Wiki FKKT - User contributions [en]

MBT seminarji 2019

2019-04-09T14:20:21Z

Vida Štrancar:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2018/19'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (14. marec) 
# Production of functional human interleukin 37 using plants (N. Alqazlan, H. Diao, A. M. Jevnikar, and S. Ma; Plant Cell Rep. 38 (3), Mar. 2019; https://doi.org/10.1007/s00299-019-02377-2). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_funkcionalnega_%C4%8Dlove%C5%A1kega_IL37_v_rastlinah Proizvodnja funkcionalnega človeškega interlevkina 37 v rastlinah. Špela Malenšek]

'''Gensko spremenjene živali''' (21. marec) 
# Myopia disease mouse models: a missense point mutation (S673G) and a protein-truncating mutation of the ''Zfp644'' mimic human disease phenotype. (K. I. Szczerkowska ''et al.''; Cell Biosci. 9, 2019; https://doi.org/10.1186/s13578-019-0280-4). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mi%C5%A1ji_modeli_kratkovidnosti:_druga%C4%8Dnopomenska_to%C4%8Dkovna_mutacija_%28S673G%29_in_skraj%C5%A1evalna_mutacija_v_Zfp644_posnemata_fenotip_%C4%8Dlove%C5%A1ke_bolezni Mišji modeli kratkovidnosti: drugačnopomenska točkovna mutacija (S673G) in skrajševalna mutacija v ''Zfp644'' posnemata fenotip človeške bolezni] Rok Miklavčič
# A chicken bioreactor for efficient production of functional cytokines (Herron L.R. ''et al.''; BMC Biotechnol. 18 (1), Dec. 2018; https://doi.org/10.1186/s12896-018-0495-1).[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_kokošjega_bioreaktorja_za_učinkovito_proizvodnjo_funkcionalnih_citokinov Uporaba kokošjega bioreaktorja za učinkovito proizvodnjo funkcionalnih citokinov] Blaž Lebar
# Influence of a growth hormone transgene on the genetic architecture of growth-related traits: A comparative analysis between transgenic and wild-type coho salmon (M. Kodama, K. A. Naish in R. H. Devlin; Evol Appl. 11(10), 2018; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6231474/). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vpliv_transgena_rastnega_hormona_na_genetsko_arhitekturo_lastnosti_povezanimi_z_rastjo Vpliv transgena rastnega hormona na genetsko arhitekturo lastnosti povezanimi z rastjo: primerjalna analiza transgenega srebrnega lososa in srebrnega lososa divjega tipa] Nuša Kelhar

'''Okolje''' (4. april) 
# Bioremediation of soil long-term contaminated with PAHs by algal-bacterial synergy of Chlorella sp. MM3 and Rhodococcus wratislaviensis strain 9 in slurry phase (S.R.Subashchandrabose, K. Venkateswarlu in K. Venkidusamy; Sci. Total Environ., 2019; https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971835349X). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bioremediacija_zemlje%2C_dolgotrajno_kontaminirane_s_PAH Bioremediacija zemlje, dolgotrajno kontaminirane s policikličnimi aromatskimi ogljikovodiki z sinergijo alge Chlorella sp. MM3 in seva 9 bakterije Rhodococcus wratislaviensis v suspenziji.] Eva Rajh
# Anaerobic degradation of xenobiotic isophthalate by the fermenting bacterium ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'' (M. Junghare, D. Spiteller in B. Schink; ISME J, 2019; https://doi.org/10.1038/s41396-019-0348-5). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Anaerobna_razgradnja_izoftalata_pri_fermentacijski_bakteriji_Syntrophorhabdus_aromaticivorans Anaerobna razgradnja ksenobiotika izoftalata pri fermentirajoči bakteriji ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'']. Elvira Boršič
# Biodegradation and toxicity of emerging contaminants: Isolation of an exopolysaccharide-producing ''Sphingomonas sp.'' for ionic liquids bioremediation. (M. Koutinas ''et al.''; J. Haz. Mat. 365, Mar. 2019; https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2018.10.059). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biorazgradnja_in_toksičnost_nastalih_produktov Biorazgradnja in toksičnost nastalih produktov: izolacija mikroorganizma Sphingomonas MKIV, ki proizvaja eksopolisaharide, za bioremediacijo ionskih tekočin] Katja Dolenc

'''Terapevtski proteini in protitelesa''' (11. april) 
# Constructive approach for synthesis of a functional IgG using a reconstituted cell-free protein synthesis system (S. Murakami ''et al''; Scientific Reports 9, 2019; https://doi.org/10.1038/s41598-018-36691-8). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/U%C4%8Dinkovit_pristop_za_sintezo_funkcionalnega_IgG_z_uporabo_rekonstruiranega_brezceli%C4%8Dnega_sistema_za_sintezo_proteinov Učinkovit pristop za sintezo funkcionalnega IgG z uporabo rekonstruiranega brezceličnega sistema za sintezo proteinov.] Vida Štrancar
# New therapeutic approach for targeting Hippo signalling pathway (L. Dominguez-Berrocal ''et al''; Scientific Reports 9(4771), 2019; https://www.nature.com/articles/s41598-019-41404-w). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nov_terapevtski_pristop_za_ciljanje_signalne_poti_Hippo Nov terapevtski pristop za ciljanje signalne poti Hippo.] Ana Halužan Vasle
# Nina Mavec

'''Diagnostiki in cepiva''' (18. april) 
# A viral-vectored RSV vaccine induces long-lived humoral immunity in cotton rats (J. Grieves, Z. Yin, A. Garcia-Sastre et al.; Vaccine 36(26), 2018; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2018.04.089) Cepivo proti RSV, pripravljeno z virusnim vektorjem, inducira dolgotrajno humoralno imunost pri bombažnih podganah. Nina Kobe
# Optimization of a multivalent peptide vaccine for nicotine addiction (D. F. Zeigler, R. Roque, C. H. Clegg; Vaccine 37(12), 2019; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2019.02.003) Optimizacija multivalentnega peptidnega cepiva za nikotinsko odvisnost. Iza Oblak
# Design of a Type-1 Diabetes Vaccine Candidate Using Edible Plants Expressing a Major Autoantigen (E. Bertini ''et al''., Front. Plant Sci. 9, 2018 https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00572) Načrtovnaje kandidatnega cepiva za diabetes tipa I s pomočjo užitnih rastlin, ki izražajo pomemben avtoantigen. Katarina Petra van Midden

'''LMW učinkovine''' (25. april) 
# Metabolic engineering of ''Escherichia coli'' for de novo biosynthesis of vitamin B12 (H. Fang ''et al.'', Nat Commun. 9(1), 2018 https://doi.org/10.1038/s41467-018-07412-6). Metabolno inženirstvo bakterije ''Escherichia coli'' za de novo sintezo vitamina B12. Valentina Novak
# David Titovšek
# Bor Klančnik

'''Male molekule in polimeri''' (9. maj) 
# Primož Bembič
# Karin Dobravc Škof
# Jaka Kos

'''Pretvorba biomase in bioenergenti''' (16. maj) 
# Maksimiljan Adamek
# Aljoša Marinko
# Jošt Hočevar

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (23. maj) 
# Nives Ražnjević
# Katja Kunčič
# Peter Pečan

'''Rezervni termin''' (30. maj) 
# Mia Žganjar
# Ana Müller

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

Učinkovit pristop za sintezo funkcionalnega IgG z uporabo rekonstruiranega brezceličnega sistema za sintezo proteinov

2019-04-09T14:10:09Z

Vida Štrancar:

Imunoglobulini G (IgG) so molekule, ki se uporabljajo v raziskavah ter kot terapevtska sredstva. Zaradi zapletenega sestavljanja IgG se za njihovo izražanje uporabljajo predvsem sesalske celične linije. Glavna težava takih ekspresijskih sistemov je priprava celic za izražanje rekombinantnih monoklonskih IgG, saj lahko postopki priprave celic trajajo zelo dolgo. V primerih, ko izvajamo visoko zmogljivo izražanje in presejanje, npr. v začetnih stopnjah razvoja terapevtskih IgG, je tak pristop neučinkovit. Zato se razvijajo postopki, kjer za proizvodnjo IgG uporabljajo brezcelične sisteme za sintezo proteinov [1].

== Brezcelični sistemi za sintezo proteinov ==

V grobem ločimo dve vrsti tovrstnih sistemov: brezcelične sisteme, ki temeljijo na celičnih lizatih (''E. coli'' ali drugih celic) ter rekonstruirane brezcelične sisteme. Prvi so časovno in cenovno bolj učinkoviti od sesalskih ekspresijskih sistemov, vendar celični lizati poleg potrebnih komponent vsebujejo še organele, nukleaze, proteaze in druge razgradne encime. To onemogoča optimizirano izražanje, poleg tega je nujno, da protein pred nadaljnjo obdelavo dobro očistimo. Rekonstruirani brezcelični sistemi so sestavljeni zgolj iz očiščenih komponent, za katere vemo, da so potrebne pri prepisovanju in prevajanju. Prednost takih sistemov je predvsem zmanjšanje kontaminant ter možnost prilagajanja reakcijskih pogojev (koncentracije in razmerja med komponentami) za dosego čim večjega izražanja. Primer takega sistema je sistem PURE ('protein synthesis using recombinant elements'), ki vsebuje vse glavne komponente translacijskega aparata bakterije ''E. coli''. Komponente so iniciacijski, elongacijski, sprostitveni in terminacijski dejavniki, aminoacil-tRNA sintetaze, metionil-tRNA transformilaze, RNA-polimeraza T7, ribosomi, molekule tRNA, nukleozid trifosfati (NTP), kreatin fosfat, aminokisline in še nekaj drugih molekul [2].

== Sinteza in zvijanje IgG ==

Nativna oblika IgG je sestavljena iz dveh težkih in dveh lahkih verig, verige so med seboj povezane z disulfidnimi vezmi. V imunskih celicah B so težke verige IgG monoglikozilirane, vendar so ugotovili, da do pravilnega zvijanja in želene biološke funkcije pride tudi v odsotnosti glikozilacije. Značilnost imunoglobulinov je visoka vsebnost prolinskih aminokislinskih ostankov. Za pravilno zvitje domen je potrebna izomerizacija prolinskih ostankov iz ''trans'' v ''cis'' konformacijo. To je glavna stopnja, ki omejuje hitrost zvijanja domen [3]. Izomerizacijo katalizirajo encimi peptidil prolil izomeraze, v ''E. coli'' je eden od njih FkpA. Ključna za pravilno zvitje je tudi pravilna tvorba disulfidnih vezi znotraj samih Ig domen in med verigami. V ER B-celic za to skrbijo protein disulfid izomeraze, pri ''E. coli'' pa take encime najdemo v periplazemskem prostoru (DsbC). ER B-celic vsebuje tudi protein BiP, šaperon družine Hsp70, ki se veže na intermediate zvijanja IgG [4]. V ''E. coli'' je njegov ortolog DnaK.

== Sinteza trastuzumaba s sistemom PURE ==

Cilj raziskave je bil optimizacija pogojev sinteze IgG, pri čemer so si kot modelni IgG izbrali trastuzumab, ki se uporablja kot terapevtsko protitelo proti HER2 (receptor človeškega epidermalnega faktorja 2), ki se povečano izraža pri nekaterih oblikah raka.

Kot matrico za izražanje so uporabili produkta PCR z zapisom za težko oziroma lahko verigo izbranega IgG, ki so jima dodali promotor T7, Shine-Dalgarnovo zaporedje, konstruktu s težko verigo so na 3'-konec pripeli še oznako FLAG. Matrici so v razmerju 1:1 dodali v osnovno mešanico sistema PURE in inkubirali 16 ur na 37 °C. Po končani inkubaciji so na gel nanesli topno in netopno obliko mešanice in ugotovili, da se obe verigi izražata v netopni obliki, zato so poskus nadaljevali z optimizacijo.

Topnost so povečevali z dodatkom šaperona DnaK in kofaktorjev ter protein disulfid izomerazo DsbC. Po dodatku DnaK sta se obe verigi izražali v topni obliki, vendar ni prišlo do formacije celotnega kompleksa IgG. Ta se je pojavil šele ob dodatku optimalne količine DsbC in glutation disulfida (GSSG), ki je deloval kot oksidant. Sledila je optimizacija redoks stanja sistema. Ugotovili so namreč, da je količina nastalega IgG znatno odvisna od vrste reducenta. Tako so namesto DTT-ja, ki je že predhodno prisoten v sistemu PURE, uporabili glutation in optimizirali razmerje med glutationom in glutation disulfidom. Sledilo je testiranje različnih šaperonskih proteinov, ki naj bi glede na literaturo povečali količino produkta. Testirali so DnaK, FkpA in Skp in ugotovili, da je najboljši za zvitje IgG šaperon DnaK. V nadaljevanju so optimizirali pogoje reakcije: temperaturo in čas inkubacije. Ugotovili so, da največji izplen pravilno zvitega trastuzumaba dobijo pri inkubaciji 28 ur pri 37 °C. Kasneje so podobne poskuse naredili tudi z nekaterimi drugimi terapevtskimi IgG in ugotovili, da so optimalni pogoji za različne IgG različni. Optimizirali so tudi stehiometrično razmerje matric lahke in težke verige – optimalen je eno- do dvokraten prebitek zapisa za težko verigo [1].

