https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=UrskaRauter 2026-04-10T06:19:22Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2015/16&diff=10998 2015-12-15T12:11:33Z

<p>UrskaRauter: </p> <hr /> <div>Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:<br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]<br /> <br /> * Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes ([[Proizvodnja kemikalij iz derivatov maščobnih kislin s pomočjo sintetičnih mikroorganizmov]]) (Maja Grdadolnik)&lt;br&gt;<br /> * Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([[Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum]]) (Griša Prinčič)&lt;br&gt;<br /> * Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Konverzija_lignoceluloze_s_pomočjo_izkoriščanja_mikrobne_tolerance_in_inženiringa_sladkorjev] (Kim Potočnik) &lt;br&gt;<br /> * Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways [[INŽENIRING KOFAKTORJEV ZA IZBOLJŠANJE METABOLIČNIH POTI]] (Nastja Štemberger)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj)&lt;br&gt;<br /> * [http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fbioe.2015.00093/full Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits] ([[Določanje učinkovitosti bioloških naprav in vezij z razmerjem signal-šum]]) (Jakob G. Lavrenčič)&lt;br&gt;<br /> * A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli ([[Senzor za malonil-CoA v bakteriji Escherichia coli]]) (Ajda Rojc)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4211546/ New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories] ([[Metabolični inženiring gram-negativnih bakterij s transpozonskim sistemom]]) (Rok Razpotnik)&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]<br /> <br /> * Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter) ([[Napredki v sintezni biologiji pri proizvodnji C3-C10 alkoholov v mikroorganizmih]])<br /> * Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering ([[Vizualizacija evolucije v realnem času – metoda za sevno inženirstvo]]) (Samo Zakotnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3367458/ Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation] ([[Načrtovanje mikrobnih konzorcijev za izboljšanje biorudarstva in bioremediacije]]) (Maja Kostanjevec)<br /> * Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” ([[Mikrobiološka proizvodnja obnovljivih biomonomerov in bioplastike]])(Nastja Pirman)<br /> * Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae (Špela Tomaž)<br /> * Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)<br /> * Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation (Monika Praznik)<br /> * Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy (Erik Mršnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert) <br /> * Chemical synthetic biology: a mini-review (Anka Hotko)<br /> <br /> <br /> Seminarji iz preglednih člankov:<br /> <br /> * Towards engineering biological systems in a broader context (Aleksander Benčič)<br /> * Synthetic biology: Novel approaches for microbiology (Daša Janeš)<br /> * Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)<br /> * Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways (Katja Leben)<br /> * Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism (Jure Zabret)<br /> * Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells (Monika Biasizzo)<br /> * Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)<br /> * Better together: engineering and application of microbial symbioses (Nejc Petrišič)<br /> * Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels (Urška Pevec)<br /> * Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates (Mojca Banič)<br /> * Synthetic biology of fungal natural products (Estera Merljak)<br /> * Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors (Benjamin Bajželj)<br /> * How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom &amp; Ana Unkovič)<br /> * Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)<br /> * Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)<br /> * Mammalian synthetic biology: emerging medical applications (Maša Mirkovič)<br /> * Synthetic biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2015/16&diff=10997 2015-12-15T12:10:43Z

<p>UrskaRauter: </p> <hr /> <div>Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:<br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]<br /> <br /> * Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes ([[Proizvodnja kemikalij iz derivatov maščobnih kislin s pomočjo sintetičnih mikroorganizmov]]) (Maja Grdadolnik)&lt;br&gt;<br /> * Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([[Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum]]) (Griša Prinčič)&lt;br&gt;<br /> * Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Konverzija_lignoceluloze_s_pomočjo_izkoriščanja_mikrobne_tolerance_in_inženiringa_sladkorjev] (Kim Potočnik) &lt;br&gt;<br /> * Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways [[INŽENIRING KOFAKTORJEV ZA IZBOLJŠANJE METABOLIČNIH POTI]] (Nastja Štemberger)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj)&lt;br&gt;<br /> * [http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fbioe.2015.00093/full Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits] ([[Določanje učinkovitosti bioloških naprav in vezij z razmerjem signal-šum]]) (Jakob G. Lavrenčič)&lt;br&gt;<br /> * A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli ([[Senzor za malonil-CoA v bakteriji Escherichia coli]]) (Ajda Rojc)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4211546/ New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories] ([[Metabolični inženiring gram-negativnih bakterij s transpozonskim sistemom]]) (Rok Razpotnik)&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]<br /> <br /> * Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter) ([[Napredek v sintezni biologiji pri proizvodnji C3-C10 alkoholov v mikroorganizmih]])<br /> * Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering ([[Vizualizacija evolucije v realnem času – metoda za sevno inženirstvo]]) (Samo Zakotnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3367458/ Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation] ([[Načrtovanje mikrobnih konzorcijev za izboljšanje biorudarstva in bioremediacije]]) (Maja Kostanjevec)<br /> * Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” ([[Mikrobiološka proizvodnja obnovljivih biomonomerov in bioplastike]])(Nastja Pirman)<br /> * Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae (Špela Tomaž)<br /> * Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)<br /> * Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation (Monika Praznik)<br /> * Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy (Erik Mršnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert) <br /> * Chemical synthetic biology: a mini-review (Anka Hotko)<br /> <br /> <br /> Seminarji iz preglednih člankov:<br /> <br /> * Towards engineering biological systems in a broader context (Aleksander Benčič)<br /> * Synthetic biology: Novel approaches for microbiology (Daša Janeš)<br /> * Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)<br /> * Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways (Katja Leben)<br /> * Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism (Jure Zabret)<br /> * Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells (Monika Biasizzo)<br /> * Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)<br /> * Better together: engineering and application of microbial symbioses (Nejc Petrišič)<br /> * Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels (Urška Pevec)<br /> * Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates (Mojca Banič)<br /> * Synthetic biology of fungal natural products (Estera Merljak)<br /> * Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors (Benjamin Bajželj)<br /> * How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom &amp; Ana Unkovič)<br /> * Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)<br /> * Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)<br /> * Mammalian synthetic biology: emerging medical applications (Maša Mirkovič)<br /> * Synthetic biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Napredki_v_sintezni_biologiji_pri_proizvodnji_C3-C10_alkoholov_v_mikroorganizmih&diff=10907 2015-12-13T22:05:50Z

<p>UrskaRauter: New page: =&#039;&#039;&#039;1. Uvod&#039;&#039;&#039;= Že več let je znano, da fosilno gorivo ni obnovljiv vir energije in da ga lahko še prehitro zmanjka, upoštevajoč svetovne potrebe po njem. Prav tako pa že več let z...</p> <hr /> <div>='''1. Uvod'''=<br /> <br /> Že več let je znano, da fosilno gorivo ni obnovljiv vir energije in da ga lahko še prehitro zmanjka, upoštevajoč svetovne potrebe po njem. Prav tako pa že več let znanstveniki razvijajo sisteme za proizvodnjo biogoriv v mikroorganizmih, predvsem etanola, ki se ga je leta 2010 proizvedlo že skoraj 50 milijard litrov (Fichman, 2011). Vendar pa etanol ni popolno biogorivo; je higroskopen, njegova energijska gostota pa je v primerjavi z bencinom dokaj nizka (Li et al., 2010). Za razliko od etanola pa so alkoholi z daljšimi verigami bolj primerni za proizvodnjo biogoriv.<br /> <br /> Z izjemo 1-butanola, ki ga v naravi sintetizirajo bakterije iz rodu ''Clostridium'', ostalih alkoholov z daljšimi verigami ne najdemo v naravi, zato se veliko raziskav ukvarja z razvojem takšnih laboratorijskih sevov, ki bi učinkovito pretvarjali biomaso v alkohole z daljšimi verigami in predvsem v dovolj velikih količinah. Najbolj primerne za to so bakterije ''E. coli'' oz. kvasovke ''S. cerevisiae'' tudi zato, ker so za tovrstne organizme na voljo različne tehnike za genetsko manipulacijo in ker imajo znano in tudi precej preprosto fiziologijo. <br /> <br /> Tradicionalni pristop k vpeljevanju metabolnih poti v mikroorganizme je metabolično inženirstvo, ki pa ga je možno izboljšati z uporabo pristopov sintezne biologije (Agapakis in Silver, 2009; Khalil in Collins, 2010). Tako lahko s kombiniranjem bioloških komponent iz različnih organizmov ustvarimo nove in boljše metabolne poti v gostiteljskem organizmu. <br /> <br /> =='''2. Proizvodnja izopropanola'''==<br /> <br /> Izopropanol je enostaven sekundarni alkohol, ki ga lahko uporabljamo namesto metanola za esterifikacijo maščob in olja za proizvodnjo biodizla ali pa ga uporabimo kot biogorivo. Hanai et al., so leta 2007 prvi uspeli prenesti metabolno pot za proizvodnjo izopropanola v bakterije ''E. coli'', kasneje pa so efektivnost proizvodnje izopropanola še izboljšali. Sintezno pot so ustvarili s kombinacijami genov iz različnih organizmov; ''Clostridum acetobutylicum, E. coli, Clostridium beijerincki'' in ''Thermoanaerobacter brockii.''<br /> <br /> Sintezno pot so zasnovali na podlagi sintezne poti v bakteriji ''C. beijerinckii'', kjer najprej acetil-CoA acetiltransferaza katalizira kondenzacijo dveh molekul acetil-CoA v acetoacetil-CoA. Nato acetoacetil-CoA transferaza katalizira pretvorbo v acetoacetat, iz katerega ob delovanju acetoacetat dekarboksilaze nastaneta aceton in CO2. Na koncu poti sekundarna alkoholna dehidrogenaza pretvori aceton v izopropanol (Hanai et al., 2007).<br /> <br /> Za najboljšega se je izkazal sev, ki je vseboval gen ''thl'' (acetil-CoA aciltransferaza) iz ''C. acetobutylicum'', gen ''atoAD'' (acetoacetil-CoA transferaza) iz ''E. coli'', gen ''adc'' (acetoacetat dekarboksilaza) iz ''C. acetobutylicum'' in gen ''adh'' (sekundarna alkoholna dehidrogenaza) iz ''C. beijerinckii''. Tak sev je proizvedel 2,7 g/L izopropanola (Hanai et al., 2007).<br /> <br /> Leta 2010 so Inokuma et al., izboljšali proizvodnjo izopropanola v ''E. coli'' tako, da so optimizirali tako kulturo bakterij kot pogoje v gojišču. Izplen so povečali tudi tako, da so produkt odvajali z metodo »gas stripping«. Sprva so sevi po 144 urah proizvedli 79,6 g/L izopropanola, če pa so zagotovili reden vnos svežih nutrientov pa je proizvodnja izopropanola narasla na 143 g/L v 240 urah. <br /> <br /> =='''3. Proizvodnja butanola'''==<br /> <br /> 1-butanol je po svoji energijski gostoti (29 MJ/L) precej podoben bencinu in ker ga v naravi proizvajajo bakterije iz rodu ''Clostridium'' so bile prve raziskave osredotočene na optimizacijo proizvodnje butanola v omenjenih bakterijah, vendar slednje niso prinesle željenega uspeha, zato so se raziskovalci osredotočili na vnos poti v ''E. coli'' (Lutke-Evershol in Bahl, 2011).<br /> <br /> Za eno molekulo butanola mora ''Clostridum'' uporabiti eno molekulo glukoze in štiri molekule NADPH-ja, sintezo pa omogoča šest genov; ''thl, hbd, crt, bcd, etfAB'', in ''adhE2''. Prenos sintezne poti butanola v ''E. coli'' se je za razliko od nekaterih drugih sinteznih poti, izkazal za precejšen izziv.<br /> <br /> Glavni problem pri prenosu sintezne poti tiči v pomanjkanju gonilne sile, ki bi poganjala pretvorbo acetil-CoA v butanol. Clostridium pri sintezi butanola uporablja NADPH in reduciran ferodoksin. Če bi ustvarili tako sintezno pot v kateri bi se za procese redukcije uporabljal le NADPH, bi lahko posledično akumulacijo NADPH-ja uporabili kot gonilno silo. V ''E.coli'' lahko to dosežemo z delecijo nekaterih genov, katerih produkti omogočajo določene fermentacijske procese v celici; ''∆adhE, ∆ldhA'' in ''∆frd''. Tak sev sicer izgubi sposobnost rasti v anaerobnih pogojih, kakor tudi sposobnost recikliranja NADPH-ja, vendar pridobi gonilno silo za tiste reakcije, ki porabljajo NADPH (Shen et al., 2011).<br /> <br /> Četudi gonilna sila v obliki akumuliranega NADPH-ja obstaja, mora biti ta učinkovito sklopljena s procesom sinteze butanola. Da to dosežemo moramo spremeniti en del poti tako, da kompleks butiril-CoA dehidrogenaza (Bcd-EtfAB) uporablja izključno NADPH za pretvorbo krotonil-CoA v butiril-CoA. Za prenos poti v ''E. coli'' se je izkazalo, da je bolje uporabiti encim trans-enoil-CoA reduktazo (Ter) kot prej omenjen kompleks, saj lahko Ter direktno uporablja NADPH, prav tako pa je ta reakcija ireverziblna, kar pomeni, da je ravnotežje pomaknjeno v smer nastanka butanola (Shen et al., 2011).<br /> <br /> Akumulacija NADPH-ja v celici ni dovolj, da bi dosegli zadovoljive koncentracije butanola, zato so raziskovalci poskušali poiskati dodatno gonilno silo. Izkaže se, da na hitrost sintezne poti bistveno vpliva prvi korak; kondenzacija acetil-CoA v acetoacetil-CoA, ki jo v ''Clostridium'' katalizira acetoacetil-CoA tiolaza (Thl). Zaradi višje specifične aktivnosti, so za ta korak uporabili encim acetil-CoA acetiltransferaza (AtoB), ki izvira iz ''E. coli''. Zaradi tega bi akumulacija acetil-CoA lahko predstavljala drugo gonilno silo za sintezo butanola v ''E. coli''. Slednje so dosegli tako, da so v sevu deletirali gen za fosfat acetiltransferazo, ki v normalnih pogojih porabi večino acetil-CoA (Shen et al., 2011). <br /> <br /> Z uporabo opisanih korakov so uspeli pripraviti sev E. coli, ki je proizvedel 30 g/L butanola po sedmih dneh.<br /> <br /> =='''4. Proizvodnja 1-heksanola'''==<br /> <br /> Sintezna pot za sintezo butanola, ki so jo vstavili v ''E. coli'' je služila tudi za vpeljavo sintezne poti za proizvodnjo 1-heksanola. <br /> Sinteza heksanola poteka preko C4 intermediatov, ki so jih v sev vpeljali preko vstavljanja istih genov, ki so jih uporabili že Shen in sodelavci, za nadaljnjo pretvorbo v hekasonol pa so uporabili gene za encime iz različnih organizmov (Dekishima et al., 2011).<br /> <br /> Vpeljana sintezna pot je bila ista sintezni poti za butanol do stopnje butiril-CoA. Po tej stopnji pa je sledila pretvorba butiril-CoA v 3-ketoheksanoil-CoA s pomočjo encima β-ketotiolaza (BktB) iz ''Ralstonia eutropha''. Sledi pretvorba 3-ketoheksanoil-CoA v 3-hidroksiheksanoil-CoA s pomočjo encima 3-hidroksibutiril-CoA dehidrogenaza (Hbd) iz ''Clostrodium acetobutylicum'' in nato pretvorba v heksenoil-CoA s pomočjo encima krotonaza (Crt) iz istega organizma (Dekishima et al., 2011). <br /> <br /> Po tej stopnji se mora heksenoil-CoA najprej pretvoriti v heksanoil-CoA, nato v heksaldehid in na koncu v 1-heksanol. Prvo reakcijo katalizira trans-enoil-CoA reduktaza (Ter), zadnji dve pa alkohol/aldehid dehidrogenaza (AdhE2) iz ''C. acetobutylicum'' (Dekishima et al., 2011).<br /> <br /> Izkazalo se je, da čeprav butanol nastaja v večjih količinah ob prisotnosti reduktaze Ter, morata biti za proizvodnjo heksanola prisotni dve reduktazi. Ko so v sev vpeljali reduktazo EgTer iz ''Euglena gracilis'' in reduktazo TdTer iz ''Treponema denticola'' so uspeli detektirati heksanol v količini 23 mg/L po 68 urah (Dekishima et al., 2011).<br /> <br /> Z optimizacijo gojitvenih pogojev in odvajanja produkta iz gojišča so uspeli pripraviti sev, ki je proizvedel 47 mg/L heksanola po 48 urah (Dekishima et al., 2011).<br /> <br /> ='''5. Zaključek'''=<br /> <br /> Pristopi sintezne biologije, ki omogočajo modularno izgradnjo biosinteznih poti imajo velik doprinos pri razvoju teh poti v mikroorganizmih v namen proizvodnje biogoriv. Danes obstajata že dve podjetji, Gevo in Butamax, ki proizvajata izobutanol za komercialno uporabo. <br /> <br /> Zavedati pa se je treba, da z optimizacijo proizvodnje alkoholov v mikroorganizmih in s tem vedno višjimi koncentracijami le-teh, naletimo na marsikatero oviro. Ena izmed najbolj perečih ovir je toksičnost produkta, kar poslabša fitnes seva in s tem prepreči proizvodnjo produkta v industrijskem merilu. Zato bi bilo potrebno usmeriti pozornost ne samo na večji izplen, temveč tudi na pripravo bolj robustnih sevov. <br /> Pozornost bi bilo smiselno usmerit tudi na izhodni material; biomaso. Razvoj postopka za efektivno razgradnjo biomase bi znatno pocenil proces proizvodnje biogoriv, poleg tega pa bi bil postopek tudi hitrejši. <br /> <br /> Glede na napredek na področju biogoriv je možno pričakovati, da bomo leta 2022 že proizvedli 136 milijard litrov biogoriva, kakor predvideva svetovna iniciativa in to se zdi toliko bolj verjetno v luči napredka, ki je bil storjen v proizvodnji biogoriv iz alkoholov z daljšimi verigami.<br /> <br /> ='''6. Viri'''=<br /> Agapakis, C. M., and Silver, P. A.(2009). Synthetic biology: exploring and exploiting genetic modularity through the design of novel biological<br /> networks. Mol. Biosyst. 5, 704–713.<br /> <br /> Dekishima, Y., Lan, E. I., Shen, C. R.,Cho, K. M., and Liao, J. C. (2011). Extending carbon chain length of 1-butanol pathway for 1-hexanol synthesis from glucose by engineered Escherichia coli. J. Am. Chem. Soc.133, 11399–11401.<br /> <br /> Fichman, B. T. (2011). Annual energy review 2010. E. I. Administration.<br /> <br /> Hanai, T., Atsumi, S., and Liao, J. C.(2007). Engineered synthetic pathway for isopropanol production in Escherichia coli. Appl. Environ. Microbiol. 73, 7814–7818.<br /> <br /> Inokuma, K., Liao, J. C., Okamoto,M., and Hanai, T. (2010). Improvement of isopropanol production by metabolically engineered Escherichia coli using gas stripping. J. Biosci. Bioeng. 110, 696–701.<br /> <br /> Khalil, A. S., and Collins, J. J.(2010). Synthetic biology: applications come of age. Nat. Rev. Genet. 11,367–379.<br /> <br /> Li, H., Cann, A. F., and Liao, J. C.(2010b). Biofuels: biomolecular engineering fundamentals and advances. Annu. Rev. Chem. Biomol. Eng. 1,19–36.<br /> <br /> Marcheschi, R. J., Li, H., Zhang, K., Noey, E. L., Kim, S., Chaubey, A., Houk, K. N., and Liao, J. C. (2012). A synthetic recursive “+1” pathway for carbon chain elongation. ACS Chem. Biol. 7, 689–697.<br /> <br /> Shen, C. R., Lan, E. I., Dekishima, Y., Baez, A., Cho, K. M., and Liao, J. C.(2011). Driving forces enable hightiter anaerobic 1-butanol synthesis in Escherichia coli. Appl. Environ. Microbiol. 77, 2905–2915.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Seminarji_SB_2015/16&diff=10906 2015-12-13T21:37:51Z

<p>UrskaRauter: </p> <hr /> <div>Seminarji iz Sintezne biologije v študijskem letu 2015/16 so:<br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/2866/synthetic-biology-engineering-complexity-and-refactoring-cell-capabilities SYNTHETIC BIOLOGY: ENGINEERING COMPLEXITY AND REFACTORING CELL CAPABILITIES]<br /> <br /> * Production of fatty acid-derived valuable chemicals in synthetic microbes (Maja Grdadolnik)&lt;br&gt;<br /> * Optimization of the IPP precursor supply for the production of lycopene, decaprenoxanthin and astaxanthin by Corynebacterium glutamicum ([[Optimizacija sinteze IPP kot prekursorja za produkcijo likopena, dekaprenoksantina in astaksantina v Corynebacterium glutamicum]]) (Griša Prinčič)&lt;br&gt;<br /> * Engineering sugar utilization and microbial tolerance toward lignocellulose conversion [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Konverzija_lignoceluloze_s_pomočjo_izkoriščanja_mikrobne_tolerance_in_inženiringa_sladkorjev] (Kim Potočnik) &lt;br&gt;<br /> * Cofactor engineering for enhancing the flux of metabolic pathways (Nastja Štemberger)&lt;br&gt;<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4354409/ Can the natural diversity of quorum-sensing advance synthetic biology?] ([[Ali lahko naravna diverziteta quorum sensinga pripomore k napredku v sintezni biologiji?]]) (Tina Snoj)&lt;br&gt;<br /> * [http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fbioe.2015.00093/full Signal-to-noise ratio measures efficacy of biological computing devices and circuits] ([[Določanje učinkovitosti bioloških naprav in vezij z razmerjem signal-šum]]) (Jakob G. Lavrenčič)&lt;br&gt;<br /> * A sense of balance: experimental investigation and modeling of a malonyl-CoA sensor in Escherichia coli (Ajda Rojc)&lt;br&gt;<br /> * New transposon tools tailored for metabolic engineering of Gram-negative microbial cell factories (Rok Razpotnik)&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> Vir: knjiga [http://journal.frontiersin.org/researchtopic/455/synthetic-biology-applications-in-industrial-microbiology SYNTHETIC BIOLOGY APPLICATIONS IN INDUSTRIAL MICROBIOLOGY]<br /> <br /> * Recent Progress in Synthetic Biology for Microbial Production of C3–C10 Alcohols (Urška Rauter) ([[Napredki v sintezni biologiji pri proizvodnji C3-C10 alkoholov v mikroorganizmih]])<br /> * Visualizing Evolution in Real-Time Method for Strain Engineering (Samo Zakotnik)<br /> * Engineering Microbial Consortia to Enhance Biomining and Bioremediation (Maja Kostanjevec)<br /> * Engineering Microbial Chemical Factories to Produce Renewable “Biomonomers” (Nastja Pirman)<br /> * Application of Synthetic Biology in Cyanobacteria and Algae (Špela Tomaž)<br /> * Synthetic Feedback Loop Model for Increasing Microbial Biofuel Production Using a Biosensor (Jernej Pušnik)<br /> * Balance of XYL1 and XYL2 Expression in Different Yeast Chassis for Improved xylose Fermentation (Monika Praznik)<br /> * Design and Development of Synthetic Microbial Platform Cells for Bioenergy (Erik Mršnik)<br /> * [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3616241/ Microbial Production of Isoprenoids Enabled by Synthetic Biology] ([[Mikrobna produkcija izoprenoidov s sintezno biologijo]]) (Dominik Kert) <br /> * Chemical synthetic biology: a mini-review (Anka Hotko)<br /> <br /> <br /> Seminarji iz preglednih člankov:<br /> <br /> * Towards engineering biological systems in a broader context (Aleksander Benčič)<br /> * Synthetic biology: Novel approaches for microbiology (Daša Janeš)<br /> * Tools and principles for microbial gene circuit engineering (Marko Radojković)<br /> * Sensitive cells: enabling tools for static and dynamic control of microbial metabolic pathways (Katja Leben)<br /> * Chassis optimization as a cornerstone for the application of synthetic biology based strategies in microbial secondary metabolism (Jure Zabret)<br /> * Recent advances and opportunities in synthetic logic gates engineering in living cells (Monika Biasizzo)<br /> * Programmable genetic circuits for pathway engineering (Urban Javoršek)<br /> * Better together: engineering and application of microbial symbioses (Nejc Petrišič)<br /> * Synthetic biology for microbial production of lipid-based biofuels (Urška Pevec)<br /> * Engineering Biosynthesis Mechanisms for Diversifying Polyhydroxyalkanoates (Mojca Banič)<br /> * Synthetic biology of fungal natural products (Estera Merljak)<br /> * Synthetic biology and biomimetic chemistry as converging technologies fostering a new generation of smart biosensors (Benjamin Bajželj)<br /> * How Synthetic Biology Would Reconsider Natural Bioluminescence and its Application (Ana Grom &amp; Ana Unkovič)<br /> * Synthetic Biology-Toward Therapeutic Solutions (Tanja Korpar)<br /> * Synthetically modified mRNA for efficient and fast human iPS cell generation and direct transdifferentiation to myoblasts (Mirjana Malnar)<br /> * Mammalian synthetic biology: emerging medical applications (Maša Mirkovič)<br /> * Synthetic biology devices and circuits for RNA-based ‘smart vaccines’: a propositional review (Monika Škrjanc)</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=%C4%8Ci%C5%A1%C4%8Denje_rekombinantnih_protiteles_z_obarjanjem_z_etanolom&diff=10379 2015-04-24T04:15:20Z

<p>UrskaRauter: </p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> <br /> Čiščenje rekombinantnih humaniziranih protiteles (nadalje: rhAb) poteka z uporabo afinitetne kromatografije s proteinom A. Ta proces je drag in v luči novih odkritij na področju priprave rekombinantnih protiteles bo potreba po njihovi uporabi kmalu velika, zato je pomembno, da se postopek čiščenja poceni. Za razliko od čiščenja rhAb je postopek za čiščenje intravenoznih imunoglobulinov, ki se uporabljajo za preprečevanje infekcij pri bolnikih z oslabljenim imunskim sistemom, dokaj poceni. Postopek čiščenja imunoglobulinov temelji na t. i. Cohnovem procesu, ki se uporablja že od druge svetovne vojne. Cohnov proces, danes seveda optimiziran, je proces frakcionacije krvne plazme s serijo obarjanj s hladnim etanolom. V procesu spreminjajo pH, ionsko moč, koncentracijo etanola in temperaturo ter tako dosežejo selektivno obarjanje različnih plazemskih proteinov. Raziskovalci iz Dunaja in Švice so dokazali, da se lahko, z nekaterimi prilagoditvami, čiščenje rhAb izpelje s serijo obarjanj s hladnim etanolom.<br /> <br /> == Namen ==<br /> <br /> Optimizacija klasične metode obarjanja z etanolom za pripravo intravenoznih imunoglobulinov, tako da se lahko metoda uporabi za čiščenje rhAb. <br /> <br /> == Potek dela in rezultati ==<br /> <br /> Tscheliessnig in sodelavci so se eksperimenta lotili tako, da so pripravili faktorski načrt. Slednje pomeni, da so preverili vpliv različnih parametrov in interakcije med njimi. Upoštevali so naslednje parametre: pH (6,5 ali 8,5), koncentracija etanola (30 % ali 40 %), temperatura (9 °C ali -10 °C), tip soli (NaCl ali CaCl2) in prevodnost (brez soli ali 40 mS/cm z dodano soljo). Vpliv parametrov se preizkusili na treh različnih rhAb (rhAb1, rhAb2 in rhAb3), ki imajo različne izoelektrične točke. Protitelesa so pripravili v sesalski celični liniji CHO in očistili iz supernatanta. Vse eksperimente so ponovili trikrat, vpliv parametrov na topnost rhAb, DNA in proteinov iz gostiteljskega organizma (angl. Host cell proteins - HCP) pa so določili glede na njihovo koncentracijo v supernatantu po obarjanju. <br /> <br /> Po izvedbi eksperimentov so odkrili, da na topnost vseh treh rhAb najbolj vplivata temperatura in koncentracija dodanega etanola. Slednjega so dodajali počasi, v obdobju štirih ur, da so se izognili nastajanju agregatov. Odkrili so tudi povezavo med temperaturo in prevodnostjo; nižja kot je temperatura, višja je prevodnost in manjša je topnost rhAb. Na topnost rhAb pH nima velikega vpliva. Topnost rhAb1 in rhAb2 je odvisna tudi od tipa uporabljene soli. Topnost DNA je v največji meri odvisna od temperature, topnost HCP pa je odvisna tudi od koncentracije soli. <br /> <br /> Glede na rezultate so oblikovali pet oziroma šest (za rhAb3) različnih strategij in preverili njihovo uspešnost pri čiščenju posameznega rhAb. Vsaka strategija je vsebovala tudi korak obarjanja s CaCl2, nujen za odstranitev večine DNA in tudi nekaterih HCP. Izmed vseh strategij se je za čiščenje vseh treh rhAb najbolje obnesla »strategija A«, ki vključuje dvakratno obarjanje s hladnim etanolom in dvakratno obarjanje s CaCl2 pri različnih pH. Z uporabo te strategije so dosegli tudi 155-kratno zmanjšanje deleža HCP v primerjavi z deležem v supernatantu pred serijo obarjanj. <br /> <br /> Želja raziskovalcev je bila odkriti tak proces, ki bi se lahko rutinsko uporabljal v industriji. V ta namen so »strategijo A« preizkusili tudi na večjem volumnu supernatanta; 70 ml. Zaradi večjega volumna so morali uvesti tudi nekatere prilagoditve; da so dosegli željeno prevodnost, ki je nadalje ni bilo več potrebno kalibrirati, so uporabili 250 mM CaCl2. Obarjanje s CaCl2 so izvedli pri sobni temperaturi in izpustili so spiranje supernatanta po prvem obarjanju s hladnim etanolom. Strategijo so preizkusili tudi na rhAb4. Izkazalo se je, da je bil izkoristek posameznega rhAb različen; 64 % rhAb1, 80 % rhAb2, 83 % rhAb3 in 76 % rhAb4. Za vsa protitelesa, razen rhAb3, so dosegli več kot 99 % čistost. Pri slednjem je bila strategija najmanj uspešna saj je bilo znižanje deleža HCP le 20-kratno, poleg tega pa so se, kljub počasnemu dodajanju etanola, tvorili tudi agregati. <br /> <br /> Čistost rhAb in še dodatno znižanje deleža HCP so dosegli z uvedbo dodatnega koraka; anionske izmenjevalne kromatografije. Korak so preizkusili na rhAb2 in dosegli 300-kratno znižanje deleža HCP, kakor tudi znatno znižanje deleža DNA v primerjavi z deležem v supernatantu pred serijo obarjanj. <br /> <br /> == Zaključek ==<br /> <br /> Tscheliessnig in sodelavci so razvili metodo, ki predstavlja alternativo klasični metodi za čiščenje rekombinantnih humaniziranih protiteles. S statistično zasnovano analizo so preverili vpliv pomembnih parametrov na topnost rhAb, DNA in HCP. S tem ko so metodo izvedli zaporedoma so dosegli primerno čistost rhAb in se prav tako znebili večine DNA in HCP. S tem ko so metodo preizkusili na večjem volumnu supernatanta so dokazali, da je metoda aplikativna v industrijskem merilu. Čeprav je čiščenje rhAb na ta način zamudnejše kot je čiščenje z afinitetno kromatografijo, je razvita metoda ekonomsko bolj ugodna in zahteva le uporabo osnovnih laboratorijskih materialov ter aparatur.<br /> <br /> == Viri ==<br /> 1. Tscheliessnig, A., Satzer, P., Hammerschmidt, N., Schulz, H., Helk, B. &amp; Jungbauer, A. (2014). Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies. Journal of biotechnology 188C, 17–28<br /> <br /> 2. Hammerschmidt, N., Tscheliessnig, A., Sommer, R., Helk, B. &amp; Jungbauer, A. (2014). Economics of recombinant antibody production processes at various scales: Industry-standard compared to continuous precipitation. Biotechnology journal 9, 766–75<br /> <br /> 3. Radosevich, M. &amp; Burnouf, T. (2010). Intravenous immunoglobulin G: trends in production methods, quality control and quality assurance. Vox sanguinis 98, 12–28</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10364 2015-04-21T16:47:53Z

