Wiki FKKT - User contributions [en]

Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae

2017-11-28T07:05:39Z

Urskacerne: /* Uvod */

Povzeto po projektu iGEM skupine [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France INSA-UPS_France]
==Uvod==
''Vibrio cholerae'' je gramnegativna bakterija, ki povzroča kolero. Med okužbo sprošča toksin kolere, ki povzroči močno diarejo in zunajčrevesne okužbe. Najdemo jo v onesnaženi vodi, kamor se je prenesla preko fecesa okuženih osebkov, predvsem v deželah s slabimi higienskimi razmerami. Vir okužbe je lahko tudi uživanje surovih školjk in rib, ki živijo v onesnaženi vodi. Odgovorna je za več kot milijon okuženih bolnikov, od tega 120. 000 smrtnih žrtev na leto v endemičnih državah. V neendemičnih državah je smrtnost manjša, okoli 2.500 primerov letno. Osnova zdravljenja kolere je nadomeščanje izgubljene tekočine in elektrolitov z rehidratacijsko raztopino.

Skupina študentov iz Francije je v svojem projektu, s katerim je sodelovala na sinteznobiološkem tekmovanju iGEM 2017, izdelala prototip biološke naprave za zaznavanje in odstranjevanje ''V. cholerae'' iz onesnažene vode. Svoj projekt so poimenovali Croc 'n Cholera. Naprava vsebuje senzorsko bakterijo ''Vibrio harveyi'', ki aktivira efektorsko celico – kvasovko ''Pichia pastoris'', ob prisotnosti ''V. cholerae''. Ta nato proizvede antimikrobni peptid iz krokodila, ki uniči vrsto ''Vibrio''. Dodatno motivacijo za delo na projektu je skupina dobila med epidemijo kolere, ki se je razširila v Jemnu med marcem 2015 in septembrom 2017.

==Sestava mikrobne šasije==
Rešitve kako se spopasti z ''V. cholerae'' iščejo raziskovalci, prav tako pa so se s tem problemom spopadli že na prejšnjih iGem tekmovanjih. Delali so z bakterijo E. coli v katero so vnesli gene iz ''V. cholerae'', preko katerih so aktivirali izražanje reporterskega gena, ki je dal izhodni signal. Projekti zaradi prevelike kompleksnosti vstavitve velike količine DNA-informacije v en sam organizem niso bili uspešni.
Šasija letošnje skupine je bila sestavljena iz treh mikroorganizmov. Namesto ''V. cholerae'' so iz varnostnih razlogov uporabili ''E.coli'', ki je proizvajala molekulski signal iz ''V. cholerae''. Druga bakterija, ki je signal zaznala je bila genetsko spremenjena ''V. harveyi''. Tretji mikroorganizem kvasovka ''P. pastoris'' je zaznala sporočilo in proizvedla velike količine antimikrobnega peptida, ki se je izločil s sekrecijo in liziral ''V. cholerae''.

===''E. coli'', ki posnema ''Vibrio cholerae''===
Mnoge bakterije med seboj komunicirajo preko zaznavanja celične gostote (quorum sensing, QS). Celice pri tem proizvajajo, sproščajo in zaznavajo signalne molekule, ki jih imenujem avtoinduktorji. Ti pa sprožijo odziv na ravni transkripcije v drugi celici. Večja gostota celic pomeni sorazmerno več signalih molekul in večji odziv. Pri ''V. cholerae'' je sinteza virulenčnih faktorjev pod kontrolo QS. Vsebuje dve poti aktivacije sestavljeni iz receptorjev LuxPQ in CqsS, ki se odzoveta na avtoinduktor AI-2 in CAI-1. Medtem ko se prvi pojavlja tudi pri drugih bakterijah, se zadnji pojavlja le pri vrsti ''Vibrio''. Signalno molekulo CAI-1 sintetizira encim acil-CoA transferaza (CqsA). Količina izločene molekule je dober kvantitativni pokazatelj prisotnosti bakterije v vodi.

Delo s patogenimi bakterijami je nevarno, zato so uporabili spremenjeno bakterijo ''E. coli'' in tako posnemali prisotnost ''V. cholerae''. Sev K-12 MG1655 so transformirali s plazmidom z zapisom za encim CqsA iz ''V. cholerae''. ''E. coli'' se zlahka transformira in jo je lahko gojiti v celični kulturi. Kot senzorski organizem so si zamislili V. harveyi, zato so transformirali ''E. coli'' tudi z genom cqsA iz V. harveyi. Encim Vh_CqsA sintetizira molekulo C8-CAI-1 iz endogene molekule v ''E. coli'': (S)-adenozilmetionin (SAM) in oktanoil-koencima. C8-CAI-1 je analog CAI-1. cqsA iz ''V. cholerae'' in ''V. harveyi'' so vstavili preko plazmida pSB1C3 pod kontrolo promotorja pLac.

===Senzorski organizem ''Vibrio harveyi''===
''V. harveyi'' je gramnegativna bakterija, katere celice se prav tako med seboj sporazumevajo z zaznavanjem celične gostote. Da bi CqsS receptor v ''V. harveyi'' zaznal molekulo CAI-1, je bilo potrebno mutirati zapis za receptor in sicer fenilalanin na mestu 175 v cistein. Avtoaktivaciji so se izognili z uporabo seva JMH626, v katerem je gen cqsA odstranjen, tako da celica ne more sama proizvajati molekule C8-CAI-1. Izbrisali so tudi gen luxS, ki zapisuje za encim pomemben v sistemu QS. Tako je spremenjen sev zaznal samo neendogene molekule C8-CAI-1.

Ko se C8-CAI-1 veže na receptor, se sproži kaskada defosforilacij, kar inhibira promotor pQRR4 in blokira transkripcijo siRNA. Translacija tarčnih genov je ob odsotnosti siRNA aktivirana. Aktivacija translacije genov pod kontrolo promotorja pQRR4 je neposredno odvisna od koncentracije vezane molekule C8-CAI-1. Pri visokih koncentracijah signalne molekule je promotor neaktiven in obratno. Ta sistem so uporabili za proizvodnjo molekule diacetila, ki aktivira P. pastoris. Diacetil nastane iz endogenega piruvata z encimom acetolactate synthase (Als). Da bi aktivirali translacijo želenega gena (als) v prisotnosti C8-CAI-1, so v sistem dodali inverter tetR/pTet, ki nizek vhodni signal pretvori v visok izhodni signal. Gen als je bil torej pod kontrolo promotorja pQRR4, diacetil se je sintetiziral kot odgovor na CAI-1 in C8-CAI-1. Zapis so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4 s konjugacijo.

===Efektorski organizem: ''Pichia pastoris''===
Funkcija efektorskega organizma je proizvodnja antimikrobnega peptida (AMP), ki povzroči liziranje ''V. cholerae'' in ''V. harveyi''. Ker je ''P. pastoris'' evkariont, je ta odporen proti peptidu, ki specifično deluje na prokarionte. Diacetil se veže na evkariontski receptor Odr-10 (z G-proteinom povezan receptor), kar vodi v aktivacijo promotorja pFUS1 preko poti Ste12, ki je prisotna tudi pri ''P. pastoris''. Zapis za receptor Odr-10 so vstavili pod kontrolo konstitutivnega promotorja pGAP.

Antimikrobni peptid iz krokodilov je kationska molekula, ki tvori pore v bakterijski membrani. Njegov zapis so vstavili pod kontrolo promotorja pFUS1 v integracijski plazmid pPICZα. Signalni peptid α-faktor so vstavili v zapis pred AMP in je omogočal njegovo izločanje iz celice.

==Rezultati==
===Računalniški model naprave===

Med načrtovanjem modela je bilo potrebno odgovoriti na več vprašanj: Ali bo molekula CAI-1 sprožila zadosten odziv, ki bi aktiviral senzor - ''V. cholerae''? Ali se bo proizvedlo dovolj signalne molekule – diacetila, ki bi signal prenesel na efektorsko celico ''P. pastori''s? Ali bo efekstorska celica proizvedla dovolj antimikrobnega peptida, ki bi povzročil smrt ''V. cholerae''? Pred začetkom laboratorijskega dela so zato naredili računalniško simulacijo celotnega sistema. Med drugi, so napovedali reakcijski čas sistema. To je čas v katerem bi dosegli nepatogene koncentracije V. cholerae in je znašal manj kot eno uro. Pri tem so uporabili veliko že znanih eksperimentalnih podatkov iz literature in sestavili kinetični model naprave. Identificirali so parametre, ki so imeli največji vpliv na sistem. Rezultati so pokazali, da se večina parametrov nanaša na proizvodnjo antimikrobnega peptida. Poleg tega pa ima vpliv tudi nivo onesnažene vode in prostornina naprave.

