Wiki FKKT - User contributions [en]

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-21T16:49:57Z

ValentinaLevak: /* MoClo SISTEM */

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== UVOD ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo je hierarhična nadgradnja metode Golden Gate in omogoča učinkovito sestavljanje večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov v želenem vrstnem redu v treh stopnjah. Na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na mestu, kjer poteče restrikcija, leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da so v treh korakih sestavili večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po ligaciji dveh delov absolutni konci ohranijo restrikcijska mesta. Pri biokockah isti postopek ponavljamo in dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, kar pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo metodo kloniranja [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo učinkovito sestavimo želeni konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja metode Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, predstavljen leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
MoClo omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolni inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

'''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, najprej pomnožimo, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta točkovni mutaciji v smernem in protismernem začetnem oligonukleotidu komplementarni.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilna škatla in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji ''E. coli'' DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču s spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer za urejen vrstni red poskrbimo sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi vključeni v vektor z enakim ogrodjem, lahko za vsa zaporedja (istega tipa) pri sekvenciranju pa tudi pri PCR na osnovi kolonije uporabimo enak par začetnih nukleotidov.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontsko transkripcijsko enoto (TU). Slednjo vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi druge značilne škatle so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavimo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. ''end-linker''), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje od znotraj navzven ležita značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se poslužimo dodatnega nabora vektorjev s končnim linkerjem, pELB-x in pELR-x, x predstavlja število od 1 do 7. Ta tipa vektorjev nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-21T16:34:38Z

ValentinaLevak: /* STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV */

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== UVOD ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo je hierarhična nadgradnja metode Golden Gate in omogoča učinkovito sestavljanje večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov v želenem vrstnem redu v treh stopnjah. Na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na mestu, kjer poteče restrikcija, leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da so v treh korakih sestavili večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po ligaciji dveh delov absolutni konci ohranijo restrikcijska mesta. Pri biokockah isti postopek ponavljamo in dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, kar pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo metodo kloniranja [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo učinkovito sestavimo želeni konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja metode Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, predstavljen leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
MoClo omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolni inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

'''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, najprej pomnožimo, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v izbranem zaporedju.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno škatlo in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer za urejen vrstni red poskrbimo sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi druge značilne škatle so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se poslužimo dodatnega nabora vektorjev s končnim linkerjem, pELB-x in pELR-x, x predstavlja število od 1 do 7. Ta tipa vektorjev nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-21T16:31:14Z

ValentinaLevak: /* UVOD */

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== UVOD ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo je hierarhična nadgradnja metode Golden Gate in omogoča učinkovito sestavljanje večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov v želenem vrstnem redu v treh stopnjah. Na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na mestu, kjer poteče restrikcija, leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da so v treh korakih sestavili večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po ligaciji dveh delov absolutni konci ohranijo restrikcijska mesta. Pri tem sistemu isti postopek ponavljamo in dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, kar pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu pa tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo metodo kloniranja [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo učinkovito sestavimo želeni konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja metode Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, predstavljen leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
MoClo omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolni inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

'''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, najprej pomnožimo, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v izbranem zaporedju.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno škatlo in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer za urejen vrstni red poskrbimo sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi druge značilne škatle so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se poslužimo dodatnega nabora vektorjev s končnim linkerjem, pELB-x in pELR-x, x predstavlja število od 1 do 7. Ta tipa vektorjev nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-21T16:29:36Z

ValentinaLevak:

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== UVOD ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo je hierarhična nadgradnja metode Golden Gate in omogoča učinkovito sestavljanje večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov v želenem vrstnem redu v treh stopnjah. Na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na mestu, kjer poteče restrikcija, pa leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da jim je v treh korakih uspelo sestaviti večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po ligaciji dveh delov absolutni konci ohranijo restrikcijska mesta. Pri tem sistemu isti postopek ponavljamo in dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, kar pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu pa tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo metodo kloniranja [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo učinkovito sestavimo želeni konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja metode Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, predstavljen leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
MoClo omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolni inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

'''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, najprej pomnožimo, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v izbranem zaporedju.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno škatlo in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer za urejen vrstni red poskrbimo sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi druge značilne škatle so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se poslužimo dodatnega nabora vektorjev s končnim linkerjem, pELB-x in pELR-x, x predstavlja število od 1 do 7. Ta tipa vektorjev nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

Seminarji SB 2018/19

2018-11-21T16:10:22Z

ValentinaLevak:

V študijskem letu 2018/19 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MoClo:_modularni_klonirni_sistem_za_standardizirano_sestavljanje_ve%C4%8Dgenskih_konstruktov MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov] (Valentina Levak)

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

----

Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

22.11. 
1 
2 Valentina Levak 

27.11. 
1 
2 
3 
4 

29.11. 
1 
2 Špela Malenšek 
3 
4 Jerneja Kocutar 

4.12. 
1 
2 Fran Krstanovic 
3 
4 

6.12. 
1 
2 Ernest Šprager 
3 Rok Miklavčič 
4 

11.12. 
1 Jerneja Ovčar 
2 
3 
4 Gašper Marinšek 

18.12. 
1 
2 
3 
4 

3.1. 
1 
2 
3 
4 Milena Stojkovska 

8.1. 
1 Peter Pečan 
2 Tjaša Sorčan 
3 Marija Atanasova 
4 Bine Tršavec 

10.1. 
1 Natalija Pucihar 
2 
3 
4 

15.1. 
1 
2 Blaž Lebar 
3 
4

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-19T19:51:40Z

ValentinaLevak: /* Druga raven */

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== UVOD ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo temelji na metodi sestavljanja fragmentov DNA Golden Gate, ki omogoča ''one-pot'' sestavljanje več fragmentov DNA v želenem vrstnem redu in z visoko učinkovitostjo. MoClo je hierarhična nadgradnja te metode, ki omogoča sestavitev večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov (osnovnih bioloških zaporedij) v treh stopnjah, izvedenih po metodi Golden Gate. To je mogoče, ker na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na primerni oddaljenosti – točno tam, kjer poteče restrikcija, pa leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, ki so komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da jim je v treh korakih uspelo sestaviti večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po sestavitvi dveh delov absolutni konci ohranijo prepoznavna mesta za restriktaze (in restrikcijska mesta). Pri tem sistemu isti postopek ponavljamo in s tem dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, tehnično to pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu pa tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo še eno metodo kloniranja, imenovano [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo zelo učinkovito sestavimo konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA, pri čemer dosežemo tudi želeno končno zaporedje. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja kloniranja po metodi Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov (promotorjev, 5’-neprevedenih regij, signalnih peptidov, kodirajočih zaporedij in terminatorjev) do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, ki so ga predstavili leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
Ta sistem kloniranja omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolični inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

Na začetku je smiselno pojasniti pomen nekaterih izrazov, uporabljenih v nadaljevanju. '''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa, torej: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, moramo najprej pomnožiti, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v istem izbranem zaporedju.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno škatlo in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer moramo za urejen vrstni red poskrbeti sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov. Takšen je torej postopek za dodajanje novega izbranega zaporedja v knjižnico modulov ničte ravni.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). V splošnem so sestavljene iz promotorja, 5'-neprevedene regije, signalnega peptida, kodirajočega zaporedja in terminatorja v tem vrstnem redu. Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v omenjeni drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi te, druge značilne škatle, so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se lahko poslužimo dodatnih dveh naborov vektorjev s končnim linkerjem, in sicer pELB-x in pELR-x, kjer x predstavlja število od 1 do 7. Ta dva vektorja nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi t. i. negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-19T19:51:16Z

ValentinaLevak:

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== UVOD ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo temelji na metodi sestavljanja fragmentov DNA Golden Gate, ki omogoča ''one-pot'' sestavljanje več fragmentov DNA v želenem vrstnem redu in z visoko učinkovitostjo. MoClo je hierarhična nadgradnja te metode, ki omogoča sestavitev večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov (osnovnih bioloških zaporedij) v treh stopnjah, izvedenih po metodi Golden Gate. To je mogoče, ker na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na primerni oddaljenosti – točno tam, kjer poteče restrikcija, pa leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, ki so komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da jim je v treh korakih uspelo sestaviti večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po sestavitvi dveh delov absolutni konci ohranijo prepoznavna mesta za restriktaze (in restrikcijska mesta). Pri tem sistemu isti postopek ponavljamo in s tem dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, tehnično to pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu pa tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo še eno metodo kloniranja, imenovano [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo zelo učinkovito sestavimo konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA, pri čemer dosežemo tudi želeno končno zaporedje. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja kloniranja po metodi Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov (promotorjev, 5’-neprevedenih regij, signalnih peptidov, kodirajočih zaporedij in terminatorjev) do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, ki so ga predstavili leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
Ta sistem kloniranja omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolični inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

Na začetku je smiselno pojasniti pomen nekaterih izrazov, uporabljenih v nadaljevanju. '''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa, torej: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, moramo najprej pomnožiti, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v istem izbranem zaporedju.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno škatlo in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer moramo za urejen vrstni red poskrbeti sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov. Takšen je torej postopek za dodajanje novega izbranega zaporedja v knjižnico modulov ničte ravni.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). V splošnem so sestavljene iz promotorja, 5'-neprevedene regije, signalnega peptida, kodirajočega zaporedja in terminatorja v tem vrstnem redu. Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v omenjeni drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi te, druge značilne škatle, so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se lahko poslužimo dodatnih dveh naborov vektorjev s končnim linkerjem, in sicer pELB-x in pELR-x, kjer x predstavlja število od 1 do 7. Ta dva vektorja nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi t. i. negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-19T19:49:16Z

ValentinaLevak: /* Druga raven */

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== UVOD ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo temelji na metodi sestavljanja fragmentov DNA Golden Gate, ki omogoča ''one-pot'' sestavljanje več fragmentov DNA v želenem vrstnem redu in z visoko učinkovitostjo. MoClo je hierarhična nadgradnja te metode, ki omogoča sestavitev večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov (osnovnih bioloških zaporedij) v treh stopnjah, izvedenih po metodi Golden Gate. To je mogoče, ker na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na primerni oddaljenosti – točno tam, kjer poteče restrikcija, pa leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, ki so komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da jim je v treh korakih uspelo sestaviti večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po sestavitvi dveh delov absolutni konci ohranijo prepoznavna mesta za restriktaze (in restrikcijska mesta). Pri tem sistemu isti postopek ponavljamo in s tem dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, tehnično to pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu pa tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo še eno metodo kloniranja, imenovano [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo zelo učinkovito sestavimo konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA, pri čemer dosežemo tudi želeno končno zaporedje. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja kloniranja po metodi Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov (promotorjev, 5’-neprevedenih regij, signalnih peptidov, kodirajočih zaporedij in terminatorjev) do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, ki so ga predstavili leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
Ta sistem kloniranja omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolični inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

Na začetku je smiselno pojasniti pomen nekaterih izrazov, uporabljenih v nadaljevanju. '''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa, torej: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, moramo najprej pomnožiti, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v istem izbranem zaporedju.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno škatlo in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer moramo za urejen vrstni red poskrbeti sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov. Takšen je torej postopek za dodajanje novega izbranega zaporedja v knjižnico modulov ničte ravni.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). V splošnem so sestavljene iz promotorja, 5'-neprevedene regije, signalnega peptida, kodirajočega zaporedja in terminatorja v tem zaporedju. Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v omenjeni drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi te, druge značilne škatle, so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se lahko poslužimo dodatnih dveh naborov vektorjev s končnim linkerjem, in sicer pELB-x in pELR-x, kjer x predstavlja število od 1 do 7. Ta dva vektorja nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi t. i. negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-19T19:48:42Z

ValentinaLevak: /* Druga raven */

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== UVOD ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo temelji na metodi sestavljanja fragmentov DNA Golden Gate, ki omogoča ''one-pot'' sestavljanje več fragmentov DNA v želenem vrstnem redu in z visoko učinkovitostjo. MoClo je hierarhična nadgradnja te metode, ki omogoča sestavitev večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov (osnovnih bioloških zaporedij) v treh stopnjah, izvedenih po metodi Golden Gate. To je mogoče, ker na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na primerni oddaljenosti – točno tam, kjer poteče restrikcija, pa leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, ki so komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da jim je v treh korakih uspelo sestaviti večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po sestavitvi dveh delov absolutni konci ohranijo prepoznavna mesta za restriktaze (in restrikcijska mesta). Pri tem sistemu isti postopek ponavljamo in s tem dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, tehnično to pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu pa tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo še eno metodo kloniranja, imenovano [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo zelo učinkovito sestavimo konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA, pri čemer dosežemo tudi želeno končno zaporedje. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja kloniranja po metodi Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov (promotorjev, 5’-neprevedenih regij, signalnih peptidov, kodirajočih zaporedij in terminatorjev) do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, ki so ga predstavili leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
Ta sistem kloniranja omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolični inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

Na začetku je smiselno pojasniti pomen nekaterih izrazov, uporabljenih v nadaljevanju. '''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa, torej: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, moramo najprej pomnožiti, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v istem izbranem zaporedju.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno škatlo in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer moramo za urejen vrstni red poskrbeti sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov. Takšen je torej postopek za dodajanje novega izbranega zaporedja v knjižnico modulov ničte ravni.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). V splošnem so sestavljene iz promotorja, 5'-neprevedene regije, signalnega peptida, kodirajočega zaporedja in terminatorja v tem zaporedju. Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v omenjeni drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi te, druge značilne škatle, so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

[[Image:http://shrani.si/f/2q/Yg/1ZlKctP5/journalpone0016765g003.png|x]]

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se lahko poslužimo dodatnih dveh naborov vektorjev s končnim linkerjem, in sicer pELB-x in pELR-x, kjer x predstavlja število od 1 do 7. Ta dva vektorja nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi t. i. negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-19T19:46:44Z

ValentinaLevak: /* Druga raven */

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== UVOD ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo temelji na metodi sestavljanja fragmentov DNA Golden Gate, ki omogoča ''one-pot'' sestavljanje več fragmentov DNA v želenem vrstnem redu in z visoko učinkovitostjo. MoClo je hierarhična nadgradnja te metode, ki omogoča sestavitev večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov (osnovnih bioloških zaporedij) v treh stopnjah, izvedenih po metodi Golden Gate. To je mogoče, ker na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na primerni oddaljenosti – točno tam, kjer poteče restrikcija, pa leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, ki so komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da jim je v treh korakih uspelo sestaviti večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po sestavitvi dveh delov absolutni konci ohranijo prepoznavna mesta za restriktaze (in restrikcijska mesta). Pri tem sistemu isti postopek ponavljamo in s tem dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, tehnično to pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu pa tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo še eno metodo kloniranja, imenovano [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo zelo učinkovito sestavimo konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA, pri čemer dosežemo tudi želeno končno zaporedje. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja kloniranja po metodi Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov (promotorjev, 5’-neprevedenih regij, signalnih peptidov, kodirajočih zaporedij in terminatorjev) do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, ki so ga predstavili leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
Ta sistem kloniranja omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolični inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

Na začetku je smiselno pojasniti pomen nekaterih izrazov, uporabljenih v nadaljevanju. '''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa, torej: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, moramo najprej pomnožiti, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v istem izbranem zaporedju.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno škatlo in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer moramo za urejen vrstni red poskrbeti sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov. Takšen je torej postopek za dodajanje novega izbranega zaporedja v knjižnico modulov ničte ravni.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). V splošnem so sestavljene iz promotorja, 5'-neprevedene regije, signalnega peptida, kodirajočega zaporedja in terminatorja v tem zaporedju. Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v omenjeni drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi te, druge značilne škatle, so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

[[Image: shrani.si/f/2q/Yg/1ZlKctP5/journalpone0016765g003.png]]

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se lahko poslužimo dodatnih dveh naborov vektorjev s končnim linkerjem, in sicer pELB-x in pELR-x, kjer x predstavlja število od 1 do 7. Ta dva vektorja nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi t. i. negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-19T19:46:07Z

ValentinaLevak:

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== UVOD ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo temelji na metodi sestavljanja fragmentov DNA Golden Gate, ki omogoča ''one-pot'' sestavljanje več fragmentov DNA v želenem vrstnem redu in z visoko učinkovitostjo. MoClo je hierarhična nadgradnja te metode, ki omogoča sestavitev večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov (osnovnih bioloških zaporedij) v treh stopnjah, izvedenih po metodi Golden Gate. To je mogoče, ker na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na primerni oddaljenosti – točno tam, kjer poteče restrikcija, pa leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, ki so komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da jim je v treh korakih uspelo sestaviti večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po sestavitvi dveh delov absolutni konci ohranijo prepoznavna mesta za restriktaze (in restrikcijska mesta). Pri tem sistemu isti postopek ponavljamo in s tem dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, tehnično to pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu pa tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo še eno metodo kloniranja, imenovano [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo zelo učinkovito sestavimo konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA, pri čemer dosežemo tudi želeno končno zaporedje. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja kloniranja po metodi Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov (promotorjev, 5’-neprevedenih regij, signalnih peptidov, kodirajočih zaporedij in terminatorjev) do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, ki so ga predstavili leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
Ta sistem kloniranja omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolični inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

Na začetku je smiselno pojasniti pomen nekaterih izrazov, uporabljenih v nadaljevanju. '''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa, torej: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, moramo najprej pomnožiti, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v istem izbranem zaporedju.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno škatlo in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer moramo za urejen vrstni red poskrbeti sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov. Takšen je torej postopek za dodajanje novega izbranega zaporedja v knjižnico modulov ničte ravni.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). V splošnem so sestavljene iz promotorja, 5'-neprevedene regije, signalnega peptida, kodirajočega zaporedja in terminatorja v tem zaporedju. Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v omenjeni drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi te, druge značilne škatle, so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

[[Image:http://shrani.si/f/2q/Yg/1ZlKctP5/journalpone0016765g003.png]]

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se lahko poslužimo dodatnih dveh naborov vektorjev s končnim linkerjem, in sicer pELB-x in pELR-x, kjer x predstavlja število od 1 do 7. Ta dva vektorja nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi t. i. negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

Seminarji SB 2018/19

2018-11-19T15:41:21Z

ValentinaLevak:

V študijskem letu 2018/19 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MoClo:_modularni_klonirni_sistem_za_standardizirano_sestavljanje_ve%C4%8Dgenskih_konstruktov MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov]

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

----

Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

22.11. 
1 
2 Valentina Levak 

27.11. 
1 
2 
3 
4 Jerneja Kocutar 

29.11. 
1 Rok Miklavčič 
2 Špela Malenšek 
3 
4 

4.12. 
1 
2 Fran Krstanovic 
3 
4 

6.12. 
1 
2 Ernest Šprager 
3 
4 

11.12. 
1 Jerneja Ovčar 
2 
3 
4 Gašper Marinšek 

18.12. 
1 
2 
3 
4 

3.1. 
1 
2 
3 
4 Milena Stojkovska 

8.1. 
1 Peter Pečan 
2 Tjaša Sorčan 
3 Marija Atanasova 
4 Bine Tršavec 

10.1. 
1 Natalija Pucihar 
2 
3 
4 

15.1. 
1 
2 
3 
4

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-19T15:38:59Z

ValentinaLevak:

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== UVOD ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo temelji na metodi sestavljanja fragmentov DNA Golden Gate, ki omogoča ''one-pot'' sestavljanje več fragmentov DNA v želenem vrstnem redu in z visoko učinkovitostjo. MoClo je hierarhična nadgradnja te metode, ki omogoča sestavitev večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov (osnovnih bioloških zaporedij) v treh stopnjah, izvedenih po metodi Golden Gate. To je mogoče, ker na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na primerni oddaljenosti – točno tam, kjer poteče restrikcija, pa leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, ki so komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da jim je v treh korakih uspelo sestaviti večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po sestavitvi dveh delov absolutni konci ohranijo prepoznavna mesta za restriktaze (in restrikcijska mesta). Pri tem sistemu isti postopek ponavljamo in s tem dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, tehnično to pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu pa tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo še eno metodo kloniranja, imenovano [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo zelo učinkovito sestavimo konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA, pri čemer dosežemo tudi želeno končno zaporedje. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja kloniranja po metodi Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov (promotorjev, 5’-neprevedenih regij, signalnih peptidov, kodirajočih zaporedij in terminatorjev) do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, ki so ga predstavili leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
Ta sistem kloniranja omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolični inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

Na začetku je smiselno pojasniti pomen nekaterih izrazov, uporabljenih v nadaljevanju. '''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa, torej: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, moramo najprej pomnožiti, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v istem izbranem zaporedju.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno škatlo in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer moramo za urejen vrstni red poskrbeti sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov. Takšen je torej postopek za dodajanje novega izbranega zaporedja v knjižnico modulov ničte ravni.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). V splošnem so sestavljene iz promotorja, 5'-neprevedene regije, signalnega peptida, kodirajočega zaporedja in terminatorja v tem zaporedju. Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v omenjeni drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi te, druge značilne škatle, so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se lahko poslužimo dodatnih dveh naborov vektorjev s končnim linkerjem, in sicer pELB-x in pELR-x, kjer x predstavlja število od 1 do 7. Ta dva vektorja nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi t. i. negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov

2018-11-19T15:37:53Z

ValentinaLevak: New page: Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://...