== Zaključek ==

Po končani optimizaciji so dosegli izkoristek 124 μg/mL (na začetku je ta znašal 33 μg/mL), pri čemer je bil delež lahkih in težkih verig v trastuzumabu 45 % glede na celotno koncentracijo sintetiziranih težkih in lahkih verig. Sinteza je bila končana v dveh dneh. Koncentracija endotoksinov v sistemu PURE je zelo nizka, zato bi lahko izražen IgG uporabili v poskusih s celicami brez čiščenja (redčitev mora biti več kot 400-kratna)[1].

== Viri in literatura ==

[1] S. Murakami, R. Matsumoto, T. Kanamori: Constructive approach for synthesis of a functional IgG using a reconstituted cell-free protein synthesis system. ''Sci Rep.'' '''2019''', 9, 671. doi: 10.1038/s41598-018-36691-8.

[2] Y. Shimizu, A. Inoue, Y. Tomari, T. Suzuki, T. Yokogawa, K. Nishikawa, T. Ueda: Cell-free translation reconstituted with purified components. ''Nat Biotechnol.'' '''2001''', 19, 751–755.

[3] M. J. Feige, L. M. Hendershot, J. Buchner: How antibodies fold. ''Trends Biochem Sci.'' '''2010''', 35(4), 189-98. doi: 10.1016/j.tibs.2009.11.005.

[4] D. Groff, S. Armstrong, P. J. Rivers, J. Zhang, J. Yang, E. Green, J. Rozzelle, S. Liang, J. D. Kittle, A.R. Steiner, R. Baliga, C. D. Thanos, T. J. Hallam, A. K. Sato, A. Y. Yam.: Engineering toward a bacterial "endoplasmic reticulum" for the rapid expression of immunoglobulin proteins. ''MAbs.'' '''2014''', 6(3), 671-8. doi: 10.4161/mabs.28172.

Učinkovit pristop za sintezo funkcionalnega IgG z uporabo rekonstruiranega brezceličnega sistema za sintezo proteinov

2019-04-09T14:09:21Z

Vida Štrancar:

Imunoglobulini G (IgG) so molekule, ki se uporabljajo v raziskavah ter kot terapevtska sredstva. Zaradi zapletenega sestavljanja IgG se za njihovo izražanje uporabljajo predvsem sesalske celične linije. Glavna težava takih ekspresijskih sistemov je priprava celic za izražanje rekombinantnih monoklonskih IgG, saj lahko postopki priprave celic trajajo zelo dolgo. V primerih, ko izvajamo visoko zmogljivo izražanje in presejanje, npr. v začetnih stopnjah razvoja terapevtskih IgG, je tak pristop neučinkovit. Zato se razvijajo postopki, kjer za proizvodnjo IgG uporabljajo brezcelične sisteme za sintezo proteinov [1].

== Brezcelični sistemi za sintezo proteinov ==

V grobem ločimo dve vrsti tovrstnih sistemov: brezcelične sisteme, ki temeljijo na celičnih lizatih (''E. coli'' ali drugih celic) ter rekonstruirane brezcelične sisteme. Prvi so časovno in cenovno bolj učinkoviti od sesalskih ekspresijskih sistemov, vendar celični lizati poleg potrebnih komponent vsebujejo še organele, nukleaze, proteaze in druge razgradne encime. To onemogoča optimizirano izražanje, poleg tega je nujno, da protein pred nadaljnjo obdelavo dobro očistimo. Rekonstruirani brezcelični sistemi so sestavljeni zgolj iz očiščenih komponent, za katere vemo, da so potrebne pri prepisovanju in prevajanju. Prednost takih sistemov je predvsem zmanjšanje kontaminant ter možnost prilagajanja reakcijskih pogojev (koncentracije in razmerja med komponentami) za dosego čim večjega izražanja. Primer takega sistema je sistem PURE ('protein synthesis using recombinant elements'), ki vsebuje vse glavne komponente translacijskega aparata bakterije ''E. coli''. Komponente so iniciacijski, elongacijski, sprostitveni in terminacijski dejavniki, aminoacil-tRNA sintetaze, metionil-tRNA transformilaze, RNA-polimeraza T7, ribosomi, molekule tRNA, nukleozid trifosfati (NTP), kreatin fosfat, aminokisline in še nekaj drugih molekul [2].

== Sinteza in zvijanje IgG ==

Nativna oblika IgG je sestavljena iz dveh težkih in dveh lahkih verig, verige so med seboj povezane z disulfidnimi vezmi. V imunskih celicah B so težke verige IgG monoglikozilirane, vendar so ugotovili, da do pravilnega zvijanja in želene biološke funkcije pride tudi v odsotnosti glikozilacije. Značilnost imunoglobulinov je visoka vsebnost prolinskih aminokislinskih ostankov. Za pravilno zvitje domen je potrebna izomerizacija prolinskih ostankov iz ''trans'' v ''cis'' konformacijo. To je glavna stopnja, ki omejuje hitrost zvijanja domen [3]. Izomerizacijo katalizirajo encimi peptidil prolil izomeraze, v ''E. coli'' je eden od njih FkpA. Ključna za pravilno zvitje je tudi pravilna tvorba disulfidnih vezi znotraj samih Ig domen in med verigami. V ER B-celic za to skrbijo protein disulfid izomeraze, pri ''E. coli'' pa take encime najdemo v periplazemskem prostoru (DsbC). ER B-celic vsebuje tudi protein BiP, šaperon družine Hsp70, ki se veže na intermediate zvijanja IgG [4]. V ''E. coli'' je njegov ortolog DnaK.

== Sinteza trastuzumaba s sistemom PURE ==

Cilj raziskave je bil optimizacija pogojev sinteze IgG, pri čemer so si kot modelni IgG izbrali trastuzumab, ki se uporablja kot terapevtsko protitelo proti HER2 (receptor človeškega epidermalnega faktorja 2), ki se povečano izraža pri nekaterih oblikah raka.

Kot matrico za izražanje so uporabili produkta PCR z zapisom za težko oziroma lahko verigo izbranega IgG, ki so jima dodali promotor T7, Shine-Dalgarnovo zaporedje, konstruktu s težko verigo so na 3'-konec pripeli še oznako FLAG. Matrici so v razmerju 1:1 dodali v osnovno mešanico sistema PURE in inkubirali 16 ur na 37 °C. Po končani inkubaciji so na gel nanesli topno in netopno obliko mešanice in ugotovili, da se obe verigi izražata v netopni obliki, zato so poskus nadaljevali z optimizacijo.

Topnost so povečevali z dodatkom šaperona DnaK in kofaktorjev ter protein disulfid izomerazo DsbC. Po dodatku DnaK sta se obe verigi izražali v topni obliki, vendar ni prišlo do formacije celotnega kompleksa IgG. Ta se je pojavil šele ob dodatku optimalne količine DsbC in glutation disulfida (GSSG), ki je deloval kot oksidant. Sledila je optimizacija redoks stanja sistema. Ugotovili so namreč, da je količina nastalega IgG znatno odvisna od vrste reducenta. Tako so namesto DTT-ja, ki je že predhodno prisoten v sistemu PURE, uporabili glutation in optimizirali razmerje med glutationom in glutation disulfidom. Sledilo je testiranje različnih šaperonskih proteinov, ki naj bi glede na literaturo povečali količino produkta. Testirali so DnaK, FkpA in Skp in ugotovili, da je najboljši za zvitje IgG šaperon DnaK. V nadaljevanju so optimizirali pogoje reakcije: temperaturo in čas inkubacije. Ugotovili so, da največji izplen pravilno zvitega trastuzumaba dobijo pri inkubaciji 28 ur pri 37 °C. Kasneje so podobne poskuse naredili tudi z nekaterimi drugimi terapevtskimi IgG in ugotovili, da so optimalni pogoji za različne IgG različni. Optimizirali so tudi stehiometrično razmerje matric lahke in težke verige – optimalen je eno- do dvokraten prebitek zapisa za težko verigo.

== Zaključek ==

Po končani optimizaciji so dosegli izkoristek 124 μg/mL (na začetku je ta znašal 33 μg/mL), pri čemer je bil delež lahkih in težkih verig v trastuzumabu 45 % glede na celotno koncentracijo sintetiziranih težkih in lahkih verig. Sinteza je bila končana v dveh dneh. Koncentracija endotoksinov v sistemu PURE je zelo nizka, zato bi lahko izražen IgG uporabili v poskusih s celicami brez čiščenja (redčitev mora biti več kot 400-kratna).

Viri

[1] S. Murakami, R. Matsumoto, T. Kanamori: Constructive approach for synthesis of a functional IgG using a reconstituted cell-free protein synthesis system. ''Sci Rep.'' '''2019''', 9, 671. doi: 10.1038/s41598-018-36691-8.

[2] Y. Shimizu, A. Inoue, Y. Tomari, T. Suzuki, T. Yokogawa, K. Nishikawa, T. Ueda: Cell-free translation reconstituted with purified components. ''Nat Biotechnol.'' '''2001''', 19, 751–755.

[3] M. J. Feige, L. M. Hendershot, J. Buchner: How antibodies fold. ''Trends Biochem Sci.'' '''2010''', 35(4), 189-98. doi: 10.1016/j.tibs.2009.11.005.

[4] D. Groff, S. Armstrong, P. J. Rivers, J. Zhang, J. Yang, E. Green, J. Rozzelle, S. Liang, J. D. Kittle, A.R. Steiner, R. Baliga, C. D. Thanos, T. J. Hallam, A. K. Sato, A. Y. Yam.: Engineering toward a bacterial "endoplasmic reticulum" for the rapid expression of immunoglobulin proteins. ''MAbs.'' '''2014''', 6(3), 671-8. doi: 10.4161/mabs.28172.

Učinkovit pristop za sintezo funkcionalnega IgG z uporabo rekonstruiranega brezceličnega sistema za sintezo proteinov

2019-04-09T14:08:45Z

Vida Štrancar: New page: Imunoglobulini G (IgG) so molekule, ki se uporabljajo v raziskavah ter kot terapevtska sredstva. Zaradi zapletenega sestavljanja IgG se za njihovo izražanje uporabljajo predvsem sesalske ...

Imunoglobulini G (IgG) so molekule, ki se uporabljajo v raziskavah ter kot terapevtska sredstva. Zaradi zapletenega sestavljanja IgG se za njihovo izražanje uporabljajo predvsem sesalske celične linije. Glavna težava takih ekspresijskih sistemov je priprava celic za izražanje rekombinantnih monoklonskih IgG, saj lahko postopki priprave celic trajajo zelo dolgo. V primerih, ko izvajamo visoko zmogljivo izražanje in presejanje, npr. v začetnih stopnjah razvoja terapevtskih IgG, je tak pristop neučinkovit. Zato se razvijajo postopki, kjer za proizvodnjo IgG uporabljajo brezcelične sisteme za sintezo proteinov [1].

== Brezcelični sistemi za sintezo proteinov ==

V grobem ločimo dve vrsti tovrstnih sistemov: brezcelične sisteme, ki temeljijo na celičnih lizatih (''E. coli'' ali drugih celic) ter rekonstruirane brezcelične sisteme. Prvi so časovno in cenovno bolj učinkoviti od sesalskih ekspresijskih sistemov, vendar celični lizati poleg potrebnih komponent vsebujejo še organele, nukleaze, proteaze in druge razgradne encime. To onemogoča optimizirano izražanje, poleg tega je nujno, da protein pred nadaljnjo obdelavo dobro očistimo. Rekonstruirani brezcelični sistemi so sestavljeni zgolj iz očiščenih komponent, za katere vemo, da so potrebne pri prepisovanju in prevajanju. Prednost takih sistemov je predvsem zmanjšanje kontaminant ter možnost prilagajanja reakcijskih pogojev (koncentracije in razmerja med komponentami) za dosego čim večjega izražanja. Primer takega sistema je sistem PURE ('protein synthesis using recombinant elements'), ki vsebuje vse glavne komponente translacijskega aparata bakterije ''E. coli''. Komponente so iniciacijski, elongacijski, sprostitveni in terminacijski dejavniki, aminoacil-tRNA sintetaze, metionil-tRNA transformilaze, RNA-polimeraza T7, ribosomi, molekule tRNA, nukleozid trifosfati (NTP), kreatin fosfat, aminokisline in še nekaj drugih molekul [2].

== Sinteza in zvijanje IgG ==

Nativna oblika IgG je sestavljena iz dveh težkih in dveh lahkih verig, verige so med seboj povezane z disulfidnimi vezmi. V imunskih celicah B so težke verige IgG monoglikozilirane, vendar so ugotovili, da do pravilnega zvijanja in želene biološke funkcije pride tudi v odsotnosti glikozilacije. Značilnost imunoglobulinov je visoka vsebnost prolinskih aminokislinskih ostankov. Za pravilno zvitje domen je potrebna izomerizacija prolinskih ostankov iz ''trans'' v ''cis'' konformacijo. To je glavna stopnja, ki omejuje hitrost zvijanja domen [3]. Izomerizacijo katalizirajo encimi peptidil prolil izomeraze, v ''E. coli'' je eden od njih FkpA. Ključna za pravilno zvitje je tudi pravilna tvorba disulfidnih vezi znotraj samih Ig domen in med verigami. V ER B-celic za to skrbijo protein disulfid izomeraze, pri ''E. coli'' pa take encime najdemo v periplazemskem prostoru (DsbC). ER B-celic vsebuje tudi protein BiP, šaperon družine Hsp70, ki se veže na intermediate zvijanja IgG [4]. V ''E. coli'' je njegov ortolog DnaK.

