Wiki FKKT - User contributions [en]

Seminarji SB 2017/18

2018-01-21T20:18:38Z

Tomaž Žagar:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularna_in_razširljiva_platforma_na_osnovi_regulacije_izražanja_genov_z_RNA_za_inženiring_celičnih_funkcij Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij] - Ana Cirnski 

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Enkabcillus_-_to_je_past%21 Enkabcillus - to je past!] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Solni_trezor Solni trezor] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/H2ydroGEM_-_%C4%8Cista_energija_za_prihodnost H2ydroGEM - Čista energija za prihodnost] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Shramba_fosfata Shramba fosfata] 

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] 
2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] 

5.12. 
1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] 
4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] 

12.12. 
1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] 
2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] 
3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] 
4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] 

19.12. 
1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] 
2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] 
3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] 

9.1. 
1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] 
2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 
3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] 
4 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Super_tobak Super tobak] 
2 Marija Kisilak - [[Enkabcillus - to je past!]] 
3 Nataša Traven - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] 
4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Solni_trezor Solni trezor] 
3 Tadej Ulčnik - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Shramba_fosfata Shramba fosfata] 
4 Jakob Rupert - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/H2ydroGEM_-_%C4%8Cista_energija_za_prihodnost H2ydroGEM - Čista energija za prihodnost] 

23.1. 
1 Ana Cirnski - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularna_in_razširljiva_platforma_na_osnovi_regulacije_izražanja_genov_z_RNA_za_inženiring_celičnih_funkcij Modularna in razširljiva platforma na osnovi regulacije izražanja genov z RNA za inženiring celičnih funkcij] 
2 Rok Ferenc 
3 Barbara Lipovšek 
4

Shramba fosfata

2018-01-21T20:16:34Z

Tomaž Žagar: New page: Povzeto po projektu [http://2017.igem.org/Team:Manchester iGEM skupine Manchester_2017] (Tadej Ulčnik) == 1 Uvod == Fosfor je po masi šesti najbolj zastopan element v človeškem t...

Povzeto po projektu [http://2017.igem.org/Team:Manchester iGEM skupine Manchester_2017]

(Tadej Ulčnik)

== 1 Uvod ==

Fosfor je po masi šesti najbolj zastopan element v človeškem telesu, kar tudi priča o njegovi pomembnosti za delovanje celic. Najpogosteje se nahaja v obliki fosfata. Sestavlja ogrodje nukleinskih kislin, vsebujejo pa ga tudi energetsko bogate molekule, kot je npr. ATP. Anorganski fosfat se v največji meri uporablja kot dodatek umetnim gnojilom, saj spodbuja rast rastlin. Kmetijstvo, ki zahteva vedno večjo proizvodnjo hrane, tako vedno bolj troši zaloge fosfata, ki bi jih naj po ocenah bilo še le za okoli 50 do 100 let. Poleg pozitivne vloge fosfata, pa nastajajo v povezavi z njim tudi težave, saj se med drugim s polj spira v reke in tako povzroča bujno rast alg, kar neugodno vpliva na vodne ekosisteme. Velika količina fosfata se nahaja tudi v odpadnih vodah gospodinjstev.

Skupina iz univerze v Manchestru je videla rešitev tega problema v gensko spremenjenih bakterijah, ki bi bile sposobne iz vode privzeti fosfat in ga skladiščiti v visokih koncentracijah. S tem bi tako zmanjšale koncentracijo fosfata v vodi, prav tako pa bi bilo iz njih možno izolirati fosfat, s čimer se bi recikliral in lahko ponovno uporabil.

== 2 Načrtovanje bakterij ==

Osnovna ideja je bila, da bi bakterije bile sposobne polimerizirati fosfat do polifosfata ter ga skladiščiti. Za šasijo so si izbrali ''E. coli''. Polimerizacijo fosfata omogoča encim polifosfat kinaza (PPK), s tem da na konec polifosfatne verige pripne fosfat iz ATP-ja (ob tem se odcepi ADP). Encimi eksofosfataze (PPX)pa odcepljajo fosfatne enote s polifosfata. Reštev problema delovanja eksofosfataz so videli v tvorbi mikrokompartmenta znotraj celice. Eksofosfataze ne bi mogle dostopati v notranjost, med tem ko bi bile polifosfat kinaze pritrjene z notranje strani, s čimer bi sinteza polifosfata potekala samo znotraj mikrokompartmenta.

Mikrokompartmente tvorijo številne bakterije z namenom shranjevanja in kopičenja molekul iz okolja ali pa molekul, ki jih sintetizirajo. So proteinske ovojnice, ki se sestavijo podobno kot virusna kapsida. Skupina se je odločila uporabiti mikrokompartment Eut (ethanolamine utilisation), ki je pri nekaterih bakterijah prisoten za shranjevanje etanolamina. Ta mikrokompartment sestavljajo proteini eutK, eutL, eutM, eutN in eutS.
Naravno prisotna PPK iz ''E. coli'' ni dovolj aktivna za hitro in povišano polimerizacijo polifosfata, zato so uporabili PPK II iz Corynebacterium glutamicum, ki ima 30-krat večjo aktivnost. Da bi potekala sinteza polifosfata v notranjosti mikrokompartmenta, so morali zapisu za PPK dodati še N-terminalno zaporedje proteina PduD, s čimer se je konstrukt lahko vezal na proteine v notranjosti. Protein PduD je eden izmed proteinov mikrokompartmenta Pdu in sestavlja njegov notranji plašč, zato ima težnjo po vezavi v notranjost.

== 3 Rezultati ==

Najprej so preverili aktivnost in optimizirali sintezo konstruktov PPK. Pripravili so tri konstrukte (BBa_K2213003, BBa_K2213004 in BBa_K2213005) ki so vsebovali fuzijski protein z N-terminalno sekvenco PduD, PPK in 6xHis oznako. Od teh je bil v drugega in tretjega vstavljen še zapis za mCHERRY, s katerim so v naslednijh raziskavah preverjali uspešnost vezave PKK v mikrokompartment. Ugotovili so, da izmed teh dveh konstruktov pravilno nastane samo konstrukt BBa_K2213005, ki pa ima za okoli 80% nižjo aktivnost od divjega tipa PPK.
V drugem delu so s spreminjanjem pogojev želeli ugotoviti optimalne pogoje za ekspresijo konstrukta BBa_K2213005. Količino proteina so določili preko merjenja fluorescence mCHERRY v celičnih lizatih. Najboljše rezultate so dobili, ko so po doseženi optični gostoti OD600 dodali IPTG dokončne koncentracije 1mM in stresali 48h pri 24°C.

Za sintezo mikrokompartmenta so pripravili tri konstrukte. Prvi (BBa_K2213000) je vseboval zapis za eutS pod kontrolo inducibilnega LacUV5 promotorja. Drugi (BBa_K2213001) je vseboval zapis za eutM in eutN pod kontrolo inducibilnega tetraciklinskega (tet) promotorja. Tretji (BBa_K2213002) je vseboval zapis za eutK in eutL pod kontrolo inducibilnega arabinoznega (araBAD) promotorja. Pri vseh konstruktih so dokazali, da se normalno poveča njihova koncentracija po dodatku indukturja.

Preverili so vpliv sinteze proteinov na rast celic z merjenjem optične gostote OD600. Ugotovili so, da se 20 ur po indukciji zmanjša število induciranih celic za med 67% do 81% v primerjavi z neinduciranimi celicami. Eut proteini so za celico najverjetneje toksični, zaradi česar bi bilo ugodneje celice najprej nagojiti in šele v končni fazi sprožiti indukcijo. V primeru kontinuirne kulture, kot so si jo zamislili, je pomembno najti ravnotežje med prirastom biomase (celic) in akumulacijo fosfata. Ko je koncentracija fosfatov nizka, bi morale celice usmeriti vso energijo v rast namesto v akumulacijo fosfata, saj ta predstavlja veliko energijsko breme.

Na podlagi tega so dizajnirali model operona, pri katerem bi povišana koncentracija fosfata inducirala sintezo eut proteinov, znižana pa jo reprimirala. Izhajali so iz pri ''E. coli'' in drugih bakterijah naravno prisotnega Pho regulona, ki pri njih igra glavno vlogo v regulaciji koncentracij anorganskega fosfata v celici. Spremenili so ga do te mere, da so namesto naravno prisotnih proteinov, ki regulirajo koncentracije fosfata, glavni produkt proteini eut, ki tvorijo mikrokompartment. Računalnška simulacija je pokazala, da bi se tak sistem odzval dosti hitro na spreminjajoče se koncentracije fosfata. Model se je izkazal za uspešnega, vendar pa ga zaradi preveliko dodatnega dela niso implementirali v njihov organizem.

Lokalizacijo PPK znotraj eut mikrokompartmenta so potrdili s fluorescenčno mikroskopijo. Kadar se je izražala samo PPK (katera je imela nase vezan fluorescenčni protein mCHERRY), se je ta razporedila po celotni celici. Šele ko so inducirali sintezo vseh petih eut proteinov se je fluorescenca skoncentrirala v točki, kjer je nastal mikrokompartment. V primeru da se kateri izmed eut proteinov ni izražal, ni prišlo do pojava fluorescenčne točke. Potrebno je bilo še dokazati prisotnost polifosfata v mikrokompartmentu. Za to so uporabili barvilo DAPI, ki se veže na polifosfat. Z fluorescenčno mikroskopijo so potrdili kolokalizacijo modre (DAPI) in rdeče (mCHERRY) barve, kar je pomenilo, da se polifosfat in PKK nahajata v mikrokompartmentu.

== 4 Poslovni načrt ==

Skupina se je najprej odločila, da bi naredila produkt, ki bi bil uporaben za akumulacijo fosfata iz odpadnih voda. Povezali so se z večimi strokovnjaki iz področja čiščenja voda, ter s čistilno napravo Davyhulme Treatment Works iz Manchestra. Pridobili so podatke o količini fosfata v odpadni vodi, ki jo čistilna naprava prejme. Preko tega so lahko izračunali okvirne enoletne stroške gojenja bakterij, ki bi bile sposobne akumulirati ves fosfat iz vode. Načrtovali so, da bi pripravili kontinuirno celično kulturo v 10l termostatu. Tak način gojenja bakterij bi po njihovih izračunih zahteval 0,76$ za pridobljenega 7,3g fosfata iz odpadne vode. Če bi na ta način želeli odstraniti ves fosfat iz odpadne vode v Manchestru, bi letno porabili okoli 550 milijonov funtov. Kg pridobljenega fosfata na ta način bi stal več kot 100$, med tem ko je trenutna cena na trgu zanj med 0,10$ in 0,50$ na kilogram. Predlagali so več rešitev kako bi prihranili stroške, kot so naprimer zamenjava glukoze z glicerolom, menjava šasije, gojenje celic direktno v odpadni vodi ter prodaja recikliranega fosfata. V nobenem primeru niso mogli zmanjšati stroškov do te mere, da bi dobili tržno ugoden produkt.

Drugi načrt je bil pripraviti sistem za akumulacijo fosfata iz vode, ki jo uporabijo gospodinjski aparati (pralni stroj, pomivalni stroj). Vir fosfata v tej vodi so čistilna sredstva. Tu so morali najprej preveriti termostabilnost na novo uvedenih proteinov, saj ima v tem primeru odpadna voda višjo temperaturo kot v čistilni napravi. Izkazalo se je, da je več konstruktov PPK najbolj stabilnih okoli 30°C, potem pa stabilnost hitro pada, zaradi česar je tak sistem neuporaben v vodi, ki lahko presega tudi 50 °C.

== 5 Zaključek ==

Skupina je želela pripraviti ''E. coli'', ki bo sposobna iz vode akumulirati in sladiščiti fosfat. To jim je z uvedbo zapisov za 5 eut proteinov, ki tvorijo mikrokompartment za shranjevanje fosfata, ter fuzijskim proteinom PPK, ki sintetizira polifosfat uspelo. Uspelo jim je ustvariti produkt, ki pa ga žal na današnjem trgu ne bi bilo mogoče prodati, saj se zaradi dokaj nizkih cen fosfata njegova akumulacija na ta način ne izplača. Kljub temu so predlagali veliko teoretičnih izboljšav, ki pa jih zaradi pomanjkanja časa niso uspeli izpeljati.

Seminarji SB 2017/18

2018-01-19T18:37:03Z

Tomaž Žagar:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezceli%C4%8Dna_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Enkabcillus_-_to_je_past%21 Enkabcillus - to je past!] 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Solni_trezor Solni trezor] 

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Crafting_crocin_%E2%80%93_vzpostavitev_biosintezne_poti_za_pridobivanje_krocina_v_bakteriji_Escherichia_coli Crafting crocin – vzpostavitev biosintezne poti za pridobivanje krocina v bakteriji ''Escherichia coli'' ] 
2 Anja Tanšek - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/DNA_assembler - DNA assembler] 

5.12. 
1 Urška Furar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Visoko_frekven%C4%8Dna_mutageneza_na_ne_pravem_mestu%2C_ki_jo_inducirajo_nukleaze_sistema_CRISPR-Cas_v_%C4%8Dlove%C5%A1kih_celicah Visoko frekvenčna mutageneza na ne pravem mestu, ki jo inducirajo nukleaze sistema CRISPR-Cas v človeških celicah] 
2 Tina Lekan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In_vivo_urejanje_genoma_z_uporabo_visoko_u%C4%8Dinkovitih_TALEN-ov In vivo urejanje genoma z uporabo visoko učinkovitih TALEN-ov] 
3 Katja Malovrh [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/User:Kmalovrh Zmanjšan temperaturni stres rastlin] 
4 Jernej Vidmar [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Oblikovanje_prilagodljivega_celi%C4%8Dnega_predelka Oblikovanje prilagodljivega celičnega predelka] 

12.12. 
1 Helena Jakše - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/E.coli_tar%C4%8Dno_usmerjena_na_raka E. coli tarčno usmerjena na raka] 
2 Tjaša Bensa - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezcelična_detekcija_proteaze_za_diagnozo_zapostavljene_tropske_bolezni Brezcelična detekcija proteaze za diagnozo zapostavljene tropske bolezni] 
3 Sabina Štukelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MagicBlock:_interaktivna_platforma_za_sintezno_biologijo MagicBlock: interaktivna platforma za sintezno biologijo] 
4 Amadeja Lapornik [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CampyLOCATOR_-_detekcija_bakterije_Campylobacter_jejuni_pri_zastrupitvah_s_hrano CampyLOCATOR - detekcija bakterije ''Campylobacter jejuni'' pri zastrupitvah s hrano] 

19.12. 
1 Ana Krišelj - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PhagED PhagED] 
2 Vanna Imširović [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Beton-samoporavljaju%C4%87i_sistem Beton-samopopravljajući sistem] 
3 Dominik Dekleva - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Integracija_okoljskih_signalov_z_modularnimi_IN_vrati Integracija okoljskih signalov z modularnimi IN vrati] 
4 Neža Gaube [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CascAID_-_Cas13a_test_za_diagnostiko_nalezljivih_bolezni CascAID - test s Cas13a za diagnostiko nalezljivih bolezni] 

9.1. 
1 Nastja Marondini - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pospe%C5%A1ena_in_vivo_evolucija Pospešena ''in vivo'' evolucija] 
2 Elizabeta Jevnikar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prostorsko-%C4%8Dasovni_nadzor_izra%C5%BEanja_genov_z_mre%C5%BEami_generatorjev_impulzov Prostorsko-časovni nadzor izražanja genov z mrežami generatorjev impulzov] 
3 Nina Roštan - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Case13a_Sistem_za_zaznavanje_genov_za_odpornost_proti_antibiotiku Case13a - Sistem za zaznavanje genov za odpornost proti antibiotiku] 
4 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Super_tobak Super tobak] 
2 Marija Kisilak - [[Enkabcillus - to je past!]] 
3 Nataša Traven - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aflatoxout Aflatoxout] 
4 Tina Šimunović - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pilus%2B Pilus+] 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Solni_trezor Solni trezor] 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert 

23.1. 
1 Ana Cirnski 
2 Rok Ferenc 
3 Barbara Lipovšek 
4

Solni trezor

2018-01-19T18:31:12Z

Tomaž Žagar: New page: Povzeto po projektu [http://2017.igem.org/Team:Aachen iGEM skupine iz Aachna]. (Tomaž Žagar) == 1 Uvod == Industrijske odpadne vode lahko vsebujejo velike količine raztopljenih soli...

Povzeto po projektu [http://2017.igem.org/Team:Aachen iGEM skupine iz Aachna].

(Tomaž Žagar)

== 1 Uvod ==

Industrijske odpadne vode lahko vsebujejo velike količine raztopljenih soli, ki pri izlitju v reke povzročijo njihovo zasoljevanje in vplivajo na rečni ekosistem. Namen projekta Solni trezor je bil najti sinteznobiološko rešitev za razsoljevanje odpadnih voda pred izpustom v okolje.

Solni trezor so gensko spremenjene kvasovke ''Saccharomyces cerevisiae'', ki so modificirane z namenom, da privzamejo čim več soli (NaCl) in jo akumulirajo znotraj celice ter tako zmanjšajo količino soli v odpadni vodi. Potem ko kvasovke iz vode odstranijo sol, jih je možno enostavno odfiltrirati. Ker je prevelika koncentracija soli v citosolu toksična, je bilo potrebno uporabiti organizem, ki ima organele, v katerih bi se le-ta lahko kopičila. To je bil poglavitni razlog, da so kot šasijo izbrali kvasovko, saj lahko za razliko od bakterij sol kopiči v vakuoli in predvakuolarnih kompartmentih.

Pri oblikovanju Solnega Trezorja so spreminjali kvasovkine mehanizme, ki so odgovorni za toleranco na sol, dodatno pa vključili še mehanizme iz rastline ''Arabidopsis thaliana''.

== 2 Kvasovkini mehanizmi tolerance na sol ==

Na povišano citosolno koncentracijo NaCl se kvasovka odzove z dvema sistemoma. Prvi sistem temelji na črpanju natrijevih ionov iz celice, za kar sta odgovorna transporterja ENA1 in NHA1. ENA1 je Na+-ATPaza, ki črpanje natrija iz celice sklopi s hidrolizo ATP, NHA1 pa je Na+/H+-antiporter, ki izloča natrij iz celice z izrabo protonskega gradienta preko plazemske membrane. Drugi sistem pa temelji na sekvestraciji natrija v predvakuolarnih kompartmentih, za kar je odgovoren protein NHX1, ki je tudi Na+/H+-antiporter in se nahaja v membranah predvakuolarnih kompartmentov. Tako kot NHA1 tudi NHX1 za črpanje natrija izrablja protonski gradient preko membrane. Natriju zaradi težnje po elektronevtralnosti sledi klorid, ki prehaja skozi kloridne kanalčke, kot je GEF1.

== 3 Genske modifikacije kvasovk za pripravo Solnega trezorja ==

Namen Solnega trezorja je akumulirati čim več soli znotraj celice v predvakuolarnih kompertmentih in vakuoli. Da bi pripravili čim bolj učinkovit sistem, so ustvarili več gensko spremenjenih kvasovk, v katere so posamično in v različnih kombinacijah vstavljali, izbijali in prekomerno izražali različne gene. Glede na učinek lahko te genske spremembe razdelimo v tri skupine:

1) Izbitje genov za transporterja, ki črpata natrij iz celice (ENA1 in NHA1), s čimer so dosegli, da je čim več natrija ostalo v citosolu.