Izvorni članek: Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. [https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765]

== '''UVOD''' ==

Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo temelji na metodi sestavljanja fragmentov DNA Golden Gate, ki omogoča ''one-pot'' sestavljanje več fragmentov DNA v želenem vrstnem redu in z visoko učinkovitostjo. MoClo je hierarhična nadgradnja te metode, ki omogoča sestavitev večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov (osnovnih bioloških zaporedij) v treh stopnjah, izvedenih po metodi Golden Gate. To je mogoče, ker na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na primerni oddaljenosti – točno tam, kjer poteče restrikcija, pa leži značilno zaporedje štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, ki so komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da jim je v treh korakih uspelo sestaviti večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

== '''STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV''' ==

Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC38253/ NOMAD]. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem [https://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168 BioBrick], ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po sestavitvi dveh delov absolutni konci ohranijo prepoznavna mesta za restriktaze (in restrikcijska mesta). Pri tem sistemu isti postopek ponavljamo in s tem dobimo vse večje konstrukte. Kasneje so uvedli razširitve sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, tehnično to pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu pa tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo še eno metodo kloniranja, imenovano [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0005553 Golden Gate], pri kateri lahko z eno samo reakcijo zelo učinkovito sestavimo konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA, pri čemer dosežemo tudi želeno končno zaporedje. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).

MoClo je nadgradnja kloniranja po metodi Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov (promotorjev, 5’-neprevedenih regij, signalnih peptidov, kodirajočih zaporedij in terminatorjev) do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, ki so ga predstavili leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko v vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
Ta sistem kloniranja omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za [https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_stacked_event nalaganje genov] in metabolični inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov do inženiringa [https://en.wikipedia.org/wiki/Minimal_genome minimalne prostoživeče celice].

== '''MoClo SISTEM''' ==

Na začetku je smiselno pojasniti pomen nekaterih izrazov, uporabljenih v nadaljevanju. '''Modul''' je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo '''module ničte, prve in druge ravni''', ki jih vključujemo v standardizirane '''destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni'''. '''Osnovni moduli so petih tipov''' glede na njihov biološki pomen: '''''promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji'''''. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne '''''transkripcijske enote''''', moduli druge ravni pa '''''večgenski konstrukti'''''. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih '''prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs''' ('''''BpiI ali BsaI''''') in '''značilno zaporedje štirih nukleotidov''' ('''''značilna škatla'''''), ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj komplementarna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

=== Ničta raven ===

Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa, torej: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, moramo najprej pomnožiti, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: ''5'-tgaagacnn1234''. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: ''5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti''. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v istem izbranem zaporedju.

Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno škatlo in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer moramo za urejen vrstni red poskrbeti sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov. Takšen je torej postopek za dodajanje novega izbranega zaporedja v knjižnico modulov ničte ravni.

=== Prva raven ===

Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). V splošnem so sestavljene iz promotorja, 5'-neprevedene regije, signalnega peptida, kodirajočega zaporedja in terminatorja v tem zaporedju. Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni škatli (prva pripada modulom ničte ravni, druga modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v omenjeni drugi značilni škatli, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi te, druge značilne škatle, so kompatibilne med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

=== Druga raven ===

Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi druga značilna škatla, komplementarna modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilna škatla, ki je enaka pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilna škatla in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

=== Višje ravni ===

Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se lahko poslužimo dodatnih dveh naborov vektorjev s končnim linkerjem, in sicer pELB-x in pELR-x, kjer x predstavlja število od 1 do 7. Ta dva vektorja nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

=== Negativne ravni ===

Poslužujemo se lahko tudi t. i. negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

User:ValentinaLevak

2018-11-19T14:35:33Z

ValentinaLevak: New page: MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standar...

MoClo: modularni klonirni sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov
Weber E, Engler C, Gruetzner R, Werner S, Marillonnet S (2011) A Modular Cloning System for Standardized Assembly of Multigene Constructs. PLoS ONE 6(2): e16765. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016765

UVOD
Modularni klonirani sistem za standardizirano sestavljanje večgenskih konstruktov MoClo temelji na metodi sestavljanja fragmentov DNA Golden Gate, ki omogoča one-pot sestavljanje več fragmentov DNA v želenem vrstnem redu in z visoko učinkovitostjo. MoClo je hierarhična nadgradnja te metode, ki omogoča sestavitev večgenskih konstruktov iz osnovnih modulov (osnovnih bioloških zaporedij) v treh stopnjah, izvedenih po metodi Golden Gate. To je mogoče, ker na koncih posameznih fragmentov ležijo primerno orientirana prepoznavna zaporedja za restriktazo tipa IIs, ki cepi izven prepoznavnih zaporedij. Na primerni oddaljenosti – točno tam, kjer poteče restrikcija, pa leži zaporedje značilnih štirih nukleotidov. Po restrikciji le-ti postanejo lepljivi konci, ki so komplementarni med dvema moduloma.
Sistem poznamo od leta 2011, ko so njegovi avtorji objavili, da jim je v treh korakih uspelo sestaviti večgenski konstrukt, dolg 33 kb, z enajstimi transkripcijskimi enotami, sestavljenimi iz 44 ločenih osnovnih modulov.

STAREJŠI STANDARDIZIRANI SISTEMI SESTAVLJANJA S POMOČJO RESTRIKCIJSKIH ENCIMOV
Prve standardizirane konstrukte DNA so s pomočjo restriktaz namesto s homologno rekombinacijo pripravili po metodi NOMAD. Knjižnice modulov s konci s prepoznavnim zaporedjem za restriktazo StyI so omogočale ligacijo v dizajniran vektor že leta 1996, vendar je bil postopek dolgotrajen: vsak konstrukt je bilo potrebno klonirati posebej. Leta 2003 je v uporabo stopil sistem BioBrick, ki je omogočil sestavljanje osnovnih bioloških delov. Konci le-teh so idempotentni – po sestavitvi dveh delov absolutni konci ohranijo prepoznavna mesta za restriktaze (in restrikcijska mesta). Pri tem sistemu isti postopek ponavljamo in s tem dobimo vse večje konstrukte. V letih zatem so uvedli razširitve tega sistema v smislu večjega števila standardov, ki omogočajo primernejše spoje med izbranimi deli, tehnično to pomeni povečanje nabora restriktaz. Kljub temu pa tej metodi ni uspelo doseči združevanja več fragmentov DNA v enem samem koraku, prav tako je za pomnoževanje posameznih konstruktov potrebno načrtati/uporabiti zmeraj nove, unikatne začetne oligonukleotide. Od leta 2009 poznamo še eno metodo kloniranja, imenovano Golden Gate, pri kateri lahko z eno samo reakcijo zelo učinkovito sestavimo konstrukt iz tedaj devetih fragmentov DNA, pri čemer dosežemo tudi želeno končno zaporedje. Metoda temelji na delovanju restriktaz IIs, ki režejo izven prepoznavnih zaporedij (tako tudi pri NOMAD, medtem ko restriktaze pri BioBrick režejo prav tam). Če prepoznavna zaporedja zanje uvedemo na oba konca izbranega zaporedja v ustrezni orientaciji, lahko po restrikciji pridobimo fragment brez prepoznavnih zaporedij, izpostavi pa se spojitveno zaporedje (lepljivi konci).
MoClo je nadgradnja kloniranja po metodi Golden Gate, ki omogoča hierarhično sestavljanje osnovnih modulov (promotorjev, 5’-neprevedenih regij, signalnih peptidov, kodirajočih zaporedij in terminatorjev) do večgenskih konstruktov. Ta sistem kloniranja, ki so ga predstavili leta 2011, omogoča sestavljanje od osnovnih delov do večgenskih konstruktov v treh korakih, pri čemer lahko pri vsakem koraku združimo večje število delov v predvideno zaporedje. Ob tem avtorji trdijo, da je sistem izjemno učinkovit.
Takšen sistem kloniranja omogoča relativno enostavno izmenjavo fragmentov oz. modulov istega tipa, s čimer lahko pridobimo veliko število kombinacij (več)genskih konstruktov. Takšen pristop nam olajša optimizacijo želenega fenotipa. Uporaben je za nalaganje genov in metabolični inženiring: od sinteze novih antibiotikov, biogoriv in drugih metabolitov, sintetičnih utišanih virusov, ki jih lahko uporabimo kot cepiva, do inženiringa minimalne prostoživeče celice.

Na začetku je smiselno pojasniti pomen nekaterih izrazov, uporabljenih v nadaljevanju. Modul je standardiziran fragment DNA in je že pripravljen za nadaljnje kloniranje po sistemu MoClo. Sistem je hierarhičen; tako poznamo module ničte, prve in druge ravni, ki jih vključujemo v standardizirane destinacijske vektorje ničte, prve in druge ravni. Osnovni moduli so petih tipov glede na njihov biološki pomen: promotorji, 5'-neprevedena zaporedja, signalni peptidi, kodirajoča zaporedja in terminatorji. Shranjeni so v standardiziranem vektorju ničte ravni. Moduli prve ravni so samostojne transkripcijske enote, moduli druge ravni pa večgenski konstrukti. Vsak tip modula iste ravni ima na obeh koncih prepoznavno zaporedje za restriktazo IIs (BpiI ali BsaI) in značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki omogočajo sestavljanje osnovnih tipov v zmeraj enakem (navedenem) zaporedju, saj sta po dva konca med seboj kompatibilna. Prepoznavnih zaporedij za restriktazo med moduli se po ligaciji v destinacijski vektor znebimo, kar onemogoči restrikcijo v nadaljnjih stopnjah kloniranja.

NIČTA RAVEN
Najosnovnejši gradniki oz. moduli ničte ravni so petih tipov: promotorji (P), 5’-neprevedene regije (U), signalni peptidi (S), kodirajoča zaporedja (C) in terminatorji (T). Vključimo jih v destinacijske vektorje pripadajočega tipa, torej: pL0-P, pL0-U, pL0-S, pL0-C in pL0-T. V primeru, da kodirajoče zaporedje zapisuje za citosolni protein in zato nima signalnega peptida, ga vključimo v destinacijski vektor pL0-SC. Analogno velja za fuzije promotorjev in 5'-neprevedenih regij, ki jih vključimo v destinacijski vektor pL0-PU. Vsako zaporedje (v nadaljevanju: izbrano zaporedje), ki ga želimo dodati v knjižnico osnovnih modulov, moramo najprej pomnožiti, pri čemer načrtamo začetne oligonukleotide z ustreznimi previsnimi konci: na 5'-konec oligonukleotida dodamo prepoznavno zaporedje za restriktazo BpiI, 2 nukleotida po izbiri, nato pa značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je standardizirano za posamezen tip osnovnega modula. Previsni konec torej izgleda tako: 5'-tgaagacnn1234. V isti reakciji se znebimo tudi prepoznavnih zaporedij za restriktaze IIs (BpiI in BsaI), in sicer tako, da načrtamo začetne oligonukleotide s previsnimi konci: 5'-prepoznavno zaporedje za BpiI-nn-prepoznavno zaporedje za BpiI ali BsaI s tiho točkovno mutacijo-zaporedje, ki ga želimo pomnožiti. Pri tem moramo paziti, da sta uvedeni točkovni mutaciji komplementarni med smernim in protismernim začetnim oligonukleotidom in unikatni v primeru več takšnih mest v istem izbranem zaporedju.
Sledi prvi korak kloniranja, v katerem sestavimo pomnožena zaporedja v enega od osnovnih tipov (npr. pri fuziji kodirajočih zaporedij ali v primeru, ko smo morali pri PCR tudi točkovno mutirati del izbranega zaporedja, pri čemer smo dobili fragmentirano izbrano zaporedje s komplementarnimi konci). V istem koraku t. i. module ničte ravni vključimo v standardiziran destinacijski vektor ničte ravni. V reakciji nastopajo: produkt PCR, destinacijski vektor, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. Destinacijski vektor ničte ravni ima ogrodje enako kot pUC19, zapis za odpornost na spektinomicin in zapis za podenoto betagalaktozidaze, LacZα. Na obeh koncih zapisa za LacZα od znotraj navzven ležijo: prepoznavno zaporedje za BpiI, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BsaI. Pri restrikciji s sledečo ligacijo pride do izmenjave zapisa za LacZα s produktom PCR, zato lahko po transformaciji E. coli DH5α ali DH10β in gojenju na selekcijskem gojišču spektinomicinom in X-Gal lažje najdemo celice z želenim konstruktom (belo-modri test; pozitivne kolonije so bele barve). Ničta raven omogoča sestavljanje modulov istega tipa, pri čemer moramo za urejen vrstni red poskrbeti sami z izborom prekrivajočih se lepljivih koncev. S to ravnjo pridobimo osnovni modul določenega tipa, s tem pa tudi značilna prepoznavna in spojitvena zaporedja na obeh koncih vključka. Ker so vsi v istem vektorju, je potrditev nukleotidnega zaporedja olajšana, saj lahko za vsa zaporedja istega tipa pri sekvenciranju, pa tudi pri PCR na osnovi kolonije, uporabimo enak par začetnih nukleotidov. Takšen je torej postopek za dodajanje novega izbranega zaporedja v knjižnico modulov ničte ravni.

PRVA RAVEN
Prva raven kloniranja omogoča sestavljanje različnih tipov modulov ničte ravni v evkariontske transkripcijske enote (TU). V splošnem so sestavljene iz promotorja, 5'-neprevedene regije, signalnega peptida, kodirajočega zaporedja in terminatorja v tem zaporedju. Transkripcijske enote prve ravni vključimo v destinacijski vektor prve ravni z zapisom za rezistenco na ampicilin in ponovno na mesto zapisa za LacZα, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI, dve različni značilni zaporedji štirih nukleotidov (prvo pripada modulom ničte ravni, drugo modulom prve ravni) in prepoznavno zaporedje za BpiI. Na voljo imamo sedem destinacijskih vektorjev prve ravni, ki se razlikujejo v omenjenem drugem značilnem zaporedju štirih nukleotidov, imenujemo jih pL1F-x; x je število od 1 do 7. Tudi ta, druga značilna zaporedja, so kompatibilna med dvema moduloma prve ravni. V reakciji nastopajo vsi tipi modulov ničte ravni (vstavljeni v vektorje ničte ravni), destinacijski vektor prve ravni, restriktaza BsaI in T4 DNA ligaza. Po reakciji dobimo modul prve ravni – samostojno transkripcijsko enoto. Ker lahko v naslednjem koraku transkripcijske enote vstavljamo tudi v obratni orientaciji, so avtorji pripravili še analogne destinacijske vektorje prve ravni z obratno orientacijo drugega značilnega zaporedja štirih nukleotidov, imenovane pL1R-x.

DRUGA RAVEN
Druga raven kloniranja je namenjena pridobitvi večgenskih konstruktov, torej sestavljanju transkripcijskih enot. Vsak od sedmih destinacijskih vektorjev druge ravni (pL2-x; x je število od 1 do 7) je zasnovan tako, da ima zapis za rezistenco na kanamicin, pri reakciji pa poteče izmenjava operona za biosintezo kantaksantina (CRed), ki kolonije obarva rdeče (po kloniranju so pozitivne kolonije bele). Operon CRed je obdan s prepoznavnimi mesti za restriktazo BpiI, na 5'-koncu mu od znotraj navzven sledi drugo značilno zaporedje štirih nukleotidov, komplementarno modulom prve ravni (x v pL2-x predstavlja številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 5'-konec v destinacijski vektor druge ravni). Na 3'-koncu operona CRed prepoznavnemu mestu za BpiI sledi značilno zaporedje štirih nukleotidov, ki je enako pri vseh pL2-x. Da dosežemo ligacijo 3'-vstavljene TU, v reakcijo dodamo vektor, ki nosi zapis za končno povezovalno zaporedje (ang. end-linker), pELE-x; x je število od 1 do 7 in predstavlja zaporedno številko modula prve ravni, ki ga kloniramo na 3'-konec v destinacijski vektor druge ravni. Na obeh straneh zapisa za končno povezovalno zaporedje ima od znotraj navzven značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno mesto za BpiI.
V reakciji lahko nastopa največ šest modulov prve ravni (ker je 5'-značilno zaporedje pL1F-1 komplementarno 3'-značilnemu zaporedju pL1F-7), vektor s končnim povezovalnim zaporedjem, destinacijski vektor druge ravni, restriktaza BpiI in T4 DNA ligaza. To je zmeraj končna stopnja kloniranja po sistemu MoClo.

VIŠJE RAVNI
Če želimo v destinacijski vektor druge ravni vnesti več kot šest TU, se lahko poslužimo dodatnih dveh naborov vektorjev s končnim linkerjem, in sicer pELB-x in pELR-x, kjer x predstavlja število od 1 do 7. Ta dva vektorja nosita zapis za LacZα oz. CRed, ki ga od znotraj navzven obdajajo: prepoznavno zaporedje za BsaI oz. Esp3I, značilno zaporedje štirih nukleotidov in prepoznavno zaporedje za BpiI. V praksi ta dva seta vektorjev uporabimo namesto pELE-x in s tem uvedemo dve novi prepoznavni zaporedji za restriktazo BsaI oz. Esp3I. Uspešnost kloniranja fenotipsko ugotovimo z rdeče-modrim testom.

NEGATIVNE RAVNI
Poslužujemo se lahko tudi t. i. negativnih ravni, pri katerih posamezen osnovni modul razdelimo na manjše fragmente, ki še vedno omogočajo enak princip kloniranja. Pri tem pridobimo možnost enostavne zamenjave teh fragmentov. Primer uporabe so odprti bralni okvirji, ki kodirajo za fuzijo več proteinov, posameznih proteinskih domen ali za proteine s C-končnim signalnim peptidom.

SBTS

2018-11-18T08:35:51Z

ValentinaLevak: /* G */

= Sinteznobiološki terminološki slovar =
Tu bo postopno rasel sinteznobiološki angleško slovenski slovar. Morebitne nove izraze vpisujte sami in če imate predlog za prevod, vpišite tudi tega. Da bomo vedeli, kateri izrazi so novi, jih vpišite ''poševno''.

