Wiki FKKT - User contributions [en]

MBT seminarji 2019

2019-04-23T19:51:58Z

Valentina Novak:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2018/19'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (14. marec)<br>
# Production of functional human interleukin 37 using plants (N. Alqazlan, H. Diao, A. M. Jevnikar, and S. Ma; Plant Cell Rep. 38 (3), Mar. 2019; https://doi.org/10.1007/s00299-019-02377-2). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_funkcionalnega_%C4%8Dlove%C5%A1kega_IL37_v_rastlinah Proizvodnja funkcionalnega človeškega interlevkina 37 v rastlinah. Špela Malenšek]

'''Gensko spremenjene živali''' (21. marec)<br>
# Myopia disease mouse models: a missense point mutation (S673G) and a protein-truncating mutation of the ''Zfp644'' mimic human disease phenotype. (K. I. Szczerkowska ''et al.''; Cell Biosci. 9, 2019; https://doi.org/10.1186/s13578-019-0280-4). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mi%C5%A1ji_modeli_kratkovidnosti:_druga%C4%8Dnopomenska_to%C4%8Dkovna_mutacija_%28S673G%29_in_skraj%C5%A1evalna_mutacija_v_Zfp644_posnemata_fenotip_%C4%8Dlove%C5%A1ke_bolezni Mišji modeli kratkovidnosti: drugačnopomenska točkovna mutacija (S673G) in skrajševalna mutacija v ''Zfp644'' posnemata fenotip človeške bolezni] Rok Miklavčič
# A chicken bioreactor for efficient production of functional cytokines (Herron L.R. ''et al.''; BMC Biotechnol. 18 (1), Dec. 2018; https://doi.org/10.1186/s12896-018-0495-1).[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_kokošjega_bioreaktorja_za_učinkovito_proizvodnjo_funkcionalnih_citokinov Uporaba kokošjega bioreaktorja za učinkovito proizvodnjo funkcionalnih citokinov] Blaž Lebar
# Influence of a growth hormone transgene on the genetic architecture of growth-related traits: A comparative analysis between transgenic and wild-type coho salmon (M. Kodama, K. A. Naish in R. H. Devlin; Evol Appl. 11(10), 2018; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6231474/). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vpliv_transgena_rastnega_hormona_na_genetsko_arhitekturo_lastnosti_povezanimi_z_rastjo Vpliv transgena rastnega hormona na genetsko arhitekturo lastnosti povezanimi z rastjo: primerjalna analiza transgenega srebrnega lososa in srebrnega lososa divjega tipa] Nuša Kelhar

'''Okolje''' (4. april)<br>
# Bioremediation of soil long-term contaminated with PAHs by algal-bacterial synergy of Chlorella sp. MM3 and Rhodococcus wratislaviensis strain 9 in slurry phase (S.R.Subashchandrabose, K. Venkateswarlu in K. Venkidusamy; Sci. Total Environ., 2019; https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971835349X). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bioremediacija_zemlje%2C_dolgotrajno_kontaminirane_s_PAH Bioremediacija zemlje, dolgotrajno kontaminirane s policikličnimi aromatskimi ogljikovodiki z sinergijo alge Chlorella sp. MM3 in seva 9 bakterije Rhodococcus wratislaviensis v suspenziji.] Eva Rajh
# Anaerobic degradation of xenobiotic isophthalate by the fermenting bacterium ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'' (M. Junghare, D. Spiteller in B. Schink; ISME J, 2019; https://doi.org/10.1038/s41396-019-0348-5). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Anaerobna_razgradnja_izoftalata_pri_fermentacijski_bakteriji_Syntrophorhabdus_aromaticivorans Anaerobna razgradnja ksenobiotika izoftalata pri fermentirajoči bakteriji ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'']. Elvira Boršič
# Biodegradation and toxicity of emerging contaminants: Isolation of an exopolysaccharide-producing ''Sphingomonas sp.'' for ionic liquids bioremediation. (M. Koutinas ''et al.''; J. Haz. Mat. 365, Mar. 2019; https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2018.10.059). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biorazgradnja_in_toksičnost_nastalih_produktov Biorazgradnja in toksičnost nastalih produktov: izolacija mikroorganizma Sphingomonas MKIV, ki proizvaja eksopolisaharide, za bioremediacijo ionskih tekočin] Katja Dolenc

'''Terapevtski proteini in protitelesa''' (11. april)<br>
# Constructive approach for synthesis of a functional IgG using a reconstituted cell-free protein synthesis system (S. Murakami ''et al''; Scientific Reports 9, 2019; https://doi.org/10.1038/s41598-018-36691-8). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovit_pristop_za_sintezo_funkcionalnega_IgG_z_uporabo_rekonstruiranega_brezceli%C4%8Dnega_sistema_za_sintezo_proteinov Učinkovit pristop za sintezo funkcionalnega IgG z uporabo rekonstruiranega brezceličnega sistema za sintezo proteinov.] Vida Štrancar
# New therapeutic approach for targeting Hippo signalling pathway (L. Dominguez-Berrocal ''et al''; Scientific Reports 9(4771), 2019; https://www.nature.com/articles/s41598-019-41404-w). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nov_terapevtski_pristop_za_ciljanje_signalne_poti_Hippo Nov terapevtski pristop za ciljanje signalne poti Hippo.] Ana Halužan Vasle
# Use of a design of experiments approach to optimise production of a recombinant antibody fragment in the periplasm of Escherichia coli: selection of signal peptide and optimal growth conditions (Kasli ''et al''. AMB Expr (2019) 9:5; https://doi.org/10.1186/s13568-018-0727-8). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_pristopa_načrtovanja_eksperimentov_za_optimizacijo_proizvodnje_rekombinantnega_fragmenta_protitelesa_v_periplazmi_Escherichie_coli:_izbira_signalnega_peptida_in_optimalnih_pogojev_rasti Uporaba pristopa načrtovanja eksperimentov za optimizacijo proizvodnje rekombinantnega fragmenta protitelesa v periplazmi ''Escherichie coli'': izbira signalnega peptida in optimalnih pogojev rasti.] Nina Mavec

'''Diagnostiki in cepiva''' (18. april)<br>
# A viral-vectored RSV vaccine induces long-lived humoral immunity in cotton rats (J. Grieves, Z. Yin, A. Garcia-Sastre et al.; Vaccine 36(26), 2018; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2018.04.089) [[Cepivo proti RSV, pripravljeno z virusnim vektorjem, inducira dolgotrajno humoralno imunost pri bombažnih podganah]]. Nina Kobe
# Optimization of a multivalent peptide vaccine for nicotine addiction (D. F. Zeigler, R. Roque, C. H. Clegg; Vaccine 37(12), 2019; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2019.02.003) [[Optimizacija večvalentnega peptidnega cepiva za nikotinsko odvisnost]]. Iza Oblak
# Design of a Type-1 Diabetes Vaccine Candidate Using Edible Plants Expressing a Major Autoantigen (E. Bertini ''et al''., Front. Plant Sci. 9, 2018 https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00572) [[Načrtovanje kandidatnega cepiva za diabetes tipa I s pomočjo užitnih rastlin, ki izražajo pomemben avtoantigen]]. Katarina Petra van Midden

'''LMW učinkovine''' (25. april)<br>
# Metabolic engineering of ''Escherichia coli'' for de novo biosynthesis of vitamin B<sub>12</sub> (H. Fang ''et al.'', Nat Commun. 9(1), 2018 https://doi.org/10.1038/s41467-018-07412-6). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolno_in%C5%BEenirstvo_bakterije_Escherichia_coli_za_de_novo_sintezo_vitamina_B12 Metabolno inženirstvo bakterije ''Escherichia coli'' za ''de novo'' sintezo vitamina B<sub>12</sub>]. Valentina Novak
# David Titovšek
# Bor Klančnik

'''Male molekule in polimeri''' (9. maj)<br>
# Primož Bembič
# Karin Dobravc Škof
# Jaka Kos

'''Pretvorba biomase in bioenergenti''' (16. maj)<br>
# Maksimiljan Adamek
# Aljoša Marinko
# Jošt Hočevar

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (23. maj)<br>
# Katja Kunčič
# Peter Pečan

'''Rezervni termin''' (30. maj)<br>
# Mia Žganjar
# Engineering Protein-Secreting Plasma Cells by Homology-Directed Repair in Primary Human B Cells (Hung ''et al.'', Mol Ther. 7;26(2):456-467. <noinclude>https://doi.org/10.1016/j.ymthe.2017.11.012</noinclude>). Inženirstvo spreminjanja plazmatk s popravljanjem primarnih človeških celic B na osnovi homologije. Nives Ražnjević
# Ana Müller

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

Metabolno inženirstvo bakterije Escherichia coli za de novo sintezo vitamina B12

2019-04-23T19:48:15Z

Valentina Novak:

Vitamin B<sub>12</sub> ali kobalamin označuje skupino spojin, za katere je značilen korinski obroč s koordiniranim kobaltovim(III) ionom in spodnjim aksialnim ligandom dimetilbenzimidazol ribonukleotidom. Zgornji aksialni ligandi se med oblikami vitamina B<sub>12</sub> razlikujejo, v človeškem telesu biološko aktivna oblika koencim B<sub>12</sub> pa je 5'-deoksiadenozilkobalamin. Kot kofaktor je ključen za delovanje metionin sintaze in metilmalonil-CoA mutaze. Vitamin B<sub>12</sub> v naravi lahko proizvedejo zgolj nekatere bakterije in arheje, ljudje pa ga v telo vnesemo pretežno z živili živalskega izvora [1]. Pomanjkanje vitamina B<sub>12</sub> je značilno za nekatera bolezenska stanja, podhranjenost in napake v njegovi absorbciji. Odraža se v hematoloških in nevroloških nepravilnostih [2]. Zaradi potrebe po oralnem ali intramuskularnem nadomeščanju vitamina B<sub>12</sub> je zanimanje za optimizacijo biotehnološke sinteze vseskozi prisotno.

<h2>Biotehnološko pridobivanje vitamina B<sub>12</sub></h2>
Bakterije, ki so sposobne sinteze kobalamina ločimo glede na aerobno (značilna za rod ''Pseudomonas'') oz. anaerobno pot sinteze (rodova ''Bacillus'' in ''Salmonella''). Najpogosteje uporabljena mikroorganizma v biotehnološki proizvodnji sta ''Pseudomonas denitrificans'' ter ''Propionibacterium freundenreichii''. Maksimalni izkoristki biotehnološke proizvodnje so ca. 200 mg kobalamina na liter kulture. Sevi, ki so v industrijski uporabi, so prešli veliko stopenj optimizacije pogojev rasti ter izboljšanj z mutagenezo in genskim inženirstvom [3].

<h2>Sinteza vitamina B<sub>12</sub> v bakteriji ''Escherichia coli''</h2>
V primerjavi z vrstami, ki se sedaj uporabljajo za proizvodnjo vitamina B<sub>12</sub>, je bakterija ''E. coli'' bolj primerna, saj ima bistveno krajši rastni cikel in uveljavljene postopke za gensko spreminjanje. Kitajski raziskovalci (Fang ''et al.'') so zato rekonstruirali sintezno pot vitamina B<sub>12</sub> v ''E. coli'' s pomočjo njej lastnih encimov iz reciklažne poti kobalamina ter encimov, ki jih v aerobnih ali anaerobnih poteh sinteze uporabljajo druge bakterije. Kot vir genov za encime biosintezne poti so uporabili bakterije ''Rhodobacter capsulatus'', ''Brucella melitensis'', ''Sinorhizobium meliloti'', ''Salmonella typhimurium'' in ''Rhodopseudomonas palustris''. Konstrukte so združili v šest modulov, ki so skupaj vsebovali 32 genov. Modul 1 v celice vnese zapise za devet encimov aerobne poti za pretvorbo uroporfirinogena III (UroIII) v hidrogenobirinsko kislino pod kontrolo močnega promotorja T7. Modul 2 s štirimi encimi sodeluje pri pretvorbi hidrogenobirinske kisline v kob(II)irinsko kislino a,c-diamid (CBAD). Raziskovalci so ugotovili, da sistem, ki vsebuje zgolj modula 1 in 2, ''in vivo'' ne producira želenega produkta CBAD. Neujemanje z ''in vitro'' raziskavami so povezali z neuspešnim privzemom kobaltovih ionov v celico. Kot rešitev so v genom integrirali modul 3, ki vsebuje transporterje za vnos kobalta v celico. Tak sev ''E. coli'' ob prisotnosti modulov 1 in 2 uspešno sintetizira CBAD. Naslednji je bil modul 4, ki nosi zapise za pretvorbo CBAD in treonina, ki ga dodajamo v medij, v adenozilkobinamid fosfat. Modul 5 vsebuje encime lastne bakteriji ''E. coli'', ki sicer delujejo v reciklažni poti vitamina B<sub>12</sub>. Štirje encimi delujejo pri sintezi spodnjega aksialnega liganda, kar omogoči pretvorbo adenozilkobinamid fosfata v končni produkt - adenozilkobalamin. Izpleni sevov ''E. coli'', ki so vsebovali module 1–5, so bili med 1,2 in 2,2 μg adenozilkobalamina na gram suhe celične mase (μg/g DCW, ang. ''dry cell weight'') [4].

<h2>Optimizacija postopka in povečanje izplena</h2>
Prva izboljšava ustvarjenega seva je bil dodatek modula 6, ki je namenjen povečanju količine UroIII. Ta se sicer endogeno proizvede v bakteriji ''E. coli'' in služi kot substrat za sintezo kobalamina. Encime za sintezo UroIII so izrazili še heterologno s pomočjo genov iz ''R. palustris'' in ''S. meliloti''. Vnos je poleg povečane produkcije začetnih spojin v sintezni poti povzročil tudi nalaganje hema, ki na celice deluje toksično. Efekt so izničili z vnosom siRNA za utišanje genov ''hem'', ki niso vključeni v sintezo vitamina B<sub>12</sub>. Modul 6 so integrirali v genomsko DNA in s tem povečali izplen na 5,75 μg/g DCW.
Raziskovalci so nato izboljšali še modul 2, saj se je za ozko grlo sinteze izkazal proces kelacije kobalta. Za najboljšo izbiro izmed preizkušenih se je izkazala kelataza iz ''R. capsulatus'' ter dodatek encima CobW, ki naj bi prispeval k izboljšanju funkcije kelataz. Izboljšali so tudi modul 4 za sintezo adenozilkobinamid fosfata, kjer so načrtno preizkusili kombinacije encimov iz treh izhodnih organizmov, ki so bili viri genov za sintezno pot. Najustreznejša kombinacija je povečala izplen na 171,81 μg/g DCW.
Sledila je še optimizacija pogojev fermentacije. Optimizacija količin ključnih prekurzorjev sinteze (glicina, sukcinata in betaina) v gojišču je izkoristek povečala na 255,68 μg/g DCW. Preverili so tudi vpliv temperature gojenja in koncentracije IPTG. Večji vpliv na izplen je imela temperatura, optimalna pogoja za gojenje pa sta temperatura 32 °C in indukcija z IPTG v koncentraciji 1 mM. Izplen se je povečal na 307,00 μg/g DCW [4].

<h2>Zaključek</h2>
Raziskovalci so prvi uspešno v celoti sintetizirali adenozilkobalamin v bakteriji ''Escherichia coli''. V procesu optimizacije postopka so izplen povečali za 250-krat glede na začetnega. Dobljen izkoristek 0,67 mg vitamina B<sub>12</sub> na liter kulture še vedno ni primerljiv z zdaj uporabljanimi industrijskimi sevi ''P. denitrificans'' in ''P. freundenreichii'' (izkoristek ca. 200 mg/L kulture). Bakterija ''E. coli'' bi bila vseeno lahko v prihodnosti uporabna za industrijsko proizvodnjo vitamina B<sub>12</sub>, saj ima v primerjavi z do sedaj uporabljenimi mikroorganizmi znatno krajši rastni cikel in bolje uveljavljene postopke za gensko spreminjanje.

<h2>Literatura</h2>
[1] D. S. Froese, B. Fowler, M. R. Baumgartner: Vitamin B<sub>12</sub>, folate, and the methionine remethylation cycle – biochemistry, pathways, and regulation. J. Inherit. Metab. Dis. 2019, 1–13. doi: 10.1002/jimd.12009.

[2] M. J. Shipton, J. Thachil: Vitamin B<sub>12</sub> deficiency – A 21st century perspective. Clin. Med. 2015, 15(2), 145–150. doi: 10.7861/clinmedicine.15-2-145.

[3] K. Piwowarek ''et al.'': ''Propionibacterium'' spp. – source of propionic acid, vitamin B<sub>12</sub>, and other metabolites important for the industry. Appl.Microbiol. Biotechnol. 2018, 102, 515–538. doi: 10.1007/s00253-017-8616-7.

[4] H. Fang ''et al.'': Metabolic engineering of Escherichia coli for de novo biosynthesis of vitamin B<sub>12</sub>. Nat. Commun. 2018, 9(1), 4917. doi: 10.1038/s41467-018-07412-6.

Metabolno inženirstvo bakterije Escherichia coli za de novo sintezo vitamina B12

2019-04-23T19:46:45Z

Valentina Novak:

Vitamin B<sub>12</sub> ali kobalamin označuje skupino spojin, za katere je značilen korinski obroč s koordiniranim kobaltovim(III) ionom in spodnjim aksialnim ligandom dimetilbenzimidazol ribonukleotidom. Zgornji aksialni ligandi se med oblikami vitamina B<sub>12</sub> razlikujejo, v človeškem telesu biološko aktivna oblika koencim B<sub>12</sub> pa je 5'-deoksiadenozilkobalamin. Kot kofaktor je ključen za delovanje metionin sintaze in metilmalonil-CoA mutaze. Vitamin B<sub>12</sub> v naravi lahko proizvedejo zgolj nekatere bakterije in arheje, ljudje pa ga v telo vnesemo pretežno z živili živalskega izvora [1]. Pomanjkanje vitamina B<sub>12</sub> je značilno za nekatera bolezenska stanja, podhranjenost in napake v njegovi absorbciji. Odraža se v hematoloških in nevroloških nepravilnostih [2]. Zaradi potrebe po oralnem ali intramuskularnem nadomeščanju vitamina B<sub>12</sub> je zanimanje za optimizacijo biotehnološke sinteze vseskozi prisotno.

<h2>Biotehnološko pridobivanje vitamina B<sub>12</sub></h2>
Bakterije, ki so sposobne sinteze kobalamina ločimo glede na aerobno (značilna za rod ''Pseudomonas'') oz. anaerobno pot sinteze (rodova ''Bacillus'' in ''Salmonella''). Najpogosteje uporabljena mikroorganizma v biotehnološki proizvodnji sta ''Pseudomonas denitrificans'' ter ''Propionibacterium freundenreichii''. Maksimalni izkoristki biotehnološke proizvodnje so ca. 200 mg kobalamina na liter kulture. Sevi, ki so v industrijski uporabi, so prešli veliko stopenj optimizacije pogojev rasti ter izboljšanj z mutagenezo in genskim inženirstvom [3].

