Wiki FKKT - User contributions [en]

Talk:Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru

2021-05-16T11:11:42Z

VeronikaB:

*'''Rebeka Jerina''': Uvod, Nsp15 kot sestavni del CoV replikaznega poliproteina, Odkrivanje EndoU aktivnosti, Nsp15 je U-specifična endoribonukleaza
*'''Ela Bizjak''': Struktura nsp15, Vloga pri replikaciji, Delovanje aktivnega mesta, Inhibitorji
*'''Veronika Bračič''': Uvod, Nsp15 kot antagonist IFN, Aktivacija različnih signalnih poti, Posredovanje nsp15 pri izogibu gostiteljevega odziva

Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru

2021-05-16T11:11:12Z

VeronikaB:

==Uvod==
Koronavirusi so znani po tem, da so uspešni v izogibanju gostiteljevemu nativnemu imunskemu sistemu. To se kaže v komaj zaznavnem interferonskem odzivu v prvih urah po okužbi, obenem pa je močno olajšana tudi vzpostavitev virusne replikacije. Izogib primarnemu imunskemu sistemu temelji na odstranjevanju dsRNA, ki bi sicer aktivirala citoplazemske gostiteljske senzorje.

Koronavirusna endonukleaza (EndoU) je nestrukturni protein 15 (nsp15), kodiran v odprtem bralnem okvirju ORF1b virusnega genoma. Prvotno je bil nsp15 opredeljen kot sestavi del virusnega replikacijsko-transkripcijskega kompleksa, vendar so nadaljnje biokemijske in strukturne študije razkrile encimsko (endonuklezano) aktivnost nsp15. Zadnje raziskave pa kažejo, da EndoU sodeluje pri izogibanju prepoznavanja virusne dvoverižne RNA in s tem preprečevanju aktivacije gostiteljskega imunskega odziva.

==Nsp15 kot sestavni del CoV replikaznega poliproteina==
Nsp 15 je sestavni del CoV replikaznega poliproteina pp1ab. Pri SARS-CoV-2 nsp15 sestavlja 346 aminokislinskih ostankov, ki se nahajajo na regiji 6453–6798 AK-ostanka. Protein nastane s proteolitično cepitvijo poliproteina s 3C-like proteazo (3CLpro), ki tvori približno 50kDa velik produkt.

==Odkrivanje EndoU aktivnosti==
Ko je bil CoV potrjen kot etiološki SARS, so raziskovalci začeli intenzivno preučevati genomska zaporedja različnih virusov. S poravnavo genomskih zaporedij 3' terminalne regije ORF1b so ugotovili, da ima CoV nsp15 (EndoU domena) zelo podobno zaporedje kot poli(U)- specifična endoribonukleaza iz organizma ''Xenopus laevis''. Iz tega so sklepali, da bi tudi CoV nsp15 lahko imela endoribonukleazno aktivnost.

Do takrat je bila EndoU domena značilna le za viruse iz rodu ''Nidovirales'', v kasnejših raziskavah pa so odkrili, da je slednja prisotna tudi pri članih družine ''Arteriviridae''. Najnovejše raziskave pa so pokazale, da prisotnost domene EndoU ni univerzalna pri vseh nidovirusih. Najdemo jo le pri nidovirusih, ki okužijo vretenčarje, vključno s koronavirusi (CoV) in arterivirusi, medtem ko nidovirusi žuželk in ronivirusi, ki okužijo nevretenčarje, nimajo zapisa za EndoU domeno.

==Nsp15 je U-specifična endoribonukleaza==
Raziskave EndoU aktivnosti SARS-CoV nsp15 ''in vitro'' so potrdile napovedano ribonukleazno aktivnost proteina, saj so pokazale, da slednji lahko cepi le enoverižno (ss) in dvoverižno (ds) RNA, ter nobene izmed DNA molekul. Potrdile so tudi, da je encim endonukleaza in ne eksonukleaza, saj kovalentne modifikacije 5' ali 3' koncev RNA substratov niso vplivale na delovanje encima; nsp 15 je kljub modificiranim koncem še vedno cepil RNA.