===Molekulsko kloniranje===

Pri kloniranju so uporabili mnogo [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France/Parts biokock] iz registra standardnih bioloških delov. Zapis za encim CqsA, ki je potreben za sintezo molekule CAI-1 in C8-CAI-1 so uspešno vstavili v'' E. coli''. S pomočjo bioluminiscence so pokazali, da ''E. coli'' molekule res proizvaja. Gen als so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4. Kot zanimivost: ta bakterija je bila letos prvič uporabljena kot genska šasija na tekmovanju iGEM. Funkcionalnost receptorja Odr-10 ''in vivo'' v P. pastoris z reporterskim sistemom pFUS1-RFP. Izražanje AMP v ''P. pastoris'' so validirali z RT-qPCR in ugotovili, da nastaja v zadostnih količinah.

===Prototip naprave===
Skupina je zasnovala poceni in uporabniku prijazno napravo, ki vsebuje njihove spremenjene mikroorganizme. Ti so liofilizirani in se nahajajo v polimernem materialu v obliki čajne vrečke, ki omogoča difuzijo molekul (CAI-1 in AMP) obenem pa prepreči difuzijo mikroorganizmov. Za najbolj učinkovit material se je izkazal polimer ABS (akrilonitril batadien stiren). Naprava se aktivira ob prisotnosti majhne količine vode. Če je le-ta kontaminirana z ''V. cholerae'', se iz naprave sproži AMP. Ko se ta sprosti, se lahko poveča volumen vode v kateri naprava deluje. 20-mililitrska naprava, ki vsebuje 1,4 g mikroorganizmov, učinkuje za čiščenje 1 lita vode. Izdelali so prototip 100-mililitrske naprave, ki vsebuje 7 g mikroorganizmov in zadostuje za čiščenje 5 litrov vode v eni uri.

==Zaključek==
Za pripravo v celoti funkcionalne in zanesljive naprave bi bilo potrebno vložiti še veliko dela. Najbolj kritični del je zagotoviti varno uporabo izdelka uporabnikom, saj le-ta vsebuje genetsko spremenjene mikroorganizme, ki ne smejo priti v vodo. Ko naprava odsluži svoj namen jo je potrebno pravilno odstraniti iz okolja. Problem pa je tudi v kontroli permeabilnosti membrane za mikroorganizme. Skupina vseeno meni, da je naprava, glede na njihove rezultate, zelo dobra naložba za detekcijo in odstranjevanje ''V. cholerae'' v onesnaženi vodi.

==Viri==
iGEM 2017 ekipa [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France INSA-UPS_France]

[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3673537/ Small molecule probes of the receptor binding site in the Vibrio cholerae CAI-1 quorum sensing circuit]

[http://www.nijz.si/sites/www.nijz.si/files/uploaded/kolerai_04082015.pdf VIBRIJO KOLERE (Vibrio cholerae) V ŽIVILIH]

Talk:Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae

2017-11-27T17:08:29Z

Urskacerne: New page: Avtor: Urška Černe

Avtor: Urška Černe

Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae

2017-11-27T16:20:55Z

Urskacerne: /* Viri */

Povzeto po projektu iGEM skupine [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France INSA-UPS_France]
==Uvod==
''Vibrio cholerae'' je gramnegativna bakterija, ki povzroča kolero. Med okužbo sprošča toksin kolere, ki povzroči močno diarejo in zunajčrevesne okužbe. Najdemo jo v onesnaženi vodi, kamor se je prenesla preko fecesa okuženih osebkov, predvsem v deželah s slabimi higienskimi razmerami. Vir okužbe je lahko tudi uživanje surovih školjk in rib, ki živijo v onesnaženi vodi. Odgovorna je za več kot milijon okuženih bolnikov, od tega 120. 000 smrtnih žrtev na leto v edemičnih državah. V needemičnih državah je smrtnost manjša, okoli 2.500 primerov letno. Osnova zdravljenja kolere je nadomeščanje izgubljene tekočine in elektrolitov z rehidratacijsko raztopino.

Skupina študentov iz Francije je v svojem projektu, s katerim je sodelovala na sinteznobiološkem tekmovanju iGEM 2017, izdelala prototip biološke naprave za zaznavanje in odstranjevanje ''V. cholerae'' iz onesnažene vode. Svoj projekt so poimenovali Croc 'n Cholera. Naprava vsebuje senzorsko bakterijo ''Vibrio harveyi'', ki aktivira efektorsko celico – kvasovko ''Pichia pastoris'', ob prisotnosti ''V. cholerae''. Ta nato proizvede antimikrobni peptid iz krokodila, ki uniči vrsto ''Vibrio''. Dodatno motivacijo za delo na projektu je skupina dobila med epidemijo kolere, ki se je razširila v Jemnu med marcem 2015 in septembrom 2017.

==Sestava mikrobne šasije==
Rešitve kako se spopasti z ''V. cholerae'' iščejo raziskovalci, prav tako pa so se s tem problemom spopadli že na prejšnjih iGem tekmovanjih. Delali so z bakterijo E. coli v katero so vnesli gene iz ''V. cholerae'', preko katerih so aktivirali izražanje reporterskega gena, ki je dal izhodni signal. Projekti zaradi prevelike kompleksnosti vstavitve velike količine DNA-informacije v en sam organizem niso bili uspešni.
Šasija letošnje skupine je bila sestavljena iz treh mikroorganizmov. Namesto ''V. cholerae'' so iz varnostnih razlogov uporabili ''E.coli'', ki je proizvajala molekulski signal iz ''V. cholerae''. Druga bakterija, ki je signal zaznala je bila genetsko spremenjena ''V. harveyi''. Tretji mikroorganizem kvasovka ''P. pastoris'' je zaznala sporočilo in proizvedla velike količine antimikrobnega peptida, ki se je izločil s sekrecijo in liziral ''V. cholerae''.

===''E. coli'', ki posnema ''Vibrio cholerae''===
Mnoge bakterije med seboj komunicirajo preko zaznavanja celične gostote (quorum sensing, QS). Celice pri tem proizvajajo, sproščajo in zaznavajo signalne molekule, ki jih imenujem avtoinduktorji. Ti pa sprožijo odziv na ravni transkripcije v drugi celici. Večja gostota celic pomeni sorazmerno več signalih molekul in večji odziv. Pri ''V. cholerae'' je sinteza virulenčnih faktorjev pod kontrolo QS. Vsebuje dve poti aktivacije sestavljeni iz receptorjev LuxPQ in CqsS, ki se odzoveta na avtoinduktor AI-2 in CAI-1. Medtem ko se prvi pojavlja tudi pri drugih bakterijah, se zadnji pojavlja le pri vrsti ''Vibrio''. Signalno molekulo CAI-1 sintetizira encim acil-CoA transferaza (CqsA). Količina izločene molekule je dober kvantitativni pokazatelj prisotnosti bakterije v vodi.

Delo s patogenimi bakterijami je nevarno, zato so uporabili spremenjeno bakterijo ''E. coli'' in tako posnemali prisotnost ''V. cholerae''. Sev K-12 MG1655 so transformirali s plazmidom z zapisom za encim CqsA iz ''V. cholerae''. ''E. coli'' se zlahka transformira in jo je lahko gojiti v celični kulturi. Kot senzorski organizem so si zamislili V. harveyi, zato so transformirali ''E. coli'' tudi z genom cqsA iz V. harveyi. Encim Vh_CqsA sintetizira molekulo C8-CAI-1 iz endogene molekule v ''E. coli'': (S)-adenozilmetionin (SAM) in oktanoil-koencima. C8-CAI-1 je analog CAI-1. cqsA iz ''V. cholerae'' in ''V. harveyi'' so vstavili preko plazmida pSB1C3 pod kontrolo promotorja pLac.

===Senzorski organizem ''Vibrio harveyi''===
''V. harveyi'' je gramnegativna bakterija, katere celice se prav tako med seboj sporazumevajo z zaznavanjem celične gostote. Da bi CqsS receptor v ''V. harveyi'' zaznal molekulo CAI-1, je bilo potrebno mutirati zapis za receptor in sicer fenilalanin na mestu 175 v cistein. Avtoaktivaciji so se izognili z uporabo seva JMH626, v katerem je gen cqsA odstranjen, tako da celica ne more sama proizvajati molekule C8-CAI-1. Izbrisali so tudi gen luxS, ki zapisuje za encim pomemben v sistemu QS. Tako je spremenjen sev zaznal samo neendogene molekule C8-CAI-1.

Ko se C8-CAI-1 veže na receptor, se sproži kaskada defosforilacij, kar inhibira promotor pQRR4 in blokira transkripcijo siRNA. Translacija tarčnih genov je ob odsotnosti siRNA aktivirana. Aktivacija translacije genov pod kontrolo promotorja pQRR4 je neposredno odvisna od koncentracije vezane molekule C8-CAI-1. Pri visokih koncentracijah signalne molekule je promotor neaktiven in obratno. Ta sistem so uporabili za proizvodnjo molekule diacetila, ki aktivira P. pastoris. Diacetil nastane iz endogenega piruvata z encimom acetolactate synthase (Als). Da bi aktivirali translacijo želenega gena (als) v prisotnosti C8-CAI-1, so v sistem dodali inverter tetR/pTet, ki nizek vhodni signal pretvori v visok izhodni signal. Gen als je bil torej pod kontrolo promotorja pQRR4, diacetil se je sintetiziral kot odgovor na CAI-1 in C8-CAI-1. Zapis so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4 s konjugacijo.