==A==
abstraction - abstrakcija, abstrahiranje 
actuator - prožilo, aktuator 
amplification - pomnožitev (DNA) 
amplitude - amplituda 
annotation - anotacija 
aptazyme - aptacim 
assembly - sestav?, sestavljanje 
autopoiesis - avtopoeza; samoohranjanje, samoproizvajanje? (soc.), samozadostnost?, samorazmnoževanje?, npr. autopoiesis system - samoohranjevalni sistem 

==B==
back insert (BI) - zadnji vključek (BI); prim. front insert 
back vector (BV) - zadnji vektor (BV); prim. front vector 
band detector - pasovni detektor 
band pass filter - pasovnoprepustni filter 
biobrick - biokocka 
BioBrick(R) - BioBrick(R) (zaščiteno ime - ne prevajamo) 
bioprinting - biotisk, biotiskanje 
biosafety - biološka varnost 
biosecurity - biološka varnost ? 
bistable switch - dvopolno stikalo 
bottom-up - od spodaj navzgor

==C==
CAR --> gl. chimeric antigen receptor 
Cas --> gl. CRISPR-associated 
chimeric antigen receptor - himerni receptor za antigen 
circuit - vezje 
clustered regularly interspersed short palindromic repeats (CRISPR) - gruče enakomerno prekinjenih kratkih palindromnih ponovitev (CRISPR) 
comparator - primerjalnik 
composable - sestavljiv; npr. composable inverter - sestavljivi inverter 
CRISPR-associated (Cas) - s CRISPR povezan (Cas); v povezavi s CRISPR (Cas) 

==D==
DArT --> gl. diversity arrays technology 
decoupling - razklop 
degradation tag - oznaka za razgradnjo 
designer receptors exclusively activated by designer drugs - dizajnerski receptorji, izključno aktivirani z dizajnerskimi zdravili 
destination vector - ciljni vektor (toda: target vector!); destinacijski vektor (J. Turnšek, diploma BF 2012) 
digital sequence information - digitalni podatki o zaporedjih (v kontekstu Nagojskega protokola); za razumevanje bi zadoščalo 'zaporedja' 
diversity arrays technology (DArT) - tehnologija razlikovalnih mrež (DArT) 
DREADD --> gl. designer receptors exclusively activated by designer drugs 

==E==
enabling technologies - zmogljive napredne tehnologije, prebojne tehnologije

==F==
front insert (FI) - sprednji vključek (FI); prim. back insert 
front vector (FV) - sprednji vektor (FV); prim. back vector

==G==
gate - vrata 
''gene stacking - nalaganje genov'' 
guide RNA - vodeča RNA (pri tehniki CRISPR-Cas)

==H==
high-pass filter - visokoprepustni filter

==I==

==J==

==K==
kill-switch - stikalo za uničenje, ubijalsko stikalo (inducibilni sistem za samouničenje celice); izklopno stikalo (v tehniški varnosti 'stikalo za izklop v sili') 
killer gene - ubijalski gen [pri mehanizmih biološke varnosti; povzročijo samomor celice, ko se aktivirajo]

==L==
LID --> gl. ligand-induced degradation 
ligand-induced degradation - z ligandom inducirana razgradnja 
logic circuit - logično vezje 
logic gate - logična vrata 
low-pass filter - nizkoprepustni filter 

==M==
''multigene construct: večgenski konstrukt''

==N==

==O==

==P==
PAM --> glej protospacer adjacent motif 
PCA --> glej polymerase cycling assembly 
persistent genes - persistentni geni (tisti, ki so ohranjeni v večini genomov in se močno izražajo) 
polymerase cycling assembly (PCA) - verižno sestavljanje s polimerazo 
prefix - predpona; zgornji rob (?); prim. suffix 
protospacer adjacent motif (PAM) - motiv ob protovmesniku

==Q==

==R==
RASSL --> gl. receptors activated solely by synthetic ligands 
receptors activated solely by synthetic ligands - receptorji, aktivirani izključno s sintetičnimi ligandi 
recombineering - rekombinacijsko inženirstvo (angl. recombination-mediated genetic engineering), ?rekombinirstvo 
reconstruction - rekonstrukcija (genome reconstruction - rekonstrukcija genoma, rekonstruiranje genoma) 
refactoring - preoblikovanje kode (v sintezni genomiki) 
registry - register 
rewire - prevezati 
rewiring - prevezava [prevod ni optimalen, npr. v kontekstu 'rewiring nature', kar pomeni bolj 'preureditev z uvedbo drugačnih povezav'] 
RISC (RNA-induced silencing complex) - z RNA induciran utiševalni kompleks 
ring oscilator - obročasti oscilator 
Recombinase Polymerase Amplification (RPA) - Pomnoževanje z rekombinazo in polimerazo (?)

==S==
scaffold - ogrodje 
scar - spoj, brazgotina (?) 
sensor - senzor 
''synthetic attenuated viruse - sintetičen utišan virus'' 
standardisation - standardizacija 
suffix - obrazilo; spodnji rob (?) 
suicide switch - samomorilsko stikalo 
switch - stikalo

==T==
TAL (transcription activator-like) - podoben transkripcijskemu aktivatorju 
TALE (transcription activator-like effector) - efektor, podoben transkripcijskemu aktivatorju 
TALEN (TALE nuclease) - TALE-nukleaza, nukleaza TAL-efektorja 
transducer - pretvornik 
tunable oscillator - nastavljivi oscilator 

==U==

==V==

==X==
xeno nucleic acid (XNA) - ksenonukleinska kislina (XNA) 
xeno-nucleotide - ksenonukleotid 
xeno-organism - ksenoorganizem 
xenosome - ksenosom [analog ribosoma, ki je kompatibilen s XNA] 
XNA --> gl. xeno nucleic acid

==Y==

==Z==

SBTS

2018-11-18T08:30:57Z

ValentinaLevak: /* S */

= Sinteznobiološki terminološki slovar =
Tu bo postopno rasel sinteznobiološki angleško slovenski slovar. Morebitne nove izraze vpisujte sami in če imate predlog za prevod, vpišite tudi tega. Da bomo vedeli, kateri izrazi so novi, jih vpišite ''poševno''.

==A==
abstraction - abstrakcija, abstrahiranje 
actuator - prožilo, aktuator 
amplification - pomnožitev (DNA) 
amplitude - amplituda 
annotation - anotacija 
aptazyme - aptacim 
assembly - sestav?, sestavljanje 
autopoiesis - avtopoeza; samoohranjanje, samoproizvajanje? (soc.), samozadostnost?, samorazmnoževanje?, npr. autopoiesis system - samoohranjevalni sistem 

==B==
back insert (BI) - zadnji vključek (BI); prim. front insert 
back vector (BV) - zadnji vektor (BV); prim. front vector 
band detector - pasovni detektor 
band pass filter - pasovnoprepustni filter 
biobrick - biokocka 
BioBrick(R) - BioBrick(R) (zaščiteno ime - ne prevajamo) 
bioprinting - biotisk, biotiskanje 
biosafety - biološka varnost 
biosecurity - biološka varnost ? 
bistable switch - dvopolno stikalo 
bottom-up - od spodaj navzgor

==C==
CAR --> gl. chimeric antigen receptor 
Cas --> gl. CRISPR-associated 
chimeric antigen receptor - himerni receptor za antigen 
circuit - vezje 
clustered regularly interspersed short palindromic repeats (CRISPR) - gruče enakomerno prekinjenih kratkih palindromnih ponovitev (CRISPR) 
comparator - primerjalnik 
composable - sestavljiv; npr. composable inverter - sestavljivi inverter 
CRISPR-associated (Cas) - s CRISPR povezan (Cas); v povezavi s CRISPR (Cas) 

==D==
DArT --> gl. diversity arrays technology 
decoupling - razklop 
degradation tag - oznaka za razgradnjo 
designer receptors exclusively activated by designer drugs - dizajnerski receptorji, izključno aktivirani z dizajnerskimi zdravili 
destination vector - ciljni vektor (toda: target vector!); destinacijski vektor (J. Turnšek, diploma BF 2012) 
digital sequence information - digitalni podatki o zaporedjih (v kontekstu Nagojskega protokola); za razumevanje bi zadoščalo 'zaporedja' 
diversity arrays technology (DArT) - tehnologija razlikovalnih mrež (DArT) 
DREADD --> gl. designer receptors exclusively activated by designer drugs 

==E==
enabling technologies - zmogljive napredne tehnologije, prebojne tehnologije

==F==
front insert (FI) - sprednji vključek (FI); prim. back insert 
front vector (FV) - sprednji vektor (FV); prim. back vector

==G==
gate - vrata 
guide RNA - vodeča RNA (pri tehniki CRISPR-Cas)

==H==
high-pass filter - visokoprepustni filter

==I==

==J==

==K==
kill-switch - stikalo za uničenje, ubijalsko stikalo (inducibilni sistem za samouničenje celice); izklopno stikalo (v tehniški varnosti 'stikalo za izklop v sili') 
killer gene - ubijalski gen [pri mehanizmih biološke varnosti; povzročijo samomor celice, ko se aktivirajo]

==L==
LID --> gl. ligand-induced degradation 
ligand-induced degradation - z ligandom inducirana razgradnja 
logic circuit - logično vezje 
logic gate - logična vrata 
low-pass filter - nizkoprepustni filter 

==M==
''multigene construct: večgenski konstrukt''

==N==

==O==

==P==
PAM --> glej protospacer adjacent motif 
PCA --> glej polymerase cycling assembly 
persistent genes - persistentni geni (tisti, ki so ohranjeni v večini genomov in se močno izražajo) 
polymerase cycling assembly (PCA) - verižno sestavljanje s polimerazo 
prefix - predpona; zgornji rob (?); prim. suffix 
protospacer adjacent motif (PAM) - motiv ob protovmesniku

==Q==

==R==
RASSL --> gl. receptors activated solely by synthetic ligands 
receptors activated solely by synthetic ligands - receptorji, aktivirani izključno s sintetičnimi ligandi 
recombineering - rekombinacijsko inženirstvo (angl. recombination-mediated genetic engineering), ?rekombinirstvo 
reconstruction - rekonstrukcija (genome reconstruction - rekonstrukcija genoma, rekonstruiranje genoma) 
refactoring - preoblikovanje kode (v sintezni genomiki) 
registry - register 
rewire - prevezati 
rewiring - prevezava [prevod ni optimalen, npr. v kontekstu 'rewiring nature', kar pomeni bolj 'preureditev z uvedbo drugačnih povezav'] 
RISC (RNA-induced silencing complex) - z RNA induciran utiševalni kompleks 
ring oscilator - obročasti oscilator 
Recombinase Polymerase Amplification (RPA) - Pomnoževanje z rekombinazo in polimerazo (?)

==S==
scaffold - ogrodje 
scar - spoj, brazgotina (?) 
sensor - senzor 
''synthetic attenuated viruse - sintetičen utišan virus'' 
standardisation - standardizacija 
suffix - obrazilo; spodnji rob (?) 
suicide switch - samomorilsko stikalo 
switch - stikalo

==T==
TAL (transcription activator-like) - podoben transkripcijskemu aktivatorju 
TALE (transcription activator-like effector) - efektor, podoben transkripcijskemu aktivatorju 
TALEN (TALE nuclease) - TALE-nukleaza, nukleaza TAL-efektorja 
transducer - pretvornik 
tunable oscillator - nastavljivi oscilator 

==U==

==V==

==X==
xeno nucleic acid (XNA) - ksenonukleinska kislina (XNA) 
xeno-nucleotide - ksenonukleotid 
xeno-organism - ksenoorganizem 
xenosome - ksenosom [analog ribosoma, ki je kompatibilen s XNA] 
XNA --> gl. xeno nucleic acid

==Y==

==Z==

SBTS

2018-11-17T20:19:12Z

ValentinaLevak: /* M */

= Sinteznobiološki terminološki slovar =
Tu bo postopno rasel sinteznobiološki angleško slovenski slovar. Morebitne nove izraze vpisujte sami in če imate predlog za prevod, vpišite tudi tega. Da bomo vedeli, kateri izrazi so novi, jih vpišite ''poševno''.

==A==
abstraction - abstrakcija, abstrahiranje 
actuator - prožilo, aktuator 
amplification - pomnožitev (DNA) 
amplitude - amplituda 
annotation - anotacija 
aptazyme - aptacim 
assembly - sestav?, sestavljanje 
autopoiesis - avtopoeza; samoohranjanje, samoproizvajanje? (soc.), samozadostnost?, samorazmnoževanje?, npr. autopoiesis system - samoohranjevalni sistem 

==B==
back insert (BI) - zadnji vključek (BI); prim. front insert 
back vector (BV) - zadnji vektor (BV); prim. front vector 
band detector - pasovni detektor 
band pass filter - pasovnoprepustni filter 
biobrick - biokocka 
BioBrick(R) - BioBrick(R) (zaščiteno ime - ne prevajamo) 
bioprinting - biotisk, biotiskanje 
biosafety - biološka varnost 
biosecurity - biološka varnost ? 
bistable switch - dvopolno stikalo 
bottom-up - od spodaj navzgor

==C==
CAR --> gl. chimeric antigen receptor 
Cas --> gl. CRISPR-associated 
chimeric antigen receptor - himerni receptor za antigen 
circuit - vezje 
clustered regularly interspersed short palindromic repeats (CRISPR) - gruče enakomerno prekinjenih kratkih palindromnih ponovitev (CRISPR) 
comparator - primerjalnik 
composable - sestavljiv; npr. composable inverter - sestavljivi inverter 
CRISPR-associated (Cas) - s CRISPR povezan (Cas); v povezavi s CRISPR (Cas) 

==D==
DArT --> gl. diversity arrays technology 
decoupling - razklop 
degradation tag - oznaka za razgradnjo 
designer receptors exclusively activated by designer drugs - dizajnerski receptorji, izključno aktivirani z dizajnerskimi zdravili 
destination vector - ciljni vektor (toda: target vector!); destinacijski vektor (J. Turnšek, diploma BF 2012) 
digital sequence information - digitalni podatki o zaporedjih (v kontekstu Nagojskega protokola); za razumevanje bi zadoščalo 'zaporedja' 
diversity arrays technology (DArT) - tehnologija razlikovalnih mrež (DArT) 
DREADD --> gl. designer receptors exclusively activated by designer drugs 

==E==
enabling technologies - zmogljive napredne tehnologije, prebojne tehnologije

==F==
front insert (FI) - sprednji vključek (FI); prim. back insert 
front vector (FV) - sprednji vektor (FV); prim. back vector

==G==
gate - vrata 
guide RNA - vodeča RNA (pri tehniki CRISPR-Cas)

==H==
high-pass filter - visokoprepustni filter

==I==

==J==

==K==
kill-switch - stikalo za uničenje, ubijalsko stikalo (inducibilni sistem za samouničenje celice); izklopno stikalo (v tehniški varnosti 'stikalo za izklop v sili') 
killer gene - ubijalski gen [pri mehanizmih biološke varnosti; povzročijo samomor celice, ko se aktivirajo]

==L==
LID --> gl. ligand-induced degradation 
ligand-induced degradation - z ligandom inducirana razgradnja 
logic circuit - logično vezje 
logic gate - logična vrata 
low-pass filter - nizkoprepustni filter 

==M==
''multigene construct: večgenski konstrukt''

==N==

==O==

==P==
PAM --> glej protospacer adjacent motif 
PCA --> glej polymerase cycling assembly 
persistent genes - persistentni geni (tisti, ki so ohranjeni v večini genomov in se močno izražajo) 
polymerase cycling assembly (PCA) - verižno sestavljanje s polimerazo 
prefix - predpona; zgornji rob (?); prim. suffix 
protospacer adjacent motif (PAM) - motiv ob protovmesniku

==Q==

==R==
RASSL --> gl. receptors activated solely by synthetic ligands 
receptors activated solely by synthetic ligands - receptorji, aktivirani izključno s sintetičnimi ligandi 
recombineering - rekombinacijsko inženirstvo (angl. recombination-mediated genetic engineering), ?rekombinirstvo 
reconstruction - rekonstrukcija (genome reconstruction - rekonstrukcija genoma, rekonstruiranje genoma) 
refactoring - preoblikovanje kode (v sintezni genomiki) 
registry - register 
rewire - prevezati 
rewiring - prevezava [prevod ni optimalen, npr. v kontekstu 'rewiring nature', kar pomeni bolj 'preureditev z uvedbo drugačnih povezav'] 
RISC (RNA-induced silencing complex) - z RNA induciran utiševalni kompleks 
ring oscilator - obročasti oscilator 
Recombinase Polymerase Amplification (RPA) - Pomnoževanje z rekombinazo in polimerazo (?)

==S==
scaffold - ogrodje 
scar - spoj, brazgotina (?) 
sensor - senzor 
standardisation - standardizacija 
suffix - obrazilo; spodnji rob (?) 
suicide switch - samomorilsko stikalo 
switch - stikalo

==T==
TAL (transcription activator-like) - podoben transkripcijskemu aktivatorju 
TALE (transcription activator-like effector) - efektor, podoben transkripcijskemu aktivatorju 
TALEN (TALE nuclease) - TALE-nukleaza, nukleaza TAL-efektorja 
transducer - pretvornik 
tunable oscillator - nastavljivi oscilator 

==U==

==V==

==X==
xeno nucleic acid (XNA) - ksenonukleinska kislina (XNA) 
xeno-nucleotide - ksenonukleotid 
xeno-organism - ksenoorganizem 
xenosome - ksenosom [analog ribosoma, ki je kompatibilen s XNA] 
XNA --> gl. xeno nucleic acid

==Y==

==Z==

Seminarji SB 2018/19

2018-11-14T21:18:46Z

ValentinaLevak:

V študijskem letu 2018/19 študentje predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

----

Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu je navedeno število možnih seminarjev; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar ter dopišite naslov seminarja, ki naj bo povezan s povzetkom):

22.11. 
1 
2 Valentina Levak 

27.11. 
1 
2 
3 
4 

29.11. 
1 Rok Miklavčič 
2 Špela Malenšek

4.12. 
1 
2 
3 
4 

6.12. 
1 
2 

11.12. 
1 Jerneja Ovčar 
2 
3 
4 

18.12. 
1 
2 
3 
4 

3.1. 
1 
2 
3 
4 Milena Stojkovska 

8.1. 
1 Peter Pečan 
2 Tjaša Sorčan 
3 Marija Atanasova 
4 

10.1. 
1 Natalija Pucihar 
2 

15.1. 
1 
2 
3 
4

BIO2 Povzetki seminarjev 2014

2014-11-27T22:55:00Z

ValentinaLevak:

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2014/2015 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2014 stran]

=== Tadej Ulčnik: Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju ===

Transkripcijski faktorji so proteini, ki se specifično vežejo na DNA ter s tem omogočijo vezavo RNA polimeraze. Delujejo kot regulatorji izražanja genov. Primer transkripcijskih faktorjev so jedrni steroidni receptorji. Steroidni receptorji se nahajajo v citosolu in se aktivirajo ob vezavi steroidnih hormonov. Določeni vsebujejo med sabo podobno domeno, s katero se lahko več različnih receptorjev veže na isto zaporedje na promotorju. Še vedno ni znano kaj vse vpliva na potek translacije, tudi sami mehanizmi delovanja ostajajo še skrivnost. Primerjava aktivnosti in dinamike dveh podobnih steroidnih receptorjev, androgenega in glukokortikoidnega, ki imata v celici vlogo transkripcijskih faktorjev, je pokazala, da čeprav sta si receptorja podobna, to ne velja za njuno delovanje. Na promotorju nista bila ves čas prisotna v enaki količini, tudi količina prepisanega gena je bila različna. Ob dodatku inhibitorjev sta ta različno uspešno preprečevala transkripcijo, kar se je poznalo pri številu vezanih polimeraz in pri količini prepisanih mRNA. Za ta konkretni primer je bilo dokazano, da čeprav sta oba receptorja vplivala na izražanje gena, nista delovala na enak način in v enaki meri. Kaj vse je vplivalo na to je težko določiti, tako da to ostaja predmet nadaljnjih raziskav.

