza, ki cepi signalni peptid. Slednja je zadnja stopnja v biosintezi. Zrel mutacin 3 ima obročasto strukturo z gibljivimi povezavami (linkerji) med podenotami. Ta giblivost je pomembna za baktericidno aktivnost. V membrani tvori transmembranske pore, kar vodi v izplavljanje celičnih komponent (1).

<h2>Zaključek </h2>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Ti so zelo reaktivni, reagirajo z DNA, lipidi in proteini ter tako povzročajo oksidativni stres. Proti temu se telo brani z antioksidanti in popravljalnimi mehanizmi. V primeru neravnovesja med prooksidativnimi in antioksidativnimi procesi v celici pride do apoptoze ali pa do nekaterih boleznih, kot so Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza, hipertenzija, diabetes, kancerogene bolezni idr. Ker se s staranjem oksidativni stres povečuje, se povečuje tudi nagnjenost do naštetih bolezni (2). Da se starali kvalitetno je skupina razmišljala in gradila na procesih, ki vključujejo predvsem obrabo pred oksidativnim stresom.

<h2>VIRI </h2>
(1) http://2016.igem.org/Team:UCL, dostopno: december 2016
(2) http://www.zrss.si/bzid/geni/pdf/sersa-clanek.pdf, dostopno: december 2016
(3) J, L. Gerson S, The role of DNA damage repair in aging of adult stem cells 2007. Nucleic Acids Res. Dec; 35(22): 7557–7565.
(4) Balasaheb Nimse S, Pal D, Free radicals, natural antioxidants, and their reaction mechanisms 2015. RSC Ad. May, 27986-28006
(5) http://www.bhia.org/lycopene.htm , dostopno: december 2017
(6) A, Das S, Roy S. Deprivation of L-Arginine Induces Oxidative Stress Mediated Apoptosis in Leishmania donovani Promastigotes: Contribution of the Polyamine Pathway 2016. PLoS Negl Trop Dis. Jan; 10(1): e0004373.

Kvalitetno staranje

2016-12-05T20:50:49Z

TinaKuhar:

<h2>UVOD </h2>
Staranje je tema, ki je privlačila skupino UCL iz Londona. Njihov cilj je bil prispevati k kvalitetnemu staranju, torej, da bi biološko staranje, kar v največji meri izključevalo hude bolezni tipične za staranje. Mednje sodijo Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza in izolirana sistolična hipertenzija (1).
Staranje je po definiciji proces, pri katerem začnejo po reproduktivni zrelosti organizma usihati mnoge fiziološke funkcije telesa skladno s starostjo organizma (2). Za celično staranje je značilna zmanjšana količina proizvedene energije v mitohondrijih, slabša sposobnost celične delitve in zato kopičenje poškodb DNA, kopičenje poškodovanih beljakovin, akumulacija netopnih molekul v celicah in zmanjšana sinteza novih beljakovin (3).
V zadnjih letih se je življenjska doba podaljšala, vendar pa še vedno 2/3 populacije umre zaradi hudih posledic bolezni, ki so tipične v starosti, kar pa je tesno povezano s kvaliteto življenja starostnika in njegovih bližnjih. Skupina je preučila dejavnike, ki privedejo do staranja in poiskala rešitve, ki potencialno vodijo do kvalitetnejšega staranja. Osredotočili so se na bistvene točke za zametek bolezni in na organe, ki so najbolj dovzetni za bolezni v starosti.
V pljučih so tako preučevali rešitev, ki jo ponuja genska terapija s prekomernim izražanjem encima superoksid dismutaze 3. Naredili so tudi sistem za povečano proizvodnjo likopena (močan antioksidant) v črevesju. Hipertenzijo so skušali zmanjšati s povečanim izražanjem esencialne aminokisline L-arginina. S proizvodnjo bakteriocina so kontrolirali zdravje ustne votline (1).

<h3>Oksidativni stres</h3>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Oboji nastanejo pod vplivom okolja in povzročajo oksidativni stres v organizmu. ROS aktivirajo gene, ki so udeleženi pri vnetnem odzivu ali pa povzročijo poškodbe na DNA, proteinih in lipidih (2). Ker se s staranjem zmanjšuje tudi aktivnost DNA popravljalnih mehanizmov (3), v končni fazi pride do genomske nestabilnosti, kar se konča z apoptozo ali z pretvorbo celice v rakavo celico (2).

<h4>Vpliv na proteine</h4>
Skupina je preko dinamičnega sipanja svetlobe (DLS) opazovala strukturo proteinov ob oksidacijskem stresu, ki so ga izzvali s 5mM vodikovim peroksidom. Rezultati so pokazali, da se struktura proteina (monoklonskega protitelesa) ob stresu spremeni. In sicer iz pravilno zvitega proteina nastanejo veliki agregati proteinov in majhni nestabilni intermediati.
Ker s starostjo oksidativni stres narašča, je proteinska struktura čedalje bolj okrnjena, kar vodi v zmanjšanje aktivnosti vitalnih proteinov to pa v bolezen.
Zato je zmanjševanje oksidacijskega stresa logična tarča za vsesplošno ohranjanje zdravja (1).