===Efektorski organizem: ''Pichia pastoris''===
Funkcija efektorskega organizma je proizvodnja antimikrobnega peptida (AMP), ki povzroči liziranje ''V. cholerae'' in ''V. harveyi''. Ker je ''P. pastoris'' evkariont, je ta odporen proti peptidu, ki specifično deluje na prokarionte. Diacetil se veže na evkariontski receptor Odr-10 (z G-proteinom povezan receptor), kar vodi v aktivacijo promotorja pFUS1 preko poti Ste12, ki je prisotna tudi pri ''P. pastoris''. Zapis za receptor Odr-10 so vstavili pod kontrolo konstitutivnega promotorja pGAP.

Antimikrobni peptid iz krokodilov je kationska molekula, ki tvori pore v bakterijski membrani. Njegov zapis so vstavili pod kontrolo promotorja pFUS1 v integracijski plazmid pPICZα. Signalni peptid α-faktor so vstavili v zapis pred AMP in je omogočal njegovo izločanje iz celice.

==Rezultati==
===Računalniški model naprave===

Med načrtovanjem modela je bilo potrebno odgovoriti na več vprašanj: Ali bo molekula CAI-1 sprožila zadosten odziv, ki bi aktiviral senzor - ''V. cholerae''? Ali se bo proizvedlo dovolj signalne molekule – diacetila, ki bi signal prenesel na efektorsko celico ''P. pastori''s? Ali bo efekstorska celica proizvedla dovolj antimikrobnega peptida, ki bi povzročil smrt ''V. cholerae''? Pred začetkom laboratorijskega dela so zato naredili računalniško simulacijo celotnega sistema. Med drugi, so napovedali reakcijski čas sistema. To je čas v katerem bi dosegli nepatogene koncentracije V. cholerae in je znašal manj kot eno uro. Pri tem so uporabili veliko že znanih eksperimentalnih podatkov iz literature in sestavili kinetični model naprave. Identificirali so parametre, ki so imeli največji vpliv na sistem. Rezultati so pokazali, da se večina parametrov nanaša na proizvodnjo antimikrobnega peptida. Poleg tega pa ima vpliv tudi nivo onesnažene vode in prostornina naprave.

===Molekulsko kloniranje===

Pri kloniranju so uporabili mnogo [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France/Parts biokock] iz registra standardnih bioloških delov. Zapis za encim CqsA, ki je potreben za sintezo molekule CAI-1 in C8-CAI-1 so uspešno vstavili v'' E. coli''. S pomočjo bioluminiscence so pokazali, da ''E. coli'' molekule res proizvaja. Gen als so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4. Kot zanimivost: ta bakterija je bila letos prvič uporabljena kot genska šasija na tekmovanju iGEM. Funkcionalnost receptorja Odr-10 ''in vivo'' v P. pastoris z reporterskim sistemom pFUS1-RFP. Izražanje AMP v ''P. pastoris'' so validirali z RT-qPCR in ugotovili, da nastaja v zadostnih količinah.

===Prototip naprave===
Skupina je zasnovala poceni in uporabniku prijazno napravo, ki vsebuje njihove spremenjene mikroorganizme. Ti so liofilizirani in se nahajajo v polimernem materialu v obliki čajne vrečke, ki omogoča difuzijo molekul (CAI-1 in AMP) obenem pa prepreči difuzijo mikroorganizmov. Za najbolj učinkovit material se je izkazal polimer ABS (akrilonitril batadien stiren). Naprava se aktivira ob prisotnosti majhne količine vode. Če je le-ta kontaminirana z ''V. cholerae'', se iz naprave sproži AMP. Ko se ta sprosti, se lahko poveča volumen vode v kateri naprava deluje. 20-mililitrska naprava, ki vsebuje 1,4 g mikroorganizmov, učinkuje za čiščenje 1 lita vode. Izdelali so prototip 100-mililitrske naprave, ki vsebuje 7 g mikroorganizmov in zadostuje za čiščenje 5 litrov vode v eni uri.

==Zaključek==
Za pripravo v celoti funkcionalne in zanesljive naprave bi bilo potrebno vložiti še veliko dela. Najbolj kritični del je zagotoviti varno uporabo izdelka uporabnikom, saj le-ta vsebuje genetsko spremenjene mikroorganizme, ki ne smejo priti v vodo. Ko naprava odsluži svoj namen jo je potrebno pravilno odstraniti iz okolja. Problem pa je tudi v kontroli permeabilnosti membrane za mikroorganizme. Skupina vseeno meni, da je naprava, glede na njihove rezultate, zelo dobra naložba za detekcijo in odstranjevanje ''V. cholerae'' v onesnaženi vodi.

==Viri==
iGEM 2017 ekipa [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France INSA-UPS_France]

[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3673537/ Small molecule probes of the receptor binding site in the Vibrio cholerae CAI-1 quorum sensing circuit]

[http://www.nijz.si/sites/www.nijz.si/files/uploaded/kolerai_04082015.pdf VIBRIJO KOLERE (Vibrio cholerae) V ŽIVILIH]

Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae

2017-11-27T16:17:00Z

Urskacerne: /* Viri */

Povzeto po projektu iGEM skupine [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France INSA-UPS_France]
==Uvod==
''Vibrio cholerae'' je gramnegativna bakterija, ki povzroča kolero. Med okužbo sprošča toksin kolere, ki povzroči močno diarejo in zunajčrevesne okužbe. Najdemo jo v onesnaženi vodi, kamor se je prenesla preko fecesa okuženih osebkov, predvsem v deželah s slabimi higienskimi razmerami. Vir okužbe je lahko tudi uživanje surovih školjk in rib, ki živijo v onesnaženi vodi. Odgovorna je za več kot milijon okuženih bolnikov, od tega 120. 000 smrtnih žrtev na leto v edemičnih državah. V needemičnih državah je smrtnost manjša, okoli 2.500 primerov letno. Osnova zdravljenja kolere je nadomeščanje izgubljene tekočine in elektrolitov z rehidratacijsko raztopino.

Skupina študentov iz Francije je v svojem projektu, s katerim je sodelovala na sinteznobiološkem tekmovanju iGEM 2017, izdelala prototip biološke naprave za zaznavanje in odstranjevanje ''V. cholerae'' iz onesnažene vode. Svoj projekt so poimenovali Croc 'n Cholera. Naprava vsebuje senzorsko bakterijo ''Vibrio harveyi'', ki aktivira efektorsko celico – kvasovko ''Pichia pastoris'', ob prisotnosti ''V. cholerae''. Ta nato proizvede antimikrobni peptid iz krokodila, ki uniči vrsto ''Vibrio''. Dodatno motivacijo za delo na projektu je skupina dobila med epidemijo kolere, ki se je razširila v Jemnu med marcem 2015 in septembrom 2017.

==Sestava mikrobne šasije==
Rešitve kako se spopasti z ''V. cholerae'' iščejo raziskovalci, prav tako pa so se s tem problemom spopadli že na prejšnjih iGem tekmovanjih. Delali so z bakterijo E. coli v katero so vnesli gene iz ''V. cholerae'', preko katerih so aktivirali izražanje reporterskega gena, ki je dal izhodni signal. Projekti zaradi prevelike kompleksnosti vstavitve velike količine DNA-informacije v en sam organizem niso bili uspešni.
Šasija letošnje skupine je bila sestavljena iz treh mikroorganizmov. Namesto ''V. cholerae'' so iz varnostnih razlogov uporabili ''E.coli'', ki je proizvajala molekulski signal iz ''V. cholerae''. Druga bakterija, ki je signal zaznala je bila genetsko spremenjena ''V. harveyi''. Tretji mikroorganizem kvasovka ''P. pastoris'' je zaznala sporočilo in proizvedla velike količine antimikrobnega peptida, ki se je izločil s sekrecijo in liziral ''V. cholerae''.

===''E. coli'', ki posnema ''Vibrio cholerae''===
Mnoge bakterije med seboj komunicirajo preko zaznavanja celične gostote (quorum sensing, QS). Celice pri tem proizvajajo, sproščajo in zaznavajo signalne molekule, ki jih imenujem avtoinduktorji. Ti pa sprožijo odziv na ravni transkripcije v drugi celici. Večja gostota celic pomeni sorazmerno več signalih molekul in večji odziv. Pri ''V. cholerae'' je sinteza virulenčnih faktorjev pod kontrolo QS. Vsebuje dve poti aktivacije sestavljeni iz receptorjev LuxPQ in CqsS, ki se odzoveta na avtoinduktor AI-2 in CAI-1. Medtem ko se prvi pojavlja tudi pri drugih bakterijah, se zadnji pojavlja le pri vrsti ''Vibrio''. Signalno molekulo CAI-1 sintetizira encim acil-CoA transferaza (CqsA). Količina izločene molekule je dober kvantitativni pokazatelj prisotnosti bakterije v vodi.

