https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Ursa+lovse 2026-04-04T13:49:41Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Avtomatizirano_oblikovanje_sintezne_mikrobne_zdru%C5%BEbe&diff=18952 2021-05-10T21:21:43Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>''Povzeto po članku: B. D. Karkaria, A. J. H. Fedorec, and C. P. Barnes, “Automated design of synthetic microbial communities,” Nat. Commun., vol. 12, no. 1, pp. 1–12, 2021. doi: 10.1038/s41467-020-20756-2<br /> ''<br /> =Uvod=<br /> Mikrobno združbo predstavljajo različne populacije mikroorganizmov, ki med seboj interagirajo preko izmenjevanja različnih signalnih molekul. To predstavlja prednost pred posameznimi monokulturami, saj so posamezne populacije znotraj združbe bolj odporne na okoljske spremembe, kot sta na primer invazija neželenih vrst in pomanjkanje hranil. [1]<br /> <br /> Posamezne populacije mikroorganizmov v določeni združbi med seboj komunicirajo preko izmenjave metabolitov ali molekularnih signalov, s tem pa lahko vsaka populacija v združbi zaznava in se odziva na prisotnost drugih populacij. Pri bakterijah predstavljajo mikrobno združbo biofilmi, komunikacija pa poteka preko signalnih molekul, virulentnih dejavnikov ali majhnih peptidov (npr. bakteriocini). Preko intermediatov, ki nastajajo, lahko tako posamezne populacije v združbi pozitivno ali negativno regulirajo aktivnost drugih. Poleg komunikacije poteka v združbah tudi delitev dela med posameznimi populacijami, kar omogoči tvorbo kompleksnih produktov ali razgradnjo kompleksnih substratov. Z delitvijo dela se zmanjša metabolno breme posamezne populacije, kar pozitivno vpliva na mikrobno rast. [1, 2] <br /> <br /> V sintezni biologiji se je sistem sintezne mikrobne združbe razvil z namenom spodbujanja rasti določenih vrst bakterij in sinteze kompleksnejših spojin, ki jih posamezen sev v monokulturi ni sposoben proizvesti sam. Zaradi povečane sposobnosti preživetja in rasti mikrobne združbe v primerjavi z monokulturami, je ta bolj primerna za biotehnološke aplikacije, poleg tega pa predstavlja obetavno orodje za upravljanje človeškega in okoljskega mikrobioma za namene zdravljenja oziroma uporabe v kmetijstvu. [3]<br /> <br /> =Postopek sinteze mikrobne združbe=<br /> Prvi korak pri ustvarjanju sintezne mikrobne združbe je ustvarjanje ustrezne komunikacije med celicami. Pri tem se pri bakterijah izkoriščajo komponente, ki sodelujejo pri sistemu quorum-sensing (QS). Izkoriščanje sistema QS omogoča, da je obnašanje celotne združbe regulirano z izmenjavo majhnih signalnih molekul, kot je acil-homoserin lakton, ki je tudi najpogosteje uporabljen sistem v sintezni biologiji. [1] Poleg tega sistema lahko komunikacija poteka tudi preko proteinov, ki sodelujejo pri lizi celice, encimi, ki sodelujejo pri metabolizmu določenih spojin, toksinov in pa protimikrobnih peptidov. V opisanem članku so se odločili za zadnje, in sicer za uporabo bakteriocinov, ki vplivajo na hitrost rasti določenih populacij, ki so občutljive na bakteriocin. [4]<br /> <br /> Pri načrtovanju mikrobne združbe v primeru izkoriščanja sistema z bakteriocini se lahko izkorišča šest različnih načinov medsebojne interakcije, med katerimi so komenzalizem, amenzalizem, nevtralizem, kooperacija, kompeticija in predatorstvo. [3] <br /> <br /> V sintezni biologiji je uporaba napovednih modelov nujna, saj je v sistemu veliko različnih parametrov, ki vplivajo na uspešnost sinteze stabilne združbe. V opisanem članku so najprej z uporabo programa AutoCD (Automated synthetic microbial Community designer) avtomatizirano generirali vse kandidatne sisteme, ki lahko tvorijo mikrobno združbo iz seta bioloških delov in danih parametrov. [4]<br /> <br /> Model pri tem predstavlja skupek večih parametrov, ki upoštevajo število sevov, sistemov QS in bakteriocinov v določenem sistemu. Kot primer združbe dveh vrst predstavlja en takšen model dva seva (npr. sev N1 in N2), dva bakteriocina (B1, B2) in dva sistema QS (A1, A2). Pri modelu je potrebno definirati še dodatne omejitve, kot so naprimer izražanje števila različnih sistemov QS in število izraženi bakteriocinov pri posameznem sevu, ter občutljivost posameznega seva na različne bakteriocine.<br /> <br /> Na podlagi kandidatnih sistemov so nato z uporabo orodja ABC SMC (Approximate Bayesian computation with sequential Monte Carlo sampling) simulirali in izbrali le tiste modele, ki so najbolj verjetni za tvorbo stabilne dvo- in tro-vrstne mikrobne združbe ob vzpostavitvi dinamičnega ravnotežja. To so izbirali na podlagi treh parametrov v dinamičnem ravnotežju, in sicer na podlagi gradienta populacij, standardne deviacije med posameznimi simulacijami in koncentracijo bakterij posameznega seva. Dodatni parameter, ki so ga pri tem upoštevali je še dopuščena stopnja odstopanja med želenim in simuliranim obnašanjem.<br /> <br /> Orodje ABC (Approximate Bayesian computation) je osnovano na Bayesovem teoremu, ki lahko glede na podatke napove statistično najbolj ustrezno razporeditev sistema. ABC se pogosto uporablja za napovedne modele v primeru reševanja kompleksnih problemov pri bioloških vedah, kot je v konkretnem primeru napoved modela za dosego najbolj stabilne mikrobne združbe. V grobem to orodje napove, kateri model bo najbolje opisal realno stanje sistema glede na parametre, dobljene pri simulacijah. Orodje ABC SMC pomaga identificirati tudi ključne parametre, ki omogočajo tvorbo ustrezne gostote populacije posameznih sevov, ki je potrebna za dosego dinamičnega ravnotežja pri določeni združbi. Parametre, ki se pri tem upoštevajo, je možno regulirati direktno z nastavitvijo stopnje redčitve posameznih populacij sevov, z izbiro ustreznih promotorjev ali RBS (hitrost izražanja bakteriocinov) in pa z izbiro seva ali vrste bakterije (hitrost rasti posameznega seva).<br /> <br /> =Potek dela in rezultati=<br /> Dela so se lotili tako, da so najprej v program Auto CD vnesli vse serije vhodnih podatkov, ki so potrebni za sintezo sistema biološke združbe v bioreaktorju. Pri tem so poleg preostalih parametrov upoštevali, da so vsi mikrobni sevi odvisni od enega vira hranil, ki se ga lahko regulira preko vnosa medija v bioreaktor. Serije vhodnih podatkov so vstavili v naključni generator parametrov modela iz obstoječega prostora možnih parametrov, s katerim so preko diferencialnih enačb z upoštevanjem pogojev bioreaktorja pridobili vse možne kombinacije kandidatnih modelov, ki upoštevajo dane omejitve. Pri tem so uporabili različne funkcije, ki opisujejo oddaljenost posamezne simulacije od dejanskega stanja dinamičnega ravnotežja. Preko teh funkcij nova enačba definira pogoje, pri katerih se bo določena simulacija najbolje približala želenemu dinamičnemu ravnotežju. <br /> <br /> Temu je sledilo filtriranje podatkov z uporabo orodja ABC SMC, s čimer so naredili selekcijo le najbolj verjetnih modelov. Izhodni podatki, ki so jih dobili s pomočjo programskih orodij, predstavljajo tiste modele, ki napovedujejo največjo verjetnost za tvorbo stabilne mikrobne združbe v dinamičnem ravnotežju pri določenih pogojih bioreaktorja. <br /> <br /> ==Načrtovanje združbe dveh vrst==<br /> Pri načrtovanju združbe dveh vrst so definirali pogoje, ki upoštevajo prisotnost ali odsotnost izražanja sistema QS, prisotnost odsotnost izražanja bakteriocina ter način regulacije. Poleg tega so upoštevali še občutljivost posamezne vrste na bakteriocine. Iz nabora možnih kandidatnih modelov so z uporabo dodatnih pogojev odstranili še neustrezne seve. <br /> <br /> Pri pogojih so upoštevali, da lahko vsaka vrsta izraža največ en sistem QS, največ en bacteriocin ter da je vsaka vrsta lahko občutljiva na največ en bacteriocin. Z vnosom vseh pogojev je generator generiral 69 kandidatnih modelov, z uporabo ABC SMC sistema pa so nato izbrali najbolj verjetne kombinacije, izmed katerih je bil najbolj obetaven model m62, kjer sta si mikrobna seva medsebojno v zaščitniškem mutualizmu. Pri tem modelu posamezna seva izražata samo-omejujoča bakteriocina, ki delujeta na tisti sev, ki ta bacteriocin izraža, pri tem pa sistem QS enega seva zavira nastanek bakteriocina drugega seva, in s tem omogoči njegovo preživetje. <br /> <br /> Nato so z uporabo strojnega učenja preko metode nenegativne matrične faktorizacije (ang. NMF) preučili, kateri motivi in kako vplivajo na stabilnost združbe. S tem so sestavili model, ki upošteva, katere interakcije dajejo večjo težo na stabilnost določene združbe, kar omogoči vpogled v spremembo verjetnosti uspešnosti modela s spreminjanjem posameznih motivov. V primeru načrtovanja združbe dveh vrst je model pokazal, da samo-omejujoči motivi bolj verjetno omogočijo nastanek stabilne združbe.<br /> <br /> <br /> ==Načrtovanje združbe treh vrst==<br /> Dodaten mikrobni sev v združbi je bistveno povečal razsežnost parametrov, možnosti izvedbe in možnosti interakcij med vrstami. Pri načrtovanju mikrobne združbe treh vrst so upoštevali enake omejitve kot v primeru mikrobne združbe dveh vrst. <br /> <br /> Pri tem so najprej dobili 4182 možnih kombinacij, ki so jih razvrstili v skupine. Z uporabo orodja ABC SMC se je za najbolj verjetni model, ki bi tvoril stabilno združbo, izkazal model m4119, pri katerem je prisoten sistem dveh QS molekul in treh vrst bakteriocinov. Pri tem, enako kot v primeru združbe dveh vrst, QS molekule zavirajo izražanje samo-omejujočih bakteriocinov, ki jih izloča posamezen sev.<br /> <br /> =Zaključek=<br /> Pri načrtovanju sinteznih mikrobnih združb so pomembne medcelične interakcije, ki posnemajo ekološke interakcije, ki jih najdemo v naravi. V opisanem članku so s pomočjo sistema ABC SMC identificirali optimalni model, ki je sposoben tvoriti stabilno mikrobno združbo, sestavljeno iz dveh oziroma treh različnih sevov, in sicer z uporabo bakteriocinov in sistema zaznavanja kvoruma (QS). V obeh primerih načrtovanja mikrobne združbe se je izkazalo, da je za dosego stabilne združbe najbolj primeren način interakcije mutualizem oziroma kooperativnost. Pri tem so se za dosego dinamičnega ravnotežja najbolje obnesli modeli, kjer so prisotni samo-omejujoči bakteriocini. Količina izločenih bakteriocinov, ki vplivajo na stabilnost posameznega seva, je močno odvisna od gostote seva, povečevanje števila različnih vrst bakteriocinov pa vpliva na povečano stabilnost mikrobne združbe. [4]<br /> <br /> Pri tem orodje ABC SMC dobro napove, katere pogoje je potrebno upoštevati pri eksperimentalnem načrtovanju sinteze mikrobne združbe za dosego uspešne vzpostavitve dinamičnega ravnotežja med sevi v določenem sistemu. Razvoj sistema za avtomatizirano oblikovanje mikrobne združbe omogoča dober vpogled v parametre in pogoje, s katerimi je mogoče razviti stabilno sintezno mikrobno združbo tudi v praksi. [4]<br /> <br /> =Literatura=<br /> [1] K. Brenner, L. You, and F. H. Arnold, “Engineering microbial consortia: a new frontier in synthetic biology,” Trends Biotechnol., vol. 26, no. 9, pp. 483–489, 2008.<br /> <br /> [2] C. V. Dinh, X. Chen, and K. L. J. Prather, “Development of a Quorum-Sensing Based Circuit for Control of Coculture Population Composition in a Naringenin Production System,” ACS Synth. Biol., vol. 9, no. 3, pp. 590–597, 2020.<br /> <br /> [3] W. Kong, D. R. Meldgin, J. J. Collins, and T. Lu, “Designing microbial consortia with defined social interactions,” Nat. Chem. Biol., vol. 14, no. 8, pp. 821–829, 2018.<br /> <br /> [4] B. D. Karkaria, A. J. H. Fedorec, and C. P. Barnes, “Automated design of synthetic microbial communities,” Nat. Commun., vol. 12, no. 1, pp. 1–12, 2021.<br /> <br /> [5] Approximate Bayesian computation - Wikipedia<br /> https://en.wikipedia.org/wiki/Approximate_Bayesian_computation (pridobljeno 10. 5. 