== Sinteza trastuzumaba s sistemom PURE ==

Cilj raziskave je bil optimizacija pogojev sinteze IgG, pri čemer so si kot modelni IgG izbrali trastuzumab, ki se uporablja kot terapevtsko protitelo proti HER2 (receptor človeškega epidermalnega faktorja 2), ki se povečano izraža pri nekaterih oblikah raka.

Kot matrico za izražanje so uporabili produkta PCR z zapisom za težko oziroma lahko verigo izbranega IgG, ki so jima dodali promotor T7, Shine-Dalgarnovo zaporedje, konstruktu s težko verigo so na 3'-konec pripeli še oznako FLAG. Matrici so v razmerju 1:1 dodali v osnovno mešanico sistema PURE in inkubirali 16 ur na 37 °C. Po končani inkubaciji so na gel nanesli topno in netopno obliko mešanice in ugotovili, da se obe verigi izražata v netopni obliki, zato so poskus nadaljevali z optimizacijo.

Topnost so povečevali z dodatkom šaperona DnaK in kofaktorjev ter protein disulfid izomerazo DsbC. Po dodatku DnaK sta se obe verigi izražali v topni obliki, vendar ni prišlo do formacije celotnega kompleksa IgG. Ta se je pojavil šele ob dodatku optimalne količine DsbC in glutation disulfida (GSSG), ki je deloval kot oksidant. Sledila je optimizacija redoks stanja sistema. Ugotovili so namreč, da je količina nastalega IgG znatno odvisna od vrste reducenta. Tako so namesto DTT-ja, ki je že predhodno prisoten v sistemu PURE, uporabili glutation in optimizirali razmerje med glutationom in glutation disulfidom. Sledilo je testiranje različnih šaperonskih proteinov, ki naj bi glede na literaturo povečali količino produkta. Testirali so DnaK, FkpA in Skp in ugotovili, da je najboljši za zvitje IgG šaperon DnaK. V nadaljevanju so optimizirali pogoje reakcije: temperaturo in čas inkubacije. Ugotovili so, da največji izplen pravilno zvitega trastuzumaba dobijo pri inkubaciji 28 ur pri 37 °C. Kasneje so podobne poskuse naredili tudi z nekaterimi drugimi terapevtskimi IgG in ugotovili, da so optimalni pogoji za različne IgG različni. Optimizirali so tudi stehiometrično razmerje matric lahke in težke verige – optimalen je eno- do dvokraten prebitek zapisa za težko verigo.

== Zaključek ==

Po končani optimizaciji so dosegli izkoristek 124 μg/mL (na začetku je ta znašal 33 μg/mL), pri čemer je bil delež lahkih in težkih verig v trastuzumabu 45 % glede na celotno koncentracijo sintetiziranih težkih in lahkih verig. Sinteza je bila končana v dveh dneh. Koncentracija endotoksinov v sistemu PURE je zelo nizka, zato bi lahko izražen IgG uporabili v poskusih s celicami brez čiščenja (redčitev mora biti več kot 400-kratna).

Viri

[1] S. Murakami, R. Matsumoto, T. Kanamori: Constructive approach for synthesis of a functional IgG using a reconstituted cell-free protein synthesis system. ''Sci Rep.'' '''2019''', 9, 671. doi: 10.1038/s41598-018-36691-8.

[2] Y. Shimizu, A. Inoue, Y. Tomari, T. Suzuki, T. Yokogawa, K. Nishikawa, T. Ueda: Cell-free translation reconstituted with purified components. ''Nat Biotechnol.'' '''2001''', 19, 751–755.

[3] M. J. Feige, L. M. Hendershot, J. Buchner: How antibodies fold. ''Trends Biochem Sci.'' '''2010''', 35(4), 189-98. doi: 10.1016/j.tibs.2009.11.005.

[4] D. Groff, S. Armstrong, P. J. Rivers, J. Zhang, J. Yang, E. Green, J. Rozzelle, S. Liang, J. D. Kittle, A.R. Steiner, R. Baliga, C. D. Thanos, T. J. Hallam, A. K. Sato, A. Y. Yam.: Engineering toward a bacterial "endoplasmic reticulum" for the rapid expression of immunoglobulin proteins. ''MAbs.'' '''2014''', 6(3), 671-8. doi: 10.4161/mabs.28172.

MBT seminarji 2019

2019-04-09T14:00:22Z

Vida Štrancar:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2018/19'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (14. marec) 
# Production of functional human interleukin 37 using plants (N. Alqazlan, H. Diao, A. M. Jevnikar, and S. Ma; Plant Cell Rep. 38 (3), Mar. 2019; https://doi.org/10.1007/s00299-019-02377-2). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_funkcionalnega_%C4%8Dlove%C5%A1kega_IL37_v_rastlinah Proizvodnja funkcionalnega človeškega interlevkina 37 v rastlinah. Špela Malenšek]

'''Gensko spremenjene živali''' (21. marec) 
# Myopia disease mouse models: a missense point mutation (S673G) and a protein-truncating mutation of the ''Zfp644'' mimic human disease phenotype. (K. I. Szczerkowska ''et al.''; Cell Biosci. 9, 2019; https://doi.org/10.1186/s13578-019-0280-4). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mi%C5%A1ji_modeli_kratkovidnosti:_druga%C4%8Dnopomenska_to%C4%8Dkovna_mutacija_%28S673G%29_in_skraj%C5%A1evalna_mutacija_v_Zfp644_posnemata_fenotip_%C4%8Dlove%C5%A1ke_bolezni Mišji modeli kratkovidnosti: drugačnopomenska točkovna mutacija (S673G) in skrajševalna mutacija v ''Zfp644'' posnemata fenotip človeške bolezni] Rok Miklavčič
# A chicken bioreactor for efficient production of functional cytokines (Herron L.R. ''et al.''; BMC Biotechnol. 18 (1), Dec. 2018; https://doi.org/10.1186/s12896-018-0495-1).[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_kokošjega_bioreaktorja_za_učinkovito_proizvodnjo_funkcionalnih_citokinov Uporaba kokošjega bioreaktorja za učinkovito proizvodnjo funkcionalnih citokinov] Blaž Lebar
# Influence of a growth hormone transgene on the genetic architecture of growth-related traits: A comparative analysis between transgenic and wild-type coho salmon (M. Kodama, K. A. Naish in R. H. Devlin; Evol Appl. 11(10), 2018; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6231474/). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vpliv_transgena_rastnega_hormona_na_genetsko_arhitekturo_lastnosti_povezanimi_z_rastjo Vpliv transgena rastnega hormona na genetsko arhitekturo lastnosti povezanimi z rastjo: primerjalna analiza transgenega srebrnega lososa in srebrnega lososa divjega tipa] Nuša Kelhar

'''Okolje''' (4. april) 
# Bioremediation of soil long-term contaminated with PAHs by algal-bacterial synergy of Chlorella sp. MM3 and Rhodococcus wratislaviensis strain 9 in slurry phase (S.R.Subashchandrabose, K. Venkateswarlu in K. Venkidusamy; Sci. Total Environ., 2019; https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971835349X). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bioremediacija_zemlje%2C_dolgotrajno_kontaminirane_s_PAH Bioremediacija zemlje, dolgotrajno kontaminirane s policikličnimi aromatskimi ogljikovodiki z sinergijo alge Chlorella sp. MM3 in seva 9 bakterije Rhodococcus wratislaviensis v suspenziji.] Eva Rajh
# Anaerobic degradation of xenobiotic isophthalate by the fermenting bacterium ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'' (M. Junghare, D. Spiteller in B. Schink; ISME J, 2019; https://doi.org/10.1038/s41396-019-0348-5). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Anaerobna_razgradnja_izoftalata_pri_fermentacijski_bakteriji_Syntrophorhabdus_aromaticivorans Anaerobna razgradnja ksenobiotika izoftalata pri fermentirajoči bakteriji ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'']. Elvira Boršič
# Biodegradation and toxicity of emerging contaminants: Isolation of an exopolysaccharide-producing ''Sphingomonas sp.'' for ionic liquids bioremediation. (M. Koutinas ''et al.''; J. Haz. Mat. 365, Mar. 2019; https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2018.10.059). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biorazgradnja_in_toksičnost_nastalih_produktov Biorazgradnja in toksičnost nastalih produktov: izolacija mikroorganizma Sphingomonas MKIV, ki proizvaja eksopolisaharide, za bioremediacijo ionskih tekočin] Katja Dolenc

'''Terapevtski proteini in protitelesa''' (11. april) 
# Constructive approach for synthesis of a functional IgG using a reconstituted cell-free protein synthesis system (S. Murakami ''et al''; Scientific Reports 9, 2019; https://doi.org/10.1038/s41598-018-36691-8). Učinkovit pristop za sintezo funkcionalnega IgG z uporabo rekonstruiranega brezceličnega sistema za sintezo proteinov. Vida Štrancar
# New therapeutic approach for targeting Hippo signalling pathway (L. Dominguez-Berrocal ''et al''; Scientific Reports 9(4771), 2019; https://www.nature.com/articles/s41598-019-41404-w). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nov_terapevtski_pristop_za_ciljanje_signalne_poti_Hippo Nov terapevtski pristop za ciljanje signalne poti Hippo.] Ana Halužan Vasle
# Nina Mavec

'''Diagnostiki in cepiva''' (18. april) 
# A viral-vectored RSV vaccine induces long-lived humoral immunity in cotton rats (J. Grieves, Z. Yin, A. Garcia-Sastre et al.; Vaccine 36(26), 2018; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2018.04.089) Cepivo proti RSV, pripravljeno z virusnim vektorjem, inducira dolgotrajno humoralno imunost pri bombažnih podganah. Nina Kobe
# Optimization of a multivalent peptide vaccine for nicotine addiction (D. F. Zeigler, R. Roque, C. H. Clegg; Vaccine 37(12), 2019; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2019.02.003) Optimizacija multivalentnega peptidnega cepiva za nikotinsko odvisnost. Iza Oblak
# Design of a Type-1 Diabetes Vaccine Candidate Using Edible Plants Expressing a Major Autoantigen (E. Bertini ''et al''., Front. Plant Sci. 9, 2018 https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00572) Načrtovnaje kandidatnega cepiva za diabetes tipa I s pomočjo užitnih rastlin, ki izražajo pomemben avtoantigen. Katarina Petra van Midden

'''LMW učinkovine''' (25. april) 
# Metabolic engineering of ''Escherichia coli'' for de novo biosynthesis of vitamin B12 (H. Fang ''et al.'', Nat Commun. 9(1), 2018 https://doi.org/10.1038/s41467-018-07412-6). Metabolno inženirstvo bakterije ''Escherichia coli'' za de novo sintezo vitamina B12. Valentina Novak
# David Titovšek
# Bor Klančnik

'''Male molekule in polimeri''' (9. maj) 
# Primož Bembič
# Karin Dobravc Škof
# Jaka Kos

'''Pretvorba biomase in bioenergenti''' (16. maj) 
# Maksimiljan Adamek
# Aljoša Marinko
# Jošt Hočevar

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (23. maj) 
# Nives Ražnjević
# Katja Kunčič
# Peter Pečan

'''Rezervni termin''' (30. maj) 
# Mia Žganjar
# Ana Müller

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2019

2019-04-08T11:54:16Z

Vida Štrancar:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2018/19'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (14. marec) 
# Production of functional human interleukin 37 using plants (N. Alqazlan, H. Diao, A. M. Jevnikar, and S. Ma; Plant Cell Rep. 38 (3), Mar. 2019; https://doi.org/10.1007/s00299-019-02377-2). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_funkcionalnega_%C4%8Dlove%C5%A1kega_IL37_v_rastlinah Proizvodnja funkcionalnega človeškega interlevkina 37 v rastlinah. Špela Malenšek]

'''Gensko spremenjene živali''' (21. marec) 
# Myopia disease mouse models: a missense point mutation (S673G) and a protein-truncating mutation of the ''Zfp644'' mimic human disease phenotype. (K. I. Szczerkowska ''et al.''; Cell Biosci. 9, 2019; https://doi.org/10.1186/s13578-019-0280-4). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mi%C5%A1ji_modeli_kratkovidnosti:_druga%C4%8Dnopomenska_to%C4%8Dkovna_mutacija_%28S673G%29_in_skraj%C5%A1evalna_mutacija_v_Zfp644_posnemata_fenotip_%C4%8Dlove%C5%A1ke_bolezni Mišji modeli kratkovidnosti: drugačnopomenska točkovna mutacija (S673G) in skrajševalna mutacija v ''Zfp644'' posnemata fenotip človeške bolezni] Rok Miklavčič
# A chicken bioreactor for efficient production of functional cytokines (Herron L.R. ''et al.''; BMC Biotechnol. 18 (1), Dec. 2018; https://doi.org/10.1186/s12896-018-0495-1).[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_kokošjega_bioreaktorja_za_učinkovito_proizvodnjo_funkcionalnih_citokinov Uporaba kokošjega bioreaktorja za učinkovito proizvodnjo funkcionalnih citokinov] Blaž Lebar
# Influence of a growth hormone transgene on the genetic architecture of growth-related traits: A comparative analysis between transgenic and wild-type coho salmon (M. Kodama, K. A. Naish in R. H. Devlin; Evol Appl. 11(10), 2018; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6231474/). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vpliv_transgena_rastnega_hormona_na_genetsko_arhitekturo_lastnosti_povezanimi_z_rastjo Vpliv transgena rastnega hormona na genetsko arhitekturo lastnosti povezanimi z rastjo: primerjalna analiza transgenega srebrnega lososa in srebrnega lososa divjega tipa] Nuša Kelhar

