Wiki FKKT - User contributions [en]

Širjenje odpornosti proti antibiotikom med talnimi bakterijami

2024-05-07T20:43:44Z

Uma Jordan: /* Mehanizem prenosa ARG s plazmidi */

== Uvod ==

Plazmidi, zunajkromosomske (običajno) krožne molekule DNA, spadajo poleg transpozonov, fagov in integronov med mobilne genetske elemente (MGE). To pomeni, da med bakterijami omogočajo prenos genov z različnimi funkcijami, ki jim koristijo pri preživetju in prilagajanju na vedno spreminjajoče se okolje, kot so detoksifikacija težkih kovin, fiksacija dušika in odpornost proti antibiotikom.

Slednja predstavlja resno okoljsko težavo, saj so antibiotiki v današnjem svetu izjemnega pomena - inhibirajo razmnoževanje mikroorganizmov in zdravijo bakterijske okužbe. Prekomerna raba antibiotikov vodi v razvoj genov, ki nosijo zapis za odpornost proti antibiotikom (ARG), ki so dandanes zelo razširjeni v okolju. Plazmidi so glavni vektorji za prenos ARG med bakterijami, in sicer po mehanizmu horizontalnega prenosa genov (HGT) - s transformacijo, konjugacijo ali transdukcijo.

Ker igra prst pomembno vlogo pri delovanju biosfere, je raziskovanje prenosa ARG v prsti preko plazmidov izjemnega pomena za ohranjanje javnega zdravja.

== Izolacija plazmidne DNA iz okoljskih vzorcev ==

=== Metagenomske analize ===

Za izolacijo in karakterizacijo plazmidov se tradicionalno uporabljajo predvsem metode, ki temeljijo na gojenju mikrobnih kultur. Pri vzorcih, pridobljenih iz okolja (na primer prsti ali morskih ekosistemov), pa je zaradi kompleksnosti mikrobnih združb to pogosto preveč zahtevno; ocenjeno je, da je le približno 1 % mikroorganizmov primeren za gojenje v gojišču.

V zadnjih letih se je razvil nov pristop, metagenomika, ki temelji na sekvenciranju in analizi mešanice vseh mikrobnih genomov (metagenomov), prisotnih v vzorcu iz okolja. Ponuja nam vpogled v zgradbo mikrobnih skupnosti in nam pomaga identificirati posebne genetske elemente. Težava nastopi pri plazmidni DNA, saj predstavlja le majhen delež celotne DNA in je verjetnost kontaminacije s kromosomsko DNA zelo visoka.

Za izolacijo plazmidov iz okoljskih vzorcev se je razvilo več različnih postopkov in dva najbolj obetavna sta opisana v nadaljevanju. Obema je skupen prvi korak po ekstrakciji metagenomske DNA: odstranitev genomske (kromosomske) DNA.

=== Odstranitev genomske DNA ===

Za izolacijo plazmidne DNA se metagenomsko DNA izpostavi od ATP-odvisni DNazi, PSD (''plasmid-safe DNase''). Ta encim razgradi zgolj genomsko DNA, krožno plazmidno DNA pa ohrani intaktno. Kasneje se lahko prisotnost genomske DNA sproti preverja s PCR analizo 16S rRNA gena; ker ni znano, da bi bil le-ta prisoten pri plazmidih, je pri analizi uporabljen kot indikator genomske DNA.

=== TRACA ===

TRACA (''transposon aided capture method'') je metoda, ki omogoča izolacijo plazmidov iz metagenomskih DNA ekstraktov in njihovo kasnejše vzdrževanje v gostiteljskih vrstah, na primer ''E. coli''. Njena prednost je, da lahko z njo uspešno izoliramo tudi plazmide, ki ne vsebujejo konvencionalnih selekcijskih markerjev.

Po odstranitvi genomske DNA sledi ''in vitro'' insercija transpozonov z elementom EZ-Tn5, ki vsebuje selekcijski marker in mesto ori za ''E. coli''. Plazmide se nato s transformacijo vstavi v nadomestne gostitelje, bakterije ''E. coli''. Sledi izolacija plazmidov in sekvenciranje.

Seveda ima tudi ta metoda svoje omejitve, na primer ne moremo identificirati prvotne gostiteljske vrste, prav tako lahko transpozoni inaktivirajo iskane gene.

=== MDA ===

Metoda MDA (''multiplex displacement amplification'') temelji na amplifikaciji očiščene plazmidne DNA, saj so pri sekvenciranju potrebne dokaj velike količine iskane DNA. Plazmidno DNA se selektivno amplificira s phi29 polimerazo. Rezultat je zbirka konkatemer, velikih molekul DNA, ki vsebujejo več zaporednih kopij plazmidne DNA. Sledi sekvenciranje DNA, na primer Illumina sekvenciranje.

== Mehanizem prenosa ARG s plazmidi ==

Pri širjenju ARG preko plazmidov je problematična predvsem njihova sposobnost, da hitro pridobijo tuje gene in jih lahko prenesejo na širok spekter gostiteljev, tudi v druge mikrobne skupnosti.

Plazmidi, ki sodelujejo pri širjenju ARG, imajo pomožne regije, sestavljene iz enega ali več genov z odpornostjo na antibiotike ter mobilnih elementov. Mobilni genetski elementi se lahko premikajo v ali med posameznimi DNA molekulami, to so insercijske sekvence (IS), prestavljivi (''transposable'') genetski elementi (Tn) in genske kasete (In). Mobilni genetski elementi, ki se premikajo med bakterijskimi celicami pa so plazmidi sami.

Horizontalni prenos genov poteka v treh korakih. Začne se z iniciacijo, tej sledi transfer genskega materiala v celico in konča se z integracijo pridobljenega genskega materiala v genotip receptorske celice.

Med plazmidi je najbolj pogost način prenosa genov z odpornostjo na antibiotike s konjugacijo. Pri konjugaciji se genski material med bakterijami prenese preko fizičnega stika med celicami.

Prenos se začne na mestu oriT na plazmidu. Proteini TraI, TraM in TraY sestavljajo relaksosom, ki se skupaj z IHF (''integration host factor'') veže na oriT. Pri tej vezavi sodelujejo še pomožni proteini in encim relaksaza. Sklopitveni protein tipa IV pa povezuje relaksosom s paritvenim kompleksom, ki tvori paritveni kanal med receptorsko in prejemniško celico. Encim relaksaza v oriT zareže DNA, plazmid spremeni konformacijo iz zvite v krožno sproščeno. Relaksaza skupaj s sklopitvenim proteinom vodi verigo T skozi paritveni kanal v prejemniško celico.

Ko se veriga T DNA prenese v prejemniško celico, se enoverižna DNA pretvori v dvoverižno, prenešeni geni se tako lahko začnejo izražati v prejemniški celici ([https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9024699/figure/antibiotics-11-00525-f001/ Slika 1]).

== Prenos in širjenje ARG med talnimi bakterijami ==

=== Prisotnost ARG v okolju ===

ARG najdemo v številnih okoljih, tako močno onesnaženih z antibiotiki kot popolnoma neokrnjenih, na primer v polarnih regijah in na morskem dnu ([https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9024699/table/antibiotics-11-00525-t001/?report=objectonly Slika 2]).

Prenos ARG poteka pri bakterijah zaradi energijsko potratnega mehanizma konjugacije predvsem v tleh, bogatih s hranilnimi snovmi, najdemo pa ga tudi v bakterijskih skupnostih globoko pod zemeljskim površjem.

Veliko Gram-negativnih bakterij, kot so ''Pseudomonas, Acinetobacter in Stenetrophomonas'', je istočasno razvilo odpornost na različne antibiotike. Plazmidi, ki sodelujejo pri prenosu ARG, pa so bili odkriti tudi pri Gram-pozitivnih bakterijah, kar pomeni, da se ARG lahko prenašajo tako med Gram-negativnimi kot tudi Gram-pozitivnimi bakterijami.

=== Vpliv antibiotikov na širjenje ARG ===

Prekomerna raba antibiotikov v zdravstvu in živinoreji vodi do zastajanja ostankov antibiotikov v kliničnih okoljih, prsti kmetijsko obdelanih površin, čistilnih napravah in drugod. To predstavlja velik problem, saj so ostanki antibiotikov lahko strupeni za organizme, hkrati pa prispevajo k širjenju ARG.

Najpogosteje ljudem predpisani antibiotiki - betalaktami, kinoloni in metotreksat - se velikokrat znajdejo v odpadnih vodah bolnišnic in predvsem gospodinjskih odpadnih vodah, kar močno obremeni lokalne čistilne naprave; te lahko postanejo žarišče bakterijskega horizontalnega prenosa genov in proti antibiotikom odpornih bakterij (ARB), ki imajo pogosto več različnih ARG. Raziskava vzorcev blata iz čistilnih naprav je pokazala prisotnost velikega števila MGE, tudi plazmidov.

V bolnišnicah so sicer z odstranjevanjem antibiotikov iz odpadnih vod precej uspešni (74-81%), se pa ta delež razlikuje med posameznimi tipi antibiotikov; učinkovitost odstranjevanja betalaktamskih antibiotikov je tako precej večja kot pri ofloksacinu.

Tudi v kmetijstvu so ARG vse bolj prisotni, njihov glavni vir so živalski iztrebki. Uporaba amoksicilina na farmah s perutnino je povzročila kontaminacijo okolja (prsti, odpadnih vod, krme) z ''blaNDM'' (''bla'' geni nosijo zapis za encime, ki omogočajo bakterijam odpornost proti β-laktamskim antibiotikom) in širjenje bakterij, ki nosijo zapis za ta ARG. Študija ''mcr-1''-pozitivnih sevov ''E. coli'' iz perutnine je dokazala, da so le-ti odporni proti večim zdravilom; več kot 88,24% izolatov je vsebovalo gene ''blaTEM'' ter gene, odporne proti tetraciklinu (''tetA'' in ''tetB'') ter sulfonamidu (''sul1, sul2, sul3'').