=== Dominik Dekleva: Aktivacija GPCR-jev v povezavi z vodo ===

Pomanjkljivosti do sedaj znanih metod za preučevanje proteinov, kot sta NMR- spektroskopija in rentgenska difrakcija, se kažejo, med drugim, pri preučevanju različnih proteinov in receptorjev, udeleženih v biosignalnih poti na atomarnem nivoju. Statične strukture nam ne povedo veliko o reorganizaciji vezi in dinamiki spreminjajočih se interakcij v proteinih, ki so ključne pri signalizacijskih poteh v celicah. Z uporabo nove metode, molekularnih dinamičnih (MD) simulacij, za katero stoji precej statistične matematike, lahko modele makromolekul opazujemo na atomarnem nivoju ter v mikrosekundnem časovnem oknu. Uporabnost omenjene metode se je dobro obnesla tudi v primeru švicarskih znanstvenikov iz Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, ki so preiskovali vlogo vode pri aktivaciji treh prototipskih GPCR-jev: adenozin A2A R, β2-adrenergični receptor in rodopsin, kar bom povzel v nadaljevanju. Dokazali so, da se z vezavo liganda znotraj sedmih α-vijačnic GPCR vzpostavi urejen vodni tunel, ki močno vpliva na spremembo konformacije proteina GPCR-ja, ki se zgodi zaradi reorganizacije številnih vodikovih vezi v notranjosti proteina GPCR. Ob vezavi liganda na molekulo GPCR se torej ustvari vodni tunel v molekuli, kar omogoča nadaljnjo signalizacijo in ustrezen odziv celice na primarni sporočevalec.

=== Nuša Kelhar: Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja ===
Celična membrana ali plazmalema je nekakšen ovoj celice, ki služi predvsem kot selektivna pregrada med celično zunanjostjo in notranjostjo. Sestavljena je iz lipidnega dvosloja in številnih proteinov, ki so povezani z membrano ali so vezani nanjo. Celične membrane se stalno spreminjajo zaradi odcepljanja in zlivanja veziklov ter zaradi interakcij z dinamičnim citoskeletom. Površina in oblika membrane močno vplivata na učinkovitost njene signalne aktivnosti. Ker reakcije pri prenosu signalov vključujejo tudi membranske komponente in vplivajo na citoskeletsko dinamiko, se s tem spreminja oblika membrane in oblika celice. Če poznamo odvisnost signalizacije od teh mehanizmov lahko že iz oblike celice napovemo, kakšne signale je prenesla ali prejela pred kratkim in prepoznamo nekatere znake nepravilnega delovanja signalnih poti, kar je pomembno pri identifikaciji rakavih celic in zdravljenju. Pomembni mehanizmi, s katerimi membrana sodeluje pri sporočanju so redukcija dimenzij, kjer se spremeni prostor gibanja delcev, ukrivljanje zaradi prostorskih gradientov receptorjev, kjer se receptorji združujejo na membranskih izboklinah in nato lateralno prehajajo, in sodelovanje s citoskeletom, ki izbokline stabilizira in omogoča, da delujejo kot nekakšna tipala. Pogledali si bomo tudi primere delovanja nekaterih načinov sporočanja med celicami in reakcije na določene signale, nekaj pa bomo povedali še o tem, kako njihovo nepravilno delovanje vpliva na razvoj rakavih celic.

=== Luka Lavrič: Glikoliza - Metabolizem v možganih ===
V svoji seminarski nalogi, sem se osredotočil na metabolizem v možganih. Za osnovni članek, sem si izbral temo, ki preučuje kakšni so vplivi na nevrone in astrocite, živčne celice, ki se nahajajo v možganih. Opisal sem raziskave in odzive astrocitov in nevronov na dušikov oksid, ki so jih izvedli na miših. Zaradi dušikovega oksida pride do zaviranja mitohondričnega dihanja, zaradi katerega nevroni hitro umrejo, medtem, ko astrociti izkoriščajo glikolizo-tipično-generirano ATP za povečanje svoje potencialne mitohondrijske membrane, s čimer postajajo vse bolj odporni na pro-apoptotične dražljaje. Nevroni ne morejo povečati glikolize zaradi pomanjkanja aktivnosti-glikolizne spodbude encima 6-fosfofrukto-2-kinaza / fruktoza 2,6-bisfosfatna izooblika 3 (PFKFB3), ki je pomemben za aktivacijo 6-fosfofrukto-1-kinaze (PFK1), ki je glavni regluator glikolize. V nevronih, se PFKFB3 neprestano razgrajuje preko E3 ubikvitin ligaze, ki spodbuja kompleksne/cyclosome (APC / C) - CDH1. Metabolizem glukoze v nevronih je usmerjen predvsem po poti pentoze-fosfata, ki vodi do regeneracije glutationa, ki je za nas zelo pomemben. Regulacija aktivnosti PFKFB3 s APC/C-CDH1 sistemom proteasoma je pomembna za razumevanje presnove glukoze, bioenergetsko oskrbo in po možnosti odziva na stres v delujočih možganih. Pri nevronih je visoka aktivnost regulatornega sistema APC/C-CDH1 vključena v preusmeritev presnove glukoze v smeri regeneracije reduciranega glutationa.

=== Primož Tič: Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze ===
Citratni cikel je pomemben člen metabolizma, saj njegovi intermediati vstopajo v mnoge anabolne poti. Zato so vsakršne napake v njegovem delovanju lahko usodne za organizem. Zelo pomemben encim citratnega cikla je piruvat karboksilaza, ki spremeni piruvat v oksaloacetat. Oksaloacetat je pomemben intermediat, saj lahko vstopi npr. v cikel glukoneogeneze in tako prepreči laktatno acidozo, ki je skupni simptom te metabolne okvare. Ker je cilj metabolizma proizvodnja energije v obliki molekul ATP, se celica na moteno delovanje metabolizma odzove s senzornimi proteini AMPK (''AMP-activated protein kinase''). Proteini spodbudijo katabolne procese, kjer nastajajo molekule ATP in zavirajo neesencialne anabolne procese, kjer se ATP porablja. Obratno deluje protein mTOR (''mammalian target of rapamycin''), ki spodbuja sintezo maščobnih kislin, proteinov in ogljikovih hidratov. Poznamo tri tipe bolezni: tip A, tip B in tip C. Najhujša oblika je tip B, kjer oseba umre v roku treh mesecev po rojstvu. Zaenkrat se bolezen še ne da zdraviti, jo pa lahko blažimo npr. z anaplerotično dieto. Anaplerotične reackije nadomeščajo intermediate npr. v citratnem ciklu, ko jih je malo. Anaplerotična dieta izkorišča alternativne intermediate, ki lahko zaobidejo nedelujoče encime in poteka metabolizem normalno. Tako se vsaj približno vzpostavi homeostaza celice. Primer takšnega intermediata je triglicerid triheptanoin, ki se lahko vključi v citratni cikel. V prihodnosti bi lahko takšne in podobne okvare zdravili z gensko terapijo.

=== Naida Hajdarević: Skrivnost metformina končno odkrita? ===
Metformin je eno najučinkovitejših zdravil za zdravljenje diabetesa tipa 2, saj zmanjša hepatično glukoneogenezo brez povečanja izločanja inzulina, povečanja telesne teže ali tveganja za razvoj hipoglikemije. Kljub temu, da se pacientom z diabetesom tipa 2 predpisuje že več kot pol stoletja, je njegov mehanizem delovanja prava uganka.
Raziskav na to temo je malo morje, z vsako so bili znanstveniki korak bližje odkritju skrivnosti metformina. Tako so leta 2000 v eni izmed raziskav prišli do prvega pravega zaključka: terapija z metforminom pri diabetikih zniža stopnjo proizvodnje glukoze preko inhibicije glukoneogeneze. Odgovoru, kako metformin inhibira glukoneogenezo, je bila bližje naslednja skupina raziskovalcev, ki je ugotovila, da je primarno mesto njegovega delovanja preko direktne inhibicije kompleksa I dihalne verige. Tako smo korak za korakom prišli do zadnjih raziskav, ki so mehanizem delovanja metformina razložile še natančneje – pokazale so, da metformin nekompetativno inhibira encim glicerol-3-fosfat dehidrogenazo, kar zmanjša pretvorbo laktata in glicerola ter zmanjša hepatično glukoneogenezo.

=== Marija Srnko: Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja ===

Rak-bolezen sodobne družbe. V večini primerov se njegova rast prične iz neznanih vzrokov. Neznan dražljaj v telesu sproži spremembe v genih in kot posledica se pojavi nenadzorovana in hitra rast spremenjenih celic. Določen delež obolenj pa je tudi dedno pogojen. Torej se mutacija genov prenaša iz generacije v generacijo. Že samo zdrav življenjski slog pa lahko pripomore k manjšemu tveganju za njegov razvoj. S hitrejšo rastjo oziroma poliferacijo celic pa pride do sprememba v metabolizmu. Bistvena razlika v primerjavi z metabolizmom normalnih celic je povečana potreba po glukozi. Kar bi lahko povezali s povečano potrebo makromolekul, potrebnih za pospešeno rast celic. Dosedanje najučinkovitejše zdravljenje temelji na kemoterapiji. Vendar si znanstveniki prizadevajo odkritje za organizem manj škodljivih snovi in procesov zdravljenja. V dani nalogi sem se posvetila zbiranju podatkov iz raziskav, ki temeljijo na inhibiranju glikoliznih reakcij. Izpostaviti sem žele encime oz reakcija na katerih je bilo do sedaj izvedenih največ poskusov in dejansko pomujajo možnosti za razvoj pacientu prijaznejšega zdravljenja. Zanimalo me je kakšen vpliv bi imela redukcija določenih reakcij na druga tkiva. Nekaj pozornosti pa sem namenila tudi razvoju nanotehnologije, ki bo kljub odkritju mehanizma inhibicije igrala pomembno vlogo pri transportu substratov do prizadetega tkiva.

=== Vesna Podgrajšek: Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ===
Toxoplasma gondii je znotrajcelična pražival in povzroča bolezen toksoplazmozo. Toxoplasma gondii pospešeno raste znotraj gostiteljevih vakuol, kjer se za svojo rast in replikacijo zanaša na gostiteljev ogljik in hranila. Ena izmed oblik parazita je tahizoit, kateri so se sposobni razmnoževati in napadati v vsakršni gostiteljski celici z jedrom. Proučevali in primerjali so metabolno pot ogljika v znotrajcelični in sproščeni oz. zunajcelični stopnji parazita. Ugotovili so, da toxoplasma gondii v znotrajcelični stopnji, aktivno katabolizira gostiteljevo glukozo preko cikla citronske kisline (TCA). Te stopnje tudi katabolizirajo glutamin preko TCA cikla in poti γ-aminobuturične kisline (GABA), ki generira molekule, ki vstopijo v TCA cikel. Mehanizem preoblikovanja piruvata v acetil-CoA še obstaja nepojasnjen, saj jim manjka PDH kompleks, ki povezuje glikolizo s TCA ciklom. Kemiča inhibicija (NaFAc) TCA cikla popolnoma prepreči znotrajcelično replikacijo parazita, kar pomeni da je potrebna popolna aktivnost TCA cikla. Paraziti, ki jim manjka GABA pot, imajo zavrto rast in niso sposobni ohraniti drsno motiliteto pod razmerami, kjer so hranila omejena (npr. zunaj celice), kar nakazuje, da ima GABA funkcijo kratkotrajne rezerve energije. Zatorej ima toxoplasma gondii tahizoiti metabolno fleksebilnost, ki najverjetneje dovoljuje zajedalcem inficiranje različnih tipov celic.

=== Ernest Šprager: Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov ===
Z razgradnjo maščob, ki predstavljajo estre glicerola in treh maščobnih kislin, pridobimo do 40 % vse energije. Maščobne kisline se, preden vstopijo v celice tankega črevesa, protonirajo in s tem postanejo nepolarne. Kljub temu, da se jih večina absorbira kar s pasivno difuzijo, membrane celic tankega črevesa vsebuje ogromno proteinov, ki imajo zelo različne funkcije. Nekateri med njimi olajšajo pasivno difuzijo preko ohranjanja kontracijskega gradienta maščobnih kislin, spet drugi uravnavajo število in velikost hilomikronov, s katerimi se maščobe prenesejo iz tankega črevesa v kri. Za nastanek hilomikrona se morajo v lumnu endoplazemskega retikuluma s pomočjo mikrosomalnega triglicerid transfer proteina okoli apolipoproteinskega jedra povezati triacilgliceridi skupaj z fosfolipidi. Celotna pot maščob od njihove absorbcije v tankem črevesu do sprostitve iz hilomikronov je natančno regulirana. Pomembno vlogo ima protein CD36, ki med drugim deluje kot nekakšen senzor, ki sporoča celicam količino maščob v tankem črevesu. Signalizacija deluje tako, da lahko CD36, kadar je povezan k maščobno kislino, fosforilira ostale encime, ti pa nato lahko vplivajo število hilomikronov, njihovo velikost in s tem tudi količino triacilgliceridov. Prav povišana količina triacilgliceridov v krvi je povezana z kardiovaskularnimi boleznimi, odpornostjo na inzulin in debelost, zato je boljše razumevanje sprejema maščob in njihovo pakiranje v hilomikrone pomembno.

=== Katja Malovrh: Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem ===
Citratni cikel je niz kemijskih reakcij, ki v aerobnih organizmih potekajo v mitohondrijih. Cikel je na prvem mestu reguliran s količino piruvata, pretvorjenega v Acetil-CoA, ki vanj lahko vstopi. V nadaljevanju procesa pa pri regulaciji sodelujejo tudi številni encimi, ki pretvarjajo intermediate iz ene oblike v drugo. Tako striktna regulacija procesa je izrednega pomena, saj bi brez nje lahko prišlo do prekomerne sinteze ATP, kar bi povzročilo velike izgube energije in mnoge zdravju škodljive spremembe. Kako pa se encimi citratnega cikla spreminjajo s staranjem? Raziskovalci so ugotovili, da se škoda, povzročena s strani prostih radikalov, ki nastajajo kot stranski produkti številnih reakcij, s staranjem močno povečuje. Škodljivi radikali povzročajo poškodbe vsepovsod v celici, najobičajnejša tarča pa so mitohondriji. Mitohondrijska DNA, ki prosto plava po matriksu je zaradi nezaščitenosti dovzetna za številne napade radikalov, ki povzročajo mutacije. Pri translaciji tako dobimo napačno zaporedje na mRNA, posledično nastajajo neaktivni oziroma predrugačeni proteini, ki ne opravljajo svojih nalog. V raziskavi, so znanstveniki ugotavljali če se kateri od encimov, vključenih v citratni cikel s staranjem spremeni, kako se spremeni in kakšne škodljive posledice imajo take spremembe za živi organizem. Ugotovili so, da se encimi spremenijo, da to povzroči nepopolno delovanje citratnega cikla in posledično slabšo proizvodnjo intermediatov, ki so za celice vitalnega pomena.

=== Urška Kašnik: Transport maščobnih kislin skozi človeško placento ===
Esencialne maščobne kisline in njihovi derivati dolgih verig večkrat nenasičenih maščobnih kislin (20c) kot sta dokosaheksaenoična kislina (DHA) in arahidonska kislina so bistvenega pomena za pravilno rast in razvoj zarodka. Vnos s hrano kot tudi presnova teh maščobnih kislin, ter njihov nadaljnji prenos iz matere na plod so zato pomembni rekviziti za razvoj plodu. Posteljica je ključni organ, prek katerega hranilne snovi, kot so te maščobne kisline, odtekajo iz matere na plod. Celični privzem (cellular uptake) in translokacija dolgih verig maščobnih kislin (LCFAs) v različnih tkivih se doseže s povezavo soobstoječih mehanizmov. Čeprav lahko LCFA vstopi v celico s pasivno difuzijo, nastajajoča poročila kažejo, da je vnos LCFA nadzorovan z membranskimi transportnimi/vezavnimi proteini kot so maščobnokislinska translokaza (FAT/CD36), plazmatski maščobnokislinski povezovalni protein (FABPpm), maščobnokislinski transportni protein (FATP) in znotrajcelični FABPs v številnih tkivih vključno z človeško posteljico. Za z maščobnimi kislinami aktivirane transkripcijske faktorje (PPARs, LXR, RXR in SREBP-1) je bilo pokazano, da regulirajo te maščobnokislinske transportne/povezovalne proteine in funkcije posteljice. Materinske maščobne kisline lahko tako morda same uravnavajo svoj transport skozi posteljico, kakor tudi funkcije posteljice preko z maščobnimi kislinami aktiviranih transkripcijskih faktorjev. V svoji seminarski nalogi sem povzela nedavni razvoj na področju transporta in metabolizma maščobnih kislin posteljice in vlogo regulacije omenjenih proteinov v teh procesih.

=== Tjaša Sorčan: Ketonska dopolnila zmanjšujejo preživetje tumorskih celic ===
Tumorske celice imajo zaradi genetskih mutacij in mitohondrijske disfunkcije povečano porabo glukoze. Rakave celice se zanašajo na presežek glukoze za uspešno proliferacijo in rast, a je to hkrati njihova največja pomanjkljivost, kar nam pokaže tudI Warburgov učinek. Otto Warburg, po katerem se ta učinek tudi imenuje, predvideva, da naj bi bil glavni vzrok za nastanek rakastih obolenj preklop pri nastajanja energije v obliki ATP iz aerobne kemiosmotske sklopitve v anaerobno glikolizo. Tumorske celice so nezmožne uporabiti ketonska telesa za proizvodnjo energije, zato obstaja hipoteza, da naj bi ketonska telesa zavirala rast tumorskih celic. To so skušali ugotoviti s poskusi na miših, ki so jim vbrizgali VM-M3 kulture, ki so močno metastatske ob dodatku oziroma odsotnosti beta-hidroksibutirata (ketonsko telo). Podoben poskus izvedejo tudi s štirimi mišmi, katerim so bile v hrano dodna različna ketonska dopolnila – 1,3-butadiol (BD) ali keton ester (KE). Rast tumorja so spremljali z bioluminiscenco in vivo. Merili so čas preživetja, rast tumorja, glukozo v krvi, beta-hidroksibutirat v krvi in telesno težo. Ketonska dopolnila so znižala proliferacijo in življenjsko dobo rakavih celic tudi v prisotnosti visoke koncentracije glukoze. BD in KE sta povišala življenjsko dobo miši za 51% oziroma celo 69% v miših z metastatskim rakom. Ketonska dopolnila torej zavirajo rast rakavih celic, neodvisno od koncentracije glukoze ali omejitve kalorij.

=== Bine Tršavec: Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze ===
Glutamat dehidrogenaza (GDH) je eden izmed encimov potrebnih pri metabolizmu aminokislin. Kot nam pove ime, je njegova naloga, da dehidrogenira glutamat, kar vodi do oksidativne deaminacije glutamata v α-ketoglutarat. Brez encima ta reakcija ne bi potekala, ker je sprememba gibbsonove proste energije za reakcijo pozitivna. α-ketoglutarat se potem prenese v Krebsov cikel, kjer se na koncu pretvori v energijo v obliki ATP. Encim je prisoten pri vseh živih bitjih, saj omogoča povezavo med razgradnjo aminokislin in energijskimi potrebami celice. Zaradi različnih potreb po regulaciji obstaja več vrst tega encima. Zaradi njene naloge se glutamat dehidrogenaza pri evkariontih nahaja v mitohondrijih (kjer poteka tudi Krebsov cikel), v manjši količini pa tudi v endoplazmatskem retiklu (kjer se sintetizira). Lokacija v celici je bila dokazana z vezavo GFP-ja. V nekaterih primerih lahko predstavlja kar 10% vseh mitohondrijskih proteinov. Regulacija encima je zelo kompleksna. Nanj delujejo številni alostreični regulatorji, ki z vezavo naredijo mehanske ovire in zmanjšajo njegovo aktivnost. Najnovejše raziskave dokazujejo, da pri tem pomagajo tudi sirtuini. Dolga leta so znanstveniki preučevali natančno zgradbo in delovanje GDH, ter pri tem naleteli na kar nekaj težav. Po 50 letih raziskav tako boljše razumemo pomen in evolucijski razvoj tega pomembnega encima. V mojem seminarju sem se osredotočil na zgradbo in reguliranje encima.