'''Okolje''' (4. april) 
# Bioremediation of soil long-term contaminated with PAHs by algal-bacterial synergy of Chlorella sp. MM3 and Rhodococcus wratislaviensis strain 9 in slurry phase (S.R.Subashchandrabose, K. Venkateswarlu in K. Venkidusamy; Sci. Total Environ., 2019; https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971835349X). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bioremediacija_zemlje%2C_dolgotrajno_kontaminirane_s_PAH Bioremediacija zemlje, dolgotrajno kontaminirane s policikličnimi aromatskimi ogljikovodiki z sinergijo alge Chlorella sp. MM3 in seva 9 bakterije Rhodococcus wratislaviensis v suspenziji.] Eva Rajh
# Anaerobic degradation of xenobiotic isophthalate by the fermenting bacterium ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'' (M. Junghare, D. Spiteller in B. Schink; ISME J, 2019; https://doi.org/10.1038/s41396-019-0348-5). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Anaerobna_razgradnja_izoftalata_pri_fermentacijski_bakteriji_Syntrophorhabdus_aromaticivorans Anaerobna razgradnja ksenobiotika izoftalata pri fermentirajoči bakteriji ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'']. Elvira Boršič
# Biodegradation and toxicity of emerging contaminants: Isolation of an exopolysaccharide-producing ''Sphingomonas sp.'' for ionic liquids bioremediation. (M. Koutinas ''et al.''; J. Haz. Mat. 365, Mar. 2019; https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2018.10.059). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biorazgradnja_in_toksičnost_nastalih_produktov Biorazgradnja in toksičnost nastalih produktov: izolacija mikroorganizma Sphingomonas MKIV, ki proizvaja eksopolisaharide, za bioremediacijo ionskih tekočin] Katja Dolenc

'''Terapevtski proteini in protitelesa''' (11. april) 
# Constructive approach for synthesis of a functional IgG using a reconstituted cell-free protein synthesis system (S. Murakami ''et al''; Scientific Reports 9, 2019; https://doi.org/10.1038/s41598-018-36691-8). Učinkovit pristop za sintezo funkcionalnega IgG z uporabo izboljšanega brezceličnega sistema za sintezo proteinov. Vida Štrancar
# New therapeutic approach for targeting Hippo signalling pathway (L. Dominguez-Berrocal ''et al''; Scientific Reports 9(4771), 2019; https://www.nature.com/articles/s41598-019-41404-w). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nov_terapevtski_pristop_za_ciljanje_signalne_poti_Hippo Nov terapevtski pristop za ciljanje signalne poti Hippo.] Ana Halužan Vasle
# Nina Mavec

'''Diagnostiki in cepiva''' (18. april) 
# A viral-vectored RSV vaccine induces long-lived humoral immunity in cotton rats (J. Grieves, Z. Yin, A. Garcia-Sastre et al.; Vaccine 36(26), 2018; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2018.04.089) Cepivo proti RSV, pripravljeno z virusnim vektorjem, inducira dolgotrajno humoralno imunost pri bombažnih podganah. Nina Kobe
# Optimization of a multivalent peptide vaccine for nicotine addiction (D. F. Zeigler, R. Roque, C. H. Clegg; Vaccine 37(12), 2019; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2019.02.003) Optimizacija multivalentnega peptidnega cepiva za nikotinsko odvisnost. Iza Oblak
# Design of a Type-1 Diabetes Vaccine Candidate Using Edible Plants Expressing a Major Autoantigen (E. Bertini ''et al''., Front. Plant Sci. 9, 2018 https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00572) Načrtovnaje kandidatnega cepiva za diabetes tipa I s pomočjo užitnih rastlin, ki izražajo pomemben avtoantigen. Katarina Petra van Midden

'''LMW učinkovine''' (25. april) 
# Metabolic engineering of ''Escherichia coli'' for de novo biosynthesis of vitamin B12 (H. Fang ''et al.'', Nat Commun. 9(1), 2018 https://doi.org/10.1038/s41467-018-07412-6). Metabolno inženirstvo bakterije ''Escherichia coli'' za de novo sintezo vitamina B12. Valentina Novak
# David Titovšek
# Bor Klančnik

'''Male molekule in polimeri''' (9. maj) 
# Primož Bembič
# Karin Dobravc Škof
# Jaka Kos

'''Pretvorba biomase in bioenergenti''' (16. maj) 
# Maksimiljan Adamek
# Aljoša Marinko
# Jošt Hočevar

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (23. maj) 
# Nives Ražnjević
# Katja Kunčič
# Peter Pečan

'''Rezervni termin''' (30. maj) 
# Mia Žganjar
# Ana Müller

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2019

2019-04-08T09:03:40Z

Vida Štrancar:

'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2018/19'''

Na tej strani je seznam odobrenih člankov za seminar ter povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje do torka do polnoči v tednu, ko imate seminar (v četrtek). Angleški naslov prevedite tudi v slovenščino - to bo naslov povzetka, ki ga objavite na posebni strani, tako kot so to naredili kolegi pred vami (oz. predlani).

Način vnosa:

# The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops & Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak
(slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri bo povzetek)

'''Naslovi odobrenih člankov po temah:'''

'''Gensko spremenjene rastline''' (14. marec) 
# Production of functional human interleukin 37 using plants (N. Alqazlan, H. Diao, A. M. Jevnikar, and S. Ma; Plant Cell Rep. 38 (3), Mar. 2019; https://doi.org/10.1007/s00299-019-02377-2). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Proizvodnja_funkcionalnega_%C4%8Dlove%C5%A1kega_IL37_v_rastlinah Proizvodnja funkcionalnega človeškega interlevkina 37 v rastlinah. Špela Malenšek]

'''Gensko spremenjene živali''' (21. marec) 
# Myopia disease mouse models: a missense point mutation (S673G) and a protein-truncating mutation of the ''Zfp644'' mimic human disease phenotype. (K. I. Szczerkowska ''et al.''; Cell Biosci. 9, 2019; https://doi.org/10.1186/s13578-019-0280-4). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Mi%C5%A1ji_modeli_kratkovidnosti:_druga%C4%8Dnopomenska_to%C4%8Dkovna_mutacija_%28S673G%29_in_skraj%C5%A1evalna_mutacija_v_Zfp644_posnemata_fenotip_%C4%8Dlove%C5%A1ke_bolezni Mišji modeli kratkovidnosti: drugačnopomenska točkovna mutacija (S673G) in skrajševalna mutacija v ''Zfp644'' posnemata fenotip človeške bolezni] Rok Miklavčič
# A chicken bioreactor for efficient production of functional cytokines (Herron L.R. ''et al.''; BMC Biotechnol. 18 (1), Dec. 2018; https://doi.org/10.1186/s12896-018-0495-1).[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_kokošjega_bioreaktorja_za_učinkovito_proizvodnjo_funkcionalnih_citokinov Uporaba kokošjega bioreaktorja za učinkovito proizvodnjo funkcionalnih citokinov] Blaž Lebar
# Influence of a growth hormone transgene on the genetic architecture of growth-related traits: A comparative analysis between transgenic and wild-type coho salmon (M. Kodama, K. A. Naish in R. H. Devlin; Evol Appl. 11(10), 2018; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6231474/). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Vpliv_transgena_rastnega_hormona_na_genetsko_arhitekturo_lastnosti_povezanimi_z_rastjo Vpliv transgena rastnega hormona na genetsko arhitekturo lastnosti povezanimi z rastjo: primerjalna analiza transgenega srebrnega lososa in srebrnega lososa divjega tipa] Nuša Kelhar

'''Okolje''' (4. april) 
# Bioremediation of soil long-term contaminated with PAHs by algal-bacterial synergy of Chlorella sp. MM3 and Rhodococcus wratislaviensis strain 9 in slurry phase (S.R.Subashchandrabose, K. Venkateswarlu in K. Venkidusamy; Sci. Total Environ., 2019; https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896971835349X). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Bioremediacija_zemlje%2C_dolgotrajno_kontaminirane_s_PAH Bioremediacija zemlje, dolgotrajno kontaminirane s policikličnimi aromatskimi ogljikovodiki z sinergijo alge Chlorella sp. MM3 in seva 9 bakterije Rhodococcus wratislaviensis v suspenziji.] Eva Rajh
# Anaerobic degradation of xenobiotic isophthalate by the fermenting bacterium ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'' (M. Junghare, D. Spiteller in B. Schink; ISME J, 2019; https://doi.org/10.1038/s41396-019-0348-5). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Anaerobna_razgradnja_izoftalata_pri_fermentacijski_bakteriji_Syntrophorhabdus_aromaticivorans Anaerobna razgradnja ksenobiotika izoftalata pri fermentirajoči bakteriji ''Syntrophorhabdus aromaticivorans'']. Elvira Boršič
# Biodegradation and toxicity of emerging contaminants: Isolation of an exopolysaccharide-producing ''Sphingomonas sp.'' for ionic liquids bioremediation. (M. Koutinas ''et al.''; J. Haz. Mat. 365, Mar. 2019; https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2018.10.059). [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biorazgradnja_in_toksičnost_nastalih_produktov Biorazgradnja in toksičnost nastalih produktov: izolacija mikroorganizma Sphingomonas MKIV, ki proizvaja eksopolisaharide, za bioremediacijo ionskih tekočin] Katja Dolenc

'''Terapevtski proteini in protitelesa''' (11. april) 
# Constructive approach for synthesis of a functional IgG using a reconstituted cell-free protein synthesis system (S. Murkami ''et al''; Scientific Reports 9, 2019; https://doi.org/10.1038/s41598-018-36691-8). Učinkovit pristop za sintezo funkcionalnega IgG z uporabo izboljšanega brezceličnega sistema za sintezo proteinov. Vida Štrancar
# New therapeutic approach for targeting Hippo signalling pathway (L. Dominguez-Berrocal ''et al''; Scientific Reports 9(4771), 2019; https://www.nature.com/articles/s41598-019-41404-w). Nov terapevtski pristop za ciljanje signalne poti Hippo. Ana Halužan Vasle
# Nina Mavec

'''Diagnostiki in cepiva''' (18. april) 
# A viral-vectored RSV vaccine induces long-lived humoral immunity in cotton rats (J. Grieves, Z. Yin, A. Garcia-Sastre et al.; Vaccine 36(26), 2018; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2018.04.089) Cepivo proti RSV, pripravljeno z virusnim vektorjem, inducira dolgotrajno humoralno imunost pri bombažnih podganah. Nina Kobe
# Optimization of a multivalent peptide vaccine for nicotine addiction (D. F. Zeigler, R. Roque, C. H. Clegg; Vaccine 37(12), 2019; https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2019.02.003) Optimizacija multivalentnega peptidnega cepiva za nikotinsko odvisnost. Iza Oblak
# Design of a Type-1 Diabetes Vaccine Candidate Using Edible Plants Expressing a Major Autoantigen (E. Bertini ''et al''., Front. Plant Sci. 9, 2018 https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00572) Načrtovnaje kandidatnega cepiva za diabetes tipa I s pomočjo užitnih rastlin, ki izražajo pomemben avtoantigen. Katarina Petra van Midden

'''LMW učinkovine''' (25. april) 
# Metabolic engineering of ''Escherichia coli'' for de novo biosynthesis of vitamin B12 (H. Fang ''et al.'', Nat Commun. 9(1), 2018 https://doi.org/10.1038/s41467-018-07412-6). Metabolno inženirstvo bakterije ''Escherichia coli'' za de novo sintezo vitamina B12. Valentina Novak
# David Titovšek
# Bor Klančnik

'''Male molekule in polimeri''' (9. maj) 
# Primož Bembič
# Karin Dobravc Škof
# Jaka Kos

'''Pretvorba biomase in bioenergenti''' (16. maj) 
# Maksimiljan Adamek
# Aljoša Marinko
# Jošt Hočevar

'''Novi pristopi v molekularni biotehnologiji''' (23. maj) 
# Nives Ražnjević
# Katja Kunčič
# Peter Pečan

'''Rezervni termin''' (30. maj) 
# Mia Žganjar
# Ana Müller

Nazaj na predmet [[Molekularna_biotehnologija]].

MBT seminarji 2019

2019-03-01T15:36:30Z

Vida Štrancar:

Metode za izolacijo DNA iz solinskega blata

2018-07-19T15:01:22Z

Vida Štrancar: New page: Za izolacijo DNA smo uporabili osnovna postopka blage (encimske) lize in grobe lize z uporabo steklenih kroglic. Protokola sta bila opisana v članku E. Gabor in sodelavcev iz leta 2006 [1...

