Wiki FKKT - User contributions [en]

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T21:41:20Z

Tulcnik: /* Viri */

O-GlcNAc transferaza je encim, ki je nujno potreben za normalen razvoj posameznika. Gen za ta encim se nahaja na kromosomu X. Pri ženskah pride do inaktivacije enega od dveh X kromosomov, kar je zelo pomembno, saj neustrezna količina izraženega encima močno vpiva na razvoj mnogih z metabolizmom povezanih bolezni.

==Delovanje encima in njegova funkcija==
O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da vzdržuje ustrezno razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==
Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==Vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.
Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==
OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena OGT je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

==Viri==
* Olivier-Van Stichelen, S., Abramowitz, L. K. in Hanover J. A. X marks the spot: Does it matter that O-GlcNAc Transferase is an X-linked gene?, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2014, letn. 453, str. 201-207.
* Bond, M. R, Hanover J. A. A little sugar goes a long way: The cell biology of O-GlcNAc, JCB, 2015, letn. 208, št. 7, str. 869-880.
* Olivier-Van Stichelen, S. in Hanover, J. A. X-inactivation normalizes O-GlcNAc transferase levels and generates an O-GlcNAc-depleted Barr body, Frontiers in genetics, 2014, letn. 5, str. 256-270.
* Hewagama, A., Gorelik, G., Patel, D., Liyanarachchi, P., McCune, W. J., Somer, E., Gonzalez-Rivera, T., The Michigan Lupus Cohort, Strickland, F. in Richardson, B. Overexpression of X-Linked genes in T cells from women with lupus, Journal of Autoimmunity, 2013, letn. 41, str. 60-71.
* Ma, J. in Hart, W. G. Protein O-GlcNAcylation in diabetes and diabetic complications, Expert Reviews Proteomics, 2013, letn. 10, št. 4, str. 365-380.
*Caldwell, S. A., Jackson, S. R., Shahriari, K. S., Lynch, T. P., Sethi, G., Walker, S., Vosseller, K. in Reginato, M. J. Nutrient sensor O-GlcNAc transferase regulates breast cancer tumorgenesis through targeting of the oncogenic transcription factor FoxM1, Oncogene, 2010, letn. 29, str. 2831-2842.
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T21:40:51Z

Tulcnik: /* Viri */

O-GlcNAc transferaza je encim, ki je nujno potreben za normalen razvoj posameznika. Gen za ta encim se nahaja na kromosomu X. Pri ženskah pride do inaktivacije enega od dveh X kromosomov, kar je zelo pomembno, saj neustrezna količina izraženega encima močno vpiva na razvoj mnogih z metabolizmom povezanih bolezni.

==Delovanje encima in njegova funkcija==
O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da vzdržuje ustrezno razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==
Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==Vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.
Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==
OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena OGT je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

==Viri==
* Olivier-Van Stichelen, S., Abramowitz, L. K. in Hanover J. A. X marks the spot: Does it matter that O-GlcNAc Transferase is an X-linked gene?, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2014, letn. 453, str. 201-207.
* Bond, M. R, Hanover J. A. A little sugar goes a long way: The cell biology of O-GlcNAc, JCB, 2015, letn. 208, št. 7, str. 869-880.
* Olivier-Van Stichelen, S. in Hanover, J. A. X-inactivation normalizes O-GlcNAc transferase levels and generates an O-GlcNAc-depleted Barr body. Frontiers in genetics, 2014, letn. 5, str. 256-270.
* Hewagama, A., Gorelik, G., Patel, D., Liyanarachchi, P., McCune, W. J., Somer, E., Gonzalez-Rivera, T., The Michigan Lupus Cohort, Strickland, F. in Richardson, B. Overexpression of X-Linked genes in T cells from women with lupus, Journal of Autoimmunity, 2013, letn. 41, str. 60-71.
* Ma, J. in Hart, W. G. Protein O-GlcNAcylation in diabetes and diabetic complications, Expert Reviews Proteomics, 2013, letn. 10, št. 4, str. 365-380.
*Caldwell, S. A., Jackson, S. R., Shahriari, K. S., Lynch, T. P., Sethi, G., Walker, S., Vosseller, K. in Reginato, M. J. Nutrient sensor O-GlcNAc transferase regulates breast cancer tumorgenesis through targeting of the oncogenic transcription factor FoxM1, Oncogene, 2010, letn. 29, str. 2831-2842.
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T21:31:21Z

Tulcnik: /* Delovanje encima in njegova funkcija */

O-GlcNAc transferaza je encim, ki je nujno potreben za normalen razvoj posameznika. Gen za ta encim se nahaja na kromosomu X. Pri ženskah pride do inaktivacije enega od dveh X kromosomov, kar je zelo pomembno, saj neustrezna količina izraženega encima močno vpiva na razvoj mnogih z metabolizmom povezanih bolezni.