<h4>Obramba pred oksidacijskim stresom</h4>
Pred ROS se telo brani z encimi superoksid dismutazo, katalazo in glutation peroksido. Nevtralizirajo pa jih tudi antioksidanti (glutation, vitamin E in C, karotenoidi (npr. likopen), glutation) in L-arginin (4).
- '''Likopen'''
Likopen je eden izmed najmočnejših antioksidantov, ki sadju daje rdečo barvo (paradižnik, lubenica). Obarvan je zaradi konjugiranih dvojne vezi, ki sicer omogočajo dušenje ROS in nas zato varuje pred oksidativnim stresom in staranjem. Študije kažejo, da dieta s povečanim vnosom likopena zniža tveganje za rakom prostate, želodca in pljuč (5).
Skupina pa je želela povečati koncentracijo likopena s pomočjo sintezne biologije. Pripravili so biokocko z zapisom za likopen pod NarK promotorjem, ki aktivira izražanje likopena v odgovor na oksidativni stres. Celice E. coli so transformirali s pripravljenim plazmidom, te pa bi pacient zaužil s probiotikom.
Po pripravi biokocke, so preverjali preživetje transgenih celic v stresnih pogojih v primerjavi z celicami divjega tipa. Stres so ustvarili s hipoksijo, z medijem z 2mM bakrovim kloridom (CuCl2) in z 50 ter 100µM natrijevim nitroprusidom (SNP). V odvisnosti od časa so spremljali optično gostoto. Spektrofotometrično pa so lahko zaradi obarvanosti likopena spremljali naraščanje koncentracije likopena z naraščanjem optične gostote.
Rezultati so dokazali, da likopen omogoči rast celic v stresnih pogojih, saj ščiti celice pred oksidativnim stresom. Njegovo izražanje pa se s stopnjo stresa povečuje, kar bi predvidoma celicam omogočilo preživetje v črevesju (1).
- '''L-arginin'''
L-arginin je esencialna aminokislina, pomembna pri vzdrževanju celične homeostaze. Dokazano namreč pomanjkanje te aminokisline vodi v povečano koncentracijo ROS in zmanjšano koncentracijo antioksidantov v celici (6). Dodatki L-arginina izboljšajo simptome kardiovasklarne bolezni (hiperzenzijo), ki je najpogostejši vzrok smrti na svetu.
Skupina je sintetizirala sistem treh biokock, ki bi povečano izražala L-arginin. Tudi tu bi se poslužili vnosa s probiotikom. Pri tem se je osredotočila na glavna mehanizma, ki preprečujeta masovno sintezo L-arginina v celicah. In sicer na represijo NAGS encima s strani L-arginina (negativna povratna zanka) in na represor ArgR. ArgR je pogost represor encimov, ki sodelujejo v biosintezi L-arginina. Prva biokocka torej predstavlja mutagenizirano verzijo NAGS encima, ki je odporen na inhibicijo s strani L-arginina. Druga je vezavno zaporedje za represor ArgR, ARG box. Tretja biokocka pa je pripravljena za sintezo transportrskega proteina, ki bi L-arginin prenesel iz celice ven.
- '''Superoksid dizmutaza (SOD)'''
SOD so treh vrst glede na to, kje se nahajajo in so pomembni v boju proti ROS. SOD je skupino začela zanimati, zaradi dejstva, da so nekatere mutacije v SOD3 povezane s poslabšano pljučno funkcijo pri odraslih in večjo nagnjenost k KOPB, povečana količina divjega tipa SOD3 pa prispevajo učinkovitejši nevtralizaciji ROS, ki se s staranjem kopičijo.
Skupina se je povečane ekspresije SOD3 lotila z gensko terapijo. Konstruirali so sistem lentivirusnega vektorja z genom SOD3. Ta konstrukt bi v pljuča vnesli z inhalacijskim sredstvom, tam pa bi se vgradil v DNA in se konstutivno izražal v pljučnih epitelnih celicah (tkivno-specifični promotor). Aplikacija preko inhalatorja ima prednost v hitrosti dostave. Da so lažje spremljali učinkovitost transfekcije so encimu SOD3 pripeli še GFP reporter.

<h4>Vpliv na nastajanje zobnih plakov</h4>
Ustna votlina je dobro gojišče za mnoge mikroorganizme, ki sintetizirajo zunajcelični polisaharidi matriks, ki jim omogoča tesen stik s zobno površino, kar ustvari matrični biofilm. Kopičenje biofilna za bakterije, ki živijo pod njim, pomeni stres. Posledično pride do lokalizacije metabolitov in lokalno nižjega pH-ja in naseljevanja acidofilnih Gram pozitivnim bakterij. Nižji pH pa vodi do demineralizacije, do zobnega kariesa in na koncu do paradontalne bolezni, ki pa je rizični faktor za nekatere sistemske bolezni.
Cilj skupine je bila določitev indikatorja za patalogijo v ustni votlini, da bi lahko glede tega regulirali sproščanje antimikrobnega peptida mutacina 3. Rešitev so poiskali v spremljanju pH. Ugotovili so, da kot pH senzor lahko služi promotor Spy, ki regulira izražanje gena (v poizkusu GFP) v odvisnosti od pH.
Da bi povečali specifičnost, so vezje kasneje preoblikovali tako, da zelena fluorescenčna svetloba inducira nastanek modre, katero mi zaznavamo. Bistvo principa vodi CcaS (histidinska kinaza), ki se aktivira ob zeleni svetlobi in katalizira fosforilacijo CcaR (odzivni regulator). To se kaže v aktivaciji izražanja modrega fluorescentnega proteina, ki je voden s PcpcG2 promotorjem.

Mutacin3 je protein učinkovit v boju z Gram pozitivnimi bakterijam. Vezje za biosintezo mutacina 3 vsebuje strukturni gen mutA, ki omogoča sintezo prepropeptida (C-konec vsebuje propeptid, pred iznosom proteina v medij pa se odcepi še signalni peptid z N-konca). Kontranskripcijska enota mutBCDP omogoča razločevanje mutacina3 od drugih bakteriocinov preko delovanja encimov na peptid kodiranih v tem lokusu MutBCDP; Encim, ki ga kodira zapis MutB katalizira dehidracijo peptida, MutC pa ciklizacijo propeptidnih serinskih in treoninskih ostankov, ki se lahko kondenzirajo s sosednjimi cisteinskimi ostanki. To privede do tvorbe tioesterskih mostov. Encim, ki ga kodira mutD katalizira oksidativno dekarboksilacijo C-terminalnih cisteinskih ostanov, medtem ko je produkt mutP zapisa serinska proteaza, ki cepi signalni peptid. Slednja je zadnja stopnja v biosintezi. Zrel mutacin 3 ima obročasto strukturo z gibljivimi povezavami (linkerji) med podenotami. Ta giblivost je pomembna za baktericidno aktivnost. V membrani tvori transmembranske pore, kar vodi v izplavljanje celičnih komponent (1).