Za izolacijo DNA smo uporabili osnovna postopka blage (encimske) lize in grobe lize z uporabo steklenih kroglic. Protokola sta bila opisana v članku E. Gabor in sodelavcev iz leta 2006 [1]. Izolacijo DNA iz vzorcev blat in petol smo izvajali v duplikatih. Kasneje se je izkazalo, da je bila ena od metod uspešnejša, zato smo za končno izolacijo DNA uporabili prilagojeno metodo.

Prilagojeni postopek izolacije DNA:

V mikrocentrifugirke smo zatehtali 0,5 g blata/petole, ki so ga homogenizirali v 500 μl lizirnega pufra (100 mM Tris-HCl, 100 mM NaEDTA, 1,5 M NaCl, 1 % CTAB, pH 8), mu dodali 0,4 g steklenih kroglic in ga na največji hitrosti mešali na vibracijskem mešalniku. Nato smo v mešanice dodali po 15 μl lizocima (50 mg/ml) in 0,75 μl RNaze A (10 mg/ml) ter mikrocentrifugirke inkubirali 30 min na 37 °C. Po dodatku 100 μl SDS (20 %) smo mešanice inkubirali 2 uri na 65 °C, pri čemer smo na pol ure mikrocentrifugirke premešali na roke. Po končani inkubaciji smo vzorce vsaj 3 min pri največji hitrosti mešali na vibracijskem mešalu. Vzorce smo nato centrifugirali 10 minut na sobni temperaturi na obratih 6000xg. Po končanem centrifugiranju smo supernatante zbrali v 15 ml centrifugirkah, nato pa izvedli reekstrakcijo z 250 μl lizirnega pufra, ki smo ga dodali sedimentu. Slednjega smo nato z mešanjem na vibracijskem mešalu poskušali čimbolj homogenizirati, nato smo mešanico inkubirali 10 min na 65 °C ter po končani inkubaciji centrifugirali 10 min na 6000xg. Ta postopek smo ponovili dvakrat. Zbrane supernatante smo uporabili za ekstrakcijo s kloroformom. Supernatantom smo dodali enak volumen kloroforma, raztopino premešali in centrifugirali 15 min na obratih 6000xg. Vodno fazo smo prenesli v nove 15 ml centrifugirke, ji dodali 0,6 V izopropanola ter shranili preko noči na 4 °C. Naslednji dan smo mešanice najprej centrifugirali 30 min na 10.000xg, zatem smo zavrgli supernatant, oborine pa raztopili v 1 ml 70 % etanola. Še enkrat smo centrifugirali na 10.000xg, tokrat 15 min. Supernatant smo odstranili in sediment popolnoma posušili na zraku. Sediment smo nato resuspendirali v 50 μl pufra TE (10 mM Tris-HCl, 1 mM NaEDTA, pH 8).

[1] Gabor, Esther & de Vries, Erik & B Janssen, Dick. (2003). Efficient recovery of environmental DNA for expression cloning by indirect methods. ''FEMS microbiology ecology''. 44. 153-63. 10.1016/S0168-6496(02)00462-2.

Soline18 - metode

2018-07-19T14:57:03Z

Vida Štrancar:

Seznam metod, uporabljenih v okviru študentskega projekta Soline18.

* [[Metode za gojenje solinskih in morskih mikroorganizmov]]
* Metode za izolacijo mikroorganizmov
* [[Metode za fiksacijo in makroskopsko analizo petole]]
* [[Metode za izolacijo DNA iz solinskega blata]]
* Metode za analizo obstojnosti DNA v okoljskih vzorcih
* Metode za določanje pestrosti mikrobiote
* Metode za določanje slanosti
* Metode za določanje protimikrobnega delovanja

Proti antibiotikom odporni psevdomonas in acinetobakter

2017-05-23T17:38:42Z

Vida Štrancar:

== Uvod ==

Acinetobakter in psevdomonas sta rodova gramnegativnih bakterij, ki predstavljata velik izziv v današnjem zdravstvu. Problematični sta predvsem vrsti Acinetobacter baumanii in Pseudomonas aeruginosa. Pogosto se pojavljata v bolnišnicah, kjer napadeta predvsem imunsko oslabljene posameznike. Povzročata različna vnetja, pogosta je ventilatorska pljučnica, s katero se okužijo bolniki priključeni na dihalne aparate. Kar 30-70 % tovrstnih okužb se konča s smrtnim izidom. Zaradi vse večje odpornosti na nam znane antibiotike ju je organizacija WHO uvrstila v skupino najbolj kritičnih bakterij. Zaradi napačne in prekomerne uporabe antibiotikov, se število odpornih bakterij povečuje, s tem pa se povečuje tudi potreba po razvoju novih zdravil. Zato, da to lahko storimo pa moramo dobro poznati mehanizme odpornosti, proti katerim se borimo.

== Mehanizmi odpornosti pri bakteriji Psevdomonas ==

Psevdomonas je rod gramnegativnih bakterij, ki imajo razvito odpornost proti številnim antibiotikom. Zaradi sposobnosti prilagajanja na različne okoljske pojave pa so tudi zelo razširjene. Do okužb pogosto prihaja v zdravstvenih ustanovah in pri bolnikih z rakom, cistično fibrozo ali z opeklinami. Tovrstne bolezni se zaradi okužbe v kar 50 % končajo s smrtnim izidom.
Zmanjšana prepustnost zunanje membrane, aktivno izčrpavanje antibiotika iz celice in encimska inhibicija le-tega prispevajo k visoki naravni odpornosti bakterije.

Selektivna prepustnost zunanje membrane ščiti bakterijo pred vstopanjem antibiotikov v celico. Vendar pa nekateri hidrofilni antibiotiki (npr. ß-laktami, tetraciklini, fluorokinoloni) prehajajo zunanjo membrano preko nespecifičnih vodnih kanalčkov porinov, ki so sicer namenjeni za prenos hranilnih snovi. Psevdomonas se temu izogne s povečanjem deleža specifičnih porinov v zunanji membrani. Preko porina OprD v bakterijo poteka vnos bazičnih aminokislin, majhnih peptidov in antibiotika karbapenema. Bakterija je proti tovrstnemu antibiotiku razvila odpornost z znižano ravnjo prepisovanja gena oprD. To je lahko posledica delecij oz. insercij v promotorski regiji ali prezgodnje prekinitve prepisovanja.

K bakterijski odpornosti prispeva tudi aktivno izčrpavanje antibiotikov in strupenih snovi iz celice preko črpalk, več-proteinskih kompleksov, ki prehajajo tako notranjo kot zunanjo membrano. V bakteriji je najpogostejši tip črpalk družine RND, ki za prečrpavanje lipofilnih in amfipatičnih antibiotikov iz citosola in periplazme porablja energijo protonskega gradienta (vodikovi ioni v celico, antibiotik iz nje).

Psevdomonas v svojem genomu vsebujejo zapis za encim ß-laktamazo AmpC, hidrolitični encim, ki s cepitvijo amidne vezi v ß-laktamskem obroču zavre delovanje cefalosporinov. Povišana raven izražanja gena ampC je eden osnovnih načinov odpornosti bakterije. Za to je odgovoren AmpR, protein družine prepisovalnih regulatorjev tipa LysR. Ker se gena ampC in ampR izražata pod kontrolo skupnega promotorja, AmpR z vezavo na le-tega uravnava prepisovanje obeh genov. AmpR ima dobro ohranjeno N-končno domeno, s katero se veže na DNA. C-končna domena pa služi za vezavo induktorjev. Vezava na približno 38 bp dolgo promotorsko regijo poteka v obliki tetramera, pri čemer se dve monomerni enoti z visoko afiniteto vežeta na motiv T-N11-A. Vezava ostalih dveh gibljivejših domen na nižje-afinitetno vezavno mesto, ki je v bližini prepoznavnega mesta za RNA-polimerazo (regija -35), pa povzroča ukrivljanje DNA in posledično nedostopnost regije -35 za prepisovalni encim. AmpR lahko glede na to, kateri induktor je vezan nanj, deluje ali kot aktivator ali kot represor prepisovanja. Pentapeptid 1,6-anhidromuraminske in UDP-N-acetilmuraminske kisline sta intermediata peptidoglikan-reciklirajoče poti. Prvi nastane s hidrolitično razgradnjo peptidoglikana in se po prenosu v citoplazmo uporabi za sintezo zadnjega, ki je predhodnja snov v sintezi peptidoglikana. Na AmpR se oba vežeta preko pentapeptida z motivom D-Ala-D-Ala. V normalnih pogojih je na AmpR vezan pentapeptid UDP-N-acetilmuraminska kislina in zavira prepisovanje. Kadar je v periplazmi prisoten ß-laktam, pa inhibicija PBP4 povzroči kopičenje 1,6-anhidromuraminske kisline v citoplazmi. PBP4 namreč cepi ostanek D-Ala, ključen za vezavo na AmpR. Zaradi povišane koncentracije 1,6-anhidromuraminske kisline, se le-ta lahko veže na AmpR, sprememba v strukturi tega regulatorja pa povzroči sprostitev vezavnega mesta za RNA-polimerazo in povečano raven prepisovanja gena ampC v prisotnosti ß-laktamov.

== Mehanizmi odpornosti pri ''Acinetobacter baumannii'' ==

Acinetobacter baumannii (v nadaljevanju acinetobakter) je gramnegativna baketrija in je aerobni kokobacil. Spada v rod Acinetobakter, ki vsebuje 32 različnih vrst, izmed katerih je večina naravno prisotnih organizmov, ki za človeka niso patogeni. Pojavlja se v bolnišnicah, kjer okužbe z njim predstavljajo od 2 do 10 % vseh okužb z gramnegativnimi bakterijami. Ker acinetobakter v telo običajno pride skozi odprto rano, preko intravenoznih katetrov ali mehanske ventilacije, se okužba največkrat pojavlja na oddelkih za intenzivno nego. Dodaten prenos povečuje tvorba biofilmov na medicinskih orodjih, ki bakterijam omogoča preživetje na abiotskih površinah in učinkovitejše širjenje. Okužbe se navadno pojavljajo pri pacientih, ki so v bolnišnici dlje časa, medtem ko se pri osebah, ki imajo malo stika z bolnišnicami, pojavljajo precej manj pogosto. Okužbe z acinetobakterjem največkrat povzročijo pljučnico in okužbe krvnega obtoka, lahko pa tudi celo vrsto drugih bolezenskih stanj, kot so okužbe kože in ran, okužbe urinarnega trakta in sekundarni meningitis. Smrtnost zaradi okužbe je od 8 do 35 %, odstotek pa je odvisen od seva, vrste okužbe in bolnikovega predhodnega zdravstvenega stanja.

Večina sevov acinetobakterja je odporna proti več antibiotikom hkrati, našli pa so tudi seve, ki so odporni na vse antibiotike. Acinetobakter je odpornost razvil s širokim spektrom β-laktamaz, z zmanjšanjem števila porinov, razvil je tudi različne sisteme za izčrpavanje antibiotikov iz celice ter se poslužil še preostalih načinov zaščite, ki so prisotni tudi pri ostalih vrstah.

Poleg encimov, ki razgrajujejo β-laktamske antibiotike, pa v večini sevov acinetobakterja najdemo encime, ki modificirajo aminoglikozide. Delimo jih v tri skupine: acetiltransferaze, nukleotidiltransferaze in fosfotransferaze. V 95 % izolatov acinetobakterja so našli vsaj en gen, ki zapisuje za enega od teh encimov, v 84 % pa kar 2 do 5 genov z zapisom za omenjene encime. Geni so običajno zapisani na plazmidih, zato je njihovo razširjanje omogočeno tudi med različnimi vrstami bakterij. Odpornost proti aminoglikozidom pa omogočajo tudi encimi 16 S rRNA metiltransferaze, ki se pojavljajo pri enterobakterijah, psevdomonasu in acinetobakterju. Vendar podobne 16 S rRNA metilaze najdemo tudi v aktinomicetah, saj so to organizmi, ki proizvajajo aminoglikozide in morajo biti proti njim intrinzično odporni. V gramnegativnih bakterijah se pojavlja več različnih genov, ki zapisujejo za te encime: armA, rmtA, rmtB, rmtC in rmtD. Glede na podobnost v zaporedju encimov v nepatogenih vrstah in gramnegativnih bakterijah predvidevajo, da so geni iz nepatogenih vrst v gramnegativne bakterije prišli preko horizontalnega prenosa. Geni za zapis teh metilaz se namreč nahajajo v transpozonskih regijah na plazmidih. V acinetobakterju so gen armA prvič odkrili leta 2007. 16 S rRNA metilaze v splošnem povzročajo metilacijo na dveh mestih in sicer na A1408 ali G1405, ki se nahajata v mestu A male ribosomske podenote. Metilaza ArmA metilira G1405, metiliran A1408 pa se (zaenkrat) pojavlja le pri aktinomicetah. Konformacijska sprememba, ki jo povzroči metilacija katere od obeh baz, je očitno tako huda, da preprečuje vezavo nekaterim aminoglikozidom, vendar pa so podrobnosti o mehanizmu zaenkrat še neznane.