==Delovanje encima in njegova funkcija==
O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da vzdržuje ustrezno razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==
Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==Vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.
Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==
OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena OGT je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

==Viri==
* Olivier-Van Stichelen, S., Abramowitz, L. K. in Hanover J. A. X marks the spot: Does it matter that O-GlcNAc Transferase is an X-linked gene?, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2014, letn. 453, str. 201-207.
* Bond, M. R, Hanover J. A. A little sugar goes a long way: The cell biology of O-GlcNAc, JCB, 2015, letn. 208, št. 7, str. 869-880
* Hewagama, A., Gorelik, G., Patel, D., Liyanarachchi, P., McCune, W. J., Somer, E., Gonzalez-Rivera, T., The Michigan Lupus Cohort, Strickland, F. in Richardson, B. Overexpression of X-Linked genes in T cells from women with lupus, Journal of Autoimmunity, 2013, letn. 41, str. 60-71.
* Ma, J. in Hart, W. G. Protein O-GlcNAcylation in diabetes and diabetic complications, Expert Reviews Proteomics, 2013, letn. 10, št. 4, str. 365-380.
*Caldwell, S. A., Jackson, S. R., Shahriari, K. S., Lynch, T. P., Sethi, G., Walker, S., Vosseller, K. in Reginato, M. J. Nutrient sensor O-GlcNAc transferase regulates breast cancer tumorgenesis through targeting of the oncogenic transcription factor FoxM1, Oncogene, 2010, letn. 29, str. 2831-2842.
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T21:27:28Z

Tulcnik:

O-GlcNAc transferaza je encim, ki je nujno potreben za normalen razvoj posameznika. Gen za ta encim se nahaja na kromosomu X. Pri ženskah pride do inaktivacije enega od dveh X kromosomov, kar je zelo pomembno, saj neustrezna količina izraženega encima močno vpiva na razvoj mnogih z metabolizmom povezanih bolezni.

==Delovanje encima in njegova funkcija==
O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da vzdržuje razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==
Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==Vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.
Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==
OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena OGT je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

==Viri==
* Olivier-Van Stichelen, S., Abramowitz, L. K. in Hanover J. A. X marks the spot: Does it matter that O-GlcNAc Transferase is an X-linked gene?, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2014, letn. 453, str. 201-207.
* Bond, M. R, Hanover J. A. A little sugar goes a long way: The cell biology of O-GlcNAc, JCB, 2015, letn. 208, št. 7, str. 869-880
* Hewagama, A., Gorelik, G., Patel, D., Liyanarachchi, P., McCune, W. J., Somer, E., Gonzalez-Rivera, T., The Michigan Lupus Cohort, Strickland, F. in Richardson, B. Overexpression of X-Linked genes in T cells from women with lupus, Journal of Autoimmunity, 2013, letn. 41, str. 60-71.
* Ma, J. in Hart, W. G. Protein O-GlcNAcylation in diabetes and diabetic complications, Expert Reviews Proteomics, 2013, letn. 10, št. 4, str. 365-380.
*Caldwell, S. A., Jackson, S. R., Shahriari, K. S., Lynch, T. P., Sethi, G., Walker, S., Vosseller, K. in Reginato, M. J. Nutrient sensor O-GlcNAc transferase regulates breast cancer tumorgenesis through targeting of the oncogenic transcription factor FoxM1, Oncogene, 2010, letn. 29, str. 2831-2842.
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T21:17:47Z

Tulcnik: /* Viri */

==Delovanje encima in njegova funkcija==
O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da skrbi za ustrezno razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==
Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==Vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.
Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==
OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena OGT je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

==Viri==
* Olivier-Van Stichelen, S., Abramowitz, L. K. in Hanover J. A. X marks the spot: Does it matter that O-GlcNAc Transferase is an X-linked gene?, Biochemical and Biophysical Research Communications, 2014, letn. 453, str. 201-207.
* Bond, M. R, Hanover J. A. A little sugar goes a long way: The cell biology of O-GlcNAc, JCB, 2015, letn. 208, št. 7, str. 869-880
* Hewagama, A., Gorelik, G., Patel, D., Liyanarachchi, P., McCune, W. J., Somer, E., Gonzalez-Rivera, T., The Michigan Lupus Cohort, Strickland, F. in Richardson, B. Overexpression of X-Linked genes in T cells from women with lupus, Journal of Autoimmunity, 2013, letn. 41, str. 60-71.
* Ma, J. in Hart, W. G. Protein O-GlcNAcylation in diabetes and diabetic complications, Expert Reviews Proteomics, 2013, letn. 10, št. 4, str. 365-380.
*Caldwell, S. A., Jackson, S. R., Shahriari, K. S., Lynch, T. P., Sethi, G., Walker, S., Vosseller, K. in Reginato, M. J. Nutrient sensor O-GlcNAc transferase regulates breast cancer tumorgenesis through targeting of the oncogenic transcription factor FoxM1, Oncogene, 2010, letn. 29, str. 2831-2842.
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Talk:Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T21:00:35Z

Tulcnik:

*Tadej Ulčnik: Delovanje encima in njegova funkcija, Inaktivacija kromosoma X
*Tomaž Žagar: Vpliv OGT pri inaktivaciji, Embrionalni razvoj
*Primož Tič: Razvoj bolezni, Rak, Diabetes tipa 2, Avtoimunske bolezni

Talk:Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T20:57:35Z

Tulcnik: New page: Tadej Ulčnik: Delovanje encima in njegova funkcija, Inaktivacija kromosoma X Tomaž Žagar: Vpliv OGT pri inaktivaciji, Embrionalni razvoj Primož Tič: Razvoj bolezni, Rak, Diabetes tipa...