<p>UrskaRauter: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br /> <br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> # Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). [[Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin.]] Petra Malavašič, 20. marca 2015<br /> #A simplified and accurate detection of the genetically modified wheat MON71800 with one calibrator plasmid (Jae Juan, S.,et al; Food Chemistry 176, 1-6, ;http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S03088146140196572015 [[Poenostavljena in točna detekcija gensko spemenjene pšenice MON71800 z enim kalibratorskim plazmidom]]. Matej Lesar, 20. marca 2015<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali'''&lt;br&gt;<br /> # [[A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion]] (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis, 27. marca 2015 (in English)<br /> # Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). [[Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne]] Maxi Sagmeister, 27. marca 2015<br /> <br /> '''Okolje'''&lt;br&gt;<br /> # Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). [[Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliestrski tekstil]]. Mitja Crček, 3. aprila 2015<br /> # Biodegradation of atrazine by three transgenic grasses and alfalfa expressing a modified bacterial atrazine chlorohydrolase gene (A. W. Vail ''et al.''; Transgenic Research, 29. 11. 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s11248-014-9851-7). [[Biorazgradnja atrazina s tremi transgenskimi travami in lucerno, ki izražajo gen za modificirano bakterijsko atrazin klorohidrolazo]]. Mirjam Kmetič, 3. aprila 2015 <br /> <br /> '''Terapevtiki'''&lt;br&gt;<br /> # Glycosylated enfuvirtide: A long-lasting glycopeptide with potent anti-HIV activity; http://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jm5016582 [[Glikoliziran Enfuvirtid: glikopeptid z močno proti HIV aktivnostjo s podaljšanim delovanjem]]. Sebastian Pleško, 10. aprila <br /> # Microbicidal effects of α- and θ-defensins against antibiotic-resistant Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa; http://ini.sagepub.com/content/21/1/17.long. [[Mikrobicidno delovanje α in θ defenzinov na antibiotik-odporne Staphylococcus aureus in Pseudomonas aeruginosa]]. Ana Kapraljević, 10. aprila<br /> <br /> '''Encimi'''&lt;br&gt;<br /> # Immobilization and controlled release of β-galactosidase from chitosan-grafted hydrogels; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0308814615001028. [[Imobilizacija in nadzorovano sproščanje β-galaktozidaze iz hitozanskega hidrogela]]. Mojca Banič, 16. aprila 2015<br /> # Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). [[Priprava Pichie pastoris, ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov]]. Špela Tomaž, 17. aprila 2015<br /> # Postharvest application of a novel chitinase cloned from ''Metschnikowia fructicola'' and overexpressed in ''Pichia pastoris'' to control brown rot of peaches; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168160515000033. [[Uporaba hitinaze, klonirane iz Metschnikowie fructicola in prekomerno izražene v Pichii pastoris za nadzor rjave gnilobe breskev po obiranju]] Špela Pohleven, 17. aprila 2015<br /> <br /> '''Protitelesa'''&lt;br&gt; <br /> # Optimization of heavy chain and light chain signal peptides for high level expression of therapeutic antibodies in CHO cells; http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0116878. Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah. [[Optimizacija signalnih peptidov težkih in lahkih verig za večjo ekspresijo terapevtskih protiteles v CHO celičnih linijah]] Tjaša Blatnik, 23. aprila 2015<br /> # Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). [[Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom]]. Urška Rauter, 24. aprila 2015<br /> # Functional mutations in and characterization of VHH against Helicobacter pylori urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4). Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi ''Helicobacter pylori''. Marko Radojković, 7. maja 2015<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> # Development of anti-E6 pegylated lipoplexes for mucosal application in the context of cervical preneoplastic lesions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378517315001507. Tanja Korpar, 7. maja 2015<br /> # A novel “priming-boosting” strategy for immune interventions in cervical cancer (S. Liao et al.; Molecular Immunology 64, 295-305, 2015, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0161589014003460. Nova &quot;priming-boosting&quot; strategija za imunsko posredovanje pri raku materničnega vratu. Anita Kustec, 8. maja 2015<br /> # Potentiation of anthrax vaccines using protective antigen-expressing viral replicon vectors (H.C. Wang et al.; Immunology letters 163, 206-213, 2015, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25102364 ) Izboljšava cepiv proti antraksu z uporabo iz virusnih replikonov izvedenih vektorjev, ki omogočajo izražanje zaščitnega antigena. Daša Pavc, 8. maja 2015<br /> <br /> '''Male molekule in polimeri'''&lt;br&gt;<br /> # Methanol-induced chain termination in poly(3-hydroxybutyrate) biopolymers: Molecular weight control; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008307. Gašper Lavrenčič, 14. maja 2015<br /> # Purification and characterization of gamma poly glutamic acid from newly Bacillus licheniformis NRC20; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813014008216. Uroš Stupar, 14. maja 2015<br /> # Iza Ogris, 15. maja 2015<br /> # Chromosomal integration of hyaluronic acid synthesis (''has'') genes enhances the molecular weight of hyaluronan produced in ''Lactococcus lactis'' (R. V. Hmar et al; Biotechnol. J. 9 (12), 2014; http://dx.doi.org/10.1002/biot.201400215) Integracija genov za sintezo hialuronske kisline v kromosom bakterije ''Lactococcus lactis'' izboljša sintezo visokomolekularne hialuronske kisline. Maja Grdadolnik, 15. maja 2015<br /> <br /> '''Pretvorba biomase'''&lt;br&gt;<br /> # Effect of pretreatment methods on the synergism of cellulase and xylanase during the hydrolysis of bagasse; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415002114. Eva Lucija Kozak, 21. maja 2015<br /> # Third generation biohydrogen production by Clostridium butyricum and adapted mixed cultures from Scenedesmus obliquus microalga biomass; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016236115002550?np=y. Nives Naraglav, 22. maja 2015<br /> # Bio-catalytic action of twin-screw extruder enzymatic hydrolysis on the deconstruction of annual plant material: Case of sweet corn co-products; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0926669015000436. Griša Prinčič, 22. maja 2015<br /> <br /> '''Metabolično inženirstvo'''&lt;br&gt;<br /> # Engineering lipid overproduction in the oleaginous yeast Yarrowia lipolytica;http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717615000166. Andreja Bratovš, 28. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). Metabolično inženirstvo ''Saccharomyces cerevisiae'' za proizvodnjo derivatov maščobnih kislin, ki so primerni za biogorivo in kemikalije. Dominik Kert, 29. maja 2015<br /> # Metabolic engineering of Klebsiella pneumoniae for the production of cis,cis-muconic acid (Jung,H.-M. Jung,M.-Y. Oh, M.-K.;Applied Microbiology and Biotechnology, Published online: 14 February 2015; http://link.springer.com/article/10.1007/s00253-015-6442-3). Metabolno inženirstvo Klebsiella pneumoniae za produkcijo cis,cis-mukonične kisline. Jure Zabret, 29. maja 2015<br /> <br /> '''Biološki viri energije'''&lt;br&gt;<br /> # Anodic and cathodic microbial communities in single chamber microbial fuel cells; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1871678414021694. Tamara Marić, 4. junija 2015<br /> # Combination of dry dark fermentation and mechanical pretreatment for lignocellulosic deconstruction: An innovative strategy for biofuels and volatile fatty acids recovery; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306261915002196. Jernej Pušnik, 4. junija 2015<br /> # Potential use of feedlot cattle manure for bioethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960852415001960. Nastja Pirman, 5. junija 2015<br /> # Cellulolytic enzymes produced by a newly isolated soil fungus Penicillium sp. TG2 with potential for use in cellulosic ethanol production; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960148114007022. Jana Verbančič, 5. junija 2015<br /> <br /> '''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji'''&lt;br&gt;<br /> # Exploring the potential of algae/bacteria interactions; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166915000269. Matja Zalar, 11. junija<br /> # How close we are to achieving commercially viable large-scale photobiological hydrogen production by cyanobacteria: A review of the biological aspects; http://www.mdpi.com/2075-1729/5/1/997/htm. Monika Škrjanc, 11. junija<br /> # Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 11. junija 2015</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=%C4%8Ci%C5%A1%C4%8Denje_rekombinantnih_protiteles_z_obarjanjem_z_etanolom&diff=10363 2015-04-21T16:46:01Z

<p>UrskaRauter: New page: == Uvod == Čiščenje rekombinantnih humaniziranih protiteles (nadalje: rhAb) poteka z uporabo afinitetne kromatografije s proteinom A. Ta proces je drag in v luči novih odkritij na pod...</p> <hr /> <div>== Uvod ==<br /> <br /> Čiščenje rekombinantnih humaniziranih protiteles (nadalje: rhAb) poteka z uporabo afinitetne kromatografije s proteinom A. Ta proces je drag in v luči novih odkritij na področju priprave rekombinantnih protiteles bo potreba po njihovi uporabi kmalu velika, zato je pomembno, da se postopek čiščenja poceni. Za razliko od čiščenja rhAb je postopek za čiščenje intravenoznih imunoglobulinov, ki se uporabljajo za preprečevanje infekcij pri bolnikih z oslabljenim imunskim sistemom, dokaj poceni. Postopek čiščenja imunoglobulinov temelji na t. i. Cohnovem procesu, ki se uporablja že od druge svetovne vojne. Cohnov proces, danes seveda optimiziran, je proces frakcionacije krvne plazme s serijo obarjanj s hladnim etanolom. V procesu spreminjajo pH, ionsko moč, koncentracijo etanola in temperaturo ter tako dosežejo selektivno obarjanje različnih plazemskih proteinov. Raziskovalci iz Dunaja in Švice so dokazali, da se lahko, z nekaterimi prilagoditvami, čiščenje rhAb izpelje s serijo obarjanj s hladnim etanolom.<br /> <br /> == Namen ==<br /> <br /> Optimizacija klasične metode obarjanja z etanolom za pripravo intravenoznih imunoglobulinov, tako da se lahko metoda uporabi za čiščenje rhAb. <br /> <br /> == Potek dela in rezultati ==<br /> <br /> Tscheliessnig in sodelavci so se eksperimenta lotili tako, da so pripravili faktorski načrt. Slednje pomeni, da so preverili vpliv različnih parametrov in interakcije med njimi. Upoštevali so naslednje parametre: pH (6,5 ali 8,5), koncentracija etanola (30 % ali 40 %), temperatura (9 °C ali -10 °C), tip soli (NaCl ali CaCl2) in prevodnost (brez soli ali 40 mS/cm z dodano soljo). Vpliv parametrov se preizkusili na treh različnih rhAb (rhAb1, rhAb2 in rhAb3), ki imajo različne izoelektrične točke. Protitelesa so pripravili v sesalski celični liniji CHO in očistili iz supernatanta. Vse eksperimente so ponovili trikrat, vpliv parametrov na topnost rhAb, DNA in proteinov iz gostiteljskega organizma (angl. Host cell proteins - HCP) pa so določili glede na njihovo koncentracijo v supernatantu po obarjanju. <br /> <br /> Po izvedbi eksperimentov so odkrili, da na topnost vseh treh rhAb najbolj vplivata temperatura in koncentracija dodanega etanola. Slednjega so dodajali počasi, v obdobju štirih ur, da so se izognili nastajanju agregatov. Odkrili so tudi povezavo med temperaturo in prevodnostjo; nižja kot je temperatura, višja je prevodnost in manjša je topnost rhAb. Na topnost rhAb pH nima velikega vpliva. Topnost rhAb1 in rhAb2 je odvisna tudi od tipa uporabljene soli. Topnost DNA je v največji meri odvisna od temperature, topnost HCP pa je odvisna tudi od koncentracije soli. <br /> <br /> Glede na rezultate so oblikovali pet oziroma šest (za rhAb3) različnih strategij in preverili njihovo uspešnost pri čiščenju posameznega rhAb. Vsaka strategija je vsebovala tudi korak obarjanja s CaCl2, nujen za odstranitev večine DNA in tudi nekaterih HCP. Izmed vseh strategij se je za čiščenje vseh treh rhAb najbolje obnesla »strategija A«, ki vključuje dvakratno obarjanje s hladnim etanolom in dvakratno obarjanje s CaCl2 pri različnih pH. Z uporabo te strategije so dosegli tudi 155-kratno zmanjšanje deleža HCP v primerjavi z deležem v supernatantu pred serijo obarjanj. <br /> <br /> Želja raziskovalcev je bila odkriti tak proces, ki bi se lahko rutinsko uporabljal v industriji. V ta namen so »strategijo A« preizkusili tudi na večjem volumnu supernatanta; 70 ml. Zaradi večjega volumna so morali uvesti tudi nekatere prilagoditve; da so dosegli željeno prevodnost, ki je nadalje ni bilo več potrebno kalibrirati, so uporabili 250 mM CaCl2. Obarjanje s CaCl2 so izvedli pri sobni temperaturi in izpustili so spiranje supernatanta po prvem obarjanju s hladnim etanolom. Strategijo so preizkusili tudi na rhAb4. Izkazalo se je, da je bil izkoristek posameznega rhAb različen; 64 % rhAb1, 80 % rhAb2, 83 % rhAb3 in 76 % rhAb4. Za vsa protitelesa, razen rhAb3, so dosegli več kot 99 % čistost. Pri slednjem je bila strategija najmanj uspešna saj je bilo znižanje deleža HCP le 20-kratno, poleg tega pa so se, kljub počasnemu dodajanju etanola, tvorili tudi agregati. <br /> <br /> Čistost rhAb in še dodatno znižanje deleža HCP so dosegli z uvedbo dodatnega koraka; anionske izmenjevalne kromatografije. Korak so preizkusili na rhAb2 in dosegli 300-kratno znižanje deleža HCP, kakor tudi znatno znižanje deleža DNA v primerjavi z deležem v supernatantu pred serijo obarjanj. <br /> <br /> == Zaključek ==<br /> <br /> Tscheliessnig in sodelavci so razvili metodo, ki predstavlja alternativo klasični metodi za čiščenje rekombinantnih humaniziranih protiteles. S statistično zasnovano analizo so preverili vpliv pomembnih parametrov na topnost rhAb, DNA in HCP. S tem ko so metodo izvedli zaporedoma so dosegli primerno čistost rhAb in se prav tako znebili večine DNA in HCP. S tem ko so metodo preizkusili na večjem volumnu supernatanta so dokazali, da je metoda aplikativna v industrijskem merilu. Čeprav je čiščenje rhAb na ta način zamudnejše kot je čiščenje z afinitetno kromatografijo, je razvita metoda ekonomsko bolj ugodna in zahteva le uporabo osnovnih laboratorijskih materialov ter aparatur.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2015&diff=10161 2015-03-10T20:14:31Z

<p>UrskaRauter: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2014/15'''<br /> <br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (3 min, dvakrat v semestru). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (ponedeljek oz. torek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. lani).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> '''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''<br /> <br /> '''Gensko spremenjene rastline'''&lt;br&gt;<br /> <br /> # Successful high-level accumulation of fish oil omega-3 long-chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop (Ruiz-Lopez, N., et al; The plant journal 77, 198-208, 2014; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24308505). Uspešna priprava gensko spremenjene oljne rastline z visoko vsebnostjo omega-3 polinenasičenih maščobnih kislin. Petra Malavašič, 8. marca 2015<br /> <br /> '''Gensko spremenjene živali'''&lt;br&gt;<br /> <br /> # A novel adenoviral vector carrying an all-in-one Tet-On system with an autoregulatory loop for tight, inducible transgene expresion (H. Chen; et all.; BMC Biotechnology 2015, 15:4, doi:10.1186/s12896-015-0121-4; http://www.biomedcentral.com/1472-6750/15/4). Edvinas Grauželis<br /> # Production of functional active human growth factors in insects used as living biofactories (B. Dudognon, et al; Journal of Biotechnology 184, 229–239, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.05.030). Proizvodnja funkcionalno aktivnih človeških rastnih faktorjev v insektih uporabljenih kot žive biotovarne. Maxi Sagmeister, 9.marec 2015<br /> <br /> '''Okolje'''&lt;br&gt;<br /> # Bioremediation of pesticide contaminated water using an organophosphate degrading enzyme immobilized on nonwoven polyester textiles (Yuan Gao ''et al.'', Enzyme and Microbial Technology, vol. 54, pages 38-44, 10.1.2014, http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141022913002044). Bioremediacija s pesticidi okužene vode z uporabo encima, ki razgrajuje organofosfate in je vezan na netkan poliesterski tekstil. Mitja Crček,<br /> # Mirjam Kmetič<br /> <br /> '''Terapevtiki'''&lt;br&gt;<br /> # Mind-controlled transgene expression by a wireless-powered optogenetic designer cell implant (M. Folcher; Nature Communications 5, 1–11, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/141111/ncomms6392/full/ncomms6392.html) Z EEG nadzorovano izražanje transgena preko brezžično napajanega optogenetskega celičnega vsadka. Luka Smole, 9. marca 2015<br /> <br /> '''Encimi'''&lt;br&gt;<br /> <br /> # Construction of efficient xylose utilizing ''Pichia pastoris'' for industrial enzyme production (Li ''et al''; Microbial Cell Factories 14:22, 1-10, 2015; http://www.microbialcellfactories.com/content/14/1/22). Priprava ''Pichie pastoris'', ki učinkovito uporablja ksilozo, za industrijsko proizvodnjo encimov. Špela Tomaž, 9. marca 2015<br /> <br /> '''Protitelesa'''&lt;br&gt; <br /> <br /> # Functional mutations in and characterization of VHH against Helicobacter pylori urease (R. Hoseinpoor ''et al''; Applied Biochemistry and Biotechnology 172, 3079-3091, 2014; http://link.springer.com/article/10.1007/s12010-014-0750-4.html). Funkcionalne mutacije in karakterizacija VHH proti ureazi ''Helicobacter pylori''. Marko Radojković, 9. marca 2015<br /> #Ethanol precipitation for purification of recombinant antibodies (A. Tscheliessnig ''et al''; Journal of Biotechnology 188, 17-28, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614007810). Čiščenje rekombinantnih protiteles z obarjanjem z etanolom. Urška Rauter, 10. marca 2015<br /> <br /> '''Cepiva'''&lt;br&gt;<br /> <br /> '''Male molekule in polimeri'''&lt;br&gt;<br /> Iza Ogris&lt;br&gt;<br /> Maja Grdadolnik<br /> <br /> '''Pretvorba biomase'''&lt;br&gt;<br /> <br /> '''Metabolično inženirstvo'''&lt;br&gt;<br /> <br /> # Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of fatty acid-derived biofuels and chemicals (Weerawat Runguphana, Jay D. Keasling; Metabolic Engineering, vol 21, January 2014, Pages 103–113; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096717613000670). Metabolično inženirstvo ''Saccharomyces cerevisiae'' za proizvodnjo derivatov maščobnih kislin, ki so primerni za biogorivo in kemikalije. Dominik Kert, 9. marca 2015<br /> <br /> '''Biološki viri energije'''&lt;br&gt;</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Kombiniranje_tehnologije_induciranih_pluripotentnih_mati%C4%8Dnih_celic_in_genskih_modifikacij_pri_zdravljenju_mi%C5%A1i%C4%8Dne_distrofije&diff=8185 2013-05-28T12:22:36Z

<p>UrskaRauter: /* Regenerativne lastnosti miogenih predniških celic */</p> <hr /> <div>=Mišična distrofija=<br /> Prvi opisi bolezni segajo v leto 1836, ko sta pojemanje mišične moči opisala Conte in Gioja, vendar sta simptome pripisala tuberkulozi. Gensko pogojenost pa je leta 1852 predvidel Meryon, ki je predpostavil, da se bolezen gensko prenaša preko mame in prizadene predvsem moške potomce. <br /> Duchennova mišična distrofija je poimenovana po Guillaume Duchennu, francoskem nevrologu, ki je podrobno opisal tovrstno mišično bolezen. <br /> Duchennova mišična distrofija prizadene kortikospinalni sistem, natančneje sprednje rogove aferentnih nevronov. Posledica je denevracija mišič oziroma oslabljen sistem motoričnih ploščič. Za bolezen je značilna progresivnost, s predela dlani preko udov in kasneje celotnega telesa. V povprečju so za bolezen dovzetnejši moški, od katerih jih je 5-10% bolezen delovalo avtosomno dominantno. Zdravljenje je simptomatično; kombinacija fizioterapije in antiholinergikov.<br /> <br /> ==Molekularne osnove Duchennove mišične distrofije (DMD)==<br /> Razlog, da bolezen v večini prizadene moške je v tem, da je vezana na X kromosom. Incidenca bolezni je ocenjena na 1/3.500 moških (Engel in Banker 1986). Prizadet gen za protein distrofin ima v povprečju 65 eksonov in okoli 2000 kb (Koenig et al. 1987; van Ommen et al. 1987; Burmeister et al. 1988). <br /> Pravilno zvit protein je velik 427 kDa in ima štiri domene; N-terminalna domeno, paličasto domeno, s cisteinom bogato domeno in C-terminalno domeno (Koenig et al. 1988). Najdemo ga v sarkolemi skeletnih mišic ter na stikih med mišičnimi vlakni in tetivami. Njegova glavna naloge je stabilizacija sarkoleme preko vezave aktina. Prav tako pa so heliksi paličaste domene fleksibilni in elastični kar še dodatno ščiti miofibrile pred mehanskim stresom. Poleg omenjenih funkcij, sodeluje še pri vzpostavitvi stika med sarkolemo in citoskeletom (Rybakova et. al 2000). Glede na posledice ob njegovi odsotnosti, predvidevajo, da ima vlogo tudi v medcelični signalizaciji. Pravilno lahko deluje le v kompleksu s t.i. »Z distrofinom povezanim proteinskim kompleksom« (Davies &amp; Nowak 2006). <br /> Najpogostejši defekt gena je intragenska delecija (Forrest et al. 1987; Koenig et al. 1987), kar privede do vezave eksonov, ki onemogočajo translacijo na bralnem okvirju. Takšno hipotezo podpira Westrn blot analiza distrofina, ki je nezaznaven pri pacientih z DMD. Podana je bila tudi hipoteza, da do delecije pride že v prvih desetih eksonih (Malhotra et al. 1988). Koenig et al. (1989) so analizirali delecije na večini gena in določili njihove posledice na mRNA ter bralni okvir. Posledice delecije na bralnem okvirju so analizirali preko intron-ekson meje, med tistima dvema eksonoma, ki sta bila ob boku delecije. Določene so bile tri meje glede na njihov položaj v kodirajočem tripletu. Dve od mej sta vodili do delecije, medtem ko je ena ohranila bralni okvir. Ugotovili so, da lahko 92% delecij pojasnijo kot delecije na bralnem okvirju, le 5 delecij pa se je zgodilo že pred vzpostavitvijo bralnega okvira. Takšna oblika delecije je namreč bolj značilna za druge oblike mišične distrofije. Pri DMD tako v povprečju pričakujemo alteracije na regiji bogati s cisteinom ter na C terminalni domeni, ki vodijo v hujše oblike mišične distrofije.<br /> <br /> =Napredki na področju zdravljenja DMD=<br /> Strategije za zdravljenje DMD lahko razdelimo v štiri kategorije: celična terapija, terapija z zamenjavo genov, supresija nezrelih terminacijskih kodonov in &quot;Preskakovanje eksonov&quot; oziroma v angleščini ''exon skipping'' <br /> <br /> V seminarski nalogi se bom usmerila na celično terapijo, vse ostale oblike terapij pa so podrobno opisane v viru 1. <br /> <br /> Na področju celične terapije je seveda poudarek na uporabi matičnih celic ali pluripotentnih mišičnih celic. Do sedaj je največ uspeha prinesla transplantacija mioblastov v prizadeto (distrofično) tkivo. Mioblasti so se sposobni diferencirati miofibrile, ki so nujne za pravilno delovanje skeletne mišice. Rezultate te transplantacije označujemo za fenomen imenovan »gensko dopolnjevanje«, kar pomeni ekspresijo eksogenih in gostiteljskih genov v mišičnem sinciciju (Watt et al. 1982). Raziskave so nadaljevali na gensko modificiranih mdx miših in zavoljo odličnih rezultatov poizkusili še na ljudeh, vendar je bil izkoristek, žal, prenizek (Mendell et al. 1995). Raziskave na področju transplantacije mioblastov so bile zelo plodne tudi na višjih sesalcih in trenutni trend je raziskovanje optimalnega imunosupresanta, izboljšanje migracije mioblastov ter izračuna optimalnega števila transplantiranih celic. Največja ovira celične terapije je insercija celic, saj se (trenutno) injicirajo le intramuskularno (Partridge, 1991) in ne intravenozno kakor bi bilo zaželeno. Intamuskularno injiciranje otežuje terapijo ne le zaradi nedosegljivosti določenih mišic (npr. difragma), temveč tudi zaradi omejitve diferenciacije mioblastov na posamezna področja v mišici. Do leta 2011 sta bili prijavljeni dve klinični raziskavi na tem področju (Torrente et al. in Guilio Cossu).<br /> <br /> ==Kombinacija genetike in pluripotentnih (iPS) celic==<br /> <br /> Leta 2012 so na Univerzi Minessota raziskovalci (Filareto et. al) naredili velik premik na področju zdravljenja Duchennove mišične distrofije. Z uporabo transpozona Sleeping Beauty so popravili fenotip induciranih pluripotentnih distrofičnih celic, jih diferencirali v skeletno-mišične predniške celice in jih transplantirali nazaj v distrofične miši. Presajene celice so imele biokemijsko obnovljen sistem utrofin-distrofin in izboljšano kontraktilno moč. Celice so se pravilno odzivale na poškodbe in opaziti je bilo razvoj nevro-muskularnih sinaps. Raziskovalci so ubrali avtologen pristop k zdravljenju; ex vivo gensko korekcijo pluripotentnih distrofičnih celic pred transplantacijo. Kar je naprednega pri raziskavi je način manipulacije iPS celic preko indukcije Pax7 ali Pax3 v le-teh. Tovrstno metodo so tudi sami razvili. iPS celice so pripravili z retrovirusno transdukcijo TTF celic. Njihovo pluripotentnost so preverili z imunofluorescenčnim barvanjem ter zmožnostjo celic tvoriti embrionalni mezoderm in vivo. Izbrane celice so imele tipičen kariotip in so bile zmožne tvorbe teratom.<br /> <br /> ===Popravljenje distrofičnih iPS celic===<br /> Za razliko od večine raziskav Duchennove mišične distrofije so raziskovalci uporabili utrofin-distrofin dKO miši in ne mdx miši, saj je fenotip bolezni toliko hujši; hitrejše napredovanje bolezni, abnormalno dihanje, kardiomiopatija in prezgodnja smrt. Takšen fenotip je primerljiv s človeškim. <br /> Za obnovitev »Z distrofinom povezanega proteinskega kompleksa« so re-ekspresirali µUTRN transgen za katerega je znano, da izboljšuje distrofičen fenotip (nadomešča kompleks utrofin-distrofin) in kot takšen ne izzove imunskega odgovora. Gen so v iPS celice prenesli s Sleeping Beauty sistemom transpozonov, saj omogočajo stabilno ekspresijo v človeških in mišjih celicah. Popravljene iPS celice z µUTRN transgenom so ohranile normalen kariotip.<br /> <br /> ===Diferenciacija iPS celic v miogene predniške celice===<br /> Da so zagotovili čim boljšo diferenciacijo so v popravljenih celicah in tudi v kontrolnih celicah nadzorovano inducirali ekspresijo Pax3, ki izboljšuje rast miogenih predniških celic. Tiste celice, ki so zadostovale določenim parametrom so izpostavili še osnovnemu rastnemu faktorju za fibroblaste ter doksiciklinu. Po dodatku slednjih so se predniške celice začele proliferirati in po in vitro inducirani diferenciacijii so celice vstopile v zadnjo fazo zorenja iz katerih so se razvile več jedrne celice s stabilno ekspresijo µUTRN, kar potrjujejo izvedena imunofluorescenčna mikroskopija, PCR in western blot analiza.<br /> <br /> ===Regenerativne lastnosti miogenih predniških celic===<br /> Pridobljene celice so seveda morali preizkusiti in vivo, zato so jih vsadili v tri tedne stare dKO miši, v mišico okoli piščali (Tibialis anterior). Po naslednjih treh tednih so izrezali mišico in jo pripravili na analizo, ki je pokazala prisotnost utrofina. In ne samo to, utrofin je bil zmožen obnovitve sistema proteinov, ki so načeloma povezani le z distrofinom. Prav tako ni bilo zaznati prisotnosti tumorjev, saj so predhodno izločili celice, ki so kazale znake za razvoj le-teh. <br /> Regenerativne lastnosti so preverili tudi preko fizioterapevtskih testov, ki so dali naslednje rezultate:<br /> povecana izometrična tetanična sila mišice, povečana absolutna in specifična sila mišica v primerjavi z distrofično mišico, ni bilo vidnega izboljšanja na področju utrujenosti mišice; še vedno se utrudi enako hitro ali pa le zanemarljivo malo počasneje kot distrofična mišica.<br /> Še vedno pa niso rešili problema intravenoznega injiciranja, ki je dal mešane rezultate. Kljub temu, miogenih celic niso opazili v drugih tkivih; v srčnem in pljučnem tkivu.<br /> <br /> =In v prihodnosti ...=<br /> Oblik mišične distrofij je veliko, vendar jih druži skupna lastnost; izguba oziroma nedelovanje distrofina. V primeru, da tega z gensko terapijo ne gre nadomestiti, lahko uporabimo utrofin, kot v primeru Filareto et. al (2013), saj deluje dovolj podobno, da fenotip omili do te mere, da življenje z njim ni več oteženo. Pluripotentne celice na tem področju omogočajo novo obliko terapije, ki ni samo celična, temveč tudi genska, saj jih je lažje manipulirati kot zdrave že diferencirane celice donorske celice. Zagotovo se odpirajo nove možnosti za zdravljenje ne samo mišične distrofije temveč tudi ostalih nevrodegenerativnih bolezni.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Fairclough et al. Progress in therapy for Duchenne Muscular Dystrophy. Experimental Physiology, 2011, letn. 96.11, str. 1101-1113.<br /> <br /> 2. Nakamura et al. Mammalian model od Duchenne Muscular Dystrophy: Pathological Charateristics and Therapeutic Applications.Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2010, volume 2011.<br /> <br /> 3. Koenig et al. The Molecular Basis for Duchenne versus Becker Muscular Dystrophy: Correlation of Severity with type of Deletion. The American Journal of Human Genetics, 1989, letn. 45, str. 498-506.<br /> <br /> 4. Filareto et al. An ex vivo gene therapy approach to treat muscular dystrophy using inducible pluripotent stem cells. Nature Communications, 2013, version 4:1549.<br /> <br /> 5. http://www.muscular-dystrophy.org/ [27. 5. 2013]</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Kombiniranje_tehnologije_induciranih_pluripotentnih_mati%C4%8Dnih_celic_in_genskih_modifikacij_pri_zdravljenju_mi%C5%A1i%C4%8Dne_distrofije&diff=8184 2013-05-28T12:21:51Z

