https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Ur%C5%A1a+Lah 2026-05-05T16:44:41Z User contributions MediaWiki 1.45.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov&diff=24537 2025-04-22T09:52:36Z

<p>Urša Lah: /* Biosinteza pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah */</p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s41589-025-01861-z#Sec9/ De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia]<br /> <br /> == Uvod == <br /> V rastlinah poteka sinteza kompleksnih naravnih produktov, kot so npr. lignani. Ta se zgodi preko porazdelitve nalog in prenosa metabolitov med različnimi celicami, tkivi, organi in celičnimi organeli. Zato bi lahko gradnja mikrobnih konzorcijev, ki sodelujejo na podoben način kot rastlinske celice, razširila presnovne zmogljivosti in omogočila sintezo bolj kompleksnih spojin. Mikrobni konzorciji so sistemi, sestavljeni iz dveh ali več mikrobnih populacij (lahko medvrstno ali znotraj ene vrste), ki so razširjeni in naravno prisotni v okolju [1]. <br /> <br /> Lignani so skupina naravnih produktov z zapletenimi strukturami in raznolikimi biološkimi učinki, kot so protitumorski, antioksidativni, antibakterijski in protivirusni učinki [2]. V rastlinah se biosinteza vseh lignanov začne z elektronsko sklopitveno reakcijo dveh molekul koniferil alkohola, ki izvirata iz aromatskih kislin. Raznolike strukture lignanov pa nadalje nastanejo s pomočjo specifičnih encimov, kot so lakaza (Lac), pinorezinol-laricirezinol reduktaza (PLR), citokrom P450 monooksigenaza (Cyp) in uridin difosfat (UDP) glukoziltransferaza (UGT). Zato je sinteza koniferil alkohola, skupnega prekurzorja vseh lignanov, ključni predpogoj za proizvodnjo kompleksnih lignanov v mikroorganizmih [1].<br /> <br /> V tej študiji so se osredotočili na rekonstrukcijo biosinteze lignanov v kvasovkah, vendar je ta zahtevna in pogosto vodi do nespecifičnosti metabolnih poti, kar negativno vpliva na učinkovitost biosinteze. Namreč, sinteza lignanov v rastlinah poteka z medceličnim in medorganelnim sodelovanjem, kar pomaga zmanjšati pojav stranskih reakcij. Pri de novo sintezi lignanov v heterolognih mikroorganizmih, kot je ''Saccharomyces cerevisiae'', pa je preprečevanje presnovne nespecifičnosti izredno kompleksno. Zlasti zaporedni intermediati – p-kumarinska kislina, kavna kislina in ferulinska kislina – imajo zelo podobne strukture in se lahko zlahka pretvorijo v stranske produkte po nespecifičnih poteh, kar oslabi sintezo koniferil alkohola [1]. <br /> <br /> Zaradi tega so biosintetsko pot razdelili med konzorcij kvasovk, zgrajenih na osnovi mutualizma, pri čemer so za presnovni most uporabili ferulinsko kislino. Takšen soodvisen sistem uspešno premaga presnovno nespecifičnost in omogoči sintezo skupnega prekurzorja, ki je koniferil alkohol. Nadalje so dosegli še ''de novo'' sintezo dveh ključnih gradnikov lignanov, pinorezinola in lariciresinola. Na koncu pa so razširili zmogljivost sistema z biosintezo kompleksnih lignanov [1].<br /> <br /> == Biosinteza koniferil alkohola v kvasovkah == <br /> Koniferil alkohol je neposredni prekurzor vseh lignanov in ga zaradi zapletene presnovne poti ni mogoče selektivno sintetizirati. Za raziskavo najboljše poti sinteze koniferil alkohola v ''Saccharomyces cerevisiae'' so kot substrati uporabili tri aromatične kisline (p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino) ter testirali tristopenjske encimske kombinacije t. i aromatskega alkoholnega modula. Ta je bil sestavljen iz 4-kumarat koencim A ligaze (4Cl), cinamoil-CoA reduktaze (CCR) in alkoholne dehidrogenaze (Adh6), da bi sintetizirali ustrezni aromatski alkohol [1]. <br /> <br /> Rezultati so pokazali, da je ferulinska kislina najboljši substrat za sintezo koniferil alkohola v ''S. cerevisiae''. Dodajanje ferulinske kisline je privedlo do učinkovite pretvorbe v koniferil alkohol s strani sevov, ki so vsebovali različne kombinacije encimov. Najboljši sev je bil RB57, ki izraža gene Ptr4CL5, PtrCCR2 (oba iz ''P. trichocarpa'') in ADH6 (iz ''S. cerevisiae'') [1]. <br /> <br /> Zaradi ugotovitev o uspešni pretvorbi ferulinske kisline v koniferil alkohol so gene za aromatični alkoholni modul (Ptr4CL5, PtrCCR2 in ADH6) uvedli v sev, ki proizvaja ferulinsko kislino RB79 (bil prej že konstruiran). Tako so dobili na novo pripravljen sev RB124, ki pa ni uspel proizvesti koniferil alkohola. To nakazuje na to, da so neznane stranske reakcije tekmovale za prekurzorje in blokirale presnovno pot ferulinske kisline in posledično koniferil alkohola. Glede na široko substratno specifičnost rastlinskega encima 4Cl so domnevali, da lahko Ptr4CL5 pretvori p-kumarinsko in kavno kislino v njune derivate še preden bi se ti spojini lahko pretvorili v ferulinsko kislino [1].<br /> <br /> Ker vsi trije testirani kandidati za 4Cl encime v tej študiji lahko reagirajo s p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino so zasnovali dvokvasni konzorcijski sistem za biosintezo koniferil alkohola, v katerem so biosintezno pot razdelili na stopnji sinteze ferulinske kisline. S tem so želeli zmanjšati število stranskih reakcij. Opazili so, da je bila ferulinska kislina učinkovito izločena v gojišče s strani seva RB218, ki proizvaja ferulinsko kislino, ter da je bila dodana ferulinska kislina učinkovito sprejeta in uporabljena za biosintezo koniferil alkohola (v sevu RB57). Tako so ob so-gojenju seva RB218 in seva RB57 (z encimi za aromatični alkoholni modul) zaznali de novo biosintezo koniferil alkohola, kar dokazuje, da je konstrukcija mikrobnih konzorcijev učinkovita strategija za zmanjšanje stranskih reakcij. Vendar pa nihanje v donosnosti (z 52,4-% odstopanjem) kaže, da je za doseganje učinkovite in stabilne biosinteze potrebno vzpostaviti bolj stabilen konzorcij [1].<br /> <br /> == Biosinteza pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah ==<br /> Glede na to, da sta pinorezinol in lariciresinol ključni ogrodji za številne kompleksne lignine, so poskušali identificirati nadaljne poti za njuno sintezo na podlagi ''de novo'' sinteze koniferil alkohola v kvasovkah. Za poenostavitev eksperimenta so dodajali ferulinsko kislino, ki je pospešila raziskovanje in vzpostavitev biosinteznih poti. Biosintezna pot, ki se uporablja za ustvarjanje enostavnih lignanov (pinorezinol, laricirezinol in sekoizolariciresinol) iz koniferilnega alkohola, vključuje tri encimske reakcije, ki jih katalizirajo encimi Lac/Pex, Dir in Plr [1].<br /> <br /> Prvi korak je reakcija spajanja fenoksi radikala s koniferil alkoholom, kar ustvari prvo lignansko molekulo pinorezinol. To lahko katalizirata dve različni družini encimov, Lac in Pex. Lac prenaša elektrone iz substratov (koniferil alkohol v tej študiji) na O2 in proizvaja H2O in ustrezne produkte prostih radikalov (koniferil alkohol v tej študiji). Zato so izrazili dva gena LAC, TsLAC3 iz in TvLAC1, ki sta bila identificirana kot encima z relativno visokim redoks potencialom in visoko oksidativno sposobnostjo v glivah. Glede na to, da je tudi družina peroksidaz B tipa DyP vključena v spajanje koniferilnega alkohola, so bili v PeroxiBase najdeni še štirje geni PEX in izraženi za sintezo pinorezinola. Na žalost pinorezinol ni bil uspešno sintetiziran med nobenim od teh poskusov. Očitno je vso ferulinsko kislino zaužil sev RB69, ki izraža TsLAC3, kar kaže, da je bil TsLAC3 funkcionalen pri kataliziranju ferulinske kisline [1]. <br /> <br /> PLR je od NADPH odvisen encim, ki pretvori pinorezinol v sekoizolaricirezinol preko lariciresinola z uporabo zaporednih dvostopenjskih reakcij. Monofunkcionalni Plr (AtPrr1) katalizira prvo stopnjo reakcije s pinorezinolom in ne kaže afinitete za lariciresinol. Ugotovljeno je pa bilo, da IiPLR1 kodira encim z dvostopenjskim katalitičnim delovanjem, kljub temu da ima zelo šibko katalitično aktivnost do lariciresinola. Zaradi tega so bili izraženi: gen AtPRR1 (ki kodira ''A. thaliana'' Plr 1) in dva gena PLR (IiPLR1 in ShPLR1). Vsi ti encimi so uspešno proizvedli lariciresinol v ''S. cerevisiae''. Seva XH2B1 in XH2B2, ki sta izražala IiPLR1 sta proizvedla najvišje titre lariciresinola, vključno s skoraj enakima količinama (-)- in (+)-lariciresinola. Poleg tega so bile v sevu XH2B2 odkrite količine produkta drugega koraka, sekoizolaricirezinola, kar kaže na to, da IiPlr1 deluje pri kataliziranju dvostopenjske reakcije v smeri njegove biosinteze. Tako so skonstruirali učinkovito pot za sintezo pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah, ki bo zagotovila osnovo za nadaljnjo širitev heterologne sinteze lignanov z raznoliko strukturo [1].<br /> <br /> == Biosinteza kompleksnih lignanskih glukozidov v kvasovkah ==<br /> Nato so poskušali sintetizirati lariciresinol diglukozid (LDG), protivirusno komponento korenine ''I. indigotica'' [1]. LDG, znan tudi kot klemastanin B, izkazuje protivirusno delovanje proti gripi, saj zavira razmnoževanje virusa, preprečuje njegovo pritrjevanje na celice in deluje kot profilaktično sredstvo [3]. Da bi omogočili biosintezo lignanskih glukozidov v kvasovkah, so tri predhodno identificirane gene UGT ''I. indigotica'' (IiUGT71B2, IiUGT71B5a in IiUGT71B5b) integrirali v sev XH2B2, ki proizvaja lariciresinol. Zanimivo je, da je za razliko od ''in vitro'' samo IiUgt71b5b (XH12) lahko sintetiziral LDG, ko je bil hranjen s 100 mg/l ferulinske kisline. Na koncu so z prekomerno ekspresijo IiUGT71B5b v sevu XH18 in izboljšanju prekurzorja UDP-glukoze močno izboljšali proizvodnjo LDG [1]. <br /> <br /> == Biosinteza lignanskih glukozidov s konzorciji kvasovk ==<br /> Nazadnje so izdelali konzorcij kvasovk za ''de novo'' sintezo protivirusnega LDG, ki je zagotovil koristen simbiotski sistem za ublažitev presnovne promiskuitete v spodnji biosintetski poti fenolnih kislin. Celotna pot za sintezo LDG je bila razdeljena in uvedena v naslednje mutante: eden, v katerem je bila predhodno zgrajena biosintezna pot ferulinske kisline (sev RB218), in drugi, v katerem so bili izraženi vsi identificirani geni, vključeni v pretvorbo ferulinske kisline v LDG (sev XH12). V tem sistemu ferulinska kislina deluje kot most med obema segmentoma poti za ''de novo'' sintezo, medtem ko poti metionina, adenozina in sorodnih presnovkov delujejo kot hranila za obvezno medsebojno delovanje [1].<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> Če povzamemo, je ta študija izkoristila ''de novo'' sintezo kompleksnih lignanov kot primer za dokazovanje, da lahko konzorcij kvasovk posnema večcelične rastlinske organizme za izvajanje delitve dela in ublažitev presnovne nespecifičnosti. Ta sistem je mogoče uporabiti za izboljšanje sinteze kompleksnih naravnih proizvodov in celo drugih kompleksnih bioloških funkcij, ki zahtevajo sodelovanje s kvasovkami. Rezultati študije predstavljajo temelj za razvoj heterologne biosinteze lignanov.<br /> <br /> == Literatura ==<br /> [1] Chen, R. et al.,''De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia'' Nature Chemical Biology, 21, 456–465,2025, doi: https://doi.org/10.1038/s41589-025-01861-z. <br /> [2] Zhang, Y. et al.,''Review of lignans from 2019 to 2021: Newly reported structures and bioactivities'', Phytochemistry, vol.203,113412, 2022, doi: https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2022.113412 <br /> [3] MedChemExpress. ''Clemastanin B''. Accessed: Apr. 19, 2025. [Online]. Available: https://www.medchemexpress.com/clemastanin-b.html</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov&diff=24535 2025-04-22T08:29:28Z

<p>Urša Lah: /* Biosinteza pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah */</p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s41589-025-01861-z#Sec9/ De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia]<br /> <br /> == Uvod == <br /> V rastlinah poteka sinteza kompleksnih naravnih produktov, kot so npr. lignani. Ta se zgodi preko porazdelitve nalog in prenosa metabolitov med različnimi celicami, tkivi, organi in celičnimi organeli. Zato bi lahko gradnja mikrobnih konzorcijev, ki sodelujejo na podoben način kot rastlinske celice, razširila presnovne zmogljivosti in omogočila sintezo bolj kompleksnih spojin. Mikrobni konzorciji so sistemi, sestavljeni iz dveh ali več mikrobnih populacij (lahko medvrstno ali znotraj ene vrste), ki so razširjeni in naravno prisotni v okolju [1]. <br /> <br /> Lignani so skupina naravnih produktov z zapletenimi strukturami in raznolikimi biološkimi učinki, kot so protitumorski, antioksidativni, antibakterijski in protivirusni učinki [2]. V rastlinah se biosinteza vseh lignanov začne z elektronsko sklopitveno reakcijo dveh molekul koniferil alkohola, ki izvirata iz aromatskih kislin. Raznolike strukture lignanov pa nadalje nastanejo s pomočjo specifičnih encimov, kot so lakaza (Lac), pinorezinol-laricirezinol reduktaza (PLR), citokrom P450 monooksigenaza (Cyp) in uridin difosfat (UDP) glukoziltransferaza (UGT). Zato je sinteza koniferil alkohola, skupnega prekurzorja vseh lignanov, ključni predpogoj za proizvodnjo kompleksnih lignanov v mikroorganizmih [1].<br /> <br /> V tej študiji so se osredotočili na rekonstrukcijo biosinteze lignanov v kvasovkah, vendar je ta zahtevna in pogosto vodi do nespecifičnosti metabolnih poti, kar negativno vpliva na učinkovitost biosinteze. Namreč, sinteza lignanov v rastlinah poteka z medceličnim in medorganelnim sodelovanjem, kar pomaga zmanjšati pojav stranskih reakcij. Pri de novo sintezi lignanov v heterolognih mikroorganizmih, kot je ''Saccharomyces cerevisiae'', pa je preprečevanje presnovne nespecifičnosti izredno kompleksno. Zlasti zaporedni intermediati – p-kumarinska kislina, kavna kislina in ferulinska kislina – imajo zelo podobne strukture in se lahko zlahka pretvorijo v stranske produkte po nespecifičnih poteh, kar oslabi sintezo koniferil alkohola [1]. <br /> <br /> Zaradi tega so biosintetsko pot razdelili med konzorcij kvasovk, zgrajenih na osnovi mutualizma, pri čemer so za presnovni most uporabili ferulinsko kislino. Takšen soodvisen sistem uspešno premaga presnovno nespecifičnost in omogoči sintezo skupnega prekurzorja, ki je koniferil alkohol. Nadalje so dosegli še ''de novo'' sintezo dveh ključnih gradnikov lignanov, pinorezinola in lariciresinola. Na koncu pa so razširili zmogljivost sistema z biosintezo kompleksnih lignanov [1].<br /> <br /> == Biosinteza koniferil alkohola v kvasovkah == <br /> Koniferil alkohol je neposredni prekurzor vseh lignanov in ga zaradi zapletene presnovne poti ni mogoče selektivno sintetizirati. Za raziskavo najboljše poti sinteze koniferil alkohola v ''Saccharomyces cerevisiae'' so kot substrati uporabili tri aromatične kisline (p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino) ter testirali tristopenjske encimske kombinacije t. i aromatskega alkoholnega modula. Ta je bil sestavljen iz 4-kumarat koencim A ligaze (4Cl), cinamoil-CoA reduktaze (CCR) in alkoholne dehidrogenaze (Adh6), da bi sintetizirali ustrezni aromatski alkohol [1]. <br /> <br /> Rezultati so pokazali, da je ferulinska kislina najboljši substrat za sintezo koniferil alkohola v ''S. cerevisiae''. Dodajanje ferulinske kisline je privedlo do učinkovite pretvorbe v koniferil alkohol s strani sevov, ki so vsebovali različne kombinacije encimov. Najboljši sev je bil RB57, ki izraža gene Ptr4CL5, PtrCCR2 (oba iz ''P. trichocarpa'') in ADH6 (iz ''S. cerevisiae'') [1]. <br /> <br /> Zaradi ugotovitev o uspešni pretvorbi ferulinske kisline v koniferil alkohol so gene za aromatični alkoholni modul (Ptr4CL5, PtrCCR2 in ADH6) uvedli v sev, ki proizvaja ferulinsko kislino RB79 (bil prej že konstruiran). Tako so dobili na novo pripravljen sev RB124, ki pa ni uspel proizvesti koniferil alkohola. To nakazuje na to, da so neznane stranske reakcije tekmovale za prekurzorje in blokirale presnovno pot ferulinske kisline in posledično koniferil alkohola. Glede na široko substratno specifičnost rastlinskega encima 4Cl so domnevali, da lahko Ptr4CL5 pretvori p-kumarinsko in kavno kislino v njune derivate še preden bi se ti spojini lahko pretvorili v ferulinsko kislino [1].<br /> <br /> Ker vsi trije testirani kandidati za 4Cl encime v tej študiji lahko reagirajo s p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino so zasnovali dvokvasni konzorcijski sistem za biosintezo koniferil alkohola, v katerem so biosintezno pot razdelili na stopnji sinteze ferulinske kisline. S tem so želeli zmanjšati število stranskih reakcij. Opazili so, da je bila ferulinska kislina učinkovito izločena v gojišče s strani seva RB218, ki proizvaja ferulinsko kislino, ter da je bila dodana ferulinska kislina učinkovito sprejeta in uporabljena za biosintezo koniferil alkohola (v sevu RB57). Tako so ob so-gojenju seva RB218 in seva RB57 (z encimi za aromatični alkoholni modul) zaznali de novo biosintezo koniferil alkohola, kar dokazuje, da je konstrukcija mikrobnih konzorcijev učinkovita strategija za zmanjšanje stranskih reakcij. Vendar pa nihanje v donosnosti (z 52,4-% odstopanjem) kaže, da je za doseganje učinkovite in stabilne biosinteze potrebno vzpostaviti bolj stabilen konzorcij [1].<br /> <br /> == Biosinteza pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah ==<br /> Glede na to, da sta pinorezinol in lariciresinol ključni ogrodji za številne kompleksne lignine, so poskušali identificirati nadaljne poti za njuno sintezo na podlagi ''de novo'' sinteze koniferil alkohola v kvasovkah. Za poenostavitev eksperimenta so dodajali ferulinsko kislino, ki je pospešila raziskovanje in vzpostavitev biosinteznih poti. Biosintezna pot, ki se uporablja za ustvarjanje enostavnih lignanov (pinorezinol, laricirezinol in sekoizolariciresinol) iz koniferilnega alkohola, vključuje tri encimske reakcije, ki jih katalizirajo encimi Lac/Pex, Dir in Plr [1].<br /> <br /> Prvi korak je reakcija spajanja fenoksi radikala s koniferil alkoholom, kar ustvari prvo lignansko molekulo pinorezinol. To lahko katalizirata dve različni družini encimov, Lac in Pex. Lac prenaša elektrone iz substratov (koniferil alkohol v tej študiji) na O2 in proizvaja H2O in ustrezne produkte prostih radikalov (koniferil alkohol v tej študiji). Zato so izrazili dva gena LAC, TsLAC3 iz in TvLAC1, ki sta bila identificirana kot encima z relativno visokim redoks potencialom in visoko oksidativno sposobnostjo v glivah. Glede na to, da je tudi družina peroksidaz Pex B vključena v spajanje koniferilnega alkohola, so bili v PeroxiBase najdeni še štirje geni PEX in izraženi za sintezo pinorezinola. Na žalost pinorezinol ni bil uspešno sintetiziran med nobenim od teh poskusov. Očitno je vso ferulinsko kislino zaužil sev RB69, ki izraža TsLAC3, kar kaže, da je bil TsLAC3 funkcionalen pri kataliziranju ferulinske kisline [1]. <br /> <br /> PLR je od NADPH odvisen encim, ki pretvori pinorezinol v sekoizolaricirezinol preko lariciresinola z uporabo zaporednih dvostopenjskih reakcij. Monofunkcionalni Plr (AtPrr1) katalizira prvo stopnjo reakcije s pinorezinolom in ne kaže afinitete za lariciresinol. Ugotovljeno je pa bilo, da IiPLR1 kodira encim z dvostopenjskim katalitičnim delovanjem, kljub temu da ima zelo šibko katalitično aktivnost do lariciresinola. Zaradi tega so bili izraženi: gen AtPRR1 (ki kodira ''A. thaliana'' Plr 1) in dva gena PLR (IiPLR1 in ShPLR1). Vsi ti encimi so uspešno proizvedli lariciresinol v ''S. cerevisiae''. Seva XH2B1 in XH2B2, ki sta izražala IiPLR1 sta proizvedla najvišje titre lariciresinola, vključno s skoraj enakima količinama (-)- in (+)-lariciresinola. Poleg tega so bile v sevu XH2B2 odkrite količine produkta drugega koraka, sekoizolaricirezinola, kar kaže na to, da IiPlr1 deluje pri kataliziranju dvostopenjske reakcije v smeri njegove biosinteze. Tako so skonstruirali učinkovito pot za sintezo pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah, ki bo zagotovila osnovo za nadaljnjo širitev heterologne sinteze lignanov z raznoliko strukturo [1].<br /> <br /> == Biosinteza kompleksnih lignanskih glukozidov v kvasovkah ==<br /> Nato so poskušali sintetizirati lariciresinol diglukozid (LDG), protivirusno komponento korenine ''I. indigotica'' [1]. LDG, znan tudi kot klemastanin B, izkazuje protivirusno delovanje proti gripi, saj zavira razmnoževanje virusa, preprečuje njegovo pritrjevanje na celice in deluje kot profilaktično sredstvo [3]. Da bi omogočili biosintezo lignanskih glukozidov v kvasovkah, so tri predhodno identificirane gene UGT ''I. indigotica'' (IiUGT71B2, IiUGT71B5a in IiUGT71B5b) integrirali v sev XH2B2, ki proizvaja lariciresinol. Zanimivo je, da je za razliko od ''in vitro'' samo IiUgt71b5b (XH12) lahko sintetiziral LDG, ko je bil hranjen s 100 mg/l ferulinske kisline. Na koncu so z prekomerno ekspresijo IiUGT71B5b v sevu XH18 in izboljšanju prekurzorja UDP-glukoze močno izboljšali proizvodnjo LDG [1]. <br /> <br /> == Biosinteza lignanskih glukozidov s konzorciji kvasovk ==<br /> Nazadnje so izdelali konzorcij kvasovk za ''de novo'' sintezo protivirusnega LDG, ki je zagotovil koristen simbiotski sistem za ublažitev presnovne promiskuitete v spodnji biosintetski poti fenolnih kislin. Celotna pot za sintezo LDG je bila razdeljena in uvedena v naslednje mutante: eden, v katerem je bila predhodno zgrajena biosintezna pot ferulinske kisline (sev RB218), in drugi, v katerem so bili izraženi vsi identificirani geni, vključeni v pretvorbo ferulinske kisline v LDG (sev XH12). V tem sistemu ferulinska kislina deluje kot most med obema segmentoma poti za ''de novo'' sintezo, medtem ko poti metionina, adenozina in sorodnih presnovkov delujejo kot hranila za obvezno medsebojno delovanje [1].<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> Če povzamemo, je ta študija izkoristila ''de novo'' sintezo kompleksnih lignanov kot primer za dokazovanje, da lahko konzorcij kvasovk posnema večcelične rastlinske organizme za izvajanje delitve dela in ublažitev presnovne nespecifičnosti. Ta sistem je mogoče uporabiti za izboljšanje sinteze kompleksnih naravnih proizvodov in celo drugih kompleksnih bioloških funkcij, ki zahtevajo sodelovanje s kvasovkami. Rezultati študije predstavljajo temelj za razvoj heterologne biosinteze lignanov.<br /> <br /> == Literatura ==<br /> [1] Chen, R. et al.,''De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia'' Nature Chemical Biology, 21, 456–465,2025, doi: https://doi.org/10.1038/s41589-025-01861-z. <br /> [2] Zhang, Y. et al.,''Review of lignans from 2019 to 2021: Newly reported structures and bioactivities'', Phytochemistry, vol.203,113412, 2022, doi: https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2022.113412 <br /> [3] MedChemExpress. ''Clemastanin B''. Accessed: Apr. 19, 2025. [Online]. Available: https://www.medchemexpress.com/clemastanin-b.html</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov&diff=24449 2025-04-21T09:13:11Z