2) Prekomerno izražanje proteina NHX1, s čimer so povečali akumulacijo natrija v predvakuolarnih kompartmentih.

3) Vstavljanje dveh genov iz rastline ''Arabidopsis thaliana'', s pomočjo katerih se sol sekvestrira v vakuoli. Gena iz ''Arabidopsis thaliane'' so uporabili, ker je to na sol tolerantna rastlina, ki toleranco doseže s sekvestracijo soli v vakuoli, kar v kvasovki ni primarni mehanizem. Ta dva gena zapisujeta za proteina AtNHXS1 (optimiziran vakuolarni Na+/H+-antiporter) in AVP1 (H+-pirofosfataza). AtNHXS1 za transport natrija proti koncentracijskemu gradientu izrablja protonski gradient preko vakuolarne membrane, AVP1 pa ta protonski gradient ustvarja oz. povečuje – hidrolizo pirofosfata sklopi s črpanjem protonov v vakuolo.

V projektu so se posvetili Solnemu trezorju, ki akumulira natrij, vendar bi v teoriji lahko pripravili gensko spremenjene kvasovke, ki akumulirajo poljubne ione. Za prikaz prilagodljivosti koncepta so pripravili mutanto NAKT, ki akumulira kalij, in sicer z integracijo K+-ATPaze AtAKT1 iz rastline ''Arabidopsis thaliana'' v kvasovko, ki je že imela izbita gena za transporterja ENA1 in NHA1 (poleg natrija izven celice v manjši meri črpata tudi kalij).

== 4 Potek priprave Solnega trezorja ==

Priprava gensko spremenjenih kvasovk je temeljila na homologni rekombinaciji. Z reakcijo PCR so najprej pomnožili posamezne fragmente konstruktov in jim dodali homologne konce, te fragmente pa potem transformirali v kvasovke. V celici je s pomočjo rekombinacijskih encimov prišlo do združevanja fragmentov in njihove integracije v tarčno mesto na genomu, ki je bilo določeno s homolognimi regijami na koncih konstruktov.

Za prekomerno izražanje transporterja NHX1 in vstavljanje transporterjev iz rastline ''Arabidopis thaliana'' (AtNHXS1 in AVP1) so uporabili konstrukte, ki so bili iz 5'- proti 3'-koncu sestavljeni iz zgornje homologne regije, promotorja GAL1, vstavljenega gena, terminatorja TCYC1 oz. TADH1, loxP mesta, avksotrofnega markerja (HIS3, LEU2 oz. URA3), loxP mesta in spodnje homologne regije. Pri izvajanju izbitja genov za transporterja ENA1 in NHA1 so uporabili delecijsko kaseto KanMX, ki je bila iz 5'-konca proti 3'-koncu sestavljena iz zgornje homologne regije, promotorja TEF, gena za odpornost na kanamicin (KanR), terminatorja TEF in spodnje homologne regije. Po transformaciji in homologni rekombinaciji fragmentov ter selekciji mutant na avksotrofnem gojišču (mutante, ki so sprejele avksotrofni marker) oz. gojišču z geneticinom (mutante, ki so sprejele delecijsko kaseto KanMX) so z reakcijo PCR preverili uspešnost in pravilnost integracije. Kljub temu, da so konstrukti imeli loxP mesta, preko katerih bi s sistemom Cre-loxP lahko odstranili avksotrofne markerje, tega kasneje niso izvedli.

Vsi vneseni geni so bili pod kontrolo inducibilnega promotorja GAL1, ki s spreminjanjem razmerja med glukozo in galaktozo v gojišču omogoča regulacijo hitrosti izražanja in eksperimentalno določitev najboljšega razmerja.

== 5 Rezultati ==

Za pripravo kvasovke, ki je zmožna privzeti maksimalno količino soli, so ustvarili več mutant in jih testirali. Meritve so izvajali v mediju YPD z galaktozo in 0,6 M NaCl (približno toliko kot morska voda), rezultate pa podali kot odstotni delež, ki ga je predstavljala znotrajcelična koncentracija natrija glede na celotno koncentracijo natrija v raztopini pri enakem številu celic.

Vse razen ene mutante so se odrezale bolje kot kvasovka divjega tipa, najbolj učinkovita pa je bila mutanta VAULTer I, ki je akumulirala 39 % celotne koncentracije natrija v raztopini, medtem ko je bil delež pri kvasovki divjega tipa le 8 %. Kombinacija genskih modifikacij, ki jih ima VAULTer I so izbit gen za transporter ENA1 in vstavljena in prekomerno izražena gena transporterja AtNHXS1 in AVP1.
Mutante z več genskimi modifikacijami so izkazovale manjšo rast, kot tiste z manj, kar je bilo verjetno posledica dveh dejavnikov. Po eni strani mutante s prekomerno izraženimi geni potrebujejo več energije za sintezo vseh proteinov in zato počasneje rastejo, po drugi strani pa akumulacija natrija zaradi njegovega toksičnega učinka na celico tudi upočasni rast.

Dobro se je odrezala tudi mutanta NAKT, ki akumulira kalij – v mediju YPD z galaktozo in 0,6 M KCl je bila učinkovitost privzema kalija približno 20 %.

Ker je natrij v celici toksičen, so morali njegov privzem zviševati postopoma, kar je omogočal inducibilen promotor GAL1, stremeli pa so seveda k čim večji znotrajcelični koncentraciji soli, pri kateri celice še preživijo. Da bi dokazali možnost regulacije hitrosti izražanja s promotorjem GAL1 so s kvantitativnim PCR v realnem času primerjali transkripcijo protonske črpalke AVP1 pri dveh različnih pogojih. V ta namen so izolirali mRNA iz divjega tipa, mutante AVP1, ki je rastla na mediju YPD s 100 % glukozo in mutante AVP1, ki je rastla na mediju YPD s 100 % galaktozo. Koncentracija AVP1-mRNA v mutanti AVP1, ki je rastla pri 100 % galaktozi je bila okoli 20-40-krat višja kot pri mutanti AVP1, ki je rastla pri 100 % glukozi. Rezultati prikazujejo možnost regulacije izražanja genov, ki so pod kontrolo promotorja GAL1, s spreminjanjem razmerja med glukozo in galaktozo v gojišču.

== 6 Praktična uporaba Solnega trezorja ==

Usoda okoljskega projekta kot je Solni trezor je odvisna od možnosti uporabe – v tem primeru je to razsoljevanje vode. Trenutno je za ta namen najbolj razširjena metoda reverzna osmoza. To je proces, pri katerem se z visokim tlakom vodo filtrira skozi membrano z majhnimi porami, ki so prepustne le za vodo, pri tem pa se voda popolnoma očisti vseh topljencev.

Za razsoljevanje odpadnih voda pred izpustom v reke bi bila uporaba reverzne osmoze zelo draga, z uporabo Solnega trezorja pa bi po drugi strani lahko sol odstranili na cenejši način. Razlika v ceni med reverzno osmozo in Solnim trezorjem tiči v velikosti por filtracijskih membran. Medtem ko imajo membrane za reverzno osmozo povprečno velikost por 0,4 nm, so membrane za odstranjevanje kvasovk mikrofiltracijske s povprečno velikostjo por 0,4 µm ali ultrafiltracijske s povprečno velikostjo por 0,04 µm. Kvasovke imajo premer 2-10 µm, zato bi zadostovala že mikrofiltracija. Razlika v velikosti por se odraža v različnih tlakih, ki so potrebni za potiskanje vode skozi membrano. Reverzna osmoza je zelo energijsko potratna prav zaradi velike tlačne razlike preko membrane, saj lahko ta doseže tudi 120 barov. Mikro- in ultrafiltracija sta s tega vidika znatno varčnejši, saj je potrebna tlačna razlika za mikrofiltracijo le 0,1-3 bare, za ultrafiltracijo pa 0,5 – 10 barov. Uporaba mikro- oz. ultrafiltracije se zaradi nižjih tlakov in posledično večje obstojnosti strojnih delov odraža v nižjem strošku.

Za prikaz delovanja Solnega trezorja v kombinaciji z ultrafiltracijo so uporabili peristaltično črpalko, ki ustvarja tlak okoli 0,5 bar, s katero so skozi ultrafiltracijsko membrano velikosti 2,5 dm2 uspeli prefiltrirati 0,625 l suspenzije kvasovk na uro. Ta pretok ustreza pretoku 7500 l/h preko membrane s površino 300 m2, kar je primerljivo z majhnimi čistilnimi napravami, ki uporabljajo membransko tehnologijo.

Za praktično uporabo Solnega trezorja pa se je potrebno posvetiti še dvema pomembnima vidikoma, to sta hranjenje kvasovk in uporaba odpadne biomase. Avtorji projekta predlagajo, da bi kvasovke hranili s kupljenim sladkorjem, saj so ocenili, da to ne bi predstavljalo prevelikega stroška. Odpadne kvasovke pa bi lahko uporabili kot dodatek bakterijski brozgi pri proizvodnji metana (in kasneje elektrike), saj se je izkazalo, da to znatno poveča njegovo proizvodnjo, sol pa naj na celoten proces ne bi imela negativnega vpliva.

Seminarji SB 2017/18

2017-11-18T13:26:25Z

Tomaž Žagar:

Inaktivacija kromosoma X

2015-04-06T10:03:34Z

Tomaž Žagar: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija so v študijskem letu 2014/15 namenjeni posebnemu fenomenu v genetiki, inaktivaciji kromosoma X. Pri samicah živali namreč praviloma obstajata dve kopiji kromosoma X, pri samcih pa samo ena kopija. Glede na prisotnost dvojnega števila genov pri samicah, bi teoretično pričakovali tudi dvakratno koncentracijo mRNA in proteinov, kar pa se v resnici ne zgodi. En kromosom se utiša po posebnem mehanizmu, ki ga na kratko imenujemo tudi X-inaktivacija. V zadnjih letih je postalo znanega marsikaj, o čemer smo prej le domnevali, še vedno pa mehanizma X-inaktivacije še ne poznamo v celoti.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli v maju in začetku junija. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanj med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Letošnja tema je na stičišču več ved: genetike, embriologije, celične biologije, biokemije in molekularne biologije. Izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski in molekularnobiološki, nikakor pa ne opisujte na široko poteka raznih bolezni, ki so posledica napak pri inaktivaciji kromosoma X. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje dva dni pred predstavitvijo (do polnoči). Predstavitve seminarjev 1 in 2 bodo 6. maja, 3 in 4 11. maja, 5 in 6 13. maja, 7 in 8 18. maja, 9 in 10 pa 20. maja 2015. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').

Seznam naslovov tem in izhodiščnih virov:

# Evolucija spolnih kromosomov: http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.0060080
# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov: poglavje Functional diversity of X-linked genes v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA: http://www.sciencemag.org/content/319/5871/1787.long in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3858397/
# Mehanizem X-inaktivacije – to je ključni referat celotne letošnje serije in lahko pričakujete kakšno vprašanje na izpitu iz tega seminarja: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3771680/
# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X14011425
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih: poglavje Variable XCI initiation and mosaic X expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Pobeg iz X-inaktivacije: poglavje Sex bias in gene expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/ ter http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3136209/
# Ponovna aktivacija kromosoma X: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3293375/
# Povečano izražanje genov na kromosomu X: poglavje Diverse mechanisms of X upregulation v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih: poglavje X chromosome regulation and disease v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/

== Skupine ==

Skupine za projektno nalogo oblikujte do 10.aprila (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 0. Evolucija mitohondrijskih genomov (Janez Gorenc, Petra Novak, Anja Dolenc)

# Evolucija spolnih kromosomov (Katja Malovrh, Jerneja Kocutar, Amadeja Lapornik)
# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov (Neža Brezovar, Tina Šimunović)
# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA (Ernest Šprager, Gašper Marinšek, Bine Tršavec)
# Mehanizem X-inaktivacije (Dominik Dekleva, Luka Dejanović, Matej Vrhovnik)
# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza (Primož Tič, Tadej Ulčnik, Tomaž Žagar)
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih (Jerneja Ovčar, Tjaša Sorčan, )
# Pobeg iz X-inaktivacije (Živa Moravec, Monika Pepelnjak, Enja Kokalj)
# Ponovna aktivacija kromosoma X (Vesna Podgrajšek, Marija Srnko, Urška Černe)
# Povečano izražanje genov na kromosomu X (Inge Sotlar, Anja Tanšek)
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih (Luka Lavrič, Nina Mavec, Jernej Vidmar)

BIO2 Seminar 2014

2015-01-04T16:26:43Z

Tomaž Žagar: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24615175 Ketonska dopolnila zmanjšajo preživetje tumorskih celic]||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090118 Katabolizem triptofana in rak]||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18819805 Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze]||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||[http://dmm.biologists.org/content/7/11/1287.long Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije]||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||[http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(12)00019-9 Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev]||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810007024 Oksidativna fosforilacija v rakavih celicah]||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||[http://www.plantphysiol.org/content/155/1/171.long Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene] ||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Valentina Levak||20||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3091114/ Regulacija sinteze škroba v odvisnosti od spreminjajočega se okolja]||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||03.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2962793/ Eikozanoidi citokrom P450 poti in rak]||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||03.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||[http://www.pubfacts.com/fulltext_frame.php?PMID=25220377&title=The%20UPS%20and%20downs%20of%20cholesterol%20homeostasis./ Kontrola homeostaze holesterola preko ubikvitin-proteasomskega sistema]||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||03.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3390254/#!po=36.6667 mTOR in njegova vloga pri sintezi lipidov]||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Heterocyst+differentiation%3A+from+single+mutants+to+global+approaches. Zaščita nitrogenaznega kompleksa]||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806315/ Biosinteza serina in njegov vpliv]||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3625782/ Asparagin sintetaza in akutna limfoblastna levkemija]||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25456047/ Vloga melatonina pri zaznavanju dneva in noči in njegovi fiziološki učinki]||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20514071/ Uporaba rjavega maščobnega tkiva za zdravljenje debelosti]||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||[http://www.nature.com/kisup/journal/v1/n4/abs/kisup201130a.html Vpliv analogov vitamina D na bolezni ledvic in ostale pogoste bolezni]||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Transport maščobnih kislin skozi človeško placento]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||03.01.2015||06.01.2015||13.01.2015
|-
| Jerneja Ovčar||20||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3676498/pdf/psb-8-e23316.pdf/ Saharozna signalizacija v rastlinah]||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||03.01.2015||06.01.2015||13.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Poprava==
Če ste več kot 50% seminarja prepisali iz istega članka ali kateregakoli drugega vira, stavek za stavkom (izpuščeni stavki ne štejejo za prekinitev te kontinuitete- pobarvajte ga), potem imate možnost, da seminar popravite. To storite tako, da do 16.12.2014 oddate [http://goo.gl/forms/2fTXu8ubgw prijavo] za popravljanje seminarja. S tem pridobite še eno možnost, napaka pa ne bo vplivala na oceno. Če se ne boste prijavili, vaš seminar pa je prepisan, kot je definirano zgoraj, seminarja ne boste opravili. Brez opravljenega seminarja to leto ne boste mogli opraviti izpita, ker je opravljen seminar pogoj za prijavo na izpit.Če ste se prijavili za popravo, lahko obdržite isto temo le, če ste za osnovo izbrali pregledni članek. Drugače lahko sami v obrazcu predlagate novo temo in pregledni članek, ki ste ga izbrali za osnovo. Teme morajo soditi v teme predavanj. Če teme ne boste obdržali ali je predlagali sami, jo bom določil jaz.

Če seminarja niste prepisali, želite pa ga izboljšati, lahko to storite tako, da popravljeno verzijo seminarja oddate do 14.1.2015 preko elektronskega obrazca za oddajo seminarjev. V tem primeru se za popravo ne prijavljajte. Za ime datoteke glejte spodaj.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši
* 116_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, ki je napisan na novo in je bil prijavljen v shemo 50%

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev 2014

2015-01-04T16:24:50Z

Tomaž Žagar: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2014 stran]

=== Tadej Ulčnik: Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju ===

Transkripcijski faktorji so proteini, ki se specifično vežejo na DNA ter s tem omogočijo vezavo RNA polimeraze. Delujejo kot regulatorji izražanja genov. Primer transkripcijskih faktorjev so jedrni steroidni receptorji. Steroidni receptorji se nahajajo v citosolu in se aktivirajo ob vezavi steroidnih hormonov. Določeni vsebujejo med sabo podobno domeno, s katero se lahko več različnih receptorjev veže na isto zaporedje na promotorju. Še vedno ni znano kaj vse vpliva na potek translacije, tudi sami mehanizmi delovanja ostajajo še skrivnost. Primerjava aktivnosti in dinamike dveh podobnih steroidnih receptorjev, androgenega in glukokortikoidnega, ki imata v celici vlogo transkripcijskih faktorjev, je pokazala, da čeprav sta si receptorja podobna, to ne velja za njuno delovanje. Na promotorju nista bila ves čas prisotna v enaki količini, tudi količina prepisanega gena je bila različna. Ob dodatku inhibitorjev sta ta različno uspešno preprečevala transkripcijo, kar se je poznalo pri številu vezanih polimeraz in pri količini prepisanih mRNA. Za ta konkretni primer je bilo dokazano, da čeprav sta oba receptorja vplivala na izražanje gena, nista delovala na enak način in v enaki meri. Kaj vse je vplivalo na to je težko določiti, tako da to ostaja predmet nadaljnjih raziskav.

=== Dominik Dekleva: Aktivacija GPCR-jev v povezavi z vodo ===

Pomanjkljivosti do sedaj znanih metod za preučevanje proteinov, kot sta NMR- spektroskopija in rentgenska difrakcija, se kažejo, med drugim, pri preučevanju različnih proteinov in receptorjev, udeleženih v biosignalnih poti na atomarnem nivoju. Statične strukture nam ne povedo veliko o reorganizaciji vezi in dinamiki spreminjajočih se interakcij v proteinih, ki so ključne pri signalizacijskih poteh v celicah. Z uporabo nove metode, molekularnih dinamičnih (MD) simulacij, za katero stoji precej statistične matematike, lahko modele makromolekul opazujemo na atomarnem nivoju ter v mikrosekundnem časovnem oknu. Uporabnost omenjene metode se je dobro obnesla tudi v primeru švicarskih znanstvenikov iz Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, ki so preiskovali vlogo vode pri aktivaciji treh prototipskih GPCR-jev: adenozin A2A R, β2-adrenergični receptor in rodopsin, kar bom povzel v nadaljevanju. Dokazali so, da se z vezavo liganda znotraj sedmih α-vijačnic GPCR vzpostavi urejen vodni tunel, ki močno vpliva na spremembo konformacije proteina GPCR-ja, ki se zgodi zaradi reorganizacije številnih vodikovih vezi v notranjosti proteina GPCR. Ob vezavi liganda na molekulo GPCR se torej ustvari vodni tunel v molekuli, kar omogoča nadaljnjo signalizacijo in ustrezen odziv celice na primarni sporočevalec.