Delo s patogenimi bakterijami je nevarno, zato so uporabili spremenjeno bakterijo ''E. coli'' in tako posnemali prisotnost ''V. cholerae''. Sev K-12 MG1655 so transformirali s plazmidom z zapisom za encim CqsA iz ''V. cholerae''. ''E. coli'' se zlahka transformira in jo je lahko gojiti v celični kulturi. Kot senzorski organizem so si zamislili V. harveyi, zato so transformirali ''E. coli'' tudi z genom cqsA iz V. harveyi. Encim Vh_CqsA sintetizira molekulo C8-CAI-1 iz endogene molekule v ''E. coli'': (S)-adenozilmetionin (SAM) in oktanoil-koencima. C8-CAI-1 je analog CAI-1. cqsA iz ''V. cholerae'' in ''V. harveyi'' so vstavili preko plazmida pSB1C3 pod kontrolo promotorja pLac.

===Senzorski organizem ''Vibrio harveyi''===
''V. harveyi'' je gramnegativna bakterija, katere celice se prav tako med seboj sporazumevajo z zaznavanjem celične gostote. Da bi CqsS receptor v ''V. harveyi'' zaznal molekulo CAI-1, je bilo potrebno mutirati zapis za receptor in sicer fenilalanin na mestu 175 v cistein. Avtoaktivaciji so se izognili z uporabo seva JMH626, v katerem je gen cqsA odstranjen, tako da celica ne more sama proizvajati molekule C8-CAI-1. Izbrisali so tudi gen luxS, ki zapisuje za encim pomemben v sistemu QS. Tako je spremenjen sev zaznal samo neendogene molekule C8-CAI-1.

Ko se C8-CAI-1 veže na receptor, se sproži kaskada defosforilacij, kar inhibira promotor pQRR4 in blokira transkripcijo siRNA. Translacija tarčnih genov je ob odsotnosti siRNA aktivirana. Aktivacija translacije genov pod kontrolo promotorja pQRR4 je neposredno odvisna od koncentracije vezane molekule C8-CAI-1. Pri visokih koncentracijah signalne molekule je promotor neaktiven in obratno. Ta sistem so uporabili za proizvodnjo molekule diacetila, ki aktivira P. pastoris. Diacetil nastane iz endogenega piruvata z encimom acetolactate synthase (Als). Da bi aktivirali translacijo želenega gena (als) v prisotnosti C8-CAI-1, so v sistem dodali inverter tetR/pTet, ki nizek vhodni signal pretvori v visok izhodni signal. Gen als je bil torej pod kontrolo promotorja pQRR4, diacetil se je sintetiziral kot odgovor na CAI-1 in C8-CAI-1. Zapis so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4 s konjugacijo.

===Efektorski organizem: ''Pichia pastoris''===
Funkcija efektorskega organizma je proizvodnja antimikrobnega peptida (AMP), ki povzroči liziranje ''V. cholerae'' in ''V. harveyi''. Ker je ''P. pastoris'' evkariont, je ta odporen proti peptidu, ki specifično deluje na prokarionte. Diacetil se veže na evkariontski receptor Odr-10 (z G-proteinom povezan receptor), kar vodi v aktivacijo promotorja pFUS1 preko poti Ste12, ki je prisotna tudi pri ''P. pastoris''. Zapis za receptor Odr-10 so vstavili pod kontrolo konstitutivnega promotorja pGAP.

Antimikrobni peptid iz krokodilov je kationska molekula, ki tvori pore v bakterijski membrani. Njegov zapis so vstavili pod kontrolo promotorja pFUS1 v integracijski plazmid pPICZα. Signalni peptid α-faktor so vstavili v zapis pred AMP in je omogočal njegovo izločanje iz celice.

==Rezultati==
===Računalniški model naprave===

Med načrtovanjem modela je bilo potrebno odgovoriti na več vprašanj: Ali bo molekula CAI-1 sprožila zadosten odziv, ki bi aktiviral senzor - ''V. cholerae''? Ali se bo proizvedlo dovolj signalne molekule – diacetila, ki bi signal prenesel na efektorsko celico ''P. pastori''s? Ali bo efekstorska celica proizvedla dovolj antimikrobnega peptida, ki bi povzročil smrt ''V. cholerae''? Pred začetkom laboratorijskega dela so zato naredili računalniško simulacijo celotnega sistema. Med drugi, so napovedali reakcijski čas sistema. To je čas v katerem bi dosegli nepatogene koncentracije V. cholerae in je znašal manj kot eno uro. Pri tem so uporabili veliko že znanih eksperimentalnih podatkov iz literature in sestavili kinetični model naprave. Identificirali so parametre, ki so imeli največji vpliv na sistem. Rezultati so pokazali, da se večina parametrov nanaša na proizvodnjo antimikrobnega peptida. Poleg tega pa ima vpliv tudi nivo onesnažene vode in prostornina naprave.

===Molekulsko kloniranje===

Pri kloniranju so uporabili mnogo [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France/Parts biokock] iz registra standardnih bioloških delov. Zapis za encim CqsA, ki je potreben za sintezo molekule CAI-1 in C8-CAI-1 so uspešno vstavili v'' E. coli''. S pomočjo bioluminiscence so pokazali, da ''E. coli'' molekule res proizvaja. Gen als so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4. Kot zanimivost: ta bakterija je bila letos prvič uporabljena kot genska šasija na tekmovanju iGEM. Funkcionalnost receptorja Odr-10 ''in vivo'' v P. pastoris z reporterskim sistemom pFUS1-RFP. Izražanje AMP v ''P. pastoris'' so validirali z RT-qPCR in ugotovili, da nastaja v zadostnih količinah.

===Prototip naprave===
Skupina je zasnovala poceni in uporabniku prijazno napravo, ki vsebuje njihove spremenjene mikroorganizme. Ti so liofilizirani in se nahajajo v polimernem materialu v obliki čajne vrečke, ki omogoča difuzijo molekul (CAI-1 in AMP) obenem pa prepreči difuzijo mikroorganizmov. Za najbolj učinkovit material se je izkazal polimer ABS (akrilonitril batadien stiren). Naprava se aktivira ob prisotnosti majhne količine vode. Če je le-ta kontaminirana z ''V. cholerae'', se iz naprave sproži AMP. Ko se ta sprosti, se lahko poveča volumen vode v kateri naprava deluje. 20-mililitrska naprava, ki vsebuje 1,4 g mikroorganizmov, učinkuje za čiščenje 1 lita vode. Izdelali so prototip 100-mililitrske naprave, ki vsebuje 7 g mikroorganizmov in zadostuje za čiščenje 5 litrov vode v eni uri.

==Zaključek==
Za pripravo v celoti funkcionalne in zanesljive naprave bi bilo potrebno vložiti še veliko dela. Najbolj kritični del je zagotoviti varno uporabo izdelka uporabnikom, saj le-ta vsebuje genetsko spremenjene mikroorganizme, ki ne smejo priti v vodo. Ko naprava odsluži svoj namen jo je potrebno pravilno odstraniti iz okolja. Problem pa je tudi v kontroli permeabilnosti membrane za mikroorganizme. Skupina vseeno meni, da je naprava, glede na njihove rezultate, zelo dobra naložba za detekcijo in odstranjevanje ''V. cholerae'' v onesnaženi vodi.

==Viri==
iGEM 2017 ekipa [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France INSA-UPS_France]

Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae

2017-11-27T16:10:18Z

Urskacerne: /* Molekulsko kloniranje */

Povzeto po projektu iGEM skupine [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France INSA-UPS_France]
==Uvod==
''Vibrio cholerae'' je gramnegativna bakterija, ki povzroča kolero. Med okužbo sprošča toksin kolere, ki povzroči močno diarejo in zunajčrevesne okužbe. Najdemo jo v onesnaženi vodi, kamor se je prenesla preko fecesa okuženih osebkov, predvsem v deželah s slabimi higienskimi razmerami. Vir okužbe je lahko tudi uživanje surovih školjk in rib, ki živijo v onesnaženi vodi. Odgovorna je za več kot milijon okuženih bolnikov, od tega 120. 000 smrtnih žrtev na leto v edemičnih državah. V needemičnih državah je smrtnost manjša, okoli 2.500 primerov letno. Osnova zdravljenja kolere je nadomeščanje izgubljene tekočine in elektrolitov z rehidratacijsko raztopino.

Skupina študentov iz Francije je v svojem projektu, s katerim je sodelovala na sinteznobiološkem tekmovanju iGEM 2017, izdelala prototip biološke naprave za zaznavanje in odstranjevanje ''V. cholerae'' iz onesnažene vode. Svoj projekt so poimenovali Croc 'n Cholera. Naprava vsebuje senzorsko bakterijo ''Vibrio harveyi'', ki aktivira efektorsko celico – kvasovko ''Pichia pastoris'', ob prisotnosti ''V. cholerae''. Ta nato proizvede antimikrobni peptid iz krokodila, ki uniči vrsto ''Vibrio''. Dodatno motivacijo za delo na projektu je skupina dobila med epidemijo kolere, ki se je razširila v Jemnu med marcem 2015 in septembrom 2017.