<p>UrskaRauter: /* Regenerativne lastnosti miogenih predniških celic */</p> <hr /> <div>=Mišična distrofija=<br /> Prvi opisi bolezni segajo v leto 1836, ko sta pojemanje mišične moči opisala Conte in Gioja, vendar sta simptome pripisala tuberkulozi. Gensko pogojenost pa je leta 1852 predvidel Meryon, ki je predpostavil, da se bolezen gensko prenaša preko mame in prizadene predvsem moške potomce. <br /> Duchennova mišična distrofija je poimenovana po Guillaume Duchennu, francoskem nevrologu, ki je podrobno opisal tovrstno mišično bolezen. <br /> Duchennova mišična distrofija prizadene kortikospinalni sistem, natančneje sprednje rogove aferentnih nevronov. Posledica je denevracija mišič oziroma oslabljen sistem motoričnih ploščič. Za bolezen je značilna progresivnost, s predela dlani preko udov in kasneje celotnega telesa. V povprečju so za bolezen dovzetnejši moški, od katerih jih je 5-10% bolezen delovalo avtosomno dominantno. Zdravljenje je simptomatično; kombinacija fizioterapije in antiholinergikov.<br /> <br /> ==Molekularne osnove Duchennove mišične distrofije (DMD)==<br /> Razlog, da bolezen v večini prizadene moške je v tem, da je vezana na X kromosom. Incidenca bolezni je ocenjena na 1/3.500 moških (Engel in Banker 1986). Prizadet gen za protein distrofin ima v povprečju 65 eksonov in okoli 2000 kb (Koenig et al. 1987; van Ommen et al. 1987; Burmeister et al. 1988). <br /> Pravilno zvit protein je velik 427 kDa in ima štiri domene; N-terminalna domeno, paličasto domeno, s cisteinom bogato domeno in C-terminalno domeno (Koenig et al. 1988). Najdemo ga v sarkolemi skeletnih mišic ter na stikih med mišičnimi vlakni in tetivami. Njegova glavna naloge je stabilizacija sarkoleme preko vezave aktina. Prav tako pa so heliksi paličaste domene fleksibilni in elastični kar še dodatno ščiti miofibrile pred mehanskim stresom. Poleg omenjenih funkcij, sodeluje še pri vzpostavitvi stika med sarkolemo in citoskeletom (Rybakova et. al 2000). Glede na posledice ob njegovi odsotnosti, predvidevajo, da ima vlogo tudi v medcelični signalizaciji. Pravilno lahko deluje le v kompleksu s t.i. »Z distrofinom povezanim proteinskim kompleksom« (Davies &amp; Nowak 2006). <br /> Najpogostejši defekt gena je intragenska delecija (Forrest et al. 1987; Koenig et al. 1987), kar privede do vezave eksonov, ki onemogočajo translacijo na bralnem okvirju. Takšno hipotezo podpira Westrn blot analiza distrofina, ki je nezaznaven pri pacientih z DMD. Podana je bila tudi hipoteza, da do delecije pride že v prvih desetih eksonih (Malhotra et al. 1988). Koenig et al. (1989) so analizirali delecije na večini gena in določili njihove posledice na mRNA ter bralni okvir. Posledice delecije na bralnem okvirju so analizirali preko intron-ekson meje, med tistima dvema eksonoma, ki sta bila ob boku delecije. Določene so bile tri meje glede na njihov položaj v kodirajočem tripletu. Dve od mej sta vodili do delecije, medtem ko je ena ohranila bralni okvir. Ugotovili so, da lahko 92% delecij pojasnijo kot delecije na bralnem okvirju, le 5 delecij pa se je zgodilo že pred vzpostavitvijo bralnega okvira. Takšna oblika delecije je namreč bolj značilna za druge oblike mišične distrofije. Pri DMD tako v povprečju pričakujemo alteracije na regiji bogati s cisteinom ter na C terminalni domeni, ki vodijo v hujše oblike mišične distrofije.<br /> <br /> =Napredki na področju zdravljenja DMD=<br /> Strategije za zdravljenje DMD lahko razdelimo v štiri kategorije: celična terapija, terapija z zamenjavo genov, supresija nezrelih terminacijskih kodonov in &quot;Preskakovanje eksonov&quot; oziroma v angleščini ''exon skipping'' <br /> <br /> V seminarski nalogi se bom usmerila na celično terapijo, vse ostale oblike terapij pa so podrobno opisane v viru 1. <br /> <br /> Na področju celične terapije je seveda poudarek na uporabi matičnih celic ali pluripotentnih mišičnih celic. Do sedaj je največ uspeha prinesla transplantacija mioblastov v prizadeto (distrofično) tkivo. Mioblasti so se sposobni diferencirati miofibrile, ki so nujne za pravilno delovanje skeletne mišice. Rezultate te transplantacije označujemo za fenomen imenovan »gensko dopolnjevanje«, kar pomeni ekspresijo eksogenih in gostiteljskih genov v mišičnem sinciciju (Watt et al. 1982). Raziskave so nadaljevali na gensko modificiranih mdx miših in zavoljo odličnih rezultatov poizkusili še na ljudeh, vendar je bil izkoristek, žal, prenizek (Mendell et al. 1995). Raziskave na področju transplantacije mioblastov so bile zelo plodne tudi na višjih sesalcih in trenutni trend je raziskovanje optimalnega imunosupresanta, izboljšanje migracije mioblastov ter izračuna optimalnega števila transplantiranih celic. Največja ovira celične terapije je insercija celic, saj se (trenutno) injicirajo le intramuskularno (Partridge, 1991) in ne intravenozno kakor bi bilo zaželeno. Intamuskularno injiciranje otežuje terapijo ne le zaradi nedosegljivosti določenih mišic (npr. difragma), temveč tudi zaradi omejitve diferenciacije mioblastov na posamezna področja v mišici. Do leta 2011 sta bili prijavljeni dve klinični raziskavi na tem področju (Torrente et al. in Guilio Cossu).<br /> <br /> ==Kombinacija genetike in pluripotentnih (iPS) celic==<br /> <br /> Leta 2012 so na Univerzi Minessota raziskovalci (Filareto et. al) naredili velik premik na področju zdravljenja Duchennove mišične distrofije. Z uporabo transpozona Sleeping Beauty so popravili fenotip induciranih pluripotentnih distrofičnih celic, jih diferencirali v skeletno-mišične predniške celice in jih transplantirali nazaj v distrofične miši. Presajene celice so imele biokemijsko obnovljen sistem utrofin-distrofin in izboljšano kontraktilno moč. Celice so se pravilno odzivale na poškodbe in opaziti je bilo razvoj nevro-muskularnih sinaps. Raziskovalci so ubrali avtologen pristop k zdravljenju; ex vivo gensko korekcijo pluripotentnih distrofičnih celic pred transplantacijo. Kar je naprednega pri raziskavi je način manipulacije iPS celic preko indukcije Pax7 ali Pax3 v le-teh. Tovrstno metodo so tudi sami razvili. iPS celice so pripravili z retrovirusno transdukcijo TTF celic. Njihovo pluripotentnost so preverili z imunofluorescenčnim barvanjem ter zmožnostjo celic tvoriti embrionalni mezoderm in vivo. Izbrane celice so imele tipičen kariotip in so bile zmožne tvorbe teratom.<br /> <br /> ===Popravljenje distrofičnih iPS celic===<br /> Za razliko od večine raziskav Duchennove mišične distrofije so raziskovalci uporabili utrofin-distrofin dKO miši in ne mdx miši, saj je fenotip bolezni toliko hujši; hitrejše napredovanje bolezni, abnormalno dihanje, kardiomiopatija in prezgodnja smrt. Takšen fenotip je primerljiv s človeškim. <br /> Za obnovitev »Z distrofinom povezanega proteinskega kompleksa« so re-ekspresirali µUTRN transgen za katerega je znano, da izboljšuje distrofičen fenotip (nadomešča kompleks utrofin-distrofin) in kot takšen ne izzove imunskega odgovora. Gen so v iPS celice prenesli s Sleeping Beauty sistemom transpozonov, saj omogočajo stabilno ekspresijo v človeških in mišjih celicah. Popravljene iPS celice z µUTRN transgenom so ohranile normalen kariotip.<br /> <br /> ===Diferenciacija iPS celic v miogene predniške celice===<br /> Da so zagotovili čim boljšo diferenciacijo so v popravljenih celicah in tudi v kontrolnih celicah nadzorovano inducirali ekspresijo Pax3, ki izboljšuje rast miogenih predniških celic. Tiste celice, ki so zadostovale določenim parametrom so izpostavili še osnovnemu rastnemu faktorju za fibroblaste ter doksiciklinu. Po dodatku slednjih so se predniške celice začele proliferirati in po in vitro inducirani diferenciacijii so celice vstopile v zadnjo fazo zorenja iz katerih so se razvile več jedrne celice s stabilno ekspresijo µUTRN, kar potrjujejo izvedena imunofluorescenčna mikroskopija, PCR in western blot analiza.<br /> <br /> ===Regenerativne lastnosti miogenih predniških celic===<br /> Pridobljene celice so seveda morali preizkusiti in vivo, zato so jih vsadili v tri tedne stare dKO miši, v mišico okoli piščali (Tibialis anterior). Po naslednjih treh tednih so izrezali mišico in jo pripravili na analizo, ki je pokazala prisotnost utrofina. In ne samo to, utrofin je bil zmožen obnovitve sistema proteinov, ki so načeloma povezani le z distrofinom. Prav tako ni bilo zaznati prisotnosti tumorjev, saj so predhodno izločili celice, ki so kazale znake za razvoj le-teh. <br /> Regenerativne lastnosti so preverili tudi preko fizioterapevtskih testov, ki so dali naslednje rezultate:<br /> povecana izometrična tetanična sila mišice, povečana absolutna in specifična sila mišica v primerjavi z distrofično mišico, Ni bilo vidnega izboljšanja na področju utrujenosti mišice; še vedno se utrudi enako hitro ali pa le zanemarljivo malo počasneje kot distrofična mišica.<br /> Še vedno pa niso rešili problema intravenoznega injiciranja, ki je dal mešane rezultate. Kljub temu, miogenih celic niso opazili v drugih tkivih; v srčnem in pljučnem tkivu.<br /> <br /> =In v prihodnosti ...=<br /> Oblik mišične distrofij je veliko, vendar jih druži skupna lastnost; izguba oziroma nedelovanje distrofina. V primeru, da tega z gensko terapijo ne gre nadomestiti, lahko uporabimo utrofin, kot v primeru Filareto et. al (2013), saj deluje dovolj podobno, da fenotip omili do te mere, da življenje z njim ni več oteženo. Pluripotentne celice na tem področju omogočajo novo obliko terapije, ki ni samo celična, temveč tudi genska, saj jih je lažje manipulirati kot zdrave že diferencirane celice donorske celice. Zagotovo se odpirajo nove možnosti za zdravljenje ne samo mišične distrofije temveč tudi ostalih nevrodegenerativnih bolezni.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Fairclough et al. Progress in therapy for Duchenne Muscular Dystrophy. Experimental Physiology, 2011, letn. 96.11, str. 1101-1113.<br /> <br /> 2. Nakamura et al. Mammalian model od Duchenne Muscular Dystrophy: Pathological Charateristics and Therapeutic Applications.Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2010, volume 2011.<br /> <br /> 3. Koenig et al. The Molecular Basis for Duchenne versus Becker Muscular Dystrophy: Correlation of Severity with type of Deletion. The American Journal of Human Genetics, 1989, letn. 45, str. 498-506.<br /> <br /> 4. Filareto et al. An ex vivo gene therapy approach to treat muscular dystrophy using inducible pluripotent stem cells. Nature Communications, 2013, version 4:1549.<br /> <br /> 5. http://www.muscular-dystrophy.org/ [27. 5. 2013]</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Kombiniranje_tehnologije_induciranih_pluripotentnih_mati%C4%8Dnih_celic_in_genskih_modifikacij_pri_zdravljenju_mi%C5%A1i%C4%8Dne_distrofije&diff=8183 2013-05-28T12:20:57Z

<p>UrskaRauter: /* Diferenciacija iPS celic v miogene predniške celice */</p> <hr /> <div>=Mišična distrofija=<br /> Prvi opisi bolezni segajo v leto 1836, ko sta pojemanje mišične moči opisala Conte in Gioja, vendar sta simptome pripisala tuberkulozi. Gensko pogojenost pa je leta 1852 predvidel Meryon, ki je predpostavil, da se bolezen gensko prenaša preko mame in prizadene predvsem moške potomce. <br /> Duchennova mišična distrofija je poimenovana po Guillaume Duchennu, francoskem nevrologu, ki je podrobno opisal tovrstno mišično bolezen. <br /> Duchennova mišična distrofija prizadene kortikospinalni sistem, natančneje sprednje rogove aferentnih nevronov. Posledica je denevracija mišič oziroma oslabljen sistem motoričnih ploščič. Za bolezen je značilna progresivnost, s predela dlani preko udov in kasneje celotnega telesa. V povprečju so za bolezen dovzetnejši moški, od katerih jih je 5-10% bolezen delovalo avtosomno dominantno. Zdravljenje je simptomatično; kombinacija fizioterapije in antiholinergikov.<br /> <br /> ==Molekularne osnove Duchennove mišične distrofije (DMD)==<br /> Razlog, da bolezen v večini prizadene moške je v tem, da je vezana na X kromosom. Incidenca bolezni je ocenjena na 1/3.500 moških (Engel in Banker 1986). Prizadet gen za protein distrofin ima v povprečju 65 eksonov in okoli 2000 kb (Koenig et al. 1987; van Ommen et al. 1987; Burmeister et al. 1988). <br /> Pravilno zvit protein je velik 427 kDa in ima štiri domene; N-terminalna domeno, paličasto domeno, s cisteinom bogato domeno in C-terminalno domeno (Koenig et al. 1988). Najdemo ga v sarkolemi skeletnih mišic ter na stikih med mišičnimi vlakni in tetivami. Njegova glavna naloge je stabilizacija sarkoleme preko vezave aktina. Prav tako pa so heliksi paličaste domene fleksibilni in elastični kar še dodatno ščiti miofibrile pred mehanskim stresom. Poleg omenjenih funkcij, sodeluje še pri vzpostavitvi stika med sarkolemo in citoskeletom (Rybakova et. al 2000). Glede na posledice ob njegovi odsotnosti, predvidevajo, da ima vlogo tudi v medcelični signalizaciji. Pravilno lahko deluje le v kompleksu s t.i. »Z distrofinom povezanim proteinskim kompleksom« (Davies &amp; Nowak 2006). <br /> Najpogostejši defekt gena je intragenska delecija (Forrest et al. 1987; Koenig et al. 1987), kar privede do vezave eksonov, ki onemogočajo translacijo na bralnem okvirju. Takšno hipotezo podpira Westrn blot analiza distrofina, ki je nezaznaven pri pacientih z DMD. Podana je bila tudi hipoteza, da do delecije pride že v prvih desetih eksonih (Malhotra et al. 1988). Koenig et al. (1989) so analizirali delecije na večini gena in določili njihove posledice na mRNA ter bralni okvir. Posledice delecije na bralnem okvirju so analizirali preko intron-ekson meje, med tistima dvema eksonoma, ki sta bila ob boku delecije. Določene so bile tri meje glede na njihov položaj v kodirajočem tripletu. Dve od mej sta vodili do delecije, medtem ko je ena ohranila bralni okvir. Ugotovili so, da lahko 92% delecij pojasnijo kot delecije na bralnem okvirju, le 5 delecij pa se je zgodilo že pred vzpostavitvijo bralnega okvira. Takšna oblika delecije je namreč bolj značilna za druge oblike mišične distrofije. Pri DMD tako v povprečju pričakujemo alteracije na regiji bogati s cisteinom ter na C terminalni domeni, ki vodijo v hujše oblike mišične distrofije.<br /> <br /> =Napredki na področju zdravljenja DMD=<br /> Strategije za zdravljenje DMD lahko razdelimo v štiri kategorije: celična terapija, terapija z zamenjavo genov, supresija nezrelih terminacijskih kodonov in &quot;Preskakovanje eksonov&quot; oziroma v angleščini ''exon skipping'' <br /> <br /> V seminarski nalogi se bom usmerila na celično terapijo, vse ostale oblike terapij pa so podrobno opisane v viru 1. <br /> <br /> Na področju celične terapije je seveda poudarek na uporabi matičnih celic ali pluripotentnih mišičnih celic. Do sedaj je največ uspeha prinesla transplantacija mioblastov v prizadeto (distrofično) tkivo. Mioblasti so se sposobni diferencirati miofibrile, ki so nujne za pravilno delovanje skeletne mišice. Rezultate te transplantacije označujemo za fenomen imenovan »gensko dopolnjevanje«, kar pomeni ekspresijo eksogenih in gostiteljskih genov v mišičnem sinciciju (Watt et al. 1982). Raziskave so nadaljevali na gensko modificiranih mdx miših in zavoljo odličnih rezultatov poizkusili še na ljudeh, vendar je bil izkoristek, žal, prenizek (Mendell et al. 1995). Raziskave na področju transplantacije mioblastov so bile zelo plodne tudi na višjih sesalcih in trenutni trend je raziskovanje optimalnega imunosupresanta, izboljšanje migracije mioblastov ter izračuna optimalnega števila transplantiranih celic. Največja ovira celične terapije je insercija celic, saj se (trenutno) injicirajo le intramuskularno (Partridge, 1991) in ne intravenozno kakor bi bilo zaželeno. Intamuskularno injiciranje otežuje terapijo ne le zaradi nedosegljivosti določenih mišic (npr. difragma), temveč tudi zaradi omejitve diferenciacije mioblastov na posamezna področja v mišici. Do leta 2011 sta bili prijavljeni dve klinični raziskavi na tem področju (Torrente et al. in Guilio Cossu).<br /> <br /> ==Kombinacija genetike in pluripotentnih (iPS) celic==<br /> <br /> Leta 2012 so na Univerzi Minessota raziskovalci (Filareto et. al) naredili velik premik na področju zdravljenja Duchennove mišične distrofije. Z uporabo transpozona Sleeping Beauty so popravili fenotip induciranih pluripotentnih distrofičnih celic, jih diferencirali v skeletno-mišične predniške celice in jih transplantirali nazaj v distrofične miši. Presajene celice so imele biokemijsko obnovljen sistem utrofin-distrofin in izboljšano kontraktilno moč. Celice so se pravilno odzivale na poškodbe in opaziti je bilo razvoj nevro-muskularnih sinaps. Raziskovalci so ubrali avtologen pristop k zdravljenju; ex vivo gensko korekcijo pluripotentnih distrofičnih celic pred transplantacijo. Kar je naprednega pri raziskavi je način manipulacije iPS celic preko indukcije Pax7 ali Pax3 v le-teh. Tovrstno metodo so tudi sami razvili. iPS celice so pripravili z retrovirusno transdukcijo TTF celic. Njihovo pluripotentnost so preverili z imunofluorescenčnim barvanjem ter zmožnostjo celic tvoriti embrionalni mezoderm in vivo. Izbrane celice so imele tipičen kariotip in so bile zmožne tvorbe teratom.<br /> <br /> ===Popravljenje distrofičnih iPS celic===<br /> Za razliko od večine raziskav Duchennove mišične distrofije so raziskovalci uporabili utrofin-distrofin dKO miši in ne mdx miši, saj je fenotip bolezni toliko hujši; hitrejše napredovanje bolezni, abnormalno dihanje, kardiomiopatija in prezgodnja smrt. Takšen fenotip je primerljiv s človeškim. <br /> Za obnovitev »Z distrofinom povezanega proteinskega kompleksa« so re-ekspresirali µUTRN transgen za katerega je znano, da izboljšuje distrofičen fenotip (nadomešča kompleks utrofin-distrofin) in kot takšen ne izzove imunskega odgovora. Gen so v iPS celice prenesli s Sleeping Beauty sistemom transpozonov, saj omogočajo stabilno ekspresijo v človeških in mišjih celicah. Popravljene iPS celice z µUTRN transgenom so ohranile normalen kariotip.<br /> <br /> ===Diferenciacija iPS celic v miogene predniške celice===<br /> Da so zagotovili čim boljšo diferenciacijo so v popravljenih celicah in tudi v kontrolnih celicah nadzorovano inducirali ekspresijo Pax3, ki izboljšuje rast miogenih predniških celic. Tiste celice, ki so zadostovale določenim parametrom so izpostavili še osnovnemu rastnemu faktorju za fibroblaste ter doksiciklinu. Po dodatku slednjih so se predniške celice začele proliferirati in po in vitro inducirani diferenciacijii so celice vstopile v zadnjo fazo zorenja iz katerih so se razvile več jedrne celice s stabilno ekspresijo µUTRN, kar potrjujejo izvedena imunofluorescenčna mikroskopija, PCR in western blot analiza.<br /> <br /> ===Regenerativne lastnosti miogenih predniških celic===<br /> Pridobljene celice so seveda morali preizkusiti in vivo, zato so jih vsadili v tri tedne stare dKO miši, v mišico okoli piščali (Tibialis anterior). Po naslednjih treh tednih so izrezali mišico in jo pripravili na analizo, ki je pokazala prisotnost utrofina. In ne samo to, utrofin je bil zmožen obnovitve sistema proteinov, ki so načeloma povezani le z distrofinom. Prav tako ni bilo zaznati prisotnosti tumorjev, saj so predhodno izločili celice, ki so kazale znake za razvoj le-teh. <br /> Regenerativne lastnosti so preverili tudi preko fizioterapevtskih testov, ki so dali naslednje rezultate:<br /> Povečana izometrična tetanična sila mišice, povečana absolutna in specifična sila mišica v primerjavi z distrofično mišico, Ni bilo vidnega izboljšanja na področju utrujenosti mišice; še vedno se utrudi enako hitro ali pa le zanemarljivo malo počasneje kot distrofična mišica.<br /> Še vedno pa niso rešili problema intravenoznega injiciranja, ki je dal mešane rezultate. Kljub temu, miogenih celic niso opazili v drugih tkivih; v srčnem in pljučnem tkivu.<br /> <br /> =In v prihodnosti ...=<br /> Oblik mišične distrofij je veliko, vendar jih druži skupna lastnost; izguba oziroma nedelovanje distrofina. V primeru, da tega z gensko terapijo ne gre nadomestiti, lahko uporabimo utrofin, kot v primeru Filareto et. al (2013), saj deluje dovolj podobno, da fenotip omili do te mere, da življenje z njim ni več oteženo. Pluripotentne celice na tem področju omogočajo novo obliko terapije, ki ni samo celična, temveč tudi genska, saj jih je lažje manipulirati kot zdrave že diferencirane celice donorske celice. Zagotovo se odpirajo nove možnosti za zdravljenje ne samo mišične distrofije temveč tudi ostalih nevrodegenerativnih bolezni.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Fairclough et al. Progress in therapy for Duchenne Muscular Dystrophy. Experimental Physiology, 2011, letn. 96.11, str. 1101-1113.<br /> <br /> 2. Nakamura et al. Mammalian model od Duchenne Muscular Dystrophy: Pathological Charateristics and Therapeutic Applications.Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2010, volume 2011.<br /> <br /> 3. Koenig et al. The Molecular Basis for Duchenne versus Becker Muscular Dystrophy: Correlation of Severity with type of Deletion. The American Journal of Human Genetics, 1989, letn. 45, str. 498-506.<br /> <br /> 4. Filareto et al. An ex vivo gene therapy approach to treat muscular dystrophy using inducible pluripotent stem cells. Nature Communications, 2013, version 4:1549.<br /> <br /> 5. http://www.muscular-dystrophy.org/ [27. 5. 2013]</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Kombiniranje_tehnologije_induciranih_pluripotentnih_mati%C4%8Dnih_celic_in_genskih_modifikacij_pri_zdravljenju_mi%C5%A1i%C4%8Dne_distrofije&diff=8182 2013-05-28T12:19:18Z

