Wiki FKKT - User contributions [en]

Seminarji SB 2019/20

2020-05-18T20:58:38Z

Vid Modic:

V študijskem letu 2019/20 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

1 [[Robustno večcelično računanje z uporabo gensko kodiranih vrat NE-ALI in kemičnih 'žic']] (Tanja Zupan) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_%C5%A1inorina%2C_naravne_za%C5%A1%C4%8Dite_pred_soncem%2C_z_uporabo_cianobakterije Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije] (Tina Turel) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije Prenos informacije med bakterijami v sesalskem črevesju z uporabo sistema zaznavanja gostote populacije] (Anže Jenko) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinhronizirani_cikli_lize_bakterijskih_celic_za_in_vivo_dostavo_terapevtikov Sinhronizirani cikli lize bakterijskih celic za ''in vivo'' dostavo terapevtikov](Milica Janković) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintezna_pot_fiksacije_ogljikovega_dioksida Sintezna pot fiksacije ogljikovega dioksida] (Ana Obaha) 
6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_brezcelično_sintezno_biologijo_na_osnovi_E.coli Sistem za brezcelično sintezno biologijo na osnovi ''E.coli''] (Ajda Lenardič) 
7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Engineering_Customized_Cell_Sensing_and_Response_Behaviors_Using_Synthetic_Notch_Receptors Engineering Customized Cell Sensing and Response Behaviors Using Synthetic Notch Receptors] (Jelena Štrbac) 
8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Programabilni_enocelični_sesalski_bioračunalniki Programabilni enocelični sesalski bioračunalniki] (Andreja Habič) 
9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_sistema_s_proteinskimi_logi%C4%8Dnimi_vrati_na_povr%C5%A1ini_lipidnih_membran Priprava sistema s proteinskimi logičnimi vrati na površini lipidnih membran] (Uroš Prešern) 
10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kompleksno_celi%C4%8Dno_logi%C4%8Dno_ra%C4%8Dunanje_z_RNA-napravami Kompleksno celično logično računanje z RNA-napravami] (Peter Škrinjar) 
11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Daljinsko_upravljanje_s_sesalskimi_celicami%2C_na_podlagi_temperaturno_reguliranih_genetskih_stikal_s_svetlobno-toplotnimi_utripi Daljinsko upravljanje s sesalskimi celicami, na podlagi temperaturno reguliranih genetskih stikal s svetlobno-toplotnimi utripi] (Luka Gregorič) 
12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Komunikacija_na_osnovi_DNA_v_populacijah_sinteticnih_protocelic Komunikacija na osnovi DNA v populacijah sintetičnih protocelic] (Urban Hribar) 
13 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovanje_mikrobnih_konzorcijev_z_dolo%C4%8Denimi_dru%C5%BEbenimi_interakcijami Načrtovanje mikrobnih konzorcijev z določenimi družbenimi interakcijami] (Jerneja Nimac) 
14 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Orodje_za_modularno_sestavljanje_večgenskih_konstruktov_v_kvasovki: Sistem za modularno sestavljanje večgenskih konstruktov v kvasovki] (Katja Doberšek) 
15 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Genetski_programi_zgrajeni_iz_več_plasti_logičnih_vrat_v_posameznih_celicah Genetski programi zgrajeni iz več plasti logičnih vrat v posameznih celicah] (Daria Latysheva) 
16 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularni_klonirni_sistem_MoClo_za_biološko_sintezo_v_mikroalgi_C._reinhardtii Modularni klonirni sistem MoClo za biološko sintezo v mikroalgi ''C. reinhardtii''] (Veronika Razpotnik) 
17 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vpliv_sinteznih_metabolnih_poti_glikolata_na_produktivnost_rastlin Vpliv sinteznih metabolnih poti glikolata na produktivnost rastlin] (Ines Medved) 
18 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/A_synthetic_biology_approach_to_transform_Yarrowia_Lypolytica_into_a_competitive_biotechnological_producer_of_%CE%B2-carotene: A synthetic biology approach to transform Yarrowia Lypolytica into a competitive biotechnological producer of β-carotene] (Željka Erić) 
19 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEenirsko_pripravljeni_promotorji%2C_ki_omogo%C4%8Dajo_izra%C5%BEanje_ne_glede_na_%C5%A1tevilo_kopij Inženirsko pripravljeni promotorji, ki omogočajo izražanje ne glede na število kopij] (Benjamin Malovrh) 
20 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Shranjevanje_digitalnih_podatkov_v_DNA Shranjevanje digitalnih podatkov v DNA] (Samo Purič) 
21 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Robusten_in_občutljiv_sintetični_senzor_za_spremljanje_transkripcijskega_izhoda_signalne_mreže_citokininov_in_planta Robusten in občutljiv sintetični senzor za spremljanje transkripcijskega izhoda signalne mreže citokininov in planta] (Andrej Race) 