=== Nina Mavec: Katabolizem triptofana in rak ===
Ker je rak v sodobnem svetu ena izmed bolezni, ki povzročijo največ smrti, se v zadnjem času izvaja vse več raziskav o samih vzrokih in mehanizmih za nastanek te nevarne bolezni v upanju, da bi s pomočjo ugotovitev lahko razvili, nove, boljše metode zdravljenja. Že nekaj časa je znano, da metabolizem triptofana vpliva na rast in maligni razvoj tumorjev, tako da oslabi imunski odziv celice. Pri katabolizmu te esencialne aminokisline je pomembna kinureninska pot, preko katere se katalizira večina triptofana, nastajajo pa razni metaboliti, med katerimi je tudi kinurenin. Obstajajo trije encimi, ki katalizirajo prvo stopnjo te reakcije, to so indolamin 2,3-dioksigenaza (IDO), triptofan 2,3-dioksigenaza (TDO) in indolamin 2,3-dioksigenaza 2 (IDO2). Ob povečanem katabolizmu triptofana v tumorskem tkivu se vzpostavi imunosupresivno okolje, ki tumorjem omogoča, da se izognejo imunskemu odzivu organizma. To se zgodi preko dveh mehanizmov, ki pa oba prispevata k vzpostavitvi take imunosupresije. Zmanjšana količina triptofana preko protein-kinaze GCN2 povzroči apoptozo limfocitov T. Več kinurenina, ki pri katabolizmu triptofana nastaja, pa preko transkripcijskega faktorja AhR povzroči diferenciacijo regulatornih limfocitov T, ki tumorju omogočajo imunsko toleranco. Inhibitorji teh treh encimov, ki omogočajo katabolizem triptofana, so torej privlačno potencialno zdravilo in raziskave v tej smeri že potekajo.

=== Enja Kokalj: Toksičnost amonijaka za možgane ===
Amonijak nastane v metabolizmu aminokislin. V serumu je v fizioloških pogojih večinoma prisoten v obliki amonijevega iona NH4+. Cikel sečnine, ki se odvija v jetrih, služi pretvorbi NH4+ v sečnino, ki se nato izloči iz organizma, saj je koncentracija NH4+ v krvi regulirana. Kljub temu, da možgani ne morejo sintetizirati uree iz NH4+, je njegova koncentracija v centralnem živčnem sistemu prav tako regulirana. Presežek NH4+ je za centralni živčni sistem toksičen. Pri odraslih ponavadi pride do hiperamonemije zaradi odpovedi jeter, pri otrocih pa zaradi motenj v ciklusu sečnine, ta pa vodi do hepatične encefalopatije, ki povzroči motje zavesti, v skrajnih primerih pa tudi komo. Stopnja ireverzibilne škode, ki jo možgani utrpijo, je odvisna od stopnje razvitosti možganov ter tudi intenzivnosti in dolžine izpostavitve visokim koncentracijam NH4+. Ker se vsa bolezenska stanja, ki nastopijo, odražajo na možganih, ti tudi predstavljajo osrednji predmet vseh spekulacij o mehanizmih toksičnosti amonijaka. Večja količina NH4+ v krvi vpliva na koncentracije številnih aminokislin, še posebej glutamina, glutamata in arginina, ovira normalno delovanje nevronov in s tem tudi prenos živčnih signalov ter onemogoča optimalno sintezo dušikovega oksida. Vse te motnje vzdrževanja celične homeostaze imajo lahko ireverzibilen vpliv na naše možganske celice, v primeru, da stanja ne zdravimo, pa lahko pride celo do smrti.

=== Inge Sotlar: Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene ===
Rastlinsko tkivo gradijo rastlinske celice, ki se od živalskih razlikujejo po tem, da poleg tipičnih organelov vsebujejo še plastide, vakuolo in celično steno. Debelejša in dokaj trdna celična stena je zelo dinamičen del celice. Njene osnovne naloge so, da vzdržuje osmotski tlak in obliko celice ter jo ščiti pred vplivi okolja. Glavni gradnik celične stene rastlin je celuloza, polisaharid iz več sto ali tisoč enot glukoze, ki se nahaja v obliki kristaliničnih mikrofibril. Vsako posamezno celulozno mikrofibrilo sintetizira transmembranski proteinski kompleks na plazmalemi, sintaza celuloze. Pod mikroskopom so sintaze vidne kot strukture, podobne rozeti, ki se vzdolž plazmaleme premikajo s pomočjo obodnih mikrotubulov in tudi aktinskih filamentov. Rozeta je heksamer, sestavljen iz 36 proteinov, ki sintetizirajo celulozo (CesA proteinov). Dva sosednja CesA proteina se povežeta preko cinkovega prsta in tvorita kompleks, kateri izgradi posamezno verigo celuloze. Na katalitsko domeno encima se veže substrat UDP-glukoza, ki se sintetizira s pomočjo sintaze sukroze ali pirofosforilaze UDP-glukoze. V naslednjem koraku se UDP-glukoza, donor glikozilne skupine, prenese na rastočo verigo. Zaradi steričnih ovir se na glavno verigo ne dodajajo monomeri glukoze, temveč celobioza – disaharid glukoze. Drugi polisaharid, ki tvori steno, je hemiceluloza. Verige hemiceluloze so krajše in za razliko od celuloze ne kristalizirajo. S celulozo se prepletajo v t.i. matriksu pektina, ki je tretja glavna sestavina celične stene. Če se razvije sekundarna celična stena, se v matriks vgradi še lignin in poveča trdnost.

=== Peter Pečan: Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije ===
Nealkoholna maščobna bolezen jeter (NAFLD) je izraz, ki predstavlja širok spekter bolezni jeter. Spada med najpogostejše kronične bolezni jeter v razvitem svetu, pojavlja pa se predvsem pri ljudeh s prekomerno telesno težo, ki ne uživajo prevelikih količin alkohola (ta lahko namreč povzroči enake oz. zelo podobne okvare). Najverjetnejši model razvoja bolezni predpostavlja delovanje v dveh stopnjah. V prvi stopnji pride do zvišane odpornosti na insulin, hiperglikemije, hiperlipidemije in nabiranja trigliceridov v jetrih, v drugi pa do oksidativnega stresa. V obeh stopnjah lahko pride do okvare mitohondrijev. Do napak naj bi prišlo, ker so mitohondriji ključni pri procesu β-oksidacije prostih maščobnih kislin (FFA). Te reakcije so namreč največji vir reaktivnih kisikovih spojin (ang. reactive oxygen species, ROS), ki sicer niso vedno škodljive, vendar lahko v povečanih količinah pripeljejo do močnega oksidativnega stresa. V predhodnjih raziskavah so dokazali, da ROS negativno vplivajo na procese oksidativne fosforilacije. Tako je pri osebah, ki imajo povečan vnos maščob, njihova oksidacija povečana, koncentracija ATP molekul pa posledično manjša kot običajno. Antioksidanti in antiperoksinitriti preprečijo takšne spremembe v oksidativni fosforilaciji, iz česar lahko z veliko gotovostjo sklepamo, da oksidativni stres res igra ključno vlogo pri patogenezi teh sprememb. Uporaba teh antioksidantov bi zato morda lahko bila uporabljena tudi za zdravljenje NAFLD pri ljudeh.

=== Jernej Vidmar: Oksidatvina fosforilacija v rakavih celicah ===
Mitohondriji so ključni celični organeli, ki sodelujejo v metabolizmu, igrajo ključno vlogo pri celični smrti in signalnih poteh. Za sintezo ATP preko oksidativne fosforilacije mitohondriji porabijo večino kisika, ki ga celica prejme, pri tem pa kot stranski produkt proizvede večino reaktivnih kisikovih spojin. Reaktivne kisikove spojine igrajo pomembno vlogo pri karcinogenezi, saj zaradi svoje oksidativnosti povzročajo poškodbe na celičnih makromolekulah. Povezanost mitohondrijskih funkcij z rakom še ni razvozlana, vendar je potrjena velika vpletenost, saj mitohondriji, poleg tega da igrajo ključno vlogo pri proizvodnji energije in regulirajo reaktivne kisikove spojine, nadzirajo celično življenje in smrt. To je zelo pomembno, saj lahko tumorske celice razvijejo odpornost na apoptozo na številne načine, med drugim preko mitohondrijskih nepravilnosti, izražanju protiapoptotskih proteinov ali negativni regulaciji ali mutaciji proapoptotskih proteinov. Rakave celice morajo svoj metabolizem prilagoditi, tako da proizvedejo molekule in energijo potrebno za rast tumorja in za morebitno spremembo okolja kjer preživijo. V rakavih celicah je veliko posebnosti, ki se tičejo oksidativne fosforilacije-nepravilnosti v kompleksih dihalne verige, posebna regulacija memebranskega potenciala, mutacije mitohondrijske DNA in mutacije genov v jedru, ki vplivajo na oksidativno fosforilacijo. Odkrivanje mehanizmov delovanja nekaterih molekul, katerih nepravilnosti v izražanju povzročajo rakave celice, bo v prihodnje pripomoglo k diagnostriciranju in zdravljenju raka.

=== Luka Dejanović: Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev ===
Mitohondrij je eden od organelov v evkariontski celici. Ima dve membrani zunanjo in notranjo. Notranja membrana je močno nagubana, saj tako omogoča povečanje površine za potek dihalne verige (RC). Njegova glavna naloga je proizvodnja ATP. V mitohondriju poteka ogromno število reakcij. Včasih se zgodi, da se kakšna tudi zalomi. Tako lahko npr. iz enega od citokromov (RC) uide elektron, ki pa lahko reagira s kisikom v bližini. Nastanejo reaktivni oksidativni intermediati (ROS). Te lahko reagirajo z bližnjimi biomolekulami in jih poškoduje. Prav zaradi takih situacij so celice razvile sistem ki stalno nadzoruje delovanje mitohondrija in ga ohranja funkcionalnega. Prav te sistemi so osnova za to seminarsko nalogo. Delijo se v 3 večje skupine glede na nivo delovanja: molekularni, na nivoju organelov in celični. Najbolj raziskan je sistem za lovljenje ROS, v mitohondriju imamo encime, ki so sposobni ROS spremeniti v vodikov peroksid, ta se kasneje razgradi na vodo in kisik. Naprej poznamo še sistem, ki lahko popravlja mitohondrijsko DNA. Več sistemov, ki popravljajo proteine in jih zvijajo nazaj v nativne konformacije. Poznamo pa tudi take mehanizme, ki mitohondrij vodijo v mitofagijo. Najbolj skrajni sistem deluje na celičnem nivoju in lahko sproži apoptozo. Toda tudi te mehanizmi niso vsemogočni, torej se naši mitohondriji vseeno kvarijo in jih je potrebno obnavljati.

=== Gašper Marinšek: Eikozanoidi citokrom P450 poti in rak ===
Eikozanoidi so družina zelo pomembnih bioloških molekul, ki igrajo v našem telesu osrednjo vlogo pri nastanku vnetij in ohranjanju homeostaze tkiv. Uvrščamo jih med lipide in so produkt metabolizma arahidonske kisline. Mednje spadajo tudi metaboliti citokrom P450 poti. Te so v preteklosti sicer že raziskovali in pri tem tudi ugotovili, da imajo sposobnost širjenja oz. krčenja žil-na ta način lahko uravnavajo krvni pritisk v našem telesu, a so do nedavnega ostali v senci drugih eikozanoidov, predvsem »razvpitih« vnetnih prostaglandinov. Šele pred kratkim pa so nekatere raziskave nakazale možnost povezave med eikozanoidi citokrom P450 poti in rakom. Predlaganih je bilo več možnosti povezave: spodbujanje rasti tumorskih celic, vnetne reakcije in pospeševanje angiogeneze, ki je ključna za normalno prehranjenost tumorskih celic in njihovo preživetje. Žal je bilo do tega trenutka izvedenih premalo raziskav, da bi lahko z gotovostjo govorili o eikozanoidih citokrom P450 poti kot o nedvomnih spodbujevalcih raka. Težava je tudi v tem, da so določeni poskusi dali nasprotujoče si rezultate. V prihodnosti bo tako potrebno izvesti še veliko poskusov in ugotoviti, ali so eikozanoidi citokrom P450 poti res primerne tarčne molekule za zdravljenje raka.

=== Urška Černe: Kontrola homeostaze holesterola preko ubikvitin-proteasomskega sistema ===
Ob nenehnem opozarjanju kako škodljiv je holesterol za naše telo, včasih pozabimo, da je to ena izmed bolj pomembnih molekul v našem organizmu. Je sestavni del bioloških membran in prekurzor pri biosintezi steroidnih hormonov, žolčnih kislin ter vitamina D. Zaradi vseh teh nalog holesterola, mora biti njegova koncentracija v celicah in na splošno v organizmu, dobro uravnana. Ob pomanjkanju ali preveliki količini le-tega lahko pride do številnih bolezni, na celični ravni pa nakopičenje holesterola lahko privede do apoptoze mitohondrijev. Pomembno vlogo pri regulaciji homeostaze holesterola ima UPS (angl. ubiquitin-proteasome system) ubikvitin-proteasomski sistem. Ta nadzira poti, ki primarno vplivajo na koncentracijo holesterola. Tako nadzira sintezo, absorpcijo in izločanje holesterola preko receptorjev za LDL (angl. low –density lipoprotein), transkripcijskih faktorjev (SREBP), preko encimov, ki sodelujejo v sintezi holesterola (HMG-CoA reduktaza), in preko membranskih transporterjev za holesterol. Poleg lizosomske razgradnje predstavlja UPS glavno pot v razgradnji znotraj celičnih proteinov. V seminarju bom na kratko razložila metabolizem holesterola in se osredotočila na to kako UPS vpliva na samo homeostazo, kaj to pomeni za celico in nakazala morebitne načine za zdravljenje bolezni, ki so povezane z nenormalnimi koncentracijami holesterola.

=== Jerneja Ovčar: Saharozna signalizacija v rastlinah ===
Saharoza je vrsta ogljikov hidratov in spada med nereducirajoče disaharide. Je spojina fruktoze in glukoze. Sinteza ogljikovih hidratov pri rastlinah poteka s fotosintezo v listih. V listih se shranjujejo kot škrob, v druge dele rastline pa potujejo v obliki saharoze, ki je glavna transportna oblika ogljikovih hidratov v rastlini. Saharoza ima v rastlini več vlog. Vloga saharoze kot signalizacijske molekule v rastlinah je bila predstavljena že pred desetletji. Saharozni signali lahko nadzirajo veliko število razvojnih procesov v življenjskem ciklu rastline. Med drugim je saharozno signaliziranje povezano z ogljikovo in dušikovo asimilacijo ter transportom v rastlini. Ugotovili so, da je v naravi verjetno saharoza tista molekula, ki sproži signalne kaskade, ki vodijo do indukcije fruktanskih sinteznih proteinov, ki nato sprožijo sintezo fruktana v rastlinah (polimer fruktoze). Kot saharozni senzor v rastlinah je znan protein SUT2. Transporterji SUT2 so energijsko odvisni saharozni/H+ transporterji, ki so lahko spremljevalci drugih celic ali pa se nahajajo direktno v sitastih celicah floema v rastlini. Tip transporterjev SUT2 je poseben, ker vsebuje N-terminalne in centralne razširitvene zanke, ki so sestavljene iz 40-60 aminokislin. Takšne zanke v drugih saharoznih transporterjih niso prisotne in to je vzrok, da imajo ti proteini v rastlinah tudi senzorno vlogo.

=== Valentina Levak: Sinteza škroba in regulacija slednje ===
Škrob je rezervni rastlinski polisaharid in tako kot saharoza nastaja iz intermediata Calvinovega cikla - gliceraldehid 3-fosfata. V času fotosinteze nastaja v granulah v kloroplastih, v času, ko fotosinteze ni, pa se granule izpraznijo, škrob se porabi za rast rastline, celično dihanje ali pa se nalaga v skladiščnih heterotrofnih tkivih. V večini tkiv je glavna kontrola sinteze škroba usmerjena na zadnjo reakcijo pred dejansko sintezo, in sicer na reakcijo z ADP-glukoza pirofosforilazo (AGP-azo), ki aktivira glukozo 1-fosfat, da lahko vstopi v reakcijo polimerizacije na škrob sintazi. Kontrolo izvajajo alosterični efektorji, ki so metabolni intermediati, oksidoreduktaze (npr. tioredoksin) ter transkripcijski regulatorji glede na jakost fotosinteze in koncentracijo sladkorjev. Podenote heterotetramera AGP-aze so kodirane na več mestih v DNA, kar kaže na specifične izooblike encima glede na tkivo, v katerem deluje, in različno občutljivost na posamezne efektorje.
V heterotrofnih tkivih se škrob skladišči v amiloplastih, ki imajo genetsko določeno število granul, ki lahko zrastejo v njih. Tudi velikosti granul se močno razlikujejo od rastline do rastline. 3D-struktura granul kaže, kako sta organizirana amilopektin in amiloza ter vzrok za semikristalinsko strukturo. Tu je še posebej pomembna navzočnost ne le AGP-aze, temveč tudi različnih škrob sintaz, razvejilnih in klestilnih encimov, saj mora biti prostor za dolgoročnejše skladiščenje škroba (gomolji, endoderm semen) čim bolje izkoriščen.