<p>Urša Lah: /* Biosinteza koniferil alkohola v kvasovkah */</p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s41589-025-01861-z#Sec9/ De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia]<br /> <br /> == Uvod == <br /> V rastlinah poteka sinteza kompleksnih naravnih produktov, kot so npr. lignani. Ta se zgodi preko porazdelitve nalog in prenosa metabolitov med različnimi celicami, tkivi, organi in celičnimi organeli. Zato bi lahko gradnja mikrobnih konzorcijev, ki sodelujejo na podoben način kot rastlinske celice, razširila presnovne zmogljivosti in omogočila sintezo bolj kompleksnih spojin. Mikrobni konzorciji so sistemi, sestavljeni iz dveh ali več mikrobnih populacij (lahko medvrstno ali znotraj ene vrste), ki so razširjeni in naravno prisotni v okolju [1]. <br /> <br /> Lignani so skupina naravnih produktov z zapletenimi strukturami in raznolikimi biološkimi učinki, kot so protitumorski, antioksidativni, antibakterijski in protivirusni učinki [2]. V rastlinah se biosinteza vseh lignanov začne z elektronsko sklopitveno reakcijo dveh molekul koniferil alkohola, ki izvirata iz aromatskih kislin. Raznolike strukture lignanov pa nadalje nastanejo s pomočjo specifičnih encimov, kot so lakaza (Lac), pinorezinol-laricirezinol reduktaza (PLR), citokrom P450 monooksigenaza (Cyp) in uridin difosfat (UDP) glukoziltransferaza (UGT). Zato je sinteza koniferil alkohola, skupnega prekurzorja vseh lignanov, ključni predpogoj za proizvodnjo kompleksnih lignanov v mikroorganizmih [1].<br /> <br /> V tej študiji so se osredotočili na rekonstrukcijo biosinteze lignanov v kvasovkah, vendar je ta zahtevna in pogosto vodi do nespecifičnosti metabolnih poti, kar negativno vpliva na učinkovitost biosinteze. Namreč, sinteza lignanov v rastlinah poteka z medceličnim in medorganelnim sodelovanjem, kar pomaga zmanjšati pojav stranskih reakcij. Pri de novo sintezi lignanov v heterolognih mikroorganizmih, kot je ''Saccharomyces cerevisiae'', pa je preprečevanje presnovne nespecifičnosti izredno kompleksno. Zlasti zaporedni intermediati – p-kumarinska kislina, kavna kislina in ferulinska kislina – imajo zelo podobne strukture in se lahko zlahka pretvorijo v stranske produkte po nespecifičnih poteh, kar oslabi sintezo koniferil alkohola [1]. <br /> <br /> Zaradi tega so biosintetsko pot razdelili med konzorcij kvasovk, zgrajenih na osnovi mutualizma, pri čemer so za presnovni most uporabili ferulinsko kislino. Takšen soodvisen sistem uspešno premaga presnovno nespecifičnost in omogoči sintezo skupnega prekurzorja, ki je koniferil alkohol. Nadalje so dosegli še ''de novo'' sintezo dveh ključnih gradnikov lignanov, pinorezinola in lariciresinola. Na koncu pa so razširili zmogljivost sistema z biosintezo kompleksnih lignanov [1].<br /> <br /> == Biosinteza koniferil alkohola v kvasovkah == <br /> Koniferil alkohol je neposredni prekurzor vseh lignanov in ga zaradi zapletene presnovne poti ni mogoče selektivno sintetizirati. Za raziskavo najboljše poti sinteze koniferil alkohola v ''Saccharomyces cerevisiae'' so kot substrati uporabili tri aromatične kisline (p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino) ter testirali tristopenjske encimske kombinacije t. i aromatskega alkoholnega modula. Ta je bil sestavljen iz 4-kumarat koencim A ligaze (4Cl), cinamoil-CoA reduktaze (CCR) in alkoholne dehidrogenaze (Adh6), da bi sintetizirali ustrezni aromatski alkohol [1]. <br /> <br /> Rezultati so pokazali, da je ferulinska kislina najboljši substrat za sintezo koniferil alkohola v ''S. cerevisiae''. Dodajanje ferulinske kisline je privedlo do učinkovite pretvorbe v koniferil alkohol s strani sevov, ki so vsebovali različne kombinacije encimov. Najboljši sev je bil RB57, ki izraža gene Ptr4CL5, PtrCCR2 (oba iz ''P. trichocarpa'') in ADH6 (iz ''S. cerevisiae'') [1]. <br /> <br /> Zaradi ugotovitev o uspešni pretvorbi ferulinske kisline v koniferil alkohol so gene za aromatični alkoholni modul (Ptr4CL5, PtrCCR2 in ADH6) uvedli v sev, ki proizvaja ferulinsko kislino RB79 (bil prej že konstruiran). Tako so dobili na novo pripravljen sev RB124, ki pa ni uspel proizvesti koniferil alkohola. To nakazuje na to, da so neznane stranske reakcije tekmovale za prekurzorje in blokirale presnovno pot ferulinske kisline in posledično koniferil alkohola. Glede na široko substratno specifičnost rastlinskega encima 4Cl so domnevali, da lahko Ptr4CL5 pretvori p-kumarinsko in kavno kislino v njune derivate še preden bi se ti spojini lahko pretvorili v ferulinsko kislino [1].<br /> <br /> Ker vsi trije testirani kandidati za 4Cl encime v tej študiji lahko reagirajo s p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino so zasnovali dvokvasni konzorcijski sistem za biosintezo koniferil alkohola, v katerem so biosintezno pot razdelili na stopnji sinteze ferulinske kisline. S tem so želeli zmanjšati število stranskih reakcij. Opazili so, da je bila ferulinska kislina učinkovito izločena v gojišče s strani seva RB218, ki proizvaja ferulinsko kislino, ter da je bila dodana ferulinska kislina učinkovito sprejeta in uporabljena za biosintezo koniferil alkohola (v sevu RB57). Tako so ob so-gojenju seva RB218 in seva RB57 (z encimi za aromatični alkoholni modul) zaznali de novo biosintezo koniferil alkohola, kar dokazuje, da je konstrukcija mikrobnih konzorcijev učinkovita strategija za zmanjšanje stranskih reakcij. Vendar pa nihanje v donosnosti (z 52,4-% odstopanjem) kaže, da je za doseganje učinkovite in stabilne biosinteze potrebno vzpostaviti bolj stabilen konzorcij [1].<br /> <br /> == Biosinteza pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah ==<br /> Glede na to, da sta pinorezinol in lariciresinol ključni ogrodji za številne kompleksne lignine, so poskušali identificirati nadaljne poti za njuno sintezo na podlagi ''de novo'' sinteze koniferil alkohola v kvasovkah. Za poenostavitev eksperimenta so dodajali ferulinsko kislino, ki je pospešila raziskovanje in vzpostavitev biosinteznih poti. Biosintezna pot, ki se uporablja za ustvarjanje enostavnih lignanov (pinorezinol, laricirezinol in sekoizolariciresinol) iz koniferilnega alkohola, vključuje tri encimske reakcije, ki jih katalizirajo encimi Lac/Pex, Dir in Plr [1].<br /> <br /> Prvi korak je reakcija spajanja fenoksi radikala s koniferil alkoholom, kar ustvari prvo lignansko molekulo pinorezinol. To lahko katalizirata dve različni družini encimov, Lac in Pex. Lac prenaša elektrone iz substratov (koniferil alkohol v tej študiji) na O2 in proizvaja H2O in ustrezne produkte prostih radikalov (koniferil alkohol v tej študiji). Zato so izrazili dva gena LAC, TsLAC3 iz in TvLAC1, ki so bili identificirani kot encimi z relativno visokim redoks potencialom in visoko oksidativno sposobnostjo v glivah. Glede na to, da je tudi družina peroksidaz Pex B vključena v spajanje koniferilnega alkohola, so bili v PeroxiBase najdeni štirje geni PEX in izraženi za sintezo pinorezinola. Na žalost pinorezinol ni bil uspešno sintetiziran med nobenim od teh poskusov. Očitno je vso ferulinsko kislino zaužil sev RB69, ki izraža TsLAC3, kar kaže, da je bil TsLAC3 funkcionalen pri kataliziranju ferulinske kisline [1]. <br /> <br /> PLR je od NADPH odvisen encim, ki pretvori pinorezinol v sekoizolaricirezinol preko lariciresinola z uporabo zaporednih dvostopenjskih reakcij. Monofunkcionalni Plr (AtPrr1) katalizira prvo stopnjo reakcije s pinorezinolom in ne kaže afinitete za lariciresinol. Ugotovljeno je pa bilo, da IiPLR1 kodira encim z dvostopenjskim katalitičnim delovanjem, kljub temu da ima zelo šibko katalitično aktivnost do lariciresinola. Zaradi tega so bili izraženi: gen AtPRR1 (ki kodira ''A. thaliana'' Plr 1) in dva gena PLR (IiPLR1 in ShPLR1). Vsi ti encimi so uspešno proizvedli lariciresinol v ''S. cerevisiae''. Seva XH2B1 in XH2B2, ki sta izražala IiPLR1 sta proizvedla najvišje titre lariciresinola, vključno s skoraj enakima količinama (-)- in (+)-lariciresinola. Poleg tega so bile v sevu XH2B2 odkrite količine produkta drugega koraka, sekoizolaricirezinola, kar kaže na to, da IiPlr1 deluje pri kataliziranju dvostopenjske reakcije v smeri njegove biosinteze. Tako so skonstruirali učinkovito pot za sintezo pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah, ki bo zagotovila osnovo za nadaljnjo širitev heterologne sinteze lignanov z raznoliko strukturo [1].<br /> <br /> == Biosinteza kompleksnih lignanskih glukozidov v kvasovkah ==<br /> Nato so poskušali sintetizirati lariciresinol diglukozid (LDG), protivirusno komponento korenine ''I. indigotica'' [1]. LDG, znan tudi kot klemastanin B, izkazuje protivirusno delovanje proti gripi, saj zavira razmnoževanje virusa, preprečuje njegovo pritrjevanje na celice in deluje kot profilaktično sredstvo [3]. Da bi omogočili biosintezo lignanskih glukozidov v kvasovkah, so tri predhodno identificirane gene UGT ''I. indigotica'' (IiUGT71B2, IiUGT71B5a in IiUGT71B5b) integrirali v sev XH2B2, ki proizvaja lariciresinol. Zanimivo je, da je za razliko od ''in vitro'' samo IiUgt71b5b (XH12) lahko sintetiziral LDG, ko je bil hranjen s 100 mg/l ferulinske kisline. Na koncu so z prekomerno ekspresijo IiUGT71B5b v sevu XH18 in izboljšanju prekurzorja UDP-glukoze močno izboljšali proizvodnjo LDG [1]. <br /> <br /> == Biosinteza lignanskih glukozidov s konzorciji kvasovk ==<br /> Nazadnje so izdelali konzorcij kvasovk za ''de novo'' sintezo protivirusnega LDG, ki je zagotovil koristen simbiotski sistem za ublažitev presnovne promiskuitete v spodnji biosintetski poti fenolnih kislin. Celotna pot za sintezo LDG je bila razdeljena in uvedena v naslednje mutante: eden, v katerem je bila predhodno zgrajena biosintezna pot ferulinske kisline (sev RB218), in drugi, v katerem so bili izraženi vsi identificirani geni, vključeni v pretvorbo ferulinske kisline v LDG (sev XH12). V tem sistemu ferulinska kislina deluje kot most med obema segmentoma poti za ''de novo'' sintezo, medtem ko poti metionina, adenozina in sorodnih presnovkov delujejo kot hranila za obvezno medsebojno delovanje [1].<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> Če povzamemo, je ta študija izkoristila ''de novo'' sintezo kompleksnih lignanov kot primer za dokazovanje, da lahko konzorcij kvasovk posnema večcelične rastlinske organizme za izvajanje delitve dela in ublažitev presnovne nespecifičnosti. Ta sistem je mogoče uporabiti za izboljšanje sinteze kompleksnih naravnih proizvodov in celo drugih kompleksnih bioloških funkcij, ki zahtevajo sodelovanje s kvasovkami. Rezultati študije predstavljajo temelj za razvoj heterologne biosinteze lignanov.<br /> <br /> == Literatura ==<br /> [1] Chen, R. et al.,''De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia'' Nature Chemical Biology, 21, 456–465,2025, doi: https://doi.org/10.1038/s41589-025-01861-z. <br /> [2] Zhang, Y. et al.,''Review of lignans from 2019 to 2021: Newly reported structures and bioactivities'', Phytochemistry, vol.203,113412, 2022, doi: https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2022.113412 <br /> [3] MedChemExpress. ''Clemastanin B''. Accessed: Apr. 19, 2025. [Online]. Available: https://www.medchemexpress.com/clemastanin-b.html</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov&diff=24448 2025-04-21T07:50:46Z

<p>Urša Lah: /* Uvod */</p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s41589-025-01861-z#Sec9/ De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia]<br /> <br /> == Uvod == <br /> V rastlinah poteka sinteza kompleksnih naravnih produktov, kot so npr. lignani. Ta se zgodi preko porazdelitve nalog in prenosa metabolitov med različnimi celicami, tkivi, organi in celičnimi organeli. Zato bi lahko gradnja mikrobnih konzorcijev, ki sodelujejo na podoben način kot rastlinske celice, razširila presnovne zmogljivosti in omogočila sintezo bolj kompleksnih spojin. Mikrobni konzorciji so sistemi, sestavljeni iz dveh ali več mikrobnih populacij (lahko medvrstno ali znotraj ene vrste), ki so razširjeni in naravno prisotni v okolju [1]. <br /> <br /> Lignani so skupina naravnih produktov z zapletenimi strukturami in raznolikimi biološkimi učinki, kot so protitumorski, antioksidativni, antibakterijski in protivirusni učinki [2]. V rastlinah se biosinteza vseh lignanov začne z elektronsko sklopitveno reakcijo dveh molekul koniferil alkohola, ki izvirata iz aromatskih kislin. Raznolike strukture lignanov pa nadalje nastanejo s pomočjo specifičnih encimov, kot so lakaza (Lac), pinorezinol-laricirezinol reduktaza (PLR), citokrom P450 monooksigenaza (Cyp) in uridin difosfat (UDP) glukoziltransferaza (UGT). Zato je sinteza koniferil alkohola, skupnega prekurzorja vseh lignanov, ključni predpogoj za proizvodnjo kompleksnih lignanov v mikroorganizmih [1].<br /> <br /> V tej študiji so se osredotočili na rekonstrukcijo biosinteze lignanov v kvasovkah, vendar je ta zahtevna in pogosto vodi do nespecifičnosti metabolnih poti, kar negativno vpliva na učinkovitost biosinteze. Namreč, sinteza lignanov v rastlinah poteka z medceličnim in medorganelnim sodelovanjem, kar pomaga zmanjšati pojav stranskih reakcij. Pri de novo sintezi lignanov v heterolognih mikroorganizmih, kot je ''Saccharomyces cerevisiae'', pa je preprečevanje presnovne nespecifičnosti izredno kompleksno. Zlasti zaporedni intermediati – p-kumarinska kislina, kavna kislina in ferulinska kislina – imajo zelo podobne strukture in se lahko zlahka pretvorijo v stranske produkte po nespecifičnih poteh, kar oslabi sintezo koniferil alkohola [1]. <br /> <br /> Zaradi tega so biosintetsko pot razdelili med konzorcij kvasovk, zgrajenih na osnovi mutualizma, pri čemer so za presnovni most uporabili ferulinsko kislino. Takšen soodvisen sistem uspešno premaga presnovno nespecifičnost in omogoči sintezo skupnega prekurzorja, ki je koniferil alkohol. Nadalje so dosegli še ''de novo'' sintezo dveh ključnih gradnikov lignanov, pinorezinola in lariciresinola. Na koncu pa so razširili zmogljivost sistema z biosintezo kompleksnih lignanov [1].<br /> <br /> == Biosinteza koniferil alkohola v kvasovkah == <br /> Koniferil alkohol je neposredni prekurzor vseh lignanov in ga zaradi zapletene presnovne poti ni mogoče selektivno sintetizirati. Za raziskavo najboljše poti sinteze koniferil alkohola v ''Saccharomyces cerevisiae'' so kot substrati uporabili tri aromatične kisline (p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino) ter testirali tristopenjske encimske kombinacije t. i aromatskega alkoholnega modula. Ta je bil sestavljen iz 4-kumarat koencim A ligaze (4Cl), cinamoil-CoA reduktaze (CCR) in alkoholne dehidrogenaze (Adh6), da bi sintetizirali ustrezni aromatski alkohol [1]. <br /> <br /> Rezultati so pokazali, da je ferulinska kislina najboljši substrat za sintezo koniferil alkohola v ''S. cerevisiae''. Dodajanje ferulične kisline je privedlo do učinkovite pretvorbe v koniferil alkohol s strani sevov, ki so vsebovali različne kombinacije encimov. Najboljši sev je bil RB57, ki izraža gene Ptr4CL5, PtrCCR2 (oba iz ''P. trichocarpa'') in ADH6 (iz ''S. cerevisiae'') [1]. <br /> <br /> Zaradi ugotovitev o uspešni pretvorbi ferulinske kisline v koniferil alkohol so gene za aromatični alkoholni modul (Ptr4CL5, PtrCCR2 in ADH6) uvedli v sev, ki proizvaja ferulinsko kislino RB79 (bil prej že konstruiran). Tako so dobili na novo pripravljen sev RB124, ki pa ni uspel proizvesti koniferil alkohola. To nakazuje na to, da so neznane stranske reakcije tekmovale za prekurzorje in blokirale presnovno pot ferulinske kisline in posledično koniferil alkohola. Glede na široko substratno specifičnost rastlinskega encima 4Cl so domnevali, da lahko Ptr4CL5 pretvori p-kumarinsko in kavno kislino v njune derivate še preden bi se ti spojini lahko pretvorili v ferulinsko kislino [1].<br /> <br /> Ker vsi trije testirani kandidati za 4Cl encime v tej študiji lahko reagirajo s p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino so zasnovali dvokvasni konzorcijski sistem za biosintezo koniferil alkohola, v katerem so biosintezno pot razdelili na stopnji sinteze ferulinske kisline. S tem so želeli zmanjšati število stranskih reakcij. Opazili so, da je bila ferulinska kislina učinkovito izločena v gojišče s strani seva RB218, ki proizvaja ferulinsko kislino, ter da je bila dodana ferulinska kislina učinkovito sprejeta in uporabljena za biosintezo koniferil alkohola (v sevu RB57). Tako so ob so-gojenju seva RB218 in seva RB57 (z encimi za aromatični alkoholni modul) zaznali de novo biosintezo koniferil alkohola, kar dokazuje, da je konstrukcija mikrobnih konzorcijev učinkovita strategija za zmanjšanje stranskih reakcij. Vendar pa nihanje v donosnosti (z 52,4-% odstopanjem) kaže, da je za doseganje učinkovite in stabilne biosinteze potrebno vzpostaviti bolj stabilen konzorcij [1].<br /> <br /> == Biosinteza pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah ==<br /> Glede na to, da sta pinorezinol in lariciresinol ključni ogrodji za številne kompleksne lignine, so poskušali identificirati nadaljne poti za njuno sintezo na podlagi ''de novo'' sinteze koniferil alkohola v kvasovkah. Za poenostavitev eksperimenta so dodajali ferulinsko kislino, ki je pospešila raziskovanje in vzpostavitev biosinteznih poti. Biosintezna pot, ki se uporablja za ustvarjanje enostavnih lignanov (pinorezinol, laricirezinol in sekoizolariciresinol) iz koniferilnega alkohola, vključuje tri encimske reakcije, ki jih katalizirajo encimi Lac/Pex, Dir in Plr [1].<br /> <br /> Prvi korak je reakcija spajanja fenoksi radikala s koniferil alkoholom, kar ustvari prvo lignansko molekulo pinorezinol. To lahko katalizirata dve različni družini encimov, Lac in Pex. Lac prenaša elektrone iz substratov (koniferil alkohol v tej študiji) na O2 in proizvaja H2O in ustrezne produkte prostih radikalov (koniferil alkohol v tej študiji). Zato so izrazili dva gena LAC, TsLAC3 iz in TvLAC1, ki so bili identificirani kot encimi z relativno visokim redoks potencialom in visoko oksidativno sposobnostjo v glivah. Glede na to, da je tudi družina peroksidaz Pex B vključena v spajanje koniferilnega alkohola, so bili v PeroxiBase najdeni štirje geni PEX in izraženi za sintezo pinorezinola. Na žalost pinorezinol ni bil uspešno sintetiziran med nobenim od teh poskusov. Očitno je vso ferulinsko kislino zaužil sev RB69, ki izraža TsLAC3, kar kaže, da je bil TsLAC3 funkcionalen pri kataliziranju ferulinske kisline [1]. <br /> <br /> PLR je od NADPH odvisen encim, ki pretvori pinorezinol v sekoizolaricirezinol preko lariciresinola z uporabo zaporednih dvostopenjskih reakcij. Monofunkcionalni Plr (AtPrr1) katalizira prvo stopnjo reakcije s pinorezinolom in ne kaže afinitete za lariciresinol. Ugotovljeno je pa bilo, da IiPLR1 kodira encim z dvostopenjskim katalitičnim delovanjem, kljub temu da ima zelo šibko katalitično aktivnost do lariciresinola. Zaradi tega so bili izraženi: gen AtPRR1 (ki kodira ''A. thaliana'' Plr 1) in dva gena PLR (IiPLR1 in ShPLR1). Vsi ti encimi so uspešno proizvedli lariciresinol v ''S. cerevisiae''. Seva XH2B1 in XH2B2, ki sta izražala IiPLR1 sta proizvedla najvišje titre lariciresinola, vključno s skoraj enakima količinama (-)- in (+)-lariciresinola. Poleg tega so bile v sevu XH2B2 odkrite količine produkta drugega koraka, sekoizolaricirezinola, kar kaže na to, da IiPlr1 deluje pri kataliziranju dvostopenjske reakcije v smeri njegove biosinteze. Tako so skonstruirali učinkovito pot za sintezo pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah, ki bo zagotovila osnovo za nadaljnjo širitev heterologne sinteze lignanov z raznoliko strukturo [1].<br /> <br /> == Biosinteza kompleksnih lignanskih glukozidov v kvasovkah ==<br /> Nato so poskušali sintetizirati lariciresinol diglukozid (LDG), protivirusno komponento korenine ''I. indigotica'' [1]. LDG, znan tudi kot klemastanin B, izkazuje protivirusno delovanje proti gripi, saj zavira razmnoževanje virusa, preprečuje njegovo pritrjevanje na celice in deluje kot profilaktično sredstvo [3]. Da bi omogočili biosintezo lignanskih glukozidov v kvasovkah, so tri predhodno identificirane gene UGT ''I. indigotica'' (IiUGT71B2, IiUGT71B5a in IiUGT71B5b) integrirali v sev XH2B2, ki proizvaja lariciresinol. Zanimivo je, da je za razliko od ''in vitro'' samo IiUgt71b5b (XH12) lahko sintetiziral LDG, ko je bil hranjen s 100 mg/l ferulinske kisline. Na koncu so z prekomerno ekspresijo IiUGT71B5b v sevu XH18 in izboljšanju prekurzorja UDP-glukoze močno izboljšali proizvodnjo LDG [1]. <br /> <br /> == Biosinteza lignanskih glukozidov s konzorciji kvasovk ==<br /> Nazadnje so izdelali konzorcij kvasovk za ''de novo'' sintezo protivirusnega LDG, ki je zagotovil koristen simbiotski sistem za ublažitev presnovne promiskuitete v spodnji biosintetski poti fenolnih kislin. Celotna pot za sintezo LDG je bila razdeljena in uvedena v naslednje mutante: eden, v katerem je bila predhodno zgrajena biosintezna pot ferulinske kisline (sev RB218), in drugi, v katerem so bili izraženi vsi identificirani geni, vključeni v pretvorbo ferulinske kisline v LDG (sev XH12). V tem sistemu ferulinska kislina deluje kot most med obema segmentoma poti za ''de novo'' sintezo, medtem ko poti metionina, adenozina in sorodnih presnovkov delujejo kot hranila za obvezno medsebojno delovanje [1].<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> Če povzamemo, je ta študija izkoristila ''de novo'' sintezo kompleksnih lignanov kot primer za dokazovanje, da lahko konzorcij kvasovk posnema večcelične rastlinske organizme za izvajanje delitve dela in ublažitev presnovne nespecifičnosti. Ta sistem je mogoče uporabiti za izboljšanje sinteze kompleksnih naravnih proizvodov in celo drugih kompleksnih bioloških funkcij, ki zahtevajo sodelovanje s kvasovkami. Rezultati študije predstavljajo temelj za razvoj heterologne biosinteze lignanov.