=== Nuša Kelhar: Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja ===
Celična membrana ali plazmalema je nekakšen ovoj celice, ki služi predvsem kot selektivna pregrada med celično zunanjostjo in notranjostjo. Sestavljena je iz lipidnega dvosloja in številnih proteinov, ki so povezani z membrano ali so vezani nanjo. Celične membrane se stalno spreminjajo zaradi odcepljanja in zlivanja veziklov ter zaradi interakcij z dinamičnim citoskeletom. Površina in oblika membrane močno vplivata na učinkovitost njene signalne aktivnosti. Ker reakcije pri prenosu signalov vključujejo tudi membranske komponente in vplivajo na citoskeletsko dinamiko, se s tem spreminja oblika membrane in oblika celice. Če poznamo odvisnost signalizacije od teh mehanizmov lahko že iz oblike celice napovemo, kakšne signale je prenesla ali prejela pred kratkim in prepoznamo nekatere znake nepravilnega delovanja signalnih poti, kar je pomembno pri identifikaciji rakavih celic in zdravljenju. Pomembni mehanizmi, s katerimi membrana sodeluje pri sporočanju so redukcija dimenzij, kjer se spremeni prostor gibanja delcev, ukrivljanje zaradi prostorskih gradientov receptorjev, kjer se receptorji združujejo na membranskih izboklinah in nato lateralno prehajajo, in sodelovanje s citoskeletom, ki izbokline stabilizira in omogoča, da delujejo kot nekakšna tipala. Pogledali si bomo tudi primere delovanja nekaterih načinov sporočanja med celicami in reakcije na določene signale, nekaj pa bomo povedali še o tem, kako njihovo nepravilno delovanje vpliva na razvoj rakavih celic.

=== Luka Lavrič: Glikoliza - Metabolizem v možganih ===
V svoji seminarski nalogi, sem se osredotočil na metabolizem v možganih. Za osnovni članek, sem si izbral temo, ki preučuje kakšni so vplivi na nevrone in astrocite, živčne celice, ki se nahajajo v možganih. Opisal sem raziskave in odzive astrocitov in nevronov na dušikov oksid, ki so jih izvedli na miših. Zaradi dušikovega oksida pride do zaviranja mitohondričnega dihanja, zaradi katerega nevroni hitro umrejo, medtem, ko astrociti izkoriščajo glikolizo-tipično-generirano ATP za povečanje svoje potencialne mitohondrijske membrane, s čimer postajajo vse bolj odporni na pro-apoptotične dražljaje. Nevroni ne morejo povečati glikolize zaradi pomanjkanja aktivnosti-glikolizne spodbude encima 6-fosfofrukto-2-kinaza / fruktoza 2,6-bisfosfatna izooblika 3 (PFKFB3), ki je pomemben za aktivacijo 6-fosfofrukto-1-kinaze (PFK1), ki je glavni regluator glikolize. V nevronih, se PFKFB3 neprestano razgrajuje preko E3 ubikvitin ligaze, ki spodbuja kompleksne/cyclosome (APC / C) - CDH1. Metabolizem glukoze v nevronih je usmerjen predvsem po poti pentoze-fosfata, ki vodi do regeneracije glutationa, ki je za nas zelo pomemben. Regulacija aktivnosti PFKFB3 s APC/C-CDH1 sistemom proteasoma je pomembna za razumevanje presnove glukoze, bioenergetsko oskrbo in po možnosti odziva na stres v delujočih možganih. Pri nevronih je visoka aktivnost regulatornega sistema APC/C-CDH1 vključena v preusmeritev presnove glukoze v smeri regeneracije reduciranega glutationa.

=== Primož Tič: Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze ===
Citratni cikel je pomemben člen metabolizma, saj njegovi intermediati vstopajo v mnoge anabolne poti. Zato so vsakršne napake v njegovem delovanju lahko usodne za organizem. Zelo pomemben encim citratnega cikla je piruvat karboksilaza, ki spremeni piruvat v oksaloacetat. Oksaloacetat je pomemben intermediat, saj lahko vstopi npr. v cikel glukoneogeneze in tako prepreči laktatno acidozo, ki je skupni simptom te metabolne okvare. Ker je cilj metabolizma proizvodnja energije v obliki molekul ATP, se celica na moteno delovanje metabolizma odzove s senzornimi proteini AMPK (''AMP-activated protein kinase''). Proteini spodbudijo katabolne procese, kjer nastajajo molekule ATP in zavirajo neesencialne anabolne procese, kjer se ATP porablja. Obratno deluje protein mTOR (''mammalian target of rapamycin''), ki spodbuja sintezo maščobnih kislin, proteinov in ogljikovih hidratov. Poznamo tri tipe bolezni: tip A, tip B in tip C. Najhujša oblika je tip B, kjer oseba umre v roku treh mesecev po rojstvu. Zaenkrat se bolezen še ne da zdraviti, jo pa lahko blažimo npr. z anaplerotično dieto. Anaplerotične reackije nadomeščajo intermediate npr. v citratnem ciklu, ko jih je malo. Anaplerotična dieta izkorišča alternativne intermediate, ki lahko zaobidejo nedelujoče encime in poteka metabolizem normalno. Tako se vsaj približno vzpostavi homeostaza celice. Primer takšnega intermediata je triglicerid triheptanoin, ki se lahko vključi v citratni cikel. V prihodnosti bi lahko takšne in podobne okvare zdravili z gensko terapijo.

=== Naida Hajdarević: Skrivnost metformina končno odkrita? ===
Metformin je eno najučinkovitejših zdravil za zdravljenje diabetesa tipa 2, saj zmanjša hepatično glukoneogenezo brez povečanja izločanja inzulina, povečanja telesne teže ali tveganja za razvoj hipoglikemije. Kljub temu, da se pacientom z diabetesom tipa 2 predpisuje že več kot pol stoletja, je njegov mehanizem delovanja prava uganka.
Raziskav na to temo je malo morje, z vsako so bili znanstveniki korak bližje odkritju skrivnosti metformina. Tako so leta 2000 v eni izmed raziskav prišli do prvega pravega zaključka: terapija z metforminom pri diabetikih zniža stopnjo proizvodnje glukoze preko inhibicije glukoneogeneze. Odgovoru, kako metformin inhibira glukoneogenezo, je bila bližje naslednja skupina raziskovalcev, ki je ugotovila, da je primarno mesto njegovega delovanja preko direktne inhibicije kompleksa I dihalne verige. Tako smo korak za korakom prišli do zadnjih raziskav, ki so mehanizem delovanja metformina razložile še natančneje – pokazale so, da metformin nekompetativno inhibira encim glicerol-3-fosfat dehidrogenazo, kar zmanjša pretvorbo laktata in glicerola ter zmanjša hepatično glukoneogenezo.

=== Marija Srnko: Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja ===

Rak-bolezen sodobne družbe. V večini primerov se njegova rast prične iz neznanih vzrokov. Neznan dražljaj v telesu sproži spremembe v genih in kot posledica se pojavi nenadzorovana in hitra rast spremenjenih celic. Določen delež obolenj pa je tudi dedno pogojen. Torej se mutacija genov prenaša iz generacije v generacijo. Že samo zdrav življenjski slog pa lahko pripomore k manjšemu tveganju za njegov razvoj. S hitrejšo rastjo oziroma poliferacijo celic pa pride do sprememba v metabolizmu. Bistvena razlika v primerjavi z metabolizmom normalnih celic je povečana potreba po glukozi. Kar bi lahko povezali s povečano potrebo makromolekul, potrebnih za pospešeno rast celic. Dosedanje najučinkovitejše zdravljenje temelji na kemoterapiji. Vendar si znanstveniki prizadevajo odkritje za organizem manj škodljivih snovi in procesov zdravljenja. V dani nalogi sem se posvetila zbiranju podatkov iz raziskav, ki temeljijo na inhibiranju glikoliznih reakcij. Izpostaviti sem žele encime oz reakcija na katerih je bilo do sedaj izvedenih največ poskusov in dejansko pomujajo možnosti za razvoj pacientu prijaznejšega zdravljenja. Zanimalo me je kakšen vpliv bi imela redukcija določenih reakcij na druga tkiva. Nekaj pozornosti pa sem namenila tudi razvoju nanotehnologije, ki bo kljub odkritju mehanizma inhibicije igrala pomembno vlogo pri transportu substratov do prizadetega tkiva.

=== Vesna Podgrajšek: Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ===
Toxoplasma gondii je znotrajcelična pražival in povzroča bolezen toksoplazmozo. Toxoplasma gondii pospešeno raste znotraj gostiteljevih vakuol, kjer se za svojo rast in replikacijo zanaša na gostiteljev ogljik in hranila. Ena izmed oblik parazita je tahizoit, kateri so se sposobni razmnoževati in napadati v vsakršni gostiteljski celici z jedrom. Proučevali in primerjali so metabolno pot ogljika v znotrajcelični in sproščeni oz. zunajcelični stopnji parazita. Ugotovili so, da toxoplasma gondii v znotrajcelični stopnji, aktivno katabolizira gostiteljevo glukozo preko cikla citronske kisline (TCA). Te stopnje tudi katabolizirajo glutamin preko TCA cikla in poti γ-aminobuturične kisline (GABA), ki generira molekule, ki vstopijo v TCA cikel. Mehanizem preoblikovanja piruvata v acetil-CoA še obstaja nepojasnjen, saj jim manjka PDH kompleks, ki povezuje glikolizo s TCA ciklom. Kemiča inhibicija (NaFAc) TCA cikla popolnoma prepreči znotrajcelično replikacijo parazita, kar pomeni da je potrebna popolna aktivnost TCA cikla. Paraziti, ki jim manjka GABA pot, imajo zavrto rast in niso sposobni ohraniti drsno motiliteto pod razmerami, kjer so hranila omejena (npr. zunaj celice), kar nakazuje, da ima GABA funkcijo kratkotrajne rezerve energije. Zatorej ima toxoplasma gondii tahizoiti metabolno fleksebilnost, ki najverjetneje dovoljuje zajedalcem inficiranje različnih tipov celic.

=== Ernest Šprager: Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov ===
Z razgradnjo maščob, ki predstavljajo estre glicerola in treh maščobnih kislin, pridobimo do 40 % vse energije. Maščobne kisline se, preden vstopijo v celice tankega črevesa, protonirajo in s tem postanejo nepolarne. Kljub temu, da se jih večina absorbira kar s pasivno difuzijo, membrane celic tankega črevesa vsebuje ogromno proteinov, ki imajo zelo različne funkcije. Nekateri med njimi olajšajo pasivno difuzijo preko ohranjanja kontracijskega gradienta maščobnih kislin, spet drugi uravnavajo število in velikost hilomikronov, s katerimi se maščobe prenesejo iz tankega črevesa v kri. Za nastanek hilomikrona se morajo v lumnu endoplazemskega retikuluma s pomočjo mikrosomalnega triglicerid transfer proteina okoli apolipoproteinskega jedra povezati triacilgliceridi skupaj z fosfolipidi. Celotna pot maščob od njihove absorbcije v tankem črevesu do sprostitve iz hilomikronov je natančno regulirana. Pomembno vlogo ima protein CD36, ki med drugim deluje kot nekakšen senzor, ki sporoča celicam količino maščob v tankem črevesu. Signalizacija deluje tako, da lahko CD36, kadar je povezan k maščobno kislino, fosforilira ostale encime, ti pa nato lahko vplivajo število hilomikronov, njihovo velikost in s tem tudi količino triacilgliceridov. Prav povišana količina triacilgliceridov v krvi je povezana z kardiovaskularnimi boleznimi, odpornostjo na inzulin in debelost, zato je boljše razumevanje sprejema maščob in njihovo pakiranje v hilomikrone pomembno.

=== Katja Malovrh: Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem ===
Citratni cikel je niz kemijskih reakcij, ki v aerobnih organizmih potekajo v mitohondrijih. Cikel je na prvem mestu reguliran s količino piruvata, pretvorjenega v Acetil-CoA, ki vanj lahko vstopi. V nadaljevanju procesa pa pri regulaciji sodelujejo tudi številni encimi, ki pretvarjajo intermediate iz ene oblike v drugo. Tako striktna regulacija procesa je izrednega pomena, saj bi brez nje lahko prišlo do prekomerne sinteze ATP, kar bi povzročilo velike izgube energije in mnoge zdravju škodljive spremembe. Kako pa se encimi citratnega cikla spreminjajo s staranjem? Raziskovalci so ugotovili, da se škoda, povzročena s strani prostih radikalov, ki nastajajo kot stranski produkti številnih reakcij, s staranjem močno povečuje. Škodljivi radikali povzročajo poškodbe vsepovsod v celici, najobičajnejša tarča pa so mitohondriji. Mitohondrijska DNA, ki prosto plava po matriksu je zaradi nezaščitenosti dovzetna za številne napade radikalov, ki povzročajo mutacije. Pri translaciji tako dobimo napačno zaporedje na mRNA, posledično nastajajo neaktivni oziroma predrugačeni proteini, ki ne opravljajo svojih nalog. V raziskavi, so znanstveniki ugotavljali če se kateri od encimov, vključenih v citratni cikel s staranjem spremeni, kako se spremeni in kakšne škodljive posledice imajo take spremembe za živi organizem. Ugotovili so, da se encimi spremenijo, da to povzroči nepopolno delovanje citratnega cikla in posledično slabšo proizvodnjo intermediatov, ki so za celice vitalnega pomena.

=== Urška Kašnik: Transport maščobnih kislin skozi človeško placento ===
Esencialne maščobne kisline (EFA) in njihovi derivati dolgih večkrat nenasičenih verig maščobnih kislin (LCPUFA) (kot sta dokosaheksaenoična kislina (DHA) in arahidonska kislina) so bistvenega pomena za pravilno rast in razvoj ploda. Vnos s hrano in presnova teh maščobnih kislin ter njihov nadaljnji prenos iz matere na plod, so zato pomembni dejavniki za razvoj plodu. Posteljica je ključni organ, prek katerega hranilne snovi, kot so esencialne maščobne kisline, odtekajo iz matere na plod. Celični privzem (cellular uptake) in translokacija dolgih verig maščobnih kislin (LCFAs) v različnih tkivih se doseže s povezavo soobstoječih mehanizmov. Čeprav lahko LCFA vstopi v celico s pasivno difuzijo, raziskave kažejo, da je vnos LCFA nadzorovan z membranskimi transportnimi/vezavnimi proteini kot so maščobnokislinska translokaza (FAT/CD36), membranski protein, ki veže maščobne kisline (FABPpm), maščobnokislinski transportni protein (FATP) in znotrajcelični FABPs v številnih tkivih vključno z človeško posteljico. Za transkripcijske faktorje, aktivirane z maščobnimi kislinami (PPARs, LXR, RXR in SREBP-1) je bilo dokazano, da regulirajo te maščobnokislinske transportne/povezovalne proteine in funkcije posteljice oz. placente. Materinske maščobne kisline morda same uravnavajo svoj transport skozi posteljico, kakor tudi funkcije posteljice preko transkripcijskih faktorjev, ki jih aktivirajo maščobne kisline. Ta pregled povzema nedavni razvoj na področju transporta in metabolizma maščobnih kislin placente in vlogo regulacije proteinov, vključenih v te procesih.

=== Tjaša Sorčan: Ketonska dopolnila zmanjšujejo preživetje tumorskih celic ===
Tumorske celice imajo zaradi genetskih mutacij in mitohondrijske disfunkcije povečano porabo glukoze. Rakave celice se zanašajo na presežek glukoze za uspešno proliferacijo in rast, a je to hkrati njihova največja pomanjkljivost, kar nam pokaže tudI Warburgov učinek. Otto Warburg, po katerem se ta učinek tudi imenuje, predvideva, da naj bi bil glavni vzrok za nastanek rakastih obolenj preklop pri nastajanja energije v obliki ATP iz aerobne kemiosmotske sklopitve v anaerobno glikolizo. Tumorske celice so nezmožne uporabiti ketonska telesa za proizvodnjo energije, zato obstaja hipoteza, da naj bi ketonska telesa zavirala rast tumorskih celic. To so skušali ugotoviti s poskusi na miših, ki so jim vbrizgali VM-M3 kulture, ki so močno metastatske ob dodatku oziroma odsotnosti beta-hidroksibutirata (ketonsko telo). Podoben poskus izvedejo tudi s štirimi mišmi, katerim so bile v hrano dodna različna ketonska dopolnila – 1,3-butadiol (BD) ali keton ester (KE). Rast tumorja so spremljali z bioluminiscenco in vivo. Merili so čas preživetja, rast tumorja, glukozo v krvi, beta-hidroksibutirat v krvi in telesno težo. Ketonska dopolnila so znižala proliferacijo in življenjsko dobo rakavih celic tudi v prisotnosti visoke koncentracije glukoze. BD in KE sta povišala življenjsko dobo miši za 51% oziroma celo 69% v miših z metastatskim rakom. Ketonska dopolnila torej zavirajo rast rakavih celic, neodvisno od koncentracije glukoze ali omejitve kalorij.

=== Bine Tršavec: Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze ===
Glutamat dehidrogenaza (GDH) je eden izmed encimov potrebnih pri metabolizmu aminokislin. Kot nam pove ime, je njegova naloga, da dehidrogenira glutamat, kar vodi do oksidativne deaminacije glutamata v α-ketoglutarat. Brez encima ta reakcija ne bi potekala, ker je sprememba gibbsonove proste energije za reakcijo pozitivna. α-ketoglutarat se potem prenese v Krebsov cikel, kjer se na koncu pretvori v energijo v obliki ATP. Encim je prisoten pri vseh živih bitjih, saj omogoča povezavo med razgradnjo aminokislin in energijskimi potrebami celice. Zaradi različnih potreb po regulaciji obstaja več vrst tega encima. Zaradi njene naloge se glutamat dehidrogenaza pri evkariontih nahaja v mitohondrijih (kjer poteka tudi Krebsov cikel), v manjši količini pa tudi v endoplazmatskem retiklu (kjer se sintetizira). Lokacija v celici je bila dokazana z vezavo GFP-ja. V nekaterih primerih lahko predstavlja kar 10% vseh mitohondrijskih proteinov. Regulacija encima je zelo kompleksna. Nanj delujejo številni alostreični regulatorji, ki z vezavo naredijo mehanske ovire in zmanjšajo njegovo aktivnost. Najnovejše raziskave dokazujejo, da pri tem pomagajo tudi sirtuini. Dolga leta so znanstveniki preučevali natančno zgradbo in delovanje GDH, ter pri tem naleteli na kar nekaj težav. Po 50 letih raziskav tako boljše razumemo pomen in evolucijski razvoj tega pomembnega encima. V mojem seminarju sem se osredotočil na zgradbo in reguliranje encima.

=== Nina Mavec: Katabolizem triptofana in rak ===
Ker je rak v sodobnem svetu ena izmed bolezni, ki povzročijo največ smrti, se v zadnjem času izvaja vse več raziskav o samih vzrokih in mehanizmih za nastanek te nevarne bolezni v upanju, da bi s pomočjo ugotovitev lahko razvili, nove, boljše metode zdravljenja. Že nekaj časa je znano, da metabolizem triptofana vpliva na rast in maligni razvoj tumorjev, tako da oslabi imunski odziv celice. Pri katabolizmu te esencialne aminokisline je pomembna kinureninska pot, preko katere se katalizira večina triptofana, nastajajo pa razni metaboliti, med katerimi je tudi kinurenin. Obstajajo trije encimi, ki katalizirajo prvo stopnjo te reakcije, to so indolamin 2,3-dioksigenaza (IDO), triptofan 2,3-dioksigenaza (TDO) in indolamin 2,3-dioksigenaza 2 (IDO2). Ob povečanem katabolizmu triptofana v tumorskem tkivu se vzpostavi imunosupresivno okolje, ki tumorjem omogoča, da se izognejo imunskemu odzivu organizma. To se zgodi preko dveh mehanizmov, ki pa oba prispevata k vzpostavitvi take imunosupresije. Zmanjšana količina triptofana preko protein-kinaze GCN2 povzroči apoptozo limfocitov T. Več kinurenina, ki pri katabolizmu triptofana nastaja, pa preko transkripcijskega faktorja AhR povzroči diferenciacijo regulatornih limfocitov T, ki tumorju omogočajo imunsko toleranco. Inhibitorji teh treh encimov, ki omogočajo katabolizem triptofana, so torej privlačno potencialno zdravilo in raziskave v tej smeri že potekajo.