2021)</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Avtomatizirano_oblikovanje_sintezne_mikrobne_zdru%C5%BEbe&diff=18951 2021-05-10T21:21:30Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>Povzeto po članku: B. D. Karkaria, A. J. H. Fedorec, and C. P. Barnes, “Automated design of synthetic microbial communities,” Nat. Commun., vol. 12, no. 1, pp. 1–12, 2021. doi: 10.1038/s41467-020-20756-2<br /> <br /> =Uvod=<br /> Mikrobno združbo predstavljajo različne populacije mikroorganizmov, ki med seboj interagirajo preko izmenjevanja različnih signalnih molekul. To predstavlja prednost pred posameznimi monokulturami, saj so posamezne populacije znotraj združbe bolj odporne na okoljske spremembe, kot sta na primer invazija neželenih vrst in pomanjkanje hranil. [1]<br /> <br /> Posamezne populacije mikroorganizmov v določeni združbi med seboj komunicirajo preko izmenjave metabolitov ali molekularnih signalov, s tem pa lahko vsaka populacija v združbi zaznava in se odziva na prisotnost drugih populacij. Pri bakterijah predstavljajo mikrobno združbo biofilmi, komunikacija pa poteka preko signalnih molekul, virulentnih dejavnikov ali majhnih peptidov (npr. bakteriocini). Preko intermediatov, ki nastajajo, lahko tako posamezne populacije v združbi pozitivno ali negativno regulirajo aktivnost drugih. Poleg komunikacije poteka v združbah tudi delitev dela med posameznimi populacijami, kar omogoči tvorbo kompleksnih produktov ali razgradnjo kompleksnih substratov. Z delitvijo dela se zmanjša metabolno breme posamezne populacije, kar pozitivno vpliva na mikrobno rast. [1, 2] <br /> <br /> V sintezni biologiji se je sistem sintezne mikrobne združbe razvil z namenom spodbujanja rasti določenih vrst bakterij in sinteze kompleksnejših spojin, ki jih posamezen sev v monokulturi ni sposoben proizvesti sam. Zaradi povečane sposobnosti preživetja in rasti mikrobne združbe v primerjavi z monokulturami, je ta bolj primerna za biotehnološke aplikacije, poleg tega pa predstavlja obetavno orodje za upravljanje človeškega in okoljskega mikrobioma za namene zdravljenja oziroma uporabe v kmetijstvu. [3]<br /> <br /> =Postopek sinteze mikrobne združbe=<br /> Prvi korak pri ustvarjanju sintezne mikrobne združbe je ustvarjanje ustrezne komunikacije med celicami. Pri tem se pri bakterijah izkoriščajo komponente, ki sodelujejo pri sistemu quorum-sensing (QS). Izkoriščanje sistema QS omogoča, da je obnašanje celotne združbe regulirano z izmenjavo majhnih signalnih molekul, kot je acil-homoserin lakton, ki je tudi najpogosteje uporabljen sistem v sintezni biologiji. [1] Poleg tega sistema lahko komunikacija poteka tudi preko proteinov, ki sodelujejo pri lizi celice, encimi, ki sodelujejo pri metabolizmu določenih spojin, toksinov in pa protimikrobnih peptidov. V opisanem članku so se odločili za zadnje, in sicer za uporabo bakteriocinov, ki vplivajo na hitrost rasti določenih populacij, ki so občutljive na bakteriocin. [4]<br /> <br /> Pri načrtovanju mikrobne združbe v primeru izkoriščanja sistema z bakteriocini se lahko izkorišča šest različnih načinov medsebojne interakcije, med katerimi so komenzalizem, amenzalizem, nevtralizem, kooperacija, kompeticija in predatorstvo. [3] <br /> <br /> V sintezni biologiji je uporaba napovednih modelov nujna, saj je v sistemu veliko različnih parametrov, ki vplivajo na uspešnost sinteze stabilne združbe. V opisanem članku so najprej z uporabo programa AutoCD (Automated synthetic microbial Community designer) avtomatizirano generirali vse kandidatne sisteme, ki lahko tvorijo mikrobno združbo iz seta bioloških delov in danih parametrov. [4]<br /> <br /> Model pri tem predstavlja skupek večih parametrov, ki upoštevajo število sevov, sistemov QS in bakteriocinov v določenem sistemu. Kot primer združbe dveh vrst predstavlja en takšen model dva seva (npr. sev N1 in N2), dva bakteriocina (B1, B2) in dva sistema QS (A1, A2). Pri modelu je potrebno definirati še dodatne omejitve, kot so naprimer izražanje števila različnih sistemov QS in število izraženi bakteriocinov pri posameznem sevu, ter občutljivost posameznega seva na različne bakteriocine.<br /> <br /> Na podlagi kandidatnih sistemov so nato z uporabo orodja ABC SMC (Approximate Bayesian computation with sequential Monte Carlo sampling) simulirali in izbrali le tiste modele, ki so najbolj verjetni za tvorbo stabilne dvo- in tro-vrstne mikrobne združbe ob vzpostavitvi dinamičnega ravnotežja. To so izbirali na podlagi treh parametrov v dinamičnem ravnotežju, in sicer na podlagi gradienta populacij, standardne deviacije med posameznimi simulacijami in koncentracijo bakterij posameznega seva. Dodatni parameter, ki so ga pri tem upoštevali je še dopuščena stopnja odstopanja med želenim in simuliranim obnašanjem.<br /> <br /> Orodje ABC (Approximate Bayesian computation) je osnovano na Bayesovem teoremu, ki lahko glede na podatke napove statistično najbolj ustrezno razporeditev sistema. ABC se pogosto uporablja za napovedne modele v primeru reševanja kompleksnih problemov pri bioloških vedah, kot je v konkretnem primeru napoved modela za dosego najbolj stabilne mikrobne združbe. V grobem to orodje napove, kateri model bo najbolje opisal realno stanje sistema glede na parametre, dobljene pri simulacijah. Orodje ABC SMC pomaga identificirati tudi ključne parametre, ki omogočajo tvorbo ustrezne gostote populacije posameznih sevov, ki je potrebna za dosego dinamičnega ravnotežja pri določeni združbi. Parametre, ki se pri tem upoštevajo, je možno regulirati direktno z nastavitvijo stopnje redčitve posameznih populacij sevov, z izbiro ustreznih promotorjev ali RBS (hitrost izražanja bakteriocinov) in pa z izbiro seva ali vrste bakterije (hitrost rasti posameznega seva).<br /> <br /> =Potek dela in rezultati=<br /> Dela so se lotili tako, da so najprej v program Auto CD vnesli vse serije vhodnih podatkov, ki so potrebni za sintezo sistema biološke združbe v bioreaktorju. Pri tem so poleg preostalih parametrov upoštevali, da so vsi mikrobni sevi odvisni od enega vira hranil, ki se ga lahko regulira preko vnosa medija v bioreaktor. Serije vhodnih podatkov so vstavili v naključni generator parametrov modela iz obstoječega prostora možnih parametrov, s katerim so preko diferencialnih enačb z upoštevanjem pogojev bioreaktorja pridobili vse možne kombinacije kandidatnih modelov, ki upoštevajo dane omejitve. Pri tem so uporabili različne funkcije, ki opisujejo oddaljenost posamezne simulacije od dejanskega stanja dinamičnega ravnotežja. Preko teh funkcij nova enačba definira pogoje, pri katerih se bo določena simulacija najbolje približala želenemu dinamičnemu ravnotežju. <br /> <br /> Temu je sledilo filtriranje podatkov z uporabo orodja ABC SMC, s čimer so naredili selekcijo le najbolj verjetnih modelov. Izhodni podatki, ki so jih dobili s pomočjo programskih orodij, predstavljajo tiste modele, ki napovedujejo največjo verjetnost za tvorbo stabilne mikrobne združbe v dinamičnem ravnotežju pri določenih pogojih bioreaktorja. <br /> <br /> ==Načrtovanje združbe dveh vrst==<br /> Pri načrtovanju združbe dveh vrst so definirali pogoje, ki upoštevajo prisotnost ali odsotnost izražanja sistema QS, prisotnost odsotnost izražanja bakteriocina ter način regulacije. Poleg tega so upoštevali še občutljivost posamezne vrste na bakteriocine. Iz nabora možnih kandidatnih modelov so z uporabo dodatnih pogojev odstranili še neustrezne seve. <br /> <br /> Pri pogojih so upoštevali, da lahko vsaka vrsta izraža največ en sistem QS, največ en bacteriocin ter da je vsaka vrsta lahko občutljiva na največ en bacteriocin. Z vnosom vseh pogojev je generator generiral 69 kandidatnih modelov, z uporabo ABC SMC sistema pa so nato izbrali najbolj verjetne kombinacije, izmed katerih je bil najbolj obetaven model m62, kjer sta si mikrobna seva medsebojno v zaščitniškem mutualizmu. Pri tem modelu posamezna seva izražata samo-omejujoča bakteriocina, ki delujeta na tisti sev, ki ta bacteriocin izraža, pri tem pa sistem QS enega seva zavira nastanek bakteriocina drugega seva, in s tem omogoči njegovo preživetje. <br /> <br /> Nato so z uporabo strojnega učenja preko metode nenegativne matrične faktorizacije (ang. NMF) preučili, kateri motivi in kako vplivajo na stabilnost združbe. S tem so sestavili model, ki upošteva, katere interakcije dajejo večjo težo na stabilnost določene združbe, kar omogoči vpogled v spremembo verjetnosti uspešnosti modela s spreminjanjem posameznih motivov. V primeru načrtovanja združbe dveh vrst je model pokazal, da samo-omejujoči motivi bolj verjetno omogočijo nastanek stabilne združbe.<br /> <br /> <br /> ==Načrtovanje združbe treh vrst==<br /> Dodaten mikrobni sev v združbi je bistveno povečal razsežnost parametrov, možnosti izvedbe in možnosti interakcij med vrstami. Pri načrtovanju mikrobne združbe treh vrst so upoštevali enake omejitve kot v primeru mikrobne združbe dveh vrst. <br /> <br /> Pri tem so najprej dobili 4182 možnih kombinacij, ki so jih razvrstili v skupine. Z uporabo orodja ABC SMC se je za najbolj verjetni model, ki bi tvoril stabilno združbo, izkazal model m4119, pri katerem je prisoten sistem dveh QS molekul in treh vrst bakteriocinov. Pri tem, enako kot v primeru združbe dveh vrst, QS molekule zavirajo izražanje samo-omejujočih bakteriocinov, ki jih izloča posamezen sev.<br /> <br /> =Zaključek=<br /> Pri načrtovanju sinteznih mikrobnih združb so pomembne medcelične interakcije, ki posnemajo ekološke interakcije, ki jih najdemo v naravi. V opisanem članku so s pomočjo sistema ABC SMC identificirali optimalni model, ki je sposoben tvoriti stabilno mikrobno združbo, sestavljeno iz dveh oziroma treh različnih sevov, in sicer z uporabo bakteriocinov in sistema zaznavanja kvoruma (QS). V obeh primerih načrtovanja mikrobne združbe se je izkazalo, da je za dosego stabilne združbe najbolj primeren način interakcije mutualizem oziroma kooperativnost. Pri tem so se za dosego dinamičnega ravnotežja najbolje obnesli modeli, kjer so prisotni samo-omejujoči bakteriocini. Količina izločenih bakteriocinov, ki vplivajo na stabilnost posameznega seva, je močno odvisna od gostote seva, povečevanje števila različnih vrst bakteriocinov pa vpliva na povečano stabilnost mikrobne združbe. [4]<br /> <br /> Pri tem orodje ABC SMC dobro napove, katere pogoje je potrebno upoštevati pri eksperimentalnem načrtovanju sinteze mikrobne združbe za dosego uspešne vzpostavitve dinamičnega ravnotežja med sevi v določenem sistemu. Razvoj sistema za avtomatizirano oblikovanje mikrobne združbe omogoča dober vpogled v parametre in pogoje, s katerimi je mogoče razviti stabilno sintezno mikrobno združbo tudi v praksi. [4]<br /> <br /> =Literatura=<br /> [1] K. Brenner, L. You, and F. H. Arnold, “Engineering microbial consortia: a new frontier in synthetic biology,” Trends Biotechnol., vol. 26, no. 9, pp. 483–489, 2008.<br /> <br /> [2] C. V. Dinh, X. Chen, and K. L. J. Prather, “Development of a Quorum-Sensing Based Circuit for Control of Coculture Population Composition in a Naringenin Production System,” ACS Synth. Biol., vol. 9, no. 3, pp. 590–597, 2020.<br /> <br /> [3] W. Kong, D. R. Meldgin, J. J. Collins, and T. Lu, “Designing microbial consortia with defined social interactions,” Nat. Chem. Biol., vol. 14, no. 8, pp. 821–829, 2018.<br /> <br /> [4] B. D. Karkaria, A. J. H. Fedorec, and C. P. Barnes, “Automated design of synthetic microbial communities,” Nat. Commun., vol. 12, no. 1, pp. 1–12, 2021.<br /> <br /> [5] Approximate Bayesian computation - Wikipedia<br /> https://en.wikipedia.org/wiki/Approximate_Bayesian_computation (pridobljeno 10. 5. 2021)</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2020/21&diff=18950 2021-05-10T21:21:00Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2020/21 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> <br /> 1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_1,3-propandiola_iz_različnih_ogljikovodikov_po_nenaravni_poti_preko_3-hidroksipropanojske_kisline Proizvodnja 1,3-propandiola iz različnih ogljikovodikov po nenaravni poti preko 3-hidroksipropanojske kisline] <br /> (Liza Ulčakar) &lt;br&gt;<br /> 2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Doseganje_asimetri%C4%8Dnosti_in_asimetri%C4%8Dne_delitve_pri_E._coli Doseganje asimetričnosti in asimetrične delitve pri E. coli] (Aljaž Bratina) &lt;br&gt;<br /> 3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zmanj%C5%A1ana_procesivnost_ribosomov_v_sistemu_PURE Zmanjšana procesivnost ribosomov v sistemu PURE] (Tina Kolenc Milavec) &lt;br&gt;<br /> 4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovana_pot_zvijanja_proteinskih_origamijev Načrtovana pot zvijanja proteinskih origamijev] (Anamarija Agnič) &lt;br&gt;<br /> 5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovita_svetlobno_inducibilna_Dre_rekombinaza_za_%C4%8Dasovno_in_prostorsko_celi%C4%8Dno_specifi%C4%8Dno_urejanje_genoma_v_mi%C5%A1jih_modelih#VIRI Učinkovita svetlobno inducibilna Dre rekombinaza za časovno in prostorsko celično specifično urejanje genoma v mišjih modelih] (Nika Mikulič Vernik) &lt;br&gt;<br /> 6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vzpostavitev_termometra_tRNA_za_dolo%C4%8Danje_temperature_optimalne_rasti_mikroorganizmov Vzpostavitev termometra tRNA za določanje temperature optimalne rasti mikroorganizmov] (Urša Štrancar) &lt;br&gt;<br /> 7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Racionalna_zasnova_minimalnih_sinteti%C4%8Dnih_promotorjev_za_rastline#Construction_of_plasmids Racionalna zasnova minimalnih sintetičnih promotorjev za rastline] (Almina Tahirović) &lt;br&gt;<br /> 8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reverzibilna_toplotna_regulacija_za_bifunkcionalno_dinamično_uravnavanje_izražanja_genov_v_E._coli Reverzibilna toplotna regulacija za bifunkcionalno dinamično uravnavanje izražanja genov v E. coli] (Urška Fajdiga) &lt;br&gt;<br /> 