==Sestava mikrobne šasije==
Rešitve kako se spopasti z ''V. cholerae'' iščejo raziskovalci, prav tako pa so se s tem problemom spopadli že na prejšnjih iGem tekmovanjih. Delali so z bakterijo E. coli v katero so vnesli gene iz ''V. cholerae'', preko katerih so aktivirali izražanje reporterskega gena, ki je dal izhodni signal. Projekti zaradi prevelike kompleksnosti vstavitve velike količine DNA-informacije v en sam organizem niso bili uspešni.
Šasija letošnje skupine je bila sestavljena iz treh mikroorganizmov. Namesto ''V. cholerae'' so iz varnostnih razlogov uporabili ''E.coli'', ki je proizvajala molekulski signal iz ''V. cholerae''. Druga bakterija, ki je signal zaznala je bila genetsko spremenjena ''V. harveyi''. Tretji mikroorganizem kvasovka ''P. pastoris'' je zaznala sporočilo in proizvedla velike količine antimikrobnega peptida, ki se je izločil s sekrecijo in liziral ''V. cholerae''.

===''E. coli'', ki posnema ''Vibrio cholerae''===
Mnoge bakterije med seboj komunicirajo preko zaznavanja celične gostote (quorum sensing, QS). Celice pri tem proizvajajo, sproščajo in zaznavajo signalne molekule, ki jih imenujem avtoinduktorji. Ti pa sprožijo odziv na ravni transkripcije v drugi celici. Večja gostota celic pomeni sorazmerno več signalih molekul in večji odziv. Pri ''V. cholerae'' je sinteza virulenčnih faktorjev pod kontrolo QS. Vsebuje dve poti aktivacije sestavljeni iz receptorjev LuxPQ in CqsS, ki se odzoveta na avtoinduktor AI-2 in CAI-1. Medtem ko se prvi pojavlja tudi pri drugih bakterijah, se zadnji pojavlja le pri vrsti ''Vibrio''. Signalno molekulo CAI-1 sintetizira encim acil-CoA transferaza (CqsA). Količina izločene molekule je dober kvantitativni pokazatelj prisotnosti bakterije v vodi.

Delo s patogenimi bakterijami je nevarno, zato so uporabili spremenjeno bakterijo ''E. coli'' in tako posnemali prisotnost ''V. cholerae''. Sev K-12 MG1655 so transformirali s plazmidom z zapisom za encim CqsA iz ''V. cholerae''. ''E. coli'' se zlahka transformira in jo je lahko gojiti v celični kulturi. Kot senzorski organizem so si zamislili V. harveyi, zato so transformirali ''E. coli'' tudi z genom cqsA iz V. harveyi. Encim Vh_CqsA sintetizira molekulo C8-CAI-1 iz endogene molekule v ''E. coli'': (S)-adenozilmetionin (SAM) in oktanoil-koencima. C8-CAI-1 je analog CAI-1. cqsA iz ''V. cholerae'' in ''V. harveyi'' so vstavili preko plazmida pSB1C3 pod kontrolo promotorja pLac.

===Senzorski organizem ''Vibrio harveyi''===
''V. harveyi'' je gramnegativna bakterija, katere celice se prav tako med seboj sporazumevajo z zaznavanjem celične gostote. Da bi CqsS receptor v ''V. harveyi'' zaznal molekulo CAI-1, je bilo potrebno mutirati zapis za receptor in sicer fenilalanin na mestu 175 v cistein. Avtoaktivaciji so se izognili z uporabo seva JMH626, v katerem je gen cqsA odstranjen, tako da celica ne more sama proizvajati molekule C8-CAI-1. Izbrisali so tudi gen luxS, ki zapisuje za encim pomemben v sistemu QS. Tako je spremenjen sev zaznal samo neendogene molekule C8-CAI-1.

Ko se C8-CAI-1 veže na receptor, se sproži kaskada defosforilacij, kar inhibira promotor pQRR4 in blokira transkripcijo siRNA. Translacija tarčnih genov je ob odsotnosti siRNA aktivirana. Aktivacija translacije genov pod kontrolo promotorja pQRR4 je neposredno odvisna od koncentracije vezane molekule C8-CAI-1. Pri visokih koncentracijah signalne molekule je promotor neaktiven in obratno. Ta sistem so uporabili za proizvodnjo molekule diacetila, ki aktivira P. pastoris. Diacetil nastane iz endogenega piruvata z encimom acetolactate synthase (Als). Da bi aktivirali translacijo želenega gena (als) v prisotnosti C8-CAI-1, so v sistem dodali inverter tetR/pTet, ki nizek vhodni signal pretvori v visok izhodni signal. Gen als je bil torej pod kontrolo promotorja pQRR4, diacetil se je sintetiziral kot odgovor na CAI-1 in C8-CAI-1. Zapis so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4 s konjugacijo.

===Efektorski organizem: ''Pichia pastoris''===
Funkcija efektorskega organizma je proizvodnja antimikrobnega peptida (AMP), ki povzroči liziranje ''V. cholerae'' in ''V. harveyi''. Ker je ''P. pastoris'' evkariont, je ta odporen proti peptidu, ki specifično deluje na prokarionte. Diacetil se veže na evkariontski receptor Odr-10 (z G-proteinom povezan receptor), kar vodi v aktivacijo promotorja pFUS1 preko poti Ste12, ki je prisotna tudi pri ''P. pastoris''. Zapis za receptor Odr-10 so vstavili pod kontrolo konstitutivnega promotorja pGAP.

Antimikrobni peptid iz krokodilov je kationska molekula, ki tvori pore v bakterijski membrani. Njegov zapis so vstavili pod kontrolo promotorja pFUS1 v integracijski plazmid pPICZα. Signalni peptid α-faktor so vstavili v zapis pred AMP in je omogočal njegovo izločanje iz celice.

==Rezultati==
===Računalniški model naprave===

Med načrtovanjem modela je bilo potrebno odgovoriti na več vprašanj: Ali bo molekula CAI-1 sprožila zadosten odziv, ki bi aktiviral senzor - ''V. cholerae''? Ali se bo proizvedlo dovolj signalne molekule – diacetila, ki bi signal prenesel na efektorsko celico ''P. pastori''s? Ali bo efekstorska celica proizvedla dovolj antimikrobnega peptida, ki bi povzročil smrt ''V. cholerae''? Pred začetkom laboratorijskega dela so zato naredili računalniško simulacijo celotnega sistema. Med drugi, so napovedali reakcijski čas sistema. To je čas v katerem bi dosegli nepatogene koncentracije V. cholerae in je znašal manj kot eno uro. Pri tem so uporabili veliko že znanih eksperimentalnih podatkov iz literature in sestavili kinetični model naprave. Identificirali so parametre, ki so imeli največji vpliv na sistem. Rezultati so pokazali, da se večina parametrov nanaša na proizvodnjo antimikrobnega peptida. Poleg tega pa ima vpliv tudi nivo onesnažene vode in prostornina naprave.

===Molekulsko kloniranje===

Pri kloniranju so uporabili mnogo [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France/Parts biokock] iz registra standardnih bioloških delov. Zapis za encim CqsA, ki je potreben za sintezo molekule CAI-1 in C8-CAI-1 so uspešno vstavili v'' E. coli''. S pomočjo bioluminiscence so pokazali, da ''E. coli'' molekule res proizvaja. Gen als so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4. Kot zanimivost: ta bakterija je bila letos prvič uporabljena kot genska šasija na tekmovanju iGEM. Funkcionalnost receptorja Odr-10 ''in vivo'' v P. pastoris z reporterskim sistemom pFUS1-RFP. Izražanje AMP v ''P. pastoris'' so validirali z RT-qPCR in ugotovili, da nastaja v zadostnih količinah.

===Prototip naprave===
Skupina je zasnovala poceni in uporabniku prijazno napravo, ki vsebuje njihove spremenjene mikroorganizme. Ti so liofilizirani in se nahajajo v polimernem materialu v obliki čajne vrečke, ki omogoča difuzijo molekul (CAI-1 in AMP) obenem pa prepreči difuzijo mikroorganizmov. Za najbolj učinkovit material se je izkazal polimer ABS (akrilonitril batadien stiren). Naprava se aktivira ob prisotnosti majhne količine vode. Če je le-ta kontaminirana z ''V. cholerae'', se iz naprave sproži AMP. Ko se ta sprosti, se lahko poveča volumen vode v kateri naprava deluje. 20-mililitrska naprava, ki vsebuje 1,4 g mikroorganizmov, učinkuje za čiščenje 1 lita vode. Izdelali so prototip 100-mililitrske naprave, ki vsebuje 7 g mikroorganizmov in zadostuje za čiščenje 5 litrov vode v eni uri.