=== Enja Kokalj: Toksičnost amonijaka za možgane ===
Amonijak nastane v metabolizmu aminokislin. V serumu je v fizioloških pogojih večinoma prisoten v obliki amonijevega iona NH4+. Cikel sečnine, ki se odvija v jetrih, služi pretvorbi NH4+ v sečnino, ki se nato izloči iz organizma, saj je koncentracija NH4+ v krvi regulirana. Kljub temu, da možgani ne morejo sintetizirati uree iz NH4+, je njegova koncentracija v centralnem živčnem sistemu prav tako regulirana. Presežek NH4+ je za centralni živčni sistem toksičen. Pri odraslih ponavadi pride do hiperamonemije zaradi odpovedi jeter, pri otrocih pa zaradi motenj v ciklusu sečnine, ta pa vodi do hepatične encefalopatije, ki povzroči motje zavesti, v skrajnih primerih pa tudi komo. Stopnja ireverzibilne škode, ki jo možgani utrpijo, je odvisna od stopnje razvitosti možganov ter tudi intenzivnosti in dolžine izpostavitve visokim koncentracijam NH4+. Ker se vsa bolezenska stanja, ki nastopijo, odražajo na možganih, ti tudi predstavljajo osrednji predmet vseh spekulacij o mehanizmih toksičnosti amonijaka. Večja količina NH4+ v krvi vpliva na koncentracije številnih aminokislin, še posebej glutamina, glutamata in arginina, ovira normalno delovanje nevronov in s tem tudi prenos živčnih signalov ter onemogoča optimalno sintezo dušikovega oksida. Vse te motnje vzdrževanja celične homeostaze imajo lahko ireverzibilen vpliv na naše možganske celice, v primeru, da stanja ne zdravimo, pa lahko pride celo do smrti.

=== Inge Sotlar: Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene ===
Rastlinsko tkivo gradijo rastlinske celice, ki se od živalskih razlikujejo po tem, da poleg tipičnih organelov vsebujejo še plastide, vakuolo in celično steno. Debelejša in dokaj trdna celična stena je zelo dinamičen del celice. Njene osnovne naloge so, da vzdržuje osmotski tlak in obliko celice ter jo ščiti pred vplivi okolja. Glavni gradnik celične stene rastlin je celuloza, polisaharid iz več sto ali tisoč enot glukoze, ki se nahaja v obliki kristaliničnih mikrofibril. Vsako posamezno celulozno mikrofibrilo sintetizira transmembranski proteinski kompleks na plazmalemi, sintaza celuloze. Pod mikroskopom so sintaze vidne kot strukture, podobne rozeti, ki se vzdolž plazmaleme premikajo s pomočjo obodnih mikrotubulov in tudi aktinskih filamentov. Rozeta je heksamer, sestavljen iz 36 proteinov, ki sintetizirajo celulozo (CesA proteinov). Dva sosednja CesA proteina se povežeta preko cinkovega prsta in tvorita kompleks, kateri izgradi posamezno verigo celuloze. Na katalitsko domeno encima se veže substrat UDP-glukoza, ki se sintetizira s pomočjo sintaze sukroze ali pirofosforilaze UDP-glukoze. V naslednjem koraku se UDP-glukoza, donor glikozilne skupine, prenese na rastočo verigo. Zaradi steričnih ovir se na glavno verigo ne dodajajo monomeri glukoze, temveč celobioza – disaharid glukoze. Drugi polisaharid, ki tvori steno, je hemiceluloza. Verige hemiceluloze so krajše in za razliko od celuloze ne kristalizirajo. S celulozo se prepletajo v t.i. matriksu pektina, ki je tretja glavna sestavina celične stene. Če se razvije sekundarna celična stena, se v matriks vgradi še lignin in poveča trdnost.

=== Peter Pečan: Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije ===
Nealkoholna maščobna bolezen jeter (NAFLD) je izraz, ki predstavlja širok spekter bolezni jeter. Spada med najpogostejše kronične bolezni jeter v razvitem svetu, pojavlja pa se predvsem pri ljudeh s prekomerno telesno težo, ki ne uživajo prevelikih količin alkohola (ta lahko namreč povzroči enake oz. zelo podobne okvare). Najverjetnejši model razvoja bolezni predpostavlja delovanje v dveh stopnjah. V prvi stopnji pride do zvišane odpornosti na insulin, hiperglikemije, hiperlipidemije in nabiranja trigliceridov v jetrih, v drugi pa do oksidativnega stresa. V obeh stopnjah lahko pride do okvare mitohondrijev. Do napak naj bi prišlo, ker so mitohondriji ključni pri procesu β-oksidacije prostih maščobnih kislin (FFA). Te reakcije so namreč največji vir reaktivnih kisikovih spojin (ang. reactive oxygen species, ROS), ki sicer niso vedno škodljive, vendar lahko v povečanih količinah pripeljejo do močnega oksidativnega stresa. V predhodnjih raziskavah so dokazali, da ROS negativno vplivajo na procese oksidativne fosforilacije. Tako je pri osebah, ki imajo povečan vnos maščob, njihova oksidacija povečana, koncentracija ATP molekul pa posledično manjša kot običajno. Antioksidanti in antiperoksinitriti preprečijo takšne spremembe v oksidativni fosforilaciji, iz česar lahko z veliko gotovostjo sklepamo, da oksidativni stres res igra ključno vlogo pri patogenezi teh sprememb. Uporaba teh antioksidantov bi zato morda lahko bila uporabljena tudi za zdravljenje NAFLD pri ljudeh.

=== Jernej Vidmar: Oksidatvina fosforilacija v rakavih celicah ===
Mitohondriji so ključni celični organeli, ki sodelujejo v metabolizmu, igrajo ključno vlogo pri celični smrti in signalnih poteh. Za sintezo ATP preko oksidativne fosforilacije mitohondriji porabijo večino kisika, ki ga celica prejme, pri tem pa kot stranski produkt proizvede večino reaktivnih kisikovih spojin. Reaktivne kisikove spojine igrajo pomembno vlogo pri karcinogenezi, saj zaradi svoje oksidativnosti povzročajo poškodbe na celičnih makromolekulah. Povezanost mitohondrijskih funkcij z rakom še ni razvozlana, vendar je potrjena velika vpletenost, saj mitohondriji, poleg tega da igrajo ključno vlogo pri proizvodnji energije in regulirajo reaktivne kisikove spojine, nadzirajo celično življenje in smrt. To je zelo pomembno, saj lahko tumorske celice razvijejo odpornost na apoptozo na številne načine, med drugim preko mitohondrijskih nepravilnosti, izražanju protiapoptotskih proteinov ali negativni regulaciji ali mutaciji proapoptotskih proteinov. Rakave celice morajo svoj metabolizem prilagoditi, tako da proizvedejo molekule in energijo potrebno za rast tumorja in za morebitno spremembo okolja kjer preživijo. V rakavih celicah je veliko posebnosti, ki se tičejo oksidativne fosforilacije-nepravilnosti v kompleksih dihalne verige, posebna regulacija memebranskega potenciala, mutacije mitohondrijske DNA in mutacije genov v jedru, ki vplivajo na oksidativno fosforilacijo. Odkrivanje mehanizmov delovanja nekaterih molekul, katerih nepravilnosti v izražanju povzročajo rakave celice, bo v prihodnje pripomoglo k diagnostriciranju in zdravljenju raka.

=== Luka Dejanović: Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev ===
Mitohondrij je eden od organelov v evkariontski celici. Ima dve membrani zunanjo in notranjo. Notranja membrana je močno nagubana, saj tako omogoča povečanje površine za potek dihalne verige (RC). Njegova glavna naloga je proizvodnja ATP. V mitohondriju poteka ogromno število reakcij. Včasih se zgodi, da se kakšna tudi zalomi. Tako lahko npr. iz enega od citokromov (RC) uide elektron, ki pa lahko reagira s kisikom v bližini. Nastanejo reaktivni oksidativni intermediati (ROS). Te lahko reagirajo z bližnjimi biomolekulami in jih poškoduje. Prav zaradi takih situacij so celice razvile sistem ki stalno nadzoruje delovanje mitohondrija in ga ohranja funkcionalnega. Prav te sistemi so osnova za to seminarsko nalogo. Delijo se v 3 večje skupine glede na nivo delovanja: molekularni, na nivoju organelov in celični. Najbolj raziskan je sistem za lovljenje ROS, v mitohondriju imamo encime, ki so sposobni ROS spremeniti v vodikov peroksid, ta se kasneje razgradi na vodo in kisik. Naprej poznamo še sistem, ki lahko popravlja mitohondrijsko DNA. Več sistemov, ki popravljajo proteine in jih zvijajo nazaj v nativne konformacije. Poznamo pa tudi take mehanizme, ki mitohondrij vodijo v mitofagijo. Najbolj skrajni sistem deluje na celičnem nivoju in lahko sproži apoptozo. Toda tudi te mehanizmi niso vsemogočni, torej se naši mitohondriji vseeno kvarijo in jih je potrebno obnavljati.

=== Gašper Marinšek: Eikozanoidi citokrom P450 poti in rak ===
Eikozanoidi so družina zelo pomembnih bioloških molekul, ki igrajo v našem telesu osrednjo vlogo pri nastanku vnetij in ohranjanju homeostaze tkiv. Uvrščamo jih med lipide in so produkt metabolizma arahidonske kisline. Mednje spadajo tudi metaboliti citokrom P450 poti. Te so v preteklosti sicer že raziskovali in pri tem tudi ugotovili, da imajo sposobnost širjenja oz. krčenja žil-na ta način lahko uravnavajo krvni pritisk v našem telesu, a so do nedavnega ostali v senci drugih eikozanoidov, predvsem »razvpitih« vnetnih prostaglandinov. Šele pred kratkim pa so nekatere raziskave nakazale možnost povezave med eikozanoidi citokrom P450 poti in rakom. Predlaganih je bilo več možnosti povezave: spodbujanje rasti tumorskih celic, vnetne reakcije in pospeševanje angiogeneze, ki je ključna za normalno prehranjenost tumorskih celic in njihovo preživetje. Žal je bilo do tega trenutka izvedenih premalo raziskav, da bi lahko z gotovostjo govorili o eikozanoidih citokrom P450 poti kot o nedvomnih spodbujevalcih raka. Težava je tudi v tem, da so določeni poskusi dali nasprotujoče si rezultate. V prihodnosti bo tako potrebno izvesti še veliko poskusov in ugotoviti, ali so eikozanoidi citokrom P450 poti res primerne tarčne molekule za zdravljenje raka.

=== Urška Černe: Kontrola homeostaze holesterola preko ubikvitin-proteasomskega sistema ===
Ob nenehnem opozarjanju kako škodljiv je holesterol za naše telo, včasih pozabimo, da je to ena izmed bolj pomembnih molekul v našem organizmu. Je sestavni del bioloških membran in prekurzor steroidnih hormonov, žolčnih kislin ter vitamina D. Zaradi vseh teh nalog holesterola mora biti njegova koncentracija v celicah in na splošno v organizmu dobro uravnana. Pomembno vlogo pri regulaciji homeostaze holesterola ima UPS - ubikvitin-proteasomski sistem. Ta nadzira poti, ki primarno vplivajo na koncentracijo holesterola. Tako nadzira sintezo holesterola preko transkripcijskih faktorjev (npr. SREBP) in preko encimov, ki sodelujejo v sintezi holesterola (HMG-CoA reduktaza); udeležen je pri uravnavanju absorpcije holesterola preko receptorjev za LDL (LDLR) in izločanja holesterola iz celic preko membranskih transporterjev (npr. ABCA1). Poleg lizosomske razgradnje predstavlja UPS glavno pot v razgradnji znotraj celičnih proteinov. Ob pomanjkanju ali preveliki količini holesterola lahko pride do številnih bolezni, na celični ravni pa nakopičenje holesterola lahko privede do apoptoze mitohondrijev. Ateroskleroza je v tem kontekstu najbolj znana bolezen, takrat je koncentracija LDL holesterola znatno prevelika; poznamo pa tudi sindrom pomanjkanja »dobrega holesterola« HDL in družinsko hiperholesterolemijo. V seminarju sem na kratko razložila metabolizem holesterola in se osredotočila na to kako UPS vpliva na samo homeostazo ter nakazala morebitne načine za zdravljenje bolezni, ki so povezane z nenormalnimi koncentracijami holesterola.

=== Jerneja Ovčar: Saharozna signalizacija v rastlinah ===
Saharoza je vrsta ogljikov hidratov in spada med nereducirajoče disaharide. Je spojina fruktoze in glukoze. Sinteza ogljikovih hidratov pri rastlinah poteka s fotosintezo v listih. V listih se shranjujejo kot škrob, v druge dele rastline pa potujejo v obliki saharoze, ki je glavna transportna oblika ogljikovih hidratov v rastlini. Saharoza ima v rastlini več vlog. Vloga saharoze kot signalizacijske molekule v rastlinah je bila predstavljena že pred desetletji. Saharozni signali lahko nadzirajo veliko število razvojnih procesov v življenjskem ciklu rastline. Med drugim je saharozno signaliziranje povezano z ogljikovo in dušikovo asimilacijo ter transportom v rastlini. Ugotovili so, da je v naravi verjetno saharoza tista molekula, ki sproži signalne kaskade, ki vodijo do indukcije fruktanskih sinteznih proteinov, ki nato sprožijo sintezo fruktana v rastlinah (polimer fruktoze). Kot saharozni senzor v rastlinah je znan protein SUT2. Transporterji SUT2 so energijsko odvisni saharozni/H+ transporterji, ki so lahko spremljevalci drugih celic ali pa se nahajajo direktno v sitastih celicah floema v rastlini. Tip transporterjev SUT2 je poseben, ker vsebuje N-terminalne in centralne razširitvene zanke, ki so sestavljene iz 40-60 aminokislin. Takšne zanke v drugih saharoznih transporterjih niso prisotne in to je vzrok, da imajo ti proteini v rastlinah tudi senzorno vlogo.

=== Valentina Levak: Sinteza škroba in regulacija slednje ===
Škrob je rezervni rastlinski polisaharid in tako kot saharoza nastaja iz intermediata Calvinovega cikla - gliceraldehid 3-fosfata. V času fotosinteze nastaja v granulah v kloroplastih, v času, ko fotosinteze ni, pa se granule izpraznijo, škrob se porabi za rast rastline, celično dihanje ali pa se nalaga v skladiščnih heterotrofnih tkivih. V večini tkiv je glavna kontrola sinteze škroba usmerjena na zadnjo reakcijo pred dejansko sintezo, in sicer na reakcijo z ADP-glukoza pirofosforilazo (AGP-azo), ki aktivira glukozo 1-fosfat, da lahko vstopi v reakcijo polimerizacije na škrob sintazi. Kontrolo izvajajo alosterični efektorji, ki so metabolni intermediati, oksidoreduktaze (npr. tioredoksin) ter transkripcijski regulatorji glede na jakost fotosinteze in koncentracijo sladkorjev. Podenote heterotetramera AGP-aze so kodirane na več mestih v DNA, kar kaže na specifične izooblike encima glede na tkivo, v katerem deluje, in različno občutljivost na posamezne efektorje.
V heterotrofnih tkivih se škrob skladišči v amiloplastih, ki imajo genetsko določeno število granul, ki lahko zrastejo v njih. Tudi velikosti granul se močno razlikujejo od rastline do rastline. 3D-struktura granul kaže, kako sta organizirana amilopektin in amiloza ter vzrok za semikristalinsko strukturo. Tu je še posebej pomembna navzočnost ne le AGP-aze, temveč tudi različnih škrob sintaz, razvejilnih in klestilnih encimov, saj mora biti prostor za dolgoročnejše skladiščenje škroba (gomolji, endoderm semen) čim bolje izkoriščen.

=== Monika Pepelnjak: Biosinteza serina in njegov vpliv ===
Serin je neesencialna aminokislina, ki jo lahko naše telo dobi na štiri različne načine: vnos z hrano, z razgradnjo proteinov in lipidov, iz glicina z reverzibilno reakcijo ali pa preko biosintetske poti iz metabolita glikolize – 3-fosfoglicerata. Serin ni pomemben samo za izgradnjo proteinov ampak je tudi prekurzor za druge pomembne molekule. Iz glicina nastaneta aminokislini glicin in cistein. Ob pretvorbi serina v glicin, serin odcepi eno ogljikovo skupino, ki se prenese na tetrahidrofolat. Tetrahidrofolat služi kot pomemben prenašalec te metilne skupine. V ciklu enega ogljika se pretvarja ter omogoča izgradnjo purinskih in pirimidinskih obročev. Odcepljena oglikova skupina se porabi tudi za metilacijo DNA, RNA in proteinov. Zaradi vsega tega je ključnega pomena, da je biosinteza serina natančno uravnana. Biosintetska pot je v začetku razvoja bolj aktivna, potem pa se zmanjša in ostane aktivna samo v tkivih, ki se hitro delijo. Aktivnost te poti je izrednega pomena pri razvoju možganskih celic, saj je serin prekurzor tudi za nevromodulatorja glicin in D-serin ter za gradnike mielinske ovojnice. Povišano koncentracijo encimov biosinteze serina so zasledili v rakavih tkivih, kjer povečana sinteza serina prispeva višjo količino a-ketoglutarata v citratni cikel. Tako omogoča povečanje anabolnih poti v celici. Zaradi tega raziskujejo nove možnosti zdravljenja, ki bi vplivale na biosintezo serina.

=== Liza Otorepec: Asparagin sintetaza in akutna limfoblastna levkemija ===
Asparagin sintetaza je encim, ki katalizira sintezo asparagina in glutamata. Pri reakciji se aspartat in glutamin pretvorita v asparagin in glutamat, pri tem nastaja tudi ATP. Asparagin je neesencialna aminokislina, kar pomeni, da jo telo samo sintetizira. Poznani sta dve vrsti asparagin sintetaze: prva uporablja za donor dušika amonijak (AS-A), pri drugi pa je donor dušika glutamin (AS-B). Prekomerno izražanje proteina asparagin sintetaze vpliva na odpornost do terapije, ki temelji na uporabi asparagina za zdravljenje akutne limfoblastne levkemije. Prav tako pa lahko prekomerno izražanje napove tudi občutljivost na zdravila za zdravljenje tumorjev. Otroci z akutno limfoblastno levkemijo so zdravljeni s kombinacijo večih zdravil, ki vsebujejo encim L-asparaginazo. Terapija z asparagin sintetazo temelji na izčrpavanju asparagina, takoj ko pride asparagin sintetaza v krvno plazmo. Prav tako je uničen tudi celični asparagin, zato se asparagin izčrpa iz vseh celic v telesu. Celice akutne limfoblastne levkemije izražajo zelo nizek nivo asparagin sintetaze, zato je zdravljenje z asparagin sintetazo zelo učnkovito, saj le ta zavira rast malignih celic pri levkemiji. Kljub temu da novejši načini zdravljenja pripomorejo k 80-odstotnem izboljšanju, sta ponovljivost bolezni in odpornost proti zdravilom še vedno velik problem. Znanstveniki zato zdaj odkrivajo inhibitorje asparagin sintetaze, s katerimi bi lahko razložili nastanek teh stranskih učinkov.