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETEXE_-_sistem_za_filtracijo_mikroplastike_v_pralnih_strojih PETEXE - sistem za filtracijo mikroplastike v pralnih strojih]
(Lana Vogrinec) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Magi.Coli:_sinteza_psilocibina_s_pomo%C4%8Djo_E.coli Magi.Coli: sinteza psilocibina s pomočjo ''E.coli''] (Luka Lavrič) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SONOBE_-_proteinski_sistem_za_agregacijo_mikroplastike SONOBE - proteinski sistem za agregacijo mikroplastike] (Vesna Podgrajšek) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_real_MVP:_ekspresijski_sistem_za_pripravo_modularnih_virusom_podobnih_delcev The real MVP: ekspresijski sistem za pripravo modularnih virusom podobnih delcev] (Žiga Vičič) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BI%28OIL%29OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi BI(OIL)OGICAL FACTORY - sistem za proizvodnjo sestavin palmovega olja v mikroalgi](Dunia Sahir) 
6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka Antihipertenzivni probiotik - nov pristop zniževanja krvnega tlaka] (Nika Testen) 
7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ProQuorum:_probiotik_kot_zdravilo_proti_okužbi_s_C._difficile ProQuorum: probiotik kot zdravilo proti okužbi s ''C. difficile''] (Ana Maklin) 
8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ALiVE_%E2%80%93_analiza_%C5%BEivih_celic_z_vezikularnim_izvozom ALiVE – analiza živih celic z vezikularnim izvozom] (Sara Korošec) 
9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NoTox_%E2%80%93_sistem_za_prepre%C4%8Devanje_botulinskih_izbruhov NoToX-sistem za preprečevanje botulinskih izbruhov] (Patricija Miklavc) 
10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/To_bee...Hornet_to_bee,_ali_uporaba_bakterij_za_boj_proti_invazivni_vrsti To bee...Hornet to bee, ali uporaba bakterij za boj proti invazivni vrsti] (Primož Bembič) 
11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BNU-_Kitajska:_in%C5%BEenirski_%C4%8Drevesni_mikrobi_za_zmanj%C5%A1evanje_debelosti BNU- Kitajska: inženirski črevesni mikrobi za zmanjševanje debelosti] (Sara Jereb) 
12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/HyDRA_%E2%80%93_detekcija_vodika HyDRA – detekcija vodika] (Andrej Ivanovski) 
13 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/MESH_-_Raz%C5%A1irljiv_enkapsulinski_sistem_za_uporabo_v_zdravstvu MESH - Razširljiv enkapsulinski sistem za uporabo v zdravstvu] (Vid Modic) 

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

----

Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu so možni največ 4 seminarji; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar):

15.4. 
1 Tanja Zupan 
2 Lana Vogrinec 
3 Luka Lavrič 
4 Vesna Podgrajšek 

21.4. 
1 Žiga Vičič 
2 Tina Turel 
3 Anže Jenko 
4 Dunia Sahir 

22.4. 
1 Milica Janković 
2 Nika Testen 
3 Ana Obaha 
4 Ana Maklin 

5.5. 
1 Ajda Lenardič 
2 Jelena Štrbac 
3 Andreja Habič 
4 Uroš Prešern 

6.5. 
1 Sara Korošec 
2 Peter Škrinjar 
3 Luka Gregorič 
4 Urban Hribar 

12.5. 
1 Jerneja Nimac 
2 Katja Doberšek 
3 Daria Latysheva 
4 Veronika Razpotnik 

13.5. 
1 Ines Medved 
2 Željka Erić 
3 Patricija Miklavc 
4 Benjamin Malovrh 

19.5. 
1 Samo Purič 
2 Sara Jereb 
3 Primož Bembič 
4 Andrej Race 

20.5. 
1 
2 Vid Modic 
3 Andrej Ivanovski 
4 Maja Globočnik 

26.5. 
1 Nika Zaveršek 
2 Janina Gea Cvikl 
3 Katja Malenšek 
4 

27.5. Rezervni termin 
1 
2 
3 
4

MESH - Razširljiv enkapsulinski sistem za uporabo v zdravstvu

2020-05-18T20:56:48Z

Vid Modic: New page: [https://2019.igem.org/Team:UCL MESH]<ref>''MESH''. iGEM 2019 team UCL. https://2019.igem.org/Team:UCL.</ref> je nagrajeni projekt študentske ekipe UCL iz Anglije na tekmovanju iGEM 2019....

[https://2019.igem.org/Team:UCL MESH]<ref>''MESH''. iGEM 2019 team UCL. https://2019.igem.org/Team:UCL.</ref> je nagrajeni projekt študentske ekipe UCL iz Anglije na tekmovanju iGEM 2019.

Avtor povzetka: Vid Modic

=='''Ideja'''==
Idejo je študentska ekipa dobila zaradi potreb zdravsta po sistemih za dostavljanje zdravil, s katerimi bi lahko zmanjšali stranske učinke pri zdravljenju raka, kot je kemoterapija, in s tem povečali učinkovitost zdravljenja. Večina do sedaj razvitih dostavljalnih sistemov ima eno ali več pomanjkljivosti, kot so: toksičnost, imunogenost, nizka nosilnost zdravilnih učinkovin in sposobnost sprostitve nosilnega tovora ali visoki proizvodni stroški. Tekom raziskav dostavnih sistemov so odkrili bakterijske mikrokompartmente v katerih bakterije shranjujejo encime za lokalizacijo presnovnih reakcij. Navdihnjeni zaradi stabilnosti in vsestranskosti v njihovih aplikacijah so poskušali raziskati, kako lahko uporabijo takšne bakterijske razdelke za reševanje trenutnih težav z dostavnimi sistemi zdravil in ustvarijo takšen sistem na eleganten in učinkovit način.
Zato so se odločili za razvoj sistema za dostavo zdravil, ki temelji na samodejno sestavljajočih se bakterijskih nanodelcih, imenovanih enkapsulini. Za funkcionalizacijo teh dostavnih veziklov so jih združili z Designed Ankyrin Repeat Proteins (DARPins). V enkapsuline so vstavili citotoksično vsebino oziroma tovor, ki bo ob internalizaciji enkapsulina prekinila delovanje celic. Kot dokaz so sistem preizkusili na celicah raka dojke SK-BR-3, z DARPin929, ki se veže na pretirano izražene HER2 receptorje.

===Lastnosti enkapsulinov===

Enkapsulini, ki so jih uporabili za dostavni sistem, so iz bakterij ''Thermotoga maritima''. Za razliko od drugih dostavnih načinov, kot so virusni delci, so enkapsulini pH odporni, termostabilni in neimunogeni. Glavni razlog, ki so ga navedli za izbiro enkapsulinov kot dostavnega sistema je njihova zmožnost samosestavljanja ''in-vivo'' in ''in-vitro''.

