Wiki FKKT - User contributions [en]

2026-BNT-seminar

2026-03-12T21:06:49Z

Vidk: /* Seznam seminarjev */

= Bionanotehnologija 2026- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
V tabelo] prosim vpišite temo vašega projekta in kratko oznako.

{| class="wikitable"
! datum predstavitve !! naslov !! kratka koda projekta !! predstavlja !! recenzent 1 !! recenzent 2
|-
| 18/03/2025 || Bionanotehnološki pristop k dolgoročnemu arhiviranju digitalnih podatkov z DNA zaporedjem ||DNArchive || Kozel, Vid || ||
|-
| 18/03/2025 || GlutenBlock: Sistem za adsorpcijo in razgradnjo gliadina (uporaba v medicini in prehranski industriji) || || Horvat, Nejc || ||
|-
| 18/03/2025 || || || Perc, Anže || ||
|-
| 18/03/2025 || Nanosenzorski sistem za personalizirano uravnavanje cirkadianega ritma z melatoninom || CircAlign || Kovaček, Lucija || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Pezo Zupančič, Neža || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Bogataj, Lenart || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Ferjančič, Lara || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Briševac, Tea || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Pšeničnik, Tiara || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Jukić, Lea || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Petrovič, Filip || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Novak, Anja || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Kristan, Maruša || ||
|-
| 08/04/2025 || Pristop k zdravljenju neonatalne zlatenice || ZlatoHome || Auer, Špela || ||
|-
| 08/04/2025 || || || Dimovska, Andreja || ||
|-
| 08/04/2025 || || || Gomiršek, Katarina || ||
|-
| 08/04/2025 || || || Titova, Varvara || ||
|-
| 08/04/2025 || Atmos: Sistem za dostavo kisika pri pljučnih boleznih in potencialna uporaba v vojski|| || Oman Sušnik, Tonja || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Škorjanc, Meri || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Bregar, Jana || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Smrečnik, Meta || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Tušek, Marcel || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Zupan, Zala || ||
|-
| 22/04/2025 || LitterLab: Mikrofluidni nanosenzorski sistem za zgodnje zaznavanje bolezni mačk preko analize urina || || Lešnik, Tjaša || ||
|-
| 22/04/2025 || || || Čarman, Jasna || ||
|-
| 22/04/2025 || || || Ribič, Rebeka || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Hvalec, Jan || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Klopčič, Klemen || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Mohar, Teja || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Vogrič, Vanja || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Bajramovikj, Denis || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Šenica Pavletič, Primož || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Agrež, Tim-David || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Bervar, Amber || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Habot, Hanna || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Jarm, Lea || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Todorovska, Milena || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Klinar, Brina || ||
|-
| 27/05/2025 || || || kratke predstavitve || ||
|}

==Naloga==
Pripravite projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt, ki pa mora biti takšen, da pritegne investitorje. Ker je pomembno tudi kako boste to naredili, morate predstaviti tudi metodo in ne samo ideje. Natančno morate vedeti, kako boste projekt izvedli.

Predlagana struktura teksta:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Elektronska verzija seminarja: avtor, naslov projekta, razširjeni povzetek projekta- 350-400 besed (brez literature) in grafični povzetek (čez približno pol strani). Vse naj bo na maksimalno dveh straneh, a ne sme vsebovati manj kot 350 besed (sem se ne šteje literatura).
* Elektronsko verzijo seminarja oddajte '''dva dni pred predstavitvijo,''' kasneje pa boste vsebino še prekopirali na za to določeno spletno stran, predstavitev pa eno uro pred seminarjem na [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ strežnik].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Predstavitev naj bo dolga 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenta morate predlagati vsaj eno izboljšavo predstavljenega projekta.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem modelu:
* 25_nano_Priimek.doc za seminar, npr. 25_nano_Craik_Venter.doc
* 25_nano_Priimek.ppt za prezentacijo, npr. 25_nano_Craik_Venter.ppt

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

2026-BNT-seminar

2026-03-12T21:05:32Z

Vidk: /* Seznam seminarjev */

= Bionanotehnologija 2026- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
V tabelo] prosim vpišite temo vašega projekta in kratko oznako.

{| class="wikitable"
! datum predstavitve !! naslov !! kratka koda projekta !! predstavlja !! recenzent 1 !! recenzent 2
|-
| 18/03/2025 || Bionanotehnološki pristop k dolgoročnemu arhiviranju digitalnih podatkov ||DNArchive || Kozel, Vid || ||
|-
| 18/03/2025 || GlutenBlock: Sistem za adsorpcijo in razgradnjo gliadina (uporaba v medicini in prehranski industriji) || || Horvat, Nejc || ||
|-
| 18/03/2025 || || || Perc, Anže || ||
|-
| 18/03/2025 || Nanosenzorski sistem za personalizirano uravnavanje cirkadianega ritma z melatoninom || CircAlign || Kovaček, Lucija || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Pezo Zupančič, Neža || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Bogataj, Lenart || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Ferjančič, Lara || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Briševac, Tea || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Pšeničnik, Tiara || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Jukić, Lea || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Petrovič, Filip || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Novak, Anja || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Kristan, Maruša || ||
|-
| 08/04/2025 || Pristop k zdravljenju neonatalne zlatenice || ZlatoHome || Auer, Špela || ||
|-
| 08/04/2025 || || || Dimovska, Andreja || ||
|-
| 08/04/2025 || || || Gomiršek, Katarina || ||
|-
| 08/04/2025 || || || Titova, Varvara || ||
|-
| 08/04/2025 || Atmos: Sistem za dostavo kisika pri pljučnih boleznih in potencialna uporaba v vojski|| || Oman Sušnik, Tonja || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Škorjanc, Meri || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Bregar, Jana || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Smrečnik, Meta || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Tušek, Marcel || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Zupan, Zala || ||
|-
| 22/04/2025 || LitterLab: Mikrofluidni nanosenzorski sistem za zgodnje zaznavanje bolezni mačk preko analize urina || || Lešnik, Tjaša || ||
|-
| 22/04/2025 || || || Čarman, Jasna || ||
|-
| 22/04/2025 || || || Ribič, Rebeka || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Hvalec, Jan || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Klopčič, Klemen || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Mohar, Teja || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Vogrič, Vanja || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Bajramovikj, Denis || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Šenica Pavletič, Primož || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Agrež, Tim-David || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Bervar, Amber || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Habot, Hanna || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Jarm, Lea || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Todorovska, Milena || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Klinar, Brina || ||
|-
| 27/05/2025 || || || kratke predstavitve || ||
|}

==Naloga==
Pripravite projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt, ki pa mora biti takšen, da pritegne investitorje. Ker je pomembno tudi kako boste to naredili, morate predstaviti tudi metodo in ne samo ideje. Natančno morate vedeti, kako boste projekt izvedli.