<p>UrskaRauter: /* Popravljenje distrofičnih iPS celic */</p> <hr /> <div>=Mišična distrofija=<br /> Prvi opisi bolezni segajo v leto 1836, ko sta pojemanje mišične moči opisala Conte in Gioja, vendar sta simptome pripisala tuberkulozi. Gensko pogojenost pa je leta 1852 predvidel Meryon, ki je predpostavil, da se bolezen gensko prenaša preko mame in prizadene predvsem moške potomce. <br /> Duchennova mišična distrofija je poimenovana po Guillaume Duchennu, francoskem nevrologu, ki je podrobno opisal tovrstno mišično bolezen. <br /> Duchennova mišična distrofija prizadene kortikospinalni sistem, natančneje sprednje rogove aferentnih nevronov. Posledica je denevracija mišič oziroma oslabljen sistem motoričnih ploščič. Za bolezen je značilna progresivnost, s predela dlani preko udov in kasneje celotnega telesa. V povprečju so za bolezen dovzetnejši moški, od katerih jih je 5-10% bolezen delovalo avtosomno dominantno. Zdravljenje je simptomatično; kombinacija fizioterapije in antiholinergikov.<br /> <br /> ==Molekularne osnove Duchennove mišične distrofije (DMD)==<br /> Razlog, da bolezen v večini prizadene moške je v tem, da je vezana na X kromosom. Incidenca bolezni je ocenjena na 1/3.500 moških (Engel in Banker 1986). Prizadet gen za protein distrofin ima v povprečju 65 eksonov in okoli 2000 kb (Koenig et al. 1987; van Ommen et al. 1987; Burmeister et al. 1988). <br /> Pravilno zvit protein je velik 427 kDa in ima štiri domene; N-terminalna domeno, paličasto domeno, s cisteinom bogato domeno in C-terminalno domeno (Koenig et al. 1988). Najdemo ga v sarkolemi skeletnih mišic ter na stikih med mišičnimi vlakni in tetivami. Njegova glavna naloge je stabilizacija sarkoleme preko vezave aktina. Prav tako pa so heliksi paličaste domene fleksibilni in elastični kar še dodatno ščiti miofibrile pred mehanskim stresom. Poleg omenjenih funkcij, sodeluje še pri vzpostavitvi stika med sarkolemo in citoskeletom (Rybakova et. al 2000). Glede na posledice ob njegovi odsotnosti, predvidevajo, da ima vlogo tudi v medcelični signalizaciji. Pravilno lahko deluje le v kompleksu s t.i. »Z distrofinom povezanim proteinskim kompleksom« (Davies &amp; Nowak 2006). <br /> Najpogostejši defekt gena je intragenska delecija (Forrest et al. 1987; Koenig et al. 1987), kar privede do vezave eksonov, ki onemogočajo translacijo na bralnem okvirju. Takšno hipotezo podpira Westrn blot analiza distrofina, ki je nezaznaven pri pacientih z DMD. Podana je bila tudi hipoteza, da do delecije pride že v prvih desetih eksonih (Malhotra et al. 1988). Koenig et al. (1989) so analizirali delecije na večini gena in določili njihove posledice na mRNA ter bralni okvir. Posledice delecije na bralnem okvirju so analizirali preko intron-ekson meje, med tistima dvema eksonoma, ki sta bila ob boku delecije. Določene so bile tri meje glede na njihov položaj v kodirajočem tripletu. Dve od mej sta vodili do delecije, medtem ko je ena ohranila bralni okvir. Ugotovili so, da lahko 92% delecij pojasnijo kot delecije na bralnem okvirju, le 5 delecij pa se je zgodilo že pred vzpostavitvijo bralnega okvira. Takšna oblika delecije je namreč bolj značilna za druge oblike mišične distrofije. Pri DMD tako v povprečju pričakujemo alteracije na regiji bogati s cisteinom ter na C terminalni domeni, ki vodijo v hujše oblike mišične distrofije.<br /> <br /> =Napredki na področju zdravljenja DMD=<br /> Strategije za zdravljenje DMD lahko razdelimo v štiri kategorije: celična terapija, terapija z zamenjavo genov, supresija nezrelih terminacijskih kodonov in &quot;Preskakovanje eksonov&quot; oziroma v angleščini ''exon skipping'' <br /> <br /> V seminarski nalogi se bom usmerila na celično terapijo, vse ostale oblike terapij pa so podrobno opisane v viru 1. <br /> <br /> Na področju celične terapije je seveda poudarek na uporabi matičnih celic ali pluripotentnih mišičnih celic. Do sedaj je največ uspeha prinesla transplantacija mioblastov v prizadeto (distrofično) tkivo. Mioblasti so se sposobni diferencirati miofibrile, ki so nujne za pravilno delovanje skeletne mišice. Rezultate te transplantacije označujemo za fenomen imenovan »gensko dopolnjevanje«, kar pomeni ekspresijo eksogenih in gostiteljskih genov v mišičnem sinciciju (Watt et al. 1982). Raziskave so nadaljevali na gensko modificiranih mdx miših in zavoljo odličnih rezultatov poizkusili še na ljudeh, vendar je bil izkoristek, žal, prenizek (Mendell et al. 1995). Raziskave na področju transplantacije mioblastov so bile zelo plodne tudi na višjih sesalcih in trenutni trend je raziskovanje optimalnega imunosupresanta, izboljšanje migracije mioblastov ter izračuna optimalnega števila transplantiranih celic. Največja ovira celične terapije je insercija celic, saj se (trenutno) injicirajo le intramuskularno (Partridge, 1991) in ne intravenozno kakor bi bilo zaželeno. Intamuskularno injiciranje otežuje terapijo ne le zaradi nedosegljivosti določenih mišic (npr. difragma), temveč tudi zaradi omejitve diferenciacije mioblastov na posamezna področja v mišici. Do leta 2011 sta bili prijavljeni dve klinični raziskavi na tem področju (Torrente et al. in Guilio Cossu).<br /> <br /> ==Kombinacija genetike in pluripotentnih (iPS) celic==<br /> <br /> Leta 2012 so na Univerzi Minessota raziskovalci (Filareto et. al) naredili velik premik na področju zdravljenja Duchennove mišične distrofije. Z uporabo transpozona Sleeping Beauty so popravili fenotip induciranih pluripotentnih distrofičnih celic, jih diferencirali v skeletno-mišične predniške celice in jih transplantirali nazaj v distrofične miši. Presajene celice so imele biokemijsko obnovljen sistem utrofin-distrofin in izboljšano kontraktilno moč. Celice so se pravilno odzivale na poškodbe in opaziti je bilo razvoj nevro-muskularnih sinaps. Raziskovalci so ubrali avtologen pristop k zdravljenju; ex vivo gensko korekcijo pluripotentnih distrofičnih celic pred transplantacijo. Kar je naprednega pri raziskavi je način manipulacije iPS celic preko indukcije Pax7 ali Pax3 v le-teh. Tovrstno metodo so tudi sami razvili. iPS celice so pripravili z retrovirusno transdukcijo TTF celic. Njihovo pluripotentnost so preverili z imunofluorescenčnim barvanjem ter zmožnostjo celic tvoriti embrionalni mezoderm in vivo. Izbrane celice so imele tipičen kariotip in so bile zmožne tvorbe teratom.<br /> <br /> ===Popravljenje distrofičnih iPS celic===<br /> Za razliko od večine raziskav Duchennove mišične distrofije so raziskovalci uporabili utrofin-distrofin dKO miši in ne mdx miši, saj je fenotip bolezni toliko hujši; hitrejše napredovanje bolezni, abnormalno dihanje, kardiomiopatija in prezgodnja smrt. Takšen fenotip je primerljiv s človeškim. <br /> Za obnovitev »Z distrofinom povezanega proteinskega kompleksa« so re-ekspresirali µUTRN transgen za katerega je znano, da izboljšuje distrofičen fenotip (nadomešča kompleks utrofin-distrofin) in kot takšen ne izzove imunskega odgovora. Gen so v iPS celice prenesli s Sleeping Beauty sistemom transpozonov, saj omogočajo stabilno ekspresijo v človeških in mišjih celicah. Popravljene iPS celice z µUTRN transgenom so ohranile normalen kariotip.<br /> <br /> ===Diferenciacija iPS celic v miogene predniške celice===<br /> Da so zagotovili čim boljšo diferenciacijo so v popravljeni celice in tudi v kontrolnih celicah nadzorovano inducirali ekspresijo Pax3, ki izboljšuje rast miogenih predniških celic. Tiste celice, ki so zadostovale določenim parametrom so izpostavili še osnovnemu rastnemu faktorju za fibroblaste ter doksiciklinu. Po dodatku slednjih so se predniške celice začele proliferirati in po in vitro inducirani diferenciacijii so celice vstopile v zadnjo fazo zorenja iz katerih so se razvile več jedrne celice s stabilno ekspresijo µUTRN, kar potrjujejo izvedena imunofluorescenčna mikroskopija, PCR in western blot analiza.<br /> <br /> ===Regenerativne lastnosti miogenih predniških celic===<br /> Pridobljene celice so seveda morali preizkusiti in vivo, zato so jih vsadili v tri tedne stare dKO miši, v mišico okoli piščali (Tibialis anterior). Po naslednjih treh tednih so izrezali mišico in jo pripravili na analizo, ki je pokazala prisotnost utrofina. In ne samo to, utrofin je bil zmožen obnovitve sistema proteinov, ki so načeloma povezani le z distrofinom. Prav tako ni bilo zaznati prisotnosti tumorjev, saj so predhodno izločili celice, ki so kazale znake za razvoj le-teh. <br /> Regenerativne lastnosti so preverili tudi preko fizioterapevtskih testov, ki so dali naslednje rezultate:<br /> Povečana izometrična tetanična sila mišice, povečana absolutna in specifična sila mišica v primerjavi z distrofično mišico, Ni bilo vidnega izboljšanja na področju utrujenosti mišice; še vedno se utrudi enako hitro ali pa le zanemarljivo malo počasneje kot distrofična mišica.<br /> Še vedno pa niso rešili problema intravenoznega injiciranja, ki je dal mešane rezultate. Kljub temu, miogenih celic niso opazili v drugih tkivih; v srčnem in pljučnem tkivu.<br /> <br /> =In v prihodnosti ...=<br /> Oblik mišične distrofij je veliko, vendar jih druži skupna lastnost; izguba oziroma nedelovanje distrofina. V primeru, da tega z gensko terapijo ne gre nadomestiti, lahko uporabimo utrofin, kot v primeru Filareto et. al (2013), saj deluje dovolj podobno, da fenotip omili do te mere, da življenje z njim ni več oteženo. Pluripotentne celice na tem področju omogočajo novo obliko terapije, ki ni samo celična, temveč tudi genska, saj jih je lažje manipulirati kot zdrave že diferencirane celice donorske celice. Zagotovo se odpirajo nove možnosti za zdravljenje ne samo mišične distrofije temveč tudi ostalih nevrodegenerativnih bolezni.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Fairclough et al. Progress in therapy for Duchenne Muscular Dystrophy. Experimental Physiology, 2011, letn. 96.11, str. 1101-1113.<br /> <br /> 2. Nakamura et al. Mammalian model od Duchenne Muscular Dystrophy: Pathological Charateristics and Therapeutic Applications.Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2010, volume 2011.<br /> <br /> 3. Koenig et al. The Molecular Basis for Duchenne versus Becker Muscular Dystrophy: Correlation of Severity with type of Deletion. The American Journal of Human Genetics, 1989, letn. 45, str. 498-506.<br /> <br /> 4. Filareto et al. An ex vivo gene therapy approach to treat muscular dystrophy using inducible pluripotent stem cells. Nature Communications, 2013, version 4:1549.<br /> <br /> 5. http://www.muscular-dystrophy.org/ [27. 5. 2013]</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Kombiniranje_tehnologije_induciranih_pluripotentnih_mati%C4%8Dnih_celic_in_genskih_modifikacij_pri_zdravljenju_mi%C5%A1i%C4%8Dne_distrofije&diff=8181 2013-05-28T12:15:04Z

<p>UrskaRauter: /* Kombinacija genetike in pluripotentnih (iPS) celic */</p> <hr /> <div>=Mišična distrofija=<br /> Prvi opisi bolezni segajo v leto 1836, ko sta pojemanje mišične moči opisala Conte in Gioja, vendar sta simptome pripisala tuberkulozi. Gensko pogojenost pa je leta 1852 predvidel Meryon, ki je predpostavil, da se bolezen gensko prenaša preko mame in prizadene predvsem moške potomce. <br /> Duchennova mišična distrofija je poimenovana po Guillaume Duchennu, francoskem nevrologu, ki je podrobno opisal tovrstno mišično bolezen. <br /> Duchennova mišična distrofija prizadene kortikospinalni sistem, natančneje sprednje rogove aferentnih nevronov. Posledica je denevracija mišič oziroma oslabljen sistem motoričnih ploščič. Za bolezen je značilna progresivnost, s predela dlani preko udov in kasneje celotnega telesa. V povprečju so za bolezen dovzetnejši moški, od katerih jih je 5-10% bolezen delovalo avtosomno dominantno. Zdravljenje je simptomatično; kombinacija fizioterapije in antiholinergikov.<br /> <br /> ==Molekularne osnove Duchennove mišične distrofije (DMD)==<br /> Razlog, da bolezen v večini prizadene moške je v tem, da je vezana na X kromosom. Incidenca bolezni je ocenjena na 1/3.500 moških (Engel in Banker 1986). Prizadet gen za protein distrofin ima v povprečju 65 eksonov in okoli 2000 kb (Koenig et al. 1987; van Ommen et al. 1987; Burmeister et al. 1988). <br /> Pravilno zvit protein je velik 427 kDa in ima štiri domene; N-terminalna domeno, paličasto domeno, s cisteinom bogato domeno in C-terminalno domeno (Koenig et al. 1988). Najdemo ga v sarkolemi skeletnih mišic ter na stikih med mišičnimi vlakni in tetivami. Njegova glavna naloge je stabilizacija sarkoleme preko vezave aktina. Prav tako pa so heliksi paličaste domene fleksibilni in elastični kar še dodatno ščiti miofibrile pred mehanskim stresom. Poleg omenjenih funkcij, sodeluje še pri vzpostavitvi stika med sarkolemo in citoskeletom (Rybakova et. al 2000). Glede na posledice ob njegovi odsotnosti, predvidevajo, da ima vlogo tudi v medcelični signalizaciji. Pravilno lahko deluje le v kompleksu s t.i. »Z distrofinom povezanim proteinskim kompleksom« (Davies &amp; Nowak 2006). <br /> Najpogostejši defekt gena je intragenska delecija (Forrest et al. 1987; Koenig et al. 1987), kar privede do vezave eksonov, ki onemogočajo translacijo na bralnem okvirju. Takšno hipotezo podpira Westrn blot analiza distrofina, ki je nezaznaven pri pacientih z DMD. Podana je bila tudi hipoteza, da do delecije pride že v prvih desetih eksonih (Malhotra et al. 1988). Koenig et al. (1989) so analizirali delecije na večini gena in določili njihove posledice na mRNA ter bralni okvir. Posledice delecije na bralnem okvirju so analizirali preko intron-ekson meje, med tistima dvema eksonoma, ki sta bila ob boku delecije. Določene so bile tri meje glede na njihov položaj v kodirajočem tripletu. Dve od mej sta vodili do delecije, medtem ko je ena ohranila bralni okvir. Ugotovili so, da lahko 92% delecij pojasnijo kot delecije na bralnem okvirju, le 5 delecij pa se je zgodilo že pred vzpostavitvijo bralnega okvira. Takšna oblika delecije je namreč bolj značilna za druge oblike mišične distrofije. Pri DMD tako v povprečju pričakujemo alteracije na regiji bogati s cisteinom ter na C terminalni domeni, ki vodijo v hujše oblike mišične distrofije.<br /> <br /> =Napredki na področju zdravljenja DMD=<br /> Strategije za zdravljenje DMD lahko razdelimo v štiri kategorije: celična terapija, terapija z zamenjavo genov, supresija nezrelih terminacijskih kodonov in &quot;Preskakovanje eksonov&quot; oziroma v angleščini ''exon skipping'' <br /> <br /> V seminarski nalogi se bom usmerila na celično terapijo, vse ostale oblike terapij pa so podrobno opisane v viru 1. <br /> <br /> Na področju celične terapije je seveda poudarek na uporabi matičnih celic ali pluripotentnih mišičnih celic. Do sedaj je največ uspeha prinesla transplantacija mioblastov v prizadeto (distrofično) tkivo. Mioblasti so se sposobni diferencirati miofibrile, ki so nujne za pravilno delovanje skeletne mišice. Rezultate te transplantacije označujemo za fenomen imenovan »gensko dopolnjevanje«, kar pomeni ekspresijo eksogenih in gostiteljskih genov v mišičnem sinciciju (Watt et al. 1982). Raziskave so nadaljevali na gensko modificiranih mdx miših in zavoljo odličnih rezultatov poizkusili še na ljudeh, vendar je bil izkoristek, žal, prenizek (Mendell et al. 1995). Raziskave na področju transplantacije mioblastov so bile zelo plodne tudi na višjih sesalcih in trenutni trend je raziskovanje optimalnega imunosupresanta, izboljšanje migracije mioblastov ter izračuna optimalnega števila transplantiranih celic. Največja ovira celične terapije je insercija celic, saj se (trenutno) injicirajo le intramuskularno (Partridge, 1991) in ne intravenozno kakor bi bilo zaželeno. Intamuskularno injiciranje otežuje terapijo ne le zaradi nedosegljivosti določenih mišic (npr. difragma), temveč tudi zaradi omejitve diferenciacije mioblastov na posamezna področja v mišici. Do leta 2011 sta bili prijavljeni dve klinični raziskavi na tem področju (Torrente et al. in Guilio Cossu).<br /> <br /> ==Kombinacija genetike in pluripotentnih (iPS) celic==<br /> <br /> Leta 2012 so na Univerzi Minessota raziskovalci (Filareto et. al) naredili velik premik na področju zdravljenja Duchennove mišične distrofije. Z uporabo transpozona Sleeping Beauty so popravili fenotip induciranih pluripotentnih distrofičnih celic, jih diferencirali v skeletno-mišične predniške celice in jih transplantirali nazaj v distrofične miši. Presajene celice so imele biokemijsko obnovljen sistem utrofin-distrofin in izboljšano kontraktilno moč. Celice so se pravilno odzivale na poškodbe in opaziti je bilo razvoj nevro-muskularnih sinaps. Raziskovalci so ubrali avtologen pristop k zdravljenju; ex vivo gensko korekcijo pluripotentnih distrofičnih celic pred transplantacijo. Kar je naprednega pri raziskavi je način manipulacije iPS celic preko indukcije Pax7 ali Pax3 v le-teh. Tovrstno metodo so tudi sami razvili. iPS celice so pripravili z retrovirusno transdukcijo TTF celic. Njihovo pluripotentnost so preverili z imunofluorescenčnim barvanjem ter zmožnostjo celic tvoriti embrionalni mezoderm in vivo. Izbrane celice so imele tipičen kariotip in so bile zmožne tvorbe teratom.<br /> <br /> ===Popravljenje distrofičnih iPS celic===<br /> Za razliko od večine raziskav Duchennove mišične distrofije so raziskovalci uporabili utrofin-distrofin dKO miši in ne mdx miši, saj fenotip bolezni toliko hujši; hitrejše napredovanje bolezni, abnormalno dihanje, kardiomiopatija in prezgodnja smrt. Takšen fenotip je primerljiv s človeškim. <br /> Za obnovitev »Z distrofinom povezanega proteinskega kompleksa« so re-ekspresirali µUTRN transgen za katerega je znano, da izboljšuje distrofičen fenotip (nadomešča kompleks utrofin-distrofin) in kot takšen ne izzove imunskega odgovora. Gen so v iPS celice prenesli s Sleeping Beauty sistemom transpozonov, saj omogočajo stabilno ekspresijo v človeških in mišjih celicah. Popravljene iPS celice z µUTRN transgenom so ohranile normalen kariotip.<br /> <br /> ===Diferenciacija iPS celic v miogene predniške celice===<br /> Da so zagotovili čim boljšo diferenciacijo so v popravljeni celice in tudi v kontrolnih celicah nadzorovano inducirali ekspresijo Pax3, ki izboljšuje rast miogenih predniških celic. Tiste celice, ki so zadostovale določenim parametrom so izpostavili še osnovnemu rastnemu faktorju za fibroblaste ter doksiciklinu. Po dodatku slednjih so se predniške celice začele proliferirati in po in vitro inducirani diferenciacijii so celice vstopile v zadnjo fazo zorenja iz katerih so se razvile več jedrne celice s stabilno ekspresijo µUTRN, kar potrjujejo izvedena imunofluorescenčna mikroskopija, PCR in western blot analiza.<br /> <br /> ===Regenerativne lastnosti miogenih predniških celic===<br /> Pridobljene celice so seveda morali preizkusiti in vivo, zato so jih vsadili v tri tedne stare dKO miši, v mišico okoli piščali (Tibialis anterior). Po naslednjih treh tednih so izrezali mišico in jo pripravili na analizo, ki je pokazala prisotnost utrofina. In ne samo to, utrofin je bil zmožen obnovitve sistema proteinov, ki so načeloma povezani le z distrofinom. Prav tako ni bilo zaznati prisotnosti tumorjev, saj so predhodno izločili celice, ki so kazale znake za razvoj le-teh. <br /> Regenerativne lastnosti so preverili tudi preko fizioterapevtskih testov, ki so dali naslednje rezultate:<br /> Povečana izometrična tetanična sila mišice, povečana absolutna in specifična sila mišica v primerjavi z distrofično mišico, Ni bilo vidnega izboljšanja na področju utrujenosti mišice; še vedno se utrudi enako hitro ali pa le zanemarljivo malo počasneje kot distrofična mišica.<br /> Še vedno pa niso rešili problema intravenoznega injiciranja, ki je dal mešane rezultate. Kljub temu, miogenih celic niso opazili v drugih tkivih; v srčnem in pljučnem tkivu.<br /> <br /> =In v prihodnosti ...=<br /> Oblik mišične distrofij je veliko, vendar jih druži skupna lastnost; izguba oziroma nedelovanje distrofina. V primeru, da tega z gensko terapijo ne gre nadomestiti, lahko uporabimo utrofin, kot v primeru Filareto et. al (2013), saj deluje dovolj podobno, da fenotip omili do te mere, da življenje z njim ni več oteženo. Pluripotentne celice na tem področju omogočajo novo obliko terapije, ki ni samo celična, temveč tudi genska, saj jih je lažje manipulirati kot zdrave že diferencirane celice donorske celice. Zagotovo se odpirajo nove možnosti za zdravljenje ne samo mišične distrofije temveč tudi ostalih nevrodegenerativnih bolezni.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Fairclough et al. Progress in therapy for Duchenne Muscular Dystrophy. Experimental Physiology, 2011, letn. 96.11, str. 1101-1113.<br /> <br /> 2. Nakamura et al. Mammalian model od Duchenne Muscular Dystrophy: Pathological Charateristics and Therapeutic Applications.Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2010, volume 2011.<br /> <br /> 3. Koenig et al. The Molecular Basis for Duchenne versus Becker Muscular Dystrophy: Correlation of Severity with type of Deletion. The American Journal of Human Genetics, 1989, letn. 45, str. 498-506.<br /> <br /> 4. Filareto et al. An ex vivo gene therapy approach to treat muscular dystrophy using inducible pluripotent stem cells. Nature Communications, 2013, version 4:1549.<br /> <br /> 5. http://www.muscular-dystrophy.org/ [27. 5. 2013]</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Kombiniranje_tehnologije_induciranih_pluripotentnih_mati%C4%8Dnih_celic_in_genskih_modifikacij_pri_zdravljenju_mi%C5%A1i%C4%8Dne_distrofije&diff=8149 2013-05-27T22:02:11Z

<p>UrskaRauter: /* Viri */</p> <hr /> <div>=Mišična distrofija=<br /> Prvi opisi bolezni segajo v leto 1836, ko sta pojemanje mišične moči opisala Conte in Gioja, vendar sta simptome pripisala tuberkulozi. Gensko pogojenost pa je leta 1852 predvidel Meryon, ki je predpostavil, da se bolezen gensko prenaša preko mame in prizadene predvsem moške potomce. <br /> Duchennova mišična distrofija je poimenovana po Guillaume Duchennu, francoskem nevrologu, ki je podrobno opisal tovrstno mišično bolezen. <br /> Duchennova mišična distrofija prizadene kortikospinalni sistem, natančneje sprednje rogove aferentnih nevronov. Posledica je denevracija mišič oziroma oslabljen sistem motoričnih ploščič. Za bolezen je značilna progresivnost, s predela dlani preko udov in kasneje celotnega telesa. V povprečju so za bolezen dovzetnejši moški, od katerih jih je 5-10% bolezen delovalo avtosomno dominantno. Zdravljenje je simptomatično; kombinacija fizioterapije in antiholinergikov.<br /> <br /> ==Molekularne osnove Duchennove mišične distrofije (DMD)==<br /> Razlog, da bolezen v večini prizadene moške je v tem, da je vezana na X kromosom. Incidenca bolezni je ocenjena na 1/3.500 moških (Engel in Banker 1986). Prizadet gen za protein distrofin ima v povprečju 65 eksonov in okoli 2000 kb (Koenig et al. 1987; van Ommen et al. 1987; Burmeister et al. 1988). <br /> Pravilno zvit protein je velik 427 kDa in ima štiri domene; N-terminalna domeno, paličasto domeno, s cisteinom bogato domeno in C-terminalno domeno (Koenig et al. 1988). Najdemo ga v sarkolemi skeletnih mišic ter na stikih med mišičnimi vlakni in tetivami. Njegova glavna naloge je stabilizacija sarkoleme preko vezave aktina. Prav tako pa so heliksi paličaste domene fleksibilni in elastični kar še dodatno ščiti miofibrile pred mehanskim stresom. Poleg omenjenih funkcij, sodeluje še pri vzpostavitvi stika med sarkolemo in citoskeletom (Rybakova et. al 2000). Glede na posledice ob njegovi odsotnosti, predvidevajo, da ima vlogo tudi v medcelični signalizaciji. Pravilno lahko deluje le v kompleksu s t.i. »Z distrofinom povezanim proteinskim kompleksom« (Davies &amp; Nowak 2006). <br /> Najpogostejši defekt gena je intragenska delecija (Forrest et al. 1987; Koenig et al. 1987), kar privede do vezave eksonov, ki onemogočajo translacijo na bralnem okvirju. Takšno hipotezo podpira Westrn blot analiza distrofina, ki je nezaznaven pri pacientih z DMD. Podana je bila tudi hipoteza, da do delecije pride že v prvih desetih eksonih (Malhotra et al. 1988). Koenig et al. (1989) so analizirali delecije na večini gena in določili njihove posledice na mRNA ter bralni okvir. Posledice delecije na bralnem okvirju so analizirali preko intron-ekson meje, med tistima dvema eksonoma, ki sta bila ob boku delecije. Določene so bile tri meje glede na njihov položaj v kodirajočem tripletu. Dve od mej sta vodili do delecije, medtem ko je ena ohranila bralni okvir. Ugotovili so, da lahko 92% delecij pojasnijo kot delecije na bralnem okvirju, le 5 delecij pa se je zgodilo že pred vzpostavitvijo bralnega okvira. Takšna oblika delecije je namreč bolj značilna za druge oblike mišične distrofije. Pri DMD tako v povprečju pričakujemo alteracije na regiji bogati s cisteinom ter na C terminalni domeni, ki vodijo v hujše oblike mišične distrofije.<br /> <br /> =Napredki na področju zdravljenja DMD=<br /> Strategije za zdravljenje DMD lahko razdelimo v štiri kategorije: celična terapija, terapija z zamenjavo genov, supresija nezrelih terminacijskih kodonov in &quot;Preskakovanje eksonov&quot; oziroma v angleščini ''exon skipping'' <br /> <br /> V seminarski nalogi se bom usmerila na celično terapijo, vse ostale oblike terapij pa so podrobno opisane v viru 1. <br /> <br /> Na področju celične terapije je seveda poudarek na uporabi matičnih celic ali pluripotentnih mišičnih celic. Do sedaj je največ uspeha prinesla transplantacija mioblastov v prizadeto (distrofično) tkivo. Mioblasti so se sposobni diferencirati miofibrile, ki so nujne za pravilno delovanje skeletne mišice. Rezultate te transplantacije označujemo za fenomen imenovan »gensko dopolnjevanje«, kar pomeni ekspresijo eksogenih in gostiteljskih genov v mišičnem sinciciju (Watt et al. 1982). Raziskave so nadaljevali na gensko modificiranih mdx miših in zavoljo odličnih rezultatov poizkusili še na ljudeh, vendar je bil izkoristek, žal, prenizek (Mendell et al. 1995). Raziskave na področju transplantacije mioblastov so bile zelo plodne tudi na višjih sesalcih in trenutni trend je raziskovanje optimalnega imunosupresanta, izboljšanje migracije mioblastov ter izračuna optimalnega števila transplantiranih celic. Največja ovira celične terapije je insercija celic, saj se (trenutno) injicirajo le intramuskularno (Partridge, 1991) in ne intravenozno kakor bi bilo zaželeno. Intamuskularno injiciranje otežuje terapijo ne le zaradi nedosegljivosti določenih mišic (npr. difragma), temveč tudi zaradi omejitve diferenciacije mioblastov na posamezna področja v mišici. Do leta 2011 sta bili prijavljeni dve klinični raziskavi na tem področju (Torrente et al. in Guilio Cossu).<br /> <br /> ==Kombinacija genetike in pluripotentnih (iPS) celic==<br /> <br /> Leta 2012 so na Univerzi Minessota raziskovalci (Filareto et. al) naredili velik premik na področju zdravljenja Duchennove mišične distrofije. Z uporabo transpozona Sleeping Beauty so popravili fenotip induciranih pluripotentnih distrofičnih celic, jih diferencirali v skeletno-mišične predniške celice in jih transplantirali nazaj v distrofične miši. Presajene celice so imele biokemijsko obnovljen utrofin-distrofin in izboljšano kontraktilno moč. Celice so se pravilno odzivale na poškodbe in opaziti je bilo razvoj nevro-muskularnih sinaps. Raziskovalci so ubrali avtologen pristop k zdravljenju; ex vivo gensko korekcijo pluripotentnih distrofičnih celic pred transplantacijo. Kar je naprednega pri raziskavi je način manipulacije iPS celic preko indukcije Pax7 ali Pax3 v le-teh. Tovrstno metodo so tudi sami razvili. iPS celice so pripravili z retrovirusno transdukcijo TTF celic. Njihovo pluripotentnost so preverili z imunofluorescenčnim barvanjem ter zmožnostjo celic tvoriti embrionalni mezoderm in vivo. Izbrane celice so imele tipičen kariotip in so bile zmožne tvorbe teratom.<br /> <br /> ===Popravljenje distrofičnih iPS celic===<br /> Za razliko od večine raziskav Duchennove mišične distrofije so raziskovalci uporabili utrofin-distrofin dKO miši in ne mdx miši, saj fenotip bolezni toliko hujši; hitrejše napredovanje bolezni, abnormalno dihanje, kardiomiopatija in prezgodnja smrt. Takšen fenotip je primerljiv s človeškim. <br /> Za obnovitev »Z distrofinom povezanega proteinskega kompleksa« so re-ekspresirali µUTRN transgen za katerega je znano, da izboljšuje distrofičen fenotip (nadomešča kompleks utrofin-distrofin) in kot takšen ne izzove imunskega odgovora. Gen so v iPS celice prenesli s Sleeping Beauty sistemom transpozonov, saj omogočajo stabilno ekspresijo v človeških in mišjih celicah. Popravljene iPS celice z µUTRN transgenom so ohranile normalen kariotip.<br /> <br /> ===Diferenciacija iPS celic v miogene predniške celice===<br /> Da so zagotovili čim boljšo diferenciacijo so v popravljeni celice in tudi v kontrolnih celicah nadzorovano inducirali ekspresijo Pax3, ki izboljšuje rast miogenih predniških celic. Tiste celice, ki so zadostovale določenim parametrom so izpostavili še osnovnemu rastnemu faktorju za fibroblaste ter doksiciklinu. Po dodatku slednjih so se predniške celice začele proliferirati in po in vitro inducirani diferenciacijii so celice vstopile v zadnjo fazo zorenja iz katerih so se razvile več jedrne celice s stabilno ekspresijo µUTRN, kar potrjujejo izvedena imunofluorescenčna mikroskopija, PCR in western blot analiza.<br /> <br /> ===Regenerativne lastnosti miogenih predniških celic===<br /> Pridobljene celice so seveda morali preizkusiti in vivo, zato so jih vsadili v tri tedne stare dKO miši, v mišico okoli piščali (Tibialis anterior). Po naslednjih treh tednih so izrezali mišico in jo pripravili na analizo, ki je pokazala prisotnost utrofina. In ne samo to, utrofin je bil zmožen obnovitve sistema proteinov, ki so načeloma povezani le z distrofinom. Prav tako ni bilo zaznati prisotnosti tumorjev, saj so predhodno izločili celice, ki so kazale znake za razvoj le-teh. <br /> Regenerativne lastnosti so preverili tudi preko fizioterapevtskih testov, ki so dali naslednje rezultate:<br /> Povečana izometrična tetanična sila mišice, povečana absolutna in specifična sila mišica v primerjavi z distrofično mišico, Ni bilo vidnega izboljšanja na področju utrujenosti mišice; še vedno se utrudi enako hitro ali pa le zanemarljivo malo počasneje kot distrofična mišica.<br /> Še vedno pa niso rešili problema intravenoznega injiciranja, ki je dal mešane rezultate. Kljub temu, miogenih celic niso opazili v drugih tkivih; v srčnem in pljučnem tkivu. <br /> <br /> =In v prihodnosti ...=<br /> Oblik mišične distrofij je veliko, vendar jih druži skupna lastnost; izguba oziroma nedelovanje distrofina. V primeru, da tega z gensko terapijo ne gre nadomestiti, lahko uporabimo utrofin, kot v primeru Filareto et. al (2013), saj deluje dovolj podobno, da fenotip omili do te mere, da življenje z njim ni več oteženo. Pluripotentne celice na tem področju omogočajo novo obliko terapije, ki ni samo celična, temveč tudi genska, saj jih je lažje manipulirati kot zdrave že diferencirane celice donorske celice. Zagotovo se odpirajo nove možnosti za zdravljenje ne samo mišične distrofije temveč tudi ostalih nevrodegenerativnih bolezni.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Fairclough et al. Progress in therapy for Duchenne Muscular Dystrophy. Experimental Physiology, 2011, letn. 96.11, str. 1101-1113.<br /> <br /> 2. Nakamura et al. Mammalian model od Duchenne Muscular Dystrophy: Pathological Charateristics and Therapeutic Applications.Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2010, volume 2011.<br /> <br /> 3. Koenig et al. The Molecular Basis for Duchenne versus Becker Muscular Dystrophy: Correlation of Severity with type of Deletion. The American Journal of Human Genetics, 1989, letn. 45, str. 498-506.<br /> <br /> 4. Filareto et al. An ex vivo gene therapy approach to treat muscular dystrophy using inducible pluripotent stem cells. Nature Communications, 2013, version 4:1549.<br /> <br /> 5. http://www.muscular-dystrophy.org/ [27. 5. 2013]</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Kombiniranje_tehnologije_induciranih_pluripotentnih_mati%C4%8Dnih_celic_in_genskih_modifikacij_pri_zdravljenju_mi%C5%A1i%C4%8Dne_distrofije&diff=8148 2013-05-27T22:01:17Z