Tadej Ulčnik: Delovanje encima in njegova funkcija, Inaktivacija kromosoma X
Tomaž Žagar: Vpliv OGT pri inaktivaciji, Embrionalni razvoj
Primož Tič: Razvoj bolezni, Rak, Diabetes tipa 2, Avtoimunske bolezni

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T20:57:20Z

Tulcnik:

==Delovanje encima in njegova funkcija==
O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da skrbi za ustrezno razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==
Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==Vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.
Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==
OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena O-GlcNAc transferaze (OGT) je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

==Viri==

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T20:51:58Z

Tulcnik:

==Delovanje encima in njegova funkcija==
O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da skrbi za ustrezno razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==
Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==Vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.
Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==
OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena O-GlcNAc transferaze (OGT) je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T20:50:42Z

Tulcnik:

==Delovanje encima in njegova funkcija==
O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da skrbi za ustrezno razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==
Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.
Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==
OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena O-GlcNAc transferaze (OGT) je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza

2015-05-11T20:49:11Z

Tulcnik:

==Delovanje encima in njegova funkcija==

O-GlcNAc transferaza (OGT) je encim, ki pripenja N-acetilglukozaminske enote na proteine. Ta posttranslacijska modifikacija pomembno vpliva na njihovo aktivnost. OGT deluje kot senzor za povišano koncentracijo glukoze. Ko je v celici prisotna večja količina glukoze, se 2 do 3 procente glukoze v heksozaminski poti pretvori v N-acetilglukozamin. OGT ima funkcijo pripenjanja N-acetilglukozaminskih enot z O-glikozidno vezjo na serinske ali treoninske ostanke v proteinih. Proces dodajanja N-acetilglukozaminskih enot na te ostanke je dinamičen proces, saj obstaja nasprotno delujoči encim O-GlcNAcaza, ki pa razceplja O-glikozidno vez.
Na proteine s serinskimi ali treoninskimi ostanki se poleg sadkorja lahko veže tudi fosfatna skupina. Kaj od tega dvojega se bo vezalo je odvisno od koncentracije glukoze in ATP. OGT deluje kot senzor glukoze ravno preko tega, da skrbi za ustrezno razmerje med fosforiliranimi in glikoziliranimi proteini, kar povzroči ustrezen odziv na povečano koncentracijo glukoze. Ker je v celici za fosforilacijo skrbi več kot tisoč različnih vrst kinaz, za dodajanje N-acetilglukozamina pa le OGT, je prisotnost in ustrezna količina le tega za celico zelo pomembna. Nepravilnosti v izražanju ali delovanju proteina OGT se tako kažejo v povezavi z nevrodegenerativnimi kot tudi metabolnimi boleznimi, ko so npr. diabetes tipa 2 ter razne kardiovaskularne bolezni.

==Inaktivacija kromosoma X==

Gen Ogt se nahaja na X kromosomu v bližini mesta XIC (X inaktivacijski center), kjer se inaktivacija prične. Ker se mora v celici tako moških kot žensk nahajati približno enaka količina OGT, je nujno, da pride ob inaktivaciji kromosoma X tudi do utišanja Ogt gena. Ta se tako zaradi svojega položaja relativno kmalu po začetku inaktivacije utiša. Inaktivacijo prične XIC s tem, da sintetizira nekodirajoče RNA (nrRNA), med katere spada tudi Xist RNA. Te se vežejo na več specifičnih mest na X kromosomu. Ko je posamezna Xist RNA vezana, se zaradi njene ustrezne koformacije na njo povežejo proteinski kompleksi PcG (ang. polycomb group protein). Kompleksi PcG so ključni pri epigenetskem utišanju genov. Povzročijo represivne modifikacije histonov in utišanje genov, s tem ko metilirajo lizin 27 na histonu H3, in ubikvitinirajo lizin 119 na histonu H2. Da pride do popolne inaktivacije pa poskrbijo drugi proteinski kompleksi, ki zamenjajo ubikvitiniran histon H2 z macroH2A. S tem je vezava DNA na histone še močnejša DNA se ni več zmožna odviti. Ta postopek se ponovi na sosednjih histonskih oktamerih in na ta način se veča delež heterokromatina, dokler ne pride do popolne inaktivacije (razen nekaterih genov) in nastanka barovega telesca.

==vpliv OGT pri inaktivaciji==
Gen Ogt, ki zapisuje za O-GlcNAc transferazo se nahaja samo na kromosomu X. Značilnost tega gena je, da je pri sesalcih prisoten le v eni kopiji, se pravi, da se na enem kromosomu X se nahaja ena kopija gena Ogt. Ker imamo le en gen za ta encim in ker je njegova vloga v celici zelo pomembna, je ključnega pomena, da je njegovo izražanje močno nadzorovano za njeno normalno delovanje. Na to kaže njegov položaj na kromosomu, saj se nahaja v bližini lokusa Xist, ta pa je ključen za inaktivacijo samega X-kromosoma. Poleg tega pa njegovo nahajanje na spolnem kromosomu prispeva k spolno-specifičnim tveganjem za številne bolezni, saj imajo ženske na celico dve kopiji gena Ogt, in posledično se lahko v primeru nepravilne inaktivacije kromosoma X pojavijo različne nevrološke in metabolne bolezni, kot posledica njegovega nepravilnega izražanja.

Encim OGT je epigenetski regulator in odkrita je bila povezava med encimom OGT in PcG kompleksom pri sesalcih, kar nakazuje vpliv encima OGT na transkripcijo. Encim OGT je pomemben pri trimetilaciji histona 3 na mestu K27 (lizin 27), da se tvori modifikacijo H3K27me3, saj to spremembo katalizira encim EZH2, del PRC2. Encim OGT O-GlcNAcetilira protein EZH2, komponento PRC2, ki je eden ključnih proteinov, ki sodelujejo pri inaktivaciji kromosoma X, na serinu 75 in ga s tem stabilizira ter olajša nastajanje te modifikacije. Nasprotno pa zmanjšanje koncentracije encima OGT vodi k zmanjšani pogostosti metilacije histonov. Ta modifikacija pa je ena najpomembnejših, ki sodeluje pri utišanju kromatina.