=== Anja Tanšek: Zaščita nitrogenaznega kompleksa ===
Za življenje je nujno potreben dušik, saj ga vsak živeč organizem potrebuje. Največje količine dušika lahko najdemo v zraku, vendar se pojavi problem, saj se nahaja v zelo nereaktivni obliki. Dva atoma dušika sta povezana s tremi močnimi kovalentnimi vezmi, ki jih ne gre tako zlahka pretrgati. Večina živih bitij porablja dušik v obliki nitritov, nitratov ali amonijevega iona. Poraja se vprašanje kako se atmosferski dušik pretvori v uporabno obliko, ki jo večina organizmov potrebuje. Znanstveniki že dolgo vedo, da to počnejo nekatere bakterije in cianobakterije, vendar popolnoma natančen mehanizem še ni poznan. Bakterije, ki se naselijo na koreninah rastlin, predvsem stročnic, fiksirajo dušik iz zraka. Odgovorni encimski kompleks za te reakcije je nitrogenazni kompleks. Ta je sestavljen iz dveh komponent: dinitrogenaze-reduktaze in dinitrogenaze. Aktivnost encima je močno odvisna od pogojev. Najbolj problematična je prisotnost kisika, saj povzroči trajno deformacijo encima. Ta problem so rešile rastline, saj so bakterije, ki živijo v njihovih koreninah zaščitile z leghemoglobinom. Ta protein ima zelo veliko afiniteto do kisika in tako veže ves kisik preden bi sploh prišel do bakterij. Fiksacijo dušika opravljajo tudi cianobakterije, ki živijo v vodi. Pri njih se pojavi še dodatna težave, saj so same fotosintetski organizmi in kot vemo je stranski produkt fotosinteze kisik. Potrebna je še učinkovitejša zaščita pred kisikom. Razvile so se posebne celice heterociste, kjer se nahajajo nitrogenazni kompleksi.

=== Živa Moravec: mTOR in njegova vloga pri sintezi lipidov ===
Rast celice je odvisna od količine energije in hranilnih snovi, ki jih ima na voljo. Za ohranitev homeostaze so se zato že zelo zgodaj v evoluciji pojavile signalne poti, ki odločajo ali bo celica rasla, ker so razmere za to ugodne, ali pa se bo preusmerila v recikliranje proteinov in organelov, ki so v njej že prisotni. Ena od takih poti je signalna pot (m)TORa. TOR (tarča rapamicina, poimenovan po svojem inhibitorju) je serin/treoninska kinaza, ki skupaj z določenimi proteini tvori komplekse, od katerih sta najpomembnejša mTORC1 in mTORC2. mTORC2 nadzoruje celično preživetje in organizacijo citoskeleta , mTORC1 pa kontrolira rast celice, metabolizem in celični cikel. Po aktivaciji teh kompleksov se med drugim sproži mitohondrijska biosinteza in sinteza proteinov ter lipidov. Pri slednji mTOR deluje preko različnih efektorjev, med katerimi so najbolj, čeprav še vedno premalo, raziskani SREBP-1, PPAR-y in lipin1. Raziskave, opravljene na kvasovkah, so pokazale, da je sinteza keramidov (vrsta sfingolipidov) odvisna od aktivnosti mTORC2. Ker so začetni koraki de novo sinteze sfingolipidov evolucijsko dobro ohranjeni, bi bilo logično, da lahko mTORC2 kontrolira to signalno pot tudi pri sesalcih. Ker imajo sfingolipidi pomembno vlogo pri veliko boleznih (rak, diabetes, napake imunskega sistema, nevrološke motnje), bi lahko dodatne raziskave na tem področju pomagale pri izboljšanju načina zdravljenja teh bolezni.

=== Amadeja Lapornik: Vpliv analogov vitamina D na bolezni ledvic in ostale pogoste bolezni ===
Vitamin D je pravzaprav hormon, saj je edini vitamin, ki ga telo samo sintetizira, ko smo izpostavljeni sončnim žarkom. Njegova struktura je zelo podobna steroidom. Je eden najpomembnejših regulatorjev presnove kalcija in fosfata. Že 10- do 15-minutno izpostavljanje soncu 2- do 3-krat na teden zadovolji človeške potrebe po vitaminu D. Lahko pa ga pridobimo tudi s hrano. Vitamin D se nahaja v mesu mastnih rib, v kravjih jetrih, siru in jajčnemu rumenjaku ter v gobah, ki so posušene na soncu. Poznamo več analogov vitamina D: kalciol (vitamin D3), ergokalciferol (vitamin D2), kalcidiol, kalcitriol,… Vitamin D postane biološko aktiven po dveh hidroksilacijah. Prva poteka v jetrih kjer je mesto presnove kalciola v kalcidiol, druga pa v ledvicah, kjer iz kalcidiola nastaja kalcitriol. Vitamin D ključno vpliva na nastanek in razvoj različnih bolezni, kot so multipla skleroza, osteoporoza, kronična ledvična bolezen, alergijska obolenja, prekomerna telesna teža, več vrst rakavih obolenj, astma,… Mednarodna raziskava po Evropi (2011) je pokazala, da bi z reševanjem pomanjkanja vitamina D pri ljudeh, v zdravstvu lahko privarčevali več milijard evrov. S preprostim sporočilom ljudem, naj povečajo vnos vitamina D, bi lahko neverjetno izboljšali njihovo zdravje in kvaliteto življenja ter z zmanjšanjem kar lepega števila bolezni potencialno razbremenili zdravstveni sistem po vsem svetu.

=== Jerneja Kocutar: Uporaba rjavega maščobnega tkiva za zdravljenje debelosti ===
Vse odkar so znanstveniki odkrili, da tudi odrasli imamo rjavo maščobno tkivo (BAT) se ta predstavlja kot potenciala terapija za zdravljenje debelosti. BAT je ena od oblik maščobnega tkiva v našem telesu. Od belega maščobnega tkiva (WAT) se razlikuje predvsem po funkciji saj energije ne shranjuje ampak jo ob stimulaciji aktivno porablja. Razlike lahko opazimo tudi pri adipocitih, let ti so pri BAT manjši, vsebujejo manjše maščobne kapljice ter mnogo več mitohondrijev. Najbolj pomembni so ravno mitohondriji saj v njihovi notranji membrani najdemo protein UCP1. Ta lahko razklopi reakcijo oksidativne fosforilacije, protonom omogoči, da se v matriks vrnejo preko njega in zaobidejo ATP sintazo. Energija protonskega gradienta se v tem primeru ne porabi za sintezo ATP ampak se v procesu termogeneze sprosti v obliki toplote. Najbolj znan aktivator termogeneze je mraz v zadnjem času pa se raziskuje tudi oblika, ki jo aktivira prevelik vnos hranil. Izpeljanih je bilo veliko poskusov, ki so neizpodbitno dokazali, da nam aktiviran BAT lahko pomoga porabiti več kalorij kot običajno. Pri zdravljenju debelosti s pomočjo BAT so se osredotočili na štiri poti: aktivacija termogeneze v mišicah, povečanje BAT (povečanje diferenciacije), aktivacija termogeneze in povečanje stopnje razklopa v mitohondrijih. Vse raziskave so se v povojih vendar kažejo pozitivne rezultate in nam dajejo upanje, da bomo našli zdravilo za debelost in spremljajoče bolezni.

=== Tomaž Žagar: Vloga melatonina pri zaznavanju dneva in noči in njegovi fiziološki učinki ===
Melatonin je hormon, ki se sintetizira v češeriki, majhni endokrini žlezi v možganih. Zanj je značilno, da se sintetizira le ponoči oziroma v odsotnosti svetlobe. Posebne celice na mrežnici zaznajo svetlobo in preko več struktur ta signal posredujejo češeriki. Ker je njegova sinteza točno določena s količino svetlobe, pri živalih (v glavnem sesalcih) služi za uravnavanje cirkadianega cikla oziroma ''biološke ure''. Ta uravnava cikel spanja in budnosti, izločanje različnih hormonov, metabolizem ter deloma še telesno temperaturo in srčni utrip. Z ravnijo melatonina pa nekatere živali, katerih način življenja je odvisen od letnih časov, določajo letni čas. Ker je vsako leto istega datuma dan enako dolg, živali z merjenjem dolžine dneva (za kar je odgovoren melatonin), spremljajo ali bo prišla pomlad ali poletje in se na to ustrezno pripravijo. Pri tem ima ključno vlogo melatonin, ki posredno ali pa neposredno povzroči določene fiziološke odzive kot so: rast dlake, hibernacija, uravnavanje reprodukcije. Za vse te odzive sta ključna dva melatoninska receptorja MT1 in MT2, ki sta oba z G proteinom sklopljena receptorja. Njuna glavna vloga je regulacija transkripcije, ki poteka po dveh glavnih mehanizmih, in sicer preko aktivacije kaskade MAPK ali pa z zavrtjem transkripcijskega faktorja CREB preko inhibicije adenilat ciklaze. Poleg tega je melatonin še zelo močan antioksidant, ki varuje telo pred reaktivnimi kisikovimi in dušikovimi reaktivnimi spojinami.

BIO2 Seminar 2014

2014-12-22T10:05:52Z

Tomaž Žagar: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24615175 Ketonska dopolnila zmanjšajo preživetje tumorskih celic]||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090118 Katabolizem triptofana in rak]||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18819805 Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze]||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||[http://dmm.biologists.org/content/7/11/1287.long Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije]||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||[http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(12)00019-9 Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev]||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810007024 Oksidativna fosforilacija v rakavih celicah]||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||[http://www.plantphysiol.org/content/155/1/171.long Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene] ||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Valentina Levak||20||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3091114/ Regulacija sinteze škroba v odvisnosti od spreminjajočega se okolja]||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||03.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2962793/ Eikozanoidi citokrom P450 poti in rak]||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||03.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||[http://www.pubfacts.com/fulltext_frame.php?PMID=25220377&title=The%20UPS%20and%20downs%20of%20cholesterol%20homeostasis./ Kontrola homeostaze holesterola preko ubikvitin-proteasomskega sistema]||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||03.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3390254/#!po=36.6667 mTOR in njegova vloga pri sintezi lipidov]||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Heterocyst+differentiation%3A+from+single+mutants+to+global+approaches. Zaščita nitrogenaznega kompleksa]||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806315/ Biosinteza serina in njegov vpliv]||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3625782/ Asparagin sintetaza in akutna limfoblastna levkemija]||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||03.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25456047/ Moj naslov]||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20514071/ Moj izbrani naslov]||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||[http://www.nature.com/kisup/journal/v1/n4/abs/kisup201130a.html Vpliv analogov vitamina D na bolezni ledvic in ostale pogoste bolezni]||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Transport maščobnih kislin skozi človeško placento]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||03.01.2015||06.01.2015||13.01.2015
|-
| Jerneja Ovčar||20||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3676498/pdf/psb-8-e23316.pdf/ Saharozna signalizacija v rastlinah]||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||03.01.2015||06.01.2015||13.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Poprava==
Če ste več kot 50% seminarja prepisali iz istega članka ali kateregakoli drugega vira, stavek za stavkom (izpuščeni stavki ne štejejo za prekinitev te kontinuitete- pobarvajte ga), potem imate možnost, da seminar popravite. To storite tako, da do 16.12.2014 oddate [http://goo.gl/forms/2fTXu8ubgw prijavo] za popravljanje seminarja. S tem pridobite še eno možnost, napaka pa ne bo vplivala na oceno. Če se ne boste prijavili, vaš seminar pa je prepisan, kot je definirano zgoraj, seminarja ne boste opravili. Brez opravljenega seminarja to leto ne boste mogli opraviti izpita, ker je opravljen seminar pogoj za prijavo na izpit.Če ste se prijavili za popravo, lahko obdržite isto temo le, če ste za osnovo izbrali pregledni članek. Drugače lahko sami v obrazcu predlagate novo temo in pregledni članek, ki ste ga izbrali za osnovo. Teme morajo soditi v teme predavanj. Če teme ne boste obdržali ali je predlagali sami, jo bom določil jaz.

Če seminarja niste prepisali, želite pa ga izboljšati, lahko to storite tako, da popravljeno verzijo seminarja oddate do 14.1.2015 preko elektronskega obrazca za oddajo seminarjev. V tem primeru se za popravo ne prijavljajte. Za ime datoteke glejte spodaj.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši
* 116_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, ki je napisan na novo in je bil prijavljen v shemo 50%

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-04-30T11:16:42Z

Tomaž Žagar: /* 5.5 */

[[TBK2014-seminar|Nazaj na osnovno stran]]

== 17.3. ==

=== Andrej Žulič: Prva umetna celica z delujočimi organeli ===

Prvič v zgodovini je znanstvenikom na nizozemski univerzu Radboud v Nijmegenu uspelo ustvariti umetno celico z delujočimi organeli, ki lahko v večih korakih, kemičnih reakcijah, reagent preko raznih vmesnih stopenj privedejo do končnega produkta, rezorufina, ki je fluorescenten in se ga zato na koncu reakcije lažje opazi. Te organele so ustvarili tako, da so majhne polimerosome narejene iz PS-b-PIAT polprepustnega polimera napolnili z encimi in jih potem vnesli v miniskulno kapljico vode, ki je vsebovala še proste encime in substrate, in to kapljico še enkrat obdali s lipidnim slojem – celično steno narejeno iz PB-b-PEO hidrofobnega polimera. Zaradi fluorescence produkta so lahko preverili, da se predvidene reakcije resnično dogajajo po korakih v polimerosomnih nanoreaktorjih ali organelih. Produkti posameznih organelov lahko prestopijo steno organela v celično plazmo od koder najdejo pot v druge celične organele, kjer se izvršujejo posledični koraki te ''kaskadne'' reakcije. Obstaja več načinov kako zgraditi strukture podobne celicam. Poleg opisanega, ki kombinira več pristopov, se lahko umetne celice gradi iz majhnih kapljic tekočine podobne citoplazmi, iz polimerov ali maščobnih kislin. Naslednjih korak je nedvomno narediti umetno celico, ki lahko sama proizvaja svojo energijo. S preučevanjem tega področja lahko biokemiki vedno bolje razumemo kaj se dogaja na celičnem nivoju in kako to uporabiti v nadaljnih raziskavah.

=== Urška Černe: Boj imunskega sistema proti malariji ===
Malarijo povzroča infekcija z parazitom, vrste Plasmodium falciparum, ki se prenese na človeka z pikom okuženega komarja mrzličarja. Ko piči človeka, se trosi prenesejo v njegovo kri in se začnejo množiti v jetrih. Nastanejo merozoiti, ki vstopajo v rdeča krvna telesca (eritrocite), kjer se nadalje delijo, dokler eritrocit ne poči. P. falciparum je specifični gostitelj, kar predstavlja težavo pri izvedbi človeške infekcije na laboratorijskih živalih kot so miši. Za premagovanje tega izziva so raziskovalci razvili miš z človeškimi eritrociti in jim dodali človeške imunske celice (miš RICH). Imunski sistem ima pri obvladovanju okužbe ključno vlogo. Študije na miših z uporabo človeških sevov Plasmodium so pokazale, da imunske celice (naravne celice ubijalke = celice NK, T celice in celice B) prispevajo k antiparazitski imunosti, pri čemer so bistvenega pomena celice NK. Te reagirajo z okuženimi eritrociti in jih tudi eliminirajo. Okuženi eritrociti postanejo sploščeni, kar kaže na uhajanje celične vsebine in izgubo volumna celice. Celični receptor LFA-1 je vključen v interakcijo celic NK z okuženimi eritrociti in njihov pomor. Pojasnitev molekularne narave vseh teh interakcij je bistveno za razumevanje mehanizma odzivanja naravnih celic ubijalk na infekcijo s P. falciparum.

=== Jerneja Kocutar: Odziv celic na stresne situacije ===
Kadar so celice izpostavljene stresnim pogojem, ki ogrozajo njihovo prezivetje se v njih aktivira stresni odziv, da bi čimprej spet vzpostavile homeostazo. Tak odziv je univerzalen in ga lahko najdemo v vseh organizmih in v vseh vrstah celic. Celice proizvajajo stresne proteine, ki izpolnjujejo razlicne naloge npr. preprečujejo tvorbo agregatov in neaktivnih intermediatov, odstranjujejo že poškodovane proteine, varujejo celične strukture, reorganizirajo celično oskrbo z energijo...Preden pa celica začne tvoriti proteine se aktivirajo transkripcijski receptrorji, od katerih je najpomembnejši HSF1. Aktivni HSF1 je trimer in ima dolčcene skupine fosolizirane. Regulacija stresnega odziva je odvisna od več celičnih procesov in organelov, najpomembnejši pa so procesi v jedru. Za uravnavanje stresnega odziva imamo 55 pozitivnih in 14 negativnih modulatorjev, ki so locirani v jedru, citoplazmi ali organelih. Pozitivni stresni odziv podaljšujejo in preprečujejo agregacijo proteinov, negativni pa odziv zavirajo. Vsi modulatorji so zelo tesno povezani med seboj, saj opazimo veliko več povezav kot med nakljičnim proteini. Kot najpomembnejši modulator je bila spoznana acetiltransferaza EP300, ki z acetiliranjem lizinov uravnava delovanje HSF1. V prihodnosti bi stresni odziv lahko uporabili tudi za zdravljenje bolezni pri katerih je problem obsežno propadanje celic. S tarčno aktivacijo stresnega odziva bi lahko reducirali poškodbe na celicah.

=== Tadej Ulčnik: Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice ===
Vzorec izražanja razklopnih proteinov med diferenciacijo matičnih celic daje nov namig o njihovii vlogi. Izmed družine petih razklopnih proteinov je znana le vloga razklopnega proteina UCP1, funkcija ostalih štirih pa še vedno ni znana. Znanstveniki so na podlagi rezultatov več analiz domnevali, da vzorec izražanja UPC proteinov sovpada s specifičnimi celicami, ki imajo podoben metabolizem, in se spremeni, če se celice same spremenijo. Analizirali so izražanje UCP2 v mišjih embrionalnih matičnih celicah pred in po diferenciaciji v nevrone. Dokazali so, da je samo UCP2 prisoten v nediferenciranih matičnih celicah in izgine takoj, ko se te začnejo diferencirati v nevrone. Nasprotno od tega se istočasno poviša raven izražanja UCP4 in tipičnih nevralnih označevalnih proteinov. Prisotnost proteina UCP2 v matičnih, rakavih in imunskih celicah, kaže na to, da je UCP2 prisoten v celicah z veliko zmožnostjo razmnoževanja, za katere je tudi značilen metabolizem, ki temelji na glikolizi. Protein UCP4 pa je prisoten samo v diferenciranih živčnih celicah, ki se niso sposobne deliti. Odkrili so da se UCP2 izraža tudi v nevroblastomih, katerih metabolizem je podoben rakavim celicam, ne izraža pa se UCP4. Te ugotovitve bi lahko pripomogle k hitrejšem odkrivanju rakavih celic, ki se od ostalih razlikujejo v metabolizmu in nekaterih proteinih.

