Wiki FKKT - User contributions [en]

Optimizacija fermentacijske proizvodnje PHA-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati

2021-04-18T14:58:53Z

Urban Hribar: /* Zaključek */

== Uvod ==

Polihidroksianoati (PHAs) so polimeri pridelani s pomočjo bakterij. Te uporabljajo PHAs in druge polimere kot metodo za shranjevanje energije in ogljika v obliki znotrajceličnih granul. PHAs se tako da uporabljati kot netoksično, biorazgradljivo plastiko in ima podobne mehanične ter termičnelastnosti kot plastika pridelana iz nafte. Če pa pridelava PHAs želi tekmovati s plastiko pridelano iz nafte mora imeti primerljive stroške proizvodnje. Okoli 45 % cene proizvodnje PHAs lahko predstavlja samo vir ogljika za bakterije. Tako se kot potencialne nove vire energije in ogljika za bioreaktorje preiskuje hidrolizate odpadnega papirja in odpadkov iz papirnic (PPMS - pulp and paper mill sludge). Članek raziskuje in skuša optimizirati proizvodnjo PHAs z uporabo Bacillus thuringiensis in hidrolizatom PPMS ter proizvodno povečati z uporabo cikličnega feed-batch sistema.[1], [2]

== Optimizacija fermentacije ==

Za fermentacijo so bile izbrane bakterije B. thuringiensis. Bakterijske vrste Bacillus naravno izražajo različne hidrolaze, ki tem bakterijam omogočajo metaboliziranje kompleksnih ostankov in lahko uporabljajo odpadne materiale kot vir ogljika. Kot vir energije in ogljika so izbrali hidrilozat PPMS. PPMS Je lignocelulozni odpadek papirne industrije, ki zaradi proizvodnje metana, neugodnih vonjav in drugih faktorjov predstavlja ekološki problem. Ker okoli 60 % PPMS sestavlja celuloza, bi hidrolizati lahko bili obetaven vir z glukozo bogatih virov ogljika za bioreaktorje. Vrsta B. thuringiensis, je že dokazano zmožna proizvajati PHBs (polihidroksibutirate) iz hidrolizatov kmetijskih odpadkov. Pri pripravi hidrolizata je bila najprej s kislo predobdelavo zmanjašana vsebnost pepela, nato pa je sledila hidroliza PPMS z -glukozidazo in celulazo. Hidrolizat ima visoko vsebnost glukoze, hkrati pa tudi sledi ksiluloze, manoze in nekaterih toksičnih substanc.[1], [3]

Pri optimizaciji fermentacije so spreminjali 4 faktorje. Vsebnost kvasnega ekstrakta, koncentracijo hidrolizata, čas inkubacije in pH fermentacijskega medija. Želeli so doseči čim večjo količino biomase in posledično večjo proizvodnjo PHAs. Kvasni ekstrakt v fermentacijskemu mediju predstavlja glavni vir dušika. Vsebuje velike količine peptidov, prostih aminokislin, ogljikovih hidratov, vitaminov in soli. Kvasni ekstrat zmanjša porabo vira ogljika in minimalizira nabiranje stranskih produktov, kar poskrbi za boljšo celično rast. Koncentracija hidrolizata je pomemben faktor pri optimizaciji fermentacije, saj hidroliza lignoceluloznih odpadkov poleg glukoze proizvede tudi tudi toksične stranske produkte (fenolne / aromatske spojine), ki lahko negativno vplivajo na proliferacijo celic. Uporaba 100 % hidrolizata zaradi prisotnosti toksičnih spojin vodi v nižjo koncentracijo celic. Z redčenjem hidrolizata lahko tako izboljšamo rast celic. K višji koncentraciji celic je vodil tudi daljši inkubacijski čas in pH okoli 7. Optimalna količina biomase je bila dosežena z uporabo 8,77 g/L kvasnega ekstrakta, 66,63 % hidrolizata, inkubacijskim časom 27,22 h in pH 7.18. [1]

Pri ciklični feed-batch fermentaciji (CFBF) se iz bioreaktorja periodično odstrani in doda nov medij. To omogoča bistveno večjo gostoto celic v bioreaktorju in višjo proizvodnjo želenega produkta. Pri klasični batch fermentaciji količina hranil in vira ogljika postane omejena, kar vpliva na nadalnjo rast celic, če pa rast celic pričnemo s preveliko količino substrata lahko pride do inhibicije s substratom. Pri CFBF z menjavo medija tudi preprečujemo nabiranje toksičnih stranskih produktov, kar nam omogoča delo z bistveno večjo količino biomase. Ko so testirali CFBF za proizvodnjo PHAs so izvedli 4 cikle po 29, 52, 65, in 72 h in po vsakem ciklu odstranili 20 % medija, ki so ga nadomestili s svežim medijem. Z vsakim novim ciklom so dosegli večjo količino biomase do četrtega cikla ko je ta nekoliko vpadla. V primerjavi z batch fermentacijo so z CFBF dosegli skoraj trikrat večjo količino biomase in štirikrat večjo koncentracija PHAs. [1]

== Termične in mehanske lastnosti polimerov ==

Po izolaciji PHAs polimerov proizvedenih z batch in CFBF so analizirali sestavo in lastnosti polimerov. Pri analizi so odkrili precejšne razlike med polimerov proizvedenih pri batch fermentaciji in posameznimi cikli CFBF. V ciklih 2,3,4 so opazili nasaščajoči delež polihidroksivalerata (HV) in naraščajočo prisotnost polihidroksiheksanoata (HHX). To je vplivalo tudi na mehanične in termične lastnosti polimera. Polimerom iz ciklov 2,3,4 narašča maksimalna degradacijska temperatura (Tmax). To je precej ugodna lastnost ker omogoča obdelavo plastike pri višji temperaturi. Z zaporednimi CFBF cikli je polimerom tudi padala talilna temperatura (Tm), kar je tudi zaželjena lastnost za veliko aplikacij saj omogoča termično obdelavo pri nižji temperaturi. Pomembna lastnost za mehanične lastnosti plastike je stopnja kristalizacije (Xc). Xc je s cikli 1-4 upadala od 57 % do 34 %. Nižja Xc je za plastiko ponavadi ugodna lastnost, saj visoka stopnja kristalizacije pomeni da je plastika bolj krhka in manj prožna. Lastnosti pridobljenih polimerov so primerne za različne aplikacije in pogosto bolj ugodne kot pri komercialno dostopnih PHB. [1]

== Zaključek ==

Z raziskavo so uspešno demonstrirali proizvodnjo PHAs z B. thuringiensis in uporabo hidrolizata PPMS kot vir ogljika. Uspešno so optimizirali pogoje fermentacije in z uporabo CFBF uspeli proizvodnjo PHAs bistveno povečati. Analiza proizvedenih polimerov je pokazala da zaporedni cikli CFBF proizvedejo polimere z različnimi termalnimi in mehaničnimi lastnostmi, ki so pogosto bolj ugodne kot lastnosti komercialno dostopnih polimerov.

== Viri ==

1. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Optimization of cultivation medium and cyclic fed-batch fermentation strategy for enhanced polyhydroxyalkanoate production by Bacillus thuringiensis using a glucose-rich hydrolyzate,” Bioresour. Bioprocess., vol. 8, no. 1, 2021.

2. A. Neelamegam, H. Al-Battashi, S. Al-Bahry, and S. Nallusamy, “Biorefinery production of poly-3-hydroxybutyrate using waste office paper hydrolysate as feedstock for microbial fermentation,” J. Biotechnol., vol. 265, no. September 2017, pp. 25–30, 2018.

3. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Pretreatment and enzymatic saccharification of sludge from a prehydrolysis kraft and kraft pulping mill,” J. Wood Chem. Technol., pp. 10–24, 2021.

Optimizacija fermentacijske proizvodnje PHA-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati

2021-04-18T14:58:15Z

Urban Hribar: /* Zaključek */

== Uvod ==

Polihidroksianoati (PHAs) so polimeri pridelani s pomočjo bakterij. Te uporabljajo PHAs in druge polimere kot metodo za shranjevanje energije in ogljika v obliki znotrajceličnih granul. PHAs se tako da uporabljati kot netoksično, biorazgradljivo plastiko in ima podobne mehanične ter termičnelastnosti kot plastika pridelana iz nafte. Če pa pridelava PHAs želi tekmovati s plastiko pridelano iz nafte mora imeti primerljive stroške proizvodnje. Okoli 45 % cene proizvodnje PHAs lahko predstavlja samo vir ogljika za bakterije. Tako se kot potencialne nove vire energije in ogljika za bioreaktorje preiskuje hidrolizate odpadnega papirja in odpadkov iz papirnic (PPMS - pulp and paper mill sludge). Članek raziskuje in skuša optimizirati proizvodnjo PHAs z uporabo Bacillus thuringiensis in hidrolizatom PPMS ter proizvodno povečati z uporabo cikličnega feed-batch sistema.[1], [2]

== Optimizacija fermentacije ==

Za fermentacijo so bile izbrane bakterije B. thuringiensis. Bakterijske vrste Bacillus naravno izražajo različne hidrolaze, ki tem bakterijam omogočajo metaboliziranje kompleksnih ostankov in lahko uporabljajo odpadne materiale kot vir ogljika. Kot vir energije in ogljika so izbrali hidrilozat PPMS. PPMS Je lignocelulozni odpadek papirne industrije, ki zaradi proizvodnje metana, neugodnih vonjav in drugih faktorjov predstavlja ekološki problem. Ker okoli 60 % PPMS sestavlja celuloza, bi hidrolizati lahko bili obetaven vir z glukozo bogatih virov ogljika za bioreaktorje. Vrsta B. thuringiensis, je že dokazano zmožna proizvajati PHBs (polihidroksibutirate) iz hidrolizatov kmetijskih odpadkov. Pri pripravi hidrolizata je bila najprej s kislo predobdelavo zmanjašana vsebnost pepela, nato pa je sledila hidroliza PPMS z -glukozidazo in celulazo. Hidrolizat ima visoko vsebnost glukoze, hkrati pa tudi sledi ksiluloze, manoze in nekaterih toksičnih substanc.[1], [3]

Pri optimizaciji fermentacije so spreminjali 4 faktorje. Vsebnost kvasnega ekstrakta, koncentracijo hidrolizata, čas inkubacije in pH fermentacijskega medija. Želeli so doseči čim večjo količino biomase in posledično večjo proizvodnjo PHAs. Kvasni ekstrakt v fermentacijskemu mediju predstavlja glavni vir dušika. Vsebuje velike količine peptidov, prostih aminokislin, ogljikovih hidratov, vitaminov in soli. Kvasni ekstrat zmanjša porabo vira ogljika in minimalizira nabiranje stranskih produktov, kar poskrbi za boljšo celično rast. Koncentracija hidrolizata je pomemben faktor pri optimizaciji fermentacije, saj hidroliza lignoceluloznih odpadkov poleg glukoze proizvede tudi tudi toksične stranske produkte (fenolne / aromatske spojine), ki lahko negativno vplivajo na proliferacijo celic. Uporaba 100 % hidrolizata zaradi prisotnosti toksičnih spojin vodi v nižjo koncentracijo celic. Z redčenjem hidrolizata lahko tako izboljšamo rast celic. K višji koncentraciji celic je vodil tudi daljši inkubacijski čas in pH okoli 7. Optimalna količina biomase je bila dosežena z uporabo 8,77 g/L kvasnega ekstrakta, 66,63 % hidrolizata, inkubacijskim časom 27,22 h in pH 7.18. [1]

Pri ciklični feed-batch fermentaciji (CFBF) se iz bioreaktorja periodično odstrani in doda nov medij. To omogoča bistveno večjo gostoto celic v bioreaktorju in višjo proizvodnjo želenega produkta. Pri klasični batch fermentaciji količina hranil in vira ogljika postane omejena, kar vpliva na nadalnjo rast celic, če pa rast celic pričnemo s preveliko količino substrata lahko pride do inhibicije s substratom. Pri CFBF z menjavo medija tudi preprečujemo nabiranje toksičnih stranskih produktov, kar nam omogoča delo z bistveno večjo količino biomase. Ko so testirali CFBF za proizvodnjo PHAs so izvedli 4 cikle po 29, 52, 65, in 72 h in po vsakem ciklu odstranili 20 % medija, ki so ga nadomestili s svežim medijem. Z vsakim novim ciklom so dosegli večjo količino biomase do četrtega cikla ko je ta nekoliko vpadla. V primerjavi z batch fermentacijo so z CFBF dosegli skoraj trikrat večjo količino biomase in štirikrat večjo koncentracija PHAs. [1]

== Termične in mehanske lastnosti polimerov ==

Po izolaciji PHAs polimerov proizvedenih z batch in CFBF so analizirali sestavo in lastnosti polimerov. Pri analizi so odkrili precejšne razlike med polimerov proizvedenih pri batch fermentaciji in posameznimi cikli CFBF. V ciklih 2,3,4 so opazili nasaščajoči delež polihidroksivalerata (HV) in naraščajočo prisotnost polihidroksiheksanoata (HHX). To je vplivalo tudi na mehanične in termične lastnosti polimera. Polimerom iz ciklov 2,3,4 narašča maksimalna degradacijska temperatura (Tmax). To je precej ugodna lastnost ker omogoča obdelavo plastike pri višji temperaturi. Z zaporednimi CFBF cikli je polimerom tudi padala talilna temperatura (Tm), kar je tudi zaželjena lastnost za veliko aplikacij saj omogoča termično obdelavo pri nižji temperaturi. Pomembna lastnost za mehanične lastnosti plastike je stopnja kristalizacije (Xc). Xc je s cikli 1-4 upadala od 57 % do 34 %. Nižja Xc je za plastiko ponavadi ugodna lastnost, saj visoka stopnja kristalizacije pomeni da je plastika bolj krhka in manj prožna. Lastnosti pridobljenih polimerov so primerne za različne aplikacije in pogosto bolj ugodne kot pri komercialno dostopnih PHB. [1]

== Zaključek ==

Z raziskavo so uspešno demonstrirali proizvodnjo PHAs z B. thuringiensis in uporabo hidrolizata PPMS kot vir ogljika. Uspešno so optimizirali pogoje fermentacije in z uporabo CFBF uspeli proizvodnjo PHAs bistveno povečani. Analiza proizvedenih polimerov je pokazala da zaporedni cikli CFBF proizvedejo polimere z različnimi termalnimi in mehaničnimi lastnostmi, ki so pogosto bolj ugodne kot lastnosti komercialno dostopnih polimerov.

== Viri ==

1. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Optimization of cultivation medium and cyclic fed-batch fermentation strategy for enhanced polyhydroxyalkanoate production by Bacillus thuringiensis using a glucose-rich hydrolyzate,” Bioresour. Bioprocess., vol. 8, no. 1, 2021.

2. A. Neelamegam, H. Al-Battashi, S. Al-Bahry, and S. Nallusamy, “Biorefinery production of poly-3-hydroxybutyrate using waste office paper hydrolysate as feedstock for microbial fermentation,” J. Biotechnol., vol. 265, no. September 2017, pp. 25–30, 2018.

3. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Pretreatment and enzymatic saccharification of sludge from a prehydrolysis kraft and kraft pulping mill,” J. Wood Chem. Technol., pp. 10–24, 2021.

Optimizacija fermentacijske proizvodnje PHA-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati

2021-04-18T14:57:52Z

Urban Hribar: /* Termične in mehanske lastnosti polimerov */

== Uvod ==

Polihidroksianoati (PHAs) so polimeri pridelani s pomočjo bakterij. Te uporabljajo PHAs in druge polimere kot metodo za shranjevanje energije in ogljika v obliki znotrajceličnih granul. PHAs se tako da uporabljati kot netoksično, biorazgradljivo plastiko in ima podobne mehanične ter termičnelastnosti kot plastika pridelana iz nafte. Če pa pridelava PHAs želi tekmovati s plastiko pridelano iz nafte mora imeti primerljive stroške proizvodnje. Okoli 45 % cene proizvodnje PHAs lahko predstavlja samo vir ogljika za bakterije. Tako se kot potencialne nove vire energije in ogljika za bioreaktorje preiskuje hidrolizate odpadnega papirja in odpadkov iz papirnic (PPMS - pulp and paper mill sludge). Članek raziskuje in skuša optimizirati proizvodnjo PHAs z uporabo Bacillus thuringiensis in hidrolizatom PPMS ter proizvodno povečati z uporabo cikličnega feed-batch sistema.[1], [2]

== Optimizacija fermentacije ==

Za fermentacijo so bile izbrane bakterije B. thuringiensis. Bakterijske vrste Bacillus naravno izražajo različne hidrolaze, ki tem bakterijam omogočajo metaboliziranje kompleksnih ostankov in lahko uporabljajo odpadne materiale kot vir ogljika. Kot vir energije in ogljika so izbrali hidrilozat PPMS. PPMS Je lignocelulozni odpadek papirne industrije, ki zaradi proizvodnje metana, neugodnih vonjav in drugih faktorjov predstavlja ekološki problem. Ker okoli 60 % PPMS sestavlja celuloza, bi hidrolizati lahko bili obetaven vir z glukozo bogatih virov ogljika za bioreaktorje. Vrsta B. thuringiensis, je že dokazano zmožna proizvajati PHBs (polihidroksibutirate) iz hidrolizatov kmetijskih odpadkov. Pri pripravi hidrolizata je bila najprej s kislo predobdelavo zmanjašana vsebnost pepela, nato pa je sledila hidroliza PPMS z -glukozidazo in celulazo. Hidrolizat ima visoko vsebnost glukoze, hkrati pa tudi sledi ksiluloze, manoze in nekaterih toksičnih substanc.[1], [3]

Pri optimizaciji fermentacije so spreminjali 4 faktorje. Vsebnost kvasnega ekstrakta, koncentracijo hidrolizata, čas inkubacije in pH fermentacijskega medija. Želeli so doseči čim večjo količino biomase in posledično večjo proizvodnjo PHAs. Kvasni ekstrakt v fermentacijskemu mediju predstavlja glavni vir dušika. Vsebuje velike količine peptidov, prostih aminokislin, ogljikovih hidratov, vitaminov in soli. Kvasni ekstrat zmanjša porabo vira ogljika in minimalizira nabiranje stranskih produktov, kar poskrbi za boljšo celično rast. Koncentracija hidrolizata je pomemben faktor pri optimizaciji fermentacije, saj hidroliza lignoceluloznih odpadkov poleg glukoze proizvede tudi tudi toksične stranske produkte (fenolne / aromatske spojine), ki lahko negativno vplivajo na proliferacijo celic. Uporaba 100 % hidrolizata zaradi prisotnosti toksičnih spojin vodi v nižjo koncentracijo celic. Z redčenjem hidrolizata lahko tako izboljšamo rast celic. K višji koncentraciji celic je vodil tudi daljši inkubacijski čas in pH okoli 7. Optimalna količina biomase je bila dosežena z uporabo 8,77 g/L kvasnega ekstrakta, 66,63 % hidrolizata, inkubacijskim časom 27,22 h in pH 7.18. [1]

Pri ciklični feed-batch fermentaciji (CFBF) se iz bioreaktorja periodično odstrani in doda nov medij. To omogoča bistveno večjo gostoto celic v bioreaktorju in višjo proizvodnjo želenega produkta. Pri klasični batch fermentaciji količina hranil in vira ogljika postane omejena, kar vpliva na nadalnjo rast celic, če pa rast celic pričnemo s preveliko količino substrata lahko pride do inhibicije s substratom. Pri CFBF z menjavo medija tudi preprečujemo nabiranje toksičnih stranskih produktov, kar nam omogoča delo z bistveno večjo količino biomase. Ko so testirali CFBF za proizvodnjo PHAs so izvedli 4 cikle po 29, 52, 65, in 72 h in po vsakem ciklu odstranili 20 % medija, ki so ga nadomestili s svežim medijem. Z vsakim novim ciklom so dosegli večjo količino biomase do četrtega cikla ko je ta nekoliko vpadla. V primerjavi z batch fermentacijo so z CFBF dosegli skoraj trikrat večjo količino biomase in štirikrat večjo koncentracija PHAs. [1]

== Termične in mehanske lastnosti polimerov ==

Po izolaciji PHAs polimerov proizvedenih z batch in CFBF so analizirali sestavo in lastnosti polimerov. Pri analizi so odkrili precejšne razlike med polimerov proizvedenih pri batch fermentaciji in posameznimi cikli CFBF. V ciklih 2,3,4 so opazili nasaščajoči delež polihidroksivalerata (HV) in naraščajočo prisotnost polihidroksiheksanoata (HHX). To je vplivalo tudi na mehanične in termične lastnosti polimera. Polimerom iz ciklov 2,3,4 narašča maksimalna degradacijska temperatura (Tmax). To je precej ugodna lastnost ker omogoča obdelavo plastike pri višji temperaturi. Z zaporednimi CFBF cikli je polimerom tudi padala talilna temperatura (Tm), kar je tudi zaželjena lastnost za veliko aplikacij saj omogoča termično obdelavo pri nižji temperaturi. Pomembna lastnost za mehanične lastnosti plastike je stopnja kristalizacije (Xc). Xc je s cikli 1-4 upadala od 57 % do 34 %. Nižja Xc je za plastiko ponavadi ugodna lastnost, saj visoka stopnja kristalizacije pomeni da je plastika bolj krhka in manj prožna. Lastnosti pridobljenih polimerov so primerne za različne aplikacije in pogosto bolj ugodne kot pri komercialno dostopnih PHB. [1]

== Zaključek ==

WIP

== Viri ==

1. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Optimization of cultivation medium and cyclic fed-batch fermentation strategy for enhanced polyhydroxyalkanoate production by Bacillus thuringiensis using a glucose-rich hydrolyzate,” Bioresour. Bioprocess., vol. 8, no. 1, 2021.

2. A. Neelamegam, H. Al-Battashi, S. Al-Bahry, and S. Nallusamy, “Biorefinery production of poly-3-hydroxybutyrate using waste office paper hydrolysate as feedstock for microbial fermentation,” J. Biotechnol., vol. 265, no. September 2017, pp. 25–30, 2018.

3. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Pretreatment and enzymatic saccharification of sludge from a prehydrolysis kraft and kraft pulping mill,” J. Wood Chem. Technol., pp. 10–24, 2021.

Optimizacija fermentacijske proizvodnje PHA-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati

2021-04-18T14:56:24Z

Urban Hribar: /* Optimizacija fermentacije */

== Uvod ==

Polihidroksianoati (PHAs) so polimeri pridelani s pomočjo bakterij. Te uporabljajo PHAs in druge polimere kot metodo za shranjevanje energije in ogljika v obliki znotrajceličnih granul. PHAs se tako da uporabljati kot netoksično, biorazgradljivo plastiko in ima podobne mehanične ter termičnelastnosti kot plastika pridelana iz nafte. Če pa pridelava PHAs želi tekmovati s plastiko pridelano iz nafte mora imeti primerljive stroške proizvodnje. Okoli 45 % cene proizvodnje PHAs lahko predstavlja samo vir ogljika za bakterije. Tako se kot potencialne nove vire energije in ogljika za bioreaktorje preiskuje hidrolizate odpadnega papirja in odpadkov iz papirnic (PPMS - pulp and paper mill sludge). Članek raziskuje in skuša optimizirati proizvodnjo PHAs z uporabo Bacillus thuringiensis in hidrolizatom PPMS ter proizvodno povečati z uporabo cikličnega feed-batch sistema.[1], [2]

== Optimizacija fermentacije ==

Za fermentacijo so bile izbrane bakterije B. thuringiensis. Bakterijske vrste Bacillus naravno izražajo različne hidrolaze, ki tem bakterijam omogočajo metaboliziranje kompleksnih ostankov in lahko uporabljajo odpadne materiale kot vir ogljika. Kot vir energije in ogljika so izbrali hidrilozat PPMS. PPMS Je lignocelulozni odpadek papirne industrije, ki zaradi proizvodnje metana, neugodnih vonjav in drugih faktorjov predstavlja ekološki problem. Ker okoli 60 % PPMS sestavlja celuloza, bi hidrolizati lahko bili obetaven vir z glukozo bogatih virov ogljika za bioreaktorje. Vrsta B. thuringiensis, je že dokazano zmožna proizvajati PHBs (polihidroksibutirate) iz hidrolizatov kmetijskih odpadkov. Pri pripravi hidrolizata je bila najprej s kislo predobdelavo zmanjašana vsebnost pepela, nato pa je sledila hidroliza PPMS z -glukozidazo in celulazo. Hidrolizat ima visoko vsebnost glukoze, hkrati pa tudi sledi ksiluloze, manoze in nekaterih toksičnih substanc.[1], [3]

Pri optimizaciji fermentacije so spreminjali 4 faktorje. Vsebnost kvasnega ekstrakta, koncentracijo hidrolizata, čas inkubacije in pH fermentacijskega medija. Želeli so doseči čim večjo količino biomase in posledično večjo proizvodnjo PHAs. Kvasni ekstrakt v fermentacijskemu mediju predstavlja glavni vir dušika. Vsebuje velike količine peptidov, prostih aminokislin, ogljikovih hidratov, vitaminov in soli. Kvasni ekstrat zmanjša porabo vira ogljika in minimalizira nabiranje stranskih produktov, kar poskrbi za boljšo celično rast. Koncentracija hidrolizata je pomemben faktor pri optimizaciji fermentacije, saj hidroliza lignoceluloznih odpadkov poleg glukoze proizvede tudi tudi toksične stranske produkte (fenolne / aromatske spojine), ki lahko negativno vplivajo na proliferacijo celic. Uporaba 100 % hidrolizata zaradi prisotnosti toksičnih spojin vodi v nižjo koncentracijo celic. Z redčenjem hidrolizata lahko tako izboljšamo rast celic. K višji koncentraciji celic je vodil tudi daljši inkubacijski čas in pH okoli 7. Optimalna količina biomase je bila dosežena z uporabo 8,77 g/L kvasnega ekstrakta, 66,63 % hidrolizata, inkubacijskim časom 27,22 h in pH 7.18. [1]

Pri ciklični feed-batch fermentaciji (CFBF) se iz bioreaktorja periodično odstrani in doda nov medij. To omogoča bistveno večjo gostoto celic v bioreaktorju in višjo proizvodnjo želenega produkta. Pri klasični batch fermentaciji količina hranil in vira ogljika postane omejena, kar vpliva na nadalnjo rast celic, če pa rast celic pričnemo s preveliko količino substrata lahko pride do inhibicije s substratom. Pri CFBF z menjavo medija tudi preprečujemo nabiranje toksičnih stranskih produktov, kar nam omogoča delo z bistveno večjo količino biomase. Ko so testirali CFBF za proizvodnjo PHAs so izvedli 4 cikle po 29, 52, 65, in 72 h in po vsakem ciklu odstranili 20 % medija, ki so ga nadomestili s svežim medijem. Z vsakim novim ciklom so dosegli večjo količino biomase do četrtega cikla ko je ta nekoliko vpadla. V primerjavi z batch fermentacijo so z CFBF dosegli skoraj trikrat večjo količino biomase in štirikrat večjo koncentracija PHAs. [1]

== Termične in mehanske lastnosti polimerov ==

WIP

== Zaključek ==

WIP

== Viri ==

1. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Optimization of cultivation medium and cyclic fed-batch fermentation strategy for enhanced polyhydroxyalkanoate production by Bacillus thuringiensis using a glucose-rich hydrolyzate,” Bioresour. Bioprocess., vol. 8, no. 1, 2021.