Predlagana struktura teksta:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Elektronska verzija seminarja: avtor, naslov projekta, razširjeni povzetek projekta- 350-400 besed (brez literature) in grafični povzetek (čez približno pol strani). Vse naj bo na maksimalno dveh straneh, a ne sme vsebovati manj kot 350 besed (sem se ne šteje literatura).
* Elektronsko verzijo seminarja oddajte '''dva dni pred predstavitvijo,''' kasneje pa boste vsebino še prekopirali na za to določeno spletno stran, predstavitev pa eno uro pred seminarjem na [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ strežnik].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Predstavitev naj bo dolga 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenta morate predlagati vsaj eno izboljšavo predstavljenega projekta.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem modelu:
* 25_nano_Priimek.doc za seminar, npr. 25_nano_Craik_Venter.doc
* 25_nano_Priimek.ppt za prezentacijo, npr. 25_nano_Craik_Venter.ppt

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

2026-BNT-seminar

2026-03-12T16:22:24Z

Vidk: /* Seznam seminarjev */

= Bionanotehnologija 2026- seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
V tabelo] prosim vpišite temo vašega projekta in kratko oznako.

{| class="wikitable"
! datum predstavitve !! naslov !! kratka koda projekta !! predstavlja !! recenzent 1 !! recenzent 2
|-
| 18/03/2025 ||DNArchive: Bionanotehnološki pristop k dolgoročnemu arhiviranju digitalnih podatkov || || Kozel, Vid || ||
|-
| 18/03/2025 || || || Horvat, Nejc || ||
|-
| 18/03/2025 || || || Perc, Anže || ||
|-
| 18/03/2025 || || || Kovaček, Lucija || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Pezo Zupančič, Neža || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Bogataj, Lenart || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Ferjančič, Lara || ||
|-
| 25/03/2025 || || || Briševac, Tea || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Pšeničnik, Tiara || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Jukić, Lea || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Petrovič, Filip || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Novak, Anja || ||
|-
| 01/04/2025 || || || Kristan, Maruša || ||
|-
| 08/04/2025 || || || Auer, Špela || ||
|-
| 08/04/2025 || || || Dimovska, Andreja || ||
|-
| 08/04/2025 || || || Gomiršek, Katarina || ||
|-
| 08/04/2025 || || || Titova, Varvara || ||
|-
| 08/04/2025 || Atmos: Sistem za dostavo kisika pri pljučnih boleznih in potencialna uporaba v vojski|| || Oman Sušnik, Tonja || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Škorjanc, Meri || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Bregar, Jana || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Smrečnik, Meta || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Tušek, Marcel || ||
|-
| 15/04/2025 || || || Zupan, Zala || ||
|-
| 22/04/2025 || LitterLab: Mikrofluidni nanosenzorski sistem za zgodnje zaznavanje bolezni mačk preko analize urina || || Lešnik, Tjaša || ||
|-
| 22/04/2025 || || || Čarman, Jasna || ||
|-
| 22/04/2025 || || || Ribič, Rebeka || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Hvalec, Jan || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Klopčič, Klemen || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Mohar, Teja || ||
|-
| 06/05/2025 || || || Vogrič, Vanja || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Bajramovikj, Denis || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Šenica Pavletič, Primož || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Agrež, Tim-David || ||
|-
| 13/05/2025 || || || Bervar, Amber || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Habot, Hanna || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Jarm, Lea || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Todorovska, Milena || ||
|-
| 20/05/2025 || || || Klinar, Brina || ||
|-
| 27/05/2025 || || || kratke predstavitve || ||
|}

==Naloga==
Pripravite projektno nalogo iz področja Bionanotehnologije. Najpomembnejša je originalna ideja za nek izvedljiv projekt, ki pa mora biti takšen, da pritegne investitorje. Ker je pomembno tudi kako boste to naredili, morate predstaviti tudi metodo in ne samo ideje. Natančno morate vedeti, kako boste projekt izvedli.

Predlagana struktura teksta:
* Uvod
* Predstavitev problema, znanstvena izhodišča, cilji
* Izvedba projekta, metodologija, tehnike, materiali, vprašanja, hipoteze
* Literatura

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Elektronska verzija seminarja: avtor, naslov projekta, razširjeni povzetek projekta- 350-400 besed (brez literature) in grafični povzetek (čez približno pol strani). Vse naj bo na maksimalno dveh straneh, a ne sme vsebovati manj kot 350 besed (sem se ne šteje literatura).
* Elektronsko verzijo seminarja oddajte '''dva dni pred predstavitvijo,''' kasneje pa boste vsebino še prekopirali na za to določeno spletno stran, predstavitev pa eno uro pred seminarjem na [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ strežnik].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Predstavitev naj bo dolga 15 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenta morate predlagati vsaj eno izboljšavo predstavljenega projekta.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke poimenujete po naslednjem modelu:
* 25_nano_Priimek.doc za seminar, npr. 25_nano_Craik_Venter.doc
* 25_nano_Priimek.ppt za prezentacijo, npr. 25_nano_Craik_Venter.ppt

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Prenos plazmidov s konjugacijo med gramnegativnimi bakterijami

2024-05-05T21:11:35Z

Vidk: /* Procesi v prejemni celici */

=Uvod=
Bakterijska konjugacija je mehanizem horizontalnega prenosa genov, ki vključuje konjugacijski pilus in T4SS. T4SS (bakterijski izločevalni sistem tipa IV) je izločevalni proteinski kompleks, najden v gram-negativnih ter gram-pozitivnih bakterijah in arhejah, ki omogoča prenos proteinov in DNA skozi celično membrano.
‎