<h2>Sinteza vitamina B<sub>12</sub> v bakteriji ''Escherichia coli''</h2>
V primerjavi z vrstami, ki se sedaj uporabljajo za proizvodnjo vitamina B<sub>12</sub>, je bakterija ''E. coli'' bolj primerna, saj ima bistveno krajši rastni cikel in uveljavljene postopke za gensko spreminjanje. Kitajski raziskovalci (Fang ''et al.'') so zato rekonstruirali sintezno pot vitamina B<sub>12</sub> v ''E. coli'' s pomočjo njej lastnih encimov iz reciklažne poti kobalamina ter encimov, ki jih v aerobnih ali anaerobnih poteh sinteze uporabljajo druge bakterije. Kot vir genov za encime biosintezne poti so uporabili bakterije ''Rhodobacter capsulatus'', ''Brucella melitensis'', ''Sinorhizobium meliloti'', ''Salmonella typhimurium'' in ''Rhodopseudomonas palustris''. Konstrukte so združili v šest modulov, ki so skupaj vsebovali 32 genov. Modul 1 v celice vnese zapise za devet encimov aerobne poti za pretvorbo uroporfirinogena III (UroIII) v hidrogenobirinsko kislino pod kontrolo močnega promotorja T7. Modul 2 s štirimi encimi sodeluje pri pretvorbi hidrogenobirinske kisline v kob(II)irinsko kislino a,c-diamid (CBAD). Raziskovalci so ugotovili, da sistem, ki vsebuje zgolj modula 1 in 2, ''in vivo'' ne producira želenega produkta CBAD. Neujemanje z ''in vitro'' raziskavami so povezali z neuspešnim privzemom kobaltovih ionov v celico. Kot rešitev so v genom integrirali modul 3, ki vsebuje transporterje za vnos kobalta v celico. Tak sev ''E. coli'' ob prisotnosti modulov 1 in 2 uspešno sintetizira CBAD. Naslednji je bil modul 4, ki nosi zapise za pretvorbo CBAD in treonina, ki ga dodajamo v medij, v adenozilkobinamid fosfat. Modul 5 vsebuje encime lastne bakteriji ''E. coli'', ki sicer delujejo v reciklažni poti vitamina B<sub>12</sub>. Štirje encimi delujejo pri sintezi spodnjega aksialnega liganda, kar omogoči pretvorbo adenozilkobinamid fosfata v končni produkt - adenozilkobalamin. Izpleni sevov ''E. coli'', ki so vsebovali module 1–5, so bili med 1,2 in 2,2 μg adenozilkobalamina na gram suhe celične mase (μg/g DCW, ang. ''dry cell weight'') [4].

<h2>Optimizacija postopka in povečanje izplena</h2>
Prva izboljšava ustvarjenega seva je bil dodatek modula 6, ki je namenjen povečanju količine UroIII. Ta se sicer endogeno proizvede v bakteriji ''E. coli'' in služi kot substrat za sintezo kobalamina. Encime za sintezo UroIII so izrazili še heterologno s pomočjo genov iz ''R. palustris'' in ''S. meliloti''. Vnos je poleg povečane produkcije začetnih spojin v sintezni poti povzročil tudi nalaganje hema, ki na celice deluje toksično. Efekt so izničili z vnosom siRNA za utišanje genov ''hem'', ki niso vključeni v sintezo vitamina B<sub>12</sub>. Modul 6 so integrirali v genomsko DNA in s tem povečali izplen na 5,75 μg/g DCW.
Raziskovalci so nato izboljšali še modul 2, saj se je za ozko grlo sinteze izkazal proces kelacije kobalta. Za najboljšo izbiro izmed preizkušenih se je izkazala kelataza iz ''R. capsulatus'' ter dodatek encima CobW, ki naj bi prispeval k izboljšanju funkcije kelataz. Izboljšali so tudi modul 4 za sintezo adenozilkobinamid fosfata, kjer so načrtno preizkusili kombinacije encimov iz treh izhodnih organizmov, ki so bili viri genov za sintezno pot. Najustreznejša kombinacija je povečala izplen na 171,81 μg/g DCW.
Sledila je še optimizacija pogojev fermentacije. Optimizacija količin ključnih prekurzorjev sinteze (glicina, sukcinata in betaina) v gojišču je izkoristek povečala na 255,68 μg/g DCW. Preverili so tudi vpliv temperature gojenja in koncentracije IPTG. Večji vpliv na izplen je imela temperatura, optimalna pogoja za gojenje pa sta temperatura 32 °C in indukcija z IPTG v koncentraciji 1 mM. Izplen se je povečal na 307,00 μg/g DCW [4].

<h2>Zaključek</h2>
Raziskovalci so prvi uspešno v celoti sintetizirali adenozilkobalamin v bakteriji ''Escherichia coli''. V procesu optimizacije postopka so izplen povečali za 250-krat glede na začetnega. Dobljen izkoristek 0,67 mg vitamina B<sub>12</sub> na liter kulture še vedno ni primerljiv z zdaj uporabljanimi industrijskimi sevi ''P. denitrificans'' in ''P. freundenreichii'' (izkoristek ca. 200 mg/L kulture). Bakterija ''E. coli'' bi bila vseeno lahko v prihodnosti uporabna za industrijsko proizvodnjo vitamina B<sub>12</sub>, saj ima v primerjavi z do sedaj uporabljenimi mikroorganizmi znatno krajši rastni cikel in bolje uveljavljene postopke za gensko spreminjanje.

<h2>Literatura</h2>
[1] D. S. Froese, B. Fowler, M. R. Baumgartner: Vitamin B12, folate, and the methionine remethylation cycle – biochemistry, pathways, and regulation. J. Inherit. Metab. Dis. 2019, 1–13. doi: 10.1002/jimd.12009.

[2] M. J. Shipton, J. Thachil: Vitamin B12 deficiency – A 21st century perspective. Clin. Med. 2015, 15(2), 145–150. doi: 10.7861/clinmedicine.15-2-145.

[3] K. Piwowarek ''et al.'': Propionibacterium spp. – source of propionic acid, vitamin B12, and other metabolites important for the industry. Appl.Microbiol. Biotechnol. 2018, 102, 515–538. doi: 10.1007/s00253-017-8616-7.

[4] H. Fang ''et al.'': Metabolic engineering of Escherichia coli for de novo biosynthesis of vitamin B12. Nat. Commun. 2018, 9(1), 4917. doi: 10.1038/s41467-018-07412-6.

Metabolno inženirstvo bakterije Escherichia coli za de novo sintezo vitamina B12

2019-04-23T19:46:15Z

Valentina Novak:

Vitamin B<sub>12</sub> ali kobalamin označuje skupino spojin, za katere je značilen korinski obroč s koordiniranim kobaltovim(III) ionom in spodnjim aksialnim ligandom dimetilbenzimidazol ribonukleotidom. Zgornji aksialni ligandi se med oblikami vitamina B<sub>12</sub> razlikujejo, v človeškem telesu biološko aktivna oblika koencim B<sub>12</sub> pa je 5'-deoksiadenozilkobalamin. Kot kofaktor je ključen za delovanje metionin sintaze in metilmalonil-CoA mutaze. Vitamin B<sub>12</sub> v naravi lahko proizvedejo zgolj nekatere bakterije in arheje, ljudje pa ga v telo vnesemo pretežno z živili živalskega izvora [1]. Pomanjkanje vitamina B<sub>12</sub> je značilno za nekatera bolezenska stanja, podhranjenost in napake v njegovi absorbciji. Odraža se v hematoloških in nevroloških nepravilnostih [2]. Zaradi potrebe po oralnem ali intramuskularnem nadomeščanju vitamina B<sub>12</sub> je zanimanje za optimizacijo biotehnološke sinteze vseskozi prisotno.

<h2>Biotehnološko pridobivanje vitamina B<sub>12</sub></h2>
Bakterije, ki so sposobne sinteze kobalamina ločimo glede na aerobno (značilna za rod ''Pseudomonas'') oz. anaerobno pot sinteze (rodova ''Bacillus'' in ''Salmonella''). Najpogosteje uporabljena mikroorganizma v biotehnološki proizvodnji sta ''Pseudomonas denitrificans'' ter ''Propionibacterium freundenreichii''. Maksimalni izkoristki biotehnološke proizvodnje so ca. 200 mg kobalamina na liter kulture. Sevi, ki so v industrijski uporabi, so prešli veliko stopenj optimizacije pogojev rasti ter izboljšanj z mutagenezo in genskim inženirstvom [3].

<h2>Sinteza vitamina B<sub>12</sub> v bakteriji ''Escherichia coli''</h2>
V primerjavi z vrstami, ki se sedaj uporabljajo za proizvodnjo vitamina B<sub>12</sub>, je bakterija ''E. coli'' bolj primerna, saj ima bistveno krajši rastni cikel in uveljavljene postopke za gensko spreminjanje. Kitajski raziskovalci (Fang ''et al.'') so zato rekonstruirali sintezno pot vitamina B<sub>12</sub> v ''E. coli'' s pomočjo njej lastnih encimov iz reciklažne poti kobalamina ter encimov, ki jih v aerobnih ali anaerobnih poteh sinteze uporabljajo druge bakterije. Kot vir genov za encime biosintezne poti so uporabili bakterije ''Rhodobacter capsulatus'', ''Brucella melitensis'', ''Sinorhizobium meliloti'', ''Salmonella typhimurium'' in ''Rhodopseudomonas palustris''. Konstrukte so združili v šest modulov, ki so skupaj vsebovali 32 genov. Modul 1 v celice vnese zapise za devet encimov aerobne poti za pretvorbo uroporfirinogena III (UroIII) v hidrogenobirinsko kislino pod kontrolo močnega promotorja T7. Modul 2 s štirimi encimi sodeluje pri pretvorbi hidrogenobirinske kisline v kob(II)irinsko kislino a,c-diamid (CBAD). Raziskovalci so ugotovili, da sistem, ki vsebuje zgolj modula 1 in 2, ''in vivo'' ne producira želenega produkta CBAD. Neujemanje z ''in vitro'' raziskavami so povezali z neuspešnim privzemom kobaltovih ionov v celico. Kot rešitev so v genom integrirali modul 3, ki vsebuje transporterje za vnos kobalta v celico. Tak sev ''E. coli'' ob prisotnosti modulov 1 in 2 uspešno sintetizira CBAD. Naslednji je bil modul 4, ki nosi zapise za pretvorbo CBAD in treonina, ki ga dodajamo v medij, v adenozilkobinamid fosfat. Modul 5 vsebuje encime lastne bakteriji ''E. coli'', ki sicer delujejo v reciklažni poti vitamina B<sub>12</sub>. Štirje encimi delujejo pri sintezi spodnjega aksialnega liganda, kar omogoči pretvorbo adenozilkobinamid fosfata v končni produkt - adenozilkobalamin. Izpleni sevov ''E. coli'', ki so vsebovali module 1–5, so bili med 1,2 in 2,2 μg adenozilkobalamina na gram suhe celične mase (μg/g DCW, ang. ''dry cell weight'') [4].

<h2>Optimizacija postopka in povečanje izplena</h2>
Prva izboljšava ustvarjenega seva je bil dodatek modula 6, ki je namenjen povečanju količine UroIII. Ta se sicer endogeno proizvede v bakteriji ''E. coli'' in služi kot substrat za sintezo kobalamina. Encime za sintezo UroIII so izrazili še heterologno s pomočjo genov iz ''R. palustris'' in ''S. meliloti''. Vnos je poleg povečane produkcije začetnih spojin v sintezni poti povzročil tudi nalaganje hema, ki na celice deluje toksično. Efekt so izničili z vnosom siRNA za utišanje genov ''hem'', ki niso vključeni v sintezo vitamina B<sub>12</sub>. Modul 6 so integrirali v genomsko DNA in s tem povečali izplen na 5,75 μg/g DCW.
Raziskovalci so nato izboljšali še modul 2, saj se je za ozko grlo sinteze izkazal proces kelacije kobalta. Za najboljšo izbiro izmed preizkušenih se je izkazala kelataza iz ''R. capsulatus'' ter dodatek encima CobW, ki naj bi prispeval k izboljšanju funkcije kelataz. Izboljšali so tudi modul 4 za sintezo adenozilkobinamid fosfata, kjer so načrtno preizkusili kombinacije encimov iz treh izhodnih organizmov, ki so bili viri genov za sintezno pot. Najustreznejša kombinacija je povečala izplen na 171,81 μg/g DCW.
Sledila je še optimizacija pogojev fermentacije. Optimizacija količin ključnih prekurzorjev sinteze (glicina, sukcinata in betaina) v gojišču je izkoristek povečala na 255,68 μg/g DCW. Preverili so tudi vpliv temperature gojenja in koncentracije IPTG. Večji vpliv na izplen je imela temperatura, optimalna pogoja za gojenje pa sta temperatura 32 °C in indukcija z IPTG v koncentraciji 1 mM. Izplen se je povečal na 307,00 μg/g DCW [4].

<h2>Zaključek</h2>
Raziskovalci so prvi uspešno v celoti sintetizirali adenozilkobalamin v bakteriji ''Escherichia coli''. V procesu optimizacije postopka so izplen povečali za 250-krat glede na začetnega. Dobljen izkoristek 0,67 mg vitamina B<sub>12</sub> na liter kulture še vedno ni primerljiv z zdaj uporabljanimi industrijskimi sevi ''P. denitrificans'' in ''P. freundenreichii'' (izkoristek ca. 200 mg/L kulture). Bakterija ''E. coli'' bi bila vseeno lahko v prihodnosti uporabna za industrijsko proizvodnjo vitamina B<sub>12</sub>, saj ima v primerjavi z do sedaj uporabljenimi mikroorganizmi znatno krajši rastni cikel in bolje uveljavljene postopke za gensko spreminjanje.

<h2>Literatura</h2>
[1] D. S. Froese, B. Fowler, M. R. Baumgartner: Vitamin B12, folate, and the methionine remethylation cycle – biochemistry, pathways, and regulation. J. Inherit. Metab. Dis. 2019, 1–13. doi: 10.1002/jimd.12009.

[2] M. J. Shipton, J. Thachil: Vitamin B12 deficiency – A 21st century perspective. Clin. Med. 2015, 15(2), 145–150. doi: 10.7861/clinmedicine.15-2-145.

[3] K. Piwowarek et al.: Propionibacterium spp. – source of propionic acid, vitamin B12, and other metabolites important for the industry. Appl.Microbiol. Biotechnol. 2018, 102, 515–538. doi: 10.1007/s00253-017-8616-7.

[4] H. Fang et al.: Metabolic engineering of Escherichia coli for de novo biosynthesis of vitamin B12. Nat. Commun. 2018, 9(1), 4917. doi: 10.1038/s41467-018-07412-6.

Metabolno inženirstvo bakterije Escherichia coli za de novo sintezo vitamina B12

2019-04-23T19:45:06Z

Valentina Novak:

Vitamin B<sub>12</sub> ali kobalamin označuje skupino spojin, za katere je značilen korinski obroč s koordiniranim kobaltovim(III) ionom in spodnjim aksialnim ligandom dimetilbenzimidazol ribonukleotidom. Zgornji aksialni ligandi se med oblikami vitamina B<sub>12</sub> razlikujejo, v človeškem telesu biološko aktivna oblika koencim B<sub>12</sub> pa je 5'-deoksiadenozilkobalamin. Kot kofaktor je ključen za delovanje metionin sintaze in metilmalonil-CoA mutaze. Vitamin B<sub>12</sub> v naravi lahko proizvedejo zgolj nekatere bakterije in arheje, ljudje pa ga v telo vnesemo pretežno z živili živalskega izvora [1]. Pomanjkanje vitamina B<sub>12</sub> je značilno za nekatera bolezenska stanja, podhranjenost in napake v njegovi absorbciji. Odraža se v hematoloških in nevroloških nepravilnostih [2]. Zaradi potrebe po oralnem ali intramuskularnem nadomeščanju vitamina B<sub>12</sub> je zanimanje za optimizacijo biotehnološke sinteze vseskozi prisotno.

<h2>Biotehnološko pridobivanje vitamina B12</h2>
Bakterije, ki so sposobne sinteze kobalamina ločimo glede na aerobno (značilna za rod ''Pseudomonas'') oz. anaerobno pot sinteze (rodova ''Bacillus'' in ''Salmonella''). Najpogosteje uporabljena mikroorganizma v biotehnološki proizvodnji sta ''Pseudomonas denitrificans'' ter ''Propionibacterium freundenreichii''. Maksimalni izkoristki biotehnološke proizvodnje so ca. 200 mg kobalamina na liter kulture. Sevi, ki so v industrijski uporabi, so prešli veliko stopenj optimizacije pogojev rasti ter izboljšanj z mutagenezo in genskim inženirstvom [3].

<h2>Sinteza vitamina B12 v bakteriji Escherichia coli</h2>
V primerjavi z vrstami, ki se sedaj uporabljajo za proizvodnjo vitamina B<sub>12</sub>, je bakterija ''E. coli'' bolj primerna, saj ima bistveno krajši rastni cikel in uveljavljene postopke za gensko spreminjanje. Kitajski raziskovalci (Fang ''et al.'') so zato rekonstruirali sintezno pot vitamina B<sub>12</sub> v ''E. coli'' s pomočjo njej lastnih encimov iz reciklažne poti kobalamina ter encimov, ki jih v aerobnih ali anaerobnih poteh sinteze uporabljajo druge bakterije. Kot vir genov za encime biosintezne poti so uporabili bakterije ''Rhodobacter capsulatus'', ''Brucella melitensis'', ''Sinorhizobium meliloti'', ''Salmonella typhimurium'' in ''Rhodopseudomonas palustris''. Konstrukte so združili v šest modulov, ki so skupaj vsebovali 32 genov. Modul 1 v celice vnese zapise za devet encimov aerobne poti za pretvorbo uroporfirinogena III (UroIII) v hidrogenobirinsko kislino pod kontrolo močnega promotorja T7. Modul 2 s štirimi encimi sodeluje pri pretvorbi hidrogenobirinske kisline v kob(II)irinsko kislino a,c-diamid (CBAD). Raziskovalci so ugotovili, da sistem, ki vsebuje zgolj modula 1 in 2, ''in vivo'' ne producira želenega produkta CBAD. Neujemanje z ''in vitro'' raziskavami so povezali z neuspešnim privzemom kobaltovih ionov v celico. Kot rešitev so v genom integrirali modul 3, ki vsebuje transporterje za vnos kobalta v celico. Tak sev ''E. coli'' ob prisotnosti modulov 1 in 2 uspešno sintetizira CBAD. Naslednji je bil modul 4, ki nosi zapise za pretvorbo CBAD in treonina, ki ga dodajamo v medij, v adenozilkobinamid fosfat. Modul 5 vsebuje encime lastne bakteriji ''E. coli'', ki sicer delujejo v reciklažni poti vitamina B<sub>12</sub>. Štirje encimi delujejo pri sintezi spodnjega aksialnega liganda, kar omogoči pretvorbo adenozilkobinamid fosfata v končni produkt - adenozilkobalamin. Izpleni sevov ''E. coli'', ki so vsebovali module 1–5, so bili med 1,2 in 2,2 μg adenozilkobalamina na gram suhe celične mase (μg/g DCW, ang. ''dry cell weight'') [4].

