Wiki FKKT - User contributions [en]

Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem omogoča uravnavanje sestave populacije

2025-05-04T09:09:55Z

UlaMikos: /* Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem – indukcijski modul */

Izhodiščni članek: [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11910626/ A dual light-controlled co-culture system enables the regulation of population composition]

== UVOD ==

=== Uporaba kokultur ===
Dandanes je pogosta uporaba mikroorganizmov za biosintezo produktov, kot so farmacevtski izdelki, biogoriva, biokemikalije in druge visoko vredne spojine [1]. Da bi zadostili zahtevam trga se je razvila modularna tehnologija kokultur, katere namen je razdeliti ciljno kompleksno pot v ločene module, ki se nahajajo v različnih sevih [2].

Raziskovalci tako želijo vzpostaviti vsestranske sisteme kokultur, saj ti lahko premagajo ovire, ki jih monokulturni sistemi oziroma konvencionalne metode pogosto ne morejo [3].

=== Regulacija populacijskih razmerij – optogenetika ===
Za optimiziranje učinkovitosti bioprodukcije je dinamična regulacija populacijskih razmerij ključnega pomena. Trenutni pristopi, kot so prilagajanje začetnega inokulacijskega razmerja in po potrebi dodajanje sevov med tekom celotnega procesa ter uporaba kemičnih induktorjev, ne omogočajo odzivnosti na spreminjajoče razmere znotraj sistema in aktivnega spreminjanja sestave sistema [3].

Raziskovalci zato razvijajo optogenetske sisteme z visoko univerzalnostjo in prilagodljivostjo za širok nabor uporabe. Optogenetika je tehnika, ki omogoča regulacijo celične aktivnosti preko nadzora nad prepisovanjem, izražanjem in urejanjem genov z uporabo svetlobe določene valovne dolžine, pri čemer se uporabljajo svetlobni viri v spektru od ultravijolične pa vse do daljne rdeče svetlobe [3,4]. To je neinvazivna, hitro reverzibilna, minimalno toksična tehnika z visoko prostorsko-časovno specifičnostjo. Tak pristop ima velik potencial za dinamični nadzor nad razmerjem populacij v kokulturah [3].

== OPTOGENETSKI SISTEM ==
Raziskovalci so oblikovali z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem, ki predstavlja indukcijski modul. Dodali so dva ortogonalna sistema za zaznavanje gostote, ki delujeta kot komunikacijski modul ter sistem toksin-antitoksin, ki deluje kot efektorski modul [3].

=== Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem – indukcijski modul ===
Več naravnih celic izraža proteine, ki se odzivajo na svetlobo različne valovne dolžine, kot je rodopsin pri človeku. V članku so uporabili dva dvokomponentna sistema, ki sta sestavljena iz senzorične histidin kinaze in regulatorja odziva. Njuno aktivnost regulirata fosforilacija in defosforilacija, ki sta posledica osvetlitve s svetlobo določene valovne dolžine [5].

Prvi sistem sestavljata CcaS in CcasR. CcaS je cianobakteriokrom, ki deluje kot fotoreceptor. Njegova značilnost je reverzibilna fotokonverzija med dvema različnima oblikama. Vsaka absorbira svetlobo druge valovne dolžine. Ob osvetlitvi s svetlobo valovne dolžine 520 nm (zelena barva) pride do konformacijskih sprememb, ki vodijo do avtofosforilacije proteina. Tej sledi prenos fosforilne skupina na CcaR, ki je odzivni regulator, katerega aktivnost regulira fosforilacija [6]. CcaR se veže na mesto za aktivator, ki je del promotorja PcpcG2. Celoten proces je reverzibilen s svetlobo valovne dolžine 620 nm (rdeča barva), pri čemer se CcaS defosforilira [3].

Drugi sistem sestavljata YF1 in FixJ. V temi je YF1 senzorična histidin kinaza, ki fosforilira FixJ. Osvetlitev s svetlobo valovne dolžine 460 nm (modra barva) sproži konformacijske spremembe, ki zmanjšajo kinazno aktivnost, povečajo pa fosfatazno. Tako FixJ ni fosforiliran, posledično se ne veže na mesto za aktivator, ki je del promotorja PFixK2 [7]. Raziskovalci pa so želeli obrniti funkcijo teme in modre svetlobe, zato so dodali represor PhlF in tako ustvarili negacijo (NE). V temi se FixJ veže na promotor PFixK2 in s tem aktivira izražanje represorja PhlF, ki se veže na operator promotorja PPhlF. Ta regulira izražanje tarčnega proteina in ga v tem primeru inhibira. Pri modri svetlobi sistem YF1-FixJ ni aktiven, represor se ne izraža in ne inhibira tarčnega proteina. Tako se ta izraža le ob osvetljevanju z modro svetlobo [5].

=== Ortogonalna senzorja gostote celic – komunikacijski modul ===
Za zaznavanje gostote celic in komunikacijo med sevoma so uporabili dva ortogonalna sistema in sicer tra* in las sistem. Tra* sistem je optimiziran tra sistem. Sestavljajo ga regulator TraR(W), promotor Ptra* in homoserin lakton (HSL) sintaza EsaI, ki sintetizira 3OC6HSL
(N-(3-oksoheksanol)-homoserin lakton). Las sistem sestavljajo regulator LasR, promotor Plas in HSL sintaza LasI, ki sintetizira 3OC12HSL (N-(3-oksododekanol)-homoserin lakton) [3].

=== Toksin-antitoksin sistem – efektorski modul ===
Efektorski modul predstavlja sistem toksin-antitoksin. Uporabili so operon ''ccd'', ki kodira ''ccdA'' in ''ccdB''. CcdB je toksin, ki inhibira DNA girazo, kar vodi v celično smrt. CcdA pa je antitoksin, ki inhibira ccdB in s tem varuje celico pred njegovimi toksičnimi učinki [3].

=== Delovanje kokulture ===
Za pripravo dveh sevov LG in LR, ki vsebujeta naštete module, so uporabili ''E. coli'' seva TOP10-GFP in TOP10-RFP, ki imata v genom integriran gen za GFP oziroma RFP. Tako so ju lahko identificirali na podlagi fluorescence. Sev TOP10-GFP so transformirali z vektorjema, ki vsebujeta zapis za proteine sistema CcaS/CcaR, las sistema (LasI in lasR), ccdB pod kontrolo promotorja Plas, regulator TraR(W) in ccdA pod kontrolo promotorja Ptra*. Tako so pripravili sev LG. Na enak način so pripravili sev LR, le da ta vsebuje zapis za proteine YF1-FixJ-PhlF sistema, tra* sistema (EsaI in traR(W)), ccdB pod kontrolo promotorja Ptra*, regulator lasR in ccdA pod kontrolo promotorja Plas [3].

Zelena oziroma modra svetloba vklopita – aktivirata indukcijski modul, ki omogoča izražanje HSL sintaze v sevu LG oziroma LR. Sintetiziran homoserin lakton se skupaj s konstitutivno izraženim regulatorjem veže na mesto za aktivator in s tem omogoči izražanje ccdB. Tako svetloba sproži negativno povratno zanko preko cis-delujoče HSL aktivacije ekspresije toksina. Homoserin lakton pa se z difuzijo prenese tudi v drug sev, kjer s trans-delujočo HSL aktivacijo poveča izražanje ccdA in tako deluje pozitivno na rast drugega seva [3].

== EKSPERIMENTALNA POTRDITEV FUNKCIONALNOSTI KOKULTURNEGA SISTEMA ==
=== Karakterizacija posameznega seva ===
Medsebojni vpliv oziroma sporazumevanje med dvema indukcijskima moduloma lahko prepreči natančno regulacijo sistemov, kar lahko vodi do nepričakovanih rezultatov in izgube delovanja vezja. Zato so raziskovalci s prvim poskusom preverili učinkovitost optogenetske indukcije in morebitnih prekrivanj pri različnih valovnih dolžinah. Pripravili so dva verifikacijska seva T-LG in T-LR, ki sta imela namesto ccdB, vstavljen zapis za reporterski protein GFP. Celice so izpostavili svetlobi različne valovne dolžine in temi, da bi ocenili njihove odzive. Sev T-LG je pokazal močno aktivnost pri obsevanju z zeleno svetlobo, sev T-LR pa pri obsevanju z modro svetlobo in šibko aktivacijo, ki je posledica medsebojnega vpliva, pri zeleni svetlobi. Raziskovalci so predvidevali, da ta nivo aktivacije ne bo porušil funkcionalnosti sistema. Da so dosegli sočasno izklopljeno - neaktivno stanje obeh sevov, so se odločili za uporabo rdeče svetlobe, saj ta manj vpliva na T-LR kot tema na T-LG. Tako so uvedli enoten način nadziranja sevov s svetlobo [3].

Nato so preverili, kako svetloba vpliva na gostoto celic seva LG in LR, torej delovanje efektorskega modula. Obsvetljevali so jih 12 h z rdečo svetlobo, nato pa 12 h z zeleno oziroma modro svetlobo. Rezultati merjenja fluorescence GFP in RFP so pokazali, da je zelena svetloba uspešno aktivirala CcaS/CcaR sistem, ki je preko las sistema vodil do izražanja ccdB in inhibicije rasti seva LG. Modra svetloba pa je inhibirala rast seva LR, torej je prišlo do aktivacije YF1-FixJ-PhlF sistema, ki je preko tra* sistema, vodil do izražanja ccdB [3].

=== Karakterizacija kokulturnega sistema ===
Za karakterizacijo z dvojno svetlobo nadziranega kokulturnega sistema so pripravili kokulturo v razmerju 1 : 1 (LG : LR). Celice so preko noči gojili pri rdeči svetlobi, nato pa spremljali gostoto celic posameznega seva z merjenjem fluorescence pri izpostavitvi kokulture zeleni oziroma modri svetlobi. Zelena svetloba je izrazito inhibirala rast seva LG, medtem ko je rast seva LR ostala nespremenjena. Modra svetloba pa je povzročila ravno obraten odgovor. Bolj natančna analiza s pretočno citometrijo in konfokalno mikroskopijo je pokazala, da se je po 12 h obsevanja z zeleno svetlobo ravnotežje premaknilo na 1 : 2,9 (LG = 24,1 % in LR = 69,2 %), po 12 h obsevanja z modro svetlobo pa na 2,8 : 1 (LG = 69,2 % in LR = 24,9 %). Ti rezultati potrjujejo delovanje komunikacijskega modula in da zasnovan sistem kokulture deluje kot predvideno [3].

Glavni prednosti uporabe takega sistema sta dinamičnost in reverzibilnost. Da bi to potrdili, so naredili naslednja dva poskusa. Z izmenjavanjem zelene in modre svetlobe, so dokazali, da je sistem dinamičen, saj so rezultati pokazali, da se z zamenjavo svetlobe zamenja tudi prevladujoč sev. Samo reverzibilnost sistema pa so preverili z izmenjavanjem rdeče in zelene svetlobe, torej je prihajalo do preklopa med izklopljenim in vklopljenim stanjem. Pri osvetljevanju z zeleno svetlobo je prišlo so aktivacije vklopljenega stanja in zmanjšal se je delež seva LG. Nato so zamenjali barvo svetlobe in razmerje se ni bistveno spremenilo. Ko pa so kokulturo ponovno izpostavili zeleni svetlobi, se je delež seva LG ponovno zmanjšal [3].

=== Stabilno razmerje populacij ===
Z zadnjim poskusom so raziskovalci preučili sposobnost sistema za vzdrževanje stabilnega razmerja med populacijama s hkratno indukcijo z zeleno in modro svetlobo. Seva v vklopljenem stanju drug drugega ščitita pred celično smrtjo in tako tvorita simbiotski odnos, ki ima potencial vzdrževati stabilnost sistema. Rezultati so pokazali, da se je razmerje populacij stabiliziralo po 12 h sočasne uporabe zelene in modre svetlobe ter ostalo stabilno do 48 h [3].

== ZAKLJUČEK ==
Raziskovalci so torej uspešno oblikovali in vzpostavili z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem. Ta omogoča učinkovito regulacijo sestave populacij z uporabo optogenetskih stikal, kar je neinvazivno, časovno specifično in malo toksično. Te lastnosti odpirajo nove možnosti aplikacij predvsem v biotehnoloških področjih, kot je metabolno inženirstvo. Sistem omogoča tako dinamično kot reverzibilno uravnavanje razmerja populacij. Poleg tega so dokazali, da je mogoče doseči stabilno razmerje s hkratno indukcijo z dvema valovnima dolžinama svetlobe. Nadaljnje izboljšave, kot je modulacija intenzivnosti svetlobe, pa bi lahko omogočile še natančnejši nadzor nad razmerji sevov [3].

== LITERATURA ==
[1] Wong M, Badri A, Gasparis C, Belfort G, Koffas M. Modular optimization in metabolic engineering. ''Crit Rev Biochem Mol Biol'' 2021;'''56''':587–602. https://doi.org/10.1080/10409238.2021.1937928,

[2] Zhao S, Li F, Yang F, Ma Q, Liu L, Huang Z, et al. Microbial production of valuable chemicals by modular co-culture strategy. ''World J Microbiol Biotechnol'' 2022;'''39''':6. https://doi.org/10.1007/s11274-022-03447-6,

[3] Jiang W, Guo Y, Liang X, Zhang Y, Kang J, Jin Z, et al. A dual light-controlled co-culture system enables the regulation of population composition. ''Synth Syst Biotechnol'' 2025;'''10''':574–82. https://doi.org/10.1016/j.synbio.2025.02.012,

[4] ''Optogenetics - an overview'' | ''ScienceDirect Topics''. n.d. URL: https://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/optogenetics (Accessed 4 May 2025), [5]
Wang S, Luo Y, Jiang W, Li X, Qi Q, Liang Q. Development of Optogenetic Dual-Switch System for Rewiring Metabolic Flux for Polyhydroxybutyrate Production. ''Molecules'' 2022;'''27''':617. https://doi.org/10.3390/molecules27030617,

[6] Hirose Y, Shimada T, Narikawa R, Katayama M, Ikeuchi M. Cyanobacteriochrome CcaS is the green light receptor that induces the expression of phycobilisome linker protein. ''Proc Natl Acad Sci U S A'' 2008;'''105''':9528–33. https://doi.org/10.1073/pnas.0801826105,

[7] Möglich A, Ayers RA, Moffat K. Design and Signaling Mechanism of Light-Regulated Histidine Kinases. ''J Mol Biol'' 2009;'''385''':1433–44. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.12.017.

Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem omogoča uravnavanje sestave populacije

2025-05-04T09:08:02Z

UlaMikos:

Izhodiščni članek: [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11910626/ A dual light-controlled co-culture system enables the regulation of population composition]

== UVOD ==

=== Uporaba kokultur ===
Dandanes je pogosta uporaba mikroorganizmov za biosintezo produktov, kot so farmacevtski izdelki, biogoriva, biokemikalije in druge visoko vredne spojine [1]. Da bi zadostili zahtevam trga se je razvila modularna tehnologija kokultur, katere namen je razdeliti ciljno kompleksno pot v ločene module, ki se nahajajo v različnih sevih [2].

Raziskovalci tako želijo vzpostaviti vsestranske sisteme kokultur, saj ti lahko premagajo ovire, ki jih monokulturni sistemi oziroma konvencionalne metode pogosto ne morejo [3].

=== Regulacija populacijskih razmerij – optogenetika ===
Za optimiziranje učinkovitosti bioprodukcije je dinamična regulacija populacijskih razmerij ključnega pomena. Trenutni pristopi, kot so prilagajanje začetnega inokulacijskega razmerja in po potrebi dodajanje sevov med tekom celotnega procesa ter uporaba kemičnih induktorjev, ne omogočajo odzivnosti na spreminjajoče razmere znotraj sistema in aktivnega spreminjanja sestave sistema [3].

Raziskovalci zato razvijajo optogenetske sisteme z visoko univerzalnostjo in prilagodljivostjo za širok nabor uporabe. Optogenetika je tehnika, ki omogoča regulacijo celične aktivnosti preko nadzora nad prepisovanjem, izražanjem in urejanjem genov z uporabo svetlobe določene valovne dolžine, pri čemer se uporabljajo svetlobni viri v spektru od ultravijolične pa vse do daljne rdeče svetlobe [3,4]. To je neinvazivna, hitro reverzibilna, minimalno toksična tehnika z visoko prostorsko-časovno specifičnostjo. Tak pristop ima velik potencial za dinamični nadzor nad razmerjem populacij v kokulturah [3].

== OPTOGENETSKI SISTEM ==
Raziskovalci so oblikovali z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem, ki predstavlja indukcijski modul. Dodali so dva ortogonalna sistema za zaznavanje gostote, ki delujeta kot komunikacijski modul ter sistem toksin-antitoksin, ki deluje kot efektorski modul [3].

=== Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem – indukcijski modul ===
Več naravnih celic izraža proteine, ki se odzivajo na svetlobo različne valovne dolžine, kot je rodopsin pri človeku. V članku so uporabili dva dvokomponentna sistema, ki sta sestavljena iz senzorične histidin kinaze in regulatorja odziva. Njuno aktivnost regulirata fosforilacija in defosforilacija, ki sta posledica osvetlitve s svetlobo določene valovne dolžine [5].

Prvi sistem sestavljata CcaS in CcasR. CcaS je cianobakteriokrom, ki deluje kot fotoreceptor. Njegova značilnost je reverzibilna fotokonverzija med dvema različnima oblikama. Vsaka absorbira svetlobo druge valovne dolžine. Ob osvetlitvi s svetlobo valovne dolžine 520 nm (zelena barva) pride do konformacijskih sprememb, ki vodijo do avtofosforilacije proteina. Tej sledi prenos fosforilne skupina na CcaR, ki je odzivni regulator, katerega aktivnost regulira fosforilacija [6]. CcaR se veže na mesto za aktivator, ki je del promotorja PcpcG2. Celoten proces je reverzibilen s svetlobo valovne dolžine 620 nm (rdeča barva), pri čemer se CcaS defosforilira [3].

Drugi sistem sestavljata YF1 in FixJ. V temi je YF1 senzorična histidin kinaza, ki fosforilira FixJ. Osvetlitev s svetlobo valovne dolžine 460 nm (modra barva) sproži konformacijske spremembe, ki zmanjšajo kinazno aktivnost, povečajo pa fosfatazno. Tako FixJ ni fosforiliran, posledično se ne veže na mesto za aktivator, ki je del promotorja PFixK2 [7]. Raziskovalci pa so želeli obrniti funkcijo teme in modre svetlobe, zato so dodali represor PhlF in tako ustvarili negacijo (NE). V temi se FixJ veže na promotor PFixK2 in s tem aktivira izražanje represorja PhlF, ki se veže na operator promotorja PPhlF. Ta regulira izražanje tarčnega proteina in ga v tem primeru inhibira. Pri modri svetlobi sistem YF1-FixJ ni aktiven, represor se ne izraža in ne inhibira tarčnega proteina. Tako se ta izraža le ob osvetljevanju z modro svetlobo [5].

=== Ortogonalna senzorja gostote celic – komunikacijski modul ===
Za zaznavanje gostote celic in komunikacijo med sevoma so uporabili dva ortogonalna sistema in sicer tra* in las sistem. Tra* sistem je optimiziran tra sistem. Sestavljajo ga regulator TraR(W), promotor Ptra* in homoserin lakton (HSL) sintaza EsaI, ki sintetizira 3OC6HSL
(N-(3-oksoheksanol)-homoserin lakton). Las sistem sestavljajo regulator LasR, promotor Plas in HSL sintaza LasI, ki sintetizira 3OC12HSL (N-(3-oksododekanol)-homoserin lakton) [3].

=== Toksin-antitoksin sistem – efektorski modul ===
Efektorski modul predstavlja sistem toksin-antitoksin. Uporabili so operon ''ccd'', ki kodira ''ccdA'' in ''ccdB''. CcdB je toksin, ki inhibira DNA girazo, kar vodi v celično smrt. CcdA pa je antitoksin, ki inhibira ccdB in s tem varuje celico pred njegovimi toksičnimi učinki [3].

=== Delovanje kokulture ===
Za pripravo dveh sevov LG in LR, ki vsebujeta naštete module, so uporabili ''E. coli'' seva TOP10-GFP in TOP10-RFP, ki imata v genom integriran gen za GFP oziroma RFP. Tako so ju lahko identificirali na podlagi fluorescence. Sev TOP10-GFP so transformirali z vektorjema, ki vsebujeta zapis za proteine sistema CcaS/CcaR, las sistema (LasI in lasR), ccdB pod kontrolo promotorja Plas, regulator TraR(W) in ccdA pod kontrolo promotorja Ptra*. Tako so pripravili sev LG. Na enak način so pripravili sev LR, le da ta vsebuje zapis za proteine YF1-FixJ-PhlF sistema, tra* sistema (EsaI in traR(W)), ccdB pod kontrolo promotorja Ptra*, regulator lasR in ccdA pod kontrolo promotorja Plas [3].

Zelena oziroma modra svetloba vklopita – aktivirata indukcijski modul, ki omogoča izražanje HSL sintaze v sevu LG oziroma LR. Sintetiziran homoserin lakton se skupaj s konstitutivno izraženim regulatorjem veže na mesto za aktivator in s tem omogoči izražanje ccdB. Tako svetloba sproži negativno povratno zanko preko cis-delujoče HSL aktivacije ekspresije toksina. Homoserin lakton pa se z difuzijo prenese tudi v drug sev, kjer s trans-delujočo HSL aktivacijo poveča izražanje ccdA in tako deluje pozitivno na rast drugega seva [3].

== EKSPERIMENTALNA POTRDITEV FUNKCIONALNOSTI KOKULTURNEGA SISTEMA ==
=== Karakterizacija posameznega seva ===
Medsebojni vpliv oziroma sporazumevanje med dvema indukcijskima moduloma lahko prepreči natančno regulacijo sistemov, kar lahko vodi do nepričakovanih rezultatov in izgube delovanja vezja. Zato so raziskovalci s prvim poskusom preverili učinkovitost optogenetske indukcije in morebitnih prekrivanj pri različnih valovnih dolžinah. Pripravili so dva verifikacijska seva T-LG in T-LR, ki sta imela namesto ccdB, vstavljen zapis za reporterski protein GFP. Celice so izpostavili svetlobi različne valovne dolžine in temi, da bi ocenili njihove odzive. Sev T-LG je pokazal močno aktivnost pri obsevanju z zeleno svetlobo, sev T-LR pa pri obsevanju z modro svetlobo in šibko aktivacijo, ki je posledica medsebojnega vpliva, pri zeleni svetlobi. Raziskovalci so predvidevali, da ta nivo aktivacije ne bo porušil funkcionalnosti sistema. Da so dosegli sočasno izklopljeno - neaktivno stanje obeh sevov, so se odločili za uporabo rdeče svetlobe, saj ta manj vpliva na T-LR kot tema na T-LG. Tako so uvedli enoten način nadziranja sevov s svetlobo [3].

Nato so preverili, kako svetloba vpliva na gostoto celic seva LG in LR, torej delovanje efektorskega modula. Obsvetljevali so jih 12 h z rdečo svetlobo, nato pa 12 h z zeleno oziroma modro svetlobo. Rezultati merjenja fluorescence GFP in RFP so pokazali, da je zelena svetloba uspešno aktivirala CcaS/CcaR sistem, ki je preko las sistema vodil do izražanja ccdB in inhibicije rasti seva LG. Modra svetloba pa je inhibirala rast seva LR, torej je prišlo do aktivacije YF1-FixJ-PhlF sistema, ki je preko tra* sistema, vodil do izražanja ccdB [3].

=== Karakterizacija kokulturnega sistema ===
Za karakterizacijo z dvojno svetlobo nadziranega kokulturnega sistema so pripravili kokulturo v razmerju 1 : 1 (LG : LR). Celice so preko noči gojili pri rdeči svetlobi, nato pa spremljali gostoto celic posameznega seva z merjenjem fluorescence pri izpostavitvi kokulture zeleni oziroma modri svetlobi. Zelena svetloba je izrazito inhibirala rast seva LG, medtem ko je rast seva LR ostala nespremenjena. Modra svetloba pa je povzročila ravno obraten odgovor. Bolj natančna analiza s pretočno citometrijo in konfokalno mikroskopijo je pokazala, da se je po 12 h obsevanja z zeleno svetlobo ravnotežje premaknilo na 1 : 2,9 (LG = 24,1 % in LR = 69,2 %), po 12 h obsevanja z modro svetlobo pa na 2,8 : 1 (LG = 69,2 % in LR = 24,9 %). Ti rezultati potrjujejo delovanje komunikacijskega modula in da zasnovan sistem kokulture deluje kot predvideno [3].

Glavni prednosti uporabe takega sistema sta dinamičnost in reverzibilnost. Da bi to potrdili, so naredili naslednja dva poskusa. Z izmenjavanjem zelene in modre svetlobe, so dokazali, da je sistem dinamičen, saj so rezultati pokazali, da se z zamenjavo svetlobe zamenja tudi prevladujoč sev. Samo reverzibilnost sistema pa so preverili z izmenjavanjem rdeče in zelene svetlobe, torej je prihajalo do preklopa med izklopljenim in vklopljenim stanjem. Pri osvetljevanju z zeleno svetlobo je prišlo so aktivacije vklopljenega stanja in zmanjšal se je delež seva LG. Nato so zamenjali barvo svetlobe in razmerje se ni bistveno spremenilo. Ko pa so kokulturo ponovno izpostavili zeleni svetlobi, se je delež seva LG ponovno zmanjšal [3].

=== Stabilno razmerje populacij ===
Z zadnjim poskusom so raziskovalci preučili sposobnost sistema za vzdrževanje stabilnega razmerja med populacijama s hkratno indukcijo z zeleno in modro svetlobo. Seva v vklopljenem stanju drug drugega ščitita pred celično smrtjo in tako tvorita simbiotski odnos, ki ima potencial vzdrževati stabilnost sistema. Rezultati so pokazali, da se je razmerje populacij stabiliziralo po 12 h sočasne uporabe zelene in modre svetlobe ter ostalo stabilno do 48 h [3].

== ZAKLJUČEK ==
Raziskovalci so torej uspešno oblikovali in vzpostavili z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem. Ta omogoča učinkovito regulacijo sestave populacij z uporabo optogenetskih stikal, kar je neinvazivno, časovno specifično in malo toksično. Te lastnosti odpirajo nove možnosti aplikacij predvsem v biotehnoloških področjih, kot je metabolno inženirstvo. Sistem omogoča tako dinamično kot reverzibilno uravnavanje razmerja populacij. Poleg tega so dokazali, da je mogoče doseči stabilno razmerje s hkratno indukcijo z dvema valovnima dolžinama svetlobe. Nadaljnje izboljšave, kot je modulacija intenzivnosti svetlobe, pa bi lahko omogočile še natančnejši nadzor nad razmerji sevov [3].

== LITERATURA ==
[1] Wong M, Badri A, Gasparis C, Belfort G, Koffas M. Modular optimization in metabolic engineering. ''Crit Rev Biochem Mol Biol'' 2021;'''56''':587–602. https://doi.org/10.1080/10409238.2021.1937928,

[2] Zhao S, Li F, Yang F, Ma Q, Liu L, Huang Z, et al. Microbial production of valuable chemicals by modular co-culture strategy. ''World J Microbiol Biotechnol'' 2022;'''39''':6. https://doi.org/10.1007/s11274-022-03447-6,

[3] Jiang W, Guo Y, Liang X, Zhang Y, Kang J, Jin Z, et al. A dual light-controlled co-culture system enables the regulation of population composition. ''Synth Syst Biotechnol'' 2025;'''10''':574–82. https://doi.org/10.1016/j.synbio.2025.02.012,

[4] ''Optogenetics - an overview'' | ''ScienceDirect Topics''. n.d. URL: https://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/optogenetics (Accessed 4 May 2025), [5]
Wang S, Luo Y, Jiang W, Li X, Qi Q, Liang Q. Development of Optogenetic Dual-Switch System for Rewiring Metabolic Flux for Polyhydroxybutyrate Production. ''Molecules'' 2022;'''27''':617. https://doi.org/10.3390/molecules27030617,

[6] Hirose Y, Shimada T, Narikawa R, Katayama M, Ikeuchi M. Cyanobacteriochrome CcaS is the green light receptor that induces the expression of phycobilisome linker protein. ''Proc Natl Acad Sci U S A'' 2008;'''105''':9528–33. https://doi.org/10.1073/pnas.0801826105,

[7] Möglich A, Ayers RA, Moffat K. Design and Signaling Mechanism of Light-Regulated Histidine Kinases. ''J Mol Biol'' 2009;'''385''':1433–44. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.12.017.

Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem omogoča uravnavanje sestave populacije

2025-05-04T09:02:14Z

UlaMikos:

Izhodiščni članek: [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11910626/ A dual light-controlled co-culture system enables the regulation of population composition]

== UVOD ==

=== Uporaba kokultur ===
Dandanes je pogosta uporaba mikroorganizmov za biosintezo produktov, kot so farmacevtski izdelki, biogoriva, biokemikalije in druge visoko vredne spojine [1]. Da bi zadostili zahtevam trga se je razvila modularna tehnologija kokultur, katere namen je razdeliti ciljno kompleksno pot v ločene module, ki se nahajajo v različnih sevih [2].

Raziskovalci tako želijo vzpostaviti vsestranske sisteme kokultur, saj ti lahko premagajo ovire, ki jih monokulturni sistemi oziroma konvencionalne metode pogosto ne morejo [3].

=== Regulacija populacijskih razmerij – optogenetika ===
Za optimiziranje učinkovitosti bioprodukcije je dinamična regulacija populacijskih razmerij ključnega pomena. Trenutni pristopi, kot so prilagajanje začetnega inokulacijskega razmerja in po potrebi dodajanje sevov med tekom celotnega procesa ter uporaba kemičnih induktorjev, ne omogočajo odzivnosti na spreminjajoče razmere znotraj sistema in aktivnega spreminjanja sestave sistema [3].

Raziskovalci zato razvijajo optogenetske sisteme z visoko univerzalnostjo in prilagodljivostjo za širok nabor uporabe. Optogenetika je tehnika, ki omogoča regulacijo celične aktivnosti preko nadzora nad prepisovanjem, izražanjem in urejanjem genov z uporabo svetlobe določene valovne dolžine, pri čemer se uporabljajo svetlobni viri v spektru od ultravijolične pa vse do daljne rdeče svetlobe [3,4]. To je neinvazivna, hitro reverzibilna, minimalno toksična tehnika z visoko prostorsko-časovno specifičnostjo. Tak pristop ima velik potencial za dinamični nadzor nad razmerjem populacij v kokulturah [3].

== OPTOGENETSKI SISTEM ==
Raziskovalci so oblikovali z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem, ki predstavlja indukcijski modul. Dodali so dva ortogonalna sistema za zaznavanje gostote, ki delujeta kot komunikacijski modul ter sistem toksin-antitoksin, ki deluje kot efektorski modul [3].

=== Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem – indukcijski modul ===
Več naravnih celic izraža proteine, ki se odzivajo na svetlobo različne valovne dolžine, kot je rodopsin pri človeku. V članku so uporabili dva dvokomponentna sistema, ki sta sestavljena iz senzorične histidin kinaze in regulatorja odziva. Njuno aktivnost regulirata fosforilacija in defosforilacija, ki sta posledica osvetlitve s svetlobo določene valovne dolžine [5].

Prvi sistem sestavljata CcaS in CcasR. CcaS je cianobakteriokrom, ki deluje kot fotoreceptor. Njegova značilnost je reverzibilna fotokonverzija med dvema različnima oblikama. Vsaka absorbira svetlobo druge valovne dolžine. Ob osvetlitvi s svetlobo valovne dolžine 520 nm (zelena barva) pride do konformacijskih sprememb, ki vodijo do avtofosforilacije proteina. Tej sledi prenos fosforilne skupina na CcaR, ki je odzivni regulator, katerega aktivnost regulira fosforilacija [6]. CcaR se veže na mesto za aktivator, ki je del promotorja PcpcG2. Celoten proces je reverzibilen s svetlobo valovne dolžine 620 nm (rdeča barva), pri čemer se CcaS defosforilira [3].

Drugi sistem sestavljata YF1 in FixJ. V temi je YF1 senzorična histidin kinaza, ki fosforilira FixJ. Osvetlitev s svetlobo valovne dolžine 460 nm (modra barva) sproži konformacijske spremembe, ki zmanjšajo kinazno aktivnost, povečajo pa fosfatazno. Tako FixJ ni fosforiliran, posledično se ne veže na mesto za aktivator, ki je del promotorja PFixK2 [7]. Raziskovalci pa so želeli obrniti funkcijo teme in modre svetlobe, zato so dodali represor PhlF in tako ustvarili negacijo (NE). V temi se FixJ veže na promotor PFixK2 in s tem aktivira izražanje represorja PhlF, ki se veže na operator promotorja PPhlF. Ta regulira izražanje tarčnega proteina in ga v tem primeru inhibira. Pri modri svetlobi sistem YF1-FixJ ni aktiven, represor se ne izraža in ne inhibira tarčnega proteina. Tako se ta izraža le ob osvetljevanju z modro svetlobo [5].

=== Ortogonalna senzorja gostote celic – komunikacijski modul ===
Za zaznavanje gostote celic in komunikacijo med sevoma so uporabili dva ortogonalna sistema in sicer tra* in las sistem. Tra* sistem je optimiziran tra sistem. Sestavljajo ga regulator TraR(W), promotor Ptra* in homoserin lakton (HSL) sintaza EsaI, ki sintetizira 3OC6HSL
(N-(3-oksoheksanol)-homoserin lakton). Las sistem sestavljajo regulator LasR, promotor Plas in HSL sintaza LasI, ki sintetizira 3OC12HSL (N-(3-oksododekanol)-homoserin lakton) [3].

=== Toksin-antitoksin sistem – efektorski modul ===
Efektorski modul predstavlja sistem toksin-antitoksin. Uporabili so operon ''ccd'', ki kodira ''ccdA'' in ''ccdB''. CcdB je toksin, ki inhibira DNA girazo, kar vodi v celično smrt. CcdA pa je antitoksin, ki inhibira ccdB in s tem varuje celico pred njegovimi toksičnimi učinki [3].

=== Delovanje kokulture ===
Za pripravo dveh sevov LG in LR, ki vsebujeta naštete module, so uporabili ''E. coli'' seva TOP10-GFP in TOP10-RFP, ki imata v genom integriran gen za GFP oziroma RFP. Tako so ju lahko identificirali na podlagi fluorescence. Sev TOP10-GFP so transformirali z vektorjema, ki vsebujeta zapis za proteine sistema CcaS/CcaR, las sistema (LasI in lasR), ccdB pod kontrolo promotorja Plas, regulator TraR(W) in ccdA pod kontrolo promotorja Ptra*. Tako so pripravili sev LG. Na enak način so pripravili sev LR, le da ta vsebuje zapis za proteine YF1-FixJ-PhlF sistema, tra* sistema (EsaI in traR(W)), ccdB pod kontrolo promotorja Ptra*, regulator lasR in ccdA pod kontrolo promotorja Plas [3].

Zelena oziroma modra svetloba vklopita – aktivirata indukcijski modul, ki omogoča izražanje HSL sintaze v sevu LG oziroma LR. Sintetiziran homoserin lakton se skupaj s konstitutivno izraženim regulatorjem veže na mesto za aktivator in s tem omogoči izražanje ccdB. Tako svetloba sproži negativno povratno zanko preko cis-delujoče HSL aktivacije ekspresije toksina. Homoserin lakton pa se z difuzijo prenese tudi v drug sev, kjer s trans-delujočo HSL aktivacijo poveča izražanje ccdA in tako deluje pozitivno na rast drugega seva [3].

== EKSPERIMENTALNA POTRDITEV FUNKCIONALNOSTI KOKULTURNEGA SISTEMA ==
=== Karakterizacija posameznega seva ===
Medsebojni vpliv oziroma sporazumevanje med dvema indukcijskima moduloma lahko prepreči natančno regulacijo sistemov, kar lahko vodi do nepričakovanih rezultatov in izgube delovanja vezja. Zato so raziskovalci s prvim poskusom preverili učinkovitost optogenetske indukcije in morebitnih prekrivanj pri različnih valovnih dolžinah. Pripravili so dva verifikacijska seva T-LG in T-LR, ki sta imela namesto ccdB, vstavljen zapis za reporterski protein GFP. Celice so izpostavili svetlobi različne valovne dolžine in temi, da bi ocenili njihove odzive. Sev T-LG je pokazal močno aktivnost pri obsevanju z zeleno svetlobo, sev T-LR pa pri obsevanju z modro svetlobo in šibko aktivacijo, ki je posledica medsebojnega vpliva, pri zeleni svetlobi. Raziskovalci so predvidevali, da ta nivo aktivacije ne bo porušil funkcionalnosti sistema. Da so dosegli sočasno izklopljeno - neaktivno stanje obeh sevov, so se odločili za uporabo rdeče svetlobe, saj ta manj vpliva na T-LR kot tema na T-LG. Tako so uvedli enoten način nadziranja sevov s svetlobo [3].

Nato so preverili, kako svetloba vpliva na gostoto celic seva LG in LR, torej delovanje efektorskega modula. Obsvetljevali so jih 12 h z rdečo svetlobo, nato pa 12 h z zeleno oziroma modro svetlobo. Rezultati merjenja fluorescence GFP in RFP so pokazali, da je zelena svetloba uspešno aktivirala CcaS/CcaR sistem, ki je preko las sistema vodil do izražanja ccdB in inhibicije rasti seva LG. Modra svetloba pa je inhibirala rast seva LR, torej je prišlo do aktivacije YF1-FixJ-PhlF sistema, ki je preko tra* sistema, vodil do izražanja ccdB [3].

=== Karakterizacija kokulturnega sistema ===
Za karakterizacijo z dvojno svetlobo nadziranega kokulturnega sistema so pripravili kokulturo v razmerju 1 : 1 (LG : LR). Celice so preko noči gojili pri rdeči svetlobi, nato pa spremljali gostoto celic posameznega seva z merjenjem fluorescence pri izpostavitvi kokulture zeleni oziroma modri svetlobi. Zelena svetloba je izrazito inhibirala rast seva LG, medtem ko je rast seva LR ostala nespremenjena. Modra svetloba pa je povzročila ravno obraten odgovor. Bolj natančna analiza s pretočno citometrijo in konfokalno mikroskopijo je pokazala, da se je po 12 h obsevanja z zeleno svetlobo ravnotežje premaknilo na 1 : 2,9 (LG = 24,1 % in LR = 69,2 %), po 12 h obsevanja z modro svetlobo pa na 2,8 : 1 (LG = 69,2 % in LR = 24,9 %). Ti rezultati potrjujejo delovanje komunikacijskega modula in da zasnovan sistem kokulture deluje kot predvideno [3].

Glavni prednosti uporabe takega sistema sta dinamičnost in reverzibilnost. Da bi to potrdili, so naredili naslednja dva poskusa. Z izmenjavanjem zelene in modre svetlobe, so dokazali, da je sistem dinamičen, saj so rezultati pokazali, da se z zamenjavo svetlobe zamenja tudi prevladujoč sev. Samo reverzibilnost sistema pa so preverili z izmenjavanjem rdeče in zelene svetlobe, torej je prihajalo do preklopa med izklopljenim in vklopljenim stanjem. Pri osvetljevanju z zeleno svetlobo je prišlo so aktivacije vklopljenega stanja in zmanjšal se je delež seva LG. Nato so zamenjali barvo svetlobe in razmerje se ni bistveno spremenilo. Ko pa so kokulturo ponovno izpostavili zeleni svetlobi, se je delež seva LG ponovno zmanjšal [3].

=== Stabilno razmerje populacij ===
Z zadnjim poskusom so raziskovalci preučili sposobnost sistema za vzdrževanje stabilnega razmerja med populacijama s hkratno indukcijo z zeleno in modro svetlobo. Seva v vklopljenem stanju drug drugega ščitita pred celično smrtjo in tako tvorita simbiotski odnos, ki ima potencial vzdrževati stabilnost sistema. Rezultati so pokazali, da se je razmerje populacij stabiliziralo po 12 h sočasne uporabe zelene in modre svetlobe ter ostalo stabilno do 48 h [3].

== ZAKLJUČEK ==
Raziskovalci so torej uspešno oblikovali in vzpostavili z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem. Ta omogoča učinkovito regulacijo sestave populacij z uporabo optogenetskih stikal, kar je neinvazivno, časovno specifično in malo toksično. Te lastnosti odpirajo nove možnosti aplikacij predvsem v biotehnoloških področjih, kot je metabolno inženirstvo. Sistem omogoča tako dinamično kot reverzibilno uravnavanje razmerja populacij. Poleg tega so dokazali, da je mogoče doseči stabilno razmerje s hkratno indukcijo z dvema valovnima dolžinama svetlobe. Nadaljnje izboljšave, kot je modulacija intenzivnosti svetlobe, pa bi lahko omogočile še natančnejši nadzor nad razmerji sevov [3].

== LITERATURA ==
[1] Wong M, Badri A, Gasparis C, Belfort G, Koffas M. Modular optimization in metabolic engineering. ''Crit Rev Biochem Mol Biol'' 2021;'''56''':587–602. https://doi.org/10.1080/10409238.2021.1937928,

[2] Zhao S, Li F, Yang F, Ma Q, Liu L, Huang Z, et al. Microbial production of valuable chemicals by modular co-culture strategy. ''World J Microbiol Biotechnol'' 2022;'''39''':6. https://doi.org/10.1007/s11274-022-03447-6,

[3] Jiang W, Guo Y, Liang X, Zhang Y, Kang J, Jin Z, et al. A dual light-controlled co-culture system enables the regulation of population composition. ''Synth Syst Biotechnol'' 2025;'''10''':574–82. https://doi.org/10.1016/j.synbio.2025.02.012,

[4] ''Optogenetics - an overview'' | ''ScienceDirect Topics''. n.d. URL: https://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/optogenetics (Accessed 4 May 2025), [5]
Wang S, Luo Y, Jiang W, Li X, Qi Q, Liang Q. Development of Optogenetic Dual-Switch System for Rewiring Metabolic Flux for Polyhydroxybutyrate Production. ''Molecules'' 2022;'''27''':617. https://doi.org/10.3390/molecules27030617,

[6] Hirose Y, Shimada T, Narikawa R, Katayama M, Ikeuchi M. Cyanobacteriochrome CcaS is the green light receptor that induces the expression of phycobilisome linker protein. ''Proc Natl Acad Sci U S A'' 2008;'''105''':9528–33. https://doi.org/10.1073/pnas.0801826105,

[7] Möglich A, Ayers RA, Moffat K. Design and Signaling Mechanism of Light-Regulated Histidine Kinases. ''J Mol Biol'' 2009;'''385''':1433–44. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.12.017.

Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem omogoča uravnavanje sestave populacije

2025-05-04T08:57:49Z

UlaMikos:

Izhodiščni članek: [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11910626/ A dual light-controlled co-culture system enables the regulation of population composition]

== UVOD ==

=== Uporaba kokultur ===
Dandanes je pogosta uporaba mikroorganizmov za biosintezo produktov, kot so farmacevtski izdelki, biogoriva, biokemikalije in druge visoko vredne spojine [1]. Da bi zadostili zahtevam trga se je razvila modularna tehnologija kokultur, katere namen je razdeliti ciljno kompleksno pot v ločene module, ki se nahajajo v različnih sevih [2].

Raziskovalci tako želijo vzpostaviti vsestranske sisteme kokultur, saj ti lahko premagajo ovire, ki jih monokulturni sistemi oziroma konvencionalne metode pogosto ne morejo [3].

=== Regulacija populacijskih razmerij – optogenetika ===
Za optimiziranje učinkovitosti bioprodukcije je dinamična regulacija populacijskih razmerij ključnega pomena. Trenutni pristopi, kot so prilagajanje začetnega inokulacijskega razmerja in po potrebi dodajanje sevov med tekom celotnega procesa ter uporaba kemičnih induktorjev, ne omogočajo odzivnosti na spreminjajoče razmere znotraj sistema in aktivnega spreminjanja sestave sistema [3].

Raziskovalci zato razvijajo optogenetske sisteme z visoko univerzalnostjo in prilagodljivostjo za širok nabor uporabe. Optogenetika je tehnika, ki omogoča regulacijo celične aktivnosti preko nadzora nad prepisovanjem, izražanjem in urejanjem genov z uporabo svetlobe določene valovne dolžine, pri čemer se uporabljajo svetlobni viri v spektru od ultravijolične pa vse do daljne rdeče svetlobe [3,4]. To je neinvazivna, hitro reverzibilna, minimalno toksična tehnika z visoko prostorsko-časovno specifičnostjo. Tak pristop ima velik potencial za dinamični nadzor nad razmerjem populacij v kokulturah [3].

== OPTOGENETSKI SISTEM ==
Raziskovalci so oblikovali z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem, ki predstavlja indukcijski modul. Dodali so dva ortogonalna sistema za zaznavanje gostote, ki delujeta kot komunikacijski modul ter sistem toksin-antitoksin, ki deluje kot efektorski modul [3].

=== Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem – indukcijski modul ===
Več naravnih celic izraža proteine, ki se odzivajo na svetlobo različne valovne dolžine, kot je rodopsin pri človeku. V članku so uporabili dva dvokomponentna sistema, ki sta sestavljena iz senzorične histidin kinaze in regulatorja odziva. Njuno aktivnost regulirata fosforilacija in defosforilacija, ki sta posledica osvetlitve s svetlobo določene valovne dolžine [5].

Prvi sistem sestavljata CcaS in CcasR. CcaS je cianobakteriokrom, ki deluje kot fotoreceptor. Njegova značilnost je reverzibilna fotokonverzija med dvema različnima oblikama. Vsaka absorbira svetlobo druge valovne dolžine. Ob osvetlitvi s svetlobo valovne dolžine 520 nm (zelena barva) pride do konformacijskih sprememb, ki vodijo do avtofosforilacije proteina. Tej sledi prenos fosforilne skupina na CcaR, ki je odzivni regulator, katerega aktivnost regulira fosforilacija [6]. CcaR se veže na mesto za aktivator, ki je del promotorja PcpcG2. Celoten proces je reverzibilen s svetlobo valovne dolžine 620 nm (rdeča barva), pri čemer se CcaS defosforilira [3].

Drugi sistem sestavljata YF1 in FixJ. V temi je YF1 senzorična histidin kinaza, ki fosforilira FixJ. Osvetlitev s svetlobo valovne dolžine 460 nm (modra barva) sproži konformacijske spremembe, ki zmanjšajo kinazno aktivnost, povečajo pa fosfatazno. Tako FixJ ni fosforiliran, posledično se ne veže na mesto za aktivator, ki je del promotorja PFixK2 [7]. Raziskovalci pa so želeli obrniti funkcijo teme in modre svetlobe, zato so dodali represor PhlF in tako ustvarili negacijo (NE). V temi se FixJ veže na promotor PFixK2 in s tem aktivira izražanje represorja PhlF, ki se veže na operator promotorja PPhlF. Ta regulira izražanje tarčnega proteina in ga v tem primeru inhibira. Pri modri svetlobi sistem YF1-FixJ ni aktiven, represor se ne izraža in ne inhibira tarčnega proteina. Tako se ta izraža le ob osvetljevanju z modro svetlobo [5].

=== Ortogonalna senzorja gostote celic – komunikacijski modul ===
Za zaznavanje gostote celic in komunikacijo med sevoma so uporabili dva ortogonalna sistema in sicer tra* in las sistem. Tra* sistem je optimiziran tra sistem. Sestavljajo ga regulator TraR(W), promotor Ptra* in homoserin lakton (HSL) sintaza EsaI, ki sintetizira 3OC6HSL
(N-(3-oksoheksanol)-homoserin lakton). Las sistem sestavljajo regulator LasR, promotor Plas in HSL sintaza LasI, ki sintetizira 3OC12HSL (N-(3-oksododekanol)-homoserin lakton) [3].

=== Toksin-antitoksin sistem – efektorski modul ===
Efektorski modul predstavlja sistem toksin-antitoksin. Uporabili so operon ccd, ki kodira ccdA in ccdB. CcdB je toksin, ki inhibira DNA girazo, kar vodi v celično smrt. CcdA pa je antitoksin, ki inhibira ccdB in s tem varuje celico pred njegovimi toksičnimi učinki [3].

=== Delovanje kokulture ===
Za pripravo dveh sevov LG in LR, ki vsebujeta naštete module, so uporabili E. coli seva TOP10-GFP in TOP10-RFP, ki imata v genom integriran gen za GFP oziroma RFP. Tako so ju lahko identificirali na podlagi fluorescence. Sev TOP10-GFP so transformirali z vektorjema, ki vsebujeta zapis za proteine sistema CcaS/CcaR, las sistema (LasI in lasR), ccdB pod kontrolo promotorja Plas, regulator TraR(W) in ccdA pod kontrolo promotorja Ptra*. Tako so pripravili sev LG. Na enak način so pripravili sev LR, le da ta vsebuje zapis za proteine YF1-FixJ-PhlF sistema, tra* sistema (EsaI in traR(W)), ccdB pod kontrolo promotorja Ptra*, regulator lasR in ccdA pod kontrolo promotorja Plas [3].

Zelena oziroma modra svetloba vklopita – aktivirata indukcijski modul, ki omogoča izražanje HSL sintaze v sevu LG oziroma LR. Sintetiziran homoserin lakton se skupaj s konstitutivno izraženim regulatorjem veže na mesto za aktivator in s tem omogoči izražanje ccdB. Tako svetloba sproži negativno povratno zanko preko cis-delujoče HSL aktivacije ekspresije toksina. Homoserin lakton pa se z difuzijo prenese tudi v drug sev, kjer s trans-delujočo HSL aktivacijo poveča izražanje ccdA in tako deluje pozitivno na rast drugega seva [3].

== EKSPERIMENTALNA POTRDITEV FUNKCIONALNOSTI KOKULTURNEGA SISTEMA ==
=== Karakterizacija posameznega seva ===
Medsebojni vpliv oziroma sporazumevanje med dvema indukcijskima moduloma lahko prepreči natančno regulacijo sistemov, kar lahko vodi do nepričakovanih rezultatov in izgube delovanja vezja. Zato so raziskovalci s prvim poskusom preverili učinkovitost optogenetske indukcije in morebitnih prekrivanj pri različnih valovnih dolžinah. Pripravili so dva verifikacijska seva T-LG in T-LR, ki sta imela namesto ccdB, vstavljen zapis za reporterski protein GFP. Celice so izpostavili svetlobi različne valovne dolžine in temi, da bi ocenili njihove odzive. Sev T-LG je pokazal močno aktivnost pri obsevanju z zeleno svetlobo, sev T-LR pa pri obsevanju z modro svetlobo in šibko aktivacijo, ki je posledica medsebojnega vpliva, pri zeleni svetlobi. Raziskovalci so predvidevali, da ta nivo aktivacije ne bo porušil funkcionalnosti sistema. Da so dosegli sočasno izklopljeno - neaktivno stanje obeh sevov, so se odločili za uporabo rdeče svetlobe, saj ta manj vpliva na T-LR kot tema na T-LG. Tako so uvedli enoten način nadziranja sevov s svetlobo [3].

Nato so preverili, kako svetloba vpliva na gostoto celic seva LG in LR, torej delovanje efektorskega modula. Obsvetljevali so jih 12 h z rdečo svetlobo, nato pa 12 h z zeleno oziroma modro svetlobo. Rezultati merjenja fluorescence GFP in RFP so pokazali, da je zelena svetloba uspešno aktivirala CcaS/CcaR sistem, ki je preko las sistema vodil do izražanja ccdB in inhibicije rasti seva LG. Modra svetloba pa je inhibirala rast seva LR, torej je prišlo do aktivacije YF1-FixJ-PhlF sistema, ki je preko tra* sistema, vodil do izražanja ccdB [3].

=== Karakterizacija kokulturnega sistema ===
Za karakterizacijo z dvojno svetlobo nadziranega kokulturnega sistema so pripravili kokulturo v razmerju 1 : 1 (LG : LR). Celice so preko noči gojili pri rdeči svetlobi, nato pa spremljali gostoto celic posameznega seva z merjenjem fluorescence pri izpostavitvi kokulture zeleni oziroma modri svetlobi. Zelena svetloba je izrazito inhibirala rast seva LG, medtem ko je rast seva LR ostala nespremenjena. Modra svetloba pa je povzročila ravno obraten odgovor. Bolj natančna analiza s pretočno citometrijo in konfokalno mikroskopijo je pokazala, da se je po 12 h obsevanja z zeleno svetlobo ravnotežje premaknilo na 1 : 2,9 (LG = 24,1 % in LR = 69,2 %), po 12 h obsevanja z modro svetlobo pa na 2,8 : 1 (LG = 69,2 % in LR = 24,9 %). Ti rezultati potrjujejo delovanje komunikacijskega modula in da zasnovan sistem kokulture deluje kot predvideno [3].

Glavni prednosti uporabe takega sistema sta dinamičnost in reverzibilnost. Da bi to potrdili, so naredili naslednja dva poskusa. Z izmenjavanjem zelene in modre svetlobe, so dokazali, da je sistem dinamičen, saj so rezultati pokazali, da se z zamenjavo svetlobe zamenja tudi prevladujoč sev. Samo reverzibilnost sistema pa so preverili z izmenjavanjem rdeče in zelene svetlobe, torej je prihajalo do preklopa med izklopljenim in vklopljenim stanjem. Pri osvetljevanju z zeleno svetlobo je prišlo so aktivacije vklopljenega stanja in zmanjšal se je delež seva LG. Nato so zamenjali barvo svetlobe in razmerje se ni bistveno spremenilo. Ko pa so kokulturo ponovno izpostavili zeleni svetlobi, se je delež seva LG ponovno zmanjšal [3].

=== Stabilno razmerje populacij ===
Z zadnjim poskusom so raziskovalci preučili sposobnost sistema za vzdrževanje stabilnega razmerja med populacijama s hkratno indukcijo z zeleno in modro svetlobo. Seva v vklopljenem stanju drug drugega ščitita pred celično smrtjo in tako tvorita simbiotski odnos, ki ima potencial vzdrževati stabilnost sistema. Rezultati so pokazali, da se je razmerje populacij stabiliziralo po 12 h sočasne uporabe zelene in modre svetlobe ter ostalo stabilno do 48 h [3].

== ZAKLJUČEK ==
Raziskovalci so torej uspešno oblikovali in vzpostavili z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem. Ta omogoča učinkovito regulacijo sestave populacij z uporabo optogenetskih stikal, kar je neinvazivno, časovno specifično in malo toksično. Te lastnosti odpirajo nove možnosti aplikacij predvsem v biotehnoloških področjih, kot je metabolno inženirstvo. Sistem omogoča tako dinamično kot reverzibilno uravnavanje razmerja populacij. Poleg tega so dokazali, da je mogoče doseči stabilno razmerje s hkratno indukcijo z dvema valovnima dolžinama svetlobe. Nadaljnje izboljšave, kot je modulacija intenzivnosti svetlobe, pa bi lahko omogočile še natančnejši nadzor nad razmerji sevov [3].