=Procesi v donorski celici=
Sposobnost donorske celice, da izvede konjugacijo, omogoča izražanje genov za prenos, ki so zapisani v tra regiji plazmida. Te geni kodirajo vse proteinske faktorje, ki so vključeni pri izdelavi konjugacijskega pilusa in T4SS potrebnega za formacijo paritvenega para. Prav tako so pomembne komponente relaksosoma, ki so potrebne za pripravo plazmida pred prenosom.
Različna morfologija pilusov celicam omogoča konjugacijo v tekočini ali na trdni površini. F plazmid nosi zapis za tanek prožen pilus, ki ima cevasto strukturo s premerom okoli 8 μm in dolžino do 20 μm. Sestavljen je iz edinstvene proteinske podenote – F pilin oz. TraA.
‎ 
Donorske celice proizvajajo prožne piluse, ki so nenehno podvrženi ciklom iztegovanja in umikanja, s čimer preiskujejo okolico, ne glede na prisotnost prejemnih celic. Po vzpostavitvi stika s prejemno celico, pa retrakcija pilusa potegne celici skupaj in posledično se vzpostavi paritveni par.
‎ 
Iniciacija konjugacije zahteva sestavo in aktivnost proteinskega kompleksa relaksosoma, ki omogoča preoblikovanje plazmida pred njegovim prenosom. Preoblikovanje zajema rezanje na specifičnem mestu in verigi - na delu nic, ki se nahaja na začetku tra genov (oriT) in rezanje enoverižne DNA (T-veriga), ki bo kasneje prenešena. Ti dve reakciji izvede TraI relaksaza, protein, ki je sestavljen iz transesterazne domene, ta katalizira reakcijo reza in DNA helikazne domene, ki odvije plazmidno DNA. Aktivnost TraI nadzorujejo pomožni proteini, kot so IHF (integration host factor) – faktor integracije gostitelja in plazmidna proteina TraY in TraM, ki imata izrazito vlogo v formaciji relaksosoma in aktivnost pri oriT.
‎ 
Nastali nukleoproteinski kompleks, sestavljen iz T-verige in kovalentno vezanega TraI, se mora prenesti do konjugativnih por za prenos. To omogočajo sklopitveni proteini tipa IV (T4CP), ki so zasidrani v celični membrani in neposredno komunicirajo z relaksosomom. Tvorijo heksamerne strukture na T-verigi, ki se aktivno prenesejo skozi konjugacijske pore med prenosom.
‎ 
Ekspresijo tra genov regulirajo številni faktorji kot so plazmidni proteini, proteini gostiteljske celice, stopnja celičnega cikla in okoljske razmere. Večina tra genov je zbranih v enem operonu, ki jih kontrolira PY promotor. Ekspresija transfernih genov sledi specifični regulatorni kaskadi, ki se začne s proizvodnjo traJ proteina, ki aktivira PY promotor in transkripcijo tra operona. Najprej se prepiše traJ, ki kodira regulatorni protein TraJ, ta aktivira PM promotor, kar povzroči produkcijo traM proteina relaksosoma. Ta regulatorna kaskada tako povzroči izražanje vseh genov, ki so vključeni v izdelavo konjugacijskega pilusa, T4SS in relaksosoma.
‎ 
Nekatere gram-negativne bakterije ekspresijo tra genov regulira z mehanizmom zaznavnaje kvoruma (QS – quorum-sensing). Bakterije zaznavajo in sproščajo signalne molekule, imenovane avtoinduktorji, katerih koncentracija se poveča glede na gostoto celic. Gram-negativne bakterije kot avtoinduktorje uporabljajo acilirane homoserin laktone (AHL). Zaznavanje minimalne koncentracije AHL vodi do spremembe izražanja genov.
‎ 
Ekspresija tra genov je nadzorovana s kompleksnimi regulatornimi procesi, ki vključujejo aktivnost plazmidnih in kromosomskih faktorjev donorske celice. Ta regulacija omogoča nadzor za učinkovitost konjugacije v povezavi z življenjskim ciklom plazmida in fiziologijo gostitelja kot odziv na okoljske razmere in populacijske interakcije.

=Procesi v prejemni celici=
===Cirkulacija plazmida===
ssDNA v prejemno celico vstopi tako, da jo hkrati potiska sklopitveni protein tipa 4 donorske celice (del T4SS) in vleče relaksaza prejemnika. Ko sta oba konca lineariziranega plzamida prisotna v prejemniku ju skupaj združi relaksaza in nastane cirkularna oblika.

===Zaščita tuje DNA pred obrambo prejemnika===
Po vstopu plazmida v celico (v enoverižni DNA) se lahko aktivirajo bakterijski zaščitni mehanizmi proti tuji DNA in plazmidi so tako morali razviti mehanizme, ki preprečijo njhovo uničenje. Proti restrikcijskemu modifikacijskemu sistemu, ki napade nemetilirane ssDNA molekule, delujeta proteina ArdA in ArdB ki inhibirata restrikcijske endonukelaze tako da ponazarjata DNA zaporedje in se vežeta na aktivno mesto encima, protein ArdC pa aktivno mesto blokira. Naseldnji pomemben obrambni mehanizem je CRISPR-Cas, ki zagotavlja zaščito pred bakteriofagi, pred kratkim pa je bilo ugotovljeno, da ščiti tudi pred plazmidi. Tukaj nastopijo anti-CRISPR proteini, ki inhibirajo encim Cas9, kodirajo pa jih plamidni loki. Še eden način obrambe pred CRISPR-Cas je, da konjugativni plazmidi kodirajo sistem Bet/Exo, ki popravlja “škodo” (ločitve dvojne vijačnice), ki jo povzroča obrambni mehanizem.

===Naloge vodilnih genov===
Vodilni geni ležijo na delu, plazmida, ki je najprej transportiran v prejemno celico. Prva je bila omenjena regija Frpo, ki vsebuje zapise za rna polimeraze, njena transkripcija pa se začenja takoj po vstopu plazmida v celico. Drugi izmed proteinov je Psib (Plasmid SOS inibition) ki, kot že ime pove, inhibira proces SOS. Ta proces se sproži ob večji koncentraciji ssDNA , ki je načeloma povezana s celičnimi poškodbami in lahko privede do degradacije ssDNA, ali pa celo do celične smrti. Zadnji izmed omenjenih proteinov je SSBC oz. v primeru F plazmida gre za njegov homolog SSBp , ki se nespecifično veže na ssDNA in preprečuje njeno degradacijo, hkrati pa pospešuje delovanje polimeraz II in III, ki so odgovorne za pretvorbo ssDNA v dsDNA.

===Vzdrževanje plazmida===
Za vzdrževanje plazmida sta pomembna procesa replikacija in segregacija. Bakterije, ki so med seboj sorodstveno oddaljene, ne omogočajo replikacije plazmida v prejemni celici. Nekateri plazmidi, npr. RK2, modulirajo procese replikacije, glede na specifike prejemnika. Drugi pomemben vidik vzdrževanja je torej segregacija oz. enakomerna porazdelitev plazmida po hčerinskih celicah po delitvi. To kontrolirajo mehanizmi, ki jih zapisujejo plazmidi z majhnimi kopirnimi števili. Še en vidik vzdrževanja je kromosomska integracija, kjer npr. F plazmid potrebuje vstavitveno zaporedje (IS oz. insertion sequence) in homologno rekombinacijo z RecA, da se integrira v bakterijski genom .

===Fenotipska konverzija konjugiranih celic===
Zadnji pomemben vidik procesa konjugacije v prejemni celici je fenotipska konverzija. Iz energetskega vidika je pomembno, da celice ki že vsebujejo plazmid, niso prejemnice istega plazmida. V ta namen, sta na F plazmidu gena za TraT in TraS, ki celici nudita imunost na konjugacijo z istim plazmidom. TraT je zunanjmembranski protein, ki preprečuje, da bi se celici združili v paritveni sklop, tako da ta sklop destabilizira, če pa se paritveni sklopi le vzpostavijo, pa TraS onemogoča prehod ssDNA iz donorske v prejemno celico. Plazmidi seveda vsebujejo tudi gene, pomembne za preživetje, npr. Gene za virulenco, tvorbo biofilma, odpornost na antibiotike ali pa spremembe v metabolnih procesih.