==Embrionalni razvoj==

OGT je tudi nujen za normalen embrionalni razvoj. Proces X-inaktivacije poteče že med zgodnjo embriogenezo, mehanizem pa poteka drugače v celicah embrionalnih in ekstraembrionalnih tkiv (tkiva, ki tvorijo posteljico). Posteljica se razvije iz tropoektoderma in v njem je skoraj vedno utišan očetov X-kromosom, kar je posledica starševskega vtisnjenja genov. Po drugi strani pa se v celicah notranje celične mase, iz katere se kasneje razvije embrio, inaktivira naključen kromosom X, se pravi ali očetov ali materin. Novejše raziskave pa vse bolj nakazujejo, da to povsem ne drži, saj je gen Ogt podvržen drugačni inaktivaciji kromosoma X v ekstraembrionalnih tkivih in da le-ta spada med tako imenovane ''gene pobegle X-inaktivaciji'' (ang. X chromosome inactivation-escaping genes). V mišjih trofoblastnih zarodnih celicah je bilo namreč dokazano bialelno izražanje gena Ogt. To pomeni, da imajo ženske posteljice višjo koncentracijo encima OGT in posledično več O-GlcNAcetiliranih proteinov kot moške. Posledice tega so še neraziskane.
Da je encim OGT zelo pomemben so dokazali, ko so delali poskuse na miših, so ugotovili, da je izbitje gena Ogt letalno že v stadiju blastociste, se pravi okoli 5 dni po oploditvi.
Dokazano je bilo tudi, da materin stres in njena dieta (dostopnost hraniv) predstavljajo tveganje za razvoj nevroloških in metaboličnih motenj. Pri teh motnjah so prepoznali nenavadno O-GlcNAcetilacijo pri različnih spolih. Primer tega so bili potomci miši, katerih mati je bila med zgodnjo gestacijo izpostavljena stresu. Ti so izražali občutno manj OGT-ja v posteljici, posledica tega pa je bilo spremenjeno izražanje genov v hipotalamusu, kar nakazuje povezavo med placentnim izražanjem OGT-ja in prisotnostjo nevroloških bolezni.

==Razvoj bolezni==
Prekomerno izražanje gena O-GlcNAc transferaze (OGT) je povezano z diabetesom tipa 2, debelostjo, avtoimunskimi boleznimi in rakom.
===Rak===
Rak kot primaren vir energije uporablja glikolizo, zaradi česar ima tudi povečano privzemanje glukoze v celico. Del glukoze vstopi v heksozaminsko biosintezno pot (HBP) , kar poveča koncentracijo UDP-GlcNAc. Povečana koncentracija UDP-GlcNAc povzroči povečano izražanje proteina OGT in glikozilacijo proteinov. Glikozilacija povzroči spremembe v interakcijah med proteini, zato lahko pride do sprememb v specifičnih kompleksih, ki nadzorujejo onkogene poti. Če inhibiramo glikozilacijo proteinov, pride do zmanjšanja rasti tumorja, upočasni se celični cikel in izražajo se inhibitorji. Inhibitor vpliva na izražanje transkripcijskega faktorja FoxM1, ki skrbi za celično delitev med razvojem organov. Nadzoruje prehoda G1/S (v fazi G1 celica raste in se pripravlja na celično delitev; v fazi S se podvoji DNA) in G2/M (v fazi G2 celica raste in se pripravlja na mitozo; v fazi M pride do nastanka hčerinskih celic). Transkripcijski faktor poveča tudi invazivnost celic preko metaloproteinov. Spremembe v privzemanju glukoze vplivajo na anabolne in katabolne poti preko glikozilacije proteinov mTOR (angl. mammalian target of rapamycin- anabolizem) in AMPK (angl. 5' AMP-activated protein kinase- katabolizem). Poskusi so pokazali, da zmanjšana količina proteina p53 (tumor supresor) poveča stopnjo glikozilacije proteinov in tako ne nadzoruje več onkogenega fenotipa.
===Diabetes tipa 2===
Diabetes mellitus je zmanjšano izločanje in/ali zmanjšana učinkovitost inzulina v tarčnih tkivih (rezistenca). Zaradi hiperglikemije pride do zastrupitve z glukozo, kar vpliva na beta-celice, tarčna tkiva, žile in ledvice. V maščevju inzulin povzroči, da gre OGT iz jedra v membrano in glikozilira proteine inzulinske signalne poti, kar vodi do desenzitizacije. V normalnih pogojih se glikozilira protein PDK1 (angl. 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1), ki poveča vnos glukoze preko prenašalcev GLUT-4 (angl. glucose transporter type 4). Pri povečani glikozilaciji ima pomembno vlogo IRS1 (angl. Insulin receptor substrate 1), ki prenaša signal od inzulinskega receptorja do kinaze. Slednja pretvori PIP2 v PIP3 (fosfatidil inozitol di- v trifosfat), ki fosforilira protein AKT (protein kinaza B). Glikozilacija onemogoči prenos signala, zato se zmanjšata fosforilacija proteina in vnos glukoze (zmanjša se izločanje prenašalcev GLUT-4). Glikozilira se tudi glikogen sintaza, s čimer se zmanjša njena aktivnost in dodatno poveča rezistenca na inzulin.