== LITERATURA ==
[1] Wong M, Badri A, Gasparis C, Belfort G, Koffas M. Modular optimization in metabolic engineering. Crit Rev Biochem Mol Biol 2021;56:587–602. https://doi.org/10.1080/10409238.2021.1937928,

[2] Zhao S, Li F, Yang F, Ma Q, Liu L, Huang Z, et al. Microbial production of valuable chemicals by modular co-culture strategy. World J Microbiol Biotechnol 2022;39:6. https://doi.org/10.1007/s11274-022-03447-6,

[3] Jiang W, Guo Y, Liang X, Zhang Y, Kang J, Jin Z, et al. A dual light-controlled co-culture system enables the regulation of population composition. Synth Syst Biotechnol 2025;10:574–82. https://doi.org/10.1016/j.synbio.2025.02.012,

[4] Optogenetics - an overview | ScienceDirect Topics. n.d. URL: https://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/optogenetics (Accessed 4 May 2025), [5]
Wang S, Luo Y, Jiang W, Li X, Qi Q, Liang Q. Development of Optogenetic Dual-Switch System for Rewiring Metabolic Flux for Polyhydroxybutyrate Production. Molecules 2022;27:617. https://doi.org/10.3390/molecules27030617,

[6] Hirose Y, Shimada T, Narikawa R, Katayama M, Ikeuchi M. Cyanobacteriochrome CcaS is the green light receptor that induces the expression of phycobilisome linker protein. Proc Natl Acad Sci U S A 2008;105:9528–33. https://doi.org/10.1073/pnas.0801826105,

[7] Möglich A, Ayers RA, Moffat K. Design and Signaling Mechanism of Light-Regulated Histidine Kinases. J Mol Biol 2009;385:1433–44. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.12.017.

Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem omogoča uravnavanje sestave populacije

2025-05-04T08:56:14Z

UlaMikos: /* Uvod */

Izhodiščni članek: [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11910626/ A dual light-controlled co-culture system enables the regulation of population composition]

== UVOD ==

=== Uporaba kokultur ===
Dandanes je pogosta uporaba mikroorganizmov za biosintezo produktov, kot so farmacevtski izdelki, biogoriva, biokemikalije in druge visoko vredne spojine [1]. Da bi zadostili zahtevam trga se je razvila modularna tehnologija kokultur, katere namen je razdeliti ciljno kompleksno pot v ločene module, ki se nahajajo v različnih sevih [2].

Raziskovalci tako želijo vzpostaviti vsestranske sisteme kokultur, saj ti lahko premagajo ovire, ki jih monokulturni sistemi oziroma konvencionalne metode pogosto ne morejo [3].

=== Regulacija populacijskih razmerij – optogenetika ===
Za optimiziranje učinkovitosti bioprodukcije je dinamična regulacija populacijskih razmerij ključnega pomena. Trenutni pristopi, kot so prilagajanje začetnega inokulacijskega razmerja in po potrebi dodajanje sevov med tekom celotnega procesa ter uporaba kemičnih induktorjev, ne omogočajo odzivnosti na spreminjajoče razmere znotraj sistema in aktivnega spreminjanja sestave sistema [3].

Raziskovalci zato razvijajo optogenetske sisteme z visoko univerzalnostjo in prilagodljivostjo za širok nabor uporabe. Optogenetika je tehnika, ki omogoča regulacijo celične aktivnosti preko nadzora nad prepisovanjem, izražanjem in urejanjem genov z uporabo svetlobe določene valovne dolžine, pri čemer se uporabljajo svetlobni viri v spektru od ultravijolične pa vse do daljne rdeče svetlobe [3,4]. To je neinvazivna, hitro reverzibilna, minimalno toksična tehnika z visoko prostorsko-časovno specifičnostjo. Tak pristop ima velik potencial za dinamični nadzor nad razmerjem populacij v kokulturah [3].

== OPTOGENETSKI SISTEM ==
Raziskovalci so oblikovali z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem, ki predstavlja indukcijski modul. Dodali so dva ortogonalna sistema za zaznavanje gostote, ki delujeta kot komunikacijski modul ter sistem toksin-antitoksin, ki deluje kot efektorski modul [3].

=== Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem – indukcijski modul ===
Več naravnih celic izraža proteine, ki se odzivajo na svetlobo različne valovne dolžine, kot je rodopsin pri človeku. V članku so uporabili dva dvokomponentna sistema, ki sta sestavljena iz senzorične histidin kinaze in regulatorja odziva. Njuno aktivnost regulirata fosforilacija in defosforilacija, ki sta posledica osvetlitve s svetlobo določene valovne dolžine [5].

Prvi sistem sestavljata CcaS in CcasR. CcaS je cianobakteriokrom, ki deluje kot fotoreceptor. Njegova značilnost je reverzibilna fotokonverzija med dvema različnima oblikama. Vsaka absorbira svetlobo druge valovne dolžine. Ob osvetlitvi s svetlobo valovne dolžine 520 nm (zelena barva) pride do konformacijskih sprememb, ki vodijo do avtofosforilacije proteina. Tej sledi prenos fosforilne skupina na CcaR, ki je odzivni regulator, katerega aktivnost regulira fosforilacija [6]. CcaR se veže na mesto za aktivator, ki je del promotorja PcpcG2. Celoten proces je reverzibilen s svetlobo valovne dolžine 620 nm (rdeča barva), pri čemer se CcaS defosforilira [3].

Drugi sistem sestavljata YF1 in FixJ. V temi je YF1 senzorična histidin kinaza, ki fosforilira FixJ. Osvetlitev s svetlobo valovne dolžine 460 nm (modra barva) sproži konformacijske spremembe, ki zmanjšajo kinazno aktivnost, povečajo pa fosfatazno. Tako FixJ ni fosforiliran, posledično se ne veže na mesto za aktivator, ki je del promotorja PFixK2 [7]. Raziskovalci pa so želeli obrniti funkcijo teme in modre svetlobe, zato so dodali represor PhlF in tako ustvarili negacijo (NE). V temi se FixJ veže na promotor PFixK2 in s tem aktivira izražanje represorja PhlF, ki se veže na operator promotorja PPhlF. Ta regulira izražanje tarčnega proteina in ga v tem primeru inhibira. Pri modri svetlobi sistem YF1-FixJ ni aktiven, represor se ne izraža in ne inhibira tarčnega proteina. Tako se ta izraža le ob osvetljevanju z modro svetlobo [5].

=== Ortogonalna senzorja gostote celic – komunikacijski modul ===
Za zaznavanje gostote celic in komunikacijo med sevoma so uporabili dva ortogonalna sistema in sicer tra* in las sistem. Tra* sistem je optimiziran tra sistem. Sestavljajo ga regulator TraR(W), promotor Ptra* in homoserin lakton (HSL) sintaza EsaI, ki sintetizira 3OC6HSL
(N-(3-oksoheksanol)-homoserin lakton). Las sistem sestavljajo regulator LasR, promotor Plas in HSL sintaza LasI, ki sintetizira 3OC12HSL (N-(3-oksododekanol)-homoserin lakton) [3].

=== Toksin-antitoksin sistem – efektorski modul ===
Efektorski modul predstavlja sistem toksin-antitoksin. Uporabili so operon ccd, ki kodira ccdA in ccdB. CcdB je toksin, ki inhibira DNA girazo, kar vodi v celično smrt. CcdA pa je antitoksin, ki inhibira ccdB in s tem varuje celico pred njegovimi toksičnimi učinki [3].

=== Delovanje kokulture ===
Za pripravo dveh sevov LG in LR, ki vsebujeta naštete module, so uporabili E. coli seva TOP10-GFP in TOP10-RFP, ki imata v genom integriran gen za GFP oziroma RFP. Tako so ju lahko identificirali na podlagi fluorescence. Sev TOP10-GFP so transformirali z vektorjema, ki vsebujeta zapis za proteine sistema CcaS/CcaR, las sistema (LasI in lasR), ccdB pod kontrolo promotorja Plas, regulator TraR(W) in ccdA pod kontrolo promotorja Ptra*. Tako so pripravili sev LG. Na enak način so pripravili sev LR, le da ta vsebuje zapis za proteine YF1-FixJ-PhlF sistema, tra* sistema (EsaI in traR(W)), ccdB pod kontrolo promotorja Ptra*, regulator lasR in ccdA pod kontrolo promotorja Plas [3].

Zelena oziroma modra svetloba vklopita – aktivirata indukcijski modul, ki omogoča izražanje HSL sintaze v sevu LG oziroma LR. Sintetiziran homoserin lakton se skupaj s konstitutivno izraženim regulatorjem veže na mesto za aktivator in s tem omogoči izražanje ccdB. Tako svetloba sproži negativno povratno zanko preko cis-delujoče HSL aktivacije ekspresije toksina. Homoserin lakton pa se z difuzijo prenese tudi v drug sev, kjer s trans-delujočo HSL aktivacijo poveča izražanje ccdA in tako deluje pozitivno na rast drugega seva [3].

== EKSPERIMENTALNA POTRDITEV FUNKCIONALNOSTI KOKULTURNEGA SISTEMA ==
=== Karakterizacija posameznega seva ===
Medsebojni vpliv oziroma sporazumevanje med dvema indukcijskima moduloma lahko prepreči natančno regulacijo sistemov, kar lahko vodi do nepričakovanih rezultatov in izgube delovanja vezja. Zato so raziskovalci s prvim poskusom preverili učinkovitost optogenetske indukcije in morebitnih prekrivanj pri različnih valovnih dolžinah. Pripravili so dva verifikacijska seva T-LG in T-LR, ki sta imela namesto ccdB, vstavljen zapis za reporterski protein GFP. Celice so izpostavili svetlobi različne valovne dolžine in temi, da bi ocenili njihove odzive. Sev T-LG je pokazal močno aktivnost pri obsevanju z zeleno svetlobo, sev T-LR pa pri obsevanju z modro svetlobo in šibko aktivacijo, ki je posledica medsebojnega vpliva, pri zeleni svetlobi. Raziskovalci so predvidevali, da ta nivo aktivacije ne bo porušil funkcionalnosti sistema. Da so dosegli sočasno izklopljeno - neaktivno stanje obeh sevov, so se odločili za uporabo rdeče svetlobe, saj ta manj vpliva na T-LR kot tema na T-LG. Tako so uvedli enoten način nadziranja sevov s svetlobo [3].

Nato so preverili, kako svetloba vpliva na gostoto celic seva LG in LR, torej delovanje efektorskega modula. Obsvetljevali so jih 12 h z rdečo svetlobo, nato pa 12 h z zeleno oziroma modro svetlobo. Rezultati merjenja fluorescence GFP in RFP so pokazali, da je zelena svetloba uspešno aktivirala CcaS/CcaR sistem, ki je preko las sistema vodil do izražanja ccdB in inhibicije rasti seva LG. Modra svetloba pa je inhibirala rast seva LR, torej je prišlo do aktivacije YF1-FixJ-PhlF sistema, ki je preko tra* sistema, vodil do izražanja ccdB [3].

=== Karakterizacija kokulturnega sistema ===
Za karakterizacijo z dvojno svetlobo nadziranega kokulturnega sistema so pripravili kokulturo v razmerju 1 : 1 (LG : LR). Celice so preko noči gojili pri rdeči svetlobi, nato pa spremljali gostoto celic posameznega seva z merjenjem fluorescence pri izpostavitvi kokulture zeleni oziroma modri svetlobi. Zelena svetloba je izrazito inhibirala rast seva LG, medtem ko je rast seva LR ostala nespremenjena. Modra svetloba pa je povzročila ravno obraten odgovor. Bolj natančna analiza s pretočno citometrijo in konfokalno mikroskopijo je pokazala, da se je po 12 h obsevanja z zeleno svetlobo ravnotežje premaknilo na 1 : 2,9 (LG = 24,1 % in LR = 69,2 %), po 12 h obsevanja z modro svetlobo pa na 2,8 : 1 (LG = 69,2 % in LR = 24,9 %). Ti rezultati potrjujejo delovanje komunikacijskega modula in da zasnovan sistem kokulture deluje kot predvideno [3].

Glavni prednosti uporabe takega sistema sta dinamičnost in reverzibilnost. Da bi to potrdili, so naredili naslednja dva poskusa. Z izmenjavanjem zelene in modre svetlobe, so dokazali, da je sistem dinamičen, saj so rezultati pokazali, da se z zamenjavo svetlobe zamenja tudi prevladujoč sev. Samo reverzibilnost sistema pa so preverili z izmenjavanjem rdeče in zelene svetlobe, torej je prihajalo do preklopa med izklopljenim in vklopljenim stanjem. Pri osvetljevanju z zeleno svetlobo je prišlo so aktivacije vklopljenega stanja in zmanjšal se je delež seva LG. Nato so zamenjali barvo svetlobe in razmerje se ni bistveno spremenilo. Ko pa so kokulturo ponovno izpostavili zeleni svetlobi, se je delež seva LG ponovno zmanjšal [3].

=== Stabilno razmerje populacij ===
Z zadnjim poskusom so raziskovalci preučili sposobnost sistema za vzdrževanje stabilnega razmerja med populacijama s hkratno indukcijo z zeleno in modro svetlobo. Seva v vklopljenem stanju drug drugega ščitita pred celično smrtjo in tako tvorita simbiotski odnos, ki ima potencial vzdrževati stabilnost sistema. Rezultati so pokazali, da se je razmerje populacij stabiliziralo po 12 h sočasne uporabe zelene in modre svetlobe ter ostalo stabilno do 48 h [3].

== ZAKLJUČEK ==
Raziskovalci so torej uspešno oblikovali in vzpostavili z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem. Ta omogoča učinkovito regulacijo sestave populacij z uporabo optogenetskih stikal, kar je neinvazivno, časovno specifično in malo toksično. Te lastnosti odpirajo nove možnosti aplikacij predvsem v biotehnoloških področjih, kot je metabolno inženirstvo. Sistem omogoča tako dinamično kot reverzibilno uravnavanje razmerja populacij. Poleg tega so dokazali, da je mogoče doseči stabilno razmerje s hkratno indukcijo z dvema valovnima dolžinama svetlobe. Nadaljnje izboljšave, kot je modulacija intenzivnosti svetlobe, pa bi lahko omogočile še natančnejši nadzor nad razmerji sevov [3].

Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem omogoča uravnavanje sestave populacije

2025-05-04T08:48:56Z

UlaMikos: Created page with "Izhodiščni članek: [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11910626/ A dual light-controlled co-culture system enables the regulation of population composition] == Uvod == Uporaba kokultur Dandanes je pogosta uporaba mikroorganizmov za biosintezo produktov, kot so farmacevtski izdelki, biogoriva, biokemikalije in druge visoko vredne spojine [1]. Da bi zadostili zahtevam trga se je razvila modularna tehnologija kokultur, katere namen je razdeliti ciljno kompleksno..."

Seminarji SB 2024/25

2025-05-04T08:45:10Z

UlaMikos:

V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_umetnih_medvrstnih_promotorjev_z_različnimi_transkripcijskimi_močmi Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi] (Miljan Trajković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preprečevanje_nastanka_multimerov_pogosto_uporabljenih_plazmidov_v_sintezni_biologiji Preprečevanje nastanka multimerov pogosto uporabljenih plazmidov v sintezni biologiji] (Lev Jošt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_Nicotiane_benthamiane_za_proizvodnjo_krisoeriola_z_uporabo_tehnik_sintezne_biologije Priprava ''Nicotiane benthamiane'' za proizvodnjo krisoeriola z uporabo tehnik sintezne biologije] (Nika Frelih)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gensko_spremenjeni_receptorji_za_komunikacijo_med_celicami_preko_topnih_signalov_in_zaznavanje_bolezni Gensko spremenjeni receptorji za komunikacijo med celicami preko topnih signalov in zaznavanje bolezni] (Zara Bunc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nadzor_nad_izražanjem_heterolognih_genov_pri_Bdellovibrio_bacteriovorus_z_uporabo_sintezne_biologije Nadzor nad izražanjem heterolognih genov pri Bdellovibrio bacteriovorus z uporabo sintezne biologije] (Živa Flego)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov Uporaba konzorcija kvasovk za de novo biosintezo rastlinskih lignanov] (Urša Lah)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sonogenetsko_nadzorovane_gensko_spremenjene_celice_za_zdravljenje_raka_v_mišjih_tumorskih_modelih Sonogenetsko nadzorovane gensko spremenjene celice za zdravljenje raka v mišjih tumorskih modelih] (Pia Mencin)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Združitev_difuzijskega_modela_in_transformerja_za_sintezo_izboljšanih_promotorjev_ter_napoved_moči_sintetičnih_promotorjev_z_uporabo_globokega_učenja Združitev difuzijskega modela in transformerja za sintezo izboljšanih promotorjev ter napoved moči sintetičnih promotorjev z uporabo globokega učenja] (Tinkara Korošec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_dvojno_svetlobo_nadzirani_kokulturni_sistem_omogoča_uravnavanje_sestave_populacije Z dvojno svetlobo nadzirani sistem omogoča uravnavanje sestave populacije] (Ula Mikoš)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETal:_izdelovanje_eteričnega_olja_sandalovine_iz_PET_plastike PETal: izdelovanje eteričnega olja sandalovine iz PET plastike] (Lara Krampač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET_TWINS:_Praktična_uporaba_PETaze_za_učinkovitejše_recikliranje_plastike PET TWINS: Praktična uporaba PETaze za učinkovitejše recikliranje plastike] (Tina Urh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAU-China:_Nodulska_tovarna_DHA_in_EPA CAU-China: Nodulska tovarna DHA in EPA] (Luka Fink)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/nuCloud:_Nov_oblak_za_shranjevanje_podatkov_na_osnovi_nukleotidov nuCloud: Nov oblak za shranjevanje podatkov na osnovi nukleotidov] (Aleš Poljanšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_metoda_diagnosticiranja_multiple_skleroze_-_miRADAR Nova metoda diagnosticiranja multiple skleroze - miRADAR] (Petja Premrl)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].

Seminarji SB 2024/25

2025-05-04T08:43:27Z

UlaMikos:

V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_umetnih_medvrstnih_promotorjev_z_različnimi_transkripcijskimi_močmi Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi] (Miljan Trajković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preprečevanje_nastanka_multimerov_pogosto_uporabljenih_plazmidov_v_sintezni_biologiji Preprečevanje nastanka multimerov pogosto uporabljenih plazmidov v sintezni biologiji] (Lev Jošt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_Nicotiane_benthamiane_za_proizvodnjo_krisoeriola_z_uporabo_tehnik_sintezne_biologije Priprava ''Nicotiane benthamiane'' za proizvodnjo krisoeriola z uporabo tehnik sintezne biologije] (Nika Frelih)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gensko_spremenjeni_receptorji_za_komunikacijo_med_celicami_preko_topnih_signalov_in_zaznavanje_bolezni Gensko spremenjeni receptorji za komunikacijo med celicami preko topnih signalov in zaznavanje bolezni] (Zara Bunc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nadzor_nad_izražanjem_heterolognih_genov_pri_Bdellovibrio_bacteriovorus_z_uporabo_sintezne_biologije Nadzor nad izražanjem heterolognih genov pri Bdellovibrio bacteriovorus z uporabo sintezne biologije] (Živa Flego)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov Uporaba konzorcija kvasovk za de novo biosintezo rastlinskih lignanov] (Urša Lah)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sonogenetsko_nadzorovane_gensko_spremenjene_celice_za_zdravljenje_raka_v_mišjih_tumorskih_modelih Sonogenetsko nadzorovane gensko spremenjene celice za zdravljenje raka v mišjih tumorskih modelih] (Pia Mencin)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Združitev_difuzijskega_modela_in_transformerja_za_sintezo_izboljšanih_promotorjev_ter_napoved_moči_sintetičnih_promotorjev_z_uporabo_globokega_učenja Združitev difuzijskega modela in transformerja za sintezo izboljšanih promotorjev ter napoved moči sintetičnih promotorjev z uporabo globokega učenja] (Tinkara Korošec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ Z dvojno svetlobo nadzirani kokulturni sistem omogoča uravnavanje sestave populacije] (Ula Mikoš)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETal:_izdelovanje_eteričnega_olja_sandalovine_iz_PET_plastike PETal: izdelovanje eteričnega olja sandalovine iz PET plastike] (Lara Krampač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET_TWINS:_Praktična_uporaba_PETaze_za_učinkovitejše_recikliranje_plastike PET TWINS: Praktična uporaba PETaze za učinkovitejše recikliranje plastike] (Tina Urh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAU-China:_Nodulska_tovarna_DHA_in_EPA CAU-China: Nodulska tovarna DHA in EPA] (Luka Fink)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/nuCloud:_Nov_oblak_za_shranjevanje_podatkov_na_osnovi_nukleotidov nuCloud: Nov oblak za shranjevanje podatkov na osnovi nukleotidov] (Aleš Poljanšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_metoda_diagnosticiranja_multiple_skleroze_-_miRADAR Nova metoda diagnosticiranja multiple skleroze - miRADAR] (Petja Premrl)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].

Prenosi DNA med arhejami

2023-05-22T10:58:03Z

UlaMikos:

== Uvod ==

Horizontalni prenos genov je eno glavnih gonil za evolucionarni razvoj, prilagajanje novim ekološkim nišam in nastajanje novih arhealnih vrst. Trije glavni načini prenosa DNA v bakterijah - transformacija, transdukcija in konjugacija - so prisotni tudi v arhejah. Proces konjugacije vsebuje vzpostavitev povezave med donorsko in akceptorsko celico s posebnimi pili. Poleg tega pa so pri arhejah opisani tudi drugi mehanizmi za prenos DNA, kot sta fuzija celic in transport z vezikli. Pri fuziji celic gre za dvosmerni prenos in vključitev genomske in plazmidne DNA. Transport z vezikli pa sodeluje pri transportu bioloških molekul, vključno s kromosomsko in plazmidno DNA.

== Konjugacija ==

Za konjugacijo potrebujemo mobilne genetske elemente (MGE; ang. ''mobile genetic elements''). V arhejah so konjugativni elementi izvenkromosomski plazmid in integrativni elementi. Plazmidi, ki so znani, so bili izolirani iz ''Sulfolobacaea'' in vsebujejo tri različne regije i) domnevni izvor replikacije, ii) gene za podvajanje plazmida in integrazo, iii) več ORF (ang. ''open reading frame'') med njimi tudi gen za AAA+ ATPazo in regijo, ki kodira transmembranske vijačnice, ki verjetno tvorijo translokacijsko poro za prenos DNA.

Bakterije s T4SS sistemom (ang. ''type IV secretion system'') vsebujejo štiri ključne komponente za uspešno konjugacijo: i) konjugacijske pile, ki povezujejo celici in delujejo kot kanal za prenos DNA, ii) AAA+ ATPazo, ki je sklopitveni protein tipa IV, ta je nujen za biogenezo pilov in prenos substrata, iii) T4SS membranski kompleks, ki omogoča prenos DNA preko membrane donorske celice in iv) relaksom, ki cepi dsDNA, da dobimo ssDNA, ki se nato prenese.

Proces konjugacije so zaenkrat odkrili le pri dveh deblih arhej in sicer pri ''Thermoproteota'' in ''Nitrososphaerota''. ''Sulfolobales ''so razvile poseben sistem za prenos DNA imenovan Ced sistem (ang. ''crenarchaeal exchange of DNA''). Ced sistem vsebuje štiri proteine, CedA, CedA1, CedA2 in CedB. CedA vsebuje šest ali sedem transmembranskih domen, za katere predvidevajo, da tvorijo transmembranski kanal za vnos DNA. CedB je homolog bakterijske AAA+ ATPaze, ki zagotavlja energijo za translokacijo DNA preko membrane. CedA1 protein tvori pile, ki so strukturni homologi bakterijskim, vloge za CedA2 pa še ne poznajo. Ced sistem torej vsebuje tri od štirih komponent, ki jih vsebujejo bakterije za konjugacijo. Zapis za Ced proteine se nahaja na operonu Ced, ki je del kromosomske DNA, za razliko od bakterij, ki nosijo zapis za konjugacijske proteine na plazmidu. Operon Ced se izraža ob poškodbi DNA zaradi UV sevanja. Ced sistem posreduje enosmerni vnos DNA, ki je obraten od bakterijskega. Pri bakterijah celica s pili in T4SS kompleksom prenese svoj zapis drugi celici, medtem ko pri arhejah celica s Ced sistemom prejme dedni material. Ta se nato uporabi kot matrica za genomsko popravilo s homologno rekombinacijo.

Ced sistem deluje v povezavi z operonom pilov tipa IV, ki se aktivirajo z UV svetlobo in se nahajajo v ''Sulfolobales'' (Ups; ang. ''UV-inducible type IV pili operon of Sulfolobales''). Ups pili, ki nastanejo ob UV-sevanju, posredujejo celično agregacijo, ki je vrstno specifična. Da je vrstno specifična zagotavljajo specifični vzorci glikozilacije na Ups pilih in S-proteinske plasti, ki prekriva celično membrano. Ni znano ali se S-plast razporedi ali razgradi. Glede na širino kanala, ki ga tvorijo pili, predvidevajo, da se prenaša enoverižna DNA. Ni pa znano, kako dsDNA preoblikuje v ssDNA. Za učinkovit prenos DNA morata biti prisotna tako Ups kot Ced sistem, vendar ta dva ne potrebujeta biti izražena v isti celici. Ced in Ups sistem nista vedno prisotna, kar nakazuje na drug alternativni mehanizem prenosa DNA. V ''Thermoproteales'' so odkrili homologe Ced proteinov in jih poimenovali Ted (ang. ''Thermoproteales exchange of DNA'').

Z novimi odkritji delovanja Ced in Ted sistema, predvidevajo, da imata skupaj z bakterijskim T4SS konjugiranim sistemom skupnega prednika. Arhejski sistem pa se je nato razvil in prilagodil, da je arhejam omogočil preživetje v ekstremnih okoljih.

== Fuzija celic ==

Poleg glavnih mehanizmov so pri arhejah opisani tudi drugi mehanizmi za prenos DNA. Eden teh temelji na fuziji celic (ang. ''cell fusion'') in ga najdemo v halofilnih arhejah (haloarhejah). Pri tem mehanizmu gre za dvosmerni prenos in vključitev genomske in plazmidne DNA s celično fuzijo.

Pred skoraj tremi desetletji je bilo dokazano, da je prenos DNA med celicami haloarhej dvosmeren in odvisen od medceličnega stika. Mehanizem prenosa so opisali pri arhejah vrste ''Haloferax volcanii''. Prenos je potekal na način, ki je bil odvisen od vzpostavitve fizičnega stika med celicami in se je povečal, ko je bila celicam omogočena daljša skupna inkubacija. Transformacija in transdukcija sta bili izključeni, saj je bil prenos neobčutljiv na DNazo. Konjugacija se je zdela malo verjetna, ker je bil prenos dvosmeren brez določenega donorja ali akceptorja. Odkrili so tudi citoplazemske mostičke, ki vzdržujejo citoplazemsko kontinuiteto dveh povezanih celic. Ti mostički so bili dolgi do 2 μm in široki 0,1 μm ter so omogočali prenos DNA med celicami. Konjugacija je bila izključena tudi zato, ker več citoplazemskih mostičkov hkrati povezuje dve celici. To je kasneje podkrepila tudi ugotovitev, da sta se kromosomska in plazmidna DNA v haloarhejah izmenjali s podobno frekvenco, kar je v nasprotju z bakterijsko konjugacijo. Pri konjugaciji namreč prenos genov, ki se nahajajo na plazmidih, poteka z večjo frekvenco kot prenos genov, ki se nahajajo na kromosomih. Zato je bil za haloarheje predlagan mehanizem prenosa DNA na osnovi celične fuzije.

Da pride do celične fuzije morata biti dve celici, ki pripadata isti ali sorodni vrsti, v neposredni bližini. Ker proces zahteva fizični stik, je naslednji korak pritrditev ene celice na drugo. Za to se domneva, da je potreben kakšen faktor prepoznavanja. Po prepoznavi sledi vzpostavitev fizičnega stika z ustvarjanjem citoplazemskih mostičkov med celicami. Nastali citoplazemski mostički se razširijo, da omogočijo dvosmerno izmenjavo plazmidov in celih kromosomov. Znano je, da med tem procesom nastanejo hetero-diploidne celice. Te celice vsebujejo kromosomsko in plazmidno DNA obeh starševskih celic ter v procesu predstavljajo začasno stanje. Na začetku celice vsebuje tudi kombinirane plazmide obeh starševskih celic. To stanje lahko vodi do dveh stvari. Lahko pride do ločevanja kromosomov, kar bi povzročilo vrnitev v prvotno stanje. Lahko pa zaradi hetero-diploidnosti celice pride do rekombinacije dveh kromosomov in tako do nastanka rekombinantnih kromosomov. Poleg tega se lahko plazmidi neenakomerno izmenjajo ali delijo neodvisno od kromosomov, zaradi česar nastanejo celice z novim genotipom.