2. A. Neelamegam, H. Al-Battashi, S. Al-Bahry, and S. Nallusamy, “Biorefinery production of poly-3-hydroxybutyrate using waste office paper hydrolysate as feedstock for microbial fermentation,” J. Biotechnol., vol. 265, no. September 2017, pp. 25–30, 2018.

3. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Pretreatment and enzymatic saccharification of sludge from a prehydrolysis kraft and kraft pulping mill,” J. Wood Chem. Technol., pp. 10–24, 2021.

Optimizacija fermentacijske proizvodnje PHA-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati

2021-04-18T14:56:13Z

Urban Hribar: /* Optimizacija fermentacije */

== Uvod ==

Polihidroksianoati (PHAs) so polimeri pridelani s pomočjo bakterij. Te uporabljajo PHAs in druge polimere kot metodo za shranjevanje energije in ogljika v obliki znotrajceličnih granul. PHAs se tako da uporabljati kot netoksično, biorazgradljivo plastiko in ima podobne mehanične ter termičnelastnosti kot plastika pridelana iz nafte. Če pa pridelava PHAs želi tekmovati s plastiko pridelano iz nafte mora imeti primerljive stroške proizvodnje. Okoli 45 % cene proizvodnje PHAs lahko predstavlja samo vir ogljika za bakterije. Tako se kot potencialne nove vire energije in ogljika za bioreaktorje preiskuje hidrolizate odpadnega papirja in odpadkov iz papirnic (PPMS - pulp and paper mill sludge). Članek raziskuje in skuša optimizirati proizvodnjo PHAs z uporabo Bacillus thuringiensis in hidrolizatom PPMS ter proizvodno povečati z uporabo cikličnega feed-batch sistema.[1], [2]

== Optimizacija fermentacije ==

Za fermentacijo so bile izbrane bakterije B. thuringiensis. Bakterijske vrste Bacillus naravno izražajo različne hidrolaze, ki tem bakterijam omogočajo metaboliziranje kompleksnih ostankov in lahko uporabljajo odpadne materiale kot vir ogljika. Kot vir energije in ogljika so izbrali hidrilozat PPMS. PPMS Je lignocelulozni odpadek papirne industrije, ki zaradi proizvodnje metana, neugodnih vonjav in drugih faktorjov predstavlja ekološki problem. Ker okoli 60 % PPMS sestavlja celuloza, bi hidrolizati lahko bili obetaven vir z glukozo bogatih virov ogljika za bioreaktorje. Vrsta B. thuringiensis, je že dokazano zmožna proizvajati PHBs (polihidroksibutirate) iz hidrolizatov kmetijskih odpadkov. Pri pripravi hidrolizata je bila najprej s kislo predobdelavo zmanjašana vsebnost pepela, nato pa je sledila hidroliza PPMS z -glukozidazo in celulazo. Hidrolizat ima visoko vsebnost glukoze, hkrati pa tudi sledi ksiluloze, manoze in nekaterih toksičnih substanc.[1], [3]

Pri optimizaciji fermentacije so spreminjali 4 faktorje. Vsebnost kvasnega ekstrakta, koncentracijo hidrolizata, čas inkubacije in pH fermentacijskega medija. Želeli so doseči čim večjo količino biomase in posledično večjo proizvodnjo PHAs. Kvasni ekstrakt v fermentacijskemu mediju predstavlja glavni vir dušika. Vsebuje velike količine peptidov, prostih aminokislin, ogljikovih hidratov, vitaminov in soli. Kvasni ekstrat zmanjša porabo vira ogljika in minimalizira nabiranje stranskih produktov, kar poskrbi za boljšo celično rast. Koncentracija hidrolizata je pomemben faktor pri optimizaciji fermentacije, saj hidroliza lignoceluloznih odpadkov poleg glukoze proizvede tudi tudi toksične stranske produkte (fenolne / aromatske spojine), ki lahko negativno vplivajo na proliferacijo celic. Uporaba 100 % hidrolizata zaradi prisotnosti toksičnih spojin vodi v nižjo koncentracijo celic. Z redčenjem hidrolizata lahko tako izboljšamo rast celic. K višji koncentraciji celic je vodil tudi daljši inkubacijski čas in pH okoli 7. Optimalna količina biomase je bila dosežena z uporabo 8,77 g/L kvasnega ekstrakta, 66,63 % hidrolizata, inkubacijskim časom 27,22 h in pH 7.18. [1]

Pri ciklični feed-batch fermentaciji (CFBF) se iz bioreaktorja periodično odstrani in doda nov medij. To omogoča bistveno večjo gostoto celic v bioreaktorju in višjo proizvodnjo želenega produkta. Pri klasični batch fermentaciji količina hranil in vira ogljika postane omejena, kar vpliva na nadalnjo rast celic, če pa rast celic pričnemo s preveliko količino substrata lahko pride do inhibicije s substratom. Pri CFBF z menjavo medija tudi preprečujemo nabiranje toksičnih stranskih produktov, kar nam omogoča delo z bistveno večjo količino biomase. Ko so testirali CFBF za proizvodnjo PHAs so izvedli 4 cikle po 29, 52, 65, in 72 h in po vsakem ciklu odstranili 20 % medija, ki so ga nadomestili s svežim medijem. Z vsakim novim ciklom so dosegli večjo količino biomase do četrtega cikla ko je ta nekoliko vpadla. V primerjavi z batch fermentacijo so z CFBF dosegli skoraj trikrat večjo količino biomase in štirikrat večjo koncentracija PHAs. [1]

== Termične in mehanske lastnosti polimerov ==

WIP

== Zaključek ==

WIP

== Viri ==

1. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Optimization of cultivation medium and cyclic fed-batch fermentation strategy for enhanced polyhydroxyalkanoate production by Bacillus thuringiensis using a glucose-rich hydrolyzate,” Bioresour. Bioprocess., vol. 8, no. 1, 2021.

2. A. Neelamegam, H. Al-Battashi, S. Al-Bahry, and S. Nallusamy, “Biorefinery production of poly-3-hydroxybutyrate using waste office paper hydrolysate as feedstock for microbial fermentation,” J. Biotechnol., vol. 265, no. September 2017, pp. 25–30, 2018.

3. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Pretreatment and enzymatic saccharification of sludge from a prehydrolysis kraft and kraft pulping mill,” J. Wood Chem. Technol., pp. 10–24, 2021.

Optimizacija fermentacijske proizvodnje PHA-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati

2021-04-18T14:45:23Z

Urban Hribar: /* Uvod */

Optimizacija fermentacijske proizvodnje PHA-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati

2021-04-18T14:41:11Z

Urban Hribar: New page: == Uvod == WIP == Optimizacija fermentacije == WIP == Termične in mehanske lastnosti polimerov == WIP == Zaključek == WIP == Viri == 1. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permau...

== Uvod ==

WIP

== Optimizacija fermentacije ==

WIP

== Termične in mehanske lastnosti polimerov ==

WIP

== Zaključek ==

WIP

== Viri ==

1. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Optimization of cultivation medium and cyclic fed-batch fermentation strategy for enhanced polyhydroxyalkanoate production by Bacillus thuringiensis using a glucose-rich hydrolyzate,” Bioresour. Bioprocess., vol. 8, no. 1, 2021.

2. A. Neelamegam, H. Al-Battashi, S. Al-Bahry, and S. Nallusamy, “Biorefinery production of poly-3-hydroxybutyrate using waste office paper hydrolysate as feedstock for microbial fermentation,” J. Biotechnol., vol. 265, no. September 2017, pp. 25–30, 2018.

3. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Pretreatment and enzymatic saccharification of sludge from a prehydrolysis kraft and kraft pulping mill,” J. Wood Chem. Technol., pp. 10–24, 2021.

MBT seminarji 2021

2021-04-18T14:40:32Z

Urban Hribar:

Seminarji iz Molekularne biotehnologije so letos organizirani tako, da vsak študent (praviloma v paru, lahko pa tudi samostojno) obdela temo s področja cepiv proti virusu SARS-CoV-2 in o tem pripravi kratek poljudno napisan povzetek. Ta del seminarjev je predstavljen na [[protikovidna cepiva|ločeni strani]].
V drugem delu vsak študent predstavi nek raziskovalni dosežek s širšega področja molekularne biotehnologije. Seznam tem in predstavitev za študijsko leto 2020/21 je predstavljen tu.

Povzetke morate objaviti do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak (28.2.) 
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

----

Naslovi odobrenih člankov po temah:

'''Farmacevtsko pomembni proteini''' 
# Development of Antibody-Fragment-Producing Rice for Neutralization of Human Norovirus (A. Sasou ''et. al''; Frontiers in Plant Science 12, 2021; https://doi.org/10.3389/fpls.2021.639953). [[Proizvodnja riža za sintezo fragmentov protiteles proti humanemu norovirusu.]] Mateja Žvipelj (11.3.)
# A New Plant Expression System for Producing Pharmaceutical Proteins (N. Abd-Aziz ''et. al''; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://doi.org/10.1007/s12033-020-00242-2). [[Razvoj ekspresijskega sistema za proizvodnjo farmacevtskih proteinov v rastlini Mucuna bracteata]]. Jernej Imperl (18.3.)
# Development of a Recombinant Monospecific Anti-PLGF Bivalent Nanobody and Evaluation of it in Angiogenesis Modulation (A. Nikooharf "et all"; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://link.springer.com/article/10.1007/s12033-020-00275-7#additional-information) [[Razvoj rekombinantnih monospecifičnih bivalentnih nanoteles proti PLGF-u]]. Nika Zaveršek (18.3.)

'''Cepiva''' 
# Development of a DNA Vaccine for Melanoma Metastasis by Inhalation Based on an Analysis of Transgene Expression Characteristics of Naked pDNA and a Ternary Complex in Mouse Lung Tissues (Kodama ''et.al'';Pharmaceutics 12,2020; https://www.mdpi.com/1999-4923/12/6/540#framed_div_cited_count) [[ Razvoj DNA cepiva proti metastazam melanoma z vdihavanjem na podlagi analize značilnosti transgene ekspresije gole pDNA in trojni kompleks v mišjem pljučnem tkivu]]. Paula Horvat (25.3.) 
# An AMA1/MSP119 Adjuvanted Malaria Transplastomic Plant‑Based Vaccine Induces Immune Responses in Test Animals (Evelia M. Milán‑Noris ''et. al''; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://doi.org/10.1007/s12033-020-00271-x) [[V rastlinah proizvedeno transplastomsko antimalarijsko cepivo z AMA1/MSP119 in dodanim adjuvansom inducira imunski odziv v testnih živalih]]. Neža Pavko (25.3.) 

'''Gensko spremenjene rastline''' 
# A wheat cysteine-rich receptor-like kinase confers broad-spectrum resistance against Septoria tritici blotch (C. Saintenac ''et al.''; Nat. Commun. 12, 2021, https://doi.org/10.1038/s41467-020-20685-0). [[Receptorju podobna kinaza bogata s cisteini, pšenici daje odpornost proti širokemu spektru pegavosti Septoria tritici]]. Andrej Race (7.4.)
# RNAi silenced ζ-carotene desaturase developed variegated tomato transformants with increased phytoene content (M. A. Babu ''et. al''; Plant Growth Regul. 93, 2021; https://doi.org/10.1007/s10725-020-00678-1). [[Vpliv utišanja ζ-karoten desaturaze na vsebnost karotenoidov v gensko spremenjenih paradižnikih]]. Peter Škrinjar (7.4.)

'''Gensko spremenjene živali in celične linije''' 
# Engineering carotenoid production in mammalian cells for nutritionally enhanced cell-cultured foods (A. J. Stout "et. al"; Metabolic Engineering 62, 2020; https://doi.org/10.1016/j.ymben.2020.07.011). [[Razvoj proizvodnje karotenoidov v sesalskih celicah za prehransko izboljšano celično pridobljeno meso]]. Urša Lovše (8.4.)
# Efficient photoactivatable Dre recombinase for cell type-specific spatiotemporal control of genome engineering in the mouse (H. Li ''et. al''; Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 117(52), 2021; https://doi.org/10.1073/pnas.2003991117). [[Priprava fotoinducibilne rekombinaze Dre kot orodje za prostorsko in časovno odvisno urejanje genoma v specifičnih mišjih celicah.]] Matija Ruparčič (8.4.)

'''Nizkomolekularni biotehnološki produkti''' 
# Fermentative N-Methylanthranilate Production by Engineered ''Corynebacterium glutamicum''. (T. Walter ''et. al.''; Microorganisms 8(6), 2020; https://doi.org/10.3390/microorganisms8060866). [[Fermentativna proizvodnja N-metilantranilata z inženirsko spremenjeno Corynebacterium glutamicum]]. Saša Slabe (14.4.)
# Efficient Biosynthesis of Vanillin from Isoeugenol by Recombinant Isoeugenol Monooxygenase from ''Pseudomonas nitroreducens'' Jin1. (Wang Q, Wu X, Lu X, He Y, Ma B, Xu Y. Efficient Biosynthesis of Vanillin from Isoeugenol by Recombinant Isoeugenol Monooxygenase from Pseudomonas nitroreducens Jin1. Appl Biochem Biotechnol. 2021:1116-1128. doi:10.1007/s12010-020-03478-5). [[Učinkovita biosinteza vanilina iz izoevgenola z uporabo rekombinantne izoevgenol monooksigenaze Jin1 iz bakterije Pseudomonas nitroreducens]]. Luka Gnidovec (15.4.)
# One-pot production of butyl butyrate from glucose using a cognate “diamond-shaped” ''E. coli'' consortium (J. P. Sinumvayo "et. al"; Bioresources and Bioprocessing 8, 2021; https://bioresourcesbioprocessing.springeropen.com/articles/10.1186/s40643-021-00372-8#Sec9). [[Proizvodnja butil butirata iz glukoze z uporabo "diamantnega" konzorcija E. coli]] Liza Ulčakar (15.4.)

'''Biotehnološki polimeri''' 
# Biotechnologically produced fucosylated oligosaccharides inhibit the binding of human noroviruses to their natural receptors (S. M. Derya et al., “Biotechnologically produced fucosylated oligosaccharides inhibit the binding of human noroviruses to their natural receptors,” ''J. Biotechnol.'', vol. 318, no. April, pp. 31–38, 2020, doi: 10.1016/j.jbiotec.2020.05.001). [[Inhibicija vezave humanega norovirusa na naravni receptor z biotehnološko proizvedenimi fukoziliranimi oligosaharidi]] Anže Karlek (21.4.)
# Ana Maklin (22.4.)
# Optimization of cultivation medium and cyclic fed-batch fermentation strategy for enhanced polyhydroxyalkanoate production by Bacillus thuringiensis using a glucose-rich hydrolyzate (Singh et al. Bioresour. Bioprocess. (2021) 8:11, https://doi.org/10.1186/s40643-021-00361-x) [[Optimizacija fermentacijske proizvodnje PHA-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati]] Urban Hribar (22.4.)

'''Biotehnološko pridobljeni encimi''' 
# Urška Fajdiga (5.5.)
# Mirsad Mešić (6.5.)
# Martina Lokar (6.5.)

'''Metabolno inženirstvo v biotehnologiji''' 
# Jerneja Nimac (12.5.)
# Urška Pečarič Strnad (12.5.)
# Klementina Polanec (13.5.)
# Ernestina Lavrih (13.5.)

'''Biomasa in biogoriva''' 
# Željka Erić (19.5.)
# Karin Dobravc Škof (20.5.)
# Katja Doberšek (20.5.)

'''Okoljski vidiki biotehnologije in bioremediacija''' 
# Almina Tahirović (26.5.)
# Eva Keber (27.5.)
# Nina Lukančič (27.5.)

Optimizacija fermentacijske proizvodnje pha-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati

2021-04-18T09:08:54Z

Urban Hribar:

Optimizacija fermentacijske proizvodnje pha-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati

2021-04-18T09:07:46Z

Urban Hribar:

== UVOD ==

WIP

== OPTIMIZACIJA FERMENTACIJE ==

WIP

== TERMIČNE IN MEHANIČNE LASTNOSTI POLIMEROV ==

WIP

== ZAKLJUČEK ==

WIP

== VIRI ==

1. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Optimization of cultivation medium and cyclic fed-batch fermentation strategy for enhanced polyhydroxyalkanoate production by Bacillus thuringiensis using a glucose-rich hydrolyzate,” Bioresour. Bioprocess., vol. 8, no. 1, 2021.

2. A. Neelamegam, H. Al-Battashi, S. Al-Bahry, and S. Nallusamy, “Biorefinery production of poly-3-hydroxybutyrate using waste office paper hydrolysate as feedstock for microbial fermentation,” J. Biotechnol., vol. 265, no. September 2017, pp. 25–30, 2018.

3. S. Singh, B. Sithole, P. Lekha, K. Permaul, and R. Govinden, “Pretreatment and enzymatic saccharification of sludge from a prehydrolysis kraft and kraft pulping mill,” J. Wood Chem. Technol., pp. 10–24, 2021.

Optimizacija fermentacijske proizvodnje pha-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati

2021-04-18T09:04:49Z

Urban Hribar: New page: == UVOD == Butil butirat je ester maslene kisline in butanola. Široko je uporabljen kot dodatek v živilski in kozmetični industriji, kot topilo v proizvodnji plastike, vlaken in v proc...

== UVOD ==

Butil butirat je ester maslene kisline in butanola. Široko je uporabljen kot dodatek v živilski in kozmetični industriji, kot topilo v proizvodnji plastike, vlaken in v procesiranju naftnih produktov, ter kot dodatek k biogorivom [1, 2]. Konvencionalno se pridobiva s kemijsko ali encimsko esterifikacijo butirata in butanola. Ker so prekurzorji za esterifikacijo dragi, je vedno bolj zaželjen postopek proizvodnje s fermentacijo, pri kateri bi lahko uporabili nizkocenovne substrate, kot je na primer glukoza [2].

Ker je proizvodnja prekurzorjev butil butirata v enem samem bakterijskem sevu zelo neučinkovita, so v dotični raziskavi predlagali pripravo kokulture dveh sevov ''E. coli'', pri čemer bi en proizvajal butanol, drug pa butirat. Pretvorbo v butil butirat bi dosegli z dodatkom rekombinantne lipaze v gojišče. Seva naj bi imela skoraj identično genetsko ozadje in zato dokaj podobne optimalne pogoje rasti. V predhodni raziskavi so že pripravili ''E. coli'', sev EB243, ki je sposoben glukozo učinkovito pretvoriti v butanol. Ta sev so uporabili tudi v zgoraj omenjenem konzorciju, poleg tega so v raziskavi njega razvili nov sev, sposoben proizvodnje butirata [2, 3].

== PRIPRAVA SEVA ZA PROIZVODNJO BUTIRATA ==

Biosintezni poti butanola in butirata potekata enako do butiril-CoA, nato pa se razcepita. Butiril-CoA se nato v butanol pretvori preko butanala z delovanjem alkohol/aldehid dehidrogenaze (AdhE2). Za pripravo seva, ki bi proizvajal butirat, so raziskovalci torej uporabili sev EB243ΔadhE2 z izbitim genom ''adhE2'' [2].

V raziskavi so testirali več različnih encimov za pretvorbo butiril-CoA v butirat in za najbolj učinkovito se je izkazala tioesteraza iz organizma ''H. influenzae'' (''yciAh''), zato so delo nadaljevali s tem encimom. Da bi dosegli večjo stabilnost transgena in se znebili odvisnosti fermentacije od uporabe antibiotika, so zapis za tioesterazo prenesli na kromosom seva EB243, in sicer so ga vgradili v gen adhE2 in s tem dosegli hkratno izbitje tega gena. Da so to dosegli, so uporabili sistem CRISPR/Cas9 in na ta način so dobili sev EB243ΔadhE2::yciAh [2, 4].

== OPTIMIZACIJA PROIZVODNJE PREKURZORJEV – PREZRAČEVANJE ==

Sinteza butanola je najbolj učinkovita v anaerobnih pogojih, sinteza butirata pa v aerobnih pogojih, in sicer je bila pretvorba v butirat najugodnejša v primeru prezračevanja s hitrostjo 0,5 vvm. Ker v teh pogojih EB243 proizvede manj butanola, so testirali, kakšno razmerje vcepkov je potrebno, da bo proizvodnja butanola in butirata čim bliže razmerju 1:1 – za najbolj učinkovito se je izkazalo razmerje 1:4 (EB243ΔadhE2::yciAh : EB243) [2].

== SESTAVLJANJE CELOTNE POTI PRETVORBE GLUKOZE V BUTIL BUTIRAT ==

V raziskavi so zadnji korak v pretvorbi dosegli z dodajanjem eksogene rekombinantne lipaze iz organizma ''Candida'' sp. v gojišče. Ker poti sinteze prekurzorjev divergirata pri butiril-CoA in se nato spet združita v zadnjem koraku, so raziskovalci kokulturo poimenovali konzorcij “diamantne” oblike.

Kokulturo so gojili v bioreaktorju, in sicer so fermentacijo sprva izvajali pri pH 6 s prezračevanjem hitrosti 0,5 vvm, a izkazalo se je, da je izkoristek dokaj nizek, po končani fermentaciji pa sta v gojišču ostala tudi prekurzorja, in sicer je bilo butirata 7x več kot butanola. Slab izkoristek so torej pripisali nezadostni količini proizvedenega butanola, poleg tega naj bi na izkoristek reakcije esterifikacije vplivalo tudi disociacijsko stanje butirata. Esterifikacija naj bi bila najbolj učinkovita, ko je butirat v nedisociirani obliki, pri nizkem pH [5]. Problem gojenja pri nizkem pH pa je inhibicija celične rasti, zato so v nadaljevanju poskusili s proizvodnjo pri različnih vrednosti pH. Tako so našli kompromis med proizvodnjo in celično rastjo, in sicer je bil to pH 5,8 [2].

Razmerje vcepkov 1:4, ki se je izkazalo za najboljše za gojenje v epruvetah, ni bilo zadovoljivo za proizvodnjo v fermentorju. Zato so razmerje spremenili na 1:8, pri katerem so celice rasle hitreje, kar se je odrazilo tudi v večji količini butil butirata, ne pa tudi v višjem izkoristku. Raziskovalci so zato predlagali izvedbo fermentacije v dveh stopnjah, pri čemer bi v prvi stopnji kokulturo dobro prezračevali (0,5 vvm), kar bi spodbujalo rast obeh sevov in produkcijo butirata. V drugi stopnji bi nato prezračevanje znižali (0,1 vvm), torej bi gojenje potekalo v mikroaerofilnih pogoji, kar bi spodbujalo produkcijo butanola. To metodo so preizkusili in izkazalo se je, da je bil izkoristek najboljši (0,12 g/g glukoze) v primeru 36-urnega aerobnega in nato 72-urnega mikroaerofilnega gojenja [2].

== ZAKLJUČEK ==

V raziskavi so razvili postopek za proizvodnjo butil butirata v enem fermentorju, pri čemer so za proizvodnjo prekurzorjev uporabili konzorcij dveh sevov ''E. coli''. Z optimizacijo prezračevanja, pH in razmerja med vcepkoma so dosegli do sedaj največji titer in izkoristek (7,1 g/L in 0,12 g/g) proizvodnje butil butirata v ''E. coli''.

== VIRI ==

1. M. Sjöblom, P. Risberg, A. Filippova, O. G. W. Öhrman, U. Rova, P. Christakopoulos: In Situ Biocatalytic Synthesis of Butyl Butyrate in Diesel and Engine Evaluations. ChemCatChem 2017, 9(24), str. 4529–4537.

2. J. P. Sinumvayo, C. Zhao, G. Liu, Y. Li, Y. Zhang: One-pot production of butyl butyrate from glucose using a cognate “diamond-shaped” E. coli consortium. Bioresour. Bioprocess. 2021, 8(1), str. 18.

3. H. Dong, C. Zhao, T. Zhang, H. Zhu, Z. Lin, W. Tao, Y. Zhang, Y. Li: A systematically chromosomally engineered Escherichia coli efficiently produces butanol. Metab. Eng. 2017, 44, str. 284–292.

4. Y. Jiang, B. Chen, C. Duan, B. Sun, J. Yang, S. Yang: Multigene editing in the Escherichia coli genome via the CRISPR-Cas9 system. Appl. Environ. Microbiol. 2015, 81(7), str. 2506–2514.

5. Z.-T. Zhang, S. Taylor, Y. Wang: In situ esterification and extractive fermentation for butyl butyrate production with Clostridium tyrobutyricum. Biotechnol. Bioeng. 2017, 114(7), str. 1428–1437.

MBT seminarji 2021

2021-04-18T09:03:24Z

Urban Hribar:

Seminarji iz Molekularne biotehnologije so letos organizirani tako, da vsak študent (praviloma v paru, lahko pa tudi samostojno) obdela temo s področja cepiv proti virusu SARS-CoV-2 in o tem pripravi kratek poljudno napisan povzetek. Ta del seminarjev je predstavljen na [[protikovidna cepiva|ločeni strani]].
V drugem delu vsak študent predstavi nek raziskovalni dosežek s širšega področja molekularne biotehnologije. Seznam tem in predstavitev za študijsko leto 2020/21 je predstavljen tu.

Povzetke morate objaviti do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak (28.2.) 
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

----

Naslovi odobrenih člankov po temah:

'''Farmacevtsko pomembni proteini''' 
# Development of Antibody-Fragment-Producing Rice for Neutralization of Human Norovirus (A. Sasou ''et. al''; Frontiers in Plant Science 12, 2021; https://doi.org/10.3389/fpls.2021.639953). [[Proizvodnja riža za sintezo fragmentov protiteles proti humanemu norovirusu.]] Mateja Žvipelj (11.3.)
# A New Plant Expression System for Producing Pharmaceutical Proteins (N. Abd-Aziz ''et. al''; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://doi.org/10.1007/s12033-020-00242-2). [[Razvoj ekspresijskega sistema za proizvodnjo farmacevtskih proteinov v rastlini Mucuna bracteata]]. Jernej Imperl (18.3.)
# Development of a Recombinant Monospecific Anti-PLGF Bivalent Nanobody and Evaluation of it in Angiogenesis Modulation (A. Nikooharf "et all"; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://link.springer.com/article/10.1007/s12033-020-00275-7#additional-information) [[Razvoj rekombinantnih monospecifičnih bivalentnih nanoteles proti PLGF-u]]. Nika Zaveršek (18.3.)