===DARPini===

So proteini narejeni z tehnologijo genetskega inženirstva in imajo zelo visoko specifičnost do tarčnih proteinov. So oponaševalci monoklonskih protiteles, ki se lahko izrazijo v bakterijskih gostiteljih. Ko so pritrjeni na enkapsulin, DARPini olajšajo njihovo internalizacijo s selektivno endocitozo, ki jo posredujejo receptorji tarčnih celic<ref> Plückthun, A.: Designed ankyrin repeat proteins (DARPins): binding proteins for research, diagnostics, and therapy. ''Annu Rev Pharmacol Toxicol.'' '''2015''', ''55'', 489-511. </ref>.

===Citotoksični tovor enkapsulinov===

Na podlagi predhodnih raziskav so se odločili za uporabo fotosezibilnih proteinov miniSOG. Proteini miniSOG ob prisotnosti bele svetlobe sprožijo nastanek reaktivnih kisikovih zvrsti in tako ubijejo tarčne celice. Z usmeritvijo svetlobe samo na območje tumorja lahko zagotovimo lokalizirano zdravljenje in tako zmanjšamo možne neželjene učinke na zdrave celice, s čimer zagotovimo večjo varnost pred trenutno dostopnimi načini zdravljenja.

=='''Izboljšave obstoječih biokock'''==

Enkapsuline iz Thermotoga maritima je uporabila že ekipa EPFL iz 2018 tekmovanja iGEM za razvoj proteinske kletke pri zdravljenju raka ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K2686002 BBa_K2686002]). Njihova Biokocka ni vsebovala ([http://parts.igem.org/wiki/index.php/Part:BBa_K2686001 BBa_K2686001]) heksahistidinskega zaporedja, ki izboljša stabilnost enkapsulina pri višjih temperaturah. Zato je bilo potrebno eksperimentalno preveriti, če uporaba heksahistidinskega linkerja vstavljenega med ostankoma 43 in 44 (GGGGGGHHHHHHGGGGG), izboljša termično stabilnost proteinske kletke ter, če omogoča čiščenje proteinske kletke z uporabo postopka toplotnega čiščenja. Izkazalo se je, da z vstavitvijo heksahistidinskega zaporedja niso vplivali na termično stabilnost in tako s postopkom toplotnega čiščenja ni bilo mogoče izolirati čistih enkapsulinov.
Zato so testirali izražanje obeh biokock v E. coli BL21(DE3) in ugotovili, da je nastanek enkapsulinov in-vivo oviran zaradi agregacije proteinskih monomerov pri različnih proizvodnjih temperaturah (37ºC in 18ºC). To je bilo razvidno iz SDS-PAGE analize topne, netopne in toplotno očiščene frakcije celičnega lizata, ker so bili monomeri enkapsulina skoncentrirani v netopni frakciji kljub temu da so temperaturo znižali iz 37ºC na 18ºC, ki je bolj ugodna za izražanje proteinov.
Nato so z metodo dinamičnega sipanja svetlobe ugotovili, da sta obe biokocki izraženi in vivo ter sta nesposobni sestavlanja kletke zaradi nizke topnosti monomerov enkapsulina. Enkapsulinski monomeri T. martima se samosestavijo v kletke z premerom 20-24nm. Ampak pri tej velikosti ni bilo nobenega signala pri obeh temperaturah (37ºC and 18ºC). Zaznati pa je bilo le monomere (~ 1 nm premer) in agregate (> 100 nm). Tako so ugotovili, da monomeri, ki so kodirani z (BBa_K2686001) in BBa_K2686002 niso topni in vivo in ne morejo sestaviti kletke.
Predvidevali so, da je problem v prisotnosti drugih bakterijskih proteinov, ki so tudi stabilni pri temperaturi čiščenja in bi se tako lahko izolirali skupaj z enkapsulini, kar jim posledično zmanjša topnost. Izkazalo se je, da to drži, ker so bili na SDS-PAGE prisotni tudi drugi proteini.
Za odpravitev problema so se odločili za dodatno izboljšavo biokocke in zato dodali StrepII oznako ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K3111103 BBa_K3111103]), ki bi omogočila izolacijo enkapsulinov z uporabo afinitetne kromatografije.
Po namnoževanju izboljšanih delov z StrepII oznako (StrepII-tag) so izvedli SDS-page in opazili boljšo topnost proteinov. Vendar je bilo videti, da je proteinski konstrukt še vedno netopen pri 37ºC (A). Analizirali so topne frakcije z metodo dinamičnega sipanja svetlobe in opazili željene vrhove pri 20 nm, ki kažejo na prisotnost enkapsulinov. Analize vzorcev pripravljenih z izboljšano biokocko so potrdile, da so nastali enkasulini zmožni samosestavljanja ''in vivo''.