Prav tako so biokemijski eksperimenti pokazali, da nsp15 prednostno cepi RNA substrate na 3' koncu uridinov, iz česar izhaja tudi njeno ime EndoU (''Uridylate-specific endoribonuclease''), ki kaže na njeno specifičnost cepitve. Nsp15 s cepitvijo uravnava dolžino poliuridinov, ki jih najdemo na 5' koncu negativne verige RNA, in tako omogoči virusu, da se izogne aktivaciji imunskega odziva gostitelja.

Strukturne analize pa so pokazale, da je nsp15 v raztopini lahko prisotna bodisi kot monomer ali heksamer, kjer slednji predstavlja aktivno obliko EndoU. Za aktivnost EndoU je torej ključna heksamerizacija nsp15. Poleg tega, nsp15 za aktivno konformacijsko obliko potrebuje kofaktorje, ki jih predstavljajo dvovalentni kovinski ioni (Mn+2).

==Struktura nsp15==
EndoU je v aktivna le v heksamerni obliki, sestavljata pa jo dva trimera. Monomer, velik 47,9 kDa je razdeljen na N-končno domeno, pomembno za sestavo heksamera, srednjo variabilno domeno in C-končno domeno, na kateri se nahaja katalitično mesto. Ob oligomerizaciji se N-končne domene poravnajo v sredini proteina, kjer oblikujejo negativno nabiti kanal, C-končne domene pa so na zunanji površini proteina. Heksamer je velik 252 kDa. Hkrati je aktivnih vseh 6 aktivnih mest, ker pa se ta nahajajo na zunanji površini proteina in blizu stika posameznih protomerov, lahko predvidevamo, da je aktivnost alosterično kontrolirana.
Struktura je zelo podobna strukturi nsp15 mišjega hepatitisa (MHV), razlikujeta se v osrednji domeni, kjer ima MHV nsp15 daljšo povezovalno zanko, na kateri se nahaja signalno zaporedje za pakiranje proteina, tudi brez nje pa je protein funkcionalen.
Podobno vlogo kot nsp15 pri koronavirusih ima nsp11 pri arterivirusih, se pa ti po strukturi popolnoma razlikujejo. Nsp11 nima srednje domene, tudi N-končih domen ne moramo poravnati, edina podobnost pa je zgradba aktivnega mesta. Poleg tega nsp11 oblikuje asimetrične oligomere.

==Vloga pri replikaciji==
Ker se EndoU nahaja ob podvajajoči se RNA, so sprva sklepali, da ima ključno vlogo pri replikaciji. Ob analizi neaktivnih mutantov nsp15, ki so imeli na replikacijo virusa zanemarljiv učinek, so ugotovili, da nanjo ne vpliva direktno, kvečjemu posredno. Mutant, ki je replikacijo CoV 229E v celičnih kulturah popolnoma ustavil, je imel aspartat na mestu 229 zamenjan z alaninom. Do defekta najverjetneje pride zaradi porušitve sekundarne strukture proteina.

==Delovanje aktivnega mesta==
V aktivnem mestu na C-končni domeni se nahajajo tri aminokisline, ki encimu omogočajo funkcionalnost in specifičnost. Trojica dveh histidinov in lizina je dobro ohranjena med ostalimi koronavirusnimi nsp15, pa tudi med ostalimi celičnimi endoribonukleazami. Zaradi tega lahko predvidimo podoben mehanizem delovanja, kot ga ima RNaza A. Tako bi encim kataliziral dvostopenjsko reakcijo, v kateri najprej tvori ciklični 2'3'-fosfat in ga nato hidrolizira v 3'-fosfat. Pri tem prvi histidin tvori vodikovo vez s fosfatom in sproži transestrifikacijo, drugi histidin deluje kot baza in tvori vodikovo vez z 2'OH skupino in jo s tem aktivira za nukleofilni napad, lizin pa stabilizira deprotonacijo 2'O. V drugem koraku histidina obrneta vloge.