Ugotovitev, da dejansko pride do celične fuzije in medvrstne rekombinacije, se ujema s filogenetskimi podatki, ki kažejo na visoke ravni medvrstnega prenosa DNA med haloarhejami.

== Transport z vezikli ==

Nastajanje membranskih veziklov je univerzalen proces, za katerega se domneva, da je temelj celične kompartmentalizacije in evkariogeneze. V arhejah so bili vezikli in nanocevke v veliki meri raziskani pri reprezentativnih vrstah iz rodu ''Crenarchaeota'' in ''Euryarchaeota''. Vezikli arhej so bili povezani z več fiziološkimi procesi, kot so razstrupljanje, biomineralizacija in transport bioloških molekul, vključno s kromosomsko in plazmidno DNA. S tem sodelujejo pri evoluciji genoma in prilagajanju s horizontalnim prenosom genov.

Ugotovljeno je bilo, da več termofilnih arhej sprošča membranske vezikle z brstenjem. Arheje ''Thermococcales'' pogosto sproščajo vezikle, ki vsebujejo tako kromosomsko kot tudi plazmidno DNA. Ugotovitev, da je ta plazmidna DNA izjemno odporna na visoke temperature in da nanj ne vpliva obdelava z DNazo, nakazuje na to, da membranski vezikli ščitijo DNA pred zunanjimi vplivi. Poleg brstenja lahko člani ''Thermococcales'' proizvajajo membranske vezikle skozi organele, ki spominjajo na bakterijske nanocevke. Nekatere vrste ''Thermococcales'' so sposobne proizvajati nanocevke, ki lahko dosežejo nekaj mikrometrov v dolžino in so pogosto napolnjene z vezikli. Vezikli, ki so prisotni v teh nanocevkah so običajno manjši od prostih veziklov, poleg tega pa se na skrajnih delih nanocevk nahajajo še večje, mehurčkom podobne strukture. To nakazuje, da bi lahko te strukture sodelovale pri transportu in oblikovanju veziklov. Nanocevke pogosto povezujejo celice skupaj in domnevajo, da bi lahko sodelovale pri prenosu materiala med celicami preko neposrednega celičnega stika.

Skoraj vse študije, ki se ukvarjajo s proizvodnjo veziklov v ''Crenarchaeaota'', so bile izvedene na organizmih iz reda ''Sulfolobales''. Te arheje so termoacidofili, ki uspevajo v kislih (pH 2–3) kopenskih vročih vrelcih. Nekateri sevi ''Sulfolobus'' proizvajajo vezikle, ki vsebujejo toksine (sulfolobicine), ki lahko ubijejo druge seve ''Sulfolobus''. Ker so bili geni, ki so odgovorni za preoblikovanje membrane in vezikularni transport, verjetno prisotni v arhejah še pred ''Euryarchaeota'', so bili membranski vezikli verjetno vključeni v najzgodnejše oblike medceličnega transporta arhej. Za mnoge organizme iz vseh področij življenja je tvorba membranskih veziklov še vedno bistvena za transport DNA in drugih spojin.

Glavna razlika med arhejami in bakterijami, ki verjetno vpliva na ustrezne mehanizme proizvodnje veziklov in nanocevk, je struktura njihovih celičnih ovojnic. Podobno kot pri večini evkariontskih celic imajo tudi arheje celično ovojnico sestavljena iz ene same membrane. Večina arhej tako nima rigidne celične stene, kar lahko olajša proizvodnjo veziklov in nanocevk.

== Zaključek ==

Bakterijski in arhejski konjugacijski sistem sta verjetno sorodna kljub obratni smeri prenosa dednega materiala. Med arhejami se prenaša enoverižna genomska DNA skozi pile, ki se aktivirajo z UV svetlobo. Zaenkrat sta znana le Ced in Ted sistem prenosa DNA. Pri fuziji celic gre za dvosmeren prenos, ki je odvisen od medceličnega stika in vključuje fizično pritrditev dveh celic ter nastanek citoplazemskih mostičkov med celicami. Na koncu procesa nastanejo hetero-diploidne celice. Pride do rekombinacije kromosomov, ali pa do neenakomerne delitve plazmidov neodvisno od kromosomov, zaradi česar nastanejo celice z novim genotipom. V arhejah so bili vezikli in nanocevke v veliki meri raziskani pri reprezentativnih vrstah iz rodu ''Crenarchaeota'' in ''Euryarchaeota''. Vezikli vsebujejo ter ščitijo kromosomsko in plazmidno DNA pred zunanjimi vplivi. Nanocevke lahko dosežejo nekaj mikrometrov v dolžino in so pogosto napolnjene z vezikli. Poleg tega povezujejo celice skupaj in domnevajo, da bi lahko sodelovale pri prenosu materiala. Večina znanja o mehanizmih prenosa DNA v arhejah temelji na raziskavah s ''Sulfolobus'' in haloarhejami. Zato je treba še ugotoviti, ali so opažanja oz. rezultati specifični ravno za te arheje ali pa so to splošne značilnosti arhej.

== Viri ==

Wagner, A., Whitaker, R., Krause, D. et al. Mechanisms of gene flow in archaea. Nat Rev Microbiol 15, 492–501 (2017). https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.41

Beltran, L.C., Cvirkaite-Krupovic, V., Miller, J. et al. Archaeal DNA-import apparatus is homologous to bacterial conjugation machinery. Nat Commun 14, 666 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-36349-8

Naor, A., Gophna, U. Cell fusion and hybrids in Archaea. Bioengineered. 4:3, 126-129 (2013). https://doi.org/10.4161/bioe.22649

Junfeng, L. et al. Extracellular membrane vesicles and nanotubes in Archaea. microLife, Volume 2. (2021). https://doi.org/10.1093/femsml/uqab007

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Prenosi DNA med arhejami

2023-05-20T19:22:43Z

UlaMikos:

== Uvod ==

Horizontalni prenos genov je eno glavnih gonil za evolucionarni razvoj, prilagajanje novim ekološkim nišam in nastajanje novih arhealnih vrst. Trije glavni načini prenosa DNA v bakterijah - transformacija, transdukcija in konjugacija - so prisotni tudi v arhejah. Proces konjugacije vsebuje vzpostavitev povezave med donorsko in akceptorsko celico s posebnimi pili. Poleg tega pa so pri arhejah opisani tudi drugi mehanizmi za prenos DNA, kot sta fuzija celic in transport z vezikli. Pri fuziji celic gre za dvosmerni prenos in vključitev genomske in plazmidne DNA. Transport z vezikli pa sodeluje pri transportu bioloških molekul, vključno s kromosomsko in plazmidno DNA.

== Konjugacija ==

Za konjugacijo potrebujemo mobilne genetske elemente (MGE; ang. ''mobile genetic elements''). V arhejah so konjugativni elementi kromosomski plazmid in integrativni elementi. Plazmidi, ki so znani, so bili izolirani iz ''Sulfolobacaea'' in vsebujejo tri različne regije i) domnevni izvor replikacije, ii) gene za podvajanje plazmida in integrazo, iii) več ORF (ang. ''open reading frame'') med njimi tudi gen za AAA+ ATPazo in regijo, ki kodira transmembranske vijačnice, ki verjetno tvorijo translokacijsko poro za prenos DNA.

Bakterije s T4SS sistemom (ang. ''type IV secretion system'') vsebujejo štiri ključne komponente za uspešno konjugacijo: i) konjugacijske pile, ki povezujejo celici in delujejo kot kanal za prenos DNA, ii) AAA+ ATPazo, ki je sklopitveni protein tipa IV, ta je nujen za biogenezo pilov in prenos substrata, iii) T4SS membranski kompleks, ki omogoča prenos DNA preko membrane donorske celice in iv) relaksom, ki cepi dsDNA, da dobimo ssDNA, ki se nato prenese.

Proces konjugacije so zaenkrat odkrili le pri dveh deblih arhej in sicer pri ''Thermoproteota'' in ''Nitrososphaerota''. ''Sulfolobales ''so razvile poseben sistem za prenos DNA imenovan Ced sistem (ang. ''crenarchaeal exchange of DNA''). Ced sistem vsebuje štiri proteine, CedA, CedA1, CedA2 in CedB. CedA vsebuje šest ali sedem transmembranskih domen, za katere predvidevajo, da tvorijo transmembranski kanal za vnos DNA. CedB je homolog bakterijske AAA+ ATPaze, ki zagotavlja energijo za translokacijo DNA preko membrane. CedA1 protein tvori pile, ki so strukturni homologi bakterijskim, vloge za CedA2 pa še ne poznajo. Ced sistem torej vsebuje tri od štirih komponent, ki jih vsebujejo bakterije za konjugacijo. Zapis za Ced proteine se nahaja na operonu Ced, ki je del kromosomske DNA, za razliko od bakterij, ki nosijo zapis za konjugacijske proteine na plazmidu. Operon Ced se izraža ob poškodbi DNA zaradi UV sevanja. Ced sistem posreduje enosmerni vnos DNA, ki je obraten od bakterijskega. Pri bakterijah celica s pili in T4SS kompleksom prenese svoj zapis drugi celici, medtem ko pri arhejah celica s Ced sistemom prejme dedni material. Ta se nato uporabi kot matrica za genomsko popravilo s homologno rekombinacijo.

Ced sistem deluje v povezavi z operonom pilov tipa IV, ki se aktivirajo z UV svetlobo in se nahajajo v ''Sulfolobales'' (Ups; ang. ''UV-inducible type IV pili operon of Sulfolobales''). Ups pili, ki nastanejo ob UV-sevanju, posredujejo celično agregacijo, ki je vrstno specifična. Da je vrstno specifična zagotavljajo specifični vzorci glikozilacije na Ups pilih in S-proteinske plasti, ki prekriva celično membrano. Ni znano ali se S-plast razporedi ali razgradi. Glede na širino kanala, ki ga tvorijo pili, predvidevajo, da se prenaša enoverižna DNA. Ni pa znano, kako dsDNA preoblikuje v ssDNA. Za učinkovit prenos DNA morata biti prisotna tako Ups kot Ced sistem, vendar ta dva ne potrebujeta biti izražena v isti celici. Ced in Ups sistem nista vedno prisotna, kar nakazuje na drug alternativni mehanizem prenosa DNA. V ''Thermoproteales'' so odkrili homologe Ced proteinov in jih poimenovali Ted (ang. ''Thermoproteales exchange of DNA'').

Z novimi odkritji delovanja Ced in Ted sistema, predvidevajo, da imata skupaj z bakterijskim T4SS konjugiranim sistemom skupnega prednika. Arhejski sistem pa se je nato razvil in prilagodil, da je arhejam omogočil preživetje v ekstremnih okoljih.

== Fuzija celic ==

Poleg glavnih mehanizmov so pri arhejah opisani tudi drugi mehanizmi za prenos DNA. Eden teh temelji na fuziji celic (ang. ''cell fusion'') in ga najdemo v halofilnih arhejah (haloarhejah). Pri tem mehanizmu gre za dvosmerni prenos in vključitev genomske in plazmidne DNA s celično fuzijo.

Pred skoraj tremi desetletji je bilo dokazano, da je prenos DNA med celicami haloarhej dvosmeren in odvisen od medceličnega stika. Mehanizem prenosa so opisali pri arhejah vrste ''Haloferax volcanii''. Prenos je potekal na način, ki je bil odvisen od vzpostavitve fizičnega stika med celicami in se je povečal, ko je bila celicam omogočena daljša skupna inkubacija. Transformacija in transdukcija sta bili izključeni, saj je bil prenos neobčutljiv na DNazo. Konjugacija se je zdela malo verjetna, ker je bil prenos dvosmeren brez določenega donorja ali akceptorja. Odkrili so tudi citoplazemske mostičke, ki vzdržujejo citoplazemsko kontinuiteto dveh povezanih celic. Ti mostički so bili dolgi do 2 μm in široki 0,1 μm ter so omogočali prenos DNA med celicami. Konjugacija je bila izključena tudi zato, ker več citoplazemskih mostičkov hkrati povezuje dve celici. To je kasneje podkrepila tudi ugotovitev, da sta se kromosomska in plazmidna DNA v haloarhejah izmenjali s podobno frekvenco, kar je v nasprotju z bakterijsko konjugacijo. Pri konjugaciji namreč prenos genov, ki se nahajajo na plazmidih, poteka z večjo frekvenco kot prenos genov, ki se nahajajo na kromosomih. Zato je bil za haloarheje predlagan mehanizem prenosa DNA na osnovi celične fuzije.

Da pride do celične fuzije morata biti dve celici, ki pripadata isti ali sorodni vrsti, v neposredni bližini. Ker proces zahteva fizični stik, je naslednji korak pritrditev ene celice na drugo. Za to se domneva, da je potreben kakšen faktor prepoznavanja. Po prepoznavi sledi vzpostavitev fizičnega stika z ustvarjanjem citoplazemskih mostičkov med celicami. Nastali citoplazemski mostički se razširijo, da omogočijo dvosmerno izmenjavo plazmidov in celih kromosomov. Znano je, da med tem procesom nastanejo hetero-diploidne celice. Te celice vsebujejo kromosomsko in plazmidno DNA obeh starševskih celic ter v procesu predstavljajo začasno stanje. Na začetku celice vsebuje tudi kombinirane plazmide obeh starševskih celic. To stanje lahko vodi do dveh stvari. Lahko pride do ločevanja kromosomov, kar bi povzročilo vrnitev v prvotno stanje. Lahko pa zaradi hetero-diploidnosti celice pride do rekombinacije dveh kromosomov in tako do nastanka rekombinantnih kromosomov. Poleg tega se lahko plazmidi neenakomerno izmenjajo ali delijo neodvisno od kromosomov, zaradi česar nastanejo celice z novim genotipom.

Ugotovitev, da dejansko pride do celične fuzije in medvrstne rekombinacije, se ujema s filogenetskimi podatki, ki kažejo na visoke ravni medvrstnega prenosa DNA med haloarhejami.

== Transport z vezikli ==

Nastajanje membranskih veziklov je univerzalen proces, za katerega se domneva, da je temelj celične kompartmentalizacije in evkariogeneze. V arhejah so bili vezikli in nanocevke v veliki meri raziskani pri reprezentativnih vrstah iz rodu ''Crenarchaeota'' in ''Euryarchaeota''. Vezikli arhej so bili povezani z več fiziološkimi procesi, kot so razstrupljanje, biomineralizacija in transport bioloških molekul, vključno s kromosomsko in plazmidno DNA. S tem sodelujejo pri evoluciji genoma in prilagajanju s horizontalnim prenosom genov.

Ugotovljeno je bilo, da več termofilnih arhej sprošča membranske vezikle z brstenjem. Arheje ''Thermococcales'' pogosto sproščajo vezikle, ki vsebujejo tako kromosomsko kot tudi plazmidno DNA. Ugotovitev, da je ta plazmidna DNA izjemno odporna na visoke temperature in da nanj ne vpliva obdelava z DNazo, nakazuje na to, da membranski vezikli ščitijo DNA pred zunanjimi vplivi. Poleg brstenja lahko člani ''Thermococcales'' proizvajajo membranske vezikle skozi organele, ki spominjajo na bakterijske nanocevke. Nekatere vrste ''Thermococcales'' so sposobne proizvajati nanocevke, ki lahko dosežejo nekaj mikrometrov v dolžino in so pogosto napolnjene z vezikli. Vezikli, ki so prisotni v teh nanocevkah so običajno manjši od prostih veziklov, poleg tega pa se na skrajnih delih nanocevk nahajajo še večje, mehurčkom podobne strukture. To nakazuje, da bi lahko te strukture sodelovale pri transportu in oblikovanju veziklov. Nanocevke pogosto povezujejo celice skupaj in domnevajo, da bi lahko sodelovale pri prenosu materiala med celicami preko neposrednega celičnega stika.

Skoraj vse študije, ki se ukvarjajo s proizvodnjo veziklov v ''Crenarchaeaota'', so bile izvedene na organizmih iz reda ''Sulfolobales''. Te arheje so termoacidofili, ki uspevajo v kislih (pH 2–3) kopenskih vročih vrelcih. Nekateri sevi ''Sulfolobus'' proizvajajo vezikle, ki vsebujejo toksine (sulfolobicine), ki lahko ubijejo druge seve ''Sulfolobus''. Ker so bili geni, ki so odgovorni za preoblikovanje membrane in vezikularni transport, verjetno prisotni v arhejah še pred ''Euryarchaeota'', so bili membranski vezikli verjetno vključeni v najzgodnejše oblike medceličnega transporta arhej. Za mnoge organizme iz vseh področij življenja je tvorba membranskih veziklov še vedno bistvena za transport DNA in drugih spojin.

Glavna razlika med arhejami in bakterijami, ki verjetno vpliva na ustrezne mehanizme proizvodnje veziklov in nanocevk, je struktura njihovih celičnih ovojnic. Podobno kot pri večini evkariontskih celic imajo tudi arheje celično ovojnico sestavljena iz ene same membrane. Večina arhej tako nima rigidne celične stene, kar lahko olajša proizvodnjo veziklov in nanocevk.

== Zaključek ==

Bakterijski in arhejski konjugacijski sistem sta verjetno sorodna kljub obratni smeri prenosa dednega materiala. Med arhejami se prenaša enoverižna genomska DNA skozi pile, ki se aktivirajo z UV svetlobo. Zaenkrat sta znana le Ced in Ted sistem prenosa DNA. Pri fuziji celic gre za dvosmeren prenos, ki je odvisen od medceličnega stika in vključuje fizično pritrditev dveh celic ter nastanek citoplazemskih mostičkov med celicami. Na koncu procesa nastanejo hetero-diploidne celice. Pride do rekombinacije kromosomov, ali pa do neenakomerne delitve plazmidov neodvisno od kromosomov, zaradi česar nastanejo celice z novim genotipom. V arhejah so bili vezikli in nanocevke v veliki meri raziskani pri reprezentativnih vrstah iz rodu ''Crenarchaeota'' in ''Euryarchaeota''. Vezikli vsebujejo ter ščitijo kromosomsko in plazmidno DNA pred zunanjimi vplivi. Nanocevke lahko dosežejo nekaj mikrometrov v dolžino in so pogosto napolnjene z vezikli. Poleg tega povezujejo celice skupaj in domnevajo, da bi lahko sodelovale pri prenosu materiala. Večina znanja o mehanizmih prenosa DNA v arhejah temelji na raziskavah s ''Sulfolobus'' in haloarhejami. Zato je treba še ugotoviti, ali so opažanja oz. rezultati specifični ravno za te arheje ali pa so to splošne značilnosti arhej.

== Viri ==

Wagner, A., Whitaker, R., Krause, D. et al. Mechanisms of gene flow in archaea. Nat Rev Microbiol 15, 492–501 (2017). https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.41

Beltran, L.C., Cvirkaite-Krupovic, V., Miller, J. et al. Archaeal DNA-import apparatus is homologous to bacterial conjugation machinery. Nat Commun 14, 666 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-36349-8

Naor, A., Gophna, U. Cell fusion and hybrids in Archaea. Bioengineered. 4:3, 126-129 (2013). https://doi.org/10.4161/bioe.22649

Junfeng, L. et al. Extracellular membrane vesicles and nanotubes in Archaea. microLife, Volume 2. (2021). https://doi.org/10.1093/femsml/uqab007

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Prenosi DNA med arhejami

2023-05-20T13:30:37Z

UlaMikos:

== Uvod ==

Horizontalni prenos genov je eno glavnih gonil za evolucionarni razvoj, prilagajanje novim ekološkim nišam in nastajanje novih arhealnih vrst. Trije glavni načini prenosa DNA v bakterijah - transformacija, transdukcija in konjugacija - so prisotni tudi v arhejah. Proces konjugacije vsebuje vzpostavitev povezave med donorsko in akceptorsko celico s posebnimi pili. Poleg tega pa so pri arhejah opisani tudi drugi mehanizmi za prenos DNA, kot sta fuzija celic in transport z vezikli. Pri fuziji celic gre za dvosmerni prenos in vključitev genomske in plazmidne DNA. Transport z vezikli pa sodeluje pri transportu bioloških molekul, vključno s kromosomsko in plazmidno DNA.

== Konjugacija ==

Za konjugacijo potrebujemo mobilne genetske elemente (MGE; ang. ''mobile genetic elements''). V arhejah so konjugativni elementi kromosomski plazmid in integrativni elementi. Plazmidi, ki so znani, so bili izolirani iz ''Sulfolobacaea'' in vsebujejo tri različne regije i) domnevni izvor replikacije, ii) gene za podvajanje plazmida in integrazo, iii) več ORF (ang. ''open reading frame'') med njimi tudi gen za AAA+ ATPazo in regijo, ki kodira transmembranske vijačnice, ki verjetno tvorijo translokacijsko poro za prenos DNA.

Bakterije s T4SS sistemom (ang. ''type IV secretion system'') vsebujejo štiri ključne komponente za uspešno konjugacijo: i) konjugacijske pile, ki povezujejo celici in delujejo kot kanal za prenos DNA, ii) AAA+ ATPazo, ki je sklopitveni protein tipa IV, ta je nujen za biogenezo pilov in prenos substrata, iii) T4SS membranski kompleks, ki omogoča prenos DNA preko membrane donorske celice in iv) relaksom, ki cepi dsDNA, da dobimo ssDNA, ki se nato prenese.

Proces konjugacije so zaenkrat odkrili le pri dveh deblih arhej in sicer pri ''Thermoproteota'' in ''Nitrososphaerota''. ''Sulfolobales ''so razvile poseben sistem za prenos DNA imenovan Ced sistem (ang. ''crenarchaeal exchange of DNA''). Ced sistem vsebuje štiri proteine, CedA, CedA1, CedA2 in CedB. CedA vsebuje šest ali sedem transmembranskih domen, za katere predvidevajo, da tvorijo transmembranski kanal za vnos DNA. CedB je homolog bakterijske AAA+ ATPaze, ki zagotavlja energijo za translokacijo DNA preko membrane. CedA1 protein tvori pile, ki so strukturni homologi bakterijskim, vloge za CedA2 pa še ne poznajo. Ced sistem torej vsebuje tri od štirih mehanizmov, ki jih vsebujejo bakterije za konjugacijo. Zapis za Ced proteine se nahaja na operonu Ced, ki je del kromosomske DNA, za razliko od bakterij, ki nosijo zapis za konjugacijske proteine na plazmidu. Operon Ced se izraža ob poškodbi DNA zaradi UV sevanja. Ced sistem posreduje enosmerni vnos DNA, ki je obraten od bakterijskega. Pri bakterijah celica s pili in T4SS kompleksom prenese svoj zapis drugi celici, medtem ko pri arhejah celica s Ced sistemom prejme dedni material. Ta se nato uporabi kot matrica za genomsko popravilo s homologno rekombinacijo.

Ced sistem deluje v povezavi z operonom pilov tipa IV, ki se aktivirajo z UV svetlobo in se nahajajo v ''Sulfolobales'' (Ups; ang. ''UV-inducible type IV pili operon of Sulfolobales''). Ups pili, ki nastanejo ob UV-sevanju, posredujejo celično agregacijo, ki je vrstno specifična. Da je vrstno specifična zagotavljajo specifični vzorci glikozilacije na Ups pilih in S-proteinske plasti, ki prekriva celično membrano. Ni znano ali se S-plast razporedi ali razgradi. Glede na širino kanala, ki ga tvorijo pili, predvidevajo, da se prenaša enoverižna DNA. Ni pa znano, kako dsDNA preoblikuje v ssDNA. Za učinkovit prenos DNA morata biti prisotna tako Ups kot Ced sistem, vendar ta dva ne potrebujeta biti izražena v isti celici. Ced in Ups sistem nista vedno prisotna, kar nakazuje na drug alternativni mehanizem prenosa DNA. V ''Thermoproteales'' so odkrili homologe Ced proteinov in jih poimenovali Ted (ang. ''Thermoproteales exchange of DNA'').

Z novimi odkritji delovanja Ced in Ted sistema, predvidevajo, da imata skupaj z bakterijskim T4SS konjugiranim sistemom skupnega prednika. Arhejski sistem pa se je nato razvil in prilagodil, da je arhejam omogočil preživetje v ekstremnih okoljih.

== Fuzija celic ==

Poleg glavnih mehanizmov so pri arhejah opisani tudi drugi mehanizmi za prenos DNA. Eden teh temelji na fuziji celic (ang. ''cell fusion'') in ga najdemo v halofilnih arhejah (haloarhejah). Pri tem mehanizmu gre za dvosmerni prenos in vključitev genomske in plazmidne DNA s celično fuzijo.

Pred skoraj tremi desetletji je bilo dokazano, da je prenos DNA med celicami haloarhej dvosmeren in odvisen od medceličnega stika. Mehanizem prenosa so opisali pri arhejah vrste ''Haloferax volcanii''. Prenos je potekal na način, ki je bil odvisen od vzpostavitve fizičnega stika med celicami in se je povečal, ko je bila celicam omogočena daljša skupna inkubacija. Transformacija in transdukcija sta bili izključeni, saj je bil prenos neobčutljiv na DNazo. Konjugacija se je zdela malo verjetna, ker je bil prenos dvosmeren brez določenega donorja ali akceptorja. Odkrili so tudi citoplazemske mostičke, ki vzdržujejo citoplazemsko kontinuiteto dveh povezanih celic. Ti mostički so bili dolgi do 2 μm in široki 0,1 μm ter so omogočali prenos DNA med celicami. Konjugacija je bila izključena tudi zato, ker več citoplazemskih mostičkov hkrati povezuje dve celici. To je kasneje podkrepila tudi ugotovitev, da sta se kromosomska in plazmidna DNA v haloarhejah izmenjali s podobno frekvenco, kar je v nasprotju z bakterijsko konjugacijo. Pri konjugaciji namreč prenos genov, ki se nahajajo na plazmidih, poteka z večjo frekvenco kot prenos genov, ki se nahajajo na kromosomih. Zato je bil za haloarheje predlagan mehanizem prenosa DNA na osnovi celične fuzije.

Da pride do celične fuzije morata biti dve celici, ki pripadata isti ali sorodni vrsti, v neposredni bližini. Ker proces zahteva fizični stik, je naslednji korak pritrditev ene celice na drugo. Za to se domneva, da je potreben kakšen faktor prepoznavanja. Po prepoznavi sledi vzpostavitev fizičnega stika z ustvarjanjem citoplazemskih mostičkov med celicami. Nastali citoplazemski mostički se razširijo, da omogočijo dvosmerno izmenjavo plazmidov in celih kromosomov. Znano je, da med tem procesom nastanejo hetero-diploidne celice. Te celice vsebujejo kromosomsko in plazmidno DNA obeh starševskih celic ter v procesu predstavljajo začasno stanje. Na začetku celice vsebuje tudi kombinirane plazmide obeh starševskih celic. To stanje lahko vodi do dveh stvari. Lahko pride do ločevanja kromosomov, kar bi povzročilo vrnitev v prvotno stanje. Lahko pa zaradi hetero-diploidnosti celice pride do rekombinacije dveh kromosomov in tako do nastanka rekombinantnih kromosomov. Poleg tega se lahko plazmidi neenakomerno izmenjajo ali delijo neodvisno od kromosomov, zaradi česar nastanejo celice z novim genotipom.

Ugotovitev, da dejansko pride do celične fuzije in medvrstne rekombinacije, se ujema s filogenetskimi podatki, ki kažejo na visoke ravni medvrstnega prenosa DNA med haloarhejami.

== Transport z vezikli ==

Nastajanje membranskih veziklov je univerzalen proces, za katerega se domneva, da je temelj celične kompartmentalizacije in evkariogeneze. V arhejah so bili vezikli in nanocevke v veliki meri raziskani pri reprezentativnih vrstah iz rodu ''Crenarchaeota'' in ''Euryarchaeota''. Vezikli arhej so bili povezani z več fiziološkimi procesi, kot so razstrupljanje, biomineralizacija in transport bioloških molekul, vključno s kromosomsko in plazmidno DNA. S tem sodelujejo pri evoluciji genoma in prilagajanju s horizontalnim prenosom genov.