=Konjugacija v naravnih habitatih: primer bakterijskih biofilmov=
Znano je, da prenos genov s konjugacijo prispeva h genetski dinamiki bakterijskih populacij, ki živijo v različnih okoljih, vključno s tlemi, na površinah rastlin, v vodi in odpadnih vodah, pa tudi v bakterijskih skupnostih, povezanih z rastlinskimi ali živalskimi gostitelji. Bakterije na splošno veljajo za planktonske enocelične organizme, vendar v naravnem in kliničnem okolju pogosto živijo v kompleksnih strukturah, imenovanih biofilmi. Biofilmi nudijo bakterijam zavetje pred zunanjimi nevarnostmi, vendar je bilo tudi predlagano, da nudijo nišo, ki olajša širjenje determinant odpornosti na zdravila s konjugacijo
===Biofilm kot niša, ki spodbuja konjugacijo bakterij===
Organizacija sestavin matriksa biofilma vpliva na hitrost prenosa plazmidov. Polisaharidi lahko na primer omejijo difuzijo DNA in ovirajo stik med celicami dajalkami in prejemnicami. Zunajcelična DNA (eDNA) deluje kot skupni adhezin, ki približa celice za konjugacijo. Tako različne sestave matriksa ustvarjajo različna mikrookolja, ki vplivajo na pretok genov s konjugativno izmenjavo.
===Vpliv strukture biofilma na konjugacijo===
Učinkovitost konjugacije je odvisna od arhitekturne strukture biofilmov, na katero vplivajo dejavniki, kot so bakterijske vrste in okoljski pogoji. Glede na mikroskopske študije poteka konjugacija predvsem na robovih biofilmov, kar kaže na majhen prodor v globlje plasti. Kljub temu znanju ostaja še vedno negotovo, kako kemični gradienti znotraj teh skupnosti vplivajo na presnovo bakterij in genetsko raznolikost, zlasti ko gre za njihovo povezavo s konjugacijo.
===Vpliv konjugativnih plazmidov na tvorbo biofilma===
Konjugirani plazmidi, ki pogosto nosijo gene za spodbujanje pritrjevanja na površino, prav tako povečujejo nastanek biofilma. Ko je plazmid v gostiteljski celici, lahko spremeni izražanje genov in s tem vpliva na zgradbo in zorenje biofilmov. Vendar je treba mehanizme, ki so vključeni v te spremembe, še naprej raziskovati, zlasti med različnimi vrstami gostiteljev.
===Vpliv zdravljenja z antibiotiki na konjugacijo v biofilmih===
Na dinamiko biofilma in prenos genov vpliva zdravljenje z antibiotiki. Antibiotiki pod najnižjimi inhibitornimi koncentracijami (sub-MIC) lahko spodbujajo nastanek ali povečajo pogostost konjugativnih dogodkov, hkrati pa z bolj odpornimi skupnostmi povečujejo odpornost proti protimikrobnim sredstvom. Poskusi slikanja v realnem času razkrivajo, da antibiotiki morda služijo predvsem kot gonilna sila za selekcijo po prenosu in ne kot neposredni spodbujevalci konjugacije. Zdravljenje z antibiotiki spremeni strukturo biofilma in tako vpliva na učinkovitost prenosa plazmidov. Nekatera zdravila motijo komunikacijo med celicami ali zavirajo proizvodnjo matriksa, kar vpliva na pogostost konjugacije in prostorsko razporeditev v biofilmu. Po drugi strani pa nekateri antibiotiki povzročijo lizo bakterijskih celic v biofilmih, pri čemer se sproščajo prosti fragmenti DNA v okolje, kjer jih lahko prevzamejo druge bakterije z naravno sposobnostjo ali procesi transformacije. Zato imajo protimikrobna sredstva dvojno vlogo, in sicer kot modulatorji genske izmenjave znotraj biofilmov in kot gonilna sila za horizontalni prenos genov med različnimi vrstami ali rodovi.Razumevanje teh odnosov je pomembno za razvoj strategij za obvladovanje okužb, povezanih z biofilmskimi skupnostmi, ki so odporne proti več zdravilom. Mikrofluidika se lahko uporablja za preučevanje, kako se geni širijo v biofilmih. Nedavna študija je pokazala, da je način, kako se geni premikajo skozi biofilm, nadzorovan z njegovo strukturo. Dejstvo, da lahko zaradi njih bakterije, odporne na antibiotike, bolj verjetno delijo gene za odpornost, pomeni, da moramo razumeti, kako zdravila vplivajo na prenos genov znotraj teh kolonij.

=Viri=
1. C. Virolle, K. Goldlust, S. Djermoun, S. Bigot in C. Lesterlin, '' Plasmid Transfer by Conjugation in Gram-Negative Bacteria: From the Cellular to the Community Level'', Genes (Basel), 11(11), 1239, oct. 2020, doi: 10.3390/genes11111239
‎ 
2. M.B. Miller, B. Bassler, ''Quorum Sensing in Bacteria''. Annu Rev Microbiol: 55, 165-199, 2001, doi: 10.1146/annurev.micro.55.1.165
‎ 
3. Mahendra C, Christie KA, Osuna BA, Pinilla-Redondo R, Kleinstiver BP, Bondy-Denomy J. Broad-spectrum anti-CRISPR proteins facilitate horizontal gene transfer [published correction appears in Nat Microbiol. 2020 Jun;5(6):872]. Nat Microbiol. 2020;5(4):620-629. doi:10.1038/s41564-020-0692-2
‎ 
4. Murga R, Miller JM, Donlan RM. Biofilm formation by gram-negative bacteria on central venous catheter connectors: effect of conditioning films in a laboratory model. J Clin Microbiol. 2001;39(6):2294-2297. doi:10.1128/JCM.39.6.2294-2297.2001

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Prenos plazmidov s konjugacijo med gramnegativnimi bakterijami

2024-05-05T21:11:24Z

Vidk: /* Procesi v prejemni celici */

=Uvod=
Bakterijska konjugacija je mehanizem horizontalnega prenosa genov, ki vključuje konjugacijski pilus in T4SS. T4SS (bakterijski izločevalni sistem tipa IV) je izločevalni proteinski kompleks, najden v gram-negativnih ter gram-pozitivnih bakterijah in arhejah, ki omogoča prenos proteinov in DNA skozi celično membrano.
‎