==Inhibitorji==
Na nsp15 so testirali učinek inhibitorjev znanih za RNazo A, ti pa niso dali enotnih rezultatov. Najbolj obetavne rezultate je pokazala obdelava s Kongo rdečo, kar nakazuje, da bi inhibitorje RNaze A lahko uporabili za uravnavo virusne EndoU aktivnosti v gostitelju.

==Nsp15 kot antagonist IFN==
Nsp15 SARS-CoV lahko deluje kot antagonist interferonov (IFN), kar pomeni, da zavira signalno pot preko IFN in prepreči aktivacijo naravnega imunskega sistema. Ker je nsp15 del virusnega replikacijsko-transkripcijskega kompleksa, je endoribonukleazna aktivnost močno regulirana med virusno replikacijo.

Endoribonukleazna aktivnost je ključna za izogibanje gostiteljevim senzorjem. Koronavirusi, ki so mutirani tako, da nimajo endoribonukleazne aktivnosti, se imunskemu odzivu ne uspejo izogniti. Okužba celic s tako mutiranimi virusi stimulira makrofage, ki izhajajo iz kostnega mozga (BMDM). Ti makrofagi proizvedejo veliko količino IFN v primerjavi z divjim tipom virusa (WT), replikacija virusov pa je omejena. Glavne tri posledice okužbe z mutiranim virusom so povišana raven IFN, zmanjšana raven translacije virusa in smrt okuženih makrofagov.

==Aktivacija različnih signalnih poti==
Mutiran virus lahko aktivira tri različne signalne poti.
Prva pot poteka preko MDA5 – to je RIG-u I podoben receptor, C terminalna domena receptorja pa deluje kot prepoznavna domena za dsRNA. Aktiviran MDA5 protein interagira z mitohondrijskimi antivirusnimi signalnimi proteini, kot rezultat pa dobimo fosforilirana interferonska regulatorna faktorja 3 in 7 (IRF3 in IRF7), ki se preneseta v celično jedro ter inducirata transkripcijo interferonskih genov.
Naslednja signalna pot deluje preko PKR. To je z dsRNA aktivirajoča se proteinska kinaza, ki služi kot senzor dsRNA v celici. Aktivirana PKR fosforilira evkariontski iniciacijski faktor 2α (eIF2α), ki inhibira translacijo gostiteljeve in virusne mRNA. Makrofagi, okuženi z mutiranim virusom, ki ni imel EndoU aktivnosti, so kazali višje ravni fosforiliranega eIF2α in nižjo raven translacije v primerjavi z divjim tipom virusa.
Zadnja pa je OAS-RNaza L signalna pot. OAS je družina 2',5' – oligoadenilat sintetaz, ki ob aktivaciji z interferoni sintetizirajo 2',5'-oligoadenilate (2-5A). Ti se vežejo na RNazo L, ki deluje kot glavna ribonukleaza in povzroča razgradnjo gostiteljevih ter virusnih RNA.

==Posredovanje nsp15 pri izogibu gostiteljevega odziva==
Najverjetnejši način delovanja nsp15 je razgradnja dsRNA. Ta predstavlja obvezen replikacijski intermediat pozitivnih ssRNA virusov, služi pa tudi kot pomemben s patogenom povezan molekulski motiv (PAMP) v citoplazmi okuženih celic. Mutiran virus, ki ne vsebuje EndoU aktivnosti, ne more cepiti nastajajoče dsRNA. Nsp15-posredovana cepitev ne zmanjša količine celokupne dsRNA v celici, ampak povzroči hidrolizo daljših dsRNA, da nastanejo dovolj kratke, ki se izognejo zaznavi gostiteljevih senzorjev.