=='''Proizvodnja'''==

Predhodne raziskave so pokazale, da se enkapsuline zlahka in upešno proizvaja v bakterijskih celicah, zato se je ekipa odločila za proizvodnjo enkapsulin-DARPin dostavnega sistema v E. coli BL21(DE3). Tekom eksperimentov so ves čas hkrati uporabljali tudi mezenhimske matične celice (MSC) kot kontolo, ker te ne vsebujejo receptorjev HER2 na katere se proteini DARPin specifično vežejo.
Najprej so naredili konstrukt ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K3111501 BBa_K3111501]), kateri vsebuje T. martima enkapsulin kodirajoče zaporedje s na C-terminalnem koncu fuzirano DARPin929 kodirajočo regijo. To napravo so sklonirali v pSB1C3 plazmid in po sekvenciranju vstavili v E. coli BL21(DE3). Da so preverili, če se je enkapsulin-DARPin fuziski protein uspešno izrazil, so izvedli SDS-page. Transformirane celice so lizirali z sonifikacijo in vzorce centrifugirali ter tako ločili topno in netopno frakcijo celičnega lizata. Nato so topno frakcijo očistili z kolonsko kromatografijo. Rezultat SPS-PAGE je pokazal prisotnost enkapsulinov s površinosko izraženimi proteini DARPin.
Da so dosegli izražanje vsebine enkapsulina (miniSOG), so izkoristili kratek nativni C-terminalni tarčni peptid, ki omogoča nalaganje tovora v notranjost enkapsulinov. Na C-terminalni konec tarčnega peptida so fuzirali miniSOG preko fleksibilnega linkerja. Po transformaciji celic E. coli je sledila lizacija in analiza celičnega lizata z SDS- PAGE. Potrdili so prisotnost enkapsolin-DARPin hibridnega konstrukta (~50 kDa) in miniSOG (~15 kDa), saj so bile dobljene velikosti skladne s pričakovanimi. Ker miniSOG ne vsebuje Strep oznake, niso pričakovali prisotnosti razen, če je vezan v notranjost enkapsulina. Prav tako so prisotnost miniSOG dokazali z flourescenčno spektrometrijo, saj so zaznali flourescenco pri enkapsulinih, ki so imeli vezan miniSOG ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K3111502 BBa_K3111502])<ref> Lagoutte, P., Mignon, C., Stadthagen, G., Potisopon, S., Donnat, S., Mast, J., Lugari, A., in Werle, B.: Simultaneous surface display and cargo loading of encapsulin nanocompartments and their use for rational vaccine design. ''Vaccine''. '''2018''', ''36'', 3622-2638. </ref>.

=='''Poizkusi na sesalskih celicah'''==

Celice raka dojke SK-BR-3 so inkubirali z enkapsulin-DARPin929-miniSOG ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K3111502 BBa_K3111502]) dostavnim sistemom 30 minut in jih nato obsevali z belo svetlobo 30 minut pri 40 lumnov/cm2, da so aktivirali citotoksični efekt miniSOG. Celice so nato vizualizirali z flourescenčnim mikroskopom in opazovali internalizacijo enkapsulinov.
Iz konfokalne mikroskopije je bila vidna flourescenca miniSOG po 1h inkubacije v obeh vzorcih, kar pa ni bilo pričakovano za vzorec MSC, ker se DARPini naj nebi vezali nespecifično. Prisotnost flourescence so pripisali previsoki koncentraciji konstrukta.
Nato pa so celice obarvali z barvilom Annexin V-propidijev jodid, kar omogoča določanje celične smrti in izgubo celične viabilnosti z pretočno citometrijo. Vzporedno so delali tudi kontrolo na mezenhimskih matičnih celicah, ki nimajo HER2 receptorjev. Analiza celic z pretočno citometrijo je pokazala visok nivo apoptoze in 80% znižanje celične viabilnosti.
Zaključek:
Študentska ekipa je uspela dokazati, da njihov dostavni sistem ([http://parts.igem.org/Part:BBa_K3111503 BBa_K3111503]) uspešno targira tumorske celice, ki izražajo HER2 receptorje in jih ubije v večji meri kot mezenhimske matične celice. Dokazali so tudi, da imajo enkapsulin-DARPin dostavni sistemi visok potencial za uporabo pri zdravljenju rakavih obolenj in da jih je mogoče prilagoditi oziroma izboljšati z uporabo drugačnih enkapsulinov, proteinov DARPin in drugega citotoksičnega tovora oz. vsebine enkapsulina.

=='''Zaključek'''==

Študentska ekipa je uspela dokazati, da njihov dostavni sistem (BBa_K3111503) uspešno targira tumorske celice, ki izražajo HER2 receptorje in jih ubije v večji meri kot mezenhimske matične celice. Dokazali so tudi, da imajo enkapsulin-DARPin dostavni sistemi visok potencial za uporabo pri zdravljenju rakavih obolenj in da jih je mogoče prilagoditi oziroma izboljšati z uporabo drugačnih enkapsulinov, proteinov DARPin in drugega citotoksičnega tovora oz. vsebine enkapsulina.

== '''Viri''' ==
<references/>

Seminarji SB 2019/20

2020-05-18T20:06:40Z

Vid Modic:

V študijskem letu 2019/20 študentje 1. letnika predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 