BIO2 Seminar 2014

2014-11-17T11:59:53Z

ValentinaLevak: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Tema*'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Dominik Dekleva||12||[http://bit.ly/1xURyBR Aktivacija Gpcr-jev v povezavi z vodo]||Anja Tanšek||Inge Sotlar||Bine Tršavec||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Nuša Kelhar||12||[http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674%2814%2900198-6 Soodvisnost oblike membrane in medceličnega sporočanja]||Monika Pepelnjak||Jerneja Ovčar||Enja Kokalj||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Tadej Ulčnik||12||[http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0105204 Različna dinamika in aktivnost dveh steroidnih receptorjev na istem promotorju]||Liza Otorepec ||Valentina Levak||Peter Pečan||14.10.2014||21.10.2014||28.10.2014
|-
| Marija Srnko||14-15||[http://www.croh-online.com/article/S1040-8428(14)00086-9/abstract Fosfofruktokinaza: Posrednik med glikolitičnim pretokom in razvojem tumorja]||Tomaž Žagar||Gašper Marinšek||Luka Dejanović||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Luka Lavrič||14-15||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000409002072 Glikoliza - Metabolizem v možganih]||Jerneja Kocutar||Urška Černe||Jernej Vidmar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Naida Hajdarević||14-15||[http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7506/full/nature13270.html Skrivnost metformina končno odkrita?]||Amadeja Lapornik||Živa Moravec||Inge Sotlar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Vesna Podgrajšek||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312812003551 Mitohondrijski metabolizem je potreben za znotrajcelično rast toxoplasme gondii ]||Dominik Dekleva||Anja Tanšek||Jerneja Ovčar||28.10.2014||2.11.2014||04.11.2014
|-
| Katja Malovrh||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0047637405002460 Zmanjšanje aktivnosti encimov citratnega cikla s staranjem]||Nuša Kelhar||Monika Pepelnjak||Valentina Levak||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Primož Tič||16||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1096719210002076 Primanjkljaj encima piruvat karboksilaze]||Tadej Ulčnik||Liza Otorepec ||Gašper Marinšek||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Urška Kašnik||17||[http://www.sciencedirect.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/science/article/pii/S016378270800060X Transport maščobnih kislin skozi človeško placento]||Marija Srnko||Tomaž Žagar||Urška Černe||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Ernest Šprager||17||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908413002812 Vloga nekaterih proteinov tankega črevesa pri tvorbi hilomikronov]||Luka Lavrič||Jerneja Kocutar||Živa Moravec||28.10.2014||04.11.2014||11.11.2014
|-
| Tjaša Sorčan||17||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24615175 Ketonska dopolnila zmanjšajo preživetje tumorskih celic]||Naida Hajdarević||Amadeja Lapornik||Anja Tanšek||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Nina Mavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23090118 Katabolizem triptofana in rak]||Vesna Podgrajšek||Dominik Dekleva||Monika Pepelnjak||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Bine Tršavec||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18819805 Odkritja o zgradbi in delovanju glutamat dehidrogenaze]||Katja Malovrh||Nuša Kelhar||Liza Otorepec ||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Enja Kokalj||18||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23109059 Toksičnost amonijaka za možgane]||Primož Tič||Tadej Ulčnik||Tomaž Žagar||04.11.2014||11.11.2014||18.11.2014
|-
| Peter Pečan||19||[http://dmm.biologists.org/content/7/11/1287.long Vpliv maščob na komplekse oksidativne fosforilacije]||Urška Kašnik||Marija Srnko||Jerneja Kocutar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Luka Dejanović||19||[http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/abstract/S0968-0004(12)00019-9 Sistemi za ohranjanje funkcionalnosti mitohondrijev]||Ernest Šprager||Luka Lavrič||Amadeja Lapornik||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jernej Vidmar||19||[http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005272810007024 Oksidativna fosforilacija v rakavih celicah]||Tjaša Sorčan||Naida Hajdarević||Dominik Dekleva||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Inge Sotlar||20||[http://www.plantphysiol.org/content/155/1/171.long Sinteza celuloze in druge komponente rastlinske celične stene] ||Nina Mavec||Vesna Podgrajšek||Nuša Kelhar||11.11.2014||18.11.2014||25.11.2014
|-
| Jerneja Ovčar||20||Moj izbrani naslov||Bine Tršavec||Katja Malovrh||Tadej Ulčnik||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Valentina Levak||20||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3091114/ Regulacija sinteze škroba v odvisnosti od spreminjajočega se okolja]||Enja Kokalj||Primož Tič||Marija Srnko||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Gašper Marinšek||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2962793/ Moj izbrani naslov]||Peter Pečan||Urška Kašnik||Luka Lavrič||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Urška Černe||21||[http://www.pubfacts.com/fulltext_frame.php?PMID=25220377&title=The%20UPS%20and%20downs%20of%20cholesterol%20homeostasis./ Kontrola homeostaze holesterola preko ubikvitin-proteasomskega sistema]||Luka Dejanović||Ernest Šprager||Naida Hajdarević||25.11.2014||02.12.2014||09.12.2014
|-
| Živa Moravec||21||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3390254/#!po=36.6667 Moj izbrani naslov]||Jernej Vidmar||Tjaša Sorčan||Vesna Podgrajšek||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Anja Tanšek||22||Fiksacija dušika||Inge Sotlar||Nina Mavec||Katja Malovrh||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Monika Pepelnjak||22||[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3806315/ Metabolizem serina in glicina v rakavih celicah]||Jerneja Ovčar||Bine Tršavec||Primož Tič||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Liza Otorepec ||22||Moj izbrani naslov||Valentina Levak||Enja Kokalj||Urška Kašnik||02.12.2014||09.12.2014||16.12.2014
|-
| Tomaž Žagar||23||Moj izbrani naslov||Gašper Marinšek||Peter Pečan||Ernest Šprager||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Jerneja Kocutar||23||Moj izbrani naslov||Urška Černe||Luka Dejanović||Tjaša Sorčan||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| Amadeja Lapornik||23||Moj izbrani naslov||Živa Moravec||Jernej Vidmar||Nina Mavec||23.12.2014||03.01.2015||06.01.2015
|-
| ||||||||||||03.01.2014||06.01.2014||13.01.2015
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2014|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/19bnx0Yh4RIuC2Kzkdaa8t8WqRTBgXYNTV_IWfjrO0W4/viewform?usp=send_form mnenje] najkasneje v sedmih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-05-06T21:52:51Z

ValentinaLevak: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tja.C5.A1a_Sor.C4.8Dan:_Posamezni_Iks_kanali_na_povr.C5.A1ini_sr.C4.8Dnih_celic_sesalcev_vsebujejo_dve_KCNE1_podenoti, Posamezni Iks kanali na površini celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Toma.C5.BE_.C5.BDagar:_Klju.C4.8Dna_proteina_pri_uravnavanju_celi.C4.8Dne_smrti Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Fran_Krstanovi.C4.87:_Breast_milk_protein_may_be_key_to_protecting_babies_from_HIV Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jure_Zadravec:_Vloga_tumorskih_ozna.C4.8Devalcev_CA19-9.2C_CA125_in_CA72-4_pri_diagnozi_raka_trebu.C5.A1ne_slinavke Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140121164754.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Primo.C5.BE_Ti.C4.8D:_Regeneracija_osterelega_pri.C5.BEeljca_z_enim_samim_transkripcijskim_faktorjem Regeneracija ostarelega priželjca z enim samim transkripcijskim faktorjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140408115610.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Valentina_Levak:_Protein_Juno_je_receptor_proteina_Izumo1_in_potreben_za_fertilizacijo Protein Juno je receptor proteina Izumo1 in potreben za fertilizacijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416133253.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Enja_Kokalj:_Celice_med_mitozo_onemogo.C4.8Dijo_popravljanje_DNA_zaradi_spajanja_telomer Celice med mitozo onemogočijo popravljanje DNA zaradi spajanja telomer]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140320173506.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hasiba_Kamenjaković:_Podobnosti_med_HIV./.AIDS.opioidne_odvisnosti_epidemije Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140401162205.htm Povezava]|| 05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-05-06T21:50:57Z

ValentinaLevak: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tja.C5.A1a_Sor.C4.8Dan:_Posamezni_Iks_kanali_na_povr.C5.A1ini_sr.C4.8Dnih_celic_sesalcev_vsebujejo_dve_KCNE1_podenoti, Posamezni Iks kanali na površini celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Toma.C5.BE_.C5.BDagar:_Klju.C4.8Dna_proteina_pri_uravnavanju_celi.C4.8Dne_smrti Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Fran_Krstanovi.C4.87:_Breast_milk_protein_may_be_key_to_protecting_babies_from_HIV Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jure_Zadravec:_Vloga_tumorskih_ozna.C4.8Devalcev_CA19-9.2C_CA125_in_CA72-4_pri_diagnozi_raka_trebu.C5.A1ne_slinavke Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140121164754.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Primo.C5.BE_Ti.C4.8D:_Regeneracija_osterelega_pri.C5.BEeljca_z_enim_samim_transkripcijskim_faktorjem Regeneracija ostarelega priželjca z enim samim transkripcijskim faktorjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140408115610.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||[http://wiki.fkkt.uni-
lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Valentina_Levak:_Protein_Juno_je_receptor_proteina_Izumo1_in_potreben_za_fertilizacijo Protein Juno je receptor proteina Izumo1 in potreben za fertilizacijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416133253.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Enja_Kokalj:_Celice_med_mitozo_onemogo.C4.8Dijo_popravljanje_DNA_zaradi_spajanja_telomer Celice med mitozo onemogočijo popravljanje DNA zaradi spajanja telomer]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140320173506.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hasiba_Kamenjaković:_Podobnosti_med_HIV./.AIDS.opioidne_odvisnosti_epidemije Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140401162205.htm Povezava]|| 05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-05-06T21:49:40Z

ValentinaLevak: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tja.C5.A1a_Sor.C4.8Dan:_Posamezni_Iks_kanali_na_povr.C5.A1ini_sr.C4.8Dnih_celic_sesalcev_vsebujejo_dve_KCNE1_podenoti, Posamezni Iks kanali na površini celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Toma.C5.BE_.C5.BDagar:_Klju.C4.8Dna_proteina_pri_uravnavanju_celi.C4.8Dne_smrti Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Fran_Krstanovi.C4.87:_Breast_milk_protein_may_be_key_to_protecting_babies_from_HIV Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jure_Zadravec:_Vloga_tumorskih_ozna.C4.8Devalcev_CA19-9.2C_CA125_in_CA72-4_pri_diagnozi_raka_trebu.C5.A1ne_slinavke Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140121164754.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Primo.C5.BE_Ti.C4.8D:_Regeneracija_osterelega_pri.C5.BEeljca_z_enim_samim_transkripcijskim_faktorjem Regeneracija ostarelega priželjca z enim samim transkripcijskim faktorjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140408115610.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Valentina Levak:_Protein_Juno_je_receptor_proteina_Izumo1_in_potreben_za_fertilizacijo Protein Juno je receptor proteina Izumo1 in potreben za fertilizacijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416133253.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Enja_Kokalj:_Celice_med_mitozo_onemogo.C4.8Dijo_popravljanje_DNA_zaradi_spajanja_telomer Celice med mitozo onemogočijo popravljanje DNA zaradi spajanja telomer]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140320173506.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hasiba_Kamenjaković:_Podobnosti_med_HIV./.AIDS.opioidne_odvisnosti_epidemije Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140401162205.htm Povezava]|| 05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-05-06T21:48:57Z

ValentinaLevak: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tja.C5.A1a_Sor.C4.8Dan:_Posamezni_Iks_kanali_na_povr.C5.A1ini_sr.C4.8Dnih_celic_sesalcev_vsebujejo_dve_KCNE1_podenoti, Posamezni Iks kanali na površini celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Toma.C5.BE_.C5.BDagar:_Klju.C4.8Dna_proteina_pri_uravnavanju_celi.C4.8Dne_smrti Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Fran_Krstanovi.C4.87:_Breast_milk_protein_may_be_key_to_protecting_babies_from_HIV Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jure_Zadravec:_Vloga_tumorskih_ozna.C4.8Devalcev_CA19-9.2C_CA125_in_CA72-4_pri_diagnozi_raka_trebu.C5.A1ne_slinavke Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140121164754.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Primo.C5.BE_Ti.C4.8D:_Regeneracija_osterelega_pri.C5.BEeljca_z_enim_samim_transkripcijskim_faktorjem Regeneracija ostarelega priželjca z enim samim transkripcijskim faktorjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140408115610.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Valentina Levak:_Protein_Juno_je_receptor_proteina_Izumo1_in_potreben_za_fertilizacijo Protein Juno je receptor proteina Izumo1 in potreben za fertilizacijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416133253.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Enja_Kokalj:_Celice_med_mitozo_onemogo.C4.8Dijo_popravljanje_DNA_zaradi_spajanja_telomer Celice med mitozo onemogočijo popravljanje DNA zaradi spajanja telomer]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140320173506.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hasiba_Kamenjaković:_Podobnosti_med_HIV./.AIDS.opioidne_odvisnosti_epidemije Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140401162205.htm Povezava]|| 05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014-seminar

2014-05-06T21:45:56Z

ValentinaLevak: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tja.C5.A1a_Sor.C4.8Dan:_Posamezni_Iks_kanali_na_povr.C5.A1ini_sr.C4.8Dnih_celic_sesalcev_vsebujejo_dve_KCNE1_podenoti, Posamezni Iks kanali na površini celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Toma.C5.BE_.C5.BDagar:_Klju.C4.8Dna_proteina_pri_uravnavanju_celi.C4.8Dne_smrti Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Fran_Krstanovi.C4.87:_Breast_milk_protein_may_be_key_to_protecting_babies_from_HIV Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jure_Zadravec:_Vloga_tumorskih_ozna.C4.8Devalcev_CA19-9.2C_CA125_in_CA72-4_pri_diagnozi_raka_trebu.C5.A1ne_slinavke Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140121164754.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Primo.C5.BE_Ti.C4.8D:_Regeneracija_osterelega_pri.C5.BEeljca_z_enim_samim_transkripcijskim_faktorjem Regeneracija ostarelega priželjca z enim samim transkripcijskim faktorjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140408115610.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Valentina Levak:Protein_Juno_je_receptor_proteina_Izumo1_in_potreben_za_fertilizacijo Protein Juno je receptor proteina Izumo1 in potreben za fertilizacijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416133253.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Enja_Kokalj:_Celice_med_mitozo_onemogo.C4.8Dijo_popravljanje_DNA_zaradi_spajanja_telomer Celice med mitozo onemogočijo popravljanje DNA zaradi spajanja telomer]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140320173506.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hasiba_Kamenjaković:_Podobnosti_med_HIV./.AIDS.opioidne_odvisnosti_epidemije Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140401162205.htm Povezava]|| 05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2014 Povzetki seminarjev

2014-05-06T13:41:02Z

ValentinaLevak: /* 12.5. */

[[TBK2014-seminar|Nazaj na osnovno stran]]

== 17.3. ==

=== Andrej Žulič: Prva umetna celica z delujočimi organeli ===

Prvič v zgodovini je znanstvenikom na nizozemski univerzu Radboud v Nijmegenu uspelo ustvariti umetno celico z delujočimi organeli, ki lahko v večih korakih, kemičnih reakcijah, reagent preko raznih vmesnih stopenj privedejo do končnega produkta, rezorufina, ki je fluorescenten in se ga zato na koncu reakcije lažje opazi. Te organele so ustvarili tako, da so majhne polimerosome narejene iz PS-b-PIAT polprepustnega polimera napolnili z encimi in jih potem vnesli v miniskulno kapljico vode, ki je vsebovala še proste encime in substrate, in to kapljico še enkrat obdali s lipidnim slojem – celično steno narejeno iz PB-b-PEO hidrofobnega polimera. Zaradi fluorescence produkta so lahko preverili, da se predvidene reakcije resnično dogajajo po korakih v polimerosomnih nanoreaktorjih ali organelih. Produkti posameznih organelov lahko prestopijo steno organela v celično plazmo od koder najdejo pot v druge celične organele, kjer se izvršujejo posledični koraki te ''kaskadne'' reakcije. Obstaja več načinov kako zgraditi strukture podobne celicam. Poleg opisanega, ki kombinira več pristopov, se lahko umetne celice gradi iz majhnih kapljic tekočine podobne citoplazmi, iz polimerov ali maščobnih kislin. Naslednjih korak je nedvomno narediti umetno celico, ki lahko sama proizvaja svojo energijo. S preučevanjem tega področja lahko biokemiki vedno bolje razumemo kaj se dogaja na celičnem nivoju in kako to uporabiti v nadaljnih raziskavah.

=== Urška Černe: Boj imunskega sistema proti malariji ===
Malarijo povzroča infekcija z parazitom, vrste Plasmodium falciparum, ki se prenese na človeka z pikom okuženega komarja mrzličarja. Ko piči človeka, se trosi prenesejo v njegovo kri in se začnejo množiti v jetrih. Nastanejo merozoiti, ki vstopajo v rdeča krvna telesca (eritrocite), kjer se nadalje delijo, dokler eritrocit ne poči. P. falciparum je specifični gostitelj, kar predstavlja težavo pri izvedbi človeške infekcije na laboratorijskih živalih kot so miši. Za premagovanje tega izziva so raziskovalci razvili miš z človeškimi eritrociti in jim dodali človeške imunske celice (miš RICH). Imunski sistem ima pri obvladovanju okužbe ključno vlogo. Študije na miših z uporabo človeških sevov Plasmodium so pokazale, da imunske celice (naravne celice ubijalke = celice NK, T celice in celice B) prispevajo k antiparazitski imunosti, pri čemer so bistvenega pomena celice NK. Te reagirajo z okuženimi eritrociti in jih tudi eliminirajo. Okuženi eritrociti postanejo sploščeni, kar kaže na uhajanje celične vsebine in izgubo volumna celice. Celični receptor LFA-1 je vključen v interakcijo celic NK z okuženimi eritrociti in njihov pomor. Pojasnitev molekularne narave vseh teh interakcij je bistveno za razumevanje mehanizma odzivanja naravnih celic ubijalk na infekcijo s P. falciparum.

=== Jerneja Kocutar: Odziv celic na stresne situacije ===
Kadar so celice izpostavljene stresnim pogojem, ki ogrozajo njihovo prezivetje se v njih aktivira stresni odziv, da bi čimprej spet vzpostavile homeostazo. Tak odziv je univerzalen in ga lahko najdemo v vseh organizmih in v vseh vrstah celic. Celice proizvajajo stresne proteine, ki izpolnjujejo razlicne naloge npr. preprečujejo tvorbo agregatov in neaktivnih intermediatov, odstranjujejo že poškodovane proteine, varujejo celične strukture, reorganizirajo celično oskrbo z energijo...Preden pa celica začne tvoriti proteine se aktivirajo transkripcijski receptrorji, od katerih je najpomembnejši HSF1. Aktivni HSF1 je trimer in ima dolčcene skupine fosolizirane. Regulacija stresnega odziva je odvisna od več celičnih procesov in organelov, najpomembnejši pa so procesi v jedru. Za uravnavanje stresnega odziva imamo 55 pozitivnih in 14 negativnih modulatorjev, ki so locirani v jedru, citoplazmi ali organelih. Pozitivni stresni odziv podaljšujejo in preprečujejo agregacijo proteinov, negativni pa odziv zavirajo. Vsi modulatorji so zelo tesno povezani med seboj, saj opazimo veliko več povezav kot med nakljičnim proteini. Kot najpomembnejši modulator je bila spoznana acetiltransferaza EP300, ki z acetiliranjem lizinov uravnava delovanje HSF1. V prihodnosti bi stresni odziv lahko uporabili tudi za zdravljenje bolezni pri katerih je problem obsežno propadanje celic. S tarčno aktivacijo stresnega odziva bi lahko reducirali poškodbe na celicah.

=== Tadej Ulčnik: Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice ===
Vzorec izražanja razklopnih proteinov med diferenciacijo matičnih celic daje nov namig o njihovii vlogi. Izmed družine petih razklopnih proteinov je znana le vloga razklopnega proteina UCP1, funkcija ostalih štirih pa še vedno ni znana. Znanstveniki so na podlagi rezultatov več analiz domnevali, da vzorec izražanja UPC proteinov sovpada s specifičnimi celicami, ki imajo podoben metabolizem, in se spremeni, če se celice same spremenijo. Analizirali so izražanje UCP2 v mišjih embrionalnih matičnih celicah pred in po diferenciaciji v nevrone. Dokazali so, da je samo UCP2 prisoten v nediferenciranih matičnih celicah in izgine takoj, ko se te začnejo diferencirati v nevrone. Nasprotno od tega se istočasno poviša raven izražanja UCP4 in tipičnih nevralnih označevalnih proteinov. Prisotnost proteina UCP2 v matičnih, rakavih in imunskih celicah, kaže na to, da je UCP2 prisoten v celicah z veliko zmožnostjo razmnoževanja, za katere je tudi značilen metabolizem, ki temelji na glikolizi. Protein UCP4 pa je prisoten samo v diferenciranih živčnih celicah, ki se niso sposobne deliti. Odkrili so da se UCP2 izraža tudi v nevroblastomih, katerih metabolizem je podoben rakavim celicam, ne izraža pa se UCP4. Te ugotovitve bi lahko pripomogle k hitrejšem odkrivanju rakavih celic, ki se od ostalih razlikujejo v metabolizmu in nekaterih proteinih.