==Literatura==

1. Deng X, Baker SC. An “Old” protein with a new story: Coronavirus endoribonuclease is important for evading host antiviral defenses. Virology. 2018;517: 157–163. doi:10.1016/j.virol.2017.12.024

2. Pillon MC, Frazier MN, Dillard LB, Williams JG, Kocaman S, Krahn JM, et al. Cryo-EM structures of the SARS-CoV-2 endoribonuclease Nsp15 reveal insight into nuclease specificity and dynamics. Nat Commun. 2021;12: 636. doi:10.1038/s41467-020-20608-z

3. Snijder EJ, Decroly E, Ziebuhr J. The Nonstructural Proteins Directing Coronavirus RNA Synthesis and Processing. Advances in Virus Research. Elsevier; 2016. pp. 59–126. doi:10.1016/bs.aivir.2016.08.008

4. Deng X, Hackbart M, Mettelman RC, O’Brien A, Mielech AM, Yi G, et al. Coronavirus nonstructural protein 15 mediates evasion of dsRNA sensors and limits apoptosis in macrophages. Proc Natl Acad Sci USA. 2017;114: E4251–E4260. doi:10.1073/pnas.1618310114

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru

2021-05-15T09:30:37Z

VeronikaB:

Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru

2021-05-15T09:28:46Z

VeronikaB:

Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru

2021-05-15T09:27:47Z

VeronikaB:

Talk:Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru

2021-05-15T09:25:17Z

VeronikaB: New page: *'''Rebeka Jerina''': *'''Ela Bizjak''': *'''Veronika Bračič''': Uvod, Nsp15 kot antagonist IFN, Endoribonukleazna aktivnost (EndoU), Aktivacija različnih signalnih poti, Posredovanje n...

*'''Rebeka Jerina''':
*'''Ela Bizjak''':
*'''Veronika Bračič''': Uvod, Nsp15 kot antagonist IFN, Endoribonukleazna aktivnost (EndoU), Aktivacija različnih signalnih poti, Posredovanje nsp15 pri izogibu gostiteljevega odziva

Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru

2021-05-15T09:23:17Z

VeronikaB:

Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru

2021-05-15T09:22:40Z

VeronikaB:

==Uvod==

==Nsp15 kot antagonist IFN==
Nsp15 SARS-CoV lahko deluje kot antagonist interferonov (IFN), kar pomeni, da zavira signalno pot preko IFN in prepreči aktivacijo naravnega imunskega sistema. Ker je nsp15 del virusnega replikacijsko-transkripcijskega kompleksa, je endoribonukleazna aktivnost močno regulirana med virusno replikacijo.

==Endoribonukleazna aktivnost (EndoU)==
Endoribonukleazna aktivnost je ključna za izogibanje gostiteljevim senzorjem. Koronavirusi, ki so mutirani tako, da nimajo endoribonukleazne aktivnosti, se imunskemu odzivu ne uspejo izogniti. Okužba celic s tako mutiranimi virusi stimulira makrofage, ki izhajajo iz kostnega mozga (BMDM). Ti makrofagi proizvedejo veliko količino IFN v primerjavi z divjim tipom virusa (WT), replikacija virusov pa je omejena. Glavne tri posledice okužbe z mutiranim virusom so povišana raven IFN, zmanjšana raven translacije virusa in smrt okuženih makrofagov.

==Aktivacija različnih signalnih poti==
Mutiran virus lahko aktivira tri različne signalne poti.
Prva pot poteka preko MDA5 – to je RIG-u I podoben receptor, C terminalna domena receptorja pa deluje kot prepoznavna domena za dsRNA. Aktiviran MDA5 protein interagira z mitohondrijskimi antivirusnimi signalnimi proteini, kot rezultat pa dobimo fosforilirana interferonska regulatorna faktorja 3 in 7 (IRF3 in IRF7), ki se preneseta v celično jedro ter inducirata transkripcijo interferonskih genov.
Naslednja signalna pot deluje preko PKR. To je z dsRNA aktivirajoča se proteinska kinaza, ki služi kot senzor dsRNA v celici. Aktivirana PKR fosforilira evkariontski iniciacijski faktor 2α (eIF2α), ki inhibira translacijo gostiteljeve in virusne mRNA. Makrofagi, okuženi z mutiranim virusom, ki ni imel EndoU aktivnosti, so kazali višje ravni fosforiliranega eIF2α in nižjo raven translacije v primerjavi z divjim tipom virusa.
Zadnja pa je OAS-RNaza L signalna pot. OAS je družina 2',5' – oligoadenilat sintetaz, ki ob aktivaciji z interferoni sintetizirajo 2',5'-oligoadenilate (2-5A). Ti se vežejo na RNazo L, ki deluje kot glavna ribonukleaza in povzroča razgradnjo gostiteljevih ter virusnih RNA.