== Zdravljenje okužb in problemi, s katerimi se srečujemo ==

Zdravljenje se prične z odvzemom vzorca bakterijske kulture, na kateri testiramo potencialne antibiotike. Če to ni možno, se pogosto poskusi s kombinacijo betalaktamskega antibiotika ter aminoglikozida ali kinolona. Leta 2005 smo na ta način pozdravili kar 90 % vseh okužb, dandanes pa se zaradi vse večje odpornosti ta odstotek hitro manjša. Zato moramo posegati po antibiotikih, ki smo jih prej uporabljali le v skrajni sili. S tem ustvarjamo selekcijski pritisk, ki povečuje razvoj in širjenje novih mehanizmov odpornosti. Rodovi psevdomonas, acinetobakter in enterobakterije so tako razvili odpornost na vse splošno uporabljane antibiotike, celo karbapeneme.

'''Kolistin'''

V začetku 21. stoletja smo nujno potrebovali novo rešitev, ki se je pokazala v obliki antibiotika kolistina. Odkrit je bil že leta 1959, a dolgo časa ni bil v uporabi zaradi domnevne strupenosti za ledvice. Je ciklični kationski dekapeptid, povezan z maščobno kislino. Deluje na podlagi elektrostatske interakcije med pozitivno nabitim antibiotikom in negativno nabitimi lipopolisaharidi (LPS), ki se nahajajo na zunanji membrani gramnegativnih bakterij. V normanih okoliščinah so LPS stabilizirani z dvovalentnimi kationi. Kolistin ione umakne in tako zmoti strukturo bakterijske membrane. To povzroči uhajanje celične vsebine v okolico in posledično lizo celice. Ima tudi protivneten učinek, saj se veže na Lipid A, komponento LPS, ki v živalih povzroča hud imunski odziv in zmanjša njegovo imunogenost.
Čeprav za kolistin že dolgo poznamo dva naravna mehanizma odpornosti, je odstotek takih bakterij dovolj majhen, da to ni povzročalo večjih težav. Ker pa je bil antibiotik poceni, so ga dolgo uporabljali v živalski industriji na Kitajskem. Posledično so leta 2013 v črevesju prašiča že našli E. coli, ki je nanj odporna. Leta 2015 so ugotovili, da je odpornost prenosljiva, saj se gen zanjo (mcr-1) nahaja na plazmidu. Plazmid se je razširil že v Evropo in ZDA, kar pomeni, da bo kmalu tudi ta antibiotik neučinkovit.

'''Zaključek'''

Pomembno je, da se zavedamo resnosti problema in poskušamo ukrepati na čim več nivojih. Pri rodovih kot sta acinetobakter in psevdomonas je izjemno pomembna preventiva, saj so tovrstna vnetja pogosto posledica stika z okuženo opremo ali osebjem. Pomembno je varčevanje z antibiotiki, učinkovito odstranjevanje biofilmov v bolnicah ter pravi ukrepi v primeru izbruhov. Predvsem pa moramo čimprej najti novo zdravilo, ki bi nam lahko pomagalo v boju proti gramnegativnim bakterijam.

== Viri ==

2. Gordon, N. C., Wareham, D. W. Multidrug-resistant Acinetobacter baumannii: mechanisms of virulence and resistance. Int J Antimicrob Agents, 2010, 35, 3, str. 219-226. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2009.10.024.

3. Doi, Y., Arakawa, Y. 16S Ribosomal RNA Methylation: Emerging Resistance Mechanism against Aminoglycosides. Clin Infect Dis. 2007, 45, 1, str. 88-94. doi: 10.1086/518605.

4. Lister, P. D., Wolter D. J., Hanson N. D. Antibasterial-resistant Pseudomonas: Clinical Impact of Chromosomally Encoded Resistence Mechanisms. Clin. Microbiol. Rev, 2009, 22, str. 582-610, doi: 10.1128/CMR.00040-09

5. Potron A., Poirel L. in Nordmann P. Emerging broad-spectrum resistance in Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii: Mechanisms and epidemiology. International journal of antimicrobial agents, 2015, 45, str. 568-85, doi: 10.1016/j.ijantimicag.2015.03.001.

Mehanizmi delovanja in odpornosti proti antibiotikom

2017-04-13T12:38:31Z

Vida Štrancar:

V študijskem letu 2016/17 seminarji obravnavajo področje antibiotikov: kako delujejo in kako pride do razvoja odpornosti proti njim. Tema je razdeljena na 16 poglavij. Naslovi so navedeni na prvem seznamu le kot okvirne teme in jih lahko spremenite, ne smete pa se odmakniti od osnovne teme seminarja.

Vsako temo obdelajo praviloma trije, lahko pa tudi samo dva študenta. Predlagate lahko tudi dodatne teme. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni! Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje en dan pred predstavitvijo (do polnoči), torej najkasneje v nedeljo ali v torek za ponedeljkove oziroma sredine seminarje. Predstavitve seminarjev 1-4 bodo 22. maja, 5-8 24. maja, 9-12 29. maja, 13-16 31. maja 2017. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

# Mehanizem delovanja kinolonov
# Mehanizem delovanja rifamicinov
# Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov
# Inhibitorji podenote 30 S ribosoma
# Inhibitorji podenote 50 S ribosoma
# Mehanizem celične smrti po delovanju antibiotikov
# Protimikrobna sredstva v živilski industriji - peptidni antibiotiki
# Protimikrobni polimeri
# Delovanje rastlinskih fenolnih spojin na bakterije
# Strategije v boju proti biofilmom
# Proti antibiotikom občutljivi koki (enterokoki, stafilokoki, streptokoki)
# Proti antibiotikom odporne mikobakterije in nejserije
# Entereobakterije, ki proizvajajo ESBL in odporne proti karbapenemu
# Proti antibiotikom odporni psevdomonas in acinetobakter
# Delovanje na plazmide za zmanjševanje širjenja odpornosti med bakterijami
# Fagi v boju proti patogenim bakterijam

----

Vpišite se v oklepaj za naslovom seminarja:

# Mehanizem delovanja kinolonov (Pia Lavriha, Domen Vaupotič)
# Mehanizem delovanja rifamicinov (Neli Sedej, Urban Ferčec, Aljaž Božič)
# Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov (Ivančir, Lenardič, Cafun)
# Inhibitorji podenote 30 S ribosoma
# Inhibitorji podenote 50 S ribosoma
# Mehanizem celične smrti po delovanju antibiotikov (Karmen Žbogar, Natalija Pucihar, Katja Malensek)
# Protimikrobna sredstva v živilski industriji - peptidni antibiotiki (Anja Šantl, Liza Otorepec, Dominik Rebek)
# Protimikrobni polimeri (David Dolhar)
# Delovanje rastlinskih fenolnih spojin na bakterije (Valentina Novak, Tanja Peric, Maksimiljan Adamek)
# Strategije v boju proti biofilmom(Klemenčič, Vogrinec, Hudovernik)
# Proti antibiotikom občutljivi koki (enterokoki, stafilokoki, streptokoki)
# Proti antibiotikom odporne mikobakterije in nejserije (David Titovsek, Iztok Štuhec, Maša Zorman)
# Entereobakterije, ki proizvajajo ESBL in odporne proti karbapenemu
# Proti antibiotikom odporni psevdomonas in acinetobakter(Janja Murn, Katarina van Midden, Vida Štrancar)
# Delovanje na plazmide za zmanjševanje širjenja odpornosti med bakterijami (Zala Živič, Ana Halužan Vasle)
# Fagi v boju proti patogenim bakterijam (Jošt Hočevar, Nejc Arh, Aljoša Marinko)

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo s povzetkom. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki:
<nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

Mehanizmi delovanja in odpornosti proti antibiotikom

2017-04-13T11:06:51Z

Vida Štrancar:

V študijskem letu 2016/17 seminarji obravnavajo področje antibiotikov: kako delujejo in kako pride do razvoja odpornosti proti njim. Tema je razdeljena na 16 poglavij. Naslovi so navedeni na prvem seznamu le kot okvirne teme in jih lahko spremenite, ne smete pa se odmakniti od osnovne teme seminarja.

Vsako temo obdelajo praviloma trije, lahko pa tudi samo dva študenta. Predlagate lahko tudi dodatne teme. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Ne opisujte potekov bolezni! Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje en dan pred predstavitvijo (do polnoči), torej najkasneje v nedeljo ali v torek za ponedeljkove oziroma sredine seminarje. Predstavitve seminarjev 1-4 bodo 22. maja, 5-8 24. maja, 9-12 29. maja, 13-16 31. maja 2017. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev sta običajno dve vprašanji od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

# Mehanizem delovanja kinolonov
# Mehanizem delovanja rifamicinov
# Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov
# Inhibitorji podenote 30 S ribosoma
# Inhibitorji podenote 50 S ribosoma
# Mehanizem celične smrti po delovanju antibiotikov
# Protimikrobna sredstva v živilski industriji - peptidni antibiotiki
# Protimikrobni polimeri
# Delovanje rastlinskih fenolnih spojin na bakterije
# Strategije v boju proti biofilmom
# Proti antibiotikom občutljivi koki (enterokoki, stafilokoki, streptokoki)
# Proti antibiotikom odporne mikobakterije in nejserije
# Entereobakterije, ki proizvajajo ESBL in odporne proti karbapenemu
# Proti antibiotikom odporni psevdomonas in acinetobakter
# Delovanje na plazmide za zmanjševanje širjenja odpornosti med bakterijami
# Fagi v boju proti patogenim bakterijam

----

Vpišite se v oklepaj za naslovom seminarja:

# Mehanizem delovanja kinolonov (Pia Lavriha, Domen Vaupotič)
# Mehanizem delovanja rifamicinov
# Mehanizem delovanja betalaktamov in glikopeptidov
# Inhibitorji podenote 30 S ribosoma
# Inhibitorji podenote 50 S ribosoma
# Mehanizem celične smrti po delovanju antibiotikov
# Protimikrobna sredstva v živilski industriji - peptidni antibiotiki
# Protimikrobni polimeri
# Delovanje rastlinskih fenolnih spojin na bakterije
# Strategije v boju proti biofilmom(Klemenčič, Vogrinec, Hudovernik)
# Proti antibiotikom občutljivi koki (enterokoki, stafilokoki, streptokoki)
# Proti antibiotikom odporne mikobakterije in nejserije
# Entereobakterije, ki proizvajajo ESBL in odporne proti karbapenemu
# Proti antibiotikom odporni psevdomonas in acinetobakter(Janja Murn, Katarina van Midden, Vida Štrancar)
# Delovanje na plazmide za zmanjševanje širjenja odpornosti med bakterijami (Zala Živič, Ana Halužan Vasle)
# Fagi v boju proti patogenim bakterijam (Jošt Hočevar, Nejc Arh, Aljoša Marinko)

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme povežite z novo wiki-stranjo s povzetkom. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki:
<nowiki>[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani [[Struktura kromatina]] (2013/14).

BIO2 Povzetki seminarjev 2016

2016-10-19T16:13:46Z

Vida Štrancar: /* Ime in priimek: Moj naslov */

== Biokemija- Povzetki seminarjev 2016/2017 ==
Nazaj na osnovno [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Seminar_2016 stran]

=== Ime in priimek: Moj naslov ===
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Praesent in turpis ligula. Vivamus eget placerat lorem. Donec condimentum blandit turpis. Donec eu mi in risus efficitur pellentesque at pretium augue. Pellentesque tincidunt molestie sem, molestie feugiat ante vestibulum ut. Fusce nisi risus, ullamcorper laoreet lectus in, convallis tincidunt ipsum. Etiam mattis consequat sapien et gravida. Praesent et tellus porta nisl euismod dignissim vitae ut nibh. Proin imperdiet magna non urna consectetur, non venenatis nulla egestas. Suspendisse suscipit enim ligula, nec convallis eros tincidunt eget. Phasellus eget orci et lacus faucibus venenatis. Aliquam maximus congue diam, a gravida elit scelerisque at. Nulla ut mi eros. In hac habitasse platea dictumst. Sed feugiat metus dictum turpis varius, vel fringilla massa auctor. Duis hendrerit maximus odio, nec molestie erat congue imperdiet. Phasellus in iaculis mauris. Fusce vel imperdiet elit, id tempus odio. Etiam mattis imperdiet dapibus. Integer tempus odio ut nunc laoreet, at maximus dolor ultrices. Morbi tempor magna orci, a scelerisque est ullamcorper a. Proin eu tempus ante. Phasellus molestie ipsum eget aliquam feugiat. Proin non malesuada mi, in rhoncus justo. Cras sodales accumsan arcu porta porttitor. Fusce porta consectetur interdum. Donec sed finibus odio, nec maximus neque. Mauris dictum sem vel.