9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteti%C4%8Dna_optogenetska_naprava_na_osnovi_BRET_za_pulzirajo%C4%8Do_ekspresijo_transgena%2C_ki_omogo%C4%8Da_glukozno_homeostazo_pri_mi%C5%A1ih Sintetična optogenetska naprava na osnovi BRET za pulzirajočo ekspresijo transgena, ki omogoča glukozno homeostazo pri miših] (Paula Horvat) &lt;br&gt;<br /> 10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hkratna_karakterizacija_več_različnih_racionalno_načrtovanih_promotorskih_arhitektur Vpogled v kombinatorno logiko z IPTG induciranih sistemov] (Urška Zagorc) &lt;br&gt;<br /> 11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Ponovno_določanje_specifičnosti_izven_citoplazme_aktivnih_sigma_faktorjev Ponovno določanje specifičnosti izven citoplazme aktivnih sigma faktorjev] (Eva Keber) &lt;br&gt;<br /> 12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hierarhi%C4%8Dno_sestavljanje_asimetri%C4%8Dnih_ikozaedri%C4%8Dnih_virusnih_kapsid Hierarhično sestavljanje asimetričnih ikozaedričnih virusnih kapsid] (Urška Pečarič Strnad) &lt;br&gt;<br /> 13 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Avtomatizirano_oblikovanje_sintezne_mikrobne_zdru%C5%BEbe Avtomatizirano oblikovanje sintezne mikrobne združbe] (Urša Lovše)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) &lt;br&gt;<br /> <br /> 1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RESHAPE_-_spreminjanje_morfologije_nitastih_gliv RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv] <br /> (Špela Supej) &lt;br&gt;<br /> 2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_Chlamy_Cleaner:_razgradnja_pesticida_z_zeleno_algo The Chlamy Cleaner: razgradnja pesticida z zeleno algo] (Doroteja Armič) &lt;br&gt;<br /> 3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TheraPUFA:_nazalni_probiotik_proti_okužbam_in_vnetjem TheraPUFA- nazalni probiotik proti okužbam in vnetjem] (Barbara Slapnik) &lt;br&gt;<br /> 4 [[S-POP: Modularni biosenzor za zaznavanje obstojnih organskih onesnaževal v okoljskih vodah]] (Tadej Medved) &lt;br&gt;<br /> 5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MARS-magnetni_sistem_za_recikliranje_ATP MARS-magnetni sistem za recikliranje ATP] (David Miškić) &lt;br&gt;<br /> 6 [[B.O.T.: Bakterijska oscilacijska terapija za zdravljenje kolorektalnega raka]] (Neža Pavko) &lt;br&gt;<br /> 7 [[Rapidemic razvoj novega kompleta za hitro diagnostiko na mestu oskrbe]] (Mirsad Mešić) &lt;br&gt;<br /> 8 [[iGEMINI: Kvasovke kot prehransko dopolnilo v vesolju]] (Klementina Polanec) &lt;br&gt;<br /> 9 [[Antea-Glyphosate: Detekcija in razgradnja glifosata]] (Jernej Imperl) &lt;br&gt;<br /> 10 [[NANOFLEX: Standardiziran, prilagodljiv in priročen celični biosenzor]] (Martin Špendl) &lt;br&gt;<br /> 11 [[FlavoFlow: ribogojniška zaščita pred okužbami rib]] (Mateja Žvipelj) &lt;br&gt;<br /> 12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/samoreplicirajoč_komplet_za_testiranje_na_COVID-19 Samoreplicirajoč komplet za testiranje na COVID-19] (Irma Zeljković) &lt;br&gt;<br /> <br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Avtomatizirano_oblikovanje_sintezne_mikrobne_zdru%C5%BEbe&diff=18949 2021-05-10T21:19:27Z

<p>Ursa lovse: New page: Povzeto po članku:B. D. Karkaria, A. J. H. Fedorec, and C. P. Barnes, “Automated design of synthetic microbial communities,” Nat. Commun., vol. 12, no. 1, pp. 1–12, 2021. doi: 10.10...</p> <hr /> <div>Povzeto po članku:B. D. Karkaria, A. J. H. Fedorec, and C. P. Barnes, “Automated design of synthetic microbial communities,” Nat. Commun., vol. 12, no. 1, pp. 1–12, 2021. doi: 10.1038/s41467-020-20756-2<br /> <br /> =Uvod=<br /> Mikrobno združbo predstavljajo različne populacije mikroorganizmov, ki med seboj interagirajo preko izmenjevanja različnih signalnih molekul. To predstavlja prednost pred posameznimi monokulturami, saj so posamezne populacije znotraj združbe bolj odporne na okoljske spremembe, kot sta na primer invazija neželenih vrst in pomanjkanje hranil. [1]<br /> <br /> Posamezne populacije mikroorganizmov v določeni združbi med seboj komunicirajo preko izmenjave metabolitov ali molekularnih signalov, s tem pa lahko vsaka populacija v združbi zaznava in se odziva na prisotnost drugih populacij. Pri bakterijah predstavljajo mikrobno združbo biofilmi, komunikacija pa poteka preko signalnih molekul, virulentnih dejavnikov ali majhnih peptidov (npr. bakteriocini). Preko intermediatov, ki nastajajo, lahko tako posamezne populacije v združbi pozitivno ali negativno regulirajo aktivnost drugih. Poleg komunikacije poteka v združbah tudi delitev dela med posameznimi populacijami, kar omogoči tvorbo kompleksnih produktov ali razgradnjo kompleksnih substratov. Z delitvijo dela se zmanjša metabolno breme posamezne populacije, kar pozitivno vpliva na mikrobno rast. [1, 2] <br /> <br /> V sintezni biologiji se je sistem sintezne mikrobne združbe razvil z namenom spodbujanja rasti določenih vrst bakterij in sinteze kompleksnejših spojin, ki jih posamezen sev v monokulturi ni sposoben proizvesti sam. Zaradi povečane sposobnosti preživetja in rasti mikrobne združbe v primerjavi z monokulturami, je ta bolj primerna za biotehnološke aplikacije, poleg tega pa predstavlja obetavno orodje za upravljanje človeškega in okoljskega mikrobioma za namene zdravljenja oziroma uporabe v kmetijstvu. [3]<br /> <br /> =Postopek sinteze mikrobne združbe=<br /> Prvi korak pri ustvarjanju sintezne mikrobne združbe je ustvarjanje ustrezne komunikacije med celicami. Pri tem se pri bakterijah izkoriščajo komponente, ki sodelujejo pri sistemu quorum-sensing (QS). Izkoriščanje sistema QS omogoča, da je obnašanje celotne združbe regulirano z izmenjavo majhnih signalnih molekul, kot je acil-homoserin lakton, ki je tudi najpogosteje uporabljen sistem v sintezni biologiji. [1] Poleg tega sistema lahko komunikacija poteka tudi preko proteinov, ki sodelujejo pri lizi celice, encimi, ki sodelujejo pri metabolizmu določenih spojin, toksinov in pa protimikrobnih peptidov. V opisanem članku so se odločili za zadnje, in sicer za uporabo bakteriocinov, ki vplivajo na hitrost rasti določenih populacij, ki so občutljive na bakteriocin. [4]<br /> <br /> Pri načrtovanju mikrobne združbe v primeru izkoriščanja sistema z bakteriocini se lahko izkorišča šest različnih načinov medsebojne interakcije, med katerimi so komenzalizem, amenzalizem, nevtralizem, kooperacija, kompeticija in predatorstvo. [3] <br /> <br /> V sintezni biologiji je uporaba napovednih modelov nujna, saj je v sistemu veliko različnih parametrov, ki vplivajo na uspešnost sinteze stabilne združbe. V opisanem članku so najprej z uporabo programa AutoCD (Automated synthetic microbial Community designer) avtomatizirano generirali vse kandidatne sisteme, ki lahko tvorijo mikrobno združbo iz seta bioloških delov in danih parametrov. [4]<br /> <br /> Model pri tem predstavlja skupek večih parametrov, ki upoštevajo število sevov, sistemov QS in bakteriocinov v določenem sistemu. Kot primer združbe dveh vrst predstavlja en takšen model dva seva (npr. sev N1 in N2), dva bakteriocina (B1, B2) in dva sistema QS (A1, A2). Pri modelu je potrebno definirati še dodatne omejitve, kot so naprimer izražanje števila različnih sistemov QS in število izraženi bakteriocinov pri posameznem sevu, ter občutljivost posameznega seva na različne bakteriocine.<br /> <br /> Na podlagi kandidatnih sistemov so nato z uporabo orodja ABC SMC (Approximate Bayesian computation with sequential Monte Carlo sampling) simulirali in izbrali le tiste modele, ki so najbolj verjetni za tvorbo stabilne dvo- in tro-vrstne mikrobne združbe ob vzpostavitvi dinamičnega ravnotežja. To so izbirali na podlagi treh parametrov v dinamičnem ravnotežju, in sicer na podlagi gradienta populacij, standardne deviacije med posameznimi simulacijami in koncentracijo bakterij posameznega seva. Dodatni parameter, ki so ga pri tem upoštevali je še dopuščena stopnja odstopanja med želenim in simuliranim obnašanjem.<br /> <br /> Orodje ABC (Approximate Bayesian computation) je osnovano na Bayesovem teoremu, ki lahko glede na podatke napove statistično najbolj ustrezno razporeditev sistema. ABC se pogosto uporablja za napovedne modele v primeru reševanja kompleksnih problemov pri bioloških vedah, kot je v konkretnem primeru napoved modela za dosego najbolj stabilne mikrobne združbe. V grobem to orodje napove, kateri model bo najbolje opisal realno stanje sistema glede na parametre, dobljene pri simulacijah. Orodje ABC SMC pomaga identificirati tudi ključne parametre, ki omogočajo tvorbo ustrezne gostote populacije posameznih sevov, ki je potrebna za dosego dinamičnega ravnotežja pri določeni združbi. Parametre, ki se pri tem upoštevajo, je možno regulirati direktno z nastavitvijo stopnje redčitve posameznih populacij sevov, z izbiro ustreznih promotorjev ali RBS (hitrost izražanja bakteriocinov) in pa z izbiro seva ali vrste bakterije (hitrost rasti posameznega seva).<br /> <br /> =Potek dela in rezultati=<br /> Dela so se lotili tako, da so najprej v program Auto CD vnesli vse serije vhodnih podatkov, ki so potrebni za sintezo sistema biološke združbe v bioreaktorju. Pri tem so poleg preostalih parametrov upoštevali, da so vsi mikrobni sevi odvisni od enega vira hranil, ki se ga lahko regulira preko vnosa medija v bioreaktor. Serije vhodnih podatkov so vstavili v naključni generator parametrov modela iz obstoječega prostora možnih parametrov, s katerim so preko diferencialnih enačb z upoštevanjem pogojev bioreaktorja pridobili vse možne kombinacije kandidatnih modelov, ki upoštevajo dane omejitve. Pri tem so uporabili različne funkcije, ki opisujejo oddaljenost posamezne simulacije od dejanskega stanja dinamičnega ravnotežja. Preko teh funkcij nova enačba definira pogoje, pri katerih se bo določena simulacija najbolje približala želenemu dinamičnemu ravnotežju. <br /> <br /> Temu je sledilo filtriranje podatkov z uporabo orodja ABC SMC, s čimer so naredili selekcijo le najbolj verjetnih modelov. Izhodni podatki, ki so jih dobili s pomočjo programskih orodij, predstavljajo tiste modele, ki napovedujejo največjo verjetnost za tvorbo stabilne mikrobne združbe v dinamičnem ravnotežju pri določenih pogojih bioreaktorja. <br /> <br /> ==Načrtovanje združbe dveh vrst==<br /> Pri načrtovanju združbe dveh vrst so definirali pogoje, ki upoštevajo prisotnost ali odsotnost izražanja sistema QS, prisotnost odsotnost izražanja bakteriocina ter način regulacije. Poleg tega so upoštevali še občutljivost posamezne vrste na bakteriocine. Iz nabora možnih kandidatnih modelov so z uporabo dodatnih pogojev odstranili še neustrezne seve. <br /> <br /> Pri pogojih so upoštevali, da lahko vsaka vrsta izraža največ en sistem QS, največ en bacteriocin ter da je vsaka vrsta lahko občutljiva na največ en bacteriocin. Z vnosom vseh pogojev je generator generiral 69 kandidatnih modelov, z uporabo ABC SMC sistema pa so nato izbrali najbolj verjetne kombinacije, izmed katerih je bil najbolj obetaven model m62, kjer sta si mikrobna seva medsebojno v zaščitniškem mutualizmu. Pri tem modelu posamezna seva izražata samo-omejujoča bakteriocina, ki delujeta na tisti sev, ki ta bacteriocin izraža, pri tem pa sistem QS enega seva zavira nastanek bakteriocina drugega seva, in s tem omogoči njegovo preživetje. <br /> <br /> Nato so z uporabo strojnega učenja preko metode nenegativne matrične faktorizacije (ang. NMF) preučili, kateri motivi in kako vplivajo na stabilnost združbe. S tem so sestavili model, ki upošteva, katere interakcije dajejo večjo težo na stabilnost določene združbe, kar omogoči vpogled v spremembo verjetnosti uspešnosti modela s spreminjanjem posameznih motivov. V primeru načrtovanja združbe dveh vrst je model pokazal, da samo-omejujoči motivi bolj verjetno omogočijo nastanek stabilne združbe.<br /> <br /> <br /> ==Načrtovanje združbe treh vrst==<br /> Dodaten mikrobni sev v združbi je bistveno povečal razsežnost parametrov, možnosti izvedbe in možnosti interakcij med vrstami. Pri načrtovanju mikrobne združbe treh vrst so upoštevali enake omejitve kot v primeru mikrobne združbe dveh vrst. <br /> <br /> Pri tem so najprej dobili 4182 možnih kombinacij, ki so jih razvrstili v skupine. Z uporabo orodja ABC SMC se je za najbolj verjetni model, ki bi tvoril stabilno združbo, izkazal model m4119, pri katerem je prisoten sistem dveh QS molekul in treh vrst bakteriocinov. Pri tem, enako kot v primeru združbe dveh vrst, QS molekule zavirajo izražanje samo-omejujočih bakteriocinov, ki jih izloča posamezen sev.