1 [[Robustno večcelično računanje z uporabo gensko kodiranih vrat NE-ALI in kemičnih 'žic']] (Tanja Zupan) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_%C5%A1inorina%2C_naravne_za%C5%A1%C4%8Dite_pred_soncem%2C_z_uporabo_cianobakterije Proizvodnja šinorina, naravne zaščite pred soncem, z uporabo cianobakterije] (Tina Turel) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Prenos_informacije_med_bakterijami_v_sesalskem_%C4%8Drevesju_z_uporabo_sistema_zaznavanja_gostote_populacije Prenos informacije med bakterijami v sesalskem črevesju z uporabo sistema zaznavanja gostote populacije] (Anže Jenko) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sinhronizirani_cikli_lize_bakterijskih_celic_za_in_vivo_dostavo_terapevtikov Sinhronizirani cikli lize bakterijskih celic za ''in vivo'' dostavo terapevtikov](Milica Janković) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sintezna_pot_fiksacije_ogljikovega_dioksida Sintezna pot fiksacije ogljikovega dioksida] (Ana Obaha) 
6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sistem_za_brezcelično_sintezno_biologijo_na_osnovi_E.coli Sistem za brezcelično sintezno biologijo na osnovi ''E.coli''] (Ajda Lenardič) 
7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Engineering_Customized_Cell_Sensing_and_Response_Behaviors_Using_Synthetic_Notch_Receptors Engineering Customized Cell Sensing and Response Behaviors Using Synthetic Notch Receptors] (Jelena Štrbac) 
8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Programabilni_enocelični_sesalski_bioračunalniki Programabilni enocelični sesalski bioračunalniki] (Andreja Habič) 
9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_sistema_s_proteinskimi_logi%C4%8Dnimi_vrati_na_povr%C5%A1ini_lipidnih_membran Priprava sistema s proteinskimi logičnimi vrati na površini lipidnih membran] (Uroš Prešern) 
10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Kompleksno_celi%C4%8Dno_logi%C4%8Dno_ra%C4%8Dunanje_z_RNA-napravami Kompleksno celično logično računanje z RNA-napravami] (Peter Škrinjar) 
11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Daljinsko_upravljanje_s_sesalskimi_celicami%2C_na_podlagi_temperaturno_reguliranih_genetskih_stikal_s_svetlobno-toplotnimi_utripi Daljinsko upravljanje s sesalskimi celicami, na podlagi temperaturno reguliranih genetskih stikal s svetlobno-toplotnimi utripi] (Luka Gregorič) 
12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Komunikacija_na_osnovi_DNA_v_populacijah_sinteticnih_protocelic Komunikacija na osnovi DNA v populacijah sintetičnih protocelic] (Urban Hribar) 
13 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovanje_mikrobnih_konzorcijev_z_dolo%C4%8Denimi_dru%C5%BEbenimi_interakcijami Načrtovanje mikrobnih konzorcijev z določenimi družbenimi interakcijami] (Jerneja Nimac) 
14 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Orodje_za_modularno_sestavljanje_večgenskih_konstruktov_v_kvasovki: Sistem za modularno sestavljanje večgenskih konstruktov v kvasovki] (Katja Doberšek) 
15 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Genetski_programi_zgrajeni_iz_več_plasti_logičnih_vrat_v_posameznih_celicah Genetski programi zgrajeni iz več plasti logičnih vrat v posameznih celicah] (Daria Latysheva) 
16 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Modularni_klonirni_sistem_MoClo_za_biološko_sintezo_v_mikroalgi_C._reinhardtii Modularni klonirni sistem MoClo za biološko sintezo v mikroalgi ''C. reinhardtii''] (Veronika Razpotnik) 
17 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vpliv_sinteznih_metabolnih_poti_glikolata_na_produktivnost_rastlin Vpliv sinteznih metabolnih poti glikolata na produktivnost rastlin] (Ines Medved) 
18 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/A_synthetic_biology_approach_to_transform_Yarrowia_Lypolytica_into_a_competitive_biotechnological_producer_of_%CE%B2-carotene: A synthetic biology approach to transform Yarrowia Lypolytica into a competitive biotechnological producer of β-carotene] (Željka Erić) 
19 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/In%C5%BEenirsko_pripravljeni_promotorji%2C_ki_omogo%C4%8Dajo_izra%C5%BEanje_ne_glede_na_%C5%A1tevilo_kopij Inženirsko pripravljeni promotorji, ki omogočajo izražanje ne glede na število kopij] (Benjamin Malovrh) 
20 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Shranjevanje_digitalnih_podatkov_v_DNA Shranjevanje digitalnih podatkov v DNA] (Samo Purič) 
21 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Robusten_in_občutljiv_sintetični_senzor_za_spremljanje_transkripcijskega_izhoda_signalne_mreže_citokininov_in_planta Robusten in občutljiv sintetični senzor za spremljanje transkripcijskega izhoda signalne mreže citokininov in planta] (Andrej Race) 

NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.) 

1 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETEXE_-_sistem_za_filtracijo_mikroplastike_v_pralnih_strojih PETEXE - sistem za filtracijo mikroplastike v pralnih strojih]
(Lana Vogrinec) 
2 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Magi.Coli:_sinteza_psilocibina_s_pomo%C4%8Djo_E.coli Magi.Coli: sinteza psilocibina s pomočjo ''E.coli''] (Luka Lavrič) 
3 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SONOBE_-_proteinski_sistem_za_agregacijo_mikroplastike SONOBE - proteinski sistem za agregacijo mikroplastike] (Vesna Podgrajšek) 
4 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/The_real_MVP:_ekspresijski_sistem_za_pripravo_modularnih_virusom_podobnih_delcev The real MVP: ekspresijski sistem za pripravo modularnih virusom podobnih delcev] (Žiga Vičič) 
5 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BI%28OIL%29OGICAL_FACTORY_-_sistem_za_proizvodnjo_sestavin_palmovega_olja_v_mikroalgi BI(OIL)OGICAL FACTORY - sistem za proizvodnjo sestavin palmovega olja v mikroalgi](Dunia Sahir) 
6 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Antihipertenzivni_probiotik_-_nov_pristop_zni%C5%BEevanja_krvnega_tlaka Antihipertenzivni probiotik - nov pristop zniževanja krvnega tlaka] (Nika Testen) 
7 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ProQuorum:_probiotik_kot_zdravilo_proti_okužbi_s_C._difficile ProQuorum: probiotik kot zdravilo proti okužbi s ''C. difficile''] (Ana Maklin) 
8 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/ALiVE_%E2%80%93_analiza_%C5%BEivih_celic_z_vezikularnim_izvozom ALiVE – analiza živih celic z vezikularnim izvozom] (Sara Korošec) 
9 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/NoTox_%E2%80%93_sistem_za_prepre%C4%8Devanje_botulinskih_izbruhov NoToX-sistem za preprečevanje botulinskih izbruhov] (Patricija Miklavc) 
10 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/To_bee...Hornet_to_bee,_ali_uporaba_bakterij_za_boj_proti_invazivni_vrsti To bee...Hornet to bee, ali uporaba bakterij za boj proti invazivni vrsti] (Primož Bembič) 
11 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BNU-_Kitajska:_in%C5%BEenirski_%C4%8Drevesni_mikrobi_za_zmanj%C5%A1evanje_debelosti BNU- Kitajska: inženirski črevesni mikrobi za zmanjševanje debelosti] (Sara Jereb) 
12 [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/HyDRA_%E2%80%93_detekcija_vodika HyDRA – detekcija vodika] (Andrej Ivanovski) 
13 [MESH - Razširljiv enkapsulinski sistem za uporabo v zdravstvu] (Vid Modic) 

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v sredo torej v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo razprava, ki praviloma ne bo daljša od 5 minut.