<h2>Optimizacija postopka in povečanje izplena</h2>
Prva izboljšava ustvarjenega seva je bil dodatek modula 6, ki je namenjen povečanju količine UroIII. Ta se sicer endogeno proizvede v bakteriji ''E. coli'' in služi kot substrat za sintezo kobalamina. Encime za sintezo UroIII so izrazili še heterologno s pomočjo genov iz ''R. palustris'' in ''S. meliloti''. Vnos je poleg povečane produkcije začetnih spojin v sintezni poti povzročil tudi nalaganje hema, ki na celice deluje toksično. Efekt so izničili z vnosom siRNA za utišanje genov ''hem'', ki niso vključeni v sintezo vitamina B<sub>12</sub>. Modul 6 so integrirali v genomsko DNA in s tem povečali izplen na 5,75 μg/g DCW.
Raziskovalci so nato izboljšali še modul 2, saj se je za ozko grlo sinteze izkazal proces kelacije kobalta. Za najboljšo izbiro izmed preizkušenih se je izkazala kelataza iz ''R. capsulatus'' ter dodatek encima CobW, ki naj bi prispeval k izboljšanju funkcije kelataz. Izboljšali so tudi modul 4 za sintezo adenozilkobinamid fosfata, kjer so načrtno preizkusili kombinacije encimov iz treh izhodnih organizmov, ki so bili viri genov za sintezno pot. Najustreznejša kombinacija je povečala izplen na 171,81 μg/g DCW.
Sledila je še optimizacija pogojev fermentacije. Optimizacija količin ključnih prekurzorjev sinteze (glicina, sukcinata in betaina) v gojišču je izkoristek povečala na 255,68 μg/g DCW. Preverili so tudi vpliv temperature gojenja in koncentracije IPTG. Večji vpliv na izplen je imela temperatura, optimalna pogoja za gojenje pa sta temperatura 32 °C in indukcija z IPTG v koncentraciji 1 mM. Izplen se je povečal na 307,00 μg/g DCW [4].

<h2>Zaključek</h2>
Raziskovalci so prvi uspešno v celoti sintetizirali adenozilkobalamin v bakteriji ''Escherichia coli''. V procesu optimizacije postopka so izplen povečali za 250-krat glede na začetnega. Dobljen izkoristek 0,67 mg vitamina B<sub>12</sub> na liter kulture še vedno ni primerljiv z zdaj uporabljanimi industrijskimi sevi ''P. denitrificans'' in ''P. freundenreichii'' (izkoristek ca. 200 mg/L kulture). Bakterija ''E. coli'' bi bila vseeno lahko v prihodnosti uporabna za industrijsko proizvodnjo vitamina B<sub>12</sub>, saj ima v primerjavi z do sedaj uporabljenimi mikroorganizmi znatno krajši rastni cikel in bolje uveljavljene postopke za gensko spreminjanje.

<h2>Literatura</h2>
[1] D. S. Froese, B. Fowler, M. R. Baumgartner: Vitamin B12, folate, and the methionine remethylation cycle – biochemistry, pathways, and regulation. J. Inherit. Metab. Dis. 2019, 1–13. doi: 10.1002/jimd.12009.

[2] M. J. Shipton, J. Thachil: Vitamin B12 deficiency – A 21st century perspective. Clin. Med. 2015, 15(2), 145–150. doi: 10.7861/clinmedicine.15-2-145.

[3] K. Piwowarek et al.: Propionibacterium spp. – source of propionic acid, vitamin B12, and other metabolites important for the industry. Appl.Microbiol. Biotechnol. 2018, 102, 515–538. doi: 10.1007/s00253-017-8616-7.

[4] H. Fang et al.: Metabolic engineering of Escherichia coli for de novo biosynthesis of vitamin B12. Nat. Commun. 2018, 9(1), 4917. doi: 10.1038/s41467-018-07412-6.

Metabolno inženirstvo bakterije Escherichia coli za de novo sintezo vitamina B12

2019-04-23T19:33:52Z

Valentina Novak:

Vitamin B12 ali kobalamin označuje skupino spojin, za katere je značilen korinski obroč s koordiniranim kobaltovim(II) ionom in spodnjim aksialnim ligandom dimetilbenzimidazol ribonukleotidom. Zgornji aksialni ligandi se med oblikami vitamina B12 razlikujejo, v človeškem telesu biološko aktivna oblika koencim B12 pa je 5'-deoksiadenozilkobalamin. Kot kofaktor je ključen za delovanje metionin sintaze in metilmalonil-CoA mutaze. Vitamin B12 v naravi lahko proizvedejo zgolj nekatere bakterije in arheje, ljudje pa ga v telo vnesemo pretežno z živili živalskega izvora [1]. Pomanjkanje vitamina B12 je značilno za nekatera bolezenska stanja, podhranjenost in napake v njegovi absorbciji. Odraža se odraža v hematoloških in nevroloških nepravilnostih [2]. Zaradi potrebe po oralnem ali intramuskularnem nadomeščanju vitamina B12 je zanimanje za optimizacijo biotehnološke sinteze vseskozi prisotno.

<h2>Biotehnološko pridobivanje vitamina B12</h2>
Bakterije, ki so sposobne sinteze kobalamina ločimo glede na aerobno (značilna za rod ''Pseudomonas'') oz. anaerobno pot sinteze (rodova Bacillus in Salmonella). Najpogosteje uporabljena mikroorganizma v biotehnološki proizvodnji sta Pseudomonas denitrificans, kjer sinteza poteka po aerobni poti, ter Propionibacterium freundenreichii, kjer sinteza poteka po delno aerobni in delno anaerobni poti. Maksimalni izkoristki biotehnološke proizvodnje so ca. 200 mg kobalamina na liter kulture. Sevi, ki so v industrijski uporabi, so prešli veliko stopenj optimizacije pogojev rasti ter izboljšanj z mutagenezo in genskim inženirstvom [3].

<h2>Sinteza vitamina B12 v bakteriji Escherichia coli</h2>
V primerjavi z vrstami, ki se sedaj uporabljajo za proizvodnjo vitamina B12, je bakterija E. coli bolj primerna, saj ima bistveno krajši rastni cikel in uveljavljene postopke za gensko spreminjanje. Kitajski raziskovalci (Fang et al.) so zato rekonstruirali sintezno pot vitamina B12 v E. coli s pomočjo njej lastnih encimov iz reciklažne poti kobalamina ter encimov, ki jih v aerobnih ali anaerobnih poteh sinteze uporabljajo druge bakterije. Kot vir genov za encime biosintezne poti so uporabili bakterije Rhodobacter capsulatus, Brucella melitensis, Sinorhizobium meliloti, Salmonella typhimurium in Rhodopseudomonas palustris. Konstrukte so združili v šest modulov, ki so skupaj vsebovali 32 genov. Modul 1 v celice vnese zapise za devet encimov aerobne poti za pretvorbo uroporfirinogena III (UroIII) v hidrogenobirinsko kislino pod kontrolo močnega promotorja T7. Modul 2 s štirimi encimi sodeluje pri pretvorbi hidrogenobirinske kisline v kob(II)irinsko kislino a,c-diamid (CBAD). Raziskovalci so ugotovili, da sistem, ki vsebuje zgolj modula 1 in 2, in vivo ne producira želenega produkta CBAD. Neujemanje z in vitro raziskavami so povezali z neuspešnim privzemom kobaltovih ionov v celico. Kot rešitev so v genom integrirali modul 3, ki vsebouje transporterje za vnos kobalta v celico. Tak sev E. coli ob prisotnosti modulov 1 in 2 uspešno sintetizira CBAD. Naslednji je bil modul 4, ki nosi zapise za pretvorbo CBAD in treonina, ki ga dodajamo v medij, v adenozilkobinamid fosfat. Modul 5 vsebuje encime lastne bakteriji E. coli, ki sicer delujejo v reciklažni poti vitamina B12. Štirje encimi delujejo pri sintezi spodnjega aksialnega liganda, kar omogoči pretvorbo adenozilkobinamid fosfata v končni produkt - adenozilkobalamin. Izpleni sevov E. coli, ki so vsebovali module 1–5, so bili med 1,2 in 2,2 μg adenozilkobalamina na gram suhe celične mase (μg/g DCW, ang. dry cell weight) [4].

<h2>Optimizacija postopka in povečanje izplena</h2>
Prva izboljšava ustvarjenega seva je bil dodatek modula 6, ki je namenjen povečanju količine UroIII. Ta se sicer endogeno proizvede v bakteriji E. coli in služi kot substrat za sintezo kobalamina. Encime za sintezo UroIII so izrazili še heterologno s pomočjo genov iz R. palustris in S. meliloti. Vnos je poleg povečane produkcije začetnih spojin v sintezni poti povzročil tudi nalaganje hema, ki na celice deluje toksično. Efekt so izničili z vnosom siRNA za utišanje genov hem, ki niso vključeni v sintezo vitamina B12. Modul 6 so integrirali v genomsko DNA in s tem povečali izplen na 5,75 μg/g DCW.
Raziskovalci so nato izboljšali še modul 2, saj se je za ozko grlo sinteze izkazal proces kelacije kobalta. Za najboljšo izbiro izmed preizkušenih se je izkazala kelataza iz R. capsulatus ter dodatek encima CobW, ki naj bi prispeval k izboljšanju funkcije kelataz. Izboljšali so tudi modul 4 za sintezo adenozilkobinamid fosfata, kjer so načrtno preizkusili kombinacije encimov iz treh izhodnih organizmov, ki so bili viri genov za sintezno pot. Najustreznejša kombinacija je povečala izplen na 171,81 μg/g DCW.
Sledila je še optimizacija pogojev fermentacije. Optimizacija količin ključnih prekurzorjev sinteze (glicina, sukcinata in betaina) v gojišču je izplen povečala na 255,68 μg/g DCW. Preverili so tudi vpliv temperature gojenja in koncentracije IPTG. Večji vpliv na izplen je imela temperatura, optimalna pogoja za gojenje pa sta temperatura 32 °C in indukcija z IPTG v koncentraciji 1 mM. Izplen se je povečal na 307,00 μg/g DCW [4].

<h2>Zaključek</h2>
Raziskovalci so prvi uspešno v celoti sintetizirali adenozilkobalamin v bakteriji Escherichia coli. V procesu optimizacije postopka so izplen povečali za 250-krat glede na začetnega. Dobljen izkoristek 0,67 mg vitamina B12 na liter kulture še vedno ni primerljiv z zdaj uporabljanimi industrijskimi sevi P. denitrificans in P. freundenreichii (izkoristek ca. 200 mg/L kulture). Bakterija E. coli bi bila vseeno lahko v prihodnosti uporabna za industrijsko proizvodnjo vitamina B12, saj ima v primerajavi z do sedaj uporabljenimi mikroorganizmi znatno krajši rastni cikel in bolj uveljavljene postopke za gensko spremnjanje.

<h2>Literatura</h2>
[1] D. S. Froese, B. Fowler, M. R. Baumgartner: Vitamin B12, folate, and the methionine remethylation cycle – biochemistry, pathways, and regulation. J. Inherit. Metab. Dis. 2019, 1–13. doi: 10.1002/jimd.12009.
[2] M. J. Shipton, J. Thachil: Vitamin B12 deficiency – A 21st century perspective. Clin. Med. 2015, 15(2), 145–150. doi: 10.7861/clinmedicine.15-2-145.
[3] K. Piwowarek et al.: Propionibacterium spp. – source of propionic acid, vitamin B12, and other metabolites important for the industry. Appl.Microbiol. Biotechnol. 2018, 102, 515–538. doi: 10.1007/s00253-017-8616-7.
[4] H. Fang et al.: Metabolic engineering of Escherichia coli for de novo biosynthesis of vitamin B12. Nat. Commun. 2018, 9(1), 4917. doi: 10.1038/s41467-018-07412-6.

Metabolno inženirstvo bakterije Escherichia coli za de novo sintezo vitamina B12

2019-04-23T19:33:25Z

Valentina Novak: New page: Vitamin B12 ali kobalamin označuje skupino spojin, za katere je značilen korinski obroč s koordiniranim kobaltovim(II) ionom in spodnjim aksialnim ligandom dimetilbenzimidazol ribonukle...

Vitamin B12 ali kobalamin označuje skupino spojin, za katere je značilen korinski obroč s koordiniranim kobaltovim(II) ionom in spodnjim aksialnim ligandom dimetilbenzimidazol ribonukleotidom. Zgornji aksialni ligandi se med oblikami vitamina B12 razlikujejo, v človeškem telesu biološko aktivna oblika koencim B12 pa je 5'-deoksiadenozilkobalamin. Kot kofaktor je ključen za delovanje metionin sintaze in metilmalonil-CoA mutaze. Vitamin B12 v naravi lahko proizvedejo zgolj nekatere bakterije in arheje, ljudje pa ga v telo vnesemo pretežno z živili živalskega izvora [1]. Pomanjkanje vitamina B12 je značilno za nekatera bolezenska stanja, podhranjenost in napake v njegovi absorbciji. Odraža se odraža v hematoloških in nevroloških nepravilnostih [2]. Zaradi potrebe po oralnem ali intramuskularnem nadomeščanju vitamina B12 je zanimanje za optimizacijo biotehnološke sinteze vseskozi prisotno.

<h2>Biotehnološko pridobivanje vitamina B12</h2>
Bakterije, ki so sposobne sinteze kobalamina ločimo glede na aerobno (značilna za rod "Pseudomonas") oz. anaerobno pot sinteze (rodova Bacillus in Salmonella). Najpogosteje uporabljena mikroorganizma v biotehnološki proizvodnji sta Pseudomonas denitrificans, kjer sinteza poteka po aerobni poti, ter Propionibacterium freundenreichii, kjer sinteza poteka po delno aerobni in delno anaerobni poti. Maksimalni izkoristki biotehnološke proizvodnje so ca. 200 mg kobalamina na liter kulture. Sevi, ki so v industrijski uporabi, so prešli veliko stopenj optimizacije pogojev rasti ter izboljšanj z mutagenezo in genskim inženirstvom [3].

<h2>Sinteza vitamina B12 v bakteriji Escherichia coli</h2>
V primerjavi z vrstami, ki se sedaj uporabljajo za proizvodnjo vitamina B12, je bakterija E. coli bolj primerna, saj ima bistveno krajši rastni cikel in uveljavljene postopke za gensko spreminjanje. Kitajski raziskovalci (Fang et al.) so zato rekonstruirali sintezno pot vitamina B12 v E. coli s pomočjo njej lastnih encimov iz reciklažne poti kobalamina ter encimov, ki jih v aerobnih ali anaerobnih poteh sinteze uporabljajo druge bakterije. Kot vir genov za encime biosintezne poti so uporabili bakterije Rhodobacter capsulatus, Brucella melitensis, Sinorhizobium meliloti, Salmonella typhimurium in Rhodopseudomonas palustris. Konstrukte so združili v šest modulov, ki so skupaj vsebovali 32 genov. Modul 1 v celice vnese zapise za devet encimov aerobne poti za pretvorbo uroporfirinogena III (UroIII) v hidrogenobirinsko kislino pod kontrolo močnega promotorja T7. Modul 2 s štirimi encimi sodeluje pri pretvorbi hidrogenobirinske kisline v kob(II)irinsko kislino a,c-diamid (CBAD). Raziskovalci so ugotovili, da sistem, ki vsebuje zgolj modula 1 in 2, in vivo ne producira želenega produkta CBAD. Neujemanje z in vitro raziskavami so povezali z neuspešnim privzemom kobaltovih ionov v celico. Kot rešitev so v genom integrirali modul 3, ki vsebouje transporterje za vnos kobalta v celico. Tak sev E. coli ob prisotnosti modulov 1 in 2 uspešno sintetizira CBAD. Naslednji je bil modul 4, ki nosi zapise za pretvorbo CBAD in treonina, ki ga dodajamo v medij, v adenozilkobinamid fosfat. Modul 5 vsebuje encime lastne bakteriji E. coli, ki sicer delujejo v reciklažni poti vitamina B12. Štirje encimi delujejo pri sintezi spodnjega aksialnega liganda, kar omogoči pretvorbo adenozilkobinamid fosfata v končni produkt - adenozilkobalamin. Izpleni sevov E. coli, ki so vsebovali module 1–5, so bili med 1,2 in 2,2 μg adenozilkobalamina na gram suhe celične mase (μg/g DCW, ang. dry cell weight) [4].

<h2>Optimizacija postopka in povečanje izplena</h2>
Prva izboljšava ustvarjenega seva je bil dodatek modula 6, ki je namenjen povečanju količine UroIII. Ta se sicer endogeno proizvede v bakteriji E. coli in služi kot substrat za sintezo kobalamina. Encime za sintezo UroIII so izrazili še heterologno s pomočjo genov iz R. palustris in S. meliloti. Vnos je poleg povečane produkcije začetnih spojin v sintezni poti povzročil tudi nalaganje hema, ki na celice deluje toksično. Efekt so izničili z vnosom siRNA za utišanje genov hem, ki niso vključeni v sintezo vitamina B12. Modul 6 so integrirali v genomsko DNA in s tem povečali izplen na 5,75 μg/g DCW.
Raziskovalci so nato izboljšali še modul 2, saj se je za ozko grlo sinteze izkazal proces kelacije kobalta. Za najboljšo izbiro izmed preizkušenih se je izkazala kelataza iz R. capsulatus ter dodatek encima CobW, ki naj bi prispeval k izboljšanju funkcije kelataz. Izboljšali so tudi modul 4 za sintezo adenozilkobinamid fosfata, kjer so načrtno preizkusili kombinacije encimov iz treh izhodnih organizmov, ki so bili viri genov za sintezno pot. Najustreznejša kombinacija je povečala izplen na 171,81 μg/g DCW.
Sledila je še optimizacija pogojev fermentacije. Optimizacija količin ključnih prekurzorjev sinteze (glicina, sukcinata in betaina) v gojišču je izplen povečala na 255,68 μg/g DCW. Preverili so tudi vpliv temperature gojenja in koncentracije IPTG. Večji vpliv na izplen je imela temperatura, optimalna pogoja za gojenje pa sta temperatura 32 °C in indukcija z IPTG v koncentraciji 1 mM. Izplen se je povečal na 307,00 μg/g DCW [4].

<h2>Zaključek</h2>
Raziskovalci so prvi uspešno v celoti sintetizirali adenozilkobalamin v bakteriji Escherichia coli. V procesu optimizacije postopka so izplen povečali za 250-krat glede na začetnega. Dobljen izkoristek 0,67 mg vitamina B12 na liter kulture še vedno ni primerljiv z zdaj uporabljanimi industrijskimi sevi P. denitrificans in P. freundenreichii (izkoristek ca. 200 mg/L kulture). Bakterija E. coli bi bila vseeno lahko v prihodnosti uporabna za industrijsko proizvodnjo vitamina B12, saj ima v primerajavi z do sedaj uporabljenimi mikroorganizmi znatno krajši rastni cikel in bolj uveljavljene postopke za gensko spremnjanje.

<h2>Literatura</h2>
[1] D. S. Froese, B. Fowler, M. R. Baumgartner: Vitamin B12, folate, and the methionine remethylation cycle – biochemistry, pathways, and regulation. J. Inherit. Metab. Dis. 2019, 1–13. doi: 10.1002/jimd.12009.
[2] M. J. Shipton, J. Thachil: Vitamin B12 deficiency – A 21st century perspective. Clin. Med. 2015, 15(2), 145–150. doi: 10.7861/clinmedicine.15-2-145.
[3] K. Piwowarek et al.: Propionibacterium spp. – source of propionic acid, vitamin B12, and other metabolites important for the industry. Appl.Microbiol. Biotechnol. 2018, 102, 515–538. doi: 10.1007/s00253-017-8616-7.
[4] H. Fang et al.: Metabolic engineering of Escherichia coli for de novo biosynthesis of vitamin B12. Nat. Commun. 2018, 9(1), 4917. doi: 10.1038/s41467-018-07412-6.