'''Cepiva''' 
# Development of a DNA Vaccine for Melanoma Metastasis by Inhalation Based on an Analysis of Transgene Expression Characteristics of Naked pDNA and a Ternary Complex in Mouse Lung Tissues (Kodama ''et.al'';Pharmaceutics 12,2020; https://www.mdpi.com/1999-4923/12/6/540#framed_div_cited_count) [[ Razvoj DNA cepiva proti metastazam melanoma z vdihavanjem na podlagi analize značilnosti transgene ekspresije gole pDNA in trojni kompleks v mišjem pljučnem tkivu]]. Paula Horvat (25.3.) 
# An AMA1/MSP119 Adjuvanted Malaria Transplastomic Plant‑Based Vaccine Induces Immune Responses in Test Animals (Evelia M. Milán‑Noris ''et. al''; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://doi.org/10.1007/s12033-020-00271-x) [[V rastlinah proizvedeno transplastomsko antimalarijsko cepivo z AMA1/MSP119 in dodanim adjuvansom inducira imunski odziv v testnih živalih]]. Neža Pavko (25.3.) 

'''Gensko spremenjene rastline''' 
# A wheat cysteine-rich receptor-like kinase confers broad-spectrum resistance against Septoria tritici blotch (C. Saintenac ''et al.''; Nat. Commun. 12, 2021, https://doi.org/10.1038/s41467-020-20685-0). [[Receptorju podobna kinaza bogata s cisteini, pšenici daje odpornost proti širokemu spektru pegavosti Septoria tritici]]. Andrej Race (7.4.)
# RNAi silenced ζ-carotene desaturase developed variegated tomato transformants with increased phytoene content (M. A. Babu ''et. al''; Plant Growth Regul. 93, 2021; https://doi.org/10.1007/s10725-020-00678-1). [[Vpliv utišanja ζ-karoten desaturaze na vsebnost karotenoidov v gensko spremenjenih paradižnikih]]. Peter Škrinjar (7.4.)

'''Gensko spremenjene živali in celične linije''' 
# Engineering carotenoid production in mammalian cells for nutritionally enhanced cell-cultured foods (A. J. Stout "et. al"; Metabolic Engineering 62, 2020; https://doi.org/10.1016/j.ymben.2020.07.011). [[Razvoj proizvodnje karotenoidov v sesalskih celicah za prehransko izboljšano celično pridobljeno meso]]. Urša Lovše (8.4.)
# Efficient photoactivatable Dre recombinase for cell type-specific spatiotemporal control of genome engineering in the mouse (H. Li ''et. al''; Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 117(52), 2021; https://doi.org/10.1073/pnas.2003991117). [[Priprava fotoinducibilne rekombinaze Dre kot orodje za prostorsko in časovno odvisno urejanje genoma v specifičnih mišjih celicah.]] Matija Ruparčič (8.4.)

'''Nizkomolekularni biotehnološki produkti''' 
# Fermentative N-Methylanthranilate Production by Engineered ''Corynebacterium glutamicum''. (T. Walter ''et. al.''; Microorganisms 8(6), 2020; https://doi.org/10.3390/microorganisms8060866). [[Fermentativna proizvodnja N-metilantranilata z inženirsko spremenjeno Corynebacterium glutamicum]]. Saša Slabe (14.4.)
# Efficient Biosynthesis of Vanillin from Isoeugenol by Recombinant Isoeugenol Monooxygenase from ''Pseudomonas nitroreducens'' Jin1. (Wang Q, Wu X, Lu X, He Y, Ma B, Xu Y. Efficient Biosynthesis of Vanillin from Isoeugenol by Recombinant Isoeugenol Monooxygenase from Pseudomonas nitroreducens Jin1. Appl Biochem Biotechnol. 2021:1116-1128. doi:10.1007/s12010-020-03478-5). [[Učinkovita biosinteza vanilina iz izoevgenola z uporabo rekombinantne izoevgenol monooksigenaze Jin1 iz bakterije Pseudomonas nitroreducens]]. Luka Gnidovec (15.4.)
# One-pot production of butyl butyrate from glucose using a cognate “diamond-shaped” ''E. coli'' consortium (J. P. Sinumvayo "et. al"; Bioresources and Bioprocessing 8, 2021; https://bioresourcesbioprocessing.springeropen.com/articles/10.1186/s40643-021-00372-8#Sec9). [[Proizvodnja butil butirata iz glukoze z uporabo "diamantnega" konzorcija E. coli]] Liza Ulčakar (15.4.)

'''Biotehnološki polimeri''' 
# Biotechnologically produced fucosylated oligosaccharides inhibit the binding of human noroviruses to their natural receptors (S. M. Derya et al., “Biotechnologically produced fucosylated oligosaccharides inhibit the binding of human noroviruses to their natural receptors,” ''J. Biotechnol.'', vol. 318, no. April, pp. 31–38, 2020, doi: 10.1016/j.jbiotec.2020.05.001). [[Inhibicija vezave humanega norovirusa na naravni receptor z biotehnološko proizvedenimi fukoziliranimi oligosaharidi]] Anže Karlek (21.4.)
# Ana Maklin (22.4.)
# Optimization of cultivation medium and cyclic fed-batch fermentation strategy for enhanced polyhydroxyalkanoate production by Bacillus thuringiensis using a glucose-rich hydrolyzate (Singh et al. Bioresour. Bioprocess. (2021) 8:11, https://doi.org/10.1186/s40643-021-00361-x) [[Optimizacija fermentacijske proizvodnje pha-bioplastike z b. thuringiensis in z glukozo bogatimi hidrolizati]] Urban Hribar (22.4.)

'''Biotehnološko pridobljeni encimi''' 
# Urška Fajdiga (5.5.)
# Mirsad Mešić (6.5.)
# Martina Lokar (6.5.)

'''Metabolno inženirstvo v biotehnologiji''' 
# Jerneja Nimac (12.5.)
# Urška Pečarič Strnad (12.5.)
# Klementina Polanec (13.5.)
# Ernestina Lavrih (13.5.)

'''Biomasa in biogoriva''' 
# Željka Erić (19.5.)
# Karin Dobravc Škof (20.5.)
# Katja Doberšek (20.5.)

'''Okoljski vidiki biotehnologije in bioremediacija''' 
# Almina Tahirović (26.5.)
# Eva Keber (27.5.)
# Nina Lukančič (27.5.)

BNT-seminar

2021-03-11T21:23:01Z

Urban Hribar:

= Bionanotehnologija 2021- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Vpisna številka'''
30170005 
30019058 
30200303 
30019363 
30019057 
30170131 
30170078 
30019040 
30170177 
30200324 
30019063 
30170103 
30170002 
30200319 
30200309 
30200320 
30019056 
30200311 
30200306 
30170243 
30019051 
30170141 
30170061 
30019035 
30200316 
30170222 
30200317 
30170193 
30200315 

| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
16.3.2021 
16.3.2021 
23.3.2021 
23.3.2021 
30.3.2021 
6.4.2021 
6.4.2021 
6.4.2021 
13.4.2021 
13.4.2021 
20.4.2021 
4.5.2021 
4.5.2021 
23.3.2021 
20.4.2020 
6.4.2021 
4.5.2021 
11.5.2021 
18.5.2021 
4.5.2021 
11.5.2021 
11.5.2021 
4.5.2021 
11.5.2021 
18.5.2021 
30.3.2021 
13.4.2021 
11.5.2021 
13.4.2021 
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent1'''
Anamarija Agnič 
Aljaž Bratina 
Urban Hribar 
Sabina Sladič Oblak 
Barbara Slapnik 
Tina Kolenc Milavec 
Klementina Polanec 
Ajda Godec 
Martin Špendl 
Tjaša Mlakar 
Sara Laznik 
Martina Lokar 
Doroteja Armič 
Martin Špendl 
Saša Slabe 
Mateja Žvipelj 
Špela Supej 
Urška Fajdiga 
Ernestina Lavrih 
Nika Mikulič Vernik 
Liza Ulčakar 
Urša Štrancar 
Tadej Medved 
Urška Zagorc 
Nina Lukančič 
Urška Pečarič Strnad 
Anže Karlek 
Luka Gnidovec 
Urša Lovše 
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent2'''
Urška Pečarič Strnad 
Urška Zagorc 
Liza Ulčakar 
Urša Štrancar 
Sara Laznik 
Luka Gnidovec 
Irma Zeljković 
Eva Keber 
Jernej Imperl 
Barbara Slapnik 
Urša Lovše 
Mateja Žvipelj 
Neža Pavko 
Almina Tahirović 
Nika Mikulič Vernik 
Urška Fajdiga 
Saša Slabe 
Klementina Polanec 
Tjaša Mlakar 
Ajda Godec 
Jernej Imperl 
Špela Supej 
Aljaž Bratina 
Nina Lukančič 
Matija Ruparčič 
Anže Karlek 
Sabina S. Oblak 
Urban Hribar 
Mirsad Mešić 
|-

==Naloga==
Pripravite projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt, ki pa mora biti takšen, da pritegne investitorje. Ker je pomembno tudi kako boste to naredili, morate predstaviti tudi metodo in ne samo ideje. Natančno morate vedeti, kako boste projekt izvedli.

Predlagana struktura teksta:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Elektronska verzija seminarja: avtor, naslov projekta, razširjeni povzetek projekta- 350-400 besed (brez literature) in grafični povzetek (čez približno pol strani). Vse naj bo na maksimalno dveh straneh, a ne sme vsebovati manj kot 350 besed (sem se ne šteje literatura).
* Elektronsko verzijo seminarja oddajte en dan pred predstavitvijo, kasneje pa boste vsebino še prekopirali na za to določeno spletno stran, predstavitev pa eno uro pred seminarjem na [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ strežnik].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo XY minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenta morate predlagati vsaj eno izboljšavo predstavljenega projekta.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem modelu:
* 20_nano_Priimek.doc za seminar, npr. 20_nano_Craik_Venter.doc
* 20_nano_Priimek.ppt za prezentacijo, npr. 20_nano_Craik_Venter.ppt

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

MBT seminarji 2021

2021-03-10T17:17:29Z

Urban Hribar:

Interakcija SARS-CoV-2 s tarčno celico

2021-03-09T19:16:23Z

Urban Hribar:

Virusni delec SARS-CoV-2 je sestavljen iz večih komponent. Genetski zapis nosi nukleinska kislina RNA, ki znotraj gostiteljske celice omogoča nastanek novih virusnih delcev. Poleg RNA, virusni delec sestavljajo tudi lipidna membrana, enaka tistim na gostiteljskih celicah, in 4 vrste strukturnih proteinov. Eden izmed teh je spike protein ki, zasidran v virusno membrano, izstopa iz virusa in mu omogoča interakcijo z tarčnimi celicami.

Pri okužbi z SARS-CoV-2 se na površini tarčnih celic virusni spike protein veže na protein ACE2. Encimi tarčne celice (proteaze) cepijo spike protein na določenem mestu, kar omogoči njegovo aktivacijo. Aktivacija spike proteina nato povzroči, da se virusna membrana zlije s celično membrano, v notranjost celice pa se sprosti virusna RNA. V notranjosti celice se začne podvojevati virusna RNA, virusni proteini se sintetizirajo. Aktivacija spike proteina poteka na dva različna načina. Bolj pogosti način poteka neposredno na celični mebrani, kjer spike protein, poleg drugih proteaz, cepi predvsem proteaza TMPRSS2. Drugi način aktvacije poteka po postopku endocitoze. Pri omenjenem postopku celica "pogoltne" virusni delec. Pri tem ga obda lipidni ovoj, ki virusni delec ločuje od notranjosti celice. Znotraj strukture imenovane lizosom, celica skuša razgraditi virusni delec s pomočjo lizosomskih proteaz. Ena izmed teh proteaz je katepsin L, ki cepi spike protein in ga s tem aktivira. To povzroči zlivanje membran in omogoči virusni RNA vstop v notranjost celice.

Razumevanje mehanizma vzstopa virusa v celico nam razkrije potencialne strategije za razvoj protivirusnih zdravil. Širjenje okužbe v telesu bi lahko zaustavili z inhibicijo proteaz, ki omogočajo aktivacijo spike proteina ter vstop virusne RNA v notranjost celice. Pri tem moramo upoštevati oba mehanizma aktivacije spike proteina ter dejstvo, da je pri različnih celicah bolj pogost različen mehanizem.

Interakcija SARS-CoV-2 s tarčno celico

2021-03-09T16:48:16Z

Urban Hribar: New page: WIP

WIP

Protikovidna cepiva

2021-03-09T16:47:59Z

Urban Hribar:

študentski seminar pri predmetu Molekularna biotehnologija 2020/21 
Univerza v Ljubljani, Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo 
Magistrski študij Biokemija 

Seminar pripravljajo študentje 1. in 2. letnika magistrskega študija. Kratki povzetki morajo biti napisani na taki ravni zahtevnosti, da so razumljivi širši javnosti. Predstavitve seminarjev (6 oz. 12 minut) imajo splošen uvod in strokovno nadaljevanje. Vsebina temelji na javno dostopnih podatkih v času priprave seminarja. Po zadnji seminarski predstavitvi bomo predvidoma izdali zbornih povzetkov, ki bo vključeval tudi slikovne razlage. Poleg tega seminarja morajo študentje pripraviti tudi daljšo predstavitev teme iz znanstvene literature.

Razpored predstavitev:

# Molekularnobiološke značilnosti SARS-CoV-2 in aktualni mutanti (južnoafriški, britanski, nigerijski,...) - 11.3. (12 min) 
# [[Interakcija SARS-CoV-2 s tarčno celico]] - 11.3. (6 min) 
# Značilnosti cepiva proizvajalca Moderna (mRNA) - 18.3. (12 min) 
# Rezultati kliničnih testiranj cepiva proizvajalca Moderna (mRNA) - 18.3.(6 min) 
# Značilnosti cepiva proizvajalca AstraZeneca / Oxford University (ChAdOx1) - 25.3. (12 min) 
# Rezultati kliničnih testiranj proizvajalca AstraZeneca / Oxford University (ChAdOx1) - 25.3. 
# Značilnosti cepiva proizvajalca Pfizer / BioNTech (mRNA) - 1.4. 
# Rezultati kliničnih testiranj cepiva proizvajalca Pfizer / BioNTech (mRNA) - 1.4. 
# Značilnosti cepiva proizvajalca Johnson&Johnson / Jennsen (Ad26) - 8.4. 
# Opuščena cepiva: Merck (IAVI, Themix), Imperial College London, Univ. of Queensland - 8.4. 
# Značilnosti cepiva Sputnik V (Gamaleya) (Ad26, Ad5) - 15.4. 
# Značilnosti cepiva CanSino (Ad5) - 15.4. 
# Značilnosti cepiv Sinopharm in Sinovac (inaktivirano) - 22.4. 
# Značilnosti cepiva Bharat Biotech (inaktivirano) - 22.4. 
# Značilnosti cepiva Novavax (proteinsko) - 6.5. 
# Značilnosti cepiva Vector Institute (proteinsko) - 6.5. 
# Značilnosti cepiva EpiVacCorona (peptidno) - 13.5. 
# Značilnosti cepiva Zyadus Cadilla (DNA) - 13.5. 
# Značilnosti cepiva COVAXX / UBI (peptidno) - 20.5.

Komunikacija na osnovi DNA v populacijah sinteticnih protocelic

2020-05-02T15:59:24Z

Urban Hribar:

Izvorni članek: Joesaar, A., Yang, S., Bögels, B. et al. DNA-based communication in populations of synthetic protocells. Nat. Nanotechnol. 14, 369–378 (2019). https://doi.org/10.1038/s41565-019-0399-9

== UVOD ==

V sintezni biologiji se sistemi za molekularno komunikacijo med celicami že dolgo časa razvijajo, saj so kritični za razvoj kakršnihkoli večceličnih sistemov. Do zdaj so se v sintezni biologiji predvsem razvijali sistemi za komunikacijo med živimi celicami z malimi molekulami, enako kot to poteka v naravi. Razvilo se je že mnogo različnih sistemov za kompleksno, večsmerno in usklajeno komunikacijo, imajo pa žive celice za razvoj komunikacijskih sistemov tudi precejšne težave. Zaradi izjemne kompleksnosti živih celic se pri razvoju kompleksnih vezij sinteznih genov lahko hitro pojavijo interakcije in tekmovanje z drugimi celičnimi komponentami. Razvoj bolj kompleksnih sistemov komunikacije bi tako morda bil bistveno lažje izvedljiv v bistveno bolj enostavnih sintetičnih protocelicah, kjer imamo bistveno boljši nadzor nad celotnim sistemom.

== PROTOCELICE ==

Do zdaj se sistemov za komunikacijo med neživimi protocelicami ni precej razvijalo. Namen je bil razviti sistem za komunikacijo med protocelicami, ki bi se ga dalo dobro programirati in bi enostavno razširiti. Tako so razvili sistem BIO-PC (Biomolecular implementation of protocelular communication). Sistem deluje za protocelice na osnovi proteinosomov, proteinskih mikrokapsul, ki so prepustne za kratke ssDNA molekule (krajše od 100 baz). Te proteinosomi vsebujejo internalizirana molekularna vezja, ki se lahko odzivajo na in oddajajo signale v obliki ssDNA. Uporabljena DNA vezja delujejo na podlagi toehold-mediiranega izpodriva veriga, ki deluje brez aktivnosti kakršnegakoli encima (DNA strand displasement reactions - DSD). DSD sistemi so zelo predvidljivi, nam omogočajo visoko stopnjo programiranja in se ga da zelo rahko razširiti.

== DELOVANJE BIO-PC SISTEMA ==

DSD sistemi so bili že predhodno razviti in imajo mnogo potencialnih aplikacij. Sistem deluje popolnoma na osnovi molekul DNA in za delovanje ne potrebuje nobenih encimov. V sistemu imamo vsaj 3 verige ssDNA, matično verigo na katero je hibridizirana ali delno hibridizirana output veriga ssDNA (lahko tudi več verig), tretja input veriga se prilega matični verigi in ob njenem dodatku izpodrine prvotno hibridizirano output verigo. Obstajajo sicer še drugačne izpeljave DSD sistemov a to je sistem, ki je bil uporabljen za BIO-PC. Izpodrinjena veriga lahko nato deluje kot signalna veriga za nadalnje DSD reakcije. Z uporabo večih zaporednih DSD sistemov lahko tako ustvarimo raznovrstna logična vezja ali vzpostavimo večsmerno komunikacijo. Ta genetska vezja se ujame v proteinosomske nanodelce, tako da se matično ssDNA vezano na streptavidin lokalizira znotraj proteinosoma. Kratke ssDNA molekule membrano proteinosoma lahko prehajajo in tako omogočajo komunikacijo med nanodelci oziroma protocelicami. Lokalizacija molekularnih vezij nam da mnoge prednosti, saj zaščiti internalizirano DNA pred razgradnjo in tako omogoči delovanje BIO-PC vezij tudi znotraj bolj fiziološko relevantnih sistemov. Enkapsulacija v nanodelce sicer pomeni, da je hitrost signaliziranja odvisna od hitrosti prehajanja signalnih verig skozi membrano proteinosoma. Zaradi visokih lokalnih koncentracij DNA dejansko pride do bistveno hitrejših reakcij in tako delovanje vezja poteka v rangu minut namesto ur. Enkapsulacija v proteinosome ima tudi prednost, da lahko tak sistem lažje razširimo, saj do interakcij pride le pri input in output verigah in nas le tam rabi skrbeti glede ortagonalnosti ter zmanjša možnosti za neželjene hibridizacije. Še večji nadzor nad potjo rekcije pa bi lahko dosegli z koenkapsulacijo večih molekularnih vrat v isti nanodelec.

== KASKADNA AMPLIFIKACIJA SIGNALA ==

S pomočjo BIO-PC tehnologije so uspeli ustvariti več funkcij, kot so kaskadna amplifikacija, dvosmerna komunikacija in logične operacije. Amplifikacijo signala s kaskadami pogosto najdemo v živih velicah in večceličnih organizmih. V primeru BIO-PC so kaskadno amplifikacijo dosegli s pomočjo dveh različnih populacij protocelic, ki so bili nanešeni na trap array z naključno porazdelitvijo. Popoulaciji celic sta bili nanešeni v enakem razmerju. Ko dodamo input verigo ta izpodrine output verigo v popolaciji protocelic 1. Skupaj z izpodrinjeno verigo se odstrani tudi dušilec flourescence in rekcijo v celicah populacije 1 tako lahko spremljamo s povečano stopnjo flourescence barvila Cyp5. Output veriga populacije 1 pa sproži izpodriv output verige v populaciji 2, ki jo lahko preko podobnega mehanizma spremljamo s povečano flurescenco barvila Alexa546. Do amplifikacije signala pride kljub temu, da v populaciji 1 ena imput veriga sproži sprostitev le ene output verige. Ta se zgodi zato ker za populacijo 2 dodamo gorilne (fuel) verigo ki po sproženi reakciji znova izpodrine signalno verigo (output verigo populacije 1), tako da lahko ta veriga aktivira druge protocelice znotraj populacije 2. Z dodatkom gorilne verige tako močno povečamo odziv celic v populaciji 2. Med flourescenco ob reakciji v populaciji 1 in populaciji 2, se kot pričakovano opazi časovni zamik. Ta zamik je daljši če uporabimo protocelice, kot če bi uporabili mešanico v raztopini, ker more output veriga populacije 1 difundirati čez ovoj nanodelcev. Zamik med populacijama 1 in 2 bi tako lahko spreminjali, s spreminjanje permiabilnostnih lastnosti ovoja nanodelca. Kot demonstracijo, da se da sistem še nadalnje razširiti so podoben eksperiment izvedli s tremi različnimi populacijami protocelic. Pri temu eksperimentu output veriga populacije 1 vodi v izpodriv output verige v populacije 2 in ta v izpodriv verige v populaciji 3. Rezultati tega eksperimenta so ustrezali pričakovanjem in odstranitev populacije 2 je onemogočila izpodriv output verige v populaciji 3.

== OBOJESMERNA KOMUNUKACIJA MED PROTOCELICAMI ==

Poleg enosmerne komunikacije je med živimi celicami pogosto kritična obojesmerna komunikacija, ki vključuje oboje pozitivne in negativne regulatorne interakcije. V primeru BIO-PC so ustvarili negativno povratno zanko med dvema populacijama protocelic. Pri populaciji 1 dodana input veriga izpodrine output verigo, ki povzroči izpodrinjenje output verige v populaciji 2. Output veriga populacije 2 pa deluje kot ortagonalni inhibitor za input verigo ki sproži reakcijo v populaciji 1 in prepreči aktivacijo nadalnjih protocelic znotraj populacije 1. Po dodatku input verige tako pride do aktivacije populacije 1, zakasnjene aktivacije populacije 2, temu pa sledi vzporedna deaktivacija populacije 1. Učinkovitost negativne povratne zanke je bila dokazana s tem, da če odstranimo populacijo 2 protocelice v populaciji 1 ostanejo aktivne. Hkrati če populacijama ne dodamo input verige, ki aktivira populacijo 1, ne pride do aktivacije populacije 2, razen minimalne stopnje puščanja.

== IZDELAVA LOGOČNIH VEZIJ ==

Zaradi svoje ortagonalnosti so DSD vezja zelo primerna za opravljanje kompleksnejših logičnih operacij. Različne komponente se da tudi prostorsko ločiti ločiti, kar bi nam omogočilo sestaviti naprave zmožne bolj kompleksnega procesiranja in detekcije signalov. Na osnovi DSD reakcij so predhodno razvili več različnih logičnih vrat, ki bi se jih dalo uporabiti v BIO-PC sistemih. Kot primer implementacije logičnih vezij z BIO-PC sistemom so bila sestavljena enostavna logična vezja iz treh različnih populacij protocelic. Dve od teh populacij so bili enostavni transducerji, tretja populacija pa so bila AND ali OR vrata. Transducerski populaciji aktivirajo dodane input verige, pri AND in OR vratih pa pride do izpodrina verige, ob prisotnosti ene oziroma obeh output verig transducerskih populacij. Ti sistemi so se odzvali glede na dva različna inputa in predvideno delovanje so eksperimentalno potrdili. Poleg tega so izdelali tudi enostavno logično vezje, ki se odziva na tri različne inpute iz 2 populacij protocelic. Ena od teh populacij je dolovala kot AND vrata in drug kot OR vrata. Tudi to logično vezje je delovalo kot pričakovano, kar nakazuje da bi se lahko izdelalo bolj kompleksne sisteme s povezovanjem večih logičnih vrat.

== ZAKLJUČEK ==

BIO-PC tehnologija nam potencialno omogoča sestavljanje zelo kompleksnih logičnih vezij, ki bi se odzvala na biološko relavantne kratke RNA (npr. miRNA) ali ssDNA molekule. Enkapsulacija molekularnih vezij v proteinosome nam razširitev na večja logična vezja še olajša saj nas za nezaželjene hibridizacije rabi skrbeti le pri output in input ssDNA molekulami. Še večji nadzor nad signalno potjo pa bi nam lahko omogočila koenkapsulacija različnih molekularnih vrat. Membrane proteinosomov nam tudi dajejo še dodaten nadzor nad časovnim potekom signalizacije, saj lahko z manipuliranjem lastnosti membrane proteinosoma nadziramo hitrost difuzije output in input verig. Proteinosomska memrana molekularna vrata tudi ščitijo pred razgradnjo, kar omogoča delovanje takih sistemov v biološko bolj relevantnih okoljih. BIO-PC sistemi bi lahko omogočili kompleksno procesiranje informacij in imajo morebiten potencial v diagnostiki ter terapsvtskih aplikacijah. Očitne takojšne aplikacije te tehnologije pa na žalost trenutno še niso vidne.

==VIRI==

[1] Joesaar, A., Yang, S., Bögels, B. et al. DNA-based communication in populations of synthetic protocells. Nat. Nanotechnol. 14, 369–378 (2019). https://doi.org/10.1038/s41565-019-0399-9

[2] Zhang, D., Seelig, G. Dynamic DNA nanotechnology using strand-displacement reactions. Nature Chem 3, 103–113 (2011). https://doi.org/10.1038/nchem.957

Komunikacija na osnovi DNA v populacijah sinteticnih protocelic

2020-05-02T15:59:01Z

Urban Hribar:

Izvorni članek: Joesaar, A., Yang, S., Bögels, B. et al. DNA-based communication in populations of synthetic protocells. Nat. Nanotechnol. 14, 369–378 (2019). https://doi.org/10.1038/s41565-019-0399-9

== UVOD ==

V sintezni biologiji se sistemi za molekularno komunikacijo med celicami že dolgo časa razvijajo, saj so kritični za razvoj kakršnihkoli večceličnih sistemov. Do zdaj so se v sintezni biologiji predvsem razvijali sistemi za komunikacijo med živimi celicami z malimi molekulami, enako kot to poteka v naravi. Razvilo se je že mnogo različnih sistemov za kompleksno, večsmerno in usklajeno komunikacijo, imajo pa žive celice za razvoj komunikacijskih sistemov tudi precejšne težave. Zaradi izjemne kompleksnosti živih celic se pri razvoju kompleksnih vezij sinteznih genov lahko hitro pojavijo interakcije in tekmovanje z drugimi celičnimi komponentami. Razvoj bolj kompleksnih sistemov komunikacije bi tako morda bil bistveno lažje izvedljiv v bistveno bolj enostavnih sintetičnih protocelicah, kjer imamo bistveno boljši nadzor nad celotnim sistemom.