<p>UrskaRauter: </p> <hr /> <div>=Mišična distrofija=<br /> Prvi opisi bolezni segajo v leto 1836, ko sta pojemanje mišične moči opisala Conte in Gioja, vendar sta simptome pripisala tuberkulozi. Gensko pogojenost pa je leta 1852 predvidel Meryon, ki je predpostavil, da se bolezen gensko prenaša preko mame in prizadene predvsem moške potomce. <br /> Duchennova mišična distrofija je poimenovana po Guillaume Duchennu, francoskem nevrologu, ki je podrobno opisal tovrstno mišično bolezen. <br /> Duchennova mišična distrofija prizadene kortikospinalni sistem, natančneje sprednje rogove aferentnih nevronov. Posledica je denevracija mišič oziroma oslabljen sistem motoričnih ploščič. Za bolezen je značilna progresivnost, s predela dlani preko udov in kasneje celotnega telesa. V povprečju so za bolezen dovzetnejši moški, od katerih jih je 5-10% bolezen delovalo avtosomno dominantno. Zdravljenje je simptomatično; kombinacija fizioterapije in antiholinergikov.<br /> <br /> ==Molekularne osnove Duchennove mišične distrofije (DMD)==<br /> Razlog, da bolezen v večini prizadene moške je v tem, da je vezana na X kromosom. Incidenca bolezni je ocenjena na 1/3.500 moških (Engel in Banker 1986). Prizadet gen za protein distrofin ima v povprečju 65 eksonov in okoli 2000 kb (Koenig et al. 1987; van Ommen et al. 1987; Burmeister et al. 1988). <br /> Pravilno zvit protein je velik 427 kDa in ima štiri domene; N-terminalna domeno, paličasto domeno, s cisteinom bogato domeno in C-terminalno domeno (Koenig et al. 1988). Najdemo ga v sarkolemi skeletnih mišic ter na stikih med mišičnimi vlakni in tetivami. Njegova glavna naloge je stabilizacija sarkoleme preko vezave aktina. Prav tako pa so heliksi paličaste domene fleksibilni in elastični kar še dodatno ščiti miofibrile pred mehanskim stresom. Poleg omenjenih funkcij, sodeluje še pri vzpostavitvi stika med sarkolemo in citoskeletom (Rybakova et. al 2000). Glede na posledice ob njegovi odsotnosti, predvidevajo, da ima vlogo tudi v medcelični signalizaciji. Pravilno lahko deluje le v kompleksu s t.i. »Z distrofinom povezanim proteinskim kompleksom« (Davies &amp; Nowak 2006). <br /> Najpogostejši defekt gena je intragenska delecija (Forrest et al. 1987; Koenig et al. 1987), kar privede do vezave eksonov, ki onemogočajo translacijo na bralnem okvirju. Takšno hipotezo podpira Westrn blot analiza distrofina, ki je nezaznaven pri pacientih z DMD. Podana je bila tudi hipoteza, da do delecije pride že v prvih desetih eksonih (Malhotra et al. 1988). Koenig et al. (1989) so analizirali delecije na večini gena in določili njihove posledice na mRNA ter bralni okvir. Posledice delecije na bralnem okvirju so analizirali preko intron-ekson meje, med tistima dvema eksonoma, ki sta bila ob boku delecije. Določene so bile tri meje glede na njihov položaj v kodirajočem tripletu. Dve od mej sta vodili do delecije, medtem ko je ena ohranila bralni okvir. Ugotovili so, da lahko 92% delecij pojasnijo kot delecije na bralnem okvirju, le 5 delecij pa se je zgodilo že pred vzpostavitvijo bralnega okvira. Takšna oblika delecije je namreč bolj značilna za druge oblike mišične distrofije. Pri DMD tako v povprečju pričakujemo alteracije na regiji bogati s cisteinom ter na C terminalni domeni, ki vodijo v hujše oblike mišične distrofije.<br /> <br /> =Napredki na področju zdravljenja DMD=<br /> Strategije za zdravljenje DMD lahko razdelimo v štiri kategorije: celična terapija, terapija z zamenjavo genov, supresija nezrelih terminacijskih kodonov in &quot;Preskakovanje eksonov&quot; oziroma v angleščini ''exon skipping'' <br /> <br /> V seminarski nalogi se bom usmerila na celično terapijo, vse ostale oblike terapij pa so podrobno opisane v viru 1. <br /> <br /> Na področju celične terapije je seveda poudarek na uporabi matičnih celic ali pluripotentnih mišičnih celic. Do sedaj je največ uspeha prinesla transplantacija mioblastov v prizadeto (distrofično) tkivo. Mioblasti so se sposobni diferencirati miofibrile, ki so nujne za pravilno delovanje skeletne mišice. Rezultate te transplantacije označujemo za fenomen imenovan »gensko dopolnjevanje«, kar pomeni ekspresijo eksogenih in gostiteljskih genov v mišičnem sinciciju (Watt et al. 1982). Raziskave so nadaljevali na gensko modificiranih mdx miših in zavoljo odličnih rezultatov poizkusili še na ljudeh, vendar je bil izkoristek, žal, prenizek (Mendell et al. 1995). Raziskave na področju transplantacije mioblastov so bile zelo plodne tudi na višjih sesalcih in trenutni trend je raziskovanje optimalnega imunosupresanta, izboljšanje migracije mioblastov ter izračuna optimalnega števila transplantiranih celic. Največja ovira celične terapije je insercija celic, saj se (trenutno) injicirajo le intramuskularno (Partridge, 1991) in ne intravenozno kakor bi bilo zaželeno. Intamuskularno injiciranje otežuje terapijo ne le zaradi nedosegljivosti določenih mišic (npr. difragma), temveč tudi zaradi omejitve diferenciacije mioblastov na posamezna področja v mišici. Do leta 2011 sta bili prijavljeni dve klinični raziskavi na tem področju (Torrente et al. in Guilio Cossu).<br /> <br /> ==Kombinacija genetike in pluripotentnih (iPS) celic==<br /> <br /> Leta 2012 so na Univerzi Minessota raziskovalci (Filareto et. al) naredili velik premik na področju zdravljenja Duchennove mišične distrofije. Z uporabo transpozona Sleeping Beauty so popravili fenotip induciranih pluripotentnih distrofičnih celic, jih diferencirali v skeletno-mišične predniške celice in jih transplantirali nazaj v distrofične miši. Presajene celice so imele biokemijsko obnovljen utrofin-distrofin in izboljšano kontraktilno moč. Celice so se pravilno odzivale na poškodbe in opaziti je bilo razvoj nevro-muskularnih sinaps. Raziskovalci so ubrali avtologen pristop k zdravljenju; ex vivo gensko korekcijo pluripotentnih distrofičnih celic pred transplantacijo. Kar je naprednega pri raziskavi je način manipulacije iPS celic preko indukcije Pax7 ali Pax3 v le-teh. Tovrstno metodo so tudi sami razvili. iPS celice so pripravili z retrovirusno transdukcijo TTF celic. Njihovo pluripotentnost so preverili z imunofluorescenčnim barvanjem ter zmožnostjo celic tvoriti embrionalni mezoderm in vivo. Izbrane celice so imele tipičen kariotip in so bile zmožne tvorbe teratom.<br /> <br /> ===Popravljenje distrofičnih iPS celic===<br /> Za razliko od večine raziskav Duchennove mišične distrofije so raziskovalci uporabili utrofin-distrofin dKO miši in ne mdx miši, saj fenotip bolezni toliko hujši; hitrejše napredovanje bolezni, abnormalno dihanje, kardiomiopatija in prezgodnja smrt. Takšen fenotip je primerljiv s človeškim. <br /> Za obnovitev »Z distrofinom povezanega proteinskega kompleksa« so re-ekspresirali µUTRN transgen za katerega je znano, da izboljšuje distrofičen fenotip (nadomešča kompleks utrofin-distrofin) in kot takšen ne izzove imunskega odgovora. Gen so v iPS celice prenesli s Sleeping Beauty sistemom transpozonov, saj omogočajo stabilno ekspresijo v človeških in mišjih celicah. Popravljene iPS celice z µUTRN transgenom so ohranile normalen kariotip.<br /> <br /> ===Diferenciacija iPS celic v miogene predniške celice===<br /> Da so zagotovili čim boljšo diferenciacijo so v popravljeni celice in tudi v kontrolnih celicah nadzorovano inducirali ekspresijo Pax3, ki izboljšuje rast miogenih predniških celic. Tiste celice, ki so zadostovale določenim parametrom so izpostavili še osnovnemu rastnemu faktorju za fibroblaste ter doksiciklinu. Po dodatku slednjih so se predniške celice začele proliferirati in po in vitro inducirani diferenciacijii so celice vstopile v zadnjo fazo zorenja iz katerih so se razvile več jedrne celice s stabilno ekspresijo µUTRN, kar potrjujejo izvedena imunofluorescenčna mikroskopija, PCR in western blot analiza.<br /> <br /> ===Regenerativne lastnosti miogenih predniških celic===<br /> Pridobljene celice so seveda morali preizkusiti in vivo, zato so jih vsadili v tri tedne stare dKO miši, v mišico okoli piščali (Tibialis anterior). Po naslednjih treh tednih so izrezali mišico in jo pripravili na analizo, ki je pokazala prisotnost utrofina. In ne samo to, utrofin je bil zmožen obnovitve sistema proteinov, ki so načeloma povezani le z distrofinom. Prav tako ni bilo zaznati prisotnosti tumorjev, saj so predhodno izločili celice, ki so kazale znake za razvoj le-teh. <br /> Regenerativne lastnosti so preverili tudi preko fizioterapevtskih testov, ki so dali naslednje rezultate:<br /> Povečana izometrična tetanična sila mišice, povečana absolutna in specifična sila mišica v primerjavi z distrofično mišico, Ni bilo vidnega izboljšanja na področju utrujenosti mišice; še vedno se utrudi enako hitro ali pa le zanemarljivo malo počasneje kot distrofična mišica.<br /> Še vedno pa niso rešili problema intravenoznega injiciranja, ki je dal mešane rezultate. Kljub temu, miogenih celic niso opazili v drugih tkivih; v srčnem in pljučnem tkivu. <br /> <br /> =In v prihodnosti ...=<br /> Oblik mišične distrofij je veliko, vendar jih druži skupna lastnost; izguba oziroma nedelovanje distrofina. V primeru, da tega z gensko terapijo ne gre nadomestiti, lahko uporabimo utrofin, kot v primeru Filareto et. al (2013), saj deluje dovolj podobno, da fenotip omili do te mere, da življenje z njim ni več oteženo. Pluripotentne celice na tem področju omogočajo novo obliko terapije, ki ni samo celična, temveč tudi genska, saj jih je lažje manipulirati kot zdrave že diferencirane celice donorske celice. Zagotovo se odpirajo nove možnosti za zdravljenje ne samo mišične distrofije temveč tudi ostalih nevrodegenerativnih bolezni.<br /> <br /> =Viri=<br /> 1. Fairclough et al. Progress in therapy for Duchenne Muscular Dystrophy. Experimental Physiology, 2011, letn. 96.11, str. 1101-1113.<br /> 2. Nakamura et al. Mammalian model od Duchenne Muscular Dystrophy: Pathological Charateristics and Therapeutic Applications.Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2010, volume 2011.<br /> 3. Koenig et al. The Molecular Basis for Duchenne versus Becker Muscular Dystrophy: Correlation of Severity with type of Deletion. The American Journal of Human Genetics, 1989, letn. 45, str. 498-506.<br /> 4. Filareto et al. An ex vivo gene therapy approach to treat muscular dystrophy using inducible pluripotent stem cells. Nature Communications, 2013, version 4:1549.<br /> 5. http://www.muscular-dystrophy.org/ [27. 5. 2013]</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Reprogramiranje_celic&diff=8140 2013-05-27T21:44:22Z

<p>UrskaRauter: /* Skupine */</p> <hr /> <div>Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2012/13 povezani s temo Reprogramiranje celic. Pri tem ne bomo obravnavali (samo) izbrisa metilacijskih vzorcev na DNA, kar je reprogramiranje v osnovi pomenilo, pač pa se bomo ukvarjali s pripravo induciranih pluripotentnih celic. Pogosto postopek imenujejo dediferenciacija. Pri tem odraslo, diferencirano somatsko celico z biokemijskimi in molekularnobiološkimi pristopi spremenimo na tak način, da postane zelo podobna izvornim celicam. Pridobi torej sposobnost, da se ponovno diferencira v veliko različnih tipov odraslih celic. Za osnovne raziskave na tem področju so podelili Nobelovo nagrado za fiziologijo oz. medicino za leto 2012 japonskemu raziskovalcu Šinju Jamanaku, ki je prve take celice pripravil leta 2006. Gre torej za precej novo področje v celični molekularni biologiji.<br /> <br /> V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli ob koncu semestra. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.<br /> <br /> <br /> <br /> Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.<br /> <br /> Tema je v osnovi precej celičnobiološko naravnana. Vseeno pa izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere so ključne biološke molekule, ki so potrebne, da procesi tečejo v smeri dediferenciacije, s katerimi drugimi molekulami interagirajo, katere molekularnobiološke tehnike so uporabili raziskovalci, kako delujejo transkripcijski faktorji ipd. V seznamu tem so (razen pri prvih dveh) navedeni članki, ki naj vam služijo kot izhodišče za pripravo. Članki so pisani zelo strokovno, zato si boste morali pomagati še z drugimi viri, ki jih poiščite sami.<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 27.5. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 29.5., 5 - 8 31.5., 9 - 12 5.6. in 13 - 15 7.6.2013. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion'). <br /> <br /> # Biokemijske značilnosti izvornih celic - pregled<br /> # Epigenetsko reprogramiranje - pregled<br /> # Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami (Science 2005) - http://www.sciencemag.org/content/309/5739/1369<br /> # Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov (Cell 2006) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867406009767<br /> # Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice (Nature 2007) - http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05934.html in http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05944.html /tema za 3 študente/<br /> # Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Science 2007) - http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1920<br /> # Prve človeške inducirane pluripotentne celice (Cell in Science 2007) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867407014717 in http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1917 /tema za 3 študente/<br /> # Brezvirusni način priprave iPSC (Science 2008) - http://www.sciencemag.org/content/322/5903/945 in http://www.sciencemag.org/content/322/5903/949 /tema za 3 študente/<br /> # Reprogramiranje z dvema faktorjema (Nature 2008) - http://www.nature.com/nature/journal/v454/n7204/full/nature07061.html<br /> # Reprogramiranje s transpozicijo (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v458/n7239/full/nature07863.html<br /> # Kloniranje miši iz iPSC (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08267.html in http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08310.html /za 3 študente/<br /> # Tumorigenost iPSC (Stem Cells 2009) - http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/stem.37/full<br /> # Reprogramiranje z miRNA (Cell Stem Cell 2011) - http://download.cell.com/cell-stem-cell/pdf/PIIS1934590911002219.pdf<br /> # Alternativni pristopi za pripravo iPSC (Nature Rev. Gen. 2011) - https://www.salk.edu/labs/belmonte/pubs/2011/2011-216-nrg.gonzalez.pdf /za 1-2 študenta/<br /> # Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC (Curr. Opinion Gen. Develop. 2012) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959437X12001037 /za 1-2 študenta/<br /> <br /> <br /> == Skupine ==<br /> <br /> <br /> Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme): <br /> <br /> <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biokemijske_zna%C4%8Dilnosti_izvornih_celic Biokemijske značilnosti izvornih celic](Urška Rode)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Epigenetsko_reprogramiranje_celic Epigenetsko reprogramiranje] (Karmen Belšak, Maša Mohar)<br /> # Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami (Erik Janežič, Tomaž Rozmarič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inducirane_pluripotentne_celice_iz_mišjih_fibroblastov Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov ](Ana Kunšek, Nastja Pirman)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Izboljšane_mišje_inducirane_pluripotentne_celice Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice] /za 3 študente/ (Julija Mazej, Bojana Lazović, Maja Kostanjevec) <br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_iPSC_za_zdravljenje_anemije_srpastih_celic_pri_miših Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših] (Špela Tomaž, Zala Gluhić, Ajda Rojc)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prve_človeške_inducirane_pluripotentne_celice Prve človeške inducirane pluripotentne celice](Dejan Marjanovič, Suzana Semič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Brezvirusni_na%C4%8Din_priprave_iPSC Brezvirusni način priprave iPSC](Griša Prinčič, Erik Mršnik, Jakob Gašper Lavrenčič)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_dvema_faktorjema Reprogramiranje z dvema faktorjema](Samo Zakotnik, Ana Grom, Mirjana Malnar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_s_transpozicijo Reprogramiranje s transpozicijo] (Barbara Dušak, Sara Lorbek) <br /> # Kloniranje miši iz iPSC /za 3 študente/ (Ellen Malovrh, Ana Potočnik, Rok Razpotnik)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Tumorigenost_iPSC Tumorigenost iPSC](Urška Navodnik, Ana Remžgar)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Reprogramiranje_z_miRNA Reprogramiranje z miRNA] (Monika Biasizzo, Katja Leben, Estera Merljak)<br /> # Alternativni pristopi za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Pregled_in_prihodnost_postopkov_za_pripravo_iPSC Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC] / (Aleksander Benčič, Jernej Pušnik)<br /> # [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kombiniranje_tehnologije_induciranih_pluripotentnih_mati%C4%8Dnih_celic_in_genskih_modifikacij_pri_zdravljenju_mi%C5%A1i%C4%8Dne_distrofije] (Urška Rauter)<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]] <br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[RNA-interferenca]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Reprogramiranje_celic&diff=8139 2013-05-27T21:43:43Z

<p>UrskaRauter: Removing all content from page</p> <hr /> <div></div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Kombiniranje_tehnologije_induciranih_pluripotentnih_mati%C4%8Dnih_celic_in_genskih_modifikacij_pri_zdravljenju_mi%C5%A1i%C4%8Dne_distrofije&diff=8138 2013-05-27T21:42:48Z

<p>UrskaRauter: New page: =Mišična distrofija= Prvi opisi bolezni segajo v leto 1836, ko sta pojemanje mišične moči opisala Conte in Gioja, vendar sta simptome pripisala tuberkulozi. Gensko pogojenost pa je le...</p> <hr /> <div>=Mišična distrofija=<br /> Prvi opisi bolezni segajo v leto 1836, ko sta pojemanje mišične moči opisala Conte in Gioja, vendar sta simptome pripisala tuberkulozi. Gensko pogojenost pa je leta 1852 predvidel Meryon, ki je predpostavil, da se bolezen gensko prenaša preko mame in prizadene predvsem moške potomce. <br /> Duchennova mišična distrofija je poimenovana po Guillaume Duchennu, francoskem nevrologu, ki je podrobno opisal tovrstno mišično bolezen. <br /> Duchennova mišična distrofija prizadene kortikospinalni sistem, natančneje sprednje rogove aferentnih nevronov. Posledica je denevracija mišič oziroma oslabljen sistem motoričnih ploščič. Za bolezen je značilna progresivnost, s predela dlani preko udov in kasneje celotnega telesa. V povprečju so za bolezen dovzetnejši moški, od katerih jih je 5-10% bolezen delovalo avtosomno dominantno. Zdravljenje je simptomatično; kombinacija fizioterapije in antiholinergikov.<br /> <br /> ==Molekularne osnove Duchennove mišične distrofije (DMD)==<br /> Razlog, da bolezen v večini prizadene moške je v tem, da je vezana na X kromosom. Incidenca bolezni je ocenjena na 1/3.500 moških (Engel in Banker 1986). Prizadet gen za protein distrofin ima v povprečju 65 eksonov in okoli 2000 kb (Koenig et al. 1987; van Ommen et al. 1987; Burmeister et al. 1988). <br /> Pravilno zvit protein je velik 427 kDa in ima štiri domene; N-terminalna domeno, paličasto domeno, s cisteinom bogato domeno in C-terminalno domeno (Koenig et al. 1988). Najdemo ga v sarkolemi skeletnih mišic ter na stikih med mišičnimi vlakni in tetivami. Njegova glavna naloge je stabilizacija sarkoleme preko vezave aktina. Prav tako pa so heliksi paličaste domene fleksibilni in elastični kar še dodatno ščiti miofibrile pred mehanskim stresom. Poleg omenjenih funkcij, sodeluje še pri vzpostavitvi stika med sarkolemo in citoskeletom (Rybakova et. al 2000). Glede na posledice ob njegovi odsotnosti, predvidevajo, da ima vlogo tudi v medcelični signalizaciji. Pravilno lahko deluje le v kompleksu s t.i. »Z distrofinom povezanim proteinskim kompleksom« (Davies &amp; Nowak 2006). <br /> Najpogostejši defekt gena je intragenska delecija (Forrest et al. 1987; Koenig et al. 1987), kar privede do vezave eksonov, ki onemogočajo translacijo na bralnem okvirju. Takšno hipotezo podpira Westrn blot analiza distrofina, ki je nezaznaven pri pacientih z DMD. Podana je bila tudi hipoteza, da do delecije pride že v prvih desetih eksonih (Malhotra et al. 1988). Koenig et al. (1989) so analizirali delecije na večini gena in določili njihove posledice na mRNA ter bralni okvir. Posledice delecije na bralnem okvirju so analizirali preko intron-ekson meje, med tistima dvema eksonoma, ki sta bila ob boku delecije. Določene so bile tri meje glede na njihov položaj v kodirajočem tripletu. Dve od mej sta vodili do delecije, medtem ko je ena ohranila bralni okvir. Ugotovili so, da lahko 92% delecij pojasnijo kot delecije na bralnem okvirju, le 5 delecij pa se je zgodilo že pred vzpostavitvijo bralnega okvira. Takšna oblika delecije je namreč bolj značilna za druge oblike mišične distrofije. Pri DMD tako v povprečju pričakujemo alteracije na regiji bogati s cisteinom ter na C terminalni domeni, ki vodijo v hujše oblike mišične distrofije.<br /> <br /> =Napredki na področju zdravljenja DMD=<br /> Strategije za zdravljenje DMD lahko razdelimo v štiri kategorije: celična terapija, terapija z zamenjavo genov, supresija nezrelih terminacijskih kodonov in &quot;Preskakovanje eksonov&quot; oziroma v angleščini ''exon skipping'' <br /> <br /> V seminarski nalogi se bom usmerila na celično terapijo, vse ostale oblike terapij pa so podrobno opisane '''v viru'''<br /> <br /> Na področju celične terapije je seveda poudarek na uporabi matičnih celic ali pluripotentnih mišičnih celic. Do sedaj je največ uspeha prinesla transplantacija mioblastov v prizadeto (distrofično) tkivo. Mioblasti so se sposobni diferencirati miofibrile, ki so nujne za pravilno delovanje skeletne mišice. Rezultate te transplantacije označujemo za fenomen imenovan »gensko dopolnjevanje«, kar pomeni ekspresijo eksogenih in gostiteljskih genov v mišičnem sinciciju (Watt et al. 1982). Raziskave so nadaljevali na gensko modificiranih mdx miših in zavoljo odličnih rezultatov poizkusili še na ljudeh, vendar je bil izkoristek, žal, prenizek (Mendell et al. 1995). Raziskave na področju transplantacije mioblastov so bile zelo plodne tudi na višjih sesalcih in trenutni trend je raziskovanje optimalnega imunosupresanta, izboljšanje migracije mioblastov ter izračuna optimalnega števila transplantiranih celic. Največja ovira celične terapije je insercija celic, saj se (trenutno) injicirajo le intramuskularno (Partridge, 1991) in ne intravenozno kakor bi bilo zaželeno. Intamuskularno injiciranje otežuje terapijo ne le zaradi nedosegljivosti določenih mišic (npr. difragma), temveč tudi zaradi omejitve diferenciacije mioblastov na posamezna področja v mišici. Do leta 2011 sta bili prijavljeni dve klinični raziskavi na tem področju (Torrente et al. in Guilio Cossu).<br /> <br /> ==Kombinacija genetike in pluripotentnih (iPS) celic==<br /> <br /> Leta 2012 so na Univerzi Minessota raziskovalci (Filareto et. al) naredili velik premik na področju zdravljenja Duchennove mišične distrofije. Z uporabo transpozona Sleeping Beauty so popravili fenotip induciranih pluripotentnih distrofičnih celic, jih diferencirali v skeletno-mišične predniške celice in jih transplantirali nazaj v distrofične miši. Presajene celice so imele biokemijsko obnovljen utrofin-distrofin in izboljšano kontraktilno moč. Celice so se pravilno odzivale na poškodbe in opaziti je bilo razvoj nevro-muskularnih sinaps. Raziskovalci so ubrali avtologen pristop k zdravljenju; ex vivo gensko korekcijo pluripotentnih distrofičnih celic pred transplantacijo. Kar je naprednega pri raziskavi je način manipulacije iPS celic preko indukcije Pax7 ali Pax3 v le-teh. Tovrstno metodo so tudi sami razvili. iPS celice so pripravili z retrovirusno transdukcijo TTF celic. Njihovo pluripotentnost so preverili z imunofluorescenčnim barvanjem ter zmožnostjo celic tvoriti embrionalni mezoderm in vivo. Izbrane celice so imele tipičen kariotip in so bile zmožne tvorbe teratom.<br /> <br /> ===Popravljenje distrofičnih iPS celic===<br /> Za razliko od večine raziskav Duchennove mišične distrofije so raziskovalci uporabili utrofin-distrofin dKO miši in ne mdx miši, saj fenotip bolezni toliko hujši; hitrejše napredovanje bolezni, abnormalno dihanje, kardiomiopatija in prezgodnja smrt. Takšen fenotip je primerljiv s človeškim. <br /> Za obnovitev »Z distrofinom povezanega proteinskega kompleksa« so re-ekspresirali µUTRN transgen za katerega je znano, da izboljšuje distrofičen fenotip (nadomešča kompleks utrofin-distrofin) in kot takšen ne izzove imunskega odgovora. Gen so v iPS celice prenesli s Sleeping Beauty sistemom transpozonov, saj omogočajo stabilno ekspresijo v človeških in mišjih celicah. Popravljene iPS celice z µUTRN transgenom so ohranile normalen kariotip.<br /> <br /> ===Diferenciacija iPS celic v miogene predniške celice===<br /> Da so zagotovili čim boljšo diferenciacijo so v popravljeni celice in tudi v kontrolnih celicah nadzorovano inducirali ekspresijo Pax3, ki izboljšuje rast miogenih predniških celic. Tiste celice, ki so zadostovale določenim parametrom so izpostavili še osnovnemu rastnemu faktorju za fibroblaste ter doksiciklinu. Po dodatku slednjih so se predniške celice začele proliferirati in po in vitro inducirani diferenciacijii so celice vstopile v zadnjo fazo zorenja iz katerih so se razvile več jedrne celice s stabilno ekspresijo µUTRN, kar potrjujejo izvedena imunofluorescenčna mikroskopija, PCR in western blot analiza.<br /> <br /> ===Regenerativne lastnosti miogenih predniških celic===<br /> Pridobljene celice so seveda morali preizkusiti in vivo, zato so jih vsadili v tri tedne stare dKO miši, v mišico okoli piščali (Tibialis anterior). Po naslednjih treh tednih so izrezali mišico in jo pripravili na analizo, ki je pokazala prisotnost utrofina. In ne samo to, utrofin je bil zmožen obnovitve sistema proteinov, ki so načeloma povezani le z distrofinom. Prav tako ni bilo zaznati prisotnosti tumorjev, saj so predhodno izločili celice, ki so kazale znake za razvoj le-teh. <br /> Regenerativne lastnosti so preverili tudi preko fizioterapevtskih testov, ki so dali naslednje rezultate:<br /> Povečana izometrična tetanična sila mišice, povečana absolutna in specifična sila mišica v primerjavi z distrofično mišico, Ni bilo vidnega izboljšanja na področju utrujenosti mišice; še vedno se utrudi enako hitro ali pa le zanemarljivo malo počasneje kot distrofična mišica.<br /> Še vedno pa niso rešili problema intravenoznega injiciranja, ki je dal mešane rezultate. Kljub temu, miogenih celic niso opazili v drugih tkivih; v srčnem in pljučnem tkivu. <br /> <br /> =In v prihodnosti ...=<br /> Oblik mišične distrofij je veliko, vendar jih druži skupna lastnost; izguba oziroma nedelovanje distrofina. V primeru, da tega z gensko terapijo ne gre nadomestiti, lahko uporabimo utrofin, kot v primeru Filareto et. al (2013), saj deluje dovolj podobno, da fenotip omili do te mere, da življenje z njim ni več oteženo. Pluripotentne celice na tem področju omogočajo novo obliko terapije, ki ni samo celična, temveč tudi genska, saj jih je lažje manipulirati kot zdrave že diferencirane celice donorske celice. Zagotovo se odpirajo nove možnosti za zdravljenje ne samo mišične distrofije temveč tudi ostalih nevrodegenerativnih bolezni.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Reprogramiranje_celic&diff=8130 2013-05-27T21:34:58Z