==Posredovanje nsp15 pri izogibu gostiteljevega odziva==
Najverjetnejši način delovanja nsp15 je razgradnja dsRNA. Ta predstavlja obvezen replikacijski intermediat pozitivnih ssRNA virusov, služi pa tudi kot pomemben s patogenom povezan molekulski motiv (PAMP) v citoplazmi okuženih celic. Mutiran virus, ki ne vsebuje EndoU aktivnosti, ne more cepiti nastajajoče dsRNA. Nsp15-posredovana cepitev ne zmanjša količine celokupne dsRNA v celici, ampak povzroči hidrolizo daljših dsRNA, ki so dovolj kratke, da se izognejo zaznavi gostiteljevih senzorjev.

==Literatura==

1. Deng X, Baker SC. An “Old” protein with a new story: Coronavirus endoribonuclease is important for evading host antiviral defenses. Virology. 2018;517: 157–163. doi:10.1016/j.virol.2017.12.024

2.

3.

4. Deng X, Hackbart M, Mettelman RC, O’Brien A, Mielech AM, Yi G, et al. Coronavirus nonstructural protein 15 mediates evasion of dsRNA sensors and limits apoptosis in macrophages. Proc Natl Acad Sci USA. 2017;114: E4251–E4260. doi:10.1073/pnas.1618310114

Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru

2021-05-15T09:14:38Z

VeronikaB:

==Uvod==

==1==

==2==

==3==

==4==

==Literatura==

1. Deng X, Baker SC. An “Old” protein with a new story: Coronavirus endoribonuclease is important for evading host antiviral defenses. Virology. 2018;517: 157–163. doi:10.1016/j.virol.2017.12.024

2.

3.

4. Deng X, Hackbart M, Mettelman RC, O’Brien A, Mielech AM, Yi G, et al. Coronavirus nonstructural protein 15 mediates evasion of dsRNA sensors and limits apoptosis in macrophages. Proc Natl Acad Sci USA. 2017;114: E4251–E4260. doi:10.1073/pnas.1618310114

Molekularna biologija koronavirusov

2021-05-15T09:13:54Z

VeronikaB:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2020/21 obravnavajo sorazmerno ozko področje koronavirusov, vendar je to glede na pandemijo virusa SARS-CoV-2 zelo aktualna tema in zato smiselna, da jo podrobneje obdelamo. Za seminarje sem določil 15 poglavij, ki temeljijo na vsaj enem preglednem članku, objavljenem od leta 2015 naprej. Ti članki naj vam bodo izhodišče za pripravo, dopolnite pa jih z novejšimi podatki, predvsem glede povzročitelja bolezni kovid-19.

Vsako poglavje obdelajo praviloma trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja v obsegu 1200-1500 besed in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.

Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-22 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! Glede vsebine predstavitve se posvetujte s kolegi, ki bodo predstavljali sorodna poglavja, tako da bo čim manj prekrivanj.

Seminarji se bodo začeli 4.5.2021 po razporedu, ki bo objavljen v spletni učilnici.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Odgovori na vprašanja iz snovi seminarjev predstavljajo ~10 % končnih točk izpita (2-3 vprašanja od ~30).