<h2>Zaključek </h2>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Ti so zelo reaktivni, reagirajo z DNA, lipidi in proteini ter tako povzročajo oksidativni stres. Proti temu se telo brani z antioksidanti in popravljalnimi mehanizmi. V primeru neravnovesja med prooksidativnimi in antioksidativnimi procesi v celici pride do apoptoze ali pa do nekaterih boleznih, kot so Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza, hipertenzija, diabetes, kancerogene bolezni idr. Ker se s staranjem oksidativni stres povečuje, se povečuje tudi nagnjenost do naštetih bolezni (2). Da se starali kvalitetno je skupina razmišljala in gradila na procesih, ki vključujejo predvsem obrabo pred oksidativnim stresom.

<h2>VIRI </h2>
(1) http://2016.igem.org/Team:UCL, dostopno: december 2016
(2) http://www.zrss.si/bzid/geni/pdf/sersa-clanek.pdf, dostopno: december 2016
(3) J, L. Gerson S, The role of DNA damage repair in aging of adult stem cells 2007. Nucleic Acids Res. Dec; 35(22): 7557–7565.
(4) Balasaheb Nimse S, Pal D, Free radicals, natural antioxidants, and their reaction mechanisms 2015. RSC Ad. May, 27986-28006
(5) http://www.bhia.org/lycopene.htm , dostopno: december 2017
(6) A, Das S, Roy S. Deprivation of L-Arginine Induces Oxidative Stress Mediated Apoptosis in Leishmania donovani Promastigotes: Contribution of the Polyamine Pathway 2016. PLoS Negl Trop Dis. Jan; 10(1): e0004373.

Kvalitetno staranje

2016-12-05T20:49:53Z

TinaKuhar:

<h2>UVOD </h2>
Staranje je tema, ki je privlačila skupino UCL iz Londona. Njihov cilj je bil prispevati k kvalitetnemu staranju, torej, da bi biološko staranje, kar v največji meri izključevalo hude bolezni tipične za staranje. Mednje sodijo Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza in izolirana sistolična hipertenzija (1).
Staranje je po definiciji proces, pri katerem začnejo po reproduktivni zrelosti organizma usihati mnoge fiziološke funkcije telesa skladno s starostjo organizma (2). Za celično staranje je značilna zmanjšana količina proizvedene energije v mitohondrijih, slabša sposobnost celične delitve in zato kopičenje poškodb DNA, kopičenje poškodovanih beljakovin, akumulacija netopnih molekul v celicah in zmanjšana sinteza novih beljakovin (3).
V zadnjih letih se je življenjska doba podaljšala, vendar pa še vedno 2/3 populacije umre zaradi hudih posledic bolezni, ki so tipične v starosti, kar pa je tesno povezano s kvaliteto življenja starostnika in njegovih bližnjih. Skupina je preučila dejavnike, ki privedejo do staranja in poiskala rešitve, ki potencialno vodijo do kvalitetnejšega staranja. Osredotočili so se na bistvene točke za zametek bolezni in na organe, ki so najbolj dovzetni za bolezni v starosti.
V pljučih so tako preučevali rešitev, ki jo ponuja genska terapija s prekomernim izražanjem encima superoksid dismutaze 3. Naredili so tudi sistem za povečano proizvodnjo likopena (močan antioksidant) v črevesju. Hipertenzijo so skušali zmanjšati s povečanim izražanjem esencialne aminokisline L-arginina. S proizvodnjo bakteriocina so kontrolirali zdravje ustne votline (1).

<h3>Oksidativni stres</h3>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Oboji nastanejo pod vplivom okolja in povzročajo oksidativni stres v organizmu. ROS aktivirajo gene, ki so udeleženi pri vnetnem odzivu ali pa povzročijo poškodbe na DNA, proteinih in lipidih (2). Ker se s staranjem zmanjšuje tudi aktivnost DNA popravljalnih mehanizmov (3), v končni fazi pride do genomske nestabilnosti, kar se konča z apoptozo ali z pretvorbo celice v rakavo celico (2).

<h4>Vpliv na proteine</h4>
Skupina je preko dinamičnega sipanja svetlobe (DLS) opazovala strukturo proteinov ob oksidacijskem stresu, ki so ga izzvali s 5mM vodikovim peroksidom. Rezultati so pokazali, da se struktura proteina (monoklonskega protitelesa) ob stresu spremeni. In sicer iz pravilno zvitega proteina nastanejo veliki agregati proteinov in majhni nestabilni intermediati.
Ker s starostjo oksidativni stres narašča, je proteinska struktura čedalje bolj okrnjena, kar vodi v zmanjšanje aktivnosti vitalnih proteinov to pa v bolezen.
Zato je zmanjševanje oksidacijskega stresa logična tarča za vsesplošno ohranjanje zdravja (1).