== PROTOCELICE ==

Do zdaj se sistemov za komunikacijo med neživimi protocelicami ni precej razvijalo. Namen je bil razviti sistem za komunikacijo med protocelicami, ki bi se ga dalo dobro programirati in bi enostavno razširiti. Tako so razvili sistem BIO-PC (Biomolecular implementation of protocelular communication). Sistem deluje za protocelice na osnovi proteinosomov, proteinskih mikrokapsul, ki so prepustne za kratke ssDNA molekule (krajše od 100 baz). Te proteinosomi vsebujejo internalizirana molekularna vezja, ki se lahko odzivajo na in oddajajo signale v obliki ssDNA. Uporabljena DNA vezja delujejo na podlagi toehold-mediiranega izpodriva veriga, ki deluje brez aktivnosti kakršnegakoli encima (DNA strand displasement reactions - DSD). DSD sistemi so zelo predvidljivi, nam omogočajo visoko stopnjo programiranja in se ga da zelo rahko razširiti.

== DELOVANJE BIO-PC SISTEMA ==

DSD sistemi so bili že predhodno razviti in imajo mnogo potencialnih aplikacij. Sistem deluje popolnoma na osnovi molekul DNA in za delovanje ne potrebuje nobenih encimov. V sistemu imamo vsaj 3 verige ssDNA, matično verigo na katero je hibridizirana ali delno hibridizirana output veriga ssDNA (lahko tudi več verig), tretja input veriga se prilega matični verigi in ob njenem dodatku izpodrine prvotno hibridizirano output verigo. Obstajajo sicer še drugačne izpeljave DSD sistemov a to je sistem, ki je bil uporabljen za BIO-PC. Izpodrinjena veriga lahko nato deluje kot signalna veriga za nadalnje DSD reakcije. Z uporabo večih zaporednih DSD sistemov lahko tako ustvarimo raznovrstna logična vezja ali vzpostavimo večsmerno komunikacijo. Ta genetska vezja se ujame v proteinosomske nanodelce, tako da se matično ssDNA vezano na streptavidin lokalizira znotraj proteinosoma. Kratke ssDNA molekule membrano proteinosoma lahko prehajajo in tako omogočajo komunikacijo med nanodelci oziroma protocelicami. Lokalizacija molekularnih vezij nam da mnoge prednosti, saj zaščiti internalizirano DNA pred razgradnjo in tako omogoči delovanje BIO-PC vezij tudi znotraj bolj fiziološko relevantnih sistemov. Enkapsulacija v nanodelce sicer pomeni, da je hitrost signaliziranja odvisna od hitrosti prehajanja signalnih verig skozi membrano proteinosoma. Zaradi visokih lokalnih koncentracij DNA dejansko pride do bistveno hitrejših reakcij in tako delovanje vezja poteka v rangu minut namesto ur. Enkapsulacija v proteinosome ima tudi prednost, da lahko tak sistem lažje razširimo, saj do interakcij pride le pri input in output verigah in nas le tam rabi skrbeti glede ortagonalnosti ter zmanjša možnosti za neželjene hibridizacije. Še večji nadzor nad potjo rekcije pa bi lahko dosegli z koenkapsulacijo večih molekularnih vrat v isti nanodelec.

== KASKADNA AMPLIFIKACIJA SIGNALA ==

S pomočjo BIO-PC tehnologije so uspeli ustvariti več funkcij, kot so kaskadna amplifikacija, dvosmerna komunikacija in logične operacije. Amplifikacijo signala s kaskadami pogosto najdemo v živih velicah in večceličnih organizmih. V primeru BIO-PC so kaskadno amplifikacijo dosegli s pomočjo dveh različnih populacij protocelic, ki so bili nanešeni na trap array z naključno porazdelitvijo. Popoulaciji celic sta bili nanešeni v enakem razmerju. Ko dodamo input verigo ta izpodrine output verigo v popolaciji protocelic 1. Skupaj z izpodrinjeno verigo se odstrani tudi dušilec flourescence in rekcijo v celicah populacije 1 tako lahko spremljamo s povečano stopnjo flourescence barvila Cyp5. Output veriga populacije 1 pa sproži izpodriv output verige v populaciji 2, ki jo lahko preko podobnega mehanizma spremljamo s povečano flurescenco barvila Alexa546. Do amplifikacije signala pride kljub temu, da v populaciji 1 ena imput veriga sproži sprostitev le ene output verige. Ta se zgodi zato ker za populacijo 2 dodamo gorilne (fuel) verigo ki po sproženi reakciji znova izpodrine signalno verigo (output verigo populacije 1), tako da lahko ta veriga aktivira druge protocelice znotraj populacije 2. Z dodatkom gorilne verige tako močno povečamo odziv celic v populaciji 2. Med flourescenco ob reakciji v populaciji 1 in populaciji 2, se kot pričakovano opazi časovni zamik. Ta zamik je daljši če uporabimo protocelice, kot če bi uporabili mešanico v raztopini, ker more output veriga populacije 1 difundirati čez ovoj nanodelcev. Zamik med populacijama 1 in 2 bi tako lahko spreminjali, s spreminjanje permiabilnostnih lastnosti ovoja nanodelca. Kot demonstracijo, da se da sistem še nadalnje razširiti so podoben eksperiment izvedli s tremi različnimi populacijami protocelic. Pri temu eksperimentu output veriga populacije 1 vodi v izpodriv output verige v populacije 2 in ta v izpodriv verige v populaciji 3. Rezultati tega eksperimenta so ustrezali pričakovanjem in odstranitev populacije 2 je onemogočila izpodriv output verige v populaciji 3.

== OBOJESMERNA KOMUNUKACIJA MED PROTOCELICAMI ==

Poleg enosmerne komunikacije je med živimi celicami pogosto kritična obojesmerna komunikacija, ki vključuje oboje pozitivne in negativne regulatorne interakcije. V primeru BIO-PC so ustvarili negativno povratno zanko med dvema populacijama protocelic. Pri populaciji 1 dodana input veriga izpodrine output verigo, ki povzroči izpodrinjenje output verige v populaciji 2. Output veriga populacije 2 pa deluje kot ortagonalni inhibitor za input verigo ki sproži reakcijo v populaciji 1 in prepreči aktivacijo nadalnjih protocelic znotraj populacije 1. Po dodatku input verige tako pride do aktivacije populacije 1, zakasnjene aktivacije populacije 2, temu pa sledi vzporedna deaktivacija populacije 1. Učinkovitost negativne povratne zanke je bila dokazana s tem, da če odstranimo populacijo 2 protocelice v populaciji 1 ostanejo aktivne. Hkrati če populacijama ne dodamo input verige, ki aktivira populacijo 1, ne pride do aktivacije populacije 2, razen minimalne stopnje puščanja.

== IZDELAVA LOGOČNIH VEZIJ ==

Zaradi svoje ortagonalnosti so DSD vezja zelo primerna za opravljanje kompleksnejših logičnih operacij. Različne komponente se da tudi prostorsko ločiti ločiti, kar bi nam omogočilo sestaviti naprave zmožne bolj kompleksnega procesiranja in detekcije signalov. Na osnovi DSD reakcij so predhodno razvili več različnih logičnih vrat, ki bi se jih dalo uporabiti v BIO-PC sistemih. Kot primer implementacije logičnih vezij z BIO-PC sistemom so bila sestavljena enostavna logična vezja iz treh različnih populacij protocelic. Dve od teh populacij so bili enostavni transducerji, tretja populacija pa so bila AND ali OR vrata. Transducerski populaciji aktivirajo dodane input verige, pri AND in OR vratih pa pride do izpodrina verige, ob prisotnosti ene oziroma obeh output verig transducerskih populacij. Ti sistemi so se odzvali glede na dva različna inputa in predvideno delovanje so eksperimentalno potrdili. Poleg tega so izdelali tudi enostavno logično vezje, ki se odziva na tri različne inpute iz 2 populacij protocelic. Ena od teh populacij je dolovala kot AND vrata in drug kot OR vrata. Tudi to logično vezje je delovalo kot pričakovano, kar nakazuje da bi se lahko izdelalo bolj kompleksne sisteme s povezovanjem večih logičnih vrat.

== ZAKLJUČEK ==

BIO-PC tehnologija nam potencialno omogoča sestavljanje zelo kompleksnih logičnih vezij, ki bi se odzvala na biološko relavantne kratke RNA (npr. miRNA) ali ssDNA molekule. Enkapsulacija molekularnih vezij v proteinosome nam razširitev na večja logična vezja še olajša saj nas za nezaželjene hibridizacije rabi skrbeti le pri output in input ssDNA molekulami. Še večji nadzor nad signalno potjo pa bi nam lahko omogočila koenkapsulacija različnih molekularnih vrat. Membrane proteinosomov nam tudi dajejo še dodaten nadzor nad časovnim potekom signalizacije, saj lahko z manipuliranjem lastnosti membrane proteinosoma nadziramo hitrost difuzije output in input verig. Proteinosomska memrana molekularna vrata tudi ščitijo pred razgradnjo, kar omogoča delovanje takih sistemov v biološko bolj relevantnih okoljih. BIO-PC sistemi bi lahko omogočili kompleksno procesiranje informacij in imajo morebiten potencial v diagnostiki ter terapsvtskih aplikacijah. Očitne takojšne aplikacije te tehnologije pa na žalost trenutno še niso vidne.

==VIRI==

[1] Joesaar, A., Yang, S., Bögels, B. et al. DNA-based communication in populations of synthetic protocells. Nat. Nanotechnol. 14, 369–378 (2019). https://doi.org/10.1038/s41565-019-0399-9
[2] Zhang, D., Seelig, G. Dynamic DNA nanotechnology using strand-displacement reactions. Nature Chem 3, 103–113 (2011). https://doi.org/10.1038/nchem.957

Komunikacija na osnovi DNA v populacijah sinteticnih protocelic

2020-05-02T15:57:07Z

Urban Hribar:

Komunikacija na osnovi DNA v populacijah sinteticnih protocelic

2020-05-02T15:56:02Z

Urban Hribar: New page: Izvorni članek: Joesaar, A., Yang, S., Bögels, B. et al. DNA-based communication in populations of synthetic protocells. Nat. Nanotechnol. 14, 369–378 (2019). https://doi.org/10.1038/s...

Izvorni članek: Joesaar, A., Yang, S., Bögels, B. et al. DNA-based communication in populations of synthetic protocells. Nat. Nanotechnol. 14, 369–378 (2019). https://doi.org/10.1038/s41565-019-0399-9

== UVOD ==

V sintezni biologiji se sistemi za molekularno komunikacijo med celicami že dolgo časa razvijajo, saj so kritični za razvoj kakršnihkoli večceličnih sistemov. Do zdaj so se v sintezni biologiji predvsem razvijali sistemi za komunikacijo med živimi celicami z malimi molekulami, enako kot to poteka v naravi. Razvilo se je že mnogo različnih sistemov za kompleksno, večsmerno in usklajeno komunikacijo, imajo pa žive celice za razvoj komunikacijskih sistemov tudi precejšne težave. Zaradi izjemne kompleksnosti živih celic se pri razvoju kompleksnih vezij sinteznih genov lahko hitro pojavijo interakcije in tekmovanje z drugimi celičnimi komponentami. Razvoj bolj kompleksnih sistemov komunikacije bi tako morda bil bistveno lažje izvedljiv v bistveno bolj enostavnih sintetičnih protocelicah, kjer imamo bistveno boljši nadzor nad celotnim sistemom.

== PROTOCELICE ==

Do zdaj se sistemov za komunikacijo med neživimi protocelicami ni precej razvijalo. Namen je bil razviti sistem za komunikacijo med protocelicami, ki bi se ga dalo dobro programirati in bi enostavno razširiti. Tako so razvili sistem BIO-PC (Biomolecular implementation of protocelular communication). Sistem deluje za protocelice na osnovi proteinosomov, proteinskih mikrokapsul, ki so prepustne za kratke ssDNA molekule (krajše od 100 baz). Te proteinosomi vsebujejo internalizirana molekularna vezja, ki se lahko odzivajo na in oddajajo signale v obliki ssDNA. Uporabljena DNA vezja delujejo na podlagi toehold-mediiranega izpodriva veriga, ki deluje brez aktivnosti kakršnegakoli encima (DNA strand displasement reactions - DSD). DSD sistemi so zelo predvidljivi, nam omogočajo visoko stopnjo programiranja in se ga da zelo rahko razširiti.

== DELOVANJE BIO-PC SISTEMA ==

DSD sistemi so bili že predhodno razviti in imajo mnogo potencialnih aplikacij. Sistem deluje popolnoma na osnovi molekul DNA in za delovanje ne potrebuje nobenih encimov. V sistemu imamo vsaj 3 verige ssDNA, matično verigo na katero je hibridizirana ali delno hibridizirana output veriga ssDNA (lahko tudi več verig), tretja input veriga se prilega matični verigi in ob njenem dodatku izpodrine prvotno hibridizirano output verigo. Obstajajo sicer še drugačne izpeljave DSD sistemov a to je sistem, ki je bil uporabljen za BIO-PC. Izpodrinjena veriga lahko nato deluje kot signalna veriga za nadalnje DSD reakcije. Z uporabo večih zaporednih DSD sistemov lahko tako ustvarimo raznovrstna logična vezja ali vzpostavimo večsmerno komunikacijo. Ta genetska vezja se ujame v proteinosomske nanodelce, tako da se matično ssDNA vezano na streptavidin lokalizira znotraj proteinosoma. Kratke ssDNA molekule membrano proteinosoma lahko prehajajo in tako omogočajo komunikacijo med nanodelci oziroma protocelicami. Lokalizacija molekularnih vezij nam da mnoge prednosti, saj zaščiti internalizirano DNA pred razgradnjo in tako omogoči delovanje BIO-PC vezij tudi znotraj bolj fiziološko relevantnih sistemov. Enkapsulacija v nanodelce sicer pomeni, da je hitrost signaliziranja odvisna od hitrosti prehajanja signalnih verig skozi membrano proteinosoma. Zaradi visokih lokalnih koncentracij DNA dejansko pride do bistveno hitrejših reakcij in tako delovanje vezja poteka v rangu minut namesto ur. Enkapsulacija v proteinosome ima tudi prednost, da lahko tak sistem lažje razširimo, saj do interakcij pride le pri input in output verigah in nas le tam rabi skrbeti glede ortagonalnosti ter zmanjša možnosti za neželjene hibridizacije. Še večji nadzor nad potjo rekcije pa bi lahko dosegli z koenkapsulacijo večih molekularnih vrat v isti nanodelec.

=== KASKADNA AMPLIFIKACIJA SIGNALA ===

S pomočjo BIO-PC tehnologije so uspeli ustvariti več funkcij, kot so kaskadna amplifikacija, dvosmerna komunikacija in logične operacije. Amplifikacijo signala s kaskadami pogosto najdemo v živih velicah in večceličnih organizmih. V primeru BIO-PC so kaskadno amplifikacijo dosegli s pomočjo dveh različnih populacij protocelic, ki so bili nanešeni na trap array z naključno porazdelitvijo. Popoulaciji celic sta bili nanešeni v enakem razmerju. Ko dodamo input verigo ta izpodrine output verigo v popolaciji protocelic 1. Skupaj z izpodrinjeno verigo se odstrani tudi dušilec flourescence in rekcijo v celicah populacije 1 tako lahko spremljamo s povečano stopnjo flourescence barvila Cyp5. Output veriga populacije 1 pa sproži izpodriv output verige v populaciji 2, ki jo lahko preko podobnega mehanizma spremljamo s povečano flurescenco barvila Alexa546. Do amplifikacije signala pride kljub temu, da v populaciji 1 ena imput veriga sproži sprostitev le ene output verige. Ta se zgodi zato ker za populacijo 2 dodamo gorilne (fuel) verigo ki po sproženi reakciji znova izpodrine signalno verigo (output verigo populacije 1), tako da lahko ta veriga aktivira druge protocelice znotraj populacije 2. Z dodatkom gorilne verige tako močno povečamo odziv celic v populaciji 2. Med flourescenco ob reakciji v populaciji 1 in populaciji 2, se kot pričakovano opazi časovni zamik. Ta zamik je daljši če uporabimo protocelice, kot če bi uporabili mešanico v raztopini, ker more output veriga populacije 1 difundirati čez ovoj nanodelcev. Zamik med populacijama 1 in 2 bi tako lahko spreminjali, s spreminjanje permiabilnostnih lastnosti ovoja nanodelca. Kot demonstracijo, da se da sistem še nadalnje razširiti so podoben eksperiment izvedli s tremi različnimi populacijami protocelic. Pri temu eksperimentu output veriga populacije 1 vodi v izpodriv output verige v populacije 2 in ta v izpodriv verige v populaciji 3. Rezultati tega eksperimenta so ustrezali pričakovanjem in odstranitev populacije 2 je onemogočila izpodriv output verige v populaciji 3.

=== OBOJESMERNA KOMUNUKACIJA MED PROTOCELICAMI ===

Poleg enosmerne komunikacije je med živimi celicami pogosto kritična obojesmerna komunikacija, ki vključuje oboje pozitivne in negativne regulatorne interakcije. V primeru BIO-PC so ustvarili negativno povratno zanko med dvema populacijama protocelic. Pri populaciji 1 dodana input veriga izpodrine output verigo, ki povzroči izpodrinjenje output verige v populaciji 2. Output veriga populacije 2 pa deluje kot ortagonalni inhibitor za input verigo ki sproži reakcijo v populaciji 1 in prepreči aktivacijo nadalnjih protocelic znotraj populacije 1. Po dodatku input verige tako pride do aktivacije populacije 1, zakasnjene aktivacije populacije 2, temu pa sledi vzporedna deaktivacija populacije 1. Učinkovitost negativne povratne zanke je bila dokazana s tem, da če odstranimo populacijo 2 protocelice v populaciji 1 ostanejo aktivne. Hkrati če populacijama ne dodamo input verige, ki aktivira populacijo 1, ne pride do aktivacije populacije 2, razen minimalne stopnje puščanja.

=== IZDELAVA LOGOČNIH VEZIJ ===

Zaradi svoje ortagonalnosti so DSD vezja zelo primerna za opravljanje kompleksnejših logičnih operacij. Različne komponente se da tudi prostorsko ločiti ločiti, kar bi nam omogočilo sestaviti naprave zmožne bolj kompleksnega procesiranja in detekcije signalov. Na osnovi DSD reakcij so predhodno razvili več različnih logičnih vrat, ki bi se jih dalo uporabiti v BIO-PC sistemih. Kot primer implementacije logičnih vezij z BIO-PC sistemom so bila sestavljena enostavna logična vezja iz treh različnih populacij protocelic. Dve od teh populacij so bili enostavni transducerji, tretja populacija pa so bila AND ali OR vrata. Transducerski populaciji aktivirajo dodane input verige, pri AND in OR vratih pa pride do izpodrina verige, ob prisotnosti ene oziroma obeh output verig transducerskih populacij. Ti sistemi so se odzvali glede na dva različna inputa in predvideno delovanje so eksperimentalno potrdili. Poleg tega so izdelali tudi enostavno logično vezje, ki se odziva na tri različne inpute iz 2 populacij protocelic. Ena od teh populacij je dolovala kot AND vrata in drug kot OR vrata. Tudi to logično vezje je delovalo kot pričakovano, kar nakazuje da bi se lahko izdelalo bolj kompleksne sisteme s povezovanjem večih logičnih vrat.

=== ZAKLJUČEK ===

BIO-PC tehnologija nam potencialno omogoča sestavljanje zelo kompleksnih logičnih vezij, ki bi se odzvala na biološko relavantne kratke RNA (npr. miRNA) ali ssDNA molekule. Enkapsulacija molekularnih vezij v proteinosome nam razširitev na večja logična vezja še olajša saj nas za nezaželjene hibridizacije rabi skrbeti le pri output in input ssDNA molekulami. Še večji nadzor nad signalno potjo pa bi nam lahko omogočila koenkapsulacija različnih molekularnih vrat. Membrane proteinosomov nam tudi dajejo še dodaten nadzor nad časovnim potekom signalizacije, saj lahko z manipuliranjem lastnosti membrane proteinosoma nadziramo hitrost difuzije output in input verig. Proteinosomska memrana molekularna vrata tudi ščitijo pred razgradnjo, kar omogoča delovanje takih sistemov v biološko bolj relevantnih okoljih. BIO-PC sistemi bi lahko omogočili kompleksno procesiranje informacij in imajo morebiten potencial v diagnostiki ter terapsvtskih aplikacijah. Očitne takojšne aplikacije te tehnologije pa na žalost trenutno še niso vidne.

Seminarji SB 2019/20

2020-05-02T15:44:13Z

Urban Hribar:

V študijskem letu 2019/20 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

Primer: 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MoClo:_modularni_klonirni_sistem_za_standardizirano_sestavljanje_ve%C4%8Dgenskih_konstruktov MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov] (Valentina Levak)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 
Primer: 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Phactory:_proizvodnja_bakteriofagov_za_precizno_zdravljenje Phactory: proizvodnja bakteriofagov za precizno zdravljenje] (Rok Miklavčič)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

----

Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu so možni največ 4 seminarji; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar):

15.4. 
1 [[Robustno večcelično računanje z uporabo gensko kodiranih vrat NE-ALI in kemičnih 'žic']] (Tanja Zupan) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETEXE_-_sistem_za_filtracijo_mikroplastike_v_pralnih_strojih PETEXE - sistem za filtracijo mikroplastike v pralnih strojih]
(Lana Vogrinec) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Magi.Coli:_sinteza_psilocibina_s_pomo%C4%8Djo_E.coli Magi.Coli: sinteza psilocibina s pomočjo ''E.coli''] (Luka Lavrič) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SONOBE_-_proteinski_sistem_za_agregacijo_mikroplastike SONOBE - proteinski sistem za agregacijo mikroplastike] (Vesna Podgrajšek) 

21.4. 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_real_MVP:_ekspresijski_sistem_za_pripravo_modularnih_virusom_podobnih_delcev The real MVP: ekspresijski sistem za pripravo modularnih virusom podobnih delcev] (Žiga Vičič) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_%C5%A1inorina%2C_naravne_za%C5%A1%C4%8Dite_pred_soncem%2C_z_uporabo_cianobakterije Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije] (Tina Turel) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije Prenos informacije med bakterijami v sesalskem črevesju z uporabo sistema zaznavanja gostote populacije] (Anže Jenko) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BI%28OIL%29OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi BI(OIL)OGICAL FACTORY - sistem za proizvodnjo sestavin palmovega olja v mikroalgi](Dunia Sahir) 

22.4. 
1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinhronizirani_cikli_lize_bakterijskih_celic_za_in_vivo_dostavo_terapevtikov Sinhronizirani cikli lize bakterijskih celic za ''in vivo'' dostavo terapevtikov](Milica Janković) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka Antihipertenzivni probiotik - nov pristop zniževanja krvnega tlaka] (Nika Testen) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintezna_pot_fiksacije_ogljikovega_dioksida Sintezna pot fiksacije ogljikovega dioksida] (Ana Obaha) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ProQuorum:_probiotik_kot_zdravilo_proti_okužbi_s_C._difficile ProQuorum: probiotik kot zdravilo proti okužbi s ''C. difficile''] (Ana Maklin) 

5.5. 
1 Ajda Lenardič 
2 Jelena Štrbac 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Programabilni_enocelični_sesalski_bioračunalniki Programabilni enocelični sesalski bioračunalniki] (Andreja Habič) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_sistema_s_proteinskimi_logi%C4%8Dnimi_vrati_na_povr%C5%A1ini_lipidnih_membran Priprava sistema s proteinskimi logičnimi vrati na površini lipidnih membran] (Uroš Prešern) 

6.5. 
1 Sara Korošec 
2 Peter Škrinjar 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Daljinsko_upravljanje_s_sesalskimi_celicami%2C_na_podlagi_temperaturno_reguliranih_genetskih_stikal_s_svetlobno-toplotnimi_utripi Daljinsko upravljanje s sesalskimi celicami, na podlagi temperaturno reguliranih genetskih stikal s svetlobno-toplotnimi utripi] (Luka Gregorič) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Komunikacija_na_osnovi_DNA_v_populacijah_sinteticnih_protocelic Komunikacija na osnovi DNA v populacijah sintetičnih protocelic] (Urban Hribar) 

12.5. 
1 Jerneja Nimac 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Orodje_za_modularno_sestavljanje_večgenskih_konstruktov_v_kvasovki: Orodje za modularno sestavljanje večgenskih konstruktov v kvasovki] (Katja Doberšek) 
3 Daria Latysheva 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularni_klonirni_sistem_MoClo_za_biološko_sintezo_v_mikroalgi_C._reinhardtii Modularni klonirni sistem MoClo za biološko sintezo v mikroalgi ''C. reinhardtii''] (Veronika Razpotnik) 

13.5. 
1 Ines Medved 
2 Željka Erić 
3 Patricija Miklavc 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEenirsko_pripravljeni_promotorji%2C_ki_omogo%C4%8Dajo_izra%C5%BEanje_ne_glede_na_%C5%A1tevilo_kopij Inženirsko pripravljeni promotorji, ki omogočajo izražanje ne glede na število kopij] (Benjamin Malovrh) 

19.5. 
1 Samo Purič 
2 Sara Jereb 
3 Primož Bembič 
4 Andrej Race 

20.5. 
1 Katja Malenšek 
2 Vid Modic 
3 Andrej Ivanovski 
4 Maja Globočnik 

26.5. 
1 Nika Zaveršek 
2 Janina Gea Cvikl 
3 
4 

27.5. Rezervni termin 
1 
2 
3 
4

BIO2 Povzetki seminarjev 2017

2017-11-17T16:15:01Z

Urban Hribar: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2017/2018 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2017/2018 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2017 stran]

=== Luka Gregorič: Pozitivne vloge negativnih regulatorjev ===

Pri preučevanju regulacije sistemov v celici, so negativni regulatorji bolj temen, neraziskan del celotnega procesa, čeprav enako pomemben. Brez njih se lahko v celici začenja nenadzorovano deljenje in posledično rakavost tkiva, ali pa se nam poveča možnost hujšega obolenja. V živčnem sistemu lahko brez GPR-jev poteče prekomerna mielinizacija aksonov, ki pomenijo veliko zmanjšanje vseh kognitivnih sposobnosti organizma in posledično tudi manjšo zmožnost prilagajanja. V mišičnem tkivu, pa lahko pomanjkanje ali slabše delovanje negativnih regulatorjev naredi tkiva manj eksplozivna in povzroči hitrejše staranje, zaradi razlik med tkivi tipa 1 in tipa 2. V najhujšem primeru pa nam pomanjkanje negativnih regulatorjev celo povzroči mišično atofijo, medtem ko nam bi boljše poznavanje prav njih lahko omogočilo, da obdržimo mlade mišice čez celo življenje. Hitrost celotnega delovanja negativnih regulatorjev pa ni odvisna od moči signala, saj signal v zelo majhnem času lahko spravijo na prvotno raven, ne glede na to, kdaj se je ta signal začel. Visoka odzivnost signalov pa tudi pomaga telesu, ko se rabi hitro odzvati na različne dražljaje. Najhitrejše to naredi tako, da je signal vedno aktiviran in se izklopi le ob primeru, da se je potrebno hitro odzvati.