== 24.3. ==

=== Hrvoje Malkoč: Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev ===

Da bi razumeli demielizacijske bolezni moramo najprej vedeti, kako pride do njih. Zato so znanstveniki iz Kalifornijske univerze Santa Barbara izvedli poskus s katerim so preverjali sestavo in lastnosti mielinskih dvoslojev. Mielin je več lipidnih dvoslojev skupaj, ki morajo biti kompaktni in med seboj vsebovati čim manjše količine vode. Že majhna sprememba v zgradbi mielinske ovojnice lahko povzroči težave pri izolaciji aksona in s tem povzroči različne motnje ali celo to, da impulz ne prispe na cilj. Posledice so lahko bolezni, kot je multipla skleroza, vzroki pa so lahko avtoimunski odzivi, infekcije, izpostavljenost določenim kemikalijam, pa tudi genetika. Opravljene so bile raziskave o adsorbciji mielinskega bazičnega proteina (MBP) na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev in njihov vpliv na strukturo, ravnovesni razmik in adhezijske sile med njima. Znanstveniki so na obe strani aparata površinskih sil postavili lipidni dvosloj, ga dali v pufersko raztopino z MBP-jem in jih približali da so se zlepili. Nato so jih dali narazen in merili adhezijo in debelino filma. Ugotovili so, da je zdrav mielin veliko bolj kompakten in vsebuje manj vode med membranami, pa tudi ima močnejšo adhezijo, in se bolj prijema na nasprotnega. Ta raziskava se razlikuje od drugih po tem, da ima molekularen pristop za razliko od drugih in bi zato lahko omogočila napredek v raziskavi demielizacijskih bolezni.

=== Janja Krapež: Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane ===

Celice obdaja lipidni dvosloj, ki je polprepusten in loči zunanjost celice od notranjosti (vse snovi torej ne morejo v celico). Prehod molekul je v veliki meri odvisen od transmebranskih proteinov, ki omogočajo transport snovi, ki ne morejo direktno skozi lipidni dvosloj, to so ioni in druge večje molekule. Nekateri proteini pa v neki drugi celici povzročijo majhne pore – nanopore. Pri tem ioni in molekule prosto prehajajo, kar privede do celične smrti, ker prehod snovi ni več nadzorovan. Raziskovalci želijo skozi take nanopore spraviti tudi DNA ali proteine. Težava je le v tem, da je težko nadzorovati prehode molekul skozi nanopore. Raziskovalci namreč ne želijo, da bi skozi nanopre lahko v celico vstopale vse molekule. Vstopale naj bi le tiste molekule, ki imajo za to pravo gensko informacijo. Profesorju Maglia in njegovi ekipi je uspelo sestaviti nanoporo, ki deluje kot cikel in prepušča DNA. Točno določeni deli DNA v raztopini hibridizirajo in se transportirajo skozi DNA poro. Na nasprotni strani pore pa je druga DNA, ki izpusti iskano genetsko zaporedje iz pore v celico. Ta prenos se zgodi vsakokrat, ko ima DNA, ki želi skozi membrano, pravilno zaporedje. Ta prehod poteka spontano in deluje kot tekoči trak. DNA vijačnico so združili z vrhom proteinske nanopore. Tako so dobili membranski sistem, ki je omogočil transport specifične DNA molekule skozi nanoporo.

== 31.3. ==

=== Monika Pepelnjak: Odpornost tumorjev na kemoterapijo ===

Rak debelega črevesja in danke je drugi najpogostejši rak v Sloveniji. Kadar bolezen ni odkrita dovolj hitro, je za zdravljenje poleg kirurške odstranitve malignega tumorja potrebno tudi zdravljenje s citostatiki (kemoterapija). Najpogosteje uporabljen citostatik pri kolorektalnem raku je oksaliplatin, ki poškoduje DNA zaporedje in tako prepreči delovanje in hitro delitev celic. Velik problem pri zdravljenju pa povzročata primarna in pridobljena odpornost na oksaliplatin. Odpornost je lahko posledica več različnih dejavnikov, eden izmed njih so tudi epigenetske spremembe. Raziskovalci so odkrivali razloge za odpornost z epigenetskega vidika in primerjali metilacije različnih genov v odpornih in odzivnih celicah. Ugotovili do, da se največje razlike pojavljajo v metilaciji SRBC gena, ki je znan kot interaktor s produktom gena BRCA1. Dokazali so, da je metilacija tega gena, in s tem njegovo utišanje, resnično odgovorna za zmanjšano odzivnost celic na oksaliplatin. Epigenetska inaktivacija SRBC gena se je pojavila pri 29.8% pacientov, povezali pa so tudi utišanje tega gena in krajše obdobje preživetja brez nadaljevanja bolezni pri pacientih, ki so se zdravili z oksaliplatinom, vendar jim metastaz kirurško niso mogli odstraniti. Rezultati postavljajo osnovo za nadaljne študije, kjer bi lahko metilacijo gena SRBC uporabili kot predhodnji pokazatelj odpornosti na oksaliplatin.

=== Anja Tanšek: Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze ===

V celicah sesalcev je endocitoza, posredovana s klatrinom (CME), glavna pot za vstop večjih molekul skozi membrano preko različnih receptorjev. Mehanizem CME se zaustavi kmalu po tem, ko celica vstopi v profazo in začne ponovno delovati v pozni anafazi, kjer je potreben za membransko dinamiko pri citokinezi. Predlagana sta bila dva glavna mehanizma, ki bi lahko povzročila inhibicijo CME. Prva hipoteza pravi, da direktna mitotska fosforilacija CME sistema zmanjša njegovo aktivnost. V podporo tej predpostavki so številni endocitozni proteini, ki so fosforilirani med mitozo, vendar vpliv teh modifikacij na CME ni jasen, niti dokazan. Druga hipoteza pravi, da povečana membranska napetost mitotskih celic prepreči nastanek jamice in izoblikovanje v vezikel med CME. Celicam, ki so v fazi mitoze, se membranska napetost poveča. Posledično se poveča tudi potreba po aktinskem citoskeletu, ker se formira celični korteks. Zato aktinski citoskelet ni na voljo mehanizmu CME za premagovanje povečane obremenitve zaradi membranske napetosti in se endocitoza v celici ustavi. V tej študiji so raziskovalci dokazali, da je za zaviranje CME v času mitoze odgovorno pomanjkanje aktina. Dokazali so, da lahko CME poteka tudi v mitotskih celicah, kljub visoki membranski napetosti, tako da so omogočili delovanje aktina pri CME. Mitotska fosforilacija endocitoznih proteinov je bila prisotna tudi v celicah s ponovno vzpostavljeno CME, kar kaže, da direktna fosforilacija CME mehanizma ni odgovorna za njegovo inhibicijo.

=== Jerneja Ovčar: Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja ===

Človeški motorični sistem je izjemno napreden pri nadzoru vizualno vodenih premikov, saj se zelo hitro prilagaja spremembam. To doseže skozi niz visoko avtomatičnih procesov, ki prevajajo vizualne informacije v predstavitve. Motorični sistem je del osrednjega živčnega sistema in se ukvarja z gibanjem. Sestoji iz piramidalnega in ekstrapiramidalnega sistema. Da pa se lahko doseže takšen niz visoko avtomatičnih procesov za oblikovanje predstavitev, ki so primerne za vklop motoričnega nadzora, potrebuje motorični nadzor vizualne informacije, ki se nanašajo na cilj. V ta namen je bila raziskana vloga pozornosti v vizualno povratnem nadzoru, tako da je bil motorični sistem izzvan z več poskusi. Rezultati so pokazali, da vizualna pozornost spreminja obdelavo ciljne informacije. Ugotovili so, da je učinek spremembe pozornosti večji pri premikih ciljev (nek predmet) kot pa pri premikih kurzorjev (npr. rok). Zato sklepamo na obstoj ločenega vizualno-motoričnega zavezujočega mehanizma, ki daje prednost vizualnim podatkom, ki predstavljajo gibanje premikajočega uda. Vizualno-motoričen mehanizem pojasnjuje učinkovitost in hitrost, s katero lahko človek hkrati izvaja več ciljno usmerjenih gibanj. Njegova prednost je, da loči med ciljem in motečimi predmeti na poti. Zaznavanje vizualnih dražljajev, ki se nanašajo na naše gibanje, je temeljni proces pri nadzoru segajočih gibanj. Vizualno-motorični mehanizem je skupen vsem vrstam, ki se pri usmerjanju gibanja opirajo na vid.

=== Inge Sotlar: CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin ===
,
Dolgoročni spomin hrani vse, kar se v življenju naučimo. Spomin z leti slabi, motnje spomina pa se pojavijo tudi pri nevrodegenerativnih boleznih, kot sta npr. Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen. Znanstveniki so poskušali odkriti proteine, odgovorne za ohranjanje dolgoročnega spomina. Za pomembne regulatorje sinteze proteinov v sinaptičnih membranah so se izkazali CPEB proteini, ki največkrat delujejo kot aktivatorji translacije mRNA v različnih tipih celic, tudi v nevronih. Pri raziskavi na vinskih mušicah so našli protein iz družine CPEB, Orb2, ki je s svojimi oligomeri, podobnim amiloidom, potreben za shranjevanje informacij v dolgoročni spomin. Njegov monomer, Orb2A, je v živčnem sistemu prisoten v zelo majhnih količinah, a tvori pomemben kompleks s proteinom Tob, regulatorjem celičnega cikla. Da povezavo Tob-Orb2A uravnava fosforilacija, so dokazali z dodatkom kalikulina, inhibitorjem, ki blokira proteinsko fosfatazo 2 (PP2A). Dodatek je povzročil, da se je število povezav Tob-2A zmanjšalo. Pri iskanju kinaz, ki fosforilirajo protein Tob, so se osredotočili na kinazo LimK, saj se sintetizira le v sinapsah in je potrebna za njihovo oblikovanje. Dokazali so, da gre pri nastanku oligomerov Orb2 za součinkovanje med proteinom Tob, kinazo LimK in fosfatazo PP2A. Kako se podatki shranjujejo v spomin je zapleten proces, vendar raziskovanje biokemijskih reakcij nudi možnosti za zdravljenje neozdravljivih bolezni živčevja.

== 7.4. ==

=== Božin Krstanoski: Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih ===

Kljub sodobni tehnologiji so razlitja nafte še vedno pogosta težava za oceane. Zaradi kompleksne strukture molekule nafte lahko čiščenje razlitja traja tudi mesece ali leta, kar pa je zelo škodljivo za morsko okolje. Znanstveniki so ugotovili, da si je narava sposobna sama pomagati ob nesrečah kot so razlitja nafte - z morskimi bakterijami. Poznamo tri vrste bakterij, ki pripomorejo k bioremediaciji - bakterije, ki proizvajajo kislino in so anaerobne, bakterije, ki zmanjšujejo sulfate ter splošne aerobne bakterije. Najnovejše raziskave pa kažejo, da je mogoče s pravo mero vzpodbude povzročiti, da so te bakterije pri bioremediaciji še bolj učinkovite. Ugotovili so, da so bakterije pri poskusih, ko so imele dovolj zalog nutrientov kot so fosfati in dušik dosegle večjo in bolj učinkovito razgradnjo nafte. Najpomembnejša morska bakterija, ki je sposobna razgradnje nafte je Alcanivorax borkumensis. A. borkumensis primarno uporablja alkane kot vir energije, vendar lahko prebavi tudi nekatere druge organske spojine. Ko uporablja alkane za vir energije, vsaka celica A. borkumensis tvori biosurfaktant na svoji površini, ki je dodatna plast, ki nastane ob celični membrani. Snovi, ki sestavljajo biosurfaktant znižajo površinsko napetost vode, kar pripomore k boljši razgradnji nafte. Druga pomembna morska bakterija, ki je pomembna ob razlitjih nafte, je Oleispira antarctica. Ker je ta bakterija psihrofil, je sposobna preživeti ekstremne pogoje, kot so nizke temperature in je zato zelo učinkovita pri bioremediaciji v polarnih morjih. Odkritje Oleispire antarctice je zelo pomembno, saj nam je njihova ekološka tekmovalnost v hladnih okoljih odprla nove poti za iskanje biotehnoloških rešitev za zmanjšanje onesnaževanja v polarnih morjih.

=== Amadeja Lapornik: Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov ===

Koagulacija je proces pri katerem v krvi nastajajo strdki. Strjevanje krvi je pomemben mehanizem odziva na poškodbe, saj strdki ob raztrganju stene žil preprečijo uhajanje krvi. Tromboza je nastanek krvnega strdka (trombusa) v žili, kar onemogoča normalen pretok krvi po krvožilnem sistemu. Najpogostejši vzroki za nastanek venske tromboze so poškodbe žilnih sten in upočasnitve toka krvi na mestu poškodbe, dolgotrajna nepremičnost, rakava in internistična obolenja. Najpomembnejši encim, ki je regulator hemostaze (proces, zaustavljanja krvavitve) je trombin. Je encim, ki se nahaja v krvni plazmi, spada v skupino serin proteaz. V članku so predvidevali, da je možno odkrivanje krvnih strdkov (in s tem nevarnost tromboze) s posebnimi nanodelci. Kot pomoč za zgodnje odkrivanje nevarnih bolezni so znanstveniki razvili beljakovinske substrate, ki so občutljivi na proteaze in jih poimenovali sintezni biomarkerji. Predpostavili so, da so sintezni biomarkerji oblikovani za preiskovanje notranjosti žil, zaznavanje aktivnosti proteaze in posledično odkrivanja zasnov akutne tromboze. V raziskavi so znanstveniki uporabili fluorescenčno spektroskopijo in encimskoimunski test (ELISA), ki se uporablja za detekcijo protiteles ali antigenov v vzorcu. Takšen način testiranj lahko odkriva zgodnje nevarnosti bolezni, ki se nahajajo globoko v telesu, kot so pljuča. Testiranja omogočajo analizo urina za kvantitativno oceno količine krvnih strdkov, ki bremenijo žilo.

=== Angela Mihajloska: Proteine,ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju ===
Gonoreja (lat. gonorrhoea) ali kapavica je močno razširjena spolno prenosljiva bolezen, ki se večinoma prenaša s spolnim stikom in jo povzroča gonokok, kateri nastane na sluznicah spolovil gnojno vnetje z gnojnim izločkom. Bacterija Neisseria gonorrhoeae (GC) najpogoste se prenese iz enega partnerja na drugega med spolnim odnosom preko semenske oziroma vaginalne tekočine pri nezaščitenih spolnih odnosih in večinoma prizadane spolne organe.Znanstveniki so odkrili nove proteine v ali na površini bakterije, ki povzroča gonorejo. Ti ponujajo obetavne novi pogled za napada proti spolne bolezne, ki imajo se večjo odpornost na antibiotike. Samo tretja generacija cefalosporinskih antibiotih še vedno povejo dobro učinkovitost proti gonoreji, ustvarjajo teki s časom, da bi našli nekaj alternativni način za zdravljenje te bolezni, ki imajo resne posledice za zdravje.So odkrili skupno 22 različite proteinov. Med temi proteinov ki so prikazani podobno obilje v štirih GC sevov, 32 so bili ugotovljeni v obeh celične ovojnice in membranske mehurčke frakciji.
Osredotočiti na eno od njih, in homolog protein zunajne membrane LptD, smo dokazali da je njena izčrpavanje povzrčil izgubo GC.

=== Domagoj Majić: Low vitamin D levels raise anemia risk in children ===
Low levels of the “sunshine” vitamin D appear to increase a child’s risk of anemia, according to new research. The study is believed to be the first one to extensively explore the link between the two conditions in children.

== 14.4. ==

=== Peter Pečan: Reprogramiranje kožnih celic v srčne ===
Srčni zastoj, ki je v razvitem svetu med glavnimi razlogi za smrt, povzroči pri osebah, ki ga preživijo, izgubo ali okvaro srčnega tkiva. Kljub napredkom na področju biomedicine, je vračanje funkcionalnosti poškodovanemu srčnemu tkivu precejšen izziv. Napredki na področju induciranih pluripotentnih matičnih celic (angl. »induced pluripotent stem cell«) so vzpodbudili raziskovanje možnosti reprogramiranja enga tipa celice v drugega, ne da bi pri tem šle skozi pluripotentno stanje; ta proces se imenuje transdiferenciacija. Postopek obeta možnost popravkov poškodovanih srčnih celic brez povečanega tveganja za nastanek tumorjev, povezanega s pluripotentnimi celicami pri terapiji z zamenjavo celic in/ali pri in vivo regeneraciji s pomočjo reprogramiranja. Čeprav do zdaj znani načini, ki uporabljajo več genskih faktorjev (med 4 in 7), dokazujejo možnost reprogramiranja, takšne genske manipulacije prinašajo številne težave, predvsem na področju varnosti in učinkovitosti. Poleg tega bi bilo za učinkovitejšo uporabo transdiferencialne terapije potrebno zmanjšati ali pa povsem odstraniti potrebo po genski manipulaciji. To bi lahko dosegli z zamenjavo transkripcijskih faktorjev s tako imenovanimi majhnimi molekulami (angl. »small molecules«), ki bi lahko ustvarile pogoje za reprogramiranje z enim samim transkripcijskim faktorjem.

=== Živa Moravec: Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv ===
Znanstveniki se že leta trudijo ustvariti umetna tkiva, ki bi bila čim bolj podobna pravim. Če želijo to doseči, morajo biti umetno ustvarjeni tkivni konstrukti sestavljeni iz treh glavnih komponent – celic, zunajceličnega matriksa in žil, ki morajo biti urejene v pravilne geometrijske vzorce. Verjetno najpomembnejše je ožiljenje tkiva. Če žilno omrežje manjka, bo slej ko prej prišlo do razvoja nekrotičnega jedra zaradi odsotnosti učinkovitega dotoka hranil, rastnih in signalnih faktorjev ter odvajanja odvečnih produktov. V študiji, predstavljeni v članku, so razvili novo metodo 3D biotiskanja, ki omogoča izdelovanje tkiv, opremljenih z žilami, več tipi celic naenkrat in zunajceličnim matriksom. Za te potrebe so razvili tiskalnik s štirimi neodvisnimi tiskalnimi šobami in več črnil, glede na različne lastnosti posameznih glavnih komponent: za izdelavo ožilja so razvili začasno podporno črnilo na osnovi praška Pluronic F127, za izdelavo zunajceličnega matriksa in črnila, ki so ga uporabili kot nosilec celic, pa so sintetizirali gelatin metakrilat. Z uporabo teh črnil so najprej natisnili več vzorčnih 1D, 2D in 3D omrežij, s katerimi so posnemali osnovne strukture v tkivih, nato so se osredotočili na endotelizacijo žilnih sten, pri čemer so v vzorec tkiva injicirali raztopino človeških endotelnih celic. Kot zadnjo in najbolj kompleksno strukturo so natisnili model tkiva iz štirih plasti, v katerega so vključili dva tipa celic (človeške in mišje). Taka tridimenzionalna okolja odpirajo nove možnosti testiranja zdravil in raziskave na več medicinskih področjih, z nadaljnjimi izboljšavami pa bi lahko ta tehnika vodila tudi do proizvodnje funkcionalnih tridimenzionalnih tkiv, morda tudi organov.