<p>UrskaRauter: </p> <hr /> <div>= Kombiniranje tehnologije induciranih pluripotentnih matičnih celic in genskih modifikacij pri zdravljenju mišične distrofije =<br /> <br /> <br /> <br /> ==Mišična distrofija==<br /> Prvi opisi bolezni segajo v leto 1836, ko sta pojemanje mišične moči opisala Conte in Gioja, vendar sta simptome pripisala tuberkulozi. Gensko pogojenost pa je leta 1852 predvidel Meryon, ki je predpostavil, da se bolezen gensko prenaša preko mame in prizadene predvsem moške potomce. <br /> Duchennova mišična distrofija je poimenovana po Guillaume Duchennu, francoskem nevrologu, ki je podrobno opisal tovrstno mišično bolezen. <br /> Duchennova mišična distrofija prizadene kortikospinalni sistem, natančneje sprednje rogove aferentnih nevronov. Posledica je denevracija mišič oziroma oslabljen sistem motoričnih ploščič. Za bolezen je značilna progresivnost, s predela dlani preko udov in kasneje celotnega telesa. V povprečju so za bolezen dovzetnejši moški, od katerih jih je 5-10% bolezen delovalo avtosomno dominantno. Zdravljenje je simptomatično; kombinacija fizioterapije in antiholinergikov.<br /> <br /> ===Molekularne osnove Duchennove mišične distrofije (DMD)===<br /> Razlog, da bolezen v večini prizadene moške je v tem, da je vezana na X kromosom. Incidenca bolezni je ocenjena na 1/3.500 moških (Engel in Banker 1986). Prizadet gen za protein distrofin ima v povprečju 65 eksonov in okoli 2000 kb (Koenig et al. 1987; van Ommen et al. 1987; Burmeister et al. 1988). <br /> Pravilno zvit protein je velik 427 kDa in ima štiri domene; N-terminalna domeno, paličasto domeno, s cisteinom bogato domeno in C-terminalno domeno (Koenig et al. 1988). Najdemo ga v sarkolemi skeletnih mišic ter na stikih med mišičnimi vlakni in tetivami. Njegova glavna naloge je stabilizacija sarkoleme preko vezave aktina. Prav tako pa so heliksi paličaste domene fleksibilni in elastični kar še dodatno ščiti miofibrile pred mehanskim stresom. Poleg omenjenih funkcij, sodeluje še pri vzpostavitvi stika med sarkolemo in citoskeletom (Rybakova et. al 2000). Glede na posledice ob njegovi odsotnosti, predvidevajo, da ima vlogo tudi v medcelični signalizaciji. Pravilno lahko deluje le v kompleksu s t.i. »Z distrofinom povezanim proteinskim kompleksom« (Davies &amp; Nowak 2006). <br /> Najpogostejši defekt gena je intragenska delecija (Forrest et al. 1987; Koenig et al. 1987), kar privede do vezave eksonov, ki onemogočajo translacijo na bralnem okvirju. Takšno hipotezo podpira Westrn blot analiza distrofina, ki je nezaznaven pri pacientih z DMD. Podana je bila tudi hipoteza, da do delecije pride že v prvih desetih eksonih (Malhotra et al. 1988). Koenig et al. (1989) so analizirali delecije na večini gena in določili njihove posledice na mRNA ter bralni okvir. Posledice delecije na bralnem okvirju so analizirali preko intron-ekson meje, med tistima dvema eksonoma, ki sta bila ob boku delecije. Določene so bile tri meje glede na njihov položaj v kodirajočem tripletu. Dve od mej sta vodili do delecije, medtem ko je ena ohranila bralni okvir. Ugotovili so, da lahko 92% delecij pojasnijo kot delecije na bralnem okvirju, le 5 delecij pa se je zgodilo že pred vzpostavitvijo bralnega okvira. Takšna oblika delecije je namreč bolj značilna za druge oblike mišične distrofije. Pri DMD tako v povprečju pričakujemo alteracije na regiji bogati s cisteinom ter na C terminalni domeni, ki vodijo v hujše oblike mišične distrofije.<br /> <br /> ==Napredki na področju zdravljenja DMD==<br /> Strategije za zdravljenje DMD lahko razdelimo v štiri kategorije: celična terapija, terapija z zamenjavo genov, supresija nezrelih terminacijskih kodonov in &quot;Preskakovanje eksonov&quot; oziroma v angleščini ''exon skipping'' <br /> <br /> V seminarski nalogi se bom usmerila na celično terapijo, vse ostale oblike terapij pa so podrobno opisane '''v viru'''<br /> <br /> Na področju celične terapije je seveda poudarek na uporabi matičnih celic ali pluripotentnih mišičnih celic. Do sedaj je največ uspeha prinesla transplantacija mioblastov v prizadeto (distrofično) tkivo. Mioblasti so se sposobni diferencirati miofibrile, ki so nujne za pravilno delovanje skeletne mišice. Rezultate te transplantacije označujemo za fenomen imenovan »gensko dopolnjevanje«, kar pomeni ekspresijo eksogenih in gostiteljskih genov v mišičnem sinciciju (Watt et al. 1982). Raziskave so nadaljevali na gensko modificiranih mdx miših in zavoljo odličnih rezultatov poizkusili še na ljudeh, vendar je bil izkoristek, žal, prenizek (Mendell et al. 1995). Raziskave na področju transplantacije mioblastov so bile zelo plodne tudi na višjih sesalcih in trenutni trend je raziskovanje optimalnega imunosupresanta, izboljšanje migracije mioblastov ter izračuna optimalnega števila transplantiranih celic. Največja ovira celične terapije je insercija celic, saj se (trenutno) injicirajo le intramuskularno (Partridge, 1991) in ne intravenozno kakor bi bilo zaželeno. Intamuskularno injiciranje otežuje terapijo ne le zaradi nedosegljivosti določenih mišic (npr. difragma), temveč tudi zaradi omejitve diferenciacije mioblastov na posamezna področja v mišici. Do leta 2011 sta bili prijavljeni dve klinični raziskavi na tem področju (Torrente et al. in Guilio Cossu).<br /> <br /> ===Kombinacija genetike in pluripotentnih (iPS) celic===<br /> <br /> Leta 2012 so na Univerzi Minessota raziskovalci (Filareto et. al) naredili velik premik na področju zdravljenja Duchennove mišične distrofije. Z uporabo transpozona Sleeping Beauty so popravili fenotip induciranih pluripotentnih distrofičnih celic, jih diferencirali v skeletno-mišične predniške celice in jih transplantirali nazaj v distrofične miši. Presajene celice so imele biokemijsko obnovljen utrofin-distrofin in izboljšano kontraktilno moč. Celice so se pravilno odzivale na poškodbe in opaziti je bilo razvoj nevro-muskularnih sinaps. Raziskovalci so ubrali avtologen pristop k zdravljenju; ex vivo gensko korekcijo pluripotentnih distrofičnih celic pred transplantacijo. Kar je naprednega pri raziskavi je način manipulacije iPS celic preko indukcije Pax7 ali Pax3 v le-teh. Tovrstno metodo so tudi sami razvili. iPS celice so pripravili z retrovirusno transdukcijo TTF celic. Njihovo pluripotentnost so preverili z imunofluorescenčnim barvanjem ter zmožnostjo celic tvoriti embrionalni mezoderm in vivo. Izbrane celice so imele tipičen kariotip in so bile zmožne tvorbe teratom.<br /> <br /> ====Popravljenje distrofičnih iPS celic====<br /> Za razliko od večine raziskav Duchennove mišične distrofije so raziskovalci uporabili utrofin-distrofin dKO miši in ne mdx miši, saj fenotip bolezni toliko hujši; hitrejše napredovanje bolezni, abnormalno dihanje, kardiomiopatija in prezgodnja smrt. Takšen fenotip je primerljiv s človeškim. <br /> Za obnovitev »Z distrofinom povezanega proteinskega kompleksa« so re-ekspresirali µUTRN transgen za katerega je znano, da izboljšuje distrofičen fenotip (nadomešča kompleks utrofin-distrofin) in kot takšen ne izzove imunskega odgovora. Gen so v iPS celice prenesli s Sleeping Beauty sistemom transpozonov, saj omogočajo stabilno ekspresijo v človeških in mišjih celicah. Popravljene iPS celice z µUTRN transgenom so ohranile normalen kariotip.<br /> <br /> ====Diferenciacija iPS celic v miogene predniške celice====<br /> Da so zagotovili čim boljšo diferenciacijo so v popravljeni celice in tudi v kontrolnih celicah nadzorovano inducirali ekspresijo Pax3, ki izboljšuje rast miogenih predniških celic. Tiste celice, ki so zadostovale določenim parametrom so izpostavili še osnovnemu rastnemu faktorju za fibroblaste ter doksiciklinu. Po dodatku slednjih so se predniške celice začele proliferirati in po in vitro inducirani diferenciacijii so celice vstopile v zadnjo fazo zorenja iz katerih so se razvile več jedrne celice s stabilno ekspresijo µUTRN, kar potrjujejo izvedena imunofluorescenčna mikroskopija, PCR in western blot analiza.<br /> <br /> ====Regenerativne lastnosti miogenih predniških celic====<br /> Pridobljene celice so seveda morali preizkusiti in vivo, zato so jih vsadili v tri tedne stare dKO miši, v mišico okoli piščali (Tibialis anterior). Po naslednjih treh tednih so izrezali mišico in jo pripravili na analizo, ki je pokazala prisotnost utrofina. In ne samo to, utrofin je bil zmožen obnovitve sistema proteinov, ki so načeloma povezani le z distrofinom. Prav tako ni bilo zaznati prisotnosti tumorjev, saj so predhodno izločili celice, ki so kazale znake za razvoj le-teh. <br /> Regenerativne lastnosti so preverili tudi preko fizioterapevtskih testov, ki so dali naslednje rezultate:<br /> Povečana izometrična tetanična sila mišice, povečana absolutna in specifična sila mišica v primerjavi z distrofično mišico, Ni bilo vidnega izboljšanja na področju utrujenosti mišice; še vedno se utrudi enako hitro ali pa le zanemarljivo malo počasneje kot distrofična mišica.<br /> Še vedno pa niso rešili problema intravenoznega injiciranja, ki je dal mešane rezultate. Kljub temu, miogenih celic niso opazili v drugih tkivih; v srčnem in pljučnem tkivu. <br /> <br /> ==In v prihodnosti ...==<br /> Oblik mišične distrofij je veliko, vendar jih druži skupna lastnost; izguba oziroma nedelovanje distrofina. V primeru, da tega z gensko terapijo ne gre nadomestiti, lahko uporabimo utrofin, kot v primeru Filareto et. al (2013), saj deluje dovolj podobno, da fenotip omili do te mere, da življenje z njim ni več oteženo. Pluripotentne celice na tem področju omogočajo novo obliko terapije, ki ni samo celična, temveč tudi genska, saj jih je lažje manipulirati kot zdrave že diferencirane celice donorske celice. Zagotovo se odpirajo nove možnosti za zdravljenje ne samo mišične distrofije temveč tudi ostalih nevrodegenerativnih bolezni.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Reprogramiranje_celic&diff=7978 2013-04-16T18:29:02Z

<p>UrskaRauter: /* Skupine */</p> <hr /> <div>Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2012/13 povezani s temo Reprogramiranje celic. Pri tem ne bomo obravnavali (samo) izbrisa metilacijskih vzorcev na DNA, kar je reprogramiranje v osnovi pomenilo, pač pa se bomo ukvarjali s pripravo induciranih pluripotentnih celic. Pogosto postopek imenujejo dediferenciacija. Pri tem odraslo, diferencirano somatsko celico z biokemijskimi in molekularnobiološkimi pristopi spremenimo na tak način, da postane zelo podobna izvornim celicam. Pridobi torej sposobnost, da se ponovno diferencira v veliko različnih tipov odraslih celic. Za osnovne raziskave na tem področju so podelili Nobelovo nagrado za fiziologijo oz. medicino za leto 2012 japonskemu raziskovalcu Šinju Jamanaku, ki je prve take celice pripravil leta 2006. Gre torej za precej novo področje v celični molekularni biologiji.<br /> <br /> V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli ob koncu semestra. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.<br /> <br /> <br /> <br /> Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.<br /> <br /> Tema je v osnovi precej celičnobiološko naravnana. Vseeno pa izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere so ključne biološke molekule, ki so potrebne, da procesi tečejo v smeri dediferenciacije, s katerimi drugimi molekulami interagirajo, katere molekularnobiološke tehnike so uporabili raziskovalci, kako delujejo transkripcijski faktorji ipd. V seznamu tem so (razen pri prvih dveh) navedeni članki, ki naj vam služijo kot izhodišče za pripravo. Članki so pisani zelo strokovno, zato si boste morali pomagati še z drugimi viri, ki jih poiščite sami.<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 27.5. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 29.5., 5 - 8 31.5., 9 - 12 5.6. in 13 - 15 7.6.2013. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion'). <br /> <br /> # Biokemijske značilnosti izvornih celic - pregled<br /> # Epigenetsko reprogramiranje - pregled<br /> # Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami (Science 2005) - http://www.sciencemag.org/content/309/5739/1369<br /> # Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov (Cell 2006) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867406009767<br /> # Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice (Nature 2007) - http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05934.html in http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05944.html /tema za 3 študente/<br /> # Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Science 2007) - http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1920<br /> # Prve človeške inducirane pluripotentne celice (Cell in Science 2007) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867407014717 in http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1917 /tema za 3 študente/<br /> # Brezvirusni način priprave iPSC (Science 2008) - http://www.sciencemag.org/content/322/5903/945 in http://www.sciencemag.org/content/322/5903/949 /tema za 3 študente/<br /> # Reprogramiranje z dvema faktorjema (Nature 2008) - http://www.nature.com/nature/journal/v454/n7204/full/nature07061.html<br /> # Reprogramiranje s transpozicijo (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v458/n7239/full/nature07863.html<br /> # Kloniranje miši iz iPSC (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08267.html in http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08310.html /za 3 študente/<br /> # Tumorigenost iPSC (Stem Cells 2009) - http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/stem.37/full<br /> # Reprogramiranje z miRNA (Cell Stem Cell 2011) - http://download.cell.com/cell-stem-cell/pdf/PIIS1934590911002219.pdf<br /> # Alternativni pristopi za pripravo iPSC (Nature Rev. Gen. 2011) - https://www.salk.edu/labs/belmonte/pubs/2011/2011-216-nrg.gonzalez.pdf /za 1-2 študenta/<br /> # Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC (Curr. Opinion Gen. Develop. 2012) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959437X12001037 /za 1-2 študenta/<br /> <br /> <br /> == Skupine ==<br /> <br /> <br /> Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme): <br /> <br /> <br /> # Biokemijske značilnosti izvornih celic (Urška Rode)<br /> # Epigenetsko reprogramiranje (Karmen Belšak, Maša Mohar)<br /> # Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami (Erik Janežič, Tomaž Rozmarič)<br /> # Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov (Ana Kunšek, Nastja Pirman)<br /> # Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice /za 3 študente/ (Julija Mazej, Bojana Lazović, Maja Kostanjevec)<br /> # Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Špela Tomaž, Zala Gluhić, Ajda Rojc)<br /> # Prve človeške inducirane pluripotentne celice (Dejan Marjanovič, Suzana Semič)<br /> # Brezvirusni način priprave iPSC /za 3 študente/(Griša Prinčič, Erik Mršnik, Jakob Gašper Lavrenčič)<br /> # Reprogramiranje z dvema faktorjema (Samo Zakotnik, Ana Grom, Mirjana Malnar)<br /> # Reprogramiranje s transpozicijo (Barbara Dušak, Sara Lorbek) <br /> # Kloniranje miši iz iPSC /za 3 študente/ (Ellen Malovrh, Ana Potočnik, Rok Razpotnik)<br /> # Tumorigenost iPSC (Urška Navodnik, Ana Remžgar)<br /> # Reprogramiranje z miRNA (Monika Biasizzo, Katja Leben, Estera Merljak)<br /> # Alternativni pristopi za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/<br /> # Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/ (Aleksander Benčič, Jernej Pušnik)<br /> # Kombiniranje tehnologije induciranih pluripotentnih matičnih celic in genskih modifikacij pri zdravljenju mišične distrofije (Urška Rauter)<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]] <br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[RNA-interferenca]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Reprogramiranje_celic&diff=7931 2013-03-20T13:16:22Z

<p>UrskaRauter: /* Skupine */</p> <hr /> <div>Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2012/13 povezani s temo Reprogramiranje celic. Pri tem ne bomo obravnavali (samo) izbrisa metilacijskih vzorcev na DNA, kar je reprogramiranje v osnovi pomenilo, pač pa se bomo ukvarjali s pripravo induciranih pluripotentnih celic. Pogosto postopek imenujejo dediferenciacija. Pri tem odraslo, diferencirano somatsko celico z biokemijskimi in molekularnobiološkimi pristopi spremenimo na tak način, da postane zelo podobna izvornim celicam. Pridobi torej sposobnost, da se ponovno diferencira v veliko različnih tipov odraslih celic. Za osnovne raziskave na tem področju so podelili Nobelovo nagrado za fiziologijo oz. medicino za leto 2012 japonskemu raziskovalcu Šinju Jamanaku, ki je prve take celice pripravil leta 2006. Gre torej za precej novo področje v celični molekularni biologiji.<br /> <br /> V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli ob koncu semestra. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.<br /> <br /> <br /> <br /> Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min.<br /> <br /> Tema je v osnovi precej celičnobiološko naravnana. Vseeno pa izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere so ključne biološke molekule, ki so potrebne, da procesi tečejo v smeri dediferenciacije, s katerimi drugimi molekulami interagirajo, katere molekularnobiološke tehnike so uporabili raziskovalci, kako delujejo transkripcijski faktorji ipd. V seznamu tem so (razen pri prvih dveh) navedeni članki, ki naj vam služijo kot izhodišče za pripravo. Članki so pisani zelo strokovno, zato si boste morali pomagati še z drugimi viri, ki jih poiščite sami.<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 27.5. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 29.5., 5 - 8 31.5., 9 - 12 5.6. in 13 - 15 7.6.2013. Vsaka skupina ima torej za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion'). <br /> <br /> # Biokemijske značilnosti izvornih celic - pregled<br /> # Epigenetsko reprogramiranje - pregled<br /> # Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami (Science 2005) - http://www.sciencemag.org/content/309/5739/1369<br /> # Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov (Cell 2006) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867406009767<br /> # Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice (Nature 2007) - http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05934.html in http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7151/full/nature05944.html /tema za 3 študente/<br /> # Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Science 2007) - http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1920<br /> # Prve človeške inducirane pluripotentne celice (Cell in Science 2007) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867407014717 in http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1917 /tema za 3 študente/<br /> # Brezvirusni način priprave iPSC (Science 2008) - http://www.sciencemag.org/content/322/5903/945 in http://www.sciencemag.org/content/322/5903/949 /tema za 3 študente/<br /> # Reprogramiranje z dvema faktorjema (Nature 2008) - http://www.nature.com/nature/journal/v454/n7204/full/nature07061.html<br /> # Reprogramiranje s transpozicijo (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v458/n7239/full/nature07863.html<br /> # Kloniranje miši iz iPSC (Nature 2009) - http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08267.html in http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7260/full/nature08310.html /za 3 študente/<br /> # Tumorigenost iPSC (Stem Cells 2009) - http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/stem.37/full<br /> # Reprogramiranje z miRNA (Cell Stem Cell 2011) - http://download.cell.com/cell-stem-cell/pdf/PIIS1934590911002219.pdf<br /> # Alternativni pristopi za pripravo iPSC (Nature Rev. Gen. 2011) - https://www.salk.edu/labs/belmonte/pubs/2011/2011-216-nrg.gonzalez.pdf /za 1-2 študenta/<br /> # Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC (Curr. Opinion Gen. Develop. 2012) - http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959437X12001037 /za 1-2 študenta/<br /> <br /> <br /> == Skupine ==<br /> <br /> <br /> Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme): <br /> <br /> <br /> # Biokemijske značilnosti izvornih celic<br /> # Epigenetsko reprogramiranje<br /> # Reprogramiranje somatskih celic po fuziji z embrionalnimi izvornimi celicami <br /> # Inducirane pluripotentne celice iz mišjih fibroblastov (Cell 2006) <br /> # Izboljšane mišje inducirane pluripotentne celice /za 3 študente/<br /> # Uporaba iPSC za zdravljenje anemije srpastih celic pri miših (Špela, Zala, Ajda)<br /> # Prve človeške inducirane pluripotentne celice /za 3 študente/<br /> # Brezvirusni način priprave iPSC /za 3 študente/<br /> # Reprogramiranje z dvema faktorjema <br /> # Reprogramiranje s transpozicijo <br /> # Kloniranje miši iz iPSC /za 3 študente/ (Ellen Malovrh, Ana Potočnik, Rok Razpotnik)<br /> # Tumorigenost iPSC (Urška Navodnik, Ana Remžgar)<br /> # Reprogramiranje z miRNA (Monika Biasizzo, Katja Leben, Estera Merljak)<br /> # Alternativni pristopi za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/ (Urška Rauter)<br /> # Pregled in prihodnost postopkov za pripravo iPSC /za 1-2 študenta/<br /> <br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]] <br /> <br /> Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani [[RNA-interferenca]], kjer boste našli tudi dodatne informacije za bolj poglobljeno učenje Molekularne biologije na to temo.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6453 2011-10-24T21:15:43Z

<p>UrskaRauter: /* Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni! ==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Tipping the mind]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Maja Remškar||Mirjam Kmetič<br /> |-<br /> | Maša Mirković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 The twisted way of things]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Eva Knapič||Marko Radojković<br /> |-<br /> | Sara Draščič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 On the spur of a whim ]||17.10.11||19.10.11||21.10.11||Matevž Merljak||Monika Škrjanc<br /> |-<br /> | Katra Koman||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011 Protein of the 20th century]||18.10.11||23.10.11||26.10.11||Ines Kerin||Veronika Jarc<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ana_Dolinar:_Univerzalna_kri_.E2.80.93_prihodnost_transfuzijske_medicine.3F The juice of life]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Tjaša Goričan||Andreja Bratovš<br /> |-<br /> | Urška Rauter||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2011#Ur.C5.A1ka_Rauter:_A_Green_Glow:_zgradba_in_funkcija_encima_luciferaze A green glow]||21.10.11||25.10.11||28.10.11||Maša Mohar||Sandi Botonjić<br /> |-<br /> | Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||Karmen Hrovat||Tamara Marić<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Špela Pohleven||Maja Grdadolnik<br /> |-<br /> | Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Andreja Bratovš||Ines Kerin<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||Sabina Mavretič||Matevž Ambrožič<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Mint condition||26.10.11||02.11.11||09.11.11||Sandi Botonjić||Tina Gregorič<br /> |-<br /> | Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness||28.10.11||01.12.11||20.1.12||Veronika Jarc||Ana Dolinar<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||Life's tremors||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Ana Dolinar||Špela Pohleven<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Nature\'s junkie||28.10.11||04.11.11||11.11.11||Maša Mirković||Alenka Mikuž<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||A grey matter||02.11.11||09.11.11||16.11.11||Andrej Vrankar||Tjaša Flis<br /> |-<br /> | Rok Vene||A mind astray||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Tamara Marić||Maja Remškar<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||One beer please||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Ula Štok||Rok Vene<br /> |-<br /> | Matja Zalar||Do it yourself||04.11.11||11.11.11||18.11.11||Monika Škrjanc||Matevž Merljak<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||Of fidgets and food||09.11.11||16.11.11||23.11.11||Kaja Javoršek||Petra Malavašič<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||Protein wars||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Teja Banič||Urška Navodnik<br /> |-<br /> | Mitja Crček||When your day draws to an end||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Marko Radojković||Dominik Kert<br /> |-<br /> | Dominik Kert||Talking heads||11.11.11||18.11.11||25.11.11||Alja Zottel||Kaja Javoršek<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||Maja Grdadolnik||Mitja Crček<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Life\'s first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Mirjam Kmetič||Andrej Vrankar<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Sara Draščič||Urška Rode<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||Ana Remžgar||Ines Šterbal<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||Gut feelings||23.11.11||30.11.11||07.12.11||Janez Meden||Urška Rauter<br /> |-<br /> | Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Dominik Kert||Rok Štemberger<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||I'll have you for supper||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Jana Verbančič||Eva Knapič<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||Katra Koman||Karmen Belšak<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||The power behind pain||30.11.11||07.12.11||14.12.11||Matevž Ambrožič||Teja Banič<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||Darwin\'s dessert||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Taja Karner||Karmen Hrovat<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Petra Malavašič||Jana Verbančič<br /> |-<br /> | Ines Kerin||A queen\'s dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||Tjaša Flis||Iza Ogris<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||Ines Šterbal||Katra Koman<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Urška Rode||Janez Meden<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Tina Gregorič||Ana Potočnik<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||A balanced mind||09.12.11||16.12.11||23.12.11||Alenka Mikuž||Ana Remžgar<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||The thread of life||14.12.11||21.12.11||04.01.12||Iza Ogris||Taja Karner<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Jernej Mustar||Maša Mohar<br /> |-<br /> | Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Karmen Belšak||Jernej Mustar<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||The making of crooked||16.12.11||23.12.11||06.01.12||Mitja Crček||Maša Mirković<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič||A short story||21.12.11||04.01.12||11.01.12||Rok Vene||Sabina Mavretič<br /> |-<br /> | Karmen Belšak||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Urška Rauter||Sara Draščič<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Love,love, love...||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Ana Potočnik||Matja Zalar<br /> |-<br /> | Monika Škrjanc||The greenest of us all||23.12.11||06.01.12||13.01.12||Rok Štemberger||Tjaša Goričan<br /> |-<br /> | Ana Potočnik||Skin-deep||04.01.12||11.01.12||18.01.12||Matja Zalar||Ula Štok<br /> |-<br /> | Urška Rode||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||Urška Navodnik||Alja Zottel<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> <br /> V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:<br /> <br /> * sekvenca proteina in [http://www.uniprot.org/ UniProt] oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dG1Pa3p2NXE2Vm1zX3FpVTZCT2dHVnc6MA recenzentsko poročilo] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/spreadsheet/viewform?formkey=dFNXUDBCRVBaVExvOFVxakpJUHRnOEE6MA mnenje] najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev_2011&diff=6450 2011-10-22T13:26:13Z