MBT seminarji 2019

2019-04-17T17:41:15Z

Valentina Novak:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2018/19'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (14. marec)<br>
# Production of functional human interleukin 37 using plants (N. Alqazlan, H. Diao, A. M. Jevnikar, and S. Ma; Plant Cell Rep. 38 (3), Mar. 2019; https://doi.org/10.1007/s00299-019-02377-2). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_funkcionalnega_%C4%8Dlove%C5%A1kega_IL37_v_rastlinah Proizvodnja funkcionalnega človeškega interlevkina 37 v rastlinah. Špela Malenšek]

'''Gensko spremenjene živali''' (21. marec)<br>
# Myopia disease mouse models: a missense point mutation (S673G) and a protein-truncating mutation of the ''Zfp644'' mimic human disease phenotype. (K. I. Szczerkowska ''et al.''; Cell Biosci. 9, 2019; https://doi.org/10.1186/s13578-019-0280-4). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mi%C5%A1ji_modeli_kratkovidnosti:_druga%C4%8Dnopomenska_to%C4%8Dkovna_mutacija_%28S673G%29_in_skraj%C5%A1evalna_mutacija_v_Zfp644_posnemata_fenotip_%C4%8Dlove%C5%A1ke_bolezni Mišji modeli kratkovidnosti: drugačnopomenska točkovna mutacija (S673G) in skrajševalna mutacija v ''Zfp644'' posnemata fenotip človeške bolezni] Rok Miklavčič
# A chicken bioreactor for efficient production of functional cytokines (Herron L.R. ''et al.''; BMC Biotechnol. 18 (1), Dec. 2018; https://doi.org/10.1186/s12896-018-0495-1).[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_kokošjega_bioreaktorja_za_učinkovito_proizvodnjo_funkcionalnih_citokinov Uporaba kokošjega bioreaktorja za učinkovito proizvodnjo funkcionalnih citokinov] Blaž Lebar
# Influence of a growth hormone transgene on the genetic architecture of growth-related traits: A comparative analysis between transgenic and wild-type coho salmon (M. Kodama, K. A. Naish in R. H. Devlin; Evol Appl. 11(10), 2018; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6231474/). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vpliv_transgena_rastnega_hormona_na_genetsko_arhitekturo_lastnosti_povezanimi_z_rastjo Vpliv transgena rastnega hormona na genetsko arhitekturo lastnosti povezanimi z rastjo: primerjalna analiza transgenega srebrnega lososa in srebrnega lososa divjega tipa] Nuša Kelhar

'''Okolje''' (4. april)<br>
# Bioremediation of soil long-term contaminated with PAHs by algal-bacterial synergy of Chlorella sp. MM3 and Rhodococcus wratislaviensis strain 9 in slurry phase (S.R.Subashchandrabose, K. Venkateswarlu in K. Venkidusamy; Sci. Total Environ., 2019; https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971835349X). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bioremediacija_zemlje%2C_dolgotrajno_kontaminirane_s_PAH Bioremediacija zemlje, dolgotrajno kontaminirane s policikličnimi aromatskimi ogljikovodiki z sinergijo alge Chlorella sp. MM3 in seva 9 bakterije Rhodococcus wratislaviensis v suspenziji.] Eva Rajh
# Anaerobic degradation of xenobiotic isophthalate by the fermenting bacterium ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'' (M. Junghare, D. Spiteller in B. Schink; ISME J, 2019; https://doi.org/10.1038/s41396-019-0348-5). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Anaerobna_razgradnja_izoftalata_pri_fermentacijski_bakteriji_Syntrophorhabdus_aromaticivorans Anaerobna razgradnja ksenobiotika izoftalata pri fermentirajoči bakteriji ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'']. Elvira Boršič
# Biodegradation and toxicity of emerging contaminants: Isolation of an exopolysaccharide-producing ''Sphingomonas sp.'' for ionic liquids bioremediation. (M. Koutinas ''et al.''; J. Haz. Mat. 365, Mar. 2019; https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2018.10.059). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biorazgradnja_in_toksičnost_nastalih_produktov Biorazgradnja in toksičnost nastalih produktov: izolacija mikroorganizma Sphingomonas MKIV, ki proizvaja eksopolisaharide, za bioremediacijo ionskih tekočin] Katja Dolenc

'''Terapevtski proteini in protitelesa''' (11. april)<br>
# Constructive approach for synthesis of a functional IgG using a reconstituted cell-free protein synthesis system (S. Murakami ''et al''; Scientific Reports 9, 2019; https://doi.org/10.1038/s41598-018-36691-8). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovit_pristop_za_sintezo_funkcionalnega_IgG_z_uporabo_rekonstruiranega_brezceli%C4%8Dnega_sistema_za_sintezo_proteinov Učinkovit pristop za sintezo funkcionalnega IgG z uporabo rekonstruiranega brezceličnega sistema za sintezo proteinov.] Vida Štrancar
# New therapeutic approach for targeting Hippo signalling pathway (L. Dominguez-Berrocal ''et al''; Scientific Reports 9(4771), 2019; https://www.nature.com/articles/s41598-019-41404-w). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nov_terapevtski_pristop_za_ciljanje_signalne_poti_Hippo Nov terapevtski pristop za ciljanje signalne poti Hippo.] Ana Halužan Vasle
# Use of a design of experiments approach to optimise production of a recombinant antibody fragment in the periplasm of Escherichia coli: selection of signal peptide and optimal growth conditions (Kasli ''et al''. AMB Expr (2019) 9:5; https://doi.org/10.1186/s13568-018-0727-8). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_pristopa_načrtovanja_eksperimentov_za_optimizacijo_proizvodnje_rekombinantnega_fragmenta_protitelesa_v_periplazmi_Escherichie_coli:_izbira_signalnega_peptida_in_optimalnih_pogojev_rasti Uporaba pristopa načrtovanja eksperimentov za optimizacijo proizvodnje rekombinantnega fragmenta protitelesa v periplazmi ''Escherichie coli'': izbira signalnega peptida in optimalnih pogojev rasti.] Nina Mavec

'''Diagnostiki in cepiva''' (18. april)<br>
# A viral-vectored RSV vaccine induces long-lived humoral immunity in cotton rats (J. Grieves, Z. Yin, A. Garcia-Sastre et al.; Vaccine 36(26), 2018; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2018.04.089) [[Cepivo proti RSV, pripravljeno z virusnim vektorjem, inducira dolgotrajno humoralno imunost pri bombažnih podganah]]. Nina Kobe
# Optimization of a multivalent peptide vaccine for nicotine addiction (D. F. Zeigler, R. Roque, C. H. Clegg; Vaccine 37(12), 2019; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2019.02.003) [[Optimizacija večvalentnega peptidnega cepiva za nikotinsko odvisnost]]. Iza Oblak
# Design of a Type-1 Diabetes Vaccine Candidate Using Edible Plants Expressing a Major Autoantigen (E. Bertini ''et al''., Front. Plant Sci. 9, 2018 https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00572) [[Načrtovanje kandidatnega cepiva za diabetes tipa I s pomočjo užitnih rastlin, ki izražajo pomemben avtoantigen]]. Katarina Petra van Midden

'''LMW učinkovine''' (25. april)<br>
# Metabolic engineering of ''Escherichia coli'' for de novo biosynthesis of vitamin B<sub>12</sub> (H. Fang ''et al.'', Nat Commun. 9(1), 2018 https://doi.org/10.1038/s41467-018-07412-6). Metabolno inženirstvo bakterije ''Escherichia coli'' za ''de novo'' sintezo vitamina B<sub>12</sub>. Valentina Novak
# David Titovšek
# Bor Klančnik

'''Male molekule in polimeri''' (9. maj)<br>
# Primož Bembič
# Karin Dobravc Škof
# Jaka Kos

'''Pretvorba biomase in bioenergenti''' (16. maj)<br>
# Maksimiljan Adamek
# Aljoša Marinko
# Jošt Hočevar

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (23. maj)<br>
# Katja Kunčič
# Peter Pečan

'''Rezervni termin''' (30. maj)<br>
# Mia Žganjar
# Engineering Protein-Secreting Plasma Cells by Homology-Directed Repair in Primary Human B Cells (Hung ''et al.'', Mol Ther. 7;26(2):456-467. <noinclude>https://doi.org/10.1016/j.ymthe.2017.11.012</noinclude>). Inženirstvo spreminjanja plazmatk s popravljanjem primarnih človeških celic B na osnovi homologije. Nives Ražnjević
# Ana Müller

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2019

2019-03-28T17:27:38Z

Valentina Novak:

MBT seminarji 2019

2019-03-28T17:27:25Z

Valentina Novak:

MBT seminarji 2019

2019-03-28T17:25:54Z

Valentina Novak:

Mehanizmi delovanja in odpornosti proti antibiotikom

2017-04-24T17:34:53Z

Valentina Novak:

V študijskem letu 2016/17 seminarji obravnavajo področje antibiotikov: kako delujejo in kako pride do razvoja odpornosti proti njim. Tema je razdeljena na 16 poglavij. Naslovi so navedeni na prvem seznamu le kot okvirne teme in jih lahko spremenite, ne smete pa se odmakniti od osnovne teme seminarja.

Vsako temo obdelajo praviloma trije, lahko pa tudi samo dva študenta. Predlagate lahko tudi dodatne teme. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni! Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje en dan pred predstavitvijo (do polnoči), torej najkasneje v nedeljo ali v torek za ponedeljkove oziroma sredine seminarje. Predstavitve seminarjev 1-4 bodo 22. maja, 5-8 24. maja, 9-12 29. maja, 13-16 31. maja 2017. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

# Mehanizem delovanja kinolonov
# Mehanizem delovanja rifamicinov
# Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov
# Inhibitorji podenote 30 S ribosoma
# Inhibitorji podenote 50 S ribosoma
# Mehanizem celične smrti po delovanju antibiotikov
# Protimikrobna sredstva v živilski industriji - peptidni antibiotiki
# Protimikrobni polimeri
# Delovanje rastlinskih fenolnih spojin na bakterije
# Strategije v boju proti biofilmom
# Proti antibiotikom občutljivi koki (enterokoki, stafilokoki, streptokoki)
# Proti antibiotikom odporne mikobakterije in nejserije
# Entereobakterije, ki proizvajajo ESBL in odporne proti karbapenemu
# Proti antibiotikom odporni psevdomonas in acinetobakter
# Delovanje na plazmide za zmanjševanje širjenja odpornosti med bakterijami
# Fagi v boju proti patogenim bakterijam

----

Vpišite se v oklepaj za naslovom seminarja:

# Mehanizem delovanja kinolonov (Pia Lavriha, Domen Vaupotič, Neli Sedej)
# Mehanizem delovanja rifamicinov ( Urban Ferčec, Aljaž Božič, Mateja Luzar)
# Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov (Ivančir, Lenardič, Cafun)
# Inhibitorji podenote 30 S ribosoma
# Inhibitorji podenote 50 S ribosoma (Tomaž Žigon)
# Mehanizem celične smrti po delovanju antibiotikov (Karmen Žbogar, Natalija Pucihar, Katja Malensek)
# Protimikrobna sredstva v živilski industriji - peptidni antibiotiki (Anja Šantl, Liza Otorepec, Dominik Rebek)
# Protimikrobni polimeri (David Dolhar, Jurij Nastran, Jaka Kos)
# Delovanje rastlinskih fenolnih spojin na bakterije (Valentina Novak, Tanja Peric, Maksimiljan Adamek)
# Strategije v boju proti biofilmom(Klemenčič, Vogrinec, Hudovernik)
# Proti antibiotikom občutljivi koki (enterokoki, stafilokoki, streptokoki)
# Proti antibiotikom odporne mikobakterije in nejserije (David Titovsek, Iztok Štuhec, Maša Zorman)
# Entereobakterije, ki proizvajajo ESBL in odporne proti karbapenemu
# Proti antibiotikom odporni psevdomonas in acinetobakter(Janja Murn, Katarina van Midden, Vida Štrancar)
# Delovanje na plazmide za zmanjševanje širjenja odpornosti med bakterijami (Zala Živič, Ana Halužan Vasle)
# Fagi v boju proti patogenim bakterijam (Jošt Hočevar, Nejc Arh, Aljoša Marinko)

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo s povzetkom. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki:
<nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

BIO2 Seminar 2016

2016-11-08T18:01:27Z

Valentina Novak: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Vida Štrancar || 12 || Zaznavanje vročine pri rastlinah || Jošt Hočevar || Neli Sedej || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Janja Murn || 12 || Wnt signalizacija in njena regulacija || Ana Halužan Vasle || Domen Vaupotič || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Katarina Petra van Midden || 12 || Nekroptoza- programirana celična smrt || Veronika Razpotnik || Tina Ivančir || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Dominik Rebek || 12 || Vloga proteinske družine Bcl-2 pri apoptozi || Maša Bratkovič || Katja Malenšek || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Maksimiljan Adamek || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2016#Maksimiljan_Adamek:_Avksin_in_njegova_vloga_v_fototropizmu_rastlin Avksin in njegova vloga v fototropizmu rastlin] || David Dolhar || Maša Zorman || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| David Dolhar || 12 || Delovanje interferonov tipa I pri imunskem odzivu || Andrej Ivanovski || Jurij Nastran || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Anja Šantl || 14-15 || Vloga FOXO proteinov pri sladkorni bolezni tipa 2 || Vida Štrancar || Jošt Hočevar || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Lana Vogrinec || 14-15 || Metabolizem laktata v možganih || Janja Murn || Ana Halužan Vasle || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Ajda Cafun || 14-15 || Transkripcijska regulacija hepatičnega metabolizma lipidov || Katarina Petra van Midden || Ana Obaha || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Iztok Štuhec || 16 || || Dominik Rebek || Maša Bratkovič || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Valentina Novak || 16 ||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2016#Valentina_Novak:_Alternativni_na.C4.8Dini_organizacije_cikla_citronske_kisline_v_rastlinah Alternativni načini organizacije cikla citronske kisline v rastlinah] || Maksimiljan Adamek || David Dolhar || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Zala Živič || 16 || Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na staranje organizma || Ana Obaha || Andrej Ivanovski || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Natalija Pucihar || 17 || || Mateja Luzar || Kristina Piškur || 15/11/16 || 17/11/16 || 22/11/16
|-
| Aljaž Božič || 17 || || Anja Šantl || Vida Štrancar || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Ajda Lenardič || 17 || || Lana Vogrinec || Janja Murn || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Tanja Peric || 17 || || Ajda Cafun || Katarina Petra van Midden || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Kristina Piškur || 18 || || Natalija Pucihar || Mateja Luzar || 22/11/16 || 24/11/16 || 29/11/16
|-
| Nejc Arh || 18 || || Iztok Štuhec || Dominik Rebek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Tomaž Žigon || 18 || || Valentina Novak || Maksimiljan Adamek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Urban Ferčec || 18 || || Zala Živič || Veronika Razpotnik || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Eva Klemenčič || 19 || || Aljaž Božič || Anja Šantl || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| David Titovšek || 19 || || Ajda Lenardič || Lana Vogrinec || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Karmen Žbogar || 19 || || Tanja Peric || Ajda Cafun || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Aljoša Marinko || 20 || || Nejc Arh || Iztok Štuhec || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Pia Lavriha || 20 || || Tomaž Žigon || Valentina Novak || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Samo Purič || 20 || || Urban Ferčec || Zala Živič || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Mateja Luzar || 21 || || Kristina Piškur || Natalija Pucihar || 13/12/16 || 15/12/16 || 20/12/16
|-
| Ela Hudovernik || 21 || || Eva Klemenčič || Aljaž Božič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Neli Sedej || 21 || || David Titovšek || Ajda Lenardič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Domen Vaupotič || 21 || || Karmen Žbogar || Tanja Peric || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Tina Ivančir || 22 || || Aljoša Marinko || Nejc Arh || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Katja Malenšek || 22 || || Pia Lavriha || Tomaž Žigon || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Maša Zorman || 22 || || Samo Purič || Urban Ferčec || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Jurij Nastran || 23 || || Ela Hudovernik || Eva Klemenčič || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Jošt Hočevar || 23 || || Neli Sedej || David Titovšek || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Halužan Vasle || 23 || || Domen Vaupotič || Karmen Žbogar || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Obaha || 23 || || Tina Ivančir || Aljoša Marinko || 10/01/17 || 12/01/17 || 17/01/17
|-
| Maša Bratkovič || 23 || || Katja Malenšek || Pia Lavriha || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Veronika Razpotnik || 23 || || Maša Zorman || Samo Purič|| 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Andrej Ivanovski || 23 || || Jurij Nastran || Ela Hudovernik || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje:<br>
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2016|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od <font color=red>2700 do 3000 besed </font>, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. <font color=red>Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. </font>
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==<font color=green>Imena datotek</font>==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* <font color=green>312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši</font>

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana <font color=green>zeleno</font>.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>
'''Citiranje knjig:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:'''<br>
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>
<font color=green>Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.</font>

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2016

2016-11-08T18:01:17Z

Valentina Novak: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Vida Štrancar || 12 || Zaznavanje vročine pri rastlinah || Jošt Hočevar || Neli Sedej || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Janja Murn || 12 || Wnt signalizacija in njena regulacija || Ana Halužan Vasle || Domen Vaupotič || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Katarina Petra van Midden || 12 || Nekroptoza- programirana celična smrt || Veronika Razpotnik || Tina Ivančir || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Dominik Rebek || 12 || Vloga proteinske družine Bcl-2 pri apoptozi || Maša Bratkovič || Katja Malenšek || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Maksimiljan Adamek || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2016#Maksimiljan_Adamek:_Avksin_in_njegova_vloga_v_fototropizmu_rastlin Avksin in njegova vloga v fototropizmu rastlin] || David Dolhar || Maša Zorman || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| David Dolhar || 12 || Delovanje interferonov tipa I pri imunskem odzivu || Andrej Ivanovski || Jurij Nastran || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Anja Šantl || 14-15 || Vloga FOXO proteinov pri sladkorni bolezni tipa 2 || Vida Štrancar || Jošt Hočevar || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Lana Vogrinec || 14-15 || Metabolizem laktata v možganih || Janja Murn || Ana Halužan Vasle || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Ajda Cafun || 14-15 || Transkripcijska regulacija hepatičnega metabolizma lipidov || Katarina Petra van Midden || Ana Obaha || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Iztok Štuhec || 16 || || Dominik Rebek || Maša Bratkovič || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Valentina Novak || 16 ||[[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2016#Valentina_Novak:_Alternativni_na.C4.8Dini_organizacije_cikla_citronske_kisline_v_rastlinah Alternativni načini organizacije cikla citronske kisline v rastlinah] || Maksimiljan Adamek || David Dolhar || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Zala Živič || 16 || Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na staranje organizma || Ana Obaha || Andrej Ivanovski || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Natalija Pucihar || 17 || || Mateja Luzar || Kristina Piškur || 15/11/16 || 17/11/16 || 22/11/16
|-
| Aljaž Božič || 17 || || Anja Šantl || Vida Štrancar || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Ajda Lenardič || 17 || || Lana Vogrinec || Janja Murn || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Tanja Peric || 17 || || Ajda Cafun || Katarina Petra van Midden || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Kristina Piškur || 18 || || Natalija Pucihar || Mateja Luzar || 22/11/16 || 24/11/16 || 29/11/16
|-
| Nejc Arh || 18 || || Iztok Štuhec || Dominik Rebek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Tomaž Žigon || 18 || || Valentina Novak || Maksimiljan Adamek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Urban Ferčec || 18 || || Zala Živič || Veronika Razpotnik || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Eva Klemenčič || 19 || || Aljaž Božič || Anja Šantl || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| David Titovšek || 19 || || Ajda Lenardič || Lana Vogrinec || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Karmen Žbogar || 19 || || Tanja Peric || Ajda Cafun || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Aljoša Marinko || 20 || || Nejc Arh || Iztok Štuhec || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Pia Lavriha || 20 || || Tomaž Žigon || Valentina Novak || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Samo Purič || 20 || || Urban Ferčec || Zala Živič || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Mateja Luzar || 21 || || Kristina Piškur || Natalija Pucihar || 13/12/16 || 15/12/16 || 20/12/16
|-
| Ela Hudovernik || 21 || || Eva Klemenčič || Aljaž Božič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Neli Sedej || 21 || || David Titovšek || Ajda Lenardič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Domen Vaupotič || 21 || || Karmen Žbogar || Tanja Peric || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Tina Ivančir || 22 || || Aljoša Marinko || Nejc Arh || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Katja Malenšek || 22 || || Pia Lavriha || Tomaž Žigon || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Maša Zorman || 22 || || Samo Purič || Urban Ferčec || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Jurij Nastran || 23 || || Ela Hudovernik || Eva Klemenčič || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Jošt Hočevar || 23 || || Neli Sedej || David Titovšek || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Halužan Vasle || 23 || || Domen Vaupotič || Karmen Žbogar || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Obaha || 23 || || Tina Ivančir || Aljoša Marinko || 10/01/17 || 12/01/17 || 17/01/17
|-
| Maša Bratkovič || 23 || || Katja Malenšek || Pia Lavriha || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Veronika Razpotnik || 23 || || Maša Zorman || Samo Purič|| 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Andrej Ivanovski || 23 || || Jurij Nastran || Ela Hudovernik || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje:<br>
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2016|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od <font color=red>2700 do 3000 besed </font>, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. <font color=red>Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. </font>
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==<font color=green>Imena datotek</font>==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* <font color=green>312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši</font>