=Procesi v donorski celici=
Sposobnost donorske celice, da izvede konjugacijo, omogoča izražanje genov za prenos, ki so zapisani v tra regiji plazmida. Te geni kodirajo vse proteinske faktorje, ki so vključeni pri izdelavi konjugacijskega pilusa in T4SS potrebnega za formacijo paritvenega para. Prav tako so pomembne komponente relaksosoma, ki so potrebne za pripravo plazmida pred prenosom.
Različna morfologija pilusov celicam omogoča konjugacijo v tekočini ali na trdni površini. F plazmid nosi zapis za tanek prožen pilus, ki ima cevasto strukturo s premerom okoli 8 μm in dolžino do 20 μm. Sestavljen je iz edinstvene proteinske podenote – F pilin oz. TraA.
‎ 
Donorske celice proizvajajo prožne piluse, ki so nenehno podvrženi ciklom iztegovanja in umikanja, s čimer preiskujejo okolico, ne glede na prisotnost prejemnih celic. Po vzpostavitvi stika s prejemno celico, pa retrakcija pilusa potegne celici skupaj in posledično se vzpostavi paritveni par.
‎ 
Iniciacija konjugacije zahteva sestavo in aktivnost proteinskega kompleksa relaksosoma, ki omogoča preoblikovanje plazmida pred njegovim prenosom. Preoblikovanje zajema rezanje na specifičnem mestu in verigi - na delu nic, ki se nahaja na začetku tra genov (oriT) in rezanje enoverižne DNA (T-veriga), ki bo kasneje prenešena. Ti dve reakciji izvede TraI relaksaza, protein, ki je sestavljen iz transesterazne domene, ta katalizira reakcijo reza in DNA helikazne domene, ki odvije plazmidno DNA. Aktivnost TraI nadzorujejo pomožni proteini, kot so IHF (integration host factor) – faktor integracije gostitelja in plazmidna proteina TraY in TraM, ki imata izrazito vlogo v formaciji relaksosoma in aktivnost pri oriT.
‎ 
Nastali nukleoproteinski kompleks, sestavljen iz T-verige in kovalentno vezanega TraI, se mora prenesti do konjugativnih por za prenos. To omogočajo sklopitveni proteini tipa IV (T4CP), ki so zasidrani v celični membrani in neposredno komunicirajo z relaksosomom. Tvorijo heksamerne strukture na T-verigi, ki se aktivno prenesejo skozi konjugacijske pore med prenosom.
‎ 
Ekspresijo tra genov regulirajo številni faktorji kot so plazmidni proteini, proteini gostiteljske celice, stopnja celičnega cikla in okoljske razmere. Večina tra genov je zbranih v enem operonu, ki jih kontrolira PY promotor. Ekspresija transfernih genov sledi specifični regulatorni kaskadi, ki se začne s proizvodnjo traJ proteina, ki aktivira PY promotor in transkripcijo tra operona. Najprej se prepiše traJ, ki kodira regulatorni protein TraJ, ta aktivira PM promotor, kar povzroči produkcijo traM proteina relaksosoma. Ta regulatorna kaskada tako povzroči izražanje vseh genov, ki so vključeni v izdelavo konjugacijskega pilusa, T4SS in relaksosoma.
‎ 
Nekatere gram-negativne bakterije ekspresijo tra genov regulira z mehanizmom zaznavnaje kvoruma (QS – quorum-sensing). Bakterije zaznavajo in sproščajo signalne molekule, imenovane avtoinduktorji, katerih koncentracija se poveča glede na gostoto celic. Gram-negativne bakterije kot avtoinduktorje uporabljajo acilirane homoserin laktone (AHL). Zaznavanje minimalne koncentracije AHL vodi do spremembe izražanja genov.
‎ 
Ekspresija tra genov je nadzorovana s kompleksnimi regulatornimi procesi, ki vključujejo aktivnost plazmidnih in kromosomskih faktorjev donorske celice. Ta regulacija omogoča nadzor za učinkovitost konjugacije v povezavi z življenjskim ciklom plazmida in fiziologijo gostitelja kot odziv na okoljske razmere in populacijske interakcije.

=Procesi v prejemni celici=
===Cirkulacija plazmida===
ssDNA v prejemno celico vstopi tako, da jo hkrati potiska sklopitveni protein tipa 4 donorske celice (del T4SS) in vleče relaksaza prejemnika. Ko sta oba konca lineariziranega plzamida prisotna v prejemniku ju skupaj združi relaksaza in nastane cirkularna oblika.

===Zaščita tuje DNA pred obrambo prejemnika===
Po vstopu plazmida v celico (v enoverižni DNA) se lahko aktivirajo bakterijski zaščitni mehanizmi proti tuji DNA in plazmidi so tako morali razviti mehanizme, ki preprečijo njhovo uničenje. Proti restrikcijskemu modifikacijskemu sistemu, ki napade nemetilirane ssDNA molekule, delujeta proteina ArdA in ArdB ki inhibirata restrikcijske endonukelaze tako da ponazarjata DNA zaporedje in se vežeta na aktivno mesto encima, protein ArdC pa aktivno mesto blokira. Naseldnji pomemben obrambni mehanizem je CRISPR-Cas, ki zagotavlja zaščito pred bakteriofagi, pred kratkim pa je bilo ugotovljeno, da ščiti tudi pred plazmidi. Tukaj nastopijo anti-CRISPR proteini, ki inhibirajo encim Cas9, kodirajo pa jih plamidni loki. Še eden način obrambe pred CRISPR-Cas je, da konjugativni plazmidi kodirajo sistem Bet/Exo, ki popravlja “škodo” (ločitve dvojne vijačnice), ki jo povzroča obrambni mehanizem.

===Naloge vodilnih genov===
Vodilni geni ležijo na delu, plazmida, ki je najprej transportiran v prejemno celico. Prva je bila omenjena regija Frpo, ki vsebuje zapise za rna polimeraze, njena transkripcija pa se začenja takoj po vstopu plazmida v celico. Drugi izmed proteinov je Psib (Plasmid SOS inibition) ki, kot že ime pove, inhibira proces SOS. Ta proces se sproži ob večji koncentraciji ssDNA , ki je načeloma povezana s celičnimi poškodbami in lahko privede do degradacije ssDNA, ali pa celo do celične smrti. Zadnji izmed omenjenih proteinov je SSBC oz. v primeru F plazmida gre za njegov homolog SSBp , ki se nespecifično veže na ssDNA in preprečuje njeno degradacijo, hkrati pa pospešuje delovanje polimeraz II in III, ki so odgovorne za pretvorbo ssDNA v dsDNA.

===Vzdrževanje plazmida===
Za vzdrževanje plazmida sta pomembna procesa replikacija in segregacija. Bakterije, ki so med seboj sorodstveno oddaljene, ne omogočajo replikacije plazmida v prejemni celici. Nekateri plazmidi, npr. RK2, modulirajo procese replikacije, glede na specifike prejemnika. Drugi pomemben vidik vzdrževanja je torej segregacija oz. enakomerna porazdelitev plazmida po hčerinskih celicah po delitvi. To kontrolirajo mehanizmi, ki jih zapisujejo plazmidi z majhnimi kopirnimi števili. Še en vidik vzdrževanja je kromosomska integracija, kjer npr. F plazmid potrebuje vstavitveno zaporedje (IS oz. insertion sequence) in homologno rekombinacijo z RecA, da se integrira v bakterijski genom .