<br /> <br /> =Zaključek=<br /> Pri načrtovanju sinteznih mikrobnih združb so pomembne medcelične interakcije, ki posnemajo ekološke interakcije, ki jih najdemo v naravi. V opisanem članku so s pomočjo sistema ABC SMC identificirali optimalni model, ki je sposoben tvoriti stabilno mikrobno združbo, sestavljeno iz dveh oziroma treh različnih sevov, in sicer z uporabo bakteriocinov in sistema zaznavanja kvoruma (QS). V obeh primerih načrtovanja mikrobne združbe se je izkazalo, da je za dosego stabilne združbe najbolj primeren način interakcije mutualizem oziroma kooperativnost. Pri tem so se za dosego dinamičnega ravnotežja najbolje obnesli modeli, kjer so prisotni samo-omejujoči bakteriocini. Količina izločenih bakteriocinov, ki vplivajo na stabilnost posameznega seva, je močno odvisna od gostote seva, povečevanje števila različnih vrst bakteriocinov pa vpliva na povečano stabilnost mikrobne združbe. [4]<br /> <br /> Pri tem orodje ABC SMC dobro napove, katere pogoje je potrebno upoštevati pri eksperimentalnem načrtovanju sinteze mikrobne združbe za dosego uspešne vzpostavitve dinamičnega ravnotežja med sevi v določenem sistemu. Razvoj sistema za avtomatizirano oblikovanje mikrobne združbe omogoča dober vpogled v parametre in pogoje, s katerimi je mogoče razviti stabilno sintezno mikrobno združbo tudi v praksi. [4]<br /> <br /> =Literatura=<br /> [1] K. Brenner, L. You, and F. H. Arnold, “Engineering microbial consortia: a new frontier in synthetic biology,” Trends Biotechnol., vol. 26, no. 9, pp. 483–489, 2008.<br /> <br /> [2] C. V. Dinh, X. Chen, and K. L. J. Prather, “Development of a Quorum-Sensing Based Circuit for Control of Coculture Population Composition in a Naringenin Production System,” ACS Synth. Biol., vol. 9, no. 3, pp. 590–597, 2020.<br /> <br /> [3] W. Kong, D. R. Meldgin, J. J. Collins, and T. Lu, “Designing microbial consortia with defined social interactions,” Nat. Chem. Biol., vol. 14, no. 8, pp. 821–829, 2018.<br /> <br /> [4] B. D. Karkaria, A. J. H. Fedorec, and C. P. Barnes, “Automated design of synthetic microbial communities,” Nat. Commun., vol. 12, no. 1, pp. 1–12, 2021.<br /> <br /> [5] Approximate Bayesian computation - Wikipedia<br /> https://en.wikipedia.org/wiki/Approximate_Bayesian_computation (pridobljeno 10. 5. 2021)</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2020/21&diff=18945 2021-05-10T21:12:35Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2020/21 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> <br /> 1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_1,3-propandiola_iz_različnih_ogljikovodikov_po_nenaravni_poti_preko_3-hidroksipropanojske_kisline Proizvodnja 1,3-propandiola iz različnih ogljikovodikov po nenaravni poti preko 3-hidroksipropanojske kisline] <br /> (Liza Ulčakar) &lt;br&gt;<br /> 2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Doseganje_asimetri%C4%8Dnosti_in_asimetri%C4%8Dne_delitve_pri_E._coli Doseganje asimetričnosti in asimetrične delitve pri E. coli] (Aljaž Bratina) &lt;br&gt;<br /> 3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zmanj%C5%A1ana_procesivnost_ribosomov_v_sistemu_PURE Zmanjšana procesivnost ribosomov v sistemu PURE] (Tina Kolenc Milavec) &lt;br&gt;<br /> 4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovana_pot_zvijanja_proteinskih_origamijev Načrtovana pot zvijanja proteinskih origamijev] (Anamarija Agnič) &lt;br&gt;<br /> 5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovita_svetlobno_inducibilna_Dre_rekombinaza_za_%C4%8Dasovno_in_prostorsko_celi%C4%8Dno_specifi%C4%8Dno_urejanje_genoma_v_mi%C5%A1jih_modelih#VIRI Učinkovita svetlobno inducibilna Dre rekombinaza za časovno in prostorsko celično specifično urejanje genoma v mišjih modelih] (Nika Mikulič Vernik) &lt;br&gt;<br /> 6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vzpostavitev_termometra_tRNA_za_dolo%C4%8Danje_temperature_optimalne_rasti_mikroorganizmov Vzpostavitev termometra tRNA za določanje temperature optimalne rasti mikroorganizmov] (Urša Štrancar) &lt;br&gt;<br /> 7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Racionalna_zasnova_minimalnih_sinteti%C4%8Dnih_promotorjev_za_rastline#Construction_of_plasmids Racionalna zasnova minimalnih sintetičnih promotorjev za rastline] (Almina Tahirović) &lt;br&gt;<br /> 8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reverzibilna_toplotna_regulacija_za_bifunkcionalno_dinamično_uravnavanje_izražanja_genov_v_E._coli Reverzibilna toplotna regulacija za bifunkcionalno dinamično uravnavanje izražanja genov v E. coli] (Urška Fajdiga) &lt;br&gt;<br /> 9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteti%C4%8Dna_optogenetska_naprava_na_osnovi_BRET_za_pulzirajo%C4%8Do_ekspresijo_transgena%2C_ki_omogo%C4%8Da_glukozno_homeostazo_pri_mi%C5%A1ih Sintetična optogenetska naprava na osnovi BRET za pulzirajočo ekspresijo transgena, ki omogoča glukozno homeostazo pri miših] (Paula Horvat) &lt;br&gt;<br /> 10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hkratna_karakterizacija_več_različnih_racionalno_načrtovanih_promotorskih_arhitektur Vpogled v kombinatorno logiko z IPTG induciranih sistemov] (Urška Zagorc) &lt;br&gt;<br /> 11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Ponovno_določanje_specifičnosti_izven_citoplazme_aktivnih_sigma_faktorjev Ponovno določanje specifičnosti izven citoplazme aktivnih sigma faktorjev] (Eva Keber) &lt;br&gt;<br /> 12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hierarhi%C4%8Dno_sestavljanje_asimetri%C4%8Dnih_ikozaedri%C4%8Dnih_virusnih_kapsid Hierarhično sestavljanje asimetričnih ikozaedričnih virusnih kapsid] (Urška Pečarič Strnad) &lt;br&gt;<br /> 13 [[Avtomatizirano oblikovanje sintezne mikrobne združbe]] (Urša Lovše)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) &lt;br&gt;<br /> <br /> 1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RESHAPE_-_spreminjanje_morfologije_nitastih_gliv RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv] <br /> (Špela Supej) &lt;br&gt;<br /> 2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_Chlamy_Cleaner:_razgradnja_pesticida_z_zeleno_algo The Chlamy Cleaner: razgradnja pesticida z zeleno algo] (Doroteja Armič) &lt;br&gt;<br /> 3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TheraPUFA:_nazalni_probiotik_proti_okužbam_in_vnetjem TheraPUFA- nazalni probiotik proti okužbam in vnetjem] (Barbara Slapnik) &lt;br&gt;<br /> 4 [[S-POP: Modularni biosenzor za zaznavanje obstojnih organskih onesnaževal v okoljskih vodah]] (Tadej Medved) &lt;br&gt;<br /> 5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MARS-magnetni_sistem_za_recikliranje_ATP MARS-magnetni sistem za recikliranje ATP] (David Miškić) &lt;br&gt;<br /> 6 [[B.O.T.: Bakterijska oscilacijska terapija za zdravljenje kolorektalnega raka]] (Neža Pavko) &lt;br&gt;<br /> 7 [[Rapidemic razvoj novega kompleta za hitro diagnostiko na mestu oskrbe]] (Mirsad Mešić) &lt;br&gt;<br /> 8 [[iGEMINI: Kvasovke kot prehransko dopolnilo v vesolju]] (Klementina Polanec) &lt;br&gt;<br /> 9 [[Antea-Glyphosate: Detekcija in razgradnja glifosata]] (Jernej Imperl) &lt;br&gt;<br /> 10 [[NANOFLEX: Standardiziran, prilagodljiv in priročen celični biosenzor]] (Martin Špendl) &lt;br&gt;<br /> 11 [[FlavoFlow: ribogojniška zaščita pred okužbami rib]] (Mateja Žvipelj) &lt;br&gt;<br /> 12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/samoreplicirajoč_komplet_za_testiranje_na_COVID-19 Samoreplicirajoč komplet za testiranje na COVID-19] (Irma Zeljković) &lt;br&gt;<br /> <br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2020/21&diff=18943 2021-05-10T21:05:32Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2020/21 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> <br /> 1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_1,3-propandiola_iz_različnih_ogljikovodikov_po_nenaravni_poti_preko_3-hidroksipropanojske_kisline Proizvodnja 1,3-propandiola iz različnih ogljikovodikov po nenaravni poti preko 3-hidroksipropanojske kisline] <br /> (Liza Ulčakar) &lt;br&gt;<br /> 2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Doseganje_asimetri%C4%8Dnosti_in_asimetri%C4%8Dne_delitve_pri_E._coli Doseganje asimetričnosti in asimetrične delitve pri E. coli] (Aljaž Bratina) &lt;br&gt;<br /> 3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zmanj%C5%A1ana_procesivnost_ribosomov_v_sistemu_PURE Zmanjšana procesivnost ribosomov v sistemu PURE] (Tina Kolenc Milavec) &lt;br&gt;<br /> 4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovana_pot_zvijanja_proteinskih_origamijev Načrtovana pot zvijanja proteinskih origamijev] (Anamarija Agnič) &lt;br&gt;<br /> 5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovita_svetlobno_inducibilna_Dre_rekombinaza_za_%C4%8Dasovno_in_prostorsko_celi%C4%8Dno_specifi%C4%8Dno_urejanje_genoma_v_mi%C5%A1jih_modelih#VIRI Učinkovita svetlobno inducibilna Dre rekombinaza za časovno in prostorsko celično specifično urejanje genoma v mišjih modelih] (Nika Mikulič Vernik) &lt;br&gt;<br /> 6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vzpostavitev_termometra_tRNA_za_dolo%C4%8Danje_temperature_optimalne_rasti_mikroorganizmov Vzpostavitev termometra tRNA za določanje temperature optimalne rasti mikroorganizmov] (Urša Štrancar) &lt;br&gt;<br /> 7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Racionalna_zasnova_minimalnih_sinteti%C4%8Dnih_promotorjev_za_rastline#Construction_of_plasmids Racionalna zasnova minimalnih sintetičnih promotorjev za rastline] (Almina Tahirović) &lt;br&gt;<br /> 8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reverzibilna_toplotna_regulacija_za_bifunkcionalno_dinamično_uravnavanje_izražanja_genov_v_E._coli Reverzibilna toplotna regulacija za bifunkcionalno dinamično uravnavanje izražanja genov v E. coli] (Urška Fajdiga) &lt;br&gt;<br /> 9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteti%C4%8Dna_optogenetska_naprava_na_osnovi_BRET_za_pulzirajo%C4%8Do_ekspresijo_transgena%2C_ki_omogo%C4%8Da_glukozno_homeostazo_pri_mi%C5%A1ih Sintetična optogenetska naprava na osnovi BRET za pulzirajočo ekspresijo transgena, ki omogoča glukozno homeostazo pri miših] (Paula Horvat) &lt;br&gt;<br /> 10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hkratna_karakterizacija_več_različnih_racionalno_načrtovanih_promotorskih_arhitektur Vpogled v kombinatorno logiko z IPTG induciranih sistemov] (Urška Zagorc) &lt;br&gt;<br /> 11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Ponovno_določanje_specifičnosti_izven_citoplazme_aktivnih_sigma_faktorjev Ponovno določanje specifičnosti izven citoplazme aktivnih sigma faktorjev] (Eva Keber) &lt;br&gt;<br /> 12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hierarhi%C4%8Dno_sestavljanje_asimetri%C4%8Dnih_ikozaedri%C4%8Dnih_virusnih_kapsid Hierarhično sestavljanje asimetričnih ikozaedričnih virusnih kapsid] (Urška Pečarič Strnad)<br /> 13 [[Avtomatizirano oblikovanje sintezne mikrobne združbe]] (Urša Lovše)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) &lt;br&gt;<br /> <br /> 1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RESHAPE_-_spreminjanje_morfologije_nitastih_gliv RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv] <br /> (Špela Supej) &lt;br&gt;<br /> 2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_Chlamy_Cleaner:_razgradnja_pesticida_z_zeleno_algo The Chlamy Cleaner: razgradnja pesticida z zeleno algo] (Doroteja Armič) &lt;br&gt;<br /> 3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TheraPUFA:_nazalni_probiotik_proti_okužbam_in_vnetjem TheraPUFA- nazalni probiotik proti okužbam in vnetjem] (Barbara Slapnik) &lt;br&gt;<br /> 4 [[S-POP: Modularni biosenzor za zaznavanje obstojnih organskih onesnaževal v okoljskih vodah]] (Tadej Medved) &lt;br&gt;<br /> 5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MARS-magnetni_sistem_za_recikliranje_ATP MARS-magnetni sistem za recikliranje ATP] (David Miškić) &lt;br&gt;<br /> 6 [[B.O.T.: Bakterijska oscilacijska terapija za zdravljenje kolorektalnega raka]] (Neža Pavko) &lt;br&gt;<br /> 7 [[Rapidemic razvoj novega kompleta za hitro diagnostiko na mestu oskrbe]] (Mirsad Mešić) &lt;br&gt;<br /> 8 [[iGEMINI: Kvasovke kot prehransko dopolnilo v vesolju]] (Klementina Polanec) &lt;br&gt;<br /> 9 [[Antea-Glyphosate: Detekcija in razgradnja glifosata]] (Jernej Imperl) &lt;br&gt;<br /> 10 [[NANOFLEX: Standardiziran, prilagodljiv in priročen celični biosenzor]] (Martin Špendl) &lt;br&gt;<br /> 11 [[FlavoFlow: ribogojniška zaščita pred okužbami rib]] (Mateja Žvipelj) &lt;br&gt;<br /> 12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/samoreplicirajoč_komplet_za_testiranje_na_COVID-19 Samoreplicirajoč komplet za testiranje na COVID-19] (Irma Zeljković) &lt;br&gt;<br /> <br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2020/21&diff=18941 2021-05-10T21:02:09Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>V študijskem letu 2020/21 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme: <br /> <br /> RAZISKOVALNI ČLANKI<br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) &lt;br&gt;<br /> <br /> 1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_1,3-propandiola_iz_različnih_ogljikovodikov_po_nenaravni_poti_preko_3-hidroksipropanojske_kisline