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana <font color=green>zeleno</font>.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>
'''Citiranje knjig:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:'''<br>
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>
<font color=green>Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.</font>

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2016

2016-11-08T17:57:45Z

Valentina Novak: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Vida Štrancar || 12 || Zaznavanje vročine pri rastlinah || Jošt Hočevar || Neli Sedej || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Janja Murn || 12 || Wnt signalizacija in njena regulacija || Ana Halužan Vasle || Domen Vaupotič || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Katarina Petra van Midden || 12 || Nekroptoza- programirana celična smrt || Veronika Razpotnik || Tina Ivančir || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Dominik Rebek || 12 || Vloga proteinske družine Bcl-2 pri apoptozi || Maša Bratkovič || Katja Malenšek || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Maksimiljan Adamek || 12 || [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2016#Maksimiljan_Adamek:_Avksin_in_njegova_vloga_v_fototropizmu_rastlin Avksin in njegova vloga v fototropizmu rastlin] || David Dolhar || Maša Zorman || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| David Dolhar || 12 || Delovanje interferonov tipa I pri imunskem odzivu || Andrej Ivanovski || Jurij Nastran || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Anja Šantl || 14-15 || Vloga FOXO proteinov pri sladkorni bolezni tipa 2 || Vida Štrancar || Jošt Hočevar || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Lana Vogrinec || 14-15 || Metabolizem laktata v možganih || Janja Murn || Ana Halužan Vasle || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Ajda Cafun || 14-15 || Transkripcijska regulacija hepatičnega metabolizma lipidov || Katarina Petra van Midden || Ana Obaha || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Iztok Štuhec || 16 || || Dominik Rebek || Maša Bratkovič || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Valentina Novak || 16 ||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2016#Valentina_Novak:_Alternativni_načini_organizacije_cikla_citronske_kisline_v_rastlinah Alternativni načini organizacije cikla citronske kisline v rastlinah] || Maksimiljan Adamek || David Dolhar || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Zala Živič || 16 || Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na staranje organizma || Ana Obaha || Andrej Ivanovski || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Natalija Pucihar || 17 || || Mateja Luzar || Kristina Piškur || 15/11/16 || 17/11/16 || 22/11/16
|-
| Aljaž Božič || 17 || || Anja Šantl || Vida Štrancar || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Ajda Lenardič || 17 || || Lana Vogrinec || Janja Murn || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Tanja Peric || 17 || || Ajda Cafun || Katarina Petra van Midden || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Kristina Piškur || 18 || || Natalija Pucihar || Mateja Luzar || 22/11/16 || 24/11/16 || 29/11/16
|-
| Nejc Arh || 18 || || Iztok Štuhec || Dominik Rebek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Tomaž Žigon || 18 || || Valentina Novak || Maksimiljan Adamek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Urban Ferčec || 18 || || Zala Živič || Veronika Razpotnik || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Eva Klemenčič || 19 || || Aljaž Božič || Anja Šantl || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| David Titovšek || 19 || || Ajda Lenardič || Lana Vogrinec || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Karmen Žbogar || 19 || || Tanja Peric || Ajda Cafun || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Aljoša Marinko || 20 || || Nejc Arh || Iztok Štuhec || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Pia Lavriha || 20 || || Tomaž Žigon || Valentina Novak || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Samo Purič || 20 || || Urban Ferčec || Zala Živič || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Mateja Luzar || 21 || || Kristina Piškur || Natalija Pucihar || 13/12/16 || 15/12/16 || 20/12/16
|-
| Ela Hudovernik || 21 || || Eva Klemenčič || Aljaž Božič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Neli Sedej || 21 || || David Titovšek || Ajda Lenardič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Domen Vaupotič || 21 || || Karmen Žbogar || Tanja Peric || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Tina Ivančir || 22 || || Aljoša Marinko || Nejc Arh || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Katja Malenšek || 22 || || Pia Lavriha || Tomaž Žigon || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Maša Zorman || 22 || || Samo Purič || Urban Ferčec || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Jurij Nastran || 23 || || Ela Hudovernik || Eva Klemenčič || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Jošt Hočevar || 23 || || Neli Sedej || David Titovšek || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Halužan Vasle || 23 || || Domen Vaupotič || Karmen Žbogar || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Obaha || 23 || || Tina Ivančir || Aljoša Marinko || 10/01/17 || 12/01/17 || 17/01/17
|-
| Maša Bratkovič || 23 || || Katja Malenšek || Pia Lavriha || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Veronika Razpotnik || 23 || || Maša Zorman || Samo Purič|| 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Andrej Ivanovski || 23 || || Jurij Nastran || Ela Hudovernik || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je:<br>'''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje:<br>
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2016|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od <font color=red>2700 do 3000 besed </font>, a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. <font color=red>Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. </font>
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==<font color=green>Imena datotek</font>==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* <font color=green>312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši</font>

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana <font color=green>zeleno</font>.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>
'''Citiranje knjig:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:'''<br>
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>
<font color=green>Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.</font>

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:'''<br>
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev 2016

2016-11-08T17:54:40Z

Valentina Novak: /* Biokemija- Povzetki seminarjev 2016/2017 */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2016/2017 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2016 stran]

=== Ime in priimek: Moj naslov ===
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Praesent in turpis ligula. Vivamus eget placerat lorem. Donec condimentum blandit turpis. Donec eu mi in risus efficitur pellentesque at pretium augue. Pellentesque tincidunt molestie sem, molestie feugiat ante vestibulum ut. Fusce nisi risus, ullamcorper laoreet lectus in, convallis tincidunt ipsum. Etiam mattis consequat sapien et gravida. Praesent et tellus porta nisl euismod dignissim vitae ut nibh. Proin imperdiet magna non urna consectetur, non venenatis nulla egestas. Suspendisse suscipit enim ligula, nec convallis eros tincidunt eget. Phasellus eget orci et lacus faucibus venenatis. Aliquam maximus congue diam, a gravida elit scelerisque at. Nulla ut mi eros. In hac habitasse platea dictumst. Sed feugiat metus dictum turpis varius, vel fringilla massa auctor. Duis hendrerit maximus odio, nec molestie erat congue imperdiet. Phasellus in iaculis mauris. Fusce vel imperdiet elit, id tempus odio. Etiam mattis imperdiet dapibus. Integer tempus odio ut nunc laoreet, at maximus dolor ultrices. Morbi tempor magna orci, a scelerisque est ullamcorper a. Proin eu tempus ante. Phasellus molestie ipsum eget aliquam feugiat. Proin non malesuada mi, in rhoncus justo. Cras sodales accumsan arcu porta porttitor. Fusce porta consectetur interdum. Donec sed finibus odio, nec maximus neque. Mauris dictum sem vel.

=== Vida Štrancar: Zaznavanje vročine pri rastlinah ===
V zadnjem obdobju smo zaradi globalnih klimatskih sprememb priča vse daljšim vročinskim valom. Ker so rastline pritrjeni organizmi, neugodnim razmeram ne morejo ubežati. Na neugodne razmere se prilagajajo tako, da se posledično zmanjša njihov pridelek. Zato je raziskovanje načinov aklimatizacije in celičnih signalnih poti zelo aktualno. Rastline vročino zaznavajo na celičnem nivoju in sicer s pomočjo več različnih sistemov. Vročina v celicah vpliva na strukturo proteinov, nabiranje reaktivnih kisikovih zvrsti, fluidnost membrane. Celica lahko s pomočjo molekul, ki zaznavajo te spremembe aktivira gene, ki sprožijo odziv na povišanje temperature. Verjetno imajo najpomembnejšo vlogo pri sporočanju kalcijevi ioni, ki v celico vdrejo preko kalcijevih kanalčkov, ki se odprejo ob povišani temperaturi. V celici se poviša tudi koncentracija lipidnih signalnih molekul, ki regulirajo gene za odziv na vročino. Pri tovrstnem stresu pride do spremembe strukture proteinov. Te popravlja sistemski odziv, ki vključuje proteine toplotnega šoka (Hsp). Ti preprečujejo agregacijo proteinov, ki bi lahko posledično vodila v hude napake delovanja. Kot signal so v celici uporabljene reaktivne kisikove zvrsti (ROS), ki nastajajo kot produkt pri metabolnih procesih. V jedru se nahaja termosenzor, histon H2A.Z, ki se temperaturno odvisno veže na promotorje genov, ki so povezani z odzivom na temperaturne spremembe. Sistem zaznavanja vročine je pri rastlinah zelo kompleksen, povezave med različnimi potmi pa zaenkrat ostajajo še neznane.

=== Janja Murn: Wnt signalizacija in njena regulacija ===
Wnt signalizacija, ki jo sproži vezava wnt proteina na Fzd membranski receptor, igra eno ključnih vlog v embrionalnem razvoju in pri obnavljanju poškodovanega tkiva. V jedru tarčne celice namreč spodbudi izražanje rastnih faktorjev, ki usmerjajo diferenciacijo embrionalnih oz. odraslih matičnih celic v ustrezno vrsto celic. Pri signalizaciji ima pomembno vlogo β-katenin, ki v jedru tarčne celice deluje kot ko-aktivator transkripcije prej omenjenih rastnih faktorjev. V odsotnosti wnt liganda poteka v citosolu ubikvitinacija β-katenina v t. i. uničevalnem kompleksu in posledična njegova proteoliza. Vezava wnt-liganda na receptor pa povzroči konformacijske spremembe in razpad uničevalnega kompleksa. Koncentracija β-katenina naraste in zato se le ta lahko prenese v jedro. Napake v wnt signalizaciji celice lahko privedejo do nenadzorovanih celičnih delitev, razvoja tumorja, kot tudi do nepopolnega razvoja centralnega živčnega sistema in posledične motorične ter mentalne zaostalosti. V kratkem so bili v membrani odkriti regulatorni mehanizmi, ki zmanjšujejo možnost nastanka napak v signalizaciji in razvoj omenjenih bolezni. Notum protein na primer zaustavi signalizacijo s preoblikovanjem wnt liganda, ki se zato ne veže na receptor. Med tem ko sta ZNRF3/RNF43 značilni ubikvitinin ligazi, ki z razgradnjo receptorskega kompleksa uravnavajo pretirano signalizacijo. V kratkem pa so bili odkriti tudi specifični ko-faktorji, ki povečujejo specifičnost signalizacije. Dobro poznavanje regulatornih mehanizmov pa v zdravstvu predstavlja potencial razvoja novih terapevtskih metod za uspešen boj z zgoraj naštetimi boleznimi.

=== Katarina Petra van Midden: Nekroptoza - programirana celična smrt ===
Dolgo časa so bili znanstveniki prepričani, da obstajata le dve vrsti celične smrti. Programirana apoptoza ter naključna in neurejena nekroza. Pred približno dvajsetimi leti so odkrili, da nekatere tipe nekroze vodijo signalne poti in ni tako nekontrolirana, kot so prvotno mislili. Tako obliko celične smrti so poimenovali nekroptoza. Za razliko od apoptoze za njeno izvedbo ne potrebujemo kaspaz (cistein-aspartatnih proteaz), morfološko pa je podobna nekrozi. Sproži jo lahko več dejavnikov. V tem seminarju sem opisala signalno pot, ki jo sproži vezava TNFα na receptor TNFR1. Vezava na ta receptor uravnava tri procese. Preživetje celice, apoptozo in nekroptozo. Kateri izmed njih se bo zgodil je odvisno od tvorbe TNFR1 kompleksov I in II in nekrosomskega kompleksa, ter spleta signalnih molekul, ki uravnavajo prehode med njimi. Aktivatorja nekroptoze sta kinazi RIP1 in RIP3, ki postaneta aktivni, ko je kaspaza 8 in s tem apoptotična celična smrt inhibirana. Taka oblika nekroptoze je že dokaj dobro raziskana, čeprav njen evolucijski pomen še ni popolnoma jasen. Najverjetneje se je razvila kot pomožna oblika celične smrti, v primeru, da je apoptoza blokirana. V nekaterih primerih, ko nekroptoza omogoči hitrejši odziv na nevarnost pa se pojavlja tudi kot preferenčna oblika celične smrti. Nekroptoza igra pomembno vlogo pri različnih vnetnih, infekcijskih in degenerativnih boleznih, zato je raziskovanje njenega mehanizma pomembno tudi v medicinske namene.

=== Maksimiljan Adamek: Avksin in njegova vloga v fototropizmu rastlin ===
Hormoni kot signalne molekule niso pomembni zgolj v živalskih, temveč tudi v rastlinskih organizmih. Najbolj raziskano skupino rastlinskih hormonov predstavljajo avksini, med katerimi prevladuje indol-3-ocetna kislina. Znano je, da so avksini vpleteni v številne rastlinske procese: embriogenezo, organogenezo in različne tropizme. Avksin določa spremembe celičnih procesov na podlagi omogočanja transkripcije genov s specifičnim zaporedjem ARE v promotorski regiji. Izražanje teh genov inhibirajo proteini Aux/IAA. Klasična signalna pot avksina vključuje vezavo hormona na receptorje v jedru, kar preko promoviranja potrebnih proteinov vodi v ubikvitinacijo inhibitorjev transkripcije, razgradnjo inhibitorjev s proteasomom 26S in sprostitev transkripcije genov. Molekule avksina imajo tudi zanimivo lastnost prehajanja med celicami in tkivi. V transport avksina po rastlini so preko sistemov fosforilacij, defosforilacij in klatrinskih veziklov vključeni različni proteini, med katerimi so pomembni predvsem proteini PIN. Poleg klasične signalne poti imajo avksini še druge pomembne vloge v rastlini. Primer tega je vloga avksina v fototropizmu, kjer se rastlina obrne in začne rasti proti svetlobi. Neenakomerna osvetlitev rastline sproži odziv, ki tok avksina usmeri na manj osvetljeno stran rastline. Tam avksin spodbudi rast celic in to povečanje celic na zgolj eni strani rastline spremeni smer njene rasti. Čeprav so omenjeni mehanizmi relativno dobro poznani, je veliko delov teh mehanizmov še neznanih in tako ponujajo priložnosti za nove raziskave.

=== David Dolhar: Delovanje interferonov tipa I pri imunskem odzivu ===

Interferoni tipa I so ene od ključnih molekul pridobljenega imunskega sistema. Z vezavo na IFNAR receptor ti citokini sprožijo signalne poti znotraj celice, katerih rezultat je ustavitev transkripcije virusnega genskega materiala. Preko encimov Janus kinaze 1 ter tirozin kinaze 2 poteka fosforilacija STAT1 ter STAT2 molekul. Ob dimerizaciji teh dveh molekul se STAT1-STAT2 homodimer poveže z regulatornim faktorjem IRF9, ta kompleks pa nato sproži prepis genov, stimuliranih s strani interferonov (interferon stimulated genes). IFNAR receptor lahko aktivira tudi druge signalne poti, kot na primer mTOR signalno pot, ki uravnava celično proliferacijo, avtofagijo ter transkripcijo genov za sintezo proteinov. Primer ISG je gen za prepis Mx1, ki pri okužbi z virusom gripe onemogoča prepis genskega materiala tega virusa. Predstavljena je raziskava, ki dokazuje pomembno vlogo STAT-1 aktivatorja transkripcije pri tej signalni poti. Interferoni tipa I sodelujejo v pridobljenem (specifičnem) imunskem sistemu v povezavi z dendritskimi celicami. Poleg tega interferoni tipa I po potrebi aktivirajo delovanje limfocitov T. Poleg pozitivnih učinkov lahko prekomerno izločanje interferonov tipa I v tkivu povzroči vnetne reakcije ter privede do imunosupresije. Naveden je primer virusa HIV-1, ki preko okuženih plazmacitoidnih dendritskih celic sproži signal za apoptozo drugače zdravih celic pomagalk. Rezultati predstavljenih študij nakazujejo na dvoreznost delovanja interferonov pri imunskem odzivu.

=== Dominik Rebek: Vloga proteinske družine Bcl-2 pri apoptozi ===

Programirana celična smrt je nepogrešljiv del mnogih bioloških procesov, od embrionalnega razvoja, delovanja imunskega sistema do delovanja živčnega sistema. Posledično je vpletena v mnoga bolezenska stanja. Med ta spada velik del težkih bolezenskih stanj, za katera še ne poznamo zdravila oziroma rešitve, in sicer nekatere nevrodegenerativne bolezni, rak, avtoimunske bolezni, atrofije, virusne okužbe itd. Zato so raziskave na področju regulacije apoptoze toliko bolj atraktivne in tudi obetajoče. Vemo, da apoptoza ni edina oblika celične smrti, je pa prevladujoča oblika programirane celične smrti. Ne povzroča vnetnega odziva, zato menim, da je nekroptoza na nekaterih področjih nikakor ne more nadomestiti. Naše znanje obsega poznavanje dveh poti apoptoze, intrinzične in ekstrinzične, ki se sicer lahko v določenih primerih tudi prepletata. Osnovni princip delovanja intrinzične poti je preko kaskade, ki vključuje člane proteinske družine Bcl-2 in aktivira kaspaze. Kaskada deluje po sistemu promotor aktivatorja kaspaz – inhibitor aktivatorja kaspaz – aktivator kaspaz – adapterska kaspaza – efektoska kaspaza. Mnogo poti in interakcij med molekulami vključenimi v celoten proces je še neraziskanih, obstoječe raziskave pa namigujejo na zelo kompleksen, raznolik in medsebojno prepleten sistem. Evolucija preferira tak sistem, saj ob nedelovanju posamezne poti ali komponente, ne zataji celoten sistem, ampak je mogoče okvaro obiti.