<h4>Obramba pred oksidacijskim stresom</h4>
Pred ROS se telo brani z encimi superoksid dismutazo, katalazo in glutation peroksido. Nevtralizirajo pa jih tudi antioksidanti (glutation, vitamin E in C, karotenoidi (npr. likopen), glutation) in L-arginin (4).
<h5>'''Likopen'''<h5>
Likopen je eden izmed najmočnejših antioksidantov, ki sadju daje rdečo barvo (paradižnik, lubenica). Obarvan je zaradi konjugiranih dvojne vezi, ki sicer omogočajo dušenje ROS in nas zato varuje pred oksidativnim stresom in staranjem. Študije kažejo, da dieta s povečanim vnosom likopena zniža tveganje za rakom prostate, želodca in pljuč (5).
Skupina pa je želela povečati koncentracijo likopena s pomočjo sintezne biologije. Pripravili so biokocko z zapisom za likopen pod NarK promotorjem, ki aktivira izražanje likopena v odgovor na oksidativni stres. Celice E. coli so transformirali s pripravljenim plazmidom, te pa bi pacient zaužil s probiotikom.
Po pripravi biokocke, so preverjali preživetje transgenih celic v stresnih pogojih v primerjavi z celicami divjega tipa. Stres so ustvarili s hipoksijo, z medijem z 2mM bakrovim kloridom (CuCl2) in z 50 ter 100µM natrijevim nitroprusidom (SNP). V odvisnosti od časa so spremljali optično gostoto. Spektrofotometrično pa so lahko zaradi obarvanosti likopena spremljali naraščanje koncentracije likopena z naraščanjem optične gostote.
Rezultati so dokazali, da likopen omogoči rast celic v stresnih pogojih, saj ščiti celice pred oksidativnim stresom. Njegovo izražanje pa se s stopnjo stresa povečuje, kar bi predvidoma celicam omogočilo preživetje v črevesju (1).
- '''L-arginin'''
L-arginin je esencialna aminokislina, pomembna pri vzdrževanju celične homeostaze. Dokazano namreč pomanjkanje te aminokisline vodi v povečano koncentracijo ROS in zmanjšano koncentracijo antioksidantov v celici (6). Dodatki L-arginina izboljšajo simptome kardiovasklarne bolezni (hiperzenzijo), ki je najpogostejši vzrok smrti na svetu.
Skupina je sintetizirala sistem treh biokock, ki bi povečano izražala L-arginin. Tudi tu bi se poslužili vnosa s probiotikom. Pri tem se je osredotočila na glavna mehanizma, ki preprečujeta masovno sintezo L-arginina v celicah. In sicer na represijo NAGS encima s strani L-arginina (negativna povratna zanka) in na represor ArgR. ArgR je pogost represor encimov, ki sodelujejo v biosintezi L-arginina. Prva biokocka torej predstavlja mutagenizirano verzijo NAGS encima, ki je odporen na inhibicijo s strani L-arginina. Druga je vezavno zaporedje za represor ArgR, ARG box. Tretja biokocka pa je pripravljena za sintezo transportrskega proteina, ki bi L-arginin prenesel iz celice ven.
- '''Superoksid dizmutaza (SOD)'''
SOD so treh vrst glede na to, kje se nahajajo in so pomembni v boju proti ROS. SOD je skupino začela zanimati, zaradi dejstva, da so nekatere mutacije v SOD3 povezane s poslabšano pljučno funkcijo pri odraslih in večjo nagnjenost k KOPB, povečana količina divjega tipa SOD3 pa prispevajo učinkovitejši nevtralizaciji ROS, ki se s staranjem kopičijo.
Skupina se je povečane ekspresije SOD3 lotila z gensko terapijo. Konstruirali so sistem lentivirusnega vektorja z genom SOD3. Ta konstrukt bi v pljuča vnesli z inhalacijskim sredstvom, tam pa bi se vgradil v DNA in se konstutivno izražal v pljučnih epitelnih celicah (tkivno-specifični promotor). Aplikacija preko inhalatorja ima prednost v hitrosti dostave. Da so lažje spremljali učinkovitost transfekcije so encimu SOD3 pripeli še GFP reporter.

<h4>Vpliv na nastajanje zobnih plakov</h4>
Ustna votlina je dobro gojišče za mnoge mikroorganizme, ki sintetizirajo zunajcelični polisaharidi matriks, ki jim omogoča tesen stik s zobno površino, kar ustvari matrični biofilm. Kopičenje biofilna za bakterije, ki živijo pod njim, pomeni stres. Posledično pride do lokalizacije metabolitov in lokalno nižjega pH-ja in naseljevanja acidofilnih Gram pozitivnim bakterij. Nižji pH pa vodi do demineralizacije, do zobnega kariesa in na koncu do paradontalne bolezni, ki pa je rizični faktor za nekatere sistemske bolezni.
Cilj skupine je bila določitev indikatorja za patalogijo v ustni votlini, da bi lahko glede tega regulirali sproščanje antimikrobnega peptida mutacina 3. Rešitev so poiskali v spremljanju pH. Ugotovili so, da kot pH senzor lahko služi promotor Spy, ki regulira izražanje gena (v poizkusu GFP) v odvisnosti od pH.
Da bi povečali specifičnost, so vezje kasneje preoblikovali tako, da zelena fluorescenčna svetloba inducira nastanek modre, katero mi zaznavamo. Bistvo principa vodi CcaS (histidinska kinaza), ki se aktivira ob zeleni svetlobi in katalizira fosforilacijo CcaR (odzivni regulator). To se kaže v aktivaciji izražanja modrega fluorescentnega proteina, ki je voden s PcpcG2 promotorjem.

Mutacin3 je protein učinkovit v boju z Gram pozitivnimi bakterijam. Vezje za biosintezo mutacina 3 vsebuje strukturni gen mutA, ki omogoča sintezo prepropeptida (C-konec vsebuje propeptid, pred iznosom proteina v medij pa se odcepi še signalni peptid z N-konca). Kontranskripcijska enota mutBCDP omogoča razločevanje mutacina3 od drugih bakteriocinov preko delovanja encimov na peptid kodiranih v tem lokusu MutBCDP; Encim, ki ga kodira zapis MutB katalizira dehidracijo peptida, MutC pa ciklizacijo propeptidnih serinskih in treoninskih ostankov, ki se lahko kondenzirajo s sosednjimi cisteinskimi ostanki. To privede do tvorbe tioesterskih mostov. Encim, ki ga kodira mutD katalizira oksidativno dekarboksilacijo C-terminalnih cisteinskih ostanov, medtem ko je produkt mutP zapisa serinska proteaza, ki cepi signalni peptid. Slednja je zadnja stopnja v biosintezi. Zrel mutacin 3 ima obročasto strukturo z gibljivimi povezavami (linkerji) med podenotami. Ta giblivost je pomembna za baktericidno aktivnost. V membrani tvori transmembranske pore, kar vodi v izplavljanje celičnih komponent (1).

<h2>Zaključek </h2>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Ti so zelo reaktivni, reagirajo z DNA, lipidi in proteini ter tako povzročajo oksidativni stres. Proti temu se telo brani z antioksidanti in popravljalnimi mehanizmi. V primeru neravnovesja med prooksidativnimi in antioksidativnimi procesi v celici pride do apoptoze ali pa do nekaterih boleznih, kot so Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza, hipertenzija, diabetes, kancerogene bolezni idr. Ker se s staranjem oksidativni stres povečuje, se povečuje tudi nagnjenost do naštetih bolezni (2). Da se starali kvalitetno je skupina razmišljala in gradila na procesih, ki vključujejo predvsem obrabo pred oksidativnim stresom.