=== Vpliv drugih dejavnikov na širjenje ARG ===

Na prenos in širjenje ARG preko plazmidov v okolju vplivajo različni dejavniki, na primer minerali v prsti, pa tudi taki, ki so posledica okoljskih onesnaževalcev, na primer težkih kovin in herbicidov, ter celo mikroplastika v vodnih in zemeljskih okoljih.

Raziskave ARG in težkih kovin so pokazale, da igrajo slednje pomembno vlogo pri povečanju integracije ARG pri bakterijah v prsti kmetijskih površin. Nanodelci bakrovega oksida in bakrovi ioni lahko olajšajo konjugativni prenos ARG; podoben vpliv imajo kadmijevi ioni ter visoke koncentracije nanodelcev Fe₂O₃. Visoke koncentracije kovin v prsti vplivajo na sestavo bakterijskih skupnosti.

H kontaminaciji okolja z ARG močno prispeva tudi uporaba organskih gnojil, s katerimi se bogati obdelovalne površine; če so poleg gnojil prisotni antibiotiki v nizkih koncentracijah, je horizontalni prenos genov še večji. Uporaba gnojil ne prispeva zgolj k večji frekvenci prenosa ARG, temveč tudi k nastanku novih različic mobilnih genetskih elementov.

Zanimivo lahko na prenos ARG vplivajo tudi določeni organizmi, kot so praživali in deževniki.

== Izbrana primera ARG ==

=== Geni z zapisom za odpornost proti kinolonu (''qnr'') ===

Kinoloni so skupina sintetičnih antibiotikov, ki zavirajo delovanje DNA-giraze in topoizomeraze IV. Uporabljajo se pri zdravljenju infekcij gram-negativnih bakterij (npr. pri ''Enterobacteriaceae''). Do sedaj je bilo na plazmidih in bakterijskih kromosomih odkritih vsaj 100 variant genov z odpornostjo proti kinolonom. Ti so razvrščeni v 5 družin: ''qnrA, qnrB, qnrC, qnrD'' in ''qnrS''. ''qnrB'' izvira iz gozdnih tal, ''qnrS'' pa iz gospodinjskih in medicinskih odpadnih vod.

Do sedaj so bili potrjeni trije mehanizmi širjenja odpornosti proti kinolonom - z mutacijami genov, ki zapisujejo za DNA girazo in topoizomerazo, z zmanjšanjem koncentracije fluorokinolonov v celici in s plazmidom posredovanim prenosom genov, ki zapisujejo za odpornost proti kinolonom. V primeru mutacij se lahko te kopičijo in s selekcijo omogočajo nastanek močno odpornih sevov. V primeru s plazmidi posredovane odpornosti je nivo pridobljene odpornosti proti fluorokinolonom zelo nizek, a že ta nizek nivo odpornosti predstavlja že mutiranim sevom z višjo odpornostjo prednost in na tak način spodbuja selekcijo močno odpornih mutiranih sevov.

Znanstveniki so odkrili tudi sočasno prisotnost genov z odpornostjo različne antibiotike v različnih bakterijskih sevih (na primer soobstoj odpornosti na fluorokinolone, aminoglikozide in sulfametaksazole pri ''E. coli'' in (''Klebsiella spp.''), ter iz tega sklepali, da je bila pridobitev teh genov z odpornostjo proti antibiotikom posredovana s plazmidi.

=== Geni z zapisom za odpornost proti tetraciklinu (''tet'') ===

Tetraciklini so družina antibiotikov, ki inhibirajo sintezo proteinov s tem, da preprečijo vezavo aminoacil-tRNA na ribosomski receptor. Uporabni so tako v boju proti Gram-pozitivnim kot Gram-negativnim bakterijam.

Raziskava vzorcev živalskih iztrebkov, gnojil in prsti na farmi kokoši nesnic je potrdila prisotnost genov z zapisom za odpornost proti tetraciklinu ''tetA, tetM, tetQ'' in ''tetX''. Poleg tega so odkrili še 12 drugih ARG, na primer za odpornost proti sulfonamidu (''sul1, sul2'') in betalaktamu (''blaTEM'').

Že omenjen ''tetX'', ki kodira zapis za Tet(X) proteine, flavinske monooksigenaze, ki katalizirajo degradacijo tetraciklinov, so odkrili tudi pri bakterijah ''E. coli'' in ''Acinetobacter baumannii'' v človeških, živalskih in okoljskih vzorcih na Kitajskem, v Singapurju in Pakistanu. Natančneje gre za gena ''tet(X3)'' in ''tet(X4)'', ki nosita zapis za odpornost proti tigeciklinu (tetraciklin). Mehanizmi za odpornost proti tigeciklinu naj bi bili omejeni na kromosomske mutacije, ki se med bakterijami ne morejo prenašati; nedavno odkritje omenjenih genov, ki pa ju prenašajo plazmidi, to hipotezo ovržejo, kar predstavlja veliko grožnjo uporabi tigeciklina v kliničnem oziru. Poleg tega so pri študiji v Pakistanu odkrili soobstoj gena ''mcr-1'', ki nosi zapis za odpornost proti kolistinu, pri treh preučevanih bakterijskih sevih.

== Zaključek ==

Geni, ki nosijo zapise za odpornost proti antibiotikom (ARG), se zaradi prekomerne rabe in kopičenja ostankov antibiotikov v okolju hitro širijo med bakterijami, kar ima negativne posledice na javno zdravje. ARG so v velikih količinah prisotni predvsem na območjih, ki jih naseljuje in obdeluje človek, vendar so zaradi visokega deleža prenosa genov med bakterijami prisotni tudi v bolj odmaknjenih okoljih. Čeprav je izolacija plazmidne DNA iz okoljskih vzorcev velikokrat zahtevna, je razumevanje mehanizmov prenosa ARG in identifikacija le-teh ključna za zajezitev nadaljnjega razvoja odpornosti proti antibiotikom.

== Viri ==

1. Aminov, Rustam. ‘Horizontal Gene Exchange in Environmental Microbiota’. Frontiers in Microbiology 2 (26 July 2012): 158. https://doi.org/10.3389/fmicb.2011.00158.

2. Brown Kav, Aya, Itai Benhar, and Itzhak Mizrahi. ‘A Method for Purifying High Quality and High Yield Plasmid DNA for Metagenomic and Deep Sequencing Approaches’. Journal of Microbiological Methods 95, no. 2 (1 November 2013): 272–79. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2013.09.008.

3. Dib, Julián R., Martin Wagenknecht, María E. Farías, and Friedhelm Meinhardt. ‘Strategies and Approaches in Plasmidome Studies—Uncovering Plasmid Diversity Disregarding of Linear Elements?’ Frontiers in Microbiology 6 (26 May 2015). https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00463.

4. Jones, Brian V., and Julian R. Marchesi. ‘Transposon-Aided Capture (TRACA) of Plasmids Resident in the Human Gut Mobile Metagenome’. Nature Methods 4, no. 1 (January 2007): 55–61. https://doi.org/10.1038/nmeth964.

5. Jørgensen, Tue Sparholt, Zhuofei Xu, Martin Asser Hansen, Søren Johannes Sørensen, and Lars Hestbjerg Hansen. ‘Hundreds of Circular Novel Plasmids and DNA Elements Identified in a Rat Cecum Metamobilome’. PLOS ONE 9, no. 2 (4 February 2014): e87924. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0087924.

6. Kav, Aya Brown, Goor Sasson, Elie Jami, Adi Doron-Faigenboim, Itai Benhar, and Itzhak Mizrahi. ‘Insights into the Bovine Rumen Plasmidome’. Proceedings of the National Academy of Sciences 109, no. 14 (3 April 2012): 5452–57. https://doi.org/10.1073/pnas.1116410109.

7. Li, L. L., A. Norman, L. H. Hansen, and S. J. Sorensen. ‘Metamobilomics – Expanding Our Knowledge on the Pool of Plasmid Encoded Traits in Natural Environments Using High-Throughput Sequencing’. Clinical Microbiology and Infection 18 (1 July 2012): 8–11. https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2012.03862.x.

8. Meng, Miaoling, Yaying Li, and Huaiying Yao. ‘Plasmid-Mediated Transfer of Antibiotic Resistance Genes in Soil’. Antibiotics 11, no. 4 (14 April 2022): 525. https://doi.org/10.3390/antibiotics11040525.

9. Mohsin, Mashkoor, Brekhna Hassan, Willames M. B. S. Martins, Ruichao Li, Sabahat Abdullah, Kirsty Sands, and Timothy R. Walsh. ‘Emergence of Plasmid-Mediated Tigecycline Resistance Tet(X4) Gene in Escherichia Coli Isolated from Poultry, Food and the Environment in South Asia’. Science of The Total Environment 787 (15 September 2021): 147613. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.147613.

10. Salah, Fortune Djimabi, Serge Théophile Soubeiga, Abdoul Karim Ouattara, Adodo Yao Sadji, Amana Metuor-Dabire, Dorcas Obiri-Yeboah, Abiba Banla-Kere, Simplice Karou, and Jacques Simpore. ‘Distribution of Quinolone Resistance Gene (Qnr) in ESBL-Producing Escherichia Coli and Klebsiella Spp. in Lomé, Togo’. Antimicrobial Resistance & Infection Control 8, no. 1 (18 June 2019): 104. https://doi.org/10.1186/s13756-019-0552-0.