=== Lana Vogrinec: Metabolizem laktata v možganih ===

Možgani so sestavljeni iz različnih tipov celic, med katerimi so najbolj pomembni nevroni in glia celice. Najpogostejša vrsta glia celic so astrociti, ki nadzorujejo prenos hranil iz krvožilnega sistema do nevronov. Že nekaj časa je znano, da imajo različne možganske celice tudi različne metabolne profile. V astrocitih je močno izražen proces aerobne glikolize, pri katerem se glukoza pretvarja v laktat kljub prisotnosti kisika. Nasprotno je v nevronih bolj izražen oksidativen del metabolizma, glukoza pa večinoma vstopa v pentoza-fosfatno pot. Zaradi teh razlik mora obstajati metabolna povezava med obema tipoma celic. Ena izmed najbolj priznanih hipotez je model ANLS, ki predlaga, da obstaja prenašalni sistem za laktat v smeri iz astrocitov do nevronov. Tak prenašalni sistem se sproži ob aktivaciji nevronov, pri čemer je glavni signal zanj glutamat, ki se po vezavi na postinaptično celico reciklira v astrocitih. Po prejetju signala začnejo astrociti aktivno vnašati glukozo in jo pretvarjati v laktat. Ta se nato po MCT-transporterjih prenese do nevronov, ki ga uporabijo kot primarni vir energije med prenosom signala. Vse kaže, da ima laktat še druge pomembne funkcije v možganih, bolj raziskana je njegova vloga pri tvorbi dolgotrajnega spomina. Raziskave na tem področju torej niso pomembne samo za razumevanje kompleksnih možganskih poti, ampak predstavljajo tudi možnost za zdravljenje določenih nevrodegenerativnih bolezni, povezanih z okvarami spomina.

=== Ajda Cafun: Transkripcijska regulacija lipogeneze ter njena povezava z razvojem hepatosteatoze ===

Jetra so centralni organ za procesiranje in distribucijo lipidov v organizmih. Po obroku bogatem z ogljikovimi hidrati, se presežek glukoze v jetrih v procesu de novo lipogeneze pretvori v maščobne kisline, te pa v triacilglicerole (TAG), ki jih maščobne celice shranijo kot vir energije. Prevelika stopnja lipogeneze in sinteze TAG v jetrih povzroči hepatosteatozo, tj. akumulacijo TAG v jetrih. 90% obolelih za hepatosteatozo posledično razvije resistenco na inzulin in s tem diabetes tipa 2. Raziskave so pokazale, da imajo encimi, ki sodelujejo pri metabolizmu lipidov v jetrih, na promotorskih regijah genov nekatera enaka prepoznavna mesta za vezavo transkripcijskih faktorjev, ki aktivirajo transkripcijo genov. To pomeni, da je izražanje teh encimov koordinativno regulirano. Transkripcijski faktorji, ki regulirajo metabolizem lipidov v jetrih so USF, SREBP1C, LXR in ChREBP. Signal insulina sproži PI3K/Akt signalno pot, ki vpliva na aktivacijo USF in SREBP1C, medtem ko signal glukoze sproži signalno pot, ki aktivira ChREBP. Aktivirani transkripcijski faktorji se vežejo na pripadajoče regije promotorjev in povzročijo transkripcijo genov. Prevelika raven izražanja transkripcijskih faktorjev vodi do preintenzivne lipogeneze in s tem do razvoja hepatosteatoze. Ker so omenjeni transkripcijski faktorji ključni regulatorji metabolizma lipidov v jetrih, imajo velik potencial kot tarčni proteini pri zdravljenju jetrnih obolenj.

=== Anja Šantl: Vloga FOXO proteinov pri sladkorni bolezni tipa 2 ===

Sladkorna bolezen tipa 2 je najpogosteje posledica nezdravega načina življenja. Začetno stanje je inzulinska rezistenca do katere pride, kadar normalna količina inzulina ne zadošča, da pride do pravilnega odziva tkiv. Na površju celic se nahaja inzulinski receptor, ki nadzoruje vstop sladkorja v celice. Pri nezdravi prehrani (hrana z visokim glikemičnim indeksom) lahko pride do okvar receptorjev, celice pa postanejo odporne na inzulin. Če sladkorne bolezni ne zdravimo in traja dlje časa, pride do izčrpanosti beta celic, saj celice niso zmožne konstantne povečane proizvodnje inzulina. Višek inzulina v telesu povzroča celo vrsto nevšečnosti: bolezni srca in ožilja, zvišan krvni pritisk, slepoto, odpoved ledvic… Raziskovanje 'forkhead box' proteinov, transkripcijskih faktorjev, je omogočila nov pogled na inzulinsko aktivnost. V skupino FOX spada veliko transkripcijskih faktorjev, ki opravljajo najrazličnejše biološke funkcije za spodbujanje fleksibilnost metabolizma. Pri vplivu na sladkorno bolezen je najpomembnejši FOXO1, ki vpliva na rast, funkcije in diferenciacijo beta celic. FOXO1 je pomemben tudi pri vzdrževanju funkcij in lastnosti beta celic v stanju metaboličnega stresa. Ta vodi do apoptoze, napak pri delitvi celic ter do dediferenciacije. Odkrite povezave FOXO in beta celic predstavljajo potencial za razvoj novih načinov zdravljenja diabetesa tipa 2.

=== Zala Živič: Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na staranje organizma ===

Med staranjem in metabolizmom obstaja še zaenkrat slabo raziskovana povezava. Pojavile so se mnoge teorije, kot je ideja o vplivu intermediatov krebsovega cikla. Izpostavljeni so 2-oksoglutarat, fumarat in sukcinat, ki so regulatorji posebne družine 2-oksoglutarat odvisnih dioksigenaz (2-OGDO). Ti encimi so hidroksilaze in demetilaze raznih aminokislinskih ostankov in vplivajo na sintezo kolagena, hipoksične odzive ter epigenetske vplive. Predvsem epigenetski vplivi so tesno povezani s staranjem celice, saj je epigenetski relief močno spremenjen v starejših celicah. Med te vplive spadajo vsi, ki spreminjajo transkripcijo genov brez vpliva na sam zapis v DNA. Encimi, opisani v seminarju imajo epigenetske vplive preko demetilacije in hidroksilacije DNA ter demetilacije histonov. Te modifikacije lahko inhibirajo ali pa stimulirajo transkripcijo genov in s tem vplivajo na samo delovanje celice. Zaradi okvar v krebsovem ciklu, povezanih predvsem z upadom delovanja encimov, se pri staranju v citosolu kopičita sukcinat ter 2-oksoglutarat. 2-oksoglutarat je nujno potreben za delovanje encimov 2-OGDO, sukcinat pa inhibira njihovo delovanje, torej je pri staranju njihovo delovanje močno spremenjeno. Prav tako pride globalno do povečane metilacije DNA in histonov v somatskih celicah, kar je lahko posledica motenega delovanja 2-OGDO. Intermediati krebsovega cikla so torej zelo pomemben dejavnik pri spreminjanju epienetskega reliefa ter posledično staranju organizma.

=== Valentina Novak: Alternativni načini organizacije cikla citronske kisline v rastlinah ===
Rastline so v evolucijskem razvoju prilagodile svoj metabolizem dolgim obdobjem neugodnih pogojev, s katerimi so se prisiljene soočiti zaradi svoje pritrjenosti v tla. Med temi procesi je cikel citronske kisline največkrat primarno predstavljen v kontekstu pridobivanja energije v obliki ATP v mitohondriju. Vendar pa imajo intermediati cikla citronske kisline prav tako pomembne vloge tudi v biosintetskih procesih, kot je na primer asimilacija dušikovih spojin iz tal s sledečo sintezo aminokislin. Izkaže se, da v nekaterih rastlinskih tkivih delovanje klasične oblike cikla vsem tem vlogam ne zadosti. Raziskovalci zato predvidevajo, da nekateri okoljski pogoji lahko povzročijo reorganzacijo cikla citronske kisline. Nastale nove poti po obliki največkrat ne spominjajo na cikel, a je za njihovo delovanje nujno potrebnih več intermediatov in encimov, ki sodelujejo v klasičnem ciklu citronske kisline. Pri rastlinah so alternativni načini organizacije najbolje raziskani v osvetljenih listih, pri nekaterih vrstah pa so bili opaženi tudi v razvijajočih se semenih in ob izpostavitvi organizma anoksičnim pogojem. Ta seminar bo ponudil razlago zgradbe in funkcije večine do sedaj oblikovanih alternativnih modelov organizacije cikla citronske kisline, ki so bili pridobljeni s pomočjo različnih eksperimentalnih in bioinformatičnih metod.

TBK2016 Povzetki seminarjev

2016-05-07T11:57:54Z

Valentina Novak:

[[TBK2016-seminar|Nazaj na osnovno stran]]
===Nadja Škafar: Ionska črpalka za transport cezijevih ionov===
Okoljski problemi spadajo med največje probleme s katerimi se mora soočati človeštvo v 21. stoletju. Mednje spada tudi onesnaženost okolja z radioaktivnimi elementi, ki se kopičijo v okolju, predvsem ob jedrskih katastrofah. Na inštitutu Nayoga Institute Of Technology so prišli na idejo, da bi se lahko radioaktivnih elementov iz okolice (natančneje cezijevih ionov) znebili s pomočjo ionskih črpalk. Njihova raziskava je temeljila na predhodnih raziskavah v katerih so že uspeli ustvariti črpalke za transport kalijevih ionov, sami pa so ta mehanizem želeli razširiti še na ostale monovalentne katione. Delali so z bakteriorodopsinom KR2 (ima vlogo ionske črpalke), tako da so mu spreminjali propustnost z vezavo različnih aminokislin na mesti Asn61 in Gly263. Ta dva aminokislinska ostanka namreč gradita prehod skozi črpalko in sta odgovorna za prehod kationov skozi le to. Ustvarili so več proteinskih mutantov in nato preverjali aktivnost transporta. Ugotovili so, da večje aminokisline vključene na ti mesti, uničijo lokalne strukture selektivnega filtra črpalke in s tem povzročijo konformacijske spremembe proteina in zvečajo radij odprtine skozi katero potujejo kationi. Od vseh proteinskih mutantov je bil za transport cezijevih ionov najuspešnejši N61L/G263F (KR2Cs+). Cilj raziskave je bil dosežen, vendar pa bo potrebno opraviti še veliko raziskav, preden bo ideja prišla v dejansko uporabo.

===Ana Obaha: Vloga microRNA pri razvoju osteosarkoma in glioblastoma===
Namen raziskave je odkriti razlike med biološkimi procesi normalnih in rakastih celic. Ta je sicer osredotočena na osteosrakom in glioblastom, zelo agresivni obliki raka, vendar aplicira tudi na ostale tipe te bolezni. Pomembna faza tumotjev je mirujoča faza oziroma asimptomatična faza, ki lahko traja tudi več let. Ker abnormalnih celic še ne znamo spremeniti v normalne, znanstveniki skušajo iznajti način za njihovo obvladovanje in ohranjanje teh v fazi mirovanja. Ključno vlogo pri tem imajo kratke molekule RNA imenovane microRNA (miRNA). Le-te regulirajo potranskripcijsko sintezo beljakovin. Poznamo več kot 1000 takih molekul, vendar kot najpomembnejšo raziskovalci spoznajo molekulo miRNA-190. Povečana koncentracija te molekule v rakastih celicah ohranja tumor v stanju mirovanja, saj vpliva na nastanek transkripcijskih faktorjev in beljakovin povezanimi z njimi. To predstavlja osnovni koncept odkrivanja zdravila proti raku. Znanstveniki so na tej osnovi razvili nanozdravilo, katerega naloga je ohranjanje konstanrno visoke ravni miRNA le v rakastih celicah ne pa tudi ostalih, zdravih. Ta način zdravljenja je bil do sedaj testiran le na miših in ga čaka še dolga pot do uveljavljenega zravila, ki bi ga uporabili za učinkovito zdravljenje ljudi.

===Urban Ferčec: Vpliv proteina BRCA1 na Alzheimerjevo bolezen ===
Alzheimerjeva bolezen prizadene več milijonov ljudi letno, pri čemer je rešitev s pomočjo raziskave E. Suberbielle et al korak bližje. Raziskava se je osredotočila na protein BRCA1, ki je bil v preteklih raziskavah povezan predvsem z rakavimi obolenji. Postavljena je bila hipoteza, da je število dvojnih zlomov krivo za nastanek številnih bolezni živčevja ter možganov, kar v ekstermnih primerih privede tudi do Alzheimerjeve bolezni. S pomočjo tega je bil namen raziskave najti napako pri popravilih dvojnega zloma, ki bi lahko služil kot podlaga za pomoč bolnikov Alzheimerjeve bolezni. V raziskavi je je bilo ugotovljeno, da je prav mutacija na genu BRCA1 razlog za večje število dvojnih zlomov vijačnice, ki privedejo do pomankanja kognitivnih sposobnosti organizma. Poslabšanje je moč opaziti tudi na nevronskih celicah, kjer manjša koncentracija BRCA1 v možganih zmanjša tako velikost kot aktivnost nevronov. Čeprav so raziskave z BRCA1 šele v začetni fazi, pa opisana raziskava polaga osnovo, na kateri bodo prihodnje raziskave zagotovo polagale. Tako lahko le upamo, da bo v prihodnjih letih najdena metoda, pri kateri bodo raziskovalci sposobni nadomestiti BRCA1 v možganih bolnikov z AB ter jim s tem dali drugo priložnost.

===Janja Murn:Virus HSV uspešen v boju z imunskim sisitemom ===
Virusi, kot patogeni organizmi, predstavljajo sesalcem že milijone let veliko nevarnost. V odgovor pred njihovim vdorom je organizem razvil celično posredovano imunost, pri kateri citotoksični limfociti T odstranjujejo vse tuje antigene iz organizma. Težava pa je, da limfociti ne morejo neposredno dostopati do virusnih antigenov v celici. Tako ima pomembno vlogo pri nastanku imunskega odziva predstavljanje antigenov receptorjem limfocitov. To nalogo opravljata receptor TAP in molekule PHK I. TAP omogoča prenos antigenov v lumen endoplazemskega retikuluma. Antigeni nastajajo v citosolu v procesu proteolize. Molekule PHKI pa prenesejo antigene na membrano antigen predstavljajoče celice. Vendar so se tekom evolucije razvijali tudi virusi in nekateri so postali posebno spretni pri vdiranju v gostitelja. Virus Herpes je razvil način, pri katerem s sintezo proteina ICP47 inhibira delovanje TAP in tako onemogoča izražanje antigenov na membrani celic. V raziskavi, ki je bila objavljena pred kratkim, so znanstveniki s pomočjo krio-EM mikroskopije ugotovili, da se protein ICP47 veže na peptidna vezavna mesta v receptorju TAP in tako onemogočijo vezavo in transport peptidov. Krio-EM je tako ekipi raziskovalcev omogočila podrobno poznavanje strukture kompleksa ICP47-TAP, na čemer bi lahko v prihodnje temeljil razvoj novih zdravstvenih metod v boju z virusom Herpes simpleks.

===Ela Hudovernik: Nevroni pod žarometi proteina FlicR1 ===
Za razumevanje delovanja možganov, ki so zelo kompleksen organ, je bistvena analiza procesov v nevronih, njihove mesebojne komunikacije in interakcij. Ena izmed tehnik za preučevanje nevrološke aktivnosti, je spremljanje dogajanja v možganih z uporabo fluorescentnih proteinov. Zaenkrat so še vedno v uporabi pretežno zeleni fluorescenti proteini, s katerimi je zaradi slabše ločljivosti in počasnega delovanja procese v nevronih težje spremljati. Znanstveniki so pred kratkim sintetizirali protein, ki so ga poimenovali FlicR1, ki se od običajnih fluorescentnih proteinov razlikuje po tem, da deluje kot detektor spremeb mirovnega membranskega potenciala in obenem tudi fluorescira. Zgrajen je iz dveh domen. Domena cpRFP je odgovorna za fluorescenco (rdeča svetloba), domena CiVSD pa je napetnostno občutljiva in preko konformacijskih sprememb, do katerih pride ob spremembi električne napetosti na membrani, vzbudi domeno cpRFP, da začne fluorescirati. Sinteza proteina je potekala v več korakih. Njegovo delovanje so najprej preverili v celicah HEK. V zaključnih fazah eksperimenta so delovanje protina FlicR1 preverili tudi v nevornih, izoliranih iz mišjega hipokampusa. Izkazal se je kot zelo primeren indikator za spremljanje dogajanja možganih, saj deluje dovolj hitro in omogoča detekcijo posameznih akcijskih potenicialov. V prihodnje bo mogoče z uporabo podobno delujočih proteinov bolje spoznati delovanje možganov, kar bo pripomoglo k razvoju naprednih tehnik zdravljenja degenerativnih možganskih bolezni.

=== Vida Štrancar: Vloga konformacijske spremembe kinaze v procesu bakterijske kemotakse ===
Bakterijska kemotaksa je proces, ki obsega zaznavanje dražljaja, senzorično transdukcijo in odziv nanj, ki se kaže v obliki gibanja v smeri ali stran od koncentracijskega gradienta določene snovi. Kadar se na membranske kemoreceptorje vežejo za bakterijo ugodne molekule, se ta giblje v smeri povečane koncentracije, nasprotno pa ob vezavi strupov bakterija spremeni smer, stran od koncentracijskega gradienta strupa. Spremembo smeri gibanja omogoča vrtenje bička, ki se lahko vrti v smeri urinega kazalca in obratno. Raziskava, ki jo v seminarju obravnavam, se osredotoča na molekule, ki posredujejo informacije od membranskih kemoreceptorjev, ki zaznavajo ligande, do flagelarnih motorčkov, ki oblikujejo odziv. Bolj specifično se raziskava ukvarja z določanjem 3D strukture CheA in CheW proteinov, ki so pripeti na membranske kemoreceptorje. Protein CheA je histidinska kinaza in vrši avtofosforilacijo, ki nadalje omogoča fosforilacijo proteina CheY. Fosforilirana oblika CheY potuje skozi citoplazmo do flagelarnih motorčkov in povzroči, da se bički začnejo vrteti v nasprotni smeri urinega kazalca. Glavno odkritje raziskave razkriva podrobnejšo strukturo proteina CheA in dve konformacijski stanji domene P4 CheA proteina. Kljub odkritju ostaja nejasen mehanizem pretvorbe signala iz receptorjev na CheA kinazo, zato bodo na tem področju potrebne še dodatne raziskave.

=== Andrej Ivanovski: Genski spmenjeni komarji bi lahko pomagali boj proti malariji ===
S slisanje na termin genetestki speremenjen,alarm za opozorilo se vklucuje pri mnogih,ampak kod nevoranost ali ne, gre za tehniko ki deluje dobr na celotni svet.Inzenjeri ki so delali s komarjev podajo nam resitev za odprava na vrocino in tudi nam podajo resitev za odpravo na vecji problem,kod je malarija.
Malarija je nalezljiva bolezen, ki jo povzrocajo nekatere vrste zajedavskih prazivali iz razreda trosovcec, plazmodiji (Plasmodium).Glavni prenasalci malarije so Okužene samice, komarja ki prenašajo trose plazmodija v žlezah slinavkah. Ko pičijo človeka, se trosi prenesejo v njegovo kri in se začnejo množiti v jetrih. Nastanejo merozoiti, ki vstopajo v rdeča krvna telesca (eritrocite), kjer se nadalje delijo, dokler eritrocit ne poči. Takrat bolnik dobi napad. Kako glavni prenasalci so komarji , Anopheles gambiae in inficirajo vec od 200 miljonov ljudi vsako leto in povzrocajo smrt na vec od 430,000 ljudje.
=== Kaja Ujčič: Imunski sistem kot spodbujevalec raka ===
Imunski sistem ima pomembno vlogo pri preprečevanju rakastih obolenj. Naravne celice ubijalke oziroma NK-celice imajo v telesu nalogo uničevanja rakastih celic. STAT5 je regulatorni protein, ki regulira transkripcijo določenih genov. Prisoten je lahko v neaktivni ali aktivni (fosforilirani) obliki. V rakastih celicah je neprestano v aktivni obliki, zato se nekateri geni nenormalno izražajo, kar je vzrok za nenavadne lastnosti rakastih celic. Znanstveniki torej iščejo načine zdravljenja raka z inhibicijo tega proteina. Nedavno so bili objavljeni rezultati raziskave, ki kažejo, da ima protein STAT5 pomembno vlogo tudi v NK-celicah, zato bi njegova inhibicija lahko povzročila njihovo okvaro in s tem nezmožnost uničevanja rakastih celic. V odsotnosti STAT5 je močno zmanjšana proliferacija, dozorelost in citotoksičnost NK-celic ter povečana angiogeneza. STAT5 torej deluje kot molekulsko stikalo, ki preklaplja med dvema funkcijama NK-celic – inhibicijo in promocijo tumorja. Ta odkritja silijo v dodaten razmislek o možnih posledicah zdravljenj, ki ciljajo na aktivnost STAT5, in so podlaga za nadaljne raziskave ter kažejo na nujnost razvijanja zdravil s čim bolj optimalnim učinkom.