=== Ines Medved: Vohalni receptorji v epidermisu ===
Primarna vloga vohalnih receptorjev je zaznava vonja, ki je zelo pomembna. Poleg zaznave vonja pa imajo receptorji za vonj tudi druge funkcije. Ti receptorji se nahajajo v tkivih, ki niso povezana z vohalno nalogo. Nahajajo se skoraj po celotnem telesu npr. v ledvicah, možganih, srcu, koži, v krvi … V epidermisu so našli dva takšna receptorja, in sicer receptorja OR2AT4 in OR51E2. Kljub podobnemu mehanizmu delovanja se po funkciji zelo razlikujeta. OR2AT4 ob stimulaciji z agonistom poveča celično proliferacijo, vpliva na migracijo celic in sodeluje pri reepitalizaciji v procesu celjenja ran. Ugotovili so, da sodeluje tudi pri zaprtju rane. Za razliko od OR2AT4 receptor OR51E2 zmanjša celično proliferacijo, sodeluje pa v melanogenezi, dendritogenezi in pri celični diferenciaciji. Vohalni receptor OR51E2 ima vlogo tudi v rakavih celicah prostate. Receptorja sta zelo specifična. Vohalni receptor OR2AT4 stimulira le sandanol in brahmanol, OR51E2 pa β-ionon. Za oba receptorja so našli tudi antagoniste, ki blokirajo Ca2+ signal. Za OR2AT4 so odkrili dva antagonista oksifenilon in fenirat, za receptor OR51E2 pa α-ionon. Kljub podobni lokaciji in mehanizmom se receptorja zelo razlikujeta. Medtem ko bi se OR2AT4 lahko uporabljal pri zdravljenju oziroma celjenju rane, bi bil lahko receptor OR51E2 potencialni pokazatelj za rakave celice.

===Daria Latysheva: The role of intrinsically disordered proteins in signalling pathways and regulation ===

Intrinsically disordered proteins (IDPs) are proteins, which do not have a defined three – dimensional structure, yet are completely functional. Found mostly in eukaryotic cells, they play an important role in biosignalling and regulation of a cell. Undergoing coupled folding and binding, IDPs’ recognition elements are cable of taking over the structures of different targets. Since IDPs have multiple interaction motifs, they often serve as signalling centres, thus contributing to the dynamic assembly of complex molecules and varied signalling pathways. Undergoing post – translational modifications, these proteins also add complexity to the regulatory networks and can change the original output of the crosswalk. IDPs are also an important component of higher - order signalling assemblies, enabling the formation of reversible complexes. Being an attractive field of the research, IDPs were not yet studied completely and there is still much to be understood about the structure, functions and the location of IDPs in the cell. Experimental and computational techniques are being developed to identify and characterise disordered regions in proteins in order to emphasize the prevalent role of IDPs in cellular signalling and regulation.

===Polona Skrt: Mehanizem zaznavanja okusa maščobe ===

Okus je pomembna zaznavna zmožnost, saj nas usmerja pri uživanju hranilne in prebavljive hrane ter nas ščiti pred strupi in ostalimi nevarnimi snovmi. Čutne celice se nahajajo v brbončicah v ustni votlini, na jeziku in v grlu. V brbončicah se nahaja okoli 100 celic, ki jih delimo v 3 skupine. Prvi tip so celice podobne glia celicam, ki se ovijejo okoli ostalih celic in jim nudijo oporo ter preprečujejo nekontrolirano širjenje živčnih prenašalcev. Naslednji tip so t.i. receptorske celice, ki zaznavajo sladko, grenko in umami ter sproščajo nevrotransmiterje, ki signal prenesejo do živčevja. Tretji tip celic so predsinaptične celice, ki se odzivajo predvsem na kisel okus. Njihova posebnost je, da se prek sinaps direktno povezujejo z živčnim vlakni. Pri signalizaciji okusov so zelo pomembni z G-proteini povezani receptorji, ki omogočajo zaznavanje sladkega, grenkega in umami okusa ter ionski kanalčki, ki prenašajo informacijo o kislem in slanem okusu. Ne dolgo nazaj so znanstveniki, k prej omenjenim petim osnovnim okusom, dodali še šestega – okus po maščobi. Signalizacija najverjetneje poteka preko receptorja CD36, možni pa so še GPR120 in GPR40 ter DRK kanalčki. Mehanizem je še dokaj neraziskan, predpostavljajo pa sodelovanje med več receptorji.

===Peter Škrinjar: Receptorji za okus in njihova povezava z debelostjo ===

Okus je eden izmed petih osnovnih čutov, katerega naloga je prepoznavanje hranil in preprečevanje vnosa telesu nevarnih snovi. Pri tem mu pomagajo receptorji za okus. Te se razlikujejo za vseh pet osnovnih okusov – grenko, sladko in umami zaznamo s pomočjo GPCR-jev, slano in kislo pa s pomočjo ionskih kanalčkov. Raziskave še potekajo glede receptorjev za maščobnokislinski okus. Poleg receptorjev v ustih pa poznamo tudi receptorje za okus v prebavni cevi. Tam so te pomembni predvsem v enteroendokrinih celicah, kjer ob prisotnosti različnih ligandov sprožijo izločanje različnih peptidnih hormonov (GLP-1, CCK, PYY itd.). Te nato stimulirajo vagusni živec, ki prenese informacijo do možganov, ki se primerno odzovejo (npr. ob prisotnosti sladkorjev se v prebavni cevi izloča GLP-1, ki sproži izločanje inzulina iz trebušne slinavke). Receptorje za okus lahko povežemo tudi z debelostjo. Genetske razlike pri receptorjih za maščobnokislinski okus (predvsem CD36, ki je najbolj raziskan) lahko povzročijo slabše zaznavanje maščobnih kislin, kar bi nato vodilo do debelosti. To povezavo je sicer potrebno še dokazati. Podobno bi lahko predvidevali za maščobnokislinske receptorje v prebavnem traktu. Kot alternativa za zdravljenje debelosti se je pojavila hipoteza o zdravljenju preko receptorjev za okus na adipocitah brez α-gustducina, na katere imajo grenke komponente inhibicijski učinek.

===Milica Janković: Jedrni receptorji: Karakteristike in regulacija receptorjev ter identifikacija ligandov===

Jedrni receptorji so proteini prisotni v celicah, ki prenašajo signale svojih ligandov. Naddružino jedrnih receptorjev sestavlja 48 transkripcijskih faktorjev (pri ljudeh). Aktivirajo se po vezavi liganda in vključujejo receptorje za steroidne hormone, lipofilne vitamine, ščitnične hormone in retinoinsko kislino. Receptor- ligandni kompleks se veže na specifično področje na DNA, katero imenujemo hormonski responsni element (HRE). Jedrni receptorji so transkripcijski faktorji, ker delujejo direktno v jedru in spreminjajo ekspresijo genov ter na ta način vplivajo na razvoj, diferencijacijo in homeostazo in metabolizem. Obstajajo štirje tipi nuklearnih receptorjev, ki se razlikujejo po signalnih poteh.Zavzemajo tudi različne konformacije, ki so povzročene z vezavo agonista, oziroma antagonista. Morda najbolj revolucionarna ugotovitev, je bilo presenetljivo odkritje, da obstajajo številni receptorji, kateri so povezani na majhne molekulske ligande. Ker ti ligandi niso znani, receptorji so poimenovani siroti (orphans) receptorji. Vprašanje je bilo, kako bi lahko prišli do odkritja tistih ligandov? Vsi jedrni receptorji imajo podobno strukturo, na podlagi česa je bilo lahko narediti vrsto testov za identifikacijo ligandov.
Ker se pa vežejo na majhne molekule, predstavljajo zanimive terapevtske cilje. Bi bili bogat vir za razvoj sintetičnih majhnih molekul kot ligandov.

===Tina Turel: Vpliv mikroorganizmov na presnovo glukoze===

V biomedicini je v zadnjih letih prišlo do odkritja, da črevesna mikroflora sodeluje v različnih metabolnih procesih. Mikroorganizmi v črevesju komunicirajo z gostiteljem preko TLR-jev. TLR so receptorji v prirojenem imunskem sistemu, ki zaznajo določeno patogeno zaporedje in aktivirajo imunski odziv oziroma omogočajo komunikacijo med črevesno mikrofloro in gostiteljem. Prav tako pa lahko TLR-ji pa omogočijo, da v različnih metabolnih procesih lahko sodelujejo tudi mikroorganizmi. V študiji so se znanstveniki usmerili v določitev vseh členov, ki vplivajo na presnovo glukoze. Presnova glukoze je univerzalni postopek, ki je prisoten v vseh vretenčarjih in tudi v nekaterih nevretenčarjih. Študija je odkrila manjkajočo povezavo med IFNɣ in presnovo glukoze in sicer A. muciniphilo, ključni mikroorganizem, ki je odgovoren za izboljšanje tolerance na glukozo. Potrdili so, da bakterija lahko izboljša toleranco glukoze v različnih gostiteljih. Irgm1 so določili kot glavnega posrednik med IFNɣ in A. muciniphilo. Dejstvo je, da je A. muciniphila prisotna tudi v človeški mikroflori, zato so znanstveniki opravili poskuse tudi na prostovoljcih. Izkazalo se je, da je postopek in pa vpliv določenih komponent na presnovo in toleranco glukoze enak kot pri miših. Raziskava pa ponuja novo pot v zdravljenju metabolnih bolezni in sicer reguliranje ravni A. muciniphile.

===Ana Maklin: Vloga PGP in PHO13 v metabolizmu===

PGP in njegov ortolog PHO13 v kvasovkah sta bila predmet številnih raziskav. Njune funkcije so zelo raznolike, jasno pa je, da s svojo fosfatazno aktivnostjo ter drugimi lastnostmi pomembno vplivata tudi na metabolizem. Zaradi stranske aktivnosti nekaterih encimov v metabolnih procesi, nastajajo tudi produkti, ki lahko ovirajo normalno delovanje celic. Evolucijsko gledano, so organizmi torej morali ustvariti popravljalni sistem, ki prepreči nadaljnje posledice teh napak. Naloga PGP in PHO13 je, da s svojo aktivnostjo pretvorita neželjene produkte, ki nastajajo zaradi stranske aktivnosti encimov, v druge, ki niso škodljivi. V metabolizmu glukoze, zaradi stranske aktivnosti gliceraldehid 3-fosfat dehidrogenaze in piruvat kinaze nastajata 4-fosfoeritronat in 2-fosfolaktat. Prvi je inhibitor 6-fosfoglukonat dehidrogenaze, drugi pa fosfofruktokinaze-1. Inhibicija teh dveh encimov bi brez PGP in PHO13 povzročila moteno glikolizo in pentoza fosftno pot. PHO13 oziroma njegova odsotno v celicah ima pomembo vlogo tudi pri pretvorbi rastlinske biomase v etanol. Ker uporaba etanola iz biomase kot vir obnovljive energije postaja vedno bolj razširjena, je PHO13 postal pomemben predmet za napredek v metabolnem inženirstvu. Deaktivacija PHO13 v kvasovkah z izraženimi XR/XDH/XK namreč preprečuje defosforilacijo ksiluloze 5-fosfata, kar omogoča nadaljevanje metabolnih procesov potrebnih za nastanek etanola, izboljša toleranco na običajne inhibitorje fermentacije (šibke kisline, produkti razgradnje sladkorjev) ter povzroči pospešeno transkripcijo genov, vključenih v pentozo fosfatno pot (naprimer TAL1,ki kodira protein transaldolazo, enega ključnih encimov pri neoksidativni pentoza fosfatni poti).

===Barbara Slapnik: Regulacija metabolizma glukoze v sesalskih celičnih kulturah===

Regulacija metabolizma glukoze je iz vidika celičnih kultur zelo pomembna, saj vpliva na celično rast in produktivnost celic. Boljše poznavanje regulacije metabolizma nam omogoča njegovo kontroliranje in s tem možnost za povečanje produktivnosti celic v celičnih kulturah. Regulacija metabolizma glukoze v celici poteka v več stopnjah. Pretok omejujejo intermediati, ki vstopajo še v druge metabolne poti. Zelo pomembna stopnja je regulacija z encimi. Glavni encimi, ki regulirajo glikolizo so heksokinaza, fosfofruktokinaza in piruvat kinaza. Poznamo več izooblik encimov, ki se razlikujejo po delovanju in afiniteti do substratov. Regulacija metabolizma glukoze poteka tudi na nivoju celične signalizacije. Protein kinaza B, ki ga imenujemo tudi Akt je odvisen od prisotnosti inzulina. Akt vpliva na izražanje glukoznega prenašalca 1 in delovanje heksokinaze ter fosfofruktokinaze. AMP kinaza je ključna za aktivacijo katabolnih poti in inhibicijo anabolnih poti. c-Myc je transkripcijski faktor, ki vpliva na izražanje glukoznega prenašalca 1 in delovanje fosfofruktokinaze, gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenaze, fosfoglicerat kinaze in enolaze. p53 je transkripcijski faktor, ki zmanjša transkripcijo glukoznega prenašalca 1 in 3 ter aktivnost fosfoglicerat mutaze. Razumevanje regulacije metabolizma glukoze nam omogoča boljšo celično rast v bioreaktorjih.

===Urban Hribar: Metabolizem polariziranih makrofagov===

Makrofagi lahko spremenijo svoje delovanje kot odziv na zunanje dejavnike za opravljanje različnih nalog. Temu procesu pravimo aktivacija oziroma polarizacija makrofagov. Makrofagi se lahko palarizirajo v makrofage tipa M1 (klasično aktivirani) in tipa M2 (alternativno aktivirani). Makrofagi M1 so pomembni v boju proti okužbam mikrobov in so znani kot makrofagi, ki promovirajo vnetja. Proizvajajo tudi dušikov oksid (NO) in vnetostne citokinine. Na dolgi rok lahko makrofagi M1 in njihovi produkti škodujejo tkivu lastnega oganizma. Zato makrofagi tipa M2 zavirajo vnetja in so odgovorni za popravilo tkiva. Pri funkcijah teh makrofagov imajo pomembno vlogo tudi spremenjeni metabolizmi polariziranih makrofagov. Makrofagi M1 imajo pospešeno delovanje glikolize ter zmanjšano aktivnost oksidativne fosforilacije. Z pospešeno glikolizo ter laktatno fermentacijo makrofagi proizvajajo večino svojih zalog ATP. Poleg tega ima tudi prekinjen krebsov cikel na dveh mestih. Prvo mesto je pri reakciji izocitrata v alfa-ketoglutarat, drugo mesto pa pri reakciji sukcinata v fumarat. Prekinitve v ciklu vodijo do kopičenja intermediatov, ki pa se uporabljajo za sintezo NO, prostgladinov in vnetnosnih citokinov. Hkrati je krebsov cikel makrofagov M1 povezan z ciklom sečnine, ki lahko proizvaja NO. Posebnost makrofagov M1 je tudi da v mitohondrijih proizvajajo povečane količine reaktivnih kisikovih zvrst (ROS). Te se tudi uporabljajo za boj proti bakterijam in proizvodnjo vnetnostnih citokinov.

BIO2 Seminar 2017

2017-11-17T15:44:45Z

Urban Hribar: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Ines Medved || 12 || Receptorji za vonj v epidermisu || Špela Supej || Lea Knez || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Luka Gregorič || 12 || Pozitivne vloge negativnih regulatorjev || Uroš Prešern || Katja Doberšek || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Daria Latysheva || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Daria_Latysheva:_The_role_of_intrinsically_disordered_proteins_in_signalling_pathways_and_regulation The role of intrinsically disordered proteins in signallng pathways and regulation] || Luka Fratina || Martin Špendl || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Polona Skrt || 12 || Mehanizem zaznavanja okusa maščobe || Andreja Habič || Ajda Galič || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Peter Škrinjar || 12 || Receptorji za okus in njihova povezava z debelostjo || Andrej Race || Nika Zaveršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Milica Janković || 12 || Nuklearni receptorji: Karakteristike in regulacija receptorjev ter identifikacija ligandov || Anže Jenko || Nika Goršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Tina Turel || 14-15 || Vpliv mikroorganizmov na presnovo glukoze || Ines Medved || Špela Supej || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Barbara Slapnik || 14-15 || Regulacija metabolizma glukoze v celičnih kulturah|| Luka Gregorič || Uroš Prešern || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Ana Maklin || 14-15 || Vloga PGP in PHO13 v metabolizmu || Daria Latysheva || Luka Fratina || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Ajda Krč || 16 || || Polona Skrt || Andreja Habič || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Urban Hribar || 16 || Metabolizem polariziranih makrofagov || Peter Škrinjar || Andrej Race || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Urška Zagorc || 16 || Salmonela in citratni cikel || Milica Janković || Anže Jenko || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Patrik Levačić || 17 || Ceramid ter oksidacija maščobnih kislin v mitohondriju med debelostjo || Tina Turel || Ines Medved || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Jerneja Nimac || 17 || Ketonska telesca kot signalni metaboliti || Barbara Slapnik || Luka Gregorič || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Lija Srnovršnik || 17 || || Ana Maklin || Daria Latysheva || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Nika Mikulič || 18 || || Ajda Krč || Polona Skrt || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Tanja Zupan || 18 || Presnovne bolezni aminokislin || Urban Hribar || Peter Škrinjar || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Anja Tavčar || 18 || Odstopajoče koncentracije določenih metabolitov v krvi - indikatorji bipolarne motnje || Urška Zagorc || Milica Janković || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Maja Vrabec || 19 || || Patrik Levačić || Tina Turel || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Špela Deučman || 19 || || Jerneja Nimac || Barbara Slapnik || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Anja Černe || 19 || || Lija Srnovršnik || Ana Maklin || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Lea Knez || 20 || Ogljikovi hidrati kot signalne molekule v rastlinah || Nika Mikulič || Ajda Krč || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Katja Doberšek || 20 || || Tanja Zupan || Urban Hribar || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Martin Špendl || 20 || || Anja Tavčar || Urška Zagorc || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Ajda Galič || 21 || || Maja Vrabec || Patrik Levačić || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Nika Zaveršek || 21 || || Špela Deučman || Jerneja Nimac || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Nika Goršek || 21 || || Anja Černe || Lija Srnovršnik || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Špela Supej || 22 || || Lea Knez || Nika Mikulič || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Uroš Prešern || 22 || || Katja Doberšek || Tanja Zupan || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Luka Fratina || 22 || || Martin Špendl || Anja Tavčar || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Andreja Habič || 23 || || Ajda Galič || Maja Vrabec || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Andrej Race || 23 || || Nika Zaveršek || Špela Deučman || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Anže Jenko || 23 || || Nika Goršek || Anja Černe || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Katja Dolenc || 23 || || ? || ? || 20/01/17 || 22/01/17 || 24/01/17
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2017|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2017

2017-11-02T10:41:56Z

Urban Hribar: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Ines Medved || 12 || Receptorji za vonj v epidermisu || Špela Supej || Lea Knez || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Luka Gregorič || 12 || Pozitivne vloge negativnih regulatorjev || Uroš Prešern || Katja Doberšek || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Daria Latysheva || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2017#Daria_Latysheva:_The_role_of_intrinsically_disordered_proteins_in_signalling_pathways_and_regulation The role of intrinsically disordered proteins in signallng pathways and regulation] || Luka Fratina || Martin Špendl || 20/10/16 || 23/10/16 || 25/10/16
|-
| Polona Skrt || 12 || Mehanizem zaznavanja okusa maščobe || Andreja Habič || Ajda Galič || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Peter Škrinjar || 12 || || Andrej Race || Nika Zaveršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Milica Janković || 12 || || Anže Jenko || Nika Goršek || 03/11/16 || 06/11/16 || 08/11/16
|-
| Tina Turel || 14-15 || Vpliv mikroorganizmov na presnovo glukoze || Ines Medved || Špela Supej || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Barbara Slapnik || 14-15 || || Luka Gregorič || Uroš Prešern || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Ana Maklin || 14-15 || || Daria Latysheva || Luka Fratina || 10/11/16 || 13/11/16 || 15/11/16
|-
| Ajda Krč || 16 || || Polona Skrt || Andreja Habič || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Urban Hribar || 16 || Citratni cikel v makrofagih || Peter Škrinjar || Andrej Race || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Urška Zagorc || 16 || || Milica Janković || Anže Jenko || 17/11/16 || 20/11/16 || 22/11/16
|-
| Patrik Levačić || 17 || || Tina Turel || Ines Medved || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Jerneja Nimac || 17 || || Barbara Slapnik || Luka Gregorič || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Lija Srnovršnik || 17 || || Ana Maklin || Daria Latysheva || 24/11/16 || 27/11/16 || 29/11/16
|-
| Nika Mikulič || 18 || || Ajda Krč || Polona Skrt || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Tanja Zupan || 18 || || Urban Hribar || Peter Škrinjar || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Anja Tavčar || 18 || || Urška Zagorc || Milica Janković || 01/12/16 || 04/12/16 || 06/12/16
|-
| Maja Vrabec || 19 || || Patrik Levačić || Tina Turel || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Špela Deučman || 19 || || Jerneja Nimac || Barbara Slapnik || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Anja Černe || 19 || || Lija Srnovršnik || Ana Maklin || 08/12/16 || 11/12/16 || 13/12/16
|-
| Lea Knez || 20 || || Nika Mikulič || Ajda Krč || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Katja Doberšek || 20 || || Tanja Zupan || Urban Hribar || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Martin Špendl || 20 || || Anja Tavčar || Urška Zagorc || 15/12/16 || 18/12/16 || 20/12/16
|-
| Ajda Galič || 21 || || Maja Vrabec || Patrik Levačić || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Nika Zaveršek || 21 || || Špela Deučman || Jerneja Nimac || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Nika Goršek || 21 || || Anja Černe || Lija Srnovršnik || 29/12/16 || 01/01/17 || 03/01/17
|-
| Špela Supej || 22 || || Lea Knez || Nika Mikulič || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Uroš Prešern || 22 || || Katja Doberšek || Tanja Zupan || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Luka Fratina || 22 || || Martin Špendl || Anja Tavčar || 05/01/17 || 08/01/17 || 10/01/17
|-
| Andreja Habič || 23 || || Ajda Galič || Maja Vrabec || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Andrej Race || 23 || || Nika Zaveršek || Špela Deučman || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Anže Jenko || 23 || || Nika Goršek || Anja Černe || 12/01/17 || 15/01/17 || 17/01/17
|-
| Katja Dolenc || 23 || || ? || ? || 20/01/17 || 22/01/17 || 24/01/17
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2017|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2017 Povzetki seminarjev

2017-05-02T16:26:18Z

Urban Hribar: /* Ana Scott: Naslov seminarja */

[[TBK2017-seminar|Nazaj na osnovno stran]]
===Ana Scott: Naslov seminarja===
Tekst ....

'''Patrik Levaćić: Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionanlnost in strukturo prebavnih celic'''

Vnos nano delcev titanovega dioksida (TiO2) preko prehrambenih izdelkov kot so sladkarije ter žvečilni gumiji je praktično nemogoče. Prebavni trakt služi kot pomembna meja med telesom in zunanjim okoljem. Cilj raziskave je bilo opazovanje posledic vnosa 30 nano meterskih delcev titanovega dioksida preko modela celične strukture tankega črevesja ter določitev kako akutna ter kronična izpostavljenost takim delcem lahko vpliva na funkcionalnost in strukturo celice. Postopek prepoznavanja TiO2 delcev je zelo kompleksen, navadno se uporablja Ramanova spektroskopija, ki izkorišča lastnosti molekule kot so vibracijska ter rotacijska stanja, s tem pa dobimo tako imenovani ''finger-print'' molekule, saj ima vsaka molekula svoje lastnosti in se po njih loči od drugih molekul. Rezultati raziskave so potrdili, da čeprav akutna izpostavljenost ni pustila resnejših posledic na celični strukturi, ima kronična izpostavljenost kar nekaj posledic na celičnem nivoju. Spremeni se funkcionalnost celice, nivo delovanja membranskih encimov vpade, spremeni se prav tako tudi struktura, saj se zmanjša sposobnost vsrkavanja nutrientov preko mikrovilov.

'''Tina Turel: Povezanost retrovirusov z razvojem možganov'''

Možgani človeka so bistveno bolj razviti od možganov drugih sesalcev in zato veliko težji za raziskovanje in razumevanje. Številne raziskave so dokazale, da bi transportni elementi (TE-ji), ki so še pred nekaj leti veljali za neuporaben del DNA, tako imenovan »junk DNK«, lahko bili odgovorni za današnjo stopnjo razvitosti človeških možganov.
Retrovirusi so posebna skupina virusov. Nekateri veljajo za škodljive (HIV), drugi pa so povsem neškodljivi. V našem DNA je več kot 1000 različnih retrovirusov. V raziskavi, ki jo je vodil Johan Jakobsson in se je odvijala v Lundu, so dokazovali pomembno vlogo ERV-ja, endogenega retrovirusa v razvoju človeških možganov. Želeli so pokazati, da nekaj tisoč ERV-jev, mnogi so primarno specifični, delujejo kot priklopna podlaga za epigenetske represorsko beljakovino TRIM28, ki vzpostavi lokalni hetero kromatin okoli ERV-jev. Retrovirusi lahko pri vsakem človeku reagirajo drugače, saj so tak tip genetskega materiala, da se lahko nahajajo v katerem koli delu v genomu. Različna izražanja ERV-ja pa bi bila lahko tudi razlog za možganske okvare, ki povzročijo bolezni, kot so ALS, shizofrenija in bipolarna motnja .

'''Nina Mezgec Mrzlikar: Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo'''

Shizofrenija je duševna motnja, ki se razvije v zgodnjem odraslem obdobju. DISC-1 (Disrupted-In-Schizophrenia-1) je protein, kodiran z genom DISC-1 in je močno izražen v možganskem hipokampusu. Sodeluje pri razvoju aksonov in povezovanju celic. Caveolin-1 je ogrodni protein bistven pri regulaciji receptorjev na membranah in spodbuja razvoj novih povezav med živčnimi celicami. V tej raziskavi so znanstveniki proučevali vpliv proteina Cav-1 na izražanje gena DISC-1 v živčnih celicah. Ugotovljeno je bilo, da prekomerno izražen gen Cav-1 povzroči večje izražanje gena DISC-1 in drugih sinaptičnih proteinov, ki so potrebni za prenos živčnega signala. V miših, katerim so iz hipokampusa odstranili Cav-1 je posledično prišlo do manjšega izražanja DISC-1 in hkrati drugih sinaptičnih proteinov. Izguba Cav-1 torej zmanjšuje aktivnost sinaps, kar pa je vzrok za številne nevrodegenerativne bolezni, kot je tudi shizofrenija. Ugotovitve kažejo na pomembno vlogo proteina Caveolin-1 v celicah, saj vzdržuje pravilno delovanje receptorjev in s tem prenos živčnega signala.