Ugotovljeno je bilo, da več termofilnih arhej sprošča membranske vezikle z brstenjem. Arheje ''Thermococcales'' pogosto sproščajo vezikle, ki vsebujejo tako kromosomsko kot tudi plazmidno DNA. Ugotovitev, da je ta plazmidna DNA izjemno odporna na visoke temperature in da nanj ne vpliva obdelava z DNazo, nakazuje na to, da membranski vezikli ščitijo DNA pred zunanjimi vplivi. Poleg brstenja lahko člani ''Thermococcales'' proizvajajo membranske vezikle skozi organele, ki spominjajo na bakterijske nanocevke. Nekatere vrste ''Thermococcales'' so sposobne proizvajati nanocevke, ki lahko dosežejo nekaj mikrometrov v dolžino in so pogosto napolnjene z vezikli. Vezikli, ki so prisotni v teh nanocevkah so običajno manjši od prostih veziklov, poleg tega pa se na skrajnih delih nanocevk nahajajo še večje, mehurčkom podobne strukture. To nakazuje, da bi lahko te strukture sodelovale pri transportu in oblikovanju veziklov. Nanocevke pogosto povezujejo celice skupaj in domnevajo, da bi lahko sodelovale pri prenosu materiala med celicami preko neposrednega celičnega stika.

Skoraj vse študije, ki se ukvarjajo s proizvodnjo veziklov v ''Crenarchaeaota'', so bile izvedene na organizmih iz reda ''Sulfolobales''. Te arheje so termoacidofili, ki uspevajo v kislih (pH 2–3) kopenskih vročih vrelcih. Nekateri sevi ''Sulfolobus'' proizvajajo vezikle, ki vsebujejo toksine (sulfolobicine), ki lahko ubijejo druge seve ''Sulfolobus''. Ker so bili geni, ki so odgovorni za preoblikovanje membrane in vezikularni transport, verjetno prisotni v arhejah še pred ''Euryarchaeota'', so bili membranski vezikli verjetno vključeni v najzgodnejše oblike medceličnega transporta arhej. Za mnoge organizme iz vseh področij življenja je tvorba membranskih veziklov še vedno bistvena za transport DNA in drugih spojin.

Glavna razlika med arhejami in bakterijami, ki verjetno vpliva na ustrezne mehanizme proizvodnje veziklov in nanocevk, je struktura njihovih celičnih ovojnic. Podobno kot pri večini evkariontskih celic imajo tudi arheje celično ovojnico sestavljena iz ene same membrane. Večina arhej tako nima rigidne celične stene, kar lahko olajša proizvodnjo veziklov in nanocevk.

== Zaključek ==

Bakterijski in arhejski konjugacijski sistem sta verjetno sorodna kljub obratni smeri prenosa dednega materiala. Med arhejami se prenaša enoverižna genomska DNA skozi pile, ki se aktivirajo z UV svetlobo. Zaenkrat sta znana le Ced in Ted sistem prenosa DNA. Pri fuziji celic gre za dvosmeren prenos, ki je odvisen od medceličnega stika in vključuje fizično pritrditev dveh celic ter nastanek citoplazemskih mostičkov med celicami. Na koncu procesa nastanejo hetero-diploidne celice. Pride do rekombinacije kromosomov, ali pa do neenakomerne delitve plazmidov neodvisno od kromosomov, zaradi česar nastanejo celice z novim genotipom. V arhejah so bili vezikli in nanocevke v veliki meri raziskani pri reprezentativnih vrstah iz rodu ''Crenarchaeota'' in ''Euryarchaeota''. Vezikli vsebujejo ter ščitijo kromosomsko in plazmidno DNA pred zunanjimi vplivi. Nanocevke lahko dosežejo nekaj mikrometrov v dolžino in so pogosto napolnjene z vezikli. Poleg tega povezujejo celice skupaj in domnevajo, da bi lahko sodelovale pri prenosu materiala. Večina znanja o mehanizmih prenosa DNA v arhejah temelji na raziskavah s ''Sulfolobus'' in haloarhejami. Zato je treba še ugotoviti, ali so opažanja oz. rezultati specifični ravno za te arheje ali pa so to splošne značilnosti arhej.

== Viri ==

Wagner, A., Whitaker, R., Krause, D. et al. Mechanisms of gene flow in archaea. Nat Rev Microbiol 15, 492–501 (2017). https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.41

Beltran, L.C., Cvirkaite-Krupovic, V., Miller, J. et al. Archaeal DNA-import apparatus is homologous to bacterial conjugation machinery. Nat Commun 14, 666 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-36349-8

Naor, A., Gophna, U. Cell fusion and hybrids in Archaea. Bioengineered. 4:3, 126-129 (2013). https://doi.org/10.4161/bioe.22649

Junfeng, L. et al. Extracellular membrane vesicles and nanotubes in Archaea. microLife, Volume 2. (2021). https://doi.org/10.1093/femsml/uqab007

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Prenosi DNA med arhejami

2023-05-20T13:26:37Z

UlaMikos:

== Uvod ==

Horizontalni prenos genov je eno glavnih gonil za evolucionarni razvoj, prilagajanje novim ekološkim nišam in nastajanje novih arhealnih vrst. Trije glavni načini prenosa DNA v bakterijah - transformacija, transdukcija in konjugacija - so prisotni tudi v arhejah. Proces konjugacije vsebuje vzpostavitev povezave med donorsko in akceptorsko celico s posebnimi pili. Poleg tega pa so pri arhejah opisani tudi drugi mehanizmi za prenos DNA, kot sta fuzija celic in transport z vezikli. Pri fuziji celic gre za dvosmerni prenos in vključitev genomske in plazmidne DNA. Transport z vezikli pa sodeluje pri transportu bioloških molekul, vključno s kromosomsko in plazmidno DNA.

== Konjugacija ==

Za konjugacijo potrebujemo mobilne genetske elemente (MGE; ang. ''mobile genetic elements''). V arhejah so konjugativni elementi kromosomski plazmid in integrativni elementi. Plazmidi, ki so znani, so bili izolirani iz ''Sulfolobacaea'' in vsebujejo tri različne regije i) domnevni izvor replikacije, ii) gene za podvajanje plazmida in integrazo, iii) več ORF (ang. ''open reading frame'') med njimi tudi gen za AAA+ ATPazo in regijo, ki kodira transmembranske vijačnice, ki verjetno tvorijo translokacijsko poro za prenos DNA.

Bakterije s T4SS sistemom (ang. ''type IV secretion system'') vsebujejo štiri ključne komponente za uspešno konjugacijo: i) konjugacijske pile, ki povezujejo celici in delujejo kot kanal za prenos DNA, ii) AAA+ ATPazo, ki je sklopitveni protein tipa IV, ta je nujen za biogenezo pilov in prenos substrata, iii) T4SS membranski kompleks, ki omogoča prenos DNA preko membrane donorske celice in iv) relaksom, ki cepi dsDNA, da dobimo ssDNA, ki se nato prenese.

Proces konjugacije so zaenkrat odkrili le pri dveh deblih arhej in sicer pri ''Thermoproteota'' in ''Nitrososphaerota''. ''Sulfolobales ''so razvile poseben sistem za prenos DNA imenovan Ced sistem (ang. ''crenarchaeal exchange of DNA''). Ced sistem vsebuje štiri proteine, CedA, CedA1, CedA2 in CedB. CedA vsebuje šest ali sedem transmembranskih domen, za katere predvidevajo, da tvorijo transmembranski kanal za vnos DNA. CedB je homolog bakterijske AAA+ ATPaze, ki zagotavlja energijo za translokacijo DNA preko membrane. CedA1 protein tvori pile, ki so strukturni homologi bakterijskim, vloge za CedA2 pa še ne poznajo. Ced sistem torej vsebuje 3 od 4 mehanizmov, ki jih vsebujejo bakterije za konjugacijo. Zapis za Ced proteine se nahaja na operonu Ced, ki je del kromosomske DNA, za razliko od bakterij, ki nosijo za pile na plazmidu. Operon Ced se izraža ob poškodbi DNA zaradi UV sevanja. Ced sistem posreduje enosmerni vnos DNA, ki je obraten od bakterijskega. Pri bakterijah celica s pili prenese svoj zapis drugi celici, medtem ko pri arhejah celica s pili prejme dedni material. Ta se nato uporabi kot matrica za genomsko popravilo s homologno rekombinacijo.

Ced sistem deluje v povezavi z operonom pilov tipa IV, ki se aktivirajo z UV svetlobo in se nahajajo v ''Sulfolobales'' (Ups; ang. ''UV-inducible type IV pili operon of Sulfolobales''). Ups pili, ki nastanejo ob UV-sevanju, posredujejo celično agregacijo, ki je vrstno specifična. Da je vrstno specifična zagotavljajo specifični vzorci glikozilacije na Ups pilih in S-proteinske plasti, ki prekriva celično membrano. Ni znano ali se S-plast razporedi ali razgradi. Glede na širino kanala, ki ga tvorijo pili, predvidevajo, da se prenaša enoverižna DNA. Ni pa znano, kako dsDNA preoblikuje v ssDNA. Za učinkovit prenos DNA morata biti prisotna tako Ups kot Ced sistem, vendar ta dva ne potrebujeta biti izražena v isti celici. Ced in Ups sistem nista vedno prisotna, kar nakazuje na drug alternativni mehanizem prenosa DNA. V ''Thermoproteales'' so odkrili homologe Ced proteinov in jih poimenovali Ted (ang. ''Thermoproteales exchange of DNA'').

Z novimi odkritji delovanja Ced in Ted sistema, predvidevajo, da imata skupaj z bakterijskim T4SS konjugiranim sistemom skupnega prednika. Arhejski sistem pa se je nato razvil in prilagodil, da je arhejam omogočil preživetje v ekstremnih okoljih.

== Fuzija celic ==

Poleg glavnih mehanizmov so pri arhejah opisani tudi drugi mehanizmi za prenos DNA. Eden teh temelji na fuziji celic (ang. ''cell fusion'') in ga najdemo v halofilnih arhejah (haloarhejah). Pri tem mehanizmu gre za dvosmerni prenos in vključitev genomske in plazmidne DNA s celično fuzijo.

Pred skoraj tremi desetletji je bilo dokazano, da je prenos DNA med celicami haloarhej dvosmeren in odvisen od medceličnega stika. Mehanizem prenosa so opisali pri arhejah vrste ''Haloferax volcanii''. Prenos je potekal na način, ki je bil odvisen od vzpostavitve fizičnega stika med celicami in se je povečal, ko je bila celicam omogočena daljša skupna inkubacija. Transformacija in transdukcija sta bili izključeni, saj je bil prenos neobčutljiv na DNazo. Konjugacija se je zdela malo verjetna, ker je bil prenos dvosmeren brez določenega donorja ali akceptorja. Odkrili so tudi citoplazemske mostičke, ki vzdržujejo citoplazemsko kontinuiteto dveh povezanih celic. Ti mostički so bili dolgi do 2 μm in široki 0,1 μm ter so omogočali prenos DNA med celicami. Konjugacija je bila izključena tudi zato, ker več citoplazemskih mostičkov hkrati povezuje dve celici. To je kasneje podkrepila tudi ugotovitev, da sta se kromosomska in plazmidna DNA v haloarhejah izmenjali s podobno frekvenco, kar je v nasprotju z bakterijsko konjugacijo. Pri konjugaciji namreč prenos genov, ki se nahajajo na plazmidih, poteka z večjo frekvenco kot prenos genov, ki se nahajajo na kromosomih. Zato je bil za haloarheje predlagan mehanizem prenosa DNA na osnovi celične fuzije.

Da pride do celične fuzije morata biti dve celici, ki pripadata isti ali sorodni vrsti, v neposredni bližini. Ker proces zahteva fizični stik, je naslednji korak pritrditev ene celice na drugo. Za to se domneva, da je potreben kakšen faktor prepoznavanja. Po prepoznavi sledi vzpostavitev fizičnega stika z ustvarjanjem citoplazemskih mostičkov med celicami. Nastali citoplazemski mostički se razširijo, da omogočijo dvosmerno izmenjavo plazmidov in celih kromosomov. Znano je, da med tem procesom nastanejo hetero-diploidne celice. Te celice vsebujejo kromosomsko in plazmidno DNA obeh starševskih celic ter v procesu predstavljajo začasno stanje. Na začetku celice vsebuje tudi kombinirane plazmide obeh starševskih celic. To stanje lahko vodi do dveh stvari. Lahko pride do ločevanja kromosomov, kar bi povzročilo vrnitev v prvotno stanje. Lahko pa zaradi hetero-diploidnosti celice pride do rekombinacije dveh kromosomov in tako do nastanka rekombinantnih kromosomov. Poleg tega se lahko plazmidi neenakomerno izmenjajo ali delijo neodvisno od kromosomov, zaradi česar nastanejo celice z novim genotipom.

Ugotovitev, da dejansko pride do celične fuzije in medvrstne rekombinacije, se ujema s filogenetskimi podatki, ki kažejo na visoke ravni medvrstnega prenosa DNA med haloarhejami.

== Transport z vezikli ==

Nastajanje membranskih veziklov je univerzalen proces, za katerega se domneva, da je temelj celične kompartmentalizacije in evkariogeneze. V arhejah so bili vezikli in nanocevke v veliki meri raziskani pri reprezentativnih vrstah iz rodu ''Crenarchaeota'' in ''Euryarchaeota''. Vezikli arhej so bili povezani z več fiziološkimi procesi, kot so razstrupljanje, biomineralizacija in transport bioloških molekul, vključno s kromosomsko in plazmidno DNA. S tem sodelujejo pri evoluciji genoma in prilagajanju s horizontalnim prenosom genov.

Ugotovljeno je bilo, da več termofilnih arhej sprošča membranske vezikle z brstenjem. Arheje ''Thermococcales'' pogosto sproščajo vezikle, ki vsebujejo tako kromosomsko kot tudi plazmidno DNA. Ugotovitev, da je ta plazmidna DNA izjemno odporna na visoke temperature in da nanj ne vpliva obdelava z DNazo, nakazuje na to, da membranski vezikli ščitijo DNA pred zunanjimi vplivi. Poleg brstenja lahko člani ''Thermococcales'' proizvajajo membranske vezikle skozi organele, ki spominjajo na bakterijske nanocevke. Nekatere vrste ''Thermococcales'' so sposobne proizvajati nanocevke, ki lahko dosežejo nekaj mikrometrov v dolžino in so pogosto napolnjene z vezikli. Vezikli, ki so prisotni v teh nanocevkah so običajno manjši od prostih veziklov, poleg tega pa se na skrajnih delih nanocevk nahajajo še večje, mehurčkom podobne strukture. To nakazuje, da bi lahko te strukture sodelovale pri transportu in oblikovanju veziklov. Nanocevke pogosto povezujejo celice skupaj in domnevajo, da bi lahko sodelovale pri prenosu materiala med celicami preko neposrednega celičnega stika.

Skoraj vse študije, ki se ukvarjajo s proizvodnjo veziklov v ''Crenarchaeaota'', so bile izvedene na organizmih iz reda ''Sulfolobales''. Te arheje so termoacidofili, ki uspevajo v kislih (pH 2–3) kopenskih vročih vrelcih. Nekateri sevi ''Sulfolobus'' proizvajajo vezikle, ki vsebujejo toksine (sulfolobicine), ki lahko ubijejo druge seve ''Sulfolobus''. Ker so bili geni, ki so odgovorni za preoblikovanje membrane in vezikularni transport, verjetno prisotni v arhejah še pred ''Euryarchaeota'', so bili membranski vezikli verjetno vključeni v najzgodnejše oblike medceličnega transporta arhej. Za mnoge organizme iz vseh področij življenja je tvorba membranskih veziklov še vedno bistvena za transport DNA in drugih spojin.

Glavna razlika med arhejami in bakterijami, ki verjetno vpliva na ustrezne mehanizme proizvodnje veziklov in nanocevk, je struktura njihovih celičnih ovojnic. Podobno kot pri večini evkariontskih celic imajo tudi arheje celično ovojnico sestavljena iz ene same membrane. Večina arhej tako nima rigidne celične stene, kar lahko olajša proizvodnjo veziklov in nanocevk.

== Zaključek ==

Bakterijski in arhejski konjugacijski sistem sta verjetno sorodna kljub obratni smeri prenosa dednega materiala. Med arhejami se prenaša enoverižna genomska DNA skozi pile, ki se aktivirajo z UV svetlobo. Zaenkrat sta znana le Ced in Ted sistem prenosa DNA. Pri fuziji celic gre za dvosmeren prenos, ki je odvisen od medceličnega stika in vključuje fizično pritrditev dveh celic ter nastanek citoplazemskih mostičkov med celicami. Na koncu procesa nastanejo hetero-diploidne celice. Pride do rekombinacije kromosomov, ali pa do neenakomerne delitve plazmidov neodvisno od kromosomov, zaradi česar nastanejo celice z novim genotipom. V arhejah so bili vezikli in nanocevke v veliki meri raziskani pri reprezentativnih vrstah iz rodu ''Crenarchaeota'' in ''Euryarchaeota''. Vezikli vsebujejo ter ščitijo kromosomsko in plazmidno DNA pred zunanjimi vplivi. Nanocevke lahko dosežejo nekaj mikrometrov v dolžino in so pogosto napolnjene z vezikli. Poleg tega povezujejo celice skupaj in domnevajo, da bi lahko sodelovale pri prenosu materiala. Večina znanja o mehanizmih prenosa DNA v arhejah temelji na raziskavah s ''Sulfolobus'' in haloarhejami. Zato je treba še ugotoviti, ali so opažanja oz. rezultati specifični ravno za te arheje ali pa so to splošne značilnosti arhej.

== Viri ==

Wagner, A., Whitaker, R., Krause, D. et al. Mechanisms of gene flow in archaea. Nat Rev Microbiol 15, 492–501 (2017). https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.41

Beltran, L.C., Cvirkaite-Krupovic, V., Miller, J. et al. Archaeal DNA-import apparatus is homologous to bacterial conjugation machinery. Nat Commun 14, 666 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-36349-8

Naor, A., Gophna, U. Cell fusion and hybrids in Archaea. Bioengineered. 4:3, 126-129 (2013). https://doi.org/10.4161/bioe.22649

Junfeng, L. et al. Extracellular membrane vesicles and nanotubes in Archaea. microLife, Volume 2. (2021). https://doi.org/10.1093/femsml/uqab007

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

BIO2 Seminar 2022

2022-12-16T08:32:28Z

UlaMikos: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| class="wikitable"
! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve
|-
! Tinkara Korošec
| 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Marcel Tušek
| 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Pia Kristanc
| 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Samo Pucihar
| 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Luka Fink
| 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Tin Vranješ
| 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Lucija Kovaček
| 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Mark Varlamov
| 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Klemen Justin
| 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Teja Mohar
| 14-15 || Encimi za popravilo metabolitov || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Tea Amidović
| 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Taja Pojbič
| 14-15 || Pentoza-fosfatna pot in rak || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Deni Krašna
| 16 || Krebsov cikel - zvezdišče viroimunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Zara Bunc
| 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Urša Lah
| 16 || Acetil CoA in kromatin || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Žiga Koren
| 16 || Vloga intermediatov krebsovega cikla pri zaščiti pred ishemijo || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Tim-David Agrež
| 17 || Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Aleš Poljanšek
| 17 || Ketonska telesca in njihov vpliv na nevrodegenerativne bolezni || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Tonja Jeromelj
| 17 || Alteracije lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Miha Tomšič
| 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Leila Bohorč
| 18 || Katabolizem lizina pri rastlinah: vloga saharopinske poti pri odzivu na abiotski in biotski stres || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Teo Trost
| 18 || Oslabljen metabolizem razvejanih aminokislin || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Ivana Stojić
| 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Lara Rajterič
| 18 || Vloga metabolizma razvejanih aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Primož Šenica Pavletič
| 19 || Mehanizmi mitohondrijske respiratorne prilagoditve || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Špela Auer
| 19 || Kompleks II sukcinat dehidrogenaza || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Gal Kastelic
| 19 || Sestavljalne poti kompleksov oksidativne fosforilacije || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Tim-David Agrež
| 17 || Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji || Deni Krašna || Klemen Justin || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Taja Mužič
| 20 || ROS in njihova vloga v rastlinah || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Mia Kobal
| 20 || Zgradba in delovanje rubisca, najpogostejšega encima || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Laura Simonič
| 20 || Prilagoditev tilakoidnih membran na spremembe svetlobe || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Karin Rak
| 20 || Manipulacija rastlin proti višjim izkoristkom fotosinteze preko fotorespiracije || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Ula Mikoš
| 21 || Sintezna pot in funkcija vitamina E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lara Zupanc
| 21 || Vitamin D || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lena Kogoj
| 21 || Lipidi SPM in njihova vloga pri delovanju imunskega sistema || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Naja Pečovnik Wutt
| 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Matija Novel
| 22 || Dopaminski transporter: regulacija in mehanizem interakcije z dopaminom || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Sofija Stevanović
| 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Martin Kresal
| 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Miljan Trajković
| 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Filip Petrovič
| 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|-
! Patricija Kolander
| 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev 2022

2022-12-16T08:31:44Z

UlaMikos:

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2022/23 =
==Tinkara Korošec - Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalnih molekul na človeka==

S koevolucijo patogenov in njegovih gostiteljev so oboji razvili svoje obrambne mehanizme. Pri nekaterih patogenih je ta proces vodil v evolucijo efektorskih proteinov, ki imitirajo evkariontske proteine in manipulirajo z gostiteljevimi signalnimi potimi. Pojav imenujemo imitacija molekul (angl. molecular mimicry). Gre za proteine, zelo podobne evkariontskim proteinom ali njihovim domenam. Patogene bakterije lahko imitirajo GTPazne regulatorje. Ti so dovzetni za biokemijske abnormalnosti, ki so direktno povezane z boleznimi. Največji skupek imitiranih proteinov so odkrili v bakterijskem rodu Legionella. Med okužbo patogen spremeni namembnost gostiteljske celice za optimizacijo pogojev, ki bakteriji omogočijo preživetje. Če se gostiteljske celice zdravijo, je tako okolje manj ugodno za bakterije in obolenje bo težje napredovalo. Z razumevanjem motivne imitacije preko kratkih linearnih motivov ali SLiM-ov, ki jo uporabljajo bakterije med okužbo, lahko razširimo spekter alternativ zdravljenja infekcij. S porastom rezistence na antibiotike, se je povečala tudi potreba po novih antibiotičnih terapijah. Obetavna alternativo antibiotikom predstavlja ciljanje gostitelja, da ta ustvari neugodno okolje za patogen, kar doseže s povzročanjem motenj v SLiM posredovanih interakcijah.

==Pia Kristanc - Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov==

Toksini so sestavine živalskih strupov, ki na žrtev delujejo na različne načine. Njihov cilj so pogosto ionski kanali, saj tako lahko že majhna količina strupa močno vpliva na veliko različnih procesov. Toksini pogosto delujejo kot inhibitorji. Kanal lahko inhibirajo tako, da zmotijo mehanizem odpiranja in zapiranja ali pa se vežejo direktno v poro in tako zamašijo kanal. Ionski kanali so tudi zanimivi kot tarče za zdravila, vendar je zelo težko ustvariti takšna, ki bi ciljala točno določen ionski kanal. Znanstveniki so zato začeli raziskovati toksine kot potencialna biološka zdravila. Primer takšnega že potrjenega zdravila je zikonotid, ki se uporablja kot analgetik. Pridobljen je iz strupa stožčastega polža in deluje kot inhibitor od napetosti odvisnega kalcijevega kanala, ki se nahaja v živčevju. Toksin blokira kanalsko poro in tako onemogoči njegovo delovanje. Drug primer sta dva toksina, ki blokirata ionske kanale za zaznavanje kisline (ASIC). Pri teh proton igra vlogo liganda, odgovornega za odprtje in zaprtje, zato je kanal direktno odvisen od pH okolja. Toksina, ki ga lahko inhibirata, sta mambalagin, pridobljen iz kače črne mambe, in π-heksatoksin-Hi1a, pridobljen iz avstralskega pajka. Prvi deluje kot analgetik, drugi pa izboljšuje posledice po ishemični kapi. Raziskovanje delovanja toksinov je pripomoglo k poznavanju delovanja ionskih kanalov, hkrati pa odpira možnosti za razvoj raznih zdravil, predvsem analgetikov, ki ne bi vsebovali opioidov.

==Marcel Tušek - Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem==

Mitofagija je specifičen proces, ki pomeni, da poteka avtofagija mitohondrija. Ta proces v celici je nastal evolucijsko. To lahko sklepamo po tem, da se aktivira v času pomanjkanja, kar je bilo preteklosti velikokrat prisotno, saj nismo vedno imeli dostopa do hrane. Poznamo tri vrste avtofagije. Celica ima dva procesa s katerima lahko uničuje visoko reaktivne kisikove radikale, ki nastanejo v času oksidativne fosforilacije. To sta mitofagija ter derivat NAC-a, saj obadva razgrajujeta te radikale. Razlika je, da NAC razgradi samo te radikale, medtem ko mitofagija pa kar celoten mitohondrij. Pri mitofagiji je trenutno znanih 32 proteinov, ki so specializirani samo za avtofagijo. Eden najpomembnejših izmed teh proteinov je Atg32, saj če on ni fosforiliran, mitofagija sploh ne more biti inducirana. Atg pomni, da je ta protein avtofagosomsko-povezan. Atg32 je transmembranski receptor, ki celici avtofagosomu sporoča, kam se naj veže. Najdemo ga na zunanji strani membrane mitohondrija. Pokazano je tudi bilo, da če Atg32 vežemo na peroksisome, jih je proces avtofagije sposoben razgraditi.

==Lucija Kovaček - Nekroptoza in njena vloga pri raku==
Nekroptoza je oblika celične smrti, kjer celica nabrekne, membrana poči in sprosti se znotrajcelična vsebina. Ta vsebuje tudi molekulske vzorce povezane s poškodbo celic oziroma DAMP (angl. damage-associated molecular patterns), ki povzročijo provnetni odziv. Nekroptoza je pomembna zlasti pri regulaciji rasti tumorjev in imunskem odzivu. Regulirana je s proteinskimi kinazami povezanimi z receptorji (angl. receptor-interacting protein kinases) ali z RIP kinazami, bolj natančno z RIPK1 in RIPK3. Procesi signalizacije celične smrti imajo ključno vlogo pri regulaciji tumorjev, saj so se rakave celice prilagodile, tako da bi nekroptozi ubežale. RIP kinaze lahko vplivajo na rast tumorjev z uravnavanjem aktivnosti imunskih efektorjev v tumorskem mikrookolju. Smrt rakavih celic z nekroptozo, lahko tako trajno okrepi protitumorsko imunost. Kljub temu pa obstajajo primeri, pri katerih RIP kinaze povzročijo vnetje in pomagajo pri napredovanju tumorja. Znanstveniki zato želijo raziskati, kako je aktivnost RIP kinaz regulirana v tumorjih in v imunskih celicah ter kako se ti procesi med seboj usklajujejo. To nam bi pomagalo bolje razumeti tumorogenezo in možnosti njenega nadzora v prihodnosti. Šele ko bomo popolnoma razumeli mehanizem regulacije nekroptoze pri raku, bomo lahko zasnovali nove terapije za njegovo premagovanje, kjer ne bi več ogrožali imunskih celic.