<br /> <br /> == Literatura ==<br /> [1] Chen, R. et al.,''De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia'' Nature Chemical Biology, 21, 456–465,2025, doi: https://doi.org/10.1038/s41589-025-01861-z. <br /> [2] Zhang, Y. et al.,''Review of lignans from 2019 to 2021: Newly reported structures and bioactivities'', Phytochemistry, vol.203,113412, 2022, doi: https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2022.113412 <br /> [3] MedChemExpress. ''Clemastanin B''. Accessed: Apr. 19, 2025. [Online]. Available: https://www.medchemexpress.com/clemastanin-b.html</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov&diff=24447 2025-04-21T07:49:57Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s41589-025-01861-z#Sec9/ De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia]<br /> <br /> == Uvod == <br /> V rastlinah poteka sinteza kompleksnih naravnih produktov, kot so npr. lignani. Ta se zgodi preko porazdelitve nalog in prenosa metabolitov med različnimi celicami, tkivi, organi in celičnimi organeli. Zato bi lahko gradnja mikrobnih konzorcijev, ki sodelujejo na podoben način kot rastlinske celice, razširila presnovne zmogljivosti in omogočila sintezo bolj kompleksnih spojin. Mikrobni konzorciji so sistemi, sestavljeni iz dveh ali več mikrobnih populacij (lahko medvrstno ali znotraj ene vrste), ki so razširjeni in naravno prisotni v okolju [1]. <br /> <br /> Lignani so skupina naravnih produktov z zapletenimi strukturami in raznolikimi biološkimi učinki, kot so protitumorski, antioksidativni, antibakterijski in protivirusni učinki [2]. V rastlinah se biosinteza vseh lignanov začne z elektronsko sklopitveno reakcijo dveh molekul koniferil alkohola, ki izvirata iz aromatskih kislin. Raznolike strukture lignanov pa nadalje nastanejo s pomočjo specifičnih encimov, kot so lakaza (Lac), pinorezinol-laricirezinol reduktaza (PLR), citokrom P450 monooksigenaza (Cyp) in uridin difosfat (UDP) glukoziltransferaza (UGT). Zato je sinteza koniferil alkohola, skupnega prekurzorja vseh lignanov, ključni predpogoj za proizvodnjo kompleksnih lignanov v mikroorganizmih [1].<br /> <br /> V tej študiji so se osredotočili na rekonstrukcijo biosinteze lignanov v kvasovkah, vendar je ta zahtevna in pogosto vodi do nespecifičnosti metabolnih poti, kar negativno vpliva na učinkovitost biosinteze. Namreč, sinteza lignanov v rastlinah poteka z medceličnim in medorganelnim sodelovanjem, kar pomaga zmanjšati pojav stranskih reakcij. Pri de novo sintezi lignanov v heterolognih mikroorganizmih, kot je ''Saccharomyces cerevisiae'', pa je preprečevanje presnovne nespecifičnosti izredno kompleksno. Zlasti zaporedni intermediati – p-kumarinska kislina, kavna kislina in ferulinska kislina – imajo zelo podobne strukture in se lahko zlahka pretvorijo v stranske produkte po nespecifičnih poteh, kar oslabi sintezo koniferil alkohola [1]. <br /> <br /> Zaradi tega so biosintetsko pot razdelili med konzorcij kvasovk, zgrajenih na osnovi mutualizma, pri čemer so za presnovni most uporabili ferulinsko kislino. Takšen soodvisen sistem uspešno premaga presnovno nespecifičnost in omogoči sintezo skupnega prekurzorja, ki je koniferil alkohol. Nadalje so dosegli še de novo sintezo dveh ključnih gradnikov lignanov, pinorezinola in lariciresinola. Na koncu pa so razširili zmogljivost sistema z biosintezo kompleksnih lignanov [1]. <br /> <br /> == Biosinteza koniferil alkohola v kvasovkah == <br /> Koniferil alkohol je neposredni prekurzor vseh lignanov in ga zaradi zapletene presnovne poti ni mogoče selektivno sintetizirati. Za raziskavo najboljše poti sinteze koniferil alkohola v ''Saccharomyces cerevisiae'' so kot substrati uporabili tri aromatične kisline (p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino) ter testirali tristopenjske encimske kombinacije t. i aromatskega alkoholnega modula. Ta je bil sestavljen iz 4-kumarat koencim A ligaze (4Cl), cinamoil-CoA reduktaze (CCR) in alkoholne dehidrogenaze (Adh6), da bi sintetizirali ustrezni aromatski alkohol [1]. <br /> <br /> Rezultati so pokazali, da je ferulinska kislina najboljši substrat za sintezo koniferil alkohola v ''S. cerevisiae''. Dodajanje ferulične kisline je privedlo do učinkovite pretvorbe v koniferil alkohol s strani sevov, ki so vsebovali različne kombinacije encimov. Najboljši sev je bil RB57, ki izraža gene Ptr4CL5, PtrCCR2 (oba iz ''P. trichocarpa'') in ADH6 (iz ''S. cerevisiae'') [1]. <br /> <br /> Zaradi ugotovitev o uspešni pretvorbi ferulinske kisline v koniferil alkohol so gene za aromatični alkoholni modul (Ptr4CL5, PtrCCR2 in ADH6) uvedli v sev, ki proizvaja ferulinsko kislino RB79 (bil prej že konstruiran). Tako so dobili na novo pripravljen sev RB124, ki pa ni uspel proizvesti koniferil alkohola. To nakazuje na to, da so neznane stranske reakcije tekmovale za prekurzorje in blokirale presnovno pot ferulinske kisline in posledično koniferil alkohola. Glede na široko substratno specifičnost rastlinskega encima 4Cl so domnevali, da lahko Ptr4CL5 pretvori p-kumarinsko in kavno kislino v njune derivate še preden bi se ti spojini lahko pretvorili v ferulinsko kislino [1].<br /> <br /> Ker vsi trije testirani kandidati za 4Cl encime v tej študiji lahko reagirajo s p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino so zasnovali dvokvasni konzorcijski sistem za biosintezo koniferil alkohola, v katerem so biosintezno pot razdelili na stopnji sinteze ferulinske kisline. S tem so želeli zmanjšati število stranskih reakcij. Opazili so, da je bila ferulinska kislina učinkovito izločena v gojišče s strani seva RB218, ki proizvaja ferulinsko kislino, ter da je bila dodana ferulinska kislina učinkovito sprejeta in uporabljena za biosintezo koniferil alkohola (v sevu RB57). Tako so ob so-gojenju seva RB218 in seva RB57 (z encimi za aromatični alkoholni modul) zaznali de novo biosintezo koniferil alkohola, kar dokazuje, da je konstrukcija mikrobnih konzorcijev učinkovita strategija za zmanjšanje stranskih reakcij. Vendar pa nihanje v donosnosti (z 52,4-% odstopanjem) kaže, da je za doseganje učinkovite in stabilne biosinteze potrebno vzpostaviti bolj stabilen konzorcij [1].<br /> <br /> == Biosinteza pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah ==<br /> Glede na to, da sta pinorezinol in lariciresinol ključni ogrodji za številne kompleksne lignine, so poskušali identificirati nadaljne poti za njuno sintezo na podlagi ''de novo'' sinteze koniferil alkohola v kvasovkah. Za poenostavitev eksperimenta so dodajali ferulinsko kislino, ki je pospešila raziskovanje in vzpostavitev biosinteznih poti. Biosintezna pot, ki se uporablja za ustvarjanje enostavnih lignanov (pinorezinol, laricirezinol in sekoizolariciresinol) iz koniferilnega alkohola, vključuje tri encimske reakcije, ki jih katalizirajo encimi Lac/Pex, Dir in Plr [1].<br /> <br /> Prvi korak je reakcija spajanja fenoksi radikala s koniferil alkoholom, kar ustvari prvo lignansko molekulo pinorezinol. To lahko katalizirata dve različni družini encimov, Lac in Pex. Lac prenaša elektrone iz substratov (koniferil alkohol v tej študiji) na O2 in proizvaja H2O in ustrezne produkte prostih radikalov (koniferil alkohol v tej študiji). Zato so izrazili dva gena LAC, TsLAC3 iz in TvLAC1, ki so bili identificirani kot encimi z relativno visokim redoks potencialom in visoko oksidativno sposobnostjo v glivah. Glede na to, da je tudi družina peroksidaz Pex B vključena v spajanje koniferilnega alkohola, so bili v PeroxiBase najdeni štirje geni PEX in izraženi za sintezo pinorezinola. Na žalost pinorezinol ni bil uspešno sintetiziran med nobenim od teh poskusov. Očitno je vso ferulinsko kislino zaužil sev RB69, ki izraža TsLAC3, kar kaže, da je bil TsLAC3 funkcionalen pri kataliziranju ferulinske kisline [1]. <br /> <br /> PLR je od NADPH odvisen encim, ki pretvori pinorezinol v sekoizolaricirezinol preko lariciresinola z uporabo zaporednih dvostopenjskih reakcij. Monofunkcionalni Plr (AtPrr1) katalizira prvo stopnjo reakcije s pinorezinolom in ne kaže afinitete za lariciresinol. Ugotovljeno je pa bilo, da IiPLR1 kodira encim z dvostopenjskim katalitičnim delovanjem, kljub temu da ima zelo šibko katalitično aktivnost do lariciresinola. Zaradi tega so bili izraženi: gen AtPRR1 (ki kodira ''A. thaliana'' Plr 1) in dva gena PLR (IiPLR1 in ShPLR1). Vsi ti encimi so uspešno proizvedli lariciresinol v ''S. cerevisiae''. Seva XH2B1 in XH2B2, ki sta izražala IiPLR1 sta proizvedla najvišje titre lariciresinola, vključno s skoraj enakima količinama (-)- in (+)-lariciresinola. Poleg tega so bile v sevu XH2B2 odkrite količine produkta drugega koraka, sekoizolaricirezinola, kar kaže na to, da IiPlr1 deluje pri kataliziranju dvostopenjske reakcije v smeri njegove biosinteze. Tako so skonstruirali učinkovito pot za sintezo pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah, ki bo zagotovila osnovo za nadaljnjo širitev heterologne sinteze lignanov z raznoliko strukturo [1].<br /> <br /> == Biosinteza kompleksnih lignanskih glukozidov v kvasovkah ==<br /> Nato so poskušali sintetizirati lariciresinol diglukozid (LDG), protivirusno komponento korenine ''I. indigotica'' [1]. LDG, znan tudi kot klemastanin B, izkazuje protivirusno delovanje proti gripi, saj zavira razmnoževanje virusa, preprečuje njegovo pritrjevanje na celice in deluje kot profilaktično sredstvo [3]. Da bi omogočili biosintezo lignanskih glukozidov v kvasovkah, so tri predhodno identificirane gene UGT ''I. indigotica'' (IiUGT71B2, IiUGT71B5a in IiUGT71B5b) integrirali v sev XH2B2, ki proizvaja lariciresinol. Zanimivo je, da je za razliko od ''in vitro'' samo IiUgt71b5b (XH12) lahko sintetiziral LDG, ko je bil hranjen s 100 mg/l ferulinske kisline. Na koncu so z prekomerno ekspresijo IiUGT71B5b v sevu XH18 in izboljšanju prekurzorja UDP-glukoze močno izboljšali proizvodnjo LDG [1]. <br /> <br /> == Biosinteza lignanskih glukozidov s konzorciji kvasovk ==<br /> Nazadnje so izdelali konzorcij kvasovk za ''de novo'' sintezo protivirusnega LDG, ki je zagotovil koristen simbiotski sistem za ublažitev presnovne promiskuitete v spodnji biosintetski poti fenolnih kislin. Celotna pot za sintezo LDG je bila razdeljena in uvedena v naslednje mutante: eden, v katerem je bila predhodno zgrajena biosintezna pot ferulinske kisline (sev RB218), in drugi, v katerem so bili izraženi vsi identificirani geni, vključeni v pretvorbo ferulinske kisline v LDG (sev XH12). V tem sistemu ferulinska kislina deluje kot most med obema segmentoma poti za ''de novo'' sintezo, medtem ko poti metionina, adenozina in sorodnih presnovkov delujejo kot hranila za obvezno medsebojno delovanje [1].<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> Če povzamemo, je ta študija izkoristila ''de novo'' sintezo kompleksnih lignanov kot primer za dokazovanje, da lahko konzorcij kvasovk posnema večcelične rastlinske organizme za izvajanje delitve dela in ublažitev presnovne nespecifičnosti. Ta sistem je mogoče uporabiti za izboljšanje sinteze kompleksnih naravnih proizvodov in celo drugih kompleksnih bioloških funkcij, ki zahtevajo sodelovanje s kvasovkami. Rezultati študije predstavljajo temelj za razvoj heterologne biosinteze lignanov.<br /> <br /> == Literatura ==<br /> [1] Chen, R. et al.,''De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia'' Nature Chemical Biology, 21, 456–465,2025, doi: https://doi.org/10.1038/s41589-025-01861-z. <br /> [2] Zhang, Y. et al.,''Review of lignans from 2019 to 2021: Newly reported structures and bioactivities'', Phytochemistry, vol.203,113412, 2022, doi: https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2022.113412 <br /> [3] MedChemExpress. ''Clemastanin B''. Accessed: Apr. 19, 2025. [Online]. Available: https://www.medchemexpress.com/clemastanin-b.html</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov&diff=24446 2025-04-21T07:48:00Z

<p>Urša Lah: /* Biosinteza pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah */</p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s41589-025-01861-z#Sec9/ De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia]<br /> <br /> == Uvod == <br /> V rastlinah poteka sinteza kompleksnih naravnih produktov, kot so npr. lignani. Ta se zgodi preko porazdelitve nalog in prenosa metabolitov med različnimi celicami, tkivi, organi in celičnimi organeli. Zato bi lahko gradnja mikrobnih konzorcijev, ki sodelujejo na podoben način kot rastlinske celice, razširila presnovne zmogljivosti in omogočila sintezo bolj kompleksnih spojin. Mikrobni konzorciji so sistemi, sestavljeni iz dveh ali več mikrobnih populacij (lahko medvrstno ali znotraj ene vrste), ki so razširjeni in naravno prisotni v okolju [1]. <br /> <br /> Lignani so skupina naravnih produktov z zapletenimi strukturami in raznolikimi biološkimi učinki, kot so protitumorski, antioksidativni, antibakterijski in protivirusni učinki [2]. V rastlinah se biosinteza vseh lignanov začne z elektronsko sklopitveno reakcijo dveh molekul koniferil alkohola, ki izvirata iz aromatskih kislin. Raznolike strukture lignanov pa nadalje nastanejo s pomočjo specifičnih encimov, kot so lakaza (Lac), pinorezinol-laricirezinol reduktaza (PLR), citokrom P450 monooksigenaza (Cyp) in uridin difosfat (UDP) glukoziltransferaza (UGT). Zato je sinteza koniferil alkohola, skupnega prekurzorja vseh lignanov, ključni predpogoj za proizvodnjo kompleksnih lignanov v mikroorganizmih [1].<br /> <br /> V tej študiji so se osredotočili na rekonstrukcijo biosinteze lignanov v kvasovkah, vendar je ta zahtevna in pogosto vodi do nespecifičnosti metabolnih poti, kar negativno vpliva na učinkovitost biosinteze. Namreč, sinteza lignanov v rastlinah poteka z medceličnim in medorganelnim sodelovanjem, kar pomaga zmanjšati pojav stranskih reakcij. Pri de novo sintezi lignanov v heterolognih mikroorganizmih, kot je ''Saccharomyces cerevisiae'', pa je preprečevanje presnovne nespecifičnosti izredno kompleksno. Zlasti zaporedni intermediati – p-kumarinska kislina, kavna kislina in ferulinska kislina – imajo zelo podobne strukture in se lahko zlahka pretvorijo v stranske produkte po nespecifičnih poteh, kar oslabi sintezo koniferil alkohola [1]. <br /> <br /> Zaradi tega so biosintetsko pot razdelili med konzorcij kvasovk, zgrajenih na osnovi mutualizma, pri čemer so za presnovni most uporabili ferulinsko kislino. Takšen soodvisen sistem uspešno premaga presnovno nespecifičnost in omogoči sintezo skupnega prekurzorja, ki je koniferil alkohol. Nadalje so dosegli še de novo sintezo dveh ključnih gradnikov lignanov, pinorezinola in lariciresinola. Na koncu pa so razširili zmogljivost sistema z biosintezo kompleksnih lignanov [1]. <br /> <br /> == Biosinteza koniferil alkohola v kvasovkah == <br /> Koniferil alkohol je neposredni prekurzor vseh lignanov in ga zaradi zapletene presnovne poti ni mogoče selektivno sintetizirati. Za raziskavo najboljše poti sinteze koniferil alkohola v ''Saccharomyces cerevisiae'' so kot substrati uporabili tri aromatične kisline (p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino) ter testirali tristopenjske encimske kombinacije t. i aromatskega alkoholnega modula. Ta je bil sestavljen iz 4-kumarat koencim A ligaze (4Cl), cinamoil-CoA reduktaze (CCR) in alkoholne dehidrogenaze (Adh6), da bi sintetizirali ustrezni aromatski alkohol [1]. <br /> <br /> Rezultati so pokazali, da je ferulinska kislina najboljši substrat za sintezo koniferil alkohola v ''S. cerevisiae''. Dodajanje ferulične kisline je privedlo do učinkovite pretvorbe v koniferil alkohol s strani sevov, ki so vsebovali različne kombinacije encimov. Najboljši sev je bil RB57, ki izraža gene Ptr4CL5, PtrCCR2 (oba iz ''P. trichocarpa'') in ADH6 (iz ''S. cerevisiae'') [1]. <br /> <br /> Zaradi ugotovitev o uspešni pretvorbi ferulinske kisline v koniferil alkohol so gene za aromatični alkoholni modul (Ptr4CL5, PtrCCR2 in ADH6) uvedli v sev, ki proizvaja ferulinsko kislino RB79 (bil prej že konstruiran). Tako so dobili na novo pripravljen sev RB124, ki pa ni uspel proizvesti koniferil alkohola. To nakazuje na to, da so neznane stranske reakcije tekmovale za prekurzorje in blokirale presnovno pot ferulinske kisline in posledično koniferil alkohola. Glede na široko substratno specifičnost rastlinskega encima 4Cl so domnevali, da lahko Ptr4CL5 pretvori p-kumarinsko in kavno kislino v njune derivate še preden bi se ti spojini lahko pretvorili v ferulinsko kislino [1].<br /> <br /> Ker vsi trije testirani kandidati za 4Cl encime v tej študiji lahko reagirajo s p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino so zasnovali dvokvasni konzorcijski sistem za biosintezo koniferil alkohola, v katerem so biosintezno pot razdelili na stopnji sinteze ferulinske kisline. S tem so želeli zmanjšati število stranskih reakcij. Opazili so, da je bila ferulinska kislina učinkovito izločena v gojišče s strani seva RB218, ki proizvaja ferulinsko kislino, ter da je bila dodana ferulinska kislina učinkovito sprejeta in uporabljena za biosintezo koniferil alkohola (v sevu RB57). Tako so ob so-gojenju seva RB218 in seva RB57 (z encimi za aromatični alkoholni modul) zaznali de novo biosintezo koniferil alkohola, kar dokazuje, da je konstrukcija mikrobnih konzorcijev učinkovita strategija za zmanjšanje stranskih reakcij. Vendar pa nihanje v donosnosti (z 52,4-% odstopanjem) kaže, da je za doseganje učinkovite in stabilne biosinteze potrebno vzpostaviti bolj stabilen konzorcij [1].<br /> <br /> == Biosinteza pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah ==<br /> Glede na to, da sta pinorezinol in lariciresinol ključni ogrodji za številne kompleksne lignine, so poskušali identificirati nadaljne poti za njuno sintezo na podlagi ''de novo'' sinteze koniferil alkohola v kvasovkah. Za poenostavitev eksperimenta so dodajali ferulinsko kislino, ki je pospešila raziskovanje in vzpostavitev biosinteznih poti. Biosintezna pot, ki se uporablja za ustvarjanje enostavnih lignanov (pinorezinol, laricirezinol in sekoizolariciresinol) iz koniferilnega alkohola, vključuje tri encimske reakcije, ki jih katalizirajo encimi Lac/Pex, Dir in Plr [1].<br /> <br /> Prvi korak je reakcija spajanja fenoksi radikala s koniferil alkoholom, kar ustvari prvo lignansko molekulo pinorezinol. To lahko katalizirata dve različni družini encimov, Lac in Pex. Lac prenaša elektrone iz substratov (koniferil alkohol v tej študiji) na O2 in proizvaja H2O in ustrezne produkte prostih radikalov (koniferil alkohol v tej študiji). Zato so izrazili dva gena LAC, TsLAC3 iz in TvLAC1, ki so bili identificirani kot encimi z relativno visokim redoks potencialom in visoko oksidativno sposobnostjo v glivah. Glede na to, da je tudi družina peroksidaz Pex B vključena v spajanje koniferilnega alkohola, so bili v PeroxiBase najdeni štirje geni PEX in izraženi za sintezo pinorezinola. Na žalost pinorezinol ni bil uspešno sintetiziran med nobenim od teh poskusov. Očitno je vso ferulinsko kislino zaužil sev RB69, ki izraža TsLAC3, kar kaže, da je bil TsLAC3 funkcionalen pri kataliziranju ferulinske kisline [1]. <br /> <br /> PLR je od NADPH odvisen encim, ki pretvori pinorezinol v sekoizolaricirezinol preko lariciresinola z uporabo zaporednih dvostopenjskih reakcij. Monofunkcionalni Plr (AtPrr1) katalizira prvo stopnjo reakcije s pinorezinolom in ne kaže afinitete za lariciresinol. Ugotovljeno je pa bilo, da IiPLR1 kodira encim z dvostopenjskim katalitičnim delovanjem, kljub temu da ima zelo šibko katalitično aktivnost do lariciresinola. Zaradi tega so bili izraženi: gen AtPRR1 (ki kodira ''A. thaliana'' Plr 1) in dva gena PLR (IiPLR1 in ShPLR1). Vsi ti encimi so uspešno proizvedli lariciresinol v ''S. cerevisiae''. Seva XH2B1 in XH2B2, ki sta izražala IiPLR1 sta proizvedla najvišje titre lariciresinola, vključno s skoraj enakima količinama (-)- in (+)-lariciresinola. Poleg tega so bile v sevu XH2B2 odkrite količine produkta drugega koraka, sekoizolaricirezinola, kar kaže na to, da IiPlr1 deluje pri kataliziranju dvostopenjske reakcije v smeri njegove biosinteze. Tako so skonstruirali učinkovito pot za sintezo pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah, ki bo zagotovila osnovo za nadaljnjo širitev heterologne sinteze lignanov z raznoliko strukturo [1].<br /> <br /> == Biosinteza kompleksnih lignanskih glukozidov v kvasovkah ==<br /> Nato so poskušali sintetizirati lariciresinol diglukozid (LDG), protivirusno komponento korenine ''I. indigotica'' [1]. LDG, znan tudi kot klemastanin B, izkazuje protivirusno delovanje proti gripi, saj zavira razmnoževanje virusa, preprečuje njegovo pritrjevanje na celice in deluje kot profilaktično sredstvo [3]. Da bi omogočili biosintezo lignanskih glukozidov v kvasovkah, so tri predhodno identificirane gene UGT ''I. indigotica'' (IiUGT71B2, IiUGT71B5a in IiUGT71B5b) integrirali v sev XH2B2, ki proizvaja lariciresinol. Zanimivo je, da je za razliko od ''in vitro'' samo IiUgt71b5b (XH12) lahko sintetiziral LDG, ko je bil hranjen s 100 mg/l ferulinske kisline. Na koncu so z prekomerno ekspresijo IiUGT71B5b v sevu XH18 in izboljšanju prekurzorja UDP-glukoze močno izboljšali proizvodnjo LDG [1]. <br /> <br /> == Biosinteza lignanskih glukozidov s konzorciji kvasovk ==<br /> Nazadnje so izdelali konzorcij kvasovk za ''de novo'' sintezo protivirusnega LDG, ki je zagotovil koristen simbiotski sistem za ublažitev presnovne promiskuitete v spodnji biosintetski poti fenolnih kislin. Celotna pot za sintezo LDG je bila razdeljena in uvedena v naslednje mutante: eden, v katerem je bila predhodno zgrajena biosintezna pot ferulinske kisline (sev RB218), in drugi, v katerem so bili izraženi vsi identificirani geni, vključeni v pretvorbo ferulinske kisline v LDG (sev XH12). V tem sistemu ferulinska kislina deluje kot most med obema segmentoma poti za ''de novo'' sintezo, medtem ko poti metionina, adenozina in sorodnih presnovkov delujejo kot hranila za obvezno medsebojno delovanje [1].<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> Če povzamemo, je ta študija izkoristila ''de novo'' sintezo kompleksnih lignanov kot primer za dokazovanje, da lahko konzorcij kvasovk posnema večcelične rastlinske organizme za izvajanje delitve dela in ublažitev presnovne nespecifičnosti. Ta sistem je mogoče uporabiti za izboljšanje sinteze kompleksnih naravnih proizvodov in celo drugih kompleksnih bioloških funkcij, ki zahtevajo sodelovanje s kvasovkami. Rezultati študije predstavljajo temelj za razvoj heterologne biosinteze lignanov.