11. Zhu, Ting, Tao Chen, Zhen Cao, Shan Zhong, Xin Wen, Jiandui Mi, Baohua Ma, et al. ‘Antibiotic Resistance Genes in Layer Farms and Their Correlation with Environmental Samples’. Poultry Science 100, no. 12 (1 December 2021): 101485. https://doi.org/10.1016/j.psj.2021.101485.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Talk:Širjenje odpornosti proti antibiotikom med talnimi bakterijami

2024-05-07T20:41:54Z

Uma Jordan: Created page with "Debora Kociper: Mehanizem prenosa ARG s plazmidi, Vplivi drugih dejavnikov na širjenje ARG, Geni z zapisom za odpornost proti kinolonu (''qnr'') Dan Kolnik: Prisotnost ARG v okolju, Vpliv antibiotikov na širjenje ARG, Geni z zapisom za odpornost proti tetraciklinu (''tet''), Zaključek Uma Jordan Ferbežar: Uvod, Izolacija plazmidne DNA iz okoljskih vzorcev, Geni z zapisom za odpornost proti tetraciklinu (''tet'')"

Debora Kociper: Mehanizem prenosa ARG s plazmidi, Vplivi drugih dejavnikov na širjenje ARG, Geni z zapisom za odpornost proti kinolonu (''qnr'')

Dan Kolnik: Prisotnost ARG v okolju, Vpliv antibiotikov na širjenje ARG, Geni z zapisom za odpornost proti tetraciklinu (''tet''), Zaključek

Uma Jordan Ferbežar: Uvod, Izolacija plazmidne DNA iz okoljskih vzorcev, Geni z zapisom za odpornost proti tetraciklinu (''tet'')

Širjenje odpornosti proti antibiotikom med talnimi bakterijami

2024-05-07T20:25:15Z

Uma Jordan:

== Uvod ==

Plazmidi, zunajkromosomske (običajno) krožne molekule DNA, spadajo poleg transpozonov, fagov in integronov med mobilne genetske elemente (MGE). To pomeni, da med bakterijami omogočajo prenos genov z različnimi funkcijami, ki jim koristijo pri preživetju in prilagajanju na vedno spreminjajoče se okolje, kot so detoksifikacija težkih kovin, fiksacija dušika in odpornost proti antibiotikom.

Slednja predstavlja resno okoljsko težavo, saj so antibiotiki v današnjem svetu izjemnega pomena - inhibirajo razmnoževanje mikroorganizmov in zdravijo bakterijske okužbe. Prekomerna raba antibiotikov vodi v razvoj genov, ki nosijo zapis za odpornost proti antibiotikom (ARG), ki so dandanes zelo razširjeni v okolju. Plazmidi so glavni vektorji za prenos ARG med bakterijami, in sicer po mehanizmu horizontalnega prenosa genov (HGT) - s transformacijo, konjugacijo ali transdukcijo.

Ker igra prst pomembno vlogo pri delovanju biosfere, je raziskovanje prenosa ARG v prsti preko plazmidov izjemnega pomena za ohranjanje javnega zdravja.

== Izolacija plazmidne DNA iz okoljskih vzorcev ==

=== Metagenomske analize ===

Za izolacijo in karakterizacijo plazmidov se tradicionalno uporabljajo predvsem metode, ki temeljijo na gojenju mikrobnih kultur. Pri vzorcih, pridobljenih iz okolja (na primer prsti ali morskih ekosistemov), pa je zaradi kompleksnosti mikrobnih združb to pogosto preveč zahtevno; ocenjeno je, da je le približno 1 % mikroorganizmov primeren za gojenje v gojišču.

V zadnjih letih se je razvil nov pristop, metagenomika, ki temelji na sekvenciranju in analizi mešanice vseh mikrobnih genomov (metagenomov), prisotnih v vzorcu iz okolja. Ponuja nam vpogled v zgradbo mikrobnih skupnosti in nam pomaga identificirati posebne genetske elemente. Težava nastopi pri plazmidni DNA, saj predstavlja le majhen delež celotne DNA in je verjetnost kontaminacije s kromosomsko DNA zelo visoka.

Za izolacijo plazmidov iz okoljskih vzorcev se je razvilo več različnih postopkov in dva najbolj obetavna sta opisana v nadaljevanju. Obema je skupen prvi korak po ekstrakciji metagenomske DNA: odstranitev genomske (kromosomske) DNA.

=== Odstranitev genomske DNA ===

Za izolacijo plazmidne DNA se metagenomsko DNA izpostavi od ATP-odvisni DNazi, PSD (''plasmid-safe DNase''). Ta encim razgradi zgolj genomsko DNA, krožno plazmidno DNA pa ohrani intaktno. Kasneje se lahko prisotnost genomske DNA sproti preverja s PCR analizo 16S rRNA gena; ker ni znano, da bi bil le-ta prisoten pri plazmidih, je pri analizi uporabljen kot indikator genomske DNA.

=== TRACA ===

TRACA (''transposon aided capture method'') je metoda, ki omogoča izolacijo plazmidov iz metagenomskih DNA ekstraktov in njihovo kasnejše vzdrževanje v gostiteljskih vrstah, na primer ''E. coli''. Njena prednost je, da lahko z njo uspešno izoliramo tudi plazmide, ki ne vsebujejo konvencionalnih selekcijskih markerjev.

Po odstranitvi genomske DNA sledi ''in vitro'' insercija transpozonov z elementom EZ-Tn5, ki vsebuje selekcijski marker in mesto ori za ''E. coli''. Plazmide se nato s transformacijo vstavi v nadomestne gostitelje, bakterije ''E. coli''. Sledi izolacija plazmidov in sekvenciranje.

Seveda ima tudi ta metoda svoje omejitve, na primer ne moremo identificirati prvotne gostiteljske vrste, prav tako lahko transpozoni inaktivirajo iskane gene.

=== MDA ===

Metoda MDA (''multiplex displacement amplification'') temelji na amplifikaciji očiščene plazmidne DNA, saj so pri sekvenciranju potrebne dokaj velike količine iskane DNA. Plazmidno DNA se selektivno amplificira s phi29 polimerazo. Rezultat je zbirka konkatemer, velikih molekul DNA, ki vsebujejo več zaporednih kopij plazmidne DNA. Sledi sekvenciranje DNA, na primer Illumina sekvenciranje.

== Mehanizem prenosa ARG s plazmidi ==

Pri širjenju ARG preko plazmidov je problematična predvsem njihova sposobnost, da hitro pridobijo tuje gene in jih lahko prenesejo na širok spekter gostiteljev, tudi v druge mikrobne skupnosti.

Plazmidi, ki sodelujejo pri širjenju ARG, imajo pomožne regije, sestavljene iz enega ali več genov z odpornostjo na antibiotike ter mobilnih elementov. Mobilni genetski elementi se lahko premikajo v ali med posameznimi DNA molekulami, to so insercijske sekvence (IS), prestavljivi (''transposable'') genetski elementi (Tn) in genske kasete (In). Mobilni genetski elementi, ki se premikajo med bakterijskimi celicami pa so plazmidi sami.

Horizontalni prenos genov poteka v treh korakih. Začne se z iniciacijo, tej sledi transfer genskega materiala v celico in konča se z integracijo pridobljenega genskega materiala v genotip receptorske celice.

Med plazmidi je najbolj pogost način prenosa genov z odpornostjo na antibiotike s konjugacijo. Pri konjugaciji se genski material med bakterijami prenese preko fizičnega stika med celicami.

Prenos se začne na mestu oriT na plazmidu. Proteini TraI, TraM in TraY sestavljajo relaksosom, ki se skupaj z IHF (''integration host factor'') veže na oriT. Pri tej vezavi sodelujejo še pomožni proteini in encim relaksaza. Sklopitveni protein tipa IV pa povezuje relaksosom s paritvenim kompleksom, ki tvori paritveni kanal med receptorsko in prejemniško celico. Encim relaksaza na mestu nic v oriT zareže DNA, plazmid spremeni konformacijo iz zvite v krožno sproščeno. Relaksaza skupaj s sklopitvenim proteinom vodi verigo T skozi paritveni kanal v prejemniško celico.

Ko se veriga T DNA prenese v prejemniško celico, se enoverižna DNA pretvori v dvoverižno, prenešeni geni se tako lahko začnejo izražati v prejemniški celici ([https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9024699/figure/antibiotics-11-00525-f001/ Slika 1]).

== Prenos in širjenje ARG med talnimi bakterijami ==

=== Prisotnost ARG v okolju ===

ARG najdemo v številnih okoljih, tako močno onesnaženih z antibiotiki kot popolnoma neokrnjenih, na primer v polarnih regijah in na morskem dnu ([https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9024699/table/antibiotics-11-00525-t001/?report=objectonly Slika 2]).

Prenos ARG poteka pri bakterijah zaradi energijsko potratnega mehanizma konjugacije predvsem v tleh, bogatih s hranilnimi snovmi, najdemo pa ga tudi v bakterijskih skupnostih globoko pod zemeljskim površjem.

Veliko Gram-negativnih bakterij, kot so ''Pseudomonas, Acinetobacter in Stenetrophomonas'', je istočasno razvilo odpornost na različne antibiotike. Plazmidi, ki sodelujejo pri prenosu ARG, pa so bili odkriti tudi pri Gram-pozitivnih bakterijah, kar pomeni, da se ARG lahko prenašajo tako med Gram-negativnimi kot tudi Gram-pozitivnimi bakterijami.

=== Vpliv antibiotikov na širjenje ARG ===

Prekomerna raba antibiotikov v zdravstvu in živinoreji vodi do zastajanja ostankov antibiotikov v kliničnih okoljih, prsti kmetijsko obdelanih površin, čistilnih napravah in drugod. To predstavlja velik problem, saj so ostanki antibiotikov lahko strupeni za organizme, hkrati pa prispevajo k širjenju ARG.

Najpogosteje ljudem predpisani antibiotiki - betalaktami, kinoloni in metotreksat - se velikokrat znajdejo v odpadnih vodah bolnišnic in predvsem gospodinjskih odpadnih vodah, kar močno obremeni lokalne čistilne naprave; te lahko postanejo žarišče bakterijskega horizontalnega prenosa genov in proti antibiotikom odpornih bakterij (ARB), ki imajo pogosto več različnih ARG. Raziskava vzorcev blata iz čistilnih naprav je pokazala prisotnost velikega števila MGE, tudi plazmidov.