Proizvodnja 1,3-propandiola iz različnih ogljikovodikov po nenaravni poti preko 3-hidroksipropanojske kisline] <br /> (Liza Ulčakar) &lt;br&gt;<br /> 2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Doseganje_asimetri%C4%8Dnosti_in_asimetri%C4%8Dne_delitve_pri_E._coli Doseganje asimetričnosti in asimetrične delitve pri E. coli] (Aljaž Bratina) &lt;br&gt;<br /> 3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Zmanj%C5%A1ana_procesivnost_ribosomov_v_sistemu_PURE Zmanjšana procesivnost ribosomov v sistemu PURE] (Tina Kolenc Milavec) &lt;br&gt;<br /> 4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovana_pot_zvijanja_proteinskih_origamijev Načrtovana pot zvijanja proteinskih origamijev] (Anamarija Agnič) &lt;br&gt;<br /> 5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovita_svetlobno_inducibilna_Dre_rekombinaza_za_%C4%8Dasovno_in_prostorsko_celi%C4%8Dno_specifi%C4%8Dno_urejanje_genoma_v_mi%C5%A1jih_modelih#VIRI Učinkovita svetlobno inducibilna Dre rekombinaza za časovno in prostorsko celično specifično urejanje genoma v mišjih modelih] (Nika Mikulič Vernik) &lt;br&gt;<br /> 6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vzpostavitev_termometra_tRNA_za_dolo%C4%8Danje_temperature_optimalne_rasti_mikroorganizmov Vzpostavitev termometra tRNA za določanje temperature optimalne rasti mikroorganizmov] (Urša Štrancar) &lt;br&gt;<br /> 7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Racionalna_zasnova_minimalnih_sinteti%C4%8Dnih_promotorjev_za_rastline#Construction_of_plasmids Racionalna zasnova minimalnih sintetičnih promotorjev za rastline] (Almina Tahirović) &lt;br&gt;<br /> 8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reverzibilna_toplotna_regulacija_za_bifunkcionalno_dinamično_uravnavanje_izražanja_genov_v_E._coli Reverzibilna toplotna regulacija za bifunkcionalno dinamično uravnavanje izražanja genov v E. coli] (Urška Fajdiga) &lt;br&gt;<br /> 9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinteti%C4%8Dna_optogenetska_naprava_na_osnovi_BRET_za_pulzirajo%C4%8Do_ekspresijo_transgena%2C_ki_omogo%C4%8Da_glukozno_homeostazo_pri_mi%C5%A1ih Sintetična optogenetska naprava na osnovi BRET za pulzirajočo ekspresijo transgena, ki omogoča glukozno homeostazo pri miših] (Paula Horvat) &lt;br&gt;<br /> 10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hkratna_karakterizacija_več_različnih_racionalno_načrtovanih_promotorskih_arhitektur Vpogled v kombinatorno logiko z IPTG induciranih sistemov] (Urška Zagorc) &lt;br&gt;<br /> 11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Ponovno_določanje_specifičnosti_izven_citoplazme_aktivnih_sigma_faktorjev Ponovno določanje specifičnosti izven citoplazme aktivnih sigma faktorjev] (Eva Keber) &lt;br&gt;<br /> 12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Hierarhi%C4%8Dno_sestavljanje_asimetri%C4%8Dnih_ikozaedri%C4%8Dnih_virusnih_kapsid Hierarhično sestavljanje asimetričnih ikozaedričnih virusnih kapsid] (Urška Pečarič Strnad)<br /> 13 [Avtomatizirano oblikovanje sintezne mikrobne združbe] (Urša Lovše)<br /> <br /> NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI <br /> <br /> (Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) &lt;br&gt;<br /> <br /> 1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/RESHAPE_-_spreminjanje_morfologije_nitastih_gliv RESHAPE - spreminjanje morfologije nitastih gliv] <br /> (Špela Supej) &lt;br&gt;<br /> 2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_Chlamy_Cleaner:_razgradnja_pesticida_z_zeleno_algo The Chlamy Cleaner: razgradnja pesticida z zeleno algo] (Doroteja Armič) &lt;br&gt;<br /> 3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TheraPUFA:_nazalni_probiotik_proti_okužbam_in_vnetjem TheraPUFA- nazalni probiotik proti okužbam in vnetjem] (Barbara Slapnik) &lt;br&gt;<br /> 4 [[S-POP: Modularni biosenzor za zaznavanje obstojnih organskih onesnaževal v okoljskih vodah]] (Tadej Medved) &lt;br&gt;<br /> 5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MARS-magnetni_sistem_za_recikliranje_ATP MARS-magnetni sistem za recikliranje ATP] (David Miškić) &lt;br&gt;<br /> 6 [[B.O.T.: Bakterijska oscilacijska terapija za zdravljenje kolorektalnega raka]] (Neža Pavko) &lt;br&gt;<br /> 7 [[Rapidemic razvoj novega kompleta za hitro diagnostiko na mestu oskrbe]] (Mirsad Mešić) &lt;br&gt;<br /> 8 [[iGEMINI: Kvasovke kot prehransko dopolnilo v vesolju]] (Klementina Polanec) &lt;br&gt;<br /> 9 [[Antea-Glyphosate: Detekcija in razgradnja glifosata]] (Jernej Imperl) &lt;br&gt;<br /> 10 [[NANOFLEX: Standardiziran, prilagodljiv in priročen celični biosenzor]] (Martin Špendl) &lt;br&gt;<br /> 11 [[FlavoFlow: ribogojniška zaščita pred okužbami rib]] (Mateja Žvipelj) &lt;br&gt;<br /> 12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/samoreplicirajoč_komplet_za_testiranje_na_COVID-19 Samoreplicirajoč komplet za testiranje na COVID-19] (Irma Zeljković) &lt;br&gt;<br /> <br /> ----<br /> <br /> Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Zna%C4%8Dilnosti_cepiva_EpiVacCorona_(peptidno)&diff=18890 2021-05-05T14:22:02Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>=Uvod=<br /> Cepivo EpiVacCorona je peptidno cepivo raziskovalnega centra Vector State Research Center of Virology and Biotechnology v Rusiji. Temelji na treh kemijsko sintetiziranih peptidih, ki predstavljajo epitope proteina bodice, ki jih prepoznavajo B-celice. Peptidi so kovalentno vezani na proteinski nosilec, cepivo pa poleg sintetiziranih peptidov in nosilnega proteina vsebuje še adjuvans aluminijev hidroksid. <br /> <br /> =Klinične študije=<br /> 1. in 2. klinična faza sta potekali do oktobra 2020 v Rusiji, pri čemer je sodelovalo 100 prostovoljcev, starih med 18 in 60 let. Trenutno poteka 3. klinična faza, v katero je vključenih okoli 3000 ljudi, predvidoma pa naj bi trajala do avgusta 2021. Cepivo je že odobreno za uporabo v Rusiji in Turkmenistanu. <br /> <br /> =Izdelava cepiva=<br /> Peptide, ki so jih v nadaljevanju sintetizirali, so izbrali na podlagi znanih podatkov o 3D-strukturi in zaporedju, ki zapisuje za protein bodice. Pri tem so dobili tri ustrezne peptide, dolge med 20 in 31 aminokislinskih ostankov, ki so podobni epitopom virusnega proteina bodice, in jih prepoznavajo B-celice. Izbrane peptide so sintetizirali s standardnimi kemijskimi postopki za sintezo peptidov s trdno fazo. Tako pripravljene peptide so kovalentno vezali na proteinski nosilec, ki so ga pripravili v ekspresijskem sistemu E.coli. Proteinski nosilec predstavlja fuzijski protein, sestavljen iz proteina virusne nukleokapside in bakterijskega vezavnega proteina za maltozo (MBP). S tem so omogočili povečano stabilnost in imunogenost peptidov, mešanici peptidov in nosilnega proteina pa so na koncu dodali še adjuvans aluminijev hidroksid. <br /> <br /> Pripravljeno cepivo vsebuje v eni dozi 260 ug aktivne učinkovine, administrira pa se v dveh dozah, ki se injicirata intramuskularno z 21 do 28-dnevnim zamikom med obema dozama. Cepivo se lahko shranjuje pri temperaturi hladilnika.<br /> <br /> =Literatura=<br /> [1] Ryzhikov AB, Ryzhikov EA, Bogryantseva MP, Gavrilova EV, Danilenko ED, Imatdinov IR, Maksyutov RA, Nechaeva EA, Popova AYu, Pyankov OV, Pyankova OG, Suloparov IM. Peptide immunogens and vaccine composition against COVID-19 coronavirus infection using peptide immunogens. Patent RU 2738081. 2020. (https://patentscope.wipo.int/search/en/detail.jsf?docId=RU313243384&amp;tab=PCTDESCRIPTION)<br /> <br /> [2] A. B. Ryzhikov et al., “A single blind, placebo-controlled randomized study of the safety, reactogenicity and immunogenicity of the ‘EpiVacCorona’ Vaccine for the prevention of COVID-19, in volunteers aged 18–60 years (phase I–II),” Russ. J. Infect. Immun., vol. 11, no. 2, pp. 283–296, 2021.<br /> <br /> [3] A. B. Ryzhikov et al., “Immunogenicity and protectivity of the peptide candidate vaccine against SARS-CoV-2,” Ann. Russ. Acad. Med. Sci., vol. 76, no. 1, pp. 5–19, 2021.<br /> <br /> [4] EpiVacCorona – Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/EpiVacCorona (pridobljeno 5. 5. 2021)<br /> <br /> [5] EpiVacCorona Vaccine – precision vaccinations https://www.precisionvaccinations.com/vaccines/epivaccorona-vaccine (pridobljeno 4. 5. 2021)<br /> <br /> [6] Study of the Safety, Reactogenicity and Immunogenicity of &quot;EpiVacCorona&quot; Vaccine for the Prevention of COVID-19 (EpiVacCorona) https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04527575 (pridobljeno: 4. 5. 2021)<br /> <br /> [7] Study of the Tolerability, Safety, Immunogenicity and Preventive Efficacy of the EpiVacCorona Vaccine for the Prevention of COVID-19. https://www.clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04780035?id=NCT04780035&amp;draw=2&amp;rank=1&amp;load=cart (pridobljeno: 4. 5. 2021)<br /> <br /> [8] G. B. Fields “Introduction to peptide synthesis.” Current protocols in protein science vol. Chapter 18 (2002): Unit 18.1. doi:10.1002/0471140864.ps1801s26</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Zna%C4%8Dilnosti_cepiva_EpiVacCorona_(peptidno)&diff=18889 2021-05-05T14:21:24Z

<p>Ursa lovse: New page: =UVOD= Cepivo EpiVacCorona je peptidno cepivo raziskovalnega centra Vector State Research Center of Virology and Biotechnology v Rusiji. Temelji na treh kemijsko sintetiziranih peptidih, k...</p> <hr /> <div>=UVOD=<br /> Cepivo EpiVacCorona je peptidno cepivo raziskovalnega centra Vector State Research Center of Virology and Biotechnology v Rusiji. Temelji na treh kemijsko sintetiziranih peptidih, ki predstavljajo epitope proteina bodice, ki jih prepoznavajo B-celice. Peptidi so kovalentno vezani na proteinski nosilec, cepivo pa poleg sintetiziranih peptidov in nosilnega proteina vsebuje še adjuvans aluminijev hidroksid. <br /> <br /> =KLINIČNE ŠTUDIJE=<br /> 1. in 2. klinična faza sta potekali do oktobra 2020 v Rusiji, pri čemer je sodelovalo 100 prostovoljcev, starih med 18 in 60 let. Trenutno poteka 3. klinična faza, v katero je vključenih okoli 3000 ljudi, predvidoma pa naj bi trajala do avgusta 2021. Cepivo je že odobreno za uporabo v Rusiji in Turkmenistanu. <br /> <br /> =IZDELAVA CEPIVA=<br /> Peptide, ki so jih v nadaljevanju sintetizirali, so izbrali na podlagi znanih podatkov o 3D-strukturi in zaporedju, ki zapisuje za protein bodice. Pri tem so dobili tri ustrezne peptide, dolge med 20 in 31 aminokislinskih ostankov, ki so podobni epitopom virusnega proteina bodice, in jih prepoznavajo B-celice. Izbrane peptide so sintetizirali s standardnimi kemijskimi postopki za sintezo peptidov s trdno fazo. Tako pripravljene peptide so kovalentno vezali na proteinski nosilec, ki so ga pripravili v ekspresijskem sistemu E.coli. Proteinski nosilec predstavlja fuzijski protein, sestavljen iz proteina virusne nukleokapside in bakterijskega vezavnega proteina za maltozo (MBP). S tem so omogočili povečano stabilnost in imunogenost peptidov, mešanici peptidov in nosilnega proteina pa so na koncu dodali še adjuvans aluminijev hidroksid. <br /> <br /> Pripravljeno cepivo vsebuje v eni dozi 260 ug aktivne učinkovine, administrira pa se v dveh dozah, ki se injicirata intramuskularno z 21 do 28-dnevnim zamikom med obema dozama. Cepivo se lahko shranjuje pri temperaturi hladilnika.<br /> <br /> =LITERATURA=<br /> [1] Ryzhikov AB, Ryzhikov EA, Bogryantseva MP, Gavrilova EV, Danilenko ED, Imatdinov IR, Maksyutov RA, Nechaeva EA, Popova AYu, Pyankov OV, Pyankova OG, Suloparov IM. Peptide immunogens and vaccine composition against COVID-19 coronavirus infection using peptide immunogens. Patent RU 2738081. 2020. (https://patentscope.wipo.int/search/en/detail.jsf?docId=RU313243384&amp;tab=PCTDESCRIPTION)<br /> <br /> [2] A. B. Ryzhikov et al., “A single blind, placebo-controlled randomized study of the safety, reactogenicity and immunogenicity of the ‘EpiVacCorona’ Vaccine for the prevention of COVID-19, in volunteers aged 18–60 years (phase I–II),” Russ. J. Infect. Immun., vol. 11, no. 2, pp. 283–296, 2021.<br /> <br /> [3] A. B. Ryzhikov et al., “Immunogenicity and protectivity of the peptide candidate vaccine against SARS-CoV-2,” Ann. Russ. Acad. Med. Sci., vol. 76, no. 1, pp. 5–19, 2021.<br /> <br /> [4] EpiVacCorona – Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/EpiVacCorona (pridobljeno 5. 5. 2021)<br /> <br /> [5] EpiVacCorona Vaccine – precision vaccinations https://www.precisionvaccinations.com/vaccines/epivaccorona-vaccine (pridobljeno 4. 5. 2021)<br /> <br /> [6] Study of the Safety, Reactogenicity and Immunogenicity of &quot;EpiVacCorona&quot; Vaccine for the Prevention of COVID-19 (EpiVacCorona) https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04527575 (pridobljeno: 4. 5. 