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov&diff=24445 2025-04-21T07:46:36Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s41589-025-01861-z#Sec9/ De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia]<br /> <br /> == Uvod == <br /> V rastlinah poteka sinteza kompleksnih naravnih produktov, kot so npr. lignani. Ta se zgodi preko porazdelitve nalog in prenosa metabolitov med različnimi celicami, tkivi, organi in celičnimi organeli. Zato bi lahko gradnja mikrobnih konzorcijev, ki sodelujejo na podoben način kot rastlinske celice, razširila presnovne zmogljivosti in omogočila sintezo bolj kompleksnih spojin. Mikrobni konzorciji so sistemi, sestavljeni iz dveh ali več mikrobnih populacij (lahko medvrstno ali znotraj ene vrste), ki so razširjeni in naravno prisotni v okolju [1]. <br /> <br /> Lignani so skupina naravnih produktov z zapletenimi strukturami in raznolikimi biološkimi učinki, kot so protitumorski, antioksidativni, antibakterijski in protivirusni učinki [2]. V rastlinah se biosinteza vseh lignanov začne z elektronsko sklopitveno reakcijo dveh molekul koniferil alkohola, ki izvirata iz aromatskih kislin. Raznolike strukture lignanov pa nadalje nastanejo s pomočjo specifičnih encimov, kot so lakaza (Lac), pinorezinol-laricirezinol reduktaza (PLR), citokrom P450 monooksigenaza (Cyp) in uridin difosfat (UDP) glukoziltransferaza (UGT). Zato je sinteza koniferil alkohola, skupnega prekurzorja vseh lignanov, ključni predpogoj za proizvodnjo kompleksnih lignanov v mikroorganizmih [1].<br /> <br /> V tej študiji so se osredotočili na rekonstrukcijo biosinteze lignanov v kvasovkah, vendar je ta zahtevna in pogosto vodi do nespecifičnosti metabolnih poti, kar negativno vpliva na učinkovitost biosinteze. Namreč, sinteza lignanov v rastlinah poteka z medceličnim in medorganelnim sodelovanjem, kar pomaga zmanjšati pojav stranskih reakcij. Pri de novo sintezi lignanov v heterolognih mikroorganizmih, kot je ''Saccharomyces cerevisiae'', pa je preprečevanje presnovne nespecifičnosti izredno kompleksno. Zlasti zaporedni intermediati – p-kumarinska kislina, kavna kislina in ferulinska kislina – imajo zelo podobne strukture in se lahko zlahka pretvorijo v stranske produkte po nespecifičnih poteh, kar oslabi sintezo koniferil alkohola [1]. <br /> <br /> Zaradi tega so biosintetsko pot razdelili med konzorcij kvasovk, zgrajenih na osnovi mutualizma, pri čemer so za presnovni most uporabili ferulinsko kislino. Takšen soodvisen sistem uspešno premaga presnovno nespecifičnost in omogoči sintezo skupnega prekurzorja, ki je koniferil alkohol. Nadalje so dosegli še de novo sintezo dveh ključnih gradnikov lignanov, pinorezinola in lariciresinola. Na koncu pa so razširili zmogljivost sistema z biosintezo kompleksnih lignanov [1]. <br /> <br /> == Biosinteza koniferil alkohola v kvasovkah == <br /> Koniferil alkohol je neposredni prekurzor vseh lignanov in ga zaradi zapletene presnovne poti ni mogoče selektivno sintetizirati. Za raziskavo najboljše poti sinteze koniferil alkohola v ''Saccharomyces cerevisiae'' so kot substrati uporabili tri aromatične kisline (p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino) ter testirali tristopenjske encimske kombinacije t. i aromatskega alkoholnega modula. Ta je bil sestavljen iz 4-kumarat koencim A ligaze (4Cl), cinamoil-CoA reduktaze (CCR) in alkoholne dehidrogenaze (Adh6), da bi sintetizirali ustrezni aromatski alkohol [1]. <br /> <br /> Rezultati so pokazali, da je ferulinska kislina najboljši substrat za sintezo koniferil alkohola v ''S. cerevisiae''. Dodajanje ferulične kisline je privedlo do učinkovite pretvorbe v koniferil alkohol s strani sevov, ki so vsebovali različne kombinacije encimov. Najboljši sev je bil RB57, ki izraža gene Ptr4CL5, PtrCCR2 (oba iz ''P. trichocarpa'') in ADH6 (iz ''S. cerevisiae'') [1]. <br /> <br /> Zaradi ugotovitev o uspešni pretvorbi ferulinske kisline v koniferil alkohol so gene za aromatični alkoholni modul (Ptr4CL5, PtrCCR2 in ADH6) uvedli v sev, ki proizvaja ferulinsko kislino RB79 (bil prej že konstruiran). Tako so dobili na novo pripravljen sev RB124, ki pa ni uspel proizvesti koniferil alkohola. To nakazuje na to, da so neznane stranske reakcije tekmovale za prekurzorje in blokirale presnovno pot ferulinske kisline in posledično koniferil alkohola. Glede na široko substratno specifičnost rastlinskega encima 4Cl so domnevali, da lahko Ptr4CL5 pretvori p-kumarinsko in kavno kislino v njune derivate še preden bi se ti spojini lahko pretvorili v ferulinsko kislino [1].<br /> <br /> Ker vsi trije testirani kandidati za 4Cl encime v tej študiji lahko reagirajo s p-kumarinsko, kavno in ferulinsko kislino so zasnovali dvokvasni konzorcijski sistem za biosintezo koniferil alkohola, v katerem so biosintezno pot razdelili na stopnji sinteze ferulinske kisline. S tem so želeli zmanjšati število stranskih reakcij. Opazili so, da je bila ferulinska kislina učinkovito izločena v gojišče s strani seva RB218, ki proizvaja ferulinsko kislino, ter da je bila dodana ferulinska kislina učinkovito sprejeta in uporabljena za biosintezo koniferil alkohola (v sevu RB57). Tako so ob so-gojenju seva RB218 in seva RB57 (z encimi za aromatični alkoholni modul) zaznali de novo biosintezo koniferil alkohola, kar dokazuje, da je konstrukcija mikrobnih konzorcijev učinkovita strategija za zmanjšanje stranskih reakcij. Vendar pa nihanje v donosnosti (z 52,4-% odstopanjem) kaže, da je za doseganje učinkovite in stabilne biosinteze potrebno vzpostaviti bolj stabilen konzorcij [1].<br /> <br /> == Biosinteza pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah ==<br /> Glede na to, da sta pinorezinol in lariciresinol ključni ogrodji za številne kompleksne lignine, so poskušali identificirati nadaljne poti za njuno sintezo na podlagi de novo sinteze koniferil alkohola v kvasovkah. Za poenostavitev eksperimenta so dodajali ferulinsko kislino, ki je pospešila raziskovanje in vzpostavitev biosinteznih poti. Biosintezna pot, ki se uporablja za ustvarjanje enostavnih lignanov (pinorezinol, laricirezinol in sekoizolariciresinol) iz koniferilnega alkohola, vključuje tri encimske reakcije, ki jih katalizirajo encimi Lac/Pex, Dir in Plr [1].<br /> <br /> Prvi korak je reakcija spajanja fenoksi radikala s koniferil alkoholom, kar ustvari prvo lignansko molekulo pinorezinol. To lahko katalizirata dve različni družini encimov, Lac in Pex. Lac prenaša elektrone iz substratov (koniferil alkohol v tej študiji) na O2 in proizvaja H2O in ustrezne produkte prostih radikalov (koniferil alkohol v tej študiji). Zato so izrazili dva gena LAC, TsLAC3 iz in TvLAC1, ki so bili identificirani kot encimi z relativno visokim redoks potencialom in visoko oksidativno sposobnostjo v glivah. Glede na to, da je tudi družina peroksidaz Pex B vključena v spajanje koniferilnega alkohola, so bili v PeroxiBase najdeni štirje geni PEX in izraženi za sintezo pinorezinola. Na žalost pinorezinol ni bil uspešno sintetiziran med nobenim od teh poskusov. Očitno je vso ferulinsko kislino zaužil sev RB69, ki izraža TsLAC3, kar kaže, da je bil TsLAC3 funkcionalen pri kataliziranju ferulinske kisline [1]. <br /> <br /> PLR je od NADPH odvisen encim, ki pretvori pinorezinol v sekoizolaricirezinol preko lariciresinola z uporabo zaporednih dvostopenjskih reakcij. Monofunkcionalni Plr (AtPrr1) katalizira prvo stopnjo reakcije s pinorezinolom in ne kaže afinitete za lariciresinol. Ugotovljeno je pa bilo, da IiPLR1 kodira encim z dvostopenjskim katalitičnim delovanjem, kljub temu da ima zelo šibko katalitično aktivnost do lariciresinola. Zaradi tega so bili izraženi: gen AtPRR1 (ki kodira ''A. thaliana'' Plr 1) in dva gena PLR (IiPLR1 in ShPLR1). Vsi ti encimi so uspešno proizvedli lariciresinol v S. cerevisiae. Seva XH2B1 in XH2B2, ki sta izražala IiPLR1 sta proizvedla najvišje titre lariciresinola, vključno s skoraj enakima količinama (-)- in (+)-lariciresinola. Poleg tega so bile v sevu XH2B2 odkrite količine produkta drugega koraka, sekoizolaricirezinola, kar kaže na to, da IiPlr1 deluje pri kataliziranju dvostopenjske reakcije v smeri njegove biosinteze. Tako so skonstruirali učinkovito pot za sintezo pinorezinola in lariciresinola v kvasovkah, ki bo zagotovila osnovo za nadaljnjo širitev heterologne sinteze lignanov z raznoliko strukturo [1].<br /> <br /> == Biosinteza kompleksnih lignanskih glukozidov v kvasovkah ==<br /> Nato so poskušali sintetizirati lariciresinol diglukozid (LDG), protivirusno komponento korenine ''I. indigotica'' [1]. LDG, znan tudi kot klemastanin B, izkazuje protivirusno delovanje proti gripi, saj zavira razmnoževanje virusa, preprečuje njegovo pritrjevanje na celice in deluje kot profilaktično sredstvo [3]. Da bi omogočili biosintezo lignanskih glukozidov v kvasovkah, so tri predhodno identificirane gene UGT ''I. indigotica'' (IiUGT71B2, IiUGT71B5a in IiUGT71B5b) integrirali v sev XH2B2, ki proizvaja lariciresinol. Zanimivo je, da je za razliko od ''in vitro'' samo IiUgt71b5b (XH12) lahko sintetiziral LDG, ko je bil hranjen s 100 mg/l ferulinske kisline. Na koncu so z prekomerno ekspresijo IiUGT71B5b v sevu XH18 in izboljšanju prekurzorja UDP-glukoze močno izboljšali proizvodnjo LDG [1]. <br /> <br /> == Biosinteza lignanskih glukozidov s konzorciji kvasovk ==<br /> Nazadnje so izdelali konzorcij kvasovk za ''de novo'' sintezo protivirusnega LDG, ki je zagotovil koristen simbiotski sistem za ublažitev presnovne promiskuitete v spodnji biosintetski poti fenolnih kislin. Celotna pot za sintezo LDG je bila razdeljena in uvedena v naslednje mutante: eden, v katerem je bila predhodno zgrajena biosintezna pot ferulinske kisline (sev RB218), in drugi, v katerem so bili izraženi vsi identificirani geni, vključeni v pretvorbo ferulinske kisline v LDG (sev XH12). V tem sistemu ferulinska kislina deluje kot most med obema segmentoma poti za ''de novo'' sintezo, medtem ko poti metionina, adenozina in sorodnih presnovkov delujejo kot hranila za obvezno medsebojno delovanje [1].<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> Če povzamemo, je ta študija izkoristila ''de novo'' sintezo kompleksnih lignanov kot primer za dokazovanje, da lahko konzorcij kvasovk posnema večcelične rastlinske organizme za izvajanje delitve dela in ublažitev presnovne nespecifičnosti. Ta sistem je mogoče uporabiti za izboljšanje sinteze kompleksnih naravnih proizvodov in celo drugih kompleksnih bioloških funkcij, ki zahtevajo sodelovanje s kvasovkami. Rezultati študije predstavljajo temelj za razvoj heterologne biosinteze lignanov.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov&diff=24444 2025-04-21T07:37:01Z

<p>Urša Lah: Created page with &quot;Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s41589-025-01861-z#Sec9/ De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia]&quot;</p> <hr /> <div>Izhodiščni članek: [https://www.nature.com/articles/s41589-025-01861-z#Sec9/ De novo biosynthesis of plant lignans by synthetic yeast consortia]</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2024/25&diff=24443 2025-04-21T07:33:22Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_umetnih_medvrstnih_promotorjev_z_različnimi_transkripcijskimi_močmi Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi] (Miljan Trajković) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preprečevanje_nastanka_multimerov_pogosto_uporabljenih_plazmidov_v_sintezni_biologiji Preprečevanje nastanka multimerov pogosto uporabljenih plazmidov v sintezni biologiji] (Lev Jošt)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_Nicotiane_benthamiane_za_proizvodnjo_krisoeriola_z_uporabo_tehnik_sintezne_biologije Priprava ''Nicotiane benthamiane'' za proizvodnjo krisoeriola z uporabo tehnik sintezne biologije] (Nika Frelih)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gensko_spremenjeni_receptorji_za_komunikacijo_med_celicami_preko_topnih_signalov_in_zaznavanje_bolezni Gensko spremenjeni receptorji za komunikacijo med celicami preko topnih signalov in zaznavanje bolezni] (Zara Bunc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nadzor_nad_izražanjem_heterolognih_genov_pri_Bdellovibrio_bacteriovorus_z_uporabo_sintezne_biologije Nadzor nad izražanjem heterolognih genov pri Bdellovibrio bacteriovorus z uporabo sintezne biologije] (Živa Flego)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov Uporaba konzorcija kvasovk za de novo biosintezo rastlinskih lignanov] (Urša Lah)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETal:_izdelovanje_eteričnega_olja_sandalovine_iz_PET_plastike PETal: izdelovanje eteričnega olja sandalovine iz PET plastike] (Lara Krampač)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET_TWINS:_Praktična_uporaba_PETaze_za_učinkovitejše_recikliranje_plastike PET TWINS: Praktična uporaba PETaze za učinkovitejše recikliranje plastike] (Tina Urh)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAU-China:_Nodulska_tovarna_DHA_in_EPA CAU-China: Nodulska tovarna DHA in EPA] (Luka Fink)<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.<br /> <br /> Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.<br /> <br /> Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Prenosi_DNA_med_arhejami&diff=22451 2023-05-20T06:01:53Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> <br /> Horizontalni prenos genov je eno glavnih gonil za evolucionarni razvoj, prilagajanje novim ekološkim nišam in nastajanje novih arhealnih vrst. Trije glavni načini prenosa DNA v bakterijah - transformacija, transdukcija in konjugacija - so prisotni tudi v arhejah. Proces konjugacije vsebuje vzpostavitev povezave med donorsko in akceptorsko celico s posebnimi pili. Poleg tega pa so pri arhejah opisani tudi drugi mehanizmi za prenos DNA, kot sta fuzija celic in transport z vezikli. Pri fuziji celic gre za dvosmerni prenos in vključitev genomske in plazmidne DNA. Transport z vezikli pa sodeluje pri transportu bioloških molekul, vključno s kromosomsko in plazmidno DNA.<br /> <br /> == Konjugacija ==<br /> <br /> Za konjugacijo potrebujemo mobilne genetske elemente (MGE; ang. ''mobile genetic elements''). V arhejah so konjugativni elementi kromosomski plazmid in integrativni elementi. Znani plazmidi vsebujejo tri različne regije i) domnevni izvor replikacije, ii) gene za podvajanje plazmida in integrazo, iii) več ORF (ang. ''open reading frame'') med njimi tudi gen za AAA+ ATPazo in regijo, ki kodira transmembranske vijačnice, ki verjetno tvorijo translokacijsko poro za prenos DNA. <br /> <br /> Bakterije s T4SS sistemom (ang. ''type IV secretion system'') vsebujejo štiri ključne komponente za uspešno konjugacijo: i) konjugacijske pile, ki povezujejo celici in delujejo kot kanal za prenos DNA, ii) AAA+ ATPazo, ki je sklopitveni protein tipa IV, ta je nujen za biogenezo pilov in prenos substrata, iii) T4SS membranski kompleks, ki omogoča prenos DNA preko membrane donorske celice in iv) relaksom, ki cepi dsDNA, da dobimo ssDNA, ki se nato prenese.<br /> <br /> Proces konjugacije so zaenkrat odkrili le pri dveh deblih arhej in sicer pri ''Thermoproteota'' in ''Nitrososphaerota''. ''Sulfolobales ''so razvile poseben sistem za prenos DNA imenovan Ced sistem (ang. ''crenarchaeal exchange of DNA''). Zapis za Ced proteine se nahaja na operonu Ced, ki je del kromosomske DNA, za razliko od bakterij, ki nosijo za pile na plazmidu. Operon Ced se izraža ob poškodbi DNA zaradi UV sevanja. Ced sistem posreduje enosmerni vnos DNA, ki je obraten od bakterijskega. Pri bakterijah celica s pili prenese svoj zapis drugi celici, medtem ko pri arhejah celica s pili prejme dedni material. Ta se nato uporabi kot matrica za genomsko popravilo s homologno rekombinacijo. Ced sistem vsebuje štiri proteine, CedA, CedA1, CedA2 in CedB. CedA vsebuje šest ali sedem transmembranskih domen, za katere predvidevajo, da tvorijo transmembranski kanal za vnos DNA. CedB je homolog bakterijske AAA+ ATPaze, ki zagotavlja energijo za translokacijo DNA preko membrane. CedA1 protein tvori pile, ki so strukturni homologi bakterijskim, vloge za CedA2 pa še ne poznajo.<br /> <br /> Ced sistem deluje v povezavi z operonom pilov tipa IV, ki se aktivirajo z UV svetlobo in se nahajajo v ''Sulfolobales'' (Ups; ang. ''UV-inducible type IV pili operon of Sulfolobales''). Ups pili, ki nastanejo ob UV-sevanju, posredujejo celično agregacijo, ki je vrstno specifična. Da je vrstno specifična zagotavljajo specifični vzorci glikozilacije na Ups pilih in S-proteinske plasti, ki prekriva celično membrano. Ni znano ali se S-plast razporedi ali razgradi. Glede na širino kanala, ki ga tvorijo pili, predvidevajo, da se prenaša enoverižna DNA. Za učinkovit prenos DNA morata biti prisotna tako Ups kot Ced sistem, vendar ta dva ne potrebujeta biti izražena v isti celici. Ced in Ups sistem nista vedno prisotna, kar nakazuje na drug alternativni mehanizem prenosa DNA. V ''Thermoproteales'' so odkrili homologe Ced proteinov in jih poimenovali Ted (ang. ''Thermoproteales exchange of DNA''). <br /> <br /> Z novimi odkritji delovanja Ced in Ted sistema, predvidevajo, da imata skupaj z bakterijskim T4SS konjugiranim sistemom skupnega prednika. Arhejski sistem pa se je nato razvil in prilagodil, da je arhejam omogočil preživetje v ekstremnih okoljih. <br /> <br /> == Fuzija celic ==<br /> <br /> Poleg glavnih mehanizmov so pri arhejah opisani tudi drugi mehanizmi za prenos DNA. Eden teh temelji na fuziji celic (ang. ''cell fusion'') in ga najdemo v halofilnih arhejah (haloarhejah). Pri tem mehanizmu gre za dvosmerni prenos in vključitev genomske in plazmidne DNA s celično fuzijo.<br /> <br /> Pred skoraj tremi desetletji je bilo dokazano, da je prenos DNA med celicami haloarhej dvosmeren in odvisen od medceličnega stika. Mehanizem prenosa so opisali pri arhejah vrste ''Haloferax volcanii''. Prenos je potekal na način, ki je bil odvisen od vzpostavitve fizičnega stika med celicami in se je povečal, ko je bila celicam omogočena daljša skupna inkubacija. Transformacija in transdukcija sta bili izključeni, saj je bil prenos neobčutljiv na DNazo. Konjugacija se je zdela malo verjetna, ker je bil prenos dvosmeren brez določenega donorja ali akceptorja. Odkrili so tudi citoplazemske mostički, ki vzdržujejo citoplazemsko kontinuiteto dveh povezanih celic. Ti mostički so bili dolgi do 2 μm in široki 0,1 μm ter so omogočali prenos DNA med celicami. Več citoplazemskih mostičkov hkrati povezuje dve celici, zato je bila klasična bakterijska konjugacija izključena kot mehanizem prenosa. To je kasneje podkrepila tudi ugotovitev, da sta se kromosomska in plazmidna DNA v haloarhejah izmenjali s podobno frekvenco, kar je v nasprotju z bakterijsko konjugacijo. Pri konjugaciji namreč prenos genov, ki se nahajajo na plazmidih, poteka z večjo frekvenco kot prenos genov, ki se nahajajo na kromosomih. Zato je bil za haloarheje predlagan mehanizem prenosa DNA na osnovi celične fuzije.<br /> <br /> Da pride do celične fuzije morata biti dve celici, ki pripadata isti ali sorodni vrsti, v neposredni bližini. Ker proces zahteva fizični stik, je naslednji korak pritrditev ene celice na drugo. Za to se domneva, da je potreben kakšen faktor prepoznavanja. Po prepoznavi sledi vzpostavitev fizičnega stika z ustvarjanjem citoplazemskih mostičkov med celicami. Nastali citoplazemski mostovi se razširijo, da omogočajo dvosmerno izmenjavo plazmidov in celih kromosomov. Znano je, da med tem procesom nastanejo hetero-diploidne celice. Te celice vsebujejo kromosomsko in plazmidno DNA obeh starševskih celic ter v procesu predstavljajo začasno stanje. Na začetku celice vsebuje tudi kombinirane plazmide obeh starševskih celic. To stanje lahko vodi do dveh stvari. Lahko pride do ločevanja kromosomov, kar bi povzročilo vrnitev v prvotno stanje. Lahko pa zaradi hetero-diploidnosti celice pride do rekombinacije dveh kromosomov in tako do nastanka rekombinantnih kromosomov. Poleg tega se lahko plazmidi neenakomerno izmenjajo ali delijo neodvisno od kromosomov, zaradi česar nastanejo celice z novim genotipom.<br /> <br /> Ugotovitev, da dejansko pride do celične fuzije in medvrstne rekombinacije, se ujema s filogenetskimi podatki, ki kažejo na visoke ravni medvrstnega prenosa DNA med haloarhejami.<br /> <br /> == Transport z vezikli ==<br /> <br /> Nastajanje membranskih veziklov je univerzalen proces, za katerega se domneva, da je temelj celične kompartmentalizacije in evkariogeneze. V arhejah so bili vezikli in nanocevke v veliki meri raziskani pri reprezentativnih vrstah iz rodu ''Crenarchaeota'' in ''Euryarchaeota''. Vezikli arhej so bili povezani z več fiziološkimi procesi, kot so razstrupljanje, biomineralizacija in transport bioloških molekul, vključno s kromosomsko in plazmidno DNA. S tem sodelujejo pri evoluciji genoma in prilagajanju s horizontalnim prenosom genov.<br /> <br /> Ugotovljeno je bilo, da več termofilnih arhej sprošča membranske vezikle z brstenjem. Arheje ''Thermococcales'' pogosto sproščajo vezikle, ki vsebujejo tako kromosomsko kot tudi plazmidno DNA. Ugotovitev, da je ta plazmidna DNA izjemno odporna na visoke temperature in da nanj ne vpliva obdelava z DNazo, nakazuje na to, da membranski vezikli ščitijo DNA pred zunanjimi vplivi. Poleg brstenja lahko člani ''Thermococcales'' proizvajajo membranske vezikle skozi organele, ki spominjajo na bakterijske nanocevke. Nekatere vrste ''Thermococcales'' so sposobne proizvajati nanocevke, ki lahko dosežejo nekaj mikrometrov v dolžino in so pogosto napolnjene z vezikli. Vezikli, ki so prisotni v teh nanocevkah so običajno manjši od prostih veziklov, poleg tega pa se na skrajnih delih nanocevk nahajajo še večje, mehurčkom podobne strukture. To nakazuje, da bi lahko te strukture sodelovale pri transportu in oblikovanju veziklov. Nanocevke pogosto povezujejo celice skupaj in domnevajo, da bi lahko sodelovale pri prenosu materiala med celicami preko neposrednega celičnega stika.<br /> <br /> Skoraj vse študije, ki se ukvarjajo s proizvodnjo veziklov v ''Crenarchaeaota'', so bile izvedene na organizmih iz reda ''Sulfolobales''. Te arheje so termoacidofili, ki uspevajo v kislih (pH 2–3) kopenskih vročih vrelcih. Nekateri sevi ''Sulfolobus'' proizvajajo vezikle, ki vsebujejo toksine (sulfolobicine), ki lahko ubijejo druge seve ''Sulfolobus''. Ker so bili geni, ki so odgovorni za preoblikovanje membrane in vezikularni transport, verjetno prisotni v arhejah še pred ''Euryarchaeota'', so bili membranski vezikli verjetno vključeni v najzgodnejše oblike medceličnega transporta arhej. Za mnoge organizme iz vseh področij življenja je tvorba membranskih veziklov še vedno bistvena za transport DNA in drugih spojin. <br /> <br /> Glavna razlika med arhejami in bakterijami, ki verjetno vpliva na ustrezne mehanizme proizvodnje veziklov in nanocevk, je struktura njihovih celičnih ovojnic. Podobno kot pri večini evkariontskih celic imajo tudi arheje celično ovojnico sestavljena iz ene same membrane. Večina arhej tako nima rigidne celične stene, kar lahko olajša proizvodnjo veziklov in nanocevk.<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> <br /> Bakterijski in arhejski konjugacijski sistem sta verjetno sorodna kljub obratni smeri prenosa dednega materiala. Med arhejami se prenaša enoverižna genomska DNA skozi pile, ki se aktivirajo z UV svetlobo. Zaenkrat sta znana le Ced in Ted sistem prenosa DNA. Pri celičnem stiku gre za dvosmeren prenos, ki je odvisen od medceličnega stika in vključuje fizično pritrditev dveh celic ter nastanek citoplazemskih mostičkov med celicami. Na koncu procesa nastanejo hetero-diploidne celice. Pride do rekombinacije kromosomov, ali pa do neenakomerne delitve plazmidov neodvisno od kromosomov, zaradi česar nastanejo celice z novim genotipom. V arhejah so bili vezikli in nanocevke v veliki meri raziskani pri reprezentativnih vrstah iz rodu ''Crenarchaeota'' in ''Euryarchaeota''. Vezikli vsebujejo ter ščitijo kromosomsko in plazmidno DNA pred zunanjimi vplivi. Nanocevke lahko dosežejo nekaj mikrometrov v dolžino in so pogosto napolnjene z vezikli. Poleg tega povezujejo celice skupaj in domnevajo, da bi lahko sodelovale pri prenosu materiala. Večina znanja o mehanizmih prenosa DNA v arhejah temelji na raziskavah z ''Sulfolobus'' in haloarhejami. Zato je treba še ugotoviti, ali so opažanja oz. rezultati specifični ravno za te arheje ali pa so to splošne značilnosti arhej.<br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> Wagner, A., Whitaker, R., Krause, D. et al. Mechanisms of gene flow in archaea. Nat Rev Microbiol 15, 492–501 (2017). https://doi.org/10.1038/nrmicro.2017.41<br /> <br /> Beltran, L.C., Cvirkaite-Krupovic, V., Miller, J. et al. Archaeal DNA-import apparatus is homologous to bacterial conjugation machinery. Nat Commun 14, 666 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-36349-8<br /> <br /> Naor, A., Gophna, U. Cell fusion and hybrids in Archaea. Bioengineered. 4:3, 126-129 (2013). https://doi.org/10.4161/bioe.22649<br /> <br /> Junfeng, L. et al. Extracellular membrane vesicles and nanotubes in Archaea. microLife, Volume 2. (2021). https://doi.org/10.1093/femsml/uqab007<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2022&diff=21053 2022-11-10T21:33:50Z