<h2>VIRI </h2>
(1) http://2016.igem.org/Team:UCL, dostopno: december 2016
(2) http://www.zrss.si/bzid/geni/pdf/sersa-clanek.pdf, dostopno: december 2016
(3) J, L. Gerson S, The role of DNA damage repair in aging of adult stem cells 2007. Nucleic Acids Res. Dec; 35(22): 7557–7565.
(4) Balasaheb Nimse S, Pal D, Free radicals, natural antioxidants, and their reaction mechanisms 2015. RSC Ad. May, 27986-28006
(5) http://www.bhia.org/lycopene.htm , dostopno: december 2017
(6) A, Das S, Roy S. Deprivation of L-Arginine Induces Oxidative Stress Mediated Apoptosis in Leishmania donovani Promastigotes: Contribution of the Polyamine Pathway 2016. PLoS Negl Trop Dis. Jan; 10(1): e0004373.

Kvalitetno staranje

2016-12-05T20:48:57Z

TinaKuhar:

<h2>UVOD </h2>
Staranje je tema, ki je privlačila skupino UCL iz Londona. Njihov cilj je bil prispevati k kvalitetnemu staranju, torej, da bi biološko staranje, kar v največji meri izključevalo hude bolezni tipične za staranje. Mednje sodijo Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza in izolirana sistolična hipertenzija (1).
Staranje je po definiciji proces, pri katerem začnejo po reproduktivni zrelosti organizma usihati mnoge fiziološke funkcije telesa skladno s starostjo organizma (2). Za celično staranje je značilna zmanjšana količina proizvedene energije v mitohondrijih, slabša sposobnost celične delitve in zato kopičenje poškodb DNA, kopičenje poškodovanih beljakovin, akumulacija netopnih molekul v celicah in zmanjšana sinteza novih beljakovin (3).
V zadnjih letih se je življenjska doba podaljšala, vendar pa še vedno 2/3 populacije umre zaradi hudih posledic bolezni, ki so tipične v starosti, kar pa je tesno povezano s kvaliteto življenja starostnika in njegovih bližnjih. Skupina je preučila dejavnike, ki privedejo do staranja in poiskala rešitve, ki potencialno vodijo do kvalitetnejšega staranja. Osredotočili so se na bistvene točke za zametek bolezni in na organe, ki so najbolj dovzetni za bolezni v starosti.
V pljučih so tako preučevali rešitev, ki jo ponuja genska terapija s prekomernim izražanjem encima superoksid dismutaze 3. Naredili so tudi sistem za povečano proizvodnjo likopena (močan antioksidant) v črevesju. Hipertenzijo so skušali zmanjšati s povečanim izražanjem esencialne aminokisline L-arginina. S proizvodnjo bakteriocina so kontrolirali zdravje ustne votline (1).

<h3>Oksidativni stres</h3>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Oboji nastanejo pod vplivom okolja in povzročajo oksidativni stres v organizmu. ROS aktivirajo gene, ki so udeleženi pri vnetnem odzivu ali pa povzročijo poškodbe na DNA, proteinih in lipidih (2). Ker se s staranjem zmanjšuje tudi aktivnost DNA popravljalnih mehanizmov (3), v končni fazi pride do genomske nestabilnosti, kar se konča z apoptozo ali z pretvorbo celice v rakavo celico (2).

<h4>Vpliv na proteine</h4>
Skupina je preko dinamičnega sipanja svetlobe (DLS) opazovala strukturo proteinov ob oksidacijskem stresu, ki so ga izzvali s 5mM vodikovim peroksidom. Rezultati so pokazali, da se struktura proteina (monoklonskega protitelesa) ob stresu spremeni. In sicer iz pravilno zvitega proteina nastanejo veliki agregati proteinov in majhni nestabilni intermediati.
Ker s starostjo oksidativni stres narašča, je proteinska struktura čedalje bolj okrnjena, kar vodi v zmanjšanje aktivnosti vitalnih proteinov to pa v bolezen.
Zato je zmanjševanje oksidacijskega stresa logična tarča za vsesplošno ohranjanje zdravja (1).