2021)<br /> <br /> [7] Study of the Tolerability, Safety, Immunogenicity and Preventive Efficacy of the EpiVacCorona Vaccine for the Prevention of COVID-19. https://www.clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT04780035?id=NCT04780035&amp;draw=2&amp;rank=1&amp;load=cart (pridobljeno: 4. 5. 2021)<br /> <br /> [8] G. B. Fields “Introduction to peptide synthesis.” Current protocols in protein science vol. Chapter 18 (2002): Unit 18.1. doi:10.1002/0471140864.ps1801s26</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Protikovidna_cepiva&diff=18888 2021-05-05T14:18:31Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>Študentski seminar pri predmetu Molekularna biotehnologija 2020/21&lt;br&gt;<br /> Univerza v Ljubljani, Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo&lt;br&gt;<br /> Magistrski študij Biokemija&lt;br&gt;<br /> <br /> Seminar pripravljajo študentje 1. in 2. letnika magistrskega študija. Kratki povzetki morajo biti napisani na taki ravni zahtevnosti, da so razumljivi širši javnosti. Predstavitve seminarjev (6 oz. 12 minut) imajo splošen uvod in strokovno nadaljevanje. Vsebina temelji na javno dostopnih podatkih v času priprave seminarja. Po zadnji seminarski predstavitvi bomo predvidoma izdali zbornih povzetkov, ki bo vključeval tudi slikovne razlage. Poleg tega seminarja morajo študentje pripraviti tudi daljšo predstavitev teme iz znanstvene literature.<br /> <br /> Razpored predstavitev:<br /> <br /> # [[Molekularnobiološke značilnosti SARS-CoV-2 in aktualni mutanti (južnoafriški, britanski, nigerijski,...)]] - 11.3. (12 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Interakcija SARS-CoV-2 s tarčno celico]] - 11.3. (6 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Značilnosti cepiva proizvajalca Moderna (mRNA)]] - 18.3. (12 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Rezultati kliničnih testiranj cepiva proizvajalca Moderna (mRNA) ]] - 18.3.(6 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Značilnosti cepiva proizvajalca AstraZeneca / Oxford University (ChAdOx1)]] - 25.3. (12 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Rezultati kliničnih testiranj proizvajalca AstraZeneca / Oxford University (ChAdOx1)]] - 25.3. (6 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Značilnosti cepiva proizvajalca Pfizer / BioNTech (mRNA)]] - 1.4. (12 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Rezultati kliničnih testiranj cepiva proizvajalca Pfizer / BioNTech (mRNA)]] - 1.4. (12 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Značilnosti cepiva proizvajalca Johnson&amp;Johnson / Jennsen (Ad26)]] - 8.4. (6 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Opuščena cepiva: Merck (IAVI, Themix), Imperial College London, Univ. of Queensland]] - 8.4. (12 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Značilnosti cepiva Sputnik V (Gamaleya) (Ad26, Ad5)]] - 15.4. (12 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Značilnosti cepiva CanSino (Ad5)]] - 15.4. (12 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Značilnosti cepiv Sinopharm in Sinovac (inaktivirano)]] - 22.4. (12 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Značilnosti cepiva Bharat Biotech (inaktivirano)]] - 22.4. (12 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Značilnosti cepiva Novavax (proteinsko)]] - 6.5. (12 min)&lt;br&gt;<br /> # [[Značilnosti cepiva EpiVacCorona (peptidno)]] - 6.5. (6 min)&lt;br&gt;<br /> # Značilnosti cepiva VBI-2902a (virusom podobni delci) - 13.5. (6 min)&lt;br&gt;<br /> nerazporejeno:<br /> # Značilnosti cepiva Zydus Cadila (DNA)&lt;br&gt;<br /> # Značilnosti cepiva COVAXX / UBI (peptidno)&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> ----<br /> Povezava do [https://www.youtube.com/watch?v=K3odScka55A videa z razlago] o načinu določanja učinkovitosti cepiv in o (ne)smislu primerjanja teh vrednosti (Vox).</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Razvoj_proizvodnje_karotenoidov_v_sesalskih_celicah_za_prehransko_izbolj%C5%A1ano_celi%C4%8Dno_pridobljeno_meso&diff=18197 2021-04-05T19:50:25Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>==UVOD==<br /> <br /> Celično pridobljeno meso predstavlja skupek in-vitro kultiviranih in diferenciranih mišičnih zarodnih celic, ki poustvarijo strukturo mišice živali [1]. Poleg rastlinskih nadomestkov predstavlja eno izmed možnih alternativ mesu, s katerimi se raziskovalci trudijo zmanjšati količino vnosa mesa, ki zaradi naraščajoče populacije ljudi predstavlja med drugim tudi preveliko okoljsko breme [2]. Ker je ideja celično pridobljenega mesa poustvariti dejansko konvencionalno meso, se tudi pri tem pojavi problem oksidacije lipidov in proteinov, ki povečajo tveganje za razvoj nekaterih bolezni, poleg tega pa zmanjšajo obstojnost shranjevanja izdelkov. Z vključitvijo metabolnih poti, ki vodijo v biosintezo antioksidantov, bi tako vplivali na izboljšane prehranske lastnosti kot tudi na samo obstojnost produkta. V članku so s “Sleeping-Beauty” (v nadaljevanju SB) transpozonskim sistemom omogočili proizvodnjo karotenoidov v sesalskih celicah z namenom izboljšanja prehranske vrednosti celično pridobljenega mesa [3].<br /> <br /> ==POTEK EKSPERIMENTA==<br /> <br /> V opisanem eksperimentu so raziskovalci uporabili 2 tipa celic, mišje nesmrtne mioblaste (v nadaljevanju C2C12) in primarne satelitne celice, izolirane iz goveda (v nadaljevanju BSC). Načrtali so konstrukt z zapisi za tri ključne encime, ki sodelujejo pri nastanku beta karotena iz prekurzorja geranilgeranil pirofosfata (GGPP), ki je v sesalskih celicah že naravno prisoten. Zapise za encime z vmesnimi samoizrezajočimi peptidi 2A so najprej vnesli v plazmide pCMV-GFP, nato pa konstrukt vnesli v transpozonski vektor s konstitutivnim promotorjem pSBbi-pur. Končni konstrukti so poleg zapisov za encime (CrtB/I/Y) vsebovali še zapis za zeleni fluorescenčni protein (GFP) in zapis za odpornost proti puromicinu. Takšne konstrukte so nato skupaj s plazmidom z zapisom za transpozazo preko lipofekcije vnesli v celice C2C12 in BSC. Transformirane celice BSC in C2C12 so okarakterizirali z imunofluorescenco za Pax7 in za težko verigo miozina. Preko merjenja fluorescence za GFP so določili uspešnost integracije vektorjev, in preverili, kako velikost vključka vpliva na rast celic. Količino nastalih karotenoidov v celicah so določili z metodo HPLC in jih normalizirali na maso proteinov, ki so jo določili z metodo z bikinhonsko kislino. Ker se vsebnost karotenoidov ni bistveno razlikovala od vsebnosti karotenoidov v konvencionalnem mesu, so se odločili za optimizacijo vsebnosti karotenoidov v BSC in C2C12 s povečanjem koncentracije dodanega puromicina in ketokonazola v gojišču in nato ponovno določili količino karotenoidov na maso proteinov. Kot zadnje so z merjenjem količine celičnega malonaldehida določili še antioksidativno učinkovitost nastalih karotenoidov [3,4,5].<br /> <br /> ==REZULTATI==<br /> <br /> Integracija vektorjev v celice je bila uspešna. Velikost vključka v BSC je negativno vplivala na rast celic, medtem ko je bila pri celicah C2C12 z večjim vključkom povečana rast po 8 dneh v primerjavi s kontrolo. Kvantitativni HPLC je potrdil de novo sintezo karotenoidov. Količina karotenoidov v primeru BSC ni bila bistveno večja od količine v konvencionalnem mesu, medtem ko je bila vsebnost karotenoidov v celicah C2C12 bistveno višja. Z optimizacijo količine karotenoidov so dosegli za 10x večjo količino karotenoidov v BSC. Lipidna oksidacija optimiziranih celic se je v surovih in toplotno obdelanih vzorcih v primeru vključkov Crtb/I in CrtB/I/Y zmanjšala, kar je tudi bil eden od namenov eksperimenta [3].<br /> <br /> ==ZAKLJUČEK==<br /> Z eksperimentom, opisanim v članku, so v sesalske celice uspešno vključili metabolne poti iz tujih organizmov in po optimizaciji dobili opazno višjo vsebnost karotenoidov v celicah. Optimizirane celice z vključkoma CrtB/I in CrtB/I/Y so imele v primerjavi s kontrolami zmanjšano lipidno oksidacijo, kar dokazuje, da lahko metabolni inženiring vpliva na izboljšane prehranske vrednosti celično pridobljenega mesa [3]. Pri primerjavi obstoječih možnosti mesnih nadomestkov pa je potrebno še vseeno poleg prehranske vrednosti upoštevati tudi sprejemljivost produtkov s strani potrošnikov, proizvodne cene in vpliv proizvodnje na okolje [2].<br /> <br /> ==LITERATURA==<br /> [1] K. H. Choi et al., “Muscle stem cell isolation and in vitro culture for meat production: A methodological review,” Compr. Rev. Food Sci. Food Saf., vol. 20, no. 1, 2021.<br /> <br /> [2] S. Chriki and J.-F. Hocquette, “The Myth of Cultured Meat: A Review,” Front. Nutr., vol. 7, p. 7, 2020.<br /> <br /> [3] A. J. Stout, A. B. Mirliani, E. L. Soule-Albridge, J. M. Cohen, and D. L. Kaplan, “Engineering carotenoid production in mammalian cells for nutritionally enhanced cell-cultured foods,” Metab. Eng., vol. 62, 2020.<br /> <br /> [4] L. Mátés et al., “Molecular evolution of a novel hyperactive Sleeping Beauty transposase enables robust stable gene transfer in vertebrates,” Nat. Genet., vol. 41, no. 6, 2009.<br /> <br /> [5] E. Kowarz, D. Löscher, and R. Marschalek, “Optimized Sleeping Beauty transposons rapidly generate stable transgenic cell lines,” Biotechnol. J., vol. 10, no. 4, 2015.</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Razvoj_proizvodnje_karotenoidov_v_sesalskih_celicah_za_prehransko_izbolj%C5%A1ano_celi%C4%8Dno_pridobljeno_meso&diff=18196 2021-04-05T19:49:45Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>==UVOD==<br /> <br /> Celično pridobljeno meso predstavlja skupek in-vitro kultiviranih in diferenciranih mišičnih zarodnih celic, ki poustvarijo strukturo mišice živali [1]. Poleg rastlinskih nadomestkov predstavlja eno izmed možnih alternativ mesu, s katerimi se raziskovalci trudijo zmanjšati količino vnosa mesa, ki zaradi naraščajoče populacije ljudi predstavlja med drugim tudi preveliko okoljsko breme [2]. Ker je ideja celično pridobljenega mesa poustvariti dejansko konvencionalno meso, se tudi pri tem pojavi problem oksidacije lipidov in proteinov, ki povečajo tveganje za razvoj nekaterih bolezni, poleg tega pa zmanjšajo obstojnost shranjevanja izdelkov. Z vključitvijo metabolnih poti, ki vodijo v biosintezo antioksidantov, bi tako vplivali na izboljšane prehranske lastnosti kot tudi na samo obstojnost produkta. V članku so s “Sleeping-Beauty” (v nadaljevanju SB) transpozonskim sistemom omogočili proizvodnjo karotenoidov v sesalskih celicah z namenom izboljšanja prehranske vrednosti celično pridobljenega mesa [3].<br /> <br /> ==POTEK EKSPERIMENTA==<br /> <br /> V opisanem eksperimentu so raziskovalci uporabili 2 tipa celic, mišje nesmrtne mioblaste (v nadaljevanju C2C12) in primarne satelitne celice, izolirane iz goveda (v nadaljevanju BSC). Načrtali so konstrukt z zapisi za tri ključne encime, ki sodelujejo pri nastanku beta karotena iz prekurzorja geranilgeranil pirofosfata (GGPP), ki je v sesalskih celicah že naravno prisoten. Zapise za encime z vmesnimi samoizrezajočimi peptidi 2A so najprej vnesli v plazmide pCMV-GFP, nato pa konstrukt vnesli v transpozonski vektor s konstitutivnim promotorjem pSBbi-pur. Končni konstrukti so poleg zapisov za encime (CrtB/I/Y) vsebovali še zapis za zeleni fluorescenčni protein (GFP) in zapis za odpornost proti puromicinu. Takšne konstrukte so nato skupaj s plazmidom z zapisom za transpozazo preko lipofekcije vnesli v celice C2C12 in BSC. Transformirane celice BSC in C2C12 so okarakterizirali z imunofluorescenco za Pax7 in za težko verigo miozina. Preko merjenja fluorescence za GFP so določili uspešnost integracije vektorjev, in preverili, kako velikost vključka vpliva na rast celic. Količino nastalih karotenoidov v celicah so določili z metodo HPLC in jih normalizirali na maso proteinov, ki so jo določili z metodo z bikinhonsko kislino. Ker se vsebnost karotenoidov ni bistveno razlikovala od vsebnosti karotenoidov v konvencionalnem mesu, so se odločili za optimizacijo vsebnosti karotenoidov v BSC in C2C12 s povečanjem koncentracije dodanega puromicina in ketokonazola v gojišču in nato ponovno določili količino karotenoidov na maso proteinov. Kot zadnje so z merjenjem količine celičnega malonaldehida določili še antioksidativno učinkovitost nastalih karotenoidov [3,4,5].<br /> <br /> ==REZULTATI==<br /> <br /> Integracija vektorjev v celice je bila uspešna. Velikost vključka v BSC je negativno vplivala na rast celic, medtem ko je bila pri celicah C2C12 z večjim vključkom povečana rast po 8 dneh v primerjavi s kontrolo. Kvantitativni HPLC je potrdil de novo sintezo karotenoidov. Količina karotenoidov v primeru BSC ni bila bistveno večja od količine v konvencionalnem mesu, medtem ko je bila vsebnost karotenoidov v celicah C2C12 bistveno višja. Z optimizacijo količine karotenoidov so dosegli za 10x večjo količino karotenoidov v BSC. Lipidna oksidacija optimiziranih celic se je v surovih in toplotno obdelanih vzorcih v primeru vključkov Crtb/I in CrtB/I/Y zmanjšala, kar je tudi bil eden od namenov eksperimenta [3].