----

Razpored po datumih predstavitev (pri vsakem terminu so možni največ 4 seminarji; vpišite ime in priimek pri dnevu, ko želite predstaviti seminar):

15.4. 
1 Tanja Zupan 
2 Lana Vogrinec 
3 Luka Lavrič 
4 Vesna Podgrajšek 

21.4. 
1 Žiga Vičič 
2 Tina Turel 
3 Anže Jenko 
4 Dunia Sahir 

22.4. 
1 Milica Janković 
2 Nika Testen 
3 Ana Obaha 
4 Ana Maklin 

5.5. 
1 Ajda Lenardič 
2 Jelena Štrbac 
3 Andreja Habič 
4 Uroš Prešern 

6.5. 
1 Sara Korošec 
2 Peter Škrinjar 
3 Luka Gregorič 
4 Urban Hribar 

12.5. 
1 Jerneja Nimac 
2 Katja Doberšek 
3 Daria Latysheva 
4 Veronika Razpotnik 

13.5. 
1 Ines Medved 
2 Željka Erić 
3 Patricija Miklavc 
4 Benjamin Malovrh 

19.5. 
1 Samo Purič 
2 Sara Jereb 
3 Primož Bembič 
4 Andrej Race 

20.5. 
1 
2 Vid Modic 
3 Andrej Ivanovski 
4 Maja Globočnik 

26.5. 
1 Nika Zaveršek 
2 Janina Gea Cvikl 
3 Katja Malenšek 
4 

27.5. Rezervni termin 
1 
2 
3 
4

Proizvodnja zunajceličnega matriksa

2019-04-06T16:16:29Z

Vid Modic: /* KOMPONENTE ECM V BAKTERIJSKEM BIOFILMU */

== UVOD ==
Adsorpcija bakteriofagov na gostiteljske receptorje je prvi korak v infekciji gostiteljske celice. Hkrati velja za najbolj zapleten korak, saj morajo virusi prepoznati zelo raznolike vzorce celičnih membran. Bakterije so tekom svojega razvoja razvile številne obrambne mehanizme proti adsorpciji bakteriofagov. Te obrambne mehanizme delimo v tri osnovne skupine:
*blokiranje fagoreceptorjev,
*proizvodnja zunajceličnega matriksa,
*proizvodnja inhibitorjev adhezije.
Komponente zunajceličnega matriksa (v nadaljevanju ECM) ščitijo bakterijske celice pred adsorpcijo bakteriofagov s ustvarjanjem fizične bariere
Bakterijski ECM omogoča življenjski slog bakterij, ki večinoma uspevajo v tesno zapakiranih skupnostih imenovanih biofilm. Čeprav je veliko znanega o različnih funkcijah ECM pri živalskih celicah, je bakterijski ECM še vedno manj raziskan in se običajno o njem govori v kontekstu biofilma.

== KOMPONENTE ECM V BAKTERIJSKEM BIOFILMU ==
[1]Raziskane komponente ECM so polimeri bogati z eksopolisaharidi, proteini, nukleinske kisline in lipidi.
*Eksopolisaharidi ali zunajcelični polisaharidi imajo pomembno vlogo v virulentnosti bakterij in sporulaciji. Velik delež eksopolisaharidov v svoji strukturi vsebuje celulozo in adhezijski znotrajcelični polisaharid (PIA), ki bakterijam predstavljajo zaščito pred bakteriofagi in tudi imunskim sistemom. Polimerne komponene ECM, ki vsebujejo PIA proizvajajo številne gram negativne bakterije. Med drugim Staphylococcus epidermis, S. aureus. Številne bakterijske vrste so sposobne proizvodnje raznolikih eksopolisaharidov.

*Proteinske komponente
Bakterijski funkcionalni amiloidi so netopni vlaknasti agregati proteinov, ki vsebujejo paralelne beta ploskve. V bakterijah predstavljajo ključno proteinsko enoto ECM in jih proizvajajo tako gram negativne kot pozitivne bakterije. Pri gram pozitivnih bakterijah je najpogostejši proteinski predstavnik TasA, ki ga proizvajajo Bacillus subtilis. TasA amiloidna vlakna so pritrjena na celično membrano in predstavljajo medcelično povezavo z drugimi zunajceličnimi komponentami.Vseeno amiloidi ne predstavljajo celotnega deleža proteinskih komponent v ECM. Poznamo tudi adhezine, ki so ključni v povezavi celice z medceličnim tkivom gostiteljske celice.

*Zunajcelična DNA (eDNA)
Je dvoverižna, nizkomulekularna skupina molekul z velikostjo od 0,5 do 21kb, strukturno povezanih s histoni v mono- in oligonukleosome. Velja za pomembno strukturno komponento v mnogih bakterijskih biofilmih. Dodajanje DNaze rastočemu biofilmu inhibira njegov razvoj in povzroča prekinitve v njegovi strukturi. Mlajšega nastanka kot je biofilm, bolj je občutljiv na DNaze. Kemijska vloga dolgih, nabitih molekul DNA je modeliranje lastnosti celične površine in spodbujanje adhezije med celicami samimi in z gostiteljskim tkivom. eDNA izločajo v ECM lizirane celice.