<h4>Obramba pred oksidacijskim stresom</h4>
Pred ROS se telo brani z encimi superoksid dismutazo, katalazo in glutation peroksido. Nevtralizirajo pa jih tudi antioksidanti (glutation, vitamin E in C, karotenoidi (npr. likopen), glutation) in L-arginin (4).
- '''Likopen'''
Likopen je eden izmed najmočnejših antioksidantov, ki sadju daje rdečo barvo (paradižnik, lubenica). Obarvan je zaradi konjugiranih dvojne vezi, ki sicer omogočajo dušenje ROS in nas zato varuje pred oksidativnim stresom in staranjem. Študije kažejo, da dieta s povečanim vnosom likopena zniža tveganje za rakom prostate, želodca in pljuč (5).
Skupina pa je želela povečati koncentracijo likopena s pomočjo sintezne biologije. Pripravili so biokocko z zapisom za likopen pod NarK promotorjem, ki aktivira izražanje likopena v odgovor na oksidativni stres. Celice E. coli so transformirali s pripravljenim plazmidom, te pa bi pacient zaužil s probiotikom.
Po pripravi biokocke, so preverjali preživetje transgenih celic v stresnih pogojih v primerjavi z celicami divjega tipa. Stres so ustvarili s hipoksijo, z medijem z 2mM bakrovim kloridom (CuCl2) in z 50 ter 100µM natrijevim nitroprusidom (SNP). V odvisnosti od časa so spremljali optično gostoto. Spektrofotometrično pa so lahko zaradi obarvanosti likopena spremljali naraščanje koncentracije likopena z naraščanjem optične gostote.
Rezultati so dokazali, da likopen omogoči rast celic v stresnih pogojih, saj ščiti celice pred oksidativnim stresom. Njegovo izražanje pa se s stopnjo stresa povečuje, kar bi predvidoma celicam omogočilo preživetje v črevesju (1).
- '''L-arginin'''
L-arginin je esencialna aminokislina, pomembna pri vzdrževanju celične homeostaze. Dokazano namreč pomanjkanje te aminokisline vodi v povečano koncentracijo ROS in zmanjšano koncentracijo antioksidantov v celici (6). Dodatki L-arginina izboljšajo simptome kardiovasklarne bolezni (hiperzenzijo), ki je najpogostejši vzrok smrti na svetu.
Skupina je sintetizirala sistem treh biokock, ki bi povečano izražala L-arginin. Tudi tu bi se poslužili vnosa s probiotikom. Pri tem se je osredotočila na glavna mehanizma, ki preprečujeta masovno sintezo L-arginina v celicah. In sicer na represijo NAGS encima s strani L-arginina (negativna povratna zanka) in na represor ArgR. ArgR je pogost represor encimov, ki sodelujejo v biosintezi L-arginina. Prva biokocka torej predstavlja mutagenizirano verzijo NAGS encima, ki je odporen na inhibicijo s strani L-arginina. Druga je vezavno zaporedje za represor ArgR, ARG box. Tretja biokocka pa je pripravljena za sintezo transportrskega proteina, ki bi L-arginin prenesel iz celice ven.
- '''Superoksid dizmutaza (SOD)'''
SOD so treh vrst glede na to, kje se nahajajo in so pomembni v boju proti ROS. SOD je skupino začela zanimati, zaradi dejstva, da so nekatere mutacije v SOD3 povezane s poslabšano pljučno funkcijo pri odraslih in večjo nagnjenost k KOPB, povečana količina divjega tipa SOD3 pa prispevajo učinkovitejši nevtralizaciji ROS, ki se s staranjem kopičijo.
Skupina se je povečane ekspresije SOD3 lotila z gensko terapijo. Konstruirali so sistem lentivirusnega vektorja z genom SOD3. Ta konstrukt bi v pljuča vnesli z inhalacijskim sredstvom, tam pa bi se vgradil v DNA in se konstutivno izražal v pljučnih epitelnih celicah (tkivno-specifični promotor). Aplikacija preko inhalatorja ima prednost v hitrosti dostave. Da so lažje spremljali učinkovitost transfekcije so encimu SOD3 pripeli še GFP reporter.

<h4>Vpliv na nastajanje zobnih plakov</h4>
Ustna votlina je dobro gojišče za mnoge mikroorganizme, ki sintetizirajo zunajcelični polisaharidi matriks, ki jim omogoča tesen stik s zobno površino, kar ustvari matrični biofilm. Kopičenje biofilna za bakterije, ki živijo pod njim, pomeni stres. Posledično pride do lokalizacije metabolitov in lokalno nižjega pH-ja in naseljevanja acidofilnih Gram pozitivnim bakterij. Nižji pH pa vodi do demineralizacije, do zobnega kariesa in na koncu do paradontalne bolezni, ki pa je rizični faktor za nekatere sistemske bolezni.
Cilj skupine je bila določitev indikatorja za patalogijo v ustni votlini, da bi lahko glede tega regulirali sproščanje antimikrobnega peptida mutacina 3. Rešitev so poiskali v spremljanju pH. Ugotovili so, da kot pH senzor lahko služi promotor Spy, ki regulira izražanje gena (v poizkusu GFP) v odvisnosti od pH.
Da bi povečali specifičnost, so vezje kasneje preoblikovali tako, da zelena fluorescenčna svetloba inducira nastanek modre, katero mi zaznavamo. Bistvo principa vodi CcaS (histidinska kinaza), ki se aktivira ob zeleni svetlobi in katalizira fosforilacijo CcaR (odzivni regulator). To se kaže v aktivaciji izražanja modrega fluorescentnega proteina, ki je voden s PcpcG2 promotorjem.

Mutacin3 je protein učinkovit v boju z Gram pozitivnimi bakterijam. Vezje za biosintezo mutacina 3 vsebuje strukturni gen mutA, ki omogoča sintezo prepropeptida (C-konec vsebuje propeptid, pred iznosom proteina v medij pa se odcepi še signalni peptid z N-konca). Kontranskripcijska enota mutBCDP omogoča razločevanje mutacina3 od drugih bakteriocinov preko delovanja encimov na peptid kodiranih v tem lokusu MutBCDP; Encim, ki ga kodira zapis MutB katalizira dehidracijo peptida, MutC pa ciklizacijo propeptidnih serinskih in treoninskih ostankov, ki se lahko kondenzirajo s sosednjimi cisteinskimi ostanki. To privede do tvorbe tioesterskih mostov. Encim, ki ga kodira mutD katalizira oksidativno dekarboksilacijo C-terminalnih cisteinskih ostanov, medtem ko je produkt mutP zapisa serinska proteaza, ki cepi signalni peptid. Slednja je zadnja stopnja v biosintezi. Zrel mutacin 3 ima obročasto strukturo z gibljivimi povezavami (linkerji) med podenotami. Ta giblivost je pomembna za baktericidno aktivnost. V membrani tvori transmembranske pore, kar vodi v izplavljanje celičnih komponent (1).

<h2>Zaključek </h2>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Ti so zelo reaktivni, reagirajo z DNA, lipidi in proteini ter tako povzročajo oksidativni stres. Proti temu se telo brani z antioksidanti in popravljalnimi mehanizmi. V primeru neravnovesja med prooksidativnimi in antioksidativnimi procesi v celici pride do apoptoze ali pa do nekaterih boleznih, kot so Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza, hipertenzija, diabetes, kancerogene bolezni idr. Ker se s staranjem oksidativni stres povečuje, se povečuje tudi nagnjenost do naštetih bolezni (2). Da se starali kvalitetno je skupina razmišljala in gradila na procesih, ki vključujejo predvsem obrabo pred oksidativnim stresom.

<h2>VIRI </h2>
(1) http://2016.igem.org/Team:UCL, dostopno: december 2016
(2) http://www.zrss.si/bzid/geni/pdf/sersa-clanek.pdf, dostopno: december 2016
(3) J, L. Gerson S, The role of DNA damage repair in aging of adult stem cells 2007. Nucleic Acids Res. Dec; 35(22): 7557–7565.
(4) Balasaheb Nimse S, Pal D, Free radicals, natural antioxidants, and their reaction mechanisms 2015. RSC Ad. May, 27986-28006
(5) http://www.bhia.org/lycopene.htm , dostopno: december 2017
(6) A, Das S, Roy S. Deprivation of L-Arginine Induces Oxidative Stress Mediated Apoptosis in Leishmania donovani Promastigotes: Contribution of the Polyamine Pathway 2016. PLoS Negl Trop Dis. Jan; 10(1): e0004373.