Endotelijske celice so meja med krvjo in okoliškim tkivom. Hiperglikemija poveča glikolizo, kar povzroči prevelike količine superoksida v mitohondriju, ki inhibira glikolizo (encim GAPDH- gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaza). Tako se naberejo intermediati glikolize, ki sprožijo HBP in povečajo koncetracijo glikoziliranih proteinov npr. NO sintazo. Glikozilacija onemogoči njegovo fosforilacijo (aktivacijo) in zmanjša proizvodnjo NO. To povzroči erektilno disfunkcijo.

===Avtoimunske bolezni ===
Avtoimunska bolezen lupus napade zdrava, normalna tkiva. Je posledica zunanjih dejavnikov, ki inhibirajo DNA metilacijo v celicah T. Metiltransferaze utišajo gen z metilacijo citozina v CG paru, kar stabilizira heterokromatin (represivna oblika kromatina). Oslabljena metilacija DNA povzroči izražanje nezaželenih ali nepotrebnih proteinov v celici. Tudi inaktiviran X-kromosom se demetilira in izraža OGT, kar povzroči povečanje glikozilacije. To lahko poslabša ali celo sproži bolezen.

Inaktivacija kromosoma X

2015-05-09T21:10:01Z

Tulcnik: /* Skupine */

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija so v študijskem letu 2014/15 namenjeni posebnemu fenomenu v genetiki, inaktivaciji kromosoma X. Pri samicah živali namreč praviloma obstajata dve kopiji kromosoma X, pri samcih pa samo ena kopija. Glede na prisotnost dvojnega števila genov pri samicah, bi teoretično pričakovali tudi dvakratno koncentracijo mRNA in proteinov, kar pa se v resnici ne zgodi. En kromosom se utiša po posebnem mehanizmu, ki ga na kratko imenujemo tudi X-inaktivacija. V zadnjih letih je postalo znanega marsikaj, o čemer smo prej le domnevali, še vedno pa mehanizma X-inaktivacije še ne poznamo v celoti.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli v maju in začetku junija. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanj med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Letošnja tema je na stičišču več ved: genetike, embriologije, celične biologije, biokemije in molekularne biologije. Izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski in molekularnobiološki, nikakor pa ne opisujte na široko poteka raznih bolezni, ki so posledica napak pri inaktivaciji kromosoma X. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje dva dni pred predstavitvijo (do polnoči). Predstavitve seminarjev 1 in 2 bodo 6. maja, 3 in 4 11. maja, 5 in 6 13. maja, 7 in 8 18. maja, 9 in 10 pa 20. maja 2015. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').

Seznam naslovov tem in izhodiščnih virov:

# Evolucija spolnih kromosomov: http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.0060080
# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov: poglavje Functional diversity of X-linked genes v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA: http://www.sciencemag.org/content/319/5871/1787.long in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3858397/
# Mehanizem X-inaktivacije – to je ključni referat celotne letošnje serije in lahko pričakujete kakšno vprašanje na izpitu iz tega seminarja: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3771680/
# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X14011425
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih: poglavje Variable XCI initiation and mosaic X expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Pobeg iz X-inaktivacije: poglavje Sex bias in gene expression v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/ ter http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3136209/
# Ponovna aktivacija kromosoma X: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3293375/
# Povečano izražanje genov na kromosomu X: poglavje Diverse mechanisms of X upregulation v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih: poglavje X chromosome regulation and disease v preglednem članku http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4117651/

== Skupine ==

Skupine za projektno nalogo oblikujte do 10.aprila (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 0. Evolucija mitohondrijskih genomov (Janez Gorenc, Petra Novak, Anja Dolenc)

# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Evolucija_spolnih_kromosomov# Evolucija spolnih kromosomov] (Amadeja Lapornik, Jerneja Kocutar, Katja Malovrh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Značilnosti_s_kromosomom_X_povezanih_geni# Značilnosti s kromosomom X povezanih genov] (Neža Brezovar, Tina Šimunović)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Dolge_in_kratke_nekodirajoče_RNA# Dolge (in kratke) nekodirajoče RNA] (Ernest Šprager, Gašper Marinšek, Bine Tršavec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mehanizem_X-inaktivacije# Mehanizem X-inaktivacije] (Dominik Dekleva, Luka Dejanović, Matej Vrhovnik)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Primer_X-inaktiviranega_gena:_O-GlcNAc_transferaza# Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza] Primer X-inaktiviranega gena: O-GlcNAc transferaza (Primož Tič, Tadej Ulčnik, Tomaž Žagar)
# Iniciacija X-aktivacije pri miših in drugih sesalcih (Jerneja Ovčar, Tjaša Sorčan, Urška Kašnik)
# Pobeg iz X-inaktivacije (Živa Moravec, Monika Pepelnjak, Enja Kokalj)
# Ponovna aktivacija kromosoma X (Vesna Podgrajšek, Marija Srnko, Urška Černe)
# Povečano izražanje genov na kromosomu X (Inge Sotlar, Anja Tanšek, Nuša Kelhar)
# Uravnavanje X-inaktivacije pri boleznih (Luka Lavrič, Nina Mavec, Jernej Vidmar)