<p>Urša Lah: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2022/23 */</p> <hr /> <div>= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2022/23 =<br /> ==Tinkara Korošec - Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalnih molekul na človeka==<br /> <br /> S koevolucijo patogenov in njegovih gostiteljev so oboji razvili svoje obrambne mehanizme. Pri nekaterih patogenih je ta proces vodil v evolucijo efektorskih proteinov, ki imitirajo evkariontske proteine in manipulirajo z gostiteljevimi signalnimi potimi. Pojav imenujemo imitacija molekul (angl. molecular mimicry). Gre za proteine, zelo podobne evkariontskim proteinom ali njihovim domenam. Patogene bakterije lahko imitirajo GTPazne regulatorje. Ti so dovzetni za biokemijske abnormalnosti, ki so direktno povezane z boleznimi. Največji skupek imitiranih proteinov so odkrili v bakterijskem rodu Legionella. Med okužbo patogen spremeni namembnost gostiteljske celice za optimizacijo pogojev, ki bakteriji omogočijo preživetje. Če se gostiteljske celice zdravijo, je tako okolje manj ugodno za bakterije in obolenje bo težje napredovalo. Z razumevanjem motivne imitacije preko kratkih linearnih motivov ali SLiM-ov, ki jo uporabljajo bakterije med okužbo, lahko razširimo spekter alternativ zdravljenja infekcij. S porastom rezistence na antibiotike, se je povečala tudi potreba po novih antibiotičnih terapijah. Obetavna alternativo antibiotikom predstavlja ciljanje gostitelja, da ta ustvari neugodno okolje za patogen, kar doseže s povzročanjem motenj v SLiM posredovanih interakcijah.<br /> <br /> ==Pia Kristanc - Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov==<br /> <br /> Toksini so sestavine živalskih strupov, ki na žrtev delujejo na različne načine. Njihov cilj so pogosto ionski kanali, saj tako lahko že majhna količina strupa močno vpliva na veliko različnih procesov. Toksini pogosto delujejo kot inhibitorji. Kanal lahko inhibirajo tako, da zmotijo mehanizem odpiranja in zapiranja ali pa se vežejo direktno v poro in tako zamašijo kanal. Ionski kanali so tudi zanimivi kot tarče za zdravila, vendar je zelo težko ustvariti takšna, ki bi ciljala točno določen ionski kanal. Znanstveniki so zato začeli raziskovati toksine kot potencialna biološka zdravila. Primer takšnega že potrjenega zdravila je zikonotid, ki se uporablja kot analgetik. Pridobljen je iz strupa stožčastega polža in deluje kot inhibitor od napetosti odvisnega kalcijevega kanala, ki se nahaja v živčevju. Toksin blokira kanalsko poro in tako onemogoči njegovo delovanje. Drug primer sta dva toksina, ki blokirata ionske kanale za zaznavanje kisline (ASIC). Pri teh proton igra vlogo liganda, odgovornega za odprtje in zaprtje, zato je kanal direktno odvisen od pH okolja. Toksina, ki ga lahko inhibirata, sta mambalagin, pridobljen iz kače črne mambe, in π-heksatoksin-Hi1a, pridobljen iz avstralskega pajka. Prvi deluje kot analgetik, drugi pa izboljšuje posledice po ishemični kapi. Raziskovanje delovanja toksinov je pripomoglo k poznavanju delovanja ionskih kanalov, hkrati pa odpira možnosti za razvoj raznih zdravil, predvsem analgetikov, ki ne bi vsebovali opioidov.<br /> <br /> ==Marcel Tušek - Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem==<br /> <br /> Mitofagija je specifičen proces, ki pomeni, da poteka avtofagija mitohondrija. Ta proces v celici je nastal evolucijsko. To lahko sklepamo po tem, da se aktivira v času pomanjkanja, kar je bilo preteklosti velikokrat prisotno, saj nismo vedno imeli dostopa do hrane. Poznamo tri vrste avtofagije. Celica ima dva procesa s katerima lahko uničuje visoko reaktivne kisikove radikale, ki nastanejo v času oksidativne fosforilacije. To sta mitofagija ter derivat NAC-a, saj obadva razgrajujeta te radikale. Razlika je, da NAC razgradi samo te radikale, medtem ko mitofagija pa kar celoten mitohondrij. Pri mitofagiji je trenutno znanih 32 proteinov, ki so specializirani samo za avtofagijo. Eden najpomembnejših izmed teh proteinov je Atg32, saj če on ni fosforiliran, mitofagija sploh ne more biti inducirana. Atg pomni, da je ta protein avtofagosomsko-povezan. Atg32 je transmembranski receptor, ki celici avtofagosomu sporoča, kam se naj veže. Najdemo ga na zunanji strani membrane mitohondrija. Pokazano je tudi bilo, da če Atg32 vežemo na peroksisome, jih je proces avtofagije sposoben razgraditi.<br /> <br /> ==Lucija Kovaček - Nekroptoza in njena vloga pri raku==<br /> Nekroptoza je oblika celične smrti, kjer celica nabrekne, membrana poči in sprosti se znotrajcelična vsebina. Ta vsebuje tudi molekulske vzorce povezane s poškodbo celic oziroma DAMP (angl. damage-associated molecular patterns), ki povzročijo provnetni odziv. Nekroptoza je pomembna zlasti pri regulaciji rasti tumorjev in imunskem odzivu. Regulirana je s proteinskimi kinazami povezanimi z receptorji (angl. receptor-interacting protein kinases) ali z RIP kinazami, bolj natančno z RIPK1 in RIPK3. Procesi signalizacije celične smrti imajo ključno vlogo pri regulaciji tumorjev, saj so se rakave celice prilagodile, tako da bi nekroptozi ubežale. RIP kinaze lahko vplivajo na rast tumorjev z uravnavanjem aktivnosti imunskih efektorjev v tumorskem mikrookolju. Smrt rakavih celic z nekroptozo, lahko tako trajno okrepi protitumorsko imunost. Kljub temu pa obstajajo primeri, pri katerih RIP kinaze povzročijo vnetje in pomagajo pri napredovanju tumorja. Znanstveniki zato želijo raziskati, kako je aktivnost RIP kinaz regulirana v tumorjih in v imunskih celicah ter kako se ti procesi med seboj usklajujejo. To nam bi pomagalo bolje razumeti tumorigenezo in možnosti njenega nadzora v prihodnosti. Šele ko bomo popolnoma razumeli mehanizem regulacije nekroptoze pri raku, bomo lahko zasnovali nove terapije za njegovo premagovanje, kjer ne bi več ogrožali imunskih celic.<br /> <br /> ==Luka Fink - Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo==<br /> Celična adhezija je bistvena za tvorbo organov, celično migracijo in interakcijo s ciljnimi celicami in zunajceličnim matriksom. Integrini so veliki proteinski heterodimeri α in β verige in tvorijo pomembno družino molekul celične adhezije. V zadnjih nekaj letih je prišlo do dramatičnega razvoja razumevanja regulacije integrina in izkazalo se je, da je fosforilacija le-tega temeljnega pomena. V tem seminarju želim razložiti, kako je aktivnost integrina regulirana z njegovo fosforilacijo. Proteinske kinaze in fosfataze inducirajo specifične fosforilacije in defosforilacije integrinov, kar jim omogoča uravnavanje dinamičnih interakcij s citoplazemskimi proteini. Eni izmed zunajceličnih ligandov, ki interagirajo z integrini so kolagen, fibrinogen, fibronektin in veliko drugih proteinov, ki imajo sekvenco, ki jo integrini lahko prepoznajo: –Arg–Gly–Asp– (RGD). Kratek citoplazemski podaljšek α in β podenote vzpostavlja povezave s citoskeletnimi proteini, ki ležijo pod plazmalemo: talin, α-aktinin, vinkulin, paxillin in drugi. Nekateri od teh delujejo kot pozitivni ali pa negativni regulatorji integrinov. S tem se dosežejo spremembe v celični adheziji in signalizaciji. LFA-1 (Lymphocyte function-associated antigen 1) integrin je bil uporabljen kot model za študijo adhezije. Je integrin, ki ga najdemo na limfocitih in levkocitih. Igra ključno vlogo pri migraciji levkocitov iz krvnega obtoka do tkiv. Fosforilacija α verige je nujno potrebna za indukcijo fosforilacije na β verigi v LFA-1. Signalni poti enega in drugega integrina, ki lahko aktivirata ali inaktivirata njuno funkcijo, sta nadzorovani s fosforilacijo β verige.<br /> <br /> ==Tin Vranjes - Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice==<br /> V zunanjem segmentu paličice poteka fototransdukcija. To je prevzem svetlobnega signala in njegova pretvorba po signalni poti v spremembo membranskega potenciala paličice. Struktura zunanjega segmenta je specializirana za potek signalne poti, s kupom membranskih diskov med katerimi se nahajajo ključne komponente za fototransdukcijo. S krio-elektronsko tomografijo(krio-ET) lahko dobimo 3- dimenzionalne slike znotraj celičnih okolij z nanometrske ločljivosti in malo motečih artefaktov.V kombinaciji z drugimi metodami nam je omogočila narediti velikostno konsistenten model zunanjega segmenta paličice. Pri sprožitvi kaskade reakcij fototransdukcije in njeni regulaciji je ključen rodopsin in kompleksi, ki jih tvori v svoji aktivirani obliki, s trnsducinom, GRK1 in arestinom. Iz tomografskih slik in strukturnih podatkov o PDE6, ki pretvarja cGMP v neciklično obliko, in GCs, ki pretvarja GMP v ciklično obliko, lahko sklepamo, da proteina delujeta tudi kot steberna proteina pri ohranjanju razdalje med membranskimi cikli. Pri fotostimulacji lahko merimo intrinzične optične signale, ki so posledica podaljšanja fotoreceptorskih celic ob fotostimulaciji. To bi lahko omogočala zgradba PDE6, katerega konformacija se pri aktivaciji spremeni in s tem poveča dolžino med membranskimi cikli. Razumevanje strukture proteinov in okolja v katerem poteka fototransdukcije je ključno za razumevanje bolezni mrežnice.<br /> <br /> ==Teja Mohar - Encimi za popravilo metabolitov==<br /> V celici med seboj usklajeno deluje stotine metaboličnih encimov, ki so zelo specifični. A encimi niso popolni katalizatorji in zato, kljub njihovi visoki specifičnosti pod fiziološkimi razmerami, številni katalizirajo manj pogoste stranske reakcije, katerih rezultat so stranski produkti - nekanonični metaboliti. Lahko so neuporabna obremenitev metabolizma saj se lahko kopičijo v celicah in so lahko zaviralni in/ali reaktivni, kar včasih povzroči toksičnost. Zato so za trajno delovanje presnovnih poti potrebni mehanizmi za preprečevanje poškodb metabolitov ali za pretvorbo poškodovanih metabolitov nazaj v fiziološke oblike. Večje pomanjkanje encimov za popravilo metabolitov lahko pri ljudeh povzroči različne bolezni, pri višjih vretenčarjih pa ima lahko smrtonosne posledice. To kaže na njihovo pomembno vlogo pri celičnem metabolizmu. En popravljalni encim ima zmožnost katalizirati številne različne popravljalne reakcije. Velike metabolične poti pa lahko potrebujejo tudi več popravljalnih encimov. Glikoliza tako za popravilo napak potrebuje 10 popravljalnih encimov (G6PC3, PGP, ACYP1, NAXD, NAXE, L2HGDH, GLO1, GLO2, FN3K, MDP-1) in prenašalec (G6PT). Odkritje novih metabolitov, encimov in celotnih poti je omogočilo zdravljenje tudi prej slabo razumljenih bolezni. Glede na število popravljalnih encimov, ki so prisotni pri glikolizi je verjetno, da jih je treba odkriti še na stotine, ki ščitijo širok spekter presnovnih poti.<br /> <br /> ==Tea Amidović - Karakterizacija glikoproteoma==<br /> Glikozilacija, ena od najpogostejših posttranslacijskih modifikacij, spremeni proteine in lipide na različne načine, kar ima za posledico prodorno foliacijo celične površine. Kljub veliki kompleksnosti v živalskih sistemih imajo glikanske strukture ključne biološke in fiziološke vloge, pomagajo pri zvijanju proteinov in pri biološkem prepoznavanju. Proteinski glikokonjugati, ki nastanejo kot rezultat glikozilacije, lahko prispevajo k pomembnim biološkim funkcijami. Razumevanje biologije glikokonjugata na ravni konjugata lahko zagotovi pomembne vpoglede v razvoj bioloških označevalcev in zdravil. Ugotavljamo, da so glikokonjugati več kot vsota njihovih posameznih komponent glikana in proteina. Nove raziskave, ki so osredotočene na glikom, kažejo na združevanje glikoma in proteoma na vseh ravneh, od glikanskih nizov do glikoproteomike in krioelektronske mikroskopije. Popolna analiza glikoproteinskih konjugatov kot tudi njihovih komponent je zdaj mogoča zahvaljujoč novim metodam. Vse večja zbirka orodij za karakterizacijo strukture, interakcij in bioloških funkcij proteinskih glikokonjugatov za razumevanje in nadzorovanje teh skrivnostnih biomolekul postaja ključnega pomena za preučevanje glikoproteoma.<br /> <br /> ==Urša Lah - Acetil-CoA in njegova vloga pri regulaciji kromatina==<br /> Nastanek acetil-CoA je potreben za učinkovito regulacijo acetilacije histona v jedru. Acetilacija je do danes najbolj raziskana modifikacija histonov. Je proces, pri katerem gre za pripenjanje acetilne skupine iz acetil-CoA na N-terminalni repek enega od histonov. Acetil-CoA obstaja v dveh ločenih območjih v celici. Ločimo mitihondrijski in jedrski/citosolni acetil-CoA. Mitohondrijski izhaja predvsem iz delovanja encim piruvat dehidrogenaze in oksidacije maščobnih kislin. Citosolni acetil CoA pa je odgovoren za acetilacijo beljakovin in sintezo maščobnih kislin. Globalne ravni acetilacije histona so občutljive na razpoložljivost acetil-CoA v celici, ki niha kot odziv na razpoložljivost hranil ali presnovno reprogramiranje, ki je eden od znakov raka. ATP-citrat liaza (ACLY) je encim, ki proizvaja acetil-CoA iz citrata. Prisoten je tako v jedru, kot v citosolu. ACLY v jedru igra ključno vlogo pri ohranjanju acetilacije histona z vzdrževanjem acetil-CoA v jedru celic sesalcev, hkrati pa igra pomembno vlogo pri popravljanju DNK. Pomembno vlogo pa ima pri acetilaciji histona še encim ACSS2, ki pa neposredno uravnava tudi prostorski spomin pri sesalcih. Prav tako igra vlogo pri presnovi in tumorjih in je primerna tarča za raziskovanje v terapevtske namene. Acetilacija presnovnih encimov je zelo ohranjena tako pri prokariontih kot tudi pri evkariontih.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2022&diff=21037 2022-10-31T10:40:54Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> ! Tinkara Korošec<br /> | 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Marcel Tušek<br /> | 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Pia Kristanc<br /> | 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Samo Pucihar<br /> | 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Luka Fink<br /> | 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Tin Vranješ<br /> | 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Lucija Kovaček<br /> | 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Mark Varlamov<br /> | 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Klemen Justin<br /> | 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Teja Mohar<br /> | 14-15 || || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Tea Amidović<br /> | 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Taja Pojbič<br /> | 14-15 || Pentoza-fosfatna pot in rak || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Deni Krašna<br /> | 16 || Krebsov cikel - zvezdišče viroimunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Zara Bunc<br /> | 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Urša Lah<br /> | 16 || Acetil CoA in kromatin || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Žiga Koren<br /> | 16 || || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Tim-David Agrež<br /> | 17 || || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Aleš Poljanšek<br /> | 17 || || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Tonja Jeromelj<br /> | 17 || || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Miha Tomšič<br /> | 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Leila Bohorč<br /> | 18 || || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Teo Trost<br /> | 18 || || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Ivana Stojić<br /> | 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Lara Rajterič<br /> | 18 || Vloga metabolizma aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Primož Šenica Pavletič<br /> | 19 || || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Špela Auer<br /> | 19 || Kompleks II sukcinat dehidrogenaza || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Gal Kastelic<br /> | 19 || || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Miljan Trajković<br /> | 19 || || Lara Rajterič || Miha Tomšič || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Taja Mužič<br /> | 20 || || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Mia Kobal<br /> | 20 || || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Laura Simonič<br /> | 20 || || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Karin Rak<br /> | 20 || || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Ula Mikoš<br /> | 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lara Zupanc<br /> | 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lena Kogoj<br /> | 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Naja Pečovnik Wutt<br /> | 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Matija Novel<br /> | 22 || Kreatin in protitumorna imuniteta T celic || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Sofija Stevanović<br /> | 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Martin Kresal<br /> | 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Laura Trček<br /> | 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Filip Petrovič<br /> | 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |-<br /> ! Patricija Kolander<br /> | 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2022&diff=21031 2022-10-27T16:16:57Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> ! Tinkara Korošec<br /> | 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Marcel Tušek<br /> | 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Pia Kristanc<br /> | 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Samo Pucihar<br /> | 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Luka Fink<br /> | 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Tin Vranješ<br /> | 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Lucija Kovaček<br /> | 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Mark Varlamov<br /> | 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Klemen Justin<br /> | 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Teja Mohar<br /> | 14-15 || || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Tea Amidović<br /> | 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Taja Pojbič<br /> | 14-15 || || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Deni Krašna<br /> | 16 || Krebsov cikel - zvezdišče imunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Zara Bunc<br /> | 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Urša Lah<br /> | 16 || Krebsov cikel pri rastlinah || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Žiga Koren<br /> | 16 || || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Tim-David Agrež<br /> | 17 || || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Aleš Poljanšek<br /> | 17 || || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Tonja Jeromelj<br /> | 17 || || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Miha Tomšič<br /> | 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Leila Bohorč<br /> | 18 || || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Teo Trost<br /> | 18 || || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Ivana Stojić<br /> | 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Lara Rajterič<br /> | 18 || Vloga metabolizma aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Primož Šenica Pavletič<br /> | 19 || || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Špela Auer<br /> | 19 || || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Gal Kastelic<br /> | 19 || || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Miljan Trajković<br /> | 19 || || Lara Rajterič || Miha Tomšič || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Taja Mužič<br /> | 20 || || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Mia Kobal<br /> | 20 || || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Laura Simonič<br /> | 20 || || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Karin Rak<br /> | 20 || || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Ula Mikoš<br /> | 