== 24.3. ==

=== Hrvoje Malkoč: Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev ===

Da bi razumeli demielizacijske bolezni moramo najprej vedeti, kako pride do njih. Zato so znanstveniki iz Kalifornijske univerze Santa Barbara izvedli poskus s katerim so preverjali sestavo in lastnosti mielinskih dvoslojev. Mielin je več lipidnih dvoslojev skupaj, ki morajo biti kompaktni in med seboj vsebovati čim manjše količine vode. Že majhna sprememba v zgradbi mielinske ovojnice lahko povzroči težave pri izolaciji aksona in s tem povzroči različne motnje ali celo to, da impulz ne prispe na cilj. Posledice so lahko bolezni, kot je multipla skleroza, vzroki pa so lahko avtoimunski odzivi, infekcije, izpostavljenost določenim kemikalijam, pa tudi genetika. Opravljene so bile raziskave o adsorbciji mielinskega bazičnega proteina (MBP) na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev in njihov vpliv na strukturo, ravnovesni razmik in adhezijske sile med njima. Znanstveniki so na obe strani aparata površinskih sil postavili lipidni dvosloj, ga dali v pufersko raztopino z MBP-jem in jih približali da so se zlepili. Nato so jih dali narazen in merili adhezijo in debelino filma. Ugotovili so, da je zdrav mielin veliko bolj kompakten in vsebuje manj vode med membranami, pa tudi ima močnejšo adhezijo, in se bolj prijema na nasprotnega. Ta raziskava se razlikuje od drugih po tem, da ima molekularen pristop za razliko od drugih in bi zato lahko omogočila napredek v raziskavi demielizacijskih bolezni.

=== Janja Krapež: Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane ===

Celice obdaja lipidni dvosloj, ki je polprepusten in loči zunanjost celice od notranjosti (vse snovi torej ne morejo v celico). Prehod molekul je v veliki meri odvisen od transmebranskih proteinov, ki omogočajo transport snovi, ki ne morejo direktno skozi lipidni dvosloj, to so ioni in druge večje molekule. Nekateri proteini pa v neki drugi celici povzročijo majhne pore – nanopore. Pri tem ioni in molekule prosto prehajajo, kar privede do celične smrti, ker prehod snovi ni več nadzorovan. Raziskovalci želijo skozi take nanopore spraviti tudi DNA ali proteine. Težava je le v tem, da je težko nadzorovati prehode molekul skozi nanopore. Raziskovalci namreč ne želijo, da bi skozi nanopre lahko v celico vstopale vse molekule. Vstopale naj bi le tiste molekule, ki imajo za to pravo gensko informacijo. Profesorju Maglia in njegovi ekipi je uspelo sestaviti nanoporo, ki deluje kot cikel in prepušča DNA. Točno določeni deli DNA v raztopini hibridizirajo in se transportirajo skozi DNA poro. Na nasprotni strani pore pa je druga DNA, ki izpusti iskano genetsko zaporedje iz pore v celico. Ta prenos se zgodi vsakokrat, ko ima DNA, ki želi skozi membrano, pravilno zaporedje. Ta prehod poteka spontano in deluje kot tekoči trak. DNA vijačnico so združili z vrhom proteinske nanopore. Tako so dobili membranski sistem, ki je omogočil transport specifične DNA molekule skozi nanoporo.

== 31.3. ==

=== Monika Pepelnjak: Odpornost tumorjev na kemoterapijo ===

Rak debelega črevesja in danke je drugi najpogostejši rak v Sloveniji. Kadar bolezen ni odkrita dovolj hitro, je za zdravljenje poleg kirurške odstranitve malignega tumorja potrebno tudi zdravljenje s citostatiki (kemoterapija). Najpogosteje uporabljen citostatik pri kolorektalnem raku je oksaliplatin, ki poškoduje DNA zaporedje in tako prepreči delovanje in hitro delitev celic. Velik problem pri zdravljenju pa povzročata primarna in pridobljena odpornost na oksaliplatin. Odpornost je lahko posledica več različnih dejavnikov, eden izmed njih so tudi epigenetske spremembe. Raziskovalci so odkrivali razloge za odpornost z epigenetskega vidika in primerjali metilacije različnih genov v odpornih in odzivnih celicah. Ugotovili do, da se največje razlike pojavljajo v metilaciji SRBC gena, ki je znan kot interaktor s produktom gena BRCA1. Dokazali so, da je metilacija tega gena, in s tem njegovo utišanje, resnično odgovorna za zmanjšano odzivnost celic na oksaliplatin. Epigenetska inaktivacija SRBC gena se je pojavila pri 29.8% pacientov, povezali pa so tudi utišanje tega gena in krajše obdobje preživetja brez nadaljevanja bolezni pri pacientih, ki so se zdravili z oksaliplatinom, vendar jim metastaz kirurško niso mogli odstraniti. Rezultati postavljajo osnovo za nadaljne študije, kjer bi lahko metilacijo gena SRBC uporabili kot predhodnji pokazatelj odpornosti na oksaliplatin.

=== Anja Tanšek: Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze ===

V celicah sesalcev je endocitoza, posredovana s klatrinom (CME), glavna pot za vstop večjih molekul skozi membrano preko različnih receptorjev. Mehanizem CME se zaustavi kmalu po tem, ko celica vstopi v profazo in začne ponovno delovati v pozni anafazi, kjer je potreben za membransko dinamiko pri citokinezi. Predlagana sta bila dva glavna mehanizma, ki bi lahko povzročila inhibicijo CME. Prva hipoteza pravi, da direktna mitotska fosforilacija CME sistema zmanjša njegovo aktivnost. V podporo tej predpostavki so številni endocitozni proteini, ki so fosforilirani med mitozo, vendar vpliv teh modifikacij na CME ni jasen, niti dokazan. Druga hipoteza pravi, da povečana membranska napetost mitotskih celic prepreči nastanek jamice in izoblikovanje v vezikel med CME. Celicam, ki so v fazi mitoze, se membranska napetost poveča. Posledično se poveča tudi potreba po aktinskem citoskeletu, ker se formira celični korteks. Zato aktinski citoskelet ni na voljo mehanizmu CME za premagovanje povečane obremenitve zaradi membranske napetosti in se endocitoza v celici ustavi. V tej študiji so raziskovalci dokazali, da je za zaviranje CME v času mitoze odgovorno pomanjkanje aktina. Dokazali so, da lahko CME poteka tudi v mitotskih celicah, kljub visoki membranski napetosti, tako da so omogočili delovanje aktina pri CME. Mitotska fosforilacija endocitoznih proteinov je bila prisotna tudi v celicah s ponovno vzpostavljeno CME, kar kaže, da direktna fosforilacija CME mehanizma ni odgovorna za njegovo inhibicijo.

=== Jerneja Ovčar: Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja ===

Človeški motorični sistem je izjemno napreden pri nadzoru vizualno vodenih premikov, saj se zelo hitro prilagaja spremembam. To doseže skozi niz visoko avtomatičnih procesov, ki prevajajo vizualne informacije v predstavitve. Motorični sistem je del osrednjega živčnega sistema in se ukvarja z gibanjem. Sestoji iz piramidalnega in ekstrapiramidalnega sistema. Da pa se lahko doseže takšen niz visoko avtomatičnih procesov za oblikovanje predstavitev, ki so primerne za vklop motoričnega nadzora, potrebuje motorični nadzor vizualne informacije, ki se nanašajo na cilj. V ta namen je bila raziskana vloga pozornosti v vizualno povratnem nadzoru, tako da je bil motorični sistem izzvan z več poskusi. Rezultati so pokazali, da vizualna pozornost spreminja obdelavo ciljne informacije. Ugotovili so, da je učinek spremembe pozornosti večji pri premikih ciljev (nek predmet) kot pa pri premikih kurzorjev (npr. rok). Zato sklepamo na obstoj ločenega vizualno-motoričnega zavezujočega mehanizma, ki daje prednost vizualnim podatkom, ki predstavljajo gibanje premikajočega uda. Vizualno-motoričen mehanizem pojasnjuje učinkovitost in hitrost, s katero lahko človek hkrati izvaja več ciljno usmerjenih gibanj. Njegova prednost je, da loči med ciljem in motečimi predmeti na poti. Zaznavanje vizualnih dražljajev, ki se nanašajo na naše gibanje, je temeljni proces pri nadzoru segajočih gibanj. Vizualno-motorični mehanizem je skupen vsem vrstam, ki se pri usmerjanju gibanja opirajo na vid.

=== Inge Sotlar: CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin ===
,
Dolgoročni spomin hrani vse, kar se v življenju naučimo. Spomin z leti slabi, motnje spomina pa se pojavijo tudi pri nevrodegenerativnih boleznih, kot sta npr. Alzheimerjeva in Parkinsonova bolezen. Znanstveniki so poskušali odkriti proteine, odgovorne za ohranjanje dolgoročnega spomina. Za pomembne regulatorje sinteze proteinov v sinaptičnih membranah so se izkazali CPEB proteini, ki največkrat delujejo kot aktivatorji translacije mRNA v različnih tipih celic, tudi v nevronih. Pri raziskavi na vinskih mušicah so našli protein iz družine CPEB, Orb2, ki je s svojimi oligomeri, podobnim amiloidom, potreben za shranjevanje informacij v dolgoročni spomin. Njegov monomer, Orb2A, je v živčnem sistemu prisoten v zelo majhnih količinah, a tvori pomemben kompleks s proteinom Tob, regulatorjem celičnega cikla. Da povezavo Tob-Orb2A uravnava fosforilacija, so dokazali z dodatkom kalikulina, inhibitorjem, ki blokira proteinsko fosfatazo 2 (PP2A). Dodatek je povzročil, da se je število povezav Tob-2A zmanjšalo. Pri iskanju kinaz, ki fosforilirajo protein Tob, so se osredotočili na kinazo LimK, saj se sintetizira le v sinapsah in je potrebna za njihovo oblikovanje. Dokazali so, da gre pri nastanku oligomerov Orb2 za součinkovanje med proteinom Tob, kinazo LimK in fosfatazo PP2A. Kako se podatki shranjujejo v spomin je zapleten proces, vendar raziskovanje biokemijskih reakcij nudi možnosti za zdravljenje neozdravljivih bolezni živčevja.

== 7.4. ==

=== Božin Krstanoski: Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih ===

Kljub sodobni tehnologiji so razlitja nafte še vedno pogosta težava za oceane. Zaradi kompleksne strukture molekule nafte lahko čiščenje razlitja traja tudi mesece ali leta, kar pa je zelo škodljivo za morsko okolje. Znanstveniki so ugotovili, da si je narava sposobna sama pomagati ob nesrečah kot so razlitja nafte - z morskimi bakterijami. Poznamo tri vrste bakterij, ki pripomorejo k bioremediaciji - bakterije, ki proizvajajo kislino in so anaerobne, bakterije, ki zmanjšujejo sulfate ter splošne aerobne bakterije. Najnovejše raziskave pa kažejo, da je mogoče s pravo mero vzpodbude povzročiti, da so te bakterije pri bioremediaciji še bolj učinkovite. Ugotovili so, da so bakterije pri poskusih, ko so imele dovolj zalog nutrientov kot so fosfati in dušik dosegle večjo in bolj učinkovito razgradnjo nafte. Najpomembnejša morska bakterija, ki je sposobna razgradnje nafte je Alcanivorax borkumensis. A. borkumensis primarno uporablja alkane kot vir energije, vendar lahko prebavi tudi nekatere druge organske spojine. Ko uporablja alkane za vir energije, vsaka celica A. borkumensis tvori biosurfaktant na svoji površini, ki je dodatna plast, ki nastane ob celični membrani. Snovi, ki sestavljajo biosurfaktant znižajo površinsko napetost vode, kar pripomore k boljši razgradnji nafte. Druga pomembna morska bakterija, ki je pomembna ob razlitjih nafte, je Oleispira antarctica. Ker je ta bakterija psihrofil, je sposobna preživeti ekstremne pogoje, kot so nizke temperature in je zato zelo učinkovita pri bioremediaciji v polarnih morjih. Odkritje Oleispire antarctice je zelo pomembno, saj nam je njihova ekološka tekmovalnost v hladnih okoljih odprla nove poti za iskanje biotehnoloških rešitev za zmanjšanje onesnaževanja v polarnih morjih.

=== Amadeja Lapornik: Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov ===

Koagulacija je proces pri katerem v krvi nastajajo strdki. Strjevanje krvi je pomemben mehanizem odziva na poškodbe, saj strdki ob raztrganju stene žil preprečijo uhajanje krvi. Tromboza je nastanek krvnega strdka (trombusa) v žili, kar onemogoča normalen pretok krvi po krvožilnem sistemu. Najpogostejši vzroki za nastanek venske tromboze so poškodbe žilnih sten in upočasnitve toka krvi na mestu poškodbe, dolgotrajna nepremičnost, rakava in internistična obolenja. Najpomembnejši encim, ki je regulator hemostaze (proces, zaustavljanja krvavitve) je trombin. Je encim, ki se nahaja v krvni plazmi, spada v skupino serin proteaz. V članku so predvidevali, da je možno odkrivanje krvnih strdkov (in s tem nevarnost tromboze) s posebnimi nanodelci. Kot pomoč za zgodnje odkrivanje nevarnih bolezni so znanstveniki razvili beljakovinske substrate, ki so občutljivi na proteaze in jih poimenovali sintezni biomarkerji. Predpostavili so, da so sintezni biomarkerji oblikovani za preiskovanje notranjosti žil, zaznavanje aktivnosti proteaze in posledično odkrivanja zasnov akutne tromboze. V raziskavi so znanstveniki uporabili fluorescenčno spektroskopijo in encimskoimunski test (ELISA), ki se uporablja za detekcijo protiteles ali antigenov v vzorcu. Takšen način testiranj lahko odkriva zgodnje nevarnosti bolezni, ki se nahajajo globoko v telesu, kot so pljuča. Testiranja omogočajo analizo urina za kvantitativno oceno količine krvnih strdkov, ki bremenijo žilo.

=== Angela Mihajloska: Proteine,ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju ===
Gonoreja (lat. gonorrhoea) ali kapavica je močno razširjena spolno prenosljiva bolezen, ki se večinoma prenaša s spolnim stikom in jo povzroča gonokok, kateri nastane na sluznicah spolovil gnojno vnetje z gnojnim izločkom. Bacterija Neisseria gonorrhoeae (GC) najpogoste se prenese iz enega partnerja na drugega med spolnim odnosom preko semenske oziroma vaginalne tekočine pri nezaščitenih spolnih odnosih in večinoma prizadane spolne organe.Znanstveniki so odkrili nove proteine v ali na površini bakterije, ki povzroča gonorejo. Ti ponujajo obetavne novi pogled za napada proti spolne bolezne, ki imajo se večjo odpornost na antibiotike. Samo tretja generacija cefalosporinskih antibiotih še vedno povejo dobro učinkovitost proti gonoreji, ustvarjajo teki s časom, da bi našli nekaj alternativni način za zdravljenje te bolezni, ki imajo resne posledice za zdravje.So odkrili skupno 22 različite proteinov. Med temi proteinov ki so prikazani podobno obilje v štirih GC sevov, 32 so bili ugotovljeni v obeh celične ovojnice in membranske mehurčke frakciji.
Osredotočiti na eno od njih, in homolog protein zunajne membrane LptD, smo dokazali da je njena izčrpavanje povzrčil izgubo GC.

=== Domagoj Majić: Low vitamin D levels raise anemia risk in children ===
Low levels of the “sunshine” vitamin D appear to increase a child’s risk of anemia, according to new research. The study is believed to be the first one to extensively explore the link between the two conditions in children.

== 14.4. ==

=== Peter Pečan: Reprogramiranje kožnih celic v srčne ===
Srčni zastoj, ki je v razvitem svetu med glavnimi razlogi za smrt, povzroči pri osebah, ki ga preživijo, izgubo ali okvaro srčnega tkiva. Kljub napredkom na področju biomedicine, je vračanje funkcionalnosti poškodovanemu srčnemu tkivu precejšen izziv. Napredki na področju induciranih pluripotentnih matičnih celic (angl. »induced pluripotent stem cell«) so vzpodbudili raziskovanje možnosti reprogramiranja enga tipa celice v drugega, ne da bi pri tem šle skozi pluripotentno stanje; ta proces se imenuje transdiferenciacija. Postopek obeta možnost popravkov poškodovanih srčnih celic brez povečanega tveganja za nastanek tumorjev, povezanega s pluripotentnimi celicami pri terapiji z zamenjavo celic in/ali pri in vivo regeneraciji s pomočjo reprogramiranja. Čeprav do zdaj znani načini, ki uporabljajo več genskih faktorjev (med 4 in 7), dokazujejo možnost reprogramiranja, takšne genske manipulacije prinašajo številne težave, predvsem na področju varnosti in učinkovitosti. Poleg tega bi bilo za učinkovitejšo uporabo transdiferencialne terapije potrebno zmanjšati ali pa povsem odstraniti potrebo po genski manipulaciji. To bi lahko dosegli z zamenjavo transkripcijskih faktorjev s tako imenovanimi majhnimi molekulami (angl. »small molecules«), ki bi lahko ustvarile pogoje za reprogramiranje z enim samim transkripcijskim faktorjem.

=== Živa Moravec: Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv ===
Znanstveniki se že leta trudijo ustvariti umetna tkiva, ki bi bila čim bolj podobna pravim. Če želijo to doseči, morajo biti umetno ustvarjeni tkivni konstrukti sestavljeni iz treh glavnih komponent – celic, zunajceličnega matriksa in žil, ki morajo biti urejene v pravilne geometrijske vzorce. Verjetno najpomembnejše je ožiljenje tkiva. Če žilno omrežje manjka, bo slej ko prej prišlo do razvoja nekrotičnega jedra zaradi odsotnosti učinkovitega dotoka hranil, rastnih in signalnih faktorjev ter odvajanja odvečnih produktov. V študiji, predstavljeni v članku, so razvili novo metodo 3D biotiskanja, ki omogoča izdelovanje tkiv, opremljenih z žilami, več tipi celic naenkrat in zunajceličnim matriksom. Za te potrebe so razvili tiskalnik s štirimi neodvisnimi tiskalnimi šobami in več črnil, glede na različne lastnosti posameznih glavnih komponent: za izdelavo ožilja so razvili začasno podporno črnilo na osnovi praška Pluronic F127, za izdelavo zunajceličnega matriksa in črnila, ki so ga uporabili kot nosilec celic, pa so sintetizirali gelatin metakrilat. Z uporabo teh črnil so najprej natisnili več vzorčnih 1D, 2D in 3D omrežij, s katerimi so posnemali osnovne strukture v tkivih, nato so se osredotočili na endotelizacijo žilnih sten, pri čemer so v vzorec tkiva injicirali raztopino človeških endotelnih celic. Kot zadnjo in najbolj kompleksno strukturo so natisnili model tkiva iz štirih plasti, v katerega so vključili dva tipa celic (človeške in mišje). Taka tridimenzionalna okolja odpirajo nove možnosti testiranja zdravil in raziskave na več medicinskih področjih, z nadaljnjimi izboljšavami pa bi lahko ta tehnika vodila tudi do proizvodnje funkcionalnih tridimenzionalnih tkiv, morda tudi organov.

== 5.5 ==

=== Jure Zadravec: Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke ===

CA125 in CA72-4 spadata v družino glikoliziranih proteinov z visoko molekulsko maso in se pogosto uporabljata kot tumorska označevalca pri diagnozi raka jajčnikov ter raka želodca. Zadnje raziskave pa so pokazale, da omenjena označevalca igrata pomembno vlogo tudi pri diagnosticiranju raka trebušne slinavke. Ker je pri tem raku razpoložljivost podatkov o tumorskih označevalcih omejena, je bil cilj te raziskave ugotoviti klinično vlogo CA19-9 (specifičen za raka trebušne slinavke), CA125 in CA72-4 ter povezavo z mednarodno klasifikacijo tumorjev - TNM (Tumor Node Metastasis). Z imunoradiometrično metodo so merili koncentracijo tumorskih označevalcev pri pacientih z rakom ter pri pacientih z benignimi spremembami na trebušni slinavki. Rezultati so pokazali občutno višje koncentracije označevalcev pri pacientih z rakom v primerjavi s tistimi z benignimi spremembami. Raziskavo so zaključili z ugotovitvijo, da odkrivanje s kombinacijo označevalcev CA19-9 in CA72-4 močno izboljša specifičnost diagnoze.