=== Vida Štrancar: Zaznavanje vročine pri rastlinah ===
V zadnjem obdobju smo zaradi globalnih klimatskih sprememb priča vse daljšim vročinskim valom. Ker so rastline pritrjeni organizmi, neugodnim razmeram ne morejo ubežati. Na neugodne razmere se prilagajajo tako, da se posledično zmanjša njihov pridelek. Zato je raziskovanje načinov aklimatizacije in celičnih signalnih poti zelo aktualno. Rastline vročino zaznavajo na celičnem nivoju in sicer s pomočjo več različnih sistemov. Vročina v celicah vpliva na strukturo proteinov, nabiranje reaktivnih kisikovih zvrsti, fluidnost membrane. Celica lahko s pomočjo molekul, ki zaznavajo te spremembe aktivira gene, ki sprožijo odziv na povišanje temperature. Verjetno imajo najpomembnejšo vlogo pri sporočanju kalcijevi ioni, ki v celico vdrejo preko kalcijevih kanalčkov, ki se odprejo ob povišani temperaturi. V celici se poviša tudi koncentracija lipidnih signalnih molekul, ki regulirajo gene za odziv na vročino. Pri tovrstnem stresu pride do spremembe strukture proteinov. Te popravlja sistemski odziv, ki vključuje proteine toplotnega šoka (Hsp). Ti preprečujejo agregacijo proteinov, ki bi lahko posledično vodila v hude napake delovanja. Kot signal so v celici uporabljene reaktivne kisikove zvrsti (ROS), ki nastajajo kot produkt pri metabolnih procesih. V jedru se nahaja termosenzor, histon H2A.Z, ki se temperaturno odvisno veže na promotorje genov, ki so povezani z odzivom na temperaturne spremembe. Sistem zaznavanja vročine je pri rastlinah zelo kompleksen, povezave med različnimi potmi pa zaenkrat ostajajo še neznane.

BIO2 Seminar 2016

2016-10-19T15:47:46Z

Vida Štrancar: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime Priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
|-
| Vida Štrancar || 12 || Zaznavanje vročine pri rastlinah || Jošt Hočevar || Neli Sedej || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Janja Murn || 12 || || Ana Halužan Vasle || Domen Vaupotič || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Katarina Petra van Midden || 12 || || Veronika Razpotnik || Tina Ivančir || 19/10/16 || 21/10/16 || 26/10/16
|-
| Dominik Rebek || 12 || || Maša Bratkovič || Katja Malenšek || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Maksimiljan Adamek || 12 || || David Dolhar || Maša Zorman || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| David Dolhar || 12 || || Andrej Ivanovski || Jurij Nastran || 26/10/16 || 28/10/16 || 02/11/16
|-
| Anja Šantl || 14-15 || || Vida Štrancar || Jošt Hočevar || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Lana Vogrinec || 14-15 || || Janja Murn || Ana Halužan Vasle || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Ajda Cafun || 14-15 || || Katarina Petra van Midden || Ana Obaha || 02/11/16 || 04/11/16 || 09/11/16
|-
| Iztok Štuhec || 16 || || Dominik Rebek || Maša Bratkovič || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Valentina Novak || 16 || || Maksimiljan Adamek || David Dolhar || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Zala Živič || 16 || || Ana Obaha || Andrej Ivanovski || 09/11/16 || 11/11/16 || 16/11/16
|-
| Natalija Pucihar || 17 || || Mateja Luzar || Kristina Piškur || 15/11/16 || 17/11/16 || 22/11/16
|-
| Aljaž Božič || 17 || || Anja Šantl || Vida Štrancar || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Ajda Lenardič || 17 || || Lana Vogrinec || Janja Murn || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Tanja Peric || 17 || || Ajda Cafun || Katarina Petra van Midden || 16/11/16 || 18/11/16 || 23/11/16
|-
| Kristina Piškur || 18 || || Natalija Pucihar || Mateja Luzar || 22/11/16 || 24/11/16 || 29/11/16
|-
| Nejc Arh || 18 || || Iztok Štuhec || Dominik Rebek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Tomaž Žigon || 18 || || Valentina Novak || Maksimiljan Adamek || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Urban Ferčec || 18 || || Zala Živič || Veronika Razpotnik || 23/11/16 || 25/11/16 || 30/11/16
|-
| Eva Klemenčič || 19 || || Aljaž Božič || Anja Šantl || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| David Titovšek || 19 || || Ajda Lenardič || Lana Vogrinec || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Karmen Žbogar || 19 || || Tanja Peric || Ajda Cafun || 30/11/16 || 02/12/16 || 07/12/16
|-
| Aljoša Marinko || 20 || || Nejc Arh || Iztok Štuhec || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Pia Lavriha || 20 || || Tomaž Žigon || Valentina Novak || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Liza Otorepec || 20 || || Urban Ferčec || Zala Živič || 07/12/16 || 09/12/16 || 14/12/16
|-
| Mateja Luzar || 21 || || Kristina Piškur || Natalija Pucihar || 13/12/16 || 15/12/16 || 20/12/16
|-
| Ela Hudovernik || 21 || || Eva Klemenčič || Aljaž Božič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Neli Sedej || 21 || || David Titovšek || Ajda Lenardič || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Domen Vaupotič || 21 || || Karmen Žbogar || Tanja Peric || 14/12/16 || 16/12/16 || 21/12/16
|-
| Tina Ivančir || 22 || || Aljoša Marinko || Nejc Arh || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Katja Malenšek || 22 || || Pia Lavriha || Tomaž Žigon || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Maša Zorman || 22 || || Liza Otorepec || Urban Ferčec || 21/12/16 || 23/12/16 || 04/01/17
|-
| Jurij Nastran || 23 || || Ela Hudovernik || Eva Klemenčič || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Jošt Hočevar || 23 || || Neli Sedej || David Titovšek || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Halužan Vasle || 23 || || Domen Vaupotič || Karmen Žbogar || 04/01/17 || 06/01/17 || 11/01/17
|-
| Ana Obaha || 23 || || Tina Ivančir || Aljoša Marinko || 10/01/17 || 12/01/17 || 17/01/17
|-
| Maša Bratkovič || 23 || || Katja Malenšek || Pia Lavriha || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Veronika Razpotnik || 23 || || Maša Zorman || Liza Otorepec || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|-
| Andrej Ivanovski || 23 || || Jurij Nastran || Ela Hudovernik || 11/01/17 || 13/01/17 || 18/01/17
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [http://93.174.95.27/scimag/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2016|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK2016 Povzetki seminarjev

2016-03-15T18:17:53Z

Vida Štrancar:

[[TBK2016-seminar|Nazaj na osnovno stran]]
=== Vida Štrancar: Vloga konformacijske spremembe kinaze v procesu bakterijske kemotakse ===
Bakterijska kemotaksa je proces, ki obsega zaznavanje dražljaja, senzorično transdukcijo in odziv nanj, ki se kaže v obliki gibanja v smeri ali stran od koncentracijskega gradienta določene snovi. Kadar se na membranske kemoreceptorje vežejo za bakterijo ugodne molekule, se ta giblje v smeri povečane koncentracije, nasprotno pa ob vezavi strupov bakterija spremeni smer, stran od koncentracijskega gradienta strupa. Spremembo smeri gibanja omogoča vrtenje bička, ki se lahko vrti v smeri urinega kazalca in obratno. Raziskava, ki jo v seminarju obravnavam, se osredotoča na molekule, ki posredujejo informacije od membranskih kemoreceptorjev, ki zaznavajo ligande, do flagelarnih motorčkov, ki oblikujejo odziv. Bolj specifično se raziskava ukvarja z določanjem 3D strukture CheA in CheW proteinov, ki so pripeti na membranske kemoreceptorje. Protein CheA je histidinska kinaza in vrši avtofosforilacijo, ki nadalje omogoča fosforilacijo proteina CheY. Fosforilirana oblika CheY potuje skozi citoplazmo do flagelarnih motorčkov in povzroči, da se bički začnejo vrteti v nasprotni smeri urinega kazalca. Glavno odkritje raziskave razkriva podrobnejšo strukturo proteina CheA in dve konformacijski stanji domene P4 CheA proteina. Kljub odkritju ostaja nejasen mehanizem pretvorbe signala iz receptorjev na CheA kinazo, zato bodo na tem področju potrebne še dodatne raziskave.

=== Andrej Ivanovski: Genski spmenjeni komarji bi lahko pomagali boj proti malariji ===
S slisanje na termin genetestki speremenjen,alarm za opozorilo se vklucuje pri mnogih,ampak kod nevoranost ali ne, gre za tehniko ki deluje dobr na celotni svet.Inzenjeri ki so delali s komarjev podajo nam resitev za odprava na vrocino in tudi nam podajo resitev za odpravo na vecji problem,kod je malarija.
Malarija je nalezljiva bolezen, ki jo povzrocajo nekatere vrste zajedavskih prazivali iz razreda trosovcec, plazmodiji (Plasmodium).Glavni prenasalci malarije so Okužene samice, komarja ki prenašajo trose plazmodija v žlezah slinavkah. Ko pičijo človeka, se trosi prenesejo v njegovo kri in se začnejo množiti v jetrih. Nastanejo merozoiti, ki vstopajo v rdeča krvna telesca (eritrocite), kjer se nadalje delijo, dokler eritrocit ne poči. Takrat bolnik dobi napad. Kako glavni prenasalci so komarji , Anopheles gambiae in inficirajo vec od 200 miljonov ljudi vsako leto in povzrocajo smrt na vec od 430,000 ljudje.
=== Kaja Ujčič: Imunski sistem kot spodbujevalec raka ===
Imunski sistem ima pomembno vlogo pri preprečevanju rakastih obolenj. Naravne celice ubijalke oziroma NK-celice imajo v telesu nalogo uničevanja rakastih celic. STAT5 je regulatorni protein, ki regulira transkripcijo določenih genov. Prisoten je lahko v neaktivni ali aktivni (fosforilirani) obliki. V rakastih celicah je neprestano v aktivni obliki, zato se nekateri geni nenormalno izražajo, kar je vzrok za nenavadne lastnosti rakastih celic. Znanstveniki torej iščejo načine zdravljenja raka z inhibicijo tega proteina. Nedavno so bili objavljeni rezultati raziskave, ki kažejo, da ima protein STAT5 pomembno vlogo tudi v NK-celicah, zato bi njegova inhibicija lahko povzročila njihovo okvaro in s tem nezmožnost uničevanja rakastih celic. V odsotnosti STAT5 je močno zmanjšana proliferacija, dozorelost in citotoksičnost NK-celic ter povečana angiogeneza. STAT5 torej deluje kot molekulsko stikalo, ki preklaplja med dvema funkcijama NK-celic – inhibicijo in promocijo tumorja. Ta odkritja silijo v dodaten razmislek o možnih posledicah zdravljenj, ki ciljajo na aktivnost STAT5, in so podlaga za nadaljne raziskave ter kažejo na nujnost razvijanja zdravil s čim bolj optimalnim učinkom.

=== David Dolhar: Umetna mišična tkiva s sposobnostjo samoobnove le stvar prihodnosti? ===
V zadnjem času je razvoj organskih polimerov doživel hiter razvoj. V seminarju sem se osredotočil na tehniko združevanja kovalentnih (C-polimerov) ter nadmolekulskih polimerov (S-polimerov), katerih sinteza in preučevanje spada v področje fizike mehke snovi. Ideja kombiniranja teh polimerov je ustvarjanje hibridnega polimera (CNC-polimera). Ta vrsta polimera po fizičnih lastnostih močno spominja na mišično vlakno, saj v nasprotju s sedaj obstoječimi kovalentnimi polimeri tvori daljše verige z bolj urejeno strukturo. V seminarju so prikazane tri oblike monomerov, ki jih lahko učinkovito povežemo v hibridne polimere, predstavljene pa so tudi značilnosti struktur, v katere se ti polimeri povezujejo. Osrednje sredstvo za vezivo tako ostajajo povezave med aromatskimi obroči kovalentnih monomerov, le da dodatni nadmolekulski monomeri dovoljujejo dodatno stabilizacijo strukture ter tako nudijo bolj ugodno termodinamsko postavitev v hibridnem polimeru v primerjavi s standardnim kovaletnim polimerom. Dobra lastnost hibridnega polimera je tudi, da lahko nadmolekulski del hibrida po želji nadomestimo z novimi enotami s procesi dialize, ekstrakcije ter rekonstitucije. Odkritja na tem področju nudijo integracijo znanja s številnimi drugimi raziskavami, npr. električne prevodnosti organskih polimerov, kar pomeni še korak bližje k ustvarjenju umetnega mišičnega tkiva.

=== Dominik Rebek: Vloga RQC sistema pri agregaciji proteinov ===
Veliko zanimanja so v zadnjih letih znanstveniki pokazali za raziskovanje povezave med velikimi proteinskimi agregati oziroma skupki, predvsem tistimi, ki nastanejo znotraj živčnih celic, in nevrodegenerativnimi boleznimi, kot sta Alzheimerjeva in Huntingtonova bolezen. Agregacija je sicer del običajnega delovanja celic, do bolezenskih stanj vodi, če pride do agregacije okvarjenih proteinov. Ekipa, ki je napisala članek, ki sem ga izbral, se je posvetila raziskovanju povezave med okvaro sistema ribosomske kontrole kakovosti in agregacijo nefunkcionalnih polipeptidnih verig. Vse se začne pri molekuli mRNA brez stop kodona. Pri translaciji takšne molekule pride do prevajanja nekodirajočih regij, zaradi česar lahko veriga zastane na ribosomu. Težavo običajno reši kontrolni sistem, ki pa v primeru okvare vpliva na agregacijo takšnih verig. Nastali agregati pa delujejo kot seme, saj se z njimi povežejo tudi delujoči proteini. To posledično vodi do zrušenja proteostatskega ravnotežja v celici. S svojim delom je ekipa utrla pot do novih vprašanj, na katera še nimamo točnih odgovorov. Ključno vprašanje, na katerega bodo poskušali odgovoriti s prihodnjimi raziskavami, je, ali nevrodegenerativne motnje temeljijo na agregaciji zastalih polipeptidov in proteostatskem neravnovesju.