==Zaključek==
Za pripravo v celoti funkcionalne in zanesljive naprave bi bilo potrebno vložiti še veliko dela. Najbolj kritični del je zagotoviti varno uporabo izdelka uporabnikom, saj le-ta vsebuje genetsko spremenjene mikroorganizme, ki ne smejo priti v vodo. Ko naprava odsluži svoj namen jo je potrebno pravilno odstraniti iz okolja. Problem pa je tudi v kontroli permeabilnosti membrane za mikroorganizme. Skupina vseeno meni, da je naprava, glede na njihove rezultate, zelo dobra naložba za detekcijo in odstranjevanje ''V. cholerae'' v onesnaženi vodi.

==Viri==

Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae

2017-11-27T16:01:23Z

Urskacerne: /* Uvod */

Povzeto po projektu iGEM skupine [http://2017.igem.org/Team:INSA-UPS_France INSA-UPS_France]
==Uvod==
''Vibrio cholerae'' je gramnegativna bakterija, ki povzroča kolero. Med okužbo sprošča toksin kolere, ki povzroči močno diarejo in zunajčrevesne okužbe. Najdemo jo v onesnaženi vodi, kamor se je prenesla preko fecesa okuženih osebkov, predvsem v deželah s slabimi higienskimi razmerami. Vir okužbe je lahko tudi uživanje surovih školjk in rib, ki živijo v onesnaženi vodi. Odgovorna je za več kot milijon okuženih bolnikov, od tega 120. 000 smrtnih žrtev na leto v edemičnih državah. V needemičnih državah je smrtnost manjša, okoli 2.500 primerov letno. Osnova zdravljenja kolere je nadomeščanje izgubljene tekočine in elektrolitov z rehidratacijsko raztopino.

Skupina študentov iz Francije je v svojem projektu, s katerim je sodelovala na sinteznobiološkem tekmovanju iGEM 2017, izdelala prototip biološke naprave za zaznavanje in odstranjevanje ''V. cholerae'' iz onesnažene vode. Svoj projekt so poimenovali Croc 'n Cholera. Naprava vsebuje senzorsko bakterijo ''Vibrio harveyi'', ki aktivira efektorsko celico – kvasovko ''Pichia pastoris'', ob prisotnosti ''V. cholerae''. Ta nato proizvede antimikrobni peptid iz krokodila, ki uniči vrsto ''Vibrio''. Dodatno motivacijo za delo na projektu je skupina dobila med epidemijo kolere, ki se je razširila v Jemnu med marcem 2015 in septembrom 2017.

==Sestava mikrobne šasije==
Rešitve kako se spopasti z ''V. cholerae'' iščejo raziskovalci, prav tako pa so se s tem problemom spopadli že na prejšnjih iGem tekmovanjih. Delali so z bakterijo E. coli v katero so vnesli gene iz ''V. cholerae'', preko katerih so aktivirali izražanje reporterskega gena, ki je dal izhodni signal. Projekti zaradi prevelike kompleksnosti vstavitve velike količine DNA-informacije v en sam organizem niso bili uspešni.
Šasija letošnje skupine je bila sestavljena iz treh mikroorganizmov. Namesto ''V. cholerae'' so iz varnostnih razlogov uporabili ''E.coli'', ki je proizvajala molekulski signal iz ''V. cholerae''. Druga bakterija, ki je signal zaznala je bila genetsko spremenjena ''V. harveyi''. Tretji mikroorganizem kvasovka ''P. pastoris'' je zaznala sporočilo in proizvedla velike količine antimikrobnega peptida, ki se je izločil s sekrecijo in liziral ''V. cholerae''.

===''E. coli'', ki posnema ''Vibrio cholerae''===
Mnoge bakterije med seboj komunicirajo preko zaznavanja celične gostote (quorum sensing, QS). Celice pri tem proizvajajo, sproščajo in zaznavajo signalne molekule, ki jih imenujem avtoinduktorji. Ti pa sprožijo odziv na ravni transkripcije v drugi celici. Večja gostota celic pomeni sorazmerno več signalih molekul in večji odziv. Pri ''V. cholerae'' je sinteza virulenčnih faktorjev pod kontrolo QS. Vsebuje dve poti aktivacije sestavljeni iz receptorjev LuxPQ in CqsS, ki se odzoveta na avtoinduktor AI-2 in CAI-1. Medtem ko se prvi pojavlja tudi pri drugih bakterijah, se zadnji pojavlja le pri vrsti ''Vibrio''. Signalno molekulo CAI-1 sintetizira encim acil-CoA transferaza (CqsA). Količina izločene molekule je dober kvantitativni pokazatelj prisotnosti bakterije v vodi.

Delo s patogenimi bakterijami je nevarno, zato so uporabili spremenjeno bakterijo ''E. coli'' in tako posnemali prisotnost ''V. cholerae''. Sev K-12 MG1655 so transformirali s plazmidom z zapisom za encim CqsA iz ''V. cholerae''. ''E. coli'' se zlahka transformira in jo je lahko gojiti v celični kulturi. Kot senzorski organizem so si zamislili V. harveyi, zato so transformirali ''E. coli'' tudi z genom cqsA iz V. harveyi. Encim Vh_CqsA sintetizira molekulo C8-CAI-1 iz endogene molekule v ''E. coli'': (S)-adenozilmetionin (SAM) in oktanoil-koencima. C8-CAI-1 je analog CAI-1. cqsA iz ''V. cholerae'' in ''V. harveyi'' so vstavili preko plazmida pSB1C3 pod kontrolo promotorja pLac.

===Senzorski organizem ''Vibrio harveyi''===
''V. harveyi'' je gramnegativna bakterija, katere celice se prav tako med seboj sporazumevajo z zaznavanjem celične gostote. Da bi CqsS receptor v ''V. harveyi'' zaznal molekulo CAI-1, je bilo potrebno mutirati zapis za receptor in sicer fenilalanin na mestu 175 v cistein. Avtoaktivaciji so se izognili z uporabo seva JMH626, v katerem je gen cqsA odstranjen, tako da celica ne more sama proizvajati molekule C8-CAI-1. Izbrisali so tudi gen luxS, ki zapisuje za encim pomemben v sistemu QS. Tako je spremenjen sev zaznal samo neendogene molekule C8-CAI-1.

Ko se C8-CAI-1 veže na receptor, se sproži kaskada defosforilacij, kar inhibira promotor pQRR4 in blokira transkripcijo siRNA. Translacija tarčnih genov je ob odsotnosti siRNA aktivirana. Aktivacija translacije genov pod kontrolo promotorja pQRR4 je neposredno odvisna od koncentracije vezane molekule C8-CAI-1. Pri visokih koncentracijah signalne molekule je promotor neaktiven in obratno. Ta sistem so uporabili za proizvodnjo molekule diacetila, ki aktivira P. pastoris. Diacetil nastane iz endogenega piruvata z encimom acetolactate synthase (Als). Da bi aktivirali translacijo želenega gena (als) v prisotnosti C8-CAI-1, so v sistem dodali inverter tetR/pTet, ki nizek vhodni signal pretvori v visok izhodni signal. Gen als je bil torej pod kontrolo promotorja pQRR4, diacetil se je sintetiziral kot odgovor na CAI-1 in C8-CAI-1. Zapis so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4 s konjugacijo.

===Efektorski organizem: ''Pichia pastoris''===
Funkcija efektorskega organizma je proizvodnja antimikrobnega peptida (AMP), ki povzroči liziranje ''V. cholerae'' in ''V. harveyi''. Ker je ''P. pastoris'' evkariont, je ta odporen proti peptidu, ki specifično deluje na prokarionte. Diacetil se veže na evkariontski receptor Odr-10 (z G-proteinom povezan receptor), kar vodi v aktivacijo promotorja pFUS1 preko poti Ste12, ki je prisotna tudi pri ''P. pastoris''. Zapis za receptor Odr-10 so vstavili pod kontrolo konstitutivnega promotorja pGAP.

Antimikrobni peptid iz krokodilov je kationska molekula, ki tvori pore v bakterijski membrani. Njegov zapis so vstavili pod kontrolo promotorja pFUS1 v integracijski plazmid pPICZα. Signalni peptid α-faktor so vstavili v zapis pred AMP in je omogočal njegovo izločanje iz celice.

==Rezultati==
===Računalniški model naprave===

Med načrtovanjem modela je bilo potrebno odgovoriti na več vprašanj: Ali bo molekula CAI-1 sprožila zadosten odziv, ki bi aktiviral senzor - ''V. cholerae''? Ali se bo proizvedlo dovolj signalne molekule – diacetila, ki bi signal prenesel na efektorsko celico ''P. pastori''s? Ali bo efekstorska celica proizvedla dovolj antimikrobnega peptida, ki bi povzročil smrt ''V. cholerae''? Pred začetkom laboratorijskega dela so zato naredili računalniško simulacijo celotnega sistema. Med drugi, so napovedali reakcijski čas sistema. To je čas v katerem bi dosegli nepatogene koncentracije V. cholerae in je znašal manj kot eno uro. Pri tem so uporabili veliko že znanih eksperimentalnih podatkov iz literature in sestavili kinetični model naprave. Identificirali so parametre, ki so imeli največji vpliv na sistem. Rezultati so pokazali, da se večina parametrov nanaša na proizvodnjo antimikrobnega peptida. Poleg tega pa ima vpliv tudi nivo onesnažene vode in prostornina naprave.