<br /> <br /> ==ZAKLJUČEK==<br /> Z eksperimentom, opisanim v članku, so v sesalske celice uspešno vključili metabolne poti iz tujih organizmov in po optimizaciji dobili opazno višjo vsebnost karotenoidov v celicah. Optimizirane celice z vključkoma CrtB/I in CrtB/I/Y so imele v primerjavi s kontrolami zmanjšano lipidno oksidacijo, kar dokazuje, da lahko metabolni inženiring vpliva na izboljšane prehranske vrednosti celično pridobljenega mesa [3]. Pri primerjavi obstoječih možnosti mesnih nadomestkov pa je potrebno še vseeno poleg prehranske vrednosti upoštevati tudi sprejemljivost produtkov s strani potrošnikov, proizvodne cene in vpliv proizvodnje na okolje [2].<br /> <br /> ==LITERATURA==<br /> [1] K. H. Choi et al., “Muscle stem cell isolation and in vitro culture for meat production: A methodological review,” Compr. Rev. Food Sci. Food Saf., vol. 20, no. 1, 2021.<br /> [2] S. Chriki and J.-F. Hocquette, “The Myth of Cultured Meat: A Review,” Front. Nutr., vol. 7, p. 7, 2020.<br /> [3] A. J. Stout, A. B. Mirliani, E. L. Soule-Albridge, J. M. Cohen, and D. L. Kaplan, “Engineering carotenoid production in mammalian cells for nutritionally enhanced cell-cultured foods,” Metab. Eng., vol. 62, 2020.<br /> [4] L. Mátés et al., “Molecular evolution of a novel hyperactive Sleeping Beauty transposase enables robust stable gene transfer in vertebrates,” Nat. Genet., vol. 41, no. 6, 2009.<br /> [5] E. Kowarz, D. Löscher, and R. Marschalek, “Optimized Sleeping Beauty transposons rapidly generate stable transgenic cell lines,” Biotechnol. J., vol. 10, no. 4, 2015.</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Razvoj_proizvodnje_karotenoidov_v_sesalskih_celicah_za_prehransko_izbolj%C5%A1ano_celi%C4%8Dno_pridobljeno_meso&diff=18195 2021-04-05T19:45:50Z

<p>Ursa lovse: New page: &#039;&#039;&#039;UVOD&#039;&#039;&#039; Celično pridobljeno meso predstavlja skupek in-vitro kultiviranih in diferenciranih mišičnih zarodnih celic, ki poustvarijo strukturo mišice živali [1]. Poleg rastlinskih n...</p> <hr /> <div>'''UVOD'''<br /> Celično pridobljeno meso predstavlja skupek in-vitro kultiviranih in diferenciranih mišičnih zarodnih celic, ki poustvarijo strukturo mišice živali [1]. Poleg rastlinskih nadomestkov predstavlja eno izmed možnih alternativ mesu, s katerimi se raziskovalci trudijo zmanjšati količino vnosa mesa, ki zaradi naraščajoče populacije ljudi predstavlja med drugim tudi preveliko okoljsko breme [2]. Ker je ideja celično pridobljenega mesa poustvariti dejansko konvencionalno meso, se tudi pri tem pojavi problem oksidacije lipidov in proteinov, ki povečajo tveganje za razvoj nekaterih bolezni, poleg tega pa zmanjšajo obstojnost shranjevanja izdelkov. Z vključitvijo metabolnih poti, ki vodijo v biosintezo antioksidantov, bi tako vplivali na izboljšane prehranske lastnosti kot tudi na samo obstojnost produkta. V članku so s “Sleeping-Beauty” (v nadaljevanju SB) transpozonskim sistemom omogočili proizvodnjo karotenoidov v sesalskih celicah z namenom izboljšanja prehranske vrednosti celično pridobljenega mesa [3].<br /> <br /> '''POTEK EKSPERIMENTA'''<br /> V opisanem eksperimentu so raziskovalci uporabili 2 tipa celic, mišje nesmrtne mioblaste (v nadaljevanju C2C12) in primarne satelitne celice, izolirane iz goveda (v nadaljevanju BSC). Načrtali so konstrukt z zapisi za tri ključne encime, ki sodelujejo pri nastanku beta karotena iz prekurzorja geranilgeranil pirofosfata (GGPP), ki je v sesalskih celicah že naravno prisoten. Zapise za encime z vmesnimi samoizrezajočimi peptidi 2A so najprej vnesli v plazmide pCMV-GFP, nato pa konstrukt vnesli v transpozonski vektor s konstitutivnim promotorjem pSBbi-pur. Končni konstrukti so poleg zapisov za encime (CrtB/I/Y) vsebovali še zapis za zeleni fluorescenčni protein (GFP) in zapis za odpornost proti puromicinu. Takšne konstrukte so nato skupaj s plazmidom z zapisom za transpozazo preko lipofekcije vnesli v celice C2C12 in BSC. Transformirane celice BSC in C2C12 so okarakterizirali z imunofluorescenco za Pax7 in za težko verigo miozina. Preko merjenja fluorescence za GFP so določili uspešnost integracije vektorjev, in preverili, kako velikost vključka vpliva na rast celic. Količino nastalih karotenoidov v celicah so določili z metodo HPLC in jih normalizirali na maso proteinov, ki so jo določili z metodo z bikinhonsko kislino. Ker se vsebnost karotenoidov ni bistveno razlikovala od vsebnosti karotenoidov v konvencionalnem mesu, so se odločili za optimizacijo vsebnosti karotenoidov v BSC in C2C12 s povečanjem koncentracije dodanega puromicina in ketokonazola v gojišču in nato ponovno določili količino karotenoidov na maso proteinov. Kot zadnje so z merjenjem količine celičnega malonaldehida določili še antioksidativno učinkovitost nastalih karotenoidov [3,4,5].<br /> <br /> '''REZULTATI'''<br /> Integracija vektorjev v celice je bila uspešna. Velikost vključka v BSC je negativno vplivala na rast celic, medtem ko je bila pri celicah C2C12 z večjim vključkom povečana rast po 8 dneh v primerjavi s kontrolo. Kvantitativni HPLC je potrdil de novo sintezo karotenoidov. Količina karotenoidov v primeru BSC ni bila bistveno večja od količine v konvencionalnem mesu, medtem ko je bila vsebnost karotenoidov v celicah C2C12 bistveno višja. Z optimizacijo količine karotenoidov so dosegli za 10x večjo količino karotenoidov v BSC. Lipidna oksidacija optimiziranih celic se je v surovih in toplotno obdelanih vzorcih v primeru vključkov Crtb/I in CrtB/I/Y zmanjšala, kar je tudi bil eden od namenov eksperimenta [3].<br /> <br /> '''ZAKLJUČEK'''<br /> Z eksperimentom, opisanim v članku, so v sesalske celice uspešno vključili metabolne poti iz tujih organizmov in po optimizaciji dobili opazno višjo vsebnost karotenoidov v celicah. Optimizirane celice z vključkoma CrtB/I in CrtB/I/Y so imele v primerjavi s kontrolami zmanjšano lipidno oksidacijo, kar dokazuje, da lahko metabolni inženiring vpliva na izboljšane prehranske vrednosti celično pridobljenega mesa [3]. Pri primerjavi obstoječih možnosti mesnih nadomestkov pa je potrebno še vseeno poleg prehranske vrednosti upoštevati tudi sprejemljivost produtkov s strani potrošnikov, proizvodne cene in vpliv proizvodnje na okolje [2].<br /> <br /> '''LITERATURA'''<br /> [1] K. H. Choi et al., “Muscle stem cell isolation and in vitro culture for meat production: A methodological review,” Compr. Rev. Food Sci. Food Saf., vol. 20, no. 1, 2021.<br /> [2] S. Chriki and J.-F. Hocquette, “The Myth of Cultured Meat: A Review,” Front. Nutr., vol. 7, p. 7, 2020.<br /> [3] A. J. Stout, A. B. Mirliani, E. L. Soule-Albridge, J. M. Cohen, and D. L. Kaplan, “Engineering carotenoid production in mammalian cells for nutritionally enhanced cell-cultured foods,” Metab. Eng., vol. 62, 2020.<br /> [4] L. Mátés et al., “Molecular evolution of a novel hyperactive Sleeping Beauty transposase enables robust stable gene transfer in vertebrates,” Nat. Genet., vol. 41, no. 6, 2009.<br /> [5] E. Kowarz, D. Löscher, and R. Marschalek, “Optimized Sleeping Beauty transposons rapidly generate stable transgenic cell lines,” Biotechnol. J., vol. 10, no. 4, 2015.</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2021&diff=18194 2021-04-05T19:42:51Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>Seminarji iz Molekularne biotehnologije so letos organizirani tako, da vsak študent (praviloma v paru, lahko pa tudi samostojno) obdela temo s področja cepiv proti virusu SARS-CoV-2 in o tem pripravi kratek poljudno napisan povzetek. Ta del seminarjev je predstavljen na [[protikovidna cepiva|ločeni strani]].<br /> V drugem delu vsak študent predstavi nek raziskovalni dosežek s širšega področja molekularne biotehnologije. Seznam tem in predstavitev za študijsko leto 2020/21 je predstavljen tu.<br /> <br /> Povzetke morate objaviti do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak (28.2.)&lt;br&gt;<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> ----<br /> <br /> <br /> Naslovi odobrenih člankov po temah:<br /> <br /> '''Farmacevtsko pomembni proteini'''&lt;br&gt;<br /> # Development of Antibody-Fragment-Producing Rice for Neutralization of Human Norovirus (A. Sasou ''et. al''; Frontiers in Plant Science 12, 2021; https://doi.org/10.3389/fpls.2021.639953). [[Proizvodnja riža za sintezo fragmentov protiteles proti humanemu norovirusu.]] Mateja Žvipelj (11.3.)<br /> # A New Plant Expression System for Producing Pharmaceutical Proteins (N. Abd-Aziz ''et. al''; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://doi.org/10.1007/s12033-020-00242-2). [[Razvoj ekspresijskega sistema za proizvodnjo farmacevtskih proteinov v rastlini Mucuna bracteata]]. Jernej Imperl (18.3.)<br /> # Development of a Recombinant Monospecific Anti-PLGF Bivalent Nanobody and Evaluation of it in Angiogenesis Modulation (A. Nikooharf &quot;et all&quot;; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://link.springer.com/article/10.1007/s12033-020-00275-7#additional-information) [[Razvoj rekombinantnih monospecifičnih bivalentnih nanoteles proti PLGF-u]]. Nika Zaveršek (18.3.)<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of a DNA Vaccine for Melanoma Metastasis by Inhalation Based on an Analysis of Transgene Expression Characteristics of Naked pDNA and a Ternary Complex in Mouse Lung Tissues (Kodama ''et.al'';Pharmaceutics 12,2020; https://www.mdpi.com/1999-4923/12/6/540#framed_div_cited_count) [[ Razvoj DNA cepiva proti metastazam melanoma z vdihavanjem na podlagi analize značilnosti transgene ekspresije gole pDNA in trojni kompleks v mišjem pljučnem tkivu]]. Paula Horvat (25.3.)&lt;br&gt;<br /> # An AMA1/MSP1&lt;sub&gt;19&lt;/sub&gt; Adjuvanted Malaria Transplastomic Plant‑Based Vaccine Induces Immune Responses in Test Animals (Evelia M. Milán‑Noris ''et. al''; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://doi.org/10.1007/s12033-020-00271-x) [[V rastlinah proizvedeno transplastomsko antimalarijsko cepivo z AMA1/MSP119 in dodanim adjuvansom inducira imunski odziv v testnih živalih]]. Neža Pavko (25.3.)&lt;br&gt;<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Andrej Race (7.4.)<br /> # RNAi silenced ζ-carotene desaturase developed variegated tomato transformants with increased phytoene content (M. A. Babu ''et. al''; Plant Growth Regul. 93, 2021; https://doi.org/10.1007/s10725-020-00678-1). [[Vpliv utišanja ζ-karoten desaturaze na vsebnost karotenoidov v gensko spremenjenih paradižnikih]]. Peter Škrinjar (7.4.)<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali in celične linije'''&lt;br&gt;<br /> # Engineering carotenoid production in mammalian cells for nutritionally enhanced cell-cultured foods (A. J. Stout &quot;et. al&quot;; Metabolic Engineering 62, 2020; https://doi.org/10.1016/j.ymben.2020.07.011). [[Razvoj proizvodnje karotenoidov v sesalskih celicah za prehransko izboljšano celično pridobljeno meso]]. Urša Lovše (8.4.)<br /> # Matija Ruparčič (8.4.)<br /> <br /> '''Nizkomolekularni biotehnološki produkti'''&lt;br&gt;<br /> # Saša Slabe (14.4.)<br /> # Luka Gnidovec (15.4.)<br /> # Liza Ulčakar (15.4.)<br /> <br /> '''Biotehnološki polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Anže Karlek (21.4.)<br /> # Ana Maklin (22.4.)<br /> # Urban Hribar (22.4.)<br /> <br /> '''Biotehnološko pridobljeni encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Urška Fajdiga (5.5.)<br /> # Mirsad Mešić (6.5.)<br /> # Martina Lokar (6.5.)<br /> <br /> '''Metabolno inženirstvo v biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Jerneja Nimac (12.5.)<br /> # Urška Pečarič Strnad (12.5.)<br /> # Klementina Polanec (13.5.)<br /> # Ernestina Lavrih (13.5.)<br /> <br /> '''Biomasa in biogoriva'''&lt;br&gt;<br /> # Željka Erić (19.5.)<br /> # Karin Dobravc Škof (20.5.)<br /> # Katja Doberšek (20.5.)<br /> <br /> '''Okoljski vidiki biotehnologije in bioremediacija'''&lt;br&gt;<br /> # Almina Tahirović (26.5.)<br /> # Eva Keber (27.5.)<br /> # Nina Lukančič (27.5.)</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2021&diff=18193 2021-04-05T19:41:57Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>Seminarji iz Molekularne biotehnologije so letos organizirani tako, da vsak študent (praviloma v paru, lahko pa tudi samostojno) obdela temo s področja cepiv proti virusu SARS-CoV-2 in o tem pripravi kratek poljudno napisan povzetek. Ta del seminarjev je predstavljen na [[protikovidna cepiva|ločeni strani]].<br /> V drugem delu vsak študent predstavi nek raziskovalni dosežek s širšega področja molekularne biotehnologije. Seznam tem in predstavitev za študijsko leto 2020/21 je predstavljen tu.<br /> <br /> Povzetke morate objaviti do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak (28.2.)