Kvalitetno staranje

2016-12-05T20:47:24Z

<h2>UVOD </h2>
Staranje je tema, ki je privlačila skupino UCL iz Londona. Njihov cilj je bil prispevati k kvalitetnemu staranju, torej, da bi biološko staranje, kar v največji meri izključevalo hude bolezni tipične za staranje. Mednje sodijo Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza in izolirana sistolična hipertenzija (1).
Staranje je po definiciji proces, pri katerem začnejo po reproduktivni zrelosti organizma usihati mnoge fiziološke funkcije telesa skladno s starostjo organizma (2). Za celično staranje je značilna zmanjšana količina proizvedene energije v mitohondrijih, slabša sposobnost celične delitve in zato kopičenje poškodb DNA, kopičenje poškodovanih beljakovin, akumulacija netopnih molekul v celicah in zmanjšana sinteza novih beljakovin (3).
V zadnjih letih se je življenjska doba podaljšala, vendar pa še vedno 2/3 populacije umre zaradi hudih posledic bolezni, ki so tipične v starosti, kar pa je tesno povezano s kvaliteto življenja starostnika in njegovih bližnjih. Skupina je preučila dejavnike, ki privedejo do staranja in poiskala rešitve, ki potencialno vodijo do kvalitetnejšega staranja. Osredotočili so se na bistvene točke za zametek bolezni in na organe, ki so najbolj dovzetni za bolezni v starosti.
V pljučih so tako preučevali rešitev, ki jo ponuja genska terapija s prekomernim izražanjem encima superoksid dismutaze 3. Naredili so tudi sistem za povečano proizvodnjo likopena (močan antioksidant) v črevesju. Hipertenzijo so skušali zmanjšati s povečanim izražanjem esencialne aminokisline L-arginina. S proizvodnjo bakteriocina so kontrolirali zdravje ustne votline (1).

<h3>Oksidativni stres</h3>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Oboji nastanejo pod vplivom okolja in povzročajo oksidativni stres v organizmu. ROS aktivirajo gene, ki so udeleženi pri vnetnem odzivu ali pa povzročijo poškodbe na DNA, proteinih in lipidih (2). Ker se s staranjem zmanjšuje tudi aktivnost DNA popravljalnih mehanizmov (3), v končni fazi pride do genomske nestabilnosti, kar se konča z apoptozo ali z pretvorbo celice v rakavo celico (2).

<h4>Vpliv na proteine</h4>
Skupina je preko dinamičnega sipanja svetlobe (DLS) opazovala strukturo proteinov ob oksidacijskem stresu, ki so ga izzvali s 5mM vodikovim peroksidom. Rezultati so pokazali, da se struktura proteina (monoklonskega protitelesa) ob stresu spremeni. In sicer iz pravilno zvitega proteina nastanejo veliki agregati proteinov in majhni nestabilni intermediati.
Ker s starostjo oksidativni stres narašča, je proteinska struktura čedalje bolj okrnjena, kar vodi v zmanjšanje aktivnosti vitalnih proteinov to pa v bolezen.
Zato je zmanjševanje oksidacijskega stresa logična tarča za vsesplošno ohranjanje zdravja (1).

<h4>Obramba pred oksidacijskim stresom</h4>
Pred ROS se telo brani z encimi superoksid dismutazo, katalazo in glutation peroksido. Nevtralizirajo pa jih tudi antioksidanti (glutation, vitamin E in C, karotenoidi (npr. likopen), glutation) in L-arginin (4).
- '''Likopen'''
Likopen je eden izmed najmočnejših antioksidantov, ki sadju daje rdečo barvo (paradižnik, lubenica). Obarvan je zaradi konjugiranih dvojne vezi, ki sicer omogočajo dušenje ROS in nas zato varuje pred oksidativnim stresom in staranjem. Študije kažejo, da dieta s povečanim vnosom likopena zniža tveganje za rakom prostate, želodca in pljuč (5).
Skupina pa je želela povečati koncentracijo likopena s pomočjo sintezne biologije. Pripravili so biokocko z zapisom za likopen pod NarK promotorjem, ki aktivira izražanje likopena v odgovor na oksidativni stres. Celice E. coli so transformirali s pripravljenim plazmidom, te pa bi pacient zaužil s probiotikom.
Po pripravi biokocke, so preverjali preživetje transgenih celic v stresnih pogojih v primerjavi z celicami divjega tipa. Stres so ustvarili s hipoksijo, z medijem z 2mM bakrovim kloridom (CuCl2) in z 50 ter 100µM natrijevim nitroprusidom (SNP). V odvisnosti od časa so spremljali optično gostoto. Spektrofotometrično pa so lahko zaradi obarvanosti likopena spremljali naraščanje koncentracije likopena z naraščanjem optične gostote.
Rezultati so dokazali, da likopen omogoči rast celic v stresnih pogojih, saj ščiti celice pred oksidativnim stresom. Njegovo izražanje pa se s stopnjo stresa povečuje, kar bi predvidoma celicam omogočilo preživetje v črevesju (1).
- '''L-arginin'''
L-arginin je esencialna aminokislina, pomembna pri vzdrževanju celične homeostaze. Dokazano namreč pomanjkanje te aminokisline vodi v povečano koncentracijo ROS in zmanjšano koncentracijo antioksidantov v celici (6). Dodatki L-arginina izboljšajo simptome kardiovasklarne bolezni (hiperzenzijo), ki je najpogostejši vzrok smrti na svetu.
Skupina je sintetizirala sistem treh biokock, ki bi povečano izražala L-arginin. Tudi tu bi se poslužili vnosa s probiotikom. Pri tem se je osredotočila na glavna mehanizma, ki preprečujeta masovno sintezo L-arginina v celicah. In sicer na represijo NAGS encima s strani L-arginina (negativna povratna zanka) in na represor ArgR. ArgR je pogost represor encimov, ki sodelujejo v biosintezi L-arginina. Prva biokocka torej predstavlja mutagenizirano verzijo NAGS encima, ki je odporen na inhibicijo s strani L-arginina. Druga je vezavno zaporedje za represor ArgR, ARG box. Tretja biokocka pa je pripravljena za sintezo transportrskega proteina, ki bi L-arginin prenesel iz celice ven.
- '''Superoksid dizmutaza (SOD)'''
SOD so treh vrst glede na to, kje se nahajajo in so pomembni v boju proti ROS. SOD je skupino začela zanimati, zaradi dejstva, da so nekatere mutacije v SOD3 povezane s poslabšano pljučno funkcijo pri odraslih in večjo nagnjenost k KOPB, povečana količina divjega tipa SOD3 pa prispevajo učinkovitejši nevtralizaciji ROS, ki se s staranjem kopičijo.
Skupina se je povečane ekspresije SOD3 lotila z gensko terapijo. Konstruirali so sistem lentivirusnega vektorja z genom SOD3. Ta konstrukt bi v pljuča vnesli z inhalacijskim sredstvom, tam pa bi se vgradil v DNA in se konstutivno izražal v pljučnih epitelnih celicah (tkivno-specifični promotor). Aplikacija preko inhalatorja ima prednost v hitrosti dostave. Da so lažje spremljali učinkovitost transfekcije so encimu SOD3 pripeli še GFP reporter.