==Fenotipska konverzija konjugiranih celic==
Zadnji pomemben vidik procesa konjugacije v prejemni celici je fenotipska konverzija. Iz energetskega vidika je pomembno, da celice ki že vsebujejo plazmid, niso prejemnice istega plazmida. V ta namen, sta na F plazmidu gena za TraT in TraS, ki celici nudita imunost na konjugacijo z istim plazmidom. TraT je zunanjmembranski protein, ki preprečuje, da bi se celici združili v paritveni sklop, tako da ta sklop destabilizira, če pa se paritveni sklopi le vzpostavijo, pa TraS onemogoča prehod ssDNA iz donorske v prejemno celico. Plazmidi seveda vsebujejo tudi gene, pomembne za preživetje, npr. Gene za virulenco, tvorbo biofilma, odpornost na antibiotike ali pa spremembe v metabolnih procesih.

=Konjugacija v naravnih habitatih: primer bakterijskih biofilmov=
Znano je, da prenos genov s konjugacijo prispeva h genetski dinamiki bakterijskih populacij, ki živijo v različnih okoljih, vključno s tlemi, na površinah rastlin, v vodi in odpadnih vodah, pa tudi v bakterijskih skupnostih, povezanih z rastlinskimi ali živalskimi gostitelji. Bakterije na splošno veljajo za planktonske enocelične organizme, vendar v naravnem in kliničnem okolju pogosto živijo v kompleksnih strukturah, imenovanih biofilmi. Biofilmi nudijo bakterijam zavetje pred zunanjimi nevarnostmi, vendar je bilo tudi predlagano, da nudijo nišo, ki olajša širjenje determinant odpornosti na zdravila s konjugacijo
===Biofilm kot niša, ki spodbuja konjugacijo bakterij===
Organizacija sestavin matriksa biofilma vpliva na hitrost prenosa plazmidov. Polisaharidi lahko na primer omejijo difuzijo DNA in ovirajo stik med celicami dajalkami in prejemnicami. Zunajcelična DNA (eDNA) deluje kot skupni adhezin, ki približa celice za konjugacijo. Tako različne sestave matriksa ustvarjajo različna mikrookolja, ki vplivajo na pretok genov s konjugativno izmenjavo.
===Vpliv strukture biofilma na konjugacijo===
Učinkovitost konjugacije je odvisna od arhitekturne strukture biofilmov, na katero vplivajo dejavniki, kot so bakterijske vrste in okoljski pogoji. Glede na mikroskopske študije poteka konjugacija predvsem na robovih biofilmov, kar kaže na majhen prodor v globlje plasti. Kljub temu znanju ostaja še vedno negotovo, kako kemični gradienti znotraj teh skupnosti vplivajo na presnovo bakterij in genetsko raznolikost, zlasti ko gre za njihovo povezavo s konjugacijo.
===Vpliv konjugativnih plazmidov na tvorbo biofilma===
Konjugirani plazmidi, ki pogosto nosijo gene za spodbujanje pritrjevanja na površino, prav tako povečujejo nastanek biofilma. Ko je plazmid v gostiteljski celici, lahko spremeni izražanje genov in s tem vpliva na zgradbo in zorenje biofilmov. Vendar je treba mehanizme, ki so vključeni v te spremembe, še naprej raziskovati, zlasti med različnimi vrstami gostiteljev.
===Vpliv zdravljenja z antibiotiki na konjugacijo v biofilmih===
Na dinamiko biofilma in prenos genov vpliva zdravljenje z antibiotiki. Antibiotiki pod najnižjimi inhibitornimi koncentracijami (sub-MIC) lahko spodbujajo nastanek ali povečajo pogostost konjugativnih dogodkov, hkrati pa z bolj odpornimi skupnostmi povečujejo odpornost proti protimikrobnim sredstvom. Poskusi slikanja v realnem času razkrivajo, da antibiotiki morda služijo predvsem kot gonilna sila za selekcijo po prenosu in ne kot neposredni spodbujevalci konjugacije. Zdravljenje z antibiotiki spremeni strukturo biofilma in tako vpliva na učinkovitost prenosa plazmidov. Nekatera zdravila motijo komunikacijo med celicami ali zavirajo proizvodnjo matriksa, kar vpliva na pogostost konjugacije in prostorsko razporeditev v biofilmu. Po drugi strani pa nekateri antibiotiki povzročijo lizo bakterijskih celic v biofilmih, pri čemer se sproščajo prosti fragmenti DNA v okolje, kjer jih lahko prevzamejo druge bakterije z naravno sposobnostjo ali procesi transformacije. Zato imajo protimikrobna sredstva dvojno vlogo, in sicer kot modulatorji genske izmenjave znotraj biofilmov in kot gonilna sila za horizontalni prenos genov med različnimi vrstami ali rodovi.Razumevanje teh odnosov je pomembno za razvoj strategij za obvladovanje okužb, povezanih z biofilmskimi skupnostmi, ki so odporne proti več zdravilom. Mikrofluidika se lahko uporablja za preučevanje, kako se geni širijo v biofilmih. Nedavna študija je pokazala, da je način, kako se geni premikajo skozi biofilm, nadzorovan z njegovo strukturo. Dejstvo, da lahko zaradi njih bakterije, odporne na antibiotike, bolj verjetno delijo gene za odpornost, pomeni, da moramo razumeti, kako zdravila vplivajo na prenos genov znotraj teh kolonij.

=Viri=
1. C. Virolle, K. Goldlust, S. Djermoun, S. Bigot in C. Lesterlin, '' Plasmid Transfer by Conjugation in Gram-Negative Bacteria: From the Cellular to the Community Level'', Genes (Basel), 11(11), 1239, oct. 2020, doi: 10.3390/genes11111239
‎ 
2. M.B. Miller, B. Bassler, ''Quorum Sensing in Bacteria''. Annu Rev Microbiol: 55, 165-199, 2001, doi: 10.1146/annurev.micro.55.1.165
‎ 
3. Mahendra C, Christie KA, Osuna BA, Pinilla-Redondo R, Kleinstiver BP, Bondy-Denomy J. Broad-spectrum anti-CRISPR proteins facilitate horizontal gene transfer [published correction appears in Nat Microbiol. 2020 Jun;5(6):872]. Nat Microbiol. 2020;5(4):620-629. doi:10.1038/s41564-020-0692-2
‎ 
4. Murga R, Miller JM, Donlan RM. Biofilm formation by gram-negative bacteria on central venous catheter connectors: effect of conditioning films in a laboratory model. J Clin Microbiol. 2001;39(6):2294-2297. doi:10.1128/JCM.39.6.2294-2297.2001

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Prenos plazmidov s konjugacijo med gramnegativnimi bakterijami