&lt;br&gt;<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> ----<br /> <br /> <br /> Naslovi odobrenih člankov po temah:<br /> <br /> '''Farmacevtsko pomembni proteini'''&lt;br&gt;<br /> # Development of Antibody-Fragment-Producing Rice for Neutralization of Human Norovirus (A. Sasou ''et. al''; Frontiers in Plant Science 12, 2021; https://doi.org/10.3389/fpls.2021.639953). [[Proizvodnja riža za sintezo fragmentov protiteles proti humanemu norovirusu.]] Mateja Žvipelj (11.3.)<br /> # A New Plant Expression System for Producing Pharmaceutical Proteins (N. Abd-Aziz ''et. al''; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://doi.org/10.1007/s12033-020-00242-2). [[Razvoj ekspresijskega sistema za proizvodnjo farmacevtskih proteinov v rastlini Mucuna bracteata]]. Jernej Imperl (18.3.)<br /> # Development of a Recombinant Monospecific Anti-PLGF Bivalent Nanobody and Evaluation of it in Angiogenesis Modulation (A. Nikooharf &quot;et all&quot;; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://link.springer.com/article/10.1007/s12033-020-00275-7#additional-information) [[Razvoj rekombinantnih monospecifičnih bivalentnih nanoteles proti PLGF-u]]. Nika Zaveršek (18.3.)<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of a DNA Vaccine for Melanoma Metastasis by Inhalation Based on an Analysis of Transgene Expression Characteristics of Naked pDNA and a Ternary Complex in Mouse Lung Tissues (Kodama ''et.al'';Pharmaceutics 12,2020; https://www.mdpi.com/1999-4923/12/6/540#framed_div_cited_count) [[ Razvoj DNA cepiva proti metastazam melanoma z vdihavanjem na podlagi analize značilnosti transgene ekspresije gole pDNA in trojni kompleks v mišjem pljučnem tkivu]]. Paula Horvat (25.3.)&lt;br&gt;<br /> # An AMA1/MSP1&lt;sub&gt;19&lt;/sub&gt; Adjuvanted Malaria Transplastomic Plant‑Based Vaccine Induces Immune Responses in Test Animals (Evelia M. Milán‑Noris ''et. al''; Molecular Biotechnology 62, 2020; https://doi.org/10.1007/s12033-020-00271-x) [[V rastlinah proizvedeno transplastomsko antimalarijsko cepivo z AMA1/MSP119 in dodanim adjuvansom inducira imunski odziv v testnih živalih]]. Neža Pavko (25.3.)&lt;br&gt;<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Andrej Race (7.4.)<br /> # RNAi silenced ζ-carotene desaturase developed variegated tomato transformants with increased phytoene content (M. A. Babu ''et. al''; Plant Growth Regul. 93, 2021; https://doi.org/10.1007/s10725-020-00678-1). [[Vpliv utišanja ζ-karoten desaturaze na vsebnost karotenoidov v gensko spremenjenih paradižnikih]]. Peter Škrinjar (7.4.)<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali in celične linije'''&lt;br&gt;<br /> # <br /> Engineering carotenoid production in mammalian cells for nutritionally enhanced cell-cultured foods (A. J. Stout &quot;et. al&quot;; Metabolic Engineering 62, 2020; https://doi.org/10.1016/j.ymben.2020.07.011). [[Razvoj proizvodnje karotenoidov v sesalskih celicah za prehransko izboljšano celično pridobljeno meso]]. Urša Lovše (8.4.)<br /> # Matija Ruparčič (8.4.)<br /> <br /> '''Nizkomolekularni biotehnološki produkti'''&lt;br&gt;<br /> # Saša Slabe (14.4.)<br /> # Luka Gnidovec (15.4.)<br /> # Liza Ulčakar (15.4.)<br /> <br /> '''Biotehnološki polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Anže Karlek (21.4.)<br /> # Ana Maklin (22.4.)<br /> # Urban Hribar (22.4.)<br /> <br /> '''Biotehnološko pridobljeni encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Urška Fajdiga (5.5.)<br /> # Mirsad Mešić (6.5.)<br /> # Martina Lokar (6.5.)<br /> <br /> '''Metabolno inženirstvo v biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Jerneja Nimac (12.5.)<br /> # Urška Pečarič Strnad (12.5.)<br /> # Klementina Polanec (13.5.)<br /> # Ernestina Lavrih (13.5.)<br /> <br /> '''Biomasa in biogoriva'''&lt;br&gt;<br /> # Željka Erić (19.5.)<br /> # Karin Dobravc Škof (20.5.)<br /> # Katja Doberšek (20.5.)<br /> <br /> '''Okoljski vidiki biotehnologije in bioremediacija'''&lt;br&gt;<br /> # Almina Tahirović (26.5.)<br /> # Eva Keber (27.5.)<br /> # Nina Lukančič (27.5.)</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BNT-seminar&diff=17886 2021-03-09T09:03:27Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>= Bionanotehnologija 2021- seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Vpisna številka'''<br /> 30170005 &lt;br /&gt;<br /> 30019058 &lt;br /&gt;<br /> 30019057 &lt;br /&gt;<br /> 30170131 &lt;br /&gt;<br /> 30170078 &lt;br /&gt;<br /> 30170177 &lt;br /&gt;<br /> 30200324 &lt;br /&gt;<br /> 30019063 &lt;br /&gt;<br /> 30170103 &lt;br /&gt;<br /> 30170002 &lt;br /&gt;<br /> 30200319 &lt;br /&gt;<br /> 30200309 &lt;br /&gt;<br /> 30200320 &lt;br /&gt;<br /> 30019056 &lt;br /&gt;<br /> 30200311 &lt;br /&gt;<br /> 30200306 &lt;br /&gt;<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum predstavitve'''<br /> 16.3.2021 &lt;br /&gt;<br /> 16.3.2021 &lt;br /&gt;<br /> 30.3.2021 &lt;br /&gt;<br /> 6.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 6.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 13.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 13.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 20.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 4.5.2021 &lt;br /&gt;<br /> 4.5.2021 &lt;br /&gt;<br /> 23.3.2021 &lt;br /&gt;<br /> 20.4.2020 &lt;br /&gt;<br /> 6.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 4.5.2021 &lt;br /&gt;<br /> 11.5.2021 &lt;br /&gt;<br /> 18.5.2021 &lt;br /&gt;<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent1'''<br /> Anamarija Agnič &lt;br /&gt;<br /> Aljaž Bratina &lt;br /&gt;<br /> Barbara Slapnik &lt;br /&gt;<br /> Tina Kolenc Milavec &lt;br /&gt;<br /> Klementina Polanec &lt;br /&gt;<br /> Martin Špendl &lt;br /&gt;<br /> Tjaša Mlakar &lt;br /&gt;<br /> Sara Laznik &lt;br /&gt;<br /> Martina Lokar &lt;br /&gt;<br /> Doroteja Armič &lt;br /&gt;<br /> Martin Špendl &lt;br /&gt;<br /> Saša Slabe &lt;br /&gt;<br /> Mateja Žvipelj &lt;br /&gt;<br /> Špela Supej &lt;br /&gt;<br /> Urška Fajdiga &lt;br /&gt;<br /> Ernestina Lavrih &lt;br /&gt;<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent2'''<br /> Urška Pečarič Strnad &lt;br /&gt;<br /> Urška Zagorc &lt;br /&gt;<br /> Sara Laznik &lt;br /&gt;<br /> Luka Gnidovec &lt;br /&gt;<br /> Irma Zeljković &lt;br /&gt;<br /> Jernej Imperl &lt;br /&gt;<br /> Barbara Slapnik &lt;br /&gt;<br /> Urša Lovše &lt;br /&gt;<br /> Mateja Žvipelj &lt;br /&gt;<br /> Neža Pavko &lt;br /&gt;<br /> Almina Tahirović &lt;br /&gt;<br /> Nika Mikulič Vernik &lt;br /&gt;<br /> Urška Fajdiga &lt;br /&gt;<br /> Saša Slabe &lt;br /&gt;<br /> Klementina Polanec &lt;br /&gt;<br /> Tjaša Mlakar &lt;br /&gt;<br /> |-<br /> <br /> ==Naloga==<br /> Pripravite projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt, ki pa mora biti takšen, da pritegne investitorje. Ker je pomembno tudi kako boste to naredili, morate predstaviti tudi metodo in ne samo ideje. Natančno morate vedeti, kako boste projekt izvedli.<br /> <br /> Predlagana struktura teksta:<br /> * Uvod<br /> * Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji<br /> * Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze<br /> * Literatura<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Elektronska verzija seminarja: avtor, naslov projekta, razširjeni povzetek projekta- 350-400 besed (brez literature) in grafični povzetek (čez približno pol strani). Vse naj bo na maksimalno dveh straneh, a ne sme vsebovati manj kot 350 besed (sem se ne šteje literatura). <br /> * Elektronsko verzijo seminarja oddajte en dan pred predstavitvijo, kasneje pa boste vsebino še prekopirali na za to določeno spletno stran, predstavitev pa eno uro pred seminarjem na [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ strežnik].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo XY minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenta morate predlagati vsaj eno izboljšavo predstavljenega projekta.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem modelu:<br /> * 20_nano_Priimek.doc za seminar, npr. 20_nano_Craik_Venter.doc<br /> * 20_nano_Priimek.ppt za prezentacijo, npr. 20_nano_Craik_Venter.ppt<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Ursa lovse https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BNT-seminar&diff=17885 2021-03-09T09:01:28Z

<p>Ursa lovse: </p> <hr /> <div>= Bionanotehnologija 2021- seminar =<br /> doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> <br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Vpisna številka'''<br /> 30170005 &lt;br /&gt;<br /> 30019057 &lt;br /&gt;<br /> 30170131 &lt;br /&gt;<br /> 30170078 &lt;br /&gt;<br /> 30170177 &lt;br /&gt;<br /> 30200324 &lt;br /&gt;<br /> 30019063 &lt;br /&gt;<br /> 30170103 &lt;br /&gt;<br /> 30170002 &lt;br /&gt;<br /> 30200319 &lt;br /&gt;<br /> 30200309 &lt;br /&gt;<br /> 30200320 &lt;br /&gt;<br /> 30019056 &lt;br /&gt;<br /> 30200311 &lt;br /&gt;<br /> 30200306 &lt;br /&gt;<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''datum predstavitve'''<br /> 16.3.2021 &lt;br /&gt;<br /> 30.3.2021 &lt;br /&gt;<br /> 6.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 6.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 13.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 13.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 20.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 4.5.2021 &lt;br /&gt;<br /> 4.5.2021 &lt;br /&gt;<br /> 23.3.2021 &lt;br /&gt;<br /> 20.4.2020 &lt;br /&gt;<br /> 6.4.2021 &lt;br /&gt;<br /> 4.5.2021 &lt;br /&gt;<br /> 11.5.2021 &lt;br /&gt;<br /> 18.5.2021 &lt;br /&gt;<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent1'''<br /> Anamarija Agnič &lt;br /&gt;<br /> Barbara Slapnik &lt;br /&gt;<br /> Tina Kolenc Milavec &lt;br /&gt;<br /> Klementina Polanec &lt;br /&gt;<br /> Martin Špendl &lt;br /&gt;<br /> Tjaša Mlakar &lt;br /&gt;<br /> Sara Laznik &lt;br /&gt;<br /> Martina Lokar &lt;br /&gt;<br /> Doroteja Armič &lt;br /&gt;<br /> Martin Špendl &lt;br /&gt;<br /> Saša Slabe &lt;br /&gt;<br /> Mateja Žvipelj &lt;br /&gt;<br /> Špela Supej &lt;br /&gt;<br /> Urška Fajdiga &lt;br /&gt;<br /> Ernestina Lavrih &lt;br /&gt;<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''recenzent2'''<br /> Urška Pečarič Strnad &lt;br /&gt;<br /> Sara Laznik &lt;br /&gt;<br /> Luka Gnidovec &lt;br /&gt;<br /> Irma Zeljković &lt;br /&gt;<br /> Jernej Imperl &lt;br /&gt;<br /> Barbara Slapnik &lt;br /&gt;<br /> Urša Lovše &lt;br /&gt;<br /> Mateja Žvipelj &lt;br /&gt;<br /> Neža Pavko &lt;br /&gt;<br /> Almina Tahirović &lt;br /&gt;<br /> Nika Mikulič Vernik &lt;br /&gt;<br /> Urška Fajdiga &lt;br /&gt;<br /> Saša Slabe &lt;br /&gt;<br /> Klementina Polanec &lt;br /&gt;<br /> Tjaša Mlakar &lt;br /&gt;<br /> |-<br /> <br /> ==Naloga==<br /> Pripravite projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt, ki pa mora biti takšen, da pritegne investitorje. Ker je pomembno tudi kako boste to naredili, morate predstaviti tudi metodo in ne samo ideje. Natančno morate vedeti, kako boste projekt izvedli.<br /> <br /> Predlagana struktura teksta:<br /> * Uvod<br /> * Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji<br /> * Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze<br /> * Literatura<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Elektronska verzija seminarja: avtor, naslov projekta, razširjeni povzetek projekta- 350-400 besed (brez literature) in grafični povzetek (čez približno pol strani). Vse naj bo na maksimalno dveh straneh, a ne sme vsebovati manj kot 350 besed (sem se ne šteje literatura). <br /> * Elektronsko verzijo seminarja oddajte en dan pred predstavitvijo, kasneje pa boste vsebino še prekopirali na za to določeno spletno stran, predstavitev pa eno uro pred seminarjem na [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ strežnik].<br /> * Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo XY minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenta morate predlagati vsaj eno izboljšavo predstavljenega projekta.<br /> <br /> ==&lt;font color=green&gt;Imena datotek&lt;/font&gt;==<br /> Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem modelu:<br /> * 20_nano_Priimek.doc za seminar, npr. 20_nano_Craik_Venter.doc<br /> * 20_nano_Priimek.ppt za prezentacijo, npr. 20_nano_Craik_Venter.ppt<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana &lt;font color=green&gt;zeleno&lt;/font&gt;.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> &lt;font color=green&gt;Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.<br /> Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.&lt;/font&gt;<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica &quot;in&quot;. <br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

Ursa lovse