==Luka Fink - Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo==
Celična adhezija je bistvena za tvorbo organov, celično migracijo in interakcijo s ciljnimi celicami in zunajceličnim matriksom. Integrini so veliki proteinski heterodimeri α in β verige in tvorijo pomembno družino molekul celične adhezije. V zadnjih nekaj letih je prišlo do dramatičnega razvoja razumevanja regulacije integrina in izkazalo se je, da je fosforilacija le-tega temeljnega pomena. V tem seminarju želim razložiti, kako je aktivnost integrina regulirana z njegovo fosforilacijo. Proteinske kinaze in fosfataze inducirajo specifične fosforilacije in defosforilacije integrinov, kar jim omogoča uravnavanje dinamičnih interakcij s citoplazemskimi proteini. Eni izmed zunajceličnih ligandov, ki interagirajo z integrini so kolagen, fibrinogen, fibronektin in veliko drugih proteinov, ki imajo sekvenco, ki jo integrini lahko prepoznajo: –Arg–Gly–Asp– (RGD). Kratek citoplazemski podaljšek α in β podenote vzpostavlja povezave s citoskeletnimi proteini, ki ležijo pod plazmalemo: talin, α-aktinin, vinkulin, paxillin in drugi. Nekateri od teh delujejo kot pozitivni ali pa negativni regulatorji integrinov. S tem se dosežejo spremembe v celični adheziji in signalizaciji. LFA-1 (Lymphocyte function-associated antigen 1) integrin je bil uporabljen kot model za študijo adhezije. Je integrin, ki ga najdemo na limfocitih in levkocitih. Igra ključno vlogo pri migraciji levkocitov iz krvnega obtoka do tkiv. Fosforilacija α verige je nujno potrebna za indukcijo fosforilacije na β verigi v LFA-1. Signalni poti enega in drugega integrina, ki lahko aktivirata ali inaktivirata njuno funkcijo, sta nadzorovani s fosforilacijo β verige.

==Tin Vranjes - Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice==
V zunanjem segmentu paličice poteka fototransdukcija. To je prevzem svetlobnega signala in njegova pretvorba po signalni poti v spremembo membranskega potenciala paličice. Struktura zunanjega segmenta je specializirana za potek signalne poti, s kupom membranskih diskov med katerimi se nahajajo ključne komponente za fototransdukcijo. S krio-elektronsko tomografijo(krio-ET) lahko dobimo 3- dimenzionalne slike znotraj celičnih okolij z nanometrske ločljivosti in malo motečih artefaktov.V kombinaciji z drugimi metodami nam je omogočila narediti velikostno konsistenten model zunanjega segmenta paličice. Pri sprožitvi kaskade reakcij fototransdukcije in njeni regulaciji je ključen rodopsin in kompleksi, ki jih tvori v svoji aktivirani obliki, s trnsducinom, GRK1 in arestinom. Iz tomografskih slik in strukturnih podatkov o PDE6, ki pretvarja cGMP v neciklično obliko, in GCs, ki pretvarja GMP v ciklično obliko, lahko sklepamo, da proteina delujeta tudi kot steberna proteina pri ohranjanju razdalje med membranskimi cikli. Pri fotostimulacji lahko merimo intrinzične optične signale, ki so posledica podaljšanja fotoreceptorskih celic ob fotostimulaciji. To bi lahko omogočala zgradba PDE6, katerega konformacija se pri aktivaciji spremeni in s tem poveča dolžino med membranskimi cikli. Razumevanje strukture proteinov in okolja v katerem poteka fototransdukcije je ključno za razumevanje bolezni mrežnice.

==Teja Mohar - Encimi za popravilo metabolitov==
V celici med seboj usklajeno deluje stotine metaboličnih encimov, ki so zelo specifični. A encimi niso popolni katalizatorji in zato, kljub njihovi visoki specifičnosti pod fiziološkimi razmerami, številni katalizirajo manj pogoste stranske reakcije, katerih rezultat so stranski produkti - nekanonični metaboliti. Lahko so neuporabna obremenitev metabolizma saj se lahko kopičijo v celicah in so lahko zaviralni in/ali reaktivni, kar včasih povzroči toksičnost. Zato so za trajno delovanje presnovnih poti potrebni mehanizmi za preprečevanje poškodb metabolitov ali za pretvorbo poškodovanih metabolitov nazaj v fiziološke oblike. Večje pomanjkanje encimov za popravilo metabolitov lahko pri ljudeh povzroči različne bolezni, pri višjih vretenčarjih pa ima lahko smrtonosne posledice. To kaže na njihovo pomembno vlogo pri celičnem metabolizmu. En popravljalni encim ima zmožnost katalizirati številne različne popravljalne reakcije. Velike metabolične poti pa lahko potrebujejo tudi več popravljalnih encimov. Glikoliza tako za popravilo napak potrebuje 10 popravljalnih encimov (G6PC3, PGP, ACYP1, NAXD, NAXE, L2HGDH, GLO1, GLO2, FN3K, MDP-1) in prenašalec (G6PT). Odkritje novih metabolitov, encimov in celotnih poti je omogočilo zdravljenje tudi prej slabo razumljenih bolezni. Glede na število popravljalnih encimov, ki so prisotni pri glikolizi je verjetno, da jih je treba odkriti še na stotine, ki ščitijo širok spekter presnovnih poti.

==Tea Amidović - Karakterizacija glikoproteoma==
Glikozilacija, ena od najpogostejših posttranslacijskih modifikacij, spremeni proteine in lipide na različne načine, kar ima za posledico prodorno foliacijo celične površine. Kljub veliki kompleksnosti v živalskih sistemih imajo glikanske strukture ključne biološke in fiziološke vloge, pomagajo pri zvijanju proteinov in pri biološkem prepoznavanju. Proteinski glikokonjugati, ki nastanejo kot rezultat glikozilacije, lahko prispevajo k pomembnim biološkim funkcijami. Razumevanje biologije glikokonjugata na ravni konjugata lahko zagotovi pomembne vpoglede v razvoj bioloških označevalcev in zdravil. Ugotavljamo, da so glikokonjugati več kot vsota njihovih posameznih komponent glikana in proteina. Nove raziskave, ki so osredotočene na glikom, kažejo na združevanje glikoma in proteoma na vseh ravneh, od glikanskih nizov do glikoproteomike in krioelektronske mikroskopije. Popolna analiza glikoproteinskih konjugatov kot tudi njihovih komponent je zdaj mogoča zahvaljujoč novim metodam. Vse večja zbirka orodij za karakterizacijo strukture, interakcij in bioloških funkcij proteinskih glikokonjugatov za razumevanje in nadzorovanje teh skrivnostnih biomolekul postaja ključnega pomena za preučevanje glikoproteoma.

==Urša Lah - Acetil-CoA in njegova vloga pri regulaciji kromatina==
Nastanek acetil-CoA je potreben za učinkovito regulacijo acetilacije histona v jedru. Acetilacija je do danes najbolj raziskana modifikacija histonov. Je proces, pri katerem gre za pripenjanje acetilne skupine iz acetil-CoA na N-terminalni repek enega od histonov. Acetil-CoA obstaja v dveh ločenih območjih v celici. Ločimo mitihondrijski in jedrski/citosolni acetil-CoA. Mitohondrijski izhaja predvsem iz delovanja encim piruvat dehidrogenaze in oksidacije maščobnih kislin. Citosolni acetil CoA pa je odgovoren za acetilacijo beljakovin in sintezo maščobnih kislin. Globalne ravni acetilacije histona so občutljive na razpoložljivost acetil-CoA v celici, ki niha kot odziv na razpoložljivost hranil ali presnovno reprogramiranje, ki je eden od znakov raka. ATP-citrat liaza (ACLY) je encim, ki proizvaja acetil-CoA iz citrata. Prisoten je tako v jedru, kot v citosolu. ACLY v jedru igra ključno vlogo pri ohranjanju acetilacije histona z vzdrževanjem acetil-CoA v jedru celic sesalcev, hkrati pa igra pomembno vlogo pri popravljanju DNK. Pomembno vlogo pa ima pri acetilaciji histona še encim ACSS2, ki pa neposredno uravnava tudi prostorski spomin pri sesalcih. Prav tako igra vlogo pri presnovi in tumorjih in je primerna tarča za raziskovanje v terapevtske namene. Acetilacija presnovnih encimov je zelo ohranjena tako pri prokariontih kot tudi pri evkariontih.

==Zara Bunc - Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka==
Vsak aerobni organizem se za pridobitev energije primarno zanaša na Krebsov cikel, ki predstavlja osrednjo pot metabolizma in sinteze makromolekul. Znano je, da se v primeru razvoja celic v rakave, celični metabolizem in posledično tudi Krebsov cikel znatno spremenita. Slednje je predvsem posledica nakopičenja genetskih mutacij. Sprva je bila kot glavna presnovna pot v metabolizmu rakavih celic izpostavljena glikoliza, vendar študije v zadnjih letih nakazujejo tudi na velik vpliv Krebsovega cikla. Slednji predstavlja pomemben vir energije za rakave celice, s čemer omogoči pospešen razvoj raka. Pri raziskovanju specifik poteka Krebsovega cikla v rakavih celicah, se je pojavilo vprašanje, ali bi lahko raka zdravili s pomočjo vanj tarčno usmerjenih terapij. Posebnosti so se pojavile predvsem pri spremenjenih gorivih cikla (glukoza, glutamin, maščobne kisline), izražanju onkogenov in tumor supresorjev (MYC, P53, HIF, RAS) ter pri mutacijah encimov, ki sodelujejo v ciklu (SDH, FH, IDH). Obetavne so predvsem terapije, ki vključujejo inhibicijo določenih procesov z majhnimi molekulami. Ugotovili so, da ima zaenkrat najboljši terapevtski učinek inhibicija razgradnje glutamina (glutaminolize), saj je v rakavih celicah kot glavno gorivo cikla prisoten glutamin. Podobno efektivni so tudi inhibitorji mutiranih encimov cikla. Čeprav številne terapije že kažejo pozitivne učinke pri zaviranju razvoja raka, je trenutno večina še vedno v kliničnem testiranju.

==Žiga Koren - Vloga intermediatov Krebsovega cikla pri zaščiti pred ishemijo==
Ishemična bolezen srca, eden od vodilnih vzrokov smrti po celem svetu, letno terja kar sedem milijonov žrtev. Med pojavom napada bolezni lahko pride do srčnomišičnega infarkta, kjer se pomembne venčne arterije močno zožajo ali popolnoma zaprejo. Znanstveniki so za boj proti njej predlagali že veliko število terapij, vključno z analizo vloge intermediatov Krebsovega cikla ob pojavu le-te. Med epizodami hipoksije pride do močno povečane proizvodnje sukcinata in fumarata, ki imata tako energijsko vlogo ob pomanjkanju kisika, kot signalno vlogo ob njegovi vrnitvi. Za pojasnitev povišanih koncentracij omenjenih intermediatov sta predlagani dve poti, pri prvi gre za preplet Cahillijevega cikla s Krebsovim, pri drugi pa prride do metabolizma aminokisline aspartat. Sukcinat je pomemben pri preprečevanju ubikvitinacije ob hipoksiji induciranega faktorja 1 (HIF1) in vezavi na na receptor Gpr91, fumarat pa igra ključno vlogo pri aktivaciji oksidativne poti z NF-E2 povezanega faktorja (NRF2). Načeloma so povečane koncentracije intermediatov koristne, a obstajajo tudi z dokazi podprte teorije, da tovrstno kopičenje predstavlja velik napor za celice, ki lahko posledično vodi do poškodb o ponovni vzpostavitvi krvnega toka. Do poškodb pride zaradi močno povečane proizvodnje reaktivnih kisikovih delcev, ki lahko vodi do odprtja mitohondrijskih tranzicijskih por in posledično tudi do aktivacije apoptoze.

==Deni Krašna - Krebsov cikel - zvezdišče viroimunometabolizma==
Samorazmnoževalni proteinsko-nukleinsko kislinski kompleks, ali bolje rečeno virus, je samo intuitivno povezan z gostiteljevim metabolizmom. Brez ATP, ki ga ta zagotavlja se ni sposoben pritrditi niti na plazmalemo. Sinteza biomolekul in njihovih prekurzorjev, pomenbnih za virusno replikacijo ter brstenje, ravno tako pade na ramena gostiteljevega anabolizma. Zato ni nikakor čudno, da se virus razmnožuje z obzirom na Krebsov cikel. Le-tega med drugim zaradi njegove amfibolične lastnosti smatramo kot središče metabolizma. Nedavno pridobljeno znanje pa ga postavi tudi v središče virusne patogeneze in njenega razvoja. Zasidran proces, sicer skrit v mitohondriju in uravnan z vseh strani neba, pa je virusu težko oblegati, zato napade tudi anaplerotične reakcije. Med njimi na tudi poglavitne, piruvat – oksidirajoče reakcije, ter tako napoti gostiteljsko celico na kriva, vendar zanj ugodna pota. Celica pa ne ostane dolžna, svoje lovke véje iz globin, sicer že signalno signifikantnega cikla trikarboksilnih kislin, ter s svojimi signalno zmožnimi intermediarnimi metaboliti pokaže zobe in zažene vnetni, proti-virusni sistem. Imunoregulatorno funkcijo pa lahko pripišemo tudi nekaterim derivatom metabolitov TCA, ki predstaljajo odlično odskočno desko za pripravo terapevtskih učinkovin. Še posebej, ker se virus težko izogne znižanja plastičnosti metabolizma, in kompleksnosti prepeleta dinamike tako virusno kot gostiteljsko inducirane alarmacije.

==Tim David Agrež - Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji==
V zadnjem času se izvajajo mnoge raziskave na dolgih nekodirajočih RNA in njihovi funkciji v organizmu, saj je samo področje še sorazmerno neraziskano. Če nam uspe pojasniti njihovo vlogo in mehanizem v regulaciji lipidnega metabolizma in signalizacije bi to lahko pomenilo velik preskok v zdravljenju mnogih bolezni povezanih z metabolizmom. Glede na to, kar nam je že poznano lahko z gotovostjo trdimo, da imajo lncRNA v metabolizmu in signalizaciji lipidov pomembno vlogo na praktično vsaki točki. V seminarju sem opisal nekatere izmed pomembnejših lncRNA in kako le te vplivajo na regulacijo metabolizma lipidov in njihovo vlogo pri sprejemanju signalov medcelične komunikacije preko lipidnih signalnih molekul.

==Aleš Poljanšek - Ketonska telesca in njihov vpliv na nevrodegenerativne bolezni==
Nevrodegenerativne bolezni se pojavijo kot posledica propadanja nevronov in izgubljanja njihovih funkcij. Eden izmed glavnih vzrokov propadanja nevronov so motnje v metabolizmu, med katerimi je najbolj kritična motnja v metabolizmu glukoze, saj nevroni ne morejo proizvajati ATP-ja iz lipidov. Da bi ublažili hipometabolizem glukoze, so se znanstveniki posvetili izvajanju terapij, s katerimi bi povečali koncentracijo ketonski telesc v krvi. Ta lahko namreč delujejo kot nadomesten substrat v primeru nizke koncentracije glukoze v krvi ali zmanjšanja samega metabolizma glukoze. Sama ketonska telesca nastanejo v procesu, imenovanem ketogeneza, v katerem iz prostih maščobnih kislin v jetrnih celicah nastanejo ketonska telesca, med katerimi je najpomembnejši beta-hidroksibutirat, saj ga nevroni najlažje absorbirajo. Ta se nato sprostijo v kri in preko krvno-možganske pregrade nato vstopijo v možgane. Tam se ketonska telesca v procesu, imenovanem ketoliza, pretvorijo v acetil-CoA, ki se nato nadalje sintetizira v ATP. Ketonska telesca poleg tega, da služijo kot nadomesten substrat v nevronih, zmanjšujejo oksidativni stres, blažijo pa tudi nevroinflamacijo. V terapijah, pri katerih so zdravili različne nevrodegenerativne bolezni, se je pokazalo, da lahko s povečanjem koncentracije ketonskih telesc v krvi, za kar lahko poskrbimo s ketogeno dieto, z vnosom srednje-verižnih maščobnih kislin ali z vnosom ketonskih estrov, izboljšamo kognitivne sposobnosti, spomin in jezikovne sposobnosti pri Alzheimerjevi bolezni. Tovrstne terapije so bile učinkovite tudi pri Parkinsonovi bolezni in pri amiotrofični lateralni sklerozi.

==Tonja Jeromelj - Alteracije lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah==
Lipidi v celicah predstavljajo glavno zalogo energije, kot gradniki se vgrajujejo tudi v celične membrane. Lipidni metabolizem je pomemben za vzdrževanje življenja, ki v ravnovesju izkorišča sintezo in razgradnjo energijsko bogatih molekul. Ogromna količina podatkov, zbranih v preteklih letih nakazuje na pomemben vpliv lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah (cancer stem cells – CSC). CSC predstavljajo majhno populacijo rakavih celic, ki imajo značilnosti zdravih matičnih celic, zlasti sposobnost, da generirajo vse vrste celic, ki jih najdemo v določenem vzorcu raka. CSC ali tumor-initiating cells (TIC) so zaradi svoje raznolikosti odporne na tradicionalno zdravljenje. Odgovorne so za metastaze in ponovitev bolezni pri rakavih pacientih. V njih se prepletajo metabolične in signalne poti, ki so značilne za rakave in matične celice. Lipidni metabolizem ima v teh celicah signifikantno vlogo saj predstavlja kompleksno mrežo fleksibilnih metaboličnih poti. V biosintezi maščobnih kislin CSC kot druge celice pridobivajo strukturne komponente, ki so ključne za celično proliferacijo. Encimi, ki sodelujejo v regulaciji in lipogenezi pa regulirajo signalne poti kot je Hippo-YAP/TAZ, ki jih povezujemo z ohranjanjem matičnosti. Oksidacija maščobnih kislin služi kot glavna metabolična pot za zadostitev visokim energijskim potrebam teh celic, brez nevarnosti, ki jih predstavljajo reaktivne kisikove spojine. Zaradi odvisnosti CSC od lipidnega metabolizma, postaja to tematika številnih kliničnih študij, ki se ukvarjajo z eliminacijo celotne populacije rakavih celic.

==Teo Trost - Oslabljen metabolizem razvejanih aminokislin==
Razvejane aminokisline (BCAA), levcin, izolevcin in valin, igrajo ključno vlogo pri zdravju. So esencialne, njihov metabolizem pa je precej kompleksen in medorgansko odvisen. Poteka v mitohondrijih, prva stopnja lahko poteka tudi v mišičnem tkivu, druga pa v jetrih. Napake v metabolizmu lahko vodijo do kopičenja intermediatov (metabolitov) ali pa kar celih BCAA. Povišana koncentracija BCAA v krvi lahko aktivira tarčni protein rapamicina (mTOR), ki se aktivira tudi z inzulinom. Ko je mTOR aktiviran, se aktivira tudi ribosomska proteinska kinaza S6, ki pa fosforilira in s tem inaktivira inzulinski receptorski substrat, kar pa vodi do blokirane inzulinske signalizacije. Posledica tega je tudi razvoj diabetes mellitus tipa 2. Oslabljen metabolizem BCAA pa lahko rezultira tudi kot bolezen javorjevega sirupa ali številne kardiometabolične bolezni zaradi zamenjave metabolnega goriva v srčni mišici (iz glukoze na BCAA). Ugotavljali so tudi povezavo med telesno aktivnostjo in BCAA in ali je povišana koncentracija BCAA pri idealnih pogojih škodljiva zdravju ali ne. Prav tako so se začele izvajati študije, ki bi ugotovile potencialno povezavo med BCAA in PDAC oziroma vrsto raka trebušne slinavke, ki je pogosto povezan z ljudmi, diagnosticiranimi z debelostjo in/ali diabetesom.

==Leila Bohorč - Katabolizem lizina pri rastlinah: vloga saharopinske poti pri odzivu na abiotski in biotski stres==
Suše, poplave, ekstremne temperature, patogeni… pri rastlinah povzročajo abiotski oziroma biotski stres. Na to se morajo ustrezno odzvat in prilagodit metabolizem, da ga zaščitijo pred posledicami dehidracije, osmotskega in oksidativnega stresa, pomanjkanja hranilnih snovi in ATP, okužb… Sprožijo se različne metabolne poti, med njimi tudi katabolizem aminokisline lizin. Ta se ob stresu začne nabirat v celici, kar sproži saharopinsko pot, po kateri se lizin preko saharopina in α-aminoadipat semialdehida z encimom LKR/SDH pretvori v pipekolat. Lizin predstavlja tudi alternativni substrat za celično dihanje, saj se α-aminoadipat semialdehid lahko preko α-aminoadipata pretvori tudi v acetil-CoA. Pri nekaterih reakcijah se elektroni direktno prenesejo v dihalno verigo, na koncu pa acetil-CoA seveda vstopi v Krebsov cikel. Ob biotskem stresu iz lizina preko intermediata dehidropipekolične kisline nastane pipekolat in se nato pretvori v N-hidroksipipekolat, ki je ena izmed ključnih molekul, ki pri rastlini regulirajo sprožitev obrambnega mehanizma sistemsko pridobljene odpornosti, ki zdrave dele rastline ščiti pred morebitno okužbo. Znanstveniki predvidevajo, da tudi pipekolat, ki nastane v saharopinski poti sodeluje v imunskem odzivu rastline. Čeprav biotski stres aktivira tudi encime saharopinske poti, sama NHP pot nanjo nima vpliva.

==Lara Rajterič - Vloga metabolizma razvejanih aminokislin pri zdravljenju raka==
Razvejane aminokisline, levcin, izolevcin in valin, so esencialne aminokisline, ki so v celicah vključene v številne metabolne procese. Razvejane aminokisline in njihovi katabolni produkti sodelujejo v različnih celičnih mehanizmih, kot so preskrba celic z energijo, anabolizem in katabolizem proteinov ter signalna transdukcija. V zadnjem času se vse več študij ukvarja z raziskovanjem sprememb v metabolizmu aminokislin. Izkazalo se je, da so le te močan faktor v karcinogenezi, ki vključuje celično rast, delitev, migracijo itd. Tumorske celice imajo namreč neomejeno sposobnost delitve, kar močno poveča njihove energetske potrebe. Posledično se morajo prilagoditi oz. reprogramirati svoj metabolizem tako, da lahko sploh preživijo v okolju z relativno malo razpoložjivimi hranili. Za razumevanje reprogramiranja metabolizma aminokislin je pomembno predvsem poznavanje delovanja proteinov, ki v njem sodelujejo. Najpomembnejši v tem procesu so katabolni encimi transaminaze razvejanih aminokislin (BCAT1 in 2), kompleks dehidrogenaza razvejanih aminokislin v povezavi s svojo kinazo in fosfatazo (BCKDH-BCKDK-PPM1K kompleks), transporterji aminokislin in njihovi metaboliti. Globje razumevanje njihovega delovanja in spremenjene ekspresije predstavlja veliko možnost za napredek pri razvoju diagnostičnih pristopov za odkrivanje in terapij za zdravljenje nekaterih rakavih obolenj.

==Ivana Stojić - Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka==
Cikel sečnine je glavna pot, po kateri sesalci odstranjujejo odpadni dušik. Specifične spremembe v izražanju večine encimov se pojavljajo v številnih tumorjih, kar vodi do splošnega presnovnega znaka, imenovanega disregulacija. Pri več vrstah raka je izražanje proteinov cikla sečnine ne regulirano, kar zagotavlja presnovne koristi za preživetje in rast tumorja. Glavne spremembe, opisane v izražanju encimov cikla pri različnih oblikah raka na različnih stopnjah, so dinamične in jih je zato treba obravnavati na poseben način. Disregulacija izzove preusmeritev dušika ter poveča sintezo pirimidina, ki povzroči spremembe na genomskem podpisu, katerega sestavljajo mutacija na ravni DNA, RNA in proteinov. Mutacijsko prevladovanje je povezano s povečanim številom hidrofobnih tumorskih antigenov in boljšim odzivom na zaviralce imunskih kontrolnih točk, neodvisno od mutacijske obremenitve. Cikel sečnine je bil ovrednoten na podlagi motenj v jetrih, izoliranih iz kahektičnih podgan s tumorjem, kjer se je sinteza sečnine avtoinhibirala v prisotnosti mnogih substratov. Sečnina v krvi je bila višja pri podganah s tumorjem, kar kaže na povečano sintezo sečnine. Razumevanje aktivnosti poti cikla sečnine je ključno za interakcije med rakom in imunskimi celicami ter diagnozo za zdravljenje raka.

==Špela Auer - Kompleks II (sukcinat dehidrogenaza)==
Celično dihanje je proces v katerem živa bitja pridobivajo ATP. Eden izmed procesov v tej metabolni poti je oksidativna fosforilacija, katere del je tudi encim sukcinat dehidrogenaza (SDH) oziroma kompleks II. SDH je povezovalni člen med Krebsovim ciklom in oksidativno fosforilacijo, saj oksidira sukcinat v fumarat, potem pa elektrone prenese preko FAD in treh [Fe-S] centrov na ubikinon. Encim je sestavljen iz 4 podenot (podenote A, B, C in D), ki imajo vsaka svojo funkcijo. Zorenje encima omogočajo sestavljalni faktorji. Najpomembnejši so SDHAF1, SDHAF2, SDHAF3 in SDHAF4. SDHAF1 omogoča vezavo treh [Fe-S] centrov na podenoto B s pomočjo proteinov ISCU, HSPA9 in HSC20, pri tem naj bi pomagal še SDHAF3. SDHAF2 pritrja FAD na podenoto A, SDHAF4 pa zmanjšuje avtooksidacijo. Delovanje SDH-ja je regulirano s pomočjo sukcinatnih kompetitorjev (npr. malat), ubikinonskih inhibitorjev (karboksin) in posttranslacijskih modifikacij, kamor prištevamo fosforilacije, acetilacije in sukcinilacije. Fosforilacija (poteče kot odgovor na nastanek reaktivnih kisikovih spojin), deacetilacija (odstrani acetilni del na SDHA, da se substrat lažje veže) in sukcinilacija povečajo SDH aktivnost; obratni procesi pa jo zmanjšajo. Mutacije sukcinat dehidrogenaze so povezane s številnimi boleznimi, ki jih v osnovi delimo na rakave in nevrodegenerativne bolezni, med katere med drugim spadajo tudi hipertenzija in palpitacija, je pa to področje še precej neraziskano.

==Gal Kastelic - Sestavljalne poti kompleksov oksidativne fosforilacije==
Oksidativna fosforilacija ali OXPHOS je primarni vir ATP molekul v evkariontskih celicah. Pri tem procesu sodeluje 5 večjih heteromernih encimov: kompleksi I, II, III, IV in V, ki se nahajajo na tubularnih kristah in se sestavijo po zapletenih in včasih med seboj odvisnih poteh. Transportni mehanizmi so dobro regulirani s sestavljalnimi faktorji, a natančne funkcije regulatorjev so še povsem neraziskane. Vsak encim, razen kompleksa II, je mešanica podenot, ki so kodirane bodisi v jedrni DNA, te se sintetizirajo v citosolu in so v mitohondrij transportirane s posebnimi mehanizmi TOM in TIM22, TIM23 na membranah mitohondrija, bodisi v mitohondrijski DNA, te pa sintetizirajo mitohondrijski ribosomi v matriksu in jih s pomočjo OXA1 translokaz vstavijo na membrano mitohondrija. Ravno ta dvojni izvor podenot celici predstavlja največji izziv za tvorjenje kompleksov. Sestavljalne poti se pri kompleksih razlikujejo, najbolj pa izstopa kompleks V, pri katerem vsi koraki sestavljanja potekajo na membrani krist. Da se proteini in kofaktorji, npr. Fe-S klastri in FMN pravilno povežejo, so potrebni številni sestavljalni faktorji in združevanje posameznih kompleksov v superkomplekse, katerih funkcija še vedno ni popolnoma znana, dokazano pa je, da ustvarijo primernejše pogoje za sestavljanje novih kompleksov.