== 5.5 ==

=== Jure Zadravec: Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke ===

CA125 in CA72-4 spadata v družino glikoliziranih proteinov z visoko molekulsko maso in se pogosto uporabljata kot tumorska označevalca pri diagnozi raka jajčnikov ter raka želodca. Zadnje raziskave pa so pokazale, da omenjena označevalca igrata pomembno vlogo tudi pri diagnosticiranju raka trebušne slinavke. Ker je pri tem raku razpoložljivost podatkov o tumorskih označevalcih omejena, je bil cilj te raziskave ugotoviti klinično vlogo CA19-9 (specifičen za raka trebušne slinavke), CA125 in CA72-4 ter povezavo z mednarodno klasifikacijo tumorjev - TNM (Tumor Node Metastasis). Z imunoradiometrično metodo so merili koncentracijo tumorskih označevalec pri pacientih z rakom ter pri pacientih z benignimi spremembami na trebušni slinavki. Rezultati so pokazali občutno višje koncentracije označevalcev pri pacientih z rakom v primerjavi s tistimi z benignimi spremembami. Raziskavo so zaključili z ugotovitvijo, da odkrivanje s kombinacijo označevalcev CA19-9 in CA72-4 močno izboljša specifičnost diagnoze, kombiniranje CA125 in CA19-9 pa je povezano s histološkim tipom tumorja.

=== Tomaž Žagar: Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti ===

Za normalno delovanje večceličnega organizma je potrebno, da se celice delijo in rastejo kontrolirano, ker drugače lahko to privede razvoja raka. Celice pa so tekom evolucije razvile nekatere mehanizme, s katerimi lahko samo sebe pokončajo/razgradijo, če prejmejo signal, da je čas da propadejo. Ta mehanizma sta avtofagija in apoptoza. Signali pa lahko pridejo od zunaj ali od znotraj. Če pridejo od znotraj, se vežejo na mitohondrijsko membrano in začnejo proces celične smrti. Ključna proteina, ki uravnavata celično smrt sta protein Bcl-2 in protein NAF-1. Prvi protein ima med drugim na svoji površini dve domeni. Ena inhibira, druga pa inducira apoptozo. Protein NAP-1 se lahko veže na katerokoli izmed dome, res pa je, da se močneje veže na dome, ki inhibira apoptozo. Kljub temu, da natančen mehanizem še ni poznan, so se raziskovalci odločili raziskati kje se proteina vežeta in kakšne so posledice vezave na aktivnost proteinov. S tem so hoteli ustvariti temelje za bodoče raziskave na področju odkrivanja zdravila proti raku, saj se je izkazalo, da je pri rakastih celicah povečano število NAF-1 proteinov.

== 12.5. ==

=== Hasiba Kamenjaković: Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije ===
Bolezni uporabe opioidov so najhitreje rastoča vrsta težav z drogami . Po mnenju raziskovalcev , veliko od trenutne izpostavljenosti opioidov je povezana z eksplozijo široko dostopna , močnih protibolečinskih zdravil na recept , ki imajo enak učinek v možganih kot heroin . Čeprav je veliko koristi od znatnega lajšanje bolečin in izboljšanje kakovosti življenja , opioidi na recept, zdaj ubil več ljudi kot heroin in kokain skupaj. Raziskovalci so ugotovili , da medtem ko razširjena, je zasvojenost marginalizirana kot ga določa ločeno od drugih bolezni, socialni problem , z ovirami za zdravljenje , od strogih meril za vstop v omejene razpoložljivosti zdravljenja.

Tudi so opisal potrebo po celovitem preprečevanju, diagnostiko in zdravljenje kampanjo za boj proti prevelik odmerek , skupaj s standardno -of- nego modele zdravljenja , ki temeljijo na obstoječih dokazov . Predlagajo, več izobraževanja za medicinske stroke in da izobraževalni viri za zasvojenost v medicinsko usposabljanje se na par z drugih kroničnih bolezni . Prav tako, kot s HIV / AIDS , bolniki , ki trpijo zaradi odvisnosti bi morali biti vključeni v oblikovanje in izvajanje programov in izdelkov , namenjenih , da jim služi .

TBK2014-seminar

2014-04-23T14:20:47Z

Tomaž Žagar: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Toma.C5.BE_.C5.BDagar:_Klju.C4.8Dna_proteina_pri_uravnavanju_celi.C4.8Dne_smrti Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140408115610.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-04-23T14:14:23Z

Tomaž Žagar: /* 14.5. */

[[TBK2014-seminar|Nazaj na osnovno stran]]

== 10.3. ==

=== Črt Kovač: Naslov v slovenščini ===
To je povzetek. Nam ut gravida tellus, in ultricies ipsum. Integer blandit feugiat nunc, vel vehicula tortor viverra sit amet. Suspendisse non bibendum dui, in iaculis nibh. Sed sed tempus nunc, at adipiscing metus. Pellentesque vel imperdiet odio. Mauris aliquet urna erat, a tempor purus pellentesque ut. Pellentesque id velit varius, porta leo eu, sollicitudin magna. Vestibulum facilisis eleifend quam ut bibendum. Maecenas aliquet vulputate nisl, vel pulvinar purus iaculis eget. Praesent porttitor turpis velit, ut dignissim sapien commodo in. Aenean et consequat nisi. Aenean dictum, quam nec elementum accumsan, purus massa rutrum sem, ac hendrerit enim orci non felis.

=== Jernej Vidmar: Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem ===
Rentgenska fluorescenčna metoda je zelo priročna za določevanje elementov v našem biološkem vzorcu. Za odkrivanje elementov je zelo pomembna fluorescenca, ki jo povzročijo rentgenski žarki na elementih. Z uporabo posebnih zbiralnih leč lahko mikroskopi dosežejo ločljivost do 20 nanometrov. Z elektronskim mikroskopom je nemogoče opazovati živ vzorec, zato je potrebno za mikroskopiranje uporabiti rentgenski mikroskop, ki pa nima tako dobre ločljivosti kot elektronski. Opazovani preparat ni priporočljivo dodatno hidratirati, saj pri obstreljevanju z rentgenskimi žarki povzročimo hirolizo vode in razgradnjo pomembnih organskih molekul, prav tako pa ni priporočljiva dehiracija, saj se skupaj z vodo iz celice izločijo difuzivni ioni, kar pomeni smrt za celico, pri obeh primerih pa po koncu mikroskopiranja dobimo nenatančne slike vzorca. Ameriškim znanstvenikom je uspelo narediti bionanosondo, ki z obstreljevanjem zamrznjenega preparata z rentgenskimi žarki prikaže tridimenzionalno sliko fluoresciranih elementov v vzorcu. Vzorec postavimo v vakuumsko komoro, kjer ga obstreljujejo z rentgenskimi žarki. Fluorescenčni signali se zibrajo na detektorju, ki se glede na izvirni žarek nahaja pod pravim kotom. S preprosto analizo lahko ugotovimo za katere elemente gre, saj vsak oddaja barvo različnih valovnih dolžin. Metoda je in bo zelo uporabna pri načrtovanju in odkrivanju novih zdravil.

=== Bine Tršavec: Stikalo, ki pove, da je čas za spanje ===
Znanstveniki so v drugi polovici prejšnjega stoletja začeli raziskovati spanec. Odkrili so, da je zanj odgovorna skupina nevronov v možganih, in da poznamo dva mehanizma, ki ga uravnavata. To sta cirkadiadni in homeostatični ritem. Cirkadiadni ritem je odgovoren za to, da postanemo zaspani vsakih 24 ur, kar je posledica zunanjih sprememb zaradi vrtenja Zemlje okoli svoje osi(dan in noč), medtem ko homeostatični ritem skrbi, da postanemo zaspani zaradi naporov in si s spancem povrnemo moči. Na oba mehanizma naj bi vplivala ista skupina nevronov, saj ni mogoče povsem ločiti enega mehanizma od drugega. Raziskave, ki so potekale na vinskih mušicah, so pokazale, da lahko motnje spanca nastanejo zaradi mutacij, nastalih na crossveinless-c (cv-c) alelu. Mutacije namreč povzročijo napako v sintezi Rho-GAP proteina, ki je, kot kaže, zelo pomemben za pravilno regulacijo spanca. S številnimi eksperimenti so dokazali vpliv alela na predel možganov mušic, imenovan Fan shaped body (FB) in njegov pomen pri spancu. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se ob povečani utrujenosti poveča električna vzdražnost membran nevronov v dorzalnem delu FB, kar je pokazalo njihov pomen in potrdilo hipotezo. S tem so znansteniki stopili korak bližje odkritju, ki bi lahko rešilo težave povezane s spancem.

=== Ernest Šprager: Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev ===
Z procesom RNA interference, ki velja za eno najpomembnejših odkritij na medicinskem področju zadnjih let, lahko utišamo poljuben gen v genomu. RNA interferenca je zato uporabna za preučevanje funkcije posameznih genov in nam tudi ponuja potencialno nove načine zdravljenja bolezni, ki so posledica nepravilnega genskega izražanja. Ocenjujejo, da je več kot 4000 jetrnih bolezni posledica genetskih napak, zato je zdravljenje z RNA interferenco na tem področju veliko. Seveda je varna in selektivna dostava siRNA molekul v jetrne celice glavni izziv preden lahko pride do široke uporabe zdravljenja z RNA interferenco. Na podlagi strukture lipoproteinov so raziskovalci razvili lipopeptidne nanodelce, sestavljene iz sintetičnih lipopeptidov, fospolipidov, holesterolnih molekul, PEG-lipidov in siRNA. V članku so predstavljeni oblika, sinteza in biološko vrednotenje lipopeptidnih molekul, ki tvorijo takšne nanodelce. Sintetične lipopeptidne molekule so bile tvorjene z reakcijo lizina, njegovih dipeptidnih ali polipeptidnih derivatov z različno dolgimi aldehidi, akrilati in eposkidi. Raziskovalci so nato z različno zasnovanimi analizami med drugim merili tudi sposobnost utišanja faktorja VII, ki skrbi za strjevanje krvi. Od vseh sintetiziranih lipopetidov se je najbolje odrezal cKK-E12. Ugotovljeno je bilo, da bi takšen lipopeptidni nanodelec pripeljal siRNA proti določenem genu samo do jetrnih celic, s čimer bi bili stranski efekti minimizirani.

== 17.3. ==

=== Andrej Žulič: Prva umetna celica z delujočimi organeli ===

Prvič v zgodovini je znanstvenikom na nizozemski univerzu Radboud v Nijmegenu uspelo ustvariti umetno celico z delujočimi organeli, ki lahko v večih korakih, kemičnih reakcijah, reagent preko raznih vmesnih stopenj privedejo do končnega produkta, rezorufina, ki je fluorescenten in se ga zato na koncu reakcije lažje opazi. Te organele so ustvarili tako, da so majhne polimerosome narejene iz PS-b-PIAT polprepustnega polimera napolnili z encimi in jih potem vnesli v miniskulno kapljico vode, ki je vsebovala še proste encime in substrate, in to kapljico še enkrat obdali s lipidnim slojem – celično steno narejeno iz PB-b-PEO hidrofobnega polimera. Zaradi fluorescence produkta so lahko preverili, da se predvidene reakcije resnično dogajajo po korakih v polimerosomnih nanoreaktorjih ali organelih. Produkti posameznih organelov lahko prestopijo steno organela v celično plazmo od koder najdejo pot v druge celične organele, kjer se izvršujejo posledični koraki te ''kaskadne'' reakcije. Obstaja več načinov kako zgraditi strukture podobne celicam. Poleg opisanega, ki kombinira več pristopov, se lahko umetne celice gradi iz majhnih kapljic tekočine podobne citoplazmi, iz polimerov ali maščobnih kislin. Naslednjih korak je nedvomno narediti umetno celico, ki lahko sama proizvaja svojo energijo. S preučevanjem tega področja lahko biokemiki vedno bolje razumemo kaj se dogaja na celičnem nivoju in kako to uporabiti v nadaljnih raziskavah.

=== Urška Černe: Boj imunskega sistema proti malariji ===
Malarijo povzroča infekcija z parazitom, vrste Plasmodium falciparum, ki se prenese na človeka z pikom okuženega komarja mrzličarja. Ko piči človeka, se trosi prenesejo v njegovo kri in se začnejo množiti v jetrih. Nastanejo merozoiti, ki vstopajo v rdeča krvna telesca (eritrocite), kjer se nadalje delijo, dokler eritrocit ne poči. P. falciparum je specifični gostitelj, kar predstavlja težavo pri izvedbi človeške infekcije na laboratorijskih živalih kot so miši. Za premagovanje tega izziva so raziskovalci razvili miš z človeškimi eritrociti in jim dodali človeške imunske celice (miš RICH). Imunski sistem ima pri obvladovanju okužbe ključno vlogo. Študije na miših z uporabo človeških sevov Plasmodium so pokazale, da imunske celice (naravne celice ubijalke = celice NK, T celice in celice B) prispevajo k antiparazitski imunosti, pri čemer so bistvenega pomena celice NK. Te reagirajo z okuženimi eritrociti in jih tudi eliminirajo. Okuženi eritrociti postanejo sploščeni, kar kaže na uhajanje celične vsebine in izgubo volumna celice. Celični receptor LFA-1 je vključen v interakcijo celic NK z okuženimi eritrociti in njihov pomor. Pojasnitev molekularne narave vseh teh interakcij je bistveno za razumevanje mehanizma odzivanja naravnih celic ubijalk na infekcijo s P. falciparum.

=== Jerneja Kocutar: Odziv celic na stresne situacije ===
Kadar so celice izpostavljene stresnim pogojem, ki ogrozajo njihovo prezivetje se v njih aktivira stresni odziv, da bi čimprej spet vzpostavile homeostazo. Tak odziv je univerzalen in ga lahko najdemo v vseh organizmih in v vseh vrstah celic. Celice proizvajajo stresne proteine, ki izpolnjujejo razlicne naloge npr. preprečujejo tvorbo agregatov in neaktivnih intermediatov, odstranjujejo že poškodovane proteine, varujejo celične strukture, reorganizirajo celično oskrbo z energijo...Preden pa celica začne tvoriti proteine se aktivirajo transkripcijski receptrorji, od katerih je najpomembnejši HSF1. Aktivni HSF1 je trimer in ima dolčcene skupine fosolizirane. Regulacija stresnega odziva je odvisna od več celičnih procesov in organelov, najpomembnejši pa so procesi v jedru. Za uravnavanje stresnega odziva imamo 55 pozitivnih in 14 negativnih modulatorjev, ki so locirani v jedru, citoplazmi ali organelih. Pozitivni stresni odziv podaljšujejo in preprečujejo agregacijo proteinov, negativni pa odziv zavirajo. Vsi modulatorji so zelo tesno povezani med seboj, saj opazimo veliko več povezav kot med nakljičnim proteini. Kot najpomembnejši modulator je bila spoznana acetiltransferaza EP300, ki z acetiliranjem lizinov uravnava delovanje HSF1. V prihodnosti bi stresni odziv lahko uporabili tudi za zdravljenje bolezni pri katerih je problem obsežno propadanje celic. S tarčno aktivacijo stresnega odziva bi lahko reducirali poškodbe na celicah.

=== Tadej Ulčnik: Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice ===
Vzorec izražanja razklopnih proteinov med diferenciacijo matičnih celic daje nov namig o njihovii vlogi. Izmed družine petih razklopnih proteinov je znana le vloga razklopnega proteina UCP1, funkcija ostalih štirih pa še vedno ni znana. Znanstveniki so na podlagi rezultatov več analiz domnevali, da vzorec izražanja UPC proteinov sovpada s specifičnimi celicami, ki imajo podoben metabolizem, in se spremeni, če se celice same spremenijo. Analizirali so izražanje UCP2 v mišjih embrionalnih matičnih celicah pred in po diferenciaciji v nevrone. Dokazali so, da je samo UCP2 prisoten v nediferenciranih matičnih celicah in izgine takoj, ko se te začnejo diferencirati v nevrone. Nasprotno od tega se istočasno poviša raven izražanja UCP4 in tipičnih nevralnih označevalnih proteinov. Prisotnost proteina UCP2 v matičnih, rakavih in imunskih celicah, kaže na to, da je UCP2 prisoten v celicah z veliko zmožnostjo razmnoževanja, za katere je tudi značilen metabolizem, ki temelji na glikolizi. Protein UCP4 pa je prisoten samo v diferenciranih živčnih celicah, ki se niso sposobne deliti. Odkrili so da se UCP2 izraža tudi v nevroblastomih, katerih metabolizem je podoben rakavim celicam, ne izraža pa se UCP4. Te ugotovitve bi lahko pripomogle k hitrejšem odkrivanju rakavih celic, ki se od ostalih razlikujejo v metabolizmu in nekaterih proteinih.

== 24.3. ==

=== Hrvoje Malkoč: Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev ===

Da bi razumeli demielizacijske bolezni moramo najprej vedeti, kako pride do njih. Zato so znanstveniki iz Kalifornijske univerze Santa Barbara izvedli poskus s katerim so preverjali sestavo in lastnosti mielinskih dvoslojev. Mielin je več lipidnih dvoslojev skupaj, ki morajo biti kompaktni in med seboj vsebovati čim manjše količine vode. Že majhna sprememba v zgradbi mielinske ovojnice lahko povzroči težave pri izolaciji aksona in s tem povzroči različne motnje ali celo to, da impulz ne prispe na cilj. Posledice so lahko bolezni, kot je multipla skleroza, vzroki pa so lahko avtoimunski odzivi, infekcije, izpostavljenost določenim kemikalijam, pa tudi genetika. Opravljene so bile raziskave o adsorbciji mielinskega bazičnega proteina (MBP) na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev in njihov vpliv na strukturo, ravnovesni razmik in adhezijske sile med njima. Znanstveniki so na obe strani aparata površinskih sil postavili lipidni dvosloj, ga dali v pufersko raztopino z MBP-jem in jih približali da so se zlepili. Nato so jih dali narazen in merili adhezijo in debelino filma. Ugotovili so, da je zdrav mielin veliko bolj kompakten in vsebuje manj vode med membranami, pa tudi ima močnejšo adhezijo, in se bolj prijema na nasprotnega. Ta raziskava se razlikuje od drugih po tem, da ima molekularen pristop za razliko od drugih in bi zato lahko omogočila napredek v raziskavi demielizacijskih bolezni.

=== Janja Krapež: Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane ===

Celice obdaja lipidni dvosloj, ki je polprepusten in loči zunanjost celice od notranjosti (vse snovi torej ne morejo v celico). Prehod molekul je v veliki meri odvisen od transmebranskih proteinov, ki omogočajo transport snovi, ki ne morejo direktno skozi lipidni dvosloj, to so ioni in druge večje molekule. Nekateri proteini pa v neki drugi celici povzročijo majhne pore – nanopore. Pri tem ioni in molekule prosto prehajajo, kar privede do celične smrti, ker prehod snovi ni več nadzorovan. Raziskovalci želijo skozi take nanopore spraviti tudi DNA ali proteine. Težava je le v tem, da je težko nadzorovati prehode molekul skozi nanopore. Raziskovalci namreč ne želijo, da bi skozi nanopre lahko v celico vstopale vse molekule. Vstopale naj bi le tiste molekule, ki imajo za to pravo gensko informacijo. Profesorju Maglia in njegovi ekipi je uspelo sestaviti nanoporo, ki deluje kot cikel in prepušča DNA. Točno določeni deli DNA v raztopini hibridizirajo in se transportirajo skozi DNA poro. Na nasprotni strani pore pa je druga DNA, ki izpusti iskano genetsko zaporedje iz pore v celico. Ta prenos se zgodi vsakokrat, ko ima DNA, ki želi skozi membrano, pravilno zaporedje. Ta prehod poteka spontano in deluje kot tekoči trak. DNA vijačnico so združili z vrhom proteinske nanopore. Tako so dobili membranski sistem, ki je omogočil transport specifične DNA molekule skozi nanoporo.