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lara Zupanc<br /> | 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lena Kogoj<br /> | 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Naja Pečovnik Wutt<br /> | 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Matija Novel<br /> | 22 || Kreatin in protitumorna imuniteta T celic || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Sofija Stevanović<br /> | 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Martin Kresal<br /> | 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Laura Trček<br /> | 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Filip Petrovič<br /> | 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |-<br /> ! Patricija Kolander<br /> | 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2022&diff=21030 2022-10-27T15:00:36Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> ! Tinkara Korošec<br /> | 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Marcel Tušek<br /> | 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Pia Kristanc<br /> | 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Samo Pucihar<br /> | 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Luka Fink<br /> | 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Tin Vranješ<br /> | 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Lucija Kovaček<br /> | 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Mark Varlamov<br /> | 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Klemen Justin<br /> | 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Teja Mohar<br /> | 14-15 || || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Tea Amidović<br /> | 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Taja Pojbič<br /> | 14-15 || || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Deni Krašna<br /> | 16 || Krebsov cikel - zvezdišče imunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Zara Bunc<br /> | 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Urša Lah<br /> | 16 || || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Žiga Koren<br /> | 16 || || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Tim-David Agrež<br /> | 17 || || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Aleš Poljanšek<br /> | 17 || || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Tonja Jeromelj<br /> | 17 || || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Miha Tomšič<br /> | 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Leila Bohorč<br /> | 18 || || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Teo Trost<br /> | 18 || || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Ivana Stojić<br /> | 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Lara Rajterič<br /> | 18 || Vloga metabolizma aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Primož Šenica Pavletič<br /> | 19 || || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Špela Auer<br /> | 19 || || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Gal Kastelic<br /> | 19 || || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Miljan Trajković<br /> | 19 || || Lara Rajterič || Miha Tomšič || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Taja Mužič<br /> | 20 || || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Mia Kobal<br /> | 20 || || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Laura Simonič<br /> | 20 || || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Karin Rak<br /> | 20 || || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Ula Mikoš<br /> | 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lara Zupanc<br /> | 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lena Kogoj<br /> | 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Naja Pečovnik Wutt<br /> | 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Matija Novel<br /> | 22 || Kreatin in protitumorna imuniteta T celic || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Sofija Stevanović<br /> | 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Martin Kresal<br /> | 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Laura Trček<br /> | 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Filip Petrovič<br /> | 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |-<br /> ! Patricija Kolander<br /> | 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2022&diff=21029 2022-10-27T14:54:50Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> ! Tinkara Korošec<br /> | 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Marcel Tušek<br /> | 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Pia Kristanc<br /> | 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Samo Pucihar<br /> | 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Luka Fink<br /> | 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Tin Vranješ<br /> | 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Lucija Kovaček<br /> | 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Mark Varlamov<br /> | 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Klemen Justin<br /> | 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Teja Mohar<br /> | 14-15 || || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Tea Amidović<br /> | 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Taja Pojbič<br /> | 14-15 || || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Deni Krašna<br /> | 16 || Krebsov cikel - zvezdišče imunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Zara Bunc<br /> | 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Urša Lah<br /> | 16 || Krebsov cikel in staranje || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Žiga Koren<br /> | 16 || || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Tim-David Agrež<br /> | 17 || || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Aleš Poljanšek<br /> | 17 || || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Tonja Jeromelj<br /> | 17 || || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Miha Tomšič<br /> | 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Leila Bohorč<br /> | 18 || || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Teo Trost<br /> | 18 || || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Ivana Stojić<br /> | 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Lara Rajterič<br /> | 18 || Vloga metabolizma aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Primož Šenica Pavletič<br /> | 19 || || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Špela Auer<br /> | 19 || || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Gal Kastelic<br /> | 19 || || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Miljan Trajković<br /> | 19 || || Lara Rajterič || Miha Tomšič || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Taja Mužič<br /> | 20 || || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Mia Kobal<br /> | 20 || || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Laura Simonič<br /> | 20 || || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Karin Rak<br /> | 20 || || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Ula Mikoš<br /> | 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lara Zupanc<br /> | 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lena Kogoj<br /> | 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Naja Pečovnik Wutt<br /> | 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Matija Novel<br /> | 22 || Kreatin in protitumorna imuniteta T celic || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Sofija Stevanović<br /> | 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Martin Kresal<br /> | 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Laura Trček<br /> | 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Filip Petrovič<br /> | 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |-<br /> ! Patricija Kolander<br /> | 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2022&diff=21028 2022-10-27T14:26:47Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> ! Tinkara Korošec<br /> | 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Marcel Tušek<br /> | 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Pia Kristanc<br /> | 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Samo Pucihar<br /> | 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Luka Fink<br /> | 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Tin Vranješ<br /> | 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Lucija Kovaček<br /> | 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Mark Varlamov<br /> | 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Klemen Justin<br /> | 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Teja Mohar<br /> | 14-15 || || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Tea Amidović<br /> | 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Taja Pojbič<br /> | 14-15 || || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Deni Krašna<br /> | 16 || Krebsov cikel - zvezdišče imunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Zara Bunc<br /> | 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Urša Lah<br /> | 16 || || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Žiga Koren<br /> | 16 || || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Tim-David Agrež<br /> | 17 || || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Aleš Poljanšek<br /> | 17 || || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Tonja Jeromelj<br /> | 17 || || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Miha Tomšič<br /> | 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Leila Bohorč<br /> | 18 || || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Teo Trost<br /> | 18 || || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Ivana Stojić<br /> | 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Lara Rajterič<br /> | 18 || Vloga metabolizma aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Primož Šenica Pavletič<br /> | 19 || || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Špela Auer<br /> | 19 || || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Gal Kastelic<br /> | 19 || || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Miljan Trajković<br /> | 19 || || Lara Rajterič || Miha Tomšič || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Taja Mužič<br /> | 20 || || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Mia Kobal<br /> | 20 || || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Laura Simonič<br /> | 20 || || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Karin Rak<br /> | 20 || || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Ula Mikoš<br /> | 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lara Zupanc<br /> | 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lena Kogoj<br /> | 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Naja Pečovnik Wutt<br /> | 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Matija Novel<br /> | 22 || Kreatin in protitumorna imuniteta T celic || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Sofija Stevanović<br /> | 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Martin Kresal<br /> | 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Laura Trček<br /> | 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Filip Petrovič<br /> | 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |-<br /> ! Patricija Kolander<br /> | 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2022&diff=21027 2022-10-27T14:05:04Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! ime in priimek !! poglavje !! naslov seminarja !! recenzent 1 !! recenzent 2 !! datum oddaje !! datum recenzije !! datum predstavitve<br /> |-<br /> ! Tinkara Korošec<br /> | 12 || Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka || Martin Kresal || Lena Kogoj || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Marcel Tušek<br /> | 12 || Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem || Laura Trček || Naja Pečovnik Wutt || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Pia Kristanc<br /> | 12 || Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov || Filip Petrovič || Matija Novel || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Samo Pucihar<br /> | 12 || Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka || Patricija Kolander || Sofija Stevanović || 24/10/20 || 25/10/20 || 26/10/20<br /> |-<br /> ! Luka Fink<br /> | 12 || Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo || Tonja Jeromelj || Martin Kresal || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Tin Vranješ<br /> | 12 || Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice|| Marcel Tušek || Laura Trček || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Lucija Kovaček<br /> | 12 || Nekroptoza in njena vloga pri raku || Pia Kristanc || Filip Petrovič || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Mark Varlamov<br /> | 12 || GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum || Samo Pucihar || Patricija Kolander || 28/10/20 || 31/10/20 || 02/11/20<br /> |-<br /> ! Klemen Justin<br /> | 14-15 || || Luka Fink || Tonja Jeromelj || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Teja Mohar<br /> | 14-15 || || Tin Vranješ || Marcel Tušek || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Tea Amidović<br /> | 14-15 || Karakterizacija glikoproteoma || Lucija Kovaček || Pia Kristanc || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Taja Pojbič<br /> | 14-15 || || Mark Varlamov || Samo Pucihar || 04/11/20 || 07/11/20 || 09/11/20<br /> |-<br /> ! Deni Krašna<br /> | 16 || Krebsov cikel - zvezdišče imunometabolizma || Klemen Justin || Luka Fink || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Zara Bunc<br /> | 16 || Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka || Teja Mohar || Tin Vranješ || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Urša Lah<br /> | 16 || Intermediati Krebsovega cikla kot regulatorji imunskega odgovora || Tea Amidović || Lucija Kovaček || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Žiga Koren<br /> | 16 || || Taja Pojbič || Mark Varlamov || 11/11/20 || 14/11/20 || 16/11/20<br /> |-<br /> ! Tim-David Agrež<br /> | 17 || || Deni Krašna || Klemen Justin || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Aleš Poljanšek<br /> | 17 || || Zara Bunc || Teja Mohar || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Tonja Jeromelj<br /> | 17 || || Urša Lah || Tea Amidović || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Miha Tomšič<br /> | 17 || || Žiga Koren || Taja Pojbič || 18/11/20 || 21/11/20 || 23/11/20<br /> |-<br /> ! Leila Bohorč<br /> | 18 || || Tim-David Agrež || Deni Krašna || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Teo Trost<br /> | 18 || || Aleš Poljanšek || Zara Bunc || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Ivana Stojić<br /> | 18 || Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka || Tinkara Korošec || Urša Lah || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Lara Rajterič<br /> | 18 || Vloga metabolizma aminokislin pri zdravljenju raka || Miha Tomšič || Žiga Koren || 25/11/20 || 28/11/20 || 30/11/20<br /> |-<br /> ! Primož Šenica Pavletič<br /> | 19 || || Leila Bohorč || Tim-David Agrež || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Špela Auer<br /> | 19 || || Teo Trost || Aleš Poljanšek || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Gal Kastelic<br /> | 19 || || Ivana Stojić || Tinkara Korošec || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Miljan Trajković<br /> | 19 || || Lara Rajterič || Miha Tomšič || 02/12/20 || 05/12/20 || 07/12/20<br /> |-<br /> ! Taja Mužič<br /> | 20 || || Primož Šenica Pavletič || Leila Bohorč || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Mia Kobal<br /> | 20 || || Špela Auer || Teo Trost || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Laura Simonič<br /> | 20 || || Gal Kastelic || Ivana Stojić || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Karin Rak<br /> | 20 || || Miljan Trajković || Lara Rajterič || 09/12/20 || 12/12/20 || 14/12/20<br /> |-<br /> ! Ula Mikoš<br /> | 21 || Vitamin E || Taja Mužič || Primož Šenica Pavletič || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lara Zupanc<br /> | 21 || || Mia Kobal || Špela Auer || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Lena Kogoj<br /> | 21 || SPM lipidi || Laura Simonič || Gal Kastelic || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Naja Pečovnik Wutt<br /> | 22 || || Karin Rak || Miljan Trajković || 16/12/20 || 19/12/20 || 21/12/20<br /> |-<br /> ! Matija Novel<br /> | 22 || Kreatin in protitumorna imuniteta T celic || Ula Mikoš || Taja Mužič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Sofija Stevanović<br /> | 22 || || Lara Zupanc || Mia Kobal || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Martin Kresal<br /> | 23 || || Lena Kogoj || Laura Simonič || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Laura Trček<br /> | 23 || || Naja Pečovnik Wutt || Karin Rak || 30/12/20 || 02/01/21 || 04/01/21<br /> |-<br /> ! Filip Petrovič<br /> | 23 || || Matija Novel || Ula Mikoš || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |-<br /> ! Patricija Kolander<br /> | 23 || || Sofija Stevanović || Lara Zupanc || 06/01/21 || 09/01/21 || 11/01/21<br /> |}<br /> <br /> *številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada<br /> Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. <br /> Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.<br /> <br /> == Gradivo za predavanja ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti &lt;font color=red&gt; pregledni &lt;/font&gt; članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo &lt;font color=red&gt;2700 do 3000 besed &lt;/font&gt;, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. &lt;font color=red&gt;Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. &lt;/font&gt;<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].<br /> * Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx<br /> * 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx<br /> * &lt;font color=green&gt;312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši&lt;/font&gt;<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje&amp;nbsp;... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TBK_2022_Povzetki_seminarjev&diff=19781 2022-03-18T07:39:04Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>=== Korošec, Tinkara: Superbakterije in novi pristopi k razumevanju vzroka rezistence ===<br /> Nekatere bakterije so za nas esencialne, medtem ko patogeni sevi lahko povzročajo življenjsko ogrožujoča obolenja. Zaradi desetletij nepravilne uporabe antibiotičnih sredstev, so bakterije nanje razvile rezistenco. Imenujemo jih tudi superbakterije, ena najbolj razvpitih je MRSA, ki ima razvito rezistenco na β-laktamske antibiotike in na močnejše antibiotične učinkovine, kot je trimetoprim (TMP). Gre za inhibitor encima dihidrofolat reduktaze (DHFR), ključnega pri procesih celičnega podvojevanja. Redukcijo na encimu katalizira kofaktor NADPH. Zaradi pojava rezistence bakterij na omenjen inhibitor, so v razvoju novi, preko propargila vezani antibiotiki (PLA). Raziskave so bile izvedene preko računalniških orodij, kjer so izdelali visoko resolucijske kristalne strukture kompleksov med PLA enantiomerami, NADPH izomerama in SaDHFR WT ali F98Y, le-ti v različnih kombinacijah. Opazili so, da se NADPH pojavlja v dveh konformacijah, običajni β-NADPH in še nikoli videni anomeri t-NADPH. Ocenjena je bila tudi učinkovitost različnih PLA enantiomer na WT in mutirani SaDHFR. Izkazalo se je, da sta R-27 in S-27 najučinkovitejši PLA enantiomeri, vendar imata ob vezavi na DHFR različni preferenci za NADPH izomeri. Ker imata enantiomeri različni stopnji učinkovitosti proti F98Y SaDHFR, ta fenomen poimenujemo kiralni izogib (angl. chiral evasion). Gre za pojav, ko encim izrablja konfiguracijsko in kiralno razliko svojega kofaktorja za izogib inhibitorju.<br /> <br /> === Kogoj, Lena: Umetno narejene proteinske mišice zdaj realnost ===<br /> Mišice so zelo kompleksen sistem v živalskih organizmih, ki je ključen za njihov obstoj, saj s pomočjo avtonomnih kontrakcij omogoča bitjem premikanje. Raziskovalna ekipa Univerze v Freiburgu je uspela razviti mišicam podoben material iz naravnih proteinov, ki izvaja kontrakcije avtonomno. Osnova narejenega materiala je elastin, naraven vlaknast zelo elastičen protein, ki se pojavlja v vezivnih tkivih sesalcev in omogoča vrnitev tkiva v prvotno obliko po kontrakciji oziroma raztegovanju. Po zgledu tega proteina so znanstveniki uspeli razviti dva elastinu podobna proteina (ELP) s formulama (DSY)16 in (VRY)16, od katerih se prvi odzove na spremembe pH, drugi pa na spremembe temperature. Znanstveniki so skombinirali ta dva proteina s pomočjo fotokemičnega premreženja, s čemer so oblikovali dvoslojen material. V takem materialu so uspeli vzpostaviti ritmične kontrakcije, ki jih poganja pH oscilirajoča reakcija, ki v ta namen porablja kemično energijo. Vir goriva je natrijev sulfit (Na2SO3). V pH oscilirajoči reakciji, med katero se pH periodično spreminja, se kemijska energija spremeni v mehansko energijo – pride do upogibanja. Kontrakcije se da zagnati ali zaustavili s pomočjo temperaturnih sprememb. Umetna mišica je za zdaj zgolj prototip, vendar je zaradi velike odpornosti, trajnosti, trpežnosti in potencialne možnosti povezovanja s specifičnimi tkivi zelo primerna za aplikacijo v protetiki, farmaciji, rekonstruktivni medicini in robotiki.<br /> <br /> === Krašna, Deni: Odkrit ključ za nadzor celične smrti ===<br /> Proces celične smrti je v človeškem telesu popolnoma običajen proces, večinoma zaželen, saj je pomemben dejavnik pri ohranjanju zdravega organizma. Je strogo reguliran in ga lahko motnja zlahka zasuka v škodljiv način. Kot ključni regulator celičnega preživetja, inflamacije in celične smrti poznamo RIPK1 , katerega kinazna funkcija je nujna za izražanje apoptoze in nekroptoze. Zato je nujen strog post-translacijski nadzor. Izkaže se, da je dosežen s fosforilacijo aktivnih mest lociranih na serinskih in treoninskih aminokislinskih ostankih. O tem sicer pomembnem procesu, pa je še vedno znanega precej malo. Zato se je ta raziskava lotila ravno tega problema. Z uporabo kopice metod, med drugim tudi CRISPR-celogenomski izključitveni pregled, so znanstveniki prišli do spoznanja, da pomembno vlogo igra PPP1R3G s pripadajočo PP1γ katalitsko podenoto, ki defosforilira inhibitorna mesta kinaze. V eksperimentalnem delu so bili pomembni tudi mutanti. Znanstvenikom je proces uspelo potrditi tudi v živih organizmih, in sicer na miškah. Raziskava svojo pomembnost nosi v terapevtskih vodah, saj se s uperjenjem proti PP1R3G/PP1γ odpirajo vrata za zdravljenje inflamatornih bolezenskih stanj.