'''Sonja Gabrijelčič: Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami'''

Odpornost bakterij na antibiotike je v porastu po vsem svetu. Pojavlja se tako v državah v razvoju, kjer je predvsem posledica nekvalitetnih antibiotikov, kot v najrazvitejših državah sveta, kjer se pojavlja več in več patogenov, ki lahko preživijo v okolju z več zdravilnimi učinkovinami oziroma antibiotiki. Bakterije lahko pridobijo odpornost ali z izmenjavo mobilnih genetskih elementov ali z mutacijo genetskega materiala, ki je že v celici. V raziskavi, ki jo opisuje članek, so raziskovalci želeli opazovati slednje, zato so izmed bakterij, ki so lahko sočasno odporne na več antibiotikov, izbrali Mycobacterium smegmatis, sorodnico bakterije, ki povzroča tuberkulozo, in eno od predstavnic skupine bakterij, pri kateri do izmenjevanja plazmidov praktično ne pride. Klasificirali so tipe mutacij, do katerih je prišlo, in se osredotočili predvsem na mutacije, ki so se zgodile na mestih genoma, kjer se kodirajo proteini, ki so sestavni deli ribosomov. Ugotovili so, da so taki mutanti odporni na antibiotike z različnimi mehanizmi delovanja, ki jim niso bili še nikoli izpostavljeni, na antibiotike širokega spektra in poleg tega tudi na nekatere druge mehanske strese na membrane.

'''Daria Latysheva: Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic'''

Mehansko aktivni kanalčki so membranski proteini, ki so neposredno odvisni od sile in pretvarjajo mehanske držljaje v električne oz. biokemijske signale. Piezo1 je mehansko aktiven ionski kanalček, ki spodbuja celično smrt v predelih z visoko gostoto celic. V raziskavi so ugotovili, da kotrolira tudi mitotsko delitev. Raziskali so mehanizem delovanja Piezo1 v procesu celične delitve. Pri nizki gostoti celic oz. kjer so celice raztegnjene se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter se odpre; posledično sproži influks kalcija v celico. ERK1 se aktivira zaradi povečane koncentracije Ca2+ ionov, kar vpliva na aktivnost ciklina B v G2 fazi mitotske delitve in povzroči proliferacijo. Način, na kateri Piezo1 aktivira dva nasprotna procesa je odvisen od lokacije in načina aktivacije kanalčka. V predelih z nizko gostoto celic se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter hitro aktivira celično delitev. Če so celice razporejene tesno druga ob drugi, se Piezo1 oblikuje v velike citiplazemske agregate in spodbuja celično smrt. Zaradi sposobnosti zaznave mehanskega raztezka ter prevelike in premajhne gostote celic Piezo 1 deluje kot homeostatski senzor in kontrolira število epitelijskih celic.

'''Nika Goršek: Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku'''

MRP1 ali »Multidrug resistance protein« je protein, ki spada v družino ABC-transporterjev. Pomemben je pri reguliranju redoks homeostaze, vnetij in sekrecije hormonov. Znano je tudi, da ima pomembno vlogo pri odpornosti na zdravila in njihovem črpanju iz celic. V raziskavi na univerzi Rockefeller so z uporabo elektronske kriomikroskopije določili njegovo zgradbo. Sestavljajo ga štirje glavni deli: dva transmembranska dela, ki tvorita telo transporterja, dva dela, ki vežeta ATP, motiv v obliki lase in N-terminalni transmembranski del. Čeprav ima MRP1 dva dela, ki bi lahko vezala ATP, pa tega veže le en, saj pri drugem delu pride do drugačnega zaporedja aminokislin. V raziskavah so dokazali, da mutacije določenih delov proteina vodijo v bolezenska stanja in da bi sprememba le ene aminokisline v zaporedju vplivala na aktivnost proteina. MRP1 ima le eno dvojno vezavno mesto, ki je pozitivno nabito. Pestrost substratov je zaradi takega vezavnega mesta veliko večja, kot pri nekaterih drugih znanih proteinih. Prenaša lahko organske, amfipatične in aninonske molekule, na primer zdravila proti raku, opijate, antidepresive in tudi nekatere za življenje pomembne snovi (hormoni in protivnetne molekule). Ob vezavi substrata se oblika proteina MRP1 spremeni, aktivnost pa se poveča. Po končanem transportu pa protein preide nazaj v prvotno, neaktivno obliko.

'''Dragana Savković: Stopnja preživetja evkariontskih celic po elektroforezni nanoinjekciji'''

Znotrajcelična dostava makromolekul je pomemben korak za terapevtske in raziskovalne namene. Za uvajanje tujih molekul v citoplazmo živih celic uporabljale so se metode, katere so se v večini primerov uporabljale za veliko število celic v kulturi in je splošno znano, da veliko število teh celic (do 50%) ne preživi ta proces. Da bi rešili ta problem, razvili so alternativno metodo znotrajcelične dobave, oziroma znotrajcelično elektroforezno nanoinjekcijo. V raziskavi so primerjali stopnjo preživetja celic injiciranih z pipeto s premerom 100 nm in pipeto s premerom 500 nm. Ugotovili so, da je stopnja preživetja z uporabo 100 nm pipeto veliko večja kot s 500 nm pipeto in tudi da ostale preživele celice kažejo bolj naraven cikel celic.

'''Urška Zagorc: Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1'''

Sladkorna bolezen tipa 1, ki je značilna predvsem za otroke in mladostnike, je posledica motnje v imunskem sistemu. Organizem uniči lastne celice v trebušni slinavki, ki proizvajajo inzulin. Ta omogoča glukozi iz hrane vstop v celico, s čimer celica dobi hrano in energijo. V raziskavi nemškega raziskovalnega centra za zdravje in okolje Helmholtz Zentrum München so sodelovali otroci, katerih ožji družinski član ima diabetes tipa 1 in otroci brez dednih dispozicij. Analizirali so krvne vzorce otrok z avto-protitelesi ter jih primerjala z vzorci otrok, ki ne kažejo znakov bolezni niti nimajo protiteles.Identificirali so 41 peptidov iz 26 proteinov, ki se razlikujejo v krvnih vzorcih tistih otrok s protitelesi in tistih brez. Glede na koncentracijo peptidov v treh proteinih (hepatocitni rastni faktor HGF, istem komplementa H in ceruloplazmin) in glede na starost otroka, so dosegli tudi boljšo oceno hitrosti razvoja bolezni. Večja koncentracija sistema komplementa H in hepatocitnega rastnega faktorja ter nižja koncentracija ceruloplazmina pri tem nižji starosti bolnika, pomenijo hitrejši napredek bolezni. Identificirani proteini nam pokažejo bolj natančno oceno stopnje pred pojavom simptomov. Zaradi njih je možno tudi ugotoviti ali ima bolnik s protitelesi, večjo ali manjšo možnost za razvoj sladkorne bolezni tipa 1 in kako hitro se bo bolezen razvila.

'''Anja Černe: Uporaba askorbata pri zdravljenju raka'''

Če askorbat vnesemo v organizem v manjših koncentracijah ima antioksidativne učinke, medtem ko se pri vnosu v večjih koncentracijah obnaša kot prooksidant. Farmakološko koncentriran askorbat povzroča tok izvenceličnega H2O2 v celico in vse celice, tako zdrave kot rakave, encimsko razgrajujejo H2O2, ki je zanje toksičen. Glavni encimi, ki razgrajujejo H2O2 pri velikih količinah so katalaze. Ker pa je katalaz v rakavih celicah malo, so rakave celice bolj dovzetne škodljive učinke, zato je askorbat zanje selektivno toksičen. Katalazna aktivnost v rakavih celicah lahko napove, kako se bo tumor odzval na terapijo z askorbatom. Pri nekaterih vrstah tkiv je rast tumorjev bolj upočasnjena, pri drugih manj (odvisnost od količine katalaz, ki jih tkivo vsebuje). Število aktivnih katalaznih monomerov na celico in ED50 (koločina snovi, ki učinkuje pri 50% osebkih) sta sorazmerna s konstanto celične razgradnje H2O2. Radikali, ki nastanejo pri reakciji med ionom kovine in H2O2, poškodujejo DNA, v kolikšni meri se to zgodi pa je odvisno od količine askorbata.

'''Jerneja Nimac: S CRISPR/Cas9 nad X-vezavno kronično granulomatozno bolezen'''

Kronična granulomatozna bolezen je dedna bolezen imunskega sistema, ki nastane zaradi mutacije v genu CYBB, ki kodira gp91phox. Slednji je katalitični center NADPH oksidaze 2 (NOX2), ki ima pomembno vlogo pri obrambi organizma pred okužbami. Mutacije v genu CYBB na kromosomu Xp21.1 pa so odgovorne za X-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni. Za popravljanje takšne monogenske mutacije so v raziskavi uporabili sistem CRISPR/Cas9. Ta sistem so za obrambo pred virusnimi okužbami razvile bakterije in arheje, gre pa za poseben od RNA odvisen sistem pridobljene imunosti, ki specifično prepozna in reže tujo tarčno DNA. V raziskavi so skušali s sistemom CRISPR/Cas9 popraviti mutacijo C676T na eksonu 7 gena CYBB. Z DHR testi so ugotovili, da s CRISPR/Cas9 popravljene mieloične celice obnovijo aktivnost NOX2 in ponovno izražajo protein gp91phox. S spreminjanjem količine ssODN pa so dokazali, da je stopnja popravljenih genov večja, če je količina ssODN večja, delež indelov pa se zmanjša. Prav tako so potrdili uspešno presaditev s CRISPR/Cas9 popravljenih krvotvornih matičnih in predniških celic in njihovo diferenciacijo v nepoškodovane mieloične in limfocitne celice v NSG miših v obdobju petih mesecev.

'''Barbara Slapnik: Holesterol v celični membrani'''

Holesterol je razporejen po celični membrani. Pomemben je za vzdrževanje membranske fluidnosti, membrano naredi bolj togo in manj prepustno. Njegova porazdelitev med zunanjim in notranjim fosfolipidnim slojem pa ni enakomerna. V raziskavi so razvili dopolnilne senzorje, ki omogočajo vpogled holesterola v obeh slojih sočasno in določili njegovo točno koncentracijo. Ugotovili so, da je koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane znatno višja kot koncentracija v notranjem sloju. Visoka koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane zmanjša njeno prepustnost, medtem ko nizka koncentracija holesterola v notranjem sloju omogoča celično sporočanje. Rezultati prikazujejo pomen transbilarne asimetrije holesterola v celični membrani in njegovo prerazporeditev za celično homeostazo, rast in razmnoževanje. Podajajo tudi povezavo med holesterolom v notranjem sloju celične membrane in rakom. Določili so točno koncentracijo holesterola, kar jim omogoča boljšo diagnostiko in zdravljenje raka, vendar so za to potrebne še nadaljnje raziskave. Rezultati prav tako predstavljajo osnovo za nadaljnje študije transbilarne dinamike in funkcij holesterola in drugih lipidov v celici.

'''Nadja Škafar: Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev'''

Nanotehnologija igra pomembno vlogo v moderni medicini, še posebej na področju zdravljenja bolezni s tarčno dostavo zdravil. Glavna prednost nanodostavnih sistemov (NS) pred danes uveljavljenimi metodami zdravljenja raka je selektivna dostava protitumorskih učinkovin tumorskim celicam, kar zmanjša možnost pojava neželenih stranskih učinkov, s tem pa se bolniku omogoči boljša kakovost življenja med in po zdravljenju. Dosedanje raziskave na področju NS so temeljile na injiciranju nanodelcev v krvni obtok. Ker pa ob vnosu nanodelcev v telo prihaja do medsebojnega delovanja NS s celicami imunskega sistema, jih te, še preden lahko nanodelci dostavijo zdravila do željenega mesta, odstranijo s fagocitozo. Raziskovalca Jian Yang in Cheng Dong sta zato s svojo ekipo skušala razviti novo tehniko NS, ki problematiko reakcij med NS in makrofagi v bioloških sistemih odpravi tako, da makrofage uporablja kot nosilce nanodelcev do tumorskih celic. Rezultati so pokazali, da so lahko makrofagi uspešni nosilci nanodelcev ter da bi lahko bili NS takšnega tipa v prihodnosti uspešna metoda za zdravljenje številnih bolezni.

'''Špela Deučman: Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč'''

Pri presajenih organih je največja skrb zavrnitev, ki je lahko akutna ali kronična. Pri slednji presadek sčasoma izgubi funkcijo in odmre, kar lahko povzroči smrt prejemnika. Stopnja preživetja presaditve pljuč je nižja od vseh ostalih presaditev organov. Pri 50% pacientov se pojavi obliterantni bronhiolitis oz. BOS, ki je glavni razlog kronične zavrnitve pljuč. Namen raziskave je bil odkriti signalno pot med NFAT1 (transkripcijski faktor), β-cateninom (koregulator transkripcije), ATX (eksoencim) in LPA1 (receptor) oz. LPA (sporočevalec) ter predlagati potencialno terapevtsko vlogo LPA1 antagonistov ter ATX inhibitorjev z namenom, da bi preprečili BOS. Odkrili so pozitivno korelacijo ekspresije med β-cateninom in kolagenom I. Ker LPA prepreči razgradnjo aktivnega β-catenina in ker je za nastanek LPA odgovoren ATX, so raziskali mehanizme reguliranja ekspresije ATX. Ugotovili so, da ekspresijo ATX regulira transkripcijski faktor NFAT1. Znano je, da LPA povečuje znotrajcelično koncentracijo prostih Ca2+ ionov, ti pa so povezani z aktivacijo in jedrsko translokacijo NFAT1. To pomeni, da LPA regulira ekspresijo NFAT1 in posledično tudi ATX. Pri raziskovanju na miših so uporabili LPA1 antagoniste in ATX inhibitorje, ki so vidno zmanjšali napredek BOS.

'''Anže Jenko: Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice'''

Kemiluminiscenčne sonde veljajo za eno izmed najbolj občutljivih diagnostičnih metod pri določanju encimske aktivnosti in koncentracije analita, kar v praktičnem življenju denimo koristi forenzikom. Ker pa je splošno uveljavljen princip koriščenje kemiluminiscence slabo dodelan in privede do velikih energetskih izgub. Raziskovalci so tako v sami raziskavi preizkušali kemiluminiscenčne in fluorescenčne lastnosti različnih derivatov Schaapovega adamatiliden-dioksetana, na katerega so vezali različne substituente, ki pa so imeli znaten vpliv. Na ta način so želeli ustvariti enokomponentni sistem, z visoko intenziteto izseva, ki pa je tudi primeren v fizioloških razmerah. To jim je na koncu tudi uspelo. Na najbolj ustrezni izmed sintetiziranih sond, so hidroksilno skupino na benzenovem obroču ''zamaskirali'' z drugačnimi zaščitnimi skupinami. Vsaka izmed teh skupin pa je bila občutljiva na različne molekule (denimo beta-galaktoza na encim beta-galaktozidaza), reakcija s katerimi je povzročila destabilizacijo - vzbujeno stanje sonde in posledično kemiluminiscenco. Ta mehanizem je pokazal visoko mero selektivnosti, zato so ga lahko praktično koristili pri mikroskopskem prikazovanju celic. Pri celicah z genom za prekomerno izražanje beta-galaktozidaze je z uporabo relavantne sonde (ustrezna zaščitna skupina) prišlo do obarvanja, pri takšni, kjer pa tega encima ni bilo prisotnega, pa do obarvanja ni prišlo.

'''Jana Kotnik: Sintetični membranski receptorji'''

Znanstveniki na Univerzi Bristol so našli način za posnemanje sporazumevanja celic z okolico. Ustvarili so sintetični receptor, ki se odziva na kemične signale podobno kot njegova naravna ekvivalenta. Vsadijo se v membrano in so sposobni vezave določenih ligandov. Receptor je sestavljen iz 3 delov: Vezavnega žepka konstruiranega iz kationskega kovinskega kompleksa, hidrofobne oligomerne vijačnice (jedro receptorja) in sonde s pirensko fluorescenco. V raziskavi so na podlagi sevanja sonde preučevali vpliv kiralnih ligandov na receptor in njegovo obliko v topilu ter v umetnih membranah veziklov. Umetni receptorji ponujajo redko možnost primerjanja obnašanja (oblike) molekul v raztopini in v membrani ter priložnost raziskovanja učinka membrane na razporeditvene preference in vezave ligandov. Kontroliranje prenašanja biokemijskih informacij čez fosfolipidni dvosloj predstavlja veliko priložnost za razvoj sintezne biologije - predstavljamo si lahko npr. umetne celice, s katerimi bi z nadzorovanjem receptorjev v membranah proizvajali koristne materiale ali zdravila.

'''Andrej Špenko: Nova tehnika za regeneracijo kostnega tkiva'''

Ruski znanstveniki so odkrili učinkovit način za izdelavo mineraliziranih vlaken, ki so mehansko odporna in hkrati celicam nudijo ugodne pogoje za preživetje. Vlakna, ki so bila narejena z elektrostatskim sukanjem, da so čim bolj posnemala človeški matriks, so potopili v raztopino Na2CO3 in CaCl2. Na vlaknih so se je tako formirali kristali CaCO3, katerih oblika pa je bila zelo odvisna od pogojev, v katerih so nastali. Pri nadaljnjih poskusih so raztopine z ogrodjem obdelali z ultrazvočnim valovanjem, da so ioni prodrli tudi v spodnje sloje ter v sredino vlaken. Ugotovili so, da se s pomočjo ultrazvočnega obdelovanja v prvih 30 sekundah formira vaterit, nestabilna oblika kristalov CaCO3, ki vlakna v nekaj kratkih ponovitvah popolnoma obda. Pri kasnejših ponovitvah pa se formira kalcit, ki pa je bolj pravilen in mehansko odporen kot vaterit. Če bi vlakna pustili v raztopini za daljše časovno obdobje, bi imel kalcit čas, da se formira. To bi pomenilo manjšo mehansko obstojnost, saj bi se na vlaknih raje formirali pravilni kristali, kot pa da bi vlakna obdali in tako pripravili enakomeren sloj okoli vlaken, na katere bi se kasneje zlagali dodatni kristali. Znanstveniki so v dokončana vlakna položili človeške kožne celice in po treh dneh so testi pokazali, da je sposobnost preživetja celic skoraj enaka tisti, v kontroli.

'''Ana Maklin: Termična stabilnost proteinov'''

Temperatura ima velik vpliv na fiziologijo celice. Organizmi rastejo najbolj optimalno le v omejenih temperaturnih razsežnostih. Občutljivost na temperaturo je v veliki meri posledica vpliva temperature na strukturo in funkcijo proteinov. Leuenberg et al. so opazovali termično stabilnost proteinov, z uporabo postopka LiS-MS, ki omogoča preučevanje proteinov neposredno v celičnem matriksu. Postopek so uporabili na ''Escherichia coli'', ''Saccharomyces cerevisiae'', ''Thermus thermophilus'' in človeških celicah, pridobili pa so podatke za več kot 8000 proteinov. Med raziskavo so prišli med drugim do naslednjih spoznanj: (i) do temperaturno sprožene celične smrti pride zaradi izgube določenih proteinov s ključnimi funkcijami, (ii) stabilnost nekaterih proteinov je posledica evolucijskega ohranjanja, (iii) dolžina proteinov in njihova termična stabilnost sta v obratnem sorazmerju, (iv) proteini, manj podvrženi termični agregaciji, so stabilnejši, (v) stabilni proteini imajo več beta ploskev, nestabilni pa alfa vijačnic.

'''Luka Gregorič: Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil'''

Uriniranje v bazene povzroča precej preglavic veliko lastnikom bazenov in tudi njihovim obiskovalcem. Zato se raziskovalci že dolgo trudijo ugotoviti učinkovit način s katerim bi lahko nadzirali koncentracijo urina v bazenih, da bi lahko se tudi lažje in bolj učinkovito spopadli z razkuževanjem le tega. Zato so začeli meriti vsebnost umetnega sladila ACE (acetilsulfam-K), ki se pojavlja v človeškem urinu in je zelo odporen na zunanje dejavnike (na velike spremembe pH in temperature). Hkrati pa je njegove koncentracije v podtalnici relativno malo, tako da velika odstopanja le tega ne moremo pripisati zunanjim dejavnikom. Koncentracija ACE v urinu je 4000 μg/L. Testirali so 21 različnih bazenov in 8 vročih vrelcev v Kanadi. Zbiranje vzorcev je trajalo 3 tedne. Testirali so jih skupaj z praznim vzorcem in ugotovili, da ima voda v bazenih in vročih vrelcih veliko večjo koncentracijo ACE kot prazen vzorec (ki je imel koncentracijo 0 ng/L) in podtalnica (10 ng/L). Te koncentracije so imele razpon vse od najmanjših vrednostih 50 ng/L do 7100 ng/L v vročih vrelcih. Ker v bazenih ni nobenega drugega očitnega vira ACE kot človeški urin so zaključili, da je v tistih bazenih, ki vsebujejo več ACE, tudi koncentracija urina večja.

'''Andrej Race: Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency'''

NADPH is an important molecule for cells biosythesis and detoxification of H2O2,because of its reductive power. Glucose-6-phosphate (G6PD) is one of the enzymes that is responsible for its production in the pentose phosphate pathway. The lacking of this protein can create problems for some blood cells, like erythrocytes. Erythrocytes do not have any other way of making this essential cofactor, so this deficiency may lead to their destruction and disease called favism. The distribution of this disease is remarkably similar to distribution of malaria, leading to a research that found out that parasitized erythrocytes in G6PD deficient person are more likeliy to get phagocytised by white blood cells and with that better chance of defending against this disease. The other type of cells that are affeceted by this deficiency are granulocytes, they require NADPH for chain of reactions that lead to formation of neutrophil extracellular trap, protection against bacteria and fungi. This lead to a conclusion that severe G6PD deficient people should be treated with antibiotics and antimycotics.

'''Bogatinova Emilija: NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju'''

Anioni kot so NO3 so tipični elektron donatorji. Vender izračuni napovedujejo da, je poraudelitev naboja NO3 je anizotropen in minimalen na dušiku. Tukaj so pokazali da ko je naboj nitrata v zadosni meri ovira odmevalo čež večjih obročjih, ki lahko stapijo v interakcijo z elektronskimi bogatimi partnerji. Ankete o Cambridge strukturnih Database in Protein Data Bank kažejo geometrijske nastavitve nekaterih kisika in žvepla, ki vsebuje subjektov okrog anioni nitrata, ki so v skladu s tem "π-lujenj lepljenje". Izračuni pokažejo donor-akceptor orbitalne interakcije, ki potrjujejo kontraintuitivnim Lewisova π-kislost nitrata.

'''Zaveršek Nika: BAKTERIJE LAHKO S POMOČJO SINTETIZIRANIH ŽELEZOVIH MOLEKUL POSTANEJO ELEKTRIČNI GENERATORJI'''
Bakterije in še nekateri ostali mikroorganizmi so samoobnovljivi 'nanoreaktorji', ki živijo povsod na Zemeljskem površju. Če bi ti organizmi lahko anodam oddali električno energijo, bi bil to nov način pridobivanja tako imenovane čiste energije. Problem je, da veliko organizmov ne more oddati električne energije, ki nastane pri njihovem metabolizmu, elektrodi.[1] Zanimivo pa se je vprašati, kako je sploh možno, da bi bakterije lahko oddale elektrone glede na to, da elektrode niso prisotne v naravnem okolju teh bakterij. Ena izmed teorij je, da so nekatere bakterije zmožne oddajanja elektronov elektrodi zato, ker v naravi elektrone lahko oddajo nekaterim netopnim mineralom. poleg tega, da bakterije lahko oddajajo elektrone, jih lahko tudi sprejemajo in jih uporabijo, da optimizirajo svoj metabolizem. Električni tok nastaja pri bakterijskem metabolizmu, ki poteka po principu redoks reakcij, iz organskih goriv. To lastnost bakterij bi lahko uporablili za nižje stroške ćiščenja vode, saj bi bakterije razgradile ogranske snovi, ki so v vodi, poleg tega pa bi proizvedle elektriko.

'''Zupan Tanja: Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki
Strokovnjaki na področju finih motoričnih sposobnosti, ki so povezane s spremembami v strukturi možganov so preučevali razliko v funkciji in povezljivosti možganov športnikov in ne športnikov v stanju mirovanja (v stanju mirovanja, v naših možganih delujejo tri povezave, ki so povezane z motoričnimi funkcijami: DMN (default mode network), FPN (frontoparietal network) in MN (motor network)) s pomočjo magnetne resonance. Pri raziskavi je sodelovalo dvaindvajset zdravih odraslih moškega spola med 18-25 let. Od tega 11 športnikov in 11 ne športnikov, ki pa se po starosti ujemajo s športniki. Rezultati so pokazali, da ukvarjanje z visoko aerobično vadbo v mladosti vpliva na razlike, ki nastanejo v povezovanju možganov, ki so opazne v stanju mirovanja. Posledice gibanja niso opazne le pri motoričnih sposobnostih ampak tudi pri delovanju izvršilnih funkcij, prostorski orientaciji in pri spominskih sposobnostih. Razlike v povezovanju se lahko pojavijo kot odziv na kognitivne zahteve teka na dolge razdalje v kombinaciji z aerobno vadbo. Poleg tega pa lahko kognitivne zahteve pri visoki intenzivni vzdržljivi vadbi privedejo tudi do razlik pri opravljanju dejavnosti, ki pa niso povezane s športom. V prihodnjih raziskavah na tem področju bodo v raziskovanje vključili tudi rekreativne športnike in ženske, ki v to raziskavo niso bili vključeni.

'''Mikulič Vernik Nika: ONKOLITIČNI VIRUSI, KI SELEKTIVNO NAPADAJO RAKASTE CELICE'''

Onkolitični virusi lahko s svojimi replikacijami znotraj gostiteljskih celic uničijo tumorska tkiva. Da bi izboljšali to njihovo sposobnost, znanstveniki neprestano razvijajo nove, močnejše viruse, ki pa s svojo močjo postajajo zmeraj bolj toksični. Zaradi tega narašča potreba po razvoju visoko specifičnih virusov, ki bi napadali zgolj tumorska tkiva, zdrava pa bi pustili nepoškodovana. Raziskovalci so določili optimalno sekvenco proteinov na 3'-UTR virusne mRNA, potrebno za onkoselektivnost virusov. Izdelali so adenovirus AdCPE s to sekvenco in primerjali njegovo učinkovitost pri uničevanju tumorskega tkiva z učinkovitostjo divjega tipa virusa ''in vitro'' in ''in vivo''. Primerjali so tudi vpliv virusa na normalno tkivo in prišli do zaključkov; 1) Virus AdCPE ni nič manj učinkovit pri uničevanju tumorskega tkiva kot divji tip virusa; 2) AdCPE je dosti manj toksičen od divjega tipa virusa.