V bolnišnicah so sicer z odstranjevanjem antibiotikov iz odpadnih vod precej uspešni (74-81%), se pa ta delež razlikuje med posameznimi tipi antibiotikov; učinkovitost odstranjevanja betalaktamskih antibiotikov je tako precej večja kot pri ofloksacinu.

Tudi v kmetijstvu so ARG vse bolj prisotni, njihov glavni vir so živalski iztrebki. Uporaba amoksicilina na farmah s perutnino je povzročila kontaminacijo okolja (prsti, odpadnih vod, krme) z ''blaNDM'' (''bla'' geni nosijo zapis za encime, ki omogočajo bakterijam odpornost proti β-laktamskim antibiotikom) in širjenje bakterij, ki nosijo zapis za ta ARG. Študija ''mcr-1''-pozitivnih sevov ''E. coli'' iz perutnine je dokazala, da so le-ti odporni proti večim zdravilom; več kot 88,24% izolatov je vsebovalo gene ''blaTEM'' ter gene, odporne proti tetraciklinu (''tetA'' in ''tetB'') ter sulfonamidu (''sul1, sul2, sul3'').

=== Vpliv drugih dejavnikov na širjenje ARG ===

Na prenos in širjenje ARG preko plazmidov v okolju vplivajo različni dejavniki, na primer minerali v prsti, pa tudi taki, ki so posledica okoljskih onesnaževalcev, na primer težkih kovin in herbicidov, ter celo mikroplastika v vodnih in zemeljskih okoljih.

Raziskave ARG in težkih kovin so pokazale, da igrajo slednje pomembno vlogo pri povečanju integracije ARG pri bakterijah v prsti kmetijskih površin. Nanodelci bakrovega oksida in bakrovi ioni lahko olajšajo konjugativni prenos ARG; podoben vpliv imajo kadmijevi ioni ter visoke koncentracije nanodelcev Fe₂O₃. Visoke koncentracije kovin v prsti vplivajo na sestavo bakterijskih skupnosti.

H kontaminaciji okolja z ARG močno prispeva tudi uporaba organskih gnojil, s katerimi se bogati obdelovalne površine; če so poleg gnojil prisotni antibiotiki v nizkih koncentracijah, je horizontalni prenos genov še večji. Uporaba gnojil ne prispeva zgolj k večji frekvenci prenosa ARG, temveč tudi k nastanku novih različic mobilnih genetskih elementov.

Zanimivo lahko na prenos ARG vplivajo tudi določeni organizmi, kot so praživali in deževniki.

== Izbrana primera ARG ==

=== Geni z zapisom za odpornost proti kinolonu (''qnr'') ===

Kinoloni so skupina sintetičnih antibiotikov, ki zavirajo delovanje DNA-giraze in topoizomeraze IV. Uporabljajo se pri zdravljenju infekcij gram-negativnih bakterij (npr. pri ''Enterobacteriaceae''). Do sedaj je bilo na plazmidih in bakterijskih kromosomih odkritih vsaj 100 variant genov z odpornostjo proti kinolonom. Ti so razvrščeni v 5 družin: ''qnrA, qnrB, qnrC, qnrD'' in ''qnrS''. ''qnrB'' izvira iz gozdnih tal, ''qnrS'' pa iz gospodinjskih in medicinskih odpadnih vod.

Do sedaj so bili potrjeni trije mehanizmi širjenja odpornosti proti kinolonom - z mutacijami genov, ki zapisujejo za DNA girazo in topoizomerazo, z zmanjšanjem koncentracije fluorokinolonov v celici in s plazmidom posredovanim prenosom genov, ki zapisujejo za odpornost proti kinolonom. V primeru mutacij se lahko te kopičijo in s selekcijo omogočajo nastanek močno odpornih sevov. V primeru s plazmidi posredovane odpornosti je nivo pridobljene odpornosti proti fluorokinolonom zelo nizek, a že ta nizek nivo odpornosti predstavlja že mutiranim sevom z višjo odpornostjo prednost in na tak način spodbuja selekcijo močno odpornih mutiranih sevov.

Znanstveniki so odkrili tudi sočasno prisotnost genov z odpornostjo različne antibiotike v različnih bakterijskih sevih (na primer soobstoj odpornosti na fluorokinolone, aminoglikozide in sulfametaksazole pri ''E. coli'' in (''Klebsiella spp.''), ter iz tega sklepali, da je bila pridobitev teh genov z odpornostjo proti antibiotikom posredovana s plazmidi.

=== Geni z zapisom za odpornost proti tetraciklinu (''tet'') ===

Tetraciklini so družina antibiotikov, ki inhibirajo sintezo proteinov s tem, da preprečijo vezavo aminoacil-tRNA na ribosomski receptor. Uporabni so tako v boju proti Gram-pozitivnim kot Gram-negativnim bakterijam.

Raziskava vzorcev živalskih iztrebkov, gnojil in prsti na farmi kokoši nesnic je potrdila prisotnost genov z zapisom za odpornost proti tetraciklinu ''tetA, tetM, tetQ'' in ''tetX''. Poleg tega so odkrili še 12 drugih ARG, na primer za odpornost proti sulfonamidu (''sul1, sul2'') in betalaktamu (''blaTEM'').

Že omenjen ''tetX'', ki kodira zapis za Tet(X) proteine, flavinske monooksigenaze, ki katalizirajo degradacijo tetraciklinov, so odkrili tudi pri bakterijah ''E. coli'' in ''Acinetobacter baumannii'' v človeških, živalskih in okoljskih vzorcih na Kitajskem, v Singapurju in Pakistanu. Natančneje gre za gena ''tet(X3)'' in ''tet(X4)'', ki nosita zapis za odpornost proti tigeciklinu (tetraciklin). Mehanizmi za odpornost proti tigeciklinu naj bi bili omejeni na kromosomske mutacije, ki se med bakterijami ne morejo prenašati; nedavno odkritje omenjenih genov, ki pa ju prenašajo plazmidi, to hipotezo ovržejo, kar predstavlja veliko grožnjo uporabi tigeciklina v kliničnem oziru. Poleg tega so pri študiji v Pakistanu odkrili soobstoj gena ''mcr-1'', ki nosi zapis za odpornost proti kolistinu, pri treh preučevanih bakterijskih sevih.

== Zaključek ==

Geni, ki nosijo zapise za odpornost proti antibiotikom (ARG), se zaradi prekomerne rabe in kopičenja ostankov antibiotikov v okolju hitro širijo med bakterijami, kar ima negativne posledice na javno zdravje. ARG so v velikih količinah prisotni predvsem na območjih, ki jih naseljuje in obdeluje človek, vendar so zaradi visokega deleža prenosa genov med bakterijami prisotni tudi v bolj odmaknjenih okoljih. Čeprav je izolacija plazmidne DNA iz okoljskih vzorcev velikokrat zahtevna, je razumevanje mehanizmov prenosa ARG in identifikacija le-teh ključna za zajezitev nadaljnjega razvoja odpornosti proti antibiotikom.

== Viri ==

1. Aminov, Rustam. ‘Horizontal Gene Exchange in Environmental Microbiota’. Frontiers in Microbiology 2 (26 July 2012): 158. https://doi.org/10.3389/fmicb.2011.00158.

2. Brown Kav, Aya, Itai Benhar, and Itzhak Mizrahi. ‘A Method for Purifying High Quality and High Yield Plasmid DNA for Metagenomic and Deep Sequencing Approaches’. Journal of Microbiological Methods 95, no. 2 (1 November 2013): 272–79. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2013.09.008.

3. Dib, Julián R., Martin Wagenknecht, María E. Farías, and Friedhelm Meinhardt. ‘Strategies and Approaches in Plasmidome Studies—Uncovering Plasmid Diversity Disregarding of Linear Elements?’ Frontiers in Microbiology 6 (26 May 2015). https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00463.

4. Jones, Brian V., and Julian R. Marchesi. ‘Transposon-Aided Capture (TRACA) of Plasmids Resident in the Human Gut Mobile Metagenome’. Nature Methods 4, no. 1 (January 2007): 55–61. https://doi.org/10.1038/nmeth964.

5. Jørgensen, Tue Sparholt, Zhuofei Xu, Martin Asser Hansen, Søren Johannes Sørensen, and Lars Hestbjerg Hansen. ‘Hundreds of Circular Novel Plasmids and DNA Elements Identified in a Rat Cecum Metamobilome’. PLOS ONE 9, no. 2 (4 February 2014): e87924. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0087924.

6. Kav, Aya Brown, Goor Sasson, Elie Jami, Adi Doron-Faigenboim, Itai Benhar, and Itzhak Mizrahi. ‘Insights into the Bovine Rumen Plasmidome’. Proceedings of the National Academy of Sciences 109, no. 14 (3 April 2012): 5452–57. https://doi.org/10.1073/pnas.1116410109.

7. Li, L. L., A. Norman, L. H. Hansen, and S. J. Sorensen. ‘Metamobilomics – Expanding Our Knowledge on the Pool of Plasmid Encoded Traits in Natural Environments Using High-Throughput Sequencing’. Clinical Microbiology and Infection 18 (1 July 2012): 8–11. https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2012.03862.x.

8. Meng, Miaoling, Yaying Li, and Huaiying Yao. ‘Plasmid-Mediated Transfer of Antibiotic Resistance Genes in Soil’. Antibiotics 11, no. 4 (14 April 2022): 525. https://doi.org/10.3390/antibiotics11040525.

9. Mohsin, Mashkoor, Brekhna Hassan, Willames M. B. S. Martins, Ruichao Li, Sabahat Abdullah, Kirsty Sands, and Timothy R. Walsh. ‘Emergence of Plasmid-Mediated Tigecycline Resistance Tet(X4) Gene in Escherichia Coli Isolated from Poultry, Food and the Environment in South Asia’. Science of The Total Environment 787 (15 September 2021): 147613. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.147613.