==Primoz Senica Pavletic - Mehanizmi mitohondrijske respiratorne prilagoditve==
Živalske celice uporabljajo najrazličnejše regulatorne mehanizme za prilagoditev na stres v okolju. Povišan stres je povezan s povišanjem porabe ATP. Mitohondrij je kot glavni organel za proizvodnjo ATP reguliran glede na potrebo le-tega. Eden od regulatornih mehanizmov je nadzor nad izražanjem mitohondrijskih genov. Glavni regulator je PGC1α, ki, tako sam kot tudi z vezavo na transkripcijske faktorje, vpliva na izražanje genov. Drugi način regulacije mitohondrijske biogeneze je s kontrolo translacije jedrne mRNA, ki ima zakodirane mitohondrijske proteine in proteine, ki na druge načine sodelujejo pri mitohondrijski biogenezi. Glavni regulator translacije mitohondrijskih proteinov je kompleks mTORC1–4E-BP1/2 in RNA-vezani protein CLUH. Z zaviranjem zgornjega bralnega okvirja (uORF = upstream open reading frames) na PPARGC1A mRNA (kodira PGC1α) se regulira tudi translacije le-tega. Ko so polipeptidi proteinov dihalne verige sintetizirani, se transportirajo preko membranskega proteina TOM v medmembranski matriks, kjer se še dodatno modificirajo in preko membranskega proteina TIM vsidrajo v notranjo mitohondrijsko membrano. V membrani z drugimi podenotami tvorijo kvartarne strukture. Ob povečani porabi ATP se proteini dihalne verige dodatno posttransladijsko spremenjio in povečajo kapaciteto proizvodnje ATP. Kapaciteta proizvodnje ATP v mitohondriju se lahko tudi poveča s tvorbo super struktur v dihalni verigi.

==Mia Kobal - Zgradba in delovanje rubisca, najpogostejšega encima==
Ribuloza-1,5-bifosfat karboksilaza/oksigenaza oziroma rubisco je glavni encim procesa fotosinteze. Fotosinteza je glavni dejavnik proizvodnje hrane in uravnavanja koncentracije kisika v atmosferi. Rubisco je tako eden najpomembnejših encimov na svetu. A rubisco ni učinkovit, ravno obratno. Nagnjen je k napakam, katalitično delovanje je počasno in nezadostno, namesto ogljikovega dioksida - kar je osrednja točka fotosinteze - pa lahko veže kisik. Karboksilazno aktivnost spremlja oksigenazna, namesto dveh molekul 3-fosfoglicerata, nastane le ena, poleg nje pa še toksičen in neuporaben 2-fosfoglikolat. Tega morajo organizmi presnoviti v ATP reguliranem procesu fotorespiracije. Fotosintetskim organizmom je zato v prid večanje učinkovitosti rubisca. Nadzor nad encimom se izvaja že pri samem nastanku s pomočjo raznih šaperonov oziroma spremljevalcev. Samo delovanje rubisca spremlja zanj posebna aktivaza – rubisco aktivaza (Rca), učinkovitost pa večajo tudi posebni kompleksi – rubiskozomi, ki so jih razvile cianobatkerije, rastline… Pravilno delovanje vseh mehanizmov pripomore k fiksaciji in pretvorbi CO2 v kisik. Letno rubisco veže do 1014kg ogljikovega dioksida, encima pa je na svetu okoli 7 x 1011kg (96% se ga nahaja v kopenskih organizmih, ostalo pa v morskih).

==Karin Rak - Manipulacija rastlin proti višjim izkoristkom fotosinteze preko fotorespiracije==
Ribuloza 1,5-bisfosfat karboksilaza/oksigenaza (Rubisco) je encim, ki v prvem koraku fotosinteze veže CO2 in ga fiksira, da lahko iz njega nastanejo bolj energijsko bogate molekule kot je glukoza. Ker pa ni specifičen samo za ogljikov dioksid, lahko veže tudi kisik. Sklop reakcij, ki se sproži, se imenuje fotorespiracija in je energijsko neugoden proces. V seminarju so povzeti načini, ki preusmerjajo fotorespiracijo z mehanizmi lovljenja CO2 v kloroplastih, uvajanjem bolj učinkovitih poti iz drugih tipov rastlin in cianobakterij, preoblikovanje encima Rubisco in obvodi fotorespiracije. Glavna tarča poskusov so poljščine, ki pa so zahtevne za manipulacijo, vendar so dosedanji rezultati obetavni. Druga problematika so nestanovitne vremenske razmere, ki so tudi posledica globalnega segrevanja. V manjši meri je upoštevana tudi avtorizacija genetsko spremenjenih organizmov. Dvig izkoristka fotosinteze je ključnega pomena za preskrbo naraščajoče svetovne populacije s hrano. Pridobili bi tudi kmetijske površine, saj bi za enako količino poljščine zaradi boljših in hitrejših izkoristkov fotosinteze potrebovali manj zemlje. Z gojenjem rastlin, ki so bogate s sladkorji ali škrobom bi pridobil znatno količino biogoriv, prav tako z gojenjem rastlin, ki vsebujejo velike količine rastlinskega olja.

==Laura Simonič - Prilagoditev tilakoidnih membran na spremembe svetlobe ==
Tilakoidna membrana v kloroplastih višjih rastlin je kompleksen sistem cistern, sestavljen iz naloženih granularnih in nenaloženih stromatarnih domen. V njej so prisotni štirje nosilni proteinski kompleksi, ki sodelujejo pri od svetlobe odvisnih reakcijah prenosa elektronov in ustvarjanju elektrokemijskega gradienta na tilakoidni membrani: fotosistema I in II, citokromski kompleks b6f in CF1CFo- ATP sintaza. Rastline so pogosto izpostavljene spremembam okoliške svetlobe, ki lahko povzročijo neuravnoteženost med sintetizirano količino ATP in NADPH in njuno porabo v metabolnih reakcijah. Če rastline tem spremembam ne nasprotujejo s prilagoditvami mehanizmi, lahko privede do zmanjšane učinkovitosti fotosinteze ali pa celo nastanka spojin, ki poškodujejo membranske komponente. Zato se je tilakoidna membrana skozi evolucijo razvila v zelo dinamično strukturo. Organizacija, mobilnost, količina in interakcije tilakoidnih komponent so izredno pomembne za prilagoditev tilakoid na različne svetlobne pogoje. Rastline so razvile dva načina prilagoditve na svetlobo: na kratki rok pride predvsem do prerazporeditve in spremembe interakcij med komponentami membrane ter na dolgi rok, kjer je prilagojena stehiometrija membranskih kompleksov. Takšne spremembe v sami sestavi tilakoidne membrane pripeljejo do strukturnih sprememb na nivoju tilakoid, kot tudi celotnih kloroplastov, kar privede tudi do spremembe v rasti rastlin in v procesov, ki jih izvajajo.

==Taja Mužič - ROS in njihova vloga v rastlinah ==
Fotosinteza je proces, pri katerem rastline uporabljajo sončno svetlobo, vodo in ogljikov dioksid za ustvarjanje kisika in energije v obliki sladkorja. Ločimo jo na oksigeno in anoksigeno. Funkcionalno srce fotosinteze so redoks reakcije, zato ni presenetljivo, da v procesu fotosinteze reaktivne kisikove spojine (ROS) nastajajo v izobilju, to pa zagotavlja veliko število redoks signalov. Najpogostejši ROS, ki jih najdemo v rastlinah so superoksid (O2--), vodikov peroksid (H2O2), hidroksilni radikal (HO--) in singletni kisik (1O2). ROS se v optimalnih razmerah nenehno prozivajajo. Pri nizkih koncentracijah imajo več koristnih vlog, pri visokih pa lahko v celici povrzočijo škodo. ROS imajo lahko pomembno vlogo tudi kot signalne molekule. Njihova vloga signalne molekule je odvisna od ravnovesja med njihovo proizvodnjo in razstrupljanjem. Zato je pomebna komunikacija med organeli, v katerih nastajajo ROS in jedrom. Ko gre za prenos signalov iz organela do jedra, govorimo o retrogradni signalizacji. Ena izmed najbolj preučenih retrogradnih molekul v rastlinah so ravno ROS. Rastline so izpostavljene stresnim razmeram, na katere se morajo konstanto prilagajati. Glavni vrsti stresa sta biotski in abiotski. Obe vrsti lahko porušita ravnovesje med nastajanjem in razstrupljanjem ROS. Tako previsoke kot prenizke koncentracije ROS pa negativno vplivajo na rast in razvoj rastlin.

==Lena Kogoj - Lipidi SPM in njihova vloga pri delovanju imunskega sistema ==
Do vnetja pride zaradi odziva našega imunskega sistema na neko dražilo. Proces je sestavljen iz dveh faz – iniciacije in resolucije. Resolucijo, katere naloga je vzpostavitev homeostaze, nadzorujejo specialni resolucijski mediatorji (SPM-ji). Njihova naloga je prekinitev dotoka nevtrofilcev na mesto okužbe in preprečitev delovanja citokinov – proteinskih molekul, ki povečujejo imunski odziv. Nato pomagajo pri zbiranju makrofagov, ki odstranjujejo ostanke dražil in mrtvih celic. SPM-ji so skupina lipidov, ki se sintetizirajo iz polinenasičenih maščobnih kislin. Njihov nastanek katalizirajo različne lipoksigenaze in ciklooksigenaze. Med SPM-je sodijo lipoksini, resolvini, marezini in protektini. Njihovo delovanje je tesno povezano z receptorji, ki sodijo v skupino z G-proteini sklopljenih receptorjev, in pa celicami imunskega odziva. Te delimo na celice, ki so udeležene v prirojenem imunskem odzivu in pa celice, ki sodelujejo v pridobljenem imunskem odzivu. Med prve sodijo nevtrofilci, monociti, ki se med okužbo preobrazijo v makrofage, in naravne celice ubijalke, med druge pa limfociti T in B. Poglobljeno poznavanje mehanizmov delovanja SPM-jev bi nam lahko omogočilo izdelavo zdravil za bolezni, pri katerih pride do akutnega in/ali kroničnega vnetja.

==Ula Mikoš - Sintezna pot in funkcija vitamina E ==
Vitamin E je skupina osmih v maščobah topnih molekul. Skupaj sodijo v skupino tokokromanolov, saj so sestavljene iz kromanolnega obroča in fitilnega repa. Pri tokotrienolih ima rep tri dvojne trans-vezi, pri tokoferolih pa je nasičen. Poleg repa se posamezne oblike med seboj razlikujejo po številu in mestu metilnih skupin na aromatskem obroču. Sinteza tokokromanolov se začne z združitvijo homogentisata in fitildifosfata. Končni produkti sintezne poti so γ-tokoferol, ki se nato preoblikuje v α-tokoferol, in δ-tokoferol, ki se lahko preoblikuje v β-tokoferol. Homogentisat se sintetizira po šikimatni sintezni poti, fitildifosfat pa je končni produkt metiletritol sintezne poti. Najbolj pomembna oblika je α-tokoferol, saj ima izrazite antioksidantne zmožnosti. Rastlino brani pred reaktivnimi kisikovimi zvrstmi. α-tokoferol lahko reagira z reaktivnimi kisikovimi zvrstmi, donira elekron in prekine verižne reakcije, ki jih povzročajo radikali. Sam α-tokoferol lahko uniči 120 molekul singletnih kisikov, predno sam razpade. Radikal α-tokoferola se regenerira s pomočjo še ene molekule antioksidanta. Razpade pa na tokoferolni kinon, kateri se lahko reducira nazaj v α-tokoferol s pomočjo NAD(P)H-odvisne kinon oksidoreduktaze. Ljudje vitamina E ne sintetiziramo, ga le zaužijemo. V tankem črevesju se vitamin E absorbira in prenese po telesu do jeter, kjer se razgradi. V endoplazmatskem retikulumu poteka ω-hidroksilacija in ω-oksidacija. Dokončno se razgradi še fitilna veriga z β-oksidacijo. α-tokoferol se ne razgradi in deluje v telesu kot antioksidant.

BIO2 Seminar 2022

2022-10-23T14:48:25Z

UlaMikos: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| class="wikitable"
! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve
|-
! Tinkara Korošec
| 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Marcel Tušek
| 12 || Pomembnost Atg32 receptorja v mitofagiji || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Pia Kristanc
| 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Samo Pucihar
| 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20
|-
! Luka Fink
| 12 || || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Tin Vranješ
| 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Lucija Kovaček
| 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Mark Varlamov
| 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20
|-
! Klemen Justin
| 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Teja Mohar
| 14-15 || || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Tea Amidović
| 14-15 || || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Taja Pojbič
| 14-15 || || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20
|-
! Deni Krašna
| 16 || || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Zara Bunc
| 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Urša Lah
| 16 || || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Žiga Koren
| 16 || || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20
|-
! Tim-David Agrež
| 17 || || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Aleš Poljanšek
| 17 || || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Tonja Jeromelj
| 17 || || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Miha Tomšič
| 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20
|-
! Leila Bohorč
| 18 || || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Teo Trost
| 18 || || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Ivana Stojić
| 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Lara Rajterič
| 18 || || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20
|-
! Primož Šenica Pavletič
| 19 || || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Špela Auer
| 19 || || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Gal Kastelic
| 19 || || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Miljan Trajković
| 19 || || Lara Rajterič || Miha Tomšič || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20
|-
! Taja Mužič
| 20 || || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Mia Kobal
| 20 || || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Laura Simonič
| 20 || || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Karin Rak
| 20 || || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20
|-
! Ula Mikoš
| 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lara Zupanc
| 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Lena Kogoj
| 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Naja Pečovnik Wutt
| 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20
|-
! Matija Novel
| 22 || Kreatin in protitumorna imuniteta T celic || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Sofija Stevanović
| 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Martin Kresal
| 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Laura Trček
| 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21
|-
! Filip Petrovič
| 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|-
! Patricija Kolander
| 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2022-03-12T09:46:29Z

UlaMikos: /* Seznam seminarjev */

Seminarje vodi doc. dr. Miha Pavšič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| class="wikitable"
! Priimek in ime !! Naslov seminarja !! Povezava !! Rok za oddajo !! Rok za recenzijo !! Datum predstavitve !! Recenzent 1 !! Recenzent 2 !! Recenzent 3
|-
| Fink, Luka || Protitumorsko zdravilo spodbuja hujšanje pri miših || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224140853.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bunc, Zara || Pečovnik Wutt, Naja || Malik, Lara
|-
| Kogoj, Lena || Umetno narejene proteinske mišice zdaj realnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220128141254.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Pucihar, Samo || Pojbič, Taja || Novel, Matija
|-
| Korošec, Tinkara || Superbakterije in novi pristopi k razumevanju vzroka rezistence || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220217181730.htm
|| 04.03. || 07.03. || 10.03. || Kovaček, Lucija || Trček, Laura || Petrovič, Filip
|-
| Krašna, Deni || Odkrit ključ za nadzor celične smrti || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218100724.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Stojić, Ivana || Bernik, Miha || Kolenc, Klara
|-
| Mezek, Tajda || Multipla skleroza verjetno posledica okužbe z Epstein-Barr virusom || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220113151342.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Trajković, Miljan || Jeromelj, Tonja || Koren, Žiga
|-
| Auer, Špela || Vpliv proteina na vnetja || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220125124029.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Žerovnik, Klara || Poljanšek, Aleš || Matek, Nik
|-
| Mikoš, Ula || Unikaten tubulin, ki se v amebi igra skrivalnice || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220225085843.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Zupanc, Lara || Vogrič, Vanja || Trost, Teo
|-
| Mužič, Taja || Smrtonosna kombinacija, ki neposredno sproži celično smrt || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220113111451.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Petrov, Mario || Vranješ, Tin || Varlamov, Mark
|-
| Rajterič, Lara || Z novim sistemom do hitrejšega nadzora nad nanodelci za dostavo zdravil || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210114055.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Trobiš, Veronika || Agrež, Tim-David || Justin, Klemen
|-
| Simonič, Laura || Yin in Yang mitohondrijske arhitekture || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210154147.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Velkovska, Tamara || Bunc, Zara || Kresal, Martin
|-
| Kristanc, Pia || Proteinska struktura odkriva mehanizem rezistence proti zdravilom pri bakterijah || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218080243.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Fink, Luka || Pucihar, Samo || Pečovnik Wutt, Naja
|-
| Lah, Urša || Kolibaktin; bakterijski toksin, ki sproži indukcijo profaga ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220223111242.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Kogoj, Lena || Kovaček, Lucija || Pojbič, Taja
|-
| Mohar, Teja || Zaznavanje proteinskih interakcij || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220223104855.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Korošec, Tinkara || Stojić, Ivana || Trček, Laura
|-
| Tušek, Marcel || Prihodnost shranjevanja podatkov je v obliki dvojnega heliksa || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/03/220303162030.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Krašna, Deni || Trajković, Miljan || Bernik, Miha
|-
| Brajer, Mirta || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224112615.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mezek, Tajda || Žerovnik, Klara || Jeromelj, Tonja
|-
| Kastelic, Gal || Popravilo poškodb v DNK || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/03/220308155623.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Auer, Špela || Zupanc, Lara || Poljanšek, Aleš
|-
| Malik, Lara || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mikoš, Ula || Petrov, Mario || Vogrič, Vanja
|-
| Novel, Matija || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220211102033.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mužič, Taja || Trobiš, Veronika || Vranješ, Tin
|-
| Petrovič, Filip || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220105103131.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Rajterič, Lara || Velkovska, Tamara || Agrež, Tim-David
|-
| Kolenc, Klara ||Odkrili kako virusi povzročijo avtoimune bolezni ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220228103805.htm || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Simonič, Laura || Fink, Luka || Bunc, Zara
|-
| Koren, Žiga || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Kristanc, Pia || Kogoj, Lena || Pucihar, Samo
|-
| Matek, Nik || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Lah, Urša || Korošec, Tinkara || Kovaček, Lucija
|-
| Trost, Teo || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Mohar, Teja || Krašna, Deni || Stojić, Ivana
|-
| Varlamov, Mark || Razmnoževanje virusa ošpic || https://www.sciencedaily.com/releases/2021/09/210923115553.htm || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Tušek, Marcel || Mezek, Tajda || Trajković, Miljan
|-
| Justin, Klemen || Protein SARS-CoV-2 krivec za okužbe, a tudi pot do rešitve || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220216121828.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Brajer, Mirta || Auer, Špela || Žerovnik, Klara
|-
| Kresal, Martin || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Kastelic, Gal || Mikoš, Ula || Zupanc, Lara
|-
| Pečovnik Wutt, Naja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Malik, Lara || Mužič, Taja || Petrov, Mario
|-
| Pojbič, Taja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Novel, Matija || Rajterič, Lara || Trobiš, Veronika
|-
| Trček, Laura || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Petrovič, Filip || Simonič, Laura || Velkovska, Tamara
|-
| Bernik, Miha || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Kolenc, Klara || Kristanc, Pia || Fink, Luka
|-
| Jeromelj, Tonja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Koren, Žiga || Lah, Urša || Kogoj, Lena
|-
| Poljanšek, Aleš || Nov koncept za boj proti odpornosti bakterij na antibiotike || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220222135331.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Matek, Nik || Mohar, Teja || Korošec, Tinkara
|-
| Vogrič, Vanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Trost, Teo || Tušek, Marcel || Krašna, Deni
|-
| Vranješ, Tin || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Varlamov, Mark || Brajer, Mirta || Mezek, Tajda
|-
| Agrež, Tim-David || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Justin, Klemen || Kastelic, Gal || Auer, Špela
|-
| Bunc, Zara || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Kresal, Martin || Malik, Lara || Mikoš, Ula
|-
| Pucihar, Samo || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Pečovnik Wutt, Naja || Novel, Matija || Mužič, Taja
|-
| Dehondt, Johan || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || ||
|-
| Vitard, Arthur || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || ||
|-
| Kovaček, Lucija || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Pojbič, Taja || Petrovič, Filip || Rajterič, Lara
|-
| Stojić, Ivana ||Biološke nevrone kmalu nadomestili umetni ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220222121302.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Trček, Laura || Kolenc, Klara || Simonič, Laura
|-
| Trajković, Miljan || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Bernik, Miha || Koren, Žiga || Kristanc, Pia
|-
| Žerovnik, Klara || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Jeromelj, Tonja || Matek, Nik || Lah, Urša
|-
| Zupanc, Lara || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220228190958.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Poljanšek, Aleš || Trost, Teo || Mohar, Teja
|-
| Petrov, Mario || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vogrič, Vanja || Varlamov, Mark || Tušek, Marcel
|-
| Trobiš, Veronika || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vranješ, Tin || Justin, Klemen || Brajer, Mirta
|-
| Velkovska, Tamara || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Agrež, Tim-David || Kresal, Martin || Kastelic, Gal
|}

==Naloga==
* Samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot '''1. avgusta 2021'''. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* Članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* Naslov izbrane teme (naslov seminarja v slovenščini) in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo .
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu. Povezava je objavljena v [spletni učilnici https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve, tako kot ostali kolegi.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

'''Torej, povzeto''':

1. Seminarsko nalogo avtor do določenega datuma odda [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj], istočasno pa se povzetek v odda [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2021_Povzetki_seminarjev tukaj].

2. Do določenega datuma recenzenti pregledajo nalogo in oddajo datoteko z morebitnimi komentarji/popravki [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj], istočasno pa oddajo svojo ''recenzentsko'' oceno preko povezave v [https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

3. Avtor pripravi končno obliko seminarske naloge in jo odda [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj] vsaj 1 dan pred predstavitvijo.

4. Po predstavitvi ''vsi'' (tako recenzenti kot ostali kolegi) oddate oceno predstavitve preko povezave v [https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

Ne pozabite na pravila pri poimenovanju datotek.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. '''Ne uporabljajte ČŽŠčžš!'''
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2022_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2022_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* TBK_2022_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo ('''''ne''''' TBK_2022_Priimek_Ime.docx_rec_Priimek2.docx), kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2022_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2022_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2022_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://forms.office.com/r/8i5ma9ZvQZ recenzentsko poročilo] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://forms.office.com/r/LvF8vvL7mT mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [https://plus.si.cobiss.net/opac7/jcr COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. Če želite videti vse revije, enostavno v iskalno polje vpišite *. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK 2022 Povzetki seminarjev

2022-03-11T12:18:51Z

UlaMikos:

=== Korošec, Tinkara: Superbakterije in novi pristopi k razumevanju vzroka rezistence ===
Nekatere bakterije so za nas esencialne, medtem ko patogeni sevi lahko povzročajo življenjsko ogrožujoča obolenja. Zaradi desetletij nepravilne uporabe antibiotičnih sredstev, so bakterije nanje razvile rezistenco. Imenujemo jih tudi superbakterije, ena najbolj razvpitih je MRSA, ki ima razvito rezistenco na β-laktamske antibiotike in na močnejše antibiotične učinkovine, kot je trimetoprim (TMP). Gre za inhibitor encima dihidrofolat reduktaze (DHFR), ključnega pri procesih celičnega podvojevanja. Redukcijo na encimu katalizira kofaktor NADPH. Zaradi pojava rezistence bakterij na omenjen inhibitor, so v razvoju novi, preko propargila vezani antibiotiki (PLA). Raziskave so bile izvedene preko računalniških orodij, kjer so izdelali visoko resolucijske kristalne strukture kompleksov med PLA enantiomerami, NADPH izomerama in SaDHFR WT ali F98Y, le-ti v različnih kombinacijah. Opazili so, da se NADPH pojavlja v dveh konformacijah, običajni β-NADPH in še nikoli videni anomeri t-NADPH. Ocenjena je bila tudi učinkovitost različnih PLA enantiomer na WT in mutirani SaDHFR. Izkazalo se je, da sta R-27 in S-27 najučinkovitejši PLA enantiomeri, vendar imata ob vezavi na DHFR različni preferenci za NADPH izomeri. Ker imata enantiomeri različni stopnji učinkovitosti proti F98Y SaDHFR, ta fenomen poimenujemo kiralni izogib (angl. chiral evasion). Gre za pojav, ko encim izrablja konfiguracijsko in kiralno razliko svojega kofaktorja za izogib inhibitorju.

=== Kogoj, Lena: Umetno narejene proteinske mišice zdaj realnost ===
Mišice so zelo kompleksen sistem v živalskih organizmih, ki je ključen za njihov obstoj, saj s pomočjo avtonomnih kontrakcij omogoča bitjem premikanje. Raziskovalna ekipa Univerze v Freiburgu je uspela razviti mišicam podoben material iz naravnih proteinov, ki izvaja kontrakcije avtonomno. Osnova narejenega materiala je elastin, naraven vlaknast zelo elastičen protein, ki se pojavlja v vezivnih tkivih sesalcev in omogoča vrnitev tkiva v prvotno obliko po kontrakciji oziroma raztegovanju. Po zgledu tega proteina so znanstveniki uspeli razviti dva elastinu podobna proteina (ELP) s formulama (DSY)16 in (VRY)16, od katerih se prvi odzove na spremembe pH, drugi pa na spremembe temperature. Znanstveniki so skombinirali ta dva proteina s pomočjo fotokemičnega premreženja, s čemer so oblikovali dvoslojen material. V takem materialu so uspeli vzpostaviti ritmične kontrakcije, ki jih poganja pH oscilirajoča reakcija, ki v ta namen porablja kemično energijo. Vir goriva je natrijev sulfit (Na2SO3). V pH oscilirajoči reakciji, med katero se pH periodično spreminja, se kemijska energija spremeni v mehansko energijo – pride do upogibanja. Kontrakcije se da zagnati ali zaustavili s pomočjo temperaturnih sprememb. Umetna mišica je za zdaj zgolj prototip, vendar je zaradi velike odpornosti, trajnosti, trpežnosti in potencialne možnosti povezovanja s specifičnimi tkivi zelo primerna za aplikacijo v protetiki, farmaciji, rekonstruktivni medicini in robotiki.

=== Krašna, Deni: Odkrit ključ za nadzor celične smrti ===
Proces celične smrti je v človeškem telesu popolnoma običajen proces, večinoma zaželen, saj je pomemben dejavnik pri ohranjanju zdravega organizma. Je strogo reguliran in ga lahko motnja zlahka zasuka v škodljiv način. Kot ključni regulator celičnega preživetja, inflamacije in celične smrti poznamo RIPK1 , katerega kinazna funkcija je nujna za izražanje apoptoze in nekroptoze. Zato je nujen strog post-translacijski nadzor. Izkaže se, da je dosežen s fosforilacijo aktivnih mest lociranih na serinskih in treoninskih aminokislinskih ostankih. O tem sicer pomembnem procesu, pa je še vedno znanega precej malo. Zato se je ta raziskava lotila ravno tega problema. Z uporabo kopice metod, med drugim tudi CRISPR-celogenomski izključitveni pregled, so znanstveniki prišli do spoznanja, da pomembno vlogo igra PPP1R3G s pripadajočo PP1γ katalitsko podenoto, ki defosforilira inhibitorna mesta kinaze. V eksperimentalnem delu so bili pomembni tudi mutanti. Znanstvenikom je proces uspelo potrditi tudi v živih organizmih, in sicer na miškah. Raziskava svojo pomembnost nosi v terapevtskih vodah, saj se s uperjenjem proti PP1R3G/PP1γ odpirajo vrata za zdravljenje inflamatornih bolezenskih stanj.

=== Mezek, Tajda: Multipla skleroza verjetno posledica okužbe z Epstein-Barr virusom ===
Multipla skleroza je kronična avtoimuna bolezen centralnega živčevja. Za bolezen je značilno, da povroča razgradnjo mielinske ovojnice in postopoma poškodbe živčnih vlaken v možganih in hrbetnjači. Hkrati prizadane različna področja možganov in hrbtenjače, zato se kaže s širokim spektrom simptomov, ki so posledica upočasnjenega in/ali prekinjenega prevajanja živčnih impulzov. Točen vzrok bolezni ni znan, raziskave na podlagi večletnih hipotez pa so prvič potrdile povezavo bolezni z preteklo okužbo z Epstein-Barr virusom, izvedeno na serumskih vzorcih ameriških vojakov, ki so bili v času služenja diagnosticirani z multiplo sklerozo. V vzorcih se je vrednost nevrofilamentov (oligoclonal bands), ki so pokazatelji nevrološke degeneracije, značilne za multiplo sklerozo zvišal le v vzorcih po okužbi z Epstein-Barr virusom. Pri patogenezi multiple skleroze so ključni limfociti-B in limfociti-T, medtem ko Epstein-Barr virus napade limfocite-B in epitelne celice sluznic. Rezultate niso povezali z nobenim drugim do zdaj najverjetnejšim rizičnim faktorjem bolezni, kot sta genske predispozicije in nizke ravni vitamina D. To je velik korak v nadaljevanju zdravljenja in preprečevanja bolezni, saj se bo odkrivanje zdravil navezalo na vzročni razlog in ne le na zaviranje celic imunskega sistema. Z razvojem cepiva ali specifičnih protivirusnih zdravil za Epstein-Barr virus bo multipla skleroza lahko postala preprečljiva ali ozdravljiva.