BIO2 Seminar 2014

2014-10-15T22:25:13Z

Tulcnik: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||Moj izbrani naslov||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||Moj izbrani naslov||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||Moj izbrani naslov||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||Moj izbrani naslov||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||Moj izbrani naslov||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||Moj izbrani naslov||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||Moj izbrani naslov||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||Moj izbrani naslov||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Urška Kašnik||17||Moj izbrani naslov||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||Moj izbrani naslov||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||Moj izbrani naslov||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||Moj izbrani naslov||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||Moj izbrani naslov||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||Moj izbrani naslov||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||Moj izbrani naslov||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||Moj izbrani naslov||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||Moj izbrani naslov||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||Moj izbrani naslov||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jerneja Ovčar||20||Moj izbrani naslov||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Valentina Levak||20||Moj izbrani naslov||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||Moj izbrani naslov||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||Moj izbrani naslov||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||Moj izbrani naslov||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||Moj izbrani naslov||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||Moj izbrani naslov||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||Moj izbrani naslov||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||Moj izbrani naslov||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||Moj izbrani naslov||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dDZZOVVFNkwxb0JMeUFaMGltOVQ4aHc6MA mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev 2014

2014-10-15T22:15:04Z

Tulcnik: /* Ime in priimek: Naslov seminarja */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2014 stran]

=== Tadej Ulčnik: Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju ===

Transkripcijski faktorji so proteini, ki se specifično vežejo na DNA ter s tem omogočijo vezavo RNA polimeraze. Delujejo kot regulatorji izražanja genov. Primer transkripcijskih faktorjev so jedrni steroidni receptorji. Steroidni receptorji se nahajajo v citosolu in se aktivirajo ob vezavi steroidnih hormonov. Določeni vsebujejo med sabo podobno domeno, s katero se lahko več različnih receptorjev veže na isto zaporedje na promotorju. Še vedno ni znano kaj vse vpliva na potek translacije, tudi sami mehanizmi delovanja ostajajo še skrivnost. Primerjava aktivnosti in dinamike dveh podobnih steroidnih receptorjev, androgenega in glukokortikoidnega, ki imata v celici vlogo transkripcijskih faktorjev, je pokazala, da čeprav sta si receptorja podobna, to ne velja za njuno delovanje. Na promotorju nista bila ves čas prisotna v enaki količini, tudi količina prepisanega gena je bila različna. Ob dodatku inhibitorjev sta ta različno uspešno preprečevala transkripcijo, kar se je poznalo pri številu vezanih polimeraz in pri količini prepisanih mRNA. Za ta konkretni primer je bilo dokazano, da čeprav sta oba receptorja vplivala na izražanje gena, nista delovala na enak način in v enaki meri. Kaj vse je vplivalo na to je težko določiti, tako da to ostaja predmet nadaljnjih raziskav.

TBK2014-seminar

2014-03-11T15:56:07Z

Tulcnik: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||||||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| Anja Šantl||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Ana Kompan||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-03-11T15:55:17Z

Tulcnik: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||||||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| Anja Šantl||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Ana Kompan||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-03-11T15:50:58Z

Tulcnik: /* 17.3. */

[[TBK2014-seminar|Nazaj na osnovno stran]]

== 10.3. ==

=== Črt Kovač: Naslov v slovenščini ===
To je povzetek. Nam ut gravida tellus, in ultricies ipsum. Integer blandit feugiat nunc, vel vehicula tortor viverra sit amet. Suspendisse non bibendum dui, in iaculis nibh. Sed sed tempus nunc, at adipiscing metus. Pellentesque vel imperdiet odio. Mauris aliquet urna erat, a tempor purus pellentesque ut. Pellentesque id velit varius, porta leo eu, sollicitudin magna. Vestibulum facilisis eleifend quam ut bibendum. Maecenas aliquet vulputate nisl, vel pulvinar purus iaculis eget. Praesent porttitor turpis velit, ut dignissim sapien commodo in. Aenean et consequat nisi. Aenean dictum, quam nec elementum accumsan, purus massa rutrum sem, ac hendrerit enim orci non felis.

=== Jernej Vidmar: Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem ===
Rentgenska fluorescenčna metoda je zelo priročna za določevanje elementov v našem biološkem vzorcu. Za odkrivanje elementov je zelo pomembna fluorescenca, ki jo povzročijo rentgenski žarki na elementih. Z uporabo posebnih zbiralnih leč lahko mikroskopi dosežejo ločljivost do 20 nanometrov. Z elektronskim mikroskopom je nemogoče opazovati živ vzorec, zato je potrebno za mikroskopiranje uporabiti rentgenski mikroskop, ki pa nima tako dobre ločljivosti kot elektronski. Opazovani preparat ni priporočljivo dodatno hidratirati, saj pri obstreljevanju z rentgenskimi žarki povzročimo hirolizo vode in razgradnjo pomembnih organskih molekul, prav tako pa ni priporočljiva dehiracija, saj se skupaj z vodo iz celice izločijo difuzivni ioni, kar pomeni smrt za celico, pri obeh primerih pa po koncu mikroskopiranja dobimo nenatančne slike vzorca. Ameriškim znanstvenikom je uspelo narediti bionanosondo, ki z obstreljevanjem zamrznjenega preparata z rentgenskimi žarki prikaže tridimenzionalno sliko fluoresciranih elementov v vzorcu. Vzorec postavimo v vakuumsko komoro, kjer ga obstreljujejo z rentgenskimi žarki. Fluorescenčni signali se zibrajo na detektorju, ki se glede na izvirni žarek nahaja pod pravim kotom. S preprosto analizo lahko ugotovimo za katere elemente gre, saj vsak oddaja barvo različnih valovnih dolžin. Metoda je in bo zelo uporabna pri načrtovanju in odkrivanju novih zdravil.