10. Salah, Fortune Djimabi, Serge Théophile Soubeiga, Abdoul Karim Ouattara, Adodo Yao Sadji, Amana Metuor-Dabire, Dorcas Obiri-Yeboah, Abiba Banla-Kere, Simplice Karou, and Jacques Simpore. ‘Distribution of Quinolone Resistance Gene (Qnr) in ESBL-Producing Escherichia Coli and Klebsiella Spp. in Lomé, Togo’. Antimicrobial Resistance & Infection Control 8, no. 1 (18 June 2019): 104. https://doi.org/10.1186/s13756-019-0552-0.

11. Zhu, Ting, Tao Chen, Zhen Cao, Shan Zhong, Xin Wen, Jiandui Mi, Baohua Ma, et al. ‘Antibiotic Resistance Genes in Layer Farms and Their Correlation with Environmental Samples’. Poultry Science 100, no. 12 (1 December 2021): 101485. https://doi.org/10.1016/j.psj.2021.101485.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Širjenje odpornosti proti antibiotikom med talnimi bakterijami

2024-05-06T23:03:28Z

Uma Jordan:

BIO2 Povzetki seminarjev 2023

2023-11-29T21:32:42Z

Uma Jordan: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2023/24 */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2023/24 =
==Anja Kokol - Pomen kompertmentalizirane signalizacije v membranskih raftih pri razvoju raka==
Raziskovanje lipidnih raftov, membranskih domen, bogatih s holesterolom in sfingolipidi, je izboljšalo razumevanje celične membrane pri signalni transdukciji. Te sortirne platforme igrajo ključno vlogo pri kompartmentalizaciji signalnih poti in s tem spodbujajo ali zavirajo preživetje, smrt in metastazo tumorskih celic. Transformirane celice vsebujejo višjo raven znotrajceličnega holesterola in s tem posledično več membranskih raftov. Rafti so, zraven prenosa signalov, pomembni za aktivacijo receptorjev, endocitozo, znotrajcelični promet in organizacijo z lipidi in proteini. V obliki lipidnih lupin zagotavljajo proteinom, ki so jih tako ločili od ostalih, primerno mikrookolje in s pomočjo takšnega mehanizma vklopijo ali izklopijo določene poti prenosa signala. Na celične procese pomembno vpliva asimetrija holesterola v plazemski membrani, ki se vzdržuje z aktivnim transportom holesterola iz notranjega v zunanji del. Zaradi prenosa signala po lipidnih raftih lahko pride do prekomerne ekspresije in aktivacije številnih poti in sistemov rastnih faktorjev, kar pripomore k razvoju tumorja. Eden od njih je tudi aktivator signalne poti PI3K/AKT, ki je pomemben udeleženec pri nastanku raka. Značilnost sesalskih celic je prisotnost receptorjev smrti na njihovi površini. Ti zagotavljajo sposobnost apoptoze. Ligandi receptorjev smrti sprožijo značilno signalizacijo preko oligomerizacije receptorjev, kar posledično povzroči rekrutiranje specializiranih adapterskih proteinov znotraj lipidnih raftov. S preučevanjem membranskih raftov se je rodil tudi koncept CASMER, s pomočjo katerega se je razvila nova ideja zdravljenja raka.

==Vid Kozel - Vloga onkogenov in tumor zavirajočih genov pri razvoju raka==
Onkogeni kodirajo okvarjene proteine ter s tem povzročajo tumorje. Nastanejo iz spremenjenih proto-onkogenov. Za naše zdravje so zelo nevarni, saj spodbujajo delovanje procesov, ki vodijo do raka. Aktivirajo se zaradi genetske spremembe proto-onkogenov, najpogosteje do tega pride zaradi točkovnih mutacij; mutacije z večjo funkcionalnostjo, kromosomske translokacije, virusna integracija, epigenetske spremembe, spremembe regulatornih proteinov. Tumor zavirajoči geni ali tumorski supresorji tvorijo regulatorne proteine, ki preprečujejo delitev rakavih celic ter spodbujajo popravljanje DNA. Aktivirajo se s transkripcijsko aktivacijo, posttranslacijskimi modifikacijami ali interakcijami med proteini. Njihova glavna naloga je vzdrževanje genoma, prav tako pa preprečujejo nenadzorovano rast celic.
Pot RAS-RAF-MEK-ERK je signalna pot onkogenov, ki ima vlogo pri rasti, delitvi, preživetju in diferenciaciji celic. Njena nenormalna aktivacija lahko povzroči nastanek tumorjev. Pot se začne z aktivacijo RAS, do katere pride zaradi zunajceličnih signalov. RAS potem aktivira še RAF in sproži kaskado fosforilacije. Nato se aktivira MEK, ki sproži dvojno fosforilacijo in aktivira ERK, aktivacija le-te pa vodi do razmnoževanja, preživetja ali diferenciacije celic.
TP53 je gen, ki kodira tumor supresorski protein p53, ta pa zatira tumorje. Na poškodbe DNA odgovarja tako, da ustavi celični cikel ter nato popravi DNA, sproži apoptozo ali pa senescenco. Njegovo delovanje inhibira MDM2, ki ga lahko dodatno stabilizira MDM4. Ob mutacijah na TP53, ter posledično na P53, ta izgubi sposobnost obrambe proti tumorjem.
Z ugotavljanjem mutacij onkogenov/tumorskih supresorjev, ali s tem da ti služijo kot biomarkerji, lahko zdravniki napovejo verjetno napredovanje raka ter izberejo ustrezno zdravljenje.

==Nina Majerle - Z G-proteini sklopljeni vzorčno prepoznavni receptorji izraženi v nevtrofilcih==
Nevtrofilci so najpogostejši levkociti v človeški krvi in so ključnega pomena za pravilno delovanje imunskega sistema. Na površini izražajo različne receptorje, ki prepoznavajo molekulske vzorce tipične za patogene organizme in za poškodovane gostiteljske celice. Ti receptorji so ključnega pomena za delovanje nevtrofilcev, saj jim omogočajo regulacijo vnetnega odziva, diferenciacijo, priklic drugih celic imunskega sistema in fagocitozo. Mnogi od teh receptorjev pripadajo družini z G-proteini sklopljenih receptorjev. GPCR-ji imajo značilno strukturo sedmih α-vijačnic, prenos signala prek GPCR-jev pa največkrat poteka preko heterotrimernih G-proteinov. Seminarska naloga obravnava tako splošne značilnosti GPCR-jev, kot tudi podrobneje opiše mehanizme delovanja in funkcije nekaterih bolj znanih GPCR-jev izraženih na membranah nevtrofilcev, ki delujejo po principu vzorčnega prepoznavanja: družina formil peptidnih receptorjev (FPRs), purinergični receptor P2Y2R in dva člana družine receptorjev prostih maščobnih kislin FFA2R in GPR84. Poleg tega prek relevantnih primerov razlaga nekatere ključne pojme in koncepte v biokemiji kot so ortosterično vezavno mesto, alosterični receptorski modulatorji, vzorčno prepoznavanje, homologna in heterologna desenzibilizacija, receptorska transaktivacija, funkcionalna selektivnost in pa tudi pojme, ki se nanašajo na same nevtrofilce kot sta kemotaksija in primiranje. Na koncu se seminarska naloga naveže še na uporabnost poznavanja strukture in delovanja GPCR-jev izraženih v nevtrofilcih pri zdravljenju različnih imunskih obolenj.

==Jakob Urh Veler - Gvanilil ciklaze kot ključni receptorji in encimi pri celični biosignalizaciji==
Družina proteinov gvanilat ciklaze/gvanilil ciklaze (GC) v svoji katalitični domeni ciklizirajo GTP v cGMP. Ciklični GMP je sekundarni sporočevalec. Z nadaljno kaskado vpliva na protein kinaze (cGK), fosfodiesteraze (PDE) in ionske kanalčke (CNG). So pomembne za pravilno delovanje več organskih sistemov. Glede na strukturne, funkcionalne in regulatorne značilnosti GC delimo na membranske (mGC/pGC) in topne (sGC) oblike. Poznamo tipične in atipične sGC. Po priporočeni nomenklaturi poznamo 7 tipov mGC: MG-A, MG-B, MG-C, MG-D, MG-E, MG-F in MG-G. Vlogo encima in receptorja opravljajo topne gvanilil ciklaze v citosolu in membranske na celični membrani. Aktivirane so lahko tudi z endogenim NO, O2, HCO3-, natriuretskimi hormoni in s Ca2+-vezanimi proteini. V nadaljevanju podrobneje opisana aktivacija sGC z NO ter aktivacija GC-A z atrijskim natriuretskim hormonom (ANF). Z manipulacijo genov za zapis gvanilil ciklaz so odkrili njihove vloge v celicah in pomen specifičnih domen. Z različno stopnjo izražanja izoencimov je v celicah visoka diverziteta GC, zato je to mrežo signalizacije brez in vivo opazovanja zahtevno raziskovati. Približno 60 let že raziskujejo gvanilil ciklaze. Razumevanje te signalne poti je ključnega pomena za zdravljenje določenih bolezenskih stanj, saj imajo zdravila več tarčnih mest za delovanje.