== 31.3. ==

=== Monika Pepelnjak: Odpornost tumorjev na kemoterapijo ===

Rak debelega črevesja in danke je drugi najpogostejši rak v Sloveniji. Kadar bolezen ni odkrita dovolj hitro, je za zdravljenje poleg kirurške odstranitve malignega tumorja potrebno tudi zdravljenje s citostatiki (kemoterapija). Najpogosteje uporabljen citostatik pri kolorektalnem raku je oksaliplatin, ki poškoduje DNA zaporedje in tako prepreči delovanje in hitro delitev celic. Velik problem pri zdravljenju pa povzročata primarna in pridobljena odpornost na oksaliplatin. Odpornost je lahko posledica več različnih dejavnikov, eden izmed njih so tudi epigenetske spremembe. Raziskovalci so odkrivali razloge za odpornost z epigenetskega vidika in primerjali metilacije različnih genov v odpornih in odzivnih celicah. Ugotovili do, da se največje razlike pojavljajo v metilaciji SRBC gena, ki je znan kot interaktor s produktom gena BRCA1. Dokazali so, da je metilacija tega gena, in s tem njegovo utišanje, resnično odgovorna za zmanjšano odzivnost celic na oksaliplatin. Epigenetska inaktivacija SRBC gena se je pojavila pri 29.8% pacientov, povezali pa so tudi utišanje tega gena in krajše obdobje preživetja brez nadaljevanja bolezni pri pacientih, ki so se zdravili z oksaliplatinom, vendar jim metastaz kirurško niso mogli odstraniti. Rezultati postavljajo osnovo za nadaljne študije, kjer bi lahko metilacijo gena SRBC uporabili kot predhodnji pokazatelj odpornosti na oksaliplatin.

=== Anja Tanšek: Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze ===

V celicah sesalcev je endocitoza, posredovana s klatrinom (CME), glavna pot za vstop večjih molekul skozi membrano preko različnih receptorjev. Mehanizem CME se zaustavi kmalu po tem, ko celica vstopi v profazo in začne ponovno delovati v pozni anafazi, kjer je potreben za membransko dinamiko pri citokinezi. Predlagana sta bila dva glavna mehanizma, ki bi lahko povzročila inhibicijo CME. Prva hipoteza pravi, da direktna mitotska fosforilacija CME sistema zmanjša njegovo aktivnost. V podporo tej predpostavki so številni endocitozni proteini, ki so fosforilirani med mitozo, vendar vpliv teh modifikacij na CME ni jasen, niti dokazan. Druga hipoteza pravi, da povečana membranska napetost mitotskih celic prepreči nastanek jamice in izoblikovanje v vezikel med CME. Celicam, ki so v fazi mitoze, se membranska napetost poveča. Posledično se poveča tudi potreba po aktinskem citoskeletu, ker se formira celični korteks. Zato aktinski citoskelet ni na voljo mehanizmu CME za premagovanje povečane obremenitve zaradi membranske napetosti in se endocitoza v celici ustavi. V tej študiji so raziskovalci dokazali, da je za zaviranje CME v času mitoze odgovorno pomanjkanje aktina. Dokazali so, da lahko CME poteka tudi v mitotskih celicah, kljub visoki membranski napetosti, tako da so omogočili delovanje aktina pri CME. Mitotska fosforilacija endocitoznih proteinov je bila prisotna tudi v celicah s ponovno vzpostavljeno CME, kar kaže, da direktna fosforilacija CME mehanizma ni odgovorna za njegovo inhibicijo.

=== Jerneja Ovčar: Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja ===

Človeški motorični sistem je izjemno napreden pri nadzoru vizualno vodenih premikov, saj se zelo hitro prilagaja spremembam. To doseže skozi niz visoko avtomatičnih procesov, ki prevajajo vizualne informacije v predstavitve. Motorični sistem je del osrednjega živčnega sistema in se ukvarja z gibanjem. Sestoji iz piramidalnega in ekstrapiramidalnega sistema. Da pa se lahko doseže takšen niz visoko avtomatičnih procesov za oblikovanje predstavitev, ki so primerne za vklop motoričnega nadzora, potrebuje motorični nadzor vizualne informacije, ki se nanašajo na cilj. V ta namen je bila raziskana vloga pozornosti v vizualno povratnem nadzoru, tako da je bil motorični sistem izzvan z več poskusi. Rezultati so pokazali, da vizualna pozornost spreminja obdelavo ciljne informacije. Ugotovili so, da je učinek spremembe pozornosti večji pri premikih ciljev (nek predmet) kot pa pri premikih kurzorjev (npr. rok). Zato sklepamo na obstoj ločenega vizualno-motoričnega zavezujočega mehanizma, ki daje prednost vizualnim podatkom, ki predstavljajo gibanje premikajočega uda. Vizualno-motoričen mehanizem pojasnjuje učinkovitost in hitrost, s katero lahko človek hkrati izvaja več ciljno usmerjenih gibanj. Njegova prednost je, da loči med ciljem in motečimi predmeti na poti. Zaznavanje vizualnih dražljajev, ki se nanašajo na naše gibanje, je temeljni proces pri nadzoru segajočih gibanj. Vizualno-motorični mehanizem je skupen vsem vrstam, ki se pri usmerjanju gibanja opirajo na vid.

=== Inge Sotlar: CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin ===
,
Dolgoročni spomin hrani vse, kar se v življenju naučimo. Spomin z leti slabi, motnje spomina pa se pojavijo tudi pri nevrodegenerativnih boleznih, kot sta npr. Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen. Znanstveniki so poskušali odkriti proteine, odgovorne za ohranjanje dolgoročnega spomina. Za pomembne regulatorje sinteze proteinov v sinaptičnih membranah so se izkazali CPEB proteini, ki največkrat delujejo kot aktivatorji translacije mRNA v različnih tipih celic, tudi v nevronih. Pri raziskavi na vinskih mušicah so našli protein iz družine CPEB, Orb2, ki je s svojimi oligomeri, podobnim amiloidom, potreben za shranjevanje informacij v dolgoročni spomin. Njegov monomer, Orb2A, je v živčnem sistemu prisoten v zelo majhnih količinah, a tvori pomemben kompleks s proteinom Tob, regulatorjem celičnega cikla. Da povezavo Tob-Orb2A uravnava fosforilacija, so dokazali z dodatkom kalikulina, inhibitorjem, ki blokira proteinsko fosfatazo 2 (PP2A). Dodatek je povzročil, da se je število povezav Tob-2A zmanjšalo. Pri iskanju kinaz, ki fosforilirajo protein Tob, so se osredotočili na kinazo LimK, saj se sintetizira le v sinapsah in je potrebna za njihovo oblikovanje. Dokazali so, da gre pri nastanku oligomerov Orb2 za součinkovanje med proteinom Tob, kinazo LimK in fosfatazo PP2A. Kako se podatki shranjujejo v spomin je zapleten proces, vendar raziskovanje biokemijskih reakcij nudi možnosti za zdravljenje neozdravljivih bolezni živčevja.

== 7.4. ==

=== Božin Krstanoski: Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih ===

Kljub sodobni tehnologiji so razlitja nafte še vedno pogosta težava za oceane. Zaradi kompleksne strukture molekule nafte lahko čiščenje razlitja traja tudi mesece ali leta, kar pa je zelo škodljivo za morsko okolje. Znanstveniki so ugotovili, da si je narava sposobna sama pomagati ob nesrečah kot so razlitja nafte - z morskimi bakterijami. Poznamo tri vrste bakterij, ki pripomorejo k bioremediaciji - bakterije, ki proizvajajo kislino in so anaerobne, bakterije, ki zmanjšujejo sulfate ter splošne aerobne bakterije. Najnovejše raziskave pa kažejo, da je mogoče s pravo mero vzpodbude povzročiti, da so te bakterije pri bioremediaciji še bolj učinkovite. Ugotovili so, da so bakterije pri poskusih, ko so imele dovolj zalog nutrientov kot so fosfati in dušik dosegle večjo in bolj učinkovito razgradnjo nafte. Najpomembnejša morska bakterija, ki je sposobna razgradnje nafte je Alcanivorax borkumensis. A. borkumensis primarno uporablja alkane kot vir energije, vendar lahko prebavi tudi nekatere druge organske spojine. Ko uporablja alkane za vir energije, vsaka celica A. borkumensis tvori biosurfaktant na svoji površini, ki je dodatna plast, ki nastane ob celični membrani. Snovi, ki sestavljajo biosurfaktant znižajo površinsko napetost vode, kar pripomore k boljši razgradnji nafte. Druga pomembna morska bakterija, ki je pomembna ob razlitjih nafte, je Oleispira antarctica. Ker je ta bakterija psihrofil, je sposobna preživeti ekstremne pogoje, kot so nizke temperature in je zato zelo učinkovita pri bioremediaciji v polarnih morjih. Odkritje Oleispire antarctice je zelo pomembno, saj nam je njihova ekološka tekmovalnost v hladnih okoljih odprla nove poti za iskanje biotehnoloških rešitev za zmanjšanje onesnaževanja v polarnih morjih.

=== Amadeja Lapornik: Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov ===

Koagulacija je proces pri katerem v krvi nastajajo strdki. Strjevanje krvi je pomemben mehanizem odziva na poškodbe, saj strdki ob raztrganju stene žil preprečijo uhajanje krvi. Tromboza je nastanek krvnega strdka (trombusa) v žili, kar onemogoča normalen pretok krvi po krvožilnem sistemu. Najpogostejši vzroki za nastanek venske tromboze so poškodbe žilnih sten in upočasnitve toka krvi na mestu poškodbe, dolgotrajna nepremičnost, rakava in internistična obolenja. Najpomembnejši encim, ki je regulator hemostaze (proces, zaustavljanja krvavitve) je trombin. Je encim, ki se nahaja v krvni plazmi, spada v skupino serin proteaz. V članku so predvidevali, da je možno odkrivanje krvnih strdkov (in s tem nevarnost tromboze) s posebnimi nanodelci. Kot pomoč za zgodnje odkrivanje nevarnih bolezni so znanstveniki razvili beljakovinske substrate, ki so občutljivi na proteaze in jih poimenovali sintezni biomarkerji. Predpostavili so, da so sintezni biomarkerji oblikovani za preiskovanje notranjosti žil, zaznavanje aktivnosti proteaze in posledično odkrivanja zasnov akutne tromboze. V raziskavi so znanstveniki uporabili fluorescenčno spektroskopijo in encimskoimunski test (ELISA), ki se uporablja za detekcijo protiteles ali antigenov v vzorcu. Takšen način testiranj lahko odkriva zgodnje nevarnosti bolezni, ki se nahajajo globoko v telesu, kot so pljuča. Testiranja omogočajo analizo urina za kvantitativno oceno količine krvnih strdkov, ki bremenijo žilo.

=== Angela Mihajloska: Proteine,ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju ===
Gonoreja (lat. gonorrhoea) ali kapavica je močno razširjena spolno prenosljiva bolezen, ki se večinoma prenaša s spolnim stikom in jo povzroča gonokok, kateri nastane na sluznicah spolovil gnojno vnetje z gnojnim izločkom. Bacterija Neisseria gonorrhoeae (GC) najpogoste se prenese iz enega partnerja na drugega med spolnim odnosom preko semenske oziroma vaginalne tekočine pri nezaščitenih spolnih odnosih in večinoma prizadane spolne organe.Znanstveniki so odkrili nove proteine v ali na površini bakterije, ki povzroča gonorejo. Ti ponujajo obetavne novi pogled za napada proti spolne bolezne, ki imajo se večjo odpornost na antibiotike. Samo tretja generacija cefalosporinskih antibiotih še vedno povejo dobro učinkovitost proti gonoreji, ustvarjajo teki s časom, da bi našli nekaj alternativni način za zdravljenje te bolezni, ki imajo resne posledice za zdravje.So odkrili skupno 22 različite proteinov. Med temi proteinov ki so prikazani podobno obilje v štirih GC sevov, 32 so bili ugotovljeni v obeh celične ovojnice in membranske mehurčke frakciji.
Osredotočiti na eno od njih, in homolog protein zunajne membrane LptD, smo dokazali da je njena izčrpavanje povzrčil izgubo GC.

=== Domagoj Majić: Low vitamin D levels raise anemia risk in children ===
Low levels of the “sunshine” vitamin D appear to increase a child’s risk of anemia, according to new research. The study is believed to be the first one to extensively explore the link between the two conditions in children.

== 14.4. ==

=== Peter Pečan: Reprogramiranje kožnih celic v srčne ===
Srčni zastoj, ki je v razvitem svetu med glavnimi razlogi za smrt, povzroči pri osebah, ki ga preživijo, izgubo ali okvaro srčnega tkiva. Kljub napredkom na področju biomedicine, je vračanje funkcionalnosti poškodovanemu srčnemu tkivu precejšen izziv. Napredki na področju induciranih pluripotentnih matičnih celic (angl. »induced pluripotent stem cell«) so vzpodbudili raziskovanje možnosti reprogramiranja enga tipa celice v drugega, ne da bi pri tem šle skozi pluripotentno stanje; ta proces se imenuje transdiferenciacija. Postopek obeta možnost popravkov poškodovanih srčnih celic brez povečanega tveganja za nastanek tumorjev, povezanega s pluripotentnimi celicami pri terapiji z zamenjavo celic in/ali pri in vivo regeneraciji s pomočjo reprogramiranja. Čeprav do zdaj znani načini, ki uporabljajo več genskih faktorjev (med 4 in 7), dokazujejo možnost reprogramiranja, takšne genske manipulacije prinašajo številne težave, predvsem na področju varnosti in učinkovitosti. Poleg tega bi bilo za učinkovitejšo uporabo transdiferencialne terapije potrebno zmanjšati ali pa povsem odstraniti potrebo po genski manipulaciji. To bi lahko dosegli z zamenjavo transkripcijskih faktorjev s tako imenovanimi majhnimi molekulami (angl. »small molecules«), ki bi lahko ustvarile pogoje za reprogramiranje z enim samim transkripcijskim faktorjem.

=== Živa Moravec: Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv ===
Znanstveniki se že leta trudijo ustvariti umetna tkiva, ki bi bila čim bolj podobna pravim. Če želijo to doseči, morajo biti umetno ustvarjeni tkivni konstrukti sestavljeni iz treh glavnih komponent – celic, zunajceličnega matriksa in žil, ki morajo biti urejene v pravilne geometrijske vzorce. Verjetno najpomembnejše je ožiljenje tkiva. Če žilno omrežje manjka, bo slej ko prej prišlo do razvoja nekrotičnega jedra zaradi odsotnosti učinkovitega dotoka hranil, rastnih in signalnih faktorjev ter odvajanja odvečnih produktov. V študiji, predstavljeni v članku, so razvili novo metodo 3D biotiskanja, ki omogoča izdelovanje tkiv, opremljenih z žilami, več tipi celic naenkrat in zunajceličnim matriksom. Za te potrebe so razvili tiskalnik s štirimi neodvisnimi tiskalnimi šobami in več črnil, glede na različne lastnosti posameznih glavnih komponent: za izdelavo ožilja so razvili začasno podporno črnilo na osnovi praška Pluronic F127, za izdelavo zunajceličnega matriksa in črnila, ki so ga uporabili kot nosilec celic, pa so sintetizirali gelatin metakrilat. Z uporabo teh črnil so najprej natisnili več vzorčnih 1D, 2D in 3D omrežij, s katerimi so posnemali osnovne strukture v tkivih, nato so se osredotočili na endotelizacijo žilnih sten, pri čemer so v vzorec tkiva injicirali raztopino človeških endotelnih celic. Kot zadnjo in najbolj kompleksno strukturo so natisnili model tkiva iz štirih plasti, v katerega so vključili dva tipa celic (človeške in mišje). Taka tridimenzionalna okolja odpirajo nove možnosti testiranja zdravil in raziskave na več medicinskih področjih, z nadaljnjimi izboljšavami pa bi lahko ta tehnika vodila tudi do proizvodnje funkcionalnih tridimenzionalnih tkiv, morda tudi organov.

== 5.5. ==

=== Tomaž Žagar: Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti ===

Za normalno delovanje večceličnega organizma je potrebno, da se celice delijo in rastejo kontrolirano, ker drugače lahko to privede razvoja raka. Celice pa so tekom evolucije razvile nekatere mehanizme, s katerimi lahko samo sebe pokončajo/razgradijo, če prejmejo signal, da je čas da propadejo. Ta mehanizma sta avtofagija in apoptoza. Signali pa lahko pridejo od zunaj ali od znotraj. Če pridejo od znotraj, se vežejo na mitohondrijsko membrano in začnejo proces celične smrti. Ključna proteina, ki uravnavata celično smrt sta protein Bcl-2 in protein NAF-1. Prvi protein ima med drugim na svoji površini dve domeni. Ena inhibira, druga pa inducira apoptozo. Protein NAP-1 se lahko veže na katerokoli izmed dome, res pa je, da se močneje veže na dome, ki inhibira apoptozo. Kljub temu, da natančen mehanizem še ni poznan, so se raziskovalci odločili raziskati kje se proteina vežeta in kakšne so posledice vezave na aktivnost proteinov. S tem so hoteli ustvariti temelje za bodoče raziskave na področju odkrivanja zdravila proti raku, saj se je izkazalo, da je pri rakastih celicah povečano število NAF-1 proteinov.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-04-23T10:36:57Z

Tomaž Žagar: /* 14.4. */

Tomaž Žagar: Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti

2014-04-21T21:57:24Z

Tomaž Žagar: New page: Za normalno delovanje večceličnega organizma je potrebno, da se celice delijo in rastejo kontrolirano, ker drugače lahko to privede razvoja raka. Celice pa so tekom evolucije razvile ne...

Za normalno delovanje večceličnega organizma je potrebno, da se celice delijo in rastejo kontrolirano, ker drugače lahko to privede razvoja raka. Celice pa so tekom evolucije razvile nekatere mehanizme, s katerimi lahko samo sebe pokončajo/razgradijo, če prejmejo signal, da je čas da propadejo. Ta mehanizma sta avtofagija in apoptoza. Signali pa lahko pridejo od zunaj ali od znotraj. Če pridejo od znotraj, se vežejo na mitohondrijsko membrano in začnejo proces celične smrti. Ključna proteina, ki uravnavata celično smrt sta protein Bcl-2 in protein NAF-1. Prvi protein ima med drugim na svoji površini dve domeni. Ena inhibira, druga pa inducira apoptozo. Protein NAP-1 se lahko veže na katerokoli izmed dome, res pa je, da se močneje veže na dome, ki inhibira apoptozo. Kljub temu, da natančen mehanizem še ni poznan, so se raziskovalci odločili raziskati kje se proteina vežeta in kakšne so posledice vezave na aktivnost proteinov. S tem so hoteli ustvariti temelje za bodoče raziskave na področju odkrivanja zdravila proti raku, saj se je izkazalo, da je pri rakastih celicah povečano število NAF-1 proteinov.

TBK2014-seminar

2014-04-21T09:33:19Z

Tomaž Žagar: /* Temelji biokemije- seminar */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev =={| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager

| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-04-20T13:52:06Z

Tomaž Žagar: /* Temelji biokemije- seminar */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev =={| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager

| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar|||| [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140303154011.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-04-20T13:38:48Z

Tomaž Žagar: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev =={| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager

| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140303154011.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.