<br /> <br /> === Mezek, Tajda: Multipla skleroza verjetno posledica okužbe z Epstein-Barr virusom ===<br /> Multipla skleroza je kronična avtoimuna bolezen centralnega živčevja. Za bolezen je značilno, da povroča razgradnjo mielinske ovojnice in postopoma poškodbe živčnih vlaken v možganih in hrbetnjači. Hkrati prizadane različna področja možganov in hrbtenjače, zato se kaže s širokim spektrom simptomov, ki so posledica upočasnjenega in/ali prekinjenega prevajanja živčnih impulzov. Točen vzrok bolezni ni znan, raziskave na podlagi večletnih hipotez pa so prvič potrdile povezavo bolezni z preteklo okužbo z Epstein-Barr virusom, izvedeno na serumskih vzorcih ameriških vojakov, ki so bili v času služenja diagnosticirani z multiplo sklerozo. V vzorcih se je vrednost nevrofilamentov (oligoclonal bands), ki so pokazatelji nevrološke degeneracije, značilne za multiplo sklerozo zvišal le v vzorcih po okužbi z Epstein-Barr virusom. Pri patogenezi multiple skleroze so ključni limfociti-B in limfociti-T, medtem ko Epstein-Barr virus napade limfocite-B in epitelne celice sluznic. Rezultate niso povezali z nobenim drugim do zdaj najverjetnejšim rizičnim faktorjem bolezni, kot sta genske predispozicije in nizke ravni vitamina D. To je velik korak v nadaljevanju zdravljenja in preprečevanja bolezni, saj se bo odkrivanje zdravil navezalo na vzročni razlog in ne le na zaviranje celic imunskega sistema. Z razvojem cepiva ali specifičnih protivirusnih zdravil za Epstein-Barr virus bo multipla skleroza lahko postala preprečljiva ali ozdravljiva.<br /> <br /> === Fink, Luka: Protitumorsko zdravilo spodbuja hujšanje pri miših ===<br /> Pokazano je bilo, da povišani nivoji rastnega diferenciacijskega faktorja 15 (GDF15) zmanjšajo vnos hrane in posledično znižajo telesno maso, z aktivacijo receptorja glial-derived neurotropic factor (GDNF) v zadnjih možganih. To je alpha receptor, ki ga kodira gen GFRAL pri glodavcih in nečloveških primatih. Endogena indukcija tega peptida lahko predstavlja rešitev za zdravljenje debelosti. V študiji so s pomočjo drug-screening metod našli majhno molekulo kamptotecin (CPT), ki je bila prej uporabljena kot antitumorna učikovina, ki je lahko potencialen inducer hormona GDF15. Oralno doziranje CPT-ja je povišalo nivoje GDF15 v dietno-induciranih debelih miših, s tem, da je dvignilo nivoje ekspresije GDF15, v največji meri v jetrih, z aktivacijo stresnega odziva. Anorektičen efekt GDF15 je zmanjšal vnos hrane in posledično zmanjšal telesno maso, nivoje krvnega sladkorja in nivoje hepatičnega maščevja v debelih miših. Ravno nasprotno se zgodi, ko je GDF15 inhibiran z AAV8 in CPT izgubi svoje koristne učinke. In pričakovano, CPT ni zmanjšal vnosa hrane v miših brez GFRAL, kljub visokim nivojem GDF15. Te rezultati kažejo na to, da bi bil lahko CPT uporabljen kot učinkovina proti prekomerni telesni masi, z aktivacijo GDF15-GFRAL poti.<br /> <br /> === Rajterič, Lara: Z novim sistemom do hitrejšega nadzora nad nanodelci za dostavo zdravil ===<br /> V zadnjih letih se je RNA terapija uveljavila kot nova kategorija terapevtskega sredstva za preprečevanje in zdravljenje različnih bolezni. Ker pa ima RNA molekula lastnosti, ki ji preprečujejo direkten vstop v celico, so znanstveniki razvili lipidne nanodelce, ki RNA molekulam omogočijo vstop v tarčne celice. Lipidne nanodelce običajno najprej testirajo na miših, nato se premaknejo na primate, ko so bolj sorodni ljudem, šele nato pa pridejo na vrsto klinična testiranja na ljudeh. Ker pa dostava te delcev pri različnih vrstah organizmov zaradi različnih signalnih poti v celicah poteka nekoliko drugače, je tudi celoten proces preizkušanja precej dolgotrajen in drag. Na Inštitutu za tehnologijo v Georgii so znanstveniki zato razvili sistem SANDS, ki jim omogoča simultano primerjavo genov, ki vplivajo na dostavo lipidnih nanodelcev v celice miši, primatov in ljudi, in to vse znotraj posebno zasnovanih poskusnih miši. Ta proces testiranja lipidnih nanodelcev precej skrajša in ekonomizira. S študijo so zanstveniki prišli do podatkov o dostavi LNP-jev do celic, ki lahko naredijo raziskave na prekliničnih vrstah bolj napovedne za testiranja na ljudeh, kar bi lahko omogočilo hitrejši razvoj RNA terapij.<br /> <br /> === Mikoš, Ula: Unikaten tubulin, ki se v bakteriji igra skrivalnice ===<br /> ''Naegleria gruberi'' je enocelični evkariont, ki je lahko v obliki amebe in bičkarja. Ameba ne vsebuje mikrotubulov, razen v obdobju celične delitve, ko tvori mikrotubulske snope, ki sestavljajo delitveno vreteno. Mitoza je zaprta, kar pomeni, da se delitveno vrteno tvori znotraj jedrca, ki se ohranja čez celotno mitozo. Razdeli se šele, ko se delitveno vreteno dovolj podaljša. Same snope sestavlja med 3 in 6 mikrotubulov, med 10 do 30 teh snopov, ki so zavrteni največkrat v desno, pa sestavlja vreteno. S podaljševanjem delitvenega vrtena se zasuk manjša, število snopov pa se poveča. V zgodnji metafazi so prisotni le primerni mikrotubuli, ki segajo čez celotno delitveno vrteno, v pozni metafazi, pa se sintetizirajo še sekundarni mikrotubuli, ki se nahajajo le na sredini vrtena. Diferenciacija amebe v bičkarja traja do 120 minut, vendar je ta oblika le začasna. Bičkar se po maksimalno 300 minutah spremeni nazaj v amebo, mikrotubuli se razstavijo in tubulin se razgradi. Mitotski mikrotubuli se razlikujejo od mikrotubulov, ki se sintetizirajo v bičkarju. Razlika je v tubulinu, ki gradi mikrotubule. Mitotski α in β-tubulin je bolj divergenten, kot α in β-tubulin bičkarjev. Sledi sklep, da je tubulin bičkarjev pod strožjim nadzorom. Divergentnost tubulina nam lahko omogoča razvoj zdravila, ki bo delovalo na divergenten tubulin v sorodni ''fowleri'', ki je človeški zajedavec, človeškega pa ne bo poškodoval.<br /> <br /> === Mužič, Taja: Smrtonosna kombinacija, ki neposredno sproži celično smrt ===<br /> Apoptoza je vpletena v številne biološke procese in je zato med najbolj aktualnimi področji biomedicinskih raziskav. Notranja pot apoptoze je odvisna od dejavnikov, ki se sprostijo iz mitohondrijev. Proapoptotični protein BAX in protein DRP1 se med apoptozo kolokalizirata na mitohondrijih. Oba imata pri procesu pomebno vlogo. BAX nadzoruje permeabilnost zunanje membrane mitohondrija, DRP1 pa pomaga pri sproščanju citokroma c v citosol. Povezava med proteinoma je bila ugotovljena že pred desetletji, funkcionalni pomen te pa je ostal neznan. Skupini znanstvenikov iz Univerze v Kölnu je uspelo pokazati, da imata BAX in DRP1 fizično interakcijo in da se le-ta poveča med apoptozo. Proteina se namreč lokalizirata do ločljivosti 30nm, približno tolikšna pa je tudi velikost oligomerov, ki jih tvorita. Da proteina tvorita kompleks, so dokazali s fuzijskimi proteini RA in GB, ki oddajajo fluorescenco samo, če so del istega kompleksa. Poleg tega so meritve pokazale tudi, da je za tvorbo kompleksa teh proteinov potreben N-konec proteina BAX, ter da se ti pojavijo samo v membranskem okolju. Z dimerizacijo proteinov jim je uspelo raziskati funkcionalne vloge interakcije med omenjenima proteinoma. Rezultatati so pokazali, da medsebojna interakcija proteinov spodbuja kopičenje na mitohondrijih kot tudi aktivacijo BAX, kar povzroči indukcijo apoptoze.<br /> <br /> === Auer, Špela: Vpliv proteina na vnetja ===<br /> Vnetje je biološki odziv imunskega sistema, ki ga lahko povzročajo patogeni, poškodovane celice in toksini. Vsako vnetje more naše telo tudi zatreti, če pa do tega ne pride, se lahko razvije kronično vnetje, ki lahko povzroči bolezenska stanja, npr. revmatoidni artritis. Prav pri bolnikih z revmatoidnim artritisom so prvič identificirali protein sekretorna fosfolipaza A2-IIA (sPLA2-IIA). Encim sPLA2-IIA hidrolizira predvsem fosfolipide membran bakterijskih celic v maščobne kisline in lizofosfolipide ter sodeluje pri proizvajanju lipidnih mediatorjev, npr. eikozanoidov, ki povzročajo vnetja. V raziskavi ''Dore et al. (2022)'' so opazovali vpliv encima sPLA2-IIA na miših. Pri miših s prekomerno izraženim encimom so opazili spontano otekanje vratu, kar je verjetno posledica razgradnje bakterijskih membran v mikrobioti miši, kjer je nastala arahidonska kislina, ki se pretvori v eikozanoide. Drugi možen razlog za vnetje je različna sestava mikrobiote (prisotnost različnih bakterij) ob prisotnosti oz. odsotnosti sPLA2-IIA. Na podlagi rezultatov so zaključili, da bi lahko lokalna inhibicija sPLA2-IIA ublažila vnetni proces, ki poslabša določene vnetne bolezni. Prav tako bi lahko blokiranje bakterijskih provnetnih lipidov (nastali z delovanjem encima), ki se potem pretvorijo v eikozanoide, zmanjšalo simptome pri ljudeh s sistemskimi vnetnimi boleznimi.<br /> <br /> === Laura, Simonič: Yin in Yang mitohondrijske arhitekture ===<br /> Kriste so uvihanja notranje membrane mitohondrijev, na katerih poteka oksidativna fosforilacija. Sposobnost dinamičnega preoblikovanja mitohondrijskih membran je ključna mehanizma za prilagajanje mitohondrijev na spreminjajoče fiziološke potrebe in metabolne pogoje njihove okolice. Mitohondrijsko stično mesto in organizacijski sistem krist (MICOS) in F1Fo-ATP sintaza sta proteinska mehanizma, ključna za vzdrževanje arhitekture notranje mitohondrijske membrane. MICOS se nahaja na spojih krist, ki so povezava krist z izravnanim preostankom notranje membrane. MICOS spodbuja nastanek spojev krist, F1Fo-ATP sintaza pa ima glavno vlogo pri oblikovanju obodov na notranjem delu krist. Ta proteinska mehanizma imata antagonistično vlogo pri organizaciji arhitekture notranje membrane mitohondrijev. Najnovejše raziskave dinamike oblike mitohondrijev se osredotočajo na delovanje podenote Mic10, ki je ena izmed najpomembnejših enot kompleksa MICOS. Mic10 se selektivno veže z dimerno obliko ATP sintaze in s tem poveča nastajanje oligomerov ATP sintaze. Mic10 ima pri izoblikovanju arhitekture notranje membrane mitohondrijev dvojno vlogo. Zraven osrednje vloge Mic10 pri oblikovanju spojev krist, kot ena izmed glavnih podenot kompleksa MICOS, majhen delež Mic10 vstopa v interakcije s F1Fo-ATP sintazo. Slednja povezava stabilizira dimerno in oligomerno obliko ATP sintaze.<br /> <br /> === Lah, Urša: Kolibaktin, bakterijski toksin, ki sproži indukcijo profaga ===<br /> Kolibaktin je kemično nestabilna majhna molekula genotoksina, ki lahko tvori medverižne navzkrižne povezave v DNK in je povezan s pojavom bakterijsko povzročenega kolorektalnega raka pri ljudeh. Proizvajajo ga samo bakterijski sevi, ki vsebujejo genomski otok poliketid sintaze (pks) ali biosintetični genski grozd clb. Natančneje je znano, da poškodbe DNK, ki jih povzroči ultravijolično obsevanje ali kemična obdelava, aktivira litično replikacijo profagov v bakterijah. Zaradi tega so se znanstveniki spraševali ali lahko kolibaktin vpliva na bakterijske populacije z aktivacijo rezidenčnih profagov. Da bi preverili ali proizvodnja kolibaktina spremeni obnašanje profagov v sosednjih lizogenih, ki ne proizvajajo kolibaktina, so okužili divji tip E.Coli BW25113 s fagom lambda in ta lizogen sokulturno združili z pks+ ali pks- E.Coli. Rezultati so pokazali na to, da proizvodnja kolibaktina posebej vpliva na bakterije, ki nosijo profage, tako da povzroča litični razvoj. Pokazali so tudi, da je kolibaktin širok induktor, zaščito pred njem pa predstavlja 170 aminokislinski protein. Čeprav lahko obstajajo druge funkcije kolibaktina, odkritje, da inducira profage zagotovi en mehanizem s katerim bi proizvodnja in imunost na ta naravni produkt lahko zagotovila konkurenčno prednost pred ostalimi mikroorganizmi.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Temelji_biokemije_2023_-_seminar&diff=19767 2022-03-11T19:43:24Z

<p>Urša Lah: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>Seminarje vodi doc. dr. Miha Pavšič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! Priimek in ime !! Naslov seminarja !! Povezava !! Rok za oddajo !! Rok za recenzijo !! Datum predstavitve !! Recenzent 1 !! Recenzent 2 !! Recenzent 3<br /> |-<br /> | Fink, Luka || Protitumorsko zdravilo spodbuja hujšanje pri miših || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224140853.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bunc, Zara || Pečovnik Wutt, Naja || Malik, Lara<br /> |-<br /> | Kogoj, Lena || Umetno narejene proteinske mišice zdaj realnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220128141254.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Pucihar, Samo || Pojbič, Taja || Novel, Matija<br /> |-<br /> | Korošec, Tinkara || Superbakterije in novi pristopi k razumevanju vzroka rezistence || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220217181730.htm <br /> || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Kovaček, Lucija || Trček, Laura || Petrovič, Filip<br /> |-<br /> | Krašna, Deni || Odkrit ključ za nadzor celične smrti || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218100724.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Stojić, Ivana || Bernik, Miha || Kolenc, Klara<br /> |-<br /> | Mezek, Tajda || Multipla skleroza verjetno posledica okužbe z Epstein-Barr virusom || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220113151342.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Trajković, Miljan || Jeromelj, Tonja || Koren, Žiga<br /> |-<br /> | Auer, Špela || Vpliv proteina na vnetja || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220125124029.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Žerovnik, Klara || Poljanšek, Aleš || Matek, Nik<br /> |-<br /> | Mikoš, Ula || Unikaten tubulin, ki se v bakteriji igra skrivalnice || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220225085843.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Zupanc, Lara || Vogrič, Vanja || Trost, Teo<br /> |-<br /> | Mužič, Taja || Smrtonosna kombinacija, ki neposredno sproži celično smrt || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220113111451.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Petrov, Mario || Vranješ, Tin || Varlamov, Mark<br /> |-<br /> | Rajterič, Lara || Z novim sistemom do hitrejšega nadzora nad nanodelci za dostavo zdravil || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210114055.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Trobiš, Veronika || Agrež, Tim-David || Justin, Klemen<br /> |-<br /> | Simonič, Laura || Yin in Yang mitohondrijske arhitekture || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210154147.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Velkovska, Tamara || Bunc, Zara || Kresal, Martin<br /> |-<br /> | Kristanc, Pia || Proteinska struktura odkriva mehanizem rezistence proti zdravilom pri bakterijah || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218080243.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Fink, Luka || Pucihar, Samo || Pečovnik Wutt, Naja<br /> |-<br /> | Lah, Urša || Kolibaktin; bakterijski toksin, ki sproži indukcijo profaga ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220223111242.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Kogoj, Lena || Kovaček, Lucija || Pojbič, Taja<br /> |-<br /> | Mohar, Teja || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Korošec, Tinkara || Stojić, Ivana || Trček, Laura<br /> |-<br /> | Tušek, Marcel || Prihodnost shranjevanja podatkov je v obliki dvojnega heliksa || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/03/220303162030.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Krašna, Deni || Trajković, Miljan || Bernik, Miha<br /> |-<br /> | Brajer, Mirta || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224112615.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mezek, Tajda || Žerovnik, Klara || Jeromelj, Tonja<br /> |-<br /> | Kastelic, Gal || Popravilo poškodb v DNK || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/03/220308155623.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Auer, Špela || Zupanc, Lara || Poljanšek, Aleš<br /> |-<br /> | Malik, Lara || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mikoš, Ula || Petrov, Mario || Vogrič, Vanja<br /> |-<br /> | Novel, Matija || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220211102033.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mužič, Taja || Trobiš, Veronika || Vranješ, Tin<br /> |-<br /> | Petrovič, Filip || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220105103131.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Rajterič, Lara || Velkovska, Tamara || Agrež, Tim-David<br /> |-<br /> | Kolenc, Klara ||Odkrili kako virusi povzročijo avtoimune bolezni ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220228103805.htm || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Simonič, Laura || Fink, Luka || Bunc, Zara<br /> |-<br /> | Koren, Žiga || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Kristanc, Pia || Kogoj, Lena || Pucihar, Samo<br /> |-<br /> | Matek, Nik || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Lah, Urša || Korošec, Tinkara || Kovaček, Lucija<br /> |-<br /> | Trost, Teo || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Mohar, Teja || Krašna, Deni || Stojić, Ivana<br /> |-<br /> | Varlamov, Mark || Razmnoževanje virusa ošpic || https://www.sciencedaily.com/releases/2021/09/210923115553.htm || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Tušek, Marcel || Mezek, Tajda || Trajković, Miljan<br /> |-<br /> | Justin, Klemen || Protein SARS-CoV-2 krivec za okužbe, a tudi pot do rešitve || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220216121828.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Brajer, Mirta || Auer, Špela || Žerovnik, Klara<br /> |-<br /> | Kresal, Martin || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Kastelic, Gal || Mikoš, Ula || Zupanc, Lara<br /> |-<br /> | Pečovnik Wutt, Naja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Malik, Lara || Mužič, Taja || Petrov, Mario<br /> |-<br /> | Pojbič, Taja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Novel, Matija || Rajterič, Lara || Trobiš, Veronika<br /> |-<br /> | Trček, Laura || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Petrovič, Filip || Simonič, Laura || Velkovska, Tamara<br /> |-<br /> | Bernik, Miha || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Kolenc, Klara || Kristanc, Pia || Fink, Luka<br /> |-<br /> | Jeromelj, Tonja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Koren, Žiga || Lah, Urša || Kogoj, Lena<br /> |-<br /> | Poljanšek, Aleš || Nov koncept za boj proti odpornosti bakterij na antibiotike || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220222135331.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Matek, Nik || Mohar, Teja || Korošec, Tinkara<br /> |-<br /> | Vogrič, Vanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Trost, Teo || Tušek, Marcel || Krašna, Deni<br /> |-<br /> | Vranješ, Tin || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Varlamov, Mark || Brajer, Mirta || Mezek, Tajda<br /> |-<br /> | Agrež, Tim-David || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Justin, Klemen || Kastelic, Gal || Auer, Špela<br /> |-<br /> | Bunc, Zara || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Kresal, Martin || Malik, Lara || Mikoš, Ula<br /> |-<br /> | Pucihar, Samo || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Pečovnik Wutt, Naja || Novel, Matija || Mužič, Taja<br /> |-<br /> | Dehondt, Johan || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || || <br /> |-<br /> | Vitard, Arthur || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || || <br /> |-<br /> | Kovaček, Lucija || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Pojbič, Taja || Petrovič, Filip || Rajterič, Lara<br /> |-<br /> | Stojić, Ivana ||Biološke nevrone kmalu nadomestili umetni ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220222121302.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Trček, Laura || Kolenc, Klara || Simonič, Laura<br /> |-<br /> | Trajković, Miljan || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Bernik, Miha || Koren, Žiga || Kristanc, Pia<br /> |-<br /> | Žerovnik, Klara || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Jeromelj, Tonja || Matek, Nik || Lah, Urša<br /> |-<br /> | Zupanc, Lara || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220228190958.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Poljanšek, Aleš || Trost, Teo || Mohar, Teja<br /> |-<br /> | Petrov, Mario || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vogrič, Vanja || Varlamov, Mark || Tušek, Marcel<br /> |-<br /> | Trobiš, Veronika || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vranješ, Tin || Justin, Klemen || Brajer, Mirta<br /> |-<br /> | Velkovska, Tamara || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Agrež, Tim-David || Kresal, Martin || Kastelic, Gal<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * Samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot '''1. avgusta 2021'''. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * Članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * Naslov izbrane teme (naslov seminarja v slovenščini) in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo .<br /> * [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> * Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu. Povezava je objavljena v [spletni učilnici https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve, tako kot ostali kolegi.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> '''Torej, povzeto''':<br /> <br /> 1. Seminarsko nalogo avtor do določenega datuma odda [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj], istočasno pa se povzetek v odda [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2021_Povzetki_seminarjev tukaj].<br /> <br /> 2. Do določenega datuma recenzenti pregledajo nalogo in oddajo datoteko z morebitnimi komentarji/popravki [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj], istočasno pa oddajo svojo ''recenzentsko'' oceno preko povezave v [https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].<br /> <br /> 3. Avtor pripravi končno obliko seminarske naloge in jo odda [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj] vsaj 1 dan pred predstavitvijo.<br /> <br /> 4. Po predstavitvi ''vsi'' (tako recenzenti kot ostali kolegi) oddate oceno predstavitve preko povezave v [https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].<br /> <br /> Ne pozabite na pravila pri poimenovanju datotek.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. '''Ne uporabljajte ČŽŠčžš!'''<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2022_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo ('''''ne''''' TBK_2022_Priimek_Ime.docx_rec_Priimek2.docx), kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -&gt; Shrani kot PDF), npr TBK_2022_Guncar_Gregor.pdf<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://forms.office.com/r/8i5ma9ZvQZ recenzentsko poročilo] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://forms.office.com/r/LvF8vvL7mT mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [https://plus.si.cobiss.net/opac7/jcr COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. Če želite videti vse revije, enostavno v iskalno polje vpišite *. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Temelji_biokemije_2023_-_seminar&diff=19766 2022-03-11T19:42:52Z