=== Bine Tršavec: Stikalo, ki pove, da je čas za spanje ===
Znanstveniki so v drugi polovici prejšnjega stoletja začeli raziskovati spanec. Odkrili so, da je zanj odgovorna skupina nevronov v možganih, in da poznamo dva mehanizma, ki ga uravnavata. To sta cirkadiadni in homeostatični ritem. Cirkadiadni ritem je odgovoren za to, da postanemo zaspani vsakih 24 ur, kar je posledica zunanjih sprememb zaradi vrtenja Zemlje okoli svoje osi(dan in noč), medtem ko homeostatični ritem skrbi, da postanemo zaspani zaradi naporov in si s spancem povrnemo moči. Na oba mehanizma naj bi vplivala ista skupina nevronov, saj ni mogoče povsem ločiti enega mehanizma od drugega. Raziskave, ki so potekale na vinskih mušicah, so pokazale, da lahko motnje spanca nastanejo zaradi mutacij, nastalih na crossveinless-c (cv-c) alelu. Mutacije namreč povzročijo napako v sintezi Rho-GAP proteina, ki je, kot kaže, zelo pomemben za pravilno regulacijo spanca. S številnimi eksperimenti so dokazali vpliv alela na predel možganov mušic, imenovan Fan shaped body (FB) in njegov pomen pri spancu. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se ob povečani utrujenosti poveča električna vzdražnost membran nevronov v dorzalnem delu FB, kar je pokazalo njihov pomen in potrdilo hipotezo. S tem so znansteniki stopili korak bližje odkritju, ki bi lahko rešilo težave povezane s spancem.

=== Ernest Šprager: Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev ===
Z procesom RNA interference, ki velja za eno najpomembnejših odkritij na medicinskem področju zadnjih let, lahko utišamo poljuben gen v genomu. RNA interferenca je zato uporabna za preučevanje funkcije posameznih genov in nam tudi ponuja potencialno nove načine zdravljenja bolezni, ki so posledica nepravilnega genskega izražanja. Ocenjujejo, da je več kot 4000 jetrnih bolezni posledica genetskih napak, zato je zdravljenje z RNA interferenco na tem področju veliko. Seveda je varna in selektivna dostava siRNA molekul v jetrne celice glavni izziv preden lahko pride do široke uporabe zdravljenja z RNA interferenco. Na podlagi strukture lipoproteinov so raziskovalci razvili lipopeptidne nanodelce, sestavljene iz sintetičnih lipopeptidov, fospolipidov, holesterolnih molekul, PEG-lipidov in siRNA. V članku so predstavljeni oblika, sinteza in biološko vrednotenje lipopeptidnih molekul, ki tvorijo takšne nanodelce. Sintetične lipopeptidne molekule so bile tvorjene z reakcijo lizina, njegovih dipeptidnih ali polipeptidnih derivatov z različno dolgimi aldehidi, akrilati in eposkidi. Raziskovalci so nato z različno zasnovanimi analizami med drugim merili tudi sposobnost utišanja faktorja VII, ki skrbi za strjevanje krvi. Od vseh sintetiziranih lipopetidov se je najbolje odrezal cKK-E12. Ugotovljeno je bilo, da bi takšen lipopeptidni nanodelec pripeljal siRNA proti določenem genu samo do jetrnih celic, s čimer bi bili stranski efekti minimizirani.

== 17.3. ==

=== Andrej Žulič: Prva umetna celica z delujočimi organeli ===

Prvič v zgodovini je znanstvenikom na nizozemski univerzu Radboud v Nijmegenu uspelo ustvariti umetno celico z delujočimi organeli, ki lahko v večih korakih, kemičnih reakcijah, reagent preko raznih vmesnih stopenj privedejo do končnega produkta, rezorufina, ki je fluorescenten in se ga zato na koncu reakcije lažje opazi. Te organele so ustvarili tako, da so majhne polimerosome narejene iz PS-b-PIAT polprepustnega polimera napolnili z encimi in jih potem vnesli v miniskulno kapljico vode, ki je vsebovala še proste encime in substrate, in to kapljico še enkrat obdali s lipidnim slojem – celično steno narejeno iz PB-b-PEO hidrofobnega polimera. Zaradi fluorescence produkta so lahko preverili, da se predvidene reakcije resnično dogajajo po korakih v polimerosomnih nanoreaktorjih ali organelih. Produkti posameznih organelov lahko prestopijo steno organela v celično plazmo od koder najdejo pot v druge celične organele, kjer se izvršujejo posledični koraki te ''kaskadne'' reakcije. Obstaja več načinov kako zgraditi strukture podobne celicam. Poleg opisanega, ki kombinira več pristopov, se lahko umetne celice gradi iz majhnih kapljic tekočine podobne citoplazmi, iz polimerov ali maščobnih kislin. Naslednjih korak je nedvomno narediti umetno celico, ki lahko sama proizvaja svojo energijo. S preučevanjem tega področja lahko biokemiki vedno bolje razumemo kaj se dogaja na celičnem nivoju in kako to uporabiti v nadaljnih raziskavah.