=== Lana Vogrinec: Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije ===
V nalogi sem se posvetila procesu umetne fotosinteze, s katero se znanstveniki iz različnih področij že več let ukvarjajo. Sistem, ki bi bil zmožen posnemati ta naravni proces, bi na učinkovit način rešil problem onesnaženja s toplogrednim plinom CO2, hkrati pa bi bilo mogoče fotosintetske produkte uporabiti za predelavo v industrijsko pomembne surovine, na primer gorivo. Osredotočila sem se na članek z naslovom Self-photosensitization of nonphotosynthetic bacteria for solar-to-chemical production - avtorjev K. K. Sakimota, A. B. Wonga in P. Yanga, objavljen v reviji Science 1. 1. 2016. V njem je opisana sestava in delovanje hibridnega sistema nefotosintetske bakterije Moorella thermoacetica in njenega biološko oborjenega delca, kadmijevega sulfida (CdS). Hibrid deluje tako, da kadmijev sulfid, ki ga je bakterija ob dodatku določenih snovi sposobna sama proizvajati, služi kot sprejemnik sončne svetlobe. Elektroni, ki se ob tem vzbudijo, vstopajo v presnovne procese bakterij, natančneje v Wood-Ljungdahlovo pot, v kateri se CO2 reducira v etanojsko kislino. Tak sistem ima veliko prednosti, saj sam proizvaja delce, potrebne za absorpcijo svetlobe in ima velik izkoristek celo v primerjavi z naravno fotosintezo. Prav tako je obetavna možnost samostojne regeneracije, saj se majhen delež produktov, ki nastanejo pri fotosintezi, shranjuje v obliki biomase. Na tak način sistem raste, se vzdržuje in reproducira izključno na podlagi sončne energije.

=== Aljaž Božič: Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze ===
Bakterije uporabljajo različne načine za razmnoževanje in širjenje v nove celice. Nekatere bakterije so sposobne prehajati med celicami brez da bi vstopile v medcelični prostor. Take bakterije uporabljajo posebne mehanizme za prehode med celicami (npr. gibljivost s pomočjo aktina). Raziskava na bakterijah Francisella tularensis pa kaže, da so bakterije sposobne prehajati med celicami tudi brez posebnih mehanizmov ob medceličnih stikih celic. Natančneje ob procesu trogocitoze; pojavu, kjer limfociti, ki so povezani s celicami, ki vsebujejo ustrezne antigene prevzamejo proteine iz plazmaleme teh celic in jih dodajo na svojo površino. Vendar pa je proces trogocitoze omejen le na limfocite, zato so takega prehajanja med celicami sposobne le bakterije, ki lahko preživijo v limfocitih. Poleg tega lahko na ta način okužijo le tiste tipe celic, ki vršijo trogocitozo. Natančen mehanizem prehoda bakterij med celicami še ni znan, prehod pa je sočasen s trogocitozo, torej je le ta lahko označevalec za prehode bakterij. Prehod baterij med celicami pa ni omejen zgolj na bakterijo Francisella tularensis, saj so rezultati za bakterijo Salmonella enterica serovar Typhimurum podobni. Verjetno se tudi njima podobne bakterije obnašajo enako.

=== Polona Skrt: Aktivnost mitohondrija in staranje kožnih celic===
Raziskave staranja so že nekaj časa zelo aktualne in med najbolj sprejetimi teorijami je povezava med spremenjenim delovanjem prenašalnih verig mitohondrija, posledično nastajanjem večje količine reaktivnih kisikovih zvrsti(ROS), in staranjem celic ter tkiv. Celična senescenca oz. staranje je pravzaprav odziv ne stres(krajšanje telomer, poškodbe DNA), ki se kaže kot izguba sposobnosti delitve celice. To posledično privede do preprečitve razvoja raka, vendar tudi do kopičenja teh celic v tkivih ali omejitve zmožnosti regenerativnih zalog matičnih celic. Poudarek te raziskave je na povezavi aktivnosti mitohondrijskega kompleksa II, ki je del dihalne verige in je najmanj preučen sistem od vseh petih. Ta kompleks je zgrajen iz 4 podenot in za razliko od sorodnih treh kompleksov ni protonska črpalka. Njegova naloga je dovajanje elektronov(prek FAD) ubikinonu(koencimu Q10), ki se nato reducira. Pri temu nastajajo tudi ROS, ki so v skladu z obravnavano teorijo o staranju povzročitelji veliko poškodb DNA. V raziskavi so preučevali povezavo med aktivnostjo kompleksa II in naraščajočo starostjo. Ugotovitve so pokazale, da z naraščajočo starostjo darovalcev kožnih celic pada aktivnost kompleksa II v senescentnih fibroblastih. Vzrok za staranje celic bi tako lahko bile večje količine ROS ali pa dejansko znižana aktivnost kompleksa II.

=== Domen Vaupotič: Biokemija v boju proti otrokom===
Svetovna populacija ljudi presega sedem milijard in še vedno strmo narašča, zaradi česar se že desetletja pojavlja potreba po novih oblikah kontracepcije. Prikrajšani so predvsem moški, saj poleg nereverzibilne vazektomije in nezanesljivega kondoma nimajo na voljo drugih kontracepcijskih sredstev, čeprav raziskovalci že trideset let pozornost usmerjajo v razvoj tako hormonalnih kot nehormonalnih učinkovin. Miyata je s svojo ekipo raziskovalcev pri miših raziskal vlogo kalcinevrina pri mobilnosti spermijev in plodnosti ter ugotovil, da inhibicija kalcinevrina povzroča močno zmanjšano aktivnost spermijev in posledično neplodnost samca. Inhibitorji kalcinevrina, kot sta ciklosporin A in FK506, se v medicini uporabljajo po presaditvi organov kot zaviralca imunskega odziva, saj je kalcinevrin vpleten tudi v aktivacijo T-celic. Uporaba tovrstnih inhibitorjev kot kontracepcijsko sredstvo zato ni mogoča, v nadaljnjih raziskavah pa bi morali raziskovalci razviti sintetično molekulo, ki bi inhibirala samo specifično izoobliko kalcinevrina (PPP3CC), ki je prisotna zgolj v spermijih. Vse do takrat pa bo velik delež načrtovanja družine še vedno slonel na ženskah.

TBK2016-seminar

2016-03-14T19:55:57Z

Vida Štrancar: /* Seznam seminarjev */

= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==
{| border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:#c9c9c9 1px solid; margin: 1em 1em 1em 0; border-collapse: collapse;"
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long||12.12.||12.12.||12.12.||r1||r2||r3
|-
| Domen Vaupotič||Biokemija v boju proti otrokom||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151020091651.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik
|-
| Aljaž Božič||Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215143327.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tomaž Žigon||Tanja Peric||Luka Okorn
|-
| Lana Vogrinec||Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije ||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160104164221.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Tina Ivančir||Iztok Štuhec||Maša Zorman
|-
| Polona Skrt||Aktivnost mitohondrija in staranje kožnih celic||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160226080947.htm||01.03.||04.03.||07.03.||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar
|-
| Andrej Ivanovski||Genski spmenjeni komarji bi lahko pomagali borbi proti malariji||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/12/151207113839.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Domen Vaupotič||Eva Klemenčič||Ana Halužan Vasle
|-
| Dominik Rebek||Vloga RQC sistema pri agregaciji proteinov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160303112912.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Aljaž Božič||Tomaž Žigon||Tanja Peric
|-
| Kaja Ujčič||Imunski sistem kot spodbujevalec raka||http://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160218060937.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Eva Klemenčič||Tina Ivančir||Iztok Štuhec
|-
| David Dolhar||Umetna mišična tkiva s sposobnostjo samoobnove le stvar prihodnosti?||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160128154827.htm||08.03.||11.03.||14.03.||Polona Skrt||Ajda Cafun||Maksimiljan Adamek
|-
| Vida Štrancar||Vloga konformacijske spremembe kinaze v procesu bakterijske kemotakse||https://www.sciencedaily.com/releases/2015/12/151208134129.htm||15.03.||18.03.||21.03.||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič||Lana Vogrinec
|-
| Lara Turk||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||Dominik Rebek||Aljaž Božič||Tomaž Žigon
|-
| Janja Murn||Virus HSV uspešen v boju z imunskim sistemom||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160204094928.htm||15.03.||18.03.||21.03.||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec||Tina Ivančir
|-
| Zorana Andonović||naslov||link||15.03.||18.03.||21.03.||David Dolhar||Polona Skrt||Ajda Cafun
|-
| Ana Obaha||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski||Domen Vaupotič
|-
| Nadja Škafar||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Lara Turk||Dominik Rebek||Aljaž Božič
|-
| Marijana Mijatović||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Janja Murn||Kaja Ujčič||Lana Vogrinec
|-
| Aljaž Puž||naslov||link||29.03.||01.04.||04.04.||Zorana Andonović||David Dolhar||Polona Skrt
|-
| Ana Erčulj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Ana Obaha||Vida Štrancar||Andrej Ivanovski
|-
| Urban Ferčec||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Nadja Škafar||Lara Turk||Dominik Rebek
|-
| Karin Kokalj||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Marijana Mijatović||Janja Murn||Kaja Ujčič
|-
| Aljoša Savić||naslov||link||05.04.||08.04.||11.04.||Aljaž Puž||Zorana Andonović||David Dolhar
|-
| Ela Hudovernik||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160224151217.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Ana Erčulj||Ana Obaha||Vida Štrancar
|-
| David Titovšek||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Urban Ferčec||Nadja Škafar||Lara Turk
|-
| Zala Živič||naslov||https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215123751.htm||12.04.||15.04.||18.04.||Karin Kokalj||Marijana Mijatović||Janja Murn
|-
| Neli Sedej||naslov||link||12.04.||15.04.||18.04.||Aljoša Savić||Aljaž Puž||Zorana Andonović
|-
| Aljoša Marinko||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Ela Hudovernik||Ana Erčulj||Ana Obaha
|-
| Melita Flander||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||David Titovšek||Urban Ferčec||Nadja Škafar
|-
| Pia Lavriha||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Zala Živič||Karin Kokalj||Marijana Mijatović
|-
| Katja Malenšek||naslov||link||19.04.||22.04.||25.04.||Neli Sedej||Aljoša Savić||Aljaž Puž
|-
| Kevin Heric||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik||Ana Erčulj
|-
| Jurij Nastran||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Melita Flander||David Titovšek||Urban Ferčec
|-
| Ajda Lenardič||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Pia Lavriha||Zala Živič||Karin Kokalj
|-
| Katarina Petra van Midden||naslov||link||03.05.||06.05.||09.05.||Katja Malenšek||Neli Sedej||Aljoša Savić
|-
| Valentina Novak||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Kevin Heric||Aljoša Marinko||Ela Hudovernik
|-
| Veronika Razpotnik||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Jurij Nastran||Melita Flander||David Titovšek
|-
| Luka Okorn||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Ajda Lenardič||Pia Lavriha||Zala Živič
|-
| Maša Zorman||naslov||link||10.05.||13.05.||16.05.||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek||Neli Sedej
|-
| Jošt Hočevar||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Valentina Novak||Kevin Heric||Aljoša Marinko
|-
| Ana Halužan Vasle||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran||Melita Flander
|-
| Tanja Peric||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Luka Okorn||Ajda Lenardič||Pia Lavriha
|-
| Iztok Štuhec||naslov||link||17.05.||20.05.||23.05.||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden||Katja Malenšek
|-
| Maksimiljan Adamek||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Jošt Hočevar||Valentina Novak||Kevin Heric
|-
| Eva Klemenčič||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Ana Halužan Vasle||Veronika Razpotnik||Jurij Nastran
|-
| Tomaž Žigon||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Tanja Peric||Luka Okorn||Ajda Lenardič
|-
| Tina Ivančir||naslov||link||24.05.||27.05.||30.05.||Iztok Štuhec||Maša Zorman||Katarina Petra van Midden
|-
| Ajda Cafun||naslov||link||31.05.||03.06.||06.06.||Maksimiljan Adamek||Jošt Hočevar||Valentina Novak
|}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2015. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ tukaj]
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2016 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2016_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2016_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2016_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2016_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2016_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2016_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=6&sqi=2&ved=0CEUQFjAF&url=http%3A%2F%2Fwww.tre.sik.si%2Fmain%2Fpomoc%2Ffiles%2Fcitiranje_in_navajanje_virov.pdf&rct=j&q=citiranje%20po%20pravilniku%20ISO%20690&ei=jPBqTe6FC9DKswaWk-TmDA&usg=AFQjCNF8r6X9Y781sanDObaXNdCew4suUg&sig2=cTqKObSJsTicekWGRGa72g&cad=rja Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).'''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.