<p>Urša Lah: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>Seminarje vodi doc. dr. Miha Pavšič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! Priimek in ime !! Naslov seminarja !! Povezava !! Rok za oddajo !! Rok za recenzijo !! Datum predstavitve !! Recenzent 1 !! Recenzent 2 !! Recenzent 3<br /> |-<br /> | Fink, Luka || Protitumorsko zdravilo spodbuja hujšanje pri miših || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224140853.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bunc, Zara || Pečovnik Wutt, Naja || Malik, Lara<br /> |-<br /> | Kogoj, Lena || Umetno narejene proteinske mišice zdaj realnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220128141254.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Pucihar, Samo || Pojbič, Taja || Novel, Matija<br /> |-<br /> | Korošec, Tinkara || Superbakterije in novi pristopi k razumevanju vzroka rezistence || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220217181730.htm <br /> || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Kovaček, Lucija || Trček, Laura || Petrovič, Filip<br /> |-<br /> | Krašna, Deni || Odkrit ključ za nadzor celične smrti || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218100724.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Stojić, Ivana || Bernik, Miha || Kolenc, Klara<br /> |-<br /> | Mezek, Tajda || Multipla skleroza verjetno posledica okužbe z Epstein-Barr virusom || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220113151342.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Trajković, Miljan || Jeromelj, Tonja || Koren, Žiga<br /> |-<br /> | Auer, Špela || Vpliv proteina na vnetja || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220125124029.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Žerovnik, Klara || Poljanšek, Aleš || Matek, Nik<br /> |-<br /> | Mikoš, Ula || Unikaten tubulin, ki se v bakteriji igra skrivalnice || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220225085843.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Zupanc, Lara || Vogrič, Vanja || Trost, Teo<br /> |-<br /> | Mužič, Taja || Smrtonosna kombinacija, ki neposredno sproži celično smrt || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220113111451.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Petrov, Mario || Vranješ, Tin || Varlamov, Mark<br /> |-<br /> | Rajterič, Lara || Z novim sistemom do hitrejšega nadzora nad nanodelci za dostavo zdravil || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210114055.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Trobiš, Veronika || Agrež, Tim-David || Justin, Klemen<br /> |-<br /> | Simonič, Laura || Yin in Yang mitohondrijske arhitekture || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210154147.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Velkovska, Tamara || Bunc, Zara || Kresal, Martin<br /> |-<br /> | Kristanc, Pia || Proteinska struktura odkriva mehanizem rezistence proti zdravilom pri bakterijah || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218080243.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Fink, Luka || Pucihar, Samo || Pečovnik Wutt, Naja<br /> |-<br /> | Lah, Urša || Kolibaktin;bakterijski toksin, ki sproži indukcijo profaga ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220223111242.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Kogoj, Lena || Kovaček, Lucija || Pojbič, Taja<br /> |-<br /> | Mohar, Teja || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Korošec, Tinkara || Stojić, Ivana || Trček, Laura<br /> |-<br /> | Tušek, Marcel || Prihodnost shranjevanja podatkov je v obliki dvojnega heliksa || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/03/220303162030.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Krašna, Deni || Trajković, Miljan || Bernik, Miha<br /> |-<br /> | Brajer, Mirta || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224112615.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mezek, Tajda || Žerovnik, Klara || Jeromelj, Tonja<br /> |-<br /> | Kastelic, Gal || Popravilo poškodb v DNK || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/03/220308155623.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Auer, Špela || Zupanc, Lara || Poljanšek, Aleš<br /> |-<br /> | Malik, Lara || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mikoš, Ula || Petrov, Mario || Vogrič, Vanja<br /> |-<br /> | Novel, Matija || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220211102033.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mužič, Taja || Trobiš, Veronika || Vranješ, Tin<br /> |-<br /> | Petrovič, Filip || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220105103131.htm || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Rajterič, Lara || Velkovska, Tamara || Agrež, Tim-David<br /> |-<br /> | Kolenc, Klara ||Odkrili kako virusi povzročijo avtoimune bolezni ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220228103805.htm || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Simonič, Laura || Fink, Luka || Bunc, Zara<br /> |-<br /> | Koren, Žiga || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Kristanc, Pia || Kogoj, Lena || Pucihar, Samo<br /> |-<br /> | Matek, Nik || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Lah, Urša || Korošec, Tinkara || Kovaček, Lucija<br /> |-<br /> | Trost, Teo || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Mohar, Teja || Krašna, Deni || Stojić, Ivana<br /> |-<br /> | Varlamov, Mark || Razmnoževanje virusa ošpic || https://www.sciencedaily.com/releases/2021/09/210923115553.htm || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Tušek, Marcel || Mezek, Tajda || Trajković, Miljan<br /> |-<br /> | Justin, Klemen || Protein SARS-CoV-2 krivec za okužbe, a tudi pot do rešitve || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220216121828.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Brajer, Mirta || Auer, Špela || Žerovnik, Klara<br /> |-<br /> | Kresal, Martin || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Kastelic, Gal || Mikoš, Ula || Zupanc, Lara<br /> |-<br /> | Pečovnik Wutt, Naja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Malik, Lara || Mužič, Taja || Petrov, Mario<br /> |-<br /> | Pojbič, Taja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Novel, Matija || Rajterič, Lara || Trobiš, Veronika<br /> |-<br /> | Trček, Laura || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Petrovič, Filip || Simonič, Laura || Velkovska, Tamara<br /> |-<br /> | Bernik, Miha || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Kolenc, Klara || Kristanc, Pia || Fink, Luka<br /> |-<br /> | Jeromelj, Tonja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Koren, Žiga || Lah, Urša || Kogoj, Lena<br /> |-<br /> | Poljanšek, Aleš || Nov koncept za boj proti odpornosti bakterij na antibiotike || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220222135331.htm || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Matek, Nik || Mohar, Teja || Korošec, Tinkara<br /> |-<br /> | Vogrič, Vanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Trost, Teo || Tušek, Marcel || Krašna, Deni<br /> |-<br /> | Vranješ, Tin || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Varlamov, Mark || Brajer, Mirta || Mezek, Tajda<br /> |-<br /> | Agrež, Tim-David || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Justin, Klemen || Kastelic, Gal || Auer, Špela<br /> |-<br /> | Bunc, Zara || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Kresal, Martin || Malik, Lara || Mikoš, Ula<br /> |-<br /> | Pucihar, Samo || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Pečovnik Wutt, Naja || Novel, Matija || Mužič, Taja<br /> |-<br /> | Dehondt, Johan || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || || <br /> |-<br /> | Vitard, Arthur || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || || <br /> |-<br /> | Kovaček, Lucija || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Pojbič, Taja || Petrovič, Filip || Rajterič, Lara<br /> |-<br /> | Stojić, Ivana ||Biološke nevrone kmalu nadomestili umetni ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220222121302.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Trček, Laura || Kolenc, Klara || Simonič, Laura<br /> |-<br /> | Trajković, Miljan || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Bernik, Miha || Koren, Žiga || Kristanc, Pia<br /> |-<br /> | Žerovnik, Klara || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Jeromelj, Tonja || Matek, Nik || Lah, Urša<br /> |-<br /> | Zupanc, Lara || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220228190958.htm || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Poljanšek, Aleš || Trost, Teo || Mohar, Teja<br /> |-<br /> | Petrov, Mario || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vogrič, Vanja || Varlamov, Mark || Tušek, Marcel<br /> |-<br /> | Trobiš, Veronika || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vranješ, Tin || Justin, Klemen || Brajer, Mirta<br /> |-<br /> | Velkovska, Tamara || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Agrež, Tim-David || Kresal, Martin || Kastelic, Gal<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * Samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot '''1. avgusta 2021'''. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * Članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * Naslov izbrane teme (naslov seminarja v slovenščini) in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo .<br /> * [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> * Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu. Povezava je objavljena v [spletni učilnici https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve, tako kot ostali kolegi.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> '''Torej, povzeto''':<br /> <br /> 1. Seminarsko nalogo avtor do določenega datuma odda [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj], istočasno pa se povzetek v odda [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2021_Povzetki_seminarjev tukaj].<br /> <br /> 2. Do določenega datuma recenzenti pregledajo nalogo in oddajo datoteko z morebitnimi komentarji/popravki [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj], istočasno pa oddajo svojo ''recenzentsko'' oceno preko povezave v [https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].<br /> <br /> 3. Avtor pripravi končno obliko seminarske naloge in jo odda [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tukaj] vsaj 1 dan pred predstavitvijo.<br /> <br /> 4. Po predstavitvi ''vsi'' (tako recenzenti kot ostali kolegi) oddate oceno predstavitve preko povezave v [https://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ spletni učilnici].<br /> <br /> Ne pozabite na pravila pri poimenovanju datotek.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. '''Ne uporabljajte ČŽŠčžš!'''<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2022_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo ('''''ne''''' TBK_2022_Priimek_Ime.docx_rec_Priimek2.docx), kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -&gt; Shrani kot PDF), npr TBK_2022_Guncar_Gregor.pdf<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://forms.office.com/r/8i5ma9ZvQZ recenzentsko poročilo] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://forms.office.com/r/LvF8vvL7mT mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [https://plus.si.cobiss.net/opac7/jcr COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. Če želite videti vse revije, enostavno v iskalno polje vpišite *. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Urša Lah https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Temelji_biokemije_2023_-_seminar&diff=19715 2022-03-02T17:14:55Z

<p>Urša Lah: </p> <hr /> <div>Seminarje vodi doc. dr. Miha Pavšič. Seminarji so obvezni.<br /> <br /> Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. <br /> Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.<br /> Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## &quot;##&quot; sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.<br /> Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| class=&quot;wikitable&quot;<br /> ! Priimek in ime !! Naslov seminarja !! Povezava !! Rok za oddajo !! Rok za recenzijo !! Datum predstavitve !! Recenzent 1 !! Recenzent 2 !! Recenzent 3<br /> |-<br /> | Fink, Luka || Protitumorsko zdravilo spodbuja hujšanje pri miših || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220224140853.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Bunc, Zara || Pečovnik Wutt, Naja || Malik, Lara<br /> |-<br /> | Kogoj, Lena || Umetno narejene proteinske mišice zdaj realnost || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220128141254.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Pucihar, Samo || Pojbič, Taja || Novel, Matija<br /> |-<br /> | Korošec, Tinkara || Superbakterije in novi pristopi k razumevanju vzroka rezistence || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220217181730.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Kovaček, Lucija || Trček, Laura || Petrovič, Filip<br /> |-<br /> | Krašna, Deni || Odkrit ključ za nadzor celične smrti || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220218100724.htm || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Stojić, Ivana || Bernik, Miha || Kolenc, Klara<br /> |-<br /> | Mezek, Tajda || || || 04.03. || 07.03. || 10.03. || Trajković, Miljan || Jeromelj, Tonja || Koren, Žiga<br /> |-<br /> | Auer, Špela || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220125124029.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Žerovnik, Klara || Poljanšek, Aleš || Matek, Nik<br /> |-<br /> | Mikoš, Ula || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220225085843.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Zupanc, Lara || Vogrič, Vanja || Trost, Teo<br /> |-<br /> | Mužič, Taja || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/01/220113111451.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Petrov, Mario || Vranješ, Tin || Varlamov, Mark<br /> |-<br /> | Rajterič, Lara || Z novim sistemom do hitrejšega nadzora nad nanodelci za dostavo zdravil || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220210114055.htm || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Trobiš, Veronika || Agrež, Tim-David || Justin, Klemen<br /> |-<br /> | Simonič, Laura || || || 11.03. || 14.03. || 17.03. || Velkovska, Tamara || Bunc, Zara || Kresal, Martin<br /> |-<br /> | Kristanc, Pia || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Fink, Luka || Pucihar, Samo || Pečovnik Wutt, Naja<br /> |-<br /> | Lah, Urša || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220223111242.htm || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Kogoj, Lena || Kovaček, Lucija || Pojbič, Taja<br /> |-<br /> | Mohar, Teja || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Korošec, Tinkara || Stojić, Ivana || Trček, Laura<br /> |-<br /> | Tušek, Marcel || || || 18.03. || 21.03. || 24.03. || Krašna, Deni || Trajković, Miljan || Bernik, Miha<br /> |-<br /> | Brajer, Mirta || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mezek, Tajda || Žerovnik, Klara || Jeromelj, Tonja<br /> |-<br /> | Kastelic, Gal || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Auer, Špela || Zupanc, Lara || Poljanšek, Aleš<br /> |-<br /> | Malik, Lara || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mikoš, Ula || Petrov, Mario || Vogrič, Vanja<br /> |-<br /> | Novel, Matija || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Mužič, Taja || Trobiš, Veronika || Vranješ, Tin<br /> |-<br /> | Petrovič, Filip || || || 25.03. || 28.03. || 31.03. || Rajterič, Lara || Velkovska, Tamara || Agrež, Tim-David<br /> |-<br /> | Kolenc, Klara || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Simonič, Laura || Fink, Luka || Bunc, Zara<br /> |-<br /> | Koren, Žiga || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Kristanc, Pia || Kogoj, Lena || Pucihar, Samo<br /> |-<br /> | Matek, Nik || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Lah, Urša || Korošec, Tinkara || Kovaček, Lucija<br /> |-<br /> | Trost, Teo || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Mohar, Teja || Krašna, Deni || Stojić, Ivana<br /> |-<br /> | Varlamov, Mark || || || 01.04. || 04.04. || 07.04. || Tušek, Marcel || Mezek, Tajda || Trajković, Miljan<br /> |-<br /> | Justin, Klemen || || https://www.sciencedaily.com/releases/2022/02/220216121828.htm || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Brajer, Mirta || Auer, Špela || Žerovnik, Klara<br /> |-<br /> | Kresal, Martin || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Kastelic, Gal || Mikoš, Ula || Zupanc, Lara<br /> |-<br /> | Pečovnik Wutt, Naja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Malik, Lara || Mužič, Taja || Petrov, Mario<br /> |-<br /> | Pojbič, Taja || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Novel, Matija || Rajterič, Lara || Trobiš, Veronika<br /> |-<br /> | Trček, Laura || || || 08.04. || 11.04. || 14.04. || Petrovič, Filip || Simonič, Laura || Velkovska, Tamara<br /> |-<br /> | Bernik, Miha || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Kolenc, Klara || Kristanc, Pia || Fink, Luka<br /> |-<br /> | Jeromelj, Tonja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Koren, Žiga || Lah, Urša || Kogoj, Lena<br /> |-<br /> | Poljanšek, Aleš || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Matek, Nik || Mohar, Teja || Korošec, Tinkara<br /> |-<br /> | Vogrič, Vanja || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Trost, Teo || Tušek, Marcel || Krašna, Deni<br /> |-<br /> | Vranješ, Tin || || || 15.04. || 18.04. || 21.04. || Varlamov, Mark || Brajer, Mirta || Mezek, Tajda<br /> |-<br /> | Agrež, Tim-David || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Justin, Klemen || Kastelic, Gal || Auer, Špela<br /> |-<br /> | Bunc, Zara || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Kresal, Martin || Malik, Lara || Mikoš, Ula<br /> |-<br /> | Pucihar, Samo || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || Pečovnik Wutt, Naja || Novel, Matija || Mužič, Taja<br /> |-<br /> | Dehondt, Johan || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || || <br /> |-<br /> | Vitard, Arthur || || || 22.04. || 25.04. || 28.04. || || || <br /> |-<br /> | Kovaček, Lucija || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Pojbič, Taja || Petrovič, Filip || Rajterič, Lara<br /> |-<br /> | Stojić, Ivana || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Trček, Laura || Kolenc, Klara || Simonič, Laura<br /> |-<br /> | Trajković, Miljan || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Bernik, Miha || Koren, Žiga || Kristanc, Pia<br /> |-<br /> | Žerovnik, Klara || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Jeromelj, Tonja || Matek, Nik || Lah, Urša<br /> |-<br /> | Zupanc, Lara || || || 29.04. || 02.05. || 05.05. || Poljanšek, Aleš || Trost, Teo || Mohar, Teja<br /> |-<br /> | Petrov, Mario || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vogrič, Vanja || Varlamov, Mark || Tušek, Marcel<br /> |-<br /> | Trobiš, Veronika || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Vranješ, Tin || Justin, Klemen || Brajer, Mirta<br /> |-<br /> | Velkovska, Tamara || || || 06.05. || 09.05. || 12.05. || Agrež, Tim-David || Kresal, Martin || Kastelic, Gal<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * Samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot '''1. avgusta 2021'''. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino. <br /> * Članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].<br /> * Naslov izbrane teme (naslov seminarja v slovenščini) in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo .<br /> * [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!<br /> * Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).<br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.<br /> * Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.<br /> * En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!<br /> Poslati morate naslednje datoteke:<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor.docx<br /> * TBK_2022_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -&gt; Shrani kot PDF), npr TBK_2022_Guncar_Gregor.pdf<br /> * TBK_2022_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2022_Guncar_Gregor_clanek.pdf<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://forms.office.com/r/8i5ma9ZvQZ recenzentsko poročilo] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://forms.office.com/r/LvF8vvL7mT mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Faktor vpliva==<br /> Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [https://plus.si.cobiss.net/opac7/jcr COBISS-u]. V polje &quot;Naslov revije&quot; vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. Če želite videti vse revije, enostavno v iskalno polje vpišite *. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;'''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). &lt;br&gt;'''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).&lt;br&gt;'''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Urša Lah