'''Martin Špendl: NANOGRAFEN-RENIJEV KOMPLEKS ZA SELEKTIVNO REDUKCIJO OGLJIKOVEGA DIOKSIDA

Pereč problem razvitega sveta postajajo emisije CO2, ki so stranski produkt uporabe fosilnih goriv. Problem pridobivanja energije iz obnovljivih virov pa je ta, da so izkoristki zelo nizki oz. pridobljene energije ne moremo shraniti. Eden od načinov pridobivanja energije iz sonca ter hkratno odstranjevanje CO2 iz ozračja je omogočeno s selektivno redukcijo in z uporabo nanografen-renijevega kompleksa kot elektrokatalizator in fotokatalizator. Ko je molekula izpostavljena sončni svetlobi, lahko reducira CO2 v CO, ki služi kot zaloga energije in je komponenta sintetičnega plina (ang. syngas) skupaj z vodikom. Mešanico plinov se uporablja v gorilnih celicah, ki kemično energijo pretvorijo v električno energijo z zelo visokim izkoristkom in relativno malo emisijami. V primeru mešanice ogljikovega oksida in vodika je stranski produkt le CO2, ki je bil pridobljen iz zraka[2].
Dosedanji katalizatorji redukcije ogljikovega dioksida niso dosegali dovolj visokega izkoristka, da bi se metode začele uporabljati na industrijskem nivoju. Zato so znanstveniki začeli proučevati molekularne katalizatorje, saj lahko le-te usmerijo reakcijo preko več elektronov in s tem dosežejo višje izkoristke ter večjo selektivnost katalizirane reakcije. Kljub temu ostaja neznanka kako zmanjšati razliko v potencialih med redukcijskim potencialom katalizatorja ter same reakcije.

'''Ines Medved: KAKO ZMANJŠAN VNOS KALORIJ VPLIVA NA PROCES STARANJA
Mnoge raziskave so pokazale, da zmanjšan vnos kalorij upočasni proces staranja in preprečuje mnoge bolezni kot so diabetes, hipertenzija, rak … Daljša življenjska doba je povezana s celično homeostazo, zmanjšano celično rastjo in stopnjo sinteze proteinov. Ker se proteini sintetizirajo na ribosomih, morajo ti dobro delovati. Njihovo delovanje nadzoruje RQC (ang. Ribosome quality control complex). Raziskovalci so ugotovili, da se je celična rast miši, ki so bile na dieti z malo kalorij, zmanjšala za 25 %, prav tako se je zmanjšala tudi respiratorna kapaciteta jeter. Po desetih tednih privajanja na dieto so iz meritev ugotovili, da so bili proteini v homeostazi, zato so lahko izračunali hitrost zamenjave proteinov. Proteine so razdelili v tri skupine, in sicer v statične, v tiste, ki se hitro izmenjujejo in nastajajo počasi ali pa hitro, ter v proteine, ki 'skačejo' med prvo in drugo skupino. S polisomsko analizo so ugotovili, da je bilo v miših, ki so bile na dieti z malo kalorij, število aktivnih ribosomov manjše.

'''Uroš Prešern: Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt'''

Partanatos je ena izmed vrst celične smrti, ki nastopi zaradi prevelike aktivnosti poli(ADP-riboza) polimeraze 1 (PARP-1) v jedru. Pogost je v primeru možganske kapi, infarkta in nevrodegenerativnih boleznih, zaradi česar bi boljše poznavanje samega procesa omogočilo razvoj novih načinov zdravljenja teh obolenj. V predhodnih raziskavah so ugotovili, da partanatos nastopi, ko molekule poli-ADP-riboze, ki jih PARP-1 sintetizira, preidejo iz jedra v citosol, kjer aktivirajo premestitev indukcijskega faktorja apoptoze (AIF) iz mitohondrijev v jedro. Temu sledi razrez DNA. Nukleaza, ki povzroči razrez DNA, je bila do nedavnega manjkajoči člen v partanatosu. Skupini raziskovalcev je uspelo odkriti, da je iskana nukleaza inhibitorni dejavnik migracije makrofagov (MIF). Pokazali so, da se med partanatosom MIF veže na AIF in se skupaj z njim premesti v jedro, kjer povzroči fragmentacijo DNA. Inhibicija nukleazne aktivnosti MIF se je v modelu možganske kapi pri miših odrazila v 75-odstotnem zmanjšanju volumna prizadetega tkiva, pospešeno pa je bilo tudi okrevanje. Rezultati raziskave odpirajo potencialne možnosti za zdravljenje akutnih in kroničnih nevroloških bolezni, v katerih nastopi partanatos.

'''Urban Hribar: Modifikacija encimov FAS in biogoriva'''

Z modifikacijo encimskih kompleksov glivični FAS (fatty acid synthases) tipa 1 lahko razširimo spekter njihovih produktov. FAS komplekse sestavlja 7 kataliznih podenot in ene podenote nosilnega proteina ACP (acyl carrier protein). FAS kvasovk Rhodosporidium toruloides (RtFAS) in Aplanochytrium kerguelense (AkFAS) imajo podvojene ACP podenote. Če eno od teh podenot odstranimo to ne vpliva na delovanje encima. V teh encimih lahko zato nadomestimo eno od ACP podenot z drugim encimom kot naprimer sTE (short-chain thioesterase). Encim sTE hidrolizira acil-ACP/CoA v kratke in srednje dolge maščobne kisline (short/medium-chain fatty acids - S/MCFAs). Če celice kvasovk kot naprimer S. cerevisiae izražajo AkFAS ali RtFAS, ki imajo eno od ACP skupin zamenjano z sTE, proizvedejo 5-13 krat večjo količino izvenceličnih S/MFAs. Podobno lahko v FAS S. cerevisiae (ScFAS) dodamo encim Mks2. Ta encim bi spremenil reakcijski mehanizem ScFAS, tako da bi ta proizvajal večje količine metilih ketonov. Po pričakovanjih celice, ki izražajo modificirani ScFAS proizvedejo 10 krat več metilnih ketonov kot celice, ki so izražale naravni ScFAS. Hkrati pa celice z modificiranim encimom proizvajajo manj specifičnih maščobnih kislin. S temi metodami lahko nadziramo katere produkte lahko pridobivamo z glivičnimi celičnimi tovarnami, kar bi lahko tudi privedlo do velikih napredkov v proizvodnji biogoriv.

TBK2017 Povzetki seminarjev

2017-05-02T16:25:26Z

Urban Hribar: /* Ana Scott: Naslov seminarja */

[[TBK2017-seminar|Nazaj na osnovno stran]]
===Ana Scott: Naslov seminarja===
Tekst ....

'''Patrik Levaćić: Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionanlnost in strukturo prebavnih celic'''

Vnos nano delcev titanovega dioksida (TiO2) preko prehrambenih izdelkov kot so sladkarije ter žvečilni gumiji je praktično nemogoče. Prebavni trakt služi kot pomembna meja med telesom in zunanjim okoljem. Cilj raziskave je bilo opazovanje posledic vnosa 30 nano meterskih delcev titanovega dioksida preko modela celične strukture tankega črevesja ter določitev kako akutna ter kronična izpostavljenost takim delcem lahko vpliva na funkcionalnost in strukturo celice. Postopek prepoznavanja TiO2 delcev je zelo kompleksen, navadno se uporablja Ramanova spektroskopija, ki izkorišča lastnosti molekule kot so vibracijska ter rotacijska stanja, s tem pa dobimo tako imenovani ''finger-print'' molekule, saj ima vsaka molekula svoje lastnosti in se po njih loči od drugih molekul. Rezultati raziskave so potrdili, da čeprav akutna izpostavljenost ni pustila resnejših posledic na celični strukturi, ima kronična izpostavljenost kar nekaj posledic na celičnem nivoju. Spremeni se funkcionalnost celice, nivo delovanja membranskih encimov vpade, spremeni se prav tako tudi struktura, saj se zmanjša sposobnost vsrkavanja nutrientov preko mikrovilov.

'''Tina Turel: Povezanost retrovirusov z razvojem možganov'''

Možgani človeka so bistveno bolj razviti od možganov drugih sesalcev in zato veliko težji za raziskovanje in razumevanje. Številne raziskave so dokazale, da bi transportni elementi (TE-ji), ki so še pred nekaj leti veljali za neuporaben del DNA, tako imenovan »junk DNK«, lahko bili odgovorni za današnjo stopnjo razvitosti človeških možganov.
Retrovirusi so posebna skupina virusov. Nekateri veljajo za škodljive (HIV), drugi pa so povsem neškodljivi. V našem DNA je več kot 1000 različnih retrovirusov. V raziskavi, ki jo je vodil Johan Jakobsson in se je odvijala v Lundu, so dokazovali pomembno vlogo ERV-ja, endogenega retrovirusa v razvoju človeških možganov. Želeli so pokazati, da nekaj tisoč ERV-jev, mnogi so primarno specifični, delujejo kot priklopna podlaga za epigenetske represorsko beljakovino TRIM28, ki vzpostavi lokalni hetero kromatin okoli ERV-jev. Retrovirusi lahko pri vsakem človeku reagirajo drugače, saj so tak tip genetskega materiala, da se lahko nahajajo v katerem koli delu v genomu. Različna izražanja ERV-ja pa bi bila lahko tudi razlog za možganske okvare, ki povzročijo bolezni, kot so ALS, shizofrenija in bipolarna motnja .

'''Nina Mezgec Mrzlikar: Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo'''

Shizofrenija je duševna motnja, ki se razvije v zgodnjem odraslem obdobju. DISC-1 (Disrupted-In-Schizophrenia-1) je protein, kodiran z genom DISC-1 in je močno izražen v možganskem hipokampusu. Sodeluje pri razvoju aksonov in povezovanju celic. Caveolin-1 je ogrodni protein bistven pri regulaciji receptorjev na membranah in spodbuja razvoj novih povezav med živčnimi celicami. V tej raziskavi so znanstveniki proučevali vpliv proteina Cav-1 na izražanje gena DISC-1 v živčnih celicah. Ugotovljeno je bilo, da prekomerno izražen gen Cav-1 povzroči večje izražanje gena DISC-1 in drugih sinaptičnih proteinov, ki so potrebni za prenos živčnega signala. V miših, katerim so iz hipokampusa odstranili Cav-1 je posledično prišlo do manjšega izražanja DISC-1 in hkrati drugih sinaptičnih proteinov. Izguba Cav-1 torej zmanjšuje aktivnost sinaps, kar pa je vzrok za številne nevrodegenerativne bolezni, kot je tudi shizofrenija. Ugotovitve kažejo na pomembno vlogo proteina Caveolin-1 v celicah, saj vzdržuje pravilno delovanje receptorjev in s tem prenos živčnega signala.

'''Sonja Gabrijelčič: Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami'''

Odpornost bakterij na antibiotike je v porastu po vsem svetu. Pojavlja se tako v državah v razvoju, kjer je predvsem posledica nekvalitetnih antibiotikov, kot v najrazvitejših državah sveta, kjer se pojavlja več in več patogenov, ki lahko preživijo v okolju z več zdravilnimi učinkovinami oziroma antibiotiki. Bakterije lahko pridobijo odpornost ali z izmenjavo mobilnih genetskih elementov ali z mutacijo genetskega materiala, ki je že v celici. V raziskavi, ki jo opisuje članek, so raziskovalci želeli opazovati slednje, zato so izmed bakterij, ki so lahko sočasno odporne na več antibiotikov, izbrali Mycobacterium smegmatis, sorodnico bakterije, ki povzroča tuberkulozo, in eno od predstavnic skupine bakterij, pri kateri do izmenjevanja plazmidov praktično ne pride. Klasificirali so tipe mutacij, do katerih je prišlo, in se osredotočili predvsem na mutacije, ki so se zgodile na mestih genoma, kjer se kodirajo proteini, ki so sestavni deli ribosomov. Ugotovili so, da so taki mutanti odporni na antibiotike z različnimi mehanizmi delovanja, ki jim niso bili še nikoli izpostavljeni, na antibiotike širokega spektra in poleg tega tudi na nekatere druge mehanske strese na membrane.

'''Daria Latysheva: Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic'''

Mehansko aktivni kanalčki so membranski proteini, ki so neposredno odvisni od sile in pretvarjajo mehanske držljaje v električne oz. biokemijske signale. Piezo1 je mehansko aktiven ionski kanalček, ki spodbuja celično smrt v predelih z visoko gostoto celic. V raziskavi so ugotovili, da kotrolira tudi mitotsko delitev. Raziskali so mehanizem delovanja Piezo1 v procesu celične delitve. Pri nizki gostoti celic oz. kjer so celice raztegnjene se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter se odpre; posledično sproži influks kalcija v celico. ERK1 se aktivira zaradi povečane koncentracije Ca2+ ionov, kar vpliva na aktivnost ciklina B v G2 fazi mitotske delitve in povzroči proliferacijo. Način, na kateri Piezo1 aktivira dva nasprotna procesa je odvisen od lokacije in načina aktivacije kanalčka. V predelih z nizko gostoto celic se Piezo1 lokalizira na celični membrani ter hitro aktivira celično delitev. Če so celice razporejene tesno druga ob drugi, se Piezo1 oblikuje v velike citiplazemske agregate in spodbuja celično smrt. Zaradi sposobnosti zaznave mehanskega raztezka ter prevelike in premajhne gostote celic Piezo 1 deluje kot homeostatski senzor in kontrolira število epitelijskih celic.

'''Nika Goršek: Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku'''

MRP1 ali »Multidrug resistance protein« je protein, ki spada v družino ABC-transporterjev. Pomemben je pri reguliranju redoks homeostaze, vnetij in sekrecije hormonov. Znano je tudi, da ima pomembno vlogo pri odpornosti na zdravila in njihovem črpanju iz celic. V raziskavi na univerzi Rockefeller so z uporabo elektronske kriomikroskopije določili njegovo zgradbo. Sestavljajo ga štirje glavni deli: dva transmembranska dela, ki tvorita telo transporterja, dva dela, ki vežeta ATP, motiv v obliki lase in N-terminalni transmembranski del. Čeprav ima MRP1 dva dela, ki bi lahko vezala ATP, pa tega veže le en, saj pri drugem delu pride do drugačnega zaporedja aminokislin. V raziskavah so dokazali, da mutacije določenih delov proteina vodijo v bolezenska stanja in da bi sprememba le ene aminokisline v zaporedju vplivala na aktivnost proteina. MRP1 ima le eno dvojno vezavno mesto, ki je pozitivno nabito. Pestrost substratov je zaradi takega vezavnega mesta veliko večja, kot pri nekaterih drugih znanih proteinih. Prenaša lahko organske, amfipatične in aninonske molekule, na primer zdravila proti raku, opijate, antidepresive in tudi nekatere za življenje pomembne snovi (hormoni in protivnetne molekule). Ob vezavi substrata se oblika proteina MRP1 spremeni, aktivnost pa se poveča. Po končanem transportu pa protein preide nazaj v prvotno, neaktivno obliko.

'''Dragana Savković: Stopnja preživetja evkariontskih celic po elektroforezni nanoinjekciji'''

Znotrajcelična dostava makromolekul je pomemben korak za terapevtske in raziskovalne namene. Za uvajanje tujih molekul v citoplazmo živih celic uporabljale so se metode, katere so se v večini primerov uporabljale za veliko število celic v kulturi in je splošno znano, da veliko število teh celic (do 50%) ne preživi ta proces. Da bi rešili ta problem, razvili so alternativno metodo znotrajcelične dobave, oziroma znotrajcelično elektroforezno nanoinjekcijo. V raziskavi so primerjali stopnjo preživetja celic injiciranih z pipeto s premerom 100 nm in pipeto s premerom 500 nm. Ugotovili so, da je stopnja preživetja z uporabo 100 nm pipeto veliko večja kot s 500 nm pipeto in tudi da ostale preživele celice kažejo bolj naraven cikel celic.

'''Urška Zagorc: Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1'''

Sladkorna bolezen tipa 1, ki je značilna predvsem za otroke in mladostnike, je posledica motnje v imunskem sistemu. Organizem uniči lastne celice v trebušni slinavki, ki proizvajajo inzulin. Ta omogoča glukozi iz hrane vstop v celico, s čimer celica dobi hrano in energijo. V raziskavi nemškega raziskovalnega centra za zdravje in okolje Helmholtz Zentrum München so sodelovali otroci, katerih ožji družinski član ima diabetes tipa 1 in otroci brez dednih dispozicij. Analizirali so krvne vzorce otrok z avto-protitelesi ter jih primerjala z vzorci otrok, ki ne kažejo znakov bolezni niti nimajo protiteles.Identificirali so 41 peptidov iz 26 proteinov, ki se razlikujejo v krvnih vzorcih tistih otrok s protitelesi in tistih brez. Glede na koncentracijo peptidov v treh proteinih (hepatocitni rastni faktor HGF, istem komplementa H in ceruloplazmin) in glede na starost otroka, so dosegli tudi boljšo oceno hitrosti razvoja bolezni. Večja koncentracija sistema komplementa H in hepatocitnega rastnega faktorja ter nižja koncentracija ceruloplazmina pri tem nižji starosti bolnika, pomenijo hitrejši napredek bolezni. Identificirani proteini nam pokažejo bolj natančno oceno stopnje pred pojavom simptomov. Zaradi njih je možno tudi ugotoviti ali ima bolnik s protitelesi, večjo ali manjšo možnost za razvoj sladkorne bolezni tipa 1 in kako hitro se bo bolezen razvila.

'''Anja Černe: Uporaba askorbata pri zdravljenju raka'''

Če askorbat vnesemo v organizem v manjših koncentracijah ima antioksidativne učinke, medtem ko se pri vnosu v večjih koncentracijah obnaša kot prooksidant. Farmakološko koncentriran askorbat povzroča tok izvenceličnega H2O2 v celico in vse celice, tako zdrave kot rakave, encimsko razgrajujejo H2O2, ki je zanje toksičen. Glavni encimi, ki razgrajujejo H2O2 pri velikih količinah so katalaze. Ker pa je katalaz v rakavih celicah malo, so rakave celice bolj dovzetne škodljive učinke, zato je askorbat zanje selektivno toksičen. Katalazna aktivnost v rakavih celicah lahko napove, kako se bo tumor odzval na terapijo z askorbatom. Pri nekaterih vrstah tkiv je rast tumorjev bolj upočasnjena, pri drugih manj (odvisnost od količine katalaz, ki jih tkivo vsebuje). Število aktivnih katalaznih monomerov na celico in ED50 (koločina snovi, ki učinkuje pri 50% osebkih) sta sorazmerna s konstanto celične razgradnje H2O2. Radikali, ki nastanejo pri reakciji med ionom kovine in H2O2, poškodujejo DNA, v kolikšni meri se to zgodi pa je odvisno od količine askorbata.

'''Jerneja Nimac: S CRISPR/Cas9 nad X-vezavno kronično granulomatozno bolezen'''

Kronična granulomatozna bolezen je dedna bolezen imunskega sistema, ki nastane zaradi mutacije v genu CYBB, ki kodira gp91phox. Slednji je katalitični center NADPH oksidaze 2 (NOX2), ki ima pomembno vlogo pri obrambi organizma pred okužbami. Mutacije v genu CYBB na kromosomu Xp21.1 pa so odgovorne za X-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni. Za popravljanje takšne monogenske mutacije so v raziskavi uporabili sistem CRISPR/Cas9. Ta sistem so za obrambo pred virusnimi okužbami razvile bakterije in arheje, gre pa za poseben od RNA odvisen sistem pridobljene imunosti, ki specifično prepozna in reže tujo tarčno DNA. V raziskavi so skušali s sistemom CRISPR/Cas9 popraviti mutacijo C676T na eksonu 7 gena CYBB. Z DHR testi so ugotovili, da s CRISPR/Cas9 popravljene mieloične celice obnovijo aktivnost NOX2 in ponovno izražajo protein gp91phox. S spreminjanjem količine ssODN pa so dokazali, da je stopnja popravljenih genov večja, če je količina ssODN večja, delež indelov pa se zmanjša. Prav tako so potrdili uspešno presaditev s CRISPR/Cas9 popravljenih krvotvornih matičnih in predniških celic in njihovo diferenciacijo v nepoškodovane mieloične in limfocitne celice v NSG miših v obdobju petih mesecev.

'''Barbara Slapnik: Holesterol v celični membrani'''

Holesterol je razporejen po celični membrani. Pomemben je za vzdrževanje membranske fluidnosti, membrano naredi bolj togo in manj prepustno. Njegova porazdelitev med zunanjim in notranjim fosfolipidnim slojem pa ni enakomerna. V raziskavi so razvili dopolnilne senzorje, ki omogočajo vpogled holesterola v obeh slojih sočasno in določili njegovo točno koncentracijo. Ugotovili so, da je koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane znatno višja kot koncentracija v notranjem sloju. Visoka koncentracija holesterola v zunanjem sloju celične membrane zmanjša njeno prepustnost, medtem ko nizka koncentracija holesterola v notranjem sloju omogoča celično sporočanje. Rezultati prikazujejo pomen transbilarne asimetrije holesterola v celični membrani in njegovo prerazporeditev za celično homeostazo, rast in razmnoževanje. Podajajo tudi povezavo med holesterolom v notranjem sloju celične membrane in rakom. Določili so točno koncentracijo holesterola, kar jim omogoča boljšo diagnostiko in zdravljenje raka, vendar so za to potrebne še nadaljnje raziskave. Rezultati prav tako predstavljajo osnovo za nadaljnje študije transbilarne dinamike in funkcij holesterola in drugih lipidov v celici.

'''Nadja Škafar: Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev'''

Nanotehnologija igra pomembno vlogo v moderni medicini, še posebej na področju zdravljenja bolezni s tarčno dostavo zdravil. Glavna prednost nanodostavnih sistemov (NS) pred danes uveljavljenimi metodami zdravljenja raka je selektivna dostava protitumorskih učinkovin tumorskim celicam, kar zmanjša možnost pojava neželenih stranskih učinkov, s tem pa se bolniku omogoči boljša kakovost življenja med in po zdravljenju. Dosedanje raziskave na področju NS so temeljile na injiciranju nanodelcev v krvni obtok. Ker pa ob vnosu nanodelcev v telo prihaja do medsebojnega delovanja NS s celicami imunskega sistema, jih te, še preden lahko nanodelci dostavijo zdravila do željenega mesta, odstranijo s fagocitozo. Raziskovalca Jian Yang in Cheng Dong sta zato s svojo ekipo skušala razviti novo tehniko NS, ki problematiko reakcij med NS in makrofagi v bioloških sistemih odpravi tako, da makrofage uporablja kot nosilce nanodelcev do tumorskih celic. Rezultati so pokazali, da so lahko makrofagi uspešni nosilci nanodelcev ter da bi lahko bili NS takšnega tipa v prihodnosti uspešna metoda za zdravljenje številnih bolezni.

'''Špela Deučman: Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč'''

Pri presajenih organih je največja skrb zavrnitev, ki je lahko akutna ali kronična. Pri slednji presadek sčasoma izgubi funkcijo in odmre, kar lahko povzroči smrt prejemnika. Stopnja preživetja presaditve pljuč je nižja od vseh ostalih presaditev organov. Pri 50% pacientov se pojavi obliterantni bronhiolitis oz. BOS, ki je glavni razlog kronične zavrnitve pljuč. Namen raziskave je bil odkriti signalno pot med NFAT1 (transkripcijski faktor), β-cateninom (koregulator transkripcije), ATX (eksoencim) in LPA1 (receptor) oz. LPA (sporočevalec) ter predlagati potencialno terapevtsko vlogo LPA1 antagonistov ter ATX inhibitorjev z namenom, da bi preprečili BOS. Odkrili so pozitivno korelacijo ekspresije med β-cateninom in kolagenom I. Ker LPA prepreči razgradnjo aktivnega β-catenina in ker je za nastanek LPA odgovoren ATX, so raziskali mehanizme reguliranja ekspresije ATX. Ugotovili so, da ekspresijo ATX regulira transkripcijski faktor NFAT1. Znano je, da LPA povečuje znotrajcelično koncentracijo prostih Ca2+ ionov, ti pa so povezani z aktivacijo in jedrsko translokacijo NFAT1. To pomeni, da LPA regulira ekspresijo NFAT1 in posledično tudi ATX. Pri raziskovanju na miših so uporabili LPA1 antagoniste in ATX inhibitorje, ki so vidno zmanjšali napredek BOS.

'''Anže Jenko: Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice'''

Kemiluminiscenčne sonde veljajo za eno izmed najbolj občutljivih diagnostičnih metod pri določanju encimske aktivnosti in koncentracije analita, kar v praktičnem življenju denimo koristi forenzikom. Ker pa je splošno uveljavljen princip koriščenje kemiluminiscence slabo dodelan in privede do velikih energetskih izgub. Raziskovalci so tako v sami raziskavi preizkušali kemiluminiscenčne in fluorescenčne lastnosti različnih derivatov Schaapovega adamatiliden-dioksetana, na katerega so vezali različne substituente, ki pa so imeli znaten vpliv. Na ta način so želeli ustvariti enokomponentni sistem, z visoko intenziteto izseva, ki pa je tudi primeren v fizioloških razmerah. To jim je na koncu tudi uspelo. Na najbolj ustrezni izmed sintetiziranih sond, so hidroksilno skupino na benzenovem obroču ''zamaskirali'' z drugačnimi zaščitnimi skupinami. Vsaka izmed teh skupin pa je bila občutljiva na različne molekule (denimo beta-galaktoza na encim beta-galaktozidaza), reakcija s katerimi je povzročila destabilizacijo - vzbujeno stanje sonde in posledično kemiluminiscenco. Ta mehanizem je pokazal visoko mero selektivnosti, zato so ga lahko praktično koristili pri mikroskopskem prikazovanju celic. Pri celicah z genom za prekomerno izražanje beta-galaktozidaze je z uporabo relavantne sonde (ustrezna zaščitna skupina) prišlo do obarvanja, pri takšni, kjer pa tega encima ni bilo prisotnega, pa do obarvanja ni prišlo.

'''Jana Kotnik: Sintetični membranski receptorji'''

Znanstveniki na Univerzi Bristol so našli način za posnemanje sporazumevanja celic z okolico. Ustvarili so sintetični receptor, ki se odziva na kemične signale podobno kot njegova naravna ekvivalenta. Vsadijo se v membrano in so sposobni vezave določenih ligandov. Receptor je sestavljen iz 3 delov: Vezavnega žepka konstruiranega iz kationskega kovinskega kompleksa, hidrofobne oligomerne vijačnice (jedro receptorja) in sonde s pirensko fluorescenco. V raziskavi so na podlagi sevanja sonde preučevali vpliv kiralnih ligandov na receptor in njegovo obliko v topilu ter v umetnih membranah veziklov. Umetni receptorji ponujajo redko možnost primerjanja obnašanja (oblike) molekul v raztopini in v membrani ter priložnost raziskovanja učinka membrane na razporeditvene preference in vezave ligandov. Kontroliranje prenašanja biokemijskih informacij čez fosfolipidni dvosloj predstavlja veliko priložnost za razvoj sintezne biologije - predstavljamo si lahko npr. umetne celice, s katerimi bi z nadzorovanjem receptorjev v membranah proizvajali koristne materiale ali zdravila.