=== Tomaž Žagar: Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti ===

Za normalno delovanje večceličnega organizma je potrebno, da se celice delijo in rastejo kontrolirano, ker drugače lahko to privede razvoja raka. Celice pa so tekom evolucije razvile nekatere mehanizme, s katerimi lahko samo sebe pokončajo/razgradijo, če prejmejo signal, da je čas da propadejo. Ta mehanizma sta avtofagija in apoptoza. Signali pa lahko pridejo od zunaj ali od znotraj. Če pridejo od znotraj, se vežejo na mitohondrijsko membrano in začnejo proces celične smrti. Ključna proteina, ki uravnavata celično smrt sta protein Bcl-2 in protein NAF-1. Prvi protein ima med drugim na svoji površini dve domeni. Ena inhibira, druga pa inducira apoptozo. Protein NAP-1 se lahko veže na katerokoli izmed dome, res pa je, da se močneje veže na dome, ki inhibira apoptozo. Kljub temu, da natančen mehanizem še ni poznan, so se raziskovalci odločili raziskati kje se proteina vežeta in kakšne so posledice vezave na aktivnost proteinov. S tem so hoteli ustvariti temelje za bodoče raziskave na področju odkrivanja zdravila proti raku, saj se je izkazalo, da je pri rakastih celicah povečano število NAF-1 proteinov.

=== Tjaša Sorčan: Posamezni Iks kanali na površini srčnih celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti ===

Da se naše srce lahko krči in razteza, potrebujemo posebne IKS kanale, ki se nahajajo na površini srčnih celic. Sestavljata jih dva proteina: E1, katerega število je bilo do nedavnega neznano, in Q1, za katerega vemo da tvori poro s štirimi podenotami. Kljub temu da Q1 lahko sam tvori napetostno odvisni kalijev kanal, pa je nujno potreben tudi E1, ker nadzira kinetiko prehoda, površinsko izražanje, kako so celice regulirane z zdravili, napetostno odvisnost, enotno prevodnost in farmakologijo nastalih kompleksov. Njuno razmerje se ne spreminja, tudi če povečamo ali znižamo raven le enega proteina. V članku sta opisani dve nasprotujoči raziskavi. Prva pripada Morinu in Kobertzu, ki sta s pomočjo škorpijonovega strupa CTX in njegove povezave s E1 določila dve podenoti. Nasprotovala pa jima je raziskava Nakajo et al. , ki je zagovarjala spreminjajočo stehiometrijo med dvema in štirimi E1 podenotami. Vendar naj bi bile njegove domneve napačne, kar so tudi dokazali z fotobeljenjem z enim fluorescenčnim delčkom na površini žive celice sesalca. Demonstrirali so tri spektroskopske metode štetja in za oceno rezultatov uporabili dva statistična pristopa. Te so dokazale, da posamezni IKS kanali na površini celic sesalca res vsebujejo le in samo dve E1 podenoti.

=== Fran Krstanović: Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV ===

HIV is an incurable disease that attacks our immune system leaving it shattered. One of the many ways of transmission is with breastfeeding from a HIV-1 positive mother,but not all of the children get effected. Breast milk is full of healthy benefits such as antibodies that help babies build their own immune system. A study at Duke Medical Science has found a protein(TNC) that is responsible for repression of HIV-1 and the explanation why a higher rate of children are not effected via breastfeeding.Further studies will show if TNC neutralizing characteristics could be used as a breakthrough in HIV-prevention therapy if given orally to infants prior to breastfeeding.

== 12.5. ==

=== Hasiba Kamenjaković: Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije ===
Bolezni uporabe opioidov so najhitreje rastoča vrsta težav z drogami . Po mnenju raziskovalcev , veliko od trenutne izpostavljenosti opioidov je povezana z eksplozijo široko dostopna , močnih protibolečinskih zdravil na recept , ki imajo enak učinek v možganih kot heroin . Čeprav je veliko koristi od znatnega lajšanje bolečin in izboljšanje kakovosti življenja , opioidi na recept, zdaj ubil več ljudi kot heroin in kokain skupaj. Raziskovalci so ugotovili , da medtem ko razširjena, je zasvojenost marginalizirana kot ga določa ločeno od drugih bolezni, socialni problem , z ovirami za zdravljenje , od strogih meril za vstop v omejene razpoložljivosti zdravljenja.

Tudi so opisal potrebo po celovitem preprečevanju, diagnostiko in zdravljenje kampanjo za boj proti prevelik odmerek , skupaj s standardno -of- nego modele zdravljenja , ki temeljijo na obstoječih dokazov . Predlagajo, več izobraževanja za medicinske stroke in da izobraževalni viri za zasvojenost v medicinsko usposabljanje se na par z drugih kroničnih bolezni . Prav tako, kot s HIV / AIDS , bolniki , ki trpijo zaradi odvisnosti bi morali biti vključeni v oblikovanje in izvajanje programov in izdelkov , namenjenih , da jim služi .

===Primož Tič: Regeneracija osterelega priželjca z enim samim transkripcijskim faktorjem===
Priželjc je zelo pomemben člen našega imunskega sistema, saj proizvaja T-celice, ki nevtralizirajo antigene. S staranjem pride do naravnega procesa involucije, kjer pride do degeneracije strukture in odpovedi funkcij priželjca. To ima negativni učinek na imunski sistem, saj je osebek manj odziven na nove antigene in se z njimi težje spopada. Znanstvenikom je uspelo s prekomernim stimuliranjem oziroma izražanjem posebne oblike mišjega gena FOXN1 (FOXN1ER) s tamoksifenom obnoviti strukturo in funkcije priželjca. Preko enega samega transkripcijskega faktorja jim je uspelo regenerirati celoten organ ''in vivo'' do skoraj enake mere, kot ga najdemo v mladih miših. Povečano število proteinov FOXN1ER je vplivalo na transkripcijo genov, ki so vpleteni v cikel celične delitve, tako se je zakrneli organ obnovil s proliferacijo TEC celic (thymic epithelial cell). Raziskava je tudi pokazala, da se z obnovo priželjca poveča število T-celic in s tem izboljša imunski sistem. Rezultati bi lahko pomagali pri zdravljenju bolnikov, ki imajo šibek imunski sistem ali okvare priželjca. Dejstvo, da lahko z enim transkripcijskim faktorjem obnoviš celoten organ pa odpira nova vprašanja na področju regenerativne biologije, kjer bi lahko na podoben način poskusili regenerirati tudi ostale organe.

===Enja Kokalj: Celice onemogočijo popravljanje DNA med mitozo zaradi spajanja telomer===
Za obstoj vsakega posameznega organizma je bistveno, da se njegove celice neprestano delijo. Mitoza je delitev celic, pri kateri iz ene celice nastaneta dve genetsko enaki celici. Dedna informacija se prenaša iz ene generacije v drugo v molekulah DNA, zato je ključnega pomena, da je njihovo podvojevanje brezhibno. Vendar pa je DNA znotraj naših celic neprestano izpostavljena številnim škodljivim vplivom, ki na njej povzročajo napake, te pa celica neprestano popravlja. Ena izmed izredno nevarnih poškodb DNA je pretrganje obeh verig (angl. Double-strand break) saj lahko to vodi do premestitev znotraj genoma. Kljub temu, da je nenehna skrb za dobro stanje DNA ena izmed najpomembnejših nalog celice, pa je bilo ugotovljeno, da je popravljanje pretrganj obeh verig med mitozo zaustavljeno. Za sprožitev popravljanja DNA sta pomembna predvsem proteina RNF8 in MDC1, ki omogočata delovanje BRCA1 in 53BP1, ki po različnih mehanizmih popravljata nastalo škodo. V naravnih okoliščinah je to delovanje onemogočeno, znanstvenikom pa je uspelo celico z umetno kombinacijo proteinov in mutiranih vezavnih mest na njih takorekoč prisiliti v popravljanje pretrganih verig med mitozo. Rezultati so pokazali, da to vodi do spajanja sestrskih telomer, posledica tega pa je anevploidija, to je povečanje ali zmanjšanje števila kromosomov, kar pa za celico nikakor ni ugodno.

===Valentina Levak: Protein Juno je receptor proteina Izumo1 in potreben za fertilizacijo===
Fertilizacija (oploditev) pomeni združitev moške in ženske spolne celice, pri čemer nastane zigota, zarodek. Proces je zahtevnejši, kot izgleda na prvi pogled, saj se morata spolni celici najprej ''najti'' (kemotaksija), nato povezati in nazadnje spojiti. Članek obravnava drugi korak, in sicer kako se celici povežeta preko proteinov na površini membrane. Leta 2005 so odkrili protein Izumo1 na spermalni celici, leta 2014 pa še protein Juno, receptorski protein Izuma1 na jajčni celici. Rezultati raziskave 2005 so pokazali, da je Izumo1 nujno potreben za fertilizacijo, izsledki zadnje raziskave pa, da je za fertilizacijo prav tako esencialen tudi protein Juno, da interagirata neposredno, da so ženski osebki brez Juna neplodni, rezultati pa namigujejo tudi na to, da je Juno povezan s kortikalno reakcijo in nastankom protispermalnega bloka, ki prepreči polispermijo in posledično odmrtje zarodka. Raziskovalci ocenjujejo, da bi lahko z nadaljnjim delom na tem področju tudi s pomočjo zadnjih odkritij razvili nove možnosti zdravljenja neplodnosti in nove oblike kontracepcije. Raziskava je potekala na inštitutu Wellcome Trust Sanger.

TBK2014-seminar

2014-05-03T14:11:00Z

ValentinaLevak: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prištejeh končnipisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Črt Kovač||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C4.8Crt_Kova.C4.8D:_Naslov_v_sloven.C5.A1.C4.8Dini Naslov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/06/130627142551.htm link]||03.03.||06.03.||10.03.||Liza Otorepec||Marija Srnko||Luka Dejanović
|-
| Bine Tršavec||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Bine_Tršavec:_Stikalo,_ki_pove,_da_je_čas_za_spanje Stikalo, ki pove, da je čas za spanje]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219124730.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec||Katja Malovrh
|-
| Jernej Vidmar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jernej_Vidmar:_Boljša_slikovna_obdelava_z_nanozamrzovanjem Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140226133000.htm Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec
|-
| Ernest Šprager||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ernest_Sprager:_ Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev]||[http://www.pnas.org/content/early/2014/02/06/1322937111.full.pdf+html Povezava]||03.03.||06.03.||10.03.||Tamara Božič||Nives Mikešić||Ana Kompan
|-
| Andrej Žulič|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Andrej_.C5.BDuli.C4.8D:_Prva_umetna_celica_z_delujo.C4.8Dimi_organeli Prva umetna celica z delujočimi organeli] || [http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140114091707.htm Povezava] ||10.03.||13.03.||17.03.||Črt Kovač||Liza Otorepec||Marija Srnko
|-
| Urška Černe||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Ur.C5.A1ka_.C4.8Cerne:_Boj_imunskega_sistema_proti_malariji Boj imunskega sistema proti malariji]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140113154225.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Bine Tršavec||Naida Hajdarević||Eva Škrjanec
|-
| Tadej Ulčnik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tadej_Ul.C4.8Dnik:_Prisotnost_proteinov_UCP_dolo.C4.8Da_metabolizem_celice Prisotnost proteinov UCP določa metabolizem celice] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304071208.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar||Vesna Podgrajšek
|-
| Jerneja Kocutar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Kocutar:_Odziv_celic_na_stresne_situacije Odziv celic na stresne situacije]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140228103435.htm Povezava]||10.03.||13.03.||17.03.||Ernest Šprager||Tamara Božič||Nives Mikešić
|-
| Hrvoje Malkoč||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hrvoje_Malkoč:_Adsorbcija_mielinskega_bazičnega_proteina_na_membrane_mielinskih_lipidnih_dvoslojev Adsorbcija mielinskega bazičnega proteina na membrane mielinskih lipidnih dvoslojev]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140225143937.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Andrej Žulič||Črt Kovač||Liza Otorepec
|-
| Janja Krapež||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Janja_Krape.C5.BE:_Nanopore_omogo.C4.8Dajo_transport_DNA_skozi_membrane Nanopore omogočajo transport DNA skozi membrane]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131023090540.htm Povezava]||17.03.||20.03.||24.03.||Urška Černe||Bine Tršavec||Naida Hajdarević
|-
| Inge Sotlar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Inge_Sotlar:_CPEB_proteini_oblikujejo_dolgoročni_spomin CPEB proteini oblikujejo dolgoročni spomin]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140211174613.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar||Nuša Kelhar
|-
| Monika Pepelnjak||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Monika_Pepelnjak:_Odpornost_tumorjev_na_kemoterapijo Odpornost tumorjev na kemoterapijo]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131202094320.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager||Tamara Božič
|-
| Jerneja Ovčar||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jerneja_Ov.C4.8Dar:_Vztrajno_zavezujo.C4.8D_mehanizem_za_vizualni_nadzor_gibanja Vztrajno zavezujoč mehanizem za vizualni nadzor gibanja]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140313123139.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič||Črt Kovač
|-
| Anja Tanšek||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Anja_Tan.C5.A1ek:_Potrditev_klju.C4.8Dne_beljakovine_odgovorne_za_razre.C5.A1itev_skrivnosti_mitoze Potrditev ključne beljakovine odgovorne za razrešitev skrivnosti mitoze]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140218101018.htm Povezava]||24.03.||27.03.||31.03.||Janja Krapež||Urška Černe||Bine Tršavec
|-
| ||||||24.03.||27.03.||31.03.||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik||Jernej Vidmar
|-
| Angela Mihajloska||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Angela_Mihajloska:_Proteine.2Cki_so_odkriti_v_gonoreje_lahko_ponudijo_novi_pristop_k_zdravljenju Proteine ki so odkriti v gonoreje lahko ponudijo novi pristop k zdravljenju]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331131010.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar||Ernest Šprager
|-
| Božin Krstanoski||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Božin_Krstanoski:_Uporaba_bakterij_pri_naftnih_razlitjih Uporaba bakterij pri naftnih razlitjih]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140310090615.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč||Andrej Žulič
|-
| Domagoj Majić||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Domagoj_Maji.C4.87:_Low_vitamin_D_levels_raise_anemia_risk_in_children Low vitamin D levels raise anemia risk in children]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021155625.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Tanšek||Janja Krapež||Urška Černe
|-
| Amadeja Lapornik||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Amadeja_Lapornik:_Nanodelci,_ki_omogočajo_zgodnje_odkrivanje_krvnih_strdkov Nanodelci, ki omogočajo zgodnje odkrivanje krvnih strdkov]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131016123038.htm Povezava]||31.03.||03.04.||07.04.||Anja Šantl||Inge Sotlar||Tadej Ulčnik
|-
| Peter Pečan|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Peter_Pe.C4.8Dan:_Reprogramiranje_ko.C5.BEnih_celic_v_sr.C4.8Dne, Reprogramiranje kožnih celic v srčne]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140220132202.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak||Jerneja Kocutar
|-
| Živa Moravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#.C5.BDiva_Moravec:_Klju.C4.8Den_korak_naprej_pri_tiskanju_3D_tkiv, Ključen korak naprej pri tiskanju 3D tkiv]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/02/140219095501.htm Povezava]||07.04.||10.04.||14.04.||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar||Hrvoje Malkoč
|-
| Tjaša Sorčan||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Tja.C5.A1a_Sor.C4.8Dan:_Posamezni_Iks_kanali_na_povr.C5.A1ini_sr.C4.8Dnih_celic_sesalcev_vsebujejo_dve_KCNE1_podenoti, Posamezni Iks kanali na površini celic sesalcev vsebujejo dve KCNE1 podenoti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140304141740.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Domagoj Majić||Anja Tanšek||Janja Krapež
|-
| Tomaž Žagar|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Toma.C5.BE_.C5.BDagar:_Klju.C4.8Dna_proteina_pri_uravnavanju_celi.C4.8Dne_smrti Ključna proteina pri uravnavanju celične smrti]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140327140059.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Amadeja Lapornik||Anja Šantl||Inge Sotlar
|-
| Fran Krstanović|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Fran_Krstanovi.C4.87:_Breast_milk_protein_may_be_key_to_protecting_babies_from_HIV Breast milk protein may be key to protecting babies from HIV] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2013/10/131021153200.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Peter Pečan||Angela Mihajloska||Monika Pepelnjak
|-
| Jure Zadravec|| [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Jure_Zadravec:_Vloga_tumorskih_ozna.C4.8Devalcev_CA19-9.2C_CA125_in_CA72-4_pri_diagnozi_raka_trebu.C5.A1ne_slinavke Vloga tumorskih označevalcev CA19-9, CA125 in CA72-4 pri diagnozi raka trebušne slinavke]||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140121164754.htm Povezava]||21.04.||24.04.||05.05.||Živa Moravec||Božin Krstanoski||Jerneja Ovčar
|-
| Primož Tič||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140408115610.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić||Anja Tanšek
|-
| Valentina Levak||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140416133253.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik||Anja Šantl
|-
| Enja Kokalj||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140331084008.htm Povezava]||05.05.||08.05.||12.05.||Fran Krstanović||Peter Pečan||Angela Mihajloska
|-
| Hasiba Kamenjaković||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/TBK2014_Povzetki_seminarjev#Hasiba_Kamenjaković:_Podobnosti_med_HIV./.AIDS.opioidne_odvisnosti_epidemije Podobnosti med HIV / AIDS, opioidne odvisnosti epidemije] ||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/04/140401162205.htm Povezava]|| 05.05.||08.05.||12.05.||Jure Zadravec||Živa Moravec||Božin Krstanoski
|-
| Luka Dejanović||||||12.05.||15.05.||19.05.||Primož Tič||Tjaša Sorčan||Domagoj Majić
|-
| Katja Malovrh||||||12.05.||15.05.||19.05.||Valentina Levak||Tomaž Žagar||Amadeja Lapornik
|-
| Nina Mavec||||||12.05.||15.05.||19.05.||Enja Kokalj||Fran Krstanović||Peter Pečan
|-
| Anja Šantl||||||12.05.||15.05.||19.05.||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec||Živa Moravec
|-
| Marija Srnko||||||19.05.||22.05.||26.05.||Luka Dejanović||Primož Tič||Tjaša Sorčan
|-
| Eva Škrjanec||||||19.05.||22.05.||26.05.||Katja Malovrh||Valentina Levak||Tomaž Žagar
|-
| Vesna Podgrajšek||||[http://www.sciencedaily.com/releases/2014/01/140130210734.htm Povezava]||19.05.||22.05.||26.05.||Nina Mavec||Enja Kokalj||Fran Krstanović
|-
| Nives Mikešić||||||19.05.||22.05.||26.05.||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković||Jure Zadravec
|-
| Liza Otorepec||||||26.05.||29.05.||02.06.||Marija Srnko||Luka Dejanović||Primož Tič
|-
| Naida Hajdarević||||||26.05.||29.05.||02.06.||Eva Škrjanec||Katja Malovrh||Valentina Levak
|-
| Nuša Kelhar||||||26.05.||29.05.||02.06.||Vesna Podgrajšek||Nina Mavec||Enja Kokalj
|-
| Tamara Božič||||||26.05.||29.05.||02.06.||Nives Mikešić||Ana Kompan||Hasiba Kamenjaković
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2013. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2014 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
* TBK_2014_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2014_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2014_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2014_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2014_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2014_Guncar_Gregor.pptx

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1oW_38CbGfOhTcS8zqMEFvdAOS66yRtDMd_e52uoUYLw/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1XbEJ2iXlXsT3b7-jpM3pCGQazdIwskieL07-vBmRU8k/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.