2024-05-05T15:30:34Z

Vidk: /* Konjugacija v naravnih habitatih: primer bakterijskih biofilmov */

=Uvod=
=Procesi v donorski celici=
=Procesi v prejemni celici=
==Cirkulacija plazmida==
==Zaščita tuje DNA pred obrambo prejemnika==
==Naloge vodilnih genov==
==Vzdrževanje plazmida==
==Fenotipska konverzija konjugiranih celic==
=Konjugacija v naravnih habitatih: primer bakterijskih biofilmov=
Znano je, da prenos genov s konjugacijo prispeva h genetski dinamiki bakterijskih populacij, ki živijo v različnih okoljih, vključno s tlemi, na površinah rastlin, v vodi in odpadnih vodah, pa tudi v bakterijskih skupnostih, povezanih z rastlinskimi ali živalskimi gostitelji. Bakterije na splošno veljajo za planktonske enocelične organizme, vendar v naravnem in kliničnem okolju pogosto živijo v kompleksnih strukturah, imenovanih biofilmi. Biofilmi nudijo bakterijam zavetje pred zunanjimi nevarnostmi, vendar je bilo tudi predlagano, da nudijo nišo, ki olajša širjenje determinant odpornosti na zdravila s konjugacijo
===Biofilm kot niša, ki spodbuja konjugacijo bakterij===
Organizacija sestavin matriksa biofilma vpliva na hitrost prenosa plazmidov. Polisaharidi lahko na primer omejijo difuzijo DNA in ovirajo stik med celicami dajalkami in prejemnicami. Zunajcelična DNA (eDNA) deluje kot skupni adhezin, ki približa celice za konjugacijo. Tako različne sestave matriksa ustvarjajo različna mikrookolja, ki vplivajo na pretok genov s konjugativno izmenjavo.
===Vpliv strukture biofilma na konjugacijo===
Učinkovitost konjugacije je odvisna od arhitekturne strukture biofilmov, na katero vplivajo dejavniki, kot so bakterijske vrste in okoljski pogoji. Glede na mikroskopske študije poteka konjugacija predvsem na robovih biofilmov, kar kaže na majhen prodor v globlje plasti. Kljub temu znanju ostaja še vedno negotovo, kako kemični gradienti znotraj teh skupnosti vplivajo na presnovo bakterij in genetsko raznolikost, zlasti ko gre za njihovo povezavo s konjugacijo.
===Vpliv konjugativnih plazmidov na tvorbo biofilma===
Konjugirani plazmidi, ki pogosto nosijo gene za spodbujanje pritrjevanja na površino, prav tako povečujejo nastanek biofilma. Ko je plazmid v gostiteljski celici, lahko spremeni izražanje genov in s tem vpliva na zgradbo in zorenje biofilmov. Vendar je treba mehanizme, ki so vključeni v te spremembe, še naprej raziskovati, zlasti med različnimi vrstami gostiteljev.
===Vpliv zdravljenja z antibiotiki na konjugacijo v biofilmih===
Na dinamiko biofilma in prenos genov vpliva zdravljenje z antibiotiki. Antibiotiki pod najnižjimi inhibitornimi koncentracijami (sub-MIC) lahko spodbujajo nastanek ali povečajo pogostost konjugativnih dogodkov, hkrati pa z bolj odpornimi skupnostmi povečujejo odpornost proti protimikrobnim sredstvom. Poskusi slikanja v realnem času razkrivajo, da antibiotiki morda služijo predvsem kot gonilna sila za selekcijo po prenosu in ne kot neposredni spodbujevalci konjugacije. Zdravljenje z antibiotiki spremeni strukturo biofilma in tako vpliva na učinkovitost prenosa plazmidov. Nekatera zdravila motijo komunikacijo med celicami ali zavirajo proizvodnjo matriksa, kar vpliva na pogostost konjugacije in prostorsko razporeditev v biofilmu. Po drugi strani pa nekateri antibiotiki povzročijo lizo bakterijskih celic v biofilmih, pri čemer se sproščajo prosti fragmenti DNA v okolje, kjer jih lahko prevzamejo druge bakterije z naravno sposobnostjo ali procesi transformacije. Zato imajo protimikrobna sredstva dvojno vlogo, in sicer kot modulatorji genske izmenjave znotraj biofilmov in kot gonilna sila za horizontalni prenos genov med različnimi vrstami ali rodovi.Razumevanje teh odnosov je pomembno za razvoj strategij za obvladovanje okužb, povezanih z biofilmskimi skupnostmi, ki so odporne proti več zdravilom. Mikrofluidika se lahko uporablja za preučevanje, kako se geni širijo v biofilmih. Nedavna študija je pokazala, da je način, kako se geni premikajo skozi biofilm, nadzorovan z njegovo strukturo. Dejstvo, da lahko zaradi njih bakterije, odporne na antibiotike, bolj verjetno delijo gene za odpornost, pomeni, da moramo razumeti, kako zdravila vplivajo na prenos genov znotraj teh kolonij.

=Viri=

Prenos plazmidov s konjugacijo med gramnegativnimi bakterijami

2024-05-05T15:28:41Z

Vidk: /* Konjugacija v naravnih habitatih: primer bakterijskih biofilmov */

=Uvod=
=Procesi v donorski celici=
=Procesi v prejemni celici=
==Cirkulacija plazmida==
==Zaščita tuje DNA pred obrambo prejemnika==
==Naloge vodilnih genov==
==Vzdrževanje plazmida==
==Fenotipska konverzija konjugiranih celic==
=Konjugacija v naravnih habitatih: primer bakterijskih biofilmov=
Znano je, da prenos genov s konjugacijo prispeva h genetski dinamiki bakterijskih populacij, ki živijo v različnih okoljih, vključno s tlemi, na površinah rastlin, v vodi in odpadnih vodah, pa tudi v bakterijskih skupnostih, povezanih z rastlinskimi ali živalskimi gostitelji. Bakterije na splošno veljajo za planktonske enocelične organizme, vendar v naravnem in kliničnem okolju pogosto živijo v kompleksnih strukturah, imenovanih biofilmi. Biofilmi nudijo bakterijam zavetje pred zunanjimi nevarnostmi, vendar je bilo tudi predlagano, da nudijo nišo, ki olajša širjenje determinant odpornosti na zdravila s konjugacijo
==Biofilm kot niša, ki spodbuja konjugacijo bakterij==
Organizacija sestavin matriksa biofilma vpliva na hitrost prenosa plazmidov. Polisaharidi lahko na primer omejijo difuzijo DNA in ovirajo stik med celicami dajalkami in prejemnicami. Zunajcelična DNA (eDNA) deluje kot skupni adhezin, ki približa celice za konjugacijo. Tako različne sestave matriksa ustvarjajo različna mikrookolja, ki vplivajo na pretok genov s konjugativno izmenjavo.
==Vpliv strukture biofilma na konjugacijo==
Učinkovitost konjugacije je odvisna od arhitekturne strukture biofilmov, na katero vplivajo dejavniki, kot so bakterijske vrste in okoljski pogoji. Glede na mikroskopske študije poteka konjugacija predvsem na robovih biofilmov, kar kaže na majhen prodor v globlje plasti. Kljub temu znanju ostaja še vedno negotovo, kako kemični gradienti znotraj teh skupnosti vplivajo na presnovo bakterij in genetsko raznolikost, zlasti ko gre za njihovo povezavo s konjugacijo.
==Vpliv konjugativnih plazmidov na tvorbo biofilma==
Konjugirani plazmidi, ki pogosto nosijo gene za spodbujanje pritrjevanja na površino, prav tako povečujejo nastanek biofilma. Ko je plazmid v gostiteljski celici, lahko spremeni izražanje genov in s tem vpliva na zgradbo in zorenje biofilmov. Vendar je treba mehanizme, ki so vključeni v te spremembe, še naprej raziskovati, zlasti med različnimi vrstami gostiteljev.
==Vpliv zdravljenja z antibiotiki na konjugacijo v biofilmih==
Na dinamiko biofilma in prenos genov vpliva zdravljenje z antibiotiki. Antibiotiki pod najnižjimi inhibitornimi koncentracijami (sub-MIC) lahko spodbujajo nastanek ali povečajo pogostost konjugativnih dogodkov, hkrati pa z bolj odpornimi skupnostmi povečujejo odpornost proti protimikrobnim sredstvom. Poskusi slikanja v realnem času razkrivajo, da antibiotiki morda služijo predvsem kot gonilna sila za selekcijo po prenosu in ne kot neposredni spodbujevalci konjugacije. Zdravljenje z antibiotiki spremeni strukturo biofilma in tako vpliva na učinkovitost prenosa plazmidov. Nekatera zdravila motijo komunikacijo med celicami ali zavirajo proizvodnjo matriksa, kar vpliva na pogostost konjugacije in prostorsko razporeditev v biofilmu. Po drugi strani pa nekateri antibiotiki povzročijo lizo bakterijskih celic v biofilmih, pri čemer se sproščajo prosti fragmenti DNA v okolje, kjer jih lahko prevzamejo druge bakterije z naravno sposobnostjo ali procesi transformacije. Zato imajo protimikrobna sredstva dvojno vlogo, in sicer kot modulatorji genske izmenjave znotraj biofilmov in kot gonilna sila za horizontalni prenos genov med različnimi vrstami ali rodovi.Razumevanje teh odnosov je pomembno za razvoj strategij za obvladovanje okužb, povezanih z biofilmskimi skupnostmi, ki so odporne proti več zdravilom. Mikrofluidika se lahko uporablja za preučevanje, kako se geni širijo v biofilmih. Nedavna študija je pokazala, da je način, kako se geni premikajo skozi biofilm, nadzorovan z njegovo strukturo. Dejstvo, da lahko zaradi njih bakterije, odporne na antibiotike, bolj verjetno delijo gene za odpornost, pomeni, da moramo razumeti, kako zdravila vplivajo na prenos genov znotraj teh kolonij.