Poglavja za seminarje so:
# Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/)
# Molekularni vidiki koronavirusov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32661197/)
# Način pakiranja RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31505321/)
# Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25736566/)
# Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31967327/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32833200/)
# Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26958916/)
# Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28643204/)
# Natančnost replikacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21593585/)
# Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26847650/)
# Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22535777/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712623/)
# Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27384577/)
# Nekodirajoče RNA in SARS-koronavirusi ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7761185/)
# Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25432065/
# Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29307596/)
# Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32272173/)
----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja, tako kot je prikazano pri izmišljenem ničtem seminarju.
Seminarje bomo izvedli v enakem vrstnem redu, kot so navedeni zgoraj.

0. Analiza koronavirusov v Gallusovi dvorani Cankarjevega doma (Jasna Briški, Timi Pegan, Sanja Todorović) 

# [[Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija]] (Nikola Janakievski, Stefanija Ivanova) 
# [[Molekularni vidiki koronavirusov]] (Neža Leskovar, Iva Matić, Anja Moškrič) 
# [[Način pakiranja RNA pri koronavirusih]] (Timotej Sotosek, Erik Putar, Eva Vene) 
# [[Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA]] (Špela Kladnik, Nika Malečkar, Eva Kanalec)
# [[Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih]] (Luka Šegota, Maruša Sernc, Luka Stanković)
# [[Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih]] (Jakob Tomšič, Ana Pervanja, Zala Perko)
# [[Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA]] (Nika Bedrač, Tinkara Božič, Maja Kobal) 
# Natančnost replikacije koronavirusne RNA (Evgen Kozole, David Verdel, Petra Sintič)
# [[Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA]] (Nika Perko, Gregor Strniša, Nika Tomsič)
# [[Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov]] (Bor Krajnik, Aljaž Simonič, Luka Hafner)
# [[Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih]] (Aleksandra Rauter, Nika Banovšek, Laura Unuk)
# [[Nekodirajoče RNA in SARS-koronavirusi]] (Jan Bregar, Ajda Beltram)
# Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (Srna Anastasovska, Mateja Milosevic)
# [[Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru]] (Veronika Bračič, Ela Bizjak, Rebeka Jerina)
# Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (Manca Pirc, Vid Dobrovoljc, Rahela Repina)

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na tem, drugem, seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki> . Zgornji seznam bo po zaključku seminarjev izbrisan. Vire boste navedli na koncu vsakega povzetka, zato za serijo seminarjev ne bodo več pomembni.

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)

Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru

2021-05-15T09:12:53Z

VeronikaB: New page: ==Uvod== ==UPR in možni mehanizem stresa na ER, ki ga povzroča koronavirus== ==p38 MAPK in Sars-CoV-2== ==JNK in Sars-CoV== ==Kako koronavirusi uravnavajo translacijo== ==Literat...

==Uvod==

==UPR in možni mehanizem stresa na ER, ki ga povzroča koronavirus==

==p38 MAPK in Sars-CoV-2==

==JNK in Sars-CoV==

==Kako koronavirusi uravnavajo translacijo==

==Literatura==

1. Deng X, Baker SC. An “Old” protein with a new story: Coronavirus endoribonuclease is important for evading host antiviral defenses. Virology. 2018;517: 157–163. doi:10.1016/j.virol.2017.12.024

2.

3.

4. Deng X, Hackbart M, Mettelman RC, O’Brien A, Mielech AM, Yi G, et al. Coronavirus nonstructural protein 15 mediates evasion of dsRNA sensors and limits apoptosis in macrophages. Proc Natl Acad Sci USA. 2017;114: E4251–E4260. doi:10.1073/pnas.1618310114

Molekularna biologija koronavirusov

2021-03-26T10:52:29Z

VeronikaB:

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2020/21 obravnavajo sorazmerno ozko področje koronavirusov, vendar je to glede na pandemijo virusa SARS-CoV-2 zelo aktualna tema in zato smiselna, da jo podrobneje obdelamo. Za seminarje sem določil 15 poglavij, ki temeljijo na vsaj enem preglednem članku, objavljenem od leta 2015 naprej. Ti članki naj vam bodo izhodišče za pripravo, dopolnite pa jih z novejšimi podatki, predvsem glede povzročitelja bolezni kovid-19.