===Molekulsko kloniranje===

Pri kloniranju so uporabili mnogo biokock iz registra standardnih bioloških delov. Zapis za encim CqsA, ki je potreben za sintezo molekule CAI-1 in C8-CAI-1 so uspešno vstavili v'' E. coli''. S pomočjo bioluminiscence so pokazali, da ''E. coli'' molekule res proizvaja. Gen als so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4. Kot zanimivost: ta bakterija je bila letos prvič uporabljena kot genska šasija na tekmovanju iGEM. Funkcionalnost receptorja Odr-10 ''in vivo'' v P. pastoris z reporterskim sistemom pFUS1-RFP. Izražanje AMP v ''P. pastoris'' so validirali z RT-qPCR in ugotovili, da nastaja v zadostnih količinah.

===Prototip naprave===
Skupina je zasnovala poceni in uporabniku prijazno napravo, ki vsebuje njihove spremenjene mikroorganizme. Ti so liofilizirani in se nahajajo v polimernem materialu v obliki čajne vrečke, ki omogoča difuzijo molekul (CAI-1 in AMP) obenem pa prepreči difuzijo mikroorganizmov. Za najbolj učinkovit material se je izkazal polimer ABS (akrilonitril batadien stiren). Naprava se aktivira ob prisotnosti majhne količine vode. Če je le-ta kontaminirana z ''V. cholerae'', se iz naprave sproži AMP. Ko se ta sprosti, se lahko poveča volumen vode v kateri naprava deluje. 20-mililitrska naprava, ki vsebuje 1,4 g mikroorganizmov, učinkuje za čiščenje 1 lita vode. Izdelali so prototip 100-mililitrske naprave, ki vsebuje 7 g mikroorganizmov in zadostuje za čiščenje 5 litrov vode v eni uri.

==Zaključek==
Za pripravo v celoti funkcionalne in zanesljive naprave bi bilo potrebno vložiti še veliko dela. Najbolj kritični del je zagotoviti varno uporabo izdelka uporabnikom, saj le-ta vsebuje genetsko spremenjene mikroorganizme, ki ne smejo priti v vodo. Ko naprava odsluži svoj namen jo je potrebno pravilno odstraniti iz okolja. Problem pa je tudi v kontroli permeabilnosti membrane za mikroorganizme. Skupina vseeno meni, da je naprava, glede na njihove rezultate, zelo dobra naložba za detekcijo in odstranjevanje ''V. cholerae'' v onesnaženi vodi.

==Viri==

Seminarji SB 2017/18

2017-11-27T15:41:24Z

Urskacerne:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae]
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann 
2 Anja Tanšek 

5.12. 
1 Urška Furar 
2 Tina Lekan 
3 Katja Malovrh 
4 Jernej Vidmar 

12.12. 
1 Helena Jakše 
2 Tjaša Bensa 
3 Sabina Štukelj 
4 Amadeja Lapornik 

19.12. 
1 Ana Krišelj 
2 Vanna Imširović 
3 Dominik Dekleva 
4 Neža Gaube 

9.1. 
1 Nastja Marondini 
2 Elizabeta Jevnikar 
3 Nina Roštan 
4 Barbara Lipovšek 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar 
2 Marija Kisilak 
3 Nataša Traven 
4 Tina Šimunović 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert 

23.1. 
1 Ana Cirnski 
2 
3 
4

Seminarji SB 2017/18

2017-11-27T15:38:17Z

Urskacerne:

V študijskem letu 2017/18 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
#

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem]
#
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense]

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

---------------------------
Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

27.11. 
1 Marija Srnko -[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/No_problem NO problem] 
2 Neža Brezovar - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SLOVO_RAKU Slovo raku] 

28.11. 
1 Tjaša Grum - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_kvasovke_Saccharomyces_cerevisiae_za_pridobivanje_n-butanola Metabolno inženirstvo kvasovke Saccharomyces cerevisiae za pridobivanje n-butanola] 
2 Urška Černe [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Croc_%27n_Cholera_-_mikrobni_sistem_za_zaznavanje_in_odstranjevanje_Vibrio_cholerae Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae] 
3 Petra Vivod - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Aptasense Aptasense] 
4 

4.12. 
1 Sara Kimm Fuhrmann 
2 Anja Tanšek 

5.12. 
1 Urška Furar 
2 Tina Lekan 
3 Katja Malovrh 
4 Jernej Vidmar 

12.12. 
1 Helena Jakše 
2 Tjaša Bensa 
3 Sabina Štukelj 
4 Amadeja Lapornik 

19.12. 
1 Ana Krišelj 
2 Vanna Imširović 
3 Dominik Dekleva 
4 Neža Gaube 

9.1. 
1 Nastja Marondini 
2 Elizabeta Jevnikar 
3 Nina Roštan 
4 Barbara Lipovšek 

15.1. 
1 Matic Kovačič - [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/%C5%A0irjenje_genetskega_koda Širjenje genetskega koda] 

16.1. 
1 Inge Sotlar 
2 Marija Kisilak 
3 Nataša Traven 
4 Tina Šimunović 

22.1. 
1 Mojca Hunski 
2 Tomaž Žagar 
3 Tadej Ulčnik 
4 Jakob Rupert 

23.1. 
1 Ana Cirnski 
2 
3 
4

Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae

2017-11-27T15:29:31Z

Urskacerne: /* Zaključek */

==Uvod==
''Vibrio cholerae'' je gramnegativna bakterija, ki povzroča kolero. Med okužbo sprošča toksin kolere, ki povzroči močno diarejo in zunajčrevesne okužbe. Najdemo jo v onesnaženi vodi, kamor se je prenesla preko fecesa okuženih osebkov, predvsem v deželah s slabimi higienskimi razmerami. Vir okužbe je lahko tudi uživanje surovih školjk in rib, ki živijo v onesnaženi vodi. Odgovorna je za več kot milijon okuženih bolnikov, od tega 120. 000 smrtnih žrtev na leto v edemičnih državah. V needemičnih državah je smrtnost manjša, okoli 2.500 primerov letno. Osnova zdravljenja kolere je nadomeščanje izgubljene tekočine in elektrolitov z rehidratacijsko raztopino.

Skupina študentov iz Francije je v svojem projektu, s katerim je sodelovala na sinteznobiološkem tekmovanju iGEM 2017, izdelala prototip biološke naprave za zaznavanje in odstranjevanje ''V. cholerae'' iz onesnažene vode. Svoj projekt so poimenovali Croc 'n Cholera. Naprava vsebuje senzorsko bakterijo ''Vibrio harveyi'', ki aktivira efektorsko celico – kvasovko ''Pichia pastoris'', ob prisotnosti ''V. cholerae''. Ta nato proizvede antimikrobni peptid iz krokodila, ki uniči vrsto ''Vibrio''. Dodatno motivacijo za delo na projektu je skupina dobila med epidemijo kolere, ki se je razširila v Jemnu med marcem 2015 in septembrom 2017.

==Sestava mikrobne šasije==
Rešitve kako se spopasti z ''V. cholerae'' iščejo raziskovalci, prav tako pa so se s tem problemom spopadli že na prejšnjih iGem tekmovanjih. Delali so z bakterijo E. coli v katero so vnesli gene iz ''V. cholerae'', preko katerih so aktivirali izražanje reporterskega gena, ki je dal izhodni signal. Projekti zaradi prevelike kompleksnosti vstavitve velike količine DNA-informacije v en sam organizem niso bili uspešni.
Šasija letošnje skupine je bila sestavljena iz treh mikroorganizmov. Namesto ''V. cholerae'' so iz varnostnih razlogov uporabili ''E.coli'', ki je proizvajala molekulski signal iz ''V. cholerae''. Druga bakterija, ki je signal zaznala je bila genetsko spremenjena ''V. harveyi''. Tretji mikroorganizem kvasovka ''P. pastoris'' je zaznala sporočilo in proizvedla velike količine antimikrobnega peptida, ki se je izločil s sekrecijo in liziral ''V. cholerae''.

===''E. coli'', ki posnema ''Vibrio cholerae''===
Mnoge bakterije med seboj komunicirajo preko zaznavanja celične gostote (quorum sensing, QS). Celice pri tem proizvajajo, sproščajo in zaznavajo signalne molekule, ki jih imenujem avtoinduktorji. Ti pa sprožijo odziv na ravni transkripcije v drugi celici. Večja gostota celic pomeni sorazmerno več signalih molekul in večji odziv. Pri ''V. cholerae'' je sinteza virulenčnih faktorjev pod kontrolo QS. Vsebuje dve poti aktivacije sestavljeni iz receptorjev LuxPQ in CqsS, ki se odzoveta na avtoinduktor AI-2 in CAI-1. Medtem ko se prvi pojavlja tudi pri drugih bakterijah, se zadnji pojavlja le pri vrsti ''Vibrio''. Signalno molekulo CAI-1 sintetizira encim acil-CoA transferaza (CqsA). Količina izločene molekule je dober kvantitativni pokazatelj prisotnosti bakterije v vodi.