*Lipidi
ECM vsebuje tudi lipopolisaharide. Vloga katerih je navadno adhezijska. Surfaktin, viskozin, emulzan lahko dispergirajo hidrofobne substance in tako omogočijo, da so biodostopne.

*Voda
Voda predstavlja največji del ECM. Eksopolisaharidi matriksu, ki je visoko hidriran omogočajo počasnejše sušenje od okolice. Ohranjajo pa tudi strukturo matriksa ob povečani prisotnosti nevezane vode.

== SIGNALIZACIJA MED PROIZVODNJO ZUNAJCELIČNEGA MATRIKSA ==
*Signalizacija ECM ob adheziji bakterij, in začetni tvorbi biofilma[2]
Biofilm, ki ga tvorijo bakterije je pogosto pritrjen na površino. Bakterije ob pritrjevanju na površino stimulirajo signalne poti, ki so ključne za proizvodnjo ECM. Poznamo več signalnih poti, ki jih sprožijo bakterije. Bakterija Pseudomonas aeruginosa PAO1 v prisotnosti zunajceličnega polisaharida Psl ustvarja signalno pot, ki aktivira proizvodjo bis-(3´-5´)-cikličnega dimernega GMP (v nadaljevanju c-di-GMP). Ciklični dimer GMP velja za sekundarnega obveščevalca v številnih bakterijskih vrstah. Sproža tvorbo bakterijskega biofilma, iz prosto gibajočih se bakterij s onemogočanjem bakterijskega gibanja. Znotrajcelične koncentracije c-di-GMP so skrbno regulirane s strani nasprotno delujoče digvanilat ciklaze, ki proizvajajo c-di-GMP iz dveh GTP molekul, in fosfodiestraze, ki prekine vez med 5´-fosfogvanilin (3´-5´)-gvanozo.

*Signalizacija ECM med pospešeno rastjo biofilma[2]
Prisotnost velikih količin induktorja c-di-GMP sproži vezavo na represor FleQ. Kompleks se veže na operon PelA-G, kar vodi v indukcijo transkripcije zapisov za ECM. Medtem ko nizke koncentracije c-di-GMP vodijo v represijo izražanja. Prisotnost Psl vodi v naraščanje koncentracije znotrajceličnega c-di-GMP. Poleg visoke vsebnosti c-di-GMP na indukcijo proizvodnje ECM vpliva tudi parakrino delovanje samega ECM. Dejstvo, da Psl deluje tudi na površini celic omogoča, aktivacijo proizvodnje ECM v sorodnih celicah, ki ga še ne proizvajajo. Poleg lastnosti, ki so ključne pri proizvodnji ECM in s tem zunajceličnega polisaharida, Psl sodeluje tudi pri širjenju biofilma oziroma kolonizaciji novih površin. Pri čemer bakterije P aeruginosa PAO1 uporabljajo pilije. Zunajcelična DNA (v nadaljevanju eDNA) promovira celično migracijo preko ustvarjenih kanalčkov v bakterijskem biofilmu. Kar vodi v povečan volumen biofilma, saj je omogočena migracija celic preko teh kanalčkov. Celice se gibajo s pomočjo T4P in interagirajo s eDNA. Sledenje pilijev tipa 4 eDNA predstavlja usmerjeno gibanje celic in s tem povezano povečano proizvodnjo ECM na novo zasedenih območjih. V biofilmu bakterije P. aeruginosa ima eDNA poleg strukturne vloge tudi signalno.

*Signalizacija ECM med poznimi fazami biofilmskega obstoja[2]
Tekom zorenja biofilma prihaja do pomankanja hranil in akumulacije celičnih metabolitov. Bakterije, ki niso sposobne zapustiti biofilma postanejo ujete v ECM, kar vodi v njihov propad. Vendar pa bakterije same ne vedo kdaj je najbolj primeren čas za pobeg. Zato se pogosto v fazah, ko je čas za to še vedno delijo. Ob pomanjkanju hranilnih snovi in povečanju gostote ECM je za pobeg že prepozno. Celice, ki gradijo biofilm imajo na svoji površini polarne adhezijske komponente polisaharidov, ki so ključni za začetno vezavo na površino in tudi kasnejšo tvorbo biofilma ter s tem ECM. Ti adhezijski zunajcelični polisaharidi pa predstavljajo ločitveni problem za celice v poznih fazah obstoja biofilma. Celična smrt bakterij v biofilmu povzroči povečano prisotnost eDNA v okolju. Zunajcelična DNA, ki se sprošča v zunajcelično okolje, povzroča inhibicijo tvorjenja ECM tako statičnega kot na površini gibajočih se celic. Tvorbo novih filmov prepreči s vezavo na receptorje, ki so ključni za pritrditev celic na površino. S. aureus surfaktanti, tako imenovani majhni peptidi topni fenolni modulini (PSM), tvorijo amiloidna vlakna, ki imajo strukturno vlogo pri preprečevanju vezave bakterij na površino. V splošnem velja, da bakterije, ki imajo mutirane gene za izražanje PSM-jev tvorijo trdnejše, gostejše in bolj gladke biofilme.

== PREPREČEVANJE POJAVA BIOFILMOV Z UPORABO BAKTERIOFAGOV ==
Znaten delež bakterij in drugih mikroorganizmov, vključno s številnimi patogeni, obstaja kot komponenta biofilmov. Poznamo nekaj potencialnih bakterijskih virusov, znani kot fagi ali bakteriofagi, ki skupaj z različnimi encimi, ki jih kodirajo, služijo kot relativno netoksično antibiofilmsko sredstvo. Fagi imajo zato pomembno vlogo pri evoluciji bakterij, kot tudi pri globalnem biogeokemičnem kroženju ogljika in drugih elementov [3].