=Viri=

Prenos plazmidov s konjugacijo med gramnegativnimi bakterijami

2024-05-05T15:18:27Z

Vidk: /* Konjugacija v naravnih habitatih: primer bakterijskih biofilmov */

BIO2 Povzetki seminarjev 2023

2023-10-24T18:32:57Z

Vidk: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2023/24 */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2023/24 =
==Anja Kokol - Pomen kompertmentalizirane signalizacije v membranskih raftih pri razvoju raka==
Raziskovanje lipidnih raftov, membranskih domen, bogatih s holesterolom in sfingolipidi, je izboljšalo razumevanje celične membrane pri signalni transdukciji. Te sortirne platforme igrajo ključno vlogo pri kompartmentalizaciji signalnih poti in s tem spodbujajo ali zavirajo preživetje, smrt in metastazo tumorskih celic. Transformirane celice vsebujejo višjo raven znotrajceličnega holesterola in s tem posledično več membranskih raftov. Rafti so, zraven prenosa signalov, pomembni za aktivacijo receptorjev, endocitozo, znotrajcelični promet in organizacijo z lipidi in proteini. V obliki lipidnih lupin zagotavljajo proteinom, ki so jih tako ločili od ostalih, primerno mikrookolje in s pomočjo takšnega mehanizma vklopijo ali izklopijo določene poti prenosa signala. Na celične procese pomembno vpliva asimetrija holesterola v plazemski membrani, ki se vzdržuje z aktivnim transportom holesterola iz notranjega v zunanji del. Zaradi prenosa signala po lipidnih raftih lahko pride do prekomerne ekspresije in aktivacije številnih poti in sistemov rastnih faktorjev, kar pripomore k razvoju tumorja. Eden od njih je tudi aktivator signalne poti PI3K/AKT, ki je pomemben udeleženec pri nastanku raka. Značilnost sesalskih celic je prisotnost receptorjev smrti na njihovi površini. Ti zagotavljajo sposobnost apoptoze. Ligandi receptorjev smrti sprožijo značilno signalizacijo preko oligomerizacije receptorjev, kar posledično povzroči rekrutiranje specializiranih adapterskih proteinov znotraj lipidnih raftov. S preučevanjem membranskih raftov se je rodil tudi koncept CASMER, s pomočjo katerega se je razvila nova ideja zdravljenja raka.

==Vid Kozel - Vloga onkogenov in tumor zavirajočih genov pri razvoju raka==
Onkogeni kodirajo okvarjene proteine ter s tem povzročajo tumorje. Nastanejo iz spremenjenih proto-onkogenov. Za naše zdravje so zelo nevarni, saj spodbujajo delovanje procesov, ki vodijo do raka. Aktivirajo se zaradi genetske spremembe proto-onkogenov, najpogosteje do tega pride zaradi točkovnih mutacij; mutacije z večjo funkcionalnostjo, kromosomske translokacije, virusna integracija, epigenetske spremembe, spremembe regulatornih proteinov. Tumor zavirajoči geni ali tumorski supresorji tvorijo regulatorne proteine, ki preprečujejo delitev rakavih celic ter spodbujajo popravljanje DNA. Aktivirajo se s transkripcijsko aktivacijo, posttranslacijskimi modifikacijami ali interakcijami med proteini. Njihova glavna naloga je vzdrževanje genoma, prav tako pa preprečujejo nenadzorovano rast celic.
Pot RAS-RAF-MEK-ERK je signalna pot onkogenov, ki ima vlogo pri rasti, delitvi, preživetju in diferenciaciji celic. Njena nenormalna aktivacija lahko povzroči nastanek tumorjev. Pot se začne z aktivacijo RAS, do katere pride zaradi zunajceličnih signalov. RAS potem aktivira še RAF in sproži kaskado fosforilacije. Nato se aktivira MEK, ki sproži dvojno fosforilacijo in aktivira ERK, aktivacija le-te pa vodi do razmnoževanja, preživetja ali diferenciacije celic.
TP53 je gen, ki kodira tumor supresorski protein p53, ta pa zatira tumorje. Na poškodbe DNA odgovarja tako, da ustavi celični cikel ter nato popravi DNA, sproži apoptozo ali pa senescenco. Njegovo delovanje inhibira MDM2, ki ga lahko dodatno stabilizira MDM4. Ob mutacijah na TP53, ter posledično na P53, ta izgubi sposobnost obrambe proti tumorjem.
Z ugotavljanjem mutacij onkogenov/tumorskih supresorjev, ali s tem da ti služijo kot biomarkerji, lahko zdravniki napovejo verjetno napredovanje raka ter izberejo ustrezno zdravljenje.