=== David Dolhar: Umetna mišična tkiva s sposobnostjo samoobnove le stvar prihodnosti? ===
V zadnjem času je razvoj organskih polimerov doživel hiter razvoj. V seminarju sem se osredotočil na tehniko združevanja kovalentnih (C-polimerov) ter nadmolekulskih polimerov (S-polimerov), katerih sinteza in preučevanje spada v področje fizike mehke snovi. Ideja kombiniranja teh polimerov je ustvarjanje hibridnega polimera (CNC-polimera). Ta vrsta polimera po fizičnih lastnostih močno spominja na mišično vlakno, saj v nasprotju s sedaj obstoječimi kovalentnimi polimeri tvori daljše verige z bolj urejeno strukturo. V seminarju so prikazane tri oblike monomerov, ki jih lahko učinkovito povežemo v hibridne polimere, predstavljene pa so tudi značilnosti struktur, v katere se ti polimeri povezujejo. Osrednje sredstvo za vezivo tako ostajajo povezave med aromatskimi obroči kovalentnih monomerov, le da dodatni nadmolekulski monomeri dovoljujejo dodatno stabilizacijo strukture ter tako nudijo bolj ugodno termodinamsko postavitev v hibridnem polimeru v primerjavi s standardnim kovaletnim polimerom. Dobra lastnost hibridnega polimera je tudi, da lahko nadmolekulski del hibrida po želji nadomestimo z novimi enotami s procesi dialize, ekstrakcije ter rekonstitucije. Odkritja na tem področju nudijo integracijo znanja s številnimi drugimi raziskavami, npr. električne prevodnosti organskih polimerov, kar pomeni še korak bližje k ustvarjenju umetnega mišičnega tkiva.

=== Dominik Rebek: Vloga RQC sistema pri agregaciji proteinov ===
Veliko zanimanja so v zadnjih letih znanstveniki pokazali za raziskovanje povezave med velikimi proteinskimi agregati oziroma skupki, predvsem tistimi, ki nastanejo znotraj živčnih celic, in nevrodegenerativnimi boleznimi, kot sta Alzheimerjeva in Huntingtonova bolezen. Agregacija je sicer del običajnega delovanja celic, do bolezenskih stanj vodi, če pride do agregacije okvarjenih proteinov. Ekipa, ki je napisala članek, ki sem ga izbral, se je posvetila raziskovanju povezave med okvaro sistema ribosomske kontrole kakovosti in agregacijo nefunkcionalnih polipeptidnih verig. Vse se začne pri molekuli mRNA brez stop kodona. Pri translaciji takšne molekule pride do prevajanja nekodirajočih regij, zaradi česar lahko veriga zastane na ribosomu. Težavo običajno reši kontrolni sistem, ki pa v primeru okvare vpliva na agregacijo takšnih verig. Nastali agregati pa delujejo kot seme, saj se z njimi povežejo tudi delujoči proteini. To posledično vodi do zrušenja proteostatskega ravnotežja v celici. S svojim delom je ekipa utrla pot do novih vprašanj, na katera še nimamo točnih odgovorov. Ključno vprašanje, na katerega bodo poskušali odgovoriti s prihodnjimi raziskavami, je, ali nevrodegenerativne motnje temeljijo na agregaciji zastalih polipeptidov in proteostatskem neravnovesju.

=== Lana Vogrinec: Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije ===
V nalogi sem se posvetila procesu umetne fotosinteze, s katero se znanstveniki iz različnih področij že več let ukvarjajo. Sistem, ki bi bil zmožen posnemati ta naravni proces, bi na učinkovit način rešil problem onesnaženja s toplogrednim plinom CO2, hkrati pa bi bilo mogoče fotosintetske produkte uporabiti za predelavo v industrijsko pomembne surovine, na primer gorivo. Osredotočila sem se na članek z naslovom Self-photosensitization of nonphotosynthetic bacteria for solar-to-chemical production - avtorjev K. K. Sakimota, A. B. Wonga in P. Yanga, objavljen v reviji Science 1. 1. 2016. V njem je opisana sestava in delovanje hibridnega sistema nefotosintetske bakterije Moorella thermoacetica in njenega biološko oborjenega delca, kadmijevega sulfida (CdS). Hibrid deluje tako, da kadmijev sulfid, ki ga je bakterija ob dodatku določenih snovi sposobna sama proizvajati, služi kot sprejemnik sončne svetlobe. Elektroni, ki se ob tem vzbudijo, vstopajo v presnovne procese bakterij, natančneje v Wood-Ljungdahlovo pot, v kateri se CO2 reducira v etanojsko kislino. Tak sistem ima veliko prednosti, saj sam proizvaja delce, potrebne za absorpcijo svetlobe in ima velik izkoristek celo v primerjavi z naravno fotosintezo. Prav tako je obetavna možnost samostojne regeneracije, saj se majhen delež produktov, ki nastanejo pri fotosintezi, shranjuje v obliki biomase. Na tak način sistem raste, se vzdržuje in reproducira izključno na podlagi sončne energije.

=== Aljaž Božič: Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze ===
Bakterije uporabljajo različne načine za razmnoževanje in širjenje v nove celice. Nekatere bakterije so sposobne prehajati med celicami brez da bi vstopile v medcelični prostor. Take bakterije uporabljajo posebne mehanizme za prehode med celicami (npr. gibljivost s pomočjo aktina). Raziskava na bakterijah Francisella tularensis pa kaže, da so bakterije sposobne prehajati med celicami tudi brez posebnih mehanizmov ob medceličnih stikih celic. Natančneje ob procesu trogocitoze; pojavu, kjer limfociti, ki so povezani s celicami, ki vsebujejo ustrezne antigene prevzamejo proteine iz plazmaleme teh celic in jih dodajo na svojo površino. Vendar pa je proces trogocitoze omejen le na limfocite, zato so takega prehajanja med celicami sposobne le bakterije, ki lahko preživijo v limfocitih. Poleg tega lahko na ta način okužijo le tiste tipe celic, ki vršijo trogocitozo. Natančen mehanizem prehoda bakterij med celicami še ni znan, prehod pa je sočasen s trogocitozo, torej je le ta lahko označevalec za prehode bakterij. Prehod baterij med celicami pa ni omejen zgolj na bakterijo Francisella tularensis, saj so rezultati za bakterijo Salmonella enterica serovar Typhimurum podobni. Verjetno se tudi njima podobne bakterije obnašajo enako.

=== Polona Skrt: Aktivnost mitohondrija in staranje kožnih celic===
Raziskave staranja so že nekaj časa zelo aktualne in med najbolj sprejetimi teorijami je povezava med spremenjenim delovanjem prenašalnih verig mitohondrija, posledično nastajanjem večje količine reaktivnih kisikovih zvrsti(ROS), in staranjem celic ter tkiv. Celična senescenca oz. staranje je pravzaprav odziv ne stres(krajšanje telomer, poškodbe DNA), ki se kaže kot izguba sposobnosti delitve celice. To posledično privede do preprečitve razvoja raka, vendar tudi do kopičenja teh celic v tkivih ali omejitve zmožnosti regenerativnih zalog matičnih celic. Poudarek te raziskave je na povezavi aktivnosti mitohondrijskega kompleksa II, ki je del dihalne verige in je najmanj preučen sistem od vseh petih. Ta kompleks je zgrajen iz 4 podenot in za razliko od sorodnih treh kompleksov ni protonska črpalka. Njegova naloga je dovajanje elektronov(prek FAD) ubikinonu(koencimu Q10), ki se nato reducira. Pri temu nastajajo tudi ROS, ki so v skladu z obravnavano teorijo o staranju povzročitelji veliko poškodb DNA. V raziskavi so preučevali povezavo med aktivnostjo kompleksa II in naraščajočo starostjo. Ugotovitve so pokazale, da z naraščajočo starostjo darovalcev kožnih celic pada aktivnost kompleksa II v senescentnih fibroblastih. Vzrok za staranje celic bi tako lahko bile večje količine ROS ali pa dejansko znižana aktivnost kompleksa II.

=== Domen Vaupotič: Biokemija v boju proti otrokom===
Svetovna populacija ljudi presega sedem milijard in še vedno strmo narašča, zaradi česar se že desetletja pojavlja potreba po novih oblikah kontracepcije. Prikrajšani so predvsem moški, saj poleg nereverzibilne vazektomije in nezanesljivega kondoma nimajo na voljo drugih kontracepcijskih sredstev, čeprav raziskovalci že trideset let pozornost usmerjajo v razvoj tako hormonalnih kot nehormonalnih učinkovin. Miyata je s svojo ekipo raziskovalcev pri miših raziskal vlogo kalcinevrina pri mobilnosti spermijev in plodnosti ter ugotovil, da inhibicija kalcinevrina povzroča močno zmanjšano aktivnost spermijev in posledično neplodnost samca. Inhibitorji kalcinevrina, kot sta ciklosporin A in FK506, se v medicini uporabljajo po presaditvi organov kot zaviralca imunskega odziva, saj je kalcinevrin vpleten tudi v aktivacijo T-celic. Uporaba tovrstnih inhibitorjev kot kontracepcijsko sredstvo zato ni mogoča, v nadaljnjih raziskavah pa bi morali raziskovalci razviti sintetično molekulo, ki bi inhibirala samo specifično izoobliko kalcinevrina (PPP3CC), ki je prisotna zgolj v spermijih. Vse do takrat pa bo velik delež načrtovanja družine še vedno slonel na ženskah.

=== Neli Sedej: Uporaba CRISPR/Cas9 za označevanje RNK ===
RNK molekule so v evkariontskih celicah po transkripciji podvržene mnogim procesom in modifikacijam, ki imajo odločilen pomen za izražanje genov. Kljub izrednemu pomenu za delovanje celice pa so ti procesi razmeroma slabo raziskani, saj jih je pogosto težko zasledovati. V raziskavi so za raziskovanje RNK preizkusili uporabo tehnike CRISPR/Cas9, ki je v zadnjih letih močno poenostavila manipulacijo DNK. CRISPR/ Cas9 je metoda, ki temelji na bakterijskem imunskem sistemu CRISPR in omogoča cepljenje ali označevanje DNK na specifičnem mestu. S prirejeno obliko CRISPR/Cas9 jim je uspelo označiti mRNK s fluorescenčnim barvilom in s konfokalno mikroskopijo spremljati njegovo potovanje po celici. S primerjavo z rezultati tehnike fluorescence in situ hybridization so potrdili, da metoda daje dobre rezultate. Izkazala se je za učinkovito, saj niso bile opažene motnje v izražanju ali delovanju RNK, mogoče pa je bilo tudi kvantitativno opazovanje molekul v realnem času. Prednost uporabe CRISPR/Cas9 za označevanje RNK je, da je primerna za uporabo na živih celicah. Metodo bi v nadaljnih raziskavah lahko razširii na manipulacijo RNK na specifičnih mestih. Nova tehnika ima velik potencial za raziskovanje metabolizma RNK in in uravnavanje izražanja genov na post transkripcijski ravni.

=== Ana Erčulj: Endogeni retrovirusi – regulatorji pluripotence ===
Endogeni retrovirusi so retrovirusi, katerih DNA je vgrajena v človeško DNA (provirusna DNA). Endogene retroviruse uvrščamo med transpozone. To so elementi, ki lahko spreminjajo svoj lokus na genomu. V raziskavi so karakterizirali funkcije treh dolgih nekodirajočih RNA molekul (lincRNA), transkripte genov HPAT2, HPAT3 in HPAT5, v regulaciji pluripotence. Ugotovili so, da je genska struktura HPAT2, -3 in -5 zelo podobna sekvenci endogenih retrovirusov. V nekaterih primerih je bilo ujemanje celo popolno. S poskusi so preverjali kako transkripti teh genov vplivajo na pluripotenco embrionalnih matičnih celic. Ob odsotnosti teh treh genov je bilo število TRA-1-60 in alkalin fosfataza-pozitivnih celic zelo majhno. TRA-1-60 in alkalin-fosfataza sta namreč markerja pluripotence. Ob nadaljni raziskavi so ugotovili, da te tri lincRNA omogočajo nastanek induciranih pluripotentnih celic. Največjo vlogo pa ima transkript HPAT5. Ko so preverjali njegovo delovanje, so poskusi pokazali, da se veže na mikroRNA skupine let-7 ter tako zavira začetek diferenciacije celic. Ta raziskava poudarja pomembno vlogo lincRNA in genov, ki ne kodirajo proteine (introni).

=== Karin Kokalj: Uporaba hiperpolariziranih diazirinov, kot molekulskih označevalcev ===
Magnetna resonanca je radiološka tehnika, s pomočjo katere lahko dobimo tridimenzionalno sliko notranjosti človeškega telesa. Ima velik potencial, saj ima možnost prikaza struktur molekul in kemijskih procesov, ki jih lahko spremljamo medtem ko potekajo v telesu. Glavni problem, ki to zavira je majhna občutljivost magnetne resonance. Hiperpolarizacija molekul zelo poveča občutljivost magnetne resonance, kar privede do tega, da lahko zaznamo in opazujemo hiperpolarizirane molekule že pri nizkih koncentracijah. Dosedanje hiperpolarizacijske metode, se srečujejo z dvema večjima problemoma: zelo visoka cena opreme (dva miljona evrov na napravo) in kratkoživost hiperpolariziranih označevalcev, ki nam omogočajo spremljanje njihovih signalov le za minuto ali dve. Z uporabo 15N2-diazirinov lahko rešimo oba problema. Diazirini se lahko hiperpolarizirajo hitro in učinkovito. Hiperpolarizirane molekule, ki vsebujejo diazirine so dolgožive, njihove lastnosti pa so nespremenjene. SABRE-SHEATH metoda je enostavna in cenovno ugodna za aktivacijo oz. hiperpolarizacijo diazirina. Pri tej metodi imajo jedra 15N dolge relaksacijske časove (6 in 23 minut – imamo dva tipa hiperpolariziranih diazirinov 15N2 ), zaradi česar ojačijo magnetno resonančne signale tudi za več kot eno uro in tako delujejo kot označevalci. Metoda potrebuje le para-H2, katalizator in posodo, ki reducira 99% Zemeljskega magnetnega polja. Po 5 minutah spuščanja plinastega ''para''-H2 v posodo z iridijskim katalizatorjem in substratom z diazirinom, se hiperpolarizacija prenese iz ''para''-H2 na substrat in tako dosežemo 10% (hiper)polarizacijo dušika v diazirinu, kar je tisočkrat močnejša polarizacija, kot v navadni magnetni resonanci.

=== Zala Živič: Svetlobno nadzorovan eksport proteinov iz celičnega jedra ===
Optogenetika nam priredi orodja, s katerimi lahko natančno nadziramo določene procese v živem tkivu. V opisani raziskavi so se osredotočili na sintezo in preizkus delovanja takšnega orodja, ki bi nam omogočalo svetlobno nadzorovan eksport iz celičnega jedra, saj česa učinkovitega in enostavnega v ta namen še ni. Sintetizirali so protein LEXY iz LOV2 (ang »Light Oxygen Voltage«) domene fototropina 1 iz ovesa, kateri so na konec Jα heliksa dodali lastnosti signala za jedrni eksport (ang. »Nuclear Export Signal«). Ta je v temi sterično oviran, ob obsevanju z modro svetlobo pa se razkrije in postane aktiven. Delovanje proteina so nato preizkusili v seriji poskusov s pomočjo fluorescenčnih proteinov, navadno mCherry, in pulzirajočo modro svetlobo, ki je povzročila aktivacijo LEXY. Ugotovili so, da ta protein omogoča uspešen in reverzibilen eksport željenega proteina iz celičnega jedra, inhibicijo eksportin-1 eksportnega sistema, akomulacijo inhibitorjev v citosolu in preprečitev delovanja proteina p53, ki je povezan z mnogimi celičnimi procesi, kot npr. proliferacija in celična smrt. To pomeni, da ima protein LEXY širok spekter uporabe in je dober dodatek k obstoječemu optogenetskemu orodju.

=== David Titovšek: Odstranitev HIV-1 iz človeških celic s CRISPR/Cas9 sistemom ===
Virus HIV predstavlja velik problem za današnje zdravstvo, saj se vgradi v DNA celic našega imunskega sistema. Z dosedanjimi metodami nam ga še ni uspelo popolnoma odstraniti, saj ostane skrit v mirujočih celicah. Na tem področju veliko obeta CRISPR/Cas9 sistem. To je kompleks proteina Cas9 in gRNA(g – guiding), ki je bil zasnovan na osnovi bakterijskega imunskega sistema CRISPR. Ta kompleks je sposoben rezati dvojno vijačnico DNA na mestih, kjer sta zaporedji nukleotidov na DNA in gRNA komplementarni. Na osnovi poznavanja genoma virusa HIV-1 so znastveniki naredili tako gRNA, ki bo usmerjala Cas9 na mesta, kjer je v človeški DNA vezana virusna DNA. Znanstveniki so delovanje svojega kompleksa preizkusili na različne načine. Mirujoče celice, ki so vsebovale virusno DNA, v kateri je bil tudi zapis za GFP (zeleni fluorescentni protein), so reaktivirali in ugotovili, da je bil kompleks Cas9/gRNA učinkovit, saj se GFP ni izrazil, kar kaže na to, da se je virusna DNA izrezala. Ugotovili so tudi, da Cas9/gRNA nima škodljivih učinkov za celico in da ne vpliva na izražanje genov, ki ležijo v bližini izrezane virusne DNA. Kompleks Cas9/gRNA so preizkusili tudi na celicah pridobljenih od pacientov, kjer pa so ugotovili, da ta sicer zmanjša hitrost razmnoževanja virusov, vendar je ne ustavi popolnoma.