Vsako poglavje obdelajo praviloma trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja v obsegu 1200-1500 besed in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja najkasneje 24 h pred začetkom seminarjev. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'.

Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-22 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni, če to ni nujno zaradi povezave z biokemijskimi značilnostmi virusov! Glede vsebine predstavitve se posvetujte s kolegi, ki bodo predstavljali sorodna poglavja, tako da bo čim manj prekrivanj.

Seminarji se bodo začeli 4.5.2021 po razporedu, ki bo objavljen v spletni učilnici.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Odgovori na vprašanja iz snovi seminarjev predstavljajo ~10 % končnih točk izpita (2-3 vprašanja od ~30).

Poglavja za seminarje so:
# Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30531947/)
# Molekularni vidiki koronavirusov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32661197/)
# Način pakiranja RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31505321/)
# Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25736566/)
# Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31967327/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32833200/)
# Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26958916/)
# Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28643204/)
# Natančnost replikacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21593585/)
# Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26847650/)
# Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22535777/ in https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712623/)
# Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27384577/)
# RNA-elementi s cis-regulacijsko aktivnostjo pri koronavirusih (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27712622/)
# Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25432065/
# Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29307596/)
# Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32272173/)
----

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja, tako kot je prikazano pri izmišljenem ničtem seminarju.
Seminarje bomo izvedli v enakem vrstnem redu, kot so navedeni zgoraj.

0. Analiza koronavirusov v Gallusovi dvorani Cankarjevega doma (Jasna Briški, Timi Pegan, Sanja Todorović) 

# Patogeni koronavirusi: izvor in evolucija (Nikola Janakievski, Stefanija Ivanova, )
# Molekularni vidiki koronavirusov (Neža Leskovar, Iva Matić, Anja Moškrič)
# Način pakiranja RNA pri koronavirusih (Timotej Sotosek, Erik Putar, Eva Vene)
# Struktura in funkcija končnih zaporedij koronavirusne genomske RNA (Špela Kladnik, Nika Malečkar, Eva Kanalec)
# Struktura genoma in replikacija RNA pri koronavirusih (Luka Šegota, Maruša Sernc, Luka Stanković)
# Kontinuirna in diskontinuirna sinteza RNA pri koronavirusih (Jakob Tomšič, Ana Pervanja, Zala Perko)
# Vloga gostiteljskih faktorjev pri replikaciji koronavirusne RNA (Nika Bedrač, Tinkara Božič, Maja Kobal)
# Natančnost replikacije koronavirusne RNA (Evgen Kozole, David Verdel, Petra Sintič)
# Mehanizmi dodajanja kape in metilacije koronavirusne RNA (Nika Perko, Gregor Strniša, Nika Tomsič)
# Translacijski procesi pri sintezi koronavirusnih proteinov (Bor Krajnik, Aljaž Simonič, Luka Hafner)
# Odgovor na stres in uravnavanje translacije pri koronavirusih (Aleksandra Rauter, Nika Banovšek, Katharina Carola Pavlin)
# RNA-elementi s cis-regulacijsko aktivnostjo pri koronavirusih (Jan Bregar, Ajda Beltram)
# Vloga nestrukturnega proteina 1 pri izražanju genov ob okužbi s koronavirusom (Srna Anastasovska, Mateja Milosevic)
# Vloga koronavirusne endonukleaze pri izogibanju protivirusnemu odgovoru (Veronika Bračič, Ela Bizjak, Rebeka Jerina)
# Mehanizem fuzije koronavirusne membrane kot tarča za protivirusna zdravila (Manca Pirc, Vid Dobrovoljc, Rahela Repina)

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na tem, drugem, seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: <nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki> . Zgornji seznam bo po zaključku seminarjev izbrisan. Vire boste navedli na koncu vsakega povzetka, zato za serijo seminarjev ne bodo več pomembni.

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

#[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Herpesvirusi_in_sorodni_dsDNA_virusi Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi] (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)