==Domen Trontelj - G protein sklopljeni receptorji v fiziologiji okusa in farmakologiji==
G protein sklopljeni receptorji (GPCR), predstavljajo največjo družino receptorjev pri sesalcih in so ključni za uravnavanje večine fizioloških funkcij. Poleg posredovanja pri zaznavi vonja in vida, so prav tako prenašalci signala treh osnovnih okusov- sladko, umami in grenko, prav tako pa so ključnega pomena pri zaznavanju okusa kokumi. Nahajajo se v specializiranih okuševalnih celicah (TRC) znotraj brbončic. Tip I okuševalnih GPCR-jev (TAS1R) so heterodimerni kompleksi, ki skužijo kot receptorji za sladko (TAS1R2/TAS1R3) ali umami (TAS1R1/TAS1R3) okus, medtem ko Tip II obsega monomerne receptorje za grenak okus ali pa kokumi/kalcijeve receptorje.
Receptorji za sladko, umami in kokumi delijo strukturne podobnosti, saj vsebujejo več mest za vezavo agonistov z izrazito selektivnostjo, medtem ko večina grenkih receptorjev vsebuje le eno vezavno mesto, ki neselektivno sprejme veliko različnih ligandov. Vezava agonistov na receptor aktivira sekundarnih prenašalce, kar privede do vdora kalcija, to vodi do depolarizacije celice in na koncu sprostitve nevrotransmiterja.
Kljub nedavnim napredkom na področju raziskav konformacijskih sprememb, potrebnih za aktivacijo receptorja, ostaja še veliko nerešenih. V zadnjih letih so različni pristopi, ki združujejo heterologno izražanje, mutagenezo, homologno modeliranje in knockout študije na miših, skupaj ponudili vpogled v strukturo in pozicijo vezavnih mest za ligande in mehanizme ortosterične in alosterične modulacije.

==Karin Kunstelj - Potencialne terapije zdravljenja akutne mielonične levkemije najdene prav v metabolizmu celic kostnega mozga in njegovega mikrookolja==
Izogibanje detekciji in odgovoru imunskega odziva sodi med glavne težave levkemije poleg neuspešne imunoterapije. Burne poti mikrookolja so v ozadju odgovora tako rakavih kot zdravil celic, problem pa se pojavi, ko rakave celice prevzamejo vodilno vlogo metabolizmov in nadzorujejo reakcije sebi v prid. Mednje spadata tudi produkcija energije in izogibanje detekciji in pa odgovoru imunskih celic. Novo možnost terapije bi potemtakem lahko predstavljalo ciljanje povezav med mikrookoljem kostnega mozga in levkemičnimi celicami. V seminarju je podrobno opisano mikrookolje kostnega mozga, pomembne metabolične poti ogljikovih hidratov, aminokislin in maščobnih kislin. Opisani so tudi procesi levkemičnih celic, ki zdravljenju povzročajo težave in neuspešnost. Prav tako opozori na nove potencialne terapije zdravljenja akutne mielonične levkemije. Svoj fokus orientirajo in najdejo prav v mikrookolju kostnega mozga in problematičnih levkemičnih celic. Metabolizem levkemičnih celic, ki povzroča obolenja in preglavice tako obrne v svoj prid. Na koncu pa še poudari na pomembnost dodatnih raziskav in študij zaradi nedovršenih, premalo eksaktnih in pa preveč nasprotujočih-si rezultatov.

==Tonja Oman Sušnik - Metabolizem glukoze, senescenca živčnih celic in Alzheimerjeva bolezen==
Alzheimerjeva bolezen je nevrodegenerativna bolezen z visoko pojavnostjo predvsem med starejšimi. Pri njej sčasoma pride do upada miselnih sposobnosti in razvoja drugih psiholoških motenj. Njen razvoj je sicer že precej dobro raziskan, a zdravila, ki bi v celoti odpravil škodo storjeno na možganih, še ne poznamo. Tekom same bolezni se prepleta mnogo simptomov, ki so odvisni eden od drugega. To so med drugimi inzulinska rezistenca, celična senescenca, nevroinflamacija, nalaganje proteinskih plakov in oslabljen metabolizem glukoze. Najpomembnejša pri tem je celična senescenca, ki je v močni povezavi s staranjem. Ta napade tako živčne celice kot tudi glialne celice in povzroči nalaganje proteinov ter oslabljeno energijsko proizvodnjo celice. Slabša energetska preskrbljenost, kar je za nevrone izredno nevarno in se odraža v njihovem slabšem delovanju ter zmanjšani sinaptični plastičnosti, pa je tudi posledica zmanjšanega prevzema glukoze. Z boleznijo se število glukoznih transporterjev zmanjšuje, veča pa se inzulinska rezistenca. Nevroni zato ne sprejmejo dovolj glukoze za proizvodnjo ATP. Kako bi samo znanje o teh fizioloških okvarah prenesli na zdravljenje, še ni znano, a na to temo poteka mnogo tekočih raziskav. Najbolj ugodno bi bilo odstranjevanje senescentih celic, neposredno targetiranje glukoznega metabolizma ali razbijanje proteinskih plakov. Pozitivne rezultate dajejo tudi raziskave, kjer so opazovali odzivnost metabolizma glukoze na srednje intenzivno vadbo. Ta se je že pri enkrat tedenski vadbi močno izboljšal, napredovanje bolezni pa skoraj popolnoma zaustavilo.

==Jan Hvalec - Uravnavanje metabolizma endotelijskih in imunskih celic==
Endotelijske celice gradijo notranjo površino žil. Njihova funkcija je tesno povezana z ohranjanjem homeostaze tkiv, regulacijo krvnega pretoka in angiogeneze. Za opravljanje svoje naloge imajo prilagojen metabolizem z znižano stopnjo oksidativne fosforilacije in pospešeno glikolizo. Angiogeneza temelji na kolektivni migraciji endotelijskih celic, pri čemer konične celice usmerjajo poganjek, medtem ko ga stebelne celice podaljšujejo s proliferacijo. Rast žil se začne z razgradnjo bazalne membrane in izbiro konične celice pod vplivom vaskularnega endotelijskega faktorja (VEGF) in inducibilnega faktorja hipoksije (HIF), ki ju sproščajo telesne celice v hipoksičnih pogojih. Vlogo konične celice prevzame celica s hitrejšo energetsko proizvodnjo. Ker VEGF in HIF pospešita izražanje encima PFKFB3, ki pospešuje glikolizo, so ravni PFKFB3 višje v konici kot v steblu poganjka. Druga vrsta celic, ki glede na diferenciacijo prilagodi svoj metabolizem, so celice imunskega sistema. T-celice pomagalke in citotoksične celice se zanašajo na glikolizo in presnovo glutamina za tvorbo potrebne količine energije. Medtem ko se M1 makrofagi tudi zanašajo na glikolizo, je vloga metabolne poti drugačna, saj jo prednostno uporabljajo za vzdrževanje polnega stanja delovanja (razgradnjo fagocitiranih delcev). Nasprotno se spominske in regulatorne T-celice zanašajo na oksidacijo maščobnih kislin za učinkovitejšo proizvodnjo ATP, oksidativno fosforilacijo pa uporabljajo za vzdrževanje učinkovitega dolgoročnega delovanja.

==Mark Frantar - Energetika možganov in nevrodegenerativne bolezni==
Možgani so zaradi številnih funkcij, kot so vzdrževanje membranskega potenciala, recikliranje živčnih prenašalcev ter prenašanje signalov, energijsko izjemno zahteven organ. Za delovanje stalno potrebujejo energijo v obliki ATP, ki jo večinoma dobijo iz glukoze z oksidativno fosforilacijo, nekaj pa iz aerobne glikolize v citoplazmi. Za dostavljanje virov energije do nevronov skrbi nevrovaskularna enota, sestavljena iz endotelijskih celic kapilar, astrocitov ter nevronov. Nevroni lahko za vir energije uporabijo tudi ketone ali laktat, ki se proizvede v astrocitih s pretvorbo piruvata z laktat dehidrogenazo, nato pa je transportiran v nevrone skozi monokarboksilatne transporterje (MCT). Pri nevrodegenerativnih boleznih (NDB) pride do okvare metabolizma v možganih, najpogosteje do hipometabolizma glukoze. To vodi v stalno pomanjkanje energije, ki povzroči propad nevronskih celic, nabiranje agregatov nevrotoksičnih proteinov in disfunkcijo mitohondrijev, to pa še nadaljnje okvari metabolizem. Za upočasnjevanje napredovanja NDB obstaha več terapij in zdravil, a jih večina še ni dovolj testirana. Zdravila podpirajo mitohondrijske funkcije, izboljšujejo inzulinsko senzitivnost, zmanjšujejo inflamacijo, ipd. Uporabljajo se tudi ketonski prehranski dodatki ali ketogena dieta, saj gre pri NDB lahko le za okvaro metabolizma glukoze, medtem ko je metabolizem ketonov normalen. Optimizacija energetike možganov je torej temeljnega pomena pri NDB in bi morala biti prvi korak pri poskusih zakasnitve pojava in napredovanja NDB.

==Uma Jordan Ferbežar - Mnogi obrazi piruvat kinaze M2: Poudarek na vlogi pri vnetnih procesih==
Piruvat kinaza je encim, ki katalizira zadnji korak glikolize, v katerem nastaneta ATP in piruvat. Obstaja v štirih različnih izoformih, ki se nahajajo v različnih tkivih, vsi pa imajo katalitično vlogo. Izoform PKM2 je edini, ki se pojavlja v različnih konformacijah, in sicer dveh tetramernih (aktivna R-oblika in neaktivna T-oblika) ter dimerni in monomerni. Prehod med tetramerno in dimerno obliko je izjemno dinamičen in odvisen od okoliščin ter potreb celice, nadzorujejo pa ga številni regulatorji. Aktivna tetramerna oblika sodeluje v glikolizi, medtem ko ima dimerna oblika drugačne vloge - lahko se, na primer, premakne v jedro, kjer nadzoruje izražanje genov ter regulacijo različnih prepisovalnih faktorjev. Dimerno obliko opazimo tudi pri rakavih in imunskih celicah, kjer sodeluje pri spremembi metabolizma iz oksidativne fosforilacije v aerobno glikolizo, kar celicam ob povečani porabi glukoze omogoča zadostno količino ATP ter prekurzorjev za sintezo potrebnih makromolekul, kot so lipidi in proteini. PKM2 v povečanih količinah najdemo pri bolnikih z različnimi vnetnimi obolenji, kot je na primer revmatoidni artritis. Deluje tako na celice prirojenega in pridobljenega imunskega sistema, in sicer predvsem s povečevanjem količine proinflamatornih citokinov preko uravnavanja njihovega izražanja, sodeluje pa tudi pri diferenciaciji T celic in njihovi komunikaciji. Zaradi številnih načinov regulacije predstavlja dobro tarčo za zdravljenje vnetnih obolenj.