'''Andrej Špenko: Nova tehnika za regeneracijo kostnega tkiva'''

Ruski znanstveniki so odkrili učinkovit način za izdelavo mineraliziranih vlaken, ki so mehansko odporna in hkrati celicam nudijo ugodne pogoje za preživetje. Vlakna, ki so bila narejena z elektrostatskim sukanjem, da so čim bolj posnemala človeški matriks, so potopili v raztopino Na2CO3 in CaCl2. Na vlaknih so se je tako formirali kristali CaCO3, katerih oblika pa je bila zelo odvisna od pogojev, v katerih so nastali. Pri nadaljnjih poskusih so raztopine z ogrodjem obdelali z ultrazvočnim valovanjem, da so ioni prodrli tudi v spodnje sloje ter v sredino vlaken. Ugotovili so, da se s pomočjo ultrazvočnega obdelovanja v prvih 30 sekundah formira vaterit, nestabilna oblika kristalov CaCO3, ki vlakna v nekaj kratkih ponovitvah popolnoma obda. Pri kasnejših ponovitvah pa se formira kalcit, ki pa je bolj pravilen in mehansko odporen kot vaterit. Če bi vlakna pustili v raztopini za daljše časovno obdobje, bi imel kalcit čas, da se formira. To bi pomenilo manjšo mehansko obstojnost, saj bi se na vlaknih raje formirali pravilni kristali, kot pa da bi vlakna obdali in tako pripravili enakomeren sloj okoli vlaken, na katere bi se kasneje zlagali dodatni kristali. Znanstveniki so v dokončana vlakna položili človeške kožne celice in po treh dneh so testi pokazali, da je sposobnost preživetja celic skoraj enaka tisti, v kontroli.

'''Ana Maklin: Termična stabilnost proteinov'''

Temperatura ima velik vpliv na fiziologijo celice. Organizmi rastejo najbolj optimalno le v omejenih temperaturnih razsežnostih. Občutljivost na temperaturo je v veliki meri posledica vpliva temperature na strukturo in funkcijo proteinov. Leuenberg et al. so opazovali termično stabilnost proteinov, z uporabo postopka LiS-MS, ki omogoča preučevanje proteinov neposredno v celičnem matriksu. Postopek so uporabili na ''Escherichia coli'', ''Saccharomyces cerevisiae'', ''Thermus thermophilus'' in človeških celicah, pridobili pa so podatke za več kot 8000 proteinov. Med raziskavo so prišli med drugim do naslednjih spoznanj: (i) do temperaturno sprožene celične smrti pride zaradi izgube določenih proteinov s ključnimi funkcijami, (ii) stabilnost nekaterih proteinov je posledica evolucijskega ohranjanja, (iii) dolžina proteinov in njihova termična stabilnost sta v obratnem sorazmerju, (iv) proteini, manj podvrženi termični agregaciji, so stabilnejši, (v) stabilni proteini imajo več beta ploskev, nestabilni pa alfa vijačnic.

'''Luka Gregorič: Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil'''

Uriniranje v bazene povzroča precej preglavic veliko lastnikom bazenov in tudi njihovim obiskovalcem. Zato se raziskovalci že dolgo trudijo ugotoviti učinkovit način s katerim bi lahko nadzirali koncentracijo urina v bazenih, da bi lahko se tudi lažje in bolj učinkovito spopadli z razkuževanjem le tega. Zato so začeli meriti vsebnost umetnega sladila ACE (acetilsulfam-K), ki se pojavlja v človeškem urinu in je zelo odporen na zunanje dejavnike (na velike spremembe pH in temperature). Hkrati pa je njegove koncentracije v podtalnici relativno malo, tako da velika odstopanja le tega ne moremo pripisati zunanjim dejavnikom. Koncentracija ACE v urinu je 4000 μg/L. Testirali so 21 različnih bazenov in 8 vročih vrelcev v Kanadi. Zbiranje vzorcev je trajalo 3 tedne. Testirali so jih skupaj z praznim vzorcem in ugotovili, da ima voda v bazenih in vročih vrelcih veliko večjo koncentracijo ACE kot prazen vzorec (ki je imel koncentracijo 0 ng/L) in podtalnica (10 ng/L). Te koncentracije so imele razpon vse od najmanjših vrednostih 50 ng/L do 7100 ng/L v vročih vrelcih. Ker v bazenih ni nobenega drugega očitnega vira ACE kot človeški urin so zaključili, da je v tistih bazenih, ki vsebujejo več ACE, tudi koncentracija urina večja.

'''Andrej Race: Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency'''

NADPH is an important molecule for cells biosythesis and detoxification of H2O2,because of its reductive power. Glucose-6-phosphate (G6PD) is one of the enzymes that is responsible for its production in the pentose phosphate pathway. The lacking of this protein can create problems for some blood cells, like erythrocytes. Erythrocytes do not have any other way of making this essential cofactor, so this deficiency may lead to their destruction and disease called favism. The distribution of this disease is remarkably similar to distribution of malaria, leading to a research that found out that parasitized erythrocytes in G6PD deficient person are more likeliy to get phagocytised by white blood cells and with that better chance of defending against this disease. The other type of cells that are affeceted by this deficiency are granulocytes, they require NADPH for chain of reactions that lead to formation of neutrophil extracellular trap, protection against bacteria and fungi. This lead to a conclusion that severe G6PD deficient people should be treated with antibiotics and antimycotics.

'''Bogatinova Emilija: NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju'''

Anioni kot so NO3 so tipični elektron donatorji. Vender izračuni napovedujejo da, je poraudelitev naboja NO3 je anizotropen in minimalen na dušiku. Tukaj so pokazali da ko je naboj nitrata v zadosni meri ovira odmevalo čež večjih obročjih, ki lahko stapijo v interakcijo z elektronskimi bogatimi partnerji. Ankete o Cambridge strukturnih Database in Protein Data Bank kažejo geometrijske nastavitve nekaterih kisika in žvepla, ki vsebuje subjektov okrog anioni nitrata, ki so v skladu s tem "π-lujenj lepljenje". Izračuni pokažejo donor-akceptor orbitalne interakcije, ki potrjujejo kontraintuitivnim Lewisova π-kislost nitrata.

'''Zaveršek Nika: BAKTERIJE LAHKO S POMOČJO SINTETIZIRANIH ŽELEZOVIH MOLEKUL POSTANEJO ELEKTRIČNI GENERATORJI'''
Bakterije in še nekateri ostali mikroorganizmi so samoobnovljivi 'nanoreaktorji', ki živijo povsod na Zemeljskem površju. Če bi ti organizmi lahko anodam oddali električno energijo, bi bil to nov način pridobivanja tako imenovane čiste energije. Problem je, da veliko organizmov ne more oddati električne energije, ki nastane pri njihovem metabolizmu, elektrodi.[1] Zanimivo pa se je vprašati, kako je sploh možno, da bi bakterije lahko oddale elektrone glede na to, da elektrode niso prisotne v naravnem okolju teh bakterij. Ena izmed teorij je, da so nekatere bakterije zmožne oddajanja elektronov elektrodi zato, ker v naravi elektrone lahko oddajo nekaterim netopnim mineralom. poleg tega, da bakterije lahko oddajajo elektrone, jih lahko tudi sprejemajo in jih uporabijo, da optimizirajo svoj metabolizem. Električni tok nastaja pri bakterijskem metabolizmu, ki poteka po principu redoks reakcij, iz organskih goriv. To lastnost bakterij bi lahko uporablili za nižje stroške ćiščenja vode, saj bi bakterije razgradile ogranske snovi, ki so v vodi, poleg tega pa bi proizvedle elektriko.

'''Zupan Tanja: Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki
Strokovnjaki na področju finih motoričnih sposobnosti, ki so povezane s spremembami v strukturi možganov so preučevali razliko v funkciji in povezljivosti možganov športnikov in ne športnikov v stanju mirovanja (v stanju mirovanja, v naših možganih delujejo tri povezave, ki so povezane z motoričnimi funkcijami: DMN (default mode network), FPN (frontoparietal network) in MN (motor network)) s pomočjo magnetne resonance. Pri raziskavi je sodelovalo dvaindvajset zdravih odraslih moškega spola med 18-25 let. Od tega 11 športnikov in 11 ne športnikov, ki pa se po starosti ujemajo s športniki. Rezultati so pokazali, da ukvarjanje z visoko aerobično vadbo v mladosti vpliva na razlike, ki nastanejo v povezovanju možganov, ki so opazne v stanju mirovanja. Posledice gibanja niso opazne le pri motoričnih sposobnostih ampak tudi pri delovanju izvršilnih funkcij, prostorski orientaciji in pri spominskih sposobnostih. Razlike v povezovanju se lahko pojavijo kot odziv na kognitivne zahteve teka na dolge razdalje v kombinaciji z aerobno vadbo. Poleg tega pa lahko kognitivne zahteve pri visoki intenzivni vzdržljivi vadbi privedejo tudi do razlik pri opravljanju dejavnosti, ki pa niso povezane s športom. V prihodnjih raziskavah na tem področju bodo v raziskovanje vključili tudi rekreativne športnike in ženske, ki v to raziskavo niso bili vključeni.

'''Mikulič Vernik Nika: ONKOLITIČNI VIRUSI, KI SELEKTIVNO NAPADAJO RAKASTE CELICE'''

Onkolitični virusi lahko s svojimi replikacijami znotraj gostiteljskih celic uničijo tumorska tkiva. Da bi izboljšali to njihovo sposobnost, znanstveniki neprestano razvijajo nove, močnejše viruse, ki pa s svojo močjo postajajo zmeraj bolj toksični. Zaradi tega narašča potreba po razvoju visoko specifičnih virusov, ki bi napadali zgolj tumorska tkiva, zdrava pa bi pustili nepoškodovana. Raziskovalci so določili optimalno sekvenco proteinov na 3'-UTR virusne mRNA, potrebno za onkoselektivnost virusov. Izdelali so adenovirus AdCPE s to sekvenco in primerjali njegovo učinkovitost pri uničevanju tumorskega tkiva z učinkovitostjo divjega tipa virusa ''in vitro'' in ''in vivo''. Primerjali so tudi vpliv virusa na normalno tkivo in prišli do zaključkov; 1) Virus AdCPE ni nič manj učinkovit pri uničevanju tumorskega tkiva kot divji tip virusa; 2) AdCPE je dosti manj toksičen od divjega tipa virusa.

'''Martin Špendl: NANOGRAFEN-RENIJEV KOMPLEKS ZA SELEKTIVNO REDUKCIJO OGLJIKOVEGA DIOKSIDA

Pereč problem razvitega sveta postajajo emisije CO2, ki so stranski produkt uporabe fosilnih goriv. Problem pridobivanja energije iz obnovljivih virov pa je ta, da so izkoristki zelo nizki oz. pridobljene energije ne moremo shraniti. Eden od načinov pridobivanja energije iz sonca ter hkratno odstranjevanje CO2 iz ozračja je omogočeno s selektivno redukcijo in z uporabo nanografen-renijevega kompleksa kot elektrokatalizator in fotokatalizator. Ko je molekula izpostavljena sončni svetlobi, lahko reducira CO2 v CO, ki služi kot zaloga energije in je komponenta sintetičnega plina (ang. syngas) skupaj z vodikom. Mešanico plinov se uporablja v gorilnih celicah, ki kemično energijo pretvorijo v električno energijo z zelo visokim izkoristkom in relativno malo emisijami. V primeru mešanice ogljikovega oksida in vodika je stranski produkt le CO2, ki je bil pridobljen iz zraka[2].
Dosedanji katalizatorji redukcije ogljikovega dioksida niso dosegali dovolj visokega izkoristka, da bi se metode začele uporabljati na industrijskem nivoju. Zato so znanstveniki začeli proučevati molekularne katalizatorje, saj lahko le-te usmerijo reakcijo preko več elektronov in s tem dosežejo višje izkoristke ter večjo selektivnost katalizirane reakcije. Kljub temu ostaja neznanka kako zmanjšati razliko v potencialih med redukcijskim potencialom katalizatorja ter same reakcije.

'''Ines Medved: KAKO ZMANJŠAN VNOS KALORIJ VPLIVA NA PROCES STARANJA
Mnoge raziskave so pokazale, da zmanjšan vnos kalorij upočasni proces staranja in preprečuje mnoge bolezni kot so diabetes, hipertenzija, rak … Daljša življenjska doba je povezana s celično homeostazo, zmanjšano celično rastjo in stopnjo sinteze proteinov. Ker se proteini sintetizirajo na ribosomih, morajo ti dobro delovati. Njihovo delovanje nadzoruje RQC (ang. Ribosome quality control complex). Raziskovalci so ugotovili, da se je celična rast miši, ki so bile na dieti z malo kalorij, zmanjšala za 25 %, prav tako se je zmanjšala tudi respiratorna kapaciteta jeter. Po desetih tednih privajanja na dieto so iz meritev ugotovili, da so bili proteini v homeostazi, zato so lahko izračunali hitrost zamenjave proteinov. Proteine so razdelili v tri skupine, in sicer v statične, v tiste, ki se hitro izmenjujejo in nastajajo počasi ali pa hitro, ter v proteine, ki 'skačejo' med prvo in drugo skupino. S polisomsko analizo so ugotovili, da je bilo v miših, ki so bile na dieti z malo kalorij, število aktivnih ribosomov manjše.

'''Uroš Prešern: Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt'''

Partanatos je ena izmed vrst celične smrti, ki nastopi zaradi prevelike aktivnosti poli(ADP-riboza) polimeraze 1 (PARP-1) v jedru. Pogost je v primeru možganske kapi, infarkta in nevrodegenerativnih boleznih, zaradi česar bi boljše poznavanje samega procesa omogočilo razvoj novih načinov zdravljenja teh obolenj. V predhodnih raziskavah so ugotovili, da partanatos nastopi, ko molekule poli-ADP-riboze, ki jih PARP-1 sintetizira, preidejo iz jedra v citosol, kjer aktivirajo premestitev indukcijskega faktorja apoptoze (AIF) iz mitohondrijev v jedro. Temu sledi razrez DNA. Nukleaza, ki povzroči razrez DNA, je bila do nedavnega manjkajoči člen v partanatosu. Skupini raziskovalcev je uspelo odkriti, da je iskana nukleaza inhibitorni dejavnik migracije makrofagov (MIF). Pokazali so, da se med partanatosom MIF veže na AIF in se skupaj z njim premesti v jedro, kjer povzroči fragmentacijo DNA. Inhibicija nukleazne aktivnosti MIF se je v modelu možganske kapi pri miših odrazila v 75-odstotnem zmanjšanju volumna prizadetega tkiva, pospešeno pa je bilo tudi okrevanje. Rezultati raziskave odpirajo potencialne možnosti za zdravljenje akutnih in kroničnih nevroloških bolezni, v katerih nastopi partanatos.

""Urban Hribar: Modifikacija encimov FAS in biogoriva""

Z modifikacijo encimskih kompleksov glivični FAS (fatty acid synthases) tipa 1 lahko razširimo spekter njihovih produktov. FAS komplekse sestavlja 7 kataliznih podenot in ene podenote nosilnega proteina ACP (acyl carrier protein). FAS kvasovk Rhodosporidium toruloides (RtFAS) in Aplanochytrium kerguelense (AkFAS) imajo podvojene ACP podenote. Če eno od teh podenot odstranimo to ne vpliva na delovanje encima. V teh encimih lahko zato nadomestimo eno od ACP podenot z drugim encimom kot naprimer sTE (short-chain thioesterase). Encim sTE hidrolizira acil-ACP/CoA v kratke in srednje dolge maščobne kisline (short/medium-chain fatty acids - S/MCFAs). Če celice kvasovk kot naprimer S. cerevisiae izražajo AkFAS ali RtFAS, ki imajo eno od ACP skupin zamenjano z sTE, proizvedejo 5-13 krat večjo količino izvenceličnih S/MFAs. Podobno lahko v FAS S. cerevisiae (ScFAS) dodamo encim Mks2. Ta encim bi spremenil reakcijski mehanizem ScFAS, tako da bi ta proizvajal večje količine metilih ketonov. Po pričakovanjih celice, ki izražajo modificirani ScFAS proizvedejo 10 krat več metilnih ketonov kot celice, ki so izražale naravni ScFAS. Hkrati pa celice z modificiranim encimom proizvajajo manj specifičnih maščobnih kislin. S temi metodami lahko nadziramo katere produkte lahko pridobivamo z glivičnimi celičnimi tovarnami, kar bi lahko tudi privedlo do velikih napredkov v proizvodnji biogoriv.

TBK2017-seminar

2017-05-02T15:37:50Z

Urban Hribar: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Nina Mezgec Mrzlikar || Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova
|-
| Tina Turel || Povezanost retrovirusov z razvojem možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek
|-
| Sonja Gabrijelčič || Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221110808.htm https://elifesciences.org/content/6/e20420 || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan
|-
| Patrik Levačić || Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm|| 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race
|-
| Nika Goršek ||Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170224160629.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir
|-
| Dragana Savković || Stopnja preživetja evkariotskih celic po elektroforezni nano-injekciji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105437.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl
|-
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik
|-
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved
|-
| Urška Zagorc || Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1 || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161107112428.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar
|-
| Anja Černe || Učinek farmakološkega askorbata na rakave celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170109134014.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern
|-
| Barbara Slapnik ||Holesterol v celični membrani || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170117163039.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej
|-
| Jerneja Nimac || S CRISPR/Cas9 nad x-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110734.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez
|-
| Gašper Anton Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309132308.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič
|-
| Nadja Škafar ||Dostava protitumorskih zdravil s pomočjo makrofagov in biorazgradljivih nanodelcev||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104154408.htm|| 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina
|-
| Anže Jenko || Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308081051.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar
|-
| Špela Deučman || Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105426.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec
|-
| Luka Gregorič || Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301084913.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski
|-
| Jana Kotnik || Sintetični membranski receptorji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170306114231.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek
|-
| Andrej Špenko || Nova tehnika za boljšo regeneracijo kostnega tkiva || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161220093946.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič
|-
| Ana Maklin || Termična stabilnost proteinov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170228131046.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč
|-
| Emilija Bogatinova ||NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170222131802.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn
|-
| Nika Zaveršek || Bakterije lahko s pomočjo posebnih sintetičnih molekul spremenimo v električne generatorje || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170209133509.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković
|-
| Tanja Zupan || Razlike v funkcionalni povezavi možganov v mirujočem stanju med športniki in ne športniki ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161214151637.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec
|-
| Andrej Race || Deficit Glukoze-6-fosfat-dehidrogenaze || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/07/160726094319.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič
|-
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar
|-
| Martin Špendl || Nanografen-renijev kompleks za selektivno redukcijo ogljikovega dioksida ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308135342.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel
|-
| Nika Mikulič Vernik || Onkolitični virusi, ki selektivno napadajo rakaste celice ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316112147.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič
|-
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić
|-
| Urban Hribar || Manipulacija encimov FAS in biogoriva ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309120519.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek
|-
| Uroš Prešern ||Nukleaza, ki povzroči partanatos oziroma od PARP-1 odvisno celično smrt || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/10/161006143602.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković
|-
| Špela Supej || Nov način kontroliranja celične biologije s pomočjo svetlobe ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170315125623.htm|| 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman
|-
| Lea Knez || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012518.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva
|-
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc
|-
| Luka Fratina || || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161221111327.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe
|-
| Anja Tavčar || Selenomabi - obstojna in učinkovita protitelesa, konjugirana s citostatiki|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170316151821.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik
|-
| Maja Vrabec ||Komunikacija med virusi usmerja odločitev za litični ali lizogeni cikel|| https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170119163345.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac
|-
| Vesna Dimitrovski || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar
|-
| Katja Doberšek || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215145949.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar
|-
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko
|-
| Ajda Krč || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman
|-
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič
|-
| Milica Janković || || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/08/160816151900.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik
|-
| Ajda Godec || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161121174639.htm || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko
|-
| Andreja Habič || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2017-seminar

2017-03-18T12:52:54Z

Urban Hribar: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Nina Mezgec Mrzlikar || Regulacija gena DISC-1 kot potencialnega zdravila za shizofrenijo || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170105144339.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar || Emilija Bogatinova
|-
| Tina Turel || Povezanost retrovirusov z razvojem možganov || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110840.htm || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Katja Doberšek || Uroš Prešern || Nika Zaveršek
|-
| Sonja Gabrijelčič || Ribosomske mutacije spodbujajo razvoj odpornosti proti antibiotikom v okolju z več zdravilnimi učinkovinami ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170221110808.htm https://elifesciences.org/content/6/e20420 || 28.02. || 03.03. || 06.03. || Mariša Cvitanič || Špela Supej || Tanja Zupan
|-
| Patrik Levačić || Prehrambni aditivi v sladkarijah ter žvečilnih gumijih lahko spremenijo funkcionalnost in strukturo prebavnih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012450.htm|| 28.02. || 03.03. || 06.03. || Ajda Krč || Lea Knez || Andrej Race
|-
| Nika Goršek ||Nove študije razkrivajo delovanje molekulske črpalke, ki izloča zdravila proti raku || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170224160629.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Adela Šajn || Maja Jankovič || Urška Košir
|-
| Dragana Savković || Stopnja preživetja evkariotskih celic po elektroforezni nano-injekciji || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105437.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Milica Janković || Luka Fratina || Martin Špendl
|-
| Hana Hiršman || || || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Ajda Godec || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik
|-
| Daria Latysheva || Mehanski raztezek sproži hitro delitev epitelijskih celic || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170215131543.htm || 07.03. || 10.03. || 13.03. || Andreja Habič || Maja Vrabec || Ines Medved
|-
| Urška Zagorc || Proteini, zgodnje opozorilo sladkorne bolezni tipa 1 || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161107112428.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski || Urban Hribar
|-
| Anja Černe || Učinek farmakološkega askorbata na rakave celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170109134014.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Tina Turel || Katja Doberšek || Uroš Prešern
|-
| Barbara Slapnik ||Holesterol v celični membrani || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170117163039.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič || Špela Supej
|-
| Jerneja Nimac || S CRISPR/Cas9 nad x-vezavno obliko kronične granulomatozne bolezni || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170112110734.htm || 14.03. || 17.03. || 20.03. || Patrik Levačić || Ajda Krč || Lea Knez
|-
| Gašper Anton Komatar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309132308.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Nika Goršek || Adela Šajn || Maja Jankovič
|-
| Nadja Škafar || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/01/170104154408.htm|| 21.03. || 24.03. || 27.03. || Dragana Savković || Milica Janković || Luka Fratina
|-
| Anže Jenko || Koriščenje kemiluminiscence dioksietanovih sond za prikazovanje celice || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170308081051.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Hana Hiršman || Ajda Godec || Anja Tavčar
|-
| Špela Deučman || Raziskovanje vzrokov kronične zavrnitve presajenih pljuč || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301105426.htm || 21.03. || 24.03. || 27.03. || Daria Latysheva || Andreja Habič || Maja Vrabec
|-
| Luka Gregorič || Merjenje količine urina v plavalnih bazenih s pomočjo merjenja koncentracije umetnih sladil || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170301084913.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar || Vesna Dimitrovski
|-
| Jana Kotnik || || || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Anja Černe || Tina Turel || Katja Doberšek
|-
| Andrej Špenko || Nova tehnika za boljšo regeneracijo kostnega tkiva || https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161220093946.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič || Mariša Cvitanič
|-
| Ana Maklin || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170313102420.htm || 28.03. || 31.03. || 03.04. || Jerneja Nimac || Patrik Levačić || Ajda Krč
|-
| Emilija Bogatinova ||NO3-anioni lahko delujejo kot Lewisovo kislino v tvrdnem stanju || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170222131802.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek || Adela Šajn
|-
| Nika Zaveršek || Bakterije lahko s pomočjo posebnih sintetičnih molekul spremenimo v električne generatorje || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170209133509.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Nadja Škafar || Dragana Savković || Milica Janković
|-
| Tanja Zupan || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/12/161214151637.htm || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Anže Jenko || Hana Hiršman || Ajda Godec
|-
| Andrej Race || || || 04.04. || 07.04. || 10.04. || Špela Deučman || Daria Latysheva || Andreja Habič
|-
| Urška Košir || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Luka Gregorič || Urška Zagorc || Nina Mezgec Mrzlikar
|-
| Martin Špendl || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Jana Kotnik || Anja Černe || Tina Turel
|-
| Nika Mikulič Vernik || || || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Andrej Špenko || Barbara Slapnik || Sonja Gabrijelčič
|-
| Ines Medved ||Kako lahko z zmanjšanim vnosom hrane upočasnimo proces staranja ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213151306.htm || 18.04. || 21.04. || 24.04. || Ana Maklin || Jerneja Nimac || Patrik Levačić
|-
| Urban Hribar || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170309120519.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar || Nika Goršek
|-
| Uroš Prešern || || || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Nika Zaveršek || Nadja Škafar || Dragana Savković
|-
| Špela Supej || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170315125623.htm|| 02.05. || 05.05. || 08.05. || Tanja Zupan || Anže Jenko || Hana Hiršman
|-
| Lea Knez || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170217012518.htm || 02.05. || 05.05. || 08.05. || Andrej Race || Špela Deučman || Daria Latysheva
|-
| Maja Jankovič || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Urška Košir || Luka Gregorič || Urška Zagorc
|-
| Luka Fratina || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Martin Špendl || Jana Kotnik || Anja Černe
|-
| Anja Tavčar || || https://www.sciencedaily.com/releases/2017/03/170302143951.htm || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko || Barbara Slapnik
|-
| Maja Vrabec || || || 09.05. || 12.05. || 15.05. || Ines Medved || Ana Maklin || Jerneja Nimac
|-
| Vesna Dimitrovski || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Urban Hribar || Emilija Bogatinova || Gašper Anton Komatar
|-
| Katja Doberšek || ||https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170213083810.htm || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Uroš Prešern || Nika Zaveršek || Nadja Škafar
|-
| Mariša Cvitanič || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Špela Supej || Tanja Zupan || Anže Jenko
|-
| Ajda Krč || || || 16.05. || 19.05. || 22.05. || Lea Knez || Andrej Race || Špela Deučman
|-
| Adela Šajn || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Jankovič || Urška Košir || Luka Gregorič
|-
| Milica Janković || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Luka Fratina || Martin Špendl || Jana Kotnik
|-
| Ajda Godec || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Anja Tavčar || Nika Mikulič Vernik || Andrej Špenko
|-
| Andreja Habič || || || 23.05. || 26.05. || 29.05. || Maja Vrabec || Ines Medved || Ana Maklin
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2017 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2017_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2017_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2017_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2017_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2017_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.