=== Fink, Luka: Protitumorsko zdravilo spodbuja hujšanje pri miših ===
Pokazano je bilo, da povišani nivoji rastnega diferenciacijskega faktorja 15 (GDF15) zmanjšajo vnos hrane in posledično znižajo telesno maso, z aktivacijo receptorja glial-derived neurotropic factor (GDNF) v zadnjih možganih. To je alpha receptor, ki ga kodira gen GFRAL pri glodavcih in nečloveških primatih. Endogena indukcija tega peptida lahko predstavlja rešitev za zdravljenje debelosti. V študiji so s pomočjo drug-screening metod našli majhno molekulo kamptotecin (CPT), ki je bila prej uporabljena kot antitumorna učikovina, ki je lahko potencialen inducer hormona GDF15. Oralno doziranje CPT-ja je povišalo nivoje GDF15 v dietno-induciranih debelih miših, s tem, da je dvignilo nivoje ekspresije GDF15, v največji meri v jetrih, z aktivacijo stresnega odziva. Anorektičen efekt GDF15 je zmanjšal vnos hrane in posledično zmanjšal telesno maso, nivoje krvnega sladkorja in nivoje hepatičnega maščevja v debelih miših. Ravno nasprotno se zgodi, ko je GDF15 inhibiran z AAV8 in CPT izgubi svoje koristne učinke. In pričakovano, CPT ni zmanjšal vnosa hrane v miših brez GFRAL, kljub visokim nivojem GDF15. Te rezultati kažejo na to, da bi bil lahko CPT uporabljen kot učinkovina proti prekomerni telesni masi, z aktivacijo GDF15-GFRAL poti.

=== Rajterič, Lara: Z novim sistemom do hitrejšega nadzora nad nanodelci za dostavo zdravil ===
V zadnjih letih se je RNA terapija uveljavila kot nova kategorija terapevtskega sredstva za preprečevanje in zdravljenje različnih bolezni. Ker pa ima RNA molekula lastnosti, ki ji preprečujejo direkten vstop v celico, so znanstveniki razvili lipidne nanodelce, ki RNA molekulam omogočijo vstop v tarčne celice. Lipidne nanodelce običajno najprej testirajo na miših, nato se premaknejo na primate, ko so bolj sorodni ljudem, šele nato pa pridejo na vrsto klinična testiranja na ljudeh. Ker pa dostava te delcev pri različnih vrstah organizmov zaradi različnih signalnih poti v celicah poteka nekoliko drugače, je tudi celoten proces preizkušanja precej dolgotrajen in drag. Na Inštitutu za tehnologijo v Georgii so znanstveniki zato razvili sistem SANDS, ki jim omogoča simultano primerjavo genov, ki vplivajo na dostavo lipidnih nanodelcev v celice miši, primatov in ljudi, in to vse znotraj posebno zasnovanih poskusnih miši. Ta proces testiranja lipidnih nanodelcev precej skrajša in ekonomizira. S študijo so zanstveniki prišli do podatkov o dostavi LNP-jev do celic, ki lahko naredijo raziskave na prekliničnih vrstah bolj napovedne za testiranja na ljudeh, kar bi lahko omogočilo hitrejši razvoj RNA terapij.

=== Mikoš, Ula: Unikaten tubulin, ki se v bakteriji igra skrivalnice ===
''Naegleria gruberi'' je enocelični evkariont, ki je lahko v obliki amebe in bičkarja. Ameba ne vsebuje mikrotubulov, razen v obdobju celične delitve, ko tvori mikrotubulske snope, ki sestavljajo delitveno vreteno. Mitoza je zaprta, kar pomeni, da se delitveno vrteno tvori znotraj jedrca, ki se ohranja čez celotno mitozo. Razdeli se šele, ko se delitveno vreteno dovolj podaljša. Same snope sestavlja med 3 in 6 mikrotubulov, med 10 do 30 teh snopov, ki so zavrteni največkrat v desno, pa sestavlja vreteno. S podaljševanjem delitvenega vrtena se zasuk manjša, število snopov pa se poveča. V zgodnji metafazi so prisotni le primerni mikrotubuli, ki segajo čez celotno delitveno vrteno, v pozni metafazi, pa se sintetizirajo še sekundarni mikrotubuli, ki se nahajajo le na sredini vrtena. Diferenciacija amebe v bičkarja traja do 120 minut, vendar je ta oblika le začasna. Bičkar se po maksimalno 300 minutah spremeni nazaj v amebo, mikrotubuli se razstavijo in tubulin se razgradi. Mitotski mikrotubuli se razlikujejo od mikrotubulov, ki se sintetizirajo v bičkarju. Razlika je v tubulinu, ki gradi mikrotubule. Mitotski α in β-tubulin je bolj divergenten, kot α in β-tubulin bičkarjev. Sledi sklep, da je tubulin bičkarjev pod strožjim nadzorom. Divergentnost tubulina nam lahko omogoča razvoj zdravila, ki bo delovalo na divergenten tubulin v sorodni ''fowleri'', ki je človeški zajedavec, človeškega pa ne bo poškodoval.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2022-03-10T16:53:10Z

UlaMikos: /* Seznam seminarjev */

Seminarje vodi doc. dr. Miha Pavšič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| class="wikitable"
! Priimek in ime !! Naslov seminarja !! Povezava !! Rok za oddajo !! Rok za recenzijo !! Datum predstavitve !! Recenzent 1 !! Recenzent 2 !! Recenzent 3
|-
| Fink, Luka || Protitumorsko zdravilo spodbuja hujšanje pri miših || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224140853.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bunc, Zara || Pečovnik Wutt, Naja || Malik, Lara
|-
| Kogoj, Lena || Umetno narejene proteinske mišice zdaj realnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220128141254.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Pucihar, Samo || Pojbič, Taja || Novel, Matija
|-
| Korošec, Tinkara || Superbakterije in novi pristopi k razumevanju vzroka rezistence || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220217181730.htm
|| 04.03. || 07.03. || 10.03. || Kovaček, Lucija || Trček, Laura || Petrovič, Filip
|-
| Krašna, Deni || Odkrit ključ za nadzor celične smrti || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218100724.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Stojić, Ivana || Bernik, Miha || Kolenc, Klara
|-
| Mezek, Tajda || Multipla skleroza verjetno posledica okužbe z Epstein-Barr virusom || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220113151342.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Trajković, Miljan || Jeromelj, Tonja || Koren, Žiga
|-
| Auer, Špela || Vpliv proteina na vnetja || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220125124029.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Žerovnik, Klara || Poljanšek, Aleš || Matek, Nik
|-
| Mikoš, Ula || Unikaten tubulin, ki se v bakteriji igra skrivalnice || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220225085843.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Zupanc, Lara || Vogrič, Vanja || Trost, Teo
|-
| Mužič, Taja || Smrtonosna kombinacija, ki neposredno sproži celično smrt || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220113111451.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Petrov, Mario || Vranješ, Tin || Varlamov, Mark
|-
| Rajterič, Lara || Z novim sistemom do hitrejšega nadzora nad nanodelci za dostavo zdravil || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210114055.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Trobiš, Veronika || Agrež, Tim-David || Justin, Klemen
|-
| Simonič, Laura || Yin in Yang mitohondrijske arhitekture || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210154147.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Velkovska, Tamara || Bunc, Zara || Kresal, Martin
|-
| Kristanc, Pia || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218080243.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Fink, Luka || Pucihar, Samo || Pečovnik Wutt, Naja
|-
| Lah, Urša || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220223111242.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Kogoj, Lena || Kovaček, Lucija || Pojbič, Taja
|-
| Mohar, Teja || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Korošec, Tinkara || Stojić, Ivana || Trček, Laura
|-
| Tušek, Marcel || Prihodnost shranjevanja podatkov je v obliki dvojnega heliksa || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/03/220303162030.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Krašna, Deni || Trajković, Miljan || Bernik, Miha
|-
| Brajer, Mirta || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224112615.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mezek, Tajda || Žerovnik, Klara || Jeromelj, Tonja
|-
| Kastelic, Gal || Podaljševanje življenjske dobe proteinov || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210114041.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Auer, Špela || Zupanc, Lara || Poljanšek, Aleš
|-
| Malik, Lara || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mikoš, Ula || Petrov, Mario || Vogrič, Vanja
|-
| Novel, Matija || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220211102033.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mužič, Taja || Trobiš, Veronika || Vranješ, Tin
|-
| Petrovič, Filip || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220105103131.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Rajterič, Lara || Velkovska, Tamara || Agrež, Tim-David
|-
| Kolenc, Klara ||Odkrili kako virusi povzročijo avtoimune bolezni ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220228103805.htm || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Simonič, Laura || Fink, Luka || Bunc, Zara
|-
| Koren, Žiga || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Kristanc, Pia || Kogoj, Lena || Pucihar, Samo
|-
| Matek, Nik || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Lah, Urša || Korošec, Tinkara || Kovaček, Lucija
|-
| Trost, Teo || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Mohar, Teja || Krašna, Deni || Stojić, Ivana
|-
| Varlamov, Mark || Razmnoževanje virusa ošpic || https://www.sciencedaily.com/releases/2021/09/210923115553.htm || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Tušek, Marcel || Mezek, Tajda || Trajković, Miljan
|-
| Justin, Klemen || Protein SARS-CoV-2 krivec za okužbe, a tudi pot do rešitve || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220216121828.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Brajer, Mirta || Auer, Špela || Žerovnik, Klara
|-
| Kresal, Martin || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Kastelic, Gal || Mikoš, Ula || Zupanc, Lara
|-
| Pečovnik Wutt, Naja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Malik, Lara || Mužič, Taja || Petrov, Mario
|-
| Pojbič, Taja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Novel, Matija || Rajterič, Lara || Trobiš, Veronika
|-
| Trček, Laura || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Petrovič, Filip || Simonič, Laura || Velkovska, Tamara
|-
| Bernik, Miha || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Kolenc, Klara || Kristanc, Pia || Fink, Luka
|-
| Jeromelj, Tonja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Koren, Žiga || Lah, Urša || Kogoj, Lena
|-
| Poljanšek, Aleš || Nov koncept za boj proti odpornosti bakterij na antibiotike || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220222135331.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Matek, Nik || Mohar, Teja || Korošec, Tinkara
|-
| Vogrič, Vanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Trost, Teo || Tušek, Marcel || Krašna, Deni
|-
| Vranješ, Tin || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Varlamov, Mark || Brajer, Mirta || Mezek, Tajda
|-
| Agrež, Tim-David || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Justin, Klemen || Kastelic, Gal || Auer, Špela
|-
| Bunc, Zara || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Kresal, Martin || Malik, Lara || Mikoš, Ula
|-
| Pucihar, Samo || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Pečovnik Wutt, Naja || Novel, Matija || Mužič, Taja
|-
| Dehondt, Johan || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || ||
|-
| Vitard, Arthur || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || ||
|-
| Kovaček, Lucija || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Pojbič, Taja || Petrovič, Filip || Rajterič, Lara
|-
| Stojić, Ivana ||Biološke nevrone kmalu nadomestili umetni ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220222121302.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Trček, Laura || Kolenc, Klara || Simonič, Laura
|-
| Trajković, Miljan || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Bernik, Miha || Koren, Žiga || Kristanc, Pia
|-
| Žerovnik, Klara || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Jeromelj, Tonja || Matek, Nik || Lah, Urša
|-
| Zupanc, Lara || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220228190958.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Poljanšek, Aleš || Trost, Teo || Mohar, Teja
|-
| Petrov, Mario || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vogrič, Vanja || Varlamov, Mark || Tušek, Marcel
|-
| Trobiš, Veronika || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vranješ, Tin || Justin, Klemen || Brajer, Mirta
|-
| Velkovska, Tamara || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Agrež, Tim-David || Kresal, Martin || Kastelic, Gal
|}

==Naloga==
* Samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot '''1. avgusta 2021'''. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* Članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* Naslov izbrane teme (naslov seminarja v slovenščini) in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo .
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu. Povezava je objavljena v [spletni učilnici https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve, tako kot ostali kolegi.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

'''Torej, povzeto''':

1. Seminarsko nalogo avtor do določenega datuma odda [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj], istočasno pa se povzetek v odda [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2021_Povzetki_seminarjev tukaj].

2. Do določenega datuma recenzenti pregledajo nalogo in oddajo datoteko z morebitnimi komentarji/popravki [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj], istočasno pa oddajo svojo ''recenzentsko'' oceno preko povezave v [https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

3. Avtor pripravi končno obliko seminarske naloge in jo odda [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj] vsaj 1 dan pred predstavitvijo.

4. Po predstavitvi ''vsi'' (tako recenzenti kot ostali kolegi) oddate oceno predstavitve preko povezave v [https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

Ne pozabite na pravila pri poimenovanju datotek.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. '''Ne uporabljajte ČŽŠčžš!'''
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2022_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2022_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* TBK_2022_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo ('''''ne''''' TBK_2022_Priimek_Ime.docx_rec_Priimek2.docx), kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2022_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2022_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2022_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://forms.office.com/r/8i5ma9ZvQZ recenzentsko poročilo] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://forms.office.com/r/LvF8vvL7mT mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [https://plus.si.cobiss.net/opac7/jcr COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. Če želite videti vse revije, enostavno v iskalno polje vpišite *. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2022-03-05T15:01:11Z

UlaMikos: /* Seznam seminarjev */

Seminarje vodi doc. dr. Miha Pavšič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| class="wikitable"
! Priimek in ime !! Naslov seminarja !! Povezava !! Rok za oddajo !! Rok za recenzijo !! Datum predstavitve !! Recenzent 1 !! Recenzent 2 !! Recenzent 3
|-
| Fink, Luka || Protitumorsko zdravilo spodbuja hujšanje pri miših || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224140853.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bunc, Zara || Pečovnik Wutt, Naja || Malik, Lara
|-
| Kogoj, Lena || Umetno narejene proteinske mišice zdaj realnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220128141254.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Pucihar, Samo || Pojbič, Taja || Novel, Matija
|-
| Korošec, Tinkara || Superbakterije in novi pristopi k razumevanju vzroka rezistence || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220217181730.htm
http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2021_Povzetki_seminarjev#Koro.C5.A1ec.2C_Tinkara:_Superbakterije_in_novi_pristopi_k_razumevanju_vzroka_rezistence
|| 04.03. || 07.03. || 10.03. || Kovaček, Lucija || Trček, Laura || Petrovič, Filip
|-
| Krašna, Deni || Odkrit ključ za nadzor celične smrti || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218100724.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Stojić, Ivana || Bernik, Miha || Kolenc, Klara
|-
| Mezek, Tajda || Multipla skleroza verjetno posledica okužbe z Epstein-Barr virusom || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220113151342.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Trajković, Miljan || Jeromelj, Tonja || Koren, Žiga
|-
| Auer, Špela || Vpliv proteina na vnetja || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220125124029.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Žerovnik, Klara || Poljanšek, Aleš || Matek, Nik
|-
| Mikoš, Ula || Unikaten tubulin, ki se v naeglerii igra skrivalnice || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220225085843.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Zupanc, Lara || Vogrič, Vanja || Trost, Teo
|-
| Mužič, Taja || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220113111451.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Petrov, Mario || Vranješ, Tin || Varlamov, Mark
|-
| Rajterič, Lara || Z novim sistemom do hitrejšega nadzora nad nanodelci za dostavo zdravil || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210114055.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Trobiš, Veronika || Agrež, Tim-David || Justin, Klemen
|-
| Simonič, Laura || Yin in Yang mitohondrijske arhitekture || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210154147.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Velkovska, Tamara || Bunc, Zara || Kresal, Martin
|-
| Kristanc, Pia || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218080243.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Fink, Luka || Pucihar, Samo || Pečovnik Wutt, Naja
|-
| Lah, Urša || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220223111242.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Kogoj, Lena || Kovaček, Lucija || Pojbič, Taja
|-
| Mohar, Teja || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Korošec, Tinkara || Stojić, Ivana || Trček, Laura
|-
| Tušek, Marcel || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Krašna, Deni || Trajković, Miljan || Bernik, Miha
|-
| Brajer, Mirta || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224112615.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mezek, Tajda || Žerovnik, Klara || Jeromelj, Tonja
|-
| Kastelic, Gal || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Auer, Špela || Zupanc, Lara || Poljanšek, Aleš
|-
| Malik, Lara || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mikoš, Ula || Petrov, Mario || Vogrič, Vanja
|-
| Novel, Matija || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mužič, Taja || Trobiš, Veronika || Vranješ, Tin
|-
| Petrovič, Filip || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Rajterič, Lara || Velkovska, Tamara || Agrež, Tim-David
|-
| Kolenc, Klara ||Odkrili kako virusi povzročijo avtoimune bolezni ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220228103805.htm || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Simonič, Laura || Fink, Luka || Bunc, Zara
|-
| Koren, Žiga || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Kristanc, Pia || Kogoj, Lena || Pucihar, Samo
|-
| Matek, Nik || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Lah, Urša || Korošec, Tinkara || Kovaček, Lucija
|-
| Trost, Teo || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Mohar, Teja || Krašna, Deni || Stojić, Ivana
|-
| Varlamov, Mark || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Tušek, Marcel || Mezek, Tajda || Trajković, Miljan
|-
| Justin, Klemen || Protein SARS-CoV-2 krivec za okužbe, a tudi pot do rešitve || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220216121828.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Brajer, Mirta || Auer, Špela || Žerovnik, Klara
|-
| Kresal, Martin || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Kastelic, Gal || Mikoš, Ula || Zupanc, Lara
|-
| Pečovnik Wutt, Naja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Malik, Lara || Mužič, Taja || Petrov, Mario
|-
| Pojbič, Taja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Novel, Matija || Rajterič, Lara || Trobiš, Veronika
|-
| Trček, Laura || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Petrovič, Filip || Simonič, Laura || Velkovska, Tamara
|-
| Bernik, Miha || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Kolenc, Klara || Kristanc, Pia || Fink, Luka
|-
| Jeromelj, Tonja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Koren, Žiga || Lah, Urša || Kogoj, Lena
|-
| Poljanšek, Aleš || Nov koncept za boj proti odpornosti bakterij na antibiotike || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220222135331.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Matek, Nik || Mohar, Teja || Korošec, Tinkara
|-
| Vogrič, Vanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Trost, Teo || Tušek, Marcel || Krašna, Deni
|-
| Vranješ, Tin || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Varlamov, Mark || Brajer, Mirta || Mezek, Tajda
|-
| Agrež, Tim-David || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Justin, Klemen || Kastelic, Gal || Auer, Špela
|-
| Bunc, Zara || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Kresal, Martin || Malik, Lara || Mikoš, Ula
|-
| Pucihar, Samo || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Pečovnik Wutt, Naja || Novel, Matija || Mužič, Taja
|-
| Dehondt, Johan || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || ||
|-
| Vitard, Arthur || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || ||
|-
| Kovaček, Lucija || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Pojbič, Taja || Petrovič, Filip || Rajterič, Lara
|-
| Stojić, Ivana ||Biološke nevrone kmalu nadomestili umetni ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220222121302.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Trček, Laura || Kolenc, Klara || Simonič, Laura
|-
| Trajković, Miljan || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Bernik, Miha || Koren, Žiga || Kristanc, Pia
|-
| Žerovnik, Klara || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Jeromelj, Tonja || Matek, Nik || Lah, Urša
|-
| Zupanc, Lara || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Poljanšek, Aleš || Trost, Teo || Mohar, Teja
|-
| Petrov, Mario || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vogrič, Vanja || Varlamov, Mark || Tušek, Marcel
|-
| Trobiš, Veronika || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vranješ, Tin || Justin, Klemen || Brajer, Mirta
|-
| Velkovska, Tamara || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Agrež, Tim-David || Kresal, Martin || Kastelic, Gal
|}

==Naloga==
* Samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot '''1. avgusta 2021'''. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* Članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* Naslov izbrane teme (naslov seminarja v slovenščini) in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo .
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu. Povezava je objavljena v [spletni učilnici https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve, tako kot ostali kolegi.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

'''Torej, povzeto''':

1. Seminarsko nalogo avtor do določenega datuma odda [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj], istočasno pa se povzetek v odda [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2021_Povzetki_seminarjev tukaj].

2. Do določenega datuma recenzenti pregledajo nalogo in oddajo datoteko z morebitnimi komentarji/popravki [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj], istočasno pa oddajo svojo ''recenzentsko'' oceno preko povezave v [https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

3. Avtor pripravi končno obliko seminarske naloge in jo odda [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj] vsaj 1 dan pred predstavitvijo.

4. Po predstavitvi ''vsi'' (tako recenzenti kot ostali kolegi) oddate oceno predstavitve preko povezave v [https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].

Ne pozabite na pravila pri poimenovanju datotek.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2022_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2022_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2022_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2022_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2022_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2022_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://forms.office.com/r/8i5ma9ZvQZ recenzentsko poročilo] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://forms.office.com/r/LvF8vvL7mT mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [https://plus.si.cobiss.net/opac7/jcr COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. Če želite videti vse revije, enostavno v iskalno polje vpišite *. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2022-03-02T14:20:06Z

UlaMikos: /* Seznam seminarjev */

Seminarje vodi doc. dr. Miha Pavšič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| class="wikitable"
! Priimek in ime !! Naslov seminarja !! Povezava !! Rok za oddajo !! Rok za recenzijo !! Datum predstavitve !! Recenzent 1 !! Recenzent 2 !! Recenzent 3
|-
| Fink, Luka || Protitumorsko zdravilo spodbuja hujšanje pri miših || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224140853.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bunc, Zara || Pečovnik Wutt, Naja || Malik, Lara
|-
| Kogoj, Lena || Umetno narejene proteinske mišice zdaj realnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220128141254.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Pucihar, Samo || Pojbič, Taja || Novel, Matija
|-
| Korošec, Tinkara || Superbakterije in novi pristopi k razumevanju vzroka rezistence || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220217181730.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Kovaček, Lucija || Trček, Laura || Petrovič, Filip
|-
| Krašna, Deni || Odkrit ključ za nadzor celične smrti || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218100724.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Stojić, Ivana || Bernik, Miha || Kolenc, Klara
|-
| Mezek, Tajda || || || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Trajković, Miljan || Jeromelj, Tonja || Koren, Žiga
|-
| Auer, Špela || || || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Žerovnik, Klara || Poljanšek, Aleš || Matek, Nik
|-
| Mikoš, Ula || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220225085843.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Zupanc, Lara || Vogrič, Vanja || Trost, Teo
|-
| Mužič, Taja || || || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Petrov, Mario || Vranješ, Tin || Varlamov, Mark
|-
| Rajterič, Lara || Z novim sistemom do hitrejšega nadzora nad nanodelci za dostavo zdravil || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210114055.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Trobiš, Veronika || Agrež, Tim-David || Justin, Klemen
|-
| Simonič, Laura || || || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Velkovska, Tamara || Bunc, Zara || Kresal, Martin
|-
| Kristanc, Pia || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Fink, Luka || Pucihar, Samo || Pečovnik Wutt, Naja
|-
| Lah, Urša || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Kogoj, Lena || Kovaček, Lucija || Pojbič, Taja
|-
| Mohar, Teja || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Korošec, Tinkara || Stojić, Ivana || Trček, Laura
|-
| Tušek, Marcel || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Krašna, Deni || Trajković, Miljan || Bernik, Miha
|-
| Brajer, Mirta || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mezek, Tajda || Žerovnik, Klara || Jeromelj, Tonja
|-
| Kastelic, Gal || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Auer, Špela || Zupanc, Lara || Poljanšek, Aleš
|-
| Malik, Lara || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mikoš, Ula || Petrov, Mario || Vogrič, Vanja
|-
| Novel, Matija || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mužič, Taja || Trobiš, Veronika || Vranješ, Tin
|-
| Petrovič, Filip || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Rajterič, Lara || Velkovska, Tamara || Agrež, Tim-David
|-
| Kolenc, Klara || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Simonič, Laura || Fink, Luka || Bunc, Zara
|-
| Koren, Žiga || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Kristanc, Pia || Kogoj, Lena || Pucihar, Samo
|-
| Matek, Nik || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Lah, Urša || Korošec, Tinkara || Kovaček, Lucija
|-
| Trost, Teo || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Mohar, Teja || Krašna, Deni || Stojić, Ivana
|-
| Varlamov, Mark || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Tušek, Marcel || Mezek, Tajda || Trajković, Miljan
|-
| Justin, Klemen || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220216121828.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Brajer, Mirta || Auer, Špela || Žerovnik, Klara
|-
| Kresal, Martin || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Kastelic, Gal || Mikoš, Ula || Zupanc, Lara
|-
| Pečovnik Wutt, Naja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Malik, Lara || Mužič, Taja || Petrov, Mario
|-
| Pojbič, Taja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Novel, Matija || Rajterič, Lara || Trobiš, Veronika
|-
| Trček, Laura || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Petrovič, Filip || Simonič, Laura || Velkovska, Tamara
|-
| Bernik, Miha || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Kolenc, Klara || Kristanc, Pia || Fink, Luka
|-
| Jeromelj, Tonja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Koren, Žiga || Lah, Urša || Kogoj, Lena
|-
| Poljanšek, Aleš || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Matek, Nik || Mohar, Teja || Korošec, Tinkara
|-
| Vogrič, Vanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Trost, Teo || Tušek, Marcel || Krašna, Deni
|-
| Vranješ, Tin || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Varlamov, Mark || Brajer, Mirta || Mezek, Tajda
|-
| Agrež, Tim-David || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Justin, Klemen || Kastelic, Gal || Auer, Špela
|-
| Bunc, Zara || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Kresal, Martin || Malik, Lara || Mikoš, Ula
|-
| Pucihar, Samo || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Pečovnik Wutt, Naja || Novel, Matija || Mužič, Taja
|-
| Dehondt, Johan || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || ||
|-
| Vitard, Arthur || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || ||
|-
| Kovaček, Lucija || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Pojbič, Taja || Petrovič, Filip || Rajterič, Lara
|-
| Stojić, Ivana || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Trček, Laura || Kolenc, Klara || Simonič, Laura
|-
| Trajković, Miljan || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Bernik, Miha || Koren, Žiga || Kristanc, Pia
|-
| Žerovnik, Klara || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Jeromelj, Tonja || Matek, Nik || Lah, Urša
|-
| Zupanc, Lara || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Poljanšek, Aleš || Trost, Teo || Mohar, Teja
|-
| Petrov, Mario || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vogrič, Vanja || Varlamov, Mark || Tušek, Marcel
|-
| Trobiš, Veronika || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vranješ, Tin || Justin, Klemen || Brajer, Mirta
|-
| Velkovska, Tamara || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Agrež, Tim-David || Kresal, Martin || Kastelic, Gal
|}

==Naloga==
* Samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot '''1. avgusta 2021'''. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* Članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* Naslov izbrane teme (naslov seminarja v slovenščini) in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo .
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
* Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2022_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2022_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2022_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2022_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2022_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2022_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://forms.office.com/r/8i5ma9ZvQZ recenzentsko poročilo] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://forms.office.com/r/LvF8vvL7mT mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [https://plus.si.cobiss.net/opac7/jcr COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. Če želite videti vse revije, enostavno v iskalno polje vpišite *. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.