==Tinkara Robek - Signalizacija cikla: Intermediati cikla citronske kisline v vlogi miometabokinov==
Cikel citronske kisline predstavlja temelj katabolnih procesov za pridobivanje energetsko bogatih molekul v sklopu metabolizma v živih bitjih. Je ključen korak pri predelavi z ogljikom bogatih spojin pri pridobivanju ATP-molekul. Intermediati cikla so poleg členov cikla in izhodnih spojin za sintezo drugih biološko pomembnih molekul tudi pomembne signalne molekule. Med drugim spadajo med miometabokine; majhne molekule iz skupine citokinov, ki jih izločajo miocite in regulirajo komunikacijo med različnimi tipi tkiv. V večji meri se iz mišičnh celic izločajo v krvni obtok v akutni fazi intenzivnejše fizične aktivnosti in nato opravljajo specifične signalne funkcije v različnih tkivih in s tem vplivajo na potek vnetnih procesov v organizmu in izražanje proteinov. Njihovo funkcionalnost se lahko opredeli kot avtokrino, endokrino in parakrino. Delujejo s pomočjo njim specifičnim transporterjev in se po opravljeni nalogi v večini transportirajo po krvnem obtoku do jeter, kjer se razgradijo. Do sedaj je bilo odkritih in raziskanih največ funkcij citrata in sukcinata, v ospredje pa stopa tudi alfa ketoglutarat, predvsem s svojimi antioksidativnimi učinki. Obsegajo relativno novo področje fiziologije, zaradi česar je potrebno nadaljevati z raziskovanjem značilnosti in vplivov teh molekul za potrditev domnev.

==Nika Makuc - Glutamat-oksaloacetat transaminaza kot terapevtska tarča za zdravljenje ishemične možganske kapi==
Ishemična možganska kap predstavlja večino primerov možganske kapi, do katere pride zaradi zapore krvnih žil. Metode zdravljenja ishemične možganske kapi vključujejo trombolitično zdravljenje, ki pa se uporablja v omejenem obsegu in le pri manj kot 10 % vseh bolnikov z možgansko kapjo. Glutamat je aminokislina, ki ima v osrednjem živčevju funkcijo najpogostejšega vzdražnega nevrotransmiterja, v patoloških razmerah pa deluje kot močan nevrotoksin. Povišan zunajcelični glutamat ima osrednjo vlogo pri poškodbah možganov, do katerih pride zaradi ishemične možganske kapi. Novo terapevtsko tarčo pri zaščiti pred to vrsto poškodb pa predstavlja encim glutamat-oksaloacetat transaminaza (GOT), ki med ishemično možgansko kapjo zniža raven glutamata na mestu kapi. Pri presnovi glutamata s pomočjo GOT v možganskem tkivu nastajajo tudi vmesni produkti cikla citronske kisline. GOT torej lahko med ishemično možgansko kapjo omogoči, da se sicer ekscitotoksični glutamat pretvori v življenjsko pomembne vmesne produkte cikla citronske kisline. Opravljenih je bilo že več študij, ki so se osredotočale na zaščito nevronov z zmanjšanjem glutamata pri ishemični kapi, a so bile v praksi neuspešne. Sistemsko dajanje oksaloacetata predstavlja novo strategijo za zmanjšanje škodljivega učinka glutamata v možganskem tkivu po ishemični kapi. Učinek oksaloacetata namreč temelji predvsem na sposobnosti te molekule, da zmanjša raven glutamata v možganih in krvi zaradi aktivacije encima GOT.

==Brina Klinar - Vloga citrat transportnega proteina in citrata v celičnih procesih==
Citrat transportni protein (CTP) je transportni protein družine transmembranskih prenašalcev SCL25, ki se nahaja v notranji membrani mitohondrija. Njegova primarna vloga je import citrata v mitohondij ali eksport v citosol. Ustrezna aktivnost in pravilno CTP je ključnega pomena za optimalno delovanje celice. Ustrezne količine citrata v citosolu in mitohondriju so namreč pomembne za produkcijo energije, sintezo acetil-CoA kot prekurzorja biosinteze horesterola in maščobnih kislin in kot donorja acetilne skupine za actilacijske reakcije posttranslacijskih in epigenetskih modifikacij, vnetne procese in celično regulacijo. Za ohranjanje homeostaze citrata v citosolu obstajajo tudi alternativne poti, neodvisne od CTP, npr. prevzem ekstracelularnega citrata v celico prek plazmalemskih citratnih transporterjev. Kljub temu, se izguba CTP z mutacijami kaže v hudih napakah zgodnjega možganskega razvoja, kot sta npr. DiGeorgejev sindrom in L-2/D-2-hidroksiglutarna aciduria, kar nakazuje na velik pomen tega transportnega proteina. Po drugi strani pa ima inhibicija CTP inducirana s sintetičnimi inhibitorji CTP obetavno prihodnost na področju zdravljenja raka in presnovnega sindroma.

==Lana Bajec - Metabolni inženiring cikla citronske kisline za produkcijo kemikalij==
Izčrpanost fosilnih virov energije na zemlji, ki jo spremlja njihov vpliv na okolje, dviguje povpraševanje po zamenjavi kemikalij na osnovi nafte z boljšimi alternativami, prijaznejšimi do okolja. Skozi leta so se razvile različne strategije pridobivanja teh kemikalij s pomočjo fermentacijskih produktov različnih mikroorganizmov. Krebsov cikel ali cikel citronske kisline je eden pomembnejših procesov v celici in se že desetletja uporablja v metabolnem inženiringu, največ v produkciji spojin kot so L-glutamat, citrat in sukcinat. Žal je izkoristek pridobivanja teh produktov skozi Krebsov cikel slab, zato se je razvil nov način, ki privede do boljšega izkoristka. Uporaba povratnega Krebsovega cikla, ki ga določeni organizmi vršijo v anaerobnih pogojih. Za ta proces je značilna proizvodnja ogljikovih spojin iz ogljikovega dioksida in vode. Kemijske reakcije, ki se vršijo, pa so obtratne tistim, ki jih vidimo v Krebsovem ciklu. Ker se pri tem procesu porablja CO2, pa to poleg še vpliva na zmanjševanje CO2 emisij. Pri proizvodnji sukcinata pa so z določenimi pogoji mikroorganizme pripravili do tega, da poleg povratnega Krebsovega cikla, vršijo še glikosilatni cikel. Ta je sklop anaplerotičnih reakcij, ki vir ogljika, s porabo CO2, spreminja v sukcinat.

==Nina Cankar - Vpliv oksidacije maščobnih kislin na delovanje in diferenciacijo limfocitov T==
Limfociti T so celice imunskega sistema in so sposobni prehajati med visoko aktivnim anabolizmom in mirujočim katabolizmom, ki temelji na mitohondrijski oksidaciji maščobnih kislin. FAO je aktivna pri naivnih, regulatornih in spominskih limfocitih T ter močno zmanjšana pri efektorskih limfocitih T. Ob aktivaciji naivnih T celic pride do prehoda iz katabolizma z aktivno FAO na anabolizem in aerobno glikolizo, ki zadosti povečanim energijskim potrebam limfocitov T. Prehod regulirajo PI3K-Akt-mTOR signalna pot ter SREBP proteini. CD4+ efektorski limfociti T s pomočjo PPARγ ohranijo prevzem in oksidacijo maščobnih kislin, kar pa ne velja za CD8+ celice. Od obeh vej odstopajo regulatorni limfociti T, ki večino energije pridobijo s FAO. Ob koncu okužbe večina efektorskih limfocitov T preide v apoptozo, majhen delež pa se diferencira v spominske celice. Tem oksidacija maščobnih kislin, sklopljena z oksidativno fosforilacijo, omogoča dolgo življenjsko dobo in hkrati sposobnost hitrega odziva na ponovno okužbo z istim patogenom. Pri diferenciaciji v spominske limfocite T sodeluje TRAF6, spodbujajo pa jo tudi ostale signalne poti, ki aktivirajo katabolizem ter spodbujajo mitohondrije in izražanje CPT1A. Inhibicija oksidativne fosforilacije v spominskih limfocitih T ovira njihovo tvorbo, aktivacijo in proliferacijo. Poznavanje mehanizmov regulacije FAO v limfocitih T omogoča razvoj novih terapij za bolnike z avtoimunskimi in vnetnimi boleznimi.

==Nika Ciglar – Variabilnost izgube teže z zaviralci SGLT2 in agonisti receptorjev GLP-1 pri sladkorni bolezni tipa 2 in debelosti==
V današnjem času se vse več ljudi spopada z velikim problemom in to je debelost. Povišana telesna teža ni le problem premajhne fizične vadbe in prevelikih količin energetsko bogate hrane, temveč je lahko posledica ali pa tudi vzrok bolezni. Ena izmed teh bolezni je sladkorna bolezen tipa 2. Starejša zdravila za zniževanje ravni glukoze pri sladkornih bolnikih so povzročala povečanja telesne mase, novejša zdravila pa vplivajo na telo z ravno nasprotnim učinkom. To seveda ne velja za vse bolnike. Na podlagi teh podatkov so znanstveniki začeli ugotavljati ali bi lahko razvili zdravilo proti debelosti. Hoteli so ustvariti zdravilo, kjer ni izguba telesne teže le eden od stranskih učinkov temveč glavna tarča delovanja učinkovine. Med najnovejšimi razredi zdravil sta zaviralec natrijevega glukoznega koprenašalca 2 (SGLT2) in agonist glukagonu podobnih peptidnih receptorjev (GLP-1).