<h3>Vpliv na nastajanje zobnih plakov</h3>
Ustna votlina je dobro gojišče za mnoge mikroorganizme, ki sintetizirajo zunajcelični polisaharidi matriks, ki jim omogoča tesen stik s zobno površino, kar ustvari matrični biofilm. Kopičenje biofilna za bakterije, ki živijo pod njim, pomeni stres. Posledično pride do lokalizacije metabolitov in lokalno nižjega pH-ja in naseljevanja acidofilnih Gram pozitivnim bakterij. Nižji pH pa vodi do demineralizacije, do zobnega kariesa in na koncu do paradontalne bolezni, ki pa je rizični faktor za nekatere sistemske bolezni.
Cilj skupine je bila določitev indikatorja za patalogijo v ustni votlini, da bi lahko glede tega regulirali sproščanje antimikrobnega peptida mutacina 3. Rešitev so poiskali v spremljanju pH. Ugotovili so, da kot pH senzor lahko služi promotor Spy, ki regulira izražanje gena (v poizkusu GFP) v odvisnosti od pH.
Da bi povečali specifičnost, so vezje kasneje preoblikovali tako, da zelena fluorescenčna svetloba inducira nastanek modre, katero mi zaznavamo. Bistvo principa vodi CcaS (histidinska kinaza), ki se aktivira ob zeleni svetlobi in katalizira fosforilacijo CcaR (odzivni regulator). To se kaže v aktivaciji izražanja modrega fluorescentnega proteina, ki je voden s PcpcG2 promotorjem.

Mutacin3 je protein učinkovit v boju z Gram pozitivnimi bakterijam. Vezje za biosintezo mutacina 3 vsebuje strukturni gen mutA, ki omogoča sintezo prepropeptida (C-konec vsebuje propeptid, pred iznosom proteina v medij pa se odcepi še signalni peptid z N-konca). Kontranskripcijska enota mutBCDP omogoča razločevanje mutacina3 od drugih bakteriocinov preko delovanja encimov na peptid kodiranih v tem lokusu MutBCDP; Encim, ki ga kodira zapis MutB katalizira dehidracijo peptida, MutC pa ciklizacijo propeptidnih serinskih in treoninskih ostankov, ki se lahko kondenzirajo s sosednjimi cisteinskimi ostanki. To privede do tvorbe tioesterskih mostov. Encim, ki ga kodira mutD katalizira oksidativno dekarboksilacijo C-terminalnih cisteinskih ostanov, medtem ko je produkt mutP zapisa serinska proteaza, ki cepi signalni peptid. Slednja je zadnja stopnja v biosintezi. Zrel mutacin 3 ima obročasto strukturo z gibljivimi povezavami (linkerji) med podenotami. Ta giblivost je pomembna za baktericidno aktivnost. V membrani tvori transmembranske pore, kar vodi v izplavljanje celičnih komponent (1).

<h2>Zaključek </h2>
Osnovni mehanizem staranja je povezan z reaktivnimi kisikovimi spojinami (ROS) in prostimi radikali. Ti so zelo reaktivni, reagirajo z DNA, lipidi in proteini ter tako povzročajo oksidativni stres. Proti temu se telo brani z antioksidanti in popravljalnimi mehanizmi. V primeru neravnovesja med prooksidativnimi in antioksidativnimi procesi v celici pride do apoptoze ali pa do nekaterih boleznih, kot so Alzheimerjeva bolezen, osteoporoza, hipertenzija, diabetes, kancerogene bolezni idr. Ker se s staranjem oksidativni stres povečuje, se povečuje tudi nagnjenost do naštetih bolezni (2). Da se starali kvalitetno je skupina razmišljala in gradila na procesih, ki vključujejo predvsem obrabo pred oksidativnim stresom.

<h2>VIRI </h2>
(1) http://2016.igem.org/Team:UCL, dostopno: december 2016
(2) http://www.zrss.si/bzid/geni/pdf/sersa-clanek.pdf, dostopno: december 2016 (3) J, L. Gerson S, The role of DNA damage repair in aging of adult stem cells 2007. Nucleic Acids Res. Dec; 35(22): 7557–7565.
(4) Balasaheb Nimse S, Pal D, Free radicals, natural antioxidants, and their reaction mechanisms 2015. RSC Ad. May, 27986-28006
(5) http://www.bhia.org/lycopene.htm , dostopno: december 2017
(6) A, Das S, Roy S. Deprivation of L-Arginine Induces Oxidative Stress Mediated Apoptosis in Leishmania donovani Promastigotes: Contribution of the Polyamine Pathway 2016. PLoS Negl Trop Dis. Jan; 10(1): e0004373.