<p>UrskaRauter: /* Maša Mohar: Moški ali ženska to je sedaj vprašanje?(SRY - faktor za določitev spola) */</p> <hr /> <div>== Sara Draščič: On the spur of a whim ==<br /> <br /> Serotonin ali 5-hidroksitriptamin (5-HT) spada v skupino heterogenih biokemičnih snovi, ki prenašajo informacije po živčnem sistemu in ki jim rečemo nevrotransmiterji. Ima pomembno vlogo pri veliko najrazličnejših reakcijah v telesu. Njegovo nepravilno delovanje vpliva na počutje, apetit, slabost, spanje, telesno temperaturo, staranje, bolečino, anksioznost, agresijo, spomin, migrene in na številne druge procese v organizmu. Večina serotonina se sintetizira v prebavnem traktu, preostali del pa v centralnem živčnem sistemu in trombocitih. Kljub temu, da se sintetizira le v določenih delih telesa, je prisoten povsod. Dokaz za njegovo prisotnost pa so serotoninski receptorji. Serotonin ima veliko receptorjev, ki so jih organizirali v sedem skupin glede na njihove fiziološke in strukturne razlike. Ravno zaradi tako velikega števila raznoraznih receptorjev, je serotonin pomemben pri tolikih različnih procesih, saj je njegovo delovanje, v veliki meri, odvisno od tega, na kateri receptor se bo vezal. Veliki pomen pri delovanju serotonina ima tudi njegov transporter. To je protein, katerega struktura še ni znana, vendar vemo kje in na katerem kromosomu se nahaja. Transporter je tudi glavna tarča raznih antidepresivov in drog kot so ecstasy, kokain in LSD.<br /> <br /> == Ula Štok: Neuregulin 1 ==<br /> <br /> Neuregulin-1 je član proteinov iz družine neuregulinov in je kodiran s strani gena NRG1. Obstaja veliko tipov Neuregulina-1, ki se razlikujejo po funkcionalnosti ter mestu v telesu na katerem delujejo. Najpogosteje delujejo v živčnem sistemu, kjer lahko z nepravilnim delovanjem med drugimi povzročajo tudi zelo razširjeno bolezen - shizofrenijo. Delujejo pa tudi na ostalih tkivih in organih (na primer: srce, pljuča, oprsje in želodec). Generalno obstajata dve poti signaliziranja Neuregulina-1, in sicer: Običajna ter neobičajna pot. Pri običajni poti je ErbB receptor aktiviran direktno, v enem koraku z vezavo Neuregulina-1. To najpogosteje povzroči dimerizacijo ali heterodimerizacijo ErbB receptorja. Dimerizacija ali heterodimerizacija sicer nista nujno potrebni, a vendar do njiju pride na skoraj vseh receptorjih ErbB. Ta združitev povzroči avto- in trans-fosforilacijo intracelularnih domen tega receptorja, kar aktivira vse nadaljnje poti signaliziranja. V končni fazi pa NRG1/ErbB signaliziranje vpliva direktno na transkripcijo. Pri neobičajni poti je postopek podoben, a vendar poteka začetna stopnja malo drugače. Na začetku namreč sodeluje JMa oblika receptorja ErbB4, ki se pod vplivom TACE cepi. Del receptorja (ErbB4-CTF) se odcepi v notranjost celice. Ta peptid je velik približno 80 kD in ima specifično izoblikovano vezavno mesto za Neuregulin-1. Nadaljnji procesi pa potekajo zelo podobno kot pri običajni signalni poti. Neuregulin-1 lahko povzroča shizofrenijo na različne načine, saj sodeluje pri zelo pomembnih procesih, kot so: tvorba sinaps, mielinizacija aksonov, razvoj oligodendrocit itd. Shizofrenija je zelo razširjena bolezen in nihče še ni odkril direktnega postopka k popolni odpravi te bolezni. A vendar, v letu 2009 se je zgodila neke vrste prelomnica v študiju shizofrenije. Odkrili so namreč, da posamezniki, ki so imeli gen za shizofrenijo niso zboleli. Še več! Napaka se jim je odrazila kot zvišanje kreativnih sposobnosti na znanstvenem ali umetniškem področju, odvisno od posameznika. Ob tem se je pojavilo mnogo vprašanj, saj bi na ta način mogoče lahko poiskali pot, da bi shizofrenija postala popolnoma ozdravljiva. A vendar, je to področje še raziskano, saj znanstveniki ne vedo po kakšnih poteh pride do tega, da te mutacije na NRG1 genu ne izrazijo v bolezenskem stanju.<br /> <br /> == Maša Mirković: Proteinski produkti genov za disleksijo in z disleksijo povezane motnje ==<br /> <br /> Disleksija je motnja, ki se kaže v nesposobnosti branja oziroma razumevanja prebranega, ter napakah in težavah pri izgovarjanju besed. Disleksiki,kot imenujemo posameznike, ki trpijo za disleksijo, imajo kljub normalnim intelektualnim sposobnostim, znanjem in izobrazbo, moteni veščini pisanja in branja s tendenco, da pomešajo med seboj črke ali besede med branjem ali pisanjem. V zadnjih letih, so uspeli ugotoviti mesta na kromosomih, povezana z dovzetnostjo za disleksijo. DYX1C1,KIAA0319,DCDC2 in ROBO1, so bili označeni kot kandidati, z dovzetnostjo za disleksijo. Najbolj obetaven je protein KIAA0319. Je transmembranski protein iz desetih transmembranskih vijačnic, najden v plazemski membrani nevronov. Njegov C-terminalni konec gleda v ekstracelularni matriks, manjši N-terminalni konec pa prehaja v citoplazmo nevrona. C-terminalni konec je visoko glikoziliran in nosi 5 PKD(polycystyc kidney desease) domene in eno MANEC(motif at the N terminus with eight cysteines) domeno. KIAA0319 igra vlogo pri rasti možganov in njihovi migraciji med razvojem možganov-iz tega je razvidno, da je disleksija problem v razvoju nevronov že v zgodnjih letih. Posamezniki z disleksijo nosijo izoobliko tega proteina, ki povzroči nižjo izraženost le tega. Spremembe so v 5'-regiji, ki kodira izoobliko proteina. Najopaznejše povezave z disleksijo se kažejo v 2,3 kb regiji, ki zavzema promotor, prvi nepreveden ekson in del prvega introna – odprti kromatin. Te ugotovitve vodijo, da je 5'-regija KIAA0319 gena tista lokacija alelov, ki največ prispeva k motnji branja.<br /> <br /> == Katra Koman: INZULIN ==<br /> <br /> Inzulin je peptidni hormon, ki sodeluje v uravnavanju ravni glukoze v krvi. Sintetizira in skladišči se v β-celicah Langerhansovih otočkov trebušne slinavke. Sinteza poteka od prekurzorske molekule preproinzulina preko proinzulina do dokončne zrele molekule inzulina, ki se shrani v skladiščnih veziklih. Ob povišanju ravni glukoze v krvi, na primer po obroku, glukoza, ki je tudi glavni stimulator sekrecije inzulina, iz krvi preide v β-celice skozi GLUT2 transporter. Tam se fosforilira v glukozo-6-fosfat, saj tako fosforilirana ne more več iz celice, lahko pa vstopi v proces glikolize, ki mu sledita še Krebsov cikel in oksidativna fosforilacija, ki povzroči pretvorbo ADP v ATP molekule. ATP molekula stimulira zaprtje kalijevih kanalčkov, kar privede do depolarizacije celične membrane, to pa sproži na odprtje kalcijevih kanalčkov in vdor Ca2+ ionov. Povišana koncentracija kalcijevih Ca2+ ionov v celici stimulira prenos in zlitje skladiščnih veziklov z inzulinom z membrano. Inzulin se tako sprosti v krvni obtok in potuje do tarčnih celic, ki imajo na površini izražene inzulinske receptorje. Ko se veže nanj, prenese signal o povišanju ravni glukoze v krvi v celico. To povzroči kaskado reakcij znotraj celice, ki pa na koncu privedejo do translokacije veziklov z GLUT4 transporterjev na površino celice. Število teh transporterjev za glukozo se na površini celične membrane poveča in glukoza lahko prehaja v celico, posledično pa pade raven glukoze v krvi. Razgradnja inzulina poteka v jetrih in ledvicah. Okvare na katerikoli stopnji poti inzulina se odražajo v diabetesu ali drugih boleznih.<br /> <br /> == Rok Štemberger: Protein GABAA (gama aminomaslena kislina A) - zgradba, vloga in zanimivosti ==<br /> <br /> V svoji seminarski nalogi sem raziskoval vlogo, pomen in zanimivosti proteina GABAA (gama-aminomaslena kislina A). To je receptor, ki se nahaja predvsem v centralnem živčnem sistemu in je zadolžen zato, da opravlja funkcijo inhibitorja. Lociran je na površini nevrotičnih sinaps in prekinja elektrokemični signal, tako da omogoči prehod kloridnih ionov znotraj celice. To se zgodi takrat ko se ustrezen ligand Gama veže na aktivno mesto tega receptorja. Konformacija podenot se spremeni in to omogoči aktivacijo receptorja. Znanstveniki so ugotovili, da obstaja več vrst GABAA receptorjev, kar pa je odvisno od sestave podenot. Najbolj pogoste podenote so alfa beta in gama v razmerju 2:2:1. V primeru da do prekinitve ne pride se lahko pojavijo epileptični napadi, psihiatrične motnje itd. Stres lahko v dobi odraščanja močno vpliva na GABAA receptorje in jih tudi permanentno strukturno spremeni, kar pa lahko kasneje v našem življenju vpliva predvsem na naš spanec in njegovo kvaliteto. Absint je bila v preteklosti prepovedana pijača, saj je povzročala razna obolenja zaradi substance imenovane tujon. Le ta se je vezala na GABAA receptorje in tako onemogočila njegovo delovanje, zato ker je preprečevala prehod kloridnih ionov v membrano. Sedaj potekajo raziskave teh receptorjev, saj je ključnega pomena čim boljša ozdravitev bolezni, ki nastanejo zaradi nepravilnega delovanja GABAA receptorja.<br /> <br /> == Veronika Jarc: Perforin ==<br /> <br /> Perforin je protein, ki nastane iz citotoksičnih limfocitov T. S pomočjo grancimov napade tarčno celico in jo uniči. Rečemo lahko, da je pomemben člen pri imunskem odzivu in sodeluje s NK celicami. Sestavljen je iz 555 aminokislin, njegova molekulska masa pa je 62-67 kD. Sestavljen je iz dveh pomembnih domen, domene MACPF in domene C2. Za domeno C2 je značilno, da ima afiniteto do Ca2+ ionov. Saj se na lipidni dvosloj veže le ob prisotnosti kalcija. Drugače obstajata dva različna tipa C2 domene, ki sta bila izolirana iz različnih organizmov. Lahko rečemo, da sta oba tipa zelo podobna v tem, da sta pri tipu 1 N-konec in C-konec obrnjena na vrh domene, kar je nasprotno kot pri tipu 2. Poznamo tri MACPF domene: Plu-MACPF, C8a MACPF in lipokalin C8g. Vse te domene primerjamo z skupino proteinov citolizinov in ugotovimo nekaj podobnosti in nekaj razlik. Na splošno, pa lahko rečemo, da je evolucija poskrbela tako, da so sta si domena MACPF in citolizini raszlični le v nekaj aminokislinah. Poznamo tri mehanizme kako perforin preide v tarčno celico in pri tem pomaga gramcimom B uničit to celico. Prvi mehanizem je prehajanje preko perforinske pore in sicer s pomočjo veziklov preide v celico. Naslednji mehanizem je endosomolitični model, pri katerem je pomemben kompleks s pomočjo katerega prehaja v celico. Kot zadnji mehanizem pa je model prehodne perforinske pore, ki pove, da perforin tvori kanalčke s pomočjo katerih grancimi B preidejo direktno v celico. Grancimi B so serinske proteaze, ki se sintetizirajo v citotoksičnih limfocitih T in NK celicah.<br /> <br /> == Taja Karner: Glavoboli in migrene ==<br /> <br /> Zaradi stresnega in hitrega tempa življenja, vse več ljudi trpi za občasnimi glavoboli, ki so najpogosteje posledica utrujenosti. Prav tako je vedno več ljudi, ki trpijo za močnejšimi oblikami glavobolov imenovanih migrene. V hujših oblikah migrene lahko glavobol traja do dva dni, močno migreno lahko spremljajo še drugi simptomi kot so slabost, bruhanje, občutljivost na svetlobo in močan zvok, depresija ter nespečnost. Mutacija, ki je največji krivec za nastanek bolezni se pojavlja na kromosomu 10 na genu KCNK18. Ta zapisuje protein TRESK, ki se nahaja v hrbtenjači in deluje kot kalijev kanalček. Mutacija povzroči, da ne pride do izmenjavanja ionov, kar povzroči hude glavobole. V raziskavah so odkrili zanimivo povezavo z anestetikom. Ta namreč ne glede na mutacijo ponovno aktivira kanal. To bi lahko učinkovito pozdravilo migrene, če bi ga le uspeli spraviti v primerno obliko. Ugotovili so tudi, da zdravila, ki vsebujejo citosporin in takrolimus v večini primerov povzročajo migrene v zdravstvu pa jih še vseeno pogosto uporabljajo. Odkritje te mutacije predstavlja revolucijo v zdravstvu in verjamem, da bo kmalu vodilo do odkritja učinkovitega zdravila proti migrenam.<br /> <br /> == Ana Dolinar: Univerzalna kri – prihodnost transfuzijske medicine? ==<br /> <br /> α-galaktozidaza (AGAL_HUMAN) je glikozil-hidrolazni encim. Spada v GH27-D (klan D, 27. družina) in ima aktivno mesto v obliki (β/α)8 sodčka. Encim zapisuje gen GLA, ki se nahaja na kromosomu X. <br /> <br /> Ideja o univerzalni krvi, ki bi bila primerna za transfuzijo, ne glede na krvno skupino pacienta, je med znanstveniki prisotna že približno trideset let. <br /> Razvili so tri metode za pretvorbo različnih antigenov v antigen 0 (po sistemu AB0), ki je primeren za transfuzijo v vse krvne skupine.<br /> :#Encimska razgradnja antigenov A in B do antigena 0. Za antigene A so uporabili α-N-acetilgalaktozaminidazo, vendar so antigeni preveč kompleksni in metoda ni bila uspešna. Pri antigenih B so dosegli popolno pretvorbo v antigen 0 z uporabo α-galaktozidaze iz bakterije ''Streptomyces griseoplanus''.<br /> :#Prekrivanje površine eritrocitov z maleimidofenil-polietilen-glikolom (Mal-Phe-PEG). Metoda ni uspešna, ker polietilen-glikol povzroča imunski odziv.<br /> :#Pridobivanje univerzalnih rdečih krvnih celic iz pluripotentnih matičnih celic. Uspeli so pridobiti zrele eritrocite, ki so popolnoma funkcionalni.<br /> Uporaba univerzalne krvi bi zmanjšala ali celo izničila imunski odziv ob transfuziji, prav tako ne bi bilo možnosti za transfuzijo napačne krvne skupne zaradi človeške napake. Metode trenutno niso dovolj izpopolnjene, da bi bilo možno pričakovati njeno uporabo v bližnji prihodnosti.<br /> <br /> <br /> == Maša Mohar: Moški ali ženska to je sedaj vprašanje?(SRY - faktor za določitev spola) ==<br /> <br /> SRY gen kodira Sry protein ki je član družine Sox (Sry related HMG box) transkripcijskih faktorjev. Poznamo jih okoli 20 pri človeku in miškah ter še mnogo drugih. Sox proteini imajo zelo različne vloge v embriogenezi in pri razvoju mnogih drugih organov. Tipično delujejo tako kot nekakšna stikala v diferenciaciji celic- sprožijo razvoj določenih celic. Sry je prav tako kot ostali člani te družine karakteriziran po HMG( high mobility group). HMG je drugače skupina specifičnih transkripcijskih faktorjev, ki imajo ~ 80 AK dolge strukturalno podobne domene za vezavo na DNA. Te domene oz. domena če je samo ena se veže na zaporedje (A/T)ACAA(T/A) v majhni žleb DNA. S tem ustvari zvitje DNA za približno 60- 85 stopinj. S tem ko se DNA zvije se razkrijejo mesta za izražanje drugih genov, recimo Sox9, ki kodira Sox9 protein ki pomaga pri diferenciaciji Sertoli celic in tako pri oblikovanju testisov, s tem pa determinira moški spol. Ugotovili smo tudi da obstaja veliko genskih bolezni povezanih s Sry genom in da lahko obstaja tudi ženska z XY spolnima kromosomoma, ker se pri njej zaradi mutacij Sry protein ne izrazi, prav tako pa obstajajo tudi moški z XX spolnima koromosomoma, kjer se enem od X kromosomov lahko izrazi SRY gen ob nepravilnostih pri očetovem delu zapisa. V bistvu sem prišla do zaključka da je zelo tanka meja med moškim in ženskim oblikovanjem spola, ena majhna mutacija oz. ena majhna razlika lahko privede do nastanka ženske ali moškega.<br /> <br /> <br /> == Urška Rauter: A Green Glow: zgradba in funkcija encima luciferaze ==<br /> Luciferaza je encim odvisen od ATP in magnezijevih ionov. Proces bioluminiscence se začne z vezavo na substrat luciferin, tvori se adenilatni intermediat in ob prisotnosti molekularnega kisika izhaja svetloba. Luciferaza je zgrajena iz dveh ločenih domen, večja se nahaja na N-koncu in manjša na C-koncu molekule, večja domena pa ima tudi svoje poddomene. Domeni sta med seboj ločeni z razpoko, kjer naj bi se po domnevanjih nahajalo tudi aktivno mesto encima. Luciferaza predstavlja tudi nov način mehanizma tvorbe adenilatnega intermediata med encimi in ponuja razlago za marsikatero metabolično pot.<br /> Velika dilema, ki me med znanstveniki ostaja pa je razlika v barvi svetlobe, ki jo proces oksidacije luciferina emitira. Najverjetneje je za to odločilna keto tavtomerna oblika oksiluciferina in tudi resnonančna stabilizacija njegovega fenolatnega aniona, čeprav so znanstveniki odkrili tudi veliko drugih možnih vzrokov za različne barve (različne aminokisline, polarnost okolja, pH, ...).<br /> Luciferaza se veliko uporablja v medicini, kjer služi kot marker molekul v telesu in tako pripomore k boljšem razumevanju različnih bolezni in infekcij, kot tudi sami strukturi celic in njenih organelov.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6373 2011-10-10T06:40:22Z

<p>UrskaRauter: /* Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mirković||Naslov seminarja||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Katra Koman||Naslov seminarja||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Urška Rauter||A green glow||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Naslov seminarja||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||<br /> |-<br /> | Janez Meden||The Japanese Horseshoe Crab and Deafness<br /> ||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||The power behind pain||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||Naslov seminarja||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Mitja Crček||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Dominik Kert||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Life's first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||Naslov seminarja||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||<br /> |-<br /> | Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||The juice of life||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Matja Zalar||Do it yourself||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Ines Kerin||A queen's dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||Hidden power||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Petra Gorečan||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||Naslov seminarja||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič ||A short story||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Belšak ||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br /> * sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6371 2011-10-10T06:34:25Z

<p>UrskaRauter: /* Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev - datumi še niso dokončni, listka na katerem imam napisano kdaj kdo ne more nimam doma in bom to popravil v ponedeljek==<br /> Vpišite svoj izbrani naslov!!!<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mirković||Naslov seminarja||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Sara Draščič||On the spur of a whim||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Katra Koman||Naslov seminarja||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Ana Remžgar||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Urška Rauter||The dark side of RNA||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Taja Karner||Throb||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Štemberger||Forbidden fruit||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mohar||The tenuous nature of sex||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Veronika Jarc||Our hollow architecture||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Mirjam Kmetič||Naslov seminarja||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||<br /> |-<br /> | Janez Meden||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Flis||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Sandi Botonjić||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Kaja Javoršek||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||<br /> |-<br /> | Rok Vene||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Ines Šterbal||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Andreja Bratovš||The power behind pain||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Ambrožič||Naslov seminarja||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||<br /> |-<br /> | Matevž Merljak||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Mitja Crček||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Dominik Kert||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Petra Malavašič||Going unnoticed||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||<br /> |-<br /> | Eva Knapič||Life's first breath||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Marko Radojković||Paint my thoughts||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tjaša Goričan||Nerve regrowth: nipped by a no-go||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Tina Gregorič||Naslov seminarja||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||<br /> |-<br /> | Tamara Marić||The dark side of RNA||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||The juice of life||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Remškar||Questioning Colour||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Matja Zalar||Do it yourself||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||<br /> |-<br /> | Urška Navodnik||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Jernej Mustar||Silent pain||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Ines Kerin||A queen's dinner||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Alja Zottel||Sleepless nights||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||<br /> |-<br /> | Alenka Mikuž||Molecular chastity||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Maja Grdadolnik||Ear of Stone||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Jana Verbančič||Hidden power||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Petra Gorečan||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Hrovat||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Andrej Vrankar||The things we forget||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Teja Banič||Cool news||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Špela Pohleven||Naslov seminarja||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||<br /> |-<br /> | Sabina Mavretič ||A short story||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Karmen Belšak ||Another dark horse||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br /> * sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar_2011&diff=6341 2011-10-08T14:22:26Z

<p>UrskaRauter: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov seminarja'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Ula Štok ||Tipping the mind||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Maša Mirković ||Naslov seminarja||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Sara Draščič ||Naslov seminarja||17.10.11||19.10.11||21.10.11||||<br /> |-<br /> | Katra Koman ||Naslov seminarja||18.10.11||23.10.11||26.10.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||21.10.11||25.10.11||28.10.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||21.10.11||26.10.11||02.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||21.10.11||28.10.11||04.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||26.10.11||02.11.11||09.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||28.10.11||04.11.11||11.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||02.11.11||09.11.11||16.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.11.11||11.11.11||18.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||09.11.11||16.11.11||23.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||11.11.11||18.11.11||25.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||16.11.11||23.11.11||30.11.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||18.11.11||25.11.11||02.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.11.11||30.11.11||07.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||25.11.11||02.12.11||09.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||30.11.11||07.12.11||14.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||02.12.11||09.12.11||16.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||07.12.11||14.12.11||21.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||09.12.11||16.12.11||23.12.11||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||14.12.11||21.12.11||04.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||16.12.11||23.12.11||06.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||21.12.11||04.01.12||11.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||23.12.11||06.01.12||13.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||04.01.12||11.01.12||18.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek ||Naslov seminarja||06.01.12||13.01.12||20.01.12||||<br /> |}<br /> <br /> == Gradivo za seminarje ==<br /> Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v [http://web.expasy.org/spotlight/back_issues/2011/ ProteinSpotlight] Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! <br /> V seminarsko nalogo mora biti vključeno:<br /> * sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina<br /> * slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana<br /> * poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.<br /> <br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev 2011|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. <br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1_Povzetki_seminarjev_2011&diff=5617 2011-03-07T20:24:44Z

<p>UrskaRauter: /* Urška Rauter: Razvojne vloge Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike pri orientaciji epidermalnega vretena */</p> <hr /> <div>== Alja Zottel: Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi ==<br /> Glavni vzrok nastanka ateroskleroze je imunski odgovor na lipoproteine majhne gostote oz. LDL, ki se kopiči pod endotelom arterijskih žil. Apolipoprotein B100, ki je komponenta LDL, se veže na proteoglikane zunajceličnega matriksa in se pod vplivom različnih radikalov in spojin oksidira. OxLDL nato aktivira endotelijske celice, da začnejo proizvajati adhezijske beljakovine, kot sta E-selektin in VCAM-1. Te beljakovine skupaj s kemokini povlečejo monocite, T limfocite in dendritske celice v endotelijsko plast žile. Monociti se nato pod vplivom M-CSF citokina diferencirajo v makrofage. Makrofagi nato začnejo proizvajati odstranjevalne receptorje. Ti tako lahko prepoznajo oxLDL in ga z endocitozo vsrkajo. Makrofagi se zato napihnejo in spremenijo v »foam cell«. Te celice so najštevilčnejše celice v aterosklerotskih plakih. Dejavniki, ki pospešujejo nastanek ateroskleroze so signalni proteini PRR, T levkociti in proteini CRP. T celice pomagalke izločajo interferon gama, ki privlači monocite. Protein CRP se veže na navadni LDL in tako ga lahko makrofagi, ki imajo receptorje za CRP, vsrkajo. Dejavniki, ki preprečujejo nastanek ateroskleroze so B limfociti in protein PPAR. PPAR je receptorski protein oz. transkripcijski faktor, ki preprečuje nastanek »foam cell« celic in vsrkavanje LDL v makrofage. Preprečuje tudi razvoj T celic in povečuje količino HDL v krvi.<br /> <br /> <br /> == Matja Zalar: Protein p53 ==<br /> Protein p53, včasih imenovan tudi varuh genoma, kodira gen TP53 na sedemnajstem kromosomu. Je eden izmed tako imenovanih tumor-supresorskih proteinov, ki, kot to sporoča že samo ime, zavirajo nastanek in rast tumorjev. Na področju razumevanja delovanja, vloge in strukture proteina p53 in njegovih mutantov se izvaja veliko raziskav. Trenutno je p53 najbolj raziskan tumor-supresorski protein, še zdaleč pa ni edini. Gre za protein, ki se kopiči v jedru in z vezavo na DNA v obliki teramera nadzoruje in regulira procese kot so apoptoza, zaustavitev celičnega cikla in popravljanje poškodovane DNA. Za raziskovalce je še posebno zanimiv zaradi dejstva, da v nemutirani obliki zavira nastanek in rast tumojev, njegove GOF mutirane oblike pa pripomorejo k nenadzorovani delitvi celic in nastanku rakastih tkiv. Veliko raziskav se ukvarjaja z iskanjem snovi, ki bi obnovile osnovno obliko p53, oziroma uničile mutantske oblike p53 v rakastih celicah ter s tem uničile tumor. To pa bi lahko bistveno izboljšalo tehnike zdravljenja rakavih obolenj in odziv človeškega organizma na ta zdravljenja. Odkrili so že kar nekaj takšnih snovi (RITA, PRIMA, nutlin3), ki pa jih še vedno testirajo in še niso v redni uporabi pri zdravljenju rakavih obolenj.<br /> <br /> == Andrej Vrankar: Androgena alopecija ==<br /> Na podlagi raziskav, ki so jih znanstveniki izvedli na celičnih vzorcih posameznikov z androgeno alopecijo, so ugotovili, da je bila domneva, da je za nastanek AGA kriv propad matičnih celic v lasnem mešičku oziroma, propad samega lasnega mešička napačna. Raziskave so pokazale ravno nasprotno in sicer, da se matične celice tudi v plešastem lasišču posameznika z AGA ohranjajo in da lasni mešički ne propadejo, vendar se le zelo skrčijo. So pa ugotovili, da se število celic imenovanih predniške celice v plešastem lasišču močno zmanjša, kar je eden od glavnih vzrokov za nastanek AGA, saj so prav predniške celice tiste, ki so zaslužene za rast las. Čeprav se dednost smatra kot glavni vzrok za nastanek AGA, pa tudi hormoni igrajo pomembno vlogo. Pri moških je to moški hormon testosteron, ki se s pomočjo encima 5-α-reduktaze v lasno mešičnih celicah pretvarja v svojo bolj aktivno obliko dihidrotestosteron (DHT). Ta se se nato s posebno vezjo veže na androgene receptorje v lasnih mešičkih, kar sproži posebne procese, ki skrajšajo anageno fazo celičnega cikla. Zaradi skrajšanja te faze las prej prestopi v telogeno fazo in izpade. Kako občutljivi so lasni mešički na androgene pa je seveda gensko pogojeno.<br /> <br /> == Sandi Botonjić: Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom ==<br /> Kisikovi radikali, ki povzročajo oksidativni stres lahko v skrajnem primeru poškodujejo DNA in tako povzročijo nenadzorovano delitev celic, kar pomeni nastanek raka v organizmu. Hkrati pa je raven kisikovih radikalov v rakastih celicah višja, kot v zdravih, in sicer zaradi onkogenih stimulacij, povečane presnovne aktivnosti ter okvare mitohondrijev. Toda rakave celice imajo, kot protiutež tudi močan antioksidantni mehanizem s katerim zavirajo programirano celično smrt.<br /> <br /> Raziskovalci so tekom analiziranja večih tkiv, ki so obolela z različnimi vrstami raka ugotovili, da je pri vseh povečana raven [http://www.thesgc.org/structures/structure_images/2WZ9_400x400.png tioredoksinu podobnega proteina - TXNL2]. Zatem so izvajali poskuse na miših tako, da so jim vbrizgali kancerogene eritrocite in ko so se pojavili simptomi tumorja – so jim vbrizgali še protein TXNL2. Ugotovili so, da protein TXNL2 zavira rast rakavih celic. Proučevali so tudi vpliv proteina TXNL2 v mišjih zarodkih. Prišli so do zaključka, da protein TXNL2 regulira raven kisikovih radikalov tako pri živečih organizmih, kot med embriogenezo.<br /> <br /> Znanstveniki so prepričani, da je protein TXNL2 potencialna tarča bioloških zdravil v prihodnosti. Namreč monoklonska protitelesa (med katere spade tudi TXNL2) za zdravljenje raka z vezavo na receptorje za rastne dejavnike blokirajo celično rast in diferenciacijo ter tako zaustavijo rast tumorja. Zaustavijo lahko tudi rast tumorskega ožilja in s tem posredno onemogočajo rast tumorjev in metastaziranje. Med mehanizme delovanja monoklonskih protiteles, spada tudi ciljanje drugih efektorskih molekul na mesta delovanja - kot so npr. kisikovi radikali. Raziskave so potrdile, da to velja tudi za protein TXNL2.<br /> <br /> == Ana Dolinar: Prilagojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk ==<br /> Naravne celice ubijalke (NK celice) so vrsta levkocitov. V človeškem telesu so zadolžene za uničevanje patogenih organizmov s pomočjo za celice strupenih snovi. Na površini imajo pet skupin receptorjev: aktivacijske, inhibitorne, kemotaksične in citokine ter adhezijske receptorje. <br /> <br /> Njihova aktivacija je odvisna od vezave ligandov na površinske receptorje NK celice. Če je vezanih več inhibitornih ligandov kot aktivacijskih, potem se NK celica ne aktivira, ker inhibitorni ligandi zavrejo delovanje NK celice. V primeru, da se veže več aktivacijskih kot inhibitornih ligandov ali pa se slednji sploh ne vežejo, se NK celica aktivira ([http://www.georg-speyer-haus.de/agkoch/research/subframe_en.htm aktivirana NK celica-rumeno, tarčna celica-rdeče]). Vezava kemotaksičnih ligandov vpliva na gibanje molekule zaradi kemičnih signalov, vezava citokinov spodbuja rast celic ali sintezo snovi, ki jih potrebuje imunski sistem, vezava adhezijskih ligandov pa omogoča pritrjanje NK celice na tarčno celico. <br /> <br /> Raziskovalci se trudijo, da bi našli optimalno imunoterapijo, pri kateri bi sodelovale NK celice. Te terapije bi bile uporabne predvsem pri rakavih obolenjih, vendar so možnosti tudi pri obolenjih z virusom HIV ali z virusom hepatitisa C. Ta način imunoterapije je mogoč, ker večina tumorskih celic in virusov ne izraža MHC tipa 1, pomembnega inhibitorskega liganda za NK celice. [http://media.wiley.com/CurrentProtocols/IM/ima01n/ima01n-fig-0004-1-full.gif Zgradba MHC-1 molekule, prikazana z Ribbonovim diagramom in vezanim peptidom (A) ter površinska struktura molekule z vezanim peptidom (C). Slika B prikazuje molekulo MHC-2 z vezanim peptidom.]<br /> <br /> == Urška Rauter: Razvojne vloge Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike pri orientaciji epidermalnega vretena ==<br /> Mehanizem nastajanja polariziranega epidermalnega sloja, ki s procesoma stratifikacije in diferenciacije tvori kožo, regulira več različnih med seboj v komplekse povezanih bioloških molekul. Trije najbolj osnovni procesi so delovanje proteinov aktina, orientacija vretena in sistem celične signalizacije. Znanstveniki pa so v obširni raziskavi potrdili tudi pomembno vlogo t. i. Srf proteina (serum response factor protein), transkripcijskega dejavnika, katerega pomembna vloga je regulacija celične diferenciacije. <br /> <br /> Srf je transkripcijski dejavnik, ki se veže na določen, njemu ustrezen receptorski element; Sre (serum response element), to so predvsem geni v zgodnjem razvoju, geni za razvoj nevronov in mišična gena (proteina) aktin in miozin. Ker je njegova primarna funkcija regulacija ekspresije naštetih genov, odločilno vpliva na celično rast in diferenciacijo, prenos med nevroni in razvoj mišic. <br /> <br /> Namen raziskave je obširen. Rezultati obetajoči. Dokazali so pomembno vlogo Srf proteina pri marsikaterem mehanizmu/procesu v embrionalnem razvoju. Tako recimo Srf odločilno vpliva na diferenciacijo celic, saj izguba le-tega povzroči kaotično deljenje in diferenciacijo celic med več plastmi epidermisa. Nadalje vpliva tudi na pravilno vzpostavitev polarnosti bazalne lamine in še najbolj ključno na tvorbo aktinsko-miozinskega skeleta, ki je nujen za pravilno mitozo, posledično za obliko in trdnost celice. Orientacija vretena in asimetrično dedovanje sta po zadnjih raziskavah osrednja mehanizma, ki omogočata matičnim celicam samostojno obnovi in diferenciacijo v pravilni smeri. Rezultati kažejo, da lahko takšne signale pošiljamo preko Srf proteina in aktinsko-miozinskega skeleta, za pravilno tvorbo in nadzirano regulacijo orientacije vretena, asimetrične celične delitve in nasploh usodo posamezne celice. Rezultati razkrivajo nove pojasnitve bioloških procesov, ki sodelujejo pri tvorbi morfologije epidermisa.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1_Povzetki_seminarjev_2011&diff=5616 2011-03-07T19:41:20Z