==Debora Kociper - FAT (CD36/SR-B2) v povezavi z metabolizmom maščobnih kislin v skeletnih mišicah==
Vnos maščobnih kislin v celico skeletnih mišic je skrbno reguliran proces, pri katerem sodelujejo tri glavne skupine proteinov – FABP, FATP in FAT (CD36/SR-B2). Vsi lajšajo prenos maščobnih kislin v celico, CD36/SR-B2 pa ima vlogo tudi v sami regulaciji transporta. Regulacija vstopa maščobnih kislin v celico s CD36/SR-B2 je regulirana kratkoročno in dolgoročno. Kratkoročno je regulirana z intracelularnim recikliranjem tega proteina. Glavna dejavnika, ki vplivata na kratkoročno regulacijo sta telesna aktivnost in inzulin. Pri dolgoročni regulaciji sodelujejo receptorji PPAR. Maščobne kisline delujejo kot naravni ligand teh receptorjev. Aktivacija receptorjev PPAR sproži prepisovanje določenih genov in proteinov, ki sodelujejo pri transportu maščobnih kislin čez celično membrano, med drugim CD36/SR-B2.
Pri povišani dostopnosti maščobnih kislin pride do razlik v odgovoru pri zdravih posameznikih in posameznikih z debelostjo. Raziskovanje delovanja CD36/SR-B2 predstavlja potencialne možnosti pri reševanju problema debelosti. CD36/SR-B2 igra pomembno vlogo tudi pri inzulinski rezistenci. Telesna aktivnost v vseh primerih pozitivno vpliva na zmožnost oksidacije maščobnih kislin.

==Tina Kosovel - Kako aminokisline podpirajo naš imunski sistem==
Aminokisline igrajo zelo pomembno vlogo v aktivaciji in samem delovanju naših imunskih celic. Njihov vnos in količina v celici strogo nadzorujeta delovanje celičnih presnovnih poti (TCA, glikoliza, oksidativna fosforilacija). Glutamin preko pretvorbe v glutamat priskrbi α-ketoglutarat, ki vstopi v TCA cikel. Razvejane aminokisline povečajo število glukoznih transporterjev in tako podpirajo glikolizo. Poleg tega za TCA zagotavljajo α-ketoglutarat ter derivate CoA. Serin alosterično aktivira encim, ki poskrbi za tvorbo piruvata in poveča translacijo proteinov v mitohondriju, vključno s tistimi, ki so del elektronske prenašalne verige. Poleg tega so aminokisline odgovorne za ohranjanje redoks homeostaze v celici in priskrbijo ključne snovi za njeno delovanje. Metionin in serin poskrbita za tvorbo cisteina, ki služi kot vir žvepla za tvorbo FeS klastrov. Te uporablja veliko encimov. Poleg tega je žveplo potrebno tudi za tiolacijo tRNA, kar pomaga pri translaciji. Cistein, glutamin in glicin tvorijo glutation, ki veže reaktivne kisikove radikale in tako skrbi za redoks homeostazo v celici. Te procese so mnogi virusi in tumorji sposobni izkoristiti, da imunske celice onesposobijo ali pa se izognejo njihovi detekciji. Hkrati pa nam ti aminokislinski mehanizmi nudijo veliko področje potencjalnih strategij za nova zdravila.

==Maj Dular - Zdravljenje raka z deprivacijo arginina==
Arginin je pol-esencialna aminokislina, ki ima ključno vlogo pri biosintezi beljakovin. Lahko se pridobi s dnevnim vnosom hrane ali sintetizira v telesu preko cikla uree, pri čemer se uporablja L-citrulin kot substrat. Arginin ima v telesu raznovrstno vlogo, saj prispeva k delitvi celic, zdravljenju ran, odstranjevanju amonijaka, delovanju imunskega sistema ter biosintezi hormonov. Predstavil bom razne tehnike. V primeru rakavih celic se sinteza svojega arginina izkaže za nezadostno, da bi zadostila njihovim povečanim prehranskim potrebam, kar jih sili v odvisnost od zunanjih virov arginina. V članku obravnavajo pomen odvzema arginina kot nov terapevtski pristop, predstavi različne metode, ki omogočajo odvzem arginina, ter njihove specifične mehanizme delovanja. Poleg tega osredotoča na dejavnike, ki vplivajo na migracijo celic, skupaj z raziskovanjem vpliva arginina na metastazo rakavih celic, predvsem preko poliaminov in dušikovega oksida (NO). Da bi dosegli proti rakave učinke , so razvili modificirane encime za razgradnjo arginina, kot sta PEGilirana rekombinantna humana arginaza 1 (rhArg1-PEG) in arginin deiminaza (ADI-PEG 20), ki so se v kliničnih preskušanjih izkazali za varne in učinkovite. Preizkušali so jih kot monoterapijo ali v kombinaciji z drugimi obstoječimi terapijami.

==Veronika Trobiš - BCAA in občutljivost na inzulin==
Razvejane aminokisline (BCAA) , med katere spadajo levcin, valin in izolevcin, so močni regulatorji sintetičnih in kataboličnih procesov v celicah sesalcev ter so posebej znane po spodbujanju sinteze beljakovin, zaradi česar so v obliki prehranskih dopolnil priljubljene med športniki. Pripomorejo k mišični rasti in pomagajo pri regeneraciji. Iz raziskav je razvidno, da so učinki BCAA pretežno odvisni od eksperimentalnega modela, vrste tkiva in energijskega ravnovesja. V pogojih pomanjkanja energije ali homeostaze, BCAA ( še posebej levcin) spodbujajo izboljšane metabolne poti, vključno z izboljšano absorpcijo glukoze/insulinsko občutljivostjo, povečano vsebnostjo mitohondrijev in ohranjanjem mišic. V pogojih kroničnega presežka energije pa celice, še posebej maščobne celice, izgubijo sposobnost razgrajevanja BCAA, kar povzroči kopičenje BCAA in povezanih metabolitov tako znotraj celice kot v krvnem obtoku. Enako pa povzročajo metabolne bolezni in inhibicija nekaterih metaboličnih regulatorjev, kot sta PGC-1α in PPAR. Zato so te aminokisline in njihovi metaboliti močni biomarkerji srčno-metaboličnih bolezni, vključno z debelostjo, diabetesom tipa 2 (T2D) in koronarno arterijsko boleznijo. Glede na študije iz zdravih populacij in športnikov, prehranski viri BCAA verjetno sami po sebi niso zadostni za povzročanje presnovnih bolezni pri sicer zdravih populacijah.

==Nik Matek - Homocistinurija, ki jo povzroča pomanjkanje cistionin β-sintaze==
Homocistinurija je avtosomalna recesivna dedna bolezen, kar pomeni, da pride do okvare na avtosomu. Bolezen je dokaj redka, vendar je njena pogostost geografsko odvisna. Zaradi okvare gena za zapis cistationin β-sintaze pride do prekomernega kopičenja homocistieina v krvni plazmi. Tem pojavu rečemo hiperhomocisteinemija. Ko so koncentracije dovolj velike, se začne homocistein kopičiti tudi v urinu. V tem primeru govorimo o homocistinuriji. Pogosti simptomi so ektopija oči, daljše okončine, nagnjenost k osteoporozi, težave z učenjem in tromboza, ki pogosto vodi v smrt. Homocistein je homolog cisteina, pogojno esencialne aminokisline s tiolno skupino. Nadpovprečne koncentracije homocisteina v krvi so povezane z različnimi duševnimi boleznimi. Homocistein telo proizvede iz metionina v procesu metilacije. Ta se lahko tudi remetilira nazaj v metionin ali pa vstopi v proces transulfuracijske poti, kjer se pretvori v cistein. Cistein β-sintaza sodeluje v prvem delu transulfuracijske poti, kjer homocistein pretvori v cistationin. V drugem delu se cistationin pretvori v cistein s pomočjo drugega encima transulforacijske poti, cistationin γ-liaze. Cistationin β-sintaza in cistationin γ-liaza sta oba odvisna od koencima PLP (aktivne oblike vitamina B6). Cistationin β-sintaza je prisotna tudi v procesih pridobivanja vodikovega sulfida, ki pa se pri homocistonuriji občutno zmanjšajo.

==Jana Bregar - Vpliv črevesne mikrobiote na metabolizem triptofana pri fenilketonuriji==
PKU (fenilketonurija) je redka dedna presnovna bolezen, ki prizadene sposobnost telesa za ustrezno metaboliziranje aminokisline Phe (fenilanin). To povzroča kopičenje Phe (fenilalanin) v krvi in možganih. Prehrana z nizko vsebnostjo Phe je ključna za obvladovanje PKU, zato se morajo bolniki s PKU doživljenjsko držati prehrane z nizko vsebnostjo Phe in prejemajo dodatno medicinsko prehrano, da dobijo dovolj esencialnih hranil. Povečana količina Phe ovira metabolizem drugih aminokislin, kot je Trp (triptofan). Trp (tirptofan) ima dve pomembnejši metabolni poti. To sta sinteza 5-HT (seratonin) in KYN (kinurenin) metabolna pot. 5-HT (serotonin) je nevrotransmiter, ki ima vlogo pri reguliranju razpoloženja in drugih nevroloških funkcij. Eden od produktov KYN (kinurenin) metabolne poti je QUIN (kinolinska kislina), ki je potencialno nevrotoksična spoijina. Črevesna mikrobiota tudi vpliva na metabolizem Trp in posledično na nevrološke simptome pri bolnikih s PKU. Spremembe v črevesni mikrobioti pri bolnikih s PKU lahko močno vplivajo na metabolizem dopamina in seratonina, saj se lahko Trp prednosto metabolizira po KYN poti namesto pretvori v seratonin. Zato je pomembno razumeti povezavo med črevesno mikrobioto in metabolizmom Trp pri bolnikih s PKU. Razumevanje vpliva PKU na metabolizem drugih aminokislin poleg Phe, omogoča razvijanje novih oblik zdravljenja PKU.

BIO2 Povzetki seminarjev 2023

2023-11-20T21:47:08Z

Uma Jordan: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2023/24 */

BIO2 Povzetki seminarjev 2023

2023-11-06T20:34:28Z

Uma Jordan: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2023/24 */