=== Pia Lavriha: Interakcija proteina p53 in subtelomerov za zaščito DNA človeških telomerov ===
Celice v vsakem organizmu so podvržene številnim škodljivim okolijskim dejavnikom, ki imajo vpliv na celoten genom, tudi na subtelomere in telomere. Poškodbe, ki pri tem nastanejo, morajo biti odpravljene, za ohranitev celovitosti genoma. Odkritih je bilo 12 vezavnih mest na subtelomerih za protein p53, ki ima veliko vlogo v popravljalnih mehanizmih DNA in pri kontroli celičnega cikla. To nakazuje na sodelovanje proteina p53 v popravljalnih mehanizmih telomerov in subtelomerov. Prisotnost p53 po obravnavanju celic z citotoksičnim etopozidom na območju telomerov zmanjša koncentracijo histona γH2AX, ki je v celici označevalec napak na DNA, in poveča koncentracijo acetiliranih histonov H3A9 in H3A27, ki acetilirana povzročita razrahljanje kromatina, s čimer je DNA bolj dostopen proteinom, ki se nanj vežejo. Povečala se je tudi koncentracija prepisov TERRA, ki regulira delovanje telomeraze, in eRNA (enhancer RNA), ki omogoča posredno regulacijo transkripcije genov, ki so p53 odvisni. Opazno je bilo povečanje prepisov za protein p21, ki je p53 odvisen in posredno zaustavi celični cikel v G1 fazi, in vezave proteinov TRF1 in TRF2, ki stabilizirata strukturo telomerov. Iz podatkov lahko sklepamo na odvisnost popravljalnih mehanizmov na območju telomerov od vezave proteina p53 na subtelomere, a so potrebne dodatne raziskave za določitev natančnega mehanizma.

=== Aljoša Marinko: Vloga proteina DART pri odstranitvi virusa HIV ===
Antiretrovirusna terapija je dandanes uporabljena kot glavna metoda v boju proti virusu HIV, ampak je le začasna rešitev, saj podaljša življenjsko dobo okužene osebe, vendar jo ne ozdravi. Virus HIV namreč ostane skrit našemu imunskemu sistemu in ga je zaradi tega skoraj nemogoče popolnoma odstraniti iz telesa. Protein DART je bil v kombinaciji s sredstvi za povečano izražanje virusa HIV raziskan kot ena izmed možnih rešitev omenjenega problema. Protein naj bi deloval na osnovi prepoznavanja okuženih celic in celic T ubijalk, hkrati vodil njuno združitev in posledično uničenje vseh prepoznanih okuženih celic. Sestavljen je iz dveh delov, anti-HIV in anti-CD3 dela. Prvi naj bi se vezal na okužene celice, drugi pa na celice T. Sprva je bilo potrebno določiti, katera protitelesa najbolje prepoznajo oba omenjena tipa celic, da je bilo na podlagi tega mogoče sintetizirati najbolj optimalne proteine, nato so bili le-ti testirani njihove učinkovitosti eliminacije virusa v različnih situacijah. Končni rezultati raziskave so se izakazali za obetavne, saj so proteini DART v kombinaciji s sredstvi za povečano izražanje v veliki meri uspešno odstranili okužene celice v ex vivo modelu celic pacientov okuženih z virusom HIV. S tem so se proteini DART izkazali kot dobri kandidati za nadaljne raziskave na in vivo modelu.

=== Jurij Nastran: Evolucija in delovanje dopaminskih receptorjev ===
Ena največjih skrivnosti človeškega telesa so možgani. Poznavanje možganov bo pomembno prispevalo k razvoju farmacije, saj bo z nadaljnjim raziskovanjem postopoma omogočeno bolj učinkovito zdravljenje bolezni, ki možgane prizadenejo. Odkritja na tem področju lahko torej potencialno pomagajo veliko ljudem s težavami pri gibanju, depresiji in drugih degenerativnih nevroloških boleznih. Med ta odkritja spadajo tudi dognanja na področju strukture, funkcije in izvora proteinov, ki so pomembni s farmacevtskega vidika. Eden izmed načinov, kako do njih priti, je identifikacija spojin, ki so se s koevolucijo razvile tako, da so ohranile nekatere skupne lastnosti. Ta študija je prispevala k razlagi, kako proteini ohranijo svojo strukturo in funkcijo ter je omogočila boljša zdravila v prihodnosti. Avtorji so ustvarili novo matematično orodje ET-MIp, ki temelji na principih evolucije. Skozi evolucijo je dopaminski receptor D2 ohranjal svojo funkcijo, medtem pa se je razporeditev njegovih aminokislin počasi in postopoma spreminjala. Alosterični pari, ki so pomembni pri ohranjanju proteinske strukture in funkcije receptorja, so se ohranili. To matematično orodje nudi pomoč pri identificiranju parov, ki so najverjetneje bili vpleteni pri alosterični komunikaciji. Pari aminokislin, za katere so verjeli, da imajo evolucijski razlog za tvorjenje alosterične komunikacije, so se večinoma tudi eksperimentalno obnašali kot alosterični par. To odkritje nam pomaga razumeti, kako je funkcija dopaminskega receptorja D2 regulirana in je pomemben korak proti novim zdravilom na tem področju.

=== Katja Malenšek: Kako celica določi, kje se sinteza proteinov začne? ===
Proteini so ene najkompleksnejših makromolekul, ki v celici in organizmu nasploh opravljajo najrazličnejše vloge. Njihova dokončna sinteza poteka na ribosomih, informacijo o njihovi zgradbi pa nosi molekula DNA. Da protein nastane, se mora torej informacija iz DNA prepisati v mRNA, ki nato potuje do ribosoma, kjer poteče translacija. V začetnih stopnjah translacije so poleg ribosoma in mRNA prisotni še številni drugi proteini oz. faktorji, ki s svojim delovanjem omogočijo, da se sinteza polipeptidne verige prične na ustreznem mestu na mRNA. Protein s spremenjeno primarno strukturo bi bil namreč lahko nefunkcionalen ali pa za celico celo škodljiv. Sinteza polipeptidne verige se običajno začne, ko ribosom v procesu »skeniranja« zazna kodon AUG. Takrat pride do konformacijske spremembe celotnega kompleksa, na ribosom vezan faktor eIF5 s svojo GTPazno aktivnostjo sproži hidrolizo GTP, vezanega na faktor eIF2, čemur sledi odcep fosfatne skupine. Konformacijske spremembe, ki naj bi pri tem nastale, stabilizirajo celoten kompleks in preprečijo nadaljnje »skeniranje«. V tej raziskavi so znanstveniki testirali, kaj se zgodi v odsotnosti faktorja eIF5. Ugotovili so, da pri tem v večjem številu primerov pride do tvorbe kompleksov 48S in 80S na bolj oddaljenih kodonih AUG, kjer se nato sinteza polipeptidne verige prične. Predpostavili so obstoj do sedaj nepoznanega mehanizma (»sliding«), ki dovoljuje, da se »skeniranje« nadaljuje, kljub temu da je že prišlo do zaznave kodona AUG. To so kasneje tudi potrdili z ostalimi eksperimenti. Najverjetnejša razlaga za ta pojav je, da pri manjši koncentraciji eIF5 ne pride do hidrolize v zadostni meri, posledično so tudi konformacijske spremembe manjše in zato niso sposobne ustrezno stabilizirati kompleksa. Glede na dejstvo, da je tudi koncentracija eIF5 v različnih celicah različna in se neprestano spreminja v odvisnosti od okoliščin, si lahko »sliding« predstavljamo kot nekakšen mehanizem, ki uravnava izražanje genov na nivoju translacije.

===Maša Zorman: Zvijanje kromatina in inhibicija DNA replikacije s platinastim kompleksom 5-H-Y ===
Celični procesi, kot sta replikacija DNA in prepisovanje RNA, so izjemno pomemblni za uspešno delovanje in sposobnost preživetja celic. Ko celica ni več sposobna opravljati celičnega cikla nastopi apoptoza. Na osnovi tega znanja se že dalj časa uporabljajo protirakava sredstva, ki preprečujejo nekontrolirano delitev rakavih celic tako, da celicam ustavijo vitalne procese in povzročijo celično smrt. Najbolj razširjena protirakava sredstva so platinasti kompleksi in spojine, kot na primer Cis-diamindikloridoplatina (cisplatin). Problem zdravil kot je cisplatin je, da ob daljšem zdravlenju z njim, nekatere rakave celice razvijejo odpornost nanj in se ponovnoma začnejo nekontrolirano deliti. Zato znanstveniki že dalj časa želijo najti rešitev in proizvesti zdravilo, ki bi bilo sposobno ubiti ciplatin-odporne rakave celice. V raziskavi je skupina znanstvenikov preizkuila platinast kompleks 5-H-Y, ki je v preteklih raziskavah kazal izjemen potencial kot protirakavo sredstvo. V raziskavi so odkrili, kako sposobnost 5-H-Y za kondenzacijo kromatina in drugačen popravni mehanizem DNA pripomoreta k uničevanju rakavih celic, kot tudi celic imunih na cisplatin. Citotoksičnost 5-H-Y, v primerjavi s cisplatinom, naj bi manj vplivala spremembe genoma, zato raziskovalci menijo, da je kompleks 5-H-Y manj škodljiv organizmu in dobra alternativa zdajšnim protirakavim sredstvom.

===Katarina Petra van Midden: Učinkovitost molekule GS-5734 proti virusu Ebola===
Virus Ebola je eden izmed človeku najbolj nevarnih virusov, saj povzroča hude hemoragične mrzlice, ki se pogosto končajo s smrtjo bolnika. Predlani, ko je prišlo do največjega izbruha virusa do sedaj, se je začelo intenzivno raziskovanje učinkovin, ki bi lahko preprečile okužbo ali pomagale pri okrevanju bolnika. Ena izmed slednjih je molekula GS-5734, ki deluje tako, da se v celici hitro in učinkovito pretvori v NTP (ATP-ju podobno molekulo z vezano ciano skupino). Ta inhibira delovanje virusnega encima od RNA odvisne polimeraze RNA, ki je nujno potrebna za razmnoževanje virusa, saj negativno polarno virusno RNA pretvori v pozitivno polarno in omogoči sintezo strukturnih beljakovin. Ker se je molekula in vitro izkazala za zelo učinkovito, so želeli preveriti učinkovitost še na živem modelu, opicah Mucaca Mulatta. Najprej so preverjali farmakokinetiko, metabolizem in distribucijo GS-5734 na zdravih opicah, kasneje pa so opice tudi okužili z virusom in gledali vpliv učinkovine. Vse opice zdravljene z dovolj veliko dozo GS-5734 so okužbo preživele. Količina virusne RNA se je v njihovi krvi vidno zmanjšala, kazale pa so tudi manj znakov okužbe. Rezultati so zelo obetavni, a je pot do zdravljenja s GS-5734 še dolga. Trenutno potekajo raziskave na zdravih človeških prostovoljcih, kjer bodo preverjali varnost molekule.

===Kevin Heric: Proizvajanje enantioselektivnih biokatalizatorjev s pomočjo fotosinteze===
Globalno izčrpavanje naravnih virov predstavlja veliko grožnjo naši družbi. Fosilnih goriv bo v naslednjih desetletjih zmanjkalo, in vspešne alternativne vire je treba še preveriti. Ta izziv zahteva veliko premislekov in težav pri zamenjavi tedanjih virov energije, ki temeljijo zlasti na bencinskih derivatih, z obnovljivimi viri. Zadnje čase pritegujejo veliko pozornost fototrofski organizmi, ki bi lahko proizvajali razne kemikalije predvsem pa biogoriva. Ti mikroorganizmi omogočajo neposredno uporabo ogljikovega oksida. Veliko pozornost so pritegnile cianobakterije, točneje cianobakterija Synechocystis sp. PCC 6803. Ključno vlogo imajo pri tem katalizatorji. Katalizatorje bi lahko izdelovali iz fotosintetskih encimov, ki jih ta bakterija proizvaja in kateri bi bili važna komponenta biotehnoloških in kemijskih industrij. Ker biokatalizatorji delujejo v zelo občutljivih reakcijskih pogojih, industrije potrebujejo trajnostne in odporne katalizatorje. Njihova visoka selektivnost omogoča skrajšanje reakcijskih poti, kar je privedlo do številnih aplikacij okolju prijaznih sintez kemikalij in farmacevtskih izdelkov. S pomočjo teh cianobakterij bi lahko v prihodnosti pridobivali goriva iz ogljikovega oksida v zraku in to s fotosintezo. Edina težava pri tem procesu je nizka koncentracija encimov, ki jih cianobaterija Synechocystis sp. PCC 6803 proizvaja.

===Valentina Novak: Transgeneracijski vplivi motnje v metilaciji histonov===
Ste kdaj pomislili, da bi morebitne kompleksne bolezni kot so težave s srcem, diabetes tipa II ali rak, povezali z življenjskim slogom svojih staršev? V zadnjih letih so znanstveniki pokazali, da življenjske navade očeta, kot so prehrana, izpostavljenost toksinom in stres, lahko vplivajo na razvoj in zdravje njegovih potomcev. Kjub napredkom na področju epigenetike, ki se ukvarja z dedovanjem značilnosti, katerih razvoj ni posledica informacij zapisanih v nukleotidnem zaporedju DNA, znanstveniki še vedno niso razvozlali vseh mehanizmov, ki sodelujejo pri prenosu informacij o okoljskih dejavnikih med generacijami. V raziskavi se je raziskovalna skupina posvetila mehanizmu metilacije histonov, ki je bil dosedaj večinokrat v senci raziskovanja metilacije DNA. Raziskovalci so vzgojili transgene miši, pri katerih je bilo povečano izražanje demetilaze lizina 4 na histonu 3, miši parili s testnimi v dveh linijah potomcev in opazovali učinke spremembe v metilaciji na razvoj potomcev. Potrdili so vpliv pravilne metilacije lizina 4 histona 3 na gene, ki sodelujejo pri normalnem razvoju miši v večih generacijah po stiku moškega predinka s transgenom. Raziskava je prispevala pomemben delež v raziskovanju prenosa informacij preko metilacije histonov. V prihodnosti upajo na razkritje medsebojnih vplivov sočasnega delovanja različnih epigenetskih mehanizmov ter odkritje natančne povezave med okoljskim vplivom, epigenomom v spermi ter izražanjem genov v potomcih.

TBK2016-seminar

2016-04-19T07:17:39Z

Valentina Novak: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Domen Vaupotič||Biokemija v boju proti otrokom||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151020091651.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik
|-
| Aljaž Božič||Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215143327.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tomaž Žigon||Tanja Peric||Luka Okorn
|-
| Lana Vogrinec||Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160104164221.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tina Ivančir||Iztok Štuhec||Maša Zorman
|-
| Polona Skrt||Aktivnost mitohondrija in staranje kožnih celic||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160226080947.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar
|-
| Andrej Ivanovski||Genski spmenjeni komarji bi lahko pomagali borbi proti malariji||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/12/151207113839.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle
|-
| Dominik Rebek||Vloga RQC sistema pri agregaciji proteinov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160303112912.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Aljaž Božič||Tomaž Žigon||Tanja Peric
|-
| Kaja Ujčič||Imunski sistem kot spodbujevalec raka||http://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160218060937.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Eva Klemenčič||Tina Ivančir||Iztok Štuhec
|-
| David Dolhar||Umetna mišična tkiva s sposobnostjo samoobnove le stvar prihodnosti?||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160128154827.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Polona Skrt||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek
|-
| Vida Štrancar||Vloga konformacijske spremembe kinaze v procesu bakterijske kemotakse||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/12/151208134129.htm||15.03.||18.03.||21.03.||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič||Lana Vogrinec
|-
| Lara Turk||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Dominik Rebek||Aljaž Božič||Tomaž Žigon
|-
| Janja Murn||Virus HSV uspešen v boju z imunskim sistemom||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160204094928.htm||15.03.||18.03.||21.03.||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec||Tina Ivančir
|-
| Zorana Andonović||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||David Dolhar||Polona Skrt||Ajda Cafun
|-
| Ana Obaha||Vloga miRNA pri razvoju osteosarkoma in glioblastoma||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160223132545.htm||29.03.||01.04.||04.04.||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič
|-
| Nadja Škafar||Ionska črpalka za transport cezijevih ionov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160222090654.htm||29.03.||01.04.||04.04.||Lara Turk||Dominik Rebek||Aljaž Božič
|-
| Marijana Mijatović||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Janja Murn||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec
|-
| Aljaž Puž||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Zorana Andonović||David Dolhar||Polona Skrt
|-
| Ana Erčulj||Endogeni retrovirusi - regulatorji pluripotence||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/11/151123202505.htm||05.04.||08.04.||11.04.||Ana Obaha||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski
|-
| Urban Ferčec||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Nadja Škafar||Lara Turk||Dominik Rebek
|-
| Karin Kokalj||Uporaba hiperpolariziranih diazirinov, kot molekulskih označevalcev||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160325151726.htm||05.04.||08.04.||11.04.||Marijana Mijatović||Janja Murn||Kaja Ujčič
|-
| Aljoša Savić||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Aljaž Puž||Zorana Andonović||David Dolhar
|-
| Ela Hudovernik||Nevroni pod žarometi proteina FlicR1||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160224151217.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Ana Erčulj||Ana Obaha||Vida Štrancar
|-
| David Titovšek||Odstranitev HIV-1 iz človeških celic s CRISPR/Cas9 sistemom||http://www.nature.com/articles/srep22555||12.04.||15.04.||18.04.||Urban Ferčec||Nadja Škafar||Lara Turk
|-
| Zala Živič||Svetlobno nadzorovan eksport proteinov iz celičnega jedra||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215123751.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Karin Kokalj||Marijana Mijatović||Janja Murn
|-
| Neli Sedej||Označevanje RNK z uporabo CRISPR/Cas9||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160317150008.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Aljoša Savić||Aljaž Puž||Zorana Andonović
|-
| Aljoša Marinko||Vloga proteina DART pri odstranitvi virusa HIV||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/09/150928183114.htm||19.04.||22.04.||25.04.||Ela Hudovernik||Ana Erčulj||Ana Obaha
|-
| Melita Flander||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||David Titovšek||Urban Ferčec||Nadja Škafar
|-
| Pia Lavriha||Interakcija proteina p53 in subtelomer za zaščito DNA človeških telomer||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160115100943.htm||19.04.||22.04.||25.04.||Zala Živič||Karin Kokalj||Marijana Mijatović
|-
| Katja Malenšek||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Neli Sedej||Aljoša Savić||Aljaž Puž
|-
| Kevin Heric||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik||Ana Erčulj
|-
| Jurij Nastran||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Melita Flander||David Titovšek||Urban Ferčec
|-
| Ajda Lenardič||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Pia Lavriha||Zala Živič||Karin Kokalj
|-
| Katarina Petra van Midden||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Katja Malenšek||Neli Sedej||Aljoša Savić
|-
| Valentina Novak||Transgeneracijski vplivi motnje v metilaciji histonov||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151008142622.htm||10.05.||13.05.||16.05.||Kevin Heric||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik
|-
| Veronika Razpotnik||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Jurij Nastran||Melita Flander||David Titovšek
|-
| Luka Okorn||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Ajda Lenardič||Pia Lavriha||Zala Živič
|-
| Maša Zorman||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek||Neli Sedej
|-
| Jošt Hočevar||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Valentina Novak||Kevin Heric||Aljoša Marinko
|-
| Ana Halužan Vasle||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran||Melita Flander
|-
| Tanja Peric||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Luka Okorn||Ajda Lenardič||Pia Lavriha
|-
| Iztok Štuhec||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek
|-
| Maksimiljan Adamek||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Jošt Hočevar||Valentina Novak||Kevin Heric
|-
| Eva Klemenčič||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran
|-
| Tomaž Žigon||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Tanja Peric||Luka Okorn||Ajda Lenardič
|-
| Tina Ivančir||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Iztok Štuhec||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden
|-
| Ajda Cafun||naslov||link||31.05.||03.06.||06.06.||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar||Valentina Novak
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2015. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2016 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==<font color=green>Imena datotek</font>==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2016_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2016_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2016_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2016_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2016_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2016_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.<br>'''Citiranje knjig:'''<br>Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.<br>Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.<br>Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.<br>Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.<br>Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:'''<br>Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.<br>Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:<br>Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.<br>Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:<br>C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)<br>V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:'''<br>Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov<br>strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life<br>Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.