<p>UrskaRauter: </p> <hr /> <div>== Alja Zottel: Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi ==<br /> Glavni vzrok nastanka ateroskleroze je imunski odgovor na lipoproteine majhne gostote oz. LDL, ki se kopiči pod endotelom arterijskih žil. Apolipoprotein B100, ki je komponenta LDL, se veže na proteoglikane zunajceličnega matriksa in se pod vplivom različnih radikalov in spojin oksidira. OxLDL nato aktivira endotelijske celice, da začnejo proizvajati adhezijske beljakovine, kot sta E-selektin in VCAM-1. Te beljakovine skupaj s kemokini povlečejo monocite, T limfocite in dendritske celice v endotelijsko plast žile. Monociti se nato pod vplivom M-CSF citokina diferencirajo v makrofage. Makrofagi nato začnejo proizvajati odstranjevalne receptorje. Ti tako lahko prepoznajo oxLDL in ga z endocitozo vsrkajo. Makrofagi se zato napihnejo in spremenijo v »foam cell«. Te celice so najštevilčnejše celice v aterosklerotskih plakih. Dejavniki, ki pospešujejo nastanek ateroskleroze so signalni proteini PRR, T levkociti in proteini CRP. T celice pomagalke izločajo interferon gama, ki privlači monocite. Protein CRP se veže na navadni LDL in tako ga lahko makrofagi, ki imajo receptorje za CRP, vsrkajo. Dejavniki, ki preprečujejo nastanek ateroskleroze so B limfociti in protein PPAR. PPAR je receptorski protein oz. transkripcijski faktor, ki preprečuje nastanek »foam cell« celic in vsrkavanje LDL v makrofage. Preprečuje tudi razvoj T celic in povečuje količino HDL v krvi.<br /> <br /> <br /> == Matja Zalar: Protein p53 ==<br /> Protein p53, včasih imenovan tudi varuh genoma, kodira gen TP53 na sedemnajstem kromosomu. Je eden izmed tako imenovanih tumor-supresorskih proteinov, ki, kot to sporoča že samo ime, zavirajo nastanek in rast tumorjev. Na področju razumevanja delovanja, vloge in strukture proteina p53 in njegovih mutantov se izvaja veliko raziskav. Trenutno je p53 najbolj raziskan tumor-supresorski protein, še zdaleč pa ni edini. Gre za protein, ki se kopiči v jedru in z vezavo na DNA v obliki teramera nadzoruje in regulira procese kot so apoptoza, zaustavitev celičnega cikla in popravljanje poškodovane DNA. Za raziskovalce je še posebno zanimiv zaradi dejstva, da v nemutirani obliki zavira nastanek in rast tumojev, njegove GOF mutirane oblike pa pripomorejo k nenadzorovani delitvi celic in nastanku rakastih tkiv. Veliko raziskav se ukvarjaja z iskanjem snovi, ki bi obnovile osnovno obliko p53, oziroma uničile mutantske oblike p53 v rakastih celicah ter s tem uničile tumor. To pa bi lahko bistveno izboljšalo tehnike zdravljenja rakavih obolenj in odziv človeškega organizma na ta zdravljenja. Odkrili so že kar nekaj takšnih snovi (RITA, PRIMA, nutlin3), ki pa jih še vedno testirajo in še niso v redni uporabi pri zdravljenju rakavih obolenj.<br /> <br /> == Andrej Vrankar: Androgena alopecija ==<br /> Na podlagi raziskav, ki so jih znanstveniki izvedli na celičnih vzorcih posameznikov z androgeno alopecijo, so ugotovili, da je bila domneva, da je za nastanek AGA kriv propad matičnih celic v lasnem mešičku oziroma, propad samega lasnega mešička napačna. Raziskave so pokazale ravno nasprotno in sicer, da se matične celice tudi v plešastem lasišču posameznika z AGA ohranjajo in da lasni mešički ne propadejo, vendar se le zelo skrčijo. So pa ugotovili, da se število celic imenovanih predniške celice v plešastem lasišču močno zmanjša, kar je eden od glavnih vzrokov za nastanek AGA, saj so prav predniške celice tiste, ki so zaslužene za rast las. Čeprav se dednost smatra kot glavni vzrok za nastanek AGA, pa tudi hormoni igrajo pomembno vlogo. Pri moških je to moški hormon testosteron, ki se s pomočjo encima 5-α-reduktaze v lasno mešičnih celicah pretvarja v svojo bolj aktivno obliko dihidrotestosteron (DHT). Ta se se nato s posebno vezjo veže na androgene receptorje v lasnih mešičkih, kar sproži posebne procese, ki skrajšajo anageno fazo celičnega cikla. Zaradi skrajšanja te faze las prej prestopi v telogeno fazo in izpade. Kako občutljivi so lasni mešički na androgene pa je seveda gensko pogojeno.<br /> <br /> == Sandi Botonjić: Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom ==<br /> Kisikovi radikali, ki povzročajo oksidativni stres lahko v skrajnem primeru poškodujejo DNA in tako povzročijo nenadzorovano delitev celic, kar pomeni nastanek raka v organizmu. Hkrati pa je raven kisikovih radikalov v rakastih celicah višja, kot v zdravih, in sicer zaradi onkogenih stimulacij, povečane presnovne aktivnosti ter okvare mitohondrijev. Toda rakave celice imajo, kot protiutež tudi močan antioksidantni mehanizem s katerim zavirajo programirano celično smrt.<br /> <br /> Raziskovalci so tekom analiziranja večih tkiv, ki so obolela z različnimi vrstami raka ugotovili, da je pri vseh povečana raven [http://www.thesgc.org/structures/structure_images/2WZ9_400x400.png tioredoksinu podobnega proteina - TXNL2]. Zatem so izvajali poskuse na miših tako, da so jim vbrizgali kancerogene eritrocite in ko so se pojavili simptomi tumorja – so jim vbrizgali še protein TXNL2. Ugotovili so, da protein TXNL2 zavira rast rakavih celic. Proučevali so tudi vpliv proteina TXNL2 v mišjih zarodkih. Prišli so do zaključka, da protein TXNL2 regulira raven kisikovih radikalov tako pri živečih organizmih, kot med embriogenezo.<br /> <br /> Znanstveniki so prepričani, da je protein TXNL2 potencialna tarča bioloških zdravil v prihodnosti. Namreč monoklonska protitelesa (med katere spade tudi TXNL2) za zdravljenje raka z vezavo na receptorje za rastne dejavnike blokirajo celično rast in diferenciacijo ter tako zaustavijo rast tumorja. Zaustavijo lahko tudi rast tumorskega ožilja in s tem posredno onemogočajo rast tumorjev in metastaziranje. Med mehanizme delovanja monoklonskih protiteles, spada tudi ciljanje drugih efektorskih molekul na mesta delovanja - kot so npr. kisikovi radikali. Raziskave so potrdile, da to velja tudi za protein TXNL2.<br /> <br /> == Ana Dolinar: Prilagojena ali prilagodljiva imunost? Primer naravnih celic ubijalk ==<br /> Naravne celice ubijalke (NK celice) so vrsta levkocitov. V človeškem telesu so zadolžene za uničevanje patogenih organizmov s pomočjo za celice strupenih snovi. Na površini imajo pet skupin receptorjev: aktivacijske, inhibitorne, kemotaksične in citokine ter adhezijske receptorje. <br /> <br /> Njihova aktivacija je odvisna od vezave ligandov na površinske receptorje NK celice. Če je vezanih več inhibitornih ligandov kot aktivacijskih, potem se NK celica ne aktivira, ker inhibitorni ligandi zavrejo delovanje NK celice. V primeru, da se veže več aktivacijskih kot inhibitornih ligandov ali pa se slednji sploh ne vežejo, se NK celica aktivira ([http://www.georg-speyer-haus.de/agkoch/research/subframe_en.htm aktivirana NK celica-rumeno, tarčna celica-rdeče]). Vezava kemotaksičnih ligandov vpliva na gibanje molekule zaradi kemičnih signalov, vezava citokinov spodbuja rast celic ali sintezo snovi, ki jih potrebuje imunski sistem, vezava adhezijskih ligandov pa omogoča pritrjanje NK celice na tarčno celico. <br /> <br /> Raziskovalci se trudijo, da bi našli optimalno imunoterapijo, pri kateri bi sodelovale NK celice. Te terapije bi bile uporabne predvsem pri rakavih obolenjih, vendar so možnosti tudi pri obolenjih z virusom HIV ali z virusom hepatitisa C. Ta način imunoterapije je mogoč, ker večina tumorskih celic in virusov ne izraža MHC tipa 1, pomembnega inhibitorskega liganda za NK celice. [http://media.wiley.com/CurrentProtocols/IM/ima01n/ima01n-fig-0004-1-full.gif Zgradba MHC-1 molekule, prikazana z Ribbonovim diagramom in vezanim peptidom (A) ter površinska struktura molekule z vezanim peptidom (C). Slika B prikazuje molekulo MHC-2 z vezanim peptidom.]<br /> <br /> == Urška Rauter: Razvojne vloge Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike pri orientaciji epidermalnega vretena ==<br /> Mehanizem nastajanja polariziranega epidermalnega sloja, ki s procesoma stratifikacije in diferenciacije tvori kožo, regulira več različnih med seboj v komplekse povezanih bioloških molekul. Trije najbolj osnovni procesi so delovanje proteinov aktina, orientacija vretena in sistem celične signalizacije. Znanstveniki pa so v obširni raziskavi potrdili tudi pomembno vlogo t. i. Srf proteina (serum response factor protein), transkripcijskega dejavnika, katerega pomembna vloga je regulacija celične diferenciacije. <br /> <br /> Srf je transkripcijski dejavnik, ki se veže na določen, njemu ustrezen receptorski element; Sre (serum response factor), to so predvsem geni v zgodnjem razvoju, geni za razvoj nevronov in mišična gena (proteina) aktin in miozin. Ker je njegova primarna funkcija regulacija ekspresije naštetih genov, odločilno vpliva na celično rast in diferenciacijo, prenos med nevroni in razvoj mišic. <br /> <br /> Namen raziskave je obširen. Rezultati obetajoči. Dokazali so pomembno vlogo Srf proteina pri marsikaterem mehanizmu/procesu v embrionalnem razvoju. Tako recimo Srf odločilno vpliva na diferenciacijo celic, saj izguba le-tega povzroči kaotično deljenje in diferenciacijo celic med več plastmi epidermisa. Nadalje vpliva tudi na pravilno vzpostavitev polarnosti bazalne lamine in še najbolj ključno na tvorbo aktinsko-miozinskega skeleta, ki je nujen za pravilno mitozo, posledično za obliko in trdnost celice. Orientacija vretena in asimetrično dedovanje sta po zadnjih raziskavah osrednja mehanizma, ki omogočata matičnim celicam samostojno obnovi in diferenciacijo v pravilni smeri. Rezultati kažejo, da lahko takšne signale pošiljamo preko Srf proteina in aktinsko-miozinskega skeleta, za pravilno tvorbo in nadzirano regulacijo orientacije vretena, asimetrične celične delitve in nasploh usodo posamezne celice. Rezultati razkrivajo nove pojasnitve bioloških procesov, ki sodelujejo pri tvorbi morfologije epidermisa.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5524 2011-02-28T17:07:46Z

<p>UrskaRauter: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Slovenski naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Faktor vpliva revije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | BOTONJIĆ SANDI||Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom.||||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA<br /> |-<br /> | VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA<br /> |-<br /> | ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA<br /> |-<br /> | ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN<br /> |-<br /> | DOLINAR ANA||Celice ubijalke||||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA<br /> |-<br /> | RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||19.527||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA<br /> |-<br /> | MOHAR MAŠA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA<br /> |-<br /> | POHLEVEN ŠPELA||jhfjsdf sdh fjhds v||12||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA<br /> |-<br /> | KEPIC LEA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ<br /> |-<br /> | KMETIČ MIRJAM||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA<br /> |-<br /> | JARC VERONIKA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA<br /> |-<br /> | KOMAN KATRA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM<br /> |-<br /> | OGRIS IZA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ<br /> |-<br /> | KERIN INES||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||KARNER TAJA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK<br /> |-<br /> | VERBANČIČ JANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ŠTOK ULA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA<br /> |-<br /> | KNAPIČ EVA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA<br /> |-<br /> | REMŽGAR ANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA<br /> |-<br /> | GRDADOLNIK MAJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK<br /> |-<br /> | JAVORŠEK KAJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO<br /> |-<br /> | BRATOVŠ ANDREJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA<br /> |-<br /> | CRČEK MITJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA<br /> |-<br /> | MARIĆ TAMARA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA<br /> |-<br /> | ŠTEMBERGER ROK||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI<br /> |-<br /> | LORBEK SARA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK<br /> |-<br /> | REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA<br /> |-<br /> | KARNER TAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA<br /> |-<br /> | RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA<br /> |-<br /> | RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA<br /> |-<br /> | VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA<br /> |-<br /> | AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO<br /> |-<br /> | HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA<br /> |-<br /> | FRANKO NIK||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA<br /> |-<br /> | NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK<br /> |-<br /> | BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA<br /> |-<br /> | ČUPOVIĆ VANA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA<br /> |-<br /> | KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA<br /> |-<br /> | POVŠE KATJA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA<br /> |-<br /> | GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ<br /> |-<br /> | GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA<br /> |-<br /> | BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA<br /> |-<br /> | ŠTOK ULA||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES<br /> |-<br /> | MUSTAR JERNEJ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5523 2011-02-28T17:03:36Z

<p>UrskaRauter: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Slovenski naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Faktor vpliva revije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | BOTONJIĆ SANDI||Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom.||||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA<br /> |-<br /> | VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA<br /> |-<br /> | ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA<br /> |-<br /> | ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN<br /> |-<br /> | DOLINAR ANA||Celice ubijalke||||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA<br /> |-<br /> | RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||31.434||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA<br /> |-<br /> | MOHAR MAŠA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA<br /> |-<br /> | POHLEVEN ŠPELA||jhfjsdf sdh fjhds v||12||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA<br /> |-<br /> | KEPIC LEA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ<br /> |-<br /> | KMETIČ MIRJAM||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA<br /> |-<br /> | JARC VERONIKA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA<br /> |-<br /> | KOMAN KATRA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM<br /> |-<br /> | OGRIS IZA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ<br /> |-<br /> | KERIN INES||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||KARNER TAJA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK<br /> |-<br /> | VERBANČIČ JANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ŠTOK ULA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA<br /> |-<br /> | KNAPIČ EVA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA<br /> |-<br /> | REMŽGAR ANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA<br /> |-<br /> | GRDADOLNIK MAJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK<br /> |-<br /> | JAVORŠEK KAJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO<br /> |-<br /> | BRATOVŠ ANDREJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA<br /> |-<br /> | CRČEK MITJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA<br /> |-<br /> | MARIĆ TAMARA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA<br /> |-<br /> | ŠTEMBERGER ROK||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI<br /> |-<br /> | LORBEK SARA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK<br /> |-<br /> | REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA<br /> |-<br /> | KARNER TAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA<br /> |-<br /> | RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA<br /> |-<br /> | RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA<br /> |-<br /> | VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA<br /> |-<br /> | AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO<br /> |-<br /> | HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA<br /> |-<br /> | FRANKO NIK||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA<br /> |-<br /> | NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK<br /> |-<br /> | BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA<br /> |-<br /> | ČUPOVIĆ VANA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA<br /> |-<br /> | KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA<br /> |-<br /> | POVŠE KATJA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA<br /> |-<br /> | GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ<br /> |-<br /> | GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA<br /> |-<br /> | BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA<br /> |-<br /> | ŠTOK ULA||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES<br /> |-<br /> | MUSTAR JERNEJ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5521 2011-02-28T16:56:17Z

<p>UrskaRauter: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev ==<br /> {| border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;4&quot; cellspacing=&quot;0&quot; style=&quot;border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;&quot; <br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Slovenski naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Faktor vpliva revije'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent 3'''<br /> |-<br /> | BOTONJIĆ SANDI||Tioredoksinu podoben protein (TXNL2) ščiti kancerogene celice pred oksidativnim stresom.||||28.02.||03.03.||07.03.||RODE URŠKA||KERIN INES||OGRIS IZA<br /> |-<br /> | VRANKAR ANDREJ||Število lasno-mešičnih matičnih celic se v plešastem lasišču moških z androgeno alopecijo ohranja za razliko od števila CD200-rich in CD34-positive lasno-mešičnih predniških celic||||28.02.||03.03.||07.03.||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO||JAVORŠEK KAJA<br /> |-<br /> | ZALAR MATJA||Protein p53||||28.02.||03.03.||07.03.||OGRIS IZA||CRČEK MITJA||ZOTTEL ALJA<br /> |-<br /> | ZOTTEL ALJA||Vloga imunskega sistema pri aterosklerozi||||07.03.||10.03.||14.03.||RADOJKOVIĆ MARKO||KERT DOMINIK||HROVAT KARMEN<br /> |-<br /> | DOLINAR ANA||Celice ubijalke||||07.03.||10.03.||14.03.||RAUTER URŠKA||MOHAR MAŠA||VERBANČIČ JANA<br /> |-<br /> | RAUTER URŠKA||Razvojna vloga Srf, kortikalnega citoskeleta in celične oblike v orientaciji epidermalnega vretena||||07.03.||10.03.||14.03.||MUSTAR JERNEJ||JAVORŠEK KAJA||MOHAR MAŠA<br /> |-<br /> | MOHAR MAŠA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VENE ROK||RAUTER URŠKA||GORIČAN TJAŠA<br /> |-<br /> | POHLEVEN ŠPELA||jhfjsdf sdh fjhds v||12||14.03.||17.03.||21.03.||KEPIC LEA||RADOJKOVIĆ MARKO||DOLINAR ANA<br /> |-<br /> | KEPIC LEA||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||VRANKAR ANDREJ||BRATOVŠ ANDREJA||MUSTAR JERNEJ<br /> |-<br /> | KMETIČ MIRJAM||naslov||||14.03.||17.03.||21.03.||MARIĆ TAMARA||REMŠKAR MAJA||KOMAN KATRA<br /> |-<br /> | JARC VERONIKA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||REMŠKAR MAJA||MUSTAR JERNEJ||KEPIC LEA<br /> |-<br /> | KOMAN KATRA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||ČUPOVIĆ VANA||KARNER TAJA||KMETIČ MIRJAM<br /> |-<br /> | OGRIS IZA||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||KNAPIČ EVA||BRGLEZ ŽIVA||VRANKAR ANDREJ<br /> |-<br /> | KERIN INES||naslov||||14.03.||21.03.||28.03.||KARNER TAJA||ŠTEMBERGER ROK||KERT DOMINIK<br /> |-<br /> | VERBANČIČ JANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ŠTOK ULA||ZOTTEL ALJA||KNAPIČ EVA<br /> |-<br /> | KNAPIČ EVA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||ZALAR MATJA||POHLEVEN ŠPELA||LORBEK SARA<br /> |-<br /> | REMŽGAR ANA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||BOTONJIĆ SANDI||LORBEK SARA||ČUPOVIĆ VANA<br /> |-<br /> | GRDADOLNIK MAJA||naslov||||21.03.||28.03.||04.04.||MOHAR MAŠA||REMŽGAR ANA||FRANKO NIK<br /> |-<br /> | JAVORŠEK KAJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||GEC KARMEN||MARIĆ TAMARA||RADOJKOVIĆ MARKO<br /> |-<br /> | BRATOVŠ ANDREJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||ZOTTEL ALJA||ČUPOVIĆ VANA||GRDADOLNIK MAJA<br /> |-<br /> | CRČEK MITJA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||BOHNEC IVO||KMETIČ MIRJAM||BRATOVŠ ANDREJA<br /> |-<br /> | MARIĆ TAMARA||naslov||||28.03.||04.04.||11.04.||NAVODNIK URŠKA||GEC KARMEN||REMŠKAR MAJA<br /> |-<br /> | ŠTEMBERGER ROK||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||JAVORŠEK KAJA||VRANKAR ANDREJ||BOTONJIĆ SANDI<br /> |-<br /> | LORBEK SARA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||POHLEVEN ŠPELA||KNAPIČ EVA||VENE ROK<br /> |-<br /> | REMŠKAR MAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||KERIN INES||POVŠE KATJA||CRČEK MITJA<br /> |-<br /> | KARNER TAJA||naslov||||04.04.||11.04.||18.04.||REMŽGAR ANA||VERBANČIČ JANA||RODE URŠKA<br /> |-<br /> | RODE URŠKA||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||GRDADOLNIK MAJA||FRANKO NIK||MARIĆ TAMARA<br /> |-<br /> | RADOJKOVIĆ MARKO||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||FRANKO NIK||VENE ROK||POVŠE KATJA<br /> |-<br /> | VENE ROK||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||VERBANČIČ JANA||NAVODNIK URŠKA||ZALAR MATJA<br /> |-<br /> | AMBROŽIČ MATEVŽ||naslov||||24.04.||03.05.||09.05.||ŠTEMBERGER ROK||HROVAT KARMEN||BOHNEC IVO<br /> |-<br /> | HROVAT KARMEN||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||KERT DOMINIK||JARC VERONIKA||KARNER TAJA<br /> |-<br /> | FRANKO NIK||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||LORBEK SARA||KEPIC LEA||REMŽGAR ANA<br /> |-<br /> | NAVODNIK URŠKA||naslov||||04.05.||09.05.||16.05.||AMBROŽIČ MATEVŽ||ŠTOK ULA||ŠTEMBERGER ROK<br /> |-<br /> | BRGLEZ ŽIVA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||DOLINAR ANA||BOTONJIĆ SANDI||JARC VERONIKA<br /> |-<br /> | ČUPOVIĆ VANA||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||KOMAN KATRA||OGRIS IZA||NAVODNIK URŠKA<br /> |-<br /> | KERT DOMINIK||naslov||||09.05.||16.05.||23.05.||GORIČAN TJAŠA||GRDADOLNIK MAJA||RAUTER URŠKA<br /> |-<br /> | POVŠE KATJA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||JARC VERONIKA||AMBROŽIČ MATEVŽ||BRGLEZ ŽIVA<br /> |-<br /> | GEC KARMEN||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||POVŠE KATJA||ZALAR MATJA||AMBROŽIČ MATEVŽ<br /> |-<br /> | GORIČAN TJAŠA||naslov||||16.05.||23.05.||30.05.||KMETIČ MIRJAM||RODE URŠKA||POHLEVEN ŠPELA<br /> |-<br /> | BOHNEC IVO||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||CRČEK MITJA||GORIČAN TJAŠA||ŠTOK ULA<br /> |-<br /> | ŠTOK ULA||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRGLEZ ŽIVA||DOLINAR ANA||KERIN INES<br /> |-<br /> | MUSTAR JERNEJ||naslov||||23.05.||30.05.||06.06.||BRATOVŠ ANDREJA||KOMAN KATRA||GEC KARMEN<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov vpišete v tabelo, takoj ko ste si ga izbrali!<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava- 5 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFM2SktfM3Q4VU1wNUQzdU45OTlWVXc6MA recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?formkey=dFd3TGhLV3ZSa2xsLVlmMVVUaEFURWc6MA mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=6&amp;sqi=2&amp;ved=0CEUQFjAF&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&amp;rct=j&amp;q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&amp;ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&amp;usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&amp;sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&amp;cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

UrskaRauter https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO1-seminar_2011&diff=5411 2011-02-21T20:41:12Z

<p>UrskaRauter: /* Seznam seminarjev */</p> <hr /> <div>= Temelji biokemije- seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|''' Slovenski naslov članka '''<br /> | align=&quot;right&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent3'''<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 28.02.||03.03.||07.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ana Dolinar||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Urška Rauter||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |- <br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka|| 07.03.||10.03.||14.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Lea Kepic||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||14.03.||17.03.||21.03.||prvi||drugi||tretji<br /> |-<br /> | Iza Ogris||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |-<br /> | Ime in priimek||Vpiši slovenski naslov članka||||||||||||<br /> |}<br /> <br /> ==Naloga==<br /> * samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek s področja biokemije, ki ga po želji izberete v reviji s področja biokemije, ki ima faktor vpliva večji kot 3 in je bil objavljen v letu 2011. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov! http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&amp;base=JCR<br /> * osnovni članek in naslov pošljete meni, najkasneje pet dni pred rokom za oddajo (rok-5), da ocenim, če je primeren za predstavitev. Naslov tudi vpišete v tabelo.<br /> * [[BIO1 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte do roka vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.<br /> <br /> == Mnenje o predstavitvi ==<br /> Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&amp;formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.</div>

UrskaRauter