=== Urška Černe: Boj imunskega sistema proti malariji ===
Malarijo povzroča infekcija z parazitom, vrste Plasmodium falciparum, ki se prenese na človeka z pikom okuženega komarja mrzličarja. Ko piči človeka, se trosi prenesejo v njegovo kri in se začnejo množiti v jetrih. Nastanejo merozoiti, ki vstopajo v rdeča krvna telesca (eritrocite), kjer se nadalje delijo, dokler eritrocit ne poči. P. falciparum je specifični gostitelj, kar predstavlja težavo pri izvedbi človeške infekcije na laboratorijskih živalih kot so miši. Za premagovanje tega izziva so raziskovalci razvili miš z človeškimi eritrociti in jim dodali človeške imunske celice (miš RICH). Imunski sistem ima pri obvladovanju okužbe ključno vlogo. Študije na miših z uporabo človeških sevov Plasmodium so pokazale, da imunske celice (naravne celice ubijalke = celice NK, T celice in celice B) prispevajo k antiparazitski imunosti, pri čemer so bistvenega pomena celice NK. Te reagirajo z okuženimi eritrociti in jih tudi eliminirajo. Okuženi eritrociti postanejo sploščeni, kar kaže na uhajanje celične vsebine in izgubo volumna celice. Celični receptor LFA-1 je vključen v interakcijo celic NK z okuženimi eritrociti in njihov pomor. Pojasnitev molekularne narave vseh teh interakcij je bistveno za razumevanje mehanizma odzivanja naravnih celic ubijalk na infekcijo s P. falciparum.

=== Jerneja Kocutar: Odziv celic na stresne situacije ===
Kadar so celice izpostavljene stresnim pogojem, ki ogrozajo njihovo prezivetje se v njih aktivira stresni odziv, da bi čimprej spet vzpostavile homeostazo. Tak odziv je univerzalen in ga lahko najdemo v vseh organizmih in v vseh vrstah celic. Celice proizvajajo stresne proteine, ki izpolnjujejo razlicne naloge npr. preprečujejo tvorbo agregatov in neaktivnih intermediatov, odstranjujejo že poškodovane proteine, varujejo celične strukture, reorganizirajo celično oskrbo z energijo...Preden pa celica začne tvoriti proteine se aktivirajo transkripcijski receptrorji, od katerih je najpomembnejši HSF1. Aktivni HSF1 je trimer in ima dolčcene skupine fosolizirane. Regulacija stresnega odziva je odvisna od več celičnih procesov in organelov, najpomembnejši pa so procesi v jedru. Za uravnavanje stresnega odziva imamo 55 pozitivnih in 14 negativnih modulatorjev, ki so locirani v jedru, citoplazmi ali organelih. Pozitivni stresni odziv podaljšujejo in preprečujejo agregacijo proteinov, negativni pa odziv zavirajo. Vsi modulatorji so zelo tesno povezani med seboj, saj opazimo veliko več povezav kot med nakljičnim proteini. Kot najpomembnejši modulator je bila spoznana acetiltransferaza EP300, ki z acetiliranjem lizinov uravnava delovanje HSF1. V prihodnosti bi stresni odziv lahko uporabili tudi za zdravljenje bolezni pri katerih je problem obsežno propadanje celic. S tarčno aktivacijo stresnega odziva bi lahko reducirali poškodbe na celicah.

=== Tadej Ulčnik: Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice ===
Vzorec izražanja razklopnih proteinov med diferenciacijo matičnih celic daje nov namig o njihovii vlogi. Izmed družine petih razklopnih proteinov je znana le vloga razklopnega proteina UCP1, funkcija ostalih štirih pa še vedno ni znana. Znanstveniki so na podlagi rezultatov več analiz domnevali, da vzorec izražanja UPC proteinov sovpada s specifičnimi celicami, ki imajo podoben metabolizem, in se spremeni, če se celice same spremenijo. Analizirali so izražanje UCP2 v mišjih embrionalnih matičnih celicah pred in po diferenciaciji v nevrone. Dokazali so, da je samo UCP2 prisoten v nediferenciranih matičnih celicah in izgine takoj, ko se te začnejo diferencirati v nevrone. Nasprotno od tega se istočasno poviša raven izražanja UCP4 in tipičnih nevralnih označevalnih proteinov. Prisotnost proteina UCP2 v matičnih, rakavih in imunskih celicah, kaže na to, da je UCP2 prisoten v celicah z veliko zmožnostjo razmnoževanja, za katere je tudi značilen metabolizem, ki temelji na glikolizi. Protein UCP4 pa je prisoten samo v diferenciranih živčnih celicah, ki se niso sposobne deliti. Odkrili so da se UCP2 izraža tudi v nevroblastomih, katerih metabolizem je podoben rakavim celicam, ne izraža pa se UCP4. Te ugotovitve bi lahko pripomogle k hitrejšem odkrivanju rakavih celic, ki se od ostalih razlikujejo v metabolizmu in nekaterih proteinih.

== 24.3. ==

=== Hrvoje Malkoč: Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev ===

TBK2014-seminar

2014-03-09T22:01:31Z

Tulcnik: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ulcnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_določa_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||||||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| Anja Šantl||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Ana Kompan||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-03-05T13:22:56Z

Tulcnik: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_Better_RNA_interference Better RNA interference]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211084055.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ulcnik:_Hot_on_the_trail_of_cellular_metabolism Hot on the trail of cellular metabolism] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||||||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||||||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| Anja Šantl||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Ana Kompan||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-03-05T13:22:14Z

Tulcnik: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_Better_RNA_interference Better RNA interference]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211084055.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ulcnik:_Hot_on_the_trail_of_cellular_metabolism Hot on the trail of cellular metabolism] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||||||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||||||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| Anja Šantl||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Ana Kompan||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.