Vlogo fagov lahko iz te perspektive razdelimo v tri skupine:
*biomedicinska uporaba fagov,
*ekologija fagov,
*interakcija fagov z bakterijskimi biofilmi [4].
Bakteriofagi, so virusi, ki okužijo bakterije in so specifični za vrsto ali sev bakterij. So med najštevilčnejšimi in najbolj raznolikimi mikroorganizmi na planetu. Raznolikost je večinoma posledica njihovega dinamičnega prilagajanja na mehanizme rezistence, ki so prisotni v gostiteljskih bakterijah [3].
Pri odstranitvi biofilmov, fagi in njihovi encimi delujejo po treh splošnih mehanizmih:
*EPS depolimeraze, kemično degradirajo EPS, ki je komponenta zunajceličnega matriksa, vendar so ti encimi zelo specifični za vrsto EPS, ki ga napadajo. Encime, ki degradirajo polisaharide lahko klasificiramo v dve skupini:
**Hidrolaze (polisaharaze)
**Liaze
Liaze cepijo vezi med monosaharidi in C4 uronske kisline ter uvajajo dvojno vez med C4 in C5 uronske kisline. Hidrolaze pa cepijo glikozidne vezi.
*Delovanje fagov proti tvorbi bakterijskih biofilmov. Ta pojav se sicer zgodi v kontekstu običajnih fagnih infekcij, kar povzroči lizo (''liza od znotraj'')[5].
*Nekateri fagi pa so sposobni povzročiti ''lizo od zunaj'', s tem ko po množični adsorpciji hitro prekinejo ovojnico bakterijskih celic z virioni. Pri tem mehanizmu ni potrebna genska ekspresija fagov po adsorpciji na bakterijsko gostiteljsko celico [5].
Biofilmi so bistveni za preživetje nekaterih bakterij v številnih naravnih in umetnih okoljih ter predstavljajo vir okužb in kontaminacij v medicini, industriji in prehrambnih obratih, zaradi rezistence na antimikrobna sredstva in obrambni sistem gostiteljev [5].
[3]Zdravljenje z bakteriofagi je bilo predlagano kot ena od metod za nadzor bakterijskih biofilmov. Primer:
*Fagi T4 lahko okužijo biofilme Escherichia coli, se znotraj njih replicirajo in uničijo biofilmsko morfologijo z ubijanjem celic.
*Fagi se tudi modificirajo: E. coli, ki proizvaja polisaharidno kapsulo K1, je običajno rezistentna na infekcije s T7, vendar je dovzetna za okužbo s T7, ki je zasnovan za ekspresijo K1-5 endosialidaze.
*Litični fag s polisaharidno depolimerazo povzroči lizo in EPS degradacijo in s tem zmanjša bakterijske biofilme. Te depolimeraze so na površinah fagov in degradirajo bakterijsko polisaharidno kapsulo.
*Encimska razgradnja celično vezanega EPS polisaharida adhezina, znanega kot polimer β-1,6-N-acetil-Dglukozamina, z eksogeno uporabljeno disperzijo B (DspB), je potrdila redukcijo biofilmov različnih vrst bakterij. DspB je encim, ki ga proizvaja Actinobacillus actinomycetemcomitans in hidrolizira
β-1,6-N-acetilDglukozamin, ki je torej ključen adhezin, potreben za tvorbo biofilma in integritete pri Staphylococcus in E. coli, vključno z E. coli K-12, kot tudi kliničnih izolatov.

[3]Encimska razgradnja komponente EPS je torej koristna strategija za uničevanje biofilmov, čeprav bakterijske celice niso ubite. Predlagano je bilo modularno preoblikovanje fagov, pri majhnih začetnih inokulacijah, v kateri fag ubija bakterije na način, da izraža najbolj učinkovite EPS degradacijske encime, ki so specifični za ciljni biofilm. Encimsko aktivirani fagi se razmnožujejo znotraj biofilmov in dosegajo visoke lokalne koncentracije encimov in litičnih fagov, katerih tarča so biofilmske komponente. Hitra replikacija fagov povzroči bakterijsko lizo in ekspresijo encimov, ki degradirajo biofilm. Ta strategija je uspešna pri katalitskih metodah za odstranjevanje bakterijskih biofilmov v okolju, industriji in prostorih/pripomočkih zdravstvene oskrbe. Prav tako tak način zmanjša potrebe po izražanju velikih količin encimov na specifična mesta infekcij, ki so težje dostopna in izboljša učinkovitost terapije s fagi pri odstranjevanju biofilmov.

== VIRI ==
[1] A. Dragoš in Á. T. Kovács, „The Peculiar Functions of the Bacterial Extracellular Matrix“, Trends Microbiol., let. 25, št. 4, str. 257–266, 2017. [2] N. Steinberg in I. Kolodkin-Gal, „The Matrix Reloaded: How Sensing the Extracellular Matrix Synchronizes Bacterial Communities“, J. Bacteriol., let. 197, št. 13, str. 2092–2103, 2015. [3] S. J. Labrie, J. E. Samson, in S. Moineau, „Bacteriophage resistance mechanisms“, Nat. Rev. Microbiol., let. 8, št. 5, str. 317–327, 2010. [4] B. K. Chan in S. T. Abedon, „Bacteriophage and their enzymes in biofilms“, str. 85–99, 2015. [5] T. K. Lu in J. J. Collins, „Dispersing biofilms with engineered enzymatic bacteriophage“, Proc. Natl. Acad. Sci., let. 104, št. 27, str. 11197–11202, 2007.
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]