Delo s patogenimi bakterijami je nevarno, zato so uporabili spremenjeno bakterijo ''E. coli'' in tako posnemali prisotnost ''V. cholerae''. Sev K-12 MG1655 so transformirali s plazmidom z zapisom za encim CqsA iz ''V. cholerae''. ''E. coli'' se zlahka transformira in jo je lahko gojiti v celični kulturi. Kot senzorski organizem so si zamislili V. harveyi, zato so transformirali ''E. coli'' tudi z genom cqsA iz V. harveyi. Encim Vh_CqsA sintetizira molekulo C8-CAI-1 iz endogene molekule v ''E. coli'': (S)-adenozilmetionin (SAM) in oktanoil-koencima. C8-CAI-1 je analog CAI-1. cqsA iz ''V. cholerae'' in ''V. harveyi'' so vstavili preko plazmida pSB1C3 pod kontrolo promotorja pLac.

===Senzorski organizem ''Vibrio harveyi''===
''V. harveyi'' je gramnegativna bakterija, katere celice se prav tako med seboj sporazumevajo z zaznavanjem celične gostote. Da bi CqsS receptor v ''V. harveyi'' zaznal molekulo CAI-1, je bilo potrebno mutirati zapis za receptor in sicer fenilalanin na mestu 175 v cistein. Avtoaktivaciji so se izognili z uporabo seva JMH626, v katerem je gen cqsA odstranjen, tako da celica ne more sama proizvajati molekule C8-CAI-1. Izbrisali so tudi gen luxS, ki zapisuje za encim pomemben v sistemu QS. Tako je spremenjen sev zaznal samo neendogene molekule C8-CAI-1.

Ko se C8-CAI-1 veže na receptor, se sproži kaskada defosforilacij, kar inhibira promotor pQRR4 in blokira transkripcijo siRNA. Translacija tarčnih genov je ob odsotnosti siRNA aktivirana. Aktivacija translacije genov pod kontrolo promotorja pQRR4 je neposredno odvisna od koncentracije vezane molekule C8-CAI-1. Pri visokih koncentracijah signalne molekule je promotor neaktiven in obratno. Ta sistem so uporabili za proizvodnjo molekule diacetila, ki aktivira P. pastoris. Diacetil nastane iz endogenega piruvata z encimom acetolactate synthase (Als). Da bi aktivirali translacijo želenega gena (als) v prisotnosti C8-CAI-1, so v sistem dodali inverter tetR/pTet, ki nizek vhodni signal pretvori v visok izhodni signal. Gen als je bil torej pod kontrolo promotorja pQRR4, diacetil se je sintetiziral kot odgovor na CAI-1 in C8-CAI-1. Zapis so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4 s konjugacijo.

===Efektorski organizem: ''Pichia pastoris''===
Funkcija efektorskega organizma je proizvodnja antimikrobnega peptida (AMP), ki povzroči liziranje ''V. cholerae'' in ''V. harveyi''. Ker je ''P. pastoris'' evkariont, je ta odporen proti peptidu, ki specifično deluje na prokarionte. Diacetil se veže na evkariontski receptor Odr-10 (z G-proteinom povezan receptor), kar vodi v aktivacijo promotorja pFUS1 preko poti Ste12, ki je prisotna tudi pri ''P. pastoris''. Zapis za receptor Odr-10 so vstavili pod kontrolo konstitutivnega promotorja pGAP.

Antimikrobni peptid iz krokodilov je kationska molekula, ki tvori pore v bakterijski membrani. Njegov zapis so vstavili pod kontrolo promotorja pFUS1 v integracijski plazmid pPICZα. Signalni peptid α-faktor so vstavili v zapis pred AMP in je omogočal njegovo izločanje iz celice.

==Rezultati==
===Računalniški model naprave===

Med načrtovanjem modela je bilo potrebno odgovoriti na več vprašanj: Ali bo molekula CAI-1 sprožila zadosten odziv, ki bi aktiviral senzor - ''V. cholerae''? Ali se bo proizvedlo dovolj signalne molekule – diacetila, ki bi signal prenesel na efektorsko celico ''P. pastori''s? Ali bo efekstorska celica proizvedla dovolj antimikrobnega peptida, ki bi povzročil smrt ''V. cholerae''? Pred začetkom laboratorijskega dela so zato naredili računalniško simulacijo celotnega sistema. Med drugi, so napovedali reakcijski čas sistema. To je čas v katerem bi dosegli nepatogene koncentracije V. cholerae in je znašal manj kot eno uro. Pri tem so uporabili veliko že znanih eksperimentalnih podatkov iz literature in sestavili kinetični model naprave. Identificirali so parametre, ki so imeli največji vpliv na sistem. Rezultati so pokazali, da se večina parametrov nanaša na proizvodnjo antimikrobnega peptida. Poleg tega pa ima vpliv tudi nivo onesnažene vode in prostornina naprave.

===Molekulsko kloniranje===

Pri kloniranju so uporabili mnogo biokock iz registra standardnih bioloških delov. Zapis za encim CqsA, ki je potreben za sintezo molekule CAI-1 in C8-CAI-1 so uspešno vstavili v'' E. coli''. S pomočjo bioluminiscence so pokazali, da ''E. coli'' molekule res proizvaja. Gen als so v ''V. harveyi'' vstavili s plazmidom pBR1MCS-4. Kot zanimivost: ta bakterija je bila letos prvič uporabljena kot genska šasija na tekmovanju iGEM. Funkcionalnost receptorja Odr-10 ''in vivo'' v P. pastoris z reporterskim sistemom pFUS1-RFP. Izražanje AMP v ''P. pastoris'' so validirali z RT-qPCR in ugotovili, da nastaja v zadostnih količinah.

===Prototip naprave===
Skupina je zasnovala poceni in uporabniku prijazno napravo, ki vsebuje njihove spremenjene mikroorganizme. Ti so liofilizirani in se nahajajo v polimernem materialu v obliki čajne vrečke, ki omogoča difuzijo molekul (CAI-1 in AMP) obenem pa prepreči difuzijo mikroorganizmov. Za najbolj učinkovit material se je izkazal polimer ABS (akrilonitril batadien stiren). Naprava se aktivira ob prisotnosti majhne količine vode. Če je le-ta kontaminirana z ''V. cholerae'', se iz naprave sproži AMP. Ko se ta sprosti, se lahko poveča volumen vode v kateri naprava deluje. 20-mililitrska naprava, ki vsebuje 1,4 g mikroorganizmov, učinkuje za čiščenje 1 lita vode. Izdelali so prototip 100-mililitrske naprave, ki vsebuje 7 g mikroorganizmov in zadostuje za čiščenje 5 litrov vode v eni uri.

==Zaključek==
Za pripravo v celoti funkcionalne in zanesljive naprave bi bilo potrebno vložiti še veliko dela. Najbolj kritični del je zagotoviti varno uporabo izdelka uporabnikom, saj le-ta vsebuje genetsko spremenjene mikroorganizme, ki ne smejo priti v vodo. Ko naprava odsluži svoj namen jo je potrebno pravilno odstraniti iz okolja. Problem pa je tudi v kontroli permeabilnosti membrane za mikroorganizme. Skupina vseeno meni, da je naprava, glede na njihove rezultate, zelo dobra naložba za detekcijo in odstranjevanje ''V. cholerae'' v onesnaženi vodi.

==Viri==

Croc 'n Cholera - mikrobni sistem za zaznavanje in odstranjevanje Vibrio cholerae

2017-11-27T15:27:15Z

Urskacerne: New page: ==Uvod== ''Vibrio cholerae'' je gramnegativna bakterija, ki povzroča kolero. Med okužbo sprošča toksin kolere, ki povzroči močno diarejo in zunajčrevesne okužbe. Najdemo jo v onesn...

2014-03-01T18:34:16Z

Urskacerne: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_Better_RNA_interference Better RNA interference]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211084055.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||||||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||||||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||||||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||||||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| Anja Šantl||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Ana Kompan||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-03-01T18:29:49Z

Urskacerne: /* Urška Černe: Kako se imunski sistem bori proti malariji */

TBK2014-seminar

2014-03-01T17:59:25Z

Urskacerne: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_Better_RNA_interference Better RNA interference]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211084055.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Kako_se_imunski_sistem_bori_proti_malariji Kako se imunski sistem bori proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||||||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||||||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||||||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||||||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||||||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||||||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||||||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| Anja Šantl||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||||||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||||||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||||||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan||||||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec||||||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||||||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar||||||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović||||||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec||||||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||||||05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Ana Kompan||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

2014-03-01T16:53:50Z

Urskacerne:

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-03-01T16:52:36Z

Urskacerne:

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-03-01T16:52:22Z

Urskacerne:

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-03-01T16:50:50Z

Urskacerne: